Structure and genome of HIV
1983 সালে ভাইরাসটি আবিষ্কারের পর থেকে এইচ. আই. ভি (হিউম্যান ইমিউনোডেফিসিয়েন্সি ভাইরাস)-এর জিনোম এবং প্রোটিনগুলি ব্যাপক গবেষণার বিষয় হয়ে দাঁড়িয়েছে। "কার্যকরী এজেন্টের সন্ধানে, প্রাথমিকভাবে বিশ্বাস করা হয়েছিল যে ভাইরাসটি হিউম্যান টি-সেল লিউকেমিয়া ভাইরাসের (এইচ. টি. এল. ভি) একটি রূপ, যা সেই সময়ে মানুষের প্রতিরোধ ব্যবস্থাকে প্রভাবিত করে এবং নির্দিষ্ট কিছু লিউকেমিয়া সৃষ্টি করে বলে জানা গিয়েছিল। যাইহোক, প্যারিসের পাস্তুর ইনস্টিটিউটের গবেষকরা এইডস রোগীদের মধ্যে একটি পূর্বে অজানা এবং জিনগতভাবে স্বতন্ত্র রেট্রোভাইরাসকে পৃথক করেছিলেন যা পরে এইচআইভি নামে নামকরণ করা হয়েছিল। প্রতিটি ভিরিয়নে একটি ভাইরাল খাম এবং সংশ্লিষ্ট ম্যাট্রিক্স থাকে যা একটি ক্যাপসিডকে ঘিরে রাখে, যা নিজেই একক-আটকে থাকা আরএনএ জিনোমের দুটি অনুলিপি এবং বেশ কয়েকটি এনজাইমকে আবদ্ধ করে। এইডস-সম্পর্কিত অসুস্থতার প্রথম বড় ঘটনার রিপোর্টের দুই বছর পরে ভাইরাসটি নিজেই আবিষ্কার হয়েছিল। কাঠামো সংক্রামক ভাইরাস থেকে নিষ্কাশিত এইচআইভি-1 জিনোমের সম্পূর্ণ ক্রমটি একক-নিউক্লিওটাইড রেজোলিউশনে সমাধান করা হয়েছে। এইচআইভি জিনোম অল্প সংখ্যক ভাইরাল প্রোটিনকে এনকোড করে, হোস্ট কোষ আক্রমণ করতে এবং তাদের অভ্যন্তরীণ যন্ত্রপাতি হাইজ্যাক করতে এইচআইভি প্রোটিন এবং এইচআইভি এবং হোস্ট প্রোটিনের মধ্যে সহযোগিতামূলক সম্পর্ক স্থাপন করে। এইচ. আই. ভি অন্যান্য রেট্রোভাইরাস থেকে কাঠামোর দিক থেকে আলাদা। এইচ. আই. ভি ভাইরিওনের ব্যাস ~ 100 এনএম। এর ভিতরের অঞ্চলটি একটি শঙ্কু-আকৃতির কোর নিয়ে গঠিত যার মধ্যে রয়েছে (পজিটিভ সেন্স) এসএসআরএনএ জিনোমের দুটি অনুলিপি, এনজাইম রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেস, ইন্টিগ্রেজ এবং প্রোটিজ, কিছু ছোটখাটো প্রোটিন এবং প্রধান মূল প্রোটিন। হিউম্যান ইমিউনোডেফিসিয়েন্সি ভাইরাস (এইচ. আই. ভি)-এর জিনোম এইচ. আই. ভি জীবনচক্রের সময় প্রয়োজনীয় ভূমিকা পালনকারী 8টি ভাইরাল প্রোটিনকে এনকোড করে। এইচ. আই. ভি-1 লেন্টিভাইরাসের সাধারণ ভাইরাল প্রোটিন পি24 দ্বারা গঠিত একটি শঙ্কুযুক্ত ক্যাপসিড দ্বারা আবদ্ধ অ-সমযোজীভাবে সংযুক্ত, অব্যবহৃত, পজিটিভ-সেন্স সিঙ্গেল-স্ট্র্যান্ডেড আর. এন. এ-এর দুটি অনুলিপি নিয়ে গঠিত। আর. এন. এ স্ট্র্যান্ডের দুটি অনুলিপি এইচ. আই. ভি-1 পুনঃসংযোগের ক্ষেত্রে গুরুত্বপূর্ণ, যা ভাইরাল প্রতিলিপির বিপরীত প্রতিলিপির সময় ঘটে। একটি ভিরিওনের মধ্যে একক-আটকে থাকা আর. এন. এ-র দুটি অনুলিপি ধারণ করা কিন্তু শুধুমাত্র একটি একক ডি. এন. এ প্রোভাইরাস উৎপাদনকে সিউডোডিপ্লয়েডি বলা হয়। আর. এন. এ উপাদানটি 9749 নিউক্লিওটাইড দীর্ঘ এবং একটি 5 'ক্যাপ (জি. পি. পি. পি), একটি 3' পলি (এ) লেজ এবং অনেকগুলি ওপেন রিডিং ফ্রেম (ও. আর. এফ) বহন করে। ভাইরাল কাঠামোগত প্রোটিনগুলি দীর্ঘ ও. আর. এফ দ্বারা এনকোড করা হয়, যেখানে ছোট ও. আর. এফগুলি ভাইরাল জীবনচক্রের নিয়ন্ত্রকদের এনকোড করেঃ সংযুক্তি, ঝিল্লি সংমিশ্রণ, প্রতিলিপি এবং সমাবেশ। একক-স্ট্র্যান্ড আরএনএ পি7 নিউক্লিওক্যাপসিড প্রোটিন, দেরী সমাবেশ প্রোটিন পি6 এবং ভিরিওনের বিকাশের জন্য প্রয়োজনীয় এনজাইমগুলির সাথে শক্তভাবে আবদ্ধ, যেমন বিপরীত ট্রান্সক্রিপ্টেস এবং ইন্টিগ্রেজ। লাইসিন টিআরএনএ হল ম্যাগনেসিয়াম-নির্ভর বিপরীত প্রতিলিপির প্রাইমার। নিউক্লিওক্যাপসিড জিনোমিক আর. এন. এ-র (প্রতি হেক্সামারে একটি অণু) সঙ্গে যুক্ত হয় এবং আর. এন. এ-কে নিউক্লিয়াস দ্বারা হজম হওয়া থেকে রক্ষা করে। এছাড়াও ভাইরিওন কণার মধ্যে রয়েছে ভিফ, ভিপিআর, নেফ এবং ভাইরাল প্রোটিজ। ভিরিয়নের খামটি পোষক কোষের উৎপত্তির একটি প্লাজমা ঝিল্লি দ্বারা গঠিত হয়, যা ভাইরাল পি17 প্রোটিন দ্বারা গঠিত একটি ম্যাট্রিক্স দ্বারা সমর্থিত, যা ভিরিয়ন কণার অখণ্ডতা নিশ্চিত করে। ভিরিওনের পৃষ্ঠে এইচআইভির খাম গ্লাইকোপ্রোটিন (এনভি)-এর একটি সীমিত সংখ্যা পাওয়া যায়, যা জিপি120 এবং জিপি41-এর হেটেরোডাইমার দ্বারা গঠিত একটি ট্রিমার। এনভি তার প্রাথমিক পোষক রিসেপ্টর, সিডি4 এবং তার সহ-রিসেপ্টর (প্রধানত সিসিআর5 বা সিএক্সসিআর4)-এর সাথে আবদ্ধ হওয়ার জন্য দায়ী, যার ফলে তার লক্ষ্য কোষে ভাইরাল প্রবেশ করে। ভাইরাসের পৃষ্ঠের একমাত্র প্রোটিন হিসাবে, খামের গ্লাইকোপ্রোটিনগুলি (জিপি120 এবং জিপি41) এইচআইভি ভ্যাকসিনের প্রচেষ্টার প্রধান লক্ষ্য। ট্রাইমেরিক খামের স্পাইকের ভরের অর্ধেকেরও বেশি এন-লিঙ্কযুক্ত গ্লাইক্যান। অ্যান্টিবডি দ্বারা নিরপেক্ষ হওয়া থেকে ভাইরাল প্রোটিনের অন্তর্নিহিত গ্লাইক্যানগুলি সুরক্ষা দেয় বলে এর ঘনত্ব বেশি। এটি পরিচিত সবচেয়ে ঘন গ্লাইকোসাইলেটেড অণুগুলির মধ্যে একটি এবং এন্ডোপ্লাজমিক রেটিকুলাম এবং গোলগি যন্ত্রপাতিতে বায়োজেনেসিসের সময় গ্লাইকানগুলির স্বাভাবিক পরিপক্কতা প্রক্রিয়া প্রতিরোধ করার জন্য ঘনত্ব যথেষ্ট বেশি। বেশিরভাগ গ্লাইকেন তাই অপরিণত 'হাই-ম্যানোজ' গ্লাইকেন হিসাবে আটকে থাকে যা সাধারণত মানব গ্লাইকোপ্রোটিনগুলির গোপন বা কোষের পৃষ্ঠে উপস্থিত থাকে না। অস্বাভাবিক প্রক্রিয়াকরণ এবং উচ্চ ঘনত্বের অর্থ হল যে প্রায় সমস্ত বিস্তৃতভাবে নিরপেক্ষকারী অ্যান্টিবডিগুলি যা এখনও পর্যন্ত চিহ্নিত করা হয়েছে (রোগীদের একটি উপসেট থেকে যারা বহু মাস থেকে বছর ধরে সংক্রামিত হয়েছে) এই খামের গ্লাইকানগুলির সাথে আবদ্ধ হয় বা মোকাবেলা করার জন্য অভিযোজিত হয়। ভাইরাল স্পাইকের আণবিক কাঠামো এখন এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি এবং ক্রায়ো-ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপি দ্বারা নির্ধারিত হয়েছে। স্ট্রাকচারাল বায়োলজিতে এই অগ্রগতি সম্ভব হয়েছিল ভাইরাল স্পাইকের স্থিতিশীল রিকম্বিনেন্ট ফর্মগুলির বিকাশের কারণে একটি আন্তঃসবুনিট ডাইসালফাইড বন্ড এবং জিপি41-এ প্রোলাইন মিউটেশনের জন্য একটি আইসোলেউসিনের প্রবর্তনের মাধ্যমে। তথাকথিত এস. ও. এস. আই. পি ট্রিমারগুলি কেবল নেটিভ ভাইরাল স্পাইকের অ্যান্টিজেনিক বৈশিষ্ট্যগুলিই পুনরুত্পাদন করে না, বরং নেটিভ ভাইরাসে উপস্থাপিত অপরিণত গ্লাইকেনগুলির একই মাত্রাও প্রদর্শন করে। রিকম্বিনেন্ট ট্রাইমেরিক ভাইরাল স্পাইকগুলি টিকা প্রার্থীদের জন্য আশাব্যঞ্জক কারণ তারা রিকম্বিনেন্ট মনোমেরিক জিপি120-এর তুলনায় কম অ-নিরপেক্ষ এপিটোপ প্রদর্শন করে যা লক্ষ্য এপিটোপগুলির প্রতিরোধ ক্ষমতা দমন করতে কাজ করে। জিনোম সংস্থা এইচআইভির কাঠামোগত প্রোটিনের জন্য বেশ কয়েকটি প্রধান জিন কোডিং রয়েছে যা সমস্ত রেট্রোভাইরাসের পাশাপাশি এইচআইভির জন্য অনন্য বেশ কয়েকটি অ-কাঠামোগত ("আনুষঙ্গিক") জিনে পাওয়া যায়। এইচআইভি জিনোমে নয়টি জিন থাকে যা পনেরোটি ভাইরাল প্রোটিনকে এনকোড করে। এগুলি পলিপ্রোটিন হিসাবে সংশ্লেষিত হয় যা ভাইরিওন অভ্যন্তরের জন্য প্রোটিন তৈরি করে, যাকে গ্যাগ বলা হয়, গ্রুপ নির্দিষ্ট অ্যান্টিজেন; ভাইরাল এনজাইম (পোল, পলিমারেজ) বা ভাইরিওন এনভি (খাম)-এর গ্লাইকোপ্রোটিন। এগুলি ছাড়াও, এইচ. আই. ভি প্রোটিনের জন্য এনকোড করে যার কিছু নিয়ন্ত্রক এবং সহায়ক ফাংশনও রয়েছে। এইচআইভি-1-এর দুটি গুরুত্বপূর্ণ নিয়ন্ত্রক উপাদান রয়েছেঃ ট্যাট এবং রেভ এবং কয়েকটি গুরুত্বপূর্ণ আনুষঙ্গিক প্রোটিন যেমন নেফ, ভিপিআর, ভিফ এবং ভিপু যা নির্দিষ্ট টিস্যুতে প্রতিলিপির জন্য প্রয়োজনীয় নয়। গ্যাগ জিনটি ভাইরাসের মৌলিক শারীরিক পরিকাঠামো সরবরাহ করে এবং পোল প্রাথমিক প্রক্রিয়া সরবরাহ করে যার মাধ্যমে রেট্রোভাইরাসগুলি পুনরুত্পাদন করে, অন্যরা এইচআইভিকে হোস্ট কোষে প্রবেশ করতে এবং এর প্রজনন উন্নত করতে সহায়তা করে। যদিও এগুলি মিউটেশন দ্বারা পরিবর্তিত হতে পারে, তবে টেভ ব্যতীত এই সমস্ত জিন এইচআইভির সমস্ত পরিচিত রূপগুলিতে বিদ্যমান; এইচআইভির জেনেটিক পরিবর্তনশীলতা দেখুন। এইচ. আই. ভি 10 কে. বি-র কম জিনোম থেকে নয়টি ভিন্ন জিন পণ্য পেতে ডিফারেনশিয়াল আর. এন. এ স্প্লাইসিংয়ের একটি পরিশীলিত ব্যবস্থা ব্যবহার করে। এইচআইভির একটি 9.2kb আনস্প্লাইসড জিনোমিক ট্রান্সক্রিপ্ট রয়েছে যা গ্যাগ এবং পোল অগ্রদূতদের জন্য এনকোড করে; একটি এককভাবে স্প্লাইসড, এনভি, ভিএফ, ভিপিআর এবং ভিপিয়ুর জন্য 4.5 কেবি এনকোডিং এবং ট্যাট, রেভ এবং নেফের জন্য একটি মাল্টিপ্লাই স্প্লাইসড, 2 কেবি এমআরএনএ এনকোডিং। ভাইরাল স্ট্রাকচারাল প্রোটিন গ্যাগ (গ্রুপ-নির্দিষ্ট অ্যান্টিজেন) অগ্রদূত গ্যাগ পলিপ্রোটিনের জন্য কোড যা ভাইরাল প্রোটিজ দ্বারা এমএ (ম্যাট্রিক্স প্রোটিন, পি 17) পরিপক্ক হওয়ার সময় প্রক্রিয়াজাত করা হয়; সিএ (ক্যাপসিড প্রোটিন, পি 24); এসপি 1 (স্পেসার পেপটাইড 1, পি 2); এনসি (নিউক্লিওক্যাপসিড প্রোটিন, পি 7); এসপি 2 (স্পেসার পেপটাইড 2, পি 1) এবং পি 6 প্রোটিন। ভাইরাল এনজাইমের জন্য পোল কোড রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেস (আরটি) এবং আরএনএজ এইচ, ইন্টিগ্রেজ (আইএন), এবং এইচআইভি প্রোটিজ (পিআর)। কাঠামোগত প্রোটিন উৎপাদনের জন্য অগ্রদূত গ্যাগ পলিপ্রোটিনকে বিভক্ত করার জন্য এইচআইভি প্রোটিজের প্রয়োজন হয়, আরএনএ টেমপ্লেট থেকে ডিএনএ প্রতিলিপি করার জন্য আরটি প্রয়োজন হয় এবং হোস্ট জিনোমে ডাবল-স্ট্র্যান্ডেড ভাইরাল ডিএনএকে সংহত করার জন্য আইএন প্রয়োজন হয়। এনভি (খামের জন্য) জিপি160-এর জন্য কোড, যা হোস্ট কোষের এন্ডোপ্লাজমিক রেটিকুলামের মধ্যে একটি হোস্ট প্রোটিজ, ফুরিন দ্বারা বিভক্ত করা হয়। অনুবাদ-পরবর্তী প্রক্রিয়াকরণ একটি পৃষ্ঠ গ্লাইকোপ্রোটিন, জিপি120 বা এসইউ তৈরি করে, যা লিম্ফোসাইটগুলিতে উপস্থিত সিডি4 রিসেপ্টরগুলির সাথে সংযুক্ত থাকে এবং জিপি41 বা টিএম, যা ভাইরাসটিকে লক্ষ্য কোষের সাথে সংযুক্ত এবং ফিউজ করতে সক্ষম করার জন্য ভাইরাল খামে এম্বেড করে। প্রয়োজনীয় নিয়ন্ত্রক উপাদানগুলি (এইচ. আই. ভি ট্রান্স-অ্যাক্টিভেটর) ভাইরাল জিনোম আর. এন. এ-র বিপরীত প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণে, ভাইরাল এম. আর. এন. এ-র দক্ষ সংশ্লেষণ নিশ্চিত করতে এবং সংক্রামিত কোষ থেকে ভিরিওনের নিঃসরণ নিয়ন্ত্রণে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। টাটকে 72-অ্যামিনো অ্যাসিড ওয়ান-এক্সন টাট এবং 86-101-অ্যামিনো অ্যাসিড টু-এক্সন টাট হিসাবে প্রকাশ করা হয় এবং এইচআইভি সংক্রমণের প্রথম দিকে এটি একটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। ট্যাট (14-15 কেডিএ) ট্রান্স-অ্যাক্টিভেশন রেসপন্স এলিমেন্ট (টিএআর) গঠন করে 5 'এলটিআর অঞ্চলের কাছে স্ফীত জিনোমিক আরএনএ স্টেম-লুপ গৌণ কাঠামোর সাথে আবদ্ধ হয়। রেভ (ভিরিওন প্রোটিনের প্রকাশের নিয়ন্ত্রক): রেভ প্রোটিন একটি আর্জিনিন সমৃদ্ধ আরএনএ-বাইন্ডিং মোটিফের মাধ্যমে ভাইরাল জিনোমের সাথে আবদ্ধ হয় যা এনএলএস (নিউক্লিয়ার স্থানীয়করণ সংকেত) হিসাবেও কাজ করে, যা ভাইরাল প্রতিলিপির সময় সাইটোসল থেকে নিউক্লিয়াসে রেভের পরিবহনের জন্য প্রয়োজনীয়। রেভ টাট এবং রেভের পৃথক কোডিং এক্সনে অবস্থিত এমআরএনএ এনভির একটি জটিল স্টেম-লুপ কাঠামোকে স্বীকৃতি দেয়, যা এইচআইভি রেভ রেসপন্স এলিমেন্ট (আরআরই) নামে পরিচিত। রেভ প্রধান ভাইরাল প্রোটিনের সংশ্লেষণের জন্য গুরুত্বপূর্ণ এবং তাই ভাইরাল প্রতিলিপির জন্য প্রয়োজনীয়। আনুষঙ্গিক নিয়ন্ত্রক প্রোটিন ভিপিআর (লেন্টিভাইরাস প্রোটিন আর): ভিপিআর একটি ভিরিওন-সম্পর্কিত, নিউক্লিওসাইটোপ্লাজমিক শাটলিং নিয়ন্ত্রক প্রোটিন। এটি ভাইরাসের প্রতিলিপিতে, বিশেষত, প্রাক-সংহতকরণ কমপ্লেক্সের পারমাণবিক আমদানিতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে বলে মনে করা হয়। ভি. পি. আর এর হোস্ট কোষগুলিকে জি2 পর্যায়ে তাদের কোষ চক্রকে আটকানোর কারণ হিসাবেও দেখা যায়। এই গ্রেপ্তার হোস্ট ডিএনএ মেরামতের যন্ত্রপাতি সক্রিয় করে যা ভাইরাল ডিএনএ-র সংহতকরণ সক্ষম করতে পারে। এইচ. আই. ভি-2 এবং এস. আই. ভি, ভি. পি. এক্স নামে একটি অতিরিক্ত ভি. পি. আর সম্পর্কিত প্রোটিনকে এনকোড করে যা ভি. পি. আর-এর সাথে কাজ করে। vif একটি অত্যন্ত সংরক্ষিত, 23 কেডিএ ফসফোপ্রোটিন যা কোষের প্রকারের উপর নির্ভর করে এইচআইভি-1 ভাইরিওনের সংক্রমণের জন্য গুরুত্বপূর্ণ। এইচ. আই. ভি-1-এর লিম্ফোসাইট, ম্যাক্রোফেজ এবং নির্দিষ্ট মানব কোষের লাইনে সংক্রামক ভাইরাস সংশ্লেষ করার জন্য ভি. আই. এফ-এর প্রয়োজন দেখা গেছে। অন্যদের মধ্যে হেলা কোষ বা সি. ও. এস কোষে একই প্রক্রিয়ার জন্য ভি. আই. এফ-এর প্রয়োজন হয় বলে মনে হয় না। নেফ-নেফ, নেতিবাচক ফ্যাক্টর, একটি এন-টার্মিনাল মাইরিস্টয়লেটেড ঝিল্লি-সম্পর্কিত ফসফোপ্রোটিন। এটি ভাইরাসের প্রতিলিপি চক্রের সময় একাধিক কাজে জড়িত থাকে। এটি কোষের অ্যাপোপটোসিসে এবং ভাইরাসের সংক্রামকতা বৃদ্ধিতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে বলে মনে করা হয়। ভিপিইউ (ভাইরাস প্রোটিন ইউ)-ভিপিইউ এইচআইভি-1-এর জন্য নির্দিষ্ট। এটি একটি প্রথম শ্রেণীর অলিগোমেরিক অবিচ্ছেদ্য ঝিল্লি ফসফোপ্রোটিন যার অসংখ্য জৈবিক কার্যকারিতা রয়েছে। ভি. পি. ইউ ইউবিকুইটিন প্রোটিসোম পথের সাথে জড়িত সিডি4 অবক্ষয়ের পাশাপাশি সংক্রামিত কোষ থেকে ভিরিওনের সফল মুক্তির সাথে জড়িত। টেভঃ এই জিনটি শুধুমাত্র কয়েকটি এইচআইভি-1 আইসোলেটের মধ্যে উপস্থিত থাকে। এটি ট্যাট, এনভি এবং রেভ জিনের অংশগুলির সংমিশ্রণ এবং ট্যাটের কিছু বৈশিষ্ট্য সহ একটি প্রোটিনের জন্য কোড, তবে রেভের বৈশিষ্ট্যগুলির মধ্যে খুব কম বা কোনওটিই নয়। আর. এন. এ গৌণ কাঠামো এইচ. আই. ভি আর. এন. এ জিনোমের মধ্যে বেশ কয়েকটি সংরক্ষিত গৌণ কাঠামো উপাদান চিহ্নিত করা হয়েছে। এইচআইভি ভাইরাল আরএনএ কাঠামো বিপরীত প্রতিলিপির অগ্রগতি নিয়ন্ত্রণ করে। 5 'ইউ. টি. আর কাঠামোটি ছোট লিঙ্কার দ্বারা সংযুক্ত স্টেম-লুপ কাঠামোর সিরিজ নিয়ে গঠিত। এই স্টেম-লুপগুলির (5 'থেকে 3') মধ্যে রয়েছে ট্রান্স-অ্যাক্টিভেশন অঞ্চল (টিএআর) উপাদান, 5 'পলিঅ্যাডেনাইলেশন সংকেত [পলি (এ)], পিবিএস, ডিআইএস, প্রধান এসডি এবং জিনোমের 5' প্রান্তের মধ্যে অবস্থিত হেয়ারপিন কাঠামো এবং এনভি জিনের মধ্যে এইচআইভি রেভ প্রতিক্রিয়া উপাদান (আরআরই)। আরেকটি আরএনএ কাঠামো যা চিহ্নিত করা হয়েছে তা হল গ্যাগ স্টেম লুপ 3 (জিএসএল 3), যা ভাইরাল প্যাকেজিংয়ের সাথে জড়িত বলে মনে করা হয়। আর. এন. এ গৌণ কাঠামো এইচ. আই. ভি প্রোটিজ এবং রিভার্স ট্রান্সক্রিপ্টেসের কার্যকারিতা পরিবর্তন করে এইচ. আই. ভি জীবনচক্রকে প্রভাবিত করার প্রস্তাব দেওয়া হয়েছে, যদিও চিহ্নিত সমস্ত উপাদানকে একটি ফাংশন বরাদ্দ করা হয়নি। SHAPE বিশ্লেষণ দ্বারা নির্ধারিত একটি আরএনএ গৌণ কাঠামো তিনটি স্টেম লুপ ধারণ করে এবং এইচআইভি প্রোটিজ এবং বিপরীত ট্রান্সক্রিপ্ট জিনের মধ্যে অবস্থিত। এই সিআইএস নিয়ন্ত্রক আরএনএ এইচআইভি পরিবার জুড়ে সংরক্ষিত দেখা গেছে এবং ভাইরাল জীবনচক্রকে প্রভাবিত করে বলে মনে করা হয়। তৃতীয় পরিবর্তনশীল লুপ বা ভি3 লুপ হল হিউম্যান ইমিউনোডেফিসিয়েন্সি ভাইরাসের একটি অংশ বা অঞ্চল। ভিরনের খামের গ্লাইকোপ্রোটিন, জিপি120-এর ভি3 লুপ, এইচআইভি-র স্ট্রেনের উপর নির্ভর করে লক্ষ্য মানব ইমিউন কোষে একটি সাইটোকিন রিসেপ্টর, যেমন সিসিআর5 কোষ বা সিএক্সসিআর4 কোষের সাথে আবদ্ধ হয়ে মানব ইমিউন কোষগুলিকে সংক্রামিত করতে দেয়। কোষে এইচআইভি-1 প্রবেশের জন্য খাম গ্লাইকোপ্রোটিন (এনভি) জিপি 120/41 অপরিহার্য। এনভি এইচআইভি-1 সংক্রমণে আক্রান্ত ব্যক্তিদের চিকিৎসা করার জন্য একটি ওষুধের আণবিক লক্ষ্য হিসাবে কাজ করে এবং এইডস টিকা বিকাশের জন্য ইমিউনোজেনের একটি উৎস হিসাবে কাজ করে। তবে, কার্যকরী এনভি ট্রিমারের কাঠামো অধরা রয়ে গেছে। আরও দেখুন এইচ. আই. ভি/এইডস গবেষণার তথ্যসূত্র এইচ. আই. ভি পোল-1 স্টেম লুপ সম্পূর্ণ এইচ. আই. ভি-1 ভাইরাস এইচ. আই. ভি/এইডস-এর 3ডি মডেলের জন্য বাহ্যিক লিঙ্ক আর. এফ. এ. এম এন্ট্রি