PDBREPORT
পি. ডি. বি. আর. ই. পি. ও. আর. টি ডাটাবেস হল প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্কের জৈবিক অণুগুলির কাঠামোতে পাওয়া অসঙ্গতি এবং ত্রুটির একটি ডাটাবেস। সিলিকো প্রোটিন কাঠামো বায়োইনফরম্যাটিক্স প্রকল্পে প্রোটিন কাঠামোর গুণমান বিচার করার জন্য পি. ডি. বি. আর. ই. পি. পি. টি. এস ডাটাবেস একটি দরকারী সুবিধা এবং সিএএসপি হোমোলজি মডেলিং 'প্রতিযোগিতা'-এর অংশগ্রহণকারীরা প্রায়শই এটি ব্যবহার করে থাকেন। পি. ডি. বি. আর. ই. পোর্টস হোয়াট _ চেক সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে তৈরি করা হয়। হোয়াট _ চেক হল হোয়াট আইএফ সফ্টওয়্যারের বিকল্প যা ম্যাক্রোমলিকিউল (বিশেষ করে প্রোটিন)-কে বৈধ করে। অনেকগুলি হোয়াট-চেক বিকল্প স্বাভাবিকতার মান নির্ধারণ করে; অর্থাৎ, যে কোনও প্রদত্ত পর্যবেক্ষণ তার গড় থেকে বিচ্যুত হওয়া মানক বিচ্যুতির সংখ্যা। এবং বেশিরভাগ ক্ষেত্রে এই ধরনের ঘটনাগুলি তালিকাভুক্ত করা হয় যদি বিচ্যুতি 4 সিগমার বেশি হয়, যা বোঝায় যে তালিকাভুক্ত অসঙ্গতিগুলির মধ্যে দশ হাজারের মধ্যে একটি আসল এবং কোনও ত্রুটি নয়। হোয়াট _ চেক পৃষ্ঠাগুলির 'বৈধতা' বিভাগটি আরও বিস্তারিতভাবে এটি ব্যাখ্যা করে। সমস্যাগুলি পি. ডি. বি. আর. ই. পি. পোর্ট এন্ট্রিগুলিকে পি. ডি. বি-তে জমা হওয়া ম্যাক্রোমোলিকুলার কাঠামোর ত্রুটি প্রতিবেদন হিসাবে দেখা যেতে পারে। ত্রুটি প্রতিবেদন শব্দটি সতর্কতার সাথে ব্যবহার করা উচিত কারণ হোয়াট _ চেক সফ্টওয়্যার যা পি. ডি. বি. আর. ই. পি. ও. টি তৈরি করে চারটি বা তার বেশি আদর্শ বিচ্যুতির প্রতিটি অসঙ্গতিকে একটি ত্রুটি হিসাবে চিহ্নিত করে। এই রিপোর্ট করা অসঙ্গতিগুলির মধ্যে কিছু ত্রুটির পরিবর্তে গড় থেকে প্রকৃত বিচ্যুতি হতে পারে। তথ্যসূত্র স্ট্রাকচারাল বায়োইনফরমেটিক্স প্রোটিন স্ট্রাকচার বায়োলজিক্যাল ডেটাবেস