Electrophoretic mobility shift assay
ইলেক্ট্রোফোরেটিক মোবিলিটি শিফট অ্যাসে (ইএমএসএ) বা মোবিলিটি শিফট ইলেক্ট্রোফোরেসিস, যা জেল শিফট অ্যাসে, জেল মোবিলিটি শিফট অ্যাসে, ব্যান্ড শিফট অ্যাসে বা জেল রিটার্ডেশন অ্যাসে নামেও পরিচিত, হল একটি সাধারণ অ্যাফিনিটি ইলেক্ট্রোফোরেসিস কৌশল যা প্রোটিন-ডিএনএ বা প্রোটিন-আরএনএ মিথস্ক্রিয়া অধ্যয়নের জন্য ব্যবহৃত হয়। এই পদ্ধতিটি নির্ধারণ করতে পারে যে কোনও প্রোটিন বা প্রোটিনের মিশ্রণ প্রদত্ত ডিএনএ বা আরএনএ সিকোয়েন্সের সাথে আবদ্ধ হতে সক্ষম কিনা এবং কখনও কখনও নির্দেশ করতে পারে যে বাঁধাই কমপ্লেক্সে একাধিক প্রোটিন অণু জড়িত রয়েছে কিনা। প্রতিলিপি সূচনা, ডিএনএ গ্যাং প্রতিলিপি, ডিএনএ মেরামত বা আরএনএ প্রক্রিয়াকরণ এবং পরিপক্কতা, পাশাপাশি প্রাক-এমআরএনএ স্প্লাইসিং অধ্যয়ন করার সময় জেল শিফট অ্যাসেসগুলি প্রায়শই ডিএনএজ ফুটপ্রিন্টিং, প্রাইমার এক্সটেনশন এবং প্রবর্তক-তদন্ত পরীক্ষার সাথে একযোগে ভিট্রোতে সঞ্চালিত হয়। যদিও পূর্ববর্তী সাহিত্যে অগ্রদূত পাওয়া যায়, তবে বেশিরভাগ বর্তমান মূল্যায়ন গার্নার এবং রেভজিন এবং ফ্রাইড এবং ক্রোথারস দ্বারা বর্ণিত পদ্ধতির উপর ভিত্তি করে করা হয়। একটি গতিশীলতা স্থানান্তর পরীক্ষা হল একটি পলিয়াক্রিলামাইড বা অ্যাগারোজ জেলের উপর অল্প সময়ের জন্য একটি প্রোটিন-ডিএনএ বা প্রোটিন-আরএনএ মিশ্রণের ইলেক্ট্রোফোরেটিক পৃথকীকরণ (15 থেকে 20 সেন্টিমিটার জেলের জন্য প্রায় 1.5-2 ঘন্টা)। বিভিন্ন অণু (এবং তার সংমিশ্রণ) জেলের মধ্য দিয়ে যে গতিতে চলাচল করে তা তাদের আকার এবং আধান এবং কিছুটা হলেও তাদের আকৃতি দ্বারা নির্ধারিত হয় (জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস দেখুন)। কন্ট্রোল লেনে (প্রোটিন ছাড়া ডিএনএ প্রোব) একটি একক ব্যান্ড থাকবে যা আনবাউন্ড ডিএনএ বা আরএনএ খণ্ডের সাথে সম্পর্কিত। যাইহোক, ধরে নেওয়া যায় যে প্রোটিনটি টুকরোটির সাথে বাঁধতে সক্ষম, একটি প্রোটিন সহ লেন যা উপস্থিত থাকে তাতে অন্য একটি ব্যান্ড থাকবে যা প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ নিউক্লিক অ্যাসিড প্রোবের বৃহত্তর, কম মোবাইল কমপ্লেক্সকে উপস্থাপন করে যা জেলের উপর 'স্থানান্তরিত' হয় (যেহেতু এটি আরও ধীরে ধীরে সরানো হয়েছে)। সঠিক পরীক্ষামূলক অবস্থার অধীনে, ডি. এন. এ (বা আর. এন. এ) এবং প্রোটিনের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া স্থিতিশীল হয় এবং জেলের উপর আনবাউন্ড নিউক্লিক অ্যাসিডের সাথে আবদ্ধ অনুপাত জেলের মধ্যে আবদ্ধ প্রতিক্রিয়া প্রবেশ করার সাথে সাথে মুক্ত এবং আবদ্ধ প্রোব অণুগুলির ভগ্নাংশকে প্রতিফলিত করে। এই স্থিতিশীলতা আংশিকভাবে একটি "কেজিং প্রভাব"-এর কারণে হয়, যার মধ্যে জেল ম্যাট্রিক্স দ্বারা বেষ্টিত প্রোটিনটি পুনরায় একত্রিত হওয়ার আগে প্রোব থেকে দূরে ছড়িয়ে পড়তে অক্ষম। যদি প্রোটিন এবং প্রোবের প্রারম্ভিক ঘনত্ব জানা যায়, এবং যদি কমপ্লেক্সের স্টোইকিওমেট্রি জানা যায়, তবে নিউক্লিক অ্যাসিড ক্রমের জন্য প্রোটিনের আপাত সাদৃশ্য নির্ধারণ করা যেতে পারে। জটিলটি যদি জেল অবস্থায় খুব দীর্ঘস্থায়ী না হয়, অথবা ইলেক্ট্রোফোরেসিসের সময় বিচ্ছিন্নতা বিবেচনা করা না হয়, তবে প্রাপ্ত সংখ্যাটি একটি আপাত কে. ডি। যদি প্রোটিনের ঘনত্ব জানা না যায় তবে জটিল স্টোইকিওমেট্রি হয়, ডিএনএ প্রোবের ঘনত্ব বাড়িয়ে প্রোটিনের ঘনত্ব নির্ধারণ করা যেতে পারে যতক্ষণ না আরও বৃদ্ধি প্রোটিনের আবদ্ধ ভগ্নাংশকে বাড়িয়ে না দেয়। একই জেলের উপর চালিত মুক্ত প্রোবের স্ট্যান্ডার্ড ডাইল্যুশনের একটি সেটের সাথে তুলনা করে, প্রোটিনের মোলের সংখ্যা গণনা করা যেতে পারে। বৈচিত্র্য এবং সংযোজন একটি অ্যান্টিবডি যা প্রোটিনকে চিনতে পারে এই মিশ্রণে যোগ করা যেতে পারে একটি বৃহত্তর স্থানান্তর সহ আরও বড় জটিল তৈরি করতে। এই পদ্ধতিটিকে সুপারশিফ্ট অ্যাসে হিসাবে উল্লেখ করা হয় এবং প্রোটিন-নিউক্লিক অ্যাসিড কমপ্লেক্সে উপস্থিত একটি প্রোটিনকে দ্ব্যর্থহীনভাবে সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। প্রায়শই, বাঁধাই প্রোটিনের জন্য সবচেয়ে অনুকূল বাঁধাই ক্রম নির্ধারণের জন্য একটি প্রতিযোগী অলিগোনিউক্লিওটাইড দিয়ে একটি অতিরিক্ত লেন চালানো হয়। সংজ্ঞায়িত ক্রমের বিভিন্ন অলিগোনিউক্লিওটাইডের ব্যবহার প্রতিযোগিতার দ্বারা সুনির্দিষ্ট বাঁধাই সাইট সনাক্ত করার অনুমতি দেয় (রেখাচিত্রে দেখানো হয়নি)। প্রতিযোগিতার মূল্যায়নের বৈচিত্রগুলি বাঁধনের নির্দিষ্টতা পরিমাপ করতে এবং সংযোগ এবং বিচ্ছিন্নতা গতিবিদ্যার পরিমাপের জন্য কার্যকর। সুতরাং, ইএমএসএ একটি সেলেক্স পরীক্ষার অংশ হিসাবে অলিগোনিউক্লিওটাইডগুলির জন্য নির্বাচন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে যা প্রকৃতপক্ষে একটি প্রদত্ত প্রোটিনকে আবদ্ধ করে। একবার ডিএনএ-প্রোটিন বন্ধন ইন ভিট্রোতে নির্ধারিত হলে, বেশ কয়েকটি অ্যালগরিদম ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর সনাক্তকরণের জন্য অনুসন্ধানকে সংকীর্ণ করতে পারে। আগ্রহের ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের জন্য সর্বসম্মত ক্রম অলিগোনিউক্লিওটাইডগুলি বাঁধার জন্য প্রতিদ্বন্দ্বিতা করতে সক্ষম হবে, স্থানান্তরিত ব্যান্ডটি নির্মূল করবে এবং অবশ্যই সুপারশিফ্টের মাধ্যমে নিশ্চিত করতে হবে। যদি পূর্বাভাসকৃত ঐকমত্যের ক্রমটি বাঁধাইয়ের জন্য প্রতিযোগিতা করতে ব্যর্থ হয়, তবে প্রতিলিপি ফ্যাক্টর সনাক্তকরণ মাল্টিপ্লেক্সড কম্পিটিটর ইএমএসএ (এমসি-ইএমএসএ) দ্বারা সহায়তা করা যেতে পারে, যার মাধ্যমে প্রতিটি বিক্রিয়ায় ঐকমত্যের ক্রমের বড় সেটগুলি মাল্টিপ্লেক্স করা হয় এবং যেখানে একটি সেট বাঁধাইয়ের জন্য প্রতিযোগিতা করে, এই সেট থেকে পৃথক ঐকমত্যের ক্রমগুলি আরও একটি প্রতিক্রিয়ায় চালানো হয়। দৃশ্যায়ন উদ্দেশ্যে, নিউক্লিক অ্যাসিড খণ্ডটি সাধারণত একটি তেজস্ক্রিয়, ফ্লুরোসেন্ট বা বায়োটিন লেবেল দিয়ে লেবেল করা হয়। স্ট্যান্ডার্ড ইথিডিয়াম ব্রোমাইড স্টেনিং এই পদ্ধতিগুলির তুলনায় কম সংবেদনশীল এবং এই পরীক্ষাগুলিতে অল্প পরিমাণে নিউক্লিক অ্যাসিড বা একক-স্ট্র্যান্ডেড নিউক্লিক অ্যাসিড (গুলি) ব্যবহার করা হলে নিউক্লিক অ্যাসিড সনাক্ত করার সংবেদনশীলতার অভাব হতে পারে। বায়োটিন লেবেল ব্যবহার করার সময়, ডিএনএ খণ্ড সনাক্ত করতে হর্সরাডিশ পারঅক্সিডেসের মতো এনজাইমের সাথে সংযুক্ত স্ট্রেপ্টাভিডিন ব্যবহার করা হয়। যদিও আইসোটোপিক ডিএনএ লেবেলিং প্রোটিন বাইন্ডিং অ্যাফিনিটির উপর খুব কম বা কোনও প্রভাব ফেলে না, ফ্লুরোফোর বা বায়োটিন সহ অ-আইসোটোপিক লেবেলগুলির ব্যবহার প্রোটিনের মিথস্ক্রিয়ার অ্যাফিনিটি এবং/অথবা স্টোইকিওমেট্রি পরিবর্তন করতে পারে। ফ্লুরোফোর-বা বায়োটিন-লেবেলযুক্ত প্রোব এবং একই ক্রমের লেবেলবিহীন ডি. এন. এ-র মধ্যে প্রতিযোগিতা ব্যবহার করে নির্ধারণ করা যেতে পারে যে লেবেলটি বন্ধন সম্বন্ধ বা স্টোইকিওমেট্রি পরিবর্তন করে কিনা। তথ্যসূত্র বাহ্যিক লিঙ্ক কেমিলুমিনেসেন্ট জেল শিফট প্রোটোকল জেনেটিক্স কৌশল আণবিক জেনেটিক্স আণবিক জীববিজ্ঞান প্রোটিন পদ্ধতি প্রোটিওমিক্স বিশ্লেষণাত্মক রসায়ন পরীক্ষাগার কৌশল ইলেক্ট্রোফোরেসিস জৈবিক কৌশল এবং সরঞ্জাম