Integrative bioinformatics
ইন্টিগ্রেটিভ বায়োইনফরমেটিক্স হল বায়োইনফরমেটিক্সের একটি শাখা যা জীবন বিজ্ঞানের জন্য ডেটা ইন্টিগ্রেশনের সমস্যাগুলির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। জীবন বিজ্ঞানে, বিশেষত আণবিক জীববিজ্ঞানে উচ্চ-থ্রুপুট (এইচটিপি) প্রযুক্তির উত্থানের সাথে সাথে সংগৃহীত তথ্যের পরিমাণ সূচকীয়ভাবে বৃদ্ধি পেয়েছে। উপরন্তু, তথ্যগুলি সরকারী এবং বেসরকারী উভয় সংগ্রহস্থলে ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকে এবং প্রচুর সংখ্যক বিভিন্ন বিন্যাস ব্যবহার করে সংরক্ষণ করা হয়। এই পরিস্থিতি এই তথ্যগুলি অনুসন্ধান করা এবং উপলব্ধ তথ্যের সম্পূর্ণ সেট থেকে নতুন জ্ঞান আহরণের জন্য প্রয়োজনীয় বিশ্লেষণ সম্পাদন করা খুব কঠিন করে তোলে। ইন্টিগ্রেটিভ বায়োইনফরমেটিক্স জীবন বিজ্ঞানের তথ্যে একীভূত প্রবেশাধিকার প্রদানের মাধ্যমে এই সমস্যাটি মোকাবেলার চেষ্টা করে। শব্দার্থিক ওয়েব পদ্ধতির পন্থা শব্দার্থিক ওয়েব পদ্ধতিতে, একাধিক ওয়েবসাইট বা ডেটাবেস থেকে ডেটা মেটাডাটার মাধ্যমে অনুসন্ধান করা হয়। মেটাডেটা হল মেশিন-পঠনযোগ্য কোড, যা প্রোগ্রামের জন্য পৃষ্ঠার বিষয়বস্তু সংজ্ঞায়িত করে যাতে ডেটা এবং অনুসন্ধান পদগুলির মধ্যে তুলনা আরও সঠিক হয়। এটি অপ্রাসঙ্গিক বা অ-সহায়ক ফলাফলের সংখ্যা হ্রাস করতে কাজ করে। কিছু মেটা-ডেটা অ্যান্টোলজি নামক সংজ্ঞা হিসাবে বিদ্যমান, যা ব্যবহারকারী বা প্রোগ্রাম দ্বারা ট্যাগ করা যেতে পারে; এগুলি ডেটা খুঁজে পেতে এবং ফেরত দেওয়ার জন্য মূল শব্দ বা বাক্যাংশ ব্যবহার করে অনুসন্ধানকে সহজতর করে। এই পদ্ধতির সুবিধাগুলির মধ্যে রয়েছে অনুসন্ধানে ফিরে আসা তথ্যের সাধারণ বর্ধিত গুণমান এবং যথাযথ ট্যাগিংয়ের সাথে, অ্যান্টোলজিগুলি এমন এন্ট্রিগুলি খুঁজে বের করে যা অনুসন্ধান শব্দটি স্পষ্টভাবে উল্লেখ নাও করতে পারে তবে এখনও প্রাসঙ্গিক। এই পদ্ধতির একটি অসুবিধা হ 'ল যে ফলাফলগুলি ফেরত দেওয়া হয় সেগুলি তাদের উৎপত্তির ডাটাবেসের বিন্যাসে আসে এবং তাই সরাসরি তুলনা করা কঠিন হতে পারে। আরেকটি সমস্যা হল ট্যাগিং এবং অনুসন্ধানে ব্যবহৃত শব্দগুলি কখনও কখনও অস্পষ্ট হতে পারে এবং ফলাফলের মধ্যে বিভ্রান্তি সৃষ্টি করতে পারে। উপরন্তু, শব্দার্থিক ওয়েব পদ্ধতিকে এখনও একটি উদীয়মান প্রযুক্তি হিসাবে বিবেচনা করা হয় এবং এই সময়ে এটি ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয় না। বায়োমেডিকাল সায়েন্সে অ্যান্টোলজি-ভিত্তিক অনুসন্ধানের বর্তমান প্রয়োগগুলির মধ্যে একটি হল গোপাবমেড, যা বৈজ্ঞানিক সাহিত্যের পাবমেড ডাটাবেস অনুসন্ধান করে। অন্টোলজির আরেকটি ব্যবহার হল সুইসপ্রোট, এনসেম্বল এবং ট্রাইএমবিএল-এর মতো ডেটাবেসের মধ্যে, যা অনুসন্ধান শব্দটির সাথে সম্পর্কিত ট্যাগগুলির জন্য মানব প্রোটিওম-সম্পর্কিত ডেটার স্টোরগুলির মাধ্যমে অনুসন্ধান করতে এই প্রযুক্তিটি ব্যবহার করে। এই ক্ষেত্রে কিছু গবেষণা নতুন এবং নির্দিষ্ট সত্তাতত্ত্ব তৈরির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করেছে। অন্যান্য গবেষকরা বিদ্যমান অন্টোলজির ফলাফল যাচাই করার জন্য কাজ করেছেন। একটি নির্দিষ্ট উদাহরণে, ভার্সচেল্ডে এবং অন্যান্যদের লক্ষ্য। বিভিন্ন সত্ত্বত্ত্ব গ্রন্থাগারকে একটি বৃহত্তর গ্রন্থাগারে একীভূত করা হয়েছিল যাতে বিভিন্ন উপ-বিশেষত্বের (চিকিৎসা, আণবিক জৈবিক, ইত্যাদি) আরও সংজ্ঞা ছিল। এবং দ্ব্যর্থহীন ট্যাগগুলির মধ্যে পার্থক্য করতে সক্ষম হয়েছিল; ফলাফলটি ছিল একটি ডেটা-ওয়্যারহাউসের মতো প্রভাব, যা অনটোলজি ব্যবহারের মাধ্যমে একাধিক ডাটাবেসে সহজেই অ্যাক্সেস করতে পারে। একটি পৃথক প্রকল্পে, বার্টেন্স এবং অন্যান্যরা। জেনেরিক অঙ্গগুলির একটি অভিনব কাঠামো সত্ত্ববিজ্ঞানের উপর তিনটি সত্ত্ববিজ্ঞানের (শারীরবিদ্যা এবং মডেল জীবের বিকাশের জন্য) একটি জাল নির্মাণ করা হয়েছে। উদাহরণস্বরূপ, এই সত্ত্ববিজ্ঞানে 'হৃদয়' অনুসন্ধানের ফলাফলগুলি প্রতিটি মেরুদণ্ডী প্রজাতির জন্য হৃৎপিণ্ডের পরিকল্পনা ফিরিয়ে দেবে যার সত্ত্ববিদ্যা অন্তর্ভুক্ত ছিল। এই প্রকল্পের ঘোষিত লক্ষ্য হল তুলনামূলক ও বিবর্তনীয় অধ্যয়নের সুবিধা প্রদান করা। ডেটা গুদামজাতকরণের পদ্ধতি ডেটা গুদামজাতকরণ কৌশলে, বিভিন্ন উৎস থেকে ডেটা বের করা হয় এবং একটি একক ডাটাবেসে সংহত করা হয়। উদাহরণস্বরূপ, জৈবিক ব্যবস্থায় জৈবিক অন্তর্দৃষ্টি প্রদানের জন্য বিভিন্ন 'ওমিকস' ডেটাসেটকে সংহত করা যেতে পারে। উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে জিনোমিক্স, ট্রান্সক্রিপ্টোমিক্স, প্রোটিওমিক্স, ইন্টারেক্টোমিক্স, মেটাবোলোমিক্স থেকে প্রাপ্ত তথ্য। আদর্শভাবে, এই উৎসগুলির পরিবর্তনগুলি নিয়মিতভাবে সমন্বিত ডাটাবেসের সাথে সিঙ্ক্রোনাইজ করা হয়। তথ্যগুলি ব্যবহারকারীদের কাছে একটি সাধারণ বিন্যাসে উপস্থাপন করা হয়। এই ধরনের গুদাম তৈরিতে সহায়তা করার লক্ষ্যে অনেক কর্মসূচি অত্যন্ত বহুমুখীভাবে তৈরি করা হয়েছে যাতে সেগুলি বিভিন্ন গবেষণা প্রকল্পে বাস্তবায়িত হতে পারে। এই পদ্ধতির একটি সুবিধা হল একটি অভিন্ন স্কিমা ব্যবহার করে একক স্থানে বিশ্লেষণের জন্য তথ্য পাওয়া যায়। কিছু অসুবিধা হ 'ল ডেটাসেটগুলি প্রায়শই বিশাল এবং আপ টু ডেট রাখা কঠিন। এই পদ্ধতির আরেকটি সমস্যা হল এই ধরনের গুদামঘর সংকলন করা ব্যয়বহুল। প্রোটিওমিক্স স্ট্যান্ডার্ড ইনিশিয়েটিভ (পি. এস. আই)-এর মতো গোষ্ঠীগুলির প্রভাবের কারণে বিভিন্ন ধরনের তথ্যের জন্য মানসম্মত বিন্যাস (যেমনঃ প্রোটিন তথ্য) এখন উদ্ভূত হচ্ছে। কিছু ডেটা গুদামজাতকরণ প্রকল্পে এমনকি এই নতুন বিন্যাসগুলির মধ্যে একটিতে ডেটা জমা দেওয়ার প্রয়োজন হয়। অন্যান্য পদ্ধতি ডেটা মাইনিং বিদ্যমান ডেটাতে নিদর্শন অনুসন্ধানের জন্য পরিসংখ্যানগত পদ্ধতি ব্যবহার করে। এই পদ্ধতিটি সাধারণত অনেকগুলি প্যাটার্ন প্রদান করে, যার মধ্যে কিছু জাল এবং কিছু তাৎপর্যপূর্ণ, তবে প্রোগ্রামটি যে সমস্ত প্যাটার্ন খুঁজে পায় সেগুলি অবশ্যই পৃথকভাবে মূল্যায়ন করতে হবে। বর্তমানে, কিছু গবেষণা বিদ্যমান ডেটা মাইনিং কৌশলগুলিকে অভিনব প্যাটার্ন বিশ্লেষণ পদ্ধতির সাথে অন্তর্ভুক্ত করার উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে যা প্রাথমিক প্রোগ্রাম দ্বারা পাওয়া প্রতিটি প্যাটার্নের উপর সময় ব্যয় করার প্রয়োজনীয়তা হ্রাস করে, তবে পরিবর্তে, প্রাসঙ্গিকতার উচ্চ সম্ভাবনা সহ কয়েকটি ফলাফল প্রদান করে। এই পদ্ধতির একটি ত্রুটি হ 'ল এটি একাধিক ডেটাবেসকে সংহত করে না, যার অর্থ হল ডেটাবেসগুলির মধ্যে তুলনা করা সম্ভব নয়। এই পদ্ধতির প্রধান সুবিধা হল যে এটি নতুন অনুমানের প্রজন্মকে পরীক্ষা করার অনুমতি দেয়। আরও দেখুন বায়োলজিক্যাল ডাটাবেস বায়োলজিক্যাল ডেটা ভিজ্যুয়ালাইজেশন ইন্টারমাইন-একটি ওপেন সোর্স বায়োলজিক্যাল ডেটা গুদাম সিস্টেম রেফারেন্স এক্সটার্নাল লিঙ্ক জার্নাল অফ ইন্টিগ্রেটিভ বায়োইনফরম্যাটিক্স আইএমবিও গোপাবমেড বিএমসি বায়োইনফরম্যাটিক্স নেদারল্যান্ডস বায়োইনফরম্যাটিক্স সেন্টার বায়োইনফরম্যাটিক্স