Allele-specific oligonucleotide
একটি অ্যালিল-নির্দিষ্ট অলিগোনিউক্লিওটাইড (এ. এস. ও) হল একটি পরিবর্তনশীল লক্ষ্য ডি. এন. এ-র ক্রমের পরিপূরক সিন্থেটিক ডি. এন. এ-র একটি ছোট অংশ। এটি একটি সাউদার্ন ব্লট অ্যাসেতে বা আরও সাধারণভাবে, সহজ ডট ব্লট অ্যাসেতে লক্ষ্যের উপস্থিতির জন্য একটি তদন্ত হিসাবে কাজ করে। এটি জেনেটিক টেস্টিং, ফরেনসিক এবং আণবিক জীববিজ্ঞান গবেষণায় ব্যবহৃত একটি সাধারণ সরঞ্জাম। একটি এ. এস. ও সাধারণত দৈর্ঘ্যে <আই. ডি1> নিউক্লিওটাইড ক্ষারের একটি অলিগোনিউক্লিওটাইড। এটি এমনভাবে ডিজাইন করা হয়েছে (এবং ব্যবহার করা হয়েছে) যা ডিএনএ পরীক্ষার শুধুমাত্র একটি সংস্করণ বা অ্যালিলের জন্য নির্দিষ্ট করে তোলে। এ. এস. ও-এর দৈর্ঘ্য, যে স্ট্র্যান্ড থেকে এটি বেছে নেওয়া হয়েছে, এবং যে শর্তে এটি লক্ষ্য ডি. এন. এ-র সাথে আবদ্ধ (এবং ধুয়ে ফেলা হয়েছে) তার নির্দিষ্টতায় একটি ভূমিকা পালন করে। এই অনুসন্ধানগুলি সাধারণত লক্ষ্যের জিনগত অনুক্রমের মধ্যে 1 বেসের মতো সামান্য পার্থক্য সনাক্ত করার জন্য ডিজাইন করা যেতে পারে, একক-নিউক্লিওটাইড পলিমরফিজমের (এসএনপি) মূল্যায়নের একটি মৌলিক ক্ষমতা, জিনোটাইপ বিশ্লেষণ এবং হিউম্যান জিনোম প্রকল্পে গুরুত্বপূর্ণ। এটি তার লক্ষ্যে আবদ্ধ হওয়ার পরে সনাক্ত করার জন্য, এ. এস. ও-কে অবশ্যই একটি তেজস্ক্রিয়, এনজাইম্যাটিক বা ফ্লুরোসেন্ট ট্যাগ দিয়ে চিহ্নিত করতে হবে। ইলুমিনা মিথাইলেশন অ্যাসে প্রযুক্তি একটি নির্দিষ্ট সিপিজি সাইটে মিথাইলেশন পরিমাপ করতে একটি বেস পেয়ার পার্থক্য (সাইটোসিন বনাম থাইমিন) সনাক্ত করতে এএসও-এর সুবিধা নেয়। উদাহরণ মানব রোগ সিকল সেল অ্যানিমিয়া রক্তের প্রোটিন বিটা-হিমোগ্লোবিনের ষষ্ঠ অ্যামিনো অ্যাসিডের জন্য কোডনে একটি জেনেটিক মিউটেশনের কারণে ঘটে। অ্যামিনো অ্যাসিড গ্লুটামেটের জন্য সাধারণ ডিএনএ সিকোয়েন্স জি-এ-জি কোড, যখন মিউটেশনটি মাঝের অ্যাডেনিনকে একটি থাইমাইনে পরিবর্তন করে, যার ফলে ক্রম জি-টি-জি (এমআরএনএতে জি-ইউ-জি) হয়। এই পরিবর্তিত ক্রমটি একটি ভ্যালাইনকে চূড়ান্ত প্রোটিনে প্রতিস্থাপন করে, এর কাঠামোকে বিকৃত করে। ডিএনএ নমুনায় মিউটেশনের উপস্থিতি পরীক্ষা করার জন্য, একটি এ. এস. ও প্রোব সংশ্লেষিত করা হবে পরিবর্তিত ক্রমের পরিপূরক হিসাবে, এখানে "এস" হিসাবে লেবেল করা হয়েছে। একটি নিয়ন্ত্রণ হিসাবে, স্বাভাবিক ক্রম "এ"-এর জন্য আরেকটি এ. এস. ও সংশ্লেষিত করা হবে। প্রতিটি এ. এস. ও তার লক্ষ্য অনুক্রমের সম্পূর্ণ পরিপূরক (এবং দৃঢ়ভাবে আবদ্ধ হবে), তবে তার লক্ষ্যহীন অ্যালিলের (দুর্বল মিথস্ক্রিয়ার দিকে পরিচালিত করে) বিরুদ্ধে একটি একক মিল নেই। প্রথম চিত্রটি দেখায় যে কীভাবে "এস" প্রোবটি "এস" লক্ষ্যের (উপরে) সম্পূর্ণ পরিপূরক, তবে "এ" লক্ষ্যের (নীচে) সাথে আংশিকভাবে মেলে না। নমুনা ডিএনএ (গুলি)-তে বিটা-হিমোগ্লোবিন জিনের একটি অংশ পিসিআর দ্বারা পরিবর্ধিত হবে এবং ফলস্বরূপ পণ্যগুলি ডট ব্লট হিসাবে সমর্থন ঝিল্লির প্রতিলিপিতে প্রয়োগ করা হবে। নমুনার ডি. এন. এ স্ট্র্যান্ডগুলি ক্ষার দিয়ে পৃথক করা হয় এবং প্রতিটি এ. এস. ও প্রোব একটি ভিন্ন ব্লটে প্রয়োগ করা হয়। সংকরকরণের পরে, একটি ধোয়ার প্রোটোকল ব্যবহার করা হয় যা সম্পূর্ণ পরিপূরক এবং মিলহীন সংকরগুলির মধ্যে পার্থক্য করতে পারে। মেলে না এমন এএসওগুলি দাগ থেকে ধুয়ে ফেলা হয়, এবং মিলে যাওয়া এএসওগুলি (এবং তাদের লেবেলগুলি) থেকে যায়। দ্বিতীয় রেখাচিত্রে, দুটি ব্লটের প্রত্যেকটিতে পরিবর্ধিত ডি. এন. এ-র ছয়টি নমুনা প্রয়োগ করা হয়েছে। ধোয়ার পরে যে এএসও লেবেলটি অবশিষ্ট থাকে তা সনাক্তকরণ নমুনাগুলির জিনোটাইপের সরাসরি পাঠের অনুমতি দেয়, প্রতিটি বিটা-হিমোগ্লোবিন জিনের দুটি অনুলিপি সহ। নমুনা 1 এবং 4-এ শুধুমাত্র স্বাভাবিক "এ" অ্যালিল থাকে, যেখানে নমুনা 3 এবং 5-এ "এ" এবং "এস" অ্যালিল উভয়ই থাকে (এবং তাই এই অপ্রতিরোধ্য পরিবর্তনের হেটেরোজাইগাস বাহক)। নমুনা 2 এবং 6-এ শুধুমাত্র "এস" অ্যালিল রয়েছে এবং তারা এই রোগে আক্রান্ত হবে। দেখানো 'ক্রস হাইব্রিডাইজেশন'-এর সামান্য পরিমাণ সাধারণ, এবং চূড়ান্ত ফলাফলগুলি ব্যাখ্যা করার প্রক্রিয়াতে বিবেচনা করা হয়। বিকল্প এএসও বিশ্লেষণ জেনেটিক পলিমরফিজম সনাক্ত করতে ব্যবহৃত পদ্ধতিগুলির মধ্যে একটি। ডাইরেক্ট ডিএনএ সিকোয়েন্সিং প্রাথমিকভাবে মিউটেশন চিহ্নিত করতে ব্যবহৃত হয়, তবে রুটিন স্ক্রিনিংয়ের জন্য এটি খুব শ্রমসাধ্য। একটি পূর্ববর্তী পদ্ধতি, রিস্ট্রিকশন ফ্র্যাগমেন্ট লেন্থ পলিমরফিজম (আর. এফ. এল. পি)-এর জন্য ক্রম পরিবর্তন আগে থেকে জানার প্রয়োজন ছিল না, তবে প্রয়োজন ছিল যে রূপান্তরটি একটি রিস্ট্রিকশন এনজাইমের ক্লিভেজ সাইটকে প্রভাবিত করে। আরএফএলপি পরীক্ষাটি অলিগোনিউক্লিওটাইড প্রোবের ব্যবহারের জন্য সংক্ষিপ্তভাবে অভিযোজিত হয়েছিল, তবে এই কৌশলটি দ্রুত পলিমারেজ চেইন রিঅ্যাকশন (পিসিআর) পরিবর্ধিত ডিএনএর এএসও বিশ্লেষণ দ্বারা প্রতিস্থাপিত হয়েছিল। পিসিআর কৌশলটি নিজেই অ্যালিল-নির্দিষ্ট পিসিআর হিসাবে পলিমরফিজম সনাক্ত করার জন্য অভিযোজিত হয়েছে। যাইহোক, সম্মিলিত পিসিআর/এএসও পদ্ধতির সরলতা এবং বহুমুখিতা অ-তেজস্ক্রিয় লেবেল সহ এবং একটি "বিপরীত বিন্দু দাগ" বিন্যাসে এর অব্যাহত ব্যবহারের দিকে পরিচালিত করেছে যেখানে এএসও প্রোবগুলি ঝিল্লির সাথে আবদ্ধ এবং পরিবর্ধিত নমুনা ডিএনএ সংকরকরণের জন্য ব্যবহৃত হয়। ক্যালিফোর্নিয়ার ডুয়ার্টে সিটি অফ হোপ ন্যাশনাল মেডিকেল সেন্টারে কর্মরত আর. ব্রুস ওয়ালেস জেনেটিক সিকোয়েন্স বৈচিত্র্যের জন্য নির্দিষ্ট অনুসন্ধান হিসাবে সিন্থেটিক অলিগোনিউক্লিওটাইডের ব্যবহারের পথপ্রদর্শক ছিলেন। 1979 সালে ওয়ালেস এবং তার সহকর্মীরা একটি একক-আটকে থাকা ব্যাকটেরিয়া ভাইরাসের বৈচিত্র্য সনাক্ত করতে এএসও প্রোবের ব্যবহারের কথা জানিয়েছিলেন এবং পরে মানব জিনের ক্লোন করার জন্য কৌশলটি প্রয়োগ করেছিলেন। 1983 এবং 1985 সালে ওয়ালেসের গবেষণাগার পুরো জিনোমিক ডি. এন. এ-র নমুনায় সিকল সেল অ্যানিমিয়ার জন্য মিউটেশন সনাক্ত করার কথা জানায়, যদিও এএসও দ্বারা বহন করা যেতে পারে এমন অল্প পরিমাণে লেবেলের কারণে এই প্রয়োগটি বাধাগ্রস্ত হয়েছিল। সৌভাগ্যবশত পি. সি. আর, ডি. এন. এ-র একটি নির্দিষ্ট অংশকে ব্যাপকভাবে প্রসারিত করার একটি পদ্ধতি, 1985 সালেও রিপোর্ট করা হয়েছিল। এক বছরেরও কম সময়ের মধ্যে পিসিআরকে এ. এস. ও বিশ্লেষণের সঙ্গে যুক্ত করা হয়। এই সংমিশ্রণটি এ. এস. ও লেবেলিং-এর সমস্যার সমাধান করে, কারণ লক্ষ্য ডি. এন. এ-র পরিমাণ এক মিলিয়ন গুণেরও বেশি বৃদ্ধি করা যেতে পারে। এছাড়াও, পিসিআর প্রক্রিয়ার নির্দিষ্টতা নিজেই এএসও প্রোবের সাথে যুক্ত করা যেতে পারে, যা লক্ষ্যহীন ক্রমের সাথে এএসওর জাল বাঁধাইয়ের সমস্যাকে ব্যাপকভাবে হ্রাস করে। সংমিশ্রণটি এতটাই নির্দিষ্ট ছিল যে এটি একটি সাধারণ ডট ব্লটে ব্যবহার করা যেতে পারে, শ্রমসাধ্য এবং অদক্ষ সাউদার্ন ব্লট পদ্ধতি এড়িয়ে। একাধিক মায়েলোমার মতো রক্তের ক্যান্সারে ন্যূনতম অবশিষ্ট রোগ সনাক্ত করতে এ. এস. ও-পি. সি. আর-এর অন্যান্য ব্যবহারও ব্যবহার করা যেতে পারে। তথ্যসূত্র বাইরের লিঙ্ক এএসও অটোরেডিওগ্রামের ছবি ডিএনএ প্রোফাইলিং কৌশল আণবিক জীববিজ্ঞান পরীক্ষাগার কৌশল আণবিক জীববিজ্ঞান কৌশল