Rosetta@home
Rosetta@home হল বেকার ল্যাব দ্বারা পরিচালিত বার্কলে ওপেন ইনফ্রাস্ট্রাকচার ফর নেটওয়ার্ক কম্পিউটিং (বিওআইএনসি) প্ল্যাটফর্মে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস নিয়ে গবেষণা করা একটি স্বেচ্ছাসেবী কম্পিউটিং প্রকল্প। Rosetta@home-এর লক্ষ্য হল 19শে সেপ্টেম্বর, 2020 পর্যন্ত গড়ে 487,946 গিগাফ্লপ-এ প্রায় পঞ্চাশ হাজার সক্রিয় স্বেচ্ছাসেবী কম্পিউটার প্রক্রিয়াকরণের সাহায্যে প্রোটিন-প্রোটিন ডকিংয়ের পূর্বাভাস দেওয়া এবং নতুন প্রোটিন ডিজাইন করা। ফোল্ডিট, একটি Rosetta@home ভিডিও গেম, একটি ক্রাউডসোর্সিং পদ্ধতির মাধ্যমে এই লক্ষ্যগুলিতে পৌঁছানোর লক্ষ্য রাখে। যদিও প্রকল্পের বেশিরভাগ অংশ প্রোটিওমিক্স পদ্ধতির নির্ভুলতা এবং দৃust়তা উন্নত করার জন্য মৌলিক গবেষণার দিকে দৃষ্টি নিবদ্ধ করা হয়েছে, Rosetta@home ম্যালেরিয়া, আলঝাইমার রোগ এবং অন্যান্য প্যাথোলজির উপর প্রয়োগমূলক গবেষণাও করে। সমস্ত বি. ও. আই. এন. সি প্রকল্পের মতো, <আই. ডি1> স্বেচ্ছাসেবকদের কম্পিউটার থেকে নিষ্ক্রিয় কম্পিউটার প্রক্রিয়াকরণ সংস্থানগুলি ব্যবহার করে পৃথক পৃথক ওয়ার্কইনিটগুলিতে গণনা সম্পাদন করে। সম্পূর্ণ ফলাফলগুলি একটি কেন্দ্রীয় প্রকল্প সার্ভারে পাঠানো হয় যেখানে সেগুলি বৈধ করা হয় এবং প্রকল্প ডাটাবেসে একীভূত করা হয়। প্রকল্পটি ক্রস-প্ল্যাটফর্ম এবং বিভিন্ন ধরনের হার্ডওয়্যার কনফিগারেশনে চলে। ব্যবহারকারীরা Rosetta@home স্ক্রিনসেভারে তাদের পৃথক প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের অগ্রগতি দেখতে পারেন। রোগ-সম্পর্কিত গবেষণার পাশাপাশি, Rosetta@home নেটওয়ার্ক কাঠামোগত বায়োইনফরমেটিক্সের নতুন পদ্ধতির জন্য একটি পরীক্ষার কাঠামো হিসাবে কাজ করে। এই ধরনের পদ্ধতিগুলি পরে অন্যান্য রোসেটা-ভিত্তিক অ্যাপ্লিকেশনগুলিতে ব্যবহার করা হয়, যেমন রোসেটাডক বা হিউম্যান প্রোটিওম ফোল্ডিং প্রজেক্ট এবং মাইক্রোবায়োম ইমিউনিটি প্রজেক্ট, Rosetta@home এর স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটারের বড় এবং বৈচিত্র্যময় সেটে যথেষ্ট উন্নত এবং স্থিতিশীল প্রমাণিত হওয়ার পরে। Rosetta@home-এ বিকশিত নতুন পদ্ধতির জন্য দুটি বিশেষভাবে গুরুত্বপূর্ণ পরীক্ষা হল প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাসের জন্য কৌশলগুলির সমালোচনামূলক মূল্যায়ন (সিএএসপি) এবং মিথস্ক্রিয়ার পূর্বাভাসের সমালোচনামূলক মূল্যায়ন (সিএপিআরআই) পরীক্ষা-নিরীক্ষা, দ্বিবার্ষিক পরীক্ষা যা যথাক্রমে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস এবং প্রোটিন-প্রোটিন ডকিং পূর্বাভাসের ক্ষেত্রে শিল্পের অবস্থার মূল্যায়ন করে। রোসেটা ধারাবাহিকভাবে শীর্ষস্থানীয় ডকিং ভবিষ্যদ্বাণীকারীদের মধ্যে স্থান করে নিয়েছে এবং উপলব্ধ সেরা তৃতীয় কাঠামো ভবিষ্যদ্বাণীকারীদের মধ্যে একটি। SARS-CoV-2 দ্বারা সৃষ্ট COVID-19 মহামারীর বিরুদ্ধে লড়াইয়ে অংশ নিতে আগ্রহী নতুন ব্যবহারকারীদের আগমনের সাথে, Rosetta@home 28শে মার্চ, 2020 পর্যন্ত তার কম্পিউটিং শক্তি 1.7 পেটাফ্লপ পর্যন্ত বৃদ্ধি করেছে। 2020 সালের 9ই সেপ্টেম্বর, গবেষকরা সারস-কোভ-2-এর বিরুদ্ধে 10টি শক্তিশালী অ্যান্টিভাইরাল প্রার্থীকে বর্ণনা করে একটি গবেষণাপত্র প্রকাশ করেন। Rosetta@home এই গবেষণায় অবদান রেখেছে এবং এই অ্যান্টিভাইরাল প্রার্থীরা প্রথম পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়ালের দিকে এগিয়ে চলেছে, যা 2022 সালের প্রথম দিকে শুরু হতে পারে। Rosetta@home দলের মতে, রোজেটা স্বেচ্ছাসেবকরা একটি ন্যানোপার্টিকাল ভ্যাকসিনের বিকাশে অবদান রেখেছেন। এই টিকাটি লাইসেন্সপ্রাপ্ত এবং আইকোসাভ্যাক্স দ্বারা আইভিএক্স-411 নামে পরিচিত, যা 2021 সালের জুনে প্রথম/দ্বিতীয় পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়াল শুরু করে এবং জিবিপি510 যা এসকে বায়োসাইন্স দ্বারা তৈরি করা হচ্ছে এবং ইতিমধ্যে দক্ষিণ কোরিয়ায় তৃতীয় পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়ালের জন্য অনুমোদিত। এনএল-201, একটি ক্যান্সার ড্রাগ প্রার্থী যা প্রথম প্রোটিন ডিজাইন ইনস্টিটিউটে (আইপিডি) তৈরি করা হয়েছিল এবং 2019 সালের জানুয়ারিতে একটি গবেষণাপত্রে প্রকাশিত হয়েছিল, 2021 সালের মে মাসে নিওলুকিন থেরাপিউটিক্সের সহায়তায় একটি ফেজ 1 হিউম্যান ক্লিনিকাল ট্রায়াল শুরু করে, যা নিজেই আইপিডি থেকে একটি স্পিন-অফ। Rosetta@home এনএল-201-এর বিকাশে একটি ভূমিকা পালন করেছিল এবং "ফরওয়ার্ড ফোল্ডিং" পরীক্ষায় অবদান রেখেছিল যা প্রোটিন ডিজাইনগুলিকে বৈধ করতে সহায়তা করেছিল। কম্পিউটিং প্ল্যাটফর্ম Rosetta@home অ্যাপ্লিকেশন এবং বিওআইএনসি স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটিং প্ল্যাটফর্ম অপারেটিং সিস্টেম উইন্ডোজ, লিনাক্স এবং ম্যাকোসের জন্য উপলব্ধ; বিওআইএনসি আরও বেশ কয়েকটি ক্ষেত্রেও চলে, যেমন, ফ্রিবিএসডি। Rosetta@home-এ অংশগ্রহণের জন্য কমপক্ষে 500 মেগাহার্টজ ঘড়ি গতি, 200 মেগাবাইট মুক্ত ডিস্ক স্থান, 512 মেগাবাইট শারীরিক মেমরি এবং ইন্টারনেট সংযোগ সহ একটি কেন্দ্রীয় প্রক্রিয়াকরণ ইউনিট (সিপিইউ) প্রয়োজন। 20শে জুলাই, 2016 পর্যন্ত, রোসেটা মিনি অ্যাপ্লিকেশনের বর্তমান সংস্করণ হল 3.73। বর্তমান প্রস্তাবিত বি. ও. আই. এন. সি প্রোগ্রাম সংস্করণ হল <আই. ডি1>। স্ট্যান্ডার্ড হাইপারটেক্সট ট্রান্সফার প্রোটোকল (এইচটিটিপি) (পোর্ট 80) ব্যবহারকারীর বিওআইএনসি ক্লায়েন্ট এবং ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ের Rosetta@home সার্ভারের মধ্যে যোগাযোগের জন্য ব্যবহৃত হয়; এইচটিটিপিএস (পোর্ট 443) পাসওয়ার্ড বিনিময়ের সময় ব্যবহৃত হয়। বি. ও. আই. এন. সি ক্লায়েন্টের রিমোট এবং স্থানীয় নিয়ন্ত্রণ পোর্ট 31416 এবং পোর্ট 1043 ব্যবহার করে, যা যদি ফায়ারওয়ালের পিছনে থাকে তবে বিশেষভাবে আনব্লক করার প্রয়োজন হতে পারে। পৃথক প্রোটিনের তথ্য সম্বলিত ওয়ার্ক ইউনিটগুলি ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ের বেকার ল্যাবে অবস্থিত সার্ভারগুলি থেকে স্বেচ্ছাসেবকদের কম্পিউটারে বিতরণ করা হয়, যা তারপর নির্ধারিত প্রোটিনের জন্য একটি কাঠামোর পূর্বাভাস গণনা করে। একটি প্রদত্ত প্রোটিনের উপর ডুপ্লিকেট কাঠামোর ভবিষ্যদ্বাণী এড়াতে, প্রতিটি ওয়ার্কইউনিট একটি এলোমেলো বীজ নম্বর দিয়ে শুরু করা হয়। এটি প্রতিটি ভবিষ্যদ্বাণীকে প্রোটিনের শক্তি ল্যান্ডস্কেপ বরাবর অবতরণের একটি অনন্য গতিপথ দেয়। Rosetta@home থেকে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস একটি প্রদত্ত প্রোটিনের শক্তির প্রাকৃতিক দৃশ্যে বিশ্বব্যাপী ন্যূনতমের আনুমানিক। সেই বৈশ্বিক ন্যূনতমটি প্রোটিনের সবচেয়ে সক্রিয়ভাবে অনুকূল গঠনকে প্রতিনিধিত্ব করে, অর্থাৎ, তার স্থানীয় অবস্থা। Rosetta@home গ্রাফিকাল ইউজার ইন্টারফেসের (GUI) একটি প্রাথমিক বৈশিষ্ট্য হল একটি স্ক্রিনসেভার যা সিমুলেটেড প্রোটিন ভাঁজ প্রক্রিয়া চলাকালীন একটি বর্তমান ওয়ার্কইউনিটের অগ্রগতি দেখায়। বর্তমান স্ক্রিনসেভারের উপরের-বামে, লক্ষ্য প্রোটিনটিকে সর্বনিম্ন শক্তি কাঠামোর সন্ধানে বিভিন্ন আকার (গঠন) গ্রহণ করতে দেখানো হয়েছে। ডানদিকে অবিলম্বে চিত্রিত করা হয়েছে সাম্প্রতিকতম স্বীকৃত কাঠামো। উপরের ডানদিকে বর্তমান ডিকয়ের সর্বনিম্ন শক্তি গঠন দেখানো হয়েছে; নীচে প্রোটিনের সত্য, বা স্থানীয়, কাঠামো যদি এটি ইতিমধ্যে নির্ধারিত হয়ে থাকে। স্ক্রিনসেভারে তিনটি গ্রাফ অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। মাঝখানে, গৃহীত মডেলের তাপগতিবিদ্যার মুক্ত শক্তির জন্য একটি গ্রাফ প্রদর্শিত হয়, যা গৃহীত মডেল পরিবর্তনের সাথে সাথে ওঠানামা করে। গৃহীত মডেলের মূল-অর্থ-বর্গ বিচ্যুতির (আর. এম. এস. ডি) একটি গ্রাফ, যা পরিমাপ করে যে গৃহীত মডেলটি কাঠামোগতভাবে নেটিভ মডেলের সাথে কতটা সাদৃশ্যপূর্ণ, ডানদিকে দেখানো হয়েছে। গৃহীত শক্তি গ্রাফের ডানদিকে এবং আর. এম. এস. ডি গ্রাফের নীচে, এই দুটি ফাংশনের ফলাফল একটি শক্তি বনাম আর. এম. এস. ডি প্লট তৈরি করতে ব্যবহৃত হয় কারণ মডেলটি ক্রমান্বয়ে পরিমার্জিত হয়। সমস্ত বিওআইএনসি প্রকল্পের মতো, Rosetta@home ব্যবহারকারীর কম্পিউটারের পটভূমিতে চলে, নিষ্ক্রিয় কম্পিউটার শক্তি ব্যবহার করে, হোস্ট অপারেটিং সিস্টেমে কোনও অ্যাকাউন্টে লগ ইন করার আগে বা আগে। প্রোগ্রামটি সিপিইউ থেকে অন্যান্য অ্যাপ্লিকেশনের মতো সম্পদ মুক্ত করে যাতে সাধারণ কম্পিউটারের ব্যবহার প্রভাবিত না হয়। ব্যবহারকারীর অ্যাকাউন্ট পছন্দগুলির মাধ্যমে অনেক প্রোগ্রাম সেটিংস নির্দিষ্ট করা যেতে পারে, যার মধ্যে রয়েছেঃ প্রোগ্রামটি ব্যবহার করতে পারে এমন সিপিইউ সংস্থানগুলির সর্বাধিক শতাংশ (টেকসই ক্ষমতায় চলমান কম্পিউটার থেকে বিদ্যুৎ খরচ বা তাপ উৎপাদন নিয়ন্ত্রণ করতে), দিনের যে সময় প্রোগ্রামটি চলতে পারে এবং আরও অনেক কিছু। প্রকল্পের তাৎপর্য জিনোম সিকোয়েন্সিং প্রকল্পের বিস্তারের সাথে সাথে বিজ্ঞানীরা কোষের মধ্যে কাজ করে এমন অনেক প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স বা প্রাথমিক কাঠামো অনুমান করতে পারেন। একটি প্রোটিনের কার্যকারিতা এবং যুক্তিসঙ্গত ওষুধের নকশায় সহায়তা আরও ভালভাবে বোঝার জন্য, বিজ্ঞানীদের প্রোটিনের ত্রিমাত্রিক তৃতীয় কাঠামো জানতে হবে। প্রোটিন থ্রিডি কাঠামো বর্তমানে এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি বা নিউক্লিয়ার চৌম্বকীয় অনুরণন (এন. এম. আর) স্পেকট্রোস্কোপির মাধ্যমে পরীক্ষামূলকভাবে নির্ধারণ করা হয়। প্রক্রিয়াটি ধীর (প্রথমবারের জন্য একটি প্রোটিনকে স্ফটিকায়িত করতে কয়েক সপ্তাহ বা এমনকি মাসও লাগতে পারে) এবং ব্যয়বহুল (প্রতি প্রোটিন প্রায় 100,000 মার্কিন ডলার)। দুর্ভাগ্যবশত, যে হারে নতুন ক্রমগুলি আবিষ্কৃত হয় তা কাঠামো নির্ধারণের হারকে ছাড়িয়ে গেছে-ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (এনসিবিআই) নন-রিডান্ড্যান্ট (এনআর) প্রোটিন ডাটাবেসে উপলব্ধ 7,400,000 প্রোটিন ক্রমের মধ্যে, 52,000-এরও কম প্রোটিনের 3ডি কাঠামো সমাধান করা হয়েছে এবং প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্কে জমা করা হয়েছে, যা প্রোটিন সম্পর্কিত কাঠামোগত তথ্যের প্রধান ভাণ্ডার। Rosetta@home-এর অন্যতম প্রধান লক্ষ্য হল বিদ্যমান পদ্ধতির মতো একই নির্ভুলতার সাথে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস দেওয়া, তবে এমনভাবে যাতে উল্লেখযোগ্যভাবে কম সময় এবং অর্থের প্রয়োজন হয়। Rosetta@home মেমব্রেন প্রোটিনের কাঠামো এবং ডকিং নির্ধারণের পদ্ধতিও তৈরি করে (যেমন, জি প্রোটিন-কাপল্ড রিসেপ্টর (জিপিসিআর)), যা এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফি এবং এনএমআর স্পেকট্রোস্কোপির মতো ঐতিহ্যবাহী কৌশলগুলির সাথে বিশ্লেষণ করা ব্যতিক্রমীভাবে কঠিন, তবুও আধুনিক ওষুধের বেশিরভাগ লক্ষ্যকে উপস্থাপন করে। প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের অগ্রগতি প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের জন্য কৌশলগুলির দ্বিবার্ষিক সমালোচনামূলক মূল্যায়ন (সিএএসপি) পরীক্ষায় মূল্যায়ন করা হয়, যেখানে সারা বিশ্বের গবেষকরা প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিড ক্রম থেকে একটি প্রোটিনের কাঠামো বের করার চেষ্টা করেন। এই কখনও কখনও প্রতিযোগিতামূলক পরীক্ষায় উচ্চ স্কোরিং গোষ্ঠীগুলিকে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের ক্ষেত্রে শিল্পের অবস্থা কী তার প্রকৃত মান-বাহক হিসাবে বিবেচনা করা হয়। রোসেটা, যে প্রোগ্রামের উপর Rosetta@home ভিত্তি করে, 2002 সালে CASP5 থেকে ব্যবহার করা হচ্ছে। 2004 সালের সিএএসপি6 পরীক্ষায়, রোসেটা প্রথম সিএএসপি লক্ষ্য টি0281-এর জন্য জমা দেওয়া মডেলে পারমাণবিক-স্তরের রেজোলিউশনের কাছাকাছি, এবি ইনিশিও প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস তৈরি করে ইতিহাস তৈরি করে। এবি ইনিশিও মডেলিংকে প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের একটি বিশেষভাবে কঠিন বিভাগ হিসাবে বিবেচনা করা হয়, কারণ এটি কাঠামোগত সমসংস্থান থেকে তথ্য ব্যবহার করে না এবং অবশ্যই ক্রম সমসংস্থান এবং প্রোটিনের মধ্যে শারীরিক মিথস্ক্রিয়া মডেলিং থেকে তথ্যের উপর নির্ভর করতে হবে। 2006 সাল থেকে সিএএসপি-তে Rosetta@home ব্যবহার করা হচ্ছে, যেখানে এটি সিএএসপি7-এ কাঠামোর পূর্বাভাসের প্রতিটি বিভাগে শীর্ষ ভবিষ্যদ্বাণীকারীদের মধ্যে ছিল। এই উচ্চমানের ভবিষ্যদ্বাণীগুলি Rosetta@home স্বেচ্ছাসেবকদের দ্বারা উপলব্ধ কম্পিউটিং শক্তি দ্বারা সক্ষম করা হয়েছিল। ক্রমবর্ধমান কম্পিউটিং শক্তি Rosetta@home-কে গঠন স্থানের আরও অঞ্চলগুলির নমুনা নেওয়ার অনুমতি দেয় (একটি প্রোটিন সম্ভাব্য আকার ধারণ করতে পারে), যা লেভিনথাল-এর প্যারাডক্স অনুসারে, প্রোটিনের দৈর্ঘ্যের সাথে তাত্পর্যপূর্ণভাবে বৃদ্ধি পাবে বলে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছে। রোসেটা প্রোটিন-প্রোটিন ডকিং পূর্বাভাসেও ব্যবহৃত হয়, যা একাধিক জটিল প্রোটিন বা কোয়াটারনারি কাঠামোর কাঠামো নির্ধারণ করে। এই ধরনের প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া অ্যান্টিজেন-অ্যান্টিবডি এবং এনজাইম-ইনহিবিটর বাইন্ডিং এবং সেলুলার আমদানি ও রপ্তানি সহ অনেক সেলুলার ফাংশনকে প্রভাবিত করে। ওষুধের নকশার জন্য এই মিথস্ক্রিয়াগুলি নির্ধারণ করা গুরুত্বপূর্ণ। রোসেটা ব্যবহার করা হয় ক্রিটিক্যাল অ্যাসেসমেন্ট অফ প্রেডিকশন অফ ইন্টারেকশনস (সিএপিআরআই) পরীক্ষায়, যা প্রোটিন ডকিং ক্ষেত্রের অবস্থা মূল্যায়ন করে যেমন সিএএসপি প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের অগ্রগতি পরিমাপ করে। Rosetta@home-এর প্রকল্প স্বেচ্ছাসেবকদের দ্বারা উপলব্ধ কম্পিউটিং শক্তি সিএপিআরআই 2007-এ রোজেটার পারফরম্যান্সের একটি প্রধান কারণ হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছে, যেখানে এর ডকিং ভবিষ্যদ্বাণীগুলি সবচেয়ে সঠিক এবং সম্পূর্ণ হয়েছে। 2008 সালের গোড়ার দিকে, রোজেটাকে গণনামূলকভাবে এমন একটি প্রোটিন ডিজাইন করতে ব্যবহার করা হয়েছিল যা প্রকৃতিতে আগে কখনও দেখা যায়নি। এটি আংশিকভাবে 2004 সালের একটি হাই-প্রোফাইল গবেষণাপত্রের প্রত্যাহার দ্বারা অনুপ্রাণিত হয়েছিল যা মূলত তার প্রাকৃতিক রূপের তুলনায় উন্নত এনজাইম্যাটিক ক্রিয়াকলাপ সহ একটি প্রোটিনের গণনামূলক নকশা বর্ণনা করেছিল। 2008 সালে ডেভিড বেকারের দলের গবেষণাপত্রে প্রোটিনটি কীভাবে তৈরি করা হয়েছিল তা বর্ণনা করা হয়েছে, যা এটি উপলব্ধ করা কম্পিউটিং সংস্থানগুলির জন্য Rosetta@home উদ্ধৃত করেছে, এই প্রোটিন নকশা পদ্ধতির ধারণার একটি গুরুত্বপূর্ণ প্রমাণ উপস্থাপন করেছে। এই ধরনের প্রোটিন নকশার ওষুধ আবিষ্কার, সবুজ রসায়ন এবং জৈব চিকিৎসায় ভবিষ্যতের প্রয়োগ থাকতে পারে। রোগ-সম্পর্কিত গবেষণা প্রোটিন কাঠামো, ডকিং এবং ডিজাইনের পূর্বাভাসের মৌলিক গবেষণার পাশাপাশি, Rosetta@home তাৎক্ষণিক রোগ-সম্পর্কিত গবেষণায়ও ব্যবহৃত হয়। ডেভিড বেকারের Rosetta@home জার্নালে অসংখ্য ছোটখাটো গবেষণা প্রকল্প বর্ণনা করা হয়েছে। 2014 সালের ফেব্রুয়ারি পর্যন্ত, সাম্প্রতিক প্রকাশনাগুলির তথ্য এবং কাজের একটি সংক্ষিপ্ত বিবরণ ফোরামে আপডেট করা হচ্ছে। ফোরামের সূত্রটি 2016 সাল থেকে আর ব্যবহার করা হচ্ছে না এবং গবেষণার খবর প্রকল্পের সাধারণ সংবাদ বিভাগে পাওয়া যাবে। আলঝেইমার রোগ রোজেটা সফ্টওয়্যার স্যুটের একটি উপাদান, রোজেটা ডিজাইন, সঠিকভাবে ভবিষ্যদ্বাণী করতে ব্যবহৃত হয়েছিল যে অ্যামাইলয়েডোজেনিক প্রোটিনের কোন অঞ্চলগুলি অ্যামাইলয়েডের মতো ফাইব্রিল তৈরি করতে পারে। একটি আগ্রহজনক প্রোটিনের হেক্সাপেপটাইড (ছয়টি অ্যামিনো অ্যাসিড-দীর্ঘ টুকরো) গ্রহণ করে এবং একটি পরিচিত ফাইব্রিল গঠনকারী হেক্সাপেপটাইডের অনুরূপ কাঠামোর সাথে সর্বনিম্ন শক্তির মিল নির্বাচন করে, রোসেটা ডিজাইন এলোমেলো প্রোটিনের তুলনায় দ্বিগুণ ফাইব্রিল গঠনের সম্ভাবনা পেপটাইডগুলি সনাক্ত করতে সক্ষম হয়েছিল। Rosetta@home একই গবেষণায় অ্যামাইলয়েড বিটার কাঠামোর পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য ব্যবহার করা হয়েছিল, একটি ফাইব্রিল-গঠনকারী প্রোটিন যা আলঝাইমার রোগের কারণ হিসাবে অনুমান করা হয়েছে। রোসেটা-ডিজাইন করা প্রোটিনের উপর প্রাথমিক কিন্তু এখনও অপ্রকাশিত ফলাফল তৈরি করা হয়েছে যা ফাইব্রিল গঠন প্রতিরোধ করতে পারে, যদিও এটি রোগ প্রতিরোধ করতে পারে কিনা তা অজানা। অ্যানথ্রাক্স রোসেটার আরেকটি উপাদান, রোসেটাডক, তিনটি প্রোটিন-মারাত্মক ফ্যাক্টর (এলএফ), এডিমা ফ্যাক্টর (ইএফ) এবং সুরক্ষামূলক অ্যান্টিজেন (পিএ)-এর মধ্যে মিথস্ক্রিয়া মডেল করার জন্য পরীক্ষামূলক পদ্ধতির সাথে ব্যবহার করা হয়েছিল যা অ্যানথ্রাক্স টক্সিন তৈরি করে। কম্পিউটার মডেলটি এলএফ এবং পিএ-র মধ্যে ডকিংয়ের সঠিক ভবিষ্যদ্বাণী করেছিল, যা এলএফ-পিএ কমপ্লেক্সে সংশ্লিষ্ট প্রোটিনের কোন ক্ষেত্রগুলি জড়িত তা প্রতিষ্ঠিত করতে সহায়তা করে। এই অন্তর্দৃষ্টি অবশেষে গবেষণায় ব্যবহার করা হয়েছিল যার ফলে উন্নত অ্যানথ্রাক্স টিকা তৈরি হয়েছিল। হারপিস সিম্প্লেক্স ভাইরাস 1 রোসেটাডক একটি অ্যান্টিবডি (ইমিউনোগ্লোবুলিন জি) এবং কোল্ড সোর ভাইরাস, হারপিস সিম্প্লেক্স ভাইরাস 1 (এইচএসভি-1) দ্বারা প্রকাশিত একটি পৃষ্ঠ প্রোটিনের মধ্যে ডকিং মডেল করতে ব্যবহৃত হয়েছিল যা অ্যান্টিভাইরাল অ্যান্টিবডিকে হ্রাস করতে কাজ করে। রোসেটাডক দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা প্রোটিন কমপ্লেক্সটি বিশেষত কঠিন-থেকে-প্রাপ্ত পরীক্ষামূলক মডেলগুলির সাথে ঘনিষ্ঠভাবে একমত হয়েছিল, গবেষকরা এই সিদ্ধান্তে পৌঁছেছিলেন যে ডকিং পদ্ধতিতে প্রোটিন-প্রোটিন ইন্টারফেসের মডেলিংয়ের সাথে এক্স-রে ক্রিস্টালোগ্রাফির কিছু সমস্যা সমাধান করার সম্ভাবনা রয়েছে। বিল অ্যান্ড মেলিন্ডা গেটস ফাউন্ডেশনের 19.4 লক্ষ মার্কিন ডলার অনুদানের অর্থায়নে গবেষণার অংশ হিসেবে এইচআইভি হিউম্যান ইমিউনোডেফিসিয়েন্সি ভাইরাস (এইচআইভি)-এর জন্য একাধিক সম্ভাব্য টিকা তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছে। ম্যালেরিয়া গ্র্যান্ড চ্যালেঞ্জস ইন গ্লোবাল হেলথ উদ্যোগের সাথে জড়িত গবেষণায়, রোজেটাকে গণনামূলকভাবে নতুন হোমিং এন্ডোনিউক্লিজ প্রোটিন ডিজাইন করতে ব্যবহার করা হয়েছে, যা অ্যানোফিলিস গ্যাম্বিয়াকে নির্মূল করতে পারে বা অন্যথায় মশাকে ম্যালেরিয়া সংক্রমণ করতে অক্ষম করে তুলতে পারে। হোমিং এন্ডোনিউক্লিয়াসের মতো বিশেষভাবে প্রোটিন-ডিএনএ মিথস্ক্রিয়া মডেল এবং পরিবর্তন করতে সক্ষম হওয়া, রোজেটার মতো গণনামূলক প্রোটিন নকশা পদ্ধতিগুলিকে জিন থেরাপিতে একটি গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা দেয় (যার মধ্যে সম্ভাব্য ক্যান্সারের চিকিৎসা অন্তর্ভুক্ত)। কোভিড-19 রোজেটা আণবিক মডেলিং স্যুট সম্প্রতি গবেষণাগারে পরিমাপ করার কয়েক সপ্তাহ আগে সার্স-কোভ-2 স্পাইক প্রোটিনের পারমাণবিক-স্কেল কাঠামোর সঠিক ভবিষ্যদ্বাণী করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। 2020 সালের 26শে জুন, প্রকল্পটি ঘোষণা করে যে এটি অ্যান্টিভাইরাল প্রোটিন তৈরি করতে সফল হয়েছে যা পরীক্ষাগারে সার্স-কোভ-2 ভাইরাসকে নিরপেক্ষ করে এবং এই পরীক্ষামূলক অ্যান্টিভাইরাল ওষুধগুলি প্রাণী পরীক্ষার পরীক্ষার জন্য অনুকূলিত করা হচ্ছে। একটি ফলো-আপে, 10টি সার্স-কোভ-2 মিনিপ্রোটিন ইনহিবিটার বর্ণনা করে একটি গবেষণাপত্র 9ই সেপ্টেম্বর সায়েন্সে প্রকাশিত হয়েছিল। এর মধ্যে দুটি প্রতিরোধক, এল. সি. বি1 এবং এল. সি. বি3, মোলার এবং ভর উভয় ভিত্তিতেই সার্স-কোভ-2-এর বিরুদ্ধে তৈরি করা সেরা মনোক্লোনাল অ্যান্টিবডিগুলির তুলনায় কয়েকগুণ বেশি শক্তিশালী। উপরন্তু, গবেষণাটি পরামর্শ দেয় যে এই প্রতিরোধকগুলি উচ্চতর তাপমাত্রায় তাদের ক্রিয়াকলাপ বজায় রাখে, একটি অ্যান্টিবডির চেয়ে 20 গুণ ছোট এবং এইভাবে, 20 গুণ বেশি সম্ভাব্য নিরপেক্ষ সাইট রয়েছে, যা স্থানীয়ভাবে পরিচালিত ওষুধের সম্ভাব্য কার্যকারিতা বাড়ায়। ইনহিবিটারগুলির ছোট আকার এবং উচ্চ স্থায়িত্ব এগুলিকে একটি জেল গঠনের জন্য পর্যাপ্ত করে তুলবে বলে আশা করা হয় যা অনুনাসিকভাবে প্রয়োগ করা যেতে পারে বা সরাসরি শ্বাসযন্ত্রের সিস্টেমে প্রয়োগ করার জন্য একটি পাউডার হিসাবে। গবেষকরা আগামী মাসগুলিতে এই প্রতিরোধকগুলিকে থেরাপিউটিক্স এবং প্রোফিল্যাক্টিকসে বিকশিত করার জন্য কাজ করবেন। 2021 সালের জুলাই পর্যন্ত, এই অ্যান্টিভাইরাল প্রার্থীদের 2022 সালের গোড়ার দিকে ক্লিনিকাল ট্রায়াল শুরু করার পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল এবং বিল অ্যান্ড মেলিন্ডা গেটস ফাউন্ডেশন থেকে প্রিক্লিনিকাল এবং প্রাথমিক ক্লিনিকাল ট্রায়ালের জন্য তহবিল পেয়েছিল। প্রাণী পরীক্ষার পরীক্ষায়, এই অ্যান্টিভাইরাল প্রার্থীরা আলফা, বিটা এবং গামাসহ উদ্বেগের বিভিন্ন রূপের বিরুদ্ধে কার্যকর ছিল। Rosetta@home ব্যবহার করা হয়েছিল 2 মিলিয়নেরও বেশি SARS-CoV-2 স্পাইক-বাইন্ডিং প্রোটিন স্ক্রিনে সহায়তা করার জন্য যা গণনামূলকভাবে ডিজাইন করা হয়েছিল এবং এইভাবে, এই গবেষণায় অবদান রেখেছিল। ইনস্টিটিউট অফ প্রোটিন ডিজাইনের Rosetta@home দলের মতে, Rosetta@home স্বেচ্ছাসেবকরা অ্যান্টিভাইরাল ড্রাগ প্রার্থী এবং একটি প্রোটিন ন্যানো পার্টিকল ভ্যাকসিনের বিকাশে অবদান রেখেছেন। আইভিএক্স-411 টিকাটি ইতিমধ্যে আইকোসাভ্যাক্স দ্বারা পরিচালিত প্রথম পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়ালে রয়েছে এবং একই টিকা, অন্য প্রস্তুতকারকের কাছে লাইসেন্সপ্রাপ্ত এবং জিবিপি510 নামে, দক্ষিণ কোরিয়ায় এসকে বায়োসাইন্স দ্বারা পরিচালিত তৃতীয় পর্যায়ের পরীক্ষার জন্য অনুমোদিত হয়েছে। প্রার্থী অ্যান্টিভাইরালগুলিও প্রথম পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়ালের দিকে যাচ্ছে। ক্যান্সার Rosetta@home গবেষকরা নিওলুকিন-2/15 নামে একটি আইএল-2 রিসেপ্টর অ্যাগোনিস্ট তৈরি করেছেন যা রিসেপ্টরটির আলফা সাবইউনিটের সাথে যোগাযোগ করে না। এই ধরনের ইমিউনিটি সিগন্যাল অণু ক্যান্সারের চিকিৎসায় কার্যকর। যদিও প্রাকৃতিক আইএল-2 আলফা সাবইউনিটের সাথে মিথস্ক্রিয়ার কারণে বিষাক্ততায় ভুগছে, তবে ডিজাইন করা প্রোটিনটি কমপক্ষে প্রাণী মডেলগুলিতে অনেক বেশি নিরাপদ। Rosetta@home "ফরওয়ার্ড ফোল্ডিং পরীক্ষায়" অবদান রেখেছিল যা নকশাগুলিকে বৈধ করতে সহায়তা করেছিল। নিউ ইয়র্কার-এ 2020 সালের সেপ্টেম্বরের একটি বৈশিষ্ট্যে ডেভিড বেকার বলেছিলেন যে নিওলুকিন-2/15 "এই বছরের শেষের দিকে" মানব ক্লিনিকাল ট্রায়াল শুরু করবে। নিওলুকিন-2/15 বেকার ল্যাবের একটি স্পিন-অফ সংস্থা নিওলুকিন দ্বারা তৈরি করা হচ্ছে। 2020 সালের ডিসেম্বরে, নিওলুকিন ঘোষণা করে যে এটি এনএল-201-এর প্রথম পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়াল শুরু করার জন্য খাদ্য ও ওষুধ প্রশাসনের কাছে একটি ইনভেস্টিগেশনাল নিউ ড্রাগ অ্যাপ্লিকেশন জমা দেবে, যা নিওলুকিন-2/15-এর আরও একটি উন্নয়ন। অস্ট্রেলিয়ায় একটি অনুরূপ আবেদন জমা দেওয়া হয়েছিল এবং নিওলুকিন প্রথম পর্যায়ের ক্লিনিকাল ট্রায়ালে 120 জন অংশগ্রহণকারীকে তালিকাভুক্ত করার আশা করছেন। প্রথম পর্যায়ের মানব ক্লিনিকাল ট্রায়াল 5 মে, 2021-এ শুরু হয়েছিল। রোসেটা সফ্টওয়্যার রোসেটা হল সেই সফ্টওয়্যার যা Rosetta@home-এ কাঠামোর পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য দায়ী। একটি বি. ও. আই. এন. সি ক্লাস্টার ছাড়াও, রোসেটা একটি একক স্থানীয় কম্পিউটারে বা একটি স্থানীয় সুপার কম্পিউটারে চলতে পারে। অন্যান্য বায়োইনফরম্যাটিক প্রোগ্রামের মতো, একটি ওয়েব ইন্টারফেস থেকে রোসেটা চালানোর জন্য অনলাইন পাবলিক সার্ভার রয়েছে। সফ্টওয়্যারটি একাডেমিক সম্প্রদায়ের কাছে অবাধে লাইসেন্সপ্রাপ্ত এবং একটি ফি দিয়ে ফার্মাসিউটিক্যাল সংস্থাগুলির কাছে উপলব্ধ। মূলত 1998 সালে ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ের বেকার ল্যাবরেটরি দ্বারা কাঠামোর পূর্বাভাসের একটি প্রাথমিক পদ্ধতি হিসাবে প্রবর্তিত, রোসেটা তখন থেকে বেশ কয়েকটি উন্নয়ন প্রবাহ এবং স্বতন্ত্র পরিষেবাগুলিতে শাখা স্থাপন করেছে, যা ম্যাক্রোমোলিকুলার ডকিং এবং প্রোটিন ডিজাইনের মতো বৈশিষ্ট্য সরবরাহ করে। রোসেটার প্রাথমিক বিকাশের সাথে জড়িত অনেক স্নাতক শিক্ষার্থী এবং অন্যান্য গবেষকরা তখন থেকে অন্যান্য বিশ্ববিদ্যালয় এবং গবেষণা প্রতিষ্ঠানে চলে গেছেন এবং পরবর্তীকালে রোসেটা প্রকল্পের বিভিন্ন অংশকে উন্নত করেছেন। রোসেটা প্ল্যাটফর্মটি রোসেটা স্টোন থেকে এর নাম পেয়েছে, কারণ এটি প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্সের কাঠামোগত "অর্থ" বোঝার চেষ্টা করে। রোসেটা কোডের উন্নয়ন রোসেটা কমন্স দ্বারা করা হয়। রোসেটা সিএএসপি এবং সিএপিআরআই-তে অংশগ্রহণ করে। রোসেটা সি + +-এ পুনর্লিখন করা হয়েছিল যাতে এর মূল সংস্করণের তুলনায় সহজ বিকাশের অনুমতি দেওয়া যায়, যা ফোরট্রান ভাষায় লেখা হয়েছিল। এই নতুন সংস্করণটি অবজেক্ট-ওরিয়েন্টেড এবং 2008 সালের 8ই ফেব্রুয়ারি মুক্তি পায়। রোসেটা-ডিজাইন রোসেটা ডিজাইন, রোসেটার উপর ভিত্তি করে প্রোটিন ডিজাইনের একটি কম্পিউটিং পদ্ধতি, 2000 সালে প্রোটিন জি-এর ভাঁজ পথকে নতুন করে ডিজাইন করার একটি গবেষণা দিয়ে শুরু হয়েছিল। 2002 সালে রোসেটা ডিজাইন টপ 7 ডিজাইন করতে ব্যবহৃত হয়েছিল, একটি 93-অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ α/β প্রোটিন যার সামগ্রিক ভাঁজ আগে কখনও প্রকৃতিতে রেকর্ড করা হয়নি। এই নতুন গঠনটি রোসেটা দ্বারা এক্স-রে স্ফটিকবিদ্যা দ্বারা নির্ধারিত কাঠামোর 1.2 Å আরএমএসডি-র মধ্যে পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল, যা একটি অস্বাভাবিকভাবে সঠিক কাঠামোর পূর্বাভাসের প্রতিনিধিত্ব করে। রোসেটা এবং রোসেটা ডিজাইন সর্বপ্রথম এত দৈর্ঘ্যের একটি নতুন প্রোটিনের কাঠামো নকশা এবং সঠিকভাবে ভবিষ্যদ্বাণী করে ব্যাপক স্বীকৃতি অর্জন করেছে, যা 2002 সালের গবেষণাপত্রে প্রতিফলিত হয়েছে যে দ্বৈত পদ্ধতির বর্ণনা সায়েন্স জার্নালে দুটি ইতিবাচক অক্ষরকে প্ররোচিত করে এবং 240 টিরও বেশি অন্যান্য বৈজ্ঞানিক নিবন্ধ দ্বারা উদ্ধৃত করা হয়েছে। সেই গবেষণার দৃশ্যমান পণ্য, টপ 7,2006 সালের অক্টোবরে আরসিএসবি পিডিবি-র 'মাসের অণু' হিসাবে প্রদর্শিত হয়েছিল; এর পূর্বাভাস এবং এক্স-রে স্ফটিক কাঠামোর সংশ্লিষ্ট কোরগুলির (অবশিষ্টাংশ 60-79) একটি সুপারপজিশন Rosetta@home লোগোতে প্রদর্শিত হয়েছে। ডেভিড বেকারের গবেষণাগারের প্রাক্তন পোস্টডক্টরাল সহযোগী এবং এখন চ্যাপেল হিলের নর্থ ক্যারোলিনা বিশ্ববিদ্যালয়ের সহযোগী অধ্যাপক ব্রায়ান কুলম্যান একটি অনলাইন পরিষেবা হিসাবে রোসেটা ডিজাইন প্রদান করেন। 2002 সালে প্রথম সিএপিআরআই পরীক্ষার সময় প্রোটিন-প্রোটিন ডকিং পূর্বাভাসের জন্য বেকার ল্যাবরেটরির অ্যালগরিদম হিসাবে রোজেটাডককে রোজেটা সফ্টওয়্যার স্যুটে যুক্ত করা হয়েছিল। সেই পরীক্ষায়, রোসেটাডক স্ট্রেপ্টোকোকাল পাইওজেনিক এক্সোটক্সিন এ এবং একটি টি সেল-রিসেপ্টর β-চেইনের মধ্যে ডকিংয়ের জন্য একটি উচ্চ-নির্ভুলতার ভবিষ্যদ্বাণী করেছিলেন এবং পোরসিন α-অ্যামাইলেজ এবং একটি ক্যামেলিড অ্যান্টিবডির মধ্যে একটি জটিলতার জন্য একটি মাঝারি নির্ভুলতার ভবিষ্যদ্বাণী করেছিলেন। যদিও রোসেটাডক পদ্ধতি সাতটি সম্ভাব্য ভবিষ্যদ্বাণীর মধ্যে কেবল দুটি গ্রহণযোগ্যভাবে সঠিক ভবিষ্যদ্বাণী করেছিল, এটি প্রথম সিএপিআরআই মূল্যায়নে উনিশটি ভবিষ্যদ্বাণী পদ্ধতির মধ্যে সপ্তম স্থানের জন্য যথেষ্ট ছিল। পরবর্তী সিএপিআরআই রাউন্ডের জন্য রোসেটাডকের বিকাশ দুটি শাখায় বিভক্ত হয়ে যায় কারণ জেফ্রি গ্রে, যিনি ওয়াশিংটন বিশ্ববিদ্যালয়ে থাকাকালীন রোসেটাডকের ভিত্তি স্থাপন করেছিলেন, জন হপকিন্স বিশ্ববিদ্যালয়ে তাঁর নতুন পদে পদ্ধতিটি নিয়ে কাজ চালিয়ে যান। গ্রে-র অনুপস্থিতিতে বেকার গবেষণাগারের সদস্যরা রোসেটাডক-এর আরও উন্নয়ন ঘটান। সাইড-চেইন মডেলিং, ডিকয় সিলেকশন এবং অন্যান্য ক্ষেত্রে দুটি সংস্করণ সামান্য ভিন্ন ছিল। এই পার্থক্য সত্ত্বেও, বেকার এবং গ্রে উভয় পদ্ধতিই দ্বিতীয় সিএপিআরআই মূল্যায়নে ভাল কাজ করেছে, 30টি ভবিষ্যদ্বাণীকারী গোষ্ঠীর মধ্যে যথাক্রমে পঞ্চম এবং সপ্তম স্থানে রয়েছে। জেফ্রি গ্রে-এর রোজেটাডক সার্ভারটি অ-বাণিজ্যিক ব্যবহারের জন্য একটি বিনামূল্যে ডকিং পূর্বাভাস পরিষেবা হিসাবে উপলব্ধ। 2006 সালের অক্টোবরে, রোসেটাডককে Rosetta@home-এর সাথে একীভূত করা হয়। পদ্ধতিটি শুধুমাত্র প্রোটিন ব্যাকবোন ব্যবহার করে একটি দ্রুত, অপরিশোধিত ডকিং মডেল পর্যায় ব্যবহার করে। এর পরে একটি ধীর পূর্ণ-পরমাণু পরিশোধন পর্যায় ছিল যেখানে একে অপরের সাথে সম্পর্কিত দুটি মিথস্ক্রিয়াশীল প্রোটিনের অভিযোজন এবং প্রোটিন-প্রোটিন ইন্টারফেসে পার্শ্ব-শৃঙ্খল মিথস্ক্রিয়া, একই সাথে সর্বনিম্ন শক্তি গঠন খুঁজে বের করার জন্য অনুকূলিত করা হয়েছিল। ব্যাকবোন ফ্লেক্সিবিলিটি এবং লুপ মডেলিংয়ের জন্য সংশোধিত ভাঁজ-গাছের উপস্থাপনা সহ Rosetta@home নেটওয়ার্ক দ্বারা প্রদত্ত ব্যাপকভাবে বর্ধিত কম্পিউটিং শক্তি, তৃতীয় CAPRI মূল্যায়নে 63 টি ভবিষ্যদ্বাণী গোষ্ঠীর মধ্যে রোজেটাডককে ষষ্ঠ করে তুলেছে। রোবেটা দ্য রোবেটা (রোসেটা বিটা) সার্ভার হল একটি স্বয়ংক্রিয় প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাস পরিষেবা যা বেকার ল্যাবরেটরি দ্বারা অ-বাণিজ্যিক এব ইনিশিও এবং তুলনামূলক মডেলিংয়ের জন্য দেওয়া হয়। এটি 2002 সালে সিএএসপি5 থেকে দ্বিবার্ষিক সিএএসপি পরীক্ষায় একটি স্বয়ংক্রিয় পূর্বাভাস সার্ভার হিসাবে অংশগ্রহণ করেছে, স্বয়ংক্রিয় সার্ভার পূর্বাভাস বিভাগে সেরা পারফরম্যান্স করছে। রবেটা তখন থেকে সিএএসপি6 এবং 7-এ প্রতিদ্বন্দ্বিতা করেছে, যেখানে এটি স্বয়ংক্রিয় সার্ভার এবং মানব ভবিষ্যদ্বাণীকারী গোষ্ঠী উভয়ের মধ্যে গড়ের চেয়ে ভাল করেছে। এটি CAMEO3D ধারাবাহিক মূল্যায়নেও অংশগ্রহণ করে। রবেটার কাজগুলি বেকার ল্যাব সার্ভার, জেনেলিয়া রিসার্চ ক্যাম্পাস মেশিন এবং Rosetta@home অংশগ্রহণকারী কম্পিউটারে চলে। সিএএসপি6-এর মতো প্রোটিন কাঠামোর মডেলিং-এ, রোবেটা প্রথমে ব্লাস্ট, পিএসআই-ব্লাস্ট এবং থ্রিডি-জুরি ব্যবহার করে কাঠামোগত হোমোলগগুলি অনুসন্ধান করে, তারপরে লক্ষ্য ক্রমটিকে তার পৃথক ডোমেনে বা স্বাধীনভাবে প্রোটিনের ভাঁজ ইউনিটগুলিতে বিশ্লেষণ করে, ক্রমটি গঠনমূলক পরিবারের সাথে মিলে যায়। স্ট্রাকচারাল হোমোলগ সহ ডোমেনগুলি তারপর একটি "টেমপ্লেট-ভিত্তিক মডেল" (অর্থাৎ, হোমোলজি মডেলিং) প্রোটোকল অনুসরণ করে। এখানে, বেকার ল্যাবরেটরির অভ্যন্তরীণ সারিবদ্ধকরণ প্রোগ্রাম, কে * সিঙ্ক, ক্রমের সমরূপগুলির একটি গ্রুপ তৈরি করে এবং এগুলির প্রত্যেকটি একটি ডিকয় (সম্ভাব্য কাঠামো) তৈরি করার জন্য রোসেটা ডি নোভো পদ্ধতি দ্বারা মডেল করা হয়। একটি নিম্ন-রেজোলিউশন রোসেটা শক্তি ফাংশন দ্বারা নির্ধারিত সর্বনিম্ন শক্তি মডেল গ্রহণ করে চূড়ান্ত কাঠামোর পূর্বাভাস নির্বাচন করা হয়। যে ক্ষেত্রগুলিতে কোনও সনাক্তকৃত কাঠামোগত হোমোলগ নেই, তাদের জন্য একটি ডি নোভো প্রোটোকল অনুসরণ করা হয় যেখানে উত্পন্ন ডেকয়গুলির একটি সেট থেকে সর্বনিম্ন শক্তি মডেলটি চূড়ান্ত ভবিষ্যদ্বাণী হিসাবে নির্বাচিত করা হয়। এই ক্ষেত্রের ভবিষ্যদ্বাণীগুলি তারপর প্রোটিনের মধ্যে আন্তঃ-ক্ষেত্র, তৃতীয়-স্তরের মিথস্ক্রিয়া তদন্ত করার জন্য একসঙ্গে সংযুক্ত করা হয়। পরিশেষে, সাইড-চেইন অবদানগুলি মন্টে কার্লো গঠনমূলক অনুসন্ধানের জন্য একটি প্রোটোকল ব্যবহার করে মডেল করা হয়। সিএএসপি8-এ, রোবেটাকে রোসেটার উচ্চ রেজোলিউশন অল-পরমাণু পরিশোধন পদ্ধতি ব্যবহার করার জন্য বর্ধিত করা হয়েছিল, যার অনুপস্থিতিকে সিএএসপি7-এর Rosetta@home নেটওয়ার্কের তুলনায় রোবেটার কম নির্ভুল হওয়ার প্রধান কারণ হিসাবে উল্লেখ করা হয়েছিল। সিএএসপি11-এ, জিআরইএমএলআইএন নামক সম্পর্কিত প্রোটিনে অবশিষ্টাংশের সহ-বিবর্তনের মাধ্যমে প্রোটিন যোগাযোগের মানচিত্রের পূর্বাভাস দেওয়ার একটি উপায় যুক্ত করা হয়েছিল, যা আরও নতুন ভাঁজ সাফল্যের অনুমতি দেয়। অন্যান্য রোসেটা সার্ভার রোসেটা অন্যান্য বেশ কয়েকটি পাবলিক সার্ভার থেকে অনলাইন পরিষেবা হিসাবে উপলব্ধ। আরওএসআইই আরএনএ কাঠামোর পূর্বাভাস এবং নকশা থেকে শুরু করে লিগ্যান্ড ডকিং এবং অ্যান্টিবডি মডেলিং পর্যন্ত বিভিন্ন ফাংশন সরবরাহ করে। 2008 সালের 9ই মে, Rosetta@home ব্যবহারকারীরা স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটিং প্রোগ্রামের একটি ইন্টারেক্টিভ সংস্করণের পরামর্শ দেওয়ার পরে, বেকার ল্যাব প্রকাশ্যে রোসেটা প্ল্যাটফর্মের উপর ভিত্তি করে একটি অনলাইন প্রোটিন কাঠামো ভবিষ্যদ্বাণী গেম ফোল্ডিট প্রকাশ করে। ফোল্ডিট-এর 59,000-এরও বেশি নিবন্ধিত ব্যবহারকারী ছিল। গেমটি ব্যবহারকারীদের নিয়ন্ত্রণের একটি সেট দেয় (উদাহরণস্বরূপ, ঝাঁকুনি, ঝাঁকুনি, পুনর্নির্মাণ) লক্ষ্য প্রোটিনের মেরুদণ্ড এবং অ্যামিনো অ্যাসিড সাইড চেইনগুলিকে আরও শক্তিশালীভাবে অনুকূল গঠনে পরিচালনা করতে। ব্যবহারকারীরা এককভাবে বা সম্মিলিতভাবে বিবর্তনকারী হিসাবে সমাধানগুলিতে কাজ করতে পারেন, তাদের কাঠামোর ভবিষ্যদ্বাণীগুলি উন্নত করার সাথে সাথে উভয় বিভাগের অধীনে পয়েন্ট অর্জন করতে পারেন। ফোল্ডিট একটি উপযুক্ত "পেশাদার মোড"-এর অধীনে রোজেটার জিইউআই ফ্রন্টএন্ড হিসাবে কাজ করতে পারে। RoseTTAFold RoseTTAFold, যা আলফাফোল্ড দ্বারা অনুপ্রাণিত, অবশিষ্টাংশের মধ্যে দূরত্ব এবং অভিযোজন পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য একটি নিউরাল নেটওয়ার্ক ব্যবহার করে। এই ভবিষ্যদ্বাণীগুলি একটি কাঠামো তৈরিতে রোজেটা সফ্টওয়্যারকে গাইড করে। রোজটিটিএফোল্ড এমআইটি লাইসেন্সের অধীনে ওপেন সোর্স। নন-বেকার ল্যাব শাখা চীনের জিয়ানি ইয়াং ল্যাব রোজেটার একটি পরিবর্তিত সংস্করণ প্রদান করে যার নাম ট্র-রোসেটাএক্স2 (ট্রান্সফর্ম-রিস্ট্রেইনড রোসেটা)। এটি সাধারণ রোজেটা ভাঁজ অ্যালগরিদমকে গাইড করার জন্য রোজটিটিএফোল্ডের থেকে আলাদা একটি গভীর শিক্ষা-ভিত্তিক যোগাযোগ পূর্বাভাস পদ্ধতি ব্যবহার করে। ট্ররোসেটা রোজ টিটিএফোল্ডের পূর্ববর্তী। অনুরূপ স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটিং প্রকল্পগুলির সাথে তুলনা বেশ কয়েকটি স্বেচ্ছাসেবক গণনা প্রকল্প রয়েছে যার অধ্যয়নের ক্ষেত্রগুলি Rosetta@home এর মতো, তবে তাদের গবেষণা পদ্ধতির মধ্যে পার্থক্য রয়েছেঃ Folding@home প্রোটিন গবেষণার সাথে জড়িত সমস্ত প্রধান স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটিং প্রকল্পগুলির মধ্যে, Folding@home একমাত্র যা BOINC প্ল্যাটফর্ম ব্যবহার করে না। Rosetta@home এবং Folding@home উভয়ই আলঝেইমার রোগের মতো প্রোটিনের ভুল ভাঁজ রোগ নিয়ে গবেষণা করে, তবে Folding@home আরও অনেক বেশি একচেটিয়াভাবে কাজ করে। Folding@home প্রায় একচেটিয়াভাবে সমস্ত-পরমাণু আণবিক গতিবিদ্যার মডেল ব্যবহার করে এটি বোঝার জন্য যে কীভাবে এবং কেন প্রোটিনগুলি ভাঁজ হয় (বা সম্ভাব্যভাবে ভুল ভাঁজ হয়, এবং পরবর্তীকালে রোগের কারণ হিসাবে একত্রিত হয়)। অন্য কথায়, Folding@home এর শক্তি হল প্রোটিন ভাঁজ করার প্রক্রিয়াটির মডেলিং করা, অন্যদিকে Rosetta@home এর শক্তি হল প্রোটিন নকশা গণনা করা এবং প্রোটিন কাঠামো এবং ডকিংয়ের পূর্বাভাস দেওয়া। Rosetta@home-এর কিছু ফলাফল কিছু Folding@home প্রকল্পের ভিত্তি হিসাবে ব্যবহৃত হয়। রোসেটা সর্বাধিক সম্ভাব্য কাঠামো সরবরাহ করে, তবে এটি নির্দিষ্ট নয় যে অণুটি সেই রূপটি গ্রহণ করে কিনা বা এটি কার্যকর কিনা। Folding@home তারপর Rosetta@home এর ফলাফল যাচাই করতে ব্যবহার করা যেতে পারে, এবং যোগ করা পারমাণবিক-স্তরের তথ্য এবং অণুটি কীভাবে আকৃতি পরিবর্তন করে তার বিশদ বিবরণ প্রদান করতে পারে। দুটি প্রকল্প তাদের কম্পিউটিং শক্তি এবং হোস্ট বৈচিত্র্যের ক্ষেত্রেও উল্লেখযোগ্যভাবে পৃথক। সেন্ট্রাল প্রসেসিং ইউনিট (সিপিইউ), গ্রাফিক্স প্রসেসিং ইউনিট (জিপিইউ) এবং (পূর্বে) পিএস3-এর একটি হোস্ট বেস থেকে গড়ে প্রায় 6,650 টেরাফ্লপ, Folding@home-এর Rosetta@home-এর তুলনায় প্রায় 108 গুণ বেশি কম্পিউটিং শক্তি রয়েছে। ওয়ার্ল্ড কমিউনিটি গ্রিডের একটি উপ-প্রকল্প হিউম্যান প্রোটিওম ফোল্ডিং প্রজেক্টের (এইচ. পি. এফ) প্রথম এবং দ্বিতীয় পর্যায় উভয়ই বিভিন্ন জিনোমের কাঠামোগত এবং কার্যকরী টীকা তৈরি করতে রোসেটা প্রোগ্রাম ব্যবহার করেছে। যদিও তিনি এখন জীববিজ্ঞানীদের জন্য ডাটাবেস তৈরি করতে এটি ব্যবহার করেন, হিউম্যান প্রোটিওম ফোল্ডিং প্রজেক্টের প্রধান বিজ্ঞানী রিচার্ড বনিয়ো তার পিএইচডি অর্জনের সময় ডেভিড বেকারের গবেষণাগারে রোজেটার মূল বিকাশে সক্রিয় ছিলেন। এইচ. পি. এফ1, এইচ. পি. এফ2 এবং <আই. ডি1>-এর মধ্যে সম্পর্ক সম্পর্কে আরও তথ্য রিচার্ড বনিয়োর ওয়েবসাইটে পাওয়া যাবে। Predictor@home যেমন Rosetta@home, Predictor@home প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসে বিশেষজ্ঞ। যদিও Rosetta@home তার কাঠামোর পূর্বাভাসের জন্য রোজেটা প্রোগ্রাম ব্যবহার করে, Predictor@home dTASSER পদ্ধতি ব্যবহার করে। 2009 সালে, Predictor@home বন্ধ হয়ে যায়। বিওআইএনসি-তে অন্যান্য প্রোটিন সম্পর্কিত স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটিং প্রকল্পগুলির মধ্যে রয়েছে QMC@home, Docking@home, POEM@home, সিম্যাপ এবং ট্যানপাকু। RALPH@home, Rosetta@home আলফা প্রকল্প যা নতুন অ্যাপ্লিকেশন সংস্করণ, ওয়ার্ক ইউনিট এবং আপডেটগুলি Rosetta@home-এ যাওয়ার আগে পরীক্ষা করে, BOINC-এও চলে। স্বেচ্ছাসেবীর অবদান Rosetta@home নির্ভর করে পৃথক প্রকল্প সদস্যদের দ্বারা তার গবেষণার জন্য দান করা কম্পিউটিং শক্তির উপর। 150টি দেশের প্রায় 53,000 ব্যবহারকারী Rosetta@home-এর সক্রিয় সদস্য ছিলেন, যারা একসঙ্গে প্রায় 54,800 কম্পিউটার থেকে নিষ্ক্রিয় প্রসেসরের সময় অবদান রেখেছিলেন। ব্যবহারকারীদের তাদের অবদানের পরিমাপ হিসাবে বিওআইএনসি ক্রেডিট দেওয়া হয়। প্রতিটি ওয়ার্কইউনিটের জন্য প্রদত্ত ক্রেডিট হল সেই ওয়ার্কইউনিটের জন্য উত্পাদিত ডেকয়ের সংখ্যাকে সেই ওয়ার্কইউনিটের জন্য সমস্ত কম্পিউটার হোস্ট দ্বারা জমা দেওয়া ডেকয়ের জন্য গড় দাবি করা ক্রেডিট দ্বারা গুণিত করা হয়। এই কাস্টম সিস্টেমটি স্ট্যান্ডার্ড বিওআইএনসি ক্লায়েন্ট এবং একটি অপ্টিমাইজড বিওআইএনসি ক্লায়েন্ট ব্যবহারকারীদের দেওয়া ক্রেডিট এবং উইন্ডোজ এবং লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমে Rosetta@home চালানো ব্যবহারকারীদের মধ্যে ক্রেডিট পার্থক্যের মধ্যে উল্লেখযোগ্য পার্থক্যগুলি সমাধান করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছিল। অন্যান্য বিওআইএনসি প্রকল্পের তুলনায় সিপিইউ কাজের প্রতি সেকেন্ডে প্রদত্ত ক্রেডিটের পরিমাণ Rosetta@home-এর জন্য কম। মোট ঋণের দিক থেকে 40টিরও বেশি বি. ও. আই. এন. সি প্রকল্পের মধ্যে <আই. ডি1> হল ত্রয়োদশ। Rosetta@home ব্যবহারকারীরা যারা সিএএসপি পরীক্ষার জন্য জমা দেওয়া প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাস দেয় তাদের ফলাফল সম্পর্কিত বৈজ্ঞানিক প্রকাশনাগুলিতে স্বীকৃত হয়। যে ব্যবহারকারীরা একটি প্রদত্ত ওয়ার্কইউনিটের জন্য সর্বনিম্ন শক্তি কাঠামোর পূর্বাভাস দেয় তারা যে কোনও দলের সদস্য সহ দিনের পূর্বাভাসকারী হিসাবে Rosetta@home হোমপেজে প্রদর্শিত হয়। Rosetta@home প্রোফাইল তৈরি করা ব্যবহারকারীদের মধ্যে থেকে প্রতিদিন এলোমেলোভাবে হোমপেজে থাকার জন্য দিনের একজন ব্যবহারকারীকে বেছে নেওয়া হয়। রেফারেন্স বহিরাগত লিঙ্ক বেকার ল্যাব বেকার ল্যাব ওয়েবসাইট ডেভিড বেকারের Rosetta@home জার্নাল BOINC প্ল্যাটফর্ম ওভারভিউ এবং BOINC ইনস্টল করার জন্য একটি গাইড অন্তর্ভুক্ত করে এবং Rosetta@home BOINCstats-Rosetta@home বিস্তারিত অবদানের পরিসংখ্যান RALPH@home ইউটিউবে Rosetta@home আলফা টেস্টিং প্রকল্প Rosetta@home ভিডিওর জন্য ওয়েবসাইট ডেভিড বেকার এবং ল্যাব সদস্যদের দ্বারা প্রদত্ত Rosetta@home-এর ওভারভিউ রোজেটা প্ল্যাটফর্মের বিকাশের জন্য রোজেটা কমন্স একাডেমিক সহযোগী দ্য রোজেটা ক্যানন, রোজেটা কুলম্যান ল্যাব ওয়েবপেজের বিকাশের যুগান্তকারী কাগজপত্রের একটি তালিকা, রোজেটার বাড়ি অনলাইন রোজেটা পরিষেবাগুলি উপলব্ধ সার্ভারের রোসেটা কমন্স তালিকা রোসেটা প্রোটিন স্ট্রাকচার পূর্বাভাস সার্ভার আরওএসআইই ডক বহুমুখী সার্ভার-সেট রোজেটা-ডিজাইন প্রোটিন ডিজাইন সার্ভার রোজেটা-ব্যাক্রাব নমনীয় ব্যাকবোন/প্রোটিন ডিজাইন সার্ভার সমাজে বিজ্ঞান মুক্ত বিজ্ঞান সফ্টওয়্যার স্বেচ্ছাসেবক কম্পিউটিং প্রকল্প বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার প্রোটিন কাঠামো আণবিক মডেলিং মালিকানা ক্রস-প্ল্যাটফর্ম সফ্টওয়্যার