Electrophoretic color marker
ইলেক্ট্রোফোরেটিক কালার মার্কার হল একটি রাসায়নিক যা অ্যাগারোজ জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস এবং পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিসের (পিএজিই) অগ্রগতি পর্যবেক্ষণ করতে ব্যবহৃত হয় কারণ ডিএনএ, আরএনএ এবং বেশিরভাগ প্রোটিন বর্ণহীন। রঙ চিহ্নিতকারীগুলি রঙের মিশ্রণ দিয়ে তৈরি যা আগ্রহের নমুনার পাশাপাশি জেল ম্যাট্রিক্সের মধ্য দিয়ে স্থানান্তরিত হয়। এগুলি সাধারণত নমুনা উপাদানগুলির থেকে ভিন্ন গতিশীলতার জন্য এবং রঙিন ব্যান্ড তৈরি করার জন্য ডিজাইন করা হয় যা নমুনা উপাদানগুলির স্থানান্তর এবং পৃথকীকরণের মূল্যায়ন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। রঙ চিহ্নিতকারীগুলি প্রায়শই আণবিক ওজনের মান, লোডিং ডাই, ট্র্যাকিং ডাই বা দাগের সমাধান হিসাবে ব্যবহৃত হয়। আণবিক ওজনের সিঁড়িগুলি রঙিন ব্যান্ডগুলির সাথে তাদের স্থানান্তর দূরত্বের তুলনা করে ডিএনএ এবং প্রোটিন টুকরোগুলির আকার অনুমান করতে ব্যবহৃত হয়। ডি. এন. এ এবং প্রোটিনের মান বাণিজ্যিকভাবে বিভিন্ন আকারে পাওয়া যায় এবং সহজেই সনাক্তকরণের জন্য প্রায়শই প্রাক-দাগযুক্ত বা রঙ-কোডেড ব্যান্ড সরবরাহ করা হয়। জেলের উপর নমুনাটি লোড করার আগে সাধারণত নমুনা বাফারের সাথে লোডিং ডাই যোগ করা হয় এবং ইলেক্ট্রোফোরেসিসের সময় এর অগ্রগতি ট্র্যাক করতে সাহায্য করার জন্য তারা নমুনা সহ জেলের মধ্য দিয়ে স্থানান্তরিত হয়। বাফার ফ্রন্টের একটি ভিজ্যুয়াল মার্কার সরবরাহ করার পরিবর্তে ইলেক্ট্রোফোরেসিস বাফারের সাথে ট্র্যাকিং ডাই যুক্ত করা হয়। নমুনা ব্যান্ডগুলি কল্পনা করার জন্য ইলেক্ট্রোফোরেসিসের পরে দাগযুক্ত সমাধান প্রয়োগ করা হয় এবং বিভিন্ন রঙে পাওয়া যায়। বিভিন্ন ধরনের ইলেক্ট্রোফোরেটিক রঙ চিহ্নিতকারী বাণিজ্যিকভাবে পাওয়া যায়, মিশ্রণে বিভিন্ন সংখ্যা এবং ধরনের রঞ্জক বা রঞ্জক ব্যবহার করা হয়। কিছু চিহ্নিতকারী পরিচিত গতিশীলতার সাথে একাধিক রঙিন ব্যান্ড তৈরি করে, অন্যরা একটি নির্দিষ্ট রঙের একক ব্যান্ড তৈরি করে যা একটি রেফারেন্স পয়েন্ট হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। এগুলি গবেষণা, ক্লিনিকাল ডায়াগনস্টিক এবং ফরেনসিক বিজ্ঞানে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়। অগ্রগতি চিহ্নিতকারী লোডিং বাফারগুলিতে প্রায়শই অ্যানায়োনিক রঞ্জক থাকে যা দৃশ্যমান আলোর বর্ণালীর অধীনে দৃশ্যমান হয় এবং নিউক্লিক অ্যাসিডের আগে জেলটিতে যোগ করা হয়। ট্র্যাকিং ডাইগুলি প্রতিক্রিয়াশীল হওয়া উচিত নয় যাতে নমুনা পরিবর্তন না হয় এবং ডিএনএ বা আরএনএ নমুনা দিয়ে জেলটি নিচে সরানো যায়। সাধারণভাবে ব্যবহৃত রঙ চিহ্নিতকারীগুলির মধ্যে রয়েছে ব্রোমোফেনল নীল, ক্রেসল লাল, কমলা জি এবং জাইলিন সায়ানল। জাইলিন এবং ব্রোমোফেনল নীল হল সর্বাধিক ব্যবহৃত রঙ। সাধারণভাবে বলতে গেলে, কমলা জি ব্রোমোফেনল নীলের চেয়ে দ্রুত স্থানান্তরিত হয়, যা জাইলিন সায়ানলের চেয়ে দ্রুত স্থানান্তরিত হয়, তবে এই রঞ্জকগুলির আপাত "আকার" (ডিএনএ অণুর তুলনায়) অ্যাগারোজের ঘনত্ব এবং ব্যবহৃত বাফার সিস্টেমের উপর নির্ভর করে পরিবর্তিত হয়। উদাহরণস্বরূপ, টি. এ. ই বাফার (ট্রিস-অ্যাসিটেট-ই. ডি. টি. এ)-তে তৈরি 1 শতাংশ অ্যাগারোজ জেলে, জাইলিন সায়ানল ডি. এন. এ-র 3000 বেস পেয়ার (বিপি) অণুর গতিতে স্থানান্তরিত হয় এবং ব্রোমোফেনল ব্লু 400 বিপি-তে স্থানান্তরিত হয়। তবে, টিবিই বাফার (ট্রিস-বোরেট-ইডিটিএ)-তে তৈরি 1 শতাংশ জেল যথাক্রমে 2000 বিপি এবং 250 বিপি-তে স্থানান্তরিত হয়। ডিএনএ এবং আরএনএ স্টেনিং অ্যাগারোজ জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিস একটি কৌশল যা নিউক্লিক অ্যাসিডের টুকরোগুলির আকার অনুমান করতে এবং জেলের মধ্যে তাদের ডিফারেনশিয়াল গতিশীলতার উপর ভিত্তি করে তাদের সনাক্ত করতে ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয়। নিউক্লিক অ্যাসিডগুলি সাধারণত ইথিডিয়াম ব্রোমাইড বা এসওয়াইবিআর সবুজ রঙ ব্যবহার করে দাগযুক্ত এবং সনাক্ত করা হয়। অ্যাগারোজ জেলের সবচেয়ে সাধারণ ইলেক্ট্রোফোরেটিক দাগ হল ইথিডিয়াম ব্রোমাইড, তবে, এসওয়াইবিআর গ্রিন একক-আটকে থাকা নিউক্লিক অ্যাসিড সনাক্তকরণের জন্য বৃহত্তর রেজোলিউশন এবং ফলন উপস্থাপন করে। রঙগুলি 300 এনএম ইউভি আলোর নিচে ডিএনএ এবং আরএনএ-কে প্রতিদীপ্তি প্রদান করে। এটি তাদের আন্তঃসংযোগ প্রকৃতির কারণে ঘটে। ডাবল হেলিকাল নিউক্লিক অ্যাসিডে, রঙগুলি দুটি স্ট্র্যান্ডের মধ্যে আবদ্ধ হয় এবং একক-স্ট্র্যান্ডেড নিউক্লিক অ্যাসিডে, রঙগুলি একটি স্ট্র্যান্ডের মধ্যে গঠিত ছোট, দ্বৈত অংশগুলিকে আবদ্ধ করে। ডি. এন. এ এবং আর. এন. এ-র অ্যাগারোজ জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিসে সবচেয়ে বেশি ব্যবহৃত রঞ্জক হল ইথিডিয়াম ব্রোমাইড (2,7-ডায়ামিনো-10-ইথাইল-9-ফেনিলফেনানথ্রিডিনিয়ামব্রোমাইড)। ইথিডিয়াম ব্রোমাইড (ই. টি. বি. আর) একটি কমলা রঙের ফ্লুরোসেন্ট আন্তঃক্যালটিং রঞ্জক। রঙটি নিউক্লিক অ্যাসিডের ডাবল হেলিকাল কাঠামোর মধ্যে নিজেকে সন্নিবেশ করে, যা ইউভি আলোর অধীনে অণুগুলিকে দৃশ্যমান করার অনুমতি দেয়। ETBr-এর 300-360 nm-এ অ্যাবসর্ব্যান্স ম্যাক্সিমা এবং 500-590 nm-এ ফ্লুরোসেন্ট নির্গমন ম্যাক্সিমা রয়েছে, যার সনাক্তকরণ সীমা 0.5-5.0 ng/ব্যান্ড। যাইহোক, রঙটি একক-আটকে থাকা নিউক্লিক অ্যাসিডের নমুনা সনাক্তকরণে সংবেদনশীলতা হ্রাস করেছে ETBr যত্ন সহকারে পরিচালনা করা উচিত, কারণ এটি একটি শক্তিশালী মিউটাজেন। জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিসে নিউক্লিক অ্যাসিডের দাগের জন্য আরও সংবেদনশীল বিকল্প হল এসওয়াইবিআর টিএম গ্রিন আই। এই রঙটি ডি. এস. ডি. এন. এ-র দাগের ক্ষেত্রে ই. টি. বি. আর-এর চেয়ে 25 গুণ বেশি সংবেদনশীল এবং বিশেষত একক-আটকে থাকা নিউক্লিক অ্যাসিডযুক্ত দাগের পরীক্ষায় কার্যকর। এস. ওয়াই. বি. আর গ্রিন অবশ্য ই. টি. বি. আর-এর তুলনায় বেশি ব্যয়বহুল। প্রোটিনের পরিমাণ নির্ধারণের জন্য এসডিএস পলিঅ্যাক্রিলামাইড জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিসে সবচেয়ে বেশি ব্যবহৃত অ-সমযোজী দাগ হল কুমাসি ব্লু। দাগযুক্ত রং প্রোটিন ব্যান্ডের সাথে আবদ্ধ হয় এবং একটি নীল রঙ তৈরি করে যা দৃশ্যমানভাবে সনাক্ত করা যায়। কুমাসি ব্রিলিয়ান্ট ব্লু আর-250 (লাল), সাধারণত ইলেক্ট্রোফোরেসিসের জন্য ব্যবহৃত হয়, অন্যদিকে কুমাসি ব্রিলিয়ান্ট ব্লু জি-250 (সবুজ), ব্র্যাডফোর্ড অ্যাসের জন্য। এই রঞ্জকের সীমাবদ্ধতা হল যে এটি অ-নির্দিষ্ট, এবং দ্রবণে প্রায় যে কোনও প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ হবে, এবং কম সংবেদনশীল। জেলের মধ্যে প্রোটিনের দৃশ্যমানকরণের আরেকটি সাধারণ পদ্ধতি হল সিলভার স্টেনিং, যেখানে দ্রবণীয় সিলভার আয়নগুলি স্থায়ীভাবে প্রোটিন চিহ্নিত করে এবং ফর্মালডিহাইড দ্বারা হ্রাস পেয়ে বাদামী অবক্ষেপ তৈরি করে। কুমাসি ব্লু-এর তুলনায় সিলভার স্টেনিং একটি বেশি সংবেদনশীল স্টেনিং পদ্ধতি, তবে, ফলাফলগুলি দূষণের জন্য বেশি ঝুঁকিপূর্ণ। প্রয়োগ রঙ চিহ্নিতকারী কখনও কখনও ডিএনএ টুকরোগুলির পৃথকীকরণে জেল ইলেক্ট্রোফোরেসিসের জন্য লোডিং রঞ্জকগুলিতে যুক্ত করা হয়। লোডিং ডাইগুলি অ্যাগারোজ জেলের পৃষ্ঠের নীচে ডিএনএ নমুনা রাখে এবং জেল বরাবর চলার সময় এর মধ্যে থাকা রঙ চিহ্নিতকারীগুলি ডিএনএর মাইগ্রেশন ফ্রন্টের উপর নজর রাখতে সহায়তা করে। পেজ-এর জন্য, কিছু বাণিজ্যিকভাবে উপলব্ধ আণবিক ওজন চিহ্নিতকারী (যাকে "সিঁড়ি" ও বলা হয় কারণ এগুলি আলাদা হওয়ার পরে মইয়ের ডানার মতো দেখায়) বিভিন্ন রঙের প্রাক-দাগযুক্ত প্রোটিন ধারণ করে, তাই নমুনাগুলিতে আগ্রহের প্রোটিনগুলি কোথায় হতে পারে তা আরও সঠিকভাবে নির্ধারণ করা সম্ভব। তথ্যসূত্র জৈবিক কৌশল এবং সরঞ্জাম ইলেক্ট্রোফোরেসিস জেনেটিক্স কৌশল