ORF3a
ORF3a (পূর্বে X1 বা U274 নামে পরিচিত) একটি জিন যা SARS-CoV এবং SARS-CoV-2 সহ সাবজেনাস সারবেকোভাইরাসের করোনভাইরাসগুলিতে পাওয়া যায়। এটি প্রায় 275 টি অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ দীর্ঘ একটি আনুষঙ্গিক প্রোটিনকে এনকোড করে, যা একটি ভাইরোপোরিন হিসাবে কাজ করে বলে মনে করা হয়। এটি বৃহত্তম আনুষঙ্গিক প্রোটিন এবং বর্ণনা করা SARS-CoV আনুষঙ্গিক প্রোটিনগুলির মধ্যে প্রথম। তুলনামূলক জিনোমিক্স ORF3a সাবজেনাস সারবেকোভাইরাসের মধ্যে ভালভাবে সংরক্ষিত। সার্স-কোভ (274টি অবশিষ্টাংশ) এবং সার্স-কোভ-2 (275টি অবশিষ্টাংশ)-এর মধ্যে প্রোটিনের 73 শতাংশ অনুক্রম রয়েছে। ও. আর. এফ. 3এ উন্মুক্ত পঠন কাঠামোর মধ্যে জিনোমে বেশ কয়েকটি ওভারল্যাপিং জিন রয়েছেঃ ও. আর. এফ. 3এ, ও. আর. এফ. 3বি এবং (শুধুমাত্র সার্স-কোভ-2-এ) ও. আর. এফ. 3সি। SARS-CoV-2-এ, ORF3a, ORF3c এবং ORF3d-এর মধ্যে ওভারল্যাপ সম্ভাব্যভাবে একই ক্রম অঞ্চলের কার্যকরী প্রোটিন এনকোডিংয়ের তিনটি সম্ভাব্য পঠন ফ্রেমের একটি বিরল উদাহরণ উপস্থাপন করে। যদিও ও. আর. এফ. 3এ সারবেকোভাইরাসে উপস্থিত রয়েছে, এটি অন্য একটি বিটাকোরোনাভাইরাস উপপ্রজাতি, এমবেকোভাইরাসে অনুপস্থিত, যার মধ্যে মানব করোনভাইরাস এইচ. কে. ইউ. 1 এবং ও. সি. 43 রয়েছে। এটি মারবেকোভাইরাসের ও. আর. এফ5-এর সাথে দূরবর্তীভাবে সম্পর্কিত হতে পারে, যার মধ্যে এম. ই. আর. এস-সি. ও. ভি রয়েছে। ও. আর. এফ. 3এ-এর দূরবর্তী সমরূপগুলি আলফাকোরোনাভাইরাস-এ চিহ্নিত করা হয়েছে, যার মধ্যে মানব করোনভাইরাস 229ই এবং এন. এল. 63 রয়েছে, তবে গামাকোরোনাভাইরাস বা ডেল্টাকোরোনাভাইরাস-এ নয়। কাঠামো ওআরএফ3এ প্রোটিন হল একটি ট্রান্সমেম্ব্রেন প্রোটিন যার মধ্যে তিনটি ট্রান্সমেম্ব্রেন ডোমেন রয়েছে। এটিতে একটি এন-টার্মিনাল এক্টোডোমেইন এবং সি-টার্মিনাল এন্ডোডোমেইন রয়েছে, যা সিস্টিন সমৃদ্ধ অঞ্চল দ্বারা ট্রান্সমেম্ব্রেন ডোমেন থেকে পৃথক করা হয়। এটি একটি ডাইমার বা টেট্রামার হিসাবে কাজ করে বলে মনে করা হয়, যা প্লাজমা ঝিল্লিতে একত্রিত হয়। এটি অজানা কার্যকরী প্রভাব সহ উচ্চ-ক্রমের অলিগোমারও গঠন করতে পারে। SARS-CoV-তে, O-গ্লাইকোসাইলেশন দ্বারা ORF3a-এর অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন লক্ষ্য করা গেছে। এইচসিওভি-এনএল63-এ, এটি এন-গ্লাইকোসাইলেটেড। অভিব্যক্তি এবং স্থানীয়করণ অন্যান্য আনুষঙ্গিক প্রোটিনের জিনের পাশাপাশি, ওআরএফ3এ জিনটি করোনভাইরাস আরএনএ জিনোমের 3 'প্রান্তে কাঠামোগত প্রোটিনগুলিকে এনকোড করার কাছাকাছি অবস্থিত। ওআরএফ3এ স্পাইক (এস) এবং খাম (ই) জিনের মধ্যে অবস্থিত। ও. আর. এফ3এ দ্বিতীয় বৃহত্তম সাবজেনোমিক আর. এন. এ থেকে প্রকাশ করা হয়। SARS-CoV-তে, উপকোষীয় স্থানীয়করণ বৈচিত্র্যময় এবং এটি কোষরস, প্লাজমা ঝিল্লিতে এবং গলগি যন্ত্রে পাওয়া যায়। এর ক্রমটিতে প্রোটিন পাচারের সংকেত রয়েছে যা এটিকে প্লাজমা ঝিল্লিতে লক্ষ্য করে। এইচ. সি. ও. ভি-এন. এল. 63-এ, এটি ই. আর. জি. আই. সি-কে লক্ষ্য করে করা হয়। ফাংশন ভাইরাল প্রতিলিপির জন্য ওআরএফ3এ প্রোটিন অপরিহার্য বলে মনে হয় না। SARS-CoV-এর সাথে গবেষণা থেকে, এর মুছে ফেলা প্রতিলিপির দক্ষতা হ্রাস করে কিনা সে সম্পর্কে পরস্পরবিরোধী প্রমাণ রয়েছে। ভাইরোপোরিন ORF3a প্রোটিন একটি ক্যাটায়ন-পারগম্য আয়ন চ্যানেল গঠন করে বলে মনে করা হয়। এটি একটি ভাইরোপোরিন হিসাবে কাজ করে বলে মনে করা হয়। খামের প্রোটিনের পাশাপাশি, এটি SARS-CoV-2-এর দুটি সম্ভাব্য ভাইরোপোরিনগুলির মধ্যে একটি এবং SARS-CoV-এর তিনটির মধ্যে একটি, যা অতিরিক্ত সম্ভাব্য ভাইরোপোরিন ORF8a-কে এনকোড করে। ভাইরাল প্রোটিনের মিথস্ক্রিয়া SARS-CoV-তে ORF3a প্রোটিনকে বিভিন্ন কাঠামোগত প্রোটিন-স্পাইক প্রোটিন, মেমব্রেন প্রোটিন এবং নিউক্লিওক্যাপসিড প্রোটিনের পাশাপাশি ORF7a, আরেকটি আনুষঙ্গিক প্রোটিনের সাথে প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া গঠন করতে দেখা গেছে। সিস্টিন সমৃদ্ধ অঞ্চলের মাধ্যমে, এটি স্পাইক প্রোটিনের সাথে ডাইসালফাইড বন্ধন তৈরি করতে পারে। সার্স-কোভ এবং এইচ. সি. ও. ভি-এন. এল. 63-এর জন্য ভিরিওনের মধ্যে ও. আর. এফ. 3বি প্রোটিনের অন্তর্ভুক্তি লক্ষ্য করা গেছে, যা ইঙ্গিত করে যে এটি একটি ভাইরাল কাঠামোগত প্রোটিন। পোষক কোষের প্রভাব পরীক্ষামূলক পরিস্থিতিতে পোষক কোষের উপর ও. আর. এফ. 3এ-এর বেশ কয়েকটি প্রভাব বর্ণনা করা হয়েছে। ORF3a কোষ সংস্কৃতিতে SARS-CoV এবং SARS-CoV-2 উভয়ের গবেষণায় অ্যাপোপটোসিসের প্রবর্তনের সাথে যুক্ত হয়েছে। ইমিউনোজেনেসিটি ORF3a প্রোটিনটি অ্যান্টিজেনিক এবং SARS-CoV (যা SARS রোগের কারণ) বা SARS-CoV-2 (যা COVID-19-এর কারণ) সংক্রমণ থেকে সুস্থ হওয়া রোগীদের মধ্যে অ্যান্টিবডি দেখা গেছে। তথ্যসূত্র করোনাভাইরাস প্রোটিন