BglII
বি. জি. এল. আই. আই হল ব্যাসিলাস গ্লোবিজির নির্দিষ্ট স্ট্রেন থেকে বিচ্ছিন্ন একটি টাইপ II সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিয়াস। সীমাবদ্ধতা উৎসেচকের প্রধান কাজ হল বিদেশী ডি. এন. এ-র বিরুদ্ধে পোষক জিনোমের সুরক্ষা, তবে তাদের পুনঃসংযোগ এবং স্থানান্তরের ক্ষেত্রেও কিছুটা জড়িত থাকতে পারে। বেশিরভাগ টাইপ II সীমাবদ্ধতা এনজাইমের মতো, বি. জি. এল. আই. আই দুটি অভিন্ন সাবইউনিট নিয়ে গঠিত যা ডি. এন. এ ডাবল হেলিক্সের চারপাশে একটি হোমোডিমার গঠন করে। প্রতিটি মনোমার হল 223টি অ্যামিনো অ্যাসিড এবং অনন্য প্যালিন্ড্রোমিক নিউক্লিওটাইড সিকোয়েন্স এজিএটিসিটির উভয় পক্ষকে প্রতিসমভাবে আবদ্ধ করে, ডিএনএ অণুর উভয় স্ট্র্যান্ডে প্রথম অ্যাডেনিন এবং গুয়ানিন নিউক্লিওটাইডের মধ্যে সিসাইল ফসফডিয়েস্টার বন্ধনকে বিভক্ত করে, 5 'প্রান্তের ওভারহ্যাংগুলির সাথে আঠালো প্রান্ত তৈরি করে। দ্বিতীয় প্রকারের সীমাবদ্ধতা উৎসেচক হওয়ার কারণে, বি. জি. এল. আই. আই-এর উৎসেচক ক্রিয়াকলাপের জন্য এ. টি. পি (অ্যাডেনোসিন ট্রাইফসফেট)-এর প্রয়োজন হয় না, তবে শুধুমাত্র একটি দ্বৈত ধাতব ক্যাটায়ন, সম্ভবত এম. জি. 2 +-এর সঙ্গে সংযোগের প্রয়োজন হয়। তার শ্রেণীর অন্যান্য সীমাবদ্ধতা উৎসেচকের বিপরীতে, বি. জি. এল. আই. আই-এর কিছু অনন্য কাঠামোগত বৈশিষ্ট্য রয়েছে, যেমন একটি β-স্যান্ডউইচ সাবডোমেইন, এবং ডাইমেরাইজেশনের পরে একটি অনন্য গঠনমূলক পরিবর্তনের মধ্য দিয়ে যায় বলে মনে হয়, তবে এর সামগ্রিক কাঠামো এবং অনুঘটকের প্রক্রিয়া অন্যান্য টাইপ II সীমাবদ্ধতা উৎসেচকের সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ থাকে। আধুনিক আণবিক ক্লোনিং কৌশলগুলিতে সীমাবদ্ধ এন্ডোনিউক্লিয়াসগুলি খুব গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। তাদের অনন্য শনাক্তকরণ/কাটা স্থানগুলির কারণে, সীমাবদ্ধ এনজাইমগুলি একটি অনুমানযোগ্য পদ্ধতিতে নির্দিষ্ট স্থানে ডিএনএ সঠিকভাবে কাটতে ব্যবহার করা যেতে পারে। একবার কেটে ফেললে, ডি. এন. এ (সাধারণত) তথাকথিত "আঠালো প্রান্ত" ধারণ করে, যা ডি. এন. এ খণ্ডটিকে একটি ডি. এন. এ ভেক্টরে সংকরিত হতে দেয়। লিগটিং এনজাইমগুলি পরবর্তী ডিএনএ ক্লোনিংয়ের জন্য ভেক্টরের সাথে পছন্দসই টুকরোটিকে সমযোজীভাবে সংযুক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। প্রক্রিয়া বি. জি. এল. আই. আই জলে ফসফোরিল স্থানান্তরের মাধ্যমে ডি. এন. এ মেরুদণ্ডে ফসফডিয়েস্টার বন্ধন বিভাজনকে অনুঘটক করে। সীমাবদ্ধ উৎসেচকের প্রক্রিয়া নিয়ে গবেষণায় বেশ কয়েকটি সাধারণ বৈশিষ্ট্য প্রকাশিত হয়েছে যা প্রায় সব ক্ষেত্রেই সত্য বলে মনে হয়, যদিও প্রতিটি উৎসেচকের প্রকৃত প্রক্রিয়া সম্ভবত এই সাধারণ পদ্ধতির কিছু বৈচিত্র্য। এই প্রক্রিয়াটির জন্য জল থেকে হাইড্রক্সাইড আয়ন উৎপন্ন করার জন্য একটি ক্ষার প্রয়োজন, যা নিউক্লিওফাইল হিসাবে কাজ করবে এবং ফসফডিয়েস্টার বন্ধনে ফসফরাসকে আক্রমণ করবে। পেন্টাকোঅর্ডিনেটেড ট্রানজিশন স্টেট ফসফরাসের অতিরিক্ত ঋণাত্মক আধানকে স্থিতিশীল করার জন্য একটি লুইস অ্যাসিডের পাশাপাশি একটি সাধারণ অ্যাসিড বা ধাতব আয়নও প্রয়োজন যা বাম গ্রুপকে (3 '-O−) স্থিতিশীল করে। কাঠামো যদিও সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিয়াসগুলি সামান্য ক্রমের মিল দেখায়, স্ফটিক কাঠামো প্রকাশ করে যে তারা সকলেই পাঁচটি α-হেলিসেস দ্বারা পার্শ্বযুক্ত ছয়-স্ট্র্যান্ডেড β-শীট সমন্বিত একটি অত্যন্ত অনুরূপ α/β কোর ভাগ করে, যার মধ্যে দুটি ডাইমারাইজেশনের মধ্যস্থতা করে। এই কেন্দ্রটি সক্রিয় স্থান (অনুঘটক কেন্দ্র) এবং অবশিষ্টাংশ বহন করে যা প্রধান খাঁজটিতে ডি. এন. এ-র সাথে যোগাযোগ করে। বি. জি. এল. আই. আই অনন্য যে এর α/β কোর একটি β-স্যান্ডউইচ সাবডোমেন দ্বারা বর্ধিত হয় যার বেশ কয়েকটি অনুমান রয়েছে যা ডি. এন. এ-কে ধরে রাখার জন্য বাইরের দিকে প্রসারিত হয়, যা বি. জি. এল. আই. আই-কে ডি. এন. এ অণুকে সম্পূর্ণরূপে ঘিরে রাখার অনুমতি দেয়। বি. জি. এল. আই. আই-এর এই অস্বাভাবিক বৈশিষ্ট্যটি ডি. এন. এ বন্ধন এবং মুক্তির জন্য একটি অনন্য কব্জি গতির পরামর্শ দেয়। মুক্ত উৎসেচক বনাম বি. জি. এল. আই. আই-ডি. এন. এ জটিলের তুলনামূলক কাঠামোগত গবেষণায় দেখা গেছে যে উৎসেচকটি একটি নাটকীয় কাঁচি-সদৃশ গতি দ্বারা খোলে, যার সাথে ডাইমার ইন্টারফেসে α-হেলিসের সম্পূর্ণ পুনর্বিন্যাস হয়। এই কাঠামোগত গবেষণায় আরও জানা গেছে যে প্রতিটি মনোমারের মধ্যে অবশিষ্টাংশের একটি সেট হ্রাস পায় বা বৃদ্ধি পায় বিকল্পভাবে সক্রিয় সাইটের অবশিষ্টাংশগুলিকে পৃথক করে বা প্রকাশ করে। মুক্ত বনাম আবদ্ধ উৎসেচকের কাঠামোর এই নাটকীয় পার্থক্যগুলি এখনও অন্য কোনও সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিয়েজে দেখা যায় নি এবং সম্ভবত ডিএনএ ধরার জন্য একটি নতুন পদ্ধতির প্রতিনিধিত্ব করতে পারে যা ডিএনএকে ঘিরে থাকা অন্যান্য প্রোটিনগুলিতে প্রসারিত হতে পারে। সক্রিয় সাইট এন্ডোনিউক্লিয়াসের কাঠামোগত গবেষণায় দুর্বল ঐকমত্য ক্রম গ্লু/অ্যাস্প-(এক্স) 9-20-গ্লু/অ্যাস্প/সের-এক্স-লাইস/গ্লু অনুসরণ করে অবশিষ্টাংশ সহ সক্রিয় সাইটের জন্য একটি অনুরূপ স্থাপত্য প্রকাশিত হয়েছে। বি. জি. এল. আই. আই-এর সক্রিয় স্থানটি অ্যাস্প-(এক্স) 9-গ্লু-এক্স-জি. এল. এন ক্রম অনুসরণ করে অন্যান্য এন্ডোনিউক্লিয়াসের অনুরূপ। এর সক্রিয় স্থানে একটি দ্বৈত ধাতব ক্যাটায়ন রয়েছে, সম্ভবত এমজি2 +, যা অ্যাস্প-84, ভ্যাল-94, একটি ফসফরিল অক্সিজেন এবং তিনটি জলের অণুর সাথে মিথস্ক্রিয়া করে। এই জলের অণুগুলির মধ্যে একটি, নিউক্লিওফাইল হিসাবে কাজ করতে সক্ষম কারণ এটি সিসাইল ফসফোরিলের (এর অভিযোজন জি. এল. এন-95-এর পার্শ্ব শৃঙ্খল অ্যামাইড অক্সিজেনের সাথে হাইড্রোজেন বন্ধন দ্বারা স্থির করা হয়েছে) এবং ধাতব ক্যাটায়নের সাথে এর যোগাযোগ (যা এর পি. কে. এ হ্রাস করে, জলের নিউক্লিওফিলিসিটি প্রচার করে)। আরও দেখুন বামহি, ব্যাসিলাস অ্যামাইলোলিকুইফ্যাসিয়েন্স ফোকিআই-এর একটি নিউক্লিয়াস এনজাইম, ফ্লাভোব্যাকটেরিয়াম ওকিয়ানোকোয়েটস ইকোআরআই-এর একটি নিউক্লিয়াস এনজাইম, ই. কোলাই রেফারেন্সের একটি নিউক্লিয়াস এনজাইম।