Rfam
আর. এফ. এ. এম হল একটি ডাটাবেস যা নন-কোডিং আর. এন. এ (এন. সি. আর. এন. এ) পরিবার এবং অন্যান্য কাঠামোগত আর. এন. এ উপাদান সম্পর্কে তথ্য ধারণ করে। এটি মূলত জেনেলিয়া ফার্মের সহযোগিতায় ওয়েলকাম ট্রাস্ট স্যাঙ্গার ইনস্টিটিউটে তৈরি একটি টীকা, উন্মুক্ত প্রবেশাধিকার ডাটাবেস, এবং বর্তমানে ইউরোপীয় বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউটে হোস্ট করা হয়েছে। আর. এফ. এ. এম প্রোটিন পরিবারের বিবরণ দেওয়ার জন্য পি. এফ. এ. এম ডাটাবেসের অনুরূপ নকশা করা হয়েছে। প্রোটিনের বিপরীতে, এন. সি. আর. এন. এ-গুলির প্রায়শই প্রাথমিক ক্রমে খুব বেশি মিল না রেখে অনুরূপ গৌণ কাঠামো থাকে। আর. এফ. এ. এম একটি সাধারণ পূর্বপুরুষের বিবর্তনের উপর ভিত্তি করে এন. সি. আর. এন. এ-কে পরিবারে বিভক্ত করে। এই পরিবারগুলির একাধিক ক্রম বিন্যাস (এম. এস. এ) তৈরি করা প্রোটিন পরিবারের মতো তাদের কাঠামো এবং কার্যকারিতা সম্পর্কে অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করতে পারে। এই এম. এস. এ-গুলি গৌণ কাঠামোর তথ্য যোগ করার সাথে সাথে আরও কার্যকর হয়ে ওঠে। আরফ্যাম গবেষকরা উইকিপিডিয়ার আরএনএ উইকিপ্রোজেক্টেও অবদান রাখেন। ব্যবহার আরফ্যাম ডাটাবেস বিভিন্ন কাজের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে। প্রতিটি এন. সি. আর. এন. এ পরিবারের জন্য, ইন্টারফেস ব্যবহারকারীদের অনুমতি দেয়ঃ একাধিক ক্রম বিন্যাস দেখতে এবং ডাউনলোড করতে; টীকা পড়তে; এবং পরিবারের সদস্যদের প্রজাতি বিতরণ পরীক্ষা করতে। সাহিত্য রেফারেন্স এবং অন্যান্য আর. এন. এ ডেটাবেসের লিঙ্কও রয়েছে। আরফাম উইকিপিডিয়ার লিঙ্কও সরবরাহ করে যাতে ব্যবহারকারীরা এন্ট্রি তৈরি বা সম্পাদনা করতে পারে। আরফ্যাম ওয়েবসাইটের ইন্টারফেস ব্যবহারকারীদের কীওয়ার্ড, পারিবারিক নাম বা জিনোম দ্বারা এন. সি. আর. এন. এ অনুসন্ধান করার পাশাপাশি এন. সি. আর. এন. এ সিকোয়েন্স বা ই. এম. বি. এল অ্যাক্সেশন নম্বর দ্বারা অনুসন্ধান করার অনুমতি দেয়। তথ্যভাণ্ডারের তথ্য ইনফারনাল সফ্টওয়্যার প্যাকেজ ব্যবহার করে ডাউনলোড, ইনস্টলেশন এবং ব্যবহারের জন্যও উপলব্ধ। ইনফার্নাল প্যাকেজটি পরিচিত এন. সি. আর. এন. এ-তে হোমোলোগের জন্য ক্রম (সম্পূর্ণ জিনোম সহ) ব্যাখ্যা করতে আর. এফ. এ. এম-এর সাথেও ব্যবহার করা যেতে পারে। পদ্ধতি ডাটাবেসে, গৌণ কাঠামো এবং প্রাথমিক ক্রমের তথ্য, যা এম. এস. এ দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়, পরিসংখ্যানগত মডেলে একত্রিত করা হয় যাকে প্রোফাইল স্টোকাস্টিক প্রসঙ্গ-মুক্ত ব্যাকরণ (এস. সি. এফ. জি) বলা হয়, যা কোভ্যারিয়েন্স মডেল নামেও পরিচিত। এগুলি পি. এফ. এ. এম ডাটাবেসে প্রোটিন পরিবারের টীকায় ব্যবহৃত লুকানো মার্কভ মডেলের অনুরূপ। ডাটাবেসের প্রতিটি পরিবার স্টকহোম বিন্যাসে দুটি একাধিক ক্রম বিন্যাস এবং একটি এস. সি. এফ. জি দ্বারা প্রতিনিধিত্ব করা হয়। প্রথম এম. এস. এ হল "বীজ" সারিবদ্ধকরণ। এটি একটি হাতে-কিউরেটেড প্রান্তিককরণ যা এন. সি. আর. এন. এ পরিবারের প্রতিনিধি সদস্যদের ধারণ করে এবং কাঠামোগত তথ্য দিয়ে ব্যাখ্যা করা হয়। এই বীজ বিন্যাসটি এস. সি. এফ. জি তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়, যা আর. এফ. এ. এম সফ্টওয়্যার ইনফারনালের সাথে পরিবারের অতিরিক্ত সদস্যদের সনাক্ত করতে এবং তাদের বিন্যাসে যুক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। মিথ্যা ধনাত্মকতা এড়ানোর জন্য একটি পরিবার-নির্দিষ্ট প্রান্তিক মান বেছে নেওয়া হয়। রিলিজ 12 পর্যন্ত, আরফাম একটি প্রাথমিক ব্লাস্ট ফিল্টারিং ধাপ ব্যবহার করেছিল কারণ প্রোফাইল এসসিএফজিগুলি গণনামূলকভাবে খুব ব্যয়বহুল ছিল। যাইহোক, ইনফারনালের সর্বশেষ সংস্করণগুলি যথেষ্ট দ্রুত যাতে ব্লাস্ট ধাপের আর প্রয়োজন হয় না। দ্বিতীয় এম. এস. এ হল "পূর্ণ" সারিবদ্ধকরণ, এবং সিকোয়েন্স ডাটাবেসের বিরুদ্ধে কোভ্যারিয়েন্স মডেল ব্যবহার করে অনুসন্ধানের ফলস্বরূপ তৈরি করা হয়। সমস্ত সনাক্তকৃত হোমোলোগগুলি মডেলের সাথে সারিবদ্ধ করা হয়, যা স্বয়ংক্রিয়ভাবে উত্পাদিত সম্পূর্ণ সারিবদ্ধতা দেয়। আর. এফ. এ. এম-এর ইতিহাস সংস্করণ 1 2003 সালে চালু করা হয়েছিল এবং এতে 25টি এন. সি. আর. এন. এ পরিবার ছিল এবং প্রায় 50,000 এন. সি. আর. এন. এ জিন ছিল। 2005 সালে, সংস্করণ 6.1 প্রকাশিত হয়েছিল এবং এতে 379টি পরিবার ছিল যা 280,000-এরও বেশি জিনের বিবরণ দেয়। 2012 সালের আগস্টে, সংস্করণ 11-এ 2208টি আর. এন. এ পরিবার ছিল, যেখানে বর্তমান সংস্করণে (14.9,2022 সালের নভেম্বরে প্রকাশিত) 4108টি পরিবারের বিবরণ রয়েছে। প্রধান প্রকাশনা এবং প্রকাশনা 2003-আরফ্যামঃ একটি আরএনএ পারিবারিক ডাটাবেস। 2005-আর. এফ. এ. এমঃ সম্পূর্ণ জিনোমে নন-কোডিং আর. এন. এ-র বিবরণ দেওয়া। 2008-দ্য আর. এন. এ উইকিপ্রজেক্টঃ কমিউনিটি অ্যানোটেশন অফ আর. এন. এ পরিবার। 2008-আর. এফ. এ. এমঃ আর. এন. এ পরিবারের ডাটাবেসের আপডেট। 2011-আরফ্যামঃ উইকিপিডিয়া, গোষ্ঠী এবং "দশমিক" প্রকাশ। 2012-আর. এফ. এ. এম 11.0: আর. এন. এ পরিবারের 10 বছর। 2014-আর. এফ. এ. এম 12.0: আর. এন. এ পরিবারের ডাটাবেসের আপডেট। 2017-আর. এফ. এ. এম 13.0: নন-কোডিং আর. এন. এ পরিবারের জন্য একটি জিনোম-কেন্দ্রিক সম্পদে স্থানান্তর। 2020-আরফ্যাম 14: মেটাজেনমিক, ভাইরাল এবং মাইক্রোআরএনএ পরিবারের সম্প্রসারিত কভারেজ। সমস্যা উচ্চতর ইউক্যারিওটের জিনোমে অনেক এন. সি. আর. এন. এ-উদ্ভূত সিউডোজিন এবং পুনরাবৃত্তি থাকে। কার্যকরী এন. সি. আর. এন. এ থেকে এই অ-কার্যকরী প্রতিলিপিগুলিকে আলাদা করা একটি ভয়ঙ্কর চ্যালেঞ্জ। ইন্ট্রনগুলি কোভ্যারিয়েন্স মডেল দ্বারা মডেল করা হয় না। রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক আরফ্যাম ওয়েবসাইট ইউরোপীয় বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউট ইনফারনাল সফ্টওয়্যার প্যাকেজ এমআইআরবেস জেনেটিক ইঞ্জিনিয়ারিং ইন দ্য ইউনাইটেড কিংডম জেনেটিক্স ডেটাবেস আণবিক জীববিজ্ঞান পাবলিক-ডোমেন সফ্টওয়্যার সোর্স কোড আরএনএ সহ কেমব্রিজশায়ার সাউথ কেমব্রিজশায়ার জেলা ওয়েলকাম ট্রাস্টের বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি