Lumi (software)
লুমি হল ইলুমিনা এক্সপ্রেশন এবং মিথাইলেশন মাইক্রো অ্যারে ডেটা বিশ্লেষণ এবং বোঝার জন্য একটি মুক্ত, ওপেন সোর্স এবং ওপেন ডেভেলপমেন্ট সফ্টওয়্যার প্রকল্প। প্রকল্পটি 2006 সালের গ্রীষ্মে শুরু হয়েছিল এবং বায়োকন্ডাক্টরের কাঠামোর মধ্যে ইলুমিনার অ্যালগরিদম এবং ডেটা ম্যানেজমেন্ট সরঞ্জাম সরবরাহ করার জন্য নির্ধারিত হয়েছিল। এটি পরিসংখ্যানগত আর প্রোগ্রামিং ভাষার উপর ভিত্তি করে তৈরি। বৈশিষ্ট্য লুমি প্যাকেজটি প্রোব-লেভেল ইলুমিনা এক্সপ্রেশন এবং মিথাইলেশন মাইক্রো অ্যারে ডেটার জন্য একটি বিশ্লেষণ পাইপলাইন সরবরাহ করে, যার মধ্যে রয়েছে প্রোব-আইডেন্টিফায়ার ম্যানেজমেন্ট (এন. ইউ. আই. ডি), রিফসেক (এন. ইউ. আই. ডি. ব্লাস্ট), প্রোব-ইন্টেন্সিটি ট্রান্সফর্মেশন (ভি. এস. টি) এবং নরমালাইজেশন (আর. এস. এন), মান নিয়ন্ত্রণ (কিউ. এ/কিউ. সি) এবং ইলুমিনা মিথাইলেশন ডেটার জন্য নির্দিষ্ট প্রাক প্রক্রিয়াকরণ পদ্ধতি ব্যবহার করে আপডেট করা প্রোব-টু-জিন ম্যাপিং এবং টীকা। ইলুমিনা-নির্দিষ্ট বৈশিষ্ট্যগুলির সাথে এক্সপারসেট অবজেক্টকে প্রসারিত করে, লুমি অন্যান্য বায়োকন্ডাক্টর প্যাকেজগুলির সাথে কাজ করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে, যেমন লিমা এবং গোস্ট্যাটগুলি ডিফারেনশিয়াল জিন সনাক্ত করতে এবং জিন অন্টোলজি বিশ্লেষণ পরিচালনা করতে। লুমি প্রকল্পটি 2006 সালের গ্রীষ্মে নর্থওয়েস্টার্ন বিশ্ববিদ্যালয়ের রবার্ট এইচ. লুরি কম্প্রিহেনসিভ ক্যান্সার সেন্টারের বায়োইনফরম্যাটিক্স কোর ফ্যাসিলিটিতে শুরু হয়েছিল। মূলত লুমি ইলুমিনা এক্সপ্রেশন বিডএরে তথ্য বিশ্লেষণের জন্য ডিজাইন করা হয়েছিল। 2010 সাল থেকে শুরু করে (সংস্করণ> 2), ইলুমিনা মিথাইলেশন মাইক্রো অ্যারে ডেটা বিশ্লেষণের ফাংশন যোগ করা হয়েছিল। প্রকল্প দলটি ডা. প্যান ডু, সাইমন এম. লিন এবং ওয়ারেন এ. কিব্বে। ক্যান্সারের উপর রেটিনোইক অ্যাসিডের প্রভাব অধ্যয়নের উপর তাঁর গবেষণাগারে অর্জিত নতুন ইলুমিনা মাইক্রো অ্যারে তথ্যের একটি সেট বিশ্লেষণ করার জন্য ডঃ সেরদার ই. বুলুনের সহযোগিতার অনুরোধের ভিত্তিতে এই প্রকল্পটি শুরু করা হয়েছিল। ডঃ প্যান ডু এই প্রকল্পের সফ্টওয়্যার বিকাশের নেতৃত্ব দেন। লুমি ছিল প্রথম সফ্টওয়্যার প্যাকেজ যা ডেটা রূপান্তর এবং স্বাভাবিকীকরণ প্রক্রিয়াগুলির জন্য বিডএরেগুলির অপ্রয়োজনীয়তার অনন্য নকশাটি ব্যবহার করেছিল। 2007 সালের 3রা জানুয়ারি বায়োকন্ডাক্টর ওয়েবসাইটের মাধ্যমে লুমির প্রথম মুক্তি হয়। আনুষ্ঠানিক প্রকাশের আগে, এটি নরওয়েজিয়ান রেডিয়াম হাসপাতাল, লেইডেন ইউনিভার্সিটি মেডিকেল সেন্টার, ইউনিভার্সিটি ভ্যান আমস্টারডাম, ইউনিভার্সিটি ডিগলি স্টাডি ডি ব্রেসিয়া, ইউসি ডেভিস, ওয়েন স্টেট ইউনিভার্সিটি, এনআইএইচ, এম. ডি.-তে বিটা-পরীক্ষা করা হয়েছিল। অ্যান্ডারসন ক্যান্সার সেন্টার, কেস ওয়েস্টার্ন রিজার্ভ ইউনিভার্সিটি, হার্ভার্ড ইউনিভার্সিটি, ওয়াশিংটন ইউনিভার্সিটি এবং ওয়াল্টার অ্যান্ড এলিজা হল ইনস্টিটিউট অফ মেডিকেল রিসার্চ। আরও দেখুন বায়োকন্ডাক্টর, আণবিক জীববিজ্ঞানে ওয়েট ল্যাব ডেটার পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণের জন্য সমন্বিত সফ্টওয়্যার ইলুমিনা ইনকর্পোরেটেড এবং এর বিডএরে প্রযুক্তি বাহ্যিক লিঙ্ক লুমি সফ্টওয়্যার রিলিজ ওয়েবসাইট ওল্ড লুমি ওয়েবসাইট অফিসিয়াল বায়োকন্ডাক্টর ওয়েবসাইট ফ্রি সায়েন্স সফ্টওয়্যার ফ্রি আর (প্রোগ্রামিং ভাষা) সফ্টওয়্যার মাইক্রোএরে