Cambridge Structural Database
কেমব্রিজ স্ট্রাকচারাল ডাটাবেজ (সি. এস. ডি) হল জৈব, ধাতু-জৈব এবং জৈব-ধাতুর অণুগুলির বিস্তৃত পরিসর নিয়ে গঠিত কমপক্ষে কার্বন এবং হাইড্রোজেন ধারণকারী অণুগুলির ত্রিমাত্রিক কাঠামোগত তথ্যের জন্য একটি সংগ্রহস্থল এবং একটি বৈধ এবং কিউরেটেড সম্পদ। নির্দিষ্ট এন্ট্রিগুলি অন্যান্য ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডেটাবেসের পরিপূরক যেমন প্রোটিন ডেটা ব্যাংক (পিডিবি), অজৈব ক্রিস্টাল স্ট্রাকচার ডেটাবেজ এবং ইন্টারন্যাশনাল সেন্টার ফর ডিফ্রাকশন ডেটা। তথ্য, সাধারণত এক্স-রে স্ফটিকবিদ্যা দ্বারা প্রাপ্ত এবং ইলেক্ট্রন বিচ্ছুরণ বা নিউট্রন বিচ্ছুরণ দ্বারা কম ঘন ঘন, এবং বিশ্বজুড়ে স্ফটিকবিদ এবং রসায়নবিদদের দ্বারা জমা দেওয়া, সিএসডি-র মূল সংস্থার ওয়েবসাইটের (সিসিডিসি, রিপোজিটরি) মাধ্যমে ইন্টারনেটে অবাধে অ্যাক্সেসযোগ্য (লেখকদের দ্বারা জমা হিসাবে)। কেমব্রিজ ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডেটা সেন্টার, সি. সি. ডি. সি নামে অলাভজনক অন্তর্ভুক্ত সংস্থা দ্বারা সি. এস. ডি তত্ত্বাবধান করা হয়। সি. এস. ডি হল বিজ্ঞানীদের জন্য ক্ষুদ্র-অণু জৈব এবং ধাতু-জৈব স্ফটিক কাঠামোর জন্য ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত একটি ভাণ্ডার। কেমব্রিজ ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডেটা সেন্টারে (সিসিডিসি) জমা করা কাঠামো প্রকাশনার সময়ে বা আমানতকারীর সম্মতিতে ডাউনলোডের জন্য সর্বজনীনভাবে উপলব্ধ। এগুলি বৈজ্ঞানিকভাবে সমৃদ্ধ এবং কেন্দ্রের দেওয়া সফ্টওয়্যার দ্বারা ব্যবহৃত ডাটাবেসে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে। শিক্ষা এবং অন্যান্য ক্রিয়াকলাপগুলিকে সমর্থন করার জন্য সি. এস. ডি-র লক্ষ্যযুক্ত উপসেটগুলিও অবাধে উপলব্ধ। কেমব্রিজ বিশ্ববিদ্যালয়ের জৈব, অজৈব ও তাত্ত্বিক রসায়ন বিভাগে ওলগা কেনার্ড ওবিই এফআরএস-এর নেতৃত্বে স্ফটিকবিদ্যা গোষ্ঠীর কার্যকলাপ থেকে সিসিডিসি বিকশিত হয়েছিল। 1965 সাল থেকে, দলটি এক্স-রে বা নিউট্রন বিচ্ছুরণ দ্বারা অধ্যয়ন করা সমস্ত ছোট অণুগুলির জন্য প্রকাশিত গ্রন্থপঞ্জি, রাসায়নিক এবং স্ফটিক কাঠামোর তথ্য সংগ্রহ করতে শুরু করে। এই সময়ে কম্পিউটিংয়ের দ্রুত বিকাশের সাথে সাথে এই সংগ্রহটি বৈদ্যুতিন আকারে এনকোড করা হয়েছিল এবং কেমব্রিজ স্ট্রাকচারাল ডাটাবেস (সিএসডি) নামে পরিচিত হয়ে ওঠে। সিএসডি বিশ্বের যে কোনও জায়গায় কাজ শুরু করা প্রথম সংখ্যাসূচক বৈজ্ঞানিক ডাটাবেসগুলির মধ্যে একটি ছিল এবং ইউকে অফিস ফর সায়েন্টিফিক অ্যান্ড টেকনিক্যাল ইনফরমেশন এবং তারপর ইউকে সায়েন্স অ্যান্ড ইঞ্জিনিয়ারিং রিসার্চ কাউন্সিল থেকে একাডেমিক অনুদান পেয়েছিল। এই তহবিলগুলি, জাতীয় অনুমোদিত কেন্দ্রগুলির অনুদানের সাথে, 1970 এবং 1980-এর দশকে সি. এস. ডি এবং এর সাথে সম্পর্কিত সফ্টওয়্যারের বিকাশকে সক্ষম করেছিল। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্র, ইতালি এবং জাপানে সি. এস. ডি সিস্টেমের প্রথম প্রকাশ 1970-এর দশকের গোড়ার দিকে হয়েছিল। 1980-র দশকের গোড়ার দিকে সি. এস. ডি ব্যবস্থা 30টিরও বেশি দেশে বিতরণ করা হয়েছিল। 2014 সালের হিসাবে, সি. এস. ডি সিস্টেমটি 70টি দেশের শিক্ষাবিদদের মধ্যে বিতরণ করা হয়েছিল। 1980-র দশকে ওষুধ ও কৃষি রাসায়নিক সংস্থাগুলির সি. এস. ডি ব্যবস্থার প্রতি আগ্রহ উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি পায়। এর ফলে 1987 সালে একটি অলাভজনক দাতব্য প্রতিষ্ঠানের আইনি মর্যাদা সহ একটি স্বাধীন সংস্থা হিসাবে কেমব্রিজ ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডেটা সেন্টার (সিসিডিসি) প্রতিষ্ঠিত হয় এবং এর কার্যক্রম একটি আন্তর্জাতিক পরিচালনা পর্ষদ দ্বারা তত্ত্বাবধান করা হয়। 1992 সালে সি. সি. ডি. সি বিশ্ববিদ্যালয়ের রসায়ন বিভাগের জায়গায় উদ্দেশ্য-নির্মিত প্রাঙ্গনে স্থানান্তরিত হয়। কেনার্ড 1997 সালে পরিচালক হিসাবে অবসর গ্রহণ করেন এবং ডেভিড হার্টলি (1997-2002) এবং ফ্রাঙ্ক অ্যালেন (2002-2008) তাঁর স্থলাভিষিক্ত হন। কলিন গ্রুম 1 অক্টোবর 2008 থেকে সেপ্টেম্বর 2017 পর্যন্ত নির্বাহী পরিচালক হিসেবে নিযুক্ত হন। এবং অতি সম্প্রতি, জুয়েরগেন হার্টার 2018 সালের জুন মাসে সিইও নিযুক্ত হন। সিসিডিসি সফ্টওয়্যার পণ্যগুলি জীবন বিজ্ঞান এবং স্ফটিকবিদ্যার প্রয়োগগুলিতে স্ফটিকবিদ্যার তথ্য ব্যবহারের ক্ষেত্রে বৈচিত্র্যময়। এই সফ্টওয়্যার উন্নয়ন এবং বিপণনের বেশিরভাগই সিসিডিসি সফ্টওয়্যার লিমিটেড (1998 সালে প্রতিষ্ঠিত) দ্বারা পরিচালিত হয়, যা একটি সম্পূর্ণ মালিকানাধীন সহায়ক সংস্থা যা তার সমস্ত মুনাফা সিসিডিসিকে ফিরিয়ে দেয়। যদিও সিসিডিসি একটি স্ব-প্রশাসনিক সংস্থা, এটি কেমব্রিজ বিশ্ববিদ্যালয়ের সাথে ঘনিষ্ঠ সংযোগ বজায় রেখেছে এবং এটি একটি বিশ্ববিদ্যালয় অংশীদার প্রতিষ্ঠান যা স্নাতকোত্তর শিক্ষার্থীদের উচ্চতর ডিগ্রির (পিএইচডি, এমফিল) জন্য প্রশিক্ষণ দেওয়ার যোগ্য। সিসিডিসি 2013 সালের অক্টোবরে মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রে মার্কিন অ্যাপ্লিকেশন এবং সহায়তা কার্যক্রম প্রতিষ্ঠা করে, প্রাথমিকভাবে নিউ জার্সির স্টেট ইউনিভার্সিটির রাটগার্স-এ, যেখানে এটি আরসিএসবি প্রোটিন ডেটা ব্যাঙ্ক সামগ্রীর সাথে সহ-অবস্থিত সিএসডি প্রতি বছর প্রায় 50,000 নতুন কাঠামো এবং বিদ্যমান এন্ট্রিগুলির উন্নতির সাথে আপডেট করা হয়। পিয়ার-রিভিউ করা বৈজ্ঞানিক সাহিত্যে সংশ্লিষ্ট এন্ট্রি প্রকাশিত হওয়ার সাথে সাথে জনসাধারণের প্রবেশাধিকারের জন্য সংগ্রহস্থলে এন্ট্রি (কাঠামো) প্রকাশ করা হয়। এদিকে, সি. এস. ডি যোগাযোগ হিসাবে পরিচিত কোনও বৈজ্ঞানিক নিবন্ধ ছাড়াই সি. এস. ডি-র মাধ্যমে সরাসরি তথ্য জমা এবং প্রকাশ করা যেতে পারে। পর্যায়ক্রমে, সিএসডি হোল্ডিংসের প্রস্থ সম্পর্কে সাধারণ পরিসংখ্যান রিপোর্ট করা হয়, উদাহরণস্বরূপ জানুয়ারী 2014 রিপোর্ট। , সংক্ষিপ্ত পরিসংখ্যান নিম্নরূপঃ জানুয়ারী 2019 পর্যন্ত, সিএসডি সংগ্রহস্থলে কাঠামো প্রকাশের ক্ষেত্রে শীর্ষ 25 টি বৈজ্ঞানিক জার্নাল ছিলঃ 1. ইনর্গে কাঠামো রিপোর্ট করা হয়েছিল। কেম। 2. ডাল্টন ও জে. চেমে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। সো., ডাল্টন ট্রান্স। 3. অর্গানোমেটালিক্স 4-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে. জে-তে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। আম। কেম। সোস। 5. অ্যাক্টা ক্রিস্টালোগারে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। সম্প্রদায়। ই 6. চেমে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। ইউর। জে। 7. জে. অর্গানোমেটে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। কেম। 8. অ্যাঞ্জেউতে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। কেম। ইন্ট। এড। 9. ইনর্গে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। চিম। অ্যাক্টা 10. চেমে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। কমিউনিটি। & জে. কেম। সোস। 11. সি. এস. ডি কমিউনিকেশনস 12-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে. অ্যাক্টা ক্রিস্টালোগারে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। সম্প্রদায়। সি 13. পলিহেড্রন 14-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে. ইউরে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। জে. ইনর্গ। কেম। 15. জে. অর্গ-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। কেম। 16. ক্রিস্টে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। বৃদ্ধি দেশ। 17. CrystEngComm 18-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে. অর্গানিক লেটার 19-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে. Z. Anorg-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। অল। কেম। 20. অ্যাক্টা ক্রিস্টালোগারে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। সম্প্রদায়। বি 21. টেট্রাহেড্রন কাঠামোগুলিতে কাঠামোগুলি সিএসডি 22-এর সাথে ব্যক্তিগত যোগাযোগ হিসাবে রিপোর্ট করা হয়েছিল. কাঠামোগুলি জে মোল-এ রিপোর্ট করা হয়েছিল। গঠন। 23. টেট্রাহেড্রন লেট-এ কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। 24. ইউরোপে কাঠামোর খবর পাওয়া গেছে। জে. অর্গ। কেম। 25. নিউ জার্নাল অফ কেমিস্ট্রিতে কাঠামোর বিবরণ দেওয়া হয়েছে এই 25টি জার্নাল সিএসডি-র 996,193 বা 70.7% কাঠামোর মধ্যে 704,541টির জন্য দায়ী। এই তথ্যগুলি দেখায় যে বেশিরভাগ কাঠামো এক্স-রে বিচ্ছুরণ দ্বারা নির্ধারিত হয়, যেখানে 1 শতাংশেরও কম কাঠামো নিউট্রন বিচ্ছুরণ বা পাউডার বিচ্ছুরণ দ্বারা নির্ধারিত হয়। ত্রুটি-মুক্ত স্থানাঙ্কের সংখ্যাটি কাঠামোর শতাংশ হিসাবে নেওয়া হয়েছিল যার জন্য সি. এস. ডি-তে 3ডি স্থানাঙ্ক উপস্থিত রয়েছে। উপরে উল্লিখিত স্ট্রাকচার ফ্যাক্টর ফাইলগুলির তাৎপর্য হল, এক্স-রে বিচ্ছুরণ দ্বারা নির্ধারিত সি. এস. ডি কাঠামোগুলির জন্য যার একটি স্ট্রাকচার ফাইল রয়েছে, একজন ক্রিস্টালোগ্রাফার পর্যবেক্ষিত পরিমাপের ব্যাখ্যা যাচাই করতে পারেন। ঐতিহাসিকভাবে, সি. এস. ডি-তে কাঠামোর সংখ্যা 1977 সালে 25,000 কাঠামোর মাইলফলক অতিক্রম করে, 1983 সালে 50,000 কাঠামোর মাইলফলক অতিক্রম করে, 1992 সালে 125,000 কাঠামোর মাইলফলক অতিক্রম করে, 2001 সালে 250,000 কাঠামোর মাইলফলক অতিক্রম করে, 2009 সালে 500,000 কাঠামোর মাইলফলক অতিক্রম করে এবং 2019 সালের 8ই জুন 1,000,000 কাঠামোর মাইলফলক অতিক্রম করে প্রায় সূচকীয় হারে বৃদ্ধি পেয়েছে। সি. এস. ডি-তে যোগ করা দশ লক্ষতম কাঠামোটি হল 1-(7,9-ডায়াসিটাইল-11-মিথাইল-6 এইচ-অ্যাজেপিনো [1,2-এ] ইন্ডোল-6-ওয়াইল) প্রোপান-2-ওয়ানের স্ফটিক কাঠামো। দ্রষ্টব্যঃ 1923-1964-এর জন্য তথ্য টেবিলের শেষ লাইনে একত্রিত করা হয়। ফাইল বিন্যাস সি. এস. ডি কাঠামো নিক্ষেপণের জন্য প্রাথমিক ফাইল বিন্যাস, যা 1991 সালের দিকে গৃহীত হয়েছিল, তা হল "ক্রিস্টালোগ্রাফিক ইনফরমেশন ফাইল" বিন্যাস, সি. আই. এফ। জমা হওয়া সি. এস. ডি ফাইলগুলি সি. আই. এফ ফরম্যাটে ডাউনলোড করা যেতে পারে। বৈধ এবং কিউরেটেড সি. এস. ডি ফাইলগুলি সি. এস. ডি সিস্টেমের সরঞ্জামগুলি ব্যবহার করে সি. আই. এফ, এম. ও. এল, এম. ও. এল, পি. ডি. বি, এস. ই. এল. এক্স এবং এক্স. এম. ও. এল সহ বিস্তৃত বিন্যাসে রপ্তানি করা যেতে পারে। সিসিডিসি জমা করা ডেটাসেট এবং কিউরেটেড সিএসডি এন্ট্রির মধ্যে পার্থক্য করতে দুটি ভিন্ন কোড ব্যবহার করে। উদাহরণস্বরূপ, একটি জৈব অণুর একটি নির্দিষ্ট 'সি. এস. ডি কমিউনিকেশন' সি. সি. ডি. সি-তে জমা করা হয়েছিল এবং জমা নম্বর 'সি. সি. ডি. সি-991327' বরাদ্দ করা হয়েছিল। এটি জমা করা ডেটাতে বিনামূল্যে জনসাধারণের প্রবেশাধিকারের অনুমতি দেয়। জমা করা তথ্য থেকে, নির্বাচিত তথ্য বের করা হয় বৈধ এবং কিউরেটেড সি. এস. ডি এন্ট্রি প্রস্তুত করার জন্য যা 'মিটগুট' রিফকোড বরাদ্দ করা হয়েছিল। কিউরেশন প্রক্রিয়ার অংশ হিসাবে, সি. সি. ডি. সি একটি অ্যালগরিদম, ডি. সি. আই. এফ. আর প্রয়োগ করে, সম্পাদকদের কাঠামোগুলিতে রসায়ন বরাদ্দ করতে সাহায্য করার জন্য যখন সেই উপস্থাপনাগুলি (যেমন। বণ্ডের ধরন এবং চার্জ অ্যাসাইনমেন্ট ইত্যাদি) জমা দেওয়া মূল সি. আই. এফ ফাইলগুলি থেকে অনুপস্থিত। বৈধ এবং কিউরেটেড এন্ট্রি সি. এস. ডি সিস্টেম এবং ওয়েব. সি. এস. ডি ডিস্ট্রিবিউশনে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে, যার প্রাপ্যতা উপযুক্ত অবদানকারীদের মধ্যে সীমাবদ্ধ। তথ্য দেখা সি. এস. ডি-তে সেট করা প্রতিটি তথ্য বিনামূল্যে অ্যাক্সেস স্ট্রাকচার পরিষেবা ব্যবহার করে প্রকাশ্যে দেখা এবং পুনরুদ্ধার করা যেতে পারে। এই ওয়েব-ব্রাউজার ভিত্তিক পরিষেবার মাধ্যমে, ব্যবহারকারীরা 2ডি এবং 3ডি-তে সেট করা ডেটা দেখতে পারেন, কাঠামো সম্পর্কে কিছু মৌলিক তথ্য পেতে পারেন এবং জমা করা ডেটা সেট ডাউনলোড করতে পারেন। সাবস্ক্রিপশন ভিত্তিক সিএসডি সিস্টেমের মাধ্যমে আরও উন্নত অনুসন্ধান ফাংশন এবং কিউরেটেড তথ্য পাওয়া যায়। সি. এস. ডি সিস্টেম ব্যবহার করা ছাড়াও, কাঠামো ফাইলগুলি জে. এম. ও. এল-এর মতো বেশ কয়েকটি ওপেন সোর্স কম্পিউটার প্রোগ্রামের মধ্যে একটি ব্যবহার করে দেখা যেতে পারে। কিছু অন্যান্য ফ্রি, কিন্তু ওপেন সোর্স প্রোগ্রামের মধ্যে রয়েছে এমডিএল চাইম, পাইমল, ইউসিএসএফ চিমেরা, রাসমোল, উইংএক্স, সিসিডিসি তার ভিজ্যুয়ালাইজেশন প্রোগ্রাম বুধের একটি বিনামূল্যে সংস্করণ সরবরাহ করে। 2015 সাল থেকে শুরু করে, সি. সি. ডি. সি থেকে বুধ সি. এস. ডি-র কাঠামো থেকে 3ডি প্রিন্ট প্রস্তুত ফাইল তৈরির কার্যকারিতাও সরবরাহ করে। আরও দেখুন ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডাটাবেস বুধ প্রোটিন কাঠামো রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক কেমব্রিজ ক্রিস্টালোগ্রাফিক ডেটা সেন্টার (সিসিডিসি)-সিএসডি বায়োলজিকাল ডেটাবেসের মূল সাইট যুক্তরাজ্যের রাসায়নিক ডেটাবেস কেমব্রিজশায়ারের যুক্তরাজ্যের বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি ডেটাবেস