H3Y41P
এইচ3ওয়াই41পি হল ডিএনএ প্যাকেজিং প্রোটিন হিস্টোন এইচ3-এর একটি এপিজেনেটিক পরিবর্তন। এটি এমন একটি চিহ্ন যা হিস্টোন এইচ3 প্রোটিনের 41তম টাইরোসিন অবশিষ্টাংশের ফসফোরিলেশনকে নির্দেশ করে। গঠনমূলক হেটেরোক্রোমাটিনের কোষ চক্র-নির্ভর নিয়ন্ত্রণ আরোপ করতে, এইচ3ওয়াই41পি অন্যান্য নিয়ন্ত্রক ব্যবস্থার সাথে সহযোগিতা করে। সক্রিয় বি-সেলের মতো বিচ্ছুরিত বড় বি-সেল লিম্ফোমাতে, জেএকে1 টাইরোসিন 41-এ হিস্টোন এইচ3-এর ফসফোরিলেশন জড়িত একটি নন-ক্যানোনিকাল এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণ ব্যবস্থার মাধ্যমে অটোক্রাইন আইএল-6 এবং আইএল-10 সাইটোকিন সক্রিয়করণের মধ্যস্থতা করে। নামকরণ এই পরিবর্তনের নামটি হিস্টোন এইচ3 প্রোটিন সাবইউনিটে টাইরোসিন 41-এর প্রোটিন ফসফোরিলেশনকে নির্দেশ করেঃ সেরিন/থ্রেওনিন/টাইরোসিন ফসফোরিলেশন একটি নেতিবাচক চার্জযুক্ত ফসফেট গ্রুপের সংযোজন প্রোটিন কাঠামোতে বড় পরিবর্তন আনতে পারে, যা প্রোটিন ক্রিয়া নিয়ন্ত্রণে ফসফোরিলেশনের সু-বৈশিষ্ট্যযুক্ত ভূমিকার দিকে পরিচালিত করে। হিস্টোন ফসফোরিলেশনের কাঠামোগত প্রভাব কী তা স্পষ্ট নয়, তবে অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন হিসাবে হিস্টোন ফসফোরিলেশনের স্পষ্ট কাজ রয়েছে। পরিবর্তনের ক্লিনিকাল প্রভাব সক্রিয় বি-সেল-সদৃশ (এবিসি) বিচ্ছুরিত বড় বি-সেল লিম্ফোমাতে, জেএকে1 টাইরোসিন 41-এ হিস্টোন এইচ3-এর ফসফোরিলেশন জড়িত একটি নন-ক্যানোনিকাল এপিজেনেটিক নিয়ন্ত্রণ ব্যবস্থার মাধ্যমে অটোক্রাইন আইএল-6 এবং আইএল-10 সাইটোকিন সক্রিয়করণের মধ্যস্থতা করে। হিস্টোন এইচ3-এ, জেএকে2 ফসফরিলেট ওয়াই41 থাকে। হেটেরোক্রোমাটিন প্রোটিন 1 আলফা (এইচপি1) এইচ3-এর এই অঞ্চলের সাথে আবদ্ধ হয় এবং এইচ3ওয়াই41-এর জেএকে2 সক্রিয়করণ এই বন্ধনকে বাধা দেয়। জেএকে2 ক্রিয়াকলাপের প্রতিরোধ হেমাটোপোয়েটিক অনকোজিন এলএমও2-এর অভিব্যক্তি এবং লিউকেমিক কোষে এর প্রবর্তক এইচ3ওয়াই41-এর ফসফোরিলেশন উভয়কেই হ্রাস করে একই স্থানে এইচপি1 বন্ধনকে বাড়িয়ে তোলে। গঠনমূলক হেটেরোক্রোমাটিন প্রতিলিপি করার ক্ষমতা সরাসরি পৃথক ক্রোমোসোমাল অবস্থানে ক্রোমাটিন সংকোচনের মাত্রা দ্বারা প্রভাবিত হয়। ইউক্রোমাটিন, যা সাধারণত খোলা থাকে এবং বেশিরভাগ কোডিং সিকোয়েন্সে পাওয়া যায়, এবং হেটেরোক্রোমাটিন, যা আরও সংক্ষিপ্ত এবং অত্যন্ত পুনরাবৃত্তিমূলক বিভাগে পাওয়া যায়, হল দুই ধরনের ক্রোমাটিন। হেটেরোক্রোমাটিনকে আরও ফ্যাকাল্টেটিভ এবং গঠনমূলক হেটেরোক্রোমাটিনে বিভক্ত করা হয়, যার মধ্যে প্রথমটি ডিএনএ সিকোয়েন্সগুলিতে পাওয়া যায় যা বিকাশমূলক প্রোটিনের জন্য কোড করে। সেন্ট্রোমেরেস এবং টেলোমেরেসের মতো নির্দিষ্ট ক্রোমোজোমাল অবস্থানের সাথে যুক্ত অ-কোডিং পুনরাবৃত্তিমূলক ডিএনএকে গঠনমূলক হেটেরোক্রোমাটিন হিসাবে উল্লেখ করা হয়। গঠনমূলক হেটেরোক্রোমাটিনের কোষ চক্র-নির্ভর নিয়ন্ত্রণ আরোপ করতে, এইচ3ওয়াই41পি অন্যান্য নিয়ন্ত্রক ব্যবস্থার সাথে সহযোগিতা করে। এইচ3ওয়াই41পি কোষচক্র জুড়ে নিবিড়ভাবে নিয়ন্ত্রিত হয়, এম-পর্যায়ে ফসফোরিলেশন ঘটে এবং মধ্য-এস-পর্যায় পর্যন্ত স্থায়ী হয়; এটি সেপ্টেশন সূচক শিখরের আগে ঘটে এবং এর উপস্থিতি সেন্ট্রোমেরিক হেটেরোক্রোমাটিন থেকে সুই6 স্থানচ্যুতির সাথে মিলে যায়। এইচ3ওয়াই41পি সিডি প্রোটিনে একটি রূপান্তর ঘটায়, সুই6/এইচপি1 ডিএনএতে আরএনএ পলিমারেজ II অ্যাক্সেস সরবরাহ করার জন্য স্থানচ্যুত হয় এবং সিএইচপি1, একটি আরআইটিএস উপাদান, হেটেরোক্রোমাটিনের আরএনএআই-মধ্যস্থ গঠনের জন্য নিয়োগ করা হয়। হিস্টোন পরিবর্তন ইউক্যারিওটিক কোষের জিনোমিক ডিএনএ হিস্টোন নামে পরিচিত বিশেষ প্রোটিন অণুর চারপাশে আবৃত থাকে। ডি. এন. এ-র লুপিং দ্বারা গঠিত জটিলতাগুলি ক্রোমাটিন নামে পরিচিত। হিস্টোন ফসফোরিলেশনের মতো হিস্টোনগুলির অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন প্রোটিন পরিবর্তন করে ক্রোমাটিন কাঠামো পরিবর্তন করতে দেখা গেছেঃ ডিএনএ বা প্রোটিনঃ প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া। হিস্টোন অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনগুলি ক্রোমাটিন কাঠামোকে পরিবর্তন করে। সবচেয়ে সাধারণভাবে সম্পর্কিত হিস্টোন ফসফোরিলেশন ডিএনএ ক্ষতির সেলুলার প্রতিক্রিয়ার সময় ঘটে, যখন ফসফোরিলেটেড হিস্টোন এইচ2এ ডিএনএ ভাঙার স্থানের চারপাশে বড় ক্রোমাটিন ডোমেনকে পৃথক করে। গবেষকরা তদন্ত করেছেন যে হিস্টোনের পরিবর্তনগুলি সরাসরি আরএনএ পলিমারেজ II নির্দেশিত প্রতিলিপিকে প্রভাবিত করে কিনা। গবেষকরা এমন প্রোটিন বেছে নেন যা ট্রান্সক্রিপশনে তাদের প্রভাব পরীক্ষা করার জন্য হিস্টোনগুলিকে সংশোধন করতে পরিচিত, এবং দেখতে পান যে স্ট্রেস-প্ররোচিত কাইনেজ, এমএসকে1, আরএনএ সংশ্লেষণকে বাধা দেয়। যখন টেমপ্লেটটি ক্রোমাটিনে ছিল তখন এমএসকে1 দ্বারা প্রতিলিপির প্রতিরোধ সবচেয়ে সংবেদনশীল ছিল, যেহেতু ক্রোমাটিনে নেই এমন ডিএনএ টেমপ্লেটগুলি এমএসকে1-এর প্রভাব প্রতিরোধী ছিল। দেখা গেছে যে, সেরিন 1-এ এমএসকে1 ফসফোরিলেটেড হিস্টোন এইচ2এ এবং সেরিন 1-এর অ্যালানিনে রূপান্তর এমএসকে1 দ্বারা প্রতিলিপির প্রতিরোধকে অবরুদ্ধ করে। এইভাবে ফলাফলগুলি পরামর্শ দেয় যে হিস্টোনের অ্যাসিটাইলেশন এমএসকে1 হিসাবে একটি কাইনেজ দ্বারা একটি প্রতিরোধমূলক ফসফোরাইলেশন দমন করে প্রতিলিপি উদ্দীপিত করতে পারে। ফসফোরিলেশন অ্যামিনো অ্যাসিডের পার্শ্ব শৃঙ্খলে একটি চার্জযুক্ত এবং হাইড্রোফিলিক গ্রুপের প্রবর্তন করে, সম্ভবত নিকটবর্তী অ্যামিনো অ্যাসিডের সাথে মিথস্ক্রিয়া পরিবর্তন করে একটি প্রোটিনের কাঠামো পরিবর্তন করে। কিছু প্রোটিন যেমন পি53-এ একাধিক ফসফরিলেশন সাইট থাকে, যা জটিল, বহু-স্তরের নিয়ন্ত্রণকে সহজতর করে। প্রোটিনগুলি সহজেই ফসফোরিলেটেড এবং ডিফসফোরিলেটেড হতে পারে, এই ধরনের পরিবর্তন কোষগুলির জন্য বাহ্যিক সংকেত এবং পরিবেশগত অবস্থার প্রতি সাড়া দেওয়ার জন্য একটি নমনীয় প্রক্রিয়া। কাইনেস ফসফোরিলেট প্রোটিন এবং ফসফেটেজ ডিফসফোরিলেট প্রোটিন। অনেক এনজাইম এবং রিসেপ্টর ফসফোরাইলেশন এবং ডিফসফোরাইলেশন দ্বারা "চালু" বা "বন্ধ" করা হয়। বিপরীতমুখী ফসফোরিলেশনের ফলে অনেক এনজাইম এবং রিসেপ্টরগুলির কাঠামোতে একটি গঠনগত পরিবর্তন ঘটে, যার ফলে সেগুলি সক্রিয় বা নিষ্ক্রিয় হয়ে যায়। ফসফোরিলেশন সাধারণত ইউক্যারিওটিক প্রোটিনের সেরিন, থ্রেওনিন, টাইরোসিন এবং হিস্টিডিনের অবশিষ্টাংশে ঘটে। ইউক্যারিওটিক প্রোটিনের হিস্টিডাইন ফসফোরিলেশন টাইরোসিন ফসফোরিলেশনের তুলনায় অনেক বেশি ঘন ঘন দেখা যায়। প্রোক্যারিওটিক প্রোটিনে ফসফোরিলেশন সেরিন, থ্রেওনিন, টাইরোসিন, হিস্টিডাইন বা আর্জিনিন বা লাইসিনের অবশিষ্টাংশে ঘটে। একটি অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশের একটি অ-মেরু আর গ্রুপে একটি ফসফেট (পিও43-) অণু যোগ করা একটি প্রোটিনের হাইড্রোফোবিক অংশকে একটি অণুর মেরু এবং অত্যন্ত হাইড্রোফিলিক অংশে পরিণত করতে পারে। এইভাবে প্রোটিনের গতিবিদ্যা প্রোটিনের অন্যান্য হাইড্রোফোবিক এবং হাইড্রোফিলিক অবশিষ্টাংশের সাথে দীর্ঘ-পরিসীমা অ্যালোস্টেরির মাধ্যমে প্রোটিনের কাঠামোতে একটি গঠনমূলক পরিবর্তন আনতে পারে। এপিজেনেটিক প্রভাব হিস্টোন-পরিবর্তনকারী কমপ্লেক্স বা ক্রোমাটিন পুনর্নির্মাণ কমপ্লেক্স দ্বারা হিস্টোন লেজের অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন কোষ দ্বারা ব্যাখ্যা করা হয় এবং জটিল, সমন্বিত প্রতিলিপি আউটপুটের দিকে পরিচালিত করে। মনে করা হয় যে একটি হিস্টোন কোড একটি নির্দিষ্ট অঞ্চলে হিস্টোনগুলির মধ্যে একটি জটিল মিথস্ক্রিয়া দ্বারা জিনের অভিব্যক্তি নির্দেশ করে। হিস্টোনগুলির বর্তমান বোঝাপড়া এবং ব্যাখ্যা দুটি বড় মাপের প্রকল্প থেকে আসেঃ এনকোড এবং এপিজেনোমিক রোডম্যাপ। এপিজেনোমিক অধ্যয়নের উদ্দেশ্য ছিল সমগ্র জিনোম জুড়ে এপিজেনেটিক পরিবর্তনগুলি তদন্ত করা। এটি ক্রোমাটিন অবস্থার দিকে পরিচালিত করে, যা বিভিন্ন প্রোটিন এবং/অথবা হিস্টোন পরিবর্তনগুলি একসাথে গোষ্ঠীবদ্ধ করে জিনোমিক অঞ্চলগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে। জিনোমে প্রোটিনের বাঁধাইয়ের অবস্থান দেখে ড্রোসোফিলা কোষে ক্রোমাটিনের অবস্থা তদন্ত করা হয়েছিল। চিআইপি-সিকোয়েন্সিং-এর ব্যবহার জিনোমের বিভিন্ন ব্যান্ডিং দ্বারা চিহ্নিত অঞ্চলগুলি প্রকাশ করে। ড্রোসোফিলাতেও বিভিন্ন বিকাশের পর্যায়গুলি বর্ণনা করা হয়েছিল, হিস্টোন পরিবর্তনের প্রাসঙ্গিকতার উপর জোর দেওয়া হয়েছিল। প্রাপ্ত তথ্যের দিকে নজর দিলে হিস্টোন পরিবর্তনের উপর ভিত্তি করে ক্রোমাটিন অবস্থার সংজ্ঞা পাওয়া যায়। কিছু পরিবর্তন ম্যাপ করা হয়েছিল এবং নির্দিষ্ট জিনোমিক অঞ্চলে স্থানীয়করণের জন্য সমৃদ্ধকরণ দেখা গিয়েছিল। মানব জিনোম ক্রোমাটিন অবস্থার সাথে চিহ্নিত করা হয়। এই টীকাকৃত অবস্থাগুলি অন্তর্নিহিত জিনোম ক্রম থেকে স্বাধীনভাবে একটি জিনোমকে টীকাকৃত করার নতুন উপায় হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। ডি. এন. এ ক্রম থেকে এই স্বাধীনতা হিস্টোন পরিবর্তনের এপিজেনেটিক প্রকৃতি প্রয়োগ করে। ক্রোমাটিন অবস্থা নিয়ন্ত্রক উপাদানগুলি সনাক্ত করতেও কার্যকর যার কোনও সংজ্ঞায়িত ক্রম নেই, যেমন বর্ধক। এই অতিরিক্ত স্তরের টীকা কোষ নির্দিষ্ট জিন নিয়ন্ত্রণ সম্পর্কে আরও গভীর বোঝার সুযোগ করে দেয়। পদ্ধতি হিস্টোন চিহ্ন বিভিন্ন উপায়ে সনাক্ত করা যেতে পারেঃ ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন সিকোয়েন্সিং (চিআইপি-সিকোয়েন্সিং) একবার লক্ষ্যযুক্ত প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ এবং ইমিউনোপ্রিসিপিটেড ডিএনএ সমৃদ্ধকরণের পরিমাণ পরিমাপ করে। এটি ভাল অপ্টিমাইজেশনের ফলস্বরূপ এবং কোষে ডিএনএ-প্রোটিন বন্ধন প্রকাশ করতে ভিভোতে ব্যবহৃত হয়। জিনোমিক অঞ্চল বরাবর বিভিন্ন হিস্টোন পরিবর্তনের জন্য বিভিন্ন ডিএনএ টুকরোগুলি সনাক্ত ও পরিমাপ করতে চিপ-সেক ব্যবহার করা যেতে পারে। 2. মাইক্রোকোকাল নিউক্লিজ সিকোয়েন্সিং (এমএনএজ-সেকিউ) ভাল অবস্থানে থাকা নিউক্লিওসোম দ্বারা আবদ্ধ অঞ্চলগুলি অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়। নিউক্লিওসোম অবস্থান সনাক্ত করতে মাইক্রোকোকাল নিউক্লিজ এনজাইম ব্যবহার করা হয়। ভাল অবস্থানে থাকা নিউক্লিওসোমগুলির ক্রম সমৃদ্ধ হতে দেখা যায়। 3. ট্রান্সপোসেজ অ্যাক্সেসিবল ক্রোমাটিন সিকোয়েন্সিং (এটিএসি-এসইকিউ)-এর জন্য পরীক্ষাটি নিউক্লিওসোম মুক্ত (ওপেন ক্রোমাটিন) অঞ্চলগুলিতে দেখার জন্য ব্যবহৃত হয়। এটি নিউক্লিওসোম স্থানীয়করণকে তুলে ধরতে হাইপার্যাকটিভ টিএন5 ট্রান্সপোসন ব্যবহার করে। রেফারেন্স এপিজেনেটিক্স অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন