H3T11P
এইচ3টি11পি হল ডিএনএ প্যাকেজিং প্রোটিন হিস্টোন এইচ3-এর একটি এপিজেনেটিক পরিবর্তন। এটি এমন একটি চিহ্ন যা হিস্টোন এইচ3 প্রোটিনের 11তম থ্রেওনাইন অবশিষ্টাংশের ফসফোরিলেশনকে নির্দেশ করে। থ্রিওনাইন 11-এ হিস্টোন এইচ3 ফসফোরিলেশন প্রতিলিপিগত নিয়ন্ত্রণের জন্য একটি অনন্য ক্রোমাটিন চিহ্ন স্থাপন করে। গ্লিসন স্কোর দ্বারা পরিমাপ করা প্রস্টেট কার্সিনোমাতে ফসফোরিলেটেড এইচ3টি11-এর মাত্রা বেশি থাকে। এইচ3টি11পি হল বার্ধক্য এবং পুষ্টির চাপের জন্য একটি বায়োমার্কার। চাপের মধ্যে, এইচ3টি11পি নিয়ন্ত্রণ করতে এস. এইচ. 9 এবং সিকে2 কাইনেস একসঙ্গে কাজ করে। খাদ্যাভ্যাসের চাপের প্রতিক্রিয়া পরিবর্তন করে, এইচ3পিটি11 মিউট্যান্টগুলি তাদের কালানুক্রমিক দীর্ঘায়ু প্রসারিত করতে সক্ষম হয়েছিল। নামকরণ এই পরিবর্তনের নামটি হিস্টোন এইচ3 প্রোটিন সাবইউনিটে থ্রেওনিন 11-এর প্রোটিন ফসফোরিলেশনকে নির্দেশ করেঃ সেরিন/থ্রেওনিন/টাইরোসিন ফসফোরিলেশন একটি নেতিবাচক চার্জযুক্ত ফসফেট গ্রুপের সংযোজন প্রোটিন কাঠামোতে বড় পরিবর্তন আনতে পারে, যা প্রোটিন ক্রিয়া নিয়ন্ত্রণে ফসফোরিলেশনের সু-বৈশিষ্ট্যযুক্ত ভূমিকার দিকে পরিচালিত করে। হিস্টোন ফসফোরিলেশনের কাঠামোগত প্রভাব কী তা স্পষ্ট নয়, তবে অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন হিসাবে হিস্টোন ফসফোরিলেশনের স্পষ্ট কাজ রয়েছে। প্রোটিন-কিনেজ-সি-সম্পর্কিত কিনেজ 1 (পিআরকে1) ফসফোরিলেটস হিস্টোন এইচ3-কে থ্রিওনাইন 11-এ পরিবর্তনের ক্লিনিকাল প্রভাব যখন অ্যান্ড্রোজেন রিসেপ্টর টার্গেট জিনে লিগ্যান্ড-নির্ভর নিয়োগ ঘটে। গ্লিসন স্কোর দ্বারা পরিমাপ করা প্রোস্টেট কার্সিনোমাতে পিআরকে1 এবং ফসফোরিলেটেড এইচ3টি11-এর মাত্রা বেশি। পিআরকে1 প্রতিরোধ এআর-প্ররোচিত টিউমার কোষের বিস্তারকে বাধা দেয়, যা এটিকে একটি সম্ভাব্য থেরাপিউটিক লক্ষ্য করে তোলে। অ্যান্ড্রোজেন রিসেপ্টর প্রোস্টেট ক্যান্সারের উৎপত্তি এবং অগ্রগতিতে ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর হিসাবে কাজ করে। এইচ3টি11পি হল বার্ধক্য এবং পুষ্টির চাপের জন্য একটি বায়োমার্কার। চাপের মধ্যে, এইচ3টি11পি নিয়ন্ত্রণ করতে এস. এইচ. 9 এবং সিকে2 কাইনেস একসঙ্গে কাজ করে। খাদ্যাভ্যাসের চাপের প্রতিক্রিয়া পরিবর্তন করে, এইচ3টি11পি মিউট্যান্টগুলি তাদের কালানুক্রমিক দীর্ঘায়ু প্রসারিত করতে সক্ষম হয়েছিল। এস. এইচ. 9 এবং সি. কে. 2 দ্বারা এইচ3টি11-এর ফসফোরিলেশন জীবনকাল নিয়ন্ত্রণে ক্রোমাটিনের প্রতি পুষ্টিকর চাপের প্রতিক্রিয়াকে সংযুক্ত করে। এইচ3টি11পি হ্রাস প্রাথমিক পর্যায়ে চাপের প্রতিক্রিয়া পরিবর্তন করে জীবনকালকে দীর্ঘায়িত করে। হিস্টোন পরিবর্তন ইউক্যারিওটিক কোষের জিনোমিক ডিএনএ হিস্টোন নামে পরিচিত বিশেষ প্রোটিন অণুর চারপাশে আবৃত থাকে। ডি. এন. এ-র লুপিং দ্বারা গঠিত জটিলতাগুলি ক্রোমাটিন নামে পরিচিত। হিস্টোন ফসফোরিলেশনের মতো হিস্টোনগুলির অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন প্রোটিন পরিবর্তন করে ক্রোমাটিন কাঠামো পরিবর্তন করতে দেখা গেছেঃ ডিএনএ বা প্রোটিনঃ প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া। হিস্টোন অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তনগুলি ক্রোমাটিন কাঠামোকে পরিবর্তন করে। সবচেয়ে সাধারণভাবে সম্পর্কিত হিস্টোন ফসফোরিলেশন ডিএনএ ক্ষতির সেলুলার প্রতিক্রিয়ার সময় ঘটে, যখন ফসফোরিলেটেড হিস্টোন এইচ2এ ডিএনএ ভাঙার স্থানের চারপাশে বড় ক্রোমাটিন ডোমেনকে পৃথক করে। গবেষকরা তদন্ত করেছেন যে হিস্টোনের পরিবর্তনগুলি সরাসরি আরএনএ পলিমারেজ II নির্দেশিত প্রতিলিপিকে প্রভাবিত করে কিনা। গবেষকরা এমন প্রোটিন বেছে নেন যা ট্রান্সক্রিপশনে তাদের প্রভাব পরীক্ষা করার জন্য হিস্টোনগুলিকে সংশোধন করতে পরিচিত, এবং দেখতে পান যে স্ট্রেস-প্ররোচিত কাইনেজ, এমএসকে1, আরএনএ সংশ্লেষণকে বাধা দেয়। যখন টেমপ্লেটটি ক্রোমাটিনে ছিল তখন এমএসকে1 দ্বারা প্রতিলিপির প্রতিরোধ সবচেয়ে সংবেদনশীল ছিল, যেহেতু ক্রোমাটিনে নেই এমন ডিএনএ টেমপ্লেটগুলি এমএসকে1-এর প্রভাব প্রতিরোধী ছিল। দেখা গেছে যে, সেরিন 1-এ এমএসকে1 ফসফোরিলেটেড হিস্টোন এইচ2এ এবং সেরিন 1-এর অ্যালানিনে রূপান্তর এমএসকে1 দ্বারা প্রতিলিপির প্রতিরোধকে অবরুদ্ধ করে। এইভাবে ফলাফলগুলি পরামর্শ দেয় যে হিস্টোনের অ্যাসিটাইলেশন এমএসকে1 হিসাবে একটি কাইনেজ দ্বারা একটি প্রতিরোধমূলক ফসফোরাইলেশন দমন করে প্রতিলিপি উদ্দীপিত করতে পারে। ফসফোরিলেশন অ্যামিনো অ্যাসিডের পার্শ্ব শৃঙ্খলে একটি চার্জযুক্ত এবং হাইড্রোফিলিক গ্রুপের প্রবর্তন করে, সম্ভবত নিকটবর্তী অ্যামিনো অ্যাসিডের সাথে মিথস্ক্রিয়া পরিবর্তন করে একটি প্রোটিনের কাঠামো পরিবর্তন করে। কিছু প্রোটিন যেমন পি53-এ একাধিক ফসফরিলেশন সাইট থাকে, যা জটিল, বহু-স্তরের নিয়ন্ত্রণকে সহজতর করে। প্রোটিনগুলি সহজেই ফসফোরিলেটেড এবং ডিফসফোরিলেটেড হতে পারে, এই ধরনের পরিবর্তন কোষগুলির জন্য বাহ্যিক সংকেত এবং পরিবেশগত অবস্থার প্রতি সাড়া দেওয়ার জন্য একটি নমনীয় প্রক্রিয়া। কাইনেস ফসফোরিলেট প্রোটিন এবং ফসফেটেজ ডিফসফোরিলেট প্রোটিন। অনেক এনজাইম এবং রিসেপ্টর ফসফোরাইলেশন এবং ডিফসফোরাইলেশন দ্বারা "চালু" বা "বন্ধ" করা হয়। বিপরীতমুখী ফসফোরিলেশনের ফলে অনেক এনজাইম এবং রিসেপ্টরগুলির কাঠামোতে একটি গঠনগত পরিবর্তন ঘটে, যার ফলে সেগুলি সক্রিয় বা নিষ্ক্রিয় হয়ে যায়। ফসফোরিলেশন সাধারণত ইউক্যারিওটিক প্রোটিনের সেরিন, থ্রেওনিন, টাইরোসিন এবং হিস্টিডিনের অবশিষ্টাংশে ঘটে। ইউক্যারিওটিক প্রোটিনের হিস্টিডাইন ফসফোরিলেশন টাইরোসিন ফসফোরিলেশনের তুলনায় অনেক বেশি ঘন ঘন দেখা যায়। প্রোক্যারিওটিক প্রোটিনে ফসফোরিলেশন সেরিন, থ্রেওনিন, টাইরোসিন, হিস্টিডাইন বা আর্জিনিন বা লাইসিনের অবশিষ্টাংশে ঘটে। একটি অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশের একটি অ-মেরু আর গ্রুপে একটি ফসফেট (পিও43-) অণু যোগ করা একটি প্রোটিনের হাইড্রোফোবিক অংশকে একটি অণুর মেরু এবং অত্যন্ত হাইড্রোফিলিক অংশে পরিণত করতে পারে। এইভাবে প্রোটিনের গতিবিদ্যা প্রোটিনের অন্যান্য হাইড্রোফোবিক এবং হাইড্রোফিলিক অবশিষ্টাংশের সাথে দীর্ঘ-পরিসীমা অ্যালোস্টেরির মাধ্যমে প্রোটিনের কাঠামোতে একটি গঠনমূলক পরিবর্তন আনতে পারে। এপিজেনেটিক প্রভাব হিস্টোন-পরিবর্তনকারী কমপ্লেক্স বা ক্রোমাটিন পুনর্নির্মাণ কমপ্লেক্স দ্বারা হিস্টোন লেজের অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন কোষ দ্বারা ব্যাখ্যা করা হয় এবং জটিল, সমন্বিত প্রতিলিপি আউটপুটের দিকে পরিচালিত করে। মনে করা হয় যে একটি হিস্টোন কোড একটি নির্দিষ্ট অঞ্চলে হিস্টোনগুলির মধ্যে একটি জটিল মিথস্ক্রিয়া দ্বারা জিনের অভিব্যক্তি নির্দেশ করে। হিস্টোনগুলির বর্তমান বোঝাপড়া এবং ব্যাখ্যা দুটি বড় মাপের প্রকল্প থেকে আসেঃ এনকোড এবং এপিজেনোমিক রোডম্যাপ। এপিজেনোমিক অধ্যয়নের উদ্দেশ্য ছিল সমগ্র জিনোম জুড়ে এপিজেনেটিক পরিবর্তনগুলি তদন্ত করা। এটি ক্রোমাটিন অবস্থার দিকে পরিচালিত করে, যা বিভিন্ন প্রোটিন এবং/অথবা হিস্টোন পরিবর্তনগুলি একসাথে গোষ্ঠীবদ্ধ করে জিনোমিক অঞ্চলগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে। জিনোমে প্রোটিনের বাঁধাইয়ের অবস্থান দেখে ড্রোসোফিলা কোষে ক্রোমাটিনের অবস্থা তদন্ত করা হয়েছিল। চিআইপি-সিকোয়েন্সিং-এর ব্যবহার জিনোমের বিভিন্ন ব্যান্ডিং দ্বারা চিহ্নিত অঞ্চলগুলি প্রকাশ করে। ড্রোসোফিলাতেও বিভিন্ন বিকাশের পর্যায়গুলি বর্ণনা করা হয়েছিল, হিস্টোন পরিবর্তনের প্রাসঙ্গিকতার উপর জোর দেওয়া হয়েছিল। প্রাপ্ত তথ্যের দিকে নজর দিলে হিস্টোন পরিবর্তনের উপর ভিত্তি করে ক্রোমাটিন অবস্থার সংজ্ঞা পাওয়া যায়। কিছু পরিবর্তন ম্যাপ করা হয়েছিল এবং নির্দিষ্ট জিনোমিক অঞ্চলে স্থানীয়করণের জন্য সমৃদ্ধকরণ দেখা গিয়েছিল। মানব জিনোম ক্রোমাটিন অবস্থার সাথে চিহ্নিত করা হয়। এই টীকাকৃত অবস্থাগুলি অন্তর্নিহিত জিনোম ক্রম থেকে স্বাধীনভাবে একটি জিনোমকে টীকাকৃত করার নতুন উপায় হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। ডি. এন. এ ক্রম থেকে এই স্বাধীনতা হিস্টোন পরিবর্তনের এপিজেনেটিক প্রকৃতি প্রয়োগ করে। ক্রোমাটিন অবস্থা নিয়ন্ত্রক উপাদানগুলি সনাক্ত করতেও কার্যকর যার কোনও সংজ্ঞায়িত ক্রম নেই, যেমন বর্ধক। এই অতিরিক্ত স্তরের টীকা কোষ নির্দিষ্ট জিন নিয়ন্ত্রণ সম্পর্কে আরও গভীর বোঝার সুযোগ করে দেয়। পদ্ধতি হিস্টোন চিহ্ন বিভিন্ন উপায়ে সনাক্ত করা যেতে পারেঃ ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন সিকোয়েন্সিং (চিআইপি-সিকোয়েন্সিং) একবার লক্ষ্যযুক্ত প্রোটিনের সাথে আবদ্ধ এবং ইমিউনোপ্রিসিপিটেড ডিএনএ সমৃদ্ধকরণের পরিমাণ পরিমাপ করে। এটি ভাল অপ্টিমাইজেশনের ফলস্বরূপ এবং কোষে ঘটে যাওয়া ডিএনএ-প্রোটিন বন্ধন প্রকাশ করতে ভিভোতে ব্যবহৃত হয়। জিনোমিক অঞ্চল বরাবর বিভিন্ন হিস্টোন পরিবর্তনের জন্য বিভিন্ন ডিএনএ টুকরোগুলি সনাক্ত ও পরিমাপ করতে চিপ-সেক ব্যবহার করা যেতে পারে। 2. মাইক্রোকোকাল নিউক্লিজ সিকোয়েন্সিং (এমএনএজ-সেকিউ) ভাল অবস্থানে থাকা নিউক্লিওসোম দ্বারা আবদ্ধ অঞ্চলগুলি অনুসন্ধান করতে ব্যবহৃত হয়। নিউক্লিওসোম অবস্থান সনাক্ত করতে মাইক্রোকোকাল নিউক্লিজ এনজাইম ব্যবহার করা হয়। ভাল অবস্থানে থাকা নিউক্লিওসোমগুলির ক্রম সমৃদ্ধ হতে দেখা যায়। 3. ট্রান্সপোসেজ অ্যাক্সেসিবল ক্রোমাটিন সিকোয়েন্সিং (এটিএসি-এসইকিউ)-এর জন্য পরীক্ষাটি নিউক্লিওসোম মুক্ত (ওপেন ক্রোমাটিন) অঞ্চলগুলিতে দেখার জন্য ব্যবহৃত হয়। এটি নিউক্লিওসোম স্থানীয়করণকে তুলে ধরতে হাইপার্যাকটিভ টিএন5 ট্রান্সপোসন ব্যবহার করে। রেফারেন্স এপিজেনেটিক্স অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন