Random coil index
র্যান্ডম কয়েল ইনডেক্স (আরসিআই) প্রোটিনের নমনীয়তার পূর্বাভাস দেয় ব্যাকবোন সেকেন্ডারি কেমিক্যাল শিফটের বিপরীত ওজনের গড় গণনা করে এবং মডেল-মুক্ত অর্ডার প্যারামিটারগুলির মানগুলির পাশাপাশি এনএমআর-এর প্রতি-অবশিষ্টাংশ আরএমএসডি এবং এই প্যারামিটার থেকে আণবিক গতিবিদ্যার এনসেম্বলগুলির পূর্বাভাস দেয়। প্রোটিনের নমনীয়তা অধ্যয়নের বিদ্যমান পদ্ধতির তুলনায় এই প্রটোকলের মূল সুবিধাগুলি হল এটির জন্য প্রোটিনের তৃতীয় কাঠামো সম্পর্কে পূর্ব জ্ঞানের প্রয়োজন হয় না, এটি প্রোটিনের সামগ্রিক পতনের প্রতি সংবেদনশীল নয় এবং মেরুদণ্ডের কাজগুলির জন্য মানক পরীক্ষার বাইরে অতিরিক্ত এন. এম. আর পরিমাপের প্রয়োজন হয় না। প্রোটিনের নমনীয়তাকে চিহ্নিত করার জন্য গৌণ রাসায়নিক পরিবর্তনের প্রয়োগ একটি ধারণার উপর ভিত্তি করে যে এলোমেলো কুণ্ডলীর মানগুলিতে রাসায়নিক পরিবর্তনের নৈকট্য বর্ধিত প্রোটিন গতিশীলতার একটি প্রকাশ, যেখানে এলোমেলো কুণ্ডলীর মানগুলির থেকে উল্লেখযোগ্য পার্থক্য তুলনামূলকভাবে অনমনীয় কাঠামোর একটি ইঙ্গিত। যদিও অনমনীয় অবশিষ্টাংশের রাসায়নিক স্থানান্তর প্রতিরক্ষামূলক এবং নির্বীজন প্রভাবের তুলনামূলক অবদানের ফলস্বরূপ এলোমেলো কয়েল মান গ্রহণ করতে পারে (যেমন। টর্জন কোণ, হাইড্রোজেন বন্ধন, রিং স্রোত ইত্যাদি থেকে। ), একাধিক নিউক্লিয়াস থেকে একক পরামিতিগুলিতে রাসায়নিক স্থানান্তরের সংমিশ্রণ এই নমনীয় মিথ্যা ধনাত্মকগুলির প্রভাব হ্রাস করতে সহায়তা করে। উন্নত কর্মক্ষমতা বিভিন্ন নিউক্লিয়াস থেকে এলোমেলো কয়েল রাসায়নিক স্থানান্তরের বিভিন্ন সম্ভাব্যতা থেকে উদ্ভূত হয় যা নমনীয় অঞ্চল বনাম অনমনীয় অঞ্চলে অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশের মধ্যে পাওয়া যায়। সাধারণত, অনমনীয় হেলিসেস বা অনমনীয় বিটা-স্ট্র্যান্ডগুলির অবশিষ্টাংশগুলি ভ্রাম্যমাণ অঞ্চলের অবশিষ্টাংশগুলির তুলনায় তাদের মেরুদণ্ডের স্থানান্তরের মধ্যে একাধিক এলোমেলো কয়েল রাসায়নিক স্থানান্তর হওয়ার সম্ভাবনা কম থাকে। আর. সি. আই-এর প্রকৃত গণনায় বেশ কয়েকটি সংলগ্ন অবশিষ্টাংশের উপর গৌণ স্থানান্তর মসৃণ করা, পার্শ্ববর্তী অবশিষ্টাংশ সংশোধনের ব্যবহার, রাসায়নিক স্থানান্তর পুনর্বিবেচনা, ফাঁক পূরণ, রাসায়নিক স্থানান্তর স্কেলিং এবং শূন্য-দ্বারা-বিভাজন প্রতিরোধের জন্য সংখ্যাসূচক সমন্বয় সহ বেশ কয়েকটি অতিরিক্ত পদক্ষেপ জড়িত থাকে। 13সি, 15এন এবং 1এইচ গৌণ রাসায়নিক স্থানান্তরগুলি তারপর এই নিউক্লিয়াসের বৈশিষ্ট্যগত অনুরণন ফ্রিকোয়েন্সিগুলির জন্য এবং প্রোটোকলের বিভিন্ন অংশের মধ্যে সংখ্যাসূচক সামঞ্জস্য প্রদানের জন্য পরিমাপ করা হয়। একবার এই স্কেলিং সংশোধন করা হয়ে গেলে, আরসিআই গণনা করা হয়। এই সময়ে "শেষ-প্রভাব সংশোধন" প্রয়োগ করা যেতে পারে। প্রোটোকলের শেষ ধাপে তিন-পয়েন্ট গড় দ্বারা আরসিআই মানগুলির প্রাথমিক সেট মসৃণ করা জড়িত। আরও দেখুন কেমিক্যাল শিফট কেমিক্যাল শিফট ইনডেক্স প্রোটিন ডাইনামিক্স প্রোটিন এন. এম. আর. এন. এম. আর নিউক্লিয়ার ম্যাগনেটিক রিসোনেন্স স্পেকট্রোস্কোপি প্রোটিন নিউক্লিয়ার ম্যাগনেটিক রিসোনেন্স স্পেকট্রোস্কোপি প্রোটিন <আই. ডি. 1> এবং প্রোটিন নমনীয়তা প্রোটিন রেফারেন্স নিউক্লিয়ার ম্যাগনেটিক রিসোনেন্স নিউক্লিয়ার ম্যাগনেটিক রিসোনেন্স সফ্টওয়্যার প্রোটিন পদ্ধতি প্রোটিন কাঠামো বায়োফিজিক্স বৈজ্ঞানিক কৌশল রসায়ন সফ্টওয়্যার