Small Molecule Pathway Database
স্মল মলিকুল পাথওয়ে ডাটাবেস (এস. এম. পি. ডি. বি) একটি ব্যাপক, উচ্চমানের, অবাধে অ্যাক্সেসযোগ্য, অনলাইন ডাটাবেস যার মধ্যে 600 টিরও বেশি ছোট অণু রয়েছে। বিপাকীয়) পথ মানুষের মধ্যে পাওয়া যায়। এস. এম. পি. ডি. বি বিশেষভাবে মেটাবোলোমিক্স, ট্রান্সক্রিপ্টোমিক্স, প্রোটিওমিক্স এবং সিস্টেম বায়োলজিতে পথ ব্যাখ্যা এবং পথ আবিষ্কারকে সমর্থন করার জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। এটি আংশিকভাবে, পাঁচ ধরনের ছোট অণু পথের রঙিন, বিস্তারিত, সম্পূর্ণ অনুসন্ধানযোগ্য, হাইপারলিঙ্কড রেখাচিত্র সরবরাহ করে তা করতে সক্ষমঃ 1) সাধারণ মানব বিপাকীয় পথ; 2) মানব বিপাকীয় রোগের পথ; 3) মানব বিপাকীয় সংকেত পথ; 4) ড্রাগ-অ্যাকশন পথ এবং 5) ড্রাগ বিপাকীয় পথ। এসএমপিডিবি পথগুলি গুগল ম্যাপের মতো ইন্টারফেস ব্যবহার করে ইন্টারেক্টিভভাবে নেভিগেট, দেখা এবং জুম করা যেতে পারে। সমস্ত এস. এম. পি. ডি. বি পথের মধ্যে প্রাসঙ্গিক অঙ্গ, উপকোষীয় বিভাগ, প্রোটিন কোফ্যাক্টর, প্রোটিন অবস্থান, বিপাকীয় অবস্থান, রাসায়নিক কাঠামো এবং প্রোটিন কোয়াটারনারি কাঠামো (চিত্র। 1)। এস. এম. পি. ডি. বি-র প্রতিটি ছোট অণু এইচ. এম. ডি. বি বা ড্রাগব্যাঙ্কের বিস্তারিত বর্ণনার সাথে হাইপারলিঙ্ক করা থাকে এবং প্রতিটি প্রোটিন বা এনজাইম কমপ্লেক্স ইউনিপ্রোটের সাথে হাইপারলিঙ্ক করা থাকে। উপরন্তু, সমস্ত এস. এম. পি. ডি. বি পথগুলি বিস্তারিত বিবরণ এবং রেফারেন্সের সাথে থাকে, যা প্রতিটি রেখাচিত্রে চিত্রিত পথ, অবস্থা বা প্রক্রিয়াগুলির একটি সংক্ষিপ্ত বিবরণ প্রদান করে। ব্যবহারকারীরা এসএমপিডিবি ব্রাউজ করতে পারেন (চিত্র। 2) অথবা পাঠ্য অনুসন্ধানের মাধ্যমে এর বিষয়বস্তু অনুসন্ধান করুন (চিত্র। 3), ক্রম অনুসন্ধান, বা রাসায়নিক কাঠামো অনুসন্ধান। জিন বা প্রোটিনের নাম, ওষুধের নাম, মেটাবোলাইটের নাম, জেনব্যাঙ্ক আইডি, সুইস-প্রোট আইডি, এজিলেন্ট বা অ্যাফিমেট্রিক্স মাইক্রো অ্যারে আইডি-র তালিকা দিয়ে অনুসন্ধান করা সহ আরও শক্তিশালী প্রশ্নও সম্ভব। এই প্রশ্নগুলি মিলে যাওয়া পথের তালিকা তৈরি করবে এবং প্রতিটি পথের রেখাচিত্রে মিলে যাওয়া অণুগুলিকে তুলে ধরবে। এস. এম. পি. ডি. বি-র ম্যাপিং ইন্টারফেসের মাধ্যমে জিন, মেটাবোলাইট এবং প্রোটিন ঘনত্বের তথ্যও দৃশ্যমান করা যেতে পারে। এসএমপিডিবি হল বিপাকীয় তথ্যভাণ্ডারের একটি অংশ যার মধ্যে হিউম্যান মেটাবোলোম ডাটাবেস, ড্রাগব্যাঙ্ক এবং টক্সিন ও টক্সিন-টার্গেট ডাটাবেস (টি3ডিবি) রয়েছে। যেখানে ড্রাগব্যাঙ্কে 7000টি ওষুধ এবং> 4200টি অপ্রয়োজনীয় ওষুধের লক্ষ্য, এনজাইম, পরিবাহক এবং বাহক সম্পর্কিত তথ্য রয়েছে, এইচএমডিবি মানবদেহে পাওয়া 40,000-এরও বেশি ছোট অণু বিপাক ধারণ করে। স্যুটটি টি3ডিবি দ্বারা তার 3100 টিরও বেশি সাধারণ বিষাক্ত পদার্থ এবং 1300 টিরও বেশি সংশ্লিষ্ট বিষাক্ত লক্ষ্যগুলির সাথে পরিপূরক। এস. এম. পি. ডি. বি-র প্রথম সংস্করণটি 2010 সালের 1লা জানুয়ারি মুক্তি পায়। এই রিলিজে ছোট অণু পথের জন্য 350 টিরও বেশি চিত্র-ম্যাপ করা পথ রয়েছে। দর্শক ইন্টারফেসটি 3-ধাপের (ছোট, মাঝারি, বড়) জুমিং সহ স্ক্রোল-বার ইমেজ নেভিগেশনের মধ্যে সীমাবদ্ধ ছিল। এই প্রথম সংস্করণের পথগুলি সীমাবদ্ধ ছিল 1) মানুষের বিপাকীয় পথ; 2) মানুষের বিপাকীয় রোগের পথ; এবং 3) মানুষের বিপাকীয় সংকেত পথ। এস. এম. পি. ডি. বি-র দ্বিতীয় সংস্করণটি 2014 সালে মুক্তি পায়। এই সংস্করণে 620 টিরও বেশি ছোট অণু পথ রয়েছে। ক্লিক-এন-ড্র্যাগ ইমেজ নেভিগেশন এবং সীমাহীন, ইন্টারেক্টিভ জুমিং সহ একটি গুগল-ম্যাপের মতো ইন্টারফেস অন্তর্ভুক্ত করার জন্য দর্শক ইন্টারফেসটি উন্নত করা হয়েছিল। এই দ্বিতীয় সংস্করণের পথগুলি এইভাবে প্রসারিত করা হয়েছেঃ 1) সাধারণ মানব বিপাকীয় পথ; 2) মানব বিপাকীয় রোগের পথ; 3) মানব বিপাকীয় সংকেত পথ; 4) ড্রাগ অ্যাকশন পথ এবং 5) ড্রাগ বিপাকীয় পথ। আরও দেখুন কে. ই. জি. জি. এইচ. এম. ডি. বি. ড্রাগব্যাঙ্ক রিঅ্যাক্টম মেটাসাইক তালিকা জৈবিক তথ্যভাণ্ডারের তথ্যসূত্র মেটাবোলমিক তথ্যভাণ্ডার চিকিৎসা তথ্যভাণ্ডার জৈবিক তথ্যভাণ্ডার