Critical Assessment of Function Annotation
দ্য ক্রিটিক্যাল অ্যাসেসমেন্ট অফ ফাংশনাল অ্যানোটেশন (সিএএফএ) একটি পরীক্ষা যা প্রোটিন ফাংশনের পূর্বাভাস দেওয়ার জন্য নিবেদিত গণনামূলক পদ্ধতির একটি বড় আকারের মূল্যায়ন প্রদানের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। আণবিক ক্রিয়া, জৈবিক প্রক্রিয়া এবং কোষীয় উপাদানের বিভাগগুলিতে জিন অন্টোলজি (জিও) পদগুলির পূর্বাভাস দেওয়ার ক্ষমতা দ্বারা বিভিন্ন অ্যালগরিদম মূল্যায়ন করা হয়। পরীক্ষাটি দুটি ট্র্যাক নিয়ে গঠিতঃ (i) ইউক্যারিওটিক ট্র্যাক, (ii) প্রোক্যারিওটিক ট্র্যাক। প্রতিটি ট্র্যাকে, আয়োজকদের দ্বারা লক্ষ্যগুলির একটি সেট সরবরাহ করা হয়। অংশগ্রহণকারীরা জমা দেওয়ার সময়সীমার মধ্যে তাদের ভবিষ্যদ্বাণী জমা দেবেন বলে আশা করা হচ্ছে, যার পরে তাদের নির্দিষ্ট মেট্রিকের একটি সেট অনুযায়ী মূল্যায়ন করা হয়। অনুপ্রেরণা একটি জীবের জিনোম শত থেকে দশ হাজার জিন নিয়ে গঠিত হতে পারে, যা লক্ষ লক্ষ বিভিন্ন প্রোটিন ক্রমের জন্য এনকোড করে। জিনোম সিকোয়েন্সিংয়ের তুলনামূলকভাবে কম খরচের কারণে, জিন এবং প্রোটিন সিকোয়েন্স নির্ধারণ করা দ্রুত এবং সস্তা। এখনও পর্যন্ত হাজার হাজার প্রজাতির ক্রমবিন্যাস করা হয়েছে, তবুও অনেক প্রোটিন ভালভাবে চিহ্নিত করা হয়নি। কোষে একটি প্রোটিনের ভূমিকা পরীক্ষামূলকভাবে নির্ধারণ করার প্রক্রিয়াটি একটি ব্যয়বহুল এবং সময়সাপেক্ষ কাজ। উপরন্তু, কার্যকরী মূল্যায়ন করা হলেও এগুলি প্রোটিনের কার্যকারিতা সম্পর্কে সম্পূর্ণ অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করার সম্ভাবনা কম। তাই প্রোটিনকে কার্যকরীভাবে ব্যাখ্যা করার জন্য গণনামূলক সরঞ্জাম ব্যবহার করা গুরুত্বপূর্ণ হয়ে উঠেছে। প্রোটিন ফাংশন পূর্বাভাসের বেশ কয়েকটি গণনামূলক পদ্ধতি রয়েছে যা বিভিন্ন জৈবিক এবং বিবর্তনীয় তথ্য ব্যবহার করে প্রোটিন ফাংশন অনুমান করতে পারে, তবে উন্নতির জন্য উল্লেখযোগ্য জায়গা রয়েছে। প্রোটিনের কার্যকারিতার সঠিক পূর্বাভাস বায়োমেডিকাল এবং ফার্মাসিউটিক্যাল গবেষণার উপর দীর্ঘস্থায়ী প্রভাব ফেলতে পারে। সিএএফএ পরীক্ষাটি গণনামূলক পদ্ধতির নিরপেক্ষ মূল্যায়ন প্রদান, গণনামূলক ক্রিয়াকলাপের পূর্বাভাসে গবেষণাকে উদ্দীপিত করতে এবং ক্রিয়াকলাপের পূর্বাভাসে সামগ্রিক অত্যাধুনিক অন্তর্দৃষ্টি প্রদানের জন্য ডিজাইন করা হয়েছে। সংগঠন পরীক্ষাটি তিনটি পর্যায় নিয়ে গঠিতঃ ভবিষ্যদ্বাণী পর্যায়ঃ ~ 4 মাস আয়োজকরা সম্প্রদায়কে অজানা বা অসম্পূর্ণ কার্যকারিতা সহ প্রোটিন সিকোয়েন্স সরবরাহ করে এবং ভবিষ্যদ্বাণী জমা দেওয়ার সময়সীমা নির্ধারণ করে লক্ষ্য জমাঃ 6-12 সমস্ত ভবিষ্যদ্বাণী সংরক্ষণ করার পরে এবং পরীক্ষাটি একটি অপেক্ষার সময়কালে প্রবেশ করে যেখানে প্রোটিন ফাংশনগুলি পাবলিক ডেটাবেসে জমা হবে বলে আশা করা হয় বিশ্লেষণ পর্যায়ঃ 1 মাসের ভবিষ্যদ্বাণীকারীদের তাদের কর্মক্ষমতা অনুযায়ী স্থান দেওয়া হয়। ফলাফলগুলি বৈজ্ঞানিক সভাগুলিতে প্রকাশ্যে ভাগ করা হয় এবং সহকর্মী পর্যালোচনার পরে প্রকাশিত হয়। সিএএফএ পরীক্ষাটি অটোমেটেড ফাংশন প্রেডিকশন (এএফপি) স্পেশাল ইন্টারেস্ট গ্রুপ (এএফপি/এসআইজি) দ্বারা পরিচালিত হয়। সিএএফএ ডাঃ ইনবাল (হ্যালপেরিন) ল্যান্ডসবার্গ দ্বারা ধারণা করা হয়েছিল এবং অধ্যাপক রাস অল্টম্যান এবং ডাঃ ইডো ফ্রিডবার্গের সাথে তাঁর দ্বারা সংগঠিত হয়েছিল। 2005, 2006, 2008, 2011 এবং 2012 সালে ইন্টেলিজেন্ট সিস্টেমস ফর মলিকুলার বায়োলজি সম্মেলনের পাশাপাশি একটি এএফপি/এসআইজি সভা অনুষ্ঠিত হয়েছে। সিএএফএ 2010-2012 প্রথম সিএএফএ পরীক্ষাটি 2010 সালের শরৎ এবং 2012 সালের বসন্তের মধ্যে সংগঠিত হয়েছিল। আয়োজকরা এই ক্রমগুলির প্রত্যেকটির জন্য জিন অন্টোলজি টীকাগুলির পূর্বাভাস দেওয়ার কাজ সহ সম্প্রদায়ের জন্য 48,000 ক্রম সরবরাহ করেছিলেন। এই 48,000টি প্রোটিনের মধ্যে 866টি লক্ষ্য সঞ্চয়ের পর্যায়ে পরীক্ষামূলকভাবে ব্যাখ্যা করা হয়েছিল। ফলাফলগুলি দেখায় যে বর্তমান ফাংশন পূর্বাভাস অ্যালগরিদমগুলি একটি সাধারণ ডোমেন অ্যাসাইনমেন্ট বা ব্লাস্ট প্যাকেজের সরাসরি ব্যবহারের তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে ভাল কাজ করে। যাইহোক, তারা আরও প্রকাশ করেছে যে একটি প্রোটিনের জৈবিক ক্রিয়াকলাপের সঠিক ভবিষ্যদ্বাণী এখনও একটি উন্মুক্ত এবং চ্যালেঞ্জিং সমস্যা। সিএএফএ 2013-2014 2013 সালের শরৎকালে দ্বিতীয় সিএএফএ পরীক্ষা শুরু হয়। আগস্ট থেকে শুরু করে, আগ্রহী দলগুলি 27টি প্রজাতির 100,000-এরও বেশি টার্গেট সিকোয়েন্স ডাউনলোড করতে পারে। নিবন্ধিত দলগুলিকে হিউম্যান ফেনোটাইপ অন্টোলজি পদগুলির সাথে মানব ক্রমগুলি ব্যাখ্যা করার জন্য একটি অতিরিক্ত চ্যালেঞ্জ সহ জিন অন্টোলজি পদগুলির সাথে ক্রমগুলি ব্যাখ্যা করার জন্য চ্যালেঞ্জ করা হয়। জমা দেওয়ার সময়সীমা ছিল 2014 সালের 15ই জানুয়ারি। 2014 সালের জুন মাসে ভবিষ্যদ্বাণীগুলির মূল্যায়ন করা হবে। আরও দেখুন সিএএসপিঃ প্রোটিন কাঠামোর পূর্বাভাসের সমালোচনামূলক মূল্যায়ন সিএপিআরআইঃ মিথস্ক্রিয়ার পূর্বাভাসের সমালোচনামূলক মূল্যায়ন রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক স্বয়ংক্রিয় ফাংশন পূর্বাভাস বিশেষ আগ্রহ গোষ্ঠী-সিএএফএ চ্যালেঞ্জ অংশগ্রহণের তথ্য বায়োইনফরম্যাটিক্স