Rule-based modeling
নিয়ম-ভিত্তিক মডেলিং হল একটি মডেলিং পদ্ধতি যা নিয়মের একটি সেট ব্যবহার করে যা পরোক্ষভাবে একটি গাণিতিক মডেল নির্দিষ্ট করে। নিয়ম-সেটটি হয় মার্কভ চেইন বা ডিফারেনশিয়াল সমীকরণের মতো মডেলে অনুবাদ করা যেতে পারে, অথবা এমন সরঞ্জাম ব্যবহার করে ব্যবহার করা যেতে পারে যা অনুবাদ করা মডেলের পরিবর্তে সরাসরি নিয়ম-সেটের উপর কাজ করে, কারণ পরেরটি সাধারণত অনেক বড় হয়। নিয়ম-ভিত্তিক মডেলিং বিশেষত সেই ক্ষেত্রে কার্যকর যেখানে নিয়ম-সেটটি যে মডেলটি বোঝায় তার চেয়ে উল্লেখযোগ্যভাবে সহজ, যার অর্থ মডেলটি সীমিত সংখ্যক নিদর্শনগুলির পুনরাবৃত্তি প্রকাশ। একটি গুরুত্বপূর্ণ ক্ষেত্র যেখানে এটি প্রায়শই ঘটে তা হল জীবের জৈব রাসায়নিক মডেল। পারস্পরিক সংশ্লিষ্ট পদার্থের গোষ্ঠীগুলি পারস্পরিক সংশ্লিষ্ট মিথস্ক্রিয়া সাপেক্ষে। বায়োনেটজেন হল সফ্টওয়্যার সরঞ্জামগুলির একটি স্যুট যা সরাসরি সমীকরণ তৈরি না করে সাধারণ ডিফারেনশিয়াল সমীকরণগুলির সমন্বয়ে গাণিতিক মডেল তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়। উদাহরণস্বরূপ নীচে বায়োনেটজেন বিন্যাসের একটি উদাহরণ দেওয়া হয়েছেঃ যেখানেঃ এ (এ, এ): দুটি মুক্ত বাঁধাই সাইটের সাথে একটি মডেল প্রজাতি এ-কে উপস্থাপন করে এ বি (বি): একটি মুক্ত বাঁধাই সাইটের সাথে একটি মডেল প্রজাতি বি-কে উপস্থাপন করে এ (এ! 1)। বি (বি! 1): মডেল প্রজাতির প্রতিনিধিত্ব করে যেখানে এ-এর কমপক্ষে একটি বাঁধাই সাইট বি-এর বাঁধাই সাইটের সাথে আবদ্ধ থাকে উপরের কোডের লাইন সহ, বায়োনেটজেন স্বয়ংক্রিয়ভাবে প্রতিটি মডেল প্রজাতির জন্য সঠিক ভর ভারসাম্য সহ একটি ওডিই তৈরি করবে। উপরন্তু, একটি অতিরিক্ত প্রজাতি তৈরি করা হবে কারণ উপরের নিয়মটি বোঝায় যে দুটি বি অণু একটি একক এ অণুর সাথে আবদ্ধ হতে পারে কারণ দুটি বাঁধাই সাইট রয়েছে। অতএব, নিম্নলিখিত প্রজাতিগুলি উৎপন্ন হবেঃ 4। A (a! 1, a! 2). B (b! 1). B (b! 2): দুটি ভিন্ন B অণু দ্বারা আবদ্ধ উভয় বন্ধন স্থান সহ অণু A। বায়োকেমিক্যাল সিস্টেমের জন্য বায়োকেমিক্যাল সিস্টেমের সিমুলেশনে নিয়ম-ভিত্তিক মডেলিং ব্যবহার করার প্রাথমিক প্রচেষ্টার মধ্যে রয়েছে স্টোকসিম বায়োকেমিক্যাল নেটওয়ার্কের নিয়ম-ভিত্তিক মডেলিংয়ের জন্য ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত একটি সরঞ্জাম হল বায়োনেটজেন এটি জিএনইউ জিপিএল, সংস্করণ 3-এর অধীনে প্রকাশিত হয়। বায়োনেটজেন রাসায়নিক পদার্থগুলি বর্ণনা করার জন্য একটি ভাষা অন্তর্ভুক্ত করে, যার মধ্যে তারা অনুমান করতে পারে এমন অবস্থা এবং তারা যে বন্ধনগুলির মধ্য দিয়ে যেতে পারে। এই নিয়মগুলি একটি প্রতিক্রিয়া নেটওয়ার্ক মডেল তৈরি করতে বা নিয়ম সেটের উপর সরাসরি কম্পিউটার সিমুলেশন সম্পাদন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। বায়োকেমিক্যাল মডেলিং ফ্রেমওয়ার্ক ভার্চ্যুয়াল সেলে একটি বায়োনেটজেন ইন্টারপ্রেটার রয়েছে। একটি ঘনিষ্ঠ বিকল্প হল কাপ্পা ভাষা। আরেকটি বিকল্প হল বায়োকেমিক্যাল স্পেস ল্যাঙ্গুয়েজ। রেফারেন্স সিস্টেম জীববিজ্ঞান আণবিক জীববিজ্ঞান স্টোকাস্টিক সিমুলেশন মুক্ত বিজ্ঞান সফ্টওয়্যার