BioSamples
বায়ো স্যাম্পল (বায়োএসডি) হল ইউরোপীয় বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউটের একটি ডাটাবেস যা সিকোয়েন্সিংয়ে ব্যবহৃত জৈবিক নমুনা সম্পর্কে তথ্যের জন্য। এটি ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশনের (এনসিবিআই) প্রাথমিক তথ্য সংরক্ষণাগারে সংরক্ষিত জৈবিক উপকরণ সম্পর্কে জমা-সরবরাহকারী মেটাডেটা সংরক্ষণ করে। এনসিবিআই-এর আর্কাইভগুলি অনেক প্রজাতির বিভিন্ন ধরনের নমুনা সম্পর্কিত তথ্য হোস্ট করে এবং যেমন বায়োসাম্পেল ডাটাবেস একইভাবে বৈচিত্র্যময়। জৈব নমুনার উদাহরণগুলির মধ্যে রয়েছে প্রাথমিক টিস্যু বায়োপসি, একটি পৃথক জীব বা একটি পরিবেশগত বিচ্ছিন্নতা। বায়োস্যাম্পলস ডাটাবেস নিয়ন্ত্রিত নমুনা বৈশিষ্ট্য ক্ষেত্রের নাম শব্দভাণ্ডারের ব্যবহারকে উৎসাহিত করে একটি কাঠামোগত উপায়ে নমুনা মেটাডেটা ধারণ করে। এই মেটাডেটা নমুনা ডেটা প্রসঙ্গ দেওয়ার মূল চাবিকাঠি, এটি আরও সম্পূর্ণরূপে বোঝার, পুনরায় ব্যবহার করার অনুমতি দেয় এবং বিভিন্ন ডেটা সেটের সমষ্টি সক্ষম করে। নমুনা মেটাডেটা অনেক আর্কাইভাল ডেটাবেস জুড়ে প্রাসঙ্গিক পরীক্ষামূলক ডেটার সাথে সংযুক্ত করা হয়েছে যা নমুনা বিবরণ একবারে জমা দেওয়ার মাধ্যমে জমা দেওয়ার বোঝা উপশম করে। তারপর তারা সেই নমুনাটি উল্লেখ করতে পারে, যখন প্রয়োজন হয়, অন্যান্য সংরক্ষণাগারে তথ্য জমা করার সময়। বায়োসাম্পেল রেকর্ডগুলি সূচীভুক্ত এবং অনুসন্ধানযোগ্য, যা নমুনা বিবরণ দ্বারা ক্রস-ডেটাবেজ প্রশ্নগুলিকে সমর্থন করে। ইতিহাস 2011 সালে নমুনা মেটাডেটা একত্রিত ও মানসম্মত করতে সহায়তা করার জন্য বায়োসাম্পল ডাটাবেস চালু করা হয়েছিল। ঐতিহাসিকভাবে, প্রতিটি সংরক্ষণাগার নমুনা মেটাডেটা সংগ্রহের জন্য নিজস্ব প্রথা তৈরি করেছিল। এগুলি সাধারণত তাদের প্রমিতকরণে সীমাবদ্ধ ছিল এবং একাধিক ডেটা সেট জুড়ে কখন একটি নমুনা ব্যবহার করা হয়েছিল তা নির্দেশ করার কোনও পদ্ধতি ছিল না। এছাড়াও, গবেষণা সম্প্রদায়ের মধ্যে ক্রমবর্ধমান সচেতনতা রয়েছে যে, অন্তর্নিহিত তথ্য বোঝার জন্য নমুনা মেটাডেটা গুরুত্বপূর্ণ। উপরন্তু, উন্নত মেটাডাটার সঙ্গে তথ্যের পুনঃব্যবহার, সমষ্টি এবং সংহতকরণের সম্ভাবনা বৃদ্ধি পায়। ডাটাবেজটি প্রাথমিকভাবে এস. আর. এ, ই. এস. টি, জি. এস. এস এবং ডি. বি. জি. এ. পি থেকে প্রাপ্ত বিদ্যমান বিবরণগুলির সঙ্গে যুক্ত ছিল। 2013 সালের মে মাস পর্যন্ত, এই ডাটাবেসে 18,000 প্রজাতির প্রায় 20 লক্ষ জৈব নমুনা নথি রয়েছে। বিষয়বস্তু বায়ো স্যাম্পল ডাটাবেসের আকার 2012 সালের জানুয়ারির পর থেকে দ্বিগুণ হয়েছে, যখন বায়ো স্যাম্পল ডাটাবেসে 10 লক্ষ নমুনা বর্ণনা করা হয়েছিল, 2013 সালের অক্টোবর পর্যন্ত 80,232টি গোষ্ঠীতে নমুনা পাওয়া গেছে। দ্রুত বৃদ্ধি মূলত নতুন তথ্য উৎস এবং বিদ্যমান উৎস থেকে তথ্যের পরিমাণ বৃদ্ধির কারণে হয়। নতুন তথ্য উৎসগুলির মধ্যে রয়েছে ক্যান্সার জিনোম অ্যাটলাস থেকে 22,288টি নমুনা এবং ক্যাটালগ অফ সোমাটিক মিউটেশন ইন ক্যান্সার (সি. ও. এস. এম. আই. সি) থেকে 9,20,441টি নমুনা। বৈশিষ্ট্যগুলি কাঠামোগত নাম ব্যবহার করে তদন্তের অধীনে থাকা উপাদানকে সংজ্ঞায়িত করেঃ মান জোড়া, উদাহরণস্বরূপঃ টিস্যুঃ লিভার সংগ্রহের তারিখঃ 31-জানুয়ারী-2013 নমুনা প্রকার নির্দিষ্ট করার পরে, ব্যবহারকারীকে পূরণ করার জন্য প্রয়োজনীয় এবং ঐচ্ছিক বৈশিষ্ট্য ক্ষেত্রগুলির একটি তালিকা উপস্থাপন করা হয়, পাশাপাশি কাস্টম বর্ণনামূলক বৈশিষ্ট্যগুলির যে কোনও সংখ্যা সরবরাহ করার সুযোগ। বায়ো-স্যাম্পেল ডাটাবেসটি সম্প্রসারণযোগ্য যাতে নতুন মান বিকাশের সাথে সাথে নতুন প্রকার এবং বৈশিষ্ট্য যুক্ত করা যেতে পারে। বায়োসাম্পেলের ধরন এবং বৈশিষ্ট্য ছাড়াও, প্রতিটি বায়োসাম্পেলের রেকর্ডে রয়েছেঃ বায়োসাম্পেলের ধরন এবং বৈশিষ্ট্যগুলির সম্পূর্ণ তালিকা এবং সংজ্ঞা প্রাকদর্শন এবং ডাউনলোডের জন্য উপলব্ধ। ডেটা অ্যাক্সেস এমন বেশ কয়েকটি উপায় রয়েছে যার মাধ্যমে ডাটাবেস অ্যাক্সেস করা যায়। জনসাধারণের জন্য বায়োএসডি-র প্রাথমিক প্রকাশ শুধুমাত্র একটি ওয়েব ইন্টারফেসের মাধ্যমে ডাটাবেসে প্রবেশাধিকার প্রদান করে। এই ওয়েব ইন্টারফেসটি পরবর্তীকালে 2012 সালের নভেম্বরে এবং তারপর 2013 সালের মার্চ মাসে ই. বি. আই সাইট-ব্যাপী পুনরায় চালু হওয়ার পরে আপডেট করা হয়েছিল। 2013 সালের ফেব্রুয়ারিতে, একটি পাবলিক অ্যাপ্লিকেশন প্রোগ্রামিং ইন্টারফেস (এপিআই) একটি রিপ্রেজেন্টেশনাল স্টেট ট্রান্সফার (আরইএসটি) সিস্টেম ব্যবহার করে প্রকাশ করা হয়েছিল। 2013 সালের অক্টোবরে, ই. বি. আই-এর নতুন আর. ডি. এফ প্ল্যাটফর্মের অংশ হিসাবে একটি এস. পি. এ. আর. কিউ. এল এন্ডপয়েন্ট প্রকাশ করা হয়, যা আর. ডি. এফ বিন্যাসে তথ্যের অ্যাক্সেস প্রদান করে। উপরন্তু, ডাটাবেসটি ই. বি. আই-এর এফ. টি. পি পরিষেবার মাধ্যমে ডাউনলোড করা যেতে পারে। ওয়েব ইন্টারফেস ব্যবহারকারীদের একটি ওয়েব ব্রাউজারের মাধ্যমে বায়োএসডি ডাটাবেস অ্যাক্সেস করার অনুমতি দেয়। এটি নমুনা গোষ্ঠী এবং নমুনা দ্বারা অনুসন্ধান উভয়ের জন্যই কার্যকারিতা প্রদান করে। অনুসন্ধানটি ব্যবহারকারীদের টাইপ করার সময় সম্ভাব্য অনুসন্ধান শব্দগুলি সরবরাহ করে সহায়তা করার জন্য ক্রমবর্ধমান অনুসন্ধান বৈশিষ্ট্যযুক্ত। উন্নত অনুসন্ধান প্রদান করা হয় এবং ব্যবহারকারীদের তাদের অনুসন্ধান পদগুলিতে বাইনারি শব্দ, AND, OR এবং NOT প্রয়োগ করে অনুসন্ধান করার অনুমতি দেয়। উপরন্তু, একটি ওয়াইল্ডকার্ড অক্ষর কোনও অক্ষর সহ অক্ষরের যে কোনও সংমিশ্রণের সাথে মেলে ব্যবহার করা যেতে পারে। যে কোনও একটি অক্ষরের সঙ্গে মিল রাখার জন্য একটি প্রশ্ন চিহ্ন অক্ষরও ব্যবহার করা যেতে পারে। এগুলির উদাহরণ নিম্নলিখিত সারণিতে দেখা যাবেঃ ওয়েব ইন্টারফেস ব্যবহারকারীদের অনুসন্ধানের ফলাফল নির্বাচন করতে এবং সেই অনুসন্ধানের ফলাফলের আরও বিশদ বিবরণ দেখার অনুমতি দেয়। বিস্তারিত দৃশ্যটি আরও তথ্য সরবরাহ করে এবং যে মূল্যায়ন ডাটাবেস (গুলি) থেকে তথ্য সংগ্রহ করা হয়েছিল তার একটি লিঙ্ক উপলব্ধ করে। কলাম দ্বারা অর্ডারও প্রদান করা হয়। অ্যাপ্লিকেশন প্রোগ্রামিং ইন্টারফেস প্রোগ্রামগত উপায়ে তথ্য পুনরুদ্ধারের জন্য এপিআই একটি উপযুক্ত পদ্ধতি প্রদান করে। এটি একটি আরইএসটিফুল সিস্টেম ব্যবহার করে যা ব্যবহারকারীদের ইউআরআই এন্ডপয়েন্টগুলি অনুসন্ধান করতে এবং ফলাফল হিসাবে এক্সএমএল গ্রহণ করতে দেয়। বিভিন্ন ধরনের অনুরোধের জন্য এপিআই-এর ইউআরআই এন্ডপয়েন্ট রয়েছে। এই অনুরোধগুলি নির্দিষ্ট নমুনা খুঁজে পেতে, নির্দিষ্ট গোষ্ঠী খুঁজে পেতে, গোষ্ঠী অনুসন্ধান করতে, নমুনা অনুসন্ধান করতে এবং একটি গোষ্ঠীর মধ্যে নমুনা অনুসন্ধান করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এস. পি. এ. আর. কিউ. এল এন্ডপয়েন্ট ব্যবহারকারীদের একটি ওয়েব ব্রাউজার থেকে ব্যবহারযোগ্য থাকাকালীন স্ট্যান্ডার্ড ওয়েব ইন্টারফেসের চেয়ে আরও বিস্তৃত উপায়ে ডাটাবেস অনুসন্ধান করার অনুমতি দেয়। এই ইন্টারফেসের মাধ্যমে, ব্যবহারকারীদের তাদের অনুসন্ধানে আরও সক্ষম করার জন্য অনেক বেশি জটিল প্রশ্ন করা যেতে পারে। যাইহোক, তথ্য অ্যাক্সেস করার এই পদ্ধতির সাথে একটি বর্ধিত শেখার বক্ররেখা রয়েছে। এস. পি. এ. আর. কিউ. এল এন্ডপয়েন্ট আর. ডি. এফ ফরম্যাটে ফলাফল প্রদান করে যা প্রাথমিকভাবে মেটাডেটা মাথায় রেখে ডিজাইন করা হয়েছিল এবং এইভাবে বায়োএসডি-র প্রয়োজনের জন্য উপযুক্ত। উন্নয়ন দল ই. এম. বি. এল-ই. বি. আই-তে হেলেন পার্কিনসনের দলের একটি অংশ গঠন করে এবং এতে সফ্টওয়্যার ইঞ্জিনিয়ার এবং ওয়েব ডেভেলপার রয়েছে যাদের অন্টোলজিস্ট এবং বায়োইনফরম্যাটিশিয়ানদের দ্বারা নির্দিষ্ট ক্ষেত্রের জ্ঞানের সাহায্যে সহায়তা করা হয়। এই প্রকল্পে ব্যবহৃত প্রাথমিক প্রোগ্রামিং ভাষা হল জাভা প্রোগ্রামিং ভাষা। প্রকল্পের উন্নয়নে সহায়তা করার জন্য, উন্নয়ন দলগুলি জেটব্রেইনস দ্বারা প্রদত্ত ইন্টিগ্রেটেড ডেভেলপমেন্ট এনভায়রনমেন্ট, ইন্টেলিজে আইডিইএ ব্যবহার করে। প্রকল্পে ব্যবহৃত অন্যান্য সরঞ্জামগুলির মধ্যে রয়েছে ক্রমাগত সংহতকরণ এবং সফ্টওয়্যার প্রকাশের পরিচালনার জন্য বাঁশ। উপরন্তু, ইওরকিট একটি জাভা প্রোফাইলার যা বায়োএসডি প্রকল্পে বাগগুলি অপ্টিমাইজ এবং নির্মূল করতে সহায়তা করে। প্রকল্পটি একটি ওপেন সোর্স প্রকল্প হিসাবে তৈরি করা হয়েছে যেখানে সমস্ত সোর্স কোড গিটহাব-এ বিনামূল্যে পাওয়া যায়। বর্তমানে বায়োএসডি ডাটাবেসের উন্নয়ন ও রক্ষণাবেক্ষণের জন্য প্রাথমিক তহবিল ইউরোপীয় আণবিক জীববিজ্ঞান পরীক্ষাগার (ই. এম. বি. এল) মূল বাজেট দ্বারা সরবরাহ করা হয় যা তার 20টি সদস্য দেশ দ্বারা অর্থায়ন করা হয়। ইউরোপীয় কমিশন থেকে বেশ কয়েকটি অনুদানের আকারে অতিরিক্ত অবদানও রয়েছে। ওয়েলকাম ট্রাস্ট এবং মেডিকেল রিসার্চ কাউন্সিল এবং ই. বি. আই. এস. সি ইনোভেটিভ মেডিসিন ইনিশিয়েটিভ দ্বারা প্রদত্ত হিউম্যান ইনডিউসড প্লুরিপোটেন্ট স্টেম সেল ইনিশিয়েটিভ থেকে আরও তহবিল এসেছে। আরও দেখুন ইউরোপীয় বায়োইনফরম্যাটিক্স ইনস্টিটিউট রেফারেন্স বাইরের লিঙ্ক কেমব্রিজশায়ার দক্ষিণ কেমব্রিজশায়ার জেলার বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি