Death Domain database
ডেথ ডোমেইন ডাটাবেস হল ডেথ ডোমেইন সুপারফ্যামিলির প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া (পি. পি. আই)-এর একটি গৌণ ডাটাবেস। এই সুপারফ্যামিলির সদস্যরা অ্যাপোপটোসিস, প্রদাহ, নেক্রোসিস এবং ইমিউন সেল সিগন্যালিং পথের মূল খেলোয়াড়। নেতিবাচক মৃত্যু ডোমেইন সুপারফ্যামিলি-মেডিয়েটেড সিগন্যালিং ইভেন্টের ফলে বিভিন্ন মানব রোগ হয় যার মধ্যে রয়েছে ক্যান্সার, নিউরোডিজেনারেটিভ রোগ এবং ইমিউনোলজিকাল ব্যাধি। বায়োমেডিক্যাল ক্ষেত্রের গবেষকদের জন্য ডেথ ডোমেইন ডেটাবেস তৈরি করা বিশেষ আগ্রহের কারণ এটি ডেথ ডোমেইন মিথস্ক্রিয়ার সাথে জড়িত আণবিক প্রক্রিয়াগুলি আরও বুঝতে সক্ষম করে এবং একটি মিথস্ক্রিয়া মানচিত্রের মতো সরঞ্জামগুলিতে সহজ অ্যাক্সেস সরবরাহ করে যা প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক এবং তথ্যকে চিত্রিত করে। বর্তমানে শুধুমাত্র একটি ডাটাবেস রয়েছে যা একচেটিয়াভাবে ডেথ ডোমেনের দিকে নজর দেয় তবে অন্যান্য ডেটাবেস এবং সংস্থান রয়েছে যা এই সুপারফ্যামিলির তথ্য রাখে। পাবমেডের মতে, এই ডাটাবেসটি আজ অবধি সাতটি পিয়ার-পর্যালোচিত নিবন্ধ দ্বারা উদ্ধৃত করা হয়েছে কারণ এটি ডেথ ডোমেন এবং তাদের পিপিআই সংক্ষিপ্তসার সম্পর্কে বিস্তৃত এবং নির্দিষ্ট তথ্যের জন্য। ডেথ ডোমেন সুপারফ্যামিলি বিবর্তনীয়ভাবে সংরক্ষিত ডেথ ডোমেন সুপারফ্যামিলিকে একটি ডেথ ফোল্ড মোটিফ দ্বারা সংজ্ঞায়িত করা হয় যা বিভিন্ন প্রোটিন-মিথস্ক্রিয়া ডোমেন দ্বারা গঠিত হয়। ডোমেনগুলি ছয়-সাতটি শক্তভাবে কুণ্ডলিত আলফা-হেলিস নিয়ে গঠিত যা একটি "গ্রীক-কী ভাঁজ"-এ সাজানো। এই সুপারফ্যামিলিকে বৃহত্তম এবং সর্বাধিক অধ্যয়নরত প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া (পিপিআই) নেটওয়ার্কগুলির মধ্যে একটি হিসাবে বিবেচনা করা হয়। চার ধরনের ডেথ ডোমেইন উপপরিবার রয়েছেঃ ডেথ এফেক্টার ডোমেন (ডিইডি), ক্যাসপেস রিক্রুটমেন্ট ডোমেন (কার্ড), পাইরিন ডোমেন (পিওয়াইডি) এবং ডেথ ডোমেন (ডিডি)। এই উপপরিবারের ক্ষেত্রগুলি তাদের ক্রম এবং কাঠামোর সাদৃশ্যের কারণে একত্রিত করা হয়েছে। যাইহোক, একই রকম হলেও, প্রতিটি ডোমেনের নিজস্ব সংজ্ঞায়িত কাঠামোগত বৈশিষ্ট্য রয়েছেঃ ডি. ই. ডি-তে একটি আর. এক্স. ডি. এল-মোটিফ, একটি বিঘ্নিত, কার্ডে প্রথম হেলিক্স, পি. ওয়াই. ডি-তে একটি ছোট (বা কখনও কখনও অস্পষ্ট) তৃতীয় হেলিক্স এবং ডি. ডি-তে আরও উন্মুক্ত, নমনীয় তৃতীয় হেলিক্স। এই উপপরিবারের সদস্যরা শুধুমাত্র একই ধরনের উপপরিবারের ডোমেনের সাথে সমজাতীয় বন্ধন গঠন করে। উদাহরণস্বরূপ, ডিইডি শুধুমাত্র ডিইডি, কার্ড-কার্ড, পিওয়াইডি-পিওয়াইডি এবং ডিডি-ডিডির সঙ্গে আবদ্ধ হবে। এই সমজাতীয় মিথস্ক্রিয়া একই ডোমেনের মাত্র দু 'জন সদস্যের সাথে হয় (বা বিরল অনুষ্ঠানে আরও বেশি) এবং এই ডোমেনগুলির একে অপরের সাথে ভিন্নধর্মী মিথস্ক্রিয়া রয়েছে বলে কোনও প্রমাণ পাওয়া যায়নি। ডেথ ডোমেইন উপপরিবার ডেথ এফেক্টোর ডোমেইন (ডিইডি) ডিইডি ডোমেইনগুলি কর্ডাটা ফাইলামে অত্যন্ত সংরক্ষিত এবং ইচিনোডার্মাটা ফাইলাম এবং ভাইরাসগুলিতে ছোট শতাংশেও পাওয়া যায়। ডিইডি-যুক্ত প্রোটিনগুলি ক্যাসপেস প্রোটিনের মিথস্ক্রিয়ার সাথে অ্যাপোপটোসিস নিয়ন্ত্রণের সাথে যুক্ত এবং স্তন্যপায়ী প্রাণীদের মধ্যে উল্লেখযোগ্যভাবে নথিভুক্ত করা হয়েছে। ডিইডি ডোমেনগুলি অন্যান্য ডোমেনের সাথে মিথস্ক্রিয়া করার জন্য পরিচিত এবং এর মধ্যে রয়েছেঃ পারমাণবিক স্থানীয়করণ ক্রম (ডিইডিডি-তে), ট্রান্সমেম্ব্রেন ডোমেন (বিএপি31 এবং বারে), নিউক্লিওটাইড-বাইন্ডিং ডোমেন (ডিএপি3-তে), এসএএম ডোমেন (বারে), কয়েল-কয়েল ডোমেন (হিপ এবং হিপ্পিতে), এবং ই2-বাইন্ডিং রিং ডোমেন (বারে)। ক্যাসপেস রিক্রুটমেন্ট ডোমেইন (কার্ড) কার্ড ডোমেইনগুলি প্রাথমিকভাবে কর্ডেটে পাওয়া যায়, যার মধ্যে অনেকগুলি প্রাণী সাম্রাজ্য থেকে আসে এবং নেমাটোডা এবং ইচিনোডার্মাটা ফাইলাতে ছোট শতাংশে পাওয়া যায়। কার্ড ডোমেইন ধারণকারী প্রোটিন মডিউলগুলি অ্যাপোপটোসিসের সাথে যুক্ত, ক্যাসপেসগুলির নিয়ন্ত্রণের মাধ্যমে যার সাথে তারা মিথস্ক্রিয়া করছে, সেইসাথে এনএফ-কাপ্পাবি সংকেত পথে অংশগ্রহণের মাধ্যমে প্রদাহ প্রক্রিয়াগুলিতে। পাইরিন ডোমেন (পিওয়াইডি) পিওয়াইডি ডোমেন, যা ডোমেন ইন অ্যাপোপটোসিস এবং ইন্টারফেরন রেসপন্স (ডিএপিআইএন) ডোমেন নামেও পরিচিত, সাধারণত মেরুদণ্ডী প্রাণী এবং ভাইরাল প্রোটিনে পাওয়া যায় এবং অ্যাপোপটোসিস, ক্যান্সার এবং প্রদাহে জড়িত থাকে। ডেথ ডোমেইন সুপারফ্যামিলির 4 জন সদস্যের মধ্যে এই গোষ্ঠীর কার্যকারিতা সবচেয়ে কম বোঝা যায়। ডেথ ডোমেন (ডিডি) এই ডোমেনটি প্রধানত প্রাণীজগতে পাওয়া যায়, বিশেষত স্তন্যপায়ী প্রাণীদের মধ্যে, যাদের বিভিন্ন ধরনের পিপিআই রয়েছে যা ডেথ ডোমেন ধারণ করে। স্মার্ট-এর অপ্রয়োজনীয় তথ্যভাণ্ডার অনুসারে, স্তন্যপায়ী প্রাণীদের জানা ডিডি-ডোমেনের প্রায় 61 শতাংশ রয়েছে। ডিডি-যুক্ত প্রোটিনগুলি কার্ড ডোমেনের মতো অ্যাপোপটোসিস এবং প্রদাহের সাথে যুক্ত। এটি সহজাত অনাক্রম্যতার সঙ্গেও যুক্ত। ডিডিগুলি অ্যানকিরিন পুনরাবৃত্তি, ক্যাসপেজের মতো ভাঁজ, কাইনেজ ডোমেন, লিউসিন জিপার, লিউসিন সমৃদ্ধ পুনরাবৃত্তি (এলআরআর), টিআইআর ডোমেন এবং জেডইউ5 ডোমেন সহ অন্যান্য ধরনের ডোমেনের সাথেও পাওয়া যেতে পারে। ওভারভিউ Deathdomain.org প্রাথমিকভাবে Kwon et al দ্বারা তৈরি করা হয়েছিল। (2012) ডেথ ডোমেইন সুপারফ্যামিলি মিডিয়েটেড সিগন্যালিং পাথওয়েতে আরও গবেষণা উদ্দীপিত করার জন্য। তাদের ডাটাবেস ম্যানুয়ালি কিউরেট করা হয় এবং ডেথ ডোমেইন সুপারফ্যামিলি এবং এর প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া সম্পর্কে বিস্তারিত তথ্য প্রদানের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে। কোয়ন এবং তাঁর দল পি. পি. আই মডিউল এবং তাদের সম্পর্কিত মৃত্যুর ক্ষেত্রগুলির উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে 295 টি প্রকাশিত পিয়ার-পর্যালোচিত গবেষণা গবেষণা, সংকলন এবং সংশোধন করে শুরু করেছিলেন। ডাটাবেসটি এখন ব্যবহারকারীদের 311টি পিয়ার-পর্যালোচিত গবেষণা থেকে তথ্য সরবরাহ করে, যা মূল প্রকাশনার তুলনায় সামান্য বৃদ্ধি। এই ডাটাবেজটি প্রদান করেঃ ডেথ ডোমেইন সুপারফ্যামিলি প্রোটিন এবং সংশ্লিষ্ট পি. পি. আই তথ্যের বিস্তৃত সারসংক্ষেপ সাহিত্য, ডোমেন কাঠামো এবং পরীক্ষামূলক সংস্থানগুলি থেকে প্রাসঙ্গিক বিশ্লেষণাত্মক পদ্ধতি সম্পর্কে তথ্য ডেথ ডোমেন সুপারফ্যামিলি (সার্চ ইঞ্জিন, একটি মিথস্ক্রিয়া মানচিত্র এবং অন্যান্য ডেটাবেসের সাথে তথ্যের তুলনা করার লিঙ্ক) দ্বারা মধ্যস্থতা করা সিগন্যালিং নেটওয়ার্কে শেখার এবং গবেষণার সুবিধার্থে বৈশিষ্ট্য এবং সরঞ্জামগুলি পাবমেড ডাটাবেস তৈরি করা DeathDomain.org ডাটাবেসে তথ্য সংগ্রহের জন্য ব্যবহৃত প্রাথমিক উৎস ছিল। সাইটের লেখকরা ইউনিপ্রোটকেবি এবং এন্ট্রেজ জিনের 99টি ডেথ ডোমেইন সুপারফ্যামিলি প্রোটিনের প্রতিশব্দ খুঁজে বের করে শুরু করেছিলেন। প্রোটিনের নামের পাশাপাশি, অন্যান্য প্রোটিনের সাথে শারীরিক বন্ধনে জড়িত ডেথ ডোমেন প্রোটিনের জন্য পুডমেড ডাটাবেসে নিবন্ধগুলি অনুসন্ধান করতে সমার্থক শব্দগুলি ব্যবহার করা হয়েছিল। সমস্ত প্রাসঙ্গিক নিবন্ধ অধ্যয়নে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে কিনা তা নিশ্চিত করার জন্য ডিআইপি, ইন্ট্যাক্ট, এমআইএনটি এবং স্ট্রিং ডাটাবেসে আরও অনুসন্ধান করা হয়েছিল। লেখকরা 99টি ডিডি সুপারফ্যামিলি প্রোটিনের মধ্যে 175টি পিপিআই জোড়া নিয়ে আলোচনা করা 295টি পিয়ার-পর্যালোচিত নিবন্ধ খুঁজে বের করতে এবং ম্যানুয়ালি সংশোধন করতে সক্ষম হন। 99টি ডিডি সুপারফ্যামিলি প্রোটিনের মধ্যে 181টি পিপিআই জোড়া নিয়ে আলোচনা করা মূল প্রকাশনার পর থেকে এই সংখ্যা 311টি পিয়ার-রিভিউ করা গবেষণাপত্রে বৃদ্ধি পেয়েছে। সাহিত্যে তথ্য সংগ্রহ করার জন্য, লেখকরা বিশ্লেষণাত্মক পদ্ধতি, পরীক্ষামূলক ফলাফল, সম্পদ এবং নামকরণের দিকে মনোনিবেশ করতে বেছে নিয়েছিলেন। যদি কাগজপত্রগুলিতে অপর্যাপ্ত তথ্য থাকে, তবে ব্যবহারকারীরা এই বিভাগগুলিতে "নির্দিষ্ট নয়" দেখতে পাবেন। ডিডি সুপারফ্যামিলি এবং পি. পি. আই সারসংক্ষেপ এই বৈশিষ্ট্যটি আগ্রহের একটি ডেথ ডোমেন বেছে নিয়ে এবং এই ডোমেন ধারণকারী একটি প্রোটিন বেছে নেওয়ার জন্য সাবট্যাব ব্যবহার করে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে। এটি ব্যবহারকারীকে প্রচুর তথ্যের দিকে নিয়ে যাবে যা খুব বিস্তারিতভাবে ("বিস্তারিত" ট্যাবে) বা কম বিস্তারিতভাবে ("এক নজরে" ট্যাবে) দেখা যাবে। যথাক্রমে 1ডি এবং 1সি)। তথ্যকে আরও তিনটি বিভাগে ভাগ করা হয়েছেঃ মিথস্ক্রিয়া, চরিত্রায়ন এবং কার্যকরী ভূমিকা। এই বিভাগগুলি বেছে নেওয়া হয়েছিল কারণ এগুলি অনুরূপ গবেষণায় ব্যবহৃত হয়েছিল। বেশিরভাগ ক্ষেত্রে, প্রতিটি পি. পি. আই-এর জন্য, ব্যবহারকারীরা পাবমেড আই. ডি-তে ক্লিক করে, শিরোনাম, বিমূর্ত, লেখক, নিবন্ধে উল্লিখিত মিথস্ক্রিয়া এবং প্রকাশনার একটি লিঙ্ক সহ বিশদ বিবরণ দিয়ে তাদের সম্পর্কে আরও জানতে পারেন। অন্যান্য সাবহেডিং ট্যাবগুলি প্রোটিনের পুরো নাম, বিকল্প নাম, ফাংশন এবং ডেথ ডোমেইন উপপরিবার এবং সীমানা অঞ্চল সহ প্রোটিনের তথ্য অ্যাক্সেস দেয়। পরেরটি সুবিধাজনকভাবে ব্যবহারকারীদের ইউনিপ্রোটকেবি/সুইস-প্রোট এবং ইউনিপ্রোটকেবি/ট্রাইএমবিএল ডেটাবেস থেকে অ্যামিনো অ্যাসিড সিকোয়েন্স এবং ডোমেন সীমানা এমবিএল, জেনব্যাঙ্ক বা ফাস্টা ফর্ম্যাটে পেতে দেয়। বাহ্যিক ডাটাবেস লিঙ্কে ক্লিক করে, ব্যবহারকারীরা অন্যান্য প্রজাতিতে পাওয়া ডোমেন-ধারণকারী প্রোটিনের জন্য এই তথ্য পেতে পারেন। উপযুক্ত শনাক্তকারী নম্বরে ক্লিক করে তারা অনুরূপ ডাটাবেসের (ইউনিপ্রোট, ডিআইপি, স্ট্রিং, কেইজিজি, ইন্ট্যাক্ট এবং এমআইএনটি) আরও তথ্য পেতে পারে। শেষ দুটি ট্যাব ব্যবহারকারীদের "3-ডি স্ট্রাকচার" ট্যাবের অধীনে ডাউনলোডযোগ্য 3-ডি স্ট্রাকচার ইমেজ এবং "ডিজিজ" ট্যাবের (চিত্র। 1ই)। পরিসংখ্যান পৃষ্ঠায় ডেটাবেসে ব্যবহৃত প্রকাশনার একটি তালিকা (প্রকাশনার বছর দ্বারা পৃথক) রয়েছে এবং একটি হাইপারলিঙ্কের মাধ্যমে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে। পৃষ্ঠাটি প্রতি ডোমেনে পি. পি. আই-এর সংখ্যার সারসংক্ষেপও উপস্থাপন করে এবং তাদের পি. পি. আই সারসংক্ষেপ পৃষ্ঠার সাথে হাইপারলিঙ্ক করা থাকে। আরেকটি সারণীবদ্ধ বৈশিষ্ট্য হল ডেথ ডোমেন ডাটাবেসে পাওয়া ডিডি সুপারফ্যামিলির মধ্যস্থ পিপিআই জুটির অন্যান্য পিপিআই ডেটাবেসের সাথে তুলনা। এই পৃষ্ঠাটি ব্যবহারকারীদের দেখায় যে তাদের ডাটাবেসে Deathbase.org এর চেয়ে বেশি পিপিআই জোড়া রয়েছে এবং ইন্টএক্ট এবং মিন্টের মতো একই সংখ্যা রয়েছে। অন্যান্য সম্পদ তথ্যসূত্র বাহ্যিক লিঙ্ক http://www.deathdomain.org http://arquivo.pt/wayback/20160515224643/http:// www. deathbase. org/Biology ডেটাবেস প্রোটিন ডোমেইন