Family-based QTL mapping
কোয়ান্টিটেটিভ ট্রেইট লোকাই ম্যাপিং বা কিউটিএল ম্যাপিং হল জিনোমিক অঞ্চলগুলি চিহ্নিত করার প্রক্রিয়া যা সম্ভাব্যভাবে গুরুত্বপূর্ণ অর্থনৈতিক, স্বাস্থ্য বা পরিবেশগত বৈশিষ্ট্যের জন্য দায়ী জিন ধারণ করে। কিউ. টি. এল-এর ম্যাপিং একটি গুরুত্বপূর্ণ কার্যকলাপ যা উদ্ভিদ প্রজননকারী এবং জিনতত্ত্ববিদরা নিয়মিতভাবে সম্ভাব্য কার্যকারণ জিনগুলিকে আগ্রহের ফেনোটাইপের সাথে যুক্ত করতে ব্যবহার করেন। পরিবার-ভিত্তিক কিউটিএল ম্যাপিং হল কিউটিএল ম্যাপিংয়ের একটি রূপ যেখানে একাধিক-পরিবার ব্যবহার করা হয়। মানুষের বংশানুক্রমিকতা এবং গমের বংশানুক্রমিক তথ্যের মধ্যে পূর্বপুরুষ সম্পর্কে তথ্য অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। বংশের নথি রাখা একটি শতাব্দী প্রাচীন ঐতিহ্য। বংশবৃত্তান্তগুলি জিন-চিহ্নিতকারী তথ্য ব্যবহার করেও যাচাই করা যেতে পারে। উদ্ভিদের ক্ষেত্রে পদ্ধতিটি উদ্ভিদ প্রজনন জনসংখ্যার প্রেক্ষাপটে আলোচনা করা হয়েছে। বংশানুক্রমিক নথি উদ্ভিদ প্রজননকারীদের দ্বারা রাখা হয় এবং বংশানুক্রমিক নির্বাচন বিভিন্ন উদ্ভিদ প্রজাতিতে জনপ্রিয়। উদ্ভিদের বংশানুক্রমিকতা মানুষের থেকে আলাদা, বিশেষত যেহেতু উদ্ভিদগুলি ভেষজ-একজন ব্যক্তি পুরুষ বা মহিলা হতে পারে এবং প্রজননকারী লুপগুলির সাথে এলোমেলো সংমিশ্রণে সঙ্গম করা যেতে পারে। এছাড়াও উদ্ভিদের বংশে "সেলফ" থাকতে পারে, অর্থাৎ। একটি উদ্ভিদের স্ব-পরাগায়নের ফলে বংশধর। বংশানুক্রমিক সংজ্ঞা সরল ক্রস চিহ্ন উদাহরণ/প্রথম ক্রম ক্রস এস. ও. এন. 64/কে. এল. আর. ই/, দ্বিতীয় ক্রম ক্রস আই. আর 64/কে. এল. আর. ই// সি. আই. এ. এন. 0/3/, তৃতীয় ক্রম ক্রস টি. ও. বি. এস/3/এস. ও. এন 64/কে. এল. আর. ই/সি. আই. এ. এন. 0/4/, চতুর্থ ক্রম ক্রস টি. ও. বি. এস/3/এস. ও. এন 64/কে. এল. আর. ই/সি. আই. এ. এন 0/4/সি. আই. এ. এন/এন/, এন. টি. এইচ অর্ডার ক্রস ব্যাক ক্রস চিহ্ন * এন বার ব্যাক ক্রস প্যারেন্ট বাম দিকের সাধারণ ক্রস প্রতীক ব্যবহার করে, ব্যাক ক্রস প্যারেন্ট হল মহিলা, ডান দিকের পুরুষ, উদাহরণ দেখুন/3 * এ. এন. ই, ট প্রচলিত পদ্ধতির সীমাবদ্ধতা ঐতিহ্যবাহী ম্যাপিং জনসংখ্যার মধ্যে রয়েছে একক পরিবার যা দুই পিতামাতা বা তিন পিতামাতার মধ্যে প্রায়শই দূরবর্তী সম্পর্কিত। ঐতিহ্যবাহী ম্যাপিং পদ্ধতির সঙ্গে যুক্ত কিছু গুরুত্বপূর্ণ সীমাবদ্ধতা রয়েছে। যার মধ্যে কয়েকটি সীমিত পলিমরফিজমের হার এবং একাধিক জেনেটিক পটভূমিতে মার্কার কার্যকারিতার কোনও ইঙ্গিত দেয় না। প্রায়শই, একটি কিউটিএল ম্যাপিং জনসংখ্যার বিকাশ এবং ম্যাপ করার সময়, প্রজননকারীরা ঐতিহ্যবাহী প্রজনন এবং নির্বাচন পদ্ধতি ব্যবহার করে নতুন কিউটিএলকে প্রবেশ করেছে। এটি প্রজনন কর্মসূচির মধ্যে এমএএস (মার্কার-সহায়ক নির্বাচন)-এর উপযোগিতা হ্রাস করতে পারে যখন এমএএস সবচেয়ে কার্যকর হতে পারে (অর্থাৎ, নতুন কিউটিএল চিহ্নিত হওয়ার পরেই)। পরিবার-ভিত্তিক কিউটিএল ম্যাপিং বিদ্যমান উদ্ভিদ প্রজনন পরিবারগুলি ব্যবহার করে এই সীমাবদ্ধতা সরিয়ে দেয়। সাধারণ অধ্যয়নের জনসংখ্যার ম্যাপিং মোটামুটিভাবে, অধ্যয়নের নকশার 3টি শ্রেণী রয়েছেঃ অধ্যয়নের নকশা যেখানে বর্ধিত বা একক পরিবারের আত্মীয়দের বড় সেটের নমুনা নেওয়া হয়, অধ্যয়নের নকশা যেখানে আত্মীয়দের জোড়া নমুনা নেওয়া হয় (যেমন, ভাইবোন জোড়া) বা অধ্যয়নের নকশা যেখানে সম্পর্কহীন ব্যক্তিদের নমুনা নেওয়া হয়। সম্পর্কহীন ব্যক্তি অজানা বংশের সাথে ব্যক্তিদের প্রাকৃতিক সংগ্রহ (সম্পর্কহীন বলে বিবেচিত) ম্যাপিং জনসংখ্যা গঠন করে। জনসংখ্যা ভিত্তিক অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং কৌশল এই ধরনের জনসংখ্যার উপর ভিত্তি করে। উদ্ভিদের প্রেক্ষাপটে এই ধরনের জনসংখ্যা খুঁজে পাওয়া কঠিন কারণ বেশিরভাগ ব্যক্তিই কোনও না কোনওভাবে সম্পর্কিত। এই ধরনের পদ্ধতির অন্যান্য অসুবিধা হল যে আমরা এই ধরনের জনসংখ্যা খুঁজে পেলেও, এই ধরনের পরিস্থিতিতে আগ্রহের অ্যালিলের (সাধারণত মিউট্যান্ট) জন্য উচ্চ অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সি খুঁজে পাওয়া কঠিন। অ্যালিল ফ্রিকোয়েন্সিতে ভারসাম্য তৈরি করার উদ্দেশ্যে, সাধারণত কেস-কন্ট্রোল স্টাডি। এই ধরনের নকশায় একাধিক স্বাধীন পরিবারের এক জোড়া ভাই-বোন অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। প্রতিটি ভাইবোনের সদস্যদের এলোমেলোভাবে বেছে নেওয়া হয় না-প্রায়শই উভয় ভাইবোনকে কিউটি (সঙ্গতিপূর্ণ ভাইবোন) বিতরণের একটি লেজ (উপরের বা নীচের) থেকে বেছে নেওয়া হয় অথবা উপরের লেজ থেকে একজন ভাইবোনকে বেছে নেওয়া হয় এবং অন্য ভাইবোনকে নীচের লেজ (অসঙ্গতিপূর্ণ ভাইবোন) থেকে বেছে নেওয়া হয়। আরেকটি নমুনা নকশায় এক জোড়া ভাইবোন অন্তর্ভুক্ত থাকতে পারে, যার মধ্যে একটি বিতরণের উপরের বা নীচের লেজ থেকে বেছে নেওয়া হয় এবং অন্যটি বাকি ভাইবোনদের মধ্যে থেকে এলোমেলোভাবে বেছে নেওয়া হয়। ত্রয়ীদের মধ্যে বাবা-মা এবং একটি সন্তান (সবচেয়ে বেশি ক্ষতিগ্রস্ত) রয়েছে। অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে ট্রাইওস বেশি ব্যবহৃত হয়। অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিংয়ের ধারণা যে প্রতিটি ত্রয়ী সম্পর্কিত নয়, তবে ত্রয়ী নিজেদের মধ্যে সম্পর্কিত। নিউক্লিয়ার পরিবার দুই প্রজন্মের সাধারণ পারিবারিক বংশধারা নিয়ে গঠিত। বর্ধিত বংশের মধ্যে রয়েছে একাধিক প্রজন্মের বংশানুক্রম। এটি বংশের তথ্য যতটা পাওয়া যায় ততটাই গভীর বা প্রশস্ত হতে পারে। বর্ধিত বংশধারা সংযোগ-ভিত্তিক বিশ্লেষণের জন্য আকর্ষণীয়। সংযোগ বনাম সংযোগ বিশ্লেষণ সংযোগ এবং সংযোগ বিশ্লেষণ হল জিন আবিষ্কার, স্থানীয়করণ এবং কার্যকরী বিশ্লেষণের প্রাথমিক সরঞ্জাম। যদিও এই পদ্ধতির ধারণাগত ভিত্তি দীর্ঘকাল ধরে জানা গেছে, সাম্প্রতিক দশকগুলিতে আণবিক জেনেটিক্সের অগ্রগতি, দক্ষ অ্যালগরিদমের বিকাশ এবং কম্পিউটিং শক্তি এই পদ্ধতিগুলির বড় আকারের প্রয়োগকে সক্ষম করেছে। যদিও সংযোগ অধ্যয়নগুলি পরিবারের মধ্যে বৈশিষ্ট্যের সাথে লোকাই কোসেগ্রিগেট সনাক্ত করার চেষ্টা করে, সমিতি অধ্যয়নগুলি জনসংখ্যা স্তরে ফেনোটাইপের সাথে যুক্ত নির্দিষ্ট রূপগুলি সনাক্ত করার চেষ্টা করে। এগুলি পরিপূরক পদ্ধতি যা একসঙ্গে জিনোম অনুসন্ধান এবং জটিল বৈশিষ্ট্যের কারণ বর্ণনা করার উপায় প্রদান করে। সংযোগ অধ্যয়নে, আমরা পরিবারের মধ্যে পলিমরফিক চিহ্নিতকারী দ্বারা চিহ্নিত একটি নির্দিষ্ট জিনোমিক অঞ্চলের সাথে একত্রিত লোকিকে সনাক্ত করতে চাই। বিপরীতে, অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে, আমরা একটি নির্দিষ্ট জেনেটিক বৈচিত্র্য এবং ব্যক্তিদের নমুনায় বৈশিষ্ট্য বৈচিত্র্যের মধ্যে একটি সম্পর্ক চাই, যা বৈকল্পিকের একটি কার্যকারণ ভূমিকা বোঝায়। পরিবার-ভিত্তিক সংযোগ বিশ্লেষণ জেনেটিক লিঙ্ক হল এমন একটি ঘটনা যেখানে বিভিন্ন স্থানে অ্যালিলগুলি পরিবারে একত্রিত হয়। কোসেগ্রিগেশনের শক্তি পুনঃসংযোগ ভগ্নাংশ θ দ্বারা পরিমাপ করা হয়, যা একটি বিজোড় সংখ্যক পুনঃসংযোগের সম্ভাবনা। আরও জটিল বংশধারা উচ্চতর শক্তি প্রদান করে। ভ্যারিয়েন্স কম্পোনেন্ট মডেল ব্যবহার করে কোয়ান্টিটেটিভ ট্রেইট লোসি (কিউটিএল)-এর ম্যাপিংয়ে আইডেন্টিটি বাই ডিসেন্ট (আইবিডি) ম্যাট্রিক্স অনুমান একটি কেন্দ্রীয় উপাদান। অ্যালিলের ধরন অনুসারে পরিচয় (আইবিটি) থাকে যখন তাদের একই ফেনোটাইপিক প্রভাব থাকে। যে অ্যালিলগুলি ধরন অনুসারে অভিন্ন সেগুলি দুটি গ্রুপে বিভক্ত; যেগুলি পূর্ববর্তী প্রজন্মের একই অ্যালিল থেকে উদ্ভূত হওয়ার কারণে বংশগতভাবে অভিন্ন (আইবিডি); এবং যেগুলি বংশগতভাবে অভিন্ন নয় (এনআইবিডি) বা রাজ্য দ্বারা অভিন্ন (আইবিএস) কারণ তারা পৃথক মিউটেশন থেকে উদ্ভূত হয়েছিল। প্যারেন্ট-অফস্প্রিং জোড়া তাদের জিনের 50 শতাংশ আইবিডি ভাগ করে নেয় এবং মনোজাইগোটিক যমজ 100% আইবিডি ভাগ করে নেয়। সংযোগ বিশ্লেষণে যা প্রাসঙ্গিক তা হল সংলগ্ন লোকিতে অ্যালিলগুলির উত্তরাধিকার (বা কোইনহেরিটেন্স); অতএব; অ্যালিলগুলি অবতরণ দ্বারা অভিন্ন কিনা তা নির্ধারণ করা গুরুত্বপূর্ণ। একই পিতামাতার অ্যালিল থেকে অনুলিপি) বা শুধুমাত্র রাষ্ট্র দ্বারা অভিন্ন (অর্থাৎ। একই প্রদর্শিত হয়, কিন্তু অ্যালিলের দুটি ভিন্ন অনুলিপি থেকে উদ্ভূত)। অতএব, পরিবার-ভিত্তিক সংযোগ বিশ্লেষণের তিনটি বিভাগ রয়েছে-দৃঢ়ভাবে মডেল করা (ঐতিহ্যবাহী ল 'ড স্কোর মডেল), দুর্বলভাবে মডেল ভিত্তিক (বৈচিত্র্য উপাদান পদ্ধতি), বা মডেল মুক্ত। বৈচিত্র্য উপাদান পদ্ধতিগুলিকে সংকর হিসাবে দেখা যেতে পারে। পরিবার-ভিত্তিক অ্যাসোসিয়েশন বিশ্লেষণ লিঙ্কেজ ইনক্যুইলিব্রিয়াম (এলডি) এবং অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং উদ্ভিদ জেনেটিক্স সম্প্রদায়ের মধ্যে যথেষ্ট মনোযোগ আকর্ষণ করছে কারণ বিদ্যমান জেনেটিক সম্পদ সংগ্রহগুলি সূক্ষ্ম ম্যাপ পরিমাণগত বৈশিষ্ট্য লোকাই (কিউটিএল), প্রার্থী জিনগুলিকে বৈধ করতে এবং আগ্রহের অ্যালিলগুলি সনাক্ত করতে ব্যবহার করার সম্ভাবনা রয়েছে (ইউ এবং বাকলার, 2006)। অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং পরিচালনা বা ফলাফলগুলি ব্যাখ্যার জন্য বিশেষ গুরুত্বের তিনটি উপাদানের মধ্যে রয়েছেঃ উপগোষ্ঠীতে জনসংখ্যার কাঠামোর বিশ্লেষণ, উপগোষ্ঠীর মধ্যে ডিফারেনশিয়াল নির্বাচনের নির্দিষ্ট ক্ষেত্রে জাল সমিতি এবং পরিণতি নিয়ন্ত্রণের জন্য এর ব্যবহার এবং হ্যাপ্লোটাইপে এলডি-র স্থানীয় কাঠামোর বিশ্লেষণ এবং রেজোলিউশন এবং এলডি ম্যাপিংয়ের প্রয়োগের উপর এর পরিণতি (ফ্লিন্ট-গার্সিয়া এট আল। 2003)। জনসংখ্যা-ভিত্তিক মেলামেশার বিপরীতে, পরিবার-ভিত্তিক মেলামেশার পরীক্ষা আরও জনপ্রিয় হয়ে উঠছে। পরিবার-ভিত্তিক, ট্রান-ডাইসেকুইলিবিরাম পরীক্ষা (টিডিটি) সাম্প্রতিক বছরগুলিতে ব্যাপক জনপ্রিয়তা অর্জন করেছে, এই পদ্ধতিটি অফিস্প্রিংকে প্রভাবিত করার জন্য সংক্রামিত অ্যালিলগুলির উপরও দৃষ্টি নিবদ্ধ করে, তবে এটি সংযোগ এবং ভারসাম্যহীনতা উভয়কেই বিবেচনা করার জন্য তৈরি করা হয়েছে। পরীক্ষার জন্য তিনটি ব্যক্তির উপর জিনোটাইপ তথ্য প্রয়োজন, যথা আক্রান্ত শিশু এবং উভয় জৈবিক পিতামাতা; এবং পরীক্ষাটি তথ্যমূলক হওয়ার জন্য কমপক্ষে একজন পিতামাতাকে অবশ্যই হেটেরোজাইগাস হতে হবে। প্রস্তাবিত পরীক্ষার পরিসংখ্যানটি আসলে ম্যাকনেমারের চি-বর্গ পরিসংখ্যান এবং নাল হাইপোথিসিস পরীক্ষা করে যে অনুমানমূলক রোগের সাথে সম্পর্কিত অ্যালিল 50 শতাংশ সময় হেটেরোজিগাস পিতামাতার কাছ থেকে এই বিকল্প অনুমানের বিরুদ্ধে সংক্রামিত হয় যে বৈশিষ্ট্য ইতিবাচক অ্যালিল-সম্পর্কিত অ্যালিল আরও ঘন ঘন সংক্রামিত হবে। টিডিটি জনসংখ্যার স্তরবিন্যাস এবং মিশ্রণ দ্বারা প্রভাবিত হয় না। পরিবার-ভিত্তিক সমিতির পরীক্ষার ধারণাটি পরিমাণগত বৈশিষ্ট্যগুলিতে প্রসারিত করা হয়েছে। পরিমাণগত সংক্রমণ অসামঞ্জস্য পরীক্ষা (কিউ. টি. ডি. টি) টি. ডি. টি-কে পরিমাণগত বৈশিষ্ট্য এবং পারমাণবিক বা বর্ধিত বংশের পরিবারের প্রেক্ষাপটে প্রসারিত করা হয়েছে। সাধারণীকৃত পরীক্ষাটি পরীক্ষায় যে কোনও পারিবারিক ধরনের পরিবারকে ব্যবহার করার অনুমতি দেয়। কিউটিডিটি হ্যাপ্লোটাইপ-ভিত্তিক অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং-এও প্রসারিত করা হয়েছে। হ্যাপ্লোটাইপগুলি চিহ্নিতকারী অ্যালিলগুলির সংমিশ্রণকে বোঝায় যা একই ক্রোমোজোমের উপর ঘনিষ্ঠভাবে অবস্থিত এবং যা একসাথে উত্তরাধিকারসূত্রে পাওয়া যায়। উচ্চ ঘনত্বের এসএনপি নির্মাতাদের উপলব্ধতার সাথে, হ্যাপ্লোটাইপগুলি অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিতে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। প্রথমত-জিনোম জুড়ে এলডি প্যাটার্ন বোঝার জন্য হ্যাপ্লোটাইপগুলি গুরুত্বপূর্ণ, যা অ্যাসোসিয়েশন অধ্যয়নের জন্য প্রয়োজনীয়। প্রকৃতপক্ষে এলডি প্যাটার্ন বোঝার জন্য হ্যাপ্লোটাইপগুলি নিজেরাই জানার চেয়ে ভাল উপায় আর নেই। হ্যাপ্লোটাইপগুলি আমাদের বলে যে কীভাবে অ্যালিলগুলি ক্রোমোজোম বরাবর সংগঠিত হয় এবং মূল্যায়নের উপর উত্তরাধিকারের প্যাটার্ন প্রতিফলিত করে। দ্বিতীয়ত, হ্যাপ্লোটাইপ ভিত্তিক পদ্ধতিগুলি জটিল বৈশিষ্ট্যযুক্ত জিনের ম্যাপিং সম্পর্কিত গবেষণায় একক চিহ্নিতকারী ভিত্তিক পদ্ধতির চেয়ে বেশি শক্তিশালী হতে পারে। পারিবারিক বংশানুক্রমিক অঙ্কন মানব জিনতত্ত্বের প্রেক্ষাপটে বেশ কয়েকটি বংশানুক্রমিক অঙ্কন সফ্টওয়্যার উপলব্ধ রয়েছে যেমন সিওপিই (সহযোগিতামূলক বংশানুক্রমিক অঙ্কন পরিবেশ), সিরিলিক, এফটিএম (পারিবারিক গাছ প্রস্তুতকারক), এফট্রি, কিন্ড্রেড, পিইডি (পেডিগ্রি অঙ্কন সফ্টওয়্যার), পেডহান্টার, পেডিগ্রাফ, পেডিগ্রি/ড্রা, পেডিগ্রি-ভিজ্যুয়ালিজার, পেডপ্লট, পেড্রা/ডাব্লুইডিআরএ (বংশানুক্রমিক অঙ্কন/উইন্ডো বংশানুক্রমিক অঙ্কন (এমএস-উইন্ডো এবং পেড্রোর এক্স-উইন্ডো সংস্করণ)। তবে উদ্ভিদের বংশানুক্রমিক অঙ্কনের জন্য কিছু অতিরিক্ত বৈশিষ্ট্য যেমন প্রজনন, সেলফিং, মিউটেশন, পলিপ্লয়েডি ইত্যাদির প্রয়োজন হয়। যা পেডিম্যাপে সমর্থিত। ডিপ্লয়েড এবং টেট্রাপ্লয়েড উভয়েরই প্রতিটি ধরনের উদ্ভিদ বংশের ফেনোটাইপিক, জিনোটাইপিক এবং আইবিডি সম্ভাব্যতা তথ্যের পাশাপাশি বংশানুক্রমিক দৃশ্যায়নের জন্য বংশানুক্রমিক মানচিত্রটি ব্যবহার করা যেতে পারে। আরও দেখুন প্রাণী প্রজনন জেনেটিক অ্যাসোসিয়েশন মার্কার সহায়ক নির্বাচন আণবিক চিহ্নিতকারী নেস্টেড অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং শারীরবৃত্তীয় এবং আণবিক গম প্রজনন রেফারেন্স ইউ জে, বাকলার ই এস (2006) "ভুট্টার জেনেটিক অ্যাসোসিয়েশন ম্যাপিং এবং জিনোম সংগঠন"। কার মতামত বায়োটেকনোল 17:155-160 ফ্লিন্ট-গার্সিয়া এস, থর্নসবেরি জেএম, বাকলার ইএসআইভি (2003) "উদ্ভিদে সংযোগের ভারসাম্যের কাঠামো"। অন্নু রেভ প্ল্যান্ট বায়োল 54:357-374 পরিসংখ্যানগত জেনেটিক্স