Genotyping by sequencing
জেনেটিক সিকোয়েন্সিং-এর ক্ষেত্রে, জিনোটাইপিং-এর মাধ্যমে জিনোটাইপিং, যাকে জিবিএসও বলা হয়, জিনোটাইপিং স্টাডি করার জন্য একক নিউক্লিওটাইড পলিমরফিজম (এসএনপি) আবিষ্কার করার একটি পদ্ধতি, যেমন জিনোম-ওয়াইড অ্যাসোসিয়েশন স্টাডিজ (জিডব্লিউএএস)। জিবিএস জিনোম জটিলতা এবং একাধিক ডিএনএ নমুনা জিনোটাইপ কমাতে সীমাবদ্ধতা এনজাইম ব্যবহার করে। পরিপাকের পরে, পিসিআর টুকরোগুলির পুল বাড়ানোর জন্য সঞ্চালিত হয় এবং তারপরে জিবিএস গ্রন্থাগারগুলি পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি ব্যবহার করে সিকোয়েন্স করা হয়, যার ফলে সাধারণত প্রায় 100 বিপি একক-শেষ রিড হয়। এটি তুলনামূলকভাবে সস্তা এবং উদ্ভিদ প্রজননে ব্যবহৃত হয়েছে। যদিও জিবিএস সীমাবদ্ধতা-সাইট-সম্পর্কিত ডিএনএ সিকোয়েন্সিং (আরএডি-সেকিউ) পদ্ধতির অনুরূপ একটি পদ্ধতি উপস্থাপন করে, তবে তারা কিছু উল্লেখযোগ্য উপায়ে পৃথক হয়। পদ্ধতি জিবিএস হল এসএনপি আবিষ্কার এবং ম্যাপিংয়ের জন্য একটি শক্তিশালী, সহজ এবং সাশ্রয়ী মূল্যের পদ্ধতি। সামগ্রিকভাবে, এই পদ্ধতিটি উচ্চ-বৈচিত্র্যের সীমাবদ্ধতা এনজাইম (আরই) সহ জিনোম জটিলতা হ্রাস করে, দক্ষ উচ্চ-থ্রুপুট, অত্যন্ত মাল্টিপ্লেক্সড সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য বড় জিনোম প্রজাতি। উপযুক্ত আরই ব্যবহার করে, জিনোমের পুনরাবৃত্তিমূলক অঞ্চলগুলি এড়ানো যেতে পারে এবং নিম্ন অনুলিপি অঞ্চলগুলিকে লক্ষ্যবস্তু করা যেতে পারে, যা জিনগতভাবে অত্যন্ত বৈচিত্র্যময় প্রজাতির সারিবদ্ধকরণের সমস্যা হ্রাস করে। পদ্ধতিটি প্রথম বর্ণনা করেছিলেন এলশায়ার ও অন্যান্যরা। (2011)। সংক্ষেপে, জিনোমের প্রধান পুনরাবৃত্তিমূলক ভগ্নাংশে ঘন ঘন কাটা দ্বারা পূর্বে সংজ্ঞায়িত একটি নির্দিষ্ট আরই ব্যবহার করে উচ্চ আণবিক ওজনের ডিএনএ বের করা হয় এবং হজম করা হয়। এপিকি হল সবচেয়ে বেশি ব্যবহৃত আরই। বারকোড অ্যাডাপ্টারগুলি তারপর আঠালো প্রান্তে সংযুক্ত করা হয় এবং পিসিআর পরিবর্ধন করা হয়। পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং প্রযুক্তি সঞ্চালিত হয় যার ফলে প্রায় 100 বিপি একক-শেষ রিড হয়। কাঁচা সিকোয়েন্স ডেটা ফিল্টার করা হয় এবং সাধারণত বুরো-হুইলার অ্যালাইনমেন্ট টুল (বিডব্লিউএ) বা বাউটি 2 ব্যবহার করে একটি রেফারেন্স জিনোমের সাথে সংযুক্ত করা হয়। পরবর্তী পদক্ষেপটি হল সারিবদ্ধ ট্যাগ থেকে এসএনপি চিহ্নিত করা এবং বিভিন্ন কভারেজ, গভীরতা এবং জিনোটাইপিক পরিসংখ্যানের জন্য সমস্ত আবিষ্কৃত এসএনপি স্কোর করা। একবার বড় আকারের, প্রজাতি-ব্যাপী এসএনপি উৎপাদন চালানোর পরে, নতুন ক্রমযুক্ত নমুনায় পরিচিত এসএনপিগুলিকে দ্রুত কল করা সম্ভব। প্রাথমিকভাবে বিকশিত হলে, জিবিএস পদ্ধতিটি উচ্চ-রেজোলিউশন ভুট্টা ম্যাপিং জনসংখ্যা (আইবিএম) এবং ওরেগন ওল্ফ বার্লি (ওডব্লিউবি) ম্যাপিং জনসংখ্যা থেকে দ্বিগুণ হ্যাপ্লয়েড (ডিএইচ) বার্লি লাইন থেকে রিকম্বিনেন্ট ইনব্রেড লাইনে (আরআইএল) পরীক্ষা করা হয়েছিল এবং বৈধ করা হয়েছিল। জিবিএস গ্রন্থাগার নির্মাণের সময় 96 আরই (এপিকি) পর্যন্ত-পচানো ডিএনএ নমুনাগুলি একত্রিত করা হয়েছিল এবং একই সাথে প্রক্রিয়া করা হয়েছিল, যা জিনোম অ্যানালাইজার II (ইলুমিনা, ইনকর্পোরেটেড)-এ পরীক্ষা করা হয়েছিল। সামগ্রিকভাবে, 25,185টি বিয়ালেলিক ট্যাগ ভুট্টায় ম্যাপ করা হয়েছিল, এবং 24,186টি সিকোয়েন্স ট্যাগ বার্লিতে ম্যাপ করা হয়েছিল। একটি একক ডিএইচ লাইন (ওডব্লিউবি003) ব্যবহার করে বার্লি জিবিএস মার্কার বৈধতা রেফারেন্স মার্কার এবং ম্যাপ করা জিবিএস রিডের মধ্যে 99 শতাংশ চুক্তি দেখায়। যদিও বার্লির একটি সম্পূর্ণ জিনোম সিকোয়েন্সের অভাব রয়েছে, তবে জিবিএস-এর সিকোয়েন্স ট্যাগ ম্যাপিংয়ের জন্য একটি রেফারেন্স জিনোমের প্রয়োজন হয় না, তবে জিনোটাইপিং-এর নমুনা নেওয়ার প্রক্রিয়া চলাকালীন রেফারেন্সটি তৈরি করা হয়। রেফারেন্স জিনোমের অনুপস্থিতিতে ট্যাগগুলিকে বিকল্প জেনেটিক বিশ্লেষণের জন্য প্রভাবশালী চিহ্নিতকারী হিসাবেও বিবেচনা করা যেতে পারে। মাল্টিপ্লেক্স জিবিএস স্কিমিং ছাড়াও, অনুপস্থিত এসএনপিগুলির অভিযোগ জিবিএস খরচ আরও হ্রাস করার সম্ভাবনা রয়েছে। জিবিএস একটি বহুমুখী এবং সাশ্রয়ী পদ্ধতি যা জিনোম কাঠামো সম্পর্কে পূর্ব জ্ঞান ছাড়াই যে কোনও প্রজাতির জিনোম খনন করার অনুমতি দেবে। আরও দেখুন রেস্ট্রিকশন সাইট সম্পর্কিত ডিএনএ মার্কার রেফারেন্স জেনেটিক্স বায়োটেকনোলজি ডিএনএ সিকোয়েন্সিং