IMOD (software)
আইএমওডি হল মডেলিং, ডিসপ্লে এবং ইমেজ প্রসেসিং প্রোগ্রামগুলির একটি ওপেন-সোর্স, ক্রস-প্ল্যাটফর্ম স্যুট যা ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপি ডেটার উপর বিশেষ জোর দিয়ে মাইক্রোস্কোপি চিত্রগুলির 3 ডি পুনর্গঠন এবং মডেলিংয়ের জন্য ব্যবহৃত হয়। আই. এম. ও. ডি ম্যাক্রোমোলিকুল স্ট্রাকচার থেকে শুরু করে অর্গানেল থেকে শুরু করে পুরো কোষ পর্যন্ত বিভিন্ন স্কেল জুড়ে ব্যবহৃত হয়েছে এবং অপটিক্যাল বিভাগের জন্যও ব্যবহার করা যেতে পারে। আই. এম. ও. ডি-তে চিত্র পুনর্গঠন, চিত্র বিভাজন, 3ডি জাল মডেলিং এবং 2ডি এবং 3ডি তথ্য বিশ্লেষণের সরঞ্জাম রয়েছে। বোল্ডার ল্যাবরেটরিতে কোষের 3-ডি ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপির জন্য আইএমওডি তৈরি করা হয়েছিল। আইএমওডি প্রথম 1995 সালে মুক্তি পায়, যে কোনও উদ্দেশ্যে ডাউনলোড এবং ব্যবহার করার জন্য বিনামূল্যে। প্রধান প্রোগ্রাম আইএমওডি-তে এখানে তালিকাভুক্ত 180 টিরও বেশি কমান্ড লাইন প্রোগ্রাম এবং তিনটি প্রধান জিইউআই প্রোগ্রাম রয়েছেঃ 3ডিমোড-আইএমওডি-এর প্রধান জিইউআই ছবি এবং 3ডি ভেক্টর মডেল দেখতে এবং সেগমেন্ট করতে ব্যবহৃত হয়। মিডাস-একটি প্রোগ্রাম যা একে অপরের উপরে চিত্রগুলি সারিবদ্ধ করতে ব্যবহৃত হয়, সাধারণত স্বয়ংক্রিয় ক্রস-কোরিলেশনের পরে সূক্ষ্ম সমন্বয় প্রয়োগ করতে। ইটোমো-একটি প্রোগ্রাম যা ছোট ভলিউমগুলিতে যোগ দিয়ে এবং/অথবা একক এবং দ্বৈত অক্ষের টিল্ট সিরিজের টমোগ্রাফিক পুনর্গঠন প্রক্রিয়ার মাধ্যমে ব্যবহারকারীকে গাইড করে 3D ভলিউম পুনর্গঠন করতে ব্যবহৃত হয়। এই প্রক্রিয়া চলাকালীন ইটোমো অনেক প্রোগ্রাম কল করে এবং প্রায়শই ব্যবহারকারীদের সূক্ষ্ম সমন্বয় করার অনুমতি দেওয়ার জন্য 3ডিমড এবং মিডাস চালু করে। সমর্থিত ফাইল ফরম্যাট ইমেজ ফরম্যাটঃ আই. এম. ও. ডি দ্বারা সমর্থিত প্রধান ইমেজ ফরম্যাট হল এম. আর. সি ফাইল ফরম্যাট, যার সাধারণত একটি. "স্ট", "এম. আর. সি" বা ". রিক" এক্সটেনশন থাকে এবং বিভিন্ন ধরনের "ইমেজ স্ট্যাক" উপস্থাপন করে যা একসাথে একটি টিল্ট সিরিজ বা 3ডি ভলিউম উপস্থাপন করতে পারে। আই. এম. ও. ডি টি. আই. এফ ফাইলগুলিও খুলবে এবং সাধারণ মাইক্রোস্কোপি বিন্যাস যেমন. "কাঁচা" এবং ". ডিএম4" সহ চিত্র বিন্যাসের মধ্যে রূপান্তর করার জন্য প্রোগ্রামগুলির একটি সেট অন্তর্ভুক্ত করবে। ভেক্টর ফরম্যাটঃ আইএমওডি একটি আইএমওডি বাইনারি ফাইল ফরম্যাটে কনট্যুর (বহুভুজ) এবং মেশের আকারে ভেক্টর ডেটা সংরক্ষণ করে এবং খোলে, সাধারণত একটি ". মোড" বা ". ফিড" এক্সটেনশনের সাথে। এই আই. এম. ও. ডি মডেল ফাইলগুলি সাধারণত একটি চিত্র ফাইলের শীর্ষে অতিরিক্ত স্থাপন করা হয় এবং আগ্রহের অঞ্চলগুলি ব্যাখ্যা করতে এবং সেগমেন্ট করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। মডেলগুলি এক বা একাধিক বস্তু নিয়ে গঠিত হতে পারে, যেখানে প্রতিটি বস্তুতে বন্ধ, খোলা বা ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা বিন্দু "কনট্যুর" থাকতে পারে যা একটি থ্রিডি জাল তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়। প্রধান বৈশিষ্ট্যগুলি পুনর্নির্মাণঃ টমোগ্রাফিক পুনর্গঠন কৌশল ব্যবহার করে একক এবং সম্মিলিত দ্বৈত অক্ষ টিল্ট-সিরিজের পুনর্গঠন। টিল্ট-সিরিজ সারিবদ্ধকরণ উন্নত করতে স্বয়ংক্রিয় ট্র্যাকিং এবং ফিডুসিয়াল কণাগুলির নিবন্ধকরণ। একাধিক মেশিন জুড়ে ব্যয়বহুল টিল্ট-সিরিজ পুনর্নির্মাণের সমান্তরাল প্রক্রিয়া করার ক্ষমতা। মন্টেজড ডেটাসেটের সংমিশ্রণ। ম্যানুয়াল সারিবদ্ধকরণের জন্য ক্রস-কোরিলেশন এবং মিডাস জিইউআই ব্যবহার করে চিত্রগুলি সারিবদ্ধ করার এবং তারপরে ওয়ার্প করার ক্ষমতা। ক্রমিক বিভাগের মতো একাধিক ভলিউম সারিবদ্ধ করার এবং যুক্ত করার ক্ষমতা। টিল্ট সিরিজের স্বয়ংক্রিয় পুনর্গঠন এবং ব্যাচ প্রক্রিয়াকরণ। ছবি দেখা এবং চলচ্চিত্র নির্মাণঃ 3ডি. এম. ও. ডি ইন্টারফেসের মধ্যে বড় 3ডি ছবিগুলি টুকরো টুকরো করে দেখা। 3ডিমডের স্লাইসার উইন্ডো ব্যবহার করে নির্বিচারে 3ডি চিত্র এবং মডেল দেখার ক্ষমতা। 2 ডি ইমেজ স্লাইস এবং/অথবা 3 ডি জাল মডেলের উচ্চ চলচ্চিত্র তৈরি করার ক্ষমতা। ইমেজ প্রসেসিংঃ আইএমওডি স্যুটটিতে বেশ কয়েকটি স্বয়ংক্রিয় বিভাজন প্রোগ্রাম রয়েছে। 3ডি. এম. ও. ডি ইন্টারফেস সাধারণ ফিল্টারিং এবং প্রান্ত সনাক্তকরণ অ্যালগরিদম সরবরাহ করে। ভলিউমকে খণ্ডে বিভক্ত করার ক্ষমতা তারপর সমান্তরাল প্রক্রিয়াকরণের ব্যাচের জন্য পুনরায় যোগদানের ক্ষমতা। একটি থ্রেশহোল্ড সিস্টেম ব্যবহার করে স্বয়ংক্রিয় আইসো-সারফেসিং। চিত্রগুলিকে কনট্যুর (ভেক্টর ফর্ম)-এ রূপান্তর করা হচ্ছে এবং তদ্বিপরীত। বিভাজনঃ বন্ধ কনট্যুর, খোলা কনট্যুর (টিউবগুলির জন্য) এবং ছড়িয়ে ছিটিয়ে থাকা পিন্ট (গোলকের জন্য) ব্যবহার করে আগ্রহের অঞ্চলগুলির ম্যানুয়াল ট্রেসিংয়ের অনুমতি দেয়। অর্গানেলের সীমানা দ্রুত সনাক্তকরণ এবং পরিমার্জন করার জন্য ম্যানুয়াল এবং আধা-স্বয়ংক্রিয় অঙ্কন সরঞ্জামগুলির একটি সেট সরবরাহ করে। বিশেষ ইন্টারপোলেশন ইন্টারফেসের মাধ্যমে একাধিক স্লাইস জুড়ে কনট্যুরের স্মার্ট ইন্টারপোলেশনকে অনুমতি দেয়। স্টেরিওলজির জন্য একটি প্লাগইন অন্তর্ভুক্ত করে। মেশিং দ্রুত চূড়ান্ত চলচ্চিত্র এবং বিশ্লেষণের জন্য জালের মধ্যে কনট্যুর তৈরি করে টিউব এবং নির্বিচারে জালের জন্য বিভিন্ন মেশিং বিকল্পের অনুমতি দেয় পৃষ্ঠ মসৃণকরণ এবং দ্রুত রেন্ডারিংয়ের জন্য নিম্ন রিস জালের প্রজন্ম মৌলিক পরিমাণগত তথ্যের জন্য মডেল ফাইলগুলির বিশ্লেষণ বিশ্লেষণ যেমনঃ আয়তন, পৃষ্ঠের সংখ্যা, আয়তন, পৃষ্ঠের এলাকা প্লাস গোলকের ব্যাস এবং খোলা কনট্যুরের দৈর্ঘ্য। চিত্রের ঘনত্ব এবং হিস্টোগ্রাম উৎপাদনের বিশ্লেষণ। মাইক্রোট্যুবুল বিশ্লেষণের জন্য বিশেষভাবে প্রোগ্রামগুলির একটি সিরিজ। বিভিন্ন পৃষ্ঠের বন্টন এবং নৈকট্য নির্ধারণের জন্য স্থানিক বিশ্লেষণ। আরও দেখুন ট্রান্সমিশন ইলেক্ট্রন মাইক্রোস্কোপি ইমেজ প্রসেসিং ফ্রি এবং ওপেন-সোর্স সফ্টওয়্যার প্যাকেজগুলির তালিকা মাইক্রোস্কোপি ভিজ্যুয়ালাইজেশন সিস্টেমগুলির তালিকা রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্কগুলি আইএমওডি হোম পেজ কম্পিউটার ভিজ্যুয়ালাইজেশন অফ থ্রি-ডাইমেনশনাল ইমেজ ডেটা ইউজিং আইএমওডি-অরিজিনাল আইএমওডি পেপার ইউনিভার্সিটি অফ কলোরাডো, বোল্ডার বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার সায়েন্স সফ্টওয়্যার ফ্রিওয়্যার