In silico PCR
সিলিকো পিসিআর বলতে একটি ক্রমিক জিনোম বা ট্রান্সক্রিপ্টোম থেকে ডিএনএ সিকোয়েন্সকে প্রশস্ত করার জন্য প্রদত্ত প্রাইমার (প্রোব) ব্যবহার করে তাত্ত্বিক পলিমারেজ চেইন রিঅ্যাকশন (পিসিআর) ফলাফল গণনা করতে ব্যবহৃত গণনামূলক সরঞ্জামগুলিকে বোঝায়। এই সরঞ্জামগুলি লক্ষ্য ডিএনএ বা সিডিএনএ সিকোয়েন্সের জন্য প্রাইমারের নকশাকে অনুকূল করতে ব্যবহৃত হয়। প্রাইমার অপ্টিমাইজেশনের দুটি লক্ষ্য রয়েছেঃ দক্ষতা এবং নির্বাচনযোগ্যতা। দক্ষতার সঙ্গে জিসি-বিষয়বস্তু, বাঁধাইয়ের দক্ষতা, পরিপূরক, গৌণ কাঠামো এবং অ্যানিলিং এবং গলনাঙ্ক (টিএম)-এর মতো বিষয়গুলি বিবেচনা করা জড়িত। প্রাইমার সিলেক্টিভিটির জন্য প্রয়োজন যে প্রাইমার জোড়া ভাগ্যক্রমে আগ্রহের লক্ষ্য ব্যতীত অন্য এলোমেলো সাইটের সাথে আবদ্ধ না হয়, এবং প্রাইমার জোড়া একটি জিন পরিবারের সংরক্ষিত অঞ্চলের সাথে আবদ্ধ হওয়া উচিত নয়। যদি নির্বাচনযোগ্যতা দুর্বল হয়, তবে প্রাইমারের একটি সেট সুদের লক্ষ্য ছাড়াও একাধিক পণ্যকে প্রশস্ত করবে। উপযুক্ত ছোট বা দীর্ঘ প্রাইমার জোড়ার নকশা পিসিআর পণ্যের পূর্বাভাসের একমাত্র লক্ষ্য। সিলিকো পিসিআর সরঞ্জামগুলির দ্বারা প্রদত্ত অন্যান্য তথ্যের মধ্যে রয়েছে প্রাইমারের অবস্থান নির্ধারণ, অভিযোজন, প্রতিটি এম্পলিকনের দৈর্ঘ্য, ইলেক্ট্রোফোরেটিক গতিশীলতার অনুকরণ, উন্মুক্ত পঠন ফ্রেমগুলির সনাক্তকরণ এবং অন্যান্য ওয়েব সংস্থানগুলির লিঙ্ক। অনেক সফ্টওয়্যার প্যাকেজ বৈশিষ্ট্য সেট, ব্যবহারের সহজতা, দক্ষতা এবং ব্যয়ের বিভিন্ন ভারসাম্য সরবরাহ করে। প্রাইমার-ব্লাস্ট ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয় এবং ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (এনসিবিআই) ওয়েবসাইট থেকে অবাধে অ্যাক্সেসযোগ্য। অন্যদিকে, ফাস্টপিসিআর, একটি বাণিজ্যিক অ্যাপ্লিকেশন, মাল্টিপ্লেক্স টার্গেট সিকোয়েন্সের জন্য ডিজাইন করা একক প্রাইমার বা প্রাইমারের একটি সেটের একযোগে পরীক্ষার অনুমতি দেয়। এটি লক্ষ্য বিন্যাসে প্রাইমারগুলির পরিপূরকতা পরীক্ষা করার জন্য একটি দ্রুত, ফাঁকহীন সারিবদ্ধকরণ সম্পাদন করে। সম্ভাব্য পিসিআর পণ্যগুলি স্ট্যান্ডার্ড বা ইনভার্স পিসিআর পাশাপাশি মাল্টিপ্লেক্স পিসিআর ব্যবহার করে রৈখিক এবং বৃত্তাকার টেমপ্লেটগুলির জন্য পাওয়া যেতে পারে। ভি. পি. সি. আর মাল্টিপ্লেক্স পি. সি. আর-এর একটি গতিশীল অনুকরণ চালায়, যা একটি প্রতিক্রিয়ায় একাধিক অ্যামপ্লিকনের মধ্যে পরিমাণগত প্রতিযোগিতার প্রভাবের অনুমানের অনুমতি দেয়। ইউ. সি. এস. সি জিনোম ব্রাউজার আই. এস. পি. সি. আর প্রদান করে, যা 100টিরও বেশি সিকোয়েন্সড জিনোমে পি. সি. আর পণ্য দেখার জন্য গ্রাফিক্যাল পাশাপাশি টেক্সট-ফাইল আউটপুট প্রদান করে। একটি প্রাইমার অনেক ভবিষ্যদ্বাণীকৃত ক্রমের সাথে আবদ্ধ হতে পারে, তবে পলিমারেজ সম্প্রসারণের জন্য শুধুমাত্র প্রাইমারের 3 'প্রান্তে কোনও বা কয়েকটি অসামঞ্জস্য (1 বা 2, অবস্থান এবং নিউক্লিওটাইডের উপর নির্ভর করে) সহ ক্রমগুলি ব্যবহার করা যেতে পারে। একটি প্রাইমারের 3 'প্রান্তে শেষ 10-12 ঘাঁটিগুলি টেমপ্লেট বাঁধাই সাইটে পলিমারেজ এক্সটেনশন এবং সাধারণ প্রাইমার স্থায়িত্বের সূচনার প্রতি সংবেদনশীল। প্রাইমারের 3 'প্রান্তে এই শেষ 10 টি ঘাঁটিতে একক অসামঞ্জস্যের প্রভাব তার অবস্থান এবং স্থানীয় কাঠামোর উপর নির্ভর করে, যা প্রাইমার বাঁধাই, নির্বাচনযোগ্যতা এবং পিসিআর দক্ষতা হ্রাস করে। রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্কগুলি সিলিকো পিসিআর এবং অলিগোনিউক্লিওটাইডগুলিতে পিসিআর, কিউপিসিআর-এর জন্য ওয়েব টুলস আণবিক জীববিজ্ঞান পরীক্ষার সিলিকো সিমুলেশনে নিউক্লিক অ্যাসিড বায়োইনফরম্যাটিক্স