Swiss-model
সুইস-মডেল হল একটি কাঠামোগত বায়োইনফরম্যাটিক্স ওয়েব-সার্ভার যা থ্রিডি প্রোটিন কাঠামোর সমতাত্ত্বিক মডেলিংয়ের জন্য নিবেদিত। হোমোলজি মডেলিং বর্তমানে নির্ভরযোগ্য ত্রিমাত্রিক প্রোটিন কাঠামোর মডেল তৈরি করার সবচেয়ে সঠিক পদ্ধতি এবং অনেক ব্যবহারিক প্রয়োগে নিয়মিতভাবে ব্যবহৃত হয়। সমবিজ্ঞান (বা তুলনামূলক) মডেলিং পদ্ধতিগুলি বিবর্তনীয় সম্পর্কিত প্রোটিনের ("লক্ষ্য") মডেল তৈরি করতে পরীক্ষামূলক প্রোটিন কাঠামো ("টেমপ্লেট") ব্যবহার করে। বর্তমানে, সুইস-মডেল তিনটি দৃঢ়ভাবে সমন্বিত উপাদান নিয়ে গঠিতঃ (1) সুইস-মডেল পাইপলাইন-স্বয়ংক্রিয় প্রোটিন কাঠামো মডেলিংয়ের জন্য সফ্টওয়্যার সরঞ্জাম এবং ডেটাবেসের একটি স্যুট, (2) সুইস-মডেল ওয়ার্কস্পেস-একটি ওয়েব-ভিত্তিক গ্রাফিকাল ইউজার ওয়ার্কবেঞ্চ, (3) সুইস-মডেল রিপোজিটরি-উচ্চ বায়োমেডিকাল আগ্রহের মডেল অর্গানিজম প্রোটিওমের একটি সেটের জন্য হোমোলজি মডেলগুলির একটি ক্রমাগত আপডেট হওয়া ডাটাবেস। পাইপলাইন সুইস-মডেল পাইপলাইন চারটি প্রধান ধাপ নিয়ে গঠিত যা একটি প্রদত্ত প্রোটিন কাঠামোর সমতুল্য মডেল তৈরিতে জড়িত থাকেঃ কাঠামোগত টেমপ্লেট (গুলি) সনাক্তকরণ। টেমপ্লেটগুলি সনাক্ত করতে ব্লাস্ট এবং এইচএইচব্লিট ব্যবহার করা হয়। টেমপ্লেটগুলি পি. ডি. বি থেকে প্রাপ্ত এস. ডব্লিউ. আই. এস.-মডেল টেমপ্লেট লাইব্রেরিতে (এস. এম. টি. এল) সংরক্ষণ করা হয়। লক্ষ্যের ক্রম এবং টেমপ্লেট কাঠামোর (গুলি) সারিবদ্ধকরণ। মডেল নির্মাণ এবং শক্তি হ্রাসকরণ। সুইস-মডেল মডেলিংয়ের জন্য একটি কঠোর ফ্র্যাগমেন্ট অ্যাসেম্বলি পদ্ধতি প্রয়োগ করে। গড় বলের পরিসংখ্যানগত সম্ভাব্যতা কিউএমইএএন ব্যবহার করে মডেলের গুণমান মূল্যায়ন। কর্মক্ষেত্র সুইস-মডেল কর্মক্ষেত্র একটি ওয়েব-ভিত্তিক কর্মক্ষেত্রে প্রোটিন কাঠামো মডেলিংয়ের জন্য প্রয়োজনীয় প্রোগ্রাম এবং ডেটাবেসগুলিকে সংহত করে। মডেলিং কাজের জটিলতার উপর নির্ভর করে, ব্যবহারের বিভিন্ন পদ্ধতি প্রয়োগ করা যেতে পারে, যেখানে ব্যবহারকারীর পৃথক মডেলিং ধাপের উপর বিভিন্ন স্তরের নিয়ন্ত্রণ থাকেঃ স্বয়ংক্রিয় মোড, সারিবদ্ধকরণ মোড এবং প্রকল্প মোড। একটি সম্পূর্ণ স্বয়ংক্রিয় মোড ব্যবহার করা হয় যখন লক্ষ্য এবং টেমপ্লেটের (> 50 শতাংশ) মধ্যে পর্যাপ্ত উচ্চ ক্রমের পরিচয় কোনও মানুষের হস্তক্ষেপের অনুমতি দেয় না। এই ক্ষেত্রে শুধুমাত্র প্রোটিনের ক্রম বা ইউনিপ্রোট অ্যাক্সেশন কোড ইনপুট হিসাবে প্রয়োজন হয়। সারিবদ্ধকরণ পদ্ধতি ব্যবহারকারীকে তাদের নিজস্ব লক্ষ্য-টেমপ্লেট সারিবদ্ধকরণগুলি ইনপুট করতে সক্ষম করে যা থেকে মডেলিং পদ্ধতি শুরু হয় (অর্থাৎ। টেমপ্লেটের জন্য অনুসন্ধানের ধাপটি বাদ দেওয়া হয় এবং প্রদত্ত সারিবদ্ধকরণে খুব কমই শুধুমাত্র ছোটখাটো পরিবর্তন করা হয়)। প্রজেক্ট মোডটি আরও কঠিন ক্ষেত্রে ব্যবহার করা হয়, যখন ফলাফলের মডেলের গুণমান উন্নত করার জন্য লক্ষ্য-টেমপ্লেট সারিবদ্ধকরণের ম্যানুয়াল সংশোধনের প্রয়োজন হয়। এই মোডে ইনপুট হল একটি প্রজেক্ট ফাইল যা ডিপভিউ (সুইস পি. ডি. বি ভিউয়ার) ভিজ্যুয়ালাইজেশন এবং স্ট্রাকচারাল অ্যানালাইসিস টুল দ্বারা তৈরি করা যেতে পারে, যাতে ব্যবহারকারী তার স্ট্রাকচারাল প্রেক্ষাপটে টার্গেট-টেমপ্লেট সারিবদ্ধকরণ পরীক্ষা এবং পরিচালনা করতে পারে। তিনটি ক্ষেত্রেই আউটপুট হল মডেলের পরমাণু স্থানাঙ্ক সহ একটি পি. ডি. বি ফাইল বা একটি ডিপভিউ প্রকল্প ফাইল। একটি সন্তোষজনক মডেল অর্জন না হওয়া পর্যন্ত হোমোলজি মডেলিংয়ের চারটি প্রধান ধাপ পুনরাবৃত্তি করা যেতে পারে। এস. ডব্লিউ. আই. এস. এস-মডেল ওয়ার্কস্পেস এক্সপ্যাসি ওয়েব সার্ভারের মাধ্যমে অ্যাক্সেসযোগ্য, অথবা এটি ডিপভিউ (সুইস পি. ডি. বি-ভিউয়ার) প্রোগ্রামের অংশ হিসাবে ব্যবহার করা যেতে পারে। 2015 সালের সেপ্টেম্বর পর্যন্ত এটি বৈজ্ঞানিক সাহিত্যে 20000 বার উদ্ধৃত করা হয়েছে, যা এটিকে প্রোটিন কাঠামো মডেলিংয়ের জন্য সর্বাধিক ব্যবহৃত সরঞ্জামগুলির মধ্যে একটি করে তুলেছে। সরঞ্জামটি একাডেমিক ব্যবহারের জন্য বিনামূল্যে। রিপোজিটরি সুইস-মডেল রিপোজিটরি উচ্চ সাধারণ আগ্রহের মডেল জীবের একটি সেটের জন্য টীকাযুক্ত ত্রিমাত্রিক প্রোটিন মডেলের একটি আপ-টু-ডেট সংগ্রহের অ্যাক্সেস সরবরাহ করে। মডেল জীবের মধ্যে রয়েছে মানুষ, ইঁদুর, C.elegans, E.coli, এবং সিভিয়ার অ্যাকিউট রেসপিরেটরি সিন্ড্রোম করোনভাইরাস 2 (SARS-CoV-2) সহ বিভিন্ন প্যাথোজেন। সুইস-মডেল রিপোজিটরি ইউনিপ্রোট, ইন্টারপ্রো, স্ট্রিং এবং নেচার পি. এস. আই এস. বি. কে. বি-এর মতো বেশ কয়েকটি বাহ্যিক সম্পদের সঙ্গে সমন্বিত। এস. ডব্লিউ. আই. এস. এস-মডেল বিশেষজ্ঞ ব্যবস্থার নতুন বিকাশের বৈশিষ্ট্যগুলি হল (1) হোমো-অলিগোমেরিক সমাবেশগুলির স্বয়ংক্রিয় মডেলিং; (2) প্রোটিন কাঠামোতে প্রয়োজনীয় ধাতু আয়ন এবং জৈবিকভাবে প্রাসঙ্গিক লিগ্যান্ডগুলির মডেলিং; (3) কিউ. এম. ই. এ. এন স্থানীয় স্কোর ফাংশনের উপর ভিত্তি করে স্থানীয় (প্রতি-অবশিষ্টাংশ) মডেল নির্ভরযোগ্যতা অনুমান; (4) মডেলগুলিতে ইউনিপ্রোট বৈশিষ্ট্যগুলির ম্যাপিং। (1) এবং (2) এস. ডব্লিউ. আই. এস. এস-মডেল ওয়ার্কস্পেসের স্বয়ংক্রিয় মোড ব্যবহার করার সময় উপলব্ধ; (3) এস. ডব্লিউ. আই. এস. এস-মডেল ওয়ার্কস্পেস ব্যবহার করে একটি সমসংস্থান মডেল গণনা করার সময় সর্বদা সরবরাহ করা হয়, এবং (4) এস. ডব্লিউ. আই. এস. এস-মডেল সংগ্রহস্থলে উপলব্ধ। পদ্ধতির নির্ভুলতা এবং নির্ভরযোগ্যতা অতীতে, সুইস-মডেল সার্ভার পাইপলাইনের নির্ভুলতা, স্থিতিশীলতা এবং নির্ভরযোগ্যতা ইভা-সিএম বেঞ্চমার্ক প্রকল্প দ্বারা বৈধ করা হয়েছিল। বর্তমানে, সুইস-মডেল সার্ভার পাইপলাইন CAMEO3D (কন্টিনিউয়াস অটোমেটেড মডেল ইভ্যালুয়াতিঅন) প্রকল্পে অংশগ্রহণ করছে যা সম্পূর্ণ স্বয়ংক্রিয় পদ্ধতিতে প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাস পরিষেবাগুলির নির্ভুলতা এবং নির্ভরযোগ্যতার ক্রমাগত মূল্যায়ন করে। তথ্যসূত্র বাইরের লিঙ্ক এসডাব্লুআইএসএস-মডেল আরও দেখুন হোমোলজি মডেলিং প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাস প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাস সফ্টওয়্যার সিএএসপি (প্রোটিন কাঠামো পূর্বাভাসের জন্য কৌশলগুলির সমালোচনামূলক মূল্যায়ন) বায়োইনফরম্যাটিক্স আণবিক মডেলিং সফ্টওয়্যার