RNA22
আরএনএ22 হল মাইক্রোআরএনএ টার্গেট সাইট এবং সংশ্লিষ্ট হেটেরোডুপ্লেক্স আবিষ্কারের জন্য একটি প্যাটার্ন-ভিত্তিক অ্যালগরিদম। অ্যালগরিদমটি মাইক্রোআরএনএ পূর্বাভাসের জন্য অন্যান্য পদ্ধতির থেকে ধারণাগতভাবে আলাদাঃ এমআরএনএ হেটেরোডুপ্লেক্স কারণ এটি প্রশিক্ষণের জন্য পরীক্ষামূলকভাবে বৈধ হেটেরোডুপ্লেক্স ব্যবহার করে না, পরিবর্তে শুধুমাত্র পরিচিত পরিপক্ক এমআইআরএনএগুলির ক্রমের উপর নির্ভর করে যা পাবলিক ডেটাবেসে পাওয়া যায়। আরএনএ22-এর মূল ধারণাটি হল যে কোনও প্রধান ক্রম বৈশিষ্ট্যের বিপরীত পরিপূরক যা একজন পরিপক্ক মাইক্রোআরএনএ ক্রমগুলিতে সনাক্ত করতে পারে (প্যাটার্ন আবিষ্কার কৌশল ব্যবহার করে) একজনকে আগ্রহের ক্রমে প্রার্থী মাইক্রোআরএনএ লক্ষ্য সাইটগুলি সনাক্ত করার অনুমতি দেওয়া উচিতঃ আরএনএ22 এই ধরনের প্রধান বৈশিষ্ট্যগুলি আবিষ্কার করতে টিরেসিয়াস অ্যালগরিদম ব্যবহার করে। একবার একটি মাইক্রোআরএনএ টার্গেট সাইট অবস্থিত হয়ে গেলে, আরএনএ গণনা করতে সক্ষম বেশ কয়েকটি অ্যালগরিদমের সাহায্যে টার্গেটিং মাইক্রোআরএনএ সনাক্ত করা যেতে পারেঃ আরএনএ হেটেরোডুপ্লেক্স। অ্যালগরিদমের একটি নতুন সংস্করণ (v2.0) এখন উপলব্ধঃ v2.0-beta প্রতিটি ভবিষ্যদ্বাণীতে সম্ভাব্যতা অনুমান যোগ করে, ব্যবহারকারীদের অন-দ্য-ফ্লাই সংবেদনশীলতা/নির্দিষ্টতা সেটিংস বেছে নেওয়ার ক্ষমতা দেয়, মূলটির তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে দ্রুত, এবং http://cm.jefferson.edu/rna22/Interactive এর মাধ্যমে অ্যাক্সেস করা যায়। আর. এন. এ. 22 সম্ভাব্য প্রার্থীদের ফিল্টার করার জন্য কোনও আন্তঃ-জীব সংরক্ষণ সীমাবদ্ধতার উপর নির্ভর করে না বা আরোপ করে না; এটি মাইক্রো আর. এন. এ বাঁধাই সাইটগুলি আবিষ্কার করার ক্ষমতা দেয় যা ফাইলোজেনেটিকভাবে প্রক্সিমাল জীবের মধ্যে সংরক্ষিত নাও হতে পারে। এছাড়াও, উপরে উল্লিখিত হিসাবে, আরএনএ22 লক্ষ্যবস্তু মাইক্রোআরএনএর পরিচয় জানার প্রয়োজন ছাড়াই অনুমানমূলক মাইক্রোআরএনএ বাঁধাই সাইটগুলি সনাক্ত করতে পারে। আর. এন. এ. 22-এর একটি উল্লেখযোগ্য বৈশিষ্ট্য হল যে এটির জন্য হেটেরোডুপ্লেক্সের বীজ অঞ্চলে একটি অনুমানমূলক লক্ষ্য অনুমোদিত স্ফীতিতে একটি মাইক্রোআর. এন. এ-এর বীজের সঠিক বিপরীত পরিপূরকের উপস্থিতির প্রয়োজন হয় না এবং জিঃ ইউ কাঁপছে। সবশেষে, অ্যালগরিদমটি উচ্চ সংকেত-থেকে-শব্দের অনুপাত অর্জন করতে দেখানো হয়েছে। আরএনএ22-এর ব্যবহারের ফলে মাউস নানোগ, অক্টোবর 4 এবং সোক্স 2-এর কোডিং অঞ্চলে "নন-ক্যানোনিকাল" মাইক্রোআরএনএ লক্ষ্য আবিষ্কার করা হয়। এই লক্ষ্যগুলির বেশিরভাগই এই তিনটি ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টরের মানব অর্থোলগে সংরক্ষিত নয় যদিও তারা সংশ্লিষ্ট এমআরএনএ-র কোডিং অঞ্চলে থাকে। উপরন্তু, এই লক্ষ্যগুলির বেশিরভাগের মধ্যে হেটেরোডুপ্লেক্সের বীজ অঞ্চলে জিঃ ইউ ওয়াবল, এক বা একাধিক স্ফীত বা উভয়ই থাকে। কোডিং অঞ্চলগুলির পাশাপাশি, আরএনএ22 3 'ইউটিআর-এ অ-প্রামাণিক লক্ষ্যগুলি আবিষ্কার করতে সহায়তা করেছে। একটি সাম্প্রতিক গবেষণায় আর্গোনট-মাইআরএনএঃ এমআরএনএ টার্নারি কমপ্লেক্সের স্ফটিক কাঠামোর আণবিক গতিবিদ্যা সিমুলেশন ব্যবহার করে অ-ক্যানোনিকাল মাইআরএনএ লক্ষ্যগুলির সমস্যা পরীক্ষা করা হয়েছে। গবেষণায় দেখা গেছে যে বীজ অঞ্চলে একাধিক জিঃ ইউ কম্পন এবং অসামঞ্জস্যের সংমিশ্রণ সহ বিভিন্ন ধরনের পরিবর্তন গ্রহণযোগ্য এবং এর ফলে কেবলমাত্র ছোটখাটো কাঠামোগত ওঠানামা হয় যা ত্রৈমাসিক জটিলতার স্থিতিশীলতাকে প্রভাবিত করে না। গবেষণায় আরও দেখানো হয়েছে যে আণবিক গতিবিদ্যার অনুকরণের ফলাফলগুলি এইচআইটিএস-সিএলআইপি (সিএলআইপি-এসইকিউ) তথ্য দ্বারা সমর্থিত। এই ফলাফলগুলি থেকে জানা যায় যে, যথার্থ এম. আই. আর. এন. এ লক্ষ্যগুলি ক্যানোনিকাল বীজ-মডেলকে অতিক্রম করে আর. এন. এ22-এর মতো লক্ষ্য পূর্বাভাস সরঞ্জামগুলিকে এম. আই. আর. এন. এ লক্ষ্যগুলির নতুন বর্ধিত বর্ণালী অন্বেষণের জন্য একটি আদর্শ পছন্দ করে তোলে। রেফারেন্স আরএনএ মাইক্রোআরএনএ প্যাটার্ন ম্যাচিং