RNA motif
একটি আর. এন. এ মোটিফ হল আর. এন. এ-র একটি গোষ্ঠীর বিবরণ যার একটি সম্পর্কিত কাঠামো রয়েছে। আরএনএ মোটিফগুলি প্রাথমিক ক্রম এবং সম্পর্কিত আরএনএগুলির গৌণ কাঠামোর মধ্যে বৈশিষ্ট্যগুলির একটি প্যাটার্ন নিয়ে গঠিত। এইভাবে, এটি আর. এন. এ গৌণ কাঠামোকে অন্তর্ভুক্ত করার জন্য একটি ক্রম মোটিফের ধারণাকে প্রসারিত করে। "আর. এন. এ মোটিফ" শব্দটি প্যাটার্ন এবং এর সাথে মেলে এমন আর. এন. এ ক্রম উভয়কেই বোঝাতে পারে। আর. এন. এ-র মোটিফের বিবরণ আর. এন. এ মোটিফ দুটি প্রধান রূপে বর্ণনা করা যেতে পারেঃ একটি একাধিক ক্রম বিন্যাস বা একটি স্পষ্ট অনুসন্ধান প্যাটার্ন। একটি সারিবদ্ধকরণ সাধারণত একটি ঐকমত্য গৌণ কাঠামোর সাথে বর্ধিত করা হয়, অর্থাৎ। সমস্ত বা বেশিরভাগ আর. এন. এ-র জন্য সাধারণ কাঠামো। সারিবদ্ধকরণের ক্রমগুলি তখন অন্তর্নিহিতভাবে সংরক্ষণের একটি প্যাটার্নকে সংজ্ঞায়িত করে যা উদাহরণস্বরূপ, আর. এন. এ-র অতিরিক্ত উদাহরণ খুঁজে পেতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এই অনুসন্ধান কৌশলটি অন্যদের মধ্যে ইনফার্নাল সফ্টওয়্যার প্যাকেজ দ্বারা বাস্তবায়িত হয়। আর. এফ. এ. এম ডাটাবেস হল একাধিক ক্রম বিন্যাসের একটি সংগ্রহ যা নির্ভরযোগ্যভাবে পরিচিত আর. এন. এ মোটিফ এবং সম্পর্কিত তথ্যের একটি বড় উপসেটকে সংজ্ঞায়িত করে। এর তথ্য ইনফার্নাল সফ্টওয়্যারের সাহায্যে ব্যবহার করা যেতে পারে যাতে সিকোয়েন্স ডাটাবেসে এই ধরনের আর. এন. এ-র উদাহরণ খুঁজে পাওয়া যায়, যেমন। জিনোম ক্রম। বিকল্পভাবে, আর. এন. এ মোটিফগুলি স্পষ্ট অনুসন্ধান নিদর্শন ব্যবহার করে বর্ণনা করা যেতে পারে, যা হেলিসগুলি কোথায় গঠন করা উচিত তার সীমাবদ্ধতার সাথে মিলিত নির্দিষ্ট প্রাথমিক ক্রম নিদর্শনগুলিকে সংজ্ঞায়িত করে। এই ধরনের নিদর্শনগুলি একটি বড় সিকোয়েন্স ডাটাবেসে মিলযুক্ত ধারাবাহিকতা খুঁজে পেতে ব্যবহার করা যেতে পারে। বেশ কয়েকটি সফ্টওয়্যার প্যাকেজ এই ধরনের অনুসন্ধান বাস্তবায়ন করে, যেমন। আর. এন. এ রোবো এবং আর. এন. এ মোটিফ। নতুন আর. এন. এ মোটিফের আবিষ্কার নতুন আর. এন. এ আবিষ্কারের অনেক পদ্ধতি একটি তুলনামূলক পদ্ধতি ব্যবহার করে, যেখানে সংরক্ষিত আর. এন. এ-র বৈশিষ্ট্যগত সংকেত সনাক্ত করার জন্য বিভিন্ন ক্রম একসাথে বিশ্লেষণ করা হয়। যখন এই ধরনের পদ্ধতিগুলি সফল হয়, তখন ফলস্বরূপ নতুন সংরক্ষিত আরএনএকে একটি আরএনএ মোটিফ হিসাবে দেখা যেতে পারে, যা একটি সারিবদ্ধকরণ বা একটি প্যাটার্ন ব্যবহার করে প্রকাশ করা হয়। একটি প্রাথমিক উদাহরণ হল টি-বাক্সের চারপাশে অবস্থিত আরএনএ মোটিফ, যা 1993 সালে অ্যামিনোসিল-টিআরএনএ সিন্থেটেজ জিনের সাথে যুক্ত বলে নির্ধারিত হয়েছিল। যে প্রক্রিয়া দ্বারা এই আর. এন. এ মোটিফ জিন নিয়ন্ত্রণ করে তা পরে প্রদর্শিত হয়েছিল, এইভাবে আর. এন. এ মোটিফের কার্যকরী গুরুত্ব প্রতিষ্ঠা করে। পরে, 1997 সালে, বি12-বক্স নামে একটি সংরক্ষিত আরএনএ মোটিফ বি12 বিপাক সম্পর্কিত জিনের উজানে সনাক্ত করা হয়েছিল। এই আরএনএ মোটিফটি পরে একটি রাইবোসুইচের একটি অংশের সাথে মিলে যায় যা সহ-ফ্যাক্টর অ্যাডেনোসিলকোবালামিনকে আবদ্ধ করে, যাকে প্রায়শই কোবালামিন রাইবোসুইচ বলা হয়। (পরবর্তী রূপগুলি অন্যান্য কোবালামিন ব্যুৎপত্তিগুলিকে আবদ্ধ করতে দেখানো হয়েছিল।) আর. এন. এ মোটিফের আরও অনেক উদাহরণ, যার কার্যকারিতা পরে নির্ধারণ করা হয়েছিল, বিশেষত রাইবোসুইচগুলির প্রসঙ্গে জানা যায়। যাইহোক, অন্যান্য ধরনের আরএনএ মোটিফগুলি কার্যকরীভাবে চিহ্নিত করা হয়েছে, যেমন ব্যাকটেরিয়াল এসআরএনএ যেমন 6সি আরএনএ, যা 2007 সালে একটি মোটিফ হিসাবে আবিষ্কৃত হয়েছিল এবং 2016 সালে কার্যকরীভাবে চিহ্নিত করা হয়েছিল, বা টুইস্টার রাইবোজাইমের মতো রাইবোজাইম, যা একটি আরএনএ মোটিফ হিসাবে সনাক্ত করা হয়েছিল এবং কার্যকরীভাবে একই প্রকাশনায় চিহ্নিত করা হয়েছিল। রেফারেন্স আরএনএ