Hi-C (genomic analysis technique)
হাই-সি (বা স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি) একটি উচ্চ-থ্রুপুট জিনোমিক এবং এপিজেনোমিক কৌশল যা 2009 সালে লিবারম্যান-আইডেন এট আল দ্বারা প্রথম বর্ণনা করা হয়েছিল। ক্রোমাটিন গঠন ধরতে। সাধারণভাবে, হাই-সি-কে ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার প্রযুক্তির একটি সিরিজ থেকে উদ্ভূত হিসাবে বিবেচনা করা হয়, যার মধ্যে রয়েছে 3সি (ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার), 4সি (ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার-অন-চিপ/বৃত্তাকার ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার) এবং 5সি (ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার কার্বন কপি)। হাই-সি 3সি এবং পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং (এনজিএস) পদ্ধতির সংমিশ্রণে কোষের নিউক্লিয়াসে জিনোম-ওয়াইড ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া ব্যাপকভাবে সনাক্ত করে এবং সি-প্রযুক্তি (ক্রোমোজোম কনফরমেশন ক্যাপচার-ভিত্তিক প্রযুক্তি) বিকাশ এবং 3ডি জিনোমিক্সের শুরুতে একটি গুণগত লাফ হিসাবে বিবেচিত হয়। ক্লাসিক 3সি কৌশলের মতো, হাই-সি ফ্রিকোয়েন্সি পরিমাপ করে (একটি কোষের জনসংখ্যার গড় হিসাবে) যেখানে দুটি ডিএনএ টুকরো 3ডি স্পেসে শারীরিকভাবে সংযুক্ত হয়, যা ক্রোমোসোমাল কাঠামোকে সরাসরি জিনোমিক ক্রমের সাথে সংযুক্ত করে। হাই-সি-র সাধারণ পদ্ধতিতে ফর্মালডিহাইড ব্যবহার করে প্রথমে ক্রোমাটিন উপাদানকে পরস্পরের সঙ্গে যুক্ত করা হয়। তারপর, ক্রোমাটিন দ্রবণীয় এবং খণ্ডিত হয়, এবং ইন্টারঅ্যাক্টিং লোকাইগুলি চিমেরিক ডিএনএ অণুগুলির একটি জিনোমিক লাইব্রেরি তৈরি করতে একসাথে পুনরায় আবদ্ধ হয়। এই চিমেরা বা বন্ধন পণ্যগুলির আপেক্ষিক প্রাচুর্য এই সম্ভাবনার সাথে সম্পর্কযুক্ত যে সংশ্লিষ্ট ক্রোমাটিনের টুকরোগুলি কোষের জনসংখ্যা জুড়ে 3ডি স্পেসে মিথস্ক্রিয়া করে। যেখানে 3সি পূর্বনির্ধারিত জিনোমিক লোকির একটি সেটের বিশ্লেষণের উপর দৃষ্টি নিবদ্ধ করে যাতে আগ্রহের ক্রোমোজোম অঞ্চলগুলির গঠনের "এক-বনাম-কিছু" তদন্তের প্রস্তাব দেওয়া যায়, হাই-সি লাইগেশনের আগে একটি বায়োটিনিলেটেড নিউক্লিওটাইডের সাথে সমস্ত খণ্ডিত ক্রোমাটিনকে লেবেল করে "সমস্ত-বনাম-সমস্ত" মিথস্ক্রিয়া প্রোফাইলিং সক্ষম করে। ফলস্বরূপ, বায়োটিন-চিহ্নিত লাইগেশন জংশনগুলি স্ট্রেপ্টাভিডিন-লেপা চৌম্বকীয় পুঁতি দ্বারা আরও দক্ষতার সাথে শুদ্ধ করা যেতে পারে এবং হাই-সি লাইব্রেরির সরাসরি সিকোয়েন্সিং দ্বারা ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ার তথ্য পাওয়া যেতে পারে। হাই-সি তথ্য বিশ্লেষণ শুধুমাত্র স্তন্যপায়ী ক্রোমোজোমের সামগ্রিক জিনোমিক কাঠামোই প্রকাশ করে না, বরং ক্রোমাটিনের জৈব-প্রাকৃতিক বৈশিষ্ট্যগুলির পাশাপাশি দূরবর্তী জিনোমিক উপাদানগুলির মধ্যে আরও নির্দিষ্ট, দীর্ঘ-পরিসীমা যোগাযোগের অন্তর্দৃষ্টিও প্রদান করে। জিন এবং নিয়ন্ত্রক উপাদানগুলির মধ্যে)। সাম্প্রতিক বছরগুলিতে, হাই-সি কোষের বৃদ্ধি এবং বিভাজন, প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ, ভাগ্য নির্ধারণ, বিকাশ, রোগ এবং জিনোম বিবর্তন সহ বিভিন্ন জৈবিক ক্ষেত্রে এর প্রয়োগ খুঁজে পেয়েছে। ক্রোমাটিন পরিবর্তনের জিনোম-ব্যাপী মানচিত্র এবং জিন অভিব্যক্তি প্রোফাইলের মতো অন্যান্য ডেটাসেটের সাথে হাই-সি ডেটা একত্রিত করে, জিনোম নিয়ন্ত্রণ এবং স্থিতিশীলতায় ক্রোমাটিন গঠনের কার্যকরী ভূমিকাও বর্ণনা করা যেতে পারে। এর শুরুতে, হাই-সি একটি নিম্ন-রেজোলিউশন, উচ্চ-শব্দ প্রযুক্তি ছিল যা শুধুমাত্র 1 মিলিয়ন বেস পেয়ারের (এমবি) বিন আকারের মধ্যে ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া অঞ্চলগুলি বর্ণনা করতে সক্ষম ছিল। হাই-সি গ্রন্থাগারটি তৈরি করতে বেশ কয়েক দিন সময় লেগেছিল এবং ডেটাসেটগুলি আউটপুট এবং পুনরুত্পাদনযোগ্যতা উভয় ক্ষেত্রেই কম ছিল। তা সত্ত্বেও, হাই-সি তথ্য ক্রোমাটিন গঠনের পাশাপাশি পারমাণবিক ও জিনোমিক স্থাপত্যের জন্য নতুন অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে এবং এই সম্ভাবনাগুলি বিজ্ঞানীদের গত দশকে কৌশলটি সংশোধন করার প্রচেষ্টা করতে অনুপ্রাণিত করেছে। 2012 এবং 2015 সালের মধ্যে, হাই-সি প্রোটোকলে বেশ কয়েকটি পরিবর্তন করা হয়েছে, 4-কাটার ডাইজেশন বা উচ্চতর রেজোলিউশন পাওয়ার জন্য গভীর সিকোয়েন্সিং গভীরতার সাথে অভিযোজিত। আরও ঘন ঘন কাটা বা ডি. এন. এ. এস. আই এবং মাইক্রোকোকাল নিউক্লিয়াসের ব্যবহারও পদ্ধতির রেজোলিউশনকে উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি করেছে। আরও সম্প্রতি (2017), বেলাগজাল এবং অন্যান্য। একটি হাই-সি 2 প্রোটোকল বর্ণনা করেছেন যা কিলোবেস (কেবি) রেজোলিউশন অর্জন করতে সক্ষম হয়েছিল। মূল প্রটোকলের মূল অভিযোজন ছিল পারমাণবিক কাঠামো সংরক্ষণ এবং অক্ষত নিউক্লিয়াসের মধ্যে বন্ধন দ্বারা খণ্ডিত ক্রোমাটিনের মধ্যে এলোমেলো বন্ধন রোধ করার জন্য পরিপাকের পরে এসডিএস দ্রবণীয়করণ পদক্ষেপ অপসারণ করা, যা ইন সিটু হাই-সি-এর ভিত্তি গঠন করেছিল। 2021 সালে, হাই-সি 3 বর্ণনা করা হয়েছিল লাফন্টেইন এট আল দ্বারা, ফর্মালডিহাইডের সাথে ক্রস লিঙ্কিং বাড়ানোর পরে ডিসুকিনিমিডাইল গ্লুটারেট (ডিএসজি) দ্বারা উচ্চতর রেজোলিউশন অর্জন করা হয়েছিল। ফর্মালডিহাইড প্রোটিন এবং ডিএনএ উভয়ের অ্যামিনো এবং ইমিনো গ্রুপকে ধরে রাখে, ডিএসজিতে এনএইচএস-পরীক্ষক প্রোটিনের উপর প্রাথমিক অ্যামাইনের সাথে প্রতিক্রিয়া দেখায় এবং অ্যামাইন-অ্যামাইনের মিথস্ক্রিয়া ধরতে পারে। বেস প্রোটোকলের এই আপডেটগুলি বিজ্ঞানীদের ক্রোমোসোমাল কম্পার্টমেন্ট এবং টপোলজিক্যালি অ্যাসোসিয়েটিং ডোমেন (টিএডি)-এর মতো আরও বিশদ গঠনমূলক কাঠামোর পাশাপাশি ডিএনএ লুপগুলির মতো উচ্চ-রেজোলিউশনের গঠনমূলক বৈশিষ্ট্যগুলি দেখার অনুমতি দেয়। আজ অবধি, স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-র বিভিন্ন দিকের সাথে সম্পর্কিত স্বতন্ত্র বৈশিষ্ট্য সহ সিটু হাই-সি, লো হাই-সি, সেফ হাই-সি এবং মাইক্রো-সি সহ হাই-সি-এর বিভিন্ন ডেরিভেটিভ ইতিমধ্যে আবির্ভূত হয়েছে, তবে মৌলিক নীতিটি একই রয়ে গেছে। ঐতিহ্যবাহী হাই-সি প্রথম প্রকাশিত হয় লিবারম্যান-আইডেন এবং অন্যান্যদের দ্বারা। 2009 সালে, ধ্রুপদী হাই-সি কর্মপ্রবাহের রূপরেখা নিম্নরূপঃ কোষগুলি ফর্মালডিহাইডের সাথে ক্রস-লিঙ্কযুক্ত; ক্রোমাটিন একটি সীমাবদ্ধতা এনজাইম দিয়ে হজম হয় যা একটি 5 'ওভারহ্যাং তৈরি করে; 5' ওভারহ্যাং বায়োটিনিলেটেড ঘাঁটি দিয়ে ভরা হয় এবং ফলস্বরূপ ভোঁতা-শেষ ডিএনএ সংযুক্ত করা হয়। সংযোগস্থলে বায়োটিন সহ বন্ধন পণ্যগুলি স্ট্রেপ্টাভিডিন ব্যবহারের জন্য নির্বাচিত করা হয় এবং পরবর্তী সিকোয়েন্সিং প্রচেষ্টার জন্য প্রস্তুত একটি গ্রন্থাগার প্রস্তুত করার জন্য আরও প্রক্রিয়াজাত করা হয়। হাই-সি জিনোম জুড়ে যে জোড়া ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়া ধারণ করতে পারে তা বিশাল এবং তাই একটি যথাযথভাবে বড় নমুনা আকার বিশ্লেষণ করা গুরুত্বপূর্ণ, যাতে অনন্য মিথস্ক্রিয়া ধারণ করা যায় যা কেবলমাত্র সাধারণ জনসংখ্যার একটি সংখ্যালঘুতে দেখা যেতে পারে। উচ্চ রেজোলিউশন এবং ডেটার গভীরতা নিশ্চিত করবে এমন লাইগেশন পণ্যগুলির একটি উচ্চ জটিলতা লাইব্রেরি পাওয়ার জন্য, হাই-সি-র জন্য ইনপুট হিসাবে 20-25 মিলিয়ন কোষের একটি নমুনা প্রয়োজন। প্রাথমিক মানব নমুনা, যা কেবল কম কোষ সংখ্যায় পাওয়া যেতে পারে, 1-5 মিলিয়ন কোষ সহ স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি লাইব্রেরি প্রস্তুতির জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে। যাইহোক, কোষের এত কম ইনপুট ব্যবহার করা গ্রন্থাগারের কম জটিলতার সাথে যুক্ত হতে পারে যার ফলে গ্রন্থাগার প্রস্তুতির সময় ডুপ্লিকেট রিডের উচ্চ শতাংশ হয়। স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি 1 থেকে 10 এমবি রেজোলিউশনে পেয়ারওয়াইজ ইন্টারঅ্যাকশনের তথ্য দেয়, উচ্চ সিকোয়েন্সিং গভীরতার প্রয়োজন হয় এবং প্রোটোকলটি সম্পূর্ণ হতে প্রায় 7 দিন সময় নেয়। ফর্মালডিহাইড আন্তঃসংযোগকারী কোষ এবং পারমাণবিক ঝিল্লি ফর্মালডিহাইডের জন্য অত্যন্ত ব্যাপ্তিযোগ্য। ফর্মালডিহাইড ক্রস-লিঙ্কিং প্রায়শই ডিএনএ-প্রোটিন এবং প্রোটিন-প্রোটিন মিথস্ক্রিয়া সনাক্তকরণ এবং পরিমাণ নির্ধারণের জন্য নিযুক্ত করা হয়। হাই-সি এবং সমস্ত 3সি-ভিত্তিক পদ্ধতির প্রসঙ্গে আগ্রহের বিষয় হল ক্রোমাটিনের দূরবর্তী অংশগুলির মধ্যে সিস ক্রোমোজোমাল মিথস্ক্রিয়া ক্যাপচার করার জন্য ফর্মালডিহাইডের ক্ষমতা। এটি স্থানিকভাবে সংলগ্ন ক্রোমাটিন অংশগুলির মধ্যে সমযোজী সংযোগ তৈরি করে এটি করে। ফর্মালডিহাইড দুটি ধাপে ম্যাক্রোমোলিকুলের সাথে বিক্রিয়া করতে পারেঃ উদাহরণস্বরূপ, প্রথমে এটি একটি ডিএনএ বেসে একটি নিউক্লিওফিলিক গ্রুপের সাথে বিক্রিয়া করে এবং একটি মিথাইলল অ্যাডডাক্ট গঠন করে, যা পরে একটি শিফ বেসে রূপান্তরিত হয়। দ্বিতীয় ধাপে, শিফ ক্ষার, যা দ্রুত পচতে পারে, অন্য অণুর উপর আরেকটি কার্যকরী গোষ্ঠীর সাথে একটি মিথাইলিন সেতু গঠন করে। এটি গ্লাইসিনের মতো দ্রবণে একটি ছোট অণু দিয়ে এই মিথাইলিন সেতু তৈরি করতে পারে, যা হাই-সি-তে ফর্মালডিহাইড নিবারণ করতে অতিরিক্ত ব্যবহৃত হয়। নিবারণকারীরা সাধারণত কোষের বাইরে থেকে ফর্মালডিহাইডের উপর প্রভাব ফেলতে পারে। এই দুই-ধাপের ফর্মালডিহাইড আন্তঃসংযোগ বিক্রিয়ার একটি প্রধান বৈশিষ্ট্য হল যে সমস্ত প্রতিক্রিয়া বিপরীতমুখী, যা ক্রোমাটিন ধরার জন্য অত্যাবশ্যক। ক্রসলিংকিং ক্রোমাটিন ক্যাপচার ওয়ার্কফ্লোর একটি গুরুত্বপূর্ণ পদক্ষেপ কারণ কৌশলটির কার্যকরী রিডআউট হল দুটি জিনোমিক অঞ্চল একে অপরের সাথে সংযুক্ত হওয়ার ফ্রিকোয়েন্সি। সুতরাং, এই ধাপটির মান নির্ধারণ গুরুত্বপূর্ণ এবং এর জন্য, একজনকে অবশ্যই বৈচিত্র্যের সম্ভাব্য উৎসগুলি বিবেচনা করতে হবে। কালচার মিডিয়াতে সিরামের উপস্থিতি, যার মধ্যে প্রোটিনের উচ্চ ঘনত্ব রয়েছে, কালচার মিডিয়াতে পৃথক করে ক্রোমাটিন ক্রসলিঙ্কিংয়ের জন্য উপলব্ধ ফর্মালডিহাইডের কার্যকর ঘনত্ব হ্রাস করতে পারে। অতএব, যেসব ক্ষেত্রে কালচারে সিরাম ব্যবহার করা হয়, ক্রস লিঙ্কিং ধাপের জন্য এটি অপসারণ করা উচিত। কোষের প্রকৃতি, অর্থাৎ, সেগুলি ঝুলন্ত বা অনুবর্তী হোক না কেন, ক্রসলিংকিং ধাপের জন্যও একটি প্রাসঙ্গিক বিবেচনা। অনুবর্তী কোষগুলি সাইটোস্কেলেটনের আণবিক পদ্ধতির সাহায্যে পৃষ্ঠের সাথে আবদ্ধ হয়। এটি দেখানো হয়েছে যে সাইটোস্কেলেটন-রক্ষণাবেক্ষণ করা পারমাণবিক এবং সেলুলার অঙ্গসংস্থানের মধ্যে একটি যোগসূত্র রয়েছে যা পরিবর্তন করা হলে বিশ্বব্যাপী পারমাণবিক সংস্থাকে নেতিবাচকভাবে প্রভাবিত করতে পারে। অতএব, অনুসারী কোষগুলিকে তাদের কালচার পৃষ্ঠের সাথে সংযুক্ত থাকাকালীন ক্রস লিঙ্ক করা উচিত। সোডিয়াম ক্লোরাইডযুক্ত ঠান্ডা হাইপোটোনিক বাফার, পি. এইচ. 8-এ ট্রিস-এইচ. সি. এল, এবং অ-আয়নিক ডিটারজেন্ট আই. জি. ই. পি. এ. এল. সি. এ-630, প্রোটিজ ইনহিবিটারের সাথে পরিপূরক সহ বরফের উপর লাইসিস, সীমাবদ্ধতা ডাইজেস্ট এবং বায়োটিনিলেশন কোষগুলিকে আবদ্ধ করা হয়। প্রোটিজ ইনহিবিটার এবং বরফের উপর ইনকিউবেশন অন্তঃসত্ত্বা প্রোটিজ থেকে ক্রসলিঙ্কড ক্রোমাটিন কমপ্লেক্সের অখণ্ডতা বজায় রাখতে সহায়তা করে। লাইসিস ধাপটি কোষ থেকে নিউক্লিক উপাদান মুক্ত করতে সাহায্য করে। কোষের লিসিসের পরে, ক্রোমাটিনকে পাতলা এস. ডি. এস দিয়ে দ্রবণীয় করা হয় যাতে ক্রসলিঙ্ক করা হয়নি এমন প্রোটিনগুলি অপসারণ করা যায় এবং ক্রোমাটিন খোলা যায় এবং পরবর্তী সীমাবদ্ধতা এন্ডোনিউক্লিয়াস-মধ্যস্থ পরিপাকের জন্য এটি আরও সহজলভ্য করে তোলা যায়। যদি এস. ডি. এস-এর সাথে ইনকিউবেশন প্রস্তাবিত 10 মিনিট অতিক্রম করে, তবে ফর্মালডিহাইড ক্রসলিঙ্কগুলি বিপরীত করা যেতে পারে এবং তাই এস. ডি. এস-এর সাথে ইনকিউবেশন অবিলম্বে বরফের উপর একটি ইনকিউবেশন দ্বারা অনুসরণ করা আবশ্যক। ট্রাইটন এক্স-100 নামে একটি অ-আয়নিক ডিটারজেন্ট পরবর্তী ধাপে এনজাইমের বিকৃতি রোধ করার জন্য এসডিএস নিবারণ করতে ব্যবহৃত হয়। যে কোনও সীমাবদ্ধতা উৎসেচক যা 5 'ওভারহ্যাং তৈরি করে, যেমন হিন্দ-3 এখন উপলব্ধ ক্রোমাটিনকে রাতারাতি হজম করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। এই 5 'ওভারহ্যাং ক্রোমাটিনের পচানো প্রান্তে বায়োটিনিলেটেড সি. টি. পি বা এ. টি. পি যোগ করার জন্য ডি. এন. এ পলিমারেজ 1-এর ক্লিনো খণ্ডের জন্য প্রয়োজনীয় টেমপ্লেট সরবরাহ করে। এই পদক্ষেপটি গ্রন্থাগার প্রস্তুতির জন্য হাই-সি লাইগেশন পণ্যগুলির নির্বাচনের অনুমতি দেয়। প্রক্সিমিটি লাইগেশন ডিএনএ টুকরোগুলির উপর একটি দুর্বলকরণ লাইগেশন সঞ্চালিত হয় যা এখনও একে অপরের সাথে ক্রস লিঙ্কযুক্ত যাতে বিভিন্ন কমপ্লেক্স জুড়ে টুকরোগুলির মধ্যে লাইগেশনের ঘটনার পরিবর্তে একই ক্রোমাটিন কমপ্লেক্সের মধ্যে টুকরোগুলির আন্তঃআণবিক লাইগেশনের পক্ষে থাকে। যেহেতু এই বন্ধন ধাপটি ভোঁতা-প্রান্তযুক্ত ডিএনএ টুকরোগুলির মধ্যে ঘটে (যেহেতু আঠালো প্রান্তগুলি বায়োটিন-লেবেলযুক্ত ঘাঁটি দিয়ে ভরাট করা হয়েছে), তাই প্রতিক্রিয়াটি তার অন্তর্নিহিত অদক্ষতা পূরণ করতে 4 ঘন্টা পর্যন্ত চলতে দেওয়া হয়। প্রক্সিমিটি লাইগেশনের ফলে, টার্মিনাল হিন্দ-3 সাইটগুলি হারিয়ে যায় এবং একটি এন. এইচ. ই. আই সাইট তৈরি হয়। বায়োটিন অপসারণ, ডিএনএ শিয়ারিং, আকার নির্বাচন এবং শেষ মেরামত বায়োটিন-লেবেলযুক্ত বন্ধন পণ্যগুলি ফেনল-ক্লোরোফর্ম ডিএনএ নিষ্কাশন ব্যবহার করে শুদ্ধ করা যেতে পারে। বায়োটিন-লেবেলযুক্ত প্রান্তযুক্ত যে কোনও টুকরো যেগুলি সংযুক্ত করা হয়নি সেগুলি অপসারণ করতে, এই ধরনের টুকরোগুলির প্রান্ত থেকে নিউক্লিওটাইডগুলি অপসারণ করতে 3 'থেকে 5' এক্সোন্যুক্লিয়াস ক্রিয়াকলাপ সহ টি4 ডিএনএ পলিমারেজ ব্যবহার করা হয়। এই পদক্ষেপটি নিশ্চিত করে যে গ্রন্থাগার প্রস্তুতির জন্য এই অবিচ্ছিন্ন টুকরোগুলির কোনওটিই নির্বাচন করা হয় না। ই. ডি. টি. এ দিয়ে প্রতিক্রিয়া বন্ধ করা হয় এবং ফিনল-ক্লোরোফর্ম ডি. এন. এ নিষ্কাশন ব্যবহার করে ডি. এন. এ আবার শুদ্ধ করা হয়। সিকোয়েন্সিং লাইব্রেরির জন্য ডিএনএ টুকরোগুলির আদর্শ আকার নির্ভর করে সিকোয়েন্সিং প্ল্যাটফর্মের উপর যা ব্যবহার করা হবে। ডি. এন. এ প্রথমে সোনিকেশন ব্যবহার করে <আই. ডি. 1> বিপি-র চারপাশে টুকরো টুকরো করা যেতে পারে। এই আকারের টুকরোগুলি উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য উপযুক্ত। সোনিকেশন অনুসরণ করে, 150 এবং 300 বিপি-র মধ্যে আকার বিতরণ সহ লাইগেশন পণ্যগুলি পেতে বেকম্যান কুল্টার থেকে এএমপিউর এক্সপি পুঁতি ব্যবহার করে টুকরোগুলি আকার নির্বাচন করা যেতে পারে। হাইসেক ক্লাস্টার গঠনের জন্য এটি সর্বোত্তম খণ্ড আকারের উইন্ডো। ডিএনএ শিয়ারিং অসমমিত ডিএনএ ভাঙার কারণ হয় এবং বায়োটিন পুলডাউন এবং সিকোয়েন্সিং অ্যাডাপ্টর লাইগেশনের আগে অবশ্যই মেরামত করতে হবে। এটি এনজাইমের সংমিশ্রণ ব্যবহার করে অর্জন করা হয় যা 5 'ওভারহ্যাংগুলি পূরণ করে এবং 5' ফসফেট গ্রুপ এবং 3 'প্রান্তের টুকরোগুলিতে অ্যাডেনাইলেট যোগ করে যাতে সিকোয়েন্সিং অ্যাডাপ্টরগুলির বন্ধন সম্ভব হয়। অতিরিক্ত স্ট্রেপ্টাভিডিন পুঁতি ব্যবহার করে, যেমন ডায়নাবেডস থেকে মাই-ওয়ান সি1 স্ট্রেপ্টাভিডিন পুঁতির দ্রবণ, বায়োটিনিলেটেড হাই-সি লাইগেশন পণ্যগুলি টেনে নামানো এবং সমৃদ্ধ করা যেতে পারে। ডি. এন. এ-র টুকরোগুলি স্ট্রেপ্টাভিডিন পুঁতির সাথে আবদ্ধ থাকাকালীন ইলুমিনা পেয়ারড-এন্ড অ্যাডাপ্টারের বন্ধন সম্পাদন করা হয়। পুঁতির শোষণ অ্যাডাপ্টারের কাছে এই ভোঁতা-প্রান্তের ডিএনএ টুকরোগুলির বন্ধন দক্ষতা বাড়ায়, কারণ এটি তাদের গতিশীলতা হ্রাস করে। গ্রন্থাগার প্রস্তুতি এবং সিকোয়েন্সিং অ্যাডাপ্টারের বন্ধন সম্পূর্ণ হওয়ার পরে, গ্রন্থাগারের পিসিআর পরিবর্ধন করা হয়। পিসিআর ধাপটি অতিরিক্ত-সম্প্রসারণের ফলে কম জটিলতার হাই-সি লাইগেশন পণ্যের নমুনায় উচ্চ সংখ্যক ডুপ্লিকেট প্রবর্তন করতে পারে। এর ফলে খুব কম মিথস্ক্রিয়া ধরা পড়ে এবং প্রায়শই, কারণ ইনপুট নমুনা আকারে কম পরিমাণে কোষ ছিল। সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য কমপক্ষে 50 এনজি হাই-সি লাইব্রেরি ডিএনএ পাওয়ার জন্য প্রয়োজনীয় চক্রের সংখ্যা টাইট্রেট করা গুরুত্বপূর্ণ। চক্রের সংখ্যা যত কম হবে, ততই ভাল যাতে কোনও পিসিআর শিল্পকর্ম (যেমন অফ-টার্গেট এম্পলিকন, অ-নির্দিষ্টতা ইত্যাদি) না থাকে। পিসিআর চক্রের আদর্শ পরিসীমা হল 9-15 এবং একটি পিসিআর প্রতিক্রিয়ার জন্য চক্রের সংখ্যা বাড়ানোর চেয়ে সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য পর্যাপ্ত ডিএনএ পেতে একাধিক পিসিআর প্রতিক্রিয়া পুল করা বেশি আদর্শ। পিসিআর পণ্যগুলি প্রাইমার ডাইমারগুলি অপসারণ করতে এএমপিউর পুঁতি ব্যবহার করে আবার শুদ্ধ করা হয় এবং তারপরে সিকোয়েন্স করার আগে পরিমাপ করা হয়। ক্রোমাটিনের যে অঞ্চলগুলি একে অপরের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে সেগুলি তখন বায়োটিনিলেটেড, লিগযুক্ত পণ্যগুলির পেয়ার-এন্ড সিকোয়েন্সিং দ্বারা চিহ্নিত করা হয়। যে কোনও প্ল্যাটফর্ম যা লিগযুক্ত টুকরোগুলি এন. এইচ. ই. আই জংশন (রোচে 454) জুড়ে বা পেয়ার্ড-এন্ড বা মেট-পেয়ার্ড রিডস (ইলুমিনা জি. এ এবং হাইসেক প্ল্যাটফর্ম) দ্বারা সিকোয়েন্স করার অনুমতি দেয় তা হাই-সি-র জন্য উপযুক্ত। উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের আগে, লাইব্রেরির গুণমান স্যাঙ্গার সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে যাচাই করা উচিত, যেখানে দীর্ঘ সিকোয়েন্সিং রিড বায়োটিন জংশনের মাধ্যমে পড়বে। ইল্যুমিনা পেয়ার্ড-এন্ড সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে বেশিরভাগ ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া জোড়া সনাক্ত করার জন্য ছত্রিশ বা 50 বিপি রিড যথেষ্ট। যেহেতু গ্রন্থাগারে টুকরোগুলির গড় আকার 250 বিপি, তাই হাই-সি গ্রন্থাগার সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য 50 বিপি পেয়ার্ড-এন্ড রিডগুলি সর্বোত্তম বলে মনে করা হয়েছে। হাই-সি গ্রন্থাগারগুলির গুণমান নিয়ন্ত্রণ হাই-সি নমুনা প্রস্তুতির কর্মপ্রবাহ জুড়ে বেশ কয়েকটি চাপ বিন্দু রয়েছে যা ভালভাবে নথিভুক্ত এবং রিপোর্ট করা হয়েছে। বিভিন্ন পর্যায়ে ডিএনএ 0.8% অ্যাগারোজ জেলের উপর চালানো যেতে পারে যাতে টুকরোগুলির আকারের বন্টন মূল্যায়ন করা যায়। আকার নির্বাচনের ধাপগুলি কেটে ফেলার পরে এটি বিশেষভাবে গুরুত্বপূর্ণ। ডি. এন. এ-র অবক্ষয় পর্যবেক্ষণ করা যেতে পারে কারণ জেলের উপর কম আণবিক ওজনের পণ্যের অধীনে স্মেয়ার প্রদর্শিত হয়। লাইসিসের সময় পর্যাপ্ত প্রোটিজ ইনহিবিটার যোগ না করা, অন্তঃসত্ত্বা নিউক্লিজ ক্রিয়াকলাপ বা ভুল আইসিংয়ের কারণে তাপীয় অবক্ষয়ের কারণে অবক্ষয় ঘটতে পারে। প্রক্সিমিটি লাইগেশন পণ্য গঠনের জন্য পরীক্ষা করার জন্য 3সি পিসিআর প্রতিক্রিয়া করা যেতে পারে। স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি ভেরিয়েন্টের একটি উচ্চ ইনপুট সেল নম্বর খরচ রয়েছে, গভীর সিকোয়েন্সিং প্রয়োজন, কম রেজোলিউশন ডেটা তৈরি করে এবং অপ্রয়োজনীয় অণু গঠনে ভুগছে যা কোষের সংখ্যা কম হলে কম জটিলতা লাইব্রেরিতে অবদান রাখে। এই সমস্যাগুলির মোকাবিলা করার জন্য এই কৌশলটি প্রয়োগ করতে সক্ষম হওয়ার জন্য যেখানে কোষের সংখ্যা একটি সীমাবদ্ধ কারণ, উদাহরণস্বরূপ, প্রাথমিক মানব কোষের কাজের সাথে, হাই-সি-এর প্রথম ধারণার পর থেকে বেশ কয়েকটি হাই-সি রূপ তৈরি করা হয়েছে। হাই-সি রূপগুলি যে চারটি প্রধান শ্রেণীর অধীনে পড়ে সেগুলি হলঃ ডিলিউশন লাইগেশন, ইন সিটু লাইগেশন, সিঙ্গেল সেল এবং লো নয়েজ ইমপ্রুভমেন্ট সিস্টেম। স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি হল এক ধরনের ডাইল্যুশন লাইগেশন এবং অন্যান্য ডাইল্যুশন লাইগেশনের মধ্যে রয়েছে ডিএনএজ হাই-সি এবং ক্যাপচার হাই-সি। স্ট্যান্ডার্ড এবং ক্যাপচার হাই-সি-র বিপরীতে, ডিএনএজ হাই-সি-র ইনপুট হিসাবে মাত্র 2-5 মিলিয়ন কোষের প্রয়োজন হয়, ক্রোমাটিন খণ্ডনের জন্য ডিএনএজিআই ব্যবহার করে এবং একটি ইন-জেল ডাইল্যুশন প্রক্সিমিটি লাইগেশন নিযুক্ত করে। ডি. এন. এ. এস. আই-এর ব্যবহার হাই-সি-র দক্ষতা এবং রেজোলিউশনকে ব্যাপকভাবে উন্নত করতে দেখা গেছে। ক্যাপচার হাই-সি একটি জিনোম-ব্যাপী পরীক্ষা কৌশল যা নির্দিষ্ট জিনোমিক অঞ্চলের সংকরায়ন-ভিত্তিক ক্যাপচার ব্যবহার করে নির্দিষ্ট লোকির ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া দেখার জন্য। এটি প্রথম তৈরি করেছিলেন মিফসুদ ও অন্যান্যরা। 21, 841 টি প্রোমোটার অঞ্চল লক্ষ্য করে একটি বায়োটিনিলেটেড আরএনএ বেট লাইব্রেরি তৈরি করে মানব কোষে দীর্ঘ-পরিসীমা প্রোমোটার পরিচিতিগুলির মানচিত্র তৈরি করা। এই রূপগুলি, অন্যান্য ছাড়াও (নীচে বর্ণিত), স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-র মৌলিক কৌশলের পরিবর্তনের প্রতিনিধিত্ব করে এবং মূল পদ্ধতির এক বা একাধিক সীমাবদ্ধতা দূর করে। সিটু হাই-সি-তে রাও ও অন্যান্যদের দ্বারা প্রথম বর্ণিত, সিটু হাই-সি পারমাণবিক বন্ধন পরীক্ষার সাথে স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-কে একত্রিত করে, অর্থাৎ, অক্ষত নিউক্লিয়াসে সঞ্চালিত প্রক্সিমিটি বন্ধন। প্রটোকলটি মৌলিক কর্মপ্রবাহের রূপরেখার পরিপ্রেক্ষিতে স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-এর অনুরূপ তবে অন্যান্য উপায়ে পৃথক। স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-র জন্য প্রয়োজনীয় আদর্শ 20 থেকে 25 মিলিয়নের তুলনায় সিটু হাই-সি-তে 2 থেকে 5 মিলিয়ন কোষের প্রয়োজন হয় এবং স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-র জন্য 7 দিন বনাম প্রোটোকল সম্পূর্ণ করতে মাত্র 3 দিন সময় লাগে। উপরন্তু, স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-র মতো দ্রবণে প্রক্সিমিটি লাইগেশন ঘটে না, যা এলোমেলো, জৈবিকভাবে অপ্রাসঙ্গিক যোগাযোগ এবং লাইগেশনের ফ্রিকোয়েন্সি হ্রাস করে, যা ক্যাপচার করা বায়োটিনিলেটেড ডিএনএ-তে মাইটোকন্ড্রিয়াল এবং নিউক্লিয়ার ডিএনএ যোগাযোগের নিম্ন ফ্রিকোয়েন্সি দ্বারা নির্দেশিত হয়। বন্ধন ধাপের জন্য নিউক্লিয়াসকে অক্ষত রেখে এটি অর্জন করা হয়। কোষগুলিকে এখনও পি. এইচ 8-এ ট্রিস-এইচ. সি. এল, সোডিয়াম ক্লোরাইড এবং বন্ধন করার আগে ডিটারজেন্ট আই. জি. ই. পি. এ. এল. সি. এ 630 যুক্ত একটি বাফার দিয়ে আবদ্ধ করা হয়, তবে কোষের লাইসেটের সমজাতীয়করণের পরিবর্তে, কোষের নিউক্লিয়াসগুলি কোষের ঝিল্লিকে অবনমিত করার জন্য প্রাথমিক লাইসিসের পরে ছিদ্র করা হয়। প্রক্সিমিটি লাইগেশন সম্পূর্ণ হওয়ার পরে, পারমাণবিক ঝিল্লিকে ব্যাপ্তিযোগ্য করতে এবং তার পারমাণবিক উপাদানগুলি মুক্ত করতে 68 ডিগ্রি সেলসিয়াসে কমপক্ষে দেড় ঘন্টার জন্য কোষের নিউক্লিয়াসগুলি ইনকিউবেট করা হয়। স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি-র 1 থেকে 10 এমবি রেজোলিউশন এবং ডিএনএজ হাই-সি-র 100 কেবি রেজোলিউশনের তুলনায় ইন সিটু হাই-সি দিয়ে যে রেজোলিউশন অর্জন করা যেতে পারে তা 950 থেকে 1000 বিপি পর্যন্ত হতে পারে। যদিও স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি সীমাবদ্ধতা ডাইজেস্ট ধাপের জন্য হিন্দ-3-এর মতো একটি 6-বিপি কাটার ব্যবহার করে, তবে সিটুতে হাই-সি দক্ষতা এবং রেজোলিউশন বাড়ানোর জন্য এম. বি. ও. আই বা তার আইসোস্কিজোমার ডি. পি. এন. আই. আই (যা সি. পি. জি মিথাইলেশনের প্রতি সংবেদনশীল নয়)-এর মতো একটি 4-বিপি কাটার ব্যবহার করে (যেহেতু এম. বি. ও. আই এবং ডি. পি. এন. আই. আই-এর সীমাবদ্ধতা সাইটগুলি জিনোমে ঘন ঘন ঘটে)। ইন সিটু হাই-সি-র জন্য প্রতিলিপির মধ্যে তথ্য সামঞ্জস্যপূর্ণ এবং অত্যন্ত পুনরুত্পাদনযোগ্য, খুব কম পটভূমির শব্দ এবং স্পষ্ট ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া প্রদর্শন করে। তবে এটি সম্ভব যে কিছু ক্যাপচার করা মিথস্ক্রিয়া সঠিক আন্তঃআণবিক মিথস্ক্রিয়া নাও হতে পারে কারণ নিউক্লিয়াসটি প্রোটিন এবং ডিএনএ দিয়ে ঘনভাবে ভরা থাকে তাই অক্ষত নিউক্লিয়াসে প্রক্সিমিটি লিগশন সম্পাদন করা বিভ্রান্তিকর মিথস্ক্রিয়াকে টেনে আনতে পারে যা কেবল পারমাণবিক প্যাকেজিংয়ের প্রকৃতির কারণে তৈরি হতে পারে এবং সেলুলার কার্যকরী প্রভাবের সাথে এত অনন্য ক্রোমোসোমাল মিথস্ক্রিয়া নয়। রাও ও অন্যান্যদের দ্বারা বর্ণিত তথ্যের রেজোলিউশন অর্জনের জন্য প্রতি নমুনায় প্রায় 5 বিলিয়ন পেয়ার্ড-এন্ড রিডের একটি অত্যন্ত উচ্চ সিকোয়েন্সিং গভীরতার প্রয়োজন। সিস হাই-সি, ওসিএএন-সি এবং ইন সিটু ক্যাপচার হাই-সি সহ বেশ কয়েকটি কৌশল রয়েছে যা ইন সিটু হাই-সি ধারণার সাথে খাপ খাইয়ে নিয়েছে। নিচে সিটু হাই-সি ভিত্তিক কৌশলগুলির মধ্যে দুটি সর্বাধিক বিশিষ্ট কৌশল বর্ণনা করা হয়েছে। 1. লো-সি লো-সি হল একটি ইন-সিটু হাই-সি প্রোটোকল যা কম কোষ সংখ্যার ক্ষেত্রে ব্যবহারের জন্য অভিযোজিত, যা বিশেষভাবে সেই প্রসঙ্গে কার্যকর যেখানে কোষ সংখ্যা একটি সীমাবদ্ধ এজেন্ট, উদাহরণস্বরূপ, প্রাথমিক মানব কোষ সংস্কৃতিতে। এই পদ্ধতিটি ছোটখাটো পরিবর্তনগুলি ব্যবহার করে, যার মধ্যে ব্যবহৃত ভলিউম এবং ঘনত্ব এবং নির্দিষ্ট পরীক্ষামূলক পদক্ষেপের সময় এবং ক্রম সহ 1000 কোষের মতো কম কোষ সংখ্যা থেকে উচ্চ মানের হাই-সি লাইব্রেরি তৈরির অনুমতি দেয়। মাত্র 1000 টি কোষের সাথে ব্যবহারযোগ্য এবং উচ্চ রেজোলিউশন ডেটা তৈরির সম্ভাবনা থাকা সত্ত্বেও, ডিয়াজ এট আল। এখনও সম্ভব হলে কমপক্ষে 1 থেকে 2 মিলিয়ন কোষ ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হয়, অথবা যদি না হয় তবে ন্যূনতম 500 কে কোষ ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হয়। গ্রন্থাগারের গুণমান প্রথম ইলুমিনা মিসেক (2x84 এনপি পেয়ার্ড-এন্ড রিডস) প্ল্যাটফর্মে মূল্যায়ন করা হয়েছিল এবং একবার মান নিয়ন্ত্রণের মানদণ্ড (কম পিসিআর ডুপ্লিকেট সহ) পাস করার পরে, গ্রন্থাগারটি ইলুমিনা নেক্সটসেক (2x80 বিপি পেয়ার্ড-এন্ড)-এ সিকোয়েন্স করা হয়েছিল। সামগ্রিকভাবে, এই কৌশলটি হাই-সি-র জন্য উচ্চ সেল নম্বর ইনপুট এবং উচ্চ রেজোলিউশনের তথ্য পাওয়ার জন্য প্রয়োজনীয় উচ্চ সিকোয়েন্সিং গভীরতার সমস্যাটিকে এড়িয়ে চলে, তবে শুধুমাত্র 5 কেবি পর্যন্ত রেজোলিউশন অর্জন করতে পারে এবং ব্যবহৃত নমুনার আকার এবং এটি থেকে উত্পন্ন তথ্যের পরিবর্তনশীল প্রকৃতির কারণে সর্বদা পুনরুত্পাদনযোগ্য নাও হতে পারে। 2. নিরাপদ হাই-সি নিরাপদ হাই-সি, বা সরলীকৃত, দ্রুত এবং অর্থনৈতিকভাবে দক্ষ হাই-সি, উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংয়ের জন্য পরিবর্ধন ছাড়াই পর্যাপ্ত লিগযুক্ত টুকরো তৈরি করে। সিটুতে প্রকাশিত হাই-সি তথ্য নির্দেশ করে যে পরিবর্ধন (গ্রন্থাগার প্রস্তুতির জন্য পিসিআর ধাপে) দূরত্ব-নির্ভর পরিবর্ধন পক্ষপাত প্রবর্তন করে, যার ফলে জিনোমিক দূরত্বের বিপরীতে সংকেত অনুপাতের জন্য শব্দ বেশি হয়। সেফ হাই-সি সফলভাবে 250 হাজার কে562 কোষ থেকে একটি পরিবর্ধন-মুক্ত, ইন সিটু হাই-সি লাইগেশন লাইব্রেরি তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। লাইগেশনের টুকরোগুলি 200 থেকে 500 বিপি লম্বা হয়, যার গড় প্রায় 370 বিপি। সমস্ত বন্ধন পণ্য গ্রন্থাগারগুলি ইলুমিনা হাইসেক প্ল্যাটফর্ম (2x150 বিপি পেয়ার-এন্ড রিডস) ব্যবহার করে সিকোয়েন্স করা হয়েছিল। যদিও নিরাপদ হাই-সি 250 হাজারের মতো কম সেল ইনপুটের জন্য ব্যবহার করা যেতে পারে, নিউ এট আল। 1 থেকে 2 মিলিয়ন কোষ ব্যবহার করার পরামর্শ দেওয়া হয়। নমুনাগুলি একটি লেনের এক-চতুর্থাংশে সিকোয়েন্স করার জন্য পর্যাপ্ত লিগ্যাট তৈরি করে। নিরাপদ হাই-সি পিসিআর ডুপ্লিকেট অপসারণের কারণে গ্রন্থাগারের জটিলতা বাড়ানোর জন্য প্রদর্শিত হয়েছে যা অনন্য পেয়ার রিডের সামগ্রিক শতাংশকে হ্রাস করে। সামগ্রিকভাবে, সেফ হাই-সি ক্রোমোজোমাল মিথস্ক্রিয়ার অখণ্ডতা সংরক্ষণ করে এবং উচ্চ সিকোয়েন্সিং গভীরতার প্রয়োজনীয়তা হ্রাস করে এবং সামগ্রিক ব্যয় ও শ্রম সাশ্রয় করে। মাইক্রো-সি মাইক্রো-সি হ 'ল হাই-সি-এর একটি সংস্করণ যার মধ্যে নিউক্লিওসোমের জোড়াগুলির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া দেখার জন্য একটি মাইক্রোকোকাল নিউক্লিজ (এমএনএজ) পরিপাক পদক্ষেপ রয়েছে, এইভাবে 1 থেকে 100 নিউক্লিওসোম স্কেলে উপ-জিনোমিক টিএডি কাঠামোর রেজোলিউশন সক্ষম করে। এটি প্রথম খামির ব্যবহারের জন্য তৈরি করা হয়েছিল এবং একটি স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি থেকে প্রাপ্ত কাঠামোগত তথ্য সংরক্ষণ করতে দেখানো হয়েছিল তবে বৃহত্তর সংকেত-থেকে-শব্দ অনুপাত সহ। যখন মানব ভ্রূণের স্টেম সেল এবং ফাইব্রোব্লাস্টের সাথে ব্যবহার করা হয়, তখন প্রতি নমুনায় 2.6 থেকে 4.5 বিলিয়ন অনন্যভাবে ম্যাপ করা রিড পাওয়া যায়। সিয়েহ এবং অন্যান্য। মাউস ভ্রূণের স্টেম সেল থেকে 2 কোটি 64 লক্ষ রিড বিশ্লেষণ করা হয়েছে এবং দেখানো হয়েছে যে স্বল্প-পরিসীমা মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করার জন্য শক্তি বৃদ্ধি পেয়েছে। একক কোষ হাই-সি হাই-সি একক কোষের ব্যবহারের জন্যও অভিযোজিত হয়েছে তবে এই কৌশলগুলি সম্পাদন করার জন্য উচ্চ স্তরের দক্ষতার প্রয়োজন হয় এবং নিম্ন তথ্যের গুণমান, কভারেজ এবং রেজোলিউশনের মতো সমস্যাগুলির দ্বারা জর্জরিত। তথ্য বিশ্লেষণ হাই-সি দ্বারা উৎপন্ন চিমেরিক ডিএনএ বন্ধন পণ্যগুলি নিউক্লিয়াসের মধ্যে জোড়া ভিত্তিক ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া বা শারীরিক 3ডি যোগাযোগের প্রতিনিধিত্ব করে এবং বিভিন্ন ডাউনস্ট্রিম পদ্ধতির দ্বারা বিশ্লেষণ করা যেতে পারে। সংক্ষেপে, গভীর সিকোয়েন্সিং ডেটা নিরপেক্ষ জিনোম-ওয়াইড ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া মানচিত্র তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়। তারপর ক্রোমোসোমাল কাঠামোগত নিদর্শন এবং তাদের জৈবিক ব্যাখ্যাগুলি সনাক্ত করতে এই মানচিত্রগুলি বিশ্লেষণ করার জন্য বিভিন্ন পদ্ধতি ব্যবহার করা যেতে পারে। এই তথ্য বিশ্লেষণ পদ্ধতির অনেকগুলিই 3সি-সিকোয়েন্সিং বা অন্যান্য সমতুল্য তথ্যের ক্ষেত্রেও প্রযোজ্য। গভীর সিকোয়েন্সিং দ্বারা উত্পাদিত রিড ম্যাপিং হাই-সি ডেটা একটি ঐতিহ্যবাহী এফ. এ. এস. টি. কিউ ফাইলের আকারে হয় এবং রিডগুলি সিকোয়েন্স অ্যালাইনমেন্ট সফ্টওয়্যার ব্যবহার করে আগ্রহের জিনোমের সাথে সারিবদ্ধ করা যেতে পারে (যেমন। বাউটি, বি. ডব্লিউ. এ, ইত্যাদি)। যেহেতু হাই-সি লাইগেশন পণ্যগুলি শত শত মেগাবেসে প্রসারিত হতে পারে এবং বিভিন্ন ক্রোমোজোমের উপর সেতুর অবস্থান তৈরি করতে পারে, তাই হাই-সি রিড প্রান্তিককরণ প্রায়শই এই অর্থে চিমেরিক হয় যে একটি রিডের বিভিন্ন অংশ দূরবর্তী অবস্থানের সাথে সংযুক্ত হতে পারে, সম্ভবত বিভিন্ন দিকে। দীর্ঘ-পঠিত সারিবদ্ধকারী (যেমন। মিনিম্যাপ2) প্রায়শই চিমেরিক প্রান্তিককরণকে সমর্থন করে এবং দীর্ঘ-পঠিত হাই-সি ডেটাতে সরাসরি প্রয়োগ করা যেতে পারে। স্বল্প-পঠিত হাই-সি সারিবদ্ধকরণ আরও চ্যালেঞ্জিং। উল্লেখযোগ্যভাবে, হাই-সি বিভিন্ন আকারের লাইগেশন জংশন তৈরি করে, তবে লাইগেশন সাইটের সঠিক অবস্থান পরিমাপ করা হয় না। এই সমস্যাটি এড়ানোর জন্য, পুনরাবৃত্তিমূলক ম্যাপিং ব্যবহার করা হয় জংশন সাইটের অনুসন্ধান এড়ানোর জন্য রিডগুলিকে দুই ভাগে বিভক্ত করতে এবং মিথস্ক্রিয়া জোড়া সনাক্ত করতে আলাদাভাবে ম্যাপিং করতে সক্ষম হওয়ার আগে। পুনরাবৃত্তিমূলক ম্যাপিংয়ের পিছনে ধারণাটি হল জংশন সাইটে পৌঁছানোর আগে মিথস্ক্রিয়া জোড়াগুলির অনন্য সনাক্তকরণ নিশ্চিত করার জন্য যতটা সম্ভব সংক্ষিপ্ত একটি ক্রমের মানচিত্র তৈরি করা। ফলস্বরূপ, 5 'প্রান্ত থেকে শুরু করে 25-বিপি দীর্ঘ রিডগুলি প্রথমে জিনোমে ম্যাপ করা হয় এবং পড়ে যে একক লোকিতে অনন্যভাবে ম্যাপ করা হয় না তা অতিরিক্ত 5 বিপি দ্বারা প্রসারিত করা হয় এবং তারপরে পুনরায় ম্যাপ করা হয়। এই প্রক্রিয়াটি পুনরাবৃত্তি করা হয় যতক্ষণ না সবাই অনন্যভাবে মানচিত্র পড়ে, বা যতক্ষণ না পাঠগুলি সম্পূর্ণরূপে প্রসারিত হয়। একক জিনোমিক লোকিতে অনন্যভাবে ম্যাপ করা প্রতিটি পাশের সাথে কেবল জোড়া দেওয়া শেষ রিড রাখা হয়। অন্যান্য সমস্ত পেয়ারড এন্ড রিড বাতিল করা হয়। আই. সি. ই, এইচ. আই. সি-প্রো, এইচ. আই. পি. পি. আই. ই, এইচ. আই. সি. ইউ. পি এবং টি. এ. ডি. বিটের মতো অনেক বায়োইনফরমেটিক্স পাইপলাইনে পঠন ম্যাপিং কৌশলের বিভিন্ন বৈচিত্র্য প্রয়োগ করা হয়, যাতে জোড়া প্রান্তের দুটি অংশ আলাদাভাবে পাঠ করা যায়, যদি দুটি অংশ স্বতন্ত্র জিনোমিক অবস্থানের সাথে মেলে, এইভাবে যেখানে পাঠগুলি বন্ধন সংযোগস্থলে প্রসারিত হয় সেই চ্যালেঞ্জটি মোকাবেলা করে। পঠন দৈর্ঘ্য বৃদ্ধির সঙ্গে, আরও সাম্প্রতিক পাইপলাইন (যেমন। জুসার এবং 4ডি-নিউক্লিওসোম ডেটা পোর্টাল) প্রায়শই বি. ডব্লিউ. এ-মেম, ক্রোম্যাপ এবং ড্র্যাগম্যাপের মতো চিমেরিক সারিবদ্ধকরণে সক্ষম একটি সারিবদ্ধকরণ অ্যালগরিদমের সাথে সংক্ষিপ্ত হাই-সি রিডগুলিকে সারিবদ্ধ করে। এই পদ্ধতিটি সারিবদ্ধকরণকে একবার কল করে এবং পুনরাবৃত্তিমূলক ম্যাপিংয়ের চেয়ে সহজ। ফ্র্যাগমেন্ট অ্যাসাইনমেন্ট এবং ফিল্টারিং ম্যাপ করা রিডগুলি তারপর জিনোমে তার 5 'ম্যাপ করা অবস্থান অনুযায়ী একটি একক জিনোমিক প্রান্তিককরণ অবস্থান বরাদ্দ করা হয়। প্রতিটি পঠন জুটির জন্য, শুধুমাত্র সীমাবদ্ধ টুকরোগুলির একটির জন্য একটি অবস্থান নির্ধারণ করা হয়, সুতরাং একটি সীমাবদ্ধ স্থানের কাছাকাছি এবং সর্বাধিক অণুর দৈর্ঘ্যের চেয়ে কম দূরে থাকা উচিত। নিকটতম সীমাবদ্ধতা স্থানগুলি থেকে সর্বাধিক অণু দৈর্ঘ্যের চেয়ে বেশি দূরে ম্যাপ করা রিডগুলি ক্রোমাটিন বা অ-ক্যানোনিকাল নিউক্লিয়াস ক্রিয়াকলাপের শারীরিক ভাঙ্গনের ফলাফল। যেহেতু এই পাঠগুলি ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া সম্পর্কে তথ্য নির্দেশ করে, সেগুলি বাতিল করা হয় না, তবে ডেটাসেটে প্রযুক্তিগত শব্দ অপসারণের জন্য জিনোমিক অবস্থান নির্ধারণের পরে যথাযথ ফিল্টারিং অবশ্যই করা উচিত। পঠন জোড়া একই বা বিভিন্ন সীমাবদ্ধতার টুকরোগুলির মধ্যে পড়ে কিনা তার উপর নির্ভর করে, বিভিন্ন ফিল্টারিং মানদণ্ড প্রয়োগ করা হয়। যদি জোড়া একই সীমাবদ্ধতা খণ্ডে মানচিত্র পড়ে, তবে তারা সম্ভবত অনির্দিষ্ট ঝুলন্ত প্রান্ত বা বৃত্তাকার টুকরোগুলির প্রতিনিধিত্ব করে যা তথ্যহীন, এবং তাই ডেটাসেট থেকে সরানো হয়। এই রিডগুলি পিসিআর শিল্পকর্ম, হজম না হওয়া ক্রোমাটিনের টুকরোগুলির প্রতিনিধিত্ব করতে পারে বা সহজভাবে, নিম্ন সারিবদ্ধ মানের সাথে পড়তে পারে। তাদের উৎপত্তি যাই হোক না কেন, একই খণ্ডে ম্যাপ করা পাঠগুলি "জাল সংকেত" হিসাবে বিবেচিত হয় এবং সাধারণত ডাউনস্ট্রিম প্রক্রিয়াকরণের আগে ফেলে দেওয়া হয়। স্বতন্ত্র সীমাবদ্ধতার টুকরোগুলিতে ম্যাপ করা অবশিষ্ট জোড়া রিডগুলিও অভিন্ন/অপ্রয়োজনীয় পিসিআর পণ্যগুলি ফেলে দেওয়ার জন্য ফিল্টার করা হয় এবং এটি ঠিক একই ক্রম বা 5 'প্রান্তিককরণের অবস্থানগুলি ভাগ করে নেওয়ার রিডগুলি সরিয়ে অর্জন করা হয়। পরীক্ষামূলক উদ্দেশ্যে মানানসই করার জন্য অতিরিক্ত মাত্রার ফিল্টারিংও প্রয়োগ করা যেতে পারে। উদাহরণস্বরূপ, সম্ভাব্য অপরিশোধিত সীমাবদ্ধতা সাইটগুলি নিষ্ক্রিয়ভাবে চিহ্নিত করার পরিবর্তে, মাঝখানে একটি ছোট দূরত্ব (ব্যবহারকারী-সংজ্ঞায়িত, অভিজ্ঞতা-ভিত্তিক) সহ একই ক্রোমোসোমাল স্ট্র্যান্ডে ম্যাপ করা রিডগুলি সরিয়ে বিশেষভাবে ফিল্টার করা যেতে পারে। বাইনিং এবং বিন-স্তরের ফিল্টারিং তাদের মধ্যবিন্দু স্থানাঙ্কের উপর ভিত্তি করে, হাই-সি সীমাবদ্ধতা টুকরোগুলি নির্দিষ্ট জিনোমিক বিরতিতে বিন করা হয়, যার বিন আকার 40 কেবি থেকে 1 এমবি পর্যন্ত হয়। এই পদ্ধতির পিছনে যুক্তি হল যে তথ্যের জটিলতা হ্রাস করে এবং প্রতি বিন প্রার্থী জিনোম-ব্যাপী মিথস্ক্রিয়ার সংখ্যা হ্রাস করে, জিনোমিক বিন রেজোলিউশনের ব্যয়ে যোগাযোগ ফ্রিকোয়েন্সি আকারে আরও শক্তিশালী এবং কম কোলাহলপূর্ণ সংকেত নির্মাণের অনুমতি দেয় (যদিও সীমাবদ্ধতা খণ্ডের দৈর্ঘ্য এখনও হাই-সি রেজোলিউশনের চূড়ান্ত শারীরিক সীমা হিসাবে রয়ে গেছে)। বিন থেকে বিন মিথস্ক্রিয়া কেবল যোগফল গ্রহণ করে একত্রিত করা হয়, যদিও সংকেতকে আরও উন্নত করার জন্য বছরের পর বছর ধরে আরও কেন্দ্রীভূত এবং তথ্যমূলক পদ্ধতিও তৈরি করা হয়েছে। রাও ও অন্যান্যরা এরকম একটি পদ্ধতি বর্ণনা করেছেন। বিন আকারের সীমাটি ছোট এবং ছোট বিনগুলিতে ঠেলে দেওয়ার লক্ষ্য রাখে, অবশেষে প্রতিটি 1000 রিড দ্বারা আচ্ছাদিত 80 শতাংশের বেশি বিন থাকে, যা চূড়ান্ত বিশ্লেষণ ফলাফলের রেজোলিউশনকে উল্লেখযোগ্যভাবে বৃদ্ধি করে। বিন-স্তরের ফিল্টারিং, ঠিক টুকরো-স্তরের ফিল্টারিংয়ের মতো, প্রাপ্ত তথ্য থেকে পরীক্ষামূলক নিদর্শনগুলি ছড়িয়ে দেওয়ার জন্যও ঘটে। উচ্চ শব্দ এবং কম সংকেতযুক্ত বিনগুলি সরানো হয় কারণ তারা সাধারণত টেলোমেরেস এবং সেন্ট্রোমেরেসের চারপাশে অত্যন্ত পুনরাবৃত্তিমূলক জিনোমিক সামগ্রীর প্রতিনিধিত্ব করে। পৃথক বিন যোগফলের সঙ্গে সমস্ত বিন যোগফলের তুলনা করে এবং নীচের 1 শতাংশ বিন অপসারণ করে অথবা শব্দের পরিমাপ হিসাবে বৈকল্পিকতা ব্যবহার করে এটি করা হয়। এম. এ. ডি-ম্যাক্স (সর্বাধিক অনুমোদিত মধ্যমা পরম বিচ্যুতি) ফিল্টার ব্যবহার করে নিম্ন-কভারেজ বিন বা লগ-স্বাভাবিক বন্টনের কেন্দ্রের নীচে তিনটি স্ট্যান্ডার্ড বিচ্যুতি (যা জিনোমিক বিন প্রতি যোগাযোগের মোট সংখ্যার সাথে খাপ খায়) অপসারণ করা হয়। বাইনিং-এর পরে, হাই-সি ডেটা একটি প্রতিসম ম্যাট্রিক্স বিন্যাসে সংরক্ষণ করা হবে। আরও সম্প্রতি, বিভিন্ন হাই-সি পরীক্ষার জন্য সর্বোত্তম বিন আকার নির্ধারণের জন্য অনেক পদ্ধতির প্রস্তাব দেওয়া হয়েছে। লি এবং অন্যান্য। 2018 সালে ডিডোক বর্ণনা করা হয়েছে, এমন একটি পদ্ধতি যেখানে বিন আকার নির্বাচন করা হয় যেখানে হাই-সি ম্যাট্রিক্সের কাঠামোগত এনট্রপি একটি স্থিতিশীল ন্যূনতম পৌঁছায়। অন্যদিকে, কোয়াসার কিছুটা বেশি মানের মূল্যায়ন প্রদান করে এবং সর্বাধিক ব্যবহারযোগ্য রেজোলিউশন খুঁজে পেতে নমুনাগুলির প্রতিলিপি স্কোরের তুলনা করে (প্রদত্ত যে প্রতিলিপিগুলি প্রকৃতপক্ষে পরীক্ষামূলক উদ্দেশ্যে অন্তর্ভুক্ত করা হয়েছে)। কিছু প্রকাশনা একক-খণ্ড স্তরে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি স্কোর করার চেষ্টা করেছিল, যেখানে কম সংখ্যক পাঠের ক্ষেত্রেও উচ্চতর কভারেজ অর্জন করা যেতে পারে। হাইসিপ্লাস, ঝাং এট আল দ্বারা তৈরি একটি সরঞ্জাম। 2018 সালে, শুধুমাত্র মূল পাঠের 1/16 ব্যবহার করে মূলগুলির অনুরূপ হাই-সি ম্যাট্রিক্স আরোপ করতে সক্ষম হয়। ভারসাম্য/স্বাভাবিকীকরণ ভারসাম্য বলতে প্রাপ্ত হাই-সি তথ্যের পক্ষপাত সংশোধনের প্রক্রিয়াকে বোঝায় এবং এটি স্পষ্ট বা অন্তর্নিহিত হতে পারে। স্পষ্ট ভারসাম্য পদ্ধতির জন্য হাই-সি রিড (বা সাধারণভাবে যে কোনও উচ্চ-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিং কৌশল) এর সাথে যুক্ত বলে পরিচিত পক্ষপাতের স্পষ্ট সংজ্ঞা প্রয়োজন যার মধ্যে রিড ম্যাপাবিলিটি, জিসি বিষয়বস্তু, পাশাপাশি পৃথক খণ্ডের দৈর্ঘ্য রয়েছে। বিবেচনা করা প্রতিটি পক্ষপাতের জন্য প্রথমে একটি সংশোধন ফ্যাক্টর গণনা করা হয়, তারপরে তাদের প্রতিটি সংমিশ্রণ, এবং তারপরে জিনোমিক বিন প্রতি রিড গণনায় প্রয়োগ করা হয়। যাইহোক, কিছু পক্ষপাত একটি অজানা উৎস থেকে আসতে পারে, যে ক্ষেত্রে পরিবর্তে একটি অন্তর্নিহিত ভারসাম্য পদ্ধতি ব্যবহার করা হয়। অন্তর্নিহিত ভারসাম্য এই ধারণার উপর নির্ভর করে যে প্রতিটি জিনোমিক লোকাসের "সমান দৃশ্যমানতা" থাকা উচিত, যা পরামর্শ দেয় যে হাই-সি ডেটাতে প্রতিটি জিনোমিক লোকাসে মিথস্ক্রিয়া সংকেত একই মোট পরিমাণে যোগ করা উচিত। পুনরাবৃত্তিমূলক সংশোধন নামে একটি পদ্ধতি সিঙ্কহর্ন-নপ ব্যালেন্সিং অ্যালগরিদম ব্যবহার করে এবং পূর্বোক্ত অনুমান ব্যবহার করে প্রতিসম ম্যাট্রিক্সের ভারসাম্য বজায় রাখার চেষ্টা করে (ম্যাট্রিক্সের প্রতিটি সারি এবং কলামের যোগফলকে সমান করে)। অ্যালগরিদমটি পুনরাবৃত্তভাবে দুটি ধাপের মধ্যে পরিবর্তিত হয়ঃ 1) প্রতিটি সারিকে তার গড় দ্বারা ভাগ করে এবং 2) প্রতিটি কলামকে তার গড় দ্বারা ভাগ করে, যা শেষে একত্রিত হওয়ার নিশ্চয়তা দেয় এবং মিথস্ক্রিয়া ম্যাট্রিক্সে কোনও স্পষ্টভাবে উচ্চ সারি বা কলাম রাখে না। হাই-সি তথ্যের সহজাত পক্ষপাতকে স্বাভাবিক করার জন্য অন্যান্য গণনামূলক পদ্ধতিও বিদ্যমান, যার মধ্যে রয়েছে ক্রমিক উপাদান স্বাভাবিককরণ (এস. সি. এন), নাইট-রুইজ ম্যাট্রিক্স-ব্যালেন্সিং পদ্ধতি এবং আইগেনভেক্টর ডিকম্পোজিশন (আই. সি. ই) স্বাভাবিককরণ। শেষ পর্যন্ত, সুস্পষ্ট এবং অন্তর্নিহিত পক্ষপাত সংশোধন পদ্ধতি উভয়ই তুলনামূলক ফলাফল দেয়। বিশ্লেষণ এবং তথ্য ব্যাখ্যা একটি বিনযুক্ত, জিনোম-ব্যাপী মিথস্ক্রিয়া ম্যাট্রিক্সের সাহায্যে, স্তন্যপায়ী জিনোমে পর্যবেক্ষণ করা সাধারণ মিথস্ক্রিয়া নিদর্শনগুলি জৈবিকভাবে চিহ্নিত এবং ব্যাখ্যা করা যেতে পারে, যেখানে বৃত্তাকার ক্রোমোজোম এবং সেন্ট্রোমিয়ার ক্লাস্টারিংয়ের মতো আরও বিরল, কম ঘন ঘন পর্যবেক্ষণ করা নিদর্শনগুলির জন্য অতিরিক্ত বিশেষভাবে উপযুক্ত পদ্ধতির প্রয়োজন হতে পারে। 1. সিস/ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া অনুপাত সিস/ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া হাই-সি মানচিত্রে দেখা দুটি শক্তিশালী মিথস্ক্রিয়া নিদর্শনগুলির মধ্যে একটি। এগুলি লোকাস-নির্দিষ্ট নয় এবং তাই জিনোম-স্তরের প্যাটার্ন হিসাবে বিবেচিত হয়। সাধারণত, বিভিন্ন ক্রোমোসোমে (ট্রান্স-এ) বসবাসকারী লোকির জোড়ার তুলনায় একই ক্রোমোসোমে (সিস-এ) বসবাসকারী লোকির জোড়ার জন্য গড়ে একটি উচ্চতর মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি দেখা যায়। হাই-সি মিথস্ক্রিয়া ম্যাট্রিক্সগুলিতে, সিস/ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া একটি তির্যক বরাবর কেন্দ্রিক বর্গাকার ব্লক হিসাবে প্রদর্শিত হয়, একই সময়ে পৃথক পৃথক ক্রোমোজোমের সাথে মিলে যায়। যেহেতু এই প্যাটার্নটি বিভিন্ন প্রজাতি এবং কোষের প্রকারের মধ্যে তুলনামূলকভাবে সামঞ্জস্যপূর্ণ, তাই এটি তথ্যের গুণমান মূল্যায়ন করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। র্যান্ডম ব্যাকগ্রাউন্ড লাইগেশন বা কোনও অজানা কারণের কারণে একটি নয়েজিয়ার পরীক্ষার ফলে সিস থেকে ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া অনুপাত কম হবে (কারণ শব্দটি একই পরিমাণে সিস এবং ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া উভয়কেই প্রভাবিত করবে বলে আশা করা হচ্ছে), এবং উচ্চ-মানের পরীক্ষাগুলিতে সাধারণত মানব জিনোমের জন্য 40 এবং 60 এর মধ্যে সিস/ট্রান্স মিথস্ক্রিয়া অনুপাত থাকে। 2. দূরত্ব-নির্ভর মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি এই প্যাটার্নটি জিনোম স্তরে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলির দূরত্ব-নির্ভর ক্ষয়কে বোঝায় এবং দুটি শক্তিশালী হাই-সি মিথস্ক্রিয়া প্যাটার্নের মধ্যে দ্বিতীয়টির প্রতিনিধিত্ব করে। সিস-ইন্টারেক্টিং লোকির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি হ্রাস পাওয়ার সাথে সাথে (তাদের মধ্যে আরও দূরত্বের ফলস্বরূপ), মিথস্ক্রিয়া ম্যাট্রিক্সের তির্যক থেকে দূরে সরে যাওয়া মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সির ধীরে ধীরে হ্রাস লক্ষ্য করা যায়। একটি নির্দিষ্ট দূরত্ব দ্বারা পৃথক লোকাই জোড়াগুলির বৈশিষ্ট্যগুলি পরিসংখ্যানগতভাবে চিহ্নিত করার জন্য বিভিন্ন পলিমার মডেল বিদ্যমান, তবে ডেটাপয়েন্টগুলির মধ্যে দূরত্ব-নির্ভর মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি বিশ্লেষণ করার জন্য পৃথক বাইনিং এবং ফিটিং অবিচ্ছিন্ন ফাংশন দুটি সাধারণ উপায়। প্রথমে, মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলি তাদের জিনোমিক দূরত্বের উপর ভিত্তি করে বিন করা যেতে পারে, তারপরে প্রতিটি বিন-এর গড় তথ্য ব্যবহার করে ডেটাতে একটি অবিচ্ছিন্ন ফাংশন লাগানো হয়। ফলস্বরূপ ক্ষয় ফাংশনটি একটি লগ-লগ প্লটে অঙ্কিত করা হয় যাতে পলিমার মডেল দ্বারা পূর্বাভাস দেওয়া শক্তি-আইন ক্ষয়গুলি উপস্থাপন করতে একটি রৈখিক রেখা ব্যবহার করা যেতে পারে। যাইহোক, প্রায়শই একটি সাধারণ পলিমার মডেল দূরত্ব-নির্ভর মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলিকে সম্পূর্ণরূপে উপস্থাপন করার জন্য যথেষ্ট হবে না, যে সময়ে আরও জটিল ক্ষয় ফাংশন হতে পারে, যা হাই-সি ম্যাট্রিক্সে পর্যবেক্ষণ করা জিনোম-ওয়াইড প্যাটার্নের পরিবর্তে লোকাস-নির্দিষ্ট উপস্থিতির কারণে তথ্যের পুনরুত্পাদনকে প্রভাবিত করতে পারে (যা পলিমার মডেল দ্বারা বিবেচনায় নেওয়া হয় না)। 3. ক্রোমাটিন কম্পার্টমেন্ট হাই-সি মানচিত্রে পাওয়া সবচেয়ে শক্তিশালী লোকাস-নির্দিষ্ট প্যাটার্ন হল ক্রোমাটিন কম্পার্টমেন্ট, যা মিথস্ক্রিয়া ম্যাট্রিক্সের উপর একটি প্লেড বা "চেকার-বোর্ড"-এর মতো প্যাটার্নের আকার ধারণ করে, বিকল্প ব্লকগুলির সাথে যা 1 থেকে 10 এমবি আকারের মধ্যে থাকে (যা তাদের খুব কম নমুনা সহ পরীক্ষায়ও বের করা সহজ করে তোলে) মানব জিনোমে। এই প্যাটার্নটি উচ্চ এবং নিম্ন উভয় ফ্রিকোয়েন্সিতে পাওয়া যায়। যেহেতু ক্রোমোজোম দুটি ধরনের জিনোমিক অঞ্চল নিয়ে গঠিত যা পৃথক পৃথক ক্রোমোজোমের দৈর্ঘ্য বরাবর পরিবর্তিত হয়, তাই একই ধরনের দুটি অঞ্চলের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি এবং বিভিন্ন ধরনের দুটি অঞ্চলের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি বেশ ভিন্ন হতে পারে। সক্রিয় (এ) এবং নিষ্ক্রিয় (বি) ক্রোমাটিন কামরার সংজ্ঞা প্রধান উপাদান বিশ্লেষণের উপর ভিত্তি করে তৈরি, যা প্রথমে লিবারম্যান-আইডেন এবং অন্যান্যরা প্রতিষ্ঠা করেছিলেন। 2009 সালে। তাদের দৃষ্টিভঙ্গি পর্যবেক্ষিত বনাম প্রত্যাশিত সংকেতের (দূরত্ব-স্বাভাবিক যোগাযোগ ম্যাট্রিক্স থেকে প্রাপ্ত) অনুপাতের হাই-সি ম্যাট্রিক্সের পারস্পরিক সম্পর্ক গণনা করে এবং ফলস্বরূপ প্লটের ধনাত্মক এবং ঋণাত্মক অংশগুলিকে যথাক্রমে এ এবং বি বিভাগ হিসাবে বোঝাতে প্রথম আইগেনভেক্টরের চিহ্নটি ব্যবহার করে। অনেক জিনোমিক গবেষণায় ইঙ্গিত দেওয়া হয়েছে যে ক্রোমাটিন বিভাগগুলি ক্রোমাটিন অবস্থার সাথে সম্পর্কযুক্ত, যেমন জিনের ঘনত্ব, ডিএনএ অ্যাক্সেসযোগ্যতা, জিসি সামগ্রী, প্রতিলিপির সময় এবং হিস্টোন চিহ্ন। অতএব, টাইপ এ বিভাগগুলি ইউক্রোমাটিনের জিন-ঘন অঞ্চলগুলির প্রতিনিধিত্ব করার জন্য আরও সুনির্দিষ্টভাবে সংজ্ঞায়িত করা হয়, যেখানে টাইপ বি বিভাগগুলি কম জিন ক্রিয়াকলাপ সহ হেটেরোক্রোমেটিক অঞ্চলগুলির প্রতিনিধিত্ব করে। সামগ্রিকভাবে, ক্রোমাটিন বিভাগগুলি আগ্রহের জিনোমের সাধারণ সাংগঠনিক নীতিগুলির উপর অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। হোমার, হাইটিসি আর এবং সিস্কোরটুল সহ বিগত দশকে কম্পার্টমেন্ট কলিং সম্পাদন করতে সক্ষম আরও বেশি সংখ্যক বায়োইনফরমেটিক্স সরঞ্জাম তৈরি করা হয়েছে। যদিও তাদের প্রত্যেকেরই 2009 সালের মূল পদ্ধতির উপর তৈরি নিজস্ব পার্থক্য এবং অনুকূলকরণ রয়েছে, তবুও তাদের মূল প্রোটোকলগুলি এখনও প্রধান উপাদান বিশ্লেষণের উপর নির্ভর করে। 4. টপোলজিক্যালি অ্যাসোসিয়েটিং ডোমেন (টিএডি) টিএডি হল উপ-এমবি কাঠামো যা জিন-নিয়ন্ত্রক বৈশিষ্ট্যগুলিকে আশ্রয় দিতে পারে, যেমন স্থানীয় প্রবর্তক-বর্ধক মিথস্ক্রিয়া। আরও সাধারণভাবে, টিএডিগুলিকে অন্তর্নিহিত জৈবিক প্রক্রিয়াগুলির একটি উদীয়মান বৈশিষ্ট্য হিসাবে বিবেচনা করা হয়, যা টিএডিগুলিকে জিনোমের স্থির কাঠামোগত বৈশিষ্ট্যের পরিবর্তে লুপ এক্সট্রুশন, কম্পার্টমেন্টালাইজেশন বা যে কোনও গতিশীল জিনোমিক প্যাটার্ন হিসাবে সংজ্ঞায়িত করে। সুতরাং, টিএডিগুলি নিয়ন্ত্রক মাইক্রোএনভায়রনমেন্টের প্রতিনিধিত্ব করে এবং সাধারণত একটি হাই-সি মানচিত্রে অত্যন্ত স্ব-মিথস্ক্রিয়া অঞ্চলের ব্লক হিসাবে প্রদর্শিত হয় যেখানে অঞ্চলের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি দুটি সংলগ্ন অঞ্চলের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলির তুলনায় উল্লেখযোগ্যভাবে বেশি। হাই-সি মিথস্ক্রিয়া ম্যাট্রিক্সগুলিতে, টিএডিগুলি তির্যক বরাবর কেন্দ্রীভূত উচ্চতর মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সিগুলির বর্গাকার ব্লক। যাইহোক, এটি নিছক একটি অতি সরলীকরণকৃত বর্ণনা, এবং প্রকৃত প্যাটার্ন সনাক্ত করার জন্য অনেক বেশি পরিসংখ্যানগত প্রক্রিয়াকরণ এবং অনুমানের প্রয়োজন। টি. এ. ডি সনাক্ত করার একটি পদ্ধতি ডিক্সন ও অন্যান্যরা বর্ণনা করেছিলেন, যেখানে তারা প্রথম গণনা করেছিলেন (কিছু জিনোমিক সীমার মধ্যে) গড় উজানের মিথস্ক্রিয়া এবং ম্যাট্রিক্সের প্রতিটি বিন-এর গড় নিম্নমুখী মিথস্ক্রিয়ার মধ্যে পার্থক্য। এই পার্থক্যটি তখন হিডেন মার্কভ মডেলের উপর ভিত্তি করে একটি চি-বর্গাকার পরিসংখ্যানে রূপান্তরিত হয় এবং এই চি-বর্গাকার মানের যে কোনও তীক্ষ্ণ পরিবর্তন, যাকে দিকনির্দেশনার সূচক বলা হয়, টিএডি-র সীমানা নির্ধারণ করবে। বিকল্পভাবে, কেউ কেবল টিএডি সীমানা নির্ধারণের জন্য গড় উজান এবং নিম্নমুখী মিথস্ক্রিয়ার মধ্যে অনুপাত নিতে পারে, যেমন নাওমোভা এবং অন্যান্যরা করেছিলেন। আরেকটি পদ্ধতি হল প্রতিটি বিন অতিক্রম করে গড় মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি গণনা করা, আবার কিছু পূর্বনির্ধারিত জিনোমিক সীমার মধ্যে। ফলস্বরূপ মানটি নিরোধক স্কোর হিসাবে উল্লেখ করা হয় এবং ম্যাট্রিক্সের তির্যক বরাবর স্লাইডিং একটি বর্গক্ষেত্রের গড় হিসাবে মনে করা যেতে পারে (ক্রেন এট আল।)। এই মানটি টিএডি সীমানায় কম হবে বলে আশা করা হচ্ছে; সুতরাং, স্থানীয় মিনিমা (সীমানা) খুঁজে বের করার জন্য স্ট্যান্ডার্ড পরিসংখ্যানগত কৌশল ব্যবহার করা যেতে পারে এবং পরপর সীমানার মধ্যে অঞ্চলগুলিকে টিএডি হিসাবে সংজ্ঞায়িত করা যেতে পারে। যাইহোক, যেমনটি আজ ক্রমবর্ধমানভাবে স্বীকৃত, টিএডিগুলি কাঠামোর একটি শ্রেণিবদ্ধ সিরিজের প্রতিনিধিত্ব করে যা পূর্ববর্তী পদ্ধতি দ্বারা প্রদত্ত এক-মাত্রিক স্কোর দ্বারা সম্পূর্ণরূপে চিহ্নিত করা যায় না। নতুন ডেটাসেটগুলিতে উপলব্ধ বর্ধিত রেজোলিউশন এখন বহু-স্কেল বিশ্লেষণ পদ্ধতির সাথে স্পষ্টভাবে টিএডিগুলিকে সম্বোধন করতে পারে। যেমনটি প্রথমে আরমাটাস দ্বারা প্রবর্তিত হয়েছিল, রেজোলিউশন নির্দিষ্ট ডোমেনগুলি চিহ্নিত করা যেতে পারে এবং রেজোলিউশন জুড়ে সংরক্ষিত ডোমেনগুলির একটি ঐকমত্য সেট গণনা করা যেতে পারে, যা টিএডি আহ্বানের সমস্যাটিকে তাদের স্থানীয় মিথস্ক্রিয়া ঘনত্বের উপর ভিত্তি করে স্কোরিং ফাংশনগুলির অপ্টিমাইজেশনে রূপান্তরিত করে। উচ্চ রেজোলিউশনের ডেটাসেটগুলিতে আরও ভাল কম্পিউটিং পারফরম্যান্স অর্জনের জন্য ল্যাভাবার্স্ট, মিস্টারটিএডিএফাইন্ডার, থ্রিডিনেটমড এবং ম্যাট্রিওশকার মতো বিভিন্ন উদ্দেশ্যমূলক ফাংশনের সাথে এই পদ্ধতির বৈচিত্র্যগুলিও তৈরি করা হয়েছে। 5টি। পয়েন্ট মিথস্ক্রিয়া জৈবিকভাবে, নিয়ন্ত্রক মিথস্ক্রিয়া সাধারণত টিএডি-র তুলনায় অনেক ছোট আকারে ঘটে এবং দুটি জিনোমিক উপাদান 1 কেবি-র মতো ছোট দূরত্বের মধ্যে একটি জিনের অভিব্যক্তি সক্রিয়/বাধা দিতে পারে। অতএব, হাই-সি মানচিত্রের ব্যাখ্যায় পয়েন্ট মিথস্ক্রিয়া গুরুত্বপূর্ণ, এবং যোগাযোগের সম্ভাবনায় স্থানীয় সমৃদ্ধি হিসাবে প্রদর্শিত হবে বলে আশা করা হচ্ছে। যাইহোক, বিন্দু মিথস্ক্রিয়া সনাক্তকরণের জন্য বর্তমান পদ্ধতিগুলি সবই অন্তর্নিহিত প্রকৃতির, যাতে তারা নির্দেশ দেয় না যে একটি বিন্দু মিথস্ক্রিয়া কেমন হওয়া উচিত। পরিবর্তে, হাই-সি ম্যাট্রিক্সের মধ্যে প্রত্যাশার চেয়ে বেশি মিথস্ক্রিয়া ফ্রিকোয়েন্সি সহ পয়েন্ট মিউটেশনগুলি আউটলায়ার হিসাবে চিহ্নিত করা হয়, কারণ ব্যাকগ্রাউন্ড মডেলটি কেবল দূরত্ব-ক্ষয় ফাংশনের মতো শক্তিশালী সংকেত নিয়ে গঠিত। ব্যাকগ্রাউন্ড মডেলটি স্থানীয় সংকেত বিতরণ এবং বৈশ্বিক পদ্ধতি (অর্থাৎ, স্থানীয় সংকেত বিতরণ এবং বৈশ্বিক পদ্ধতি) উভয়ই ব্যবহার করে অনুমান এবং নির্মাণ করা যেতে পারে। ক্রোমোজোম-ওয়াইড/জিনোম-ওয়াইড)। পূর্বোক্ত বায়োইনফরমেটিক্স প্যাকেজগুলির মধ্যে অনেকগুলি পয়েন্ট মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করতে অ্যালগরিদমগুলিকে অন্তর্ভুক্ত করে। সংক্ষেপে, পৃথক জোড়া ভিত্তিক মিথস্ক্রিয়ার তাৎপর্য গণনা করা হয় এবং প্রকৃত তথ্যমূলক পয়েন্ট মিথস্ক্রিয়া হিসাবে স্বীকৃত হওয়ার আগে একাধিক পরীক্ষার জন্য উল্লেখযোগ্যভাবে উচ্চ আউটলায়ারগুলি সংশোধন করা হয়। এই মিথস্ক্রিয়াগুলি প্রকৃতপক্ষে জৈবিক তাৎপর্যপূর্ণ তা নির্দেশ করার জন্য, সমৃদ্ধকরণ স্কোর এবং জৈবিক প্রতিলিপির বিশ্লেষণের মতো অতিরিক্ত প্রমাণের সাথে চিহ্নিত বিন্দু মিথস্ক্রিয়াগুলিকে পরিপূরক করা সহায়ক। ডেভেলপমেন্ট 1 ব্যবহার করুন। কোষ বিভাজন হাই-সি কোষ বিভাজনের সময় ক্রোমাটিন গঠনের পরিবর্তন প্রকাশ করতে পারে। ইন্টারফেজে, ক্রোমাটিনগুলি সাধারণত আলগা এবং প্রাণবন্ত হয় যাতে প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ এবং অন্যান্য নিয়ন্ত্রক ক্রিয়াকলাপ ঘটতে পারে। মাইটোসিস এবং কোষ বিভাজনে প্রবেশ করার সময়, ক্রোমাটিনগুলি ঘন নলাকার ক্রোমোসোমে সংকুচিতভাবে ভাঁজ হয়ে যায়। গত পাঁচ বছরের মধ্যে, একক-কোষ হাই-সি-র বিকাশ কোষ চক্র জুড়ে ক্রোমাটিন/ক্রোমোজোমের সমগ্র 3ডি কাঠামোগত প্রাকৃতিক দৃশ্যের চিত্রায়নকে সক্ষম করেছে এবং অনেক গবেষণায় দেখা গেছে যে এই চিহ্নিত জিনোমিক ক্ষেত্রগুলি ইন্টারফেজে অপরিবর্তিত থাকে এবং কোষটি মাইটোসিসে প্রবেশ করার সময় নীরব প্রক্রিয়া দ্বারা মুছে ফেলা হয়। যখন মাইটোটিক বিভাজন সম্পন্ন হয় এবং কোষটি ইন্টারফেজে পুনরায় প্রবেশ করে, তখন ক্রোমাটিন 3ডি কাঠামো পুনরায় প্রতিষ্ঠিত হতে দেখা যায় এবং প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ পুনরুদ্ধার করা হয়। 2. প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণ এবং ভাগ্য নির্ধারণ সন্দেহ করা হয় যে বিভিন্ন পরিপক্ক কোষের বংশে ভ্রূণের স্টেম সেল (ই. এস. সি) এবং প্ররোচিত প্লুরিপোটেন্ট স্টেম সেল (আই. পি. এস. সি)-এর পার্থক্য ক্রোমোসোমাল কাঠামোতে বিশ্বব্যাপী পরিবর্তন এবং ফলস্বরূপ মিথস্ক্রিয়া গতিশীলতার সাথে প্রতিলিপি সক্রিয়করণ/নীরবতার নিয়ন্ত্রণের অনুমতি দেয়। এই গবেষণা প্রশ্নটি তদন্তের জন্য স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি ব্যবহার করা যেতে পারে। 2015 সালে, ডিক্সন এবং অন্যান্যরা। উচ্চ পাঁচটি কোষে তাদের পৃথকীকরণের সময় মানব ই. এস. সি-তে বিশ্বব্যাপী 3ডি গতিবিদ্যা ক্যাপচার করতে স্ট্যান্ডার্ড হাই-সি প্রয়োগ করা হয়েছে। পৃথকীকরণ-সম্পর্কিত টিএডি-তে গতিশীল মিথস্ক্রিয়া চিত্রিত করার জন্য হাই-সি-এর দক্ষতার কারণে, গবেষকরা ডিএইচএস সাইটের সংখ্যা বৃদ্ধি, সিটিসিএফ বাঁধাই ক্ষমতা, সক্রিয় হিস্টোন পরিবর্তন এবং আগ্রহের এই টিএডি-র মধ্যে লক্ষ্য জিন অভিব্যক্তির আবিষ্কার করেছেন এবং সোমাটিক কোষ পুনঃপ্রোগ্রামিংয়ের সময় মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্কে ওসিটি 4, ন্যানোগ এবং এসওএক্স 2-এর মতো প্রধান প্লুরিপোটেন্সি কারণগুলির উল্লেখযোগ্য অংশগ্রহণ খুঁজে পেয়েছেন। তারপর থেকে, হাই-সি প্রতিলিপিগত নিয়ন্ত্রক ক্রিয়াকলাপগুলির তদন্তের জন্য একটি আদর্শ পদ্ধতি হিসাবে স্বীকৃত হয়েছে এবং নিশ্চিত করেছে যে ক্রোমোজোম স্থাপত্য কোষের ভাগ্যের সাথে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত। 3. স্তন্যপায়ীদের দৈহিক বৃদ্ধি এবং বিকাশ শুক্রাণু এবং অণ্ডকোষের নিষিক্তকরণের সাথে শুরু হয়, তারপরে জাইগোট পর্যায়, 2-কোষ, 4-কোষ এবং 8-কোষ পর্যায়, ব্লাস্টোসিস্ট পর্যায় এবং অবশেষে ভ্রূণ পর্যায়। হাই-সি বৃদ্ধি এবং বিকাশের সময় ব্যাপক জিনোমিক স্থাপত্য অন্বেষণ করা সম্ভব করেছে, কারণ সিস-হাই-সি এবং ইন সিটু হাই-সি উভয়ই জানিয়েছে যে টিএডি এবং জিনোমিক এ এবং বি বিভাগগুলি স্পষ্টতই উপস্থিত নেই এবং ওওসাইট কোষে কম সুসংগঠিত বলে মনে হয়। ক্রোমাটিনের এই কাঠামোগত বৈশিষ্ট্যগুলি বিকাশের পর্যায়গুলির অগ্রগতির সাথে সাথে নিষিক্তকরণের পরে কেবল ধীরে ধীরে দুর্বল ফ্রিকোয়েন্সি থেকে পরিষ্কার এবং আরও ঘন ঘন ডেটাপয়েন্টে প্রতিষ্ঠিত হয়। জিনোমের বিবর্তন সাম্প্রতিক বছরগুলিতে থ্রিডি জিনোম কাঠামোর তথ্য যত বেশি প্রচলিত হচ্ছে, বিবর্তনীয় কাঠামোগত বৈশিষ্ট্য/পরিবর্তনগুলি ট্র্যাক করার উপায় হিসাবে হাই-সি ব্যবহার করা শুরু হয়েছে। জিনোমিক একক নিউক্লিওটাইড পলিমরফিজম (এসএনপি) এবং টিএডি সাধারণত ক্রোমাটিন ডোমেন বিবর্তনে সিটিসিএফ ফ্যাক্টর সহ প্রজাতি জুড়ে সংরক্ষিত থাকে। তবে, থ্রিডি আর্কিটেকচারে কাঠামোগত বিবর্তন অনুভব করার জন্য হাই-সি কৌশলগুলি দ্বারা অন্যান্য কারণগুলি প্রকাশিত হয়েছে। এর মধ্যে রয়েছে কোডন ব্যবহারের ফ্রিকোয়েন্সি সাদৃশ্য (সিইউএফএস), প্যারালগ জিন সহ-নিয়ন্ত্রণ এবং স্থানিকভাবে সহ-বিবর্তিত অর্থোলোগাস মডিউল (এসসিওএম)। বড় আকারের ডোমেন বিবর্তনের জন্য, ক্রোমোজোমাল ট্রান্সলোকেশন, সিনটেনিক অঞ্চল, পাশাপাশি জিনোমিক পুনর্বিন্যাস অঞ্চলগুলি তুলনামূলকভাবে সংরক্ষিত ছিল। এই অনুসন্ধানগুলি ইঙ্গিত করে যে হাই-সি প্রযুক্তি জীবনের ইউক্যারিওটিক গাছকে একটি বিকল্প দৃষ্টিভঙ্গি প্রদান করতে সক্ষম। ক্যান্সার বিভিন্ন গবেষণায় বিভিন্ন ক্যান্সারে ক্রোমাটিন স্থাপত্য এবং রোগের প্যাথোজেনেসিসের উপর তাদের প্রভাব বর্ণনা ও অধ্যয়ন করতে হাই-সি ব্যবহার করা হয়েছে। ক্লোয়েটজেন এবং অন্যান্য। টি সেল অ্যাকিউট লিম্ফোব্লাস্টিক লিউকেমিয়া (টি-এএলএল) অধ্যয়নের জন্য সিটু হাই-সি-তে ব্যবহৃত হয় এবং একটি টিএডি ফিউশন ইভেন্ট খুঁজে পায় যা একটি সিটিসিএফ নিরোধক সাইট সরিয়ে দেয়, যা অনকোজিন এমওয়াইসি-র প্রবর্তককে সরাসরি একটি দূরবর্তী সুপার বর্ধকের সাথে যোগাযোগ করার অনুমতি দেয়। ফ্যাং এবং অন্যান্য। এছাড়াও দেখানো হয়েছে যে কীভাবে টি-এএলএল নির্দিষ্ট ক্রোমাটিন নিরোধক লাভ বা ক্ষতি হয়, যা জিনোমের টিএডি স্থাপত্যের শক্তিকে পরিবর্তন করে, ইন সিটু হাই-সি ব্যবহার করে। লো-সি একটি বিচ্ছুরিত বড় বি-সেল লিম্ফোমা রোগীর প্রাথমিক বি কোষের ক্রোমাটিন কাঠামোর মানচিত্র তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়েছে এবং রোগী এবং সুস্থ বি-কোষের মধ্যে উচ্চ ক্রোমোজোম কাঠামোগত বৈচিত্র্য খুঁজে বের করতে ব্যবহৃত হয়েছিল। সামগ্রিকভাবে, ক্যান্সার গবেষণায় হাই-সি এবং এর রূপগুলির প্রয়োগ কোষের অস্বাভাবিকতার চালিকা উপাদানগুলির আণবিক ভিত্তি সম্পর্কে অনন্য অন্তর্দৃষ্টি প্রদান করে। এটি জৈবিক ঘটনা (টি-এএলএল-এ উচ্চ এমওয়াইসি এক্সপ্রেশন) ব্যাখ্যা করতে সাহায্য করতে পারে এবং ক্যান্সার কোষের জন্য অনন্য প্রক্রিয়াগুলিকে লক্ষ্য করতে ওষুধের বিকাশে সহায়তা করতে পারে। রেফারেন্স জিনোমিক্স কৌশল