AMRFinderPlus
ন্যাশনাল সেন্টার ফর বায়োটেকনোলজি ইনফরমেশন (এনসিবিআই)-এর এএমআরএফাইন্ডারপ্লাস টুলটি একটি বায়োইনফরম্যাটিক টুল যা ব্যবহারকারীদের ব্যাকটেরিয়ার জিনোমে অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল প্রতিরোধ নির্ধারক, স্ট্রেস প্রতিক্রিয়া এবং ভাইরাসজনিত জিন সনাক্ত করতে সহায়তা করে। এই সরঞ্জামটির বিকাশ 2018 সালে (এএমআরএফাইন্ডার হিসাবে) শুরু হয়েছিল এবং এখনও চলছে। ন্যাশনাল ইনস্টিটিউট অফ হেলথ সফ্টওয়্যার এবং এটি ব্যবহার করে এমন ডেটাবেসগুলির বিকাশের জন্য অর্থায়ন করে। ইউসেজ এএমআরএফাইন্ডারপ্লাস এনসিবিআই-এর প্যাথোজেন ডিটেকশন প্রজেক্ট দ্বারা ব্যবহৃত হয়, যা খাদ্য, পরিবেশগত উৎস এবং রোগীদের থেকে অনুরূপ প্যাথোজেন জিনোমিক সিকোয়েন্স ক্লাস্টার করে এবং খুঁজে পায়। প্যাথোজেন সনাক্তকরণ প্রকল্পে প্রতিটি ব্যাকটেরিয়াল আইসোলেটের জন্য এএমআরএফাইন্ডারপ্লাস চালানো হয় এবং ফলাফলগুলি জনসাধারণের ব্যবহারের জন্য সরবরাহ করা হয়। 2021 সালে এর বৈজ্ঞানিক প্রকাশনার পর থেকে এটি অন্যান্য ব্যবহারকারীদের কাছ থেকেও উদ্ধৃতি সংগ্রহ করেছে। ডাটাবেজ ডিজাইন এবং কিউরেশন এএমআরএফাইন্ডারপ্লাস অর্জিত অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধ, স্ট্রেস রেসপন্স এবং ভাইরুলেন্স জিন এবং জেনেটিক মিউটেশন সনাক্ত করতে পারে যা অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধ প্রদান করে। যখন এ. এম. আর. এফাইন্ডারপ্লাস প্রাথমিকভাবে তৈরি এবং বিতরণ করা হয়েছিল, তখন ইতিমধ্যে অ্যান্টিবায়োটিক প্রতিরোধ নির্ধারক সহ একাধিক ডাটাবেস ছিল। দলটি ডাটাবেস ডেভেলপার, বিশেষজ্ঞ প্যানেল এবং অন্যান্যদের সাথে এই উৎসগুলিকে সুসংহত করতে এবং একটি উচ্চমানের সংস্থান তৈরি করতে সহযোগিতা করেছে যা সেই সময়ে সম্প্রদায়টি হাইলাইট করা এই বিভিন্ন ডেটা উত্সগুলির সীমাবদ্ধতাগুলিকে সম্বোধন করে। এন. সি. বি. আই-এর দল নিয়মিতভাবে তথ্যভাণ্ডার এবং এর টীকা তৈরি করতে বিশেষজ্ঞ গোষ্ঠীগুলির সঙ্গেও সহযোগিতা করে। পর্যালোচনা পত্রের ক্রমাগত মূল্যায়ন এবং প্রতিরোধ প্রোটিনগুলির নতুন প্রতিবেদনগুলি এই উৎসগুলিকে বৃদ্ধি করে। কিছু এএমআর জিন সনাক্তকরণ সরঞ্জাম ব্লাস্ট-ভিত্তিক পদ্ধতির উপর নির্ভর করে, অন্যরা লুকানো মার্কভ মডেল (এইচএমএম) পদ্ধতির উপর নির্ভর করে। বি. এল. এ. এস. টি-ভিত্তিক পদ্ধতিগুলি ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত নির্দিষ্ট অ্যালিল এবং জিনগুলি সনাক্ত করতে পারে, তবে তারা প্রায়শই নির্বিচারে কাটঅফ প্রয়োগ করে যা এ. এম. আর জিনগুলিকে ভুল সনাক্ত করতে পারে বা অ-এ. এম. আর জিনের প্রতিরোধ নির্ধারণ করতে পারে। এএমআরএফাইন্ডারপ্লাসে, সনাক্তকরণের সংবেদনশীলতা এবং নির্দিষ্টতা অনুকূল করতে প্রতিটি জিনের জন্য কাস্টম ব্লাস্ট কাটঅফ তৈরি করা হয়। বি. এল. এ. এস. টি-ভিত্তিক পদ্ধতির বিপরীতে, যা যে কোনও ক্রম জুড়ে অনুক্রম অসামঞ্জস্যের জন্য একই জরিমানা প্রয়োগ করে, এইচ. এম. এমগুলি প্রকৃতিতে কতটা প্রচলিত তার উপর ভিত্তি করে ক্রম অসামঞ্জস্যের ওজন করার অনুমতি দেয়, যার ফলে বি. এল. এ. এস. টি-ভিত্তিক পদ্ধতির তুলনায় সত্য হোমোলগগুলি সনাক্ত করতে উচ্চতর নির্ভুলতা পাওয়া যায়, তবে এই মডেলগুলির নির্ভুলতা নিশ্চিত করার জন্য সংশোধন এবং বৈধতা প্রয়োজন। টুলটির ব্যাকটেরিয়াল অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল রেজিস্ট্যান্স রেফারেন্স জিন ডাটাবেসে আপ-টু-ডেট জিন নামকরণ, লুকানো মার্কভ মডেলের (এইচ. এম. এম) একটি সেট এবং একটি কিউরেটেড প্রোটিন পরিবারের শ্রেণিবিন্যাস রয়েছে। ডাটাবেসে 627 টিরও বেশি এএমআর এইচএমএম, 6,428 টি জিন এবং 682 টি মিউটেশন রয়েছে, যা এই তথ্যকে একাধিক গোষ্ঠীর সহযোগিতায় জিন পরিবার, প্রতীক এবং নামের একটি শ্রেণিবদ্ধ কাঠামোর মধ্যে রাখে। ডাটাবেসের জিনগুলি 5588টি এএমআর জিন, 210টি স্ট্রেস রেসপন্স জিন এবং 630টি ভাইরুলেন্স জিন নিয়ে গঠিত। এ. এম. আর জিনগুলি 31টি বিভিন্ন শ্রেণীর অ্যান্টিবায়োটিক এবং 58টি নির্দিষ্ট ওষুধের প্রতিরোধকে আচ্ছাদন করে। সিকোয়েন্স রেকর্ডের মধ্যে রয়েছে, যেখানে সম্ভব, প্রাইমারের নকশায় সহায়তা করার জন্য কোডিং অঞ্চলের উভয় পাশে অতিরিক্ত 100 বিপি। একটি ম্যানুয়াল প্রক্রিয়ার মাধ্যমে প্রতিটি এইচ. এম. এম-এর জন্য পৃথকভাবে কাটঅফগুলি নির্ধারণ করা হয়েছিল যার মধ্যে সহায়ক সাহিত্যের নিশ্চিতকরণ, সম্পর্কিত পরিবারের অন্যান্য এ. এম. আর প্রোটিনের বিরুদ্ধে মানদণ্ড নির্ধারণ এবং এন. সি. বি. আই-এর অপ্রয়োজনীয় প্রোটিন সিকোয়েন্স ডাটাবেসে অন্তর্ভুক্ত লক্ষ লক্ষ অতিরিক্ত প্রোটিনের পটভূমি অন্তর্ভুক্ত ছিল। মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের কপিরাইট আইনের নিয়মের অধীনে, এনসিবিআই এএমআরএফাইন্ডারপ্লাসকে "মার্কিন যুক্তরাষ্ট্রের সরকারি কাজ" হিসাবে শ্রেণীবদ্ধ করা হয়েছে। এটি ডেভেলপারদের "মার্কিন সরকারের জন্য সরকারী বাধ্যবাধকতার" অংশ হিসাবে সম্পাদিত কাজ হিসাবে বিবেচিত হয় এবং তাই কপিরাইট দ্বারা সুরক্ষিত নয়। সফ্টওয়্যারটি তাই জনসাধারণের ব্যবহারের জন্য অবাধে অ্যাক্সেসযোগ্য এবং এর বর্তমান বা ভবিষ্যতের ব্যবহারের কোনও সীমাবদ্ধতা নেই। আরও দেখুন অ্যান্টিমাইক্রোবিয়াল রেজিস্ট্যান্স জিনোমিক্স বায়োইনফরম্যাটিক্স রেফারেন্স এক্সটার্নাল লিঙ্ক গিথুব পেজ ডকুমেন্টেশন ফ্রি বায়োইনফরম্যাটিক্স সফ্টওয়্যার গণনামূলক বিজ্ঞান