ChIA-PET
পেয়ার্ড-এন্ড ট্যাগ সিকোয়েন্সিং (চিয়া-পিইটি বা চিয়া-পিইটিএস) দ্বারা ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া বিশ্লেষণ এমন একটি কৌশল যা ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রেসিপিটেশন (চিআইপি)-ভিত্তিক সমৃদ্ধকরণ, ক্রোমাটিন প্রক্সিমিটি লাইগেশন, পেয়ার্ড-এন্ড ট্যাগস এবং হাই-থ্রুপুট সিকোয়েন্সিংকে অন্তর্ভুক্ত করে ডি নোভো লং-রেঞ্জ ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া জিনোম-ওয়াইড নির্ধারণ করতে। প্রবর্তক থেকে দূরে থাকা অঞ্চলগুলি যেমন নিয়ন্ত্রক উপাদান, ইনসুলেটর এবং সীমানা উপাদান এবং ট্রান্সক্রিপশন-ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট (টিএফবিএস) দ্বারা জিনগুলি নিয়ন্ত্রিত হতে পারে। স্বাস্থ্য ও রোগে জিন নিয়ন্ত্রণ পরিচালনাকারী প্রক্রিয়াগুলি বোঝার জন্য নিয়ন্ত্রক অঞ্চল এবং জিন কোডিং অঞ্চলের মধ্যে আন্তঃক্রিয়া উন্মোচন করা অপরিহার্য (ম্যাস্টন এট আল।, 2006)। চিয়া-পিইটি দূরবর্তী এবং প্রক্সিমাল রেগুলেটরি ট্রান্সক্রিপশন-ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট এবং জিনগুলির প্রবর্তকদের মধ্যে অনন্য, কার্যকরী ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। কোষের পৃথকীকরণ, বিস্তার এবং বিকাশের মতো প্রক্রিয়াগুলির সময় জিনোম নিয়ন্ত্রণের প্রক্রিয়াগুলি উন্মোচন করতেও চিয়া-পিইটি ব্যবহার করা যেতে পারে। ডিএনএ-বাইন্ডিং নিয়ন্ত্রক প্রোটিন এবং প্রবর্তক অঞ্চলের জন্য চিয়া-পিইটি ইন্টারঅ্যাক্টম মানচিত্র তৈরি করে, আমরা থেরাপিউটিক হস্তক্ষেপের জন্য অনন্য লক্ষ্যগুলি আরও ভালভাবে সনাক্ত করতে পারি (ফুলউড এবং ইজুন, 2009)। পদ্ধতি চি. আই. এ-পি. ই. টি পদ্ধতি চি. আই. পি-ভিত্তিক পদ্ধতি এবং ক্রোমোজোম কনফরমেশন ক্যাপচার (3সি) ভিত্তিক পদ্ধতিগুলিকে একত্রিত করে, যাতে উভয় পদ্ধতির ক্ষমতা প্রসারিত করা যায়। চিআইপি-সিকোয়েন্সিং (চিআইপি-সেক) টিএফবিএস সনাক্ত করতে ব্যবহৃত একটি জনপ্রিয় পদ্ধতি যেখানে 3সি দীর্ঘ পরিসরের ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করতে ব্যবহৃত হয়েছে। স্বাধীনভাবে, উভয়ই ডি-নভো দীর্ঘ-পরিসীমা মিথস্ক্রিয়া জিনোম বিস্তৃত সনাক্তকরণে সীমাবদ্ধতায় ভুগছে। যদিও চিআইপি-সেক টিএফবিএস জিনোম-ব্যাপী সনাক্ত করতে সক্ষম, এটি ক্রোমোজোম বরাবর প্রোটিন বাঁধাই সাইটগুলির কেবল রৈখিক তথ্য সরবরাহ করে (তবে তাদের মধ্যে মিথস্ক্রিয়া নয়), এবং উচ্চ জিনোমিক ব্যাকগ্রাউন্ড গোলমাল (মিথ্যা ইতিবাচক) থেকে ভুগতে পারে। যদিও 3সি অ-রৈখিক, দীর্ঘ-পরিসীমা ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া বিশ্লেষণ করতে সক্ষম, এটি জিনোম ব্যাপী ব্যবহার করা যায় না এবং চিআইপি-সেকের মতো, উচ্চ মাত্রার পটভূমির গোলমালও ভোগ করে। যেহেতু আন্তঃক্রিয়াশীল অঞ্চলগুলির মধ্যে দূরত্বের (সর্বোচ্চ 100 কেবি) সাথে সম্পর্কিত শব্দ বৃদ্ধি পায়, তাই ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ার সঠিক বৈশিষ্ট্যের জন্য শ্রমসাধ্য এবং ক্লান্তিকর নিয়ন্ত্রণ প্রয়োজন। 3সি-র বিপরীতে যা একটি লোকাস-নির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া প্রোফাইলিং পদ্ধতি, হাই-সি-এর মতো বিকল্প পদ্ধতিগুলি জিনোম ব্যাপী মিথস্ক্রিয়া প্রোফাইল করার জন্য প্রতিষ্ঠিত হয়েছে। টিএফবিএস এবং দীর্ঘ পরিসরের মিথস্ক্রিয়া উভয়ের জন্য সম্পূর্ণ জিনোম প্রোফাইলিং পদ্ধতি থাকা সত্ত্বেও, চিয়া-পিইটি পদ্ধতির সাথে পদ্ধতির সংমিশ্রণ জিনোমিক অঞ্চলগুলি সনাক্ত করার অনুমতি দেয় যেখানে আগ্রহের প্রোটিনটি আবদ্ধ এবং সেইসাথে জিনোমিক অঞ্চল যার সাথে এটি যোগাযোগ করে। চিয়া-পিইটি পদ্ধতিটি নির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া কমপ্লেক্স থেকে এলোমেলো সংযুক্তিগুলিকে পৃথক করার জন্য চিআইপি-সেকে পাওয়া অ-নির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া গোলমালের সমস্যাগুলি সফলভাবে সমাধান করে। পরবর্তী ধাপ, যা সমৃদ্ধকরণ হিসাবে উল্লেখ করা হয়, জিনোম-ব্যাপী বিশ্লেষণের জটিলতা হ্রাস করে এবং পূর্বনির্ধারিত টিএফ (ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর) দ্বারা আবদ্ধ ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ায় নির্দিষ্টতা যোগ করে। 3সি পদ্ধতির দীর্ঘ-পরিসীমা মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করার ক্ষমতা প্রক্সিমিটি লাইগেশন তত্ত্বের উপর ভিত্তি করে। ডি. এন. এ আন্তঃসংযোগের ক্ষেত্রে, সাধারণ প্রোটিন কমপ্লেক্স দ্বারা আবদ্ধ টুকরোগুলির দ্রবণে অবাধে ছড়িয়ে পড়া বা বিভিন্ন কমপ্লেক্সে নোঙ্গর করা টুকরোগুলির তুলনায় পাতলা অবস্থায় বেশি গতিগত সুবিধা রয়েছে। চিয়া-পিইটি প্রোটিন কমপ্লেক্সের সাথে সংযুক্ত ডিএনএ টুকরোগুলির মুক্ত প্রান্তে লিঙ্কার সিকোয়েন্স অন্তর্ভুক্ত করে এই ধারণার সুবিধা নেয়। নিয়ন্ত্রক কমপ্লেক্স দ্বারা আবদ্ধ টুকরোগুলির সংযোগ গড়ে তোলার জন্য, লিঙ্কার সিকোয়েন্সগুলি পারমাণবিক প্রক্সিমিটি লাইগেশনের সময় সংযুক্ত করা হয়। অতএব, লিঙ্কার-সংযুক্ত লাইগেশনের পণ্যগুলি অতি-উচ্চ-থ্রুপুট পিইটি সিকোয়েন্সিং দ্বারা বিশ্লেষণ করা যেতে পারে এবং রেফারেন্স জিনোমে ম্যাপ করা যেতে পারে। যেহেতু 3সি এবং 4সি সনাক্তকরণের জন্য চিয়া-পিইটি নির্দিষ্ট স্থানের উপর নির্ভরশীল নয়, তাই এটি ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ার নিরপেক্ষ, জিনোম-ব্যাপী ডি-নভো সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়। হাই-সি-এর তুলনায়, একটি অ্যান্টিবডি পুলডাউন ব্যবহার ক্রমানুসারে টুকরোগুলির সংখ্যাকে ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ায় সীমাবদ্ধ করে যা আগ্রহের প্রোটিন দ্বারা আবদ্ধ যা তথ্য বিশ্লেষণকেও সহজ করতে পারে। কর্মপ্রবাহের ওয়েট-ল্যাব অংশঃ ফর্মালডিহাইড ডিএনএ-প্রোটিন কমপ্লেক্সগুলিকে ক্রস-লিঙ্ক করতে ব্যবহৃত হয়। সোনিকেশন ক্রোমাটিন ভাঙতে এবং অ-নির্দিষ্ট মিথস্ক্রিয়া কমাতে ব্যবহৃত হয়। পছন্দের একটি নির্দিষ্ট অ্যান্টিবডি প্রোটিন-অফ-ইন্টারেস্ট-বাউন্ড ক্রোমাটিন টুকরোগুলি সমৃদ্ধ করতে ব্যবহৃত হয়। অ্যান্টিবডি দ্বারা আবদ্ধ চিপ উপাদান চিয়া-পিইটি তৈরি করতে ব্যবহৃত হয়। চিত্র 1। পার্শ্ববর্তী এম. এম. ই. আই সাইটযুক্ত বায়োটিনিলেটেড অলিগোনিউক্লিওটাইড অর্ধ-সংযোগকারীগুলি প্রক্সিমিটি লিগেটেড ডি. এন. এ টুকরোগুলি সংযুক্ত করতে ব্যবহৃত হয়। দুটি লিঙ্কার সিকোয়েন্সের প্রত্যেকটির জন্য নির্দিষ্ট নিউক্লিওটাইড বারকোড (সিজি বা এটি) সহ দুটি ভিন্ন লিঙ্কার ডিজাইন করা হয়েছে (এটি চিত্র 5-এ বর্ণিত হিসাবে চিমেরিক লাইগেশন পণ্য সনাক্ত করার অনুমতি দেবে)। চিত্র 2। লিঙ্কারগুলি ডি. এন. এ-র টুকরোগুলির সঙ্গে সংযুক্ত থাকে। চিত্র 3। লিঙ্কারের টুকরোগুলি পাতলা অবস্থায় চিপ পুঁতির উপর সংযুক্ত করা হয়। বিশুদ্ধ ডি. এন. এ তারপর এম. এম. ই. আই দ্বারা পচানো হয়, যা ট্যাগ-লিঙ্কার-ট্যাগ কাঠামো ছেড়ে দেওয়ার জন্য তার স্বীকৃতি সাইট থেকে একটি দূরত্ব কেটে দেয়। চিত্র 4। বায়োটিনিলেটেড পিইটিগুলি তখন স্ট্রেপ্টাভিডিন-সংযুক্ত চৌম্বকীয় পুঁতির উপর স্থির করা হয়। চিত্র 5। এএ (সিজি/সিজি) এবং বিবি (এটি/এটি) লিঙ্কার বারকোড সংমিশ্রণ সহ পিইটি ক্রমগুলি সম্ভাব্য আন্তঃ-জটিল বন্ধন পণ্য হিসাবে বিবেচিত হয়, অন্যদিকে এবি (সিজি/এটি) লিঙ্কার সংমিশ্রণ সহ পিইটি ক্রমগুলি বিভিন্ন ক্রোমাটিন কমপ্লেক্সে আবদ্ধ ডিএনএ টুকরোগুলির মধ্যে চিমেরিক বন্ধন পণ্য থেকে উদ্ভূত বলে মনে করা হয়। ওয়ার্কফ্লোর ড্রাই-ল্যাব অংশঃ পিইটি নিষ্কাশন, ম্যাপিং এবং পরিসংখ্যানগত বিশ্লেষণ পিইটি ট্যাগগুলি বের করা হয় এবং সিলিকোতে রেফারেন্স হিউম্যান জিনোমে ম্যাপ করা হয়। চিআইপি সমৃদ্ধ শিখরগুলির (বাঁধাই সাইটগুলি) সনাক্তকরণ চিআইপি সমৃদ্ধ সাইটগুলি সনাক্ত করার জন্য স্ব-সীমাবদ্ধ পিইটি ব্যবহার করা হয় কারণ তারা রেফারেন্স জিনোমকে সবচেয়ে নির্ভরযোগ্য ম্যাপিং (20 + 20 বিট/সেকেন্ড) প্রদান করে। একাধিক ওভারল্যাপিং স্ব-সীমাবদ্ধ পিইটি থাকলে চিআইপি সমৃদ্ধকরণ শীর্ষ-সন্ধান অ্যালগরিদম 'এ' কে একটি বাঁধাই সাইট হিসাবে বিবেচনা করা হয়। মিথ্যা আবিষ্কারের হার (এফডিআর) পরিসংখ্যানগত সিমুলেশন ব্যবহার করে পিইটি-প্রাপ্ত ভার্চুয়াল ডিএনএ ওভারল্যাপের এলোমেলো পটভূমি এবং আনুমানিক পটভূমির শব্দ অনুমান করার জন্য নির্ধারিত হয়। পুনরাবৃত্তিমূলক ডি. এন. এ-র ফিল্টারিং (অ-নির্দিষ্ট বন্ধনকে প্রভাবিত করে) স্যাটেলাইট অঞ্চল এবং গুরুতর কাঠামোগত বৈচিত্র্যযুক্ত অঞ্চলে উপস্থিত বাঁধাই সাইটগুলি সরানো হয়। চিপ সমৃদ্ধকরণ গণনা প্রতিটি সাইটে স্ব-বন্ধন এবং আন্তঃ-বন্ধন পিইটি-র সংখ্যা (+ 250 বিপি উইন্ডোর মধ্যে) রিপোর্ট করা হয়। একটি নির্দিষ্ট স্থানে স্ব-সীমাবদ্ধ এবং আন্তঃ-সীমাবদ্ধ পিইটি-র মোট সংখ্যাকে চিআইপি সমৃদ্ধকরণ গণনা বলা হয়। চিত্র 6। পিইটি শ্রেণিবিন্যাসঃ অনন্যভাবে সারিবদ্ধ পিইটি ক্রমগুলি একটি ডিএনএ খণ্ড বা দুটি ডিএনএ খণ্ড থেকে উদ্ভূত কিনা তার উপর ভিত্তি করে শ্রেণীবদ্ধ করা যেতে পারে। স্ব-বন্ধন পি. ই. টি. যদি কোনও পি. ই. টি-র দুটি ট্যাগ একই ক্রোমোসোমে জিনোমিক স্প্যানের সঙ্গে চিপ ডি. এন. এ খণ্ডের পরিসরে (3 কেবি-র কম), প্রত্যাশিত স্ব-বন্ধন অভিযোজন সহ এবং একই স্ট্র্যান্ডে ম্যাপ করা হয়, তবে সেগুলিকে একক চিপ ডি. এন. এ খণ্ডের স্ব-বন্ধন থেকে উদ্ভূত বলে মনে করা হয় এবং একটি স্ব-বন্ধন পি. ই. টি হিসাবে বিবেচিত হয়। আন্তঃ-বন্ধন পিইটি যদি কোনও পিইটি এই মানদণ্ডের সাথে খাপ খায় না, তবে পিইটি সম্ভবত দুটি ডিএনএ খণ্ডের মধ্যে একটি বন্ধন পণ্য থেকে উদ্ভূত হয় এবং আন্তঃ-বন্ধন পিইটি হিসাবে উল্লেখ করা হয়। ইন্টার-লাইগেশন পিইটি-র দুটি ট্যাগের নির্দিষ্ট ট্যাগ ওরিয়েন্টেশন নেই, একই স্ট্র্যান্ডে পাওয়া যেতে পারে না, কোনও জিনোমিক স্প্যান থাকতে পারে এবং একই ক্রোমোজোমের সাথে মানচিত্র নাও থাকতে পারে। ইন্ট্রাক্রোমোসোমাল ইন্টার-লাইগেশন পিইটি যদি একটি ইন্টার-লাইগেশন পিইটি-র দুটি ট্যাগ একই ক্রোমোসোমে ম্যাপ করা হয় তবে যে কোনও অভিযোজনে একটি স্প্যান> 3 কেবি সহ, তবে এই পিইটিগুলিকে ইন্ট্রাক্রোমোসোমাল ইন্টার-লাইগেশন পিইটি বলা হয়। বিভিন্ন ক্রোমোসোমে ম্যাপ করা ইন্টারক্রোমোসোমাল ইন্টার-লাইগেশন পিইটিগুলিকে ইন্টারক্রোমোসোমাল ইন্টার-লাইগেশন পিইটি বলা হয়। চিত্র 7। প্রস্তাবিত প্রক্রিয়াটি দেখায় যে কীভাবে দূরবর্তী নিয়ন্ত্রক উপাদানগুলি লক্ষ্য জিনের প্রবর্তক অঞ্চলগুলির সাথে দীর্ঘ-পরিসীমা ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া শুরু করতে পারে। ইন্টারঅ্যাকশনগুলি অ্যাঙ্করিং কেন্দ্রে একাধিক টিএফবিএস সহ ডিএনএ লুপ কাঠামো গঠন করে। ছোট লুপগুলি একটি টাইট সাব-কম্পার্টমেন্টে অ্যাঙ্করিং সেন্টারের কাছে জিনগুলি প্যাকেজ করতে পারে, যা উন্নত প্রতিলিপি সক্রিয়করণের জন্য নিয়ন্ত্রক প্রোটিনের স্থানীয় ঘনত্ব বাড়িয়ে তুলতে পারে। এই প্রক্রিয়াটি প্রতিলিপি দক্ষতাও বাড়িয়ে তুলতে পারে, যার ফলে আর. এন. এ পোল 2 টাইট বৃত্তাকার জিন টেমপ্লেটগুলি চক্র করতে পারে। বৃহৎ মিথস্ক্রিয়া লুপগুলি সমন্বিত নিয়ন্ত্রণের জন্য নোঙ্গর সাইটগুলির কাছে বসবাসকারী লুপের উভয় প্রান্তে দূরবর্তী জিনগুলিকে একত্রিত করার সম্ভাবনা বেশি থাকে, অথবা তাদের সক্রিয়করণ রোধ করতে দীর্ঘ লুপগুলিতে জিনগুলিকে পৃথক করতে পারে। ফুলউড এট আল থেকে অভিযোজিত। (2009)। চিয়া-পিইটি পদ্ধতির শক্তি ও দুর্বলতা চিয়া-পিইটি-র দীর্ঘ পরিসরের ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া বিশ্লেষণের জন্য একটি নিরপেক্ষ, সম্পূর্ণ-জিনোম এবং ডি-নভো পদ্ধতির সম্ভাবনা রয়েছে (ফুলউড এবং ইজুন, 2009)। একটি চিয়া-পিইটি পরীক্ষা দুটি বৈশ্বিক ডেটাসেট প্রদান করতে সক্ষমঃ প্রোটিন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইট (স্ব-সীমাবদ্ধ পিইটি); এবং বাইন্ডিং সাইটগুলির মধ্যে মিথস্ক্রিয়া (আন্তঃ-সীমাবদ্ধ পিইটি)। চিয়া-পিইটি জিনোম-ব্যাপী বিশ্লেষণের জটিলতা কমাতে চিআইপি-কে জড়িত করে এবং আগ্রহের নির্দিষ্ট কারণগুলির দ্বারা আবদ্ধ ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ায় নির্দিষ্টতা যোগ করে। চিয়া-পিইটি ট্যাগ-ভিত্তিক পরবর্তী প্রজন্মের সিকোয়েন্সিং পদ্ধতির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ যেমন রোচ 454 পাইরোসিউয়েন্সিং, ইলুমিনা জিএ, এবিআই সোলিড এবং হেলিকোস। চিয়া-পিইটি প্রতিলিপিগত নিয়ন্ত্রণ বা ক্রোমাটিন কাঠামোগত গঠনের সাথে জড়িত বিভিন্ন প্রোটিন কারণের ক্ষেত্রে প্রযোজ্য। চিয়া-পিইটি বিশ্লেষণ একটি নির্দিষ্ট পারমাণবিক প্রক্রিয়ার সাথে জড়িত ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ায় প্রয়োগ করা যেতে পারে। আরএনএ পলিমারেজ 2-এর মতো সাধারণ টিএফ ব্যবহার করে, প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণের সাথে জড়িত সমস্ত ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করা সম্ভব হতে পারে। উপরন্তু, ডিএনএ প্রতিলিপি বা ক্রোমাটিন কাঠামোর সাথে জড়িত প্রোটিন উপাদানগুলির ব্যবহার ডিএনএ প্রতিলিপি এবং ক্রোমাটিন কাঠামোগত পরিবর্তনের কারণে সমস্ত মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করার অনুমতি দেবে (ফুলউড এট আল।, 2009)। দুর্বলতা এটি সুপ্রতিষ্ঠিত যে সিস এবং ট্রান্স-রেগুলেটরি কমপ্লেক্সগুলিতে কোষ এবং টিস্যু নির্দিষ্ট অবস্থার উপর ভিত্তি করে প্রোটিনের অনন্য সংমিশ্রণ থাকে (ডেকার এট আল।, 2006)। যদিও একক, কার্যকরী টি. এফ. বি. এস সনাক্তকরণ একটি উল্লেখযোগ্য অগ্রগতি, একটি কমপ্লেক্সে পৃথক প্রোটিন সনাক্ত করতে চিয়া-পিইটি ব্যবহারের জন্য প্রতিটি মিথস্ক্রিয়াশীল প্রোটিন সনাক্ত করতে অনুমানের কাজ এবং একাধিক পরীক্ষার প্রয়োজন হবে। এটি একটি ব্যয়বহুল এবং সময়সাপেক্ষ প্রচেষ্টা হবে। চিয়া-পিইটি ব্যবহৃত অ্যান্টিবডিগুলির গুণমান, বিশুদ্ধতা এবং নির্দিষ্টতার দ্বারা সীমাবদ্ধ (ফুলউড এট আল।, 2009)। চিয়া-পিইটি ক্রম সনাক্তকরণের উপর নির্ভরশীল যা রেফারেন্স ক্রমের (রেফারেন্স) সাথে ম্যাপ করা যেতে পারে। চিয়া-পিইটি-র জন্য রেফারেন্স জিনোমে পিইটি রিডগুলি সংগঠিত এবং ম্যাপ করার জন্য পিক-কলিং কম্পিউটার অ্যালগরিদম ব্যবহার করা প্রয়োজন। সফ্টওয়্যার প্ল্যাটফর্মগুলির মধ্যে বৈচিত্র্যের কারণে, কোন প্রোগ্রামটি ব্যবহার করা হয় তার উপর নির্ভর করে ফলাফলগুলি পরিবর্তিত হতে পারে। যদিও পুনরাবৃত্তিমূলক ডিএনএ অঞ্চলগুলি জিন নিয়ন্ত্রণের সাথে যুক্ত হতে পারে (পোলাক এবং ডোমানি, 2006), তবে এগুলি অপসারণ করা দরকার কারণ এগুলি তথ্যকে প্রভাবিত করতে পারে (ফুলউড এট আল।, 2009)। দুটি স্থান থেকে সমৃদ্ধি একযোগে পার্শ্ববর্তী অঞ্চলের বিরুদ্ধে পক্ষপাতিত্বের পরিচয় দেয়। ইতিহাস ফুলউড এবং অন্যান্য। (2009), মানব ক্যান্সার কোষে ইস্ট্রোজেন রিসেপ্টর আলফা (ইআর-আলফা) দ্বারা মধ্যস্থ ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া নেটওয়ার্ক সনাক্ত এবং মানচিত্র করতে চিয়া-পিইটি ব্যবহার করে। ফলস্বরূপ বিশ্বব্যাপী ক্রোমাটিন ইন্টারঅ্যাক্টোম মানচিত্র প্রকাশ করে যে দূরবর্তী ইআর-আলফা-বাইন্ডিং সাইটগুলি দীর্ঘ-পরিসীমা ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়ার মাধ্যমে জিন প্রবর্তকদের কাছে নোঙ্গর করা হয়েছিল যা পরামর্শ দেয় যে সমন্বিত প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রণের জন্য জিনগুলিকে একত্রিত করার জন্য বিস্তৃত ক্রোমাটিন লুপিং দ্বারা ইআর-আলফা কাজ করে। বিশ্লেষণ এবং সফ্টওয়্যার বিকল্প ক্রোমাটিন ইমিউনোপ্রিসিপিটেশন (চিআইপি): মূল চিআইপি পদ্ধতি হল একটি অ্যান্টিবডি-ভিত্তিক প্রযুক্তি যা ক্রোমাটিন অবস্থা এবং জিন প্রতিলিপি সম্পর্কিত তথ্য প্রদানের জন্য নির্বাচিতভাবে প্রোটিনগুলি সনাক্ত করে এবং আবদ্ধ করে। জিনোম আর্কিটেকচার ম্যাপিং (জিএএম): এই কৌশলটি যে কোনও সংখ্যক জিনোমিক লোকির মধ্যে ত্রিমাত্রিক প্রক্সিমিটি সংগ্রহ করে 3সি-ভিত্তিক কৌশলগুলির সাথে সম্পর্কিত বেশ কয়েকটি ত্রুটি দূর করে। স্প্লিট-পুল রিকগনিশন অফ ইন্টারেকশনস বাই ট্যাগ এক্সটেনশন (স্প্রাইট) স্প্রাইট হল জিনোম জুড়ে নিউক্লিয়াসে উচ্চ-ক্রমের মিথস্ক্রিয়া ম্যাপ করার একটি কৌশল। এই পদ্ধতিটি বৃহত্তর স্থানিক দূরত্বে ঘটে যাওয়া মিথস্ক্রিয়া সনাক্ত করে এবং এটি একই সময়ে ঘটে যাওয়া অসংখ্য আরএনএ এবং ডিএনএ মিথস্ক্রিয়া জিনোম-ব্যাপী সনাক্তকরণের অনুমতি দেয়। চিয়া-ড্রপ চিয়া-ড্রপ হল একক-অণু নির্ভুলতায় ড্রপলেট-ভিত্তিক এবং বারকোড-সংযুক্ত সিকোয়েন্সিং ব্যবহার করে মাল্টিপ্লেক্স ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া বিশ্লেষণের জন্য একটি সহজবোধ্য পদ্ধতি। হাই-সি এবং চিয়া-পিইটি-র মতো পূর্ববর্তী জোড়ভিত্তিক জনসংখ্যা-স্তরের পদ্ধতিগুলি এই প্রযুক্তি থেকে আলাদা। রেফারেন্স বার্স্কি এবং অন্যান্য, (2007)। মানব জিনোমে হিস্টোন মিথাইলেশনগুলির উচ্চ-রেজোলিউশন প্রোফাইলিং। সেল। (129); 823-37। ডেকার, (2002)। ক্রোমোজোম গঠন ক্যাপচার করা। বিজ্ঞান। (295); 1306-1311। ডেকার, (2006)। ক্রোমোজোম গঠনের তিনটি 'সি' ক্যাপচারঃ নিয়ন্ত্রণ, নিয়ন্ত্রণ, নিয়ন্ত্রণ। ন্যাট। পদ্ধতি। (3); 17-21। ফুলউড এবং অন্যান্য, (2009)। একটি ইস্ট্রোজেন-রিসেপ্টর-α আবদ্ধ মানব ক্রোমাটিন আন্তঃক্রিয়াশীল। প্রকৃতি। (462); 58-64। ফুলউড অ্যান্ড ইজুন, (2009)। দীর্ঘ পরিসরের ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া সনাক্তকরণের জন্য চিআইপি-ভিত্তিক পদ্ধতি। জে সেল বায়োকেম। 107 (1); 30-39। জনসন ও অন্যান্য, (2007)। ইন ভিভো প্রোটিন-ডিএনএ মিথস্ক্রিয়ার জিনোম-ওয়াইড ম্যাপিং। বিজ্ঞান। (316); 1497-502। কুও অ্যান্ড অ্যালিস, (1999)। গতিশীল প্রোটিন অধ্যয়নের জন্য ইন-ভিভো ক্রস-লিঙ্কিং এবং ইমিউনোপ্রেসিপিটেশনঃ একটি ক্রোমাটিন পরিবেশে ডিএনএ সমিতি। পদ্ধতি। (19); 425-33। লি, জি., ফুলউড, এম. জে., জু, এইচ., মুলাওয়াদি, এফ. এইচ., ভেলকভ, এস., ভেগা, ভি., আরিয়ারত্নে, পি. এন., মহম্মদ, ওয়াই. বি., ওওই, এইচ. এস., টেন্নাকুন, সি., ওয়েই, সি. এল., রুয়ান, ওয়াই. এবং সাং, ডব্লিউ. কে। পেয়ার-এন্ড ট্যাগ সিকোয়েন্সিং সহ ব্যাপক ক্রোমাটিন মিথস্ক্রিয়া বিশ্লেষণের জন্য চিয়া-পিইটি টুল। জিনোম বায়োল, 11 (2)। R22। ম্যাস্টন এবং অন্যান্য, (2006)। মানব জিনোমে প্রতিলিপিগত নিয়ন্ত্রক উপাদান। অনু। রেভঃ জিনোমিক্স। হাম জিনেট। (7); 29-59। পোলাক অ্যান্ড ডোমানি, (2006)। আলু উপাদানগুলিতে প্রতিলিপি উপাদানগুলির জন্য অনেক বাঁধাই সাইট রয়েছে এবং বিকাশমূলক প্রক্রিয়াগুলির নিয়ন্ত্রণে ভূমিকা নিতে পারে। বি. এম. সি জিনোমিক্স। (7); 133। ওয়েই এবং অন্যান্য, (2006)। মানব জিনোমে পি53 ট্রান্সক্রিপশন-ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইটগুলির একটি বিশ্বব্যাপী মানচিত্র। সেল। (124); 207-19। বাহ্যিক লিঙ্ক চিয়া-পিইটি জিনোম ব্রাউজার-এই ব্রাউজারটি ফুলউড এট আল থেকে তথ্য দেখার জন্য। (2009), এবং একটি কাস্টম হোল জিনোম ইন্টারঅ্যাকশন ভিউয়ার অন্তর্ভুক্ত করে যা একটি সম্পূর্ণ জিনোম ল্যান্ডস্কেপ সহ বাঁধাই সাইট এবং মিথস্ক্রিয়ার একটি ম্যাক্রোস্কোপিক ছবি সরবরাহ করে। আণবিক জীববিজ্ঞান কৌশল পারমাণবিক সংগঠন