Nidoviral papain-like protease
নিডোভাইরাল পাপাইন-সদৃশ প্রোটিজ (পিএলপ্রো বা পিএলপি) হল একটি পাপাইন-সদৃশ প্রোটিজ প্রোটিন ক্ষেত্র যা নিডোভাইরাসের জিনোমে এনকোড করা থাকে। এটি ও. আর. এফ1এ জিন থেকে একটি বড় পলিপ্রোটিনের অংশ হিসাবে প্রকাশিত হয় এবং পলিপ্রোটিনের মধ্যে কিছু এন-টার্মিনাল ভাইরাল ননস্ট্রাকচারাল প্রোটিনের প্রোটোলাইটিক ক্লিভেজের জন্য দায়ী সিস্টাইন প্রোটিজ এনজাইম্যাটিক ক্রিয়াকলাপ রয়েছে। ও. আর. এফ1এ দ্বারা এনকোড করা একটি দ্বিতীয় প্রোটিজ, যাকে 3সি-সদৃশ প্রোটিজ বা প্রধান প্রোটিজ বলা হয়, আরও বেশিরভাগ ফাটলের জন্য দায়ী। করোনভাইরাসগুলির এক বা দুটি প্যাপাইনের মতো প্রোটিজ ডোমেন রয়েছে; সারস-কোভ এবং সারস-কোভ-2-এ, একটি পিএলপ্রো ডোমেন করোনভাইরাস ননস্ট্রাকচারাল প্রোটিন 3 (এনএসপি 3)-এ অবস্থিত। আর্টেরিভাইরাসের দুই থেকে তিনটি পিএলপি ডোমেন থাকে। তাদের প্রোটিজ ক্রিয়াকলাপ ছাড়াও, পিএলপি ডোমেনগুলি ডিউবিকুইটিনেটিং এনজাইম (ডিইউবি) হিসাবে কাজ করে যা ইউবিকুইটিন শৃঙ্খলে পাওয়া আইসোপেপটাইড বন্ধনকে বিভক্ত করতে পারে। এগুলি "ডিআইএসজিলেটিং" এনজাইমও যা সেলুলার প্রোটিন থেকে ইউবিকুইটিনের মতো ডোমেন ইন্টারফেরন-স্টিমুলেটেড জিন 15 (আইএসজি15) অপসারণ করে। এই ক্রিয়াকলাপগুলি সম্ভবত হোস্ট সহজাত ইমিউন সিস্টেমের ক্রিয়াকলাপের বিরোধিতা করার জন্য দায়ী। যেহেতু এগুলি ভাইরাল প্রতিলিপির জন্য প্রয়োজনীয়, তাই প্যাপাইনের মতো প্রোটিজ ডোমেনগুলিকে এমইআরএস-সিওভি, সার্স-সিওভি এবং সার্স-সিওভি-2-এর মতো মানব প্যাথোজেনগুলির বিরুদ্ধে অ্যান্টিভাইরাল ওষুধের বিকাশের জন্য ওষুধের লক্ষ্য হিসাবে বিবেচনা করা হয়। শ্রেণীবিভাগ এবং নামকরণ এম. ই. আর. ও. পি. এস প্রোটিজ শ্রেণীবিভাগ পদ্ধতি অনুসারে, নিডোভাইরাল প্যাপাইনের মতো প্রোটিজগুলি সিএ বংশের সদস্য, প্যাপাইনের মতো প্রোটিজ, যার কাঠামো এবং অনুঘটক প্রক্রিয়া প্যাপাইনের অনুরূপ। এই গ্রুপে অনেক ভাইরাল পলিপ্রোটিন-প্রক্রিয়াকরণ প্রোটিজেস রয়েছে। এই গোষ্ঠীর প্রোটিজ জীবনের সমস্ত ক্ষেত্রে পাওয়া যায়। করোনভাইরাসগুলিতে, একক পাপেইনের মতো প্রোটিজ ডোমেনগুলি সাধারণত পিএলপ্রো নামে পরিচিত, উদাহরণস্বরূপ সারস-কোভ এবং সারস-কোভ-2-এ। যখন এই ধরনের দুটি ডোমেন জিনোমে এনকোড করা হয়, তখন সেগুলি পিএলপি1 এবং পিএলপি2 বা পিএলপ্রো1 এবং পিএলপ্রো2 নামে পরিচিত, যেখানে একক-ডোমেন ভাইরাসের পিএলপ্রো পিএলপি2-এর অনুরূপ। আর্টেরিভাইরাসগুলিতে, তিনটি পিএলপি ডোমেন পিএলপি1α, পিএলপি1β এবং পিএলপি2 নামে পরিচিত। ফাংশন পিএলপ্রো একটি বহুমুখী এনজাইম যা ভাইরাল জীবন চক্রে প্রোটিজ, ডিউবিক্ভিটিনেজ এবং ডিআইএসজিলেটিং ক্রিয়াকলাপ সহ একাধিক ভূমিকা পালন করে। করোনভাইরাসগুলিতে, এটি বড়, বহু-ডোমেন অ-কাঠামোগত প্রোটিন 3 (এনএসপি 3) প্রোটিনের মধ্যে একটি প্রোটিন ডোমেন হিসাবে ঘটে। ভাইরাল প্রতিলিপির জন্য পিএলপ্রো ক্রিয়াকলাপ অপরিহার্য। হোস্টের সহজাত ইমিউন সিস্টেমের প্রতিক্রিয়াকে প্রভাবিত করার প্রক্রিয়া হিসাবে ডিউবিক্ভিটিনেশন এবং ডিআইএসজিলেশনের জন্য ভাইরাল প্রোটিজের বিবর্তনীয় পুনর্ব্যবহার বেশ কয়েকটি ভাইরাল পরিবারের জন্য পরিচিত। প্রোটোলাইটিক প্রক্রিয়াকরণ নিডোভাইরাল পিএলপ্রো ডোমেনগুলি ওআরএফ1এবি জিন দ্বারা এনকোড করা বড় পলিপ্রোটিনের অংশ হিসাবে প্রকাশ করা হয়। এগুলি পরিপক্ক ভাইরাল ননস্ট্রাকচারাল প্রোটিন (এন. এস. পি. এস) তৈরি করতে পলিপ্রোটিনের প্রোটোলাইটিক প্রক্রিয়াকরণের জন্য দায়ী, যার মধ্যে অনেকগুলি প্রতিলিপি-প্রতিলিপি জটিলতার উপাদান। করোনভাইরাসগুলিতে, পিএলপ্রো ডোমেনগুলি এন-টার্মিনাল এনএসপিএস1-4-এর বিভাজন কার্যকর করে, যখন 3সি-এর মতো প্রোটিজ (প্রধান প্রোটিজ) অবশিষ্ট প্রোটিন এনএসপি 5-16-কে বিভক্ত করে। ইমিউন মড্যুলেশন ডিউবিক্ভিটিনেশন মানব জিনোমে এনকোড করা সিস্টাইন প্রোটিজ ডিইউবি-র একটি গোষ্ঠী ইউবিকুইটিন-নির্দিষ্ট প্রোটিজ 18-এর সাথে কাঠামোগত তুলনা করে সার্স-কোভ পিএলপ্রো-এর জন্য একটি ডিউবিক্ভিটিনেজ (ডিইউবি) ক্রিয়াকলাপের পূর্বাভাস দেওয়া হয়েছিল। এই ভবিষ্যদ্বাণীটি পরে সার্স-কোভ-2 সহ বেশ কয়েকটি করোনভাইরাস এবং আর্টেরিভাইরাস পিএলপি ডোমেনের জন্য ইন ভিট্রো পরীক্ষার মাধ্যমে নিশ্চিত করা হয়েছিল। ডি. আই. এস. গাইলেশন আই. এস. জি15 হল একটি ছোট ইউবিকুইটিনের মতো প্রোটিন যা ইউবিকুইটিনের মতো পদ্ধতিতে অনুবাদ-পরবর্তী পরিবর্তন হিসাবে অন্যান্য প্রোটিনের সাথে সংযুক্ত করা যেতে পারে। ডিউবিক্ভিটিনেটিং ক্রিয়াকলাপ ছাড়াও, করোনভাইরাস এবং আর্টারিভাইরাস পিএলপি ডোমেনগুলিকে ডিআইএসজাইলেজ এনজাইম হিসাবে চিহ্নিত করা হয়েছে, যা সেলুলার প্রোটিন থেকে আইএসজি15 অপসারণ করতে সক্ষম। সার্স-কোভ-2 পিএলপ্রো-এর ইন ভিট্রো গবেষণায় ইউবিকুইটিনের তুলনায় আইএসজি-র প্রতি বেশি অনুরাগের ইঙ্গিত পাওয়া যায়। রেফারেন্স ভাইরাল প্রোটিনকে সুরক্ষা দেয়