HIKESHI
হাইকেশি একটি প্রোটিন যা ফুসফুস এবং বহুকোষী জীবের বিকাশে গুরুত্বপূর্ণ, যা মানুষের মধ্যে হাইকেশি জিন দ্বারা এনকোড করা হয়। মানুষের মধ্যে 11 নম্বর ক্রোমোসোমে এবং ইঁদুরের মধ্যে 7 নম্বর ক্রোমোসোমে হিকেশি পাওয়া যায়। অনুরূপ ক্রম (অর্থোলগ) বেশিরভাগ প্রাণী এবং ছত্রাক প্রজাতিতে পাওয়া যায়। মাউস হোমোলগ, ক্রোমোজোম 7 রিঞ্চিক 6 প্রোটিনের প্রাণঘাতী জিনটি এল7আরএন6 জিন দ্বারা এনকোড করা হয়। জিন হাইকেশি হল হোমো স্যাপিয়েন্সের একটি প্রোটিন-কোডিং জিন। জিনের বিকল্প নামগুলি হল এফএলজে43020, এইচএসপিসি138, এইচএসপিসি179 এবং এল7আরএন6। ক্রোমোজোম 11-এর দীর্ঘ বাহুতে q14.2 এলাকায় অবস্থিত, ইন্ট্রন এবং এক্সন সহ পুরো জিনটি প্লাস স্ট্র্যান্ডে 42,698 বেস জোড়া। হিকেশি ভ্যারিয়েন্ট 1-এর এম. আর. এন. এ-তে 1,183টি বেস জোড়া সহ 1,33,4,5 এবং 7টি এক্সোন রয়েছে, যার বেস জোড়া 239 থেকে 832 কোডিং অঞ্চলগুলির প্রতিনিধিত্ব করে। বিকল্প স্প্লাইসিং ভ্যারিয়েন্ট 1 হল দীর্ঘতম এবং সবচেয়ে সাধারণ প্রোটিন কোডিং ভ্যারিয়েন্ট। অন্য তিনটি প্রধান রূপ একটি বিকল্প এক্সন ক্রম ব্যবহার করে যা পঠন কাঠামোকে ছুঁড়ে ফেলে দেয়, যার ফলে এমআরএনএ ক্রমটি তাড়াতাড়ি শেষ হয়ে যায় এবং প্রোটিন ক্ষয় হয়। নীচের সারণিতে বিভিন্ন রূপ এবং এক্সনের ব্যবহার দেখানো হয়েছে। উপরের সারণিতে দেখানো চারটি রূপ হল মানব কোষে পাওয়া সবচেয়ে সাধারণ আইসোফর্ম। মোট 13টি বিকল্পভাবে স্প্লাইসড সিকোয়েন্স এবং তিনটি স্প্লাইসড ফর্ম রয়েছে যা দুটি বিকল্প প্রবর্তককে ব্যবহার করে। এমআরএনএ রূপগুলি 8টি ভিন্ন এক্সন, বিকল্প, ওভারল্যাপিং এক্সন এবং ইন্ট্রন ধরে রাখার সংমিশ্রণে পৃথক হয়। বিকল্প স্প্লাইসিং ছাড়াও, এমআরএনএগুলি 3 'প্রান্তে ছাঁটাই দ্বারা পৃথক হয়। ভ্যারিয়েন্ট 1 হল দশটি এম. আর. এন. এ-র মধ্যে একটি যা একটি প্রোটিনের জন্য কোড হিসাবে দেখানো হয়েছে, বাকিগুলি অর্থহীন মধ্যস্থতাকারী এম. আর. এন. এ ক্ষয়ের জন্য আবদ্ধ বলে মনে হয়। C11orf73 আইসোফর্মস প্রোমোটার দ্য প্রোমোটার অঞ্চল, GXP 47146-এর এসভিউ উপস্থাপনা জেনোম্যাটিক্স থেকে এলডোরাডো টুল ব্যবহার করে পাওয়া গেছে। 840 বিপি ক্রমটি ডিএনএ পয়েন্ট 86012753 থেকে 86013592-এ হিকেশির জিনের আগে অবস্থিত। প্রবর্তক 12টির মধ্যে 12টি অর্থোলগ এবং 6টি প্রাসঙ্গিক প্রতিলিপির জন্য কোডে সংরক্ষিত থাকে। জেনোম্যাটিক্স এলডোরাডো টুল থেকে সংরক্ষিত ট্রান্সক্রিপশন ফ্যাক্টর বাইন্ডিং সাইটঃ এমআরএনএ পণ্যের সমাপ্তি জিনটির সিডিএনএ-র মধ্যে এনকোড করা হয়। একটি এমআরএনএ পণ্যের শেষ সমাপ্তির সাধারণত তিনটি প্রধান বৈশিষ্ট্য থাকেঃ পলি এ সংকেত, পলি এ লেজ এবং ক্রমের একটি এলাকা যা একটি স্টেম লুপ কাঠামো গঠন করতে পারে। পলি এ সংকেত একটি অত্যন্ত সংরক্ষিত স্থান, ছয়টি নিউক্লিওটাইডের দীর্ঘ ক্রম। ইউক্যারিওটগুলিতে ক্রমটি হল এ. এ. টি. এ. এ এবং পলি এ সাইট থেকে প্রায় <আই. ডি1> নিউক্লিওটাইড অবস্থিত। এ. এ. টি. এ. এ. ক্রম হল একটি অত্যন্ত সংরক্ষিত, ইউক্যারিওটিক পলিএ সংকেত যা সংকেত ক্রমের পরে এম. আর. এন. এ পণ্য <আই. ডি1> বেস জুটির পলিঅ্যাডেনাইলেশনের জন্য সংকেত দেয়। সি11ওআরএফ73-এর পলিএ সাইট হল জিটিএ। জিন অভিব্যক্তি হিকেশিকে গড়ের চেয়ে 2.3 গুণ বেশি উচ্চ স্তরে সর্বব্যাপী প্রকাশ করা হয়। C11orf73 প্রচুর সংখ্যক মানব টিস্যুতে প্রকাশিত হয়। এক্সপ্রেশন প্রোফাইল এবং ইউনিজিনের ই. এস. টি প্রোফাইলের মধ্যে, শুধুমাত্র 11টি টিস্যু C11orf73 প্রকাশ করতে পারেনি, সম্ভবত টিস্যুতে ছোট নমুনা আকারের কারণে। প্রোটিন মানব হাইকেশি জিন C11orf73 নামক একটি প্রোটিনের জন্য এনকোড করে। সমজাতীয় মাউস এল7আরএন6 জিন ক্রোমোজোম 7 রিঞ্চিক 6-এ প্রাণঘাতী জিন নামে একটি প্রোটিনকে এনকোড করে। 1 এম. এফ. জি. সি. এল. ভ্যাগ্রল ভি. কিউ. টি. এ. কিউ. ভি. ভি. এফ. এম এল. জি. টি. পি. এফ. পি. জি. এস. ভি. আই. এফ. সি. পি. ডি 61 এস. এন. জি. এম. পি. ভি. ডব্লিউ. কিউ. এল. জি. এফ. ভি. টি. এন. জি. কে. পি. এস. এ আই. এফ. কে. এস. জি. এইচ. পি. এফ. জি. আই. জি. এস. ভি. টি. পি. এস. ভি. ভি. জি. আই. জি. এস. ভি. টি. পি. এস. ভি. ভি. জি. আই. আই. জি. এস. ভি. এফ. এল. ডি 121 মা. কিউ. টি. পি. ভি. জি. এন. এ. ভি. এস. ভি. ডি. এস. এফ. টি. মাউস প্রোটিনের সাথে সাদৃশ্যের মাধ্যমে, মানব হাইকেশি প্রোটিনের অনুমানমূলক কার্যকারিতা হল ফুসফুসের কোষে নিঃসরণকারী যন্ত্রের সংগঠন এবং কার্যকারিতা। ডিইউএফ775 (অজানা ফাংশন 775-এর ডোমেন) নামে পরিচিত প্রোটিন ডোমেনটি মানুষের হাইকেশি এবং মাউস এল7আরএন6 প্রোটিন উভয়ের মধ্যেই অবস্থিত। ডিইউএফ775 ডোমেইন 197টি অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ, প্রোটিনের সমান দৈর্ঘ্য। সংজ্ঞা অনুসারে ডিইউএফ 775 সুপার পরিবার গঠনকারী অন্যান্য প্রোটিনগুলির মধ্যে সি11ওআরএফ73-এর সমস্ত অর্থোলগ অন্তর্ভুক্ত রয়েছে। হাইড্রোপ্যাথি বিশ্লেষণ দেখায় যে প্রোটিনে কোনও বিস্তৃত হাইড্রোফোবিক অঞ্চল নেই এবং তাই, এই সিদ্ধান্তে উপনীত হয় যে হাইকেশি একটি সাইটোপ্লাজমিক প্রোটিন। C11orf73-এর আইসোইলেক্ট্রিক বিন্দু হল 5.108 যা বোঝায় যে এটি আরও অম্লীয় পরিবেশে সর্বোত্তমভাবে কাজ করে। সি11ওআরএফ73 ক্রমের জন্য একমাত্র এসএনপি, বা একক-নিউক্লিওটাইড পলিমরফিজমের ফলে প্রোটিনের মধ্যে একটি অ্যামিনো অ্যাসিড পরিবর্তন হয়। অন্যান্য এসএনপি-র অভাব সম্ভবত হাইকেশির উচ্চ স্তরের সংরক্ষণ এবং প্রোটিনের একটি রূপান্তর জীবের উপর মারাত্মক প্রভাব ফেলে। এসএনপি-র ফেনোটাইপ অজানা। জিন নেবারহুড হিকেশির আশেপাশের জিনগুলি হল সিসিডিসি81, এমই3 এবং ইইডি। আশেপাশের জিনের কার্যকারিতা দেখে জিনের সম্ভাব্য কার্যকারিতা সম্পর্কে আরও ভালভাবে বোঝার জন্য জেনেটিক পাড়ার দিকে নজর দেওয়া হয়। সিসিডিসি81 জিন একটি বৈশিষ্ট্যহীন প্রোটিন পণ্যের জন্য কোড করে এবং প্লাস স্ট্র্যান্ডের উপর ভিত্তি করে। সিসিডিসি81 81টি আইসোফর্ম 1 ধারণকারী কয়েল-কয়েল ডোমেনের জন্য দাঁড়ায়। এমই3 জিনটি মাইটোকন্ড্রিয়াল ম্যালিক এনজাইম 3 অগ্রদূতকে বোঝায়। ম্যালিক এনজাইম একটি কোফ্যাক্টর হিসাবে এন. এ. ডি + বা এন. এ. ডি. পি + ব্যবহার করে ম্যালেটের অক্সিডেটিভ ডিকার্বক্সিলেশনকে পাইরুভেটে অনুঘটক করে। স্তন্যপায়ী টিস্যুতে ম্যালিক এনজাইমের 3টি স্বতন্ত্র আইসোফর্ম থাকেঃ একটি সাইটোসোলিক এনএডিপি (+)-নির্ভর আইসোফর্ম, একটি মাইটোকন্ড্রিয়াল এনএডিপি (+)-নির্ভর আইসোফর্ম এবং একটি মাইটোকন্ড্রিয়াল এনএডি (+)-নির্ভর আইসোফর্ম। এই জিনটি একটি মাইটোকন্ড্রিয়াল এনএডিপি (+)-নির্ভর আইসোফর্মকে এনকোড করে। এই জিনের জন্য একাধিক বিকল্পভাবে বিভক্ত প্রতিলিপি রূপ পাওয়া গেছে, তবে কিছু রূপের জৈবিক বৈধতা নির্ধারণ করা হয়নি। ই. ই. ডি জিনটি ভ্রূণের এক্টোডার্ম ডেভেলপমেন্ট আইসোফর্ম বি-কে বোঝায় এবং এটি পলিকম্ব-গ্রুপ (পি. সি. জি) পরিবারের সদস্য। পিসিজি পরিবারের সদস্যরা মাল্টিমেরিক প্রোটিন কমপ্লেক্স গঠন করে, যা ধারাবাহিক কোষ প্রজন্ম ধরে জিনের প্রতিলিপিগত দমনমূলক অবস্থা বজায় রাখতে জড়িত। এই প্রোটিনটি জেস্ট 2-এর বর্ধক, ইন্টিগ্রিন বিটা 7-এর সাইটোপ্লাজমিক লেজ, ইমিউনোডেফিসিয়েন্সি ভাইরাস টাইপ 1 (এইচআইভি-1) এমএ প্রোটিন এবং হিস্টোন ডিঅ্যাসিটাইলেজ প্রোটিনের সাথে মিথস্ক্রিয়া করে। এই প্রোটিন হিস্টোন ডিঅ্যাসিটিলেশনের মাধ্যমে জিন ক্রিয়াকলাপের দমনকে মধ্যস্থতা করে এবং ইন্টিগ্রিন ফাংশনের একটি নির্দিষ্ট নিয়ন্ত্রক হিসাবে কাজ করতে পারে। এই জিনের জন্য স্বতন্ত্র আইসোফর্মগুলি এনকোডিং করার জন্য দুটি প্রতিলিপি রূপ চিহ্নিত করা হয়েছে। মিথস্ক্রিয়া স্ট্রিং এবং সিগমা-অ্যালড্রিচের প্রিয় জিন প্রোগ্রামগুলি C11orf73-এর সাথে সম্ভাব্য প্রোটিন মিথস্ক্রিয়ার পরামর্শ দেয়। এআরজিইউএল1, সিআরএইচবিপি এবং ইইডি টেক্সট মাইনিং থেকে উদ্ভূত হয়েছিল এবং এইচএনএফ4এ সিগমা-অ্যালড্রিচ থেকে এসেছে। এআরজিইউএল1 একটি অজানা প্রোটিন যার একটি অজানা কার্যকারিতা রয়েছে। সি. আর. এইচ. বি. পি হল একটি কর্টিকোট্রোফিন মুক্তকারী হরমোন বাইন্ডিং প্রোটিন যা সম্ভবত একটি সিগন্যাল ক্যাসকেডে ভূমিকা পালন করতে পারে যা হিকেশিকে জড়িত বা সক্রিয় করে। EED, C11orf73-এর একটি প্রতিবেশী প্রোটিন, একটি ভ্রূণের এক্টোডার্ম বিকাশ প্রোটিন এবং পলিকম্ব-গ্রুপ (PcG) পরিবারের সদস্য। পিসিজি পরিবারের সদস্যরা মাল্টিমেরিক প্রোটিন কমপ্লেক্স গঠন করে, যা ধারাবাহিক কোষ প্রজন্ম ধরে জিনের প্রতিলিপিগত দমনমূলক অবস্থা বজায় রাখতে জড়িত। এইচ. এন. এফ. 4এ একটি প্রতিলিপি নিয়ন্ত্রক এবং এটি অজানা যে এইচ. এন. এফ. 4এ সি11ওআরএফ73-এর অভিব্যক্তি নিয়ন্ত্রণ করে নাকি কেবল এটির সাথে যোগাযোগ করে। [12 বিবর্তনীয় ইতিহাস জীবের বিবর্তনীয় ইতিহাস একটি ফাইলোজেনেটিক গাছ তৈরি করার জন্য সময়ের রেফারেন্স হিসাবে অর্থোলগের ক্রম ব্যবহার করে নির্ধারণ করা যেতে পারে। CLUSTALW একাধিক ক্রমের তুলনা করে, প্রোগ্রামটি C11orf73 এর অর্থোলগের উপর ভিত্তি করে এমন একটি ফাইলোজেনেটিক ট্রি তৈরি করতেও ব্যবহার করা যেতে পারে। ডানদিকের গাছটি বিচ্যুতির সময়ের উপর ভিত্তি করে একটি সময়সীমা সহ উৎপন্ন ফাইলোজেনেটিক গাছকে দেখায়। হিকেশি অর্থোলগ থেকে তৈরি গাছটি সাহিত্যের ফাইলোজেনেটিক গাছের সাথে অভিন্ন, এমনকি মাছ, পাখি এবং ছত্রাকের মতো অনুরূপ জীবকে একত্রিত করে। অর্থোলোগস হোমোলোগাস সিকোয়েন্সগুলি অর্থোলোগাস হয় যদি সেগুলি একটি প্রজাতির ঘটনা দ্বারা পৃথক করা হয়ঃ যখন একটি প্রজাতি দুটি পৃথক প্রজাতিতে বিভক্ত হয়, ফলস্বরূপ প্রজাতির মধ্যে একটি জিনের বিচ্ছিন্ন অনুলিপিগুলিকে অর্থোলোগাস বলা হয়। অর্থোলগ বা অর্থোলোগাস জিন হল বিভিন্ন প্রজাতির জিন যা একে অপরের অনুরূপ কারণ তারা একটি সাধারণ পূর্বপুরুষ থেকে উদ্ভূত হয়েছিল। অর্থোলোগাস সিকোয়েন্স ট্যাক্সোনমিক শ্রেণীবিভাগ এবং জীবের ফাইলোজেনেটিক অধ্যয়নে দরকারী তথ্য প্রদান করে। জিনগত বিচ্যুতির ধরণটি জীবের সম্পর্কিততা খুঁজে বের করতে ব্যবহার করা যেতে পারে। খুব ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কিত দুটি জীব দুটি অর্থোলগের মধ্যে খুব অনুরূপ ডিএনএ সিকোয়েন্স প্রদর্শন করতে পারে। বিপরীতভাবে, একটি জীব যা অন্য জীব থেকে বিবর্তনীয়ভাবে আরও অপসারিত হয়, সম্ভবত অধ্যয়নরত অর্থোলগের ক্রমের মধ্যে বৃহত্তর বিচ্যুতি প্রদর্শন করে। ক্রোমোজোমের সারণি 11 ওপেন রিডিং ফ্রেম 73 অর্থোলগস টেবিলটি প্রোটিনের নাম, সংযোজন সংখ্যা, নিউক্লিওটাইড পরিচয়, প্রোটিন পরিচয় এবং ই-মান সহ 13টি ক্রম (12টি অর্থোলগ, 1টি মূল ক্রম) দেখায়। অ্যাক্সেশন নম্বরগুলি এনসিবিআই প্রোটিন ডাটাবেস থেকে সনাক্তকরণ নম্বর। নিউক্লিওটাইড ক্রমটি ডিবিএসওআরসিই থেকে প্রোটিনের ক্রম পৃষ্ঠা থেকে অ্যাক্সেস করা যেতে পারে, যা অ্যাক্সেশন নম্বর দেয় এবং নিউক্লিওটাইডের ক্রম পৃষ্ঠার একটি লিঙ্ক। প্রতিটি অর্থোলগ এবং তার নিজ নিজ জীবের জন্য নিউক্লিওটাইড এবং প্রোটিন ক্রম উভয়ের দৈর্ঘ্যও টেবিলে তালিকাভুক্ত করা হয়েছে। ক্রম দৈর্ঘ্যের পাশে মূল হাইকেশি জিনের অর্থোলগের পরিচয় রয়েছে। পরিচয় এবং ই-মানগুলি এস. ডি. এস. সি বায়োলজি ওয়ার্কবেঞ্চ থেকে গ্লোবাল অ্যালাইনমেন্ট প্রোগ্রাম, এ. এল. আই. জি. এন এবং এন. সি. বি. আই থেকে ব্লাস্ট ব্যবহার করে অর্জন করা হয়েছিল। গ্রাফটি বেশিরভাগ রৈখিক বক্ররেখা তৈরি করতে জীবের বিচ্যুতি সময়ের বিপরীতে অর্থোলগের শতাংশ পরিচয় দেখায়। বক্ররেখার মধ্যে দুটি প্রধান জয়েন্ট যথাক্রমে প্রায় 450 মিলিয়ন বছর এবং 1150 মিলিয়ন বছর আগে জিন প্রতিলিপির সময় নির্দেশ করে। জিন ডুপ্লিকেশনগুলির প্যারালগগুলি সম্ভবত হিকেশির অত্যন্ত সংরক্ষিত অর্থোলোগগুলির থেকে এতটাই ভিন্ন যে এটি ব্লিংক বা ব্লাস্ট সরঞ্জামগুলি ব্যবহার করে পাওয়া যায়নি। মান m (একটি 100 অ্যামিনো অ্যাসিড বিভাগে ঘটে যাওয়া অ্যামিনো অ্যাসিড পরিবর্তনের মোট সংখ্যা), যা n এর সংশোধিত মান (টেমপ্লেট ক্রম থেকে অ্যামিনো অ্যাসিডের পার্থক্যের সংখ্যা), λ গণনা করতেও ব্যবহৃত হয় (প্রতি বছর গড় অ্যামিনো অ্যাসিড পরিবর্তন, সাধারণত λE9 এর মানগুলিতে প্রতিনিধিত্ব করা হয়)। m/100 =-ln (1-n/100) λ = (m/100)/(2 * T) তথ্যসূত্র বাহ্যিক সংযোগ মানব প্রোটিন