Glutamine riboswitch
গ্লুটেমিন রাইবোসুইচ (পূর্বে জি. এন. এ আর. এন. এ মোটিফ) একটি সংরক্ষিত আর. এন. এ কাঠামো যা বায়োইনফরমেটিক্স দ্বারা ভবিষ্যদ্বাণী করা হয়েছিল। এটি সায়ানোব্যাকটেরিয়ার বিভিন্ন বংশের পাশাপাশি সায়ানোব্যাকটেরিয়াকে সংক্রামিত করে এমন কিছু ফেজে উপস্থিত থাকে। এটি সমুদ্রে বসবাসকারী অকৃষি ব্যাকটেরিয়া থেকে নিষ্কাশিত ডি. এন. এ-তেও পাওয়া যায় যা সম্ভবত সায়ানোব্যাকটেরিয়ার প্রজাতি। জি. এল. এন. এ. আর. এন. এ-গুলি নাইট্রোজেন বিপাকের সাথে জড়িত একাধিক শ্রেণীর প্রোটিনকে এনকোডিং করা জিনের অনুমিত 5 'অনুবাদহীন অঞ্চলে পাওয়া যায়। এই প্রোটিন শ্রেণীর মধ্যে সবচেয়ে বিশিষ্ট হল অ্যামোনিয়াম পরিবাহক, এনজাইম গ্লুটামিন সিন্থেটেজ এবং গ্লুটামেট সিন্থেজ এবং পিআইআই প্রোটিন, যা নিজেই নাইট্রোজেন বিপাক নিয়ন্ত্রণ করে। নাইট্রোজেন বিপাক নিয়ন্ত্রণে একটি সিস-নিয়ন্ত্রক উপাদান হিসাবে সম্ভাব্য ভূমিকাকে আরও সমর্থন করে, পিএমটি1479 হিসাবে ডিজাইন করা প্রোক্লোরোকোকাস মেরিনাস জিনটি এই জীবের অন্যান্য জিনের তুলনায় বেশি দমন করা হয়েছিল যখন এটি নাইট্রোজেনের পর্যাপ্ত সরবরাহ ছাড়াই বৃদ্ধি পেয়েছিল। এটি প্রদর্শিত হয়েছিল যে জি. এল. এন. এ আর. এন. এ গ্লুটামিন-বাইন্ডিং রাইবোসুইচগুলির সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ, অর্থাৎ, তারা সামগ্রিক নাইট্রোজেনের প্রাপ্যতা পরিমাপ করার জন্য গ্লুটামিনের ঘনত্ব অনুভব করে এবং ডাউনস্ট্রিম জিনগুলিকে যথাযথভাবে নিয়ন্ত্রণ করে। রাইবোসুইচ ফাংশনের মূল প্রস্তাবটি উপরের প্রমাণের উপর ভিত্তি করে ছিল যে জি. এল. এন. এ আর. এন. এ গুলি সিস-নিয়ন্ত্রক, পাশাপাশি জি. এল. এন. এ আর. এন. এ মোটিফের তিন-স্টেম জংশনে মাঝারি কাঠামোগত জটিলতা যা অন্যান্য পরিচিত রাইবোসুইচগুলির কাঠামোর সাথে তুলনীয়। কিছু জি. এল. এন. এ আর. এন. এ অন্যান্য জি. এল. এন. এ আর. এন. এ-র পাশে অবস্থিত। এই "টেন্ডেম ব্যবস্থা" গ্লাইসিন রাইবোসুইচ এবং টিপিপি রাইবোসুইচ দ্বারাও প্রদর্শিত হয় যেখানে তারা রাইবোসুইচ লিগ্যান্ডের ঘনত্বের একটি ছোট পরিবর্তনের মধ্যে কোষকে জিন বন্ধ বা চালু করতে দেয়। অন্য কথায়, রাইবোসুইচের প্রতিক্রিয়া বক্ররেখা একটি ডিজিটাল ফাংশনের অনুরূপ। তবে, এই ধরনের সহযোগিতামূলক বাধ্যবাধকতা পালন করা হয়নি। প্রথম ইন ভিভো প্রমাণ যে আর. এন. এ গ্লুটামিন রাইবোসুইচ হিসাবে কাজ করে তা প্রকাশ করে যে এই রাইবোসুইচগুলি সিনেকোসিস্টিস এস. পি-তে গ্লুটামিন সিন্থেটেজ প্রতিরোধকারী প্রোটিন আই. এফ. 17-এর অভিব্যক্তি নিয়ন্ত্রণ করে। পি. সি. সি. 6803 এইভাবে সায়ানোব্যাকটেরিয়ায় জি. এস ক্রিয়াকলাপের জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ নিয়ন্ত্রণ উপাদানের প্রতিনিধিত্ব করে। জি. এল. এন. এ আর. এন. এ মোটিফ এবং ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফের মধ্যে একটি সম্ভাব্য কাঠামোগত সাদৃশ্য লক্ষ্য করা গেছে। প্রতিটি মোটিফের "পি1" লেবেলযুক্ত কান্ডের মধ্যে সবচেয়ে স্পষ্ট মিল রয়েছে, তবে অন্যান্য মিলগুলিও লক্ষ্য করা গেছে। এটি প্রস্তাব করা হয়েছিল যে উভয় মোটিফই নাইট্রোজেন বিপাকের সাথে জড়িত রাইবোসুইচগুলির প্রতিনিধিত্ব করে। উভয় মোটিফ থেকে আরএনএগুলি নির্বাচিতভাবে গ্লুটামিনকে আবদ্ধ করে এই অনুমানকে সমর্থন করে, তবে বিস্তারিত কাঠামোগত তথ্য এখনও উপলব্ধ নয়। জি. এল. এন. এ মোটিফের মধ্যে একটি ই-লুপ কাঠামো রয়েছে (যাকে একটি স্ফীত-জি মডিউলও বলা হয়)। তথ্যসূত্র বাইরের লিঙ্ক সিস-নিয়ন্ত্রক আরএনএ উপাদান রাইবোসুইচ