AutoDock
অটোডক একটি আণবিক মডেলিং সিমুলেশন সফ্টওয়্যার। এটি প্রোটিন-লিগ্যান্ড ডকিংয়ের জন্য বিশেষভাবে কার্যকর। অটোডক 4 জিএনইউ জেনারেল পাবলিক লাইসেন্সের অধীনে উপলব্ধ। অটোডক গবেষণা সম্প্রদায়ের সর্বাধিক উদ্ধৃত ডকিং সফ্টওয়্যার অ্যাপ্লিকেশনগুলির মধ্যে একটি। এটি এইচআইভি/এইডস এবং কোভিড-19-এর বিরুদ্ধে অ্যান্টিভাইরাল অনুসন্ধানের জন্য ওয়ার্ল্ড কমিউনিটি গ্রিডে পরিচালিত FightAIDS@Home এবং ওপেনপ্যান্ডেমিকস-কোভিড-19 প্রকল্প দ্বারা ব্যবহৃত হয়। 2007 সালের ফেব্রুয়ারিতে, আই. এস. আই সাইটেশন ইনডেক্সের অনুসন্ধানে দেখা যায় যে প্রাথমিক অটোডক পদ্ধতির কাগজপত্র ব্যবহার করে 1,100 টিরও বেশি প্রকাশনা উদ্ধৃত করা হয়েছে। 2009 সালের হিসাবে, এই সংখ্যা 1,200 ছাড়িয়ে গেছে। অটোডক ভিনা অটোডকের উত্তরসূরি, যা নির্ভুলতা এবং কর্মক্ষমতার দিক থেকে উল্লেখযোগ্যভাবে উন্নত। এটি অ্যাপাচি লাইসেন্সের অধীনে পাওয়া যায়। অটোডক এবং ভিনা উভয়ই বর্তমানে স্ক্রিপস রিসার্চ দ্বারা রক্ষণাবেক্ষণ করা হয়, বিশেষত ডাঃ আর্থার জে. ওলসন অটোডকের নেতৃত্বে সেন্টার ফর কম্পিউট্যাশনাল স্ট্রাকচারাল বায়োলজি (সিসিএসবি) ব্যাপকভাবে ব্যবহৃত হয় এবং মার্ক অ্যান্ড কোং দ্বারা প্রথম ক্লিনিক্যালি অনুমোদিত এইচআইভি-1 ইন্টিগ্রেজ ইনহিবিটরের বিকাশে ভূমিকা পালন করে। প্রোগ্রাম অটোডক দুটি প্রধান প্রোগ্রাম নিয়ে গঠিতঃ লক্ষ্য প্রোটিন বর্ণনাকারী গ্রিডের একটি সেটে লিগ্যান্ডকে ডক করার জন্য অটোডক; এই গ্রিডগুলি প্রাক-গণনার জন্য অটোগ্রিড। অটোডকের ব্যবহার এইচআইভি1 ইন্টিগ্রেজ ইনহিবিটার সহ বেশ কয়েকটি ওষুধের আবিষ্কারে অবদান রেখেছে। প্ল্যাটফর্ম সমর্থন অটোডক লিনাক্স, ম্যাক ওএস এক্স, এসজিআই আইআরআইএক্স এবং মাইক্রোসফ্ট উইন্ডোজে চলে। এটি ডেবিয়ান, ফেডোরা এবং আর্ক লিনাক্স সহ বেশ কয়েকটি লিনাক্স ডিস্ট্রিবিউশনে প্যাকেজ হিসাবে উপলব্ধ। মাইক্রোসফ্ট উইন্ডোজে নেটিভ 64-বিট মোডে অ্যাপ্লিকেশনটি সংকলন করা সফ্টওয়্যারটির দ্রুত ভাসমান-বিন্দু অপারেশন সক্ষম করে। অটোডক স্ক্রিপস গবেষণা দল জিপিইউ-এর জন্য উন্নত সংস্করণ অটোডক ওপেনসিএল এবং সিইউডিএ ব্যবহার করে উন্নত গণনার রুটিন তৈরি করেছে। এর ফলে সিপিইউতে মূল সিরিয়াল অটোডক 4.2 (সোলিস-ওয়েটস)-এর উপর 4x (কোয়াড-কোর সিপিইউ) এবং 56x (জিপিইউ) পর্যন্ত গতিবেগ দেখা যায়। সিইউডিএ সংস্করণটি স্ক্রিপস গবেষণা দল এবং এনভিডিয়ার সহযোগিতায় তৈরি করা হয়েছিল এবং ওপেনসিএল সংস্করণটি আইবিএম ওয়ার্ল্ড কমিউনিটি গ্রিড দলের সহায়তায় আরও অনুকূলিত করা হয়েছিল। অটোডক ভিনা অটোডকের একটি উত্তরসূরি রয়েছে, অটোডক ভিনা, যার একটি উন্নত স্থানীয় অনুসন্ধান রুটিন রয়েছে এবং মাল্টিকোর/মাল্টি-সিপিইউ কম্পিউটার সেটআপ ব্যবহার করে। অটোডক ভিনা সফ্টওয়্যারটি ব্যবহার করে এমন বেশ কয়েকটি ওয়ার্ল্ড কমিউনিটি গ্রিড প্রকল্পে 64-বিট লিনাক্স অপারেটিং সিস্টেমের অধীনে উল্লেখযোগ্যভাবে দ্রুত চালানোর জন্য উল্লেখ করা হয়েছে। অটোডক ভিনা বর্তমানে সংস্করণ 1.2-এ রয়েছে, যা জুলাই 2021-এ মুক্তি পেয়েছে। তৃতীয় পক্ষের উন্নতি এবং সরঞ্জাম একটি মুক্ত উৎস প্রকল্প হিসাবে, অটোডক বেশ কয়েকটি তৃতীয় পক্ষের উন্নত সংস্করণ অর্জন করেছে যেমনঃ অটোডক ভিনা (স্মিনা)-এর সাথে স্কোরিং এবং মিনিমাইজেশন হল অটোডক ভিনা-এর একটি কাঁটাচামচ যা স্কোরিং ফাংশন ডেভেলপমেন্ট এবং এনার্জি মিনিমাইজেশনের জন্য উন্নত সমর্থন সহ। অফ-টার্গেট পাইপলাইন বড় প্রকল্পগুলির মধ্যে অটোডকের সংহতকরণের অনুমতি দেয়। কনসেনসাস স্কোরিং টুলকিট একাধিক স্কোরিং ফাংশন এবং কনসেনসাস স্কোরিং সমীকরণের ক্রমাঙ্কন সহ অটোডক ভিনা ভঙ্গিগুলির পুনরুদ্ধার প্রদান করে। ভি. এস. এল. এ. বি হল একটি ভি. এম. ডি প্লাগ-ইন যা সরাসরি ভি. এম. ডি থেকে অটোডক ব্যবহারের অনুমতি দেয়। অটোডকের সাহায্যে ভার্চ্যুয়াল স্ক্রিনিং চালানোর জন্য পাইআরএক্স একটি চমৎকার জিইউআই প্রদান করে। পাইআরএক্স-এ একটি ডকিং উইজার্ড রয়েছে এবং আপনি এটি ক্লাউড বা এইচপিসি ক্লাস্টারে অটোডক ভিনা চালানোর জন্য ব্যবহার করতে পারেন। পিওএপি একটি শেল-স্ক্রিপ্ট-ভিত্তিক সরঞ্জাম যা লিগ্যান্ড প্রস্তুতি থেকে পোস্ট ডকিং বিশ্লেষণ পর্যন্ত ভার্চুয়াল স্ক্রিনিংয়ের জন্য অটোডককে স্বয়ংক্রিয় করে। ভার্চ্যুয়ালফ্লো অটোডক ভিনা-ভিত্তিক ডকিং প্রোগ্রাম ব্যবহার করে কম্পিউটার ক্লাস্টার এবং ক্লাউডে অতি-বড় ভার্চ্যুয়াল স্ক্রিনিং চালানোর অনুমতি দেয়, যা নিয়মিতভাবে কোটি কোটি যৌগ স্ক্রিন করার অনুমতি দেয়। এফ. পি. জি. এ ত্বরণ সহ-প্রসেসর হিসাবে সাধারণ প্রোগ্রামেবল চিপগুলি ব্যবহার করে, বিশেষত ওমিক্সন পরীক্ষামূলক পণ্য, স্পিডআপ স্ট্যান্ডার্ড ইন্টেল ডুয়াল কোর 2 গিগাহার্টজ সিপিইউর গতির 10x-100x সীমার মধ্যে ছিল। আরও দেখুন ডকিং (আণবিক) প্রোটিন-লিগ্যান্ড ডকিং সফ্টওয়্যারের ভার্চ্যুয়াল স্ক্রিনিং তালিকা রেফারেন্স বাহ্যিক লিঙ্ক অটোডক হোমপেজ অটোডক ভিনা হোমপেজ আণবিক মডেলিং সফ্টওয়্যার আণবিক মডেলিং মুক্ত এবং ওপেন সোর্স সফ্টওয়্যার