Downstream-peptide motif
ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফ সায়ানোব্যাকটেরিয়াল জেনেরা সিনেকোকোকাস এবং প্রোক্লোরোকোকাস-এ বায়োইনফরম্যাটিক্স দ্বারা চিহ্নিত একটি সংরক্ষিত আরএনএ কাঠামোকে বোঝায় এবং একটি ফেজ যা এই ধরনের ব্যাকটেরিয়াকে সংক্রামিত করে। এটি চাষ না করা ব্যাকটেরিয়া থেকে ডিএনএর সামুদ্রিক নমুনায়ও সনাক্ত করা হয়েছিল, যা সম্ভবত সায়ানোব্যাকটেরিয়ার অন্যান্য প্রজাতি। ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আরএনএগুলি ছোট ওপেন রিডিং ফ্রেমগুলির (ওআরএফ) উজানে পাওয়া যায় যা ছোট পেপটাইডগুলিকে (সাধারণত 17 থেকে 100 অ্যামিনো অ্যাসিডের মধ্যে) এনকোড করার পূর্বাভাস দেওয়া হয়। নাইট্রোজেন উৎসের অপর্যাপ্ত সরবরাহের সাথে কোষগুলি বৃদ্ধি করা হলে ও. আর. এফগুলির মধ্যে একটি আপাতদৃষ্টিতে নিয়ন্ত্রিত হয়। ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফের একটি কাঠামোগত সাদৃশ্য রয়েছে একটি ভিন্ন প্রার্থী আরএনএ কাঠামোর সাথে যা জি. এল. এন. এ আর. এন. এ মোটিফ নামে পরিচিত যা সায়ানোব্যাকটেরিয়ায় একটি কার্যকরী গ্লুটামিন বাঁধাই রাইবোসুইচ হিসাবে দেখানো হয়েছিল। সবচেয়ে লক্ষণীয় মিল হল উভয় মোটিফের পি1 কান্ডের মধ্যে নিউক্লিওটাইড সংরক্ষণ, এবং এই এবং অন্যান্য মিলগুলি আগে আলোচনা করা হয়েছিল। এটি অনুমান করা হয়েছিল যে একাধিক প্রমাণের উপর ভিত্তি করে ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আরএনএ রাইবোসুইচগুলির সাথে মিলে যায়। প্রথমত, জি. এল. এন. এ আর. এন. এ প্রায়শই নাইট্রোজেন বিপাকের সাথে জড়িত একাধিক শ্রেণীর জিনের অনুমিত 5 'অনুবাদহীন অঞ্চলে অবস্থিত। এটি এবং অন্যান্য প্রমাণ থেকে বোঝা যায় যে, জি. এল. এন. এ আর. এন. এ-গুলি রাইবোসুইচ, এবং ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আর. এন. এ-র সাথে তাদের কাঠামোগত সাদৃশ্য থেকে বোঝা যায় যে ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আর. এন. এ-ও রাইবোসুইচ। দ্বিতীয়ত, ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইডগুলি ধারাবাহিকভাবে এমন একটি জায়গায় স্থাপন করা হয় যা ডাউনস্ট্রিম ও. আর. এফগুলি নিয়ন্ত্রণে সিস-নিয়ন্ত্রক ভূমিকার সাথে সামঞ্জস্যপূর্ণ, যদিও ও. আর. এফগুলির জৈবিক ভূমিকা অজানা। তৃতীয়ত, সিউডোকনট কাঠামোর একটি মাঝারি জটিলতা রয়েছে যা রাইবোসুইচগুলির বৈশিষ্ট্য। পরিশেষে, নাইট্রোজেনের প্রাপ্যতা দ্বারা একটি নিম্নমুখী ও. আর. এফ-এর নিয়ন্ত্রণের পর্যবেক্ষণও উপাদানটির একটি সিস-নিয়ন্ত্রক ভূমিকার পরামর্শ দেয়। এই অনুমানটি জৈব রাসায়নিক এবং জিনগত তথ্য দ্বারা সমর্থিত। প্রথমত, ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আর. এন. এ এবং জি. এল. এন. এ আর. এন. এ উভয়ই নির্বাচিতভাবে গ্লুটামিনকে আবদ্ধ করে। দ্বিতীয়ত, ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফের রিপোর্টার জিন বিশ্লেষণে জানা গেছে যে এই আর. এন. এ গ্লুটামিনের বন্ধনের উপর রিপোর্টার জিন অভিব্যক্তি প্রচার করে এবং তাই এটি একটি সক্রিয় রাইবোসুইচ হিসাবে বিবেচিত হতে পারে। ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফ দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হওয়ার সম্ভাব্য প্রার্থীরা হলেন এমন জিন যা প্রায়শই তাদের 5 'ইউটিআর-এ ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফ বহন করে এবং ছোট, অজানা প্রোটিনগুলিকে এনকোড করে যা ডিইউএফ4278 ধারণ করে এবং গ্লুটামিন সিন্থেটেজের অনুমানমূলক নিয়ন্ত্রক। এই অনুমানটি এই অনুসন্ধান দ্বারা সমর্থিত যে ডিইউএফ4278-ধারণকারী গ্লুটামিন সিন্থেটেজ ইনহিবিটরি ফ্যাক্টর আইএফ17 এনকোডিং জিন জিফবির অভিব্যক্তি কাঠামোগতভাবে সম্পর্কিত জিএনএ আরএনএ মোটিফ দ্বারা নিয়ন্ত্রিত হতে দেখা গেছে। ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আরএনএগুলি ওয়াইএফআর6 নামক একটি পূর্বাভাসকৃত অ-কোডিং আরএনএকে ওভারল্যাপ করে যা দৈর্ঘ্যে 200 নিউক্লিওটাইডের বেশি, তবে এটি প্রস্তাব করা হয়েছিল যে শুধুমাত্র উজান অঞ্চল (ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড মোটিফের সাথে সম্পর্কিত) একটি আরএনএ কাঠামো হিসাবে কাজ করে। ওয়াইএফআর14 নামক একটি স্বতন্ত্র পূর্বাভাসকৃত অ-কোডিং আরএনএ ওয়াইএফআর6 এবং ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড আরএনএ উভয়কেই ওভারল্যাপ করে। যাইহোক, এটি স্পষ্ট নয় যে yfr6 বা yfr14-এর ডাউনস্ট্রিম-পেপটাইড রাইবোসুইচের বর্তমানে প্রতিষ্ঠিত ভূমিকার বাইরে কোনও কার্যকারিতা রয়েছে কিনা। তথ্যসূত্র বাইরের লিঙ্ক সিস-নিয়ন্ত্রক আরএনএ উপাদান রাইবোসুইচ