鎌倉時代
1274年（文永十一年）、1281年（弘安四年）在幕府执权北条时宗的领导下取得两次反元侵略战争的胜利，而战后受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁，加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和农民的联合武装团体到处进行反幕活动。幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变。倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，幕府灭亡。
镰仓幕府
1180年（治承4年），源赖朝于镰仓大仓乡设置大仓御所，作为将军的居所，并设置了作为此后幕府原型的“侍所”，镰仓武家政权开始形成。为迫使赖朝出兵抗衡上洛的木曾义仲，朝廷于寿永二年十月（1183年）宣旨承认镰仓对东国的实际支配权，只要镰仓保证東国各地庄园及公领继续向朝廷纳以官物和年贡。坛之浦之战（1185年）平氏灭亡后，朝廷又颁布文治勅令（1185年），允许镰仓在诸国设立守护及地头职位。此后在1190年（建久元年）源赖朝被任命为权大纳言兼右近卫大将，并于同年开设政所，于1192年被任命为征夷大将軍，这也标志着镰仓武家政权的正式成立。通过在各国设置守护，幕府负责各地的治安，御家人对土地的实际控制有限。但随着时间的推移，幕府对土地的掌控范围逐渐扩大，并随着承久之乱及元寇时期幕府对各地庄园的强制支配，在得宗家专制时期最终确立了幕府对全国土地的实际支配权。