過渡化石
鯨豚類等海洋哺乳動物是演化自陸生的哺乳動物。巴基鯨是已滅絕的一科偶蹄目哺乳動物，也是最早的鯨魚之一，其姐妹群是印多霍斯兽。巴基鯨存活於約5200萬年前的始新世，第一個化石於1979年發現於北巴基斯坦，與特提斯洋不遠。利用特化的骨頭取代鼓膜，巴基鯨有在水中的聽覺，但是無法辨別聲音的方位。
鰭足類
鳍足类动物到底作为一个目与食肉目并列，还是作为食肉目下的一个亚目，多年以来一直有争议。鳍足类动物与其它食肉目动物相比在形态和生活方式的确不同。但因为最早的鳍足类动物的化石是中新世时期，而哺乳纲其他各目最晚出现在始新世，这也成为不能成立鳍足目的原因。