偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
蜥腳形亞目
然而為求方便，蜥腳形亞目仍然分類為原蜥腳下目與蜥腳下目。大部分現代的分類將原蜥腳下目分成六個分類單元，因為牠們從不同的常見祖先個別演化而來。但牠們有許多共同特徵，可能是基於以高層樹葉為食（類似長頸鹿）而產生的趨同演化；這些特徵是因為牠們面對相同演化壓力而個別演化出來，而非從相同祖先演化而來的同源特徵。