乌干达
非洲最大的河流白尼羅河，亦發源在維多利亞湖，流經烏干達全境後，向北進入南蘇丹、苏丹和埃及，再注入地中海。此外，東西部國境線和國內的其他地區，也有很多湖泊穿插其間，使烏干達增加了不少自然上的美景。全國湖泊面積共有35436平方公里，各地沼澤面積共約14567平方公里。
尼罗河
青尼罗河源于埃塞俄比亚高原上的塔納湖，至喀土穆它长约1400公里。青尼罗河与白尼罗河汇流后形成尼罗河。尼罗河90%的水和96%的悬浮物来源于埃塞俄比亚，其中59%的水来自于青尼罗河。但是只有在夏季埃塞俄比亚高原上雨季雨水充沛的时候对土壤的侵蚀和运输大，而在其它季节里从埃塞俄比亚注入尼罗河的水比较少。八月末的潮湿季节里青尼罗河的流量往往可以超过每秒5663立方米。 过去坦噶尼喀湖通过東非大裂谷注入艾伯特尼罗河，这条支流比现在最长的支流还要长约900英里。但是在中新世裡由于維龍加山脈火山爆发将这条河道堵住了。