真菌
真菌的無性生殖有透過產生無性孢子與等機制，前者包括以孢子囊、等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。不完全菌是一個舊時的分類名詞，指未觀察到有性世代的真菌，現在分類學上已不使用此名詞，但仍可以用來泛指缺乏有性世代的真菌。
植物病理學
真菌的有性生殖和無性生殖都是經由生產孢子和其它結構的繁殖。 顯著植物病原真菌包括：卵菌綱不是真正的真菌，而是類似真菌的生物。它們包括一些最具破壞性的植物病原體，包括屬，其中包括馬鈴薯晚疫病和橡樹猝死的致病因子。卵菌綱的某些特定物種导致根腐病。