深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
斑馬魚
2008年，美國波士頓兒童醫院的研究人员开发了一种新的斑马鱼品系Casper。这种品系的成鱼体色透明。这能够方便对细胞活动、循环系统遠端轉移等现象的细致观察。由于人和斑马鱼有许多基因功能是相同的Casper品种被寄予加深人类对如白血病等癌症在内的人类疾病研究的厚望。在2013年1月，日本科学家转基因透明斑马鱼品系得到可以在高强度脑活动时放出可见发光的品系，使得斑马鱼对外界刺激的反应可以被记录精确到特定的大脑发光区域。