本日山
西藏和平解放前，环绕林芝市巴宜区境内的苯教神山本日山建有苯教寺院七座，即达则寺、衮钦寺、滚巴颠巴寺、嘉黎寺、大卓萨寺、宗琼丹寺、羊滚寺。其他藏传佛教寺院也有不少。如今，本日山周围保存完好的寺庙有4座，即吉日寺、大卓萨寺、达则寺、色迦棍钦寺，均属苯教。达则寺曾为西藏苯教第二大寺。
五台山扎萨克喇嘛
具体而言，到清朝后期，西藏达赖喇嘛选派的扎萨克大喇嘛管理的黄衣僧寺院共21所：菩萨顶、罗喉寺、广仁寺、台麓寺、普寿寺、寿宁寺、七佛寺、三泉寺、三塔寺、玉花池、铁瓦寺、涌泉寺、鱼耐庵、南阁庙、普庵寺、宝华寺、圆照寺、集福寺、慈福寺。章嘉活佛管理的黄衣僧寺院共6所：镇海寺和“佛爷五处”（普勒院、集福寺、广化寺、文殊院、慈福寺）。 汉族的青衣僧寺院（汉传佛教寺院）在清朝初年设扎萨克大喇嘛后，属扎萨克大喇嘛管辖。但是后来，清朝中央政府在五台山沿袭明朝旧例，仍设五台山僧纲司，负责管理青衣僧事务。该司日常管理以显通寺为中心的几十座青衣僧寺院，但是对五台山的各项重大事务，五台山僧刚司仍需同五台山扎萨克大喇嘛协商解决。