深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
斑馬魚
从2003年后期起，表达绿色、红色、黄色荧光蛋白的转基因品种斑马鱼在美国上市。表达荧光蛋白的斑马鱼也被商家称为“螢光魚”。别的培养品种包括“golden”、“sandy”、“longfin”、“leopard”等。其中leopard品种，之前被称为"Danio frankei"，是一种由于色素变异产生的带点状色彩的斑马鱼品种。的普通斑马鱼品种与leopard品种、长鳍次种都已通过育种筛选获得并被用于水族鱼类交易。（Xanthochromism是一种有关红色素被黄色素替代的带有特殊黄色。）