臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖群島
1622年（天啓二年），由於與葡萄牙人爭奪澳門的軍事攻擊行動失敗，荷蘭東印度公司的武裝艦隊（包括七艘軍艦、戰士九百人）最後占領了澎湖並且在馬公風櫃尾蛇頭山頂設立了基地，荷蘭東印度公司的武裝軍隊強迫當地的居民建設碉堡，並使得奴役工作的1500個工人的一單位制其中1300人死亡。又封鎖了漳州出海口，明朝海軍無法出動。