核糖核酸
在细胞中，根據結構功能的不同，RNA主要分三類，即tRNA、rRNA，以及mRNA。mRNA是依據DNA序列轉錄而成的蛋白質合成模板；tRNA是mRNA上遺傳密碼的識別者和氨基酸的轉運者；rRNA是組成核糖体的部分，而核糖體是蛋白質合成的機械。
长链非编码核糖核酸
非编码RNA还可以靶向通用转录因子，后者是RNAPⅡ转录所有基因所必需的（Goodrich 2006）。这些通用因子包括了起始复合体中组装在启动子上或涉及转录延伸的部件。转录自二氢叶酸还原酶（DHFR）基因上游次要启动子的一条非编码RNA进入DHFR主要启动子，形成稳定的RNA-DNA三股螺旋以阻止转录辅因子TFⅡB结合到其上（Martianov 2007）。已知真核染色体上存在着数千个三股螺旋（Lee 1987），这一调控基因表达的新机制可能事实上代表这些三股螺旋在控制启动子上起到的广泛作用。U1非编码RNA通过结合到TFⅡH上并刺激其对RNAPⅡ的C-端以实现诱导转录起始（Kwek 2002）。相反，非编码RNA 7SK可通过下列方式起到抑制转录延伸的作用：7SK首先与HEXIM1/2结合，形成抑制性复合物，该复合物阻止PTEFb通用转录因子去磷酸化RNAPⅡ的C-端结构域（Kwek 2002；Yang 2001；Yik 2003），当细胞处于应激状况下可以抑制全局延伸。这些例子中的机制可以绕开单个启动子上特异性的调控模式，介导起始及延伸转录机器工作水平发生直接改变，提供了迅速影响基因表达全局改变的方法。