生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
菌異營
在寄生真菌之餘，菌異營的植物可能有刺激真菌生長的機制，有研究顯示鬚腹菌屬真菌可以同時與菌異營的以及非菌異營的形成菌根，此共生關係中，血晶兰可以刺激真菌與紅果冷杉的生長，不過具體機制亦不明。