臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖廳城
1894年（光緒二十年、明治二十七年），大清與日本因「朝鮮問題」爆發戰爭，史稱「甲午戰爭」，清軍於同年12月潰敗，在翌年一月初派遣時任湖南巡撫邵友濂赴日本談判議和，因邵友濂層級太低被日方拒絕會見，清廷只得改派李鴻章、李經方赴往日本，並於同年三月抵達下關，正式與日本總理大臣伊藤博文、陸奧宗光展開會談。同一時期，日方在1895年（光緒二十一年）新曆3月21日，便已集結軍艦在澎湖海域周圍，預備拿下澎湖，對清廷施予更大談判的壓力。 澎湖當時已築建媽宮城，設立電報局、水雷局，以及增建五座新式砲台，儼然成為台灣海峽的軍防重心，預備迎戰日軍來襲。3月23日，日軍「比志島混成支隊」從澎湖島位於東側的龍門裡正角（今湖西鄉龍門村）搶灘登岸，由於澎湖的重兵多布陣西側，日軍從東側出現清軍完全猝不及防。3月24日，比志島混成支隊佔領拱北山砲台（今湖西鄉城北村），然後兵分二路，搶佔文澳、紅木埕等高地持續挺進。媽宮城的東門砲台砲擊一度中斷日軍腳步，但日軍旋即增調野戰山砲，媽宮城外守軍設施被擊毀，日軍順勢攻入朝陽門（東門）與拱辰門（北門），並佔據東門砲台等軍事設施，媽宮城宣告失陷，日軍佔領澎湖群島全境。