真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
菌丝
菌丝的生长有独特的方法，它可以通过环境刺激来控制，例如利用电场來刺激菌丝。菌丝亦可以感受到一定範圍內的生殖单位，並朝向它们成长。菌丝亦可以穿透一些渗透面。对在琼脂培养基等均匀的基质上，各个方向的初始菌丝生长均匀，但逐渐倾向于从中心朝向外部。菌丝的生长随温度的不同有着很大的变化。菌丝可以通过许多不同的方式进行修饰以提供特定的功能。