明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
南京市
1402年，明成祖朱棣发动靖难之役，夺得侄子建文帝朱允炆的帝位。1421年，迁都顺天府，将应天府改为南京陪都，设南京六部等机构。雖然政治中心轉移至北京，但直至明代中叶，南京城人口达120万，是当时世界上最大的首都。终明一代，南京一直是南方乃至全国的政治、经济、文化中心。1644年李自成攻陷北京，崇祯帝自杀，福王朱由崧在南京建立南明。1645年清军攻陷南京，降为江宁府，但是民间仍习称为南京。