明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
南京历史
元至正十一年，红巾军起义爆发。1356年，原为濠州红巾军郭子兴部的明太祖朱元璋攻占集庆，改集庆为“应天府”，以此为基地。他採納謀士朱升「高築牆，廣積糧，緩稱王」的建議，先后消灭陈友谅、方国珍、张士诚等势力。1368年正月，朱元璋在應天稱帝，建立明朝，定都于此。当年，明军北伐攻入大都。建都之后，朱元璋动用了巨大人力，建成全长96华里、世界最长，也是中国最高的城墙，有将近三分之二的城墙保留至今；因而明代南京城面积达到南唐金陵城的三倍（约42平方公里）：西南部市民区即南唐金陵城，东部是新建的皇宫和官衙，西北部则分布有不少军营。永樂十九年，明成祖遷都北京（北京皇宫及官衙均仿照南京制度），将应天府改为南京（留都），仍设六部等机构。