臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
臺南府糧捕海防通判
甲午戰爭末期的1895年3月20日，來自日本廣島混成支隊的5500名日本軍隊登陸澎湖，並於兩天後3月22日完全控制澎湖全島。也因台灣戰略重鎮澎湖的佔領事實，讓幾乎確定可攻下台灣的日軍於兩天-{後}-的3月24日簽下了割讓台灣的馬關條約，並隨後展開了長達五十年的台灣日治時期。至此，該通判官職也隨著清治時期結束而裁撤。然而駐守澎湖；末任的台南府糧捕海防通判陳步梯也因為兩天內失守澎湖的嚴重失責，於1895年6月被閩浙總督邊寶泉逮捕審明為斬監候。不過在秋決前，獄中候斬之陳步梯以「未有兵柄」理由，遭減刑下刑部議。