深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
巨口魚科所属的一些深海鱼能够发出强烈的防御性闪光，强度甚至可以使掠食者昏厥。水珍魚目管肩魚科成员从鳃下分泌发光液，被认为充当吸引捕食者的替身。