真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
真菌在固體介質中以菌絲形式生長，在水中則常以單細胞酵母菌形式生長，皆是為了提升表面積以增加吸收養分的效率。菌絲特別適合在固體介質上生長，且可以形成較大的穿透力而適於侵入新的固體介質，例如稻熱病菌等植物病原菌特化出的構造以穿透植物組織，壓器可藉由增加細胞中甘油等溶質的濃度以加大膨壓，在植物表皮上產生高達1200psi的壓力。也用一種類似的結構來穿透線蟲的卵。