鎌倉時代
1274年（文永十一年）、1281年（弘安四年）在幕府执权北条时宗的领导下取得两次反元侵略战争的胜利，而战后受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁，加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和农民的联合武装团体到处进行反幕活动。幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变。倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，幕府灭亡。
豐臣政權
在關原之戰的战后处理結束後，徳川家康於慶長8年（1603年）獲朝廷任命為征夷大将軍，並開設江戸幕府。至此豐臣政權對日本的管治正式結束。在開設江戶幕府後，日本各地本來臣從於豐臣家的大名紛紛轉向臣服於徳川家，直到慶長19年（1614年），只剩下豐臣家沒有對幕府表示臣服。最終徳川家康在同年冬天和翌年（慶長20年，1615年）夏天發動了大坂冬夏兩役，使豐臣家徹底滅亡。