日本海军历史
1895年4月17日签署的马关条约结束了这场战争，清朝向日本割让台湾和澎湖列岛。日本海军在台湾登陆后从3月到10月镇压了新成立的台湾民主国的清朝残余势力。台湾及澎湖到1945年再轉交中華民国。此外日本还获得了辽东半岛，后来在法国、德国和俄国的干涉下日本归还了辽东半岛，但此后不久俄国占领了辽东半岛的旅顺和大连作为租借地。
澎湖寨巡檢司
此官署直至1622年，荷蘭侵犯澎湖為止。1622年時，由於與葡萄牙人爭奪澳門的軍事攻擊行動失敗，荷蘭艦隊最後抵達了澎湖並且在馬公風櫃尾蛇頭山頂設立了基地。明朝政府退出澎湖。荷蘭軍隊強迫當地的居民建設碉堡，並使得奴役工作的1500個工人的其中1300人死亡。明朝政府警告駐紮的荷蘭艦隊澎湖為其領土，之後荷蘭人於澎湖之戰 (1624年)被明軍擊退，轉往台灣。