布拉柴维尔
布拉柴维尔对岸（即刚果河左岸）是刚果民主共和国首都金沙萨。两座首都规模差距悬殊，金沙萨2012年人口超过900万。为区别刚果河两岸的两个以“刚果”为国名的国家，刚果共和国（首都布拉柴维尔）被称为“刚果（布）”或“原法属刚果”，刚果民主共和国（1971年至1999年改名扎伊尔，首都金沙萨）被称为“刚果（金）”或“原比属刚果”。两国首都相距5到6公里，仅次于罗马和梵蒂冈之间的距离，也是全世界唯一一对隔河相望并能互相看见的首都。
剛果自由邦
利奥波德不再需要这个协会的门面，取而代之的是一个由比利时人任命的内阁，由他们来执行他的命令。他向临时新首都博马派出了一位省长和一位警察局长。辽阔的刚果盆地被划分为14个行政区域，每个行政区域又被划分为多个区域，每个区域被划分为部门，每个部门被划分为职位。从地区专员到职位级别，每一个被任命的首长都是欧洲人。然而，由于几乎没有财政来源，这个自由邦主要依靠当地精英来统治广阔而难以到达的刚果内陆地区，并对其征税。