偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
鹿蹄草科
廣義的鹿蹄草科可再細分為鹿蹄草亞科及水晶蘭亞科，但有些學者支持將水晶蘭亞科獨立為水晶蘭科。鹿蹄草亞科包含下面的4個屬：1981年的克朗奎斯特分类法将本科列入杜鹃花目，1998年根据基因亲缘关系分类的APG 分类法和2003年经过修订的APG II 分类法不承认这个科，将本科和杜鹃花科合并。