澎湖群島
1895年4月，依據《馬關條約》第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。设澎湖岛厅，1897年改称澎湖厅。
臺南府糧捕海防通判
甲午戰爭末期的1895年3月20日，來自日本廣島混成支隊的5500名日本軍隊登陸澎湖，並於兩天後3月22日完全控制澎湖全島。也因台灣戰略重鎮澎湖的佔領事實，讓幾乎確定可攻下台灣的日軍於兩天-{後}-的3月24日簽下了割讓台灣的馬關條約，並隨後展開了長達五十年的台灣日治時期。至此，該通判官職也隨著清治時期結束而裁撤。然而駐守澎湖；末任的台南府糧捕海防通判陳步梯也因為兩天內失守澎湖的嚴重失責，於1895年6月被閩浙總督邊寶泉逮捕審明為斬監候。不過在秋決前，獄中候斬之陳步梯以「未有兵柄」理由，遭減刑下刑部議。