海
海洋，即浮游生物中的植物以及微生物分布广泛且多种多样。显微光合藻类、浮游植物贡献的光合产量大于世界所有森林所贡献之和。海洋中大约45％的有机物质的初级生产是由硅藻贡献的。体型较大的藻类通常被称为海藻，它们对于其所在地而言十分重要；马尾藻形成漂浮物，而海带形成海底森林。海草状的被子植物在水浅的沙地长成“草甸”，红树林勾勒热带和亚热带地区的海岸线而鹽生植物在常被淹没的盐碱滩中茁壮生长。所有这些栖息地能够大量固碳，并支撑体型更大以及更小的动物的生物多样性。
囊泡藻类
许多囊泡藻界生物对生态系统有巨大的影响，往往是有害的影响。腰鞭毛虫门产生的赤潮会导致鱼类大量死亡，危害牡蛎的收获。顶复门是很多很成功的动物寄生虫. 卵菌纲的水霉会造成严重的植物病害. 实际上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的爱尔兰大饥荒. 但是，囊泡藻界的很多物种在生态系统中发挥了重要作用。硅藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻产生了大量水下"森林"为海洋生物提供了栖息地与膳食。