偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
鲸头鹳
鲸头鹳的分类很有争议，传统地它被分为鹳形目，在鳥類DNA分類系統中许多传统不相关的鸟类全部被收录入了鹳形目。最近也有些学者使用比较解剖学的方法认为它与鹈鹕比较接近，其他学者则使用生物化学的手段认为它比较接近鹭科。