东京
東京都内有12間國立大學，1間公立大學和超過100間私立大學。国立大學包括: 东京都只有一所都立大学： 较著名的私立大学有：
东京大学
明治维新后政府将原幕府直属的昌平坂学问所、开成所、医学所统合建立了大学校。由于国儒学与西洋学之争于1871年（明治4年）废除了原教授国儒学的大学本校（原昌平坂学问所），将其余2校改称为南校、东校。随后经历了东京开成学校、东京医学校的改组于1877年（明治10年）4月12日合并创立为文部省管辖的官立东京大学。4月12日是现在的东京大学纪念日，同时也会在此日举行入学式。起初仅为设有法、理、文、医四学部及预备门，学生人数约1600人的专业教育、普通教育机构。虽为日本最早的近代大学，但具备学士学位授予权晚于1876年（明治9年）创立的札幌农学校（今北海道大学），是日本第二古老的高等教育机关。