生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
蘭菌根
大部分菌根均是互利共生的關係，真菌提供植物水分與無機鹽，植物則行光合作用提供真菌有機養分，在環境中無機鹽濃度很高的情況下，無機鹽對植物的價值可能小於其付出的有機養分，使其交互作用傾向片利共生或寄生。蘭菌根則恰好相反，只有植物單方面地獲利，真菌卻無利可圖，蘭花的種子萌發與生長高度依賴真菌，但所有形成蘭菌根的真菌均可不依賴植物而獨立生長，且可能因養分損失而使其產生的子實體較自由生活的相近物種為少。有研究指出某些蘭花長出葉後可行光合作用製造有機養分，並提供部分有機物給真菌，也有研究認為當蘭花供給真菌的有機養分過少時真菌可能有轉為病原菌的傾象。蘭菌根可能是由中有機養分流向的翻轉而演化而來，也有假說認為可能是演化自病原真菌對蘭科植物祖先的輕度感染。