偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
原鲸科
－為生存於巴爾頓期的原鯨科物種，被認為是演化成龍王鯨科的過渡物種。牠們的顱骨與齒式與原鯨亞科類似，但是椎骨與無名骨之間並無絞接，且薦髂關節已退化。喬治亞鯨亞科骨盆的形式顯示牠們主要仰賴尾巴而非後肢推進，2019年所發現的'更是證實了這一觀點。本亞科主要包含：