真菌
真菌的無性生殖有透過產生無性孢子與等機制，前者包括以孢子囊、等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。不完全菌是一個舊時的分類名詞，指未觀察到有性世代的真菌，現在分類學上已不使用此名詞，但仍可以用來泛指缺乏有性世代的真菌。
菌異營
菌異營可能是由互利共生的菌根演化而來，許多例子中，菌異營的演化過程可能是植物細胞外的穿透植物細胞形成內菌根，有機物的流向再經由不明機制逆轉所致。部分菌異營植物可能是由原本就生存在樹林下方、缺乏光線的環境的綠色植物演化而來。而由於許多在菌異營植物中，真菌對種子萌發的階段相當重要，有假說認為菌異營在演化早期可能是真菌在植物種子萌發時先提供其有機養分作為投資，待植物長成可以行光合作用後再取得有機養分作為回報，而形成互利共生的作用模式，之後有些植物漸演化出長成後避免向真菌輸入有機養分的機制，即成為絕對菌異營植物。