鎌倉時代
1274年（文永十一年）、1281年（弘安四年）在幕府执权北条时宗的领导下取得两次反元侵略战争的胜利，而战后受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁，加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和农民的联合武装团体到处进行反幕活动。幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变。倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，幕府灭亡。
室町幕府
鎌倉幕府後期，幕府内部勢力動搖，天皇暗中决定推翻幕府的統治。正中元年（1324年），後醍醐天皇的倒幕計劃被察覺從而失敗。元弘元年（1331年），天皇再次起兵，但又一次遭到失敗，並被流放到隱岐（现在日本島根縣隱岐島），光嚴天皇作为傀儡被幕府擁立。此時，擁護流亡後醍醐天皇的勢力，如皇子護良親王和武士楠木正成等，與幕府的軍隊展开了戰鬥。幕府内部北條氏的御家人也开始反對幕府。足利尊氏就是其中較有實力的一方，他最初開始帶領幕府軍與反對者戰鬥，後来才倒戈支持天皇。元弘3年，鎌倉幕府滅亡。後醍醐天皇迫使光嚴天皇退位，廢止攝政、關白的制度，自己准備開始親政，是為建武新政。然而，这些舉措觸動了武士階级的利益，造成了他們的不满。足利尊氏借討伐幕府殘余勢力，出兵關東，平定了這次叛亂之后，以討伐新田義貞為名義，於次年攻入京都。足利尊氏在與保皇派楠木正成等人的戰鬥中一度失败，但後来建武3年又再度攻陷京都，擁立光明天皇、幽閉了後醍醐天皇。不久，後醍醐天皇從京都逃到吉野（今奈良縣吉野町），宣稱自己的正統。這時，日本出現了兩位天皇，南北朝時代開始。1338年，足利尊氏被北朝任命為征夷大將軍，於京都開設幕府。由於後来第三代將軍足利義滿在京都室町建造了花之御所作為政務場所，因此足利幕府被稱呼為“室町幕府”。