衛生福利部澎湖醫院
公元1895年（光緒21年、明治28年），大清帝國於前一年甲午戰爭失利，便和日本帝國簽署〈馬關條約〉，臺灣和澎湖因此被割讓予日本。日本政府在澎湖設「澎湖廳」，當時因澎湖人口多集中在媽宮城（舊媽宮社，分有東甲、北甲和南甲）內，街道狹隘曲折，屋舍未經規劃，通風不良且擁擠不堪，家家戶戶常擅自放養雞、豬於街坊奔走，民眾公共衛生觀念普遍低落，隨意便溺、吐痰狀況屢見不鮮，故衛生條件十分低劣，非常容易孳生傳染病。
澎湖寨巡檢司
此官署直至1622年，荷蘭侵犯澎湖為止。1622年時，由於與葡萄牙人爭奪澳門的軍事攻擊行動失敗，荷蘭艦隊最後抵達了澎湖並且在馬公風櫃尾蛇頭山頂設立了基地。明朝政府退出澎湖。荷蘭軍隊強迫當地的居民建設碉堡，並使得奴役工作的1500個工人的其中1300人死亡。明朝政府警告駐紮的荷蘭艦隊澎湖為其領土，之後荷蘭人於澎湖之戰 (1624年)被明軍擊退，轉往台灣。