乌干达
非洲最大的河流白尼羅河，亦發源在維多利亞湖，流經烏干達全境後，向北進入南蘇丹、苏丹和埃及，再注入地中海。此外，東西部國境線和國內的其他地區，也有很多湖泊穿插其間，使烏干達增加了不少自然上的美景。全國湖泊面積共有35436平方公里，各地沼澤面積共約14567平方公里。
尼罗河
多年来对尼罗河的利用是东非和非洲之角的政治议题之一。许多国家，包括乌干达、苏丹、埃塞俄比亚和肯尼亚抱怨埃及对尼罗河水资源的霸权。尼罗河流域计划是促进“尼罗河流域国家”和平协作和平等使用得着最重要的项目。但是许多人依然对于埃及在当地的支配作用而感到不安。