生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
真菌毒素是真菌的次級代謝物，許多真菌專門用於合成毒素的生化代謝路徑已被發現，這些毒素可以抑制其他真菌生長或避免被食用而增加真菌自身的適應度。許多真菌的次級代謝物被用來當作藥物，詳見#人類利用一節的說明。