生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
近亲繁殖
近亲繁殖或称近亲交配，简称近交，是指有性生殖的生物在近亲之间进行的繁殖行为。近亲繁殖在自然界中普遍存在。在植物界，许多植物会自花授粉，其为1。对动物而言，一般指交配双方在3代内有共同祖先，即近亲系数在6.25%-25%之间。近交可用以获得主要性状高度一致的个体，常用于纯种的选育。