臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
釣魚臺列嶼主權問題
1895年日本在《馬關條約》簽訂前三個月自行將這些島嶼劃歸給沖繩縣管轄，中國認為這一舉措未向當時清政府宣告亦未得到當時清政府的承認。1920年5月20日中華民國政府駐長崎領事馮冕就日本政府對31名遭遇海難的福建省漁民的救助的一封“感謝狀”，當時的中國正處於北洋政府統治時期混亂狀態。中華民國政府認為「早在1895年日本通過《馬關條約》獲得台灣，並在此前先行『竊取』了釣魚島，而釣魚島又是台灣的附屬島嶼，這種狀態一直持續到1945年日本戰敗投降。所以，在這期間所謂“感謝狀”中的表述，充其量只反映了當時民國政府部分地方官員的錯誤認識，他們的表態和發言並不能夠代表中國政府的原則和立場，更不能改變釣魚島及其附屬島嶼自古就是中國固有領土的事實。」有學者認為釣魚台列嶼屬台灣一部，因《馬關條約》第二條台灣割讓予日本，釣魚台列嶼亦然；1895年至1945年日本統治釣魚台期間，釣魚台與台灣俱為日本領土，日本人使用該島自無他人抗議，可解釋當時駐長崎總領事馮冕何以在感謝狀中承認「沖繩縣尖閣群島」為日本領土。