深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
荧光海滩
荧光海滩是由海水中的发光微生物被冲在沙滩上引起的现象。 世界上有四个国家七个地方出现过这一景象，三个在波多黎各，两个在澳大利亚，一个在马尔代夫，最著名的就是波多黎各Vieque岛。此外，2014年4月，中国大连甘井子区大黑石海岸出现了"荧光海滩"的美丽景象。