生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
繁殖
另外一些无性生殖方式还有单性生殖、断裂生殖以及仅通过有丝分裂进行的。单性生殖（）是指胚胎或种子单独发育成完整个体而不需要雄性生殖细胞的受精。单性生殖在一些物种中很常见，包括一些低等植物（发生孤雌生殖）、无脊椎动物（例如水蚤、蚜虫、一些蜜蜂以及寄生蜂）和一些脊椎动物（例如两栖动物、鱼以及非常少的几种鸟类和鲨鱼）。