真菌繁殖
真菌繁殖是一種由交配型控制的複雜過程。 調查顯示出真菌繁殖已經集中在幾個特定不同表現的物種。 不是每個真菌都有產生性別，即使有產生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不適用在真菌界之中的許多物種。 同配子生殖的物種能讓相同的交配型繁殖，而異配子生殖的物種只能讓不同的交配型繁殖。  同配生殖的真菌中可能只包括從一個細胞到另一個細胞核的轉移。 營養不兼容的物種通常阻止一個真菌和另一個真菌單獨繁殖。 相同的不兼容孤立物種無法繁殖或有效繁殖。 經報告出來的變異型包括同化學型繁殖， 孢子體至配子體的繁殖以及粒線體的雙親轉換。
蘭菌根
大部分菌根均是互利共生的關係，真菌提供植物水分與無機鹽，植物則行光合作用提供真菌有機養分，在環境中無機鹽濃度很高的情況下，無機鹽對植物的價值可能小於其付出的有機養分，使其交互作用傾向片利共生或寄生。蘭菌根則恰好相反，只有植物單方面地獲利，真菌卻無利可圖，蘭花的種子萌發與生長高度依賴真菌，但所有形成蘭菌根的真菌均可不依賴植物而獨立生長，且可能因養分損失而使其產生的子實體較自由生活的相近物種為少。有研究指出某些蘭花長出葉後可行光合作用製造有機養分，並提供部分有機物給真菌，也有研究認為當蘭花供給真菌的有機養分過少時真菌可能有轉為病原菌的傾象。蘭菌根可能是由中有機養分流向的翻轉而演化而來，也有假說認為可能是演化自病原真菌對蘭科植物祖先的輕度感染。