偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
喙鲸科
剑吻鲸科（學名：Ziphiidae），又稱喙鲸科，在鲸下目中是最不為人所知的一群動物。喙鯨（Beaked Whale）這個詞最早見於古挪威語“"nebhval"”，意為“有喙的鯨”，包含本科所有的成員，而其中瓶鼻鯨屬（"Hyperoodon"）與貝喙鯨屬（"Berardius"）這2屬的喙鯨有時又合稱為瓶鼻鯨（bottlenose whales）。喙鯨相當難以觀察，其中數種尚未發現活體，僅少數物種有較深入的研究資料。關於喙鯨的分類一直是暫時性與未定，常有新種發表或舊種的改正，現生種共計有6屬20餘種。