明十三陵
明朝共有16位皇帝，但北京的明十三陵只有13位皇帝，未入陵者因由各异。明朝开国皇帝朱元璋早年建都于南京，死后葬于南京紫金山的「孝陵」；继位的长孙惠帝朱允炆，在其叔父燕王朱棣（即后来的成祖）发起「靖难之役」攻破南京之后下落不明，加上成祖不承认其帝位，因此没有帝陵；第七帝代宗朱祁钰，在其兄英宗于土木堡之变被瓦剌所俘之后登上帝位。后来英宗复辟，朱祁钰速死，英宗不承认其帝位，捣毁其在天寿山修建的寿陵。还有一说，寿陵被改建为在位僅29天的光宗陵墓，改名为庆陵。憲宗以亲王身分将他葬于北京西郊金山的景泰陵。
南明
此时明朝留都南京的一些文臣武將決計擁立朱家王室的藩王，重建明朝，然後揮師北上；但具体拥立何人则发生争议。根据“皇明祖训”，有嫡立嫡、无嫡立长，在当时明神宗长子光宗一脉（其後繼者是熹宗天啟皇帝和思宗崇禎皇帝）已无人能继位，而次子朱常漵甫生即死，三子朱常洵虽已被李自成所殺，但他的长子-{朱由崧}-仍健在的情况下，按照兄終弟及的順序，第一人選為福王-{朱由崧}-；而钱谦益等东林党人由於之前的「國本之爭」事件，心存芥蒂，违背了东林党在国本之争中的立场，以立贤为名擁立神宗弟弟朱翊镠之子潞王朱常淓；史可法则主张既要立贤也要立亲，拥立神宗七子桂王朱常瀛。但最终福王-{朱由崧}-在卢九德的帮助下，获得了南京政权主要武装力量江北四镇高杰、黄得功、刘良佐和刘泽清，以及中都凤阳总督马士英的支持，成为最终的胜利者。五月初三，-{朱由崧}-監國于南京，五月十五 (1644年6月19日) 日即皇帝位，改次年為弘光，是為明安宗。南明時代自此開始。弘光帝的基本國策以「聯虜平寇」為主，謀求與清軍連合，一起消滅以李自成、张献忠为代表的農民軍。