子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
在農業上，根據競爭排除原則，真菌若可以與有害的細菌或其他真菌競爭資源與空間，甚至寄生這些微生物，抑制有害菌，都可用作生物防治以減少病蟲害。許多真菌可抑制蟎、雜草、線蟲或其他有害於作物的真菌生長，在生物防治上產生了許多應用。蟲生真菌如、黑殭菌、、與等皆可抑制害蟲生長而用作生物農藥。"Neotyphodium"、等內生真菌生長在植物體內，可以合成生物鹼以避免植物受到草食動物啃食，這種特性也被人利用在放牧場等草地的栽培中，經由植物配種選擇分泌物只對昆蟲有毒性，而對家畜無害真菌。