澎湖群島
1895年4月，依據《馬關條約》第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。设澎湖岛厅，1897年改称澎湖厅。
澎湖觀音亭
惟光緒十年（1884年），清法戰爭戰火延燒至台灣北部（雞籠、淡水），又於翌年（1885年）新曆3月29日爆發澎湖之役，法軍船艦砲轟澎湖各處砲台，觀音亭為軍區，且鄰近金龜頭砲台，未能倖免於砲火，又因當時駐紮媽宮的粵勇、浙江台州勇趁亂劫掠廟寺文物，林豪《澎湖廳志》婉言曰「鐘鼓等物盡攜去」，而法軍在犀曆3月31日占領澎湖之後，觀音亭亦有和尚販售寺內羅漢像予法國士兵等亂象叢生，澎湖觀音亭一時滿目瘡痍。