厦门港
厦门港指台湾海峡西岸环厦门湾和东山湾的港区，包括东渡、海沧、翔安、招银、后石、石码、古雷、东山、云霄和诏安等十个港区。港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门为厦门港口管理局。
福州市
海运方面，现在福州港主要由罗源湾港区、闽江口内港区、长乐松下港区和福清江阴港区组成，其中闽江口内港区由台江港区和马尾港区组成为内河港，其它三个港区为海港。福州港现辟有17条国际航线，与欧美、日本、新加坡等40多个国家、地区通航，有定期货班轮往返日本、香港，定期客班轮往返上海、普陀山、香港，此外还辟有两马（馬尾琅岐—馬祖福澳）航线、连江黄岐—馬祖白沙、平潭—台北和平潭—台中这四条海峽兩岸控制區間的直航客运航线。