明十三陵
明朝历任16位皇帝，当中13人葬於明十三陵，但朱元璋葬于南京，此后追谥祖上朱百六、朱四九、朱初一及朱世珍等。明惠宗朱允炆失踪，无帝陵，而景泰帝则葬于北京西郊金山下。相信是明英宗1457年发动夺门之变复辟之后，不承认景泰帝的帝位，以及景泰帝不肯歸还本屬他的皇位，但並无去其年号。详见土木堡之变。
南明
与前朝不同的是，明太祖朱元璋由于“胡惟庸案”而撤销了“宰相”这一职务，由皇帝本人直接治理六部。这一巩固皇权的措施给明太祖的子孙们留下了巨大的负担。此后的明朝皇帝开始设立帮助皇帝处理政务的，由六部各官员组成的内阁，并由皇帝直接设置内阁的领导人，也就是相当于宰相的内阁首辅。后来，皇帝逐渐不信任权力逐渐变大的内阁各官员，于是设立了能够直接进入内廷，帮助皇帝批示文件的，由宦官组成的机构——司礼监。有了这两个机构，皇帝也就不必再直接参与政务。