臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖天后宮
1663年，東印度公司在前一年被鄭成功擊敗，因而失去在台灣的領地後，隨即任命（Balthasar Bort）率艦隊企圖將之奪回。博特曾與清軍聯盟，在中國沿海與鄭軍交戰獲勝，但後來未獲清廷支援攻台。博特失望憤慨之餘，在1664年1月3日攻擊澎湖島上的鄭軍，並在1月10日放火燒毀寺院及附近的房舍。據此，澎湖媽祖宮曾在1664年被毀。博特在其航海記中亦附有澎湖港圖，其中的寺院也在今天-{后}-宮的位置上。 1683年（康熙22年）福建水師提督施琅率軍攻台，在澎湖擊敗由劉國軒率領的明鄭海軍主力，明鄭隨後便即投降。施琅將勝利歸因於媽祖庇佑，並奏請康熙皇帝敕封其為「護國庇民妙靈昭應仁慈天后」。清廷在1684年（康熙23年）准奏，並且派禮部雅虎專程來澎湖致祭，將媽祖封為天后，並改「天妃宮」為「天后宮」。