正蓝旗
正蓝旗分为满洲、蒙古、汉军三部分，最初由四大贝勒之一莽古尔泰担任旗主。天聪六年，莽古尔泰获罪解职，正蓝旗便由大汗皇太极亲自统帅，成为上三旗之一。直到顺治皇帝继位，睿亲王多尔衮摄政，他把自己所属的正白旗升为上三旗，而将正蓝旗降为下五旗，并改由诸王、贝勒和贝子分统。清朝末期，正蓝旗下辖83整佐领、11个半分佐领，共有旗兵两万六千人，算上家眷总人口约13万人。
正黄旗
正黄旗分为满洲、蒙古、汉军三部分，不另设旗主，由皇帝亲自统帅。正黄旗下的兵丁人口最多，清朝末期，正黄旗下辖92个整佐领、2个半佐领，共三萬旗兵，算上家眷总人口约15萬人。《光绪会典事例》记载正黄旗佐领名额的比例为：宗室三个、觉罗四个、新满洲四个、蒙古八个半、朝鲜二个、番邦一个、满洲七十个。