偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
猪科
過去認為偶蹄目中豬科與河馬科皆沒有反芻行為，因此親緣關係較為接近，但近代分子證據表明後者與鯨豚類的關係更接近，共同組成河馬形亞目，並支持將偶蹄目與鯨豚合併為鯨偶蹄目，其中胼足亞目（駱駝）較早分支，豬形亞目（包括豬科與西貒科）則稍後分支，與鯨反芻類（包括河馬形亞目與反芻亞目）互為姊妹群。而在豬科的類群中，鹿豚屬是比較早分支的演化支，豬屬則是最晚分支的演化支。