明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
明朝
承宣布政使司（布政司）主管地方行政，地位等同元朝的行中書省。明太祖原沿襲行中書省的稱呼，1376年時改為布政使司，通稱行省。明初設有十三個布政司與京師（非城市，地位等同布政司，轄現今江蘇與安徽兩省）。1380年胡惟庸案後撤廢中書省，京師及布政司直屬於六部之下。明成祖時期，於1407年到1428年間在原安南地区設置交阯布政司。於1413年設貴州布政司。為遷都北京，1403年將北平布政司升格為行在，1421年遷都北京後稱為京師（北直隸），原京師改稱南京（南直隸），形成「兩京十三省」的行政區劃。两京為明朝首都北京與南京的正式稱呼順天府與應天府，其与其周边州府分别合称北直隶与南直隶，不设布政司，十三布政司为陝西、山西、山東、河南、浙江、江西、湖广、四川、廣東、福建、廣西、貴州、雲南。明朝行政區劃設置大體符合山川形便之處，但仍有一些不合理之處，如南直隸地跨淮北、淮南、江南三個地區，语言文化上属于太湖吴越区的苏松地区归入南直而非传统上的浙江，秦岭以南的汉中等地归入陕西而非传统上的四川，河南也佔據局部的黃河以北土地。貴州省呈現中間窄兩邊寬的蝴蝶狀。