衛生福利部澎湖醫院
公元1895年（光緒21年、明治28年），大清帝國於前一年甲午戰爭失利，便和日本帝國簽署〈馬關條約〉，臺灣和澎湖因此被割讓予日本。日本政府在澎湖設「澎湖廳」，當時因澎湖人口多集中在媽宮城（舊媽宮社，分有東甲、北甲和南甲）內，街道狹隘曲折，屋舍未經規劃，通風不良且擁擠不堪，家家戶戶常擅自放養雞、豬於街坊奔走，民眾公共衛生觀念普遍低落，隨意便溺、吐痰狀況屢見不鮮，故衛生條件十分低劣，非常容易孳生傳染病。
臺灣清治時期
清朝將明鄭台灣納為領土後，最初劃為福建省的一部分，1874年發生牡丹社事件後，台灣重要性升高，自此開始增設府縣、經濟現代化等積極建設，並於1885年在台建立福建臺灣省。由於甲午戰爭的失敗，清朝在1895年4月與日本簽訂《馬關條約》，將台灣永久割讓給日本。歷經臺灣民主國的短暫抵抗後，台灣在同年6月進入為期50年的日本統治時期。