子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
海洋真菌
海洋真菌（），或海生真菌，是生活在海洋或潮間帶中的真菌。海洋真菌並不是一個分類單元，而是泛指分屬於不同分類群，但生長環境均位於海洋或潮間帶的多種真菌。絕對海生真菌（obligate marine fungi）只生長於海洋中，其生活史全部或部分階段完全隱沒在海水之下，而兼性海生真菌（facultative marine fungi）則通常生長於陸地上或淡水中，但也有能力生長在海洋中，甚至在海洋中產生孢子繁殖。截至2013年，共有444種真菌被認為屬於海洋真菌，其中10種（分屬於7個屬）屬於擔子菌門，360種（分屬於177個屬）屬於子囊菌門，其他則屬於壺菌門或其他含有的低等真菌。有些海洋真菌只有孢子被發現，生長型態不明，且還有更多種生活在海洋中的真菌可能尚未被發現。許多海洋真菌難以在實驗室中培養，但可透過分析海水樣本中存在的rDNA序列以推知生活在海中的真菌種類。