生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
半知菌
无性繁殖真菌的系统发育分类现在通常使用分子系统发生学。 通过对DNA序列（例如rRNA）或多基因系统发育的比较分析构建的系统发生树可用于推断无性繁殖真菌与其性繁殖对应物之间的关系。