MG149案
10月6日，台大醫院院長黃冠棠出席立法院財政、教育聯席委員會，在接受質詢时，他坦承不知柯P內設MG149私規，且柯「用字確實不恰當」，台大医院不准許私設帳戶，他寧可相信MG149中的私帳是柯自己的互助會。至於被問到柯文哲設置私帳，並接受廠商捐款，有沒有違法？有沒有道德瑕疵？黃冠棠當場表示：「我認為是有，但這部分已經到檢調，所以由檢調認定這個情況。」
臺大醫院失誤移植愛滋病患器官案
监察院对这一事故的原因进行调查，在对卫生署和台大医院诸多制度缺失进行纠正的同时，认为柯文哲应负主要责任。2012年8月14日，事件發生近一年後，柯文哲遭監察院彈劾，並移送司法院公務員懲戒委員會。彈劾案文說，柯文哲身為台大醫院器官移植之負責人，卻疏於檢討器官捐贈檢體檢驗結果的判讀機制，又未依據醫療作業常規判讀，且未對小組協調師規劃完整的訓練課程，在無督導考核協調師的學習成效下，就授權專業經驗淺的協調師，去執行重要的移植手術前置作業，導致五個家庭無辜受害。