樱花
日本櫻花起源复杂，来源于众多野生种的杂交培育。用于杂交育种的野生种包括大岛樱、江户彼岸樱、山樱花（日本山樱）、大山樱、霞樱、丁字樱、豆樱和寒緋櫻（鐘花櫻桃）等，绝大部分在日本本土都有野生生長甚至是是日本特有种。寒緋櫻原产中国大陆和台湾，据说在日本冲绳先岛诸岛的石垣岛有野生生长，也可能是从中国华南移栽的，但是在中国长期没有得到开发利用。日本樱花大多数品种属于里樱（），如普贤象（）、白普贤（）、关山（）、松月（）等。
日本草莓
日本草莓（学名："Fragaria nipponica"）是草莓属中，原生于日本本州岛东部的一种，变种有屋久岛町的日本草莓屋久变种（学名："Fragaria nipponica" var. "yakusimensis"）。也有生物学家把它当作一个单独的品种屋久草莓（学名："Fragaria yezoensis"）。