偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
鯨豚類
鲸下目（学名：Cetacea）旧称鲸目，是偶蹄目的一个演化支，包含现存约90种体态似鱼、皮肤裸露的水生哺乳动物和它们已灭绝的早期亲族，统称鲸类或鲸豚类，习惯上体型大者称鲸（英：Whales），小者称豚（英：Dolphins）。大部分栖息于浅海，个别种类栖息于淡水。