食道癌
食道癌的化學療法由肿瘤分型而各异。常用的化疗药物是每三周给予順鉑（順一雙氨雙氯鉑，cisplatin）、卡鉑（顺二氨環丁烷铂，carboplatin）或奧沙利鉑（雙胺類環己烷草酸鉑，oxaliplatin），同时持续或每三周给予5-氟尿嘧啶（5-FU）。更新的研究结果发现，对晚期不易手术的患者，加上泛艾黴素（Epirubicin, ECF）的效果更好化疗可以作为术后巩固治疗（用来降低复发的可能）、术前巩固治疗；而对于不宜手术的情况也可用顺铂和5-氟尿嘧啶化疗。目前的临床试验着重于比较不同化疗药物组合的效果。例如已在II/III期的REAL-2试验比较了四个不同组合--泛艾黴素10公絲和順鉑或奧沙利鉑，同时不断注入氟尿嘧啶或卡培他濱（氟嘧啶氨基硝酸鹽，capecitabine）。
雷帕霉素
与所有免疫抑制剂一样，雷帕霉素可能会降低人体的抗癌能力，并使得一些可被自然消灭的癌细胞得以存活并增殖。在接受钙调磷酸酶抑制剂治疗的器官移植患者中，约有10%的患者在70个月后会发展出皮肤肿瘤或淋巴肿瘤。但也有研究称在紫外线诱发癌症相关过程中，如DNA修复，肿瘤抑制蛋白及MMP酶，钙调磷酸酶抑制剂与雷帕霉素具不同的生化机制。不过，雷帕霉素似乎也能降低一些器官移植患者的癌症风险。