明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
南明
1644年明朝首都北京被李自成攻陷，明思宗自尽身亡，位于北京的中央政府也一并被攻灭。但南方许多省份依然忠于明王朝，在南京也仍存在着南京六部等衙门。南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護明思宗的堂兄弟福王朱由崧稱帝，即弘光帝，国号依旧为大明，史称南明或后明。1645年清軍攻破揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，後被送到北京殺害。弘光帝死後，魯王朱以海於浙江紹興監國；而唐王朱聿鍵在鄭芝龍等人的擁立下，於福建福州稱帝，即隆武帝。然而這兩個南明主要勢力互不承認彼此地位，而相互攻打。1646年，清軍分別占領浙江與福建，魯王朱以海逃亡海上，隆武帝於汀州逃往江西時被俘而死，鄭芝龍向清軍投降，但由於其子鄭成功起兵反清而被清廷囚禁。1651年舟山群島淪陷後，魯王朱以海在張名振、張煌言陪同下，赴廈門依靠鄭成功，不久病死在金門。朱聿鍵死後，其弟朱聿在廣州受蘇觀生及廣東布政司顧元鏡擁立稱帝，即紹武帝，於同年年底被清將李成棟攻滅。同時間桂王朱由榔於廣東肇慶稱帝，即永曆帝。