生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
最早具有典型真菌特徵的化石可追溯至24億年前的古元古代，是棲息於海底的生物，具有可能可以互相接合的菌絲狀構造 。另有研究比較相關生物類群的演化速率，以推測真菌應該在7-10億年前出現。古生代時許多真菌都是水生的，且像現生的壶菌一樣具有鞭毛，但也有部分真菌在寒武纪時就開始往陸地生長，較陸生植物的出現早上許多。隨後真菌演化出許多陸地生活所需的特徵，包括寄生、腐生、菌根與地衣等與其他生物的交互作用。2009年的一篇研究顯示子囊菌門的共祖便是腐生的，隨後多次在不同類群中，獨立演化出地衣的生長型態。有奥陶纪的真菌化石出現菌絲、孢子等特徵，和現生的球囊菌門真菌相當類似，當時陸生植物仍只有許多類似現生苔蘚的種類，尚不具有維管束 。原杉藻是一種重要的真菌化石，出現於志留紀晚期，並可能是當時陸地上高度最高的生物。泥盆紀早期真菌化石的種類開始變多，且特徵較更早化石典型許多，對其是否屬於真菌爭議漸漸減少，許多壺菌門與接合菌門的化石在中被發現。擔子菌門與子囊菌門也差不多在此時出現，到石炭紀的賓夕法尼亞世，多數現生真菌的綱都已經出現了。