真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌病毒
真菌病毒在真菌中相當普遍，在傳統上真菌的四大類群：壺菌、接合菌、子囊菌與擔子菌中皆有發現，且一株真菌可以同時為兩種以上的真菌病毒所感染。一般認為一種真菌病毒在自然界中的宿主，大多侷限於一或數種親緣關係相當接近、可以進行胞質融合的真菌，但也有部分真菌病毒可以感染親緣關係較遠的數種真菌，並順利在其胞內複製，例如有些可以感染幣斑病菌與荷蘭榆樹病菌 。另外，透過體外轉殖的技術，可以使感染栗疫病菌的CHV1病毒感染其他親緣接近的真菌。亦有研究顯示CHV1病毒可以感染""與等不同屬的真菌，並在其胞內增殖。2017年，有研究將從海生真菌中分離的真菌病毒轉殖到植物細胞中，發現植物細胞中病毒的含量隨時間增加，顯示真菌病毒可能有感染植物的能力，也為真菌病毒的植物起源假說提供了新證據。