偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
虾虎鱼科分类表
鰕虎科（学名：）物種按Larson & Murdy (2001)的分類，可分為以下的5个亚科24個屬：有些文獻會採用瘤鰕虎亞科（Benthophilinae），包括瘤鰕虎族、新鰕虎族、Ponticolini族。但Catalog of Fishes之類的主流分類仍然只承認鰕虎科傳統的五個亞科，依然把本亞科的物種歸入鰕虎亞科。