鎌倉時代
1274年（文永十一年）、1281年（弘安四年）在幕府执权北条时宗的领导下取得两次反元侵略战争的胜利，而战后受货币经济影响，无法恩赏抗元官兵，导致御家人的贫困与御家人制度的解体。北条氏实行一族独裁，加深御家人和非御家人武士的反感。地方武士和农民的联合武装团体到处进行反幕活动。幕府由盛转衰。后醍醐天皇乘机发动正中之变与元弘之变。倒幕号召得到各地武士响应。1333年5月新田义贞攻陷镰仓，幕府灭亡。
吉野郡
鎌倉時代末期，後醍醐天皇在延元之亂後攜帶三神器逃至吉野，重新建立朝廷，成為南朝，與新成立的室町幕府所擁立的北朝對抗，使得日本進入南北朝時代，吉野也因此曾短暫成為南朝的首都；1392年南北朝統一後，仍有部分南朝遺臣持續留在吉野山區中繼續與室町幕府對抗直到15世紀末。