深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
逾1000米深的半深海带是个没有光线到达的黑暗世界，这个区域中许多深海鱼的眼睛小而凹陷。裸鼬魚科成员的眼睛埋入皮肤中，而爐眼魚科成员仅具有板状视网膜，它们仍然残留有检测光的能力，比起退化更适合将其视为特化。有研究认为，细小的锥形眼更适合捕获半深海带稀疏闪烁的生物发光。据说相比普通眼睛，这些鱼类的眼睛空间分辨率更好，适合捕获20至30米远的生物发光。对于游泳能力较弱的深海鱼而言，将视野限制在相对狭窄的范围内具有合理的性价比（即投入产出比）。