生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
白蟻
有些白蟻會種植真菌。白蟻會建造菌圃，種植 "" 屬的真菌。當白蟻吃下孢子，孢子會完好的通過白蟻的腸道，最後隨著糞便離開白蟻體內，並在菌圃上成長。分子證據顯示大白蟻亞科種植真菌的行為起源於3100萬年前。推測在非洲和亞洲半乾燥莽原（semiarid savannah） 中，9成的木材都由大白蟻亞科的物種分解。大白蟻亞科起源於雨林，種植真菌的行為使它們能夠擴殖非洲莽原，最終擴張到亞洲。