真菌
真菌的繁殖機制相當複雜，反映了此類生物生活史與遺傳組成豐富的多樣性 。據統計有超過三分之一的真菌物種採用一種以上的方式繁殖，例如無性時期產生無性孢子，有性時期又產生不同種類的有性孢子。不同的環境刺激可以啟動特定基因表現，讓真菌長出不同的特化結構以產生無性或有性孢子 。
真菌
壺菌與現在已獨立出去的新美鞭菌門、、芽枝黴門，以及新加入真菌界的隱真菌門與Aphelidiomycota等類群具有，動孢子具有鞭毛而可以在水中移動，因此壺菌早期曾被歸為原生動物，後來rDNA序列分析顯示壺菌屬於真菌，而且也是真菌演化上較早分支的類群。 芽枝黴門以前認為是壺菌的一支，不過新研究顯示芽枝黴門不屬於壺菌，且可能是雙核亞界與原屬接合菌門的所有真菌的姊妹群，在演化上比壺菌晚分支出去。芽枝黴門多為腐生，以分解有機質為生，其成員可寄生於許多真核生物。與壺菌不同的是芽枝黴門的生活史存在世代交替。