明十三陵
明朝共有16位皇帝，但北京的明十三陵只有13位皇帝，未入陵者因由各异。明朝开国皇帝朱元璋早年建都于南京，死后葬于南京紫金山的「孝陵」；继位的长孙惠帝朱允炆，在其叔父燕王朱棣（即后来的成祖）发起「靖难之役」攻破南京之后下落不明，加上成祖不承认其帝位，因此没有帝陵；第七帝代宗朱祁钰，在其兄英宗于土木堡之变被瓦剌所俘之后登上帝位。后来英宗复辟，朱祁钰速死，英宗不承认其帝位，捣毁其在天寿山修建的寿陵。还有一说，寿陵被改建为在位僅29天的光宗陵墓，改名为庆陵。憲宗以亲王身分将他葬于北京西郊金山的景泰陵。
南明
与前朝不同的是，明太祖朱元璋由于“胡惟庸案”而撤销了“宰相”这一职务，由皇帝本人直接治理六部。这一巩固皇权的措施给明太祖的子孙们留下了巨大的负担。此后的明朝皇帝开始设立帮助皇帝处理政务的，由六部各官员组成的内阁，并由皇帝直接设置内阁的领导人，也就是相当于宰相的内阁首辅。后来，皇帝逐渐不信任权力逐渐变大的内阁各官员，于是设立了能够直接进入内廷，帮助皇帝批示文件的，由宦官组成的机构——司礼监。有了这两个机构，皇帝也就不必再直接参与政务。