深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
在表层带成长的深海鱼的仔鱼与稚鱼通常具有异于成鱼的独特形态（如具有透明的身体，外敌很难找到）。爐眼魚科与奇棘鱼属的仔鱼将鳍和眼球等以細長的突起伸出体外。另外，某些巨口魚科和燈籠魚科鱼类的仔鱼的肠道暴露于体外，游泳时吊着长身体数倍的肠道。这可以增加身体表面积、增加浮力，被认为是对浮游生活的适应。暴露的消化管还被认为增加了肠道表面积，得以消化吸收大猎物。