原核生物
大部分原核生物为单细胞生物。根据《伯杰氏细菌鉴定手册》，原核生物分为四大类，“有细胞壁的革兰氏阴性真细菌”，“有细胞壁的革兰氏阳性真细菌”，“无细胞壁的真细菌”，“古细菌”。环境中常见的原核生物有细菌、放线菌、古细菌、螺旋体、衣原体、支原体、立克次氏体和蓝细菌等光合性细菌。 Prokaryota亦拼寫為"procaryotes-ß"，一語來自於karyon，意思是核。pro指演化出完整細胞核之前，沒有完整之細胞核。原核細胞細胞質內遺傳區稱核區（nucleoid）。原核細胞進行複製DNA及分割的過程，稱為細胞分裂。
原生生物
一个世纪后，美国生物学家赫伯特·克普兰恢复了霍格的命名方法，他认为“Protoctista”字面意思为“最先建立的生命”，同时他还抱怨称海克尔的命名“protista ”还包括了如细菌在内的无核微生物，而他自己的“Protoctista”命名不包括这类生物。克普兰的命名指代了含有细胞核的真核生物，例如硅藻、绿藻和真菌。基于这一理论美国生物学家罗伯特·惠特克建立了包含了真菌界、动物界、植物界和原生生物界的四界分类系统。此后为了与原核生物进行区分，原生生物界只代表真核微生物，而原核生物则被分入原核生物界，这形成了五界分类系统。这一分类系统一直被广为接受，直到20世纪末。那时分子系统发生学开始得到发展，人们开始意识到原核生物和原生生物两者均不是一类具有相关性生物的集合（他们不是单系群）。