首都
在中國，明朝從應天府（今南京）遷都北平府（改稱順天府，又稱北京），加強北方边防，以防滿蒙兩族侵擾邊疆。李自成佔領首都後，明朝大致滅亡（南明──幾個由明朝皇室在南方建立的流亡政權──則繼續聲稱作為明室正統而存在）。而滿洲人在崇禎十七年五月初二(1644年6月6日)進入北京，将首都从沈阳迁往北京，則代表了正式的權力轉移。這樣的格局在中國歷史屢見不鮮，及至20世紀傳統儒家政體垮臺。滿清覆亡後，基於地方分權及交通技術的改進，國民政府得以在中國抗日戰爭時期迅速遷都，並維持其原有的領導架構。1949年因中國共產黨在中國大陸建立中華人民共和國之后，中華民國政府也從南京遷都至台北市。
南明
1653年，清廷派洪承畴负责收复西南。 总部设在长沙（在现在的湖南省），他耐心地建立了自己的力量； 直到 1658 年底，清军重整军备才开始多管齐下攻占贵州和云南。 1659 年 1 月下旬，信亲王多尼率领的清军攻占首都云南，永历帝逃往附近的缅甸東吁王朝，由彬德莱收留。 永历帝在此逗留至1662年，永曆十六年四月十五日（1662年6月1日），永曆帝與其子哀愍太子朱慈煊等被吳三桂處死於昆明，使多尔衮开始了对中原地区的统治。