病毒
病毒的流行病学是现代医学中的一个分支，主要是研究基于人的病毒的传播途径和对病毒感染的控制方法。病毒的传播可以是垂直方式，如从母亲到婴儿，或者是水平方式，即从一个人到另一个人。的例子包括乙肝病毒和艾滋病毒，婴儿一出生就会从母亲处感染病毒；另一个少见的例子是水痘－带状疱疹病毒，虽然只会引起较温和的感染反应，但对于胎儿或刚出生的婴儿却是致命的。是最普遍的病毒在人群中的传播方式。病毒的传播途径包括：血液交换或性行为，如艾滋病毒、乙肝和丙肝病毒；口部的唾液交换，如人类疱疹病毒第四型；含病毒的食物或饮用水，如诺罗病毒；呼吸入以气溶胶形式存在的病毒，如流感病毒；以蚊虫为载体，通过蚊虫叮咬注入人体，如登革熱病毒。病毒感染的传播速率取决于多重因素：包括人口密度、易感染个体（例如缺乏对该病毒的免疫力）的数量、医疗和天气条件等。
跨物種感染
跨物種感染（Cross-species transmission；host jump）是指病原獲得感染新物種宿主能力，進而感染新宿主、在新宿主個體間傳播的現象，關於此現象的研究以病毒為主，但細菌等其他微生物也可能發生。跨物種感染的第一步為病原與一個新宿主物種個體接觸，其後病原可能逐漸適應新的宿主而造成疾病爆發，是新興傳染病（特別是病毒疾病）的起因之一。多數感染人類的病毒均起源於感染其他動物的病毒，包括SARS-CoV、MERS-CoV、SARS-CoV-2、豬流感病毒、禽流感病毒與伊波拉病毒等。