深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
螢火魷
萤火鱿于西太平洋海域被发现，水深约183至366公尺（600-1200英尺）处。这种鱿鱼的每根触鬚都有一个发光器产生萤光，进而引诱猎物。据报导，此种鱿鱼是其物种中唯一能辨别颜色者，牠拥有3个类似视网膜的器官，每个具有不同光谱频率的感光度。萤火鱿身长大约3英寸（7.6厘米），寿命长约一年，拥有标准的8条触腕和2条触足。此鱿鱼一整天都待在百公尺深的海裡，只有夜晚才会来到海面附近，在体内的发光器与感光器作用下，牠可依照深度来调整自身的亮度。