菲律宾群岛
虽然岛群没有地方政府和首府，但一些城市已经成为岛群的政治、经济和文化中心。马尼拉是国家首都，尽管邻近的前首都奎松市的居民比马尼拉多，马尼拉是吕宋的事实上的首都。米沙鄢群岛的主要城市是宿务岛上的宿务市。棉兰老岛的主要城市是东南部的达沃市。
菲律賓第二共和國
太平洋战争中，日军入侵菲律宾并逼近马尼拉，菲律宾自治领总统曼努埃尔·奎松宣布马尼拉为不设防城市并流亡。日本军队于1942年1月2日进入该市。1942年5月6日，日本占领菲律宾全境。1943年6月，日军军官本间雅晴解散菲律宾自治领，建立“”作为临时政府。1942年12月8日，菲律宾执行委员会通过法令解散一切现存政党，建立“”（他加禄语：Kapisanan sa Paglilingkod sa Bagong Pilipinas，KALIBAPI）规划执政方案。1943年5月6日，日本内阁总理大臣东条英机访问菲律宾，同意给予菲律宾独立，作为日本“大东亚共荣圈”的一部分。