真菌
真菌的無性生殖有透過產生無性孢子與等機制，前者包括以孢子囊、等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。不完全菌是一個舊時的分類名詞，指未觀察到有性世代的真菌，現在分類學上已不使用此名詞，但仍可以用來泛指缺乏有性世代的真菌。
半知菌
无性繁殖真菌的系统发育分类现在通常使用分子系统发生学。 通过对DNA序列（例如rRNA）或多基因系统发育的比较分析构建的系统发生树可用于推断无性繁殖真菌与其性繁殖对应物之间的关系。