MG149案
10月6日，台大醫院院長黃冠棠出席立法院財政、教育聯席委員會，在接受質詢时，他坦承不知柯P內設MG149私規，且柯「用字確實不恰當」，台大医院不准許私設帳戶，他寧可相信MG149中的私帳是柯自己的互助會。至於被問到柯文哲設置私帳，並接受廠商捐款，有沒有違法？有沒有道德瑕疵？黃冠棠當場表示：「我認為是有，但這部分已經到檢調，所以由檢調認定這個情況。」
台大醫學論文造假案
台大醫學論文造假案發生於2016年11月，國外網站「學界同行審論平臺」（PubPeer）揭露台灣大學郭明良教授研究團隊涉及多篇論文涉及造假，其中校長楊泮池擔任數篇論文共同作者，使本次事件備受矚目，亦於國際上引起討論。教育部、科技部及台大特別調查委員會就本案經數月的獨立調查後，於各涉案人員依情節不同各有相應行政處分；教育部因此事件扣減台大106年度獎助經費5,400萬元。