皮克斯动画工作室
在艾斯纳被开除，罗伯特·艾格接任迪士尼CEO后，双方又回到了谈判桌。在此时，两个公司把分销协议扩展到定于2007年发行的《美食总动员》。但和旧协议不同，在新协议中，皮克斯负担全部制作费用，拥有所有角色的版权，而迪斯尼只负担发行的费用。2006年1月24日，迪士尼宣布以的形式，用74亿美元并购皮克斯，交易于2006年5月5日完成，并购后分销协议也终止。 通过交易，賈伯斯从持有皮克斯50.1%股份的最大股东变成持有迪士尼7%股份的最大个人股东，他不再担任皮克斯的董事长兼首席执行官，而成为迪士尼董事会的一员。约翰·拉塞特成为迪斯尼动画的创意总监（向总裁兼CEO罗伯特·艾格汇报，并向董事罗伊·愛德華·迪斯尼咨询），同时成为负责主题公园建设的華特迪士尼幻想工程的首席创意顾问。卡特莫尔仍担任皮克斯总裁，同时也是迪士尼动画工作室总裁，向罗伯特·艾格以及迪士尼动画工作室董事长汇报。该并购保证皮克斯保持运营上的独立性，例如皮克斯的人力资源政策仍维持不变。此外，皮克斯的名字仍保留下来，工作地点也维持不变。从汽車總動員开始，电影品牌的标示变为“Disney•Pixar”。
玩具總動員3
2006年一月，迪士尼重新購下皮克斯，並達成協議讓皮克斯兩位總裁艾德文·卡特姆和約翰·拉薩特負責所有的迪士尼動畫部門。如此一來，短暫的Circle 7工作室隨之結束，而該版本的續集也被棄置不用。角色設計收進迪士尼的資料庫。接下來數月，迪士尼首席執行長羅伯特·艾格（Robert Iger）證實已將製作計畫轉交給皮克斯。皮克斯導演群約翰·拉薩特、安德鲁·斯坦頓（Andrew Stanton）、彼特·達克特和李·安克里奇參訪《玩具總動員》所參考的房子，並且花超過一星期的時間構想動畫的故事。斯坦頓而後寫出了大概的草本。2007年二月卡姆特宣稱由《玩具總動員2》的共同導演李·安克里奇作為本片的主導演，取代原本的導演約翰·拉薩特，且由麥可·昂特（Michael Arndt）編劇。發行檔期推延至2010年。安克里奇表示他倍受壓力，擔心作出皮克斯「首部地雷片」，至2010年為止所有皮克斯動畫皆獲得廣大商業收益及傑出的票房評價。