滿洲八旗
满洲八旗主要来源于建州和海西女真，此外还有部分东海女真、少部分早期归附的蒙古、索伦、朝鲜人、汉人、清前期归附的雅克萨俄罗斯人、清中期归附的西域回人、金川藏人等等，以最初跟随努尔哈赤起兵的元勋和早期被兼并的他部部众为主，按照女真人的传统狩猎习俗，将他们编入各个佐领之中。1601年，随着建州势力的扩张，努尔哈赤以五佐领为一参领，五参领为一旗，组建黄、红、蓝、白四旗。1615年，又再度增编镶黄、镶红、镶蓝、镶白四旗，合为八旗，当时旗下非女真族来源之人也隶属于满洲八旗，直到清太宗皇太极统治时期，才从满洲八旗分出大部分蒙古和汉人人丁分别组成蒙古和汉军两个独立的旗分。
内蒙古自治区
满洲国废除了东蒙的盟旗制，改为省旗制，东蒙诸旗分别划入满洲国的几个省。省、旗公署实权掌握在日本籍参事手中。日本关东军入驻主要城镇及对蒙、对苏边境地带。此外，满洲国组建以蒙古族为主的兴安军，派日本军人出任中高级军官，镇压满洲国内的反抗力量，并与东北抗联、八路军、苏军、蒙军作战。经济方面，满洲国对物资实施统制，强迫农民牧民上交粮食、牲畜，大力开采东蒙的森林、煤矿，组织满蒙开拓团侵占盟旗地域。文化方面满洲国实施奴化教育，灌输大东亚共荣圈等思想。在蒙疆，日本驻军分布在主要城镇和铁路沿线，利用蒙古军和警察镇压反抗力量并与国军、共军作战，广泛布置特务。蒙疆政权同样采用物资统制，此外还奖励种植罂粟、制造与销售鸦片，将九成以上鸦片销往北平、上海等地牟利。归绥、包头被日军占领后，绥境蒙政会迁往伊克昭盟，增设绥境蒙旗地方自治指导长官公署作为指导机构，还设立伊盟保安长官公署等机关。陈长捷1941年出任伊盟守备军总司令，在伊盟屯田、实施保甲制、强征军粮、强垦牧场，致使蒙古保安团起兵，酿成伊盟事变。抗日战争期间，东北抗日联军下属的部队曾进入东蒙地区作战。中国共产党在大青山、热河南部地区开辟抗日游击根据地。蒙汉民众也组织一些抗日武装，如杨植霖等人组建的蒙汉抗日游击队。