子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
真菌與植物形成菌根的共生關係，對植物的生長與許多生態系的維持都相當重要，超過九成的植物與真菌形成菌根，其中許多依賴菌根生存。菌根的演化歷史十分古老，早在4億年前就已出現，可以促進植物對硝酸鹽與磷酸鹽等關鍵無機鹽的吸收，在無機鹽濃度較低的土壤中尤為重要，而植物則將部分由光合作用合成的有機物提供給共生的真菌。菌根還有可能媒介植物與植物之間的物質交換，這種物質交換網稱為，其中菌異營是一個相當特殊的例子，為某些植物寄生真菌，藉由菌根從真菌體內獲取自己所需的有機物，而本身失去了行光合作用的能力，菌異營中有機物的流向與正常菌根是相反的。有些真菌生長於植物的根、芽、葉等組織中，這些真菌稱為，內生真菌與菌根一樣常是植物與真菌間的互利共生，真菌生長於植物體內獲得養份與庇護，並可提高植物對草食動物的抗性以讓植物受益。