生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌病毒
真菌病毒與其他病毒基因組最大的差別，便是它們缺乏編碼用以在細胞間移動的蛋白之基因，真菌病毒可能只在原生質內移動，只有在宿主細胞分裂或行時才被動地轉移到其他細胞中。真菌病毒可以在宿主的有性孢子、無性孢子、甚至中出現，其中以無性孢子傳播的效率較以有性孢子的為高。大部分真菌病毒可能缺乏從外界進入真菌細胞的感染機制。有研究顯示感染、核盤菌屬與的真菌病毒可以在同屬的不同種真菌間傳播，也有研究將鐮孢菌屬與麴黴屬的真菌各自處理成原生質體後一起培養，發現真菌病毒可以從前者傳播到後者中，顯示自然界中真菌病毒也有可能在不同屬的真菌間傳播，惟具體機制仍不明。有些從真菌病毒衍生，而本身沒有傳播能力的類病毒物質可能會隨真菌病毒一起傳播，有研究發生感染灰葡萄孢菌的BcMV1（Botrytiscinereamitovirus 1），可能在基因複製時發生序列刪除，而產生序列不完整，不能正常編碼RNA複製酶的病毒株BcMV1-S，當BcMV1藉由菌絲融合傳播時，BcMV1-S亦可隨之傳播到新的菌絲中。另外，有些植物病毒也可以進入真菌細胞內，不過它們不能在真菌細胞內複製，而是單純利用真菌作為載體以感染植物。