首都
在中國，明朝從應天府（今南京）遷都北平府（改稱順天府，又稱北京），加強北方边防，以防滿蒙兩族侵擾邊疆。李自成佔領首都後，明朝大致滅亡（南明──幾個由明朝皇室在南方建立的流亡政權──則繼續聲稱作為明室正統而存在）。而滿洲人在崇禎十七年五月初二(1644年6月6日)進入北京，将首都从沈阳迁往北京，則代表了正式的權力轉移。這樣的格局在中國歷史屢見不鮮，及至20世紀傳統儒家政體垮臺。滿清覆亡後，基於地方分權及交通技術的改進，國民政府得以在中國抗日戰爭時期迅速遷都，並維持其原有的領導架構。1949年因中國共產黨在中國大陸建立中華人民共和國之后，中華民國政府也從南京遷都至台北市。
南京城
元朝末年，朱元璋建立吴政权，初改集庆路为应天府。原金陵城东的燕雀湖被填平，以建吴王新宫，即明故宫。有说填湖泥土来自城南的三山，故有“移三山，填燕雀”的说法。吴元年（1367年），吴王新宫建成。洪武元年（1368年）八月，建都，曰南京。洪武二年（1369年）九月，在金陵城的基础上建南京城。洪武六年八月，城池建成。与中国城池的传统正方形或矩形平面布局不同，南京城布局为不规则形状。由四重城墙构建出不同的城池区域，由内而外，依次是宫城、皇城、内城和外城。洪武十一年（1378年），曰京师。永乐元年（1403年），仍称南京。后明朝政府迁都北京。南京城遂为留都。而应天府下辖的上元县、江宁县亦为倚郭县。两县依旧沿袭以秦淮河为界，分南京城，同城而治的管辖状态。