中国工程院院士
1993年，中华人民共和国国务院决定将中国科学院学部委员改称中国科学院院士，同时宣布成立中国工程院。中国工程院1994年产生第一批96名院士，其中30人为中科院院士。
施一公
中科院在2011年的院士评选中，施一公和饶毅两个学界明星双双落选，引发了舆论对中科院的质疑。2011年12月9日，在新增院士名单出炉后数小时，饶毅便撰写了一篇标题为《解剖“逆淘汰”社会现象的一只麻雀》的4000余字博文，为施一公的落选鸣不平。饶毅认为，中科院在院士评选中，重视的不是学术水平、年龄、学术年资、在国内科学贡献大小，而是“在有些人面前低头排队时间的长短”。饶毅当时宣布不再参选院士。有媒体报道指，施一公落选的原因是国籍问题。对此，中科院回应称，施一公已恢复中国国籍，亦被列入有效候选人。