厦门港
厦门港指台湾海峡西岸环厦门湾和东山湾的港区，包括东渡、海沧、翔安、招银、后石、石码、古雷、东山、云霄和诏安等十个港区。港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门为厦门港口管理局。
臺灣
臺灣主要的國際商港有高雄港、基隆港、臺中港、花蓮港與蘇澳港。另外還有1990年代開闢的臺北港和歷史悠久的臺南安平港。高雄港是其中最大的港口，負責臺灣60%以上的貨物裝卸與75%以上的貨櫃裝卸。目前在臺灣與澎湖、金門等離島之間，船舶依然是主要的交通工具。臺灣到澎湖列島之間的船舶有臺華輪（高雄港）、今日之星（臺南安平港）、滿天星客輪（嘉義布袋港）。每日均有航班。臺東富岡港到蘭嶼和綠島之間也有航班。臺灣本島到金門之間的航班則是從高雄港出發的金門快輪，到馬祖之間，則有從基隆港出發的臺馬輪和合富快輪及臺馬之星。另外可以從金門與馬祖以小三通方式直接搭船前往中國大陸的廈門。