偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
布歇特和洛克羅伊的腹足類分類 (2005年)
異鰓類是綱內最複雜的：單單是裸鰓類就在總科以上有六個支序；而對於其他蝸牛，在總科之上有四個支序。簡單來說，異鰓類物種包括了原來的後鰓目及有肺目的物種，原來的基眼亚目在2005年的分類裡成為了有肺目之下的一個非正式群組裡，當中包括喜濕螺類；而原來的有肺目跟囊舌類等其他物種又組成泛有肺類。其餘沒有被歸類的物種，皆籠統的被分類到下異鰓類這一個非正式群組裡。在下列分類中，只有被歸為總科級和科級的分類才會被縮排。不分的支序不會被縮排，但這些名字的字體會改變。有關支序間的從屬關係可參看對上一節的列表。