MG149案
10月6日，台大醫院院長黃冠棠出席立法院財政、教育聯席委員會，在接受質詢时，他坦承不知柯P內設MG149私規，且柯「用字確實不恰當」，台大医院不准許私設帳戶，他寧可相信MG149中的私帳是柯自己的互助會。至於被問到柯文哲設置私帳，並接受廠商捐款，有沒有違法？有沒有道德瑕疵？黃冠棠當場表示：「我認為是有，但這部分已經到檢調，所以由檢調認定這個情況。」
台大醫學論文造假案
2017年4月12日，天下雜誌於第620期刊物以「錢、謊言、假論文」作為封面故事，對本案進行專題報導，就校長楊泮池本人學術生涯歷程、台大醫學院醫師升等與看診兩頭燒困境，以及生技醫藥科技領域資源分配等議題進行探討，引起輿論關注。