替代能源
藻類生質燃料是从海藻中得到的生物燃料。在光合作用时，海藻与其他光合生物将吸收的二氧化碳和阳光转化为氧气和生物质能。藻类生质燃料的好处在于它可以进行工业生产，因此可以避免占用耕地和使用粮食作物（比如大豆、棕榈、油菜等），而且同其他的生物燃料资源相比，它的产油量也更高。
珊瑚礁
蓝藻为珊瑚礁提供可溶的营养物质。珊瑚虫直接从海水吸收营养，包括无机氮和磷。此外它们吃被水流带到它们附近的浮游动物。因此珊瑚礁的初级生产量非常高。珊瑚礁的生产者还包括与珊瑚虫共生的虫黄藻和不同的海带。对于比较小的藻类的作用在科学界尚有争议。