真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
繁殖
大多数动物（包括人类）与植物进行有性生殖。有性生殖的生物针对一种性状总是存在着与之对应的基因组（称作“等位基因”）。后代会从父母的每一方获得决定各个形状的一个等位基因，然后两个非同源等位基因进行组合，这样的过程确保了后代的基因会是来自父方与母方的基因的集合体。二倍体生物会产生每个基因的两份拷贝，有研究结果认为单倍体与二倍体的发生过程中，基因可以进行自由重组，因此屏蔽有害基因在二倍体生物的进化过程中扮演了很重要的角色。。