深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
萤光素酶
冷光素或冷光素酶不是特定的分子，而是对于所有能够产生冷光的底物和其对应的酶的统称，虽然它们各不相同。不同的能够控制冷光的生物体用不同的冷光素酶来催化不同的冷光反应。最为人所知的发光生物是萤火虫，而其所采用不同的冷光素酶与其他发光生物如荧光菇（发光类脐菇，"Omphalotus olearius"）或许多海洋生物都不相同。在萤火虫中，发光反应所需的氧气是从被称为腹部气管（abdominal trachea）的管道中输入。一些生物，如叩头虫，含有多种不同的萤光素酶，能够催化同一冷光素底物，而发出不同颜色的冷光。萤火虫有2000多种，而叩甲总科（包括萤火虫、叩头虫和相关昆虫）则有更多，因此它们的萤光素酶对于分子系统学研究很有用。目前研究得最透彻的萤光素酶是来自Photinini族萤火虫中的北美萤火虫（"Photinus pyralis"）。