真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
真菌廣泛分佈於全世界，但多數真菌體型很小，或存在土壤與水域中，常被人所忽略，某些物種會產生稱為孢子果（Sporocarp）的大型子實體，也就是蕈類。真菌可與動物、植物或其他真菌產生互利共生或寄生等交互作用，例如與植物形成菌根，以及與藻類或藍綠菌形成地衣。部分真菌中的生物鹼與聚酮等許多物質具有的物質，稱為，對包括人類在內的動物有毒。一些物種的孢子含有精神藥物的成份，被用在娛樂及宗教儀式上。真菌可以分解人造的物質及建物，並在人類及其他動物造成疾病，真菌感染或食物腐敗引起的作物損失對人類的食物供給和區域經濟產生很大的影響，而真菌病則包括足癬等淺表層的感染，與隱球菌病等全身感染的疾病，嚴重時甚至可能致死。有些蕈類被人作為食物，有些真菌則是食品工業的要角，可以作為麵包的膨鬆劑，或發酵製造醬油、豆腐乳與酒等食品。1940年代起，真菌亦被用來製造抗生素，現在許多工業所需的酵素也是由真菌所合成。有些真菌可以被當作生物農藥，用來抑制雜草、植物疾病及害蟲。