生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌修復
分解作用是真菌在生態系中所扮演的重要角色之一，由菌絲體往體外分泌酵素達成。木質素和纖維素是植物纖維的兩個主要組成部分。許多真菌可體外分泌酸性物質與酵素以分解纖維素與木質素等大分子物質，進行胞外消化，許多有機汙染物也有類似這些物質的長碳鏈結構。真菌修復的關鍵是找出可分解特定汙染物的真菌種類，已有某些種的真菌被發現有分解VX (神經毒劑)和沙林的能力。