生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
菌絲體
真菌在生態系中最重要的角色之一就是分解有機養分。石化工業產物、殺蟲劑與汙染物等有機物質都可能成為真菌生長的基質，所以只要它們的毒性不會影響真菌的生長，真菌即有能力將它們分解並移除，此即為真菌修復（Mycoremediation）。美國真菌學家保罗·史塔曼兹提倡了以菌絲體作為生物過濾材料的方法，可過濾掉水或土壤中的重金屬與化學物質，這個方法稱為真菌過濾（Mycofiltration）。