臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
臺灣清治時期
清朝將明鄭台灣納為領土後，最初劃為福建省的一部分，1874年發生牡丹社事件後，台灣重要性升高，自此開始增設府縣、經濟現代化等積極建設，並於1885年在台建立福建臺灣省。由於甲午戰爭的失敗，清朝在1895年4月與日本簽訂《馬關條約》，將台灣永久割讓給日本。歷經臺灣民主國的短暫抵抗後，台灣在同年6月進入為期50年的日本統治時期。