偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
有蹄類
蹄兔目、海牛目及長鼻目并称为近蹄類。管齒目和象鼩目曾被認為属于有蹄類，並有牙齒及基因證據支持。象鼩目及管齒目最近連同近蹄類被稱為假有蹄類。基因研究顯示這些動物並非奇蹄目及偶蹄目的近親，相反，牠們的近親卻是非洲蝟目。假有蹄類與非洲蝟目組合成非洲獸總目。