首都
在中國，明朝從應天府（今南京）遷都北平府（改稱順天府，又稱北京），加強北方边防，以防滿蒙兩族侵擾邊疆。李自成佔領首都後，明朝大致滅亡（南明──幾個由明朝皇室在南方建立的流亡政權──則繼續聲稱作為明室正統而存在）。而滿洲人在崇禎十七年五月初二(1644年6月6日)進入北京，将首都从沈阳迁往北京，則代表了正式的權力轉移。這樣的格局在中國歷史屢見不鮮，及至20世紀傳統儒家政體垮臺。滿清覆亡後，基於地方分權及交通技術的改進，國民政府得以在中國抗日戰爭時期迅速遷都，並維持其原有的領導架構。1949年因中國共產黨在中國大陸建立中華人民共和國之后，中華民國政府也從南京遷都至台北市。
明朝
甲申之變後，明朝在南方尚有勢力，史稱南明。南明主要勢力有四系王，分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿𨮁、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。明都北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護崇祯帝的堂兄弟福王朱由崧稱帝，即弘光帝，史稱南明。弘光元年（1645年），清朝派多鐸率大軍南下南京，此時弘光帝昏庸，大權由閹黨餘孽掌握，江北四鎮各自為營，最後陸續瓦解。清軍攻破史可法死守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。此期間清軍發起揚州十日、江陰八十一日與嘉定三屠等大屠殺以鎮壓反抗的漢人。同时明朝数十万皇族也惨遭清廷和農民軍的屠杀。