澎湖群島
1895年3月，在日清戰爭和談期間，日軍發動澎湖之役，於1895年3月23日派軍登陸澎湖本島，3月25日攻下澎湖。並設置「澎湖列島行政廳」。澎湖遂成為日本在台灣最早統治的地區。
澎湖寨巡檢司
此官署直至1622年，荷蘭侵犯澎湖為止。1622年時，由於與葡萄牙人爭奪澳門的軍事攻擊行動失敗，荷蘭艦隊最後抵達了澎湖並且在馬公風櫃尾蛇頭山頂設立了基地。明朝政府退出澎湖。荷蘭軍隊強迫當地的居民建設碉堡，並使得奴役工作的1500個工人的其中1300人死亡。明朝政府警告駐紮的荷蘭艦隊澎湖為其領土，之後荷蘭人於澎湖之戰 (1624年)被明軍擊退，轉往台灣。