生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
繁殖
有性生殖描述的是通过来自两个生物个体（通常情况）的遗传信息互相结合而产生新的后代的生殖过程（但自我受精的物种只需要一个生物体即可完成生殖），参与生殖过程的每个生物体通过单倍体生殖细胞的形式各提供一半的遗传信息，这个过程中大部分生物可以形成两种不同的生殖细胞。针对异形配子的生物存在着雄性（产生精子、花粉或孢子）与雌性（产生卵细胞、胚囊或大孢子）两种性别。针对同配生殖的生物而言，其产生的生殖细胞在形态上相似或一致，但是由于其功能存在差异因此也有不同的名字（参见：同配生殖）。比如绿藻类生物衣藻（）的两种生殖细胞被称作“正配子”与“负配子”。还有一些生物例如双小核草履虫（）拥有两个以上的性别，他们被称作“交配变种”。