澎湖群島
1895年3月，在日清戰爭和談期間，日軍發動澎湖之役，於1895年3月23日派軍登陸澎湖本島，3月25日攻下澎湖。並設置「澎湖列島行政廳」。澎湖遂成為日本在台灣最早統治的地區。
釣魚臺列嶼
中日雙方在簽定《馬關條約》後有關釣魚台是否為無主地及是否透過《馬關條約》割讓一事存在尖銳矛盾。中方認爲，釣魚台列嶼在中日甲午戰爭《馬關條約》之前即爲中方領土，已对钓鱼岛实施了有效的行政管辖，後被日本竊占，無論日方認爲《馬關條約》割讓者中是否包括釣魚台列嶼，第二次世界大戰日本戰敗、《馬關條約》廢除後，日本都應遵其無條件投降所接受的《波茨坦公告》和《開羅宣言》將釣魚台列嶼歸還予中國（時由中華民國政府所代表）。 另一方面，日本政府表示在甲午戰爭開始後，即日本簽訂《馬關條約》三個月前（1895年1月），已实地考察确认该地是无人岛，而且也没有清国统治所及的迹象后基於“無主地先占”原则在1895年將其劃歸沖繩縣；並認爲從那時起，在历史上钓鱼岛群岛即是构成日本南西诸岛的一部分，不是在《马关条约》中得自于中国清朝割让的領土，不在日本根据《旧金山和约》必须放弃的领土之内，而是根据该和约第3条作为南西诸岛的一部分置于美国的行政管理之下。