臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖之战
李旦（天主教名：Andrea Dittis（拉丁語），？－1625年）為泉州海商暨海盜，久居日本平戶，以「中國甲必丹」之名廣為人知；西班牙則在1565年占據菲律賓，1571年占領擁有華人社區的馬尼拉，利用馬尼拉華人牽線、囤積貨物，並傳揚天主教福音，集中管理不信奉天主教的華人甚至加以屠殺，李旦在馬尼拉的財產也因此被西班牙人侵占，只得逃往日本，另起爐灶。