臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
釣魚臺列嶼
中日雙方在簽定《馬關條約》後有關釣魚台是否為無主地及是否透過《馬關條約》割讓一事存在尖銳矛盾。中方認爲，釣魚台列嶼在中日甲午戰爭《馬關條約》之前即爲中方領土，已对钓鱼岛实施了有效的行政管辖，後被日本竊占，無論日方認爲《馬關條約》割讓者中是否包括釣魚台列嶼，第二次世界大戰日本戰敗、《馬關條約》廢除後，日本都應遵其無條件投降所接受的《波茨坦公告》和《開羅宣言》將釣魚台列嶼歸還予中國（時由中華民國政府所代表）。 另一方面，日本政府表示在甲午戰爭開始後，即日本簽訂《馬關條約》三個月前（1895年1月），已实地考察确认该地是无人岛，而且也没有清国统治所及的迹象后基於“無主地先占”原则在1895年將其劃歸沖繩縣；並認爲從那時起，在历史上钓鱼岛群岛即是构成日本南西诸岛的一部分，不是在《马关条约》中得自于中国清朝割让的領土，不在日本根据《旧金山和约》必须放弃的领土之内，而是根据该和约第3条作为南西诸岛的一部分置于美国的行政管理之下。