深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
荧光
由於醛類發光基質受到氧化，反應後成為一種酸類，且FMNH2亦氧化成為氧化態的FMN，因此這在化學反應上而言是一個氧化及釋放能量的過程，而釋放出的能量便是以發出螢光的形式表現出來。事實上，自然界中（尤其是海洋中）存在著許多發光細菌，但因這些細菌的分布不夠密集，其微弱的發光現象便因亮度不夠而被我們忽略了。而唯有當大量發光細菌聚集在一起共同發光時，才能形成我們肉眼可以觀看到的發光現象。這也是為什麼通常只在具有發光器的海洋動物中才觀察到生物螢光的原因（發光器中聚集共生著高密度的發光細菌）。