菲律宾群岛
虽然岛群没有地方政府和首府，但一些城市已经成为岛群的政治、经济和文化中心。马尼拉是国家首都，尽管邻近的前首都奎松市的居民比马尼拉多，马尼拉是吕宋的事实上的首都。米沙鄢群岛的主要城市是宿务岛上的宿务市。棉兰老岛的主要城市是东南部的达沃市。
菲律宾驻吉隆坡大使馆
尽管位于吉隆坡，大使馆的团队在菲律宾人口众多的沙巴进行广泛的活动。但由于北婆罗洲的争端，菲律宾政府拒绝在那里设立领事馆，因为这意味着承认马来西亚对该领土的主权。因此，菲律宾方面建议在当地设立一个非政府机构，提供领事服务。2003年1月，位于哥打京那巴魯的菲律宾服务中心被马来西亚政府关闭，理由是该中心不符合《维也纳领事关系公约》，马来西亚敦促菲律宾政府在当地设立一个完整的领事馆。菲律宾外交部副部长劳罗·巴哈（Lauro Baja Jr.）表示建立领事馆的决定“太政治化了”，但会就在沙巴建立领事馆的可能性进行讨论。他补充说，这并不意味着菲律宾对沙巴的主张政策将有任何改变，而仅仅是向该岛上的菲律宾国民提供人道主义援助。