澎湖群島
1895年4月，依據《馬關條約》第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。设澎湖岛厅，1897年改称澎湖厅。
馬祖列島
1911年10月10日爆發辛亥革命後，清朝專制遭到推翻，隔年1月1日中華民國成立。馬祖列島隨後交由中華民國福建省管轄。1927年8月1日，執政的國共兩黨爆發南昌起義，標誌著國共內戰的開始。1937年9月10日，由於中国抗日战争的爆發，日本透過偽軍侵佔了北竿島和南竿島，雖無日軍登島駐防，但仍切斷列島與內地航行，使得兩座島嶼成為福建首批被日本佔領的島嶼之一，其他附屬島嶼在二戰期間並被日本軍隊佔領，因為它們在軍事上並無重要價值，直至1945年8月15日日本投降。