真菌
真菌的繁殖機制相當複雜，反映了此類生物生活史與遺傳組成豐富的多樣性 。據統計有超過三分之一的真菌物種採用一種以上的方式繁殖，例如無性時期產生無性孢子，有性時期又產生不同種類的有性孢子。不同的環境刺激可以啟動特定基因表現，讓真菌長出不同的特化結構以產生無性或有性孢子 。
半知菌
无性繁殖真菌的系统发育分类现在通常使用分子系统发生学。 通过对DNA序列（例如rRNA）或多基因系统发育的比较分析构建的系统发生树可用于推断无性繁殖真菌与其性繁殖对应物之间的关系。