明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
明朝
甲申之變後，明朝在南方尚有勢力，史稱南明。南明主要勢力有四系王，分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿𨮁、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。明都北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護崇祯帝的堂兄弟福王朱由崧稱帝，即弘光帝，史稱南明。弘光元年（1645年），清朝派多鐸率大軍南下南京，此時弘光帝昏庸，大權由閹黨餘孽掌握，江北四鎮各自為營，最後陸續瓦解。清軍攻破史可法死守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。此期間清軍發起揚州十日、江陰八十一日與嘉定三屠等大屠殺以鎮壓反抗的漢人。同时明朝数十万皇族也惨遭清廷和農民軍的屠杀。