真菌繁殖
真菌繁殖是一種由交配型控制的複雜過程。 調查顯示出真菌繁殖已經集中在幾個特定不同表現的物種。 不是每個真菌都有產生性別，即使有產生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不適用在真菌界之中的許多物種。 同配子生殖的物種能讓相同的交配型繁殖，而異配子生殖的物種只能讓不同的交配型繁殖。  同配生殖的真菌中可能只包括從一個細胞到另一個細胞核的轉移。 營養不兼容的物種通常阻止一個真菌和另一個真菌單獨繁殖。 相同的不兼容孤立物種無法繁殖或有效繁殖。 經報告出來的變異型包括同化學型繁殖， 孢子體至配子體的繁殖以及粒線體的雙親轉換。
真菌病毒
真菌病毒在真菌中相當普遍，在傳統上真菌的四大類群：壺菌、接合菌、子囊菌與擔子菌中皆有發現，且一株真菌可以同時為兩種以上的真菌病毒所感染。一般認為一種真菌病毒在自然界中的宿主，大多侷限於一或數種親緣關係相當接近、可以進行胞質融合的真菌，但也有部分真菌病毒可以感染親緣關係較遠的數種真菌，並順利在其胞內複製，例如有些可以感染幣斑病菌與荷蘭榆樹病菌 。另外，透過體外轉殖的技術，可以使感染栗疫病菌的CHV1病毒感染其他親緣接近的真菌。亦有研究顯示CHV1病毒可以感染""與等不同屬的真菌，並在其胞內增殖。2017年，有研究將從海生真菌中分離的真菌病毒轉殖到植物細胞中，發現植物細胞中病毒的含量隨時間增加，顯示真菌病毒可能有感染植物的能力，也為真菌病毒的植物起源假說提供了新證據。