真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
真菌寄生蟲（mycoparasitic organisms）泛指可以寄生於真菌的生物，生物（屬於卵菌，並非真菌）便可寄生在真菌體內，而有作為針對真菌的生物防治劑的潛力。真菌本身也可以寄生其他種真菌，例如金孢菌寄生是一種子囊菌門的真菌，但寄生在牛肝菌上。 真菌可以被真菌病毒感染。真菌病毒大多屬於，但也有約三成是正义单链RNA病毒。最著名的真菌病毒是可以感染的CHV1病毒，最早在毒性較弱的栗疫病菌中被發現，已成功用作生物防治劑，在歐洲成功抑制栗疫病菌的生長，但在美國、中國、日本等地使用時可能因為當地栗疫病菌的多樣性太大，有些菌株不能被病毒感染而效果不彰。2016年已有用基因工程改造的CHV1病毒被製造出來，能感染多數栗疫病菌的菌株，可望在栗疫病病情的控制得到更大成效。