真菌繁殖
真菌繁殖是一種由交配型控制的複雜過程。 調查顯示出真菌繁殖已經集中在幾個特定不同表現的物種。 不是每個真菌都有產生性別，即使有產生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不適用在真菌界之中的許多物種。 同配子生殖的物種能讓相同的交配型繁殖，而異配子生殖的物種只能讓不同的交配型繁殖。  同配生殖的真菌中可能只包括從一個細胞到另一個細胞核的轉移。 營養不兼容的物種通常阻止一個真菌和另一個真菌單獨繁殖。 相同的不兼容孤立物種無法繁殖或有效繁殖。 經報告出來的變異型包括同化學型繁殖， 孢子體至配子體的繁殖以及粒線體的雙親轉換。
真菌
真菌寄生蟲（mycoparasitic organisms）泛指可以寄生於真菌的生物，生物（屬於卵菌，並非真菌）便可寄生在真菌體內，而有作為針對真菌的生物防治劑的潛力。真菌本身也可以寄生其他種真菌，例如金孢菌寄生是一種子囊菌門的真菌，但寄生在牛肝菌上。 真菌可以被真菌病毒感染。真菌病毒大多屬於，但也有約三成是正义单链RNA病毒。最著名的真菌病毒是可以感染的CHV1病毒，最早在毒性較弱的栗疫病菌中被發現，已成功用作生物防治劑，在歐洲成功抑制栗疫病菌的生長，但在美國、中國、日本等地使用時可能因為當地栗疫病菌的多樣性太大，有些菌株不能被病毒感染而效果不彰。2016年已有用基因工程改造的CHV1病毒被製造出來，能感染多數栗疫病菌的菌株，可望在栗疫病病情的控制得到更大成效。