真菌
真菌的無性生殖有透過產生無性孢子與等機制，前者包括以孢子囊、等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。不完全菌是一個舊時的分類名詞，指未觀察到有性世代的真菌，現在分類學上已不使用此名詞，但仍可以用來泛指缺乏有性世代的真菌。
真菌
最早具有典型真菌特徵的化石可追溯至24億年前的古元古代，是棲息於海底的生物，具有可能可以互相接合的菌絲狀構造 。另有研究比較相關生物類群的演化速率，以推測真菌應該在7-10億年前出現。古生代時許多真菌都是水生的，且像現生的壶菌一樣具有鞭毛，但也有部分真菌在寒武纪時就開始往陸地生長，較陸生植物的出現早上許多。隨後真菌演化出許多陸地生活所需的特徵，包括寄生、腐生、菌根與地衣等與其他生物的交互作用。2009年的一篇研究顯示子囊菌門的共祖便是腐生的，隨後多次在不同類群中，獨立演化出地衣的生長型態。有奥陶纪的真菌化石出現菌絲、孢子等特徵，和現生的球囊菌門真菌相當類似，當時陸生植物仍只有許多類似現生苔蘚的種類，尚不具有維管束 。原杉藻是一種重要的真菌化石，出現於志留紀晚期，並可能是當時陸地上高度最高的生物。泥盆紀早期真菌化石的種類開始變多，且特徵較更早化石典型許多，對其是否屬於真菌爭議漸漸減少，許多壺菌門與接合菌門的化石在中被發現。擔子菌門與子囊菌門也差不多在此時出現，到石炭紀的賓夕法尼亞世，多數現生真菌的綱都已經出現了。