藏傳佛教
现代藏传佛教派别主要是在后弘期中逐渐形成的。其主要分为四大主流派别，分别为：宁玛派、噶举派、萨迦派及格魯派。在中文中，这四主流派别因其服饰及建物之特色而常被称为红教、白教、花教及黄教。其中，宁玛派是藏传佛教中历史最悠久的，萨迦派是以位于西藏南部的萨迦寺命名的。以下列表不分先后顺序：現在一般称呼的「黑教」是藏族的苯教之俗称，是佛教传入以前的西藏本土宗教。苯教是一种祭祀大地山河的泛灵信仰，後來一部分教士吸收了佛法名词及教义，在佛法传入西藏之后，苯术已不如佛教盛行。苯教在藏傳佛教勢力較薄弱的地區，如四川、青海一带仍有不少的信徒和寺廟。
噶舉派
噶举传承的「四大派」是由岡波巴的四大弟子所创立，包括噶玛噶举、采巴噶举、巴融噶举、帕竹噶举。然而达波噶举却保存著自承的方丈系统而自成一派，这与其他十二派是有所不同的。噶举传承的「八小派」是由帕莫竹巴（1100－1170）的主要弟子所创立，包括直贡噶举、達隆噶举、竹巴噶举、雅桑噶举、措普噶举、休色噶举、耶巴噶举和玛仓噶举 。帕木竹巴在西藏推翻了萨迦派政权，他也跟随了萨虔昆噶宁波（1092－1158）参学了十二年并获得萨迦派「道果」的教义。帕莫竹巴对十二支派的影响在于他将「道果」教义融入噶举派「丹雅卓」的教义内。