偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
水豚亞科
水豚亞科（学名：）是豚鼠科下的一個亞科，其下只有兩個屬還有存活物種，即水豚屬和岩豚鼠屬。不過在2005年之前，水豚和其親緣種還都分在水豚科下（Hydrochoeridae），後來基於生物系統發生學證據將其劃入亞科。但是一些古生物分類還依然採用舊的方法。生物分類中，該亞科的種在不斷減少。這主要是由於該亞科生物在不同生命階段臼齒形狀有較大變動。例如科學家曾經根據不同的臼齒劃出過四屬七種不同生物，但現在被認為它們只是不同年齡段的"Cardiatherium paranense"而已。