偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
雙翅目
雙翅目被分成兩個亞目： 長角亞目主要包括一些有著較長觸角的纖弱昆蟲，如蚊、大蚊、蚋等。短角亞目則包括一些有著較短觸角的昆蟲。在舊的分類，短角亞目下又分兩群： 直裂下目包括一些有著簡單、角質外殼的蛹的昆蟲，如馬蠅和食蟲虻； 至於環裂下目昆蟲的蛹則有較堅硬的圍蛹殼。 以下分類是根據R.W. Crosskey在1993年的分類。