深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
萤光素
介形蟲螢光素（）可在特定的介形蟲和一種叫光蟾魚屬的深海魚類中發現。就像腔腸素那樣的化合物，它是一種並主要令動物發出藍光。