生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
許多生物學上的重大發現都得益於將真菌用作模式生物的研究，例如便是用粉色麵包黴菌的實驗證實的。釀酒酵母、與小巢狀麴菌也都是重要的模式生物，長久以來用於有關細胞週期、染色體結構與等真核生物遺傳學與細胞生物學的基礎研究。近年來有更多真菌被當成醫學、植物病理與工業研究的模式生物，例如人類的病原菌白色念珠菌、植物病原菌稻熱病菌與工業上常用來大量生產真核生物蛋白質的。