深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
从约600米的深度起，深海鱼的体色从银白色迅速变为铅灰色，直至1000米的深水区处的深海鱼几乎全部呈暗色。多数奇鯛目成员呈亮红色，但只有偏蓝的短波光才能到达深海，因此它们如黑色一般，几乎看不见。