生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
植物
大部份植物的根系會和不同的真菌有[[互利共生|互利]][[共生]]的關係，稱之為[[菌根]]。真菌會幫助植物從土壤中獲得水份和礦物質，而植物則會提供真菌從光合作用中組成的碳水化合物。一些植物會提供[[內生生物|內生]]真菌居所，而真菌則會產生毒素以保護植物不被草食性動物食用。植物的根系也可与细菌共生，形成根瘤，是根上的瘤状突起，如[[豆科]]植物、[[木麻黄]]、[[罗汉松]]、[[杨梅]]等，能够与土壤中的[[根瘤菌]]共生，根瘤菌能将空气中的氮转变为氨，提供给植物，同时根瘤菌可以从植物的根中吸取水分和养料，供自身生长发育所需。