真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
接合孢子
根據產生接合孢子菌絲來源或親和力不同，一般可分為同宗配合和異宗配合兩類。例如毛霉目中就存在這兩種類型。所謂同宗配合，即每一菌體都是自身可孕的，不靠別的菌體幫助而能獨立地進行有性生殖。顯然，沒有兩性異體的黴菌是同宗配合的。如有性根霉單一的孢囊孢子萌發後，所形成的菌絲體，當相鄰兩菌絲靠近時，經過如前所述的過程，便可產生接合孢子。甚至同一菌絲的分枝間也可接觸而形成接合孢子。所謂異宗配合，是指每一菌體都是自身不孕的，不管它是否雌雄同體，都需要藉助別的可親和菌體的不同交配型來進行有性生殖。換言之，接合孢子的產生需兩種不同質的菌絲相遇後才能形成，而這兩種有親和力的菌系，在形態上並無什麼區別。毛霉目中多數種如匐枝根霉、高大毛霉等均以此方式形式接合孢子。異宗配合來自不同質菌絲，那麼如何辨認它們呢?這兩種菌絲分化形成的配子囊，二者在形態、大小上無法區別，更無雌雄之分，但生理上確有差異，所以常用接合作用來判斷。一般以「+」和「-」來表示兩個不同質的細胞，即認定一種配子囊為「+」，凡能與之結合形成接合孢子的配子囊則為「-」，否則為「+」。