替代能源
藻類生質燃料是从海藻中得到的生物燃料。在光合作用时，海藻与其他光合生物将吸收的二氧化碳和阳光转化为氧气和生物质能。藻类生质燃料的好处在于它可以进行工业生产，因此可以避免占用耕地和使用粮食作物（比如大豆、棕榈、油菜等），而且同其他的生物燃料资源相比，它的产油量也更高。
囊泡藻类
许多囊泡藻界生物对生态系统有巨大的影响，往往是有害的影响。腰鞭毛虫门产生的赤潮会导致鱼类大量死亡，危害牡蛎的收获。顶复门是很多很成功的动物寄生虫. 卵菌纲的水霉会造成严重的植物病害. 实际上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的爱尔兰大饥荒. 但是，囊泡藻界的很多物种在生态系统中发挥了重要作用。硅藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻产生了大量水下"森林"为海洋生物提供了栖息地与膳食。