生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
絕大多數菌絲都只能自頂端往前生長，"Neotyphodium"等部分則是少見的例外，它們的菌絲附著於宿主細胞上，並可能因宿主細胞延長造成的機械拉力，而促使其菌絲從中間分裂生長（intercalary extension），以長至跟宿主的組織一樣長度。另外擔子菌子實體形成時，菌柄等大型器官的長成是菌絲體積膨大的結果。真菌形成多細胞組織有數種功能，例如子實體是為了產生與散播有性孢子，生物膜則有助於佔據基質與進行細胞溝通，多細胞個體的出現在真菌、動物與植物中都是各自獨立演化出來的。