食道癌
食道癌的化學療法由肿瘤分型而各异。常用的化疗药物是每三周给予順鉑（順一雙氨雙氯鉑，cisplatin）、卡鉑（顺二氨環丁烷铂，carboplatin）或奧沙利鉑（雙胺類環己烷草酸鉑，oxaliplatin），同时持续或每三周给予5-氟尿嘧啶（5-FU）。更新的研究结果发现，对晚期不易手术的患者，加上泛艾黴素（Epirubicin, ECF）的效果更好化疗可以作为术后巩固治疗（用来降低复发的可能）、术前巩固治疗；而对于不宜手术的情况也可用顺铂和5-氟尿嘧啶化疗。目前的临床试验着重于比较不同化疗药物组合的效果。例如已在II/III期的REAL-2试验比较了四个不同组合--泛艾黴素10公絲和順鉑或奧沙利鉑，同时不断注入氟尿嘧啶或卡培他濱（氟嘧啶氨基硝酸鹽，capecitabine）。
外切體複合物
目前已发现外切体的活性可以被抗代谢物类药物氟尿嘧啶（fluorouracil）所抑制，而氟尿嘧啶是治疗癌症的化学疗法中使用的一种药物，并且是实体肿瘤治疗中最为成功的药物之一。在用氟尿嘧啶处理过的酵母细胞中，核糖体RNA的加工出现缺陷，这与外切体被分子生物学方法抑制后所观察到的现象一致。核糖体RNA无法正确被加工对于细胞而言是致命的，这也就解释了为什么氟尿嘧啶这类药物的抗代谢影响可以被用于杀死癌细胞。