真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
木腐真菌
木腐真菌是指一類能在树木上生長並侵入木材組織分解木材的真菌，大多數的木腐真菌只能在枯死的树木上進行生長，例如褐腐真菌，但仍有少數腐菌能攻擊活樹，如"honey fungus"。真菌在木材上生長和繁殖需要有高於纖維飽和點以上的水分 ，當真菌滲入木材的纖維結構後，能產生酶將木材的組織分解來獲取養分，能讓複雜的分子分解並將養分返回土壤，回歸自然界中 。不同的木腐真菌所產生的酶不同，可以降解不同的木材成分，並產生不同的木材腐朽形態 ，並可藉此將木材腐朽真菌大致區分為褐腐、軟腐和白腐真菌。 由不同真菌作用分解的殘留物具有不同的pH、溶解度和氧化還原電勢，這些殘留物最後會變成土壤中沈積物中，隨著時間的累積，可能對該地區的環境產生顯著影響。目前全世界约有5,000余种木腐真菌。