臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
釣魚臺列嶼主權問題
日本政府在1895年認為釣魚岛是无人岛，而且没有受清朝统治的迹象，基於無主地先占先得的原则將其劃歸沖繩縣。因此，日本主张钓鱼岛群岛不属于清朝在《马关条约》中割让的領土，也不在《旧金山和约》规定必须放弃的领土之内。1945二战结束，日本战败。1946年11月美国政府发表声明，将琉球、小笠原群岛、原日本托管统治区域置于美国的战略托管之下，并且将此方案向联合国提出。1947年4月2日，联合国安理会通过美国的提案。1947年9月23日，当时代表中国民意咨询机构的国民参政会曾反对把琉球归属日本，要求在对日和约中规定琉球应交中華民国托管。同年10月18日，行政院长张群出席国民参政会会议时，也提出“琉球群岛与我国关系特殊，应该归还我国”。但美国拒绝了中国对琉球统治权的要求，表示琉球应纳入美方战略托管网内。 其後中華民國政府因故並未將釣魚岛劃入台灣範圍，釣魚岛標以「尖閣列嶼」的字眼。在戰後美軍統治琉球期間，美軍使用釣魚岛作為炸射演習場付租金給釣魚岛地主日本人古賀善次。中華人民共和國政府雖然沒有直接提及釣魚岛問題，但如上所述，因台灣問題等在一開始就反對《舊金山和約》本身。