澎湖群島
1895年4月，依據《馬關條約》第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。设澎湖岛厅，1897年改称澎湖厅。
臺灣清治時期
清朝將明鄭台灣納為領土後，最初劃為福建省的一部分，1874年發生牡丹社事件後，台灣重要性升高，自此開始增設府縣、經濟現代化等積極建設，並於1885年在台建立福建臺灣省。由於甲午戰爭的失敗，清朝在1895年4月與日本簽訂《馬關條約》，將台灣永久割讓給日本。歷經臺灣民主國的短暫抵抗後，台灣在同年6月進入為期50年的日本統治時期。