首都
在中國，明朝從應天府（今南京）遷都北平府（改稱順天府，又稱北京），加強北方边防，以防滿蒙兩族侵擾邊疆。李自成佔領首都後，明朝大致滅亡（南明──幾個由明朝皇室在南方建立的流亡政權──則繼續聲稱作為明室正統而存在）。而滿洲人在崇禎十七年五月初二(1644年6月6日)進入北京，将首都从沈阳迁往北京，則代表了正式的權力轉移。這樣的格局在中國歷史屢見不鮮，及至20世紀傳統儒家政體垮臺。滿清覆亡後，基於地方分權及交通技術的改進，國民政府得以在中國抗日戰爭時期迅速遷都，並維持其原有的領導架構。1949年因中國共產黨在中國大陸建立中華人民共和國之后，中華民國政府也從南京遷都至台北市。
明朝
承宣布政使司（布政司）主管地方行政，地位等同元朝的行中書省。明太祖原沿襲行中書省的稱呼，1376年時改為布政使司，通稱行省。明初設有十三個布政司與京師（非城市，地位等同布政司，轄現今江蘇與安徽兩省）。1380年胡惟庸案後撤廢中書省，京師及布政司直屬於六部之下。明成祖時期，於1407年到1428年間在原安南地区設置交阯布政司。於1413年設貴州布政司。為遷都北京，1403年將北平布政司升格為行在，1421年遷都北京後稱為京師（北直隸），原京師改稱南京（南直隸），形成「兩京十三省」的行政區劃。两京為明朝首都北京與南京的正式稱呼順天府與應天府，其与其周边州府分别合称北直隶与南直隶，不设布政司，十三布政司为陝西、山西、山東、河南、浙江、江西、湖广、四川、廣東、福建、廣西、貴州、雲南。明朝行政區劃設置大體符合山川形便之處，但仍有一些不合理之處，如南直隸地跨淮北、淮南、江南三個地區，语言文化上属于太湖吴越区的苏松地区归入南直而非传统上的浙江，秦岭以南的汉中等地归入陕西而非传统上的四川，河南也佔據局部的黃河以北土地。貴州省呈現中間窄兩邊寬的蝴蝶狀。