臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
臺南府糧捕海防通判
甲午戰爭末期的1895年3月20日，來自日本廣島混成支隊的5500名日本軍隊登陸澎湖，並於兩天後3月22日完全控制澎湖全島。也因台灣戰略重鎮澎湖的佔領事實，讓幾乎確定可攻下台灣的日軍於兩天-{後}-的3月24日簽下了割讓台灣的馬關條約，並隨後展開了長達五十年的台灣日治時期。至此，該通判官職也隨著清治時期結束而裁撤。然而駐守澎湖；末任的台南府糧捕海防通判陳步梯也因為兩天內失守澎湖的嚴重失責，於1895年6月被閩浙總督邊寶泉逮捕審明為斬監候。不過在秋決前，獄中候斬之陳步梯以「未有兵柄」理由，遭減刑下刑部議。