中華民國
臺灣原住民族是400年前便居住臺灣的南島民族，過去曾被稱作「福爾摩沙人」；其佔總人口數2.36%、共計556,611人，政府又細分成16個主要族群。其中阿美族、泰雅族、布農族、噶瑪蘭族、排灣族、卑南族、魯凱族、賽夏族、撒奇萊雅族、賽德克族、邵族、太魯閣族、鄒族、拉阿魯哇族和卡那卡那富族住在西部平原以東地區，達悟族則居住附屬島嶼蘭嶼上，另外有部分平埔族尚未獲得承認，例如西拉雅族。另外隨著海峽兩岸交流以及國際化發展，中華民國目前則有數萬名中國大陸配偶、10萬名外籍配偶以及30萬名外籍勞工，總計外籍常住人口約有56.2萬人。這些臺灣新住民中分別有43.4萬人來自越南、印度尼西亞、泰國、菲律賓等東南亞國家，還有8.9萬人則來自中國大陸、香港和澳門地區。
台灣本土化運動
有些人士會從生物科學等角度來強化“台灣種族”與“中國種族”其實有所不同的概念。部分這種論點的推動者試圖從基因分布中找出兩者之間的異同，連結族群認同與國家認同，藉此對抗中國民族主義。如被譽為「台灣血液之母」的林媽利教授在其研究中發現台灣原住民祖先是在1萬5000年前冰河時期結束之前，從東南亞島嶼（菲律賓、印尼）等地遷徙至台灣，在台灣島內經過幾千年長期的隔離，形成相似及一致的基因結構。台灣原住民、東南亞島嶼族群（印尼、菲律賓等）在血緣上很接近，不易區分，而且研究顯示台灣原住民在上萬年之間陸續來自東南亞島嶼，且兩地有族群可能互相遷移。佔全台91％的閩客族群中85％有原住民血統（包括高山族、平埔族，以及東南亞島嶼族群）」，90%以上的閩南人、客家人有亞洲南方百越族血統，「越族」（中國東南沿海、中南半島）不是純北方漢人的後代，反倒與東南亞較相近。所以台灣人可說是東南亞大陸、原住民以及東南亞島嶼等地區人種混血的結果。也就是絕大多數台灣人很可能都擁有原住民血統。