生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
壺菌與現在已獨立出去的新美鞭菌門、、芽枝黴門，以及新加入真菌界的隱真菌門與Aphelidiomycota等類群具有，動孢子具有鞭毛而可以在水中移動，因此壺菌早期曾被歸為原生動物，後來rDNA序列分析顯示壺菌屬於真菌，而且也是真菌演化上較早分支的類群。 芽枝黴門以前認為是壺菌的一支，不過新研究顯示芽枝黴門不屬於壺菌，且可能是雙核亞界與原屬接合菌門的所有真菌的姊妹群，在演化上比壺菌晚分支出去。芽枝黴門多為腐生，以分解有機質為生，其成員可寄生於許多真核生物。與壺菌不同的是芽枝黴門的生活史存在世代交替。