乌干达
非洲最大的河流白尼羅河，亦發源在維多利亞湖，流經烏干達全境後，向北進入南蘇丹、苏丹和埃及，再注入地中海。此外，東西部國境線和國內的其他地區，也有很多湖泊穿插其間，使烏干達增加了不少自然上的美景。全國湖泊面積共有35436平方公里，各地沼澤面積共約14567平方公里。
巴布亚省
由于地处热带雨林地区，本省水系发达河流众多。巴布亚省最大河流是位于毛克山脉以北的曼伯拉莫河，由塔里库河和塔里塔图河两条河汇合而成。南部最重要的河流是迪古尔河，东部边境有跨国河流塞皮克河和弗莱河，弗莱河部分河段作为印度尼西亚和巴布亚新几内亚之间的界河。中部高地地区有许多小湖泊，主要有帕尼艾湖、蒂芝湖，北部近海有龙贝拜湖和森塔尼湖。