日本海军历史
1895年4月17日签署的马关条约结束了这场战争，清朝向日本割让台湾和澎湖列岛。日本海军在台湾登陆后从3月到10月镇压了新成立的台湾民主国的清朝残余势力。台湾及澎湖到1945年再轉交中華民国。此外日本还获得了辽东半岛，后来在法国、德国和俄国的干涉下日本归还了辽东半岛，但此后不久俄国占领了辽东半岛的旅顺和大连作为租借地。
蘭嶼
1895年（清光緒二十一年、日明治二十八年）4月，《馬關條約》簽訂，臺灣改隸於日本。8月，日本與統治菲律賓的西班牙（波旁復辟時期）兩帝國對巴士海峽協議版圖界線。以通過可以航行之海面中央之緯度的平行線，為臺灣、菲律賓之版圖境界線。1897年（明治三十年）3月15日，日本拓殖大臣以陸軍步兵少佐菊池主殿為監督，率文武官僚數十人，上島「撫慰土番」，踏察實境。由於該島位置在巴士海峽與西班牙國領接壤，因此此舉確認紅頭嶼為日本領土。殖民政府禁止一般人進入紅頭嶼內開發，並設立研究區。 1897年，日本人鳥居龍藏第一次入內探勘，稱居民「"yami"」（雅美），這是達悟族以前被稱為雅美族的由來。