万有引力定律
当牛顿的非凡工作使万有引力定律能够以数学公式來表達后，他仍然不满于公式中所隐含的超距作用观点。他从来没有在他的文字中給出产生这种能力的原因。在其它情况下，他使用运动的现象来解释物体受到不同力的作用的原因，但是对于万有引力这种情况，他却无法用实验方法来确认运动产生了万有引力。此外，他甚至还拒绝对这个由地面产生的力的起因提出假设，而这一切都违背了科学证据的原则。
自然哲学的数学原理
在“总释”中，牛顿写下了他的一句名言：“我不做假设。”（'Hypotheses non fingo'）,以此反击第一版《原理》所遭致的批评。当时的人们认为牛顿提出的超距作用的万有引力在科学中引入了不可知力。牛顿反对这些批评，并认为实际的观测结果已经证明了万有引力的存在但没有显示这些力的来源。而且他拒绝对这个力的起因提出假设，因为这样的假设“在实验科学中并没有存在的意义”。他认为实验科学应当“从现象推出具体结论并通过归纳法推广到一般情况”。