偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
有蹄類
有蹄類的化石紀錄有中爪獸目、踝節目及多種南美洲與古近紀的分支。除蹄甲外，大部份有蹄類都發展出縮小的犬齒、丘狀齒形的臼齒及粗短的距骨。其他特徵是下前肢的融合。有蹄類的橈骨及尺骨是沿前肢融合的。這是現今大部份有蹄類的特徵，而早期的有蹄類並无這種獨有的特徵。這樣的融合可以防止有蹄類從前肢倒下。陸生有蹄類为植食性或雜食性，而鯨豚類為肉食性，甚至是掠食者。