偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
鯨河馬亞目
鲸河马亚目（学名：Whippomorpha）也作 河马形亚目，是偶蹄目的一个演化支，其涵义因引用情况而异，在默认偶蹄目包含鲸豚类时，表述为 鲸河马亚目，包含 鲸下目（鲸豚类）和 凹齿下目（河马）；在偶蹄目仅指代狭义的陆生偶蹄动物，鲸豚类独立在外（保留传统的 鲸目）时，表述为 河马形亚目，仅包括 2 种现生河马及其史前非鲸类近亲。