生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
許多真菌的結構都是微觀的，而主要巨觀的結構如子實體又非常柔軟且容易分解，因此與動植物相比，真菌的化石記錄相當稀少，且真菌化石很難與其他微生物的化石分別，除非有現生真菌與化石物種外型相似才較容易分辨。真菌的化石常與動植物的一起出現，通常經過薄切面後，使用光学显微镜或透射电子显微镜檢視觀察，研究時則會使用酸性溶液將化石周圍的基質溶解，再使用光學顯微鏡或扫描电子显微镜觀察表面的詳細構造。