厦门港
厦门港指台湾海峡西岸环厦门湾和东山湾的港区，包括东渡、海沧、翔安、招银、后石、石码、古雷、东山、云霄和诏安等十个港区。港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门为厦门港口管理局。
莆田港
秀屿港区位于湄洲湾北部，是莆田港的主港区，下辖秀屿、莆头、石门澳三个作业区及枫亭作业点。 东吴港区位于湄洲湾北部，分为罗屿、东吴、盘屿三个作业区。 罗屿作业区建成面积4.6平方公里，于2018年6月正式运营，为中国东南沿海最大的矿石码头。 兴华港区位于兴华湾，主要从事地方物资运输和陆岛间交通运输。