真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
地衣是真菌與行光合作用的藻類的共生產物，在地衣中，行光合作用的部分稱為共生光合生物（photobiont），而真菌則許多來自子囊菌門、少數來自擔子菌門。地衣存在於五大洲的所有生態系，對成土作用與演替的起始非常重要，且能生長在極端環境中，如極地、山地與半乾旱地區。地衣可以生長在其他生物難以生存的基質，如樹皮、石頭、裸土、落葉、貝殼、藤壺等。與菌根類似，藻類等共生光合生物提供真菌有機物，真菌則提供它們水分與無機鹽。地衣中真菌與共生光合生物的共生關係非常緊密，幾乎可視為一個個體，於原本的兩種生物均有相當差別。約有兩成已發表的真菌（約兩萬種）會形成地衣 。地衣的共同特色包括生長速度緩慢、體積小、壽命長、無機鹽多半來自空氣中、且耐乾旱的程度較生長在同環境的其他光合作用生物高。