菅义伟内阁
2020年8月28日，时任首相安倍晋三因健康原因宣布请辞，其后时任内阁官房长官的菅义伟于同年9月14日在执政党自由民主党总裁选举中高票当选。2020年9月16日上午，执政长达7年零8个月的安倍内阁总辞。当天下午，菅义伟在内阁总理大臣指名选举中当选新一任首相，并于晚间率领新内阁全体成员前往皇居参加总理大臣任命仪式和阁僚认证仪式。经天皇德仁任命，菅义伟正式成为日本第99任首相，菅义伟内阁也正式开始运作。
菅义伟
2020年8月28日，安倍晉三因潰瘍性結腸炎復發，宣布9月將請辭總理總裁（日本內閣總理大臣、自由民主黨總裁），作為安倍晉三左右手的官房長官菅義偉決定競逐。同年9月14日，菅義偉以377票的高票當選第26屆自民黨總裁，擊敗了以89票居次的岸田文雄以及得到68票的石破茂，在9月16日成為首位於令和時代就任的首相。菅義偉是一個「非世襲議員」（非出身政治世家）及「無派閥所屬議員」（並未參加黨內派系），卻能夠當選總理總裁，上一次自民黨選出「非世襲議員」且當選總裁，是2000年4月5日的森喜朗。並是自民黨內第一位出身秋田縣、同時也是第一位從法政大學畢業的總裁；也是繼前总理大臣鈴木善幸以来，第二位出身東北地區的總裁。 2020年菅义伟出任日本內閣總理大臣後首次遭遇日本學術會議半數成員定期改選，依照慣例舊會員退休後105名接任新会员的推荐名单由他們推薦，日本首相做形式任命，並不會對內容有更改以象徵日本學術獨立和言論自由。日本政府1983年修订的《法律案审议录》规定，日本内阁府对学术会议推荐的会员进行“形式上的任命”。时任首相中曾根康弘更曾在国会问询中明确表示：“政府不会否认学术会议推荐的人选。”強化了政府和政治人物不介入日本學術會議這一學術最高地位的運作。