深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
由于只有短波的蓝色、绿色光到达深海，许多深海鱼的眼睛只能检测到蓝光。但是属于巨口魚科的黑巨口鱼亚科和柔骨鱼亚科鱼类可识别红光，并可以利用覆盖发光器的特殊滤光器自行发出红光。使用猎物和其他捕食者无法识别的红光似乎对捕食和繁殖有益。