生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
子囊菌門是真菌中種類最多的類群，它們可經由減數分裂，在子囊中產生子囊孢子。子囊菌門的真菌包含羊肚菌、松露、多數酵母菌（念珠菌、釀酒酵母、與）以及某些蕈類，生活型態包括腐生、寄生或與藻類或藍綠菌形成互利共生的地衣。子囊菌門的重要成員還有麴黴屬、青黴菌、麥角菌與鐮孢菌屬等。有一些子囊菌只有觀察到無性生殖，沒有觀察到有性世代的紀錄，但分子序列分析足以顯示其分類屬於子囊菌門。也因為其減數分裂的產物子囊孢子會留在子囊中，而不會馬上散播出去，子囊菌門的真菌（粉色麵包黴菌）曾是遺傳學研究的重要工具。