深海魚
现已知中层带游泳深海鱼约750种，巨口鱼目所属钻光鱼科、褶胸鱼科、巨口鱼科以及灯笼鱼目所属燈籠魚科的种类和数量上领先。这些群体广泛分布於全世界海洋中（包括极地海洋），生物量巨大。其中，钻光鱼科圆罩鱼属被认为是脊椎动物中个体数最多的类群。
软骨硬鳞鱼
本亚纲包括比耶鱼目以及鲟形目等等。传统分类将多鳍鱼目（）归类于此，但本亚纲因而成为并系群，于是新的分类将多鳍鱼一支独立为腕鳍鱼纲，使本纲成为有效的单系群。新鳍亚纲是本亚纲的旁系群。 本亚纲大部分种类已经灭绝（以标示）；目前仅存鲟形目。