生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
目前被生物分类学家们正式记录与描述的真菌种类约为12万种，但人們對於世界真菌多樣性的了解仍相當有限。一項2017年的研究估計真菌種類應該介於220萬至380萬之間。歷史上有許多方法可以用來鑑定真菌物種，傳統真菌學主要以孢子或子實體的大小、形狀等形態上的特徵分辨真菌，另一種鑑定物種的方法是透過生理與生化性質，即依的結果來分辨。分子生物學興起後，DNA測序與支序分析等技術對真菌多樣性的研究起了決定性的作用，不但大大提高了對新物種的分辨能力（特別是隱真菌門等傳統上不清楚的低等真菌），也更能反映不同類群真菌在演化上的關聯。