食道癌
食道癌的化學療法由肿瘤分型而各异。常用的化疗药物是每三周给予順鉑（順一雙氨雙氯鉑，cisplatin）、卡鉑（顺二氨環丁烷铂，carboplatin）或奧沙利鉑（雙胺類環己烷草酸鉑，oxaliplatin），同时持续或每三周给予5-氟尿嘧啶（5-FU）。更新的研究结果发现，对晚期不易手术的患者，加上泛艾黴素（Epirubicin, ECF）的效果更好化疗可以作为术后巩固治疗（用来降低复发的可能）、术前巩固治疗；而对于不宜手术的情况也可用顺铂和5-氟尿嘧啶化疗。目前的临床试验着重于比较不同化疗药物组合的效果。例如已在II/III期的REAL-2试验比较了四个不同组合--泛艾黴素10公絲和順鉑或奧沙利鉑，同时不断注入氟尿嘧啶或卡培他濱（氟嘧啶氨基硝酸鹽，capecitabine）。
癌症
標靶治療從1990年代後期開始在治療某些類型癌症上得到明顯的效果，與化療一樣可以有效治療癌症，但是副作用與化療相較之下減少許多。分子標靶治療(molecular target therapy)為一種免疫療法，可針對癌細胞所特有的生長因子或接受體加以阻斷，這種療法就好比「導向飛彈」，可以精確地命中目標，專一性的抑制腫瘤細胞的生長、轉移及侵入，避免傳統抗癌藥物全面破壞所帶來不必要的副作用；此外，增強宿主免疫反應的免疫療法更是重要，其他標靶抗癌方法有：增強與肺癌有關的抗癌因子(p53)、抑制致癌因子、運送基因到癌細胞以增強對藥物感受性、標示出癌細胞以誘發免疫反應或誘導癌細胞凋亡: 這項治療的原理是使用具有專一性對抗癌細胞的不正常或失調蛋白質的小分子，例如，酪氨酸磷酸酶抑制劑伊马替尼和吉非替尼，以及單株抗體。此外也有使用小的來結合細胞表面上的受器或影響腫瘤周圍的細胞外基質，經由結合同位素與小胺基酸結構，使其專一的結合到癌細胞上，再利用放射線殺死癌細胞。