真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
許多真菌產生的代謝物可以作為藥物。最著名的例子便是包括青黴素在內的抗生素。在自然界中，真菌或細菌產生的抗生素通常有兩種功用，一是高濃度時作為抑制其他微生物生長的抑制劑，以避免其他微生物與自己競爭資源，二是低濃度時作為物種內或物種間群體感應的訊息傳遞分子 。自然界中產生的青黴素苄青黴素（由產黃青黴菌產生）可以有效殺死的細菌相對有限，但其他各式種類的青黴素可用化學方法合成，以達到更廣泛的殺菌能力，現代使用的青黴素便是半合成的產物，先由真菌合成，再針對需要的特殊性質對其進行化學修飾而得到最終產物。除了青黴素外，由真菌生產的抗生素還包括環孢素（在器官移植時用作免疫抑制劑）、夫西地酸（可用來處理耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的感染 ）與灰黃黴素（可治療真菌感染）。 另外，可以抑制羥甲基戊二酸單醯輔酶A還原酶，繼而抑制膽固醇合成的他汀類藥物，許多也是由真菌合成的，例如由合成的，以及由土麴黴與平菇合成的。真菌也能生產抑制病毒、癌細胞生長的藥物，例如產於雲芝的抗癌藥物已在歐洲與日本等地作為抗癌藥物的使用，產於香菇的香菇多糖也在日本等國被用在癌症治療中。