真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
真菌與植物形成菌根的共生關係，對植物的生長與許多生態系的維持都相當重要，超過九成的植物與真菌形成菌根，其中許多依賴菌根生存。菌根的演化歷史十分古老，早在4億年前就已出現，可以促進植物對硝酸鹽與磷酸鹽等關鍵無機鹽的吸收，在無機鹽濃度較低的土壤中尤為重要，而植物則將部分由光合作用合成的有機物提供給共生的真菌。菌根還有可能媒介植物與植物之間的物質交換，這種物質交換網稱為，其中菌異營是一個相當特殊的例子，為某些植物寄生真菌，藉由菌根從真菌體內獲取自己所需的有機物，而本身失去了行光合作用的能力，菌異營中有機物的流向與正常菌根是相反的。有些真菌生長於植物的根、芽、葉等組織中，這些真菌稱為，內生真菌與菌根一樣常是植物與真菌間的互利共生，真菌生長於植物體內獲得養份與庇護，並可提高植物對草食動物的抗性以讓植物受益。