澎湖群島
1895年4月，依據《馬關條約》第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。设澎湖岛厅，1897年改称澎湖厅。
馬祖列島
二戰結束後，中華民國收復馬祖列島，由於國共內戰因素，1948年12月10日，中華民國政府發佈全國戒嚴令，從此馬祖列島進入戒嚴，中國共產黨於1949年從中國國民黨手中接管了中國大陸地區。1949年10月1日，共產黨成立了中華人民共和國，其中包括今天福建省連江縣的行政管理。1949年底，國民黨從中國大陸撤退到臺灣，但仍擁有連江縣部分近海地區（即馬祖列島）的所有權，以及金門縣（金門列島）的大部分地區。馬祖列島全境隨即進入「軍管時期」，1950年12月15日，馬祖行政公署正式成立，當時範圍包括今連江縣（馬祖群島），以及今海島鄉、台山列島等區域，1952年，中華民國政府陸續棄守四礵、岱山（台山列島）、西洋（西洋島群）、浮鷹（浮鷹島群）四區，1953年7月上旬，國軍失守西洋島（現海島鄉）後，8月於南竿成立連江縣政府，將南竿區、北竿區改制為南竿鄉、北竿鄉，白肯區成立長樂縣政府，管轄東湧區、白肯區。9月長樂縣白肯區劃分為白肯鎮及東肯鄉。 1955年6月，中華人民共和國在福建省福州市平潭縣平潭島周圍進行大量道路和軍事建設，包括通往大陸砲兵陣地的道路，這些陣地可能被用來保護海壇海峽，該海峽被認為是對馬祖群島進行兩棲作戰的有利區域。1958年7月，解放軍開始在金門和馬祖周圍區域集結兵力，並於8月23日使用『虛打馬祖、實取金門』的戰略。開始轟炸金門，引發第二次臺海危機。