子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
海洋真菌
海洋真菌會因生長環境的不同，演化出不同的構造與生理機制，例如許多的真菌全株都生長在海水之下，它們的子囊通常成熟後很快就會溶解，使孢子被動地釋放，其子囊孢子上也有許多附屬的絲狀構造，有利於其在海水中漂流，並增加與基質接觸的機會。另外，"Abyssomyces hydrozoicus"、"Bathyascus vermisporus"與"Oceantis scuticello"等真菌分別生長於數百至數千公尺深的深海中，其生長環境水壓很大，且缺乏生長所需基質，有研究顯示生長於深海的幾種酵母菌有承受高達20-40 Mpa水壓的能力，亦有研究發現焦麴黴可以生長在數百公尺深的貝殼基質上，在10 Mpa的高壓上正常萌發、生長與產生孢子。