日本佛教
日本的佛教在飛鳥時代傳入，並於奈良時代與平安時代開始發展，為漢傳佛教的一支，以大乘佛教為主流。中国佛教已经消失的宗派如真言宗、法相宗等，在日本反而传承至今。根據美國中央情報局（CIA）的調查，神道教約佔日本人口比率70.4%，佛教徒約佔人口的69.8%（含同時信奉神道教）。根據日本文化廳每年實施的《宗教統計調查》，截至2016年12月31日，神道教的信徒有8474萬人（約佔人口68%），佛教徒有8770萬人（約佔人口70%），亦即大多數日本人同時信仰神道教與日本佛教。許多的日本人不參與任何宗教組織，只參與婚喪喜慶與祭祀等傳統上的宗教儀式；還有不少年輕人就算參加宗教儀式，卻自認為不可知論者甚至無神論者。
日本伊斯兰教
日本伊斯蘭教的歷史相對於宗教在其他附近國家的長期存在而言相對較短。伊斯蘭教是日本最小的少數民族信仰之一，在該國擁有的信徒多於巴哈伊信仰，但少於基督教。在19世紀之前，日本的穆斯林出現於比較孤立的場合。今天，穆斯林由大部分移民社區以及較小的日本民族社區組成。