生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
真菌
有些真菌能感染動植物而造成疾病，不過許多動植物已演化出抵抗真菌感染的機制，對此真菌也出現加以反制的方法，例如增加基因重組與DNA修復以修補被宿主免疫機制破壞的DNA。