皮克斯动画工作室
在艾斯纳被开除，罗伯特·艾格接任迪士尼CEO后，双方又回到了谈判桌。在此时，两个公司把分销协议扩展到定于2007年发行的《美食总动员》。但和旧协议不同，在新协议中，皮克斯负担全部制作费用，拥有所有角色的版权，而迪斯尼只负担发行的费用。2006年1月24日，迪士尼宣布以的形式，用74亿美元并购皮克斯，交易于2006年5月5日完成，并购后分销协议也终止。 通过交易，賈伯斯从持有皮克斯50.1%股份的最大股东变成持有迪士尼7%股份的最大个人股东，他不再担任皮克斯的董事长兼首席执行官，而成为迪士尼董事会的一员。约翰·拉塞特成为迪斯尼动画的创意总监（向总裁兼CEO罗伯特·艾格汇报，并向董事罗伊·愛德華·迪斯尼咨询），同时成为负责主题公园建设的華特迪士尼幻想工程的首席创意顾问。卡特莫尔仍担任皮克斯总裁，同时也是迪士尼动画工作室总裁，向罗伯特·艾格以及迪士尼动画工作室董事长汇报。该并购保证皮克斯保持运营上的独立性，例如皮克斯的人力资源政策仍维持不变。此外，皮克斯的名字仍保留下来，工作地点也维持不变。从汽車總動員开始，电影品牌的标示变为“Disney•Pixar”。
史蒂夫·乔布斯
1990年代中期，迪士尼自身的动画制作模式开始与时代脱节，而其与皮克斯動畫工作室的合作则获得极大的成功。由迈克尔·艾斯纳主导的迪士尼与皮克斯的矛盾，于2000年后爆发出来。2002年，艾斯纳公开批评苹果的软件损害创作者利益，他与乔布斯的分歧公开化，又迫使与乔布斯关系良好的离开董事会。艾斯纳强调迪士尼拥有与皮克斯合作制作的动画片的版权。2005年，在董事会的推导下，鲍勃·艾格接任艾斯纳的职位，并与乔布斯修好。最终双方达成共识，迪士尼以换股形式收购皮克斯，乔布斯以7.4%的股份成为迪士尼的大股东，卡特穆尔成为迪士尼动画的董事长，拉薩特出任首席创意官。