子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
許多生物學上的重大發現都得益於將真菌用作模式生物的研究，例如便是用粉色麵包黴菌的實驗證實的。釀酒酵母、與小巢狀麴菌也都是重要的模式生物，長久以來用於有關細胞週期、染色體結構與等真核生物遺傳學與細胞生物學的基礎研究。近年來有更多真菌被當成醫學、植物病理與工業研究的模式生物，例如人類的病原菌白色念珠菌、植物病原菌稻熱病菌與工業上常用來大量生產真核生物蛋白質的。