真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
在農業上，根據競爭排除原則，真菌若可以與有害的細菌或其他真菌競爭資源與空間，甚至寄生這些微生物，抑制有害菌，都可用作生物防治以減少病蟲害。許多真菌可抑制蟎、雜草、線蟲或其他有害於作物的真菌生長，在生物防治上產生了許多應用。蟲生真菌如、黑殭菌、、與等皆可抑制害蟲生長而用作生物農藥。"Neotyphodium"、等內生真菌生長在植物體內，可以合成生物鹼以避免植物受到草食動物啃食，這種特性也被人利用在放牧場等草地的栽培中，經由植物配種選擇分泌物只對昆蟲有毒性，而對家畜無害真菌。