冰藻
一些海冰藻分泌胶状的（EPS）——聚冰蛋白质（ice-binding proteins，IBP）以保护细胞免遭水分子结冰膨胀和结冰—融冰循环的损害。EPS能够改变冰的微结构，为以后的藻类爆发创造环境。居住在冰面的藻类还会分泌一种天然色素来抵御紫外线的侵害。这种叶黄素能够在春季融冰时保护藻类，使其不被能够穿过液态水的紫外线辐射。海冰藻对光照的高效利用能够在春季刚来临时形成较多的聚落，进而产生大量叶黄素形成保护。
囊泡藻类
许多囊泡藻界生物对生态系统有巨大的影响，往往是有害的影响。腰鞭毛虫门产生的赤潮会导致鱼类大量死亡，危害牡蛎的收获。顶复门是很多很成功的动物寄生虫. 卵菌纲的水霉会造成严重的植物病害. 实际上正是致病疫霉(Phytophthora infestans)引起了1845年-1852年的爱尔兰大饥荒. 但是，囊泡藻界的很多物种在生态系统中发挥了重要作用。硅藻是地球上重要的光合作用生物。褐藻产生了大量水下"森林"为海洋生物提供了栖息地与膳食。