菲律宾群岛
虽然岛群没有地方政府和首府，但一些城市已经成为岛群的政治、经济和文化中心。马尼拉是国家首都，尽管邻近的前首都奎松市的居民比马尼拉多，马尼拉是吕宋的事实上的首都。米沙鄢群岛的主要城市是宿务岛上的宿务市。棉兰老岛的主要城市是东南部的达沃市。
菲律宾驻吉隆坡大使馆
由于北婆罗洲的领土纠纷，菲律宾大使馆在1960年代两次被勒令关闭。1963年9月16日，马来亚成立了马来西亚联邦，北婆罗洲是其中的一个会员国。菲律宾政府因无法就对北婆罗洲的要求达成令人满意的解决方案而关闭大使馆，并召回了所有马来西亚的外交官，以迫使马来西亚政府解决争端，两国之间的外交和领事关系直到1964年5月才恢复。1968年11月，在菲律宾国会议员小贝尼格诺·阿基诺揭露事件后，声称费迪南德·马科斯正在训练一支部队准备进攻马来西亚并夺回沙巴领土，导致马来西亚中断了与菲律宾的所有外交关系。菲律宾总统费迪南德·马科斯也下令大使馆再次关闭。