子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
植物
大部份植物的根系會和不同的真菌有[[互利共生|互利]][[共生]]的關係，稱之為[[菌根]]。真菌會幫助植物從土壤中獲得水份和礦物質，而植物則會提供真菌從光合作用中組成的碳水化合物。一些植物會提供[[內生生物|內生]]真菌居所，而真菌則會產生毒素以保護植物不被草食性動物食用。植物的根系也可与细菌共生，形成根瘤，是根上的瘤状突起，如[[豆科]]植物、[[木麻黄]]、[[罗汉松]]、[[杨梅]]等，能够与土壤中的[[根瘤菌]]共生，根瘤菌能将空气中的氮转变为氨，提供给植物，同时根瘤菌可以从植物的根中吸取水分和养料，供自身生长发育所需。