子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
胞質融合
胞質融合（）是真菌有性生殖的一個過程，兩株真菌菌絲體菌絲的細胞質發生融合，但細胞核尚未融合，使融合後的細胞中同時具有兩個單套的細胞核。胞質融合的下一步驟為，即兩細胞核融合為一個兩倍體的細胞核，並進行減數分裂產生孢子。在子囊菌門與擔子菌門等高等真菌中，胞質融合與核融合中間間隔的時間很長，期間真菌細胞維持異質雙核的狀態，稱為，在低等真菌中，胞質融合後核融合則通常會立刻發生。