子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌修復
分解作用是真菌在生態系中所扮演的重要角色之一，由菌絲體往體外分泌酵素達成。木質素和纖維素是植物纖維的兩個主要組成部分。許多真菌可體外分泌酸性物質與酵素以分解纖維素與木質素等大分子物質，進行胞外消化，許多有機汙染物也有類似這些物質的長碳鏈結構。真菌修復的關鍵是找出可分解特定汙染物的真菌種類，已有某些種的真菌被發現有分解VX (神經毒劑)和沙林的能力。