真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
真菌
子囊菌門是真菌中種類最多的類群，它們可經由減數分裂，在子囊中產生子囊孢子。子囊菌門的真菌包含羊肚菌、松露、多數酵母菌（念珠菌、釀酒酵母、與）以及某些蕈類，生活型態包括腐生、寄生或與藻類或藍綠菌形成互利共生的地衣。子囊菌門的重要成員還有麴黴屬、青黴菌、麥角菌與鐮孢菌屬等。有一些子囊菌只有觀察到無性生殖，沒有觀察到有性世代的紀錄，但分子序列分析足以顯示其分類屬於子囊菌門。也因為其減數分裂的產物子囊孢子會留在子囊中，而不會馬上散播出去，子囊菌門的真菌（粉色麵包黴菌）曾是遺傳學研究的重要工具。