深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
许多深海生物，包括深海鱼类，使用自己产生的萤光素发光。发光器的数量一般很大，可以达成百上千个。发光器的开口可伴随有透镜或类似滤光片的结构，这有助于调节光量，照射方向和发光颜色。