MG149案
10月6日，台大醫院院長黃冠棠出席立法院財政、教育聯席委員會，在接受質詢时，他坦承不知柯P內設MG149私規，且柯「用字確實不恰當」，台大医院不准許私設帳戶，他寧可相信MG149中的私帳是柯自己的互助會。至於被問到柯文哲設置私帳，並接受廠商捐款，有沒有違法？有沒有道德瑕疵？黃冠棠當場表示：「我認為是有，但這部分已經到檢調，所以由檢調認定這個情況。」
柯文哲
2011年8月24日，臺灣發生首例的愛滋病患者器官移植案。由柯文哲負責的臺大醫院器官移植團隊將愛滋病患者器官移植给了五名病人。衛生署認定柯文哲有督導之責，對他進行懲處。2012年，監察院認為器官移植辦法由柯文哲擬定，認定柯文哲應負「嚴重行政疏失責任」，通過彈劾案，公懲會決定懲處「降兩級改敘」。但柯文哲為公立學校（臺大醫學院）教師身份，朱武獻認為據1992年大法官解釋，柯文哲非《公務員服務法》規範的公務員，監察院與公懲會應無管轄權。臺大醫院在收到監察院公文後，決定扣薪處份。其妻陳佩琪醫師對此感到不滿，於8月20日召開記者會批評臺大，部份醫界人士對柯文哲進行連署聲援。