深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
大洋帶
由于透光层带以下区域的皆非常黑暗，许多在深海中生存的生物没有眼睛，或者自行發光。光线通常為蓝绿色，因为许多海洋生物都对蓝光敏感。两种化学物质，萤光素和萤光素酶相互反应，产生柔和的光線。生物发光的产生过程与荧光棒破裂时的发生过程非常相似。从诱饵到航行，深海生物都使用生物发光。