深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
十字蛸
十字蛸所屬的十字蛸屬為唯二可進行生物發光的章魚。十字蛸在每條觸腕的下側的每對鬚中間具有發光器，每條觸腕共約有40個發光器，可發出藍綠色的光，越靠近觸腕末端發光器的排列就越密集，但發出的光也越弱。十字蛸亮度較弱的發光器會持續發光，而亮度較強的發光器則會進行週期性的開關，造成類似閃爍的效果。發光器的作用相信是用來自我防衛，用來嚇唬掠食者；或是用來吸引浮游性的甲殼類。發光器也可能用來吸引異性，但這項理論多半不受到支持，因為在雌性、雄性以及未成年的個體上均有觀察到發光的行為。