偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
蛔形下目
而本目過往在某些分類曾被歸到小桿亞綱去，但不論從形態學還是DNA序列數據來看，都明確地顯示應該將牠們分配到旋尾亞綱（Spiruria）去。儘管有時（Oxyurida）跟Rhigonematida會被歸到蛔目之下的尖尾總科，但這兩動物與蛔蟲的關係沒有比其他旋尾亞綱物種更親近。現時在最新的分類，蛔蟲目是色矛綱色矛亞綱之下13個目之一，但，「蛔蟲目」這個分類單元之下已不再包括任何物種。