深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
深海魚
微弱的阳光能到达约1000米的深度（根据透明度的不同而不同），因此生活在该区域的一些深海鱼类的具有非常大的眼睛。另有至少11个深海鱼类群具有管状眼，包括珠目魚科、褶胸魚科和鑽光魚科。因为光经散射和折射到达深海，无论太阳的位置如何，光总是从正上方射下且直至日落光强几乎不变。除了巨尾魚科等少数例外，大多数管状眼睛都竖直向上，以接受海平面来的光线。