乌干达
非洲最大的河流白尼羅河，亦發源在維多利亞湖，流經烏干達全境後，向北進入南蘇丹、苏丹和埃及，再注入地中海。此外，東西部國境線和國內的其他地區，也有很多湖泊穿插其間，使烏干達增加了不少自然上的美景。全國湖泊面積共有35436平方公里，各地沼澤面積共約14567平方公里。
尼罗河
有人认为尼罗河的源头是维多利亚湖。但是有一些相当大的河流注入维多利亚湖。其中最远的源头位于卢旺达的纽恩威森林。通过魯卡拉拉河、穆沃戈河、尼亚巴隆哥河和卡盖拉河在坦桑尼亚城市布科巴附近注入维多利亚湖。 在乌干达金贾附近尼罗河通过瑞本瀑布离开维多利亚湖，在这里它被称为维多利亚尼罗河。它长约500公里，它流经基奥加湖注入艾伯特湖，此后被称为艾伯特尼罗河。然后它流过苏丹，在这里被称为贾贝尔河（山河）。