子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
雌雄異體
因為真菌的配子大小通常未分化，在真菌中通常不用雌雄（以配子的大小定義）來區分性別，而是依交配時細胞核移動的方向區分提供方（doner）和接受方（recipient）。在真菌的交配過程中，提供方的將細胞核交給別接受方，然後在接受方原有的細胞核和提供方提供的細胞核會融合成為合子，而後經減數分裂形成孢子。所謂雌雄異體的真菌，即是一個個體只能在交配時充當提供方或接受方其中之一，而雌雄同體的真菌在交配時則可擔任任一方的角色。