生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
植物病理學
真菌的有性生殖和無性生殖都是經由生產孢子和其它結構的繁殖。 顯著植物病原真菌包括：卵菌綱不是真正的真菌，而是類似真菌的生物。它們包括一些最具破壞性的植物病原體，包括屬，其中包括馬鈴薯晚疫病和橡樹猝死的致病因子。卵菌綱的某些特定物種导致根腐病。