生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
胞質融合
胞質融合（）是真菌有性生殖的一個過程，兩株真菌菌絲體菌絲的細胞質發生融合，但細胞核尚未融合，使融合後的細胞中同時具有兩個單套的細胞核。胞質融合的下一步驟為，即兩細胞核融合為一個兩倍體的細胞核，並進行減數分裂產生孢子。在子囊菌門與擔子菌門等高等真菌中，胞質融合與核融合中間間隔的時間很長，期間真菌細胞維持異質雙核的狀態，稱為，在低等真菌中，胞質融合後核融合則通常會立刻發生。