明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
清朝
明朝崇禎末年，民變勢力（史稱“流寇”）如李自成於陝西西安建國大順，張獻忠於四川成都建國大西。1644年李自成經河南、山西順利地攻入北京，明思宗在煤山上吊自殺，明亡。同年山海關守將吳三桂不願投降大順。面對李自成的順軍，吳三桂引清兵入關，於一片石戰役擊敗順軍，史稱甲申之變。李自成放棄北京，率軍退回陝西。清朝攝政王多爾袞成功迎順治帝入關，順治在北京天壇圓丘行祭天之禮，祝文宣布受天命、建王朝，名稱仍用大清國號，並將首都遷到北京。同一時間，明朝馬士英擁護福王在明朝陪都南京应天府稱帝，即弘光帝，南明成立。然而弘光朝因為黨爭與宦官之亂而混亂分裂。