江户时代
江戶時代（1603年－1867年），又稱德川時代，是指日本歷史中在江户幕府（德川幕府）統治下的時期，從慶長八年二月十二（1603年3月24日）德川家康被委任為征夷大將軍在江戶（現在的東京）開設幕府時開始，到慶應三年十月十四（1867年11月15日）大政奉還後結束，為期264年。江户时代是日本封建統治的最後一個時代。在江戶幕府時期，征夷大將軍是實際上政權的控制者、國家的最高領導人，號稱日本國大君，日本天皇朝廷不過是被幕府架空甚至被監控的象徵性元首。
长崎县
江戶幕府成立之後，長崎地區仍然維持了平戶藩、平戶新田藩、島原藩、對馬藩、福江藩、大村藩等諸小藩並存的局面。江戶時代的長崎縣內分為1幕府領、6藩、5領，局勢極為複雜。1612年（慶長17年）之後，德川家康更發布禁教令，對天主教嚴加鎮壓。在江戶時代初期，平戶和長崎都是獲得幕府許可的貿易據點。1637年（寬永14年），島原藩爆發島原之亂。幕府將這一事件定性為天主教徒的一揆，對天主教的鎮壓更加嚴厲，並開始實施鎖國政策。1641年（寬永18年），幕府驅逐居住在長崎的葡萄牙人，並將平戶的荷蘭商館遷到長崎，獲得幕府許可與西洋進行貿易的地點集中到長崎一地。另一方面，長崎地區在江戶時代仍有眾多天主教信徒在私下信仰天主教。現在長崎縣的天主教信徒比例仍然大幅高於日本平均水準。