真菌
真菌的無性生殖有透過產生無性孢子與等機制，前者包括以孢子囊、等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。不完全菌是一個舊時的分類名詞，指未觀察到有性世代的真菌，現在分類學上已不使用此名詞，但仍可以用來泛指缺乏有性世代的真菌。
真菌
真菌與植物形成菌根的共生關係，對植物的生長與許多生態系的維持都相當重要，超過九成的植物與真菌形成菌根，其中許多依賴菌根生存。菌根的演化歷史十分古老，早在4億年前就已出現，可以促進植物對硝酸鹽與磷酸鹽等關鍵無機鹽的吸收，在無機鹽濃度較低的土壤中尤為重要，而植物則將部分由光合作用合成的有機物提供給共生的真菌。菌根還有可能媒介植物與植物之間的物質交換，這種物質交換網稱為，其中菌異營是一個相當特殊的例子，為某些植物寄生真菌，藉由菌根從真菌體內獲取自己所需的有機物，而本身失去了行光合作用的能力，菌異營中有機物的流向與正常菌根是相反的。有些真菌生長於植物的根、芽、葉等組織中，這些真菌稱為，內生真菌與菌根一樣常是植物與真菌間的互利共生，真菌生長於植物體內獲得養份與庇護，並可提高植物對草食動物的抗性以讓植物受益。