臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
澎湖之役 (1895年)
1895年1月13日，日軍大本營又決定在攻佔威海衛後要編組一支艦隊配屬一支陸軍支隊去攻佔澎湖作為基地，以殲滅清朝在南方的剩餘艦隊並緝捕走私戰時管制物的船隻，並於隔天參照所得到的情資進行編組，最後組成的南方派遣艦隊於3月12日集結於佐世保軍港，因天候不佳，直到3月15日才出發。