真菌繁殖
真菌繁殖是一種由交配型控制的複雜過程。 調查顯示出真菌繁殖已經集中在幾個特定不同表現的物種。 不是每個真菌都有產生性別，即使有產生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不適用在真菌界之中的許多物種。 同配子生殖的物種能讓相同的交配型繁殖，而異配子生殖的物種只能讓不同的交配型繁殖。  同配生殖的真菌中可能只包括從一個細胞到另一個細胞核的轉移。 營養不兼容的物種通常阻止一個真菌和另一個真菌單獨繁殖。 相同的不兼容孤立物種無法繁殖或有效繁殖。 經報告出來的變異型包括同化學型繁殖， 孢子體至配子體的繁殖以及粒線體的雙親轉換。
真菌
壺菌與現在已獨立出去的新美鞭菌門、、芽枝黴門，以及新加入真菌界的隱真菌門與Aphelidiomycota等類群具有，動孢子具有鞭毛而可以在水中移動，因此壺菌早期曾被歸為原生動物，後來rDNA序列分析顯示壺菌屬於真菌，而且也是真菌演化上較早分支的類群。 芽枝黴門以前認為是壺菌的一支，不過新研究顯示芽枝黴門不屬於壺菌，且可能是雙核亞界與原屬接合菌門的所有真菌的姊妹群，在演化上比壺菌晚分支出去。芽枝黴門多為腐生，以分解有機質為生，其成員可寄生於許多真核生物。與壺菌不同的是芽枝黴門的生活史存在世代交替。