臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
釣魚臺列嶼主權問題
中華人民共和國政府與中華民國政府均认为釣魚台列嶼自明朝時期已成为领土，但在1895年被日本所占领，并認為日本在二战后应将釣魚台列嶼与台湾一并归还中国。但是二戰结束後，该島嶼实际由美國控制，直至1972年5月15日美國將琉球群島管理權移交日本，同時一併將釣魚台列嶼的行政管轄權也交給日本。