日本佛教
日本的佛教在飛鳥時代傳入，並於奈良時代與平安時代開始發展，為漢傳佛教的一支，以大乘佛教為主流。中国佛教已经消失的宗派如真言宗、法相宗等，在日本反而传承至今。根據美國中央情報局（CIA）的調查，神道教約佔日本人口比率70.4%，佛教徒約佔人口的69.8%（含同時信奉神道教）。根據日本文化廳每年實施的《宗教統計調查》，截至2016年12月31日，神道教的信徒有8474萬人（約佔人口68%），佛教徒有8770萬人（約佔人口70%），亦即大多數日本人同時信仰神道教與日本佛教。許多的日本人不參與任何宗教組織，只參與婚喪喜慶與祭祀等傳統上的宗教儀式；還有不少年輕人就算參加宗教儀式，卻自認為不可知論者甚至無神論者。
東京都
日本最大的新教團體日本基督教團在東京都設有兩個教區。天主教東京總教區是天主教會在日本的三個總教區之一，也是信徒數最多的日本天主教會教區，主教座堂位於東京都文京區的關口教會。位於東京都千代田區的尼古拉堂是日本正教會的總部。截至2018年，東京都有超過800座基督宗教的教堂，基督徒近87萬人。東京都亦有伊斯蘭教、印度教信徒，大多是在日外國人。