藏傳佛教
现代藏传佛教派别主要是在后弘期中逐渐形成的。其主要分为四大主流派别，分别为：宁玛派、噶举派、萨迦派及格魯派。在中文中，这四主流派别因其服饰及建物之特色而常被称为红教、白教、花教及黄教。其中，宁玛派是藏传佛教中历史最悠久的，萨迦派是以位于西藏南部的萨迦寺命名的。以下列表不分先后顺序：現在一般称呼的「黑教」是藏族的苯教之俗称，是佛教传入以前的西藏本土宗教。苯教是一种祭祀大地山河的泛灵信仰，後來一部分教士吸收了佛法名词及教义，在佛法传入西藏之后，苯术已不如佛教盛行。苯教在藏傳佛教勢力較薄弱的地區，如四川、青海一带仍有不少的信徒和寺廟。
如來藏學派
唐朝賢首法藏在為堅慧《大乘法界無差別論》所做注疏中，認為大乘佛教在中觀與唯識之外，有馬鳴、堅慧所立如來藏緣起宗，這是文獻上最早將如來藏學派立為獨立學派的開端。其後繼者圭峰宗密將大乘佛教區分為三宗：法相宗（唯識）、破相宗（中觀）、法性宗，認為法性宗並不屬於空宗或中觀宗的範圍，並舉出十種差異，其所稱的法性宗，相當於賢首法藏所稱的如來藏緣起宗。永明延壽《宗鏡錄》也曾引述圭峰宗密的見解。