生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
雌雄異體
因為真菌的配子大小通常未分化，在真菌中通常不用雌雄（以配子的大小定義）來區分性別，而是依交配時細胞核移動的方向區分提供方（doner）和接受方（recipient）。在真菌的交配過程中，提供方的將細胞核交給別接受方，然後在接受方原有的細胞核和提供方提供的細胞核會融合成為合子，而後經減數分裂形成孢子。所謂雌雄異體的真菌，即是一個個體只能在交配時充當提供方或接受方其中之一，而雌雄同體的真菌在交配時則可擔任任一方的角色。