子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
有性生殖
很多原生生物和單細胞的真菌會有性繁殖。虽然它们是单细胞，但在繁殖的时候，会出現“父细胞”和“母细胞”结合起来的現象。然后，它们的基因信息合成一个新的形式，接著透过減數分裂产生了后代。