自然资源部第二海洋研究所
1965年12月国家海洋局第二海洋研究所成立。1973年12月，海洋二所由宁波市迁至杭州市。1978年成立海洋遥感技术应用研究室。1980年，浙江省海洋学会挂靠海洋二所成立。1992 年，国家海洋局海洋工程勘测设计研究院成立。1997 年，国家海洋局海底科学重点实验室成立。1999年，国家海洋局海洋动力过程与卫星海洋学重点实验室成立。2003年设立博土后科研工作站。2005年，国家海洋局海洋生态系统与生物地球化学重点实验室成立。2018年11月，更名为自然资源部第二海洋研究所。
自然资源部海啸预警中心
为预防中国沿海地区可能遭受到的海啸，国家海洋局在其于2006年1月发布的《2006年中国海洋灾害公报》中指出，该局将于2年内通过搭建海啸观测台站等措施，以加强海啸预警和监测工作。2011年，时任国家海洋环境预报中心副主任于福江表示，中国当时建立的海啸预警机制可在两分钟内对近海海啸发出预警，而远海海啸则可在15分钟内发出预警，但当时中国还没有建立任何一个海啸预警中心，仅有一个国家海洋局下属的部门来管理中国地区的海啸预警工作。2013年，国家海洋局海啸预警中心在北京市海淀区成立，该中心依托国家海洋环境预报中心运作，该中心的成立被认为标志着中国海啸预警业务工作驶入快车道。