明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
南京市
1356年，朱元璋攻占集庆，改为应天府，南京成為抗元基地所在地。1368年，朱元璋建立明朝，以应天为京师，当年明军攻入元大都，南京第一次成为大一统王朝的京城（之前六朝、五代十國楊吳/南唐及南宋均為偏安江南的政權），次年建筑南京城，迎来历史上的第二次高峰。明初京师总人口约70万人，其中居民约47万人、卫戍部队20万人，是当时全国人口最多的城市。保留至今的南京城墙、明孝陵等建筑以及明故宫就是这一时期修建的。