臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
南小島
1895年1月14日，日本政府以無主地先佔原則宣布正式將釣魚臺以及周遭的島嶼納入沖繩縣管理範圍，而這也包括作為釣魚臺列嶼之一的南小島。同年4月17日，於甲午戰爭中戰敗的大清帝國和大日本帝國簽訂《馬關條約》，清朝割讓臺灣以及附屬島嶼給與日本，中國政府主張釣魚台列嶼包含在該條約中被割讓的臺灣附屬島嶼。