上清派
上清派强调人体内精气神的修炼，重登斋入靖、存思诸神形象，不重炼外丹。该派开创人物认为依上清法修行得道、即可升入“上清”，主神為元始天王（後稱元始天尊），比天师道主神太上老君的“太清”更高。上清派的开创人物均为門閥人物，上流社會出身，有较高的文化修养，和统治阶级上层亦有联系。上清派的出现，反映了民间道教转向士大夫道教发展的变化。
道经
明代《正統道藏》視「洞真部」為元始天尊所說，「洞玄部」為靈寶天尊所說，「洞神部」為太上老君所說，對道經的分類就不盡合其源流。如上清經當入《洞真部》，而今大多入《正一部》；《度人經》諸家注當入《洞玄部》，而今入《洞真部》；道家諸子註疏當入《太玄部》，而今入《洞真部》。《道藏輯要》參照明代道藏，將「三洞」及受啟於「三清」的道書放在前面。