生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
海洋真菌
海洋真菌會因生長環境的不同，演化出不同的構造與生理機制，例如許多的真菌全株都生長在海水之下，它們的子囊通常成熟後很快就會溶解，使孢子被動地釋放，其子囊孢子上也有許多附屬的絲狀構造，有利於其在海水中漂流，並增加與基質接觸的機會。另外，"Abyssomyces hydrozoicus"、"Bathyascus vermisporus"與"Oceantis scuticello"等真菌分別生長於數百至數千公尺深的深海中，其生長環境水壓很大，且缺乏生長所需基質，有研究顯示生長於深海的幾種酵母菌有承受高達20-40 Mpa水壓的能力，亦有研究發現焦麴黴可以生長在數百公尺深的貝殼基質上，在10 Mpa的高壓上正常萌發、生長與產生孢子。