日本宗教
對一般的日本人來說，「宗教」或「信仰」，指的是參加宗教組織，（如教會、念佛社等），因此當日本人被問及「你屬於那個宗教信仰？」根據日本放送協會（NHK）的研究，大部分日本人會表示「無宗教，無信仰，或神道與民間信仰」，只是指他不屬於任何宗教組織，但其實一般日本人同時採用神道與佛教習俗且時常參拜神社與寺院。1996年，阿滿利麿（Ama Toshimaru）在《日本人為甚麼無宗教信仰》中解釋，多數日本人不參加宗教組織，但會經常祈求和祭祖、祭拜神靈，如果依照文化上的定義，這些日本人屬於神道與佛教的信徒。根據皮尤研究中心在2010年的調查，超過半數的日本人沒有明確的宗教信仰。
東京都
日本最大的新教團體日本基督教團在東京都設有兩個教區。天主教東京總教區是天主教會在日本的三個總教區之一，也是信徒數最多的日本天主教會教區，主教座堂位於東京都文京區的關口教會。位於東京都千代田區的尼古拉堂是日本正教會的總部。截至2018年，東京都有超過800座基督宗教的教堂，基督徒近87萬人。東京都亦有伊斯蘭教、印度教信徒，大多是在日外國人。