澎湖群島
1895年4月，依據《馬關條約》第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。设澎湖岛厅，1897年改称澎湖厅。
南小島
1895年1月14日，日本政府以無主地先佔原則宣布正式將釣魚臺以及周遭的島嶼納入沖繩縣管理範圍，而這也包括作為釣魚臺列嶼之一的南小島。同年4月17日，於甲午戰爭中戰敗的大清帝國和大日本帝國簽訂《馬關條約》，清朝割讓臺灣以及附屬島嶼給與日本，中國政府主張釣魚台列嶼包含在該條約中被割讓的臺灣附屬島嶼。