藏傳佛教
现代藏传佛教派别主要是在后弘期中逐渐形成的。其主要分为四大主流派别，分别为：宁玛派、噶举派、萨迦派及格魯派。在中文中，这四主流派别因其服饰及建物之特色而常被称为红教、白教、花教及黄教。其中，宁玛派是藏传佛教中历史最悠久的，萨迦派是以位于西藏南部的萨迦寺命名的。以下列表不分先后顺序：現在一般称呼的「黑教」是藏族的苯教之俗称，是佛教传入以前的西藏本土宗教。苯教是一种祭祀大地山河的泛灵信仰，後來一部分教士吸收了佛法名词及教义，在佛法传入西藏之后，苯术已不如佛教盛行。苯教在藏傳佛教勢力較薄弱的地區，如四川、青海一带仍有不少的信徒和寺廟。
元朝
各類佛教中以藏传佛教最為興盛. 藏传佛教約唐中期自吐蕃傳入唐朝，專以祈禱禁咒為事。漢傳佛教在唐武宗时遭受打擊，宋朝時只剩禪宗慢慢恢復，然敵不過道教與理學。藏传佛教中，薩迦派（花教）自窩闊台汗至元世祖期間逐漸获得蒙元朝廷的尊重。忽必烈早在攻擊吐蕃時即於薩迦派的喇嘛扮底達講和，而後扮底達的繼承人八思巴被元世祖奉為國師（後升為帝師），賜玉印，任中原法王，命統天下佛教，並兼任總制院（後改名為宣政院）使來管理吐蕃（今西藏）事務，這是以宗教領袖統治西藏地區之始。八思巴還為元朝建立八思巴文。藏传佛教在元朝皇帝的推崇下，在社會與政治上均有極高的地位。諸位元朝皇帝均受藏传佛教的戒律，藏传佛教也逐漸推廣到蒙古各部。然而皇室用於佛事之錢要占國家財政支出一半（皇帝即位前要灌顶），寺院也擁有龐大的產業，部分喇嘛也驕縱不法，危害社會。例如元世祖時，江南佛教總統喇嘛楊璉真珈喜好掘墓，曾挖掘宋朝諸陵與諸大臣墳墓百餘所；包庇平民不輸租賦者，達兩萬三千戶，其餘如奪人產業，姦污婦女等類之事，更為常見。