首都
在中國，明朝從應天府（今南京）遷都北平府（改稱順天府，又稱北京），加強北方边防，以防滿蒙兩族侵擾邊疆。李自成佔領首都後，明朝大致滅亡（南明──幾個由明朝皇室在南方建立的流亡政權──則繼續聲稱作為明室正統而存在）。而滿洲人在崇禎十七年五月初二(1644年6月6日)進入北京，将首都从沈阳迁往北京，則代表了正式的權力轉移。這樣的格局在中國歷史屢見不鮮，及至20世紀傳統儒家政體垮臺。滿清覆亡後，基於地方分權及交通技術的改進，國民政府得以在中國抗日戰爭時期迅速遷都，並維持其原有的領導架構。1949年因中國共產黨在中國大陸建立中華人民共和國之后，中華民國政府也從南京遷都至台北市。
明朝行政區劃
都指挥使司方面，明朝共有16个都司、5个行都司、2个留守司。16個都司中，有13個都司与布政使司同名，其它3個分別是北直隸境內的萬全都司、大寧都司和山東省的遼東都司。5个行都司分别是陕西（治甘州衛，今張掖市）、四川（治建昌衛，今西昌市）、湖廣（治郧阳衛，今郧县）、福建（治建寧府，今建瓯市）、山西（治大同府）。2个留守司是洪武年間设置的中都留守司（今鳳陽縣）和嘉靖年間置于承天府（今湖北鍾祥市）的兴都留守司。此外，还有统辖黑龙江、松花江流域和库页岛等地的奴儿干都司，在政教合一的青海、西藏地区设置有乌斯藏、朵甘二都司（但国际上对明朝是否实际统治了西藏存在较大的争议，請參詳明朝治藏歷史），另有置于今甘肃、青海交界地区的哈密、曲先等卫，不过这些属于羁縻性质，与内地的都司、行都司性质不同。