明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
中国首都
南京为东吴、东晋、劉宋、南齊、南梁、南陳、楊吳（933－937年作为首都）、南唐、南宋（1129－1138年为实际首都）、明、太平天国、中华民国共12朝代首都。随着1912年北洋政府的建立，由南京迁都北京。1927年国民政府北伐胜利后，复定都南京。抗日戰爭期间，1937年国民政府迁往重庆，陪都重庆为临时首都。1945年抗战胜利后，國民政府還都南京。1949年蔣中正領導中华民国政府撤退到台灣，台北市成为实际的中华民国首都。中华民国政府传统上认为南京仍为中华民国理论上的正式首都，但在《中华民国宪法》中没有明定首都，所以南京并非中华民国的“法定首都”。2000年民進黨執政後，總統、行政院長、台北市長等都在公開場合口頭表示過台北市是中華民國首都。2002年起，中華民國所出版之大陸地區地圖已改依現況處理，因而為將南京註記為江蘇省省會。