子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
許多真菌產生的代謝物可以作為藥物。最著名的例子便是包括青黴素在內的抗生素。在自然界中，真菌或細菌產生的抗生素通常有兩種功用，一是高濃度時作為抑制其他微生物生長的抑制劑，以避免其他微生物與自己競爭資源，二是低濃度時作為物種內或物種間群體感應的訊息傳遞分子 。自然界中產生的青黴素苄青黴素（由產黃青黴菌產生）可以有效殺死的細菌相對有限，但其他各式種類的青黴素可用化學方法合成，以達到更廣泛的殺菌能力，現代使用的青黴素便是半合成的產物，先由真菌合成，再針對需要的特殊性質對其進行化學修飾而得到最終產物。除了青黴素外，由真菌生產的抗生素還包括環孢素（在器官移植時用作免疫抑制劑）、夫西地酸（可用來處理耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的感染 ）與灰黃黴素（可治療真菌感染）。 另外，可以抑制羥甲基戊二酸單醯輔酶A還原酶，繼而抑制膽固醇合成的他汀類藥物，許多也是由真菌合成的，例如由合成的，以及由土麴黴與平菇合成的。真菌也能生產抑制病毒、癌細胞生長的藥物，例如產於雲芝的抗癌藥物已在歐洲與日本等地作為抗癌藥物的使用，產於香菇的香菇多糖也在日本等國被用在癌症治療中。