江户幕府
德川幕府由德川家康在关原之战胜利后建立，结束了足利幕府崩溃后的日本战国时代。德川家康成为幕府将军，德川家与大名一并统治日本。德川幕府以严格的阶级制度组织日本社会，并实行锁国政策，禁止大多数外国人入境，以促进政治稳定。德川幕府实施封建的政治制度治理日本，领主称之为大名，而领地为其“藩”。在德川幕府时期，日本经历了快速的经济增长和城市化，导致了商人阶层和浮世绘等文化的兴起。
東京都
伊豆群島在江戶時代是德川幕府的直轄地，由伊豆代官統治。同時伊豆群島在江戶時代也是犯罪者的流放地。但這些流放者也為伊豆群島帶來了新技術，促進了伊豆群島的發展。 明治新政權成立時，政府內部對首都地點的意見並不統一，大久保利通主張遷都大阪，而前島密主張遷都江戶。此後遷都江戶派逐漸佔據優勢，而大久保等人也接受了這一主張。1868年，日本政府宣布將江戶改名為東京，江戶城改作為皇居使用，實質遷都東京。但為緩和遷都後公家及京都地區的強烈不滿，明治新政權使用「奠都」而非「遷都」一詞，在名義上實行東西兩京制。1868年9月3日，東京府正式成立。同年和東京府接壤的近郊農村地區設立了。東京府最初的管轄地區僅相當於江戶的町人地，而佔江戶面積約60%的武家地在當時幾乎是荒廢狀態。對此新政府在決定將武家屋敷開墾為桑田或茶田以換取外匯（但這些農田大多因收成欠佳而在後來改為農場），並將部分規模較大的屋敷改建為政府辦公場所或軍用地。現在的赤坂離宮、新宿御苑、明治神宫等大規模綠地也曾是武家屋敷。1871年廢藩置縣後，日本政府設立了新的東京府。在經過數次合併後。1873年時的東京府轄區範圍基本接近現東京都區部的範圍。