臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖之役 (1895年)
而在澎湖之役發生前，1895年2月中旬，在日本的外籍記者幾乎都以為日軍將在3月進攻北京，僅美國記者約翰·庫克立爾（John Cockerill）認為日本不管是以武力佔領或條約割讓方式都一定會要取得臺灣與澎湖，遂建議禮密臣前往臺灣採訪。禮密臣後來在2月底離開日本，於3月21日抵達廈門，此時廈門有謠傳說日軍艦隊已經封鎖了北臺灣，後來他搭乘暫從貨船改為客船的北京號（Pecking）前往臺灣，於3月23日抵達（日軍亦在此日正式進攻澎湖本島）。