乌干达
非洲最大的河流白尼羅河，亦發源在維多利亞湖，流經烏干達全境後，向北進入南蘇丹、苏丹和埃及，再注入地中海。此外，東西部國境線和國內的其他地區，也有很多湖泊穿插其間，使烏干達增加了不少自然上的美景。全國湖泊面積共有35436平方公里，各地沼澤面積共約14567平方公里。
肯尼亚
肯尼亚河流、湖泊众多，塔纳河是肯尼亚最长的河流，全长800公里，自西向东注入印度洋；阿西-加拉纳河为第二长河，全长390公里，流域面积达7万平方公里。另外，埃瓦索恩吉罗河是肯尼亚北部地区的主要水源，最後流入東非大裂谷東部的納特龍湖。納特龍湖水深少於3公尺，湖水蒸發令湖泊有高濃度的礦物質。维多利亚湖位于肯尼亚以西，面積68,870平方公里，僅次於蘇必略湖，是非洲面积最大的淡水湖和世界第二大淡水湖。图尔卡纳湖绝大部分位于肯尼亚北部境内，仅最北端位于埃塞俄比亚境内，总面積6405平方公里，是肯尼亚最大的湖泊。该湖属于鹹水湖，由於無湖水流出口，導致鹽度持續增加，其湖水不能用于灌溉。图尔卡纳湖国家公园现已被联合国教科文组织列为世界遗产，湖东岸是希比罗依国家公园，而湖中则是和。