日本
神道與佛教是日本的主要宗教。現在大多數日本人心理上并沒有特定的宗教信仰，但是日本人生活中的許多儀式和活動都與神道和佛教有著密切的關係，例如婚禮、喪禮等。《日本書紀》記述，佛教于552年傳入日本，其後在圣德太子的積極推广下在日本迅速传播开来。神道教則是在日本本土所發展出來的宗教，神社是祭神的場所，神道教最主要的神為天照大神，是日本皇室的祖靈，此外，也認為自然界萬物皆有神。目前最多日本人信奉神道教，佛教排第二，由於幾個世紀以來的神佛習合，許多人同時信奉神道與佛教。
日本正教会
最早在1864年，有三位日本人改宗东正教，（虽然还有更早就在俄罗斯就已皈依的。）尼古拉在日俄战争期间仍留在日本传教，并被任命为日本正教会主教。1863年左右，他将教会本部迁移至东京。至1868年，日本正教会已有逾一万名信徒。1891年，尼古拉在东京神田建立了教堂，并在那里度过了他的余生。圣尼古拉还将新约全书及其他基督宗教著作翻译为日文。