澎湖縣歷史
1895年4月，《馬關條約》簽訂，依第二條之三「澎湖群島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止、北緯二十三度起至二十四度之間諸島嶼」，確定澎湖列島與台灣共同割讓給日本。台灣總督府變更清領時期之府為縣，府轄之縣為支廳，但澎湖廳仍維持建制直屬總督府管轄。
蘭嶼
1895年（清光緒二十一年、日明治二十八年）4月，《馬關條約》簽訂，臺灣改隸於日本。8月，日本與統治菲律賓的西班牙（波旁復辟時期）兩帝國對巴士海峽協議版圖界線。以通過可以航行之海面中央之緯度的平行線，為臺灣、菲律賓之版圖境界線。1897年（明治三十年）3月15日，日本拓殖大臣以陸軍步兵少佐菊池主殿為監督，率文武官僚數十人，上島「撫慰土番」，踏察實境。由於該島位置在巴士海峽與西班牙國領接壤，因此此舉確認紅頭嶼為日本領土。殖民政府禁止一般人進入紅頭嶼內開發，並設立研究區。 1897年，日本人鳥居龍藏第一次入內探勘，稱居民「"yami"」（雅美），這是達悟族以前被稱為雅美族的由來。