MG149案
10月6日，台大醫院院長黃冠棠出席立法院財政、教育聯席委員會，在接受質詢时，他坦承不知柯P內設MG149私規，且柯「用字確實不恰當」，台大医院不准許私設帳戶，他寧可相信MG149中的私帳是柯自己的互助會。至於被問到柯文哲設置私帳，並接受廠商捐款，有沒有違法？有沒有道德瑕疵？黃冠棠當場表示：「我認為是有，但這部分已經到檢調，所以由檢調認定這個情況。」
臺大醫院器官捐贈移植程序爭議
2014年11月20日，國民黨立委廖國棟、蘇清泉，在立法院質詢，聲稱接獲兩位醫界大老爆料，台大醫院近15年來共對26例重創患者，給降血壓藥及裝入葉克膜，讓病患心跳終止，便於進行器官摘除手術。蘇清泉拿出柯文哲在2000年發表的論文作為根據，認為一般來說器官移植的手術者不會參與器官勸募和判定，所以問題出自器官勸募和死亡判定。