深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
生物发光
甲藻对这种发光机理的应用更为奇妙。当这种浮游生物感觉到它的天敌接近时，會立刻发出螢光。这样捕食腰鞭毛虫天敌的动物也会被吸引过来，这样可能就化险为夷了。