臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖之战
荷蘭東印度公司在天啟二年（1622年）冬季，趁汛防澎湖的游兵回航，便乘隙拿下澎湖，並在風櫃尾的蛇頭山築城（風櫃尾荷蘭城）。天啟四年（1624年），時任福建巡撫南居益對私佔澎湖的荷蘭發動戰爭，明軍歷時半年多仍久攻不下風櫃城，最終是靠海商李旦居中斡旋，荷蘭方才同意撤軍、歸還澎湖，並拆毀風櫃城，轉往福爾摩沙發展，開啟臺灣荷蘭統治時期。