厦门港
厦门港指台湾海峡西岸环厦门湾和东山湾的港区，包括东渡、海沧、翔安、招银、后石、石码、古雷、东山、云霄和诏安等十个港区。港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门为厦门港口管理局。
臺南市
歷史上臺南市有多處港口，安平港曾為第1大港，但因陸化多已失去航運功運。目前唯一的商港是位於南區的安平新港（1970年代完工），取代安平區安平舊港（今安平漁港）的地位，1997年由國內商港升格為國際商港，現為高雄港之輔助港。由於安平商港、漁港所在地點不同，兩者間雖有航道相通，但仍有混淆，因此2012年交通部開始評估安平商港更名「臺南港」的可能性。安平商港主航道設計水深為負12公尺、航道寬度為180公尺，迴船池水深負12公尺、直徑500公尺，碼頭設計為水深負5公尺至負12公尺，碼頭長度為79公尺至260公尺。 安平商港碼頭規劃如下：1、2、5-7、9、11-14、25、26號碼頭為散雜貨碼頭，28-31號碼頭為大宗貨物碼頭，22、23號碼頭為化學品碼頭，10號碼頭為多功能碼頭，3、4號碼頭為客運碼頭，8、27號碼頭為港勤碼頭，安平商港現有客運航線至澎湖東吉嶼（每週二班）。 1990年間起有客輪往返於馬公港，目前停航中。另預定開航往來中國福建省厦门市之客運航線，目前已有貨輪行駛。 另外有安平、蚵寮、北門、馬沙溝、將軍、青山、下山、四草等8處漁港；昔日臺南運河亦有汽船往來安平及市區，在公路發達後已停駛，但有觀光復駛之議；另外在安平漁港、四草、曾文水庫、虎頭埤、烏山頭水庫等地有觀光化竹筏或遊艇營業。