真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
海洋真菌
海洋真菌（），或海生真菌，是生活在海洋或潮間帶中的真菌。海洋真菌並不是一個分類單元，而是泛指分屬於不同分類群，但生長環境均位於海洋或潮間帶的多種真菌。絕對海生真菌（obligate marine fungi）只生長於海洋中，其生活史全部或部分階段完全隱沒在海水之下，而兼性海生真菌（facultative marine fungi）則通常生長於陸地上或淡水中，但也有能力生長在海洋中，甚至在海洋中產生孢子繁殖。截至2013年，共有444種真菌被認為屬於海洋真菌，其中10種（分屬於7個屬）屬於擔子菌門，360種（分屬於177個屬）屬於子囊菌門，其他則屬於壺菌門或其他含有的低等真菌。有些海洋真菌只有孢子被發現，生長型態不明，且還有更多種生活在海洋中的真菌可能尚未被發現。許多海洋真菌難以在實驗室中培養，但可透過分析海水樣本中存在的rDNA序列以推知生活在海中的真菌種類。