生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
菌丝
菌丝的生长有独特的方法，它可以通过环境刺激来控制，例如利用电场來刺激菌丝。菌丝亦可以感受到一定範圍內的生殖单位，並朝向它们成长。菌丝亦可以穿透一些渗透面。对在琼脂培养基等均匀的基质上，各个方向的初始菌丝生长均匀，但逐渐倾向于从中心朝向外部。菌丝的生长随温度的不同有着很大的变化。菌丝可以通过许多不同的方式进行修饰以提供特定的功能。