偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
鲈形目
依据 DeepFin 分类系统，鲈形目属于真鲈形系，拟金眼鲷目与日鲈目是其旁系群；真鲈形系现存各类群与鲈形目的分化关系如下： 在 DeepFin 分类系统中，鲈形目现存9个亚目，其中8個亚目的分化关系如下，诺曼鱼亚目的位置有待遗传学進一步检测： 基于以上分类，狭义的鲈形目共61科，传统上的鲉形目及刺魚目均合併至此：