蛋白质
所有氨基酸都有共同的结构特征，包括与氨基连接的α碳原子，一个羧基和连接在α碳原子上的不同的侧链。但脯氨酸有着与这种基本结构不同之处：它含有一个侧链与氨基连接在一起所形成的特殊的环状结构，使得其氨基在肽键中的构象相对固定。 标准氨基酸的侧链是构成蛋白质结构的重要元素，它们具有不同的化学性质，因此对于蛋白质的功能至关重要。多肽链中的氨基酸之间是通过脱水反应所形成的肽键来互相连接；一旦形成肽键成为蛋白质的一部分，氨基酸就被称为“残基”，而连接在链的碳、氮、氧原子被称为“主链”或“蛋白质骨架”。由于肽键有两种共振态，具有一定的双键特性，使得相邻α碳之间形成肽平面；而肽键两侧的二面角确定了蛋白质骨架的局部形态。
假定型生物化学
氨和水一样，可以接受或捐出一个H离子。当氨接受一个，就形成了铵阳离子 (NH)，类似于水合氢离子 (HO)。当捐献了一个H离子时，形成金属酰胺阴离子 (NH)，类似氢氧根阴离子 (OH)。但相比于水，氨更倾向于接受一个H离子，而不易捐出，即为强烈的亲核体。氨加入水中是作为酸碱理论#阿伦尼乌斯的定义中的碱：增加了氢氧阴离子的浓度。反之，使溶剂理论中对酸和碱的定义，水加入到液氨用作酸，因为它增加了阳离子铵的浓度。羰基(C=O) 在许多在地球生物化学中非常常见，但是其不会稳定的存在氨溶液中，但类似的亚胺基团（C = N）可以作为代替。