食道癌
食道癌的化學療法由肿瘤分型而各异。常用的化疗药物是每三周给予順鉑（順一雙氨雙氯鉑，cisplatin）、卡鉑（顺二氨環丁烷铂，carboplatin）或奧沙利鉑（雙胺類環己烷草酸鉑，oxaliplatin），同时持续或每三周给予5-氟尿嘧啶（5-FU）。更新的研究结果发现，对晚期不易手术的患者，加上泛艾黴素（Epirubicin, ECF）的效果更好化疗可以作为术后巩固治疗（用来降低复发的可能）、术前巩固治疗；而对于不宜手术的情况也可用顺铂和5-氟尿嘧啶化疗。目前的临床试验着重于比较不同化疗药物组合的效果。例如已在II/III期的REAL-2试验比较了四个不同组合--泛艾黴素10公絲和順鉑或奧沙利鉑，同时不断注入氟尿嘧啶或卡培他濱（氟嘧啶氨基硝酸鹽，capecitabine）。
表觀遺傳學
最近的研究已显示，表徵遗传药物可替代当前公认的治疗方法，如放射治疗和化学治疗，或作为辅助治疗提高当前疗法的效果。已证明，原癌基因区的表徵遗传控制和肿瘤抑制序列可通过组蛋白构象变化而直接影响癌症的形成和进展。此外，表徵遗传具有可逆性，是其他任何一种癌症治疗法所不能提供的特性。  药物发展主要聚焦于组蛋白乙酰转移酶（HAT）和组蛋白脱乙酰基酶（HDAC），已经上市的新药vorinostat，是一种HDAC抑制剂，其在口腔鳞状细胞癌的进展中发挥整体作用。对当前领跑的新药靶点候选者还有组蛋白赖氨酸甲基转移酶（KMT）和蛋白质精氨酸甲基转移酶（PRMT）。