子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
致病真菌
形成氣熔膠的麴菌屬孢子幾乎到處都找得到，所以人們經常持續地暴露於這些孢子。此種暴露是正常人體狀態的一部分且一般不會損害健康。然而，麴菌可經由三種主要方式致病：產生、引起過敏反應與局部或系統性感染。後兩種致病方式主要受宿主免疫狀態影響，由宿主主動免疫反應對抗真菌孢子或菌絲所致。相較之下，若免疫系統已經瓦解、抵抗力微弱或缺乏，可能感染嚴重的。