澎湖群島
1895年3月，在日清戰爭和談期間，日軍發動澎湖之役，於1895年3月23日派軍登陸澎湖本島，3月25日攻下澎湖。並設置「澎湖列島行政廳」。澎湖遂成為日本在台灣最早統治的地區。
釣魚臺列嶼主權問題
中華人民共和國政府與中華民國政府均认为釣魚台列嶼自明朝時期已成为领土，但在1895年被日本所占领，并認為日本在二战后应将釣魚台列嶼与台湾一并归还中国。但是二戰结束後，该島嶼实际由美國控制，直至1972年5月15日美國將琉球群島管理權移交日本，同時一併將釣魚台列嶼的行政管轄權也交給日本。