臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
兩棲作戰
1895年3月23日日軍登陸，之後兵分兩路搜索佔領太武社，24日日軍攻陷大城北砲臺，而後日軍攻破朝陽門（東門），佔據東角砲臺、日軍進城後攻佔拱辰門（北門）與金龜頭砲臺，而後日軍攻陷媽宮城，25日日軍派海軍速射砲隊前往漁翁島偵查後，確認該島連同東、西砲臺（西嶼東臺、西嶼西臺）已無清軍，至此澎湖群島完全落入日軍手中，此為澎湖四大戰役第四戰，並為甲午戰爭的一部分，乙未戰爭的前哨戰。