生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
分生孢子
許多子囊菌門真菌無性生殖的方式是藉由特化的分生孢子梗上產出分生孢子。在20世紀分子技術尚未成熟之前，特化的分生孢子梗在形態學上常常用以區分各種真菌種類。