偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
有蹄類
长鼻目、海牛目和蹄兔目曾被认为是有蹄类的分支或近亲，但遗传学研究证实，这几类动物属于大西洋真兽高目下的非洲兽总目，与有蹄类的亲缘关系相当疏远。因此，以奇蹄目和鲸偶蹄目为代表的有蹄类又称为“真有蹄类”（Euungulata），而长鼻目、海牛目及蹄兔目则合称为“准有蹄类”或“近蹄类”。