臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
兩棲作戰
1895年3月23日日軍登陸，之後兵分兩路搜索佔領太武社，24日日軍攻陷大城北砲臺，而後日軍攻破朝陽門（東門），佔據東角砲臺、日軍進城後攻佔拱辰門（北門）與金龜頭砲臺，而後日軍攻陷媽宮城，25日日軍派海軍速射砲隊前往漁翁島偵查後，確認該島連同東、西砲臺（西嶼東臺、西嶼西臺）已無清軍，至此澎湖群島完全落入日軍手中，此為澎湖四大戰役第四戰，並為甲午戰爭的一部分，乙未戰爭的前哨戰。