真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
菌異營
菌異營可能是由互利共生的菌根演化而來，許多例子中，菌異營的演化過程可能是植物細胞外的穿透植物細胞形成內菌根，有機物的流向再經由不明機制逆轉所致。部分菌異營植物可能是由原本就生存在樹林下方、缺乏光線的環境的綠色植物演化而來。而由於許多在菌異營植物中，真菌對種子萌發的階段相當重要，有假說認為菌異營在演化早期可能是真菌在植物種子萌發時先提供其有機養分作為投資，待植物長成可以行光合作用後再取得有機養分作為回報，而形成互利共生的作用模式，之後有些植物漸演化出長成後避免向真菌輸入有機養分的機制，即成為絕對菌異營植物。