明十三陵
明朝共有16位皇帝，但北京的明十三陵只有13位皇帝，未入陵者因由各异。明朝开国皇帝朱元璋早年建都于南京，死后葬于南京紫金山的「孝陵」；继位的长孙惠帝朱允炆，在其叔父燕王朱棣（即后来的成祖）发起「靖难之役」攻破南京之后下落不明，加上成祖不承认其帝位，因此没有帝陵；第七帝代宗朱祁钰，在其兄英宗于土木堡之变被瓦剌所俘之后登上帝位。后来英宗复辟，朱祁钰速死，英宗不承认其帝位，捣毁其在天寿山修建的寿陵。还有一说，寿陵被改建为在位僅29天的光宗陵墓，改名为庆陵。憲宗以亲王身分将他葬于北京西郊金山的景泰陵。
明朝
甲申之變後，明朝在南方尚有勢力，史稱南明。南明主要勢力有四系王，分別是福王弘光帝朱由崧、魯王監國朱以海、唐王隆武帝朱聿鍵與紹武帝朱聿𨮁、桂王永曆帝朱由榔等。當南明滅亡後，又有鄭成功建立的明鄭與夔東十三家軍抗清。明都北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護崇祯帝的堂兄弟福王朱由崧稱帝，即弘光帝，史稱南明。弘光元年（1645年），清朝派多鐸率大軍南下南京，此時弘光帝昏庸，大權由閹黨餘孽掌握，江北四鎮各自為營，最後陸續瓦解。清軍攻破史可法死守的揚州，弘光帝逃至蕪湖被逮，送到北京殺害。此期間清軍發起揚州十日、江陰八十一日與嘉定三屠等大屠殺以鎮壓反抗的漢人。同时明朝数十万皇族也惨遭清廷和農民軍的屠杀。