江户幕府
德川幕府由德川家康在关原之战胜利后建立，结束了足利幕府崩溃后的日本战国时代。德川家康成为幕府将军，德川家与大名一并统治日本。德川幕府以严格的阶级制度组织日本社会，并实行锁国政策，禁止大多数外国人入境，以促进政治稳定。德川幕府实施封建的政治制度治理日本，领主称之为大名，而领地为其“藩”。在德川幕府时期，日本经历了快速的经济增长和城市化，导致了商人阶层和浮世绘等文化的兴起。
长崎县
江戶幕府成立之後，長崎地區仍然維持了平戶藩、平戶新田藩、島原藩、對馬藩、福江藩、大村藩等諸小藩並存的局面。江戶時代的長崎縣內分為1幕府領、6藩、5領，局勢極為複雜。1612年（慶長17年）之後，德川家康更發布禁教令，對天主教嚴加鎮壓。在江戶時代初期，平戶和長崎都是獲得幕府許可的貿易據點。1637年（寬永14年），島原藩爆發島原之亂。幕府將這一事件定性為天主教徒的一揆，對天主教的鎮壓更加嚴厲，並開始實施鎖國政策。1641年（寬永18年），幕府驅逐居住在長崎的葡萄牙人，並將平戶的荷蘭商館遷到長崎，獲得幕府許可與西洋進行貿易的地點集中到長崎一地。另一方面，長崎地區在江戶時代仍有眾多天主教信徒在私下信仰天主教。現在長崎縣的天主教信徒比例仍然大幅高於日本平均水準。