子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
黴菌
行無性生殖時，由假根長出菌絲，匍匐菌絲向上分支為直立菌絲，頂端的孢子囊可產生孢子，孢子落在有機物上，便可萌發菌絲。 部分菌屬的子囊胞子具有高度抗熱性。有一群黴菌可形成分生孢子器，某些種類黴菌可由菌絲分段形成關節胞子。