真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
繁殖
苔藓植物也进行有性生殖，但是他们最常见的形态是单倍体的配子体。在生殖过程中他们产生生殖细胞，生殖细胞结合后会形成孢子囊，之后便会产生单倍体的孢子。苔藓植物的二倍体时期相较于单倍体时期而言显得很短（因此称其生活周期为“单倍体主导”的），而二倍体的优势（例如“杂种优势”）也仅在二倍体时期才能体现。尽管苔藓植物在绝大多数情况下处于单倍体时期而无法从杂种优势中获益，但在漫长的进化过程中却保留了有性生殖的生殖方式，这或许可以作为一个例子，用于阐述有性生殖有更大的优势。对苔藓植物而言，在有性生殖过程中，来自同一物种的不同个体的生殖细胞进行随机组合，通过自然选择可以选择出最适合生存的单倍配子体。