臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
澎湖氣象站
1895年清朝政府因甲午戰爭戰敗，與大日本帝國簽訂馬關條約割讓臺灣島與澎湖群島等，並因應國際需求與南進發展，指派當時日本中央氣象台技手近藤久次郎抵臺勘查各地測候所設站地點。1896年7月12日臺灣總督府即以府令第21號，在全臺各地成立臺北、臺中、臺南、恆春，以及唯一在離島的澎湖島等五座氣象觀測站，其中澎湖的氣象觀測站，正式定名為「澎湖島測候所」，當初臺灣總督府會擇定澎湖島媽宮城作為測候所設立點在於，澎湖群島位於臺灣海峽，距離臺灣本島的臺南安平有52哩，對於離島型氣候的觀測有十分重要的意義與地理位置。