深海魚
生物发光在捕食上的基本用途是照亮猎物，许多深海鱼类会这么做。巨口魚科的眼睛下方以及一些类群的眼后具有大发光器，照亮了它们的视野。另有许多深海鱼会发光以吸引食物。角𩽾𩾌亚目通过擬餌体顶部的共生发光吸引猎物，鬚角鮟鱇科顎部的多叉胡须则含有自发光器官。此外，褶胸鱼属和黑线岩鲈属等类群的发光器官则在口腔中。
荧光
由於醛類發光基質受到氧化，反應後成為一種酸類，且FMNH2亦氧化成為氧化態的FMN，因此這在化學反應上而言是一個氧化及釋放能量的過程，而釋放出的能量便是以發出螢光的形式表現出來。事實上，自然界中（尤其是海洋中）存在著許多發光細菌，但因這些細菌的分布不夠密集，其微弱的發光現象便因亮度不夠而被我們忽略了。而唯有當大量發光細菌聚集在一起共同發光時，才能形成我們肉眼可以觀看到的發光現象。這也是為什麼通常只在具有發光器的海洋動物中才觀察到生物螢光的原因（發光器中聚集共生著高密度的發光細菌）。