日本地理
日本列島因南北狹長的地形及差異巨大的氣候，而呈现生物多樣性，总共有9万多種生物生息。其中維管束植物約有5,600種（其中1,950種是特有種，固有率35%）；哺乳類91種（其中46種是特有種，固有率51%）；鳥類368種（其中15種是特有種，固有率4%）；爬蟲類64種（其中28種是特有種，固有率44%）；兩栖類58種（其中44種是特有種，固有率76%）；魚類214種（其中52種是特有種，固有率24%）。北海道的棕熊和白尾鹰、冲绳的椰子蟹和竹叶青蛇都是日本的知名动物。日本列島雖在冰河時期自然環境嚴酷，但並未出現大量生物滅絕的情況。加上島國的地形又使得外來生物較難入侵，使得島上的生物實現了不同於大陸生物的獨自進化過程。然而自明治維新以來，因人類的捕獵和外來生物的入侵，一些珍稀的日本特有種已經滅絕或瀕危。日本狼即是典型的例子。 日本的森林覆蓋面積約有25萬平方公里，森林覆蓋率約有66%，在已開發國家中僅次於芬蘭和瑞典。日本的森林面積中有約13萬平方公里是天然林、10萬平方公里是人工林，其他屬竹林等。天然林中，本州中部的高山及北海道的海拔較高的地區以灌木林為主；北海道和本州北部的森林以針葉林為主；東北地方和本州中部的山地的森林多是落葉林；而本州中部以南的森林則多是常綠闊葉林。而日本的人工林則幾乎都是針葉林。雖然森林覆蓋率高，然而由於國產木材價格高昂加之林業後繼者不足，日本的木材嚴重依賴進口。同時，森林荒廢的現象也十分嚴重。日本在二戰後種植的大量人工林中，許多雖已到適宜採伐的時期，卻因林業蕭條而無人採伐。新種植的人工林也損害了舊有天然林時期的生態系統，導致生態系統單調化，並且帶來了嚴重的花粉癥問題。
竹北蓮花寺濕地
此地因為長期以來受軍方管制，保留了自然風貌，是臺灣重要的食蟲植物棲地，也是瀕危的長葉茅膏菜在臺灣本島已知的最後一塊野外棲地。除此之外，蓮花寺濕地中還有許多稀有的濕地植物，更是極危植物桃園草唯一有野外紀錄的棲地。 食蟲植物可藉捕蟲機制彌補土壤中不足的礦物質元素，故能成為此地的優勢種。蓮花寺濕地中有長葉茅膏菜、小毛氈苔、寬葉毛氈苔和長距挖耳草四種食蟲植物族群。其中長葉茅膏菜現為瀕臨滅絕等級，寬葉毛氈苔則為易受害等級。 迎風坡在強大海風和不定時的火災作用下，形成典型的海濱植被。此地也承襲了鳳山崎山系的豐富地下水，有著明顯的崩塌作用，易形成陷谷，陷谷中又易形成小片的水澤環境，在此區蘊育出許多珍貴的水生植物。目前在志工的定期觀察、維護下，稀有的伴生植物如田蔥、桃園草、點頭飄拂草、水莎草、黑珠蒿、矮水竹葉等皆有穩定生長的族群。也有目前在野外較不容易見到的穀精草、燈心草等植物。