首都
在中國，明朝從應天府（今南京）遷都北平府（改稱順天府，又稱北京），加強北方边防，以防滿蒙兩族侵擾邊疆。李自成佔領首都後，明朝大致滅亡（南明──幾個由明朝皇室在南方建立的流亡政權──則繼續聲稱作為明室正統而存在）。而滿洲人在崇禎十七年五月初二(1644年6月6日)進入北京，将首都从沈阳迁往北京，則代表了正式的權力轉移。這樣的格局在中國歷史屢見不鮮，及至20世紀傳統儒家政體垮臺。滿清覆亡後，基於地方分權及交通技術的改進，國民政府得以在中國抗日戰爭時期迅速遷都，並維持其原有的領導架構。1949年因中國共產黨在中國大陸建立中華人民共和國之后，中華民國政府也從南京遷都至台北市。
明朝歷史
南京是明朝的陪都，在南京明朝設有基本的（南京六部）。崇禎十七年（1644年）北京被李自成攻陷後，南明大臣意圖擁護皇族北伐。經過多次討論後由鳳陽總督馬士英與江北四鎮高傑、黃得功、劉澤清與劉良佐擁護明思宗的堂兄弟朱由崧于同年五月初三日推為監國。十二天後，朱由崧即皇帝位，以次年為弘光元年。由於南京兵部尚書史可法瞻前顧後，延誤時機，導致弘光政權基本操控在原鳳陽總督馬士英的手上。弘光政权內部由閹黨餘孽專權，朝臣間內鬥不斷，弘光帝昏庸懦弱，怠於政事，沉湎在酒色之中。弘光元年（1645年）清朝派多鐸率大軍南下南京，駐紮在淮北地區的藩將劉澤清、劉良佐降清，兵力最強的高傑被暗中已經降清的許定國誘殺，南京北邊防務空虛。清軍鋒線直指揚州城。史可法死守七日七夜，城破，史可法被殺。清軍隨後在揚州進行整十日的大屠殺，史稱揚州十日。