臺灣民主國大總統
大本營接納井上與中村的意見，於1895年1月，決定佔領澎湖列島，同年3月26日，日清兩國尚在下關進行和談時，派遣比志島支隊把澎湖島加以佔領。為封鎖清國政府對臺灣的支援，佔領澎湖島是必要並有效的戰略。此佔領給台灣官民帶來衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然日清兩國於同月30日簽署了停戰協定，因為台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清國政府將和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事極力隱瞞，不過，台灣官民由外國人洋行得到情報，和談會議的內容約略已知。
馬祖列島
1911年10月10日爆發辛亥革命後，清朝專制遭到推翻，隔年1月1日中華民國成立。馬祖列島隨後交由中華民國福建省管轄。1927年8月1日，執政的國共兩黨爆發南昌起義，標誌著國共內戰的開始。1937年9月10日，由於中国抗日战争的爆發，日本透過偽軍侵佔了北竿島和南竿島，雖無日軍登島駐防，但仍切斷列島與內地航行，使得兩座島嶼成為福建首批被日本佔領的島嶼之一，其他附屬島嶼在二戰期間並被日本軍隊佔領，因為它們在軍事上並無重要價值，直至1945年8月15日日本投降。