正蓝旗
正蓝旗分为满洲、蒙古、汉军三部分，最初由四大贝勒之一莽古尔泰担任旗主。天聪六年，莽古尔泰获罪解职，正蓝旗便由大汗皇太极亲自统帅，成为上三旗之一。直到顺治皇帝继位，睿亲王多尔衮摄政，他把自己所属的正白旗升为上三旗，而将正蓝旗降为下五旗，并改由诸王、贝勒和贝子分统。清朝末期，正蓝旗下辖83整佐领、11个半分佐领，共有旗兵两万六千人，算上家眷总人口约13万人。
内蒙古自治区
满洲国废除了东蒙的盟旗制，改为省旗制，东蒙诸旗分别划入满洲国的几个省。省、旗公署实权掌握在日本籍参事手中。日本关东军入驻主要城镇及对蒙、对苏边境地带。此外，满洲国组建以蒙古族为主的兴安军，派日本军人出任中高级军官，镇压满洲国内的反抗力量，并与东北抗联、八路军、苏军、蒙军作战。经济方面，满洲国对物资实施统制，强迫农民牧民上交粮食、牲畜，大力开采东蒙的森林、煤矿，组织满蒙开拓团侵占盟旗地域。文化方面满洲国实施奴化教育，灌输大东亚共荣圈等思想。在蒙疆，日本驻军分布在主要城镇和铁路沿线，利用蒙古军和警察镇压反抗力量并与国军、共军作战，广泛布置特务。蒙疆政权同样采用物资统制，此外还奖励种植罂粟、制造与销售鸦片，将九成以上鸦片销往北平、上海等地牟利。归绥、包头被日军占领后，绥境蒙政会迁往伊克昭盟，增设绥境蒙旗地方自治指导长官公署作为指导机构，还设立伊盟保安长官公署等机关。陈长捷1941年出任伊盟守备军总司令，在伊盟屯田、实施保甲制、强征军粮、强垦牧场，致使蒙古保安团起兵，酿成伊盟事变。抗日战争期间，东北抗日联军下属的部队曾进入东蒙地区作战。中国共产党在大青山、热河南部地区开辟抗日游击根据地。蒙汉民众也组织一些抗日武装，如杨植霖等人组建的蒙汉抗日游击队。