厦门港
厦门港指台湾海峡西岸环厦门湾和东山湾的港区，包括东渡、海沧、翔安、招银、后石、石码、古雷、东山、云霄和诏安等十个港区。港口、航道和水路运输实施行政管理的交通行政管理部门为厦门港口管理局。
五通码头
该码头还设有“海陆空联运”服务，旅客在五通码头到达厅的服务柜台，可以直接订购国内、国际各大航空公司的机票，在前往厦门高崎国际机场前取票。已提前购买机票的旅客，在下船通过联检后，可直接在码头海空联运专用柜台换取登机牌和办理行李安检托运手续。另外，台湾各家航空公司均推出“小三通”电子套票，旅客在五通码头乘船到达金门水头码头后，可直接在金门机场转机飞往台北、高雄、台中、台南、嘉义五个城市。