過渡化石
鯨豚類等海洋哺乳動物是演化自陸生的哺乳動物。巴基鯨是已滅絕的一科偶蹄目哺乳動物，也是最早的鯨魚之一，其姐妹群是印多霍斯兽。巴基鯨存活於約5200萬年前的始新世，第一個化石於1979年發現於北巴基斯坦，與特提斯洋不遠。利用特化的骨頭取代鼓膜，巴基鯨有在水中的聽覺，但是無法辨別聲音的方位。
鯨
在西方，最早的一個故事乃是《聖經》裡關於約拿的記載：水手們把約拿拋入大海，以便平息眼看就要把船毀掉的狂風惡浪。約拿被一頭鯨魚吞下，三天後，又被牠吐在陸地上。不過經文並沒有明確說是鯨魚，只說是一條大魚。《聖經》裡所說的另一種動物利維坦，也很有可能是鯨魚。至中世紀，鯨魚的記載見諸於斯堪地那維亞和冰島的文獻。其中最重要的一部，當屬13世紀中葉的《》，這本書描寫了生活在冰島四周海域的各種鯨魚。