深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
磷蝦
除了深海磷蝦外，其他所有的磷蝦均會發光（Bioluminescence），牠們有一個稱為發光器的器官，可以發出光來。牠們的光線是通過酶促化學發光（chemiluminescence）反應造成的，其中的螢光素（luciferin）（顏料的一種）就是由熒光素酶（Luciferase）活化的。一些研究指出很多磷蝦的螢光素是一種熒光的四吡咯（tetrapyrrole），跟溝鞭藻類（Dinoflagellate）螢光素相似，但不是全然相同，磷蝦自己本身並不能生產物質，但牠們卻可從含有溝鞭藻類的食物中吸取得到這種物質。磷蝦的發光器官是一個複雜的器官，可以聚焦光線，亦可由肌肉轉動。這種器官精確的運作人類仍未能清楚了解；牠們很可能有交配的動機，可能是社交互動的方式之一。一些研究員認為磷蝦可能是用熒光來作偽裝的用途，用光線來令牠們的影子變得明亮如周圍的環境，令位處其下方的捕獵者更難注意得到牠們。