子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
真菌毒素是真菌的次級代謝物，許多真菌專門用於合成毒素的生化代謝路徑已被發現，這些毒素可以抑制其他真菌生長或避免被食用而增加真菌自身的適應度。許多真菌的次級代謝物被用來當作藥物，詳見#人類利用一節的說明。