偶蹄目
这使得偶蹄动物传统上被定义为无效的並系群分类，因为它包括来自共同祖先的动物，但不包括其所有后代。系统发育分类只识别单系群分类群; 也就是从一个共同的祖先下降，并包括其所有后代的群体。为了解决这个问题，传统的偶蹄目和鯨目有时被归入更具包容性的鯨偶蹄目(Cetartiodactyla)分类群中。另一种方法是在修订后的偶蹄目分类单元中包括陆地居住的甚至有蹄类动物和海洋栖息的鲸类动物（鲸目改为鲸下目）。本目各亚目的演化关系如下：
鱗翅目
其他分類方法有：本条目采用上述第四种分类法，在下表中，有喙亚目之前的三个亚目中包括一些鳞翅目基部类群，大约有200余个物种，有喙亚目才是鳞翅目的最主要子类群。同样，在有喙亚目中，大部分基部类群列在前面，缰翅下目（Heteroneura）才是有喙亚目的主要部分。有喙亚目下属的各个演化支的关系尚不明确，但大部分的科级类群有准确而广泛接受广泛使用的描述和定义。鳞翅目精确至科级的分类如下： 鳞翅目与石蛾是姊妹群，有若干共同特征。例如它们都是ZW型性别决定，但大部分昆虫是XY性别决定系统。它们的成虫都有一种特定的前翅翅脉、以及翅膀表面類似細微鱗片的構造。它们的幼虫都有口器和腺体可以用来产丝。威利 · 亨尼希将这两个目构成的演化支命名为類脈總目，作为已灭绝的 Tarachoptera 目的姊妹群。鳞翅目进化自一种昼行性的类似蛾的，以现生或已灭绝植物为食的共同祖先。