天主教会主教
在天主教中，主教是一个聖秩聖事，可全权掌管聖禮，也负责传授教律、依照自己的准则来管理天主教信众、圣化世界并代表整个教会。天主教认为使徒在五旬節间被聖靈赋予了特别的神恩，是天主教的主教之由来。天主教相信，这份特殊的神恩可在圣秩圣礼期间，由不间断的主教传承传递下去。
科隆戰爭
王公和神职人员們都明白，天主教会存在的阻碍了信徒的实践，但他们在解决问题的方法上存在分歧。新教徒认为教义的改革是必要的（特别是关于称义、赦罪、炼狱及教廷的权力），而那些仍然信奉天主教的人希望只改革神职人员的道德，但不必牺牲天主教教义。教宗保禄三世于1537年召集了一个理事会来研究这个问题，并实施了几项内部机构改革，旨在消除一些最公然的滥用、买卖圣职和裙带关系现象；尽管神圣罗马皇帝和罗马教宗为此作出共同努力，但两种信仰的统一还是建立在了不同的“教会”概念和称义原则的基础上。天主教徒坚持传统的教义，认为只有天主教会才是唯一真正的教会；而新教徒则坚持认为，基督建立的教会是无形的，不受任何宗教机构的约束。在称义问题上，路德派坚持「稱義」仅凭信心而发生；而天主教徒则固守传统的天主教教义，称义既包括對基督的信心，還得行善積德。施马尔卡尔登联盟于1537年成立自己的普世合一运动理事会，并提出了若干信仰戒律。当代表们于1540至1541年度在雷根斯堡会晤时，就信仰和称义的教义达成了一致，但在圣礼、告解、以及教会的定义上却仍然存在分歧。天主教和路德宗的信徒似乎比昔日更加疏远；只有少数几个市镇和城市的路德派信徒与天主教徒能够生活在一起——即使只是表面上的和谐。至1548年，政治分歧与宗教问题重叠，使任何形式的协议都显得遥不可及。