明中都遗址
1368年明朝建立，同年明军北伐，占领元大都，结束了元朝在全国的统治。政治形势发生了巨大变化，经过对南京、关中、洛阳、开封和北平建都利弊分析，明太祖认为南京离中原太远，难于控制；中原又民生凋弊，物力和人力均依靠江南。于是在洪武二年九月下诏选择在濠州（临濠府）西二十里山南陂上建中都中立府，“命有司建置城池宫阙，如京师之制”。
江宁府
宋朝时，此地置昇州。天禧二年（1018年）二月丁卯，宋真宗加封儿子赵祯（宋仁宗）为昇王。因赵祯身为真宗唯一的儿子，兼有储君和未来皇帝的身份。次日，昇州即做为升王名义上的封地，升为建康军、江宁府。江宁府的建立，开创了皇子封地建府的先例，打破了唐代以来，仅首都、陪都建府的惯例，亦是此后“潜藩升府”制度的雏形。北宋时，江宁府亦是江南东路的首府。南宋建炎三年（1129年）改称建康府作为宋朝行都，称“东都”，绍兴元年（1131年）改为留都。南宋时建康府仍为江南东路首府。元朝时，江宁府改为集庆路。明朝时，又改称为应天府，为明朝初期的首都，辖区大致相当于今日江苏省的南京市、句容市及溧阳市。明朝政府迁都北京后，应天府为南直隶首府。