臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
澎湖之战
李旦（天主教名：Andrea Dittis（拉丁語），？－1625年）為泉州海商暨海盜，久居日本平戶，以「中國甲必丹」之名廣為人知；西班牙則在1565年占據菲律賓，1571年占領擁有華人社區的馬尼拉，利用馬尼拉華人牽線、囤積貨物，並傳揚天主教福音，集中管理不信奉天主教的華人甚至加以屠殺，李旦在馬尼拉的財產也因此被西班牙人侵占，只得逃往日本，另起爐灶。