皮克斯动画工作室
在艾斯纳被开除，罗伯特·艾格接任迪士尼CEO后，双方又回到了谈判桌。在此时，两个公司把分销协议扩展到定于2007年发行的《美食总动员》。但和旧协议不同，在新协议中，皮克斯负担全部制作费用，拥有所有角色的版权，而迪斯尼只负担发行的费用。2006年1月24日，迪士尼宣布以的形式，用74亿美元并购皮克斯，交易于2006年5月5日完成，并购后分销协议也终止。 通过交易，賈伯斯从持有皮克斯50.1%股份的最大股东变成持有迪士尼7%股份的最大个人股东，他不再担任皮克斯的董事长兼首席执行官，而成为迪士尼董事会的一员。约翰·拉塞特成为迪斯尼动画的创意总监（向总裁兼CEO罗伯特·艾格汇报，并向董事罗伊·愛德華·迪斯尼咨询），同时成为负责主题公园建设的華特迪士尼幻想工程的首席创意顾问。卡特莫尔仍担任皮克斯总裁，同时也是迪士尼动画工作室总裁，向罗伯特·艾格以及迪士尼动画工作室董事长汇报。该并购保证皮克斯保持运营上的独立性，例如皮克斯的人力资源政策仍维持不变。此外，皮克斯的名字仍保留下来，工作地点也维持不变。从汽車總動員开始，电影品牌的标示变为“Disney•Pixar”。
怪獸大學
離開怪獸大學的兩人，失去了成為驚嚇專員團隊的機會，突然想到怪獸電力公司的收發室徵人廣告，麦克和萨利決定從收發信件人員開始，进入怪兽电力公司工作，首先是在邮件收发室主管雪人手下收发邮件，然后一步一步地轉為清潔人員、餐廳員工，并最终成长为怪兽电力公司最优秀的惊吓专员团队。自2005年起，制作第二部《怪兽电力公司》电影的计划就已存在。不过由于迪士尼首席执行官迈克尔·艾斯纳和皮克斯CEO-{zh-hans:史蒂夫·乔布斯; zh-tw:史提夫·賈伯斯; zh-hk:史提夫·喬布斯;}-之间存在分歧，拥有为《怪兽电力公司》制作续集版权的迪士尼于是宣布该片的续集将于另一个动画制作组负责制作，该制作组还曾负责《玩具总动员3》的早期构想工作。这部续集原定的片名为《怪兽电力公司2：迷失在惊吓乐团》（），其中麦克和萨利前往人类世界给布（）送生日礼物，但她已搬家，两怪被困在人类世界后又因在下一步行动方案上存在分歧而分道扬镖。剧作家罗布·穆尔（）和鲍勃·希尔根伯格（）获聘为影片编写剧本，他们创造了早期的故事框架。但是，迪士尼公司的管理层在2005年末出现变动，罗伯特·艾格取代艾斯纳成为新任首席执行官，之后迪士尼开始了与皮克斯的新一轮谈判。2006年初，迪士尼宣布收购皮克斯。迪士尼拥有的续集拍摄权也移交给了皮克斯，于是穆尔和希尔根伯格创作的版本以及原动画制作组的创作构想也因此取消。