臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
澎湖群島
1370年（洪武三年），明政府“罢太仓黄渡市舶司”；1374年（洪武七年），明政府再下令撤销自唐以来即存在的、负责海外贸易的福建泉州、浙江明州、广东广州三市舶司；1381年（洪武十四年），朱元璋以倭寇仍不稍敛足迹，又下令禁濒海民私通海外诸国”，此后每隔一两年即将该海禁政策再次昭示天下。1384年（洪武十七年），澎湖寨巡檢司亦廢。