镰仓幕府
鎌倉幕府（，1185年—1333年），是日本第一个幕府政权，政治中心在鎌倉，镰仓幕府存在的约150年也被称作镰仓时代。镰仓幕府建立者为河内源氏栋梁源赖朝，后演化为以北条時政、北条義時等为中心的坂东武士政权。初代“镰仓殿”源赖朝死后，由于御家人之间残酷的权力斗争，赖朝嫡流断絶，此后北条义时的嫡流、得宗家成为镰仓幕府的实际统治者。由于御家人与得宗家御内人之间的矛盾不断升级，镰仓政权的统治基石逐渐动摇，并最终被各路反镰仓的“恶党”势力攻灭，取而代之的是室町幕府。
吉野
鎌倉時代末期，後醍醐天皇企圖推翻鎌倉幕府引起元弘之亂，其子護良親王即在吉野發兵對抗幕府，並在抵抗幕府軍；後醍醐天皇在瓦解鎌倉幕府後實施建武新政，引起武士階層的不滿，導致延元之亂的發生，後醍醐天皇戰敗後攜帶三神器逃至吉野，重新建立朝廷，成為南朝，與新成立的室町幕府所擁立的北朝對抗，使得日本進入南北朝時代，吉野也因此曾短暫成為南朝的首都；1392年南北朝統一後，仍有部分南朝遺臣持續留在吉野山區中繼續與室町幕府對抗直到15世紀末。