深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
浮蚕属
美國動物學家埃德蒙·牛頓·哈維（）留意到本屬物種的疣足（）會發出黃色的生物光（）。在海洋生物中，黃色的生物光很少見。事實上，浮游生物有不少物種均會發出生物光。然而，浮蠶屬物種的發光機制還未清楚，只知道過程並沒有涉及萤光素（）的使用。有多個物種已知當受到搔擾時，其疣足會發出生物光，儘管這能力很可能在同屬的所有物種均有可能擁有。 這特殊功能相信是物種要分散其捕食者的注意力而演化出來，就好像軍機在轟炸時丟下大量干擾箔那樣。