日本地理
日本列島因南北狹長的地形及差異巨大的氣候，而呈现生物多樣性，总共有9万多種生物生息。其中維管束植物約有5,600種（其中1,950種是特有種，固有率35%）；哺乳類91種（其中46種是特有種，固有率51%）；鳥類368種（其中15種是特有種，固有率4%）；爬蟲類64種（其中28種是特有種，固有率44%）；兩栖類58種（其中44種是特有種，固有率76%）；魚類214種（其中52種是特有種，固有率24%）。北海道的棕熊和白尾鹰、冲绳的椰子蟹和竹叶青蛇都是日本的知名动物。日本列島雖在冰河時期自然環境嚴酷，但並未出現大量生物滅絕的情況。加上島國的地形又使得外來生物較難入侵，使得島上的生物實現了不同於大陸生物的獨自進化過程。然而自明治維新以來，因人類的捕獵和外來生物的入侵，一些珍稀的日本特有種已經滅絕或瀕危。日本狼即是典型的例子。 日本的森林覆蓋面積約有25萬平方公里，森林覆蓋率約有66%，在已開發國家中僅次於芬蘭和瑞典。日本的森林面積中有約13萬平方公里是天然林、10萬平方公里是人工林，其他屬竹林等。天然林中，本州中部的高山及北海道的海拔較高的地區以灌木林為主；北海道和本州北部的森林以針葉林為主；東北地方和本州中部的山地的森林多是落葉林；而本州中部以南的森林則多是常綠闊葉林。而日本的人工林則幾乎都是針葉林。雖然森林覆蓋率高，然而由於國產木材價格高昂加之林業後繼者不足，日本的木材嚴重依賴進口。同時，森林荒廢的現象也十分嚴重。日本在二戰後種植的大量人工林中，許多雖已到適宜採伐的時期，卻因林業蕭條而無人採伐。新種植的人工林也損害了舊有天然林時期的生態系統，導致生態系統單調化，並且帶來了嚴重的花粉癥問題。
樱花
一些品種的櫻花所結的果实因味道欠佳不作食用，但可作繁殖櫻花樹之用，在溫帶地區平地即能結果，在亞熱帶地區海拔則需高於500公尺。樱亚属起源于几百万年前的喜马拉雅地區，其中一支经由今中国东部到达日本列岛和朝鲜半岛。栽培樱花起源于日本。在上述这些地区，尤其是日本，樱花从平安时代起廣為種植，并逐渐被日本人視為花的代表。奈良縣吉野山的櫻花最為聞名，故被譽為“吉野千本櫻”。整個日本櫻花花期約為五十天，但每個地區從花開到花謝只有七至十天。櫻花種類繁多，故顏色並非純是粉紅色，相應的花有相符的顏色。春天賞櫻是日本傳統習俗之一，過去日本氣象廳每年會發表櫻花開花日期預測，是為“櫻前線”，目前櫻花開花預報已移轉至發布。 日本氣象廳僅保留櫻花等生物季節觀測資料。 至2012年為止氣象廳的櫻花標本木觀測對象:北海道是大山櫻，沖繩是寒緋櫻，其餘地區是染井吉野櫻。 2011-2013詳細的各地櫻花標本木種類列表大致同前，惟根室是以千島櫻為觀測對象。