日本佛教
日本的佛教在飛鳥時代傳入，並於奈良時代與平安時代開始發展，為漢傳佛教的一支，以大乘佛教為主流。中国佛教已经消失的宗派如真言宗、法相宗等，在日本反而传承至今。根據美國中央情報局（CIA）的調查，神道教約佔日本人口比率70.4%，佛教徒約佔人口的69.8%（含同時信奉神道教）。根據日本文化廳每年實施的《宗教統計調查》，截至2016年12月31日，神道教的信徒有8474萬人（約佔人口68%），佛教徒有8770萬人（約佔人口70%），亦即大多數日本人同時信仰神道教與日本佛教。許多的日本人不參與任何宗教組織，只參與婚喪喜慶與祭祀等傳統上的宗教儀式；還有不少年輕人就算參加宗教儀式，卻自認為不可知論者甚至無神論者。
隱匿基督徒
在大政奉还后，新上台的明治新政府最初仍然坚持对国民信仰基督宗教的禁止，直到1873年（明治六年），在欧美各国的压力下，日本才宣布解除对基督宗教的严格禁止，但对基督宗教的限制与系统性歧视一直存在，教会与日本政府的关系也往往相当紧张，特别是二战时期上智大学学生拒绝参拜靖国神社事件的前后。直至二战战败后，日本接受全面的体制改革，宗教信仰自由政策在日本方真正得到实行，官方对于基督宗教的歧视才画上句号。