真菌
除了球囊菌門與微孢子蟲外，其他門的真菌都可透過減數分裂產生配子、進行有性生殖（且基因組分析顯示球囊菌門與微孢子蟲的真菌應該也能進行有性生殖，只是尚未觀察到）。真菌有性生殖的過程與動物、植物相當不同，而不同真菌間特化來進行有性生殖的結構也有差異，是鑑定真菌物種的重要依據，而拿不同真菌進行交配實驗，觀察兩者能不能形成子實體，可以透過生物物種概念（biological species concepts）以兩者能不能成功交配、交配產生的子代有沒有生殖能力來判斷它們是不是同一物種 。主要的生物類群早期都是以有性生殖特化的結構與孢子差異來描述、區分的，例如產生子囊的子囊菌門與產生擔子的擔子菌門。有一些物種還有交配型之分，必須不同交配型的兩個體才可以交配（heterothallic），其他物種則可以和所有個體交配，甚至自交產生孢子（homothallic）。
雌雄異體
因為真菌的配子大小通常未分化，在真菌中通常不用雌雄（以配子的大小定義）來區分性別，而是依交配時細胞核移動的方向區分提供方（doner）和接受方（recipient）。在真菌的交配過程中，提供方的將細胞核交給別接受方，然後在接受方原有的細胞核和提供方提供的細胞核會融合成為合子，而後經減數分裂形成孢子。所謂雌雄異體的真菌，即是一個個體只能在交配時充當提供方或接受方其中之一，而雌雄同體的真菌在交配時則可擔任任一方的角色。