藏傳佛教
现代藏传佛教派别主要是在后弘期中逐渐形成的。其主要分为四大主流派别，分别为：宁玛派、噶举派、萨迦派及格魯派。在中文中，这四主流派别因其服饰及建物之特色而常被称为红教、白教、花教及黄教。其中，宁玛派是藏传佛教中历史最悠久的，萨迦派是以位于西藏南部的萨迦寺命名的。以下列表不分先后顺序：現在一般称呼的「黑教」是藏族的苯教之俗称，是佛教传入以前的西藏本土宗教。苯教是一种祭祀大地山河的泛灵信仰，後來一部分教士吸收了佛法名词及教义，在佛法传入西藏之后，苯术已不如佛教盛行。苯教在藏傳佛教勢力較薄弱的地區，如四川、青海一带仍有不少的信徒和寺廟。
萨迦派
1244年，萨迦班智达·贡噶坚赞应蒙古皇子阔端邀请赴凉州会谈，为元朝统一西藏作出了重要贡献。后来，八思巴被元世祖忽必烈封为国师、帝师，领总制院事，管理西藏地方政教事务。1268～1351年，在元朝政府的支持下以宣政院的名义统治全藏，建立萨迦派政教合一地方政权——萨迦王朝，其寺院及势力波及到康区和安多各地。还传播到廓尔喀（今尼泊尔）、布噜克巴（今不丹）、哲孟雄（今锡金）及今俄罗斯卡尔梅克共和国。元泰定元年（1324年），萨迦寺分出细脱（一译希托）、仁钦岗、拉康、都却（一译迪却）4个拉章。萨迦派采取血统和法统两种传承方式。元代以后，产生哦巴（又稱俄尔、鄂尔）、總巴、察巴（又譯茶巴）3个支派。