深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
生物发光
雪茄达摩鲨发光进行伪装，不过它腹部上的暗色小斑点在某些大型掠食性鱼类如鲔鱼和鲭鱼看来就像他们捕食的小鱼。当它们接近这些“小鱼”时，就成了鲨鱼的食物。