臺灣民主國
1895年1月（清光緒21年/明治28年），日軍大本營接納井上與中村的意見，決定先行佔領澎湖列島。3月13日於佐世保軍港下令比志島支隊攻佔澎湖，因天候不佳，至3月23日始登陸正角，並於26日完全佔領澎湖，日軍以霍亂病死二千人。為封鎖清政府對台灣的支援，佔領澎湖島不但必要而且是有效的戰略。台灣官民受此衝擊，對日本佔領台灣的企圖感到不安。雖然中日兩國於同月30日簽署了停戰協定，但台灣與澎湖列島被排除在停戰區域之外，不安情緒更為增高，台灣與澎湖列島割讓的傳說也增加了真實感。清政府極力隱瞞和談會議上有關遼東半島與台灣割讓之事，但台灣官民由外國人洋行得到情報，對和談會議的內容約略已知。
澎湖氣象站
1895年清朝政府因甲午戰爭戰敗，與大日本帝國簽訂馬關條約割讓臺灣島與澎湖群島等，並因應國際需求與南進發展，指派當時日本中央氣象台技手近藤久次郎抵臺勘查各地測候所設站地點。1896年7月12日臺灣總督府即以府令第21號，在全臺各地成立臺北、臺中、臺南、恆春，以及唯一在離島的澎湖島等五座氣象觀測站，其中澎湖的氣象觀測站，正式定名為「澎湖島測候所」，當初臺灣總督府會擇定澎湖島媽宮城作為測候所設立點在於，澎湖群島位於臺灣海峽，距離臺灣本島的臺南安平有52哩，對於離島型氣候的觀測有十分重要的意義與地理位置。