深海魚
共生发光的深海生物相对较少。典型的游泳深海鱼包括鞭冠𩽾𩾌科和水珍鱼目的一部分，而底栖鱼有突吻鳕科和稚鳕科（又称深海鳕科）。其中，鞭冠𩽾𩾌科以外的三个类群的发光器与消化道相连，可由肠道菌群不断补充发光细菌（主要是"Photobacterium phosphoreum"）。发光器的数量很少，通常为1-2个。
生物发光
某些种类的鱿鱼身上的发光菌可发出与上方照射光强相同的光使自身隐蔽，这种现象就是对抗照明。对于这些动物，感光囊用来控制对比光线以达到与周围环境优化匹配。通常情况下鱿鱼身上的细菌发光组织与感光组织分离，但一种耳烏賊科四盤耳烏賊屬的夏威夷短尾魷魚把两者合二为一。