深海魚
生物发光在捕食上的基本用途是照亮猎物，许多深海鱼类会这么做。巨口魚科的眼睛下方以及一些类群的眼后具有大发光器，照亮了它们的视野。另有许多深海鱼会发光以吸引食物。角𩽾𩾌亚目通过擬餌体顶部的共生发光吸引猎物，鬚角鮟鱇科顎部的多叉胡须则含有自发光器官。此外，褶胸鱼属和黑线岩鲈属等类群的发光器官则在口腔中。
斑馬魚
2008年，美國波士頓兒童醫院的研究人员开发了一种新的斑马鱼品系Casper。这种品系的成鱼体色透明。这能够方便对细胞活动、循环系统遠端轉移等现象的细致观察。由于人和斑马鱼有许多基因功能是相同的Casper品种被寄予加深人类对如白血病等癌症在内的人类疾病研究的厚望。在2013年1月，日本科学家转基因透明斑马鱼品系得到可以在高强度脑活动时放出可见发光的品系，使得斑马鱼对外界刺激的反应可以被记录精确到特定的大脑发光区域。