真菌
真菌的無性生殖有透過產生無性孢子與等機制，前者包括以孢子囊、等特化的結構產生孢子，後者則是菌絲斷裂成為許多片段，每一片段都長成一條新的菌絲。無性生殖可以產生基因上與母體相同、佔據同樣生態棲位的子代，繁殖效率也較有性生殖迅速，可以在短時間快速拓殖。不完全菌是一個舊時的分類名詞，指未觀察到有性世代的真菌，現在分類學上已不使用此名詞，但仍可以用來泛指缺乏有性世代的真菌。
真菌
真菌寄生蟲（mycoparasitic organisms）泛指可以寄生於真菌的生物，生物（屬於卵菌，並非真菌）便可寄生在真菌體內，而有作為針對真菌的生物防治劑的潛力。真菌本身也可以寄生其他種真菌，例如金孢菌寄生是一種子囊菌門的真菌，但寄生在牛肝菌上。 真菌可以被真菌病毒感染。真菌病毒大多屬於，但也有約三成是正义单链RNA病毒。最著名的真菌病毒是可以感染的CHV1病毒，最早在毒性較弱的栗疫病菌中被發現，已成功用作生物防治劑，在歐洲成功抑制栗疫病菌的生長，但在美國、中國、日本等地使用時可能因為當地栗疫病菌的多樣性太大，有些菌株不能被病毒感染而效果不彰。2016年已有用基因工程改造的CHV1病毒被製造出來，能感染多數栗疫病菌的菌株，可望在栗疫病病情的控制得到更大成效。