澎湖群島
1895年3月，在日清戰爭和談期間，日軍發動澎湖之役，於1895年3月23日派軍登陸澎湖本島，3月25日攻下澎湖。並設置「澎湖列島行政廳」。澎湖遂成為日本在台灣最早統治的地區。
蘭嶼鄉
1895年（清光緒二十一年、日明治二十八年）4月，《馬關條約》簽訂，臺灣改隸於日本。8月，日本與統治菲律賓的西班牙（波旁復辟時期）兩帝國對巴士海峽協議版圖界線。以通過可以航行之海面中央之緯度的平行線，為臺灣、菲律賓之版圖境界線。1897年（明治三十年）3月15日，日本拓殖大臣以陸軍步兵少佐菊池主殿為監督，率文武官僚數十人，上島「撫慰土番」，踏察實境。由於該島位置在巴士海峽與西班牙國領接壤，因此此舉確認紅頭嶼為日本帝國領土。，日本政府禁止一般人進入蘭嶼內開發，並設立研究區。