子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
許多真菌的結構都是微觀的，而主要巨觀的結構如子實體又非常柔軟且容易分解，因此與動植物相比，真菌的化石記錄相當稀少，且真菌化石很難與其他微生物的化石分別，除非有現生真菌與化石物種外型相似才較容易分辨。真菌的化石常與動植物的一起出現，通常經過薄切面後，使用光学显微镜或透射电子显微镜檢視觀察，研究時則會使用酸性溶液將化石周圍的基質溶解，再使用光學顯微鏡或扫描电子显微镜觀察表面的詳細構造。