子囊菌门
某些子囊菌门真菌也可以无性生殖，包括芽生、分裂或以分生孢子的方式，但这不是子囊菌门区别于其它真菌门的特征。无性生殖期本门真菌依环境温度不同还改变其形态，这一特性称为双态性，这些真菌称为双态性真菌。阿耶洛双态菌科的许多成员、组织胞浆菌、隐球菌等都属于这一类，它们在环境温度下以丝状真菌（霉菌）存在，吸入人体后在体内高温环境下变成单细胞酵母繁殖，给人类或动物造成急性播散性真菌病或慢性机会性感染。
真菌
真菌寄生蟲（mycoparasitic organisms）泛指可以寄生於真菌的生物，生物（屬於卵菌，並非真菌）便可寄生在真菌體內，而有作為針對真菌的生物防治劑的潛力。真菌本身也可以寄生其他種真菌，例如金孢菌寄生是一種子囊菌門的真菌，但寄生在牛肝菌上。 真菌可以被真菌病毒感染。真菌病毒大多屬於，但也有約三成是正义单链RNA病毒。最著名的真菌病毒是可以感染的CHV1病毒，最早在毒性較弱的栗疫病菌中被發現，已成功用作生物防治劑，在歐洲成功抑制栗疫病菌的生長，但在美國、中國、日本等地使用時可能因為當地栗疫病菌的多樣性太大，有些菌株不能被病毒感染而效果不彰。2016年已有用基因工程改造的CHV1病毒被製造出來，能感染多數栗疫病菌的菌株，可望在栗疫病病情的控制得到更大成效。