镰仓幕府
鎌倉幕府（，1185年—1333年），是日本第一个幕府政权，政治中心在鎌倉，镰仓幕府存在的约150年也被称作镰仓时代。镰仓幕府建立者为河内源氏栋梁源赖朝，后演化为以北条時政、北条義時等为中心的坂东武士政权。初代“镰仓殿”源赖朝死后，由于御家人之间残酷的权力斗争，赖朝嫡流断絶，此后北条义时的嫡流、得宗家成为镰仓幕府的实际统治者。由于御家人与得宗家御内人之间的矛盾不断升级，镰仓政权的统治基石逐渐动摇，并最终被各路反镰仓的“恶党”势力攻灭，取而代之的是室町幕府。
室町幕府
鎌倉幕府後期，幕府内部勢力動搖，天皇暗中决定推翻幕府的統治。正中元年（1324年），後醍醐天皇的倒幕計劃被察覺從而失敗。元弘元年（1331年），天皇再次起兵，但又一次遭到失敗，並被流放到隱岐（现在日本島根縣隱岐島），光嚴天皇作为傀儡被幕府擁立。此時，擁護流亡後醍醐天皇的勢力，如皇子護良親王和武士楠木正成等，與幕府的軍隊展开了戰鬥。幕府内部北條氏的御家人也开始反對幕府。足利尊氏就是其中較有實力的一方，他最初開始帶領幕府軍與反對者戰鬥，後来才倒戈支持天皇。元弘3年，鎌倉幕府滅亡。後醍醐天皇迫使光嚴天皇退位，廢止攝政、關白的制度，自己准備開始親政，是為建武新政。然而，这些舉措觸動了武士階级的利益，造成了他們的不满。足利尊氏借討伐幕府殘余勢力，出兵關東，平定了這次叛亂之后，以討伐新田義貞為名義，於次年攻入京都。足利尊氏在與保皇派楠木正成等人的戰鬥中一度失败，但後来建武3年又再度攻陷京都，擁立光明天皇、幽閉了後醍醐天皇。不久，後醍醐天皇從京都逃到吉野（今奈良縣吉野町），宣稱自己的正統。這時，日本出現了兩位天皇，南北朝時代開始。1338年，足利尊氏被北朝任命為征夷大將軍，於京都開設幕府。由於後来第三代將軍足利義滿在京都室町建造了花之御所作為政務場所，因此足利幕府被稱呼為“室町幕府”。