生殖系统
真菌的生殖相當複雜，反映真菌生物體在生命型態及基因上的多樣性。估計約有三分之一的真菌有一種以上的生殖方式。例如生殖可能會出現在真菌生命週期中二個明顯不同的階段：有性階段（teleomorph）及無性階段（anamorph）。 環境條件會觸發由基因決定的發育狀態，也會產生適合有性生殖或是無性生殖的構造。這類的構造可以有效的散播孢子或是含有孢子的繁殖體，以利於繁殖。
木腐真菌
木腐真菌是指一類能在树木上生長並侵入木材組織分解木材的真菌，大多數的木腐真菌只能在枯死的树木上進行生長，例如褐腐真菌，但仍有少數腐菌能攻擊活樹，如"honey fungus"。真菌在木材上生長和繁殖需要有高於纖維飽和點以上的水分 ，當真菌滲入木材的纖維結構後，能產生酶將木材的組織分解來獲取養分，能讓複雜的分子分解並將養分返回土壤，回歸自然界中 。不同的木腐真菌所產生的酶不同，可以降解不同的木材成分，並產生不同的木材腐朽形態 ，並可藉此將木材腐朽真菌大致區分為褐腐、軟腐和白腐真菌。 由不同真菌作用分解的殘留物具有不同的pH、溶解度和氧化還原電勢，這些殘留物最後會變成土壤中沈積物中，隨著時間的累積，可能對該地區的環境產生顯著影響。目前全世界约有5,000余种木腐真菌。