MG149案
10月6日，台大醫院院長黃冠棠出席立法院財政、教育聯席委員會，在接受質詢时，他坦承不知柯P內設MG149私規，且柯「用字確實不恰當」，台大医院不准許私設帳戶，他寧可相信MG149中的私帳是柯自己的互助會。至於被問到柯文哲設置私帳，並接受廠商捐款，有沒有違法？有沒有道德瑕疵？黃冠棠當場表示：「我認為是有，但這部分已經到檢調，所以由檢調認定這個情況。」
臺大醫院器官捐贈移植程序爭議
嗣後遭到台大醫院以對遺體的研究並不算是「以人為研究對象之研究」為主要理由拒絕，劉靜怡因此提出的訴願書，要求撤銷台大醫院所作的處分。隨後於2015年5月13日台大醫院的上級機關教育部所提出的書函表示，劉靜怡已依法提起訴願，要求台大醫院應該依照訴願法的規定盡速檢送訴願書正本至教育部，並應依法答辯。