真菌繁殖
真菌繁殖是一種由交配型控制的複雜過程。 調查顯示出真菌繁殖已經集中在幾個特定不同表現的物種。 不是每個真菌都有產生性別，即使有產生也是同配生殖；而且，"雄性"和"雌性" 不適用在真菌界之中的許多物種。 同配子生殖的物種能讓相同的交配型繁殖，而異配子生殖的物種只能讓不同的交配型繁殖。  同配生殖的真菌中可能只包括從一個細胞到另一個細胞核的轉移。 營養不兼容的物種通常阻止一個真菌和另一個真菌單獨繁殖。 相同的不兼容孤立物種無法繁殖或有效繁殖。 經報告出來的變異型包括同化學型繁殖， 孢子體至配子體的繁殖以及粒線體的雙親轉換。
菌異營
在寄生真菌之餘，菌異營的植物可能有刺激真菌生長的機制，有研究顯示鬚腹菌屬真菌可以同時與菌異營的以及非菌異營的形成菌根，此共生關係中，血晶兰可以刺激真菌與紅果冷杉的生長，不過具體機制亦不明。
真菌
許多真菌的菌絲形成特化的構造，以更容易從宿主身上吸收養分，例如許多植物病原真菌具有吸器，許多球囊菌門的真菌則形成叢枝（Arbuscular）穿透共生的植物細胞以吸取養份。
香椿
香椿可用有性和無性兩種方法繁殖，包括種子繁殖、分株繁殖、扦插繁殖和組培快繁等。
海洋真菌
海洋真菌會因生長環境的不同，演化出不同的構造與生理機制，例如許多的真菌全株都生長在海水之下，它們的子囊通常成熟後很快就會溶解，使孢子被動地釋放，其子囊孢子上也有許多附屬的絲狀構造，有利於其在海水中漂流，並增加與基質接觸的機會。另外，"Abyssomyces hydrozoicus"、"Bathyascus vermisporus"與"Oceantis scuticello"等真菌分別生長於數百至數千公尺深的深海中，其生長環境水壓很大，且缺乏生長所需基質，有研究顯示生長於深海的幾種酵母菌有承受高達20-40 Mpa水壓的能力，亦有研究發現焦麴黴可以生長在數百公尺深的貝殼基質上，在10 Mpa的高壓上正常萌發、生長與產生孢子。
裂殖酵母属
裂殖酵母属（学名：）的真菌类似酵母菌，但不论基因的组织、结构及基因的表达调控等方面，还是细胞周期、rRNA的生物合成都和酵母菌并不相同，在某些方面裂殖酵母纲的真菌甚至和高等动物有一定的相似性，本属真菌从不进行有性繁殖，都是以无性分裂方式繁殖。
真菌
許多真菌的結構都是微觀的，而主要巨觀的結構如子實體又非常柔軟且容易分解，因此與動植物相比，真菌的化石記錄相當稀少，且真菌化石很難與其他微生物的化石分別，除非有現生真菌與化石物種外型相似才較容易分辨。真菌的化石常與動植物的一起出現，通常經過薄切面後，使用光学显微镜或透射电子显微镜檢視觀察，研究時則會使用酸性溶液將化石周圍的基質溶解，再使用光學顯微鏡或扫描电子显微镜觀察表面的詳細構造。
病原体
許多病原體都能透過性接觸來傳播的。在病原細菌中，通過自然遺傳轉化的過程，同一物種的細胞之間的轉化可透過性接觸來發生作用。轉化涉及從捐贈者細胞的DNA轉移到受贈者細胞，然後透過遺傳重組將捐贈者細胞的DNA整合到受贈者的基因組裡。能夠自然轉化的細菌病原體的例子有：幽門螺桿菌、流感嗜血桿菌、退伍軍人菌、淋球菌及肺炎鏈球菌。
真菌
絕大多數菌絲都只能自頂端往前生長，"Neotyphodium"等部分則是少見的例外，它們的菌絲附著於宿主細胞上，並可能因宿主細胞延長造成的機械拉力，而促使其菌絲從中間分裂生長（intercalary extension），以長至跟宿主的組織一樣長度。另外擔子菌子實體形成時，菌柄等大型器官的長成是菌絲體積膨大的結果。真菌形成多細胞組織有數種功能，例如子實體是為了產生與散播有性孢子，生物膜則有助於佔據基質與進行細胞溝通，多細胞個體的出現在真菌、動物與植物中都是各自獨立演化出來的。
克非尔
制造克非尔需要活的细菌和酵母菌菌种。菌种可以通过购买克非尔起子，或通过从一个菌种上分离下来。克非尔菌种形成橡胶状小块，看起来像菜花上的小花，小的有小玉米粒大小，大的有小李子大小。随着制造的克非尔越来越多，菌种将长大，最终可以将菌种一分为二。这样就可以或一次制造来两批，或将一部分脱水进行保存，或把菌种送给亲友。商场上可以买到的瓶装克非尔和粉末状酵母起子含有从克非尔块，或母块上分离下来的细菌和酵母菌，而这些细菌和酵母菌将不会自然地形成克非尔块或母块。克非尔块只能通过从现有的克非尔块繁殖。克非尔颗粒在成长的特定阶段将渗出清澈的活灰黄色凝胶，被称为克非尔基质（一种多糖），它将增进克非尔的口感。
準性生殖
目前仍沒有觀察到白色念珠菌能進行有性生殖，過去認為這種真菌只能以無性生殖繁殖，現代研究則發現它亦可進行準性生殖。不同於多數真菌以單倍體的型式存在，白色念珠菌為二倍體，因此其準性生殖不同於其他真菌為單倍體-二倍體-單倍體的過程，而是二倍體-四倍體-二倍體。有研究顯示環境的壓力可以促進白色念珠菌進行準性生殖。
真菌
最早具有典型真菌特徵的化石可追溯至24億年前的古元古代，是棲息於海底的生物，具有可能可以互相接合的菌絲狀構造 。另有研究比較相關生物類群的演化速率，以推測真菌應該在7-10億年前出現。古生代時許多真菌都是水生的，且像現生的壶菌一樣具有鞭毛，但也有部分真菌在寒武纪時就開始往陸地生長，較陸生植物的出現早上許多。隨後真菌演化出許多陸地生活所需的特徵，包括寄生、腐生、菌根與地衣等與其他生物的交互作用。2009年的一篇研究顯示子囊菌門的共祖便是腐生的，隨後多次在不同類群中，獨立演化出地衣的生長型態。有奥陶纪的真菌化石出現菌絲、孢子等特徵，和現生的球囊菌門真菌相當類似，當時陸生植物仍只有許多類似現生苔蘚的種類，尚不具有維管束 。原杉藻是一種重要的真菌化石，出現於志留紀晚期，並可能是當時陸地上高度最高的生物。泥盆紀早期真菌化石的種類開始變多，且特徵較更早化石典型許多，對其是否屬於真菌爭議漸漸減少，許多壺菌門與接合菌門的化石在中被發現。擔子菌門與子囊菌門也差不多在此時出現，到石炭紀的賓夕法尼亞世，多數現生真菌的綱都已經出現了。
真菌
地衣是真菌與行光合作用的藻類的共生產物，在地衣中，行光合作用的部分稱為共生光合生物（photobiont），而真菌則許多來自子囊菌門、少數來自擔子菌門。地衣存在於五大洲的所有生態系，對成土作用與演替的起始非常重要，且能生長在極端環境中，如極地、山地與半乾旱地區。地衣可以生長在其他生物難以生存的基質，如樹皮、石頭、裸土、落葉、貝殼、藤壺等。與菌根類似，藻類等共生光合生物提供真菌有機物，真菌則提供它們水分與無機鹽。地衣中真菌與共生光合生物的共生關係非常緊密，幾乎可視為一個個體，於原本的兩種生物均有相當差別。約有兩成已發表的真菌（約兩萬種）會形成地衣 。地衣的共同特色包括生長速度緩慢、體積小、壽命長、無機鹽多半來自空氣中、且耐乾旱的程度較生長在同環境的其他光合作用生物高。
真菌
真菌寄生蟲（mycoparasitic organisms）泛指可以寄生於真菌的生物，生物（屬於卵菌，並非真菌）便可寄生在真菌體內，而有作為針對真菌的生物防治劑的潛力。真菌本身也可以寄生其他種真菌，例如金孢菌寄生是一種子囊菌門的真菌，但寄生在牛肝菌上。 真菌可以被真菌病毒感染。真菌病毒大多屬於，但也有約三成是正义单链RNA病毒。最著名的真菌病毒是可以感染的CHV1病毒，最早在毒性較弱的栗疫病菌中被發現，已成功用作生物防治劑，在歐洲成功抑制栗疫病菌的生長，但在美國、中國、日本等地使用時可能因為當地栗疫病菌的多樣性太大，有些菌株不能被病毒感染而效果不彰。2016年已有用基因工程改造的CHV1病毒被製造出來，能感染多數栗疫病菌的菌株，可望在栗疫病病情的控制得到更大成效。
分生孢子
許多子囊菌門真菌無性生殖的方式是藉由特化的分生孢子梗上產出分生孢子。在20世紀分子技術尚未成熟之前，特化的分生孢子梗在形態學上常常用以區分各種真菌種類。
支原體屬
以二分裂或出芽等常见的方式进行繁殖。
菌根
只有球囊菌门的真菌才能产生丛枝菌根。有化石证据與DNA定序結果表明，该共生结构至少在4-4.6亿年前的泥盆纪、当世界上最早的陆地植物出现时就已同时出现。丛枝菌根在约85%的植物科中都有发现，其中包括许多作物。丛枝菌根菌丝能够产生糖蛋白，球囊霉素是土壤中碳储存的主要形式之一。丛枝菌根真菌（可能）几百万年来都是无性生殖，但每个真菌都可能会同时具有几个不同来源的细胞核(该现象称为)。
真菌
真菌與許多生物都有交互作用，其關係包括互利共生、片利共生與寄生。
酵母
酵母（拼音：中國大陆：jiàomǔ、台灣：xiàomǔ；注音：中國大陆：ㄐㄧㄠˋ ㄇㄨˇ、台灣：ㄒㄧㄠˋ ㄇㄨˇ；英文：Yeast）是真核生物域真菌界之下的一個非分类学术语，泛指能发酵糖類的各种单细胞微生物。不同的酵母菌在进化和分类地位上有异源性；而酵母菌种类很多，已知的约有56属500多种。一些酵母菌能夠通過出芽的方式進行無性生殖，也可以通過形成孢子的形式進行有性生殖。酵母經常被用於酒精釀造或者麵包烘培行業。目前已知有1500多種酵母，大部分被分類到子囊菌門。酵母菌屬兼性厭氧菌。
接合孢子
根據產生接合孢子菌絲來源或親和力不同，一般可分為同宗配合和異宗配合兩類。例如毛霉目中就存在這兩種類型。所謂同宗配合，即每一菌體都是自身可孕的，不靠別的菌體幫助而能獨立地進行有性生殖。顯然，沒有兩性異體的黴菌是同宗配合的。如有性根霉單一的孢囊孢子萌發後，所形成的菌絲體，當相鄰兩菌絲靠近時，經過如前所述的過程，便可產生接合孢子。甚至同一菌絲的分枝間也可接觸而形成接合孢子。所謂異宗配合，是指每一菌體都是自身不孕的，不管它是否雌雄同體，都需要藉助別的可親和菌體的不同交配型來進行有性生殖。換言之，接合孢子的產生需兩種不同質的菌絲相遇後才能形成，而這兩種有親和力的菌系，在形態上並無什麼區別。毛霉目中多數種如匐枝根霉、高大毛霉等均以此方式形式接合孢子。異宗配合來自不同質菌絲，那麼如何辨認它們呢?這兩種菌絲分化形成的配子囊，二者在形態、大小上無法區別，更無雌雄之分，但生理上確有差異，所以常用接合作用來判斷。一般以「+」和「-」來表示兩個不同質的細胞，即認定一種配子囊為「+」，凡能與之結合形成接合孢子的配子囊則為「-」，否則為「+」。
白色念珠菌
白色念珠菌多以雙倍體的型式存在，不同於多數真菌為單倍體，但近年漸有研究發現少數情況下白色念珠菌也可形成單倍體與四倍體，其雙倍體的基因組長度為29Mb，另外其基因組中，CUG密碼子對應的胺基酸為絲胺酸，與絕大多數生物中對應的白胺酸不同，是相當罕見的遺傳密碼例外情形。白色念珠菌常被當作真菌感染研究的模式生物，容易在實驗室中培養，並可以改變培養基成分的方式控制其生長型態。白色念珠菌屬於雙態性真菌，可以酵母型或菌絲型兩種方式生長，除此之外還可在多種不同的形態表型間互相轉換，如白色型-混濁型轉換可以改變菌落的外形與基因表現，進而促進準性生殖。
酵母
酵母以子囊和子囊孢子的形式进行有性生殖。一般通过临近的两个形态相同而性别不同的细胞各自伸出一个管状的原生质突起，经过接触、融合形成一条通道，通过质配、核配和减数分裂形成4个或8个核。然后他们分别与周围的原生质结合在一起，形成成熟的子囊孢子，原有的营养细胞变成了子囊。
地衣
地衣透过包含真菌和绿藻（或蓝细菌）二者的地衣碎片在空气中传播，长出新地衣的方式进行无性生殖。他们各自也可以单独进行有性和无性的生殖。其中真菌部分单独生殖的后代，需要与有关绿藻（或蓝细菌）重新组合才可生存。
植物繁殖
植物為了延續後代，因此要生生不息不斷的繁衍後代，此過程中可以有性繁殖或無性繁殖兩大類方式進行。有性生殖由融合產生的後代配子，產生的後代從父或父母的基因不同。無性繁殖利用植物根、莖、葉等營養器官來繁殖，遺傳上相同的親本植物，除非发生突变。在种子植物中，后代可以包装在被用作传播的媒介在保护性种子里。
黴菌
行有性生殖時，正、負交配型的匍匐菌絲互相靠近，彼此各長出短側枝，經接合成為合子。合子成熟萌發時，經減數分裂產生孢子囊，孢子囊破裂釋出孢子，再萌發為菌絲。
原核生物
细菌和古菌通过无性生殖进行繁殖，通常为分裂。虽然亦存在基因交换现象，但这只是基因水平转移，而不是一个基因复制的过程。即只是简单地在两个细胞之间传递DNA，如细菌接合。
埃蒙斯菌属
埃蒙斯菌属（学名："Emmonsia"）是存在于土壤中一类兼性腐生真菌， 他们既能在死亡或腐烂的动植物中腐生，也能在活细胞中寄生。早期鉴定三个种：小球埃蒙斯菌（Emmonsia parva）、肥大埃蒙斯菌（Emmonsia crescens）和粘贴埃蒙斯菌（Emmonsia pasteuriana），但近期系统发生学分析将小球埃蒙斯菌归类在芽生孢子菌属，粘贴埃蒙斯菌则归入新建的新埃蒙斯菌属，因此本属目前仅包括2个种。 由于可以寄生的方式在活细胞中生长，这类真菌可导致动物与人类的非复制孢子肺病（）
真菌
壺菌與現在已獨立出去的新美鞭菌門、、芽枝黴門，以及新加入真菌界的隱真菌門與Aphelidiomycota等類群具有，動孢子具有鞭毛而可以在水中移動，因此壺菌早期曾被歸為原生動物，後來rDNA序列分析顯示壺菌屬於真菌，而且也是真菌演化上較早分支的類群。 芽枝黴門以前認為是壺菌的一支，不過新研究顯示芽枝黴門不屬於壺菌，且可能是雙核亞界與原屬接合菌門的所有真菌的姊妹群，在演化上比壺菌晚分支出去。芽枝黴門多為腐生，以分解有機質為生，其成員可寄生於許多真核生物。與壺菌不同的是芽枝黴門的生活史存在世代交替。
黴菌
黴菌的繁殖包括有性生殖、無性生殖和特别方式。
真菌修復
分解作用是真菌在生態系中所扮演的重要角色之一，由菌絲體往體外分泌酵素達成。木質素和纖維素是植物纖維的兩個主要組成部分。許多真菌可體外分泌酸性物質與酵素以分解纖維素與木質素等大分子物質，進行胞外消化，許多有機汙染物也有類似這些物質的長碳鏈結構。真菌修復的關鍵是找出可分解特定汙染物的真菌種類，已有某些種的真菌被發現有分解VX (神經毒劑)和沙林的能力。
木腐真菌
木腐真菌是指一類能在树木上生長並侵入木材組織分解木材的真菌，大多數的木腐真菌只能在枯死的树木上進行生長，例如褐腐真菌，但仍有少數腐菌能攻擊活樹，如"honey fungus"。真菌在木材上生長和繁殖需要有高於纖維飽和點以上的水分 ，當真菌滲入木材的纖維結構後，能產生酶將木材的組織分解來獲取養分，能讓複雜的分子分解並將養分返回土壤，回歸自然界中 。不同的木腐真菌所產生的酶不同，可以降解不同的木材成分，並產生不同的木材腐朽形態 ，並可藉此將木材腐朽真菌大致區分為褐腐、軟腐和白腐真菌。 由不同真菌作用分解的殘留物具有不同的pH、溶解度和氧化還原電勢，這些殘留物最後會變成土壤中沈積物中，隨著時間的累積，可能對該地區的環境產生顯著影響。目前全世界约有5,000余种木腐真菌。
古菌
古菌可被双链DNA病毒感染，这些双链DNA病毒形态各异，包括瓶状、杆状、雨滴状等。这些病毒在一些嗜热菌中研究得最为详致，特别是和热变形菌目的古菌中。最近发现了两类可感染古菌的单链DNA病毒：一种是典型的，这病毒感染嗜盐菌另外一种嗜热的感染嗜超热菌（这些古菌生长在90到95°C的温度下）其中后者有已知最大的单链DNA基因组。古菌可以利用针对病毒基因的RNA干扰和DNA重复影响病毒在寄主内的繁殖。
食肉真菌
食肉真菌（），亦作肉食性真菌或捕食性真菌（），是真菌的一種，透過捕捉和消化微細的或細小的動物而轉化成其部分或全部養份。現時已被描述的物種約200餘種，皆屬於子囊菌門（）的毛黴菌門（）及担子菌门（）。 他們通常在土壤中生活，而且多個品種均以透過捕食或攻擊微生物，例如：線蟲捕食菌（）會捕食線蟲，而其他物種可能會捕食變形蟲或彈尾目（）物種。
真菌
真菌與植物形成菌根的共生關係，對植物的生長與許多生態系的維持都相當重要，超過九成的植物與真菌形成菌根，其中許多依賴菌根生存。菌根的演化歷史十分古老，早在4億年前就已出現，可以促進植物對硝酸鹽與磷酸鹽等關鍵無機鹽的吸收，在無機鹽濃度較低的土壤中尤為重要，而植物則將部分由光合作用合成的有機物提供給共生的真菌。菌根還有可能媒介植物與植物之間的物質交換，這種物質交換網稱為，其中菌異營是一個相當特殊的例子，為某些植物寄生真菌，藉由菌根從真菌體內獲取自己所需的有機物，而本身失去了行光合作用的能力，菌異營中有機物的流向與正常菌根是相反的。有些真菌生長於植物的根、芽、葉等組織中，這些真菌稱為，內生真菌與菌根一樣常是植物與真菌間的互利共生，真菌生長於植物體內獲得養份與庇護，並可提高植物對草食動物的抗性以讓植物受益。
天麻
天麻需要与真菌蜜环菌共生在腐烂的木头上 ，依赖真菌菌丝入侵根系吸取营养。因此就需要选好生长蜜环菌的木材，而木质坚硬的粗木是较为适合的，可选择水青冈、栎树、桦树、桤木、栗树等树种。选择好树种後，将木材截成大段，每隔十多厘米砍出一小口，整体呈鱼鳞状排列。接种蜜环菌後，将段木排成两层於坑中，层间填充腐殖土，保持适当温度和湿度，经2－4个月後即可长出蜜环菌，然後清除腐烂的蜜环菌，保留生长良好的蜜环菌，播种时将麻种栽於两层菌材间，重新填好土即可。若用种子或蒴果进行有性繁殖，也可采用上述的方法，只需在播种时，於两层菌材间多放一些树叶和腐殖土等覆盖物即可。天麻从10月中旬至翌年4月处於休眠期，因此采收应在此时段内进行，而播种的时间应选在10月中旬左右。
仙人掌
仙人掌的繁殖方法有三種，分別為種子、子球、扦插：
雌雄異體
因為真菌的配子大小通常未分化，在真菌中通常不用雌雄（以配子的大小定義）來區分性別，而是依交配時細胞核移動的方向區分提供方（doner）和接受方（recipient）。在真菌的交配過程中，提供方的將細胞核交給別接受方，然後在接受方原有的細胞核和提供方提供的細胞核會融合成為合子，而後經減數分裂形成孢子。所謂雌雄異體的真菌，即是一個個體只能在交配時充當提供方或接受方其中之一，而雌雄同體的真菌在交配時則可擔任任一方的角色。
有性生殖
很多原生生物和單細胞的真菌會有性繁殖。虽然它们是单细胞，但在繁殖的时候，会出現“父细胞”和“母细胞”结合起来的現象。然后，它们的基因信息合成一个新的形式，接著透过減數分裂产生了后代。
基因组进化
原核基因组有两个主要的进化机制：突变与水平基因转移。第三种机制，在真核生物的有性繁殖中突显但在细菌中并没有发现，尽管原核生物可以通过细菌接合过程获得新的遗传物质，其中质粒和整个染色体可以在生物体之间传递。这个过程的一个常被引用的例子是利用质粒DNA转移抗生素抗性。基因组进化的另一种机制通过转导提供，其中噬菌体将新的DNA引入细菌基因组。 细菌中的基因组进化被很好地理解，是因为我们能获得数千个完全测序的细菌基因组。由于适应性基因组的精简和纯化选择，遗传变化可能导致基因组复杂性的增加或减少。 一般来说，自由生活的细菌已经发展出具有更多基因的更大基因组，使得它们可以更容易地适应变化的环境条件。相比之下，大多数寄生细菌具有相对少的基因组，因为它们的宿主提供许多（即使不是大多数）营养物，使得它们的基因组不需要编码产生这些营养物的酶 。
菌絲體
真菌在生態系中最重要的角色之一就是分解有機養分。石化工業產物、殺蟲劑與汙染物等有機物質都可能成為真菌生長的基質，所以只要它們的毒性不會影響真菌的生長，真菌即有能力將它們分解並移除，此即為真菌修復（Mycoremediation）。美國真菌學家保罗·史塔曼兹提倡了以菌絲體作為生物過濾材料的方法，可過濾掉水或土壤中的重金屬與化學物質，這個方法稱為真菌過濾（Mycofiltration）。
硝化细菌
硝化细菌（）是一群好氧的化能自營生物之統稱，细菌能通过食用无机氮化合物生长。硝化細菌以二氧化碳为碳源，通过代谢将氨或铵盐氧化成硝酸盐。硝化細菌可以用不含有机碳的培养基培养。许多品种的硝化细菌具有复杂的内部膜系统在关键位置为硝化酶：將氨氧化為羟胺 ，和將亞硝酸鹽氧化成硝酸盐。
菌根
杜鹃花类菌根是第三类在生态上具有较重要意义的菌根，它们的生活史有一个简单的胞内生存的阶段，其间该类真菌会在细胞最外层包裹致密的菌丝。杜鹃花类菌根真菌没有periradical阶段，而它们的胞外阶段(extraradical phase)所产生的菌丝十分稀疏，不会十分深入根系周围的土壤。此外该类真菌可能会形成子实体（通常为小杯状），但是目前人们对它们的繁殖机理还少有研究。
真菌
在農業上，根據競爭排除原則，真菌若可以與有害的細菌或其他真菌競爭資源與空間，甚至寄生這些微生物，抑制有害菌，都可用作生物防治以減少病蟲害。許多真菌可抑制蟎、雜草、線蟲或其他有害於作物的真菌生長，在生物防治上產生了許多應用。蟲生真菌如、黑殭菌、、與等皆可抑制害蟲生長而用作生物農藥。"Neotyphodium"、等內生真菌生長在植物體內，可以合成生物鹼以避免植物受到草食動物啃食，這種特性也被人利用在放牧場等草地的栽培中，經由植物配種選擇分泌物只對昆蟲有毒性，而對家畜無害真菌。
真菌
真菌毒素是真菌的次級代謝物，許多真菌專門用於合成毒素的生化代謝路徑已被發現，這些毒素可以抑制其他真菌生長或避免被食用而增加真菌自身的適應度。許多真菌的次級代謝物被用來當作藥物，詳見#人類利用一節的說明。
保罗·史塔曼兹
保罗·史塔曼兹已發現了四種新種真菌，著作了許多菇類鑑別與培養的書籍與報告。他提倡樸門(Permaculture)，認為真菌培養是樸門的一個有價值但尚未被充分利用的層面。他也是以真菌進行生物復育的先驅，並將這些方法稱為真菌復育（Mycoremediation）與真菌過濾（Mycofiltration）。
真菌過濾
史塔曼兹原本想出的技术来控制从他的房地产物业流出的水中的大肠杆菌（E. coli）。在种植了蘑菇床在水要离开峡谷后，在一年之内水中大肠杆菌的数量就已降至接近检测不到的水平。他发现蘑菇在日益增长的菌丝体的前面产生结晶实体，瓦解了它们遇到了大肠杆菌。
古菌
当嗜热的古菌和在DNA突变源，例如紫外线、博来霉素和丝裂霉素的暴露下，不同种类的古菌会出现不同的变化。硫化叶菌的基因变化不会因为其他物理突变源，如酸碱值和温度，这说明了古菌的进化是来自于DNA的损伤，这也说明了紫外线导致的细胞进化促使染色体在硫化叶菌之间交换。重组的几率级别比没有经过紫外线照射的古菌多出三级。这使科学家猜测可能硫化叶菌为了维修它们自己损坏的DNA而与有类似基因的硫化叶菌交换质粒。这反应可能是原始的性交流，这与被经常研究的细菌固定的DNA交换以维修受损DNA类似。
根黴
孢囊孢子呈圓球形、橢球形或不規則球形，表面有紋路。產生孢囊孢子為根黴屬真菌的無性繁殖方式之一。另一種根黴屬真菌的無性繁殖方式為菌絲局部膨大形成厚膜孢子（chlamydospore）。
菌根
菌根真菌能与大多数植物的根形成共生关系。在该共生关系下，植物本身以及被真菌定殖的根部，都属于菌根的一部分。虽然目前还少有研究关于植物和真菌的菌根关系的具体种类，但目前已研究的植物中，有95%的科都受益于或依赖菌根。兰科植物若缺少合适的菌根真菌与之共生就会死亡，甚至无法萌发。
營養繁殖
營養器官繁殖是不少植物自然繁殖的方式，但亦可透過人工生殖來導引。在這個過程中，新的個體植物無需種子或孢子產生；人工的營養繁殖包括扦插、压条等方法繁殖（如马铃薯、草莓、桑树、柳树等），其好處是不需等候種子發育等過程，需時較短。
致病真菌
形成氣熔膠的麴菌屬孢子幾乎到處都找得到，所以人們經常持續地暴露於這些孢子。此種暴露是正常人體狀態的一部分且一般不會損害健康。然而，麴菌可經由三種主要方式致病：產生、引起過敏反應與局部或系統性感染。後兩種致病方式主要受宿主免疫狀態影響，由宿主主動免疫反應對抗真菌孢子或菌絲所致。相較之下，若免疫系統已經瓦解、抵抗力微弱或缺乏，可能感染嚴重的。
真菌
目前被生物分类学家们正式记录与描述的真菌种类约为12万种，但人們對於世界真菌多樣性的了解仍相當有限。一項2017年的研究估計真菌種類應該介於220萬至380萬之間。歷史上有許多方法可以用來鑑定真菌物種，傳統真菌學主要以孢子或子實體的大小、形狀等形態上的特徵分辨真菌，另一種鑑定物種的方法是透過生理與生化性質，即依的結果來分辨。分子生物學興起後，DNA測序與支序分析等技術對真菌多樣性的研究起了決定性的作用，不但大大提高了對新物種的分辨能力（特別是隱真菌門等傳統上不清楚的低等真菌），也更能反映不同類群真菌在演化上的關聯。
繁殖
有性生殖描述的是通过来自两个生物个体（通常情况）的遗传信息互相结合而产生新的后代的生殖过程（但自我受精的物种只需要一个生物体即可完成生殖），参与生殖过程的每个生物体通过单倍体生殖细胞的形式各提供一半的遗传信息，这个过程中大部分生物可以形成两种不同的生殖细胞。针对异形配子的生物存在着雄性（产生精子、花粉或孢子）与雌性（产生卵细胞、胚囊或大孢子）两种性别。针对同配生殖的生物而言，其产生的生殖细胞在形态上相似或一致，但是由于其功能存在差异因此也有不同的名字（参见：同配生殖）。比如绿藻类生物衣藻（）的两种生殖细胞被称作“正配子”与“负配子”。还有一些生物例如双小核草履虫（）拥有两个以上的性别，他们被称作“交配变种”。
酵母
酵母具有无性繁殖和有性繁殖两种方式。 一些酵母，如假絲酵母（或稱念珠菌，"Candida"）不能進行有性生殖，只能進行無性生殖。
菌根
双色蜡蘑的基因组序列是人们所发表的第一个有代表性的共生真菌基因组序列。该菌基因组中有多个多基因族序列的出现，这暗示双色蜡蘑可能是通过基因复制来适应共生关系的。在外生菌根根尖处，编码起共生调节作用的分泌蛋白的谱系特征性基因的表达均出现了上调，这暗示该基因可能会在共生体的交流上扮演重要角色。双色蜡蘑缺少降解植物细胞壁成分（如纤维素、半纤维素、果胶和果胶酸盐）的基因，这避免了真菌在定殖根部时会降解宿主细胞。相反的是，双色蜡蘑扩大了编码水解细菌和微生物群多糖与蛋白的多基因族。这一基因组分析揭示了菌根真菌腐生营养和活体营养的双营养生活方式，该生活方式能够保证真菌在土壤和植物根内都能生存。
菌根
营养物质可以通过真菌网络在不同的植物间进行传递。纸皮桦和花旗松之间的碳传递能够促进生态系统的演替。 外生菌根真菌双色蜡蘑"Laccaria bicolor"能够引诱并杀死弹尾虫以获取氮元素，其中部分氮可能会再被转送给菌根植物。Klironomos和Hart研究发现，接种了双色蜡蘑的北美乔松所获取的氮有高达25%是从弹尾虫处获取的。
蘭菌根
大部分菌根均是互利共生的關係，真菌提供植物水分與無機鹽，植物則行光合作用提供真菌有機養分，在環境中無機鹽濃度很高的情況下，無機鹽對植物的價值可能小於其付出的有機養分，使其交互作用傾向片利共生或寄生。蘭菌根則恰好相反，只有植物單方面地獲利，真菌卻無利可圖，蘭花的種子萌發與生長高度依賴真菌，但所有形成蘭菌根的真菌均可不依賴植物而獨立生長，且可能因養分損失而使其產生的子實體較自由生活的相近物種為少。有研究指出某些蘭花長出葉後可行光合作用製造有機養分，並提供部分有機物給真菌，也有研究認為當蘭花供給真菌的有機養分過少時真菌可能有轉為病原菌的傾象。蘭菌根可能是由中有機養分流向的翻轉而演化而來，也有假說認為可能是演化自病原真菌對蘭科植物祖先的輕度感染。
真菌病毒
真菌病毒在真菌中相當普遍，在傳統上真菌的四大類群：壺菌、接合菌、子囊菌與擔子菌中皆有發現，且一株真菌可以同時為兩種以上的真菌病毒所感染。一般認為一種真菌病毒在自然界中的宿主，大多侷限於一或數種親緣關係相當接近、可以進行胞質融合的真菌，但也有部分真菌病毒可以感染親緣關係較遠的數種真菌，並順利在其胞內複製，例如有些可以感染幣斑病菌與荷蘭榆樹病菌 。另外，透過體外轉殖的技術，可以使感染栗疫病菌的CHV1病毒感染其他親緣接近的真菌。亦有研究顯示CHV1病毒可以感染""與等不同屬的真菌，並在其胞內增殖。2017年，有研究將從海生真菌中分離的真菌病毒轉殖到植物細胞中，發現植物細胞中病毒的含量隨時間增加，顯示真菌病毒可能有感染植物的能力，也為真菌病毒的植物起源假說提供了新證據。
真菌
真菌具有以幾丁質為主要成分的細胞壁，與動物同為異營生物，依賴其他生物製造的有機物為碳源，通常以的方式取得養分，即分泌酶將環境中有機物大分子分解成小分子，再以擴散作用將小分子養分吸收到細胞中。真菌不能進行光合作用，其成長型態與植物一樣不能移動，但可以透過菌絲的延長拓展棲地，也能透過經由有性或無性生殖產生的孢子進行長距離的傳播（某些孢子還具有鞭毛，可在水中移動）。真菌是生態系中的主要分解者，且在生態系的物質循環扮演重要角色。分子系统发生学顯示真菌在演化上是一個單系群，由一個共祖演化而來。黏菌與卵菌（水黴菌）在歷史上曾因形態相似而歸屬真菌界，但分子支序顯示它們與真菌的親緣關係甚遠，是趨同演化的結果。研究真菌的學科稱為真菌學，通常被視為植物學的一個分支。但分子證據顯示，真菌和動物之間的關係要比和植物之間更加親近，真菌與動物同屬後鞭毛生物，兩者在演化上的關係也是分類學的研究熱點之一。
植物
红藻的生殖方式有无性生殖、有性生殖。
担子菌门
担子菌门的真菌基本全为陆生品种，主要特征是由多细胞，有横隔膜的菌丝体组成，菌丝分为两种，初生菌丝体的细胞只有一个细胞核，次生菌丝体的细胞有两个核，两个核的次生菌丝体可以形成一种子实体，称为担子果（），经过有性繁殖过程，在担子上生成4个有性担孢子（）；沒有無性孢子。
孢子
生物通過無性生殖産生的孢子叫「無性孢子」，如分生孢子、孢囊孢子、游动孢子等；反之，通過有性繁殖産生的孢子叫「有性孢子」，如接合孢子、卵孢子、子囊孢子、担孢子等。孢子形成許多植物，藻類，真菌和原生動物的生命週期的一部分。 大部分的藻類減數分裂是在孢子形成時進行。
黴菌
行無性生殖時，由假根長出菌絲，匍匐菌絲向上分支為直立菌絲，頂端的孢子囊可產生孢子，孢子落在有機物上，便可萌發菌絲。 部分菌屬的子囊胞子具有高度抗熱性。有一群黴菌可形成分生孢子器，某些種類黴菌可由菌絲分段形成關節胞子。
繁殖
繁殖，或生殖，是透過生物的方法製造生物個體的過程。繁殖是所有生命都有的基本現象之一。每個現存的個體都是上一代繁殖所得來的結果。已知的繁殖方法可分為兩大類：有性生殖以及無性生殖。
伞菌目
真菌子实体是生命周期的孢子产生阶段。 大多数真菌通过孢子繁殖，子实体专为孢子的产生和传播而开发。 子实体产生的孢子通常是有性生殖的结果。
真菌病毒
真菌病毒與其他病毒基因組最大的差別，便是它們缺乏編碼用以在細胞間移動的蛋白之基因，真菌病毒可能只在原生質內移動，只有在宿主細胞分裂或行時才被動地轉移到其他細胞中。真菌病毒可以在宿主的有性孢子、無性孢子、甚至中出現，其中以無性孢子傳播的效率較以有性孢子的為高。大部分真菌病毒可能缺乏從外界進入真菌細胞的感染機制。有研究顯示感染、核盤菌屬與的真菌病毒可以在同屬的不同種真菌間傳播，也有研究將鐮孢菌屬與麴黴屬的真菌各自處理成原生質體後一起培養，發現真菌病毒可以從前者傳播到後者中，顯示自然界中真菌病毒也有可能在不同屬的真菌間傳播，惟具體機制仍不明。有些從真菌病毒衍生，而本身沒有傳播能力的類病毒物質可能會隨真菌病毒一起傳播，有研究發生感染灰葡萄孢菌的BcMV1（Botrytiscinereamitovirus 1），可能在基因複製時發生序列刪除，而產生序列不完整，不能正常編碼RNA複製酶的病毒株BcMV1-S，當BcMV1藉由菌絲融合傳播時，BcMV1-S亦可隨之傳播到新的菌絲中。另外，有些植物病毒也可以進入真菌細胞內，不過它們不能在真菌細胞內複製，而是單純利用真菌作為載體以感染植物。
胞質融合
胞質融合（）是真菌有性生殖的一個過程，兩株真菌菌絲體菌絲的細胞質發生融合，但細胞核尚未融合，使融合後的細胞中同時具有兩個單套的細胞核。胞質融合的下一步驟為，即兩細胞核融合為一個兩倍體的細胞核，並進行減數分裂產生孢子。在子囊菌門與擔子菌門等高等真菌中，胞質融合與核融合中間間隔的時間很長，期間真菌細胞維持異質雙核的狀態，稱為，在低等真菌中，胞質融合後核融合則通常會立刻發生。
近亲繁殖
近亲繁殖或称近亲交配，简称近交，是指有性生殖的生物在近亲之间进行的繁殖行为。近亲繁殖在自然界中普遍存在。在植物界，许多植物会自花授粉，其为1。对动物而言，一般指交配双方在3代内有共同祖先，即近亲系数在6.25%-25%之间。近交可用以获得主要性状高度一致的个体，常用于纯种的选育。
真菌
許多真菌產生的代謝物可以作為藥物。最著名的例子便是包括青黴素在內的抗生素。在自然界中，真菌或細菌產生的抗生素通常有兩種功用，一是高濃度時作為抑制其他微生物生長的抑制劑，以避免其他微生物與自己競爭資源，二是低濃度時作為物種內或物種間群體感應的訊息傳遞分子 。自然界中產生的青黴素苄青黴素（由產黃青黴菌產生）可以有效殺死的細菌相對有限，但其他各式種類的青黴素可用化學方法合成，以達到更廣泛的殺菌能力，現代使用的青黴素便是半合成的產物，先由真菌合成，再針對需要的特殊性質對其進行化學修飾而得到最終產物。除了青黴素外，由真菌生產的抗生素還包括環孢素（在器官移植時用作免疫抑制劑）、夫西地酸（可用來處理耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的感染 ）與灰黃黴素（可治療真菌感染）。 另外，可以抑制羥甲基戊二酸單醯輔酶A還原酶，繼而抑制膽固醇合成的他汀類藥物，許多也是由真菌合成的，例如由合成的，以及由土麴黴與平菇合成的。真菌也能生產抑制病毒、癌細胞生長的藥物，例如產於雲芝的抗癌藥物已在歐洲與日本等地作為抗癌藥物的使用，產於香菇的香菇多糖也在日本等國被用在癌症治療中。
浮黴菌門
其中浮黴菌屬("Planctomyces")和小梨形菌屬("Pirellula")等都是專性好氧菌。它們通過出芽法繁殖。形態上，它們通常是卵形，不用來繁殖的一端有柄，可以用來附着。它們的生活史分爲固着細胞和有鞭毛的游動細胞，類似α-變形菌綱的柄桿菌屬。
真菌
許多生物學上的重大發現都得益於將真菌用作模式生物的研究，例如便是用粉色麵包黴菌的實驗證實的。釀酒酵母、與小巢狀麴菌也都是重要的模式生物，長久以來用於有關細胞週期、染色體結構與等真核生物遺傳學與細胞生物學的基礎研究。近年來有更多真菌被當成醫學、植物病理與工業研究的模式生物，例如人類的病原菌白色念珠菌、植物病原菌稻熱病菌與工業上常用來大量生產真核生物蛋白質的。
古菌
古菌可以在各种各样的栖息地中出现并且是全球生态重要的一部分，古菌占有地球上20%的生物量。很多古菌是生存在中的，包括最早发现的古菌也是嗜极生物。一些生存在極高的溫度（經常100 °C以上）下，比如間歇泉、石油井或者海底深海熱泉中。還有的生存在很冷的環境或者高鹽、強酸或強鹼性的水中。然而也有些古菌是嗜中性的，能夠在沼澤、廢水、海洋和土壤中被發現。很多產甲烷的古菌生存在動物的消化道中，如反芻動物、白蟻或者人類。古菌通常對其它生物無害，且未知有致病古菌。 極端環境下的古菌主要可以分為四種生理群：、嗜熱生物、及。這些不是具體的分類，這些分類也不是互斥的，因此有些古菌有時屬於其中的幾類中，不過這仍然可以做為分類的起點。
半知菌
无性繁殖真菌的系统发育分类现在通常使用分子系统发生学。 通过对DNA序列（例如rRNA）或多基因系统发育的比较分析构建的系统发生树可用于推断无性繁殖真菌与其性繁殖对应物之间的关系。
準性生殖
除了小巢狀麴菌與白色念珠菌外，還有黃麴霉、煙麴黴、醬油麴黴、米麴菌、寄生麴黴、、尖孢鐮刀菌、、產黃青黴菌、稻熱病菌、花葯黑粉菌、與等真菌都已被發現可以進行準性生殖，其中有許多物種過去屬於不完全菌。
土拉弗朗西斯菌
土拉弗朗西斯菌是一种兼性细胞内寄生菌，其生长与繁殖依靠宿主细胞。土拉弗朗西斯菌可感染大多数种类的细胞，但主要感染巨噬细胞。土拉弗朗西斯菌经由吞噬作用进入巨噬细胞并迅速增殖，最终受感染细胞凋亡并释放子代细菌，引发新一轮感染。
繁殖
大多数动物（包括人类）与植物进行有性生殖。有性生殖的生物针对一种性状总是存在着与之对应的基因组（称作“等位基因”）。后代会从父母的每一方获得决定各个形状的一个等位基因，然后两个非同源等位基因进行组合，这样的过程确保了后代的基因会是来自父方与母方的基因的集合体。二倍体生物会产生每个基因的两份拷贝，有研究结果认为单倍体与二倍体的发生过程中，基因可以进行自由重组，因此屏蔽有害基因在二倍体生物的进化过程中扮演了很重要的角色。。
繁殖
另外一些无性生殖方式还有单性生殖、断裂生殖以及仅通过有丝分裂进行的。单性生殖（）是指胚胎或种子单独发育成完整个体而不需要雄性生殖细胞的受精。单性生殖在一些物种中很常见，包括一些低等植物（发生孤雌生殖）、无脊椎动物（例如水蚤、蚜虫、一些蜜蜂以及寄生蜂）和一些脊椎动物（例如两栖动物、鱼以及非常少的几种鸟类和鲨鱼）。
细胞迁移
另外还有拉链机制（Zipper）。细胞膜表面具有一系列受体，它们是为胞胞连合和胞底质联合所需的。一些细菌，如单核细胞增生李斯特氏菌（"Listeria monocytogenes"）和鼠疫杆菌（"Yersinia"）会在自己表面表达出这些受体的配体，这样可以诱使细胞伸出伪足包绕自身，并最终被吞入胞内。李斯特氏菌会表达一种名叫内化素A（Internalin A）的蛋白，它会结合胞胞连合蛋白质E钙粘蛋白（E cadherin）。而耶尔森氏菌则会使用侵染素（Invasin）结合β1-整合蛋白（β1-Integrin）。目前人们认为，这两种途径会最终让肌动蛋白-肌球蛋白组合产生拉力，将细菌拉入胞内。
真菌
真菌傳統上被認為是異營生物，只能依賴其他生物固碳形成的有機碳為碳原，演化造成真菌的代謝能力相當多樣化，可以分解各式各樣的有機物，有些種類甚至可能使用黑色素從伽馬射線等輻射中獲取能量，目前只知道少數真菌具有以輻射為能源進行生長的能力，背後的生理機制也不甚清楚，不過整個過程可能與植物利用可見光行光合作用固碳類似，但採用輻射能作為能量來源。
真菌
有些真菌能感染動植物而造成疾病，不過許多動植物已演化出抵抗真菌感染的機制，對此真菌也出現加以反制的方法，例如增加基因重組與DNA修復以修補被宿主免疫機制破壞的DNA。
半夏
半夏的繁殖有有性生殖和营养繁殖两种繁殖方式，其中有性生殖是通过花来完成的，营养繁殖可以通过珠芽和块茎两个结构来完成。
菌丝
菌丝的生长有独特的方法，它可以通过环境刺激来控制，例如利用电场來刺激菌丝。菌丝亦可以感受到一定範圍內的生殖单位，並朝向它们成长。菌丝亦可以穿透一些渗透面。对在琼脂培养基等均匀的基质上，各个方向的初始菌丝生长均匀，但逐渐倾向于从中心朝向外部。菌丝的生长随温度的不同有着很大的变化。菌丝可以通过许多不同的方式进行修饰以提供特定的功能。
无性生殖
又叫裂殖，通常是單細胞生物所行的生殖方式。該種生物直接行細胞分裂後就可產生兩個（或更多）新個體。例如：草履蟲、變形蟲以及多數的細菌等。
细菌
细菌具有许多不同的代谢方式。一些细菌只需要二氧化碳作为它们的碳源，被称作自养或自營生物。那些通过光合作用从光中获取能量的，称为光合自养生物。那些依靠氧化化合物中获取能量的，称为化能自养生物。依靠有机物形式的碳作为碳源，称为异养或異營生物。
植物
绿藻及轮藻的繁殖方式多样，有无性生殖、有性生殖，又因单细胞植物体、多细胞植物体、生殖结构是否被营养结构包被而有不同；还具有接合生殖等特有的生殖方式。
真菌
接合菌門的真菌在兩個體的單倍體菌絲融合後，會形成一個特化的孢子囊，孢子囊會進一步特化行成厚壁的，對環境的抗性很大，當環境有利真菌生長時接合孢子便會萌發，進行減數分裂以產生單倍體的子細胞，並生長成菌絲。
基因工程历史
操纵DNA技术被开发的同时，DNA插入（称为转化）基因组的技术也被引入。格里菲思实验已经表明，一些细菌在自然条件下就有摄取并表达外源DNA的活化能力。大肠杆菌（"E.coli"）的人工活化在1970年的时候由Morton Mandel和Akiko Higa完成：在氯化钙溶液（CaCl）条件下大肠杆菌可以并入λ噬菌体的基因组。两年后，斯坦利·科恩表明，给予CaCl也是有效的质粒DNA的人工转化条件。利用电穿孔进行转化是在20世纪80年代后期发展的，它提高了转化效率和宿主细菌的选择范围。一种造成植物肿瘤的细菌，农杆菌"（Agrobacterium tumefaciens）"，在1907年被发现；在70年代初期它的Ti质粒经研究被认为是肿瘤诱导剂。通过消除质粒中导致肿瘤的基因和加入新基因，研究人员能够用农杆菌感染植物，让细菌将他们所选择的DNA加入植物的基因组中。
真菌
真菌在固體介質中以菌絲形式生長，在水中則常以單細胞酵母菌形式生長，皆是為了提升表面積以增加吸收養分的效率。菌絲特別適合在固體介質上生長，且可以形成較大的穿透力而適於侵入新的固體介質，例如稻熱病菌等植物病原菌特化出的構造以穿透植物組織，壓器可藉由增加細胞中甘油等溶質的濃度以加大膨壓，在植物表皮上產生高達1200psi的壓力。也用一種類似的結構來穿透線蟲的卵。
假单胞菌属
二十世纪八十年代中期始，假单胞菌属中的某些物种就开始被用来抑制作物致病菌的生长或定殖。这种应用通常称作生物防治。荧光假单胞菌和"的菌株（如CHAO或Pf-5）的生物防治特性是目前研究最为透彻的，尽管人们目前还不十分清楚荧光假单胞菌促进植物生长的过程是如何实现的。这其中可能的方式有：假单胞菌促进了宿主植物的系统抗性，使得植物能够更好地抵抗病原体；打败其他的土壤（致病）微生物（如分泌来获取铁元素）；产生对其他土壤微生物有害的化合物，如吩嗪类抗体或氰化氢。上述所有方式均已得到了实验证实。
菌異營
菌異營可能是由互利共生的菌根演化而來，許多例子中，菌異營的演化過程可能是植物細胞外的穿透植物細胞形成內菌根，有機物的流向再經由不明機制逆轉所致。部分菌異營植物可能是由原本就生存在樹林下方、缺乏光線的環境的綠色植物演化而來。而由於許多在菌異營植物中，真菌對種子萌發的階段相當重要，有假說認為菌異營在演化早期可能是真菌在植物種子萌發時先提供其有機養分作為投資，待植物長成可以行光合作用後再取得有機養分作為回報，而形成互利共生的作用模式，之後有些植物漸演化出長成後避免向真菌輸入有機養分的機制，即成為絕對菌異營植物。
真菌
子囊菌門是真菌中種類最多的類群，它們可經由減數分裂，在子囊中產生子囊孢子。子囊菌門的真菌包含羊肚菌、松露、多數酵母菌（念珠菌、釀酒酵母、與）以及某些蕈類，生活型態包括腐生、寄生或與藻類或藍綠菌形成互利共生的地衣。子囊菌門的重要成員還有麴黴屬、青黴菌、麥角菌與鐮孢菌屬等。有一些子囊菌只有觀察到無性生殖，沒有觀察到有性世代的紀錄，但分子序列分析足以顯示其分類屬於子囊菌門。也因為其減數分裂的產物子囊孢子會留在子囊中，而不會馬上散播出去，子囊菌門的真菌（粉色麵包黴菌）曾是遺傳學研究的重要工具。
植物病理學
真菌的有性生殖和無性生殖都是經由生產孢子和其它結構的繁殖。 顯著植物病原真菌包括：卵菌綱不是真正的真菌，而是類似真菌的生物。它們包括一些最具破壞性的植物病原體，包括屬，其中包括馬鈴薯晚疫病和橡樹猝死的致病因子。卵菌綱的某些特定物種导致根腐病。
白蟻
有些白蟻會種植真菌。白蟻會建造菌圃，種植 "" 屬的真菌。當白蟻吃下孢子，孢子會完好的通過白蟻的腸道，最後隨著糞便離開白蟻體內，並在菌圃上成長。分子證據顯示大白蟻亞科種植真菌的行為起源於3100萬年前。推測在非洲和亞洲半乾燥莽原（semiarid savannah） 中，9成的木材都由大白蟻亞科的物種分解。大白蟻亞科起源於雨林，種植真菌的行為使它們能夠擴殖非洲莽原，最終擴張到亞洲。
繁殖
苔藓植物也进行有性生殖，但是他们最常见的形态是单倍体的配子体。在生殖过程中他们产生生殖细胞，生殖细胞结合后会形成孢子囊，之后便会产生单倍体的孢子。苔藓植物的二倍体时期相较于单倍体时期而言显得很短（因此称其生活周期为“单倍体主导”的），而二倍体的优势（例如“杂种优势”）也仅在二倍体时期才能体现。尽管苔藓植物在绝大多数情况下处于单倍体时期而无法从杂种优势中获益，但在漫长的进化过程中却保留了有性生殖的生殖方式，这或许可以作为一个例子，用于阐述有性生殖有更大的优势。对苔藓植物而言，在有性生殖过程中，来自同一物种的不同个体的生殖细胞进行随机组合，通过自然选择可以选择出最适合生存的单倍配子体。
真菌
真菌廣泛分佈於全世界，但多數真菌體型很小，或存在土壤與水域中，常被人所忽略，某些物種會產生稱為孢子果（Sporocarp）的大型子實體，也就是蕈類。真菌可與動物、植物或其他真菌產生互利共生或寄生等交互作用，例如與植物形成菌根，以及與藻類或藍綠菌形成地衣。部分真菌中的生物鹼與聚酮等許多物質具有的物質，稱為，對包括人類在內的動物有毒。一些物種的孢子含有精神藥物的成份，被用在娛樂及宗教儀式上。真菌可以分解人造的物質及建物，並在人類及其他動物造成疾病，真菌感染或食物腐敗引起的作物損失對人類的食物供給和區域經濟產生很大的影響，而真菌病則包括足癬等淺表層的感染，與隱球菌病等全身感染的疾病，嚴重時甚至可能致死。有些蕈類被人作為食物，有些真菌則是食品工業的要角，可以作為麵包的膨鬆劑，或發酵製造醬油、豆腐乳與酒等食品。1940年代起，真菌亦被用來製造抗生素，現在許多工業所需的酵素也是由真菌所合成。有些真菌可以被當作生物農藥，用來抑制雜草、植物疾病及害蟲。
病毒
在19世纪末，认为病毒的特性是感染性、具滤过性和需要活的宿主，也就意味着病毒只能在动物或植物体内生长。1906年，哈里森发明了在淋巴液中进行组织生长的方法；接着在1913年，E·斯坦哈特（E. Steinhardt）、C·伊斯雷利（C. Israeli）和R·A·蘭伯特（R. A. Lambert）利用这一方法在豚鼠角膜组织中成功培养了牛痘苗病毒，突破了病毒需要体内生长的限制。 1928年，H·B·梅特蘭（H. B. Maitland）和M·C·梅特蘭（M. C. Maitland）有了更进一步的突破，他们利用切碎的母鸡肾臟的悬液对牛痘苗病毒进行了培养。他们的方法在1950年代得以广泛应用于脊髓灰質炎病毒疫苗的大规模生产。
根茎
如根茎被分割成片，每片有机会长成新的植物个体。由於植物用根茎存储淀粉、蛋白质和其他营养物质，根茎可以在过冬後形成新梢，而营养成分將被消耗。这种过程称为营养繁殖，被广泛运用于植物的大規模繁殖。以这种方式繁殖的植物的例子包括啤酒花、芦笋、菖蒲、铃兰、美人蕉、蘭花、和竹子等。可作为食材的根茎包括姜、姜黄、高良姜和凹唇姜等。
植物
大部份植物的根系會和不同的真菌有[[互利共生|互利]][[共生]]的關係，稱之為[[菌根]]。真菌會幫助植物從土壤中獲得水份和礦物質，而植物則會提供真菌從光合作用中組成的碳水化合物。一些植物會提供[[內生生物|內生]]真菌居所，而真菌則會產生毒素以保護植物不被草食性動物食用。植物的根系也可与细菌共生，形成根瘤，是根上的瘤状突起，如[[豆科]]植物、[[木麻黄]]、[[罗汉松]]、[[杨梅]]等，能够与土壤中的[[根瘤菌]]共生，根瘤菌能将空气中的氮转变为氨，提供给植物，同时根瘤菌可以从植物的根中吸取水分和养料，供自身生长发育所需。
古菌
古菌利用二分裂、分裂和出芽进行无性繁殖；古菌不会进行减数分裂，所以拥有同样的基因的一个种的古菌可能拥有不同的形态。古菌的细胞分裂被它们的细胞周期所控制；在细胞的染色体复制并分离后，细胞开始一分为二。虽说目前古菌中只有硫化叶菌的复制周期被阐明，但是这样的细胞周期大体上类似于在细菌和真核生物的周期。和真核生物一样，古菌的染色体也可以在多个位点（复制起点）开始用DNA聚合酶复制。然而古菌用于控制细胞分裂的蛋白（例如FtsZ，制造逐渐缩小的“Z环”以帮助细胞质分裂）和分离两个子细胞的隔膜部分，这些与细菌的二分裂相似。
細菌形態分類
球菌（學名：coccus，來自拉丁語單詞「"coccinus"」（猩紅色）和希臘語單詞「"kokkos"」（莓））係一種外形爲球形或接近球形的微生物。球菌以典型的二分裂方式增殖，分裂後新產生的球菌常常保持一定的空間排列方式。根據其細菌的分裂方向和分裂後的排佈方式，可將其分爲單球菌、雙球菌、鏈球菌、葡萄球菌、四聯球菌、八疊球菌等。
海洋真菌
海洋真菌（），或海生真菌，是生活在海洋或潮間帶中的真菌。海洋真菌並不是一個分類單元，而是泛指分屬於不同分類群，但生長環境均位於海洋或潮間帶的多種真菌。絕對海生真菌（obligate marine fungi）只生長於海洋中，其生活史全部或部分階段完全隱沒在海水之下，而兼性海生真菌（facultative marine fungi）則通常生長於陸地上或淡水中，但也有能力生長在海洋中，甚至在海洋中產生孢子繁殖。截至2013年，共有444種真菌被認為屬於海洋真菌，其中10種（分屬於7個屬）屬於擔子菌門，360種（分屬於177個屬）屬於子囊菌門，其他則屬於壺菌門或其他含有的低等真菌。有些海洋真菌只有孢子被發現，生長型態不明，且還有更多種生活在海洋中的真菌可能尚未被發現。許多海洋真菌難以在實驗室中培養，但可透過分析海水樣本中存在的rDNA序列以推知生活在海中的真菌種類。