原核生物
原核生物（英文：prokaryote）是通常由單一原核细胞形成的生物。相对于真核细胞，原核细胞一般没有细胞内膜、没有核膜包裹的成型细胞核，细胞内无染色体，DNA链未螺旋化，並以游離的形式存在於細胞質中，细胞质内也无任何有膜的细胞器（如粒線體或葉綠體）。有些分類學者将原核生物歸於原核生物域（Prokaryota），但現行的三域系統不採此說，而是將古菌域和細菌域的生物視為原核生物，原核生物本身不作為生物分類的層級。
超重核
超重核是指一些擁有很多質子和中子的假想原子核。超重核隨著原子核質量的增加，庫侖力不斷增大，對於α衰變和自發裂變的不穩定性也增加，因而原子核壽命越來越短，直至不能鑑定的程度。但是在1965年原子核理論預言，當一個原子核的質子數和中子數為Z=114、NB=184時，原子核會特別的穩定，預估這種原子核的壽命為10年。因此代表超重核是存在的。目前核物理學家利用重離子加速器，通過重離子核反應合成超重核，但到目前為止，都還沒成功。
氧化磷酸化
除了代谢的多样性，原核生物也具有一系列的同工酶——可催化相同反应的不同酶。例如大肠杆菌有两种不同类型的泛酚氧化酶，都用氧作为电子受体。在氧充足的条件下，细菌会使用氧亲和性较低的氧化酶，其中每个电子可运送两个质子。但如果氧含量下降，它就能换用每个电子只能运送一个质子，但对氧有高亲合性的氧化酶。
原子
原子是化学变化中最小的粒子，也是元素保持其化學性質的最小單位。一個正原子包含有一個緻密的原子核及若干圍繞在原子核周圍帶負電的電子。而負原子的原子核帶負電，周圍的負電子帶「正電」。正原子的原子核由帶正電的質子和電中性的中子組成。負原子的原子核中的反質子帶負電，從而使負原子的原子核帶負電。當質子數與電子數相同時，這個原子就是電中性的；否則，就是帶有正電荷或者負電荷的離子。根據質子和中子數量的不同，原子的類型也不同：質子數決定了該原子屬於哪一種元素，而中子數則確定了該原子是此元素的哪一個同位素。
原生动物学
原生动物学（Protozoology）是一门研究原生动物的学科，即研究原生生物类似动物行为的学科。随着真核生物进化论研究的深入，这一术语已经过时。
原子
原子论的主要内容是：宇宙的本原是原子和虚空，原子不可构造且永恒不变。原子有两种属性：大小和形状。它们在数量上是无限的。原子按一定的形状、次序和位置，在空无（empty）中通过移动和碰撞，结合和分离，与一个或多个其他原子相钩结而形成聚簇（cluster）。不同形状、排列和位置的聚簇构成世界上各种宏观物质（substance）。德谟克利特认为，运用上述原子论的思想，就可以解释世间万物为什么会有重量、形状、尺寸等客观特性；不仅如此，他还认为，另一些特性，比如气味，只有当一个物体的原子和人的鼻子互相作用时才显示出来。
原子核
原子核（德语：Atomkern，英语：Atomic nucleus）是原子的组成部分，位于原子的中央，占有原子的大部分质量。組成原子核的有中子和質子。当周围有和其中质子等量的电子围绕时，构成的是原子。原子核極其渺小，比如鈾的的原子半徑/原子核半徑比例是26634，而氫是60250。
質子
在原子核裏的質子與中子都被稱為核子，它們被核力綑綁在原子核內部。 氫元素的原子核只有一個質子；在它的所有同位素之中，最常見的是氫-1，符號為H或「H」，它的原子核不含有任何中子，是個孤寂的質子。另外還有兩種較重的天然同位素，重氫H或D與超重氫H或T，它們的原子核分別擁有一個與兩個中子。所有其它種元素的原子核都是由至少兩個質子與各種數量個中子所組成。
细菌
通過研究rRNA序列，美國微生物學家卡尔·乌斯於1976年提出，原核生物包含两个大的類群。他将其称为真细菌（Eubacteria）和古细菌（Archaebacteria），后来被改名为细菌（Bacteria）和古菌（Archaea）。乌斯指出，这两类细菌与真核细胞是由一个原始的生物分别起源的不同的种类。研究者已经抛弃了这个模型，但是三域系統获得了普遍的认同。这样，细菌就可以被分为几个界，而在其他体系中被认为是一个界。它们通常被认为是一个单源的群体，但是这种方法仍有争议。
原始色素體生物
原始色素体生物的细胞缺少中心粒，线粒体具有平的嵴，具有纤维素成分的细胞壁，以淀粉形式存储食物。然而，这些特点也可能被其它真核生物所拥有。
真核生物
科學家相信，從基因證據上來看，真核生物是細菌與古菌的基因融合體，它是某種古菌與細菌共生，異種結合的產物。
土壤微生物学
细菌和古菌是除病毒外最小的生物，属于原核生物，它们的细胞结构非常简单，没有细胞器；除细菌和古菌外其他的都是真核生物，它们拥有完整的细胞结构、细胞器以及有性生殖的能力。细菌和古菌是土壤中最丰富的微生物，它们具有很多重要的功能，如固氮作用。
原生生物
原生生物主要生活在包含液态水的环境中。藻类等原生生物会进行光合作用，同时他们也是生态系统中的初级生产者，在海洋中这类生物属于浮游生物。其他的原生生物会导致一系列的较为严重的人类疾病，这类生物有比如动质体和頂複門动物等，导致的疾病包括部分種類的阿米巴原蟲、疟疾和非洲锥虫病等。
原核细胞骨架
原核细胞骨架（）是原核生物中所有结构的总称。人们曾经认为，原核生物没有细胞骨架，但随着可视化技术和结构测定的进展，FtsZ在1990年代初的发现改观了这一认识。并不是所有原核细胞骨架都是真核细胞中骨架蛋白的类似物，一些没有真核同源物的原核骨架元件也已发现 。这些细胞骨架元件在各种原核生物的细胞分裂与保护，与形态决定中有着不可或缺的作用。
古菌
古菌（，来自，意为“古代的东西”）又稱古細菌、古生菌、太古生物、古核生物，是单细胞微生物，构成生物分类的一个域，或一个界。这些微生物1970年前的分類属于原核生物，它們與细菌有很多相似之處，即它们没有细胞核与任何其他膜狀胞器，同時另一些特徵相似於真核生物，比如存在重复序列与核小体。
原子核物理学
虽然有两种成分（注：超核添加了几种成分），但其特点是根据质子和中子的数量以及激发方法的不同而具有各种结构。 作为核子的主要相互作用的“强相互作用”尚未完全阐明，物理性质理论中的构成粒子无限大的近似是不允许的，表面效应很重要。自发现以来已近一个世纪，未知部分仍然存在，两项理论实验都在积极研究中。
中心粒
所有已知真核生物的最近共同祖先是有中心粒的，目前还不清楚某些类群（比如原始色素体生物）是在何时失去中心粒的。
原核生物界
注意，原核生物界(Monera)在起初的一段时间里，并不包括蓝藻，而是因蓝藻具有光合作用而把它分入植物界。
磷脂双分子层
原核生物一般只有一个磷脂双分子层——细胞膜（也称为质膜）。许多原核生物也具有细胞壁，但细胞壁是由蛋白质或碳水化合物组成。相比之下，真核生物具有多种细胞器，包括线粒体、溶酶体和内质网。所有这些亚细胞结构都被一个或多个磷脂双分子层包围。因此，一般情况下，这些细胞内部的亚细胞结构才构成了细胞大多数的磷脂双分子层，而非外部的细胞膜。例如，在肝细胞中，细胞膜仅占细胞总磷脂双分子层面积的2％，而线粒体30％，内质网超过50％。 突触传递可能是最广为人知的细胞信号传导形式，神经冲动到达一个神经元末端後，通过神经递质的释放传递给相邻的神经元。这种信息传导依赖能够运载神经递质的突触小泡。这些囊泡与突触前膜（实为第一个神经元的细胞膜）融合，并将其内容物释放到突触间隙，然后通过扩散到达突触后膜。然而，到达突触后膜后，神经递质也要依靠细胞膜的信息传递功能来发挥作用。
原子核物理学
原子核物理學作為一門不同於原子物理學的學科的歷史始於1896年亨利·貝克勒 (Henri Becquerel)在研究鈾鹽中的磷光時發現的放射性。 一年後，约瑟夫·汤姆孙 (J. J. Thomson)發現了電子，這表明原子具有內部結構。 在20世紀初，公認的原子模型是约瑟夫·汤姆孙的“梅子布丁模型 (汤姆孙模型)”模型，其中原子是一個帶正電的球，其中嵌入了較小的帶負電的電子。
结构基因
这些基因对细胞的形态和功能特征非常重要。在真核生物中，这些基因是以片段化的形式存在，即分为外显子和内含子。但在原核生物中，这些基因是连续的，甚至几个功能相关的基因与调控基因组成一个操纵子来共同转录。
准核生物
准核生物的細胞長約10微米、寬約3微米，大小超過大腸桿菌的100倍，約為釀酒酵母的3倍大，具有一被單層核膜圍繞的一大型擬核狀結構（與原核生物的擬核與真核生物的細胞核均不同），約佔細胞體積的41%，內含核糖體與DNA，且其DNA並不形成染色體；細胞質基質約佔細胞體積的22%，亦內含核糖體，還具有若干螺旋狀的大型，但不具有粒線體、質粒體、內質網、高基氏體或中心體等胞器；細胞壁厚約80－120奈米，約佔細胞體積的26%；細胞膜厚約20奈米。
内含子
内含子（）是一个基因中非编码DNA片段，它分开相邻的外显子。更精确的定义是：内含子是阻断基因线性表达的序列。DNA上的内含子会被转录到前mRNA中，但RNA上的内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除。在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子。真核生物的基因含有外显子和内含子，是前者区别原核生物的特征之一。
真核转录
真核转录是真核生物将存储在DNA中的遗传信息复制到RNA中的复杂过程。转录既发生在真核生物中，也发生在原核生物中。原核生物中的RNA聚合酶可以启动所有类型的转录；不同于原核生物，真核生物（包括人类）的RNA聚合酶有三种变体，每种变体编码不同类型的基因。真核生物的转录与翻译在不同的场所进行。真核细胞的转录发生在细胞核内，核中的DNA一般被包装成核小体以及更高级的染色质结构。真核生物基因组的复杂性决定了基因表达控制的多样性和复杂性。
細胞器
所有真核细胞，除高等植物韧皮部成熟的筛管和哺乳动物成熟的红细胞等极少数例外，都含有细胞核。一般来说，真核细胞失去细胞核会导致细胞的死亡，细胞核大多数呈球形或者卵圆形。
基因组进化
真核基因组通常大于原核生物。大肠杆菌基因组的长度大约为4.6Mb， 相比之下，人类基因组要大得多，约为3.2Gb。 真核基因组是线性的，并且可以由封装在细胞核中的多个染色体组成。基因的非编码部分，称为内含子，其大部分不存在于原核生物中，在蛋白质翻译发生之前通过RNA剪接除去。真核基因组随时间推移通过许多机制包括有性繁殖而演变，其向后代引入比原核生物复制过程更复杂的遗传多样性，其中后代理论上是亲代细胞的遗传克隆。
原生生物
单细胞原生生物虽没有细胞分化，为了执行各种生物学功能，结构更为复杂。结构复杂、变异多样的始祖原生生物发展成为现代原生生物的祖先以及多细胞真核生物——植物、真菌和动物。
端粒
例如，原生動物四膜蟲端粒的重複單位為TTGGGG（僅列一條鏈的序列）；哺乳類和其他脊椎動物的端粒為TTAGGG，串聯重複500~3000次，序列長度在2kb到20kb之間不等。 TG鏈常比AC鏈更長些，形成3′單鏈末端。端粒的功能為穩定染色體末端結構，防止染色體間末端連接，並可補償滯後鏈5′末端在消除RNA引子後造成的空缺。原核生物的染色體是環狀的，其5′最末端岡崎片段的RNA引物被除去後可藉助另半圈DNA鏈向前延伸來填補。但是真核生物線性染色體在復制後，不能像原核生物那樣填補5′末端的空缺，從而會使5′末端序列從此而縮短。真核生物通過形成端粒結構來解決這個問題。複製使端粒5′末端縮短，而端粒酶（telomerase）可外加重複單位到5′末端上，結果維持端粒一定長度。
生命印迹
地球上的古代记录让我们了解到微生物生命产生了怎样的地球化学特征，以及这些特征如何在整个地质期中被保存下来的。一些相关的学科如地球化学、地球生物学和地质微生物学，经常使用生命印迹来确定样本中是否是或曾存在过生命（有机体）。这些可能的生命印迹包括：(a) 微体化石和叠层石；(b) 有机质中碳、氮和氢的分子结构（生物标记）和同位素成分；(c) 矿物的多种硫氧同位素比值；(d) 氧化还原敏感金属（如铁、钼、铬和稀土元素）的丰度关系及同位素构成。
古菌
古菌和细菌的大小和形状非常相似，但少数古菌有不寻常的形状，如嗜鹽古菌拥有平面正方形的细胞。尽管看起来与细菌更相似，但古菌与真核生物的亲缘关系更为密切，特别是在一些代谢途径（如转录和转译）有关酶的相似性上。古菌还有一些性状是独一无二的，比如由依赖醚键构成的细胞膜。与真核生物相比，古菌有更多的能量来源，从熟悉的有机物糖类到氨到金属离子直到氢气。，如可以以太阳光为能源，其它一些种类的古菌能进行；没有一种古菌能像蓝藻与植物进行光合作用。古菌通过分裂、出芽、断裂来进行无性生殖，但没有发现能产生孢子的种类。
细胞分裂
原核细胞和真核细胞的细胞分裂方式沒有很大的不同。原核细胞的分裂方式简单，细胞周期短，在适宜条件下可大量繁殖（如细菌每20分钟就可分裂一次），其分裂方式为一分二或二分裂，习惯上又称无丝分裂或直接分裂。
真核生物
动物细胞是组成动物组织的基本单元。动物细胞与其它真核细胞有巨大差异，主要分別在缺少细胞壁、大液泡等，但具有能进行胞吞、胞吐的小液泡。也正是因为缺乏细胞壁，动物细胞可以转换成不同的形态，吞噬細胞正是具有这点才能进行吞噬作用。
单细胞生物
有核的如草履蟲就是典型的有核單細胞生物。有核單細胞生物主要由細胞核、細胞質、還有細胞器。它包括：粒線體、高爾基體、核糖體、細胞膜、這是動物型單細胞。
双鞭毛虫门
甲藻虽然是真核生物，但它的细胞核并不是典型的真核生物细胞核，因为缺少组蛋白, 核小体且在有丝分裂时保持浓缩染色体。Dodge (1966)称甲藻核为介核（mesokaryotic），即处于细菌与真核细胞的中间状态。但甲藻细胞包含了真核细胞的典型细胞器，如高尔基体，线粒体、叶绿体。
阻遏蛋白
雖然阻遏蛋白在原核生物中更常見，但它們在真核生物中很少見。 此外，大多數已知的真核抑制因子存在於簡單的生物體（例如酵母）中，並通過直接與激活因子相互作用而發揮作用。 這與也可以改變 DNA 或 RNA 結構的原核阻遏蛋白形成對比。
原子核
原子核受核力影響由質子和中子（兩種重子）构成。中子和质子又进一步由夸克构成。
古虫界
古虫界（学名：）是单细胞生物的一个主要超級群組，屬於真核生物域，由湯瑪斯·卡弗利爾-史密斯於2002年引入的一個新的支序親緣學分類。古虫界包含了许多自由生存或共生的原生生物，以及一些重要的人体寄生虫。古虫界過往被包括進現時被視為已棄用的生物分類“原生生物界”（Protista），一種基於鞭毛構造的分類，被認為是 的最 lineage。 命名为「古虫」，是因为在真核生物的系统发生树处于底部位置，与古菌等外群关系较近，线粒体可能缺失或功能原始。
原质
在數論派与瑜伽哲学文献中，它与原人（精神、意识）形成对比，原質指的是“物质世界：自然、物质，身心特征：体质、情绪、性情”。认为，在數論派的二元論中，原人是纯粹意识的根源，而原質是物质的根源，原人是每一个有生命存在的有意识的见证，而原質是显化的世界。
原生生物
德国生物学家格奥尔格·奥古斯特·戈德弗斯在1830年第一次将原生生物与其它生物区分开来，他使用“protozoa”（原生动物）一词来指代例如纤毛虫和珊瑚等生物。这一生物分类在1845年被扩展到包含所有单细胞动物，例如有孔虫门和变形虫等。19世纪60年代英国生物学家第一次提出了"Protoctista"这一正式的生物分类学，他认为原生生物应该包括在他看来原始的单细胞动物和植物。霍格将原生生物定义为“自然界的第四界”，其它三界分别为植物界、动物界和矿物质界。在1866年，德国生物学家恩斯特·海克尔将矿物质界移出了生物分类学，并将原生生物命名为“protists”，使当时的生物分类为植物界、动物界和代表“原始生命界”的原生生物界。那时原生生物依据其与"更高一级"的界的生物的相似性而被分为多个类别：「类似动物」的原生动物（Protozoa）、「类似植物」的叶状植物（Thallophyte，主要是指单细胞藻类）、「类似真菌」的黏菌（slime molds）或水黴（water molds）或原生菌類。这种基于共同點，缺乏深度的分类方式被基于系统发生学（演化过程中生物的相關性）的分類方式所取代。但是这類術语至今仍然被用于描述这些生物的形态学和生态学特征。
细胞
虽然原核细胞没有细胞核，但是紧缩后的DNA会形成拟核。原核细胞拟核外可携带环形的，称为质粒；质粒可提供额外的功能，如对抗生素的耐药性。
原生质体
在生物学上是Hanstein (1880年)提出的指不包括细胞壁的整个细胞 ；在植物中，原生质体就是除去细胞壁后被细胞膜包围的“裸露细胞”。
天然放射性核素
天然放射性核素，或称天然放射性同位素，是地球化学和地球物理中的一个概念，指地球形成的时候就存在于地球上的放射性同位素。它们是大爆炸、超新星爆发等过程中产生的重元素，在太阳系形成之前就已经存在。
源真核生物界
源真核生物界(Archezoa)，也称作古真核生物界，是汤玛斯·卡弗利尔-史密斯提出的一个界，包括了粒線体出现以前的真核生物的所有后代物种. 源真核生物曾被认为还没有获得线粒体和典型的高尔基体，核糖体仍与原核生物相似是70S型，是当时所认为的最原始的真核生物类群。这一概念包括了pelobionts与entamoebids (现在属于原阿米巴), 锐滴虫(metamonad), 微孢子虫等. 这一类群在真核生物的rRNA进化树上位于底部. 但是，现在已知这个类群的所有物种都是从具有线粒体的祖先进化而来。基于其它基因的进化树不支持这一类群处于底部的观点。因此，源真核生物界这一概念被废弃了。
原生生物
一个世纪后，美国生物学家赫伯特·克普兰恢复了霍格的命名方法，他认为“Protoctista”字面意思为“最先建立的生命”，同时他还抱怨称海克尔的命名“protista ”还包括了如细菌在内的无核微生物，而他自己的“Protoctista”命名不包括这类生物。克普兰的命名指代了含有细胞核的真核生物，例如硅藻、绿藻和真菌。基于这一理论美国生物学家罗伯特·惠特克建立了包含了真菌界、动物界、植物界和原生生物界的四界分类系统。此后为了与原核生物进行区分，原生生物界只代表真核微生物，而原核生物则被分入原核生物界，这形成了五界分类系统。这一分类系统一直被广为接受，直到20世纪末。那时分子系统发生学开始得到发展，人们开始意识到原核生物和原生生物两者均不是一类具有相关性生物的集合（他们不是单系群）。
原虫传染
原虫传染是指由以前归类于原生动物界的生物引起的寄生虫病。传统上统称为“原生动物”的物种彼此之间并不密切相关，只有表面上的相似性（如都是真核生物和单细胞生物，具有移動性，但也有例外）。在现代生物科学中，通常不鼓励使用“原生动物”这个术语。然而，这个术语在医学中仍然会用到，部分是因为医学分类的保守，部分是由于必须根据外观而不是DNA来识别生物。
原病毒
原病毒（），又称前病毒，指一類侵入寄主细胞后，遗传因子藉由逆转录并入寄主遗传物质內，會随著寄主细胞的子细胞遗传的病毒。所有被感染细胞后代的基因组中，均会有这种原病毒的遗传物质（内源性病毒元件）。这个过程被称为细胞的溶源化循环。
基因预测
在原核生物中，基因往往具有特定且容易识别的启动子序列（信号），如Pribnow盒和转录因子。与此同时，构成蛋白质编码的序列构成一个连续的开放阅读框（内容），其长度约为数百个到数千个碱基对（依据该长度区间可以筛选合适的密码子）。除此之外，原核生物的蛋白质编码还具有其他一些容易判别的统计学的特征。这使得对原核生物的基因预测能达到相对较高的精度。
表达载体
表达载体必须包括基因表达所需要的表达元件，这包括启动子、正确的翻译起始序列（例如核糖体结合位点、起始密码子、终止密码子）、终止子。原核生物和真核生物的蛋白质合成机理有所不同，所以特定的表达载体必须具有和其宿主细胞兼容的表达元件。例如，原核表达载体在其翻译起始位点会有可以结合核糖体的Shine-Dalgarno序列，而真核表达载体则会在对应的位置包含Kozak同源序列。
原生動物
按照支序分類學說的觀點，原生動物是真核生物除去多細胞動物、植物、真菌之外的部分，爲併系群，且區分動植物的標準——運動和光合作用均與生物演化分類無關。光合作用並非真核生物的原始屬性，而是分別通過一次或多次内共生來實現的，各個營光合作用的種類彼此間並無親緣關係。因此原生動物只是一個集合概念，而不應作爲生物分類的單元。原生動物組成的並系群，現稱為｢原生生物界」。
地球歷史
現代生物分類學將生命分為三域（细菌、古菌、真核生物），而這三域生物的起源時間則未被確定。细菌域可能首先由其他生命的形式分裂出來（有時稱為Neomura），但此說法極具爭議。接著，在大約是假設時鐘的下午2時（大約20億年前），细菌域生物（Neomura）分裂為古菌與真核生物。核細胞（真核生物）較大並且較原核細胞（細菌與古菌）複雜，而這複雜性的起源正在被逐步了解。在這段時期，一個與今天的立克次病原體有關係的細菌細胞進入了一個較大的原核細胞。可能該大細胞嘗試攝取較小的細胞但卻失敗了（可能因為較小的細胞為了防止被獵食而進化了）。可能該較小的細胞嘗試寄生於較大的細胞。在任何情況下，較小的細胞在較大的細胞裡存活。其使用氧氣以引起該較大細胞所釋出的廢物的代謝作用，並產生更多能量。這種過剩的能量部份會給回主細胞。該小細胞在較大的細胞裡自我複製，並很快地發展出一個穩定共生關係。久而久之，主細胞取得了部份較小的細胞遺傳資訊，而其兩者則開始互相依賴：較大的細胞不能在沒有較小的細胞製造能量的情況下生存，而較小的細胞則不能在沒有較大的細胞提供原料的情況下存活。較大的細胞與在其內大量繁衍的較小的細胞建立了共生關係，其兩者因此被當為單一有機體，較細的細胞被分類為細胞器，名為線粒體。一個相類的情況在有著光合作用的藍菌上出現並進入較大的異養生物的細胞，其後發展為葉綠體。
原子
原子核也可以存在净自旋。由于热平衡，通常这些原子核都是随机朝向的。但对于一些特定元素，例如氙-129，一部分核自旋也是可能被极化的，这个状态被叫做超极化，在核磁共振成像中有很重要的应用。
真核生物
植物和很多藻类拥有细胞器色素体。同样的，这些色素体也有自己的DNA，起源于内共生，这次的内共生体是藍菌門细菌。色素体又称质体，最常见的就是叶绿体，像蓝菌门细菌一样也有叶绿素，通过光合作用合成有机物（如葡萄糖）。其他色素体参与储存食料。虽然色素体很可能是单起源的，但并非所有含有色素体的细胞也是单起源的，实际就有些真核细胞通过多重内共生或摄入获得色素体。
原生质
原生质构成了原生质体；在植物中，原生质体就是除去细胞壁后被细胞膜包围的“裸露细胞”。
细胞核
還有一項較具爭議性的模型，稱為「病毒性真核生物起源」（viral eukaryogenesis），此模型認為病毒感染了原核生物，導致膜結合細胞核與其他真核生物特徵的成型。這種理論的基礎在於真核生物與病毒間的某些相似性，如線性DNA、mRNA的加帽作用，以及蛋白質的緊密結合（病毒的外套膜相當於真核生物的組織蛋白）。理論的其中一個版本認為，吞噬作用形成了早期的細胞「掠食者」，並因此演化出細胞核。也有理論認為真核生物起源於受到痘病毒感染的古菌；因為觀察顯示，現代痘病毒與真核生物的DNA聚合酶具相似性。此外，病毒性真核生物起源假說，也可與部分性別相關演化問題有關。
原生质
通过各种生物原生质的研究，发现化学成分上虽有区别，但从组成的的化学元素来分析，基本的構成是相似的。其中有6种元素在数量上较多，分别为：碳、氢、氧、氮、磷、硫（占了总量的95%）。
原子
原子核是原子中所有的质子和中子构成的，结合起来很小，它们一起也可以被称为核子。质子带正电荷，中子不显电性，故原子核的正电荷由质子数决定。原子核的半径约等于formula_6fm其中formula_7是核子的总数。原子半径的数量级大约是10fm，因此原子核的半径远远小于原子的半径。核子被能在短距离上起作用的残留强力束缚在一起。当距离小于2.5fm的时候，强力远远大于静电力，因此它能够克服带正电的质子间的相互排斥。
磁矩
雖然有些同位素原子核的激發態的衰變期超長，大多數常見的原子核的自然存在狀態是基態。每一個同位素原子核的能態都有一個獨特的、明顯的核磁偶極矩，其大小是一個常數，通過細心設計的實驗，可以測量至非常高的精確度。這數值對於原子核內每一個核子的獨自貢獻非常敏感。若能夠測量或預測出這數值，就可以揭示核子波函數的內涵。現今，有很多理論模型能夠預測核磁偶極矩的數值，也有很多種實驗技術能夠進行原子核測試。
准核生物
准核生物（"Parakaryon myojinensis", Myojin parakaryote）是一種相當特別的單細胞生物，於2010年5月在日本東南方海域的明神海丘發現，並於2012年由筑波大學的研究人員發表描述。此生物同時具有原核生物與真核生物的部分特徵，但與兩大類生物均有明顯差異。
细胞
细胞（）旧称䏭，是生物体结构和功能的基本单位。它是除了病毒之外所有具有完整生命力的生物的最小单位，也经常被称为生命的积木（病毒仅由DNA/RNA组成，并由蛋白质和脂肪包裹其外）。细胞可分為兩大類：原核细胞和真核细胞。细菌界和古菌界的生物由原核细胞构成。原生生物，真菌，植物和动物均由真核细胞构成。
自然
動物是一個有多種特徵並通常與其他生物分開的分類，但是科學家們並不是以其有腳部或有翼而與有根部及有葉的生物分別開來。動物是真核生物並通常為多細胞生物，特別例子如黏體動物，與細菌、古菌及原生生物分別開來。黏體動物為異養生物，通常在內室消化食物，使她們與植物及藻類分離。她們亦因為沒有細胞壁而與植物、藻類和真菌區別開來。
细胞
植物，动物，真菌，黏菌，原生动物，及藻类均属于真核生物。这类细胞，其宽度可达典型原核细胞宽度的15倍，而体积可达原核细胞的1000倍。原核细胞和真核细胞的最大不同点在于真核细胞内包含有以膜边界的隔间，这些隔间是进行特定的新陈代谢活动的场所。其中最重要的是细胞核，这个隔间正是遗传物质DNA的所在地。细胞核是真核细胞命名的由来，它的意思是“真正带细胞核的细胞”。其他的不同点包括： 細胞是生物體的構造和生理的基本單位，卻不能因此認為所有的生物細胞都相同，即使在同一個個體內，也有因為分化而產生各式各樣外觀與功能不同的細胞，即使相同種類的細胞，也可能正在執行的生理工作也有差異，但是基本上彼此都有共同的基本構造。
核素
核素是基于原子核的层面上考虑问题，不仅考虑原子核中中子数与质子数的差异，同时也考虑了影响核性质的另一主要因素，即核能态的不同，对原子核的性质描述更深入，涉及核力、核结构及原子核的大小、自旋、宇称、电四极矩等。而同位素则主要关注同一元素不同原子的原子核组成、稳定性以及质量差别等方面的问题。
遗传学
真核生物常常利用有性繁殖来产生后代，其后代含有分别遗传自不同亲本的混合的遗传物质。有性繁殖的过程是一个介于基因组单拷贝（单倍体）和双拷贝（双倍体）之间的一个转换过程。 双倍体生物通过不复制DNA的分裂来形成单倍体，所生成的单倍体子细胞含有每对姐妹染色体中的任意一个。两个单倍体细胞融合并将各自的遗传物质组合在一起来重新生成一个含配对染色体的双倍体细胞。多数动物和许多植物在它们的生命周期的多数时间内是双倍体，只有生殖细胞为单倍体形式。
真核生物
真核细胞体积通常远大于原核细胞，約達後者的一萬倍。其内部有各种内膜结构构成的内膜系统。细胞器与微丝、微管、中间丝等细胞骨架在细胞的功能和结构上起到了重要的作用。真核DNA线性地划分在几个染色体上，平时以染色质形态存在于细胞核中，在有丝分裂时由微管组成的纺锤丝分离。
時間生物學
同时原核生物（细菌，和蓝藻）也有昼夜节律。
细胞
生物界由两种细胞构成：原核细胞和真核细胞。生命最先演化成原核细胞；地球上存在生命的最初的15亿年间，原核细胞是唯一的生存形式。化石证据可推断出生命演化成真核细胞是在大约21亿年以前。真核细胞最大的特点是其内部包含了以膜封围的细胞核来存储DNA。真核（eukaryotic）一词源自希腊语，其中前缀“eu”是“真正的”（true）意思，而“karyon”是内核的意思，这里指细胞核（nucleus）。原核（prokaryotic）是指“在细胞核出现之前”，其中前缀“pro”是“在…之前”（before）的意思，映射了原核细胞是在真核细胞之前出现的事实。
基因表現
原核生物中，转录只由一种RNA聚合酶完成，此过程需要一段称为普里布诺盒的DNA序列和σ因子才能开始。真核生物中，转录由三种RNA聚合酶完成，需要启动子和转录因子来启动转录。负责转录核糖体RNA（rRNA）的基因。RNA聚合酶II（Pol II）不仅转录所有蛋白质编码基因，还转录一些非编码RNA（如snRNA、snoRNA）。聚合酶遇到终止子后，转录过程即告结束。
拟菌病毒属
然而拟菌病毒并未表现出以下特征：具有稳态，能量代谢，能对刺激作出反应，自我繁殖，具有细胞结构等通常用以定义生命的特征。
细胞核
第二種模型認為，原始的真核細胞是在未發生內共生的狀況下，自細菌演化而來。此理論的基礎在於現代浮黴細菌擁有包含原始核孔與其他分隔模構造的核狀結構。另一項類似說法指出，一種稱為慢性細胞（chronocyte）的類真核細胞，首先演化成型，並將古菌與細菌吞噬到體內，使細胞核與真核細胞形成。
核同质异能素
核同质异能素（亦稱同核異構體）指的是由于某个原子的原子核内核子（质子或中子）處於激发态，而产生原子核的亚稳态，这种状态下原子核内的核子会占用能量更高的核子轨道。这通常是核反应的产物。由于这些在激发态的核子的半衰期比常见的激发态的核子的半衰期要长（通常达到100~1000倍的时间），因此被称作处于“亚稳态”（），并在原子的质量数后附上“m”作为标记，如。在有多个亚稳态时，使用m1、m2、m3等，按照激发能量从低到高进行标记，如。通常，这一术语只指那些半衰期在10秒以上的状态，中更是推荐以5×10秒作为最短的半衰期。
原生生物
生物分类学中对原生生物的分类依旧在发生变化，较新的分类尝试基于超微结构、生物化学和基因学层面使其指代单系群的生物。由于原生生物整体来看是并系群，因此如上所述的分类方法会使现有的界分类分裂或者被弃用，而不能将原生生物作为真核生物里的一个单独的支线。由Adl "et al." (2005)最近提出的一个方案既不会干扰生物分类学的正式分类，又可以将生物体编入一个分级编目中，这使得生物分类在相当长的一段时间内可以变得更稳定并易于更新。原生生物分类中有一些被认为是门分类的已经在本文右侧的信息框中列出，其中有很多被认为是单系群，但是目前仍缺乏证实。例如古虫界生物可能不是单系群的，又例如只有当定鞭藻门和隐藻门被排除在外时，囊泡藻界生物才能说是单系群的。常見的原生生物包括纤毛虫（ciliates）、变形虫、疟原虫、粘菌、浮游生物、海藻，也有光自營的单细胞游动微生物，如眼虫等。
原子
原子是由带正电荷的原子核和带负电荷的电子构成。原子核所带的正电荷数（即核电荷数）与原子核外电子所带的负电子数相等，故原子呈电中性。原子可以构成分子，也可以形成离子，也可以直接构成物质。
真核生物
在古时候，人们就已认识到动物和植物应分为两类。在林奈建立分类阶元时，虽然存在一定疑惑但还是把真菌划为两界说中的植物界。而后来的学者把真菌独立成一界，即把真核生物分为四界：原生生物界、植物界、动物界、真菌界，但學界直至1980年代仍然對真菌界的構成未完全清楚。显微镜发明后，所发现的许多原生生物根据是自养还是异养，划分为原生植物与原生动物，分别归入植物界与动物界。而海克尔在1866年增加了原生生物界，即把真核生物分为四界。
真核生物
细胞核由两层膜包围，常称为核膜，包含核孔，使得物质能够进出。核膜的管状、片状突出形成了内质网，负责蛋白质的生成和转运。粗面内质网上有核糖体，进行蛋白质合成，这些蛋白质随后进入细胞内腔，再进入小泡中，然后从光面内质网弹出。对于大多真核细胞，这些携带蛋白质的小泡释放到一堆扁平囊泡中，即高尔基体，并进一步改装。
Ori
不同于原核生物仅有一个复制起始点，真核生物中往往有多个复制起始点，并且是分开复制而并不是同步复制的，即时序性；且复制起始点比"E.coli"的"OriC"要短。如酵母菌的DNA复制起始点仅仅包含11bp的富含AT的核心序列，又叫做自主复制序列（"ARS,autonomous replication sequence"）。
原初生命體
原初生命體（）被认为有可能是原核细胞的祖先，是由膜或膜样的结构包围非生物生产的有机分子的集合体。其表现出一些与生命相关的属性，如简单的繁殖，代谢与兴奋性。有人认为，它们是在地球上生命起源的一个关键步骤。现已有实验证明，它们可以在与早期地球上的环境条件相似的情况下被自发形成，形成脂质体和微球 。它有类似的细胞中发现的磷脂双分子层的膜结构 。
古菌
在20世纪的大部分时间里，原核生物因其生化、形态和代谢上的一致性被视为分类上的单组生物。在这一时期，微生物学家试图根据其形状、细胞壁结构以及所消耗的物质来对微生物进行分类。然而，在1965年有一种新方法被提出，即使用生物体的基因序列来搞清这些生物是如何相关联的。这种方法称为系统发育，是今天生物分类所使用的主要方法。 「古细菌」这个概念第一次出现是在1977年，由卡尔·乌斯和乔治·福克斯提出的，原因是它們在16S 核糖体RNA的系統發生樹上和其牠原核生物的區別。這兩組原核生物起初被定為古細菌和真細菌兩個界或亞界（当时乌斯与福克斯更倾向于用「总界」一词）。后来乌斯認為它們是兩支根本不同的生物，於是在1990年重新命名其為古菌和細菌，并将這兩支和真核生物划为域这一新建立的分类阶元，一起構成了生物的三域系統。
原始色素體生物
所有這些生物體的色素體（葉綠體等）有兩層膜包圍，表明了這些生物體是直接内共生藍菌而進化来的。其它的真核生物的色素體包有3或4层膜，显示它们是通过内共生绿藻或红藻而获得的色素體。这也是本类生物称之为"原始色素體"生物的由来。
生物
真核生物的特徵是有細胞核以及其他膜狀細胞器（例如動物和植物體內的粒線體也可以說是植物動物體的發電廠，因為他可以釋放出很多的能量，以及植物及藻類中的葉綠素），一種假說是叶绿体和线粒体是由内共生细菌（endosymbiotic bacteria）演化而来 。多细胞生物 則指包含多于一个细胞的生物，在地質學上直到五億年前才出現大爆發。
最重元素概论
原子核的稳定性源自于强核力，但强核力的作用距离很短，随着原子核越来越大，强核力对最外层的核子（质子和中子）的影响减弱。同时，原子核会被质子之间，范围不受限制的静电排斥力撕裂。超重元素的主要衰变方式——α衰变和自发裂变都是这种排斥引起的。α衰变由发射出去的α粒子记录，在实际衰变之前很容易确定衰变产物。如果这样的衰变或一系列连续衰变产生了一个已知的原子核，则可以很容易地确定反应的原始产物。（衰变链中的所有衰变都必须在同一个地方发生。） 已知的原子核可以通过它经历的衰变的特定特征来识别，例如衰变能量（或更具体地说，发射粒子的动能）。然而，自发裂变会产生各种分裂产物，因此无法从其分裂产物确定原始核素。
原核生物界
原核生物界（Kingdom Monera）是1969年罗伯特·魏泰克提出的五界系统 动物界、植物界、真菌界、原生生物界与原核生物界 仍然使用此概念。1970年代中期，明确了古菌与细菌的亲缘距离不比古菌与真核生物的距离更近，这导致了原核生物界这一概念被一部份人放弃。取而代之的是三域系统。
原生生物
原生生物（学名：，）統稱真核域中，不属于植物、动物和真菌，一般个体微小、多数为单细胞、有细胞核和原生质膜包围的-{zh:细胞器;zh-hans:细胞器;zh-hant:胞器;}-真核生物。原生生物谱系是一个并系群而非单系群，因为它们并不是一个自然类群，各个大类群之间差异很大且不知道他们的派生关系，過去單純为了研究方便，将这些细胞结构、繁殖和生活史等方面表现出很大的差异的生物暂时归为一类。
操縱子
最初，操纵子被认为仅存在于原核生物中，但自从1990年代初发现真核生物中的第一个操纵子以来，已经出现了更多的证据表明它们比以前假设的更常见。通常，原核操纵子的表达导致产生多顺反子mRNA，而真核操纵子导致单顺反子mRNA。
核质
核质（）是真核细胞中细胞核内除核仁外，所含的其他部分物质。核质是原生质的一种类型，它被核膜包裹。 核质包括染色体和核仁。 许多物质例如核苷酸（对于DNA复制等目的是必需的）和酶（其指导发生在细胞核中的活动）溶解在核质中。 核质的可溶性液体部分被称为核溶质(nucleosol)或核质透明质体(nuclear hyaloplasm)。
植物
植物作为真核生物，其细胞具有真核细胞的共同特征：被核膜包裹的真正的细胞核和具膜细胞器。
天然放射性核素
天然放射性系列有三个，即以92U为首的铀系，以92U为首的锕铀系或锕系和以90Th为首的钍系。它们都有相当长的半衰期（以上三者分别为4.49×109年、7.13×10年和1.39×10年），其原子从开始一直存留到现在。其它原子序数大于81的放射性核素均属重元素，这些核素之所以存在是由于铀和钍的长寿命核素不断衰变的结果。
最重元素概论
超重元素的原子核是在两个不同大小的原子核的聚变中产生的。粗略地说，两个原子核的质量之差越大，两者发生反应的可能性就越大。由较重原子核组成的物质会作為靶子，被较轻原子核的粒子束轰击。两个原子核只能在距离足够近的时候，才能聚变成一个原子核。原子核（全部都有正电荷）会因为静电排斥而相互排斥，所以只有两个原子核的距离足够短时，强核力才能克服这个排斥力并发生聚变。粒子束因此被粒子加速器大大加速，以使这种排斥力与粒子束的速度相比变得微不足道。不过，只是靠得足够近不足以使两个原子核聚变：当两个原子核逼近彼此时，它们通常会在一起约10秒后裂变（产物不需要和反应物相同），而非形成单独的原子核。如果聚变发生了，两个原子核产生的一个原子核会处于激发态，被称为，非常不稳定。为了达到更稳定的状态，这个暂时存在的原子核可能会直接核裂变，或是放出一些带走激发能量的中子。如果这些激发能量不足以使中子被放出，复合原子核就会放出γ射线。这个过程会在原子核碰撞后的10秒发生，并创造出更稳定的原子核。（JWP）定义，化学元素的原子核只有10秒内不进行放射性衰变，才能被识别出来，这个值大约是原子核得到它的外层电子，显示其化学性质所需的时间。
古虫界
某些古虫界的物种被认为是非常原始的真核生物，位于进化树的底部。这示意古虫界可能是多系群，包含着其它原生生物的祖先。但这也可能是由于长枝吸引（long branch attraction），这已经在微孢子虫（microsporidia）中有过前例。
拟核
存在於原核生物，是没有由核膜包被的细胞核，也没有染色体，只有一个位于形狀不規則且边界不明显区域的环形DNA分子。內含遺傳物質。裡面的核酸為雙股螺旋形式的環狀DNA，且同時具有多個相同的複製品。
古菌
古菌和原核生物的分类一般是一个快速发展并充满争议的领域。现行的分类体系旨在将古菌组织成具有共同结构特征和共同祖先的生物群。这些分类很大程度上依赖于使用核糖体RNA基因序列来揭示生物之间的关系（分子系统发生学）。目前大部分可纯化培养的并研究清楚的古菌都可以划为两个主要的门：泉古菌门和廣古菌门。其它的门类还在初步创立阶段，比如2002年由卡尔·施泰特尔發現的奇特的物種而建立的納古菌门。还有1994年Barns等建议建立的一个新门初古菌门包括一小群不寻常的嗜热品种，但这个门与泉古菌门演化关系密切。其它最近探别出来的古菌与已知古菌门类关系较远，如2006年发现的環境樣品。是已知的生命體中最小的生命體。
原核生物
细菌和古菌通过无性生殖进行繁殖，通常为分裂。虽然亦存在基因交换现象，但这只是基因水平转移，而不是一个基因复制的过程。即只是简单地在两个细胞之间传递DNA，如细菌接合。
基因組
当讨论基因组的构成时，首先要区别的是原核基因组还是真核基因组，两者在基因组组成上有很大的不同。在原核生物中，基因组的大部分（85-90%）都是非重复DNA，这意味着其中主要的都是编码DNA，非编码区域只占了一小部分。与之相反，真核生物的蛋白质编码基因有着外显子-内含子的结构特点，而且存在大量丰富的重复DNA序列。特别是哺乳动物和植物中，基因组的大部分都由重复DNA构成。
古菌
在細胞結構和代謝上，古菌在很多方面接近其它原核生物。然而在基因轉錄和轉译這兩個分子生物學的中心過程上，它們並不明顯表現出細菌的特徵，反而非常接近真核生物。比如，古菌的轉译使用真核生物的啓動和延伸因子，且轉譯過程需要真核生物中的TATA框結合蛋白和TFIIB。许多这些特征也被讨论如下。
细胞
原核细胞比真核细胞更简单因此也更小，它没有真核细胞中的细胞核和各种的细胞器。原核细胞分两种：细菌和古菌；他们拥有相似的结构。 构成原核细胞的核物质的是直接與细胞质接触的单个染色体。这个未與细胞质完全隔离的区域称为拟核。 从结构上看，原核细胞分三个区域：
奇異原子
大多数奇异原子都是類氫原子（hydrogen-like atom），及是只擁有一個電子的原子，與氫原子同為等電子體，又稱為類氫離子。類氫原子只含有一個原子核與一個電子，是個簡單的二體系統，系統內的作用力只跟二體之間的距離有關，是反平方連心力。最典型的是里德伯原子（Rydberg atom），是指具有高激发态电子（主量子数n很大）的原子。里德伯原子中只有一个电子处于很高的激发态，离原子实（原子核和其余的电子）很远，原子实对这个电子的库仑作用可视为一个点电荷的库仑作用，因此可以将里德伯原子看作类氢原子。还可以组成里德伯分子（Rydberg molecule），还可以出现一种特殊相态里德伯极化子（Rydberg polaron）。
结核 (地质学)
结核（Concretion）在地质学中，指在沉积岩或土壤中与周邊環境成分有明显区别的某种矿物团块。其形状有球形、卵形及各种不规则形状。内部构造式样很多，有同心圆状、放射状等。大小差别很大，直径从几厘米、十几厘米至几米不等。常见的结核主要是由化学沉淀的礦物组成，如菱铁矿、黄铁矿、石膏、磷灰石等。
核技术
随着人们对原子的认知加深，放射性的性质变得更加清晰。一些较大的原子核并不稳定，因此在随机时间间隔之后发生衰变（释放物质或能量）。贝克勒尔和居里发现的三种辐射也得到了更充分的了解。α衰变时，原子核释放α粒子，α粒子由两个质子和两个中子构成，相当于氦核。β衰变则释放β粒子，即高能电子的释放。γ衰变释放γ射线，这一射线不是物质，而是高频率的电磁辐射，即能量，这种类型的辐射是最危险、最难以阻挡的。所有三种辐射都会在某些元素中自然出现。
真核生物
真核细胞之所以可以发展出有质膜包围的细胞核和细胞器，被认为有两个过程：膜内折和内共生。膜内折指始祖古核生物细胞的质膜内折成为真核细胞的膜系统。经过第二次内折，内质网膜形成高尔基体等细胞器。内共生学说指，古核生物吞入了需氧的、较小的、始祖原核生物（需氧真细菌，如变形细菌）和，由寄生过渡到共生，变为线粒体。通过类似的过程，古核生物细胞与较小的、始祖光合原核生物（如蓝细菌）共生，产生绿藻和红藻，第二次被古核生物吞入成为共生者，并演变为叶绿体。膜内折产生的原始的内质网膜系统，限制了吞入细菌的活动，避免了细胞成分被其“吃掉”。
古菌
古菌在基因上与细菌真核生物有许多不同，大约有15%古菌基因是古菌中独有的。这些古菌独有蛋白质的功能大部分还未知，其余已知功能的独有蛋白质大部分属于广古菌门中的产甲烷菌。古菌、细菌、真核生物共有的蛋白质都涉及细胞的核心功能，如转录、翻译和核苷酸代谢。古菌基因组别的特点还有基因的组织常与功能相关（如催化相同代谢途径的酶会组成一个独有的操纵子），以及不同的tRNA基因之间差异很大，其氨酰-tRNA合成酶之间也是如此。
超重元素
只是靠的足够近不足以使两个原子核聚变。当两个原子核逼近彼此时，它们通常会在一起约 10秒，然后裂变（产物不需要和反应物相同），而不是形成一个单独的原子核。发生这种情况是因为在尝试形成单个原子核的过程中，静电排斥会裂变正在形成的原子核。每一对目标和粒子束的特征在于它的截面——如果两个原子核彼此接近，发生聚变的概率。 这种聚变可能是量子效应的结果，其中原子核可以通过静电排斥进行隧穿。如果两个原子核可以在该阶段之后保持靠近，则多个核相互作用会导致能量的重新分配和平衡。
有性生殖的演化
很多原生生物进行有性生殖，正如多细胞植物，动物和真菌那样。在真核生物化石记录中，有性生殖最先出现于 12 亿年前的元古宙。 所有有性生殖的真核生物均诞生自一个单细胞的共同祖先物种。有少数物种次生丢失了这一特性，如 Bdelloidea 和一些单性结实的植物。