中国社会科学院
1949年11月，中国科学院在北京成立。中国科学院哲学社会科学部最初设有语言研究所、哲学研究所、法学研究所、经济研究所、世界经济研究所、民族研究所、世界宗教研究所、考古研究所、历史研究所、近代史研究所、世界历史研究所、文学研究所、外国文学研究所和情报资料研究室等14个研究单位，总人数2200多人。
中国科学院动物研究所
中国科学院动物研究所是中国科学院下属研究机构，位于北京，是一个以动物科学基础研究为主的社会公益型国家级科研机构。
中国科学院大学
2017年，在中国一流研究生院排名中，中国科学院大学的理学和工学学科排名第一。
中国科学院微生物研究所
微生物所成立于1958年12月3日，所址位于北京市海淀区中关村。2007年，微生物所的大部分从中关村迁至朝阳区中国科学院奥运村生命科学园区。
中国科学院国家空间科学中心
中国科学院国家空间科学中心，简称中科院空间中心或空间中心，是隶属中国科学院的公立科研机构，位于中华人民共和国北京市。该机构的前身是成立于1958年的中国科学院‘581’组办公室（简称“581”组）。在“581”组（1958年9月~1959年11月）之后，空间中心经历了中国科学院地球物理所二部（1959年12月~1966年1月）、应用地球物理所（1966年2月~1968年1月），国防科委（1973年后为七机部）第五研究院空间物理及探测技术研究所（1968年2月~1978年10月），中国科学院空间物理研究所（1978年11月~1987年7月）、空间科学技术中心（1977年11月~1987年7月）以及空间科学与应用研究中心（1987年8月至2015年6月）、国家空间科学中心（2011年6月至今）等沿革。
中国国际问题研究院
经外交部常务副部长张闻天提议筹建，国务院批准，1956年11月24日，“中国科学院国际关系研究所”成立，这是中国历史上首家专门开展国际问题研究的机构。1958年与中国科学院脱钩，更名为“国际关系研究所”。中苏交恶期间，国际关系研究所参与了《九评苏共中央的公开信》的起草。
國家中山科學研究院
國家中山科學研究院（簡稱：中山科學研究院、中科院，英文簡稱：NCSIST），為中華民國國防科技研發機構，屬於中華民國國防部監督之行政法人。主要目標為提升國防科技能力、建立自主國防工業、拓展國防及軍民通用技術。航空研究所、飛彈火箭研究所、資訊通信研究所、化學研究所、材料暨光電研究所、電子系統研究所、系統發展中心、系統製造中心、系統維護中心、資訊安全中心、軍民通用中心
中国科学院上海硅酸盐研究所
1927年11月20日，蔡元培主持召开中央研究院筹备会议，会议通过了《中华民国大学院中央研究院组织条例》并决定优先筹备设立理化实业研究所等四个研究机构。理化实业研究所分为物理组、化学组和工程组，主要关注基础科学研究，但也包括实用的工程学。1928年6月9日，中央研究院第一次院务会议在上海召开，蔡元培宣布中央研究院正式成立。院务会议之后不到一个月，理化实业研究所筹备工作即宣告完成。事实上，理化实业研究所正式成立之时就分为物理、化学和工程三个研究所，由周仁出任工程研究所所长。起初三个研究所合设于上海市霞飞路899号办公，后又一同搬至白利南路理工实验馆。抗日战争期间，工程研究所迁往昆明。1945年更名为国立中央研究院工学研究所。1946年，工学研究所返回上海理工实验馆开展工作，钢铁研究部分留在昆明成为工作站。
当代中国研究所
当代中国研究所（），简称当代所，隶属中国社会科学院。“主要任务是研究、编纂和出版中华人民共和国史，搜集和编辑有关国史资料，参与国史的宣传与教育，联系与协调各地区、各部门的国史研究工作。”历任所长为：李力安、朱佳木、李捷、荆惠民、姜辉。
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所
目前研究所拥有近500人的研究人员，其中中国科学院院士10人，正高级科技人员78人，副高级科技人员95人。 2000年5月，原中国科学院上海生物化学研究所与原中国科学院上海细胞生物学研究所合并成立中国科学院生物化学与细胞生物学研究所。
中国科学院微电子研究所
中国科学院微电子研究所（简称“微电子所”）是中国科学院下设的研究机构，位于北京市朝阳区北土城西路3号。微电子所的前身是成立于1958年109厂，1986年中国科学院半导体研究所微电子学研究部分并入，成立中国科学院微电子中心，2003年改为现名。微电子所的研究领域覆盖微电子工艺、器件和集成电路设计。中国科学院大学微电子学院依托於此。
中国科学院空天信息创新研究院
中国科学院空天信息创新研究院（英文：Aerospace Information Research Institute, Chinese Academy of Sciences，简称“中科院空天院”，AIR）是中国科学院下属的空天信息科学研究机构，前身是中国科学院电子学研究所、遥感与数字地球研究所、光电研究院。现任院长为吴一戎院士。
中国科学院上海生命科学研究院
中国科学院上海生命科学研究院（简称上海生科院，）是已撤销的中国科学院直属事业单位，成立于1999年7月，是中国生命科学领域重要的综合性国立研究机构，由原上海地区的中国科学院8个生命科学研究所和2个研究中心的基础上组建而成。
中国科学院电工研究所
中国科学院电工研究所是中华人民共和国电气科学研究机构，是中国科学院的直属研究单位.
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所
中国科学院古脊椎动物与古人类研究所（简称中科院古脊椎所），中国科学院直属研究单位之一。
浙江大学
拥有10个国家重点实验室，1个国家工程实验室（生物饲料安全与污染防控），4个国家专业实验室，9个教育部重点实验室。此外，还有6个国家工程（技术）研究中心、3个普通高等学校人文社科重点研究基地，以及中国西部发展研究院、工业技术研究院、加州国际纳米技术研究院、中国农村发展研究院、台州研究院、数学科学研究中心、求是高等研究院、国际创新研究院、国际电磁科学院分院、沃森基因组科学研究院、生命科学研究院、水环境研究院和可持续能源研究院共计13所独立研究院。
中国社会科学院
1981年以后，社科院又成立了数量与技术经济研究所等6个科研院所，研究所总数扩张到31个，研究中心则有45个。
中国科学院心理研究所
中国科学院心理研究所，成立于1951年，位于北京市朝阳区，为中国科学院下属研究机构，其前身为创建于1929年的中央研究院心理研究所。
中国科学院神经科学研究所
神经科学研究所现有中国科学院院士3人，正高级科技人员43人，副高级科技人员39人。
中国科学院科技战略咨询研究院
中国科学院科技战略咨询研究院，原名中国科学院科技政策与管理科学研究所，是中华人民共和国的一所科技政策与管理科学研究机构，1985年6月成立。2016年10月改为现名。
中国科学院微电子研究所
共设11个研究室，分别为：
中国科学院理论物理研究所
中国科学院理论物理研究所是中国科学院下属研究机构之一，成立于1978年6月，是中国理论物理研究的重要机构之一，位于北京市海淀区中关村东路55。理论物理研究所现有科研人员32人，有中国科学院院士7人。
中国社会科学院考古研究所
中国社会科学院考古研究所成立于1950年8月1日，是中国科学院建院伊始组建的研究所之一。1977年中国社会科学院由中国科学院分出独立建院，考古研究所归属中国社会科学院。建所至今已发表论文近6000余篇、发掘报告和研究专著300多种。重要著作有《新中国的考古发现和研究》、《中国大百科全书·考古学》、《中国考古学·夏商卷》、《中国考古学·两周卷》等。
中国科学院地理研究所
中国科学院地理研究所曾是中华人民共和国的地理学研究机构，现已划分为3所研究所。
中国科学院大学
该校设研究生教育，2014年开始设本科教育。研究生入学后多在北京本部进行为期一年的理论课程学习，然后回到中国科学院分布在全国20余个省（市）的100余个研究所进行课题研究和毕业论文相关工作。中国科学院大学在北京本部拥有玉泉路校区、中关村校区、雁栖湖校区和奥运村校区四个校区，在北京之外则拥有上海、成都、武汉、广州、兰州5个研究生教育基地，共同承担研究生培养工作，因此有“没有围墙的大学”之称。
中国科学院生物物理研究所
2004年，中科院生物物理研究所为满足国家加速科研成果转化的重大需求建设"蛋白质与多肽药物实验室"。2011年，为加快突破中国生物大分子药物研发中"创新"与"转化"衔接的瓶颈，重新成立"蛋白质与多肽药物重点实验室"。2013年，被北京市科委评定为"北京市生物大分子药物转化工程技术研究中心"。实验室主要研究方向有：
中国科学院高能物理研究所
中国科学院高能物理研究所是中国高能物理的主要研究所，位于中国北京市石景山区玉泉路，下属著名的北京正负电子对撞机。前身是创建于1950年的中国科学院近代物理研究所，后改称物理所、原子能研究所；1973年在中国科学院原子能研究所一部的基础上组建而成。主办一些学术月刊或双月刊如《中国物理C》与《现代物理知识》。
中国工程院
中国工程院同中国科学院并称为“两院”。与中科院和社科院不同，工程院不下辖实体科研机构。中国工程院现设有机械与运载工程学部、信息与电子工程学部、化工、冶金与材料工程学部、能源与矿业工程学部、土木、水利与建筑工程学部、环境与轻纺工程学部、农业学部、医药卫生学部和工程管理学部等共计9个学部。
中国科学院力学研究所
实验室现任主任为黄晨光研究员。实验室有两名中国科学院院士：郑哲敏、李家春，14名研究员。
中国科学院物理研究所
中国科学院物理研究所（以下简称“物理所”）是中国科学院早期成立的研究所之一，成立于1950年，所址地处北京市海淀区中关村,其前身是成立于1928年的国立中央研究院物理研究所和成立于1929年的北平研究院物理研究所。物理所的研究领域涵盖大部分物理二级学科，是一个综合性多学科的大型研究所，现有职工400余人，流动人员（主要为博士或硕士研究生）800余人，其中有中国科学院院士九人。
中国科学院上海有机化学研究所
研究所设有生命有机化学国家重点实验室、金属有机化学国家重点实验室、中国科学院有机氟化学重点实验室、中国科学院天然产物有机合成化学重点实验室、中国科学院有机功能分子合成与组装化学重点实验室、中国科学院能量调控材料重点实验室等研究机构。研究所主办的学术期刊主要有《化学学报》和《有机化学》。 中央研究院化学研究所（1928年-1949年） 中国科学院上海有机化学研究所（1950年-）
中央军委联合参谋部第五十五研究所
该所原名中国人民解放军总参谋部第五十五研究所，是中国人民解放军总参谋部情报部（又称中国人民解放军总参谋部第二部）第二局下属的科研机构。总参谋部第五十五研究所主要从事信息加密系统、新材料等方面的研究。总参谋部第五十五研究所曾涌现出精细化工军事应用专家、中国工程院院士吴慰祖等专家学者。2016年，在深化国防和军队改革中，总参谋部第五十五研究所更名为中央军委联合参谋部第五十五研究所。
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所（，简称生化与细胞所）是位于中华人民共和国上海的一家科学研究机构，研究所主要关注于生命科学基础研究。中国科学院“率先行动”计划将生化与细胞所定位为卓越创新中心。
中国科学院大连化学物理研究所
大连化学物理研究所是中国科学院下属的“应用研究与基础研究并重、具有较强技术开发能力、以承担国家和企业重大项目为主”的化学化工研究所，简称大连化物所。现任所长张涛。
專門圖書館
中央研究院為全國最高研究機構，全院有二十個大小型圖書館，分別隸屬於生物醫學研究所、原子分子科學研究所、分子生物學研究所、數學研究所、化學研究所、物理研究所、地球科學研究所、資訊科學研究所、植物研究所、動物研究所、生物化學研究所、歷史語言研究所、民族學研究所、近代史研究所、經濟研究所、歐美文化研究所、中山人文科學研究所、統計科學研究所、中國文哲研究所、台灣史研究所及計算機中心，以支援學術研究工作，依研究領域可區分為生命科學、自然科學及人文社會科學等三方面，研究性質各不相同，因此各圖書館在各所獨立的行政體系運作之下，各自獨立，互不隸屬，及人力、經費及採編、流通等業務，皆自行處理，甚至各館採用的編目規則及圖書分類法都不相同，可視為20所專門圖書館。
中华人民共和国两院院士制度
中国科学院其中的重要组成部分是中国科学院学部，成立于1955年，是中华人民共和国目前在科学技术方面的最高咨询机构。
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所
主要科研机构有分子生物学国家重点实验室、细胞生物学国家重点实验室、中科院生物学重点实验室、国家蛋白质科学中心等。
中国科学院
1949年10月19日，中央人民政府委员会第三次会议，任命郭沫若为中国科学院院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为副院长。1949年11月，中华人民共和国成立后仅一个月，中国科学院在北京成立，院部最初位于静生生物调查所原址（北京北海西沿附近的文津街3号）。中科院创建之初，也接收了中央研究院、国立北平研究院及中央地质调查所等研究机构的设施和人员。科学院行政上隶属政务院文教委员会，实际上是中共中央宣传部的陆定一和胡乔木主管，重要的事都是由中宣部向中央汇报同意后就定了。研究计划局局长由竺可桢副院长兼任，钱三强任副局长。调整和改组研究机构。把数学、物理、社会科学集中在北京；生物、化学等在上海；天文、地学在南京；技术科学在东北，为了加强东北的基础科学研究部分，把在上海的物理化学研究所迁到长春。
中国科学院大连化学物理研究所
研究所成立以来，先后有15位科学家当选为中国科学院和中国工程院院士。2009年底共有职工912人，其中专业技术人员770人，研究员108人，副研究员235人。截止到2007年底，全所发表科技论文9700多篇，申请专利1996件，其中发明专利1809件，专利授权884件，累计申请国外专利60件。主办《天然气化学（英文版）》、《色谱》、《催化学报》3种学术期刊。1998年成为中科院知识创新工程首批试点单位之一。
中国科学院信息工程研究所
截至2014年，该所共设置6个研究室，员工500余人。
中国科学院大学经济与管理学院
中国科学院大学经济与管理学院是2001年中国科学院研究生院更名后首个成立的学院，其前身是成立于1986年的中国科技大学研究生院管理学部，原名中国科学院大学管理学院，2015年7月更名为现名。下设学术委员会、MBA 教育管理中心、《管理评论》编辑部、中国管理现代化研究会等。位于北京中关村东路80号。 截至2006年10月，管理学院的教师正在主持国家基金重大项目2项、国家基金重点项目10项、国家软科学研究重点项目4项、部级重点研究项目12项、国家杰出青年基金项目5项、国家基金面上项目多项以及国际合作项目8项。共获国际重要奖项7项、国家科技进步奖15项和省部级科技进步（自然科学）奖一等奖若干项等。
中国科学院大学温州研究院
中国科学院大学温州研究院（英文名：）,简称国科大温州研究院（英文简称：），是一所直属于中国科学院大学的二级科研机构，成立于2019年5月，由温州市人民政府、中国科学院大学、温州医科大学三方联合筹建，前身为中国科学院温州生物材料与工程研究所（筹）。
中国科学院生物物理研究所
中国科学院生物物理研究所（），简称生物物理所（英文简称：），是中国科学院直属研究机构之一，建立于1958年，前身是1957年建立的北京实验生物研究所。 生物物理所历经几代科学家的努力，开创并推动了中国生物物理学领域的研究和发展。
中国科学院地质与地球物理研究所
中国科学院地质与地球物理研究所是中华人民共和国地质学、地球物理学研究机构，是中国科学院的直属研究单位，1999年6月成立，由中国科学院地质研究所和中国科学院地球物理研究所整合而成。2004年，中国科学院武汉物理与数学研究所电离层研究室调整到该研究所。
中国科学院哲学社会科学部
中国科学院哲学社会科学部，是1955年成立的中国科学院四个学部之一，下设7个研究所，中国科学院院长郭沫若兼任哲学社会科学学部主任。潘梓年任副主任。
中国科学院半导体研究所
中国科学院半导体研究所（以下简称“半导体所”），是中国科学院下设的研究机构，位于北京市海淀区清华东路甲35号（北京林业大学内）。半导体所成立于1960年，前身是1956年成立的“半导体研究组”（隶属于当时的中国科学院应用物理研究所，今中国科学院物理研究所）。半导体所的研究领域覆盖半导体理论、材料、器件及其应用，下设半导体超晶格国家重点实验室、半导体材料科学重点实验室、集成光电子学国家重点联合实验室等十五个研究部门。
中国科学院软件研究所
中国科学院软件研究所成立于1985年3月，前身是中国科学院计算技术研究所的软件研究室；1995年原中国科学院计算中心计算机应用部分并入软件所；2003年1月，软件园区综合管理服务中心整建制划归软件所管理；2012年7月，信息安全国家重点实验室划归中国科学院信息工程研究所。
中国科学院神经科学研究所
1956年，神经生理学学者张香桐从美国辗转回到中国。此前，中国科学院生理生化研究所所长冯德培已经得到消息，于是竭力邀请张香桐到生理生化研究所工作，主持中枢神经系统的生理学研究。张香桐到上海后开始建立中枢神经系统生理研究室。1958年，中国科学院生理生化研究所的生理部分和生物化学部分分开成为独立的中国科学院生理研究所和中国科学院生物化学研究所。冯德培任生理研究所所长，生理生化研究所副所长王应睐任生物化学研究所所长。生理研究所由五个研究室组成，其中三个主要关注神经科学（中枢神经系统生理研究室、神经肌肉生理研究室和感觉器官生理研究室）。1980年，中枢神经系统生理研究室的一半由上海生理研究所分出，独立为中国科学院上海脑研究所，张香桐任所长。
中国科学技术信息研究所
1956年10月，中国科学院情报研究所创建。
中关村
中关村是中国科教智力和人才资源最为密集的区域，拥有以北京大学与清华大学为代表的高等院校40多所，以中国科学院、中国工程院所属院所为代表的国家（市）科研院所206所；拥有国家级重点实验室112个，国家工程研究中心38个，国家工程技术研究中心（含分中心）57个；大学科技园26家，留学人员创业园34家。很多的西方分析家对中关村的前景很乐观。很重要的原因就是史丹福大学在最初矽谷的发展中扮演了相似的角色。
中国科学院
中国科学院院士从全国最优秀的科学家中选出，每两年增选一次。目前有院士702人，外籍院士53人。全体院士大会是最高权力机构，其常设领导机构是学部主席团，由中国科学院院长担任学部主席团执行主席。
中国科学院大学天文与空间科学学院
中国科学院大学天文与空间科学学院是2015年中国科学院大学组建成立的学院。中国科学院大学于2015年6月4日宣布成立天文与空间科学学院，简称天文学院，院长由中国科学院国家天文台台长严俊担任，国家天文台党委书记赵刚、中科院空间科学与应用研究中心副主任孟新、国家天文台研究员刘继峰担任副院长。该学院拥有13位两院院士、17位“国家杰出青年科学基金”获得者。相关责任单位拥有并开放运行着郭守敬望远镜 LAMOST、500米口径球面射电望远镜 FAST、上海天文台天马65米射电望远镜、硬X射线调制望远镜 HXMT、暗物质卫星 DAMPE、南极昆仑站2.5米口径光学/红外望远镜 KDUST 和 5米口径太赫兹望远镜 DATE5等几乎中国大陆全部的天文观测研究设施。
中国科学院空间科学研究院
中国科学院空间科学研究院是由中国科学院国家空间科学中心、空间应用工程与技术中心、国家天文台三个成员单位共同筹建的创新研究院。该院主要承担统筹与实施中国科学院在空间科学、载人航天、空间天文学等领域的项目任务。目前承担的任务是：空间科学先导专项（国家空间科学中心主导）、载人航天工程（空间应用工程与技术中心主导）和月球与深空探测工程（国家天文台主导）等。
中国科学院研究机构列表
以下为中国科学院直属研究机构列表。
中国科学院植物研究所
1950年，由静生生物调查所（1928年建立）植物部和北平研究院植物研究所（1929年建立）合并为中国科学院植物分类研究所，1953年改名为中国科学院植物研究所。植物所老所址基本上延续的是北平研究院植物研究所的所址（今位于北京市西城区西直门外大街141号），包括来远楼（今动物园西北角）和“黄房”（今动物园长颈鹿馆西）及陆谟克堂，现原址仍保存有西城区文物保护单位-陆谟克堂（为纪念生物学家拉马克所建，位于北京动物园内）,对面为中国科学院古脊椎与古人类研究所。自80年代开始，植物所办公和科研逐渐迁往位于海淀区香山附近的植物园，1995年完全搬迁至现所址。 2013年，陆谟克堂及西外大街137号院整体移交给古脊椎所，不再隶属于植物所管理。移交后，古脊椎所将陆谟克堂修缮改建，成为该所的所史馆。
中国科学院上海有机化学研究所
中华人民共和国成立后，中国科学院开始接收并改组中央研究院化学研究所。1950年5月，由原中央研究院化学研究所和原北平研究院化学所与药物所合并成立中国科学院有机化学研究所，是中国科学院最初的15个研究所之一。1952年，中国科学院生理生化研究所的有机化学组调入。1953年，药物研究室调出，组建中国科学院药物研究所（现为中国科学院上海药物研究所）。1956年，王葆仁领导的高分子化学组和钱人元领导的高分子物理组调出参建中国科学院化学研究所，成为那里的主要部分。
中国科学院地球环境研究所
中国科学院地球环境研究所是中华人民共和国的一所地质环境科学研究机构，是中国科学院的直属研究单位，位于陕西省西安市。
中国科学院信息工程研究所
2011年以来，中国科学院信息工程研究所由中国科学院软件研究所、中国科学院计算技术研究所、中国科学院声学研究所等单位重组而来。
中国科学院测量与地球物理研究所
1953年正式改建为中国科学院地理研究所。1957年8月1日，中国科学院测量制图研究室在南京成立。1958年，地理研究所主体迁往北京，成立中国科学院地理科学与资源研究所；部分研究人员留在南京，建立中国科学院南京地理研究所；大地测量组迁往武汉，建立中国科学院武汉测量制图研究所。1978年改为现名。
中国科学技术大学研究生院
中国科学技术大学有2个国家实验室、1个国家重点实验室、20个院省级重点实验室，4个国家人才培养基地，2个教育部博士生创新开放基地。
中国科学院生物物理研究所
脑与认知科学国家重点实验室2005年经科技部批准建设，2007年通过验收并正式开放运行。实验室占地面积9000多平方米，装备了3T (Prisma) 和7T全身磁共振成像系统、脑磁图 (CTF Omega) 和脑电系统、各种光成像系统、分子生物学和电生理的装备，及把这些系统结合起来的软硬件环境。实验室主要研究方向有： 中国科学院感染与免疫重点实验室成立于2010年5月，是中国科学院重点实验室之一，为重大传染性疾病防控科技的建设与国家普惠健康体系的发展提供技术支撑。实验室主要研究方向有：
中国科学院大学
中国科学院大学拥有340余位中国科学院与中国工程院院士、566位千人计划入选者、2212位百人计划入选者、6100名博士生导师、3900余名硕士生导师，4个国家实验室、30个国家重大科技基础设施（大科学装置）、84个国家重点实验室、163个中国科学院重点实验室、41个国家工程研究中心（实验室）。
中国科学院上海硅酸盐研究所
中国共产党取得政权后，中国科学院开始接收中央研究院工学研究所。1950年，中央研究院工学研究所改组为中国科学院工学实验馆，是中国科学院最初的15个研究所之一。1953年，改名中国科学院冶金陶瓷研究所。1955年开始筹建长沙分所，后独立为中国科学院矿冶研究所。1959年，以研究所陶瓷部分为基础组建中国科学院硅酸盐化学与工学研究所。
中国科学院院刊
《中国科学院院刊》创刊于1987年，是中国大陆基础科学类季刊，编辑部位于北京市。此刊物由中国科学院主办。
中国科学院西北高原生物研究所
中国科学院西北高原生物研究所是中华人民共和国的一所高原生态学、生物资源研究机构，是中国科学院的直属研究单位，位于青海省西宁市。
中国科学院新技术局
1967年3月聂荣臻向中央写了《关于军事接管和调整改组国防科研机构的请示报告》，先后经周恩来、毛泽东签批。1967年10月25日，毛泽东批准聂荣臻《关于国防科研体制调整、改组方案的报告》，决定成立若干研究院，新技术局及其归口的46个所、厂分别调整到对口的8个研究院，另有10个所未分配留在科学院。新技术局机关人员被分配到13个单位。
中国科学院力学研究所
中国科学院力学研究所（简称力学所）是中国科学院下属研究机构之一，创建于1956年。力学所为中国“两弹一星”和载人航天事业作出了重要贡献。
中国科学院大连化学物理研究所
20世纪50年代末60年代初，先后有三个研究所从大连化物所分建： 自建院以来，大连化物所在催化化学、工程化学、有机合成化学、化学激光和分子反应动力学、以色谱为主的近代分析化学和生物技术等学科领域取得大量重大科技成果。目前下设十个研究室，其中有三个国家级重点实验室和四个国家级研究中心，另有筹建中的洁净能源国家实验室。参与了中国载人航天计划。迄今已与32国建立了科技合作和交流关系，合作领域集中于催化及燃料电池。
中国科学院空天信息创新研究院
电子所有微波成像技术国家级重点实验室、传感技术国家重点实验室(北方基地)等11个研究实体(室)。电子所是中国首批博士、硕士学位授予点。
中国科学院合肥物质科学研究院
中国科学院合肥物质科学研究院坐落在中国安徽省合肥市西郊蜀山湖畔的“科学岛”上，长3.4公里，宽1公里，面积约2.26平方公里，距市区15.8公里，是一个以承担国家重大项目为主，高技术应用开发研究与人才培养并重的综合性科学研究基地。于2001年12月在原中科院合肥分院的基础上成立，现拥有等离子体物理研究所、固体物理研究所、安徽光学精密机械研究所、合肥智能机械研究所、强磁场科学中心和安徽循环经济技术工程院共6个研究机构。
中国科学院神经科学研究所
神经所现拥有一所国家重点实验室——神经科学国家重点实验室。实验室目前拥有光学成像技术平台、电子显微镜技术平台、神经分子与细胞生物学技术平台、脑功能成像技术平台等6个技术平台，服务于神经系统发育、神经信息处理、神经疾病机理领域的研究。
中国科学院植物研究所
中国科学院植物研究所（，缩写作 ；简称中科院植物所或植物研究所，研究所内部常常称为植物所）是位于中国北京市海淀区的一所以植物为主要研究对象的研究机构，隶属于中国科学院。它地处北京香山脚下，有着80多年的建所历史。现有中国科学院院士5人，在岗博士研究生导师66人，在岗硕士研究生导师83人，在学研究生604人，在站博士后51人。所内成立了研究生会，并主办了研究生自己的报纸《青青水杉》。
中国科学院半导体研究所
1956～1960年间，陆续加入半导体研究室的专家有王守武、汤定元、成众志、吴锡九、王守觉、林兰英等。另外，中国科学院还向有关高等院校和研究单位发出邀请，请他们派出科研人员到半导体研究室共同开展半导体研究。当时来到半导体所参加研究工作的主要有熊子璥、吴汝麟、戴春洲、武尔祯、李卫、刘颖等四十余人。
中国科学院武汉病毒研究所
中国科学院武汉病毒研究所建于1956年，是从事病毒学基础研究及相关技术创新的综合性研究机构，是由中国科学院（CAS）管理的病毒学研究所，向中国国务院报告。它位于湖北省武汉市武昌区，开设了中国大陆第一个P4生物实验室（BSL-4）。该研究所与美国的，法国的，和加拿大的有着密切的联系。
中国科学院学部
中国科学院学部成立于1955年6月1日，是中国大陆科学技术方面的最高咨询机构、中国科学院的学术领导机构。负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询，对国家经济建设和社会发展中的重大科学技术问题提出研究报告，对学科发展战略和中长期目标提出建议，对重要研究领域和研究机构的学术问题进行评议和指导。现设数学物理学部、化学部、生命科学和医学学部、地学部、信息技术科学部和技术科学部六个学部。全体院士大会是最高权力机构，其常设领导机构是学部主席团，由中国科学院院长担任学部主席团执行主席。
中国科学院上海有机化学研究所
中国科学院上海有机化学研究所（），简称上海有机所，是中华人民共和国一家主要关注有机化学的专业研究机构，是中国科学院直属正局级单位，其前身为1928年正式创立于上海的国立中央研究院化学研究所。中国科学院“率先行动”计划将上海有机化学所定位为卓越创新中心。
中国科学院地理科学与资源研究所
中国科学院地理科学与资源研究所是中国科学院下属研究机构。其定位为“以解决关系国家全局和制约长远发展的资源环境领域的重大公益性科技问题为着力点，以持续提升研究所自主创新能力和可持续发展能力为主线，建设成为服务、引领和支撑我国区域可持续发展的资源环境研究战略科技力量。 ” 地理所的前身是1940年在重庆北碚成立的中国地理研究所，1950年中国地理研究所移交中国科学院。在竺可桢等人的努力下，1953年正式成立中国科学院地理研究所。1956年经国务院批准，成立中国科学院综合考察委员会，随后分分合合，1978年恢复重建中国科学院自然资源综合考察委员会。1999年地理所与综考会整合为中国科学院地理科学与资源研究所。大体可以分为以下几个阶段：中国科学院地理科学与资源研究所下属7个实验室、30个研究室。
中国科学院空天信息创新研究院
电子学研究所成立于1956年，是中国第一个专门从事电子与信息科学领域研究的专门机构，位于北京市海淀区中关村，并建有怀柔，苏州等共三个分所（分部）。遥感与数字地球研究所成立于2012年，前身是中国科学院遥感应用研究所（1979年成立）、对地观测与数字地球科学中心（2007年成立）。光电研究院成立于2003年。
中国科学院软件研究所
软件所有计算机科学国家重点实验室和基础软件国家工程研究中心等研究部门。软件所主办的学术刊物有《软件学报》、《中文信息学报》和《计算机系统应用》。
中国科学技术大学
中国科大是一个研究型大学，科研力量在国内名列前茅。科大是一所拥有国家实验室的大学，包括：国家同步辐射实验室，量子信息科学国家实验室；此外，科大还拥有合肥微尺度物质科学国家研究中心、火灾科学国家重点实验室、国家高性能计算中心（合肥）、蒙城地球物理国家野外科学观测研究站等5个国家级科研机构。科大规模小、精度高，2007年至2017年2月间发表SCI／SSCI论文篇均被引用数在大陆高校中排名第一；标准化科研论文影响力（FWCI）连续多年位居全国第一。截至2017年，中国科大的科研成果共有1次入选“世界十大科技进展”、15次入选“中国十大科技进展新闻”、和13次“中国高等学校十大科技进展”，数量均为全国之首。
中国科学院生物物理研究所
实验室成立于2011年，通过整合生命科学仪器与技术创新、生物技术与应用等各分支学科，2014年实验室被认定为北京市工程技术研究中心并正式开放运行。主要研究方向为生命科学仪器与实验方法技术的创新，以及生物技术与应用。 中国科学院蛋白质科学研究平台依托生物物理所，向所内外科研人员提供技术服务，属于社会公共技术支撑机构。平台现已建立4个专业技术实验室。平台在用价值2.5亿元科研装备340台件。各重点实验室以及科学研究平台均对外开放，以技术开发、技术服务、技术转让和检测服务等形式提供给各类科研人员。
中国农业科学院柑桔研究所
截至2016年3月，中国农业科学院柑桔研究所有国家级研究中心6个，部级研究中心2个，重庆市级研究中心2个，重庆市级重点实验室2个，重庆市级重点实验室2个，部级重点实验室2个，中国农科院级重点实验室1个。
中国科学院海洋研究所
中国科学院海洋研究所，简称中科院海洋所。是位于中华人民共和国山东省青岛市的一所科研机构，始建于1950年，主要从事海洋科学相关研究工作。与国内外多所科研院所保持合作关系，经常进行海洋考察作业，拥有众多科研项目和科研成就。在青岛、天津等地均建设有项目基地。目前其总部位于青岛市市南区南海路7号。
中国科学院信息工程研究所
信工所有信息安全国家重点实验室、信息内容安全技术国家工程实验室、信息安全共性技术国家工程研究中心、中国科学院数据与通信保护研究教育中心和中国科学院网络测评技术重点实验室等科研平台。
中国科学院测量与地球物理研究所
中国科学院测量与地球物理研究所是中华人民共和国大地测量学、地球物理学与环境科学研究机构，是中国科学院的直属研究单位。
中国科学院南京地理与湖泊研究所
1953年正式改建为中国科学院地理研究所。1958年，研究所主体迁往北京，成立中国科学院地理科学与资源研究所；大地测量组迁往武汉，建立中国科学院测量制图研究所；部分研究人员留在南京，建立中国科学院南京地理研究所。1987年10月改为现名。
中国科学院上海生命科学研究院
最初由中国科学院上海生物化学研究所、上海细胞生物学研究所、上海生理学研究所、上海脑研究所、上海药物研究所、上海植物生理研究所、上海昆虫研究所和上海生物工程研究中心等8个生物学研究所经结构调整、体制创新而组建成立。
中国科学院大气物理研究所
中国科学院大气物理研究所（Institute of Atmospheric Physics，CAS）是中国科学院下属的一个以研究大气科学为主的研究所，常简称中科院大气所。大气所的前身是成立于1928年6月9日的原中央研究院气象研究所。气象所新成立时坐落于南京钦天山北极阁，第一任所长是竺可桢。它是中国现代史上第一个研究气象科学的最高学术机构，也是中国最早从事现代自然科学研究的八个研究所之一。1950年1月26日，中国科学院地球物理研究所在北京中关村成立，气象所被并入其中，赵九章为首任所长。新成立的地球物理研究所设四个研究组：天气组、物探组、地震组、地磁组，对外称地球物理和气象研究所（Institute of Geophysics and Meteorology），叶笃正任天气组组长。1966年，中国科学院决定气象研究室从地球物理所分出，成立大气物理研究所，下设五个研究室：雷电物理研究室，云物理研究室，中小尺度动力学研究室，大尺度大气动力学研究室和低纬度气象研究室。
中国科学院上海微系统与信息技术研究所
上海微系统与信息技术研究所现有中国科学院院士2人、美国国家科学院院士1人，正高级科技人员105人。
中国科学院深海科学与工程研究所
中国科学院深海科学与工程研究所是中华人民共和国从事深海科学与工程研究的科研机构，隶属于中国科学院，所址为海南省三亚市鹿回头路28号。
中国科学院北京天文台
中国科学院北京天文台是1958年至2001年间存在的天文学研究机构，隶属于中国科学院。总部位于北京市中心，有五个观测基地：兴隆观测站（光谱观测、红外天文学）、怀柔太阳观测站（太陽物理学）、密云观测站（射电天文学）、沙河观测站、天津纬度站。2001年，与云南天文台、新疆天文台（原乌鲁木齐天文观测站）、长春人造卫星观测站等台站及南京天文光学技术研究所合并成为中国科学院国家天文台。
中国科学院数学与系统科学研究院
中国科学院数学与系统科学研究院有国家数学与交叉科学中心、科学与工程计算国家重点实验室、中科院管理决策与信息系统重点实验室、中科院系统控制重点实验室、中科院数学机械化重点实验室、华罗庚数学重点实验室、随机复杂结构与数据科学重点实验室、中科院晨兴数学中心和中科院预测科学研究中心等国家级和院部级实验室和研究中心。
中国科学院地理研究所
1953年正式改建为中国科学院地理研究所。1958年，研究所主体迁往北京，成立中国科学院地理科学与资源研究所；大地测量组迁往武汉，建立中国科学院武汉测量制图研究所；部分研究人员留在南京，建立中国科学院南京地理研究所。
中国科学院微生物研究所
中国科学院微生物研究所是中国科学院下屬研究所，于1958年由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立，现位于北京市朝阳区北辰西路中国科学院奥运村园区。以微生物资源、工业与应用微生物、病原微生物与免疫为主要研究领域。拥有微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、一个拥有具有40万号标本的菌物标本馆和一个的具有17000多株菌种的微生物菌种保藏中心。是世界知识产权组织批准的布达佩斯条约国际保藏单位。现任所长刘双江。
中国科学院上海药物研究所
研究所设有新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化技术国家工程实验室、中国科学院受体结构与功能重点实验室等研究机构。
中国科学院新技术局
1960年7月18日毛泽东在北戴河中共中央工作会议上讲话：“要下决心，搞尖端技术。”中国科学院党组决定充分发挥科学院优势，集中力量加强国防尖端科学研究工作，成立新技术局，统管科学院中承担国防任务的单位，列入军工待遇。 1960年7月20日，新技术办公室撤销，成立中国科学院新技术局，谷羽担任局长，宋政为副局长，陆授观为计划处长，后来又有张和清、王世珍和苏景一担任副局长。中科院将科研所分为归口计划局和新技术局两大类。以承担尖端研究的科技人员超过该所全体科技人员60％为标准，把22个研究所划入新技术局口。此后随任务扩大又有增加。到1965年的时候，新技术局归口管理的研究机构发展到42个，仪器厂4个，共3万人，中科院党组决定由裴丽生分管。
中国科学院科技创新发展中心
中心系统单位拥有2个国家实验室（含筹建）和40个国家重点实验室，6个国家工程实验室，4个国家工程研究中心和6个国家工程技术研究中心，72个中国科学院重点实验室，在基础研究、生命科学与生物技术、高技术研究与发展等方面均具有明显的综合研究优势和较强的高技术产业化能力。 根据2021年第6次院党组会议决议，不再使用北京分院名称。根据直属机关党委《关于撤销中国共产党中国科学院京区事业单位委员会等组织的通知》（直党委字〔2021〕2号），中心不再与中国科学院京区党委采用一个机构、两块牌子的形式合署办公。
中国科学院软件研究所
建所以后，特别是进入中国科学院知识创新试点工程以后，软件所在计算机科学和软件领域获院、部级以上成果奖23项（全部为第一完成单位），其中包括国家自然科学奖一等奖1项、二等奖2项、三等奖1项；国家科技进步奖二等奖4项、三等奖2项。自国家自然科学奖设立至今，计算机领域唯一的1项一等奖和5项二等奖中的2项，都出在软件所。
中国科学院生态环境研究中心
1975年，国务院在原中国科学院化学研究所二部和有机分析室基础上，批准组建中国科学院环境化学研究所。1986年，中国科学院环境化学研究所与筹建中的中国科学院生态学研究中心合并，改名为中国科学院生态环境研究中心。1996年，中国科学院和国家环境保护总局协商决定，对生态环境研究中心实行中国科学院和国家环境保护总局双重领导。
中国科学院神经科学研究所
神经所与中科院自动化所一起也是有“中国脑计划”之称的脑科学与类脑科学研究计划（Brain Science and Brain-Like Intelligence Technology）的主要承接机构，该计划是由中华人民共和国科技部、国家自然科学基金委员会牵头的，与（BRAIN Initiative）、（The Human Brain Project）、（Brain/Minds Project）等世界知名神经科学与人工智能探索计划对应的大型科学研究计划。
中国科学院力学研究所
力学所有五个研究单元实体：非线性力学国家重点实验室、高温气体动力学国家重点实验室、国家微重力实验室、流固耦合系统力学重点实验室、先进制造工艺力学重点实验室。力学所与企业联合成立了冲击动力学工程研究中心、发动机科学与工程联合实验室等。 力学所有五个主要的研究部门。