東京站
東京站被譽為東京的「表玄關」，具有首都中央車站的地位，不但是日本全國新幹線路網（九州新幹線除外）最重要的列車始發站，同時也是東海道本線、中央本線、東北本線等日本主要在來線（傳統鐵路）幹線的起點站，可不轉乘直達32都道府縣（愛媛縣僅可靠臨時列車到達，在東京大多數臥鋪列車停駛前，可直達38都道府縣），1日發出約3000班車次，是日本最具代表性的鐵路總站之一。站區總面積相當於3.6個東京巨蛋，站內的月台數量為日本第一，包含在來線9座18線（地上5座10線、地下4座8線）、新幹線5座10線、以及地下鐵1座2線。目前擁有丸之內、八重洲、日本橋等3處出入口，身為最早使用的丸之內側站房是由明治時代建築家辰野金吾設計的仿西式磚造建築，1914年完工啟用，2003年獲日本政府登錄為重要文化財。東京站也是關東車站百選入選站之一。
日本國鐵EF66型電力機車
1990年代起，由于卧铺特急列车的载客率渐趋减少，东京往九州方向的卧铺特急列车亦逐步停运或合并运行。1994年12月，东京至熊本、长崎的“瑞穂号”列车停运；东京至博多的“朝风1·4号”列车降级为临时列车。1995年起，JR西日本开始报废部分状况较差的EF66型电力机车。1999年至2002年间，JR西日本的四台EF66型电力机车（41、44、52、54）转售予JR货物。1999年12月，熊本始发的“隼号”列车开始与长崎始发的“樱号”列车合并运行。2005年3月，“隼号”列车改为与“富士号”列车合并运行，同时“樱号”和“朝风号”列车停运。
特別快速列車
在2015年3月14日起，開設了行走於東京站至館山站之間的班次。每日1往返班次，早上從東京出發前往館山，黃昏從館山出發前往東京。此外，列車班次不會直通橫須賀線。班次使用了來自的E217系。在東京站至木更津站之間基本連結11輛 + 付屬4輛，共15輛編成行駛。在青堀站至館山站之間的月台不可容納15輛編成的列車，因此在木更津站會把靠近館山一方的基本11輛車廂分離，只留下附屬的4輛編成列車行走於木更津站至館山站之間。此外，班次中設有綠色車廂，在基本11輛編成的列車中，4號和5號車廂為綠色車廂，由於上述提及基本11輛編成的車廂只行走於木更津站至東京站之間，因此木更津站至館山站之間沒有綠色車廂連結。同時，上述提及會在木更津站增結或分離車廂，因此列車會在木更津站停靠8（下行）/9（上行）分鐘。下行班次會在船橋站和市川站追越前往千葉的快速列車，在終點站館山站可轉乘從該站出發前往安房鴨川的普通列車（3分鐘轉乘）。上行班次方面，於木更津站可轉乘前往千葉的普通列車（4分鐘轉乘），在千葉站可轉乘從成田機場站出發前往久里濱的快速列車（轉乘時間3分鐘），在津田沼、船橋和錦糸町也可轉乘相同目的地的列車。在東京站可轉乘前往大船的成田特快號列車（轉乘時間4分鐘），或前往逗子的橫須賀線普通列車（轉乘時間6分鐘）。
大船站
JR東日本車站在正式路線名稱上有東海道本線、橫須賀線、根岸線3條路線停靠，其中東海道本線是本站的所屬線。根岸線以本站為終點站，大半列車在橫濱站直通京濱東北線，早晨夜晚有部分班次直通橫濱線。橫須賀線在線路名稱上以本站為起點，但其運轉系統會從本站進入東海道本線橫濱、東京方向的專用線路，比藤澤站方向發出的東海道線列車的停靠站更多。
東京山手線內
虽然从1925年（大正14年）开始成为东京电车环状线，但是真正叫做“山手线”是从1972年（昭和47年）池袋站到赤羽站的区间剥离之后并入埼京线开始的。
國道17號 (日本)
起點日本橋至高崎市君代橋東交差點區間為過去五街道之一的中山道，群馬縣北部及新潟縣內大半區間為。群馬縣內及新潟縣內大半區間與關越自動車道、新潟縣內國道8號重複區間與北陸自動車道並行。鐵道路線方面則全線與高崎線、上越線、上越新幹線並行（另外東京都內白山站附近至志村坂上站有都營地下鐵三田線於下方行走，埼玉縣內埼玉市大宮區以南與東北本線（包含京濱東北線、宇都宮線及支線埼京線）、東北新幹線並行）。
日本鐵路車站列表 (十三畫以上)
日本鐵路車站列表，為日本鐵路車站作分類的日本鐵路線列表。 日本鐵路車站列表 (十三畫以上)是日本鐵路車站之中、十三畫以上開頭的列表。 另見“-{广}-”
濱松町站
1914年（大正3年）12月20日，東京站開業，以東京站為起點的市區高架線命名為東海道本線。本站也成為東海道本線的車站。東海道本線開始行駛長距離列車時，由於本站沒有長距離列車使用的月台，所以只能停靠近距離電車。配合東京站開業，京濱線電車（之後的京濱東北線）開始運轉，並停靠本站。
成田特快
成田特快並沒有獨立的軌道設施，而是使用成田線、總武本線、總武快速線、山手線（山手貨物線）、橫須賀線、中央本線、東北本線等JR東日本的既有路線行駛。機場端點為成田機場站，至東京站後分為三大方向，分別連接至大船／橫濱、八王子／新宿、大宮／池袋等市區端點站，以及特定季節的週末和假日經中央本線直通富士急行線（大月線、河口湖線）往返河口湖各一班次。
日本國鐵EF65型電力機車
1985年，由于日本国铁缩减货运及行包业务规模，致使EF66型电力机车出现富余；另外，因为“隼号”列车编组中加挂一节酒吧车，令EF65型电力机车的功率不足以应付牵引需要。因此，从同年3月14日国铁运行图调整开始，“樱号”、“隼号”、“朝风号”、“瑞穗号”、“富士号”列车在东京至下关之间改由EF66型电力机车牵引。同时，东京机关区和宫原机关区配属的EF65型电力机车，全部分别转配属新鹤见机关区和吹田机关区；原由东京机关区担当的牵引任务改由新鹤见机关区担当，原由宫原机关区担当的牵引任务改由新鹤见机关区和下关运转所担当。至此，由EF65型电力机车所牵引的东海道、山阳本线旅客列车只余下5对（卧铺特急3对、急行2对），而东北方向的旅客列车则增加至2对。
上三依鹽原溫泉口站
此站在日本只有漢字的車站名稱中，與WILLER TRAINS宮福線福知山市民醫院口站共同成為日本最長名稱車站（8隻字）。若計算假名，最長名稱車站分別為等持院·立命館大學衣笠校區前站（，京福電氣鐵道）和南阿蘇水之誕生里白水高原車站（，南阿蘇鐵道）。曾經萬葉線新湊港線設有射水市新湊廳舎前站，該站在2016年10月改名為西新湊站。在多摩都市單軌電車線中，中央大學·明星大學站設有8隻漢字，但是車站名稱中間設有間隔號。
山手線
由於東京的地鐵路線大多於山手線環狀區間內側交錯佈設，各大私鐵路線也大多自環狀區間外側，向市郊呈放射狀分布，因此山手線的30個車站當中，有27個是與其他鐵路業者的轉乘站。除了得以轉乘新幹線的傳統轉乘大站——東京站與上野站、以及同樣可轉乘新幹線的品川站之外，西半邊的營運區間亦有池袋站、新宿站、澀谷站等多條私鐵與地鐵路線共同匯集的大型轉乘站，並以這些大型轉乘站為中心發展成數個東京的副都心。儘管現在已有多條地下鐵路線與私鐵路線相互直通運行，但是山手線的地位沒有受到影響。
鹿島神宮站
現無特急列車停靠，2015年3月14日以前為从鹿岛线经由成田线、总武本线直达东京站的特急「菖蒲」的始发站，但該列車在佐原站至該站區間的採用普通列車的運行方式。以前曾有去往東京甚至橫須賀線的快速列車，2004年10月16日之後只有一趟下行列车去往東京。2015年3月14日之後再次设定在佐仓站併結去往东京站的列车。
東京站
後來受到日俄戰爭影響，高架新線與中央停車場的實際建設作業被迫中斷。前者於1908年恢復興建；後者則由辰野金吾、葛西萬司於1906年12月開始著手設計站房（現今的丸之內站房），並於1908年3月動工。1910年9月，高架新線通車至中央停車場建地附近時，曾經設置「吳服橋臨時站」（東京站啟用後即廢止）。1914年12月14日（大正3年），車站興建工程全部完成；12月20日正式啟用。當時設有電車用月台（電車線，短距離電車用）、汽車（列車線，非電化中長距離列車用）用月台各2座，9條正線，以及客車調車場和蒸氣機車庫。原本因為站房位置被設定為正對著宮城（皇居舊稱）而得名的中央停車場，也在啟用前不久改名為「東京站」（）。
JR東日本E233系電力動車組
服务于埼京线、川越线直通运行和相铁·JR直通線及东京临海高速铁道临海线的E233系7000番台均为10辆（6M4T）全贯通编组列车，共有31列310節，全部配屬于川越车辆中心。将取代埼京线1989年开始使用的205系列车。
日本車站編號
路線編號由兩個英文字母組成，第1個字母全部都是「C」（英語公司名Central的首字母），第2個字母以東海道本線為「A」，自東京站起往下行方向的下一條分岔路線依次定為「B」「C」等，如此類推（有一部分例外。為免與名鐵築港線撞號不採用CH）。數字以東海道本線的熱海站為「00」，其他的路線在運行系統上（作為原則以東海道線基準）的分岔點車站為「00」。御殿場線的首站是JR東日本的管轄，則以靠近東京站的國府津站編為「00」。TOICA以外的主要站6個，則採用假設所在路線已經設立車站編號的編號，但不在沿途的車站進行編號。公司並無特別官方公佈，故此引入年分和時期不詳。但是截至2016年12月，車站配布用時刻表的表紙已進行標記，截至2017年11月官方網站的各站個別記事也作顯示。同時站名牌也記載。然而，伊東站雖然設有JR東日本的車站編號（JT 26），車站編號的實施是伊豆急行一側先行進行。
日本車站編號
路線編號以2個英文字母，「J」開頭及路線名的首字（例：山手線－JY。若有重覆的編號如東京地下鐵、都營地下鐵重號則取其後方字母。例外為東京單軌電車（MOnorail）採用「MO」、臨海線（Rinkai）採用「R」1個字母），原則上由東京站始發的路線從東京站開始編號（通過東京站的路線及經過的路線以南行及西行遞增，山手線及武藏野線以東京站為基準逆時計編號），按首都圈地區各路線的車站編號，兩位數字（例：山手線東京站…JY01）。此外，編號外框顏色與路線顏色相同。若轉乘站與東京地下鐵同一站，該站將有多於一個車站編號。
片町線
自大阪東線部分開業的2008年3月15日開始，于奈良車站 - 尼崎車站區間，早晚開行經由關西本線（大和路線）、大阪東線的直通快速列車。晨間有4班奈良開往尼崎的列車，傍晚有4班尼崎開往奈良的列車。過往直通快速曾使用223系6000番台3門8輛編成，但從2011年3月12日起，因為JR東西線北新地車站安裝月台幕門，傍晚開往奈良的列車開始改用4門7輛編成的207系或321系。 2019年3月16日，隨著大阪東線新大阪駅 - 放出駅間得開通，全列車改為新大阪為起訖站，並廢止該線與JR東西線的直通運行。
日本鐵路車站列表 (十二畫)
日本鐵路車站列表，為日本鐵路車站作分類的日本鐵路線列表。 日本鐵路車站列表 (十二畫)是日本鐵路車站之中、十二畫開頭的列表。 另見“-{万}-”另見“-{云}-”
川越線
自埼京線的運轉區間向山手線區延長，前往新宿及以南車站的乘客不需在池袋站轉乘列車，讓埼京線的使用開始較東武東上線方便（乘搭兩線所需時間（連換乘列車的時間）一樣）。此後，隨著埼京線的運轉區間繼續向南擴張，利用川越線和埼京線從川越前往澀谷以後的車站的所需時間則較東武、西武兩條鐵路為短。在2002年及2019年，埼京線分別接通東京臨海高速鐵道臨海線及相鐵新橫濱線並開始相互直通運行。現時，從川越站開出的上行列車合共有三分二以臨海線的新木場站或相鐵線的海老名站作為終點站，餘下則以新宿、大崎等中途站為終點站。
世田谷區
以新宿站為起點的京王線、小田急線與以澀谷站為起點的東急田園都市線等放射狀路線，加上南北向的京王井之頭線、東急大井町線、東急世田谷線等線，區內鐵路便利。但因區內缺乏連結各鐵路的路線，目前已提出沿環八通建造8Liner的構想。此外，區內所有路線都是「私鐵」（23區中唯一）。另外，葛飾區與世田谷區是東京23區沒有地下鐵通過的特別區，但有行駛於地下的鐵道路線（東急田園都市線、小田急線一部分）。沒有JR鐵路通過的只有練馬區與世田谷區（文京區也沒有JR車站，但有山手線與山手貨物線通過）。是JR未通過的市區中人口最多的一區。
东京
東京的鐵道路線主要是以JR線為主，有環繞都心行駛的JR山手線與橫切都心行駛的JR中央線、總武線。在JR山手線的內側有眾多地下鐵路線，在外側有呈放射形狀的各家私營鐵路線。
東京單軌電車
原定當初計劃會以新橋站作為起點，但由於有關用地目標尚未有定案，故最終於濱松町站做為總站。為了趕在奧運會開幕前啟用，遂於不用徵收土地的運河上建設，連夜趕工。雖然最終趕在奧運會前開幕，但工程費用因而超支，成為了經營上的制肘。而且在開業初期，一般都甚少人搭乘飛機及海外旅行，而且路線又未設置中途站，結果只有極少量的機場旅客使用。再加上當時的乘車費用處於高水平，單程250日圓，來回450日圓（當時計程車起始價為100日圓，週刊售50日圓一份），一般市民很難負擔。使列車經常於平均只有20%客滿情況下開出。情況在1966年仍沒太大改善，只微升至40%。東京單軌電車除了調低車票售價之外，還發行特別優惠票以吸引一些只想參觀機場的遊客。另外，又相繼增設大井競馬場前站，及為在機場上班的人新建維修場站。可惜這些措施仍未為該鐵路帶來大量乘客，公司當時正處於破產危機之中。故名古屋鐵道於當時只好提早撤走資本。
特別急行列車
在1923年（大正12年）7月，上述的列車增加3、4號列車，全車都是三等車廂，此列車是供給普遍大眾市民而設。在昭和年間，便新設特急列車「列車愛稱」。在戰前的特急列車，都是設定在東京以西的路線（東海道本線、山陽本線、鹿兒島本線、長崎本線）。在太平洋戰爭激烈化之際，在1944年（昭和19年）4月，特急列車「富士」也停止運行，日本的特急列車暫時消失。在結束戰爭後，煤、車輛與車輛保養的狀態不好，所以，特急列車未能夠與普通列車一同再次運輸，在1947年（昭和22年）1月至4月，所有急行列車都停運。之後，狀況開始得到好轉，在1949年（昭和24年）9月，東京站－大阪站之間的「和平」號列車開始營運。全程需時9小時，速度不及戰前的水平。
高松貨物總站
每天共開出9班鐵道列車，以及8班前往2個的線外貨運站的路面貨櫃車班次。鐵道列車中，5班沿予讚線分別開往伊予三島、新居濱及松山；另外4班往島外的列車，3班經姬路貨物站前往大阪貨物總站、吹田貨物總站或富山貨物站，另1班則經岐阜貨物總站前往東京貨物總站。
東急電鐵車站列表
東京急行電鐵（今東急電鐵）自1922年成立至今共有八條路線，其中有一條第3種鐵道事業，一條路面電車線。鐵路路線長度有99.9公里（第1種鐵道事業96.5公里（計入東橫線與目黑線、田園都市線與大井町線並行部分）、第2種鐵道事業3.4公里）與軌道線路線5.0公里，合計營運路線長度104.9公里。主要營運來往東京都西南部至神奈川縣東部間的路線。
京都市
JR西日本在京都市內共有四條線路，分別是東海道本線（又可分為琵琶湖線和JR京都線）、嵯峨野線、湖西線和奈良線。東海道本線的琵琶湖線是連接京都和滋賀縣的重要鐵路路線，JR京都線則有眾多開往大阪市和神戶市的列車。嵯峨野線是山陰本線的一部分，主要服務居住在京都市近郊，前往京都市通勤的市民。
八高线
1958年（昭和33年）11月20日，八高线开始使用内燃动车组运营。1996年（平成8年）3月16日，八王子站—高丽川站完成电化，从此以高丽川站为界南北运转系统分离，东京都也成为除没有铁道的冲绳县外，自神奈川县以后第二个不再使用内燃动车组运营定期列车的地区。
北京站
北京站的始发列车主要是京沪、京哈、京承线方向的列车，也有一部分丰沙、京原线方向的列车。开往东北方向的列车基本在该站始发，而开往华东地区的列车大部分亦在该站始发；同时也始发少数经由京广铁路、京九铁路运行的列车。此外，K3/4次列车、K19/20次列车、K27/28次列车等须在边境车站出境的国际列车也在北京站始发。
日本鐵路運輸
日本的鐵路（）發展始於幕末時期，第一條鐵路則開通於明治5年（1872年），至第二次世界大戰爆發前，各式鐵路系統已深入日本全國各地，城市軌道交通系統則處於萌芽階段。1945年終戰後，日本的鐵路事業進入新的發展期，1960年代面世的新幹線，使日本鐵路的發展水準達到世界前列。現今日本是全世界鐵路事業最發達的國家之一（含運輸服務及相關上游產業），除了原屬國營的JR之外，民營鐵路也非常興盛，在東京、大阪等重要都市亦有發達的城市軌道交通（地鐵）與通勤鐵路系統。此外，日本各地尚有多家以服務偏鄉為主的第三部門鐵道。
川崎市
到了近代，随着日本第一条铁道（现东海道本线）于1872年开业，川崎站诞生。此后，以该车站为中心，邮政、电力等公共事业也随之展开。并且在明治、大正年间，以川崎站为中心的城市化加速。与此同时，西北部丘陵地区，仍然保持着原有的农村模样。1924年7月1日，由2町1村合併而來的川崎市正式成立，當時人口4萬8394人。到了昭和初期，已经形成了工业区聚集在南武线沿线，住宅区集中在各私铁沿线的基本格局。二战期间，川崎市于1945年4月15日遭到盟军轰炸，川崎站周边以及临海地区的工业地带遭受到巨大损失。
川崎站
東海道線1、2號線月台在2016年12月10日起採用川崎市出身的坂本九代表曲《昂首向前走》作為發車音樂。音樂由製作公司SWTICH製作，編曲者為。南武線月台5、6號線的發車音樂在2016年4月5日改為《川崎市歌》。京濱東北線3、4號線月台的發車音樂是[日本電音製作的樂曲。作為川崎市的據點車站之一，1968年度曾突破19萬人，之後持續下滑至1985年度跌破15萬人。1986年度起止跌回升，1993年度至2000年度再次衰退。2001年度以後再次恢復成長，2013年度打破45年來最高紀錄。2014年度超越北千住站、高田馬場站，首次站上20萬人大關。
十國鋼索線
本路線連接了位於箱根及伊豆要道的十國登口車站及位於日金山山頂的十國峠車站。十國峠車站位於函南町與熱海市交界，登上標高766公尺的日金山山頂「十國峠」可眺望「十國五島」（十國為伊豆、駿河、遠江、甲斐、信濃、武藏、上總、下總、安房及相模，五島則為大島、、新島、神津島及三宅島）。如果天氣狀況佳，還有機會看見東京鐵塔和東京晴空塔。
四國
四國的大部分鐵路路線由四國旅客鐵道（JR四國）經營。JR四國的營業路線全長855.2公里，運營路線包括愛媛縣西部的內子線、高松車站至德島車站的高德線、橫貫德島縣中部的德島線、自多度津車站至高知車站的土讚線、德島縣東部的鳴門線、連接本州和四國的本四備讚線（瀨戶大橋線）、德島縣東南部的牟岐線、自高松車站途徑瀨戶內海沿岸至宇和島車站的予讚線、四國西南部的予土線，其中連接四個縣廳都市之間的路線和四國至岡山之間的瀨戶大橋線是四國鐵路的主幹線。JR四國的電氣化路線包括予讚線的高松車站至伊予市車站區間、瀨戶大橋線、土讚線的多度津車站至琴平車站區間，複線區間則有予讚線的高松車站至多度津車站區間和瀨戶大橋線的部分區間。四國是鐵路電氣化較為滯後的地區，德島縣是日本唯一完全沒有電力機車行駛的縣。四國有阿佐海岸鐵道（運營阿佐東線）和土佐黑潮鐵道（運營中村線、宿毛線、阿佐線三條路線）兩個第三部門的鐵路公司。四國有三家私鐵公司。高松琴平電氣鐵道經營有琴平線、志度線、長尾線三條香川縣內的路線。伊予鐵道經營有高濱線、横河原線、郡中線三條連接松山市中心和郊外的鐵道路線以及城北線、城南線、本町線、大手町線、花園線五條松山市中心的路面電車路線。經營有後免線、棧橋線、伊野線三條高知市及其郊區的路面電車路線。在2016年北海道新幹線開業之後，四國是日本四大主島中唯一沒有新幹線的島。
東京都交通局12-600型電力動車組
为了防止事故发生，东京都交通局在2010年2月开始对大江户线各车站设置月台闸门，将会在2013年6月结束。然而由于设置月台闸门之后，列车的停车时间开始增加，使得输送能力有所下降。为增强大江户线的输送能力，东京都交通局便决定增加2组共16辆列车来增强运输能力。原计划2组列车在2011年末全部制成，但是由于受2011年3月东日本大震灾的影响，导致列车的控制装置损坏，因此列车推迟了半年才制成 。第1组（12-611~12-618）于2011年8月下旬于川崎重工业兵库工厂开始甲种运送至东京。之后在9月开始进行了各种测试，最后在2012年2月23日开始投入使用。第2组列车于2012年3月运送至东京，并于5月开始投入使用。
池袋站
JR東日本在軌道名稱上分為山手線與赤羽線兩路線（詳細參見各路線的條目以及「」），所屬線為山手線。赤羽線以本站為起點。一般列車的運行系統分為以下三系統，旅客資訊也以以下系統名稱介紹。全部JR特急列車與湘南新宿線行駛同一軌道至本站，包括新宿站經東北本線直通東武日光線的、新宿站起訖直通高崎線的「」班次、大宮站起訖直通東海道本線的「超景踴子」班次、大宮站起訖經總武本線與成田線往成田機場站的特急「成田特快」班次。
姬路車站
山陽本線是此站的所屬線，另有播但線、姬新線及作為新幹線的山陽新幹線，合計有4條路線停靠。播但線與姬新線以此站為起點。除了這些路線以外，曾經有日本國有鐵道（國鐵）的播但線（此站以南通稱飾磨港線）與山陽本線的貨物支線直通。山陽本線（JR神戶線）的車站編號是JR-A85。為▲610619。此站起往下行方向不設車站編號。
紀伊號列車
「紀伊」（）是日本國有鐵道（國鐵）在1968年至1984年之間，行駛於東京至紀伊勝浦之間，途經東海道本線、關西本線、紀勢本線上行走的特急寝车。在1975年之前，紀伊號列車是以夜行急行列車運行。在本條目內，將會記載過往行走東京都與奈良縣、紀伊半島之間沿線城市之沿革。 在東海道新幹線開業後，東京站至湊町站（即現時JR難波站）之間的「大和」號列車、東京站至鳥羽站之間的「伊勢」號列車和東京號至紀伊勝浦號之間的「那智」號列車客量下跌。於是在1968年10月合併成為急行列車，行走東京站至王寺站、鳥羽站、紀伊勝浦站之間。當中來往王寺站的列車中，在奈良站至王寺站之間以普通列車方式運行。
日本國鐵EF65型電力機車
当时，首批12台P型机车（501～512）均配属东京机关区，所有机车皆投入日常运用而没有后备机车，因此同时期制造的首批500番台货运机车（F型，513～517）初期首先配属东京机关区并与P型机车共同运用，而另外五台基本番台机车（60～64）亦配属到东京机关区，以缓解机车运用紧张的状况。1966年3月25日国铁运行图调整后，第二批P型机车（527～531）配属东京机关区，而F型机车则转配属吹田第二机关区。1968年10月，为了应付卧铺特急列车增发的牵引需要，8台基本番台机车被改造成P型机车（535～542）并配属到东京机关区。
中央本線
東京站－鹽尻站由東日本旅客鐵道（JR東日本）管轄、稱「中央東線」。鹽尻站由JR東日本管轄。鹽尻站－名古屋站由東海旅客鐵道（JR東海）管轄、稱「中央西線」。東京都千代田區東京站至東京都八王子市高尾站的快速列車稱中央線快速。中央本線除作為東京與名古屋周邊地區的通勤路線外，亦為甲信地方一帶的都市間擔任輸送乘客的大動脈。 《》上，東京站－神田站與東北本線重複，代代木站－新宿站與山手線重複（詳細參見概要）。
八戶站
月台共有3面5線，分別是單式月台1面1線與島式月台2面4線。按月台編號順序，路線所屬分別為八戶線側線（1號月台）、八戶線本線（2號月台）、東北本線上行本線（3號月台）、中本線（無月台）、東北本線下行本線（4號月台）及東北本線下行側線（5號月台）。其中無月台的中本線主要是供貨運列車通過本站。
东京
東京古稱江戶，自德川幕府時代以來開始成為日本主要都市之一，明治維新時期改為現名後，更發展為日本政治、經濟、文化、交通等眾多領域的樞紐中心。經過二戰後的繼續發展，東京不僅成為世界商業金融、流行文化與時尚重鎮，亦為世界經濟發展度與富裕程度最高的都市之一。此外，東京還有目前全球最複雜、最密集的城市軌道交通系統，其中單就計算東京的地鐵系統管轄區段每日平均運量達880萬人次，繁忙程度居全球地鐵第三位（如含地鐵直通運轉路線、私鐵通勤路線及JR東日本通勤路線，則每日平均運量位居世界城市軌道交通運輸系統第一位）。
四線鐵路
多复线铁路的极端例子是东海道本线东京到品川段，设置了四组复线铁路，再加上JR视新干线为既有铁路的复复线工程，因而实际上东京到品川之间的东海道线为五复线（10条路轨）：地面靠内的两组复线分别供停站最多的山手线和京滨东北线使用；居中的一组复线仅停靠新桥，供东海道本线使用；外侧的一组复线供东海道新干线使用；地下的一组复线供横须贺线使用。
東京晴空塔站
東武鐵道在1895年（明治28年）4月6日提出東京市本所區至栃木縣足利町共83.7公里的鐵路鋪設申請。但東京市內的千住 - 本所間須配合審査，因此將申請路段縮短至北千住站以北，並於1897年（明治30年）9月3日取得許可。之後，1899年（明治32年）1月取得北千住站至越中島的許可。1902年（明治35年）4月1日，本站吾妻橋站（あづまばしえき）開業，是當時伊勢崎線都心側的終點站。
日本鐵路車站列表 (九畫)
日本鐵路車站列表，為日本鐵路車站作分類的日本鐵路線列表。 日本鐵路車站列表 (九畫)是日本鐵路車站之中、九畫開頭的列表。 另見“-{飞}-”
新宿站
新宿站是JR東日本、京王電鐵、小田急電鐵、東京地下鐵、東京都交通局等5家鐵路業者停靠的轉乘站。其中京王線與小田急小田原線以此站為起點。以下各站透過地下通道連結，也有鐵路公司將其定為轉乘站。本站的京王、小田急、東京地下鐵、都營地下鐵之間並非全部皆有轉乘優惠。例如東京地下鐵丸之內線與都營地下鐵新宿線、大江戶線兩站間距離較遠，不適用轉乘優惠。丸之內線與新宿線在新宿三丁目站轉乘、丸之內線與大江戶線在東京地下鐵新宿站與都營地下鐵新宿西口站間轉乘的話則適用70圓優惠。
东京
至於飛往東京的國際定期航線班機，大部分均在位於東京都以東的千葉縣境內，距離東京市區約65公里的成田國際機場（過去曾稱為「新東京國際機場」）起降；此外亦有極少數國內航線班機於成田機場起降。成田機場與東京市區之間有JR、京成電鐵等鐵道路線連結，亦有高速巴士往返於兩地之間。
埼京線
从2019年12月开始，对于平日7点30分到9点40分之间从新宿站发车的开往大崎方向的所有列车（包括相铁直通）和22点40分以后从新宿站发车的开往川越方向的所有列车（相铁直通不在对象外），在与埼京线直达的川越线、临海线的所有区间都要开10号车作为女性专用车厢
T318/319、T320/317次列车
1997年4月1日，全国铁路运行图调整，列车车次范围发生变动，245/246次列车随之改为545/546次列车，次年10月1日，北京与武汉之间形成四对列车往返（分别是K37/38次、K77/78次、K79/80次和545/546次）的格局。2000年10月21日，原有的北京西-武昌545/546次列车改为2545/2546次列车并改至天津站始发终到。2006年8月4日，由于武昌站改造，2545/2546次列车改在始发终到。
横滨市
橫濱車站是橫濱市鐵路交通的中心。東日本旅客鐵道（JR東日本）的鐵路路線中途徑橫濱市的路線有東海道本線、横須賀線、京濱東北線、根岸線、横濱線、南武線、鶴見線。東海旅客鐵道（JR東海）的東海道新幹線亦途徑橫濱市，所有的希望號列車均在新橫濱車站停車。大手私鐵中，京濱急行電鐵（京急本線和逗子線）、東急電鐵（東横線、目黑線、田園都市線、子供之國線）、相模鐵道（相鐵本線、泉野線）有線路途徑橫濱市轄區。橫濱市內的其他鐵路路線還有由橫濱高速鐵道經營、連接橫濱車站和橫濱中華街的港未來線，以及橫濱海岸線經營的金澤海岸線。橫濱市營地下鐵現在運營有藍線和綠線兩條路線。2015年，兩條路線全長53.4公里，每日平均有約66萬人乘車。 橫濱市內主要的巴士運營業者有橫濱市營巴士、京濱急行巴士、等企業，其中以橫濱市營公車規模最大。橫濱市的公路發展情況較為滯後，市內的廣域高速公路僅有東名高速道路一條，市區及城際高速公路則有隸屬首都高轄下的數條都市高速道路。現正進行的首都圈三環狀道路工程在竣工之後，橫濱市的公路交通將大幅改善。
東海道本線
另外，廣義上東海道本線包括東京站起至新神戶站為止的路段（後述），本條目則只記載作為在來線的東海道本線全線的概要和沿革。新幹線參見「東海道新幹線」「山陽新幹線」，而在來線按地域劃分的詳細資料參見以下條目。站數：186個
奥羽新干线
1973年11月15日，运输省告示第466号决定了包括奥羽新干线在内的12条线路的基本计划。在这个基本计划中，奥羽新干线以福岛市为起点，经过山形市附近，以秋田市为终点。
长野县
居於本州中部的地理位置使得長野縣自古就是日本地理上很重要的交通要衝，江戶時代的五街道中的中山道（又名中仙道）與甲州街道在長野縣內交叉，此外縣內還有北國街道（又名善光寺街道）等街道，在古代就交通四通八達。1888年，信越本線直江津站至輕井澤站之間的路段通車，開啟長野縣的鐵路史。長野縣是日本唯一縣內同時有三家JR（JR東日本、JR東海、JR西日本）路線的縣。東日本旅客鐵道（JR東日本）在長野縣運營有北陸新幹線、信越本線、中央本線（東線）、篠之井線、飯山線、大糸線、小海線、大糸線（松本站至南小谷站區間）九條路線。JR東海在長野縣運營有中央本線（西線）和飯田線兩條路線。JR西日本在長野縣運營有大糸線南小谷站以北的區間。新宿站和松本站之間的梓號列車、名古屋站和長野站之間的信濃號列車是長野縣在來線的主要特急列車。在長野新幹線（現北陸新幹線的一部分）於1997年開業之後，東京站和長野站之間最快只需90分就可抵達。長野縣內還有信濃鐵道、長野電鐵、上田交通、ALPICO交通四家第三部門及私鐵公司。長野縣內第一條高速公路是開通於1975年的中央自動車道。現在長野縣內有中央自動車道、上信越自動車道、長野自動車道、中部橫斷自動車道、、六條高速公路。長野縣內主要的普通公路有相當於北國街道的國道18號、相當於中山道的、相當於甲州街道的國道20號。開業於1965年的松本機場是長野縣唯一的民航機場。松本機場的標高有657.5米，是日本最高的機場。現在松本機場運行有前往札幌和福岡的定期航線，在8月還有飛往大阪機場的航線。2015年度，松本機場的乘客數約有11.65萬人。
台灣鐵路
臺灣鐵路（簡稱臺鐵）是臺灣鐵路管理局直營的鐵路線之總稱，為臺灣主要的鐵道運輸系統，最早於1891年開始營運。目前由西部幹線、東部幹線、南迴線等3條幹線，以及10條客貨運支線所組成。採用1067mm（窄軌）軌距，並沿用日治時期靠左行駛的規則，與今日台灣道路通行方向不同。臺灣民間口語所稱的「火車」或「搭火車」多指該鐵路系統。
東海道本線
京都站是擁有0號線－34號線（沒有15－29號，實際共20線）的月台編號，一個大型的終點站。不僅僅是京都觀光與通往京阪神的通勤輸送據點，也是關西空港直通特急及往北近畿、北陸、山陰各觀光地特急起點的觀光據點站。於1997年完成具未來感全玻璃外牆的新大樓具有大終點站存在感的威容，車站周邊持續進行新大樓的開發。京都站是全部新幹線列車的停車站，嵯峨野線與奈良線、私鐵的近鐵京都線、京都市營地下鐵也有駛入本站。
東急電鐵車站列表
東急電鐵共有94座車站，東京都有65站、神奈川縣有30站，其中9站為路面電車站，1站路面電車與傳統軌道共站。連接田園都市線、東橫線、山手線、埼京線、湘南新宿線、銀座線、半藏門線以及副都心線的轉乘站澀谷站是東急電鐵繁忙的車站，共有20個正式標示出口。
京都市
在關西的五大私鐵公司中，近畿日本鐵道（近鐵）、京阪電氣鐵道（京阪）和阪急電鐵（阪急）在京都市內擁有鐵路路線。近鐵京都線和JR西日本的奈良線並為京都前往奈良市的重要交通方式。京阪在京都市內擁有四條路線。京阪本線是連接京都和大阪的重要鐵路路線，其起點是三條站。鴨東線和京阪本線相通，常和京阪本線一體運行。宇治線是連接京都及其衛星都市宇治市的重要路線。京津線則連接京都市和滋賀縣大津市，部分列車直通運行進入地鐵東西線。阪急則在京都市內有兩條路線。京都本線和JR京都線、京阪本線並為連接京都和大阪的三大鐵路路線。嵐山線則是前往知名觀光地嵐山的重要交通方式。京都市內還有京福電氣鐵道（又稱嵐電，擁有嵐山本線和北野線兩條線路）、叡山電鐵（擁有叡山本線和鞍马线兩條路線）、嵯峨野觀光鐵道（擁有嵯峨野觀光線一條路線）三家規模較小的鐵路公司。這三家公司的鐵路路線均通往知名旅遊景區，主要服務對象為觀光客。
東京都
東京鐵路的歷史開始於1872年新橋（後來的汐留）至橫濱（現櫻木町）的鐵路。多摩地區的第一條鐵路則是開業於1889年的新宿至立川的中央線。甲午戰爭前後，日本爆發民營鐵路熱潮。多摩地區也在這一時期出現了青梅鐵道等私營鐵路公司。關東大地震後的郊外化進展更加速了多摩地區鐵路網的成型，並同時成為通勤鐵路高速化的契機。1950年時，東京都就已經形成了都心基本由國鐵（現JR）壟斷，各私鐵路線及部分國鐵路線自東京、新宿、澀谷、池袋等據點車站向郊外延伸的放射形路線網。自1950年代至1970年代，東京都的鐵路建設以都心地區的地下鐵路網為主。與此同時，多摩地區的眾多貨運鐵路改為客運鐵路，以適應不斷增加的通勤客需求。1960年京成電鐵和都營地下鐵1號線（現淺草線）之間實施直通運行後，東京的國鐵、私鐵、地下鐵之間開始廣泛實施跨越不同公司路線的直通運行，大幅提高了鐵路交通的便利度。1980年代，郊區的鐵路新線及複線化成為東京都新的鐵路建設中心，京葉線、埼京線等路線修建於這一時期。1990年代後，隨著臨海副都心的開發，百合歐號、臨海線等沿海地區的路線成為這一時期的東京都鐵路新線。今後東京都鐵路建設的焦點大多聚集在自羽田機場前往東京都心的路線，以及地下鐵有樂町線和南北線的延伸計劃。
福井市
福井市內共有北陸本線、越美北線、、、五條鐵路路線通過，分別由西日本旅客鐵道、福井鐵道、越前鐵道三家業者所經營；其中北陸本線為福井市最主要的對外聯絡幹線，往南可至大阪、京都和名古屋，往北可至石川縣。其他四條鐵路路線則分別可以自福井市的主要市區接往周邊的勝山市、大野市、鯖江市、越前市、永平寺町、坂井市、蘆原市。福井站則是福井市內的鐵路車站，在市內五條鐵路路線上行駛的列車大多會直接駛入福井車站。
西船橋站
JR東日本的路線有總武本線、武藏野線、京葉線（高谷支線、二俣支線），其中總武本線是本站的所屬線。總武本線中僅行走於緩行線的中央·總武線各站停車停靠本站。武藏野線雖以本站為終點，但與京葉線兩支線實行相互直通運轉。京葉線方面，本站是高谷支線的終點、二俣支線的起點。
立川站
此站有JR東日本的中央本線、青梅線、南武線3條路線停靠。當中此站是中央本線的所屬線，包括此站的路段在運行系統上顯示為「中央線」。中央本線從此站至東中野車站為長達24.7公里的直線路段。另外此站也是大月、甲府方向的中距離電車運行路段的東端。青梅線以此站為起點，一部分列車直通運行至中央線新宿、東京方向。南武線以此站為終點。另外，中央本線國立站起有直通武藏野線的「」停靠。
高崎線
現時除了往大宮站方向的尾班車以籠原站為終點站之外，全部高崎線列車會駛入大宮站以南的宇都宮線（東北本線），大部份列車會經湘南新宿線和上野東京線直通至東海道線。高崎線逾半列車會經由尾久、上野和上野東京線直通至東海道線，而另外約3成列車則經由山手貨物線（則山手線西部的池袋、新宿和澀谷）直通至東海道線，兩者列車主要以平塚站、國府津站、小田原站、熱海站、伊東線伊東站或東海旅客鐵道東海道本線沼津站作為始發及終點站（小田原以西的服務只限上野東京線直通系統的列車提供），前者是一般被稱作上野東京線（東海道線、高崎線直通），而後者則稱作湘南新宿線（東海道線、高崎線直通）；最後約2成的列車繼續以上野為終點站及始發站。
若潮号列车
1972年7月15日，特急“若潮”号列车开始运营。最初来往于东京站与安房鸭川站之间 ，经由总武本线和房总东线（现外房线）运行。同年10月2日，因应日本国铁的时刻表改革，“若潮”号被指定为L特急列车。
日本國鐵EF58型電力機車
日本铁路在1920年代就开始试验电气取暖，东海道本线和横须贺线于1925年完成电气化后，部分普通旅客列车开始使用电气取暖系统，由电力机车直接供应与接触网電压相同的1500伏特直流电，但电气取暖列车只限定运用于东京近郊地区，而非电气化区段的直通旅客列车仍然使用传统的蒸汽取暖。此后随着东京地区的近郊列车逐渐采用电力动车组，这些早期的电气取暖列车到1951年左右停运。
東海道本線
全線行駛通過東海道腰帶地帶，在各地區設有頻繁運行的地區列車，特別是東京站－熱海站、濱松站－大垣站、米原站－神戶站－姬路站（※神戶站－姬路站間屬山陽本線）。各區間是涵蓋東京、名古屋、大阪等大都市圈的各公司重點路線之所在（東京站－熱海站是湘南電車、經過新宿直通高崎線列車是湘南新宿線、米原站－京都站是琵琶湖線、京都站－大阪站是JR京都線、大阪站－神戶站是JR神戶線，請參閱各線之條目）。
日本鐵路車站列表 (十一畫)
日本鐵路車站列表，為日本鐵路車站作分類的日本鐵路線列表。 日本鐵路車站列表 (十一畫)是日本鐵路車站之中、十一畫開頭的列表。
東京地鐵
東京地鐵株式會社（，），官方譯名東京地鐵株式會社，通稱東京Met-{}-ro地鐵（，），是以經營日本東京都之地鐵路線為主要業務的鐵路公司，與較晚開業的都營地鐵並列為兩家東京的地鐵經營業者。其前身為帝都高速度交通營團，2004年4月1日改為今制，為日本政府與東京都政府共同出資的（以法律規定地位的株式會社）。目前經營9條路線，2020年3月每日平均運量約755萬人次（不含與私鐵路線直通運行的路段）。
京张铁路
刚建成的京张铁路以柳村的京奉铁路第六十号桥为起点，向北经广安门、西便门、西直门至三才堂，再向北过清河、沙河抵达南口，从南口向北穿过关沟内的居庸关、五桂头、石佛寺和八达岭等四条隧道抵达岔道城，再由岔道城向西北方向抵达康庄，向西过怀来河，经下花园、宣化等地，抵达终点张家口站。建成之初全线共新建14座车站，由南向北分别为西直门站（现北京北站）、清华园站、清河站、沙河站、南口站、青龙桥站、康庄站、土木站、沙城站、新保安站、下花园站、宣化站、沙岭子站和张家口站，其中青龙桥站是专为列车经过人字形展线而建。此外，全线还建有125座桥梁、210处涵洞、11座水塔、5座机车库、6处铁转盘、83幢养路工房、12处员工办公室、1座天桥、11口井和2个地磅。1912年，关沟段新设东园站、居庸关站、三堡站和西拨子站等四处会让站，并在南口站、居庸关站、青龙桥站、西拨子站、康庄站站间安装了专用的调度电话。铁路旁边立有五种标志，分别为里志牌、坡道牌、桥志牌、放气牌和道拨牌。其中里志牌每隔180丈放置一块；坡道牌用以标识此地坡度，用“上”表示上坡，“下”表示下坡，具体坡度用苏州码子写出；桥志牌用以标志桥梁位置；放汽牌表示司机经过此处必须放汽以警示周围行人；道拨牌表示铁路道闸位置。沿铁路每50里至60里建造一处水塔以供车头使用。
東京的地下鐵系統
東京的地下鐵又称之为東京的地鐵是指日本首都東京重要的地铁系統，東京的地下鐵主要有下列3種定義，但大多是指定義1：東京是全亞洲最早有地鐵路線的城市，最早營運的路線——銀座線上野－淺草段在1927年12月通車。目前共有13條路線（東京地下鐵共9線、都營地鐵共4線），285個車站（東京地下鐵共179個、都營地鐵共106個，當中多線共用的車站重複計算），路線總長304.1公里（東京地下鐵共195.1公里、都營地鐵共109公里；不含直通運行路段）。2018年，两社的合计日均客运量为1040万人次，是美國最繁忙的紐約地鐵（2018年日均客流为460.3万人次）的两倍有余。
東京站
JR东日本东京站新干线部分为島式2面4線高架月台。20號月台位於10號月台東側。最初，東北、上越新幹線延伸至本站時，僅停靠現在的22、23號月台（當時為12、13號月台），部分定期列車與臨時列車在上野站發車。但在1997年北陸新幹線高崎～長野通車後，1、2號月台在3～10號月台上的丸之內側「再高架化」，當時的9、10號月台（東海道線）重編為20、21號月台，成為現在的2面4線構造，供定期列車全列車與大半臨時列車停靠本站。1日超過300班列車停靠此2座島式月台。
直通運行
日本因擁有規模龐大、且路線相接的公營與私營鐵道路網，從而產生出許多直通運行服務。日本最早的直通運行服務，為1904年東武龜戶線通車後，從龜戶站至總武鐵道線（今JR總武本線）兩國橋站（今兩國站）間互通，該服務在1910年廢止。目前直通运行在日本各家铁路業者之间十分普遍，例如名古屋市营地下铁的上饭田线只有两站，全线只有0.8km，但是该线的大部分列车都和名古屋铁道的通勤铁路小牧线互通运行，而小牧线全长20.6km从名古屋途径春日井市、小牧市最终到达犬山市。
新宿站
JR東日本站區共有8座島式月台16線，均位於地面。月台沿南北兩方延伸，而編號則從東邊的埼京線、湘南新宿線開始往西依序排列。其中1至6號月台位於較南方的位置，特別是5、6號線月台的最北側與7、8號線最南側位置幾乎相同，月台幾乎全屬甲州街道（國道20號）南側的澀谷區。而5、6號月台更與南邊的代代木站相隔只有約200米，兩站的月台甚至能聽到對方的發車廣播。
奈良線 (近畿日本鐵道)
新生駒隧道（3,494米）貫穿生駒山地，為大阪市與奈良市之最短的路段。啟用之來，大阪上本町車站（舊稱：上本町車站）就已經是起點車站，直至1970年難波線啟用，奈良線的實際起點車站便改為大阪難波車站（舊稱：近鐵難波車站）。現時，大阪線的大阪上本町車站至布施車站之間是一段不同的行車方向的四線鐵路，使奈良線與大阪線的列車共同運作，不會互相影響。
高崎站 (日本)
正式的軌道名稱上只有以上3條路線，但上述路線的中途站分岔出以下各線（對於這些路線JR貨物不持有鐵道事業免許）的列車都直通至此站，前述的3條路線合計6方向的列車到發。
北赤羽站
埼京線嚴格而言屬東北本線的一部分，因此設置的距離標都是以東京站為起點。（東北本線的東京起點為14.7公里）
福冈县
福岡縣內的鐵路交通主要由九州旅客鐵道（JR九州）和西日本鐵道運營。JR九州在福岡縣內的在來線路線有鹿兒島本線、久大本線、日豐本線、-{筑}-豐本線、香椎線、篠栗線、-{筑}-肥線、日田彥山線、後藤寺線九條路線。福岡縣內博多站以北的新幹線屬於JR西日本的山陽新幹線，以南部分屬於JR九州的九州新幹線。JR西日本在福岡縣內還有博多南線一條路線。西日本鐵道是日本16家大手私鐵之一，也是三大都市圈之外唯一的大手私鐵，有天神大牟田線、太宰府線、甘木線、貝塚線四條路線。福岡縣內還有-{筑}-豐電氣鐵道（經營有-{筑}-豐電氣鐵道線）；甘木鐵道（經營有甘木線）；（經營有伊田線、糸田線、田川線、門司港懷舊觀光線）等鐵路業者。福岡市交通局有機場線、箱崎線、七隈線三條路線。北九州高速鐵道有小倉線一條單軌鐵路。皿倉山纜車是西日本最長的纜車。
大宮站 (埼玉縣)
大宮站是從東京搭乘新幹線、在來線前往東北地方、信越地方的分岔點。停靠路線有東北新幹線、上越新幹線、北陸新幹線（長野新幹線）、秋田新幹線、山形新幹線、北海道新幹線、京濱東北線、宇都宮線、高崎線、埼京線、川越線、東武野田線（東武都市公園線）與埼玉新都市交通伊奈線（New Shuttle）共13條路線。加上湘南新宿線與早晨傍晚駛入的武藏野線，合計達14條路線，在日本全國僅次於東京站，是埼玉縣最大的交通總站。除了新幹線、在來線所有營業列車全停以外，自2017年7月起的高客流時期增開東北新幹線大宮站起迄的臨時列車「隼號列車」。。
澀谷站
本站有JR東日本（後述）、京王的井之頭線、東急（後述）與東京地下鐵（後述）共4間公司的路線停靠。JR以外的路線都以此站為起訖點。
大连市
大连是中国东北铁路网极南端，19世纪末沙俄侵占时期即开始修建铁路，日本占领时期确定现有铁路格局。普兰店、瓦房店两市的现市区即是因铁路而发展。现有俄日修建的沈大铁路、日本修建的金城铁路，20世纪80年代修建的与金城铁路接轨的庄河市地方铁路，以及烟大铁路轮渡。 大连站是哈大线终端站，位于历史悠久的市中心商业区青泥洼桥，为沈阳铁路局管辖的一等站。经过铁路有沈大线、哈大线及烟大铁路轮渡。主体建筑面向正南。车站建于1937年，由当时满铁设计师太田宗太郎设计，与东京上野站属于相同设计风格。2002年扩建高架站房，增建北出口和站北广场。现有上下两层，下层南北为售票厅，上层为高架候车大厅，南北两出口，南出口外是站南广场（又称站前广场）和90年代台商投资建设的胜利广场，北出口外是站北广场（又称凯旋广场），北广场西侧有建设街长途汽车站和通往大连开发区、金石滩、金州的大连轻轨3号线起点站。 哈大客运专线（哈大高铁）于2007年8月23日正式开工建设，2012年12月1日正式载客运营，项目投资估算总额923亿元人民币，平均每公里造价将超过1亿元人民币。哈大高铁为复线电气化铁路，基础设施按350千米/时的速度建设，目前全年开行最高时速超过300千米的高速动车组列车，大大缩短大连至东北主要城市的旅行时间。
日本車站編號
JR東海自2018年3月起預定將在在來線依次引入車站編號。對象車站包括可使用TOICA的車站（包括2019年方可使用的車站）與觀光客較多但位於TOICA使用路段以外的主要車站6個、JR東日本管轄的國府津站、熱海站、JR西日本管轄的米原站。紀勢本線、參宮線、名松線3條路線全線位於對象外。
東京站
1872年通車的，以及該路線延伸而成、於1889年全線通車的官設鐵道東海道本線，原本是以坐落於現今汐留一帶的新橋停車場做為東京端之總站。另一方面，私營鐵道業者日本鐵道在東京的端點站，也在1883年隨著通往東北地方的本線通車而啟用，即今之上野站。為了實現以鐵路直結新橋與上野的構想，在1889年定案的「東京市區改正計畫」中，即規劃新建直結兩地的高架鐵道線。1896年，帝國議會通過在新線中段興建「中央停車場」的方案。
东京
其他私營鐵路公司： 路線眾多而複雜，大多以鐵路車站或重要地點為端點站或主要換乘站，主要街道上也經常可見巴士站牌；都心部的市區巴士以都營路線為主，兼有里程較長路線與短程接駁路線（如澀谷站～六本木新城），以及幾條觀光巴士路線（如東京、銀座～台場）。都心以外的地區巴士多由私鐵業者（東武、西武、東急等）兼營，因此經常以私鐵車站作為端點站。
东京
新幹線部分，東京站是東海道新幹線與東北新幹線的端點站，同時也是列車最主要的起讫站；此外也有許多經由這兩條新幹線而直通其他新幹線（九州新幹線除外）的列車自此發車。除了東京站外，新幹線另外還在東京站以北、以南分別設有上野站、品川站兩個轉運車站，以分擔東京站的旅運量，並方便乘客搭乘。
秋葉原站
此站有JR東日本各線（後述）、東京地下鐵日比谷線、首都圈新都市鐵道筑波快線3間公司的路線停靠，是轉乘站。JR東日本車站的3字母簡寫是「」。
山手線
1891年9月1日，日本铁道第一区线至第五区线全部通车，东京和东北地方得以以铁路相连接。与此同时，日本铁道开始计划建设土浦线（1901年改称为海岸线，现在的常磐线）与品川、横滨方面的联络线。土浦线经过土浦站-南千住站-田端站连接了茨城县的土浦、水户地区和东京北部，于1896年12月25日通车。1903年4月1日，这段连接田端站和池袋站的联络线（山手线支线）随着池袋站的开始运营正式通车。当初联络线规划以目白站为终点，但是因为目白站周边难以取得用以扩张车站的土地，最终改为在池袋站与品川线交汇。这个规划使得駒込站与巢鸭站之间的线路呈西南走向，而在大塚站附近转向西北。这条联络线最初被称为丰岛线，在开业前的1901年11月16日与品川线合称为山手线。
井冈山站
2007年4月18日上午10时06分，由井冈山至的K134次列车（现为D734次）成为井冈山站开出的首班列车，井冈山由此结束不通铁路的历史。井冈山站开通初期，始发的5班列车分别通往北京、上海、南昌（2班）、深圳，且均需经吉井铁路东行，当时的井冈山铁路网因此属于断头路。井岡山站開通僅兩個月，發送旅客即已突破2萬人。
八高线
八高线自东京都的八王子市向北延伸，穿过埼玉县的西部后到达群马县的高崎市，是东京都內唯一一条包含非电化区间的JR线路。自1996年（平成8年）3月16日埼玉县日高市的高丽川站以南进行电化改造起，八高线上的运营系统以高丽川站为界彻底南北分开，以南的电车自高丽川站起进入川越线直通运行。因此，高丽川站以南的电化区间也称为八高南线，以北的非电化区间也被称为八高北线，但是目前的乘车指示并不采用这一名称。
蘇我站
停靠此站的JR東日本路線有外房線、內房線、京葉線3條路線，當中此站是外房線的所屬線。內房線以此站為起點，但該線列車全部都經外房線千葉方向直通至京葉線東京方向。另外京葉線以此站為終點，一部分列車直通外房線或內房線。此站起至東京站為止的營業距離，途經外房線、總武本線和途經京葉線都一樣是43.0公里。而此站起至西船橋站為止的營業距離，途經外房線、總武本線和途經京葉線都一樣是22.4公里。
通勤铁路
除了首都圈、京阪神、名古屋、北九州‧福岡之外，日本總務省劃定另外7個大都市圈，分別是：札幌、仙台、新潟、靜岡‧滨松、岡山、廣島和熊本。下表為這7個大都市圈的通勤鐵路，根據都市雇用圈其範圍為： 韓國的通勤鐵路系統稱為广域电铁，是韓國在大都會區中2個都市以上之間互相連接的通勤鐵路，包括：马来西亚共有4条KTM通勤铁路，分为北中两区。 仰光環狀鐵路，仰光的通勤鐵路系統總長約45.9公里，其中包含39座車站，每日運行約20班列車。
小田原站
JR東日本東海道本線車站停靠東京站起訖列車，與經新宿站直通高崎線的湘南新宿線，以及經東京站、上野站直通東北本線（宇都宮線）、高崎線的上野東京線。湘南新宿線原則上以本站為終點。東海道新幹線1日有15班（下行8班、上行7班）「光號」、「回聲號」停靠。另外，其他路線也有許多以本站為起終點的班次。
JR東日本E259系電力動車組
來往東京市區和約70公里外成田機場的方法主要有三種：鐵路方面，JR東日本列車自東京站出發，途徑總武快速線、成田線到達終點站成田機場站的行車距離為79.2公里。京成電鐵列車自京成上野站出發，途徑京成本線到達終點站成田空港站的行車距離為69.3公里。而利用公路的方式則是從箱崎出入口開始計算，途經首都高速道路、東關東自動車道、新空港自動車道，全程總長68.9公里。
東日本旅客鐵道
東日本旅客鐵道（，），通稱JR東日本（，英語簡稱JR East），是日本7間JR鐵路公司之一，以日本東部為營運範圍，為JR集團中營運規模最龐大的公司，在東京首都圈擁有龐大的鐵路運輸路網。
東京都
自東京都出發可乘坐高速巴士前往北海道和沖繩縣以外的日本各地。2016年，位於新宿站南口的日本最大客運總站Busta新宿開業。其第一年的日均乘客數就有2.8萬人，日均班次約1,470班。 2018年時，東京都的道路總長度約有24,623公里，其中21,854公里是區市町村道、2,371公里是都道、348公里是一般國道、49公里是高速汽車國道。二戰後隨著汽車的普及，東京都開始積極建設一般道路和高速公路網，形成了以東京為中心，包括東關東自動車道、常磐自動車道、東北自動車道、關越自動車道、中央自動車道、東名高速公路在內的放射性高速公路網。然而隨著車流量的增加，環繞東京都心的首都高速中央環狀線陷入慢性擁堵狀態，並波及到其他高速公路。為此東京都積極推進、首都圈中央聯絡自動車道兩條環狀高速公路的建設，以減輕交通堵塞。現在東京都區部的大部分高速公路由首都高速公路管理。在一般道路方面，東京都在23區將環狀道路和前往多摩地區的道路作為重點改建道路。在多摩地區則重點修建南北向道路。
成雅铁路
成雅铁路起自成都铁路枢纽成都西站，沿线设温江站、羊马站、崇州站、大邑站、邛崃站、西来站、蒲江站、朝阳湖站（成蒲铁路至朝阳湖站止），再经名山站至终点站雅安站，共11个站，远期将连接川藏铁路雅安至康定段。在2019年1月5日中国铁路实行新的新的列车运行图后，计划每日开行动车组列车10对，周末加开3对，高峰另安排2对，由成都西站至雅安最快只需1小时17分。
東京臨海高速鐵道70-000系電聯車
70-000系於1996年3月開始投入服務。本型車由川崎重工業車輛公司負責製造。列車的設計以東日本旅客鐵道的209系電聯車做為藍圖。由於車輛保養皆委託JR東日本維護，因此零件互通性與JR東日本的互通性極高，也可減少列車保養成本與製造成本。在臨海線新木場站至東京電訊港站段於1996年（平成8年）3月30日通車時，列車只有4輛（Tc-M-M-Tc），但大多數月台均預留10輛。隨著2002年（平成14年）12月1日臨海線全線開業及JR東日本埼京線的相互進入行駛開始，令臨海線内的専用列車長度增至6輛（Tc-M-M-M-M-Tc）。直到2004年（平成16年）10月16日，臨海線全部列車變為10輛編成（Tc-M-M-T-M-M-T-M-M-Tc），而部份JR車輛亦只在臨海線內運行。
T250/251、T252/249次列车
2010年12月23日，宜万铁路正式建成通车，从2011年元月11号起，宜万铁路增加9对客运列车，其中武汉到成都T250/251、T252/249次由原经由襄渝、汉丹线运行经路，改经由汉丹、长荆、焦柳、宜万、达万线运行。2011年5月8日，成都东站综合交通枢纽正式启用， 根据铁道部安排，T250/251、T252/249次列车调整至成都东站始发和终到，成为首先在该站始发的8趟列车之一。
上野東京線
自1885年開業起，東北本線列車線一直以上野站為實際起點站（記錄上東北本線是以東京站為起點站，包含京濱東北線、山手線等電車線），但因為貨運需要而設有連接東京站東海道本線列車線月台的聯絡線。除了貨運和車輛調度外，這條聯絡線也曾經供優等列車及中距離列車班次直通來往東北本線和東海道本線的列車線。同盟國軍事佔領日本期間，在1946年起運行的「Yankee Limited」也利用此聯絡線來往關東及東北地方。
東京站
14、15號月台在2008年9月17日起、16～19號月台在2008年12月12日起採用「希望號」2003年以前使用的車內始發終停用鈴聲作為發車音樂。這是JR東海首次使用發車音樂（搭載的車外音樂除外）；18、19號月台8號車乘車位置附近的月台中央有標示起點與方位的浮雕，同月台南端有十河信二浮雕與刻上座右銘「一花開天下春」的建設碑，該月台下、中央轉乘口（新幹線付費區內）的東端牆壁上有寫上「東海道新幹線 這段鐵道是結合日本國民的睿智與努力所完成」（）的銘版。
长图铁路
1915年10月，南满洲太兴合名公司（法人代表饭田延太郎）以合作开采的方式获取了天宝山银铜矿的开采权。1916年8月，开始开采并把矿石运往日本大阪进行精炼。为了运输矿石，太兴合名公司计划修筑从图们江边的地坊（开山屯），经龙井村、朝阳川、老头沟到天宝山银铜矿的手动车轨道，并向北洋政府申请敷设专用轨道的许可。北洋政府答复由于申请的铁路线过长应该另成立公司独立经营。1918年3月16日，文禄与饭田延太郎签订成立 《中日全办天图轻便铁路公司合同》。获交通部许可后，在吉林设立总公司，在龙井村设立了分公司，以待下发开工执照。由于北京政府更迭和五四运动前后中国各地兴起的爱国主义和反对出卖主权的运动，直到1921年7月才得到开工许可。1921年11月开始实地勘测，1922年8月5日天图铁路修筑工程正式开始。铁路修筑开工后，遭到中国地方政府和人民群众的一致反对。各地群众举行反对修筑天图铁路的游行示威，筑路工人在石门子附近还遭到当地巡警开枪威胁和殴打，因此筑路工程停滞不前。日本为了推进天图铁路建设，通过张作霖斡旋，决定修改原合同。1922年11月18日，吉林省公署代表蔡运升与日本驻吉林总领事赤塜正助、日商代表饭田延太郎签订了 《中日官商合办天图轻便铁路公司合同》。1923年春再次开工，同年10月14日地坊至龙井村间铁路开始营业，1924年10月龙井村至老头沟及朝阳川至延吉间铁路完工，1924年11月1日全线开始营业。天图铁路虽然设计时以天宝山银铜矿为起点，后因日本财团停止了在天宝山银铜矿的开采，最终铁路起点设在了老头沟。随后，又于1926年10月至1927年9月在图们江修建铁路桥，连接朝鲜之上三峰车站。日本为谋取吉会路之建成，于1926年7月借口天图轻便铁路营业不振，要求延长吉敦铁路。1928年5月15日，中华民国交通部与满铁就该事宜达成协议；但满铁的施工要求被当时的吉林省政府拒绝。
福田站
2017年1月5日起，由于全国铁路调整列车运行图，2对京深高速动车组列车延长至该站始发终到（其中G71/72次列车由北京铁路局担当，为福田站开行的首对非广铁集团担当的列车），这是福田站首次开行进京列车。除了这两对列车外，原先由永州站至深圳北站的G6074/1、G6072/3次、怀化南站至深圳北站的G6144/1、G6142/3次、G6166/3、G6164/5次、G6162/59、G6160/1次及G6148/5、G6146/7次、广州南站至深圳北站的G6201/36次、G6221/40次、G6203次、邵阳站至深圳北站的G6484/1、G6482/3次、G6488/5、G6486/7次的管内旅客列车，均延长至该站始发终到，同时增开由该站始发，终到永州站的G6078/5、G6076/7次列车。调图后福田站日开行列车达到43对，其中短途高铁数量30.5对，长途高铁数量12.5对。不过该站始发的所有长途旅客列车在途径深圳北站时，均不办理上、下客客运业务。另外，该站也会于同日起开行往惠州南站方向的城际动车组列车，每天早、晚上下班时间各安排一趟列车对开。同时开行往深圳坪山站方向的城际动车组列车，每天开行2对。
日本車站編號
2018年1月26日，JR宣佈將編號擴大至電車特定區間外的千葉站－成田機場站間，同年11月22日進一步擴大至大船站－熱海站－伊東站間，2019年3月29日再擴大至相模湖站－大月站間，2020年3月23日進一步擴展至中央本線初狩站－小淵澤站間。藤澤站－熱海站間引入後，東海道本線除美濃赤坂線外所有客運車站都已引入車站編號。另一方面，2019年11月30日相鐵·JR直通線鶴見站－羽澤橫濱國大站間開業後，與開業的同時加設相同路段的電車特定區間，但羽澤橫濱國大站不使用JR的車站編號。該站的導覽中使用相鐵的編號「SO51」。