中国社会科学院
1949年11月，中国科学院在北京成立。中国科学院哲学社会科学部最初设有语言研究所、哲学研究所、法学研究所、经济研究所、世界经济研究所、民族研究所、世界宗教研究所、考古研究所、历史研究所、近代史研究所、世界历史研究所、文学研究所、外国文学研究所和情报资料研究室等14个研究单位，总人数2200多人。
中国科学院大学
奥运村校区又称中国科学院天地生科学园区（中国科学院奥运村科技园），原称北郊园区，主要聚集了生命、天文、地学、资源、环境等领域研究所的高年级学生。邻近的研究所主要包括中国科学院动物研究所、生物物理研究所、微生物研究所、遗传与发育生物学研究所、北京基因组研究所、地理科学与资源研究所、遥感与数字地球研究所、国家天文台、青藏高原研究所、心理研究所、北京生命科学研究院。
中国科学院微电子研究所
共设11个研究室，分别为：
中国科学院地理研究所
中国科学院地理研究所曾是中华人民共和国的地理学研究机构，现已划分为3所研究所。
搶救學人
1949年6月9日，部分留守的中央研究院人员在上海举办21周年纪念会。6月17日，中央研究院正式被军管会接管。9月16日，竺可桢、陶孟和、吴有训等联名致信在海外的赵元任等人，介绍上海战役结束4个月来的情况，动员他们回国参加“新中国建设”。1949年11月1日，中国科学院成立，郭沫若任院长，李四光、陶孟和、竺可桢任副院长。
中国科学院空天信息创新研究院
电子所曾陆续分离出中国科学院声学研究所、西安空间无线电技术研究所（航天504所）、援建了上海光机所、电子部22所、55所、156工程处(航天部771所)、701工程处(洛阳测控所)五个所等研究机构。
中国科学院大气物理研究所
中国科学院大气物理研究所（Institute of Atmospheric Physics，CAS）是中国科学院下属的一个以研究大气科学为主的研究所，常简称中科院大气所。大气所的前身是成立于1928年6月9日的原中央研究院气象研究所。气象所新成立时坐落于南京钦天山北极阁，第一任所长是竺可桢。它是中国现代史上第一个研究气象科学的最高学术机构，也是中国最早从事现代自然科学研究的八个研究所之一。1950年1月26日，中国科学院地球物理研究所在北京中关村成立，气象所被并入其中，赵九章为首任所长。新成立的地球物理研究所设四个研究组：天气组、物探组、地震组、地磁组，对外称地球物理和气象研究所（Institute of Geophysics and Meteorology），叶笃正任天气组组长。1966年，中国科学院决定气象研究室从地球物理所分出，成立大气物理研究所，下设五个研究室：雷电物理研究室，云物理研究室，中小尺度动力学研究室，大尺度大气动力学研究室和低纬度气象研究室。
中国科学院微生物研究所
1978年，研究所对学科领域和研究室设置进行了调整和重组，组建了八个研究室：真菌分类研究室、细菌分类研究室、病毒研究室、微生物生态研究室、微生物代谢研究室、微生物酶学研究室、微生物遗传学研究室和微生物菌种保藏研究室，同时建立起一套相对完备的科研支撑系统，包括发酵中试厂、微生物新技术室、同位素实验室和图书情报室。
中国社会科学院考古研究所
中国社会科学院考古研究所成立于1950年8月1日，是中国科学院建院伊始组建的研究所之一。1977年中国社会科学院由中国科学院分出独立建院，考古研究所归属中国社会科学院。建所至今已发表论文近6000余篇、发掘报告和研究专著300多种。重要著作有《新中国的考古发现和研究》、《中国大百科全书·考古学》、《中国考古学·夏商卷》、《中国考古学·两周卷》等。
中国科学院自动化研究所
中国科学院自动化研究所，为中国科学院下属研究机构。成立于1956年，位于北京市海淀区，是以控制科学、模式识别、分子影像等研究为主的国家科研机构。
中国科学院自然科学史研究所
目前研究所设有中国古代科技史研究室、中国近现代科技史研究室、西方科技史研究室三个研究室，以及中国科学院文化遗产科技认知研究中心、中外科技发展比较研究中心、科技与社会研究中心、科学传播研究中心等，编制规模为97人。拥有1个科技史专业图书馆。研究员中有国际科学史研究院院士或通讯院士3人、国际欧亚科学院院士1人。
中国科学院大学化学科学学院
中国科学院大学化学科学学院，与中国科学院化学研究所联合组建成立，原名中国科学院大学化学与化工学院、中国科学院研究生院化学与化学工程学院，成立于2004年9月，其前身为中国科学院研究生院化学系，是中国科学院研究生院11个院系之一。
中国历史研究院
早在中国共产党在延安时期，延安马列学院于1938年9月开始设置中国史研究室，指导教师为范文澜。1949年11月，中国科学院成立；次年，中国科学院的第一批研究所相继成立，其中包括考古研究所、历史研究所和近代史研究所。1964年5月，世界史研究所从历史研究所中拆分出来。
中国科学院微生物研究所
1958年至1976年的18年间，研究所先后成立了八个研究室：真菌研究室、病毒研究室、生理生化研究室、生物物理研究室、遗传研究室、农业微生物研究室、工业微生物研究室和地微生物研究室。在我国微生物资源调查、微生物生理代谢、微生物遗传变异等方面做了工作，在工业微生物学、地微生物学、霉腐微生物学、抗生素与拮抗微生物方面，筛选出一大批适合于应用的优良菌种。
中国科学院上海药物研究所
上海药物研究所现有中国科学院院士5人，中国工程院院士2人，正高级科技人员119人，副高级科技人员173人。
三钱
最后中共中央和国务院确定了这十二年科学技术远景规划，也因此确定了共和国发展科学技术的基础。周恩来就“三钱”提出的细则文件，决定新建了三个研究所和一个研究室，即计算机、自动化、无线电电子学三个研究所（即后来的中国科学院数学研究所、中国科学院自动化所、中国科学院力学所）和在物理研究所内新建半导体研究室。1960年中苏交恶后，苏联撤出专家后，更显示出当时“三钱”提出的方案具备前瞻性。
中国科学院
1949年春，郭沫若、丁瓒、钱三强等人参加在布拉格召开的世界和平拥护者大会时，丁瓒透露了中央在新中国成立后建立统一的科学院作为全国最高科学机构的意图，内定由郭沫若负责。1949年6月，中共中央决定由陆定一负责筹备建立科学院，恽子强和丁瓒协助，钱三强和黄宗甄参与。1949年9月，钱三强和丁瓒共同起草《建立人民科学院草案》，由丁瓒写院部机构，钱三强写各研究所的部分，写后经恽子强看过送给陆定一。
中国科学院科技战略咨询研究院
中国科学院科技战略咨询研究院，原名中国科学院科技政策与管理科学研究所，是中华人民共和国的一所科技政策与管理科学研究机构，1985年6月成立。2016年10月改为现名。
中国科学院力学研究所
力学所是力学一级学科研究生培养单位，设有博士后流动站。现有中国科学院院士8人，中国工程院院士1人。
中国科学院
1949年10月19日，中央人民政府委员会第三次会议，任命郭沫若为中国科学院院长，陈伯达、李四光、陶孟和、竺可桢为副院长。1949年11月，中华人民共和国成立后仅一个月，中国科学院在北京成立，院部最初位于静生生物调查所原址（北京北海西沿附近的文津街3号）。中科院创建之初，也接收了中央研究院、国立北平研究院及中央地质调查所等研究机构的设施和人员。科学院行政上隶属政务院文教委员会，实际上是中共中央宣传部的陆定一和胡乔木主管，重要的事都是由中宣部向中央汇报同意后就定了。研究计划局局长由竺可桢副院长兼任，钱三强任副局长。调整和改组研究机构。把数学、物理、社会科学集中在北京；生物、化学等在上海；天文、地学在南京；技术科学在东北，为了加强东北的基础科学研究部分，把在上海的物理化学研究所迁到长春。
中国科学院上海硅酸盐研究所
1927年11月20日，蔡元培主持召开中央研究院筹备会议，会议通过了《中华民国大学院中央研究院组织条例》并决定优先筹备设立理化实业研究所等四个研究机构。理化实业研究所分为物理组、化学组和工程组，主要关注基础科学研究，但也包括实用的工程学。1928年6月9日，中央研究院第一次院务会议在上海召开，蔡元培宣布中央研究院正式成立。院务会议之后不到一个月，理化实业研究所筹备工作即宣告完成。事实上，理化实业研究所正式成立之时就分为物理、化学和工程三个研究所，由周仁出任工程研究所所长。起初三个研究所合设于上海市霞飞路899号办公，后又一同搬至白利南路理工实验馆。抗日战争期间，工程研究所迁往昆明。1945年更名为国立中央研究院工学研究所。1946年，工学研究所返回上海理工实验馆开展工作，钢铁研究部分留在昆明成为工作站。
中国科学院生物物理研究所
2001年9月，中国科学院研究生院认知科学重点实验室迁入研究所。同年11月，成立分子生物学研究中心和脑与认知科学研究中心，中科院视觉信息加工开放实验室晋升为中科院视觉信息加工重点实验室。2003年10月，成立计算与系统生物学研究中心。2004年，中国科学院蛋白质科学研究平台启动建设，依托生物物理所的北京磁共振脑成像中心正式成立。2005年，“中国科学院视觉信息加工重点实验室”“中国科学院研究生院认知科学重点实验室”和“中国科学院心理研究所心理健康重点实验室”合并组建了“脑与认知科学国家重点实验室”，并正式成立感染与免疫学研究中心。2006年2月23日，中国科学院生物物理研究所泰州分部正式成立。2007年，蛋白质与分子生物医学科研楼动工。2008年1月8日，原中国科学院研究生院认知科学重点实验室由研究生院整体转移到研究所，成立脑成像研究中心。2009年，蛋白质与分子生物医学科研楼正式启用。2010年5月8日，中国科学院感染免疫重点实验室成立。同年9月26日，中科院生物物理研究所和澳大利亚昆士兰大学脑研究所共建的神经科学与认知联合实验室揭牌仪式在澳大利亚昆士兰州布里斯班举行。2011年1月17日，生物物理研究所和上海药物研究所共建的“药物研究联合实验室”签约揭牌仪式在生物物理研究所举行。同年10月20日，揭牌成立北京生命科学研究院生命科学仪器技术创新中心精密加工中心，并开工建设。2013年，北京市科委正式认定研究所非编码核酸实验室为“非编码核酸北京市重点实验室”，认定蛋白质与多肽药物实验室为“北京市生物大分子药物转化工程技术中心”；由中科院生物物理所和中生北控生物科技股份有限公司联合主办的体外诊断工程研究中心揭牌。2015年，为促进科教融合，生物物理所牵头成立中国科学院大学生命科学学院。 2006年12月，科技部国家实验室工作通气会通报了10个国家实验室筹建试点，明确依托中国科学院生物物理研究所筹建蛋白质科学国家实验室。截至2020年底，蛋白质科学国家实验室正在筹建中。现阶段挂牌“中国科学院蛋白质科学中心”。 生物大分子国家重点实验室1989年经国家计划发展委员会和中国科学院批准，依托中科院生物物理研究所建设，1991年1月通过验收并正式开放运行。实验室两次获得“国家重点实验室计划先进集体”（金牛奖）；成立以来，以第一完成单位共获得国家自然科学二等奖8项。实验室近年来研究方向主要有：
中国科学院国家空间科学中心
中国科学院国家空间科学中心，简称中科院空间中心或空间中心，是隶属中国科学院的公立科研机构，位于中华人民共和国北京市。该机构的前身是成立于1958年的中国科学院‘581’组办公室（简称“581”组）。在“581”组（1958年9月~1959年11月）之后，空间中心经历了中国科学院地球物理所二部（1959年12月~1966年1月）、应用地球物理所（1966年2月~1968年1月），国防科委（1973年后为七机部）第五研究院空间物理及探测技术研究所（1968年2月~1978年10月），中国科学院空间物理研究所（1978年11月~1987年7月）、空间科学技术中心（1977年11月~1987年7月）以及空间科学与应用研究中心（1987年8月至2015年6月）、国家空间科学中心（2011年6月至今）等沿革。
中国科学院金属研究所
中国科学院金属研究所是中华人民共和国的一所冶金工业研究机构，是中国科学院直属研究单位。1953年建立，位于辽宁省沈阳市。现与中国科学技术大学共建中国科学技术大学材料科学与工程学院。
中国科学院神经科学研究所
神经所与中科院自动化所是中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心的依托单位之一。神经所通过脑科学与智能技术中心联合了中科院心理研究所、中国科学技术大学、马普计算研究所等二十余所国内外知名研究机构和高校，广泛地开展了类脑智能领域的研究。
中国农业科学院柑桔研究所
截至2016年3月，中国农业科学院柑桔研究所有国家级研究中心6个，部级研究中心2个，重庆市级研究中心2个，重庆市级重点实验室2个，重庆市级重点实验室2个，部级重点实验室2个，中国农科院级重点实验室1个。
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所（，简称生化与细胞所）是位于中华人民共和国上海的一家科学研究机构，研究所主要关注于生命科学基础研究。中国科学院“率先行动”计划将生化与细胞所定位为卓越创新中心。
中国科学院大连化学物理研究所
研究所成立以来，先后有15位科学家当选为中国科学院和中国工程院院士。2009年底共有职工912人，其中专业技术人员770人，研究员108人，副研究员235人。截止到2007年底，全所发表科技论文9700多篇，申请专利1996件，其中发明专利1809件，专利授权884件，累计申请国外专利60件。主办《天然气化学（英文版）》、《色谱》、《催化学报》3种学术期刊。1998年成为中科院知识创新工程首批试点单位之一。
中国科学院上海生命科学研究院
中国科学院上海生命科学研究院（简称上海生科院，）是已撤销的中国科学院直属事业单位，成立于1999年7月，是中国生命科学领域重要的综合性国立研究机构，由原上海地区的中国科学院8个生命科学研究所和2个研究中心的基础上组建而成。
國家中山科學研究院
國家中山科學研究院（簡稱：中山科學研究院、中科院，英文簡稱：NCSIST），為中華民國國防科技研發機構，屬於中華民國國防部監督之行政法人。主要目標為提升國防科技能力、建立自主國防工業、拓展國防及軍民通用技術。航空研究所、飛彈火箭研究所、資訊通信研究所、化學研究所、材料暨光電研究所、電子系統研究所、系統發展中心、系統製造中心、系統維護中心、資訊安全中心、軍民通用中心
中央研究院
在首任院長蔡元培任內，中央研究院陸續在南京、上海等地設立十個研究所，係由理化實業研究所、社會科學研究所、歷史語言研究所、地質調查所、觀象台與自然歷史博物館演展而來。抗戰期間中央研究院曾西遷昆明、桂林、四川李庄等地，抗戰勝利後方復還京、滬。1948年3月26日，中央研究院第一屆院士選出，共81人。9月23日，第一次院士會議舉行，中研院之體制始告完成。
中国科学院新技术局
1967年3月聂荣臻向中央写了《关于军事接管和调整改组国防科研机构的请示报告》，先后经周恩来、毛泽东签批。1967年10月25日，毛泽东批准聂荣臻《关于国防科研体制调整、改组方案的报告》，决定成立若干研究院，新技术局及其归口的46个所、厂分别调整到对口的8个研究院，另有10个所未分配留在科学院。新技术局机关人员被分配到13个单位。
中国科学院力学研究所
力学所现有中国科学院院士8人，中国工程院院士1人，研究员66人，副研究员、高级工程师和高级实验师137人，中国科学院“百人计划”入选者21人、国家杰出青年科学基金获得者11人，“千人计划”短期项目1人。
中国科学院大学
中国科学院大学通过资源整合形成，拥有以分布于各地研究所为基础的导师队伍和科研实践条件。目前，有340余位两院院士、5100余名博士生导师、6100余名硕士生导师，直接参与研究生的培养和指导工作。遍布各研究所的4个国家实验室、80多个国家重点实验室、150余个中国科学院重点实验室、10余个国家工程研究中心等科研实体，成为研究生培养的依托。同时国科大凭借众多服务国家战略需求和科技前沿的科研课题项目，中国科学院文献情报中心（国家科学图书馆）和各研究所图书馆的藏书，网络视频课程提供的专业学习课件等，为研究生开展学术研究、参与科研实践、提升创新创业能力提供了学习成长条件。
中国科学院神经科学研究所
1956年，神经生理学学者张香桐从美国辗转回到中国。此前，中国科学院生理生化研究所所长冯德培已经得到消息，于是竭力邀请张香桐到生理生化研究所工作，主持中枢神经系统的生理学研究。张香桐到上海后开始建立中枢神经系统生理研究室。1958年，中国科学院生理生化研究所的生理部分和生物化学部分分开成为独立的中国科学院生理研究所和中国科学院生物化学研究所。冯德培任生理研究所所长，生理生化研究所副所长王应睐任生物化学研究所所长。生理研究所由五个研究室组成，其中三个主要关注神经科学（中枢神经系统生理研究室、神经肌肉生理研究室和感觉器官生理研究室）。1980年，中枢神经系统生理研究室的一半由上海生理研究所分出，独立为中国科学院上海脑研究所，张香桐任所长。
中国科学技术信息研究所
中国科学技术信息研究所是中华人民共和国的综合性科学技术信息研究中心，简称中信所，隶属于中华人民共和国科学技术部。
中国科学院半导体研究所
1956年1月，国务院开始编制《1956～1967年科技发展规划》（《十二年科学技术发展规划》），国务院总理周恩来、副总理陈毅组织，范长江任科学规划小组组长主持实际工作。3月14日，在周恩来的领导下，成立了以陈毅为主任的国务院科学规划委员会，并邀请了全国600多位科学家和以拉札连柯为首的18位苏联专家参与规划的制定工作。在规划中，将“计算机、电子学、半导体、自动化”列为四大紧急措施。到1956年6月中旬规划会议结束，中国科学院根据规划会议精神，将中国科学院应用物理研究所的电学组扩建为半导体研究室，任命王守武为研究室主任。研究室设立了半导体材料、器件和光热电三个组，并以半导体（锗）电子器件为主攻方向。
研究所
中国国务院学位委员会和教育部批准全国56所大学设置研究生院，目前仅部属高校获准设置。研究生院是指一种高等教育的院系建制，体现了一所大学相应的教学规模。拥有研究生院的學校有清华大学、北京大学等。
中国科学技术大学
中国科大拥有一支高素质的师资队伍。截至2018年12月共有教学与科研人员2154人，其中教授701人（含相当专业技术职务人员），副教授800人（含相当专业技术职务人员）。中国科学院和中国工程院院士55人，发展中国家科学院院士17人，国家万人计划领军人才30人，青年拔尖人才13人，国家杰出青年科学基金获得者115人，优秀青年科学基金获得者108人，教育部长江学者（含青年）51人，国家“千人计划”（长期和短期项目）46人，“青年千人计划”124人，国家级教学名师7人。同时，一批国内外著名学者受聘担任名誉（客座）教授、“大师讲席”教授。其中，两院院士、万人计划、千人计划、国家杰青、长江学者、百人计划、教学名师等高层次人才不重复统计共有427人，占固定教师总数的33%；“四青人才”（青千、青拔、优青和长青）不重复统计占高层次人才的55%。
中国科学院微电子研究所
中国科学院微电子研究所（简称“微电子所”）是中国科学院下设的研究机构，位于北京市朝阳区北土城西路3号。微电子所的前身是成立于1958年109厂，1986年中国科学院半导体研究所微电子学研究部分并入，成立中国科学院微电子中心，2003年改为现名。微电子所的研究领域覆盖微电子工艺、器件和集成电路设计。中国科学院大学微电子学院依托於此。
中国科学院新技术局
1961年，毛泽东批示：“要大力协同做好这件工作。”为此，聂荣臻副总理提出：五院（即后来的七机部）、二机部、中国科学院，“三家要拧成一股绳”，共同完成任务。1961年7月，国防科委决定由刘杰、钱三强、张劲夫、裴丽生、刘西尧组成二机部和中科院的五人协作小组，由王诤、钱学森、张劲夫、裴丽生、刘西尧组成国防部五院和中科院的五人协作小组。
中国科学院微生物研究所
中国科学院微生物研究所是中国科学院下屬研究所，于1958年由中国科学院应用真菌研究所和北京微生物研究室合并成立，现位于北京市朝阳区北辰西路中国科学院奥运村园区。以微生物资源、工业与应用微生物、病原微生物与免疫为主要研究领域。拥有微生物资源前期开发国家重点实验室、植物基因组学国家重点实验室（与遗传与发育生物学研究所共建）、真菌学国家重点实验室、中国科学院病原微生物与免疫学重点实验室、一个拥有具有40万号标本的菌物标本馆和一个的具有17000多株菌种的微生物菌种保藏中心。是世界知识产权组织批准的布达佩斯条约国际保藏单位。现任所长刘双江。
中国科学院信息工程研究所
信工所有信息安全国家重点实验室、信息内容安全技术国家工程实验室、信息安全共性技术国家工程研究中心、中国科学院数据与通信保护研究教育中心和中国科学院网络测评技术重点实验室等科研平台。
中国科学院
1977年6月22日至7月7日，中共中国科学院核心小组第一副组长、副院长方毅主持召开院工作会议。会议讨论了《1978年至1985年中国科学院发展规划纲要（草案）》，决定取消院、所两级革命委员会。1977年9月18日，中共中央批准重建国家科学技术委员会，作为国务院所属的一个主管科学技术工作的部门，方毅任主任。中国科学院不再承担国家科学技术委员会的职能。1978年，中国科学院成立中国科学技术大学研究生院（北京）。
中国科学院院士
中国科学院院士，是中华人民共和国设立的科学技术方面的最高学术称号，为终身荣誉。授予在科学技术领域做出系统的、创造性的成就和重大贡献的中国籍科学家。院士不设任期，为终身称号。由中国科学院院士组成的中国科学院学部自1955年成立以来一直是国家科学技术方面最高咨询机构。中国科学院负责组织院士的评选，每两年增选一次，但候选人不限于中国科学院的成员。中国科学院院士原称中国科学院学部委员，1993年10月改为现名。
中国科学院新技术局
1960年7月18日毛泽东在北戴河中共中央工作会议上讲话：“要下决心，搞尖端技术。”中国科学院党组决定充分发挥科学院优势，集中力量加强国防尖端科学研究工作，成立新技术局，统管科学院中承担国防任务的单位，列入军工待遇。 1960年7月20日，新技术办公室撤销，成立中国科学院新技术局，谷羽担任局长，宋政为副局长，陆授观为计划处长，后来又有张和清、王世珍和苏景一担任副局长。中科院将科研所分为归口计划局和新技术局两大类。以承担尖端研究的科技人员超过该所全体科技人员60％为标准，把22个研究所划入新技术局口。此后随任务扩大又有增加。到1965年的时候，新技术局归口管理的研究机构发展到42个，仪器厂4个，共3万人，中科院党组决定由裴丽生分管。
中国科学院上海微系统与信息技术研究所
1927年11月20日，蔡元培主持召开中央研究院筹备会议，会议通过了《中华民国大学院中央研究院组织条例》并决定优先筹备设立理化实业研究所等四个研究机构。理化实业研究所分为物理组、化学组和工程组，主要关注基础科学研究，但也包括实用的工程学。1928年6月9日，中央研究院第一次院务会议在上海召开，蔡元培宣布中央研究院正式成立。院务会议之后不到一个月，理化实业研究所筹备工作即宣告完成。事实上，理化实业研究所正式成立之时就分为物理、化学和工程三个研究所，由周仁出任工程研究所所长。起初三个研究所合设于上海市霞飞路899号办公，后又一同搬至白利南路理工实验馆。抗日战争期间，工程研究所迁往昆明。1945年更名为国立中央研究院工学研究所。1946年，工学研究所返回上海理工实验馆开展工作，钢铁研究部分留在昆明成为工作站。
中央研究院
以下是中研院在臺復院後的大事紀要： 對照1927年所通過的組織條例，列舉設有物理、化學、工程、地質、天文、氣象、歷史語言、國文學、考古學、心理學、教育、社會科學、動物、植物等十四個研究所，但部份學門創院至今仍未設所（如心理學、教育學），或是在大陸時期曾創設但仍未復所；當中多為人文社會科學學門的領域，使中研院在這方面的發展規模仍不甚完備。 因應業務需要，中研院在院務會議之下設立各種委員會：
中国科学院自然科学史研究所
中国科学院自然科学史研究所（） 简称为中科院自然科学史所，是中国唯一的多学科和综合性的科技史专门研究机构，是世界上重要的中国科技史研究基地，为国务院学位委员会确认的理学“科学技术史”一级学科学位授予点。
中国科学院光电技术研究所
中国科学院光电技术研究所简称光电所，是中国科学院在中国西南地区规模最大的研究所。分市内和南郊两部分。设有光电跟踪测量技术、应用光学与图像处理技术、特种光学材料、超精对准、定位技术、电视技术、激光应用、超精刻划与测角技术、自适应光学、精密机械工艺技术、情报资料等研究室。 中国科学院光电技术研究所的前身是国防科委第十研究院于1969年筹建的三线科研单位。1970年6月开始在成都大邑县雾山乡动工兴建，初名中国人民解放军1019所。1973年4月，中国人民解放军1018所（现长春光机所）分迁部分人员至1019所。1973年7月，1019所正式投入科研试制工作。1975年12月划归为中国科学院管理，更名为中国科学院光电技术研究所。1981年开始研究生招生培养工作。主办中文期刊《光电工程》。
中国科学院上海有机化学研究所
中华人民共和国成立后，中国科学院开始接收并改组中央研究院化学研究所。1950年5月，由原中央研究院化学研究所和原北平研究院化学所与药物所合并成立中国科学院有机化学研究所，是中国科学院最初的15个研究所之一。1952年，中国科学院生理生化研究所的有机化学组调入。1953年，药物研究室调出，组建中国科学院药物研究所（现为中国科学院上海药物研究所）。1956年，王葆仁领导的高分子化学组和钱人元领导的高分子物理组调出参建中国科学院化学研究所，成为那里的主要部分。
中国科学院院士
1955年随“中国科学院学部”的成立，中国科学院产生第一批学部委员；自1994年开始，增选外籍院士。1993年随着中国工程院的成立，部分院士既为“中国科学院院士”也为“中国工程院院士”。根据国家现行规定，中科院院士享受的工作待遇（包括医疗保健、差旅等）相当于副部级。
中国科学院大学经济与管理学院
中国科学院大学经济与管理学院是2001年中国科学院研究生院更名后首个成立的学院，其前身是成立于1986年的中国科技大学研究生院管理学部，原名中国科学院大学管理学院，2015年7月更名为现名。下设学术委员会、MBA 教育管理中心、《管理评论》编辑部、中国管理现代化研究会等。位于北京中关村东路80号。 截至2006年10月，管理学院的教师正在主持国家基金重大项目2项、国家基金重点项目10项、国家软科学研究重点项目4项、部级重点研究项目12项、国家杰出青年基金项目5项、国家基金面上项目多项以及国际合作项目8项。共获国际重要奖项7项、国家科技进步奖15项和省部级科技进步（自然科学）奖一等奖若干项等。
中国科学院化学研究所
中国科学院化学研究所（以下简称“化学所”）是中国科学院早期成立的研究所之一，成立于1956年，所址地处北京市海淀区中关村。化学所的研究领域涵盖大部分化学二级学科，是一个综合性多学科的大型研究所，现有在职职工605人，流动人员（主要为博士或硕士研究生）1000余人，其中有中国科学院院士九人。 化学所的SCI收录论文篇数和被引用篇数连续8年位居中国大陆科研机构第一名。
中国农业科学院
中国农业科学院成立于1957年3月1日，是隶属于中华人民共和国农业农村部的一个国家级农业科研机构，位于北京市海淀区中关村南大街12号。中国农业科学院共有中国科学院院士3名，中国工程院院士9名。中国农业科学院共有下属科研机构33个，承建国家重点实验室5个。
中国地质科学院
中国地质科学院目前共下属8个单位，分别为院部、地质研究所、矿产资源研究所、地质力学研究所、水文地质环境地质研究所（河北省石家庄市）、地球物理地球化学勘查研究所（河北省廊坊市）、岩溶地质研究所（广西壮族自治区桂林市）、国家地质实验测试中心。另外，中国地质科学院先后建立了2个国际研究中心、3个国家级平台。除此之外，中国地质科学院还设有研究生院，具有2个博士学位授权一级学科点和2个博士后科研流动站，其中包括8个博士学位授权专业和11个硕士学位授权专业，是目前中华人民共和国自然资源部唯一具有博士、硕士学位授予权和博士后科研流动站的科研机构。
中国科学院海洋研究所
中国科学院海洋研究所，简称中科院海洋所。是位于中华人民共和国山东省青岛市的一所科研机构，始建于1950年，主要从事海洋科学相关研究工作。与国内外多所科研院所保持合作关系，经常进行海洋考察作业，拥有众多科研项目和科研成就。在青岛、天津等地均建设有项目基地。目前其总部位于青岛市市南区南海路7号。
中国科学院空天信息创新研究院
电子所有微波成像技术国家级重点实验室、传感技术国家重点实验室(北方基地)等11个研究实体(室)。电子所是中国首批博士、硕士学位授予点。
中国科学院生物物理研究所
实验室成立于2011年，通过整合生命科学仪器与技术创新、生物技术与应用等各分支学科，2014年实验室被认定为北京市工程技术研究中心并正式开放运行。主要研究方向为生命科学仪器与实验方法技术的创新，以及生物技术与应用。 中国科学院蛋白质科学研究平台依托生物物理所，向所内外科研人员提供技术服务，属于社会公共技术支撑机构。平台现已建立4个专业技术实验室。平台在用价值2.5亿元科研装备340台件。各重点实验室以及科学研究平台均对外开放，以技术开发、技术服务、技术转让和检测服务等形式提供给各类科研人员。
中国科学院软件研究所
软件所本部现址为中国北京市海淀区中关村南四街4号，同时设有无锡分部、重庆分部、哈尔滨分部、广州分部（广州中国科学院软件应用技术研究所）、青岛分部和贵阳分部。软件所设总体部、软件基础研究部、软件高技术研究部、软件应用研究部和软件发展研究部5个研究部。
中国社会科学院
1981年以后，社科院又成立了数量与技术经济研究所等6个科研院所，研究所总数扩张到31个，研究中心则有45个。
北京系统工程研究所
北京系统工程研究所于1986年成立。是以发展国防战略研究、计算机软件技术研究、信息安全技术研究、国防科研项目管理为主的综合性科研机构。钱学森、朱光亚都曾关心该所建设。截至2014年，该所有中国科学院院士2人，中国工程院院士2人，研究员23人，副研究员52人。该所原先隶属国防科工委。后转隶中国人民解放军总装备部。2016年深化国防和军队改革中，撤销中国人民解放军总装备部。
中国科学院电工研究所
中国科学院电工研究所是中华人民共和国电气科学研究机构，是中国科学院的直属研究单位.
中国科学院山西分院
中国科学院山西分院是一所已撤销的科研机构。中国科学院山西分院成立于1959年4月28日，下设原子能、生物、化学、物理、数学、电子、自动化、地球物理等八个研究所。1959年时，全院有2,255人。分院受中国科学院和山西省人民委员会双重领导，王大任担任院长。1962年11月，中国科学院山西分院撤销。
中国科学院紫金山天文台
1949年中国科学院成立后，次年4月6日在南京接管了包括国立中央研究院天文研究所在内的5个研究所。1950年，根据中科院研究机构的改组方案中央研究院天文研究所更名为中国科学院紫金山天文台。1950年5月20日张钰哲被政务院委任为中科院紫金山天文台台长。1938年至1946年紫金山天文台因抗日战争随国立中央研究院天文研究所西迁至昆明东郊的凤凰山，抗战结束后天文研究所迁回南京时在凤凰山留下一个工作站成为了云南天文台的前身。
中国科学院工程热物理研究所
1960年，动力研究室挂靠到中国科学院力学研究所，成为力学研究所的第一研究室，设有气动组、传热组、燃烧组等3个研究小组。吴仲华任力学研究所研究员、副所长，同时兼任第一研究室主任。1963年，由中国科学院建议，国家科学技术委员会批准在上海市建立中国科学院工程热物理研究所。因故未能实现，但并未撤销研究所建制。1964年，第一研究室分成第一、第三和第五研究室。1972年，中国科学院力学研究所下放至北京市，改为北京力学所，原动力室合并为第一室，分6个组。
中国科学院新技术局
中国科学院新技术局是1960年代中国科学院设立的科研管理机构。 1958年9月13日，院党组碰头会决定成立中国科学院党组新技术办公室，做为抓尖端研究的办事机构。主要任务是：“帮助党组梳辫子，与各方面挂钩，掌握数字，具体工作仍由各职能局负责”。由计划局副局长谷羽兼办公室主任。
中国科学院计算技术研究所
计算所曾陆续分离出中国科学院微电子研究所、计算中心、软件研究所和计算机网络信息中心等多个研究机构，以及联想、曙光、龙芯、寒武紀等高技术企业。
中国科学院学部
中国科学院学部成立于1955年6月1日，是中国大陆科学技术方面的最高咨询机构、中国科学院的学术领导机构。负责对国家科学技术发展规划、计划和重大科学技术决策提供咨询，对国家经济建设和社会发展中的重大科学技术问题提出研究报告，对学科发展战略和中长期目标提出建议，对重要研究领域和研究机构的学术问题进行评议和指导。现设数学物理学部、化学部、生命科学和医学学部、地学部、信息技术科学部和技术科学部六个学部。全体院士大会是最高权力机构，其常设领导机构是学部主席团，由中国科学院院长担任学部主席团执行主席。
中国科学院神经科学研究所
神经科学研究所现有中国科学院院士3人，正高级科技人员43人，副高级科技人员39人。
中国科学院亚热带农业生态研究所
在粉碎“四人帮”之后，中国面临着百废待兴的局面。1978年召开的全国科学大会，将建立农业现代化综合科学实验基地列为国家的重点项目之一。同年，中国科学院与湖南省、河北省和黑龙江省合作，分别在桃源县、栾城县和海伦县筹建三个农业现代化研究所。
中国科学院植物生理生态研究所
植物生理生态研究所现有中国科学院院士9人、美国科学院院士1人，正高级科技人员98人，副高级科技人员79人。
中国科学院生物物理研究所
脑与认知科学国家重点实验室2005年经科技部批准建设，2007年通过验收并正式开放运行。实验室占地面积9000多平方米，装备了3T (Prisma) 和7T全身磁共振成像系统、脑磁图 (CTF Omega) 和脑电系统、各种光成像系统、分子生物学和电生理的装备，及把这些系统结合起来的软硬件环境。实验室主要研究方向有： 中国科学院感染与免疫重点实验室成立于2010年5月，是中国科学院重点实验室之一，为重大传染性疾病防控科技的建设与国家普惠健康体系的发展提供技术支撑。实验室主要研究方向有：
中国科学院信息工程研究所
2011年以来，中国科学院信息工程研究所由中国科学院软件研究所、中国科学院计算技术研究所、中国科学院声学研究所等单位重组而来。
中国科学院科技创新发展中心
中心系统单位拥有2个国家实验室（含筹建）和40个国家重点实验室，6个国家工程实验室，4个国家工程研究中心和6个国家工程技术研究中心，72个中国科学院重点实验室，在基础研究、生命科学与生物技术、高技术研究与发展等方面均具有明显的综合研究优势和较强的高技术产业化能力。 根据2021年第6次院党组会议决议，不再使用北京分院名称。根据直属机关党委《关于撤销中国共产党中国科学院京区事业单位委员会等组织的通知》（直党委字〔2021〕2号），中心不再与中国科学院京区党委采用一个机构、两块牌子的形式合署办公。
中国科学技术大学
中国科大在校学生有15,500多人，其中博士生有1900多人，硕士生有6200多人，本科生有7400多人。中国科大共有38个本科专业、近100个博士学位点、8个国家重点一级学科、11个211工程国家重点学科建设项目以及4个国家人才培养基地。中国科大目前在合肥市有五个主要校区，以及位于市区以西的先进技术研究院，此外在苏州、上海、深圳等地分别建有研究院。
中国科学院科技创新发展中心
中心负责联系和管理北京、天津、山西地区的44个研究机构，1个教育机构，2个公共支撑单位，1个新闻单位。
中国科学院信息工程研究所
截至2014年，该所共设置6个研究室，员工500余人。
中国科学院上海药物研究所
研究所设有新药研究国家重点实验室、国家新药筛选中心、中药标准化技术国家工程实验室、中国科学院受体结构与功能重点实验室等研究机构。
中国科学院上海硅酸盐研究所
研究所设有高性能陶瓷和超微结构国家重点实验室、中国科学院特种无机涂层重点实验室、中国科学院透明光功能无机材料重点实验室、中国科学院无机功能材料与器件重点实验室和中国科学院能量转换材料重点实验室等研究机构。研究所主办的学术期刊主要有《无机材料学报》和《npj-计算材料学》。
中国科学院大学
中国科学院大学（，缩写：），简称国科大，是中国科学院所属的一所以研究生教育为主的公立普通高等学校，前身中国科学技术大学研究生院成立于1978年，是中国大陆第一所研究生院，培养了中国大陆第一个理学博士、第一个工学博士、第一个女博士、第一个双学位博士。入选国家“珠峰计划”及首批“双一流”世界一流学科建设高校。2017年加入环太平洋大学联盟。
中国科学院生物化学与细胞生物学研究所
主要科研机构有分子生物学国家重点实验室、细胞生物学国家重点实验室、中科院生物学重点实验室、国家蛋白质科学中心等。
中国科学院上海微系统与信息技术研究所
上海微系统与信息技术研究所现有中国科学院院士2人、美国国家科学院院士1人，正高级科技人员105人。
中国科学院空天信息创新研究院
中国科学院空天信息创新研究院（英文：Aerospace Information Research Institute, Chinese Academy of Sciences，简称“中科院空天院”，AIR）是中国科学院下属的空天信息科学研究机构，前身是中国科学院电子学研究所、遥感与数字地球研究所、光电研究院。现任院长为吴一戎院士。
中国科学院地理研究所
1953年正式改建为中国科学院地理研究所。1958年，研究所主体迁往北京，成立中国科学院地理科学与资源研究所；大地测量组迁往武汉，建立中国科学院武汉测量制图研究所；部分研究人员留在南京，建立中国科学院南京地理研究所。
中国科学院生物物理研究所
1970年，生物物理研究所回归中国科学院。1972年，对研究组织架构进行了调整，设立了放射生物学研究室、分子生物学研究室、仿生学研究室、生物物理工程技术研究室和生物实验技术研究室（即原北京生物实验中心并入研究所部分）。1973年，设立细胞起源及细胞生物学研究室。1976年，设立肿瘤细胞研究室。1978年4月，放射生物学研究室改称辐射生物物理研究室。同年7月，仿生学研究室改为视觉信息加工实验室，对地震中动物感知行为的研究另建一个研究室，称动物的感觉与行为研究室。1980年，成立酶的结构与功能研究室，并将几个研究组合并设立生物物理理论研究室。1985年，国务院批准研究所首批建立博士后流动站，设有生物学学科。1986年6月，北京现代生物学研究中心生物物理学与分子生物学工程（即生物物理研究所新址建设工程）开工。1989年5月，经国家科委批准，生物大分子国家重点实验室成立。同年六月，经中国科学院批准，中国科学院视觉信息加工开放研究实验室成立。1991年8月10日，生物物理研究所开始搬迁北京北郊新址。1992年12月29日，除两个开放实验室外，将原有的11个研究室整合成分子生物学研究室、蛋白质工程研究室、神经生物学研究室、细胞生物物理研究室，一个分析测试技术中心和一个高技术开发研究部。1994年，生物物理研究所被国家科委列为中科院五个基础研究所改革试点单位之一，生物大分子国家重点实验室被国家科委选定为中国五个试点实验室之一。1995年12月，高技术开发研究部和分析测试中心合并建立生物物理技术研究室。1996年9月26日，生物物理研究所局域网建成启用。
中国科学院研究机构列表
以下为中国科学院直属研究机构列表。
中国科学院工程热物理研究所
中国科学院工程热物理研究所的前身是1956年成立的中国科学院动力研究室；1961年初，该室并入中国科学院力学研究所；1964年，国家批准在上海成立中国科学院工程热物理研究所，因故未能组建；1980年5月，国家发文批准恢复中国科学院工程热物理研究所建制。 1956年3月5日，高等教育部和中国科学院联合通知南京大学等10所高等学校，决定合作筹建8个科学研究机构。其中，清华大学和中国科学院合作筹建中国科学院动力研究室，由清华大学教授吴仲华主持研究工作。办公地点暂设在清华园。1957年，动力研究室下设8个研究小组，分别为：内燃机组、煤的动力工艺综合利用组、传热及太阳能利用组、燃烧组、原子能动力组、动力经济、天然气利用及其它组、高速飞行（鱼雷动力、叶轮机械）组。
中国科学技术大学
由于中国科大是中国科学院创办并主管的大学，学校采取的是“全院办校，所系结合”的办学方针，在建校初期，学校的各个系就是依托中国科学院的多个研究所而建成的；在进入二十一世纪后，学校进一步通过与近百所科学院下属的国家级研究所签署合作协议，在共建学科专业、联合建立实验室、联合培养研究生、互聘高级学者、教学与科研资源相互开放等展开全方面合作，大大提升了学校的科研力量和研究水平。
中国运载火箭技术研究院
截至2016年，中国运载火箭技术研究院有13个中央在编事业单位（含该院本级），3个预算内企业单位，6个院属非法人实体单位，3个院级全资公司，4个院级控股公司，2家上市公司；该院本部设有16个部门。截至2016年有从业人员约3.16万人，31位中国科学院院士、中国工程院院士曾在一院工作过，2016年现有院士7位。
中国科学院心理研究所
中国科学院心理研究所，成立于1951年，位于北京市朝阳区，为中国科学院下属研究机构，其前身为创建于1929年的中央研究院心理研究所。
中国科学院
中国科学院院士从全国最优秀的科学家中选出，每两年增选一次。目前有院士702人，外籍院士53人。全体院士大会是最高权力机构，其常设领导机构是学部主席团，由中国科学院院长担任学部主席团执行主席。
中国科学院神经科学研究所
中科院神经所是中国神经科学领域研究的重要平台和中心之一。研究所今年科研成果较为丰硕，近5年累计有近200篇论文发表于《细胞》、、等顶级学术刊物上。
中国科学院理论物理研究所
中国科学院理论物理研究所是中国科学院下属研究机构之一，成立于1978年6月，是中国理论物理研究的重要机构之一，位于北京市海淀区中关村东路55。理论物理研究所现有科研人员32人，有中国科学院院士7人。
信息安全国家重点实验室
实验室2012年之前依托於中国科学院软件研究所（下简称“软件所”）和中国科学院研究生院（现为中国科学院大学，下简称“国科大”）两个单位，其中依托於国科大的部分称为中国科学院数据与通信保护研究教育中心，简称DCS中心，是信息安全国家重点实验室的创建者。依托於软件所的机构地址曾为中国北京市海淀区中关村南四街4号，依托於国科大的机构地址曾为中国北京市石景山区玉泉路19号甲。实验室的依托单位在2012年更改为信工所。
中国科学院大学
中关村校区与中国科学院基础科学园区毗邻，附近主要聚集了众多基础科学与信息科学领域研究所。另外中国科学院大学青年公寓也位于中关村校区，青年公寓是高年级研究生最主要的居住地。 邻近的研究所有物理研究所，理论物理研究所，近代物理研究所，化学研究所，计算技术研究所，数学与系统科学研究院，力学研究所，电子学研究所，声学研究所，理化技术研究所，国家纳米中心，自动化研究所，过程工程研究所，工程热物理研究所，电工研究所，计算机网络信息中心等。
中国科学院软件研究所
中国科学院软件研究所（，縮寫为ISCAS；以下简称“软件所”）是中国科学院设立的研究所之一，成立于1985年3月1日，是一个以计算机科学理论和应用研究为基础、以计算机软件研究开发和高新技术的产业建设为主导的综合性基地型研究所。
中国科学院微生物研究所
1998年6月，中国科学院知识创新工程启动。2001年8月15日，微生物所整体进入中科院创新试点序列。微生物所确立了微生物资源、分子微生物学、微生物生物技术三个主要研究领域，并将科研机构相应调整为微生物资源研究中心、分子微生物学研究中心和微生物生物技术研究中心。2004年，微生物所将研究领域进一步调整为微生物资源、工业微生物和病原微生物三大领域，并重组成立了分属三大领域的九个研究中心，分别是：微生物资源中心、微生物基因组学联合研究中心、极端微生物研究中心、能源与工业生物技术中心、微生物代谢工程研究中心、环境生物技术中心、农业生物技术中心、分子病毒中心和分子免疫中心。
中国科学院软件研究所
中国科学院软件研究所成立于1985年3月，前身是中国科学院计算技术研究所的软件研究室；1995年原中国科学院计算中心计算机应用部分并入软件所；2003年1月，软件园区综合管理服务中心整建制划归软件所管理；2012年7月，信息安全国家重点实验室划归中国科学院信息工程研究所。
中国科学院数学与系统科学研究院
中国科学院数学与系统科学研究院（以下简称“数学院”），成立於1998年12月，所址地处北京市海淀区中关村，最早可以追溯到其前身——中国科学院数学研究所。数学研究所成立於1952年，是中国科学院早期成立的研究所之一。
中国科学院上海微系统与信息技术研究所
中国科学院上海微系统与信息技术研究所（），简称上海微系统所，是中华人民共和国一家主要关注半导体材料和器件、集成电路、超导等领域的专业研究机构，是中国科学院直属正局级单位，其前身为1928年正式创立于上海的国立中央研究院工程研究所。中国科学院“率先行动”计划将上海微系统与信息技术研究所定位为卓越创新中心。