คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
ภาควิชารัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
ต่อมาเมื่อมีการสถาปนามหาวิทยาลัยนเรศวรขึ้นในปี พ.ศ. 2533 คณะสังคมศาสตร์เดิมก็ได้ถูกรวมเข้ากับคณะมนุษยศาสตร์เดิม เป็นคณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ และในปี พ.ศ. 2546 คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์ก็ได้แยกออกเป็น 4 คณะ ได้แก่ คณะมนุษยศาสตร์ คณะสังคมศาสตร์ คณะนิติศาสตร์ และคณะวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ โดยสาขาวิชารัฐศาสตร์ เป็นส่วนหนึ่งของคณะสังคมศาสตร์ และมีหัวหน้าสาขาวิชาคนแรก คือ รองศาสตราจารย์วรรณา เจียมศรีพงษ์ และต่อมาจึงได้มีการเปลี่ยนชื่อเป็นสาขาวิชารัฐศาสตร์และรัฐประศาสนศาสตร์ รับผิดชอบในการผลิตบัณฑิตในหลักสูตรรัฐศาสตรบัณฑิต และ หลักสูตรรัฐศาสตรมหาบัณฑิต