คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
ศูนย์วิจัยและติดตามความเป็นธรรมทางสุขภาพ คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
เมื่อปี พ.ศ. 2526 ที่เมืองอัลมาตี (ประเทศคาซัคสถานในปัจจุบัน) องค์การอนามัยโลกได้ให้คำประกาศสุขภาพดีถ้วนหน้า โดยเน้นความสำคัญเรื่องความเป็นธรรม (Equity) ของการเข้าถึงบริการสาธารณสุขและความเป็นธรรมของสถานะสุขภาพของประชาชนทุกคน โดยไม่แยกฐานะทางสังคม แต่เนื่องจากความยากของการประเมินความเป็นธรรมอย่างเป็นระบบ ทำให้คำประกาศนี้ยังไม่ได้รับการตอบสนองที่ดีนัก มหาวิทยาลัยนเรศวรจึงให้ความสำคัญกับปัญหาทางด้านสุขภาพของประชาชน ซึ่งควรได้รับการดูแลเอาใจใส่จากหน่วยงานที่เกี่ยวข้องอย่างจริงจัง สภามหาวิทยาลัยนเรศวรจึงได้มีมติอนุมัติให้จัดตั้งศูนย์วิจัยและติดตามความเป็นธรรมทางสุขภาพ (ศธส.) ในปี พ.ศ. 2541 โดยให้เป็นหน่วยงานอิสระในคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร