คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช
จากนั้นในวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ทางวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล ร่วมกับ วิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ ซึ่งเป็นโรงเรียนพยาบาลในสังกัด สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ได้ร่วมกันก่อตั้งมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ขึ้นมา ในนาม มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร ทำให้วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาลมีสถานะเป็นคณะแพทยศาสตร์ในมหาวิทยาลัย โดยใช้ชื่อคณะเป็น "คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร" ได้มีการประกาศอย่างเป็นทางการลงราชกิจจานุเบกษา และมีผลบังคับใช้ใน วันเสาร์ที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ในเดือนพฤศจิกายนได้ขอพระราชทานนามมหาวิทยาลัย ต่อมาเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2554 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อมหาวิทยาลัยว่า “มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช” โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 21 มิถุนายน 2556