คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์
เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2548 ได้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยขึ้นที่จังหวัดนราธิวาส นั่นก็คือ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ โดยเป็นมหาวิทยาลัยที่จัดการศึกษาด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยี วิทยาศาสตร์สุขภาพและสังคมศาสตร์ที่ได้มาตรฐานสากล
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ ก็เป็นคณะหนึ่งที่จัดตั้งตามความปรัชญาของมหาวิทยาลัยคือ การผลิตบัณฑิตด้านสาขาวิทยาศาสตร์สุขภาพจากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนราธิวาสราชนครินทร์ได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ ประกอบกับการที่ประเทศไทยมีปัญหาด้านสุขภาพของประชาชนที่สำคัญคือ การขาดแคลนแพทย์ ทั้งจำนวนและการกระจาย โดยเฉพาะในส่วนภูมิภาค สิ้นปีพุทธศักราช 2545 ประเทศไทยมีจำนวนประชากร 62,779,872 คน แต่มีแพทย์ที่ทำงานจริงจำนวน 22,879 คน คิดเป็นสัดส่วนแพทย์ต่อประชากร 1:2,745 คน และแพทย์ส่วนใหญ่ยังกระจุกตัวอยู่ในกรุงเทพมหานคร และเมืองใหญ่ๆ เท่านั้น ดังนั้นพื้นที่ที่มีแพทย์ต่อประชากรน้อยคือส่วนภูมิภาคและพื้นที่ภาคใต้ของประเทศไทย โดยเฉพาะใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ คือ จังหวัดยะลา จังหวัดปัตตานี และจังหวัดนราธิวาส เป็นพื้นที่มีสัดส่วนแพทย์ต่อประชากรน้อยที่สุด