คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์
ตามที่กระทรวงสาธารณสุข ได้ลงนามความร่วมมือกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ในการร่วมผลิตแพทย์เพื่อแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์ของประเทศไทย เมื่อวันที่ 28 มิถุนายน พ.ศ. 2548 และกำหนดให้โรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ เป็นสถาบันร่วมผลิตแพทย์ทำหน้าที่จัดการเรียนการสอนนิสิตแพทย์ในชั้นคลินิกเครือข่ายความร่วมมือกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ในโครงการเร่งรัดผลิตแพทย์ของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา(สกอ.) โดยจะรับนิสิตแพทย์เข้าเรียนในชั้นคลินิก (ชั้นปี 4 - 6) ชั้นปีละ 30 คน เฉพาะปีการศึกษา 2550 - 2551 สำหรับปีการศึกษา 2552 จะผลิตแพทย์โดยรับนักศึกษาแพทย์จากวิทยาลัยแพทยศาสตร์และการสาธารณสุข มหาวิทยาลัยอุบลราชธานี ในโครงการผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท โดยยังอาศัยหลักสูตรของคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวรในการเรียนการสอน และตั้งแต่ปีการศึกษา 2553 เป็นต้นไปจะผลิตแพทย์ในโครงการผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทร่วมกับคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยเชียงใหม่