สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"