สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
สงครามโบชิน
จักรพรรดิโคเมทรงเห็นด้วยกับอารมณ์ดังกล่าว และทรงเริ่มแสดงบทบาทในกิจการของรัฐ อันเป็นการทำลายธรรมเนียมของจักรพรรดิหลายศตวรรษ เมื่อสบโอกาส พระองค์ทรงวิพากษ์วิจารณ์สนธิสัญญาต่าง ๆ อย่างรุนแรง และทรงพยายามก้าวก่ายการสืบทอดตำแหน่งโชกุน ความพยายามของพระองค์สิ้นสุดด้วย "พระราชโองการขับอนารยชน" ในเดือนมีนาคม ค.ศ. 1863 แม้รัฐบาลโชกุนไม่มีความตั้งใจบังคับใช้ กระนั้นพระราชโองการก็จุดประกายการโจมตีรัฐบาลโชกุนเองและชาวต่างชาติในญี่ปุ่นขึ้นมา กรณีที่โด่งดังที่สุด คือ การเสียชีวิตของพ่อค้าอังกฤษชื่อ ชาร์ล เลนน็อกซ์ ริชาร์ดสัน (Charles Lennox Richardson) การเสียชีวิตของเขาทำให้รัฐบาลเอโดะต้องจ่ายค่าสินไหมทดแทน 100,000 ปอนด์สเตอร์ลิง การโจมตีอื่นมีการระดมยิงการเดินเรือของต่างชาติในชิโมะโนะเซะกิ