สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
สงครามโบชิน
ให้หลังชนะ รัฐบาลใหม่ดำเนินรวมประเทศภายใต้การปกครองทรงอำนาจโดยชอบเดียวโดยราชสำนักจักรพรรดิ ที่พำนักของจักรพรรดิย้ายจากเกียวโตไปโตเกียวในปลาย ค.ศ. 1868 อำนาจทางทหารและการเมืองของแว่นแคว้นต่าง ๆ ทยอยถูกริดรอนไป และไม่ช้าแคว้นต่าง ๆ ก็กลายสภาพเป็นจังหวัด ซึ่งจักรพรรดิทรงตั้งผู้ว่าราชการ การปฏิรูปสำคัญ คือ การเวนคืนและเลิกชนชั้นซามูไร ทำให้ซามูไรจำนวนมากเปลี่ยนเข้าตำแหน่งบริหารราชการแผ่นดินหรือผู้ประกอบการ แต่บีบให้อีกจำนวนมากยากจน แคว้นทางใต้ซัตสึมะ โชชูและโทะซะซึ่งมีบทบาทชี้ขาดในชัย ยึดตำแหน่งสำคัญในรัฐบาลอีกหลายทศวรรษให้หลังความขัดแย้งนี้ บ้างเรียกสถานการณ์นี้ว่า "คณาธิปไตยเมจิ" และกลายเป็นทางการด้วยสถาบันเก็นโร ใน ค.ศ. 1869 มีการสร้างศาลเจ้ายะซุกุนิในกรุงโตเกียวเพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้เสียชีวิตในสงครามโบชิน