คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
ภายหลังจากมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลกยกฐานะขึ้นเป็น ""มหาวิทยาลัยนเรศวร"" เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 แล้ว การจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ได้ดำเนินการอีกครั้งในปี พ.ศ. 2536 ซึ่งรัฐบาลในขณะนั้นมีนโยบายแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์ในส่วนภูมิภาค โดยจัดให้มีการผลิตแพทย์เพิ่มและกระจายแพทย์ลงสู่ส่วนภูมิภาคให้มากขึ้น รัฐบาลจึงศึกษาความเป็นไปได้ถึงความเหมาะสมของการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ขึ้นใหม่ในมหาวิทยาลัยภูมิภาค
คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยพะเยา
ต่อมา เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 ในคราวประชุมครั้งที่ 13 (4/2550) สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อ "มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา" เป็น "มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา" และได้มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 และประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 จึงถือได้ว่ามหาวิทยาลัยพะเยาได้แยกออกจากมหาวิทยาลัยนเรศวร และเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศอย่างเต็มรูปแบบ ดังนั้นสำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์จึงได้เป็นองค์กรที่เทียบเท่าคณะและได้เปลี่ยนเป็นคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ ตามประกาศมหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานวิชาการของมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553 เป็นต้นมา