คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา
คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยพพะเยา จัดตั้งขึ้นเป็นสาขาวิชานิติศาสตร์ สังกัดสำนักวิชาศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ตามโครงการพัฒนาโครงสร้างทางการบริหารและการเปิดสอนหลักสูตรต่างๆ เพื่อสอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาลกับความต้องการ ด้านการศึกษาของเยาวชน ของมหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ในปีงบประมาณ 2546 ต่อมาในปีงบประมาณ 2551 สาขาวิชานิติศาสตร์ ได้แยกตัวจากสำนักวิชาศิลปศาสตร์ จัดตั้งเป็นสำนักวิชานิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา และต่อมาในวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยาได้รับการยกฐานะเป็น มหาวิทยาลัยพะเยา สำนักวิชานิติศาสตร์ จึงได้เปลี่ยนเป็นคณะนิติศาสตร์มหาวิทยาลัยพะเยา