คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
วิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร
มหาวิทยาลัยนเรศวร โดยการริเริ่มของ ศ.ดร.สุจินต์ จินายน อธิการบดี จึงได้เสนอสภามหาวิทยาลัยให้มีการจัดตั้งวิทยาลัยการจัดการระบบสุขภาพขึ้นเพื่อพัฒนาทรัพยากรมนุษย์และสร้างองค์ความรู้ ซึ่งจำเป็นต้องใช้ศาสตร์ในหลากหลายสาขาวิชาร่วมกันในลักษณะของการบูรณาการ รวมถึงเป็นกลไกทางวิชาการในการสนับสนุนการแลกเปลี่ยนเรียนรู้ด้านภาวะผู้นำ การจัดการและการอภิบาลระบบสุขภาพแนวใหม่ โดยใช้แนวคิด “พื้นที่เป็นฐาน ประชาชนเป็นศูนย์กลาง”  เพื่อการพัฒนาระบบสุขภาพของประเทศไทยให้มีความเข้มแข็ง ตอบสนองต่อปัญหาสุขภาพของประชาชนที่มีความซับซ้อนและเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วได้อย่างมีประสิทธิภาพ เป็นแบบอย่างให้กับนานาประเทศต่อไป