ยาปฏิชีวนะ
ยาปฏิชีวนะเป็นยาที่ถูกใช้ในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรีย และในบางครั้งถูกใช้เป็นยาต้านโพรโทซัว (เมโทรนิดาโซล สำหรับรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อโพรโตซัวบางสายพันธุ์ และในบางครั้งก็อาจถูกนำมาใช้เป็นยาต้านปรสิตได้เช่นกัน เมื่อพบว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรียหรือมีอาการที่อาจบ่งบอกได้ว่าเป็นการติดเชื้อแบคทีเรีย แต่ยังไม่สามารถจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อก่อโรคได้ จะมีการให้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่เรียกว่า การให้ยาปฏิชีวนะแบบครอบคลุมเชื้ออย่างกว้าง (empiric therapy) เพื่อให้ครอบคลุมเชื้อที่อาจเป็นสาเหตุทั้งหมด อย่างไรก็ตาม การให้ยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์กว้าง (broad-spectrum antibiotic) จะขึ้นอยู่อาการและอาการแสดงของผู้ป่วยและผลการจรวจทางห้องปฏิบัติการในแต่ละวัน ซึ่งอาจต้องใช้เวลาหลายวันในการระบุเชื้อสาเหตุที่แน่ชัดได้
แบคทีเรียดื้อยา
การดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรียนั้นสามารถเกิดขึ้นได้เองทั่วไปในธรรมชาติ โดยมีการค้นพบยีนที่มีมาแต่โบราณซึ่งเป็นยีนทำให้แบคทีเรียเหล่านั้นดื้อต่อยาปฏิชีวนะ โดยยาปฏิชีวนะนั้นอาจเป็นยาที่ถูกผลิตขึ้นมาโดยแบคทีเรียนั้น ๆ ซึ่งยีนที่ทำให้เกิดการดื้อยาดังกล่าวเป็นที่รู้จักกันดีว่าเป็นรีซิสโตม (resistome) ที่พบการเกิดขึ้นได้เองในธรรมชาติ โดยยีนเหล่านั้นอาจถูกถ่ายทอดจากแบคทีเรียที่ไม่ก่อโรคไปยังแบคทีเรียอื่นที่ก่อโรคและทำให้แบคทีเรียที่ได้รับยีนนี้เข้าไปสามารถทนต่อยาปฏิชีวนะได้เช่นกัน