คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยพะเยา
คณะนิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยพพะเยา จัดตั้งขึ้นเป็นสาขาวิชานิติศาสตร์ สังกัดสำนักวิชาศิลปศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ตามโครงการพัฒนาโครงสร้างทางการบริหารและการเปิดสอนหลักสูตรต่างๆ เพื่อสอดคล้องกับนโยบายของรัฐบาลกับความต้องการ ด้านการศึกษาของเยาวชน ของมหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ในปีงบประมาณ 2546 ต่อมาในปีงบประมาณ 2551 สาขาวิชานิติศาสตร์ ได้แยกตัวจากสำนักวิชาศิลปศาสตร์ จัดตั้งเป็นสำนักวิชานิติศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา และต่อมาในวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยาได้รับการยกฐานะเป็น มหาวิทยาลัยพะเยา สำนักวิชานิติศาสตร์ จึงได้เปลี่ยนเป็นคณะนิติศาสตร์มหาวิทยาลัยพะเยา