กลุ่มนักศึกษาแพทยศาสตร์พระบรมราชชนก
ในช่วงปี พ.ศ. 2537 รัฐบาลในขณะนั้นมีนโยบายที่จะแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์ในส่วนภูมิภาค โดยให้มีการผลิตแพทย์เพิ่มและกระจาย
แพทย์ลงสู่ภูมิภาคให้มากขึ้น จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทขึ้น (The Collaborative Project to Increase Production of rural Doctor; CPIRD) คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุขร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย ดำเนินการโครงการ ผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท
จากแนวทางดังกล่าว ทำให้ศาสตราจารย์นายแพทย์อรรถสิทธิ์ เวชชาชีวะ หนึ่งในคณะกรรมการอำนวยการกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย; กสพท. (ชุดก่อตั้ง) ซึ่งงานส่วนหนึ่งคือ การประสานงานเรื่องโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท และในขณะนั้นท่านก็ดำรงตำแหน่งคณบดีคณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี จึงเป็นผู้ผลักดันแนวคิดในความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยมหิดล ในโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท นี้ด้วย
ปี พ.ศ. 2540 เนื่องด้วย มหาวิทยาลัยมหิดล มีโรงพยาบาลที่เป็นโรงเรียนแพทย์ในสังกัดอยู่ 2 แห่ง ได้แก่ คณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล และ คณะแพทยศาสตร์โรงพยาบาลรามาธิบดี ซึ่งในขณะนั้น โรงเรียนแพทย์ทั้งสองแห่งไม่สามารถรองรับนักศึกษาแพทย์โครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทได้ ในการประชุมสภามหาวิทยาลัยมหิดล ครั้งที่ 280 มีมติอนุมัติให้รับ โรงพยาบาลมหาราชนครราชสีมา สังกัดสถาบันพระบรมราชชนก สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข เป็นสถาบันสมทบของมหาวิทยาลัยมหิดล ซึ่งทางมหาวิทยาลัยรับผิดชอบดำเนินการคัดเลือกนักศึกษา และจัดการเรียนการสอนนักศึกษาโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท มหาวิทยาลัยมหิดล รุ่นแรกจำนวน 16 คน โดยในระดับปรีคลินิกชั้นปีที่ 1-3 มีคณะวิทยาศาสตร์เป็นผู้ดำเนินการ และฝ่ายการศึกษาเป็นผู้ประสานงาน ส่วนทางโรงพยาบาลมหาราชนครราชสีมารับผิดชอบจัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ในระดับคลินิก ชั้นปีที่ 4-6
ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 ให้โรงพยาบาลมหาราชนครราชสีมา โรงพยาบาลสวรรค์ประชารักษ์ โรงพยาบาลมหาราชนครศรีธรรมราช และโรงพยาบาลราชบุรี รับผิดชอบจัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ในระดับคลินิก ชั้นปีที่ 4-6 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบอนุมัติให้ขยายโครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบทเพิ่มอีก 2 ปี จากปีพ.ศ. 2538-2547 เป็น พ.ศ. 2538-2549
ภายหลัง กระทรวงสาธารณสุขได้จัดตั้ง สำนักงานบริหารโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท ในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข เพื่อรับผิดชอบโครงการแทนสถาบันพระบรมราชชนก และได้เปลี่ยนชื่อโครงการเป็น โครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท มหาวิทยาลัยมหิดล แต่ทางกลุ่มนักศึกษาแพทย์ฯ ได้ขออนุโลมใช้ชื่อเรียกกลุ่มนักศึกษาฯ ขณะที่ยังศึกษาในมหาวิทยาลัยมหิดลว่า แพทยศาสตร์พระบรมราชชนก (PI) ตามโครงการรุ่นก่อตั้งสมัยที่โรงพยาบาลมหาราชนครราชสีมา ยังสังกัดสถาบันพระบรมราชชนกอยู่ ซึ่งมีรหัสประจำตัวนักศึกษาคือ XX22XXX PIMD/B และใช้ในการเข้าร่วมเป็นสมาชิกเข็มลำดับที่ 13 ของสหพันธ์นิสิตนักศึกษาแพทย์แห่งประเทศไทย (สพท.) จากทั้งหมด 22 สถาบันแพทย์
วันที่ 15 มิถุนายน 2547 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบให้ดำเนินโครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท ระหว่างปี พ.ศ. 2547-2556 เป็นเวลา 8 ปี โดยมีเป้าหมายรับนักศึกษาแพทย์ตลอดโครงการ 3,807 คนและอนุมัติงบประมาณดำเนินการประเภทอุดหนุนทั่วไป 300,000 บาทต่อคนต่อปีรวมทั้งสิ้น 6,853 ล้านบาท
เมื่อวันที่ 15 กันยายน 2552 ที่มหาวิทยาลัยมหิดล จ.นครปฐม นพ.ปราชญ์ บุณยวงศ์วิโรจน์ ปลัดกระทรวงสาธารณสุข พร้อมด้วย ศ.คลินิก นพ.ปิยะสกล สกลสัตยาทร อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหิดล เป็นประธานพิธีลงนามบันทึกข้อตกลงความร่วมมือในการเพิ่มโรงพยาบาลพหลพลพยุหเสนา จังหวัดกาญจนบุรี และโรงพยาบาลหัวหิน จังหวัดประจวบคีรีขันธ์ ซึ่งเป็นโรงพยาบาลทั่วไปของกระทรวงสาธารณสุข ให้เป็นสถาบันสมทบจัดการเรียนการสอนนักศึกษาแพทย์ชั้นคลินิก ปีที่ 4-6 ในโครงการผลิตแพทย์เพื่อชาวชนบท ของกระทรวงสาธารณสุข อีก 2 แห่ง ซึ่งจะเริ่มตั้งแต่ปีการศึกษา 2554 เป็นต้นไป ปัจจุบันมีบัณฑิตแพทย์ สำเร็จการศึกษาแล้วทั้งสิ้น 7 รุ่น จำนวน 440 คน“ เป็นแพทย์ที่มีคุณสมบัติตามเกณฑ์มาตรฐานผู้ประกอบวิชาชีพเวชกรรมที่กำหนดล่าสุดโดยแพทยสภา และเน้นหนักให้เป็นผู้ที่มีความรู้ ความเข้าใจ มีประสบการณ์และมีเจตคติที่ดีต่อการปฏิบัติงานในชนบท พร้อมที่จะให้บริการสาธารณสุขเชิงรุกแก่ประชาชนทั้งชุมชน”
สถาบันชีววิทยาศาสตร์โมเลกุล มหาวิทยาลัยมหิดล
สถาบันชีววิทยาศาสตร์โมเลกุล มหาวิทยาลัยมหิดล เป็นจุดเริ่มต้นของการบ่มเพาะงานวิจัยในระดับแนวหน้าของมหาวิทยาลัยและของประเทศจำนวนมาก ไม่ว่าจะเป็นงานวิจัยทางด้านการแพทย์และวิทยาศาสตร์การแพทย์เกี่ยวกับโรคที่พบบ่อยในประเทศไทย เช่น ธาลัสซีเมีย และไข้เลือดออก ไปจนถึงด้านเทคโนโลยีชีวภาพเพื่อคนไทย อาทิ ความหลากหลายทางชีวภาพ ยางพารา มันสำปะหลัง กุ้ง และเทคโนโลยีในการควบคุมประชากรยุง เป็นต้น งานวิจัยและพัฒนาจำนวนหนึ่งมีมูลค่าสูงในเชิงพาณิชย์ โดยเฉพาะวัคซีน ยาขับเหล็ก และเทคโนโลยีชีวภาพกุ้ง นอกจากนี้ งานวิจัยที่เกี่ยวข้องกับอาหาร ยารักษาโรค การวินิจฉัยโรค และวัคซีนของสถาบันฯ ยังเป็นผลงานที่มีผลกระทบสูง สร้างรายได้ให้แก่สถาบันฯ และมหาวิทยาลัยมหิดล และยังสามารถตอบเป้าหมายการพัฒนาสากลที่เรียกว่า เป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน หรือ Sustainable Development Goals (SDG) ได้เป็นอย่างดี ไม่ว่าจะเป็นเรื่องการสร้างความมั่นคงทางอาหาร และการส่งเสริมความเป็นอยู่ที่ดีของประชาชน