ยาปฏิชีวนะ
ในบางครั้ง คำว่า ยาปฏิชีวนะ (ซึ่งหมายถึง "การต่อต้านชีวิต") ถูกนำมาใช้เพื่อสื่อความถึงสารใดๆที่นำมาใช้เพื่อต้านจุลินทรีย์ ซึ่งมีความหมายเดียวกันกับคำว่า ยาต้านจุลชีพ บางแหล่งมีการใช้คำว่า ยาปฏิชีวนะ และ ยาฆ่าเชื้อแบคทีเรีย ในความหมายที่แยกจากกันไป โดยคำว่า "ยา (สาร) ฆ่าเชื้อแบคทีเรีย" จะสื่อความถึง สบู่ และน้ำยาฆ่าเชื้อ ขณะที่คำว่า "ยาปฏิชีวนะ" จะหมายถึงยาที่ใช้ในทางการแพทย์เพื่อฆ่าเชื้อแบคทีเรีย
เมธีนามีน
ในปัจจุบัน เฮกซะเมทิลีนเตตรามีนในรูปแบบเกลือของกรดแมนดีลิค (ชื่อสามัญตามเภสัชตำรับอังกฤษ คือ เมธีนามีน แมนดีเลท) นั้นถูกนำมาใช้ในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในระบบทางเดินปัสสาวะ โดยสารดังกล่าวจะสลายตัวในกระเพาะปัสสาวะที่มีสภาวะเป็นกรด ได้ผลิตภัณฑ์เป็นฟอร์มาลดีไฮด์และแอมโมเนีย ซึ่งฟอร์มาลดีไฮด์ที่เกิดขึ้นนี้จะมีคุณสมบัติในการฆ่าแบคทีเรียก่อโรค ส่วนกรดแมนดีลิคที่ถูกเพิ่มเข้ามาในเภสัชตำรับนั้นมีจุดประสงค์เพื่อเสริมฤทธิ์ของฟอร์มาลดีไฮด์ อย่างไรก็ตาม เพื่อให้มั่นใจว่าค่าพีเอชของสารละลายในกระเพาะปัสสาวะนั้นเอื้อต่อการออกฤทธิ์ของเฮกซะเมทิลีนเตตรามีน จึงมักมีการบริหารวิตามินซีหรือแอมโมเนียมคลอไรด์ให้กับผู้ป่วยร่วมด้วย เพื่อเพิ่มความเป็นกรดของสารละลายในกระเพาะปัสสาวะ อย่างไรก็ตาม การใช้เฮกซะเมทิลีนเตตรามีนเพื่อเป็นยาปฏิชีวนะนี้มีปริมาณการใช้ลดลงในช่วงปลายคริสต์ทศวรรตที่ 1990 เนื่องจากอาการไม่พึงประสงค์ที่เกิดขึ้น โดยเฉพาะอย่างยิ่งการเกิดกระเพาะปัสสาวะอักเสบรุนแรงชนิด hemorrhagic cystitis จากการเหนี่ยวนำของสารเคมีในผู้ที่ได้รับยาเกินขนาด แต่ ณ ปัจจุบัน ยาดังกล่าวได้รับการรับรองใหม่อีกครั้งเพื่อใช้สำหรับข้อบ่งใช้ดังข้างต้น อันเป็นมาตรการตอบสนองต่อความชุกของการดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรียที่มากขึ้นในปัจจุบัน โดยยานี้มีความเหมาะสมอย่างยิ่งที่จะนำมาใช้ต่อเนื่องระยะยาวเพื่อป้องกันการเกิดการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ เนื่องจากแบคทีเรียไม่สามารถปรับตัวให้ดื้อต่อฟอร์มาลดีไฮด์ได้ อย่างไรก็ดี ยานี้ไม่สามารถใช้ในผู้ป่วยที่มีการทำงานของไตบกพร่องได้ เนื่องจากจะทำให้อาการชองโรคแย่ลงและเกิดอาการไม่พึงประสงค์จากยาได้มากขึ้น
นอกจากนี้แล้วยังมีการพัฒนาเฮกซะเมทิลีนเตตรามีนให้อยู่ในรูปแบบยาครีมและสเปรย์เพื่อใช้ในการรักษาภาวะที่เหงื่อออกมากและกลิ่นตัวแรงเกินไป