สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
สงครามโบชิน
ครั้นราชาภิเษก จักรพรรดิเมจิทรงออกกฎบัตรคำปฏิญาณ (Charter Oath) โดยเรียกร้องให้มีการประชุมอภิปราย สัญญาเพิ่มโอกาสแก่สามัญชน เลิก "ขนบธรรมเนียมชั่วจากอดีต" และแสวงความรู้ทั่วโลก "เพื่อเสริมสร้างรากฐานของการปกครองจักรพรรดิ" การปฏิรูปสำคัญของรัฐบาลเมจิมีการเลิกระบบแคว้นใน ค.ศ. 1871 ซึ่งแคว้นแบบฟิวดัลและผู้ปกครองที่สืบสายโลหิตถูกเปลี่ยนเป็นจังหวัดโดยมีผู้ว่าราชการจากการแต่งตั้งของจักรพรรดิ อื่น ๆ มีการศึกษาภาคบังคับและการเลิกสถานภาพชนชั้นขงจื๊อ การปฏิรูปต่าง ๆ ลงเอยด้วยการออกรัฐธรรมนูญเมจิ ค.ศ. 1889 ทว่า แม้ซามูไรสนับสนุนราชสำนักจักรพรรดิ แต่การปฏิรูปสมัยเมจิช่วงต้นหลายอย่างถูกมองว่าเป็นโทษต่อประโยชน์ของพวกเขา คือ การสร้างกองทัพทหารเกณฑ์จากสามัญชน ตลอดจนการเสียเกียรติภูมิสืบเชื้อสายและเงินเดือนที่ทำให้อดีตซามูไรจำนวนมากเป็นปรปักษ์ ความตึงเครียดสูงเป็นพิเศษในภาคใต้ นำสู่กบฏซะกะ ค.ศ. 1874 และกบฏในโชชูใน ค.ศ. 1876 อดีตซามูไรในซัตสึมะ โดยมีไซโง ทะกะโมะริเป็นผู้นำ ซึ่งออกจากรัฐบาลเนื่องจากขัดแย้งเรื่องนโยบายต่างประเทศ เริ่มกบฏซัตสึมะใน ค.ศ. 1877 การต่อสู้เพื่อธำรงชนชั้นซามูไรและรัฐบาลที่มีคุณธรรมมากขึ้น มีคำวัญว่า "รัฐบาลใหม่ ศีลธรรมสูง" () กบฏยุติด้วยความปราชัยเยี่ยงวีรบุรุษแต่ย่อยยับ ณ ยุทธการที่ชิโระยะมะ