คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
ต่อมาในปี พ.ศ. 2547 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เปิดรับนิสิตแพทย์ระบบคัดเลือกจากส่วนกลางของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) ซึ่งไม่ได้อยู่ในโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทของกระทรวงสาธารณสุข โดยนิสิตแพทย์กลุ่มนี้จะทำการเรียนการสอนชั้นคลินิกที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร และโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ (สำหรับโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ จะรับเฉพาะนิสิตแพทย์ที่เข้าทำการศึกษาในปีการศึกษา 2547 - 2548 เท่านั้น) และตั้งแต่ปีการศึกษา 2550 เป็นต้นไปทางคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เปลี่ยนวิธีการรับนิสิตแพทย์ระบบคัดเลือกจากส่วนกลาง โดยรับร่วมกับกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย (กสพท.)