ยาปฏิชีวนะ
ยาปฏิชีวนะเป็นยาที่ถูกใช้ในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรีย และในบางครั้งถูกใช้เป็นยาต้านโพรโทซัว (เมโทรนิดาโซล สำหรับรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อโพรโตซัวบางสายพันธุ์ และในบางครั้งก็อาจถูกนำมาใช้เป็นยาต้านปรสิตได้เช่นกัน เมื่อพบว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรียหรือมีอาการที่อาจบ่งบอกได้ว่าเป็นการติดเชื้อแบคทีเรีย แต่ยังไม่สามารถจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อก่อโรคได้ จะมีการให้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่เรียกว่า การให้ยาปฏิชีวนะแบบครอบคลุมเชื้ออย่างกว้าง (empiric therapy) เพื่อให้ครอบคลุมเชื้อที่อาจเป็นสาเหตุทั้งหมด อย่างไรก็ตาม การให้ยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์กว้าง (broad-spectrum antibiotic) จะขึ้นอยู่อาการและอาการแสดงของผู้ป่วยและผลการจรวจทางห้องปฏิบัติการในแต่ละวัน ซึ่งอาจต้องใช้เวลาหลายวันในการระบุเชื้อสาเหตุที่แน่ชัดได้
โรคปอดอุดกั้นเรื้อรัง
การใช้ยายาปฏิชีวนะในระยะยาว โดยเฉพาะอย่างยิ่งยาในกลุ่ม macrolide เช่น erythromycin สามารถลดความถี่ของการกำเริบของโรคในผู้ที่มีการกำเริบของโรคตั้งแต่สองครั้งต่อปีขึ้นไป รูปแบบการรักษานี้อาจมีความคุ้มค่าสำหรับในบางพื้นที่ของโลก ข้อกังวลต่างๆ เช่น การดื้อต่อยาปฏิชีวนะ และปัญหาของการได้ยินจากยาอะซิโธรมัยซิน Methylxanthines อาทิเช่น theophylline โดยทั่วไปเป็นโทษมากกว่าเป็นประโยชน์ และดังนั้นจึงไม่แนะนำ แต่อาจใช้เป็นยาสำรองในกลุ่มผู้ป่วยที่มีการควบคุมโดยมาตรการอื่นๆ ยา Mucolytic อาจมีประโยชน์ในผู้ป่วยบางรายที่มีเสมหะชนิดข้นหนืด แต่โดยทั่วไปนั้นไม่จำเป็น ทั้งนี้ไม่แนะนำให้ใช้ยาแก้ไอ