คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช
จากนั้นในวันที่ 12 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ทางวิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาล ร่วมกับ วิทยาลัยพยาบาลเกื้อการุณย์ ซึ่งเป็นโรงเรียนพยาบาลในสังกัด สำนักการแพทย์ กรุงเทพมหานคร ได้ร่วมกันก่อตั้งมหาวิทยาลัยแห่งใหม่ขึ้นมา ในนาม มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร ทำให้วิทยาลัยแพทยศาสตร์กรุงเทพมหานครและวชิรพยาบาลมีสถานะเป็นคณะแพทยศาสตร์ในมหาวิทยาลัย โดยใช้ชื่อคณะเป็น "คณะแพทยศาสตร์วชิรพยาบาล มหาวิทยาลัยกรุงเทพมหานคร" ได้มีการประกาศอย่างเป็นทางการลงราชกิจจานุเบกษา และมีผลบังคับใช้ใน วันเสาร์ที่ 13 พฤศจิกายน พ.ศ. 2553 ในเดือนพฤศจิกายนได้ขอพระราชทานนามมหาวิทยาลัย ต่อมาเมื่อวันที่ 3 มิถุนายน 2554 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานชื่อมหาวิทยาลัยว่า “มหาวิทยาลัยนวมินทราธิราช” โดยมีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 21 มิถุนายน 2556