ยาปฏิชีวนะ
ยาปฏิชีวนะเป็นยาที่ถูกใช้ในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรีย และในบางครั้งถูกใช้เป็นยาต้านโพรโทซัว (เมโทรนิดาโซล สำหรับรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อโพรโตซัวบางสายพันธุ์ และในบางครั้งก็อาจถูกนำมาใช้เป็นยาต้านปรสิตได้เช่นกัน เมื่อพบว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรียหรือมีอาการที่อาจบ่งบอกได้ว่าเป็นการติดเชื้อแบคทีเรีย แต่ยังไม่สามารถจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อก่อโรคได้ จะมีการให้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่เรียกว่า การให้ยาปฏิชีวนะแบบครอบคลุมเชื้ออย่างกว้าง (empiric therapy) เพื่อให้ครอบคลุมเชื้อที่อาจเป็นสาเหตุทั้งหมด อย่างไรก็ตาม การให้ยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์กว้าง (broad-spectrum antibiotic) จะขึ้นอยู่อาการและอาการแสดงของผู้ป่วยและผลการจรวจทางห้องปฏิบัติการในแต่ละวัน ซึ่งอาจต้องใช้เวลาหลายวันในการระบุเชื้อสาเหตุที่แน่ชัดได้
อะมิกาซิน
ในปัจจุบันมีการใช้อะมิกาซินบ่อยครั้งขึ้นในการรักษาโรคติดเชื้อแบคทีเรียที่มีอาการรุนแรง โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การติดเชื้อแบคทีเรียที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลายขนาน, แบคทีเรียแกรมลบที่ไม่ใช้ออกซิเจน โดยเฉพาะอย่างยิ่ง "Pseudomonas", "Acinetobacter", "Enterobacter", "E. coli", "Proteus", "Klebsiella", และ "Serratia" มีเพียงเชื้อแบคทีเรียแกรมบวก 2 สกุลเท่านั้นที่ตอบสนองต่อการรักษาด้วยอะมิกาซิน ได้แก่ "Staphylococcus" และ "Nocardia" นอกจากนี้อะมิกาซินยังถูกใช้ในการรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อสกุลไมโคแบคทีเรียมที่ไม่ใช่วัณโรค (non-tubercular Mycobacterium infections) และวัณโรค (ในสายพันธุ์ที่ไวต่อยานี้) ในกรณีที่การรักษาทางเลือกแรกไม่สามารถควบคุมอาการของโรคได้ ทั้งนี้ ในปัจจุบันมีการใช้อะมิกาซินเป็นยาปฏิชีวนะเดี่ยวในการรักษาโรคใดโรคหนึ่งน้อยมาก ส่วนใหญ่มักใช้ร่วมกับยาปฏิชีวนะอื่น เพื่อเสริมฤทธิ์ซึ่งกันและกัน