คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
ต่อมาในปี พ.ศ. 2547 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เปิดรับนิสิตแพทย์ระบบคัดเลือกจากส่วนกลางของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) ซึ่งไม่ได้อยู่ในโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทของกระทรวงสาธารณสุข โดยนิสิตแพทย์กลุ่มนี้จะทำการเรียนการสอนชั้นคลินิกที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร และโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ (สำหรับโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ จะรับเฉพาะนิสิตแพทย์ที่เข้าทำการศึกษาในปีการศึกษา 2547 - 2548 เท่านั้น) และตั้งแต่ปีการศึกษา 2550 เป็นต้นไปทางคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เปลี่ยนวิธีการรับนิสิตแพทย์ระบบคัดเลือกจากส่วนกลาง โดยรับร่วมกับกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย (กสพท.)