ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลมหาราชนครศรีธรรมราช
ประเทศไทยประสบปัญหาขาดแคลนแพทย์ในชนบทเป็นจำนวนมาก และรุนแรงขึ้นตามลำดับ ตั้งแต่มีการพัฒนาเศรษฐกิจ และอุตสาหกรรมมากขึ้น ตามแผนพัฒนาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติฉบับที่ 6 เป็นต้นมา อุตสาหกรรมและความเจริญก้าวหน้าของวัตถุได้แพร่ขยายเข้าสู่ชนบท โรคภัยไข้เจ็บต่าง ๆ ก็แพร่อย่างรวดเร็วและเพิ่ม มากขึ้นประชาชนต้องการดูแลรักษามากขึ้น แต่แพทย์จำนวนมากต้องการทำงานในกรุงเทพฯ และในเมืองที่มีความเจริญด้านเศรษฐกิจ อีกทั้งสถานพยาบาลเอกชนก็ยังดึงดูดแพทย์จากภาครัฐในชนบทไปอีกมากด้วย 
พ .ศ .2537 คณะรัฐมนตรีมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุขร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัยจัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทขึ้น โรงพยาบาลมหาราชนครศรีธรรมราชได้เข้าร่วมโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท โดยจัดตั้งเป็นศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก เป็น 1 ใน 13 ศูนย์แพทย์ที่เข้าร่วมโครงการโดยร่วมมือกับมหาวิทยาลัยมหิดล รับนักศึกษาแพทย์ตั้งแต่ ปี 2541 ( เข้าศึกษาในปีการศึกษา 2542 ) โดยกำหนดให้มีโควตา ในปีการศึกษา 2548 ในเขตการศึกษาเป็นเขต 16 รับนักเรียนที่มีภูมิลำเนา จังหวัดนครศรีธรรมราช
ศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก โรงพยาบาลยะลา
โรงพยาบาลยะลาเป็นโรงพยาบาลศูนย์ในสังกัดกระทรวงสาธารณสุข และสืบเนื่องจากปัญหาการขาดแคลนใน 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้จากเหตุการณ์ความไม่สงบทำให้แพทย์ลาออกมากขึ้น จึงเกิดการแก้ไขโดยโครงการผลิตแพทย์เพื่อ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ โดยรับนักเรียนในพื้นที่จังหวัด ยะลา นราธิวาส และปัตตานี ที่มีความรู้และเจดคติที่ดีในการศึกษาด้านแพทยศาสตร์ โครงการผลิตแพทย์เพื่อ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้เป็นความร่วมมือในการร่วมผลิตแพทย์ระหว่างคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์และกระทรวงสาธารณสุข ในพุทธศักราช 2547 กระทรวงสาธารณสุขโดยสำนักงานบริหารโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทได้จัดตั้งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก จำนวน 3 แห่งในโรงพยาบาลยะลา โรงพยาบาลนราธิวาสราชนครินทร์ และโรงพยาบาลปัตตานี โดยรับนักศีกษาแพทย์รุ่นแรก ในปีการศึกษา 2548 จำนวน 30 คน โดยแบ่งศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิกละ 10 คน