คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
มหาวิทยาลัยนเรศวร
ภายหลังจากการยกฐานะของมหาวิทยาลัยนเรศวรแล้ว ทางมหาวิทยาลัยได้มีการพัฒนาอย่างรวดเร็วทั้งอาคาร สถานที่และบุคลากร โดยมุ่งหวังที่จะเป็นมหาวิทยาลัยที่สมบูรณ์แบบ (Comprehensive University) จึงมีการจัดตั้งคณะ วิทยาลัยต่าง ๆ ให้ครอบคลุมทุกสาขาวิชา และจัดตั้งหน่วยงานต่าง ๆ เพื่อสนับสนุนและเพิ่มศักยภาพในด้านการเรียนการสอน และการทำวิจัย ต่อมาในปี พ.ศ. 2538 ทางมหาวิทยาลัยมีมติจัดตั้งวิทยาเขตที่จังหวัดพะเยา โดยปัจจุบันได้ยกฐานะขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยพะเยา และในปี พ.ศ. 2548 ได้จัดตั้งโรงเรียนมัธยมสาธิตมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อเป็นโรงเรียนตัวอย่างในการจัดการเรียนการสอนที่เน้นความรู้ทางวิทยาศาสตร์ เทคโนโลยี และภาษาต่างประเทศในระดับมัธยมให้กับนักเรียนในเขตภาคเหนือตอนล่างรายนามนายกสภามหาวิทยาลัยนเรศวร นับแต่เริ่มต้นจนถึงปัจจุบัน มีดังนี้