คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
มหาวิทยาลัยนเรศวร
ช่วงปี พ.ศ. 2527 - 2531 ทางวิทยาเขตได้เตรียมแผนสำหรับการยกฐานะเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศ และในวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 ซึ่งเป็นวันครบรอบ 400 ปี ของการเสด็จขึ้นครองราชย์ของสมเด็จพระนเรศวรมหาราช รัฐบาลในสมัยของนายกรัฐมนตรี พล.อ.ชาติชาย ชุณหะวัณ มีมติให้ยกฐานะวิทยาเขตพิษณุโลก ของมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ขึ้นเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศ พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช บรมนาถบพิตร ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานนามมหาวิทยาลัยใหม่แห่งนี้ว่า "มหาวิทยาลัยนเรศวร" ดังนั้น ทางมหาวิทยาลัยจึงกำหนดให้วันที่ 29 กรกฎาคม ของทุกปีเป็นวันคล้ายวันสถาปนามหาวิทยาลัย