คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
เป็นการเรียนต่อยอดจากระดับชั้นปรีคลินิกโดยเน้นการนำไปใช้กับผู้ป่วยจริง ในระดับชั้นนี้นิสิตแพทย์จะแยกกันเรียนในโรงพยาบาลต่างๆ ตามโครงการที่เข้ามาตั้งแต่แรกรับ โดยนิสิตแพทย์ในโครงการผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทและโครงการแพทย์แนวใหม่จะแยกไปเรียนในโรงพยาบาลร่วมผลิตแพทย์ ซึ่งหลักสูตรการเรียนการสอนจะอยู่ในกำกับของคณะแพทยศาสตร์ ในส่วนของคณะแพทยศาสตร์จะจัดการเรียนการสอนที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร โดยในชั้นปีที่ 4 - 5 จะเรียนโดยการตรวจรักษาผู้ป่วยในหอผู้ป่วยต่างๆ ร่วมกับการเรียนภาคบรรยาย และในชั้นปีที่ 6 (Extern) จะเน้นการเรียนเสมือนการทำงานจริงภายใต้การควบคุมของแพทย์ใช้ทุน (Intern) และอาจารย์แพทย์ โดยจะมีการออกฝึกในโรงพยาบาลอื่นๆ ได้แก่ โรงพยาบาลกำแพงเพชร จังหวัดกำแพงเพชร โรงพยาบาลลำปาง จังหวัดลำปาง โรงพยาบาลพิจิตร จังหวัดพิจิตร และโรงพยาบาลเพชรบูรณ์ จังหวัดเพชรบูรณ์