คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
มหาวิทยาลัยนเรศวร
หรือที่เรียกว่า "มน.ใน" ส่วนนี้เป็นสถานที่ตั้งแรกเดิมของมหาวิทยาลัย มีพื้นที่ประมาณ 100 ไร่ ตั้งอยู่ใจกลางเมืองพิษณุโลก ณ เลขที่ 1 ถนนสนามบิน ตำบลในเมือง อำเภอเมืองพิษณุโลก จังหวัดพิษณุโลก ในปัจจุบันคณะและหน่วยงานต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัยได้ย้ายไปยังพื้นที่ใหม่ทั้งหมดตั้งแต่ปีการศึกษา 2535 คงเหลือแต่เพียงหอศิลป์ พิพิธภัณฑ์สมเด็จพระนเรศวรมหาราช และพิพิธภัณฑ์ลุ่มน้ำโขง-สาละวินของสถานอารยธรรมศึกษาโขง-สาละวิน สถานปฏิบัติการเภสัชกรรมชุมชน "ไภษัชยศาลา" คณะเภสัชศาสตร์ และศูนย์สุขภาพชุมชน มหาวิทยาลัยนเรศวร (สนามบิน) คณะแพทยศาสตร์ ซึ่งในปัจจุบันทางมหาวิทยาลัยได้ปรับปรุงพื้นที่ส่วนใหญ่เพื่อเป็นที่ตั้งของโรงเรียนมัธยมสาธิตมหาวิทยาลัยนเรศวร