อาณาจักรธนบุรี
สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกได้ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ปฐมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี และโปรดเกล้าให้ย้ายราชธานีมายังฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา และในต่อมาได้พระราชทานนามใหม่ว่า กรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระมหาอุปราช เจ้าฟ้ากรมขุนอินทรพิทักษ์ พระราชโอรสพระองค์โตในสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี ถูกสำเร็จโทษด้วยท่อนจันทน์เช่นกัน
อาณาจักรมอญ
ยุคที่สองคือยุคราชวงศ์เมาะตะมะ-หงสาวดี หรือยุคอาณาจักรหงสาวดี‎ เริ่มจากสมัยที่พม่าซึ่งอ่อนแอจากการรุกรานของมองโกล พระเจ้าวาเรรูหรือพระเจ้าฟ้ารั่ว (มะกะโท) ได้ทรงกอบกู้เอกราชมอญจากพม่าและสถาปนาอาณาจักรหงสาวดี พระองค์มีมเหสีเป็นราชธิดาของพ่อขุนรามคำแหง กษัตริย์ของไทย มีศูนย์กลางการปกครองอยู่ที่เมาะตะมะ ต่อมาในสมัยพญาอู่ ได้ย้ายราชธานีมาอยู่ ณ เมืองพะโคหรือหงสาวดี ราชบุตรของพระองค์คือพญาน้อย ซึ่งต่อมาก็คือพระเจ้าราชาธิราช ผู้ทำสงครามยาวนานกับกษัตริย์พม่าอาณาจักรอังวะ ในสมัยพระเจ้าฝรั่งมังศรีชวา กับสมัย พระเจ้าฝรั่งมังฆ้อง ขุนพลสำคัญของพระเจ้าราชาธิราช คือ สมิงพระราม สมิงนครอินทร์ และแอมูน-ทยา ในสมัยของพระเจ้าราชาธิราชนั้นหงสาวดีกลายเป็นอาณาจักรที่มีอาณาเขตกว้างใหญ่ ครอบคลุมตั้งแต่ชายฝั่งทะเลอ่าวเบงกอลจากแม่น้ำอิรวดีขยายลงไปทางตะวันออกถึงแม่น้ำสาละวิน และเป็นศูนย์กลางทางการค้าที่ใหญ่โต มีเมืองท่าที่สำคัญหลายแห่งในหลายลุ่มน้ำ เช่น เมาะตะมะ สะโตง พะโค พะสิม อาณาจักรมอญยุคนี้เจริญสูงสุดในสมัยพระนางเชงสอบูและสมัยพระเจ้าธรรมเจดีย์ หลังจากนั้นในสมัยพระเจ้าสการะวุตพี หงสาวดีก็เสียแก่พระเจ้าตะเบ็งชะเวตี้ ในปี พ.ศ. 2094