โรคปอดอุดกั้นเรื้อรัง
การกำเริบของโรคแบบเฉียบพลันนั้นโดยทั่วไปมีการรักษาโดยการเพิ่มการใช้ยาขยายหลอดลมชนิดออกฤทธิ์สั้น ซึ่งเป็นการรักษาทั่วไป รวมถึงการรักษาร่วมกับตัวต่อต้านบีต้าชนิดสูดพ่นและแอนติโคลิเนอร์จิก ยาเหล่านี้สามารถให้โดยใช้กระบอกพ่นละอองยาสำเร็จรูปพร้อมกับกระบอกช่วยสูด หรือด้วยเครื่องพ่นละออง เนื่องจากทั้งสอบรูปแบบนี้แสดงประสิทธิภาพที่เท่าเทียมกัน ทั้งนี้เครื่องพ่นละอองอาจจะใช้งานได้ง่ายกว่าสำหรับผู้ที่สุขภาพไม่ดี
ไลนิโซลิด
แนวทางการรักษาของประเทศสหรัฐอเมริกานั้นสามารถใช้ได้ทั้งไลเนโวลิดและแวนโคมัยซินอย่างใดอย่างหนึ่งเป็นการรักษาทางเลือกแรกในการรักษาโรคปอดออักเสบในโรงพยาบาลที่มีสาเหตุมาจากการติดเชื้อ MRSA (Hospital-acquired MRSA pneumonia) อย่างไรก็ตาม ผลการศึกษาทางคลินิกบางการศึกษาพบว่า ไลนิโซลิดนั้นมีประสิทธิภาพในการรักษาโรคปอดออักเสบในโรงพยาบาลดังข้างต้นได้ดีกว่าแวนโคมัยซิน
เป็นที่เชื่อกันโดยทั่วไปว่าการติดเชื้อแบคทีเรียชนิดที่เรียกกันว่า การติดเชื้อแบคทีเรียที่ชั้นลึก (deep infections) เช่น การติดเชื้อแบคทีเรียที่กระดูกและไขกระดูก (osteomyelitis), การติดเชื้อที่เยื่อบุหัวใจ ควรได้รับการรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์ฆ่าเชื้อแบคทีเรีย (Bacteriocidal antibiotics) และไม่ควรใช้ยาปฏิชีวนะชนิดที่ออกฤทธิ์เฉพาะยับยั้งการเจริญเติบโตของเชื้อเท่านั้น (Bacteriostatic antibiotics) ถึงกระนั้น การศึกษาในขั้นก่อนการทดสอบในมนุษย์ (preclinical study) หลายการศึกษาได้ทำการประเมินถึงประสิทธิภาพของไลนิโซลิดต่อการรักษาภาวะการติดเชื้อแบคทีเรียดังข้างต้น ในท้ายที่สุดพบว่ายาดังกล่าวสามารถรักษาภาวะการติดเชื้อข้างต้นได้ในมนุษย์ ทั้งนี้ ดูเหมือนว่าไลนิโซลิดจะเป็นตัวเลือกในการรักษาที่สมเหตุสมผลในภาวะการติดเชื้อที่เยื่อบุหัวใจที่มีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรียกรัมบวกที่ดื้อต่อยาปฏิชีวนะหลายชนิด แต่ก็ยังไม่มีหลักฐานเชิงประจักษ์คุณภาพสูงมาสนับสนุนการใช้ยานี้สำหรับข้อบ่งใช้ดังกล่าว ทำให้การรักษาการติดเชื้อที่เยื่อบุหัวใจที่มีสาเหตุมาจากเชื้อแบคทีเรียกลุ่มเอนเทอโรคอคคัส (enterococcal endocarditis) มีความหลากหลายเป็นอย่างมากในปัจจุบัน ซึ่งในบางกรณีอาจประสบผลสำเร็จในการรักษา ในทางตรงกันข้าม บางกรณีกลับไม่ตอบสนองต่อการรักษา หลักฐานเชิงประจักษ์ทางการแพทย์คุณภาพต่ำถึงปานกลางหลายการศึกษาได้มีการใช้ยาไลนิโซลิดในการรักษาการติดเชื้อที่กระดูกและข้อเพิ่มมากขึ้น รวมไปถึง การติดเชื้อแบคทีเรียที่กระดูกและไขกระดูกเรื้อรัง (chronic osteomyelitis) ถึงแม้ว่าจะมีความกังวลเกี่ยวกับอาการไม่พึงประสงค์จากยาดังกล่าวเมื่อมีการใช้ในการรักษาระยะยาวก็ตาม