คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
จากแนวทางดังกล่าว มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เสนอความเห็นเกี่ยวกับการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ต่อทบวงมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 18 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2536 โดยมีแนวทางที่จะใช้ทรัพยากรของมหาวิทยาลัยร่วมกับโรงพยาบาลในสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในจังหวัดพิษณุโลกและจังหวัดภาคเหนือตอนล่างให้เกิดประโยชน์สูงสุด จึงได้ลงนามความร่วมมือการผลิตแพทย์ระหว่างกระทรวงสาธารณสุขและมหาวิทยาลัยนเรศวรในปี พ.ศ. 2537 หลังจากที่คณะรัฐมนตรีในขณะนั้นมีมติเห็นชอบให้กระทรวงสาธารณสุข ร่วมมือกับทบวงมหาวิทยาลัย จัดทำโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบท (The Collaborative Project to Increase Production of Rural Doctor-CPIRD)
คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ก่อตั้งขึ้นในปี พ.ศ. 2544 โดยเป็นการรวมภาควิชาที่รับผิดชอบการจัดการเรียนการสอนระดับปรีคลินิก (Pre-clinic) ทางด้านวิทยาศาสตร์สุขภาพทุกสาขาเข้าไว้ด้วยกัน ซึ่งมีจุดประสงค์เพื่อรองรับการจัดการเรียนการสอนระดับปรีคลินิก และให้การสนับสนุนงานวิจัยกับอาจารย์และนิสิตในคณะกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพของมหาวิทยาลัย ได้แก่ คณะแพทยศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะสหเวชศาสตร์ คณะสาธารณสุขศาสตร์ และคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์