ยาปฏิชีวนะ
ยาปฏิชีวนะเป็นยาที่ถูกใช้ในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรีย และในบางครั้งถูกใช้เป็นยาต้านโพรโทซัว (เมโทรนิดาโซล สำหรับรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อโพรโตซัวบางสายพันธุ์ และในบางครั้งก็อาจถูกนำมาใช้เป็นยาต้านปรสิตได้เช่นกัน เมื่อพบว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรียหรือมีอาการที่อาจบ่งบอกได้ว่าเป็นการติดเชื้อแบคทีเรีย แต่ยังไม่สามารถจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อก่อโรคได้ จะมีการให้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่เรียกว่า การให้ยาปฏิชีวนะแบบครอบคลุมเชื้ออย่างกว้าง (empiric therapy) เพื่อให้ครอบคลุมเชื้อที่อาจเป็นสาเหตุทั้งหมด อย่างไรก็ตาม การให้ยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์กว้าง (broad-spectrum antibiotic) จะขึ้นอยู่อาการและอาการแสดงของผู้ป่วยและผลการจรวจทางห้องปฏิบัติการในแต่ละวัน ซึ่งอาจต้องใช้เวลาหลายวันในการระบุเชื้อสาเหตุที่แน่ชัดได้
แบคทีเรียดื้อยา
ในช่วงหลายทศวรรษที่ผ่านมา เป็นที่สงสัยถึงความสัมพันธ์ระหว่างการใช้ยาปฏิชีวนะในการปศุสัตว์กับการเกิดการดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรีย จนกระทั่งองค์การอนามัยโลกได้ให้ข้อสรุปในประเด็นดังกล่าวว่า "การใช้ยาปฏิชีวนะที่ไม่เหมาะสมในการเลี้ยงสัตว์เป็นปัจจัยที่ส่งเสริมให้เกิดและการแพร่กระจายของเชื้อโรคที่ทนต่อยาปฏิชีวนะและควรห้ามไม่ให้มีการใช้ยาปฏิชีวนะเป็นตัวกระตุ้นการเจริญเติบโตในอาหารสัตว์" องค์การอนามัยโลกได้เพิ่มหลักเกณฑ์ด้านสุขอนามัยสัตว์บกเพื่อเป็นแนวทางในการให้คำแนะนำแก่สมาชิกขององค์กรในการสร้างและประสานการตรวจสอบและติดตามเฝ้าระวังการดื้อยาต้านจุลชีพระดับประเทศ, ติดตามตรวจสอบปริมาณยาปฏิชีวนะที่ใช้ในการเลี้ยงสัตว์, และให้คำแนะนำแก่องค์กรหรือหน่วยงานอื่น ๆ เพื่อให้มั่นใจว่ามีการใช้ยาปฏิชีวนะอย่างเหมาะสมและรอบคอบ ส่วนอีกแนวทางหนึ่งคือ การใช้วิธีการที่จะช่วยในการตรวจหาปัจจัยเสี่ยงที่เกี่ยวข้องกับการดื้อยา และประเมินความเสี่ยงนั้น ๆ ต่อการดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรีย