ยาปฏิชีวนะ
ยาปฏิชีวนะเป็นยาที่ถูกใช้ในการรักษาและป้องกันการติดเชื้อแบคทีเรีย และในบางครั้งถูกใช้เป็นยาต้านโพรโทซัว (เมโทรนิดาโซล สำหรับรักษาโรคที่เกิดจากการติดเชื้อโพรโตซัวบางสายพันธุ์ และในบางครั้งก็อาจถูกนำมาใช้เป็นยาต้านปรสิตได้เช่นกัน เมื่อพบว่ามีการติดเชื้อแบคทีเรียหรือมีอาการที่อาจบ่งบอกได้ว่าเป็นการติดเชื้อแบคทีเรีย แต่ยังไม่สามารถจำแนกสายพันธุ์ของเชื้อก่อโรคได้ จะมีการให้การรักษาด้วยยาปฏิชีวนะที่เรียกว่า การให้ยาปฏิชีวนะแบบครอบคลุมเชื้ออย่างกว้าง (empiric therapy) เพื่อให้ครอบคลุมเชื้อที่อาจเป็นสาเหตุทั้งหมด อย่างไรก็ตาม การให้ยาปฏิชีวนะที่ออกฤทธิ์กว้าง (broad-spectrum antibiotic) จะขึ้นอยู่อาการและอาการแสดงของผู้ป่วยและผลการจรวจทางห้องปฏิบัติการในแต่ละวัน ซึ่งอาจต้องใช้เวลาหลายวันในการระบุเชื้อสาเหตุที่แน่ชัดได้
แบคทีเรียดื้อยา
ดังที่กล่าวไปในข้างต้นว่า การใช้ยาปฏิชีวนะที่ไม่เหมาะสมและไม่จำเป็นเพื่อการรักษาความเจ็บป่วยของมนุษย์ในปัจจุบันนั้นเป็นสาเหตุหลักที่ก่อให้เกิดภาวะฉุกเฉินด้านการดื้อยาของแบคทีเรีย โดยมากกว่าร้อยละ 50 ของการใช้ยาปฏิชีวนะในมนุษย์พบว่าเป็นการใช้ยาที่ไม่เหมาะสมและไม่ตรงตามข้อบ่งใช้ ยกตัวอย่างเช่น คน 1 ใน 3 คน ยังคงมีความเชื่อว่ายาปฏิชีวนะมีประสิทธิภาพในการรักษาโรคไข้หวัด โดยพบว่าการสั่งจ่ายยาปฏิชีวนะเพื่อรักษาโรคไข้หวัดนั้นพบเห็นได้มากที่สุดในประเด็นของการสั่งใช้ยาปฏิชีวนะที่ไม่ตรงตามข้อบ่งใช้ ถึงแม้จะเป็นที่ทราบกันดีของบุคลากรทางการแพทย์ว่ายาดังกล่าวไม่มีประสิทธิภาพในการต้านไวรัสที่เป็นสาเหตุของโรคไข้หวัด นอกจากนี้การใช้ยาปฏิชีวนะแม้เพียงครั้งเดียว ถึงแม้จะเป็นการใช้ในผู้ที่มีข้อบ่งใช้ที่จำเป็นต้องได้รับยาดังกล่าว ก็สามารถเพิ่มความเสี่ยงที่อาจก่อให้เกิดการดื้อยาปฏิชีวนะของแบคทีเรียได้ โดยความเสี่ยงที่เพิ่มขึ้นดังกล่าวจะคงอยู่ได้นานประมาณ 1 เดือน ถึง 1 ปี ตั้งแต่เริ่มมีการใช้ยาดังกล่าว