อาณาจักรธนบุรี
สมเด็จเจ้าพระยามหากษัตริย์ศึกได้ปราบดาภิเษกขึ้นเป็นพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช ปฐมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี และโปรดเกล้าให้ย้ายราชธานีมายังฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา และในต่อมาได้พระราชทานนามใหม่ว่า กรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระมหาอุปราช เจ้าฟ้ากรมขุนอินทรพิทักษ์ พระราชโอรสพระองค์โตในสมเด็จพระเจ้ากรุงธนบุรี ถูกสำเร็จโทษด้วยท่อนจันทน์เช่นกัน
ราชวงศ์เหงียน
ในค.ศ. 1841 เจ้าพระยาบดินทรเดชายกทัพฝ่ายสยามเข้าครองนครอุดงมีชัยและนครพนมเปญได้อีกครั้ง ฝ่ายสยามนำทัพเรือสยามเข้าโจมตีเมืองบันทายมาศ และทัพบกยกไปทางเมืองโจฏก แต่ทว่าฝ่ายเวียดนามสามารถยกทัพเข้าตีทัพของฝ่ายสยามแตกไปได้ เมื่อสงครามระหว่างเวียดนามและสยามดำเนินมาเป็นเวลานานอย่างไม่ประสบผล ทั้งฝ่ายต่างคุมเชิงกันไม่สามารถเอาชนะซึ่งกันและกันได้ การเจรจาจึงเกิดขึ้น ในค.ศ. 1846 พระจักรพรรดิเถี่ยวจิทรงยอมรับให้นักองค์ด้วงเป็นกษัตริย์แห่งเขมร ส่งบรรณาการให้แก่ทั้งราชสำนักเวียดนามเมืองเว้และฝ่ายสยามกรุงรัตนโกสินทร์ เป็นการสิ้นสุดความขัดแย้งเหนืออาณาจักรกัมพูชาระหว่างเวียดนามและสยาม