คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
ภายหลังจากมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ วิทยาเขตพิษณุโลกยกฐานะขึ้นเป็น ""มหาวิทยาลัยนเรศวร"" เมื่อวันที่ 29 กรกฎาคม พ.ศ. 2533 แล้ว การจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ได้ดำเนินการอีกครั้งในปี พ.ศ. 2536 ซึ่งรัฐบาลในขณะนั้นมีนโยบายแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์ในส่วนภูมิภาค โดยจัดให้มีการผลิตแพทย์เพิ่มและกระจายแพทย์ลงสู่ส่วนภูมิภาคให้มากขึ้น รัฐบาลจึงศึกษาความเป็นไปได้ถึงความเหมาะสมของการจัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ขึ้นใหม่ในมหาวิทยาลัยภูมิภาค
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
ต่อมาในปี พ.ศ. 2547 คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เปิดรับนิสิตแพทย์ระบบคัดเลือกจากส่วนกลางของสำนักงานคณะกรรมการการอุดมศึกษา (สกอ.) ซึ่งไม่ได้อยู่ในโครงการร่วมผลิตแพทย์เพิ่มเพื่อชาวชนบทของกระทรวงสาธารณสุข โดยนิสิตแพทย์กลุ่มนี้จะทำการเรียนการสอนชั้นคลินิกที่โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร และโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ (สำหรับโรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ จะรับเฉพาะนิสิตแพทย์ที่เข้าทำการศึกษาในปีการศึกษา 2547 - 2548 เท่านั้น) และตั้งแต่ปีการศึกษา 2550 เป็นต้นไปทางคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เปลี่ยนวิธีการรับนิสิตแพทย์ระบบคัดเลือกจากส่วนกลาง โดยรับร่วมกับกลุ่มสถาบันแพทยศาสตร์แห่งประเทศไทย (กสพท.)