คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร ก่อตั้งเมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 เป็นคณะที่จัดตั้งขึ้นเป็นลำดับที่ 5 ของมหาวิทยาลัยนเรศวร และเป็นคณะแพทยศาสตร์ที่จัดตั้งขึ้นเป็นลำดับที่ 12 ของประเทศไทย โดยในช่วง 10 ปีแรกได้ร่วมมือกับทางโรงพยาบาลสังกัดกระทรวงสาธารณสุขในการร่วมผลิตแพทย์ตามนโยบายการแก้ไขปัญหาการขาดแคลนแพทย์ในส่วนภูมิภาค และหลังจากนั้นคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวรจึงเริ่มพัฒนาโรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักในการทำการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ โดยมีความร่วมมือระหว่างเครือข่ายศูนย์แพทยศาสตรศึกษาชั้นคลินิก ทั้ง 5 แห่งในการพัฒนาทางด้านวิชาการและบริการร่วมกัน
คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยพะเยา
ต่อมา เมื่อวันที่ 21 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 ในคราวประชุมครั้งที่ 13 (4/2550) สภามหาวิทยาลัยนเรศวร ได้มีมติให้เปลี่ยนชื่อ "มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา" เป็น "มหาวิทยาลัยนเรศวร พะเยา" และได้มีการตราพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 เมื่อวันที่ 12 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 และประกาศในราชกิจจานุเบกษาเมื่อวันที่ 16 กรกฎาคม พ.ศ. 2553 จึงถือได้ว่ามหาวิทยาลัยพะเยาได้แยกออกจากมหาวิทยาลัยนเรศวร และเป็นมหาวิทยาลัยเอกเทศอย่างเต็มรูปแบบ ดังนั้นสำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์จึงได้เป็นองค์กรที่เทียบเท่าคณะและได้เปลี่ยนเป็นคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ ตามประกาศมหาวิทยาลัยพะเยา เรื่อง การจัดตั้งส่วนงานวิชาการของมหาวิทยาลัยพะเยา พ.ศ. 2553 ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2553 เป็นต้นมา