คณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร
คณะรัฐมนตรีจึงมีมติให้จัดตั้งคณะแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยนเรศวร เมื่อวันที่ 18 มกราคม พ.ศ. 2537 และในคราวเดียวกันนั้น คณะรัฐมนตรีได้อนุมัติโครงการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ โดยมุ่งหวังให้เป็นสถานที่สำหรับการเรียนการสอนนิสิตในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพทั้งหมดของมหาวิทยาลัย และเพื่อเป็นโรงพยาบาลหลักของคณะสำหรับการเรียนการสอนของนิสิตแพทย์ต่อไปในอนาคต ซึ่งการก่อสร้างอาคารศูนย์วิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพแล้วเสร็จและเริ่มเปิดให้บริการแก่ประชาชนทั่วไปตั้งแต่ปี พ.ศ. 2545 ในช่วงแรกได้ใช้ชื่อว่า ""สถาบันวิจัยทางวิทยาศาสตร์สุขภาพ มหาวิทยาลัยนเรศวร"" โดยเป็นหน่วยงานที่ขึ้นตรงต่อมหาวิทยาลัยนเรศวร เพื่อความคล่องตัวในการบริหารงาน และต่อมาได้เข้ารวมเข้าเป็นส่วนหนึ่งของคณะแพทยศาสตร์ในปี พ.ศ. 2548 พร้อมทั้งใช้ชื่อเป็น "โรงพยาบาลมหาวิทยาลัยนเรศวร"
คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยพะเยา
ในอดึต คณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยพะเยา คือ สำนักวิชาวิทยาศาสตร์การแพทย์ มหาวิทยาลัยนเรศวร วิทยาเขตสารสนเทศพะเยา ก่อตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ. 2550 โดยเป็นการแยกตัวของสาขาวิชาจุลชีววิทยา ที่สังกัดสำนักวิชาวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี ออกมาจัดตั้งเป็นสำนักวิชาใหม่ และโอนย้ายนิสิตทั้ง 4 ชั้นปีของสาขาวิชาจุลชีววิทยา มาสังกัดในสาขาวิชาจุลชีววิทยาและปรสิตวิทยา สำนักวิทยาศาสตร์การแพทย์ ที่ได้จัดตั้งขึ้นใหม่นี้