บากูมัตสึ
บากูมัตสึ (, "ปลายยุคบากูฟุ") เป็นชื่อเรียกช่วงเวลาปลายยุคเอโดะซึ่งนำไปสู่การสิ้นสุดของรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ ชื่อดังกล่าวถูกกำหนดขึ้นจากเหตุการณ์ใหญ่ที่เกิดขึ้นโดยรวมระหว่างปี ค.ศ. 1853 - 1867 ซึ่งเป็นระยะที่ญี่ปุ่นได้ยกเลิกนโยบายปิดประเทศที่เรียกว่า ซาโกกุ และเปลี่ยนผ่านจากรัฐบาลแบบศักดินาของโชกุนไปสู่รัฐบาลสมัยใหม่ในยุคเมจิ การแบ่งแยกทางอุดมการณ์และทางการเมืองในยุคนี้ส่วนใหญ่แบ่งออกเป็นกลุ่มผู้รักชาติที่เรียกว่า "อิชินชิชิ" ซึ่งสนับสนุนจักรพรรดิ และกองกำลังฝ่ายสนับสนุนรัฐบาลโชกุนตระกูลโทกูงาวะ เช่น กลุ่มชินเซ็งงุมิ เป็นต้น
สงครามโบชิน
ให้หลังชนะ รัฐบาลใหม่ดำเนินรวมประเทศภายใต้การปกครองทรงอำนาจโดยชอบเดียวโดยราชสำนักจักรพรรดิ ที่พำนักของจักรพรรดิย้ายจากเกียวโตไปโตเกียวในปลาย ค.ศ. 1868 อำนาจทางทหารและการเมืองของแว่นแคว้นต่าง ๆ ทยอยถูกริดรอนไป และไม่ช้าแคว้นต่าง ๆ ก็กลายสภาพเป็นจังหวัด ซึ่งจักรพรรดิทรงตั้งผู้ว่าราชการ การปฏิรูปสำคัญ คือ การเวนคืนและเลิกชนชั้นซามูไร ทำให้ซามูไรจำนวนมากเปลี่ยนเข้าตำแหน่งบริหารราชการแผ่นดินหรือผู้ประกอบการ แต่บีบให้อีกจำนวนมากยากจน แคว้นทางใต้ซัตสึมะ โชชูและโทะซะซึ่งมีบทบาทชี้ขาดในชัย ยึดตำแหน่งสำคัญในรัฐบาลอีกหลายทศวรรษให้หลังความขัดแย้งนี้ บ้างเรียกสถานการณ์นี้ว่า "คณาธิปไตยเมจิ" และกลายเป็นทางการด้วยสถาบันเก็นโร ใน ค.ศ. 1869 มีการสร้างศาลเจ้ายะซุกุนิในกรุงโตเกียวเพื่อเป็นเกียรติแก่ผู้เสียชีวิตในสงครามโบชิน