สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
สงครามดอกกุหลาบ
ความขัดแย้งในราชสำนักก็เช่นเดียวกันกับเหตุการณ์ที่เกิดขึ้นโดยทั่วไปในประเทศที่ตระกูลขุนนางต่างก็เกิดความขัดแย้งกันเป็นการส่วนตัวและไม่ยอมรับอำนาจจากทางราชสำนักและอำนาจทางศาลมากขึ้นทุกขณะ กรณีที่มีชื่อเสียงคือความบาดหมางระหว่างเพอร์ซีย์และเนวิลล์ ในหลายกรณีเป็นการต่อสู้ระหว่างขุนนางเก่ากับขุนนางใหม่ที่เพิ่งได้รับอำนาจเพิ่มขึ้นและอิทธิพลขึ้นมาในสมัยพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ความบาดหมางระหว่างเพอร์ซีย์และเนวิลล์ซึ่งเป็นความขัดแย้งระหว่างตระกูลเพอร์ซีย์หรือเอิร์ลแห่งนอร์ทธัมเบอร์แลนด์ซึ่งเป็นตระกูลเก่ากับตระกูลเนวิลล์ที่เพิ่งรุ่งเรืองขึ้นมาก็เป็นความขัดแย้งเช่นที่ว่านี้ อีกกรณีหนึ่งก็คือความขัดแย้งระหว่างตระกูลคอร์เทเนย์สและตระกูลบอนวิลล์สในคอร์นวอลล์และเดวอนเชอร์ ปัจจัยหนึ่งของปัญหานี้คือบรรดาทหารจำนวนมากที่กลับมาหลังจากการพ่ายแพ้ในฝรั่งเศส ขุนนางที่มีปัญหาความขัดแย้งก็ใช้ทหารเหล่านี้ในการโจมตี หรือใช้ในการข่มขู่ฝ่ายตรงข้ามหรือเข้าไปข่มขู่เจ้าหน้าที่หรือผู้พิพากษาในศาล