Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Bakteriofagi ni virusi ambazo hubadilisha DNA ya bakteria. Kuna aina nyingi za bakteriofagi, baadhi yao huambukiza tu na kula bakteria ambao ni wenyeji wao, wakati zingine huingiza katika bakteria kromosomu. Bakteriofagi inaweza kuwa na jeni za kuchangia kwenye fenotaipu ya mwenyeji wake: kwa mfano, katika uendelezaji wa na "Clostridium botulinum" , jeni sumu katika jumuisho ya fej zilibatilisha bakteria zisizo na madhara asilia kuwa pathojeni mbaya sana. Bakteria hupinga maambukizi ya fej kupitia mfumo wa miundo zuifu ambazo huharibu DNA za kigeni, na mfumo unaotumia utaratibu wa CRISPR kuhifadhi mabaki ya jinomu za fej ambazo bakteria imetengamana nazo hapo awali, ambayo huziruhusu kuzuia kuiga na kuongezeka kwa virusi kwa njia ya kuzuia RNA. Mfumo huu wa CRISPR huwezesha bakteria kuwa na kinga dhidi ya maambukizi kwa magonjwa.