Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Awali neno "bakteria" lilitumika kwa vijiumbe vyote vidogo, prokaryoti za seli moja. Hata hivyo, mifumo ya molekiuli ilionyesha maisha ya prokaryoti yakiwa na sehemu mbili tofauti ambazo awali ziliitwa "Eubacteria" na "Archaebacteria," lakini ambayo kwa sasa inazoitwa "Bakteria" na "Akea" ambayo ilitokana na mabadiliko ya kujitegemea kutoka mababu zao. Akea na yukaryoti hufanana sana kinyume na ilivyo na bakteria. Hii miundo miwili, pamoja na Yukarya, ndio msingi wa mfumo wa sehemu tatu ambayo kwa sasa ndiyo hutumika sana katika uainisho wa mikrobiolojia. Hata hivyo, kutokana na kuanzishwa kwa hivi karibuni mifumo ya molekiuli na kuongezeka kwa kasi kwa idadi ya mfululizo wa genome waliopo,uainisho wa bakteria unaendelea kubadilika na kuwa eneo pana. Kwa mfano, wanabiolojia wachache wanadai kuwa Akea na Yukaryoti walitokana na mabadiliko chanya ya bakteria ya Gram.