Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Madhumuni ya uainishaji ni kuelezea spishi tofauti za bakteria kwa kuzitaja na kuwaweka viumbe msingi yanayofanana. Bakteria wanaweza kwa misingi ya umbo la kiini chao, umetaboli wa seli au kwa mujibu wa tofauti wa yaliyomo kwenye seli kama vile DNA, asidi za mafuta, rangi asili, antijeni s na kuinoni s. Ingawa skimu hizi ziliruhusu utambulisho na Uainishaji wa bakteria, haikubainika wazi kama tofauti hizi ziliwakilisha aina mbalimbali za spishi mbili tofauti ama aina ya spishi moja. uhakika huu umebadilisha kutokana na ukosefu wa miundo tofauti katika bakteria wengi, kama vile uhamisho jeni lateral kati ya aina unrelated. Kutokana na uhamisho wa jeni ya chini, baadhi ya bakteria wanaohusiana kwa karibu wanaweza kuwa umbo na umetaboli tofauti. Ili kuondokana na dukuduku hili, uainishaji wa bakteria wa kisasa husisitiza mpangilio wa molekiuli, kwa kutumia mbinu za kimaumbile kama vile guanine uwiano wa uamuzi wa sitosini uzalishaji wa genome-genome, pamoja na uratibishaji wa jeni ambazo hazijapitia ubadilishanaji mkubwa wa jeni za chini, kama vile jeni ya RNA. Uainisho wa bakteria umetokana na Juzuu la Kimataifa kuhusu Mfumo Taaluma ya Bakteria, na Muongozo wa Bergey wa utaratibu Taaluma ya Bakteria. Kamati ya Kimataifa juu ya Utaratibu Wa Bakteriolojia (ICSB) ndiyo hulinda kanuni za kimataifa za kuwapa majina makundi mbalimbali ya bakteria na kuwaweka katika viwango tofauti katika Kanuni ya Kimataifa ya majina ya Bakteria.