Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Baadhi ya spishi za bakteria huua na hula vijiumbe vingine, viumbe hawa huitwa bakteria wawindaji. Hawa ni pamoja na vijiumbe kama vile "Myxococcus xanthus," ambao huunda kundi la seli ambazo huua na kumeng'enya bakteria yoyote wanayokutana nayo. Bakteria nyingine wawindaji ama hujiunganisha kwenye mawindo yao ili kuimeng'enya na kunyonya virutubisho, kama vile "Vampirococcus," au huvamia seli nyingine na kuzaana ndani ya sehemu wazi ya seli, kama vile "Daptobacter." Bakteria wawindaji zinadhaniwa kwamba zilitokana na saprophages ambao walikula mizoga, na kutokana na mazoea iliwawezesha kunasa na kuua vijiumbe wengine.