Vita kati ya Irak na Uajemi
Vita ilianza kwa mashambulio ya Irak dhidi ya Uajemi. Dikteta Saddam Hussein wa Irak alitaka kutumia nafasi ya kudhoofishwa kwa jeshi la Uajemi baada ya mapinduzi ya mwaka 1979. Mwaka ule serikali ya shah ya Uajemi ilipinduliwa na harakati iliyoongozwa na kiongozi Mwislamu Ruhollah Khomeini na maafisa wengi wa jeshi la shah ama waliuawa au kukimbia nchi. Saddam Hussein alilenga kushika utawala juu ya Shat al Arab ambayo ni mdomo wa mito Frati na Hidekeli kwenye ghuba ambako mizigo ya mafuta ya petroli ya Irak inapaswa kupita ikiuzwa nje. Alilenga pia kutwaa sehemu za Uajemi zilizokuwa na wasemaji wa lugha ya Kiarabu na sehemu hizi zinaitwa Khuzistan; Saddam alidai ya kwamba ilikuwa eneo la Kihistoria ya Irak iliyokamatwa na Uajemi.
Al-Qaeda
Zawahiri na EIJ, ambao walikuwa kama msingi wa al-Qaeda lakini pia wakishiriki katika shughuli zingine tofauti dhidi ya serikali ya Misri, walikuwa na bahati mbaya zaidi nchini Sudan. Katika mwaka wa 1993, msichana mdogo mwanafunzi wa shule aliuawa katika jaribio la EIJ lililotibuka kwenye maisha ya Waziri wa Mambo ya Ndani wa Misri, Hasan al-Alfi. Maoni ya umma ya Misri ikageuka dhidi ya ulipuaji wa mabomu na wanaharakati wa Kiislam na polisi wakawakamata zaidi ya wanachama 280 wa al-Jihad na kuwanyonga wasita wao.