Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Bakteria za Gram-chanya zina ukuta wa seli mnene ambao una rusu nyingi za peptidoglaikani na asidi ya teikoiki. Kinyume na matarajio, bakteria wa Gramu-hasi wana ukuta mwembamba uliyo na rusu chache za peptidoglaikani iliyozungukwa na utando wa pili wa lipidi wenyelipopolisakaride na lipoprotini. Bakteria wengi wana ukuta wa seli wa Gramu-hasi, na Fimikuti tu na Aktinobakteria ambao(asilia walijulikana kama bakteria wa G + C ya chini na G + C ya juu Gramu-chanya, mtawalia) huwa na mpangilio wa Gramu-chanya mbadala. Utofauti huu katika miundo unaweza kuleta tofauti katika kuathirika kwa antibiotiki, kwa mfano, vankomisin inaweza tu kuua bakteria wa Gram-chanya na hushindwa kuua pathojeni za Gram-hasi, kama vile "Haemophilus influenzae" au "Pseudomonas aeruginosa."