Kiini cha atomu
Ugunduzi wa nadharia ya atomu na wa kuwa ndani yake kuna elektroni ulileta maswali mengi ambayo awali hayakupatiwa majibu. Atomu ilijulikana kiumeme kuwa haikuwa na chaji ya aina yoyote, lakini chembe cha elektroni zilizomo ndani ya atomu zilijulikana kuwa na chaji hasi za umeme. Hivyo lazima ndani ya atomu (ambayo haina chaji) kutakuwa na chaji aina nyingine (ambayo ni lazima iwe chaji chanya) ambayo inaletwa uwiano sawa wa kuifanya atomu kwa jumla kutokuwa na chaji. Fumbo gumu zaidi lilikuwa ni kwa namna gani hizo aina mbili za chaji zinaweza kuwa zimejipanga ndani ya atomu.
Mawazo ya kwanza kabisa kuhusu muundo wa atomu yalitoka kwa J.J. Thomson. Mwanasayansi huyu alipendekeza kuwa atomu ni kama mpira ambao katika kuta zake una chaji chanya zenye ukubwa sawa na zile za hasi ambazo zinaelea ndani ya mpira. Hii ina maana kama utaweza kufikiria kuweza kuingiza mkono katika atomu na kama una bahati unaweza kutoa elektroni ndani ya atomu.
Molekuli
Atomi ndani ya molekuli hushikwa kwa nguvu ya elektroni au muungo atomia. Maungano ya atomi katika molekuli hufuata maumbile ya atomi. Maumbile haya Kwa mfano atomi za hidrojeni huwa na nafasi moja ya kushikana na atomi nyingine, oksijeni huwa na nafasi mbili ya kushikana na atomi nyingine. Kaboni ina nafasi nne na naitrojeni ina nafasi tatu. Hapo ni sababu ya kwamba maji ni molekuli ya HO yaani hidrojeni ina mkono mmoja na oksijeni ina mikono miwili hivyo atomi moja ya oksijeni ikishika atomi za hidrojeni (yenye mkono moja) mbili ni molekuli thabiti na imara hakuna mkono unaobaki.