Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Antibiotiki
Antibiotiki ya kwanza kutumiwa kama matibabu na kufanikiwa ilikuwa ni "tyrothricin", ambayo ilitolewa kutoka katika bakteria fulani wa udongoni na mwanasayansi Rene Dubos mnamo mwaka 1939. Kemikali hii ni sumu kali kwa matumizi ya kawaida lakini inatumika kwa matibabu ya nje (kiingereza "external treatment") ya maambukizi fulani. Antibiotiki zingine zilizongenezwa na bakteria wa udongoni ziitwazo "actinomycetes" zimefanikiwa sana. Mojawapo ni "streptomycin", iliyogunduliwa mwaka 1944 na Selman Waksman pamoja na washirika wake, ambayo wakati wa kipindi chake ilikuwa ndiyo tiba kubwa ya kifua kikuu.
Tangu antibiotiki zilipokuwa zinatumika kwa matumizi ya kawaida katika miaka 1950 zimeleta mabadiliko makubwa. Magonjwa mengi ambayo mwanzoni yalikuwa yanaongoza katika kusababisha vifo kama vile kifua kikuu, kichomi na "septicemia" yalianza kudhibitiwa. Shughuli za upasuaji pia ziliboreshwa kwa sababu shughuli ingeweza kufanyika kwa muda mrefu bila uwezekano wa maambukizi.