Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Penisilini
Hatua na njia za usafishaji/steralization zilijulikana heuristically kuweka kikazo kwa utokeaji na ueneaji wa ugonjwa. Hata hivyo, mfumo halisi wa mtindo kamili wa kiini,bakteria au virusi,vilikuwa nini,vilienezwa na nini na mitindo yao maalum ya kueneza na ushambulizi wa kibiolijia,vilivyoendelea kuwa ndani ya mwili katika sehemu ya seli,na utaratibu wa kibiolojia ya kemikali ya mtindo yao ya asili ndani ya miili ya viumbe hai ilikuwa haijulikani kwa undani,na ilikuwa haifikiriki katika mawazo ya karne ya 19 ya sayansi ya matibabu na mazoezi ya matibabu.