Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Kila spishi ya pathojeni ina tabia ya mwingiliano na miili ya binadamu . Baadhi ya viumbe, kama vile "Staphylococcus" au "Streptococcus," wanaweza kusababisha maambukizi ya ugonjwa wa ngozi, kichomi, ugonjwa wa uti wa mgongo na hata sepsis kupita kiasi, uvimbe wa mara kwa mara ambao huleta mshtuko, kunyong'onyea kwa mishipa ya damu na kifo. Hata hivyo, viumbe hawa ni sehemu ya kawaida ya binadamu na mimea na huwa kwenye ngoziau pua bila kusababisha ugonjwa wowote. Viumbe vingine husababisha magonjwa kwa binadamu, kama vile Rickettsia, ambayo ni kimelea cha ndani ya seli ambayo huweza kukua na kuzaa kama iko ndani ya viumbe wengine. Spishi moja ya Rickettsia husababisha homaya matumbo, ilihali nyingine husababisha homa inayopatikana maeneo ya milima. "Klamidia," kundi lingine la vimelea wa ndani, ina ina spishi ambazo zinaweza kusababisha kichomi, au maambukizi ya magonjwa ya njia ya mkojo na kuchangia katika magonjwa ya mishipa ya moyo. Mwisho kabisa, baadhi ya spishi kama vile Pseudomonas aeruginosa, Burkholderia cenocepacia, na Mycobacterium avium ni ni pathojeni ambazo hutaka kutumia hali fulani ya binadamu walio na uhaba wa kinga ya magonjwa ama chanagarawe za s aitiki.