Sudan Kusini
Katiba imeweka Tawi Kuu linaloongozwa na Rais ambaye ni Mkuu wa Nchi, Mkuu wa Serikali, na Kamanda Mkuu wa Sudan People's Liberation Army. John Garang, mwanzilishi wa SPLA / M alikuwa Rais wa kwanza hadi kifo chake tarehe 30 Julai 2005.
Al-Qaeda
Zawahiri na EIJ, ambao walikuwa kama msingi wa al-Qaeda lakini pia wakishiriki katika shughuli zingine tofauti dhidi ya serikali ya Misri, walikuwa na bahati mbaya zaidi nchini Sudan. Katika mwaka wa 1993, msichana mdogo mwanafunzi wa shule aliuawa katika jaribio la EIJ lililotibuka kwenye maisha ya Waziri wa Mambo ya Ndani wa Misri, Hasan al-Alfi. Maoni ya umma ya Misri ikageuka dhidi ya ulipuaji wa mabomu na wanaharakati wa Kiislam na polisi wakawakamata zaidi ya wanachama 280 wa al-Jihad na kuwanyonga wasita wao.