Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Antibiotiki
Utengenezaji wa antibiotiki huchukua muda mrefu na ni wa gharama sana. Kwanza, kiumbe kinachotengeneza antibiotiki inabidi kifahamike na antibiotiki hujaribiwa wa dhidi ya spishi mbalimbali za bakteria. Kisha kiumbe lazima kikuzwe ili kiweze kutoa antibiotiki kwa kiwango cha kutosha ili uchunguzi zaidi wa kikemikali uweze kufanyika kwa antibiotiki na kujaribu kuonyesha utofauti wake na zingine. Utaratibu huu ni tata kwa sababu kuna maelfu ya kampoundi ambazo hufanya kazi kama antibiotiki ambazo tayari zimeshagunduliwa, na bado zimekuwa zikirudiwa kugunduliwa tena. Baada ya antibiotiki kugunduliwa kufaa kwa ajili ya matumizi ya kutibu maambukizi katika wanyama, utengenezaji wa kiwango kikubwa huanza kufanyika.