Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Waa la Gram, iliyoasisiwa mwaka 1884 na Hans Christian Gram, inaweka bakteria katika makundi mbalimbali kwa msingi wa miundo ya kuta za seli zao. Rusu nene za peptidoglaikoni "Gram-chanya" kuta za seli huwa na baka la zambarau ilihali ile nyembamba nyembamba "Gram-hasi" ukuta wa seli huonekana kuwa wa waridi. Kwa kuchanganya mofolojia na madoa ya Gram, bakteria wengi wanaweza kuainishwa kama waliyo kwenye kundi moja kati ya makundi manne (Gram-positive cocci, bacilli Gram-positive, cocci Gram-negative na bacilli Gram-negative bacilli). Baadhi ya viumbe hutambulika vizuri kwa kutumia mabaka kando na baka la Gram, hususan maikobakteria au "Nokardia," ambao huonyesha kasi ya asidi wakati wako kwenye Ziehl-Neelsen au baka sawia na hilo. Baadhi ya viumbe wanaweza kutambuliwa kwa kuwalea katika mazingira na vifaa maalumu, au kwa mbinu nyingine, kama vile serolojia.