Nimonia
Bakteria nyingi huingia kwa mapafu kupitia Aspiresheni ndogo ndogo za vimelea vinavyoishi katika koo au pua. Nusu ya watu wenye afya huwa na asipiresheni hizi wanapolala. Ijapokuwa koo huwa na bakteria kila wakati, zenye uwezo wa kuambukiza huishi hapo nyakati fulani tu na katika hali fulani. Aina chache za bakteria kama "maikobkteria ya kifua kikuu" na "Legionella numofila" hufika kwenye mapafu kwa matone madogo ya hewani yaliyoambukizwa . Bakteria zinaweza pia kuenea kupitia kwa damu. Zinapofika mapafuni, zinaweza kuvamia nafasi zilizo kati ya seli na kati ya alveoli, ambapo makrofeji na nutrofili (seli nyeupe za damu zinazolinda) hujaribu kuzilemaza. Nutrofili pia hutoa sitokini, na kusababisha uamsho wa kijumla wa mfumo wa kingamwili. Hii ndiyo inayosababisha joto jingi mwilini, kutetemeka, na uchovu unaoshuhudiwa katika nimonia ya bakteria. Nutrofili, bakteria, na viowevu kutoka kwa mishipa ya damu iliyo karibu hujaa katika alveoli na kusababisha konsolidesheni ionekanayo kwa eksirei ya kifua.
Bakteria
Mara nyingi bakteria hujiunganisha kwenye sehemu zingine ili kuunda mikusanyiko mikubwa iitwayo biofilamu au mikeka ya bakteria. Filamu hizi zinaweza kuwa kati ya mikromita chache kwa unene hadi nusu mita kwa kina, na zinaweza kuwa na spishi nyingi za bakteria, protista na akea. Bakteria wanaoishi katika biofilamu huwa na mpangilio mgumu wa seli na vipengele vya nje ya seli, na kuunda maumbo ya daraja la pili kama vile mikrokoloni, umbo ambalo huwa na njia nyingi kuwezesha upitishaji wa virutubisho.