일본의 역사
이어서 일본에서는 조몬 문화(기원전 1만 3천 년 경부터 기원전 300년까지)라고 불리는 독자적인 신석기문화로 이행했다. 그 뒤에도 해진 현상(海進現像)이 계속되어, 일본 열도는 현재의 혼슈, 시코쿠, 규슈, 홋카이도의 네 개의 큰 섬과 수많은 작은 섬으로 분리되었다. 한민족을 비롯한 몽골계 인종과 시베리아 지역을 통해 왔다고 추정되는 아이누족, 남방 폴리네시아 지역에서 온 민족들이 일본 열도로 이주하여 오늘날의 일본인의 조상이 되었다. 이 사람들을 다른 지역에서 건너 온 사람이라 하여 도래인(渡來人)이라고 한다.
조몬 시대
조몬 시대의 종료는, 지역차가 매우 커서, 전형적인 수전경작을 특징으로 하는 야요이 문화가 등장하는 시기인 기원전 300년 정도로 추정된다. 흔히, 조몬 문화의 다음 시대는 오키나와에서는 패총시대후기, 동북 북부에서 홋카이도까지는 속 조몬 시대로 불린다.