조선
조선(1392~1897)의 역사는 크게 전기와 후기로 나누며, 전기를 다시 둘로 나눠 전기와 중기로 보아 전기-중기-후기로 보기도 한다. 이때 전기-후기를 나누는 기준은 임진왜란(1592~1598)이며, 전기-중기-후기를 나누는 기준은 전기와 중기는 중종반정(1506), 중기와 후기는 임진왜란 또는 병자호란(1636~1637)이다.
임진왜란
1549년 8월 15일 일본에 첫발을 내디딘 예수회의 프란치스코 하비에르 신부 일행은 사쓰마 국주 시마즈 다카히사()의 환대를 받는다. 그 곳에서 1년여간의 선교활동을 한 후 1550년 스오 국주 오우치 요시타카를 만나다. 하비에르 신부는 요시타카에게 화승총 등을 선물하고 교토에서 선교 허락을 받아낸다. 이후 일본에서 가톨릭 교세는 폭발적으로 성장하는 등 순조로웠다. 1587년 전국을 평정한 히데요시도 처음에는 교회 부지를 제공하고 선교를 적극 후원했다. 1589년 5월 히데요시는 예수회 신부 가스파르 코엘료()를 불러 은근히 중국과 조선의 침공에 대한 자신의 구상을 밝혔다. 그리고 만약 조선과 중국 정복에 성공하면 조선과 중국 각지에 교회를 지어 선교사들을 협력하겠다고 말하며 실제로 그때가 오면 포르투갈 군함 2척을 지원해 달라고 요청했다. 이에 대해 코엘료는 히데요시의 계획에 찬성할 뿐 아니라 자신의 영향력 하에 있는 기리시탄 영주들을 움직여 적극 협력하겠다고 제안했다. 예수회의 제안대로 고니시 유키나가 등 기리시탄 영주들은 임진왜란이 발발하자 최전방에서 앞장서서 조선군과 싸운다. 하지만 예수회의 제안은 반대로 화가 되었다. 히데요시는 기리시탄 영주들이 예수회 신부들의 명령에 따라 움직일 수 있다고 판단하고 이들을 경계하게 되고 1587년 6월 19일 바테렌 추방령을 내려 가톨릭 예수회를 탄압하는 요인으로 작용했다. 히데요시의 가톨릭 금교령과 선교사 예수회추방령에 다급해진 예수회 신부 알레산드로 발리냐노(예수회 동인도 관할구역 순찰사)는 예수회 신부의 자격이 아닌 인도총독의 사절 자격으로 1591년 3월 히데요시를 알현했다. 발리냐노는 히데요시에게 황금장식을 붙인 매우 아름답고 훌륭한 밀라노산 백색 갑주 2벌, 모두 은으로 된 매우 훌륭한 장식이 붙은 커다란 검 두 자루, 진귀한 두 자루의 총포, 총포로 사용할 수 있는 투리사드 하나, 야전용 천막 한 세트, 대단히 훌륭한 유화, 괘포 4매, 아라비아산 말 두마리 등을 선물로 바쳤다. 이 선물에 히데요시는 크게 기뻐하고 예수회 선교사들의 선교활동을 묵인했다. 이 때 히데요시와 예수회의 발리냐노간에 어떤 묵계가 오갔는지 알 수 없지만 이듬해 임진왜란이 발발함과 동시에 예수회의 기리시탄 영주들은 전장에서 최선봉에 나선다. 그 과정에서 임진왜란으로 일본 열도로 건너온 조선인들의 일부에게 가톨릭 전도를 하게 된다.
특히 일본이 임진왜란을 일으킬 당시 일본의 중국 공격 계획 역시 예수회 신부에 의해 작성되었다. 영국의 대중 역사 저술가이자 뉴욕타임즈 컬럼리스트를 역임한 폴 존슨(Paul Bede Johnson)은 그의 저서 《기독교의 역사》(포이에마.P 694) 에서 예수회의 알폰소 산체스 신부가 중국 정복 계획을 치밀하게 세웠고 일본인들이 이를 적극 지지하였다고 기록하고 있다. 알폰소 산체스 신부의 계획은 매우 치밀하였는데 그의 계획서에는 유럽에서 1만~1만2000명의 군대가 파견되어야 하고, 마닐라와 일본에서 5~6000명의 원주민을 동원해야 하며, 주력부대는 마닐라에서 출발하고 마카오와 광저우에 머루르고 있던 포르투갈인들이 협공을 해야한다는 내용이 들어 있었다. 이 계획은 스페인의 무적함대가 영국에 대항했던 바로 그 때에 구상되었는데, 유럽의 가톨릭교회와 대다수의 일본인들이 지지하였다. 산체스는 예수회 선교사들이 일본인 지원자들을 모집하는 데 협조할 것을 허가해 달라는 편지를 마닐라 주교에게 보냈다. 당시 일본 지도자들은 예수회와 스페인 관리들끼리 교환한 서신의 구체적 내용은 몰랐어도 이런 중국 침공 계획이 논의되고 있다는 사실은 파악하고 있었다.