미나모토노 요시쓰네
1181년 기요모리가 죽은 뒤 헤이케는 점차 기울기 시작했고, 각지에서 일어나는 겐지들의 반헤이케 거병에 밀린 헤이케는 결국 교토를 떠나 본거지인 서쪽으로 낙향하기에 이르렀고, 이때 안토쿠 천황과 삼종신기를 함께 가지고 가버린다. 주에이 2년(1183년) 7월에 기소 요시나카(木曾義仲, 미나모토노 요시나카)가 헤이시를 교토에서 몰아내고 가장 먼저 교토에 들어간다. 하지만 고시라카와 법황은 헤이시 추토의 공적을 논하면서 1등을 요리토모로 두고 요시나카를 2등으로 두는 등 요시나카를 낮게 평가하면서, 거꾸로 요리토모가 교토로 들어와주기를 기대하였다. 8월 14일에 요시나카는 후계 천황으로서 자신이 직접 옹립한 호쿠리쿠노미야(北陸宮)를 천거하지만 고시라카와 법황은 이에 격노하고, 요시나카를 제치고 요리토모에게 선지를 내려(주에이 2년 10월의 선지) 요리토모에게 간토 지역의 지배권을 인정해주기에 이르면서 양자간의 대립은 격화된다. 요리토모는 윤10월 5일에 가마쿠라를 떠났지만, 다이라노 요리모리로부터 교토의 심각한 식량부족 상황을 전해듣고 교토로 가는 것을 중지하고, 대신 요시쓰네와 나카하라노 지카요시(中原親能)를 대관으로서 교토에 보냈다. 당시 구교였던 구조 사다자네의 일기 《교쿠요》윤 10월 17일조에는 "'요리토모의 아우인구로(九郞)'라는 자가 대장군으로서 수만의 군병을 거느리고 교토로 왔다"고 하면서, 구로에 대해서 "이름은 모르겠다"고 적었다. 이것이 귀족의 일기에 요시쓰네가 처음으로 등장하는 사례이다.
미나모토노 요시쓰네
요시쓰네와 지카요시는 11월에 오미 국에 이르렀는데, 그 군세는 5,6백 기에 달하는 것으로서 모두 다 데리고 교토로 가는 것은 어려웠다. 그 사이 요시나카와 법황 사이에 무력 충돌이 발발하여, 요시나카가 법황군이 있던 법주사전을 쳐서 법황을 유폐하는 지경까지 이르렀다. 이세 국에서 법황의 북면무사였던 오에노 기미토모(大江公朝)로부터 교토의 소식을 전해들은 요시쓰네는 다급히 사태의 급변을 요리토모에게 보고하는 한편, 스스로 이세 국 사람들이나 이즈미노카미(和泉守) 다이라노 노부카네(平信兼)와 연계하여 병력 증강에 힘썼다. 요시쓰네의 노토(郎党)로 꼽히는 이세노 요시모리(伊勢義盛)도 이세의 재지무사로서 이때 요시쓰네를 따랐을 것으로 보인다. 이듬해인 주에이 3년(1184년) 정월에 노리요리가 도고쿠에서 원병을 거느리고 와서 요시쓰네와 합류하고, 20일에 노리요리군은 오미 국 세타에서, 요시쓰네군은 야마시로 국 다와라(田原)에서 총공격을 개시했다. 그리고 우지 강의 싸움에서 요시나카의 부하 장수 시다 요시히로(志田義廣)의 군세를 쳐부수고 교토로 들어왔다. 도망친 요시나카는 구리쓰(粟津)의 싸움에서 전사했다.