나일 해전
이미 그의 군대를 상륙시킨 나폴레옹은 이집트 정복을 끝내고 시리아를 정복하기 위해 출진했다. 그러나 파리의 정치적 상황이 급변했다. 그는 그의 병사를 방기하고 허를 찌르는 방법을 통해 프랑스로 떠났다. 그리고 스스로를 제1집정관으로 하여 기반을 단단히 했다. 나폴레옹은 1804년 11월 2일 스스로 황제로서 대관한다.
프랑스 황태자 나폴레옹
그의 죽음으로 나폴레옹 황실의 가계는 단절되었다. 황태자의 사망으로 5촌 당숙이자 제롬과 카타리나의 둘째아들인 나폴레옹 조제프 샤를 폴 보나파르트(일명 플롱플롱)가 보나파르트 황실의 수장이 되었어야 하나 그를 싫어한 나폴레옹 황태자는 유언장에 자신의 후계자로 나폴레옹 조제프의 장남인 나폴레옹 빅토르를 지명하였다. 따라서 황실의 수장은 나폴레옹 빅토르가 되었으며, 그는 지지자들에게 나폴레옹 5세로 불린다.