물질
입자에 의한 물질의 정의에 따르면 원자는 경입자의 일종인 전자와 쿼크에 의해 이루어진 바리온인 양성자, 중성자로 이루어진다. 이렇게 이루어진 원자는 다시 분자를 구성한다. 이러한 의미에서 원자와 분자를 물질의 기본단위로 정의할 수 있다. 이러한 정의는 이온과 같이 원자가 아닌 상태의 물질에서도 적용될 수 있다.
상대적 실재
그렇기 때문에 상징으로서의 원자는 개별적이며 독립적으로 존재하는 원자의 관찰이 아니라 원자는 단지 관측 매질과 관련해서만 정의될 수 있다.