엽록체
그럼에도 불구하고 엽록체는 시아노박테리아(남조균)와 유사한 특징을 가지고 있다. 엽록체는 미토콘드리아와 같이 에너지 대사에 관련된 자체적인 DNA와 2중막(외막, 내막)구조를 가지고 있으며 내막은 구불구불 주름이 잡혀있다. 엽록체의 내막은 광합성에 관련된 단백질들로 구성되어 있는데 시아노박테리아의 세포막 또한 같은 역할을 한다. 엽록체는 태양으로부터 오는 빛에너지를 광합성과정을 통하여 ATP, NADP에 저장한다. 이와 같은 공통점 때문에 미토콘드리아가 호기성세균에서 유래된 것과 같이 엽록체 또한 시아노박테리아의 (진핵)세포내 공생으로 유래되었다고 보고 있다.
원생생물 중(heterokonts, Euglenozoa, Cercozoa) 엽록체의 막이 3-4겹으로 이루어진 무리들이 있는데, 이들은 진핵생물이 다른 진핵생물 안으로 들어가 2차 세포내 공생을 한 것으로 보인다. 2차 세포내 공생을 한 원생생물들이 또 다른 진핵생물 안에서 공생할 경우 3차 세포내공생이 이루어질 것이라고 보고 있다.
소포체
소포체는 핵막에서 부풀어 오른 막이 관(管)과 cisterna(소포보다 큰 주머니 모양의 구조)를 이루고 세포골격(cytoskeleton)이 이들을 엮어 그물모양을 이루고 있다. 막은 세포질과 분리되는 빈 공간을 형성하여 시스터나의 내강(內腔)을 형성한다. 소포체막 일부는 핵막의 외막과 이어져 있으므로 소포체의 시스터나 내강은 핵막의 내/외층 사이의 공간과 이어져 있다.
소포체의 일부는 리보솜으로 덮여있으며,(리보솜은 핵의 지시를 따라 아미노산을 조립하여 단백질을 합성한다.) 전자현미경으로 보면 표면이 거칠게 보이므로 리보솜으로 덮인 소포체를 조면소포체라 부른다. 리보솜이 없는 부분은 반대로 매끄럽게 보이며, 활면소포체로 불린다. 조면소포체 상의 리보솜은 새로 합성한 단백질을 다음 단계인 소포체 내부로 이동시킨다. 이후 이 단백질은 골지체로 운반된다(그림 1). 조면소포체 및 활면소포체는 모양에서뿐만 아니라 기능에서도 차이를 보인다.