원자
원자(原子, atom)는 화학 반응을 통해 더 쪼갤 수 없는 단위를 말한다. 현대 물리학의 관점에서 볼 때 원자는 원자핵과 전자로 이루어져 있으며, 원자핵은 중성자와 양성자로 구성된다. 또 핵반응을 통해서는 더 작은 단위로 나뉜다. 원자와 혼동하기 쉬운 개념으로 '원소'를 들 수 있는데, 원자가 물질을 구성하는 기본 입자라고 한다면, 원소는 물질을 이루는 성분의 종류라고 하겠다. 한편, 여러 원자의 화학적 결합으로 이루어진 분자는 물질의 성질을 가지는 가장 작은 입자이다.
원질
원질을 바라보는 관점은 크게 두 가지로 나눌 수 있는데, 우선 근세 자연과학에서 말하는 원질은 주로 양(量)화가 가능한 물질적인 개념을 일컫는다. 예를 들어 protyle은 옛날 화학에서 모든 원소의 근원 물질이라고 여겨졌던 것을 말한다. 하지만 철학적 가치론에서는 원질을 양화되지 않는 성질로 정의한다. 다시 말해 철학적인 관점에서는 원질이 사물이나 현상의 근원을 이루는 성질인, 원리의 개념으로 쓰일 수 있다. 이는 물질뿐만 아니라 동양 철학에서 말하는 이(理), 기(氣), 도(道)를 포함할 수 있는 개념이다.