자연주의 (철학)
철학적 자연주의의 이론이 처음으로 등장한 것은 이오니아의 소크라테스 이전 철학자들의 글이었다. 특별히 과학의 아버지로 불리는 탈레스가 처음으로 자연현상을 초자연적인 원인을 사용하지 않고 설명했다. 초기 그리스 철학에 대한 조너선 바르네스(Jonathan Barnes)의 소개는 이러한 초기 철학자들을, 자연주의를 미리 예견이라도 한 것처럼 경험적인 원리에 따라 자연을 연구한 사람들로 묘사하고 있다.
입자물리학
19세기 존 돌턴은 자신의 이론인 화학양론을 이용하여 자연의 요소 각각이 고유한 한 종류의 입자로 구성되어 있다는 결론을 내렸다. 돌턴과 그의 동시대인들은 자연은 기본 입자로 구성되어 있다고 믿었고 이 이름을 그리스어로 "나눌 수 없는"을 의미하는 'atomos'를 딴 'atoms'이라는 이름을 붙였다. 그러나, 이 세기 후반에 물리학자들은 사실 원자가 가장 작은 기본 입자가 아니며 더 작은 입자가 있다는 것을 발견했다. 20세기 초 핵물리학 및 양자역학의 절정에 달할 때 1939년 리제 마이트너가 오토 한의 실험에 기반을 두어 핵분열을 증명하고, 같은 해 한스 베테가 핵융합을 증명했다. 이 발견은 다른 원자로부터 한 원자를 만들어내는 산업을 활성화시켰고, 수익성은 없지만 크라에소포에아도 가능하다. 또한, 이같은 발견으로 핵무기 개발을 주도했다. 1950년대부터 60년대까지 충돌 실험으로 다양한 입자들이 발견되었다. 이것으로인해 입자 동물원이라는 용어가 붙었다. 이 용어는 1970년대 많은 수의 입자가 상대적으로 적은 기본 입자로 설명할 수 있는 표준 모형이 발견되면서 사용하지 않게 되었다.