미나모토노 요시쓰네
1181년 기요모리가 죽은 뒤 헤이케는 점차 기울기 시작했고, 각지에서 일어나는 겐지들의 반헤이케 거병에 밀린 헤이케는 결국 교토를 떠나 본거지인 서쪽으로 낙향하기에 이르렀고, 이때 안토쿠 천황과 삼종신기를 함께 가지고 가버린다. 주에이 2년(1183년) 7월에 기소 요시나카(木曾義仲, 미나모토노 요시나카)가 헤이시를 교토에서 몰아내고 가장 먼저 교토에 들어간다. 하지만 고시라카와 법황은 헤이시 추토의 공적을 논하면서 1등을 요리토모로 두고 요시나카를 2등으로 두는 등 요시나카를 낮게 평가하면서, 거꾸로 요리토모가 교토로 들어와주기를 기대하였다. 8월 14일에 요시나카는 후계 천황으로서 자신이 직접 옹립한 호쿠리쿠노미야(北陸宮)를 천거하지만 고시라카와 법황은 이에 격노하고, 요시나카를 제치고 요리토모에게 선지를 내려(주에이 2년 10월의 선지) 요리토모에게 간토 지역의 지배권을 인정해주기에 이르면서 양자간의 대립은 격화된다. 요리토모는 윤10월 5일에 가마쿠라를 떠났지만, 다이라노 요리모리로부터 교토의 심각한 식량부족 상황을 전해듣고 교토로 가는 것을 중지하고, 대신 요시쓰네와 나카하라노 지카요시(中原親能)를 대관으로서 교토에 보냈다. 당시 구교였던 구조 사다자네의 일기 《교쿠요》윤 10월 17일조에는 "'요리토모의 아우인구로(九郞)'라는 자가 대장군으로서 수만의 군병을 거느리고 교토로 왔다"고 하면서, 구로에 대해서 "이름은 모르겠다"고 적었다. 이것이 귀족의 일기에 요시쓰네가 처음으로 등장하는 사례이다.
다이라노 기요모리
닌난 3년(1168년) 기요모리는 병으로 쓰러져 출가했다. 원인은 스뱌쿠(寸白, 기생충의 병)라고 하였다. 기요모리의 병이 정국 불안을 가져올 것을 두려워한 고시라카와 상황은 당초 예정을 앞당겨 로쿠조 천황을 노리히토 친왕에게 양위시키는 것으로 체제의 안정을 기도했다. 병이 낫자 기요모리는 후쿠하라(福原)에서 별장 유키미노고쇼(雪見御所)를 짓고 예전부터 염원하던 이쓰쿠시마 신사의 정비와 일·송 무역의 확대에 몰두했다. 가오(嘉應) 원년(1169년) 고시라카와 상황은 출가해 법황이 되고, 기요모리는 고시라카와 법황과 더불어 도다이사(東大寺)에서 수계(受戒)를 받았다. 이는 도바 법황과 후지와라노 다다자네(藤原忠實)가 같은 날 수계를 받은 예를 모방한 것이었다. 이 무렵 고시라카와 법황이 후쿠하라를 방문한 송나라 사람과 면회하기도 하고, 기요모리의 딸 도쿠코가 다카쿠라 천황에게 출가하였으며, 후쿠하라에서 고시라카와 법황과 기요모리가 천승공양을 베풀면서 양자의 관계는 우호적으로 변했다. 또한 헤이시 일족의 융성도 극에 달하여 일족이 주요관직을 독점하고, 전국에 500여 개의 장원(莊園)을 보유한 것은 물론 송나라와의 교역으로 막대한 재화를 손에 쥐어, "헤이씨가 아니면 사람도 아니다"라는 얘기까지 나올 정도였다.