나일 해전
이미 그의 군대를 상륙시킨 나폴레옹은 이집트 정복을 끝내고 시리아를 정복하기 위해 출진했다. 그러나 파리의 정치적 상황이 급변했다. 그는 그의 병사를 방기하고 허를 찌르는 방법을 통해 프랑스로 떠났다. 그리고 스스로를 제1집정관으로 하여 기반을 단단히 했다. 나폴레옹은 1804년 11월 2일 스스로 황제로서 대관한다.
영국-프랑스 관계
1808년 나폴레옹이 자신의 형 조제프 보나파르트 - 그는 이미 나폴레옹에 의해 1806년부터 나폴리와 시칠리아의 국왕에 임명된 상태였다 - 를 스페인 왕위에 올렸다. 이에 반발한 민중은 5월 2일 마드리드에서 봉기했다. 이 반란은 삽시간에 스페인 전역으로 확산되었다. 반란을 지원하기 위해 영국은 웰즐리(후에 웰링턴 공작)의 부대를 파견하였다. 11월 나폴레옹은 직접 20만 대군을 이끌고 스페인을 침공해 1809년 1월까지 영국군을 몰아낸 후, 전후 처리를 술트 원수에게 맡기고 귀환했다. 그러나 그 뒤에도 스페인 측은 게릴라전과 영국의 지원을 받으며 완강한 저항을 계속했다. 이 반도(半島) 전쟁은 진흙탕 전쟁으로 변하고, 프랑스는 대군을 몰아넣었으나 최종적으로 패배했다. 영국은, 나폴레옹이 스페인에서 고전하는 것을 목격한 오스트리아와 제5차 대프랑스 동맹을 결성했다.(1809년 4월)