백악기
백악기 초기에서 중기에 이르기까지 하늘에는 익룡이 날아다녔다. 이후 공룡의 일부가 방산 적응의 결과 조류로 진화하였다. 수각아목에 속하는 발가락이 셋 달린 공룡인 코에루로사우루스류가 이시기에 출현하였으며 이 가운데 일부가 진화하여 조류가 되었다. 조류는 백악기 말에 있었던 대멸종에서도 살아남아 오늘날까지 유지되고 있다.
공룡 르네상스
이 상황은 1964년까지 계속되었다. 1964년, 존 오스트롬이 작은 육식성 공룡을 발견하여 데이노니쿠스 안티로푸스("Deinonychus antirrhopus")라고 명명했는데, 데이노니쿠스는 수각류 공룡으로 골격구조가 새와 매우 비슷하다는 것에는 의심의 여지가 없었다. 이 발견으로 인해 오스트롬은 헉슬리가 옳았으며 새가 정말로 공룡으로부터 진화한 것이라고 주장하게 되었다. 오스트롬이 새와 공룡을 연결시키게 한 것은 데이노니쿠스였지만 그와 마찬가지로 새와 비슷한 공룡인 벨로키랍토르 등은 수십 년 전에 알려져 있었음에도 불구하고 이를 새와 연결시킨 사람은 없었다.오스트롬의 발견 이후 새가 공룡으로부터 진화했다는 생각은 고생물학자들 사이에 지지를 받기 시작했고 오늘날에 와서는 거의 모두가 수긍하고 있다. 분지학과 같은 새로운 방법론과 여러 깃털 공룡의 발견이 이 관계를 더 확실하게 해주었다.