조몬 시대
조몬 시대()는 일본의 신석기시대 중 기원전 1만4000년부터 기원전 300년까지의 시기를 말한다. 일반적인 석기 시대의 구분으로는 기원전 7000년까지의 전반기는 후기 구석기 시대에 해당하고, 후반기는 신석기 시대에 해당한다. 1만년 전에는 일본 열도가 한반도로부터 완전히 분리되었고, 그 뒤에도 해진 현상(海進現像-해수면의 상승이나 지반의 침강에 의하여 육지 위로 해수가 침입하는 현상)이 계속되어, 일본 열도는 현재의 혼슈, 시코쿠, 규슈, 홋카이도의 네 개의 큰 섬과 수많은 작은 섬으로 분리되었다. 그 이전부터 일본 열도로 이동했던 무리가 고립되어 독자적인 신석기문화인 조몬 문화가 성립하였다. 이 문화를 남긴 자들을 조몬인(繩文人)이라고 부른다. 한반도를 통해 왔을것으로 추정되는 몽골계 인종과 시베리아 지역을 통해 왔다고 추정되는 아이누족 등의 민족들이 일본 열도로 이주하여 오늘날의 일본인의 조상이 되었다. 이 사람들을 다른 지역에서 건너 온 사람이라 하여 도래인(渡來人)이라고 한다.
야마토 시대
야마토 정권이 정확히 언제부터 시작되었으며 언제부터 주변 부족들을 제치고 일본을 대표하는 위치를 얻었느냐에 대해서는 항상 논란이 있어왔다. 현재까지 고고학, 역사적으로 연구한 바에 따르면 4세기 초에 긴키내(近畿內)의 야마토를 중심으로 통일국가가 생겼다. 이후 야마토 정권은 기타규슈 시(北九州)를 포함해 점차 지배권을 넓히기 시작했다. 5세기에는 일본 대부분을 지배하였다. 이 때부터 세습제를 확립해 국호를 야마토로 하고, 현재 일본 천황의 전신인 오키미(大王)가 군림하였다. 오키미 밑에는 귀족계급이 형성되어 성(姓)을 부여받고 광대한 토지와 백성을 소유하였다. 6세기부터는 일본 내에서 절대적으로 우세한 위치를 점했다. 7세기 쇼토쿠 태자는 한국과 중국의 제도, 문물 등을 수입하여 국내의 제반 체제를 혁신하고 아스카 문화를 꽃피었다. 이는 640~650년대의 다이카 개신의 기초가 되었다.