반한 감정
조선 시대에 이르러, 일본 내 반한 감정은 다시 점화되었다. 1592년 도요토미 히데요시는 임진왜란을 일으켜 조선을 대대적으로 침공하였는데, 이 과정에서 김시민 등의 조선 장수에게 당한 패배에 대한 반발 심리를 기반으로 만든 가부키 공연이 나타나기도 하였다.
조선 통신사
조선 후기에 통신사 파견 요청 자체가 전적으로 에도 막부 측의 강력한 요청에 따른 것이었으며, 임진왜란 이전까지는 그에 대응할 만한 일본국왕사가 있었다. 또한 그 이후에는 임진왜란 당시 도요토미 히데요시의 조선 침공군이 일본국왕사의 상경로로 침공한 일에 대한 응분의 조치로 일본 사절단의 상경을 거부하였기 때문에, 일본 막부 측에서 조선 국왕의 즉위를 축하하기 위해 대마도로 하여금 대차왜(大差倭)를 파견하게 하였다.