토머스 제퍼슨
제퍼슨은 미국 독립기념일인 1826년 7월 4일에 향년 83세로 사망하였는데 향년 그 날은 미국 독립선언 50주년이 되는 날이었다. 공교롭게도 같은 날, 독립 선언서를 같이 쓴 동지이자, 부통령 재임 당시 대통령으로 가장 큰 정적 중 하나, 그러나 화해하고 다시 좋은 친구로 지냈던 존 애덤스도 사망하였는데 애덤스는 제퍼슨이 죽고 몇 시간 뒤에 세상을 떴다. 애덤스가 죽기 전 마지막으로 남긴 말이 "토머스 제퍼슨은 아직 살아 있는데…"라고 하였으나, 이미 그 시간 제퍼슨은 세상을 떠나고 없었다.
존 애덤스
그 이후, 그는 그의 고향인 브레인트리로 돌아왔고 세상을 떠날 때까지 25년간 저술활동에 전념했다. 오랜 동지이자 정적이기도 했던 제퍼슨과 마지막엔 화해를 하게 되었다. 만년에는 우울증을 앓기도 했으며 1826년 7월 4일 미국이 독립한 지 50년이 되는 해, 존 애덤스는 토머스 제퍼슨과 같은 날에 세상을 떠났다. 사망 당시 그의 나이 90세였다.