오사마 빈라덴
거듭된 부인 끝에 오사마 빈라덴은 2004년에야 미국에서의 2001년 9월 11일의 테러 행위가 자신들의 소행임을 알자지라 방송을 통해 인정하였다. 이 사태는 4대 민간 항공기를 공중납치하여 건물에 충돌시키는 방법으로 세계 무역 센터 건물을 붕괴시키고 버지니아주의 펜타곤(미 국방성 건물) 건물을 일부 파괴하였다. 이 사건으로 2974명의 무고한 인명과 19명의 공중납치범들이 사망하였다. 사태에 대한 대응으로 미국은 '테러와의 전쟁'을 선포하였으며 아프가니스탄에서의 탈레반 조직을 공격하고 알카에다 조직원들에 대한 체포에 돌입하였으며, 여러 국가들이 향후의 테러 공격에 대비하기 위해 대(對)테러 준비를 강화하였다. CIA에 신설된 특별 부서는 빈라덴을 추적하여 생포하거나 제거하는데 초점을 맞추었다.
우간다 내전
무세베니와 그의 지지자들은 우간다의 남서부로 후퇴하여 대중 저항군(Popular Resistance Army, PRA)를 조직했다. 대중저항군은 이후 전(前)대통령이었던 룰레가 이끌던 우간다 자유 전사(Uganda Freedom Fighters, UFF)와 합쳐져 민족 저항군(NRA)과 이의 정치 조직인 민족 저항 운동(National Resistance Movement, NRM)을 만들었다. 이후 다른 두 반란 단체인 우간다 민족 구조 전선(Uganda National Rescue Front, UNRF) 및 전(前) 우간다 국군(Former Uganda National Army, FUNA)이 나일강 서부에서 남겨진 아민 지지자들을 중심으로 형성되어 우간다 민족 해방군과 싸웠다. 폴 카가메와 르완다에서 온 망명자들(후일 르완다 애국 전선을 형성한다)은 이 전쟁에서 무세베니의 민족 저항군의 편에서 싸웠다. 탄자니아에서 첩보원으로 훈련된 카가메는 무세베니의 방첩 부대장이 되었다.