노량 해전
그러나 이순신을 삼도수군통제사에 다시 임명하여 전세를 가다듬은 조선 수군이 명량 대첩에서 일본 수군을 격파하고, 도독 유정과 진린이 이끄는 명나라 수군의 참전으로 남부 해상권이 조명 연합군에게 다시 넘어가게 되자, 해상 보급로를 완전히 차단당한 일본군은 고전을 면치 못하였다. 그러다 이듬해인 1598년 음력 8월 18일 도요토미 히데요시까지 사망하고, 뒤늦게 이 소식을 접한 조선 주둔 일본군의 수뇌부는 난관에 빠지게 된다.
오사카 전투
도요토미 히데요시가 죽은뒤 도요토미 정권은 오대로 중 한 명인 도쿠가와 이에야스가 영향력을 강화해 1600년(게이초 5년) 오봉행 중 한 명인 이시다 미쓰나리(石田三成)가 봉기하여 일으킨 세키가하라 전투에서 미쓰나리를 격파했다. 도쿠가와 이에야스는 전후처리와 논공행상을 통해 주도권을 장악한다.