공통 조상의 증거
지금까지 알려진 지구상의 모든 생물들은 본질적으로 동일한 세포 구조로 이루어져 있다. 원핵생물을 포함한 모든 세포는 RNA, DNA와 같은 유전 물질을 통해 단백질을 생성하고 생장한다. 또한 진핵생물은 리보솜, 미토콘드리아와 같은 세포 소기관을 지니고 있으며 이들의 구성 방식과 역할은 생물 종과 관계없이 똑 같다. 이는 모든 생물이 동일한 공통 조상에서부터 진화한 것임을 뒷받침한다.
생물속생설
생물속생설(biogenesis, 生物續生說)은 모든 생물은 생물에서 발생한다는 가설으로 자연발생설을 반증하면서 나타난 것이다. 19세기 프랑스의 루이 파스퇴르의 목이 긴 S자형 플라스크에 담긴 고기즙 실험으로 확립하게 되었다. 파스퇴르는 백조의 목처럼 긴 S자형의 플라스크에 고기즙을 넣고 멸균한뒤 S자 형의 굽은 부분에 물을 채워넣어 공기가 침투하지 못하도록 하였다. 이후 고기즙이 장기간 방치해도 상하지 않은 것을 보고 미생물도 모체가 없으면 생기지 않는다는 것을 알아냈다. 세균의 자연발생설이라는 것은 공기 속의 포자(胞子)가 침입하여 번식한 것에 지나지 않는다는 것을 실험으로 증명하여 자연발생설을 부정하였다.