나일 해전
이미 그의 군대를 상륙시킨 나폴레옹은 이집트 정복을 끝내고 시리아를 정복하기 위해 출진했다. 그러나 파리의 정치적 상황이 급변했다. 그는 그의 병사를 방기하고 허를 찌르는 방법을 통해 프랑스로 떠났다. 그리고 스스로를 제1집정관으로 하여 기반을 단단히 했다. 나폴레옹은 1804년 11월 2일 스스로 황제로서 대관한다.
칼 14세 요한
1804년 나폴레옹이 황제에 즉위하자 원수로 발탁되어 1806년 로마와 나폴리의 중간에 있던 퐁테코르보 대공에 임명되었다. 이러한 승진 배경에는 자신이 버렸던 여성 데지레에 대한 나폴레옹의 사죄의 의미가 포함되었기에 이루어진 것으로 베르나도트 자신은 이러한 승진에 걸맞은 무훈을 세우지는 못했다. 베르나도트는 1806년경부터 나폴레옹을 멀리 하기 시작했다. 그 태도가 경계받아 군사재판에 결부되기도 했다. 그러나 데지레 클라리의 일 때문에 이 사건을 피할 수 있었다.