오사마 빈라덴
거듭된 부인 끝에 오사마 빈라덴은 2004년에야 미국에서의 2001년 9월 11일의 테러 행위가 자신들의 소행임을 알자지라 방송을 통해 인정하였다. 이 사태는 4대 민간 항공기를 공중납치하여 건물에 충돌시키는 방법으로 세계 무역 센터 건물을 붕괴시키고 버지니아주의 펜타곤(미 국방성 건물) 건물을 일부 파괴하였다. 이 사건으로 2974명의 무고한 인명과 19명의 공중납치범들이 사망하였다. 사태에 대한 대응으로 미국은 '테러와의 전쟁'을 선포하였으며 아프가니스탄에서의 탈레반 조직을 공격하고 알카에다 조직원들에 대한 체포에 돌입하였으며, 여러 국가들이 향후의 테러 공격에 대비하기 위해 대(對)테러 준비를 강화하였다. CIA에 신설된 특별 부서는 빈라덴을 추적하여 생포하거나 제거하는데 초점을 맞추었다.
아프가니스탄 전쟁 (2001년-현재)
초기 침공에서 패배한 이후, 무하마드 오마르가 탈레반을 재조직했고, 이들은 2003년부터 정부와 국제안보지원군에 맞서 반란을 일으켰다. 무기가 열악했고 수적으로 불리했음에도 불구하고 탈레반, 하카니 네트워크, 헤즈비 이슬라미 굴부딘을 비롯한 여러 무장단체의 반군들은 게릴라전, 교외 매복, 도심 지역에서의 자살 테러, 그리고 변절자들의 살해 등을 효과적으로 수행하며 전쟁을 소모전으로 이끌었다. 탈레반은 세계에서 가장 부패한 국가들에 속하는 아프가니스탄 정부의 취약점을 이용했다. 탈레반은 남부와 동부의 교외 지역에서 다시 영향력을 발휘하기 시작했다. 국제안보지원군은 2006년 마을 소탕 및 방어 계획인 대반란 작전을 위해 군사를 파병함으로써 이에 대응했다. 2007년부터 2009년까지 폭력이 급속하게 증가했다. 국제안보지원군이 탈레반 반군들과 맞서 싸우고 있는 동안, 북서 파키스탄 전쟁이 발발했다. 2009년 군대 수가 증가한 이래로, 2011년까지 군대 수는 향상세를 보였고, 2011년 아프가니스탄 주둔 미군과 국제안보지원군에서 활동하는 외국군은 140,000명에 이르렀다. 이들 중 100,000명이 미군이었다. 2011년 5월 1일 네이비 실은 파키스탄 아보타바드에서 오사마 빈라덴을 사살했다.