국가재건최고회의
1963년 10월 15일 치러진 제5대 대통령 선거에서 박정희는 84.99％의 투표율에 470만 2700여표(유효투표의 약 46.7％)를 얻어 야당 후보인 민주당의 윤보선을 15만여 표의 근소한 차이로 누르고 제5대 대통령에 당선됐다. 대통령선거운동 기간 중 박정희는 윤보선으로부터 남로당 활동 등 과거전력에 대한 사상공세를 당하기도 했다. 박정희에 대한 지지율은 도시보다 농촌지역에서, 중부지역보다 영호남 등 남부지역에서 높았다.
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박정희는 집권 초 미국으로부터 승인받지 못하였고, 원만하지 못한 관계를 형성했다. 군사 정변 초기부터 공산주의자라는 의혹을 받았고 이 의혹은 1960년대 내내 박정희를 국내외에서 괴롭혔다. 1961년 11월 박정희는 미국을 방문하여 대통령 면담을 신청했으나 거절당하였고, 12월에도 거절당하였다. 1962년 11월에 가서야 미국 대통령 존 F. 케네디를 만날 수 있었다.