엽록체
그럼에도 불구하고 엽록체는 시아노박테리아(남조균)와 유사한 특징을 가지고 있다. 엽록체는 미토콘드리아와 같이 에너지 대사에 관련된 자체적인 DNA와 2중막(외막, 내막)구조를 가지고 있으며 내막은 구불구불 주름이 잡혀있다. 엽록체의 내막은 광합성에 관련된 단백질들로 구성되어 있는데 시아노박테리아의 세포막 또한 같은 역할을 한다. 엽록체는 태양으로부터 오는 빛에너지를 광합성과정을 통하여 ATP, NADP에 저장한다. 이와 같은 공통점 때문에 미토콘드리아가 호기성세균에서 유래된 것과 같이 엽록체 또한 시아노박테리아의 (진핵)세포내 공생으로 유래되었다고 보고 있다.
원생생물 중(heterokonts, Euglenozoa, Cercozoa) 엽록체의 막이 3-4겹으로 이루어진 무리들이 있는데, 이들은 진핵생물이 다른 진핵생물 안으로 들어가 2차 세포내 공생을 한 것으로 보인다. 2차 세포내 공생을 한 원생생물들이 또 다른 진핵생물 안에서 공생할 경우 3차 세포내공생이 이루어질 것이라고 보고 있다.
후기 발생
한편, 내배엽성인 배막이 뻗어 난황낭이 되는데, 이 난황낭은 난황을 싸는 주머니로서 배에 양분을 공급하며, 특히 조류에서 크게 발달되어 있다. 중배엽과 내배엽에서 생긴 요막은 길게 뻗어 장막과 양막 사이에 요낭을 만든다. 파충류와 조류에서 요막은 장막과 결합하여 장뇨막이 되는데, 이것은 알껍질 밑에 크게 퍼지며, 혈관이 많이 분포되어 있어서 배의 호흡 기관으로서의 기능을 지닌다. 특히 포유류에서는 요막이 발달하여, 일부에서 장막과 합쳐져 태반을 형성한다. 태반을 형성하고 있는 장막 외부에는 융털 돌기가 촘촘하게 있으며, 거기에 요막 혈관이 분포되어 있다. 이 요막 혈관과 난황낭 혈관이 합쳐져서 탯줄이 형성되는데, 이 탯줄을 통하여 태아와 모체와의 사이에 양분 공급·가스 교환·노폐물 배설 등이 이루어진다. 이와 같은 배막 구조와 기능은 어류에서 고등 동물에 이르기까지 그 발달 단계가 다르다.