만투하이 카툰
그러다가 타이슨 칸의 이복 동생인 만두굴이 1475년 칸 위에 오르게 되는데, 1478년 만두굴 칸은 타이슨 칸의 손자와 권력 다툼을 벌이다 사망하였다. 그러나, 권력싸움에서 이긴 타이슨 칸의 손자 볼후 진왕도 칸의 자리에 오르지 못하고 피살되었다.
모굴리스탄 칸국
17세기 초, 모굴리스탄 칸국은 결국 두 개의 칸국으로 분열된다. 하나는 야르칸드를 수도로 하였고, 또 하나는 투르판을 수도로 하였다. 1638년/1639년, 투르판의 칸 압둘라가 야르칸드를 정복하여 연합된 칸국을 재건했다. 그러나 연합된 칸국은 1680년 경, 갈단보쇽투 쿤타이지가 야르칸드와 카쉬가르를 정복하고, 차가타이 가문 최후의 군주, 이스마일 칸을 생포해 중가르로 돌아간 뒤에 사실상 붕괴했다.