아미노산
아미노산(영어: amino acid)은 생물의 몸을 구성하는 단백질의 기본 구성단위이다. 단백질을 완전히 가수분해하면 암모니아와 아미노산이 생성되는데, 아미노산은 아미노기와 카복시기를 포함한 모든 분자를 지칭한다. 화학식은 NHCHRCOOH(단, n=1~20)이다
BLOSUM
블로섬(BLOSUM: Blocks of aAmino acid substitution matrix)은 서열 정렬에 가장 많이 쓰이는 치환 행렬이다. 1992년 PNAS저널에 헤니코프 부부가 발표한 것이다 블로섬은 로컬 정렬에 기반한 매트릭스이다. 블로섬은 블록(벽돌)처럼 틈(갶)이 없는 서열 정렬에서 아미노산들의 치환의 정도를 표로 정리한 것이다. 블로섬을 만드는 데 쓰이는 서열 정렬은 사용된 서열들의 퍼센트 동일성에 따라, 단어의 끝에 숫자를 붙인다. 예를 들면, 블로섬60은 60%의 서열 동일성을 가진 다중 서열 정렬에서 아미노산들의 치환을 계산해 내서 만들었다. 그러면, 블로섬80과 블로섬45는 어떤 차이가 있을까? 서열의 퍼셑트 동일성이 낮다는 것은 블로섬을 구하기 위해 정열을 한 단백질들이 서로 진화적으로 먼 것들을 모았다는 것을 말한다. 그러므로, 블로섬45 는 진화적 거리가 먼 단백질 친족을 찾을 때 사용하면 더 좋을 결과를 가져 온다. 그에 반해, 블로섬80은 매우 비슷한 단백질들을 찾는 데 효용성이 있을 것이라고 예측할 수 있다.