원 문종
아유르바르와다의 아들 시디발라 게게엔 칸은 1320년에 즉위하였다가 암살되고 예순테무르 칸이 즉위하였다. 이와 함께 투그테무르는 복귀되어 회왕(懷王)라는 직위를 받고 난징으로 옮겼다가 다시 지앙글링으로 옮겼다.
모굴리스탄 칸국
17세기 초, 모굴리스탄 칸국은 결국 두 개의 칸국으로 분열된다. 하나는 야르칸드를 수도로 하였고, 또 하나는 투르판을 수도로 하였다. 1638년/1639년, 투르판의 칸 압둘라가 야르칸드를 정복하여 연합된 칸국을 재건했다. 그러나 연합된 칸국은 1680년 경, 갈단보쇽투 쿤타이지가 야르칸드와 카쉬가르를 정복하고, 차가타이 가문 최후의 군주, 이스마일 칸을 생포해 중가르로 돌아간 뒤에 사실상 붕괴했다.