국가재건최고회의
1963년 10월 15일 치러진 제5대 대통령 선거에서 박정희는 84.99％의 투표율에 470만 2700여표(유효투표의 약 46.7％)를 얻어 야당 후보인 민주당의 윤보선을 15만여 표의 근소한 차이로 누르고 제5대 대통령에 당선됐다. 대통령선거운동 기간 중 박정희는 윤보선으로부터 남로당 활동 등 과거전력에 대한 사상공세를 당하기도 했다. 박정희에 대한 지지율은 도시보다 농촌지역에서, 중부지역보다 영호남 등 남부지역에서 높았다.
윤보선
선거 결과 박정희가 46.6%에 해당하는 4,702,640표를 받았고 민정당의 윤보선은 45.1%에 해당되는 4,546,614표를 받아 불과 15만 표차로 윤보선이 패배하여 제5대 대통령 선거에서 낙선하였다. 그러나 윤보선은 공화당이 모든 불법적인 수단을 동원한 불법적인 선거로 규정하였다. 대통령 선거 유세 과정에서 위협을 받기도 하여 경호원을 대동하고 다녔고, 미국 대사관의 직원이 윤보선 내외를 위한 차량을 비밀리에 마련하기도 했다. 1963년 11월 제6대 국회의원 총선거에 출마하여 당선, 12월 17일 다시 국회로 복귀했다.