나일 해전
이미 그의 군대를 상륙시킨 나폴레옹은 이집트 정복을 끝내고 시리아를 정복하기 위해 출진했다. 그러나 파리의 정치적 상황이 급변했다. 그는 그의 병사를 방기하고 허를 찌르는 방법을 통해 프랑스로 떠났다. 그리고 스스로를 제1집정관으로 하여 기반을 단단히 했다. 나폴레옹은 1804년 11월 2일 스스로 황제로서 대관한다.
장 프랑수아 카르토
이 참담한 실패 후 카르토는 나폴레옹에게 새롭게 보강된 영국-나폴리의 요새를 포격하기 위해 복수의 포대를 건설하라고 지시했다. 나폴레옹은 군의 지휘권은 나에게 있다는 카르토의 항의에 상관하지 않고, 작전의 실질적인 지배권을 확보했다. 10월 하순 나폴레옹은 국민 공회에 편지를 보냈는데, 그 속에는 상관들의 자질에 대한 불만을 이야기하고, 그들을 "바보들의 무리"라고 불렀다. 그 결과 카르토는 1793년 11월 11일 해임되고, 얼마 동안 투옥되었다. 지휘권은 자크 프랑수아 뒤고미에 장군에게 인계되었다.