만투하이 카툰
그러다가 타이슨 칸의 이복 동생인 만두굴이 1475년 칸 위에 오르게 되는데, 1478년 만두굴 칸은 타이슨 칸의 손자와 권력 다툼을 벌이다 사망하였다. 그러나, 권력싸움에서 이긴 타이슨 칸의 손자 볼후 진왕도 칸의 자리에 오르지 못하고 피살되었다.
티무르
1340년대 차가타이 칸국은 동과 서로 분열되었다. 마 와라 알나흐르를 중심으로 한 서부 지역에서는 1346년에 유력한 아미르인 카자간이 군주인 카잔 칸을 살해하고 실권을 잡았다. 권력을 장악한 카자간은 헤라트와 인도 방면에 대한 원정을 기도했지만, 1358년에 암살당하고 만다. 카자간의 죽음이후 마 와라 알나흐르 지역은 다시 무정부 상태로 돌아갔다. 이때 동차가타이 칸국에서는 투글루크 티무르가 칸으로 즉위하면서 칸의 권력이 확고하게 되었다. 투글루크 티무르는 이슬람을 수용하고 카자간의 암살 이후 혼란에 빠진 마 와라 알나흐르에 두 번이나 진군해 차가타이 울루스를 재통일했다. 티무르가 역사의 무대에 처음으로 등장하는 것은 이때이다.