엽록체
그럼에도 불구하고 엽록체는 시아노박테리아(남조균)와 유사한 특징을 가지고 있다. 엽록체는 미토콘드리아와 같이 에너지 대사에 관련된 자체적인 DNA와 2중막(외막, 내막)구조를 가지고 있으며 내막은 구불구불 주름이 잡혀있다. 엽록체의 내막은 광합성에 관련된 단백질들로 구성되어 있는데 시아노박테리아의 세포막 또한 같은 역할을 한다. 엽록체는 태양으로부터 오는 빛에너지를 광합성과정을 통하여 ATP, NADP에 저장한다. 이와 같은 공통점 때문에 미토콘드리아가 호기성세균에서 유래된 것과 같이 엽록체 또한 시아노박테리아의 (진핵)세포내 공생으로 유래되었다고 보고 있다.
원생생물 중(heterokonts, Euglenozoa, Cercozoa) 엽록체의 막이 3-4겹으로 이루어진 무리들이 있는데, 이들은 진핵생물이 다른 진핵생물 안으로 들어가 2차 세포내 공생을 한 것으로 보인다. 2차 세포내 공생을 한 원생생물들이 또 다른 진핵생물 안에서 공생할 경우 3차 세포내공생이 이루어질 것이라고 보고 있다.
분추목
고추류(Stereospondyli) 안에서 예이츠와 워렌은 카피토사우리아와 트레마토사우리아, 두 개의 큰 분지군을 명명했다. 카피토사우리아류는 마스토돈사우루스와 같은 대형 반수생 분추류를 포함하며 납작한 머리를 가지고 있고 눈이 두개골 뒤쪽에 위치하고 있다. 트레마토사우리아류는 대형 해양 분추류인 트레마토사우로이드, 수생 플라기오사우르, 백악기까지 살아남은 브라키오포이드, 그리고 [[눈이 두개골 앞쪽에 위치한 [[메토포사우로이드]] 등 다양한 분추류를 포함한다. 2000 년에 고생물학자 레이너 쇼크와 앤드류 밀너는 고추류 내부의 세번째 주요 분지군에 [[리티도스테아]] 라는 이름을 붙였다. 이 그룹은 카피토사우리아나 트레마토사우리아에 포함되지 않는 여러 원시적인 고추류를 비롯해 [[리데커리니드과]], [[리티도스테이드과]], 그리고 브란키오포이드 등의 그룹을 포함한다. 카피토사우리아와 트레마토사우리아는 지금도 널리 사용되지만 리티도스테아는 최근의 분석에서 종종 진정한 분지군이 아닌 것으로 밝혀지고 있다. 리티도스테이드와 브라키오포이드는 이제 트레마토사우리아와 같이 그룹지어지지만 리데케리니드는 여전히 고추류의 원시적인 과로 간주되고 있다.