후천면역결핍증후군
에이즈는 병리학적으론 최초로 1981년 미국에서 발견되었다. 하지만 언제 HIV 바이러스가 번지기 시작했는지는 정확히 말할 수 없으며, 의학계에서는 침팬지에서 발견되는 SIV에서 HIV가 유래된 것으로 보고 있으며, 그 출현 시기를 1930년대로 보고 있다. 즉 중앙 아프리카의 원주민들이 SIV를 보유하고 있는 침팬지와 접촉함으로 인해 인간의 면역체계를 약화시키는 변종 바이러스 HIV가 생겨난 것으로 추측하는 것이다. 이 가설을 뒷받침하는 간접적 증거로는 현재 가장 높은 에이즈 감염 및 사망률을 보이고 있는 지역이 바로 아프리카 대륙이라는 점을 들 수 있다. 또한 이 때는 아프리카 개발이 집중적으로 시작된 시기로 인간들의 무분별한 야생동물 사냥과 원시림을 파괴하며 얻은 SIV를 포함한 침팬치의 고기 및 다른 고기를 유통, 공급하면서 접촉하여 생긴 환경파괴 질병으로 보기도 한다.
천연두
천연두의 출현 시기는 확립되어 있지 않다. 가장 가능성 있는 설에서는 68,000년 전에서 16,000년 전 사이에 설치류 바이러스에서 진화한 것으로 생각한다. 추정 범위가 매우 넓은 것은 분자시계를 보정하는 데 사용된 기록들이 서로 다르기 때문이다. 바리올라 마요르(임상적으로 더 심각한 천연두)의 분기군이 1,600년 전 ~ 400년 전에 아시아에서 확산되었고, 소두창 바이러스의 분기군이 서아프리카의 조상 계통에서 분화하여 미주 대륙에 나타난 것이 6,300년 전 ~ 1,400년 전이다. 소두창 분기군은 최소 800년 전에 두 개의 하위 분기군으로 분화했다. 또다른 추정에서는 천연두가 4,000년 전 ~ 3,000년 전에 타테라두(Taterapox)에서 분리되었다고 비정한다. 이는 인간 질병으로서 천연두가 출연한 것이 비교적 최근의 사건이라는 뜻으로서 고고학적 및 역사적 증거들과 일치한다. 그러나 천연두바이러스의 돌연변이 속도가 단순포진바이러스와 비슷한 수준이라고 가정하면 분화 시기는 50,000년 전 쯤으로 추산된다. 이것은 처음 언급한 추산과 일치하는데, 이는 고고학적 및 역사학적 증거가 매우 불충분함을 시사한다. 바이러스들의 돌연변이 속도의 보다 정확한 측정이 필요하다.