일본의 역사
이어서 일본에서는 조몬 문화(기원전 1만 3천 년 경부터 기원전 300년까지)라고 불리는 독자적인 신석기문화로 이행했다. 그 뒤에도 해진 현상(海進現像)이 계속되어, 일본 열도는 현재의 혼슈, 시코쿠, 규슈, 홋카이도의 네 개의 큰 섬과 수많은 작은 섬으로 분리되었다. 한민족을 비롯한 몽골계 인종과 시베리아 지역을 통해 왔다고 추정되는 아이누족, 남방 폴리네시아 지역에서 온 민족들이 일본 열도로 이주하여 오늘날의 일본인의 조상이 되었다. 이 사람들을 다른 지역에서 건너 온 사람이라 하여 도래인(渡來人)이라고 한다.
일본의 군사사
고고학적 연구에 따르면 조몬 시대에 이미 환호집락의 존재가 확인되고 있다. 환호집락이란 마을 주위에 해자나 수로를 파서 방어기능을 높인 취락의 형태를 말한다. 또한 살상의 흔적이 있는 조몬 시대의 인골도 전국의 유적에서 발견되고 있다. 그러나 조몬 시대에 전면적인 전쟁이 있었는지 여부에 대해서는 연구자들 사이에 의견일치가 이루어지지 않고 있다. 조몬 시대에 전쟁이 이루어졌다고 주장하는 대표적 학자로는 코바야시 타츠오가 있다.