조선의 역사
1592년, 일본열도를 통일하고 내부 갈등을 통합해야 할 필요를 느낀 도요토미 히데요시는 철저한 준비 끝에 20만 병력을 이끌고 조선을 침략해 왔다. 이를 임진왜란이라고 한다. 미처 전쟁 준비가 되어 있지 않았던 조선군은 대규모 조총 부대를 앞세운 일본군에 크게 고전하여 선조가 서울을 버리고 의주까지 피난을 가야 했다. 그러나 한 번도 패배하지 않고 일본 수군을 대파한 이순신이 지휘한 조선 수군에 의해 일본 육군은 보급이 끊기다시피 하여 곤란을 겪었고, 전국 각지에서 자발적으로 조직된 의병들의 활약과 명나라의 지원으로 조선군은 7년 만에 일본군을 몰아냈다.
왜구
이러한 강력한 조치와 유화책에 따른 교린 관계 정책을 펼쳤지만 삼포왜란(1510년), 사량진왜변(1544년), 을묘왜변(1555년) 등 임진왜란 이전까지 계속적으로 크고 작은 왜변이 일어났다. 임진왜란 당시에는 기존의 왜구 출신들이 정규군으로 승격되어 조선을 침범하기도 하였다.
단 조선시대는 상대적으로 고려말에 비해 왜구의 침입이 전반적으로 적었다.
또한 도요토미 히데요시가 해적금지령을 내리면서 왜구는 역사속으로 사라지게 된다.