미나모토노 요시쓰네
1181년 기요모리가 죽은 뒤 헤이케는 점차 기울기 시작했고, 각지에서 일어나는 겐지들의 반헤이케 거병에 밀린 헤이케는 결국 교토를 떠나 본거지인 서쪽으로 낙향하기에 이르렀고, 이때 안토쿠 천황과 삼종신기를 함께 가지고 가버린다. 주에이 2년(1183년) 7월에 기소 요시나카(木曾義仲, 미나모토노 요시나카)가 헤이시를 교토에서 몰아내고 가장 먼저 교토에 들어간다. 하지만 고시라카와 법황은 헤이시 추토의 공적을 논하면서 1등을 요리토모로 두고 요시나카를 2등으로 두는 등 요시나카를 낮게 평가하면서, 거꾸로 요리토모가 교토로 들어와주기를 기대하였다. 8월 14일에 요시나카는 후계 천황으로서 자신이 직접 옹립한 호쿠리쿠노미야(北陸宮)를 천거하지만 고시라카와 법황은 이에 격노하고, 요시나카를 제치고 요리토모에게 선지를 내려(주에이 2년 10월의 선지) 요리토모에게 간토 지역의 지배권을 인정해주기에 이르면서 양자간의 대립은 격화된다. 요리토모는 윤10월 5일에 가마쿠라를 떠났지만, 다이라노 요리모리로부터 교토의 심각한 식량부족 상황을 전해듣고 교토로 가는 것을 중지하고, 대신 요시쓰네와 나카하라노 지카요시(中原親能)를 대관으로서 교토에 보냈다. 당시 구교였던 구조 사다자네의 일기 《교쿠요》윤 10월 17일조에는 "'요리토모의 아우인구로(九郞)'라는 자가 대장군으로서 수만의 군병을 거느리고 교토로 왔다"고 하면서, 구로에 대해서 "이름은 모르겠다"고 적었다. 이것이 귀족의 일기에 요시쓰네가 처음으로 등장하는 사례이다.
게이타이 천황
이러한 모순을 해석하는 방법에 대하여 일본에서는 메이지 시대에 기년론이 주목받은 이래로 줄곧 논의 대상이 되어왔다. 가장 먼저 등장한 설은 게이타이 천황의 죽음은 정미년(527년)에 있었고 긴메이 천황의 즉위는 신해년(531년)에 있었던 일로 보아, 그 사이의 4년을 안칸 천황과 센카 천황의 재위 기간으로 상정하는 설인데, 이 설은 《고사기》와 《일본서기》가 모두 안칸 천황의 사망을 똑같이 을묘년(535년)으로 가리키고 있다는 점에서 모순이 생긴다(다만 이것을 정확한 사료에 근거한 연차로 볼지 사료 자체에 결함이 있다고 봐야 할지에 대해서는 논의 여지가 있다). 쇼와 시대에 이르러 기타 사다키치(喜田貞吉)는 《백제본기》가 말한 신해년(531년)에 왜국에는 뭔가 중대한 정치 위기가 발생했으며, 그 결과로 게이타이 천황 사후 야마토 조정(야마토 왕권)은 지방 호족의 딸인 오와리노 메코히메(尾張目子媛) 소생의 안칸－센카계와, 닌켄 천황의 황녀인 다시라카 황녀 소생의 긴메이계가 서로 갈라져 '두 개의 조정'이 서로 병립하고 있었을 것이라고 시사했고, 패전 뒤 하야시야 진사부로(林屋辰三郞)가 이를 계승하여, 게이타이 천황 말기에 한반도의 정세와도 관련된 대립에서 비롯된 혼란(이와이의 난) 등이 발생했고, 게이타이 천황 사후 '두 개의 조정'이 병립한다는, 그리고 이에 수반한 전국적인 내란이 발생했다고 주장하였다. 그리고 《일본서기》는 이러한 사실을 숨기기 위해 마치 배다른 형제가 나이 순서에 따라 즉위한 것처럼 기록해 놓았다는 것이다.