후천면역결핍증후군
에이즈는 병리학적으론 최초로 1981년 미국에서 발견되었다. 하지만 언제 HIV 바이러스가 번지기 시작했는지는 정확히 말할 수 없으며, 의학계에서는 침팬지에서 발견되는 SIV에서 HIV가 유래된 것으로 보고 있으며, 그 출현 시기를 1930년대로 보고 있다. 즉 중앙 아프리카의 원주민들이 SIV를 보유하고 있는 침팬지와 접촉함으로 인해 인간의 면역체계를 약화시키는 변종 바이러스 HIV가 생겨난 것으로 추측하는 것이다. 이 가설을 뒷받침하는 간접적 증거로는 현재 가장 높은 에이즈 감염 및 사망률을 보이고 있는 지역이 바로 아프리카 대륙이라는 점을 들 수 있다. 또한 이 때는 아프리카 개발이 집중적으로 시작된 시기로 인간들의 무분별한 야생동물 사냥과 원시림을 파괴하며 얻은 SIV를 포함한 침팬치의 고기 및 다른 고기를 유통, 공급하면서 접촉하여 생긴 환경파괴 질병으로 보기도 한다.
초항원
MLS 외독소(Minor lymphocyte stimulating exotoxins)는 원래 쥐의 흉선 기질 세포에서 발견됐다. 이 독소들은 초항원 유전자에 의해 발현됐으며 이들은 쥐 유선 종양 바이러스(mouse mammary tumor virus, MMTV)에서 쥐 게놈으로 통합된 것이다. 쥐 게놈에서 이런 유전자의 존재는 쥐가 흉선에서 항원을 표현하도록 하며, 이는 바이러스 유래 초항원의 자극에 감수성이 있는 베타 가변부를 가진 림프구가 음성 선택(negative selecting)을 하는 수단이 된다. 그 결과 이 쥐들은 이후 일생동안 그 바이러스에 대한 감염에 대해 면역을 가지게 된다.
인간 게놈에서는 이와 유사한 내인성 초항원 의존적 선택과정이 밝혀지지는 않았지만, 내인성 초항원은 밝혀졌으며 이것들이 바이러스 감염에서 통합적인 역할을 하는 것으로 의심된다. 예로, Epstein-Barr 바이러스 감염은 감염세포에서 초항원 생산을 일으키는 것으로 알려져있다. 하지만 바이러스의 게놈에서 독소의 유전자가 발견되지는 않았다. 바이러스는 자기의 초항원이 감염 세포에서 발현되도록 조절하며, 이는 숙주의 면역 체계를 피하는데 도움을 준다. 비슷한 결과가 광견병바이러스, 시토메갈로바이러스와 HIV에서 발견되었다.