신라
신라가 차지하지 못한 만주의 고구려 옛 영토에는 발해(698년 ~ 926년)가 들어섰다. 신라와 발해가 공존한 시기를 남북국 시대라고 부른다. 이 때문에 한민족 최초의 통일 국가는 신라가 아니라 고려이며, 신라의 '삼국통일'은 틀린 표현이며, 신라의 '삼국해체', '한반도 남부 통합' 또는 '원삼국 해체기' 등으로 고쳐 불러야 한다.
발해
그러나 일본 학계의 일각에서는 한국 고대사에서 발해를 배제시킨 점에 대
해 비판하는 경우도 있었다. 나카 미치요(那珂通世)는 발해사를 한국사가 아닌 만주사로 보고 일본을 종주국으로 규정하였는데, 이는 대동아공영권의 구상 속에 일본을 중심으로 만주나 한반도의 역사를 식민사관으로 왜곡하려는 의도에서 나온 것이다. 즉, 러일전쟁 이후 일본이 만주나 조선에 대한 이권을 확보하면서 침략의 정당성을 확보하기 위한 것이었다. 이나바 이와키치(稻葉岩吉)는 고구려와 백제를 건국한 부여족도 조선민족의 일부이고 만선(滿鮮)의 불가분의 관계를 가지고 있으며, 오히려 신라의 삼국통일 결과가 영토를 대동강 이남에 국한시켜 만선일가(滿鮮一家)에 균열을 일으키게 되었다고 주장하였다. 이나바 이와키치의 만선사 인식은 조선사회의 타율성보다 정체성에 있고 대륙으로부터의 파동보다 제국주의 일본의 대륙 침략과 그 궤를 같이하는, 즉 조선에서 대륙으로의 진출이라는 점을 강조하였던 것이다. 이러한 인식은
1931년 일본의 만주사변 이후에 이르러 《조선사의 길잡이(朝鮮史のしるべ)》에서 반영되었는데, 신라의 삼국통일을 중심으로 하고 발해를 부수적 존재로 보면서 당(唐)이 신라와 밀접한 관계를 맺게 된 것은 발해국이 당(唐)의 북변에 있었기 때문이라 서술하였다. 즉, 발해사를 일본사의 일부로 편입시키려는 조선총독부의 새로운 의도가 내포되었던 것이다. 이 시기의 일제시기 발해사 연구는 그들의 만주 침략과 깊은 관련이 있었
으며, 또한 역사 지리 고증과 고고학적 조사가 연구의 중심이었다. 시라토리
구라키치(白鳥庫吉)는 처음으로 영고탑을 발해의 수도로 단정하고 그 유적조사의 필요성을 제안하였다. 특히 그는 발해가 고구려 유민에 의해 건국되었다고 주장하여 처음으로 발해사를 한국사의 체계 내에 넣었다.