미나모토노 요시쓰네
1181년 기요모리가 죽은 뒤 헤이케는 점차 기울기 시작했고, 각지에서 일어나는 겐지들의 반헤이케 거병에 밀린 헤이케는 결국 교토를 떠나 본거지인 서쪽으로 낙향하기에 이르렀고, 이때 안토쿠 천황과 삼종신기를 함께 가지고 가버린다. 주에이 2년(1183년) 7월에 기소 요시나카(木曾義仲, 미나모토노 요시나카)가 헤이시를 교토에서 몰아내고 가장 먼저 교토에 들어간다. 하지만 고시라카와 법황은 헤이시 추토의 공적을 논하면서 1등을 요리토모로 두고 요시나카를 2등으로 두는 등 요시나카를 낮게 평가하면서, 거꾸로 요리토모가 교토로 들어와주기를 기대하였다. 8월 14일에 요시나카는 후계 천황으로서 자신이 직접 옹립한 호쿠리쿠노미야(北陸宮)를 천거하지만 고시라카와 법황은 이에 격노하고, 요시나카를 제치고 요리토모에게 선지를 내려(주에이 2년 10월의 선지) 요리토모에게 간토 지역의 지배권을 인정해주기에 이르면서 양자간의 대립은 격화된다. 요리토모는 윤10월 5일에 가마쿠라를 떠났지만, 다이라노 요리모리로부터 교토의 심각한 식량부족 상황을 전해듣고 교토로 가는 것을 중지하고, 대신 요시쓰네와 나카하라노 지카요시(中原親能)를 대관으로서 교토에 보냈다. 당시 구교였던 구조 사다자네의 일기 《교쿠요》윤 10월 17일조에는 "'요리토모의 아우인구로(九郞)'라는 자가 대장군으로서 수만의 군병을 거느리고 교토로 왔다"고 하면서, 구로에 대해서 "이름은 모르겠다"고 적었다. 이것이 귀족의 일기에 요시쓰네가 처음으로 등장하는 사례이다.
고시라카와 천황
고시라카와인·마쓰도노 모토후사와 기요모리의 대립은 10월 9일의 지모쿠에서 결정적으로 드러났는데, 닌간 원년(1166년) 이래 다이라노 시게모리의 지쿄고쿠(知行国)였던 에치젠을 시게모리 사망 뒤에 몰수하여 인의 분고쿠(分国)로 짜넣고, 나아가 시게모리의 죽음으로 충격에 빠져 있던 기요모리가 지원하던 20세의 고노에 모토미치를 무시하고 모토후사의 아들이었던 여덟 살의 마쓰도노 모로이에(松殿師家)를 곤노주나곤에 임명한 것이다. 이 인사는 모로이에가 후지와라 씨장자를 이어받을 것이며 고시라카와인의 관리하에 들어간 셋칸케 소유의 영지가 그에게 계승될 것이란 의미였다. 이러한 강경한 처사에 대해서는 셋칸케 출신의 구조 가네자네조차도 “법황의 과태(過怠)”, “박륙(博陸)의 죄과”라며 국정을 어지럽힌 처사라고 비판한다(《교쿠요》11월 15일조). 여기에 고시라카와인과 모토후사가 헤이케 당류들을 아주 멸망시키려 모의하고 있다는 정보까지 새어나가자(《햐쿠렌쇼》11월 15일조) 결국 기요모리는 11월 14일에 쿠데타를 일으켜(지쇼 3년의 정변) 마쓰도노 모토후사·모로이에 부자를 바로 파면시켜 버렸고, 이것은 천황의 공식명령인 선명(宣命), 조서(詔書)의 이름으로 집행되었다(인세이는 ‘천황의 후견인’이라는 자격으로 권력을 행사하는 것이었기에 천황이 독자적인 지지 세력을 배경으로 공격해오면 그것을 대처할 방법이 없다는 구조적인 약점이 있었다). 고시라카와인은 급히 세이겐(静賢)을 보내 사과의 뜻을 전했지만 20일에 기요모리에 의해 강제로 홋슈지도노에서 교토 남쪽의 도바도노(鳥羽殿)로 연행되어 유폐되고 만다. 고시라카와인의 인세이는 완전히 정지되었다.