단백질
단백질은 생물체 내의 구성 성분, 세포 안의 각종 화학반응의 촉매 역할(효소), 항체를 형성하여 면역을 담당하는 등 여러가지 형태로 중요한 역할을 수행한다. 화학식은 (NHCHRCOOH)이다.
항원전달세포
외부의 물질 중 단백질은 세포 내의 여러 분해 기관에 의해 짧게 분해된다. 세포가 세포내이입으로 받아들일 수 있는 정도의 크기로 분해된 펩티드 사슬은 세포내이입 작용으로 endosome의 안쪽에 유지되면서 항원전달세포의 세포질로 들어가게 된다. 세포내이입으로 세포질 속으로 들어 온 endosome은 용해소체(lysosome)과 융합을 하게 되는데, 이때 용해소체 막에 제2급 주조직 적합성 복합체가 있다. 용해소체 내의 여러 분해 효소에 의해 단백질은 짧은 펩티드 조각으로 분해가 된다. 약 12~20개의 아미노산으로 된 펩티드 조각들이 제2급 주조직 적합성 복합체와 결합을 하게 된다. (주의: 이때의 결합은 공유 결합이 아니다. 제2급 주조직 적합성 복합체는 구조상 펩티드가 쏙 들어갈 수 있는 부분을 갖고 있다) 용해소체는 그 후 다시 원형질막(plasma membrane)과 융합을 하게 되고, 이때 비로소 제2급 주조직 적합성 복합체에 있던 펩티드 조각이 세포 외부로 나타나게 된다. 이처럼 펩티드 조각이 세포 외부로 표현되는 것을 항원전달(presenting)이라고 한다. 이제 비로소 펩티드 조각이 T세포에 의해 검사를 받을 수 있게 된 것이다.