물질
입자에 의한 물질의 정의에 따르면 원자는 경입자의 일종인 전자와 쿼크에 의해 이루어진 바리온인 양성자, 중성자로 이루어진다. 이렇게 이루어진 원자는 다시 분자를 구성한다. 이러한 의미에서 원자와 분자를 물질의 기본단위로 정의할 수 있다. 이러한 정의는 이온과 같이 원자가 아닌 상태의 물질에서도 적용될 수 있다.
근대 화학의 성립
돌턴은 이 기체들을 라부아지에가 말한 원소로 간주하고, 이러한 원소들은 ‘각각 일정한 성질과 질량을 가진 원자라고 하는 작은 입자로 이루어져 있다’고 여겼다. 그리고 화합물은 ‘서로 다른 종류의 원자가 결합한 입자로 이루어져 있다.’고 보았다. 또한, 원자는 파괴되거나 창조되지 않는다고 생각하였다.