미나모토노 요시쓰네
1181년 기요모리가 죽은 뒤 헤이케는 점차 기울기 시작했고, 각지에서 일어나는 겐지들의 반헤이케 거병에 밀린 헤이케는 결국 교토를 떠나 본거지인 서쪽으로 낙향하기에 이르렀고, 이때 안토쿠 천황과 삼종신기를 함께 가지고 가버린다. 주에이 2년(1183년) 7월에 기소 요시나카(木曾義仲, 미나모토노 요시나카)가 헤이시를 교토에서 몰아내고 가장 먼저 교토에 들어간다. 하지만 고시라카와 법황은 헤이시 추토의 공적을 논하면서 1등을 요리토모로 두고 요시나카를 2등으로 두는 등 요시나카를 낮게 평가하면서, 거꾸로 요리토모가 교토로 들어와주기를 기대하였다. 8월 14일에 요시나카는 후계 천황으로서 자신이 직접 옹립한 호쿠리쿠노미야(北陸宮)를 천거하지만 고시라카와 법황은 이에 격노하고, 요시나카를 제치고 요리토모에게 선지를 내려(주에이 2년 10월의 선지) 요리토모에게 간토 지역의 지배권을 인정해주기에 이르면서 양자간의 대립은 격화된다. 요리토모는 윤10월 5일에 가마쿠라를 떠났지만, 다이라노 요리모리로부터 교토의 심각한 식량부족 상황을 전해듣고 교토로 가는 것을 중지하고, 대신 요시쓰네와 나카하라노 지카요시(中原親能)를 대관으로서 교토에 보냈다. 당시 구교였던 구조 사다자네의 일기 《교쿠요》윤 10월 17일조에는 "'요리토모의 아우인구로(九郞)'라는 자가 대장군으로서 수만의 군병을 거느리고 교토로 왔다"고 하면서, 구로에 대해서 "이름은 모르겠다"고 적었다. 이것이 귀족의 일기에 요시쓰네가 처음으로 등장하는 사례이다.
미나모토노 요시토모
난이 끝난 뒤 은상으로 그는 사바노카미에 임명되었다. 기존의 견해에서는 이 때 요시토모는 자신의 탄원에도 불구하고 다메요시나 요리카타 등 아버지와 대부분의 형제들이 처형되었을 뿐 아니라, 논공행상에서도 기요모리보다 낮은 관위를 받은 것에 크게 불만을 품었다고도 하지만, 기요모리는 이미 소년 시절부터 '황자'나 다름없는 대우를 받으며 11세에 원복과 동시에 종5위하를 수여받았고, 17세에는 종4위하까지 올라 호겐의 난이 있기 10년 전에는 정4위하로서 구교(公卿)의 지위에 오르기 일보 직전까지 이르러 있었던 점이 지적된다. 기요모리와는 달리 호겐의 난 직전에야 종5위하 시모쓰케노카미의 작위를 받아 간신히 수령 정도의 레벨이 된 요시토모의 지위는 기요모리와 비교하면 원래부터 큰 갭이 있어, 은상에 불만을 품었다는 설명이 꼭 타당하다고는 할 수 없다. 또한 요시토모가 얻은 사바노카미라는 지위는 그 위계 이상으로, 무문에 있어서는 그야말로 무사의 도료에 비길 만큼 중요한 관위였기에 오히려 그 자체로도 파격적인 은상이었다는 의견도 근래 제시되고 있다. 또한 다메요시의 처형은 어디까지나 그들을 모반인으로 판단한 조정의 재결이며, 기요모리 또한 적에 가담한 동족을 조정의 명에 따라 처형하고 있었으므로, 이때에 대한 요시토모의 불만이 헤이지의 난으로 이어졌다는 견해에도 의문이 제기되고 있다.