반한 감정
조선 시대에 이르러, 일본 내 반한 감정은 다시 점화되었다. 1592년 도요토미 히데요시는 임진왜란을 일으켜 조선을 대대적으로 침공하였는데, 이 과정에서 김시민 등의 조선 장수에게 당한 패배에 대한 반발 심리를 기반으로 만든 가부키 공연이 나타나기도 하였다.
왜구
이러한 강력한 조치와 유화책에 따른 교린 관계 정책을 펼쳤지만 삼포왜란(1510년), 사량진왜변(1544년), 을묘왜변(1555년) 등 임진왜란 이전까지 계속적으로 크고 작은 왜변이 일어났다. 임진왜란 당시에는 기존의 왜구 출신들이 정규군으로 승격되어 조선을 침범하기도 하였다.
단 조선시대는 상대적으로 고려말에 비해 왜구의 침입이 전반적으로 적었다.
또한 도요토미 히데요시가 해적금지령을 내리면서 왜구는 역사속으로 사라지게 된다.