반한 감정
조선 시대에 이르러, 일본 내 반한 감정은 다시 점화되었다. 1592년 도요토미 히데요시는 임진왜란을 일으켜 조선을 대대적으로 침공하였는데, 이 과정에서 김시민 등의 조선 장수에게 당한 패배에 대한 반발 심리를 기반으로 만든 가부키 공연이 나타나기도 하였다.
문화재 반환
1592년부터 1598년까지 계속된 임진왜란과 정유재란 당시에 조선을 침략한 일본군은 다수의 문화재를 약탈하였다. 1593년에 진주성을 함락시킨 일본군은 진주 연지사(蓮池寺)의 동종을 약탈하였고, 현재 종은 일본의 국보로 지정되어 일본 후쿠이현 쓰루가 시 조쿠 신사(常宮神社)에 보관되어 있다. 조선 전기의 회화의 걸작품으로 안견이 1447년에 제작한 몽유도원도는 시마즈 가문의 소장품이란 기록이 있어 임진왜란 때에 반출된 것으로 추정된다. 현재 일본의 국보로 지정되었고 1950년대 초에 일본 덴리 대학이 구입하여 소장하고 있다.