奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
鹿島神宮
上記のように、鹿島神宮の主祭神はタケミカヅチ（武甕槌/建御雷）であるとされる。タケミカヅチの出自について、『古事記』では、イザナギ（伊弉諾尊）がカグツチ（軻遇突智）の首を切り落とし、剣についた血が岩に飛び散って生まれた3神のうちの1神とする（日本書紀ではここでタケミカヅチ祖のミカハヤヒが生まれたとする）。また、天孫降臨に先立つ葦原中国平定においては、アメノトリフネ（天鳥船神：古事記）またはフツヌシ（経津主神：日本書紀）とともに活躍したという。その後、神武東征に際してタケミカヅチはイワレビコ（神武天皇）に神剣（フツノミタマ）を授けた。ただし『古事記』・『日本書紀』には鹿島神宮に関する言及はないため、タケミカヅチと鹿島との関係は明らかでない。