横浜赤レンガ倉庫
第2期築港工事は、前期と後期に分かれる。前期工事は、税関前の海面を埋め立てて、係船岸壁を有する埠頭の建設を主に進めた。係船岸壁とは船が直接接岸できる岸壁で、その建設は日本初の試みであった。1905年（明治38年）には埋立が完了したが、同年より引き続いて始められた後期工事は埠頭の拡張と陸上設備（上屋、倉庫、鉄道、道路）の整備を目指した。赤レンガ倉庫は後期工事の中で、国営保税倉庫として建設された。後期工事には、日清戦争後に急伸し東洋最大の港となっていた神戸港や大阪港に対抗するため、横浜市も約270万円の費用を負担して、築港の完成を急いだ。これは横浜市が国に働きかけて実現させた事業であり、国と地方の共同事業の嚆矢となった。
容積率
そこでこの制度を活用して、JR東日本は東京駅丸の内側の赤レンガ駅舎（1914年建設、1947年修復）の復原的保全を行うこととした。赤レンガ駅舎を戦前の3階建てに復原しても、その建物規模は敷地の指定容積率に対応して建設可能な上限床面積に及ばないので、残余容積率相当分の床面積を分割して他の敷地に移転することで、保全の資金調達を図っている。2007年時点での容積率の移転先は、丸の内側の東京ビルディング・新丸ビル・丸の内パークビルディングと、八重洲側のグラントウキョウ等の各超高層ビルである。その移転先ビルにJR東日本の床を所有して経営し、あるいはそのビル所有者等に床を売却している。