太政大臣
日本最初の太政大臣とされているのは、天智天皇が天智天皇10年（671年）1月に任命した大友皇子である。近江令に基づくものとも、そうではない新設の官とも、説かれる。職務権限などの詳細は不明である。大友皇子が天智天皇の死去を受けてその後継者に擁立されたことから、たとえば推古天皇の治世における厩戸皇子のように、最有力の皇位継承者であると同時に天皇の共同統治者・政務代行者として位置づけられたものと考えられる。いわば皇太子に摂政を兼ねた地位である。
太政官
また、三権がいずれも太政官の下に置かれた事が特徴である。太政官には左右両大臣と3名の大納言、3名の参議からなる「三職」が置かれて指揮をとった。三職は明治天皇に対して「三職盟約」・「約束四条」と呼ばれる誓約を行って天皇への忠誠と公正な政務を誓った。また、これに伴い「官位相当表」が改正され、左右両大臣は従一位または正二位、大納言は従二位、参議・卿は正三位、大輔は従三位、少輔は正四位とされ、また八位と初位の間に正・従の九位の位階が追加された。また、任命手続きにおいては四位以上を「勅授」・六位以上を「奏授」・七位以下を「判授」と呼んだがすぐに改められて、位階の授与については従来通り、役職の任命については勅任・奏任・判任と改称されることになった。