先コロンブス期
古代にアジアの狩猟採集民がベーリング地峡（ベーリンジア）、現在のベーリング海峡とおそらくは北アメリカ北西部海岸を伝ってアメリカ大陸に入ってきたと考えられている。アメリカインディアンの母系で継承されたミトコンドリアDNA(mtDNA)に見付けられた遺伝学的証拠によって、アジアから多様な遺伝子を持った人々が移住してきたという学説を裏付けている。ただしこれは単一民族の移住という考え方を排除するものではない。数千年の間に、パレオ・インディアンが北アメリカと南アメリカ中に拡がっていった。アメリカ大陸に正確にいつ最初の人々が移住してきたかについては多くの議論の対象となっている。最も初期に識別できる文化の一つはクローヴィス文化であり、およそ13,000年前のものとされている。しかし、2万年前にまで遡ることのできる遺跡の存在が主張されている。遺伝学的研究では、アメリカ大陸への移住を4万年から13,000年前の間のこととしている。
インディアナ州の歴史
北西部領土が創設された時点では、インディアナにアメリカ人の開拓地は2箇所、すなわちビンセンズとクラークス・グラントのみだった。全体のヨーロッパ人開拓者人口は5,000人に満たなかった。先住民族人口は2万人近くと推計されている。
1785年、北西インディアン戦争が始まった。先住民の反乱を鎮める試みの中で、ケキオンガのマイアミ集落がジョサイア・ハーマー将軍と北西部領土知事アーサー・セントクレアによって攻撃され、不成功に終わった。セントクレアの敗北はアメリカ史の中でも先住民族によるアメリカ陸軍最悪の敗北と考えられている。この敗北の後に"マッド・アンソニー"・ウェイン将軍が指名され、アメリカ合衆国軍団を組織し、1794年のフォールン・ティンバーズの戦いで先住民族を破った。1795年、グリーンビル条約が締結され、インディアナ東部の小さな地域が開拓者達に開放された。ケキオンガのマイアミ砦は合衆国に占領され、これをウェイン砦として造り直した。条約締結後、強力なマイアミ族は自分達のことをアメリカ合衆国の同盟者と見なした。
1800年7月4日、北西部領土の中でオハイオ州を作る準備のために、インディアナ準州が創設された。「インディアナ」という名前は「インディアンの土地」を意味し、オハイオ川から北の地域大半は依然として先住民族が住んでいたという事実に拠っていた（ケンタッキー、すなわちオハイオ川の南は、伝統的に川の北に住む種族の狩り場であり、ケンタッキーの初期アメリカ人開拓者は北岸のことをインディアンの土地と呼んだ。）。インディアナ準州には今日のイリノイ州、ミシガン州、ウィスコンシン州およびミネソタ州の一部が含まれていた。これらの地域は1805年と1809年に分離された。準州初代知事はウィリアム・ハリソンであり、1800年から1813年まで務めた。ハリソン郡は後に第9代アメリカ合衆国大統領になったハリソンに因んで名付けられた。ハリソンの後任はトマス・ポージーであり、1813年から1816年まで務めた。