植物ウイルス
植物ウイルスは動物ウイルスほど良く理解されてはいないが、一つの植物ウイルスは象徴的なものになっている。初めてウイルスとして発見されたのがタバコモザイクウイルス(TMV)である（以下参照）。このウイルスを含め植物ウイルスは世界の年間作物収穫高において推定US600億ドルの損失の原因となっている。植物ウイルスは73の属と49の科に分類される。しかしながら、これらの数字は栽培植物にのみ関係するものであり、これはすべての植物種のうちほんの一部のみを代表するに過ぎない。野生植物に感染するウイルスに対する研究は未だ乏しいが、野生植物とウイルスの間のそのような相互作用が宿主の病気を引き起こすようには見えない、ということをほとんど圧倒的多数にある研究が示している。
バクテリオファージMS2
1961年、MS2はAlvin John Clarkによって単離され、バクテリオファージ f2とよく似たRNAを持つファージである事が分かった。そして1972年、Walter FierをはじめとするチームによってMS2 coatタンパク質（キャプシド形成タンパク質）遺伝子の完全長シークエンス解析が行われた。その後、1976年にMS2は完全長のゲノムを読まれた初めてのウイルスとなった。また、これらのシークエンスはRNAレベルで決定されていたが、これに続き、DNAを用いたゲノムシークエンスがバクテリオファージΦX174で達成された。