明倫養賢堂
1871年（明治4年）の仙台医学館廃止の翌1872年、仙台藩医学校出身者が南町に私立仙台共立社病院を開設した。これが改組・改称を繰り返して、医学教育部門が1912年に東北帝国大学医学専門部として包摂された。現在は、東北大学医学部となっている。他方、病院部門は、現在東北大学病院となっている。
なお、養賢堂の設置から東北帝国大学医科大学の設置に至る過程において、数次の廃止および断続期間を挟んでいるほか、医学系部局は東北帝国大学設立後に包摂されたという経緯があるため、東北大学は、同大の創立年月日を、養賢堂の設置年月日ではなく、東北帝国大学の設置の勅令が公布された1907年6月22日としている。
九州大学
1886年（明治19年）に帝国大学令が公布されると九州に帝国大学を設置する機運が高まり、1900年（明治33年）1月29日の第14帝国議会において「九州東北帝国大学設置建議案」が可決された。建議案の可決後も古くから医学の盛んだった長崎県や第五高等学校が設置されていた熊本県との間で誘致の綱引きが行われていたが、結局は賛生館の流れを汲む福岡県立福岡病院を母体に1903年（明治36年）京都帝国大学の分科大学として福岡医科大学が設置された（帝国大学の医科大学（医学部）としては3番目の設置）。