京都大学
創立以来「自由の学風」を建学の精神としている。国立大学法人となったのちに制定された京都大学の基本理念にも引き継がれた。
旧制高等学校
1897年6月18日、京都帝国大学設立に関する勅令が制定され、京都帝国大学が発足する。岡山にあった第三高等学校医学部は1901年に岡山医学専門学校として分離独立した。そのほかの高等学校でも、専門学部と大学予科は完全分離され、高等学校は帝国大学への予備教育のみをおこなう高等教育機関となった。旧制高等学校専門学部の地方における高等専門教育機関としての役割は、後に、各地で増設されることになる帝国大学や旧制専門学校が担うことになった。