コクチバス
日本では1925年に赤星鉄馬により本種もオオクチバスとともに芦ノ湖に放流された。原産地北米で釣魚価値がオオクチバスを凌ぐとされることから赤星はコクチバスの移植にも意欲を注いでいたが、結局当時の移植事業で定着したのはオオクチバスだけだった。
琵琶湖
その一方で、オオクチバスやブルーギルをはじめとする外来種の侵入や1992年の琵琶湖水位操作規則の改訂、内湖の消失、水田とのネットワークの分断等によって固有の生物相が大きく攪乱を受け、漁獲高が激減した種も多い。それらへの対抗策も講じられ、外来種駆除や生態系に配慮した水位操作、内湖の再生など様々な取り組みが行われているが、まだ十分な効果をあげられていない。また、琵琶湖産の稚アユは日本各地へ放流され、その為に琵琶湖固有種だけでなく稚アユと共に混獲され放流されたハスなどの種が各地で繁殖するという、移入種を生み出す元ともなっている。
琵琶湖には119本の一級河川が流入している。