恩賜上野動物園
開園は1882年3月20日（日本で最も早い）。開園時には農商務省、その後宮内省、東京市、東京都建設局が所管、現在は指定管理者制度により公益財団法人東京動物園協会が管理する。
国立科学博物館
なお本記事では、主として上野本館について触れる。それ以外の施設については、それぞれの項目を参照のこと。
当館は1872年、湯島聖堂内に博物館を設立したことに起源をもつ。創立は1877年に教育博物館が設置されたときとしている。その後、高等師範学校の附属となり、博物館としては活動が停滞していた時期もある。大正時代に科学博物館設立の機運が高まったことを受けて、1930年上野公園内に新館（現在、日本館と呼ばれている建物）が建てられ、その翌年には東京科学博物館と改称され、東京市の施設となった。1949年には国に移管され、現在の国立科学博物館となる。その後、自然教育園や資源科学研究所を組み込んだ。筑波研究学園都市の開発に伴って、筑波実験植物園が附属施設として設置された。これによっておおまかな現在の拠点がそろうことになる。407万5991点（平成23年度時点）。うち常設展示数は約1万4千点。他は筑波地区で保管・研究されている。