京都大学
創立以来「自由の学風」を建学の精神としている。国立大学法人となったのちに制定された京都大学の基本理念にも引き継がれた。
公設民営大学
公私協力方式で開設された山口東京理科大学と、純然たる私立学校として設立されたが四年制大学転換時に自治体からの協力を仰いだ成美大学（四年制転換時の校名は京都創成大学）が2016年4月より公立大学法人に移行した（校名も福知山公立大学に改称）ほか、実質公設民営で開学した長野大学も2017年4月をもって公立大学法人に移行。山口東京理科大学と同一の設置者により公私協力方式で開設された諏訪東京理科大学も2018年4月より公立大学法人に移行した。また同月には公設民営短大の小松短期大学と、一般財団法人こまつ看護学校（私立学校法64条4項に基づく法人）が経営する専修学校こまつ看護学校が再編・統合され公立小松大学が開校した。公私協力方式によって開学した新潟産業大学も、2014年に新潟県と柏崎市に公立大学法人への移行を求める要望書を提出している。