BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
ReiserFS
1996年からハンス・ライザー(Hans Reiser)率いるNamesys社によって開発されていたが、後継のReiser4の開発に集中するため開発が中止された。2006年にハンス・ライザーが妻の殺害容疑で逮捕された後、2008年にNamesys社も廃業し、主要な開発者であったハンス・ライザーは2008年に懲役15年の判決が下ったため、現在はボランティアベースで開発が進められている。2000年代中頃においてはいくつかのLinuxディストリビューションにおいてデフォルトのファイルシステムとなっていた。多くのディストリビューションで、インストール時にファイルシステムとして選択できた。大手ディストリビューションの中ではSUSE Linuxで採用されていたのが代表的である。