太政大臣
日本最初の太政大臣とされているのは、天智天皇が天智天皇10年（671年）1月に任命した大友皇子である。近江令に基づくものとも、そうではない新設の官とも、説かれる。職務権限などの詳細は不明である。大友皇子が天智天皇の死去を受けてその後継者に擁立されたことから、たとえば推古天皇の治世における厩戸皇子のように、最有力の皇位継承者であると同時に天皇の共同統治者・政務代行者として位置づけられたものと考えられる。いわば皇太子に摂政を兼ねた地位である。
太政官
こうした中で問題となったのは、民部省と大蔵省の合併問題であった。徴税機構と財政機構の一本化を目指して明治2年8月11日に両省を合併、民部卿松平春嶽が大蔵卿を、大蔵大輔大隈重信が民部大輔を兼任した。今度は中央集権体制の確立を急ぐ木戸の支持を得た大隈や大蔵少輔伊藤博文ら開明派若手官僚の画策であった。一方、大久保らはこうした動きに対して、新省が太政官を上回る権限を持つとして反発し、他の参議や地方官と結んで大隈・伊藤の排撃と再分離を求めた。これには、大蔵省の管轄が広くなりすぎて、目配りが利かなくなり不効率になったことと、大蔵省の地方官が徴税や徴兵令（予定）に対して農民に十分な説明を怠り、不満の声にも十分な対応をせず、結果、全国各地で農民騒乱が多発していたことが念頭にあった。大蔵省の地方官の中には、旧殿様気分で民情への配慮に欠ける人物もおり、地方行政を管轄する省が必要との意見が大久保を中心に出ていた。明治3年7月10日（1870年8月6日）に大久保が主導して両省の再分離が決定された。