修験道
修験道は、平安時代のころから盛んに信仰されるようになった。その信仰の源は、すでに8世紀からみられた仏教伝来以前からの日本土着の神々への信仰（古神道）と、仏教の信仰とを融合させる「神仏習合」の動きの中に求められる。神仏習合は徐々に広まり、神社の境内に神宮寺が、寺院の境内に「鎮守」としての守護神の社がそれぞれ建てられ、神職、あるいは僧職が神前で読経を行うなどした。そして、それらの神仏習合の動きと、仏教の一派である密教（天台宗・真言宗）で行われていた山中での修行と、さらに日本古来の山岳信仰とが結びついて、修験道という独自の信仰が成立していった。このように、修験道は、密教との関わりが深かったため、仏教の一派とされることもある。
即身成仏
大乗仏教の仏だけでなくヒンドゥー教の神々なども「仏」として密教に取り込まれたため、様々な仏を本尊とする修法が存在する。日本の密教では、現在は灌頂が形骸化しており、宗派によってご本尊が決まっている。例えば、高野山などの真言密教の寺院で灌頂を行なった際は、全員が大日如来の上に落ち、大日如来がご本尊と言うことになる。