明倫養賢堂
1871年（明治4年）の仙台医学館廃止の翌1872年、仙台藩医学校出身者が南町に私立仙台共立社病院を開設した。これが改組・改称を繰り返して、医学教育部門が1912年に東北帝国大学医学専門部として包摂された。現在は、東北大学医学部となっている。他方、病院部門は、現在東北大学病院となっている。
なお、養賢堂の設置から東北帝国大学医科大学の設置に至る過程において、数次の廃止および断続期間を挟んでいるほか、医学系部局は東北帝国大学設立後に包摂されたという経緯があるため、東北大学は、同大の創立年月日を、養賢堂の設置年月日ではなく、東北帝国大学の設置の勅令が公布された1907年6月22日としている。
東京大学
明治維新直後に政府は旧幕府直轄だった昌平坂学問所、開成所、医学所を統合して大学校を建設した。紆余曲折を経て1871年（明治4年）に大学本校（旧昌平坂学問所）が廃止され、他2校は南校、東校に改称。その後、東京開成学校、東京医学校への改組を経て1877年（明治10年）4月12日に至って合同することになり、文部省所管の官立東京大学が創設された。この4月12日は現在「東京大学記念日」となっており、この日に入学式が行われている。当初は法、理、医、文4学部と予備門を持ち、生徒数1600人ほどの専門教育・普通教育機関であった。日本で初めての近代的な大学であったが、学士の学位を授与する機関としては1876年（明治9年）設置の札幌農学校（現在の北海道大学）に次ぐ2番目に古い高等教育機関とされる。