横浜赤レンガ倉庫
第2期築港工事は、前期と後期に分かれる。前期工事は、税関前の海面を埋め立てて、係船岸壁を有する埠頭の建設を主に進めた。係船岸壁とは船が直接接岸できる岸壁で、その建設は日本初の試みであった。1905年（明治38年）には埋立が完了したが、同年より引き続いて始められた後期工事は埠頭の拡張と陸上設備（上屋、倉庫、鉄道、道路）の整備を目指した。赤レンガ倉庫は後期工事の中で、国営保税倉庫として建設された。後期工事には、日清戦争後に急伸し東洋最大の港となっていた神戸港や大阪港に対抗するため、横浜市も約270万円の費用を負担して、築港の完成を急いだ。これは横浜市が国に働きかけて実現させた事業であり、国と地方の共同事業の嚆矢となった。
横浜赤レンガ倉庫
赤レンガ倉庫を含む新港埠頭は、第二次大戦終戦後の1945年（昭和20年）に、連合国軍に接収され、横浜税関に連合国軍最高司令官総司令部が置かれた（後に第一生命ビルへ移転）。新港埠頭のほかにも、横浜港は大部分が連合国軍に接収されて使用不能となり、横浜の復興を遅らせる原因となった。新港埠頭は、1954年（昭和29年）に商船の臨時使用が許可され、1956年（昭和31年）に1号から6号岸壁と赤レンガ倉庫を含む上屋の接収が解除された。接収解除後は、貿易の急増によって入港船舶トン数、取扱貨物量など、すべての数値が戦前の記録を更新した。