治水ダム
ダム建設の目的は、まず灌漑（かんがい）用水の供給に始まり、その後上水道供給に比重が移され、18世紀に入ってからヨーロッパを中心に洪水調節を目的としたダムが建設されるようになった。だが程なくして1889年にプロイセンのインツェが多目的ダムの理論を提唱し、以後は単一目的のダムを建設するよりも複数の機能を持ったダムを建設したほうが合理的であるという観点から、河川総合開発事業としての多目的ダム建設が隆盛となり、現在に至るまで海外においては治水を専用とするダムが建設されるケースは少ない。特にヨーロッパでは治水政策がほぼ完成に向かい、1万年に一度の大洪水にも耐えうるほどの対策が完備しているため、今後治水目的でダムが建設されることはまずない。
農林水産省直轄ダム
一方河川総合開発事業と国営土地改良事業・国営かんがい排水事業が重複することによる事業者間の調整も問題となった。すでに内の倉ダム（内の倉川・新潟県）や日中ダム（押切川・福島県）など元来国営かんがい排水事業目的で計画された直轄ダムに河川管理者が治水事業で参加するケースが増加。こうしたダムについては河川管理者が農林水産省に委託する形で施工を行い、完成後は河川管理者が管理を行う方式が定着していたが、明文化されていた訳ではなかった。こうした問題を解決するため、1989年（平成元年）に土地改良法および土地改良法施行令が改正され、農林水産省直轄ダムなど農林水産省が土地改良事業を行う際の河川改修について新たな規定がなされた。具体的な明文化については同年7月1日に通達された建設省河川局長・農林水産省構造改善局長による建河発第五六号通達および元構改B第六八八号通達で詳細な規定がされている。その主な内容としては、
といったものであり、治水事業たる河川改修については河川管理者の専管事項であることを再確認したものであった。これにより農林水産省は農地防災という治水を目的とした新規のダム建設を単独で行うことが不可能とされた。これにより農地防災目的でダムが建設されることは皆無となり、当初灌漑目的のみで計画されていたダムに洪水調節目的が付加した場合は、施工中より河川管理者に事業を移管することとなった。こうした例としては大夕張ダム再開発事業としての夕張シューパロダム（夕張川・北海道）、忠別ダム（忠別川・北海道）、世増ダム（よまさりダム。新井田川・青森県）や荒砥沢ダム（二迫川・宮城県）などがある。またダム建設における水没地対策としては水源地域対策特別措置法の適用が定められ、呑吐ダム（志染川・兵庫県）や大志田ダム（平糠川・岩手県）、世増ダムなどが指定されている。