修験道
修験道は、平安時代のころから盛んに信仰されるようになった。その信仰の源は、すでに8世紀からみられた仏教伝来以前からの日本土着の神々への信仰（古神道）と、仏教の信仰とを融合させる「神仏習合」の動きの中に求められる。神仏習合は徐々に広まり、神社の境内に神宮寺が、寺院の境内に「鎮守」としての守護神の社がそれぞれ建てられ、神職、あるいは僧職が神前で読経を行うなどした。そして、それらの神仏習合の動きと、仏教の一派である密教（天台宗・真言宗）で行われていた山中での修行と、さらに日本古来の山岳信仰とが結びついて、修験道という独自の信仰が成立していった。このように、修験道は、密教との関わりが深かったため、仏教の一派とされることもある。
本牧神社
神仏習合時代には、日天、月天、火天、水天、風天、地天、梵天、毘沙門天、大日財天、閻魔天、帝釈天、羅刹天の仏説十二天を祀っていた。
明治元年には神仏分離令によって多聞院と分かれ、明治5年から大日霊女命を祀っている。明治42年、本牧台にあった八王子神社（祭神：大山津見命）、宮原の八坂神社（祭神：建速須佐之男命）、間門の浅間神社（祭神：木花咲耶姫）を、大正7年には本牧台の日枝神社を併せている。明治42年には近隣の牛込の鎮守であった八王子大神を合祀、また八幡大神も合祀している。境内末社として、宇氣の稲荷社、熊野速玉社、本牧水天宮、本牧天神社を祀っている。