国際連合大学
1975年（昭和50年）より活動を開始した国連の自治機関である。本部所在地は東京都渋谷区神宮前五丁目53-70である。国連大学は日本に本部を置く唯一の国連機関であり、国連の日本における拠点ともなっており、国連専門機関の日本事務所や国連広報センターがあり、構内では不可侵権が認められている。
東京都立大学
だがこのように組織を拡充するにつれ、新たな問題が浮上する。八雲キャンパス、及び、理学部、工学部の深沢キャンパスが手狭になったのである。このために、1991年東京都目黒区八雲1-1-1に附属高校は残したまま東京都八王子市南大沢1-1-1に移転し、施設を大幅に拡充し、国際交流センター、情報処理施設、RI研究施設、環境保全施設などを新たに設置した。1994年都市研究センターを都市研究所に改称し、1996年都市科学研究科に博士課程を設置した。1997年ウィーン大学と学生交換留学協定に調印し、2000年イェール大学文理大学院と人文学部英文科が学生交流協定に調印した。2003年から社会科学研究科に経営学専攻 (MBA) を設置し、2004年から同研究科に法曹養成専攻専門職学位課程（法科大学院）を設置した。1990年代後半、政府・地方自治体は経済不況および少子高齢化の進行による財政難を解消すべく、行財政改革に着手した。その流れで国公立大学は整理・統合のうえ「独立行政法人」として政府・地方自治体の保護から離れるべきという機運が日本社会に高まった。東京都立大学も例に洩れず、他の都立の大学（東京都立科学技術大学、東京都立保健科学大学、東京都立短期大学）と共に整理・統合される予定となった。