明倫養賢堂
1871年（明治4年）の仙台医学館廃止の翌1872年、仙台藩医学校出身者が南町に私立仙台共立社病院を開設した。これが改組・改称を繰り返して、医学教育部門が1912年に東北帝国大学医学専門部として包摂された。現在は、東北大学医学部となっている。他方、病院部門は、現在東北大学病院となっている。
なお、養賢堂の設置から東北帝国大学医科大学の設置に至る過程において、数次の廃止および断続期間を挟んでいるほか、医学系部局は東北帝国大学設立後に包摂されたという経緯があるため、東北大学は、同大の創立年月日を、養賢堂の設置年月日ではなく、東北帝国大学の設置の勅令が公布された1907年6月22日としている。
慶應義塾大学
医学所は1880年（明治13年）6月に廃止された。出身者らは長い間、金蘭会と称して時々同窓会を開いていた。また、今日の慈恵会の病院は松山棟庵、隈川宗悦ら、この医学所関係の者がのちに志を合わせて基を創ったもので、その学流は東京慈恵会医科大学に亜流の形で伝わっていることになる。
日本における歯科医師の第1号登録者小幡英之助や、日本最初の歯科医学教育機関の設立者高山紀齋やその継承者血脇守之助などは、いずれも慶應義塾の学窓から巣立った若者であった。明治初年の日本では、歯の治療をする者は口中科と呼ばれ、専門の教育機関も設けられていなかった。そのため、歯科医たらんと志すものはまず開業歯科医師の門に入り、徒弟を勤める傍ら、師匠の技術を修得した。高山紀齋はサンフランシスコの開業医の下で修業し、帰国後、開業すると同時に多くの門下生を育成し、歯科の専門書を刊行し、明治23年1月には、伊皿子の自宅の隣地に日本における最初の歯科医学の教育機関である高山歯科医学院を創設した。門下生の血脇守之助は、新聞記者や英語の教師をした後、高山歯科医学院に入学して歯科医となり、同学院を継承して東京歯科医学院と改称した。これが現在の東京歯科大学の前身である。（慶応大学医学部と東京歯科大学に直接の関連があるわけではない）
医学部は、1917年（大正6年）、福澤諭吉の遺志を汲み、北里柴三郎を初代学部長として設立された。北里柴三郎が描いた理想的な医学教育機関を創立した。皇室から三万円、三井財閥からも支援十万円を受け、教授陣には北里研究所員を中心とする医学部主事北島多一ら門下生が挙げて参加し、その陣容を整えた。また、秦佐八郎、志賀潔らが教鞭を執ってきた学部でもある。なお、私立の中で唯一旧制医学専門学校からの昇格ではない。また、1906年（明治39年）に南満州鉄道株式会社他満州国に大日本帝国が進出すると、教授・金井章次との関係から南満医学堂、満鉄衛生研究所に多くの教授を送り込んだ。慶應義塾大学では看護学系が看護医療学部として分かれているため、医学科のみが置かれている。6年教育であり、日吉キャンパスで主に一般教養を、信濃町キャンパスで医学を学ぶ。2001年度入学生までは信濃町キャンパスが2年の秋学期一部から（2年次の秋学期の特定曜日のみ信濃町で解剖学などの実習）だったため、旧制大学時代に倣って1,2年を予科1、2と呼び、3、4、5、6年を学1、2、3、4と呼ぶ。基礎医学と臨床医学の連携の下、患者側の視点に立った臨床のための医学の発展を目的として設立されている。医学部6年生の夏休みにアメリカのメディカル・スクールに短期留学できるほか、ラテンアメリカなどの医学部での交流プログラムがある。また、低学年の間にも海外の他大学との交流会などが用意されている。また、ロックフェラー財団からの慶應義塾への寄付は戦前戦後を通じてしばしばあり、なかでも医学部の受けた恩恵は特に大きく、昭和初年だけに限ってみても予防医学教室の建設、あるいは医学部関係の留学生派遣、いずれも同財団のフェローシップによるものであった。さらに、生物学の訪問教授招聴を準備し、それによってデューク大学の生物学教授パースら5名が来任し、医学部で講義を担当した。様々な経緯から、北里大学、東京都済生会中央病院、国立がん研究センター中央病院、国立病院機構東京医療センター、東京慈恵会医科大学、国家公務員共済組合連合会立川病院など慶應義塾とゆかりの深い医療機関が多く存在する。1936年（昭和11年）、塾長小泉信三がハーバード大学創立300年祝典に参列するため渡米し、各地の諸大学を視察、急激に発展向上しつつある工学一般の趨勢を見聞して帰朝し、工学部設立が急務であることを説いた。これにより、当時の理事である槇智雄が中心となって設立の研究蘭査を始め、着手することになった。王子製紙社長の塾員藤原銀次郎は、各国の製紙工業等をつぶさに視察し、その長短を比較研究して、日本の製紙工業はもとより、工業界全般の発展のために思いを巡らせていたが、たまたま1935年（昭和10年）、アラスカに出張した帰途、スタンフォード大学を見学し、この大学の来歴に深い感銘を受けて帰朝。さらに日本の諸大学の工学部をも詳しく視察し、自ら日本に理想的な大学を設立してあたかもスタンフォード大学のスタンフォードたらんと密かに決するところがあった。一方、藤原はかねてより評議員として義塾の教育にも深い関心を寄せていたのであるが、ここにおいて慶應義塾の意図するところと藤原の意図するところと一致するものがあり、小泉と藤原の折衝が始まり、ようやく意見の一致を見るに至って、財団法人藤原工業大学を創立し、その大学の教育はこれを挙げて慶應義塾に一任することとなり、校舎も日吉の義塾構内に建設することとなった。かくて小泉信三が学長、槇智雄が理事、藤原銀次郎が理事長となって藤原工業大学が発足した。そして、創立後一応目的を達成したるとき、または藤原亡きのちはこの大学の全部が義塾に寄付されることとなっていたのである。
工学部を受け継ぎ、1981年（昭和56年） 理工学部に改称。数理工学科を数理科学科に改組し、物理学科と化学科を開設した。この際、工学部から理工学部になってお利口になった、といわれる。また、物理学科と化学科創設期に、大学院入試で物理学専攻よりも化学専攻の学生の方が物理の点数が良かった、という珍現象が起きている。第二次世界大戦後、財団法人慶応工学会が発足。現在の土地のうち2千坪を北海道炭礦汽船から寄贈された。かつて工学部のあった小金井の土地は売却され、湘南藤沢キャンパスの建設費用に充てられた。以前はI系（機械工学科、電気工学科、計測工学科、物理科）、II系（管理工学科、数理科学科）、III系（応用化学科、化学科）という系別の入学制度で、一年時の成績で各系の学科に振り分けられていた。しかしI系で科により定員のアンバランスがあり、特定の科に成績の悪い学生が集まっていた弊害を無くすため現在は学門制度を取り入れている。学門は、学門1：物理、学門2：数学、学門3：化学、学門4：機械、学門5：情報の5つがあり、1年次にこれら学門の内のいずれか1つに所属する。学門により第2学年進級時に進学できる学科が異なり、講義の必修科目にも多少の違いが見られ、それぞれの学門の特色が反映されている。一年次に進路を考え、二年次にそれぞれの特色に沿った学科に進学することで、進路の幅にやや余裕が持てるメリットがある。「今ある最先端を学ぶのではなく、次の最先端を拓く基礎を学ぶ」をモットーに基礎を重視した教育を行っており、学部卒業生の約7割が大学院に進学する。研究は徹夜で取り組むことも多いために一晩中電気が点いている様から「不夜城」の異名をとる。また、YouTubeに専門チャンネルを開設し、大学の様子や研究・講義内容を広く公開している。