奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
伊吹山
伊吹山の神は「伊吹大明神」とも呼ばれ、『古事記』では「牛のような大きな白猪」、『日本書紀』では「大蛇」とされていた。『古事記』にはヤマトタケルがこの伊吹大明神と戦って敗れる物語がある。伊吹山の神に苦しめられて敗れたヤマトタケルは病に冒されて山を下り、居醒の泉（米原市醒ヶ井の平成の名水百選の1つに選定されている「居醒の清水」）で少し回復したものの、のちに悪化して亡くなったとする伝説が伝えられている。山頂部にはその日本武尊の石像と、伊吹山の神の白猪の像が設置されている。表登山道の三合目西側の「高屋」と呼ばれる場所はヤマトタケルが山の神に出会った場所とされていて、大正時代に石の祠が建立されその中に木造の日本武尊が祀られた。