シケリア遠征
このため、アテナイはカルタゴとエトルリアに支援を求め、さらにアテナイ、シュラクサイともにイタリア半島のギリシア都市の支援を得ようとした。コリントスでシュラクサイの使節はスパルタのために働いていたアルキビアデスに面会した。アルキビアデスはスパルタに対して、もしシケリアが征服されれば、続いてアテナイはペロポネソス半島を侵略するであろうこと、したがってシュラクサイに援軍を送ると同時にアテナイ近くのデケレア（）を占領して要塞化するように進言した。アルキビアデスは、アテナイはデケレアの占領を何よりも恐れていると述べた。スパルタはこの提言を受け入れ、ギュリッポスを遠征軍の司令官に任命した。
ディスカバリー遠征
遠征隊の指揮系統を決めておく必要があった。マーカムはその始まりから全体指揮は海軍士官であり、科学者ではないと決めていた。スコットはその指名後にマーカム宛てに手紙を書き、自分が「船と上陸部隊の指揮を全うしなければならない」と繰り返し、今後のの指名について相談を受けるべきと主張した。しかし、合同委員会はマーカムの黙諾により、メルボルン大学地質学教授で元大英博物館地質学者助手だったジョン・ウォルター・グレゴリーを、遠征隊の科学者指揮官に指名した。王室協会の合同委員会に入っている者に裏書きされたグレゴリーの見解は、上陸部隊の組織と指揮はグレゴリーに任されるべきということだった。「船長は、浚渫や曳き網などに求められる援助をするよう指示される。科学班の下船に必要なボートを手配することである」と語っていた。それに続いた論争の中で、マーカムはスコットの遠征隊全体の指揮が全てであり、曖昧であってはならないと論じ、スコット自身はこの件について進退をかけて主張した。マーカムの見解とスコットの見解が通り、グレゴリーは辞任した。いわく「科学的な仕事は海軍の冒険に従うべきではない」としていた。