キリスト教
なお、日本では行政や文化政策において、国民の信仰が何であるかということは重要視されていないため、詳細な統計は行われたことがない。そのためキリスト教徒に限らず、神道、仏教なども含めて、日本国内における全宗教の正確な信徒の数は不明である。実際、これらの信徒の数を単純に合計すると日本の人口を遥かに超えるが、これは各宗教団体による自己申告の数値に基づいており、また1人が複数の宗教に帰属することによる重複があることも1つの要因と考えられる（「日本の宗教#国民と宗教」を参照）。
教派神道
また、1867年（明治元年）に大教宣布の詔が発布され、1876年（明治9年）には神道事務局に生徒寮を設置して神職の養成に力を注いだ明治新政府（太政官）であったが、政教分離・信教の自由論が世の中に広まり、教導職が終盤を迎え、それに伴い神道事務局の中では、旧典練習所をより発展させた機関を設置する必要があると考えが強まっていった。これにより、明治政府は、日本固有の思想の探究を組織化するために、神道事務局から独立して東京府に皇典講究所を設置した。後に國學院大學へ継承される。