人事院
国家公務員法の一次改正によって、1948年12月に臨時人事委員会の組織・権限を強化する形で発足した。GHQ民政局公務員課長のブレーン・フーバーの絶大な支援の下に、人事行政の一元化を目指して設置された。設立当初の人事院はGHQの後ろ盾もあり、強い権勢を誇っていた。例として旧内務省が入居していた内務省ビルは、人事院が奪い取るかたちで「人事院ビル」と改称している。ほか、各省庁の反発を押し切って○×式試験を強行したこともあった。
興亜院
長は総裁で、内閣総理大臣が兼任した。総裁の下に副総裁4名と総務長官、政務部・経済部・文化部の各部長で構成された（副総裁は陸軍大臣・海軍大臣・外務大臣・大蔵大臣の兼任であった）。現地に連絡機関として華北・蒙彊・華中・廈門に「連絡部」が設けられた。華北連絡部には出張所が置かれ、後に大東亜省に改編されたときには青島総領事館となった。占領地では軍政を行うため興亜院の幹部も主に陸海軍の将校で占められた。興亜院の設置は外務省の対中外交に関する権限の縮小につながり、宇垣一成外相の辞任の一因となった。昭和17年（1942年）11月1日に拓務省・対満事務局・外務省東亜局・同省南洋局と共に統合・改編され大東亜省に変わる。