チェコ鉄道680系電車
ペンドリーノ列車のチェコ鉄道の路線での正規運用は、2つの路線で2005年12月11日に始まった。言わゆる南ルート、プラハ - パルドゥビツェ - チェスカー・トルジェボヴァー - ブルノ - ブルジェツラフ (とその先のブラチスラヴァまたはウィーン)で、ユーロシティと共通種別での運行列車となるはずであった。しかし、列車はスロバキアとオーストリアでの運行許可を得ていなかったので、ペンドリーノは短縮した形で南ルートを運行した。故に、IC 570/571とEC 134/135はブラチスラヴァではなくブルジェツラフ終点となり、EC70から75までの3往復の列車がプラハ - ウィーンの全路線を国際列車として運行した。チェコ鉄道のペンドリーノは2006年12月10日にオーストリアとスロバキアでの運行認可を受け、強制乗換は不必要になった。南ルートは低い労働力と国際列車補助の少ない利益に苦しみ、故に2010年には既にウィーンまでの1往復("SC スメタナ")のみとなり、翌年はもう一方のブラチスラヴァ行("SC スロバキアの矢")となった。2012年の新ダイヤで南ルートは消滅した。
近鉄680系電車
ただし、WNドライブを採用した高性能車ではあるものの、搭載ブレーキが旧式のARDブレーキで抑速電制を備えていないことと、その主電動機出力から連続急勾配が存在する奈良線の大和西大寺駅以西や大阪線での常時の運用には難があり、運用区間が京都・橿原・天理・奈良（大和西大寺 - 近鉄奈良間のみ）の各線に限定された（後述の683系も同様）。また、抑速電制付きHSC-D電磁直通ブレーキ装備の他形式との併結にも大きな制約がある本系列は、同じく抑速電制を装備していない18000系とともに、昇圧後はダイヤ編成上限定運用を組まざるを得なかった。こうした事情から、本系列と18000系は次第に敬遠されるようになり、それぞれ同一系列の2両編成2本で4両編成を組んで、他系列の検査予備として京都・橿原線系統限定の特定ダイヤで運用される機会が多くなっていった。さらに、10400系以降の標準特急車デザインに準じる18000系とは異なり、本系列の場合は奈良電引継車がベースであるために、アコモデーション面で明らかに見劣りすることと、一般車からの改造車ゆえに、客用扉幅が広くデッドスペースが多いため、座席定員が18000系以降と比べてやや少なく、コンピュータ予約発券システムの運用上不便であったことが営業政策上問題視された。このため1974年には特急車仕様のままで、抑速電制の必要がない名古屋線に転属し、主として湯の山線系統などを中心に団体専用車として使用された。