キリスト教
なお、日本では行政や文化政策において、国民の信仰が何であるかということは重要視されていないため、詳細な統計は行われたことがない。そのためキリスト教徒に限らず、神道、仏教なども含めて、日本国内における全宗教の正確な信徒の数は不明である。実際、これらの信徒の数を単純に合計すると日本の人口を遥かに超えるが、これは各宗教団体による自己申告の数値に基づいており、また1人が複数の宗教に帰属することによる重複があることも1つの要因と考えられる（「日本の宗教#国民と宗教」を参照）。
寺院法
近代に入ると、法の制定権限は最終的には国家に帰属することとなり、治教権による法に法的な効力が認められなくなり、寺院法ももっぱら統教権に基づく法令が占めるようになる。明治初期の廃仏毀釈や神道国教化政策の影響で仏教・神道ともに大きな影響を受ける。明治4年（1871年）、地租改正の前提として全ての免税地が廃せられ、それを口実に寺院領が国家に収公された（興福寺の現在の敷地が奈良公園の中にある体裁になっているのは、興福寺の境内を収公してこれを潰して跡地を公園化する政策（後に中止）の名残である）。また、同年神道を国家の祭祀として社家の廃絶が決定され、神官は国家が任命するものとされた。だが、寺社側からの反発もあり、神祇官の職掌は神祇省、教部省を経て内務省の管轄下に移行された。明治17年（1884年）、国家によって任命されていた教導職が廃止され、国家による統制を条件に宗派による内部自治が許容され、それに対応した本末制度の改革が行われた（明治17年8月11日太政官布達第19号）。続いて大日本帝国憲法では制限付ながら「信教の自由」が掲げられた。その後、仏教各派は宗教法制の整備と国家に収公された境内敷地の返還を求める運動を起こした。昭和14年（1939年）に定められた宗教団体法（法律77号）は、戦時体制強化のための宗教統制のための法規であったが、その一方で寺院に初めて法人格を認めたという意味では画期的であった。一方、神社においては国家神道が推進され、昭和15年（1940年）に神祇院が設置された。昭和20年（1945年）に宗教団体法に代わって宗教法人令（昭和20年勅令719号）が出され、翌年政府機関から自立した神社本庁も設置された。更に日本国憲法では政教分離と信教の自由が掲げられた。昭和26年（1951年）には日本国憲法に基づく現在の宗教法人法（昭和26年法律126号）が出され、現在の宗教行政の基本法となっている。