チェコ鉄道680系電車
ペンドリーノ列車のチェコ鉄道の路線での正規運用は、2つの路線で2005年12月11日に始まった。言わゆる南ルート、プラハ - パルドゥビツェ - チェスカー・トルジェボヴァー - ブルノ - ブルジェツラフ (とその先のブラチスラヴァまたはウィーン)で、ユーロシティと共通種別での運行列車となるはずであった。しかし、列車はスロバキアとオーストリアでの運行許可を得ていなかったので、ペンドリーノは短縮した形で南ルートを運行した。故に、IC 570/571とEC 134/135はブラチスラヴァではなくブルジェツラフ終点となり、EC70から75までの3往復の列車がプラハ - ウィーンの全路線を国際列車として運行した。チェコ鉄道のペンドリーノは2006年12月10日にオーストリアとスロバキアでの運行認可を受け、強制乗換は不必要になった。南ルートは低い労働力と国際列車補助の少ない利益に苦しみ、故に2010年には既にウィーンまでの1往復("SC スメタナ")のみとなり、翌年はもう一方のブラチスラヴァ行("SC スロバキアの矢")となった。2012年の新ダイヤで南ルートは消滅した。
チェコ鉄道680系電車
2014年12月より、新ダイヤが施行され始め、ペンドリーノが鉄道企業体スロバキアの協力で新路線に配備され、プラハからコシツェまで1往復のスーパーシティ種別の列車に導入された。主な理由として、チェコの旅客を速く快適にタトラ山脈へ、結果としてスロヴァキア東部へ運ぶことをオファーするための索だと報じられた。路線の近代化と、高速列車を振り子つきで使えるオプションのおかげで、コシツェまでの運行時間を最短7.5時間に短縮することに成功した。ストゥデーンカでの2015年7月末の680.003編成の事故(以降を参照)後、ペンドリーノ配備編成の不足の影響でこの列車は休止となったが、9月1日よりスロバキアで復帰し、同じパフォーマンスで2016年のダイヤでもペンドリーノ・コシチャンの名前で運行継続した。