奈良公園
本来、鹿は警戒心の非常に強い動物で、野生の鹿が人に近づくことは少ないが、奈良の鹿は神格化されたために手厚い保護を受けた影響もあり人を恐れない。但し、5月から7月の出産期、9月から11月の発情期には気が荒くなっているので注意が必要である。奈良公園周辺では、鹿が道路を横断して交通を妨げたり、付近の家や敷地に入り込む光景がしばしば見られる。隣接する奈良県庁の庭や、稀に近鉄奈良駅やJR奈良駅周辺にも出没することがある。過去にはJRの踏切で鹿が電車にはねられたこともある。
奈良の鹿
2017年5月に文化庁から文化財保護法の「現状変更」の許可を受け、8月1日から120頭を目標に猟友会に委託し、田原地区と東里地区で6カ所に箱わなを設置し捕獲事業を開始し、捕獲したシカは解体し、研究機関で年齢や栄養状態など生態を調べる。観光客などの餌付けが問題視され、鹿せんべい以外は与えないことを盛り込んだ条例化も検討されている。この捕獲に、「奈良市鹿害阻止農家組合」は歓迎を表明したが、同年8月3日自然保護団体「一般財団法人 日本熊森協会」（兵庫県西宮市）は、「奈良の神鹿文化を壊すな」と中止するよう要望書を提出した。8月17日に1頭が初捕獲され、解体して胃の内容物や遺伝子検査で農作物被害対策に活用する。