奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
奈良の鹿
明治時代には、1871年（明治4年）中央派遣の四條隆平県令が、鹿による農作物被害軽減だと放し飼いを停止し、鹿苑を造り鹿を収容した。だが野生の鹿が狭い場所に慣れず、餌不足と、野犬侵入、病気などで死に38頭に激減する。奈良県の堺県への合併により、1876年（明治9年）再度開放し、1878年（明治11年）12月2日奈良町と高畑、水門、雑司、川上、中ノ川、白毫寺、鹿野園など周囲8カ村と春日奥山に殺傷禁止区域が設定され、旧興福寺領を中心に1880年（明治13年）2月14日に奈良公園となる。だが、1890年（明治23年）には周囲の食害が大きくなり、周囲村の要望で禁止区域が、奈良町と奈良公園（春日奥山含む）と春日大社境内に縮小される。そのため区域外へのおびき出しによる密猟などが横行し、1891年（明治24年）に鹿の状態を憂いた現在の「奈良の鹿愛護会」の前身となる「春日神鹿保護会」が設立された。以後、「公園の中の鹿」として増加し、親しまれるようになる。第二次世界大戦末期と戦後の混乱期の食糧難による密猟で79頭まで激減し、奈良公園に行っても鹿の姿がほとんど見られないという深刻な状態になる。その後の社会の安定で再び増加し、1000頭前後に安定する。市民の鹿への愛着と共存意識が深くなり、修学旅行の実施と観光の復活とともに、全国的に知られたマスコット的な存在となる。