シケリア遠征
紀元前427年、レオンティノイからの救援依頼に応えて、アテナイは20隻の軍船をラケスの指揮の下、シケリアに送っていた。この作戦はレギオン（現在のレッジョ・ディ・カラブリア）を基地として行われ、そこに数年間滞在してアテナイの同盟都市を支援してシュラクサイとその同盟都市と戦ったが、十分な成功を収めることはできなかった。紀元前425年、アテナイは援軍として三段櫂船40隻の増派を計画したが、航海の途中でピュロスの戦い（）が発生し、艦隊はシケリアに予定通りには到着できなかった。夏も遅くなって艦隊はようやく到着したが、アテナイの同盟都市はすでに戦争に疲れており、シュラクサイと交渉することに同意していた。紀元前424年に開催されたゲラ会議において、シケリア都市国家は「シケリア人のためのシケリア」を基礎とした平和条約を結び、アテナイ艦隊もこれを認めて本国に引き上げた。
ディスカバリー遠征
遠征隊の指揮系統を決めておく必要があった。マーカムはその始まりから全体指揮は海軍士官であり、科学者ではないと決めていた。スコットはその指名後にマーカム宛てに手紙を書き、自分が「船と上陸部隊の指揮を全うしなければならない」と繰り返し、今後のの指名について相談を受けるべきと主張した。しかし、合同委員会はマーカムの黙諾により、メルボルン大学地質学教授で元大英博物館地質学者助手だったジョン・ウォルター・グレゴリーを、遠征隊の科学者指揮官に指名した。王室協会の合同委員会に入っている者に裏書きされたグレゴリーの見解は、上陸部隊の組織と指揮はグレゴリーに任されるべきということだった。「船長は、浚渫や曳き網などに求められる援助をするよう指示される。科学班の下船に必要なボートを手配することである」と語っていた。それに続いた論争の中で、マーカムはスコットの遠征隊全体の指揮が全てであり、曖昧であってはならないと論じ、スコット自身はこの件について進退をかけて主張した。マーカムの見解とスコットの見解が通り、グレゴリーは辞任した。いわく「科学的な仕事は海軍の冒険に従うべきではない」としていた。