BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
アンドリュー・トリジェル
2005年4月、トリジェルは、後にSourcePullerとして知られる、 BitKeeperソースコードレポジトリと連携させるための1つのフリーソフトウェアを作成しようとした。この結果、このことを知ったBitKeeper開発元のBitMoverは従来Linux開発者に"無償"提供していたBitKeeperの使用契約を破棄した。ここで、Linuxカーネルのファウンダーであるリーナス・トーバルズとトリジェルは、この出来事に関する公開討論に至った。トリジェルは次のような主張をした。すなわち、彼はBitKeeperのクライアント・サーバを購入、所有すらしておらず、したがってそのライセンス契約にも同意していないため、ライセンス違反などとはならない。そしてその解析手法は、かつて彼がSambaを作成したときと同じように、データを遣り取りするプロトコルの解析を「道徳的」に行っただけに過ぎない。当該プロジェクトへのトリジェルの関与により、リーナスは彼がBitKeeperに対し汚いトリックを使用したことを非難した。トリジェルはまた解析の手法は、単にBitKeeperのサーバに、BitKeeper製品とは無関係なtelnetクライアントでアクセスしcodice_1とタイプするだけだと主張している。彼の主張が真実ならば、"プロトコル"に対するリバースエンジニアリングはBitKeeperソフトウェアに対するそれではないため、"ソフトウェア"のライセンス上問題ないのではないかとの意見もある。また結果としてフリーソフトウェアであるLinuxカーネル開発プロジェクトからプロプライエタリ製品を排除できたことを歓迎する声もあった。