脊髄小脳変性症
日本では厚生省の運動失調調査研究班によって脊髄小脳変性症の診断基準が作られている。1996年の基準では病型はオリーブ橋小脳萎縮症（OPCA）、皮質小脳萎縮症、マチャド・ジョセフ病、遺伝性OPCA、遺伝性皮質小脳萎縮症、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症、遺伝性痙性対麻痺、フリードライヒ運動失調症、シャイ・ドレーガー症候群、線条体黒質変性症に分類された。皮質小脳萎縮症は晩発性小脳皮質萎縮症（LCCA）に相当する病型であり、遺伝性OPCAはかつてのMenzel型遺伝性運動失調症を拡張した概念である。遺伝性皮質小脳萎縮症はかつてのHolmes型遺伝性運動失調症と同様の概念である。その後原因遺伝子が明らかになるにつれて原因遺伝子による分類がされるようになった。例えば遺伝性OPCAのMenzel型の中からSCA1、SCA2、SCA3、SCA4、SCA5と次々と疾患が命名された。特に遺伝性OPCAのほとんどはSCA1、SCA2、SCA3であると言われている。また分子病態からポリグルタミン病、非翻訳リピート伸長によるSCAといった分類もされることがある。
頭部外傷
このうち神経症とされるもの以外では軽度の脳萎縮、特に間脳の萎縮が認められることがあるが、症状との直接の関わりについては結論できないことが多い。
一方、広義には肉眼的に病変の明らかな器質的疾患を含めることもある。その場合、器質的変化が明らかなものとしては、頭蓋骨骨折（陥没骨折、進行性頭蓋骨折など）、髄液漏、気脳症、骨髄炎、硬膜外膿瘍、硬膜下膿瘍、脳膿瘍、髄膜炎、頸動脈海綿静脈洞瘻、外傷性動脈瘤、外傷性動静脈瘻、頭蓋内外血管閉塞症、頭血腫、慢性硬膜下血腫、脳神経障害、脳挫傷後の精神障害、知能障害、外傷性てんかんなどがある。