イージス艦
その一方で、武装の搭載量や抗堪性などは、従来の艦と比べて特に優れているわけではない。従って、かつての戦艦に相当するような艦と解釈するのは誤解である。また、建造費や運用コストなどが高くつくことも欠点のひとつといえよう。イージスシステムは極めて高価である上に機密のレベルが高く、開発国であるアメリカの提供認可査定が極めて厳しいことから、その保有は、相応の経済力とアメリカからの信頼を持つ国家に限られている。これらの要件を満たしていたとしても、その国の置かれている環境において過剰性能となる場合、あえて導入しないという選択肢もありうる。
戦闘指揮所
一方、イージスシステムを搭載しない水上戦闘艦や、それ以外の空母や強襲揚陸艦が搭載するNTDSの後継機としてACDS（高度戦闘指揮システム）が開発された。これらは、戦闘指揮所に装備されて、個艦戦闘の中枢を担った。特にアーレイ・バーク級ミサイル駆逐艦にイージスシステムを装備するにあたっては、イージス・ディスプレイ・システムを装備した戦闘指揮所の設計が、システム統合の最重要事項とされたことが知られている。