北海道日本ハムファイターズ
北海道をフランチャイズとし、本拠地は札幌ドームとしている。旭川スタルヒン球場や、函館オーシャンスタジアム、帯広の森野球場、釧路市民球場でも毎年公式戦を開催している（後述）。
明治神宮野球場
神宮球場はヤクルトの本拠地ではあるが昔はビジターチームのファンが多かった。レフトスタンドは大抵の試合でビジターチームのファンで埋まり、特に読売ジャイアンツ・阪神タイガース・広島東洋カープ戦の際にはライトスタンドを除いてこれらビジター側のファンが大半を占めることも珍しくなかった。古田敦也が監督就任時に「東京」ヤクルトスワローズへの改称やユニフォームの一新など、「神宮をヤクルトファンで満員にしよう」の合言葉のもと進めた「F-PROJECT」発足の理由の1つとして、この状況が挙げられる。その甲斐もあり、近年ではレフト側にヤクルト応援席ができる試合も登場するなど、ヤクルトファンがスタンドを埋めることも少なくはない。