植物ウイルス
植物ウイルスは動物ウイルスほど良く理解されてはいないが、一つの植物ウイルスは象徴的なものになっている。初めてウイルスとして発見されたのがタバコモザイクウイルス(TMV)である（以下参照）。このウイルスを含め植物ウイルスは世界の年間作物収穫高において推定US600億ドルの損失の原因となっている。植物ウイルスは73の属と49の科に分類される。しかしながら、これらの数字は栽培植物にのみ関係するものであり、これはすべての植物種のうちほんの一部のみを代表するに過ぎない。野生植物に感染するウイルスに対する研究は未だ乏しいが、野生植物とウイルスの間のそのような相互作用が宿主の病気を引き起こすようには見えない、ということをほとんど圧倒的多数にある研究が示している。
ファイトプラズマ
ファイトプラズマ (Phytoplasma) とは、植物に寄生して病害を起こす一群の特殊な細菌である。以前はマイコプラズマ様微生物 (Mycoplasma-like organism : MLO) と呼ばれた。偏性細胞内寄生性で、植物の師部とある種の昆虫に寄生する。古くはウイルスと考えられていたが、1967年に土居養二らによりマイコプラズマに似た細菌として世界で初めて発見された。現在では1,000種以上の植物に感染する病原体として知られる。ヨコバイやウンカなど師管液を吸う昆虫によって媒介され、これら媒介昆虫の体内でも増殖する。