ニホンジカ
神の使いである神鹿（しんろく）として最も有名なのは奈良の春日大社・興福寺のシカである。春日大社の縁起によれば神鹿の由来は、主祭神である武甕槌命が元々の本拠である鹿嶋より春日大社のある三笠山に遷座した際に乗っていた白鹿が繁殖したものと伝えている。江戸時代まで神鹿殺しは重罪であり、犯人は死刑となった。現代においても条例等で刑罰の対象となる。
厳島
厳島のシカとサルは、フェリー桟橋付近にも現れたり、マスコットキャラクターとして図案化されたりして、「宮島のシンボル」ともいうべき知名度がある。なお、厳島のシカは神の使い「神鹿（しんろく）」として神聖視されていたが、第二次世界大戦後に厳島を接収したGHQの兵士がハンティングの対象として撃っていたために激減した。現在島にいる鹿は近年の分子遺伝学で、広島と山口と近い宮島固有の歴史を持つ鹿であるという事が証明されている。
また、一部で奈良から譲り受けたという噂があるが、奈良から譲渡される場合、春日大社に譲渡記録が記されるが、宮島に譲渡された記録は残っていない。
サルについては、江戸時代以前には記録がなく、古い絵巻でもサルの絵は猿回しに現れる程度で非常に少ない。このため、外部から持ち込まれたものが野生化したとする説が一般的である。一例として、1962年（昭和37年）頃、観光振興・生態研究のために小豆島にある日本モンキーセンターからニホンザル45頭が移入されている。これに関連して、2011年（平成23年）以降5年間の計画で、日本モンキーセンターの協力により愛知県犬山市へのニホンザルの移送が行われている。