藤原教通
後三条天皇が藤原氏との関係が疎遠であったために教通の時代に藤原摂関家が衰退したとされているが、教通が兄・頼通との約束に反して子・信長への関白譲位を図った事から兄弟の不仲が深刻となり、頼通の影響力を抑制したい後三条天皇と教通の思惑が合致したことによって両者は接近する。『栄花物語』には後三条天皇が自己の主張を貫きつつも教通との関係を重視したことが記されている。そのため、頼通の財政的な基盤を切り崩すために後三条天皇が行った延久の荘園整理令の施行を事実上容認したとも言われている。
藤原頼通
後冷泉天皇が崩御すると、尊仁親王が即位した（後三条天皇）。新帝は藤原氏とは直接の血縁がなく、35歳と壮年で25年の長い東宮時代を耐えた天皇は意欲的に国家財政の改革に着手し、有名な延久の荘園整理令を出した。藤原氏ら権門の荘園も審査の対象たるを逃れなかった。『愚管抄』は記録所が頼通にも文書提出を求めたとき、「そんなものはないので全て没収しても構わない」と答え、頼通の荘園のみ文書の提出を免除されたという話を伝えているが、実際には頼通の荘園も文書を提出したことや、その審査の過程で規定外の荘園が没収されたことなどが、孫の師通の日記『後二条師通記』に記されている。もっとも、頼通の荘園の中核であった平等院領の9か所については、全く手をつけることが出来なかった。『古事談』では天皇が官使を派遣して平等院領の検注を行うように命じたことを知った頼通は自ら官使を迎える準備をしていたものの、頼通を恐れた官使が誰も宇治に赴かなかったとされている。しかも、後三条天皇の視点からおいても、後冷泉天皇の崩御の直前に駆け込みで得たとは言え、平等院領の太政官符・太政官牒の効力を否定することは、太政官符・太政官牒を荘園の公験として扱い、これを持たない荘園を停廃するとした延久の荘園整理令の方針に反するものであった。頼通は表面上は整理令を受け入れつつも、天皇に自己の荘園の中核（平等院領）を認めさせたという点では、頼通が政治的には一矢報いる形となったのである。