奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
鹿せんべい
「奈良の鹿は鹿せんべいの販売所を襲わない」という噂について、愛護会らは否定的な見解を示している。愛護会や販売員の証言によれば、実際には観光客が少ない時の鹿は販売所のせんべいを奪いとる隙をうかがっており、経験の浅い販売員が特に狙われやすいという。逆に観光客が多い日には、午後には鹿せんべいを渡しても口にしないこともある。販売員は手を打ち鳴らしたり「口で言って聞かせる」ことで、販売所のせんべいを直接食べないよう鹿を「教育」している。また割れて商品にならないせんべいを与える販売員もあるという。いずれにせよ野生動物である鹿は販売所を襲いうるものであり、良好に見える共栄関係は販売員の努力によって、鹿がせんべいを平和裏に獲得する方法を理解した結果である。