植物ウイルス
植物ウイルスは動物ウイルスほど良く理解されてはいないが、一つの植物ウイルスは象徴的なものになっている。初めてウイルスとして発見されたのがタバコモザイクウイルス(TMV)である（以下参照）。このウイルスを含め植物ウイルスは世界の年間作物収穫高において推定US600億ドルの損失の原因となっている。植物ウイルスは73の属と49の科に分類される。しかしながら、これらの数字は栽培植物にのみ関係するものであり、これはすべての植物種のうちほんの一部のみを代表するに過ぎない。野生植物に感染するウイルスに対する研究は未だ乏しいが、野生植物とウイルスの間のそのような相互作用が宿主の病気を引き起こすようには見えない、ということをほとんど圧倒的多数にある研究が示している。
コンピュータウイルス
他のプログラムを書き換える、といったプログラムの起源は1960年代にC言語の開発者としても知られるデニス・リッチーらによって作成されたDarwinやCore Warsという対戦型のコンピュータゲームにまでさかのぼる。DarwinはPDP-1上で動作する仮想機械上で、ターゲットを上書きすることで勝利する、疑似アセンブリコード同士を競わせるプログラムであり、当初は生命の定義や人工生命の可能性についての研究―自身を複製できるものが生命なのか、生命が存在するために最低限必要なことはなにか（捕食対象の識別、あるいは自己と他者の認識や自己防衛とは何か）―を研究するための“仮想環境と生態系”として研究者に利用されていた。やがてプラットフォームの更新による仮想機械や実行環境の整備、という工程を短絡させる形で現在の、『ネイティブなソフトウェア』としてのウイルスにその流れが引き継がれることになった。