奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
鹿島神宮
奈良時代には、史書に多数の神戸の記事が載る（「社領」節参照）。またこの時代、鹿島社は藤原氏から氏神として特に崇敬された。神護景雲2年（768年）には奈良御蓋山の地に藤原氏の氏社として春日社（現・春日大社）が創建されたといい、鹿島から武甕槌神（第一殿）、香取から経津主命（第二殿）、枚岡から天児屋根命（第三殿）と比売神（第四殿）が勧請された。これら4柱のうち特に鹿島神が主神で、春日社の元々の祭祀も鹿島社の遥拝に発したと見られている。その後も藤原氏との関係は深く、宝亀8年（777年）の藤原良継の病の際には「氏神」の鹿島社に対して正三位の神階が奉叙されている。