明倫養賢堂
1871年（明治4年）の仙台医学館廃止の翌1872年、仙台藩医学校出身者が南町に私立仙台共立社病院を開設した。これが改組・改称を繰り返して、医学教育部門が1912年に東北帝国大学医学専門部として包摂された。現在は、東北大学医学部となっている。他方、病院部門は、現在東北大学病院となっている。
なお、養賢堂の設置から東北帝国大学医科大学の設置に至る過程において、数次の廃止および断続期間を挟んでいるほか、医学系部局は東北帝国大学設立後に包摂されたという経緯があるため、東北大学は、同大の創立年月日を、養賢堂の設置年月日ではなく、東北帝国大学の設置の勅令が公布された1907年6月22日としている。
東京大学 (1877-1886)
1881年の機構改革により、同年7月6日以降、東大は初めて単一の「総理」（初代は加藤弘之）を持つことになり（同時に4学部に「学部長」職が新設された）、2校はようやく名実ともに統合され、総合大学としての東京大学が実質的に成立することになった。また、神田錦町に所在していた法理文3学部は、東京大学設立以降1885年にかけて医学部に隣接する本郷の新校舎に移転して校地の統合が完了し、現在の東大本郷キャンパスの原型が形成された。