藤原教通
後三条天皇が藤原氏との関係が疎遠であったために教通の時代に藤原摂関家が衰退したとされているが、教通が兄・頼通との約束に反して子・信長への関白譲位を図った事から兄弟の不仲が深刻となり、頼通の影響力を抑制したい後三条天皇と教通の思惑が合致したことによって両者は接近する。『栄花物語』には後三条天皇が自己の主張を貫きつつも教通との関係を重視したことが記されている。そのため、頼通の財政的な基盤を切り崩すために後三条天皇が行った延久の荘園整理令の施行を事実上容認したとも言われている。
摂家
藤原北家の良房が天皇の外祖父として人臣初の摂政に任官して以後、その子孫の諸流のうち外戚の地位を得た者の間で摂政・関白の地位が継承されたが、道長・頼通父子で合わせて内覧・摂関を72年にわたり担当すると、道長の嫡流子孫である御堂流が摂関を継承することが当然視されるようになった。そのため、藤原氏を母にもたない後三条天皇が即位しても頼通の弟である教通が関白となり、閑院流を母に持つ鳥羽天皇の代にも頼通の曾孫である忠実が摂政となった。これにより、外戚関係を問わず御堂流が摂関に就くことが慣例化した一方、外戚関係と切り離された摂関の権力は弱体化してその実権の多くを院政に明け渡した。平安時代末期、藤原忠通の嫡男である基実が急死すると、その子基通がまだ幼少であったことから、弟の基房が摂関の地位を継いだために、摂関家は近衛流と松殿流に分立。