ウィリアム・アイザック・トマス
1894年、トマスはシカゴ大学に招かれ、社会学の授業を担当した。翌年には、シカゴ大学に移籍することとなり、教えるかたわら、新設された社会学部の大学院で、社会学と人類学を学び、1896年に論文「"On a Difference in the Metabolism of the Sexes"」でPh.D.を取得した。シカゴ大学の社会学部は、アメリカ合衆国における社会学の創設地とされている。その後、トマスは再びヨーロッパへ渡り、様々な民族、文化の問題についてフィールドワークに取り組み、ヨーロッパの諸国民の国民性についての比較研究の執筆に向けた準備をしようとしたが、この企ては完成することはなかった。
ウィリアム・アイザック・トマス
1918年、当時フランスに派遣されていたアメリカ陸軍の士官の妻であったグレインジャー夫人 (Mrs. Granger) という女性と同行していたトマスは、「非道徳的目的のために州境を超えて女性を移動させること」を禁じた違反の容疑で連邦捜査局 (FBI) によって逮捕された。この件については、当時反戦平和運動の活動家だったトマスの妻の信用を傷つけることを狙って、トマスが逮捕された可能性が示唆されている。トマスは、法廷で無罪放免となったものの、ネガティブなパブリシティによって彼のキャリアは取り返しがつかないほど傷ついた。保守的だった学長の下、大学は裁判を待たずにトマスを解雇し、同僚たちからも抗議の声はほとんど上がらなかった。既に『ヨーロッパとアメリカにおけるポーランド農民』の最初の2巻を刊行していたシカゴ大学出版局は、出版契約を放棄し、これに続く3つの巻はボストンの Richard G. Badger によって出版された。ニューヨーク・カーネギー財団は、「アメリカナイゼーション (Americanization)」シリーズの1巻の執筆をトマスに依頼していたが、それをトマスの名で発表することを断ってきた。結局、1921年に『"Old World Traits Transplanted"』が、ロバート・E・パークとハーバート・A・ミラー (Herbert A. Miller) の共著として発表されたが、彼らはこの本のごく一部に寄稿していただけであった。ようやく1951年に至り、米国社会科学研究会議の委員会によって、この本の著者表示はトマスに戻され、本来の著者の名を記した再刊が行われた。