拘置所
勾留の執行として拘置所に収容される被告人は、既に刑が確定し、その執行として刑務所に収監された受刑者とは法的地位が異なる。拘置所における未決囚（刑事被告人）においては一定の範囲で権利・自由に制限が課せられ、例えば衣類・飲食物・日用品の持ち込み、書籍等の閲覧、外部交通などが制限される場合がある。勾留の目的である「逃走及び罪証隠滅の防止」及び刑事施設の規律秩序を維持する観点等からである（「被告人#被告人の権利自由」の項参照）。
吟味方
処刑は、判決の言い渡しのあった直後に執行される。斬首刑（死罪・下手人・獄門）は、牢屋敷内の刑場で実施された。執行後、立ち会った役人がその旨を奉行に報告し、奉行はそれが仕置伺をした事件であることを老中に届け出る。同役の奉行にも一件記録を送付することで、一連の裁判手続きは終了する。