京都大学
創立以来「自由の学風」を建学の精神としている。国立大学法人となったのちに制定された京都大学の基本理念にも引き継がれた。
東方文化学院
1937年、日中全面戦争が開始されると、政府は従来の文献学的な中国文化研究に加え、より時局的要請に沿った現状分析研究を求めるようになった。管掌官庁である外務省は、東京・京都の研究所にそれぞれ新たな研究方針と、関係の深い東京・京都両帝大への移管を受け入れるかどうかを打診したが、東京研究所は東大移管を拒否し、新たに現状分析的研究を進める方針を受容し、「近世法政経済部」を新設した。これに対し、古典学的研究に固執する京都研究所はあくまでこの方針を拒否し、外務省から京大への移管を希望した。この結果両研究所を一組織にまとめることが困難と判断した外務省は両研究所の分離独立を決定し、1938年それまでの東方文化学院は解体され東京研究所は（新）東方文化学院、京都研究所は東方文化研究所に改編された。