顕微鏡
最初の顕微鏡は1590年、オランダのミデルブルフで眼鏡製造者サハリアス・ヤンセンと父のハンス・ヤンセンが作った。他に、同じ眼鏡製造者であるハンス・リッペルスハイ（望遠鏡を最初に作ったといわれる）が顕微鏡も最初に作ったとする説もある。ただし、彼らがこれを使って何か意味のある観察をしたという記録はない。
微生物
ロバート・フックは、自作の顕微鏡で細胞を観察しているが、微生物を観察することはできなかったようである。アントニ・ファン・レーウェンフックの手製、単レンズの顕微鏡観察によって最初に指摘された。彼は様々な微生物を観察し、その姿や大きさについてかなり正確に報告しているが、その報告を元に、微生物を観察できたものも少なかったようである。