西大山駅
北緯31度11分に位置し、1960年の開業以来長らく日本最南端の駅だったが、2003年の沖縄都市モノレール線（ゆいレール）開業に伴い同線の赤嶺駅（北緯26度11分36秒）にその地位を渡した。その際、「日本最南端の駅」の標柱を「本土最南端の駅」に改めたが、「沖縄は本土ではないのか」との意見が寄せられたことから、2004年に表記を「JR日本最南端の駅」へ変更している。
指宿駅
JR九州鉄道営業が駅業務を行う業務委託駅で、みどりの窓口が設置されている。なお当駅は日本最南端のみどりの窓口設置駅であり、宗谷本線稚内駅（日本最北端の駅）とは日本国有鉄道（国鉄）時代の1974年に姉妹駅提携を結んでいる。2016年3月26日から同年10月2日まではJR最南端の有人駅でもあった（この期間は山川駅が無人化されていたため）。当駅は夜間滞泊設定駅である。