拘置所
勾留の執行として拘置所に収容される被告人は、既に刑が確定し、その執行として刑務所に収監された受刑者とは法的地位が異なる。拘置所における未決囚（刑事被告人）においては一定の範囲で権利・自由に制限が課せられ、例えば衣類・飲食物・日用品の持ち込み、書籍等の閲覧、外部交通などが制限される場合がある。勾留の目的である「逃走及び罪証隠滅の防止」及び刑事施設の規律秩序を維持する観点等からである（「被告人#被告人の権利自由」の項参照）。
保護房
保護房（ほごぼう）とは、刑務所内で他と隔離すべきとされた者が一旦収容されるところである。なお、2006年施行の刑事収容施設及び被収容者等の処遇に関する法律においては、第79条において保護室と称される。なお、法規上は懲罰の対象者を保護房に入れる規程はないが、実際には懲罰の意味での保護房への収容があったことは報告されている。