キリスト教
なお、日本では行政や文化政策において、国民の信仰が何であるかということは重要視されていないため、詳細な統計は行われたことがない。そのためキリスト教徒に限らず、神道、仏教なども含めて、日本国内における全宗教の正確な信徒の数は不明である。実際、これらの信徒の数を単純に合計すると日本の人口を遥かに超えるが、これは各宗教団体による自己申告の数値に基づいており、また1人が複数の宗教に帰属することによる重複があることも1つの要因と考えられる（「日本の宗教#国民と宗教」を参照）。
政教分離原則
大日本帝国憲法は第28条において「日本臣民ハ安寧秩序ヲ妨ケス及臣民タルノ義務ニ背カサル限ニ於テ信教ノ自由ヲ有ス」と定めた。しかし信教の自由、および“安寧秩序” “臣民の義務”という定義自体が不完全なもので、神道は「神社は宗教にあらず」といって実質的に国教化され（国家神道）、神社への崇敬を臣民の義務として、神宮遙拝は日常化され、家庭や公共機関などに神札を祀ることが奨励された。これに反する宗教は弾圧を加えられることもあった（大本教、ひとのみち教団、創価教育学会、横浜ホーリネス教会など）。