拘置所
勾留の執行として拘置所に収容される被告人は、既に刑が確定し、その執行として刑務所に収監された受刑者とは法的地位が異なる。拘置所における未決囚（刑事被告人）においては一定の範囲で権利・自由に制限が課せられ、例えば衣類・飲食物・日用品の持ち込み、書籍等の閲覧、外部交通などが制限される場合がある。勾留の目的である「逃走及び罪証隠滅の防止」及び刑事施設の規律秩序を維持する観点等からである（「被告人#被告人の権利自由」の項参照）。
刑務所
刑罰としての拘禁は13世紀ころから用いられるようになり、宗教裁判の広がりと共に頻繁に行われるようになったが、その当時は修道院などを一時的に使用する場合が多く、刑務所、あるいは牢獄といえば裁判を待つ未決囚や執行を待つ死刑囚などを拘禁する場所を指した。当初は長期の拘禁を予定していなかったため、裁判所庁舎などの地下などに簡易的につくられた非衛生的なものが多かった。