マラソン
マラソンの距離は42.195kmと設定されているが、これは古代マラソンに直接由来するものではない。オリンピックでマラソン競技が実施された当初は、大会ごとの競技距離は一定ではなく（同じコースを全選手が走ることが重要とされていたため）、約40kmで行われていた。競技距離が統一されたのは、第8回パリオリンピック以後であり、42.195km（26マイル385ヤード）とされた。この距離は第4回ロンドンオリンピック時の走行距離（市街地42km+競技場の200mトラック1周弱）をそのまま採用したものである。
NAHAマラソン
第23回大会より、奥武山野球場改築工事によりスタート・ゴールの奥武山公園や中間地点の平和祈念公園を中心にコースが一部変更される。また30km過ぎの関門地点だった兼城交差点が付近のマンション建設により、約1.6km先の阿波根交差点に変更される（このため制限時間がこの関門地点のみ15分繰り下げる）。