ファイターズスタジアム
日本ハムの一軍は2004年、保護地域を東京都から北海道に移し札幌ドームを本拠地としたが、二軍はその後も引き続き鎌ケ谷市を本拠地としている。これは当時イ・リーグ6球団がいずれも首都圏1都3県に本拠地を置いており、仮に日本ハムが一軍だけでなく二軍も北海道に移転してしまうと、公式戦などを行う場合は移動が長距離に及ぶ上、選手やコーチ、スタッフの移動手段も事実上空路だけに限られてしまうため、日本ハムのみならず他球団にも経済面や肉体面での負担が大幅に増加する懸念があることや、札幌ドーム以外に屋内球場がない北海道ではシーズンの早春や晩秋に屋外球場での試合開催が寒冷な気候上困難であることもある。また、営業面のメリットとして既存の首都圏のファンを維持しつつ二軍に振り向けることがあるという。
北海道日本ハムファイターズ
8月に北海道の有力企業との出資で、移転後の球団運営会社となる株式会社北海道日本ハムファイターズを設立、本拠地を札幌ドームに移転（事務所も東京都港区六本木六丁目の六本木電気ビルから札幌ドーム内の事務所に移転）。同時に日本ハム球団株式会社は株式会社北海道日本ハムファイターズへ球団運営権を譲渡し解散、特別清算手続きをとった。二軍は引き続き鎌ヶ谷市のファイターズスタジアムを拠点とした。旧本拠地の関東地域のファンのために年間数試合を引き続き東京ドームで行うのと、二軍の本拠地維持の関係上、鎌ヶ谷市に「首都圏事業グループ」を設置している。なお、日本ハム球団株式会社は2005年2月1日付で特別清算終結決定が確定し、翌日付で登記簿が閉鎖（法人格消滅）されている。オフに新庄剛志（登録名「SHINJO」）の獲得に成功した。同年からパ・リーグに導入されたプレーオフ出場を千葉ロッテとシーズン終盤まで争い、9月24日の対オリックス・ブルーウェーブ戦で、プレーオフ進出を決め、最終的に4位ロッテと0.5ゲーム差であったが、この年のプロ野球は近鉄とオリックスの球団合併による球界再編問題が取りざたされ、選手会はこの問題で9月18日・19日の2日間、全球団それぞれ2試合ずつ計12試合でストライキを行い試合中止となり、代替試合は行われなかったことも影響した。