藤原教通
後三条天皇が藤原氏との関係が疎遠であったために教通の時代に藤原摂関家が衰退したとされているが、教通が兄・頼通との約束に反して子・信長への関白譲位を図った事から兄弟の不仲が深刻となり、頼通の影響力を抑制したい後三条天皇と教通の思惑が合致したことによって両者は接近する。『栄花物語』には後三条天皇が自己の主張を貫きつつも教通との関係を重視したことが記されている。そのため、頼通の財政的な基盤を切り崩すために後三条天皇が行った延久の荘園整理令の施行を事実上容認したとも言われている。
藤原頼通
こうして親仁親王の即位（後冷泉天皇）に伴い、異母弟宮の尊仁親王が東宮に立てられた。だが頼通は藤原氏との縁の薄い尊仁親王には協力せず、永承5年（1050年）に一人娘の寛子を入内させ皇后となし皇子誕生に望みを繋いだが、ここでも皇子に恵まれることは無かった。
永承6年（1051年）、陸奥国で前九年の役が勃発する。地方の世情が不安になる中、道長の後継として長年関白を務めた頼通の権勢は表面的には衰えず、御所の傍に巨大な高陽院を造営し、永承7年3月28日（1052年)には道長の別荘であった宇治殿を現代に残る壮麗な平等院鳳凰堂に改修した。