ジョホール王国
一方、イギリス東インド会社は、1786年にはマラッカ海峡に臨むペナン島（現マレーシア・ペナン州）を獲得している。これは、シャムの攻撃を恐れたが、イギリスのの提案に応えて、イギリスの軍事援助の見返りにペナン島を東インド会社に賃貸したものである。この後、ペナン島は「プリンス・オブ・ウェールズ島」と改名され、イギリスの東南アジア進出の拠点となった。1791年にはシャムがパタニ王国を侵攻したため、クダ王国は協定によりイギリスに派兵を要求したが拒否されている。イギリスの違約を知ったクダ王国は1万人規模の大軍を動員してペナン島奪回を企図したが、この計画は事前にフランシス・ライトの知るところとなり、クダはペナン奪回に失敗したのみならず、島の対岸に位置するマレー半島のをも奪われ、ともに正式にイギリスへ割譲することとなった。
ペナンの歴史
ライト没後の1800年にはペナンは再びクダ王国に攻め込み、ペナン島のみならず対岸の海沿いの一帯を支配下に置いてウェルズリー州（Province Wellesley）と命名し、ペナンの支配を確実なものにした。ペナンの最大の投資リスクはオランダとクダ王国だっただけに、この安定化はより交易を活性化させることとなる。また、1805年にはトーマス・ラッフルズがペナンに派遣され、ペナンで積んだ経験が後のシンガポール建設の参考となった。
目覚しい商業上の発展を遂げつつあったペナンだが、1805年にいたるまでイギリス本国及び東インド会社からは関税収入のない単なる交易の中継地とみられていた。だが、1805年のトラファルガーの海戦によってイギリス艦隊がフランス、スペインの連合艦隊を破ると、イギリスは獲得した覇権を確立するために積極的な海軍基地建設に乗り出す。東インド会社はペナンをマドラス、ボンベイ、カルカッタに匹敵する規模まで発展させ、戦略拠点として海軍基地と造船所を建設する方針を固めていた。