BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
Git
Gitの開発は、Linuxカーネルの開発者の多くがBitKeeperのシステムに対するアクセスを禁止されたことに端を発している（BitKeeper#価格変更を参照）。これは、アンドリュー・トリジェル (Andrew Tridgell) がプロプラエタリなソフトウェアであるBitKeeperのプロトコルをリバースエンジニアリングしたことに対し、BitKeeperの著作者であるラリー・マクボイがこれをライセンス違反であるとして、BitKeeperの無料提供を止めたためである。Linux.conf.au 2005のキーノートにおいて、Tridgellはこのリバースエンジニアリングの手順について説明を行ったが、内容はBitKeeperのサーバの適切なポートにtelnetでアクセスし“help”とタイプするだけという単純なものだった。