藤原教通
後三条天皇が藤原氏との関係が疎遠であったために教通の時代に藤原摂関家が衰退したとされているが、教通が兄・頼通との約束に反して子・信長への関白譲位を図った事から兄弟の不仲が深刻となり、頼通の影響力を抑制したい後三条天皇と教通の思惑が合致したことによって両者は接近する。『栄花物語』には後三条天皇が自己の主張を貫きつつも教通との関係を重視したことが記されている。そのため、頼通の財政的な基盤を切り崩すために後三条天皇が行った延久の荘園整理令の施行を事実上容認したとも言われている。
藤原綏子
のちに、東宮と同じく村上天皇の皇孫である弾正大弼・源頼定と密通事件を起こした。発覚する前、疑わしく思った東宮は綏子の異母兄道長に実検を命じた。道長は綏子のもとに参上するや、いきなり彼女の着ていた衣を荒っぽく開いて乳房を捻り、母乳が迸ったのを確認して帰参し、東宮に密通懐妊の事実を啓上した。東宮は頼定を憎らしく思う上で、「道長もそこまでしなくてもよかったのに」と、異母兄の去った後で大層泣いたという綏子の心中を思いやって少し不憫にも思ったとも伝わる。しかし、この密通に東宮は怒り、春宮坊の護衛官らに命じて頼定を蹴殺してやろうかと思ったほどだったが、共に祖父とする村上天皇の名を穢したくはないと思いとどまったとされる。ただし東宮が三条天皇として即位するとその在位中に頼定の昇進は一切なく、昇殿すら許されなかった。この一件は長徳年間（995年－999年）の出来事であるらしく、綏子と頼定の間に生まれた男の子は後に僧都となった頼賢であるといわれている。