BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
Mercurial
2005年4月上旬、Linuxカーネルの開発に利用されていたBitKeeperのフリー版の配布停止が発表された（詳細についてはBitKeeper#価格変更参照）。Linuxカーネル開発者の一人でもあったMatt MackallはBitKeeperに代わる分散型バージョン管理システムの開発に乗り出し、4月19日に0.1をリリースした。 既にLinuxカーネルの原著作者であるLinus Torvaldsも同様の目的でGitの開発を開始していたが、MackallはLinux kernel Mailing List上でMercurialの優位性（データを差分の形式で保持することにより、リポジトリのサイズを節約している、等）を訴え、Torvaldsと論争を繰り広げたこともあった。その後、Linuxカーネル開発においてはGitが採用されることとなったが、現在ではGitもMercurialも互いの機能を取り入れつつ開発が進んでおり、それぞれ様々なプロジェクトで利用されている。