申告納税制度
申告納税制度に対し、行政機関の処分により税額を確定する方法を賦課課税制度といい、日本においても地方税ではこの方法が一般的である。また国税にあっても、日本では太平洋戦争以前は賦課課税制度が採られ、税務官署が所得を算定し税額を納税者に告知していた。しかし1947年（昭和22年）、各種制度の民主化の一環として主要3税について申告納税制度が採用された。
累進課税
経済学者の土居丈朗は「日本の所得税制度には、大きな歪みがある。国民の所得総額は年間約250兆円あるが、実際に所得税が課される対象となる課税所得はその内の約110兆円である。残り140兆円は、控除に次ぐ控除で、課税対象から外されている。控除のやり方に大きな問題がある。日本の所得税制度は世界的に見て、所得課税による格差是正効果が極めて低い。所得の多い人ほど、税負担が軽くなる」と指摘している。