くろアゲハ
舞台は千葉県成田市近辺。主人公の星野英太（ほしのえーた）は昼間は16歳のバイクが好きな普通の高校男子だが、夜は元レディースの姉の命令で毎晩実家の「スナック　コスモス」で人気ホステス「エイラ」として女装させられるという生活を送っていた。そんな彼が恋したのは、同級生で同じクラスの「山本都姫（やまもとみやび）」という美少女。しかし彼女は、地元の悪を束ねる罵多悪怒愚（バタードッグ）のリーダーの妹にして、伝説の暴走族「OZ（オズ）」の2代目というヤンキー界のお姫様だった。名前を覚えてもらうどころか、女装のためにつけていた女物の下着を都姫に見られたことで、「変態」の烙印を押されて嫌われてしまう英太。そこへ追い打ちをかけるように、都姫の男除けとなっている迷惑なシスコン兄貴や、兄貴公認の彼氏候補の存在を知ってしまう。女装のせいで都姫に嫌われた英太は自棄を起こし、エイラの姿のままで職務放棄をして家を飛び出す。その際、仲間のバイクを警察署から取り戻した都姫と知り合い、周囲が作り上げたキャラを演じているという都姫の本音を知る。そればかりか、都姫を追ってきたパトカーから見事なバイクテクで彼女を救ったことで「お姉さまになってほしい」と懇願される。これをきっかけに、昼間は大嫌いな変態英太として都姫からボコボコにされ、夜は伝説のレディースで頼れる大好きなお姉様エイラとして都姫から慕われるという一人二役をすることになった。
鯨神のティアスティラ
ある日、主人公の成海悠真は、トランクに詰められて島の海岸に流される。そこで出会った少女の天川湊月に連れられ、島の中心街へやってきたが、そこで誤って水路へ転落してしまう。流された先で、自らを「鯨神」という一人の少女と出会う。彼女は「願いを叶える力」を失ったため、それを取り戻すべく、主人公に自身の御使いとなってほしいと頼み込む。
物語の最初、妹の真莉音によりトランクに詰められ島へ持ち込まれた主人公は、持ち物検査に引っ掛かり、トランクごと海へ落下する。島の海岸へ流れ着き、そこで湊月と出会う。島の中心街へと案内されやってくるが、トランクに入っていた妹の下着がポケットから出てしまい、動転し街を流れる水路へ落下する。やがて山奥にある古びた祠の前に流れ着き、一人の少女と出会う。彼女は主人公が「水に導かれやってきた」といい、自らを「鯨神」だという。名前を尋ねるとリルーホエールと名乗り、一緒に中心街へ戻ると、そこで湊月と再会する。宿の無い主人公は、妹や湊月が通う学園の寮に泊めてもらえることになる。鯨神の力の復活のため、島に残り学園に転入することになった主人公のもとに、主人公の幼馴染であり、隣の家に住む上遠野恵那が寮へやってくる。主人公らが心配な彼女も学園に転入することになり、彼ら4人はリルの力の復活を目的とし、天洲楽鯨団という同好会を結成し、鯨神の復活のため奔走していく。
リルの力を取り戻すため、悠真と湊月は、桜子の協力を得て、文献の調査を開始する。調べるうちに、鯨神を祀る祭りが、100年ものあいだ行われていないことが判明し、祭りの復活のため、山奥の祠の修復を始める。修復が終わった頃、リルが祠を見にやってきたが、リルはその祠を無骨だと言い、もっと可愛い祠を建てろと言うが、伝統を重んじる考えの湊月と対立してしまう。そこで悠真は、リルの好物のサバ缶を使って、伝統の大切さを説明し、リルと湊月の和解に成功する。更に自治体の協力も得て、祭りの開催が決定する。祭りの開催にあたり、巫女役は湊月が務める予定であったが、リルに拒否されてしまう。リルは、真面目な性格の湊月が、巫女の役目に縛り付けられることを恐れて、彼女を巫女役に選ばなかったのである。湊月が、悠真とともにいることが出来なくなるのならば、巫女を辞めると宣言したことで、リルに巫女に選ばれる事になった。祭り当日、舞は成功し、リルの力は取り戻された。
真莉音は、惚れ薬を作るため、エネルギー水の研究をしており、その過程で初のエネルギー水の凝縮実験に成功する。特許を取るように桃梨に諭されるも、本人は企業に研究を売り渡そうとしていた。企業の人間が多数訪れる中、エネルギー水の小瓶が盗まれる事件が発生する。監視カメラの映像を見た悠真は、犯人が高松であると確信する。彼は、真莉音の父親の研究室にいたことがあり、企業に研究を売り渡さないよう小瓶を盗んで警告したのであった。悠磨は彼と会い、後日校舎の屋上に来てほしいと頼む。翌日、真莉音は高松と企業の人間を前に、研究を売り渡さず、研究内容を公開すると宣言する。その後、高松に小瓶を返してもらい、和解する。鯨神の祭りの日に、二人は結婚式を挙げ、皆の祝福の中、幸せを誓うのであった。
恵那は、真莉音の行っていたエネルギー水の実験を補佐していた。実験の成功により、彼女らは、テレビ局から取材を受ける。しかし、テレビを見た両親から、帰るように言われ、両親と喧嘩になってしまう。このとき、悠真は恵那に告白するも、それが本意ではないと思った恵那に断られてしまう。この影響で、二人の関係は悪化するが、真莉音の仲介により、二人は仲を取り戻し、晴れて恋人となる。そんなある日、二人は街で[]便利屋]]をしているリルを見つける、二人はリルを手伝うことにするが、彼らは、エネルギー水の力の弱まりを改善してほしいという願いを受ける。そのため、彼らは湖に調査に出かけるが、そのほとりで土砂崩れが発生する。さらに、土砂崩れの内部から洞窟が出現し、調査に来た悠真と恵那は足を踏み外し洞窟へ落下してしまう。願い水の効果で命は助かるが、悠真は願い水を使い切ってしまう。閉じ込められ、脱出できなくなった二人は、願い水に願い、その小瓶を振ったところ、内部に残った願い水がこぼれ、土砂崩れによって、行方が分からなくなっていたリルの宝玉が出現し、リルが仲間を呼んできたため、無事脱出に成功する。その後、エネルギー水の問題は解決し、リルに御使いを解かれた悠真は、恵那と共に自宅に帰って行った。
鯨神の事を知るため、書物を調べ始めた悠真。そのことを知ったリルは、悠真を自分の事で縛りつけるのを嫌い、御使いの役目から解放する。ある日、リルの前に壁が現れ、翌日、リルの行方が分からなくなる。リルを探しに行った悠真は、祠でリルを発見し、そこで、壁の範囲が徐々に狭まっていることを知る。リルは皆に迷惑をかけることを嫌い、祠に留まろうとするが、悠真は拒否し、リルに告白したことで、恋人となる。しかし、リルは衰弱し続け、鯨神の資料を調べ、リルを救おうとする悠真は、資料の中から、巫女の舞という儀式を見つけ出し、島で行われる祭りの日にそれを実行する。当日、儀式は成功し、リルの衰弱は止まるものの、壁が消滅することは無かった。
このトゥルールートにおいて、鯨神の正体が明かされる。
力が弱まり祠の周辺から出られなくなってしまったリル。エネルギー水の純度低下の問題について調べ始めた主人公らであったが、既存の資料を調べ尽くしてしまう。そんな中、正義が家の倉より先祖が書いた日記を発見する。それを読み、巫女の舞とは、本来、鯨神自身が行うものであったことが判明する。そんな中、祠の近くで土砂崩れが発生し、現場を調べていた主人公たちは、地底湖を発見する。二日後、地底湖の祭壇で、リルが清めの舞を踊ることになる。舞は成功し、島の水は清められたが、水を清めるという役目を終えたリルは消滅しようとしていた。悠真はリルを消さないよう、効果がないと知りつつ願い水に願うが、そのとき悠真の体内に宿していた先代の鯨神の願い水が作用し、リルの消滅は免れ、先代の記憶を受け継ぐことになった。