ピウス9世 (ローマ教皇)
1858年、ナポレオン3世はサルデーニャ王国のカヴールと同盟し、オーストリア軍を攻撃。オーストリア軍をイタリア半島北部から撤退させた。ここにいたってサルデーニャ国王（のちの初代イタリア国王）ヴィットーリオ・エマヌエーレ2世は教皇領への駐留を要求し、拒否されると軍隊を侵入させて制圧した、1870年には、フランス軍の撤退で無防備となったローマを占領した。翌1871年、教皇領が廃止され、ローマが正式にイタリア王国の首都となると、教皇は自らが「バチカンの囚人」であると宣言し、国王をはじめとするイタリア政府関係者を破門に処し、カトリック信者が議会の選挙に投票することを禁じる教令『ノン・エクスペディト』を出したり、王族の冠婚葬祭の招待を無視するなどの対抗処置を行い、イタリア政府とバチカンは断交状態に陥った（ローマ問題）。
イタリア王国 (中世)
しかしこの新たな覇権は神聖ローマ帝国に残らなかった。カルロ5世の後にローマ皇帝となったのはオーストリア大公である弟のフェルディナンドであるが、ハプスブルク家のイタリアにおける勢力はスペイン王となった息子のフェリペ2世（ミラノ公フィリッポ）が継承した。ローマ皇帝がイタリア王を表だって名乗ることもなくなった。それでもやはりローマ皇帝は帝国イタリアの君主であった。帝国イタリアには競合し部分的に重なり合うローマ教会、神聖ローマ帝国、スペイン王国の封建的ネットワークが併存することになった。1627年にマントヴァ公が空位となった際、ローマ皇帝フェルディナンド2世はイタリア王権を実際に行使し、フランスのヌヴェール公シャルルによるマントヴァ公位継承を阻止しようとした。これによりマントヴァ継承戦争が引き起こされた。マントヴァ継承戦争は三十年戦争の一部ともされる。スペイン継承戦争中の18世紀初頭にもローマ皇帝は再び王権を行使し、1708年にマントヴァを差し押さえてハプスブルク家のミラノ公国へ編入した。オーストリア（ハプスブルク君主国）を本拠地とするローマ皇帝はミラノとマントヴァを治め続けたほか、断続的にではあるが他の地域も支配した（1737年以降のトスカーナなど）。