チェコ鉄道680系電車
ペンドリーノ列車のチェコ鉄道の路線での正規運用は、2つの路線で2005年12月11日に始まった。言わゆる南ルート、プラハ - パルドゥビツェ - チェスカー・トルジェボヴァー - ブルノ - ブルジェツラフ (とその先のブラチスラヴァまたはウィーン)で、ユーロシティと共通種別での運行列車となるはずであった。しかし、列車はスロバキアとオーストリアでの運行許可を得ていなかったので、ペンドリーノは短縮した形で南ルートを運行した。故に、IC 570/571とEC 134/135はブラチスラヴァではなくブルジェツラフ終点となり、EC70から75までの3往復の列車がプラハ - ウィーンの全路線を国際列車として運行した。チェコ鉄道のペンドリーノは2006年12月10日にオーストリアとスロバキアでの運行認可を受け、強制乗換は不必要になった。南ルートは低い労働力と国際列車補助の少ない利益に苦しみ、故に2010年には既にウィーンまでの1往復("SC スメタナ")のみとなり、翌年はもう一方のブラチスラヴァ行("SC スロバキアの矢")となった。2012年の新ダイヤで南ルートは消滅した。
チェコ鉄道680系電車
雑誌MF Dnes、2009年6月11日のインタビューで、チェコ鉄道のペトル・ジャルダCEOは、ペンドリーノが、月曜日と金曜日の便が毎回売り切れても損失を生む可能性を認めている。ウィーンやブラチスラヴァまで長距離運行しても、この型式の車両での運行ルートが短いことが主な理由と言われている。それ故、チェコ鉄道は運行ルートを延ばし、多くの目的地を用意しようとした。2009年6月12日からペンドリーノがトルジネツまで運行すると宣言し、ドイツと、最初から意図されていたベルリン - プラハ - ウィーンのルートへの1年半後の配備について同意することを望んでいた。