顕微鏡
最初の顕微鏡は1590年、オランダのミデルブルフで眼鏡製造者サハリアス・ヤンセンと父のハンス・ヤンセンが作った。他に、同じ眼鏡製造者であるハンス・リッペルスハイ（望遠鏡を最初に作ったといわれる）が顕微鏡も最初に作ったとする説もある。ただし、彼らがこれを使って何か意味のある観察をしたという記録はない。
細胞説
細胞説へとつながる研究の流れの一つに病理学がある。病気をその体に起こる病変として研究する病理解剖学は、顕微鏡の使用によって組織レベルの観察を積み重ねた。フランスのビシャ(Marie François Xavier Bichat 1771-1802)は、組織を区分することを初めて提案し、その後続は組織をさらに詳細に研究対象とした。彼は顕微鏡を用いなかったが、ミュラー(Johannes Peter Müller 1801-1858)はこの分野で最初に顕微鏡を使い、多くの知見を蓄積した。