ジョホール王国
一方、イギリス東インド会社は、1786年にはマラッカ海峡に臨むペナン島（現マレーシア・ペナン州）を獲得している。これは、シャムの攻撃を恐れたが、イギリスのの提案に応えて、イギリスの軍事援助の見返りにペナン島を東インド会社に賃貸したものである。この後、ペナン島は「プリンス・オブ・ウェールズ島」と改名され、イギリスの東南アジア進出の拠点となった。1791年にはシャムがパタニ王国を侵攻したため、クダ王国は協定によりイギリスに派兵を要求したが拒否されている。イギリスの違約を知ったクダ王国は1万人規模の大軍を動員してペナン島奪回を企図したが、この計画は事前にフランシス・ライトの知るところとなり、クダはペナン奪回に失敗したのみならず、島の対岸に位置するマレー半島のをも奪われ、ともに正式にイギリスへ割譲することとなった。
ペナンの歴史
この状況の改革を求めたのは、ペナンに投資し、または移り住んでいるイギリス人たちだった。彼らは東インド会社の場当たり的な運営の拙さを指摘し、より効率的な政府への転換を訴えた。東インド会社側でもペナンのもたらす赤字には頭を悩ませており、ペナンの管理区分をペナン管区から総督代理管轄区（Residency）に引き下げるとともに、東南アジアに広がるペナン、シンガポール、マラッカの植民地は「海峡植民地」という一つの枠に収められることになった。