技能実習制度
1993年に、「技能実習制度に係る出入国管理上の取扱いに関する指針」(平成5年法務省告示第141号)により、在留資格「特定活動」の一類型として技能実習制度が創設された。この制度は、外国人研修制度により一定水準以上の技術等を修得した外国人について、研修終了後、企業と雇用関係を締結した上で生産活動に従事し、研修で修得した技術等をよりスキルアップできるようにするとしている。
当初は研修・技能実習の期間は合計で最長2年間だったが、1997年4月には最長3年間に延長された。
難民
以降日本の難民認定手続が外国人である難民申請者側にとって複雑であるとされることや、法務大臣及び難民調査官という法務省官吏のみが難民認定の権限を有していることが人道的配慮に欠けるとして国際社会から批難されるようになると、これを受けて法務省は2002年6月から難民問題に関する専門部会を開催し、2005年5月に入管難民法を改正して外部からの有識者や実務経験者などを難民認定手続に関与させる「難民審査参与員制度」を導入するとともに、日本入国後60日以内に難民申請を行わなければ入国管理局は当事者を違法滞在として強制退去させるとしていたいわゆる「60日ルール」を廃止した。