横浜赤レンガ倉庫
第2期築港工事は、前期と後期に分かれる。前期工事は、税関前の海面を埋め立てて、係船岸壁を有する埠頭の建設を主に進めた。係船岸壁とは船が直接接岸できる岸壁で、その建設は日本初の試みであった。1905年（明治38年）には埋立が完了したが、同年より引き続いて始められた後期工事は埠頭の拡張と陸上設備（上屋、倉庫、鉄道、道路）の整備を目指した。赤レンガ倉庫は後期工事の中で、国営保税倉庫として建設された。後期工事には、日清戦争後に急伸し東洋最大の港となっていた神戸港や大阪港に対抗するため、横浜市も約270万円の費用を負担して、築港の完成を急いだ。これは横浜市が国に働きかけて実現させた事業であり、国と地方の共同事業の嚆矢となった。
横浜港
明治30年代〜大正時代には、日清戦争（1894年（明治27年））を経て東洋最大の港となった神戸港に対抗すべく、埠頭や海陸連絡施設など大規模な港湾施設の建設が積極的に行われた。1899年（明治32年）には、海陸連絡施設の整備を目指して第2期築港工事を開始した（1917年（大正6年）まで）。赤レンガ倉庫と新港埠頭は、この時代に横浜市が政府に建設を働きかけて完成させたものである。建設費用はアメリカに支払った下関戦争の賠償金がアメリカから返還され、それを充てた。以後、現在に至るまで港湾施設の改良工事は度々行われている。