京都大学
創立以来「自由の学風」を建学の精神としている。国立大学法人となったのちに制定された京都大学の基本理念にも引き継がれた。
京都教育大学
2005年4月に寺田光世が学長に就任した後に、京都府内の私立大学（同志社女子大学、京都産業大学、京都女子大学、佛教大学、立命館大学）と連携して開発した教育プログラム「連合大学院による教員養成高度化京都モデル」が文部科学省の「資質の高い教員養成推進プログラム（教員養成GP）」に採択され、同志社大学と龍谷大学も加わった連合教職大学院（連合教職実践研究科）を2008年度より立ち上げた。