シケリア遠征
この遠征を承認した最初の民会において、ニキアス、アルキビアデス、ラマコスの3人が司令官として選ばれていた。この決定は2回目の民会でも変更されなかった。アルキビアデスはこの遠征の提案者であり、「戦争派」の指導者であった。ニキアスはアルキビアデスに批判的で「和平派」の指導者であった。一方ラマコスは50歳の経験をつんだ軍人であり、喜劇作家アリストパネスの著作『アカルナイの人々』の中では、大ぼら吹きで、永久に貧しい戦士であると風刺されている。彼らの選出の理由は記録されていないが、民会は攻撃的な若い指導者と高齢の保守主義者のバランスを取り、さらにその軍隊経験からラマコスが加えられたものと推定される。
ディスカバリー遠征
遠征隊の指揮系統を決めておく必要があった。マーカムはその始まりから全体指揮は海軍士官であり、科学者ではないと決めていた。スコットはその指名後にマーカム宛てに手紙を書き、自分が「船と上陸部隊の指揮を全うしなければならない」と繰り返し、今後のの指名について相談を受けるべきと主張した。しかし、合同委員会はマーカムの黙諾により、メルボルン大学地質学教授で元大英博物館地質学者助手だったジョン・ウォルター・グレゴリーを、遠征隊の科学者指揮官に指名した。王室協会の合同委員会に入っている者に裏書きされたグレゴリーの見解は、上陸部隊の組織と指揮はグレゴリーに任されるべきということだった。「船長は、浚渫や曳き網などに求められる援助をするよう指示される。科学班の下船に必要なボートを手配することである」と語っていた。それに続いた論争の中で、マーカムはスコットの遠征隊全体の指揮が全てであり、曖昧であってはならないと論じ、スコット自身はこの件について進退をかけて主張した。マーカムの見解とスコットの見解が通り、グレゴリーは辞任した。いわく「科学的な仕事は海軍の冒険に従うべきではない」としていた。