近畿日本鉄道
1944年（昭和19年）には国からの強い要請を受け、長い歴史を有する南海鉄道（南海）と新設合併する形で今に至る近畿日本鉄道（近鉄）が発足、資本金2億3147万円、総延長約630kmの路線を有する日本最大の民営鉄道会社となった。この時点では上本町・名古屋・天王寺・難波の4営業局体制であった。
奈良電気鉄道
このような財政事情に加え、奈良電創業以来長年培ってきた関係を過大に評価したことなどから、京阪電気鉄道は近畿日本鉄道による株式買収に対し受動的な対応を行うにとどまった。近畿日本鉄道の株式買収が公然化した1960年には、京阪電気鉄道と奈良電は合併に向けた検討を行うが、1961年9月には近畿日本鉄道約89万株（持ち株比率約47%）、京阪電気鉄道71万株（同37.4%）となり、大阪商工会議所会頭杉道助らによる共有案や、当時関西電力社長の太田垣士郎（元京阪神急行電鉄社長）による「丹波橋駅以南は近畿日本鉄道、丹波橋駅以北は京阪電気鉄道」という具体斡旋案が示されたが、近畿日本鉄道の当時社長であった佐伯勇は『レールは1本で、2つに分けることはできん』との強い買収方針は覆らず、太田垣士郎による以下の最終斡旋案で妥結することとなった。
以上を骨子とする太田垣士郎の斡旋案に1961年12月11日3社で調印、奈良電気鉄道は近畿日本鉄道系列に収まるに至った。なお、京阪電気鉄道は1962年4月27日に71万5000株、1963年に残り680株を売却、今田英作、岡林事両役員も1962年5月7日付で退任し、奈良電との資本関係は幕を引くことになり、将来的に国鉄京都駅および奈良への足かかりを失う結果となった。