BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
LinuxPPC
後に開発時の有志が集まり、米国にLinuxPPC,Incを設立し、ディストリビューションCDの販売に乗り出したが、Jeff Carr 氏と他の開発者との金銭的なトラブルから、Jeff氏と他の開発者とが決裂した。その際、Jeff氏がwww.linuxppc.orgと、商業化に際し作られたwww.linuxppc.comサイトからの他の開発者の締め出しを行った事から、その他の開発者らはpenguinppc.orgサイトを設立した。後にここに集う主要メンバーがYellow Dog Linuxの開発を行い、現在に続く基礎を作った。