顕微鏡
最初の顕微鏡は1590年、オランダのミデルブルフで眼鏡製造者サハリアス・ヤンセンと父のハンス・ヤンセンが作った。他に、同じ眼鏡製造者であるハンス・リッペルスハイ（望遠鏡を最初に作ったといわれる）が顕微鏡も最初に作ったとする説もある。ただし、彼らがこれを使って何か意味のある観察をしたという記録はない。
エティオロジー
顕微鏡が発明され、具体的に「病原菌」というものが見えるようになってからは、「病気は、細菌が引きおこすものである」との一時的な結論に到った。
この時代には、病気になった患者の血液などを、顕微鏡で観察して「病原菌」を発見し、その「ワクチン」を作る事が、一連の流れになっていた。
この時代に起きたのが、有名な「野口英世」博士の死亡の原因となった、「病原菌」と「ウイルス」の違いである。
「野口英世」博士は、黄熱病が発生した時に「患者のいる場所へ医者がいかなくて、どうするのだ。」との信念から、患者の多くいる地域へ渡航した。
当時の医学の常識どおり、顕微鏡を使い、黄熱病の原因となっているであろう「病原菌」（本当は、さらに小さいウイルスが原因であった。）らしき物を発見し、そのワクチンを作って、効果を確認する為に、自分自身に、ワクチンを使ってみた。
ワクチンとは、イギリスの医学者、エドワード・ジェンナーが発見した医学の処置法の事であって、詳細は、「非常に弱い、同種の病気にかかった者は、体の中に”抗体”が作られ、同じ病気にかかっても、人間自身の持つ免疫によって、自然に治癒される」という仕組みの事で、つまりは、薬ではなく、「実際に、軽く病気にかかる事」を意味している。
その為に、「ワクチン」の作成に失敗していれば、その病気にかかって、あるいは、命を落とす事になる、とても危険な行為でもあった。
これが、原因で、「野口英世」博士は、黄熱病にかかって死亡してしまう。
この後に、「電子顕微鏡」が作られるようになると、その「野口英世」博士の発見した「ワクチン」用の「病原菌」の、さらに、中に、非常に小さな「ウイルス」が発見されて、それが原因であった事がわかった。
（つまり、病気の直接の原因ではなかった方の、大きな方の「細菌」の「ワクチン」を作っていたので、死亡した。）
この顕微鏡と「病原菌」の発見のみが、「病因学」の主だった時代には、別の問題も起こった。
それは「病原菌」が原因ではない病気も存在する、という事の発見で、「脚気」などの栄養素欠乏症の事である。
当時は、栄養が非常に偏る、「船員」の間で、「脚気」などの栄養素欠乏症が起こり出した。
この時代には、船員と同行している船舶医師が、この栄養素欠乏症にかかった船員の血液などから、顕微鏡を使って、「病原菌」を探し出そうと試みたが、いくら綿密に調べても、全く見つからなかった。
途方にくれていると、ある船団の船員は、栄養素欠乏症にかかる船員が、ほとんど全くいなかったので、そこの船団との違いを医師が考えてみると、その船団には、「交易用のオレンジ」が大量に積まれていた。
試しに、栄養素欠乏症にかかっている船団の船員に「オレンジ」を食べさせてみた所、栄養素欠乏症が完治していった。
ここの段階まででは、まだ、いくつかの「病因学」の因果関係の選択肢が残っており、よくわからなかった。
この時代の常識では、顕微鏡と、「病原菌」の発見がワンセットのパターンになっていた為に、(2)の方の「オレンジ自体に含まれる栄養素によって、栄養素欠乏症が治った。」という概念に行き着くまでに、非常に時間がかかった。
しかし、「病因学」では、因果関係がよくわからなくても、先に「結果」が出てしまう事があり、患者の命が全てなので、よくわからないままも、船団には、「オレンジ」を支給する事で、問題は、解決した。
「栄養素欠乏症」の発見によって、様々な細かな「栄養素」の研究が進んでいき、中世から近世へと移り変わる時期では、薬などと共に、当時は高価だった、栄養素の豊富な「卵」などを摂らせたりするように医師の指示が変わっていった。
この時代の影響で、現在でも、人が病気になると、患者に「バナナ」や「メロン」などのフルーツを贈ったりするのである。
また、患者が闘病生活中に失われる栄養素を補って、患者が免疫を作りやすくしたりする効果も、栄養素や、その消費の研究によってわかっていった。
あるいは、広義な「病因学」では、患者に「花」を贈ったりして、精神的な要因からの影響も、できるだけ減らそうと試みるようになった。