奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
雨を降らせて殺された竜
奈良県には次のような伝承が残っている。昔、奈良地方がひどい旱魃に見舞われた際、雨乞いの祈祷のために人々が僧の元で法華八講を修した。講が終わった後、一人の老人が僧に近付き、自分が竜宮に住む小竜であること、竜女成仏の文に感心したので地上の大旱魃を救うべく雨を降らせること、しかし竜王に許可を願い出ぬまま雨を降らせれば自分は竜王の怒りに触れて殺されることを話した。直後に雲が降りてきて老人の姿が消え、間もなく雲に覆われた空から雨が降り出した。喜んでいた人々は、身体を3つに切断された龍のなきがらが空から落ちてきたのを見つけた。人々は身体のそれぞれを3箇所に葬った。葬った場所には竜頭寺、龍腹寺、龍尾寺と呼ばれる寺が建立された。龍腹寺は奈良市北之庄町にあったという。