顕微鏡
最初の顕微鏡は1590年、オランダのミデルブルフで眼鏡製造者サハリアス・ヤンセンと父のハンス・ヤンセンが作った。他に、同じ眼鏡製造者であるハンス・リッペルスハイ（望遠鏡を最初に作ったといわれる）が顕微鏡も最初に作ったとする説もある。ただし、彼らがこれを使って何か意味のある観察をしたという記録はない。
ヤン・エヴァンゲリスタ・プルキニェ
解剖学では1831年以降、顕微鏡を用いて細胞レベルの研究を進めた。細胞説が出されたのがちょうどこの時代であり、プルキニェも細胞の発見者の一人である。組織の顕微鏡観察のために初めてミクロトームを用いた。彼は鶏卵で核を発見し、また動物の上皮組織と植物の柔組織の類似性に注目して、細胞説に近い考えに至ったが、細胞膜の厚さの差（細胞壁のこと）などを重視して、それらを同一のものと見なすには至らなかった。なお、彼の活躍は同時代の多くの学者に顕微鏡の重要性を認識させるのに大いに役立ったとも言われる。