奈良の鹿
明治時代以後に鹿の農食害が問題になるが、神鹿として所有権を春日大社が主張した。1916年（大正5年）、奈良公園外の畑で死んでいた鹿を食べた住民に対し、大審院において春日大社所有の神鹿を窃盗したとの有罪判決が出て大社側の所有権が認められた結果、捕獲ができなくなり、深刻化した。これに対し奈良県と神鹿保護会と春日大社が合わせて保護会から被害補償を配給し、今も奈良の鹿愛護会から見舞金として支給している。
厳島
厳島のシカとサルは、フェリー桟橋付近にも現れたり、マスコットキャラクターとして図案化されたりして、「宮島のシンボル」ともいうべき知名度がある。なお、厳島のシカは神の使い「神鹿（しんろく）」として神聖視されていたが、第二次世界大戦後に厳島を接収したGHQの兵士がハンティングの対象として撃っていたために激減した。現在島にいる鹿は近年の分子遺伝学で、広島と山口と近い宮島固有の歴史を持つ鹿であるという事が証明されている。
また、一部で奈良から譲り受けたという噂があるが、奈良から譲渡される場合、春日大社に譲渡記録が記されるが、宮島に譲渡された記録は残っていない。
サルについては、江戸時代以前には記録がなく、古い絵巻でもサルの絵は猿回しに現れる程度で非常に少ない。このため、外部から持ち込まれたものが野生化したとする説が一般的である。一例として、1962年（昭和37年）頃、観光振興・生態研究のために小豆島にある日本モンキーセンターからニホンザル45頭が移入されている。これに関連して、2011年（平成23年）以降5年間の計画で、日本モンキーセンターの協力により愛知県犬山市へのニホンザルの移送が行われている。