修験道
修験道は、平安時代のころから盛んに信仰されるようになった。その信仰の源は、すでに8世紀からみられた仏教伝来以前からの日本土着の神々への信仰（古神道）と、仏教の信仰とを融合させる「神仏習合」の動きの中に求められる。神仏習合は徐々に広まり、神社の境内に神宮寺が、寺院の境内に「鎮守」としての守護神の社がそれぞれ建てられ、神職、あるいは僧職が神前で読経を行うなどした。そして、それらの神仏習合の動きと、仏教の一派である密教（天台宗・真言宗）で行われていた山中での修行と、さらに日本古来の山岳信仰とが結びついて、修験道という独自の信仰が成立していった。このように、修験道は、密教との関わりが深かったため、仏教の一派とされることもある。
神国
10世紀以降、律令体制から王朝国家体制に移行すると、貴族や寺社が荘園を拡大し始めた。有力な寺社は、自分たちが祭る神々こそ日本の神の頂点であると宣言し、不輸・不入の権を行使し、自分たちの荘園を「神領」や「仏領」としていった。その結果、天皇家を中心とした神々及び神社のヒエラルキーは衰退していった。また、平安時代前期からこの時期には、神仏習合思想が普及し、仏が日本の国土において、人々を救うために神々の姿をとった、という本地垂迹説が説かれた。このような社会・思想の変動によって、天皇の権威を頂点にした古代的神国思想は、本地垂迹説を基にした中世的神国思想へと移行・変化していった。