マラソン
マラソンの距離は42.195kmと設定されているが、これは古代マラソンに直接由来するものではない。オリンピックでマラソン競技が実施された当初は、大会ごとの競技距離は一定ではなく（同じコースを全選手が走ることが重要とされていたため）、約40kmで行われていた。競技距離が統一されたのは、第8回パリオリンピック以後であり、42.195km（26マイル385ヤード）とされた。この距離は第4回ロンドンオリンピック時の走行距離（市街地42km+競技場の200mトラック1周弱）をそのまま採用したものである。
東京マラソン
男子マラソン（選考会）は、2006年の第27回大会で終了した東京国際マラソンの後継大会として位置づけられており、世界陸上選手権をはじめとする国際大会の代表選考レースとなっている。また、本大会と福岡国際マラソン、びわ湖毎日マラソンの3大会で3年おきに持ち回りで男子マラソンの日本選手権を兼ねて行われる。 一方で、女子マラソンについては2008年まで「東京国際女子マラソン」が「東京マラソン」と並行して行われており、2009年からは「東京国際女子マラソン」の事実上の後継大会として「横浜国際女子マラソン」が開催されたが2014年をもって廃止、2015年からは「さいたま国際マラソン」がその役割となっているため、「東京マラソン」は事実上のオープン大会となっている。ただし将来的には選考レース化も検討している。また、男女マラソン（選考会）は2006年以降の夏季アジア大会開催年と2007年以降の西暦奇数年と2008年以降夏季オリンピック開催年と2016年以降の夏季パラリンピック開催年は、それぞれの年に行われる世界陸上選手権大会・夏季五輪・アジア競技大会の代表選考会男女共通第4戦として位置づけられている（女子のみ一部を除き参考レース扱い。その場合は選考会議に判断がゆだねられる）。