奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
厳島
厳島のシカとサルは、フェリー桟橋付近にも現れたり、マスコットキャラクターとして図案化されたりして、「宮島のシンボル」ともいうべき知名度がある。なお、厳島のシカは神の使い「神鹿（しんろく）」として神聖視されていたが、第二次世界大戦後に厳島を接収したGHQの兵士がハンティングの対象として撃っていたために激減した。現在島にいる鹿は近年の分子遺伝学で、広島と山口と近い宮島固有の歴史を持つ鹿であるという事が証明されている。
また、一部で奈良から譲り受けたという噂があるが、奈良から譲渡される場合、春日大社に譲渡記録が記されるが、宮島に譲渡された記録は残っていない。
サルについては、江戸時代以前には記録がなく、古い絵巻でもサルの絵は猿回しに現れる程度で非常に少ない。このため、外部から持ち込まれたものが野生化したとする説が一般的である。一例として、1962年（昭和37年）頃、観光振興・生態研究のために小豆島にある日本モンキーセンターからニホンザル45頭が移入されている。これに関連して、2011年（平成23年）以降5年間の計画で、日本モンキーセンターの協力により愛知県犬山市へのニホンザルの移送が行われている。