ファンコーニ貧血
患者の多くは、やがて急性骨髄性白血病 (AML)を発症する。患者が年長になると、頭頚部癌、食道癌、胃腸癌、子宮頸癌、肛門癌を非常に発症しやすくなる。骨髄移植が成功して、ファンコーニ貧血に基づく血液疾患の問題が解消された患者であっても、癌の徴候を発見するために定期的な検査が必要である。多くの患者が成人前に死亡する。
出血熱
なお、出血症状自体が直接の死因になることはほとんどなく、激しい下痢による脱水症状や播種性血管内凝固症候群（DIC）による多臓器不全が原因で死に至ることが多い。ちなみに、出血症状がみられるのはDICによって血小板が減少するためである。