植物ウイルス
植物ウイルスは動物ウイルスほど良く理解されてはいないが、一つの植物ウイルスは象徴的なものになっている。初めてウイルスとして発見されたのがタバコモザイクウイルス(TMV)である（以下参照）。このウイルスを含め植物ウイルスは世界の年間作物収穫高において推定US600億ドルの損失の原因となっている。植物ウイルスは73の属と49の科に分類される。しかしながら、これらの数字は栽培植物にのみ関係するものであり、これはすべての植物種のうちほんの一部のみを代表するに過ぎない。野生植物に感染するウイルスに対する研究は未だ乏しいが、野生植物とウイルスの間のそのような相互作用が宿主の病気を引き起こすようには見えない、ということをほとんど圧倒的多数にある研究が示している。
エンテロウイルス
腸管ウイルスは、ポリオウイルス、コクサッキーウイルス、エコーウイルスの各ウイルスを含むが、新たに発見されたものについてはEV68～71, 73と命名されている。日本の手足口病患者から検出されるのは主としてコクサッキーウイルスA16（CA16）とエンテロウイルス71（EV71）である。EVは経口あるいは糞口感染する。エンテロウイルス71の中枢神経合併症（無菌性髄膜炎、脳炎）には重篤なものがあるので注意を要する。ウイルスは、胃液の強酸や膵液のアルカリで死滅することなく消化管（特に腸）の中で増殖する。