天然物化学
もともと有機化学は生物のみが産生することができるとされていた物質を扱う化学の一分野であったので有機化学=天然物化学であった。しかし、19世紀前半にフリードリヒ・ヴェーラーやヘルマン・コルベによって生物体内で無くとも有機化合物を合成することが可能であることが示された。また天然には存在しない有機化合物も合成されるようになり、有機化学は炭素化合物を扱う化学の分野に拡張され、その中の一分野として生物が産生する物質を扱う分野として天然物化学が確立した。
生化学
19世紀後半にはカール・ヴィルヘルム・シェーレ (Karl Wilhelm Scheele) が生物から乳酸やリンゴ酸など有機化合物を生物材料から取り出す事に成功していたが、これら有機化合物は生物内からのみ抽出しうるものと考えられていた。しかし1828年にフリードリヒ・ヴェーラー (Friedrich Wöhler) が人工的な尿素の合成に成功し、1897年のエドゥアルト・ブフナーによる生体でない物質でも糖を発酵させる事象の発見が続き、生気論が衰退を見せ始め人工的に有機物が合成できることが示された。