奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
鹿島神宮
以上の記載から、鹿島神が海岸沿いを北上して牡鹿郡（現・宮城県石巻市付近）まで進出した様子が見える。またその社名から、鹿島神の御子神として「天足別命」の存在も推測される。『延喜式』神名帳では香取神宮の苗裔神2社も見えるが、これら鹿島・香取苗裔神の存在は、大和朝廷の勢力が海岸沿いに北進する際に鹿島・香取両神の神威を仰いだことによると解釈されている。これに関連する事象として、陸奥国一宮の鹽竈神社（宮城県塩竈市、）においても武甕槌・経津主両神が祀られている。なお、鹿島・香取の分布には差があり、香取苗裔神2社は鹿島を飛び越す位置に鎮座する。このことから、初期段階には鹿島は外海（蝦夷）、香取は内海（香取海）を志向したとし、その後両神の神威が逆転したとする説がある。