奈良の鹿
やがて神仏習合で事実上の大和守護だった興福寺からも神鹿として厳重に保護され、傷つけた場合は処罰処刑や連座追放の対象となる。しかし、住民とのトラブルが多く、江戸時代初期のあり様では夜間歩くと路地から鹿が飛び出し人に敵対し何人もけがをしている。過去でも鹿の様子は同様で、軋轢があっても、人は手が出せず石を投げたり杖などで防護するが鹿に当たるとたちまち死傷する状態で、共存が困難で様々の事件が起き、半割の木の丸い方を道路に向けた鹿に害を与えない奈良格子など町屋の様式にも影響している。天文20年（1551年）10月2日には、10歳の女子が本子守町で鹿に石を投げたら当たり、神鹿を殺害したとして、大人と同じように縄でくくられた上で興福寺周囲の塀を馬で一周させられ（大垣回し）した後に斬首処刑され、家族は連座で家屋を破壊され追放された（『興福寺略年代記』）。
有鹿神社
水引祭（みずひきまつり）は、4月8日に本宮より奥宮傍の「有鹿窟」へ霊石を運び、6月14日に還御する「有鹿さまの水もらい」とも呼ばれる神事で、一時は廃れたが現在復活している。霊石が「有鹿窟」に安置されている約2ヶ月間、かつては鳩川の水の利用権が海老名周辺（海老名、社家、中新田など五箇村）の人々に優先され、座間郷（現・相模原市）の人々が利用できなかったといい、前述の「有鹿神と鈴鹿神の争い」はこの水を巡る争いともされる。また『座間古説』によると、享保の頃から明治初期までは鈴鹿明神社もこの祭りに加わっていたという（「鈴鹿明神社#有鹿神社との説話縁起」も参照）。