ファンコーニ貧血
患者の多くは、やがて急性骨髄性白血病 (AML)を発症する。患者が年長になると、頭頚部癌、食道癌、胃腸癌、子宮頸癌、肛門癌を非常に発症しやすくなる。骨髄移植が成功して、ファンコーニ貧血に基づく血液疾患の問題が解消された患者であっても、癌の徴候を発見するために定期的な検査が必要である。多くの患者が成人前に死亡する。
中毒性表皮壊死症
TENの死亡率は概算で22〜40%である。皮膚を失った患者は真菌や細菌に易感染性の状態であり、敗血症を来して死に至り得る。死因は感染または呼吸困難（肺炎または気管内皮障害による）である。顕微鏡を用いた組織検査（特に単核細胞の浸潤の程度と一般的な炎症の程度）は個々の患者の予後診断に有用である。