BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
組み込みLinux
2005年にはOpen Invention Network(OIN) が誕生し、Linuxや関連アプリケーションに対し自社保有の特許を行使しないことに同意しかつOINとライセンス契約を締結すれば、OINのライセンシーはOINが保有するLinux関連特許をロイヤリティフリーで使えることが保証されるようになった。これら特許にはSamba、Mono、Apacheなどが利用する特許も含まれる。現在OINにはライセンサーまたはライセンシーとしてIBM（メインフレームやAIXの著作権ならびに特許を持つ）、ノベル（UNIXの著作権ならびにUNIX System Vの特許を持つ）、オラクル（SunOS/Solarisの特許を持つ）、HP（HP-UXやPalmの特許を持つ）、Cisco（IOSの特許を持つ）、レッドハット、Google、カノニカル（特にこの3社はFLOSSへの多数の貢献を行う企業として有名）、フィリップス、NEC、ソニー、富士通ゼネラル、富士通などを含め数百の企業、団体、個人が参加している。