サービス残業
サービス残業は使用者の故意がある場合労働基準法違反である（#労働基準法から見たサービス残業の違法性を参照）。サービス残業は長時間労働を招き、また長時間労働が割増賃金の支払いを免れる温床にもなる。そのため、過労死や過労自殺、その前段階でうつ病などの精神疾患を発生させる原因となることもあり、サービス残業の存在を知りつつ放置する行為は刑事罰にあたる違法行為となっている。
みなし労働時間制
みなし労働時間制が適用される場合であっても、休憩（第34条）、休日（第35条）、深夜業（第61条）に関する規定は適用されるので（昭和63年1月1日基発1号）、使用者はみなし労働時間制の適用を受ける労働者についても休憩・休日・深夜業の管理を行う義務がある（平成12年1月1日基発1号）。みなし労働時間制を採用していることを理由として休憩や休日を与えなかったり、休日労働や深夜業に対する割増賃金を支払わないことは、労働基準法違反となる。