尼子氏
晴久の跡を継いだ嫡男・義久は、この事態に際して将軍・足利義輝に毛利氏との仲介を依頼し一旦、和睦したものの毛利元就はその後、一方的にこれを破棄し永禄5年（1562年）より出雲侵攻を本格化させた（第２次月山富田城の戦い）。義久は月山富田城に籠城し、尼子十旗と呼ばれる防衛網で毛利軍を迎え撃った。しかし永禄6年（1563年）に、元就は支城である白鹿城を攻略すると、月山富田城を包囲して、兵糧攻めに持ち込んだ。同時に、元就は謀略を開始し、疑心暗鬼となった義久は、重臣である宇山久兼をも粛清してしまう。ついに永禄9年（1566年）11月、義久は降伏を余儀なくされ、ここに戦国大名尼子氏は滅亡した。
尼子氏
また、義久の直系の子孫は、毛利の重臣福永氏として、末代まで残る。尼子氏の拠点であった福永要害の所在地名である、現広島県神石郡神石高原町福永から、福永姓を名乗ったとも、先祖である佐々木源氏の所領近江国福長（永）荘から名乗ったとも言われるが詳細は不明である。直系子孫は昭和初期、福長（永から長へ）に改姓、昭和30年代まで山口県防府市に在住していた。嫡流子孫は現在広島市安佐南区中須に在住。庶流は山口県、広島県、愛媛県等に在住しているが、出雲尼子一族会の会長を務める見明昭は自らを義久の正統な直系の子孫であると称している。