ユーゴスラビア王国
第二次世界大戦が勃発した当初、ユーゴスラビア王国政府は親ドイツ路線を採り、1941年3月25日に同盟を結んだ。しかし、これに反対する国軍がクーデターを起こし、政権は崩壊した。新政権はナチス・ドイツとの同盟堅持を宣言したが、4月6日にドイツ軍とその同盟軍の侵攻を受け、4月17日に降伏（ユーゴスラビア侵攻）。ユーゴスラビアの領土は分割占領され、セルビア地域にはミラン・ネディッチ率いる傀儡政権の「セルビア救国政府」が樹立された。また、クロアチア人の民族主義団体ウスタシャはユーゴスラビアを解体し、クロアチア独立国を成立させた。
クロアチア
クロアチア自治州の設定だけでは満足しないクロアチア人勢力は、アンテ・パヴェリッチを中心として、クロアチアの独立を掲げる民族主義団体ウスタシャを設立。1941年反独クーデターによる親英政府打倒の為ユーゴスラビアに侵攻したナチス・ドイツの支援を背景として、クロアチア、ダルマチア、スラヴォニアとヴォイヴォディナ、ボスニア・ヘルツェゴヴィナの一部に跨るクロアチア独立国を成立させる。それ以降、ユーゴスラビア共産党を中心とするパルチザンおよび旧ユーゴスラビア王国軍の成員を中心としたチェトニックとの間で凄惨な戦闘が繰り返される。クロアチア独立国内にはヤセノヴァツ強制収容所などの収容所が各地に建設され、大規模な迫害と虐殺を行っていた事でも知られる。
ユーゴスラビアの混乱状態は、ユーゴスラビア共産主義者同盟が指導するパルチザンによってユーゴスラビアが自力開放されることによって収束された。戦後、以前のユーゴスラビアの枠組みの中で国家の再建が目指され、以降このパルチザン闘争を主導したヨシップ・ブロズ・チトーの巧みなバランス感覚と、カリスマ性によって多民族国家ユーゴスラビア社会主義連邦共和国は維持された。しかし、1980年にチトーが死去したことを皮切りに、幹部会システムの導入や経済状況の不安定化によって、各共和国・自治州において不満が噴出しはじめた。クロアチアはユーゴスラビア連邦政府に忠実な立場を取り続けたが、1980年代半ばからスロボダン・ミロシェヴィッチを中心とするセルビア共和国とスロヴェニア共和国の対立が深まると、次第にスロヴェニアと歩調を合わせるようになっていった。