明倫養賢堂
1871年（明治4年）の仙台医学館廃止の翌1872年、仙台藩医学校出身者が南町に私立仙台共立社病院を開設した。これが改組・改称を繰り返して、医学教育部門が1912年に東北帝国大学医学専門部として包摂された。現在は、東北大学医学部となっている。他方、病院部門は、現在東北大学病院となっている。
なお、養賢堂の設置から東北帝国大学医科大学の設置に至る過程において、数次の廃止および断続期間を挟んでいるほか、医学系部局は東北帝国大学設立後に包摂されたという経緯があるため、東北大学は、同大の創立年月日を、養賢堂の設置年月日ではなく、東北帝国大学の設置の勅令が公布された1907年6月22日としている。
東京医学校
当初の校地は旧医学所から継承した下谷御徒町に所在していた（湯島にある大学（本校）から東に位置しており、これが「東校」の名の由来となった）が、のち病院の所在地であった神田和泉町（現在の秋葉原駅北東）に移転した。さらにより広い校地（および病院用地）を求めて上野（現在の上野恩賜公園）に土地を取得、1873年より移転のための基礎工事を開始したが、同地の文部省移管が取り消されたため頓挫（東校の御雇い外国人教師ボードウィンの反対論が影響したとされる）、この代替地として本郷本富士町の加賀藩上屋敷跡が提供され、1876年東京医学校は現在の東京大学龍岡門付近に移転、これが現東大本郷キャンパスの端緒となった。