BitKeeper
Linux カーネル開発に BitKeeper を採用するという決定（2002年）には異論があった。例えば、GNUプロジェクトの創始者リチャード・ストールマンは最も有名なフリーソフトウェアプロジェクトで商用ツールを利用することに懸念を表明した。Linux のリーダーであるリーナス・トーバルズや主要な開発者は BitKeeper 採用に積極的だったが、一部の主要開発者（アラン・コックスなど）は BitMover によるライセンス条件がプロジェクトの方向性をある程度制限する（あるいは企業によってLinux開発が管理される）ものであるとして反対した。このような懸念を払拭するため、BitMover は Linux の BitKeeper サーバ（BitMover が管理）と CVS や Subversion を使っている開発者との間にゲートウェイを追加した。その後も主要な開発者と自らも Linux 開発者である BitMover の CEO Larry McVoy を巻き込んだ論争が起きた。。
アンドリュー・タネンバウムとリーヌス・トーヴァルズの議論
もう一つ、議論で繰り返し言及されてきたのは、LinuxやMINIXの代わりとして使うことができるシステムについてであった。
例えば、GNUと4.4BSDである。
タネンバウムは、議論の発端となった最初の投稿では、GNUを薦めていた。
GNUはLinuxと異なり、「現代的な」 (モダンな) システムであると述べたのであった。
タネンバウムは、2回目の投稿で次のように述べた。
「 [...] 5年後には誰もが自由なGNUを、200MIPSで64MBのSPARCstation-5 [ のコンピュータで ] 動かしていることでしょう。」
議論に参加した人々のうち複数の人々が、GNUはLinuxやMINIXの代わりとしてはふさわしくないと考えた。
Kevin Brown は、GNUをベーパーウェアと呼び、(GNUではなく) Linuxによりx86アーキテクチャから大きな恩恵を受けることができるであろうと述べた。
x86アーキテクチャは、この議論の後も一般的に使われ続けており、一般の人々が手に入れやすいアーキテクチャとなっている。
Linuxの初期の開発に貢献したセオドア・ツォーは、マイクロカーネルの方法からは恩恵を受けることができるであろう、しかし
「 [...] Linuxは手元にあります。
そしてGNUは手元にありません。
— そして複数の人々が [ GNU ] Hurd を長い期間をかけて開発し続けてきています。
それも、リーナスがLinuxを開発してきた期間よりもずっと長い期間をかけて。
トーヴァルズは、GNUの人々の努力に関心を払ってきたが、次のように述べている。
「もしGNUのカーネルが去年 (1991年) の春に完成していれば、わざわざ自分のプロジェクトを始めたりはしなかったでしょう。
しかしGNUのカーネルは去年の春には完成していませんでしたし、現在も完成していません。