京都大学
創立以来「自由の学風」を建学の精神としている。国立大学法人となったのちに制定された京都大学の基本理念にも引き継がれた。
大阪大学
箕面キャンパスは、大阪大学と統合した大阪外国語大学に始まる。両大学統合の背景には、2001年6月、第1次小泉内閣の発表した国立大学の国際競争力の向上を目指す構造改革構想、いわゆる｢遠山プラン｣があるとされる。統合について、大阪大学は同年末の段階で「具体的な相手と協議中」と表明。また、同様に「具体的な相手と協議中」と表明した大阪教育大学が、大阪大学や大阪外大との統合を視野に入れ検討中と文部科学省への報告で答えており、国立大学の統合再編の気運が大阪府でも2002年から高まっていた。
2003年の国立大学法人法施行を受け、単位互換制度や地域交流で親交のあった大阪外国語大学と大阪大学が2004年4月、統合再編も視野に検討を始めることを、国立大学法人の年度計画に明記。両大学の連絡協議会を設置し、議論を始めた。