エドウィン・O・ライシャワー
日本への帰国後は東京帝国大学文学部の初の外国人特別研究生となり、同年7月にはパリ大学の学生だったアドリエン (Adrienne Darnton) と東京で結婚した。その後京都帝国大学文学部国史学科の特別研究生となり、円仁の日記の翻訳などを手がけた。1938年（昭和13年）には京城に3ヶ月滞在し、ジョージ・M・マッキューンとともに朝鮮語ローマ字の表記として有名になる「マッキューン＝ライシャワー式」を考案した。
エドウィン・O・ライシャワー
しかし、ライシャワーはこの逸話の存在を自伝『ライシャワー自伝』内で完全に否定している 上に、吉田守男によれば、京都が空襲を受けなかったのはそのような理由ではなく、さらに大戦末期に至るまで本格的な戦略爆撃を受けなかった京都は、「原爆による破壊効果を測定しやすい」という観点から、広島と長崎に次ぐ第3の原爆投下予定地の1つであったことが明らかにされている。京都は当時、日本陸軍第16師団の衛戍地である上、東京方面から大阪や神戸などの大都市に抜ける交通の要所として、燃料や石炭、鉄鉱石、石灰石などを運ぶ非常に重要な役割を果たしており、しかも三菱や島津製作所の軍需工場などが多数存在するという「軍事都市」としての位置づけもあり、当然のごとく戦略目標であった。また京都府には日本に数少ないニッケル鉱山である大江山やタングステンの鉱山を多数を抱えていた。