横浜赤レンガ倉庫
第2期築港工事は、前期と後期に分かれる。前期工事は、税関前の海面を埋め立てて、係船岸壁を有する埠頭の建設を主に進めた。係船岸壁とは船が直接接岸できる岸壁で、その建設は日本初の試みであった。1905年（明治38年）には埋立が完了したが、同年より引き続いて始められた後期工事は埠頭の拡張と陸上設備（上屋、倉庫、鉄道、道路）の整備を目指した。赤レンガ倉庫は後期工事の中で、国営保税倉庫として建設された。後期工事には、日清戦争後に急伸し東洋最大の港となっていた神戸港や大阪港に対抗するため、横浜市も約270万円の費用を負担して、築港の完成を急いだ。これは横浜市が国に働きかけて実現させた事業であり、国と地方の共同事業の嚆矢となった。
汽車道
この臨港線は当初貨物輸送目的で作られたもので、新港埠頭内の横浜港荷扱所（後に横浜港駅へ昇格）を経由して岸壁や倉庫の前、さらに横浜税関構内の荷扱所まで結んでいた（詳細は「高島線」の項を参照）。一方、1920年（大正9年）からはサンフランシスコ航路の出航日に限り、旅客列車（ポートトレイン）の運行が行われるようになった。戦後は米軍により一時接収されたが、1952年（昭和27年）に返還され、以降1961年（昭和35年）の氷川丸の最終航海時まで旅客運送が行われていた（詳細は「ボート・トレイン#横浜港駅」を参照）。