明倫養賢堂
1871年（明治4年）の仙台医学館廃止の翌1872年、仙台藩医学校出身者が南町に私立仙台共立社病院を開設した。これが改組・改称を繰り返して、医学教育部門が1912年に東北帝国大学医学専門部として包摂された。現在は、東北大学医学部となっている。他方、病院部門は、現在東北大学病院となっている。
なお、養賢堂の設置から東北帝国大学医科大学の設置に至る過程において、数次の廃止および断続期間を挟んでいるほか、医学系部局は東北帝国大学設立後に包摂されたという経緯があるため、東北大学は、同大の創立年月日を、養賢堂の設置年月日ではなく、東北帝国大学の設置の勅令が公布された1907年6月22日としている。
東京医学校
このままで行くとウィリスはやがて設立されるべき東京大学医学部で中心的な役割を果たし、イギリス医学が日本の医学の主流になるはずであった。しかし新政府の医学取調掛に任命された相良知安・岩佐純は大学に基礎を置き研究活動を重視するドイツ医学の採用を主張、佐藤尚中ら医学校（大学東校）・大病院の他の幹部もポンペ・ボードウィンなどドイツ医学の影響下にあった長崎派の蘭方医学の流れの中に育ったためイギリス医学に格別の親近感を持っておらず、さらに大学南校教師フルベッキも「現在の医学の主流はドイツ医学である」と助言した。これに対し在野の福沢諭吉・慶應義塾医学所はイギリス医学採用論を唱えていたが、大学東校では彼らの反対論を押し切りドイツ医学の採用が決定された。これにともない1871年夏にはドイツ人軍医のミュラー・ホフマンが大学東校の教師として来日した。