マラソン
マラソンの距離は42.195kmと設定されているが、これは古代マラソンに直接由来するものではない。オリンピックでマラソン競技が実施された当初は、大会ごとの競技距離は一定ではなく（同じコースを全選手が走ることが重要とされていたため）、約40kmで行われていた。競技距離が統一されたのは、第8回パリオリンピック以後であり、42.195km（26マイル385ヤード）とされた。この距離は第4回ロンドンオリンピック時の走行距離（市街地42km+競技場の200mトラック1周弱）をそのまま採用したものである。
びわ湖毎日マラソン
大津市皇子山陸上競技場を発着点とする42.195kmで争う。コースについては過去何度か変更されている。2010年にもコースが一部変更され、折り返し地点が従来の草津市新浜から大津市大萱に変更となった。30km地点手前の大津市平津付近を除けば高低差も余り無いため高速コースと言われるが、終盤には比良山系からの向かい風がランナー達を苦しめる。
東京マラソンと同様にこの大会でも滋賀（大津市）の名所を通り、浜大津（大津港）や国宝・石山寺、日本三名橋の一つ瀬田の唐橋等がその代表的な場所となっている。