名鉄3500系電車 (2代)
落成当時、赤い車体に乗降口扉の上半分が灰色に塗られていたが、2000年以後、他の部分と同じ赤色に塗り直された。これは3700・3100系も同じである。また座席のモケットは2種類ある が、更新に伴い現在のモケットへ変更が進められ、旧モケットは数編成程度である。
名鉄3300系電車 (2代)
導入後の変化としては、後年3扉車を表す客用扉の塗り分けが1993年（平成5年）の3500系（2代）の導入を機にライトグレーからダークグレーに変更されたことに伴って、本系列も順次塗装変更が実施された。さらに後年3扉車の在籍車両全体に占める割合が増加したことに伴って区分の必要性が薄れたことから3扉車各形式とも客用扉部の塗り分けが廃止されてスカーレット1色塗りとなり、本系列も2000年（平成12年）10月から翌2001年（平成13年）10月にかけて順次塗装変更された。その他、1998年（平成10年）1月に3301編成の搭載する冷房装置が東芝RPU-3061（冷却能力12,500 kcal/h）に交換され、容量の増強が図られた。