脊髄小脳変性症
日本では厚生省の運動失調調査研究班によって脊髄小脳変性症の診断基準が作られている。1996年の基準では病型はオリーブ橋小脳萎縮症（OPCA）、皮質小脳萎縮症、マチャド・ジョセフ病、遺伝性OPCA、遺伝性皮質小脳萎縮症、歯状核赤核淡蒼球ルイ体萎縮症、遺伝性痙性対麻痺、フリードライヒ運動失調症、シャイ・ドレーガー症候群、線条体黒質変性症に分類された。皮質小脳萎縮症は晩発性小脳皮質萎縮症（LCCA）に相当する病型であり、遺伝性OPCAはかつてのMenzel型遺伝性運動失調症を拡張した概念である。遺伝性皮質小脳萎縮症はかつてのHolmes型遺伝性運動失調症と同様の概念である。その後原因遺伝子が明らかになるにつれて原因遺伝子による分類がされるようになった。例えば遺伝性OPCAのMenzel型の中からSCA1、SCA2、SCA3、SCA4、SCA5と次々と疾患が命名された。特に遺伝性OPCAのほとんどはSCA1、SCA2、SCA3であると言われている。また分子病態からポリグルタミン病、非翻訳リピート伸長によるSCAといった分類もされることがある。
脳炎
ウイルス性脳炎としては多くのウイルスで画像上の特徴などがあることが多い。単純ヘルペス脳炎が最も多い。
単純ヘルペス脳炎、日本脳炎（視床や基底核に病変がある）、狂犬病、水痘帯状疱疹脳炎（小脳炎や脳血管炎）、EV71による菱脳炎（間脳、橋、延髄、脊髄、小脳）、ムンプス脳炎、エンテロウイルス脳炎、EBウイルス脳炎（両側基底核）、ニパウイルス脳炎、HHV-6脳炎（骨髄移植後の辺縁系脳炎）、CMV脳炎（AIDSに合併）、進行性多巣性白質脳症（JCウイルスによる）、亜急性硬化性全脳炎などが知られている。