オンダンセトロン
オンダンセトロンの副作用発現率は錠剤で8.4%、シロップ剤で1.7%、注射剤で6.8%である。主な副作用は頭痛、発熱（注射剤）、肝機能検査値異常である。肝臓のシトクロムP450で分解される。他剤の代謝にはほとんど影響を与えない。注射剤を急速注入するとを生じる。
オルソケラトロジー
副作用として、夜に、信号の光や電灯などがにじんで見える夜間グレアや、乱視が強い者では、治療過程で乱視のバランスが変化して、一時的に乱視が強くなる残余乱視などがある。これらはレンズを調整して、治療の過程で解消していく。また、レンズの取り扱いが不衛生であったり、医師からの指示に反する不適切な装用方法を続けた場合には、通常のハードコンタクトレンズと同様に、角膜炎を始めとして、角膜に関する病気・障害のリスクがある。また、視力は時間がたつごとに、徐々に戻っていくため、夕方以降は裸眼では車の運転が難しくなる事がある。このため、眼鏡を持ち歩くなどの対策が必要となってくる。また、睡眠時間が短い、つまりコンタクトレンズを装着している時間が短いと、効果が出にくくなる。また、コンタクトレンズがずれた場合でも、外した後に十分な視力が出ない場合がある。