みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンの一覧 (102-151)
グレンタウンのポケモン研究所の研究員に捕獲された幻のポケモン「ミュウ」から生み出されたポケモンであり、遺伝子操作を行ったミュウが産んだとされる。グレン島のポケモン屋敷のあちこちに4冊の研究日記があり、『ミュウが子供を産み、産まれた子供をミュウツーと呼ぶことになった』『ミュウツーは強すぎる。我々の手には負えない』という趣旨の文が残されている。なお、これによるとゲーム本編におけるミュウツーの誕生日は2月6日とされる。