隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
殉教
宣教師の到来が途絶え、キリスト教徒の活動が表面から消えることで、日本での殉教は少なくなった。しかし完全に絶えたわけではなく、江戸時代を通じて隠れキリシタンの発覚と殉教が散発した。キリスト教徒に対する迫害は、欧米諸国の圧力で明治時代初期に法的には廃止された。