和田合戦
鎌倉幕府創業の功臣であり侍所別当の和田義盛は二代執権北条義時に度重なる挑発を受けて、姻戚関係にあった横山党や同族の三浦義村と結んで北条氏を打倒するための挙兵をした。だが、土壇場で三浦義村は北条方に与し、兵力不足のまま和田一族は将軍御所を襲撃し、鎌倉で市街戦を展開する。合戦は2日間にわたり続くが将軍実朝を擁し、兵力に勝る幕府軍が圧倒し、和田一族は力尽き、義盛は敗死した。
犬田城の戦い
河内南部で政長と義就が対陣を続けている最中に南山城と河内北部は義就方に制圧されたが、文明17年（1485年）7月に南山城を守る義就の家臣斎藤彦次郎が寝返ったため山城の戦線は膠着状態となり、10月まで両畠山軍が駐屯を続けた末に12月11日に山城国人が決起して国一揆を結成、交渉の末に17日に両畠山軍を撤退させた（山城国一揆）。国一揆の結成で畠山氏の争いは収まり、義就の河内・大和領有は確定、政長は河内と山城を失う結果に終わった（紀伊・越中は確保）。以後畿内では大規模な戦闘は起こらず、延徳2年12月12日（1491年1月21日）に義就が亡くなり息子義豊が河内・大和を受け継いだが、義就は幕府から赦免されていなかったため政長は明応2年（1493年）に幕府に要請して再度河内遠征を行ったが、政長及び将軍足利義稙と対立していた政元は京都に残りクーデターを起こし（明応の政変）、畿内の混乱は続いた。