みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンスタジアムシリーズ
GB版のポケモンやアイテムを、本シリーズのロムカセット内に転送して保存することができる。さらに、すべての（あるいは選択した範囲の）ポケモンのデータを表計算ソフトのように表示する「いちらん」も可能であり、ステータスごとに各種条件でソートしたり、特定の条件のポケモンのみを抜き出すこともできる。この画面上でポケモンに直接アイテムを使って能力を強化したり進化させたりすることも可能。この機能は一部『ポケモンボックス ルビー&サファイア』に引き継がれている。