蓮華寺 (京都市左京区)
上述のように、蓮華寺の起源である西来院は本来は時宗寺院であった。しかし、近義による再建に際して、実蔵坊実俊（じつぞうぼうじっしゅん）という比叡山延暦寺の僧が開山として招かれたことから、比叡山延暦寺を本山とし、延暦寺実蔵坊の末寺のひとつとして天台宗に属する寺院となった。また、現在の寺号は、境内地がかつて同名の廃寺の跡地であったことに由来する。
九条住本寺
九条住本寺（くじょうじゅうほんじ）は、京都府京都市南区に所在する日蓮正宗の寺院であるが正信会の僧侶が占有・居住している。山号は霊鷲山（りょうじゅせん）