コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
梅毒の歴史
この説では、梅毒は新世界の病気であり、コロンブス、マルティン・アロンソ・ピンソン、他の乗組員たちによる、意図せざるコロンブス交換の結果として持ち込まれたとされる。コロンブスのアメリカ大陸への最初の航海は、1495年ナポリでの梅毒のアウトブレイクの3年前である。ドミニカ共和国での538の発掘人骨の調査では 6-14% がトレポネーマ症の特徴を示しており、Rothschildらは梅毒であったと想定している。近年の新世界での人骨証拠によりよく一致するよう修正されたコロンブス説では、新世界が梅毒の誕生の地というわけではなく、非性病性のトレポネーマ症がコロンブスによってヨーロッパに持ち帰られた、と想定されている。現代のフランベジア (イチゴ腫) のものに似たその細菌は、旧世界への到着によって新たな選択圧にさらされ、性感染症となった亜種の梅毒が誕生した。この説は、性病性の梅毒と、南米ガイアナのフランベジアと梅毒の中間的疾患の細菌との系統解析によって支持されている。しかしこの研究には、わずかな数の配列の差異だけに基づいて結論が出されているという批判もある。2011年には "Yearbook of Physical Anthropology" において 、Harper らによる、査読を経て公開された54件の先行研究のシステマティック・レビューによる評価が公開され、人骨のデータからは梅毒がコロンブスが出航する以前のヨーロッパに存在しなかったことが支持され、それ以前の旧世界での梅毒とされる人骨のエビデンスは標準的な年代測定法では支持されない、とされた。