蓮華寺 (京都市左京区)
上述のように、蓮華寺の起源である西来院は本来は時宗寺院であった。しかし、近義による再建に際して、実蔵坊実俊（じつぞうぼうじっしゅん）という比叡山延暦寺の僧が開山として招かれたことから、比叡山延暦寺を本山とし、延暦寺実蔵坊の末寺のひとつとして天台宗に属する寺院となった。また、現在の寺号は、境内地がかつて同名の廃寺の跡地であったことに由来する。
寶樹院 (西東京市)
寶樹院（ほうじゅいん）は、東京都西東京市泉町にある真言宗智山派の寺。山号は慈光山、寺号は薬王寺と号し、本尊には薬師如来を祀る。慈光とは、諸仏・菩薩の大慈の光明を示す。宝樹院と記されることもある。本山は京都市東山区の智積院。