古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
ハーロック
“髑髏と骨”が白で大きく描かれた黒の戦闘服・赤い裏地の黒マントを着用。ズボンは『宇宙海賊―』では水色だが、『999』劇場版などの作品では上半身と同様に黒となっており、ブーツと併せて黒で統一されている。腰にはやはり“髑髏と骨”のバックルがついた、皮のホルスター付きベルトを2本締めており、右足側にはトチロー手製のハンドガン、左足側に重力サーベル（サーベル銃）を吊るしている。