USCトロージャンズ
トロージャンズ野球チームもまた特筆すべき歴史を有する。12の国内選手権大会優勝を遂げており、他大学の6大会優勝を大きく上回る。チームは1924年に創部され、通算成績2,221勝1,093敗15分（勝率0.669）を誇り、カンファレンス選手権で38回優勝を遂げている。
東京大学運動会硬式野球部
チームカラーはライトブルー（淡青）。ユニフォームも長く白地にロゴを淡青色で表していたが、1991年に現在の色に変えた。ロサンゼルス・ドジャースのビジター用をイメージしたものである。東京大学運動会のチームカラーと違うのだが、こちらは弱いイメージがあり、それを払拭したかったものといわれる。199勝目から70連敗していたチームが、初お披露目となる東京六大学リーグ戦の試合で200勝目を挙げ、以来マイナーチェンジはあるものの、そのユニフォームのまま現在に至る。プロ野球選手となった人物は後述。※を参照。日本全国の高等学校から大学受験成績で優秀な生徒が集まることから、他の大学では聞かれないような高等学校卒業の選手たちが選手名鑑を飾っている。