サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。
サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
サービス残業
しかし、法令で残業時間を規制しても仕事の量は減らないという職場もあり、結局自宅へ仕事を持ち帰り「サービス労働」を行うことになるケースも少なくない。また、企業側が休暇の取得を奨励したものの、仕事は消化しなければならないため休暇の日に自宅で無給の「在宅勤務」を強いられるケースもある。こういったケースは労働基準監督署による摘発が非常に困難である。
複数の労働基準監督署が2004年9月以降に実施してきた立ち入り調査でサービス残業が発覚してきた。労働基準監督署の是正勧告を受けて社内調査をしてサービス残業代を支払った（2005年）。もっとも立ち入りが行われたのは一般にサービス残業が少ないとされる電力会社が中心で、これらは氷山の一角に過ぎないという指摘が多い。このような是正勧告に対して、日本経済団体連合会は「企業の労使自治や企業の国際競争力の強化を阻害しかねないような動きが顕著」と非難している。