日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
千島アイヌ
また、1899年の鳥居龍蔵の調査によると、千島アイヌは自身のことを「ルートンモングル（ruton-mon-guru,「西に住まえる人」の意）」、北海道アイヌのことを「ヤムグル（yamu-guru,「南方の人」の意）」、カムチャダールのことを「チュプカウングル（cupka-an-guru,「東方の人」の意）」と呼称しており、ここでも「ルートン（ruton）」はウルップ島〜シュムシュ島の北千島のみを指すものとされている。これらの呼称はより正確には「ルルトムンクル（アイヌ語: ruru-tom-un-kuru,「海中の人」の意）」あるいは「ルットムンクル（アイヌ語: ruttom-un-kuru,「島嶼の住人」の意）」、「ヤウンクル（アイヌ語: ya-un-kuru,「本土の人」の意）」を聞き取ったものと見られている。