日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
アイヌ語
アイヌ語には多くの方言体系の存在が知られている（「アイヌ語方言」を参照）が、伝統的なアイヌ語話者全体あるいはその大部分を統べるような中央集権的支配者、宗教的権威、あるいは文化的中心が歴史上存在しなかったこともあり、他を圧倒する方言（あるいは言語変種）の体系が存在しない。その為、アイヌ語を文字を使って体系的に表現する場合すなわち文章化する際には、規範となりうる共通語あるいは規範的な書記体系（書記言語）や正書法が存在しないという困難がある。