隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
福音宣教
ローマ・カトリック教会は宗教改革で失われた失地回復の為に、世界宣教を積極的に行い、海外に乗り出していったが、プロテスタントでは長い間、世界宣教がなされなかった。 イエズス会は日本にも宣教師を派遣し、多くの回心者を得たが、日本のキリシタンは迫害を受けて殲滅され、生き残りは地下にもぐった。