署名
署名と捺印の両方が必要とされる場合には、署名を記名押印で代えることができない。そのような例はごく少数であるが、たとえば遺言の作成に当たっては、自筆証書遺言の場合は遺言者の、秘密証書遺言と公正証書遺言の場合は遺言者、証人と公証人の、それぞれ署名と捺印が必要である（、、）。また、戸籍に関する届出も届出人や証人の署名と押印が必要とされる（戸籍法第29条）が、署名できないときには氏名を代書させ押印（または拇印）することで足りる（戸籍法施行規則第62条。印を持っていないときには署名だけで足りる）。そのほか、区分建物の管理組合における集会の議事録については、議長および集会に出席した区分所有者の2人が署名押印しなければならない（）。
指紋
日本ではかつて外国人登録の際に指紋の押捺・提出が義務付けられており人権侵害として批判されていた。人権侵害は表向きの理由で、実際には日本における北朝鮮の諜報活動を容易にするためではないかと疑われていた。その後1980年代から1990年代にかけて指紋押捺の義務は緩和されて行き、1999年には永住者、特別永住者だけでなく全ての外国人に対して撤廃されたが、2007年の出入国管理及び難民認定法により、特別永住者を除く16歳以上の外国人に、J-BISで入国時の指紋押捺と顔写真の撮影が再び義務付けられた。