隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
宣教師
幕末になると、再びカトリックをはじめ、プロテスタントや正教会の宣教師たちが日本を訪れるようになった。初めは日本で暮らす外国人のためという名目であったが、明治政府がとっていたキリシタン迫害の政策を西洋列国が非難し、新たな諸条約の締結に難色を示したことから、明治6年（1873年）になって政府がキリシタン禁令の高札を撤去したことによって、宣教師たちは公に活動できるようになり、教育・医療事業を行いながらキリスト教の布教につとめ日本の近代化に対して大きな貢献を行った。この時代、今も続く多くのキリスト教主義学校（ミッション・スクール）が創設されている。