コレラ菌
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌には"Vibrio comma"という学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられた"V. cholerae"が優先され、正式な学名になった。
サイトエラ属
さらに分子的な研究が積み重ねられ、最終的にはrDNAのデータから、この菌が子嚢菌の系統樹のごく基部から分岐したものであることが明らかになった。これらの研究は主に杉山の指導で行われた。彼は同時に他の菌類の系統についても見直しを加え、その結果タフリナや分裂酵母がこの酵母と共に子嚢菌の進化のごく初期に分枝した群であることを発見し、これを古生子嚢菌と名付けた。彼は子嚢菌類の大きな群とされていた半子嚢菌と通常の子嚢菌に対してこの群が姉妹群となること、この群が残りの子嚢菌の進化、そしておそらく担子菌の進化の鍵となる位置にあると考えた。