クモ膜下腔
クモ膜下腔（蜘蛛膜下腔、くもまくかくう、くもまっかくう）は、中枢神経系を覆う髄膜のうち、一番内の軟膜と、その隣のクモ膜の間にある空間を指す。軟膜とクモ膜は密着しておらず、小柱と呼ばれる線維の束で結ばれている。小柱は軟膜とクモ膜の間ではいたるところで無数に入り乱れ、その様子がクモの網に似ていることからクモ膜の名がある。小柱の隙間に鍾乳洞のような形で残るのがクモ膜下腔である。クモ膜下腔は脳脊髄液で満たされている。
膜間腔
外膜にはポリンと呼ばれるチャンネルタンパク質が存在しているため、イオンや低分子化合物は細胞質と膜間腔とを自由に移動でき、したがってそれらの組成は細胞質と似通っている。しかし分子量の大きなタンパク質などは、通常は自由に移動することができず、細胞質とは異なる独特の空間となっている。なおミトコンドリアや葉緑体の内部へ行くべきタンパク質は、外膜および内膜に存在するトランスロカーゼの作用によって膜間腔を通過する。