日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
アイヌ文化
1869年、明治政府は和人と同様に北海道に居住するアイヌの戸籍も作成した。この年、明治政府によって置かれた北海道開拓使は言語も含め和人と同様の学校教育を行い、施行された法律なども和人と同様アイヌにも一律に適用した。結果、アイヌの伝統的な生活文化の衰退を招き、アイヌが生業を営んできた土地や資源をアイヌ古来のしきたり通り利用できなくなったことは否めない。また1875年に明治政府はロシアと樺太・千島交換条約を締結したことにより、日本国籍を選択した樺太アイヌは北海道へ移住した（残りたい者は現地に留まった）、一方、生活物資補給の問題や国防上の理由から千島アイヌは色丹島に移住させる政策もとった。