オンダンセトロン
主な副作用は、下痢、頭痛、傾眠、瘙痒感である。重篤な副作用としては、QT延長症候群やアナフィラキシーが挙げられる。妊婦に対して危険であるとは思われていないが、充分に研究されていない。
ドキシラミン
ドキシラミンには強い抗コリン作用があるため、口渇、運動失調、排尿障害、眠気などの副作用が生じることがある。排尿障害の副作用が強く顕れる可能性があるが故に、尿閉の症状を伴う前立腺肥大症（男性特有の疾患）は勿論、（種類に依るが）緑内障の診断を受けた者及びその疑いが有る者、シェーグレン症候群罹患者には投与すべきでない。（日本未発売であるが故、日本人のドキシラミンに対する、あらゆる感受性のデータが無い為、「投与禁忌」とは言えない。）
他、抗コリン作用を有する医薬品（第一世代、第二世代抗うつ薬等多数）との併用に関しても、リスクとベネフィットの見極めが問題となろうが、優先されるべきはドキシラミンによる催眠鎮静、抗アレルギー作用ではないとは思われる。