経済産業省
前身の通商産業省は、1949年5月25日、商工省を改組して発足した。その際、旧商工省の外局であった貿易庁及び石炭庁は廃止され、新たに資源庁、工業技術庁、特許庁及び中小企業庁の4つの外局が設けられた。貿易庁は本省に、石炭庁は資源庁に移行した。
運輸省
1945年5月19日、運輸通信省の外局の通信院を内閣所轄の逓信院として分離させたことに伴い、運輸通信省が運輸省に改組。 
1949年6月1日、運輸省が所管してきた国有鉄道の管理運営事務は、運輸省の外郭団体として新たに設立された公共企業体の日本国有鉄道に移管。 
2001年1月6日、中央省庁再編の実施に伴い建設省、国土庁、北海道開発庁と統合して、国土交通省を設置した。
過去には海上保安庁（Maritime Safety Agency of Japan）などが有ったが、すべての機関は、国土交通省の外局として再編される。