隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
殉教
日本により殺されたキリスト教の殉教者には、神社参拝拒否事件の朱基徹牧師、ホーリネス弾圧事件の小山宗祐牧師補、菅野鋭牧師、小出朋治牧師、斉藤保太郎牧師、辻啓蔵牧師、竹入高牧師、池田長十郎牧師、佐野明治牧師らがいる。