日本プロサッカーリーグ
2018年シーズン開始時点で、日本国内の38都道府県に本拠地を置く54クラブ（J1：18、J2：22、J3：14）が参入、また、JFLなどのカテゴリーに属するJリーグ百年構想クラブが6クラブ認定されている。リーグ構成については日本サッカーのリーグ構成 (1種)を参照。
さいたまサッカークラブ
2013年、J3リーグ (J3) の発足に伴い日本フットボールリーグ (JFL) 所属18チームの半数以上にあたる10チームが参加意思を表明していることに対しJFLが各地域リーグ1部に所属するチームにJFLへの加盟を促していたことを受けて、さいたまSCはJFLへの加盟申請を行った。同年12月4日、来期のJFL加盟の見送りが発表された。