みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター (ゲーム)
ポケモン同士が戦うシステムである。ポケモントレーナー（ポケモンを扱う人。本シリーズの主人公もポケモントレーナーである。「トレーナー」と略される）は、ポケモンに対して指示を出す役割を担う。トレーナーは道具を使ってポケモンを援護することもできるが、あくまで補助的なものでありトレーナー自身が直接ポケモンに対して攻撃したり、逆にポケモンを使ってトレーナーを直接攻撃することはできない。ポケモン同士の戦いのみが許される。