ジュゴン目
海生の哺乳類には、ジュゴン目、鯨偶蹄目のクジラ類、ネコ目鰭脚下目（アザラシ等）、絶滅した束柱目（デスモスチルス目）の4つの代表的グループがある（これらのほかに、ラッコなども海で暮らす哺乳類に数えられる。化石種では有毛目オオナマケモノ類にが幾らか確認されている）。このうち、比較的繁栄した2つのグループ、クジラ類と鰭脚下目が肉食性であるのに対して、2つの小さなグループ、ジュゴン目は草食性、束柱目の食性は今なお不明（一般には草食性中心ではないかとされる）である。
哺乳類
また、従来のモグラ目（食虫類）は、トガリネズミやモグラからなるメインのグループから、アフリカに分布するテンレック類とキンモグラ類の小グループが分離されて、前者はローラシア獣類、後者はアフリカ獣類と、2つの異なった上目グループに所属することになった。
たとえば、哺乳類がさまざまな「目」に分化し始めたのは、従来の化石研究では恐竜絶滅後（約6000万年前）のことと考えられていたが、遺伝子研究によれば、分化そのものは約1億年前にすでに始まっていたとされる。