みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンコロシアム
『スタジアム』の特徴のひとつであった対戦時の実況は存在せず、同様にポケモンの鳴き声もGBA版の電子音そのままであり、アレンジはされていない。また、『ルビー・サファイア』以前から登場した251匹のポケモンのグラフィックは、ほとんどが『スタジアム』より流用されたものであり、さらに攻撃モーションも1種族毎に1通りのみとなっている。一方、『スタジアム』にはなかった追加要素として、クリア特典で獲得できる「ポケクーポン」が挙げられる。クリアしたものの難易度に応じて獲得できるポイントであり、貴重なアイテムと引き替えができる。特に一部のきのみは当時この方法でしか入手できなかった。