隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
強制改宗
日本の歴史上で代表的な強制改宗は、戦国時代から江戸時代を経て、明治時代に至るまで行われた。キリシタン大名による領民に対してのキリスト教への強制改宗やキリスト教徒やキリシタンに対する強制改宗である。これには、フィリピンを拠点にしていたスペインの宣教師たちがキリスト教を広めるために日本を武力で制圧することを企てていたことや、日本との貿易で収益を得ようとしたイギリス・オランダが江戸幕府に「スペインなどがキリスト教を広めて日本を征服しようとしている」と密告したことが背景にある。また、当時の日本においては「キリスト教徒ではない」イコール仏教とか神道信者であった、というだけであり、仏教と神道およびその信者が組織的・計画的に行ったものではない。