古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
宇宙海賊キャプテンハーロック
また、アニメ版『キャプテンハーロック』の設定も取り入れられており、切田（作中では「きるだ」ではなく「キリタ」）長官、マゾーン近衛艦隊司令クレオ、テシウス他、アニメ版のみだったオリジナルキャラも登場し、機械化帝国やイルミダス、ネオ・ガミラスなどのマゾーンに比肩する異星勢力も同時に存在している模様で、ラフレシアがこれらの存在に対する外交問題を気にかける場面もある。