共通農業政策
共通農業政策に対するおもな批判のなかに、制度の理論面や実務面において保護貿易的であるという論調がある。干渉を受けない自由市場は経済資源をより効率的に分配するものであるという考え方があり、これを掲げる立場からするといかなる形態での政府介入を許容するものではない。「人為的に」形成された価格は必然的に生産においてゆがみをもたらすもので、たいていは過剰生産を起こすことになる。共通農業政策において設定された市場を上回る価格で穀物が農家から直接買い上げられ、その莫大な在庫で「穀物の山」ができあがるということがそのことを顕著に示している。補助金制度があるために、本来制度がなければ存続することができない小規模、前時代的、非効率的な農家の経営が維持できるのである。ゆがみのない経済モデルにおいては、市場における価格水準の決定は市場にまかせ、不経済な農業は排除するべきであるという考え方がある。制度が健全化されれば農業に浪費されてきた経済資源を社会基盤整備や教育、医療保障といったより生産的な分野に振り向けることができる。
共通漁業政策
漁業は従来欧州農業指導保証基金 (EAGGF) から拠出されてきたが、その後1993年に漁業指導基金 (FIFG) が分離・設立される。1994年から1999年まで、FIFGに充てられた予算額は7億ECUにのぼる。FIFGから拠出された補助金は加盟国政府からの最低限の負担金が拠出されていなければならず、また事業体に対する補助金は対象となる事業体自体から拠出された相応の負担額が支払われていなければならない。また支援額は地域ごとに異なっている。