園城寺
円珍の没後、比叡山は円珍の門流と、慈覚大師円仁の門流との2派に分かれ、両者は事あるごとに対立するようになった。円珍の没後1世紀あまりを経た正暦4年（993年）には、円仁派の僧たちが比叡山内にあった円珍派の房舎を打ち壊す騒動があり、両派の対立は決定的となり、円珍派は比叡山を下りて、三井寺に移った。比叡山延暦寺を「山門」と別称するのに対し三井寺を「寺門」と称することから、両者の対立抗争を「山門寺門の抗争」などと呼んでいる。比叡山宗徒による三井寺の焼き討ちは永保元年（1081年）を始め、中世末期までに大規模なものだけで10回、小規模なものまで含めると50回にも上るという。
宝光院 (小林市)
当初は比叡山延暦寺の末寺で、また仁明天皇の御願所であったともされるが、村上天皇の時代に天台宗の性空上人が、霧島六社権現の一つ「雛守権現」を真方村（現・小林市真方）から勧請する際に宝光院にて修行した上で、この寺を雛守権現の別当寺とし「三峯山宝光院承和寺」と号した。これにより、宝光院は絶大な影響力を有すようになり、66に及ぶ支院を有するほどとなった。