アルカン
アルカンは自然界に様々な形で存在するが、生物学的に必須であるような場合はみられない。ジャコウジカ科 (Muchidae) のシカから得られていた麝香には炭素数14から18のシクロアルカンが含まれていた。以下には非環状であるアルカンについて述べる。
アルカンニン
ナフトキノン誘導体の化学構造がBrockmannによって1936年に決定された。アルカンニンは油脂性環境においては深赤色、アルカリ環境では紫色を発色する。植物は4-ヒドロキシ安息香酸とゲラニルピロリン酸からアルカンニンを生合成している。