隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
日本のキリスト教史
しかし、この時は南蛮貿易の利益が優先され、また下手に弾圧すると、九州征伐で平定したばかりの九州での反乱が考えられたため（当時の日本では、特に宣教開始の地である九州地方でキリシタン大名や信者（キリシタン）が多かった）、本格的な追放は行われず、宣教活動は半ば黙認されていた。だが、サン＝フェリペ号事件が起きたころ、秀吉はキリスト教の本格的な弾圧を開始した。