コロボックル説
尚、平成18年の第169回国会で可決された「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議案」は「アイヌの人々を日本列島北部周辺、とりわけ北海道における先住民である」とした決議なのであって、過去日本列島において縄文式土器を使っていた人々の子孫がアイヌ人であるという説を支持する為の決議ではない。
沖縄県
沖縄の地に先祖を持つ人々は、地理的・歴史的・文化的な経緯から一般的に琉球民族と称される。人種的には先史時代から10世紀にかけて南九州から移入したとされ、分子生物学の研究でも本土と遺伝的に近いことが確かめられている。北琉球と呼ばれることもある沖縄諸島の住民は、分子生物学的（Y染色体による系統分析）にほぼ九州、本州、四国の住民と同じである。
日本政府は琉球民族を沖縄の「先住民族」とは認定していないが、ユネスコは沖縄に特有の民族性、歴史、文化、伝統を有することを認めている。
沖縄復帰後に本土に先祖を持つ大和民族が多数移り住んだ。