サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。
サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
サービス残業
厚生労働省は「平成29年1月20日労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン」という労働基準局長から都道府県労働局長あての通達を、平成29年1月20日に出しており、「始業・終業時刻の確認及び記録の原則的な方法」として「使用者が、自ら現認することにより確認し、記録すること」とされ、「自己申告制により始業・終業時刻の確認及び記録を行う場合の措置」について、「労働者の労働時間の適正な申告を阻害する目的で時間外労働時間数の上限を設定するなどの措置を講じないこと」「時間外労働時間の削減のための社内通達や時間外労働手当の定額払等労働時間に係る事業場の措置が、労働者の労働時間の適正な申告を阻害する要因となっていないかについて確認するとともに、当該要因となっている場合においては、改善のための措置を講ずること」とされており、単に時間外労働を指示していないということだけをもって、使用者に理があるとは言えないとしているが、ガイドラインには法的な根拠はないため、守らなかったとしても使用者に罰則の適用はない。しかし、労働基準監督署自身は労働基準法の適用がないという詭弁を弄して、この基準に従った労働時間管理を行っていない。