みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター 赤・緑
NINTENDO64専用ソフトとして発売された『ポケモンスタジアム』シリーズは本作との連動をある意味前提とした内容となっており、特にメインの要素である対戦モードでは本作で育成したポケモンを出場させることができる。その他にもGBカートリッジのセーブデータに記録されている手持ちのポケモンとボックスに預けてあるポケモンを整理したり、所持しているアイテムをスタジアムのカートリッジに移動して保管することもできる。