みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
オーキド・ユキナリ
自身の研究所の庭は広大で、自然環境に近い状態のポケモンの生態を研究するため、多数のポケモンを放し飼いにしている。そのポケモン達の多くは、マサラタウン出身のトレーナーが博士に預けたポケモンである。タイプごとに分けられたエリアを設けているらしく、無用心に電気タイプのエリアに足を踏み込むと、ビリリダマやマルマインの爆発に巻き込まれるといった危険性がある。水タイプと草タイプのエリアが近いらしく、場所を巡っての争いが度々あったが、サトシのフシギダネが警備にあたってからは衝突は最小限に留まっている。一見無防備に見える全体だが、預けられているポケモン達によって全土の安泰が守られている。