隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
大村氏
大村純忠は日本最初のキリシタン大名である。天正10年（1582年）には大友宗麟や甥の有馬晴信と共に天正遣欧使節を派遣し、長崎を開港して南蛮貿易を行なうなどしている。しかし隣国の龍造寺隆信の圧迫を受け、天正8年（1580年）に降伏し、さらに治世においてもキリスト教を狂信するあまりに神社仏閣を徹底的に破壊し、養父の純前の位牌でさえ焼き捨てるという異常な行為を行ない、大村氏の衰退を助長した。