みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター (ゲーム)
『金・銀』から追加された要素。オスとメスを同時に、ポケモンを預けると冒険している間に預けたポケモンの経験値を蓄積させ、「そだてや」とよばれる施設に預け、しばらく冒険すると「タマゴ」が手に入り、やがてポケモンが孵る。オスとメスは後述のタマゴグループが同じならば別の種類のポケモンでも構わない。この場合、孵るのは原則としてメスと同じ種類の一番進化前のポケモンとなるが、片方がメタモンである場合はメタモンでない側となる。孵ったばかりのポケモンのレベルはすべて同じ（第二/第三世代はレベル5、第四世代以降ではレベル1）であり、預けたポケモンから「わざ」などを受け継ぐことができる（後述）。そのためタマゴからかえったポケモンは他のポケモンより強くなることが多い。