隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
日本におけるカトリック教会
キリスト教（カトリック）は、日本に1549年、イエズス会宣教師のフランシスコ・ザビエルによって初めて伝えられ、キリシタンやキリシタン大名が増加した。その後、江戸時代には禁教となり弾圧されたが、一部の者は『隠れキリシタン』として、密かに信仰を受け継ぎ、幕末の1865年に長崎の大浦天主堂での「カトリック信徒発見」と、1873年の明治政府による禁教令撤廃で、再び宣教が行われるようになった。
毎年夏に前年12月現在の集計が取りまとめられてカトリック中央協議会から発表されるが、2017年12月現在の集計では、日本のカトリック教会の信者数は44万832人。日本の人口比では約0.345%と社会的少数者であるが、このうち長崎県（長崎大司教区）においては、隠れキリシタンの子孫が多くいた歴史的経緯もあり、人口の4.397%と突出して多い。信者数の絶対数は減少傾向にあるが、それ以上に日本の人口減少が大きいため、結果として人口比では増加傾向にある。