藻類
藻類（そうるい、 ）とは、酸素発生型光合成を行う生物のうち、主に地上に生息するコケ植物、シダ植物、種子植物を除いたものの総称である。すなわち、真正細菌であるシアノバクテリア（藍藻）から、真核生物で単細胞生物であるもの（珪藻、黄緑藻、渦鞭毛藻など）及び多細胞生物である海藻類（紅藻、褐藻、緑藻）など、進化的に全く異なるグループを含む。酸素非発生型光合成を行う硫黄細菌などの光合成細菌は藻類に含まれない。
色素体
複雑な色素体（complex plastid）は二次共生（真核生物が紅藻ないし緑藻を飲み込み、その色素体を保持する）に由来するものであり、これらは普通二枚以上の膜で囲われ、代謝能が縮小している。紅藻類を二次共生させた複雑な色素体を持つ藻類には不等毛藻（heterokont）、ハプト藻（haptophyte）、クリプト藻（cryptomonad）および大部分の有色渦鞭毛藻類が挙げられる。緑藻類を二次共生させたもの（＝葉緑体）としてはユーグレナ類（ミドリムシなど）とクロララクニオン藻類がある。アピコンプレクサ（マラリア（"Plasmodium"属）、トキソプラズマ症（"Toxoplasma gondi"）をはじめとする多くの人間や動物の病気の病原体を含む絶対寄生原虫からなる門）も複雑な色素体を持っている。アピコプラストともよばれるこの色素体は、光合成能を失っているものの必須なオルガネラであり、抗寄生虫薬を開発するための標的として有望である。ただしクリプトスポリジウム症を引き起こす"Cryptosporidium parvum"のように、このオルガネラを失っているものもいるし、緑藻由来なのか紅藻由来なのかも未だにはっきりしない。