日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
千島アイヌ語
1962年に当時北海道大学大学院生だった村崎恭子（後に同大教授）が常呂町の6人のアイヌから聞き取り調査を行ったときにはすでにみな言葉を忘れており、翌年の論文で村崎は千島アイヌ語の消滅を報告した。
現在、千島アイヌ語の言語資料は
くらいしか残されておらず、現在もこれらの乏しい資料を基に研究が続けられている。