隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
濃尾崩れ
寛文元年（1661年）3月、美濃国可児郡の塩村・帷子村に領地を持つ旗本の林権左衛門は、両村でキリシタンが露見したことを尾張藩に報告し、その捕縛を依頼した。これにより24名のキリシタンが捕らえられ、潜伏キリシタンの頭領として尾張国丹羽郡橋爪村の百姓・藤蔵が捕らえられる。その後もキリシタンの検挙は続き、高木村、橋爪村など79ヵ村から摘発された。