みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター
主人公（プレイヤー）は、ポケモントレーナーとなり旅にでる。ゲーム内に存在する他のポケモントレーナー達と対戦を多数交え、ジムバッジを集めポケモンリーグへの出場条件を獲得し、ポケモントレーナーの頂点チャンピオンを目指す。また、多数の種類のポケモンを捕まえてポケモン図鑑の完成を目指すなどの目的がある。ストーリーは伝説のポケモンとその力を利用しようとする組織を中心に展開する。他プレーヤーとの対戦やポケモンの交換ができる通信機能が存在する。