水素自動車
また水素の物性として分子が極小のため、シリンダーブロックなどを構成する金属中に拡散・浸透し、脆くしてしまう現象（水素脆化）、および、温度変化、衝撃、衝突時の車体変形などにも考慮した水素の車両への搭載方法に関する問題が挙げられる。また、水素レシプロエンジンでは、水素の燃焼速度が高いため吸気-圧縮過程で混合気が高温の点火プラグや排気バルブに接触した際に爆発が起こりやすく、ノッキングやバックファイアーなどが起こりやすい（ロータリーエンジンは構造上、バックファイアーが起こりにくい）。このため、水素混合率を極めて低くする必要があり、ガソリンを用いた場合と比較すると、出力は50 %程度に留まる。更に、水素と空気の混合気を燃焼させた場合、二酸化炭素や硫黄酸化物は生成されないが、高温燃焼過程に酸素と窒素が共存する結果、窒素酸化物が生成されるという本質的な問題がある。
純粋水爆
核融合反応を起こさせるのに必要な力密度には、現時点では核分裂反応、もしくは国立点火施設などにあるような強力なレーザーやサンディア国立研究所のZ-ピンチマシン、各種磁気トカマクなどの大型装置が必要になる。ミューオン触媒核融合であるなら、重水素、三重水素を高温プラズマ状態にする必要はなく、低温で液化したそれらの混合物に負電荷のミュー粒子（負ミューオン）を照射することで核融合反応を起こすことはできる。しかし負ミューオンは平均寿命2.2マイクロ秒で崩壊するので、目的の反応を起こす時にはそれを生成する為の陽子加速器施設（パイオンファクトリー）が結局必要になる。純粋水爆のさまざまな利点にかかわらず、現在利用可能な技術では製造の見通しが立たず、また多くの者が純粋水爆の研究開発は核拡散防止条約や包括的核実験禁止条約の意図を覆すものであるという懸念を表明している。