文化遺産保護制度
1950年（昭和25年）文化財保護法が成立し、8月29日に施行された。この法律はそれまでにあった国宝保存法、史蹟名勝天然紀念物保存法、重要美術品等ノ保存ニ関スル法律の3法を統合し、かつ無形文化財、民俗資料、埋蔵文化財を新たに保護対象に加え、保護対象を「文化財」という新しい概念にもとに包摂するという文化遺産保護制度の総合立法だった。これにより有形文化財、無形文化財、記念物、埋蔵文化財という文化財の類型が定義された。国は有形文化財のうち重要なものを重要文化財に、記念物のうち重要なものを史跡、名勝、天然記念物に指定するとされたが、さらに重点保護を講じるための措置として、これらの中でも特に重要なものを国宝、特別史跡、特別名勝、特別天然記念物に指定できるとする二段階指定制度が取り入れられた。
天然記念物
しかしながら、天然記念物の指定は本来文化財保護目的である文化財保護法を根拠としているため、生物や環境由来の天然記念物の保護には難点もある。たとえば天然記念物に指定されると現状変更の規制に抵触するため学術研究そのものが困難となる。また逆に、種指定を受けた天然記念物については、その生物の生育・生息環境を改変しても、それ自体は文化財たる天然記念物の現状変更には抵触しないため、種の存続を脅かしかねない開発行為などの規制には無力であることが多い。