隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
隠れキリシタン
大政奉還後も明治政府は江戸幕府からの政策を継承する形で高札により禁教令を継続し、信徒への激しい弾圧は続いた。明治政府の国際法に反する政策は諸外国の非難・批判を招いたため、1873年（明治6年）までに制度としての高札は廃止され、結果としてキリスト教が黙認されることで江戸幕府以来の「キリシタン禁教令」が事実上廃止された。それ以降はキリスト教信者ということだけで重罪に処されることが無くなり、再宣教のために来日したパリ外国宣教会などによって、一部を除く多くのキリシタンたちがキリスト教信仰を表明し、カトリック教会の信仰に復帰した。