共通農業政策
共通農業政策への批判はグローバリゼーション支持派からも反グローバリゼーション派からもなされることがある。すなわち、西側諸国は農業に対して莫大な補助金を支給しており、経済協力開発機構 (OECD) 加盟国の農業補助金の合計はアフリカ全体の域内総生産 (GDP) の額を上回っている。このために競争において不公平が生じているが、共通農業政策による補助金制度はアメリカやそのほかの西側諸国の制度と同様に、ヨーロッパ要塞といった問題を惹き起こすものとして批判される。
科学研究費助成事業
なお名称の類似した競争的資金制度として、厚生労働省が交付する厚生労働科学研究費補助金や環境省が交付する廃棄物処理等科学研究費補助金があるが、文部科学省のものとは別の制度。単に科学研究費補助金と呼称される場合、文部科学省の制度を指す。