古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
古代守
『宇宙戦艦ヤマト』第1作では行方不明になった後、キャプテンハーロックとして再登場する構想があり、設定画も描かれていた。そこでは眼帯を着けて頬に傷があり、長髪という松本零士の『宇宙海賊キャプテンハーロック』などに宇宙海賊として登場する容姿に近い。番組宣伝パンフレットにハーロックは掲載されており、キー局であるよみうりテレビが地元の讀賣新聞大阪版に掲載した放送開始時の番宣広告にも登場した。