みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンコロシアム
ポケモンスタジアムの「ジムリーダーのしろ」に相当するモード。こちらのポケモンに合わせたレベルのトレーナーと100連戦をすることになる。コンティニュー制なども含め、基本的なルールはトーナメントに準ずる。トーナメントと比較すると敵ポケモンの能力が低めに設定されているため、初心者でも根気があればクリアできる作りになっている。ちなみに、シナリオモードの主人公で、全ダークポケモンをリライブした状態で対戦モードのバトル山を100人抜きする事で、LV70のホウオウをもらえる。