幹細胞治療
30年以上にわたり、骨髄移植は、白血病やリンパ腫を治療するために使用されてきた。 これは、唯一、広く行われている幹細胞治療である。化学療法中に、ほとんどの増殖細胞は殺されるが、化学療法は白血病細胞やがん細胞と、骨髄内の造血幹細胞を区別せず殺してしまう。骨髄移植つまり、幹細胞移植がなされるのは造血幹細胞が死滅してしまうという一般的な化学療法の副作用の改善のためである。化学療法で失われた造血幹細胞を置換するために、ドナーの健康な骨髄が移植される。移植された骨髄からできた免疫細胞は、宿主の細胞を殺す免疫応答をおこすが、これはしばしば過剰になり、骨髄移植の最も深刻な副作用である移植片対宿主病を起こす。
カプセル化細胞
細胞マイクロカプセルを何に使うかによって、使う細胞のタイプは変わる。カプセルに入れられた細胞は、患者由来（自己細胞）、別のドナー（同種異系細胞）または他の種（異種細胞）由来であってもよい。 自己細胞の使用は、細胞によっては入手困難な場合がある。異種細胞は容易に入手可能であるが、ウイルス、特にブタは内在性レトロウイルスがあり、患者への感染の危険性が臨床への適用を制限している。 いくつかの研究グループは、異種細胞の代わりに同種異系の使用が必要であると結論づけている。。 用途に応じて、細胞を遺伝的に改変し、必要なタンパク質を発現させることもできる。