園城寺
円珍の没後、比叡山は円珍の門流と、慈覚大師円仁の門流との2派に分かれ、両者は事あるごとに対立するようになった。円珍の没後1世紀あまりを経た正暦4年（993年）には、円仁派の僧たちが比叡山内にあった円珍派の房舎を打ち壊す騒動があり、両派の対立は決定的となり、円珍派は比叡山を下りて、三井寺に移った。比叡山延暦寺を「山門」と別称するのに対し三井寺を「寺門」と称することから、両者の対立抗争を「山門寺門の抗争」などと呼んでいる。比叡山宗徒による三井寺の焼き討ちは永保元年（1081年）を始め、中世末期までに大規模なものだけで10回、小規模なものまで含めると50回にも上るという。
大威徳寺
寺号は、比叡山の学僧であった恵亮が、境内にある「三の滝」での修行中に滝の中から牛に乗った大威徳明王が現れたのを見、その姿を彫って本尊として祀ったことが由来とされる（大威徳明王像は通例、水牛の背に騎乗した姿で造像される）。