日本プロサッカーリーグ
2018年シーズン開始時点で、日本国内の38都道府県に本拠地を置く54クラブ（J1：18、J2：22、J3：14）が参入、また、JFLなどのカテゴリーに属するJリーグ百年構想クラブが6クラブ認定されている。リーグ構成については日本サッカーのリーグ構成 (1種)を参照。
日本フットボールリーグ
なお上記の通り、当面はJ3リーグからJFLへの降格は、J3ライセンス未交付によりJリーグを除名・退会せざるを得ない場合を除き基本的には行われないが、2017年1月の信濃毎日新聞との記者会見に応じたJリーグチェアマン（取材当時）の村井満は、将来的なJ3の成績によるJFL降格の制度を採り入れる可能性を示唆しており、2017年6月に行われたJリーグ理事会でも、J3リーグのあり方（全国リーグの維持等）に関連してJ3からJFLへの降格（入れ替え）制度の導入を含めて議論が行われている。
第21回JFL (2019)開幕前時点。枠内が薄黄色（）は第21回JFLの所属クラブ。※太字 は現役
※太字 は現役
所属は当時