深海魚
このタイプの発光を行うのは比較的少数の深海生物であり、遊泳性の深海魚ではチョウチンアンコウとニギス目の一部、底生性魚類ではソコダラ科・チゴダラ科の仲間が代表的である。このうちチョウチンアンコウ類を除く3グループの発光器は消化管から連続して発達しており、腸内細菌叢で維持された発光バクテリア（主に "Photobacterium phosphoreum"）が持続的に補給されていると見られる。発光器の数は少なく、通常1-2個である。
深海魚
漸深層（水深1,000-3,000m）は光の届かない暗黒の世界である。水温は2-5℃で安定している一方、生物が利用できる有機物の量は表層の5%にも満たず、深度とともに急速に減少してゆく。漸深層の遊泳性深海魚には、少なくとも200種が含まれる。種数の上ではチョウチンアンコウの仲間が優勢であり、他にはクジラウオ科（クジラウオ目）・セキトリイワシ科（ニギス目）やフウセンウナギ目の魚類およびオニハダカ属の一部が生息する。ソコダラとトカゲギス類はこの領域でも数の多い底生性深海魚で、他にはホラアナゴ科（ウナギ目）、アカグツ科（アンコウ目）などが分布する。