二次創作物
二次創作物については、著作権法やアダルト表現規制の動きなど、さまざまな問題を抱えている。
主に同人誌などにおける二次創作物は権利者の許可なくしては販売が行えず著作権法違反となる可能性があるものの、一般的に許諾を取ることは行われていないとされる。
同人ショップ
ファン活動の一環として個人やごく小規模なサークルが独力で販売のほぼ全てを手掛けていた頃と異なり、コミケットと同人ショップを介して大部数を効率的に売り捌くシステムが確立されてゆく中で、大手同人サークルは職業化と営利化を果たし、これらが緩やかに集合する同人界自体が事実上の業界化を成し遂げ、かつて商業出版の第一線で活動していた作家も現在では少なからず同人活動に職業的活動の主体を移行する段階にまで至った。だが、反面で上記の二次創作と著作権者の意向にまつわる問題や、大手同人サークルの大半がコミケットに参加し、新刊の頒布開始のタイミングもコミケットに集中しているなど、コミケットに極めて大きな依存をしていることなども含めて考えれば、単に同人ショップ側の問題だけではなく、この産業自体が極めて危ういバランスの上に成り立っている一面も見て取れる。現状でも様々な問題を抱えつつも関係者の尽力でどうにか開催が継続されているコミケットであり、万一これが開催不能になる深刻な事態が起きれば、連鎖する形で最終的に同人ショップという業態自体が成り立たなくなり衰亡することもあくまで起きうる可能性の範囲内といえる。同人誌や同人ショップが世間から姿を消すなんてありえない、と楽観的なことを言えないのが実状である。