コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
ルーク・ブラックバーン
ブラックバーンを逮捕しようという動きは無かった。1873年初期には家族と共にケンタッキー州に戻った。家族はルイビルのゴールト・ハウス・ホテルに泊まり、ブラックバーンが市内で医業を再開した。1873年のコレラ流行のとき、ブラックバーンはコレラが汚染された水の消化で伝染すると正しく理論づけたが、大半の市民は瘴気で伝染するという競合学説を受け入れていた。この学説はルイビルで良く知られた医師トマス・S・ベルが主唱していた。ブラックバーンが潜在的に感染している可能性がある飲料水を飲む前に煮沸した方が良いと助言したが、それを容れなかった結果として数千人が死亡した。ブラックバーンの慈善的事業には、1873年のテネシー州メンフィス、および1877年のフロリダ州フェルナンディーナでの黄熱病流行に対する患者治療があった。どちらの町でも奉仕に対する報酬を拒否したが、どちらも感謝した住民から贈り物が渡された。南部の新聞数紙がブラックバーンの奉仕について記事を載せるようになっていった。