園城寺
円珍の没後、比叡山は円珍の門流と、慈覚大師円仁の門流との2派に分かれ、両者は事あるごとに対立するようになった。円珍の没後1世紀あまりを経た正暦4年（993年）には、円仁派の僧たちが比叡山内にあった円珍派の房舎を打ち壊す騒動があり、両派の対立は決定的となり、円珍派は比叡山を下りて、三井寺に移った。比叡山延暦寺を「山門」と別称するのに対し三井寺を「寺門」と称することから、両者の対立抗争を「山門寺門の抗争」などと呼んでいる。比叡山宗徒による三井寺の焼き討ちは永保元年（1081年）を始め、中世末期までに大規模なものだけで10回、小規模なものまで含めると50回にも上るという。
比叡山中学校・高等学校
創設の経緯から、毎朝始業時に般若心経を全員で唱えるなど、宗教的雰囲気のある学校行事が盛り込まれているのが特徴である。
中学校・高校共に、春に日帰りで比叡山に登る「三塔巡拝」がある。学年によって日程・行き先は異なり（古くは一年で三塔全て参拝した）、比叡山にある3つの塔（西塔・東塔・横川）を巡拝する。また、高校の二年生（かつては三年生）は、居士林研修道場に一泊し、写経や法話・礼儀作法等を学ぶ「居士林研修」がある。延暦寺や日吉大社の門前町として古くから栄えた坂本に所在することから、周囲には多くの伝統的建造物が点在する。