みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター 赤・緑
戦闘画面では向かい側の自分と向こう側の相手のポケモンが斜めに対峙する形になっており、「たたかう」「どうぐ」「ポケモン（交代）」「にげる」のコマンドを駆使して切り抜けていく。フィールドの草むらや洞窟を歩いていると野生のポケモンとの戦闘が発生することがある。また、トレーナーに話しかけたり彼らの視界に入ったりすることでトレーナーとの戦闘が発生する。どちらも同じバトルではあるが、後者は「にげる」ことができず勝利した場合には賞金が貰えるという特徴がある。野生ポケモンとの戦闘では「どうぐ」コマンドからモンスターボールなどのボールを使うことで、野生ポケモンを捕獲し自分の仲間にすることができる。仲間にしたポケモンは、ゲーム内イベントで人からもらったポケモンと同じように育成や交換が可能。