みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
モンスターボール
製造方法に至ってはゲームでも登場する「ぼんぐり」といわれる木の実の中身をくりぬき、特殊な装置と「キャプチャーネット」といわれる捕獲網を仕込む事でモンスターボールが完成するという設定がなされている。このキャプチャーネットは虫ポケモンの糸や鳥ポケモンの羽を利用する物が大半を占めているが、中には「伝説のポケモン」の羽を使わなければ製造出来ない物も存在するという（時を捕らえるモンスターボール）。しかしその詳細は、全てのメーカーともに企業秘密とされている。同作中にはモンスターボール管理システムというものがあり、それがダウンすると開閉スイッチを押してもポケモンを出せなくなる。さらにそれを逆手に取りスイッチを壊す事でポケモンの出し入れを封じるという卑怯な戦術を使うトレーナーや野生ポケモンもいる。