北海道アイヌ語
北海道のアイヌ語は日高山脈を境に概ね2分される。アイヌ語の現存する唯一の方言であるが話者数は2007年で10人と極めて少ない。これを受けてアイヌ語はユネスコによって危機に瀕する言語のうち最も重大な「極めて深刻」(critically endangered)に分類されている。
沖縄方言
キリスト教信仰に基づく少数言語のための組織である国際SILが出版しているエスノローグによると、日本で使われている言語として日本語、アイヌ語、朝鮮語とともに、「中央沖縄語（Okinawan, Central）」が挙げられているが、エスノローグでは言語学者や一般の人の理解と異なる分類を載せることがあり、日本国内では、中央沖縄語の呼称は使われない。