ベルリン
1990年10月3日には東西ドイツが統一し、1991年にはベルリンが東西統一ドイツの首都と定められた。以降、東西に分断されていた道路網や地下鉄も含む鉄道網などの交通網を東西で直結する工事が行われ、インフラ整備や再開発が旧東ベルリン地区を中心に進行した。また、再度首都と定められて以降、ボンからの連邦政府諸機関の移転も漸次進められた。首都機能移転は2001年5月2日に完了し、現在では再度、名実ともにドイツの首都となった。ベルリンの壁が撤去され市内中心部には広大な空き地が出現した。その一つであるポツダム広場は再開発され、巨大なビジネス・商業エリアになっている。
ボン
1990年の東西ドイツ統一により、ベルリンへの遷都が政治日程に浮上した。一方で、オランダのように名目上の首都をベルリンと定め、実質的な首都機能はボンに残すべきであるとする主張もドイツ南西部を中心に支持を集めていた。議論の末、1991年に連邦議会において首都機能のベルリン移転決議が可決された。しかし、ボンの地域経済への配慮に加え、EUとNATOの本部のあるブリュッセルに近いという利点を活用するため、1994年の「ベルリン・ボン法（「ドイツ統一のための1991年6月20日の連邦議会の決議」実施に関する法律）」によって、ボンは「連邦市 (Bundesstadt)」であると規定され、連邦首都 (Bundeshauptstadt)ベルリンと並んで国家の中枢機能を引き続き保持することが定められた。