みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンバトリオ
プレーヤーのゲーム内の分身である「トレーナー」情報や対戦の記録、ゲーム内での冒険の進捗状況を保存する媒体として、「メモリーキー」がある。「メモリーキー」は、ほとんどの店舗がレジカウンターでの販売となっている。プレイヤーはパック裏面に印刷されたコードを筐体のセンサに読み取らせることで、パック表面に描かれたポケモンをゲーム内のバトルフィールドにエントリーし、ポケモンバトルを行う。プレイヤーはパックを筐体上に3枚並べ、ゲーム内の3体のポケモンを操作する。