共通農業政策
共通農業政策に対するおもな批判のなかに、制度の理論面や実務面において保護貿易的であるという論調がある。干渉を受けない自由市場は経済資源をより効率的に分配するものであるという考え方があり、これを掲げる立場からするといかなる形態での政府介入を許容するものではない。「人為的に」形成された価格は必然的に生産においてゆがみをもたらすもので、たいていは過剰生産を起こすことになる。共通農業政策において設定された市場を上回る価格で穀物が農家から直接買い上げられ、その莫大な在庫で「穀物の山」ができあがるということがそのことを顕著に示している。補助金制度があるために、本来制度がなければ存続することができない小規模、前時代的、非効率的な農家の経営が維持できるのである。ゆがみのない経済モデルにおいては、市場における価格水準の決定は市場にまかせ、不経済な農業は排除するべきであるという考え方がある。制度が健全化されれば農業に浪費されてきた経済資源を社会基盤整備や教育、医療保障といったより生産的な分野に振り向けることができる。
農業政策
加えて、農業は大きく土地や気候条件に制約されており、また先進国から技術を導入するにしても地域に見合った改良・取捨選択が必要となるため、どうしても工業と比較すると技術革新・生産性向上の速度が遅い傾向にある。例えば、新しい自動車製造技術や高性能工作機械がアメリカで開発された場合、それらは日本においても利用可能であると考えられるが、新種の小麦栽培技術や農薬散布用航空機が開発されたところで、それらが日本においても栽培・利用可能かどうかは分からない。そのため都市部の工業等に従事する労働者と農村部の労働者の間で次第に経済格差が発生して行き、農村部の相対的貧困が問題となりやすい。