伊四百型潜水艦
3機の特殊攻撃機『晴嵐』が搭載可能であり、潜水空母（せんすいくうぼ）とも俗称される。第二次世界大戦中に就航した潜水艦の中で最大であり、通常動力型潜水艦としては、2012年に竣工した中国海軍の（水上排水量3,797t、水中排水量6,628t）に抜かれるまでは世界最大であった。全長はアメリカ海軍のガトー級を27メートル上回る。理論的には、地球を1周半航行可能という長大な航続距離を誇り、日本の内地から地球上のどこへでも任意に攻撃を行い、そのまま日本へ帰投可能であった。大柄な船体（排水量3,350tは軽巡洋艦夕張と比較してなお大きい）を持つが水中性能は良好であった。急速潜航に要する時間は1分である。
海上自衛隊呉史料館
展示の目玉は国内では初めてとなる実物の潜水艦の屋外展示で、この潜水艦は実際に海上自衛隊で就役していたゆうしお型潜水艦の「あきしお」 (SS-579) である。「あきしお」は2004年3月に除籍となった後、展示用に内部機器の交換や汚れを落とすなどし、2006年9月24日から26日に建設中の呉史料館への搬入が実施された。この様子はマスコミでも報じられ、巨大な船体などは関心をよんだ。この「あきしお」は展示の一環として艦内にも入ることができるが、公開されているのは発令所のある甲板のみであり、船殻や艤装は防諜の処置をしている他、案内係員が監視をしている。「あきしお」の錨や推進器（スクリュープロペラ）など、一部は防諜上ダミーのものに差し替えて展示されている。