造血幹細胞移植
固形臓器移植と造血幹細胞移植の大きな違いの一つとしては臓器移植ではドナーの正常な臓器を移植することで臓器機能の回復をすることを目標としているのに対して、造血幹細胞移植の一般的な目標は骨髄のMTDを上回る大量の抗がん剤や放射線照射による治療を可能とすることと、ドナー免疫に由来するGVL（Graft versus Leukemia：移植片による抗白血病効果）やGVT（Graft versus Tumor：移植片による抗腫瘍効果）を得ることである。例外としては、再生不良性貧血における造血幹細胞移植はドナーの造血細胞による造血能回復を狙うという観点から固形臓器移植に近い。もう一つの違いとしては、固形臓器移植では患者の免疫が維持されるのに対して、造血幹細胞移植では免疫系もドナー細胞に置換される。合併症も固形臓器移植なら拒絶反応となるが造血幹細胞移植ではGVHDとなる。造血幹細胞では免疫寛容がおこり、長期的には免疫抑制剤の投与を減量していく。免疫抑制剤の投与の目的は固形臓器移植では拒絶反応の防止、造血幹細胞移植では急性GVHDの予防となるが、慢性GVHDの発症に対しては効果が証明されていない。
移植片対腫瘍効果
移植片対腫瘍効果（いしょくへんたいしゅようこうか、、略称: GvT）は、幹細胞移植（HSCT）後に表われる。移植片はレシピエント（受給者）に対して有益なドナー（提供者）のTリンパ球を含む。ドナーのT細胞はホスト（宿主）に残った悪性T細胞（移植片対白血病）あるいは幅広い種類の腫瘍を攻撃する。GvTは腫瘍特異的あるいはレシピエント特異的同種抗原を認識した後に生じるかもしれない。悪性血液疾患の寛解あるいは免疫による制御を導くかもしれない。この効果は骨髄腫、リンパ性白血病、多発性骨髄腫、もしかすると乳がんに当てはまる。GvT効果は移植片対宿主病（GvHD）現象と密接なつながりがある。CD4陽性CD25陽性制御T細胞（Treg）は、有益なGvT効果を失うことなくGvHDを抑制するために使うことができるかもしれない。GvT応答の生物学はまだ完全には理解されていないが、血液細胞に特異的または多くの組織細胞により広く発現している多型副抗原あるいは腫瘍関連抗原との反応が関与している可能性が高い。この応答は主に細胞障害性T細胞（CTL）によって媒介されるが、特にT細胞減少型HLA半合致HSCTにおいては別のエフェクターとしてのナチュラルキラー（NK）細胞によって利用されているかもしれない。