ティビリヌの修道士殺害事件
政府の公式見解では、GIAと主要人物の1人ジャメル・ジトゥーミが関与したとしている。修道士たちを誘拐し殺害することで、グループの権威をティビリヌに課すことができると目論んでいたからだ。この説は、修道士たちの首から下の遺体がいまだ発見されておらず、全く検死報告書が作成されなかったことが妨げとなっている。加えて、2度のGIAの公式声明には疑問が残る 。GIAが修道士たちの殺害実行を表明した際、『喉をかき切る』という表現を使っている。これはGIAがよく使う手段であった。事実、修道士たちは頭部を切断されている。頭部の切断がなければ、修道士たちは頭部を切断されて殺害されたのか、殺害された後に頭部を切断されたのか、死因を私たちは判断することができたのである。
サン・バルテルミの虐殺
また、教皇はジョルジョ・ヴァザーリに1571年のレパントの海戦でのトルコ人に対する勝利と組み合わせになるコリニー提督の負傷、彼の死そして高等法院におけるシャルル9世からなる三点のフレスコ画の製作を依頼した。虐殺は神聖なる懲罰であると解釈され、コリニー提督はキリスト教世界に対する脅威であると見なされていたので、教皇は1572年9月11日をレパントの海戦とユグノー虐殺の合同祝祭日とした。カトリック教会はこの虐殺を公式に謝罪したことがないが、虐殺の本質が次第に明らかになると教皇庁における個人的な懸念が高まった。グレゴリウス13世本人もコリニー提督暗殺未遂犯とされるシャルル・ド・モールヴェールとの接見を拒否している。