みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター (ゲーム)
その他、入手方法がアニメ映画の前売り券などの特典や懸賞などでの期間限定の配布に限られるなど、通常のプレイ進行では捕獲不可能なポケモンが存在し、これらは「幻のポケモン」と呼ばれ、並外れて高いステータスを有するものがほとんどである。特に過去に配布でのみ入手できたポケモンは、現時点では入手できる手段が存在しない。また、通常のプレイ進行で捕獲できるポケモンでも、イベントなどで配布されるものについては、通常の方法では覚えられない技を所持しているものがある。