ニューヨーク市地下鉄
高架鉄道への不満が高まるに連れて地下鉄への関心も次第に高まり、1888年に当時のニューヨーク市長エイブラム・ヒューイットは、ニューヨーク市自らが地下鉄を建設することを決定した。ヒューイットは市当局や納税者の負担を抑えつつ地下鉄網を整備するため、市の負担で地下鉄した後運営権を民間企業にリースする方法を考案し、土木工事の請負業者であるジョン・B・マクドナルドが落札して1900年2月21日にコントラクト・ワン（Contract 1）と呼ばれる契約を交わした。しかしマクドナルドは契約に必要な担保を用意できなかったことから資産家のの支援を受けざるをえなくなり、実権はベルモントが握りマクドナルドは単なる請負人という立場にとどまることになった。コントラクト・ワンに基づく路線の建設工事は1900年3月24日に開始され、1902年には完成後の受け皿としてインターボロー・ラピッド・トランジット(Interborough Rapid Transit Company、IRT)が設立された。
ニューヨーク市地下鉄
その後1880年までにニューヨーク高架鉄道が3番街と9番街、新たに設立されたメトロポリタン高架鉄道（Metropolitan Elevated Railway）が2番街と6番街に高架鉄道を開業させ、1879年には両社はともに鉄道王ジェイ・グールドの支配する（Manhattan Railway Company）の傘下に統合された。高架鉄道は1880年には6803万1757人、1890年には1億8820万3877人を輸送するようになっていたが、騒音や煙を撒き散らすとともに街路への採光を妨げ、激しい混雑や運行速度の遅さなど都市高速鉄道としては問題が多く、住民の反対運動を招くことになった。