タンパク質を構成するアミノ酸
タンパク質を構成しないアミノ酸(non-proteinogenic amino acids)は、タンパク質中に存在しないものか（カルニチン、GABA、-ドーパなど）、直接合成されないものか（ヒドロキシプロリン、セレノメチオニンなど）のどちらかである。後者はしばしばタンパク質の翻訳後修飾で生じる。
生体物質
タンパク質は生物の基本的な構成要素となっている他、酵素として生体内の化学反応のほとんどを司っている。タンパク質の構成成分であるアミノ酸は、他の生体物質の原料となる他、エネルギー源としても利用される。