アイヌ語
話者は、アイヌ民族の主たる居住地域である北海道、樺太、千島列島に分布していたが、現在ではアイヌの移住に伴い日本の他の地方（主に首都圏）にも拡散している。言語学では「孤立した言語」である。国際連合教育科学文化機関によって、2009年2月に「極めて深刻」な消滅の危機にあると分類された、危機に瀕する言語である。危険な状況にある日本の8言語のうち唯一最悪の「極めて深刻」に分類された。
縄文人
縄文人の言語については明らかでない。日本語のほか、人類学的類似性が高いとされるアイヌ（アイヌ語）との関連を指摘する見方もあるが、推測の域を出ない。過去の言語は文字がなければ検証不可能であり、「縄文語」の解明は、その試みは存在するものの、極めて難しいと言わざるを得ない。日本列島における縄文時代の言語は、共時的にも通時的にも複数存在したと考えるのが自然である。