恩賜上野動物園
開園は1882年3月20日（日本で最も早い）。開園時には農商務省、その後宮内省、東京市、東京都建設局が所管、現在は指定管理者制度により公益財団法人東京動物園協会が管理する。
よこはま動物園ズーラシア
1999年4月24日、横浜動物の森公園内に開園。テーマは「生命の共生・自然との調和」で、開園当時最新の展示方法である生態展示に関しては、日本でトップの動物園を目指して建設された（横浜市の説明等に書かれている展示方法は「生息環境展示」）。2003年には「アフリカの熱帯雨林」ゾーンの一部がオープンし、2004年には多目的休憩施設「ころこロッジ」、2006年には自然体験林「わんぱくの森」、2007年には「アカカワイノシシ舎」と「ぱかぱか広場」がオープンした。2009年に「チンパンジーの森」がオープンしたことで、「アフリカの熱帯雨林」ゾーンについてはほぼ完成となった。最後の整備エリアとなる「アフリカのサバンナ」ゾーンは2013年にその一部（約1.6ha、ふれあいエリア・疎林エリア・バードショー）が先行オープンしており、草原エリアなど残る約3haが2015年4月22日に全面オープン。これをもって当園の全エリア（53.3ha）が開園し、日本最大級の都市型動物園となった。