コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
コル古細菌
1990年にカール・ウーズが古細菌ドメインを提唱して以来、クレン古細菌、ユーリ古細菌の2界が設定されたが、コル古細菌はその2界（門）に入らない系統として初めて発見されたものである。1996年に、アメリカアイダホ州のイエローストーン国立公園の74-93の熱水底泥にPCR法を用いて、16S rRNA系統解析を試みたところ、クレン古細菌、ユーリ古細菌界のどちらにも入らない配列を発見した。この結果より、Barnsらは、従来のWoeseによる『古細菌は二界である』という説を覆し『古細菌は三界よりなる』という主張を打ち立てた。
初期の16S rRNA系統解析では、古細菌の中で最も深い分岐をしていると考えられたが、多数のたんぱく質を使った結合系統解析ではクレン古細菌に近い独立系統となることが多い。その後、2010年代以降に多数の古細菌系統が発見されるようになると、クレン古細菌に近いTACK上門の一部であるとみなされるようになった。