コレラ菌
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌には"Vibrio comma"という学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられた"V. cholerae"が優先され、正式な学名になった。
大悪臭
ロンドンの最初の主なコレラの流行は1831年に発生し、そのときこの病気は6536人の人命を奪った。1848年-1849年に、14137人のロンドン住民が死亡し、そしてつづいて2回目の発生があったし、これに続いて1853年-1854年に発生し、このために10738人が死亡した。第2の発生の間、ロンドンを本拠とする内科医　ジョン・スノー(John Snow)は、死亡率がランベス(Lambeth)の、そしてサウスウォークとヴォクスホール(Southwark and Vauxhall)の水の複数の会社によって供給される地域で高いことに気がついた。1849年に彼は論文『"On the Mode of Communication of Cholera"』を公表したが、これは瘴気説をではなくて病気の、水から生まれ、伝染する説を仮定した。その論文にはほとんど注意がはらわれなかった。1854年の3回目のコレラの発生につづいて、スノーは、ソーホーのブロード・ストリート(Broad Street)における効果に焦点を合わせたのちに、自分の論文の更新を公表した。スノーは、地元の水ポンプからハンドルを取り去り、こうして汚染された水に接することを妨げてその結果、死亡数は減少した。水が引かれる元の井戸には水漏れしている下水道があるということがのちに立証された。