コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
デーヴィッド・ダグラス・カニンガム
1883年にドイツのコレラ研究委員会のメンバーとしてロベルト・コッホがインドを訪れ、コレラ菌を発見したことで、イギリス政府も調査に乗り出し、当時の主要な病理学者、ヘニッジ・ギッベス（Heneage Gibbes）とエマニュエル・クライン（Emanuel Klein）を、インドに派遣した。カニンガムはクラインと働き、コッホが感染のもとになったと指摘した貯水場のサンプルを提供した。クラインは水中の細菌がコレラ感染者の糞便中の細菌と同一のものであることを確認したが、この細菌がコレラを引き起こすという結論は出せなかった。その後、各国政府はインドからの来訪者の検疫が行われるようになり、1884年に衛生委員会は実験室を設置しカニンガムは所長となった。