みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケとる
各ステージで上画面に出現する野生のポケモンに対し、下画面のポケモンを縦横3つ以上隣接させて消す事で攻撃する。これを決められた手かずの中（後述のエキストラステージでは制限時間内）でHPを0にすることによりステージクリアとなる。『バトルトローゼ』と同様、一度に多くのポケモンを揃えたり、タイプ・相性や各ポケモンの技（追加効果）によって与えられるダメージは変化する。本作の野生のポケモンは、下画面のポケモンの一部を「オジャマ」（障害物）に変えて妨害する（直接攻撃はしない）。