日本の言語
北海道を中心にアイヌの間で話されてきたアイヌ語は、系統不明の言語であり、日本語とは異なる言語である。しかし明治以降、アイヌの間でも日本語の使用が広まり、アイヌ語はユネスコから危機に瀕する言語として最高ランクの「極めて深刻」の区分に分類されている。
縄文人
縄文人の言語については明らかでない。日本語のほか、人類学的類似性が高いとされるアイヌ（アイヌ語）との関連を指摘する見方もあるが、推測の域を出ない。過去の言語は文字がなければ検証不可能であり、「縄文語」の解明は、その試みは存在するものの、極めて難しいと言わざるを得ない。日本列島における縄文時代の言語は、共時的にも通時的にも複数存在したと考えるのが自然である。