アイヌ
2008年5月12日に鈴木宗男が国会に提出した「先住民族の定義及びアイヌ民族の先住民族としての権利確立に向けた政府の取り組みに関する第3回質問主意書」に対し、5月20日の政府答弁書で「アイヌの人々は、いわゆる和人との関係において、日本列島北部周辺、取り分け北海道に先住していたことは歴史的事実であり、また、独自の言語及び宗教を有し、文化の独自性を保持していること等から、少数民族であると認識している。」と答弁している（ただし「先住民族」との認識ではない）。6月6日には、衆参両院の全会一致で「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議」がなされた（ただし、「求める決議」で「認める決議」ではない）。
古モンゴロイド
日本においては、縄文時代の住民（縄文人）は主に古モンゴロイド系であったと言われるが、その後に中国および北東アジアから渡来した新モンゴロイドと混血をした結果、現在の日本人の新モンゴロイドと古モンゴロイドの特徴が混在する形質が形成されたと考えられた。遺伝子解析の結果、日本人（琉球人、本土人、アイヌ人）は皆縄文人の血を受け継いでいるため、現在の東アジア大陸部の主要な集団とは異なる遺伝的構成であるという結果が出ている。