みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンスタジアムシリーズ
ある条件を満たせば、2倍速でGBのポケモンをプレイできる「ドードーGB」や、4倍速（『金・銀・クリスタル』は3倍速）でプレイできる「ドードリオGB」でプレイできる機能が追加される。ただし、『スタジアム金銀』でGB版『金・銀・クリスタル』をプレイするためには、「裏」モードで「表」と同じ条件をクリアしなければならない。ちなみに、この『金・銀・クリスタル』をプレイする場合、SGBではなくGBCモード（GBCの起動デモがある）となるのだが、SGBで起動させた場合のピクチャーフレームも表示される。