近畿日本鉄道
1944年（昭和19年）には国からの強い要請を受け、長い歴史を有する南海鉄道（南海）と新設合併する形で今に至る近畿日本鉄道（近鉄）が発足、資本金2億3147万円、総延長約630kmの路線を有する日本最大の民営鉄道会社となった。この時点では上本町・名古屋・天王寺・難波の4営業局体制であった。
南海和歌山軌道線
1940年（昭和15年）に東邦電力は和歌山地区の軌道線を阪和電気鉄道に譲渡し、阪和電気鉄道は和歌山電気軌道株式会社を設立して、同社の経営とした。阪和電気鉄道は同年12月に南海鉄道に合併され、南海鉄道は1944年（昭和19年）6月に関西急行鉄道と合併して近畿日本鉄道となったことで、和歌山電気軌道も近畿日本鉄道の傘下となった。近畿日本鉄道傘下の時代には和歌山合同バスおよび和歌山交通（タクシー）を吸収し、和歌山電気軌道株式会社は和歌山市における公共交通の中枢を担っていた。第二次世界大戦における被害は甚大で、戦災車両は2両だったが、線形・路線等は壊滅的な状態で病院前以北は営業休止、資材調達も困難をきわめ可動車も7両にすぎないという状況もあった。戦後期は順調に推移し1957年（昭和32年）11月には和歌山鉄道（現・和歌山電鐵貴志川線）を吸収合併、1961年（昭和36年）11月には南海電気鉄道と合併し同社の和歌山軌道線となった。