タンパク質を構成するアミノ酸
タンパク質を構成しないアミノ酸(non-proteinogenic amino acids)は、タンパク質中に存在しないものか（カルニチン、GABA、-ドーパなど）、直接合成されないものか（ヒドロキシプロリン、セレノメチオニンなど）のどちらかである。後者はしばしばタンパク質の翻訳後修飾で生じる。
必須アミノ酸
必須アミノ酸は全種類をバランスよく摂取しないと有効利用されない。これについては｢アミノ酸の桶」という例をあげて説明されることが多い。つまり9種類のうち、一番含有量の少ないアミノ酸を一番背の低い桶板に例えて､いくら満杯にしようとしてもそこから水が流れてしまう＝アミノ酸の含有バランスが悪い、という事になる。必須アミノ酸をバランスよく含む食物ほどスコアが高いと表現される。食品単体ではなく、食事という視点からでは1日のうちの食品中のアミノ酸を合計したものでバランスがとれればよい。そのため、単体ではバランスの悪い穀物と豆も、その組み合わせでバランスがよくなる。なぜなら、穀物はトリプトファン、メチオニンが多く、豆はイソロイシン、リジンが多いため互いに補いあうことができるからである。