みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンスタジアムシリーズ
前作では、初心者を突き放した、いわゆる「バトルだけに専念したい」という人だけが楽しめるようなバランス調整だったが、本作では、ミニゲームコーナーや対戦する相手もはじめは弱くなっていたりと初心者にも非常に易しくなっている。一方、全てをクリアすると、上級者のための「裏」モードが出現し、歯ごたえのある対戦も楽しめる。本作の発売時点で既に『赤・緑』の発売から3年以上が経過していたので、練りに練られたゲームバランスを堪能できる。