タンパク質を構成するアミノ酸
タンパク質を構成しないアミノ酸(non-proteinogenic amino acids)は、タンパク質中に存在しないものか（カルニチン、GABA、-ドーパなど）、直接合成されないものか（ヒドロキシプロリン、セレノメチオニンなど）のどちらかである。後者はしばしばタンパク質の翻訳後修飾で生じる。
保存配列
アミノ酸配列は、タンパク質またはタンパク質ドメインの構造や機能を維持するよう保存される。保存されたタンパク質はアミノ酸の置換が少ないか、もしくは類似した生化学的性質を持つアミノ酸への置換が起きやすい傾向を持つ。配列の中でも、フォールディング、構造安定性、もしくは結合部位を形成するアミノ酸は、タンパク質の機能に変化をもたらし得るため、より高度に保存される。