深海魚
このタイプの発光を行うのは比較的少数の深海生物であり、遊泳性の深海魚ではチョウチンアンコウとニギス目の一部、底生性魚類ではソコダラ科・チゴダラ科の仲間が代表的である。このうちチョウチンアンコウ類を除く3グループの発光器は消化管から連続して発達しており、腸内細菌叢で維持された発光バクテリア（主に "Photobacterium phosphoreum"）が持続的に補給されていると見られる。発光器の数は少なく、通常1-2個である。
チョウチンアンコウ
上記の鎌倉産の個体の死後、その主発光器内部から得た組織を分離源として行われた培養試験において、発光バクテリアが分離・培養されていないところから、本種の発光は、自身で生産した発光物質によるものであり、発光バクテリアの共生によるものではないとみられていた。しかし、後に本種の発光は難培養性の共生ビブリオ属細菌によるものであることが明らかにされている（深海魚#共生発光を参照）。