伊四百型潜水艦
3機の特殊攻撃機『晴嵐』が搭載可能であり、潜水空母（せんすいくうぼ）とも俗称される。第二次世界大戦中に就航した潜水艦の中で最大であり、通常動力型潜水艦としては、2012年に竣工した中国海軍の（水上排水量3,797t、水中排水量6,628t）に抜かれるまでは世界最大であった。全長はアメリカ海軍のガトー級を27メートル上回る。理論的には、地球を1周半航行可能という長大な航続距離を誇り、日本の内地から地球上のどこへでも任意に攻撃を行い、そのまま日本へ帰投可能であった。大柄な船体（排水量3,350tは軽巡洋艦夕張と比較してなお大きい）を持つが水中性能は良好であった。急速潜航に要する時間は1分である。
わだつみ
外見のモデルは、当時日本で最新鋭の有人潜水艇だった海上保安庁の潜水艇「しんかい」と大阪万博で三菱重工業がデザインを発表した「しんかい2000」だが、実際の限界潜水深度が600mであるしんかいとは異なり、原作と同じく最大潜水深度1万mである。2006年公開の映画『日本沈没』では、設定を大幅に改編した「わだつみ2000」と「わだつみ6500」が登場する。これは、原作・映画第1作等の後にしんかいの後継として新造された、海洋研究開発機構 (JAMSTEC) 所属の有人潜水調査艇「しんかい2000」とその後継「しんかい6500」をモデルにしており、作中でも実際の2隻の表記を変更した状態で撮影に用いられた。