古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
海賊船ナプナコリ号の冒険
次回作に対する目処が立たず、スランプに悩む小説家・涼元悠一。彼はある日、空を飛ぶ帆船が静岡市内を帆走する夢を見る。
そのイメージを元に次回作に着想しようとする涼元だったが、帆船の夢は日に日に鮮明になっていき、やがて彼は船から下りてきた少女・琴に誘われ、海賊船ナプナコリ号に乗り込むことになる。
船上で乗組員たちに、自分は元々この船に乗っていたのだとまったく身に覚えがないことを教えられた涼元は、海賊たちと不思議な空の航海に乗り出すことになる。