隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
中浦ジュリアン
司祭叙階後は博多で活動していたが、1613年（慶長18年）に領主黒田長政がキリシタン弾圧に乗り出したため、そこを追われ長崎に移った。翌1614年（慶長19年）の江戸幕府によるキリシタン追放令の発布時は、殉教覚悟で地下に潜伏することを選んだ。ジュリアンは九州を回りながら、迫害に苦しむキリシタンたちを慰めていた。