防護巡洋艦
日本海軍は清との関係が緊張するに伴い、清国海軍の巨艦「鎮遠」と「定遠」に対抗するため戦艦「富士」その他の主力艦の装備を急いだが、予算成立の遅れ等により日清戦争に間に合わなかった。当時の日本艦隊の主力は巨砲を備えた三景艦、すなわち「松島」、「厳島」、「橋立」や最新型の「吉野」も含めてすべて防護巡洋艦であったが、海軍はアームストロング式の速射砲を多数配備し、結果として黄海海戦などでは優速な艦隊運動と速射砲の威力で勝利を収めることができた。ただし清国艦の巨砲が命中した場合の被害は甚大であり、日本海軍は戦後、日露戦争に向けて戦艦と装甲巡洋艦の装備を進めることになる。
日本の防護巡洋艦は明治16年（1883年）度計画の「浪速」型から明治40年（1907年）度計画の「筑摩」型まで 22 隻に及ぶ（他に清国からの戦利艦 2 隻）。その後しばらく巡洋艦の建造は途絶え、大正4年（1915年）度計画の「天龍」型からは舷側装甲を重視した軽巡洋艦に移行した。
第二水雷戦隊
とはいうものの、巡洋艦には最前線の洋上単独偵察という本来の任務があるため、最新鋭の巡洋艦を水雷戦隊旗艦の任務に充てるわけにはいかなかった。第一次世界大戦中は、最新鋭の筑摩型を充てることができず、旧式で機動性に劣る装甲巡洋艦の出雲や吾妻で乗り切っている。しかし、日本海軍は大正期以降は巡洋艦の水雷戦隊旗艦としての用途を重視し、英海軍のスカウト（偵察艦）の流れをくむ一連の高速軽巡洋艦が開発された。3500t型と呼ばれる天龍型とその拡大型である5500t型、球磨型・長良型・川内型である。だが、就役当時は列強の羨望の的であった5500t型も日本の国力では後継艦の建造が思うに任せず、太平洋戦争時にはすでに旧式化していたが、阿賀野型の就役までは第一線に立たざるを得なかった。また、本来の旗艦が損傷や修理で二水戦本隊と別行動になった場合、重巡洋艦衣笠（第二次ソロモン海戦で神通損傷時）、重巡洋艦高雄（二水戦司令部の横須賀～パラオ回航時）と鳥海（能代横須賀修理時、2月中旬～4月上旬）が二水戦旗艦となった。