幹細胞治療
30年以上にわたり、骨髄移植は、白血病やリンパ腫を治療するために使用されてきた。 これは、唯一、広く行われている幹細胞治療である。化学療法中に、ほとんどの増殖細胞は殺されるが、化学療法は白血病細胞やがん細胞と、骨髄内の造血幹細胞を区別せず殺してしまう。骨髄移植つまり、幹細胞移植がなされるのは造血幹細胞が死滅してしまうという一般的な化学療法の副作用の改善のためである。化学療法で失われた造血幹細胞を置換するために、ドナーの健康な骨髄が移植される。移植された骨髄からできた免疫細胞は、宿主の細胞を殺す免疫応答をおこすが、これはしばしば過剰になり、骨髄移植の最も深刻な副作用である移植片対宿主病を起こす。
幹細胞治療
間葉系幹細胞は、異種幹細胞治療が拒絶されず、自己幹細胞と比較して治癒能力に差異を示さなかった様々な動物の実験を経て、移植片対宿主病および移植片への拒絶反応の有望な治療法として現在臨床試験中である。 これは、再生獣医学において、治療のために、様々な既製の同種幹細胞をつくり出すためにさらに研究されている。 幹細胞の低免疫原性が、アレルギーや自己免疫疾患などの免疫系が過剰に活動する疾患の、治療に役立つ可能性を探る臨床試験が進行中である。