コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
胃腸炎
先進国では"カンピロバクター・ジェジュニ" が細菌性胃腸炎の主な原因となっており、その半数は家禽との接触によるものである。小児では細菌が感染例の15%の原因となっており、最もよくみられるものに"大腸菌"、"サルモネラ菌"、"赤痢菌"、"カンピロバクター"属などがある。細菌に汚染された食品を常温で数時間放置すると細菌が増殖し、その食品を食べた場合の感染リスクが上昇する。なかでも食中毒の原因としてよくみられるものに、生肉や過熱が不十分な食肉、家禽、海鮮類、卵、生のスプラウト、低温殺菌されていない牛乳、ソフトチーズ、果物や野菜のジュースなどがある。発展途上国（特にサハラ以南アフリカやアジア）では、コレラが胃腸炎の原因としてよくみられ、多くは汚染された水や食品による感染である。