コレラ菌
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌には"Vibrio comma"という学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられた"V. cholerae"が優先され、正式な学名になった。
避病院
1876年、アモイから寄港したアメリカ海軍の船内からコレラが広まり、国内で爆発的な流行となった。日本では、既に江戸時代末期より、幾度と無く多数の死者を出す流行が見られており、早期対策の重要性を認識していた明治政府は、虎列刺病（コレラ）予防心得（内務省）とともに避病院仮規則（警視庁）を整えた。実際には、1878年頃から日本各地で避病院の設置が進められ、患者の収容・隔離体制が整えられた。