古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
海賊王子
カリブ海の島に住む少年キッド。ある日キッドは、育ての親が死んだ時、自分はかつて7つの海を制覇した海賊王モーガンの息子であった事を知る。そして少女パール・長老クラップ達と共に、愛船ハリケーン号で世界の海へと出発した。だが行く手には、貪欲者の海賊・虎フグがあの手この手で邪魔をする。キッド達は虎フグと戦いながら、世界の海を旅していくのであった。
アニメの放送に合わせ、同名の漫画作品が『週刊少年キング』（少年画報社）に1966年10号から同年22号まで「企画 - 東映動画 / 原作 - 石森章太郎 / まんが - いずみあすか」名義で連載されていた。いずみあすかは赤塚不二夫と石森の共同ペンネームである。設定は基本的にアニメと変わらないが、虎フグの愛船「バラクーダ号」が帆船ではなく潜水艦になっている。