コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
大悪臭
ヴィクトリア朝に伝染病の伝染に関して支配的な考えは瘴気説であったし、これは伝染性の最も高い病気は汚染された空気を吸入することによって引き起こされるという考えであった。この汚染は、腐りつつある死体あるいは下水の臭いという形をとることがあったが、しかし枯れつつある植物、あるいはすでに病気にかかったひとの呼気という形もまたあった。瘴気はコレラの伝染の媒介物であると大部分のひとが信じたし、コレラは19世紀のヨーロッパで増加中であった。この病気は、その広がる速さと、その高い死亡率のために、あらゆる人に強く恐れられた。