防護巡洋艦
日本海軍は清との関係が緊張するに伴い、清国海軍の巨艦「鎮遠」と「定遠」に対抗するため戦艦「富士」その他の主力艦の装備を急いだが、予算成立の遅れ等により日清戦争に間に合わなかった。当時の日本艦隊の主力は巨砲を備えた三景艦、すなわち「松島」、「厳島」、「橋立」や最新型の「吉野」も含めてすべて防護巡洋艦であったが、海軍はアームストロング式の速射砲を多数配備し、結果として黄海海戦などでは優速な艦隊運動と速射砲の威力で勝利を収めることができた。ただし清国艦の巨砲が命中した場合の被害は甚大であり、日本海軍は戦後、日露戦争に向けて戦艦と装甲巡洋艦の装備を進めることになる。
日本の防護巡洋艦は明治16年（1883年）度計画の「浪速」型から明治40年（1907年）度計画の「筑摩」型まで 22 隻に及ぶ（他に清国からの戦利艦 2 隻）。その後しばらく巡洋艦の建造は途絶え、大正4年（1915年）度計画の「天龍」型からは舷側装甲を重視した軽巡洋艦に移行した。
無制限潜水艦作戦
日本海軍は主力艦以外で敵戦艦を減らし艦隊決戦で主力艦の数的優位に立つ漸減作戦の思想から、アメリカ西海岸まで進出してアメリカ海軍の軍艦を叩く巡潜型と呼ばれる潜水艦を建造していた。第二次世界大戦が始まると、巡潜乙型潜水艦9隻がアメリカ西海岸において通商破壊作戦を実施した。真珠湾攻撃直後の12月20日ごろから翌年上旬までの間に、タンカーや貨物船を5隻撃沈さらに5隻大破させ、その総トン数は6万4669トンに上った（アメリカ本土攻撃）。さらにこれらの潜水艦に搭載されていた水上機によるアメリカ本土空襲や、アメリカ海軍基地やカナダ軍施設に対する砲撃も行った。その後は1943年後半まで南太平洋やインド洋でアメリカや英連邦の船舶に対する通商破壊戦が行われ、大戦末期には複数の航空機を搭載できる大型潜水艦「伊四百型潜水艦」によってパナマ運河を爆撃する作戦が計画された。