みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンセンター
ポケモンストアは、株式会社ポケモンがポケモン店舗運営事業の新業態として出店している小型店舗。2013年12月以降、全国の主要ターミナルや政令指定都市を中心に出店するとしている。「ポケモンカジュアルショップ」のコンセプトを元に、ポケモンセンターの商品の中から品揃えを再編集するとともに、ポケモンストア各店限定となる商品の販売も行われている。また、誕生日サービスやポケモンの配信など、他のポケモンセンターで受けられるサービスの一部を当初は実施していなかったが、前者については利用者の要望が多く、2015年10月からはポケモンストアでも行なうようになった。