古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
ハーロック
アルカディア号の艦長室で、ミーメのハープを聞きながらワインを飲んでいることが多い。アニメではミーメの演奏に合わせて手製のオカリナを吹く姿も見られた。超一流の海賊として名を馳せる一方、同じ信念を持つ同志に対しては義を貫く男の中の男であり、『999』劇場版ではエメラルダスと共に若者達の憧れの存在であることがメーテルの弁で語られている。銃や重力サーベル、戦闘機の操縦などあらゆる戦闘術に長けており、艦長としても一流で仲間達の信頼も厚い。寡黙で禁欲主義な一方で、宇宙のあらゆる酒を水の如く呑み干す酒豪であるなど豪放な一面もあり、「広大な宇宙を渡り歩くのに必要なこと」として、搭乗員にも平時には怠惰な生活やバカ騒ぎを許す寛容さも持ち合わせている。これは「やるべき時にやるべきことをやればよい」、「アルカディア号は戦艦だが同時に乗組員の家でもある。家の中でまで畏まっている必要はない」という、ハーロックの考えに基づくものである。