幹細胞治療
Prochymalと呼ばれるもう1つの幹細胞治療は、ステロイドが効果がない小児における急性の移植片対宿主病のため、2012年にカナダで条件付きで承認された。これは、成人ドナーの骨髄に由来する間葉系幹細胞（MSC）を使った、同種間の幹細胞治療である。MSCは骨髄から精製され、培養され、パッケージングされ、単一のドナー由来で、最大10,000回の用量が得られる。投与されるまで凍結保存される。
造血幹細胞移植
移植の直前に行われる化学療法または放射線療法は「前処置レジメン」と呼ばれる。その目的は造血幹細胞の輸注前に患者の病気を根絶すること、免疫反応を抑制することにある。骨髄はその他の組織に微小な損傷を与える用量で「除去」（破壊）することができる。同種移植では、シクロホスファミド（CY）と（TBI）の組合せが通常用いられる。この処置はレシピエント（受容者）の免疫系によって造血幹細胞が拒絶されることを防ぐ免疫抑制効果も有する。