暗黒物質
暗黒物質（あんこくぶっしつ、 ダークマター）とは、天文学的現象を説明するために考えだされた「質量は持つが、光学的に直接観測できない」とされる、仮説上の物質である。"銀河系内に遍く存在する"、"物質とはほとんど相互作用しない"などといった想定がされており、間接的にその存在を示唆する観測事実は増えているものの、その正体は未だ不明である。
黒の組織
組織の真の目的については明らかにはなっていないが、半世紀前から「極秘プロジェクト」を進めている。また、これまでのストーリー中で、このプロジェクトの推進が組織の真の目的である可能性が浮かび上がっている。テレビアニメ版では当初、放送開始直後ということやまだ黒の組織を登場させられないと判断されたことと、途中で打ち切りになったとしても収拾が付けられるように、組織が絡む第5話「新幹線大爆破事件」と第13話「奇妙な人捜し殺人事件」では組織を登場させず、別の犯人に置き換えてその者が逮捕される内容に変更された。やがてテレビアニメ版が軌道に乗ると、後者の事件は灰原の登場に当たって必要不可欠な重大事件となったため、原作の本筋だけを残して大幅にアレンジした別エピソードの第128話「黒の組織10億円強奪事件」が制作された。しかし、前者の事件での重要点は「ジンとウォッカのコードネームが発覚する」ことのみだったため、代替エピソードが制作されなかった。このためテレビアニメ版では、ジンとウォッカのコードネームは第52話「霧天狗伝説殺人事件」において、これまでのあらすじを振り返る形で初めて紹介され、その流れでコナンがジンとウォッカのコードネームだけは既に突きとめていたように描写設定された。