サービス残業
ほとんどの企業において、三六協定は入社時にすでに会社内で協定されているため、労働者側は（手当の高低を問わず）残業そのものも拒否できない状態におかれ、労働者が残業を拒否した場合には正当に懲戒解雇などの制裁が行われることがある。これは、労働者は会社を選択して入社することができるので、入社する前に会社の三六協定の内容を事前に聞けばよいだけであるからである。
サービス残業を告訴、告発した場合、懲戒解雇などの不当な制裁を行ったり、さらに悪質なケースでは労働者に対する逆恨みで莫大な損害賠償請求を起こす事業主も存在するが、労働者側に具体的なサービス残業の根拠があれば、損害賠償の請求が認められないだけでなく、訴訟費用も会社が負担するよう命ぜられる可能性が高くなる。また、告訴、告発は会社側に刑事的な罰則が適用される可能性もある。サービス残業の具体的な根拠があれば、訴訟費用は請求額で決まってくるので不当な高額を請求しなければ、労働者（および遺族）が訴訟を起こすことは容易である。
サービス残業
労働者は労働基準監督署へ賃金不払いの申告をすることができる。労働基準法的に申告は匿名では受け付られない。ただし、参考情報として受け付けてはいる。労働基準監督署としても企業の実態調査を行う際に、労働者やその家族がサービス残業を過大に申し立てる恐れがあるためにその申し立てに責任を持たせるよう、氏名、連絡先を求めることが原則で、また労働者の家族など本人以外の申告は受け付けていない。
申告を受けた労働基準監督官が監督義務を負うかという問題については、「労働者が労働基準監督官に対して事業場における同法違反の事実を通告するもので、労働基準監督官の使用者に対する監督権発動の一契機をなすものではあっても、監督官に対してこれに対応して調査などの措置をとるべき職務上の作為義務まで負わせるものではない」とする判例がある。申告による処理を行うかどうかは、窓口で対応した担当官の判断となる。多くの場合、申告では窓口に労働基準監督官がおらず、一般職員に門前払いされ、それをクリアした案件があると労働基準監督官は調査を行い、サービス残業が認められた場合には使用者に賃金支払いを勧告する。しかし、遡及して支払いを行わせる権限は認められていない。ただ、賃金不払いが悪質で使用者の故意が認められる場合、労働基準監督署は労働基準法違反の疑いで検察庁へ送付することがあるだけである。賃金不払い残業は犯罪であり刑事罰が科せられる行為であるが、労働基準法違反は故意犯である。
このため、必ずしも労働基準監督署が対処するとは限らないので注意が必要である。弁護士、司法書士、NHKや民放キー局のディレクター・プロデューサーなどを同席させても門前払いするケースが存在するように、申告は、法律上、労働基準監督署に対応を義務付けるものではなく、あくまで、法令上は労働基準監督署長の裁量により行われるものである。