日本の言語
北海道を中心にアイヌの間で話されてきたアイヌ語は、系統不明の言語であり、日本語とは異なる言語である。しかし明治以降、アイヌの間でも日本語の使用が広まり、アイヌ語はユネスコから危機に瀕する言語として最高ランクの「極めて深刻」の区分に分類されている。
アイヌ
アイヌ人の父系系譜を示すY染色体ハプログループの構成比については、日本列島固有のハプログループD1bが87.5%（うちD1b*が13/16=81.25%、D1b1aが1/6=6.25%）と大半を占める。ハプログループD1bは日本列島以外ではほぼ確認されず、縄文人特有の系統であったと考えられている。これは琉球人で50%弱、本土日本人で30%ほどであるため、アイヌ人は現代日本人の中では縄文人の遺伝子を最も色濃く引き継いでいると言える。
他に北方シベリアから樺太を経て南下してきたと考えられるC2が2/16=12.5%と報告されている。