コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
サイトエラ属
さらに分子的な研究が積み重ねられ、最終的にはrDNAのデータから、この菌が子嚢菌の系統樹のごく基部から分岐したものであることが明らかになった。これらの研究は主に杉山の指導で行われた。彼は同時に他の菌類の系統についても見直しを加え、その結果タフリナや分裂酵母がこの酵母と共に子嚢菌の進化のごく初期に分枝した群であることを発見し、これを古生子嚢菌と名付けた。彼は子嚢菌類の大きな群とされていた半子嚢菌と通常の子嚢菌に対してこの群が姉妹群となること、この群が残りの子嚢菌の進化、そしておそらく担子菌の進化の鍵となる位置にあると考えた。