署名
署名と捺印の両方が必要とされる場合には、署名を記名押印で代えることができない。そのような例はごく少数であるが、たとえば遺言の作成に当たっては、自筆証書遺言の場合は遺言者の、秘密証書遺言と公正証書遺言の場合は遺言者、証人と公証人の、それぞれ署名と捺印が必要である（、、）。また、戸籍に関する届出も届出人や証人の署名と押印が必要とされる（戸籍法第29条）が、署名できないときには氏名を代書させ押印（または拇印）することで足りる（戸籍法施行規則第62条。印を持っていないときには署名だけで足りる）。そのほか、区分建物の管理組合における集会の議事録については、議長および集会に出席した区分所有者の2人が署名押印しなければならない（）。
朱印
律令制公文書及び公式様文書において用いられた印は朱印のみであり、黒印は私的な蔵書印などに用いられたのみであった。そのため、正式な書類に押す印は朱印であると考えられ、戦国時代に印判状が登場したときも当初は黒印状が先に出されていたが、後に朱印状が登場するようになると、公式かつ重要な文書は朱印を押した朱印状で発給される例が多くなる。これは織田信長・徳川家康が重要な文書は朱印状、私信や雑務的な文書には黒印状を用いて分け、更に彼らの家臣達が遠慮してもっぱら黒印状を用いたことが大きい。