脳
脳は、髄膜と呼ばれる3層の膜、すなわち軟膜・クモ膜・硬膜に覆われている。軟膜は脳の実質に密着しているがクモ膜は少し離れており、軟膜との間にクモ膜下腔という空間を残している。クモ膜下腔は脳脊髄液で満たされている。硬膜は大脳鎌・小脳テントなどの突出と、硬膜静脈洞を作る部分のほかは頭蓋の内面に密着して内張りとなっている。硬膜とクモ膜はほぼ密着している。
ミトコンドリア膜間腔
ミトコンドリアの内膜は、一般的にマトリックス側に大きく突出したクリステという構造を取っている。そのため膜間腔も、外膜と内膜に挟まれた周縁部と内膜のみに挟まれたクリステ内腔とに分けられ、両者の内容物には差がある。構造上も、周縁部の厚みが内膜や外膜を構成する脂質二重層と同程度（およそ6nm）であるのに対し、クリステ内腔はおよそ2倍の厚さがある。