日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
共通語
戦前に日本政府が実質的に統治していた地域内で使われていた言語には、日本語、アイヌ語、中国語、モンゴル語、朝鮮語、ロシア語など多数が存在した。戦後になると日本は多くの地域を喪失したため、基本的には日本語とアイヌ語だけとなった。しかし2018年現在はグローバル化により日本で暮らす外国人が年々増加傾向にあり、言語の使用も様々なケースが見られるようになった。ただし共通語は戦前から一貫して日本語である。