雇用保険
以下のすべての要件を満たす事業は、「暫定任意適用事業」となり、雇用保険に加入するかどうかは任意となる。その事業に使用される労働者の2分の1以上の希望があった場合は事業主は雇用保険に加入しなければならず、また事業主が加入しようとする場合にはその事業に使用される労働者の2分の1以上の同意を取り付ける必要がある（徴収法附則第2条2項、3項）。事業主が加入義務違反や、加入希望者に対する不利益取り扱いがあったときは罰則がある。任意加入に当たっては加入申請書を所轄公共職業安定所長を経由して都道府県労働局長に提出し、事業主に法令上の業務の履行が期待できるかについて所轄公共職業安定所長による十分な審査が行われる。
船員保険
船舶所有者や被保険者資格（疾病任意継続被保険者を除く）に関する届出については、基本的に厚生年金とセットになっているため、日本年金機構（実際は各船舶所有者の所在地を管轄する年金事務所）に行わなければならない。一方、被保険者証再発行、船員保険の給付関係及び疾病任意継続被保険者に関する届出については、船舶所有者の所在地や疾病任意継続被保険者の住所地がどこであったとしても、東京にある協会の船員保険部に行わなければならない（原則郵送申請。協会の各都道府県支部では船員保険事務を取り扱っていない）。保険料は被保険者の標準報酬月額及び標準賞与額に保険料率を乗ずることにより計算される。強制被保険者の保険料は労使折半で負担（災害保険福祉保険料は全額事業主負担）するのが原則である（第125条1項）。ただし疾病保険料については当分の間協会が定める率を控除するとされていて、実際には事業主負担のほうが重くなっている。いっぽう、疾病任意継続被保険者は保険料の全額を負担しなければならない（第126条）。