みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケットモンスター 赤・緑
基本的に本作には続編である『金・銀』以降の作品と異なり、ゲーム内で入手したアイテムを他のカートリッジと直接やり取りする手段は一切存在しない。そのため、所持数の表示はされるにもかかわらず「マスターボール」や特定の「わざマシン」のように1つのセーブデータで1つしか手に入らないアイテムは、使ってしまえばそのセーブデータでプレイしている限りは二度と使うことはできなかった。しかし、『ポケモンスタジアム金銀』の発売以降は同作のアイテム整理機能「カラーケース」（『赤・緑・青・ピカチュウ』用の機能）を使うことで、間接的に他のカートリッジとの消費アイテムの移動が可能になった。『ポケモンスタジアム』と『ポケモンスタジアム2』でもアイテム自体は預けられたものの、IDNo.が異なるセーブデータでは預けたアイテムを引き出せず、他のセーブデータとのやり取りには使えなかった。