古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
ハーロック
背は高く、ハンサム系の容姿で描かれているが隻眼で黒い眼帯をしており、頬には縫い痕も露わな古い傷痕（「銀河鉄道大時刻表」収録の手配書では“サンマ傷”と表現）がある。アニメ映画『わが青春のアルカディア』および続編のテレビシリーズ『無限軌道SSX』では、キャラクターデザインを担当した小松原一男により口1つ分だけ口の位置が上になり、顎も太めに描かれたことで『宇宙海賊-』や『999』劇場版よりも男らしさを強調した容姿となっている。