コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
ラ・シャペル＝デ＝マレ
町は、生活環境、衛生、医療の進歩を見る前に、幾度かの死に瀕する疫病流行にあった。1828年にはコレラが流行し、1870年の天然痘流行で69人が死に、1871年には65人が死んだ。1871年7月2日、コミューン議会は、罹患者の出た家屋を宗教活動家の責任で消毒することについて、多数決で是非を決めなければならなかった。