みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
乱戦!ポケモンスクランブル
まずはここで仲間やPを集めることとなる。わらわらと出現するポケモンを次々になぎ倒していき、最後に登場する通常より巨大化した「ボスポケモン」を倒せばステージクリア。
敵ポケモンは倒すとPに変化するが、たまにPに変化せず動きを停止するだけのポケモンがいる。このポケモンは仲間にすることができ、直後から自分で使用することができる。ボスポケモンも同様に通常サイズで仲間になることがある。
グレードが上がることでステージの長さ、ポケモンの強さ、Pの獲得量が変わる。ある一定以上の強さを持つポケモンを仲間にすると入場可能になるバトルモード。制限時間内に自分を除く全てのポケモンを戦闘不能にすると勝利。
このモードに登場するポケモンはステージに登場するものより強めに設定されており、敵同士でもかまわず戦い続ける。
自分で敵を倒すと制限時間延長のアイテムを落とす。
バトルの節目にはボスポケモンが複数登場する。このボスポケモンは通常の大きさで普通の技を使うが、ほかの参加者とは比べ物にならない実力を誇り、次々と敵を蹴散らしていく。また、ボスポケモン同士で戦闘に入ることも多い。
このボスポケモンは「本編で最初に博士からもらえるポケモン」、「イーブイが進化した姿」、「通信交換で進化する」等ある程度の共通性がある。
全ての敵を倒すとステージクリアとなり、次のグレードへの道が開かれる。