シャドウ・ザ・ヘッジホッグ (キャラクター)
プロフェッサージェラルドによって生み出された究極生命体で、ハリネズミを擬人化したような容姿をしている。宇宙をさまよう戦闘民族『ブラックアームズ』の統率者であるブラックドゥームの血をひいており、彼と同じく永遠の生命力を持つ。ソニックと姿や特徴がとても似ていた為、ソニックが犯人だと誤解され、当初はソニックからは偽者と呼ばれていたがシャドウ本人はソニックのほうが自分の偽物(フェイク)だと言い返したことがある。ソニックと似ている理由は不明。
シャドウ・ザ・ヘッジホッグ
銃やバズーカ砲を装備できる凡人型メカ。
エッグマンのテーマパーク守護警備のピエロ型ロボ。玉乗りしながら、爆弾を投げてくる。
エッグマンの基地の守護警備の鉄仮面ロボ。
エッグマンの城の守護警備のハロウィン型ロボ。
シャドウをモデルに作られたアンドロイドで、追尾ミサイルやホーミングアタックで攻撃してくる。ストーリールートによっては、このアンドロイドの存在によってシャドウが自分自身もアンドロイドの一体と思い込む。
登場するステージと各ステージのミッション内容を記述する。（）内はそのミッションをサポートするミッションキャラクター。