コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
コレラ
コレラ（Cholera、虎列剌）は、コレラ菌（"Vibrio cholerae"）を病原体とする経口感染症の一つ。日本では「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律」における三類感染症である（2006年（平成18年）12月8日公布の「感染症の予防及び感染症の患者に対する医療に関する法律等の一部を改正する法律」により二類感染症から三類感染症に変更）。日本ではコレラ菌のうちO1、O139血清型を原因とするものを行政的にコレラとして扱う。治療しなければ患者は数時間のうちに死亡する場合もある。
予防には、衛生改善と清潔な水へのアクセスが必要である。 経口コレラワクチンは、投与するとおよそ6か月効果が続き、またその他一部の大腸菌による下痢も予防できる。主な治療法は経口水分補給であり、加糖加塩の液体により電解質を補充する。補充には米食ベースの選択が好まれる。児童には亜鉛サプリメントも推奨される。重症例では静脈輸液（乳酸リンゲル液など）が求められ、また抗生物質も効果がありうる。抗生物質の感受性試験は、治療選択の支援となりえる。
全世界の患者数は毎年3-5百万人であり、年間28,800–130,000人の死者を出している。パンデミックには分類されておらず、先進国ではまれな病気である。最も影響を受けるのは児童である。コレラはアウトブレイクを起こす病気でもあるが、特定の地域では一般的な病気であり、現在もリスクがある地域は、アフリカ、東南アジアである。 死亡リスクはたいてい5%以下であるが、医療アクセスに乏しい地域では50%ほどに高まる。歴史的な記録は、紀元前5世紀のサンスクリットにまで確認される。