古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
銀河鉄道999
2012年、2013年に和智正喜の執筆によりGALAXY EXPRESS 999 ULTIMATE JOURNEY なる小説が上下巻で発表された。これはエターナル編の続きの体を成しながらも、宇宙戦艦ヤマトおよびアニメ企画「新宇宙戦艦ヤマト」→「グレートヤマト」、さらにはアニメ企画「Cosmo Super Dreadnought まほろば -超時空戦艦-」の設定を巻き込んで再構築されており、公認ではあるが正式な続編としてはファンの間でも賛否が分かれている。なお、この小説の設定が「宇宙海賊キャプテン・ハーロック～次元航海～」にも反映されている。