みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンスタジアムシリーズ
なお、『スタジアム』発売以前に行われていた『64マリオスタジアム』のポケモン対戦において「だいばくはつ」による引き分けが発生した際、解説を務めていたトランセル種市は自爆技は残りポケモンがいる状態で使うべきで、これを使って引き分けになるのは作戦負けという旨の発言を行っており、それを受けた設定とも考えられる。GB版では通信中でも各プレイヤーが本体を持っているので、プレイヤーごとに画面が存在していたが、本シリーズでは1つのテレビ画面を全プレイヤーで共有する。そのため、コマンド入力時に自分の「手の内」を隠すために独特な手法が採られている。