蘇我入鹿
これらの政策により、入鹿は実質最高権力者としての地位を固め、その治世には人々は大いに畏敬し、道に落ちているものも拾わなくなったと言われた。しかし、そのような入鹿の天下は長くは続かなかった。古人大兄皇子の異母弟で、皇位継承のライバルだった中大兄皇子（後の天智天皇）・中臣鎌足らのいわゆる乙巳の変によって、飛鳥板蓋宮の大極殿において皇極天皇の御前で殺害された。享年は一説に35とも。従兄弟に当たる蘇我倉山田石川麻呂が上表文を読み上げていた際、肩を震わせていた事に不審がっていた所を中大兄皇子と佐伯子麻呂に斬り付けられ、天皇に無罪を訴えるも、あえなく止めを刺され、雨が降る外に遺体を打ち捨てられたという。
阿倍内麻呂
皇極天皇4年/大化元年（645年）中大兄皇子と中臣鎌子により蘇我入鹿が暗殺され、その父・蝦夷は自殺して蘇我本宗家は滅亡した（乙巳の変）。皇極天皇は譲位し、孝徳天皇が即位して新政権が発足する。左大臣には内麻呂が、右大臣には蘇我倉山田石川麻呂が任じられ、各々金策（金泥で書いた冊書）を賜与されている。内麻呂は豪族を代表する重鎮として、また娘の小足媛を孝徳天皇の妃とし、有間皇子を儲けていることから新政権の中枢に加えられたと考えられる。大化4年（648年）内麻呂は四天王寺に四衆（比丘・比丘尼・優婆塞・優婆夷）を招いて、仏像4体を迎えて塔内に安置するなど、法要を執り行った。