コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
ジョン・カッティング・ベリー
1877年（明治10年）に神戸の監獄でコレラが大流行した際には兵庫県の要請を受けて監獄内に立ち入り、監獄内の不衛生な環境や囚人に対する非人道的な扱いを目にした。ベリーは兵庫県知事に監獄制度の改善を訴え、ベリーに複数の宣教師が続いて監獄を視察し、制度改善案を日本政府に提出した。こうした動きは日本における監獄改良運動の端緒となったと評価されている。ベリーはさらに内務大臣大久保利通の理解を得て大阪、京都、兵庫、播磨の監獄を視察し、報告書を作成した。この報告書はその後の行刑のあり方に影響を与えたとされる。