日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
ノストラティック大語族
だが、この語族の妥当性はほとんどの言語学者に認められていない。1994年ボムハード(A. R. Bomfard)とカーンズ(J. C. Kerns)は比較言語学研究の著書「ノストラス起語族 - 距離の遠い言語関係についての研究」の中でノストラース語族を「ノストラース起語族」(Nostratic Macrofamily)と再定義したが、この研究は、2006年に日本語とアイヌ語が共通の祖語を持つことを研究した鳴海日出志による「日本語とアイヌ語の起源」によって、和語とアイヌ語がユーラシア大陸及び北アフリカにかつてあったと考えられる祖語との関連性が考えられるとする研究成果につながった。