日本
日本語以外には、アイヌが用いるアイヌ語や、樺太から移住した少数住民が用いたニヴフ語・ウィルタ語がある。現在ではニヴフ語・ウィルタ語の母語話者によるコミュニティは消滅し、アイヌ語も母語話者が10人以下に限られる危機に瀕する言語であるが、アイヌ語再興の取り組みも活発である。琉球列島の伝統的な言葉は本土方言と違いが大きく、本土方言とともに日本語の二大方言の一つである琉球方言か、日本語とは系統の同じ姉妹語（「琉球語」）か、その位置づけには議論がある。琉球方言（「琉球語」）内部でも地域差が大きく、複数の言語の集合として「琉球語派」や「琉球諸語」と位置づける場合がある。
外国語の日本語表記
日本語に慣れ親しんだ外国語使用者によって、外国語が日本語で表記される場合もある。例えば、在日韓国・朝鮮人の朝鮮語（在日朝鮮語）は、音韻や文法に日本語の影響を強く受けるとともに、日本語からの借用語彙も多く、カタカナを用いて表記される場合もある（詳細は、在日朝鮮語参照）。アイヌ語は、独自の表記体系を有さないためカナ表記が試みられており、日本語にない閉音節等の発音を表記するための拡張カタカナも考案されて、JIS X 0213で規格化されている（詳細は、アイヌ語#アイヌ語の文章参照）。