特別支援学校
一方、養護学校の義務教育化により重度・重複障害者の在籍比率が増加。軽度障害の在学生に教育が充分に行えない状況も生じた。このため一部の都道府県では、軽度障害者の生徒に対する職業教育・専門教育の場と位置付けた高等養護学校（高等部のみの養護学校）を、既存の養護学校高等部から新たに設立した。その際、障害者以外は高等養護学校への入学、編・転入学できない事を原則とした。この学校においては自ら通学できる生徒を入学の条件としている都道府県がほとんどである。
不登校
支援教育を行う普通学校は、主に不登校の児童を対象とした高等学校のことである。東京都立のチャレンジスクールやエンカレッジスクール、トライネットスクールなどがあり、このうちチャレンジスクールは昼夜間定時制、エンカレッジスクールは全日制、トライネットスクールは通信制である。また、発達障害など各種の障害を持つ不登校の児童を受け入れている私立の高校がある(「支援教育を行う普通学校」の項目を参照のこと)。