コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
大悪臭
ロンドンの最初の主なコレラの流行は1831年に発生し、そのときこの病気は6536人の人命を奪った。1848年-1849年に、14137人のロンドン住民が死亡し、そしてつづいて2回目の発生があったし、これに続いて1853年-1854年に発生し、このために10738人が死亡した。第2の発生の間、ロンドンを本拠とする内科医　ジョン・スノー(John Snow)は、死亡率がランベス(Lambeth)の、そしてサウスウォークとヴォクスホール(Southwark and Vauxhall)の水の複数の会社によって供給される地域で高いことに気がついた。1849年に彼は論文『"On the Mode of Communication of Cholera"』を公表したが、これは瘴気説をではなくて病気の、水から生まれ、伝染する説を仮定した。その論文にはほとんど注意がはらわれなかった。1854年の3回目のコレラの発生につづいて、スノーは、ソーホーのブロード・ストリート(Broad Street)における効果に焦点を合わせたのちに、自分の論文の更新を公表した。スノーは、地元の水ポンプからハンドルを取り去り、こうして汚染された水に接することを妨げてその結果、死亡数は減少した。水が引かれる元の井戸には水漏れしている下水道があるということがのちに立証された。