みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
デジモンワールド2
デジタル世界だが、エスティーナ曰く「進化を研究するためのサイバースペース」。各デジモンの詳細はデジモン一覧を参照。GAIAが作り出した環境で生まれ進化したデジモン達。ファイル島最強のデジモンカオスロードを頂点としその下にカオス3将軍がいる。クリムゾンにデジタルDNAを提供。3将軍はクリムゾンの事を信用していない。
PocketStationで遊べるポケットデジモンワールドシリーズとの連動が本作の一つの目玉であった。PlayStationのメモリーカードスロットにポケットデジモンワールドシリーズのデータが入ったPocketStationを差し込めば、PocketStationで育てたデジモンを『デジモンワールド2』に移せるというものである。しかし、デジモンの世代とレベルが合わない（ホエーモン、キメラモン）、ステータスが低いなど、やや変わったことになる（不良ではない）。