みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
みんなのポケモン牧場
それまでのボックス機能に新たに本ゲームで加わったのが、コミュニケーションゲームとしての機能である。上述のように預けたポケモンやMiiによるふれあいを楽しむことが出来、牧場においてある「おもちゃ」（種類は毎日変化し、設置数は「ぼくじょう レベル」に応じて増える）で遊びや悪戯をしたり、預けたポケモンや時間・設置されたおもちゃの種類に応じて起きるイベントなど見て楽しむことが出来るほか、それを写真撮影して保存（Wii伝言板に貼り付けたり、SDメモリーカードに保存することも可能）することができる。