タンパク質
タンパク質はアミノ酸のポリマーである。その基本的な構造は2つのアミノ酸のカルボキシル基 (−COOH) と別のアミノ酸のアミノ基（−NH）が水分子を1つ放出する脱水縮合（ペプチド結合）を起こして酸アミド結合（−CO−NH−）を形成することでできる鎖状である。また、システイン残基がしばしばジスルフィド結合（S−S）の架橋構造をつくることもある。このポリマーの末端の結合していない部分は、アミノ基側をN末端、カルボキシル基側をC末端とよぶ。この時、一列のアミノ酸の脇には側鎖が並ぶ事になり、この配列の数や順序を指してタンパク質の一次構造とよぶ。
酸性食品とアルカリ性食品
2002年に世界保健機関(WHO)は、動物性たんぱく質による酸性の負荷は、骨粗鬆症の発症に関してカルシウム摂取量よりも重要な要因ではないか、と報告している。2007年にWHOは、タンパク質中の含硫アミノ酸、メチオニン、システインの酸が骨のカルシウムを流出させるため骨の健康に影響を与えるため、カリウムを含む野菜や果物のアルカリ化の効果が少ないときカルシウムを損失させるため骨密度を低下させると報告した。このような過剰な食事性たんぱく質や塩化物、リンといった食物源による酸性の負荷に偏り、野菜や果物のようなアルカリ性の栄養素が多い食品をバランスよく食べていなければ慢性アシドーシスのリスクが上昇する。酸の影響は尿路結石の形成につながり、酸負荷の低下につながる肉の摂取量の減少は血圧や心血管に関わる死亡リスクを減少させる。