JR九州キハ200系気動車
車体は普通鋼製20m車体で、片側3箇所にステップ付きの両開き扉を設置しており、前面は貫通扉を設けた構造となっている。ブレーキシステムを電気指令式とし、自動空気ブレーキの在来車両との併結は考慮していないため、連結器は電車と同じ密着式のものを採用しているが、非常時に在来車と連結するための中間連結器を装備している。走行用機関は新潟鉄工（現：新潟原動機）またはコマツ（220形200番台）の331kW（450PS）の出力のものを2エンド側に1基装備して連結面側台車の2軸を駆動する。これに伴い排気管を車体外部の連結面に設置して室内スペースを確保しているが、両運転台付きのキハ220形では従来通り室内に排気管を貫通させている。
JR九州キハ200系気動車
登場時はワンマン運転に対応していなかったが、2000年（平成12年）までに全車がワンマン運転対応とされた。その際にレシップ製運賃表示器も設置された。またワンマン化により車外スピーカーを片面2ヵ所の全4ヵ所に設置した。また、2006年末より乗客への視認性を高めるため「優先席」表示がされた白色のシート枕カバーが装着されている。
また、キハ200-14+キハ200-1014はハウステンボス色となっている。2011年8月からは、キハ200-13+キハ200-1013の編成がV・ファーレン長崎のラッピングを纏っていた。他にもNTTや、龍馬伝などのラッピングを施した車両があった。