隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
ホーリネス教会
日本では、1891年にイギリスのバークレー・バックストン、1901年にアメリカのチャールズ・E・カウマン夫妻とアーネスト・A・キルボルンによって伝えられた。バックストンによって日本伝道隊、日本イエス・キリスト教団（いわゆる「日本イエス」）、カウマンと中田重治によって、四重の福音「新生・聖化・神癒・再臨」という明確な信仰の告白を打ち出し、1917年に「東洋宣教会ホーリネス教会」が設立されたが、まもなく「日本ホーリネス教会」と改称、東洋宣教会は、アジア宣教のための別組織として改組された。組織は監督制をとりその権威は大きかった。1933年に再臨の信仰の考え方により中田の「きよめ教会」と車田秋次の「日本聖教会」に分離(ホーリネス分裂事件)したが、1941年6月の教会合同によって「日本基督教団」に「日本聖教会」は第6部、「きよめ教会」は第9部として一時統合された。しかし、「きよめ教会」のなかにはこの教会合同を拒んだ群れもあった。憲兵などの国家権力の監視にも屈せず、キリストのみが神、再臨を強く待望する姿勢が危険思想とみなされ、1942年6月にいわゆるホーリネス弾圧事件が起こり、解散を命じられたり、牧師が投獄されたり、殉教者が出たりした。戦後は、日本基督教団のなかに残った諸教会は「ホーリネスの群」として独自色を示し、直接日本福音同盟に加わらないものの日本国内の代表的な福音主義勢力として知られている。また日本基督教団から分離した群れのうち、日本聖教会の群れは日本ホーリネス教団となり、そのほか基督兄弟団、イムマヌエル綜合伝道団、基督聖協団などの教団が設立された。