内陸県
河川の水系は、河川法によって「一級水系」（原則として国が区間指定して管理）、「二級水系」（原則として都道府県が区間指定して管理）、「単独水系」に区分され、一級水系には一級河川が、二級水系には二級河川が指定公示される。水系が分水界で囲む領域を流域とよぶが、日本で流域が海や内海と接続しない内陸流域は火口湖や堰止湖などのうちの一部に限られる。山梨県内の富士五湖のうち、西湖、本栖湖、精進湖は流出河川がないため、独立した二級水系に指定され山梨県が二級河川として管理している。日本で内陸流域だけで占められる内陸県は存在しない。内陸県を流れる河川はほぼ一級水系に属して県外に流れ、二級水系が県境を跨ぐ例はほとんどない。例外的に二級水系の銚子川水系、日高川水系、日置川水系の一部上流部が奈良県内を流れるが、銚子川は三重県が、日高川・日置川は和歌山県が、それぞれ区間を指定して管理している。
阿賀野川
戦後1947年（昭和22年）に堤防整備などを主体とした「第二次阿賀野川改修工事事業」が施工された。阿賀野川は1964年（昭和39年）の新河川法の施行に伴い一級水系に指定され、建設省北陸地方建設局（現・国土交通省北陸地方整備局）による一貫管理が行われた。阿賀野川は福島県内も流域としているが、河口所在地が新潟県であるため北陸地方建設局が福島県内も管理し、東北地方建設局（現・東北地方整備局）は管理していない。一級水系指定後、阿賀野川の総合的な治水計画の策定が求められ、1966年（昭和41年）「阿賀野川水系工事実施基本計画」が定められた。これが現在まで続く阿賀野川の河川管理の基本方針となるが、この計画の中で阿賀野川の治水安全度を向上させるために、阿賀野川に水系では初めてとなる特定多目的ダムが計画された。