蘇我入鹿
これらの政策により、入鹿は実質最高権力者としての地位を固め、その治世には人々は大いに畏敬し、道に落ちているものも拾わなくなったと言われた。しかし、そのような入鹿の天下は長くは続かなかった。古人大兄皇子の異母弟で、皇位継承のライバルだった中大兄皇子（後の天智天皇）・中臣鎌足らのいわゆる乙巳の変によって、飛鳥板蓋宮の大極殿において皇極天皇の御前で殺害された。享年は一説に35とも。従兄弟に当たる蘇我倉山田石川麻呂が上表文を読み上げていた際、肩を震わせていた事に不審がっていた所を中大兄皇子と佐伯子麻呂に斬り付けられ、天皇に無罪を訴えるも、あえなく止めを刺され、雨が降る外に遺体を打ち捨てられたという。
蘇我馬子
また、専横著しい蘇我氏を排除したとされる大化の改新についても、近年事実関係が異なるのではないかという説が提唱されており、馬子の子と孫である蘇我蝦夷・蘇我入鹿親子は後に実現する律令体制への移行を推し進め、外交面では朝鮮半島への派兵計画に反対していたが、天皇即位を目論んでいた軽皇子は乙巳の変で入鹿を殺害し、蝦夷を自殺に追い込み、直後に孝徳天皇として即位した。その後、百済支援を名目とした朝鮮半島への武力介入を強行したものの白村江の戦いに大敗し、唐、新羅との対立が深まる結果となった（乙巳の変#諸説#反動クーデター説）。その後、天智天皇として即位した中大兄皇子により唐との外交関係の修復や太宰府の強化による国防計画、近江大津宮への遷都が試みられたものの国内の不満は収まらず、その死後に壬申の乱を招く結果となっている。