日本プロサッカーリーグ
2018年シーズン開始時点で、日本国内の38都道府県に本拠地を置く54クラブ（J1：18、J2：22、J3：14）が参入、また、JFLなどのカテゴリーに属するJリーグ百年構想クラブが6クラブ認定されている。リーグ構成については日本サッカーのリーグ構成 (1種)を参照。
日本フットボールリーグ
J3発足前年の2013年に、同年のJFLに参加した18クラブのうち3分の2にあたる12クラブがJリーグ準加盟を申請（=J3参入を希望）したことにより、2014年のJFLへの参加が6クラブとなったことについて、JFLの加藤桂三専務理事は「数年は厳しい運営になると思う」と話している。毎日新聞では2013年7月の記事において以下の意見を示し、JFLの位置づけの検討に熟慮が必要であると指摘している。