署名
署名と捺印の両方が必要とされる場合には、署名を記名押印で代えることができない。そのような例はごく少数であるが、たとえば遺言の作成に当たっては、自筆証書遺言の場合は遺言者の、秘密証書遺言と公正証書遺言の場合は遺言者、証人と公証人の、それぞれ署名と捺印が必要である（、、）。また、戸籍に関する届出も届出人や証人の署名と押印が必要とされる（戸籍法第29条）が、署名できないときには氏名を代書させ押印（または拇印）することで足りる（戸籍法施行規則第62条。印を持っていないときには署名だけで足りる）。そのほか、区分建物の管理組合における集会の議事録については、議長および集会に出席した区分所有者の2人が署名押印しなければならない（）。
印章
日本において印章が本格的に使われるようになったのは、大化の改新の後、701年の大宝律令の制定とともに官印が導入されてからであると考えられる。当時の日本における印章の用法は、隋・唐における用法が模範となったものの、それ以前の中国での歴史的用法は伝播しなかったため、中国とは趣を異にするものとなった。律令制度下では公文書の一面に公印が押されていたが、次第に簡略化されるようになり、平安時代後期から鎌倉時代にかけては花押（意匠化された署名）に取って代わられた。しかしながら、室町時代になると宋から来た禅宗の僧侶たちを通じ、書画に用いる用途で再び印章を使う習慣が復活することとなり、武家社会へと伝播していく。戦国時代には花押にかかる手間を簡略化するため、大名の間で文書を保証する用途に、略式の署名として印章が使われるようになる（織田信長の「天下布武」の印など）。