古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
井上真樹夫
『宇宙海賊キャプテンハーロック』の主人公・ハーロックを演じるにあたり、原作のファンにとっては固定したハーロックのイメージがあるので、その期待にこたえられるか不安だったという。男の悲哀や強さを様々な場面、台詞で重層的に表現しなくてはならず、声や口調も今までの主人公と違って派手に叫んだりはせず、抑えて演じたとのことである。2回病気で休んだため（代演は徳丸完）に全話出演を果たせなかったことについては、心残りだと語っている。その後の松本零士作品でハーロックが客演する際も井上が担当していたが、2001年頃を境に演じていなかった。その後『アオイホノオ』の劇中アニメで13年ぶりにハーロックを演じた。