ニキータ
ニキータに終身刑が下り、護送されて目が覚めると殺風景なベッドルームに入れられており、ボブという政府の秘密警察官を名乗る男が現れる。彼女はそれまでの自分の記録を消され、別の人間として政府に雇われた暗殺者としてここで訓練を受けて生きるか、それとも死ぬかの選択を迫られる。ニキータは反抗し逃げようとするが叶わず、暗殺者としての訓練を受けることとなる。ニキータは反抗しながらも、めきめきと頭角を現していく。
リトル・ニキータ
実はリチャードとエリザベスは、ソ連から送り込まれたスパイで、指令が下るまでは一般市民として普通の生活をしている、いわゆる“スリーパー”だった。ジェフはパーメンターから両親の秘密と自分の本名が“ニキータ”である事を知り、ショックを受け、両親と国家の間で揺れ動く。