幹細胞治療
Prochymalと呼ばれるもう1つの幹細胞治療は、ステロイドが効果がない小児における急性の移植片対宿主病のため、2012年にカナダで条件付きで承認された。これは、成人ドナーの骨髄に由来する間葉系幹細胞（MSC）を使った、同種間の幹細胞治療である。MSCは骨髄から精製され、培養され、パッケージングされ、単一のドナー由来で、最大10,000回の用量が得られる。投与されるまで凍結保存される。
造血幹細胞移植
2007年現在、特に熱心に行われているのが急性骨髄性白血病、多発性骨髄腫、悪性リンパ腫に対してである。現在は、造血幹細胞のソースを増やし、移植が必要な患者にどれだけ治療を受けさせることができるのかが焦点となっている。近年は、GVL効果をねらったT細胞の分離なども可能となり、患者の病態に合わせて、移植する細胞を決定していくという細胞治療として発展していく可能性がある。