コロボックル説
尚、平成18年の第169回国会で可決された「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議案」は「アイヌの人々を日本列島北部周辺、とりわけ北海道における先住民である」とした決議なのであって、過去日本列島において縄文式土器を使っていた人々の子孫がアイヌ人であるという説を支持する為の決議ではない。
琉球民族
日本政府は琉球民族を「先住民族」とは認定していないが、ユネスコは琉球・沖縄に特有の民族性、歴史、文化、伝統があることを認めている。このため、沖縄県が基地問題等で不利を被っていることが人種差別にあたるのではないか等の問題に関して、国連人種差別撤廃委員会は先住民族としての権利を保護するよう日本政府に勧告を行なっている。