単一民族国家
日本は、大和民族が人口の大多数を占める。「一民族、一国家、一言語の日本」の類の発言は政界や言論界で時折語られる見解である。一方で国民全体からすると少数（北海道に23,000人程度、全人口の0.018%とされる）ではあるが北海道の先住民族であるアイヌが存在する（現在アイヌは北海道だけでなく首都圏などにも多く移住しているが、北海道以外の統計はない）。また、日本政府は別の民族であるとは認めていないが、沖縄を中心に琉球民族が存在するとの見解もあり、国連人種差別撤廃委員会から先住民族としての権利を保護すべきであるとの勧告を受けている。他に、第二次大戦の敗戦により解体される以前の大日本帝国は多民族国家であったので、その名残である在日コリアンや台湾人の特別永住者やその子孫が数十万人存在している。さらに、近年日本に移住してきたニューカマーの外国人も日本国内に相当数居住している。その他、樺太出身のニヴフやウィルタ、小笠原の欧米系島民、ロシア革命の亡命者に由来する白系ロシア人なども存在するが、一般にはほとんど知られていない（日本の民族問題、少数民族等を参照の事）。
朝鮮民族
その他に、少数ながらも朝鮮民族男性はフィン人、リトアニア人、ヤクート人など、極北ユーラシアに多いN-M231（約4%）、台湾の先住民である高砂族やその他の東南アジア島嶼部に多いO1a-M119（約3%）、東アジア広域にわたり低頻度で見つかっているO1b-P31(xM95, M176)（約2%）、アメリカ大陸の先住民やインド、ヨーロッパなどに多いP-M45（約2%）、そして日本人固有のD1b (D-M64.1)系統（日本列島起源、日本では約35%存在）の保持が2%ほどの割合で確認されている。このD1b (D-M64.1) は、中国の正史「三国志」「後漢書」に登場する狗邪韓国や新羅時代に活躍した日本人の一部がそのまま帰化したものとみられる。その他の少数ハプログループについては、東アジア乃至北アジアが起源と考えられており、朝鮮民族以外の民族でも同じ頻度以上で確認されているので、とりわけ朝鮮民族を特徴づけるものと言い難い。