単一民族国家
日本は、大和民族が人口の大多数を占める。「一民族、一国家、一言語の日本」の類の発言は政界や言論界で時折語られる見解である。一方で国民全体からすると少数（北海道に23,000人程度、全人口の0.018%とされる）ではあるが北海道の先住民族であるアイヌが存在する（現在アイヌは北海道だけでなく首都圏などにも多く移住しているが、北海道以外の統計はない）。また、日本政府は別の民族であるとは認めていないが、沖縄を中心に琉球民族が存在するとの見解もあり、国連人種差別撤廃委員会から先住民族としての権利を保護すべきであるとの勧告を受けている。他に、第二次大戦の敗戦により解体される以前の大日本帝国は多民族国家であったので、その名残である在日コリアンや台湾人の特別永住者やその子孫が数十万人存在している。さらに、近年日本に移住してきたニューカマーの外国人も日本国内に相当数居住している。その他、樺太出身のニヴフやウィルタ、小笠原の欧米系島民、ロシア革命の亡命者に由来する白系ロシア人なども存在するが、一般にはほとんど知られていない（日本の民族問題、少数民族等を参照の事）。
坂上田村麻呂黒人説
日本を含むアジアに黒人が定住していたという説は何度も唱えられてきた。
アメリカの人類学者は日本人が古オーストラロイドと古ネグロイドの混血であると主張し、日本人にはネグリト（東南アジアからニューギニアにかけて居住する肌の黒い民族）的特徴がみられると述べた。またセネガル出身の歴史家で人類学者のは黄色人種が黒人と白人の混血であると主張した。
その後の研究で、ネグリトに属するアンダマン諸島人のほぼ100パーセントが持つY染色体ハプログループDを日本人の35パーセントが持っていることが判明し、二つの民族集団が近縁である可能性が指摘された（これは大まかな分類であり、サブグループは異なる。ハプログループD (Y染色体)を参照のこと）。しかしながらネグリト自体は現在オーストラロイドに分類され、ネグロイドよりもモンゴロイドにより近いことが判明している。