隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
メノナイト
1950年代の初めに北海道や九州、神戸に宣教師が派遣され、その後各地に広まった。日本メノナイト・ブレザレン教団、日本メノナイト・キリスト教会協議会、日本メノナイト・教会会議、東京地区メノナイト教会連合、日本キリスト兄弟団、メイノナイト・ブラザレン・フェローシップといった組織があり、それぞれ属する教会が各地にある。