ベルリン
ベルリンはドイツ連邦共和国の首都で、元首の連邦大統領、政府の長である連邦首相、および連邦の議会両院を擁する。公式の大統領官邸はである。首相官邸は連邦首相府である。首相府と向かい合うのが、改修された帝国議会議事堂であり、ドイツ連邦議会はここで開催されている。1998年以来、ドイツ連邦共和国の政府はベルリンにある。連邦参議院の議員はドイツの各連邦州の代表者で構成されており、かつてのプロイセン王国貴族院からの流れを組む。ほとんどの中央官庁はベルリンに本庁を置いているが、若干は現在でも西ドイツの首都であったボンに置かれているにより支庁は残されている。。2006年にはベルリンが首都であることが憲法に明記された。なお、最高裁判所に相当する連邦憲法裁判所と連邦裁判所はベルリンには所在せず、ドイツ南西部の都市カールスルーエにある。
日独関係
一方、ソ連の強い影響下にあり、冷戦では東側諸国となった東ドイツ（ドイツ民主共和国）は西ドイツ政府がその存在を長年否定していたため、日本との外交関係樹立は遅れたが、東西ドイツ基本条約の成立などの相互承認はこの流れを変えた。1973年5月15日の大使間の交換公文により、即日外交関係が開始されている。東ドイツの首都とされた東ベルリンでは日本の鹿島建設によって1978年に国際貿易センタービルが竣工し、その後も西ドイツよりもずっと小規模ながらも日本企業の進出による貿易関係が維持されて、比較的安定した外交関係が1990年のドイツ再統一による東ドイツ国家の消滅まで続いた。