署名
署名と捺印の両方が必要とされる場合には、署名を記名押印で代えることができない。そのような例はごく少数であるが、たとえば遺言の作成に当たっては、自筆証書遺言の場合は遺言者の、秘密証書遺言と公正証書遺言の場合は遺言者、証人と公証人の、それぞれ署名と捺印が必要である（、、）。また、戸籍に関する届出も届出人や証人の署名と押印が必要とされる（戸籍法第29条）が、署名できないときには氏名を代書させ押印（または拇印）することで足りる（戸籍法施行規則第62条。印を持っていないときには署名だけで足りる）。そのほか、区分建物の管理組合における集会の議事録については、議長および集会に出席した区分所有者の2人が署名押印しなければならない（）。
印章
江戸時代には行政上の書類のほか私文書にも印を押す慣習が広がるとともに、実印を登録させるための印鑑帳が作られるようになり。これが後の印鑑登録制度の起源となった。江戸時代の日本における印章は命の次に大事なものに例えられるなど、庶民の財産を保証するものとして非常に重く扱われるようになり、日本独自の印章文化が確立した。明治政府は印章の偏重を悪習と考え、欧米諸国にならって署名の制度を導入しようと試みたが、事務の繁雑さや当時の識字率の低さを理由に反対意見が相次ぎ、以後の議論の末、1900年までに、ほとんどの文書において自署の代わりに記名押印すれば足りるとの制度が確立した。また、印鑑登録制度が市町村の事務となったのも明治時代である。