幹細胞治療
Prochymalと呼ばれるもう1つの幹細胞治療は、ステロイドが効果がない小児における急性の移植片対宿主病のため、2012年にカナダで条件付きで承認された。これは、成人ドナーの骨髄に由来する間葉系幹細胞（MSC）を使った、同種間の幹細胞治療である。MSCは骨髄から精製され、培養され、パッケージングされ、単一のドナー由来で、最大10,000回の用量が得られる。投与されるまで凍結保存される。
骨髄移植
骨髄移植を行う場合、ドナーと移植対象患者との間で、白血球の血液型であるHLAが適合しなければならない。
適合しない骨髄液を移植した場合、拒絶反応、GVHD（移植片対宿主病）が起きる。
HLA型が適合して移植が可能になる確率は、同父母の兄弟姉妹間で25％、非血縁者間では数百～数万分の1といわれている。
HLA型は両親から半分ずつ遺伝する為、通常親子間では適合しないが、全くの非血縁者よりは適合の可能性は高いとされる。
血縁者にドナーが見つからない場合は、骨髄バンクなどを介して非血縁者間移植も行われる。
かつては自己骨髄を保存しておいて使用する自家移植を行う場合もあったが、現在は後述する自己末梢血幹細胞移植（PBSCT）が主流になっている。