タッド・リンカーン
1865年4月14日に両親がフォード劇場で『』を観劇している間、タッドは『アラジンとワンダフルランプ』の演目を見るためにに行った。その夜に彼の父はジョン・ウィルクス・ブースに銃撃されて致命傷を負った。このリンカーン大統領銃撃事件のニュースはグローバー劇場にも伝えられ、管理者が全聴衆に向けて発表を行った。タッドは動揺して走りながら、「やつらがパパを殺した! やつらがパパを殺したんだ! 」と叫んだ。メアリーは「タッドを連れておいで。口をきいてくれるでしょう。あんなにも彼を可愛がっていたのだから」と言い、末息子をで死の床にあるエイブラハムに会わせようとした。しかし、彼女の願いは聞き入れられず、タッドは護衛されてホワイトハウスに戻った。その夜遅く、ホワイトハウスのドアマンが悲しみに沈んだタッドを寝かしつけた。エイブラハム・リンカーンはその翌日、4月15日午前7時22分に亡くなった。タッドは父の死について次のように述べている。
エイブラハム・リンカーンの暗殺後、メアリーとロバート、タッドの3人はシカゴで一緒に暮らした。それから少したってからロバートは家を出て、タッドは学校に通い始めた。1868年にメアリーとタッドはシカゴを離れ、最初にドイツ、その後にイングランドとほぼ3年間、ヨーロッパ各地で暮らした。
ロバート・トッド・リンカーン
父親エイブラハムとは疎遠な関係であったとされる。幼少期は巡回裁判所の判事を務めていた父親と会話をする機会がほとんど与えられなかったことがその原因に挙げられる。エイブラハムとロバートの親子関係はトーマス（ロバートの祖父）とエイブラハムの親子関係に似ていた。ロバートは「私の幼年時代から青年時代初期にかけて、出廷したり政治的なスピーチをしたりで、彼はほとんど絶えず家に居なかった」と述べており、また、後年にイリノイ州各地を旅行するためにサドルバッグに荷物を詰めている場面が特に鮮明な記憶として残っていると振り返っている。ただ、エイブラハムはロバートの存在を誇りに思い、輝ける人物であるとみており、息子について将来は自分の政治的ライバルになり得るとも考えていた。ウィリーやタッドと違い、父親と強い信頼関係を築けなかったが、ロバートは父親を偉大な人物として賞賛し、その死に際しては公然と泣きくれた。リンカーン大統領銃撃事件の日の夜はフォード劇場で観劇する両親に同行する誘いを受けていたが、「ここ最近、出征してで多くの時間を過ごしたばかりなので疲れがたまっている」との理由で断っていた。