川村清雄
江戸麹町表二番町法眼坂上において、御庭番の家系で御徒頭を勤める川村帰元修正の長男として生まれる。川村家は、初期の御庭番の17名の1人・川村新六を祖とし、曽祖父・修富の代から別れた分家であるが、曽祖父・祖父と奉行職を務め御庭番家筋の中でも名門の一つであった。祖父川村修就（ながたか）は初代新潟奉行、大坂町奉行、長崎奉行などを歴任した優秀な幕臣で、後に勝海舟は三河武士の美風を残した侍の一人として挙げている。祖父の活躍が長かったため、父帰元はあまり出世していないが、後の明治25年（1892年）『旧事諮問録』（岩波文庫）にて自身の体験を詳細に語り、御庭番に関する貴重な記録を残した。
山内清男
1902年1月2日、東京府東京市下谷区谷中清水町で国文学者で国語教師でもある山内素行の長男として生まれた。名前の｢清男｣は記紀においてスサノオがヤマタノオロチを倒した時の言葉「吾が心清清し（すがすがし）」に基づく。1908年（明治41年）に栃木県尋常師範学校付属小学校に入学する。1910年（明治43年）、父素行が職を辞し東京に戻る。それにともなって清男は、早稲田尋常小学校に転校する。その時の同級生に田中美知太郎（後の哲学者、京都大学教授）がおり、以降終生の友人として接することになる。1914年（大正3年）、清男は父の勤務先でもある早稲田中学校に入学する。
同じ1915年、丘浅次郎の『進化論講話』を読み進化論に興味を持った清男は、「翻訳よりも安い」という理由で『種の起源』の原著を購入し、田中らと回し読みを始める。同時に、新ラマルク説、メンデルの遺伝説、コンクリンの『遺伝と境遇』を読み、進化論への興味を発展させる。1917年、堀之内貝塚で縄文土器を採集し、初めて考古学に接する。1918年になると、当時の流行思想であったマルクス主義、無政府主義、労働組合に興味を持ち、岡田宗司と共に『資本論』『フランスにおける内乱』、クロポトキンの『相互扶助』などの洋書を読んでいる。しかしこれらに対して山内は批判的で、特に『相互扶助』については「生物学的に無価値だ」とまで言い切っている。9月には、谷川磐雄（後の大場磐雄）と出会い、12月に人類学者である鳥居龍蔵の元を訪れている。以後、山内は鳥居を師として人類学・考古学の研究を続けることになる。