コレラ菌
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌には"Vibrio comma"という学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられた"V. cholerae"が優先され、正式な学名になった。
コル古細菌
1990年にカール・ウーズが古細菌ドメインを提唱して以来、クレン古細菌、ユーリ古細菌の2界が設定されたが、コル古細菌はその2界（門）に入らない系統として初めて発見されたものである。1996年に、アメリカアイダホ州のイエローストーン国立公園の74-93の熱水底泥にPCR法を用いて、16S rRNA系統解析を試みたところ、クレン古細菌、ユーリ古細菌界のどちらにも入らない配列を発見した。この結果より、Barnsらは、従来のWoeseによる『古細菌は二界である』という説を覆し『古細菌は三界よりなる』という主張を打ち立てた。
初期の16S rRNA系統解析では、古細菌の中で最も深い分岐をしていると考えられたが、多数のたんぱく質を使った結合系統解析ではクレン古細菌に近い独立系統となることが多い。その後、2010年代以降に多数の古細菌系統が発見されるようになると、クレン古細菌に近いTACK上門の一部であるとみなされるようになった。