ベルリン
ベルリンはドイツ連邦共和国の首都で、元首の連邦大統領、政府の長である連邦首相、および連邦の議会両院を擁する。公式の大統領官邸はである。首相官邸は連邦首相府である。首相府と向かい合うのが、改修された帝国議会議事堂であり、ドイツ連邦議会はここで開催されている。1998年以来、ドイツ連邦共和国の政府はベルリンにある。連邦参議院の議員はドイツの各連邦州の代表者で構成されており、かつてのプロイセン王国貴族院からの流れを組む。ほとんどの中央官庁はベルリンに本庁を置いているが、若干は現在でも西ドイツの首都であったボンに置かれているにより支庁は残されている。。2006年にはベルリンが首都であることが憲法に明記された。なお、最高裁判所に相当する連邦憲法裁判所と連邦裁判所はベルリンには所在せず、ドイツ南西部の都市カールスルーエにある。
ボン
1990年の東西ドイツ統一により、ベルリンへの遷都が政治日程に浮上した。一方で、オランダのように名目上の首都をベルリンと定め、実質的な首都機能はボンに残すべきであるとする主張もドイツ南西部を中心に支持を集めていた。議論の末、1991年に連邦議会において首都機能のベルリン移転決議が可決された。しかし、ボンの地域経済への配慮に加え、EUとNATOの本部のあるブリュッセルに近いという利点を活用するため、1994年の「ベルリン・ボン法（「ドイツ統一のための1991年6月20日の連邦議会の決議」実施に関する法律）」によって、ボンは「連邦市 (Bundesstadt)」であると規定され、連邦首都 (Bundeshauptstadt)ベルリンと並んで国家の中枢機能を引き続き保持することが定められた。