アイヌ
2008年5月12日に鈴木宗男が国会に提出した「先住民族の定義及びアイヌ民族の先住民族としての権利確立に向けた政府の取り組みに関する第3回質問主意書」に対し、5月20日の政府答弁書で「アイヌの人々は、いわゆる和人との関係において、日本列島北部周辺、取り分け北海道に先住していたことは歴史的事実であり、また、独自の言語及び宗教を有し、文化の独自性を保持していること等から、少数民族であると認識している。」と答弁している（ただし「先住民族」との認識ではない）。6月6日には、衆参両院の全会一致で「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議」がなされた（ただし、「求める決議」で「認める決議」ではない）。
坂上田村麻呂黒人説
日本を含むアジアに黒人が定住していたという説は何度も唱えられてきた。
アメリカの人類学者は日本人が古オーストラロイドと古ネグロイドの混血であると主張し、日本人にはネグリト（東南アジアからニューギニアにかけて居住する肌の黒い民族）的特徴がみられると述べた。またセネガル出身の歴史家で人類学者のは黄色人種が黒人と白人の混血であると主張した。
その後の研究で、ネグリトに属するアンダマン諸島人のほぼ100パーセントが持つY染色体ハプログループDを日本人の35パーセントが持っていることが判明し、二つの民族集団が近縁である可能性が指摘された（これは大まかな分類であり、サブグループは異なる。ハプログループD (Y染色体)を参照のこと）。しかしながらネグリト自体は現在オーストラロイドに分類され、ネグロイドよりもモンゴロイドにより近いことが判明している。