古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
宇宙海賊キャプテンハーロック
本作ラストでは寂れた惑星ヘビーメルダーが登場している。連載を終了する1979年には『銀河鉄道999』（以下、『999』）の劇場版第1作が公開されており、ヘビーメルダーが賑わっていたころを回顧するシーンでは、ハーロックが酒場のマスターに星野鉄郎やメーテルがここを訪れたかを尋ねる場面が描かれ、前述の劇場版とリンクする描写になっている。しかし、『999』劇中で登場する戦士の銃の刻印はPATENTED 1.25.2979となっており、『999』の年代設定が本作の年代設定2977年より後となっているため齟齬が生じるほか、本作の方がトチローの死などの描写から『999』より時系列的に後と取れる描写となっているものの、そのテレビ版では年代設定が第1話において西暦2221年とされたために、『999』テレビ版と本作では700年以上の開きが生じている。