深海魚
このタイプの発光を行うのは比較的少数の深海生物であり、遊泳性の深海魚ではチョウチンアンコウとニギス目の一部、底生性魚類ではソコダラ科・チゴダラ科の仲間が代表的である。このうちチョウチンアンコウ類を除く3グループの発光器は消化管から連続して発達しており、腸内細菌叢で維持された発光バクテリア（主に "Photobacterium phosphoreum"）が持続的に補給されていると見られる。発光器の数は少なく、通常1-2個である。
クジラウオ目
採集される数の上ではほとんどが稀種であり、ごく少数の標本に基づき記載されている。雄の存在が確認されたのはごく最近のことで、雌の体長（最大種で約40cm）に対し10分の1程度しかなく、以前は未成熟の稚魚と思われていた。こうした小型の雄は矮雄（わいゆう）と呼ばれ、チョウチンアンコウ類など一部の深海魚にみられる特徴である。