造血幹細胞移植
固形臓器移植と造血幹細胞移植の大きな違いの一つとしては臓器移植ではドナーの正常な臓器を移植することで臓器機能の回復をすることを目標としているのに対して、造血幹細胞移植の一般的な目標は骨髄のMTDを上回る大量の抗がん剤や放射線照射による治療を可能とすることと、ドナー免疫に由来するGVL（Graft versus Leukemia：移植片による抗白血病効果）やGVT（Graft versus Tumor：移植片による抗腫瘍効果）を得ることである。例外としては、再生不良性貧血における造血幹細胞移植はドナーの造血細胞による造血能回復を狙うという観点から固形臓器移植に近い。もう一つの違いとしては、固形臓器移植では患者の免疫が維持されるのに対して、造血幹細胞移植では免疫系もドナー細胞に置換される。合併症も固形臓器移植なら拒絶反応となるが造血幹細胞移植ではGVHDとなる。造血幹細胞では免疫寛容がおこり、長期的には免疫抑制剤の投与を減量していく。免疫抑制剤の投与の目的は固形臓器移植では拒絶反応の防止、造血幹細胞移植では急性GVHDの予防となるが、慢性GVHDの発症に対しては効果が証明されていない。
幹細胞治療
損傷組織の治療のためには、移植する幹細胞が多数必要である。したがって、例えば、骨髄吸引液に由来する幹細胞は、数百万個の細胞へ増やすために特別な実験室で培養される。 脂肪由来組織もまた、使用前に培養するが、その方法は、骨髄由来細胞の培養方法ほど汎用性はない。損傷組織の治療のためには、移植する幹細胞が多数必要である。したがって、例えば、骨髄吸引液に由来する幹細胞は、数百万個の細胞へ増やすために特別な実験室で培養される。 脂肪由来組織もまた、使用前に培養するが、その方法は、骨髄由来細胞の培養方法ほど汎用性はない。骨髄由来の幹細胞は骨、軟骨、靭帯および腱の修復に好ましいと考えられているが、脂肪由来の幹細胞も採取する技術が容易であり、脂肪組織にある細胞の微小環境が自己移植のために好ましいと考える研究者もいる。