アイヌ
2008年5月12日に鈴木宗男が国会に提出した「先住民族の定義及びアイヌ民族の先住民族としての権利確立に向けた政府の取り組みに関する第3回質問主意書」に対し、5月20日の政府答弁書で「アイヌの人々は、いわゆる和人との関係において、日本列島北部周辺、取り分け北海道に先住していたことは歴史的事実であり、また、独自の言語及び宗教を有し、文化の独自性を保持していること等から、少数民族であると認識している。」と答弁している（ただし「先住民族」との認識ではない）。6月6日には、衆参両院の全会一致で「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議」がなされた（ただし、「求める決議」で「認める決議」ではない）。
樺太
樺太の先住民には、南部のアイヌ、東岸中部以北（幌内川とロモウ川の流域）のウィルタ、北部のニヴフといった北方少数民族がいる。1905年から1945年までの日本統治下の南樺太では樺太庁はアイヌを除く樺太先住民（ウィルタ、ニヴフなど）は戸籍法上は樺太土人と扱って内地人と区別されていたが、日本国籍を付与していた（樺太アイヌは当初は樺太土人として内地人と区別されていたが、1932年1月に戸籍法上は内地人と同じとなった）。樺太の先住民は南樺太に居住して日本国籍を与えられていたために、ソ連による樺太占領後は残留意思を持った者を除き北海道に送還されている。日本では終戦後の1945年にアイヌを除く樺太先住民の参政権が停止されたものの、1952年のサンフランシスコ平和条約発効の際に就籍という形で参政権を回復した。現在の樺太住民の中にはアイヌを名乗る者が若干名存在するものの、統計が取られていないために詳細は不明である（ロシアにおけるアイヌも参照）。