コレラ菌
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌には"Vibrio comma"という学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられた"V. cholerae"が優先され、正式な学名になった。
大悪臭
ヴィクトリア朝に伝染病の伝染に関して支配的な考えは瘴気説であったし、これは伝染性の最も高い病気は汚染された空気を吸入することによって引き起こされるという考えであった。この汚染は、腐りつつある死体あるいは下水の臭いという形をとることがあったが、しかし枯れつつある植物、あるいはすでに病気にかかったひとの呼気という形もまたあった。瘴気はコレラの伝染の媒介物であると大部分のひとが信じたし、コレラは19世紀のヨーロッパで増加中であった。この病気は、その広がる速さと、その高い死亡率のために、あらゆる人に強く恐れられた。