単一民族国家
日本は、大和民族が人口の大多数を占める。「一民族、一国家、一言語の日本」の類の発言は政界や言論界で時折語られる見解である。一方で国民全体からすると少数（北海道に23,000人程度、全人口の0.018%とされる）ではあるが北海道の先住民族であるアイヌが存在する（現在アイヌは北海道だけでなく首都圏などにも多く移住しているが、北海道以外の統計はない）。また、日本政府は別の民族であるとは認めていないが、沖縄を中心に琉球民族が存在するとの見解もあり、国連人種差別撤廃委員会から先住民族としての権利を保護すべきであるとの勧告を受けている。他に、第二次大戦の敗戦により解体される以前の大日本帝国は多民族国家であったので、その名残である在日コリアンや台湾人の特別永住者やその子孫が数十万人存在している。さらに、近年日本に移住してきたニューカマーの外国人も日本国内に相当数居住している。その他、樺太出身のニヴフやウィルタ、小笠原の欧米系島民、ロシア革命の亡命者に由来する白系ロシア人なども存在するが、一般にはほとんど知られていない（日本の民族問題、少数民族等を参照の事）。
日本人
一部はサハリン経由で北海道に達した。崎谷はC2系統は細石刃石器を用い、ナウマンゾウを狩っていたと考えている。現在、C2系統はカザフ人、モンゴル人、エヴェンキ人等のアルタイ系諸族、極東ロシア（ニヴフ人、コリャーク人等）及び北アメリカ大陸北西部の原住民（例えば北部アサバスカ諸語話者等）に多い。ただし、C2系統も渡来時期については諸説あり、朝鮮民族などの周辺民族にも一定頻度見られることから、後述のO1b2系統やO2系統と共に渡来してきた可能性もある。ちなみにアルタイ系民族（チュルク系民族、モンゴル系民族、ツングース系民族）で高頻度なC2系統はC-M407という若いサブクレードに属すものを除けばほぼ全てC-L1373系統であるが、日本人や漢民族、朝鮮民族などで観察されるC2系統はC-F1067系統が大半で、C-L1373はわずかである。また日本列島固有のC2a (C-M93) もあり、一概にC2系統といっても、そのルーツや渡来時期は複数存在したことが想定される。現代日本人に於けるC2-M217の頻度については、各研究によって差があり、少ないものでは2%、3%ほど、多いものでは6%、7%ほどとなっている。