MediaWiki
ウィキペディア立ち上げ当初の2001年1月は、という既存のソフトウェアで駆動しており、記述はPerlを採用してすべてのウィキページをテキスト形式で保存していた。ところがすぐに機能面でもパフォーマンスでも制約の多さが目につき始めた。2001年半ばにはという当時ウィキペディアの編集者でケルン大学在籍の大学生開発者が、ウィキペディアに使うUseModWikiの代替となるソフトウェアを書き始める。PHPを使用し情報はすべてMySQLデータベースに保存、英語版ウィキペディアには2002年1月に実装し、他の言語版ウィキペディアのサイトでも徐々に実装が進んでいく。このソフトウェアが「PHPスクリプト」あるいは「phase II」と呼ばれたことから、UseModWikiには「phase I」という別名が与えられた。
スカラーペディア
スカラーペディアは、2006年に神経科学研究所（アメリカ カリフォルニア州サンディエゴ）の上席研究員であるロシア出身の数学者ユージン・イジケヴィッチによって設立された。イジケヴィッチは既に大きい成功を収めていたオンライン百科事典プロジェクトウィキペディアの魅力と、その学術的な利用の難しさという問題点を踏まえた上で、「学術的に利用しやすい形のウィキペディア」というコンセプトのもとに、専門家によって執筆・査読されるウィキベースの百科事典「スカラーペディア」を立ち上げた。