摂家将軍
建保7年（1219年）、第3代将軍源実朝が暗殺された。実朝には実子が無く、継嗣も定めていなかったため、これにより、初代源頼朝、頼朝の嫡男である第2代源頼家、頼朝の次男である第3代源実朝と、源氏嫡流（河内源氏義朝流）が征夷大将軍を継いだ将軍家は断絶した。この3代の将軍を源氏将軍と呼ぶ。すでに鎌倉幕府の実権を握っていた北条氏は、執権の北条義時と、頼朝の正室で頼家・実朝の母であり幕府の指導的立場にもあった北条政子を中心として、後継の鎌倉殿（鎌倉幕府の長）たる将軍の選定を進めた。
村上源氏
師房が摂家を継ぐことはなかったものの、師房の娘・麗子は藤原師実、師房の次男である 源顕房の娘・師子は藤原忠実の正室となり、藤原頼長が「彼の右府（師房）外戚先祖と為す」と記すなど結びつきは強く、子孫からは多くの大臣を輩出した。顕房の娘・賢子が産んだ堀河天皇の治世では、「左右大臣、左右大将、源氏同時に相並ぶ例、未だ此の事あらず」、「近代公卿廿四人、源氏の人半ばを過ぎるか、未だ此の如き事あらんか」とあるように天皇の外戚として隆盛を極めた。源顕房長男・源雅実は源氏として初めて太政大臣となる。その後、天皇の外戚の地位は藤原氏閑院流に奪われて源氏の勢力は後退する。