アルカン
アルカンは自然界に様々な形で存在するが、生物学的に必須であるような場合はみられない。ジャコウジカ科 (Muchidae) のシカから得られていた麝香には炭素数14から18のシクロアルカンが含まれていた。以下には非環状であるアルカンについて述べる。
アルキン
例えばヤドクガエルは哺乳類や爬虫類などの捕食者から身を守るためにヒストリオニコトキシンと呼ばれる毒素を皮膚から分泌するが、これは分子内に2つのアルキンを持つ化合物である。また、アルキンを含む天然物群の一角はエンジイン構造を持つ抗生物質によって占められている。活性部位にエンジイン構造を持つカリケアミシン・ネオカルチノスタチンなどの天然物は細胞毒性または抗腫瘍活性を示すものが多く、それらは化学療法剤として利用できる可能性を持つ。