内陸県
河川の水系は、河川法によって「一級水系」（原則として国が区間指定して管理）、「二級水系」（原則として都道府県が区間指定して管理）、「単独水系」に区分され、一級水系には一級河川が、二級水系には二級河川が指定公示される。水系が分水界で囲む領域を流域とよぶが、日本で流域が海や内海と接続しない内陸流域は火口湖や堰止湖などのうちの一部に限られる。山梨県内の富士五湖のうち、西湖、本栖湖、精進湖は流出河川がないため、独立した二級水系に指定され山梨県が二級河川として管理している。日本で内陸流域だけで占められる内陸県は存在しない。内陸県を流れる河川はほぼ一級水系に属して県外に流れ、二級水系が県境を跨ぐ例はほとんどない。例外的に二級水系の銚子川水系、日高川水系、日置川水系の一部上流部が奈良県内を流れるが、銚子川は三重県が、日高川・日置川は和歌山県が、それぞれ区間を指定して管理している。
利根川
利根川水系の河川における水質について、利根川本流は久喜市栗橋における計測で2009年（平成21年）の平均値で生物化学的酸素要求量 (BOD) が1.3mg/lとおおむね良好な水質が保たれている。主要な支流では烏川、渡良瀬川、鬼怒川、小貝川、江戸川では利根川同様水質はおおむね良好な数値を維持しているが、都市部を流れる支流については水質が良いとは言いがたい。
特に中川と支流の綾瀬川については高度経済成長に伴う流域の都市化で、生活排水が流入。下水道整備も未熟だったこともあって急速に水質汚濁が進行した。両河川のBOD平均値は1989年（平成元年）時点において中川は7.3mg/l、綾瀬川に至っては17.8mg/lと「ドブ川」の体であり国土交通省が毎年発表する一級河川の水質現況においてワーストランキングで綾瀬川は1980年（昭和55年）から実に15年間「日本一汚い川」に名を連ねる不名誉な状況が継続していた。このため埼玉県などの流域自治体において中川・綾瀬川浄化のための諸施策を講じた結果水質は著しく改善。2009年段階のBOD平均値は中川で3.0mg/l、綾瀬川で3.8mg/lと水質改善度は最も高かった。しかしワーストランキングからの脱却は果たせず、日本の主要な国土交通省管理（指定区間外）の一級河川165河川中で綾瀬川は日本一、中川は日本第2位の汚い川に位置している。