梅毒
日本における感染者は2010年頃より増加傾向で、2015年は2014年を上回り、2017年には11月19日までの速報値で5,053人の感染者が国立感染症研究所により報告されたが、5,000人を超えるのは1973年以来44年ぶりであった。かつて第二次世界大戦後の1948年以降大きく減少していたが、1967年、1972年、1999年、2008年に小流行を起こし、2010年までは500例から800例で（人口10万当たり発生率は0.4〜0.6程度）推移していたが、2012年以降増加傾向に転じ2013年の梅毒総報告数は1,226例、2014年 1275例が報告され、人口10万当たり発生率は 0.96 と上昇している。また感染者の約80%は男性で男性の人口10万当たり発生率は1.6ある。なお、様々な診療科で鑑別診断が行われず、梅毒患者が見逃されていることを指摘する医師もいる。
疫病
日本の歴史上、疫病として流行したと考えられているものに、痘瘡（天然痘）・麻疹（はしか）・赤痢・コレラ・インフルエンザ・癩・結核・梅毒などがあげられる。こうした病気は元々特定の地域の風土病であったが、文明・文化・社会の発展と異世界との交流拡大による人や文物の往来に伴い、これまで同種の病が存在しなかった地域にも伝播し、中には世界的に流行するようになったと考えられている。例えば、コレラは日本では19世紀に初めて発症したとされ、それ以前には存在しなかったとされている。