オンダンセトロン
オンダンセトロンの副作用発現率は錠剤で8.4%、シロップ剤で1.7%、注射剤で6.8%である。主な副作用は頭痛、発熱（注射剤）、肝機能検査値異常である。肝臓のシトクロムP450で分解される。他剤の代謝にはほとんど影響を与えない。注射剤を急速注入するとを生じる。
オンダンセトロン
4歳未満の小児を対象とした臨床試験はほとんどない。推奨用量は不明（日本では2.5mg/m/日、最大4mg/日）であり、低出生体重児や新生児（使用経験がない）、乳児や小児（使用経験が少ない）に対する安全性は確立していない。