MediaWiki
ウィキペディア立ち上げ当初の2001年1月は、という既存のソフトウェアで駆動しており、記述はPerlを採用してすべてのウィキページをテキスト形式で保存していた。ところがすぐに機能面でもパフォーマンスでも制約の多さが目につき始めた。2001年半ばにはという当時ウィキペディアの編集者でケルン大学在籍の大学生開発者が、ウィキペディアに使うUseModWikiの代替となるソフトウェアを書き始める。PHPを使用し情報はすべてMySQLデータベースに保存、英語版ウィキペディアには2002年1月に実装し、他の言語版ウィキペディアのサイトでも徐々に実装が進んでいく。このソフトウェアが「PHPスクリプト」あるいは「phase II」と呼ばれたことから、UseModWikiには「phase I」という別名が与えられた。
MediaWiki
ウィキメディア財団の発足は2003年6月20日で7月にはウィキペディアの寄稿者ダニエル・メイヤーからソフトウェアの名称として財団名をもじった「MediaWiki」が提案され、その名前は同年8月ごろから徐々に定着した。ただ（意図的とはいえ）財団名に似ているため、しばしば混乱を引き起こしている（財団名そのものも製品である「ウィキペディア」に酷似）。「ウィキメディア」という呼称を発案したのはウィキペディア寄稿者で、WikiEN-lメーリングリストに2003年3月6日付に投稿している。