みんなのポケモン牧場
本作は『ダイヤモンド・パール』内のポケモンを預けて保管することのできる、ボックス機能を搭載しているが『ポケモンスタジアムシリーズ』や『ポケモンボックス ルビー&サファイア』とは異なり、一度預けたポケモンを引き取ることができるのは、そのポケモンを預けたトレーナーのみである。つまりポケモンの交換のためのツールとしては機能しなくなったという事である。よって、セーブデータを消してトレーナーIDが変更された場合は、 預けたポケモンを2度と引き取ることができなくなるため、注意が必要である。また、1日目は牧場全体で最大20匹までで、ユカリが6匹つれてくるため、預けられるのは14匹までである（「ぼくじょうレベル」が上がり、牧場が拡張されるのは翌日Wii本体の設定時間で0時になった以降に起動したとき）。
ポケモンスタジアムシリーズ
その他、共通した設定として「引き分け」が起こらないようになっている。「すてみタックル」などの反動ダメージは最後の相手のポケモンを倒したときには発生せず、「じばく」「だいばくはつ」で最後のポケモン同士が相打ちになればそれを使った方が負けになる。最後のポケモンが使う「みちづれ」「ほろびのうた」は、効果が発揮されることは即ち使用したポケモンが倒れてしまうことを意味するので、そのような状況では無効となる。ちなみに、使った後に反動で次のターンに行動できなくなる「はかいこうせん」は、相手のポケモンを倒せば相手のポケモンチェンジで1ターン消費したとみなされており、これは『1』でもGBと同じように相手ポケモンを倒せば相手のチェンジ後のターンも普通に技やポケモンチェンジが可能だった。しかし、『2』では使用すると相手に命中しなかったりゴーストタイプのポケモンで無効化された場合でも1ターン動けなくなった。GB版でも『スタジアム』でも金銀以降は相手に命中すれば、相手のポケモンを倒した倒せなかったに係わらず反動で行動が取れなくなった。命中しなかった場合やゴーストタイプで無効化された場合は、次のターンも行動できる。また技の一つであるわるあがきは自身のポケモンの技の残機が全て無くなると、勝手に敵のポケモンに攻撃をする。しかし発生率はかなり低いため、発生させるためには、自身のポケモンの攻撃を敵のポケモンに全て回避させ、残機を全てなくすようにしなければならない。