コロボックル説
尚、平成18年の第169回国会で可決された「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議案」は「アイヌの人々を日本列島北部周辺、とりわけ北海道における先住民である」とした決議なのであって、過去日本列島において縄文式土器を使っていた人々の子孫がアイヌ人であるという説を支持する為の決議ではない。
坂上田村麻呂黒人説
日本を含むアジアに黒人が定住していたという説は何度も唱えられてきた。
アメリカの人類学者は日本人が古オーストラロイドと古ネグロイドの混血であると主張し、日本人にはネグリト（東南アジアからニューギニアにかけて居住する肌の黒い民族）的特徴がみられると述べた。またセネガル出身の歴史家で人類学者のは黄色人種が黒人と白人の混血であると主張した。
その後の研究で、ネグリトに属するアンダマン諸島人のほぼ100パーセントが持つY染色体ハプログループDを日本人の35パーセントが持っていることが判明し、二つの民族集団が近縁である可能性が指摘された（これは大まかな分類であり、サブグループは異なる。ハプログループD (Y染色体)を参照のこと）。しかしながらネグリト自体は現在オーストラロイドに分類され、ネグロイドよりもモンゴロイドにより近いことが判明している。