梅毒
日本における感染者は2010年頃より増加傾向で、2015年は2014年を上回り、2017年には11月19日までの速報値で5,053人の感染者が国立感染症研究所により報告されたが、5,000人を超えるのは1973年以来44年ぶりであった。かつて第二次世界大戦後の1948年以降大きく減少していたが、1967年、1972年、1999年、2008年に小流行を起こし、2010年までは500例から800例で（人口10万当たり発生率は0.4〜0.6程度）推移していたが、2012年以降増加傾向に転じ2013年の梅毒総報告数は1,226例、2014年 1275例が報告され、人口10万当たり発生率は 0.96 と上昇している。また感染者の約80%は男性で男性の人口10万当たり発生率は1.6ある。なお、様々な診療科で鑑別診断が行われず、梅毒患者が見逃されていることを指摘する医師もいる。
日本脳炎
マウス脳由来ワクチンの在庫は限られ、予防接種の実施も日本脳炎流行地域渡航者などの接種を希望する者にとどまったため、日本脳炎の抗体を持たない児童の増加による流行が懸念された（実際、積極的勧奨の差し控え期間中に、それまで見られなかった乳幼児の日本脳炎発症者が報告された）。