内陸県
河川の水系は、河川法によって「一級水系」（原則として国が区間指定して管理）、「二級水系」（原則として都道府県が区間指定して管理）、「単独水系」に区分され、一級水系には一級河川が、二級水系には二級河川が指定公示される。水系が分水界で囲む領域を流域とよぶが、日本で流域が海や内海と接続しない内陸流域は火口湖や堰止湖などのうちの一部に限られる。山梨県内の富士五湖のうち、西湖、本栖湖、精進湖は流出河川がないため、独立した二級水系に指定され山梨県が二級河川として管理している。日本で内陸流域だけで占められる内陸県は存在しない。内陸県を流れる河川はほぼ一級水系に属して県外に流れ、二級水系が県境を跨ぐ例はほとんどない。例外的に二級水系の銚子川水系、日高川水系、日置川水系の一部上流部が奈良県内を流れるが、銚子川は三重県が、日高川・日置川は和歌山県が、それぞれ区間を指定して管理している。
一級水系
一級河川の数は1万4062にのぼり、二級水系（2,711水系）に属する二級河川の総数 (7,080河川) より多い（2016年4月30日現在）。
2府県（北海道は2地域振興局）以上に跨る河川水系は一般的に一級水系だが、酒匂川水系・武庫川水系・錦川水系のように2都府県を跨いでも二級水系の例もあれば、梯川水系や土器川水系のように1県内完結かつ流域面積が500平方kmにも満たない一級水系もある。
他県から孤立した沖縄県には一級水系が存在しない。長崎県は一級水系は本明川水系しかなく県庁所在都市である長崎市に一級水系は流れていない。
一方、下記例外がある山梨県・奈良県を除く海に面していない6県（栃木県、群馬県、埼玉県、長野県、岐阜県、滋賀県）の河川は全て一級水系に属する。山梨県の西湖、本栖湖、精進湖はどの水系にも属していない内陸湖のため、二級河川の扱いである。奈良県南部には三重県へ流れる銚子川水系、和歌山県へ流れる日置川水系や日高川水系といった二級水系が存在している。下記の河川及びその支流に関しては、道路及び鉄道の橋梁端に記載される河川名の標識に、内地（本州以南）と異なり「国土交通省」（または「建設省」、都府県名）ではなく「開発局」と記載される。