コレラ菌
エジプトでの流行が終息した後、コッホらはインドのカルカッタに赴きさらに調査を続けた。その結果、カルカッタのコレラ患者の糞便や死者の腸管からも、コッホがアレクサンドリアで見つけたものと同じ細菌が存在し、一方コレラ以外で死んだ死者の腸管にはこの菌が存在しないことを見出した。そこでコッホはこの細菌こそがコレラの原因菌であると考え、その形態からコンマ状桿菌(Kommabazillus)と呼んだ。コレラ菌は、ヒト以外の実験動物にはコレラを起こさなかったため、コッホの原則のすべてを満足しなかったものの、コッホは本菌がコレラの原因であると結論し、1884年にドイツ政府に報告した。このことによってコッホはコレラ菌の発見者として広く認知され、コレラ菌には"Vibrio comma"という学名が与えられたが、後にパチーニの業績が見直され、コッホが発見した菌が既に30年前に発見されていたものと同じであることが明らかになり、分類学上の取り決めに従って、先に名付けられた"V. cholerae"が優先され、正式な学名になった。
神戸水道
1877年（明治10年）神戸でコレラが発生し、また同時期にヘンリー・S・パーマーの設計による横浜水道の布設があり、人口増加による水需要の増大もあって神戸市への水道敷設の機運が高まった。1887年（明治20年）パーマーに調査を依頼し、県に送られた設計書類には当時にして40万円の予算が必要とあり、実現には至らなかった。当時の市民の飲料水の大半は井戸水で、神戸港に入港してくる外国船がもたらす影響もあり1890年（明治23年）から1891年（明治24年）にかけて再びコレラその他の感染症が続出し市民1,000名余りの死者を出す事態となり水道布設を必要とする機運が再び高まった。このころ神戸の発展はめざましく、パーマーの構想は再検討する必要があった。