延暦寺
延暦7年（788年）、最澄は三輪山より大物主神の分霊を日枝山に勧請して大比叡とし従来の祭神大山咋神を小比叡とした。そして、現在の根本中堂の位置に薬師堂・文殊堂・経蔵からなる小規模な寺院を建立し、一乗止観院と名付けた。この寺は比叡山寺とも呼ばれ、年号をとった「延暦寺」という寺号が許されるのは、最澄の没後、弘仁14年（823年）のことであった。時の桓武天皇は最澄に帰依し、天皇やその側近である和気氏の援助を受けて、比叡山寺は京都の鬼門（北東）を護る国家鎮護の道場として次第に栄えるようになった。
比叡山中学校・高等学校
創設の経緯から、毎朝始業時に般若心経を全員で唱えるなど、宗教的雰囲気のある学校行事が盛り込まれているのが特徴である。
中学校・高校共に、春に日帰りで比叡山に登る「三塔巡拝」がある。学年によって日程・行き先は異なり（古くは一年で三塔全て参拝した）、比叡山にある3つの塔（西塔・東塔・横川）を巡拝する。また、高校の二年生（かつては三年生）は、居士林研修道場に一泊し、写経や法話・礼儀作法等を学ぶ「居士林研修」がある。延暦寺や日吉大社の門前町として古くから栄えた坂本に所在することから、周囲には多くの伝統的建造物が点在する。