アイヌ
2008年5月12日に鈴木宗男が国会に提出した「先住民族の定義及びアイヌ民族の先住民族としての権利確立に向けた政府の取り組みに関する第3回質問主意書」に対し、5月20日の政府答弁書で「アイヌの人々は、いわゆる和人との関係において、日本列島北部周辺、取り分け北海道に先住していたことは歴史的事実であり、また、独自の言語及び宗教を有し、文化の独自性を保持していること等から、少数民族であると認識している。」と答弁している（ただし「先住民族」との認識ではない）。6月6日には、衆参両院の全会一致で「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議」がなされた（ただし、「求める決議」で「認める決議」ではない）。
沖縄県
沖縄の地に先祖を持つ人々は、地理的・歴史的・文化的な経緯から一般的に琉球民族と称される。人種的には先史時代から10世紀にかけて南九州から移入したとされ、分子生物学の研究でも本土と遺伝的に近いことが確かめられている。北琉球と呼ばれることもある沖縄諸島の住民は、分子生物学的（Y染色体による系統分析）にほぼ九州、本州、四国の住民と同じである。
日本政府は琉球民族を沖縄の「先住民族」とは認定していないが、ユネスコは沖縄に特有の民族性、歴史、文化、伝統を有することを認めている。
沖縄復帰後に本土に先祖を持つ大和民族が多数移り住んだ。