純文学
明治末から大正（1912年 - 1926年）にかけては、自然主義の暗さに反発して人道主義的理想主義を掲げた、武者小路実篤、志賀直哉、有島武郎ら白樺派が登場する。志賀直哉が『城の崎にて』（1917年）を初めとする短編小説で示した、作為を排した写生文は、後の私小説の規範とされた。なお、明治後期から大正期には、反自然主義と目された高踏派の森鴎外や、余裕派の夏目漱石が、物語性に富んだ傑作を残し、鴎外・漱石の両名の作品は、後に日本文学の規範と見なされるようになった。
自然主義文学
しかし、『蒲団』の衝撃は大きく、これによって自然主義とは現実を赤裸々に描くものと解釈され、ゾラの小説に見られた客観性や構成力は失われ、変質してしまった。近松秋江の作品が、みずからの愛欲の世界を鋭く描いたことが、そうした傾向に拍車をかけた。その結果、小説の内容は事実そのままが理想であるという認識が徐々に浸透していった。その流れはもっぱら作家の身の回りや体験を描く私小説に「矮小化」されたとされる。代表的なものに、藤村『家』『新生』がある。また反自然主義運動が盛んになり、ヨーロッパから帰国した永井荷風らの耽美派、雑誌「白樺」を中心とする白樺派、余裕派の夏目漱石、高踏派の森鴎外、新現実主義の芥川龍之介らが活動し、自然主義は急速に衰退していった。すなわち、日本の自然主義文学は、フランスに見られた作品の域には達することなく潰えてしまった訳である。