タンパク質を構成するアミノ酸
タンパク質を構成しないアミノ酸(non-proteinogenic amino acids)は、タンパク質中に存在しないものか（カルニチン、GABA、-ドーパなど）、直接合成されないものか（ヒドロキシプロリン、セレノメチオニンなど）のどちらかである。後者はしばしばタンパク質の翻訳後修飾で生じる。
複合タンパク質
複合タンパク質（ふくごうたんぱくしつ、）は、タンパク質の分類の一つで、加水分解によりアミノ酸以外にも他の化合物を生成するタンパク質のことである。ムチン、ヘモグロビン、カゼインなどがそれに該当する。