コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
神戸水道
1877年（明治10年）神戸でコレラが発生し、また同時期にヘンリー・S・パーマーの設計による横浜水道の布設があり、人口増加による水需要の増大もあって神戸市への水道敷設の機運が高まった。1887年（明治20年）パーマーに調査を依頼し、県に送られた設計書類には当時にして40万円の予算が必要とあり、実現には至らなかった。当時の市民の飲料水の大半は井戸水で、神戸港に入港してくる外国船がもたらす影響もあり1890年（明治23年）から1891年（明治24年）にかけて再びコレラその他の感染症が続出し市民1,000名余りの死者を出す事態となり水道布設を必要とする機運が再び高まった。このころ神戸の発展はめざましく、パーマーの構想は再検討する必要があった。