オープンソースソフトウェア
フリーソフトウェア財団はオープンソースソフトウェアという単語についての定義は行なっていないが、類似した概念としてフリーソフトウェア（フリーは無料ではなく自由という意味）という単語を「フリーソフトウェアの定義」において定義している。フリーソフトウェアは利用者の自由とコミュニティに敬意を払い、利用者にソフトウェアを実行・複製・頒布・学習・改善する自由を提供する。その自由を提供するために、フリーソフトウェアのソースコードは一般に公開され、利用者はソフトウェアのソースコードを自由に利用・修正・再頒布することが可能である。フリーソフトウェア財団の代表であるリチャード・ストールマンはオープンソース・イニシアティブの定義するオープンソースという単語およびその活動を否定的に発言しており、同財団ではオープンソースソフトウェアという単語の定義および意義については消極的である。
フリーウェア
フリーウェアはフリーソフトウェアに比べ、有料化や開発停止になりやすく、セキュリティ的に安全な状態で使えなくなる場合が多い。特にlibpngやzlibなどの脆弱性が時々見つかっているが、それらを含むフリーウェアにおいてきちんと更新している例は少ない。フリーソフトウェアでは開発が停止しても、各ディストロのメンテナ等がセキュリティパッチを当てたりなどの対応をする場合が多いが、ソースコードが提供されていなかったり再配布が不可能だったりするフリーウェアにおいてそれは不可能である。フリーウェアでは電子署名が無いのにHTTPやFTPなどの中間者攻撃が可能な方法で公開されているという場合が多く、安全にダウンロードできない場合が多い (対してミラーされることの多いフリーソフトウェアでは、HTTPSで電子署名の公開鍵を配って、ソフトウェアには電子署名して公開しているという場合が多い)。特に二次配布サイトや雑誌収録において改竄されていないかを確認するには意識してチェックサムなどを確認する必要があるが、一次配布サイトにおいてチェックサムが安全な方法で公開されていない場合も多い。