深海魚
このタイプの発光を行うのは比較的少数の深海生物であり、遊泳性の深海魚ではチョウチンアンコウとニギス目の一部、底生性魚類ではソコダラ科・チゴダラ科の仲間が代表的である。このうちチョウチンアンコウ類を除く3グループの発光器は消化管から連続して発達しており、腸内細菌叢で維持された発光バクテリア（主に "Photobacterium phosphoreum"）が持続的に補給されていると見られる。発光器の数は少なく、通常1-2個である。
ダンゴウオ科
一般に底生性で、吸盤状の腹鰭を使って岩に張り付いた姿が観察される。浅い沿岸の岩礁に住むものから、深海に差しかかる大陸棚や大陸斜面上部で生活する種類まで、分布水深はさまざまである。例外的に、ホテイウオ "Aptocyclus ventricosus" のように成魚が深海の中層で浮遊生活を送る種類もいる。