宇宙海賊キャプテンハーロック
元々テレビアニメーション企画として松本が提案したがすぐには実現せず、『プレイコミック』での漫画連載が先行して始まった。企画は松本が主宰する「零時社」で行われ、アルカディア号などのデザインでスタジオぬえが参加していた。企画の背景には、松本も関わった『宇宙戦艦ヤマト』の爆発的ブーム、さらには『スター・ウォーズ・シリーズ』を中心としたSFブーム、また当時全盛期のロボットアニメに代わる分野の開拓があった。
サイエンス・フィクション
小説以外の分野に目を向けると、SF的な要素を設定に取り込んだアニメはひきつづき多数製作され、2000年代後半には拡張現実を取り扱った『電脳コイル』（2007）や、夢枕獏のSFをリスペクトした『天元突破グレンラガン』（2007)、『時をかける少女』の細田守による『サマーウォーズ』(2009)といったSFアニメが登場した。