恩賜上野動物園
開園は1882年3月20日（日本で最も早い）。開園時には農商務省、その後宮内省、東京市、東京都建設局が所管、現在は指定管理者制度により公益財団法人東京動物園協会が管理する。
みさき公園
上野動物園長の古賀忠道博士が設計指導して設立された最初の動物園。このため、ドイツのハーゲンベック動物園を範としつつも、日本最初の「動物地理学的配置（地理学展示）」による「無柵放養式展示」を採用した最新の様式を誇った（1年後に多摩動物公園が同様式を更に拡大充実して開園するなど、日本各地の動物園で古賀博士指導による動物園群が建設される先駆けとなった）。この新様式をもって「自然動物園」を名乗り、日本の動物園史のうえで画期的だったとされる。