古代守
同じく同時期に書き下ろされた藤川桂介作、ひおあきら画の漫画版でも、やはり宇宙海賊のキャプテンハーロックとして登場し、たびたびヤマトの危機を救う。アニメ版のドメルにあたる将軍ロメルを一騎討ちで仕留め、最後の戦闘でデスラーを葬るという活躍を見せる。松本版とは違い、顔に傷と眼帯をした素顔を見せており、最後には守だと名乗っている。放射能によって余命が長くないことを告げ、人間である部下たちと同じく地球へは帰還しなかった。ハーロックの乗る艦に特に名称はついていない。松本の『宇宙戦艦ヤマト』関連の裁判後は、「本作品中に登場するキャプテンハーロックは、松本零士著作物『宇宙海賊キャプテンハーロック』からの特別友情出演です」との断り書きが巻末につくようになった（なお、同作は『ヤマト』よりも後発の作品である）。
キャプテンハーロック -SPACE PIRATE CAPTAIN HARLOCK-
2008年8月初旬、映画監督の荒牧伸志が東映アニメーション取締役の清水慎治から、『宇宙海賊キャプテンハーロック』の新作パイロット版を監督してほしいと依頼を受ける。当初は作画にするのか3DCGにするのかも含め具体的なことは決まっていなかったが、数週間後に荒牧は本作のプロデューサーの池澤良幸と出会い、「世界標準のハイクオリティな3DCGアニメーションとして世界に打って出たい」という構想を聞かされた。それを聞いた荒牧は、すでにいくつかのプロジェクトで マーザ・アニメーションプラネットの前身であるセガVE研究開発部と制作の経験があったことから、彼らに制作してもらいたいと考えた。