アイヌ
アイヌの言語であるアイヌ語は言語類型論上は、膠着語に属する日本語とは異なり、抱合語に分類される。北海道、樺太、千島列島に分布していたが、現在ではアイヌの移住に伴い日本の他の地方（主に首都圏）にも拡散している。しかし母語話者は極めて少なくなっており、ユネスコによって2009年2月に「極めて深刻」(critically endangered) な消滅の危機にあると分類された、危機に瀕する言語である。危険な状況にある日本の8言語のうち唯一最悪の「極めて深刻」に分類された。系統的には「孤立した言語」とされており、縄文時代の言語をそのまま残しているという説の他、縄文時代からの言語に加えて中世以降のオホーツク文化人（ニヴフ系）の言語の影響も大きく受けているという説もある。北海道はもとより、東北地方北部にもアイヌ語地名が多数残っていることから、かつては分布域が東北北部まで広がっていたと考えられている。
日本人
日本人のほとんどが日本語を話す。他、琉球民族では琉球語（琉球方言）が話されるが、伝統的な方言はほとんど衰退している。そもそも琉球語を個別言語とするか日本語の方言とするかで議論があり、琉球語の下位方言をさらに独立した言語とする場合もある。