アシカ科
海生の哺乳類には、それぞれ独立に進化してきた大きな3つの現生グループがある。すなわち、クジラ類（かつてのクジラ目）、ジュゴン目（海牛）、そして鰭脚類（= ネコ目アザラシ上科）である。このほかに、孤立した種としてラッコやホッキョクグマ、すでに絶滅したごく小さなグループとして、束柱目がある。いずれも陸生の哺乳類から、水中の生活に再適応する形で分化した。
哺乳類
また、従来のモグラ目（食虫類）は、トガリネズミやモグラからなるメインのグループから、アフリカに分布するテンレック類とキンモグラ類の小グループが分離されて、前者はローラシア獣類、後者はアフリカ獣類と、2つの異なった上目グループに所属することになった。
たとえば、哺乳類がさまざまな「目」に分化し始めたのは、従来の化石研究では恐竜絶滅後（約6000万年前）のことと考えられていたが、遺伝子研究によれば、分化そのものは約1億年前にすでに始まっていたとされる。