コロボックル説
尚、平成18年の第169回国会で可決された「アイヌ民族を先住民族とすることを求める決議案」は「アイヌの人々を日本列島北部周辺、とりわけ北海道における先住民である」とした決議なのであって、過去日本列島において縄文式土器を使っていた人々の子孫がアイヌ人であるという説を支持する為の決議ではない。
古モンゴロイド
日本においては、縄文時代の住民（縄文人）は主に古モンゴロイド系であったと言われるが、その後に中国および北東アジアから渡来した新モンゴロイドと混血をした結果、現在の日本人の新モンゴロイドと古モンゴロイドの特徴が混在する形質が形成されたと考えられた。遺伝子解析の結果、日本人（琉球人、本土人、アイヌ人）は皆縄文人の血を受け継いでいるため、現在の東アジア大陸部の主要な集団とは異なる遺伝的構成であるという結果が出ている。