内陸県
河川の水系は、河川法によって「一級水系」（原則として国が区間指定して管理）、「二級水系」（原則として都道府県が区間指定して管理）、「単独水系」に区分され、一級水系には一級河川が、二級水系には二級河川が指定公示される。水系が分水界で囲む領域を流域とよぶが、日本で流域が海や内海と接続しない内陸流域は火口湖や堰止湖などのうちの一部に限られる。山梨県内の富士五湖のうち、西湖、本栖湖、精進湖は流出河川がないため、独立した二級水系に指定され山梨県が二級河川として管理している。日本で内陸流域だけで占められる内陸県は存在しない。内陸県を流れる河川はほぼ一級水系に属して県外に流れ、二級水系が県境を跨ぐ例はほとんどない。例外的に二級水系の銚子川水系、日高川水系、日置川水系の一部上流部が奈良県内を流れるが、銚子川は三重県が、日高川・日置川は和歌山県が、それぞれ区間を指定して管理している。
利根川
利根川は1964年の河川法改訂により一級河川に指定され、以後建設省を中心とした治水事業が継続して実施された。1965年（昭和40年）治水の新指針となる利根川水系工事実施基本計画が策定され、以降数度に及ぶ改定が行われ現在は毎秒2万2000mを基本高水流量として改修を行っている。この間渡良瀬遊水地の調節池化が1997年に完成、さらに遊水地内に貯水池を設けて多目的ダム化する渡良瀬貯水池が1989年（平成元年）完成し治水・利水が強化された。田中調節池（1965年）、菅生調節池（1960年）といった遊水池も完成。ダムでは薗原ダム（1965年）、川俣ダム（1965年）、川治ダム（鬼怒川。1983年）が完成し首都圏の治水・利水に供されている。また内水氾濫の防止、新規用水の確保と水質汚濁が顕著だった手賀沼の水質改善を目的に利根川と江戸川を結ぶ多目的人工河川（流況調整河川）である利根川広域導水事業・北千葉導水路（2000年）が建設された。なおこの事業において利根運河が野田緊急暫定導水路として1978年（昭和53年）に復活している。さらに中川、大落古利根川などの洪水を江戸川に流下させるため2007年（平成18年）には世界最大級の地下河川である首都圏外郭放水路が完成している。