深海魚
このタイプの発光を行うのは比較的少数の深海生物であり、遊泳性の深海魚ではチョウチンアンコウとニギス目の一部、底生性魚類ではソコダラ科・チゴダラ科の仲間が代表的である。このうちチョウチンアンコウ類を除く3グループの発光器は消化管から連続して発達しており、腸内細菌叢で維持された発光バクテリア（主に "Photobacterium phosphoreum"）が持続的に補給されていると見られる。発光器の数は少なく、通常1-2個である。
チョウチョウウオ科
ポリプ食性グループ（主にサンゴのポリプを主食とする）ミスジチョウ、ウミヅキチョウ、スミツキトノサマダイ、トノサマダイ、ヤスジチョウ、オウギチョウ、コクテンカタギ、ミカドチョウ、ハナグロチョウ、ゴールデンストライプバタフライフィッシュ、レインフォーズバタフライフィッシュなど……このグループの種はサンゴを与えないと飼育が難しい場合が多い。また、色彩も鮮やかな種もこのグループには多い。しかし、サンゴは高価なので経済的に悪い上、環境保全上の問題もある。但し、種によっては殻付きアサリを与えると餌付くので、徐々に人工餌に馴らせることもできる。このグループの種はどの種も難しい上級者向けに分類される。しかし、スミツキトノサマダイに関しては個体により人工餌を食べる場合もある。