コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
ホタルエビ
島田他は1994年に発見された琵琶湖のスジエビから原因菌を分離し、O1型のコレラ菌 "Vibrio cholerae" non-O1 であると同定した。また、前述の矢崎の記載から、それも同種であったろうと判断している。また、コレラの症状を発症する為の遺伝子をもたないことも確認し、またこれらのエビが生食されることもまず無いことから、人体への影響はないだろうと述べている。また、この菌が淡水魚にビブリオ病を起こすことがよくあること、それが往々にして高温と結びついていることを指摘した。その上で、この年の琵琶湖において水温がかなり高く、また水位が大きく下がったこと、それに加えて生け簀という特殊な環境でスジエビが感染を受け、それが大流行を起こしたのだろうと推定している。