蓮華寺 (京都市左京区)
上述のように、蓮華寺の起源である西来院は本来は時宗寺院であった。しかし、近義による再建に際して、実蔵坊実俊（じつぞうぼうじっしゅん）という比叡山延暦寺の僧が開山として招かれたことから、比叡山延暦寺を本山とし、延暦寺実蔵坊の末寺のひとつとして天台宗に属する寺院となった。また、現在の寺号は、境内地がかつて同名の廃寺の跡地であったことに由来する。
宝光院 (小林市)
当初は比叡山延暦寺の末寺で、また仁明天皇の御願所であったともされるが、村上天皇の時代に天台宗の性空上人が、霧島六社権現の一つ「雛守権現」を真方村（現・小林市真方）から勧請する際に宝光院にて修行した上で、この寺を雛守権現の別当寺とし「三峯山宝光院承和寺」と号した。これにより、宝光院は絶大な影響力を有すようになり、66に及ぶ支院を有するほどとなった。