隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
キリシタン
また、カトリック・プロテスタントその他を問わず日本のキリスト教徒が、過去も含めて「キリシタン」と自称することもない。特にカトリック信徒が日本一多い長崎県（カトリック長崎大司教区を擁する）では、かつての禁教・迫害などの辛い歴史を連想させるため、この呼称を嫌うカトリック信徒も少なくない。