幹細胞治療
30年以上にわたり、骨髄移植は、白血病やリンパ腫を治療するために使用されてきた。 これは、唯一、広く行われている幹細胞治療である。化学療法中に、ほとんどの増殖細胞は殺されるが、化学療法は白血病細胞やがん細胞と、骨髄内の造血幹細胞を区別せず殺してしまう。骨髄移植つまり、幹細胞移植がなされるのは造血幹細胞が死滅してしまうという一般的な化学療法の副作用の改善のためである。化学療法で失われた造血幹細胞を置換するために、ドナーの健康な骨髄が移植される。移植された骨髄からできた免疫細胞は、宿主の細胞を殺す免疫応答をおこすが、これはしばしば過剰になり、骨髄移植の最も深刻な副作用である移植片対宿主病を起こす。
幹細胞治療
ヒトのES細胞の使用に関する議論がある。 新しいES細胞の株をつくるためには、ヒトの胚を壊して、ばらばらにした細胞を培養することでES細胞はつくられるが、その技術が主に議論のまとになっている。 研究でのヒトES細胞の使用に対する反対は、しばしば哲学的、道徳的、または宗教的異論に基づいている。ヒト胚の破壊を伴わない他の幹細胞があり、そのような研究には、成体幹細胞、羊水幹細胞、および誘導多能性幹細胞（iPS細胞）がある。