隠れキリシタン
「潜伏キリシタン」は、当初は国内広く潜伏していたとされるが、多くの土地ではすぐに途絶えていったとみられる。しかし、長崎県をはじめ熊本県の天草など九州の一部では、キリスト教伝来当時から継続的に宣教師の指導を受けた信仰が広く浸透していたことから、幕末まで多くの信仰組織が存続していた。
キリスト教と同性愛
同性愛者によって設立され、同性愛者ほかの性的少数者を積極的に受け入れる教会として、アメリカに、メトロポリタン・コミュニティ教会がある。
日本では同性愛者であることをカムアウトしたうえで日本基督教団で正式に按手を受けた牧師として堀江有里牧師、平良愛香牧師、中村吉基牧師、池田季美枝牧師らがおり、平良愛香が代表を務めるエキュメニカルな性的少数者キリスト者グループであるキリストの風集会は、1995年より東京都内で月一回の定例礼拝を守っている。中村吉基牧師が代表をつとめる新宿コミュニティー伝道所は、「さまざまな性指向を持つ人びと」による礼拝を毎週行なっている。池田季美枝牧師は、2007年より市川東教会（旧・冨貴島教会）の主任牧師として、「女性や男性――さまざまな性指向・性自認を持つ人びと、子どもや高齢者、教会に来るのが初めての人、神の子イエスによる魂の癒しを求め教会を訪れるすべての人に開かれた教会」としての宣教・礼拝を行っている。また、日本基督教団所属の富田正樹牧師は、自分自身は同性愛者では無いが、聖書の中の同性愛に関する記述を吟味した結果として同性愛を容認するという立場を公にしている。