コレラ菌
このような時代背景の中で、1881年にインドで発生したコレラ（第5次パンデミック）は徐々に広がりを見せ、1883年にはエジプトに到達して流行を起こした。これに対して、ドイツ政府はコッホとガフキー()を中心にした調査団を、フランス政府はルイ・パストゥール（）の弟子にあたるエミール・ルー（）を中心とした調査団を、それぞれアレクサンドリアに派遣して、その原因究明に臨ませた。実験動物を用いてコレラ菌を分離しようとしたフランスの調査団に対し、コッホらは患者の腸管で増殖している菌を観察、分離培養することを試み、コレラ患者の糞便にコレラの原因菌と思われるコンマ型をした細菌の存在を見出した。なおフランス側の手法は成果なく終わったが、これは後に判ったことであるが、コレラ菌はヒト以外のほとんどの動物ではコレラを起こさないためであった。
マックス・フォン・ペッテンコーファー
コレラ菌の自飲実験については、医学倫理上の是非を巡って、研究者自身の生命に危険を伴う実験が許容されるかどうかという論争が実験直後から巻き起こった。いかに確信があるとはいえ致死量を超えるとされる量のコレラ菌を飲んだペッテンコーファーの行為は、現代でも、しばしば向こう見ずな愚行として批判に晒されている。しかしペッテンコーファーの行動は、ベルナールが「実験医学序説」に著わした指針、すなわち「たとえ科学の発展や大多数の人の幸福につながるものであっても、被験者にとって害にしかならない実験をしてはならない。この原則の例外は自己実験のみである」とする、人体実験の禁止という19世紀の当時の実験医学倫理に忠実なものだったという評価もある。例えば、これに対してイリヤ・メチニコフは梅毒に対するカロメル（甘汞、塩化水銀I）軟膏の治療効果を確認するために、メチニコフ自身ではなく志願した学生に梅毒を感染させる実験を行い、非難の対象となったことがある。