Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
Pondok Pesantren Darunnajah
Karena banyaknya rintangan dan hambatan, maka pendidikan belum bisa dilaksanakan di Ulujami, tetapi dilaksanakan di Petukangan bersama beberapa tokoh masyarakat, diantarannya Ust. Abdillah Amin dan H. Ghozali, berkerjasama dengan YKMI, tanggal 1 Agustus 1961, Ust. Mahrus Amin mulai membina madrasah Ibtidaiyah Darunnajah dengan jumlah siswa sebanyak 75 orang dan tahun 1964 membuka Tsanawiyah dan TK Darunnajah. Balai pendidikan Darunnajah diresmikan pada tahun 1964.