Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Militer Australia dalam konfrontasi Indonesia–Malaysia
Selain operasi di Malaysia, pasukan Australia berpatroli di perbatasan Indonesia-Papua Nugini selama konfrontasi. Operasi ini dilakukan oleh Resimen Kepulauan Pasifik (PIR), yang merupakan bagian dari Tentara Australia, diawaki oleh penduduk asli Nugini dan dipimpin oleh perwira Australia. Meskipun hanya terjadi satu insiden kontak antara PIR dan pasukan Indonesia, sejumlah serangan terjadi dan patroli ini–yang sering dilakukan di medan kasar–memicu permintaan cukup besar terhadap sumber daya pertahanan Australia yang terbatas. Pasukan PIR juga diperluas dari satu sampai dua batalyon pada tahun 1963 dalam menanggapi meningkatnya ancaman yang ditimbulkan Indonesia, meskipun batalyon ketiga yang diresmikan pada tahun 1964 tidak terbentuk. Tindakan pencegahan lainnya termasuk pembangunan dan peningkatan sejumlah lapangan terbang di Papua Nugini untuk digunakan oleh AU Australia.