Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Konflik Papua
Pada bulan Desember 1949, di akhir Revolusi Nasional Indonesia, Belanda sepakat untuk mengakui kedaulatan Indonesia atas wilayah bekas Hindia Belanda, dengan pengecualian dari Papua bagian barat, dimana Belanda terus mengakui sebagai Nugini Belanda. Pemerintah Indonesia nasionalis berpendapat bahwa itu adalah negara penerus dari Hindia Belanda dan menginginkan untuk mengakhiri kehadiran kolonial Belanda di Nusantara. Belanda berpendapat bahwa orang Papua dengan etnis yang berbeda dan bahwa Belanda akan terus mengelola wilayah itu sampai mereka mampu menentukan nasib sendiri. Dari tahun 1950 di Belanda dan negara-negara Barat sepakat bahwa Papua harus diberikan sebuah kemerdekaan sebagai negara, namun karena pertimbangan global, terutama kekhawatiran pemerintahan Kennedy untuk menjaga Indonesia berada pihak mereka dalam situasi Perang Dingin, Amerika Serikat menekan Belanda untuk mengorbankan kemerdekaan Papua dan menyerahkan untuk digabung bersama Indonesia.