Autisme
Ada dugaan bahwa autisme disebabkan oleh vaksin MMR yang rutin diberikan kepada anak-anak di usia dimana gejala-gejala autisme mulai terlihat. Kekhawatiran ini disebabkan karena zat kimia bernama thimerosal yang digunakan untuk mengawetkan vaksin tersebut mengandung merkuri. Unsur merkuri inilah yang selama ini dianggap berpotensi menyebabkan autisme pada anak. Namun, tidak ada bukti kuat yang mendukung bahwa autisme disebabkan oleh pemberian vaksin. Penggunaan thimerosal dalam pengawetan vaksin telah diberhentikan namun angka autisme pada anak semakin tinggi.
Kontroversi vaksin MMR
John Walker-Smith, salah satu penulis laporan Wakefield dan pendukung vaksin MMR, menulis pada tahun 2002 bahwa epidemiologi menunjukkan bahwa MMR aman bagi sebagian besar anak-anak, tetapi menyatakan bahwa epidemiologi adalah alat tumpul dan penelitian pun berpotensi melupakan golongan masyarakat berisiko yang benar-benar memiliki hubungan antara MMR dan autisme. Namun, apabila ciri klinis dan patologis subtipe autisme langka sudah diidentifikasi dengan baik, penelitian epidemiologi dapat menyelesaikan persoalan apakah MMR memicu subtipe autisme tersebut. Tidak ada bukti ilmiah bahwa MMR merusak sistem imun bayi dan banyak bukti yang menunjukkan sebaliknya (penguatan imun).