Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Papua (wilayah Indonesia)
Pada tanggal 17 Agustus 1945, Hindia Belanda memproklamasikan kemerdekaannya menjadi negara Indonesia. Indonesia pun menuntut semua wilayah bekas Hindia Belanda sebagai wilayahnya. Akan tetapi, Belanda ingin menjadikan Irian Barat sebagai negara terpisah karena adanya perbedaan etnis. Status Irian Barat tidak terselesaikan dalam Konferensi Meja Bundar di Den Haag dan diputuskan untuk ditunda pembahasannya selama 1 tahun. Penyelesaian status Irian Barat menjadi berlarut-larut dan tidak selesai juga hingga tahun 1961, sampai terjadilah pertikaian bersenjata antara Indonesia dan Belanda pada Desember 1961 dan awal 1962 untuk memperebutkan wilayah ini. Melalui Perjanjian New York, akhirnya disetujui untuk menyerahkan sementara Irian Barat kepada PBB melalui United Nations Temporary Executive Authority (UNTEA) sebelum diberikan sepenuhnya kepada Indonesia pada 1 Mei 1963. Kedudukan Irian Barat menjadi lebih pasti setelah diadakan sebuah referendum "act of free choice" pada tahun 1969, di mana rakyat Irian Barat memilih untuk tetap menjadi bagian dari Indonesia.