Yesuit
Pada 14 Desember 1904, Van Lith, SJ membaptis 171 orang di Sendangsono, Muntilan, Jawa Tengah, setelah sebelumnya 4 orang dari desa Kalibawang dibaptis pada 20 Mei 1904. Van Lith juga membangun sekolah seminari menengah di Muntilan. Seminari ini akhirnya menghasilkan para imam Yesuit pertama dari Indonesia yang ditahbiskan antara tahun 1926–1928 yaitu F.X. Satiman, SJ, A. Djajasepoetra, SJ, dan Albertus Soegijapranata, SJ. Dengan keputusan Paus Pius XII pada tanggal 1 Agustus 1940 Vikariat Apostolik Semarang didirikan, dengan uskup pertamanya Albertus Soegijapranata, SJ, sebagai uskup pribumi Indonesia pertama. Seorang imam diosesan, Yustinus Darmojuwono, Pr. kemudian menggantikannya sebagai Uskup Agung Semarang sejak 1964 dan kemudian diangkat menjadi kardinal pertama dari Indonesia pada 26 Juni 1967. Yustinus Darmojuwono kemudian digantikan oleh Julius Darmaatmadja, SJ sebagai uskup agung Semarang dan kemudian menjadi uskup agung Jakarta dan diangkat sebagai kardinal kedua dari Indonesia.lalu digantikan oleh Ignatius Suharyo,Pr 29 Juni 2010.
Keuskupan Agung Tokyo
Apostolik Vikariat pertama di Jepang Utara adalah Mgr. Pierre Marie Osouf.Pada tanggal 17 April 1891, Vikariat Apostolik Jepang Utara dibagi menjadi Keuskupan Agung Tokyo dan Keuskupan Hakodate, dan Mgr. Osouf diangkat sebagai Uskup Agung Tokyo yang pertama.Pada tanggal 13 Agustus 1912, Keuskupan Agung Tokyo menyerahkan prefektur Toyama, Fukui dan Ishikawa ke wilayah Prefektur Apostolik Niigata yang baru didirikan, dan pada tanggal 18 Februari 1922, prefektur Aichi dan Gifu diserahkan ke wilayah Prefektur Apostolik yang baru didirikan Nagoya.Pada bulan November 1937, Tokyo dipercayakan kepada biarawan Jepang dan tinggal di Tokyo-to dan prefektur Chiba. Wilayah yang tersisa terpisah untuk membentuk Keuskupan Yokohama. Uskup Agung pertama yang dipilih di antara biarawan Jepang adalah Uskup Agung Petrus Tatsu Doi.