Hillel Slovak
Red Hot Chili Peppers masuk Bijou Studios untuk merekam sebuah demo dan kemudian mendapatkan sebuah kontrak rekaman dengan EMI. Flea meninggalkan Fear untuk bersama Red Hot Chili Peppers. Pada saat yang sama, What Is This? juga mendapatkan kontrak rekaman. Sejak Slovak menganggap Chili Peppers hanya sebagai proyek sampingan dan bukan komitmen serius, dia meninggalkan mereka untuk berkonsentrasi pada What Is This? Flea pada akhirnya menghormati keputusan itu, tetapi merasa band akan menderita secara musik tanpa mereka. Dia dan Kiedis memperkerjakan dan merekrut drummer Cliff Martinez dan gitaris Jack Sherman untuk masing-masing mengisi tempat Irons dan Slovak. Selama rekaman album kedua What Is This?, Slovak menjadi frustrasi dengan band dan mengontak Flea ingin bergabung kembali dengan Red Hot Chili Peppers. Hal ini merupakan saat yang tepat, karena grup band tidak puas dengan gitaris pengganti Slovak, Jack Sherman. Kiedis merasa gitar Sherman "tidak memiliki semangat yang sama" dengan yang dikerjakan oleh Slovak untuk sound gitar di dalam band. Saat Flea bertanya pada Kiedis apa yang dia rasakan tentang Slovak bergabung kembali dengan band, Kiedis menanggapinya dengan berkata "saya akan memberikan putra pertama saya yang lahir untuk membawanya kembali ke band." Setelah puncak tur promosi untuk album pertama mereka, Sherman dipecat dan Slovak bergabung kembali dengan band.
Flea
Marshall diberhentikan pada akhir tur, dan band memasukkan mantan gitaris Jane's Addiction, Dave Navarro untuk merekam album baru. Kiedis sedang di tengah situasi kembali ke kebisaaan buruknya akan heroin, yang memaksa Flea untuk mengambil alih peran sebagai penulis lirik, sesuatu yang belum selesai ia lakukan. Dia menulis hampir seluruh lagu "Transcending", dan intro untuk "Deep Kick". Flea juga menulis lirik-lirik untuk keseluruhan lagu; "Pea", dimana dia juga bermain bass dan menyanyi. Ketiga lagu ini muncul dalam album keenam Chili Peppers', "One Hot Minute", yang dirilis pada tanggal 12 September 1995. album tersebut menerima tinjauan yang beragam dan secara signifikan secara komersial kurang sukses dibandingkan "Blood Sugar Sex Magik". Tur "One Hot Minute" akhirnya dibatalkan karena berbagai macam luka yang dialami Kiedis dan Smith, dan the Red Hot Chili Peppers kemudian memutuskan untuk istirahat. Flea mulai berlatih yoga, dan perlahan-lahan mengurangi penggunaan ganja. Selama ketidakaktifan Chili Peppers', Flea bergabung dengan Navarro dalam tur reuni Jane's Addiction pada tahun 1997, mengisi posisi basis mantan Jane's Addiction, Eric Avery. Gosip beredar bahwa band tersebut sudah bubar, hingga Navarro menyatakan hal sebaliknya: "Saya ingin mengklarifikasi bahwa Chili Peppers tidak bubar ... Flea dan saya sangat gembira untuk melakukan kedua proyek, selama waktu memungkinkan."