Adipati
Setelah terpecahnya wangsa Mataram, wilayah Kasunanan Surakarta harus menyerahkan hampir separuh wilayahnya kepada Keadipatian (Kadipaten) Mangkunegaran (1757). Mangkunegaran merupakan keadipatian otonom, dalam arti dapat mengurus wilayah kekuasaannya tanpa harus berkonsultasi dengan Kasunanan. Hal ini merupakan suatu hal yang baru dalam sejarah kekuasaan di Jawa. Sekitar enam puluh tahun kemudian (1813), giliran Kesultanan Yogyakarta harus menyerahkan sebagian kekuasaannya untuk menjadi Keadipatian Pakualaman, yang juga bersifat otonom.
Ada juga kadipaten kecil yang merdeka dengan fungsi buffer state misal Kadipaten Dayeuhluhur di perbatasan wilayah Sunda dan Jawa.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Pada tahun 1620, target utama Mataram bergeser ke arah kota Surabaya itu sendiri. Selama tahun 1620-1625, pasukan Mataram secara berkala mengepung Surabaya. Pengepungan itu sulit karena bagian dari Surabaya (termasuk istana kadipaten) yang terletak di antara cabang-cabang Sungai Brantas, dan dalam banyak bagian-bagiannya dikelilingi oleh rawa, yang membentuk benteng alami dan menjadi risiko kesehatan bagi para pengepung. Selain itu, kota itu bertembok dan diperkuat dengan meriam. Posisi Surabaya sebagai kota pelabuhan membuat Mataram perlu untuk memblokade Surabaya melalui laut dan darat. Keterbatasan logistik dan musim hujan tahunan menyebabkan Mataram tidak dapat mempertahankan pengepungan terus menerus. Sebaliknya, Mataram mengikuti pola menyerang saat musim kemarau, menghancurkan tanaman dan menjarah hasil panen dari daerah Surabaya dan sekitarnya.