Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Papua Nugini
Secara geologi, Pulau Papua adalah perluasan utara dari Lempeng Indo-Australia, membentuk bagian massa daratan tunggal Australia-Papua (juga disebut "Sahul" atau "Meganesia"). Pulau Papua terhubung dengan ruas Australia oleh sebuah paparan benua yang dangkal melintasi Selat Torres, yang pada zaman lampau merupakan sebuah "land bridge" — khususnya pada Zaman es ketika permukaan laut lebih rendah daripada zaman sekarang.
Akibatnya, banyak spesies burung dan mamalia yang ditemukan di Pulau Papua memiliki pranala genetik yang dekat dengan spesies yang berpadanan di Australia. Satu fitur yang berharga bagi kedua-dua daratan ini adalah kehadiran beberapa spesies mamalia marsupial, termasuk beberapa kangguru dan possum, yang tidak ada di tempat lain.