Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
Madrasah Al-Shaulatiyah
Lokasi Madrasah Al-Shaulatiyah pada mulanya berada "sepelemparan" batu dari Masjidil Haram, sampai kemudian dengan adanya proyek perluasan Masjidil Haram, Madrasah Shaulatiyah dipindah ke Kakiyah . Gedung kedua yang didirikan pada 1320 H saat Perang Dunia pertama, batu pertama diletakkan dengan dihadiri para Ulama dan Masyaikh Makkah, kemudian pembangunan dihentikan karena masih ada perang dunia, lalu dilanjutkan pembangunannya dan baru selesai pada 1343 H.