Papua
UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua mengamanatkan nama provinsi ini untuk diganti menjadi Papua. Pada tahun 2003, disertai oleh berbagai protes (penggabungan Papua Tengah dan Papua Timur), Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (setahun kemudian menjadi "Papua Barat"). Bagian timur inilah yang menjadi wilayah Provinsi Papua pada saat ini.
Papua Nugini
Karena Lempeng Indo-Australia (yang meliputi anak benua India, Australia, dan lantai Samudera Indonesia di antara kedua-duanya) membujur ke utara, ia bertumbukan dengan Lempeng Eurasia, dan tumbukan kedua-dua lempeng itu menyembulkan Pegunungan Himalaya, kepulauan Indonesia, dan Pegunungan Tengah Pulau Papua. Pegunungan Tengah lebih muda dan lebih tinggi daripada pegunungan di Australia, sehingga ia menjadi gletser khatulistiwa yang langka. Pulau Papua adalah bagian dari zona tropika yang lembap, dan banyak tumbuhan hutan hujan Indomalaya tumbuh lebat melintasi selat-selat yang sempit dari Asia, bercampur dengan flora Australia dan Antartika.