Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
Pondok Pesantren Modern Islam Assalaam
Pada tahun 1986/1987 didirikan Madrasah Takhasush sebuah kelas persiapan untuk calon santri yang akan melanjutkan ke MA Assalaam yang berasal dari SLTP umum di luar Assalaam. Pada tahun 1988/1989 didirikan Sekolah Menengah Atas (SMA) Assalaam dalam rangka memenuhi kebutuhan masyarakat dan mengikuti perkembangan pendidikan yang terjadi di luar Assalaam. Memasuki tahun pelajaran 2005/2006, Sekolah Menengah Kejuruan (SMK) di idirikan. yang mengambil program keahlian Komputer dan Jaringan dan Persiapan Grafika. SMK bermaksud untuk mencetak tenaga profesional dengan tetap berwawasan pada nilai-nilai Keislaman.