Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Nusa Tenggara Timur
Belanda waktu itu masih dikuasai oleh pemerintah boneka dari kekaisaran Prancis di bawah Napoleon. Keadaan tersebut dimanfaatkan Britania untuk memperluas jajahannya dengan merebut jajahan Belanda. Armada Britania mengganggu daerah kekuasaan Belanda, sehingga pada tahun 1799 hampir seluruh wilayah Indonesia (kecuali Jawa, Palembang, Banjarmasin dan Timor) jatuh dalam kekuasaan Britania. Dua kapal Britania memasuki pelabuhan Kupang pada l0 Juni l797, namun berhasil dipukul mundur oleh Greving yang mengarahkannya pada Mardijkers. Saat VOC dibubarkan pada tahun 1799, segala hak dan kewajiban Indonesia diambil alih oleh pemerintah Belanda. Peralihan ini tidak membawa perubahan apapun, karena pada waktu itu Belanda menghadapi perang yang dilancarkan oleh negara tetangga.