Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Timor Belanda
Selama Perang Pasifik, Timor Belanda dan Portugis jatuh ke tangan Jepang, yang mengalahkan 600 prajurit garnisun Belanda dan sebuah kesatuan komando yang beranggotakan 1.400 prajurit Australia (lihat: Pertempuran Timor). Pada tanggal 14 Agustus 1945, pulau tersebut berhasil dibebaskan, dan 3 hari kemudian, Proklamasi Kemerdekaan Indonesia dikumandangkan. Belanda yang mencoba menjajah kembali harus berhadapan dengan perlawanan sengit dari pejuang kemerdekaan. Pada tahun 1950, Timor Belanda menjadi Timor Indonesia. Nama Timor Barat digunakan pada tahun 1975, ketika Indonesia menduduki Timor Portugis.