Papua
UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua mengamanatkan nama provinsi ini untuk diganti menjadi Papua. Pada tahun 2003, disertai oleh berbagai protes (penggabungan Papua Tengah dan Papua Timur), Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (setahun kemudian menjadi "Papua Barat"). Bagian timur inilah yang menjadi wilayah Provinsi Papua pada saat ini.
Papua Nugini
Orang Barat hanya sedikit mengetahui pulau ini hingga abad ke-19, meskipun para saudagar dari Asia Tenggara telah mengunjungi Pulau Papua sejak 5.000 tahun lalu untuk mengoleksi bulu dan rambut Cendrawasih, dan para penjelajah berkebangsaan Spanyol dan Portugis telah menemukannya pada abad ke-16 (tahun 1526 dan 1527 oleh Jorge de Menezes). Nama negara ini yang memberi kesan ganda dihasilkan dari sejarah administratifnya yang kompleks sebelum kemerdekaan. Kata "papua" diturunkan dari "pepuah" kata dari bahasa Melayu yang menggambarkan rambut orang Melanesia yang keriting, dan "New Guinea" ("Nueva Guinea") adalah nama yang digulirkan oleh penjelajah dari Imperium Spanyol, Yñigo Ortiz de Retez, yang pada tahun 1545 mencatat kemiripan orang-orang Papua dibandingkan dengan orang-orang yang pernah dilihatnya di sepanjang pesisir Guinea, Afrika.