Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Insiden Honnoji
Insiden Honnoji (本能寺の変, "Honnōji-no-hen") adalah sebuah insiden berdarah di mana Oda Nobunaga, "daimyo" Owari, yang dikenal sebagai peletak dasar persatuan Jepang pada Zaman Sengoku, dikudeta oleh bawahan kepercayaanya, yaitu Akechi Mitsuhide. Di tengah bangunan yang dilalap api Nobunaga melakukan "seppuku". Peristiwa itu terjadi pada 21 Juni 1582 di Honnoji, sebuah kuil di Kyoto, tempat Nobunaga bermalam dalam perjalanannya ke wilayah barat untuk bergabung dengan ekspedisi militer penaklukan klan Mori. Kematian Nobunaga mengakhiri dominasi klan Oda dan bangkitnya klan Toyotomi yang berhasil mengkonsolidasi kekuatan setelah mengalahkan Mitsuhide.