Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
IAIN Padangsidempuan
Institut Agama Islam Negeri Padangsidimpuan (IAIN Padangsidimpuan) adalah Institut Agama Islam Negeri (IAIN) di Tapanuli Selatan, Sumatera Utara, Indonesia. IAIN Padangsidimpuan didirikan berdasarkan pada Surat Keputusan Presiden Nomor 11 tahun 1997 tanggal 21 Maret 1997 serta Keputusan Menteri Agama R.I. Nomor: E/125/1997. Sekolah tinggi ini diresmikan oleh Menteri Agama pada saat itu, Dr. H. Tarmizi Taher, tanggal 30 Juni 1997 bersama dengan 32 STAIN lainnya. Perguruan tinggi ini merupakan pengembangan lebih lanjut dari Fakultas Tarbiyah IAIN Imam Bonjol, yang kemudian dialihstatuskan menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri. Berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 52 Tahun 2013 tentang Perubahan Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Padangsidimpuan Menjadi Institut Agama Islam Negeri Padangsidimpuan, pada hari Senin 6 Januari 2014, Menteri Agama RI Suryadharma Ali meresmikan STAIN Padangsidimpuan menjadi Institut Agama Islam Negeri Padangsidimpuan, sekaligus melantik Dr. H. Ibrahim Siregar, MCL sebagai Rektor pertama. Peresmian dan Pelantikan ini dilaksanakan di auditorium IAIN Padangsidimpuan dan dihadiri oleh Dirjen Pendidikan Islam Prof. Nur Syam, Direktur Pendidikan Tinggi Islam Prof. Dede Rosyada, para bupati dan wali kota se-Tapanuli bahagian Selatan serta ribuan undangan lainnya.