Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Peperangan era Napoleon
Karena tidak bisa menerima hal ini, Friedrich Wilhelm III dari Prusia, yang merupakan anggota imperium, pada bulan yang sama membuat keputusan yang berani dengan menyatakan perang secara terpisah melawan Perancis dan negara-negara koalisi. Di bulan September, Napoleon menggerakkan seluruh pasukannya yang berada di timur Rhein. Napoleon sendirilah yang mengalahkan tentara Prusia di Jena pada tanggal 14 Oktober 1806, dan Marsekal Davout mengalahkan lainnya di Auerstädt pada hari yang sama. Sekitar 160 ribu tentara Perancis (jumlah yang bertambah terus seiring dengan kemenangan-kemenangan yang diraih Napoleon) menyerang Prusia dengan strategi yang jitu disertai pergerakan yang cepat, sehingga berhasil menghancurkan kekuatan militer yang lebih besar dan kuat yaitu sekitar seperempat juta tentara Prusia; dengan korban jiwa 25 ribu orang, menahan sekitar 150 ribu orang, menyita 4 ribu artileri, serta lebih dari 100 ribu musket di Berlin.