Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Pemberontakan Tirol
Pemberontakan ini dimulai pada tanggal 9 April 1809 di Innsbruck. Namun, pada akhirnya Austria mengalami kekalahan dalam Perang Koalisi Kelima, dan Perjanjian Schönbrunn yang ditandatangani pada tanggal 14 Oktober 1809 mengakhiri perang tersebut. Dalam perjanjian tersebut, Kaisar Franz I dari Austria secara resmi mencabut klaimnya atas wilayah Tirol, dan Napoleon lalu memerintahkan penaklukan kembali Tirol pada hari yang sama. Para pemberontak yang masih tersisa pada akhirnya dikalahkan dalam Pertempuran Bergisel Keempat pada tanggal 1 November 1809.