Super Junior
Bulan Februari 2006, Super Junior 05 mulai menampilkan "Miracle", lagu promosi singel kedua dari album debut mereka. "Miracle" memuncaki tangga lagu Thailand, menarik minat dari pasar Internasional. Begitu promosi "Miracle" berakhir, SM Entertainment mulai memilih anggota baru untuk generasi kedua Super Junior, Super Junior 06. Perusahaan bahkan telah menyiapkan sebuah daftar anggota terpilih untuk wisuda dari grup. Namun, perusahaan membuang konsep rotasi setelah menambahkan anggota ketiga belas, Kyuhyun, tahun 2006. Grup tersebut kemudian dikenal dengan nama hanya Super Junior, tanpa suffix "05". Anggota Eunhyuk secara tidak langsung menjelaskan di sebuah "variety show" bahwa grup junior mereka, SHINee bisa jadi bagian dari grup, tetapi that was contemplated sebelum Kyuhyun menghancurkan konsep rotasi tersebut.
Super Junior
Di akhir 2006, Kyuhyun, Ryeowook, dan Yesung membentuk subgrup Super Junior-K.R.Y., sub-unit pertama Super Junior. Mereka menampilkan singel pertama mereka "The One I Love", lagu tema dari drama "Hyena", di program musik "Music Bank" KBS tanggal 5 November 2006. Bulan February 2007, Leeteuk, Heechul, Kangin, Sungmin, Shindong dan Eunhyuk membentuk Super Junior-T, sebuah grup yang menyanyikan jenis musik trot. Mereka merilis singel pertama mereka "Rokuko" tanggal 23 Februari 2007, melakukan penampilan debut di Inkgayo" dua hari setelahnya.