Keshogunan Tokugawa
Pemerintahan keshogunan Tokugawa selama 264 tahun disebut sebagai zaman Edo atau zaman Tokugawa. Periode terakhir Keshogunan Tokugawa yang diwarnai dengan maraknya gerakan untuk menggulingkan keshogunan Tokugawa dikenal dengan sebutan Bakumatsu.
Keshogunan Kamakura
Masih pada tahun yang sama (1184), Yoritomo menerima mandat dari mantan Kaisar Go-Shirakawa untuk menyingkirkan Yoshitsune dan Minamoto no Yukiie dengan alasan telah melanggar aturan pemerintah Yoritomo. Dalam usaha menangkap Yoshitsune dan Yukiie, Yoritomo diberi mandat untuk memberhentikan serta mengangkat Jitō dan Shugo yang bertugas memungut pajak berupa beras untuk perbekalan militer dan sebagai pejabat di kantor pemerintah lokal. Berdasarkan mandat tersebut, Yoritomo berkuasa atas kekuatan militer serta kepolisian di seluruh negeri, dan sekaligus menandai berdirinya pemerintahan Keshogunan Kamakura yang menguasai seluruh Jepang. Walaupun demikian, pemerintah Yoritomo baru menguasai seluruh wilayah Jepang bagian timur setelah menghancurkan klan Ōshū Fujiwara dalam Pertempuran Ōshū 1189.