Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Boshin
Setelah terjadi kudeta di Chōshū dan kekuasaan kembali ke tangan faksi radikal antikeshogunan, keshogunan mengumumkan niat untuk memulai ekspedisi menaklukkan Domain Chōshū yang dianggap membangkang. Ancaman ini berakibat pada dijalinnya aliansi rahasia antara Domain Chōshū dan Domain Satsuma. Pada akhir tahun 1866 terjadi perubahan besar dalam peta politik setelah wafatnya shogun Tokugawa Iemochi yang disusul mangkatnya Kaisar Kōmei. Sebagai pengganti, Tokugawa Yoshinobu diangkat sebagai shogun, dan Kaisar Meiji naik tahta. Perkembangan baru tersebut membuat "gencatan senjata tidak dapat dihindari." Pada 9 November 1867, perintah rahasia dikeluarkan oleh Domain Satsuma dan Chōshū atas nama Kaisar Meiji untuk membunuh shogun Yoshinobu. Atas usulan daimyo Tosa, Yoshinobu sudah lebih dulu mengundurkan diri dan mengembalikan kekuasaan kepada kaisar, dan setuju dirinya dijadikan "sarana untuk melaksanakan" perintah kaisar. Peristiwa ini menandai berakhirnya Keshogunan Tokugawa.