Naruto Shippuden
Naruto Shippuden adalah sebuah seri anime yang diadaptasi dari bagian II manga Naruto. Serial ini disutradarai oleh Hayato Date dan diproduksi oleh Studio Pierrot dan TV Tokyo. Pada bagian ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi "movie"-nya dengan judul "Naruto Shippuden The Movie" yang dirilis di Jepang pada Agustus 2007. Film ini menceritakan tentang usaha ninja jahat dalam membangkitkan Mouryou, roh jahat yang telah dikalahkan 20 tahun yang lalu. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Film ini menceritakan serangan kelompok ninja dari Negara Langit kepada Konoha. Kemudian Naruto Shippūden The Movie 3: Inheritors of the Will of Fire. Di sini diceritakan Konoha dituduh sebagai dalang penyebabnya para ninja dengan Kekkei Genkai menghilang dari Sunagakure, Kirigakure, Kumogakure dan Iwagakure. Di Indonesia, Naruto Shippuden sempat ditayangkan di Indosiar dan saat ini ditayangkan di GTV.
Road to Ninja: Naruto the Movie
Setelah berhasil mengambil gulungan, pria bertopeng itu kemudian mengambil Sakura sebagai sandera dan menghancurkan Konoha. Sementara ninja Konoha sedang dalam proses pemulihan, Naruto segera pergi menyusul untuk bertukar gulungan Red Moon demi keselamatan Sakura. Naruto menerima bantuin dari Akatsuki saat ia memulai pertempurannya dengan pria bertopeng yang berubah menjadi Menma, Rekan naruto. Naruto menang tetapi Tobi memiliki tubuh Menma untuk meneruskan pertempuran. Sharingan tobi menghapus kenangan masa lalu Naruto yang kemudian dipulihkan oleh gulungan Red Moon yang memungkinkan Naruto untuk mengalahkan Tobi dan menghilangkan jutsu Gentei Tsukuyomi. Menma, sekarang hilang dari pengaruh Tobi, yang dirawat oleh Minato dan Kushina sementara Naruto berpisahan kepada orang tuanya sebelum kembali ke dunianya dengan Sakura. Di apartemen Naruto, Iruka Umino menyambut Naruto dirumah dengan hidangan kue, mengingatkan kepada Naruto bahwa dia tidak sendirian.