Operasi Seroja
Timor Leste berutang kekhasan teritorialnya dari pembagian Pulau Timor, dan kepulauan Indonesia secara keseluruhan, juga fakta bahwa wilayah itu dijajah oleh Portugis, bukan orang Belanda (kesepakatan membagi pulau antara dua kekuatan ditandatangani pada tahun 1915). Pemerintahan kolonial digantikan oleh Jepang selama Perang Dunia II, yang kemudian melahirkan gerakan perlawanan yang mengakibatkan kematian dari 60.000 orang Timor, atau 13 persen dari seluruh penduduk pada saat itu. Setelah perang, Hindia Belanda menjamin kemerdekaannya independen sebagai Republik Indonesia. Dan Portugis sementara itu kembali mendirikan kontrol atas Timor Timur. Ketika Timor Timur diserbu oleh Indonesia pada bulan Desember 1975, "beberapa sebelumnya terkait untuk menjadi bagian dari nusantara. Namun, sebagai bekas koloni Portugis, ia tidak memiliki pengalaman kolonial bersama seperti di daerah lain."
Gereja Katolik di Indonesia
Pada awal abad ke 16 semangat petualangan menjelajah samudera dan mencari sumber rempah-rempah di kalangan bangsa Portugis yang beragama Katolik membawa mereka hingga ke Malaka. Kontak agama Katolik dengan bumi nusantara merembet dari pangkalan Portugis di Malaka ke pulau-pulau lain melalui pelabuhan-pelabuhan utama yang disinggahi kapal-kapal dagang Portugis, misalnya: Banda (1511), Ternate (1513), Sunda Kelapa (1522), Panarukan (1528). Di Indonesia, orang pertama yang menjadi Katolik adalah orang Maluku, Kolano (kepala kampung) Mamuya (di Halmahera, Maluku Utara) yang dibaptis seorang awam pedagang Portugis, Gonzalo Veloso, bersama sebagian besar warga kampungnya pada tahun 1534 setelah menerima pemberitaan Injil. Peristiwa itu menjadi titik tolak peringatan 450 tahun Gereja Katolik di Indonesia pada 1984. Ketika itu para pelaut Portugis baru saja menemukan kepulauan rempah-rempah itu dan bersamaan dengan para pedagang dan serdadu-serdadu, para imam Katolik juga datang untuk menyebarkan Injil. P. Simon Faz OFM membaptis lebih dari 5000 orang sekitar tahun 1534 di Halmahera. Salah seorang misionaris besar yang berkunjung di Indonesia adalah Santo Fransiskus Xaverius, salah seorang pendiri Serikat Yesus (SJ) yang antara tahun 1546 sampai 1547 meneguhkan iman umat Katolik di pulau Ambon, Saparua dan Ternate. Ia juga membaptis beberapa ribu penduduk setempat.