MA Al-Hikmah
Madrasah ini bernama Madrasah Aliyah Alhikmah 2 ( baca : MALHIKDUA SCHOOL). Lahir dari sebuah lembaga non formal yakni pondok pesantren. Secara resmi kelembagaan, MA Alhikmah 2 Benda mengajukan izin operasional mulai tahun 1990 ke Departemen Agama. Namun sebenarnya Madrasah ini sudah ada sejak 1981, yang kala itu masih bergabung dengan Madrasah Muallimin dan Muallimat. Seiring perkembangan siswanya ( th 1981) yang tidak memuaskan, maka pihak yayasan mencoba menempelkan label Negeri dengan maksud untuk menarik calaon siswa baru, maka jadilah pada tahun 1983 sampai dengan 1987 MA Alhikmah 2 menjadi Madrasah Aliyah Fillial MAN Babakan. Namun masa-masa ini tidak berlangsung lama, 1990 pihak pengelola mengajukan permohonan baru untuk pendirian MA Alhikmah 2 Swasta, dan pada tanggal 30 Oktober 1990 Departemen Agama mengeluarkan SK No. WK/5.d/210/Pgm/MA/1990 dengan jurusan A1,A2 ( Jurusan Agama dn IPS) . Jumlah siswa pada saat itu hanya sekitar 160 ( 90 Siswa jurusan Agama, 70 Siswa Jurusan IPS)Tahun 1994 merupakan tahun di mana Madrasah ini mengalami sekian banyak perubahan dan pengembangan yang antara lain :
Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah
Berdirinya INSTIKA pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Annuqayah di mana dengan melihat perkembangan santri Annuqayah tahun demi tahun yang semakin bertambah, dan memperhatikan alumni Madrasah Aliyah, baik madrasah aliyah 1 dan madrasah aliyah 2 Annuqayah yang berminat melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi terutama ke IAIN, maka dewan pengurus Yayasan Annuqayah mempunyai keinginan mendirikan perguruan tinggi.
Keinginan itu kemudian ditindak lanjuti dengan keluarnya SK. Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor : I.b./B/KPTS/1984. dari hasil kerja panitia yang dibentuk, didirikanlah Perguruan Tinggi Islam Annuqayah (PTIA) dengan fakultas pertama yang dipilih adalah Fakultas Syari’ah Jurusan Tafsir Hadits (TH), karena dianggap paling sesuai dengan kajian-kajian yang diberikan di pondok-pondok pesantren.
PTIA dibuka resmi pada tanggal 13 Oktober 1984, dengan mahasiswa angkatan pertama 43 orang. Acara pembukaan PTIA ini dihadiri oleh Purek IAIN Sunan Ampel Surabaya, dan diisi dengan studium general oleh salah seorang dosen senior IAIN Sunan Ampel Surabaya.
Kemudian pada tanggal 1 Januari 1986, PTIA diubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah Annuqayah (STISA), karena masih belum memenuhi syarat untuk menjadi sebuah perguruan tingi. Sedangka Izin Operasional STISA baru diperoleh pada