Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Minahasa
Bangsa Spanyol telah menjajah Kepulauan Filipina pada waktu itu dan Minahasa dijadikan perkebunan kopi yang didatangkan dari Amerika Selatan karena tanah Minahasa yang subur. Manado kemudian lebih dikembangkan oleh Spanyol untuk menjadi pusat perdagangan kopi bagi pedagang-pedagang Tiongkok. Dengan bantuan suku-suku Minahasa yang menjadi sekutu, Spanyol merebut benteng Portugis di Amurang pada 1550-an, dan kolonis Spanyol kemudian membangun benteng di Manado, sehingga akhirnya Spanyol menguasai seluruh Minahasa. Pada abad ke 16 salah satu komunitas Indo-Eurasia pertama di Nusantara muncul di Manado. Raja pertama Manado, Muntu Untu (1630) sebenarnya merupakan keturunan setengah Spanyol.