John Frusciante
Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band." Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia." Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,"Californication", yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di "Californication" adalah favoritnya.
Flea
Marshall diberhentikan pada akhir tur, dan band memasukkan mantan gitaris Jane's Addiction, Dave Navarro untuk merekam album baru. Kiedis sedang di tengah situasi kembali ke kebisaaan buruknya akan heroin, yang memaksa Flea untuk mengambil alih peran sebagai penulis lirik, sesuatu yang belum selesai ia lakukan. Dia menulis hampir seluruh lagu "Transcending", dan intro untuk "Deep Kick". Flea juga menulis lirik-lirik untuk keseluruhan lagu; "Pea", dimana dia juga bermain bass dan menyanyi. Ketiga lagu ini muncul dalam album keenam Chili Peppers', "One Hot Minute", yang dirilis pada tanggal 12 September 1995. album tersebut menerima tinjauan yang beragam dan secara signifikan secara komersial kurang sukses dibandingkan "Blood Sugar Sex Magik". Tur "One Hot Minute" akhirnya dibatalkan karena berbagai macam luka yang dialami Kiedis dan Smith, dan the Red Hot Chili Peppers kemudian memutuskan untuk istirahat. Flea mulai berlatih yoga, dan perlahan-lahan mengurangi penggunaan ganja. Selama ketidakaktifan Chili Peppers', Flea bergabung dengan Navarro dalam tur reuni Jane's Addiction pada tahun 1997, mengisi posisi basis mantan Jane's Addiction, Eric Avery. Gosip beredar bahwa band tersebut sudah bubar, hingga Navarro menyatakan hal sebaliknya: "Saya ingin mengklarifikasi bahwa Chili Peppers tidak bubar ... Flea dan saya sangat gembira untuk melakukan kedua proyek, selama waktu memungkinkan."