Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
MA Negeri 1 Jember
Bersamaan dengan pengembangan program keterampilan tersebut, berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 73 Tahun 1987, Madrasah Aliyah Negeri Jember 1 ditunjuk sebagai madrasah penyelenggara program Madrasah Aliyah Program Khusus (MAPK), bersama dengan empat Madrasah Aliyah Negeri di Indonesia, yaitu MAN Padang Panjang Sumatera Barat, MAN Yogyakarta (Jawa Tengah), MAN Ujung Pandang Sulawesi Selatan, dan MAN Ciamis Jawa Barat. MAPK adalah program pendidikan unggulan setingkat MA dengan komposisi kurikulum pembelajaran 70 % Ilmu-Ilmu Agama Islam dan 30 % Ilmu-Ilmu Umum. Setelah enam tahun berjalan, berdasarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 371 tahun 1993, nama MAPK diubah namanya menjadi Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK).