Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Universitas Islam Negeri Sumatera Utara
Setelah PERTINU mendirikan tiga fakultas, kalangan Pengurus NU Tapanuli Selatan meningkatkan status perguruan tinggi yang diasuhnya dari perguruan tinggi Islam menjadi universitas. Lalu dibentuklah Universitas Nahdlatul-Ulama Sumatera Utara (disingkat; UNUSU) di bawah yayasan baru bernama Yayasan UNUSU. Rektor Pertama UNUSU adalah Syekh Ali Hasan Ahmad. Pada tahun 1967 Yayasan UNUSU mengajukan permohonan kepada Menteri Agama agar Fakultas Tarbiyah dapat dinegerikan. Berdasarkan SK Menteri Agama Nomor: 110 Tahun 1968 Fakultas Tarbiyah UNUSU resmi menjadi Fakultas Tarbiyah Cabang IAIN Imam Bonjol Padang. Keberhasilan menegerikan Fakultas Tarbiyah, kemudian Yayasan UNUSU terdorong untuk menngusulkan peegerian Fakultas Ushuluddin dan kemudian mendapat persetujuan dari Menteri Agama dengan SK Nomor: 193 Tahun 1970 dengan perubahan status menjadi Fakultas Ushuluddin IAIN Imam Bonjol Cabang Padangsidempuan. Pada upacara peresmiannya 24 September 1970. Al Ustadz Arsyad Siregar dinobatlan sebagai Pejabat Dekan. Usaha untuk memiliki PTAIN yang berdiri sendiri di Medan terus dilaksanakan.