Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Penyatuan Jerman
Dalam Perang Koalisi Kedua (1799–1802), Napoleon Bonaparte berhasil mengalahkan tentara kekaisaran. Traktat Lunéville (1801) dan Amiens (1802) serta Mediatisasi 1803 menyerahkan banyak wilayah wilayah Kekaisaran Romawi Suci kepada negara-negara dinasti dan wilayah keuskupan yang disekulerisasi. Sebagian besar kota kekaisaran dibubarkan, dan penduduk di wilayah-wilayah tersebut berada di bawah kekuasaan adipati dan raja. Perubahan ini terutama memperluas wilayah Württemberg dan Baden. Pada tahun 1806, setelah Napoleon berhasil menyerang Prusia dan mengalahkan tentara gabungan Prusia dan Rusia dalam Pertempuran Jena-Auerstedt, Napoleon menetapkan Traktat Pressburg, yang memaksa Kaisar membubarkan Kekaisaran Romawi Suci.