Adipati
Setelah terpecahnya wangsa Mataram, wilayah Kasunanan Surakarta harus menyerahkan hampir separuh wilayahnya kepada Keadipatian (Kadipaten) Mangkunegaran (1757). Mangkunegaran merupakan keadipatian otonom, dalam arti dapat mengurus wilayah kekuasaannya tanpa harus berkonsultasi dengan Kasunanan. Hal ini merupakan suatu hal yang baru dalam sejarah kekuasaan di Jawa. Sekitar enam puluh tahun kemudian (1813), giliran Kesultanan Yogyakarta harus menyerahkan sebagian kekuasaannya untuk menjadi Keadipatian Pakualaman, yang juga bersifat otonom.
Ada juga kadipaten kecil yang merdeka dengan fungsi buffer state misal Kadipaten Dayeuhluhur di perbatasan wilayah Sunda dan Jawa.
Islam di Yogyakarta
Tersebarnya Islam di Yogyakarta dimulai sekitar akhir abad ke-16 dengan berdirinya Kesulatanan Mataram Islam yang berasal dari Demak, pindah ke Pajang lalu kemudian ke Kotagede. Wilayah kekuasaan Mataram kala itu meliputi Jawa bagian tengah dan timur. Perjanjian dengan belanda pada tahun 1755 memecah Kesultanan menjadi dua, Yogyakarta dan Surakarta. Kesultanan Yogyakarta ini kemudian dimasa kemerdekaan berubah menjadi Provinsi Daerah Istimewa. Berdirinya kerajaan Islam ini berangsur menjadi sarana berkembangnya Islam menggantikan keyakinan mayoritas yang dianut oleh masyarakat setempat sebelumnya, yaitu Hindu dan kepercayaan lokal.