IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
Pondok Pesantren Asy-Syafi'iyyah Kedungwungu
Tahap pertama madrasah ini hanya membuka tingkat dasar (ibtidaiyyah) dengan masa pendidikan 6 tahun. Kurikulum 80% pelajaran agama dan 20% pelajaran umum. Seiring perkembangan waktu dan mengapresiasi bakat dan minat santri, kini generasi penerus sedang merintis Madrasah Tsanawiyyah, Madrasah Aliyyah Terpadu, dan SMK.Untuk menjaga mutu pendidikan, Yayasan Pondok Pesantren Asy-Syafi'iyyah, merekrut tenaga pengajar profesional yang sesuai dengan bidang masing-masing, baik lulusan dalam maupun luar negeri.