Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Perang Ōnin
Pada bulan 5, Katsumoto mengajak para daimyo sekutunya di berbagai daerah untuk mengangkat senjata, termasuk Hatakeyama Masanaga yang sedang bersembunyi di Hokuriku. Setelah menguasai kembali Hana no Gosho, Katsumoto menjemput Shogun Yoshimasa, Kaisar Go-Tsuchimikado dan Kaisar Tituler Go-Hanazono dari markas keshogunan di Muromachi-tei dengan alasan untuk melindungi mereka dari peperangan. Katsumoto menempatkan pasukan utama di kediaman resmi shogun (Imadegawa-tei). Pada bulan berikutnya, Katsumoto memperoleh bendera keshogunan yang dimintanya dari Shogun Yoshimasa, dan secara resmi Katsumoto dan pasukannya menjadi pasukan kekaisaran. Di pihak yang berseberangan, Sōzen memusatkan pasukan utamanya di Itsutsu-dōri, sebuah jalan di dalam kota Kyoto. Kedua belah pihak menjadi saling berhadapan, pasukan Hosokawa Katsumoto disebut Pasukan Timur, sementara pasukan Yamana Sōzen disebut Pasukan Barat. Menurut buku sejarah "Ōninki", Pasukan Timur terdiri dari 160.000 prajurit, dan Pasukan Barat terdiri dari 110.000 prajurit. Meskipun demikian, jumlah prajurit yang dimiliki kedua belah pihak kemungkinan terlalu dibesar-besarkan.