Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Zainal Abidin (tokoh agama)
Sepeninggal K.H Ahmad Hasan, adiknya, K.H Ismail, meneruskan tongkat estafet kepemimpinan. Ia adalah putra putra kedua dari ibu pertama pendiri pondok tersebut. Ia murid kesayangan dari K.H Kholil Kasingan Rembang dan juga sempat berguru kepada Hadratus Syekh K.H Hasyim Asyari di Tebuireng. Di tangan K.H. Islamil tersebut pondok mengalami perkembangan pesat, santri dari luar kota mulai berdatangan. Selain tempat persinggahan, pondok tersebut juga digunakan sebagai tempat perlindungan para ulama, pejabat dan masyarakat. Tercatat dalam sejarah pada tahaun 1948 terjadi pemberontakan PKI pertama. Pondok tersebut menjadi tempat perlindungan ulama-ulama dan pejabat pemerintahan dari ancaman PKI. Akhir September pada tahun tersebut Blora dapat dikuasai oleh PKI Muso dan dalam waktu singkat membentuk pemerintahan baru.
Para pejabat dan ulama mendapatkan ancaman bahkan aksi pembantaian. Bupati Blora dan tokoh-tokoh yang lain di bantai oleh PKI pada saat itu. Demikian pula saat agresi militer belanda yang kedua pada tahun 1949. Pondok Pesantren tersebut juga pernah menjadi markas pertahanan para tentara dan sukarelawan sewaktu melawan Belanda. K.H Ismail wafat tahun 1956.