John Frusciante
Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band." Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia." Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,"Californication", yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di "Californication" adalah favoritnya.
John Frusciante
Pada tahun 2001, Frusciante mulai merekam album keempatnya dengan Red Hot Chili Peppers, "By the Way" (2002); Ia menganggap saat itu sebagai salah satu saat paling bahagia dalam hidupnya Dia menikmati kesempatan yang album berikan kepadanya untuk "terus menulis lagu-lagu yang lebih baik" . Ketika bekerja di "By the Way", ia juga membuat sebagian besar dari apa yang akan menjadi "Shadows Collide with People", serta lagu-lagu yang dibuat untuk film "The Brown Bunny".. Tujuannya untuk meningkatkan permainan gitarnya di album ini sebagian besar didorong oleh keinginan untuk meniru pemain gitar seperti Andy Partridge, Johnny Marr dan John McGeoch; atau seperti yang ia katakan, "orang yang menggunakan akord-akord yang baik". Album ini menandai pergeseran Frusciante kepada mentalitas yang lebih berpusat pada grup di dalam Chili Peppers, melihat band sebagai unit terpadu daripada sebagai empat anggota yang terpisah.