IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
UIN Maulana Malik Ibrahim
Universitas Islam Negeri (UIN) Malang berdiri berdasarkan Surat Keputusan Presiden No. 50 tanggal 21 Juni 2004. Bermula dari gagasan para tokoh Jawa Timur untuk mendirikan lembaga pendidikan tinggi Islam di bawah Departemen Agama, dibentuklah Panitia Pendirian IAIN Cabang Surabaya melalui Surat Keputusan Menteri Agama No. 17 Tahun 1961 yang bertugas untuk mendirikan Fakultas Syariah yang berkedudukan di Surabaya dan Fakultas Tarbiyah yang berkedudukan di Malang. Keduanya merupakan fakultas cabang IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta dan diresmikan secara bersamaan oleh Menteri Agama pada 28 Oktober 1961. Pada 1 Oktober 1964 didirikan juga Fakultas Ushuluddin yang berkedudukan di Kediri melalui Surat Keputusan Menteri Agama No. 66/1964.