MA Al-Hikmah
Madrasah ini bernama Madrasah Aliyah Alhikmah 2 ( baca : MALHIKDUA SCHOOL). Lahir dari sebuah lembaga non formal yakni pondok pesantren. Secara resmi kelembagaan, MA Alhikmah 2 Benda mengajukan izin operasional mulai tahun 1990 ke Departemen Agama. Namun sebenarnya Madrasah ini sudah ada sejak 1981, yang kala itu masih bergabung dengan Madrasah Muallimin dan Muallimat. Seiring perkembangan siswanya ( th 1981) yang tidak memuaskan, maka pihak yayasan mencoba menempelkan label Negeri dengan maksud untuk menarik calaon siswa baru, maka jadilah pada tahun 1983 sampai dengan 1987 MA Alhikmah 2 menjadi Madrasah Aliyah Fillial MAN Babakan. Namun masa-masa ini tidak berlangsung lama, 1990 pihak pengelola mengajukan permohonan baru untuk pendirian MA Alhikmah 2 Swasta, dan pada tanggal 30 Oktober 1990 Departemen Agama mengeluarkan SK No. WK/5.d/210/Pgm/MA/1990 dengan jurusan A1,A2 ( Jurusan Agama dn IPS) . Jumlah siswa pada saat itu hanya sekitar 160 ( 90 Siswa jurusan Agama, 70 Siswa Jurusan IPS)Tahun 1994 merupakan tahun di mana Madrasah ini mengalami sekian banyak perubahan dan pengembangan yang antara lain :
Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Materi kurikulum sekolah yang meliputi ilmu agama dan ilmu sekuler/umum menjadi satu wujud cita-cita dan eksperimen KH Ahmad Dahlan untuk mendamaikan dua kutub ilmu tersebut dalam sistem pendidikan Muhammadiyah. Versi lain menyebutkan bahwa latar belakang pendirian al-Qismu al-Arqo sangat sederhana. Sekolah ini didirikan menjawab tuntutan para alumnus Sekolah Rakyat sekolah ongko loro (sekarang SD) Muhammadiyah yang tidak bisa melanjutkan ke sekolah guru milik "gubernemen". Informasi ini diperkuat oleh artikel dalam Soeara Muhammadijah terbitan Januari 1922 yang menyebutkan al-Qismu al-Arqo sebagai sekolah kelanjutan sekolah kelas dua (ongko loro). Muhammadiyah beberapa kali mengajukan permohonan persamaan ijazah ke pemerintah kolonial Belanda dengan rekomendasi Boedi Oetomo, namun tidak juga diterima. Akhirnya KH. Ahmad Dahlan pada tahun 1918 mendirikan Madrasah al-Qismu al-Arqo sehingga para alumnus sekolah rakyatnya bisa melanjutkan sekolah. Di samping itu, mereka juga dapat membantu mengajar di sekolah-sekolah Muhammadiyah yang lain.