Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Ōuetsu Reppan Dōmei
Setelah kalah dalam Pertempuran Toba-Fushimi, Tokugawa Yoshinobu meninggalkan Istana Osaka dan melarikan diri ke Edo. Di Istana Edo, Shogun Yoshinobu bersekutu dengan pemerintah baru Meiji. Shogun mengeluarkan perintah pengusiran untuk Matsudaira Katamori (daimyo Domain Aizu, Provinsi Mutsu) dan Matsudaira Sadaaki (daimyo Domain Kuwana) yang tidak disenangi Domain Chōshū. Para pendukung Katamori dari Domain Aizu kecewa dengan pengusiran daimyo mereka, sehingga berangkat meninggalkan Edo untuk pulang ke Aizu. Katamori berusaha menunjukkan bahwa dirinya tunduk kepada pemerintah baru, tapi tidak diladeni. Pada saat yang bersamaan, Katamori juga memerintahkan tentara Aizu untuk siap berperang.