Patogen
Fungi adalah organisme prokariot yang termasuk dalam kingdom protista dengan sekitar 75.000 spesies yang sudah diidentifikasi..Fungi dapat menjadi parasit pada manusia contohnya seperti "Candida albicans" yang adalah fungi patogen oportunis yang dapat menyebabkan infeksi pada hampir semua bagian dari tubuh manusia dan dapat menyebabkan kematian. "C. albicans" seringkali menyerang rongga mulut ataupun vagina, namun sewaktu sistem imun inang sedang baik, "C. albicans" tidak akan menimbulkan infeksi dan hidup secara normal pada rongga mulut manusia misalnya. Dalam bidang pertanian, fungi dibagi menurut perannya setidaknya menjadi tiga macam, yakni penyakit tumbuhan/ hewan, dekomposer, dan agens pengendali hayati. Ketiganya memiliki fungsi dan peran yang berbeda yang sangat penting dalam keseimbangan agroekosistem. Sebagai agens pengendali hayati dan dekomposer, fungi telah dikembangkan sedemikian pesatnya hingga bioteknologi dan nanoteknologi.
Kolonisasi (biologi)
Kolonisasi mengacu pada mikroorganisme yang tidak bereplikasi pada jaringan yang ditempatinya. Sedangkan "infeksi" mengacu pada keadaan di mana mikroorganisme bereplikasi dan jaringan menjadi terganggu. Semua organisme multisel mengalami kolonisasi oleh organisme lain sampai dengan tahap tertentu, yang umumnya bersifat mutualisme atau komensalisme. Contoh yang bersifat mutualisme adalah spesies bakteri anaerobik yang mengkolonisasi kolon manusia, sedangkan yang komensalisme adalah beberapa spesies staphylococcus pada kulit manusia. Jenis kolonisasi semacam itu tidak digolongkan sebagai infeksi. Perbedaan antara infeksi dan kolonisasi seringkali tergantung pada situasi dan kondisi. Organisme yang umumnya non-patogen bisa menjadi patogen pada kondisi tertentu. Selain itu, organisme yang sangat "virulent" sekalipun memerlukan kondisi tertentu untuk dapat menyebabkan infeksi yang berarti. Beberapa bakteri koloni, misalnya Corynebacteria sp. dan viridans streptococci, menghalangi pelekatan dan kolonisasi yang dilakukan oleh bakteri patogen, sehingga memberikan keuntungan bagi inang dengan mencegah infeksi dan mempercepat sembuhnya luka.