John Frusciante
Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band." Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia." Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,"Californication", yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di "Californication" adalah favoritnya.
Red Hot Chili Peppers
Tour album Stadium Arcadium ini dilaksanakan hampir dua tahun di berbagai tempat di seluruh dunia. Setelah tour yang cukup melelahkan, mereka merasa bosan dan sibuk dengan kegiatan pribadi masing-masing. Hingga pada akhirnya pada tahun 2008 mereka menyatakan vakum untuk beberapa saat. Flea, John Frusciante dan Chad Smih menyibukkan diri dengan side project mereka masing-masing, sedangkan Anthony Kiedis sibuk mengurus anak dan keluarganya serta mendalami agama yang dianutnya. Selang setahun setelah pernyataan vakum, Frusciante keluar dari band untuk kedua kalinya. Dia menyatakan keluar di karena aliran musik yang sudah berbeda melalui website pribadinya. Frusciante menyatakan bosan bermain musik dengan cara yang dilakakukan oleh RHCP, dia pun ingin beralih aliran ke elektronik musik yang sudah ia pelajari bertahun-tahun.