Bencana alam
Walaupun perkembangan manajemen bencana di Indonesia meningkat pesat sejak bencana tsunami tahun 2004, berbagai bencana alam yang terjadi selanjutnya menunjukkan diperlukannya perbaikan yang lebih signifikan. Daerah-daerah yang rentan bencana alam masih lemah dalam aplikasi sistem peringatan dini, kewasapadaan risiko bencana dan kecakapan manajemen bencana. Sistem Peringatan Dini Tsunami Indonesia yang dimulai tahun 2005, masih dalam tahap pengembangan.
CITES
Para pihak anggota konvensi harus menunjuk satu atau lebih otoritas pengelola yang memberi perizinan, dan satu atau lebih otoritas ilmiah yang menilai dampak perdagangan terhadap kelestarian spesies tersebut. Departemen Kehutanan berdasarkan pasal 65 Peraturan Pemerintah Nomor 8 tahun 1999 ditunjuk sebagai otoritas pengelola konservasi tumbuhan dan satwa liar di Indonesia. Selanjutnya, Direktur Jenderal Perlindungan Hutan dan Konservasi Alam ditunjuk sebagai otoritas pengelola CITES di Indonesia melalui Keputusan Menteri Kehutanan Nomor 104/Kpts-II/2003 (sebagai pengganti Keputusan Menteri Kehutanan No.36/Kpts-II/1996). Selain itu, Peraturan Pemerintah No. 7 dan 8 Tahun 1999 juga menunjuk Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI) sebagai otoritas keilmuan CITES.