Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Peperangan era Napoleon
Napoleon berencana menyerang Inggris, dan menyusun 180.000 tentara di Boulogne. Namun, untuk invasinya, ia membutuhkan keunggulan laut - atau paling tidak dapat memukul mundur Britania dari Selat Inggris. Rencana untuk menarik perhatian Britania dengan mengganggu jajahan mereka di India Barat gagal ketika armada Perancis-Spanyol di bawah Laksamana Villeneuve mundur setelah pertempuran Cape Finisterre pada 22 Juli 1805. Angkatan Laut Kerajaan memblokade Villeneuve di Cádiz sampai ia pergi menuju Naples pada 19 Oktober; skuadron Britania menangkap dan menaklukkan armadanya dalam Pertempuran Trafalgar tanggal 21 Oktober (komandan Britania, Lord Nelson, tewas dalam pertempuran). Napoleon tidak akan pernah mendapatkan kesempatan untuk menantang Britania di laut. Napoleon membatalkan semua rencananya untuk menyerang Kepulauan Britania, dan membalikan perhatiannya ke musuhnya di Benua Eropa sekali lagi. Tentara Perancis meninggalkan Boulogne dan bergerak menuju Austria.
Pada bulan April 1805, Inggris dan Rusia menandatangani kesepakatan dengan tujuan mengusir Perancis dari Belanda dan Swiss. Austria ikut serta dalam aliansi ini setelah pencaplokan wilayah Genoa dan penobatan Napoleon sebagai Raja Italia pada tanggal 17 Maret 1805.