Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Konflik Papua
Konflik Papua adalah konflik di wilayah Papua, Indonesia. diawali pada tahun 1961, muncul keinginan Belanda untuk membentuk negara Papua Barat terlepas dari Indonesia, Langkah Belanda ini dilawan Presiden Soekarno dengan mendekatkan diri pada negara komunis terutama Uni Soviet. Sikap Soekarno ini membuat takut Belanda dan Presiden Amerika Serikat John F Kennedy. Sebab jika itu dibiarkan maka Indonesia sangat mungkin menjadi negara komunis terbesar di Asia Tenggara. Ketakutan itu lalu membuat Belanda mengambil sikap untuk menyerahkan masalah Papua ke PBB. Dari dan melalui PBB, Belanda mengambil sikap untuk keluar dari papua dan tidak jadi mengambil, merebut dan menjajah Papua lalu Papua diserahkan "kembali" ke Indonesia dengan syarat memberi kesempatan pada rakyat Papua untuk menentukan sikap sendiri atau referendum (Penentuan Pendapat Rakyat/PERPERA). Lewat PERPERA tahun 1969, rakyat Papua memilih "tetap" dalam lingkungan Republik Indonesia.