Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Perang Boshin
Walaupun Yoshinobu sudah mengundurkan diri dan jabatan tingkat atas dalam pemerintahan menjadi kosong, anak buahnya tetap menjalankan tugas seperti biasa. Pemerintah keshogunan, khususnya keluarga Tokugawa, tetap merupakan kekuatan utama dalam sistem politik, dan masih memegang kekuasaan eksekutif. Keadaan ini tidak dapat ditolerir kalangan garis keras dari Satsuma dan Chōshū. Peristiwa penting terjadi pada 3 Januari 1868 ketika faksi garis keras mengambil alih istana kaisar di Kyoto. Pada hari berikutnya, Kaisar Meiji yang waktu itu berusia 15 tahun mengumumkan kembalinya kekuasaan di tangan kaisar. Walaupun mayoritas dewan penasihat setuju dengan proklamasi resmi kekuasaan langsung di tangan istana, mereka cenderung mendukung kerja sama dengan keluarga Tokugawa di bawah konsep pemerintahan bersama. Saigō Takamori mengancam dewan agar menghapus jabatan shogun dan mengeluarkan perintah penyitaan tanah-tanah yang dimiliki Yoshinobu.
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan-permintaan tersebut, Yoshinobu menyatakan bahwa "dirinya tidak akan terikat oleh proklamasi tentang Restorasi dan meminta pengadilan untuk membatalkannya." Pada 24 Januari, Yoshinobu menyatakan serangan terbuka atas Kyoto yang dikuasai tentara Satsuma dan Chōshū. Keputusan Yoshinobu dibalas dengan pembakaran bagian luar Istana Edo yang menjadi kediaman keluarga Tokugawa. Ronin asal Satsuma dituduhnya sebagai pelaku di balik peristiwa pembakaran karena pada hari itu mereka juga menyerang kantor-kantor pemerintah. Keesokan harinya tentara keshogunan membalas dengan menyerang rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo. Dalam rumah kediaman tersebut berlindung sejumlah besar musuh keshogunan yang atas perintah Takamori membuat kerusuhan di Edo. Rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo dibakar habis. Musuh keshogunan banyak yang terbunuh atau dieksekusi.