Pertempuran Laut Karang
Komandan baru Sekutu di Pasifik yang baru diangkat, Laksamana Chester Nimitz dan para staf membahas tentang pesan Jepang yang bocor dan sepakat pihak Jepang mungkin sedang memulai operasi besar-besaran di Pasifik Barat Daya pada awal Mei dan kemungkinan Port Moresby merupakan target. Sekutu menganggap Port Moresby sebagai pangkalan kunci untuk serangan balasan yang dipimpin Douglas MacArthur terhadap kekuatan militer Jepang di kawasan Pasifik. Staf Laksamana Nimitz juga menyimpulkan kemungkinan operasi militer Jepang mencakup serangan udara dari kapal induk terhadap pangkalan Sekutu di Samoa dan Suva. Setelah berkonsultasi dengan Panglima Tertinggi Armada Amerika Serikat Laksamana Ernest King, Nimitz memutuskan untuk melawan Jepang dengan cara mengerahkan seluruh kapal induk (empat kapal induk) armada Pasifik ke Laut Koral. Pada 27 April, pesan-pesan Jepang yang berhasil ditangkap pihak intelijen Amerika Serikat memastikan sebagian besar rincian dan target Operasi "MO" and "RY".
Pada 29 April 1942, Nimitz mengeluarkan perintah memberangkatkan empat kapal induk bersama kapal-kapal perang pendukung menuju Laut Koral. Di bawah komando Laksamana Muda Fletcher, Gugus Tugas 17 (TF17) terdiri dari kapal induk "Yorktown" dengan kawalan tiga kapal penjelajah dan empat kapal perusak, serta dukungan logistik dari dua kapal tanker sudah berada di Pasifik Selatan. Dukungan logistik diberangkatkan dari Tongatabu pada 27 April, dan sudah menuju ke Laut Koral. Gugus Tugas 11 (TF11) di bawah komando Laksamana Muda Aubrey Fitch terdiri dari kapal induk "Lexington" yang dikawal dua kapal penjelajah dan lima kapal perusak sudah berada di antara Fiji dan Kaledonia Baru. Gugus Tugas 16 (TF16) terdiri dari dua kapal induk, "Enterprise" dan "Hornet" berada di bawah komando Laksamana Madya William F. Halsey. Mereka baru tiba di Pearl Harbor setelah dipakai dalam Serangan Doolittle di Pasifik tengah sehingga tidak diberangkatkan karena tidak akan sampai tepat waktu di Pasifik Selatan untuk turut serta dalam pertempuran. Nimitz menunjuk Fletcher sebagai komandan armada laut Sekutu di kawasan Pasifik Selatan hingga Halsey tiba bersama TF16. Walaupun kawasan Laut Koral masih di bawah komando MacArthur, Fletcher dan Halsey sewaktu berada di kawasan Laut Koral diperintahkan untuk langsung melapor ke Nimitz, dan bukan ke MacArthur.
Pertempuran Laut Karang
Pada 10 Mei, Operasi "RY" dinyatakan berakhir. Setelah kapal penyebar ranjau "Okinoshima" yang dijadikan kapal komando ditenggelamkan oleh kapal selam Amerika Serikat "S-42" pada 12 Mei (), pendaratan pasukan ditunda hingga 17 Mei. Sementara itu, armada TF16 di bawah pimpinan Halsey mencapai Pasifik Selatan dekat Efate, dan pada 13 Mei berlayar ke utara untuk mencegat kapal-kapal Jepang yang mendekati Nauru dan Kepulauan Ocean. Setelah mendapat laporan intelijen tentang operasi berikutnya Armada Gabungan Jepang ke Midway, Nimitz pada 14 Mei memerintahkan Halsey untuk memastikan pesawat pengintai Jepang dapat melihat kapal-kapal Halsey pada hari berikutnya. Nimitz setelah itu segera kembali ke Pearl Harbor. Pada 10.15 tanggal 15 Mei, pesawat pengintai Kawanishi dari Tulagi melihat TF16 di timur Kepulauan Solomon. Gerak tipu kapal-kapal Halsey berhasil. Setelah mencemaskan serangan udara kapal induk Amerika Serikat terhadap pasukan invasi Jepang, Inoue segera membatalkan Operasi "RY". Kapal-kapal diperintahkannya untuk kembali ke Rabaul dan Truk. Pada 19 Mei, TF16 yang kembali ke kawasan Efate untuk mengisi bahan bakar, dan berbelok menuju Pearl Harbor. TF16 tiba di Pearl Harbor pada 26 Mei, sementara "Yorktown" tiba pada hari berikutnya.
"Shōkaku" tiba di Kure, Jepang, pada 17 Mei. Dalam perjalanan, kapal induk ini hampir terbalik akibat kerusakan yang diderita selama pertempuran. "Zuikaku" tiba di Kure pada 21 Mei, setelah berhenti sebentar di Truk pada 15 Mei. Berbekal sinyal intelijen, Amerika Serikat mengerahkan delapan kapal selam di sepanjang rute yang diperkirakan akan dilewati kapal-kapal induk Jepang sewaktu kembali ke Jepang. Namun, kapal-kapal selam tersebut tidak berhasil melakukan serangan. Staf Umum Angkatan Laut Kekaisaran Jepang memperkirakan perlu waktu dua hingga tiga bulan untuk memperbaiki "Shōkaku" dan melengkapi kembali skuadron udaranya. Oleh karena itu, "Shōkaku" dan "Zuikaku" keduanya tidak dapat ikut serta dalam operasi Yamamoto yang berikutnya di Midway. "Shōkaku" dan "Zuikaku" bergabung kembali dengan Armada Gabungan pada 14 Juli dan berperan utama dalam pertempuran antarkapal induk yang berikutnya melawan Amerika Serikat. Lima kapal selam kelas "I" yang mendukung Operasi "MO" dialihkan untuk mendukung penyerangan ke Pelabuhan Sydney tiga minggu kemudian sebagai bagian dari usaha mengganggu jalur logistik Sekutu. Dalam perjalanan ke Truk, "I-28" terkena tembakan torpedo dari kapal selam Amerika Serikat "Tautog" dan tenggelam berikut semua awaknya.