IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
MTs Negeri 2 Palu
Pendirian Madrasah ini dilatarbelakangi oleh banyaknya siswa tamatan Sekolah Dasar / Madrasah Ibtidaiyah yang mempunyai keinginan untuk melanjutkan ke Madarasah Tsanawiyah, yang pada saat itu berstatus Yayasan Pendidikan Agama Islam (YPAI). Karena tingginya animo siswa yang mau melanjutkan pendidikannya di madrasah Tsanawiyah tetapi MTsN-MTsN yang ada pada waktu itu tidak dapat menampung jumlah siswa. Maka oleh pemerintah dalam hal ini Departemen Agama Provinsi Sulawesi Tengah mengusulkan untuk diadakan pembangunan MTsN. Ternyata usulan ini disetujui oleh pemerintah pusat melalui SK Menteri Agama Republik Indonesia Nomor : 515 A tahun 1995 pada tanggal 25 Nopember 1995 . Dalam perkembangannya kemudian, sekitar :