Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Oda Nobunaga
Para pendeta kuil Ishiyama sudah dikepung oleh pasukan Nobunaga. Pertempuran laut pecah di muara Sungai Kizu yang disebut Pertempuran Sungai Kizu antara pasukan Nobunaga melawan kapal-kapal angkatan laut Mōri. Pada waktu itu, angkatan laut Mōri yang berada di pihak pendeta kuil Ishiyama sedang mengangkut perbekalan menuju kuil Ishiyama. Kapal-kapal Nobunaga ditenggelamkan dengan serangan api oleh angkatan laut Mōri. Akibatnya, pasukan Nobunaga yang mengepung kuil Ishiyama terpaksa ditarik mundur.