Universitas Khairun
Tahun 1964 adalah tahun bersejarah pendirian Unkhair. Ketika diresmikan secara formal pada 15 Agustus 1964 di Stadion Ternate jam 10.00 WIT, Prof. Yasin Muhammad dari Universitas Sam Ratulangi menyampaikan orasi betapa pentingnya sebuah universitas di Maluku Utara sehingga ia dengan menumpang kapal Nosemo (Kapal Pelayaran Maluku-Sulawesi) menyempatkan hadir dalam peresmian tersebut. Satu hari telah peresmian itu, 16 Agustus 1964, proses perkuliahan secara formal pun dimulai. Adnan Amal menyebut hari pertama perkuliahan formal itu dengan ibarat ‖bayi yang baru dilahirkan yang akan mencari jati dirinya.‖ Seiring berjalannya waktu, Unkhair pun membuka berbagai fakultas.
Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta
Dalam rangka menjadikan PTAIN Yogyakarta dan ADIA Jakarta lebih memenuhi kebutuhan umat Islam akan pendidikan tinggi Agama Islam, maka dikeluarkanlah Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 1960 tentang Pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah yang berkedudukan di Yogyakarta. Dengan PTAIN sebagai induk dan ADIA Jakarta sebagai fakultas dari Institut tersebut. IAIN ini diresmikan pada tanggal 24 Agustus 1960 di Yogyakarta oleh Menteri Agama pada saat itu yaitu K.H.M. Wahib Wahab dengan Prof. Mr. Sunarjo sebagai rektornya. IAIN Al-Jami'ah Al-Islamiyah Al-Hukumiyah inilah IAIN pertama di Indonesia.