Autisme
Ada dugaan bahwa autisme disebabkan oleh vaksin MMR yang rutin diberikan kepada anak-anak di usia dimana gejala-gejala autisme mulai terlihat. Kekhawatiran ini disebabkan karena zat kimia bernama thimerosal yang digunakan untuk mengawetkan vaksin tersebut mengandung merkuri. Unsur merkuri inilah yang selama ini dianggap berpotensi menyebabkan autisme pada anak. Namun, tidak ada bukti kuat yang mendukung bahwa autisme disebabkan oleh pemberian vaksin. Penggunaan thimerosal dalam pengawetan vaksin telah diberhentikan namun angka autisme pada anak semakin tinggi.
Kontroversi vaksin MMR
Dalam konferensi pers sebelum artikel terbit (kelak dicap sebagai "sains lewat konferensi pers"), Wakefield mengatakan bahwa ia merasa sebaiknya vaksin tunggal digunakan daripada tiga vaksin MMR sampai vaksin ini ditetapkan sebagai pengancam lingkungan; orang tua delapan dari dua belas anak yang diteliti kabarnya menyalahkan vaksin MMR dan menyatakan bahwa gejala autisme telah muncul beberapa hari usai vaksinasi pada usia kurang lebih 14 bulan. Wakefield mengatakan, "saya tidak bisa mendukung penggunaan ketiga vaksin ini secara bersamaan sampai isu ini diselesaikan." Dalam siaran berita video yang dirilis rumah sakit kepada penyiar menjelang konferensi pers, ia meminta MMR "dihentikan sementara dan diganti dengan vaksin tunggal". Dalam wawancara BBC, guru Wakefield, Roy Pounder, yang tidak ikut menulis artikel, "mengakui penelitian ini kontroversial". Ia menambahkan, "Bila melihat ke belakang, mungkin solusi terbaik adalah memberi vaksinasi secara terpisah... Ketika vaksinasi diberikan per orang, tidak ada masalah." Saran-saran ini tidak didukung oleh para penulis artikel Wakefield maupun bukti ilmiah.