IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
MAN Demak
Usaha yang dilakukan Alhamdulillah tidak sia-sia hal tersebut dibuktikan oleh animo masyarakat yang mendaftarkan di MAN Demak untuk pertama kali dibuka sebagai Madrasah Aliyah Negeri mencapai 400 pendaftar, namun hanya diterima 200 siswa yang dibagi dalam 4 lokal kelas. Hal tersebut berjalan sampai tahun 1998, karena terbatasnya sarana yang ada. Kondisi yang demikian itu mendorong Kepala Madrasah dan BP 3 untuk menggali dana melalui swadaya wali murid. Langkah tersebut membawa hasil yaitu pada tahun 1997 membangun 2 lokal gedung.