Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Nusa Tenggara Timur
Tahun 1510, Goa, India dikuasai Portugis, mereka melanjutkan eskpansinya dengan cara menguasai Malaka pada tahun 1511. Malaka dijadikan pusat perdagangan serta kekuasaan wilayah Nusantara. Setelah Portugis berhasil mencapai Maluku, Solor (Flores) pada tahun 1511, armada Ferdinand Magellan dengan dua kapal singgah di Alor dan Kupang, Pulau Timor. Dalam penyeberangan ke selat Pukuafu, kedua kapal ini diterjang badai, salah satu kapal hancur dan karam. Jangkar raksasa salah satu kapal ini masih bisa ditemui di pantai Rote. Satu lainnya berhasil lolos dari amukan ombak lalu melanjutkan perjalanan ke Sabu, kemudian ke Tanjung Harapan lalu kembali ke Spanyol.