Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Pemulihan kekuasaan klan Akamatsu ditentang oleh Yamana Sōzen yang telah berjasa memadamkan Pemberontakan Kakitsu. Pada tahun 1458, Katsumoto berencana menghabisi kekuatan militer Sōzen dengan mengangkat Akamatsu Masanori yang juga menantunya menjadi daimyo Provinsi Kaga. Sebagai akibatnya, pertentangan di antara Katsumoto dan Sōzen semakin menjadi. Permusuhan di antara keduanya makin memanas dengan adanya perebutan jabatan kepala klan Shiba antara Yoshikado dan Yoshitoshi.