Fungi
Sebelum dikenalkannya metode molekuler untuk analisis filogenetik, dulu fungi dimasukkan ke dalam kerajaan tumbuhan/Plantae karena fungi memiliki beberapa kemiripan dengan tumbuhan yaitu tidak dapat berpindah tempat, juga struktur morfologi dan tempat hidupnya juga mirip. Seperti tanaman, kebanyakan fungi juga tumbuh di tanah dan, pada jamur, membentuk tubuh buah, yang kadang-kadang menyerupai tumbuhan seperti lumut. Fungi sekarang dianggap sebagai kerajaan tersendiri, berbeda dari baik tumbuhan maupun hewan, yang tampaknya telah berpisah sekitar satu miliar tahun lalu (sekitar awal dari Era Neoproterozoikum). Beberapa ciri-ciri morfologi, biokimia dan genetik dimiliki bersama dengan organisme lain, sementara yang lain unik pada fungi, memisahkan fungi dari kerajaan lain dengan jelas:
Fosil peralihan
Nenek moyang tumbuhan berbiji dari periode Devon pertengahan dari Belgia telah teridentifikasi muncul 20 juta tahun lebih dahulu daripada tumbuhan berbiji pertama. "Runcaria", yang berbentuk kecil dan bersimetri radial, adalah megasporangium yang berintegumen dan dikelilingi oleh kupule. Megasporangium itu menghasilkan distal tertutup yang memanjang dan menonjol di atas integumen bercuping banyak. Diduga bahwa perpanjangan itu berperan dalam penyerbukan anemofili. "Runcaria" memberikan pemahaman baru kepada pengenalan ciri-ciri yang berujung pada biji. "Runcaria" memiliki cemua ciri tumbuhan berbiji kecuali kulit biji yang keras serta sistem untuk memandu serbuk sari menuju ke biji.