Mustain Billah dari Banjar
Mataram meluaskan wilayah kekuasaannya dengan menaklukkan pantai utara Jawa, tahun 1625 menaklukkan Surabaya dan Sukadana, sehingga kesultanan Banjarmasin merasa akan diserang oleh Mataram. Keinginan Mataram menguasai Banjar pada tahun 1629 bertambah besar, karena menguasai Banjarmasin berarti menguasai perdagangan lada.
Pada masa itu kerajaan Banjarmasin berkembang sebagai negara maritim akibat dari perpindahan route perdagangan, melalui Makassar, Banjarmasin, Pattani, Tiongkok atau Makassar terus ke Banten dan India. Banjarmasin menggantikan kedudukan Gresik, setelah bandar-bandar di pantai utara Jawa dimusnahkan Mataram. Semaraknya pelabuhan di Banjarmasin disebabkan bantuan imigran Jawa yang menjadikan Banjarmasin sebagai pusat modal dan perkapalan mereka. Jung-jung diperlukan bagi perdagangan lada dan pelayaran.
Kalimantan Timur
Wilayah Kalimantan Timur meliputi Paser, Kutai, Berau dan juga Karasikan (Buranun/pra-Kesultanan Sulu) diklaim sebagai wilayah taklukan Maharaja Suryanata, gubernur Majapahit di Negara Dipa (yang berkedudukan di Candi Agung di Amuntai) hingga tahun 1620 pada masa Kesultanan Banjar. Dengan bala bantuan dari Kerajaan Demak, Kesultanan Banjar terus melebarkan pengaruhnya ke Paser, Kutai, dan Berau. Perjanjian yang ditanda tangani antara Pieter Pietarsz (utusan VOC) dengan Raja Kutai Kartanegara dalam tahun 1635 memuat antara lain bahwa perdagangan bebas hanya dibolehkan antara Kerajaan Kutai dengan orang-orang Banjar dan Belanda saja. Kedatangan orang Banjar membantu memperluas pengaruh kekuasaan Kesultanan Kutai terhadap masyarakat Dayak di pedalaman. Semenjak itulah pedagang-pedagang asal Banjar mulai mendominasi sebelum kedatangan migrasi orang Bugis pada tahun 1638-1654 dan jatuhnya Makasar ke tangan Belanda tahun 1667. Antara tahun 1620-1624, negeri-negeri di Kaltim sempat menjadi daerah pengaruh Sultan Alauddin dari Kesultanan Makassar, sebelum adanya perjanjian Bungaya. Menurut Hikayat Banjar Sultan Makassar pernah meminjam tanah untuk tempat berdagang meliputi wilayah timur dan tenggara Kalimantan kepada Sultan Mustain Billah dari Banjar sewaktu Kiai Martasura diutus ke Makassar dan mengadakan perjanjian dengan Sultan Tallo I Mangngadaccinna Daeng I Ba’le’ Sultan Mahmud Karaeng Pattingalloang, yang menjadi mangkubumi dan penasihat utama bagi Sultan Muhammad Said, Raja Gowa tahun 1638-1654 dan juga mertua Sultan Hasanuddin yang akan menjadikan wilayah Kalimantan Timur sebagai tempat berdagang bagi Kesultanan Makassar (Gowa-Tallo) sejak itulah mulai berdatanganlah etnis asal Sulawesi Selatan. Namun berdasarkan Perjanjian Kesultanan Banjar dengan VOC pada tahun 1635, VOC membantu Banjar mengembalikan negeri-negeri di Kaltim menjadi wilayah pengaruh Kesultanan Banjar. Hal tersebut diwujudkan dalam perjanjian Bungaya, bahwa Kesultanan Makassar dilarang berdagang hingga ke timur dan utara Kalimantan.