Keshogunan Tokugawa
Kekuasaan pemerintah pusat berada di tangan shogun di Edo dan daimyo ditunjuk sebagai kepala pemerintahan di daerah. Daimyo memimpin provinsi sebagai wilayah berdaulat dan berhak menentukan sendiri sistem pemerintahan, sistem perpajakan, dan kebijakan dalam negeri. Sebagai imbalannya, daimyo wajib setia kepada shogun yang memegang kendali hubungan internasional dan keamanan dalam negeri. Shogun juga memiliki banyak provinsi dan berperan sebagai daimyo di provinsi yang dikuasainya. Keturunan keluarga Tokugawa disebar sebagai daimyo di seluruh pelosok Jepang untuk mengawasi daimyo lain agar tetap setia dan tidak bersekongkol melawan shogun.
Ninja
Ninja adalah mata-mata profesional pada zaman ketika para samurai masih memegang kekuasaan tertinggi di pemerintahan Jepang pada abad ke-12. Pada abad ke-14 pertarungan memperebutkan kekuasaan semakin memanas, informasi tentang aktivitas dan kekuatan lawan menjadi penting, dan para ninja pun semakin aktif. Para ninja dipanggil oleh daimyo untuk mengumpulkan informasi, merusak dan menghancurkan gudang persenjataan ataupun gudang makanan, serta untuk memimpin pasukan penyerbuan di malam hari. Karena itu ninja memperoleh latihan khusus. Ninja tetap aktif sampai Zaman Edo (1600-1868), dimana akhirnya kekuasaan dibenahi oleh pemerintah di Zaman Edo.