Papua
UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua mengamanatkan nama provinsi ini untuk diganti menjadi Papua. Pada tahun 2003, disertai oleh berbagai protes (penggabungan Papua Tengah dan Papua Timur), Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (setahun kemudian menjadi "Papua Barat"). Bagian timur inilah yang menjadi wilayah Provinsi Papua pada saat ini.
Papua Barat
Sejarah Papua Barat yang secara umum masuk dalam wilayah Papua atau yang dahulu dikenal dengan nama Irian Jaya sebelum kemerdekaan Indonesia kurang dibahas dalam buku-buku sejarah nasional untuk sekolah dasar sampai menengah, sehingga banyak yang tidak mengetahuinya. Sejarah Papua Barat dalam hal hubungannya dengan bangsa-bangsa lain yang mendiami Kepulauan Nusantara sangat penting, karena apabila kita berbicara mengenai sejarah Indonesia, kurang lengkap rasanya jika tidak membahas Papua, karena ternyata sejarah Papua semenjak wilayah tersebut dibicarakan dalam sejarah, selalu berkaitan dengan wilayah-wilayah lain di Nusantara yang akhirnya secara bersama-sama membentuk Negara Indonesia.