Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Restorasi Kemmu
Pada tahun 1333, Kaisar Go-Daigo meloloskan diri dari Pulau Oki, dan dijemput Nawa Nagatoshi yang berasal Provinsi Hōki. Perlawanan untuk menumbangkan keshogunan dipimpin Kaisar Go-Daigo dari Gunung Senjō, Provinsi Hōki. Pasukan Ashikaga Takauji menghancurkan Rokuhara Tandai di Kyoto. Sementara itu, Nitta Yoshisada menyerang Kamakura dan menewaskan Hōjō Takatoki beserta anggota keluarga klan Hōjō. Setelah Keshogunan Kamakura tumbang, klan Akamatsu dan klan Kusunoki menjemput Kaisar Go-Daigo untuk kembali menduduki tahta kekaisaran di Kyoto.