Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Perang Koalisi Ketiga
Koalisi Ketiga terbentuk setelah Napoleon melakukan tindakan provokatif di Italia (memahkotai dirinya dengan mahkota besi Lombardia) dan Jerman (penangkapan dan penghukuman mati Duc d'Enghien) yang membuat Austria bergabung dengan Britania dan Rusia. Pertempuran utama dalam perang ini berlangsung di daratan. Napoleon berhasil menangkap hampir seluruh tentara Austria dalam kampanye militer Ulm pada September-Oktober 1805. Ia juga berhasil mengalahkan pasukan gabungan Rusia-Austria di bawah Alexander I dari Rusia dalam Pertempuran Austerlitz pada awal Desember.