Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Pada 22 Februari 1467, setelah membakar sendiri rumah kediamannya, Masanaga memimpin pasukan menuju Kuil Kamigoryō di Kyoto. Shogun Yoshimasa sendiri menolak untuk campur tangan dalam konflik internal keluarga Hatakeyama. Namun Sōzen diperitahkannya untuk mengungsikan Kaisar Tituler Go-Hanazono dan Kaisar Go-Tsuchimikado ke markas keshogunan di Muromachi-tei, dan Yoshinari dibantu dengan tambahan pasukan. Katsumoto waktu itu belum terlibat karena sedang bertugas sebagai pelindung Shogun Yoshimasa.