Autisme
Ada dugaan bahwa autisme disebabkan oleh vaksin MMR yang rutin diberikan kepada anak-anak di usia dimana gejala-gejala autisme mulai terlihat. Kekhawatiran ini disebabkan karena zat kimia bernama thimerosal yang digunakan untuk mengawetkan vaksin tersebut mengandung merkuri. Unsur merkuri inilah yang selama ini dianggap berpotensi menyebabkan autisme pada anak. Namun, tidak ada bukti kuat yang mendukung bahwa autisme disebabkan oleh pemberian vaksin. Penggunaan thimerosal dalam pengawetan vaksin telah diberhentikan namun angka autisme pada anak semakin tinggi.
Kontroversi vaksin MMR
Sebelum kontroversi autisme merebak tahun 1998, sejumlah pihak sudah mempersoalkan keamanan vaksin MMR karena ada efek samping dari galur beguk Urabe, termasuk kasus meningitis aseptik langka yang merugikan, bentuk jinak sementara dari virus meningitis. Uji coba vaksin MMR bergalur beguk Urabe di Britania pada akhir 1980-an menghasilkan tiga kasus kejang demam per 1.000 vaksinasi yang diduga saling terkait. Reaksi merugikan terhadap vaksin ini dipersoalkan oleh pihak berwenang Amerika Serikat dan Kanada berdasarkan laporan dari Jepang yang mengaitkan MMR Urabe dengan meningoensefalitis. Kanada menarik sebuah merek vaksin berbasis Urabe pada akhir 1980-an.