Adipati
Setelah terpecahnya wangsa Mataram, wilayah Kasunanan Surakarta harus menyerahkan hampir separuh wilayahnya kepada Keadipatian (Kadipaten) Mangkunegaran (1757). Mangkunegaran merupakan keadipatian otonom, dalam arti dapat mengurus wilayah kekuasaannya tanpa harus berkonsultasi dengan Kasunanan. Hal ini merupakan suatu hal yang baru dalam sejarah kekuasaan di Jawa. Sekitar enam puluh tahun kemudian (1813), giliran Kesultanan Yogyakarta harus menyerahkan sebagian kekuasaannya untuk menjadi Keadipatian Pakualaman, yang juga bersifat otonom.
Ada juga kadipaten kecil yang merdeka dengan fungsi buffer state misal Kadipaten Dayeuhluhur di perbatasan wilayah Sunda dan Jawa.
Kesultanan Makassar
Setelah menjadi sebuah Kesultanan Makassar, kemudian mereka berusaha untuk mengislamkan berbagai kerajaan di Sulawesi Selatan. Upaya yang dilakukan ini mendapatkan perlawanan dari Kerajaan Bone pada tahun 1528 dan Bone membentuk persekutuan dengan kerajaan-kerajaan kecil lainnya seperti Kerajaan Wajo dan Kerajaan Soppeng. Kemudian persekutuan itu disebut dengan Persekutuan Tellum Pocco (Tiga Kekuasaan). Namun satu persatu kerajaan tersebut berhasil ditaklukkan oleh Kesultanan Makassar. Selain menakhlukkan kerajaan tetangga, mereka memperluas pengaruh hingga ke bagian timur kepulauan Nusa tenggara. Kesultanan Makassar (Gowa-Tallo) sempat menjalin kerja sama dengan kerajaan Islam lainnya, khususnya Kesultanan Mataram di Jawa.
Penguasa terbesar dan terakhir dari Kesultanan Makassar adalah Daeng Mattawang yang lebih dikenal dengan nama Sultan Hasannudin (1653-1669). Di bawah kepemimpinan Hasanuddin ini Makassar berkembang menjadi satu kekuatan besar di kawasan timur Nusantara. Sultan Hasanuddin berhasil memperluas pengaruh Kerajaan Makassar sampai ke Maros, Bulukumba, Mandar, Sulawesi Utara, Luwu, Buton, Selayar, Sumbawa, dan Lombok. Sultan Hasanuddin juga berhasil mengembangkan pelabuhannya dan menjadi bandar transit di Indonesia bagian timur pada waktu itu. Hasanuddin mendapat julukan Ayam Jantan dari Timur. Karena keberaniannya dan semangat perjuangannya, Makassar menjadi kerajaan besar dan berpengaruh terhadap kerajaan di sekitarnya.
Dalam kurun waktu yang cukup lama, Kesultanan Makassar (Gowa-Tallo) terlibat persaingan dengan Kerajaan Bone. Persaingan antara dua kekuatan tersebut pada akhirnya melibatkan campur tangan dari Belanda dalam sebuah peperangan yang dinamakan Perang Makassar (1660-1669). Belanda yang mempunyai tujuan tertentu yaitu, berusaha memonopoli perdagangan rempah-rempah di pelabuhan Makassar memanfaatkan situasi dengan berpihak pada Kerajaan Bone, sebagai musuh Kesultanan Makassar. Kemudian dalam peperangan Makassar ini Kesultanan Makassar dipimpin langsung oleh Sultan Hasannudin akan tetapi Hasannudin tidak bisa mematahkan kekuatan Kerajaan Bone yang dibantu oleh kekuatan Belanda yang berambisi menguasai Makassar. Kemudian Hasannudin dipaksa oleh VOC untuk menandatangani Perjanjian Bungaya (18 November 1667) sebagai tanda takluk kepada VOC.