Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
IAIN Manado
Kelahiran STAIN Manado dilegalisasi dengan sebuah kekuatan hukum KEP. MENAG NO. 18 Tahun 1988 tanggal 5 Juli 1998. Sebelumnya perguruan tinggi ini masih berupa sebuah fakultas Syariah IAIN Alauddin di Manado yang dipimpin oleh Dekan Drs. M. Idris Ya’kub, Setelah itu kepemimpinan perguruan tinggi ini dipimpin oleh Drs. Ridwan Sarib. Pada tanggal 30 Juni 1997, berdasarkan KEPRES. No 11 Tahun 1997, Fakultas Syariah IAIN Alauddin kemudian dikembangkan menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Manado (STAIN). Berbagai program strategi yang dikembangkan oleh STAIN Manado terealisasi atas dasar argumen dan realita yaitu :
Setelah berjalan kurang lebih 18 tahun, tepat pada bulan Oktober tahun 2014 setelah melewati berbagai proses seleksi Kementerian Agama dan Menpan, akhirnya STAIN Manado di sahkan menjadi IAIN Manado. berselang empat bulan setelah SK IAIN Manado tepatnya tanggal 4 maret dilantiklah Dr. Rukmina Gonibala, M.Si sebagai Rektor Pertama IAIN Manado periode 2015 s.d 2019.