Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Papua Nugini
Sebuah pemberontakan separatis pada 1975-1976 di Pulau Bougainville mengakibatkan perubahan rancangan Konstitusi Papua Nugini hanya dalam 11 jam untuk memungkinkan Bougainville dan 18 distrik lain pra-kemerdekaan Papua Nugini mendapatkan status semifederal sebagai provinsi. Pemberontakan terulang dan merenggut 20.000 jiwa dari tahun 1988 sampai hal itu diselesaikan pada tahun 1997. Setelah pemberontakan, Bougainville Otonom memilih Joseph Kabui sebagai presiden, tetapi ia digantikan oleh wakilnya, John Tabinaman. Tabinaman tetap pemimpin sampai pemilihan umum berikutnya pada bulan Desember 2008, dengan James Tanis muncul sebagai pemenang. Kerusuhan anti-Cina, yang melibatkan puluhan ribu orang, pecah pada Mei 2009.