Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Pasang Surut Dinasti Mataram
Lahirnya negara modern Republik Indonesia dengan Proklamasi 17 Agustus 1945 di jawa Tengah segara disambut serta didukung penuh oleh keempat Dinasti wangsa Mataram di Surakarta dan di Yogyakarta. Pada tanggal 1 September 1945 Kasunanan Surakarta dan Praja Mangkunegaran mengeluarkan Maklumat yang isinya bahwa Kasunanan dan Mangkunegaran merupakan wilayah dari Negara Kesatuan Republik Indonesia dengan status daerah istimewa dan kepala daerah istimewa yaitu Sunan dan Adipati bertanggung jawab langsung kepada Presiden Republik Indonesia. Demikian juga sehubungan dengan hal ini di Yogyakarta pada tanggal 5 September 1945 Kasultanan dan Kadipaten Paku Alaman juga mengeluarkan Maklumat yang isinya kurang lebih sama yaitu Kasultanan dan Kadipaten Paku Alaman merupakan wilayah dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia dan kepala daerah istimewa bertanggung jawab langsung kepada Presiden.