Kanal Banjir Jakarta
Mengacu pada prinsip pengendalian banjir DKI Jakarta pada Rencana Induk Pengendalian Banjir Jakarta 1973 ("Master Plan for Drainage and Flood Control of Jakarta)," yang disusun dengan bantuan "Netherland Engineering Consultant ("NEDECO")", pengendalian banjir di Jakarta akan bertumpu pada dua kanal yang melingkari sebagian besar wilayah kota. Kanal itu akan menampung arus air dari selatan dan dibuang ke laut melalui bagian- bagian hilir kota yang dikenal dengan nama Kanal Banjir Barat dan Kanal Banjir Timur. Kanal-kanal tersebut adalah salah satu upaya pengendalian banjir Jakarta di samping pembuatan waduk dan penempatan pompa pada daerah-daerah yang lebih rendah dari permukaan air laut.
Ci Liwung
Di daerah Manggarai aliran Ci Liwung banyak dimanipulasi untuk mengendalikan banjir. Jalur aslinya mengalir melalui daerah Cikini, Gondangdia, hingga Gambir, namun setelah Pintu Air Istiqlal jalur lama tidak ditemukan lagi karena telah dibuat kanal-kanal semenjak zaman Belanda dulu, seperti kanal di sisi barat Jalan Gunung Sahari dan Kanal Molenvliet di antara Jalan Gajah Mada dan Jalan Hayam Wuruk. Di Manggarai, dibuat Kanal Banjir Barat yang mengarah ke barat, lalu membelok ke utara melewati Tanah Abang, Tomang, Jembatan Lima, hingga ke Pluit. Sedangkan Kanal Banjir Timur direncanakan mulai dari sekitar wilayah Kampung Melayu ke timur, menghubungkan aliran-aliran Ci Liwung, Ci Lilitan, Ci Pinang, Kali Sunter, Kali Buaran, Kali Cakung, hingga ke wilayah Marunda.
Dari 13 sungai yang mengalir di Jakarta, Ci Liwung memiliki dampak yang paling luas ketika musim hujan karena ia mengalir melalui tengah kota Jakarta dan melintasi banyak perkampungan, perumahan padat, dan permukiman-permukiman kumuh. Sungai ini juga dianggap sungai yang paling parah mengalami perusakan dibandingkan sungai-sungai lain yang mengalir di Jakarta. Selain karena daerah tangkapan airnya di bagian hulu di wilayah Puncak dan Bogor yang rusak, badan sungai di wilayah Jakarta juga banyak mengalami penyempitan dan pendangkalan yang mengakibatkan daya tampung air sungai menyusut, dan mudah menimbulkan banjir.