Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Hakodate, Hokkaido
Setelah Kono Kaganokami Masamichi meninggal dunia, putranya yang bernama Kono Suemichi beserta keluarganya terusir dari Hakodate hingga ke Kameda ketika terjadi Pemberontakan Ainu 1512. Sebagai akibatnya, selama 100 tahun berikutnya, catatan sejarah mengenai daerah ini hanya sedikit. Di Semenanjung Oshima terus menerus terjadi konflik kecil-kecilan dengan orang Ainu ketika pedagang bersenjata seperti keluarga Kono mendirikan basis mereka untuk menguasai perdagangan di kawasan ini. Konflik dengan orang Ainu memuncak pada perang tahun 1669 hingga 1672 yang dipimpin ksatria Ainu bernama Shakushain. Perang ini berakhir dengan kekalahan orang Ainu.