Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Muchtar Jahja
Pada pertengahan tahun 1971, Departemen Agama RI mengadakan proyek untuk meningkatkan mutu para dosen IAIN di seluruh Indonesia. Nama proyek ini ialah Post Graduate Course (PGC) yang berlangsung selama tiga bulan, dan hanya diadakan sebanyak tiga kali. Pada setiap angkatan disajikan mata pelajaran yang berbeda. Pada angkatan II, umpamanya, diadakan peningkatan dalam bidang pelajaran Ilmu Tafsir. Bidang ini diserahkan tanggungjawabnya kepada Prof. H. Mukhtar Yahya, dan berlangsung dari 20 November 1972 sampai dengan 17 Februari 1973. Angkatan III berakhir pada 17 Februari 1974.
Masih dalam rangka peningkatan mutu dosen-dosen, maka setelah PGC rampung, dilanjutkan lagi dengan program yang masih non-degree tetapi lebih intensif, yaitu program Studi Purna Sarjana (SPS). Program ini berlangsung selama 9 bulan dengan muatan pelajaran yang cukup sarat sebanyak 21 mata pelajaran pokok. Angkatan I dimulai pada tahun ajaran 1974-1975, dan berakhir pada Angkatan-IX yang diadakan pada tahun ajaran 1982-1983. Pada semua angkatan, Prof. H. Mukhtar Yahya ikut memberi kuliah mata pelajaran Agama dan Sejarah Islam.
Di kala mengajar di SPS Angkatan-II (1975-1976), Prof. H. Mukhtar Yahya dianugerahi derajat Doctor Honouris Causa dalam bidang Ilmu Tarbiyah. Pemberian gelar Doktor itu berlangsung pada tanggal 29 Oktober 1975, yaitu dalam rangka peringatan Dies Natalis XXIV IAIN Sunan Kalijaga. Prof. H. Bustami A. Gani bertindak sebagai Promotor.