Charles Darwin
Setelah pertama-tama tinggal di Gower Street, London, pasangan ini pindah pada 17 September 1842 ke Down House di Downe (yang kini terbuka untuk kunjungan masyarakat, di selatan Orpington). Keluarga Darwin mempunyai sepuluh orang anak, tiga di antaranya meninggal dalam usia dini. Banyak dari mereka dan cucu-cucu mereka kelak menjadi terkenal (lihat keluarga Darwin — Wedgwood)Beberapa dari anak-anak mereka menderita penyakit atau lemah tubuhnya. Charles Darwin kuatir bahwa hal ini mungkin disebabkan karena garis keturunannya dengan Emma cukup dekat. Hal ini diungkapkannya dalam tulisan-tulisannya tentang akibat-akibat buruk yang ditimbulkan dari perkawinan antar kerabat dekat dan keuntungan dari perkawinan silang.
Charles Darwin
Bingung dengan distribusi geografis satwa liar dan fosil yang ia kumpulkan dalam pelayaran, Darwin memulai penyelidikan rinci dan pada 1838 menyusun teorinya tentang seleksi alam. Meskipun ia membahas ide-idenya dengan beberapa naturalis, ia butuh waktu untuk penelitian dan pekerjaan geologinya memiliki prioritas. Ia menuliskan teorinya pada tahun 1858 ketika Alfred Russel Wallace mengirimnya esai yang menggambarkan ide yang sama, mendorong segera publikasi bersama dari kedua teori mereka. Karya Darwin mendirikan penurunan dengan modifikasi evolusioner sebagai penjelasan ilmiah yang dominan dari diversifikasi di alam. Pada tahun 1871 ia memeriksa evolusi manusia dan seleksi seksual dalam "The Descent of Man, and Selection in Relation to Sex", diikuti oleh "The Expression of the Emotions in Man and Animals". Penelitiannya pada tanaman diterbitkan dalam serangkaian buku, dan dalam buku terakhirnya, ia memeriksa cacing tanah dan efeknya pada tanah.