Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Perang Ōnin
Pada 22 Februari 1467, setelah membakar sendiri rumah kediamannya, Masanaga memimpin pasukan menuju Kuil Kamigoryō di Kyoto. Shogun Yoshimasa sendiri menolak untuk campur tangan dalam konflik internal keluarga Hatakeyama. Namun Sōzen diperitahkannya untuk mengungsikan Kaisar Tituler Go-Hanazono dan Kaisar Go-Tsuchimikado ke markas keshogunan di Muromachi-tei, dan Yoshinari dibantu dengan tambahan pasukan. Katsumoto waktu itu belum terlibat karena sedang bertugas sebagai pelindung Shogun Yoshimasa.