Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Brigade Infanteri 6
Lahir pada masa kemerdekaan membuat Brigif 6 sadar bahwa NKRI sebagai buah dari kemerdekaan harus terus dipertahankan. Dimulai dengan pertempuran merebut Ambarawa tanggal 15 Desember 1945, perjalanan Brigif menegakkan NKRI juga dikonsentrasikan pada Operasi Seroja di Timor Timur mulai tahun 1977 hingga 1996. Brigif 6 juga ambil bagian dalam penumpasan Gerakan Pengacau Keamanan (GPK)/Organisasi Papua Merdeka (OPM) di Irian Jaya dari tahun 1994 hingga 2004. Kesatuan ini juga mengerahkan personelnya dalam menjaga stabilitas keamanan di Aceh serta daerah rawan konflik di Sambas Kalimantan Barat, Ambon, Sampit Kalimantan Tengah dan lain sebagainya. Selain di dalam negeri, Brigif 6/2 Kostrad juga ikut ambil bagian dalam misi perdamaian Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB). Dengan kekuatan 850 personel, pada tahun 1992/1993 Yonif 411/6/2 Kostrad berangkat ke Kamboja dan bergabung dengan pasukan Perdamaian Konga XII di bawah pimpinan Letkol Inf Darmawi Chaidir.