Bencana alam
Walaupun perkembangan manajemen bencana di Indonesia meningkat pesat sejak bencana tsunami tahun 2004, berbagai bencana alam yang terjadi selanjutnya menunjukkan diperlukannya perbaikan yang lebih signifikan. Daerah-daerah yang rentan bencana alam masih lemah dalam aplikasi sistem peringatan dini, kewasapadaan risiko bencana dan kecakapan manajemen bencana. Sistem Peringatan Dini Tsunami Indonesia yang dimulai tahun 2005, masih dalam tahap pengembangan.
Gerakan Aceh Merdeka
Konflik antara pemerintah RI dengan GAM terus berlangsung hingga pemerintah menerapkan status Darurat Militer di Aceh pada tahun 2003, setelah melalui beberapa proses dialogis yang gagal mencapai solusi kata sepakat antara pemerintah RI dengan aktivis GAM. Konflik tersebut sedikit banyak telah menekan aktivitas bersenjata yang dilakukan oleh GAM, banyak di antara aktivis GAM yang melarikan diri ke luar daerah Aceh dan luar negeri. Bencana alam gempa bumi dan tsunami pada 26 Desember 2004 telah memaksa pihak-pihak yang bertikai untuk kembali ke meja perundingan atas inisiasi dan mediasi oleh pihak internasional.