Papua
UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua mengamanatkan nama provinsi ini untuk diganti menjadi Papua. Pada tahun 2003, disertai oleh berbagai protes (penggabungan Papua Tengah dan Papua Timur), Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (setahun kemudian menjadi "Papua Barat"). Bagian timur inilah yang menjadi wilayah Provinsi Papua pada saat ini.
Universitas Papua
Kampus utama UNIPA berlokasi di Kelurahan Amban Kabupaten Manokwari. Berjarak kurang lebih 5 km sebelah Utara Kota Manokwari, berhadapan dengan Samudera Pasifik dan letaknya pada ketinggian ± 110 meter di atas permukaan air laut . Lokasi lain UNIPA tersebar di 6 kabupaten dan 1 Kota lain di Tanah Papua yakni Kota Sorong dan Kabupaten Sorong, Wagethe (Kab Dogiyai), Ransiki (Kab Manokwari Selatan), Anggi (Kab Pegunungan Arfak), Mandou (Kab Biak Numfor) dan Waisai (Kab Raja Ampat.