Patogen
Fungi adalah organisme prokariot yang termasuk dalam kingdom protista dengan sekitar 75.000 spesies yang sudah diidentifikasi..Fungi dapat menjadi parasit pada manusia contohnya seperti "Candida albicans" yang adalah fungi patogen oportunis yang dapat menyebabkan infeksi pada hampir semua bagian dari tubuh manusia dan dapat menyebabkan kematian. "C. albicans" seringkali menyerang rongga mulut ataupun vagina, namun sewaktu sistem imun inang sedang baik, "C. albicans" tidak akan menimbulkan infeksi dan hidup secara normal pada rongga mulut manusia misalnya. Dalam bidang pertanian, fungi dibagi menurut perannya setidaknya menjadi tiga macam, yakni penyakit tumbuhan/ hewan, dekomposer, dan agens pengendali hayati. Ketiganya memiliki fungsi dan peran yang berbeda yang sangat penting dalam keseimbangan agroekosistem. Sebagai agens pengendali hayati dan dekomposer, fungi telah dikembangkan sedemikian pesatnya hingga bioteknologi dan nanoteknologi.
Mikrobiologi pangan
Fermentasi merupakan sebuah proses di mana mikroorganisme digunakan untuk membuat bahan pangan. Ragi telah digunakan sejak lama untuk mengembangkan roti, membuat bir, dan membuat minuman anggur. Bakteri asam laktat digunakan untuk membuat yoghurt, keju, dan acar. Fermentasi menghasilkan karakteristik bahan pangan yang tidak mudah dihinggapi oleh mikroorganisme yang mampu merusak bahan pangan, seperti perubahan tingkat keasaman, kadar gula, kadar garam, dan sebagainya. Fermentasi juga membuat beberapa bahan pangan menjadi lebih mudah dicerna manusia, seperti tempe.