Dili
Bahkan di bawah kekuasaan Indonesia, saat bahasa Portugis dilarang, nama jalan berbahasa Portugis seperti "Avenida Marechal Carmona" tetap dipertahankan, meskipun sedikit ditambahkan awalan kata berbahasa Indonesia seperti "Jalan" atau 'road'. Gereja Katolik Roma di Motael dijadikan pusat perlawanan terhadap pendudukan Indonesia. Warisan dari pendudukan Jakarta adalah Gereja Dikandung Tanpa Noda, pusat Keuskupan Katolik Roma Díli, yang kemungkinan besar merupakan katedral terbesar di Asia Tenggara, dan 'Monumen Integrasi', untuk memperingati pencaplokan Indonesia di wilayah ini pada 1976. Menampilkan orang Timor Leste dalam pakaian tradisional, memecahkan borgol yang melingkari pergelangan tangannya, monumen tersebut masih belum dihancurkan.
Gereja Asiria Timur
Gereja ini tiba di Indonesia sejak abad ke-7. yakni di 2 tempat yang bernama Pancur (Sekarang wilayah dari:Deli Serdang) dan Barus (Sekarang wilayah dari: Tapanuli Tengah) di Sumatra (645 SM). Sejarah ini telah tercatat oleh ulama Syaikh Abu Salih al-Armini dalam bukunya dengan judul FIBA “Tadhakur Akhbar min al-Kana’is wa al-Adyar min Nawabin Mishri wa al-Iqta’aih” (Daftar berita pada gereja-gereja dan monastries di provinsi-provinsi Mesir dan sekitarnya). Daftar gereja-gereja dan monastries dari naskah asli dalam bahasa Arab dengan 114 halaman ini berisi berita tentang 707 gereja-gereja dan 181 monastries Kristen yang tersebar di sekitar Mesir, Nubia, Abysina, Afrika Barat, Spanyol, Arab dan India . Dalam bukunya (Abu Salih), tanah Indonesia masih dimasukkan dalam wilayah India (al-Hindah).