Fungi
Sebelum dikenalkannya metode molekuler untuk analisis filogenetik, dulu fungi dimasukkan ke dalam kerajaan tumbuhan/Plantae karena fungi memiliki beberapa kemiripan dengan tumbuhan yaitu tidak dapat berpindah tempat, juga struktur morfologi dan tempat hidupnya juga mirip. Seperti tanaman, kebanyakan fungi juga tumbuh di tanah dan, pada jamur, membentuk tubuh buah, yang kadang-kadang menyerupai tumbuhan seperti lumut. Fungi sekarang dianggap sebagai kerajaan tersendiri, berbeda dari baik tumbuhan maupun hewan, yang tampaknya telah berpisah sekitar satu miliar tahun lalu (sekitar awal dari Era Neoproterozoikum). Beberapa ciri-ciri morfologi, biokimia dan genetik dimiliki bersama dengan organisme lain, sementara yang lain unik pada fungi, memisahkan fungi dari kerajaan lain dengan jelas:
Kolonisasi (biologi)
Kolonisasi mengacu pada mikroorganisme yang tidak bereplikasi pada jaringan yang ditempatinya. Sedangkan "infeksi" mengacu pada keadaan di mana mikroorganisme bereplikasi dan jaringan menjadi terganggu. Semua organisme multisel mengalami kolonisasi oleh organisme lain sampai dengan tahap tertentu, yang umumnya bersifat mutualisme atau komensalisme. Contoh yang bersifat mutualisme adalah spesies bakteri anaerobik yang mengkolonisasi kolon manusia, sedangkan yang komensalisme adalah beberapa spesies staphylococcus pada kulit manusia. Jenis kolonisasi semacam itu tidak digolongkan sebagai infeksi. Perbedaan antara infeksi dan kolonisasi seringkali tergantung pada situasi dan kondisi. Organisme yang umumnya non-patogen bisa menjadi patogen pada kondisi tertentu. Selain itu, organisme yang sangat "virulent" sekalipun memerlukan kondisi tertentu untuk dapat menyebabkan infeksi yang berarti. Beberapa bakteri koloni, misalnya Corynebacteria sp. dan viridans streptococci, menghalangi pelekatan dan kolonisasi yang dilakukan oleh bakteri patogen, sehingga memberikan keuntungan bagi inang dengan mencegah infeksi dan mempercepat sembuhnya luka.