Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Pada bulan 5, Katsumoto mengajak para daimyo sekutunya di berbagai daerah untuk mengangkat senjata, termasuk Hatakeyama Masanaga yang sedang bersembunyi di Hokuriku. Setelah menguasai kembali Hana no Gosho, Katsumoto menjemput Shogun Yoshimasa, Kaisar Go-Tsuchimikado dan Kaisar Tituler Go-Hanazono dari markas keshogunan di Muromachi-tei dengan alasan untuk melindungi mereka dari peperangan. Katsumoto menempatkan pasukan utama di kediaman resmi shogun (Imadegawa-tei). Pada bulan berikutnya, Katsumoto memperoleh bendera keshogunan yang dimintanya dari Shogun Yoshimasa, dan secara resmi Katsumoto dan pasukannya menjadi pasukan kekaisaran. Di pihak yang berseberangan, Sōzen memusatkan pasukan utamanya di Itsutsu-dōri, sebuah jalan di dalam kota Kyoto. Kedua belah pihak menjadi saling berhadapan, pasukan Hosokawa Katsumoto disebut Pasukan Timur, sementara pasukan Yamana Sōzen disebut Pasukan Barat. Menurut buku sejarah "Ōninki", Pasukan Timur terdiri dari 160.000 prajurit, dan Pasukan Barat terdiri dari 110.000 prajurit. Meskipun demikian, jumlah prajurit yang dimiliki kedua belah pihak kemungkinan terlalu dibesar-besarkan.