Naruto Shippuden
Naruto Shippuden adalah sebuah seri anime yang diadaptasi dari bagian II manga Naruto. Serial ini disutradarai oleh Hayato Date dan diproduksi oleh Studio Pierrot dan TV Tokyo. Pada bagian ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi "movie"-nya dengan judul "Naruto Shippuden The Movie" yang dirilis di Jepang pada Agustus 2007. Film ini menceritakan tentang usaha ninja jahat dalam membangkitkan Mouryou, roh jahat yang telah dikalahkan 20 tahun yang lalu. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Film ini menceritakan serangan kelompok ninja dari Negara Langit kepada Konoha. Kemudian Naruto Shippūden The Movie 3: Inheritors of the Will of Fire. Di sini diceritakan Konoha dituduh sebagai dalang penyebabnya para ninja dengan Kekkei Genkai menghilang dari Sunagakure, Kirigakure, Kumogakure dan Iwagakure. Di Indonesia, Naruto Shippuden sempat ditayangkan di Indosiar dan saat ini ditayangkan di GTV.
Naruto Uzumaki
Setelah ujian selesai, Naruto diajak oleh Jiraiya mencari putri Tsunade, seorang ninja penyembuh legendaris. Sambil mencari ke berbagai kota, dia diajari jutsu yang sangat sulit bernama "Rasengan". Akhirnya mereka bertemu Tsunade yang ternyata telah bertemu lebih dulu dengan Orochimaru. Naruto menantang Tsunade untuk bertarung, dan kekalahan dialami oleh Naruto. Kemudian Tsunade menantang Naruto untuk menguasai "rasengan" dalam waktu seminggu. Ketika hari perjanjian sudah tiba, Tsunade menemui Orochimaru dan melakukan transaksi rahasia. Jiraiya, Naruto dan Shizune yang mengetahui hal itu segera menyusul Tsunade. Akhirnya Tsunade sadar dan berbalik melawan Orochimaru dan Kabuto Yakushi. Akhirnya Orochimaru dan Kabuto melarikan diri setelah Naruto berhasil memukul mundur Kabuto dengan "rasengan"-nya. Tak lama kemudian, Naruto pingsan tak sadarkan diri dan hampir saja terbunuh karena Kabuto masih sempat memutuskan otot jantung Naruto. Tsunade yang kalah taruhan memberikan kalungnya yang sangat mahal kepada Naruto. Tsunade lalu menyanggupi tawaran Jiraiya untuk menjadi Hokage ke-5.