Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Teritori Papua
Teritori Papua adalah jajahan Australia secara "de facto" yang terdiri dari bagian selatan pulau Nugini, eksis dari tahun 1902 hingga tahun 1949. Pulau ini sebelumnya diperintah dari London sebagai Nugini Britania dan tetap sebagai jajahan Britania secara de jure hingga tahun 1975 ketika Papua Nugini memperoleh kemerdekaan dari Australia. Teritori ini kini membentuk bagian selatan Papua Nugini, dan merupakan setengah dari negara itu.