Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Insiden Honnoji
Begitu menerima kabar kematian Nobunaga, Hashiba Hideyoshi yang sedang mengepung benteng Takamatsu bertindak dengan cerdik, ia berusaha keras menyembunyikan berita itu dari pihak Mori dan tidak memperlihatkan kepanikan yang memancing perhatian musuh. Beberapa utusan Mitsuhide yang bermaksud memberitahukan kabar ini pada klan Mori berhasil ditangkap. Ia lalu mengadakan negosiasi damai dengan klan Mori dan buru-buru menuju ke Kyoto. Dalam perjalanan ia bertemu Niwa Nagahide dan Oda Nobutaka (putra ketiga Nobunaga) di Sakai, ia juga menghimpun para bawahan klan Oda sepanjang perjalanan yang dilaluinya untuk bersatu memerangi si pengkhianat, Mitsuhide. Tanggal 2 Juli 1582, ia mengalahkan Mitsuhide dalam Pertempuran Yamazaki. Mitsuhide terbunuh ketika hendak melarikan diri kembali ke Istana Sakamoto, versi lain menyebutkan ia bunuh diri dalam keputusasaannya.