John Frusciante
Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band." Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia." Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,"Californication", yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di "Californication" adalah favoritnya.
Red Hot Chili Peppers
Anthony Kiedis, Flea, John Frusciante dan Chad Smith dianggap sebagai formasi paling sempurna sepanjang perjalanan karier RHCP. Hadirnya John Frusciante memberikan warna baru dengan menambahkan unsur pop, rock dan juga country ke dalam musik funk yang diusung RHCP. Chad Smith juga dianggap dapat memberikan groove yang baru kepada Flea sebagai pemain bass. Selanjutnya, RHCP merekam album selanjutnya, "Mother's Milk", yang diterbitkan pada bulan Agustus 1989. Album ini mencapai #52 di AS, yang tertinggi bagi mereka saat itu. Dalam album ini terdapat hit Knock Me Down yang mereka persembahkan untuk Hillel Slovak dan menempatkan mereka dalam top modern rock. Selain itu, dirilis pula singel Higher Ground, Taste The Pain dan salah satu soundtrack film Pretty Woman berjudul Show Me Your Soul pada tahun 1990.