IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
MAN 2 Bogor
Setelah berjalan tiga tahun, Madrasah Aliyah Al-Manar ini telah mempunyai kelas yang lengkap (kelas I, II, dan III), sementara bangunan masih menumpang. Kondisi ini akhirnya menurunkan minat siswa tamatan MTsN dan orang tua untuk menyekolahkan anaknya pada madrasah aliyah ini, apalagi kegiatan belajar mengajarnya dilaksanakan pada siang hari. Akhirnya setelah menghasilkan lulusan dua angkatan, jumlah siswa di Al-Manar semakin menurun. Pada tahun 1989, karena H. Ahmud, BA sakit, kemudian digantikan oleh Bapak Syarif Hidayat BA pada tahun 1990, guna mencari solusi bagi keberlangsungan madrasah, maka MA AL-Manar berpindah lokasi ke MIN Sadeng agar kegiatan belajar mengajar dapat dilaksanakan pada pagi hari.