Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Peperangan era Napoleon
Dengan mundurnya Prusia, pasukan Welington yang tadinya ingin membantu menjadi mundur juga. Mereka kembali ke posisi semula di tebing Gunung Santa Jean, beberapa mil di selatan desa Waterloo. Napoleon membawa cadangan pasukannya yang ada di utara, dan bergabung dengan pasukan Ney untuk mengejar Wellington. Tetapi hal ini dia lakukan sebelum menginstruksikan kepada marsekal Grouchy untuk memimpin pasukan sayap kanan menahan tentara Prusia yang sudah bersatu kembali.