Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Yoshimasa diasuh oleh ibu bernama Hino Shigeko dan ibu susu/selir bernama Imamairi no Tsubone. Ia menjadi dewasa sebagai seorang budayawan di bawah bimbingan Ise Sadachika dan biksu Kikeishinzui. Namun kemampuan Yoshimasa untuk memimpin para daimyo sangat kurang. Minatnya hanya pada upacara minum teh, taman Jepang, dan sarugaku. Keshogunan dijalankan oleh istrinya yang bernama Hino Tomiko, Kanrei Hosokawa Katsumoto, dan Yamana Mochitoyo.