Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Timor Portugis
Pada masa ini, Portugal membagi pulau Timor dengan Hindia Belanda dan setelah 1949, Indonesia. Nama Timor Portugis kemudian tidak dipakai lagi sejak 1975, setelah Indonesia menganeksasi Timor Portugis atas permintaan beberapa partai non-Fretilin, tak lama setelah pernyataan kemerdekaan unilateral Timor Timur. Timor Portugis pun menjadi Timor Timur, salah satu provinsi di Indonesia. Secara teknis Timor Portugis baru dinyatakan sebagai sudah tidak ada lagi pada 20 Mei 2002, ketika Timor Leste dideklarasikan sebagai negara merdeka.