Restorasionisme
Reformasi Protestan yang terjadi melalui suatu dorongan restorasionis untuk memperbaiki Gereja dan mengembalikannya kepada struktur, keyakinan, dan praktik alkitabiahnya yang semula. Tetapi gerakan-gerakan the reformasi Protestan, termasuk Puritanisme, menerima bahwa sejarah mempunyai semacam "yurisdiksi" dalam iman dan kehidupan orang Kristen, demikian sejarahwan Richard T. Hughes. Demikian pula Mark Noll berkata tentang pandangan Protestan bahwa, "Alkitab mungkin mutlak dalam hikmat dan wibawanya, tetapi kami memahami bahwa harta kekayaannya diperantarai lewat sejarah." Orang Protestan percaya akan kontinuitas historis dari iman, dan mengkritik tradisi-tradisi Katolik Roma dalam pengertian sejarah maupun Kitab Suci. Kaum Restorasionis menyangkal "yurisdiksi" dari perkembangan historis pada masa lampau, untuk membebaskan diri untuk merangkul apa yang mereka pahami sebagai pola surgawi yang aslinya disingkapkan kepada para rasul Kristus. Sementara kaum Protestan akan menolak tradisi-tradisi tertentu gereja yang mereka anggap tidak mempunyai dasar alkitabiah, seperti misalnya api penyucian dan penghormatan kepada orang-orang kudus, berbagai kelompok Restorasionis akan menolak keyakinan-keyakinan dan praktik-praktik yang dianggap ortodoks dan alkitabiah oleh pihak Protestan, seperti misalnya sabat pada hari Minggu dan konsep Tritunggal.
Yohanes Calvin
Sekembalinya ke sana, berbekal wewenang untuk menyusun bentuk kelembagaan gereja, Calvin memulai program pembaharuannya. Ia menetapkan empat kategori dalam pelayanan gereja, dengan peranan dan kekuasaan yang berbeda-beda:Para pengkritik seringkali menganggap Konsistori sebagai lambang pemerintahan teokratis Calvin. Konsistori adalah sebuah peradilan gerejawi yang terdiri atas sejumlah penatua dan pendeta, yang diberikan kuasa untuk mempertahankan ketertiban di dalam gereja dan di antara para anggotanya. Pelanggaran merentang dari menyebarkan doktrin yang salah hingga pelanggaran moral, misalnya berdansa dengan liar dan menyanyi dengan buruk. Bentuk-bentuk penghukuman biasanya lunak—pelanggar dapat disuruh menghadiri khotbah-khotbah yang disampaikan secara terbuka atau kelas-kelas katekisasi. Perlu diingat konteks geopolitik yang lebih luas dari lembaga ini sebelum kita menilainya. Kaum Protestan pada abad ke-16 seringkali dikenai tuduhan oleh pihak Katolik bahwa mereka menciptakan doktrin-doktrin baru dan bahwa inovasi seperti itu mau tidak mau menyebabkan kemerosotan akhlak dan, pada akhirnya, kehancuran masyarakat itu sendiri. Calvin mengklaim bahwa ia ingin menegakkan legitimasi moral dari gereja yang diperbarui sesuai dengan programnya, namun juga meningkatkan kesehatan dan kesejahteraan individu, keluarga, dan masyarakat. Dokumentasi yang baru-baru ini ditemukan mengenai jalannya Konsistori memperlihatkan setidak-tidaknya perhatian terhadap kehidupan rumah tangga dan kaum perempuan pada khususnya. Untuk pertama kalinya kaum laki-laki yang serong dihukum sama kerasnya dengan kaum perempuan, dan Konsistori sama sekali tidak memperlihatkan toleransi terhadap pemukulan atau penyiksaan terhadap pasangan (khususnya istri). Peranan Konsistori ini kompleks. Badan ini membantu mentransformasikan Jenewa menjadi kota yang digambarkan oleh reformator Skotlandia John Knox sebagai "sekolah Kristus yang paling sempurna yang pernah ada di muka bumi sejak zaman para Rasul."