Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Joko Widodo
Di depan Joko Widodo dalam pembukaan forum kerja sama ekonomi negara-negara Asia-Pasifik (APEC) di Da Nang, Vietnam, Donald Trump secara khusus memuji Indonesia sebagai contoh negara yang berhasil mengangkat diri dari keterpurukan melalui institusi domestik dan demokratis.
Jokowi memberikan perhatian khusus bagi Papua. Terlihat dari frekuensi kunjungan yang terhitung sangat sering dibanding presiden sebelumnya, dan banyaknya pembangunan infrastruktur di Papua. Di antaranya adalah pembangunan pasar tradisional dan jalan lintas Papua. Banyak bandara perintis dibangun atau dibenahi sehingga terlihat lebih baik dan kapasitasnya lebih besar. Ia juga menerbitkan Instruksi Presiden (Inpres) Nomor 9 Tahun 2017 tentang Percepatan Pembangunan Kesejahteraan di Provinsi Papua dan Provinsi Papua Barat pada 11 Desember 2017.
Pada kunjungannya ke Papua bulan Mei 2015, Jokowi membebaskan 5 tahanan politik OPM dan membebaskan wartawan asing untuk melakukan peliputan di Papua seperti halnya daerah lain di Indonesia. Jokowi beralasan bahwa Indonesia sudah harus berpikir positif dan saling percaya. Kebijakan Jokowi ini menuai pro dan kontra, terutama di kalangan DPR RI yang menyatakan bahwa kebijakan tersebut dapat membuat isu Papua dipolitisir ke dunia luar, karena masalah Papua yang sangat sensitif.