Universitas Khairun
Tahun 1964 adalah tahun bersejarah pendirian Unkhair. Ketika diresmikan secara formal pada 15 Agustus 1964 di Stadion Ternate jam 10.00 WIT, Prof. Yasin Muhammad dari Universitas Sam Ratulangi menyampaikan orasi betapa pentingnya sebuah universitas di Maluku Utara sehingga ia dengan menumpang kapal Nosemo (Kapal Pelayaran Maluku-Sulawesi) menyempatkan hadir dalam peresmian tersebut. Satu hari telah peresmian itu, 16 Agustus 1964, proses perkuliahan secara formal pun dimulai. Adnan Amal menyebut hari pertama perkuliahan formal itu dengan ibarat ‖bayi yang baru dilahirkan yang akan mencari jati dirinya.‖ Seiring berjalannya waktu, Unkhair pun membuka berbagai fakultas.
Institut Agama Islam Negeri
Institut Agama Islam Negeri (IAIN) dibentuk oleh pemerintah pada tahun 1960 di kota Yogyakarta dengan nama IAIN Al Jami'ah al-Islamiah al-Hukumiyah, yang merupakan gabungan dari Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) Yogyakarta dan Akademi Dinas Ilmu Agama (ADIA) Jakarta.