Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Uesugi Kenshin
Pada tahun 1561, pasukan Uesugi yang bermaksud merebut kembali Shinano lagi-lagi harus berhadapan dengan pasukan Takeda dalam Pertempuran Kawanakajima ke-4. Pertempuran berakhir tanpa ada pihak yang menang atau kalah. Pada akhirnya pasukan Uesugi hanya bisa menguasai sebagian wilayah Shinano bagian timur, sedangkan bekas wilayah kekuasaan klan Murakami dan klan Takanashi tidak berhasil direbut kembali. Pertempuran Kawanakajima yang ke-5 kembali terjadi pada tahun 1564, tetapi tidak juga bisa menentukan pihak yang menang atau kalah.