Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
MAN Babakan Lebaksiu
Periode ketiga sejak tahun 1947 s.d 1982 M diteruskan oleh KH. Isa Mufti dan K. Abdul Malik sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas pendidikan pondok pesantren maka didirikan pendidikan berbasis pengetahuan agama yaitu Madrasah Diniyah Tsanawiyah (sekarang Madrasah Tsanawiyah) yang dipimpin oleh KH. Baedowi Mufti dan Madrasah Diniyah Mualimat dipimpin oleh K. Muslih Ma’shum, BA. Kemudian didirikan dan dikembangkan pendidikan yang berbasis pengetahuan umum di antaranya Madrasah Menengah Pertama (MMP), dan Madrasah Menengah Atas (MMA) yang dipimpin oleh KH. Shofwan Mufti, BA.