Naruto Shippuden
Naruto Shippuden adalah sebuah seri anime yang diadaptasi dari bagian II manga Naruto. Serial ini disutradarai oleh Hayato Date dan diproduksi oleh Studio Pierrot dan TV Tokyo. Pada bagian ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi "movie"-nya dengan judul "Naruto Shippuden The Movie" yang dirilis di Jepang pada Agustus 2007. Film ini menceritakan tentang usaha ninja jahat dalam membangkitkan Mouryou, roh jahat yang telah dikalahkan 20 tahun yang lalu. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Film ini menceritakan serangan kelompok ninja dari Negara Langit kepada Konoha. Kemudian Naruto Shippūden The Movie 3: Inheritors of the Will of Fire. Di sini diceritakan Konoha dituduh sebagai dalang penyebabnya para ninja dengan Kekkei Genkai menghilang dari Sunagakure, Kirigakure, Kumogakure dan Iwagakure. Di Indonesia, Naruto Shippuden sempat ditayangkan di Indosiar dan saat ini ditayangkan di GTV.
Naruto Uzumaki
Sasuke yang merasa tertinggal jauh oleh Naruto, menyanggupi tawaran para ninja desa Oto untuk bergabung dengan Orochimaru. Di tengah-tengah perjalanan, Sasuke dihadang oleh Sakura yang tetap tidak bisa mencegah Sasuke untuk pergi. Kabar itu akhirnya sampai ke Tsunade, dan memerintahkan Shikamaru Nara, Choji Akimichi, Kiba Inuzuka, Neji Hyuga, dan Naruto Uzumaki untuk mengejar para ninja desa Oto. Mereka terlibat pertarungan satu lawan satu yang sengit. Choji melawan Jiroubou, Neji vs Kidomaru, Shikamaru vs Tayuya, Kiba dan Akamaru vs Sakon dan Ukon. Akhirnya, hanya Naruto dan Sasuke yang tersisa dan mereka berhadapan satu sama lain di air terjun di Lembah Akhir. Mereka bertarung mati-matian, dan berakhir dengan kemenangan di tangan Sasuke. Sasuke meneruskan perjalanannya sambil menyimpan dendam dan kebencian pada Itachi Uchiha, kakaknya. Naruto yang sudah pingsan ditemukan oleh Kakashi dan dibawa ke rumah sakit. Setelah sembuh, Naruto dijemput oleh Jiraiya untuk berlatih supaya menjadi ninja yang lebih kuat dari sebelumnya. Pada seri berikutnya, judul kisah tersebut bukan "Naruto", melainkan "Naruto Shippuden".