Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Restorasi Meiji
Pada tahun 1871, semua daimyo dan mantan daimyo dipanggil untuk menghadap kaisar untuk menerima perintah pengembalian semua domain kepada kaisar. Sekitar 300 domain ("han") diubah bentuknya menjadi prefektur yang dipimpin oleh gubernur yang ditunjuk oleh negara. Pada tahun 1888, beberapa prefektur telah berhasil dilebur menjadi satu sehingga jumlah prefektur menciut menjadi 75 prefektur. Kepada mantan daimyo, pemerintah berjanji untuk menggaji mereka sebesar 1/10 dari pendapatan bekas wilayah mereka sebagai penghasilan pribadi. Selanjutnya, utang-utang mereka berikut pembayaran gaji serta tunjangan untuk samurai diambil alih oleh negara.