Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Tokugawa Yoshinobu
Setelah tiba di gerbang masuk kota Kyoto, pasukan Tokugawa dilarang masuk. Mereka diserang oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Peristiwa ini merupakan awal dari Pertempuran Toba-Fushimi yang merupaan bentrokan bersenjata pertama dalam Perang Boshin. Meskipun pasukan Tokugawa unggul dalam jumlah, moral pasukan jatuh setelah melihat panji-panji kekaisaran dikibarkan oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Di tengah berlangsungnya pertempuran, Yoshinobu menyelinap dari markas besarnya di Osaka dan berangkat ke Edo. Ia memasukkan dirinya ke dalam kurungan secara sukarela, dan menyatakan dirinya tunduk kepada istana. Kesepakatan damai akhirnya tercapai setelah Tayasu Kamenosuke, kepala keluarga berusia muda dari sebuah percabangan keluarga Tokugawa diadopsi dan diangkat sebagai kepala keluarga Tokugawa. Pada 11 April 1868, Istana Edo jatuh ke tangan tentara kekaisaran, dan kota ini terhindar dari perang habis-habisan.