Indonesia
Kerajaan-kerajaan kecil mulai bermunculan sejak awal abad masehi. Kerajaan tertua yang diketahui berdasarkan penemuan terbaru adalah kerajaan Kandis, bukan kerajaan Kutai seperti anggapan kebanyakan orang selama ini. Berdasarkan penemuan-penemuan yang ada, kerajaan Kandis berada di pulau Sumatera, kira-kira di daerah Riau sekarang. Namun sayangnya, hanya sedikit yang diketahui dari kerajaan ini karena bukti-bukti dan catatan yang minim. Kerajaan-kerajaan penting lainnya di Sumatera adalah kerajaan Melayu Kuno atau kerajaan Jambi Kuno (berdiri sekitar abad ke-2 Masehi). Di Pulau Jawa, berdiri kerajaan Salakanegara, kerajaan Hindu pertama di Nusantara yang terletak di daerah sekitar Cianjur, Jawa Barat. Kerajaan Salakanegara mulai berdiri pada tahun 130 Masehi, kemudian berkembang menjadi kerajaan Tarumanegara pada tahun 358 Masehi. Kerajaan Kutai sendiri mulai berdiri di Kalimantan Timur pada tahun 350 Masehi, diikuti berdirinya dua kerajaan lain di Kalimantan Selatan, yaitu kerajaan Tanjungpuri dan kerajaan Nan Sarunai pada tahun 525 M. Di Sulawesi juga berdiri kerajaan-kerajaan kecil, diantaranya kerajaan Luwu di Sulawesi Tengah pada tahun 900 Masehi. Kerajaan-kerajaan awal lainnya adalah kerajaan Siang di Sulawesi Selatan dan kerajaan Suwawa di daerah Gorontalo.
Malaysia
Peralihan agama Parameswara ke Islam tidaklah jelas. Sabri Zain mengemukakan, Parameswara menjadi seorang Muslim ketika dia menikahi seorang Puteri Samudera Pasai dan menyertakan gelar bergaya Persia "Syah", dengan menyebut dirinya Iskandar Syah . Juga ada referensi yang menunjukkan bahwa beberapa anggota kelas penguasa dan komunitas saudagar yang menetap di Melaka telah menjadi Muslim. Kisah-kisah Tiongkok menyebutkan bahwa pada 1414, putera penguasa pertama Melaka mengunjungi Ming untuk mengabari mereka bahwa ayahnya telah wafat. Putera Parameswara diakui secara resmi sebagai penguasa kedua Melaka oleh Kaisar Tiongkok dan bergelar Raja Sri Rama Vikrama, Raja Parameswara dari Temasik dan Melaka dan dia dikenal sebagai tokoh Muslim Sultan Sri Iskandar Zulkarnain Syah atau Sultan Megat Iskandar Syah, dan dia menguasai Melaka dari 1414 sampai 1424.   Kerajaan ini menguasai wilayah yang sekarang ini disebut Semenanjung Malaya, selatan Thailand (Pattani, dan pantai timur Sumatera. Kerajaan ini berlangsung selama lebih dari satu abad, dan dalam periode tersebut menyebarkan Islam ke seluruh Nusantara. Melaka, sebagai pelabuhan perdagangan penting, terletak hampir di tengah-tengah rute perdagangan Tiongkok dan India.