Jepang
Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang "buke shohatto" untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan "sakoku" ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut "rangaku" (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai "kokugaku".
Perang Boshin
Walaupun Yoshinobu sudah mengundurkan diri dan jabatan tingkat atas dalam pemerintahan menjadi kosong, anak buahnya tetap menjalankan tugas seperti biasa. Pemerintah keshogunan, khususnya keluarga Tokugawa, tetap merupakan kekuatan utama dalam sistem politik, dan masih memegang kekuasaan eksekutif. Keadaan ini tidak dapat ditolerir kalangan garis keras dari Satsuma dan Chōshū. Peristiwa penting terjadi pada 3 Januari 1868 ketika faksi garis keras mengambil alih istana kaisar di Kyoto. Pada hari berikutnya, Kaisar Meiji yang waktu itu berusia 15 tahun mengumumkan kembalinya kekuasaan di tangan kaisar. Walaupun mayoritas dewan penasihat setuju dengan proklamasi resmi kekuasaan langsung di tangan istana, mereka cenderung mendukung kerja sama dengan keluarga Tokugawa di bawah konsep pemerintahan bersama. Saigō Takamori mengancam dewan agar menghapus jabatan shogun dan mengeluarkan perintah penyitaan tanah-tanah yang dimiliki Yoshinobu.
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan-permintaan tersebut, Yoshinobu menyatakan bahwa "dirinya tidak akan terikat oleh proklamasi tentang Restorasi dan meminta pengadilan untuk membatalkannya." Pada 24 Januari, Yoshinobu menyatakan serangan terbuka atas Kyoto yang dikuasai tentara Satsuma dan Chōshū. Keputusan Yoshinobu dibalas dengan pembakaran bagian luar Istana Edo yang menjadi kediaman keluarga Tokugawa. Ronin asal Satsuma dituduhnya sebagai pelaku di balik peristiwa pembakaran karena pada hari itu mereka juga menyerang kantor-kantor pemerintah. Keesokan harinya tentara keshogunan membalas dengan menyerang rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo. Dalam rumah kediaman tersebut berlindung sejumlah besar musuh keshogunan yang atas perintah Takamori membuat kerusuhan di Edo. Rumah kediaman daimyo Satsuma di Edo dibakar habis. Musuh keshogunan banyak yang terbunuh atau dieksekusi.