IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
MAN 2 Bogor
Pada tahun pelajaran pertama (1983/1984) jumlah siswa kelas I MAN Persiapan sebanyak 84 orang. Adapun kegiatan belajar mengajar dilaksanakan pada siang hari dengan menggunakan lokal MTsN Babakansirna. Pada tahun pertama ini sebenarnya sudah mempunyai tanah wakaf dari Bapak H. Hafidz Ma’mur seluas 1118 M2. Sedangkan Bapak H.E. Sukardi selaku muwakif MTsN Babakansirna juga sudah menyatakan ketersediannya untuk memberikan wakaf bagi MAN Persiapan ini jika dapat segera dinegerikan. Sehubungan pada tahun tersebut belum ada penegerian madrasah di Departemen Agama, sedangkan sebuah lembaga pendidikan seperti ini harus memiliki wadah lembaga (organisasi) maka pada tahun 1985 didirikan Yayasan Al-Manar untuk menaungi madrasah ini.