Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Adnan Menderes
Adnan dilantik sebagai perdana menteri dengan presiden Celal Bayar pada tahun 1950 dan dilantik bertepatan pada bulan Ramadhan. Menjadi Perdana Menteri selama 10 tahun sampai kudeta milier yang dilakukan oleh jenderal-jenderalnya yang jahat pada tahun 1960 dengan mati syahid di tali tiang gantungan. Sami Kohen, seorang wartawan berkata bahwa karena kebijakannya yang begitu dekat dengan Islam dan kaku dengan Israel juga keputusannya mengubah azan dari Bahasa Turki menjadi Bahasa Arab, juga membolehkan orang Turki untuk naik haji menyebabkan dia dihukum mati. Dia membolehkan pengajaran bahasa Arab dan membangun 10.000 masjid dan 22 ma'had Islam di Anatolia, dalam rangka akselerasi program para khatib, dai, dan guru-guru ngaji al-Qur'an di Turki. Dia juga yang menganjurkan dalam penerbitan buku-buku, majalah, dan selebaran yang bertopik Islami. Lebih dari itu, dia mengaktifkan kembali masjid-masjid yang sebelum zamannya dipakai sebagai gudang menjadi tempat ibadah. Pada masa kepemimpinannya, dia membuka 25 madrasah penghapal Qur'an.