Indonesia
Kerajaan-kerajaan kecil mulai bermunculan sejak awal abad masehi. Kerajaan tertua yang diketahui berdasarkan penemuan terbaru adalah kerajaan Kandis, bukan kerajaan Kutai seperti anggapan kebanyakan orang selama ini. Berdasarkan penemuan-penemuan yang ada, kerajaan Kandis berada di pulau Sumatera, kira-kira di daerah Riau sekarang. Namun sayangnya, hanya sedikit yang diketahui dari kerajaan ini karena bukti-bukti dan catatan yang minim. Kerajaan-kerajaan penting lainnya di Sumatera adalah kerajaan Melayu Kuno atau kerajaan Jambi Kuno (berdiri sekitar abad ke-2 Masehi). Di Pulau Jawa, berdiri kerajaan Salakanegara, kerajaan Hindu pertama di Nusantara yang terletak di daerah sekitar Cianjur, Jawa Barat. Kerajaan Salakanegara mulai berdiri pada tahun 130 Masehi, kemudian berkembang menjadi kerajaan Tarumanegara pada tahun 358 Masehi. Kerajaan Kutai sendiri mulai berdiri di Kalimantan Timur pada tahun 350 Masehi, diikuti berdirinya dua kerajaan lain di Kalimantan Selatan, yaitu kerajaan Tanjungpuri dan kerajaan Nan Sarunai pada tahun 525 M. Di Sulawesi juga berdiri kerajaan-kerajaan kecil, diantaranya kerajaan Luwu di Sulawesi Tengah pada tahun 900 Masehi. Kerajaan-kerajaan awal lainnya adalah kerajaan Siang di Sulawesi Selatan dan kerajaan Suwawa di daerah Gorontalo.
Malaysia
Sisa-sisa arkeologis ditemukan di seluruh negara. Semang memiliki leluhur jauh di Semenanjung Malaya, merujuk pada permukiman pertama dari Afrika, lebih dari 50.000 tahun lalu. Senoi muncul sebagai kelompok campuran, dengan hampir sebagian silsilah dari garis nenek moyang Semang dan sebagiannya lagi Indocina. Hal ini bersesuaian dengan dugaan bahwa mereka mewakili keturunan penutur Austronesia kuno, kaum tani, yang membawa bahasa dan teknologi mereka ke bagian selatan semenanjung kira-kira 5.000 tahun lalu dan menyatu dengan penduduk asli. Manusia Proto Melayu lebih beraneka ragam, dan meskipun mereka menunjukkan beberapa kaitan dengan Asia Tenggara kepulauan, beberapa di antaranya juga memiliki leluhur di Indocina dari zaman Maksimum Glasial Terakhir, diikuti oleh penyebaran Holosen-dini melalui Semenanjung Malaya ke Asia Tenggara kepulauan.