Idi Amin
Begitu Idi Amin berkuasa, Uganda menjadi negara yang sangat terkenal di dunia internasional. Pada bulan Agustus 1972, semua orang Asia berkewarganegaraan Inggris (60.000 jiwa) diberi waktu sembilan puluh hari untuk angkat kaki dari Uganda. Tindakan ini bukan karena rasialisme, tetapi karena ia ingin memberikan "kemerdekaan yang sesungguhnya bagi rakyat Uganda". Yang kalang kabut tentu saja Inggris, yang para pejabatnya buru-buru menghubungi Australia, Selandia Baru, dan negara-negara persemakmuran Inggris lainnya untuk membicarakan penampungan, apalagi Kenya dan Tanzania menolak memberikan penampungan terhadap para pengungsi. Sepuluh hari kemudian ditetapkan aturan tambahan bahwa orang asing yang sudah menjadi warga negara Uganda harus pergi dari Uganda. Jumlahnya sekitar 23.000 jiwa. Sudah tentu warga negara keturunan asing yang lahir di Uganda kebingungan. Jika mereka pergi, status mereka adalah tanpa negara ("stateless"). Ditambah lagi, India, Pakistan, dan Bangladesh (negara asal mereka) menolak menerima kembali mereka. Ditambah pula dengan kebijakan nasionalisasai perusahaan-perusahaan milik orang-orang Eropa di Uganda. Idi Amin memang benar benar "memusingkan banyak orang".
Yoweri Museveni
Pada April 1994, sebuah pesawat yang membawa Presiden Habyarimana dari Rwanda dan Presiden Cyprien Ntaryamira dari Burundi ditembak jatuh di atas bandara Kigali. Hal ini mendorong terjadinya genosida Rwanda yang menyebabkan sekitar 800.000 orang tewas. Front Patriotik Rwanda menyerbu ke Kigali dan mengambil alih kekuasaan dengan pertolongan tentara Uganda.
Pada April 1995, Uganda memutuskan hubungan dengan Sudan sebagai protes atas dukungan Khartoum terhadap Pasukan Perlawanan Tuhan (LRA), sebuah kelompok pemberontak yang aktif di Uganda utara. Sebaliknya, Sudan mengklaim bahwa Uganda memberikan dukungan kepada Tentara Pembebasan Rakyat Sudan. Kedua kelompok ini dicurigai beroperasi di seberang perbatasan Uganda-Sudan yang renggang. Pertikaian antara Uganda dan Sudan berasal sekurang-kurangnya pada 1988. Para pengungsi Uganda mencari perlindungan di Sudan selatan pada masa rezim Amin dan Obote II. Namun, setelah NRM berkuasa pada 1986, banyak dari para pengungsi ini bergabung dengan kelompok-kelompok pemberontak Uganda, termasuk Front Tepi Nil Barat dan belakangan LRA. Dalam waktu yang cukup panjang, pemerintahan Museveni menganggap Sudan sebagai ancaman yang paling serius terhadap keamanan Uganda.