Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Nugini Belanda
Menyusul Pertempuran Laut Aru, Indonesia meluncurkan kampanye infiltrasi yang dirancang untuk menekan Belanda. Menghadapi tekanan diplomatik dari Amerika Serikat, dukungan domestik memudar dan ancaman Indonesia yang terus-menerus untuk menyerang wilayah tersebut, Belanda memutuskan untuk melepaskan kendali dari wilayah yang disengketakan pada Agustus 1962, menyetujui pengajuan Bunker dengan syarat bahwa pemungutan suara untuk menentukan nasib akhir wilayah dilakukan pada kemudian hari. Wilayah ini dikelola sementara oleh PBB sebelum dipindahkan ke Indonesia pada tanggal 1 Mei 1963. Sebuah pemilihan umum, yaitu Pepera, akhirnya digelar pada tahun 1969 tetapi kejujuran dalam pemilu disengketakan.