Penduduk asli Taiwan
Pemerintah Republik Rakyat Tiongkok (RRT) mengklaim Taiwan sebagai bagian dari teritorialnya dan secara resmi menyebut seluruh penduduk asli Taiwan sebagai "Gaoshan" (artinya "dataran tinggi"), yang merupakan salah satu 56 suku bangsa yang secara resmi diakui oleh RRT. Menurut Sensus 2000, 4,461 orang yang diidentifikasikan sebagai "Gaoshan" tinggal di Tiongkok daratan. Beberapa survei mengindikasikan bahwa 4,461 "Gaoshan" tercatat dalam Sensus RRT 2000, jumlah tersebut diperkirakan meliputi 1,500 orang Amis, 1,300 orang Bunun, 510 orang Paiwan, dan sisanya berasal dari suku-suku lainnya. Mereka merupakan keturunan dari penduduk asli Taiwan yang berada di Tiongkok daratan pada masa pembentukan Republik Rakyat Tiongkok pada 1949.
Suku Atayal
Taiwan adalah rumah dari sejumlah kelompok pribumi Austronesia sejak dari sebelum 4.000 SM. Namun, analisis genetika menunjukkan bahwa suku yang berbeda mungkin memiliki populasi nenek moyang asal yang berbeda yang berasal dari daratan Asia, dan berkembang secara terpisah satu sama lain. Suku Atayal diyakini telah bermigrasi ke Taiwan dari Tiongkok Selatan atau Asia Tenggara. Penelitian genetika juga menemukan kesamaan antara suku Atayal dengan suku lain di Filipina dan Thailand, dan pada tingkat kesamaan yang lebih rendah dengan Tiongkok Selatan dan Vietnam. Suku Atayal secara genetik berbeda dari suku Amis yang merupakan kelompok penduduk pribumi terbesar di Taiwan dan berasal dari suku Han, menunjukkan kedua suku ini sedikit berbaur. Penelitian mengenai polimorfisme DNA mitokondria (mtDNA) menunjukkan migrasi kuno dua garis keturunan dari berbagai suku ke Taiwan terjadi sekitar 11.000-26.000 tahun yang lalu. Meski begitu, orang modern sangat akrab dengan imigran Han Tiongkok.