Universitas Khairun
Tahun 1964 adalah tahun bersejarah pendirian Unkhair. Ketika diresmikan secara formal pada 15 Agustus 1964 di Stadion Ternate jam 10.00 WIT, Prof. Yasin Muhammad dari Universitas Sam Ratulangi menyampaikan orasi betapa pentingnya sebuah universitas di Maluku Utara sehingga ia dengan menumpang kapal Nosemo (Kapal Pelayaran Maluku-Sulawesi) menyempatkan hadir dalam peresmian tersebut. Satu hari telah peresmian itu, 16 Agustus 1964, proses perkuliahan secara formal pun dimulai. Adnan Amal menyebut hari pertama perkuliahan formal itu dengan ibarat ‖bayi yang baru dilahirkan yang akan mencari jati dirinya.‖ Seiring berjalannya waktu, Unkhair pun membuka berbagai fakultas.
Perguruan tinggi Islam negeri di Indonesia
Setelah pengakuan kedaulatan Indonesia secara internasional, Pemerintah mendirikan Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN), yang diambil dari Fakultas Agama UII (Yogyakarta) berdasarkan Peraturan Pemerintah Nomor 34 Tahun 1950. Penetapan PTAIN sebagai perguruan tinggi negeri diresmikan pada tanggal 26 September 1951 dengan jurusan Da'wah (kelak Ushuluddin), Qodlo (kelak menjadi Syari'ah) dan Pendidikan (Tarbiyah).