Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Kunashir
Pada tahun 1789, Pertempuran Menashi-Kunashir terjadi di pulau ini. Bangsa Ainu memberontak melawan tentara kolonial dan pedagang Jepang. Pemberontakan dimulai oleh sekelompok pemuda Ainu yang marah karena percaya sejumlah orang Ainu meninggal setelah minum sake beracun yang diberikan oleh pejabat pos perdagangan Jepang di Kunashir. Orang Ainu menyerang orang Jepang di pos dagang Kunashir, daratan Ezo (Hokkaido), dan kapal "Ōdori Maru" di perairan lepas pantai Hokkaido.