Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Perang Ōnin
Sebelumnya pada tahun 1451, Shogun Yoshimasa menghidupkan kembali perdagangan Jepang dengan Dinasti Ming yang terhenti setelah meninggalnya Ashikaga Yoshinori. Perdagangan tersebut dapat memperkaya kas pejabat keshogunan dan kalangan daimyo yang dekat dengan shogun. Dibandingkan dengan sebelum perang, keadaan keuangan keshogunan sewaktu perang justru lebih stabil. Namun uang kas keshogunan tidak digunakan Shogun Yoshimasa untuk negara dan menolong rakyat, melainkan dipakai untuk kegemarannya mendirikan bangunan megah (termasuk di antaranya Ginkaku-ji) dan taman Jepang.