Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Perang Ōnin
Akibat perang berkepanjangan dan tindakan anarki kelompok perampok, Kyoto berulang kali dibakar dan dibiarkan terbengkalai sebagai padang ilalang. Perang juga meluas ke provinsi yang menjadi wilayah kekuasaan daimyo yang mengirimkan pasukannya ke Kyoto. Sebagai akibatnya, mereka tidak dapat memusatkan perhatian kepada perang di Kyoto. Para daimyo mulanya saling berperang untuk menjadi kekuatan militer terbesar keshogunan, namun akhirnya kehilangan alasan untuk berperang setelah keshogunan mengalami kemunduran.