Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Papua Nugini
Manusia yang menetap di Papua Nugini diduga dimulai sejak 50.000 tahun yang lalu. Penduduk kuno ini mungkin berasal dari Asia Tenggara, sementara mereka yang berasal dari Afrika telah hadir sejak 50.000 hingga 70.000 tahun yang lalu. Pulau Papua adalah salah satu benua pertama setelah Afrika dan Eurasia yang dihuni oleh manusia modern, dengan migrasi pertama pada waktu kurang lebih sama dengan yang di Australia. Pertanian dikembangkan secara mandiri di dataran tinggi Pulau Papua sekitar 7.000 SM, membuatnya menjadi salah satu dari sedikit daerah domestikasi tanaman asli di dunia. Migrasi utama penutur bahasa Austronesia datang ke daerah pantai sekitar 2.500 tahun yang lalu, dan ini berkorelasi dengan pengenalan tembikar, babi, dan teknik-teknik memancing tertentu. Baru-baru ini, sekitar 300 tahun yang lalu, ubi jalar masuk Pulau Papua, yang telah diperkenalkan ke Maluku dari Amerika Selatan oleh kekuasaan kolonial dominan lokal, Portugal. Panen ubi jalar yang meningkat telah mentransformasi pertanian tradisional secara radikal; ubi jalar menggantikan sebagian besar bahan pokok sebelumnya, talas, dan memberikan peningkatan yang signifikan pada populasi di dataran tinggi.