Papua
UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua mengamanatkan nama provinsi ini untuk diganti menjadi Papua. Pada tahun 2003, disertai oleh berbagai protes (penggabungan Papua Tengah dan Papua Timur), Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (setahun kemudian menjadi "Papua Barat"). Bagian timur inilah yang menjadi wilayah Provinsi Papua pada saat ini.
Papua Barat
Sebelum Perang Dunia II, Pemerintah Hindia Belanda menempatkan Papua dan para penduduknya di bawah Provinsi Maluku dengan Ambon sebagai ibukota pemerintahan. Menyatunya Papua dengan wilayah lain di Nusantara dipertegas dengan peta Pemerintah Belanda tahun 1931 yang menunjukkan bahwa wilayah colonial Belanda membentang dari Sumatera di sebelah barat sampai Papua di sebelah Timur. Papua juga tidak pernah disebutkan terpisah dari Hindia Belanda. Fakta ini menunjukkan bahwa berdasarkan sejarah, Papua merupakan bagian dari bangsa-bangsa di kepulauan Nusantara yang akhirnya membentuk Negara Indonesia.