Afganistan
Pada 1219, daerah itu dikuasai oleh bangsa Mongol di bawah pimpinan Jengis Khan, yang menghancurkan tanah. Kekuasaan mereka dilanjutkan dengan Ilkhanates, dan diperpanjang lebih lanjut setelah invasi Timurleng (Timur Leng), seorang penguasa dari Asia Tengah. Dengan 1400, semua datang di bawah Afghanistan kekuasaannya, dan ia juga meletakkan dasar lain kerajaan Islam di India, Kekaisaran Mughal. Uzbek kelahiran Babur, keturunan dari kedua Timurleng, dan Jenghis Khan, didirikan sebuah kerajaan dengan ibu kota di Kabul oleh 1504, dan kemudian diperluas ke Asia Selatan pada tahun 1525, dan mendirikan pemerintahan Kesultanan Mughal di seluruh banyak dari apa yang saat ini Pakistan, dan India utara oleh 1527. Sebagai kekaisaran bergeser ke timur, Safawi Persia Mughal menantang aturan sedangkan kerajaan adidaya dua hari berjuang atas nasib Afghanistan selama beberapa dekade dengan Persia memperoleh daerah dengan pertengahan abad ke-17.
Kekhanan Yarkent
Pada paruh pertama abad ke-14 Kekhanan Chagatai runtuh; bagian timurnya menjadi Moghulistan, yang dibentuk oleh Tughluk Timur Khan pada 1347 dengan ibu kota di Ghulja di Lembah Sungai Ili. Dinasti yang berkuasa di Kekhanan Yarkent berasal dan datang dari Chagatai, yang berdiri selama lebih dari 100 tahun dan terputus pada tahun 1462 menjadi dua bagian: Tian Shan yang berpenduduk bangsa Moghul yang nomaden dan negara independen dengan ibu kota di Aksu selatan dari Tian Shan, di bawah pemerintahan Dust Muhammad (putra Isan Bugha Khan II dan keturunan ke-6 dari Tughluk Timur Khan), yang berpenduduk masyarakat menetap di daerah Kashgaria Timur, juga daerah Turpan dan Kumul, yang juga pernah dikenal sebagai Uyghurstan (menurut sumber-sumber dari Balkh dan India dari abad 16 dan 17).