Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Indonesia Raya (politik)
Selepas perjanjian perdamaian dengan Malaysia, Indonesia disibukkan dengan masalah dalam negerinya yakni berusaha membangun ekonomi sambil menjaga persatuan negara yang sangat majemuk, akibatnya pada era pemerintahan Suharto untuk menjamin stabilitas dan demi persatuan maka kebebasan dan demokrasi dikorbankan. Indonesia pada tahun 1975 sempat menguasai bekas koloni Portugal Timor Timur hingga akhirnya merdeka tahun 2002 sebagai Timor Leste, dan kemudian didera berbagai masalah seperti krisis ekonomi, separatisme di Aceh dan Papua, hingga masalah terorisme. Indonesia akhirnya lebih tertarik dan memusatkan perhatiannya untuk "menjadi Indonesia" dengan membangun karakter bangsa dan berupaya mendefinisikan dirinya sebagai negara-bangsa yang majemuk ber-Bhinneka Tunggal Ika berdasarkan Pancasila dan bersatu dengan wilayah membentang dari Sabang sampai Merauke. Sebagai negara terbesar di Asia Tenggara, Indonesia cenderung cukup puas menyalurkan hasrat, kekuatan, dan ambisi politik regionalnya dalam bentuk sikap kepemimpinan di antara negara ASEAN.