Keshogunan Tokugawa
Keshogunan Tokugawa menjalankan pemerintah pusat dari Edo, sedangkan penguasa sah Jepang dipegang kaisar Jepang yang berkedudukan di Kyoto. Kebijakan pemerintahan dikeluarkan istana kaisar di Kyoto dan diteruskan kepada klan Tokugawa. Sistem ini berlangsung sampai kekuasaan pemerintah dikembalikan kepada kaisar pada zaman Restorasi Meiji.
Pertempuran Toba-Fushimi
Walaupun pasukan Chōshū dan Satsuma kalah dalam jumlah, mereka dipersenjatai dengan senjata modern, seperti howitzer Armstrong, senapan Minié, dan sebuah senapan Gatling. Pasukan keshogunan agak tertinggal dalam soal perlengkapan, meski pasukan elite keshogunan baru saja selesai dilatih oleh misi militer Perancis untuk Jepang. Shogun juga mengandalkan pasukan yang disediakan oleh domain yang bersekutu dengan keshogunan. Namun pasukan dari domain sekutu keshogunan tidak selalu maju dalam hal perlengkapan dan teknik militer. Akibatnya, pasukan keshogunan terbentuk dari campuran tentara modern dan tentara ketinggalan zaman.