Fungi
Ciri-ciri unik:
Kebanyakan fungi tidak memiliki sistem yang efisien untuk transportasi air dan nutrisi jarak jauh, seperti xilem dan floem di banyak tumbuhan. Untuk mengatasi keterbatasan ini, beberapa fungi, seperti "Armillaria", membentuk rizomorf, yang menyerupai dan melakukan fungsi yang mirip dengan akar tumbuhan. Sebagai eukariota, fungi memiliki jalur biosintesis untuk memproduksi terpena yang menggunakan asam mevalonat dan pirofosfat sebagai blok pembangun kimia. Tumbuhan dan beberapa organisme lain memiliki jalur biosintesis terpena tambahan di dalam kloroplasnya, struktur yang tidak dimiliki fungi dan hewan. Fungi menghasilkan beberapa metabolit sekunder yang strukturnya mirip atau identik dengan yang dibuat oleh tumbuhan. Banyak enzim tumbuhan dan fungi yang membuat metabolit sekunder yang berbeda satu sama lain dalam urutan dan karakteristik lainnya, yang menunjukkan asal-usul yang terpisah dan evolusi konvergen dari enzim-enzim ini pada fungi dan tumbuhan.
Fermentasi substrat padat
Solid State Fermentation (SSF) merupakan suatu proses di mana substrat yang tidak larut (padat) difermentasikan dengan bantuan mikroorganisme dalam kondisi kekurangan air bebas. Pada SSF kadar air yang digunakan rendah yaitu sekitar 50-60%. Mikroorganisme yang digunakan pada umumnya adalah fungi yang menghasilkan enzim hidrolitik ekstraseluler yang mempu mendegradasi materi terlarut. Proses ini berpotensi besar memproduksi enzim, menawarkan keuntungan lebih dibandingkan kultur terendam seperti: peralatan yang sederhana, hasil per volumetrik lebih banyak, konsentrasi produk yang lebih tinggi, pemanfaatan bahan buangan serta represi yang lebih sedikit, dan tingkat kontaminasi cukup rendah karena kadar air yang rendah pada substrat. Selain itu, produk kasar hasil fermentasi dapat langsung digunakan sebagai sumber enzim sehingga cocok untuk industri peternakan. Akan tetapi terdapat kekurangan pada SSF yakni sulit dilakukan agitasi dan hilangnya bobot kering selama fermentasi. Di dalam bidang pangan SSF sering digunakan dalam pembuatan tempe, miso, dan kecap.