Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Pertempuran Toba-Fushimi
Pasukan keshogunan yang diberangkatkan ke Fushimi, terdiri dari pasukan Aizu, Shinsengumi, dan pasukan gerilya Yūgekitai (遊撃隊) kembali diserang di Takasegawa (高瀬川) dan Ujigawa (宇治川) pada pagi 28 Januari oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Pasukan keshogunan dipaksa mundur setelah mendapat kekalahan pahit. Mereka juga mundur ke arah Istana Yodo.