Kota Jayapura
Tahun 1999, Presiden Gusdur memenuhi keinginan masyarakat Papua, untuk mengubah nama Irian Jaya menjadi Papua. Nama Papua disebutkan dalam Manifest yang dicetuskan Komite Nasional Papua yang menyatakan, "Nama tanah kami menjadi PAPOEA BARAT dan nama bangsa kami menjadi PAPOEA." Manifest tersebut ditulis dalam sebuah harian "Pengantara" pada 21 Oktober 1961.
Luas Kota Jayapura adalah 940 Km2 atau 940.000 Ha, terdiri dari 5 distrik, terbagi habis menjadi 25 kelurahan dan 14 kampung.
Sedangkan untuk letak astronomis, Kota Jayapura terletak pada 1°28”17,26”LS - 3°58’082”LS dan 137°34’10,6”BT - 141°0’8’22”BT.
Semarapura
Kota ini terkenal dengan julukan Kota Serombotan salah satu panganan tradisional khas kota ini. Luas kota ini yaitu ± 315 Km² di mana pembagian wilayahnya yaitu ± 112,16 Km² merupakan daerah yang ada di Pulau Bali sedangkan ± 202,84 Km² lagi adalah Nusa Ceningan, Nusa Penida dan Nusa Lembongan.
Daerah yang sekarang disebut Semapura dulu adalah pusat Kerajaan Klungkung. Kota Klungkung pun diubah dan diresmikan namanya menjadi Kota Semarapura pada 28 April 1992 oleh Menteri Dalam Negeri, Rudini berdasarkan Peraturan Pemerintah (PP) No.18 tahun 1992. Selanjutnya, setiap 28 April ditetapkan sebagai Hari Puputan Klungkung dan HUT Kota Semarapura. Hari jadi kota Semarapura bertepatan juga dengan peresmian Monumen Puputan Klungkung.