Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Ninja
Ninja adalah mata-mata profesional pada zaman ketika para samurai masih memegang kekuasaan tertinggi di pemerintahan Jepang pada abad ke-12. Pada abad ke-14 pertarungan memperebutkan kekuasaan semakin memanas, informasi tentang aktivitas dan kekuatan lawan menjadi penting, dan para ninja pun semakin aktif. Para ninja dipanggil oleh daimyo untuk mengumpulkan informasi, merusak dan menghancurkan gudang persenjataan ataupun gudang makanan, serta untuk memimpin pasukan penyerbuan di malam hari. Karena itu ninja memperoleh latihan khusus. Ninja tetap aktif sampai Zaman Edo (1600-1868), dimana akhirnya kekuasaan dibenahi oleh pemerintah di Zaman Edo.