Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Pertempuran Jinshin
Pada tahun 670, Kaisar Tenji jatuh sakit. Dia menyadari bahwa dia tidak bisa hidup lama, dan dia berharap bahwa, setelah kematiannya, Dinasti Kekaisaran akan diserahkan kepada putranya, Pangeran Ōtomo. Karena saingan terbesar Ōtomo adalah Ōama, Kaisar berusaha mengusir Ōama. Dia mengundang pangeran ke kamarnya dan bertanya apakah hadama memiliki niat untuk mengambil takhta. Jika Ōama menjawab ya, Kaisar akan menangkap dan menghukumnya sebagai pengkhianat. Pangeran Ōama cukup pintar untuk mengetahui tipuannya dan menjawab bahwa dia tidak memiliki keinginan untuk menyukseskan tahta dan dia ingin Ōtomo menjadi Kaisar berikutnya. Dia menambahkan bahwa dia ingin menjadi biksu bukannya mewarisi tahta dan akan pensiun ke kuil di Yoshino. Karena tidak ada alasan untuk menghukum Ōama lebih lama lagi, Kaisar menerima usulan pangeran. Ōama pergi ke Yoshino keesokan harinya dan menjadi seorang biarawan.