Universitas Khairun
Tahun 1964 adalah tahun bersejarah pendirian Unkhair. Ketika diresmikan secara formal pada 15 Agustus 1964 di Stadion Ternate jam 10.00 WIT, Prof. Yasin Muhammad dari Universitas Sam Ratulangi menyampaikan orasi betapa pentingnya sebuah universitas di Maluku Utara sehingga ia dengan menumpang kapal Nosemo (Kapal Pelayaran Maluku-Sulawesi) menyempatkan hadir dalam peresmian tersebut. Satu hari telah peresmian itu, 16 Agustus 1964, proses perkuliahan secara formal pun dimulai. Adnan Amal menyebut hari pertama perkuliahan formal itu dengan ibarat ‖bayi yang baru dilahirkan yang akan mencari jati dirinya.‖ Seiring berjalannya waktu, Unkhair pun membuka berbagai fakultas.
Perguruan tinggi Islam negeri di Indonesia
Dengan dikeluarkannya Peraturan Presiden Nomor 11 Tahun 1960 tentang pembentukan Institut Agama Islam Negeri (IAIN), maka PTAIN Yogyakarta dan ADIA Jakarta menjadi IAIN "Al-Jami'ah al-Islamiah al-Hukumiyah" dengan pusat di Yogyakarta. IAIN ini diresmikan tanggal 24 Agustus 1960 di Yogyakarta oleh Menteri Agama K. H. Wahib Wahab. Sejak tanggal 1 Juli 1965 nama "IAIN Al-Jami'ah" di Yogyakarta diganti menjadi "IAIN Sunan Kalijaga", nama salah seorang tokoh terkenal penyebar agama Islam di Indonesia.