Penyakit paru obstruktif kronik
COPD mungkin perlu dibedakan dari penyebab-penyebab lain dari sesak nafas seperti gagal jantung kongestif, embolisme paru-paru, pneumonia atau pneumotoraks. Banyak orang yang menderita COPD secara keliru dikira menderita asma. Perbedaan antara asma dan COPD dibuat berdasarkan gejala-gejalanya, riwayat merokok, dan apakah pembatasan aliran udara bisa dipulihkan dengan bronkodilator di spirometri. Tuberkulosis bisa juga muncul dengan batuk kronis dan harus diperhatikan di lokasi-lokasi di mana penyakit ini umum ditemukan. Kondisi-kondisi yang tidak begitu umum juga bisa muncul termasuk displasia bronkopulmonari dan bronkiolitis obliteratif. Bronkitis kronis bisa muncul dengan aliran udara normal dan dalam situasi ini tidak diklasifikasikan sebagai COPD.
Penyakit refluks gastroesofagus
Penyakit refluks gastroesofagus ("Gastroesophageal reflux disease", GERD) merupakan penyakit saluran pencernaan yang bersifat kronis. GERD terjadi ketika asam lambung atau terkadang isi lambung naik kembali ke esofagus (refluks) sehingga seseorang akan mengalami mual bahkan muntah. Akibat naiknya asam lambung maka akan mengiritasi dan membakar esofagus atau kerongkongan sehingga menimbulkan rasa panas pada dada ("heartburn") sampai bagian dalam leher bahkan tenggorokan.