Autisme
Ada dugaan bahwa autisme disebabkan oleh vaksin MMR yang rutin diberikan kepada anak-anak di usia dimana gejala-gejala autisme mulai terlihat. Kekhawatiran ini disebabkan karena zat kimia bernama thimerosal yang digunakan untuk mengawetkan vaksin tersebut mengandung merkuri. Unsur merkuri inilah yang selama ini dianggap berpotensi menyebabkan autisme pada anak. Namun, tidak ada bukti kuat yang mendukung bahwa autisme disebabkan oleh pemberian vaksin. Penggunaan thimerosal dalam pengawetan vaksin telah diberhentikan namun angka autisme pada anak semakin tinggi.
Vaksin MMR
Di Britania Raya, vaksin MMR menjadi sumber kontroversi setelah sebuah publikasi pada tahun 1998 oleh Andrew Wakefield yang melaporkan penelitian terhadap 12 anak yang menderita spektrum autisme dan pembengkakan setelah pemberikan vaksin MMR. Pada sebuah konferensi pers, Wakefield menyarankan pemberian vaksin dalam tiga dosis berbeda lebih aman dibandingkan dengan 1 dosis sekaligus. Akan tetapi banyak penelitian-penelitian yang kemudian gagal membuktikan hubungan antara vaksin MMR dengan autisme.