Sultan Agung dari Mataram
Sebagaimana umumnya raja-raja Mataram, Sultan Agung memiliki dua orang permaisuri utama. Yang menjadi "Ratu Kulon" adalah putri sultan Cirebon, melahirkan Raden Mas Syahwawrat atau "Pangeran Alit". Sedangkan yang menjadi "Ratu Wetan" adalah putri Adipati Batang (cucu Ki Juru Martani) yang melahirkan Raden Mas Sayidin (kelak menjadi Amangkurat I).
Wangsa Mataram
Menurut Babad Tanah Jawi, Wangsa Mataram merupakan keturunan dari Ki Ageng Sela lewat cucunya, Ki Ageng Pemanahan. Tokoh yang terakhir ini adalah ayah dari Panembahan Senapati, raja pertama Mataram. Ki Ageng Sela sendiri diriwayatkan merupakan keturunan dari Brawijaya V, raja terakhir Majapahit menurut versi babad.