Patogen
Fungi adalah organisme prokariot yang termasuk dalam kingdom protista dengan sekitar 75.000 spesies yang sudah diidentifikasi..Fungi dapat menjadi parasit pada manusia contohnya seperti "Candida albicans" yang adalah fungi patogen oportunis yang dapat menyebabkan infeksi pada hampir semua bagian dari tubuh manusia dan dapat menyebabkan kematian. "C. albicans" seringkali menyerang rongga mulut ataupun vagina, namun sewaktu sistem imun inang sedang baik, "C. albicans" tidak akan menimbulkan infeksi dan hidup secara normal pada rongga mulut manusia misalnya. Dalam bidang pertanian, fungi dibagi menurut perannya setidaknya menjadi tiga macam, yakni penyakit tumbuhan/ hewan, dekomposer, dan agens pengendali hayati. Ketiganya memiliki fungsi dan peran yang berbeda yang sangat penting dalam keseimbangan agroekosistem. Sebagai agens pengendali hayati dan dekomposer, fungi telah dikembangkan sedemikian pesatnya hingga bioteknologi dan nanoteknologi.
Fermentasi substrat padat
Solid State Fermentation (SSF) merupakan suatu proses di mana substrat yang tidak larut (padat) difermentasikan dengan bantuan mikroorganisme dalam kondisi kekurangan air bebas. Pada SSF kadar air yang digunakan rendah yaitu sekitar 50-60%. Mikroorganisme yang digunakan pada umumnya adalah fungi yang menghasilkan enzim hidrolitik ekstraseluler yang mempu mendegradasi materi terlarut. Proses ini berpotensi besar memproduksi enzim, menawarkan keuntungan lebih dibandingkan kultur terendam seperti: peralatan yang sederhana, hasil per volumetrik lebih banyak, konsentrasi produk yang lebih tinggi, pemanfaatan bahan buangan serta represi yang lebih sedikit, dan tingkat kontaminasi cukup rendah karena kadar air yang rendah pada substrat. Selain itu, produk kasar hasil fermentasi dapat langsung digunakan sebagai sumber enzim sehingga cocok untuk industri peternakan. Akan tetapi terdapat kekurangan pada SSF yakni sulit dilakukan agitasi dan hilangnya bobot kering selama fermentasi. Di dalam bidang pangan SSF sering digunakan dalam pembuatan tempe, miso, dan kecap.