Perang Diponegoro
Pada hari Rabu, 20 Juli 1825, pihak istana mengutus dua bupati keraton senior yang memimpin pasukan Jawa-Belanda untuk menangkap Pangeran Diponegoro dan Mangkubumi di Tegalrejo sebelum perang pecah. Meskipun kediaman Diponegoro jatuh dan dibakar, pangeran dan sebagian besar pengikutnya berhasil lolos karena lebih mengenal medan di Tegalrejo. Pangeran Diponegoro beserta keluarga dan pasukannya bergerak ke barat hingga Desa Dekso di Kabupaten Kulonprogo, dan meneruskan ke arah selatan hingga keesokan harinya tiba di Goa Selarong yang terletak lima kilometer arah barat dari Kota Bantul. Pangeran Diponegoro kemudian menjadikan Goa Selarong, sebuah goa yang terletak di Dusun Kentolan Lor, Guwosari Pajangan Bantul, sebagai basisnya. Pangeran menempati goa sebelah Barat yang disebut Goa Kakung, yang juga menjadi tempat pertapaan dia. Sedangkan Raden Ayu Retnaningsih (selir yang paling setia menemani Pangeran setelah dua istrinya wafat) dan pengiringnya menempati Goa Putri di sebelah Timur.
Seonjo dari Joseon
Meskipun pasukan terus kehilangan orang dan perang, angkatan laut berhasil memotong sumber bahan dari laut; Laksamana Yi Sun-sin mengalahkan armada Jepang beberapa kali dan melakukan banyak kerusakan atas kapa-kapal penyalur bahan. Dengan angkatan laut yang memblokir bahan, pasukan dari Tiongkok di bawah Jenderal Li Rusong tiba, dan mulai mendorong Jepang ke arah selatan, akhirnya merebut kembali Pyongyang. Konishi Yukinaga berhasil menahan kemajuan Tiongkok di dalam Perang Byeokjegwan, dan mencoba kembali untuk mendorong Korea ke arah utara , namun pukulan penting datang lewat Perang Hangju, dimana Jenderal Gwon Yul mengalahkan Jepang dengan kekuatan yang jauh lebih kecil. Jepang kemudian memutuskan untuk memasuki negosiasi damai, ketika kedua belah pihak masih melanjutkan perangnya. Selama negosiasi ini Korea mengambil kembali Seoul, namun istana-istana seluruhnya telah terbakar habis, kemudian Seonjo memperbaiki satu dari rumah-rumah kuno milik keluarga kerajaan dan menamakannya Deoksugung, menjadikannya sebagai salah satu istana resminya.