IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
IAIN Manado
Kelahiran STAIN Manado dilegalisasi dengan sebuah kekuatan hukum KEP. MENAG NO. 18 Tahun 1988 tanggal 5 Juli 1998. Sebelumnya perguruan tinggi ini masih berupa sebuah fakultas Syariah IAIN Alauddin di Manado yang dipimpin oleh Dekan Drs. M. Idris Ya’kub, Setelah itu kepemimpinan perguruan tinggi ini dipimpin oleh Drs. Ridwan Sarib. Pada tanggal 30 Juni 1997, berdasarkan KEPRES. No 11 Tahun 1997, Fakultas Syariah IAIN Alauddin kemudian dikembangkan menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Manado (STAIN). Berbagai program strategi yang dikembangkan oleh STAIN Manado terealisasi atas dasar argumen dan realita yaitu :
Setelah berjalan kurang lebih 18 tahun, tepat pada bulan Oktober tahun 2014 setelah melewati berbagai proses seleksi Kementerian Agama dan Menpan, akhirnya STAIN Manado di sahkan menjadi IAIN Manado. berselang empat bulan setelah SK IAIN Manado tepatnya tanggal 4 maret dilantiklah Dr. Rukmina Gonibala, M.Si sebagai Rektor Pertama IAIN Manado periode 2015 s.d 2019.