Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Mutsuhito
Pada awal 1860-an, keshogunan berada di bawah sejumlah ancaman. Perwakilan dari negara-negara asing ingin meningkatkan pengaruhnya di Jepang. Daimyo makin banyak yang tidak puas dengan cara keshogunan menangani urusan luar negeri. Sejumlah besar samurai muda yang dikenal sebagai "shishi" atau "pria bertujuan luhur" mulai mengadakan pertemuan dan menyuarakan perlawanan terhadap keshogunan. Para "shishi" menghormati Kaisar Kōmei dan memilih aksi kekerasan langsung untuk menyembuhkan penyakit sosial. Meski pada awalnya mereka menginginkan kematian atau pengusiran semua orang asing, "shishi" kemudian berubah menjadi lebih pragmatis, dan mulai menganjurkan modernisasi negara. Keshogunan melakukan sejumlah upaya untuk menyenangkan berbagai kelompok, dan berharap dapat mengadu domba antara "shishi" dan "daimyo".