Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Pangeran Arya Jepara
Setelah beliau menjadi Sultan Kalinyamat Jepara beliau tidak begitu aktif dalam expansi wilayah, akan tetapi beliau lebih menekankan pada penyebaran agama Islam, beliau hanya melakukan expansi ke Bawean pada tahun 1593M setelah itu beliau lebih banyak membantu kesultanan Banten.
Pada tahun 1589M Panembahan Senapati memproklamirkan berdirinya Kesultanan Mataram dan beliau giat dalam expansi kekuasaan, dan Kesultanan Jepara adalah wilayah yang sangat sulit untuk ditaklukan, bahkan selama kepemimpinan Pangeran Arya Jepara melihat kharisma dari Pangeran Arya Jepara sepertinya Panembahan Senapati enggan untuk membuka konflik dengan Jepara, dan begitupun Pangeran Arya Jepara yang saat itu sudah tua, bahkan beliau mengadakan hubungan yang baik dengan Panembahan Senapati Mataram terbukti putra beliau yaitu Raden Suryawangsa diangkat menjadi penasihat kesultanan Mataram untuk expansi kekuasaan di wilayah Priangan Timur yang dikemudian hari bernama Keadipatian Sukapura.