Dili
Bahkan di bawah kekuasaan Indonesia, saat bahasa Portugis dilarang, nama jalan berbahasa Portugis seperti "Avenida Marechal Carmona" tetap dipertahankan, meskipun sedikit ditambahkan awalan kata berbahasa Indonesia seperti "Jalan" atau 'road'. Gereja Katolik Roma di Motael dijadikan pusat perlawanan terhadap pendudukan Indonesia. Warisan dari pendudukan Jakarta adalah Gereja Dikandung Tanpa Noda, pusat Keuskupan Katolik Roma Díli, yang kemungkinan besar merupakan katedral terbesar di Asia Tenggara, dan 'Monumen Integrasi', untuk memperingati pencaplokan Indonesia di wilayah ini pada 1976. Menampilkan orang Timor Leste dalam pakaian tradisional, memecahkan borgol yang melingkari pergelangan tangannya, monumen tersebut masih belum dihancurkan.
Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat
Dalam Sidang Sinode De Protestantse Kerk In Nederlands Indie tahun 1933, jemaat di Minahasa, Maluku, bekas wilayah Keresidenan Timor dan pulau-pulau di sekitarnya diberikan wewenang untuk menjadi gereja mandiri dalam persekutuan De Protestantse Kerk In Nederlands Indie. Pada tahun 1934, jemaat di Minahasa dilembagakan menjadi gereja mandiri pertama dengan nama Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM). Setahun kemudian pada tahun 1935, jemaat di Maluku dilembagakan menjadi gereja mandiri kedua dengan nama Gereja Protestan Maluku (GPM). Setelah berakhirnya Perang Dunia II, pada tahun 1947, jemaat di wilayah Sunda Kecil dilembagakan menjadi gereja mandiri ketiga dengan nama Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT).