Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
MAN Insan Cendekia
Setiap tahunnya sejak tahun 2004, siswa dan siswi MAN Insan Cendekia Serpong memperoleh sejumlah medali di Olimpiade Sains Nasional. Selain itu, siswa dan siswi MAN Insan Cendekia Serpong juga sering mewakili Indonesia dalam olimpiade sains internasional. Prestasi Internasional yang telah dicapai adalah: medali emas di "International Physics Olympiad" (IPhO) ke-33 di Bali, Indonesia, 2002; medali perunggu di "International Olympiad in Informatics" (IOI) ke-24 di Milan, Italia, 2012; Medali perunggu di "International Geography Olympiad" di Krakow, Polandia, 2014; dan terakhir adalah medali perunggu pada kompetisi "International Biology Olympiad" (IBO) di Aarthus, Denmark, 2015.