Super Junior
Setelah subgrup Super Junior-K.R.Y. dan Super Junior-T, tanggal 2 Oktober 2007, S.M. Entertainment mengumumkan pembentukan proyek sub-unit Super Junior yang akan memulai promosi di Tiongkok tahun 2008. Zhou Mi dan trainee baru S.M. Entertainment berdarah Taiwan-Kanada Henry Lau, yang juga telah muncul di video musik "Don't Don", menjadi anggota dari subgrup ini.
Pengumuman dua anggota baru ini menimbulkan gejolak di kalangan penggemar, ada yang setujua ada yang menolak. Awalnya, sekelompok penggemar berencana memboikot produk perusahaan, namun akhirnya berubah mereka memilih protes diam. Ribuan penggemar dari fanclub resmi Super Junior E.L.F. duduk secara hening di depan bangunan SM sambil membawa tanda yang mendukung supaya grup hanya beranggotakan tiga belas orang.
Setelah berbagai rumor mengenai penambahan anggota lain ke dalam subgrup, para penggemar memutuskan untuk membuat perwakilan yang legal sebagai bagian dari pemegang saham S.M. Entertainment. Sampai tanggal 20 Maret 2008, penggemar Super Junior anggotai 58.206 lembar saham S.M. Entertainment, menguasai 0.3% dari saham keseluruhan perusahaan. Para penggemar merilis pernyataan bahwa mereka akan melakukan segala cara untuk menahan S.M. Entertainment menambah anggota baru dan menjaga Super Junior hanya bertiga belas.
Super Junior
Grup ini merilis album studio ketiga "Sorry, Sorry" tanggal 12 Maret 2009. It was their first album to debut at number one on the Hanteo Charts, selling over 29,000 copies the first day. Hanya dalam waktu satu bulan setelah dirilis, album ini menjadi album terlaris di Korea Selatan tahun 2009, dan total terjual 250.000 kopi di Korea Selatan. Album K-pop album dengan penjualan terbaik di Taiwan, Album ini juga tercatat sebagai album K-pop pertama yang berada di posisi pertama tangga lagu di Thailand, Tiongkok, dan Filipina. Lagu "Sorry, Sorry" menjadi hit dalam waktu sekejap, mengoleksi total sepuluh award selama sepuluh minggu berturut-turut di Korea, dan memecahkan rekor di Taiwan dengan berhasil bertahan di posisi pertama selama tiga puluh tujuh minggu berturut-turut di K-pop singels chart Taiwan. "Sorry, Sorry" menerima kesuksesan di dalam maupun luar negeri, dan sejak saat itu menjadi salah satu grup dengan penjualan singel terbaik di Korea Selatan. "Sorry, Sorry" memenangkan beberapa penghargaan di Golden Disk Awards ke 24, termasuk penghargaan tertinggi Disk Daesang (Album of the Year).