John Frusciante
Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band." Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia." Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,"Californication", yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di "Californication" adalah favoritnya.
Red Hot Chili Peppers
Di sisi lain, Frusciante yang semakin kacau dengan obat-obatan, melakukan rehabilitasi. Setelah sembuhnya Frusciante pada tahun 1997, RHCP menggaetnya kembali pada tahun 1998 dan berakibat dipecatnya Dave Navarro yang dianggap tidak berhasil di band. Setelah Dave Navarro dipecat pada tahun 1998 karena perbedaan kreatifitas dan kecanduan heroin, John Frusciante yang telah sembuh dari narkoba sekaligus bebas dari rehabilitasi kembali ke RHCP dan mereka merekam album ketujuh pada tahun 1999 berjudul "Californication". Album ini lebih berhasil daripada Blood Sugar Sex Magik dan terjual 15 juta keping. Lagu-lagu hit dari album ini adalah "Scar Tissue", "Otherside", dan "Californication". Dari Album tersebut mereka mendapatkan kesuksesan yang luar biasa. Album ini merajai tangga lagu di seluruh dunia dan menyabet banyak penghargaan seperti di ajang Grammy Awards, American Music Awards dan Europe Music Award. Frusciante lagi-lagi dianggap sebgai nyawa baru untuk RHCP yang hampir mati.