Patogen
Fungi adalah organisme prokariot yang termasuk dalam kingdom protista dengan sekitar 75.000 spesies yang sudah diidentifikasi..Fungi dapat menjadi parasit pada manusia contohnya seperti "Candida albicans" yang adalah fungi patogen oportunis yang dapat menyebabkan infeksi pada hampir semua bagian dari tubuh manusia dan dapat menyebabkan kematian. "C. albicans" seringkali menyerang rongga mulut ataupun vagina, namun sewaktu sistem imun inang sedang baik, "C. albicans" tidak akan menimbulkan infeksi dan hidup secara normal pada rongga mulut manusia misalnya. Dalam bidang pertanian, fungi dibagi menurut perannya setidaknya menjadi tiga macam, yakni penyakit tumbuhan/ hewan, dekomposer, dan agens pengendali hayati. Ketiganya memiliki fungsi dan peran yang berbeda yang sangat penting dalam keseimbangan agroekosistem. Sebagai agens pengendali hayati dan dekomposer, fungi telah dikembangkan sedemikian pesatnya hingga bioteknologi dan nanoteknologi.
Patogen
Virulensi adalah derajat tingkat patogenitas yang diukur oleh banyaknya organisme yang diperlukan untuk menimbulkan penyakit pada jangka waktu tertentu. Virulensi berkaitan erat dengan infeksi dan penyakit: infeksi merujuk pada suatu situasi di mana suatu mikroorganisme telah menetap dan tumbuh pada suatu inang, dalam hal ini mikrorganisme tersebut dapat melukai atau tidak melukai inangnya; sementara penyakit adalah kerusakan atau cedera pada inang yang mengganggu fungsi tubuh inang. Sebagai contoh, dosis letal 50%/ 50%"lethal dose" (LD) adalah jumlah organisme yang diperlukan untuk membunuh setengah dari jumlah inang yang diserang. Sementara dosis infeksius 50%/ 50%"infectious dose" (ID) adalah jumlah organisme patogen yang dibutuhkan untuk menginfeksi 50% dari total inang yang diserang. ID dari tiap organisme berbeda-beda, sebagai contoh, "Shigella" memiliki ID kurang dari 100 organisme sementara "Salmonella" memiliki ID sekitar 100.000 organisme. Dosis infeksius dari suatu organisme tergantung dari faktor virulensi mereka.Klasifikasi patogen terbagi menjadi: Virus, bakteri, fungi, protozoa dan cacing.
Virus adalah parasit yang bukan merupakan mahluk hidup namun memiliki materi genetik berupa asam nukleat (DNA/RNA) yang membutuhkan keberadaan sel prokariot atau eukariot yang hidup untuk melakukan replikasi atau perbanyakan dari asam nukleat tersebut. Virus dapat menginfeksi binatang, manusia, tanaman, fungi, bakteri, protozoa, serangga dan hampir semua jenis mahluk hidup. Contoh virus yang menyerang bakteri adalah yang menyerang "Escherichia coli". Sementara pada manusia contohnya adalah Human Immunodeficiency Virus (HIV) yang menyebabkan penyakit Acquired Immunodeficiency Syndrome (AIDS) .