Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Kunashir
Pada tahun 1789, Pertempuran Menashi-Kunashir terjadi di pulau ini. Bangsa Ainu memberontak melawan tentara kolonial dan pedagang Jepang. Pemberontakan dimulai oleh sekelompok pemuda Ainu yang marah karena percaya sejumlah orang Ainu meninggal setelah minum sake beracun yang diberikan oleh pejabat pos perdagangan Jepang di Kunashir. Orang Ainu menyerang orang Jepang di pos dagang Kunashir, daratan Ezo (Hokkaido), dan kapal "Ōdori Maru" di perairan lepas pantai Hokkaido.