Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Pertempuran Hakodate
Armada pimpinan Enomoto Takeaki, wakil komandan angkatan laut keshogunan, menolak untuk tunduk kepada pemerintah baru Meiji. Armada Enomoto diberangkatkan dari Shinagawa pada 20 Agustus 1868, terdiri dari empat kapal perang bertenaga uap: "Kaiyō", "Kaiten", "Banryū", "Chiyodagata"), dan empat kapal angkut tenaga uap ("Kanrin Maru", "Mikaho", "Shinsoku", "Chōgei") bersama 2.000 pelaut, 36 anggota "Yugekitai" (korps gerilya) pimpinan Iba Hachiro, sejumlah mantan pejabat pemerintah keshogunan ("Bakufu") termasuk Wakil Panglima Tertinggi Angkatan Darat Keshogunan Matsudaira Taro, Nakajima Saburozuke, dan anggota korps Misi Militer Perancis untuk Jepang pimpinan Jules Brunet.