Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
MAN Insan Cendekia
Sejak tahun pelajaran 2000/2001 SMU Insan Cendekia, baik yang berada di Gorontalo maupun di Serpong, dilimpahkan pengelolaannya oleh BPPT kepada Departemen Agama RI. Untuk tetap mempertahankan ciri khas penguasaan IPTEK dan IMTAK, maka dalam pengelolaan dan pembinaannya, Departemen Agama dan BPPT terus melakukan kerja sama. Selanjutnya nama SMU Insan Cendekia ditransformasikan menjadi Madrasah Aliyah Insan Cendekia dengan tanpa mengurangi dan mengubah sistem pengajaran secara keseluruhan yang telah berjalan selama ini.