Naruto Shippuden
Naruto Shippuden adalah sebuah seri anime yang diadaptasi dari bagian II manga Naruto. Serial ini disutradarai oleh Hayato Date dan diproduksi oleh Studio Pierrot dan TV Tokyo. Pada bagian ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi "movie"-nya dengan judul "Naruto Shippuden The Movie" yang dirilis di Jepang pada Agustus 2007. Film ini menceritakan tentang usaha ninja jahat dalam membangkitkan Mouryou, roh jahat yang telah dikalahkan 20 tahun yang lalu. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Film ini menceritakan serangan kelompok ninja dari Negara Langit kepada Konoha. Kemudian Naruto Shippūden The Movie 3: Inheritors of the Will of Fire. Di sini diceritakan Konoha dituduh sebagai dalang penyebabnya para ninja dengan Kekkei Genkai menghilang dari Sunagakure, Kirigakure, Kumogakure dan Iwagakure. Di Indonesia, Naruto Shippuden sempat ditayangkan di Indosiar dan saat ini ditayangkan di GTV.
Naruto Side Story: Seventh Hokage and The Scarlet Spring
Kishimoto mengembangkan manga ini untuk mengeksplorasi hubungan Sarada dengan kedua orangtuanya lebih jauh, begitu pula dengan hubungan pernikahan jarak jauh antara Sasuke dan Sakura. Ia mengalami kesulitan saat menulis cerita Sarada karena dirinya kurang berpengalaman dalam menggambarkan karakter wanita. Manga ini meraih kesuksesan komersial di Jepang dan Amerika Utara, dan memuncaki tangga penjualan di Amerika Utara pada bulan Januari 2016. Para jurnalis manga dan anime memuji peran Sarada dalam seri sempalan ini, hubungannya dengan Sasuke, dan kualitas gambarnya. Adegan pertarungan dari seri ini menerima tanggapan beragam dari para kritikus, sementara para karakter penjahatnya pada umumnya menerima tanggapan negatif.