Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Kemudian pada tahun 1987, di bawah kepemimpinan Drs. H. Sri Satoto, dilakukanlah resistematisasi kurikulum. Tujuannya agar proses pendidikan dan pengajaran dapat lebih berdaya guna dan berhasil guna. Sehubungan dengan itu, pengembangan Mu’allimin dilajutkan lagi dengan kebijakan untuk merekayasa suatu paket terpadu yang menyangkut materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan dengan teknik kurikulum silang (crossing curriculum), yakni memadukan materi GBPP Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah Departemen Agama Republik Indonesia dengan materi Mu’allimin yang merujuk kepada referensi “kitab kuning”. Proses terakhir inilah yang masih terus berlangsung hingga saat ini. Tentu saja, dalam rangka memperoleh hasil yang sempurna, evaluasi dan revisi (perbaikan) terus menerus dilakukan terhadap materi bidang studi Al-Islam dan Kemuhammadiyahan.
Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah
Berdirinya INSTIKA pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Annuqayah di mana dengan melihat perkembangan santri Annuqayah tahun demi tahun yang semakin bertambah, dan memperhatikan alumni Madrasah Aliyah, baik madrasah aliyah 1 dan madrasah aliyah 2 Annuqayah yang berminat melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi terutama ke IAIN, maka dewan pengurus Yayasan Annuqayah mempunyai keinginan mendirikan perguruan tinggi.
Keinginan itu kemudian ditindak lanjuti dengan keluarnya SK. Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor : I.b./B/KPTS/1984. dari hasil kerja panitia yang dibentuk, didirikanlah Perguruan Tinggi Islam Annuqayah (PTIA) dengan fakultas pertama yang dipilih adalah Fakultas Syari’ah Jurusan Tafsir Hadits (TH), karena dianggap paling sesuai dengan kajian-kajian yang diberikan di pondok-pondok pesantren.
PTIA dibuka resmi pada tanggal 13 Oktober 1984, dengan mahasiswa angkatan pertama 43 orang. Acara pembukaan PTIA ini dihadiri oleh Purek IAIN Sunan Ampel Surabaya, dan diisi dengan studium general oleh salah seorang dosen senior IAIN Sunan Ampel Surabaya.
Kemudian pada tanggal 1 Januari 1986, PTIA diubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah Annuqayah (STISA), karena masih belum memenuhi syarat untuk menjadi sebuah perguruan tingi. Sedangka Izin Operasional STISA baru diperoleh pada