Perang Diponegoro
Pada hari Rabu, 20 Juli 1825, pihak istana mengutus dua bupati keraton senior yang memimpin pasukan Jawa-Belanda untuk menangkap Pangeran Diponegoro dan Mangkubumi di Tegalrejo sebelum perang pecah. Meskipun kediaman Diponegoro jatuh dan dibakar, pangeran dan sebagian besar pengikutnya berhasil lolos karena lebih mengenal medan di Tegalrejo. Pangeran Diponegoro beserta keluarga dan pasukannya bergerak ke barat hingga Desa Dekso di Kabupaten Kulonprogo, dan meneruskan ke arah selatan hingga keesokan harinya tiba di Goa Selarong yang terletak lima kilometer arah barat dari Kota Bantul. Pangeran Diponegoro kemudian menjadikan Goa Selarong, sebuah goa yang terletak di Dusun Kentolan Lor, Guwosari Pajangan Bantul, sebagai basisnya. Pangeran menempati goa sebelah Barat yang disebut Goa Kakung, yang juga menjadi tempat pertapaan dia. Sedangkan Raden Ayu Retnaningsih (selir yang paling setia menemani Pangeran setelah dua istrinya wafat) dan pengiringnya menempati Goa Putri di sebelah Timur.
Politik pembiaran
Setelah bangkrutnya VOC pada tahun 1798, daerah jajahan berada di bawah kendali Republik Batavia. Melalui komisi yang didirikan Staatsbewind, ditetapkan "tidak ada sejumlah besar kelompok prajurit yang dapat mendukung kekuasaan Belanda di Asia dan sulit untuk ada hingga seterusnya, meskipun mereka sendiri hanya berhenti pada rasa suka pribumi Hindia, yang diperoleh melalui kepercayaan dan kesederhanaan yang baik" pada tahun 1802. Selama Perang Diponegoro (1825-1830), tak hanya 15.000 serdadu KNIL dan sekitar 200.000 di pinggiran Jawa, yang hal itu juga menyebabkan lebih banyak merugikan ketimbang menguntungkan di wilayah dependensi. Perang tersebut berlangsung begitu lama, sebagai akibat dari banyaknya prajurit yang berada di Sulawesi Selatan selama Perang Bone II.