Charles Darwin
Setelah pertama-tama tinggal di Gower Street, London, pasangan ini pindah pada 17 September 1842 ke Down House di Downe (yang kini terbuka untuk kunjungan masyarakat, di selatan Orpington). Keluarga Darwin mempunyai sepuluh orang anak, tiga di antaranya meninggal dalam usia dini. Banyak dari mereka dan cucu-cucu mereka kelak menjadi terkenal (lihat keluarga Darwin — Wedgwood)Beberapa dari anak-anak mereka menderita penyakit atau lemah tubuhnya. Charles Darwin kuatir bahwa hal ini mungkin disebabkan karena garis keturunannya dengan Emma cukup dekat. Hal ini diungkapkannya dalam tulisan-tulisannya tentang akibat-akibat buruk yang ditimbulkan dari perkawinan antar kerabat dekat dan keuntungan dari perkawinan silang.
Fosil peralihan
Pada tahun 1859, ketika buku "On the Origin of Species" karya Charles Darwin pertama kali diterbitkan, rekaman fosil yang ada sangatlah minim, dan Darwin mengungkapkan bahwa kurangnya fosil peralihan merupakan "tantangan yang paling jelas dan paling berbahaya terhadap teori saya", namun dia menjelaskannya dengan menghubungkannya dengan ketidaksempurnaan yang ekstrem dari rekaman geologis. Dia mengamati koleksi yang terbatas pada waktu itu, namun menggambarkan informasi yang tersedia sebagai pola penunjuk yang mengikuti teorinya mengenai keturunan dengan perubahan melalui seleksi alam. Dan memang, "Archaeopteryx" ditemukan hanya dua tahun kemudian, tepatnya pada tahun 1861, dan menunjukkan bentuk peralihan klasik antara dinosaurus dan burung. Sejak saat itu, banyak sekali fosil peralihan yang telah ditemukan dan kini dianggap bahwa ada banyak bukti mengenai bagaimana semua kelas vertebrata saling berkaitan, banyak di antaranya dalam bentuk fosil peralihan.