Super Junior
Setelah subgrup Super Junior-K.R.Y. dan Super Junior-T, tanggal 2 Oktober 2007, S.M. Entertainment mengumumkan pembentukan proyek sub-unit Super Junior yang akan memulai promosi di Tiongkok tahun 2008. Zhou Mi dan trainee baru S.M. Entertainment berdarah Taiwan-Kanada Henry Lau, yang juga telah muncul di video musik "Don't Don", menjadi anggota dari subgrup ini.
Pengumuman dua anggota baru ini menimbulkan gejolak di kalangan penggemar, ada yang setujua ada yang menolak. Awalnya, sekelompok penggemar berencana memboikot produk perusahaan, namun akhirnya berubah mereka memilih protes diam. Ribuan penggemar dari fanclub resmi Super Junior E.L.F. duduk secara hening di depan bangunan SM sambil membawa tanda yang mendukung supaya grup hanya beranggotakan tiga belas orang.
Setelah berbagai rumor mengenai penambahan anggota lain ke dalam subgrup, para penggemar memutuskan untuk membuat perwakilan yang legal sebagai bagian dari pemegang saham S.M. Entertainment. Sampai tanggal 20 Maret 2008, penggemar Super Junior anggotai 58.206 lembar saham S.M. Entertainment, menguasai 0.3% dari saham keseluruhan perusahaan. Para penggemar merilis pernyataan bahwa mereka akan melakukan segala cara untuk menahan S.M. Entertainment menambah anggota baru dan menjaga Super Junior hanya bertiga belas.
SM Entertainment
Pada tahun 2005, Kim Young-min menjadi CEO ketiga perusahaan ini, di bawahnya beberapa artis didebutkan dengan tujuan untuk melakukan promosi di luar Korea Selatan. Artis-artis yang debut di bawah S.M. pada saat itu adalah penyanyi solo keturunan Tiongkok Zhang Liyin (2006), solois berbahasa Jepang J-Min (2007), Girls' Generation (2007), SHINee (2008), dan f(x) (2009). Pada bulan April 2008, sebuah sub-unit berbahasa Mandarin Super Junior dibentuk, yaitu Super Junior-M. Pada bulan Oktober 2008, S.M. mengumumkan rencana untuk mendebutkan BoA di Amerika Serikat di bawah anak perusahaan label SM Entertainment USA.