Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Timor Belanda
Mulai tahun 1613, VOC Belanda menghalau Portugis dari Timor, namun sementara mengosongkan markasnya. Tidak sampai tahun 1640, Vereenigde Oost-Indische Compagnie mendirikan benteng di Kupang dan membangun koloni di bawah pimpinan seorang "opperhoofd" (ketua). Akan tetapi, lingkup pengaruhnya terbatas pada 5 kerajaan kecil di sekitaran Kupang ("5 Sekutu Setia"), seperti Sonbai Kecil, Kupang-Helong, Amabi (1665), Amfoang (1683) dan Taebenu (1688), sementara Kekaisaran Portugal menaklukkan Wehali pada tahun 1642 dan kemudian secara de facto Timor Barat dan Tengah. Barulah dalam Pertempuan Penfui pada tahun 1749, kekuatan Portugis dan orang Topas yang bersekutu dengannya berhasil diruntuhkan oleh VOC.