Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Boshin
Pihak keshogunan juga bersiap menghadapi konflik bersenjata dengan memodernisasi kekuatan militer. Sejalan kebijakan duta besar Parkes, Inggris sebagai mitra militer utama, tidak mau memberi bantuan lebih lanjut kepada keshogunan. Oleh karena itu, kekuatan militer Tokugawa hanya mengandalkan penasihat militer dari Perancis. Keshogunan merasa puas atas prestise tentara Napoleon III yang telah berjaya di Perang Krimea dan Perang Kemerdekaan Italia II. Keshogunan mengambil langkah-langkah penting menuju pembangunan militer yang modern dan kuat, termasuk angkatan laut yang berintikan delapan kapal perang bertenaga uap yang telah dibangun sejak beberapa tahun, dan menjadikan angkatan laut Jepang terkuat di Asia. Pada 1865, Jepang membangun arsenal angkatan laut yang pertama di Yokosuka. Perancangnya adalah insinyur Perancis bernama Léonce Verny. Misi Militer Perancis untuk Jepang tiba di Jepang, Januari 1867 untuk melakukan reorganisasi tentara keshogunan dan membentuk pasukan elit. Jepang memesan kapal bekas Amerika Serikat, kapal perang berlambung besi buatan Perancis, CSS "Stonewall" yang pernah dipakai dalam Perang Saudara Amerika. Amerika Serikat mulanya menolak untuk menyerahkan kapal CSS Stonewall karena pihak Barat sudah menyatakan sikap netralnya. Pihak militer kekaisaran berhasil memperoleh CSS Stonewall setelah sikap netral Barat dicabut. Kapal tersebut dipakai dalam pertempuran di Hakodate dengan nama "Kōtetsu".