Dili
Bahkan di bawah kekuasaan Indonesia, saat bahasa Portugis dilarang, nama jalan berbahasa Portugis seperti "Avenida Marechal Carmona" tetap dipertahankan, meskipun sedikit ditambahkan awalan kata berbahasa Indonesia seperti "Jalan" atau 'road'. Gereja Katolik Roma di Motael dijadikan pusat perlawanan terhadap pendudukan Indonesia. Warisan dari pendudukan Jakarta adalah Gereja Dikandung Tanpa Noda, pusat Keuskupan Katolik Roma Díli, yang kemungkinan besar merupakan katedral terbesar di Asia Tenggara, dan 'Monumen Integrasi', untuk memperingati pencaplokan Indonesia di wilayah ini pada 1976. Menampilkan orang Timor Leste dalam pakaian tradisional, memecahkan borgol yang melingkari pergelangan tangannya, monumen tersebut masih belum dihancurkan.
Kekristenan di Indonesia
Gereja Ortodoks adalah kelompok Kristen/Gereja pendatang yang menurut penelitian dari pakar-pakar sejarah dan arkeologi lama, pertama hadir dan datang ke Indoneia yang ditandai dengan/melalui kehadiran Gereja Nestorian yang merupakan corak gereja Asiria di daerah Fansur (Barus), di wilayah Mandailing, Sumatera Utara. Namun menurut A.J. Butler M.A., kata Fahsûr seharusnya ditulis Mansûr, yaitu sebuah negara pada zaman kuno yang terdapat di Barat Laut India, terletak di sekitar Sungai Indus. Mansur merupakan negara paling utama yang terkenal di antara orang-orang Arab dalam hal komoditas kamfer (al-kafur).
Katolik Roma pertama tiba pada tahun 1511 di tanah Aceh, yaitu dari Ordo Karmel, dan 1534 di kepulauan Maluku melalui orang Portugis yang dikirim untuk eksplorasi. Fransiskus Xaverius, misionaris Katolik Roma dan pendiri Ordo Yesuit bekerja di kepulauan Maluku pada tahun 1546 sampai tahun 1547.
Protestanisme pertama kali diperkenalkan oleh Belanda pada abad keenam belas, sehingga terpengaruh pada ajaran Calvinisme dan Lutheran.