IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
MAN Babakan Lebaksiu
Periode ketiga sejak tahun 1947 s.d 1982 M diteruskan oleh KH. Isa Mufti dan K. Abdul Malik sebagai upaya untuk meningkatkan kualitas pendidikan pondok pesantren maka didirikan pendidikan berbasis pengetahuan agama yaitu Madrasah Diniyah Tsanawiyah (sekarang Madrasah Tsanawiyah) yang dipimpin oleh KH. Baedowi Mufti dan Madrasah Diniyah Mualimat dipimpin oleh K. Muslih Ma’shum, BA. Kemudian didirikan dan dikembangkan pendidikan yang berbasis pengetahuan umum di antaranya Madrasah Menengah Pertama (MMP), dan Madrasah Menengah Atas (MMA) yang dipimpin oleh KH. Shofwan Mufti, BA.