Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Prefektur Kagoshima
Pada 1609, Domain Satsuma mengirim pasukan ke Ryukyu, dan memaksa Kerajaan Ryukyu untuk takluk. Domain Satsuma juga memasukkan Kepulauan Amami sebagai wilayah kekuasaan, dan mendapat keuntungan besar dari industri gula. Pada tahun 1779, Gunung Sakurajima meletus. Pada zaman Bakumatsu, klan Shimazu menjadi kerabat Keshogunan Tokugawa lewat pernikahan Putri Atsu dari klan Shimazu dengan Tokugawa Iesada. Domain Satsuma menjadi domain yang berpengaruh dengan dukungan faksi samurai-aristokrat yang antara lain berasal dari Domain Mito dan Domain Echizen. Setelah itu, kekuatan militer Domain Satsuma yang bertindak sebagai tentara pemerintah berperang dengan kekuatan militer bekas Keshogunan Tokugawa. Didukung Domain Chōshū, dan Domain Tosa dalam gerakan menumbangkan Keshogunan Tokugawa, Domain Satsuma membantu tercapainya Restorasi Meiji.