Universitas Khairun
Tahun 1964 adalah tahun bersejarah pendirian Unkhair. Ketika diresmikan secara formal pada 15 Agustus 1964 di Stadion Ternate jam 10.00 WIT, Prof. Yasin Muhammad dari Universitas Sam Ratulangi menyampaikan orasi betapa pentingnya sebuah universitas di Maluku Utara sehingga ia dengan menumpang kapal Nosemo (Kapal Pelayaran Maluku-Sulawesi) menyempatkan hadir dalam peresmian tersebut. Satu hari telah peresmian itu, 16 Agustus 1964, proses perkuliahan secara formal pun dimulai. Adnan Amal menyebut hari pertama perkuliahan formal itu dengan ibarat ‖bayi yang baru dilahirkan yang akan mencari jati dirinya.‖ Seiring berjalannya waktu, Unkhair pun membuka berbagai fakultas.
IAIN Pontianak
Lima belas tahun kemudian, melalui Keputusan Presiden No. 11 tanggal 21 Maret 1997, bertepatan dengan tanggal 12 Dzulqaidah 1417 H., Fakultas Tarbiyah IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta di pontianak, bersama-sama dengan 32 Fakultas Jauh IAIN lainnya di seluruh Indonesia, berubah menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) pontianak. Dengan kata lain, STAIN Pontianak beserta STAIN-STAIN lain memperoleh kesempatan untuk mandiri, tidak lagi bergantung kepada IAIN induk.