Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Pertempuran Okinawa
Sisa-sisa terakhir perlawanan Jepang berhasil dihabisi pada tanggal 21 Juni. Meskipun demikian, beberapa tentara Jepang terus bersembunyi, termasuk di antaranya Masahide Ota yang kemudian menjadi gubernur Okinawa. Jenderal Ushijima dan Jenderal Cho bunuh diri dengan "seppuku" di markas komando mereka di Bukit 89 pada jam-jam terakhir pertempuran. Kolonel Yahara meminta izin dari Jenderal Ushijima untuk bunuh diri, tetapi permintaannya ditolak dengan jawaban sebagai berikut: