IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
Institut Agama Islam Negeri Kendari
IAIN Kendari resmi berdiri pada tanggal 17 Oktober 2014 berdasarkan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 145 Tahun 2014 tentang perubahan STAIN Kendari menjadi IAIN Kendari. Melalui perjalanan panjang, IAIN Kendari bertransformasi menjadi perguruan tinggi Islam negeri terbesar di ranah Sulawesi Tenggara. Sejarah IAIN Kendari dimulai dari terbentuknya Fakultas Tarbiyah Filial IAIN Alauddin Makassar di Kendari. Selanjutnya, atas dukungan dari Gubernur Sulawesi Tenggara kala itu, yaitu Edi Sabara beserta tokoh masyarakat Sultra, Fakultas Filial IAIN Alauddin Makassar akhirnya berubah status Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Kendari yang berdiri secara otonom pada tanggal 21 Maret 1997.