Yesuit
Pada 14 Desember 1904, Van Lith, SJ membaptis 171 orang di Sendangsono, Muntilan, Jawa Tengah, setelah sebelumnya 4 orang dari desa Kalibawang dibaptis pada 20 Mei 1904. Van Lith juga membangun sekolah seminari menengah di Muntilan. Seminari ini akhirnya menghasilkan para imam Yesuit pertama dari Indonesia yang ditahbiskan antara tahun 1926–1928 yaitu F.X. Satiman, SJ, A. Djajasepoetra, SJ, dan Albertus Soegijapranata, SJ. Dengan keputusan Paus Pius XII pada tanggal 1 Agustus 1940 Vikariat Apostolik Semarang didirikan, dengan uskup pertamanya Albertus Soegijapranata, SJ, sebagai uskup pribumi Indonesia pertama. Seorang imam diosesan, Yustinus Darmojuwono, Pr. kemudian menggantikannya sebagai Uskup Agung Semarang sejak 1964 dan kemudian diangkat menjadi kardinal pertama dari Indonesia pada 26 Juni 1967. Yustinus Darmojuwono kemudian digantikan oleh Julius Darmaatmadja, SJ sebagai uskup agung Semarang dan kemudian menjadi uskup agung Jakarta dan diangkat sebagai kardinal kedua dari Indonesia.lalu digantikan oleh Ignatius Suharyo,Pr 29 Juni 2010.
Keuskupan Bogor
Walaupun kontak pertama agama Katolik yang dibawa para pedagang Portugis dengan penduduk Banten yang beragama Hindu terjadi di awal abad ke-16, namun baru pada pertengahan abad ke-19 Bogor dikunjungi oleh imam dari Batavia (Jakarta) untuk merayakan Ekaristi. Pada 1885 Pastor MYD Claessens Pr menetap di Bogor. Ia juga mendirikan gereja di Sukabumi (1896) dan membangun gereja yang sekarang menjadi katedral Bogor. Pada tahun 1929 imam-imam Fransiskan Konventual (OFM Kon) mulai bekerja di Batavia (Jakarta) dan berangsur-angsur mereka membina stasi-stasi Rangkasbitung (1933), Cianjur (1933), Cicurug (1934) dan Serang (1939). Dalam perkembangan selanjutnya kemudian dibentuklah suatu Prefektur Apostolik Sukabumi dipisahkan dari Vikariat Apostolik Batavia (Jakarta) pada 9 Desember 1948, dan pembinaannya diserahkan kepada Ordo Fransiskan (OFM Kon). Dengan berdirinya hierarki Gereja Katolik mandiri di Indonesia pada 3 Januari 1961, paroki Bogor digabungkan dengan Prefektur Apostolik Sukabumi menjadi Keuskupan Bogor.