Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Perang Saudara Bougainville
Perang Saudara Bougainville, juga dikenal dengan nama Konflik Bougainville, adalah konflik bersenjata yang meletus dari tahun 1988 hingga 1998 antara Papua Nugini melawan Pasukan Revolusioner Bougainville yang memperjuangkan kemerdekaan Bougainville. Perang ini dianggap sebagai konflik terbesar di Oseania semenjak berakhirnya Perang Dunia II dan telah memakan korban jiwa sebanyak 15.000 hingga 20.000 warga Bougainville.