IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
Sekolah Tinggi Ilmu Keislaman Annuqayah
Berdirinya INSTIKA pada awalnya didorong oleh keinginan luhur pengurus Yayasan Annuqayah di mana dengan melihat perkembangan santri Annuqayah tahun demi tahun yang semakin bertambah, dan memperhatikan alumni Madrasah Aliyah, baik madrasah aliyah 1 dan madrasah aliyah 2 Annuqayah yang berminat melanjutkan studi ke jenjang pendidikan tinggi terutama ke IAIN, maka dewan pengurus Yayasan Annuqayah mempunyai keinginan mendirikan perguruan tinggi.
Keinginan itu kemudian ditindak lanjuti dengan keluarnya SK. Ketua Umum Yayasan Annuqayah Nomor : I.b./B/KPTS/1984. dari hasil kerja panitia yang dibentuk, didirikanlah Perguruan Tinggi Islam Annuqayah (PTIA) dengan fakultas pertama yang dipilih adalah Fakultas Syari’ah Jurusan Tafsir Hadits (TH), karena dianggap paling sesuai dengan kajian-kajian yang diberikan di pondok-pondok pesantren.
PTIA dibuka resmi pada tanggal 13 Oktober 1984, dengan mahasiswa angkatan pertama 43 orang. Acara pembukaan PTIA ini dihadiri oleh Purek IAIN Sunan Ampel Surabaya, dan diisi dengan studium general oleh salah seorang dosen senior IAIN Sunan Ampel Surabaya.
Kemudian pada tanggal 1 Januari 1986, PTIA diubah menjadi Sekolah Tinggi Ilmu Syari’ah Annuqayah (STISA), karena masih belum memenuhi syarat untuk menjadi sebuah perguruan tingi. Sedangka Izin Operasional STISA baru diperoleh pada