Autisme
Ada dugaan bahwa autisme disebabkan oleh vaksin MMR yang rutin diberikan kepada anak-anak di usia dimana gejala-gejala autisme mulai terlihat. Kekhawatiran ini disebabkan karena zat kimia bernama thimerosal yang digunakan untuk mengawetkan vaksin tersebut mengandung merkuri. Unsur merkuri inilah yang selama ini dianggap berpotensi menyebabkan autisme pada anak. Namun, tidak ada bukti kuat yang mendukung bahwa autisme disebabkan oleh pemberian vaksin. Penggunaan thimerosal dalam pengawetan vaksin telah diberhentikan namun angka autisme pada anak semakin tinggi.
Kontroversi vaksin MMR
Pemerintah kemudian menemukan bahwa sejumlah vaksin disuntikkan melewati tanggal kedaluwarsa dan vaksinasi wajib MMR baru dihentikan setelah tiga anak meninggal dunia dan lebih dari 2.000 kasus efek samping bermunculan. Per 1993, pemerintah Jepang telah membayar $160.000 sebagai kompensasi kepada keluarga ketiga anak yang meninggal tersebut. Orang tua lainnya tidak menerima kompensasi karena pemerintah mengatakan bahwa tidak ada buktinya vaksin MMR menyebabkan autisme; mereka memutuskan menggugat produsen vaksin alih-alih pemerintah. Pengadilan distrik Osaka memutuskan pada 13 Maret 2003 bahwa kematian dua anak disebabkan oleh MMR bergalur Urabe di Jepang. Tahun 2006, Pengadilan Tinggi Osaka menyatakan dalam putusan lain bahwa negara bertanggung jawab atas kegagalannya mengawasi produsen vaksin campak-beguk-rubela yang mengakibatkan efek samping parah pada anak-anak.