Fungi
Sebelum dikenalkannya metode molekuler untuk analisis filogenetik, dulu fungi dimasukkan ke dalam kerajaan tumbuhan/Plantae karena fungi memiliki beberapa kemiripan dengan tumbuhan yaitu tidak dapat berpindah tempat, juga struktur morfologi dan tempat hidupnya juga mirip. Seperti tanaman, kebanyakan fungi juga tumbuh di tanah dan, pada jamur, membentuk tubuh buah, yang kadang-kadang menyerupai tumbuhan seperti lumut. Fungi sekarang dianggap sebagai kerajaan tersendiri, berbeda dari baik tumbuhan maupun hewan, yang tampaknya telah berpisah sekitar satu miliar tahun lalu (sekitar awal dari Era Neoproterozoikum). Beberapa ciri-ciri morfologi, biokimia dan genetik dimiliki bersama dengan organisme lain, sementara yang lain unik pada fungi, memisahkan fungi dari kerajaan lain dengan jelas:
Fermentasi substrat padat
Solid State Fermentation (SSF) merupakan suatu proses di mana substrat yang tidak larut (padat) difermentasikan dengan bantuan mikroorganisme dalam kondisi kekurangan air bebas. Pada SSF kadar air yang digunakan rendah yaitu sekitar 50-60%. Mikroorganisme yang digunakan pada umumnya adalah fungi yang menghasilkan enzim hidrolitik ekstraseluler yang mempu mendegradasi materi terlarut. Proses ini berpotensi besar memproduksi enzim, menawarkan keuntungan lebih dibandingkan kultur terendam seperti: peralatan yang sederhana, hasil per volumetrik lebih banyak, konsentrasi produk yang lebih tinggi, pemanfaatan bahan buangan serta represi yang lebih sedikit, dan tingkat kontaminasi cukup rendah karena kadar air yang rendah pada substrat. Selain itu, produk kasar hasil fermentasi dapat langsung digunakan sebagai sumber enzim sehingga cocok untuk industri peternakan. Akan tetapi terdapat kekurangan pada SSF yakni sulit dilakukan agitasi dan hilangnya bobot kering selama fermentasi. Di dalam bidang pangan SSF sering digunakan dalam pembuatan tempe, miso, dan kecap.