Universitas Malikussaleh
Untuk membangun kembali kepercayaan masyarakat Aceh kepada Pemerintah Pusat yang berkesinambungan dalam suasana masyarakat Madani, diperlukan adanya usaha untuk melahirkan sebuah Universitas Negeri kedua setelah Universitas Syiah Kuala yang merupakan dambaan masyarakat Samudera Pasai khususnya dan masyarakat Aceh umumnya. Upaya ini merupakan bagian dari proses penyelesaian konflik Aceh yang menyeluruh sebagai suatu kebijakan strategis politik, mengingat wilayah Samudera Pasai yang terdiri dari Kabupaten Aceh Utara, Bireuen, Pidie, Aceh Timur, Aceh Tengah, dan Aceh Tenggara yang sebahagian wilayahnya merupakan daerah pusat konflik paling bergolak. serta paling intensif menentang pemerintah pusat sebagai akibat dari ketidakadilan dan kekeliruan kebijakan Pemerintah Pusat pada masa lalu. Disamping itu, di wilayah tersebut juga memiliki deposit sumber daya alam yang maha kaya yang dapat diolah bagi kemakmuran masyarakat.
Kesultanan Aceh
Sejak itu masa damai terasa di Aceh, para Ulèëbalang bebas berdagang dengan pedagang asing tanpa harus melalui pelabuhan sultan di ibukota. Lada menjadi tanaman utama yang dibudidayakan seantero pesisir Aceh sehingga menjadi pemasok utama lada dunia hingga akhir abad 19. Namun beberapa elemen masyarakat terutama dari kaum wujudiyah menginginkan penguasa nanti adalah seorang laki-laki bergelar Sultan. Mereka mengklaim bahwa pewaris sah masih hidup dan tinggal bersama mereka di pedalaman. Perang saudara pecah, masjid raya, Dalam terbakar, kota Bandar Aceh dalam kegaduhan dan ketidak-tentraman. Menindaklanjuti pertikaian ini, Kadhi Malikul Adil (semacam mufti agung) Tgk. Syech Abdurrauf As-Sinkily melakukan berbagai reformasi terutama perihal pembagian kekuasaan dengan terbentuknya "tiga sagoe". Hal ini mengakibatkan kekuasaan sultanah/sultan sangat lemah dengan hanya berkuasa penuh pada daerah "Bibeueh" (kekuasaan langsung) semata.