Ekspedisi Pertama Belanda ke Nusantara
Selama abad ke-16, perdagangan rempah-rempah sangat menguntungkan, namun Imperium Portugis mencengkeram sumber rempah-rempah, Indonesia. Untuk sementara waktu, para pedagang Belanda merasa puas menerima ini dan membeli semua rempah mereka di Lisboa, Portugal, karena mereka masih bisa menghasilkan keuntungan yang layak dengan menjualnya kembali ke seluruh Eropa. Namun, pada tahun 1590-an Spanyol, yang berperang dengan Belanda, berada dalam uni dinasti dengan Portugal, sehingga membuat perdagangan berkesinambungan hampir menjadi tidak mungkin. Hal ini tidak dapat ditolerir, dan Belanda dengan senang hati menghindari monopoli Portugis dan langsung pergi ke Indonesia, namun petunjuk perjalanan yang dibutuhkan untuk mencapai Indonesia dijaga ketat oleh Portugis.
Hindia Belanda
Sejak kedatangan kapal-kapal Belanda yang pertama pada akhir abad ke-16, hingga deklarasi kemerdekaan pada tahun 1945, kontrol Belanda atas kepulauan Indonesia tergolong lemah. Meskipun Jawa didominasi oleh Belanda, banyak daerah yang tetap independen dan berdiri sendiri selama periode ini, termasuk Aceh, Bali, Lombok dan Kalimantan. Ada banyak perang dan gangguan di seluruh wilayah nusantara karena berbagai kelompok pribumi menolak upaya untuk membangun hegemoni Belanda, yang melemahkan kontrol Belanda dan mengikat pasukan militernya. Perompakan tetap menjadi masalah hingga pertengahan abad ke-19. Akhirnya pada awal abad ke-20, dominasi Belanda diperluas di seluruh area yang nantinya akan menjadi wilayah Indonesia modern.
Pada tahun 1806, dengan Belanda di bawah dominasi Kekaisaran Perancis, Kaisar Napoleon I menunjuk saudaranya Louis Bonaparte untuk menduduki tahta Belanda, yang menyebabkan penobatan Marsekal Herman Willem Daendels sebagai Gubernur Jenderal Hindia Belanda pada tahun 1808. Pada tahun 1811, Daendels digantikan oleh Gubernur Jenderal Jan Willem Janssens, tetapi tidak lama setelah kedatangannya, pasukan Inggris menduduki beberapa pelabuhan Hindia Belanda termasuk Jawa, dan Thomas Stamford Raffles menjadi Letnan Gubernur. Setelah kekalahan Napoleon pada Pertempuran Waterloo tahun 1815 dan Kongres Wina, kontrol Belanda atas wilayah ini dipulihkan pada tahun 1816. Di bawah Perjanjian Inggris-Belanda 1824, Belanda mengamankan permukiman Inggris seperti Bengkulu di Sumatera, sebagai imbalan untuk menyerahkan kendali atas daerah jajahan mereka di Semenanjung Malaya (Malaya) dan India Belanda. Perbatasan antara bekas daerah jajahan milik Inggris dan Belanda pada hari ini merupakan batas modern antara Malaysia dan Indonesia.