Keshogunan Tokugawa
Keshogunan Tokugawa menjalankan pemerintah pusat dari Edo, sedangkan penguasa sah Jepang dipegang kaisar Jepang yang berkedudukan di Kyoto. Kebijakan pemerintahan dikeluarkan istana kaisar di Kyoto dan diteruskan kepada klan Tokugawa. Sistem ini berlangsung sampai kekuasaan pemerintah dikembalikan kepada kaisar pada zaman Restorasi Meiji.
Keshogunan Kamakura
Masih pada tahun yang sama (1184), Yoritomo menerima mandat dari mantan Kaisar Go-Shirakawa untuk menyingkirkan Yoshitsune dan Minamoto no Yukiie dengan alasan telah melanggar aturan pemerintah Yoritomo. Dalam usaha menangkap Yoshitsune dan Yukiie, Yoritomo diberi mandat untuk memberhentikan serta mengangkat Jitō dan Shugo yang bertugas memungut pajak berupa beras untuk perbekalan militer dan sebagai pejabat di kantor pemerintah lokal. Berdasarkan mandat tersebut, Yoritomo berkuasa atas kekuatan militer serta kepolisian di seluruh negeri, dan sekaligus menandai berdirinya pemerintahan Keshogunan Kamakura yang menguasai seluruh Jepang. Walaupun demikian, pemerintah Yoritomo baru menguasai seluruh wilayah Jepang bagian timur setelah menghancurkan klan Ōshū Fujiwara dalam Pertempuran Ōshū 1189.