Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Sistem han
Istilah "han" berasal dari Tiongkok kuno, di antaranya sudah dipakai buku sejarah "Chunqiu Zuo Zhuan". Di Dinasti Zhou, tanah di dalam negeri dibagi-bagikan kepada keluarga kerajaan yang kemudian memerintah wilayah tersebut sebagai tuan tanah feodal. Ahli Konfusianisme zaman Edo membandingkan keadaan di Tiongkok dengan wilayah kekuasan yang dibagi-bagikan oleh shogun kepada anggota Keluarga Shogun Tokugawa. Bila Keluarga Shogun Tokugawa adalah kaisar, maka daimyo adalah tuan tanah feodal, dan wilayah kekuasaannya disebut "han". Meskipun demikian, istilah han pada zaman Edo hanya dipakai dalam literatur Konfusianisme dan belum dipakai sebagai nama sistem resmi. Pada zaman Edo, beberapa istilah dipakai untuk menyebut wilayah kekuasaan daimyo. Istilah yang paling banyak dipakai adalah (negara atau provinsi) seperti dipakai dalam "Buke shohatto" untuk menyebut semua wilayah kekuasaan daimyo, dan daimyo disebut sebagai . Istilah "han" juga ditukarpakaikan dengan . Wilayah kekuasaan seorang daimyo bagaikan sebuah . Kelompok pengikut daimyo ("kashin" 家臣) yang bekerja untuk daimyo disebut . Hukum yang mengatur wilayah kekuasaan daimyo disebut , dan pejabat administrasi yang bekerja untuk daimyo disebut .