Kota Jayapura
Tahun 1999, Presiden Gusdur memenuhi keinginan masyarakat Papua, untuk mengubah nama Irian Jaya menjadi Papua. Nama Papua disebutkan dalam Manifest yang dicetuskan Komite Nasional Papua yang menyatakan, "Nama tanah kami menjadi PAPOEA BARAT dan nama bangsa kami menjadi PAPOEA." Manifest tersebut ditulis dalam sebuah harian "Pengantara" pada 21 Oktober 1961.
Luas Kota Jayapura adalah 940 Km2 atau 940.000 Ha, terdiri dari 5 distrik, terbagi habis menjadi 25 kelurahan dan 14 kampung.
Sedangkan untuk letak astronomis, Kota Jayapura terletak pada 1°28”17,26”LS - 3°58’082”LS dan 137°34’10,6”BT - 141°0’8’22”BT.
Kota Tanjungbalai
Sebelum Kota Tanjungbalai diperluas dari hanya 199 ha (2 km²) menjadi 60,52 km², kota ini pernah menjadi kota terpadat di Asia Tenggara dengan jumlah penduduk lebih kurang 40.000 orang dengan kepadatan penduduk lebih kurang 20.000 jiwa per km². Akhirnya Kota Tanjungbalai diperluas menjadi ± 60 Km² dengan terbitnya Peraturan Pemerintah Republik Indonesia No. 20 Tahun 1987, tentang perubahan batas wilayah Kota Tanjungbalai dan Kabupaten Asahan.