Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia
Dalam waktu singkat banyak pimpinan PRRI yang menyerahkan diri pada 29 Mei 1961 Ahmad Husein menyerahkan diri dan berakhirlah pemberontakan PRRI
Ali Moertopo
Pada saat itu, Republik Indonesia sedang menghadapi gerakan koreksi daerah melalui PRRI dan banyak pasukan-pasukan ABRI yang dikirim ke Sumatra untuk menanggulangi gerakan ini. Ali dikirim ke Sumatra pada tahun 1959 dan ia menjabat sebagai Kepala Staf Resimen II dengan Yoga Sugama sebagai Komandan Resimennya. Pada tahun yang sama, Soeharto dicopot dari jabatan Pangdam oleh KSAD AH Nasution karena terlibat kasus penyelundupan dan ditugaskan belajar di SSKAD pada tahun 1960. Setelah PRRI dikalahkan, Ali kembali ke Jawa Tengah untuk melanjutkan tugasnya dengan Kodam Diponegoro yang sekarang dipimpin oleh Pranoto Reksosamudro.