Yesuit
Pada 14 Desember 1904, Van Lith, SJ membaptis 171 orang di Sendangsono, Muntilan, Jawa Tengah, setelah sebelumnya 4 orang dari desa Kalibawang dibaptis pada 20 Mei 1904. Van Lith juga membangun sekolah seminari menengah di Muntilan. Seminari ini akhirnya menghasilkan para imam Yesuit pertama dari Indonesia yang ditahbiskan antara tahun 1926–1928 yaitu F.X. Satiman, SJ, A. Djajasepoetra, SJ, dan Albertus Soegijapranata, SJ. Dengan keputusan Paus Pius XII pada tanggal 1 Agustus 1940 Vikariat Apostolik Semarang didirikan, dengan uskup pertamanya Albertus Soegijapranata, SJ, sebagai uskup pribumi Indonesia pertama. Seorang imam diosesan, Yustinus Darmojuwono, Pr. kemudian menggantikannya sebagai Uskup Agung Semarang sejak 1964 dan kemudian diangkat menjadi kardinal pertama dari Indonesia pada 26 Juni 1967. Yustinus Darmojuwono kemudian digantikan oleh Julius Darmaatmadja, SJ sebagai uskup agung Semarang dan kemudian menjadi uskup agung Jakarta dan diangkat sebagai kardinal kedua dari Indonesia.lalu digantikan oleh Ignatius Suharyo,Pr 29 Juni 2010.
Gereja Katolik di Indonesia
Sidang selanjutnya pada tahun 1960 di Girisonta membahas kemungkinan pendirian hierarki mandiri Gereja Katolik di Indonesia. Menanggapi harapan sidang ini, pada 3 Januari 1961 Paus Yohanes XXIII dengan konstitusi apostolik Quod Christus mendirikan hierarki Gereja katolik di Indonesia. Ini berarti Indonesia bukan tanah misi lagi, tetapi Gereja muda. Semua Prefektur Apostolik dan Vikariat Apostolik ditingkatkan menjadi Keuskupan, dipimpin Uskup masing-masing. Keuskupan-keuskupan yang berdekatan dihimpun menjadi suatu Provinsi Gerejani, dan salah satu Keuskupan ditunjuk menjadi metropolit pusat himpunan sebagai Keuskupan Agung. Ada 6 Keuskupan Agung dan 20 Keuskupan yang disebut Keuskupan Sufragan.