Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia
Dalam waktu singkat banyak pimpinan PRRI yang menyerahkan diri pada 29 Mei 1961 Ahmad Husein menyerahkan diri dan berakhirlah pemberontakan PRRI
Ahmad Yani
Sebagai Presiden, Soekarno bergerak lebih dekat ke Partai Komunis Indonesia (PKI) di awal 60-an. Yani yang sangat anti-komunis, menjadi sangat waspada terhadap PKI, terutama setelah partai ini menyatakan dukungannya terhadap pembentukan" kekuatan kelima" (selain keempat angkatan bersenjata dan polisi) dan Sukarno mencoba untuk memaksakannya "Nasakom" (Nasionalisme-Agama-Komunisme) doktrin di militer. Keduanya, Yani dan Nasution menunda-nunda ketika diperintahkan oleh Soekarno pada tanggal 31 Mei 1965 mempersiapkan rencana untuk mempersenjatai rakyat.