Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Shogun Yoshimasa berniat mengundurkan diri karena jemu dengan kekacauan dalam pemerintahan dan pemberontakan para petani (Tsuchi Ikki) yang berkelanjutan. Ia juga tidak dapat mengatasi Kelaparan Zaman Chōroku-Kansei (1459-1461). Ketika berusia 29 tahun Yoshimasa belum memperoleh putra penerus keturunan dari Tomiko istrinya ataupun dari para selir. Keadaan tersebut membuatnya berniat memberikan jabatan shogun kepada Gijin, adik kandungnya yang sudah menjadi biksu sekte Jōdokyo. Gijin berpendapat Yoshimasa masih muda dan masih mungkin memiliki keturunan. Ia berulang kali menolak untuk dijadikan shogun, namun akhirnya setuju setelah terus menerus dibujuk. Yoshimasa bahkan membuat surat kontrak pribadi yang menjanjikan "kalau dari dirinya nanti lahir anak laki-laki akan dijadikan biksu, dan tidak akan dijadikan kepala keluarga penerus keturunan". Pada 24 Desember 1464, Gijin berhenti sebagai biksu dan dijadikan putra angkat oleh Yoshimasa. Nama yang dipakainya sebagai calon shogun berikutnya adalah Ashikaga Yoshimi.