Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Domain Satsuma
Klan Shimazu menguasai Provinsi Satsuma hampir selama empat abad hingga periode Edo dan dibentuknya sistem "han", menguasai hampir seluruh wilayah Pulau Kyushu hingga akhir abad ke-16. Setelah diperangi oleh Toyotomi Hideyoshi dalam Kampanye Kyushu 1587, klan Shimazu kembali ke wilayah asal mereka di Satsuma. Meskipun demikian, mereka tetap dikenal sebagai salah satu klan terkuat di Jepang. Klan Shimazu menderita kekalahan besar dalam Pertempuran Sekigahara, namun Shimazu Yoshihiro berhasil pulang ke Kagoshima. Berbeda dari klan-klan besar lainnya yang bertempur dan kalah di Sekigahara, klan Shimazu bertahan sebagai salah satu dari sedikit klan di Jepang yang memiliki kekuatan militer cukup besar untuk menahan ancaman invasi dari tentara Keshogunan Tokugawa. Tidak seperti sebagian besar klan yang wilayah kekuasaannya setelah diberi lalu dialihkan ke klan lain oleh keshogunan, klan Shimazu berhasil mempertahankan wilayah mereka dan memiliki otonomi yang besar.