Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Minamoto no Yoshitsune
Pada tahun berikutnya, Yoshitsune yang memimpin kekuatan militer Kamakura mengalahkan sepupunya, Minamoto no Yoshinaka di Pertempuran Ujigawa. Pada tahun 1183, Yoshitsune memimpin pasukan untuk memasuki Kyoto sebagai wakil Yoritomo. Pasukan klan Taira yang sudah diusir dari Kyoto oleh pasukan Yoshinaka ternyata berhasil menggalang kekuatan di sebelah barat negeri, dan sudah bergerak maju sampai di Fukuhara. Yoshitsune bersama kakaknya (Minamoto no Noriyori) diperintahkan untuk menghancurkan pasukan klan Taira. Pasukan penyerang dari belakang yang dipimpin Yoshitsune berangkat ke Provinsi Harima dengan mengambil jalan memutar. Di tengah perjalanan, Minamoto no Yukitsuna dan kawan-kawan turut bergabung dengan pasukan Yoshitsune. Sementara itu, Noriyori berangkat dengan memimpin pasukan utama yang akan menyerang dari depan. Kedua pasukan yang dipimpin Yoshitsune dan Noriyori berhasil menghancurkan pasukan klan Taira dalam Pertempuran Ichi-no-Tani.