Autisme
Ada dugaan bahwa autisme disebabkan oleh vaksin MMR yang rutin diberikan kepada anak-anak di usia dimana gejala-gejala autisme mulai terlihat. Kekhawatiran ini disebabkan karena zat kimia bernama thimerosal yang digunakan untuk mengawetkan vaksin tersebut mengandung merkuri. Unsur merkuri inilah yang selama ini dianggap berpotensi menyebabkan autisme pada anak. Namun, tidak ada bukti kuat yang mendukung bahwa autisme disebabkan oleh pemberian vaksin. Penggunaan thimerosal dalam pengawetan vaksin telah diberhentikan namun angka autisme pada anak semakin tinggi.
Kontroversi vaksin MMR
Pada tanggal 30 Juli 2007, keluarga Bailey Banks, anak yang mengalami penundaan perkembangan pervasif, memenangi kasusnya melawan Departemen Kesehatan dan Pelayanan Masyarakat Amerika Serikat. Dalam kasus yang berkaitan dengan 'penundaan perkembangan non-autistik', Special Master Richard B. Abell memutuskan bahwa Banks berhasil menunjukkan bahwa "vaksin MMR yang dipermasalahkan benar-benar menyebabkan kondisi yang diderita dan terus diderita Bailey". Dalam kesimpulannya, ia memutuskan bahwa ia puas MMR terbukti menyebabkan nyeri otak bernama "acute disseminated encephalomyelitis" (ADEM). Ia mengeluarkan putusan ini atas dasar dua kasus vaksin tahun 1994 dan 2001 yang menyimpulkan, "ADEM dapat disebabkan oleh infeksi campak, beguk, dan rubela alami serta vaksin campak, beguk, dan rubela."