Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Sejarah Papua Nugini
Meski hubungan dekat telah dipertahankan sejak kemerdekaan damai dan Australia tetap yang terbesar bilateral bantuan donor untuk Papua Nugini , hubungan dengan Australia baru-baru ini menunjukkan tanda-tanda ketegangan . Sedangkan pada kunjungan kenegaraan pada Maret 2005, Perdana Menteri Somare diminta untuk menyerahkan pemeriksaan keamanan dan menghapus sepatunya setelah tiba di bandara Brisbane . Meskipun tuntutan dari pemerintah PNG bahwa Australia meminta maaf , kedua menolak . Selain itu , masalah muncul berkaitan dengan terbaru paket bantuan Australia untuk Indonesia . Senilai A $ 760.000.000 , program ini adalah untuk mengatasi kejahatan dan korupsi di PNG dengan mengirimkan 200 polisi Australia ke Port Moresby dan menginstal 40 pejabat Australia dalam birokrasi nasional. Namun, setelah detasemen pertama polisi tiba , pengadilan tinggi Papua Nugini memutuskan bahwa pengaturan tersebut tidak konstitusional , dan polisi kembali ke rumah . Sebuah pengaturan baru , dimana hanya 30 petugas akan berfungsi sebagai kekuatan pelatihan bagi pasukan lokal telah dijelaskan oleh Menteri Luar Negeri Australia sebagai " terbaik kedua " .