Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Tokugawa Yoshinobu
Setelah tiba di gerbang masuk kota Kyoto, pasukan Tokugawa dilarang masuk. Mereka diserang oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Peristiwa ini merupakan awal dari Pertempuran Toba-Fushimi yang merupaan bentrokan bersenjata pertama dalam Perang Boshin. Meskipun pasukan Tokugawa unggul dalam jumlah, moral pasukan jatuh setelah melihat panji-panji kekaisaran dikibarkan oleh pasukan Satsuma dan Choshu. Di tengah berlangsungnya pertempuran, Yoshinobu menyelinap dari markas besarnya di Osaka dan berangkat ke Edo. Ia memasukkan dirinya ke dalam kurungan secara sukarela, dan menyatakan dirinya tunduk kepada istana. Kesepakatan damai akhirnya tercapai setelah Tayasu Kamenosuke, kepala keluarga berusia muda dari sebuah percabangan keluarga Tokugawa diadopsi dan diangkat sebagai kepala keluarga Tokugawa. Pada 11 April 1868, Istana Edo jatuh ke tangan tentara kekaisaran, dan kota ini terhindar dari perang habis-habisan.