Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Pertempuran Okinawa
Sisa-sisa terakhir perlawanan Jepang berhasil dihabisi pada tanggal 21 Juni. Meskipun demikian, beberapa tentara Jepang terus bersembunyi, termasuk di antaranya Masahide Ota yang kemudian menjadi gubernur Okinawa. Jenderal Ushijima dan Jenderal Cho bunuh diri dengan "seppuku" di markas komando mereka di Bukit 89 pada jam-jam terakhir pertempuran. Kolonel Yahara meminta izin dari Jenderal Ushijima untuk bunuh diri, tetapi permintaannya ditolak dengan jawaban sebagai berikut: