Peperangan era Napoleon
Kemudian Napoleon memimpin sendiri tentaranya untuk melakukan serangan balik ke Austria. Setelah melalui beberapa pertempuran kecil, Austria akhirnya dipaksa mundur dari Bayern, sementara Napoleon terus bergerak memasuki Austria. Akibat keinginannya untuk segera menyeberangi sungai Danube mengakibatkan pertempuran besar yang terkenal dengan nama Pertempuran Aspern-Essling (22 Mei 1809) — Kekalahan telak pertama yang diderita Napoleon dari pasukan Austria yang dipimpin oleh "Jenderal Archduke Karl". Baru pada awal bulan Juli (5 Juli – 6 Juli), Napoleon berhasil merebut Vienna dengan mengalahkan tentara Austria pada Pertempuran Wagram. (Pada saat berlangsung pertempuran ini, Napoleon mencopot Marsekal Bernadotte dari jabatannya dan mempermalukan dia di hadapan marsekal senior lainnya. Segera setelah kejadian ini, Bernadotte menerima tawaran dari Swedia untuk mengisi posisi sebagai pangeran. Selanjutnya dia secara aktif berpartisipasi dalam peperangan ini melawan Napoleon.)
Perjanjian Tilsit
Dengan ditandatanganinya perjanjian ini, Napoleon tidak hanya memperkuat kekuasaanya di Eropa Tengah, tetapi berhasil menjadikan Rusia dan Prusia sekutu untuk menghadapi dua musuhnya yang tersisa, yaitu Britania Raya dan Swedia. Akibatnya dimulailah Perang Inggris-Rusia (1807–1812) dan Perang Finlandia. Perjanjian Tilsit juga memungkinkan Perancis untuk memusatkan perhatiannya pada Perang Kemerdekaan Spanyol. Eropa Tengah kembali bergejolak pada tahun 1809 saat Austria dan Britania Raya mengobarkan Perang Koalisi Kelima melawan Napoleon. Setelah berakhirnya peperangan era Napoleon pada tahun 1815, Kongres Wina akan mengembalikan wilayah-wilayah Prusia.