Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Kakashi Gaiden
Obito menemukan lokasi persembunyian musuh, tetapi ketahuan. Musuh tersebut hampir membunuh Obito, tetapi Kakashi yang berubah pikiran datang tepat pada waktunya. Musuhnya segera menggunakan jurus Meisagakure no Jutsu. Karena melindungi Obito, Kakashi kehilangan mata kirinya oleh sabetan kunai musuh. Obito yang ketakutan lalu menolongnya, dan sharingan miliknya langsung bangkit. Mereka pun bertemu dengan Rin dan Kakashi melepaskannya dari genjutsu. Tetapi semua sudah terlambat, mereka masuk perangkap di gua. Ketika langit-langit runtuh, obito menyelamatkan kakashi yang terjatuh dari reruntuhan. Setengah badannya hancur. Dia lalu meminta Rin mencangkokkan mata kirinya sebagai hadiah untuk Kakashi karena sudah menjadi jounin. Kakashi lalu menerima sharingan itu dengan berat hati. Beberapa saat kemudian, Kakashi memiliki sharingan pada mata kirinya, melawan orang yang telah meruntuhkan gua. Lawan tersebut pun kalah, Kakashi segera kembali pada Obito untuk membantu apa yang bisa ia lakukan untuknya. Obito pun meminta Kakashi untuk segera membawa Rin pergi, karena bantuan musuh sudah datang. Hal yang dikatakan Obito benar, sejumlah besar musuh menyiapkan jutsu di belakang Kakashi. Jutsu tersebut membuat gempa yang mengakibatkan batu-batu di sekeliling Obito pun runtuh. Obito menyuruh Rin dan Kakashi segera pergi dari sana. Pada detik-detik sebelum kematiannya, Obito berpikir tentang kerjasama yang ia akhirnya dapatkan dengan Kakashi dan dia tidak bisa menyampaikan rasa sukanya pada Rin. Dia pun akhirnya hancur karena seluruh badannya tertimpa batu yang longsor. Kakashi segera membawa Rin ke tempat aman, memberitahu seberapa pentingnya Rin pada Obito. Kakashi pun menyiapkan jurus chidori. Tetapi Kakashi pun pingsan karena kehabisan cakra, setelah melempar kunai pemberian Yondaime. Ketika bangun,Yondaime Hokage sudah berada di sampingnya, mengatakan bahwa kunai pemberiannya memiliki mantra yang memberi sinyal pada Yondaime jika dilempar. Yondaime juga memberitahu Kakashi bahwa Rin telah mengatakan semua yang terjadi dan minta maaf karena tidak datang tepat waktu. Kakashi lalu melawan sisa musuh dan dengan bantuan Yondaime Hokage yang sudah selesai membantu garis depan, mereka menyelesaikan misi menghancurkan jalur suplai di garis belang musuh. Setelah berapa lama pasukan musuh mundur karena kekurangan suplai dan perang besar ini pun berakhir dengan kesepakatan damai kedua desa.