Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Abdul Manaf Mukhayyar
Pada tahun 1942, H. Mukhayyar kemudian mendirikan Madrasah Islamiyah
yang berlokasi di samping rumahnya di depan Stasiun Palmerah. Madrasah
yang dipimpinnya itu sangat sederhana. Bangunannya berlantai tanah,
atapnya dari daun kelapa, dindingnya pagar dan letaknya di tengah
kampung. Madrasah ini ditangani sendiri oleh Abdul Manaf. Selama zaman
Jepang, madrasah tetap bisa dipertahankan hingga tahun 1945 ketika
Indonesia merdeka. Memang selama pendudukan Jepang, Abdul Manaf cukup
beruntung. Ia masih bisa meneruskan belajar di Jamiatul Khair
sementara kawan-kawan seusianya ada yang direkrut menjadi anggota
Keibodan, atau mengikuti latihan kemiliteran yang digelar Jepang.