Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Jepang
Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang "buke shohatto" untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan "sakoku" ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut "rangaku" (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai "kokugaku".