IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
IAIN Sultan Amai
Respon terhadap keinginan sekaligus tuntutan ini ternyata sangat positif, usulan tersebut beroleh tanggapan dari Menteri Agama RI., dengan lahirnya Peraturan Pemerintah No. 33 Tahun 1983 dan Keputusan Presiden RI. Nomor: 9 Tahun 1987/KPTC tentang Fakultas Madya (Negeri) dengan nama Fakultas Tarbiyah IAIN Alauddin di Gorontalo pada tanggal 22 April 1987 dan diresmikan pada tanggal 17 September 1988 oleh Direktur Jenderal Perguruan Tinggi Agama Islam atas nama Menteri Agama RI.