Super Junior
Setelah subgrup Super Junior-K.R.Y. dan Super Junior-T, tanggal 2 Oktober 2007, S.M. Entertainment mengumumkan pembentukan proyek sub-unit Super Junior yang akan memulai promosi di Tiongkok tahun 2008. Zhou Mi dan trainee baru S.M. Entertainment berdarah Taiwan-Kanada Henry Lau, yang juga telah muncul di video musik "Don't Don", menjadi anggota dari subgrup ini.
Pengumuman dua anggota baru ini menimbulkan gejolak di kalangan penggemar, ada yang setujua ada yang menolak. Awalnya, sekelompok penggemar berencana memboikot produk perusahaan, namun akhirnya berubah mereka memilih protes diam. Ribuan penggemar dari fanclub resmi Super Junior E.L.F. duduk secara hening di depan bangunan SM sambil membawa tanda yang mendukung supaya grup hanya beranggotakan tiga belas orang.
Setelah berbagai rumor mengenai penambahan anggota lain ke dalam subgrup, para penggemar memutuskan untuk membuat perwakilan yang legal sebagai bagian dari pemegang saham S.M. Entertainment. Sampai tanggal 20 Maret 2008, penggemar Super Junior anggotai 58.206 lembar saham S.M. Entertainment, menguasai 0.3% dari saham keseluruhan perusahaan. Para penggemar merilis pernyataan bahwa mereka akan melakukan segala cara untuk menahan S.M. Entertainment menambah anggota baru dan menjaga Super Junior hanya bertiga belas.
Super Junior
Dari bulan Mei 2015 sampai sekarang, 6 anggota sedang melaksanakan wajib militer. Shindong masuk wajib militer tanggal 24 Maret 2015. Sungmin masuk wajib militer tanggal 31 Maret 2015. Eunhyuk masuk wajib militer tanggal 13 Oktober 2015. Donghae masuk wajib militer tanggal 15 Oktober 2015. Siwon masuk wajib militer tanggal 19 November 2015. Ryeowook masuk wajib militer tanggal 11 Oktober 2016. Kyuhyun masuk wajib militer tanggal 25 Mei 2017