Dili
Bahkan di bawah kekuasaan Indonesia, saat bahasa Portugis dilarang, nama jalan berbahasa Portugis seperti "Avenida Marechal Carmona" tetap dipertahankan, meskipun sedikit ditambahkan awalan kata berbahasa Indonesia seperti "Jalan" atau 'road'. Gereja Katolik Roma di Motael dijadikan pusat perlawanan terhadap pendudukan Indonesia. Warisan dari pendudukan Jakarta adalah Gereja Dikandung Tanpa Noda, pusat Keuskupan Katolik Roma Díli, yang kemungkinan besar merupakan katedral terbesar di Asia Tenggara, dan 'Monumen Integrasi', untuk memperingati pencaplokan Indonesia di wilayah ini pada 1976. Menampilkan orang Timor Leste dalam pakaian tradisional, memecahkan borgol yang melingkari pergelangan tangannya, monumen tersebut masih belum dihancurkan.
Gereja Kristen Pemancar Injil Tarakan
Pada tahun 1934/1935 di daerah Bulongan terdapat tujuh jemaat dengan 3000-an orang Kristen. Untuk mempersiapkan kader penginjilan, pada tahun 1937 CMA mendirikan Sekolah Alkitab Persiapan (Preparetory Bible School ) di Tanjung Selor. Sebagai sarana transportasi penginjilan, pada tahun 1939 R. A Jaffray menghubungi CMA di Amerika untuk meminta sebuah pesawat terbang. Pada tahun itu juga orang-orang di Amerika Utara menyokong dan membelikan pesawat terbang PK-SAM.
Pada tahun 1951, jemaat dilingkungan CMA digabungkan mejadi tiga gereja daerah, yaitu Kemah Injil Gereja Masehi Indonesia Timur (KINGMIT), KINGMI Kalimantan Timur, dan Kalimantan Barat. Pada tahun 1956 CMA mengambil langkah penting dalam proses menuju kemandirian cabang-cabangnya yang berada di Indonesia. Pertama, tenaga luar negeri yang bekerja di wilayah ketiga gereja tersebut dinyatakan dibawah pengawasan pimpinan gerejanya. Kedua, pada akhir tahun 1956 tunjangan yang masih biasa diberikan kepada sejumlah besar pendeta Indonesia di hentikan.