Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Lamu
Kota Tua Lamu berasal setidak-tidaknya dari abad ke-17. Lamu merupakan sebuah negara kota berdaulat hingga tahun 1506, ketika Portugis menyerang kota dan kemudian mengendalikannya. Sampai tahun 1907, Lamu dikenal sebagai pasar budak. Pada tahun 2001, Lamu dimasukkan dalam Situs Warisan Dunia UNESCO.