Mustain Billah dari Banjar
Mataram meluaskan wilayah kekuasaannya dengan menaklukkan pantai utara Jawa, tahun 1625 menaklukkan Surabaya dan Sukadana, sehingga kesultanan Banjarmasin merasa akan diserang oleh Mataram. Keinginan Mataram menguasai Banjar pada tahun 1629 bertambah besar, karena menguasai Banjarmasin berarti menguasai perdagangan lada.
Pada masa itu kerajaan Banjarmasin berkembang sebagai negara maritim akibat dari perpindahan route perdagangan, melalui Makassar, Banjarmasin, Pattani, Tiongkok atau Makassar terus ke Banten dan India. Banjarmasin menggantikan kedudukan Gresik, setelah bandar-bandar di pantai utara Jawa dimusnahkan Mataram. Semaraknya pelabuhan di Banjarmasin disebabkan bantuan imigran Jawa yang menjadikan Banjarmasin sebagai pusat modal dan perkapalan mereka. Jung-jung diperlukan bagi perdagangan lada dan pelayaran.
Kabupaten Pamekasan
Terungkapnya sejarah pemerintahan di Pamekasan semakin ada titik terang setelah berhasilnya invansi Mataram ke Madura dan merintis pemerintahan lokal dibawah pengawasan Mataram. Hal ini dikisahkan dalam beberapa karya tulis seperti Babad Mataram dan Sejarah Dalem serta telah adanya beberapa penelitian sejarah oleh Sarjana barat yang lebih banyak dikaitkan dengan perkembangan sosial dan agama, khususnya perkembangan Islam di Pulau Jawa dan Madura, seperti Graaf dan TH. Pigeaud tentang kerajaan Islam pertama di Jawa dan Benda tentang Matahari Terbit dan Bulan Sabit, termasuk juga beberapa karya penelitian lainnya yang menceritakan sejarah Madura. Masa-masa berikutnya yaitu masa-masa yang lebih cerah sebab telah banyak tulisan berupa hasil penelitian yang didasarkan pada tulisan-tulisan sejarah Madura termasuk Pamekasan dari segi pemerintahan, politik, ekonomi, sosial dan agama, mulai dari masuknya pengaruh Mataram khususnya dalam pemerintahan Madura Barat (Bangkalan dan Pamekasan), masa campur tangan pemerintahan Belanda yang sempat menimbulkan pro dan kontra bagi para Penguasa Madura, dan menimbulkan peperangan Pangeran Trunojoyo dan Ke’ Lesap, dan terakhir pada saat terjadinya pemerintahan kolonial Belanda di Madura.