Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Perluasan Perbara
Selama Pertemuan Menteri ke-29 ASEAN yang diselenggarakan di Jakarta, di 1996, Menteri Luar Negeri Papua Nugini, Kilroy Genia menyatakan keinginan negaranya untuk lebih memperkuat interaksinya dengan ASEAN dengan mengusulkan agar Papua Nugini diberikan keanggotaan status anggota rekan yang permanen dengan ASEAN. Perdana Menteri Papua Nugini yang sekarang, Michael Somare menunjukkan selama kunjungannya ke salah satu negara anggota pendiri ASEAN, Filipina, pada 2009 bahwa negaranya siap dan mampu memenuhi semua persyaratan keanggotaan dalam kelompok regional ini..