Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Inkuisisi Goa
Inkuisisi Goa adalah kerja dari aksi Inkuisisi Portugis di India Portugis, dan wilayah-wilayah yang dikuasai Kekaisaran Portugis di Asia. Peristiwa tersebut dimulai pada 1560, memuncak pada 1774–1778, dan berakhir pada 1812. Berdasarkan pada catatan yang terselamatkan, H. P. Salomon dan Rabbi Isaac S.D. Sassoon menyatakan bahwa Inkuisisi tersebut dimulai pada 1561 dan ditiadakan untuk sementara pada 1774, sekitar 16,202 orang dihadapkan oleh pengadilan pada Inkuisisi tersebut. Dari jumlah ini, diketahui bahwa 57 dihukum mati; 64 lainnya dibakar.