Klasifikasi ilmiah
Tujuan klasifikasi makhluk hidup adalah untuk mempermudah mengenali, membandingkan, dan mempelajari makhluk hidup. Membandingkan berarti mencari persamaan dan perbedaan sifat atau ciri pada makhluk hidup.
Vitalisme
Vitalisme merupakan doktrin yang seringkali digunakan sebagai acuan pada zaman dahulu. Akan tetapi sekarang doktrin ini ditolak oleh para ilmuan aliran utama.
“organisme hidup secara mendasar berbeda dari wujud yang tidak hidup karena mereka mengandung beberapa elemen non-fisik atau dikendalikan oleh dasar yang berbeda yang mana bukan merupakan benda tidak bernyawa”.
Secara eksplisit vitalisme membawa asas vital, yang mana elemen tersebut seringkali mengacu kepada "vital spark", “energi”, atau “"élan vital"”, yang seringkali disamakan dengan “jiwa”.
Vitalisme memiliki sejarah yang panjang dalam filosofi kedokteran. Kebanyakan praktik penyembuhan tradisional mengemukakan bahwa penyakit merupakan hasil dari ketidakseimbangan energi vital yang dapat menyebabkan masalah di antara hal-hal hidup dan tidak hidup. Pada tradisi barat yang dikemukakan oleh Hippocrates, kekuatan vital ini berkaitan dengan watak dan hati. Pada tradisi Timur juga dikenal kekuatan serupa yang bernama qi dan prana. Seringkali hal ini dibandingkan dengan reduksionisme, yang ditentang oleh psikisialisme.Aliran Vitalisme ini juga sebuah perbuatan baik menurut aliran ini adalah orang yang kuat, dapat memaksakan dan menekankan kehendaknya agar berlaku dan ditaati oleh orang-orang yang lemah. Manusia hendaknya mempunyai daya hidup atau vitalitas untuk menguasai dunia dan keselamatan manusia tergantung daya hidupnya.
Vitalisme juga memandang bahwa kehidupan tidak sepenuhnya dijelaskan secara fisika, kimiawi, karena hakikatnya berbeda dengan yang tak hidup. Henry Bergson (1958-1941) menyebutkan Elan Vital. Dikatakan bahwa Elan Vital merupakan sumber dari sebab kerja dan perkembangan dalam alam. Asa hidup ini memimpin dan mengatur gejala hidup dan menyesuaikannya dengan tujuan hidup. Oleh karena itu Vitalisme sering juga dinamakan finalisme.
Vitalisme merupakan doktrin kuno yang dapat ditemui pada banyak kebudayaan kuno. Doktrin vitalistik murni dapat ditemukan pada Galen dari abad ke dua, seorang psikiater yang menjadi tabib bagi gladiator pada Pergamum. Ketika mempelajari tentang anatomi dari tubuh manusia, dia tidak percaya bahwa mahluk hidup dapat dijelaskan secara mekanis. Seperti Erasitratus, yang mempercayai bahwa kekuatan vital diserap dariudara melalui pernafasan.
Hal ini terjadi karena fungsi tubuh merupakan prinsip vitalistik yang telah ada di semua mahluk hidup yang bahkan sudah ada sejak zaman mesir kuno. Pemikiran vitalis telah mendapat tempat dalam pengobatan tradisional. Mereka mencoba untuk membangun model ilmiah yang bisa dilaksanakan sejak abad 17, saat hal itu masih diperdebatkan menjadi dua bentuk radikal yang berbeda, yang diteliti berdasarkan perilaku mereka berkaitan dengan panas. Kedua bentuk ini disebut dengan organik dan anorganik. Bahan anorganik apat dilelehkan, dapat juga dikembalikan ke bentuk semula dengan dihilangkan panasnya. Bahan organik “masak” ketika dipanaskan, berubah menjadi bentuk baru yang tidak dapat diubah ke bentuk semula. Masih diperdebatkan tentag keberadaan “"vital force"” (perbedaan yang mendasar antara kedua bahan) hanya ada pada bahan organik.
Menurut catatan perkembangan mikroskop di Belanda pada awal abad ke-17, teori kuman dan penyakit menantang 4 ilmu dasar di kedokteran barat, dimana komposisi sel organ dari anatomi manusia dan analisis molekuler tentang pemeliharaan kesehatan hidup secara perlahan-lahan menjadi semakin dimengerti. Pendapat itu mulai mengurangi kebutuhan akan penjelasan tentang “"vital force"”.
Meskipun demikian, konsep quasi-vitalist yang bermacam-macam masih digunakan oleh para ilmuwan untuk menjelaskan berbagai kejadian di kehidupan, perkembangan, dan pemikiran manusia.
Jons Jakob Berzelius, salah satu dari bapak kimia modern di awal abad ke-19. Meskipun dia menolak penjelasan mistik tentang kehidupan, dia berpendapat bahwa "regulative force" harus ada di dalam makhluk hidup untuk menjaga fungsi tubuhnya. Carl Reichenbach mengembangkan teori Odic Force, sebuah bentuk energi kehidupan yang dapat menyerap benda hidup yang lain. Konsep ini tidak mendapatkan dukungan jika bukan karena wibawa yang dimiliki Reinchenbach. Ketika fisiologi mulai dimengerti yang berkaitan dengan mekanisme fisik. Penjelasan penting mengenai fungsi tubuh mulai ditemukan satu demi satu. Penemuan terakhir yang ditemukan adalah tentang ginjal, tetapi penemuan ini gagal diakui setelah percobaan mengesankan oleh Homer Smith pada tahun 1930 yang memperagakan dengan jelas mekanisme filtrasi dan sekresi pada ginjal. Vitalisme sekarang ini menjadi istilah kuno dalam keilmuan dan sering digunakan sebagai istilah yang buruk. Ernst Mayr, asisten penemu filosofi sintesis evolusi dan kritikus vitalisme dan reduksisme, menulis pada tahun 2002 setelah perkembangan matematis tentang teori perilaku dan menyatakan:
Tokoh vitalis seperti Driesch, orang tersebut akan dipaksa untuk setuju dengan pendapatnya yang menyebutkan bahwa banyak permasalahan biologi tidak dapat diselesaikan dengan mudah hanya dengan filosofi Descartes, yang menurutnya organisme itu dikategorikan sebagai sebuah mesin. Jalan pemikiran seorang vitalis itu tanpa cela. Tetapi usaha mereka untuk menemukan jawaban ilmiah tentang fenomena vitalistik mengalami kegagalan. Menolak filosofi reduksisme tidak merugikan suatu penelitian. Tidak ada sistem komplek yang dapat dimengerti kecuali dengan melakukan penelitian. Bagaimanapun interaksi antar komponen harus dipertimbangkan begitu juga dengan bagian komponen yang terisolasi.