Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Muhammad Adnan
Muhammad Adnan menjadi anggota DPA RI pada tahun 1947. Muhammad Adnan, seorang ulama yang hanya berpendidikan pesantren tanpa pendidikan Barat dengan tanpa ditanya lebih dahulu diangkat menjadi anggota Lembaga Tinggi Negara, yaitu Dewan Pertimbangan Agung (DPA). Pemberitahuan pengangkatan itu hanya diketik diatas sehelai kartu pos cetakan Jepang, tertanggal 28 September 1945 dan ditandatangani Sekretaris Negara Mr. A.G. Pringgodigto.
Pada masa Revolusi segala-galanya memang sederhana, bahkan sangat sederhana. Anggota DPA mendapat uang kehormatan 200 rupiah per bulan. Ini berlaku bagi mereka yang tidak merangkap pegawai negeri. Mereka yang merangkap jabatan sebagai pegawi negeri hanya memperoleh uang duduk (uang sidang) 20 rupiah sehari dan uang harian 15 rupiah.
Kemudian menjadi anggota DPR di Jakarta pada tahun 1950 – 1955. Selain itu pada tahun 1956 – 1959 ia juga menjadi anggota Konstituante RI di Bandung hasil Pemilihan Umum pertama.
Pengalihan tugas dari DPA ke DPR menyebabkan Muhammad Adnan lebih banyak lagi berkecimpung dalam dunia politik. Karena Muhammad Adnan dulu diusulkan oleh Masyumi yang merupakan satu-satunya partai politik Indonesia yang didirikan berdasarkan keputusan muktamar Umat Islam di Yogyakarta pada tanggal 7 November 1945.