IAIN Surakarta
Lahirnya IAIN unggulan ini, diakui merupakan garis kontinum dari cita-cita Munawwir setelah dia sukses mendirikan Madrasah Aliyah Program khusus (MAPK) pada tahun 1987 dengan mengambil tempat di Padang Panjang, Sumatera Barat; Ciamis, Jawa Barat; Daerah Istimewa Yogyakarta; Ujung Pandang; Sulawesi Selatan; dan Jember, Jawa Timur. Beberapa tahun kemudian jumlahnya bertambah lima lagi, yaitu Banda Aceh, Lampung, Solo, Banjarmasin, dan Mataram. Para alumni dari proyek percontohan MAPK ini adalah bibit-bibit unggul yang harus segera ditampung pada pendidikan tingkat tinggi. Sebab, jika mereka meneruskan ke IAIN yang sudah ada dikhawatirkan mereka akan mengalami kemunduran, karena harus menyesuaikan diri dengan mahasiswa lain lulusan SLTA umum dan MAN yang tidak disiapkan secara khusus, kecuali lulusan SLTA yang dikelola oleh pesantren-pesantren yang berkualifikasi baik. Dari sinilah akhirnya lahir gagasan perlunya disiapkan IAIN unggulan yang dapat menampung mereka.
Madrasah Muallimin Muhammadiyah Yogyakarta
Materi kurikulum sekolah yang meliputi ilmu agama dan ilmu sekuler/umum menjadi satu wujud cita-cita dan eksperimen KH Ahmad Dahlan untuk mendamaikan dua kutub ilmu tersebut dalam sistem pendidikan Muhammadiyah. Versi lain menyebutkan bahwa latar belakang pendirian al-Qismu al-Arqo sangat sederhana. Sekolah ini didirikan menjawab tuntutan para alumnus Sekolah Rakyat sekolah ongko loro (sekarang SD) Muhammadiyah yang tidak bisa melanjutkan ke sekolah guru milik "gubernemen". Informasi ini diperkuat oleh artikel dalam Soeara Muhammadijah terbitan Januari 1922 yang menyebutkan al-Qismu al-Arqo sebagai sekolah kelanjutan sekolah kelas dua (ongko loro). Muhammadiyah beberapa kali mengajukan permohonan persamaan ijazah ke pemerintah kolonial Belanda dengan rekomendasi Boedi Oetomo, namun tidak juga diterima. Akhirnya KH. Ahmad Dahlan pada tahun 1918 mendirikan Madrasah al-Qismu al-Arqo sehingga para alumnus sekolah rakyatnya bisa melanjutkan sekolah. Di samping itu, mereka juga dapat membantu mengajar di sekolah-sekolah Muhammadiyah yang lain.