Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Melaka Portugis
Pada 1567, Pangeran Husain Ali I Riayat Syah dari Kesultanan Aceh mengerahkan angkatan perang laut untuk memaksa Portugis meninggalkan Malaka, namun serangan ini pun akhirnya gagal. Pada 1574 sebuah serangan gabungan dari Kesultanan Aceh dan pasukan Jawa dari Jepara kembali mencoba merebut Malaka dari Portugis, namun berakhir dengan kegagalan akibat kurangnya koordinasi.