Kota Jayapura
Batas Wilayah Kota Jayapura adalah sebagai berikut;
Topografi daerah cukup bervariasi, mulai dari dataran hingga landai dan berbukit/gunung ± 700 meter di atas permukaan laut. Kota Jayapura dengan luas wilayah 94.000 Ha yang terdiri dari 5 Distrik yaitu Distrik Jayapura Utara, Jayapura Selatan, Abepura, Heram dan Muara Tami:
Terdapat ± 30% tanah tidak layak huni, karena terdiri dari perbukitan yang terjal, rawa-rawa dan hutan lindung. Variasi curah hujan antara 45–255 mm/thn dengan jumlah hari hujan rata-rata bervariasi antara 148-175 hari hujan/thn. Suhu rata-rata 29 °C-31,8 °C. Musim hujan dan musim kemarau tidak teratur. Kelembaban udara rata-rata bervariasi antara 79%-81% di lingkungan perkotaan sampai daerah pinggiran kota.
Sungai Martapura
Daerah Aliran Sungai Martapura mempunyai luas 453,88 km atau 45.388 hektar, dengan sungai utamanya, yang keluar dari sungai Riam Kanan melewati kota Martapura, sepanjang 36.566 m, serta jika dihitung termasuk anak-anak sungainya mempunyai jumlah panjang 375,91 km, sehingga tingkat kerapatan sungainya 0.828 km/km. Beda tinggi dari Hulu ke Hilir adalah 8,00 m, sehingga diperoleh gradien sungai sebesar 0.022%. DAS Martapura adalah jenis DAS yang berbentuk paralel yang tersusun dari percabangan dua sub-DAS maupun sungai yang cukup besar di bagian hulu, tetapi menyatu di bagian hilirnya. DAS Martapura adalah sub-DAS dari DAS Barito yang merupakan bagian dari WS (Wilayah Sungai) Barito. Daerah hulunya adalah Waduk Riam Kanan.