Papua
UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua mengamanatkan nama provinsi ini untuk diganti menjadi Papua. Pada tahun 2003, disertai oleh berbagai protes (penggabungan Papua Tengah dan Papua Timur), Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (setahun kemudian menjadi "Papua Barat"). Bagian timur inilah yang menjadi wilayah Provinsi Papua pada saat ini.
Pulau Papua
Nama Irian digunakan dalam Bahasa Indonesia untuk mengacu terhadap pulau ini juga terhadap provinsi, sebagaimana "Provinsi Irian Jaya". Nama ini diusulkan pada tahun 1945 oleh Marcus Kaisiepo, saudara dari Gubernur yang akan datang Frans Kaisiepo. Nama ini diambil dari Bahasa Biak yang berarti "beruap", atau "semangat untuk bangkit". Nama ini juga digunakan dalam bahasa pribumi lain seperti Bahasa Serui, Bahasa Merauke dan Bahasa Waropen. Nama ini digunakan sampai tahun 2001 di mana pulau beserta provinsinya kembali dinamakan Papua. Nama "Irian" yang awalnya disukai oleh penduduk asli Papua, sekarang dianggap sebagai nama yang diberikan oleh Jakarta.