Mustain Billah dari Banjar
Mataram meluaskan wilayah kekuasaannya dengan menaklukkan pantai utara Jawa, tahun 1625 menaklukkan Surabaya dan Sukadana, sehingga kesultanan Banjarmasin merasa akan diserang oleh Mataram. Keinginan Mataram menguasai Banjar pada tahun 1629 bertambah besar, karena menguasai Banjarmasin berarti menguasai perdagangan lada.
Pada masa itu kerajaan Banjarmasin berkembang sebagai negara maritim akibat dari perpindahan route perdagangan, melalui Makassar, Banjarmasin, Pattani, Tiongkok atau Makassar terus ke Banten dan India. Banjarmasin menggantikan kedudukan Gresik, setelah bandar-bandar di pantai utara Jawa dimusnahkan Mataram. Semaraknya pelabuhan di Banjarmasin disebabkan bantuan imigran Jawa yang menjadikan Banjarmasin sebagai pusat modal dan perkapalan mereka. Jung-jung diperlukan bagi perdagangan lada dan pelayaran.
Kesultanan Mataram
Amangkurat I memindahkan lokasi keraton ke Plered (1647), tidak jauh dari Karta. Selain itu, ia tidak lagi menggunakan gelar sultan, melainkan "sunan" (dari "Susuhunan" atau "Yang Dipertuan"). Pemerintahan Amangkurat I kurang stabil karena banyak ketidakpuasan dan pemberontakan. Pada masanya, terjadi pemberontakan besar yang dipimpin oleh Trunajaya dan memaksa Amangkurat bersekutu dengan VOC. Ia wafat di Tegalarum (1677) ketika mengungsi sehingga dijuluki Sunan Tegalarum. Penggantinya, Amangkurat II (Amangkurat Amral), sangat patuh pada VOC sehingga kalangan istana banyak yang tidak puas dan pemberontakan terus terjadi. Pada masanya, kraton dipindahkan lagi ke Kartasura (1680), sekitar 5 km sebelah barat Pajang karena kraton yang lama dianggap telah tercemar.