Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Mochamad Adnan
Riwayat pekerjaan dari Prof. Dr. Ir. Mohammad Adnan, M.Sc. dimulai dari tahun 1959 sebagai dosen Fakultas Pertanian UGM. Pada tahun 1964-1966 dan 1966-1969 menjabat sebagai pembantu dekan dalam urusan administrasi keuangan di Fakultas Teknologi Pertanian. Pada tahun 1971-1975 menjabat sebagai Dekan di Fakultas Teknologi Pertanian UGM. Prof. Dr. Ir. Mohammad Adnan, M.Sc. menjabat pula sebagai Dekan Fakultas Pascasarjana UGM dari tahun 1982-1988. Pada tahun 1987-1989, Prof. Dr. Ir. Mohammad Adnan, M.Sc. diangkat menjadi pembantu rektor urusan akademik. Sejak tahun 1990-1994, Prof. Dr. Ir. Mohammad Adnan, M.Sc. menjabat sebagai Rektor Universitas Gadjah Mada. Tercatat pula sebagai anggota MPR dari tahun 1993-1998.