Operasi Seroja
Timor Leste berutang kekhasan teritorialnya dari pembagian Pulau Timor, dan kepulauan Indonesia secara keseluruhan, juga fakta bahwa wilayah itu dijajah oleh Portugis, bukan orang Belanda (kesepakatan membagi pulau antara dua kekuatan ditandatangani pada tahun 1915). Pemerintahan kolonial digantikan oleh Jepang selama Perang Dunia II, yang kemudian melahirkan gerakan perlawanan yang mengakibatkan kematian dari 60.000 orang Timor, atau 13 persen dari seluruh penduduk pada saat itu. Setelah perang, Hindia Belanda menjamin kemerdekaannya independen sebagai Republik Indonesia. Dan Portugis sementara itu kembali mendirikan kontrol atas Timor Timur. Ketika Timor Timur diserbu oleh Indonesia pada bulan Desember 1975, "beberapa sebelumnya terkait untuk menjadi bagian dari nusantara. Namun, sebagai bekas koloni Portugis, ia tidak memiliki pengalaman kolonial bersama seperti di daerah lain."
Minahasa
Bangsa Spanyol telah menjajah Kepulauan Filipina pada waktu itu dan Minahasa dijadikan perkebunan kopi yang didatangkan dari Amerika Selatan karena tanah Minahasa yang subur. Manado kemudian lebih dikembangkan oleh Spanyol untuk menjadi pusat perdagangan kopi bagi pedagang-pedagang Tiongkok. Dengan bantuan suku-suku Minahasa yang menjadi sekutu, Spanyol merebut benteng Portugis di Amurang pada 1550-an, dan kolonis Spanyol kemudian membangun benteng di Manado, sehingga akhirnya Spanyol menguasai seluruh Minahasa. Pada abad ke 16 salah satu komunitas Indo-Eurasia pertama di Nusantara muncul di Manado. Raja pertama Manado, Muntu Untu (1630) sebenarnya merupakan keturunan setengah Spanyol.