Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Boshin
Pada 27 Januari 1868 terjadi bentrokan antara pasukan keshogunan dan pasukan Chōshū di Toba dan Fushimi yang merupakan gerbang pintu masuk selatan ke Kyoto. Sebagian dari 15.000 tentara keshogunan dilatih oleh penasihat militer Perancis, namun sebagian besar di antaranya masih samurai tradisional. Pasukan Chōshū dan Satsuma kalah dalam jumlah dengan perbandingan 1 lawan 3, namun membawa senjata modern seperti howitzer merek Armstrong, senapan Minié, dan beberapa senapan Gatling. Setelah awal pertempuran tidak bisa menentukan pihak yang unggul, panji-panji kekaisaran pada hari kedua diserahkan ke pasukan pembela istana. Salah seorang saudara kaisar yang bernama Ninnajinomiya Yoshiaki ditunjuk sebagai penjabat panglima tertinggi sehingga tentara Chōshū dan Satsuma secara resmi menjadi tentara kekaisaran ("kan-gun"). Selain itu, beberapa daimyo lokal yang hingga saat itu masih setia terhadap shogun mulai berada di pihak istana setelah dibujuk oleh para pejabat istana. Di antara daimyo yang membelot terdapat daimyo dari Domain Yodo (5 Februari), daimyo dari Domain Tsu (6 Februari). Hasilnya berupa kekuatan militer pihak istana menjadi lebih kuat.