Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Insiden Honnoji
Begitu menerima kabar kematian Nobunaga, Hashiba Hideyoshi yang sedang mengepung benteng Takamatsu bertindak dengan cerdik, ia berusaha keras menyembunyikan berita itu dari pihak Mori dan tidak memperlihatkan kepanikan yang memancing perhatian musuh. Beberapa utusan Mitsuhide yang bermaksud memberitahukan kabar ini pada klan Mori berhasil ditangkap. Ia lalu mengadakan negosiasi damai dengan klan Mori dan buru-buru menuju ke Kyoto. Dalam perjalanan ia bertemu Niwa Nagahide dan Oda Nobutaka (putra ketiga Nobunaga) di Sakai, ia juga menghimpun para bawahan klan Oda sepanjang perjalanan yang dilaluinya untuk bersatu memerangi si pengkhianat, Mitsuhide. Tanggal 2 Juli 1582, ia mengalahkan Mitsuhide dalam Pertempuran Yamazaki. Mitsuhide terbunuh ketika hendak melarikan diri kembali ke Istana Sakamoto, versi lain menyebutkan ia bunuh diri dalam keputusasaannya.