Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu:
Oen Boen Ing
Sejak tahun 1944, dr. Oen diangkat sebagai dokter pribadi Istana Mangkunegaran. Beliau juga banyak membantu para pejuang kemerdekaan di Zaman Revolusi, bahkan memasok penisilin untuk Jenderal Sudirman yang menderita TBC.
Pada tahun 1951 yakni pada masa Orde Baru yayasan Tsi Sheng Yuan berkembang dan berubah menjadi RS Panti Kosala. , ketika Poliklinik Tsi Sheng Yuan dilepaskan dari HCTNH. Dr. Oen Boen Ing menganjurkan agar Tsi Sheng Yuan menjadi sebuah yayasan untuk menampung kegiatan poliklinik. Rumah sakit yang didirikan oleh Yayasan Tsi Sheng Yuan ini biasa disebut sebagai Rumah Sakit Kandang Sapi, karena pada 1954 rumah sakit ini dipindahkan ke daerah Kandang Sapi/Mojosongo (sampai sekarang) dan menjadi rumah sakit lengkap.