Naruto Shippuden
Naruto Shippuden adalah sebuah seri anime yang diadaptasi dari bagian II manga Naruto. Serial ini disutradarai oleh Hayato Date dan diproduksi oleh Studio Pierrot dan TV Tokyo. Pada bagian ini, pergerakan organisasi Akatsuki semakin terlihat. Naruto Shippuden juga telah dibuat versi "movie"-nya dengan judul "Naruto Shippuden The Movie" yang dirilis di Jepang pada Agustus 2007. Film ini menceritakan tentang usaha ninja jahat dalam membangkitkan Mouryou, roh jahat yang telah dikalahkan 20 tahun yang lalu. Setelah Naruto Shippuden The Movie dirilis, hadir pula Naruto Shippuden The Movie 2: Bond. Film ini menceritakan serangan kelompok ninja dari Negara Langit kepada Konoha. Kemudian Naruto Shippūden The Movie 3: Inheritors of the Will of Fire. Di sini diceritakan Konoha dituduh sebagai dalang penyebabnya para ninja dengan Kekkei Genkai menghilang dari Sunagakure, Kirigakure, Kumogakure dan Iwagakure. Di Indonesia, Naruto Shippuden sempat ditayangkan di Indosiar dan saat ini ditayangkan di GTV.
Road to Ninja: Naruto the Movie
Naruto Uzumaki dan rekannya di Konoha melacak dan menghadapi Akatsuki yang melarikan diri disaat pertempuran. Rekan-rekan Naruto dipuji oleh keluarga mereka sementara Naruto sendiri dalam kesepian. Malam itu, Sakura Haruno mengajak Naruto ke taman untuk berbicara tentang orangtuanya. Saat itu juga mereka berhadapan oleh Tobi yang dilacak Naruto ketika Akatsuki memberikan segel pada dirinya. Tobi kemudian menggunakan teknik dan membuat keduanya berada dalam kronologi yang nyata. Di sana, Naruto dikenal sebagai ; Orang tua Sakura adalah pahlawan yang membela Konoha dari Ekor sembilan dengan kehidupannya; semua rekan mereka memiliki kepribadian yang berlawanan; dan orang tua Naruto, Minato Namikaze dengan Kushina Uzumaki, dikatakan masih hidup. Tak lama setelah itu, Naruto dan Sakura ikut serta dalam misi untuk mengambil gulungan "Red Moon" yang berisi tentang cara untuk mengalahkan musuh dunia yang dikenal sebagai pria bertopeng. Selama dalam misi, Kushina terluka ketika dia melindungi Naruto.