Bencana alam
Walaupun perkembangan manajemen bencana di Indonesia meningkat pesat sejak bencana tsunami tahun 2004, berbagai bencana alam yang terjadi selanjutnya menunjukkan diperlukannya perbaikan yang lebih signifikan. Daerah-daerah yang rentan bencana alam masih lemah dalam aplikasi sistem peringatan dini, kewasapadaan risiko bencana dan kecakapan manajemen bencana. Sistem Peringatan Dini Tsunami Indonesia yang dimulai tahun 2005, masih dalam tahap pengembangan.
Banjir lumpur panas Sidoarjo
Pada 9 September 2006, Presiden Susilo Bambang Yudhoyono menandatangani surat keputusan pembentukan Tim Nasional Penanggulangan Semburan Lumpur di Sidoarjo, yaitu Keppres Nomor 13 Tahun 2006. Dalam Keppres itu disebutkan, tim dibentuk untuk menyelamatkan penduduk di sekitar lokasi bencana, menjaga infrastruktur dasar, dan menyelesaikan masalah semburan lumpur dengan risiko lingkungan paling kecil. Tim dipimpin Basuki Hadi Muljono, Kepala Badan Penelitian dan Pengembangan Departemen Pekerjaan Umum, dengan tim pengarah sejumlah menteri, diberi mandat selama enam bulan. Seluruh biaya untuk pelaksanaan tugas tim nasional ini dibebankan pada PT Lapindo Brantas. Namun upaya Timnas yang didukung oleh Rudi Rubiandini ternyata gagal total walaupun telah menelan biaya 900 miliar rupiah.