Seppuku
Kadang-kadang seorang daimyo memerintahkan musuh yang telah kalah untuk melaksanakan seppuku sebagai dasar sebuah perjanjian damai. Kemampuan militer dari klan musuh yang melakukan seppuku akan berkurang sehingga perlawanan militer berakhir secara efektif. Toyotomi Hideyoshi memerintahkan musuhnya untuk melakukan bunuh diri dalam beberapa peristiwa. Salah satu peristiwa yang paling dramatis adalah ketika klan Hōjō dikalahkannya dalam Pertempuran Odawara tahun 1590. Hideyoshi memaksa daimyo Hōjō Ujimasa yang sudah pensiun untuk melakukan seppuku dan pengasingan putra Ujimasa yang bernama Hōjō Ujinao. Kekuasaan klan Hōjō yang dikenal sebagai keluarga daimyo paling berpengaruh di Jepang Timur, secara praktis berakhir setelah Ujimasa melakukan seppuku.
Ronin
Pemerintah Bakufu melarang pengangkatan anak sebagai putra pewaris darurat ("matsugoyōshi"), akibatnya garis keturunan daimyo banyak yang terputus karena daimyo keburu meninggal tanpa memiliki putra pewaris. Keluarga daimyo yang tidak mempunyai putra pewaris terpaksa bubar dan samurai yang kehilangan tuannya berakhir sebagai ronin. Setelah pecahnya Pemberontakan Keian, pemerintah Bakufu berusaha memperbaiki kebijakan terhadap ronin. Pemerintah mengeluarkan berbagai kebijakan baru, seperti melonggarkan larangan mengangkat putra pewaris darurat, mengurangi jumlah daimyo yang dirampas wilayah kekuasaannya, dan meninjau kembali pembatasan wilayah permukiman ronin. Peluang ronin mencari majikan baru juga dibuka kembali. Walaupun sudah ada kebijakan baru, jumlah samurai yang menjadi ronin tidak juga bisa berkurang. Ronin-ronin baru terus bermunculan akibat perampasan wilayah kekuasaan para daimyo yang terus berlanjut.