Keshogunan Tokugawa
Keshogunan Tokugawa menjalankan pemerintah pusat dari Edo, sedangkan penguasa sah Jepang dipegang kaisar Jepang yang berkedudukan di Kyoto. Kebijakan pemerintahan dikeluarkan istana kaisar di Kyoto dan diteruskan kepada klan Tokugawa. Sistem ini berlangsung sampai kekuasaan pemerintah dikembalikan kepada kaisar pada zaman Restorasi Meiji.
Keshogunan Kamakura
Setelah klan Taira diusir dari Kyoto oleh Minamoto no Yoshinaka pada bulan Juli 1183, Yoshinaka dan pengikutnya mendukung Pangeran Hokuriku untuk naik tahta sebagai kaisar. Sementara itu, pasukan Yoshinaka bertindak kejam terhadap warga kota Kyoto. Perkembangan situasi membuat mantan Kaisar Go-Shirakawa mengundang Yoritomo untuk menguasai Kyoto. Sebagai jawaban, Yoritomo menuntut agar kepemilikan tanah sistem manorialisme di wilayah Tōkaidō, Tōsandō, dan Hokurikudō dikembalikan ke sistem lama yang disebut Kokushi. Sebagai penghormatan terhadap Yoshinaka, permintaan tersebut sedikit dilonggarkan dengan tidak memasukkan wilayah Hokurikudō yang dimiliki Yoshinaka. Permintaan tersebut disetujui dan secara "de facto", Yoritomo menjadi penguasa wilayah sebelah timur Jepang.