Ki Ageng Pamanahan
Ki Ageng Pamanahan (sebutan lainnya: Ki Gede Pamanahan atau Kyai Gede Mataram) adalah tokoh yang dianggap menurunkan raja-raja dinasti Mataram (Islam), menurut naskah "Babad Tanah Jawi" dan "Serat Kandha". Ia adalah keturunan orang-orang Sela (nama lama untuk Pati) yang hijrah ke Pajang dan pada tahun 1556 mendapat mandat oleh Sultan Adiwijaya (sultan Pajang waktu itu) untuk memimpin bumi Mataram sebagai bupati. Putranya, Bagus Srubut atau R.Ng. Sutawijaya, kelak menjadi orang pertama dari dinasti Mataram yang menguasai Kesultanan Mataram sebagai Panembahan Senapati.
Kerajaan Kalinyamat
Serangan besar ketiga terjadi pada tahun 1599, pasukan Panembahan Senopati dari Kerajaan Mataram datang menyerbu, ketika Pangeran Arya Jepara meninggalkan Jepara untuk membesuk ayahnya yaitu Maulana Hasanuddin (Sultan dari Kesultanan Banten) yang sedang sakit, Agaknya kali ini Jepara keteteran membendung serangan pasukan Kerajaan Mataram yang dahsyat. Maka tak ayal lagi, Kalinyamat yang merupakan ibukota Kerajaan Jepara bernasib serupa dengan ibukota Kesultanan Pajang yang berada di Kota Pajang. Jepara diduduki dan Kota Kalinyamat dihancurkan, Tidak ada kabar mengenai nasib keluarga penguasa dan orang-orang penting Jepara waktu itu. Sejak saat itu pula Jepara dipimpin oleh pejabat setingkat bupati yang ditunjuk oleh Kerajaan Mataram. Peristiwa ini terjadi pada tahun 1599 M yang meruntuhkan kekuasaan Kerajaan Kalinyamat yang di kenal dengan sebutan Bedhahe Kalinyamat. Kerajaan Mataram butuh waktu 9 tahun untuk menaklukan Jepara, yaitu dengan berkali-kali serangan kecil dan 3 kali serangan secara besar.