Dili
Bahkan di bawah kekuasaan Indonesia, saat bahasa Portugis dilarang, nama jalan berbahasa Portugis seperti "Avenida Marechal Carmona" tetap dipertahankan, meskipun sedikit ditambahkan awalan kata berbahasa Indonesia seperti "Jalan" atau 'road'. Gereja Katolik Roma di Motael dijadikan pusat perlawanan terhadap pendudukan Indonesia. Warisan dari pendudukan Jakarta adalah Gereja Dikandung Tanpa Noda, pusat Keuskupan Katolik Roma Díli, yang kemungkinan besar merupakan katedral terbesar di Asia Tenggara, dan 'Monumen Integrasi', untuk memperingati pencaplokan Indonesia di wilayah ini pada 1976. Menampilkan orang Timor Leste dalam pakaian tradisional, memecahkan borgol yang melingkari pergelangan tangannya, monumen tersebut masih belum dihancurkan.
Gereja Protestan di Indonesia
Gereja Protestan di Indonesia (disingkat GPI) lahir di Ambon, Maluku pada tahun 1605, dengan nama "De Protestantsche Kerk in Nederlandsch-Indie", atau lebih dikenal dengan "Indische Kerk". Tetapi pada tahun 1619 kantor pusatnya dipindahkan ke Batavia seturut dengan berpindahnya kedudukan Gubernur Jenderal ke Batavia. Gereja Protestan ini mewarisi jemaat-jemaat yang ditinggalkan oleh misi Portugis dan dikemudian hari karena pekerjaan misi maka pelayanannya semakin meluas. Wilayahnya meliputi beberapa daerah antara lain: Maluku, Minahasa, Kepulauan Sunda Kecil (sekarang: Nusa Tenggara Timur, termasuk Pulau Sumbawa), Jawa, Sumatera, dll.