Transmigrasi
Australia dari dulu mengabaikan atau membungkam suara orang-orang Papua Barat yang menuntut kemerdekaan dari Indonesia karena khawatir akan mengecewakan kekuatan militer terbesar di Asia Tenggara itu. Pada bulan Maret 2006, Indonesia menarik duta besarnya dari Australia karena Australia memberi visa pengungsi kepada 42 orang Papua Barat yang datang menggunakan kano kayu. Hubungan diplomatik baru normal kembali delapan bulan kemudian setelah Australia menandatangani perjanjian Lombok; isi perjanjian tersebut adalah gerakan kemerdekaan Papua Barat di Australia tidak akan digubris lagi. Australia masih terus membungkam aktivis Papua Barat setelah Perdana Menteri Tony Abbott berkata bahwa, "Australia tidak akan memberi tempat untuk melancarkan protes terhadap Indonesia". Australia juga telah menandatangani nota kesepahaman dengan Papua Nugini agar orang Papua Barat yang mengungsi ke Australia bisa dipindahkan ke Papua Nugini.
Buchtar Tabuni
Kekuasaan Indonesia atas provinsi Papua masih diperdebatkan sejak 1963 ketika negara ini mengambil alih provinsi tersebut dari Belanda. Sebuah gerakan separatis dibentuk dan memerangi pemerintah Indonesia selama lebih dari 40 tahun. Sepanjang periode tersebut, seperenam penduduk Papua meninggal akibat operasi militer. Warga Papua juga mempermasalahkan isu ekonomi. Mereka menyatakan bahwa eksploitasi sumber daya alam daerah hanya menguntungkan ibu kota Jakarta.