Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Uesugi Kenshin
Pada tahun 1561, pasukan Uesugi yang bermaksud merebut kembali Shinano lagi-lagi harus berhadapan dengan pasukan Takeda dalam Pertempuran Kawanakajima ke-4. Pertempuran berakhir tanpa ada pihak yang menang atau kalah. Pada akhirnya pasukan Uesugi hanya bisa menguasai sebagian wilayah Shinano bagian timur, sedangkan bekas wilayah kekuasaan klan Murakami dan klan Takanashi tidak berhasil direbut kembali. Pertempuran Kawanakajima yang ke-5 kembali terjadi pada tahun 1564, tetapi tidak juga bisa menentukan pihak yang menang atau kalah.