Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Pertempuran Toba-Fushimi
Walaupun pasukan Chōshū dan Satsuma kalah dalam jumlah, mereka dipersenjatai dengan senjata modern, seperti howitzer Armstrong, senapan Minié, dan sebuah senapan Gatling. Pasukan keshogunan agak tertinggal dalam soal perlengkapan, meski pasukan elite keshogunan baru saja selesai dilatih oleh misi militer Perancis untuk Jepang. Shogun juga mengandalkan pasukan yang disediakan oleh domain yang bersekutu dengan keshogunan. Namun pasukan dari domain sekutu keshogunan tidak selalu maju dalam hal perlengkapan dan teknik militer. Akibatnya, pasukan keshogunan terbentuk dari campuran tentara modern dan tentara ketinggalan zaman.