Keshogunan Tokugawa
Keshogunan Tokugawa menjalankan pemerintah pusat dari Edo, sedangkan penguasa sah Jepang dipegang kaisar Jepang yang berkedudukan di Kyoto. Kebijakan pemerintahan dikeluarkan istana kaisar di Kyoto dan diteruskan kepada klan Tokugawa. Sistem ini berlangsung sampai kekuasaan pemerintah dikembalikan kepada kaisar pada zaman Restorasi Meiji.
Pertempuran Teluk Miyako
Setelah menolak untuk tunduk kepada Pemerintah Meiji dalam Pertempuran Ueno dan Pertempuran Aizu, sisa-sisa tentara "Bakufu" yang loyal kepada Keshogunan Tokugawa melarikan diri ke utara untuk menduduki Pulau Hokkaido dan memproklamasikan Republik Ezo. Angkatan laut kekaisaran juga dilayarkan ke utara untuk memberi dukungan kepada pasukan invasi yang didaratkan di Hokkaido.