Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Hakodate, Hokkaido
Setelah Kono Kaganokami Masamichi meninggal dunia, putranya yang bernama Kono Suemichi beserta keluarganya terusir dari Hakodate hingga ke Kameda ketika terjadi Pemberontakan Ainu 1512. Sebagai akibatnya, selama 100 tahun berikutnya, catatan sejarah mengenai daerah ini hanya sedikit. Di Semenanjung Oshima terus menerus terjadi konflik kecil-kecilan dengan orang Ainu ketika pedagang bersenjata seperti keluarga Kono mendirikan basis mereka untuk menguasai perdagangan di kawasan ini. Konflik dengan orang Ainu memuncak pada perang tahun 1669 hingga 1672 yang dipimpin ksatria Ainu bernama Shakushain. Perang ini berakhir dengan kekalahan orang Ainu.