Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Pertempuran Kōshū-Katsunuma
Angkatan darat kekaisaran tiba di kubu Tokugawa di Kofu, Yamanashi, dan mendudukinya setelah menemui sedikit perlawanan. Pada 29 Maret 1868, pasukan kekaisaran bentrok dengan pasukan keshogunan di Pertempuran Katsunuma (sekarang termasuk wilayah Kōshū, Yamanashi). Setelah kalah jumlah 1 banding 10, pasukan keshogunan kalah dan menderita korban 179 tewas dan luka. Para tentara keshogunan yang selamat, termasuk pemimpin mereka Kondō Isami, berusaha melarikan diri ke Aizu melalui Provinsi Sagami yang masih dikuasai oleh "hatamoto" pendukung Keshogunan Tokugawa.