Indonesia
Kerajaan-kerajaan kecil mulai bermunculan sejak awal abad masehi. Kerajaan tertua yang diketahui berdasarkan penemuan terbaru adalah kerajaan Kandis, bukan kerajaan Kutai seperti anggapan kebanyakan orang selama ini. Berdasarkan penemuan-penemuan yang ada, kerajaan Kandis berada di pulau Sumatera, kira-kira di daerah Riau sekarang. Namun sayangnya, hanya sedikit yang diketahui dari kerajaan ini karena bukti-bukti dan catatan yang minim. Kerajaan-kerajaan penting lainnya di Sumatera adalah kerajaan Melayu Kuno atau kerajaan Jambi Kuno (berdiri sekitar abad ke-2 Masehi). Di Pulau Jawa, berdiri kerajaan Salakanegara, kerajaan Hindu pertama di Nusantara yang terletak di daerah sekitar Cianjur, Jawa Barat. Kerajaan Salakanegara mulai berdiri pada tahun 130 Masehi, kemudian berkembang menjadi kerajaan Tarumanegara pada tahun 358 Masehi. Kerajaan Kutai sendiri mulai berdiri di Kalimantan Timur pada tahun 350 Masehi, diikuti berdirinya dua kerajaan lain di Kalimantan Selatan, yaitu kerajaan Tanjungpuri dan kerajaan Nan Sarunai pada tahun 525 M. Di Sulawesi juga berdiri kerajaan-kerajaan kecil, diantaranya kerajaan Luwu di Sulawesi Tengah pada tahun 900 Masehi. Kerajaan-kerajaan awal lainnya adalah kerajaan Siang di Sulawesi Selatan dan kerajaan Suwawa di daerah Gorontalo.
Melaka Portugis
Sebagai pangkalan kerajaan niaga Kristiani Eropa pertama di Asia Tenggara, Malaka dikelilingi oleh banyak negara Muslim baru. Selain itu, akibat kontak awal yang tak bersahabat dengan kekuasaan Melayu setempat, Malaka Portugis harus berhadapan dengan sikap permusuhan yang sengit. Kota ini bertahan digempur peperangan bertahun-tahun yang dikobarkan sultan-sultan Melayu demi menyingkirkan orang-orang Portugis dan kembali menduduki negerinya. Sultan Mahmud beberapa kali berusaha merebut kembali ibu kota Malaka. Beliau mengimbau dukungan dari sekutunya Kesultanan Demak di Jawa yang, pada 1511, menanggapi dengan mengirimkan angkatan perang laut sebagai bala bantuan. Di bawah pimpinan Pati Unus, Sultan Demak, kerja sama Melayu–Jawa itu berakhir gagal dan sia-sia. Portugis balas menyerang membuat sultan terpaksa melarikan diri ke Pahang. Sultan kemudian bertolak ke Pulau Bintan, tempat beliau mendirikan ibu kota baru. Setelah memiliki pangkalan baru, sultan mulai menghimpun pasukan-pasukan Melayu yang tercerai-berai lalu mengatur sejumlah penyerbuan dan blokade untuk menggempur pihak Portugis. Serangan yang bertubi-tubi datangnya membuat Portugis sangat menderita. Pada 1521, untuk kedua kalinya, Demak melancarkan peperangan guna membantu Sultan Melayu merebut kembali Malaka, namun juga berakhir gagal untuk kedua kalinya, bahkan merenggut nyawa Sultan Demak sendiri. Beliau kelak dikenang sebagai "Pangeran Sabrang Lor" atau "Pangeran yang menyeberang (Laut Jawa) ke Utara (Semenanjung Malaya)". Serangan-serangan itu menjadikan Portugis yakin bahwa sultan yang tersingkir itu harus dibungkam. Berkali-kali Portugis berusaha menekan pasukan Melayu, namun barulah pada 1526 Portugis berjaya meluluhlantakkan Bintan. Sultan mundur ke Kampar di Riau, Sumatra, tempat beliau wafat dua tahun kemudian. Beliau meninggalkan dua putera: Muzaffar Shah, dan Alauddin Riayat Shah II.