Jepang
Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang "buke shohatto" untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan "sakoku" ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut "rangaku" (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai "kokugaku".
Perang Boshin
Pihak keshogunan juga bersiap menghadapi konflik bersenjata dengan memodernisasi kekuatan militer. Sejalan kebijakan duta besar Parkes, Inggris sebagai mitra militer utama, tidak mau memberi bantuan lebih lanjut kepada keshogunan. Oleh karena itu, kekuatan militer Tokugawa hanya mengandalkan penasihat militer dari Perancis. Keshogunan merasa puas atas prestise tentara Napoleon III yang telah berjaya di Perang Krimea dan Perang Kemerdekaan Italia II. Keshogunan mengambil langkah-langkah penting menuju pembangunan militer yang modern dan kuat, termasuk angkatan laut yang berintikan delapan kapal perang bertenaga uap yang telah dibangun sejak beberapa tahun, dan menjadikan angkatan laut Jepang terkuat di Asia. Pada 1865, Jepang membangun arsenal angkatan laut yang pertama di Yokosuka. Perancangnya adalah insinyur Perancis bernama Léonce Verny. Misi Militer Perancis untuk Jepang tiba di Jepang, Januari 1867 untuk melakukan reorganisasi tentara keshogunan dan membentuk pasukan elit. Jepang memesan kapal bekas Amerika Serikat, kapal perang berlambung besi buatan Perancis, CSS "Stonewall" yang pernah dipakai dalam Perang Saudara Amerika. Amerika Serikat mulanya menolak untuk menyerahkan kapal CSS Stonewall karena pihak Barat sudah menyatakan sikap netralnya. Pihak militer kekaisaran berhasil memperoleh CSS Stonewall setelah sikap netral Barat dicabut. Kapal tersebut dipakai dalam pertempuran di Hakodate dengan nama "Kōtetsu".