MA Al-Hikmah
Madrasah ini bernama Madrasah Aliyah Alhikmah 2 ( baca : MALHIKDUA SCHOOL). Lahir dari sebuah lembaga non formal yakni pondok pesantren. Secara resmi kelembagaan, MA Alhikmah 2 Benda mengajukan izin operasional mulai tahun 1990 ke Departemen Agama. Namun sebenarnya Madrasah ini sudah ada sejak 1981, yang kala itu masih bergabung dengan Madrasah Muallimin dan Muallimat. Seiring perkembangan siswanya ( th 1981) yang tidak memuaskan, maka pihak yayasan mencoba menempelkan label Negeri dengan maksud untuk menarik calaon siswa baru, maka jadilah pada tahun 1983 sampai dengan 1987 MA Alhikmah 2 menjadi Madrasah Aliyah Fillial MAN Babakan. Namun masa-masa ini tidak berlangsung lama, 1990 pihak pengelola mengajukan permohonan baru untuk pendirian MA Alhikmah 2 Swasta, dan pada tanggal 30 Oktober 1990 Departemen Agama mengeluarkan SK No. WK/5.d/210/Pgm/MA/1990 dengan jurusan A1,A2 ( Jurusan Agama dn IPS) . Jumlah siswa pada saat itu hanya sekitar 160 ( 90 Siswa jurusan Agama, 70 Siswa Jurusan IPS)Tahun 1994 merupakan tahun di mana Madrasah ini mengalami sekian banyak perubahan dan pengembangan yang antara lain :
IAIN Manado
Kelahiran STAIN Manado dilegalisasi dengan sebuah kekuatan hukum KEP. MENAG NO. 18 Tahun 1988 tanggal 5 Juli 1998. Sebelumnya perguruan tinggi ini masih berupa sebuah fakultas Syariah IAIN Alauddin di Manado yang dipimpin oleh Dekan Drs. M. Idris Ya’kub, Setelah itu kepemimpinan perguruan tinggi ini dipimpin oleh Drs. Ridwan Sarib. Pada tanggal 30 Juni 1997, berdasarkan KEPRES. No 11 Tahun 1997, Fakultas Syariah IAIN Alauddin kemudian dikembangkan menjadi Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Manado (STAIN). Berbagai program strategi yang dikembangkan oleh STAIN Manado terealisasi atas dasar argumen dan realita yaitu :
Setelah berjalan kurang lebih 18 tahun, tepat pada bulan Oktober tahun 2014 setelah melewati berbagai proses seleksi Kementerian Agama dan Menpan, akhirnya STAIN Manado di sahkan menjadi IAIN Manado. berselang empat bulan setelah SK IAIN Manado tepatnya tanggal 4 maret dilantiklah Dr. Rukmina Gonibala, M.Si sebagai Rektor Pertama IAIN Manado periode 2015 s.d 2019.