Jepang
Sepeninggal Hideyoshi, putra Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hideyori mewarisi kekuasaan sang ayah. Tokugawa Ieyasu memanfaatkan posisinya sebagai adipati bagi Hideyori untuk mengumpulkan dukungan politik dan militer dari daimyo-daimyo lain. Setelah mengalahkan klan-klan pendukung Hideyori dalam Pertempuran Sekigahara tahun 1600, Ieyasu diangkat sebagai shogun pada tahun 1603. Pemerintahan militer yang didirikan Ieyasu di Edo (kini Tokyo) disebut Keshogunan Tokugawa. Keshogunan Tokugawa curiga terhadap kegiatan misionaris Katolik, dan melarang segala hubungan dengan orang-orang Eropa. Hubungan perdagangan dibatasi hanya dengan pedagang Belanda di Pulau Dejima, Nagasaki. Pemerintah Tokugawa juga menjalankan berbagai kebijakan seperti undang-undang "buke shohatto" untuk mengendalikan daimyo di daerah. Pada tahun 1639, Keshogunan Tokugawa mulai menjalankan kebijakan "sakoku" ("negara tertutup") yang berlangsung selama dua setengah abad yang disebut periode Edo. Walaupun menjalani periode isolasi, orang Jepang terus mempelajari ilmu-ilmu dari Dunia Barat. Di Jepang, ilmu dari buku-buku Barat disebut "rangaku" (ilmu belanda) karena berasal dari kontak orang Jepang dengan enklave orang Belanda di Dejima, Nagasaki. Pada periode Edo, orang Jepang juga memulai studi tentang Jepang, dan menamakan "studi nasional" tentang Jepang sebagai "kokugaku".
Domain Satsuma
Klan Shimazu menguasai Provinsi Satsuma hampir selama empat abad hingga periode Edo dan dibentuknya sistem "han", menguasai hampir seluruh wilayah Pulau Kyushu hingga akhir abad ke-16. Setelah diperangi oleh Toyotomi Hideyoshi dalam Kampanye Kyushu 1587, klan Shimazu kembali ke wilayah asal mereka di Satsuma. Meskipun demikian, mereka tetap dikenal sebagai salah satu klan terkuat di Jepang. Klan Shimazu menderita kekalahan besar dalam Pertempuran Sekigahara, namun Shimazu Yoshihiro berhasil pulang ke Kagoshima. Berbeda dari klan-klan besar lainnya yang bertempur dan kalah di Sekigahara, klan Shimazu bertahan sebagai salah satu dari sedikit klan di Jepang yang memiliki kekuatan militer cukup besar untuk menahan ancaman invasi dari tentara Keshogunan Tokugawa. Tidak seperti sebagian besar klan yang wilayah kekuasaannya setelah diberi lalu dialihkan ke klan lain oleh keshogunan, klan Shimazu berhasil mempertahankan wilayah mereka dan memiliki otonomi yang besar.