John Frusciante
Pada awal tahun 1998, Red Hot Chili Peppers memberhentikan gitaris Dave Navarro dan berada di ambang pembubaran. Flea mengatakan kepada Kiedis, "satu-satunya cara yang bisa saya bayangkan agar dapat bertahan [dengan Red Hot Chili Peppers] adalah jika John kembali ke band." Dengan Frusciante bebas dari kecanduan dan penyakit, Kiedis dan Flea pikir itu adalah waktu yang tepat untuk mengundangnya kembali. Ketika flea mengunjunginya di rumahnya dan memintanya untuk bergabung kembali dengan band, Frusciante mulai menangis terisak-isak dan berkata, "tidak ada yang membuat saya lebih bahagia di dunia." Dengan Frusciante kembali pada gitar, Chili Peppers mulai merekam album mereka berikutnya,"Californication", yang dirilis pada tahun 1999. Kembalinya Frusciante memasukkan kembali komponen kunci dari sound Chili Peppers, begitu juga dengan semangat yang sehat. Dia membawa bersamanya pengabdian yang mendalam untuk musik, yang berdampak pada gaya rekaman band sepanjang album. Frusciante telah sering menyatakan bahwa pekerjaannya di "Californication" adalah favoritnya.
Flea
Flea dan Kiedis mengambil beberapa waktu untuk memulihkan diri mereka, namun memutuskan untuk bersama-sama mempertahankan band. Gitaris DeWayne "Blackbyrd" McKnight dan drummer D.H. Peligro dimasukkan, dan band masuk studio untuk merekam sebuah album baru. McKnight kemudian mulai menciptakan ketegangan di dalam grup, dimana gayanya tidak terhubung dengan seluruh anggota band. Peligro, mantan drummer dari band punk rock Dead Kennedys, adalah teman dari John Frusciante, seorang gitaris berusia delapan belas tahun dan merupakan penggemar berat Red Hot Chili Peppers. Peligro memperkenalkan d Frusciante ke Flea, dan bertiga mereka bermain bersama pada beberapa kesempatan. Flea terkesan dengan keahlian Frusciante, dan tercengang dengan pengetahuan gitaris itu akan daftar lagu Chili Peppers. Flea menyadari kalau Frusciante dapat menghadirkan percikan yang kurang pada McKnight. McKnight lalu diberhentikan dan Frusciante menerima sebuah undangan untuk bergabung dengan band. Peligro dalam waktu singkat kemudian diberhentikan; Chili Peppers memasukkan drummer Chad Smith sebagai penggantinya. Flea dan Zeviar mulai merenggang, dan dia mulai menciptakan kembali ingatan akan masa remajanya dengan sehari-hari mengisap ganja. The Chili Peppers masuk studio, dan menyelesaikan rekaman album keempat mereka, "Mother's Milk", pada awal tahun 1989. Pada perilisan, album tersebut mendapatkan reaksi yang bervariasi dari para kritikus, namun mendapatkan perhatian komersial yang lebih banyak, berada pada posisi lima puluh delapan di tangga lagu "Billboard" 200. Setelah ini, Flea muncul memainkan trumpet di album tahun 1988 Jane's Addiction "Nothing's Shocking", dan bass dalam album Young MC tahun 1989 yang mendapatkan pengakuan kritikal "Stone Cold Rhymin'". Dia juga muncul dalam video untuk "Bust a Move", hit single di album yang sama.