Restorasionisme
Kaum Restorasionis merasa tidak puas hanya dengan kerja sama antar-denominasi. Para pemimpin dari gerakan-gerakan ini tidak percaya bahwa Allah hanya berniat untuk mengemukkan lembaga-lembaga lama, dan melestarikan perpecahan-perpecahan lama, dengan kebangunan-kebangunan. Mereka menganggap kebangunan keagamaan yang baru sebagai fajar, atau setidak-tidaknya pembawa, zaman yang baru. Kaum Restorasionis berusaha mendirikan kembali atau memperbarui seluruh gereja Kristen berdasarkan pola yang mereka anggap ditetapkan dalam Perjanjian Baru. Mereka tidak menganggap penting kredo-kredo yang berkembang di sepanjang masa dalam Gereja Katolikis dan Protestani, yang mereka anggap telah mempertahankan Kekristenan tetap terpecah-belah. Sebagian lagi bahkan mengklaim bahwa Alkitab telah dipalsukan pada zaman dulu, sehingga membutuhkan koreksi.
Yohanes Calvin
Sekembalinya ke sana, berbekal wewenang untuk menyusun bentuk kelembagaan gereja, Calvin memulai program pembaharuannya. Ia menetapkan empat kategori dalam pelayanan gereja, dengan peranan dan kekuasaan yang berbeda-beda:Para pengkritik seringkali menganggap Konsistori sebagai lambang pemerintahan teokratis Calvin. Konsistori adalah sebuah peradilan gerejawi yang terdiri atas sejumlah penatua dan pendeta, yang diberikan kuasa untuk mempertahankan ketertiban di dalam gereja dan di antara para anggotanya. Pelanggaran merentang dari menyebarkan doktrin yang salah hingga pelanggaran moral, misalnya berdansa dengan liar dan menyanyi dengan buruk. Bentuk-bentuk penghukuman biasanya lunak—pelanggar dapat disuruh menghadiri khotbah-khotbah yang disampaikan secara terbuka atau kelas-kelas katekisasi. Perlu diingat konteks geopolitik yang lebih luas dari lembaga ini sebelum kita menilainya. Kaum Protestan pada abad ke-16 seringkali dikenai tuduhan oleh pihak Katolik bahwa mereka menciptakan doktrin-doktrin baru dan bahwa inovasi seperti itu mau tidak mau menyebabkan kemerosotan akhlak dan, pada akhirnya, kehancuran masyarakat itu sendiri. Calvin mengklaim bahwa ia ingin menegakkan legitimasi moral dari gereja yang diperbarui sesuai dengan programnya, namun juga meningkatkan kesehatan dan kesejahteraan individu, keluarga, dan masyarakat. Dokumentasi yang baru-baru ini ditemukan mengenai jalannya Konsistori memperlihatkan setidak-tidaknya perhatian terhadap kehidupan rumah tangga dan kaum perempuan pada khususnya. Untuk pertama kalinya kaum laki-laki yang serong dihukum sama kerasnya dengan kaum perempuan, dan Konsistori sama sekali tidak memperlihatkan toleransi terhadap pemukulan atau penyiksaan terhadap pasangan (khususnya istri). Peranan Konsistori ini kompleks. Badan ini membantu mentransformasikan Jenewa menjadi kota yang digambarkan oleh reformator Skotlandia John Knox sebagai "sekolah Kristus yang paling sempurna yang pernah ada di muka bumi sejak zaman para Rasul."