Penyakit paru obstruktif kronik
COPD mungkin perlu dibedakan dari penyebab-penyebab lain dari sesak nafas seperti gagal jantung kongestif, embolisme paru-paru, pneumonia atau pneumotoraks. Banyak orang yang menderita COPD secara keliru dikira menderita asma. Perbedaan antara asma dan COPD dibuat berdasarkan gejala-gejalanya, riwayat merokok, dan apakah pembatasan aliran udara bisa dipulihkan dengan bronkodilator di spirometri. Tuberkulosis bisa juga muncul dengan batuk kronis dan harus diperhatikan di lokasi-lokasi di mana penyakit ini umum ditemukan. Kondisi-kondisi yang tidak begitu umum juga bisa muncul termasuk displasia bronkopulmonari dan bronkiolitis obliteratif. Bronkitis kronis bisa muncul dengan aliran udara normal dan dalam situasi ini tidak diklasifikasikan sebagai COPD.
Atresia esofagus
Esophageal atresia adalah kelainan bawaan, yang berarti terjadi sebelum kelahiran. Ada beberapa jenisnya, kebanyakan berupa esofagus terputus dan tidak tersambung dengan esofagus bawa dan perut. Ujung esofagus bawah malah menyambung dengan saluran napas. Kondisi ini disebut tracheoesophageal fistula (TEF). Beberapa bayi dengan kondisi ini biasanya mengalami masalah lainnya, seperti gangguan jantung dan pencernaan.Sebelum kelahiran, pemeriksaan USG bisa memperlihatkan ketuban dalam jumlah terlalu banyak (poli hidramnion), yang bisa memperlihatkan tanda esophageal atresia atau penyakit lain terkait tersumbatnya saluran pencernaan. Kelainan ini juga biasanya terdeteksi sesaat setelah kelahiran saat proses menyusui dilakukan dan bayi langsung batuk, muntah, atau membiru. Begitu kondisi ini dicurigai sebagai esophageal atresia, saluran kecil dibuat dari mulut atau hidung ke perut oleh tenaga kesehatan prfesional, namun usaha ini tidak akan secara sempurna menyalurkan seluruh bahan makanan ke perut bayi.