Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Setelah beberapa lama berada di Provinsi Ise, Yoshimi mau bergabung kembali dengan Pasukan Timur setelah dibujuk oleh Katsumoto dan Shogun Yoshimasa. Namun Yoshimi kembali membelot dan bersembunyi di Gunung Hiei. Katsumoto yang telah beralih menjadi pendukung Yoshihisa berhasil mengucilkan Yoshimi dari segala kedudukannya di istana. Pada 19 Desember 1467, Pasukan Barat mengirim utusan ke Gunung Hiei untuk menjemput Yoshimi, dan mengangkatnya menjadi "shogun baru" dan secara terbuka menyatakan perang terhadap Pasukan Timur. Pasukan Barat waktu itu juga meminta bantuan dari sisa-sisa kekuatan Istana Selatan yang disebut Go-Nanchō.