Kabupaten Halmahera Selatan
Secara astronomi Kabupaten Halmahera Selatan terletak antara 126° 45’ BT dan 129° 30’ BT dan 0° 30’ LU dan 2° 00’ LS. Kabupaten merupakan wilayah kepulauan karena sebagain besar wilayahnya berupa pulau yang dikelilingi perairan yaitu Laut Maluku, Laut Halmahera, Laut Seram dan dipisahkan oleh selat. Daratan Kabupaten Halmahera Selatan seluas 8779,32 km2 (22%) dan luas lautan sebesar 31.484,40 km2 (78%). Ada enam pulau utama diantara pulau-pulau kecil di Kabupaten Halmahera Selatan yaitu Pulau Obi, Pulau Bacan, Pulau Makian, Pulau Kayoa, Pulau Kasiruta dan Pulau Mandioli. Sisanya berada di bagian selatan semenanjung Pulau Halmahera.
Wallacea
Wallacea adalah zona transisi antara daerah biogeografis Indo-Malaya Raya and Australasia. Jutaan tahun berada dalam relatif isolasi menghasilkan fauna endemik yang luar biasa untuk berkembang di sini. Kawasan Wallacea meliputi pulau-pulau Sulawesi (yang terbesar di kelompok ini), Lombok, Sumbawa, Flores, Sumba, Timor, Halmahera, Buru, Seram, serta banyak pulau-pulau kecil di antaranya. Secara umum dapat dikatakan bahwa kawasan Wallacea memuat seluruh Pulau Sulawesi, Nusa Tenggara, dan Maluku. Wilayah ini terletak di antara Paparan Sunda atau Dangkalan Sunda di barat, dan Paparan Sahul atau Dangkalan Sahul di timur. Total luas daratan kawasan Wallacea sekitar 347,000 km².