Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Keshogunan Muromachi
Keshogunan Muromachi secara langsung merekrut kelompok samurai dari wilayah Kanto dan Tohoku yang disebut Kyōto Fuchishū. Pada masa pemerintahan shogun Ashikaga Yoshinori, Kamakura Kubō generasi ke-4 yang bernama Ashikaga Mochiuji memimpin Pemberontakan Eikyō melawan keshogunan. Setelah Mochiuji diserang dan dihabisi, maka berakhir pula ambisi keshogunan untuk secara langsung menguasai provinsi-provinsi di bagian timur Jepang. Selanjutnya, putra Mochiuji yang bernama Ashikaga Shigeuji diangkat sebagai Kamakura Kubō yang baru. Namun, Shigeuji kembali melancarkan pemberontakan yang disebut Pemberontakan Kyōtoku. Ia melarikan diri ke Istana Kogawa di Provinsi Shimousa, dan menyebut dirinya sebagai Kogawa Kubō (shogun Kogawa). Keadaan daerah Kanto semakin kacau setelah klan Uesugi terpecah dua menjadi keluarga Yamanouchi Uesugi dan keluarga Ōgigayatsu Uesugi.