MA Al-Hikmah
Madrasah ini bernama Madrasah Aliyah Alhikmah 2 ( baca : MALHIKDUA SCHOOL). Lahir dari sebuah lembaga non formal yakni pondok pesantren. Secara resmi kelembagaan, MA Alhikmah 2 Benda mengajukan izin operasional mulai tahun 1990 ke Departemen Agama. Namun sebenarnya Madrasah ini sudah ada sejak 1981, yang kala itu masih bergabung dengan Madrasah Muallimin dan Muallimat. Seiring perkembangan siswanya ( th 1981) yang tidak memuaskan, maka pihak yayasan mencoba menempelkan label Negeri dengan maksud untuk menarik calaon siswa baru, maka jadilah pada tahun 1983 sampai dengan 1987 MA Alhikmah 2 menjadi Madrasah Aliyah Fillial MAN Babakan. Namun masa-masa ini tidak berlangsung lama, 1990 pihak pengelola mengajukan permohonan baru untuk pendirian MA Alhikmah 2 Swasta, dan pada tanggal 30 Oktober 1990 Departemen Agama mengeluarkan SK No. WK/5.d/210/Pgm/MA/1990 dengan jurusan A1,A2 ( Jurusan Agama dn IPS) . Jumlah siswa pada saat itu hanya sekitar 160 ( 90 Siswa jurusan Agama, 70 Siswa Jurusan IPS)Tahun 1994 merupakan tahun di mana Madrasah ini mengalami sekian banyak perubahan dan pengembangan yang antara lain :
MAN Babakan Lebaksiu
Periode 1982 s.d sekarang diganti oleh KH. Abdul Malik Mufti, namun beliau wafat tahun 2000 sehingga diteruskan oleh para cucunya.
Perkembangan selanjutnya, berdasarkan usulan permohonan penegerian MMA tertanggal 1 Maret 1968 yang ditandatangani oleh ketua pengasuh pondok pesantren Bapak KH. Isa Mufti dan Kepala MMA Bapak KH. Shofwan Mufti, BA., dan Surat Keputusan (SK) Menteri Agama Nomor 81 Tahun 1968, tertanggal 19 April 1968 TMT. 01 Januari 1968 maka Madrasah Menengah Atas (MMA) berubah menjadi Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) dengan Pejabat Sementara (PJs) Kepala terpilih atas nama Pejabat Kepala Inspeksi Pendidikan Agama Islam Kabupaten Tegal yaitu RM. Kholid, setengah tahun pesantren Babakan Tegal, walaupun sudah resmi penegerian di bawah naungan Departemen Agama. Sedangkan kondisi murid masih hanya kalangan santri dan masyarakat sekitarnya.
Pada akhir tahun pelajaran 1978/ 1980 MAAIN dengan izin Allah SWT memiliki tanah seluas 2.580 m² atas usaha dan kerja keras kepala sehingga dapat tanah bengkok carik, berkat tukar tambah terletak di sebelah timur Dukuh Babakan dengan tanah yang dibeli BP.3 MAAIN dengan luas 9.200 m² , kemudian dibangun 3 lokal dan 1 ruang kantor bantuan daru Departemen Agama.
Madrasah Aliyah Agama Islam Negeri (MAAIN) terus disandang sampai tahun 1975, berdasarkan , MAAIN berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri (MAN) TMT tertanggal, 1 Januari 1975.