Yesuit
Pada 14 Desember 1904, Van Lith, SJ membaptis 171 orang di Sendangsono, Muntilan, Jawa Tengah, setelah sebelumnya 4 orang dari desa Kalibawang dibaptis pada 20 Mei 1904. Van Lith juga membangun sekolah seminari menengah di Muntilan. Seminari ini akhirnya menghasilkan para imam Yesuit pertama dari Indonesia yang ditahbiskan antara tahun 1926–1928 yaitu F.X. Satiman, SJ, A. Djajasepoetra, SJ, dan Albertus Soegijapranata, SJ. Dengan keputusan Paus Pius XII pada tanggal 1 Agustus 1940 Vikariat Apostolik Semarang didirikan, dengan uskup pertamanya Albertus Soegijapranata, SJ, sebagai uskup pribumi Indonesia pertama. Seorang imam diosesan, Yustinus Darmojuwono, Pr. kemudian menggantikannya sebagai Uskup Agung Semarang sejak 1964 dan kemudian diangkat menjadi kardinal pertama dari Indonesia pada 26 Juni 1967. Yustinus Darmojuwono kemudian digantikan oleh Julius Darmaatmadja, SJ sebagai uskup agung Semarang dan kemudian menjadi uskup agung Jakarta dan diangkat sebagai kardinal kedua dari Indonesia.lalu digantikan oleh Ignatius Suharyo,Pr 29 Juni 2010.
Gereja Katolik di Indonesia
Pada permulaan abad ke-20 gereja Katolik berkembang pesat. Berawal babak baru dengan pembagian kerja di antara Ordo-ordo misionaris. Setiap ordo mendatangkan tenaga misionarisnya. Paus Leo XIII mendirikan Prefektur Apostolik baru di Maluku dan sekitarnya, dan menyerahkan pembinaannya kepada imam-imam Misionaris Hati Kudus (MSC) pada 22 Desember 1902. Tiga tahun kemudian, pada 1905 Paus Pius X membentuk Prefektur Apostolik Kalimantan dan pelayanannya diserahkan kepada Ordo Fransiskan Kapusin (OFMCap). Sumatera menyusul menjadi Prefektur Apostolik pada tahun 1911 dan diserahkan kepada Ordo Kapusin juga. Prefektur Apostolik Kepulauan Sunda Kecil didirikan pada 1913 dan diserahkan kepada Serikat Sabda Allah (SVD). Prefektur Apostolik Celebes berdiri pada tahun 1919 dan diserahkan kepada MSC.