Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Konflik Soga-Mononobe
Klan Soga kemudian mundur ke arah barat dan pada tanggal 3 Juli pasukan Soga akhirnya menyerah di daerah antara Gunung Shigi dan Gunung Ikoma. Legenda mengatakan bahwa pada saat ini Pangeran Shōtoku dari Klan Soga menebang pohon nuride suci, menggambarkan Empat Maharaja Langit dari agama Buddha, dan meletakkannya di dahinya. Shotoku dan Soga no Umako berjanji akan membangun sebuah kuil untuk Empat Maharaja Langit mereka dan memenangkan pertempuran. Dalam pertempuran terakhir , titik balik terjadi ketika seorang pemanah dari Klan Soga, bernama "Nihon Shoki" sebagai salah satu Tomi no Obito Ichii, melepas-tembakkan panah yang menewaskan pemimpin dari klan Mononobe, Mononobe no Moriya, yang setelah itu mereka mulai merebut pasukannya.