Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Pertempuran Istana Utsunomiya
Sebelumnya Domain Aizu memilih untuk menyerah dan lebih mengutamakan perundingan daripada perjuangan bersenjata. Namun domain ini jatuh ke dalam pengaruh pihak pemberontak setelah tibanya loyalis Keshogunan Tokugawa dalam jumlah besar yang mengundurkan diri dari Utsunomiya,
"...prajurit-prajurit keshogunan yang mendukung berlanjutnya perang, beramai-ramai mulai membongkar kemah mereka dan berangkat dari Edo menuju Aizu, sehingga mengharuskan Aizu mengubah sikapnya menjadi properang. Tokoh-tokoh seperti anggota senior dewan Saigō Tanomo dan menteri pertanian Kawahara Zenzaemon terus berusaha mencari kompromi dan kepatuhan [kepada kaisar], namun mereka tidak didengar, dan awan perang menyebar di atas Jepang timur laut..."