Keshogunan Tokugawa
Shogun juga menguasai secara langsung tanah di berbagai daerah di Jepang. Tanah milik shogun disebut "Bakufu Chokkatsuchi" yang sejak zaman Meiji disebut sebagai "Tenryō". Shogun memiliki tanah yang sangat luas, mencakup daerah-daerah yang sudah sejak dulu merupakan wilayah kekuasaan Tokugawa Ieyasu, ditambah wilayah rampasan dari para daimyo yang kalah dalam Pertempuran Sekigahara, serta wilayah yang diperoleh dari pertempuran musim panas dan musim dingin di Osaka. Di akhir abad ke-17, seluruh wilayah kekuasaan Tokugawa bernilai 4 juta koku. Kota perdagangan seperti Nagasaki dan Osaka, berbagai lokasi pertambangan seperti tambang emas di Sado termasuk ke dalam wilayah kekuasaan langsung shogun.
Zaman Nanboku-cho
Pada tahun 1336, Pasukan Ashikaga menaklukkan pasukan kekaisaran dalam Pertempuran Tatarahama di Kyushu. Kemenangan ini menjadikan Pulau Kyushu berada di bawah kekuasaan pasukan Ashikaga. Tahun berikutnya, setelah menerima perintah Kaisar Kōgon yang berasal dari faksi Jimyō-in, pasukan Ashikaga bergerak maju menuju Kyoto. Dalam Pertempuran Minatogawa, pasukan kekaisaran yang terdiri dari pasukan Nitta Yoshisada dan Kusunoki Masashige dikalahkan pasukan Ashikaga, sedangkan sisanya bertahan dan terkepung di Gunung Hiei. Perdamaian tercapai untuk sementara waktu antara Kaisar Go-Daigo dan Ashikaga Takauji. Setelah merampas Tiga Harta Suci dari kaisar, Ashikaga Takauji mendirikan kekaisaran Istana Utara ("Hokuchō") di Kyoto dengan Kaisar Komyō sebagai kaisar yang baru.