Mustain Billah dari Banjar
Mataram meluaskan wilayah kekuasaannya dengan menaklukkan pantai utara Jawa, tahun 1625 menaklukkan Surabaya dan Sukadana, sehingga kesultanan Banjarmasin merasa akan diserang oleh Mataram. Keinginan Mataram menguasai Banjar pada tahun 1629 bertambah besar, karena menguasai Banjarmasin berarti menguasai perdagangan lada.
Pada masa itu kerajaan Banjarmasin berkembang sebagai negara maritim akibat dari perpindahan route perdagangan, melalui Makassar, Banjarmasin, Pattani, Tiongkok atau Makassar terus ke Banten dan India. Banjarmasin menggantikan kedudukan Gresik, setelah bandar-bandar di pantai utara Jawa dimusnahkan Mataram. Semaraknya pelabuhan di Banjarmasin disebabkan bantuan imigran Jawa yang menjadikan Banjarmasin sebagai pusat modal dan perkapalan mereka. Jung-jung diperlukan bagi perdagangan lada dan pelayaran.
Kerajaan Kalinyamat
Ratu Kalinyamat tidak mempunyai anak oleh karena itu kemenakannya, yang dijadikan anak angkat, bernama Pangeran Jepara (anak Sultan Maulana Hasanudin dari Kesultanan Banten), menggantikannya sebagai penguasa Jepara. Pangeran, yang diberitakan pernah berusaha menduduki tahta Banten dan berhasil menduduki Bawean ini, berkuasa sampai tahun 1599. Kekuasaannya berakhir karena pasukan Panembahan Senopati dari Mataram datang menyerbu. Jepara diduduki dan kota Kalinyamat dihancurkan. Tidak ada kabar mengenai nasib keluarga penguasa dan orang-orang penting Jepara waktu itu. Sejak saat itu pula Jepara dipimpin oleh pejabat setingkat bupati yang ditunjuk oleh Kesultanan Mataram.