Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Takeda Shingen
Harunobu yang menjadi pewaris klan Takeda berhasil membentuk pemerintahan yang kuat berkat bantuan pengikutnya yang bernama Itagaki Nobukata dan Amari Torayasu. Harunobu kembali menghidupkan rencana penaklukan provinsi Shinano yang sudah dirintis sejak masa pemerintahan Nobutora. Harunobu turut campur dalam perang saudara antara anggota klan Suwa. Pada tahun 1542, Harunobu menguasai distrik Shuwa di Shinano setelah menewaskan Suwa Yorishige dengan bantuan Takatō Yoritsugu dari distrik Ina. Perselisihan antara Haronobu dan Yoritsugu kemudian terjadi akibat perbedaan pendapat soal wilayah kekuasaan. Pada tahun 1545, pasukan klan Takeda menyerang Istana Takatō. Dalam pertempuran ini, Harunobu berhasil menewaskan Takatō Yoritsugu, Ōi Sadataka dan Fujisawa Yorichika, sehingga Shinano bagian selatan seluruhnya berhasil ditaklukkan. Takeda Nobukata kemudian diangkat menjadi penguasa distrik Suwa.