Kota Ternate
Baabullah putra Khairun naik tahta menjadi Sultan. la lalu memobilisasi kekuatan menggempur Portugis di seluruh Maluku dan wilayah timur Indonesia. Setelah berperang selama lima tahun, pada 1575, Sultan Baabullah berhasil mengusir Portugis dari Ternate dan dari wilayah Maluku. Dalam sejarah Indonesia, ini merupakan kemenangan pertama bangsa-bangsa Nusantara melawan penjajah Eropa.
Melaka Portugis
Sekalipun demikian, seiring perlahan membaiknya hubungan, dan setelah Portugis membantu melawan gerombolan perompak Wokou di sepanjang pesisir Tiongkok, pada 1557 Dinasti Ming akhirnya mengizinkan orang-orang Portugis untuk menetap di Makau dalam sebuah koloni dagang Portugis yang baru. Kesultanan Melayu Johor turut pula memperbaiki hubungannya dengan Portugis, bahkan maju berperang bersama mereka melawan Kesultanan Aceh.