Apa yang dimaksud dengan Prokariota ?
Prokariota
Prokariota telah berdiversifikasi besar-besaran dalam waktu lama. Metabolisme prokariota jauh lebih bervariasi daripada eukariota, sehingga tercipta bermacam-macam tipe prokariota. Misalnya, di samping memakai fotosintesis atau senyawa organik sebagai energi, seperti halnya eukariota, prokariota mendapat energi dari senyawa anorganik seperti HS, sehingga membuat prokariota bisa bertahan di lingkungan yang sedingin permukaan salju Antartika, dan sepanas lubang hidrothermal dasar laut dan sumber air panas.
Prokariota
Sebagian besar prokariota berukuran 1 µm sampai 10 µm, tetapi ukurannya bisa beragam mulai 0.2 µm sampai 750 µm (Thiomargarita namibiensis).
Arkea
Arkea dan bakteri umumnya serupa dalam ukuran dan bentuk, meskipun beberapa arkea memiliki bentuk yang sangat aneh, seperti sel-sel datar dan berbentuk persegi dari "Haloquadratum walsbyi". Meskipun kesamaan visual mereka dengan bakteri, arkea memiliki gen dan beberapa jalur metabolik yang lebih serupa dengan yang dimiliki eukariota, terutama enzim yang terlibat dalam transkripsi dan translasi. Aspek lain dari biokimia arkea yang unik, seperti ketergantungan mereka pada lipid eter di membran sel mereka. Arkea menggunakan sumber energi lebih dari eukariota: berkisar dari senyawa organik, seperti gula, amonia, ion logam atau bahkan gas hidrogen. Arkea toleran-garam (Haloarchaea) menggunakan sinar matahari sebagai sumber energi, dan spesies lain dari arkea memfiksasi karbon; namun, tidak seperti tanaman dan cyanobacteria, tidak ada arkea yang melakukan semuanya. Arkea bereproduksi secara aseksual dengan pembelahan biner, fragmentasi, atau tunas; tidak seperti bakteri dan eukariota, tidak ada spesies yang dikenal membentuk spora.
Eukariota
Eukariota adalah organisme dengan sel yang memiliki nukleus dan organel bermembran lainnya.
Reproduksi aseksual
Sementara semua prokariota bereproduksi secara aseksual (tanpa pembentukan dan penggabungan sel gamet), mekanisme transfer gen lateral yang seperti konjugasi, transformasi, dan transduksi kadang-kadang disamakan dengan reproduksi seksual. Kurang lengkapnya reproduksi seksual relatif jarang terjadi di antara organisme multiseluler, terutama pada hewan.
Bakteri
Bakteri merupakan mikroorganisme ubikuotus, yang berarti melimpah dan banyak ditemukan di hampir semua tempat. Habitatnya sangat beragam; lingkungan perairan, tanah, udara, permukaan daun, dan bahkan dapat ditemukan di dalam organisme hidup. Diperkirakan total jumlah sel mikroorganisme yang mendiami muka bumi ini adalah 5x10. Bakteri dapat ditemukan di dalam tubuh manusia, terutama di dalam saluran pencernaan yang jumlah selnya 10 kali lipat lebih banyak dari jumlah total sel tubuh manusia. Oleh karena itu, kolonisasi bakteri sangatlah mempengaruhi kondisi tubuh manusia.
Terdapat beragam jenis bakteri yang mampu menghabitasi daerah saluran pencernaan manusia, terutama pada usus besar, diantaranya adalah bakteri asam laktat dan kelompok enterobacter . Contoh bakteri yang biasa ditemukan adalah "Lactobacillus acidophilus". Di samping itu, terdapat pula kelompok bakteri lain, yaitu probiotik, yang bersifat menguntungkan karena dapat menunjang kesehatan dan bahkan mampu mencegah terbentuknya kanker usus besar. Selain di dalam saluran pencernaan, bakteri juga dapat ditemukan di permukaan kulit, mata, mulut, dan kaki manusia. Di dalam mulut dan kaki manusia terdapat kelompok bakteri yang dikenal dengan nama metilotrof, yaitu kelompok bakteri yang mampu menggunakan senyawa karbon tunggal untuk menyokong pertumbuhannya. Di dalam rongga mulut, bakteri ini menggunakan senyawa dimetil sulfida yang berperan dalam menyebabkan bau pada mulut manusia.
Ameba
Ameba adalah genus yang dimiliki protozoa yang merupakan eukariota uniseluler (organisme dengan organel sel membran-terikat). Ameba namanya berasal dari kata Yunani "amoibe" yang berarti perubahan.
Bakteri
Bakteri (dari kata Latin "bacterium"; jamak: "bacteria") adalah kelompok organisme yang tidak memiliki membran inti sel. Organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik), serta memiliki peran besar dalam kehidupan di bumi. Beberapa kelompok bakteri dikenal sebagai agen penyebab infeksi dan penyakit, sedangkan kelompok lainnya dapat memberikan manfaat dibidang pangan, pengobatan, dan industri. Struktur sel bakteri relatif sederhana: tanpa nukleus/inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. Hal inilah yang menjadi dasar perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks.
Taksonomi
Perkembangan pengetahuan lebih lanjut memaksa dibuatnya takson baru di antara keenam takson yang sudah ada (memakai awalan 'super-' dan 'sub-'). Dibuat pula satu takson di atas Phylum, yaitu Regnum (secara harafiah berarti "Kingdom" atau Kerajaan) untuk membedakan Prokariota (terdiri dari Regnum Archaea dan Bacteria) dan Eukariota (terdiri dari Regnum Fungi atau Jamur, "Plantae" atau Tumbuhan, dan "Animalia" atau Hewan).
Precocial
Dalam ilmu biologi, hewan precocial adalah hewan yang relatif mandiri sejak lahir atau menetas, dan mereka juga memiliki organ tubuh yang lengkap yang memungkinkan mereka untuk bergerak dan mencari makan. Contoh hewan precocial adalah tukik (bayi penyu), bayi burung maleo, atau bayi kuda. Terdapat pula hewan yang sangat precocial yang disebut "superprecocial". Contohnya adalah burung-burung dari famili "Megapodiidae" yang bisa langsung terbang pada hari yang sama setelah mereka menetas.
Patogen
Bakteri yang termasuk dalam organisme prokariot selain memiliki kegunaan, juga bisa menimbulkan kerugian karena merupakan patogen yang umum pada mahluk hidup seperti manusia. Contohnya adalah bakteri patogen oportunis "Pseudomonas aeruginosa" yang dapat menginfeksi paru-paru sehingga dapat menimbulkan kematian. Selain "P. aeruginosa" bakteri patogen lain yang populer adalah "Staphylococcus aureus" yang adalah Mikroflora normal manusia pada permukaan kulit, mulut, dan hidung, namun pada saat sistem imun menurun, "S. aureus" akan bersifat patogen dan dapat menimbulkan penyakit seperti penggumpalan darah.
Arkea
Hubungan antara tiga domain adalah sangat penting untuk memahami asal usul kehidupan. Sebagian besar jalur metabolik, yang mencakup sebagian besar gen suatu organisme, yang umum antara Archaea dan Bacteria, sementara sebagian besar gen yang terlibat dalam ekspresi genom yang umum antara Archaea dan Eukarya. Di antara prokariota, struktur sel arkea paling mirip dengan bakteri gram positif, terutama karena keduanya memiliki lipid bilayer tunggal dan biasanya mengandung sakulus tebal dari berbagai komposisi kimia. Dalam beberapa pohon filogenetik berdasarkan urutan gen/protein yang berbeda dari homolognya prokariotik, homolog arkea lebih erat terkait dengan homolog dari bakteri gram positif. Arkea dan bakteri gram positif juga berbagi indels dilestarikan dalam sejumlah protein penting, seperti Hsp70 dan glutamin sintetase I; namun, filogeni dari gen ini ditafsirkan untuk mengungkapkan transfer gen interdomain, dan mungkin tidak mencerminkan hubungan organisme.
Kehidupan
Sebagaimana penemuan baru memungkinkan kita untuk mempelajari sel dan mikroorganisme, kelompok baru kehidupan ditemukan, dan bidang ilmu biologi sel dan mikrobiologi diciptakan. Organisme baru ini awalnya dijelaskan secara terpisah dalam protozoa seperti hewan dan protofita / thalofita sebagai tumbuhan, tetapi dipersatukan oleh Ernst Haeckel dalam kerajaannya protista, kemudian kelompok prokariota dipisahkan dalam kerajaan Monera, dan akhirnya kerajaan ini akan dibagi dalam dua kelompok terpisah, bakteri dan Archaea, yang mengarah ke sistem enam kerajaan dan akhirnya ke sistem tiga domain saat ini.
Fosforilasi oksidatif
Berbeda dengan banyaknya kemiripan dalam struktur dan fungsi rantai transpor elektron pada eukariota, bakteri dan arkaea memiliki banyak jenis enzim transfer elektron yang sangat bervariasi. Enzim-enzim yang bervariasi ini pula menggunakan senyawa kimia yang bervaruasi sebagai substrat. Walau demikian, terdapat kesamaan dengan rantai transpor elektron eukarita, yaitu transpor elektron prokariotik juga menggunakan energi yang dilepaskan dari oksidasi substrat untuk memompa ion keluar masuk membran dan menghasilkan gradien elektrokimia. Fosforilasi oksidatif bakteri, utamanya bakteri "Escherichia coli" telah dipahami secara mendetail, manakala pada arkaea, hal ini masih belum dipahami dengan baik.
Replikasi DNA
Replikasi DNA kromosom prokariota, khususnya bakteri, sangat berkaitan dengan siklus pertumbuhannya. Daerah ori pada "E. coli", misalnya, berisi empat buah tempat pengikatan protein inisiator DnaA, yang masing-masing panjangnya 9 pb. Sintesis protein DnaA ini sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri sehingga inisiasi replikasi juga sejalan dengan laju pertumbuhan bakteri. Pada laju pertumbuhan sel yang sangat tinggi; DNA kromosom prokariota dapat mengalami reinisiasi replikasi pada dua ori yang baru terbentuk sebelum putaran replikasi yang pertama berakhir. Akibatnya, sel-sel hasil pembelahan akan menerima kromosom yang sebagian telah bereplikasi.
Deuterium
Deuterium dapat menggantikan hidrogen normal dalam molekul air untuk membentuk air berat, yang 10,6% lebih padat daripada air biasa (es yang terbuat darinya akan tenggelam di air biasa). Air berat cukup beracun bagi organisme eukariota, dimana penggantian 25% air di dalam tubuh dengan air berat dapat menyebabkan masalah pembelahan sel dan kemandulan, 50% penggantian menyebabkan kematian yang disebabkan oleh sindrom sitotoksik (kegagalan sumsum tulang dan pelapisan gastrointestinal). Organisme prokariota masih mampu untuk bertahan dalam air berat murni (meskipun dengan pertumbuhan yang lambat). Konsumsi air berat bukan merupakan ancaman bagi manusia kecuali dalam jumlah yang sangat besar (melebihi 10 liter). Dosis kecil air berat (beberapa gram adalah jumlah yang sebanding dengan yang ada di dalam tubuh) secara rutin digunakan sebagai pelacak metabolis yang tak berbahaya bagi manusia dan binatang.
Arkea
Arkea atau archaea (tunggal "archaeon") merupakan satu domain atau kerajaan mikroorganisme bersel satu. Mikroba-mikroba ini adalah prokariota, berarti mereka tidak memiliki inti sel atau organel dibatasi-membran lainnya di dalam selnya.
Mitosis
Mitosis terjadi hanya pada sel eukariot. Pada organisme multisel, sel somatik mengalami mitosis, sedangkan sel kelamin (yang akan menjadi sperma pada jantan atau sel telur pada betina) membelah diri melalui proses yang berbeda yang disebut meiosis. Sel prokariot yang tidak memiliki nukleus menjalani pembelahan yang disebut pembelahan biner.
Arkea
Sebuah superfilum - TACK - telah diusulkan yang mencakup Thaumarchaeota, Aigarchaeota, Crenarchaeota, dan Korarchaeota. Superfilum ini mungkin terkait dengan asal usul eukariota. Baru-baru ini, superfilum Asgard telah dinamai dan diajukan sebagai lebih dekat dengan eukariota asli dan merupakan kelompok saudari dari TACK.
Evolusi
Walaupun terdapat ketidakpastian bagaimana kehidupan bermula, adalah umumnya diterima bahwa prokariota hidup di bumi sekitar 3–4 miliar tahun yang lalu. Tidak terdapat perubahan yang banyak pada morfologi atau organisasi sel yang terjadi pada organisme ini selama beberapa miliar tahun ke depan.
Peptida antimikrobial
Peptida antimikrobial adalah komponen yang telah berevolusi dan terdapat secara permanen pada sistem imun bawaan dan ditemukan di seluruh kelas kehidupan. Perbedaan mendasar terdapat pada sel prokariot dan eukariot, yaitu yang merupakan target dari peptida antimikrobial. Peptida ini merupakan spektrum antibiotik yang luas. Peptida antimikrobial terbukti mampu membunuh bakteri gram positif dan bakteri gram negatif, termasuk strain yang yang resisten terhadap antibiotik konvensional, mycobacteria, virus yang terbungkus kapsul, jamur, dan bahkan sel kanker. Tidak seperti kebanyakan antibiotik konvensional, peptida antimikrobial dapat meningkatkan kekebalan dengan berfungsi sebagai immunomodulator.
Virus
Istilah "virus" biasanya merujuk pada partikel-partikel yang menginfeksi sel-sel eukariota (organisme multisel dan banyak jenis organisme sel tunggal), sementara istilah "bakteriofag" atau "fag" digunakan untuk jenis yang menyerang jenis-jenis sel prokariota (bakteri dan organisme lain yang tidak berinti sel).
Prokariota
Prokariota juga hanya mengandung satu lingkaran DNA kromosomal yang stabil, tersimpan dalam nucleoid, sedangkan DNA dalam eukariota ditemukan dalam kromosom yang tertutup rapat dan terorganisasi. Meskipun beberapa eukariota memiliki struktur DNA satelit bernama plasmid, biasanya plasmid identik dengan prokariota, dan banyak gen penting dalam prokariota tersimpan dalam plasmid.
Fosforilasi oksidatif
Perbedaan utama antara fosforilasi eukariotik dengan fosforilasi oksidatif prokariotik adalah bahwa bakteri dan arkaea menggunakan banyak senyawa-senyawa yang berbeda untuk menerima dan mendonor elektron. Hal ini sebenarnya mengizinkan prokariota untuk hidup dan tumbuh dalam berbagai jenis kondisi dan lingkungan. Pada "E. coli", sebagai contohnya, fosforilasi oksidatif dapat didorong oleh sejumlah besar pasangan reduktor dan oksidator (lihat tabel di bawah). Potensial titik tengah suatu senyawa kimia mengukur seberapa banyak energi yang dilepaskan ketika ia dioksidasi maupun direduksi, dengan reduktor memiliki potensial negatif dan oksidator positif.
Prokariota
Riset terbaru menunjukkan bahwa semua prokariota memiliki sitoskeleton yang lebih primitif daripada sitoskeleton eukariota. Di samping homologi dari aktin dan tubulin (MreB dan FtsZ) komponen dari flagela yang tersusun helix, bernama flagellin, adalah salah satu dari protein sitoskeletal dari bakteri yang paling penting sebagai penyedia latar belakang struktural dari kemotaksis, respons fisiologis sel yang dasar dari bakteri. Paling tidak, beberapa prokariota juga mengandung struktur intrasel, yaitu berupa organela primitif. Organela membran (atau membran antar sel) terdapat di beberapa prokariota seperti vakuola dan sistem membran yang dipakai khusus untuk metabolisme, seperti fotosintesis atau kemolithotrofi. Beberapa spesies juga mengandung mikrokompartemen yang disertai protein yang memiliki peran fisiologis tertentu (misal, karboksisom atau vakuola udara).
Sistem modifikasi restriksi
Sistem modifikasi restriksi (, disingkat "RM system") dapat ditemui pada bakteri dan organisme-organisme prokariota lainnya, dan sistem ini berfungsi sebagai pertahanan dari DNA asing (contohnya adalah bakteriofag).
Proterozoikum
Proterozoikum adalah eon yang mewakili suatu periode sebelum merebaknya kehidupan kompleks pertama di muka Bumi. Masa ini berlangsung antara 2500 sampai 542 (± 1) juta tahun yang lalu dan merupakan tadinya merupakan bagian dari masa Prekambrium. Proterozoikum didahului oleh eon Arkean dan dilanjutkan oleh Fanerozoikum dan terdiri dari tiga era yang berturut-turut dari yang paling tua: Paleoproterozoikum, Mesoproterozoikum, dan Neoproterozoikum.
Bryozoa
Bryozoa, disebut juga Polyzoa, atau Ectoprocta atau secara umum disebut sebagai hewan lumut, adalah filum hewan invertebrata air. Biasanya panjangnya sekitar 0,5 milimeter (0,020 in), mereka pengumpan filter yang menyaring partikel makanan dari air menggunakan lofofor yang dapat ditarik, sebuah "mahkota" dari tentakel dilapisi dengan silia. Kebanyakan spesies laut hidup di perairan tropis, tetapi beberapa hidup di palung samudera, dan lain-lain yang ditemukan di perairan kutub. Satu kelas hanya hidup di berbagai lingkungan air tawar, dan beberapa anggota dari kelas sebagian besar laut lebih suka air payau. Lebih dari 4.000 spesies hidup diketahui. Satu genus adalah soliter dan sisanya kolonial.
Prokariota
Berikut ini 4 bentuk dasar prokariota:
Otto Kandler
Dengan Carl Woese Kandler mengusulkan perubahan dari pandangan sebelumnya dari organisme hidup sebagai sistem dua-empire Prokariota dan Eukariota untuk sistem tiga domain dari domain Eukaryota, Bacteria dan Archaea. Sementara bakteri dan arkea tampak mirip dalam bentuk dan struktur, Woese, Kandler dan Wheelis menunjukkan bahwa mereka secara genetik sangat berbeda. Mereka menunjukkan hal ini melalui analisis RNA ribosomal.
Kromatin
Asam deoksiribonukleat merupakan bahan genetik yang pembuktiannya pertama kali dilakukan oleh Frederick Griffith pada tahun 1928 yaitu dengan transformasi pada bakteri "Streptococcus pneumoniae". Bahan genetik ini pada eukariota selain dijumpai pada inti sel juga dijumpai di dalam organel yang lain, misalnya pada mitokondria dan kloroplas. Prokariota seperti bakteri umumnya memiliki kromosom sirkuler tunggal meskipum ada beberapa bakteri yang memiliki molekul asam deoksiribonukleat tambahan berupa plasmid.
Pembelahan sel
Pembelahan sel pada prokariota dikenal dengan nama pembelahan biner. Pembelahan yang dimaksud betujuan untuk kepentingan reproduksi. Sel yang dihasilkan adalah sel anak yang memiliki otonomi sendiri. Pembelahan sel pada eukariota ada dua jenis, yaitu mitosis dan meiosis. Mitosis menghasilkan sel anak yang dapat membelah lagi, sedangkan meiosis mengubah suatu sel menjadi suatu gamet yang tidak dapat membelah lagi hingga fertilisasi.
Sel (biologi)
Pada sel prokariota (dari bahasa Yunani, "pro", 'sebelum' dan "karyon", 'biji'), tidak ada membran yang memisahkan DNA dari bagian sel lainnya, dan daerah tempat DNA terkonsentrasi di sitoplasma disebut "nukleoid". Kebanyakan prokariota merupakan organisme uniseluler dengan sel berukuran kecil (berdiameter 0,7–2,0 µm dan volumenya sekitar 1 µm) serta umumnya terdiri dari selubung sel, membran sel, sitoplasma, nukleoid, dan beberapa struktur lain.
Prokariota
Bumi adalah satu-satunya tempat ditemukannya kehidupan, tetapi beberapa ilmuwan berpendapat bahwa ada bukti kehidupan/fosil prokariota di Mars; tetapi pendapat ini masih menjadi skeptisisme dan debat yang dipertimbangkan.
Protoplasma
Protoplasma terdiri dari campuran molekul kecil seperti ion, asam amino, monosakarida dan air, dan makromolekul seperti asam nukleat, protein, lipid dan polisakarida. Pada eukariota protoplasma yang mengelilingi inti sel dikenal sebagai sitoplasma dan bahwa di dalam inti sebagai nukleoplasma tersebut. Dalam prokariota bahan di dalam membran plasma adalah sitoplasma bakteri, sementara di bakteri gram negatif wilayah di luar membran plasma tetapi di dalam membran luar periplasma tersebut.
Tetrapodomorpha
Tetrapodomorpha (juga dikenal sebagai Choanata [1]) adalah klade vertebrata yang terdiri dari tetrapoda (vertebrata berkaki empat) dan kerabat sarcopterygia terdekat mereka yang lebih dekat hubungannya dengan tetrapoda hidup daripada ikan lungfish hidup. Bentuk lanjutan peralihan antara ikan dan labirin awal, seperti Tiktaalik, telah disebut sebagai "fishapods" oleh penemunya, setengah ikan, setengah tetrapoda, dalam bentuk dan morfologi anggota badan. Tetrapodomorpha mengandung mahkota mahkota tetrapoda (nenek moyang terakhir dari tetrapoda hidup dan semua keturunannya) dan beberapa kelompok tetrapoda awal, yang mencakup beberapa kelompok ikan bersirip lobus terkait, yang secara kolektif dikenal sebagai osteolepiform. Tetrapodamorpha dikurangi kelompok mahkota Tetrapoda adalah Batang Tetrapoda, unit paraphyletic yang mencakup ikan hingga transisi tetrapod.
Arkea
Beberapa euryarchaeota adalah metanogen yang hidup di lingkungan anaerobik, seperti rawa-rawa. Bentuk metabolisme ini berkembang awal, dan bahkan mungkin bahwa organisme hidup bebas pertama adalah metanogen. Reaksi umum melibatkan penggunaan karbon dioksida sebagai akseptor elektron untuk mengoksidasi hidrogen. Metanogenesis melibatkan berbagai koenzim yang unik untuk arkea ini, seperti koenzim M dan metanofuran. Senyawa organik lain seperti alkohol, asam asetat atau asam format yang digunakan sebagai alternatif akseptor elektron oleh metanogen. Reaksi-reaksi ini sering terjadi pada arkea yang tinggal di usus. Asam asetat juga dipecah menjadi metana dan karbon dioksida secara langsung, oleh arkea "asetotrofik". Asetotrof ini arkea dalam ordo Methanosarcinales, dan merupakan bagian utama dari komunitas mikroorganisme yang menghasilkan biogas.
Arkea lainnya menggunakan di atmosfer sebagai sumber karbon, dalam proses yang disebut fiksasi karbon (mereka autotrof). Proses ini melibatkan baik bentuk yang sangat termodifikasi dari siklus Calvin atau jalur metabolik yang baru ditemukan disebut siklus 3-hidroksipropionat/4-hidroksibutirat. Crenarchaeota juga menggunakan siklus Krebs terbalik sementara euryarchaeota juga menggunakan jalur reduktif asetil-KoA. Fiksasi karbon ini didukung oleh sumber energi anorganik. Tidak ada arkea yang diketahui melakukan fotosintesis. Sumber energi arkea sangat beragam, dan berkisar dari oksidasi amonia oleh Nitrosopumilales sampai oksidasi hidrogen sulfida atau unsur belerang oleh spesies "Sulfolobus", baik menggunakan oksigen atau ion logam sebagai akseptor elektron.
Sel (biologi)
Setiap organisme tersusun atas salah satu dari dua jenis sel yang secara struktur berbeda: sel prokariotik atau sel eukariotik. Kedua jenis sel ini dibedakan berdasarkan posisi DNA di dalam sel; sebagian besar DNA pada eukariota terselubung membran organel yang disebut nukleus atau inti sel, sedangkan prokariota tidak memiliki nukleus. Hanya bakteri dan arkea yang memiliki sel prokariotik, sementara protista, tumbuhan, jamur, dan hewan memiliki sel eukariotik.
Siklus sel
Pada eukariota, berbagai aktivator () diperlukan sebagai persiapan untuk memasuki fase S guna melakukan replikasi DNA, pada prokariota, hanya terdapat aktivator tunggal. Fasa S dimulai dengan terjadinya paparan pulsa () dengan [H].timidina pada sel, kemudian terjadi paparan lanjutan () non-radioaktif dengan timidina "dingin". Kedua prosedur tersebut menghasilkan beberapa titik replikasi yang mulai tampak terjadi pada beberapa kromosom pada rantai ganda DNA.
Choanoflagellatea
Choanoflagellatea adalah grup eukariota berflagel bersel satu atau berkoloni yang hidup bebas yang dianggap sebagai keluarga terdekat binatang. Seperti yang dikesankan namanya, Choanoflagellatea (yang berarti: flagellata berkerah) memiliki morfologi sel yang khas yang bercirikan tubuh sel yang berbentuk oval atau membulat berdiameter 3-10 µm dengan sebuah flagel pucuk yang dikelilingi oleh kerah dari 30-40 mikrovili (lihat gambar). Gerakan flagel itu menimbulkan aliran air yang dapat mendorong Choanoflagellatea yang berenang bebas melewati air dan menjebak bakteri dan detritus menuju kerah dari mikrovili itu dimana makanan itu ditelan. Kegiatan makan ini menyediakan hubungan kritis dalam siklus karbon global, menghubungkan level trofik. Selain peran ekologis mereka yang kritis, Choanoflagellatea merupakan perhatian istimewa bagi biolog evolusioner yang mempelajari asal mula kemultiseluleran pada binatang. Sebagai keluarga yang terdekat dari binatang, Choanoflagellatea berperan sebagai model yang berguna bagi rekonstruksi moyang bersel satu paling muda dari binatang.
Sitoskeleton prokariotik
Sitoskeleton prokariotik adalah nama kolektif untuk semua filamen struktural dalam prokariota. Sebelumnya, sel-sel prokariotik dikira tidak memiliki sitoskeleton, tetapi kemajuan dalam teknologi visualisasi dan penentuan struktur mengarah pada penemuan filamen dalam sel-sel prokariotik pada awal 1990-an. Analog untuk semua protein sitoskeletal utama dalam eukariota telah ditemukan di prokariota; tidak hanya itu, protein sitoskeletal tanpa homolog eukariotik yang dikenal juga telah ditemukan. Unsur-unsur sitoskeletal memainkan peran penting dalam pembelahan sel, perlindungan, penentuan bentuk, dan penentuan polaritas di berbagai prokariota.
Sel (biologi)
Hampir semua sel prokariotik memiliki selubung sel di luar membran selnya. Jika selubung tersebut mengandung suatu lapisan kaku yang terbuat dari karbohidrat atau kompleks karbohidrat-protein, peptidoglikan, lapisan itu disebut sebagai dinding sel. Kebanyakan bakteri memiliki suatu membran luar yang menutupi lapisan peptidoglikan, dan ada pula bakteri yang memiliki selubung sel dari protein. Sementara itu, kebanyakan selubung sel arkea berbahan protein, walaupun ada juga yang berbahan peptidoglikan. Selubung sel prokariota mencegah sel pecah akibat tekanan osmotik pada lingkungan yang memiliki konsentrasi lebih rendah daripada isi sel.
Lipid
Lipid prenol disintesis dari prekursor berkarbon 5 isopentenil pirofosfat dan dimetilalil pirofosfat yang sebagian besar dihasilkan melalui jalur asam mevalonat (MVA). Isoprenoid sederhana (alkohol linear, difosfat, dan lain-lain) terbentuk dari adisi unit C5 secara terus menerus, dan diklasifikasi menurut banyaknya satuan terpena ini. Struktur yang mengandung lebih dari 40 karbon dikenal sebagai politerpena. Karotenoid adalah isoprenoid sederhana yang penting yang berfungsi sebagai antioksidan dan sebagai prekursor vitamin A. Contoh kelas molekul yang penting secara biologis lainnya adalah kuinon dan hidrokuinon, yang mengandung ekor isoprenoid yang melekat pada inti kuinonoid yang tidak berasal dari isoprenoid. Vitamin E dan vitamin K, juga ubikuinon, adalah contoh kelas ini. Prokariota mensintesis poliprenol (disebut baktoprenol) yang satuan isoprenoid terminalnya, yang melekat pada oksigen, tetap tak jenuh, sedangkan pada poliprenol hewan (dolikol) isoprenoid terminalnya telah direduksi.
Paramecium
Paramecium merupakan salah satu protista mirip hewan. Protista ini berukuran sekitar 50-350ɰm. Paramecium telah memiliki selubung inti (Eukariot). Uniknya Protista ini memiliki dua inti dalam satu sel, yaitu inti kecil (Mikronukleus) yang berfungsi untuk mengendalikan kegiatan reproduksi, dan inti besar (Makronukleus) yang berfungsi untuk mengawasi kegiatan metabolisme, pertumbuhan, dan regenerasi. Paramecium bereproduksi secara aseksual (membelah diri dengan cara transversal), dan seksual (dengan konjugasi). Paramecium bergerak dengan menggetarkan silianya. Hal ini akan terlihat jika menggunakan mikroskop. Mereka menangkap makanan dengan cara menggetarkan silianya, maka terjadi aliran air keluar dan masuk mulut sel. Saat itulah bersamaan dengan air masuk bakteri bahan organik atau hewan uniseluler lainnya. memiliki vakuola makanan yang berfungsi untuk mencerna dan mengedarkan makanan, serta vakuola berdenyut yang berguna untuk mengeluarkan sisa makanan. Kegunaannya sebagai organisme model telah menyebabkan salah satu peneliti Ciliata untuk menggambarkannya sebagai "tikus putih" dari filum Ciliophora.
Klasifikasi ilmiah
Para makhluk hidup di Kingdom Eubacteria berupa makhluk hidup sel tunggal (uniseluler). Makhluk hidup yang dimasukkan dalam kerajaan Eubacteria memiliki sel prokariotik (sel sederhana yang tidak mempunyai kapsul sebagai lapisan terluarnya dan dinding sel didalamnya). Eubacteria juga dikenal dengan istilah bakteri. Organisme yang dikelompokkan ke dalam kingdom ini memiliki peptidoglikan di dalam dinding sel mereka.
Protoplasma
Molekul karbohidrat adalah zat yang terdiri atas atom-atom C, H, dan O. Perbandingan antara molekul H dan O adalah 2:1. Jadi memiliki rasio yang sama dengan molekul air (HO), misalnya Ribosa (CHO), Glukosa (CHO), dan Sukrosa (CHO).
Klasifikasi ilmiah
Makhluk hidup yang ada dalam kerajaan Protista memiliki sel eukariotik. Protista memiliki tubuh yang tersusun atas satu sel atau banyak sel tetapi tidak berdiferensiasi. Protista umumnya memiliki sifat antara hewan dan tumbuhan. Kelompok ini terdiri dari Protista menyerupai tumbuhan (ganggang atau Protophyta), Protista menyerupai jamur, dan Protista menyerupai hewan (Protozoa, Protos: pertama, zoa: hewan). Protozoa mempunyai klasifikasi berdasarkan sistem alat geraknya, yaitu Flagellata/Mastigophora (bulu cambuk, contoh Euglena, Volvox, Noctiluca, Trypanosoma, dan Trichomonas), Cilliata/ Infusiora (rambut getar, contoh Paramaecium), Rhizopoda/ Sarcodina (kaki semu, contoh Amoeba), dan Sporozoa (tidak mempunyai alat gerak, contoh Plasmodium). Ganggang dikelompokkan berdasarkan pigmen / jenis chlorophyl, yaitu Chrolophyta (warn; hijau), Euglenoid, Chrysophyta (warna; keemasan/kuning), Rhodophyta (warna; merah), Phaeophyta (warna; coklat), dan Phyropyta (warna; api).
Gen
Proses transkripsi DNA menjadi mRNA dan translasi mRNA menjadi sebuah polipeptida disebut dogma sentral ("central dogma"). Dogma sentral berlaku pada prokariot dan eukariot. Namun, pada eukariot ada tahap tambahan yang terjadi di antara transkripsi dan translasi yang disebut tahap pre-mRNA. Tahap pre-mRNA adalah untuk menyeleksi mRNA yang akan dikirim keluar nukleus untuk ditranslasikan di ribosom. Ekson merupakan mRNA yang akan dikirim keluar nukleus untuk ditranslasikan, sedangkan intron merupakan mRNA yang akan tetap berada di dalam nukleus karena kemungkinan mRNA tersebut akan membentuk protein yang tidak fungsional (tidak berguna) jika ditranslasikan. Intron kemudian akan terurai kembali untuk membentuk rantai mRNA baru.
Hewan
Hewan memiliki beberapa karakteristik yang membedakan mereka dari makhluk hidup lainnya. Hewan bersifat eukariotik (memiliki membran inti) dan multiseluler, tidak seperti bakteri, yang prokariotik, dan tidak seperti protista, yang bersifat eukariotik tetapi uniseluler. Tidak seperti tumbuhan dan alga, yang menghasilkan nutrisinya sendiri hewan bersifat heterotrof, memakan bahan organik dan mencernanya secara internal. Dengan sangat sedikit pengecualian, hewan menghirup oksigen dan berespirasi secara aerobik. Semua hewan bersifat motil (mampu secara spontan memindahkan tubuh) selama setidaknya sebagian dari siklus hidupnya, tetapi beberapa hewan, seperti spons, koral, kerang, dan teritip, kemudian menjadi sesil. Blastula adalah tahap dalam perkembangan embrio yang unik untuk sebagian besar hewan, memungkinkan sel untuk berdiferensiasi menjadi jaringan dan organ khusus.
Prokariota
Belum ada konsensus di antara para ahli biologi mengenai posisi eukariota dalam skema evolusi. Pendapat terkini mengenai evolusi eukariota meliputi:
Genom
DNA unting ganda ("double stranded", "ds") merupakan komponen pembentuk genom kebanyakan organisme dan semua sel. Namun, virus RNA memiliki genom RNA ds atau unting tunggal ("single stranded", "ss"). Secara umum, setiap molekul asam nukleat genom dapat disebut sebagai kromosom. Genom prokariota (organisme tanpa inti sel, contohnya bakteri) biasanya berupa molekul tunggal dsDNA sirkuler, walaupun dapat pula terdapat DNA ekstrakromosom berbentuk plasmid sirkuler yang menyandikan produk gen yang menguntungkan namun tidak esensial. Sementara itu, genom eukariota (organisme berinti sel, contohnya manusia) biasanya berupa sejumlah molekul dsDNA linear. Istilah genom inti ("nuclear genome") pada eukariota mengacu pada informasi genetik berupa kromosom, dan kadang kala juga fragmen DNA ekstrakromosom, di dalam inti sel. Genom ekstranuklear sel eukariotik mencakup genom mitokondria dan kloroplas, yang berupa molekul dsDNA sirkuler seperti pada prokariota.
Neoproterozoikum
Neoproterozoikum adalah era geologi yang berlangsung antara 1000 hingga 542 juta tahun yang lalu dan merupakan bagian akhir eon Proterozoikum dan masa Prakambrium. Era ini mungkin merupakan salah satu era yang memiliki catatan geologis paling menarik karena Bumi dilanda oleh beberapa glasiasi terparah yang pernah diketahui, sampai-sampai lembaran es bisa mencapai khatulistiwa. Pada bagian akhir era ini, periode Ediakara, ditemukan fosil paling awal kehidupan multisel, termasuk hewan-hewan paling awal. Neoproterozoikum terdiri tiga periode: Tonian, Cryogenian, dan Ediacaran.
Prokariota
Kesamaannya, eukariota dan prokariota sama-sama mengandung struktur RNA/protein yang besar, dinamakan ribosom, yang memproduksi protein.
Patogen
Fungi adalah organisme prokariot yang termasuk dalam kingdom protista dengan sekitar 75.000 spesies yang sudah diidentifikasi..Fungi dapat menjadi parasit pada manusia contohnya seperti "Candida albicans" yang adalah fungi patogen oportunis yang dapat menyebabkan infeksi pada hampir semua bagian dari tubuh manusia dan dapat menyebabkan kematian. "C. albicans" seringkali menyerang rongga mulut ataupun vagina, namun sewaktu sistem imun inang sedang baik, "C. albicans" tidak akan menimbulkan infeksi dan hidup secara normal pada rongga mulut manusia misalnya. Dalam bidang pertanian, fungi dibagi menurut perannya setidaknya menjadi tiga macam, yakni penyakit tumbuhan/ hewan, dekomposer, dan agens pengendali hayati. Ketiganya memiliki fungsi dan peran yang berbeda yang sangat penting dalam keseimbangan agroekosistem. Sebagai agens pengendali hayati dan dekomposer, fungi telah dikembangkan sedemikian pesatnya hingga bioteknologi dan nanoteknologi.
Kerajaan (biologi)
Lalu perlahan-lahan semakin tampak pentingnya membedakan prokaryote dan eukaryote, sehingga Stanier dan van Niel memopulerkan proposal dari Édouard Chatton pada tahun 1960-an untuk mengenalinya ke dalam klasifikasi formal. Sehingga dibuatlah tingkat di atas kingdom, yaitu superkingdom atau empire.
Sejarah Bumi
Ilmuwan meyakini bahwa dari keanekaragaman protosel ini, hanya satu garis keturunan yang berhasil selamat. Bukti filogeni saat ini menunjukkan bahwa nenek moyang terakhir (LUCA) hidup pada awal eon arkean, yang diperkirakan tahun yang lalu atau sebelumnya. LUCA merupakan nenek moyang dari semua kehidupan di bumi saat ini. Diperkirakan LUCA merupakan sebuah Prokariota yang memiliki membran sel dan kemungkinan sebuah ribosom, tapi kurang memiliki inti sel atau ikatan membran organel seperti mitokondria atau kloroplas. Seperti semua sel modern, LUCA menggunakan DNA sebagai kode genetik, RNA untuk transfer informasi dan sintesis protein, dan enzim untuk mengkatalisis reaksi. Beberapa ilmuwan percaya bahwa bukan organisme tunggal yang menjadi nenek moyang terakhir kehidupan, melainkan ada populasi organisme yang bertukar gen melalui transfer gen horizontal.
Replikasi DNA
Seperti halnya pada prokariota, satu atau beberapa DNA helikase dan Ssb yang disebut dengan protein replikasi A atau "replication protein" A (RP-A) diperlukan untuk memisahkan kedua untai DNA. Selanjutnya, tiga DNA polimerase yang berbeda terlibat dalam elongasi. Untai pengarah dan masing-masing fragmen untai tertinggal diinisiasi oleh RNA primer dengan bantuan aktivitas primase yang merupakan bagian integral enzim DNA polimerase a. Enzim ini akan meneruskan elongasi replikasi tetapi kemudian segera digantikan oleh DNA polimerase d pada untai pengarah dan DNA polimerase e pada untai tertinggal. Baik DNA polimerase d maupun e mempunyai fungsi penyuntingan. Kemampuan DNA polimerase d untuk menyintesis DNA yang panjang disebabkan oleh adanya antigen perbanyakan nuklear sel atau proliferating cell nuclear antigen (PCNA), yang fungsinya setara dengan subunit b holoenzim DNA polimerase III pada "E. coli". Selain terjadi penggandaan DNA, kandungan histon di dalam sel juga mengalami penggandaan selama fase S.
Sitoskeleton
Sitoskeleton atau kerangka sel adalah jaring berkas-berkas protein yang menyusun sitoplasma dalam sel. Setelah lama dianggap hanya terdapat di sel eukariota, sitoskeleton ternyata juga dapat ditemukan pada sel prokariota. Dengan adanya sitoskeleton, sel dapat memiliki bentuk yang kokoh, berubah bentuk, mampu mengatur posisi organel, berenang, serta merayap di permukaan.
Protista
Saat ini istilah "protist" dipakai untuk mengacu pada eukariota bersel satu baik sel independen atau kalaupun berkoloni tidak menunjukkan diferensiasi dalam jaringan. Istilah "protozoa" dipakai untuk spesies heterotrofik dari protista yang tidak membentuk filamen. Istilah ini tidak dipakai lagi di klasifikasi modern. Klasifikasi modern berupaya menyajikan kelompok monofili berdasarkan ultrastruktur, biokimia, dan genetika. Karena protista adalah parafili sistem seperti itu seringkali memecah atau meninggalkan kingdom tersebut, ketimbang memperlakukan kelompok protista sebagai eukaryota. Beberapa kelompok utama dari protista, yang mungkin diklasifikasikan sebagai fila, disajikan di kotak sebelah kanan. Banyak yang menganggapnya sebagai monofili, meskipun masih belum meyakinkan. Misalnya, Excavata mungkin tidak monofili dan Chromalveolate mungkin monofili jika haptophyta dan cryptomonad dimasukkan.
Dinosaurus
Kulit dinosaurus kering dan bersisik, dan sebagian dari mereka mempunyai bulu di tubuhnya, meskipun bulu tersebut lebih difungsikan untuk menghangatkan diri dibanding untuk terbang. Dinosaurus adalah hewan poikiloterm, hewan berdarah dingin seperti reptilia modern yang harus mendapatkan sinar matahari sebagai sumber energi mereka selain makanan. Namun, belakangan ini muncul pendapat bahwa dinosaurus adalah hewan homoioterm, hewan berdarah panas. Pendapat ini didasarkan pada fosil "Thescelosaurus", jenis dinosaurus herbivora berukuran kecil yang ditemukan di Amerika Serikat. Fosil tersebut menunjukkan cetakan jantung dengan empat ruang, sekat sempurna, dan satu aorta, sama seperti mamalia modern. Sebagian besar ahli setuju bahwa sebagian dinosaurus adalah poikiloterm, dan sebagian yang lain adalah homoioterm.
Sel (biologi)
Selain nukleus, sejumlah organel lain dimiliki hampir semua sel eukariota, yaitu (1) mitokondria, tempat sebagian besar metabolisme energi sel terjadi; (2) retikulum endoplasma, suatu jaringan membran tempat sintesis glikoprotein dan lipid; (3) badan Golgi, yang mengarahkan hasil sintesis sel ke tempat tujuannya; serta (4) peroksisom, tempat perombakan asam lemak dan asam amino. Lisosom, yang menguraikan komponen sel yang rusak dan benda asing yang dimasukkan oleh sel, ditemukan pada sel hewan, tetapi tidak pada sel tumbuhan. Kloroplas, tempat terjadinya fotosintesis, hanya ditemukan pada sel-sel tertentu daun tumbuhan dan sejumlah organisme uniseluler. Baik sel tumbuhan maupun sejumlah eukariota uniseluler memiliki satu atau lebih vakuola, yaitu organel tempat menyimpan nutrien dan limbah serta tempat terjadinya sejumlah reaksi penguraian.
Prokariota
Eukariota punya inti sel yang mengandung DNA, sedangkan prokariotik tidak punya inti sel dan materi genetiknya tidak berada dalam membran. Karena terlalu besarnya perbedaan struktur dan genetik dari keduanya, pada tahun 1977 Carl Woese memecah prokariota menjadi Bakteri dan Archaea (sebelumnya Eubacteria dan Archaebacteria), dengan mengusulkan sistem tiga-domain yang terdiri dari Eukariota (atau "Eukarya"), Bacteria, dan Archaea, yang merevisi sistem dua empire.
Protozoa
Protozoa adalah mikroorganisme menyerupai hewan yang merupakan salah satu filum dari Kingdom Protista. Seluruh kegiatan hidupnya dilakukan oleh sel itu sendiri dengan menggunakan organel-organel antara lain membran plasma, sitoplasma, dan mitokondria.
Ciri-ciri umum :
Arkea
Berbagai arkea individu dari 0,1 mikrometer (μm) sampai lebih dari 15 μm dengan diameter, dan terjadi dalam berbagai bentuk, umumnya sebagai bola, batang, spiral atau piring. Morfologi lain di Crenarchaeota termasuk sel berlobus yang bentuknya tidak teratur di "Sulfolobus", filamen seperti-jarum yang kurang dari setengah mikrometer diameter di "Thermofilum", dan batang hampir sempurna persegi panjang di "Thermoproteus" dan "Pyrobaculum". "Haloquadratum walsbyi" adalah arkea persegi yang datar, yang hidup di kolam hypersaline. Bentuk yang tidak biasa ini mungkin dipertahankan baik oleh dinding sel mereka dan sitoskeleton prokariotik. Protein yang terkait dengan komponen sitoskeleton organisme lain ada di arkea, dan filamen terbentuk dalam sel mereka, tetapi berbeda dengan organisme lain, struktur seluler ini kurang dipahami. Dalam "Thermoplasma" dan "Ferroplasma" ketiadaan dinding sel berarti bahwa sel memiliki bentuk yang tidak teratur, dan dapat menyerupai ameba.
Arkea
Baru-baru ini, beberapa penelitian telah menunjukkan bahwa arkea ada tidak hanya di lingkungan mesofilik dan termofilik tetapi juga hadir, kadang-kadang dalam jumlah yang tinggi, pada suhu rendah juga. Misalnya, arkea umum dalam lingkungan lautan dingin seperti lautan kutub. Bahkan lebih signifikan adalah sejumlah besar arkea ditemukan di seluruh lautan di dunia pada habitat non-ekstrem antara komunitas plankton (sebagai bagian dari pikoplankton). Meskipun arkea ini dapat hadir dalam jumlah yang sangat tinggi (hingga 40% dari biomassa mikroba), hampir tidak ada spesies ini telah diisolasi dan dipelajari dalam kultur murni. Akibatnya, pemahaman kita tentang peran arkea di ekologi laut adalah mendasar, sehingga pengaruh penuh mereka pada siklus biogeokimia global masih sebagian besar belum diselidiki. Beberapa Crenarchaeota laut mampu melakukan nitrifikasi, menunjukkan organisme ini dapat mempengaruhi siklus nitrogen samudra, meskipun Crenarchaeota laut ini juga dapat menggunakan sumber-sumber energi lain. Sejumlah besar arkea juga ditemukan dalam sedimen yang menutupi dasar laut, dengan organisme ini membentuk sebagian besar sel hidup pada kedalaman lebih dari 1 meter di bawah dasar laut.
Fosforilasi oksidatif
Pada eukariota, enzim-enzim pada sistem transpor ini menggunakan energi yang dilepaskan dari oksidasi NADH untuk memompa proton melewati membran dalam mitokondria. Hal ini menyebabkan proton terakumulasi pada ruang antarmembran dan menghasilkan gradien elektrokimia di sepanjang membran. Energi yang tersimpan sebagai energi potensial ini kemudian digunakan oleh ATP sintase untuk menghasilkan ATP. Mitokondria terdapat pada hampir semua eukariota, dengan pengecualian pada protozoa anaerobik seperti "Trichomonas vaginalis" yang mereduksi proton menjadi hidrogen menggunakan hidrogenosom.
Eukariota
Inti sel dilapisi oleh membran ganda, yang memiliki pori-pori yang memungkinkan bahan-bahan keluar-masuk. Bermacam peluasan membran nukleus yang berbentuk tabung atau lembaran membentuk retikulum endoplasma (atau RE), yang terlibat dalam transpor dan pematangan protein. RE terdiri atas RE kasar yang memiliki ribosom yang melekat, dan protein yang disintesis ribosom itu memasuki ruang dalam atau lumen . Kemudian, biasanya mereka memasuki vesikel, yang terpisah dari RE halus. Pada kebanyakan eukariota, vesikel pembawa protein ini dilepaskan dan dimodifikasi pada tumpukan vesikel yang memipih yang disebut badan Golgi atau diktiosom.
Vesikel dapat berspesialisasi untuk beragam kegunaan. Contohnya, lisosom mempunyai enzim yang menguraikan isi vakuola makanan, dan peroksisom yang fungsinya menguraikan peroksida, yang beracun. banyak protozoa memiliki vakuola kontraktil, yang mengumpulkan dan membuang kelebihan air dan ekstrusom, yang mengeluarkan bahan yang dipakai untuk melawan pemangsa atau menangkap mangsa. Pada tumbuhan tingkat tinggi, sebagian besar ruang sel diisi oleh vakuola pusat, yang fungsi utamanya untuk menjaga tekanan osmotik.
Radiolaria
Radiolaria, juga disebut Radiozoa, adalah protozoa dari diameter 0,1-0,2 mm yang menghasilkan rangka mineral yang rumit, biasanya dengan kapsul pusat membagi sel ke bagian dalam dan luar endoplasma dan ektoplasma. Mereka ditemukan sebagai zooplankton seluruh samudera, dan sisa-sisa kerangka mereka membuat sebagian besar dari sampul dasar laut sebagai cairan mengandung silika. Karena mereka cepat turn-over spesies, mereka adalah fosil diagnostik penting yang ditemukan dari Kambrium dan setelahnya. Beberapa fosil radiolaria umum termasuk "Actinomma", "Heliosphaera" dan "Hexadoridium".
Arkea
Sebuah garis keturunan baru ditemukan dari arkea, "Lokiarchaeum" (dari filum baru Lokiarchaeota), dinamakan untuk ventilasi hidrotermal yang disebut Kastil Loki di Samudra Arktik, telah ditemukan paling erat kaitannya dengan eukariota. Organisme ini telah disebut organisme peralihan antara prokariota dan eukariota.
Replikasi DNA
Pada eukariota, replikasi DNA hanya terjadi pada fase S di dalam interfase. Untuk memasuki fase S diperlukan regulasi oleh sistem protein kompleks yang disebut siklin dan kinase tergantung siklin atau cyclin-dependent protein kinases (CDKs), yang berturut-turut akan diaktivasi oleh sinyal pertumbuhan yang mencapai permukaan sel. Beberapa CDKs akan melakukan fosforilasi dan mengaktifkan protein-protein yang diperlukan untuk inisiasi pada masing-masing ori.
Protogenoi
Para Protogenoi adalah entitas atau mahluk pertama yang muncul. Mereka abadi dan membentuk tatanan alam semesta. Para Protogenoi adalah dewa-dewa awal yang menjadi leluhur dari dewa-dewa lainnya. Meskipun secara umum diyakini para Protogenoi lahir dari Khaos, beberapa sumber menyebutkan ada sepasang dewa lain yang menjadi orang tua Protogenoi. Para Protogenoi mewakili berbagai unsur alam.
Arkea
Kata arkea berasal dari bahasa Yunani Kuno , yang berarti "hal-hal kuno", karena wakil pertama dari domain Archaea adalah metanogen dan diasumsikan bahwa metabolisme mereka mencerminkan suasana primitif bumi dan organisme kuno. Untuk waktu yang lama, arkea terlihat sebagai ekstremofil yang hanya ada di habitat ekstrem seperti mata air panas dan danau garam. Namun, seiring habitat baru dipelajari, organisme yang lebih ditemukan. Halofilik ekstrem dan hipertermofilik mikroba juga termasuk dalam Archaea. Pada akhir abad ke-20, arkea telah diidentifikasi dalam lingkungan non-ekstrem juga. Hari ini, mereka dikenal sebagai kelompok besar dan beragam organisme yang tersebar luas di alam dan yang umum di semua habitat. Apresiasi baru tentang pentingnya dan keberadaan arkea berasal dari penggunaan reaksi berantai polimerase ("polymerase chain reaction", PCR) untuk mendeteksi prokariota dari sampel lingkungan (seperti air atau tanah) dengan melipatgandakan gen ribosom mereka. Hal ini memungkinkan deteksi dan identifikasi organisme yang belum dibudidayakan di laboratorium.
Arkea
Meskipun fosil sel prokariotik kemungkinan setua hampir 3,5 miliar tahun yang lalu, sebagian besar prokariota tidak memiliki morfologi dan bentuk fosil khas tidak dapat digunakan untuk mengidentifikasi mereka sebagai arkea. Sebaliknya, fosil kimia lipid yang unik lebih informatif karena senyawa tersebut tidak ada pada organisme lain. Beberapa publikasi menyatakan bahwa sisa-sisa lipid arkea atau eukariota yang hadir dalam serpih berasal dari 2,7 miliar tahun yang lalu; data tersebut dipertanyakan. Lipid tersebut juga telah terdeteksi di batuan yang bahkan lebih tua dari Greenland barat. Jejak tertua berasal dari distrik Isua, termasuk sedimen tertua yang dikenal di bumi, terbentuk 3,8 miliar tahun yang lalu. Silsilah arkea mungkin yang paling kuno yang ada di Bumi.
Plastid
Secara evolusi plastid dianggap sebagai prokariota yang bersimbiosis ke dalam sel eukariota dan kemudian kehilangan sifat otonomi penuhnya. Teori endosimbiosis ini mirip dengan yang terjadi terhadap mitokondria namun introduksi plastid dianggap terjadi lebih kemudian.
Evolusi
Terdapat sebuah miskonsepsi bahwa evolusi bersifat "progresif", namun seleksi alam tidaklah memiliki tujuan jangka panjang dan tidak perlulah menghasilkan kompleksitas yang lebih besar. Walaupun spesies kompleks berkembang dari evolusi, hal ini terjadi sebagai efek samping dari jumlah organisme yang meningkat, dan bentuk kehidupan yang sederhana tetap lebih umum. Sebagai contoh, mayoritas besar spesies adalah prokariota mikroskopis yang membentuk setengah biomassa dunia walaupun bentuknya yang kecil, serta merupakan mayoritas pada biodiversitas bumi. Organisme sederhana oleh karenanya merupakan bentuk kehidupan yang dominan di bumi dalam sejarahnya sampai sekarang. Kehidupan kompleks tampaknya lebih beranekaragam karena ia lebih mudah diamati.
Mark Wheelis
Mark L. Wheelis adalah ahli mikrobiologi Amerika. Wheelis saat ini seorang profesor di College of Biological Sciences, University of California, Davis. Carl Woese dan Otto Kandler dengan Wheelis menulis kertas penting "" yang mengusulkan perubahan dari sistem dua-empire Prokariota dan Eukariota menjadi sistem tiga domain dari domain Eukaryota, Bacteria dan Archaea.
Sel (biologi)
Sitoskeleton eukariota terdiri dari tiga jenis serat protein, yaitu mikrotubulus, filamen intermediat, dan mikrofilamen. Protein sitoskeleton yang serupa dan berfungsi sama dengan sitoskeleton eukariota ditemukan pula pada prokariota. Mikrotubulus berupa silinder berongga yang memberi bentuk sel, menuntun gerakan organel, dan membantu pergerakan kromosom pada saat pembelahan sel. Silia dan flagela eukariota, yang merupakan alat bantu pergerakan, juga berisi mikrotubulus. Filamen intermediat mendukung bentuk sel dan membuat organel tetap berada di tempatnya. Sementara itu, mikrofilamen, yang berupa batang tipis dari protein aktin, berfungsi antara lain dalam kontraksi otot pada hewan, pembentukan pseudopodia untuk pergerakan sel ameba, dan aliran bahan di dalam sitoplasma sel tumbuhan.
Dogma sentral biologi
Translasi merupakan proses sintesis RNA menjadi protein dengan bantuan ribosom. Pada eukariot, proses ini terjadi di retikulum endoplasma sedangkan pada prokariot proses ini terjadi di sitoplasma. Tidak semua RNA dapat disintesis menjadi protein, salah satu jenis RNA yang tidak dapat ditranslasi adalah mRNA.
Tartaros
Menurut epos "Theogonia" karya Hesiodos, Tartaros adalah salah satu protogenoi, yaitu perwujudan-perwujudan yang lahir dari Khaos; dia disebutkan sebagai protogenoi kedua, menyusul Gaia (bumi), dan diikuti Eros (cinta), Erebos (kegelapan), dan Niks (malam). Tartaros diketahui hanya mempunyai satu anak, Tifon, hasil hubungannya dengan Gaia, yang menjadi musuh terakhir Olimpus setelah diperintahkan oleh Gaia untuk menyerang mereka, namun dia akhirnya dikurung oleh Zeus di tempat ayahnya sendiri, Tartaros. Untuk di mana letak Tartaros, Hesiodos menyebutkan bahwa suatu paron perunggu akan membutuhkan sembilan hari untuk jatuh dari surga ke bumi. Paron tersebut akan membutuhkan sembilan hari lagi untuk sampai ke Tartaros. Pada epos "Iliad" karya Homeros, Zeus menyebutkan bahwa Tartaros terletak jauh di bawah Dunia bawah seperti surga terletak jauh di atas bumi.
Evolusi
Sejarah kehidupan masih berupa eukariota, prokariota, dan arkaea bersel tunggal sampai sekitar 610 miliar tahun yang lalu, ketika organisme multisel mulai muncul di samudra pada periode Ediakara. Evolusi multiselularitas terjadi pada banyak peristiwa yang terpisah, terjadi pada organisme yang beranekaragam seperti bunga karang, ganggang coklat, sianobakteri, jamur lendir, dan miksobakteri.
Prokariota
Model evolusi dari makhluk hidup pertama adalah prokariota, yang kemudian berevolusi menjadi protobion, lalu eukariota secara umum dikatakan berevolusi dari sini. Akan tetapi, banyak ilmuwan yang mempertanyakan kesimpulan ini, karena menurut mereka spesies prokariota yang hidup saat ini berevolusi dari nenek moyang eukariotik yang lebih kompleks melalui proses simplifikasi. Ilmuwan lain berpendapat bahwa tiga domain muncul secara bersamaan, dari sekumpulan sel-sel yang bervariasi yang membentuk satu kolam gen. Kontroversi ini diringkas pada tahun 2005:
Genom
Kebanyakan prokariota memiliki satu kromosom saja. Karena itu, prokariota umumnya mengandung satu salinan setiap gen dan dengan demikian bersifat haploid. Sementara itu, eukariota umumnya memiliki dua salinan setiap gen dan secara genetik bersifat diploid. Ada pula organisme (misalnya, tumbuhan) yang memiliki lebih dari dua set kromosom dalam inti setiap sel tubuhnya, atau disebut bersifat poliploid.
Sitoskeleton
Sitoskeleton prokariota
Fanerozoikum
Masa sebelum mulainya eon ini disebut Prekambrium yang belakangan dibagi lagi menjadi eon Hadean, Arkean, dan Proterozoikum. Batasan tepat antara Fanerozoikum dan Prekambium agak kurang dapat dipastikan. Pada abad ke-19, batasnya dipatok pada fosil pertama metazoa. Namun, belakangan berhasil diidentifikasi beberapa ratus taksa metazoa Prekambium melalui studi sistematik yang dimulai sejak 1950-an. Kebanyakan ahli geologi dan paleontologi menetapkan batas antara Prekambium dan Fanerozoikum pada beberapa titik: sewaktu trilobita dan arkaeociata pertama kali muncul; sewaktu "Trichophycus pedum", suatu organisme penggali kompleks, pertama kali muncul; atau pada kemunculan pertama suatu kelompok organisme kecil bercangkang yang dinamakan "fauna kecil bercangkang". Tiga titik batas ini memiliki perbedaan beberapa juta tahun satu dengan yang lainnya.
Asam deoksiribonukleat
Dalam sel, DNA tersusun dalam kromosom. Semasa pembelahan sel, kromosom-kromosom ini diduplikasi dalam proses yang disebut replikasi DNA. Organisme eukariotik (hewan, tumbuhan, fungi, dan protista) menyimpan kebanyakan DNA-nya dalam inti sel dan sebagian kecil sisanya dalam organel seperti mitokondria ataupun kloroplas. Sebaliknya organisme prokariotik (bakteri dan arkaea) menyimpan DNA-nya hanya dalam sitoplasma. Dalam kromosom, protein kromatin seperti histon berperan dalam penyusunan DNA menjadi struktur kompak. Struktur kompak inilah yang kemudian berinteraksi antara DNA dengan protein lainnya, sehingga membantu kontrol bagian-bagian DNA mana sajakah yang dapat ditranskripsikan.
Sianobakteri
Cyanobacteria , juga dikenal sebagai Cyanophyta, sering di Indonesiakan sebagai sianobakteri atau sianobakteria adalah sebuah filum bakteri yang mendapatkan kebutuhan energinya melalui fotosintesis. Nama "cyanobacteria" berasal dari warna bakteri ini ( = biru). Mereka sering disebut alga biru-hijau (tetapi beberapa mengklaim bahwa penamaan itu salah, sianobakteri adalah organisme prokariotik sedangkan alga seharusnya eukariotik, meskipun definisi lain mengenai alga juga mencakup organisme prokariotik).
Protozoa
Semua protozoa mempunyai vakuola kontraktil. Vakuola dapat berperan sebagai pompa untuk mengeluarkan kelebihan air dari sel, atau untuk mengatur tekanan osmosis. Jumlah dan letak vakuola kontraktil berbeda pada setiap spesies. Protozoa dapat berada dalam bentuk vegetatif (trophozoite), atau bentuk istirahat yang disebut kista. Protozoa pada keadaan yang tidak menguntungkan dapat membentuk kista untuk mempertahankan hidupnya. Saat kista berada pada keadaan yang menguntungkan, maka akan berkecambah menjadi sel vegetatifnya. Protozoa tidak mempunyai dinding sel, dan tidak mengandung selulosa atau khitin seperti pada jamur dan algae. Kebanyakan protozoa mempunyai bentuk spesifik, yang ditandai dengan fleksibilitas ektoplasma yang ada dalam membran sel. Beberapa jenis protozoa seperti Foraminifera mempunyai kerangka luar sangat keras yang tersusun dari Si dan Ca. Beberapa protozoa seperti Difflugia, dapat mengikat partikel mineral untuk membentuk kerangka luar yang keras. Radiolarian dan Heliozoan dapat menghasilkan skeleton. Kerangka luar yang keras ini sering ditemukan dalam bentuk fosil. Kerangka luar Foraminifera tersusun dari CaO2 sehingga koloninya dalam waktu jutaan tahun dapat membentuk batuan kapur. Protozoa merupakan sel tunggal, yang dapat bergerak secara khas menggunakan pseudopodia (kaki palsu), flagela atau silia, namun ada yang tidak dapat bergerak aktif. Berdasarkan alat gerak yang dipunyai dan mekanisme gerakan inilah protozoa dikelompokkan ke dalam 4 kelas. Protozoa yang bergerak secara amoeboid dikelompokkan ke dalam Sarcodina, yang bergerak dengan flagela dimasukkan ke dalam Mastigophora, yang bergerak dengan silia dikelompokkan ke dalam Ciliophora, dan yang tidak dapat bergerak serat merupakan parasit hewan maupun manusia dikelompokkan ke dalam Sporozoa.
Mulai tahun 1980, oleh Commitee on Systematics and Evolution of the Society of Protozoologist, mengklasifikasikan protozoa menjadi 7 kelas baru, yaitu Sarcomastigophora, Ciliophora, Acetospora, Apicomplexa, Microspora, Myxospora, dan Labyrinthomorpha. Pada klasifikasi yang baru ini, Sarcodina dan Mastigophora digabung menjadi satu kelompok Sarcomastigophora, dan Sporozoa karena anggotanya sangat beragam, maka dipecah menjadi lima kelas. Contoh protozoa yang termasuk Sarcomastigophora adalah genera Monosiga, Bodo, Leishmania, Trypanosoma, Giardia, Opalina, Amoeba, Entamoeba, dan Difflugia. Anggota kelompok Ciliophora antara lain genera Didinium, Tetrahymena, Paramaecium, dan Stentor. Contoh protozoa kelompok Acetospora adalah genera Paramyxa. Apicomplexa beranggotakan genera Eimeria, Toxoplasma, Babesia, Theileria. Genera Metchnikovella termasuk kelompok Microspora. Genera Myxidium dan Kudoa adalah contoh anggota kelompok Myxospora.
Sistem tiga domain
Sistem tiga domain adalah klasifikasi biologis yang dicetuskan oleh Carl Woese pada tahun 1990. Sistem ini membagi kehidupan seluler menjadi domain archaea, bakteri, dan eukariota. Sistem tiga domain menekankan pemecahan prokariota menjadi dua kelompok, yaitu "Eubacteria" (kini "Bacteria") dan "Archaebacteria") (kini "Archaea"). Woese berargumen bahwa, atas dasar perbedaan gen 16S rRNA, dua kelompok tersebut dan eukariota muncul secara terpisah dari nenek moyang dengan genetika yang tidak berkembang dengan baik.
Mikrosatelit
Karena terdapat variasi dalam cacah pengulangan motif (polimorfisme), dan cacah ini tetap untuk setiap individu atau populasi/kultivar tertentu, mikrosatelit dapat dipakai sebagai penanda genetik. Mikrosatelit sangat berlimpah dalam suatu genom, meskipun hanya sedikit dijumpai pada genom prokariota. Suatu gen dapat memiliki lebih dari dua mikrosatelit.
Eukariota
Eukariota dapat bereproduksi baik melalui reproduksi aseksual melalui mitosis dan reproduksi seksual melalui meiosis. Dalam mitosis, satu sel membelah untuk menghasilkan dua sel yang identik secara genetik. Dalam meiosis, replikasi DNA diikuti oleh dua putaran pembelahan sel untuk menghasilkan empat sel anak masing-masing dengan setengah jumlah kromosom dari sel induknya (sel haploid). Sel-sel ini bertindak sebagai sel kelamin (gamet – masing-masing gamet hanya memiliki satu pelengkap kromosom, masing-masing campuran unik dari pasangan kromosom orangtua yang sesuai) yang dihasilkan dari rekombinasi genetik selama meiosis.
Arkea
Klasifikasi arkea, dan prokariota pada umumnya, adalah bidang yang bergerak cepat dan diperdebatkan. Sistem klasifikasi saat ini bertujuan untuk mengatur arkea ke dalam kelompok organisme yang berbagi fitur struktural dan nenek moyang yang sama. Klasifikasi ini sangat bergantung pada penggunaan urutan gen RNA ribosomal untuk mengungkapkan hubungan antara organisme (filogenetik molekuler). Sebagian besar spesies yang dapat dikultur dan diteliti dengan baik dari arkea adalah anggota dari dua filum utama, Euryarchaeota dan Crenarchaeota. Kelompok-kelompok lain telah dibuat secara tentatif. Misalnya, spesies aneh "Nanoarchaeum equitans", yang ditemukan pada tahun 2003, telah diberikan filum sendiri, Nanoarchaeota. Sebuah filum baru Korarchaeota juga telah diusulkan. Ini berisi sekelompok kecil spesies termofilik biasa yang berbagi fitur dari kedua filum utama, tetapi yang paling erat terkait dengan crenarchaeota. Spesies baru terdeteksi lain dari arkea hanya jauh terkait dengan salah satu kelompok ini, seperti "Archaeal Richmond Mine acidophilic nanoorganisms" (ARMAN), yang ditemukan pada tahun 2006 dan beberapa organisme terkecil.
Protista
Protista adalah mikroorganisme eukariota yang bukan hewan, tumbuhan, atau fungus. Mereka pernah dikelompokkan ke dalam satu kerajaan bernama Protista, namun sekarang tidak dipertahankan lagi. Penggunaannya masih digunakan untuk kepentingan kajian ekologi dan morfologi bagi semua organisme eukariotik bersel tunggal yang hidup secara mandiri atau, jika membentuk koloni, bersama-sama namun tidak menunjukkan diferensiasi menjadi jaringan yang berbeda-beda.. Dari sudut pandang taksonomi, pengelompokan ini ditinggalkan karena bersifat parafiletik. Organisme dalam Protista tidak memiliki kesamaan, kecuali pengelompokan yang mudah—baik yang bersel satu atau bersel banyak tanpa memiliki jaringan. Protista hidup di hampir semua lingkungan yang mengandung air. Banyak protista, seperti algae, adalah fotosintetik dan produsen primer vital dalam ekosistem, khususnya di laut sebagai bagian dari plankton. Protista lain, seperti Kinetoplastid dan Apicomplexa, adalah penyakit berbahaya bagi manusia, seperti malaria dan tripanosomiasis.Protista pertama kali diusulkan oleh Ernst Haeckel. Secara tradisional, protista digolongkan menjadi beberapa kelompok berdasarkan kesamaannya dengan kerajaan yang lebih tinggi yaitu meliputi Protozoa yang menyerupai hewan bersel satu, Protophyta yang menyerupai tumbuhan (mayoritas algae bersel satu), serta jamur lendir dan jamur air yang menyerupai jamur.
Litotrof
Litotrof adalah kelompok beragam organisme menggunakan substrat anorganik (biasanya berasal dari mineral) untuk mendapatkan ekuivalen pereduksi untuk digunakan dalam biosintesis (misalnya, fiksasi karbon dioksida) atau konservasi energi (yaitu, produksi ATP) melalui respirasi aerobik atau respirasi anaerobik. Kemolitotrof yang dikenal secara eksklusif mikroba; tidak ada makrofauna dikenal memiliki kemampuan untuk memanfaatkan senyawa anorganik sebagai sumber energi. Makrofauna dan litotrof dapat membentuk hubungan simbiosis, dalam hal ini litotrof disebut "simbion prokariotik". Contoh dari ini adalah bakteri kemolitotrofik pada cacing tabung raksasa atau plastida, yang adalah organel dalam sel tumbuhan yang mungkin telah berevolusi dari organisme fotolitotrofik seperti cyanobacteria. Litotrof termasuk dalam domain Bacteria atau domain Archaea. Istilah "litotrof" diciptakan dari istilah Yunani 'lithos' (batu) dan 'troph' (konsumen), yang berarti "pemakan batu". Banyak litoautotrof yang ekstremofili, namun hal ini tidak berlaku universal.
Sel (biologi)
Ribosom eukariota lebih besar daripada ribosom prokariota, namun keduanya sangat mirip dalam hal struktur dan fungsi. Keduanya terdiri dari satu subunit besar dan satu subunit kecil yang bergabung membentuk ribosom lengkap dengan massa beberapa juta dalton.
Hipotesis eosit
Hipotesis eosit () adalah klasifikasi biologi yang menunjukkan eukariota berkembang dari Crenarchaeota prokariotik (sebelumnya dikenal sebagai eosit), sebuah filum dalam arkea. Hipotesis ini awalnya diusulkan oleh James A. Lake dan rekan pada tahun 1984 didasarkan pada penemuan bahwa bentuk ribosom di Crenarchaeota dan eukariota lebih mirip satu sama lain daripada baik bakteri atau kerajaan besar kedua dari arkea, Euryarchaeota.
Sel (biologi)
Prokariota juga memiliki sejumlah protein struktural yang disebut sitoskeleton, yang pada mulanya dianggap hanya ada pada eukariota. Protein skeleton tersebut meregulasi pembelahan sel dan berperan menentukan bentuk sel.
Arkea
Arkea awalnya dipandang sebagai ekstremofil yang tinggal di lingkungan yang keras, seperti mata air panas dan danau garam, tetapi mereka telah ditemukan di berbagai habitat, termasuk tanah, lautan, rawa dan usus besar manusia, rongga mulut, dan kulit. Arkea sangat banyak di lautan, dan arkea plankton mungkin salah satu kelompok organisme yang paling banyak di planet ini. Arkea adalah bagian utama dari kehidupan bumi dan mungkin memainkan peran dalam siklus karbon dan siklus nitrogen. Tidak ada contoh yang jelas dari patogen atau parasit arkea yang dikenal, tetapi mereka seringkali mutualis atau komensal. Salah satu contoh adalah metanogen yang mendiami saluran pencernaan manusia dan ruminansia, di mana jumlah mereka yang besar membantu pencernaan. Metanogen digunakan dalam produksi biogas dan pengolahan limbah, dan enzim dari arkea ekstremofil yang dapat bertahan pada suhu tinggi dan pelarut organik dimanfaatkan dalam bioteknologi.
Eukariota
Pada umumnya, sel eukariota memiliki ukuran yang lebih besar dari prokariota dan memiliki bagian-bagian sub-seluler yang disebut dengan organel dan sitoskeleton yang terdiri atas mikrotubulus, mikrofilamen dan filamen antara. Berbeda dengan prokariota, DNA eukariota disimpan dalam kumpulan kromosom yang tersimpan di dalam nuklei yang terbungkus membran nuklei. Selain melakukan pembelahan sel secara aseksual, kebanyakan eukariota juga bisa melakukan reproduksi seksual melalui proses fusi sel, yang tidak ditemukan pada prokariota.
Simbiogenesis
Menurut teori ini, organel pada sel eukariot berkembang dari proses simbiosis prokariot-prokariot bersel tunggal (bakteri dan Arkea). Akibatnya, mitokondria, plastid seperti kloroplas dan organel-organel sel eukariot lainnya sebelumnya adalah prokariot yang hidup secara bebas dan kemudian tergabung dengan yang lain dalam proses endosimbiosis sekitar 1,5 miliar tahun yang lalu. Mitokondria tampaknya berkerabat dengan proteobakteri "Rickettsiales" dan kloroplas dengan sianobakteri berfilamen pengikat nitrogen.
Eukariota
Eukariota berada dalam takson Eukarya atau Eukaryota. Hal yang membuat sel eukariotik berbeda dari sel prokariotik (Bacteria dan Archaea) adalah bahwa mereka memiliki organel bermembran, terutama inti, yang berisi materi genetik, dan terbungkus oleh selubung nukleus. Nama Eukaryota digunakan karena adanya inti, yang berasal dari bahasa Yunani ευ ("eu", "baik") dan κάρυον (karyon, "kacang" atau "kernel"). Sel eukariotik juga mengandung organel bermembran lainnya seperti mitokondria dan badan Golgi. Selain itu, tumbuhan dan alga mengandung kloroplas. Organisme eukariotik bisa berbentuk uniseluler atau multiseluler. Hanya eukariota yang memiliki banyak jenis jaringan yang terdiri dari jenis sel yang berbeda.
Probiotik
Probiotik adalah istilah yang digunakan pada mikroorganisme hidup yang dapat memberikan efek baik atau kesehatan pada organisme lain/inangnya beberapa contoh pada makanan suplemen diet yang mengandung bakteri berguna dengan asam laktat bakteri ("lactic acid bacteria" – LAB) sebagai mikroba yang paling umum dipakai. LAB telah dipakai dalam industri makanan bertahun-tahun karena mereka mampu untuk mengubah gula (termasuk laktosa) dan karbohidrat lain menjadi asam laktat. Ini tidak hanya menyediakan rasa asam yang unik dari "dairy food" fermentasi seperti susu fermentasi, tetapi juga berperan sebagai penyedia, dengan cara mengurangi pH dan membuat kesempatan organisme merugikan untuk tumbuh lebih sedikit.