भारत के अलगाववादी आंदोलन
एक बार जब अंगीकार पत्र पर हस्ताक्षर हो गए, तो भारतीय सैनिकों ने हमलावरों को बाहर खदेड़ने के आदेश का पालन करते हुए कश्मीर में प्रवेश किया।इसके परिणामस्वरूप पहला भारत-पाकिस्तान युद्ध 1948 के अंत तक चला। 1948 की शुरुआत में, भारत इस मामले को संयुक्त राष्ट्र सुरक्षा परिषद में ले गया। सुरक्षा परिषद ने एक प्रस्ताव पारित किया जिसके तहत पाकिस्तान को जम्मू और कश्मीर के क्षेत्र से अपनी सेना के साथ-साथ पाकिस्तानी नागरिकों को वापस लेने के लिए कहा गया, और भारत को केवल उतने सैनिक रखने के लिए कहा, जितने कानून और व्यवस्था बनाए रखने के लिए पर्याप्त हों, जिसके पश्चात् एक जनमत संग्रह आयोजित किया जाए। 1 जनवरी 1949 को संयुक्त राष्ट्र के पर्यवेक्षकों द्वारा युद्ध विराम पर सहमति व्यक्त की गई थी।
कारगिल युद्ध
पाकिस्तान की सेना और कश्मीरी उग्रवादियों ने भारत और पाकिस्तान के बीच की नियंत्रण रेखा पार करके भारत की ज़मीन पर कब्ज़ा करने की कोशिश की। पाकिस्तान ने दावा किया कि लड़ने वाले सभी कश्मीरी उग्रवादी हैं, लेकिन युद्ध में बरामद हुए दस्तावेज़ों और पाकिस्तानी नेताओं के बयानों से साबित हुआ कि पाकिस्तान की सेना प्रत्यक्ष रूप में इस युद्ध में शामिल थी। लगभग 30,000 भारतीय सैनिक और करीब 5000 घुसपैठिए इस युद्ध में शामिल थे। भारतीय सेना और वायुसेना ने पाकिस्तान के कब्ज़े वाली जगहों पर हमला किया और धीरे-धीरे अंतर्राष्ट्रीय सहयोग से पाकिस्तान को सीमा पार वापिस जाने को मजबूर किया। यह युद्ध ऊँचाई वाले इलाके पर हुआ और दोनों देशों की सेनाओं को लड़ने में काफ़ी मुश्किलों का सामना करना पड़ा। परमाणु बम बनाने के बाद भारत और पाकिस्तान के बीच हुआ यह पहला सशस्त्र संघर्ष था। भारत ने कारगिल युद्ध जीता।