भारत के अलगाववादी आंदोलन
एक बार जब अंगीकार पत्र पर हस्ताक्षर हो गए, तो भारतीय सैनिकों ने हमलावरों को बाहर खदेड़ने के आदेश का पालन करते हुए कश्मीर में प्रवेश किया।इसके परिणामस्वरूप पहला भारत-पाकिस्तान युद्ध 1948 के अंत तक चला। 1948 की शुरुआत में, भारत इस मामले को संयुक्त राष्ट्र सुरक्षा परिषद में ले गया। सुरक्षा परिषद ने एक प्रस्ताव पारित किया जिसके तहत पाकिस्तान को जम्मू और कश्मीर के क्षेत्र से अपनी सेना के साथ-साथ पाकिस्तानी नागरिकों को वापस लेने के लिए कहा गया, और भारत को केवल उतने सैनिक रखने के लिए कहा, जितने कानून और व्यवस्था बनाए रखने के लिए पर्याप्त हों, जिसके पश्चात् एक जनमत संग्रह आयोजित किया जाए। 1 जनवरी 1949 को संयुक्त राष्ट्र के पर्यवेक्षकों द्वारा युद्ध विराम पर सहमति व्यक्त की गई थी।
इंटर-सर्विसेस इंटेलिजेंस
1947 में पाकिस्तान में दो मुख्य गुप्तचर एजेंसियां थी, इंटेलीजेंस ब्यूरो (आईबी) और मिलिट्री इंटेलीजेंस (एमआई), पर 1947 में हुए भारत-पाक युद्ध में पाकिस्तानी मिलिट्री इंटेलीजेंस (एमआई) सेना के तीन अंगों नेवी, आर्मी और एयरफोर्स के बीच सूचनाओं और व्यवस्थाओं के आदान-प्रदान में एकदम विफल रही। इस असफलता से एक नई एजेंसी की जरूरत महसूस हुई। नतीजतन 1948 में आईएसआई का गठन किया गया। आईएसआई की नींव ऑस्ट्रेलियाई मूल के ब्रिटिश आर्मी ऑफिसर मेजर जनरल आर. कैथोम ने रखी थी जो उस समय पाकिस्तानी आर्मी स्टाफ के मुख्य थे।