भारत के अलगाववादी आंदोलन
एक बार जब अंगीकार पत्र पर हस्ताक्षर हो गए, तो भारतीय सैनिकों ने हमलावरों को बाहर खदेड़ने के आदेश का पालन करते हुए कश्मीर में प्रवेश किया।इसके परिणामस्वरूप पहला भारत-पाकिस्तान युद्ध 1948 के अंत तक चला। 1948 की शुरुआत में, भारत इस मामले को संयुक्त राष्ट्र सुरक्षा परिषद में ले गया। सुरक्षा परिषद ने एक प्रस्ताव पारित किया जिसके तहत पाकिस्तान को जम्मू और कश्मीर के क्षेत्र से अपनी सेना के साथ-साथ पाकिस्तानी नागरिकों को वापस लेने के लिए कहा गया, और भारत को केवल उतने सैनिक रखने के लिए कहा, जितने कानून और व्यवस्था बनाए रखने के लिए पर्याप्त हों, जिसके पश्चात् एक जनमत संग्रह आयोजित किया जाए। 1 जनवरी 1949 को संयुक्त राष्ट्र के पर्यवेक्षकों द्वारा युद्ध विराम पर सहमति व्यक्त की गई थी।
१९७१ का भारत-पाक युद्ध
बंगाली प्रभाव को दबाने एवं उन्हें इस्लामाबाद की केन्द्रीय सरकार बनाने में हिस्सेदारी देने के अधिकार से रोकने के लिये एक विवादित वन युनिट कार्यक्रम चलाया गया जिसके अन्तर्गत पूर्वी एवं पश्चिमी पाकिस्तान की स्थापना की गई, किन्तु इस प्रयास का स्थानीय पश्चिमी लोगों द्वारा घोर विरोध किया गया, एवं इसके कारण सरकार के दोनों धड़ों को साथ-साथ चलाना असंभव होता गया। १९६९ में, तत्कालीन राष्ट्रपति याह्या खान ने प्रथम आम चुनावों की घोषणा की १९७० में पश्चिमी पाकिस्तान की स्थिति का स्थगन कर दिया जिससे की उसे अपनी १९४७ में पाकिस्तान की स्थापना के समय बनायी गई चार प्रान्तों वाली मूल विषम स्थिति में बहाल किया जा सके। इसके साथ-साथ ही वहां बंगालियों एवं बहु-जातीय पाकिस्तानियों के बीच धार्मिक एवं जातीय विवाद भी उठने लगे, क्योंकि बंगाली लोग उन प्रभावशाली पश्चिम पाकिस्तानियों से बहुत भिन्न थे।