भारत के अलगाववादी आंदोलन
एक बार जब अंगीकार पत्र पर हस्ताक्षर हो गए, तो भारतीय सैनिकों ने हमलावरों को बाहर खदेड़ने के आदेश का पालन करते हुए कश्मीर में प्रवेश किया।इसके परिणामस्वरूप पहला भारत-पाकिस्तान युद्ध 1948 के अंत तक चला। 1948 की शुरुआत में, भारत इस मामले को संयुक्त राष्ट्र सुरक्षा परिषद में ले गया। सुरक्षा परिषद ने एक प्रस्ताव पारित किया जिसके तहत पाकिस्तान को जम्मू और कश्मीर के क्षेत्र से अपनी सेना के साथ-साथ पाकिस्तानी नागरिकों को वापस लेने के लिए कहा गया, और भारत को केवल उतने सैनिक रखने के लिए कहा, जितने कानून और व्यवस्था बनाए रखने के लिए पर्याप्त हों, जिसके पश्चात् एक जनमत संग्रह आयोजित किया जाए। 1 जनवरी 1949 को संयुक्त राष्ट्र के पर्यवेक्षकों द्वारा युद्ध विराम पर सहमति व्यक्त की गई थी।
१९७१ का भारत-पाक युद्ध
युद्ध के पूर्वी मोर्चे पर, भारतीय पूर्वी नवल कमान ने वाइस एड्मिरल नीलकांत कृष्णन के नेतृत्त्व में पूर्वी पाकिस्तान को बंगाल की खाड़ी में एक नौसैनिक अवरोध बनाकर पश्चिमी पाकिस्तान से एकदम अलग-थलग कर दिया। इससे पूर्वी पाकिस्तानी नौसेना एवं आठ विदेशी व्यापारिक जहाज भी वहीं फंस गये। ४ दिसम्बर से विमानवाहक पोत को तैनात किया गया और उसके सी-हॉक लड़ाकू बमवर्षकों ने चटगांव एवं कॉक्स बाज़ार सहित पूर्वी पाक के कई तटवर्त्ती नगरों व कस्बों पर हमला बोल दिया। पाकिस्तान ने बदले की कार्रवाई में को भेजा, को संदेहजनक परिस्थितियों में रास्ते में ही, विशाखापट्टनम के निकट डूब गयी। सेना के भी कई भाग हो जाने के कारण पाक नौसेना ने रियर एड्मिरल लेज़्ली मुंगाविन पर भरोसा किया, एवं पाकिस्तान मैरीन्स के द्वारा भारतीय सेना के विरुद्ध जलीय युद्ध (रिवराइन वारफ़ेयर) आरम्भ किया, किन्तु उसमें उन्हें आश्चर्यजनक भीषण हानि हुई। जिसका मुख्य कारण उन्हें बांग्लादेश की आर्द्र भूमि के अनुभव की कमी तथा अभियान युद्ध की बारे में अज्ञानता ही थे। पाक नौसेना को हुई हानि में ७ तोपनावें, १ माइनस्वीपर, १ पनडुब्बी, २ ध्वंसक, ३ गश्तीदल वाहक नावें, तटरक्षकों के ३ गश्ती जहाज, १८ मालवाहक, आपूर्ति एवं संचार पोत, कराची बंदरगाह पर नौसैनिक बेसेज़ पर तथा डॉक्स पर हुए वृहत-स्तर की हानियां थीं। तटीय नगर कराची को भी काफ़ी हानि हुई। तीन मर्चेण्ट नेवी के जहाज – "अनवर बख़्श", "पास्नी" एवं "मधुमति" – aएवं दस छोटे जहाज पकड़े भी गये थे। लगभग १९०० नौसैनिक लापता हुए, जबकि १४१३ सेवारत लोगों को भारतीय सेना ने ढाका में पकड़ा। एक पाकिस्तानी विज्ञ, तारिक क्ली के अनुसार, पाकिस्तान को अपनी पाकिस्तान मैरीन्स की पूर्ण हानि हुई एवं लगभग आधी से अधिक नौसेना युद्ध में काम आ गयी।