ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
قرارگاه ثارالله
از سال ۱۳۷۴ سپاه پاسداران و مشخصاً قرارگاه ثارالله مأموریت یافتند در صورت بروز بحران مسئولیت امنیت پایتخت را برعهده گیرند. از ابتدای تشکیل این قرارگاه در سال ۱۳۷۴ تا پیش از حوادث انتخابات ۲۲ خرداد ۱۳۸۸ تعیین شرایط ویژه و سپردن مسئولیت امنیت پایتخت به این قرارگاه سه بار اتفاق افتاد؛ در جریان تجمع‌ها و شورش‌های خیابانی اسلامشهر در سال ۷۴، ۱۸ تیر ۷۸ و تجمع و شورش‌های خیابانی ۱۸ تیرماه ۱۳۸۲. در دو دوره ریاست جمهوری محمد خاتمی، محمدعلی جعفری که در آن زمان فرمانده نیروی زمینی سپاه بود در زمان تحصن نمایندگان مجلس ششم، در نامه‌ای به رهبر و روسای سه قوه، تحصن را مقدمه کودتا خواند و خواهان مجوز برخورد رسمی این قرارگاه با نمایندگان شده بود.