طراحی به کمک رایانه
همه رشته‌های مهندسی برای طراحی از نرم‌افزارهای مناسب خود استفاده می‌کنند. نرم‌افزارهای مورد استفاده در طراحی معماری و طراحی صنعتی اغلب نرم‌افزارهای گرافیکی هستند. از نرم‌افزارهای سه‌بعدی که بیشتر در طراحی معماری و طراحی صنعتی استفاده می‌شوند می‌توان به "اتوکد"،" سالیدورکس"، "اینونتور"، "سالید اج" و "مکانیکال دسکتاپ" اشاره کرد. علاوه‌بر این موارد، نرم‌افزارهای گرافیکی دو بعدی مانند "فتوشاپ"، "کورل‌دراو" و "فری‌هند" نیز بسیار پر کاربرد هستند. "کتیا"، "یونیگرافیکس" و "پرو/اینجینیر" هم از بهترین نرم‌افزارهای گرافیکی مورد استفاده‌هستند که با امکان محاسبات پیچیده مهندسی مانند محاسبات تنش‌های محوری و هزاران توانمندی حرفه‌ای دیگر به طراحان کمک کرده‌اند.
سامانه فیزیکی-سایبری
یک چالش در توسعه سامانه‌های جاسازی شده و سامانه‌های فیزیکی سایبری این است که تفاوت‌های زیادی در عمل طراحی بین رشته‌های مهندسی مختلف درگیر، مانند نرم‌افزار و مهندسی مکانیک وجود دارد. علاوه بر این تا به امروز هیچ زبانی به لحاظ عمل طراحی که بین تمام رشته‌های درگیر در CPS مشترک باشد، وجود ندارد. امروز در یک بازار که در آن نوآوری سریع ضروری است، مهندسین تمام رشته‌ها باید قادر به کشف سامانه طرح‌های همکاری، تخصیص مسئولیت‌ها به نرم‌افزار و عناصر فیزیکی، تجزیه و تحلیل و سبک‌سنگین کردن بین آنها باشد. پیشرفت‌های اخیر نشان می‌دهد که رشته‌های جفت با استفاده از co-simulation اجازه خواهد داد که رشته‌ها بدون اجرای ابزار جدید یا روش‌های طراحی همکاری کنند. پروژهٔ MODELISAR نشان می‌دهد که این رویکرد با پیشنهاد یک استاندارد جدید برای co-simulation در قالب رابط Mock-up کاربردی قابل دوام است.