گروگان‌گیری در سفارت ایالات متحده آمریکا
روزنامه وطن امروز به نقل از یک کارشناس امنیتی مدعی شد حمله به سفارت آمریکا در تهران در آبان ماه سال ۱۳۵۸، استراتژی کاخ سفید بود که توسط محمد موسوی خوئینی‌ها به اجرا گذاشته شد. این کارشناس امنیتی که هویتش مشخص نشده، به روزنامه طرفدار دولت احمدی‌نژاد گفته که موسوی خوئینی‌ها بدون هماهنگی با خمینی و به کمک چند تن از دانشجویان پیرو خط خمینی، اقدام به تسخیر سفارت آمریکا در تهران کرده‌است.
جمهوری اسلامی ایران و پرونده‌های تروریسم دولتی
در حادثه حملات ۱۱ سپتامبر، نیروهای القاعده در ۱۱ سپتامبر ۲۰۰۱ به صورت حمله انتحاری به مرکز تجارت جهانی (۲۰۰۱–۱۹۷۳) حمله کردند که ۳۰۰۰ نفر کشته شدند. مقامات آمریکایی و بستگان قربانیان حملات ۱۱ سپتامبر بارها ایران را بخشی از مقصران این حادثه دانسته‌اند. در روز جمعه، ۹ سپتامبر شبکه تلویزیونی العربیه در گزارش مفصلی گفت که ایران از طریق «فؤاد مغنیه» برادر عماد مغنیه، یکی از هدایتگران حزب‌الله لبنان، از عملیات ۱۱ سپتامبر آگاهی کامل داشته‌است؛ عماد مغنیه رابط جمهوری اسلامی ایران و القاعده بود، گاهی اوقات با سید علی خامنه‌ای ملاقات می‌کرد.