پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
اگزوریبونوکلئاز
این آنزیم‌ها برای شکستن پیوند «نوکلئوتید - نوکلئوتید»، یا از آب استفاده می‌کنند (فعالیت هیدرولیتیک با عدد گروه آنزیم ۳.۱) یا از فسفر غیر اُرگانیک (فعالیت فسفریلیک با عدد گروه آنزیم ۲.۷.۷). آنزیم‌های هیدرولیتیک آدنوزین دی‌فسفات رها می‌کنند و آنزیم‌های فسفریلیک آدنوزین مونوفسفات.