بی‌آلتی
ناهنجاری‌های مادرزادی مانند کریپتورکیتیسم، آژنزیس/دیسپلازی کلیه، ناهنجاری‌های اسکلتی عضلانی و قلبی ریوی نیز شایع هستند (> ۵۰٪ موارد) و از همین روی، ارزیابی بیمار از نظر ناهنجاری‌های داخلی الزامی است. اگرچه بی‌آلتی می‌تواند در هر نوع بدنی رخ دهد، اما این مسئله در مورد کسانی که بیضه دارند مشکل اساسی تری محسوب می‌شود و در گذشته بعضاً توجیهی برای تعیین جنسیت انتسابی و پرورش یک نوزاد پسر از نظر ژنتیکی به عنوان یک دختر در نظر گرفته شده‌است. البته بعدها این نظریه متعلق به دهه ۱۹۵۰ منسوخ شد و جای خود را به نظریه جنسیت به عنوان یک ساختار اجتماعی داد که بر مبنی آن، جنسیت یک کودک می‌تواند بدون توجه به ژنتیک یا فرایندهای شیمیایی مغزش، با توجه به محیط اجتماعی هر چه باشد. افراد بیناجنسی معمولاً به سختی از تغییر اجباری دستگاه تناسلی دفاع می‌کنند و نوزادان را ترغیب می‌کنند تا با انتخاب هویت جنسیتی خود بزرگ شوند. نظریه تعیین جنسیت انتسابی تا حد زیادی کنار گذاشته شده‌است و موارد تلاش برای پرورش کودکان به این روش هیچ موفقیتی در برنداشته است.
خردچشمی
یک پژوهش همه‌گیرشناسی گسترده در بارهٔ این ناهنجاری مادرزادی توسط دارماسنا و همکاران انجام شده‌است. آنها با استفاده از آمار بیمارستان ملی انگلیس، میزان ابتلای سالیانه بی‌چشمی، خردچشمی و ناهنجاری‌های مادرزادی حدقه/مجاری اشکی را از سال ۱۹۹۹ تا ۲۰۱۱ محاسبه کردند. بر اساس این مطالعه، بروز سالانهٔ خردچشمی مادرزادی در انگلستان در سال ۱۹۹۹، ۱۰/۸ (۱۳/۵–۸/۲) و در سال ۲۰۱۱، ۱۰/۰ (۱۲/۴–۷/۶) بود.