محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
اعدام دسته‌جمعی زندانیان عقیدتی-سیاسی ایران در تابستان ۱۳۶۷
به دنبال حمله نیروهای سازمان مجاهدین با حمایت ارتش عراق در غرب ایران در تاریخ۴ مرداد ماه ۱۳۶۷ و به فاصله شش روز بعد از قطعنامه ۵۹۸ شورای امنیت که به نام عملیات عملیات مرصاد نام‌گذاری شد. روح‌الله خمینی رهبر انقلاب طی حکمی افرادی را مأمور کرد تا با بررسی مجدد پرونده زندانیان سیاسی افرادی را که هم‌چنان بر سر موضع خود مشخص و دربارهٔ آنان با توجه به اینکه ظن شورش در زندان برایشان متصور بود صادر کنند. که متن نامه‌ها در خاطرات حسینعلی منتظری که در آن زمان از مقامات رده بالای جمهوری اسلامی و قائم مقام رهبری بوده‌است، و با اعدام‌ها مخالف بوده‌است، وجود دارند.