استیضاح
در صورتی که حداقل یک سوم از نمایندگان مجلس شورای اسلامی رئیس‌جمهور را در مقام اجرای وظایف مدیریت قوة مجریه و اداره امور اجرایی کشور مورد استیضاح قرار دهند، رئیس‌جمهور باید ظرف مدت یک ماه پس از طرح آن در مجلس حاضر شود و در خصوص مسائل مطرح شده توضیحات کافی بدهد. در صورتی که پس از بیانات نمایندگان مخالف و موافق و پاسخ رئیس‌جمهور، اکثریت دو سوم کل نمایندگان به عدم کفایت رئیس‌جمهور رأی دادند مراتب جهت اجرای بند ده اصل یکصد و دهم به اطلاع مقام رهبری می‌رسد.
لوایح دوگانه
خاتمی پیش از رد مجدد لوایح در شورای نگهبان گفته بود لایحه تبیین اختیارات «اگر تصویب نشود، دیگر رئیس‌جمهوری آن نیست که قانون اساسی معین کرده و مردم باید بدانند که به چه رئیس‌جمهوری رأی می‌دهند و چه توقعی از او دارند»؛ خاتمی لایحه اصلاح قانون انتخابات را نیز برای تثبیت حق مسلم مردم و اهتمام به آن می‌دانست، آن‌طوری‌که مورد نظر جمهوری اسلامی ایران است. یک لایحه در مورد تبیین (افزایش) اختیارات رئیس‌جمهور و لایحهٔ دیگر در مورد اصلاح قانون انتخابات بود. این لایحه توسط شورای نگهبان رد شد و نمایندگان مجلس ششم تصمیم بر استعفای جمعی یا تحصن گرفتند که تحصن را به نمایش گذاشتند. محمد خاتمی نیز تهدید به استعفا کرد. عاقبت لوایح توسط محمد خاتمی باز پس گرفته شد.