گرایش جنسی
از آنجا که جنین‌های مؤنث دو کروموزوم ایکس و جنین‌های مذکر یک جفت کروموزوم XY دارند، بنابراین کروموزوم Y مسئول است که تمایزهای مربوط به مذکر شدن را در جنینی که تمایزهای جنس مؤنث هنوز در آن ناقص است ایجاد نماید. روند مذکر شدن از طریق هورمون‌های آندروژنی، خصوصاً تستوسترون و دی‌هیدروتستوسترون (DHT) انجام می‌شود. بیضه‌های تازه شکل گرفته در جنین، مسئول ترشح آندروژن‌هایی هستند که در ایجاد تمایز جنسی جنین در حال رشد (که شامل تأثیر بر مغز جنین نیز می‌شود) همکاری می‌کنند. این منجر به تمایز جنسی بین مذکرها و مؤنث‌ها می‌شود. این واقعیت سبب شده‌است که دانشمندان در آزمایش‌هایی با روش‌های مختلف پستانداران را طی مراحل جنینی و ابتدای حیات، در معرض سطوح تغییریافتهٔ آندروژن قرار دهند تا نتیجهٔ آن را بررسی نمایند.
روش گزینش جنسی XY
در انسان‌ها، حضور کروموزوم Y عامل تحریک و آغاز رشد انسان نر (مرد) است. در صورت موجود نبودن کروموزوم Y، جهت رشد و نمو جنین به‌سوی شکل‌گیری جنسیت ماده (زن) خواهد بود. مهم‌تر از این و به‌ویژه، این عامل ایجاد بیضه است که در کروموزوم Y قرار دارد و از این رو در تمایز جنسیتی مرد از اهمیت بالا برخوردار است. تغییرات و اختلال‌های کروموزومی می‌تواند شامل ناهنجاری‌های نادری مانند سندرم جنسیتی XX (اغلب به دلیل جابه‌جایی ژن SRY به کروموزوم X)، یا هیپوگنادیزم XY در افرادی که به دلیل دگرگونی‌ها در ژن SRY ظاهری زنانه دارند. علاوه بر این، دگرگونی‌های ژنتیکی کمیاب دیگری مانند نشانگان ترنر و سندرم کلاین‌فلتر (XXY) نیز دیده می‌شود.