کلیسای گئورگ مقدس (نو جلفا)
کلیسای گئورگ مقدس ، کلیسایی در محله جلفای اصفهان است و بر اساس سنگ نوشته‌های نصب شده در جلوی محراب آن در سال ۱۶۱۱ میلادی به دست بازرگان معروف جلفا، خواجه نظر، ساخته شده و به همین علت هم به کلیسای خواجه معروف است.
کلیسای وانک
بخش دیگری از این موزه به کلیسا، مدرسه و آلات موسیقی قدیمی ارامنه اختصاص دارد؛ در بخش چهارم نیز تصاویر ۳۰ نفر از نامداران محله جلفا قابل مشاهده است. در گذشته کارهای اداری و قضایی ارمنی‌های جلفا در این مکان صورت می‌گرفت از تنظیم قباله ازدواج تا تعمیر و ثبت فوت و تولد و امور قضایی مثل شکایات و رسیدگی به ان انجام می‌شد این امر در حال حاضر ادامه دارد و ارمنی‌های جلفا برای کارهای خود به این محل رفت‌وآمد می‌کنند. برای همین در دیر آمنا پرگیچ ساختمانی ساخته می‌شود که در حال حاضر نیز برپاست و خدمتگزاران مردم در این مکان به کارهای جامعهٔ ارمنی در جلفا رسیدگی می‌کنند. البته در گذشته امور ارمنی‌های بعضی از کشورها مثل هند نیز در دیر آمناپرکیچ حل و فصل می‌شده ولی در حال حاضر فقط به امور ارمنی‌های جنوب ایران رسیدگی می‌کنند. این مکان در جنوبی‌ترین قسمت دیر واقع است و سال ساخت آن به زمان سلطنت ناصرالدین‌شاه قاجار بازمی‌گردد. در قسمت شرقی دیر روبروی موزه محل اسکان اسقف یا خلیفه وقت ساخته شده‌است دو طبقه دارد که در طبقهٔ اول وسائل و مایحتاج دیر در آن نگهداری می‌شود و طبقهٔ دوم محل سکونت اسقف است.