مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
اوپن‌بی‌اس‌دی
میزکارهای گرافیکی، مجموعه‌های اداری، مرورگرهای وب و دیگر برنامه‌هایی که یک کاربر عادی به آن‌ها نیاز دارد، برای اوپن‌بی‌اس‌دی هم در دسترس هستند. اوپن‌بی‌اس‌دی از گونه‌های پرشمار ابزارهای توسعه، سرورهای شبکه و دیگر قابلیت‌هایی که بکار برنامه‌نویسان و توسعه‌دهندگان وب می‌خورند، پشتیبانی می‌کند. اوپن‌بی‌اس‌دی از برنامه‌های پکت اسنیفر، برنامه‌های کاوش و بازبینی ترافیک شبکه، و دیگر برنامه‌هایی که شاید یک مدیر شبکه به آن‌ها نیاز داشته باشند، پشتیبانی می‌کند. اوپن‌بی‌اس‌دی یک نسخهٔ ویژه از سیستم پنجره‌بندی اکس برای خود دارد که زینوکارا نام دارد و در نصب پیش‌فرض اوپن‌بی‌اس‌دی هم گنجانده شده‌است. با این همه، برای اینکه در نصب پیش‌فرض اوپن‌بی‌اس‌دی برنامه‌های کاربردی کمی وجود دارد، اوپن‌بی‌اس‌دی بی‌درنگ آمادهٔ به‌کارگیری بر روی یک رایانه رومیزی نیست و در سنجش با سیستم‌عامل‌های دیگر همچون برخی از توزیع‌های لینوکس، نیازمند تلاش‌های بیشتری است تا برای یک میزکار آماده شود.