محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
شورش بابیان
دربارهٔ شمار بابیانِ قتل‌عام، عدد دقیقی در دست نیست. یکی از پژوهش‌های متأخر، این عدد را کمی بیش از سه هزار نفر، برآورد کرده‌است که بیشترشان در درگیری‌های طبرسی، نیریز و زنجان، کشته شدند. تعداد، احتمالاً از این مقدار، بیشتر است، به ویژه به دلیل اینکه نام‌ها و مسئلهٔ اعدام بابیانی که در سال ۱۸۵۲ کشته شدند، جایی ثبت نشده‌است. بیشتر کشته‌شدگان، مرد بودند؛ البته به فهرست کشته‌شدگان مورد نظر، آن دسته از زنان، کودکان و سالمندانی که از سختی و گرسنگی، درگذشتند نیز باید افزود. در منابع بهائی، عدد کشته‌شدگان را کم و بیش، بیست هزار تن، اعلام شده‌است. برخی از افراد قتل‌عام شدهٔ پیش‌گفته، بهائی بودند.