بی‌آلتی
ناهنجاری‌های مادرزادی مانند کریپتورکیتیسم، آژنزیس/دیسپلازی کلیه، ناهنجاری‌های اسکلتی عضلانی و قلبی ریوی نیز شایع هستند (> ۵۰٪ موارد) و از همین روی، ارزیابی بیمار از نظر ناهنجاری‌های داخلی الزامی است. اگرچه بی‌آلتی می‌تواند در هر نوع بدنی رخ دهد، اما این مسئله در مورد کسانی که بیضه دارند مشکل اساسی تری محسوب می‌شود و در گذشته بعضاً توجیهی برای تعیین جنسیت انتسابی و پرورش یک نوزاد پسر از نظر ژنتیکی به عنوان یک دختر در نظر گرفته شده‌است. البته بعدها این نظریه متعلق به دهه ۱۹۵۰ منسوخ شد و جای خود را به نظریه جنسیت به عنوان یک ساختار اجتماعی داد که بر مبنی آن، جنسیت یک کودک می‌تواند بدون توجه به ژنتیک یا فرایندهای شیمیایی مغزش، با توجه به محیط اجتماعی هر چه باشد. افراد بیناجنسی معمولاً به سختی از تغییر اجباری دستگاه تناسلی دفاع می‌کنند و نوزادان را ترغیب می‌کنند تا با انتخاب هویت جنسیتی خود بزرگ شوند. نظریه تعیین جنسیت انتسابی تا حد زیادی کنار گذاشته شده‌است و موارد تلاش برای پرورش کودکان به این روش هیچ موفقیتی در برنداشته است.
جابه‌جایی کروموزومی
احتمال وقوع این خطا به شکل ۱ نفر از میان ۵۰۰ کودک تازه به دنیا آمده تا ۱ نفر از ۶۲۵ کودک انسان تخمین زده شده‌است. چنین جابه‌جایی‌هایی معمولاً بدون خطر بوده و به کمک تشخیص پیش از تولد شناسایی می‌شوند. با این وجود، داشتن جابه‌جایی کروموزومی متعادل، باعث افزایش خطر ساخت گامتهایی با جابه‌جایی کروموزومی نامتعادل شده که باعث سقط جنین یا تولد کودکان همراه با ناهنجاری می‌شود. مشاورهٔ ژنتیکی و ازمایش‌های ژنتیک برای خانواده‌هایی که احتمال جابه‌جایی در آن‌ها وجود دارد پیشنهاد می‌شود. بیش‌تر افراد حامل جابه‌جایی متعادل سالم هستند و علامتی ندارند، اما نزدیک به ۶درصد از آن‌ها علایمی مانند اوتیسم، کم‌توانی ذهنی یا ناتوانی‌های مادرزادی را به همراه دارند. خراب شدن یک ژن یا عدم بیان ژن در یک نقطهٔ شکسته شده می‌تواند باعث ایجاد علایم مذکور شود.