محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
اعدام دسته‌جمعی زندانیان عقیدتی-سیاسی ایران در تابستان ۱۳۶۷
الان دهه محرم است، یک مقدار دست نگه دارید»، بعد به آن‌ها گفتم: «اگر امام اصرار دارند شما یک عده از آن‌ها را که در زندان شیطنت می‌کنند و تبلیغ و فعالیت دارند مجدداً با روش صحیح بازجویی کنید و آن‌ها را درست محاکمه کنید و پس از محاکمه اگر محکوم به اعدام شدند اعدام‌شان کنید، در این صورت لااقل کسی نمی‌گوید کسی را که به پنج سال زندان محکوم شده‌است جمهوری اسلامی اعدام کرده‌است».