ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
علیرضا افشار
یک دگرگونی خاص در ساختار فرماندهی سپاه پاسداران در سال ۱۳۶۳ موجب شد تا ستاد مرکزی سپاه تحت نظر فرمانده کل سپاه درآمده و به ستاد کل سپاه تبدیل شود. علیرضا افشار که سخنگوی سپاه بود، در اواسط آبان ۱۳۶۳ به ریاست ستاد کل نیز منصوب شد و تا اواخر جنگ، ریاست ستاد کل سپاه را دراختیار داشت. وی در سال ۱۳۶۶ جای خود را به محمد فروزنده داد. فیروزآبادی معاون امور دفاعی نخست‌وزیر با اشاره به برخی نارضایتی‌ها از عملکرد مسئولین دولت در مدیریت جنگ، عدم پشتیبانی لازم از جبههٔه جنگ را دلیل اصلی تأسیس یک نهاد جدید به نام شورای عالی پشتیبانی جنگ می‌داند. ریاست این شورا با رئیس‌جمهور خامنه‌ای بود و دبیران آن نیز فیروزآبادی، افشار و سید علی مقدم بودند. این شورا از تیر ۱۳۶۶ به‌طور رسمی آغاز به کار کرده بود. با انتصاب اکبر هاشمی رفسنجانی به جانشینی فرمانده کل قوا در خرداد ۱۳۶۷، ستاد فرماندهی کل قوا نیز به منظور هماهنگی بین تمامی نیروهای نظامی و انتظامی در تمامی زمینه‌ها تأسیس شد. تا پیش از آن، برای هماهنگی اقدامات تاکتیکی سازمان‌های دفاعی در انجام عملیات‌ها، از قرارگاه‌های عمل مشترک نظیر کربلا و خاتم‌الانبیا استفاده می‌شد اما سطح این قرارگاه‌ها، تاکتیکی بود و به لحاظ حوزه تحت کنترل نیز، صرفاً سازمان‌های عمل‌کننده نظامی را در بر می‌گرفت. علیرضا افشار یکی از اعضای ستاد از ابتدای تأسیس آن بود. او در منصب معاونت نیروی انسانی قرار داشت.