بی‌آلتی
ناهنجاری‌های مادرزادی مانند کریپتورکیتیسم، آژنزیس/دیسپلازی کلیه، ناهنجاری‌های اسکلتی عضلانی و قلبی ریوی نیز شایع هستند (> ۵۰٪ موارد) و از همین روی، ارزیابی بیمار از نظر ناهنجاری‌های داخلی الزامی است. اگرچه بی‌آلتی می‌تواند در هر نوع بدنی رخ دهد، اما این مسئله در مورد کسانی که بیضه دارند مشکل اساسی تری محسوب می‌شود و در گذشته بعضاً توجیهی برای تعیین جنسیت انتسابی و پرورش یک نوزاد پسر از نظر ژنتیکی به عنوان یک دختر در نظر گرفته شده‌است. البته بعدها این نظریه متعلق به دهه ۱۹۵۰ منسوخ شد و جای خود را به نظریه جنسیت به عنوان یک ساختار اجتماعی داد که بر مبنی آن، جنسیت یک کودک می‌تواند بدون توجه به ژنتیک یا فرایندهای شیمیایی مغزش، با توجه به محیط اجتماعی هر چه باشد. افراد بیناجنسی معمولاً به سختی از تغییر اجباری دستگاه تناسلی دفاع می‌کنند و نوزادان را ترغیب می‌کنند تا با انتخاب هویت جنسیتی خود بزرگ شوند. نظریه تعیین جنسیت انتسابی تا حد زیادی کنار گذاشته شده‌است و موارد تلاش برای پرورش کودکان به این روش هیچ موفقیتی در برنداشته است.
سیفلیس
می‌توان از طریق غربالگری مادران در طول دوران بارداری و درمان کسانی که مبتلا هستند، از ابتلای نوزادان به سیفلیس مادرزادی پیشگیری کرد. کارگروه خدمات پیشگیرانه در ایالات متحده (USPSTF) بر غربالگری جهانی همه زنان باردار به شدت تأکید دارد، این در حالیست که سازمان بهداشت جهانی توصیه می‌کند که باید همهٔ زنان در اولین بررسی‌های پیش از زایمان و نیز مجدداً سه ماه بعد مورد آزمایش قرار گیرند. اگر جواب آزمایش مثبت بود، آن‌ها باید به همسران خود توصیه کنند که تحت درمان قرار گیرند. البته، سیفلیس مادرزادی همچنان در کشورهای در حال توسعه شیوع دارد، چرا که در این کشورها بسیاری از زنان اصلاً از مراقبت قبل از تولد بهره‌مند نیستند، و کسانی هم که از مراقبت‌های قبل از تولد برخوردار هستند مورد غربالگری قرار نمی‌گیرند. انتقال بیماری از مادر به فرزند هنوز گاه در کشورهای توسعه‌یافته روی می‌دهد، چرا که در این کشورها کسانی که مستعد ابتلا به سیفلیس (از راه مواد مخدر و غیره) هستند، شانس کمتری نیز برای تحت مراقبت بودن در دوران بارداری در مقایسه با دیگر زنان دارند. به نظر می‌رسد در کشورهایی با درآمد کم یا متوسط، اقدامات صورت گرفته در جهت افزایش دسترسی مردم به انجام آزمایش، در کاهش نرخ ابتلا به سیفلیس مادرزادی نقش مؤثری داشته‌است.