مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
در نوامبر سال ۲۰۱۲، تیم امنیتی فری‌بی‌اس‌دی بیان داشت که به دو تا از سرورهای پروژه فری‌بی‌اس‌دی به شکل غیرمجازی رخنه شده‌است. این سرورها بی‌درنگ خاموش شده و به حالت آفلاین درآمدند. کاوش‌های بیشتر نشان داد که نخستین دسترسی غیرمجاز به این سرورها در تاریخ ۱۹ سپتامبر رخ داده‌است. گویا این رخنهٔ غیرمجاز، با دزدیدن کلیدهای اس‌اس‌اچ یکی از توسعه‌دهندگان فری‌بی‌اس‌دی انجام گرفته بود و رخنه‌گران نتوانسته بودند حفرهٔ امنیتی را در خود فری‌بی‌اس‌دی پیدا کرده و از آن بهره‌برداری کنند. تیم امنیتی فری‌بی‌اس‌دی، با بررسی کردن کدهای سیستم‌عامل و برنامه‌های جانبی، به این نتیجه رسیدند که هیچ دگرگونی غیرمجازی در آن‌ها رخ نداده‌است، با این حال آن‌ها گفتند که نمی‌توانند صحت و درستی بسته‌هایی که در تاریخ ۱۹ سپتامبر تا ۱۱ نوامبر از سرورها دانلود شده‌اند را تضمین کنند. این دو سرور از آن دسته ماشین‌هایی بودند که برای کامپایل کردن بسته‌های باینری بکارگرفته می‌شوند. این پیشامد، انگیزه‌ای شد برای توسعه‌دهندگان فری‌بی‌اس‌دی تا روند کوچ کردن از سی‌وی‌اس به سابورژن را با شتاب بیشتری دنبال کنند.