زمین
درون زمین را مانند دیگر سیاره‌های خاکی می‌توان بسته به تفاوت‌های شیمیایی و فیزیکی (رئولوژی) که در آن دیده می‌شود، به چندین لایه تقسیم کرد. زمین بر خلاف دیگر سیاره‌های خاکی از دو هستهٔ بیرونی و درونی جدا از هم ساخته شده‌است. لایهٔ بیرونی زمین که پوسته نام دارد، جامد است و بیشتر از سیلیکات‌ها ساخته شده‌است. درست در زیر پوسته، گوشتهٔ جامد، لایه‌ای با گرانروی بسیار بالا قرار دارد. پوسته و گوشته با کمک لایه‌ای به نام ناپیوستگی موهوروویچیچ از هم جدا می‌شوند. ضخامت پوسته در نقاط گوناگون زمین تغییر می‌کند، این ضخامت به‌طور متوسط در زیر اقیانوس‌ها حدود ۶ کیلومتر است و در بخش‌های قاره‌ای به ۳۰ تا ۵۰ کیلومتر هم می‌رسد. مجموعهٔ پوسته و ناحیهٔ بالایی گوشته که سرد و سخت است روی هم لیتوسفر نام دارد. زمین‌ساخت بشقابی یا همان صفحه‌های تکتونیکی مربوط به لیتوسفر است. در زیر لیتوسفر، لایهٔ آستنوسفر قرار دارد. این لایه به نسبت از گرانروی کمتری برخوردار است به گونه‌ای که لیتوسفر بر روی آن روان است. دگرگونی‌های مهم در ساختار بلوری در گوشته در عمقی میان ۴۱۰ تا ۶۶۰ کیلومتری از سطح زمین رخ می‌دهد. این بازه، که ناحیهٔ گذار نام دارد، گوشتهٔ بیرونی و درونی را از یکدیگر جدا می‌کند. در زیر گوشته، لایه‌ای با گرانروی بسیار کم قرار دارد، این لایه که هستهٔ بیرونی نام دارد بر روی لایهٔ جامد و در حال گردش هستهٔ درونی جای گرفته‌است.
لایه سطحی
لایهٔ سطحی در تمام باکتری‌های باستانی و در بسیاری از باکتری‌ها وجود دارد، با این‌حال این ساختار در موجودات زندهٔ گوناگون، از لحاظ تقارن و واحد ابعاد یاخته‌ای، یکتا و منحصربه‌فرد است چرا که در اجزای سازندهٔ آن‌ها تفاوت‌های اساسی وجود دارد. با بررسی ترادف پروتئین‌های لایهٔ سطحی، پیش‌بینی شده است که اندازه پروتئین‌های آن‌ها بین ۴۰ تا ۲۰۰ کیلودالتون بوده و ممکن است از نواحی چندگانه‌ای که گاهی از لحاظ ساختاری با هم در ارتباطند تشکیل شده باشند. از زمان کشف در دهه ۱۹۶۰ میلادی، ساختار لایهٔ سطحی به شکل گسترده‌ای به روش میکروسکوپ الکترونی بررسی شده و به کمک تصاویری با وضوح متوسط از این لایه‌های سطحی، داده‌های سودمندی درباره ریخت‌شناسی آن‌ها به دست آمده است. به تازگی ساختارهایی با وضوح بالا از پروتئین (MA0829) لایه‌های سطحی یک باکتری باستانی به نام Methanosarcina acetivorans C2A و پروتئین (SbsB) از لایهٔ سطحی باکتری Geobacillus stearothermophilus PV72 به روش کریستالوگرافی پرتو ایکس شناسایی شده‌اند. بر خلاف ساختارهای کریستالی موجود، که نشان‌دهندهٔ نواحی تک و منحصربه‌فردی از پروتئین‌های لایهٔ سطحی یا اجزاء شبه پروتئینی کوچک هستند، ساختارهای MA0829 و Sbs، مدل‌هایی با وضوح بسیار بالا از لایهٔ سطحی دو باکتری یاد شده هستند. این مدل‌ها دارای تقارن شش وجهی (P6) برای M. acetivorans و مورب (P2) برای G. stearothermophilus هستند و ویژگی‌های مولکولی آن‌ها شامل ابعاد و میزان منافذ، دارای هم‌خوانی خوبی با داده‌های به دست آمده از مطالعات میکروسکوپ الکترونی لایه‌های سطحی باکتری‌های باستانی و باکتری‌ها است.