محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
کشتار دجیل
در ۲۳ مارس ۱۹۸۵، ۹۶ نفر از ۱۰۵ محکومی که هنوز زنده بودند، اعدام شدند. دو نفر از محکومان به‌طور تصادفی آزاد شدند و نفر سوم، به اشتباه به زندان دیگری منتقل شد و زنده ماند. ۹۶ نفر شامل چهار عضو خانواده عبدالامیر که قبلاً بی‌گناه شناخته شده و دستور آزادی آن‌ها صادر شده بود، به اشتباه اعدام شدند. پس از بررسی‌های مجدد، به صدام پیشنهاد شد که کشته‌شدگان خانوادهٔ عبدالامیر، «شهید» اعلام شده و اموال مصادره‌شده، به بستگان آن‌ها بازگردانده شود. صدام با این پیشنهاد، موافقت کرد و دستور پیگرد قانونی افسر مسئول را صادر کرد. آن افسر به سه سال حبس محکوم شد.