بی‌آلتی
ناهنجاری‌های مادرزادی مانند کریپتورکیتیسم، آژنزیس/دیسپلازی کلیه، ناهنجاری‌های اسکلتی عضلانی و قلبی ریوی نیز شایع هستند (> ۵۰٪ موارد) و از همین روی، ارزیابی بیمار از نظر ناهنجاری‌های داخلی الزامی است. اگرچه بی‌آلتی می‌تواند در هر نوع بدنی رخ دهد، اما این مسئله در مورد کسانی که بیضه دارند مشکل اساسی تری محسوب می‌شود و در گذشته بعضاً توجیهی برای تعیین جنسیت انتسابی و پرورش یک نوزاد پسر از نظر ژنتیکی به عنوان یک دختر در نظر گرفته شده‌است. البته بعدها این نظریه متعلق به دهه ۱۹۵۰ منسوخ شد و جای خود را به نظریه جنسیت به عنوان یک ساختار اجتماعی داد که بر مبنی آن، جنسیت یک کودک می‌تواند بدون توجه به ژنتیک یا فرایندهای شیمیایی مغزش، با توجه به محیط اجتماعی هر چه باشد. افراد بیناجنسی معمولاً به سختی از تغییر اجباری دستگاه تناسلی دفاع می‌کنند و نوزادان را ترغیب می‌کنند تا با انتخاب هویت جنسیتی خود بزرگ شوند. نظریه تعیین جنسیت انتسابی تا حد زیادی کنار گذاشته شده‌است و موارد تلاش برای پرورش کودکان به این روش هیچ موفقیتی در برنداشته است.
تغذیه و بارداری
مقدار ناکافی یا زیاد برخی از مواد مغذی می‌تواند باعث ناهنجاری یا مشکلات پزشکی در جنین شود و اختلالات عصبی و معلولیت برای نوزاد خطری است که توسط مادرانی که دچار سو تغذیه هستند، ایجاد می‌شود. تخمین زده می‌شود که ۲۴٪ از نوزادان در سراسر جهان به دلیل کمبود تغذیه مناسب با وزن کمتر از حد مطلوب متولد می‌شوند. عادات شخصی تغذیه ای مادر مانند مصرف الکل یا مقدار زیادی کافئین می‌تواند بر رشد کودک تأثیر منفی داشته باشد و حتی عوارض جبران ناپذیری ایجاد کند که در مراحل اولیه بارداری اتفاق می‌افتد.