مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
در ژانویه ۱۹۹۲، شرکت بی‌اس‌دی‌آی آغاز به فروختن یک نسخهٔ تجاری از Net-2 کرد که بی‌اس‌دی/اواس نام داشت. کمی پس از آن، AT&T ادعا کرد که کدهای یونیکس AT&T به گونهٔ غیرمجازی در BSD/OS گنجانده شده و بنابراین بی‌اس‌دی‌آی را به دادگاه کشاند. سرانجام نهایی این دادگاه هیچگاه به گونهٔ همگانی بیان نشد. تنها چیزی که به گونهٔ همگانی به آگاهی رسید این بود که کدهایی که AT&T ازآن خود می‌دانست، از بی‌اس‌دی/اواس زدوده شوند و بی‌اس‌دی/اواس به جای Net-2، کدهای 4.4BSD-Lite را بکار برد. هرچند که دادگاه پروژهٔ فری‌بی‌اس‌دی را گناهکار نشناخته بود، اما از بیم پیش‌آمدن کشمکش با AT&T، قرار شد که فری‌بی‌اس‌دی هم به جای 386BSD، کدهای 4.4BSD-Lite را برای پایهٔ سیستم خود بکار برد. این کوچ‌کردن به 4.4BSD-Lite، وقفه‌ای در توسعه این سیستم‌عامل‌ها به وجود آورد و روند توسعهٔ آن‌ها را در آن سال‌ها آهسته کرد. نسخه ۲٫۰ نخستین نسخه‌ای بود که هیچ کدی از AT&T در آن نبود. این نسخه در نوامبر ۱۹۹۴ پخش شد.