پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
سنتز نوکلئوزیدها
(4)2-دئوکسی قندها به دلیل اینکه گروه بنزوئیل نداریم قادر به تشکیل کاتیون حلقوی 1 نیست. به جای آن، تحت شرایط اسیدی لوئیس آنها یک یون اکسوکاربنیوم تثبیت شده با رزونانس را ایجاد می‌کنند. دیاسترو انتخاب شده حمله هسته دوست به این واسطه بسیار کمتر از استریو انتخاب حمله به کاتیون حلقوی 1 است. به این دلیل استریو را انتخاب می‌کنیم که، دئوکسی ریبونوکلئوزیدها به طور معمول با استفاده از روش‌هایی به جز واکنش SHJ تولید می‌شوند.