ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
جهاد دانشگاهی
پس از شروع جنگ میان ایران و عراق در شهریور ۱۳۵۹، در جلسه‌ای با حضور روح‌الله خمینی به پیشنهاد سپاه و با طرح موضوع توسط آقای هاشمی رفسنجانی تصمیم گرفته شد سازمانی در کنار دانشگاه‌ها ایجاد شود تا بتوان از قابلیت استادان و دانشجویان علاوه بر حضور فیزیکی به عنوان رزمنده، برای کمک به نیازهای فنی و تخصصی در جبهه‌ها و از تلاشهای خلاقانه جهت تهیه وسایل و تجهیزات جدید برای تسهیل امور و برتری در میدان رزم استفاده کرد. این وظیفه به عهدهٔ جهاد دانشگاهی گذاشته شد که برای مدتی با تصویب ستاد انقلاب فرهنگی، تحت عنوان «ستاد اجرایی انقلاب فرهنگی» به فعالیت می‌پرداخت.