ترومبوز سیاهرگی
ترومبوز رگ‌های خونی (سیاهرگ یا سرخرگ) باعث اختلال در جریان خون بدن می‌گردد، که شدت آن به اندازه ترومبوز، محل درگیری و نوع رگ بستگی دارد. به حرکت ترومبوز (لخته خونی) آمبولی می‌گویند و درصورت آمبولی ریه، احتمال مرگ بیمار وجود دارد.
هموگلوبینوری حمله‌ای شبانه
چهل درصد از افراد مبتلا به PNHدچار ترومبوز (لخته خون) در برخی از مراحل بیماری خود می‌شوند. این مهم‌ترین عامل در بروز عوارض شدید و مرگ در بیماری PNH می‌باشد. این‌ها ممکن است در جایگاه‌های متداول ایجاد شوند (از جمله ترومبوز ورید عمقی پا وآمبولی ریوی که زمانی اتفاق میفتدکه این لخته‌ها جدا می‌شوند و وارد بافت ریه می‌شوند). اما در PNH لخته‌های خونی ممکن است در جایگاه‌های کم‌تر متداول و غیرعادی ایجاد شوند از جمله :ورید کبدی (سندرم باد -شیاری) , سیاهرگ کبد (ایجاد ترومبوز سیاهرگ کبد), ورید مزانتریک فوقانی و تحتانی ورگ‌های پوستی. ترومبوز وریدی مغز که نوعی سکتهٔ مغزی نادر است در افراد مبتلا به PNH شایع تر می‌باشد.