مخمر شراب‌سازی
نقش مخمر در شراب‌سازی مهم‌ترین بخش در تبدیل آب انگور به شراب و شراب‌سازی است. مخمر، قند موجود در آب انگور را به الکل و دی‌اکسید کربن تبدیل می‌کند و هر چه مقدار قند موجود در آب انگور بیشتر باشد، میزان الکل محلول بیشتر می‌شود. ساکارومیسس سرویزیه همان مخمر شراب است که در تهیه آبجو و نان هم استفاده می‌شود. در میانه سده ۱۹، دانشمند فرانسوی به نام لویی پاستور از طرف دولت فرانسه مسئول پژوهش دربارهٔ ازبین‌رفتن (مزه) برخی شراب‌ها شد و همین باعث کشف میکروارگانیسم‌های مخمر توسط او شد و نام او را در صدر فهرست پدران علم میکروبیولوژی قرار داد.
جانداران دستکاری‌شده ژنتیکی
علاوه بر این میکروارگانیسم‌های مهندسی شده ژنتیکی مختلفی به‌طور معمول به عنوان منابع آنزیمی برای تولید انواعی از غذاهای فرآوری شده‌استفاده می‌شوند. این منابع آنزیمی شامل آلفا-آمیلاز که نشاسته را به قند ساده تبدیل می‌کند، کیموزین از باکتری‌ها و قارچ‌ها (که پروتئین شیر را برای ساخت پنیر منعقد می‌کند) و پکتین استراز از قارچ (که شفافیت آبمیوه را بهبود می‌دهد) می‌باشد.