مدلسازی عامل بنیان
امروزه عامل‌های هوشمند به‌طور وسیعی در پروژه‌های عملیاتی و تحقیقاتی مورد استفاده قرار می‌گیرند. موسسات و شرکت‌هایی مانند IBM، دایملر کراسلر، وزارت دفاع آمریکا و ناسا به‌طور موفقیت‌آمیزی از سیستم‌های مبتنی بر عامل استفاده می‌کنند و بکارگیری عامل‌ها رفته رفته به یک موضوع حیاتی در فرایندهای توزیع شده و غیر متمرکز تبدیل شده‌است. تمامی این تلاش‌ها را می‌توان به ۴ گروه زیر طبقه‌بندی کرد. مدلسازی عامل بنیان (ABM) یک روش مناسب برای شبیه‌سازی سیستم‌های پیچیده اقتصادی، اجتماعی و به‌طور کلی سیستم‌های پیچیده‌است. این روش مکمل و بسط روش‌های اقتصادسنجی است که تعاملات میان عامل‌های سیستم و سازگاری در سیستم را ترکیب می‌کند. از آنجا که ABM مطالعه واحدهای فردی را ممکن می‌کند، ناهمگنی در میان عامل‌های سیستم ایجاد می‌شود.
مدل‌سازی مولکولی
مدل‌سازی مولکولی یکی از سریعترین زمینه‌های علم از نظر رشد است. این ممکن است از ساخت و تصویرسازی مولکول‌های ساده در سه بعد (3D) تا انجام شبیه‌سازی‌های پیچیده رایانه ای بر روی پروتئین‌ها و نانوساختارهای بزرگ متفاوت باشد. مدل‌سازی مولکولی مجموعه‌ای از تکنیک‌های مبتنی بر رایانه برای رانندگی، بازنمایی و دستکاری در ساختارها و واکنش‌های مولکول‌ها و آن دسته از خصوصیات وابسته به این ساختارهای سه بعدی است. روشهای مدل‌سازی مولکولی اکنون به‌طور معمول برای بررسی ساختار، پویایی، خصوصیات سطح و ترمودینامیک سیستمهای معدنی، بیولوژیکی و پلیمری مورد استفاده قرار می‌گیرند. انواع فعالیتهای بیولوژیکی که با استفاده از مدل‌سازی مولکولی مورد بررسی قرار گرفته‌اند شامل انحنای پروتئین، کاتالیز آنزیم، پایداری پروتئین، تغییرات ساختاری مرتبط با عملکرد بیومولکولی و شناخت مولکولی پروتئین‌ها، DNA و مجتمع‌های غشایی است. در نیم قرن اخیر که بیشتر تمرکزها روی حوزه بیولوژی می‌باشد، بررسی ساختار و عملکرد ماکرومولکول‌های زیستی از مهمترین اهداف این حوزه و مطالعات مرتبط می‌باشد. بررسی‌های بعدی نشان که ماکرومولکولهای زیستی دارای دینامیک ساختاری می‌باشند. یکی از مهم‌ترین بحث‌هایی که مطرح شد این می‌باشد که درواقع دینامیک ساختاری باعث اتفاقات بالا از جمله انحنای پروتئین‌ها می‌شود؛ یعنی پروتئین در مسیر تاخوردگی باید پویایی داشته باشد، یا اگر بخواهد عملکرد مناسب ارائه دهد می‌بایست پویایی ساختاری داشته باشد.