محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
مصطفی پورمحمدی
پورمحمدی در سال ۱۳۹۲، ابتدا مسئولیت مستقیمش در اعدام دسته‌جمعی هزاران زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ را تکذیب نمود و گفت: «اینکه من در دهه ۶۰ لیستی از اعدامی‌ها را نزد آیت‌الله منتظری برده‌ام و ایشان مخالفت کرده‌اند قطعاً دروغ است، من در وزارت اطلاعات یک روز پست امنیتی نداشتم… بنابراین درگیر اعدام‌ها نبودم.» اما پس از انتشار نوار جلسه منتظری در ۲۴ مرداد ۶۷ با مسئولان اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ شامل حسینعلی نیری، مرتضی اشراقی، مصطفی پورمحمدی و سید ابراهیم رئیسی، پورمحمدی از این اعدام‌ها دفاع کرد و در اظهار نظر دیگری گفت: «ما افتخار می‌کنیم که دستور خدا را در رابطه با منافقین اجرا کردیم»