پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
سنتز نوکلئوزیدها
مشتقات قند استفاده شده برای واکنش‌های SHJ باید قبل از مصرف خالص، خشک و پودر مانند شوند. واکنش درون مولکولی Friedel-Crafts حلقه معطر یک استر بنزوات در موقعیت 2 1-استوکسی ریبوز با وجود اسید لوئیس قابل دیدن هست و نشان دهنده یک واکنش جانبی بالقوه است. برای پیشگیری از کمپلکس شدن بیش از اندازه با اسید لوئیس، هتروسیکل‌ها نباید زیاد پایه باشند. هتروسیکل‌هایی که جایگزین آمینو می‌شوند مثل سیتوزین، آدنین و گوانین در وضعیت SHJ به آرامی واکنش می‌دهند یا اصلاً واکنش نمی‌دهند (ولی "مشتقات استیله N" آنها با سرعت واکنش می‌دهند).