خانقاه‌های نعمت‌اللهی
در ناحیه کرمان و یزد، شاه‌نعمت‌الله ولی با کمک مالی سلطان اسکندر نواده تیمور گورکان در قریه تفت سی‌وشش کیلومتری یزد و سپس در ماهان خانقاه ساخت. در این زمان اعثاب زوزبهان بقلی هم در ماهان دارای خانقاه بوده‌اند.
خانقاه مظفریه
مظفرعلیشاه کرمانی از بزرگان طریقت نعمت‌اللهی بود که به دستور آقا محمدعلی بهبهانی در سال ۱۲۱۵ قمری (۱۸۰۰ میلادی) در کرمانشاه مسموم و کشته شد. او در آن زمان در گورستان کرمانشاه واقع در دروازه اصفهانِ این شهر به خاک سپرده شد. پس از مدتی تیمور بانیارانی از بزرگان یارسان و یاران سیدبراکه گوران، و همچنین سید صالح ماهیدشتی (حیرانعلی‌شاه) از بزرگان نعمت‌اللهی نیز در کنار او به خاک سپرده شدند. پس از چندی خاندان حاجی‌زادگان کلهر که از مریدان طریقت نعمت‌اللهی بودند مقبره‌ای بر روی قبر وی ساختند. در مقدمۀ "کنزالعرفان" دیوان اشعار سید صالح ماهیدشتی بنای این مقبره به محمد حسن‌خان حیرانی (صارم‌السلطنه) نسبت داده شده که مشخص نیست منظور نویسنده ساخت بنا بوده و یا تجدید بنا،‌ مرمت کلی و توسعۀ‌ محدثات آن.