ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
ستاد جنگ‌های نامنظم
ستاد جنگ‌های نامنظم سازمان نظامی چریکی در ایران بود، که پس از وقوع انقلاب ۱۳۵۷ توسط مصطفی چمران تاسیس شد. ستاد مرکزی این سازمان در سالهای نخست جنگ ایران و عراق، در اهواز مستقر بود و مسئولیت طراحی و اجرای عملیات‌های محدود علیه نیروهای ارتش عراق را برعهده داشت. فرماندهی ستاد جنگ‌های نامنظم از ابتدای تاسیس، با مصطفی چمران؛ وزیر دفاع وقت بود.