پورت‌های فری‌بی‌اس‌دی
پورت‌های فری‌بی‌اس‌دی یک سیستم مدیریت بسته‌های نرم‌افزاری برای سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی است که روشی ساده را جهت نصب و حذف نرم‌افزارهای کاربردی و همچنین بروزرسانی آن‌ها ارائه می‌دهد. تا آوریل ۲۰۱۳ بیش از ۲۴۳۰۰ نرم‌افزار در پورت‌های فری‌بی‌اس‌دی موجود می‌باشد. همچنین نت‌بی‌اس‌دی هم از این سیستم به عنوان پایه‌ای برای پکیج سورس استفاده کرده‌است. جایگاه سنتی درخت پورتها در سیستم فری‌بی‌اس‌دی شاخه /usr/ports است.
فری‌بی‌اس‌دی
فری‌بی‌اس‌دی دارای چند لایه سازگاری است که قابلیت اجرای فایل‌های باینری دیگر سیستم‌عامل‌ها را ارائه می‌دهد. به کمک لایهٔ سازگاری می‌توان برنامه‌ها و نرم‌افزارهایی که رسماً برای سیستم عاملی منتشر نشده‌اند را بر روی سیستم‌عامل دیگر اجرا کرد. سیستم‌عامل‌هایی که فری‌بی‌اس‌دی لایه سازگاری با آن‌ها را ارائه می‌دهد شامل لینوکس، بی‌اس‌دی/اواس و یونیکس SVR4 هستند. در سپتامبر ۲۰۱۱، وب‌سایت فورونیکس یک بنچ‌مارک بر اساس Phoronix Test Suite منتشر کرد که نشان می‌داد فری‌بی‌اس‌دی نسخه ۸٫۲ توانست تعدادی از بازی‌های رایانه‌ای ویژهٔ لینوکس را، به‌طور میانگین ۸ الی ۱۴ درصد، سریع‌تر از توزیع لینوکس اوبونتو نسخه ۱۱٫۰۴، بر روی یک سیستم با کارت گرافیک nVidia و درایور یکسان اجرا کند. البته هم‌اکنون این لایه تنها می‌تواند باینری‌های ۳۲بیتی لینوکس را اجرا کند. اما از سال ۲۰۱۳، برنامه‌هایی برای پشتیبانی کردن از باینری‌های ۶۴بیتی لینوکس در نسخه ۱۰ و نسخه‌های آینده فری‌بی‌اس‌دی بوده‌است. این لایهٔ سازگاری، گونه‌ای از شبیه‌سازی نیست، بلکه فراخوان‌های سیستمی هستهٔ لینوکس، در هستهٔ فری‌بی‌اس‌دی نیز پیاده‌سازی شده‌اند و بنابراین، کتابخانه‌های اشتراکی و فایل‌های باینری لینوکس، همانند فایل‌های باینری بومی خود فری‌بی‌اس‌دی شناخته می‌شوند.