محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
شکنجه دولتی
زندانیان دهه شصت خورشیدی در زندان‌های مختلف ایران مانند زندان اوین، زندان گوهردشت، زندان توحید و... ادعاهای قابل توجهی را درباره شکنجه شدن زندانیان مطرح کرده‌اند. در این گزارش‌ها به شکنجه‌هایی نظیر کابل، ضرب و شتم، شکنجهٔ اتاق گرم و شکنجه‌های روانی اشاره شده است. در همین دوره زندانیان سیاسی در جهت پروژهٔ تواب‌سازی تحت شدیدترین شکنجه‌ها مجبور به توبه شدند. گزارش‌های زیاد و مشابه از این شکنجه‌ها که برای تواب‌سازی انجام شده است نشاندهندهٔ سازماندهی دولتی برای اجرای آن است. از شکنجه‌هایی مانند انداختن زندانی در تابوت برای گرفتن توبه از او استفاده شده است.