هپاتیت سی
افرادی که آلودگی آن‌ها به ویروس هپاتیت سی اثبات شده و دارای ناهنجاری‌های کبدی هستند می‌بایست به دنبال درمان خود باشند. درمان فعلی این بیماری ترکیبی است از پگ اینترفرون و داروی ضد ویروس ریباویرین که بسته به نوع ویروس هپاتیت سی ۲۴ تا ۴۸ هفته به طول می‌انجامد. آثار بهبودی در ۵۰ تا ۶۰٪ افراد درمان شده قابل مشاهده است. ترکیب بوسپروویر یا تلاپرویر با ریباویرین و پگ اینترفرون آلفا موجب بهبود واکنش به ژنوتیپ ۱ هپاتیت سی می‌شود. پیدایش عوارض جانبی با درمان این بیماری امری عادی است؛ نیمی از افرادی که درمان می‌شوند دچار علائم آنفلوآنزا مانند، و یک سوم آن‌ها دچار مشکلات احساسی می‌شوند. درمان در طول شش‌ماهه اول این بیماری مؤثر تر از زمانی است که هپاتیت سی مزمن می‌شود. اگر شخصی دچار عفونت جدیدی شود و با گذشت هشت تا دوازده هفته این عفونت از بین نرود، به وی توصیه می‌شود تا از پگ اینترفرون (pegylated interferon) به مدت ۲۴ هفته استفاده کند. برای افراد مبتلا به تالاسمی (نوعی اختلال خونی)، ریباویرین (ribavirin) مفید به نظر می‌رسد، اما این دارو نیاز به تزریق خون را افزایش می‌دهد. .
ایدز
اقدامات انجام شده در جهت جلوگیری از عفونت‌های فرصت‌طلب در بسیاری از افراد مبتلا به ایدز مؤثر می‌باشد. غالباً درمان‌های ضد ویروسی عفونت‌های فرصت‌طلب موجود را بهبود می‌دهند و همچنین باعث کاهش خطر ابتلاء به آن در آینده می‌شوند. پیشنهاد می‌شود افرادی که در معرض ابتلاء به HIV هستند قبل از ابتلاء به عفونت خود را در برابر هپاتیت آ و ب واکسینه کنند، اگرچه بعد از عفونت نیز می‌توانند این کار را انجام دهند. توصیه می‌شود برای نوزادان بین چهار تا شش هفته و نوزادانی که دوره استفاده از شیر مادر آن‌ها به پایان رسیده و مادران آن‌ها مبتلا به HIV، در موارد محدود از درمان پیشگیرانه تری متوپریم/سولفامتوکسازول استفاده شود. همچنین این دارو برای جلوگیری از PCP در افرادی که اندازه CD4 آن‌ها کمتر از ۲۰۰ سلول بر میکرولیتر است و در کسانی که در حال حاضر یا قبلاً PCP داشته‌اند توصیه می‌شود. به افرادی که از ایمنی قابل توجهی برخوردار هستند نیز توصیه می‌شود تا برای جلوگیری از ابتلاء به توکسوپلاسموز و مننژیت کریپتوکوکوس از درمان پیشگیرانه بهره‌مند شوند. بین سال‌های ۱۹۹۲ و ۱۹۹۷اقدامات مناسب پیشگیرانه میزان ابتلاء به این عفونت‌ها را تا ۵۰٪ کاهش داده بود.