محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
مرتضی اشراقی
مرتضی اشراقی در سال ۱۳۶۷ عضو کمیته‌ای موسوم به «هیئت مرگ» بود که پس از طرح چند سؤال در مورد عقاید سیاسی و مذهبی زندانیان، برای اعدام یا زنده ماندن آن‌ها تصمیم می‌گرفت. حسینعلی منتظری از مرتضی اشراقی، دادستان وقت تهران همراه با سید ابراهیم رئیسی، معاون وقت دادستان تهران، حسینعلی نیری، حاکم شرع وقت و مصطفی پورمحمدی، نماینده وقت وزارت اطلاعات به عنوان دست‌اندرکاران اعدام زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ نام می‌برد که طی آن چند هزار تن زندانی که مشغول گذراندن احکام زندان خود بودند به اتهام باقی بودن بر سر مواضع خود بعد از عملیات مرصاد، اعدام شدند.