پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
آمینوفسفونات
آمینوفسفونات‌ها ترکیبات آلی فسفردار با فرمول (RO)P(O)CR'NR" هستند. این ترکیبات آنالوگ‌های ساختاری آمینو اسیدها هستند که در آن‌ها بخش کربوکسیلیک با فسفونیک اسید یا گروه‌های مرتبط جایگزین می‌شود. آمینوفسفونات‌ها به عنوان آنتاگونیست آمینو اسیدها عمل می‌کنند و آنزیم‌های دخیل در متابولیسم آمینو اسید را مهار کرده و در نتیجه بر فعالیت فیزیولوژیکی سلول تأثیر می‌گذارند.