مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
بی‌هایو
بی‌هایو یک راه‌کار مجازی‌سازی برای سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی است. به کمک بی‌هایو می‌توان چندین ماشین مجازی مهمان را بر روی یک سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی اجرا کرد. برای استفاده از بی‌هایو، پردازنده سیستم باید از قابلیت‌های VT-x و EPT پشتیبانی کند. هر چند که در حال حاضر سیستم‌عامل‌های مهمان فقط می‌توانند فری‌بی‌اس‌دی باشند، اما پشتیبانی از سایر سیستم‌عامل‌ها مانند لینوکس، اپن‌بی‌اس‌دی و ... به بی‌هایو اضافه خواهد شد. هم‌اکنون بی‌هایو وارد درخت -CURRENT سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی شده‌است.