مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
برخی از اجزای فری‌بی‌اس‌دی که از دیگر پروژه‌ها و سیستم‌عامل‌ها گرفته شده‌اند، با پروانه‌های نرم‌افزاری دیگری عرضه می‌شوند. برای نمونه کامپایلر جی‌سی‌سی که از پروژهٔ گنو گرفته شده، با پروانه جی‌پی‌ال نسخهٔ ۲ عرضه می‌شود یا سیستم‌فایل ZFS و دی‌تریس هم که از سیستم‌عامل اوپن‌سولاریس گرفته شده‌اند، با پروانه توسعه و توزیع مشترک عرضه می‌شوند. برخی از گرداننده‌های دستگاه به صورت لکه دودویی هستند. البته برخی از این لکه‌های دودویی، سفت‌افزار هستند و بر روی خود دستگاه اجرا می‌شوند، نه بر روی پردازنده رایانه. توسعه‌دهندگان سرگرم جایگزین کردن برخی از این برنامه‌ها هستند و این‌گونه برنامه‌ریزی شده بود که نسخهٔ ۱۰ سرتاسر بدون کدهای جی‌پی‌ال باشد. برای نمونه، در نسخه ۱۰ فری‌بی‌اس‌دی، کامپایلر LLVM جایگزین کامپایلر جی‌سی‌سی (که با پروانه جی‌پی‌ال منتشر می‌شود) شد. این در حالی است که بنیاد نرم‌افزارهای آزاد بکاربردن پروانه‌هایی که کپی‌لفت نیستند را پیشنهاد نمی‌کند. چرا که این بنیاد بر این باور است که بکار بردن پروانه‌های غیر کپی‌لفت (همانند پروانه فری‌بی‌اس‌دی)، آزادی کاربران را در معرض خطر خواهد انداخت.