پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
سنتز نوکلئوزیدها
(2)"واکنش سیلیل هیلبرت جانسون (SHJ)" یا همان (واکنش ووربروگن)، ملایم‌ترین روش متداول برای تشکیل نوکلئوزیدها که ترکیبی از هتروسیکل سیلیله و استات قند محافظت شده (مانند 1-O-acetyl-2,3، 5-tri-O-benzoyl-beta-D-ribofuranose) در حضور یک اسید لوئیس است می‌باشد.در این روش از مشکلات مربوط به نامحلول بودن بازهای هتروسیکلیک و نمک‌های فلزی آنها خودداری می‌شود. با این حال، انتخاب سایت گاهی مواقع مثلاً زمانی که از هتروسیکل‌های حاوی چندین سایت اساسی استفاده می‌شود، باعث ایجاد مشکل می‌شود، چون واکنش اکثر مواقع برگشت‌پذیر می‌باشد.