مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
دراگون‌فلای بی‌اس‌دی
از نسخهٔ ۱٫۸ به بعد، دراگون‌فلای بی‌اس‌دی یک راهکار مجازی‌سازی مشابه UML را معرفی کرده که به کمک آن می‌توان یک هستهٔ دیگر که از هستهٔ اصلی سیستم‌عامل مستقل است را در داخل فضای کاربری اجرا کرد. این هستهٔ مجازی، در یک محیط کاملاً مجزا و قرنطینه اجرا می‌شود و رابط‌های شبکه و رابط‌های ذخیره‌سازی آن هم به صورت شبیه‌سازی‌شده هستند. این قابلیت، خوشه‌بندی و آزمایش کردن زیرسیستم‌های مختلف هسته را ساده‌تر می‌کند.