ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
ستاد ویژه توسعه فناوری نانو
تاریخچهٔ تشکیل ستاد به اواخر سال ۱۳۷۹ و اوایل سال ۱۳۸۰ باز می‌گردد. در این زمان پروفسور غلامعلی منصوری استاد دانشگاه ایلینوی در شیکاگو طی ملاقاتی با مرحوم دکتر محمد تقی ابتکار که در آن زمان مشاور علم و فناوری آقای خاتمی بود، اهمیت و جایگاه فناوری نانو و تأثیر آن در آیندهٔ علمی و صنعتی دنیا را بیان کرد. دکتر ابتکار پس از آن طی نامه‌ای که بعدها به سند اصلی توجه دولتی ایران به فناوری نانو تبدیل شد، از سید محمد خاتمی تقاضا نمود برای راه‌اندازی مجموعه‌ای منسجم جهت تمرکز بر موضوع نانوفناوری اقدام کند و پیشنهاد اولیهٔ او شکل‌گیری چنین تشکلی در دفتر همکاری‌های فناوری رئیس‌جمهور بود که مورد توجه و تأیید خاتمی قرار گرفت. بعد از آن کمیتهٔ مطالعات سیاست نانوفناوری در دفتر همکاری‌های فناوری ریاست‌جمهوری راه‌اندازی شد که از سال ۱۳۸۰ تا ۱۳۸۲ با همین نام به فعالیت ادامه داد و در سال ۱۳۸۲ به ستاد ویژهٔ توسعهٔ فناوری نانو تبدیل شد.