مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
فری‌بی‌اس‌دی از نسخه ۵٫۰ به این سو از لیست کنترل دسترسی پشتیبانی می‌کند که پروژهٔ تراستدبی‌اس‌دی آن را پیاده‌سازی کرده و در گذشته تنها در یونیکس‌های تجاری همانند ایریکس و سولاریس دردسترس بود. تراستدبی‌اس‌دی پروژه‌ای است که با انگیزهٔ افزودن قابلیت‌های امنیتی پیشرفته به فری‌بی‌اس‌دی در آوریل سال ۲۰۰۰ بنیان نهاده شد. افزون بر لیست‌های کنترل دسترسی، این پروژه قابلیت‌هایی همچون کنترل دسترسی اجباری، اوپن‌پم و اوپن‌بی‌اس‌ام را هم توسعه داده‌است. سازمان‌ها و شرکت‌هایی همچون دارپا، دانشگاه پنسیلوانیا، NSA، یاهو!، Safeport Network Services، گوگل، اپل، Network Associates Laboratories و دانشگاه کمبریج از این پروژه پشتیبانی می‌کنند.