ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
ستاد مشترک ارتش جمهوری اسلامی ایران
در سال ۱۳۶۸ و بعد از پایان جنگ ایران و عراق، ستادی با عنوان ستاد کل نیروهای مسلح تشکیل شد، که نیروهای آن از ارتش، سپاه، وزارت دفاع و نیروی انتظامی تأمین می‌گردد. تا قبل از ایجاد این ستاد، دستورالعمل‌های کلی توسط ستاد مشترک ارتش و با همکاری وزارت دفاع، تنظیم و به سایر نیروها و نیز شهربانی و ژاندارمری جهت اجرا ابلاغ می‌گردید، ولی این اقدام بعد از ایجاد ستاد کل نیروهای مسلح، به این ستاد واگذار گردید و اقدامات ستاد مشترک به حوزه نیروهای تابعه ارتش محدود شده است.