ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا
وبگاه مرکز اسناد دفاع مقدس، ماجرای شکل‌گیری قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا را این گونه عنوان کرده‌است: محسن رضایی؛ فرمانده وقت سپاه، در روایتی از تشکیل قرارگاه خاتم‌الانبیا در خاطرات خود می‌نویسد: حسین علایی، فرمانده وقت قرارگاه نوح و نخستین فرمانده نیروی دریایی سپاه در خصوص شکل‌گیری قرارگاه خاتم، در خاطرات خود می‌گوید: از ابتدای تشکیل این قرارگاه در سال ۱۳۶۲ سید علی خامنه‌ای؛ به عنوان رئیس‌جمهور و رئیس شورای عالی دفاع ملی، به فرماندهی این قرارگاه منصوب گردید، اما در بهمن‌ماه ۱۳۶۲ یک ماه قبل از آغاز عملیات خیبر، اکبر هاشمی رفسنجانی در مقام جانشین فرمانده کل نیروهای مسلح، مسئول این قرارگاه شد. چند ماه پس از درگذشت سیدروح‌الله خمینی و انتقال فرماندهی کل قوا به سیدعلی خامنه‌ای در سال ۱۳۶۸، هاشمی رفسنجانی از جانشینی فرماندهی کل نیروهای مسلح استعفا کرد، که در پی آن سیدعلی خامنه‌ای فرماندهی قرارگاه خاتم را برعهده گرفت. پیش از انتصاب سرلشکر پاسدار غلامعلی رشید در سال ۱۳۹۵ به فرماندهی قرارگاه، سید علی خامنه‌ای به عنوان فرمانده کل نیروهای مسلح، هدایت قرارگاه را برعهده داشت و غلامعلی رشید نیز جانشین وی در این قرارگاه بود.