محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
تواب‌سازی
در دهه شصت، در زندان‌ها از شکنجه‌های روحی و فیزیکی در فرایند تواب‌سازی استفاده می‌شد و تواب‌شدگان برای اثبات در نفی گذشته سیاسی‌شان و وفاداری به جمهوری اسلامی، در اقرارهای تلویزیونی یا در سخنرانی در داخل زندان برای هم‌رزمان سابق و هم‌بندانشان یا با نوشتن مطالبی در مطبوعات در نفی عقاید گذشته‌شان، یا با دادن شعار برای اعدام هم‌بندانشان به ابراز پشیمانی و ندامت از عقاید و فعالیت‌های سیاسی گذشته خود می‌پرداختند.