گرایش جنسی
از آنجا که جنین‌های مؤنث دو کروموزوم ایکس و جنین‌های مذکر یک جفت کروموزوم XY دارند، بنابراین کروموزوم Y مسئول است که تمایزهای مربوط به مذکر شدن را در جنینی که تمایزهای جنس مؤنث هنوز در آن ناقص است ایجاد نماید. روند مذکر شدن از طریق هورمون‌های آندروژنی، خصوصاً تستوسترون و دی‌هیدروتستوسترون (DHT) انجام می‌شود. بیضه‌های تازه شکل گرفته در جنین، مسئول ترشح آندروژن‌هایی هستند که در ایجاد تمایز جنسی جنین در حال رشد (که شامل تأثیر بر مغز جنین نیز می‌شود) همکاری می‌کنند. این منجر به تمایز جنسی بین مذکرها و مؤنث‌ها می‌شود. این واقعیت سبب شده‌است که دانشمندان در آزمایش‌هایی با روش‌های مختلف پستانداران را طی مراحل جنینی و ابتدای حیات، در معرض سطوح تغییریافتهٔ آندروژن قرار دهند تا نتیجهٔ آن را بررسی نمایند.
کروموزوم همتا
کروموزوم همتا (که به آن همولوگ نیز گفته می‌شود) جفت کروموزوم‌هایی هستند که با ژن‌های با ویژگی‌های مشابه درجایگاه کروموزومی متناظر از لحاظ طول، موقعیت سانترومر (میان پار) و الگوی رنگ آمیزی مشابه هستند. یک جفت کروموزوم همتا یک کروموزوم از ارگانیسم مادر و یک کروموزوم از ارگانیسم پدر به ارث می‌برد. هر یک از کروموزوم‌ها در یک جفت حاوی ویژگی‌های مشابه بیولوژیکی مانند رنگ چشم در جایگاه کروموزومی مشابه بر روی کروموزوم است. با این حال هر یک می‌تواند دارای الل‌های یکسان (مثلاً هر دو الل برای چشم آبی رنگ) یا الل‌های متفاوت (به عنوان مثال، یک آلل برای چشم آبی و یک آلل برای چشم قهوه‌ای) برای هر ویژگی باشد.