مننگوانسفالیت
سردرد، تهوع، راه رفتن نامتعادل، تحریک‌پذیری، گیجی و تاری دید از علائم ابتدائی شایع هستند. روش تشخیص قطعی عامل بیماری‌زا، انجام پونکسیون نخاع (Lumber puncture) است. بیماری خطر مرگ و میر و عوارض قابل توجهی دارد. مرگ و میر این بیماری در افراد درمان نشده بالا و در بیماران درمان شده نیز ممکن است. بسیاری از بیماران پس از بهبود، امکان نقص‌های نورولوژیک متوسط تا شدید مانند تشنجهای مکرر، هیدروسفالی، سربلیت، فلج عصب هفتم، کری حسی عصبی و غیره دارند.
پنوموسیستیس جیرووسی
علایم شایع سینه‌پهلو پنوموسیستیس شامل سرفه خشک (بدون خلط)، تب، تنگی نفس و تندی ضربان قلب می‌باشد. درمان سینه‌پهلو به طور معمول با استفاده از کوتریموکسازول صورت می‌پذیرد. افراد مبتلا به عفونت ایدز، پس از یک بار ابتلاء به سینه‌پهلو پنوموسیستیس بایستی برای تمامی عمر درمان پروفیلاکسی دریافت کنند (پروفیلاکسی ثانویه).