ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
این شورا جواد منصوری را به عنوان فرمانده سپاه انتخاب کرد. به فاصله اندکی پس از او عباس آقازمانی مشهور به (ابوشریف) فرماندهی سپاه و فرماندهی عملیات آن را بر عهده گرفت. پس از ادغام، محسن رضایی، محسن رفیق‌دوست و عباس دوزدوزانی در اواخر فروردین ۱۳۵۸ به دیدار خمینی در قم رفتند و خواستار استقلال سپاه از دولت موقت شدند. در این دیدار خمینی برخلاف جهت‌گیری پیشین خود مبنی بر نظارت دولت موقت بر سپاه، دستور تشکیل سپاه پاسداران انقلاب اسلامی زیر نظر شورای انقلاب را صادر کرد. در پی این فرمان، گروه دوازده نفره اساسنامه‌ای را در ۹ ماده و ۹ تبصره تهیه کرد که به تصویب شورای انقلاب رسید. به دنبال آن شورای فرماندهی سپاه تشکیل گردید و اعضای آن احکام خود را از شورای انقلاب دریافت کردند. به این ترتیب در ۲ اردیبهشت ۱۳۵۸ سپاه پاسداران انقلاب اسلامی با انتشار بیانیه‌ای رسماً اعلام موجودیت کرد.