مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
پورت‌های فری‌بی‌اس‌دی
به‌طور کلی پروژه فری‌بی‌اس‌دی در توسعه نرم‌افزارهای موجود در پورت‌ها نقشی ندارد. تنها چارچوبی را آماده می‌کند که این نرم‌افزارها بتوانند بر روی فری‌بی‌اس‌دی اجرا شوند. هر پورت یک نگه‌دارنده دارد. وظیفه نگهدارنده این است که اشکالات آن پورت را در صورت وجود پیدا و برطرف کرده و در صورتی که نسخه جدیدی از آن پورت منتشر شد، آن پورت را به نسخه جدید بروزرسانی کند. نگه‌دارنده یک فرد داوطلب است. به‌طور کلی هیچ‌کس به غیر از نگه‌دارنده حق تغییر دادن فایل‌های مربوط به آن پورت را ندارد. حتی توسعه‌دهندگان فری‌بی‌اس‌دی.