پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
اولیگونوکلئوتید
با تبدیل گروه‌های فسفودی‌استر در انتهای '۵ در اولیگونوکلئوتیدها به گروه‌های فسفوروتیوآت در انتهای '۵ در اولیگونوکلئوتیدها این بخش از ساختمان آن‌ها در برابر '۵ اگزونوکلئاز‌ها پایدار خواهد بود.