فرناندو دوم
ار دوران حکومت فردیناند و ایزابلا قدرت پادشاه افزایش یافت، نجبا و پارلمان محدود شدند و کلیسا به‌عنوان ابزاری برای مقاصد سیاسی مورد استفاده قرار گرفت. بسیاری از سیاست‌های فردیناند تأثیراتی طولانی‌مدت داشت از جمله اخراج یهودیان و مسلمان از اسپانیا که پس از آن در شمال آفریقا ساکن شدند، جستجو برای طلاهای آمریکا و تبدیل زمین‌های وسیع کشاورزی به چراگاه به‌منظور توسعهٔ صنعت پشم‌ریسی. اسپانیا در زمان فردیناند دوم به یکی از قدرت‌های دریایی منطقه در اقیانوس اطلس بدل شده بود و تجارت اروپا را دستخوش تغییرات اساسی نمود.
موریسکو
اما فیلیپ دوم، پادشاه اسپانیا در ۱۵۶۶ فرمانی را صادر نمود که موریسکوهای گرانادا بر اساس آن دیگر حق استفاده از زبان، پوشش و سنت‌های خود را نداشتند. به‌دنبال این فرمان موریسکوها در ۱۵۶۹ سر به شورش برداشتند که ۲ سال به‌طول انجامید. اما در نهایت آنان از گرانادا بیرون رانده شده و در سرتاسر شمال اسپانیا پراکنده شدند. با این حال آنان همچنان به فعالیت‌های دینی و مذهبی خود که از نظر حکومت اسپانیا خیانتکارانه بود ادامه می‌دادند و همین موضوع سبب شد تا فیلیپ سوم فرمان اخراج آنها را در ۲۲ سپتامبر ۱۶۰۹ صادر نماید. اجرای این حکم ۵ سال به طول انجامید و تقریباً ۳۰۰ هزار موریسکویی مجبور به ترک اسپانیا شده و بیشترشان در الجزایر، تونس و مراکش سکنی گزیدند.