محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
رأی اعتماد به هیئت وزیران محمود احمدی‌نژاد
انتصاب دو روحانی به عنوان وزرای اطلاعات و کشور (اژه‌ای و پورمحمدی) در حالی انجام شد که منتظری در خاطرات خود نقش این افراد در کشتار صدها زندانی سیاسی در تابستان ۶۷ را تأیید کرده و از مکاتباتی که با این افراد در اعتراض به اعدامها داشته سخن گفته است: «اول محرم شد، من آقای نیری که قاضی شرع اوین و آقای اشراقی که دادستان بود و آقای رئیسی معاون دادستان و آقای پورمحمدی که نمایندهٔ وزارت اطلاعات بود را خواستم و گفتم الآن محرم است حداقل در محرم از اعدامها دست نگه دارید، آقای نیری گفت ما تا الآن هفتصدوپنجاه نفر را در تهران اعدام کرده‌ایم، دویست نفر را هم به عنوان سر موضع از بقیه جدا کرده‌ایم کلک اینها را هم بکنیم.»