محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
شورش ۱۳۵۹–۱۳۵۷ کردها در ایران
حدود ۱۰٬۰۰۰ نفر از دو طرف در این دوره از شورش کُردها کشته شدند، که ۱٬۲۰۰ نفر از آن‌ها زندانی سیاسی کرد بودند و در آخرین مرحله از شورش، عمدتاً توسط جمهوری اسلامی در ایران اعدام شدند. اختلاف کرد و جمهوری اسلامی در سال ۱۹۸۹، طی یک ترور رهبر حزب دمکرات کردستان دوباره خروشان شد.