محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
اعدام دسته‌جمعی زندانیان عقیدتی-سیاسی ایران در تابستان ۱۳۶۷
مصطفی پورمحمدی تنها فرد منتسب به حضور در جریان اجرای اعدام هاست که در مورد آن اظهار نظر کرده‌است. او در سال ۱۳۹۲ این امر را تکذیب نمود و گفت: «اینکه من در دهه ۶۰ لیستی از اعدامی‌ها را نزد آیت‌الله منتظری برده‌ام و ایشان مخالفت کرده‌اند قطعاً دروغ است، من در وزارت اطلاعات یک روز پست امنیتی نداشتم… بنابراین درگیر اعدام‌ها نبودم.» با این حال پس از انتشار نوار آیت‌الله منتظری از جلسه‌ای که وی نیز در آن حضور دارد و صحبت می‌کند در اظهار نظر دیگری گفت: «ما افتخار می‌کنیم که دستور خدا را در رابطه با منافقین اجرا کردیم»