هیدروکلریک اسید
اسید معده یکی از ترشحات اصلی معده است و به‌طور عمده شامل هیدروکلریک اسید بوده و محتوای معده را طوری اسیدی می‌کند که پی اچ بین ۱ و ۲ داشته باشد.
ارگانیک اسیدوری
در نقائص اکسیداسیون اسیدهای چرب، نسبت اسید آدیپیک به اسید ۳ بتا هیدروکسی بوتیریک بیش از ۰٫۵ می‌باشد. علاوه بر این وجود اسید لاکتیک در خون و ادرار هم ممکن است گیج‌کننده باشد، زیرا افزایش هم‌زمان با این ترکیبات، نه تنها در اسید پیروویک، بلکه در اسیدهای هیدروکسی و کمپلکس کتواسیدهای با زنجیره جانبی نیز همانگونه که در نقائص زیر واحد E3 پیرووات دهیدروژناز دیده می‌شود، مشاهده می‌گردد. عامل مخدوش‌کننده دیگر این یافته‌ها، متابولیسم باکتریایی در روده می‌باشد که به ویژه در سندرم‌های سوء جذب اهمیت می‌یابد. در این موارد D اسید لاکتیک یکی از ترکیباتی است که در ادرار یافت می‌شود که جهت تعیین آن بایستی بررسی آنزیمی خاصی صورت گیرد یا پس از درمان بیمار با نئومایسین خوراکی یا مترونیدازول، ادرار مجدداً بررسی گردد. سایر ترکیباتی که از باکتری‌های روده‌ای تولید می‌شوند، شامل متابولیتهای پروپیونات از جمله متیل مالونات و ترکیبات آروماتیک نظیر ۴ هیدروکسی فنیل استات، ۴ هیدروکسی فنیل پیرووات، ۴ هیدروکسی فنیل لاکتات، فنیل استیل گلوتامین، فنیل پروپیونیل گلیسین، گلوتارات، بنزوات و هیپورات هستند.