موش آزمایشگاهی
بیشتر موش‌های آزمایشگاهی، ترکیبی از زیرگونه‌های مختلف هستند. موش‌های آزمایشگاهی می‌توانند تنوعی از رنگ‌های پوششی، از جمله agouti، سیاه و زال داشته باشند. بسیاری (اما نه همه ی) نژادهای آزمایشگاهی inbred هستند. نژادهای مختلف با ترکیب‌های خاصی از رقم – حرف شناسایی می‌شوند؛ برای مثال C57BL/6 و BALB/c.. اولین نژادهای inbred این چنینی در سال ۱۹۰۹ توسط Clarence Cook Little که در ترویج موش به عنوان یک ارگانیسم آزمایشگاهی تأثیرگذار بود، تولید شدند. در سال ۲۰۱۱، حدود ۸۳٪ از جوندگان آزمایشگاهی در ایالات متحده، موش‌های آزمایشگاهی C57BL / 6 بودند.
موش برهنه
اکثر گونه‌های موشهای برهنه، بخصوص با افزایش سن، مقداری سلول T دارند. به همین دلیل امروز این موشها کمتر در تحقیقات مورد استفاده قرار گرفته و موشهای فاقد ژن (Knockout) با ایجاد نقص کامل در سیستم ایمنی به وجود آمدند (مثلاً موشهای ناک اوت RAG1 و RAG2).