ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
مجمع تشخیص مصلحت نظام
در اوایل انقلاب اسلامی و در پی بروز اختلاف بین مجلس و شورای نگهبان برای تصویب مصوبات مجلس و لزوم تطابق آن‌ها با شرع اسلام، ریاست وقت مجلس شورای اسلامی در پنجم مهر ۱۳۶۰ طی نامه‌ای از سید روح‌الله خمینی درخواست کرد که راه حلی ارائه دهد. وی طی نامه‌ای به مجلس اجازه داد تا موارد مصلحتی را با اکثریت اعضا نمایندگان و قید موقت به تصویب برسانند. اما با وقوع اختلافات بیشتر در این زمینه باقی بودن مشکلات سرانجام پس از مکاتباتی بین مقامات عالی‌رتبه و ذیربط وقت کشور، درخواستی در بهمن ماه ۱۳۶۲ به امضاء رئیس‌جمهور وقت، رئیس وقت مجلس شورای اسلامی، رئیس وقت دیوان عالی کشور، نخست‌وزیر وقت و سید احمد خمینی به سید روح‌الله خمینی برای چاره جویی در این باره ارسال گردید. سید روح‌الله خمینی در تاریخ ۱۷ بهمن ۱۳۶۶ هجری خورشیدی با صدور فرمانی، مجمع تشخیص مصلحت نظام را برای رسیدگی به این قبیل امور تأسیس نمود.