اولیگونوکلئوتید
اولیگونوکلئوتیدها از نظر جهت قرارگیری به دو نوع اولیگونوکلئوتیدهای سانس و اولیگونوکلئوتیدهای آنتی‌سانس تقسیم می‌شوند.
آپتامر
الیگونوکلئوتید آپتامرها به ساختارهای پیچیده‌ای تاخوردگی پیدا می‌کنند از جمله این ساختارها کوآدراپلکس (به انگلیسی: )، سودونات (به انگلیسی: )، بالج (به انگلیسی: Bulge) و سنجاق سر (به انگلیسی: ) می‌باشند. این ساختارهای پیچیده باعث اتصال اختصاصی آپتامرها به اهدافشان می‌شوند؛ در واقع شناسایی اهداف به صورت شناسایی ساختاری (به انگلیسی: Structure recognition) است.