اسید معده
اسید معده یکی از اجزای اصلی شیرهٔ معده (به انگلیسی: digestive fluid) است. یک انسان بالغ روزانه بین ۲ تا ۳ لیتر شیرهٔ معده تولید می‌کند. شیره معده یک مایع گوارشی اسیدی و رقیق است که به وسیلهٔ غده‌های موجود دردیواره داخلی معده ترشح می‌شود. ازجمله موادی که در این شیره وجود دارد، هیدروکلریک اسید است. پی اچ شیره معده به دلیل وجود این اسید در حدود۱٫۵بوده و غلظت هیدروکلریک اسید در آن ۰٫۰۳مولاراست. اسیدی با این غلظت می‌تواند فلز روی را در خود حل کند. علت وجود محیطی با این قدرت اسیدی وجود مقدار یون هایH+ که از دیواره داخلی معده و از یاخته‌های درون بافت نفوذناپذیری ترشح می‌شوند. این غشا اجازه می‌دهد که آب و مولکول‌های خنثی به سلول وارد یا ازآن خارج شوند. اما این غشا معمولاً از تبادل یونهای آب پوشیده شده‌ای همچون K+,Na,Cl,H جلوگیری می‌کنند.
ارگانیک اسیدوری
در نقائص اکسیداسیون اسیدهای چرب، نسبت اسید آدیپیک به اسید ۳ بتا هیدروکسی بوتیریک بیش از ۰٫۵ می‌باشد. علاوه بر این وجود اسید لاکتیک در خون و ادرار هم ممکن است گیج‌کننده باشد، زیرا افزایش هم‌زمان با این ترکیبات، نه تنها در اسید پیروویک، بلکه در اسیدهای هیدروکسی و کمپلکس کتواسیدهای با زنجیره جانبی نیز همانگونه که در نقائص زیر واحد E3 پیرووات دهیدروژناز دیده می‌شود، مشاهده می‌گردد. عامل مخدوش‌کننده دیگر این یافته‌ها، متابولیسم باکتریایی در روده می‌باشد که به ویژه در سندرم‌های سوء جذب اهمیت می‌یابد. در این موارد D اسید لاکتیک یکی از ترکیباتی است که در ادرار یافت می‌شود که جهت تعیین آن بایستی بررسی آنزیمی خاصی صورت گیرد یا پس از درمان بیمار با نئومایسین خوراکی یا مترونیدازول، ادرار مجدداً بررسی گردد. سایر ترکیباتی که از باکتری‌های روده‌ای تولید می‌شوند، شامل متابولیتهای پروپیونات از جمله متیل مالونات و ترکیبات آروماتیک نظیر ۴ هیدروکسی فنیل استات، ۴ هیدروکسی فنیل پیرووات، ۴ هیدروکسی فنیل لاکتات، فنیل استیل گلوتامین، فنیل پروپیونیل گلیسین، گلوتارات، بنزوات و هیپورات هستند.