ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
ستاد اجرایی فرمان امام
سید کامل تقوی‌نژاد، رئیس وقت سازمان امور مالیاتی کشور با اشاره به شایعه‌بودن معافیت مالیاتی نهادهای انقلابی و شرکت‌های زیرمجموعه آنها، ستاد اجرایی فرمان امام را به عنوان یکی از بهترین و همراه‌ترین مؤدیان نظام مالیاتی کشور برشمرد. او ریشهٔ این تشکیک‌ها و شایعات را بیشتر در خارج از کشور و بخشی از آن را نیز از عده‌ای در داخل کشور دانست، که ممکن است شناخت درستی نداشته باشند. به گفته سید مصطفی سید هاشمی، معاون هماهنگی‌های اقتصادی ستاد اجرایی فرمان امام، این ستاد به لحاظ مالیاتی هیچ تفاوتی با یک بنگاه خصوصی ندارد. همچنین حامد کرمانیون مدیر پروژه‌های صنعتی ستاد اجرایی در گفتگو با خبرنگاران در آبان ۱۳۹۷ تمامی فعالیت‌های اقتصادی ستاد را مشمول پرداخت مالیات دانست و با بیان اینکه پرداخت مالیات از سوی ستاد اجرایی همیشه در زمان مقرر انجام شده و مسئولین سازمان مالیاتی همواره بر خوش‌حسابی آن اذعان داشته‌اند، گفت که این ستاد مالیات عملکرد کلیه فعالیت‌های اقتصادی خود و همچنین کلیه مالیات‌های تکلیفی و ارزش افزوده را در سالهای گذشته پرداخت نموده‌است.