گروگان‌گیری در سفارت ایالات متحده آمریکا
روزنامه وطن امروز به نقل از یک کارشناس امنیتی مدعی شد حمله به سفارت آمریکا در تهران در آبان ماه سال ۱۳۵۸، استراتژی کاخ سفید بود که توسط محمد موسوی خوئینی‌ها به اجرا گذاشته شد. این کارشناس امنیتی که هویتش مشخص نشده، به روزنامه طرفدار دولت احمدی‌نژاد گفته که موسوی خوئینی‌ها بدون هماهنگی با خمینی و به کمک چند تن از دانشجویان پیرو خط خمینی، اقدام به تسخیر سفارت آمریکا در تهران کرده‌است.
سید محمد موسوی خوئینی‌ها
وی در نهم آذر سال ۱۳۸۹ در نشستی با دانشجویان دانشگاه تهران و چند دانشگاه دیگر، واقعه اشغال سفارت آمریکا را با بیانی توصیفی ـ تحلیلی روایت کرد که متن کامل آن گفتگو در کانال تلگرامی اش منتشر شده‌است. در بخشی از این گفتگو آمده: پس از اشغال سفارت، تا مدت کوتاهی سرپرستی امور سفارت آمریکا به دست وی بود، اما خمینی در اسفند ۱۳۵۸ در حکمی، دستور می‌دهد که گروگان‌ها به شورای انقلاب واگذار شود. او همچنین نماینده خمینی در شورای سرپرستی صدا و سیما بود که پس از پیروزی بنی صدر در انتخابات ریاست‌جمهوری از این سمت استعفا داد تا در انتخابات مجلس اول از حوزه تهران شرکت کند. وی در این انتخابات در فهرست ائتلاف بزرگ (حزب جمهوری اسلامی، روحانیت مبارز و گروه‌های اسلام‌گرا) و نیز حزب توده، جنبش مسلمانان مبارز و جاما قرار داشت و با ۱٬۲۴۸٬۳۹۱ رأی در رتبه یازدهم قرار گرفت. او در دوره اول مجلس نایب رئیس مجلس شد. سپس در سال ۱۳۶۴ از سوی خمینی به دادستانی کل کشور منصوب شد. در سال پایانی عمر خمینی نیز از سوی او به عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی منصوب شد.