مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
اوپن‌بی‌اس‌دی
برای کمتر کردن خطرات برآمده از آسیب‌پذیری‌های امنیتی و همچنین کاهش خطرات برآمده از پیکربندی اشتباه نرم‌افزارها، که شاید بگذارند یک مهاجم بتواند دسترسی خود به سیستم را بالا ببرد، برخی از برنامه‌ها با روش جداسازی امتیازی و بازپس‌دهی امتیازی نوشته شده‌اند یا اینکه در یک محیط chroot اجرا می‌شوند. جداسازی امنیتی شگردی است که بدست توسعه‌دهندگان اوپن‌بی‌اس‌دی و متأثر از اصل حداقل بودن اختیارات آفریده شده‌است. در این شگرد، یک برنامه به چندین بخش بخش‌بندی می‌شود که یکی از این بخش‌ها، به انجام دادن کارهایی می‌پردازد که نیازمند دسترسی بالا هستند و دیگر بخش‌های برنامه، بدون داشتن هر گونه امتیازی، اجرا می‌شوند. بازپس‌دهی امتیازی هم شگردی همگون است؛ در این شگرد، یک برنامه نخست با دسترسی بالا اجرا می‌شود؛ سپس نخست به انجام دادن کارهایی که نیازمند دسترسی بالا هستند می‌پردازد و پس از پایان آنها، دسترسی‌های خود را به سیستم پس می‌دهد و با دسترسی پایین‌تر به اجرای خود ادامه می‌دهد. شگرد chroot شگرد است که در آن یک برنامه به بخش خاصی از سیستم فایل محدود می‌شود و از دستیابی به منابعی که در بیرون از آن محدوده قرار دارند، بازداشته می‌شود. وب‌سرور آپاچی که به گونهٔ پیش‌فرض در اوپن‌بی‌اس‌دی گنجانده شده، از این شگرد بهره می‌برد.برنامهٔ اوپن‌اس‌اس‌اچ یک جایگزین آزاد و ایمن برای telnet، rlogin و ftp است که برخلاف این برنامه‌ها، همهٔ اطلاعات را به صورت ایمن و رمزنگاری‌شده بر روی شبکه می‌فرستد تا این اطمینان بدست آید که اطلاعات در بین راه، بدست بدخواهان و مهاجمین نخواهد افتاد. این برنامه یکی از زیرپروژه‌های اوپن‌بی‌اس‌دی است و امروزه به گونهٔ گسترده‌ای در دیگر سیستم‌های شبه یونیکس بکار گرفته می‌شود.