پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
کارباموئیل فسفات
این ترکیب از بیکربنات , آمونیاک (مشتق از گلوتامات) و فسفات (مشتق از آدنوزین تری فسفات یا به اختصار ATP) تولید می‌شود. این واکنش به وسیله آنزیم کارباموئیل فسفات سنتتاز و به شکل زیر انجام می‌گیرد: