مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
فری‌بی‌اس‌دی دارای چند لایه سازگاری است که قابلیت اجرای فایل‌های باینری دیگر سیستم‌عامل‌ها را ارائه می‌دهد. به کمک لایهٔ سازگاری می‌توان برنامه‌ها و نرم‌افزارهایی که رسماً برای سیستم عاملی منتشر نشده‌اند را بر روی سیستم‌عامل دیگر اجرا کرد. سیستم‌عامل‌هایی که فری‌بی‌اس‌دی لایه سازگاری با آن‌ها را ارائه می‌دهد شامل لینوکس، بی‌اس‌دی/اواس و یونیکس SVR4 هستند. در سپتامبر ۲۰۱۱، وب‌سایت فورونیکس یک بنچ‌مارک بر اساس Phoronix Test Suite منتشر کرد که نشان می‌داد فری‌بی‌اس‌دی نسخه ۸٫۲ توانست تعدادی از بازی‌های رایانه‌ای ویژهٔ لینوکس را، به‌طور میانگین ۸ الی ۱۴ درصد، سریع‌تر از توزیع لینوکس اوبونتو نسخه ۱۱٫۰۴، بر روی یک سیستم با کارت گرافیک nVidia و درایور یکسان اجرا کند. البته هم‌اکنون این لایه تنها می‌تواند باینری‌های ۳۲بیتی لینوکس را اجرا کند. اما از سال ۲۰۱۳، برنامه‌هایی برای پشتیبانی کردن از باینری‌های ۶۴بیتی لینوکس در نسخه ۱۰ و نسخه‌های آینده فری‌بی‌اس‌دی بوده‌است. این لایهٔ سازگاری، گونه‌ای از شبیه‌سازی نیست، بلکه فراخوان‌های سیستمی هستهٔ لینوکس، در هستهٔ فری‌بی‌اس‌دی نیز پیاده‌سازی شده‌اند و بنابراین، کتابخانه‌های اشتراکی و فایل‌های باینری لینوکس، همانند فایل‌های باینری بومی خود فری‌بی‌اس‌دی شناخته می‌شوند.