ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
مرکز اسناد انقلاب اسلامی
این مرکز در سال ۱۳۵۹ با رهنمود روح‌الله خمینی به سید حمید روحانی تأسیس شد و با پیام مورخ ۲۰ دی ۱۳۶۷ به او نیز با دستوری دیگر به مهدی کروبی تحکیم یافت. در سال ۱۳۷۴ با انتخاب هیئت امنای مرکز،سید حمید روحانی کماکان در سمت خود باقی ماند و در سال ۱۳۷۶ از مقام خود استعفا داد و برای مدت ۵ ماه این منسب به ناصرقلی عسگری معاون اداره رمز محرمانه وزارت امور خارجه سپرده شد، تا زمانی که روح‌الله حسینیان به عنوان رئیس مرکز اسناد انقلاب اسلامی منصوب گردید که تا زمان مرگش ریاست آنرا برعهده داشت.