ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
ستاد تبلیغات جنگ
اعظای شورای عالی دفاع رئیس‌جمهور، نخست‌وزیر، فرماندهان ارتش و سپاه، وزرای خارجه، اطلاعات و نمایندگان ویژه از سوی سید روح‌الله خمینی، سید علی خامنه‌ای و مصطفی چمران بودند. ستاد تبلیغات جنگ که به ریاست کمال خرازی اداره می‌شد، برای انجام فعالیت‌های خبری و سیاست گذاری خبری تبلیغات و فرهنگی جنگ تأسیس شد. این ستاد به تنظیم و انتشار مجموعه تصاویر، عکس‌ها، اسناد و خاطرات رزمندگان در جبهه‌ها نمود. این ستاد تا پایان جنگ فعال بود و پس از آن منحل گردید.