فرناندو دوم
ار دوران حکومت فردیناند و ایزابلا قدرت پادشاه افزایش یافت، نجبا و پارلمان محدود شدند و کلیسا به‌عنوان ابزاری برای مقاصد سیاسی مورد استفاده قرار گرفت. بسیاری از سیاست‌های فردیناند تأثیراتی طولانی‌مدت داشت از جمله اخراج یهودیان و مسلمان از اسپانیا که پس از آن در شمال آفریقا ساکن شدند، جستجو برای طلاهای آمریکا و تبدیل زمین‌های وسیع کشاورزی به چراگاه به‌منظور توسعهٔ صنعت پشم‌ریسی. اسپانیا در زمان فردیناند دوم به یکی از قدرت‌های دریایی منطقه در اقیانوس اطلس بدل شده بود و تجارت اروپا را دستخوش تغییرات اساسی نمود.
نایب‌الملک‌نشین پرو
پس از فتح پرو توسط اسپانیایی‌ها، کارل پنجم، پادشاه اسپانیا، به فاتحان این حق را اعطا کرد که در آن سرزمین فرماندهی و سیستم قانونگذاری خود را برقرار کنند؛ لذا قبل ازآنکه نایب السلطنه پرو تشکیل شود، چندین فرمانداری اصلی در آن ایجاد شد. این فرمانداری‌ها از جمله کاستیل جدید (۱۵۲۹)، فرمانداری تولدو جدید (۱۵۳۴)، فرمانداری اندلس جدید (۱۵۳۴)، و استان تیرا فیرما (۱۵۳۹) بودند.