موش آزمایشگاهی
موش‌های آزمایشگاهی از همان گونهٔ موش‌های خانگی هستند، با این حال اغلب در رفتار و فیزیولوژی بسیار متفاوت هستند. صدها نژاد inbred, outbred و ترانس ژنیک وجود دارد. نژاد، در مورد جوندگان، به گروهی اطلاق می‌شود که در آن همه اعضا از لحاظ ژنتیکی تا حد امکان شبیه هستند. در موش‌های آزمایشگاهی، این امر از طریق inbreeding (تولیدمثل زاده‌های یک والد با یکدیگر) انجام می‌شود. با داشتن این نوع جمعیت، انجام آزمایش‌هایی بر روی نقش ژن‌ها یا آزمایش‌هایی که تنوع ژنتیکی را به عنوان یک عامل حذف می‌کنند، امکان‌پذیر می‌گردد.
موش برهنه
اکثر گونه‌های موشهای برهنه، بخصوص با افزایش سن، مقداری سلول T دارند. به همین دلیل امروز این موشها کمتر در تحقیقات مورد استفاده قرار گرفته و موشهای فاقد ژن (Knockout) با ایجاد نقص کامل در سیستم ایمنی به وجود آمدند (مثلاً موشهای ناک اوت RAG1 و RAG2).