مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
FreeBSD سیستم‌عاملی سازگارپذیر است و از سخت‌افزارها و معماری‌های زیادی پشتیبانی می‌کند. همانند دیگر سیستم‌عامل‌های خانوادهٔ BSD، هسته سیستم‌عامل FreeBSD و همهٔ برنامه‌های فضای کاربر آن، همانند پوسته یونیکس و فرمان‌هایی مانند cat و ps، همگی در یک مخزن کد منبع نگهداری می‌شوند. همچنین FreeBSD می‌تواند فایل‌های باینری دیگر سیستم‌عامل‌ها همانند لینوکس را هم اجرا کند. به کمک پورت‌ها و بسته‌های FreeBSD می‌توان برنامه‌های جانبی گوناگونی را بر روی آن نصب کرد. بر پایهٔ یک آمارگیری در سال ۲۰۰۵، ۷۷ درصد از کاربران سیستم‌عامل‌های خانوادهٔ BSD، از FreeBSD استفاده می‌کنند، بنابراین FreeBSD بزرگترین جامعهٔ کاربری را در بین سیستم‌عامل‌های خانوادهٔ BSD دارد.