مفصل
این دسته‌بندی بر پایه گونه بافت پیونددهنده‌ای انجام می‌شود که استخوان‌ها را به هم پیوند می‌دهد. در دسته‌بندی ساختاری سه گونه مفصل شناخته می‌شود:
انگشت روی
پروتئین‌هایی را که دارای انگشت روی هستند، به چندین خانواده ساختاری مختلف تقسیم‌بندی می‌شوند. گرچه این خانواده‌ها با استفاده از ساختار سه‌بعدی خاص‌شان متمایز می‌گردند، اما می‌توان آنها را از روی ساختار اولیهٔ پروتئین یا مشخصات لیگاندهای حاوی «یون روی» هم شناخت. این پروتئین‌ها بیشتر در نقش یک مولکول واکنش‌دهنده با دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین ظاهر می‌شوند.