محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
سید ابراهیم رئیسی
سید ابراهیم رئیسی به عنوان جانشین وقت دادستان تهران در اعدام زندانیان سیاسی در استان تهران در سال ۱۳۶۷ مسئول است. او در سال ۱۳۶۷ عضو کمیته‌ای رسیدگی به وضعیت زندانیان سیاسی بود، که مخالفان حکومت جمهوری اسلامی از آن به عنوان "هیئت مرگ" یاد می‌کنند. این کمیته پس از طرح چند سؤال در مورد عقاید سیاسی و مذهبی زندانیان، برای اعدام یا زنده ماندن آن‌ها تصمیم می‌گرفت. حسینعلی منتظری از رئیسی (معاون وقت دادستان تهران) همراه با دیگر اعضا، مرتضی اشراقی (قاضی زندان اوین)، حسینعلی نیری (دادستان تهران)، و مصطفی پورمحمدی (نماینده وزارت اطلاعات) به عنوان دست‌اندرکاران اعدام زندانیان سیاسی (تابستان ۱۳۶۷) نام می‌برد که طی آن چند هزار تن زندانی که مشغول گذراندن احکام زندان خود بودند به اتهام باقی بودن بر سر مواضع خود بعد از عملیات مرصاد، اعدام شدند. نام دو نفر اول در فرمان روح‌الله خمینی آمده‌است. این گروه چهار نفره مسئول اعدام هزاران نفر از زندانیان سیاسی ایران می‌باشند. نام ابراهیم رئیسی در مرداد ماه ۱۳۹۵ در فایل صوتی منتسب به حسینعلی منتظری در مورد اعدام‌های سال ۱۳۶۷ مطرح شد و علی مطهری نایب رئیس مجلس از ابراهیم رئیسی خواست در این باره توضیح دهد.