مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
برنامه اوپن‌اس‌اس‌اچ در نصب پیش‌فرض گنجانده شده و کاربر می‌تواند آن را برای برقراری ارتباط راه دور به صورت امن بکار برد. اوپن‌اس‌اس‌اچ جایگزینی برای تلنت است و برخلاف تلنت، اطلاعات (همچون نام کاربری و کلمهٔ عبور) را به صورت رمزنگاری‌شده بر روی شبکه جابجا می‌کند و کاربر می‌تواند دل‌آسوده باشد که اطلاعات او در بین راه دزدیده نخواهد شد.