محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
محمدحسین احمدی شاهرودی
در ۱۷ مرداد ۱۳۹۶ احمدی شاهرودی در گفت‌وگویی با خبرگزاری تسنیم، نقش خود در اعدام دسته‌جمعی زندانیان سیاسی ایران در تابستان ۱۳۶۷ را تایید کرد و گفت:«در همان سال ۶۷ (تاریخ دقیق آن را نمی‌دانم) نیمه شبی بود که مدیرکل اطلاعات و و دادستانی وقت آمدند و به من نامه‌ای را دادند که در آن نامه حکمی از امام بود مبنی بر برخورد با منافقین. متن نامه این بود آنهایی که پافشاری سر موضع دارند، محکوم به اعدام‌ هستند که تشخیص آن به عهده رای اکثریت هیئت سه نفره یعنی دادستان، حاکم شرع و مدیرکل اطلاعات است.»