گرایش جنسی
از آنجا که جنین‌های مؤنث دو کروموزوم ایکس و جنین‌های مذکر یک جفت کروموزوم XY دارند، بنابراین کروموزوم Y مسئول است که تمایزهای مربوط به مذکر شدن را در جنینی که تمایزهای جنس مؤنث هنوز در آن ناقص است ایجاد نماید. روند مذکر شدن از طریق هورمون‌های آندروژنی، خصوصاً تستوسترون و دی‌هیدروتستوسترون (DHT) انجام می‌شود. بیضه‌های تازه شکل گرفته در جنین، مسئول ترشح آندروژن‌هایی هستند که در ایجاد تمایز جنسی جنین در حال رشد (که شامل تأثیر بر مغز جنین نیز می‌شود) همکاری می‌کنند. این منجر به تمایز جنسی بین مذکرها و مؤنث‌ها می‌شود. این واقعیت سبب شده‌است که دانشمندان در آزمایش‌هایی با روش‌های مختلف پستانداران را طی مراحل جنینی و ابتدای حیات، در معرض سطوح تغییریافتهٔ آندروژن قرار دهند تا نتیجهٔ آن را بررسی نمایند.
ناسازگاری ژنتیکی
ناسازگاری ژنتیکی کروموزوم‌های جنسی، ناسازگاری ژنتیکی بین گونه ایِ بیشتر و سریعتری از بقیهٔ کروموزوم‌ها دارند. تعداد زیادی بیولوژیست وجه تمایز یک گونه از گونهٔ دیگر را بر مبنای قدرت باروری با هم می‌دانند. اعضای گونه‌های مختلف هم نمی‌خواهند و هم نمی‌توانند با هم جفتگیری کنند و اگر هم جفتگیری کنند، فرزندان تولید شده اغلب یا زنده نمی‌مانند، یا عقیم هستند یا از نداشتن برخی تواناییها و قابلیتها رنج می‌برند. در طول بیشتر سالهای قرن بیستم، دانشمندان اعتقاد داشتند که این ناسازگاری تولیدمثلی به تدریج بین گونه‌ها هنگام سازش در مقابل رویدادهای اکولوژیکی مختلف ایجاد می‌شود. اگر دوگونه از نظر جغرافیایی از هم جدا باشند تعدادی ناسازگاری تولید مثلی هم به‌وجود می‌آید. در این مورد بسیاری از فاکتورها نقش مهمی بازی می‌کنند، مخصوصاً حضور ژنهای خودخواه که جزو عناصر پیش برندهٔ میتوتیک نامیده می‌شوند.