ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
ارتش جمهوری اسلامی ایران
هاشمی رفسنجانی مسئولیت هماهنگی بین ارتش و سپاه را بر عهده گرفته و توسط قرارگاه خاتم‌الانبیا، دو سازمان سپاه و ارتش را با یکدیگر هماهنگ می‌کرد. این ساختار تا ماه‌های آخر جنگ ادامه داشت و ارتش و سپاه گاهی با هم و گاهی به صورت مستقل عملیات‌هایی را انجام می‌دادند. در خرداد ماه سال ۱۳۶۷ ستاد فرماندهی کل قوا برای مدیریت جنگ و نیز به منظور اداره تمامی نیروهای مسلح به صورت متمرکز تشکیل شد. در این زمان هاشمی رفسنجانی، ستاد فرماندهی کل قوا را با ترکیبی از نخست‌وزیر و اعضای دولت وقت و نیز فرماندهان نیروهای مسلح سازماندهی کرد تا این که جنگ در ۲۹ مرداد ۱۳۶۷ با برقراری آتش‌بس به پایان رسید.