پیوند فسفودی‌استر
برای اینکه زنجیره‌های فسفودیستر شکل بگیرند و نوکلئوتیدها به هم متصل شوند، تری‌فسفات‌ها یا دی‌فسفات‌ها از ساختار نوکلئوتیدها در حضور آنزیم کاتالیزور شکسته می‌شود. وقتی که یک تک‌فسفات یا جفت‌فسفات (که پیروفسفات نامیده می‌شود) در واکنش کاتالیزوری بشکند، رشته‌های فسفودی‌استر شکل می‌گیرند.
کاوشگر پیوندی
برای شناسایی پیوند کاوشگر با دنبالهٔ هدف آن، این کاوشگر با نشانگرهای مولکولی رادیواکتیو و اخیراً فلورسنت نشاندار می‌شود. نشانگرهای متداول P (یک ایزوتوپ رادیواکتیو فسفر) و دیگوکسیژنین (یک پادتن غیر رادیواکتیو) هستند.