مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
فری‌بی‌اس‌دی
چند ماه پس از انتشار Net-2، یک زن و شوهر به نام‌های لین ژولیتز و ویلیام ژولیتز کارنوشتن آن شش فایل را آغاز کردند و پس از پایان‌یافتن کار، سیستم‌عاملی به نام 386BSD را منتشر کردند. آن‌ها این سیستم‌عامل را با FTP در اختیار همگان گذاشتند. روند توسعهٔ 386BSD، پس از آن انتشار نخستین، آهسته شده بود. برخی از کاربران 386BSD، آغاز به نوشتن و گردآوردن وصله‌هایی کردند تا 386BSD را بروز نگه دارند و مشکلات آن را گره‌گشایی کنند. اما به دلیل کشمکش‌هایی که بین آن‌ها و ویلیام ژولیتز، رهبر پروژهٔ 386BSD پدید آمده بود، بر آن شدند تا 386BSD را منشعب کنند. این‌گونه بود که فری‌بی‌اس‌دی برپایهٔ 386BSD زاده شد. نخستین نسخهٔ فری‌بی‌اس‌دی، در نوامبر سال ۱۹۹۳ منتشر شد. نسخه ۱٫۱ هم در می سال ۱۹۹۴ منتشر شد.