اسید معده
اسید معده یکی از اجزای اصلی شیرهٔ معده (به انگلیسی: digestive fluid) است. یک انسان بالغ روزانه بین ۲ تا ۳ لیتر شیرهٔ معده تولید می‌کند. شیره معده یک مایع گوارشی اسیدی و رقیق است که به وسیلهٔ غده‌های موجود دردیواره داخلی معده ترشح می‌شود. ازجمله موادی که در این شیره وجود دارد، هیدروکلریک اسید است. پی اچ شیره معده به دلیل وجود این اسید در حدود۱٫۵بوده و غلظت هیدروکلریک اسید در آن ۰٫۰۳مولاراست. اسیدی با این غلظت می‌تواند فلز روی را در خود حل کند. علت وجود محیطی با این قدرت اسیدی وجود مقدار یون هایH+ که از دیواره داخلی معده و از یاخته‌های درون بافت نفوذناپذیری ترشح می‌شوند. این غشا اجازه می‌دهد که آب و مولکول‌های خنثی به سلول وارد یا ازآن خارج شوند. اما این غشا معمولاً از تبادل یونهای آب پوشیده شده‌ای همچون K+,Na,Cl,H جلوگیری می‌کنند.
پپسین
آنزیم پپسین به صورت پپسینوژن که فاقد فعالیت گوارشی است در داخل سلول‌های معده ساخته می‌شود. ولی این پیش آنزیم با ورود به معده در حضور کلریدریک اسید بلافاصله فعال شده و به‌شکل پپسین در می‌آید. پپسین در محیط با اسیدیته بالا آنزیم پروتئولیتیک بسیار فعالی است و بخصوص پیوند بین اسیدآمینه‌های آروماتیک و هیدروفوبیک را می‌شکند. اما اگر PH محیط از ۵ افزایش یابد (با ورود غذا به روده)، اثر پروتئولیتیک پپسین بسیار ضعیف شده و ممکن است کاملاً غیرفعال گردد. پپسین فقط در هضم پروتئین‌ها نقش دارد و در هضم کربوهیدرات و چربی تأثیری ندارد.