مخزن نرم‌افزاری
برای مثال سیستم‌عامل فری‌بی‌اس‌دی از مدیر بسته‌ای به نام پی‌کاجی استفاده می‌کند و کاربران با استفاده از این ابزار می‌توانند به مخازن نرم‌افزاری فری‌بی‌اس‌دی متصل شده و نرم‌افزارهای دلخواه خود را نصب کنند. بیشتر سیستم‌عامل‌ها مخازن خود را در سرویس‌دهنده‌های مختلفی که در سرتاسر دنیا پراکنده‌اند نگهداری می‌کنند تا کاربران راحت‌تر بتوانند از آن‌ها استفاده کنند. هر سیستم‌عامل مخازن نرم‌افزاری مخصوص بخود را دارد و نمی‌توان از مخازن نرم‌افزاری یک سیستم‌عامل بر روی سیستم‌عامل دیگری استفاده کرد. برنامه مدیر بسته معمولاً پس از دریافت برنامه‌ها از مخزن راه دور، آن‌ها را از نظر امنیتی بررسی می‌کند تا مبادا برنامه‌ها ناقص دریافت شده باشند یا شخصی در بین راه آن‌ها را دستکاری کرده باشد. این کار توسط یک کلید امنیتی انجام می‌شود.
نت‌بی‌اس‌دی
این به ماژول‌های خارجی اجازه می‌دهد به روند کسب اجازه متصل شوند. نت‌بی‌اس‌دی همچنین شامل ویژگی‌های کاهش اکسپلویت، ASLR و حفاظت از حافظه و Segvguard از پروژه PaX است. همچنین شامل افزونه Stack Smashing Protection برای جی‌سی‌سی است.تایید اجرایی یا (Veriexec) یک زیرسیستم یکپارچگی فایل در نت‌بی‌اس‌دی است که به کاربر اجازه می‌دهد برای فایل‌ها اثرانگشت (hash) تنظیم کند و اگر فایل‌ها با اثرانگشت مطابقت نداشت عمل خاصی را بروی فایل انجام دهد. برای مثال به اسکریپت‌های پرل تنها در صورتی اجازه اجرا بدهد که با اثر انگشتشان مطابقت داشته باشند .