فرناندو دوم
ار دوران حکومت فردیناند و ایزابلا قدرت پادشاه افزایش یافت، نجبا و پارلمان محدود شدند و کلیسا به‌عنوان ابزاری برای مقاصد سیاسی مورد استفاده قرار گرفت. بسیاری از سیاست‌های فردیناند تأثیراتی طولانی‌مدت داشت از جمله اخراج یهودیان و مسلمان از اسپانیا که پس از آن در شمال آفریقا ساکن شدند، جستجو برای طلاهای آمریکا و تبدیل زمین‌های وسیع کشاورزی به چراگاه به‌منظور توسعهٔ صنعت پشم‌ریسی. اسپانیا در زمان فردیناند دوم به یکی از قدرت‌های دریایی منطقه در اقیانوس اطلس بدل شده بود و تجارت اروپا را دستخوش تغییرات اساسی نمود.
اتحادیه ایبری
ولی با پادشاهی فیلیپ چهارم رویهٔ تازه‌ای پی‌گرفته شد. مالیات‌ها بر پرتغالیان افزایش یافت. از ارج بزرگان پرتغالی در کرتس خنرالس (مجلس اسپانیا) کاسته شد و اسپانیایی‌ها بسیاری از مشاغل پرتعال را اشغال کردند. فیلیپ چهارم کوشید تا از قدرت بزرگان پرتغال بکاهد و این کشور را به صورت وفادار به خود درآورد. مجموعه‌ای از اختلافات دیگر نیز رخ داد. سرانجام مردمان پرتغال از ژان چهارم برای رسیدن به پادشاهی پشتیبانی کردند. جنگ احیای پرتغال برای کوتاه کردن دست اسپانیا آغاز شد. در آن زمان نیروهای زبده اسپانیا در مرزهای فرانسه درگیر بودند و بنا بر این نتوانستند کمکی به اسپانیایی‌های مستقر در پرتغال برسانند. ژان چهارم پیروزی‌های قاطعی به دست آورد و به تقویت نیروها و مواضعش پرداخت. او روابط حسنه‌ای را با انگلستان آغازید. سپس کوشید با اسپانیا آشتی کند، ولی این کوشش‌ها تا زمان جانشینش آلفونسوی ششم (پرتغال) میسر نشد.