محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
صادق خلخالی
خلخالی در تابستان ۱۳۵۸ به عنوان حاکم شرع راهی کردستان شد که با اعتراض دولت موقت نهایتاً منجر به دخالت هیئت حسن نیت شد. وی سپس برای سرکوب ناآرامی‌ها راهی گنبد کاووس شد و حکم اعدام ۹۴ نفر را در آنجا صادر کرد. بنا به گزارش سازمان عفو بین‌الملل ۴۳۸ نفر تا اسفند ۱۳۵۸ (طی یکسال) در ایران اعدام شدند. تجاوز جنسی به زندانیان زن و مرد طی بازجویی به منظور گرفتن اعتراف از طرف خلخالی مجاز عنوان شده بود. همچنین برای زنان محکوم پیش از اعدام صیغه (ازدواج موقت) اجباری با پاسدارها به منظور تجاوز جنسی بدون گناه در نظر گرفته بود و در این مورد گاهی حتی باردار بودن زن زندانی نیز مانع نمی‌شد.