اولیگونوکلئوتید
اولیگونوکلئوتیدها از نظر جهت قرارگیری به دو نوع اولیگونوکلئوتیدهای سانس و اولیگونوکلئوتیدهای آنتی‌سانس تقسیم می‌شوند.
اندونوکلئازهای محدودکننده
به‌طور طبیعی اندونوکلئازهای محدودکننده بر اساس ترکیب و کوفاکتورهای ضروری مورد نیاز آنزیم، ماهیت توالی هدف و ساختار جایگاه برش DNAی مناسب با جایگاه هدف، به چهار گروه (۱٬۲٬۳٬۴) دسته‌بندی شده‌اند. البته تجزیه و تحلیل توالی DNAی آنزیم‌های محدودکننده نشان داده‌اند که بیش از ۴ نوع آنزیم محدودکننده وجود دارد. همه انواع آنزیم‌ها توالی کوتاه و ویژه DNA را شناسایی کرده و قطعات خاص با انتهای ´۵ - فسفات ایجاد می‌کنند. در جایگاه برش، ساختار زیرواحد، جایگاه برش و کوفاکتورهای ضروری متفاوت می‌باشند. انواع آنزیم‌های محدودکننده شامل: