محمدحسین احمدی شاهرودی
به گفته سازمان عفو بین‌الملل در قتل‌عام زندانیان سیاسی در تابستان ۱۳۶۷، نزدیک به ۵۰۰۰ تن طی چند ماه اعدام شدند. محمد حسین احمدی شاهرودی قاضی مورد اشاره منتظری بود، که از روند اعدام‌ها انتقاد کرده بود، در مقطع اعدام‌ها در نامه‌ای خطاب به خمینی ضمن بیان جزئیاتی از سختگیری و تندروی در اعدام زندانیان، خواسته‌است: «ملاک و معیاری برای این امر مشخص فرمایید تا مسئولین اجرا دچار اشتباه و افراط و تفریط نشوند.»
اعدام‌های ایران پس از انقلاب ۱۳۵۷
با رأی دادگاه انقلاب اسلامی در ایران و به دستور سید روح‌الله خمینی و به ریاست صادق خلخالی، پس از انقلاب ۵۷، موجی از اعدام سران و وابستگان حکومت پیشین به‌راه افتاد که هدف اولیهٔ آن، رسیدگی به جرایم سران حکومت پهلوی خوانده می‌شد. این اعدام‌ها عموماً واکنش شدید جوامع جهانی و به‌ویژه سازمان عفو بین‌الملل را برانگیخت. صادق خلخالی در صدور حکم اعدام‌ها نقش پررنگی داشت که در سال ۱۳۵۹ به دست بهشتی برکنار شد.