ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
قرارگاه مرکزی خاتم‌الانبیا
در خلال جنگ ایران و عراق و در فاصله سالهای ۱۳۶۴ تا ۱۳۶۷ کلیه عملیات‌های گسترده نظامی، تحت نظارت عالیه قرارگاه خاتم طراحی گردید. این سلسله عملیات‌ها با فرماندهی و نظارت قرارگاه خاتم و توسط قرارگاه‌های اصلی سپاه مانند کربلا، نجف، نوح و قدس و نیز قرارگاه‌های فرعی مانند حدید، نصر، فتح و بدر، همچنین با همکاری لشکرهای پیاده و زرهی ارتش، اجرا می‌شد. در سالهای پایانی جنگ این قرارگاه فرماندهی کلیه واحدهای رزمی و پشتیبانی رزم نیروهای مسلح اعم از سپاه، ارتش، ژاندارمری، کمیته‌های انقلاب و جهاد سازندگی را برعهده گرفت و قرارگاه‌های تابعه آن (مانند قرارگاه‌های نجف، نوح و کربلا) نیز نقش سپاه‌های عملیاتی را برعهده داشتند.