گرایش جنسی
از آنجا که جنین‌های مؤنث دو کروموزوم ایکس و جنین‌های مذکر یک جفت کروموزوم XY دارند، بنابراین کروموزوم Y مسئول است که تمایزهای مربوط به مذکر شدن را در جنینی که تمایزهای جنس مؤنث هنوز در آن ناقص است ایجاد نماید. روند مذکر شدن از طریق هورمون‌های آندروژنی، خصوصاً تستوسترون و دی‌هیدروتستوسترون (DHT) انجام می‌شود. بیضه‌های تازه شکل گرفته در جنین، مسئول ترشح آندروژن‌هایی هستند که در ایجاد تمایز جنسی جنین در حال رشد (که شامل تأثیر بر مغز جنین نیز می‌شود) همکاری می‌کنند. این منجر به تمایز جنسی بین مذکرها و مؤنث‌ها می‌شود. این واقعیت سبب شده‌است که دانشمندان در آزمایش‌هایی با روش‌های مختلف پستانداران را طی مراحل جنینی و ابتدای حیات، در معرض سطوح تغییریافتهٔ آندروژن قرار دهند تا نتیجهٔ آن را بررسی نمایند.
آدم کروموزوم Y
زمان جدیدتر جدیدترین نیای مشترک پدری نسبت به جدیدترین نیای مشترک مادری، مربوط به این موضوع است که پراکندگی آماری احتمال آنکه یک مرد عصر حجر فرزندی به جای بگذارد نسبت به زنان آن دوران بیشتر بوده‌است. در حالی که زنان بارور کم و بیش شانس برابری برای آوردن تعداد معینی فرزند بارور داشتند، شانس مردان بارور بسیار متفاوت بوده‌است، بعضی هیچ کودکی به جای نمی‌گذاشتند و بعضی کودکان بسیاری با زنان متعددی به جای می‌گذاشتند.