ستاد اجرایی فرمان امام
در ششم اردیبهشت سال ۱۳۶۸، حدود یک ماه قبل از درگذشت سید روح‌الله خمینی، با حکمی به حبیب‌الله عسگراولادی، مهدی کروبی و حسن صانعی برای در اختیار گرفتن همۀ وجوه و اموال مجهول‌المالک بلاصاحب، ارث بلاوارث و اموالی که بابت تخمیس و خروج از ذمه و اجرای اصل ۴۹ قانون اساسی و دیگر قوانین، در اختیار ولی فقیه قرار گرفته‌است، ستاد اجرایی فرمان امام آغاز به کار کرد. نام‌بردگان از طرف نخستین رهبر جمهوری اسلامی، اختیار داشتند تا هرگونه صلاح می‌دانند در تمامی ابعاد فروش، نگهداری و ادارهٔ آن‌ها اقدام کرده یا قسمتی از این اختیارات را به وزارت امور اقتصادی و دارایی واگذارند. این ستاد طی این حکم موظف شد همه درآمدهای حاصل را در موارد مقررهٔ شرعیه، بنیاد شهید، بنیاد پانزده خرداد، بنیاد مسکن، کمیتهٔ امداد، سازمان بهزیستی، طرح شهید رجایی و بنیاد جانبازان انقلاب اسلامی و مواردی از این دست مصرف کند.
سید علی خامنه‌ای
برخی خبرگزاری‌ها، ادعای ساده‌زیستی خامنه‌ای را رد کرده و دارایی امپراتوری مالی وی را «۲۰۰ میلیارد دلار» می‌دانند. به گفته بهزاد نبوی، چهار نهاد «ستاد اجرایی فرمان امام»، «قرارگاه خاتم‌الانبیاء»، «آستان قدس رضوی» و «بنیاد مستضعفان» ۶۰ درصد از ثروت ایران را به خود اختصاص داده و در اختیار دارند. این چهار نهاد وابسته به دفتر رهبر جمهوری اسلامی می‌باشد. خرید سهام یکی از بزرگترین بانکهای ایران در سال ۲۰۰۷ میلادی، و خرید سهام بزرگترین شرکت مخابراتی کشور در سال ۲۰۰۹ میلادی یکی از اقدامات خامنه‌ای بود که توسط ستاد اجرایی فرمان امام اجرا شد و در نتیجه این ستاد بعنوان یکی از صندوق‌های بزرگ سرمایه‌گذاری خصوصی جهان در سال ۲۰۱۰ درآمد. سید پرویز فتاح، رئیس بنیاد مستضعفان که زیر نظر سید علی خامنه‌ای می‌باشد، در روز دوشنبه ۶ مرداد ۱۳۹۹ در یک نشست خبری اعلام کرد که این بنیاد در سال ۱۳۹۸، ۳۶ هزار میلیارد تومان درآمد و ۷ هزار میلیارد تومان سود از گردش مالی این بنیاد داشته‌است. توکلی در گفتگویی با روزنامه "اعتماد" در مرداد ۹۹ با اشاره به ۳۶ هزار میلیارد تومان گردش مالی بنیاد مستضعفان در سال، گفت، برای به اجرا درآمدن طرح شفافیت مالی کشور باید از دفتر علی خامنه‌ای شروع شود، در حالی که این دفتر مانع‌تراشی کرده و نمی‌گذارد این طرح پیش رود.