ماهی
می‌توان گفت گوناگونی گونه‌های ماهی به صورت یکسان میان ماهی‌های دریایی و ماهی‌های زیست‌بوم آب شیرین تقسیم می‌شود. ناحیهٔ هند-آرام مرکز اصلی گوناگونی‌های ماهی‌های دریایی است در حالی که ماهی‌های آب‌های شیرین بیشتر در حوضهٔ آبریز رودخانه‌های بزرگ جنگل‌های باران‌خیز استوایی گوناگونی دارند به ویژه در بستر رودهای آمازون، کنگو و مکونگ. بیش از ۵۶۰۰ گونهٔ ماهی در آب‌های شیرین منطقهٔ گرمسیری قارهٔ آمریکا و منطقهٔ معتدل آمریکای جنوبی وجود دارد (قلمرو نوگرمسیری). این گونه‌های ماهی نزدیک به ۱۰٪ همهٔ گونه‌های مهره‌داران را پوشش می‌دهند. ناحیه‌های سرشار از مواد خوراکی بستر آمازون مانند کانتائو به تنهایی بیشتر از کل اروپا گوناگونی در ماهی‌های آب‌های شیرین دارند.
دریاچه تانگانیکا
از جمله ماهی های غیرمعمول در دریاچه می توان به "گربه ماهی فاخته" اشاره کرد. شش جنس گربه ماهی کاملاً محدود به حوضه دریاچه است: Bathybagrus , Dinotopterus , Lophiobagrus , Phyllonemus , Pseudotanganikallabes و Tanganikallabes. اگرچه در سطح جنس بومی نیست، شش گونه از گربه ماهی Chrysichthys فقط در حوضه تانگانیکا یافت می شوند که در آب های کم عمق و نسبتاً عمیق زندگی می کنند؛ در زیستگاه دوم آنها شکارچیان اصلی و روبنده ها هستند. ۱۵ گونه مارماهی خاردار Mastacembelus ساکن دریاچه است که همه بجز یکی بومی است. اگرچه سایر دریاچه های بزرگ آفریقایی دارای گربه ماهی Synodontis، گربه ماهیان بومی و مارماهی های خاردار Mastacembelus هستند، اما تنوع نسبتاً زیاد منحصر به تانگانیکا است، که احتمالاً مربوط به قدمت دریاچه است.