فرناندو دوم
ار دوران حکومت فردیناند و ایزابلا قدرت پادشاه افزایش یافت، نجبا و پارلمان محدود شدند و کلیسا به‌عنوان ابزاری برای مقاصد سیاسی مورد استفاده قرار گرفت. بسیاری از سیاست‌های فردیناند تأثیراتی طولانی‌مدت داشت از جمله اخراج یهودیان و مسلمان از اسپانیا که پس از آن در شمال آفریقا ساکن شدند، جستجو برای طلاهای آمریکا و تبدیل زمین‌های وسیع کشاورزی به چراگاه به‌منظور توسعهٔ صنعت پشم‌ریسی. اسپانیا در زمان فردیناند دوم به یکی از قدرت‌های دریایی منطقه در اقیانوس اطلس بدل شده بود و تجارت اروپا را دستخوش تغییرات اساسی نمود.
اینوسنت نهم
حتی قبل از درگذشت پاپ گرگوری چهاردهم، جناح‌های اسپانیایی و ضد اسپانیایی پاپ بعدی را انتخابات کردند. تا آن زمان دخالت آمرانه فیلیپ دوم (۱۵۵۶–۱۵۹۸) پادشاه اسپانیا (از آنجایی که در آن زمان ایتالیا تحت سلطه اسپانیا بود) در انتخاب پاپ قبلی فراموش نشده بود. او همه کاردینال‌ها بجز هفت کاردینال را از شرکت در شورای انتخاب پاپ منع کرده بود. تا آن زمان کاردینال‌های اسپانیایی مجمع کاردینال‌ها کاری نکرده بود اما آن‌ها همچنان اکثریت رادر اختیار داشتند و پس از یک شور سریع آن‌ها فاسشینتی را به تخت پاپی با عنوان پاپ اینوسنت نهم نشاندند. با توجه به تأثیر اسپانیایی‌ها در انتخاب او، پاپ اینوسنت نهم در جنگ مذهبی فرانسه (۱۵۶۲–۱۵۹۸) بین فیلیپ دوم پادشاه اسپانیا و هنری چهارم پادشاه فرانسه (۱۵۸۹–۱۶۱۰) در طول دو ماه پاپی خود، جانب فیلیپ دوم و مجمع کاتولیک‌ها را گرفت و ارتش پاپ نیز با فرانسه وارد جنگ شد ولی مرگ به او مجال تحقق رویاهایش را نداد.