Genocidio de Ruanda
Al mismo tiempo, una vez que la situación estuvo medianamente normalizada, los tribunales ruandeses iniciaron centenares de procesos contra inculpados de cometer las graves violaciones a los derechos humanos. Hasta la fecha más de 700 personas han sido condenadas por los tribunales de cargos de genocidio y otros.Constituye un hito mundial al ser considerada la primera condena internacional por genocidio y la primera en reconocer la violencia sexual como actos constitutivos de genocidio. El Tribunal Penal Internacional para Ruanda, creado el 8 de noviembre de 1994, en el caso Akayesu, declaró a un acusado culpable de violación por no haber impedido ni detenido una violación en su calidad de oficial, y no por haberla cometido personalmente. El tribunal consideró que la violación constituía tortura y que, dadas las circunstancias, la violación generalizada, como parte de unas "medidas dirigidas a impedir nacimientos dentro del grupo", constituía un acto de genocidio. Por ejemplo, en las sociedades donde la pertenencia a una etnia está determinada por la identidad del padre, violar a una mujer para dejarla embarazada puede impedirle dar a luz a su hijo en el seno de su propio grupo.
Guerra civil española
Por considerar que dichos actos, por su naturaleza de crímenes contra la humanidad no pueden prescribir ni ser absueltos, el magistrado-juez Baltasar Garzón inició un proceso para investigar los hechos, basándose en el que ya había impulsado infructuosamente contra el exdictador chileno Augusto Pinochet, afirmando que no se buscaba «hacer una revisión en sede judicial de la Guerra Civil». Entre otras consideraciones, argumentó la acusación de genocidio de acuerdo con el derecho español, citando al auto 211/2008 del Juzgado Central de Instrucción número dos (caso SS-Totenkopf o Genocidio nazi), mediante el cual se consideraba delitos de genocidio y lesa humanidad los cometidos contra los españoles recluidos en los campos de concentración nazis con motivaciones políticas o ideológicas. La Audiencia Nacional decidió por mayoría de votos y sin hacer ninguna valoración acerca del carácter delictivo de los hechos denunciados, que el Juzgado Central de Instrucción número cinco dirigido por Garzón carecía de competencia objetiva para investigarlos, al considerar extinguida la posible responsabilidad penal de a causa de su fallecimiento. Los magistrados discrepantes consideraron que el juzgado sí era competente al ser los hechos investigados «delitos de lesa humanidad y genocidio», por constituir una «sistemática y masiva eliminación de adversarios políticos» tras la contienda.