Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Bautistas Reformados
En Francia, los protestantes reformados fueron llamados Hugonotes. los Iglesia reformada de Francia sobrevivió a la persecución desde 1559 hasta la Edicto de Nantes (1598), cuyo efecto fue establecer regiones en las que los protestantes pudieran vivir sin ser molestados. Estas áreas se convirtieron en centros de resistencia política bajo los cuales se protegió la iglesia reformada hasta 1628, cuando La Rochelle, el centro protestante de resistencia a Luis XIII, fue invadido por un bloqueo del ejército francés. Después de que fracasara la resistencia protestante, la Iglesia Reformada de Francia se reorganizó y se le garantizó la tolerancia bajo la Edicto de Nantes hasta la revocación final de la tolerancia en 1685 (Edicto de Fontainebleau). Los períodos de persecución esparcieron a los refugiados reformados franceses a Inglaterra, Alemania, Suiza, Países Bajos, África (especialmente Sudáfrica) y America. Luis XVI concedió una edicto de tolerancia. La libertad de religión llegó con la Revolución Francesa. Napoleón organizó una iglesia reformada francesa controlada por el estado con la Artículos orgánicos en 1802. Un sínodo libre (es decir, no controlado por el estado) de la Iglesia Reformada surgió en 1848 y sobrevive en pequeñas cantidades hasta la actualidad. Los refugiados franceses establecieron iglesias reformadas francesas en los países latinos y en América.