Insecta
El aparato respiratorio de los insectos está compuesto por tráqueas, una serie de tubos vacíos que en su conjunto forman el sistema traqueal; los gases respiratorios circulan a través de él. Las tráqueas se abren al exterior a través de los estigmas o espiráculos, en principio un par en cada segmento corporal; luego van reduciendo progresivamente su diámetro hasta convertirse en traqueolas que penetran en los tejidos y aportan oxígeno a las células. En la respiración traqueal el transporte de gases respiratorios es totalmente independiente del aparato circulatorio por lo que, a diferencia de los vertebrados, el fluido circulatorio (hemolinfa) no almacena oxígeno.
Enteropneusta
El aparato respiratorio consta de hendiduras branquiales que comunican la faringe con el exterior, igual que en los cordados. Las hendiduras branquiales, internas y situadas a ambos lados de la faringe, se abren a cámaras branquiales y éstas al exterior a través de poros branquiales que se disponen en filas dorsolaterales a ambos lados del tronco. El agua sale de la faringe por las hendiduras branquiales, pasando por las cámaras y a través de los poros es eliminada al exterior. La circulación es unidireccional.