Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Chelonoidis phantasticus
Aunque para la IUCN es una especie «Extinta», ya que en el año 1906 esta especie se dio a conocer por un solitario ejemplar macho encontrado (y muerto) por miembros de la expedición de la Academia de Ciencias de San Francisco. Si bien hubo un descubrimiento de excrementos de tortuga en el año 1964, ninguna otra tortuga o incluso sus restos se habían encontrado en Fernandina, hasta el 19 de febrero de 2019, cuando una expedición con especialistas del parque nacional Galápagos y la organización no gubernamental Galápagos Conservancy localizaron un espécimen (hembra adulta).