Cuauhtémoc
A Cortés no le interesó en ese momento la muerte de Cuauhtémoc. Prefería utilizar ante los mexicas su dignidad de Tlatoani, ahora subsidiaria del emperador Carlos V y del propio Cortés. Así lo hizo con éxito, aprovechando la iniciativa y el poder de Cuauhtémoc para asegurar la colaboración de los mexicas en los trabajos de limpieza y restauración de la ciudad. En los cuatro años que siguieron, la administración codiciosa por parte de los españoles, la desconfianza en Cortés, y los temores del propio Cortés, le llevaron a aprobar el tormento y la muerte del último tlatoani mexica.
Imperio incaico
Luego de este período de apogeo el imperio entró en declive por diversos problemas, el principal la confrontación por el trono entre los hijos de Huayna Cápac: los hermanos Huáscar y Atahualpa, que derivó incluso en una guerra civil. Entre los incas la viruela acabó con el monarca Huayna Cápac, provocó la guerra civil previa a la aparición hispana y causó un desastre demográfico en el Tahuantinsuyo. Finalmente Atahualpa vencería en 1532. Sin embargo su ascenso al poder coincidió con el arribo de las tropas españolas al mando de Francisco Pizarro, que capturaron al inca y luego lo ejecutaron. Con la toma del Cuzco en 1533 culminó el Imperio incaico. Sin embargo, varios incas rebeldes, conocidos como los «Incas de Vilcabamba», se rebelaron contra los españoles hasta 1572, cuando fue capturado y decapitado el último de ellos: Túpac Amaru I.