Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Dōjutsu
Hasta el momento, solo se han visto tres de estos en el manga: el Byakugan, el Sharingan y el Rinnegan, pero más adelante en la serie se aparecerían tres nuevos: el Tenseigan, el Ketsuryūgan y el Jōgan, este último visto en el manga spin-off de . Otro conocido es uno pero exclusivo del anime Naruto: el "dōjutsu de ", entre otros menos conocidos.