Revolución mexicana
La consecuente disminución en la actividad económica del país redujo drásticamente los ingresos del gobierno. Se intentó solucionar este problema castigando salarialmente a la burocracia y aumentando los impuestos y la base fiscal, lo que afectó a los miembros de la clase media, tanto urbana como rural, así como a los miembros de la clase alta que no estaban adheridos a «los Científicos», grupo selecto de intelectuales, profesionales y hombres de negocios que compartían las creencias del positivismo y darwinismo social e influían en la política del país.
Secretaría de Justicia (México)
La Revolución de Ayutla (1854-1855) provocó otra inestabilidad en el país que causó que la reforma santaannista no durara más de diez años. Con la publicación de la Constitución de 1857 los asuntos de la relación entre la Iglesia y el Estado pasaron a control de la Secretaría de Gobernación. El estallido de la Guerra de Reforma obligó al gobierno liberal —encabezado por Benito Juárez— a tener que reducir considerablemente su presupuesto para gastos bélicos; el 18 de enero de 1858 Juárez extinguió formalmente la Secretaría de Fomento, Colonización, Industria y Comercio, y reintegró sus antiguas atribuciones a los respectivos ministerios de donde correspondían: la Secretaría de Justicia, Fomento e Instrucción Pública volvió a encargarse de los estímulos económicos del país.