Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma protestante
En 1530, CarlosV convocó otra Dieta en la ciudad de Augsburgo y en ella intentó conseguir que los luteranos y los católicos se pusieran de acuerdo para aceptar una doctrina cristiana común que superase la división religiosa. Lutero fue invitado de nuevo a asistir, pero se negó y envió en su lugar a su discípulo Philipp Melanchthon. Los esfuerzos de CarlosV en la Dieta fueron inútiles, pues Melanchthon se negó a cualquier acuerdo y en su lugar los protestantes redactaron la llamada Confesión de Augsburgo, en la que exponían sistemáticamente los principios de su doctrina. Los católicos seguirían pronto su ejemplo, redactando también su compendio doctrinal, de modo que la cristiandad occidental se había dividido irremediablemente. Lutero muere en 1546 mientras CarlosV preparaba en Alemania una campaña contra la liga de Esmalcalda, defensora del protestantismo. CarlosV presentó su campaña no como una guerra contra los protestantes, sino como un castigo contra los nobles que se habían rebelado contra su emperador; en su ejército había, sobre todo, tropas españolas, pero también nobles protestantes que no se habían unido a la liga y que permanecían fieles a CarlosV. El ejército de CarlosV derrotó a la liga de Esmalcalda en 1547 en la gran batalla de Mühlberg. Parecía que el triunfo de CarlosV era total y toda Sajonia fue ocupada por las tropas del emperador germánico.