Makuria
A finales del siglo VI los monarcas de Makuria se convirtieron al cristianismo, pero en el siglo VII Egipto fue conquistado por los ejércitos islámicos, y Nubia quedó aislada del resto de la Cristiandad. En 651 un ejército árabe intentó la invasión, pero fue repelido y se firmó un tratado llamado "baqt", que creó una paz entre los dos bandos que resistió hasta el siglo XIII. Makuria se expandió, anexionándose el reino del norte, Nobatia, o en tiempos de la invasión árabe o durante el reinado del rey Merkurios. El periodo desde aproximadamente 750 a 1150 fue próspero para el reino, y recibe el nombre de «Edad Dorada». Las agresiones desde Egipto y las discordias internas llevaron al colapso del estado en el siglo XIV.
Historia de Kush
Con la decadencia del Reino Medio, Nubia fue paulatinamente adquiriendo independencia. Mientras en Egipto reinaron las dinastías libias, Kush se configuró como un reino independiente con capital en la ciudad de Napata, dando lugar al período napatiense. Sin embargo, el nuevo reino nubio seguiría ligado a Egipto cultural y religiosamente, y el clero local, desde Djebel Barkal siguió ejerciendo una gran influencia sobre la población e incluso, sobre sus gobernantes. Comenzó en este tiempo la conocida como Edad Oscura, denominación que recibe de la escasez documental que existe a día de hoy de este período. Graves hambrunas, producidas por cambios climáticos en Oriente Próximo, afectaron a Egipto en aquel momento y, aprovechando su debilidad, Pianki, en el 747 a.C. logró controlar el Alto Egipto y su hijo, Shabaka, consiguió controlar todo el reino y reunificarlo bajo su dominio desde Tebas. Se inauguraba así el período de la dinastía XXV en Egipto. Durante este período, los nuevos faraones kushitas intentaron legitimar su dominio edificando monumentos y enterrándose a la manera de los egipcios del Reino Antiguo, es decir, en pirámides. Sin embargo, la dinastía XXV fue breve. Los Asirios invadieron Egipto y Tanutamón, el último faraón negro, huyó a Napata, en donde reinaría hasta su muerte. Se inauguraba así el reino independiente de Kush, con capital, primero en Napata, y posteriormente en Meroe.