Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Reforma protestante en España
Como ha señalado Henry Kamen, tras los autos de fe de Valladolid y de Sevilla de 1559-1562, el «protestantismo autóctono quedó prácticamente extinguido en España» y además «gran parte de los que podrían haber sido los reformadores españoles habían emigrado al extranjero». Joseph Pérez también piensa que la persecución de los años 1559-1560 «consiguió la derrota definitiva del protestantismo en la Península. Después de 1560, se siguen introduciendo libros en España, sobre todo calvinistas, pero los escasos protestantes que comparecen ante la Inquisición son extranjeros —franceses, ingleses, alemanes…—, instalados de forma permanente en España, o bien comerciantes o marineros de paso».