Intrusión salina
La intrusión salina es el proceso por el cual los acuíferos costeros están conectados con el agua del mar. Esto supone que el agua salada (procedente del mar) fluye hacia el subsuelo continental mezclándose con las reservas de agua dulce. Este proceso se debe a la mayor densidad del agua del mar (debido a que contiene más solutos) que el agua dulce. Esta diferencia de densidades provoca que la presión en el fondo de una columna de agua salada sea mayor que la de una columna de agua dulce de la misma altura. Si se conectaran ambas columnas por debajo, el agua salada fluiría hacia la columna de agua dulce. El proceso se detiene cuando la columna de agua dulce se hace mayor, la presión aumenta y consigue igualar a la intrusión de agua de mar. Si se extrae toda el agua dulce, el agua salada inunda el acuífero y resulta muy difícil de recuperar.
Río Grande de Lípez
Existen dos tipos de fuentes de agua en la región que tienen orígenes hidrogeológicos diferentes y por ende características cualitativas completamente diferentes: las aguas subterráneas y las vertientes o fuentes de agua dulce. Las "aguas subterráneas" en la subcuenca del Río Grande de Lípez son salinas. Consecuentemente, el agua que fluye por el Río Grande de Lípez, parcialmente alimentada por aguas subterráneas, es también salada y de mala calidad a partir de su encuentro con el río Salado, motivo por el cual no es usada como agua de riego y menos aún como fuente de agua para consumo humano por los habitantes de las comunidades de la región por donde discurre este río. Por otro lado, en la región existen vertientes de agua dulce que son generadas por el flujo sub-superficial del agua de lluvia y que emergen principalmente en las zonas altas de las microcuencas. Estas vertientes son usadas como fuentes de agua potable por casi todas las comunidades de la región. A pesar del vulcanismo de la zona, la mayoría de los manantiales de la región tienen aguas de buena calidad físico-química. De ahí se puede inferir que los acuíferos subterráneos que dan origen a esos manantiales también tienen aguas de buena calidad. Solamente los acuíferos situados junto a salares y lagunas saladas tienen aguas con alto contenido de sales.