Pueblos originarios de Ciudad de México
La Secretaría de Desarrollo Rural y Equidad para las Comunidades del Gobierno de la Ciudad de México reconoce a 141 poblaciones capitalinas como pueblos originarios. Estas comunidades pueden participar en la convocatoria del Programa de Apoyo a los Pueblos Originarios que otorga financiamiento a proyectos ciudadanos de desarrollo comunitario propuestos por los vecinos de dichos pueblos.Existen otras poblaciones cuya estructura social actual las descartó para ser considerados como pueblos originarios, debido a la alta inmigración que ha destruido sus formas de organización e identidad tradicional. En otro lado el rompimiento se dio desde la llegada de los inmigrantes, los cuales en no pocos casos se hicieron de sus propiedades por medio de la invasión pacífica o violenta, como ocurrió en el Pedregal de Santo Domingo en Coyoacán y que es una práctica aun usada por grupos políticos.
Pueblo otomí
Los otomíes entraron en la historia de la Conquista de México cuando los españoles llegaron a la región dominada por los tlaxcaltecas. Como se ha dicho anteriormente, los otomíes llegaron a la región de Puebla-Tlaxcala durante el período Posclásico Temprano, cuando su territorio original fue invadido por los nahuas procedentes del occidente y el norte de Mesoamérica. En la región del valle de Tlaxcala convivieron con los señoríos de la llamada "Señorío de Tlaxcala", una confederación dominada por tribus nahuas y opuesta a los mexicas y sus aliados. Los tlaxcaltecas eran aliados militares de los otomíes de Tecóac, a quienes se reconocía como un pueblo con grandes habilidades para la guerra. De acuerdo con el "Códice Florentino" los otomíes fueron atacados por los españoles: