Guerra de Sucesión de Borgoña
Marie recordó igualmente que las adquisiciones de sus predecesores, el Auxerrois, el Charolais y el Mâconnais, no habían estado condicionados a mantener una sucesión masculina para el título. Sin embargo, los borgoñones, satisfechos por los anuncios del rey de proclamar una amnistía y abolir los impuestos creados por el Temerario, se declararon súbditos fieles del rey. Este tuvo la gran habilidad de crear además un Parlamento de Borgoña el 18 de marzo de 1477. Aunque hubo una revuelta contra el rey en 1477, fue aplastada brutalmente por La Trémoille.
Corona de Aragón
Los conflictos se sucedieron a lo largo de los siglos modernos, hasta la Guerra de Sucesión. En 1521 tenían lugar las Germanías, un movimiento surgido en Valencia entre la incipiente burguesía, que se extendió hasta 1523. En Mallorca tuvo lugar en los mismos años otro movimiento similar, dirigido por Joanot Colom. La derrota final de los agermanados supuso una fuerte represión y la reafirmación del dominio señorial. Ya durante el reinado de Felipe II, tuvo lugar la prohibición a los súbditos de la Corona de Aragón de estudiar en el extranjero, frente al riesgo de contagio calvinista (1568). Asimismo, en 1569, todos los diputados de la Diputación del General eran encarcelados bajo la acusación de herejía, en el marco de la disputa por el pago del impuesto del excusado.