Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Reforma protestante
CarlosV se vio obligado a aceptar las condiciones de los nobles rebeldes y en 1555 firmó la paz de Augsburgo. Según esa paz, cada príncipe alemán podía profesar la religión que quisiera sin que el emperador lo pudiese impedir ("cuius regio eius religio"); sin embargo, todos los vasallos de un noble tenían que tener la misma religión. Finalizaba así el anhelo de CarlosV de mantener la unidad religiosa en sus dominios. Así, mientras los católicos reafirmaban su propia teología en un proceso de Contrarreforma iniciado con el Concilio de Trento (1545-1563), los protestantes luteranos consolidaron la suya en su "Libro de la Concordia" (1580), una colección de escritos que establece el estándar doctrinal luterano.