Guerra de Sucesión de Borgoña
Marie recordó igualmente que las adquisiciones de sus predecesores, el Auxerrois, el Charolais y el Mâconnais, no habían estado condicionados a mantener una sucesión masculina para el título. Sin embargo, los borgoñones, satisfechos por los anuncios del rey de proclamar una amnistía y abolir los impuestos creados por el Temerario, se declararon súbditos fieles del rey. Este tuvo la gran habilidad de crear además un Parlamento de Borgoña el 18 de marzo de 1477. Aunque hubo una revuelta contra el rey en 1477, fue aplastada brutalmente por La Trémoille.
Reino de Arlés
El 6 de septiembre de 1032, a la muerte de Rodolfo III, se produjo una disputa entre el emperador Conrado II el Salio —designado heredero del reino borgoñón por el difunto rey— y otro sobrino de este último, el conde de Blois y Troyes Eudes II, el heredero más directo de Rodolfo. Este el conflicto de la Sucesión de Borgoña (1032-1034), que tras de dos años de lucha entre los dos primos acabará favoreciendo al emperador, que incorporará así el reino al Imperio.