Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma protestante
CarlosV se vio obligado a aceptar las condiciones de los nobles rebeldes y en 1555 firmó la paz de Augsburgo. Según esa paz, cada príncipe alemán podía profesar la religión que quisiera sin que el emperador lo pudiese impedir ("cuius regio eius religio"); sin embargo, todos los vasallos de un noble tenían que tener la misma religión. Finalizaba así el anhelo de CarlosV de mantener la unidad religiosa en sus dominios. Así, mientras los católicos reafirmaban su propia teología en un proceso de Contrarreforma iniciado con el Concilio de Trento (1545-1563), los protestantes luteranos consolidaron la suya en su "Libro de la Concordia" (1580), una colección de escritos que establece el estándar doctrinal luterano.