Historia genética de los indígenas de América
Un trabajo reciente (2007) de genética autosómica y coordinado entre laboratorios de genética molecular de Estados Unidos, Reino Unido, Suiza, Colombia, Perú, México, Canadá, Brasil, Costa Rica y Chile, relaciona 24 poblaciones indígenas americanas con 54 poblaciones del resto del mundo; concluyendo que dentro del continente americano existe baja diversidad genética y en cambio una gran diferenciación con las poblaciones nativas del resto de mundo. Entre los resultados "(ver imagen a la derecha)" se puede apreciar la mayor divergencia entre los pueblos na-dené (chipewyan) con los amerindios; y a su vez dentro de los amerindios se pueden diferenciar a los pueblos del este de Norteamérica por un lado (los cree y ojibwe, hablantes de lenguas álgicas) con los demás pueblos amerindios por el otro (desde México hasta el extremo sudamericano), formando estos últimos un grupo sólidamente establecido con un 100 % de confiabilidad en su unidad genética. Puede observarse también la estrecha relación genética entre quechuas y aymaras.
Demografía de Puebla
En el estado hay dos grandes regiones indígenas. Una de ellas corresponde a la Sierra Norte de Puebla y la otra, a la Sierra Negra. La región indígena de la Sierra Norte forma parte de una más amplia con el Totonacapan del vecino estado de Veracruz. En esta región conviven nahuas, totonacos y otomíes. Los dos primeros son los grupos indígenas más grandes del estado. Constituyen importantes poblaciones en los municipios de Huauchinango, Pahuatlán, Huehuetla, Zacatlán y Teziutlán. Por otra parte, la Sierra Negra forma parte de una región más amplia que abarca la Sierra de Zongolica (Veracruz) y la Sierra Mazateca (Oaxaca). Aislada por su propia topografía, la región de la Sierra Negra es una de las principales expulsoras de población en el estado de Puebla. En varios municipios de la región, como Eloxochitlán y San Sebastián Tlacotepec, los indígenas popolocas, nahuas y mazatecos constituyen la mayoría de la población. La región indígena de la Sierra Negra está fuertemente relacionada con la ciudad de Tehuacán, que absorbe buena parte de las migraciones temporales de los indígenas y campesinos empobrecidos de las zonas cercanas.