Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Jiraiya
Durante su entrenamiento, Jiraiya descubre que Orochimaru había modificado el sello original del chakra del zorro de nueve colas dentro de Naruto, haciendo difícil para Naruto realizar jutsus. Después de quitar el sello, Jiraiya empieza a entrenar a Naruto para utilizar la energía del zorro de nueve colas a su voluntad. Para esto, Jiraiya decide enseñarle a Naruto el Jutsu de invocación de sapos, demostrándole a Naruto que con su chakra natural, no podría hacer una invocación efectiva.