Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Sauropsida
Más detalladamente con todas las formas extintas es la siguiente: La agrupación de las tortugas ha sido históricamente muy variable. Clásicamente, las tortugas se consideraron relacionadas con los reptiles primitivos de Anapsida o Parareptilia, no obstante varios estudios genéticos y evidencias fósiles recientes han colocado a las tortugas dentro de los diápsidos. Todos los estudios genéticos han apoyado la posición diapsida de las tortugas generalmente como un grupo hermano de los arcosaurios (cocodrilos, aves y parientes), mientras que uno solo ha podido colocar a las tortugas como grupo hermano de los lepidosaurios (lagartos, serpientes y tuataras) dejando abierta esta posibilidad.