Historia genética de los indígenas de América
Un trabajo reciente (2007) de genética autosómica y coordinado entre laboratorios de genética molecular de Estados Unidos, Reino Unido, Suiza, Colombia, Perú, México, Canadá, Brasil, Costa Rica y Chile, relaciona 24 poblaciones indígenas americanas con 54 poblaciones del resto del mundo; concluyendo que dentro del continente americano existe baja diversidad genética y en cambio una gran diferenciación con las poblaciones nativas del resto de mundo. Entre los resultados "(ver imagen a la derecha)" se puede apreciar la mayor divergencia entre los pueblos na-dené (chipewyan) con los amerindios; y a su vez dentro de los amerindios se pueden diferenciar a los pueblos del este de Norteamérica por un lado (los cree y ojibwe, hablantes de lenguas álgicas) con los demás pueblos amerindios por el otro (desde México hasta el extremo sudamericano), formando estos últimos un grupo sólidamente establecido con un 100 % de confiabilidad en su unidad genética. Puede observarse también la estrecha relación genética entre quechuas y aymaras.
Clasificación de los pueblos indígenas de América
El haplogrupo más comúnmente asociado con los amerindios es el haplogrupo Q1a3a (ADN-Y). El ADN-Y, al igual que el ADN-mt, difiere de otros cromosomas nucleares en que la mayoría del cromosoma Y es único y no se recombina durante la meiosis. Esto tiene el efecto de que el patrón histórico de mutaciones puede ser fácilmente estudiado. El patrón indica que los indígenas amerindios experimentaron dos episodios genéticos muy distintivos; primero con el poblamiento inicial de las Américas, y segundo con la colonización europea de las Américas. El primero es el factor determinante del número de linajes genéticos y haplotipos fundadores presentes en las poblaciones indígenas amerindias actuales.