Aparato digestivo
El aparato digestivo está formado por el tubo digestivo y las glándulas anexas (glándulas salivales, hígado y páncreas). El tubo digestivo procede embriológicamente del endodermo, al igual que el aparato respiratorio y presenta una sistematización prototípica, comienza en la boca y se extiende hasta el ano. Su longitud en el hombre es de 10 a 12 metros, siendo seis o siete veces la longitud total del cuerpo. En su trayecto a lo largo del tronco, discurre por delante de la columna vertebral. Comienza en la cara, desciende por el cuello y atraviesa las tres grandes cavidades del cuerpo: torácica, abdominal y pélvica. En el cuello está en relación con el conducto respiratorio, en el tórax se sitúa en el mediastino posterior entre los dos pulmones y el corazón, en el abdomen y pelvis se relaciona con los diferentes órganos del aparato genitourinario.
Microbiota pulmonar
La microbiota pulmonar es la comunidad microbiana pulmonar que consiste en una compleja variedad de microorganismos que se encuentran en el tracto respiratorio inferior, particularmente en la capa mucosa y las superficies epiteliales. Estos microorganismos incluyen bacterias, hongos, virus y bacteriófagos. La parte bacteriana de la microbiota se ha estudiado más de cerca. Se compone de un núcleo de nueve géneros: "Prevotella", "Sphingomonas", "Pseudomonas", "Acinetobacter", "Fusobacterium", "Megasphaera", "Veillonella", "Staphylococcus" y "Streptococcus". Son aerobios, así como anaerobios y bacterias aerotolerantes. Las comunidades microbianas son muy variables en individuos particulares y se componen de alrededor de 140 familias distintas. El árbol bronquial, por ejemplo, contiene una media de 2000 genomas bacterianos por cm² de superficie. Las bacterias dañinas o potencialmente dañinas también se detectan rutinariamente en muestras respiratorias. Los más significativos son "Moraxella catarrhalis", "Haemophilus influenzae" y "Streptococcus pneumoniae". Se sabe que causan trastornos respiratorios en condiciones particulares, es decir, si el sistema inmunitario humano está dañado. Se desconoce el mecanismo por el cual persisten en las vías aéreas inferiores en individuos sanos.