Glyptemys muhlenbergii
El nombre del género fue cambiado a "Glyptemys" en 2001. La tortuga de pantano y el galápago de bosque, "Glyptemys insculpta", habían sido incluidas en el género "Clemmys" hasta entonces, el cual también incluía a las tortugas moteadas (C. guttata) y al galápago occidental ("C. marmorata"). La secuenciación de nucleótidos y análisis de DNA ribosomal sugirieron que las tortugas de pantano y el galápago del bosque están relacionados estrechamente, pero ninguna se relaciona directamente con las tortugas moteadas, por lo que se hizo la separación del género "Glyptemys".
Anapsida
Tradicionalmente las tortugas se consideraron anápsidos debido a que poseen el cráneo anápsido típico, pero estudios genéticos y moleculares empezaron a sugerir que estaban emparentados con los diápsidos. El descubrimiento de tortugas fósiles como "Eunotosaurus", "Pappochelys" y "Eorhynchochelys" vinieron a confirmar que las tortugas son diápsidos que perdieron las fenestras temporales y que eran convergentes con ellos. Según estudios moleculares y fósiles las tortugas forman un clado Pantestudines con los sauropterigios y algunos fósiles como el "Sinosaurosphargis", algunos de estos eran superficialmente parecidos a las tortugas pero no se les consideraron relacionados con ellos. Las evidencias de que si estas formas fósiles fueron antepasados de las tortugas no esta todavía bien clara.