Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Fosa temporal
Anteriormente las tortugas se consideraban anápsidos pero varios estudios moleculares y fósiles recientes descubrieron que son diápsidos que perdieron las fenestras temporales por el desarrollo de su caparazón y que sus parientes más cercanos son los arcosaurios (cocodrilos, aves y dinosaurios). Siendo clasificados incorrectamente en un notable caso de evolución convergente.