Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Reforma protestante
La alta nobleza reunió un gran ejército que derrotó brutalmente a estos protestantes radicales sublevados en la Guerra de los campesinos alemanes (1524-1525), en la Batalla de Frankenhausen, si bien siguieron produciéndose pequeñas revueltas puntuales años después y una incluso llegó al poder en la ciudad de Münster (Rebelión de Münster, 1534). La represión fue durísima y miles de protestantes fueron ejecutados con extrema crueldad; entre los ejecutados se encontraba el dirigente más importante de esta reforma radical, Thomas Müntzer. De este anabaptismo nacerían divisiones, denominaciones o sectas como la amish, huterita, menonita, la Iglesia de los Hermanos e incluso el socinianismo y el unitarismo, todas ellas perseguidas tanto por los católicos como por los luteranos, los calvinistas y los anglicanos.