Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Jiraiya
Jiraiya enseña a Naruto cómo usar más fácilmente el chakra del zorro de nueve colas. Al hacer eso, Jiraiya es por una segunda vez en su vida llevado al borde de la muerte, con Naruto en su forma de zorro de cuatro colas que es demasiado para que Jiraiya pueda controlarlo. Para controlarlo correctamente en esta forma, Jiraiya creó el sello de la sumisión para suprimir el chakra del zorro. Cuando Naruto vuelve a Konoha, Jiraiya desaparece para poder investigar a Akatsuki, su paradero e intenciones.