Archosauria
Un gran número de estos grupos de arcosaurios, sobre todo los grandes Crurotarsi, y los antiguamente llamados Tecodontes (en libros en los que no se usaba la cladística actual), se extinguieron hace 195 millones de años, durante la Extinción masiva del Triásico-Jurásico. Los supervivientes fueron los dinosaurios y pterosaurios entre los Ornithodira, y los Sphenosuchia y Protosuchia así como sus descendientes cocodrilos entre los Crurotarsi. Los dinosaurios dominaron la tierra y más tarde los pterosaurios dominarían el cielo hasta el fin del Cretácico, y los cocodrilos los ríos y pantanos y algunos incluso invadieron los mares (los Teleosauridae y los Metriorhynchidae).
Pterosauria
Aparentemente, los pterosaurios perdieron mucha de su diversidad antes de concluir la Era Mesozoica. Para esta época solo se conocen especies grandes de pterosaurios. Las menores parecen haberse extinto, siendo llenados sus nichos por las aves.Solo se conoce una especie que existiese en el momento de la gran extinción masiva del Cretácico: "Quetzalcoatlus northropi". Este animal fue descubierto en Texas, en 1975, y arrebató a "Pteranodon" su condición de «el mayor animal volador de todos los tiempos». Su nombre proviene de un dios azteca. Las estimaciones sobre la envergadura alar de aquel monstruo varían entre 11 y 15 metros, lo que cuadruplica la envergadura del mayor pájaro moderno, el cóndor. En lo concerniente a su tamaño y características de vuelo, tenía más en común con un ligero aeroplano que con cualquier criatura voladora actual. Sin embargo, el declive de los pterosaurios (si realmente ocurrió) no parece directamente relacionado con la expansión de las aves. Muchos pterosaurios parecen haberse especializado en un estilo de vida en hábitats marinos. Consecuentemente, los cambios ambientales a finales del Cretácico empezaron a afectar severamente la vida marina de la que dependían, muchos habrían desaparecido. Por otra parte, pterosaurios como los azdárquidos y los istiodactílidos eran animales de ambientes terrestres. Por supuesto, la extinción final de este grupo ocurrió en la extinción masiva del Cretácico Terciario, en la que también se produjo la extinción de los dinosaurios no avianos y muchos tipos de aves primitivas.