Pueblos originarios de Ciudad de México
Es así como en el presente los pueblos originarios son considerados de ascendencia nahua, normalmente asociados a un territorio que han conservado desde los tiempos de la Conquista y que en varias ocasiones han sido defendidos por medio de documentos de origen colonial, tal como ocurrió en Cuajimalpa con el Códice Techialoyan de Cuajimalpa, estos pueblos a su vez mantienen a su interior un sistema de gobierno propio elegido por tradiciones y costumbres, las cuales en su mayoría provienen entre de épocas prehispánicas pero regularizadas con la Corona Española, sobre todo en las denominaciones y símbolos de los cargos, tales como Fiscal, Mayordomo y Sargento; mucho de esta perseverancia se debe a la influencia de la Iglesia católica, la cual para lograr una conversión pacífica adoptó muchas de las tradiciones y fiestas religiosas indígenas, como la fiesta de Día de Muertos que sincretizo con la de Día de Todos Los Santos y la Conmemoración de los Fieles Difuntos propias de Europa.
Rebelión de los indios de Nuevo México
A pesar de que en 1500 las políticas españolas hacia los indios exigían su tratamiento con humanidad (el propio Oñate fue cesado por su crueldad), en la lejana frontera norte era dificultoso para el gobierno imponer estos preceptos. Con el establecimiento del primer poblamiento colonial permanente en 1598, los Pueblo fueron forzados a proporcionar tributos a los colonizadores en forma de trabajo, maíz y textiles. Con la era de las Encomiendas pronto se establecieron colonizadores a lo largo del río Grande, quines se apropiaron de las tierras más fértiles y próximas a los cursos de agua. Además se impusieron a los indios grandes cargas de trabajo. Especialmente ofensiva fue para los Pueblo la agresión de su religión tradicional. Los sacerdotes franciscanos establecieron teocracias en muchos de los poblados Pueblo. Los sacerdotes pretendían convertir a los Pueblo para erigir con ellos el imperio español en Nuevo México. En 1608, España pensó abandonar el territorio, pero los franciscanos hicieron que la corona se lo replantease tras bautizar a cerca de 7000 indígenas. A pesar de que los franciscanos inicialmente toleraron manifestaciones de la antigua religión de los Pueblo, mientras los indígenas venerasen públicamente el catolicismo y asistieran a las ceremonias, fray Alonso de Posada prohibió los bailes Kachina de los indios y ordenó a sus misioneros tomar y quemar sus máscaras, bastones de oración, y efigies. Los misioneros también prohibieron el uso de fármacos enteogénicos en las ceremonias religiosas tradicionales de los Pueblo. Muchos oficiales españoles, como Nicolás de Aguilar, que intentaron socavar el poder de los franciscanos fueron acusados de herejía y acusados ante la Inquisición.