Chelonoidis chilensis
Se ha establecido, a pesar de su diferencia de tamaño, la cercanía genética entre el complejo insular que integran las tortugas de las Galápagos y "Chelonoidis chilensis", con una distancia genética menor que la que hay entre esta última y otras especies del género "Chelonoidis" del subcontinente sudamericano: el "morrocoy sabanero" y el "morrocoy de la selva".
Anapsida
Estudios moleculares recientes sitúan a las tortugas y pantestudines como un grupo hermano de los arcosaurios, ya que fue probado usando varios métodos moleculares como elementos ultraconservados, secuencia de ADN, ADN mitocondrial, micro ARN y proteínas, sin embargo otros estudios basados en similitudes anatómicas los sitúan como cercanos a  los lepidosaurios. Los estudios moleculares sugieren que las tortugas se separaron de los arcosaurios o lepidosaurios y sus formas afines durante el Pérmico entre 300 y 265 millones, cuando estos ya se habían separado de los anápsidos fósiles.