Historia del liberalismo
El surgimiento del Renacimiento en el siglo XV también contribuyó a debilitar las incondicional sumisión a la Iglesia mediante la revitalización del interés por la ciencia y en el mundo clásico. En el siglo XVI, la Reforma Protestante se desarrolló a partir de sentimientos que vieron a la Iglesia como una orden opresora dominante demasiado involucrado en la estructura feudal y señorial de la sociedad europea. En respuesta a la Reforma Protestante, la Iglesia y los reinos católicos pusieron en marcha la Contrarreforma para contener la propagación de aquella, pero este último recurso desembocó en la Guerra de los Treinta Años, un conflicto bélico europeo que duró desde 1618 hasta 1648. La guerra tuvo efectos devastadores en ambos bandos y no consiguió los objetivos pretendidos. La división religiosa de Europa, entre Protestantes y Católicos, se convirtió en un hecho decisivo para la Historia.
Reforma protestante en Suiza
También en 1586, un "golpe de Estado" católico en Mulhouse, asociado a la confederación, provocó la intervención militar de los cantones protestantes, que rápidamente restauraron el antiguo orden protestante. Estrasburgo, otra ciudad protestante, quiso unirse a la confederación en 1588, pero al igual que Ginebra unos veinte años antes, fue rechazada por los cantones católicos. En el Valais, la Reforma había tenido cierto éxito, especialmente en la parte baja del valle del Ródano. Sin embargo, en 1603 los cantones católicos intervinieron y, con su apoyo, la recatolización tuvo éxito y las familias protestantes tuvieron que emigrar.