Archosauria
Un gran número de estos grupos de arcosaurios, sobre todo los grandes Crurotarsi, y los antiguamente llamados Tecodontes (en libros en los que no se usaba la cladística actual), se extinguieron hace 195 millones de años, durante la Extinción masiva del Triásico-Jurásico. Los supervivientes fueron los dinosaurios y pterosaurios entre los Ornithodira, y los Sphenosuchia y Protosuchia así como sus descendientes cocodrilos entre los Crurotarsi. Los dinosaurios dominaron la tierra y más tarde los pterosaurios dominarían el cielo hasta el fin del Cretácico, y los cocodrilos los ríos y pantanos y algunos incluso invadieron los mares (los Teleosauridae y los Metriorhynchidae).
Archaeoceti
Los arqueocetos sobrevivieron a la extinción en masa del Eoceno-Oligoceno, pero sufrieron una gran pérdida de géneros. En el Oligoceno eran, pues, menos abundantes que en el Eoceno; los últimos arqueocetos (Basilosauridae) se extinguieron en el Mioceno, seguramente por la competencia con los Odontoceti y las nuevas especies de tiburones que aparecieron en esta época, como el "Megalodon". Otra explicación a su extinción podría hallarse en el cambio climático ocurrido durante el Mioceno, cuando los océanos se enfriaron notablemente. Tal vez fue una combinación de los dos factores (competencia y clima) lo que llevó a la extinción a los arqueocetos.