Cuauhtémoc
A Cortés no le interesó en ese momento la muerte de Cuauhtémoc. Prefería utilizar ante los mexicas su dignidad de Tlatoani, ahora subsidiaria del emperador Carlos V y del propio Cortés. Así lo hizo con éxito, aprovechando la iniciativa y el poder de Cuauhtémoc para asegurar la colaboración de los mexicas en los trabajos de limpieza y restauración de la ciudad. En los cuatro años que siguieron, la administración codiciosa por parte de los españoles, la desconfianza en Cortés, y los temores del propio Cortés, le llevaron a aprobar el tormento y la muerte del último tlatoani mexica.
Guerra civil incaica
Tras ser apresado, Huáscar fue conducido al Cuzco por Chalcuchímac y Quizquiz, donde se le obligó a presenciar la muerte de sus familiares, tanto directos como indirectos. Su madre le reprochó el estado en el que había quedado el imperio por su forma de gobernar. Tras esto, el ejército atahualpista tomó el Cuzco y lo saqueo sin resistencia alguna, donde sus soldados (que eran todos de etnias norteñas: pastos, caranquis y cayambes) extrajeron la momia del Inca Túpac Yupanqui y la quemaron en la plaza principal. Estas etnias guardaban resentimientos hacia los cuzqueños, especialmente a Túpac Yupanqui por la conquista de sus territorios y por haber matado a sus familiares.