Emiliano Zapata
Tras el asesinato de Francisco I. Madero el 22 de febrero de 1913, y el ascenso en el poder de Victoriano Huerta, la lucha armada se exacerbó y Zapata fue uno de los jefes revolucionarios más importantes, al tiempo que introdujo importantes reformas en Morelos. Posteriormente, estas posturas lo opusieron al nuevo presidente el Gral. Venustiano Carranza. Una vez en el poder, Victoriano Huerta envió una comisión encabezada por el padre de Pascual Orozco, Pascual Orozco (Padre) a pactar la paz con Emiliano Zapata. Esto le facilitaría tener un frente menos de guerra en el país. Zapata, que contaba ahora con el dominio de Morelos y parte del Estado de México, del estado de Guerrero, de Puebla y de Tlaxcala, se negó a pactar con aquellos a quienes él llamó "“asesinos de Madero”". Fusiló al emisario de Huerta, envió una carta al general Félix Díaz, repudiando al gobierno de Huerta y para el mes de mayo de ese mismo año, reformó su Plan de Ayala, declarando que Victoriano Huerta era indigno de la presidencia del país. A Pascual Orozco se le retiró el cargo de Jefe de la Revolución y Zapata quedó entonces como único jefe del Ejército Libertador del Sur.
Emiliano Zapata
Concretados estos acuerdos, Emiliano Zapata partió rumbo a Amecameca y tomó Puebla el 17 de diciembre de 1914, aunque en los primeros días de enero la plaza le fue arrebatada por las fuerzas del general Álvaro Obregón. Este habría de dedicar sus mayores esfuerzos para combatir al poderoso ejército villista, dando lugar a que durante 1915 Morelos fuera gobernado por los campesinos levantados en armas, asesorados por los intelectuales de la lucha suriana. En 1916, una vez que Venustiano Carranza se había instalado en la Ciudad de México y que Francisco Villa hubiera sufrido serias derrotas por parte del ejército de Álvaro Obregón, Carranza dispuso la ofensiva contra el zapatismo, al mando de Pablo González Garza. Con apoyo incluso de la aviación del ejército, Cuernavaca fue ocupada por los constitucionalistas en mayo y, aunque regresó efímeramente a manos de los zapatistas, quedó definitivamente en su poder el 8 de diciembre de ese mismo año. Ante la carencia de armas y ya sin el apoyo villista, en muy poco tiempo casi todas las poblaciones del estado quedaron en poder de los constitucionalistas. En 1917, Zapata, lanzando una contraofensiva, reconquistó Jonacatepec, Yautepec, Cuautla, Miahuatlán, Tetecala y Cuernavaca.