Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma protestante en España
Como ha señalado Henry Kamen, tras los autos de fe de Valladolid y de Sevilla de 1559-1562, el «protestantismo autóctono quedó prácticamente extinguido en España» y además «gran parte de los que podrían haber sido los reformadores españoles habían emigrado al extranjero». Joseph Pérez también piensa que la persecución de los años 1559-1560 «consiguió la derrota definitiva del protestantismo en la Península. Después de 1560, se siguen introduciendo libros en España, sobre todo calvinistas, pero los escasos protestantes que comparecen ante la Inquisición son extranjeros —franceses, ingleses, alemanes…—, instalados de forma permanente en España, o bien comerciantes o marineros de paso».