Makuria
A finales del siglo VI los monarcas de Makuria se convirtieron al cristianismo, pero en el siglo VII Egipto fue conquistado por los ejércitos islámicos, y Nubia quedó aislada del resto de la Cristiandad. En 651 un ejército árabe intentó la invasión, pero fue repelido y se firmó un tratado llamado "baqt", que creó una paz entre los dos bandos que resistió hasta el siglo XIII. Makuria se expandió, anexionándose el reino del norte, Nobatia, o en tiempos de la invasión árabe o durante el reinado del rey Merkurios. El periodo desde aproximadamente 750 a 1150 fue próspero para el reino, y recibe el nombre de «Edad Dorada». Las agresiones desde Egipto y las discordias internas llevaron al colapso del estado en el siglo XIV.
Blemios
La situación da un vuelco cuando, recuperado Bizancio con Justiniano, este ordena en 537 el cierre de los templos paganos supervivientes, lo que implica el cierre del templo de Isis en Philae. Aunque los blemios reinician sus ataques, la acción paralela de Silko, rey de Axum, expulsa a nobatios y blemios de Nobatia y de los territorios desde Ibrim hasta Shellal, acabando con su dominio en el Dodekaschoinos, lo que le permite erigirse en el primer rey cristiano de Nobatia. La capital blemia, Kalābsha, es también ocupada, y el templo de Mandulis cristinianizado. Cuando en 540 se cierra definitivamente el templo de Isis en Philae, los blemios, refugiados en el desierto, ya no responden.