Genocidio (Derecho español)
Por su parte, el magistrado Joaquín Giménez García fue el único que se pronunció a favor de la condena por un delito de genocidio. Considera que las leyes deben ser interpretadas teniendo en cuenta la realidad del tiempo en que se aplican y que, dada la imprecisión y vaguedad del término "grupo nacional", éste debería ser interpretado por el Tribunal Supremo en el sentido de abarcar a ""grupos políticos de la misma nacionalidad""; considera que esa venía siendo la interpretación de los tribunales españoles hasta esta sentencia, si bien reconoce que es la primera vez que el Tribunal Supremo aborda la cuestión; opina que este tipo de interpretación no constituiría analogía en perjuicio del reo, sino rellenar un vacío ocasionado por la indefinición de la norma; alega en su favor el hecho de que Francia ha tipificado el delito de genocidio de una forma amplia que permite la inclusión de todo tipo de grupos; e incluso invoca la definición de genocidio contenida en el diccionario de la Real Academia Española. Sin embargo, es esta una postura minoritaria en la doctrina.
Guerra civil española
Por considerar que dichos actos, por su naturaleza de crímenes contra la humanidad no pueden prescribir ni ser absueltos, el magistrado-juez Baltasar Garzón inició un proceso para investigar los hechos, basándose en el que ya había impulsado infructuosamente contra el exdictador chileno Augusto Pinochet, afirmando que no se buscaba «hacer una revisión en sede judicial de la Guerra Civil». Entre otras consideraciones, argumentó la acusación de genocidio de acuerdo con el derecho español, citando al auto 211/2008 del Juzgado Central de Instrucción número dos (caso SS-Totenkopf o Genocidio nazi), mediante el cual se consideraba delitos de genocidio y lesa humanidad los cometidos contra los españoles recluidos en los campos de concentración nazis con motivaciones políticas o ideológicas. La Audiencia Nacional decidió por mayoría de votos y sin hacer ninguna valoración acerca del carácter delictivo de los hechos denunciados, que el Juzgado Central de Instrucción número cinco dirigido por Garzón carecía de competencia objetiva para investigarlos, al considerar extinguida la posible responsabilidad penal de a causa de su fallecimiento. Los magistrados discrepantes consideraron que el juzgado sí era competente al ser los hechos investigados «delitos de lesa humanidad y genocidio», por constituir una «sistemática y masiva eliminación de adversarios políticos» tras la contienda.