Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Reforma protestante en Suiza
También en 1586, un "golpe de Estado" católico en Mulhouse, asociado a la confederación, provocó la intervención militar de los cantones protestantes, que rápidamente restauraron el antiguo orden protestante. Estrasburgo, otra ciudad protestante, quiso unirse a la confederación en 1588, pero al igual que Ginebra unos veinte años antes, fue rechazada por los cantones católicos. En el Valais, la Reforma había tenido cierto éxito, especialmente en la parte baja del valle del Ródano. Sin embargo, en 1603 los cantones católicos intervinieron y, con su apoyo, la recatolización tuvo éxito y las familias protestantes tuvieron que emigrar.