Peaje
Normalmente las tarifas de peaje se pagan en estaciones de peaje ubicadas en la vía, puente o túnel donde se está viajando, ya sea sobre la vía principal o en las vías laterales (al salir de la autopista). El principal problema directo asociado con el cobro de peajes es la congestión que se produce en las estaciones de peaje durante las horas pico (en el área urbana) o durante la ida y regreso de los viajeros durante los finales de semana y feriados (en el área rural). Cuando los volúmenes de tránsito son muy altos las colas pueden alcanzar kilómetros y las demoras pueden llegar a ser extremadamente altas.
Tarifas de congestión
En marzo de 2001, la Autoridad Portuaria de Nueva York y Nueva Jersey implementó un descuento a las tarifas regulares de peaje aplicables para el período fuera del pico y únicamente para aquellos vehículos que utilizan el pago electrónico mediante el sistema "EZ Pass". Este descuento fue aplicado en varios túneles y puentes que conectan la ciudad de Nueva York y Nueva Jersey, incluyendo el Puente George Washington, el Túnel Lincoln y el Túnel Holland. Desde marzo de 2008, los vehículos que producen bajas emisiones y con una economía de combustible de por lo menos 45 millas por galón (19 km por litro), como el Toyota Prius, son elegibles para reciber el "Pase Verde" (en inglés: "Green Pass") emitido por la Autoridad del Puerto, con el cual tienen derecho a un 50% de descuento con respecto a la tarifa normal cuando crucen los túneles o puentes fuera de las horas punta.