Genocidio (Derecho español)
Aunque el criterio final del Tribunal Supremo de condenar a Scilingo por delitos comunes es el mismo que han seguido los tribunales argentinos en casos similares (condenas de Miguel Etchecolatz y Christian Von Wernich), y aunque cabe pensar que constituya un precedente importante en casos futuros, la Sentencia fue enórmemente discutida y polémica. Prueba de ello es que cuatro de los quince magistrados que componían la sala emitieron votos particulares discrepantes; uno de ellos a favor de la condena por genocidio. También la doctrina jurídica se encuentra muy dividida al respecto.
Genocidio de pueblos indígenas
Algunos especialistas han argumentado que la disminución de la población puede ser considerada genocida, incluyendo al historiador David Stannard y al demógrafo antropológico Russell Thornton.  Stannard compara los acontecimientos de colonización que condujeron a la disminución de la población en América con la definición de genocidio en la convención de la ONU de 1948, y escribe que "En lo ligero del lenguaje de la ONU—incluso apartando algunas de sus construcciones más sueltas— es imposible saber lo que ocurrió en América durante los siglos XVI, XVII, XVIII, y XIX, y no concluir que sea genocidio". Thornton no considera la embestida de las enfermedades como genocidio, y sólo describe como genocidio el impacto directo de guerras, violencia y masacres, muchos de los cuales tuvieron el efecto de barrer grupos étnicos enteros.