Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Procolophonomorpha
Los procolofonomorfos (Procolophonomorpha) son un orden o clado de parareptiles primitivos que aparecieron durante el Pérmico Medio. Constituye una colección diversa que incluye a varias formas similares a lagartos, así como formas más diversas como los pareiasaurios. El subclado más importante, Procolophonia, ha sido tradicionalmente considerado como un ancestro de las tortugas, razón por la cual anteriormente se las incluía en este grupo. Lee 1995, 1996, 1997 ha afirmado que las tortugas evolucionaron de los pareiasaurios, pero esta idea no ha sido sostenida unánimemente. Rieppel y deBraga 1996 y deBraga & Rieppel, 1997 han indicado que las tortugas evolucionaron a partir de los sauropterigios y por lo tanto son diápsidos.