Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Testudo marginata
SinónimosDiferenciación La T. marginata Weissingeri (Bour, 1995) es más pequeña (20 o 23 cm) y tiene una coloración más clara, se encuentra en una pequeña zona árida del suroeste del Peloponeso. Pero puede que sus características de deban a factores ambientales ya que en la misma zona también sucede lo mismo con la tortuga mediterránea, la Testudo hermanni del Peloponeso. Existe el temor de que esta subespecie haya sido diezmada por los terribles incendios que asolaron el Peloponeso el verano del 2007.