Indiana Jones y la última cruzada
Spielberg usó palomas en vez de gaviotas para la escena donde Henry intenta hacer que el avión alemán se estrelle, debido a que las gaviotas originalmente usadas en la primera toma no volaron. En diciembre de 1988, Lucasfilm solicitó a la misma compañía que suministró las víboras y los insectos en las películas anteriores de la serie un millar de ratas grises libres de enfermedades para los segmentos de las catacumbas. A lo largo de cinco meses, alimentaron a 5000 ratas para rodar la escena. Asimismo, se incorporaron 1000 ratas mecánicas para el fragmento en el que varias ratas se incendian en las catacumbas. Además, miles de serpientes de hasta cinco razas distintas —incluyendo una boa constrictor— fueron utilizadas en la secuencia del tren, además de las víboras de goma sobre las que cae Phoenix en la misma secuencia. Debido a que las serpientes debían deslizarse de sus cajas, el equipo se vio en la necesidad de cavar en el aserrín tras haber finalizado la filmación para encontrarlas y llevarlas de vuelta a sus lugares correspondientes. Se usó a dos leones en la misma escena, los cuales se pusieron nerviosos debido al constante movimiento de balanceo y a las luces parpadeantes de las cámaras.
Indiana Jones y la última cruzada
Por otra parte, fue Spielberg quien ideó los tres obstáculos que Indy debía afrontar antes de llegar al Cáliz. Para el primero de ellos, específicamente para las cuchillas que el protagonista esquiva al agacharse como un penitente («Sólo el penitente pasará»), usó una combinación de cuchillas de tamaño real (aunque sin filo) en el decorado del templo y cuchillas en miniatura filmadas en "bluescreen" por el equipo de ILM. En cuanto a la segunda prueba, en donde Indiana tiene que deletrear «Iehova» para poder continuar con su camino, se pensó originalmente en incluir una tarántula en la escena, que treparía sobre el arqueólogo luego de que este se equivoca en la letra inicial del nombre divino en latín, eligiendo una «J» en lugar de una «I». La secuencia fue grabada pero resultó poco satisfactoria para el director, por lo que se hizo una nueva toma, esta vez con un doble suspendido a través del hoyo que se forma en el suelo, a 9 metros de una caverna, cuando Indy se equivoca de letra. Al resultar una secuencia obscura, no importó que el proceso de pintura de la localización y las maquetas usadas en cada escena se realizaran en una etapa ya avanzada de producción. Finalmente, la tercera misión, el «salto de fe» que Indy debe hacer sobre un barranco aparentemente intransitable, el cual logra superar tras descubrir un puente oculto mediante perspectiva forzada, fue creada con una maqueta de puente de poliestireno extruido (de 2,7 metros de largo por 3,9 metros de ancho) y fondos pintados. Este enfoque resultaba más barato que construir un set de tamaño completo para una secuencia de cuatro o cinco tomas. Desde el punto de observación de Indy, el puente era prácticamente invisible al ser idéntico a la pared de roca opuesta, y solo a través de un cambio de eje de la cámara es que se permite al espectador apreciar el puente oculto. La escena se había rodado varios meses antes de la construcción de la maqueta del puente en "bluescreen". Sin embargo, había otro detalle que faltaba, y era relativo a la sombra de Indy. Al haberse grabado en "bluescreen" no había sombras. Sin embargo, al final de la escena, un rayo de luz se deja ver desde la entrada al lugar y este proyecta la sombra de Indy sobre la pared de roca situada al final del puente. Para conseguirla se utilizó una marioneta con la forma de Ford sobre la maqueta del puente para crear una sombra. Posteriormente eliminaron la marioneta de la toma y la compusieron con la toma original en "bluescreen", consiguiendo que Indy tuviera su sombra.