Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Revuelta bohemia
La Reforma Protestante, originada en 1517, encontró un obstáculo insalvable cuando el emperador Carlos V ordenó detener la propagación del luteranismo en 1529. Entonces, varios príncipes luteranos, liderados por el elector Juan de Sajonia, publicaron la Protesta de Espira, oponiéndose a Carlos V, y obteniendo el nombre de protestantes. El conflicto entre católicos y luteranos pronto desembocó en una guerra civil en el Imperio, y aunque los últimos fueron derrotados en la Batalla de Mühlberg en 1547, la paz no llegó, y finalmente ambos bandos firmaron la Paz de Augsburgo en 1555, que puso fin al conflicto militar.