Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Islas Galápagos
Las Islas Galápagos presentan una diversidad de reptiles endémicos especialmente elevada, con 21 de las 23 especies únicas que no se encuentran en otros lugares. Las tortugas gigantes de Galápagos es un buen ejemplo de la diversidad de especies de reptiles en las islas. Todavía hay 11 subespecies que viven en condiciones ligeramente diferentes en las islas. Existen tres especies de serpientes, cinco especies de salamanquesas, tres iguanas terrestres del género "Conolophus" y una iguana marina ("Amblyrhynchus cristatus)." En febrero de 2019, se encontró en las islas una especie de tortugas gigantes de Fernandina, "Chelonoidis phantasticus", que se creía extinguida, tras haber sido registrada por última vez en 1906. La hembra encontrada puede tener más de 100 año.