Makuria
A finales del siglo VI los monarcas de Makuria se convirtieron al cristianismo, pero en el siglo VII Egipto fue conquistado por los ejércitos islámicos, y Nubia quedó aislada del resto de la Cristiandad. En 651 un ejército árabe intentó la invasión, pero fue repelido y se firmó un tratado llamado "baqt", que creó una paz entre los dos bandos que resistió hasta el siglo XIII. Makuria se expandió, anexionándose el reino del norte, Nobatia, o en tiempos de la invasión árabe o durante el reinado del rey Merkurios. El periodo desde aproximadamente 750 a 1150 fue próspero para el reino, y recibe el nombre de «Edad Dorada». Las agresiones desde Egipto y las discordias internas llevaron al colapso del estado en el siglo XIV.
Reino de Kush
Los últimos reyes meroíticos datan de poco después del año 300. El periodo de declive del reino permanece, para nosotros, todavía en la penumbra. Hay registro de la delegación de un rey nubio enviada a la corte del césar Constantino, bajo cuyo reinado todavía existía el Reino de Kush. Se supone que el rey Ezana de Etiopía conquistó Meroe. En Meroe se encontraron inscripciones etíopes (en griego), que atestiguan la ocupación. Sin embargo, investigaciones recientes se muestran cautas sobre este aspecto. Ezana podría no haber visto nunca Meroe y su relato ser ficticio, pues la identificación de los lugares y pueblos nombrados es incierta. Las reliquias etíopes de Meroe puede que sean botines obtenidos de los etíopes. En cualquier caso es seguro que el reino se hundió y se formaron tres nuevos reinos en Nubia: Alwa, Makuria y Nobatia, cuya cultura era, en parte, fuertemente meroítica. Todavía se emplearon durante largo tiempo la escritura y la lengua meroíticas, como en la inscripción del rey Charamadoye, rey de Nobatia (410 d. C.). Más tarde serían sustituidas por la escritura y lengua griegas.