Perro antiguo
La investigación con razas precolombinas de México, América Central y América del Sur halladas por los arqueólogos, ha demostrado que las razas contemporáneas que semejan la apariencia de las antiguas, como la Xoloitzcuintle, la Chihuahua y el perro sin pelo del Perú, se han cruzado con perros modernos a tal punto que los haplotipos de ADN mitocondrial exclusivos de las razas antiguas de las Américas no se han encontrado presentes en los perros sudamericanos actuales. Así, dos haplotipos exclusivos encontrados en el sur del Perú en las momias del pastor Chiribaya se han encontrado en los perros actuales. En el caso de los Chihuahua se ha encontrado que uno de los haplotipos que presenta actualmente es exclusivo de esa raza y también fue detectado en perros precolombinos de México. Curiosamente los haplotipos antiguos americanos fueron hallados en dos perros callejeros mexicanos.
Canis lupus hodophilax
Análisis del ADN mitocondrial de 1576 perros de diferentes partes del mundo revelaron que un ejemplar de raza Kishu y un husky siberiano poseían el mismo haplotipo que el lobo japonés, indicando un evento de cruza en el pasado. Un análisis más refinado del AND mitocondrial del lobo japonés mostró que podría ser dividido adicionalmente en dos grupos separados, y que las secuencias de un Kishu, un husky siberiano y un Shiba Inu podrían ser divididas también en esos dos grupos. Estos perros corresponden al clado F del árbol filogenético de ADN mitocondrial de los perros a nivel mundial, y este clado F es el haplogrupo de perros que se originaron de una rara mezcla de perros machos y más de una hembra ancestras de los lobos japoneses, lo cual habría contribuido al acervo genético de los perros.