Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Provincia de Galápagos
El segundo viaje del Beagle trajo al barco de investigación británico bajo el mando del capitán Robert FitzRoy a Galápagos el 15 de septiembre de 1835 para investigar los accesos a los puertos: El capitán y otros a bordo, incluyendo el joven naturalista Charles Darwin, realizaron un estudio científico de la geología y biología en cuatro de las islas antes de continuar su expedición alrededor del mundo el 20 de octubre. El gobernador de la colonia de presos en Floreana (José de Villamil) dijo a Darwin que el caparazón de las tortugas difería dependiendo de su isla de origen. Igualmente, luego de su retorno a Inglaterra, Darwin se dio cuenta de que los especímenes de aves que había capturado en las Galápagos no eran sino variedades de pinzones, que también diferían de isla a isla. Estos datos fueron cruciales en el desarrollo de la teoría de la evolución que Darwin presentó en su "El Origen de las Especies".