Makuria
A finales del siglo VI los monarcas de Makuria se convirtieron al cristianismo, pero en el siglo VII Egipto fue conquistado por los ejércitos islámicos, y Nubia quedó aislada del resto de la Cristiandad. En 651 un ejército árabe intentó la invasión, pero fue repelido y se firmó un tratado llamado "baqt", que creó una paz entre los dos bandos que resistió hasta el siglo XIII. Makuria se expandió, anexionándose el reino del norte, Nobatia, o en tiempos de la invasión árabe o durante el reinado del rey Merkurios. El periodo desde aproximadamente 750 a 1150 fue próspero para el reino, y recibe el nombre de «Edad Dorada». Las agresiones desde Egipto y las discordias internas llevaron al colapso del estado en el siglo XIV.
Reino de Kush
En los años 24/25 a. C. se produjo un conflicto militar con Roma. César Augusto envió tropas hacia Nubia para conquistar la región. La antigua capital Napata sufrió grandes daños en la guerra contra los romanos y fue saqueada. Las tropas asolaron también otros lugares antes de ser derrotadas por los nubios. En esta época parece que reinó la reina Amanirenas, pues se conservan indicios de su victoria. Los textos, sin embargo, siguen sin comprenderse demasiado, pues sólo se han podido descifrar palabras clave como «Roma». El rey Natakamani y su reina Amanitore aparecen nombrados en templos de toda la región. Bajo su mando se dio una sobresaliente cultura y un fuerte comercio mediante caravanas con Egipto y la península arábiga. Esto se interpreta como un constante declive del reino meroítico.