Glyptemys muhlenbergii
El nombre del género fue cambiado a "Glyptemys" en 2001. La tortuga de pantano y el galápago de bosque, "Glyptemys insculpta", habían sido incluidas en el género "Clemmys" hasta entonces, el cual también incluía a las tortugas moteadas (C. guttata) y al galápago occidental ("C. marmorata"). La secuenciación de nucleótidos y análisis de DNA ribosomal sugirieron que las tortugas de pantano y el galápago del bosque están relacionados estrechamente, pero ninguna se relaciona directamente con las tortugas moteadas, por lo que se hizo la separación del género "Glyptemys".
Pappochelys
De los reptiles que más se asemejan a "Pappochelys", "Eunotosaurus" fue clasificado originalmente como un pararreptil y "Odontochelys" siempre había sido clasificado como una tortuga troncal (las tortugas troncales son los taxones más cercanamente relacionados con las tortugas que con cualquier otro reptil vivo de reptiles, pero no son en sí mismos tortugas). Dado que "Eunotosaurus" posee rasgos tanto de pararreptil como de tortuga, ha sido usado con frecuencia para justificar la ascendencia pararreptil de las tortugas, sin embargo algunos estudios llevados a cabo en 2015 que se centraron en una profunda investigación del cráneo descubrieron que "Eunotosaurus" es un diápsido y no un anápsido o pararreptil, sino que en este caso particular sus fosas temporales se encontraban tapadas por distintos huesos, por ejemplo: la fosa superior se encontraba tapada por el hueso supratemporal y la fosa inferior por el escamosal, este cambio en la morfología se debería al desarrollo de los escudos que finalmente acabarían en las caparazones de las tortugas. El descubrimiento de "Pappochelys", el cual también es claramente un diápsido, proveen la primera evidencia clara en el registro fósil de que las tortugas pertenecen a Diapsida. En 2015, Schoch y Sues incorporaron a "Pappochelys", "Eunotosaurus" y "Odontochelys" en un análisis filogenético junto con pararreptiles, tortugas y muchos otros taxones reptilianos a fin de dilucidar sus relaciones. Su análisis encontró apoyo para un clado de diápsidos que contiene a "Eunotosaurus", "Pappochelys", "Odontochelys" y las tortugas, y sitúa este clado dentro de Lepidosauromorpha. Esta agrupación tiene un parentesco distante con los pararreptiles, los cuales fueron determinados como el grupo más basal dentro de Sauropsida. A diferencia de las anteriores filogenias morfológicas (hipótesis de relaciones evolutivas), la elaborada por Schoch y Sues está de acuerdo con los datos moleculares. A continuación se muestra un cladograma o árbol evolutivo con los resultados de su análisis; las tortugas troncales se señalan con negrita: