Reforma protestante
Durante aproximadamente 20 años, la Iglesia católica había visto cómo gran parte de sus fieles se peleaban entre ellos en Europa, y obispos que dejaban de reconocer al papa como Primus inter pares o como máximo pontífice de la Iglesia católica, y se separaban de Roma incluso algunos cardenales, en consecuencia, hubo muchos católicos que requerían una reacción de la Iglesia que mejorase las costumbres, corrigiendo los abusos que habían alimentado la Reforma protestante. A esta reacción de la Iglesia católica ante el protestantismo se le conoce generalmente con el nombre de Contrarreforma católica, aunque algunos historiadores consideran más preciso el término «Reforma católica».
Reforma protestante en Suiza
También en 1586, un "golpe de Estado" católico en Mulhouse, asociado a la confederación, provocó la intervención militar de los cantones protestantes, que rápidamente restauraron el antiguo orden protestante. Estrasburgo, otra ciudad protestante, quiso unirse a la confederación en 1588, pero al igual que Ginebra unos veinte años antes, fue rechazada por los cantones católicos. En el Valais, la Reforma había tenido cierto éxito, especialmente en la parte baja del valle del Ródano. Sin embargo, en 1603 los cantones católicos intervinieron y, con su apoyo, la recatolización tuvo éxito y las familias protestantes tuvieron que emigrar.