Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Jinchūriki
La historia misma gira en torno a un "Jinchūriki", Naruto, que en su interior alberga a Kurama, un zorro de nueve colas, el segundo más poderoso de todos estos seres (Kurama es el Bijū más poderoso entre las nueve bestias con cola, aun así la fusión de todos estos crea al Bijū más poderoso de todos, el diez colas o Jūbi). Un "Jinchūriki" puede aprender a usar parte del chakra del Bijū en su interior, adquiriendo así un poder enorme para realizar todo tipo de técnicas complejas. Si a un Jinchūriki le es sustraído su Bijū, este automáticamente morirá, sin embargo en el caso de Naruto y Kushina por ser descendientes del clan Uzumaki, estos muestran que no mueren después de la extracción de un biju, debido a su fuerte resistencia y chakra especial, otro ejemplo conocido es el de Killer Bee, que debido a su fuerza y reservas de chakra tampoco muere al serle extraído su biju.