Cuauhtémoc
A Cortés no le interesó en ese momento la muerte de Cuauhtémoc. Prefería utilizar ante los mexicas su dignidad de Tlatoani, ahora subsidiaria del emperador Carlos V y del propio Cortés. Así lo hizo con éxito, aprovechando la iniciativa y el poder de Cuauhtémoc para asegurar la colaboración de los mexicas en los trabajos de limpieza y restauración de la ciudad. En los cuatro años que siguieron, la administración codiciosa por parte de los españoles, la desconfianza en Cortés, y los temores del propio Cortés, le llevaron a aprobar el tormento y la muerte del último tlatoani mexica.
Los aztecas bajo el dominio español
Al principio se escogía un tlatoani y un gobernador. Tras la muerte de Cuauhtémoc, la dinastía legítima de Tenochtitlan fue restablecida en 1530 con el ascenso al trono de Panitzin (hermano de Montezuma), que fue reconocido como tlatoani y gobernador. Su sucesor fue Tehuetzqui, nieto de Tizoc, el segundo gobernador en 1540 y a principios de la década de 1550. Cuatro años después, tras su muerte, se estableció un nuevo gobierno estableciendo a Esteban de Guzmán (gobernador de Xochimilco) como juez de residencia indígena. El último gobernador-tlatoani fue Luis de Santa María Cipac, nieto de Ahuitzotl. Con Cipac de gobernador "“Ya los nativos de México no serían gobernadores ni regirían en el altepetl de México Tenochtitlan”"