Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma protestante
La alta nobleza reunió un gran ejército que derrotó brutalmente a estos protestantes radicales sublevados en la Guerra de los campesinos alemanes (1524-1525), en la Batalla de Frankenhausen, si bien siguieron produciéndose pequeñas revueltas puntuales años después y una incluso llegó al poder en la ciudad de Münster (Rebelión de Münster, 1534). La represión fue durísima y miles de protestantes fueron ejecutados con extrema crueldad; entre los ejecutados se encontraba el dirigente más importante de esta reforma radical, Thomas Müntzer. De este anabaptismo nacerían divisiones, denominaciones o sectas como la amish, huterita, menonita, la Iglesia de los Hermanos e incluso el socinianismo y el unitarismo, todas ellas perseguidas tanto por los católicos como por los luteranos, los calvinistas y los anglicanos.