Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Restauracionismo
La Reforma Protestante surgió a través de un impulso de reparar la Iglesia y devolverla a lo que los reformadores vieron como su estructura, creencia y práctica bíblica originales, y fue motivada por la sensación de que "la iglesia medieval había permitido que sus tradiciones abarroten el camino hacia Dios con honorarios y regulaciones humanas y así subvertir el evangelio de Cristo". En el corazón de la Reforma se hacía énfasis en el principio de cinco solas. Como resultado, la autoridad de la tradición de la iglesia, que había tenido precedencia práctica sobre las Escrituras, fue rechazada.