Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma protestante en Suiza
También en 1586, un "golpe de Estado" católico en Mulhouse, asociado a la confederación, provocó la intervención militar de los cantones protestantes, que rápidamente restauraron el antiguo orden protestante. Estrasburgo, otra ciudad protestante, quiso unirse a la confederación en 1588, pero al igual que Ginebra unos veinte años antes, fue rechazada por los cantones católicos. En el Valais, la Reforma había tenido cierto éxito, especialmente en la parte baja del valle del Ródano. Sin embargo, en 1603 los cantones católicos intervinieron y, con su apoyo, la recatolización tuvo éxito y las familias protestantes tuvieron que emigrar.