Complejo Chelonoidis nigra
Inicialmente, la tortuga gigante de Aldabra ("Geochelone gigantea") y las de las Galápagos fueron consideradas como una sola especie, pues los naturalistas pensaban que los marineros habían transportado a las tortugas. En 1783, Johann Gottlob Schneider clasificó todas las tortugas gigantes como "Testudo indica" («tortuga de las Indias»). En 1812 August Friedrich Schweigger las llamó "Testudo gigantea" («tortuga gigante»). En 1834, André Marie Constante Duméril y Gabriel Bibron clasificaron las tortugas de las Galápagos como una especie separada, a la que llamaron "Testudo nigrita" («tortuga negra»).
Chelonia mydas
El caparazón de la tortuga es conocido por tener varios patrones de colores que cambian a través del tiempo. Las tortuguitas "C. mydas", al igual que otras tortugas marinas, tienen caparazones predominantemente negros, con conchas de colores claros. Los caparazones de los jóvenes son café oscuro o verde oliva, mientras que los de las tortugas adultas con completamente café, manchados o con una variedad de rayos. Debajo, la concha de la tortuga tiene una tonalidad de amarillo. Las extremidades de "C. mydas" poseen una tonalidad oscura delineada con amarillo, y son usualmente marcadas con una gran mancha café en el centro de cada extremidad.