Reforma protestante
Durante aproximadamente 20 años, la Iglesia católica había visto cómo gran parte de sus fieles se peleaban entre ellos en Europa, y obispos que dejaban de reconocer al papa como Primus inter pares o como máximo pontífice de la Iglesia católica, y se separaban de Roma incluso algunos cardenales, en consecuencia, hubo muchos católicos que requerían una reacción de la Iglesia que mejorase las costumbres, corrigiendo los abusos que habían alimentado la Reforma protestante. A esta reacción de la Iglesia católica ante el protestantismo se le conoce generalmente con el nombre de Contrarreforma católica, aunque algunos historiadores consideran más preciso el término «Reforma católica».
Reforma escocesa
Desde el siglo XV, el humanismo del Renacimiento ya había fomentado la reflexión teológica crítica e impulsaba una renovación religiosa en Escocia. Desde 1517, las ideas doctrinales de Martín Lutero ya estaban influenciando a los escoceses. Aún en 1525, el parlamento consideraba necesario prohibir la importación de los libros luteranos y suprimir 'sus herejías u opiniones' a través de todo el reino. Sin embargo, este intento fue infructuoso. En 1528, el noble Patrick Hamilton, influenciado por la teología luterana mientras estuvo en las universidades de Wittenberg y Marburgo, se convirtió en el primer mártir protestante cuando fue quemado en la hoguera por herejía, a las afueras de la Facultad de San Salvatore (San Salvador) en la Universidad de Saint Andrews. (Hamilton había estado difundiendo su mensaje mediante un pequeño catecismo basado en la doctrina de la justificación por fe llamado "Patrick's Places"). La difusión pública, particularmente en trabajos escritos, de la postura de Hamilton, sirvió para incrementar el interés en las nuevas ideas. De hecho, se le advirtió al Arzobispo de Saint Andrews que evitara hacer más ejecuciones públicas como esa, pues "el hedor del maestro Patrik Hammyltoun ha infectado a todos sobre los que ha soplado". Hubo más enjuiciamientos y ejecuciones en las décadas de 1530 y 40.