Chelonoidis chilensis
Se ha establecido, a pesar de su diferencia de tamaño, la cercanía genética entre el complejo insular que integran las tortugas de las Galápagos y "Chelonoidis chilensis", con una distancia genética menor que la que hay entre esta última y otras especies del género "Chelonoidis" del subcontinente sudamericano: el "morrocoy sabanero" y el "morrocoy de la selva".
Chelonoidis chilensis haplogrupo del monte
A pesar de la diferencia en el tamaño, la especie posee menor distancia genética con el complejo que integran las tortugas de las Galápagos (9,1 %), siendo mayor la diferenciación con las otras especies del género "Chelonoidis" del subcontinente sudamericano: el "morrocoy sabanero" (13,4 %) y el "morrocoy de la selva" (13,1 %). Si se utiliza una tasa de sustitución nucleotídica similar a la que ocurre en otros quelonios para cotejar la diferencia entre los dos haplogrupos de "C. chilensis", la divergencia encontrada implica un mínimo de 100 000 años de separación entre sí.