Reinos nubios cristianos
En cuanto a las relaciones entre estos tres reinos cristianos no queda clara, aunque las fronteras probablemente habrían sido bastante fluidas y, además, compartían cultura material, religión, idioma y habían estado unidos bajo el gobierno meroítico. A partir de cierto momento se produjo la unificación de dos de estos reinos, Nobatia y Makuria, que serían conocidos bajo el único nombre de Makuria, pues la capital se fijó en Vieja Dongola. El proceso en sí no se conoce, pero en algún momento entre el 690-710, posiblemente en el 697, el rey Merkurios tendría la corona de ambos reinos, si bien otros autores opinan que Makuria ya tenía jurisdicción sobre toda Nubia a mediados del siglo VII. Independientemente de esto, Nobatia mantuvo un elemento de autogobierno, la figura política del eparca: un gobernador territorial similar a un virrey, aunque sus poderes no terminan de quedar claros.
Reinos nubios cristianos
La primera constancia oficial del cristianismo en los reinos nubios se remonta al año 538/543, cuando un misionero convierte al rey de Nobatia al monofisismo. Además, en el año 552 el general bizantino Narsés, a la órdenes de Justiniano, nombra al obispo de Filé, Teodoro, como obispo de Nubia, el primero conocido. En esta época, la influencia pagana egipcia había perdido fuerza en Nubia y tanto las fuentes escritas como las arqueológicas demuestran una conversión a ritos de enterramiento cristianos en la segunda mitad del siglo, tanto por parte de los gobernantes como de la masa social. Una inscripción en copto en el Templo de Dendur describe la conversión de templo pagano a iglesia el 22 de enero del 559 o 574 (año incierto) bajo el reinado de Eirpanome. Dice además que la cruz la recibió el cura de parte del obispo de Filé. Esta inscripción aporta también nombres y títulos de varios oficiales del reino.