Historia del liberalismo
El surgimiento del Renacimiento en el siglo XV también contribuyó a debilitar las incondicional sumisión a la Iglesia mediante la revitalización del interés por la ciencia y en el mundo clásico. En el siglo XVI, la Reforma Protestante se desarrolló a partir de sentimientos que vieron a la Iglesia como una orden opresora dominante demasiado involucrado en la estructura feudal y señorial de la sociedad europea. En respuesta a la Reforma Protestante, la Iglesia y los reinos católicos pusieron en marcha la Contrarreforma para contener la propagación de aquella, pero este último recurso desembocó en la Guerra de los Treinta Años, un conflicto bélico europeo que duró desde 1618 hasta 1648. La guerra tuvo efectos devastadores en ambos bandos y no consiguió los objetivos pretendidos. La división religiosa de Europa, entre Protestantes y Católicos, se convirtió en un hecho decisivo para la Historia.
Hermanos menores de la regular observancia
Durante la Contrarreforma, la orden conoció un periodo de gran vitalidad, especialmente en el norte de Europa. La Reforma protestante había cerrado muchos conventos franciscanos en estas regiones y había prácticamente eliminado provincias enteras. Con el apoyo imperial y de los príncipes católicos, los franciscanos recuperaron su antigua posición y reabrieron fundaciones. A la familia ultramontana se presentaron problemas por el hecho de que los generales siempre fueran de origen español, a pesar del acuerdo tomado en 1517: las provincias francesas e italianas se quejaban y el hecho dio lugar a conflictos.