Jutsu (Naruto)
Los jutsu están divididos en tres categorías: ninjutsu, genjutsu, y taijutsu. Ninjutsu también tiene dos subcategorías: jutsu sellado y jutsu del sello maldito, ambos son usados para crear sellos con fines diversos. Dōjutsu, son habilidades ninja genéticas que se utilizan en los ojos, lo que les permite percibir chakra de una forma u otra. Al ser un subproducto de la específica Kekkei Genkai, los dōjutsus no se clasifican como uno de los principales tipos de Jutsu. No requieren el uso de sellos y, a veces en facilitar el uso o la defensa contra el genjutsu, taijutsu y ninjutsu y luego derrotar a su oponente. Todos los dōjutsu conocido también proporcionar al usuario con algunas habilidades únicas, como un campo ampliado de las capacidades de visión o predictivo. El uso de dōjutsu consume chakra mínimo o dependiendo del jutsu que uso incluso al tener una fuerte emoción o una gran cantidad de chakra en batalla el dojutsu brilla manifestando más su poder, peligrosidad y/o habilidad. Senjutsu, es un concepto introducido en la segunda parte de la serie, usa tres tipos de energía: las energías mentales y físicas de un shinobi y la energía de la naturaleza. Canalizando la energía de la naturaleza, el creador del senjutsu puede incrementar notoriamente el poder de sus otros jutsu. Las habilidades Kekkei genkai son características genéticamente heredadas que permiten crear técnicas únicas.
Naruto: Ultimate Ninja
El sistema de lucha se mantiene para la mayoría de la saga. Los combates son 1 vs 1 (en "Naruto Shippūden: Narutimate Accel 3 "para psp se realizan combates 2 vs 2) encarados en escenarios que se desplaza libremente en 2D y pueden cambiar de lugar en el escenario (diferentes zonas). En ellos, X sirve para saltar con el personaje. Al apretarlo dos veces, se realiza un doble salto o se aproxima al adversario el personaje. Los combos se realizan con una combinación de las flechas y el O. Con el cuadrado se lanzan objetos (por defecto kunais) que se pueden conseguir por el escenario. Para cambiar el objeto a lanzar se usa L1 o R1.  El R2 y L2 sirve para la defensa, y si se aprieta justo antes de ser golpeado, el personaje realiza la técnica del reemplazo o cambiazo(colocándose detrás el enemigo). El triángulo sirve para cargar el chakra. El chakra sirve para realizar jutsus, dentro de los cuales hay "ultimate jutsu", un pequeño ataque cinematográfico interactivo, donde los jugadores deben apretar las teclas presente en la pantalla. Algunos de estos "ultimate jutsu" "transforman" al personaje.