Sauropterygia
Los sauropterigios prosperaron durante el Mesozoico, sin embargo, se extinguieron junto con los dinosaurios, pterosaurios y mosasaurios en la extinción masiva del Cretácico-Terciario, hace unos 65 millones de años.
Crurotarsi
Con el Mesozoico progresando, Protosuchia dio lugar a formas más típicamente similares a cocodrilos. Mientras que los dinosaurios eran los animales dominantes en tierra, los cocodrilos prosperaron en los ríos, los pantanos y los océanos, con diversidad mucho mayor de la que tienen hoy. Con la extinción masiva del Cretácico-Terciario los dinosaurios se extinguieron (a excepción de las aves), mientras que los cocodriloideos crurotarsianos continuaron con pequeños cambios. Hoy, cocodrilos, caimanes, y gaviales continúan como los representantes supervivientes de este linaje.