Vertebrata
El aparato respiratorio de los vertebrados es branquial en los animales acuáticos (ciclóstomos, peces y larvas de anfibios), y pulmonar en los terrestres, parte de los acuáticos y también los anfibios que tienen dos tipos de respiración: la pulmonar y a través de la piel.
Enteropneusta
El aparato respiratorio consta de hendiduras branquiales que comunican la faringe con el exterior, igual que en los cordados. Las hendiduras branquiales, internas y situadas a ambos lados de la faringe, se abren a cámaras branquiales y éstas al exterior a través de poros branquiales que se disponen en filas dorsolaterales a ambos lados del tronco. El agua sale de la faringe por las hendiduras branquiales, pasando por las cámaras y a través de los poros es eliminada al exterior. La circulación es unidireccional.