Peaje
Normalmente las tarifas de peaje se pagan en estaciones de peaje ubicadas en la vía, puente o túnel donde se está viajando, ya sea sobre la vía principal o en las vías laterales (al salir de la autopista). El principal problema directo asociado con el cobro de peajes es la congestión que se produce en las estaciones de peaje durante las horas pico (en el área urbana) o durante la ida y regreso de los viajeros durante los finales de semana y feriados (en el área rural). Cuando los volúmenes de tránsito son muy altos las colas pueden alcanzar kilómetros y las demoras pueden llegar a ser extremadamente altas.
SITREN
El sistema de pago de peaje es mediante la Tarjeta Inteligente que los usuarios pueden adquirir en las instalaciones del Tren Ligero así como en diversos comercios y servicios ubicados a lo largo del corredor Vallarta. También se puede pagar con efectivo, depositando el importe exacto en una ranura que tiene implementada el pre-tren al ingreso de este, la máquina no da cambio. La tarifa oficial autorizada es de $9.50 pudiendo los usuarios realizar trasbordos con el Tren Ligero, y viceversa, pagando solo la mitad de dicha tarifa ($4.75), obteniendo un ahorro considerable para quienes utilizan el automóvil o el servicio de transporte público actual.