Reinos nubios cristianos
En cuanto a las relaciones entre estos tres reinos cristianos no queda clara, aunque las fronteras probablemente habrían sido bastante fluidas y, además, compartían cultura material, religión, idioma y habían estado unidos bajo el gobierno meroítico. A partir de cierto momento se produjo la unificación de dos de estos reinos, Nobatia y Makuria, que serían conocidos bajo el único nombre de Makuria, pues la capital se fijó en Vieja Dongola. El proceso en sí no se conoce, pero en algún momento entre el 690-710, posiblemente en el 697, el rey Merkurios tendría la corona de ambos reinos, si bien otros autores opinan que Makuria ya tenía jurisdicción sobre toda Nubia a mediados del siglo VII. Independientemente de esto, Nobatia mantuvo un elemento de autogobierno, la figura política del eparca: un gobernador territorial similar a un virrey, aunque sus poderes no terminan de quedar claros.
Historia de Kush
Con la decadencia del Reino Medio, Nubia fue paulatinamente adquiriendo independencia. Mientras en Egipto reinaron las dinastías libias, Kush se configuró como un reino independiente con capital en la ciudad de Napata, dando lugar al período napatiense. Sin embargo, el nuevo reino nubio seguiría ligado a Egipto cultural y religiosamente, y el clero local, desde Djebel Barkal siguió ejerciendo una gran influencia sobre la población e incluso, sobre sus gobernantes. Comenzó en este tiempo la conocida como Edad Oscura, denominación que recibe de la escasez documental que existe a día de hoy de este período. Graves hambrunas, producidas por cambios climáticos en Oriente Próximo, afectaron a Egipto en aquel momento y, aprovechando su debilidad, Pianki, en el 747 a.C. logró controlar el Alto Egipto y su hijo, Shabaka, consiguió controlar todo el reino y reunificarlo bajo su dominio desde Tebas. Se inauguraba así el período de la dinastía XXV en Egipto. Durante este período, los nuevos faraones kushitas intentaron legitimar su dominio edificando monumentos y enterrándose a la manera de los egipcios del Reino Antiguo, es decir, en pirámides. Sin embargo, la dinastía XXV fue breve. Los Asirios invadieron Egipto y Tanutamón, el último faraón negro, huyó a Napata, en donde reinaría hasta su muerte. Se inauguraba así el reino independiente de Kush, con capital, primero en Napata, y posteriormente en Meroe.