Reforma protestante en España
Sin embargo, la Reforma protestante en España no arraigó debido a la implacable persecución a la que fueron sometidos los luteranos por la Inquisición española, lo que obligó a los que pudieron escapar a refugiarse en estados protestantes o más tolerantes. Henry Kamen destaca que «España era el único país europeo que contaba con una institución nacional dedicada a erradicar la herejía». Pero también existieron otras razones, como las que señala Joseph Pérez: «España estaba alejada del epicentro de la revolución religiosa; las reformas introducidas en la disciplina eclesiástica y en las órdenes religiosas en los primeros años del siglo XVI, aunque limitadas, habían contribuido a corregir ciertos abusos; por último, las inquietudes religiosas habían adoptado en la península Ibérica una forma original. En España es más fuerte la tentación del iluminismo que la del luteranismo o del calvinismo». Henry Kamen apunta otra más: «España no había experimentado desde el comienzo de la Edad Media ni una sola herejía que triunfara a nivel popular. Todas las luchas ideológicas desde la Reconquista se habían dirigido contra las religiones minoritarias, el Judaísmo y el Islam. En consecuencia, no había habido herejías autóctonas, al estilo de la de John Wycliff en Inglaterra, sobre las que pudieran enraizar las ideas luteranas».
Historia de Austria
Austria y las otras provincias hereditarias de los Habsburgo (y también Hungría y Bohemia) se vieron muy afectadas por la Reforma, pero con la excepción del Tirol, las tierras austriacas excluyeron al protestantismo. Aunque los propios gobernantes de los Habsburgo siguieron siendo católicos, las provincias no austriacas se convirtieron en gran parte al luteranismo, que Fernando I toleró ampliamente.