Indiana Jones y la última cruzada
Spielberg usó palomas en vez de gaviotas para la escena donde Henry intenta hacer que el avión alemán se estrelle, debido a que las gaviotas originalmente usadas en la primera toma no volaron. En diciembre de 1988, Lucasfilm solicitó a la misma compañía que suministró las víboras y los insectos en las películas anteriores de la serie un millar de ratas grises libres de enfermedades para los segmentos de las catacumbas. A lo largo de cinco meses, alimentaron a 5000 ratas para rodar la escena. Asimismo, se incorporaron 1000 ratas mecánicas para el fragmento en el que varias ratas se incendian en las catacumbas. Además, miles de serpientes de hasta cinco razas distintas —incluyendo una boa constrictor— fueron utilizadas en la secuencia del tren, además de las víboras de goma sobre las que cae Phoenix en la misma secuencia. Debido a que las serpientes debían deslizarse de sus cajas, el equipo se vio en la necesidad de cavar en el aserrín tras haber finalizado la filmación para encontrarlas y llevarlas de vuelta a sus lugares correspondientes. Se usó a dos leones en la misma escena, los cuales se pusieron nerviosos debido al constante movimiento de balanceo y a las luces parpadeantes de las cámaras.
Indiana Jones
Aunque Lucas siempre tuvo en mente producir una trilogía cinematográfica sobre el personaje, lo cierto es que carecía de ideas para las siguientes películas de la serie. Tanto él como Spielberg consideraron que la trama de "Indiana Jones and the Temple of Doom" debía ser «más oscura» que su predecesora, de una forma similar a "El Imperio contraataca" en la trilogía original de "Star Wars". Asimismo, Lucas prefirió situar la trama un año antes de "Raiders of the Lost Ark" para que los nazis dejaran de ser los antagonistas. Influenciados por sus respectivos divorcios suscitados en esa época, los cineastas acordaron que la segunda aventura de Indy debía estar relacionada con un culto devoto a la explotación infantil, la magia negra y los sacrificios humanos. Lo anterior motivó el rechazo de Kasdan a repetir como guionista, puesto que «pensé que era horrible. No hay nada satisfactorio en ella. Creo que representa un período caótico en la vida de ambos [Lucas y Spielberg], y la película es muy fea y vil».< Finalmente el libreto corrió a cargo de Willard Huyck y Gloria Katz, mientras que el filme "Gunga Din" (1939) sirvió de inspiración.< Al igual que la segunda película, el guion de "Indiana Jones y la última cruzada" pasó por varias revisiones antes de su versión definitiva. Algunas ideas rechazadas incluían el enfrentamiento de Indiana con un fantasma escocés, su resurrección a manos del Rey Mono y la búsqueda de una máscara perteneciente a Montezuma en México. Eventualmente, gracias a la redacción de Menno Meyjes, el eje narrativo pasó a ser la relación de Jones con su padre: «una búsqueda arqueológica por la propia identidad de Indy y de que la aceptación de su padre [es más importante que el Grial]». El filme incluye un prólogo en el que se relata una aventura de Indy durante su juventud como "boy scout", para lo cual es interpretado por el actor River Phoenix.