Guerra de Sucesión de Borgoña
Marie recordó igualmente que las adquisiciones de sus predecesores, el Auxerrois, el Charolais y el Mâconnais, no habían estado condicionados a mantener una sucesión masculina para el título. Sin embargo, los borgoñones, satisfechos por los anuncios del rey de proclamar una amnistía y abolir los impuestos creados por el Temerario, se declararon súbditos fieles del rey. Este tuvo la gran habilidad de crear además un Parlamento de Borgoña el 18 de marzo de 1477. Aunque hubo una revuelta contra el rey en 1477, fue aplastada brutalmente por La Trémoille.
Catalanes
Los disturbios regionales llevaron a conflictos como la rebelión de las Germanías en Valencia y Mallorca, y la revuelta de 1640 en Cataluña conocida como la Guerra de los Segadores. Este último conflicto involucró a España en una guerra más amplia con Francia, ya que muchos nobles catalanes se aliaron con Luis XIII de Francia. La guerra continuó hasta 1659 y terminó con la Paz de los Pirineos, que efectivamente dividió Cataluña cuando la franja al norte de dicha cordillera quedó bajo dominio francés, mientras que el resto permaneció bajo la hegemonía española. El gobierno catalán se puso del lado del pretendiente de la dinastía Habsburgo contra el Borbón durante la Guerra de sucesión española que comenzó en 1705 y terminó en 1714. El fracaso catalán en la defensa de la continuación del dominio de los Habsburgo en España culminó con la rendición de Barcelona el 11 de septiembre de 1714, que llegó a ser conmemorada como la Fiesta Nacional de Cataluña.