Pueblos originarios de Ciudad de México
La Secretaría de Desarrollo Rural y Equidad para las Comunidades del Gobierno de la Ciudad de México reconoce a 141 poblaciones capitalinas como pueblos originarios. Estas comunidades pueden participar en la convocatoria del Programa de Apoyo a los Pueblos Originarios que otorga financiamiento a proyectos ciudadanos de desarrollo comunitario propuestos por los vecinos de dichos pueblos.Existen otras poblaciones cuya estructura social actual las descartó para ser considerados como pueblos originarios, debido a la alta inmigración que ha destruido sus formas de organización e identidad tradicional. En otro lado el rompimiento se dio desde la llegada de los inmigrantes, los cuales en no pocos casos se hicieron de sus propiedades por medio de la invasión pacífica o violenta, como ocurrió en el Pedregal de Santo Domingo en Coyoacán y que es una práctica aun usada por grupos políticos.
Rebelión de los indios de Nuevo México
A pesar de que en 1500 las políticas españolas hacia los indios exigían su tratamiento con humanidad (el propio Oñate fue cesado por su crueldad), en la lejana frontera norte era dificultoso para el gobierno imponer estos preceptos. Con el establecimiento del primer poblamiento colonial permanente en 1598, los Pueblo fueron forzados a proporcionar tributos a los colonizadores en forma de trabajo, maíz y textiles. Con la era de las Encomiendas pronto se establecieron colonizadores a lo largo del río Grande, quines se apropiaron de las tierras más fértiles y próximas a los cursos de agua. Además se impusieron a los indios grandes cargas de trabajo. Especialmente ofensiva fue para los Pueblo la agresión de su religión tradicional. Los sacerdotes franciscanos establecieron teocracias en muchos de los poblados Pueblo. Los sacerdotes pretendían convertir a los Pueblo para erigir con ellos el imperio español en Nuevo México. En 1608, España pensó abandonar el territorio, pero los franciscanos hicieron que la corona se lo replantease tras bautizar a cerca de 7000 indígenas. A pesar de que los franciscanos inicialmente toleraron manifestaciones de la antigua religión de los Pueblo, mientras los indígenas venerasen públicamente el catolicismo y asistieran a las ceremonias, fray Alonso de Posada prohibió los bailes Kachina de los indios y ordenó a sus misioneros tomar y quemar sus máscaras, bastones de oración, y efigies. Los misioneros también prohibieron el uso de fármacos enteogénicos en las ceremonias religiosas tradicionales de los Pueblo. Muchos oficiales españoles, como Nicolás de Aguilar, que intentaron socavar el poder de los franciscanos fueron acusados de herejía y acusados ante la Inquisición.