Reforma protestante en España
Sin embargo, la Reforma protestante en España no arraigó debido a la implacable persecución a la que fueron sometidos los luteranos por la Inquisición española, lo que obligó a los que pudieron escapar a refugiarse en estados protestantes o más tolerantes. Henry Kamen destaca que «España era el único país europeo que contaba con una institución nacional dedicada a erradicar la herejía». Pero también existieron otras razones, como las que señala Joseph Pérez: «España estaba alejada del epicentro de la revolución religiosa; las reformas introducidas en la disciplina eclesiástica y en las órdenes religiosas en los primeros años del siglo XVI, aunque limitadas, habían contribuido a corregir ciertos abusos; por último, las inquietudes religiosas habían adoptado en la península Ibérica una forma original. En España es más fuerte la tentación del iluminismo que la del luteranismo o del calvinismo». Henry Kamen apunta otra más: «España no había experimentado desde el comienzo de la Edad Media ni una sola herejía que triunfara a nivel popular. Todas las luchas ideológicas desde la Reconquista se habían dirigido contra las religiones minoritarias, el Judaísmo y el Islam. En consecuencia, no había habido herejías autóctonas, al estilo de la de John Wycliff en Inglaterra, sobre las que pudieran enraizar las ideas luteranas».
Vicariato apostólico de Alemania Septentrional
La Reforma protestante en el siglo XVI causó que la Iglesia católica perdiera casi todo el norte de Europa. En 1582 los escasos católicos de Dinamarca, Finlandia, norte de Alemania, Noruega y Suecia fueron puestos bajo la jurisdicción del nuncio apostólico en Colonia. Al ser establecida en 1622 la Congregación para la Propagación de la Fe tomó a su cargo este vasto campo misionero y en su tercera sesión lo dividió entre el nuncio apostólico en Bruselas (para los católicos en Dinamarca y Noruega), el nuncio apostólico en Colonia (la mayoría del norte de Alemania) y el nuncio apostólico en Polonia (Finlandia, Mecklemburgo y Suecia). Al principio había pocas comunidades católicas toleradas en el área reformada, cuatro de ellas fueron llamadas "comunidades privilegiadas": Altona (por el conde Adolf XI de Schauenburg 1598); Friedrichstadt (1624); Glückstadt (1645); Santa Teresa en Nordstrand (1652, bajo la jurisdicción del vicario apostólico en Utrecht, hasta 1920 perteneció a la arquidiócesis católica de Utrecht).