San Agustín (Huila)
El nombre de "San Agustín" no está definido de dónde proviene, existen dos hipótesis en torno al origen del nombre del municipio: Una dice obedecer a la presencia de los Misioneros Agustinos que llegaron a esa zona posiblemente en el año de 1600. Otros dicen que, es posible que el nombre de "San Agustín" le venga en memoria del Santo Obispo Fray Agustín de la Coruña quien pasó indudablemente por el camino que de "Almaguer" conduce de Timaná a Popayán. Según el escritor Miguel Cabrera, "el Obispo murió cuando practicaba visita pastoral" a Timaná, el 24 de noviembre de 1589, hoy aseguran que murió en Popayán.
Convento San Agustín (Cuzco)
El 11 de junio de 1559 Fray Juan funda el convento de San Agustín de Cuzco, cerca de la plaza de la ciudad, en la esquina de la actual calle Ruinas con la actual calle San Agustín (ambas calles adquirieron su nombre debido a la presencia del convento), con la ayuda de Don Don Francisco de Loyola. Para el año 1582 el convento abrirá su noviciado y sus estudios propios de Artes y Teología. De este convento saldrán frailes que se dedicarán a la evangelización de Bolivia y Apurímac, destacando los conventos de Copacabana en el Alto Perú (Bolivia), y el Real Monasterio de Cotabambas, en Apurímac.