Aparato respiratorio
Las aves cuentan con pulmones, pero su aparato respiratorio dispone de unos órganos especiales que no existen en los mamíferos, los sacos aéreos. La mayor parte de las aves tienen 8 sacos aéreos, uno cervical, uno clavicular, dos torácicos craneales, dos torácicos caudales y dos abdominales. Actúan como fondos de saco donde se acumula el aire, de tal forma que este circula por los bronquios en ambas direcciones sin que se produzca acumulación de aire residual en ningún espacio del pulmón. Otra característica específica del aparato respiratorio de las aves es el órgano fonador que recibe el nombre de siringe y se sitúa en la base de la tráquea. El sistema respiratorio de los mamíferos es pulmonar y comparte características muy similares en todas las especies incluyendo el hombre. Existe un sistema de conductos que transportan el aire, pero no intervienen en el intercambio de gases que se produce en los alveolos pulmonares situados al final de las vías respiratorias. Los alveolos forman una gran superficie para el intercambio de gases en la que existe una separación muy pequeña entre la sangre y el aire. La inspiración tiene lugar gracias a la contracción del diafragma y los músculos intercostales que amplían el tamaño del tórax y producen una presión negativa que actúa como mecanismo de succión, la espiración es pasiva. Durante el ejercicio se producen inspiraciones y espiraciones forzadas que aumentan el volumen de ventilación considerablemente. Las paredes de los alveolos cuentan con una sustancia denominada surfactante pulmonar compuesta por fosfolípidos que reduce la tensión superficial evitando el colapso alveolar.
Microbiota pulmonar
La microbiota pulmonar es la comunidad microbiana pulmonar que consiste en una compleja variedad de microorganismos que se encuentran en el tracto respiratorio inferior, particularmente en la capa mucosa y las superficies epiteliales. Estos microorganismos incluyen bacterias, hongos, virus y bacteriófagos. La parte bacteriana de la microbiota se ha estudiado más de cerca. Se compone de un núcleo de nueve géneros: "Prevotella", "Sphingomonas", "Pseudomonas", "Acinetobacter", "Fusobacterium", "Megasphaera", "Veillonella", "Staphylococcus" y "Streptococcus". Son aerobios, así como anaerobios y bacterias aerotolerantes. Las comunidades microbianas son muy variables en individuos particulares y se componen de alrededor de 140 familias distintas. El árbol bronquial, por ejemplo, contiene una media de 2000 genomas bacterianos por cm² de superficie. Las bacterias dañinas o potencialmente dañinas también se detectan rutinariamente en muestras respiratorias. Los más significativos son "Moraxella catarrhalis", "Haemophilus influenzae" y "Streptococcus pneumoniae". Se sabe que causan trastornos respiratorios en condiciones particulares, es decir, si el sistema inmunitario humano está dañado. Se desconoce el mecanismo por el cual persisten en las vías aéreas inferiores en individuos sanos.