Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Dōjutsu
Esta técnica legendaria, era posesión del "Sabio de los 6 Caminos", el creador del "ninjutsu" moderno. Este dōjutsu reencarnó en Madara Uchiha, el cual dice haberlo obtenido poco antes de su muerte. Para obtener este dōjutsu un miembro del clan Uchiha debe combinar sus células con las de un miembro del clan Senju (preferible que el mismo sea la reencarnación de Ashura Ōtsutsuki y que el usuario del clan Uchiha sea la reencarnación de Indra Ōtsutsuki). Madara Uchiha le trasplantó por alguna razón el Rinnegan a Nagato un chico huérfano de la Aldea de la Lluvia. Jiraiya decidió encargarse de cuidar de Nagato y sus compañeros Konan y Yahiko, tras encontrarse con ellos en su andar por el campo de batalla. Al haber perecido su último portador, Nagato, pasa a poseerlo Obito Uchiha quien lo obtiene profanando el cuerpo del primero, diciendo que recuperó lo que le pertenece, haciendo suponer que el Uchiha le dio a Nagato el dōjutsu.