Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Naruto: Ultimate Ninja
El sistema de lucha se mantiene para la mayoría de la saga. Los combates son 1 vs 1 (en "Naruto Shippūden: Narutimate Accel 3 "para psp se realizan combates 2 vs 2) encarados en escenarios que se desplaza libremente en 2D y pueden cambiar de lugar en el escenario (diferentes zonas). En ellos, X sirve para saltar con el personaje. Al apretarlo dos veces, se realiza un doble salto o se aproxima al adversario el personaje. Los combos se realizan con una combinación de las flechas y el O. Con el cuadrado se lanzan objetos (por defecto kunais) que se pueden conseguir por el escenario. Para cambiar el objeto a lanzar se usa L1 o R1.  El R2 y L2 sirve para la defensa, y si se aprieta justo antes de ser golpeado, el personaje realiza la técnica del reemplazo o cambiazo(colocándose detrás el enemigo). El triángulo sirve para cargar el chakra. El chakra sirve para realizar jutsus, dentro de los cuales hay "ultimate jutsu", un pequeño ataque cinematográfico interactivo, donde los jugadores deben apretar las teclas presente en la pantalla. Algunos de estos "ultimate jutsu" "transforman" al personaje.