Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Ninjutsu
Este arte marcial, se basa en grupos de técnicas y tácticas (consideradas clásicamente 20, mencionadas más adelante) que han utilizado supuestamente los ninja durante siglos. Los primeros datos que se tienen de la utilización de ninjas en el campo de batalla data del siglo V, lo que nos da una idea de la antigüedad de este estilo de lucha, que se complementaba con el aprendizaje de muchas habilidades útiles para el espionaje, como la caracterización o falsificación de documentos, así como ciertas prácticas esotéricas derivadas del Mikkyo, budismo esotérico japonés.