Reinos nubios cristianos
En cuanto a las relaciones entre estos tres reinos cristianos no queda clara, aunque las fronteras probablemente habrían sido bastante fluidas y, además, compartían cultura material, religión, idioma y habían estado unidos bajo el gobierno meroítico. A partir de cierto momento se produjo la unificación de dos de estos reinos, Nobatia y Makuria, que serían conocidos bajo el único nombre de Makuria, pues la capital se fijó en Vieja Dongola. El proceso en sí no se conoce, pero en algún momento entre el 690-710, posiblemente en el 697, el rey Merkurios tendría la corona de ambos reinos, si bien otros autores opinan que Makuria ya tenía jurisdicción sobre toda Nubia a mediados del siglo VII. Independientemente de esto, Nobatia mantuvo un elemento de autogobierno, la figura política del eparca: un gobernador territorial similar a un virrey, aunque sus poderes no terminan de quedar claros.
Reino de Kush
Los últimos reyes meroíticos datan de poco después del año 300. El periodo de declive del reino permanece, para nosotros, todavía en la penumbra. Hay registro de la delegación de un rey nubio enviada a la corte del césar Constantino, bajo cuyo reinado todavía existía el Reino de Kush. Se supone que el rey Ezana de Etiopía conquistó Meroe. En Meroe se encontraron inscripciones etíopes (en griego), que atestiguan la ocupación. Sin embargo, investigaciones recientes se muestran cautas sobre este aspecto. Ezana podría no haber visto nunca Meroe y su relato ser ficticio, pues la identificación de los lugares y pueblos nombrados es incierta. Las reliquias etíopes de Meroe puede que sean botines obtenidos de los etíopes. En cualquier caso es seguro que el reino se hundió y se formaron tres nuevos reinos en Nubia: Alwa, Makuria y Nobatia, cuya cultura era, en parte, fuertemente meroítica. Todavía se emplearon durante largo tiempo la escritura y la lengua meroíticas, como en la inscripción del rey Charamadoye, rey de Nobatia (410 d. C.). Más tarde serían sustituidas por la escritura y lengua griegas.