Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Revuelta bohemia
La Reforma Protestante, originada en 1517, encontró un obstáculo insalvable cuando el emperador Carlos V ordenó detener la propagación del luteranismo en 1529. Entonces, varios príncipes luteranos, liderados por el elector Juan de Sajonia, publicaron la Protesta de Espira, oponiéndose a Carlos V, y obteniendo el nombre de protestantes. El conflicto entre católicos y luteranos pronto desembocó en una guerra civil en el Imperio, y aunque los últimos fueron derrotados en la Batalla de Mühlberg en 1547, la paz no llegó, y finalmente ambos bandos firmaron la Paz de Augsburgo en 1555, que puso fin al conflicto militar.