Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Hermanos menores de la regular observancia
Durante la Contrarreforma, la orden conoció un periodo de gran vitalidad, especialmente en el norte de Europa. La Reforma protestante había cerrado muchos conventos franciscanos en estas regiones y había prácticamente eliminado provincias enteras. Con el apoyo imperial y de los príncipes católicos, los franciscanos recuperaron su antigua posición y reabrieron fundaciones. A la familia ultramontana se presentaron problemas por el hecho de que los generales siempre fueran de origen español, a pesar del acuerdo tomado en 1517: las provincias francesas e italianas se quejaban y el hecho dio lugar a conflictos.