Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma protestante en Suiza
El éxito de la Reforma en Zúrich y su rápida expansión territorial convirtieron definitivamente esta renovación religiosa en una cuestión política y en una importante fuente de conflictos entre los trece cantones. Los cantones alpinos de Uri, Schwyz, Unterwalden, Lucerna y Zug se mantuvieron incondicionalmente católicos. Su oposición no era únicamente una cuestión de fe, sino que también influyeron razones económicas. Además de la agricultura, su economía dependía en gran medida de los servicios de mercenarios y de las recompensas económicas por los mismos. No podían permitirse perder esta fuente de ingresos, que era uno de los principales objetivos de las críticas reformistas. En cambio, las economías de las ciudades estaban más diversificadas, incluyendo una fuerte artesanía y gremios, así como un incipiente sector industrial. El Cantón de Friburgo y el Cantón de Solothurn también siguieron siendo católicos.