Reforma protestante en España
Sin embargo, la Reforma protestante en España no arraigó debido a la implacable persecución a la que fueron sometidos los luteranos por la Inquisición española, lo que obligó a los que pudieron escapar a refugiarse en estados protestantes o más tolerantes. Henry Kamen destaca que «España era el único país europeo que contaba con una institución nacional dedicada a erradicar la herejía». Pero también existieron otras razones, como las que señala Joseph Pérez: «España estaba alejada del epicentro de la revolución religiosa; las reformas introducidas en la disciplina eclesiástica y en las órdenes religiosas en los primeros años del siglo XVI, aunque limitadas, habían contribuido a corregir ciertos abusos; por último, las inquietudes religiosas habían adoptado en la península Ibérica una forma original. En España es más fuerte la tentación del iluminismo que la del luteranismo o del calvinismo». Henry Kamen apunta otra más: «España no había experimentado desde el comienzo de la Edad Media ni una sola herejía que triunfara a nivel popular. Todas las luchas ideológicas desde la Reconquista se habían dirigido contra las religiones minoritarias, el Judaísmo y el Islam. En consecuencia, no había habido herejías autóctonas, al estilo de la de John Wycliff en Inglaterra, sobre las que pudieran enraizar las ideas luteranas».
Bautistas Reformados
En Francia, los protestantes reformados fueron llamados Hugonotes. los Iglesia reformada de Francia sobrevivió a la persecución desde 1559 hasta la Edicto de Nantes (1598), cuyo efecto fue establecer regiones en las que los protestantes pudieran vivir sin ser molestados. Estas áreas se convirtieron en centros de resistencia política bajo los cuales se protegió la iglesia reformada hasta 1628, cuando La Rochelle, el centro protestante de resistencia a Luis XIII, fue invadido por un bloqueo del ejército francés. Después de que fracasara la resistencia protestante, la Iglesia Reformada de Francia se reorganizó y se le garantizó la tolerancia bajo la Edicto de Nantes hasta la revocación final de la tolerancia en 1685 (Edicto de Fontainebleau). Los períodos de persecución esparcieron a los refugiados reformados franceses a Inglaterra, Alemania, Suiza, Países Bajos, África (especialmente Sudáfrica) y America. Luis XVI concedió una edicto de tolerancia. La libertad de religión llegó con la Revolución Francesa. Napoleón organizó una iglesia reformada francesa controlada por el estado con la Artículos orgánicos en 1802. Un sínodo libre (es decir, no controlado por el estado) de la Iglesia Reformada surgió en 1848 y sobrevive en pequeñas cantidades hasta la actualidad. Los refugiados franceses establecieron iglesias reformadas francesas en los países latinos y en América.