Genocidio (Derecho español)
Aunque el criterio final del Tribunal Supremo de condenar a Scilingo por delitos comunes es el mismo que han seguido los tribunales argentinos en casos similares (condenas de Miguel Etchecolatz y Christian Von Wernich), y aunque cabe pensar que constituya un precedente importante en casos futuros, la Sentencia fue enórmemente discutida y polémica. Prueba de ello es que cuatro de los quince magistrados que componían la sala emitieron votos particulares discrepantes; uno de ellos a favor de la condena por genocidio. También la doctrina jurídica se encuentra muy dividida al respecto.
Juicios por delitos de lesa humanidad en Argentina
Luego, fue sentenciado a veintitrés años de prisión en la causa «Batallón 601» por los secuestros, torturas y desaparición forzada de personas, al regresar al país, en 1979 y 1980.Miguel Etchecolatz fue el primer represor llevado a juicio oral y público en Argentina luego de la anulación de las leyes de impunidad. El Tribunal Oral en lo Criminal Federal N.º 1 de La Plata el 19 de noviembre de 2006 halló a Miguel Osvaldo Etchecolatz culpable de todos los crímenes que le fueron imputados y dictó una sentencia de reclusión perpetua e inhabilitación absoluta perpetua. La condena tuvo dos hechos sobresalientes, fue la primera vez que fue reconocido que «todos esos hechos configuran delitos de lesa humanidad cometidos en el marco del genocidio que tuvo lugar en la República Argentina entre los años 1976 y 1983». Además, también se dictó que se niegue el beneficio de la prisión domiciliaria a Etchecolatz debido a que al ser juzgado y gozar de ese beneficio se comprobó que tenía en su posesión «juicio una pistola de grueso calibre y una cantidad significativa de municiones» y porque «Etchecolatz evidenció con sus acciones un desprecio total por el prójimo y formando una parte esencial de un aparato de destrucción, muerte y terror. (...) cometió delitos atroces y la atrocidad no tiene edad».