Guerra de Sucesión de Borgoña
Marie recordó igualmente que las adquisiciones de sus predecesores, el Auxerrois, el Charolais y el Mâconnais, no habían estado condicionados a mantener una sucesión masculina para el título. Sin embargo, los borgoñones, satisfechos por los anuncios del rey de proclamar una amnistía y abolir los impuestos creados por el Temerario, se declararon súbditos fieles del rey. Este tuvo la gran habilidad de crear además un Parlamento de Borgoña el 18 de marzo de 1477. Aunque hubo una revuelta contra el rey en 1477, fue aplastada brutalmente por La Trémoille.
Guerra de Borgoña
Tras la muerte de Carlos el Temerario, la dinastía de los Borgoña se extinguió. Los territorios de Flandes de los Borgoña pasaron consiguientemente a ser posesión de los Habsburgo, cuando el archiduque Maximiliano I de Habsburgo, que más tarde sería Emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, se casó con la única hija de Carlos, María de Borgoña. Borgoña pasó a ser parte de Francia bajo el control del Rey Luis XI. El Franco-Condado, Artois y el Charolais pasaron inicialmente a manos francesas mediante el Tratado de Arrás (1482), pero más tarde fue cedido en 1493 al hijo de Maximiliano I, Felipe I el Hermoso, por el rey francés Carlos VIII en el Tratado de Senlis, en un intento por mantener al Emperador neutral durante la invasión de Italia, que Carlos había planeado. Las victorias de los Confederados sobre una de las potencias europeas más poderosas militarmente les dieron reputación de invencibilidad, y las Guerras de Borgoña marcaron el principio del empleo de los mercenarios suizos en los campos de batalla de Europa.