Reforma protestante
Durante aproximadamente 20 años, la Iglesia católica había visto cómo gran parte de sus fieles se peleaban entre ellos en Europa, y obispos que dejaban de reconocer al papa como Primus inter pares o como máximo pontífice de la Iglesia católica, y se separaban de Roma incluso algunos cardenales, en consecuencia, hubo muchos católicos que requerían una reacción de la Iglesia que mejorase las costumbres, corrigiendo los abusos que habían alimentado la Reforma protestante. A esta reacción de la Iglesia católica ante el protestantismo se le conoce generalmente con el nombre de Contrarreforma católica, aunque algunos historiadores consideran más preciso el término «Reforma católica».
Reforma protestante en España
Como ha señalado Henry Kamen, tras los autos de fe de Valladolid y de Sevilla de 1559-1562, el «protestantismo autóctono quedó prácticamente extinguido en España» y además «gran parte de los que podrían haber sido los reformadores españoles habían emigrado al extranjero». Joseph Pérez también piensa que la persecución de los años 1559-1560 «consiguió la derrota definitiva del protestantismo en la Península. Después de 1560, se siguen introduciendo libros en España, sobre todo calvinistas, pero los escasos protestantes que comparecen ante la Inquisición son extranjeros —franceses, ingleses, alemanes…—, instalados de forma permanente en España, o bien comerciantes o marineros de paso».