Reinos nubios cristianos
En cuanto a las relaciones entre estos tres reinos cristianos no queda clara, aunque las fronteras probablemente habrían sido bastante fluidas y, además, compartían cultura material, religión, idioma y habían estado unidos bajo el gobierno meroítico. A partir de cierto momento se produjo la unificación de dos de estos reinos, Nobatia y Makuria, que serían conocidos bajo el único nombre de Makuria, pues la capital se fijó en Vieja Dongola. El proceso en sí no se conoce, pero en algún momento entre el 690-710, posiblemente en el 697, el rey Merkurios tendría la corona de ambos reinos, si bien otros autores opinan que Makuria ya tenía jurisdicción sobre toda Nubia a mediados del siglo VII. Independientemente de esto, Nobatia mantuvo un elemento de autogobierno, la figura política del eparca: un gobernador territorial similar a un virrey, aunque sus poderes no terminan de quedar claros.
Reino de Kush
En los años 24/25 a. C. se produjo un conflicto militar con Roma. César Augusto envió tropas hacia Nubia para conquistar la región. La antigua capital Napata sufrió grandes daños en la guerra contra los romanos y fue saqueada. Las tropas asolaron también otros lugares antes de ser derrotadas por los nubios. En esta época parece que reinó la reina Amanirenas, pues se conservan indicios de su victoria. Los textos, sin embargo, siguen sin comprenderse demasiado, pues sólo se han podido descifrar palabras clave como «Roma». El rey Natakamani y su reina Amanitore aparecen nombrados en templos de toda la región. Bajo su mando se dio una sobresaliente cultura y un fuerte comercio mediante caravanas con Egipto y la península arábiga. Esto se interpreta como un constante declive del reino meroítico.