América del Norte
Antes del contacto con los europeos, los pueblos indígenas de América del Norte se dividían en múltiples entidades políticas, desde pequeños grupos de unas pocas familias a jefaturas y reinos. Vivían en varias áreas culturales que correspondían a grandes rasgos con las distintas zonas geobiológicas que ocupaban y que dan una buena idea de los distintos sus usos y costumbres. Por ejemplo, de los cazadores de bisontes de las Grandes Llanuras, o los agricultores de Mesoamérica. A estos grupos indígenas también se les puede clasificar lingüísticamente (por ejemplo, las familias atapasca, álgica y utoazteca son tres de las más extendidas en Norteamérica), aunque es importante tener en cuenta que los pueblos con lenguas relacionadas no siempre compartían la misma cultura material, ni siquiera fueron siempre aliados.
Clasificación de los pueblos indígenas de América
El haplogrupo más comúnmente asociado con los amerindios es el haplogrupo Q1a3a (ADN-Y). El ADN-Y, al igual que el ADN-mt, difiere de otros cromosomas nucleares en que la mayoría del cromosoma Y es único y no se recombina durante la meiosis. Esto tiene el efecto de que el patrón histórico de mutaciones puede ser fácilmente estudiado. El patrón indica que los indígenas amerindios experimentaron dos episodios genéticos muy distintivos; primero con el poblamiento inicial de las Américas, y segundo con la colonización europea de las Américas. El primero es el factor determinante del número de linajes genéticos y haplotipos fundadores presentes en las poblaciones indígenas amerindias actuales.