Reforma protestante
Durante aproximadamente 20 años, la Iglesia católica había visto cómo gran parte de sus fieles se peleaban entre ellos en Europa, y obispos que dejaban de reconocer al papa como Primus inter pares o como máximo pontífice de la Iglesia católica, y se separaban de Roma incluso algunos cardenales, en consecuencia, hubo muchos católicos que requerían una reacción de la Iglesia que mejorase las costumbres, corrigiendo los abusos que habían alimentado la Reforma protestante. A esta reacción de la Iglesia católica ante el protestantismo se le conoce generalmente con el nombre de Contrarreforma católica, aunque algunos historiadores consideran más preciso el término «Reforma católica».
Hermanos menores de la regular observancia
Durante la Contrarreforma, la orden conoció un periodo de gran vitalidad, especialmente en el norte de Europa. La Reforma protestante había cerrado muchos conventos franciscanos en estas regiones y había prácticamente eliminado provincias enteras. Con el apoyo imperial y de los príncipes católicos, los franciscanos recuperaron su antigua posición y reabrieron fundaciones. A la familia ultramontana se presentaron problemas por el hecho de que los generales siempre fueran de origen español, a pesar del acuerdo tomado en 1517: las provincias francesas e italianas se quejaban y el hecho dio lugar a conflictos.