Historia del liberalismo
El surgimiento del Renacimiento en el siglo XV también contribuyó a debilitar las incondicional sumisión a la Iglesia mediante la revitalización del interés por la ciencia y en el mundo clásico. En el siglo XVI, la Reforma Protestante se desarrolló a partir de sentimientos que vieron a la Iglesia como una orden opresora dominante demasiado involucrado en la estructura feudal y señorial de la sociedad europea. En respuesta a la Reforma Protestante, la Iglesia y los reinos católicos pusieron en marcha la Contrarreforma para contener la propagación de aquella, pero este último recurso desembocó en la Guerra de los Treinta Años, un conflicto bélico europeo que duró desde 1618 hasta 1648. La guerra tuvo efectos devastadores en ambos bandos y no consiguió los objetivos pretendidos. La división religiosa de Europa, entre Protestantes y Católicos, se convirtió en un hecho decisivo para la Historia.
Reforma escocesa
Desde el siglo XV, el humanismo del Renacimiento ya había fomentado la reflexión teológica crítica e impulsaba una renovación religiosa en Escocia. Desde 1517, las ideas doctrinales de Martín Lutero ya estaban influenciando a los escoceses. Aún en 1525, el parlamento consideraba necesario prohibir la importación de los libros luteranos y suprimir 'sus herejías u opiniones' a través de todo el reino. Sin embargo, este intento fue infructuoso. En 1528, el noble Patrick Hamilton, influenciado por la teología luterana mientras estuvo en las universidades de Wittenberg y Marburgo, se convirtió en el primer mártir protestante cuando fue quemado en la hoguera por herejía, a las afueras de la Facultad de San Salvatore (San Salvador) en la Universidad de Saint Andrews. (Hamilton había estado difundiendo su mensaje mediante un pequeño catecismo basado en la doctrina de la justificación por fe llamado "Patrick's Places"). La difusión pública, particularmente en trabajos escritos, de la postura de Hamilton, sirvió para incrementar el interés en las nuevas ideas. De hecho, se le advirtió al Arzobispo de Saint Andrews que evitara hacer más ejecuciones públicas como esa, pues "el hedor del maestro Patrik Hammyltoun ha infectado a todos sobre los que ha soplado". Hubo más enjuiciamientos y ejecuciones en las décadas de 1530 y 40.