Enfermería
En el siglo XVI, la Reforma Protestante tuvo graves consecuencias para los cuidados de salud, debido a la supresión de las instituciones de caridad. La filosofía protestante indica que «no son necesarias las obras de caridad para obtener la salvación». Esto se traduce en un abandono de la consideración del cuidado de enfermería que continuaba existiendo en el ámbito católico.
Hermanos menores de la regular observancia
Durante la Contrarreforma, la orden conoció un periodo de gran vitalidad, especialmente en el norte de Europa. La Reforma protestante había cerrado muchos conventos franciscanos en estas regiones y había prácticamente eliminado provincias enteras. Con el apoyo imperial y de los príncipes católicos, los franciscanos recuperaron su antigua posición y reabrieron fundaciones. A la familia ultramontana se presentaron problemas por el hecho de que los generales siempre fueran de origen español, a pesar del acuerdo tomado en 1517: las provincias francesas e italianas se quejaban y el hecho dio lugar a conflictos.