Derecho eclesiástico
En la primera mitad del surge la Reforma protestante, en cuyo movimiento destacan tres personas: Lutero, Zwinglio y Calvino. El objetivo común era identificar lo máximo posible Iglesia y Estado, pero con la prevalencia del Estado. La reforma protestante trae como consecuencia que los súbditos quedan obligados a la religión del príncipe, de ahí que aparece las llamadas iglesias de Estados o Iglesias nacionales. Desde el punto de vista jurídico este movimiento de reforma da lugar a la distinción entre el Derecho eclesiástico y el Derecho canónico, en consecuencia se produce un cambio en la concepción del Derecho eclesiástico del Estado.Esta situación continua en los siglos y y supone el paso de una situación de intolerancia a otra de tolerancia en lugares concretos y determinados.
Reforma escocesa
Desde el siglo XV, el humanismo del Renacimiento ya había fomentado la reflexión teológica crítica e impulsaba una renovación religiosa en Escocia. Desde 1517, las ideas doctrinales de Martín Lutero ya estaban influenciando a los escoceses. Aún en 1525, el parlamento consideraba necesario prohibir la importación de los libros luteranos y suprimir 'sus herejías u opiniones' a través de todo el reino. Sin embargo, este intento fue infructuoso. En 1528, el noble Patrick Hamilton, influenciado por la teología luterana mientras estuvo en las universidades de Wittenberg y Marburgo, se convirtió en el primer mártir protestante cuando fue quemado en la hoguera por herejía, a las afueras de la Facultad de San Salvatore (San Salvador) en la Universidad de Saint Andrews. (Hamilton había estado difundiendo su mensaje mediante un pequeño catecismo basado en la doctrina de la justificación por fe llamado "Patrick's Places"). La difusión pública, particularmente en trabajos escritos, de la postura de Hamilton, sirvió para incrementar el interés en las nuevas ideas. De hecho, se le advirtió al Arzobispo de Saint Andrews que evitara hacer más ejecuciones públicas como esa, pues "el hedor del maestro Patrik Hammyltoun ha infectado a todos sobre los que ha soplado". Hubo más enjuiciamientos y ejecuciones en las décadas de 1530 y 40.