Genocidio de Ruanda
Al mismo tiempo, una vez que la situación estuvo medianamente normalizada, los tribunales ruandeses iniciaron centenares de procesos contra inculpados de cometer las graves violaciones a los derechos humanos. Hasta la fecha más de 700 personas han sido condenadas por los tribunales de cargos de genocidio y otros.Constituye un hito mundial al ser considerada la primera condena internacional por genocidio y la primera en reconocer la violencia sexual como actos constitutivos de genocidio. El Tribunal Penal Internacional para Ruanda, creado el 8 de noviembre de 1994, en el caso Akayesu, declaró a un acusado culpable de violación por no haber impedido ni detenido una violación en su calidad de oficial, y no por haberla cometido personalmente. El tribunal consideró que la violación constituía tortura y que, dadas las circunstancias, la violación generalizada, como parte de unas "medidas dirigidas a impedir nacimientos dentro del grupo", constituía un acto de genocidio. Por ejemplo, en las sociedades donde la pertenencia a una etnia está determinada por la identidad del padre, violar a una mujer para dejarla embarazada puede impedirle dar a luz a su hijo en el seno de su propio grupo.
Genocidio en Bosnia
En el caso de la "Fiscalía v. Krstic" (2 de agosto de 2001), el TPIY dictaminó que "el Derecho internacional consuetudinario limita la definición de genocidio a aquellos actos que buscan la destrucción física o biológica de todo o parte de un grupo. Por tanto, una iniciativa que ataca solo las características culturales o sociológicas de un grupo humano para aniquilar estos elementos que dan a este grupo su propia identidad distintiva del resto de la comunidad no correspondería a la definición de genocidio." El 19 de abril de 2004, esta determinación fue respaldada en la apelación: "La Convención sobre el Genocidio y el Derecho internacional consuetudinario, en general, prohíben solamente la destrucción física o biológica de un grupo humano... La Cámara de Apelaciones reconoció expresamente esta limitación y evitó cualquier definición más amplia..." aunque como la Corte Baja, la corte de apelaciones también dictaminó que la limpieza étnica podía con otra evidencia llevar a inferir una intención genocida. El 14 de enero de 2000, el TPIY dictaminó en el caso "Fiscalía v. Kupreškić y otros" que la campaña de limpieza étnica del valle de Lašva, cuya finalidad era expulsar a la población bosnia musulmana de la región, fue una persecución y no genocidio per se. La CEDH observó la opinión de la Corte Internacional de Justicia que determinó en el caso de genocidio bosnio que la limpieza étnica no es en sí ni por sí misma un genocidio.