Makuria
A finales del siglo VI los monarcas de Makuria se convirtieron al cristianismo, pero en el siglo VII Egipto fue conquistado por los ejércitos islámicos, y Nubia quedó aislada del resto de la Cristiandad. En 651 un ejército árabe intentó la invasión, pero fue repelido y se firmó un tratado llamado "baqt", que creó una paz entre los dos bandos que resistió hasta el siglo XIII. Makuria se expandió, anexionándose el reino del norte, Nobatia, o en tiempos de la invasión árabe o durante el reinado del rey Merkurios. El periodo desde aproximadamente 750 a 1150 fue próspero para el reino, y recibe el nombre de «Edad Dorada». Las agresiones desde Egipto y las discordias internas llevaron al colapso del estado en el siglo XIV.
Reinos nubios cristianos
La primera constancia oficial del cristianismo en los reinos nubios se remonta al año 538/543, cuando un misionero convierte al rey de Nobatia al monofisismo. Además, en el año 552 el general bizantino Narsés, a la órdenes de Justiniano, nombra al obispo de Filé, Teodoro, como obispo de Nubia, el primero conocido. En esta época, la influencia pagana egipcia había perdido fuerza en Nubia y tanto las fuentes escritas como las arqueológicas demuestran una conversión a ritos de enterramiento cristianos en la segunda mitad del siglo, tanto por parte de los gobernantes como de la masa social. Una inscripción en copto en el Templo de Dendur describe la conversión de templo pagano a iglesia el 22 de enero del 559 o 574 (año incierto) bajo el reinado de Eirpanome. Dice además que la cruz la recibió el cura de parte del obispo de Filé. Esta inscripción aporta también nombres y títulos de varios oficiales del reino.