Cilio
Los cilios móviles forman parte del epitelio del aparato respiratorio, del epéndimo o del aparato reproductor, mientras que los primarios se hallan virtualmente en cualquier tipo celular, como osteocitos, túbulo renal, fibroblastos y neuronas.
Enteropneusta
El aparato respiratorio consta de hendiduras branquiales que comunican la faringe con el exterior, igual que en los cordados. Las hendiduras branquiales, internas y situadas a ambos lados de la faringe, se abren a cámaras branquiales y éstas al exterior a través de poros branquiales que se disponen en filas dorsolaterales a ambos lados del tronco. El agua sale de la faringe por las hendiduras branquiales, pasando por las cámaras y a través de los poros es eliminada al exterior. La circulación es unidireccional.