Exclaustración
La Reforma Protestante supuso la exclaustración allí donde se implantaba, dado que Lutero (él mismo un monje agustino) concluyó que la búsqueda de los méritos en las obras o en una vida ascética, o la intercesión por terceros no tenían ningún valor espiritual. En muchos casos, como por ejemplo en Inglaterra (anglicanismo) por la decisión de Enrique VIII de suprimir conventos y monasterios, trajo como consecuencia protestas populares (Peregrinaje de Gracia).
Vicariato apostólico de Alemania Septentrional
La Reforma protestante en el siglo XVI causó que la Iglesia católica perdiera casi todo el norte de Europa. En 1582 los escasos católicos de Dinamarca, Finlandia, norte de Alemania, Noruega y Suecia fueron puestos bajo la jurisdicción del nuncio apostólico en Colonia. Al ser establecida en 1622 la Congregación para la Propagación de la Fe tomó a su cargo este vasto campo misionero y en su tercera sesión lo dividió entre el nuncio apostólico en Bruselas (para los católicos en Dinamarca y Noruega), el nuncio apostólico en Colonia (la mayoría del norte de Alemania) y el nuncio apostólico en Polonia (Finlandia, Mecklemburgo y Suecia). Al principio había pocas comunidades católicas toleradas en el área reformada, cuatro de ellas fueron llamadas "comunidades privilegiadas": Altona (por el conde Adolf XI de Schauenburg 1598); Friedrichstadt (1624); Glückstadt (1645); Santa Teresa en Nordstrand (1652, bajo la jurisdicción del vicario apostólico en Utrecht, hasta 1920 perteneció a la arquidiócesis católica de Utrecht).