Jutsu (Naruto)
Durante la segunda parte de la serie, se introduce el concepto de , alterando la cualidad del chakra. La manipulación de la naturaleza permite al ninja, después de cierto entrenamiento, transformar su chakra en uno de los cinco elementos: tierra, agua, fuego, viento, y relámpago. Cada elemento es más fuerte y poderoso que el anterior; por ejemplo, el fuego es débil contra el agua, pero puede contrarrestar fácilmente los jutsu basados en el viento. Todo los ninjas tienen una especial atracción por uno de los cinco elementos, lo que les permite usar jutsus de ese tipo con mayor facilidad. Los ninjas con afinidad al fuego, en consecuencia, son capaces de resistir e inhalar el fuego antes que manipular el agua.
Shinobi (Game Gear)
El Maestro sabe que sólo un guerrero entrenado en el arte del Ninjutsu puede plantar cara a esta amenaza. Uno a uno sus mejores pupilos entran en City Neo para localizar y destruir la fuente del mal. Ninja Valle ha perdido el contacto con cada uno de ellos. Todos se cree que son capturados. Corresponde ahora a Joe Musashi, el Shinobi Rojo, para llevar a cabo esta misión penosa. Como el más antiguo y más fuerte de sus discípulos Ninja, Musashi debe utilizar sus habilidades especiales en el arte del Ninjutsu para lograr la libertad de sus compañeros Shinobis. Con su combinación de fuerza, pueden destruir la ciudad del miedo.