Genocidio (Derecho español)
Aunque el criterio final del Tribunal Supremo de condenar a Scilingo por delitos comunes es el mismo que han seguido los tribunales argentinos en casos similares (condenas de Miguel Etchecolatz y Christian Von Wernich), y aunque cabe pensar que constituya un precedente importante en casos futuros, la Sentencia fue enórmemente discutida y polémica. Prueba de ello es que cuatro de los quince magistrados que componían la sala emitieron votos particulares discrepantes; uno de ellos a favor de la condena por genocidio. También la doctrina jurídica se encuentra muy dividida al respecto.
Guerra civil española
Por considerar que dichos actos, por su naturaleza de crímenes contra la humanidad no pueden prescribir ni ser absueltos, el magistrado-juez Baltasar Garzón inició un proceso para investigar los hechos, basándose en el que ya había impulsado infructuosamente contra el exdictador chileno Augusto Pinochet, afirmando que no se buscaba «hacer una revisión en sede judicial de la Guerra Civil». Entre otras consideraciones, argumentó la acusación de genocidio de acuerdo con el derecho español, citando al auto 211/2008 del Juzgado Central de Instrucción número dos (caso SS-Totenkopf o Genocidio nazi), mediante el cual se consideraba delitos de genocidio y lesa humanidad los cometidos contra los españoles recluidos en los campos de concentración nazis con motivaciones políticas o ideológicas. La Audiencia Nacional decidió por mayoría de votos y sin hacer ninguna valoración acerca del carácter delictivo de los hechos denunciados, que el Juzgado Central de Instrucción número cinco dirigido por Garzón carecía de competencia objetiva para investigarlos, al considerar extinguida la posible responsabilidad penal de a causa de su fallecimiento. Los magistrados discrepantes consideraron que el juzgado sí era competente al ser los hechos investigados «delitos de lesa humanidad y genocidio», por constituir una «sistemática y masiva eliminación de adversarios políticos» tras la contienda.