Reinos nubios cristianos
En cuanto a las relaciones entre estos tres reinos cristianos no queda clara, aunque las fronteras probablemente habrían sido bastante fluidas y, además, compartían cultura material, religión, idioma y habían estado unidos bajo el gobierno meroítico. A partir de cierto momento se produjo la unificación de dos de estos reinos, Nobatia y Makuria, que serían conocidos bajo el único nombre de Makuria, pues la capital se fijó en Vieja Dongola. El proceso en sí no se conoce, pero en algún momento entre el 690-710, posiblemente en el 697, el rey Merkurios tendría la corona de ambos reinos, si bien otros autores opinan que Makuria ya tenía jurisdicción sobre toda Nubia a mediados del siglo VII. Independientemente de esto, Nobatia mantuvo un elemento de autogobierno, la figura política del eparca: un gobernador territorial similar a un virrey, aunque sus poderes no terminan de quedar claros.
Blemios
La situación da un vuelco cuando, recuperado Bizancio con Justiniano, este ordena en 537 el cierre de los templos paganos supervivientes, lo que implica el cierre del templo de Isis en Philae. Aunque los blemios reinician sus ataques, la acción paralela de Silko, rey de Axum, expulsa a nobatios y blemios de Nobatia y de los territorios desde Ibrim hasta Shellal, acabando con su dominio en el Dodekaschoinos, lo que le permite erigirse en el primer rey cristiano de Nobatia. La capital blemia, Kalābsha, es también ocupada, y el templo de Mandulis cristinianizado. Cuando en 540 se cierra definitivamente el templo de Isis en Philae, los blemios, refugiados en el desierto, ya no responden.