Lenguas de México
Esta tarea fue emprendida por Manuel Orozco y Berra, intelectual mexicano de la segunda mitad del . Algunas de sus hipótesis clasificatorias fueron retomadas por Morris Swadesh a principios del . Las lenguas de México pertenecen a ocho familias de lenguas (además de algunas lenguas de filiación dudosa y otras lenguas aisladas), de las cuales las tres más importantes tanto en número de hablantes como en número de lenguas son las lenguas uto-aztecas, las lenguas mayenses y las lenguas otomangues. Uno de los grandes problemas que presenta el establecimiento de relaciones genéticas entre las lenguas de México es la falta de documentos escritos antiguos que permitan conocer la evolución de las familias lingüísticas. En muchos casos, la información disponible consiste en unas cuantas palabras registradas antes de la desaparición de un idioma.
Lenguas mixtecas
Dentro de la familia otomangue, las lenguas mixtecas están hermanadas con otros idiomas y forman el grupo mixtecano. Además de la macrolengua mixteca, en él se incluye a las lenguas triquis y al cuicateco. Todas estas lenguas derivan de una protolengua llamada protomixtecano. La organización interna de la familia otomangue es discutida por los especialistas. Kaufman ha propuesto que el grupo mixtecano podría formar parte de un grupo otomangueano oriental con las lenguas zapotecanas, popolocanas y el idioma amuzgo. Por otra parte, algunos autores incluyen el amuzgo. Algunos autores han propuesto además la inclusión de esta última lengua en el grupo mixtecano.