Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Machu Picchu
Se accede a él por una portada de doble jamba, que permanecía cerrada (hay restos de un mecanismo de seguridad). La edificación principal es conocida como "Torreón", de bloques finamente labrados. Fue usado para ceremonias relacionadas con el solsticio de junio. Una de sus ventanas muestra huellas de haber tenido ornamentos incrustados que fueron arrancados en algún momento de la historia de Machu Picchu, destruyendo parte de su estructura. Además, hay huellas de un gran incendio en el lugar. El Torreón está construido sobre una gran roca debajo de la cual hay una pequeña cueva que ha sido forrada completamente con mampostería fina. Se cree que fue un mausoleo y que en sus grandes hornacinas reposaban momias. Lumbreras incluso especula que hay indicios para afirmar que pudo ser el mausoleo de Pachacútec y que su momia estuvo aquí hasta poco después de la irrupción española en Cuzco.