Lenguas bereberes
Las lenguas bereberes son una rama de la familia afroasiática. Tradicionalmente se calificó como una lengua camítica, aunque actualmente se ha abandonado dicha clasificación al comprobarse que las lenguas camíticas no constituyen una división filogenética válida dentro de las lenguas camítico-semíticas. De hecho, la propia noción original de familia camítico-semítica ha sido reclasificada como familia afroasiáticas, introduciendo cambios importantes en los grupos que se consideran parte de la misma.
Lenguas de la bahía Geelvink oriental
Clouse 1997 desclasificó las lenguas del llano Lakes y las lenguas del alto río Mamberamo de entre las lenguas trans-neoguineanas, que habían sido así clasificadas por Wurm y consideró que estaban relacionadas con las lenguas de bahía Cenderawasih. Sin embargo, en su clasificación Malcolm Ross (2005) basada en evidencia comparativa para los pronombres, situó a las lenguas de bahía Cenderawasih y a las lenguas yawanas dentro de la tentativa macrofamilia papú occidental.