Gramática del idioma muisca
La primera es la pronunciación de la z, sobre la que Fray Bernardo de Lugo, en su "Gramática en la lengua general del Nuevo Reino, llamada Mosca", publicada en 1619, dice que debe pronunciarse como la s, conservándola tan solo «por ser necesaria para la escriptura» . Sin embargo, Fray Bernardo de Lugo empleó el signo ʒh para el sonido que posteriormente se ha reservado para la z, que es el equivalente al ts castellano o casi al tch francés.En cuanto a la letra ç, se identifica normalmente como [ts], pero es un alófono de /s/. Se encuentra en algunos préstamos del español, como en igleçia y plaça.
Diferencias entre el español y el portugués
Las dos frases anteriores generalmente se traducirían en portugués como "O Paulo ficou em Paris." Si fuera necesario para distingirlas, la primera frase podría reescribirse como: "O Paulo teve de ficar em Paris." En el pretérito del portugués, algunos verbos irregulares tienen un cambio de la vocal de la raíz para indicar diferencias entre la primera y tercera persona de singular; un ejemplo es las conjugaciones del verbo "fazer" ("fiz" contra "fez"). Estas diferencias entre las vocales existen debido a la metafonía provocada por la última -i de la forma de la primera persona de singular en latín. En la mayoría de los casos en español, la vocal de la raíz fue regularizada en toda la conjugación y la última vocal en la forma de la tercera persona es -o (por ejemplo: "hice" contra "hizo", "pude" contra "pudo"). El único verbo español que mantiene este cambio de la vocal de la raíz es "ser" ("fui" y "fue"). Los verbos portugueses que terminan en "-duzir" son regulares en el pretérito; sin embargo, los verbos españoles que terminan en "-ducir" tienen un cambio de consonante (por ejemplo: en portugués "reduzi", pero en español "reduje"). Un caso similar ocurre con el verbo "andar" (en español "anduviste", pero en portugués "andaste", aunque este último existe en español dialectal.