Andrew S. Tanenbaum
En 1992 participó en Usenet en un encendido debate con Linus Torvalds, el creador de Linux, sobre los méritos de la idea de Linus de utilizar un núcleo monolítico en vez de los diseños basados en un micronúcleo que Tanenbaum creía que serían la base de los sistemas operativos futuros. Dicho debate se originó en el grupo de noticias comp.os.minix cuando Andrew envió un mensaje con el título "LINUX is obsolete" (en español, LINUX está obsoleto).
Controversia por la denominación GNU/Linux
En 1992, la distribución Yggdrasil Linux adoptó el nombre "Linux/GNU/X". El nombre "GNU/Linux" fue usado primero por Debian en 1994. En el boletín de junio de 1994 de GNU, se hace referencia a Linux como un clon de Unix libre (con muchas utilidades y librerías de GNU). En la edición de enero de 1995, el término "GNU/Linux" fue usado en lugar de "Linux". En mayo de 2006, Stallman liberó Emacs 19.31 con el objetivo de cambiar el nombre del sistema ""Linux"" a ""Lignux"", también apoyando las alternativas de "Sistema GNU basado en Linux" o "Sistema GNU/Linux". Stallman luego usó la denominación "GNU/Linux".