Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Universidades de Indias
Universidades de Indias es la denominación historiográfica con la que se designan las universidades fundadas en "las Indias" o "el Nuevo Mundo" durante la colonización española de América. Las más importantes fueron la Universidad de San Marcos de Lima, la Real y Pontificia Universidad de México y la Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino, que fundada por bula papal fue la primera de América (1538), aunque el efectivo funcionamiento de la misma es objeto de controversia. La iniciativa de la fundación partía del Emperador (únicamente en el caso de Carlos V) o del Rey (a partir de Felipe II), además del respaldo del Papa (el Patronato Regio en realidad dejaba en manos de la Corona Española cualquier asunto relacionado con la gestión eclesiástica).