Idioma japonés
Es un hecho comprobado que existen correlaciones sistemáticas entre los fonemas de las lenguas primitivas coreanas y del japonés antiguo. No obstante, aún no está claro si esas correlaciones se deben a un origen común o a préstamos léxicos masivos a lo largo de los siglos, producto del intercambio cultural. Una teoría alternativa adscribe este idioma a la macrofamilia de las lenguas austronesias. Según esta hipótesis, la lengua japonesa conforma el extremo norte de un grupo del que forman parte las lenguas aborígenes de Taiwán, el tagalo y otros idiomas de Filipinas y el malayo-indonesio en todas sus variantes. En general la investigación contemporánea oscila entre ambas hipótesis: reconoce una fuerte influencia continental, posiblemente ligado al coreano, y, al mismo tiempo, considera la posibilidad de la existencia de un sustrato austronésico. Dicho sea de paso, algunos investigadores consideran al coreano como una lengua altaica (si bien la existencia de la categoría de altaico es en sí motivo de controversia).
Idioma japonés
Aunque originario de Asia nororiental, su parentesco filogenético es incierto. Comúnmente se ha clasificado como una lengua aislada, al no haberse podido establecer parentesco con otros idiomas, es decir, un idioma sin relación con ningún otro. Sin embargo, según algunos lingüistas, el japonés estándar moderno no es una lengua aislada sino que es parte de la familia japónica junto a varias lenguas de las islas Ryūkyū (también consideradas dialectos japoneses) todas ellas derivadas del protojapónico. Aunque aparte de sus descendientes modernos no ha podido demostrarse un parentesco filogenético inequívoco entre el protojapónico (o sus descendientes modernos) y ninguna otra lengua de Asia. Sin embargo, aunque no se ha podido establecer firmemente ningún parentesco claro, no faltan las hipótesis que señalan algunas coincidencias con el coreano y con las lenguas altaicas o las lenguas austronesias. Además cabe señalar que el japonés no está relacionado ni filogenéticamente ni tipológicamente con el chino, si bien parte importante del vocabulario del japonés moderno son préstamos y cultismos tomados del chino clásico. Tampoco parece existir ninguna relación con la lengua ainu (con la que comparte rasgos tipológicos, pero no elementos que sugieran origen filogenético común).