Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Control de mosquitos
El control biológico o biocontrol es el uso de enemigos naturales para controlar la población de mosquitos. Hay diversos tipos de control biológico incluyendo la introducción de parásitos, patógenos y depredadores de mosquitos. Algunos agentes de biocontrol efectivos incluyen peces depredadores que se alimentan de larvas como "Gambusia affinis" y otros miembros de la familia Cyprinidae. Las tilapias también se alimentan de larvas. La introducción directa de tilapias y peces mosquito a ecosistemas en todo el mundo ha traído consecuencias desastrosas. Sin embargo, el uso de un sistema controlado mediante acuaponia, provee un control satisfactorio sin efectos adversos al ecosistema.