Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Facultad de Filosofía y Letras (Universidad Nacional Autónoma de México)
El fundamento humanístico-filosófico de la Facultad de Filosofía y letras nace en la época colonial con la Real y Pontificia Universidad de México fundada el 25 de enero de 1553. Dentro de la Universidad, la Facultad de Artes se instauró como centro fundamental para el estudio de las artes y la teología. El 13 de junio de 1553 se matricularon los primeros alumnos en la carrera de filosofía. Las clases dieron inicio el 3 de julio del mismo año, con la oración latina pronunciada por el gran humanista Francisco Cervantes de Salazar. La enseñanza filosófica estuvo basada en la escolástica; los "Doctrinales" de Prisciano; los "Summulae Logicales" de Pedro Hispano; y en los conceptos aristotélicos. Uno de los primeros profesores fue Fray Alonso de la Vera Cruz quien impartió clases sobre teología abordando diversos temas morales, abstractos y mostró un profundo interés por los temas filosóficos, la lógica, la ética y la filosofía social. “Trató temas tan concretos como los problemas de la moralidad de la guerra hecha a los indios, de las encomiendas, de los tributos, de los diezmos, de los matrimonios indígenas; pero también de temas tan abstractos y elevados como los contenidos en sus libros de filosofía, producto de su docencia en colegios agustinos como el de Tiripitío, en Michoacán”. Sus tres obras filosóficas fueron fundamentales para el curso de Artes: "Recognitio Summularum", "Dialectica Resolutio" y "Phisica Speculatio". Dentro de la Universidad, las humanidades propugnaban por el fortalecimiento de las ideas de la fe católica en los naturales y en los hijos de los españoles. La expansión filosófica fue realizada por importantes filósofos españoles entre los que destacan Francisco de Vitoria, Melchor Cano, Domingo de Soto y Francisco Suárez .