Lenguas guanches
El guanche no ha sido clasificado con certeza. Muchos lingüistas proponen que el guanche era probablemente un idioma bereber, o que al menos estaba relacionado con los idiomas bereberes. Sin embargo, las palabras bereberes reconocibles son principalmente vocabulario agrícola o ganadero, mientras que no se han identificado inflexiones gramaticales bereberes y hay una gran cantidad de vocabulario que no se parece en absoluto al bereber. Por ello, es posible que el guanche en realidad solo tuviera el bereber como sustrato y no perteneciera a su familia lingüística.
Lenguas chocó
La clasificación de las lenguas chocó, dentro de la gran variedad de familias americanas, es todavía motivo de discusión. Para Paul Rivet (1944), las lenguas chocó forman parte de la gran familia Caribe, opinión que fue seguida por muchas clasificaciones posteriores. Durbin (1977) y Llerena (1995) consideran que esta hipótesis no ha sido confirmada, pues tiene un fundamento muy fragmentario. Lehmann (1920) pensaba que las lenguas chocó debían agruparse junto con las chibchas, opinión que siguió Joseph Greenberg (1987), quien, considera que las lenguas chocó pertenecen al tronco paezano del macrofilo chibchano-paezano. Loukotka (1939) encontró intrusiones del páez en las lenguas chocó, que son notorias en el wounaan, pero ellas de ninguna manera denotan un origen común, sino son el resultado de préstamos multiplicados por la antigua vecindad.