Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Porfirio Díaz
Durante las fiestas del Centenario de la Independencia de México, Justo Sierra presentó ante el Congreso de la Unión, una iniciativa para crear la Universidad Nacional de México, como dependencia agregada al Ministerio de Instrucción Pública y Bellas Artes. La ley fue promulgada el 26 de mayo, y el primer rector universitario fue Joaquín Eguía Lis, durante los años de 1910 a 1913. Las escuelas de Medicina, Ingeniería y Jurisprudencia habían funcionado separadas durante más de cuarenta años, pero con esta ley se reunían todas, junto con la Escuela Nacional Preparatoria, en la Universidad Nacional de México. Pocos años después de culminar la Independencia, fue suprimida la Real y Pontificia Universidad de México, ya que había sido considerada un símbolo del Virreinato de Nueva España, como una muestra de desprecio ante la cultura española. Años después se intentó restaurar la institución, reversando una retrógrada medida que rezagaría la alta educación en México, pero las guerras civiles y las confrontaciones políticas lo impidieron.