Ç
La ce cedilla se usó antiguamente para un sonido que se cree que era la consonante alveolar africada sorda de, por ejemplo "plaça", semejante y opuesto al de la antigua "z", que se cree que representaba la consonante alveolar africada sonora , por ejemplo en "vezino". A raíz de la última gran transformación fonológica del español, culminada hacia los siglos y , la diferencia entre esos dos fonemas desapareció, con la pérdida de la sonoridad como rasgo relevante en fricativas y africadas, y, por otro lado, en el norte y centro de España el fonema adquirió un sonido [θ], y en el suroeste se fusionó con /s/. Debido a que el número de grafías para los sonidos que quedaban resultaba excesivo ("z", "c", "ç") y a que su uso ya no respondía a diferencias reales, la RAE decidió, en el , simplificar el alfabeto eliminando la "ç".
Ñe'engatú
Con el tiempo, se han utilizado varias convenciones para escribir ñe'engatú basándose en el alfabeto latino y según las reglas portuguesas, utilizando grafías como "nh"; "c"; "ç", "ce", "ci"; "que", "qui"; "h" muda; "n" al final de una sílaba como marca de nasalización; "u" e "i" se usan indistintamente como vocales y semivocales; etc. Así comenzaron a escribirlo los sacerdotes católicos durante la colonización del Amazonas.