Clasificación Decimal Universal
Si bien la CDU es un sistema apropiado para que el usuario que acude a bibliotecas generalistas de libre acceso sea capaz de ubicar fácilmente los documentos que se refieren a una sola temática, tenemos que decir que presenta grandes lagunas en bibliotecas universitarias y especializadas. Sin embargo este tipo de bibliotecas sigue usando la CDU por criterios de normalización y comodidad (la catalogación cooperativa y el préstamo interbibliotecario serían más complicados sin un sistema de clasificación común).
Biblioteca química
Dependiendo del alcance y diseño, las bibliotecas pueden ser clasificadas como diversamente orientadas: similar a un fármaco, similar a un compuesto principal, mimetismo peptídico, similar a productos naturales, etc. Entre las bibliotecas de compuestos son especialmente notables las bibliotecas basadas en fragmentos, usadas principalmente para el descubrimiento de .