Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Machu Picchu
Es el más grande conjunto de la ciudad, a pesar de lo cual tuvo una sola puerta de ingreso, algo que podría sugerir que se tratara del "Acllahuasi" (o ‘casa de mujeres escogidas’) de Machu Picchu, dedicadas al servicio religioso y a la artesanía fina. Incluye una famosa habitación de piedra bien labrada en cuyo piso se encuentran dos afloramientos rocosos tallados en forma de morteros circulares, supuestamente para moler granos. Algunos autores piensan que estos se llenaban con agua y en ellos se reflejaban los astros. El conjunto incluye evidencias de un uso ritual; hay altares e incluso una cancha construida alrededor de una gran roca. Parte de sus ambientes evidencian haber sido residencias de élite.