Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Aleyrodidae
El principal problema radica en que las moscas blancas y los virus que llevan pueden infectar una alta variedad de plantas, incluyendo cultivos y malezas. Esto complica el control, y la capacidad de detectar los nuevos biotipos de mosca blanca y los "Begomovirus" que conllevan. Un diagnóstico apropiado requiere de técnicas de biología molecular que pueda detectar y caracterizar al virus. Un equipo multiciplinario de investigadores, agentes de campo y agricultores se necesita para el estudio y control de la plaga utilizando modelos dinámicos.