Proyecto GNU
Armado con las herramientas de GNU, en 1991 el entonces estudiante universitario finlandés Linus Torvalds empezó a escribir el núcleo Linux inspirado en el sistema operativo Minix creado por el profesor de ciencias de computación estadounidense Andrew Tanenbaum. En sus primeros anuncios públicos, Torvalds le atribuía su acción a la frustración de no poder usar Minix comercialmente, y a la ausencia de núcleos libres tipo Unix como GNU Hurd; o el de BSD, descendiente de Unix que para entonces se encontraba purgando el código privativo original de AT&T y defendiéndose legalmente del mismo. A pesar de sus desacuerdos suscitados a raíz de la publicación de Linux, tanto Torvalds como Tanenbaum pronosticaban que el superior núcleo de GNU eventualmente dejaría obsoletos a Linux y Minix. En 1992 Torvalds decidió cambiar la licencia no comercial de Linux a la GPL. Rápidamente, múltiples programadores se unieron al desarrollo, colaborando a través de Internet y consiguiendo que paulatinamente Linux fuera más serio, potente y compatible con UNIX. Linux fue combinado con el resto del sistema GNU, resultando en un sistema operativo libre y completamente funcional que sigue usándose al día de hoy. La combinación es conocida como "GNU/Linux" o como una "distribución Linux" y existen diversas variantes.
Historia del software libre y de código abierto
Entre las distribuciones Linux, Debian GNU/Linux, iniciado por Ian Murdock en 1993, es notorio por estar comprometido explícitamente con los principios de GNU y la FSF del software libre. Los principios de los desarrolladores de Debian están expresados en el Contrato Social de Debian. Desde su inicio, el proyecto Debian ha estado íntimamente ligado con la FSF, y de hecho fue patrocinado por la FSF durante un año, de 1994 a 1995. En 1997, el antiguo líder del proyecto Debian, Bruce Perens ayudó también a fundar "Software in the Public Interest", una fundación y organización de soporte sin ánimo de lucro para varios proyectos de software libre. Sin embargo Debian ya no se considera software libre por la FSF y el proyecto GNU ya que el núcleo Linux incluido con Debian contiene partes privativas además de ofrecer repositorios con software no libre.