Río Congo
El Congo es, sin duda, uno de los ríos más regulares de África y el mundo, abundante y bien alimentado durante todo el año. El caudal medio mensual en agosto (el mínimo de estiaje) llega a , más de la mitad de la media del mes de diciembre, en que el caudal promedio es mayor, lo que es notable. En el período de observación de 81 años, el caudal mínimo mensual fue de y el máximo mensual fue de . Las razones que provocan la gran regularidad del caudal de río se encuentran en el hecho de que el río Congo corre tanto en el hemisferio norte como en el sur, lo que significa que una parte del río junto a su red de afluentes siempre se encuentra en la zona de lluvias. La crecida por las lluvias de un lado del ecuador siempre se compensa por la sequía que provoca la estación seca al otro lado. Debido a su anchura, peligrosidad y profundidad, el río Congo siempre ha sido una fuente de mitos y leyendas. Una de las principales es la de supuestos animales que viven en su ribera, como el Mokèlé-mbèmbé o el Emela-ntouka.
Río Dja
En el tramo final de la reserva, el río también es durante un corto tramo la frontera entre las regiones del Este y del Sur, en la que no entra. Vira hacia el sureste y tras un corto tramo llega a la frontera con la República del Congo. Durante toda la parte final de su curso, en dirección este-sureste, el río formará la frontera natural entre Camerún y el Congo (en concreto, con la región de Sangha).