Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Santuario histórico de Machu Picchu
Los científicos han registrado en su interior hasta diez zonas de vida y dos ecorregiones bien diferenciadas, siendo las más relevantes desde el punto de vista ecológico los pajonales altoandinos, los bosques enanos de altura y la selva alta o yungas, representada por los bosques de neblina y la ceja de montaña. Esta enorme variedad de pisos ecológicos o hábitat permite, a su vez, la existencia de una asombrosa variedad de especies de flora y fauna silvestre, adaptadas a la perfección a las condiciones específicas de su entorno.