Ontario
La cuenca de los Grandes Lagos drena la mayor parte de las aguas de la mitad sur de la provincia a lo largo de la frontera sur, lo que representa un caudal anual medio de 5700 m³/s de agua hacia el río Niágara.
Lago Ontario
Otras características geográficas notables incluyen la bahía Burlington, con el puerto Hamilton, la bahía de Quinte, las islas Toronto y las Mil Islas. La bahía de Quinte separa la mayor parte del condado de Príncipe Eduardo de la costa norte, excepto por un estrecho de 3 km de tierra que se conecta con el continente. La isla más grande del lago es la isla Wolfer, localizada cerca de Kingston, a la entrada del río San Lorenzo. Durante el verano se puede llega a ella mediante los servicios de transbordadores tanto desde Estados Unidos como desde Canadá.