Primera Orden de San Francisco
A partir de 1210 san Francisco de Asís tuvo su residencia habitual en la iglesia de Porciúncula, en Asís, Italia. Santa Clara, una joven muchacha noble de Asís, y su amiga Pacífica se hicieron seguidora de san Francisco en 1212. Posteriormente, otras mujeres siguieron su ejemplo. La Segunda Orden de San Francisco fue fundada para las religiosas. El obispo Guido de Cortona les entregó a estas monjas la iglesia de San Damián en Asís.
Basílica de San Francisco de Asís
El 25 de mayo de 1230 se habían transferido los restos mortales de Francisco desde la iglesia de San Jorge (futura iglesia de Santa Clara) a la basílica construida en su honor. Enterrado bajo el altar mayor en un lugar inaccesible, durante siglos se perdió la memoria del punto exacto donde se encontraba su cuerpo. Tras el descubrimiento, con autorización de Pío VII, de la tumba del santo en diciembre de 1818, se excavó la cripta, que fue realizada en estilo neoclásico bajo la dirección del arquitecto romano Pascual Belli. El estilo contrastaba demasiado con el resto de la basílica, por lo que entre 1925 y 1932 la cripta fue radicalmente modificada mediante un proyecto del arquitecto Hugo Tarchi según el estilo neorrománico.