Arrecife periférico
Los arrecifes de mantenimiento crecen al mismo ritmo que sube el nivel del mar. Los arrecifes de recuperación inicialmente crecen más lentamente que el nivel del mar, pero finalmente se recuperan cuando el aumento del nivel del mar disminuye o se detiene. Los arrecifes abandonados no pueden crecer lo suficientemente rápido y se "ahogan". Hay seis formas principales diferentes en las que los arrecifes marginales crecen y se desarrollan.Al igual que con otros tipos de arrecifes, existen muchas razones para la destrucción de los arrecifes marginales. Las prácticas de pesca destructivas, como la pesca con cianuro, la pesca con explosivos, la pesca de arrastre de fondo y el muro-ami (golpear el arrecife con palos), pueden tener efectos perjudiciales. La pesca de arrastre es una de las mayores amenazas para los arrecifes de coral de agua fría. La sobrepesca afecta el equilibrio ecológico de las comunidades de los arrecifes de coral, perturbando la cadena alimentaria y provocando efectos mucho más allá de la población directamente sobrepescada. El turismo, como la navegación descuidada, el buceo, el esnórquel y la pesca, con personas tocando los arrecifes, removiendo sedimentos, recolectando corales y echando anclas en los arrecifes, puede destruir los arrecifes. Algunos centros turísticos e infraestructura se han construido directamente sobre los arrecifes, y algunos centros turísticos vacían sus aguas residuales u otros desechos directamente en el agua que rodea los arrecifes de coral.
Contaminación marina
Una de las soluciones propuestas contra la eutrofización en los estuarios es la restauración de las poblaciones de moluscos bivalvos, como las ostras. Los arrecifes de ostras eliminan el nitrógeno de la columna de agua y filtran los sólidos en suspensión, lo que reduce la probabilidad o el alcance de las proliferaciones de algas nocivas o de las condiciones anóxicas. Se considera que la alimentación por filtración de las ostras y otros bivalvos beneficia la calidad del agua puesto que contribuye en controlar la densidad del fitoplancton y almacenar los nutrientes, que pueden eliminarse del sistema a través de la recolección de los moluscos bivalvos, o al enterrarse en los sedimentos o perderse por desnitrificación. El trabajo fundacional hacia la idea de mejorar la calidad del agua marina a través del cultivo de moluscos bivalvos fue realizado por Odd Lindahl et al. en Suecia, utilizando mejillones.