Primera Orden de San Francisco
A partir de 1210 san Francisco de Asís tuvo su residencia habitual en la iglesia de Porciúncula, en Asís, Italia. Santa Clara, una joven muchacha noble de Asís, y su amiga Pacífica se hicieron seguidora de san Francisco en 1212. Posteriormente, otras mujeres siguieron su ejemplo. La Segunda Orden de San Francisco fue fundada para las religiosas. El obispo Guido de Cortona les entregó a estas monjas la iglesia de San Damián en Asís.
Convento de Santa Inés de Bohemia
Una de las partes más viejas del convento era el espacio sacral principal – la iglesia se San Francisco, que todavía no tenía el presbiterio en primera etapa. Simultáneamente con la iglesia fue construida la parte oriental del convento que era al norte de la iglesia de San Francisco. La construcción era relativamente rápida – ya en el año 1234 el convento era consagrado. En el año 1233 llegaron cinco monjas de Tridento, al parecer del convento de Santa Clara, y después se afiliaron otras siete chicas nobles del Reino Checo. El convento de Clarisas y la iglesia de San Francisco se abrieron en el día, cuando Santa Inés de Bohemia entró a la orden, el 25 de marzo de 1234. En los años 1234 – 1238 hay documentada correspondencia entre Santa Inés y Santa Clara y Papa Gregorio IX. En el año 1237 el Papa concedió muchos privilegios importante al convento.