Proyecto GNU
Armado con las herramientas de GNU, en 1991 el entonces estudiante universitario finlandés Linus Torvalds empezó a escribir el núcleo Linux inspirado en el sistema operativo Minix creado por el profesor de ciencias de computación estadounidense Andrew Tanenbaum. En sus primeros anuncios públicos, Torvalds le atribuía su acción a la frustración de no poder usar Minix comercialmente, y a la ausencia de núcleos libres tipo Unix como GNU Hurd; o el de BSD, descendiente de Unix que para entonces se encontraba purgando el código privativo original de AT&T y defendiéndose legalmente del mismo. A pesar de sus desacuerdos suscitados a raíz de la publicación de Linux, tanto Torvalds como Tanenbaum pronosticaban que el superior núcleo de GNU eventualmente dejaría obsoletos a Linux y Minix. En 1992 Torvalds decidió cambiar la licencia no comercial de Linux a la GPL. Rápidamente, múltiples programadores se unieron al desarrollo, colaborando a través de Internet y consiguiendo que paulatinamente Linux fuera más serio, potente y compatible con UNIX. Linux fue combinado con el resto del sistema GNU, resultando en un sistema operativo libre y completamente funcional que sigue usándose al día de hoy. La combinación es conocida como "GNU/Linux" o como una "distribución Linux" y existen diversas variantes.
Subconjunto de kernel de Linux integrable (ELKS)
El desarrollo de "Linux-8086" empezó en 1995 por los desarrolladores de Linux kernel Alan Cox y Chad Page como un fork del Linux estándar. A los inicios de 1996 el proyecto se rebautizó como "ELKS" (Embeddable Linux Kernel Subset), y en 1997 fue creada la primera página web "www.elks.ecs.soton.ac.uk/" (off-line). La versión 0.0.63 de ELKS vino poco después (el 8 de agosto de ese mismo año). En el 22 de junio de 1999 salió al público ELKS 0.0.77, la primera versión capaz de correr una interfaz de usuario gráfica (el Nano-X Window System). El 21 de julio, ELKS consiguió iniciarse en una "Psion PDA" con una arquitectura SIBO. ELKS 0.0.82 salió el 10 de enero del 2000. Al incluir el puerto SIBO, se convirtió en la primera versión oficial que podía ejecutarse en otro hardware de ordenador a parte de la base original 8086. El 3 de marzo de ese año, el proyecto se registró en , siendo la nueva página web "elks.sourceforge.net" .