Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Real y Pontificia Universidad de México
Tradicionalmente, se consideran a la Universidad Nacional Autónoma de México y la Universidad Pontificia de México como sus herederas institucionales. Sin embargo, se ha planteado un debate acerca de la continuidad de la universidad virreinal con la UNAM. Esta idea se originó con motivo de los festejos del IV Centenario de la Universidad de México en 1951 que diferían con las intenciones de Justo Sierra, quien buscaba crear una nueva universidad en 1910, diferente a la virreinal (incluso antítesis de ella); aunque es común ver en eventos formales engalanarse con pendones con el actual escudo universitario flanqueado, entre otros, con el de la "Real Universidad de México".