Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Intihuatana
De las intihuatanas que se han conservado, las más destacadas se hallan en los sitios arqueológicos de Písac y Machu Picchu. En este último lugar, el monolito forma parte del grupo intihuatana junto con cuatro terrazas y dos recintos del tipo "huayrana", dentro del sector sagrado construido sobre un montículo natural dándole un aspecto de tronco piramidal y en cuya cima se encuentra la intihuatana de Machu Picchu. El 8 de septiembre del 2000, al grabarse un comercial publicitario de cerveza Cusqueña, una grúa utilizada cayó sobre la intihuatana de Machu Picchu, rompiendo cerca de 8 cm de la punta. El caso llevó a una demanda por parte del INC y la solicitud de la respectiva indemnización, en el 2005.