Reformismo borbónico
El tercer pilar de la ""nueva planta académica"" fue la Real Academia de la Historia, nacida oficialmente en 1738 y cuyos miembros recibieron también el privilegio de «criados de la casa real». Su origen, como el de la Real Academia Española, fue una tertulia privada surgida hacia 1735 que se reunía en casa del abogado Julián de Hermosilla, en la que no se trataban únicamente cuestiones de historia, por lo que inicialmente se llamó Academia Universal, pero que pronto se orientó exclusivamente a la historia y geografía de España. Una parte de sus miembros pretendía depurar "la historia de España de invenciones basadas en leyendas y cronicones falsos", aunque este trabajo crítico debía ser compatible con la historia sagrada. El primer apoyo oficial, concretamente del confesor del rey, lo recibió al año siguiente cuando la academia se reunió en la Real Biblioteca. Sin embargo, las primeras actividades historiográficas de la Academia fueron poco afortunadas, como la publicación de la "España Primitiva" de Francisco Xavier de la Huerta y Vega que estaba basada en un falso cronicón del siglo XVII, lo que fue denunciado por el bibliotecario real el ilustrado valenciano Gregorio Mayáns que recibió presiones de las Academias de la Historia y de la Lengua para que cambiara su criterio, pero a pesar de ello la obra finalmente se publicó.
Real Academia de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales
A lo largo de sus casi dos siglos de existencia, la Academia de Madrid solo pudo cumplir parcialmente con los objetivos fijados por Herrera en sus inicios. Salvo los dos años en que estuvo orientada a la ingeniería militar, su alcance educativo se limitó casi exclusivamente a la cosmografía y la náutica. Esto se debió a los insuficientes fondos destinados por la Corona, y a que esta estaba especialmente interesada, por su utilidad práctica, en esas dos disciplinas. Otro grave problema fue la continua escasez de medios materiales y personales. Tampoco se logró la institucionalización de los estudios, que era otra de las metas pretendidas por Herrera, ya que no se expedía ningún certificado o titulación oficial a los alumnos, con vistas a promover profesionales con una formación científico-técnica legalmente comprobable.