Misa del Papa Marcelo
Las sesiones tercera y de clausura del Concilio de Trento sucedieron en 1562–63, en las cuales se discutió el uso de la música polifónica en la Iglesia católica. El interés residía en dos cuestiones: primero, el uso de música inaceptable, como las canciones seculares proporcionadas con letras religiosas (contrafacta) o las misas basadas en canciones con letras sobre beber y galanteos; y segundo, si la imitación en música polifónica obscurecía las palabras de la misa, interfiriendo con la devoción del oyente. Se debatió si la polifonía tendría que ser prohibida en el culto, y algunos de las publicaciones auxiliares por asistentes del concilio advierten contra estos problemas. Aun así, ninguno de las proclamaciones oficiales del Concilio menciona la música polifónica, exceptuando un mandato contra el uso de música que era, en las palabras del Concilio, "lasciva o impura".
Codex Calixtinus
En 1924, el musicólogo Friedrich Ludwig realizó las primeras transcripciones de obras polifónicas del Calixtinus, transcribiendo varios "organa" en varios sistemas rítmicos. En 1931, Peter Wagner, profesor de la Universidad de Friburgo en Suiza, realiza la primera transcripción completa de todas las obras musicales del Calixtinus y en 1944, por encargo del Instituto de Estudios Gallegos, el monje benedictino del Monasterio de Silos, Germán Prado, realiza otra transcripción completa acompañándola de un facsímil con los folios del manuscrito que contienen música. Ambas transcripciones, la de Wagner y la de Prado se realizan siguiendo el sistema gregoriano de Solesmes, transcribiendo en notación cuadrada los neumas originales del códice, sin plantearse problemas rítmicos o interpretativos.