Clara de Asís
Clara e Inés pronto abandonaron el beaterio de San Ángel. Así Francisco habló con los camaldulenses del monte Subasio, que antes habían donado a la nueva Orden la Porciúncula, los cuales le ofrecieron cederles la iglesia de San Damián y la casa anexa, que serían desde ese momento la casa de Clara durante 41 años hasta su muerte.
Primera Orden de San Francisco
Posteriormente se unieron otros hermanos. Se llamaron Varones Penitentes de Asís. En 1209 viajó a Roma con varios hermanos de la orden. Primero se entrevistó con el obispo Guido de Asís, que también se encontraba en Roma y que era defensor de su obra, y luego con el cardenal Juan de San Pablo. El cardenal Juan le recomendó que se dedicase solamente a vivir de forma monástica o eremítica, pero Francisco le pidió que intercediese por la causa de su orden ante el papa. Francisco se reunió con Inocencio III, que aprobó de forma no escrita las reglas de su orden. Hacia 1210 Francisco le puso el nombre de Orden de Frailes Menores.