Idioma numidio
Las inscripciones líbico-bereberes están atestiguadas desde el siglo III a. C. hasta el siglo III d. C. El idioma está apenas atestiguado y sólo puede identificarse con seguridad como perteneciente a la familia afroasiática. Como los masilios, que hablaban el idioma, eran étnicamente bereberes, se supone que el numidiano era, por tanto, una lengua bereber. La rama bereber del afroasiático a veces se llama "líbico-bereber," ya que no es seguro si el numidio entraría dentro de las lenguas bereberes modernas o formaría una rama hermana de ellas. De hecho, se supone ampliamente que constituye un grupo propio, ya que no hay rastro de sistema de casos de sustantivos compartido por las lenguas bereberes modernas. Sin embargo, se teoriza que el idioma proto-Berber tampoco tenía caso gramatical.
Lenguas de la bahía Geelvink oriental
Clouse 1997 desclasificó las lenguas del llano Lakes y las lenguas del alto río Mamberamo de entre las lenguas trans-neoguineanas, que habían sido así clasificadas por Wurm y consideró que estaban relacionadas con las lenguas de bahía Cenderawasih. Sin embargo, en su clasificación Malcolm Ross (2005) basada en evidencia comparativa para los pronombres, situó a las lenguas de bahía Cenderawasih y a las lenguas yawanas dentro de la tentativa macrofamilia papú occidental.