Asfixia por gas inerte
La asfixia por nitrógeno accidental es un posible peligro donde se usan grandes cantidades de nitrógeno. El nitrógeno causa varias muertes al año en los Estados Unidos, y se afirma que causa más muertes que cualquier otro gas industrial. En un accidente en 1981, poco antes del lanzamiento de la primera misión de Transbordador espacial, cinco técnicos perdieron el conocimiento y dos de ellos murieron luego de entrar al compartimiento de popa del Orbiter. Se había utilizado nitrógeno para eliminar el oxígeno del compartimento para evitar un incendio. No llevaban bolsas de aire debido a un cambio de último minuto en los procedimientos de seguridad.
Contaminación agrícola
El uso excesivo de fertilizantes que contienen nitrógeno (ya sean sintéticos o naturales) es particularmente dañino, ya que gran parte del nitrógeno que las plantas no absorben se transforma en nitrato, que se lixivia fácilmente. Niveles de nitrato superiores a 10 mg/L (10 ppm) en el agua subterránea puede causar el "síndrome del bebé azul" (metahemoglobinemia adquirida).