Clemente VIII (antipapa)
La elección papal así prevista fue ejecutada solo por los tres cardenales leales a Benedicto XIII, puesto que Carrier, ausente en Francia, calificó la elección de simoniaca, pero Muñoz aceptó la designación y tomó el nombre de Clemente VIII. Dos años después, Carrier eligió él solo como papa al sacristán de Rodez Bernard Garnier Benedicto XIV.
Clemente IX
El 29 de marzo de 1644 fue consagrado obispo titular de Tarso en la capilla de Pío V de la Patriarcal Basílica Vaticana. Inmediatamente después fue designado nuncio en España, cargo en el que permaneció nueve años. De regreso a Roma en 1653, llevó una vida retirada, interrumpida solo por el nombramiento de gobernador de la ciudad por parte del Sacro Colegio Cardenalicio durante la "sede vacante" de 1655. Este año el nuevo papa Alejandro VII le nombró Secretario de Estado, cargo que ostentó durante doce años, hasta que él mismo fuera elegido papa,