Jerusalem (virus informático)
Pese a haber sido descubierto a finales de 1987 y haberse logrado su desactivación gracias a los primeros antivirus o vacunas, en el caso de Jerusalén la vacuna fue realizada por la propia Universidad Hebrea, la rapidez con la que el virus se auto-reproducía, la incredulidad de los usuarios y el desconocimiento sobre protección ante virus, hizo que este se extendiera por todo el mundo a una velocidad vertiginosa causando pérdidas de datos en numerosas empresas y particulares, afectando notablemente en los Estados Unidos, Europa y el cercano Oriente. La ciudad de Jerusalén optó por la destrucción de todos los archivos guardados en las máquinas infectadas.
Agente Smith
Esta vez Smith se ha desconectado del sistema y ya no es un agente de Matrix, ahora, en busca de un nuevo propósito, se ha convertido en un virus informático, capaz de multiplicarse infectando a cualquier programa o persona conectada a Matrix y convertirlo en una copia de sí mismo, trayendo como consecuencia que existan múltiples réplicas de su mismo programa.