Deforestación en Brasil
Es el segundo bioma más depredado de Brasil, después de a Mata Atlántica, desapareciendo principalmente por el uso agrícola de la tierra, siendo conocido desde la década de 1970 como la "nueva frontera agrícola" de Brasil, con grandes plantaciones de soja y caña de azúcar, principalmente. Sin embargo, son tierras relativamente pobres que exigen altas inversiones y tecnología para dar lproducción. La búsqueda de madera, la pecuaria y la urbanización también son factores importantes. Solamente el 7,44% de su área está protegida. De esta pequeña área, solamente el 2,91% es de protección integral. Su desaparición está prevista para dentro de sólo veinte años si el ritmo de deforestación continua inalterado. Su pérdida traerá importantes consecuencias para la biodiversidad, y costes sociales.
Deforestación en Brasil
Hasta 2008 habían sido deforestada  el 15,18% del Pantanal. Entre 2002 y 2008 la tasa de deforestación fue de 713 km² al año. Se nota, sin embargo, una tendencia de reducción de este ritmo, como fue anunciado en 2012. Aunque sea el bioma mejor preservado en general, está en gran peligro, pues las mayores nacientes que suministran todo el vasto sistema hidrológico de la región están en la zona más impactada, las tierras altas, que acusan una deforestación regional de casi el 60%.