Manejo de plagas
El control químico es uno de los más usados, consiste en el uso de sustancias tóxicas para la plaga, como pueden ser los producto fitosanitarios, teniendo la finalidad de mermar o acabar por completo con la plaga. Desde que el hombre empezó a cultivar los campos, se utilizaban productos como el azufre y betún para acabar con las plagas.El control biológico de plagas es más novedoso y consiste en la introducción de otra especie ajena al ecosistema que sea un depredador natural a la plaga. Los depredadores naturales mantienen un equilibrio en el ecosistema, impidiendo que la plaga prolifere o se extienda más, reduciendo con el tiempo el número de sus miembros para que no llegue a ser una infestación.
Control de mosquitos
El control biológico o biocontrol es el uso de enemigos naturales para controlar la población de mosquitos. Hay diversos tipos de control biológico incluyendo la introducción de parásitos, patógenos y depredadores de mosquitos. Algunos agentes de biocontrol efectivos incluyen peces depredadores que se alimentan de larvas como "Gambusia affinis" y otros miembros de la familia Cyprinidae. Las tilapias también se alimentan de larvas. La introducción directa de tilapias y peces mosquito a ecosistemas en todo el mundo ha traído consecuencias desastrosas. Sin embargo, el uso de un sistema controlado mediante acuaponia, provee un control satisfactorio sin efectos adversos al ecosistema.