Estado Federal de Santa Cruz (Bolivia)
El 10 de abril de 1899, el Gral. José Manuel Pando logra la victoria en Guerra Federal, sin embargo en la Convención Nacional de Oruro, solo se decide el traslado de la sede de gobierno de Sucre a La Paz, y el tema del federalismo así como de la proclamación de La Paz como capital de Bolivia se deja de lado, para una futura convención, la cual no se lleva a cabo por el asesinato de Pando.
Batalla de La Ciudadela
Por esa época una comisión de salteños y jujeños llegaba a La Paz para solicitarle a Andrés de Santa Cruz su anexión a Bolivia, país mucho más estable en ese entonces que la confederación. Quiroga tuvo que mover los hilos de la diplomacia y sus influencias para impedir un conflicto en que el presidente boliviano intentara expandir sus fronteras sobre Salta y Tucumán, como venía planeándolo desde antes de La Ciudadela. Santa Cruz había declarado estar dispuesto a proteger una provincia «soberana e independiente», lo que hubiera sido la excusa para intervenir e invadir el territorio, sin embargo, la guerra que estalló en el Perú le obligó a cambiar de prioridades. Pero los conflictos entre ambas repúblicas no pararon durante la década.