Gramática del idioma muisca
La primera es la pronunciación de la z, sobre la que Fray Bernardo de Lugo, en su "Gramática en la lengua general del Nuevo Reino, llamada Mosca", publicada en 1619, dice que debe pronunciarse como la s, conservándola tan solo «por ser necesaria para la escriptura» . Sin embargo, Fray Bernardo de Lugo empleó el signo ʒh para el sonido que posteriormente se ha reservado para la z, que es el equivalente al ts castellano o casi al tch francés.En cuanto a la letra ç, se identifica normalmente como [ts], pero es un alófono de /s/. Se encuentra en algunos préstamos del español, como en igleçia y plaça.
Diferencias entre el español y el portugués
No hay vocal final (-e) en portugués en la conjugación de las formas de la tercera persona de singular en el presente que tienen una  o una  debido a las reglas fonológicas ("faz", "diz", y "quer"). En español, la vocal final (-e) está presente ("hace", "dice", y "quiere"); además la analogía ocurre en el pretérito ("fiz" contra "hice"). En sustantivos que usan esta regla (por ejemplo "paz", "amor", y "luz"), no hay una vocal final en la forma singular en ambos idiomas.