Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Jalisco
También es sede de la que es la primera universidad privada de México, la Universidad Autónoma de Guadalajara, por sus siglas U.A.G. La sede principal de la Universidad Autónoma de Guadalajara es Ciudad Universitaria, ubicada en el municipio de Zapopan; en dicho lugar se encuentra la rectoría y la mayoría de las carreras que se imparten. Cuentan también con el Instituto de Ciencias Biológicas, UAG campus Santa Anita (Tlaquepaque), UAG Campus Tepic, UAG Campus Tabasco, Instituto Autónomo de Educación de Tecomán (IAETAC), el sistema de educación básica y media José Vasconcelos en Baja California, y la primaria Antonio Caso más Santa Anita.