Feromona sexual
Las feromonas sexuales han sido aplicadas para el monitoreo y control de plagas. Para monitoreo, se utilizan trampas de feromonas para atraer y tomar una muestra de insectos plaga y determinar si es preciso tomar medidas de control. Para control, cantidades mucho mayores de una feromona sexual son liberadas para interrumpir el apareamiento de una especie plaga. Ello puede consistir en liberar una cantidad de feromona tal que se impida que los machos encuentren a las hembras, eficazmente ocultando sus señales, o se puede usar para concentrar, atraer, atrapar y destruir plagas. Por ejemplo, para intentar controlar la polilla de los brotes de "Picea" ("Zeiraphera canadensis") se ha utilizado la feromona E-9-tetradecenyl-acetato, un químico que es similar a la feromona usada por las polillas hembras durante el apareamiento para atraer a los machos.
Control de mosquitos
El control biológico o biocontrol es el uso de enemigos naturales para controlar la población de mosquitos. Hay diversos tipos de control biológico incluyendo la introducción de parásitos, patógenos y depredadores de mosquitos. Algunos agentes de biocontrol efectivos incluyen peces depredadores que se alimentan de larvas como "Gambusia affinis" y otros miembros de la familia Cyprinidae. Las tilapias también se alimentan de larvas. La introducción directa de tilapias y peces mosquito a ecosistemas en todo el mundo ha traído consecuencias desastrosas. Sin embargo, el uso de un sistema controlado mediante acuaponia, provee un control satisfactorio sin efectos adversos al ecosistema.