Thomas J. Whitmore
Nimziki informó Whitmore, que el Gobierno había conocido acerca de los extraterrestres desde 1947 y contenía una nave extraterrestre y sus ocupantes fallecidos en Área 51, pero el Presidente se mantuvo deliberadamente ignorante de este descubrimiento. Whitmore tenía fuerza aérea una tierra en el Área 51, donde conoce a Dr. Brackish Okun, director científico del Área 51. Después de aprender lo que el Dr. Okun sabía acerca de los extraterrestres, Whitmore asignado David Levinson para ayudar a personal de investigación del Área 51 para idear una manera para derrotar a los invasores.
Destroy All Humans!
Después de algunas misiones en Rockwell y en el suburbio californiano de Santa Modesta, Crypto y Orthopox descubren la existencia de The Majestic y bloquean los intentos del gobierno para detenerlos realizando actos como capturar a sus agentes y científicos , destruir sus armas, causar daños en las distintas ciudades, destruir parte del Área 42 (una referencia al Área 51), luego de descubrir la disección de Cryptosporidium-136, con una bomba atómica con la que se experimentaba y matando al general Armquist. Luego, por accidente, la nave de Crypto se estrella en Union Town por lo que al recuperarla arruina la operación del Majestic. A lo largo del juego, los actos de Crypto son cubiertos por el gobierno y los medios, que los atribuyen a extraños accidentes o al comunismo. También se oye del misterioso jefe del Majestic, Silhouette.