Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Jalisco
También es sede de la que es la primera universidad privada de México, la Universidad Autónoma de Guadalajara, por sus siglas U.A.G. La sede principal de la Universidad Autónoma de Guadalajara es Ciudad Universitaria, ubicada en el municipio de Zapopan; en dicho lugar se encuentra la rectoría y la mayoría de las carreras que se imparten. Cuentan también con el Instituto de Ciencias Biológicas, UAG campus Santa Anita (Tlaquepaque), UAG Campus Tepic, UAG Campus Tabasco, Instituto Autónomo de Educación de Tecomán (IAETAC), el sistema de educación básica y media José Vasconcelos en Baja California, y la primaria Antonio Caso más Santa Anita.