Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Universidad Pontificia de México
En 1967, la Sagrada Congregación para la Educación Católica pide como paso previo la creación de un Instituto Superior de Estudios Eclesiásticos. El 30 de noviembre de 1967 se crea dicho instituto. En los años de 1971-1972 se forma una Comisión en el seno de la Conferencia del Episcopado Mexicano (CEM) con la finalidad de promover la creación de una Facultad Teológica. Dicha Comisión, presidida por Monseñor Rosendo Huesca y Pacheco, entonces obispo auxiliar de Puebla, recaba amplia información sobre la necesidad de la Universidad Pontificia de México y los renglones que debería cubrir. En esta ocasión se entrevistó al respecto a los obispos de toda la República Mexicana, a los Superiores de Seminarios Mayores y Casas de Formación Religiosa, a Universidades Católicas Latinoamericanas y Mexicanas, a la Delegación Apostólica y a laicos.