Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Matemáticas en la Nueva España
En 1551 fue fundada una institución educativa significativa del periodo: la Real y Pontificia Universidad de México. Sus actividades educativas iniciaron 2 años después. Se organizó en cinco facultades: Teología, Leyes, Cánones, Arte y Medicina con más de veinte cátedras, entre ellas, y la de Matemáticas. Al igual que la Universidad de Salamanca, de la cual estuvo fuertemente influenciada, la Universidad de México otorgaba los tres grados clásicos: Bachiller, Licenciado y Doctor. Asimismo, siguió sus planes de estudio por lo que es probable que usara los mismos libros. Algunos autores de estos textos fueron Euclides, Teodosio de Bitinia y Cristóbal Clavio, los dos primeros autores clásicos y el último jesuita del siglo XVI. En 1556, Juan Díez Freyle escribió el primer libro de Matemáticas publicado en América. Lo llamó "Sumario Compendioso de las cuentas en plata y oro que en los reinos del Perú son necesarias a los mercaderes y a todo género de tratantes. Con algunas reglas tocantes a la Aritmética". En él se trató distintos problemas aritméticos. Por ejemplo, el cálculo de porcentajes, operaciones con fracciones, determinación de la ley de la plata y del oro, la aplicación de la regla de tres y la conversión de monedas. También incluyó información pertinente para comerciantes y mineros, que debían calcular el quinto real y el diezmo de sus ganancias, para entregarlo a las autoridades civiles y religiosas. Además, lo dotó de una sección de álgebra donde se planteó y resolvió problemas que expresó mediante ecuaciones de segundo grado. Un año después, en 1558, se publicó el primer documento científico de Física de toda América.