Respiración
Las plantas realizan exactamente la misma respiración aeróbica descrita anteriormente. Durante la noche, la fotosíntesis queda en suspenso por carencia de luz. Aun así la respiración en las plantas se produce en todo momento para obtener la energía necesaria para llevar a cabo el catabolismo, del mismo modo que lo hacen el resto de eucariontes: Mediante la oxidación de glúcidos por parte de enzimas que conduce a la liberación de dióxido de carbono al medio ambiente. Aun así, la cantidad de dióxido de carbono que los autótrofos desprenden es menor que la cantidad que absorben para realizar la fotosíntesis, y el oxígeno que necesitan también es menor que el que llegan a desprender. La emisión limpia de dióxido de carbono es relativamente muy pequeña en comparación con la producción de oxígeno.
Centro de reacción fotosintético
El centro de reacción fotosintético de un fotosistema es la parte en la cual se produce la reacción de separación de carga de una clorofila excitada. Las otras partes del fotosistema participan al captar la energía luminosa sin que las clorofilas que están presentes realicen la separación de carga. La clorofila del centro de reacción es específica y se desexcita de la energía que recibe liberando un electrón, es decir oxidándose.