Club Atlético Boca Juniors (baloncesto)
Desde su vuelta a la LNB en 2015, el principal rival de Boca es San Lorenzo, equipo con el que supo tener grandes enfrentamientos en la era amateur, donde ambos solían ser protagonistas. Son los únicos dos equipos de los denominados "cinco grandes del fútbol argentino" que compiten en la máxima categoría del deporte y son de los clubes más ganadores del Básquet, además de haberse enfrentado en numerosos encuentros decisivos.
Club Atlético San Lorenzo de Almagro (futsal femenino)
Las rivalidades del Futsal de San Lorenzo son las heredadas del fútbol de campo masculino. El clásico rival del Ciclón es Huracán, con quien disputa el "Clásico Porteño". El Ciclón y el Globo tuvieron varios encuentros decisivos en la disciplina, el más destacado fue la final de la Copa Argentina 2018 donde "las santitas" triunfaron y se quedaron con el torneo.