Intihuatana de Machu Picchu
La intihuatana de Machu Picchu fue tallada directamente en la roca madre del área de la cumbre de la montaña. Se caracteriza por superficies complejas, planos y ángulos cuyo propósito es desconocido. Las descripciones incompletas de su propósito narradas en las crónicas incas solo suman misterio a su existencia. Las explicaciones arqueológicas que no son convencionales afirman que el Pachacútec no ordenó la construcción de la intihuatana de Machu Picchu, sino que la encontró, junto con otras estructuras preexistentes. Esto implica una consideración problemática, que la construcción de la intihuatana fue realizada por una civilización anterior aún muy desconocida, aparentemente muy avanzada. El pensamiento arqueológico actual no tiene una explicación rigurosa sobre quién pudo haber sido esta cultura anterior.
Machu Picchu
Un muro de unos 400 metros de largo divide la ciudad del área agrícola. Paralelo al muro corre un "foso" usado como el principal drenaje de la ciudad. En lo alto del muro está la puerta de Machu Picchu, que contaba con un mecanismo de cierre interno. La zona urbana ha sido dividida por los arqueólogos actuales en grupos de edificios denominados por un número entre el 1 y el 18. Aún tiene vigencia el esquema planteado por Chávez Ballón en 1961 que la divide en un sector "hanan" (alto) y otro "hurin" (bajo) de acuerdo con la tradicional bipartición de la sociedad y la jerarquía andina. El eje físico de esa división es una plaza alargada, construida sobre terrazas en diferentes niveles de acuerdo con el declive de la montaña.