Gramática del idioma muisca
La primera es la pronunciación de la z, sobre la que Fray Bernardo de Lugo, en su "Gramática en la lengua general del Nuevo Reino, llamada Mosca", publicada en 1619, dice que debe pronunciarse como la s, conservándola tan solo «por ser necesaria para la escriptura» . Sin embargo, Fray Bernardo de Lugo empleó el signo ʒh para el sonido que posteriormente se ha reservado para la z, que es el equivalente al ts castellano o casi al tch francés.En cuanto a la letra ç, se identifica normalmente como [ts], pero es un alófono de /s/. Se encuentra en algunos préstamos del español, como en igleçia y plaça.
R gutural
En todo Brasil (excepto en las áreas rurales de Rio Grande del Sur), la doble r, la r después de consonantes y la r al comienzo de palabra suenan como una gutural que se ha convertido pocas veces en una fricativa velar sorda , fricativa uvular sorda o fricativa glotal sorda , que tienden a ser vocalizados como sus equivalentes sonoros en los estados costeros al sur de Bahía (excepto en el estado de São Paulo), mientras que sigue siendo frecuente en los tres estados meridionales y entre los hablantes de mayor edad de la ciudad de São Paulo, aunque jamás antes de otra consonante. La mayoría de los dialectos del portugués de Brasil —como aquellos de Río de Janeiro, Belo Horizonte, Brasilia y las regiones norteñas— utiliza en la actualidad la "r" gutural en lugar de la vibrante alveolar simple al final de sílaba. El dialecto rural caipira del estado de São Paulo y áreas cercanas utilizan la aproximante alveolar en la misma posición, por influencia de los indígenas que tenían dificultades con el fonema europeo e inmigrantes estadounidenses posteriores.