Impacto ambiental de los plaguicidas
Los organismos no objetivo también pueden verse afectados por los pesticidas. En algunos casos, un insecto plaga controlado por un depredador o parásito beneficioso puede florecer si una aplicación de insecticida mata tanto a las plagas como a las poblaciones beneficiosas. Un estudio que comparó el control biológico de plagas y el insecticida piretroide para las polillas de espalda diamante, una plaga importante de insectos de la familia del repollo, mostró que la población de plagas se recuperó debido a la pérdida de depredadores de insectos, mientras que el biocontrol no mostró el mismo efecto. Del mismo modo, los pesticidas rociados para controlar los mosquitos pueden deprimir temporalmente las poblaciones de mosquitos, a la larga pueden dar como resultado una población más grande al dañar los controles naturales. Este fenómeno, en el que la población de una especie de plaga se recupera en un número igual o mayor que antes del uso de pesticidas, se llama resurgimiento de plagas y puede vincularse a la eliminación de sus depredadores y otros enemigos naturales.
Compost
El manejo y control de las temperaturas permiten ejercer naturalmente un tratamiento de sanitización especialmente con respecto a microorganismos patógenos, así como también logran destruir semillas de malezas, esporas de hongos y algunas fitotoxinas que posteriormente significarían un problema al adicionar el compost sobre cultivos agrícolas. Sin embargo, dicho manejo y control debe ser adecuado, ya que de lo contrario no solo destruiría organismos patógenos, sino también flora benéfica antes de que el proceso lo haga naturalmente en el momento justo. Las lecturas periódicas mediante el uso del termómetro ayudan a determinar el momento en que la pila debe ser volteada, si esta alcanza sobre los 70°C. O si una pila de compostaje no logra subir su temperatura por sobre los 48°C pasados algunos días, es indicativo de que probablemente no hay suficiente nitrógeno en la pila para seguir el proceso.