Iniciativa Storm Area 51
El Área 51 ha sido objeto desde hace muchos años de diversas teorías de conspiración respecto al ocultamiento de pruebas de vida extraterrestre desde la década de 1950, cuando algunas personas informaron haber visto un ovni en la ubicación de la base, alrededor del tiempo en que los militares comenzaron a volar aviones espía U-2 de la CIA en el área. La CIA desclasificó documentos relacionados con el Área 51 y reconoció su existencia en 2013. Los teóricos de la conspiración creen que los extraterrestres, ovnis o secretos relacionados con ellos están almacenados en el Área 51. En junio de 2019, el Pentágono ofreció una sesión informativa sobre los ovnis encontrados por los pilotos de la Armada a miembros del Congreso, siendo informado también de dichos informes el entonces presidente estadounidense Donald Trump.
Destroy All Humans!
Después de algunas misiones en Rockwell y en el suburbio californiano de Santa Modesta, Crypto y Orthopox descubren la existencia de The Majestic y bloquean los intentos del gobierno para detenerlos realizando actos como capturar a sus agentes y científicos , destruir sus armas, causar daños en las distintas ciudades, destruir parte del Área 42 (una referencia al Área 51), luego de descubrir la disección de Cryptosporidium-136, con una bomba atómica con la que se experimentaba y matando al general Armquist. Luego, por accidente, la nave de Crypto se estrella en Union Town por lo que al recuperarla arruina la operación del Majestic. A lo largo del juego, los actos de Crypto son cubiertos por el gobierno y los medios, que los atribuyen a extraños accidentes o al comunismo. También se oye del misterioso jefe del Majestic, Silhouette.