Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Primera universidad de América
Al respecto, la Real Cédula de la Universidad de San Marcos indica su fundación oficial el 12 de mayo de 1551: La Universidad de San Marcos recurre, además, al Archivo General de Indias, que contiene documentos del período colonial español entre el siglo XVI hasta el siglo XVIII, donde no existen documentos oficiales anteriores a 1551 que reconozcan a una universidad o institución de educación superior anterior a la Universidad de San Marcos. Por otro lado, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos es la única universidad de entre las dos que ha tenido un funcionamiento ininterrumpido desde su fundación, razón por la cual no entra en el debate de los historiadores el asunto de su continuidad.