Pesca con explosivos
Los arrecifes de coral dañados por la pesca con explosivos conllevan una disminución instantánea de la riqueza y cuantía de las especies de peces. Las bombas caseras utilizadas en la pesca con explosivos no sólo matan a los peces, pues también destruyen los esqueletos de los corales, creando escombros de corales desbalanceados. La eliminación de los peces también elimina la capacidad de resistencia de los arrecifes de coral al cambio climático, entorpeciendo aún más su recuperación. Tras una sola explosión, los arrecifes se pueden recuperar entre 5 y 10 años, mientras que la práctica frecuente y generalizada de ellas transforma estos ecosistemas biodiversos en escombros inestables continuos.
Parque nacional Arrecife Alacranes
Lo que caracteriza al arrecife es la distribución y abundancia de los peces arrecifales. En el 2007 se iniciaron las gestiones ante las instancias correspondientes para que el Parque sea declarado como patrimonio de la humanidad por la Organización de las Naciones Unidas (ONU). De acuerdo con el director de dicha organización en México, René Kantún Palma, Arrecife Alacranes es la estructura coralina más grande del Golfo de México. En el medio arrecifal se han registrado 34 especies de corales de las cuales los entozoarios, los escleractinios y los corales cuernos de venado y de alce están bajo protección especial.