Gramática del idioma muisca
La primera es la pronunciación de la z, sobre la que Fray Bernardo de Lugo, en su "Gramática en la lengua general del Nuevo Reino, llamada Mosca", publicada en 1619, dice que debe pronunciarse como la s, conservándola tan solo «por ser necesaria para la escriptura» . Sin embargo, Fray Bernardo de Lugo empleó el signo ʒh para el sonido que posteriormente se ha reservado para la z, que es el equivalente al ts castellano o casi al tch francés.En cuanto a la letra ç, se identifica normalmente como [ts], pero es un alófono de /s/. Se encuentra en algunos préstamos del español, como en igleçia y plaça.
Ш
Esta letra es equivalente a "x" en castellano antiguo hasta prácticamente el siglo XVIII, "sh" en inglés, "ch" en francés y portugués, "x" en dialectos del occitano como el gascón, el aranés o el catalán, "sch" en alemán, "sc" (solamente seguida de las letras "e" o "i") en italiano, "ש" en hebreo, "ş" en turco, o "sz" en polaco. En la mayoría de los idiomas eslavos con alfabeto latino (checo, eslovaco, esloveno y serbocroata) este sonido es escrito con la letra "š", (una letra "s" con un carón encima) y por eso es usada en la transliteración académica del carácter ш al alfabeto latino (con la ventaja de evitar usar un dígrafo en la conversión, pero con la desventaja de usar un signo diacrítico usualmente no presente en las distintas variantes idiomáticas del abecedario occidental).