Palabra (matemáticas)
La operación de concatenación es asociativa y tiene a la palabra vacía como elemento neutro, por lo que el conjunto "A" adquiere estructura de monoide, mientras que el conjunto de palabras no vacías adquiere estructura de semigrupo., denominados respectivamente monoide libre y semigrupo libre (sobre el alfabeto "A").
Metagenómica
La anotación de genes proporciona el "que", mientras que las mediciones de la diversidad de especies proporcionan el "quien" . Para poder conectar la función y la composición de la comunidad en metagenomas, las secuencias deben estar agrupadas. El agrupamiento es el proceso de asociar una secuencia en partículas con un organismo. En métodos de agrupamiento por similitud como BLAST se usan para buscar rápidamente marcadores filogenéticos o de otro modo secuencias similares en las bases de datos públicas existentes. Este acercamiento es implementado en MEGAN. Otra herramienta, PhymmBL, utiliza modelos interpolados de Markov para asignar lecturas. MetaPhlAn y AMPHORA son métodos basados en marcadores de clados específicos para estimar la abundancia relativa con desempeños computacionales mejorados. Una vez que las secuencias son agrupadas, es posible llevar a cambo análisis comparativos de la diversidad y la riqueza utilizando herramientas como Unifrac.