Lenguas de México
Esta tarea fue emprendida por Manuel Orozco y Berra, intelectual mexicano de la segunda mitad del . Algunas de sus hipótesis clasificatorias fueron retomadas por Morris Swadesh a principios del . Las lenguas de México pertenecen a ocho familias de lenguas (además de algunas lenguas de filiación dudosa y otras lenguas aisladas), de las cuales las tres más importantes tanto en número de hablantes como en número de lenguas son las lenguas uto-aztecas, las lenguas mayenses y las lenguas otomangues. Uno de los grandes problemas que presenta el establecimiento de relaciones genéticas entre las lenguas de México es la falta de documentos escritos antiguos que permitan conocer la evolución de las familias lingüísticas. En muchos casos, la información disponible consiste en unas cuantas palabras registradas antes de la desaparición de un idioma.
Lenguas mixtecas
El grupo de hablas mixtecas pertenece a la familia otomangueana, cuyo "urheimat" podría ser el valle de Tehuacán (Puebla). Este sitio fue uno de los escenarios de la domesticación del maíz. La presencia milenaria de los pueblos de habla otomangueana en esa región hace probable que ellos hayan sido protagonistas de ese proceso que favoreció la sedentarización de los habitantes del Altiplano y luego influyó en el desarrollo de la civilización mesoamericana. Por su parte, Campbell y Kaufman han propuesto que las lenguas otomangueanas comenzaron a diversificarse alrededor del año 1500 a. C. La dificultad para establecer vínculos más generales entre los ocho grupos de la familia otomangueana obstaculiza la posibilidad de realizar inferencias sobre el desarrollo histórico de este conjunto de lenguas.