Facultad de Informática de San Sebastián
También ha evolucionado con los años la formación de postgrado. Lo que tradicionalmente eran cursos de doctorado hoy en día son Cursos de Máster. La primera experiencia como máster postgrado fue el máster en Ciencia y Tecnología de Computadores" que se impartió entre 1991 y 1993. La oferta actual se concreta en los siguientes másteres: Ingeniería de Sistemas Empotrados, Análisis y Procesamiento del Lenguaje (HAP, Hizkuntzaren Azterketa eta Prozesamendua, desde el curso 2007/08), Sistemas Informáticos Avanzados, Ingeniería Computacional y Sistemas Inteligentes, Tecnología de Apoyo a la Autonomía Personal (a partir del curso 2009/10), y Computación de Altas Prestaciones (a partir del curso 2013/14). Durante el curso 2014/15 se comenzarán a impartir el máster profesional en Ingeniería Informática, y el máster "Erasmus Mundus" Language and Communication Technologies."
Facultad de Ciencias Económicas (Universidad Nacional Mayor de San Marcos)
La facultad ofrece diversos programas de posgrado con una orientación multidisciplinaria. El programa de maestría es de dos años, incluye cursos, seminarios, tutorías, un examen de calificación, una tesis y un examen de grado. La Facultad de Ciencias Económicas cuenta con Maestrías en Economía con Mención en Gestión y Políticas Públicas; Economía con Mención en Gestión Económica de Riesgo de Desastres y Desarrollo Sostenible; Economía con Mención en Finanzas y Ciencias de la Gestión Económica Empresarial. También destaca el programa de doctorado con una duración de tres años, los cuales incluyen seminarios, tutorías, un examen de calificación, una tesis y un examen de grado. Ofrece tres doctorados en la especialidad de Economía; Gestión Económica Global y Marketing. Además de los programas anteriores, también se brindan estudios de especializaciones y diplomados.