Acaxochitlán
Las personas que hablan alguna lengua indígena, es de 224 personas, alrededor del 5.73 % de la población de la ciudad. En la localidad se habla la lengua "maseual tla'tol"; esta variante es conocida como náhuatl del noreste central y otomí de la Sierra, que se conoce con el nombre de "hñähñu", "ñuju", "ñoju" o "yühu". En la ciudad hay 98 personas que se consideran afromexicanos o afrodescendientes, alrededor de 2.51 % de la población de la ciudad.
Pipil
En la actualidad aún existen Nahuas puros en El Salvador y es la única etnia que habla su antiguo idioma. Los Nahuas dan nombre a muchos lugares del centro del país, como Cuzcatlán, y fundaron un centro cultural y político del mismo nombre, cerca de la actual ciudad de San Salvador.