Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Cultura mixteca
Los mixtecos de la época prehispánica tuvieron una religión animista. De acuerdo con la información que se ha obtenido de los documentos pictográficos producidos por este pueblo, la proveniente de fuentes históricas coloniales y del análisis de la evidencia arqueológica, se puede decir que comparte con otras religiones mesoamericanas algunos rasgos muy característicos, entre ellos, la creencia en un principio dual primigenio que dio origen al mundo como se le conoce. Otro rasgo común entre la religión mixteca y el resto de las religiones mesoamericanas es la creencia en que el mundo ha sido creado y destruido en varias ocasiones. De acuerdo con el "Códice Vindobonensis", Uno Venado-Serpiente de Jaguar y Uno Venado-Serpiente de Puma crearon a los primeros seres del mundo, los "ñuhu" (AFI: [ɲuʔu]), que ayudaron a ordenarlo. Todos los seres de la primera creación fueron petrificados cuando el Sol —venerado en la Mixteca con los nombres de "Yya Ndicahndíí" y "Taandoco"— se elevó sobre el firmamento, aunque algunos de ellos se refugiaron en las cuevas y no perecieron. Los "ñuhu" encarnaban a los elementos mismos de la naturaleza: el fuego, el viento, el agua, la tierra, la vegetación, la fauna. Como se creía que algunos de ellos se refugiaron en las cuevas para no ser petrificados, uno de los elementos distintivos de la religión mixteca era el culto a las montañas y en las cavernas. Algunas de ellas eran —y siguen siendo— destino de peregrinaciones piadosas de los mixtecos, entre las más conspicuas de estas galerías subterráneas se encuentran las grutas de Chalcatongo en la Mixteca Alta, donde se encontraba el santuario de Nueve Hierba, la diosa de la muerte de los mixtecos.