Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Malchinguí
En tiempos preincaicos formó parte de lo que hoy denominamos la cultura Quitu-Kara, siendo junto a Perucho, los pueblos más desarrollados y con mayor densidad demográfica, contando con vestigios arquitectónicos de dicho período similares a los de Cochasquí (centro ceremonial de la cultura Quitu-Kara). Junto a los demás poblados confederados de la zona septentrional del actual Ecuador, los pobladores de Malchinguí combatieron al inca Túpac Yupanqui durante varios años (décadas según algunos historiadores) en la zona de los ríos Pisque y Guayllabamba, resistencia que terminó en la Batalla de Yahuarcocha, donde la pericia bélica de los cusqueños se impuso a los locales, culminando con la expansión del Tahuantinsuyo.