Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Universidades de Indias
Universidades de Indias es la denominación historiográfica con la que se designan las universidades fundadas en "las Indias" o "el Nuevo Mundo" durante la colonización española de América. Las más importantes fueron la Universidad de San Marcos de Lima, la Real y Pontificia Universidad de México y la Real y Pontificia Universidad de Santo Tomás de Aquino, que fundada por bula papal fue la primera de América (1538), aunque el efectivo funcionamiento de la misma es objeto de controversia. La iniciativa de la fundación partía del Emperador (únicamente en el caso de Carlos V) o del Rey (a partir de Felipe II), además del respaldo del Papa (el Patronato Regio en realidad dejaba en manos de la Corona Española cualquier asunto relacionado con la gestión eclesiástica).