Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
México
En México la investigación básica es realizada casi por completo por organizaciones públicas, como pueden ser las universidades, los hospitales y algunos centros gubernamentales. Entre las organizaciones más activas están la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) fundada en 1910, el Centro de Investigación y de Estudios Avanzados (Cinvestav) del Instituto Politécnico Nacional, fundados en 1936 y 1961 respectivamente; y el Colegio de México (COLMEX) en ciencias sociales y humanidades, fundado en 1940. Asimismo, desde 1970 se cuenta con el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), el organismo gubernamental encargado de regular y promover el avance científico y tecnológico del país, y que además aporta centros de investigación propios. Además existen sociedades como la Academia Mexicana de Ciencias y el Colegio Nacional, que realizan labores de consultoría y divulgación de las ciencias y las artes.