Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Universidad Popular Mexicana
En 1909 un grupo de jóvenes estudiantes que se oponían al educación positivista establecido durante el porfiriato por el presidente Porfirio Díaz, su gabinete, y sus asesores conocidos como los científicos, fundó el Ateneo de la Juventud. Los ateneístas trabajaron por la cultura y el arte, organizando reuniones y conferencias públicas. Estaban convencidos de que las humanidades habían sido relegadas en los últimos años, y deseaban la libertad de cátedra, la libertad de pensamiento, y la reafirmación de valores culturales, éticos y estéticos en América Latina. En 1912, la organización modificó sus estatutos para incluir no sólo a literatos, sino a científicos, y cambió entonces su nombre a Ateneo de México.