Arrecife periférico
Los arrecifes de mantenimiento crecen al mismo ritmo que sube el nivel del mar. Los arrecifes de recuperación inicialmente crecen más lentamente que el nivel del mar, pero finalmente se recuperan cuando el aumento del nivel del mar disminuye o se detiene. Los arrecifes abandonados no pueden crecer lo suficientemente rápido y se "ahogan". Hay seis formas principales diferentes en las que los arrecifes marginales crecen y se desarrollan.Al igual que con otros tipos de arrecifes, existen muchas razones para la destrucción de los arrecifes marginales. Las prácticas de pesca destructivas, como la pesca con cianuro, la pesca con explosivos, la pesca de arrastre de fondo y el muro-ami (golpear el arrecife con palos), pueden tener efectos perjudiciales. La pesca de arrastre es una de las mayores amenazas para los arrecifes de coral de agua fría. La sobrepesca afecta el equilibrio ecológico de las comunidades de los arrecifes de coral, perturbando la cadena alimentaria y provocando efectos mucho más allá de la población directamente sobrepescada. El turismo, como la navegación descuidada, el buceo, el esnórquel y la pesca, con personas tocando los arrecifes, removiendo sedimentos, recolectando corales y echando anclas en los arrecifes, puede destruir los arrecifes. Algunos centros turísticos e infraestructura se han construido directamente sobre los arrecifes, y algunos centros turísticos vacían sus aguas residuales u otros desechos directamente en el agua que rodea los arrecifes de coral.
Parque nacional Arrecife de Puerto Morelos
Para la comunidad de Puerto Morelos, el arrecife de coral ubicado frente al poblado ha sido siempre fuente de bienestar y motivo de orgullo. Desde la década de los ochenta los puertomorelenses estuvieron involucrados en actividades tendientes a su conservación, sin embargo, no fue sino hasta mediados de 1995 que la comunidad trabajó en forma organizada en las gestiones para que el arrecife fuera decretado como parque nacional. Uno de los detonadores de este movimiento comunitario tan importante, fue el temor de que el arrecife de Puerto Morelos se deteriorara, como había sucedido en otros lugares en la zona norte del estado de Quintana Roo. Otro, fue el hecho de que prestadores de servicios turísticos de Cancún comenzaron a usar los arrecifes localizados entre Cancún y Puerto Morelos en forma masiva y sin reglamentación. Por más de tres años se realizaron reuniones de concertación entre los sectores comunitarios (pescadores, prestadores de servicios, investigadores, técnicos, ambientalistas, grupos de transportistas, grupos de productores y sociedad civil) a fin de desarrollar una estrategia que permitiera asegurar el uso sustentable del arrecife, alcanzando un balance entre una protección adecuada de los recursos y un uso múltiple. También se trabajó activamente en los aspectos técnicos que justificaran la creación de un parque nacional. Desde el principio se promovió una participación democrática, y se prestó gran atención a los mecanismos para tomar decisiones colectivas.