Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Chiroptera
Los murciélagos pueden resultar útiles como agentes de control biológico, reduciendo o limitando el crecimiento de poblaciones de insectos u otros artrópodos que de lo contrario se podrían convertir en una plaga. De esta forma protegen indirectamente a los humanos y a otros animales de enfermedades transmitidas por insectos, y evitan que su crecimiento descontrolado ponga en peligro las plantaciones vegetales. Existen estudios recientes que indican que contribuyen de manera decisiva al control de plagas, como el realizado por la Universidad Cornell, que recomienda a los agricultores que intenten aumentar las poblaciones locales de murciélagos y golondrinas entre mayo y julio, que es cuando más efecto pueden tener sobre las poblaciones de insectos. Otro estudio publicado en 2008 en la revista "Science" reveló que los murciélagos eran significativamente más eficientes que las aves en tareas de control biológico; las plantas en las que se impedía el acceso a las aves tenían un 65% de artrópodos más que las plantas control, mientras que las plantas en las que no se dejaba acceder a los murciélagos tenían un 153 % más. Según este estudio, los murciélagos también protegen en cierta medida a las plantas de los animales herbívoros.