Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Oruga (larva)
Las plantas desarrollan mecanismos de resistencia en contra de las orugas que las atacan, incluyendo la evolución de toxinas químicas y barreras físicas tales como vellosidad. Otro método de control de plagas consiste en identificar esos genes y luego transmitirlos a las variedades de cultivo por medio de selección genética.