Pesca con explosivos
Los arrecifes de coral dañados por la pesca con explosivos conllevan una disminución instantánea de la riqueza y cuantía de las especies de peces. Las bombas caseras utilizadas en la pesca con explosivos no sólo matan a los peces, pues también destruyen los esqueletos de los corales, creando escombros de corales desbalanceados. La eliminación de los peces también elimina la capacidad de resistencia de los arrecifes de coral al cambio climático, entorpeciendo aún más su recuperación. Tras una sola explosión, los arrecifes se pueden recuperar entre 5 y 10 años, mientras que la práctica frecuente y generalizada de ellas transforma estos ecosistemas biodiversos en escombros inestables continuos.
Contaminación marina
Una de las soluciones propuestas contra la eutrofización en los estuarios es la restauración de las poblaciones de moluscos bivalvos, como las ostras. Los arrecifes de ostras eliminan el nitrógeno de la columna de agua y filtran los sólidos en suspensión, lo que reduce la probabilidad o el alcance de las proliferaciones de algas nocivas o de las condiciones anóxicas. Se considera que la alimentación por filtración de las ostras y otros bivalvos beneficia la calidad del agua puesto que contribuye en controlar la densidad del fitoplancton y almacenar los nutrientes, que pueden eliminarse del sistema a través de la recolección de los moluscos bivalvos, o al enterrarse en los sedimentos o perderse por desnitrificación. El trabajo fundacional hacia la idea de mejorar la calidad del agua marina a través del cultivo de moluscos bivalvos fue realizado por Odd Lindahl et al. en Suecia, utilizando mejillones.