Misa del Papa Marcelo
Las sesiones tercera y de clausura del Concilio de Trento sucedieron en 1562–63, en las cuales se discutió el uso de la música polifónica en la Iglesia católica. El interés residía en dos cuestiones: primero, el uso de música inaceptable, como las canciones seculares proporcionadas con letras religiosas (contrafacta) o las misas basadas en canciones con letras sobre beber y galanteos; y segundo, si la imitación en música polifónica obscurecía las palabras de la misa, interfiriendo con la devoción del oyente. Se debatió si la polifonía tendría que ser prohibida en el culto, y algunos de las publicaciones auxiliares por asistentes del concilio advierten contra estos problemas. Aun así, ninguno de las proclamaciones oficiales del Concilio menciona la música polifónica, exceptuando un mandato contra el uso de música que era, en las palabras del Concilio, "lasciva o impura".
Música cristiana católica
Un músico católico mexicano fue Gaspar Fernandes, un organista, maestro de capilla y compositor portugués activo en las catedrales de Guatemala, Puebla y Oaxaca. Sus atribuciones aquí eran las de acompañar al coro en la y el oficio divino, y mantener afinados los órganos. Pero sin duda la acción de más trascendencia para la posteridad fue el hecho de que en 1602 Gaspar Fernandes compiló algunos de los libros de coro polifónico que han llegado hasta nuestros días, reflejando así el uso de la música polifónica en la liturgia católica de la catedral. En 1603 el amigo de Fernandes, Pedro Bermúdez, dejó la catedral de Santiago de Guatemala para aceptar la invitación del cabildo eclesiástico de Puebla de los Ángeles de desempeñarse como su maestro de capilla. Gaspar Fernandes se convirtió en sucesor de Bermúdez en Guatemala, siendo el primero en desempeñarse como maestro y organista al mismo tiempo. Sin embargo, al morir Bermúdez en 1605, el cabildo poblano logró interesar a Fernandes, quien dejó Guatemala y nuevamente asumió la sucesión de aquel. Aquí permaneció por el resto de su vida, falleciendo en 1629. Los sucedió en el puesto de maestro de capilla el malagueño Juan Gutiérrez de Padilla.