Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Real y Pontificia Universidad de México
Tradicionalmente, se consideran a la Universidad Nacional Autónoma de México y la Universidad Pontificia de México como sus herederas institucionales. Sin embargo, se ha planteado un debate acerca de la continuidad de la universidad virreinal con la UNAM. Esta idea se originó con motivo de los festejos del IV Centenario de la Universidad de México en 1951 que diferían con las intenciones de Justo Sierra, quien buscaba crear una nueva universidad en 1910, diferente a la virreinal (incluso antítesis de ella); aunque es común ver en eventos formales engalanarse con pendones con el actual escudo universitario flanqueado, entre otros, con el de la "Real Universidad de México".