Evidencia de antepasado común
La boca y antenas de los insectos se consideran homólogas a las patas de los insectos. Se ven desarrollos paralelos en algunos arácnidos: el par anterior de patas puede estar modificado de forma similar a las antenas, concretamente en el escorpión látigo, que camina con seis patas. Estos cambios apoyan la teoría de que a menudo surgen modificaciones complejas por duplicidad de los componentes, transformándose los duplicados en direcciones distintas.
Aparato genital
Opiliones y ácaros son los únicos arácnidos que poseen pene. La hembra de los opiliones presenta ovopositor, que falta en casi todos los restantes arácnidos. Los picnogónidos tienen una sola gónada, ubicada en el tronco, con ramificaciones que se introducen en las patas y finalizan en múltiples orificios reproductores. Los huevos (hasta mil) se alojan en los lóbulos del ovario que se encuentra en el fémur de cada pata de la hembra.