Arrecife periférico
Los arrecifes de mantenimiento crecen al mismo ritmo que sube el nivel del mar. Los arrecifes de recuperación inicialmente crecen más lentamente que el nivel del mar, pero finalmente se recuperan cuando el aumento del nivel del mar disminuye o se detiene. Los arrecifes abandonados no pueden crecer lo suficientemente rápido y se "ahogan". Hay seis formas principales diferentes en las que los arrecifes marginales crecen y se desarrollan.Al igual que con otros tipos de arrecifes, existen muchas razones para la destrucción de los arrecifes marginales. Las prácticas de pesca destructivas, como la pesca con cianuro, la pesca con explosivos, la pesca de arrastre de fondo y el muro-ami (golpear el arrecife con palos), pueden tener efectos perjudiciales. La pesca de arrastre es una de las mayores amenazas para los arrecifes de coral de agua fría. La sobrepesca afecta el equilibrio ecológico de las comunidades de los arrecifes de coral, perturbando la cadena alimentaria y provocando efectos mucho más allá de la población directamente sobrepescada. El turismo, como la navegación descuidada, el buceo, el esnórquel y la pesca, con personas tocando los arrecifes, removiendo sedimentos, recolectando corales y echando anclas en los arrecifes, puede destruir los arrecifes. Algunos centros turísticos e infraestructura se han construido directamente sobre los arrecifes, y algunos centros turísticos vacían sus aguas residuales u otros desechos directamente en el agua que rodea los arrecifes de coral.
Pesca con explosivos
Varios investigadores creen que las prácticas pesqueras destructivas, como la pesca con explosivos, es la más grande amenaza al ecosistema de los arrecifes de coral. Los arrecifes dinamitados no son más que campos de escombros. El impacto de largo plazo asociado a la pesca con explosivos es que no existe una recuperación de estos arrecifes. Los arrecifes de coral son menos propensos a recuperarse de perturbaciones constantes como la pesca con explosivos que de pequeñas perturbaciones que no cambian su entorno físico. La pesca con explosivos destruye los esqueletos de carbonato de calcio del coral y es una de las interrupciones continuas de los arrecifes de coral. En el Índico-Pacífico, la práctica de la pesca con dinamita es la principal causa de la degradación de los arrecifes de coral. Como resultado, se forman débiles campos de escombros y el hábitat de los peces se reduce.