Arrecife periférico
Los arrecifes de mantenimiento crecen al mismo ritmo que sube el nivel del mar. Los arrecifes de recuperación inicialmente crecen más lentamente que el nivel del mar, pero finalmente se recuperan cuando el aumento del nivel del mar disminuye o se detiene. Los arrecifes abandonados no pueden crecer lo suficientemente rápido y se "ahogan". Hay seis formas principales diferentes en las que los arrecifes marginales crecen y se desarrollan.Al igual que con otros tipos de arrecifes, existen muchas razones para la destrucción de los arrecifes marginales. Las prácticas de pesca destructivas, como la pesca con cianuro, la pesca con explosivos, la pesca de arrastre de fondo y el muro-ami (golpear el arrecife con palos), pueden tener efectos perjudiciales. La pesca de arrastre es una de las mayores amenazas para los arrecifes de coral de agua fría. La sobrepesca afecta el equilibrio ecológico de las comunidades de los arrecifes de coral, perturbando la cadena alimentaria y provocando efectos mucho más allá de la población directamente sobrepescada. El turismo, como la navegación descuidada, el buceo, el esnórquel y la pesca, con personas tocando los arrecifes, removiendo sedimentos, recolectando corales y echando anclas en los arrecifes, puede destruir los arrecifes. Algunos centros turísticos e infraestructura se han construido directamente sobre los arrecifes, y algunos centros turísticos vacían sus aguas residuales u otros desechos directamente en el agua que rodea los arrecifes de coral.
Arrecife de coral
Las áreas marinas protegidas (AMP) se han vuelto cada vez más importantes para el manejo de los arrecifes. Las AMP promueven formas responsables de gestión de pesca y manejo de hábitat. Al igual que los parques nacionales y los refugios de vida silvestre, las AMP restringen actividades potencialmente dañinas. Las AMP incorporan objetivos sociales y biológicos, incluyendo la restauración de los arrecifes, estética, biodiversidad y beneficios económicos. Los conflictos que rodean a las zonas marinas protegidas se deben a la falta de participación, opiniones opuestas, eficacia y financiación. En algunas situaciones, las AMP pueden proporcionar ingresos equivalentes a los que habrían generado sin limitaciones, como ocurrió en las islas Fénix en Kiribati.