Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Universidad de Guadalajara
Esta cédula arribó a las autoridades de la Nueva Galicia el 26 de marzo de 1792, quienes procedieron a hacer un festejo en la ciudad y a realizar apresuradamente los trabajos de remozamiento del citado Colegio de Santo Tomás; así, la Real Universidad de Guadalajara se inauguró el 3 del mismo año. De común acuerdo, fray Antonio Alcalde y el presidente de la Real Audiencia, Jacobo de Ugarte y Loyola nombraron al canónigo penitenciario de la catedral, José María Gómez y Villaseñor, como primer rector de la novel Universidad. Académicamente la Universidad estaba integrada por las Facultades de Artes, Teología, Derecho y Medicina. La Universidad se adhirió al Plan de Iguala de Agustín de Iturbide, por el cual se consumó la Independencia de México, en consecuencia conservó su estatus real, hasta que se proclamó el primer Imperio de Agustín Primero, en que pasó a ser imperial. Y a partir del establecimiento de la República, fue nacional.