Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Fallopia japonica
La planta también es resistente al corte, por el rebrote vigoroso de las raíces. El método más eficaz de control es mediante herbicidas de aplicación cerca de la fase de floración a finales del verano o en otoño. En algunos casos es posible erradicar en una estación de crecimiento utilizando sólo herbicidas. Los ensayos en la Islas de la Reina Carlota (Haida Gwaii) de Columbia Británica con agua de mar rociada en el follaje han demostrado resultados prometedores, que pueden llegar a ser una opción viable para la erradicación, teniendo en cuenta la preocupación por la aplicación de herbicidas es demasiado grande.  Dos agentes de control biológico de plagas que parecen ser prometedores en el control de la planta son el psílido "Aphalara itadori" y una mancha de la hoja de hongos del género "Mycosphaerella".