Intihuatana de Machu Picchu
La intihuatana de Machu Picchu fue tallada directamente en la roca madre del área de la cumbre de la montaña. Se caracteriza por superficies complejas, planos y ángulos cuyo propósito es desconocido. Las descripciones incompletas de su propósito narradas en las crónicas incas solo suman misterio a su existencia. Las explicaciones arqueológicas que no son convencionales afirman que el Pachacútec no ordenó la construcción de la intihuatana de Machu Picchu, sino que la encontró, junto con otras estructuras preexistentes. Esto implica una consideración problemática, que la construcción de la intihuatana fue realizada por una civilización anterior aún muy desconocida, aparentemente muy avanzada. El pensamiento arqueológico actual no tiene una explicación rigurosa sobre quién pudo haber sido esta cultura anterior.
Historia colonial del Cuzco
Fracasada la expedición a Chile, regresó Diego de Almagro al Cuzco el 8 de mayo de 1537 e impuso su autoridad sobre los hermanos de Francisco Pizarro, a quienes apresó por algunas semanas. Luego emprendió la campaña contra Manco Inca, propinándole una severa derrota en Vitcos, localidad misteriosa que algunos investigadores, como Juan José Vega (1992), sospechan haya sido Machu Picchu. Luego, el inca rebelde huyó a Vilcabamba, donde sería asesinado en 1542 por unos fugitivos españoles a los que dio asilo.