Pesca con explosivos
Los arrecifes de coral dañados por la pesca con explosivos conllevan una disminución instantánea de la riqueza y cuantía de las especies de peces. Las bombas caseras utilizadas en la pesca con explosivos no sólo matan a los peces, pues también destruyen los esqueletos de los corales, creando escombros de corales desbalanceados. La eliminación de los peces también elimina la capacidad de resistencia de los arrecifes de coral al cambio climático, entorpeciendo aún más su recuperación. Tras una sola explosión, los arrecifes se pueden recuperar entre 5 y 10 años, mientras que la práctica frecuente y generalizada de ellas transforma estos ecosistemas biodiversos en escombros inestables continuos.
Sistema de Reservas de la Barrera del Arrecife de Belice
A pesar de estas medidas protectoras, el arrecife está amenazado por la contaminación oceánica, el turismo incontrolado, el tráfico marítimo y la pesca. Los huracanes, el calentamiento global y el incremento de la temperatura del océano son otras amenazas significativas. Estas son las causas del blanqueo de coral, desde 1998 un 40% del arrecife de coral de Belice ha sido afectado por este fenómeno. Debido a esto, el Comité de la Unesco decidió incluirlo en 2009 en la .