Lenguas bereberes
Las lenguas bereberes son una rama de la familia afroasiática. Tradicionalmente se calificó como una lengua camítica, aunque actualmente se ha abandonado dicha clasificación al comprobarse que las lenguas camíticas no constituyen una división filogenética válida dentro de las lenguas camítico-semíticas. De hecho, la propia noción original de familia camítico-semítica ha sido reclasificada como familia afroasiáticas, introduciendo cambios importantes en los grupos que se consideran parte de la misma.
Lenguas chocó
La clasificación de las lenguas chocó, dentro de la gran variedad de familias americanas, es todavía motivo de discusión. Para Paul Rivet (1944), las lenguas chocó forman parte de la gran familia Caribe, opinión que fue seguida por muchas clasificaciones posteriores. Durbin (1977) y Llerena (1995) consideran que esta hipótesis no ha sido confirmada, pues tiene un fundamento muy fragmentario. Lehmann (1920) pensaba que las lenguas chocó debían agruparse junto con las chibchas, opinión que siguió Joseph Greenberg (1987), quien, considera que las lenguas chocó pertenecen al tronco paezano del macrofilo chibchano-paezano. Loukotka (1939) encontró intrusiones del páez en las lenguas chocó, que son notorias en el wounaan, pero ellas de ninguna manera denotan un origen común, sino son el resultado de préstamos multiplicados por la antigua vecindad.