Lenguas de México
Esta tarea fue emprendida por Manuel Orozco y Berra, intelectual mexicano de la segunda mitad del . Algunas de sus hipótesis clasificatorias fueron retomadas por Morris Swadesh a principios del . Las lenguas de México pertenecen a ocho familias de lenguas (además de algunas lenguas de filiación dudosa y otras lenguas aisladas), de las cuales las tres más importantes tanto en número de hablantes como en número de lenguas son las lenguas uto-aztecas, las lenguas mayenses y las lenguas otomangues. Uno de los grandes problemas que presenta el establecimiento de relaciones genéticas entre las lenguas de México es la falta de documentos escritos antiguos que permitan conocer la evolución de las familias lingüísticas. En muchos casos, la información disponible consiste en unas cuantas palabras registradas antes de la desaparición de un idioma.
Lenguas mixtecas
En 1867, Manuel Orozco y Berra propuso que existían similitudes entre el mixteco y el zapoteco y las agrupó en la familia "mixteco-zapoteca", junto con el chocho y el amuzgo. Otros autores encontraron después semejanzas entre estas dos lenguas y otras que se hablan en Oaxaca y Puebla como el mazateco, cuicateco, popoloca. En 1929, Edward Sapir incluyó en una misma familia a las lenguas del grupo oaxaqueño con las lenguas otopameanas. Se debió a Lyle Campbell la organización de los grupos de la familia otomangueana, incluyendo un grupo mixtecano con las lenguas mixtecas, triquis y cuicatecas. En los años sucesivos fueron Kathryn Josserand y Terrence Kaufman quienes reforzaron el argumento en favor de la agrupación propuesta por Campbell.