Primera Orden de San Francisco
A partir de 1210 san Francisco de Asís tuvo su residencia habitual en la iglesia de Porciúncula, en Asís, Italia. Santa Clara, una joven muchacha noble de Asís, y su amiga Pacífica se hicieron seguidora de san Francisco en 1212. Posteriormente, otras mujeres siguieron su ejemplo. La Segunda Orden de San Francisco fue fundada para las religiosas. El obispo Guido de Cortona les entregó a estas monjas la iglesia de San Damián en Asís.
Arquidiócesis de San Francisco
La primera iglesia de la arquidiócesis de San Francisco es más antigua que la propia arquidiócesis, la Misión de San Francisco de Asís fue fundada el 29 de junio de 1776 por frailes franciscanos. La iglesia de la misión que se encuentra actualmente se completó en 1791 y a su lado se encuentra la Basílica de la Misión de Dolores. El nombre de San Francisco se le atribuye a los franciscanos que dirigieron la misión en toda la región a quien pusieron el nombre de su santo fundador, San Francisco de Asís.