Pesca con explosivos
Los arrecifes de coral dañados por la pesca con explosivos conllevan una disminución instantánea de la riqueza y cuantía de las especies de peces. Las bombas caseras utilizadas en la pesca con explosivos no sólo matan a los peces, pues también destruyen los esqueletos de los corales, creando escombros de corales desbalanceados. La eliminación de los peces también elimina la capacidad de resistencia de los arrecifes de coral al cambio climático, entorpeciendo aún más su recuperación. Tras una sola explosión, los arrecifes se pueden recuperar entre 5 y 10 años, mientras que la práctica frecuente y generalizada de ellas transforma estos ecosistemas biodiversos en escombros inestables continuos.
Arrecife periférico
El área del arrecife trasero tiene la menor diversidad de especies, lo que aumenta hacia el mar hacia la cresta del arrecife. Parte de esta diferencia es el resultado de la eutrofización debida al aumento de nutrientes, sedimentos y toxicidad de los desechos domésticos e industriales. Más macrófitos viven en el fondo debido al aumento de nutrientes. Este aumento de nutrientes ha provocado un aumento en la cantidad de fitoplancton que está presente sobre el arrecife de coral. El aumento de fitoplancton ha provocado una reducción de la luz que llega a las especies de coral y también ha dado lugar a un mayor número de invertebrados más grandes. Los sedimentos que están presentes en el medio ambiente aumentan la turbidez y pueden sofocar algunos organismos. Los corales presentes en los arrecifes periféricos utilizan cuatro procesos para deshacerse de los sedimentos que incluyen la distensión de los pólipos, el movimiento tentacular, la acción ciliar y la producción de moco.