Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Polinización libre
Uno de los desafíos para mantener una variedad de polinización libre es evitar la introducción del polen de otras cepas. Según la amplitud con la que el polen de la planta tiende a dispersarse, puede controlarse en diversos grados mediante invernaderos, muros altos, aislamiento de campo u otras técnicas.