Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Machu Picchu
Un muro de unos 400 metros de largo divide la ciudad del área agrícola. Paralelo al muro corre un "foso" usado como el principal drenaje de la ciudad. En lo alto del muro está la puerta de Machu Picchu, que contaba con un mecanismo de cierre interno. La zona urbana ha sido dividida por los arqueólogos actuales en grupos de edificios denominados por un número entre el 1 y el 18. Aún tiene vigencia el esquema planteado por Chávez Ballón en 1961 que la divide en un sector "hanan" (alto) y otro "hurin" (bajo) de acuerdo con la tradicional bipartición de la sociedad y la jerarquía andina. El eje físico de esa división es una plaza alargada, construida sobre terrazas en diferentes niveles de acuerdo con el declive de la montaña.