Jack Bauer
Jack Bauer empieza su día con una pelea con su hija, Kim, quien escapa de casa. Mientras la esposa de Jack, Teri, sale a buscarla, Jack es llamado a la UAT para lidiar con un posible intento de asesinato contra el senador David Palmer. En las primeras horas, Jack asiste al asesinato de uno de sus jefes quien intentaba entregarle algunas pistas. Estas pistas indican que hay un espía en la UAT, pero la información no previno que el villano, Ira Gaines, tomara control de la esposa e hija de Jack, y amenazara con matarlas si Jack no iba en persona a asesinar a Palmer.
Operación Nightfall
Más adelante en la Temporada 3 se descubre que Stephen Saunders había sobrevivido realmente al ataque en Kosovo y había estado prisionero y torturado por las fuerzas de serbias por dos años. Durante este tiempo Saunders experimentó un cambio profundo del carácter. Cuando él finalmente se escapó, él tenía una vendetta contra la política extranjera de los Estados Unidos y culpó el país, así como a Jack Bauer. Por medio de un asociado, Michael Amador, adquirió una poderosa arma vírica, con la cual logra manipular al Gobierno de los Estados Unidos en la persona del entonces Presidente, David Palmer, hasta que Jack logra detenerlo usando a la hija de Stephen como anzuelo para un intercambio de prisioneros. Los ataques víricos de los seguidores de Stephen son detenidos, pero un último enlace trataría de escapar con el virus. Mientras Jack sale de CTU para tratar de detenerlo, Stephen es asesinado dentro de las instalaciones por la esposa de un trabajador de CTU, Gael Ortega, que fue víctima del arma vírica.