Gramática del idioma muisca
La primera es la pronunciación de la z, sobre la que Fray Bernardo de Lugo, en su "Gramática en la lengua general del Nuevo Reino, llamada Mosca", publicada en 1619, dice que debe pronunciarse como la s, conservándola tan solo «por ser necesaria para la escriptura» . Sin embargo, Fray Bernardo de Lugo empleó el signo ʒh para el sonido que posteriormente se ha reservado para la z, que es el equivalente al ts castellano o casi al tch francés.En cuanto a la letra ç, se identifica normalmente como [ts], pero es un alófono de /s/. Se encuentra en algunos préstamos del español, como en igleçia y plaça.
Diferencias entre el español y el portugués
Los sonidos que representan las letras ll y ñ en español tienen su origen en los dígrafos del latín ll y nn (para esos casos, el portugués tiene solo la l y la n; ej. rodilla/rodela, peña/pena). Los dígrafos del portugués lh y nh fueron adoptados del idioma occitano, ya que la poesía de los trovadores fue la influencia más importante en la literatura portuguesa hasta el siglo XIV. El rey Dionisio I de Portugal, que implantó el portugués en vez del latín como idioma oficial, era admirador de la poesía de los trovadores, y él mismo era poeta.