Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Pahñú
Este sitio es de la cultura xajay, que se desarrolló durante cinco siglos, aproximadamente, de 450 d.C. a 950 d.C. aparentemente es el heredero de la cultura Chupícuaro y relacionado con el origen de los otomíes del Valle del Mezquital. El sitio está sacralizado a Otontecutli, el Dios del Fuego Viejo, advocación otomí.