Gramática del idioma muisca
La primera es la pronunciación de la z, sobre la que Fray Bernardo de Lugo, en su "Gramática en la lengua general del Nuevo Reino, llamada Mosca", publicada en 1619, dice que debe pronunciarse como la s, conservándola tan solo «por ser necesaria para la escriptura» . Sin embargo, Fray Bernardo de Lugo empleó el signo ʒh para el sonido que posteriormente se ha reservado para la z, que es el equivalente al ts castellano o casi al tch francés.En cuanto a la letra ç, se identifica normalmente como [ts], pero es un alófono de /s/. Se encuentra en algunos préstamos del español, como en igleçia y plaça.
Reformas de la ortografía portuguesa
La diéresis también se usaba en las palabras donde la letra "u" es pronunciada excepcionalmente en los dígrafos "gue", "gui", "que", "qui", en lugar de ser muda como de costumbre; por ejemplo "agüentar," "sagüim," "fréqüente," "eqüidade." Sin embargo, hay una variación regional, por ejemplo, la "u en qüestão" se pronuncia en algunos acentos de portugués brasileño, pero no en el portugués europeo, donde se escribe "questão". Aunque el número de palabras con pronunciaciones tan divergentes es pequeño, se han visto como un obstáculo para la unificación ortográfica del idioma.