Núcleo Linux
El hecho de que Linux no fuera desarrollado siguiendo el diseño de un micronúcleo (diseño que, en aquella época, era considerado el más apropiado para un núcleo por muchos teóricos informáticos), fue motivo de una famosa y acalorada discusión entre Linus Torvalds y Andrew S. Tanenbaum.
Controversia por la denominación GNU/Linux
En 1992, la distribución Yggdrasil Linux adoptó el nombre "Linux/GNU/X". El nombre "GNU/Linux" fue usado primero por Debian en 1994. En el boletín de junio de 1994 de GNU, se hace referencia a Linux como un clon de Unix libre (con muchas utilidades y librerías de GNU). En la edición de enero de 1995, el término "GNU/Linux" fue usado en lugar de "Linux". En mayo de 2006, Stallman liberó Emacs 19.31 con el objetivo de cambiar el nombre del sistema ""Linux"" a ""Lignux"", también apoyando las alternativas de "Sistema GNU basado en Linux" o "Sistema GNU/Linux". Stallman luego usó la denominación "GNU/Linux".