Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Harmonia axyridis
Si bien se la introdujo en muchas partes porque se la consideraba beneficiosa como control de plagas ahora se ha convertido en plaga ella misma. Por eso se han buscado muchos métodos de control en regiones donde ha sido introducida y donde amenaza la biodiversidad de otras especies de coccinélidos nativos y donde puede contaminar las uvas afectando a la industria vinícola. Se están buscando métodos de control biológico usando parásitos y enfermedades causadas por hongos.