Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Vinapú
Debido a la similitud con la arquitectura incaica, según la hipótesis del historiador peruano José Antonio del Busto y de otros como Jean Hervé Daude, Île de Pâques - L'empreinte des Incas, basados en las crónicas españolas del siglo XVI, como la de Pedro Sarmiento, el ahu Vinapú habría sido construido por el inca Túpac Yupanqui durante su expedición al Pacífico en 1465. En los Andes, una de las chulpas de Sillustani fue construida bajo el reinado del inca Túpac Yupanqui de la misma manera que el ahu Vinapú.