Orden Franciscana
A partir de 1210 san Francisco de Asís tuvo su residencia habitual en la iglesia de Porciúncula, en Asís, Italia. Santa Clara, una joven muchacha noble de Asís, y su amiga Pacífica se hicieron seguidoras de san Francisco en 1212. Posteriormente, otras mujeres siguieron su ejemplo. La Segunda Orden de San Francisco fue fundada para las religiosas. El obispo Guido de Cortona les entregó a estas monjas la iglesia de San Damián en Asís. En 2011 había unas 20 000 monjas clarisas en 75 países.
Misión San Francisco de Asís
El explorador José Joaquín Moraga había partido desde la bahía de Monterrey hacia la bahía de San Francisco el 17 de junio de 1776, encabezando una expedición que incluía a los frailes franciscanos Francisco Palóu y Pedro Cambón, la cual arribó diez días después. Allí los religiosos celebraron una misa el 29 de junio en el sitio donde se levantaría el primer establecimiento de la misión de San Francisco de Asís, también conocida como misión Dolores, debido a la cercanía de la laguna "Nuestra Señora de los Dolores".Los nativos que habitaban la zona eran los "ohlone".