Área 51
El intenso secretismo que rodea a la base, cuya existencia no fue reconocida por el Gobierno de los Estados Unidos hasta el 29 de septiembre de 1995, ha llegado a convertirse en el tema principal de las teorías de conspiración y el fenómeno ovni. Todo lo que ocurre en Área 51 es Información Compartimentada y Clasificada como de Alto Secreto, por lo que esta política de seguridad del gobierno asegura que solo aquellos con la suficiente "necesidad de conocimiento" tienen exclusivamente acceso a información que estos requieren, garantizando así que sujetos desconocidos no obtengan información de lo que no conocen.
Destroy All Humans!
Después de algunas misiones en Rockwell y en el suburbio californiano de Santa Modesta, Crypto y Orthopox descubren la existencia de The Majestic y bloquean los intentos del gobierno para detenerlos realizando actos como capturar a sus agentes y científicos , destruir sus armas, causar daños en las distintas ciudades, destruir parte del Área 42 (una referencia al Área 51), luego de descubrir la disección de Cryptosporidium-136, con una bomba atómica con la que se experimentaba y matando al general Armquist. Luego, por accidente, la nave de Crypto se estrella en Union Town por lo que al recuperarla arruina la operación del Majestic. A lo largo del juego, los actos de Crypto son cubiertos por el gobierno y los medios, que los atribuyen a extraños accidentes o al comunismo. También se oye del misterioso jefe del Majestic, Silhouette.