Lenguas de México
Esta tarea fue emprendida por Manuel Orozco y Berra, intelectual mexicano de la segunda mitad del . Algunas de sus hipótesis clasificatorias fueron retomadas por Morris Swadesh a principios del . Las lenguas de México pertenecen a ocho familias de lenguas (además de algunas lenguas de filiación dudosa y otras lenguas aisladas), de las cuales las tres más importantes tanto en número de hablantes como en número de lenguas son las lenguas uto-aztecas, las lenguas mayenses y las lenguas otomangues. Uno de los grandes problemas que presenta el establecimiento de relaciones genéticas entre las lenguas de México es la falta de documentos escritos antiguos que permitan conocer la evolución de las familias lingüísticas. En muchos casos, la información disponible consiste en unas cuantas palabras registradas antes de la desaparición de un idioma.
Lenguas uto-aztecas
Con respecto a la clasificación interna dentro de la familia yuto-azteca se distinguen dos grandes divisiones, una septentrional (grupo yuto o shoshoneana) y otra meridional. La mayoría de las lenguas meridionales se hablan en Mesoamérica y norte de México, mientras que todas las lenguas septentrionales se hablan en Estados Unidos. Esta familia completa se compone de ocho grupos, de los que cuatro conforman la división septentrional y otros cuatro la división meridional. La antigua división nahua o aztecoide constituye un subgrupo de la división meridional.El proyecto comparativo ASJP que se basa en distancia de Levenshtein de una lista de cognados clasifica automáticamente las lenguas en un árbol binario. Para la familia utoazteca el árbol que proporciona (que no necesariamente se corresponde en todos los detalles con el árbol filogenético correcto) es el siguiente: