Universidad
En el continente americano, la primera universidad fundada de acuerdo a la normativa de la monarquía española, fue la Universidad de Santo Tomás de Aquino, el 28 de octubre de 1538, en Santo Domingo, República Dominicana. Unos años después se creó la Real y Pontificia Universidad de San Marcos —actual Universidad Nacional Mayor de San Marcos— en Lima (Perú), fundada por «cédula real» el 12 de mayo de 1551. Esta es la más antigua del continente en funcionamiento continuo. La tercera universidad de América y segunda fundada por la Corona Española fue la Real y Pontificia Universidad de México, fundada el 21 de septiembre de 1551 y convertida en Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM) en 1910. La UNAM se considera una de las universidades con mayor reputación académica de México.
Arquitectura colonial española
Los centros de estudio y universidades, muy similares a las que existían en Castilla y acordes a los sistemas europeos de la época, se propagaron rápidamente por la América hispana, Los conventos de las órdenes religiosas y los seminarios diocesanos fueron en un primer momento los lugares de enseñanza. Los franciscanos fundaron en 1533 el Colegio de San Francisco en Ciudad de México o el Colegio de la Santa Cruz de Tlatelolco, la primera institución de educación superior de América, preparatoria para la universidad, destinada a los indígenas. Dependiendo de la categoría de la ciudad, se fundan universidades. Prontamente, los dominicos, al amparo de su "Studium generale", que habían establecido en su convento de Santo Domingo, consiguieron que estos estudios se elevaran al rango de universidad mediante una bula papal en 1538, siguiendo el modelo de la Universidad de Alcalá. Las dos importantes universidades, situadas en los centros de poder virreinales, la Universidad Nacional Mayor de San Marcos, en Lima, que sería la más antigua, fundada como tal, de América, y la Universidad de México, fueron fundadas ambas en 1551, siguiendo los modelos de Salamanca y Alcalá. También se fundaron colegios mayores como el Colegio Mayor de Santa María de Todos Santos, de 1573.