Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Hiram Bingham III
Mould señaló que el testimonio se puede encontrar en la biografía del investigador que escribió su tercer hijo, Alfred M. Bingham, titulada "Retrato de un explorador: Hiram Bingham descubridor de Machu Picchu". Según esa versión, Alfred M. Bingham descubrió en la libreta de su padre una inscripción que decía "Agustín Lizárraga es el descubridor de Machu Picchu y vive en el pueblo de San Miguel". Además, señaló que en una de las paredes del templo de las Tres Ventanas de la ciudadela figuraba una inscripción hecha a carbón que decía "Lizárraga 14 de julio de 1902"