Impacto ambiental de los plaguicidas
Los organismos no objetivo también pueden verse afectados por los pesticidas. En algunos casos, un insecto plaga controlado por un depredador o parásito beneficioso puede florecer si una aplicación de insecticida mata tanto a las plagas como a las poblaciones beneficiosas. Un estudio que comparó el control biológico de plagas y el insecticida piretroide para las polillas de espalda diamante, una plaga importante de insectos de la familia del repollo, mostró que la población de plagas se recuperó debido a la pérdida de depredadores de insectos, mientras que el biocontrol no mostró el mismo efecto. Del mismo modo, los pesticidas rociados para controlar los mosquitos pueden deprimir temporalmente las poblaciones de mosquitos, a la larga pueden dar como resultado una población más grande al dañar los controles naturales. Este fenómeno, en el que la población de una especie de plaga se recupera en un número igual o mayor que antes del uso de pesticidas, se llama resurgimiento de plagas y puede vincularse a la eliminación de sus depredadores y otros enemigos naturales.
Control biológico
Las bacterias usadas como controles biológicos infectan a los insectos por vía digestiva, por eso a veces proporcionan limitadas opciones para controlar a los insectos con piezas bucales chupadoras como los áfidos y los insectos escamas. "Bacillus thuringiensis" es la especie de bacteria más ampliamente usada, con cuatro subespecies, por lo menos, usadas para controlar mariposas y polillas, escarabajos, moscas y otros insectos plaga. Se puede comprar la bacteria en saquitos de esporas secas. Se las mezcla con agua y fumiga en las plantas vulnerables, como canola y árboles frutales. "B. thuringiensis" también se usa en algunos cultivos para hacerlos resistentes a estas plagas y para reducir el uso de plaguicidas. La bacteria grampositiva, "Paenibacillus popilliae" es útil en el control del escarabajo japonés en los países donde se ha convertido en una plaga invasiva porque los infecta, matando a la larva. Es muy específica y no afecta a otras especies de invertebrados o vertebrados.