Facultad de Informática de San Sebastián
También ha evolucionado con los años la formación de postgrado. Lo que tradicionalmente eran cursos de doctorado hoy en día son Cursos de Máster. La primera experiencia como máster postgrado fue el máster en Ciencia y Tecnología de Computadores" que se impartió entre 1991 y 1993. La oferta actual se concreta en los siguientes másteres: Ingeniería de Sistemas Empotrados, Análisis y Procesamiento del Lenguaje (HAP, Hizkuntzaren Azterketa eta Prozesamendua, desde el curso 2007/08), Sistemas Informáticos Avanzados, Ingeniería Computacional y Sistemas Inteligentes, Tecnología de Apoyo a la Autonomía Personal (a partir del curso 2009/10), y Computación de Altas Prestaciones (a partir del curso 2013/14). Durante el curso 2014/15 se comenzarán a impartir el máster profesional en Ingeniería Informática, y el máster "Erasmus Mundus" Language and Communication Technologies."
Facultad de Letras y Ciencias Humanas (Universidad Nacional Mayor de San Marcos)
La facultad ofrece diversos programas de posgrado con una orientación multidisciplinaria. El programa de maestría es de dos años, incluye cursos, seminarios, tutorías, un examen de calificación, una tesis y un examen de grado. La Facultad de Letras y Ciencias Humanas cuenta con diez programas de maestrías: Maestría en Arte Peruano y Latinoamericano con mención en Historia del Arte; Bibliotecología e Información; Comunicaciones; Educación Intercultural Bilingüe; Escritura Creativa; Filosofía con mención en Epistemología; Filosofía con mención en Historia de la Filosofía; Lengua y Literatura; Lingüística y Literatura con mención en Literatura Peruana y Latinoamericana. También destaca el programa de doctorado con una duración de tres años, los cuales incluyen seminarios, tutorías, un examen de calificación, una tesis y un examen de grado. Ofrece Doctorados en la especialidad de Filosofía; Historia del Arte; Lingüística y Literatura Peruana y Latinoamericana. Además de los programas anteriores, también se brindan estudios de especializaciones y diplomados.