Misa del Papa Marcelo
Las sesiones tercera y de clausura del Concilio de Trento sucedieron en 1562–63, en las cuales se discutió el uso de la música polifónica en la Iglesia católica. El interés residía en dos cuestiones: primero, el uso de música inaceptable, como las canciones seculares proporcionadas con letras religiosas (contrafacta) o las misas basadas en canciones con letras sobre beber y galanteos; y segundo, si la imitación en música polifónica obscurecía las palabras de la misa, interfiriendo con la devoción del oyente. Se debatió si la polifonía tendría que ser prohibida en el culto, y algunos de las publicaciones auxiliares por asistentes del concilio advierten contra estos problemas. Aun así, ninguno de las proclamaciones oficiales del Concilio menciona la música polifónica, exceptuando un mandato contra el uso de música que era, en las palabras del Concilio, "lasciva o impura".
Codex Calixtinus
Desde las primeras transcripciones musicales a finales del siglo XIX, la transcripción de la polifonía del Calixtinus ha sido difícil y polémica. Ello es debido a que la polifonía está en notación lorena, que era la usada en el norte de Francia para el canto monódico gregoriano, por lo cual no expresa ningún valor rítmico particular, sólo el ritmo libre del canto gregoriano. Pero por otra parte, la polifonía tenía que tener forzosamente un ritmo determinado que permitiera a las dos voces (3 en el "Congaudeant catholici") cantar juntas de forma armónica.