Río Congo
El río Congo (anteriormente conocido como Zaire) es un largo río de África Central que fluye en direcciones N, O y SO a través de cuatro países —Zambia, República Democrática del Congo, República del Congo y Angola— hasta desaguar en el océano Atlántico. Tiene una longitud de , que lo sitúan como el , tras los ríos Amazonas, Nilo, Yangtsé, el Misisipi-Misuri, el Yeniséi-, el Amarillo, el Obi-Irtish y el Mekong.
Río Dja
En el tramo final de la reserva, el río también es durante un corto tramo la frontera entre las regiones del Este y del Sur, en la que no entra. Vira hacia el sureste y tras un corto tramo llega a la frontera con la República del Congo. Durante toda la parte final de su curso, en dirección este-sureste, el río formará la frontera natural entre Camerún y el Congo (en concreto, con la región de Sangha).