Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Maleza
Otra de las formas en las que el papel ecológico de una planta puede convertirla en una maleza aunque sea en sí misma inofensiva, es si alberga una plaga que depende de ella para sobrevivir; por ejemplo, las especies de "Berberis" son huéspedes intermedios de los hongos de la roya del tallo, por lo que promueven graves daños en los cultivos de trigo cuando crecen cerca de los campos.