Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Base Machu Picchu
En esta base, el Perú desarrolla diversos proyectos científicos como las investigaciones sobre el krill y sus posibilidades como alternativa para la alimentación humana, proyectos geológicos, biológicos, hidrográficos y geofísicos, en el marco del Tratado Antártico. En 1993 se instaló en un área adyacente a la base un radar para medir los vientos en las capas más altas de la atmósfera. Esto proporciona información sobre el deterioro de la capa de ozono.