Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Universidad Pontificia de México
En 1967, la Sagrada Congregación para la Educación Católica pide como paso previo la creación de un Instituto Superior de Estudios Eclesiásticos. El 30 de noviembre de 1967 se crea dicho instituto. En los años de 1971-1972 se forma una Comisión en el seno de la Conferencia del Episcopado Mexicano (CEM) con la finalidad de promover la creación de una Facultad Teológica. Dicha Comisión, presidida por Monseñor Rosendo Huesca y Pacheco, entonces obispo auxiliar de Puebla, recaba amplia información sobre la necesidad de la Universidad Pontificia de México y los renglones que debería cubrir. En esta ocasión se entrevistó al respecto a los obispos de toda la República Mexicana, a los Superiores de Seminarios Mayores y Casas de Formación Religiosa, a Universidades Católicas Latinoamericanas y Mexicanas, a la Delegación Apostólica y a laicos.