Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Real y Pontificia Universidad de México
En el ámbito educativo, se crearon otras instituciones de educación superior, que tenían intereses distintos a los de la Real y Pontificia Universidad de México, pues contrastaban con la tradición escolástica y ortodoxa de la universidad. Entre ellas se pueden citar: el Real Colegio de Cirugía, fundado en 1778, el Real Colegio de Minería, en 1792, y, dos años más tarde, la Academia de San Carlos de Bellas Artes.