Pesca con explosivos
Los arrecifes de coral dañados por la pesca con explosivos conllevan una disminución instantánea de la riqueza y cuantía de las especies de peces. Las bombas caseras utilizadas en la pesca con explosivos no sólo matan a los peces, pues también destruyen los esqueletos de los corales, creando escombros de corales desbalanceados. La eliminación de los peces también elimina la capacidad de resistencia de los arrecifes de coral al cambio climático, entorpeciendo aún más su recuperación. Tras una sola explosión, los arrecifes se pueden recuperar entre 5 y 10 años, mientras que la práctica frecuente y generalizada de ellas transforma estos ecosistemas biodiversos en escombros inestables continuos.
Isla de Ratones
En 2005, El Comité Caborrojeño Pro-Salud y Ambiente, una organización ecologista llevó a cabo un proyecto de restauración en la isla por la costa norte para tratar de detener la erosión y la sedimentación que está amenazando los arrecifes de coral y los manglares que rodean la isla. La isla ha perdido aproximadamente el 45 por ciento de su superficie en los últimos 60 años debido a la decoloración de los corales, las enfermedades y la destrucción de los arrecifes por la fuerza de las olas y corrientes. En 2006, la Universidad Interamericana de Puerto Rico recibió donaciones para implementar una segunda fase del proyecto de restauración.