Núcleo Linux
El hecho de que Linux no fuera desarrollado siguiendo el diseño de un micronúcleo (diseño que, en aquella época, era considerado el más apropiado para un núcleo por muchos teóricos informáticos), fue motivo de una famosa y acalorada discusión entre Linus Torvalds y Andrew S. Tanenbaum.
Controversia por la denominación GNU/Linux
Muchos usuarios y vendedores que prefieren el nombre "Linux" puntualizan la inclusión de herramientas no-GNU y no-Kernel como el Servidor Apache HTTP, el X Window System o KDE en el sistema operativo para usuario final basado en el núcleo Linux. Como lo dijo Jim Gettys, creador de X: