Lenguas guanches
El guanche no ha sido clasificado con certeza. Muchos lingüistas proponen que el guanche era probablemente un idioma bereber, o que al menos estaba relacionado con los idiomas bereberes. Sin embargo, las palabras bereberes reconocibles son principalmente vocabulario agrícola o ganadero, mientras que no se han identificado inflexiones gramaticales bereberes y hay una gran cantidad de vocabulario que no se parece en absoluto al bereber. Por ello, es posible que el guanche en realidad solo tuviera el bereber como sustrato y no perteneciera a su familia lingüística.
Lenguas de la bahía Geelvink oriental
Clouse 1997 desclasificó las lenguas del llano Lakes y las lenguas del alto río Mamberamo de entre las lenguas trans-neoguineanas, que habían sido así clasificadas por Wurm y consideró que estaban relacionadas con las lenguas de bahía Cenderawasih. Sin embargo, en su clasificación Malcolm Ross (2005) basada en evidencia comparativa para los pronombres, situó a las lenguas de bahía Cenderawasih y a las lenguas yawanas dentro de la tentativa macrofamilia papú occidental.