Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Tachinidae
Algunas especies de taquínidos parasitan especies que son consideradas plagas. Por eso se las puede usar como controles biológicos. Algunas especies son generalistas, por ejemplo "Compsilura concinnata" usa por lo menos 200 huéspedes diferentes y no se puede usar como control biológico por su falta de especificidad. Otros, en cambio, son altamente específicos y sirven para este fin, por ejemplo "Istocheta aldrichi", que ha sido introducida en Norteamérica para controlar al escarabajo japonés. Otro ejemplo es "Triarthria setipennis" que controla a "Forficula auricularia".