Núcleo Linux
El hecho de que Linux no fuera desarrollado siguiendo el diseño de un micronúcleo (diseño que, en aquella época, era considerado el más apropiado para un núcleo por muchos teóricos informáticos), fue motivo de una famosa y acalorada discusión entre Linus Torvalds y Andrew S. Tanenbaum.
Controversia por la denominación GNU/Linux
Los primeros desarrolladores de Linux lo adaptaron específicamente para trabajar con GNU, y luego, cuando los desarrolladores de GNU aprendieron sobre Linux adaptaron partes de GNU para trabajar con él. Así Linux compensó la mayor necesidad del sistema operativo GNU.