Universidad Nacional Autónoma de México
De acuerdo con documentos oficiales y el discurso de las autoridades de la UNAM, ésta es heredera histórica de la Real y Pontificia Universidad de México; ubicada en la calle de Moneda número 2 en el Centro Histórico de Ciudad de México. Por su parte, la fundación de la Real y Pontificia se remonta al 21 de septiembre de 1551, con el nombre "Real Universidad de México". Ésta inauguró sus cursos el 25 de enero de 1553 cuando era virrey de la Nueva España don Luis de Velasco y Ruiz de Alarcón, y a partir de 1595 se convirtió en «Real y Pontificia», mediante bula concedida por el papa Clemente VIII. El linaje es disputado por la actual Universidad Pontificia de México, que dice ser la verdadera sucesora.
Primera universidad de América
La primera universidad de América es la institución origen de la educación superior universitaria en el Nuevo Mundo. Esta surge oficialmente en el siglo en el Imperio español, a través de la fundación de la Universidad Nacional Mayor de San Marcos el 12 de mayo de 1551, la cual se dio con autorización real, a través de una Real Provisión y Real Cédula emitida por el rey Carlos I de España y V del Sacro Imperio Romano Germánico. Esta institución, referida inicialmente como la «Real Universidad de Lima», sería por aquel entonces el principal centro educativo del Virreinato del Perú, y es además considerada en la actualidad la universidad más antigua de América, al ser la única universidad americana del siglo que ha mantenido un continuo funcionamiento. Además de la anterior institución, también existe una primacía extra-oficial por la parte de la Universidad Santo Tomás de Aquino, la cual indicó tener una prioridad entre las universidades americanas en base en una bula de Paulo III del 28 de octubre de 1538. Sin embargo, esta no contó con autorización real, ni por Real Cédula ni Real Provisión, por lo cual su fundación no se considera oficial. En el siglo , el rey Fernando VI prohibiría explícitamente a esta universidad denominarse primada. En el el siglo , esta universidad sería clausurada en el en el contexto de conflictos internos de la República Dominicana.