Impacto ambiental de los plaguicidas
Los organismos no objetivo también pueden verse afectados por los pesticidas. En algunos casos, un insecto plaga controlado por un depredador o parásito beneficioso puede florecer si una aplicación de insecticida mata tanto a las plagas como a las poblaciones beneficiosas. Un estudio que comparó el control biológico de plagas y el insecticida piretroide para las polillas de espalda diamante, una plaga importante de insectos de la familia del repollo, mostró que la población de plagas se recuperó debido a la pérdida de depredadores de insectos, mientras que el biocontrol no mostró el mismo efecto. Del mismo modo, los pesticidas rociados para controlar los mosquitos pueden deprimir temporalmente las poblaciones de mosquitos, a la larga pueden dar como resultado una población más grande al dañar los controles naturales. Este fenómeno, en el que la población de una especie de plaga se recupera en un número igual o mayor que antes del uso de pesticidas, se llama resurgimiento de plagas y puede vincularse a la eliminación de sus depredadores y otros enemigos naturales.
Chiroptera
Los murciélagos pueden resultar útiles como agentes de control biológico, reduciendo o limitando el crecimiento de poblaciones de insectos u otros artrópodos que de lo contrario se podrían convertir en una plaga. De esta forma protegen indirectamente a los humanos y a otros animales de enfermedades transmitidas por insectos, y evitan que su crecimiento descontrolado ponga en peligro las plantaciones vegetales. Existen estudios recientes que indican que contribuyen de manera decisiva al control de plagas, como el realizado por la Universidad Cornell, que recomienda a los agricultores que intenten aumentar las poblaciones locales de murciélagos y golondrinas entre mayo y julio, que es cuando más efecto pueden tener sobre las poblaciones de insectos. Otro estudio publicado en 2008 en la revista "Science" reveló que los murciélagos eran significativamente más eficientes que las aves en tareas de control biológico; las plantas en las que se impedía el acceso a las aves tenían un 65% de artrópodos más que las plantas control, mientras que las plantas en las que no se dejaba acceder a los murciélagos tenían un 153 % más. Según este estudio, los murciélagos también protegen en cierta medida a las plantas de los animales herbívoros.