Club Atlético Los Andes
El clásico rival histórico de Los Andes es el Club Atlético Banfield, de la vecina ciudad homónima. La rivalidad nace en los primeros tiempos de la era profesional del fútbol argentino. Han jugado 56 partidos, con 12 partidos ganados por el "milrayitas", 22 por el "taladro" y 22 empates, con una ventaja en el historial para el conjunto banfileño. de la vecina ciudad de Lomas de Zamora, con el cual ya comenzó a rivalizar en los inicios de la era profesional del fútbol argentino.
Asociación Mutual Social y Deportiva Atlético de Rafaela
Históricamente su clásico rival es 9 de Julio de Rafaela, aunque hace muchos años que no compiten debido a que se encuentran en diferentes categorías. En las últimas etapas de Atlético en la Primera B Nacional, disputó algunos encuentros con gran rivalidad frente a Ben Hur, también de Rafaela, debido a que este último había ascendido a dicha categoría. Actualmente ambos equipos están en distintas divisiones.