Machu Picchu
El conjunto del sitio arqueológico ha sido construido sobre el batolito de Vilcabamba, compuesto de rocas intrusivas que datan aproximadamente de unos 250 millones de años, intrusivos Permo-Triásicos principalmente de granito blanco a grisáceo, cortado por algunas vetas de tonalitas y talcesquistos. El macizo granítico se encuentra cortado por una serie de fallas y diaclasas que juegan un papel importante en la conformación actual del relieve y en su evolución. En el Mapa Geológico del Cuadrángulo de Machu Picchu (27-q) del Instituto Geológico Minero y Metalúrgico del Perú se observan dos grandes fallas de rumbo regionales que cortan la zona, llamadas Fallas Huayna Picchu y Machu Picchu, de orientación NE-SO. Estas fallas no han tenido actividad reciente.
Historia colonial del Cuzco
Fracasada la expedición a Chile, regresó Diego de Almagro al Cuzco el 8 de mayo de 1537 e impuso su autoridad sobre los hermanos de Francisco Pizarro, a quienes apresó por algunas semanas. Luego emprendió la campaña contra Manco Inca, propinándole una severa derrota en Vitcos, localidad misteriosa que algunos investigadores, como Juan José Vega (1992), sospechan haya sido Machu Picchu. Luego, el inca rebelde huyó a Vilcabamba, donde sería asesinado en 1542 por unos fugitivos españoles a los que dio asilo.