Perro mestizo
Las poblaciones son especialmente vulnerables cuando los perros criados están estrechamente relacionados. La endogamia entre los purasangres ha puesto de manifiesto varios problemas de salud genéticos no siempre evidentes en las poblaciones menos uniformes (como la displacía de cadera). Los perros de raza mixta son genéticamente más diversos debido a la naturaleza más desordenada de apareamiento de sus parentales. La descendencia de estos apareamientos puede ser menos propensa a expresar ciertos trastornos genéticos ya que puede haber una disminución de la probabilidad de que los dos padres sean portadores de los mismos alelos perjudiciales recesivos. Sin embargo, algunos genes con alelos recesivos deletéreos (genes letales), se presentan a través de muchas razas aparentemente sin relación, por lo tanto mezclar las razas no es garantía de salud genética, (únicamente de diversidad), pero el entrecruzamiento de dos ejemplares genéticamente pobres no garantizará que la descendencia resultante será más saludable que los padres, porque la descendencia podría heredar los peores rasgos de ambos padres. Esto se ve comúnmente en los perros que vienen de fábricas de cachorros. En muchas líneas de perros de raza pura se han perdido los rasgos saludables debido a que los criadores de perros con pedigree están más interesados en conservar de una generación a otra la “conformación” -las características físicas de los perros en relación con el estándar de la raza- que la salud y el temperamento de trabajo para los que el perro fue criado originalmente.
Fábricas de cachorros
Debido a las deplorables condiciones de cría en estas fábricas, los cachorros sufren problemas de salud y/o de conducta. Los cachorros que crecen en espacios pequeños, compartidos con muchos otros perros no se socializan adecuadamente ni con otros perros ni con humanos. A continuación son transportados a largas distancias en pésimas condiciones y esto, a veces, produce estrés o incluso la muerte del animal. A medida que los perros de granja supervivientes crecen, son más propensos a desarrollar enfermedades respiratorias y neumonía, así como defectos hereditarios como la displasia de cadera (canina). Además, los perros de las fábricas de cachorros son más propensos a desarrollar problemas de conducta. Los cachorros de las granjas se suelen vender como perros de pura raza para intentar aumentar el precio asociado a esta clase de perros. Sin embargo, debido a las prácticas de cría indiscriminada de las granjas de perros, puede que el animal no sea en realidad un cachorro de pura raza. Los llamados «distribuidores» son los encargados de vender la gran mayoría de los animales procedentes de las fábricas de cachorros a las tiendas de animales. Algunos distribuidores que venden cachorros se hacen pasar por auténticos criadores. Recientemente se ha descubierto que las tiendas de animales adquieren la mayoría de los cachorros de las granjas de perros. El Consejo Mixto de Asesoramiento de la Industria de las Mascotas (PIJAC) informó que aproximadamente entre 3.500 y 3.700 tiendas de animales de las 11.500 a 12.000 que hay en Estados Unidos adquieren animales procedentes de granjas de perros. También se estima que las tiendas de animales venden entre 300.000 y 500.000 cachorros cada año.