Impacto ambiental de los plaguicidas
Los organismos no objetivo también pueden verse afectados por los pesticidas. En algunos casos, un insecto plaga controlado por un depredador o parásito beneficioso puede florecer si una aplicación de insecticida mata tanto a las plagas como a las poblaciones beneficiosas. Un estudio que comparó el control biológico de plagas y el insecticida piretroide para las polillas de espalda diamante, una plaga importante de insectos de la familia del repollo, mostró que la población de plagas se recuperó debido a la pérdida de depredadores de insectos, mientras que el biocontrol no mostró el mismo efecto. Del mismo modo, los pesticidas rociados para controlar los mosquitos pueden deprimir temporalmente las poblaciones de mosquitos, a la larga pueden dar como resultado una población más grande al dañar los controles naturales. Este fenómeno, en el que la población de una especie de plaga se recupera en un número igual o mayor que antes del uso de pesticidas, se llama resurgimiento de plagas y puede vincularse a la eliminación de sus depredadores y otros enemigos naturales.
Contaminación agrícola
El uso de agentes biológicos para el control de plagas, o el uso de depredadores, parasitoides, parásitos y patógenos para controlar las plagas agrícolas, tiene el potencial de reducir la contaminación agrícola asociada con otras técnicas de control de plagas, como el uso de pesticidas. Sin embargo, los méritos de la introducción de agentes de biocontrol no nativos han sido ampliamente debatidos. Una vez liberado, la introducción de un agente de biocontrol puede ser irreversible. Los posibles problemas ecológicos podrían incluir la dispersión de los hábitats agrícolas en ambientes naturales y el cambio o la adaptación del huésped para utilizar una especie nativa. Además, predecir los resultados de la interacción en ecosistemas complejos y los posibles impactos ecológicos antes de la liberación puede ser difícil.