Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Control biológico
Las bacterias usadas como controles biológicos infectan a los insectos por vía digestiva, por eso a veces proporcionan limitadas opciones para controlar a los insectos con piezas bucales chupadoras como los áfidos y los insectos escamas. "Bacillus thuringiensis" es la especie de bacteria más ampliamente usada, con cuatro subespecies, por lo menos, usadas para controlar mariposas y polillas, escarabajos, moscas y otros insectos plaga. Se puede comprar la bacteria en saquitos de esporas secas. Se las mezcla con agua y fumiga en las plantas vulnerables, como canola y árboles frutales. "B. thuringiensis" también se usa en algunos cultivos para hacerlos resistentes a estas plagas y para reducir el uso de plaguicidas. La bacteria grampositiva, "Paenibacillus popilliae" es útil en el control del escarabajo japonés en los países donde se ha convertido en una plaga invasiva porque los infecta, matando a la larva. Es muy específica y no afecta a otras especies de invertebrados o vertebrados.