Bacillus thuringiensis
La exposición constante a una toxina da lugar a la presión selectiva, que contribuye a que las plagas se hagan resistentes a la toxina. Actualmente, se sabe que la población de un tipo de polillas se ha vuelto resistente al Bt en forma de spray (es decir, sin ingeniería genética) cuando se utiliza en la agricultura ecológica. El mismo investigador ha informado recientemente del primer caso documentado de una plaga resistente al algodón transgénico.
Control de mosquitos
Otro método de control bajo investigación para el "Aedes aegypti" utiliza una población genéticamente modificada que requiere el antibiótico tetraciclina para desarrollarse más allá de la etapa de larva. Los machos modificados se desarrollan normalmente en un criadero donde se les proporciona este químico y posteriormente son liberados. Sin embargo, la siguiente generación no poseerá tetracilina en la naturaleza y nunca madurarán. Las Islas Caimán, Malasia y Brasil fueron campos de prueba de control de mosquitos que causan el dengue. En abril de 2014, La Comisión Técnica para la Bioseguridad de Brasil aprobó el lanzamiento comercial de mosquitos modificados. En Estados Unidos, la FDA es la agencia encargada de la regulación de mosquitos modificados. En 2014 y 2018, se reportaron investigaciones acerca de otros métodos genéticos incluyendo incompatibilidad citoplásmica, translocaciones cromosómicas, distorsión de sexo y reemplazamiento de genes. A pesar de que están alejados de la fase de pruebas en campo, si estos métodos se prueban eficaces, tienen el potencial de ser más baratos y más eficientes contra el mosquito.