الدولة المملوكية
بعد وفاة الملك الكامل ناصرُ الدين مُحمَّد الأيُّوبي في سنة 635هـ المُوافقة لِسنة 1238م، عارض مماليكه ما جرى من تنصيب ابنه الأصغر سيفُ الدين أبو بكر، فتحالفوا مع المماليك الأشرفيَّة بِزعامة عز الدين أيبك، وتآمروا على خلع أبي بكر في سنة 637هـ المُوافقة لِسنة 1240م، وهزموا من ناصرهُ من الكُرد. بعد ذلك فرض المماليك الكامليَّة (مماليك الملك الكامل)، وكانوا الأقوى على الساحة السياسيَّة، فرضوا رغبتهم على الأشرفيَّة بِتنصيب نجم الدين أيُّوب بن مُحمَّد على العرش السُلطاني، فاستُدعي الأخير من حصن كيفا في الجزيرة الفُراتيَّة لِتولِّي السُلطة في مصر، التي دخلها في سنة 638هـ المُوافقة لِسنة 1240م، وجلس على العرش وتلقَّب بِالملك الصَّالح. كانت قضيَّة تنصيب الملك الصَّالح سابقةً في تاريخ مصر والإسلام، إذ قام المماليك لِأوَّل مرَّة بِدورٍ سياسيٍّ ضاغط، فأضحوا الأداة الطيِّعة لِلسلاطين الأيُّوبيين لِلاحتفاظ بِسُلطانهم وتفُّوقهم، ممَّا أدَّى إلى تضخُّم نُفُوذهم السياسي، وازدادوا شُعُورًا بِأهميَّتهم. أدرك الصَّالح أيُّوب مدى أهميَّة المماليك لِلاستمرار في الحُكم ممَّا دفعهُ إلى الإكثار من شرائهم إلى درجةٍ لم يبلغها غيره من أهل بيته، حتَّى أضحى مُعظم جيشه منهم. واعتنى بِتربيتهم تربية خاصَّة ثُمَّ جعلهم بطانته وحرسه الخاص. استغلَّ المماليك الصالحيَّة سطوتهم في مُضايقة الناس والعبث بِمُمتلكاتهم وأرزاقهم، حتَّى ضجَّ الشعب من عبثهم واعتداءاتهم، فرأى الصَّالح أيُّوب أن يُبعدهم عن العاصمة، فاختار جزيرة الروضة في نهر النيل لِتكون مقرًّا له، فانتقل إليها مع حاشيته ومماليكه الذين بنى لهم قلعة خاصَّة أسكنهم بها، فعُرفُوا مُنذُ ذلك الحين بِـ«المماليك البحريَّة الصالحيَّة». تعرَّضت مصر في أواخر أيَّام الصَّالح أيُّوب إلى غزوٍ صليبيٍّ كبير بِقيادة لويس التاسع ملك فرنسا، ففي فجر السبت 22 صفر 647هـ، المُوافق فيه 5 حُزيران (يونيو) 1249م، نزل الصليبيُّون برَّ مدينة دُمياط، واحتلُّوا المدينة بِسُهولة بعد انسحاب حاميتها وهروب أهلها منها. وتُوفي في تلك الفترة الحرجة الصَّالح أيُّوب بعد أن اشتدَّ عليه المرض، فأخفت زوجته شجر الدُّر موته خشية تضعضع أوضاع المُسلمين، وأرسلت تدعو ابنه الوحيد توران شاه من حصن كيفا، لِلقُدوم إلى مصر على عجلٍ لِيتولَّى الحُكم. علم الصليبيُّون بِوفاة الصَّالح أيُّوب رُغم كُل الاحتياطات التي اتخذتها شجر الدُّر لِإخفاء وفاة زوجتها، فاتخذوها فُرصةً لِتوجيه الضربة القاضية لِلمُسلمين قبل أن يفيقوا من هول الصدمة، فتركوا دُمياط وزحفوا نحو المنصورة. أمسك المماليك بِزمام الأُمُور بِقيادة فارس الدين أقطاي الجمدار، الذي أصبح القائد العام لِجيش المُسلمين، ووضع زعيمهم بيبرس البندقداري خطَّة عسكريَّةً مُحكمةً كفلت النصر على الصليبيين، وفي تلك الأثناء وصل توران شاه إلى مصر وتسلَّم مقاليد الأُمُور، وأعدَّ خطَّةً أُخرى ضمنت النصر النهائي على الصليبيين في فارسكور، فهُزم هؤلاء هزيمةً كُبرى وأُفني جيشهم على يد المماليك، ووقع لُويس التاسع نفسهُ في الأسر. على هذا الشكل انتهت الحملة الصليبيَّة على مصر بِفضل جُهُود المماليك.
الكنيسة المارونية
هاجم المماليك جبة بشري أول مرة عام 1268، وأعادوا الكرة عام 1283 وتابعوا نحو إهدن، ثم طالت حملاتهم كسروان عام 1305 وشملت تهجير قاطنيها من الشيعة، وفي العام 1365 قام المماليك بالقبض على البطريرك جبرائيل الحجولي وأحرقوه حيًا في طرابلس، ويذكر التاريخ أن الظاهر بيبرس قد قتل 16 ألف شخصًا لدى استرجاعه أنطاكية وأنه هدم حصن طرابلس بمن فيه، فضلاً عن مذبحتي عاصي الحدث وقلعة الحوقا، لذلك يصفه المؤرخون بأنه قد أفرط في استعمال القوة بحق شعبه، وإن كانت فترة حكم المماليك البحرية مأساوية فإن الحال قد تبدلت بعد وصول السلطان برقوق إلى السلطة وقيام دولة المماليك البرجية، إذ أكرم هذا السلطان ومن تلاه، الموارنة وجعل دير قنوبين متقدمًا على سائر الأديار ودعم المقدمين، وهم حكام محليين موارنة في القرى، وجعل أيوب مقدم بشري رئيسًا عليهم، واستمر هؤلاء يتولون شؤون الحكم حتى مطلع القرن السابع عشر وقد كانت علاقتهم بالكنيسة والبطريركيّة قوية للغاية حتى أنهم قبلوا رتبة الشدياق الكنسية كعلامة خضوعهم لها، وقد شارك البطريرك خلال تلك الفترة عن طريق ممثليه في مجمع فلورنسا الرابع عام 1439، وإثر عودة المبعوثين حصلت قلاقل والسلنطة المملوكية ما حدا بالبطريرك يوحنا الجاجي مغادرة الكرسي البطريركي في ميفوق وانتقاله إلى وادي قاديشا في قنوبين.