عبد الملك الحوثي
قامت الحرب الأولى بعد إتهام الحكومة له بإنشاء تنظيم مسلح على غرار حزب الله وتولى عبد الملك قيادة الحركة المتمردة على الحكومة اليمنية بعد مقتل مؤسسها أخيه حسين في 10 سبتمبر 2004 حيث كان أحد القادة الميدانيين البارزيين في الحرب مع الحكومة وقبل أيام قليلة من مقتل حسين بدر الدين الحوثي تلقى عبدالملك منه رسالة مكتوبة تحتوي على توجيهات وخطط للمواجهات مع الحكومة، وقيل أن عبد الملك كان حينها يحاول مع جماعته فك الحصار الذي فرضه الجيش اليمني على اخية حسين الذي كان متحصنناً في كهف جبلي يدعى "جرف سلمان"، حيث تمكنت وحدات من الجيش من قتل حسين الحوثي في 10 سبتمبر 2004 وتوقفت حينها الحرب الأولى، وأنسحب عبدالملك مع رفاقه إلى منطقة جبلية على الحدود مع السعودية.
عبد الملك الحوثي
وساند الحوثيين الحراك الجنوبي وأبناء المحافظات الجنوبية ودعموا القضية الجنوبية في مؤتمر الحوار الوطني حيث رفض الطرفين مشروع الدولة الإتحادية ذو السته الأقاليم وطالبوا بأقليمين شمالي وجنوبي فقط،، ويقال أن التقارب بين الحراك الجنوبي والحوثيين ناتج عن الدعم الإيراني للحراك الجنوبي وينفي الحراك الجنوبي أي تعاون مع إيران ولا يخفي عضو لجنة الحوار الوطني عن جماعة "أنصار الله" عبد الكريم جذبان وجود علاقة بين جماعته والحراك الجنوبي والتي يصفها بـ"الجيدة" وأنها تجمع طرفين "تعرضا للظلم من قبل السلطة" بدليل وضع "القضية الجنوبية" على رأس جدول أعمال مؤتمر الحوار الوطني، وقضية صعدة كبند ثان.