Пётр Мартир Вермильи
По прибытии в Цюрих Вермильи прошёл собеседование относительно своих религиозных взглядов с несколькими протестантскими лидерами, включая Генриха Буллингера, Конрада Пелликана и и, по результатам, был допущен до преподавания протестантского богословия. К сожалению, однако, ни в Цюрихе, ни в Базеле, куда Пётр отправился вскоре, свободных вакансий не оказалось. Базельские гуманисты и помогли ему перебраться в Страсбург — первый деньгами, а второй дал рекомендательное письмо к Мартину Буцеру. Вермильи прибыл в Страсбург 28 октября 1542 года. Неделю или две он жил в доме Буцера, о чём последний написал в письме к Кальвину, характеризуя итальянца как сведущего в языках и Священном Писании. Итальянскому эмигранту, без знания немецкого языка и средств к существованию требовалась работа, и поптимальный вариант был очевиден для Буцера. Преподавание библейских языков занимало важное место в программе евангелических реформ, однако в городе не было ни университета, ни даже хорошей латинской школы. С начала 1520-х годов Буцер и гебраист Вольфганг Капитон давали публичные лекции по Библии, ими были подготовлены латинские и немецкие издания книг Ветхого Завета. Новый импульс педагогическая активность в Страсбурге получила в 1537 году с прибытием в город Иоганнеса Штурма. В январе 1538 года Штурм, опираясь на принципы евангелического гуманизма, основал («Высшую школу»). Учебный процесс делился на девять ступеней и его целью была подготовка всесторонне образованных священников, владеющих латынью, греческим и ивритом. Среди первых преподавателей гимназии был Жан Кальвин, приглашённый Буцером из Базеля в 1539 году преподавать Новый Завет. После смерти Капитона в конце 1541 года место преподавателя Еврейской Библии оставалось вакантным, и в начале 1543 года года, при содействии Буцера, его получил Вермильи.
Пётр Мартир Вермильи
С 1537 года Вермильи был переведён в монастырь в Неаполе. Благодаря новому назначению состоялось знакомство с испанцем Хуаном де Вальдесом, предводителем движения . Под влиянием Вальдеса Пётр начал читать труды протестантских реформаторов — Зимлер упоминает комментарии Мартина Буцера к Новому Завету и Псалмам, "De vera et falsa religione" (1525) и "De providentia" (1528) Ульриха Цвингли, а также неназванные труды Эразма. Постепенно Вермильи пришёл к принятию протестантской доктрины sola fide и отказу от традиционного понимания . Примерно в 1539 году отступничество Вермильи стало явным, о чём следователь по делу спиритуалов Каэтан Тиенский доложил вице-королю Неаполя герцогу Альбе. Петру было запрещено проповедовать, однако этот запрет продлился не долго. Позиции Вермильи в конгрегации также не пострадали, и в 1541 году он был назначен на важный пост приора базилики Святого Фридиана в Лукке — эта должность давала над половиной города. Как и ранее в Сполето, свои усилия Вермильи направил на искоренение моральной слабости монахов. С этой целью он основал колледж по образцу кембриджского колледжа и оксфордского колледжа Корпус-Кристи. Преподавание в нём велось на греческом, латыни и иврите, а среди преподавателей были гуманисты , , Челио Секондо Курионе и .