Чечня
С началом Второй чеченской войны была сформирована пророссийская администрация Чеченской республики. Возглавил её муфтий Ахмат Кадыров, который, после укоренения ваххабизма в 1997 году в Чечне международными эмиссарами, выступил против не характерного для традиционного Ислама и менталитета чеченского народа направления, милитаризации республики и торговли людьми. 25 июля 1998 года по его инициативе прошёл Конгресс мусульман Северного Кавказа, участники которого поддержали муфтия Чечни, резко осудив ваххабизм в форме религиозного экстремизма. Активные и последовательные действия А. Кадырова против ваххабизма привели к тому, что данную идеологию не приняло большинство мусульманского населения Чечни. С целью объединения и организации чеченского общества на восстановление и развитие республики, для прекращения военных действий главой временной администрации Чеченской Республики Указом президента России 12 июня 2000 года назначен Кадыров А. А., обладавший необходимым авторитетом среди жителей, старейшин и духовенства, который предложил программу мирного возрождения республики, которую согласовал с Президентом и Правительством России, получив поддержку чеченского сообщества — органов государственной власти, местного самоуправления, лидеров чеченских социальных институтов. Была оказана инициативная поддержка правоохранительным органам со стороны местных сообществ по формированию отрицательного мнения к незаконным вооружённым формированиям, боевикам.
Ликвидация Джохара Дудаева
После того, как весной 1996 года после нескольких вылазок боевиков стало ясно, что запланированное ранее примирение с Дудаевым невозможно, начались поиски возможности его уничтожения. Ельцин накануне уничтожения российской военной колонны у Ярышмарды, во время приезда в Краснодар, заявил: "«Война завершена. Готов обсуждать с Дудаевым, как будем жить с Чечней»". Но после того, как ему доложили о разгроме колонны, уже объявил: "«Встречаться с Дудаевым не стану. Я с бандитами не разговариваю»". На время проведения операции оказало влияние и катастрофическое падение рейтингов популярности Бориса Ельцина в преддверии президентских выборов. Весной 1996, когда Ельцин имел все шансы проиграть выборы, было принято решение ликвидировать Дудаева любой ценой. По словам, приписываемым Ахмату Кадырову, в рамках президентской кампании 1996 года предвыборный штаб Бориса Ельцина посоветовал ему поскорее завершить конфликт в Чечне и провести мирные переговоры с любыми представителями сепаратистов, за исключением Дудаева, которого в стране считали инициатором конфликта. Организовать операцию по ликвидации Дудаева было поручено начальнику президентской охраны Александру Коржакову и директору ФСБ Михаилу Барсукову. Активную помощь им оказывал и тогдашний шеф ГРУ Федор Ладыгин.