Аялон (пещера)
Редкость таких экосистем, как пещера Аялон, высокая степень биологического разнообразия и высокая доля эндемичных видов флоры в ней уже привело к требованию принять меры по их немедленной защите. Даже случайное открытие доступа к пещере привело к нарушению биома. Гораздо большее влияние имеет снижение из-за чрезмерного забора воды из водоносного горизонта. В области пещеры Аялон с 1951 года понижение уровня грунтовых вод составило 13 м. В результате, площадь пещерного озера уменьшилась с примерно 4000 до 400 квадратных метров, и большая часть из районов озера все ещё находится в процессе падения уровня воды и формирования сухих подземных проходов и полостей.
Каракокшинская пещера
Находится в популярном туристском районе, примерно в 20—25 км от Каракольских озёр, добраться до неё можно по конной тропе. Суммарная протяжённость ходов 490 метров, глубина 24 метра. Пещера имеет два входа, характерна двухэтажным строением, по нижнему этажу течёт ручей, который перехватывается с поверхности вблизи верхнего входа. Этот же ручей появляется на дне Воронки, расположенной ниже пещеры по сухому руслу, и которая настолько известна, что является сама по себе экскурсионным объектом. В период весеннего паводка верхний этаж пещеры частично затапливается и становится непроходимым. Самый большой зал пещеры — зал Орла, высотой 7 метров. Пещера внесена в Красную книгу (особо охраняемые территории и объекты) Республики Алтай. Каракокшинская известна как самая высокорасположенная из крупных пещер Алтая. Высота входа около 1700 м н.у.м.