Преголя
Преголя является самой длинной рекой, полностью протекающей в границах Калининградской области. Преголя берёт начало от слияния Инструча и Анграпы, в районе города Черняховска. Ширина Преголи в Черняховске составляет 20 метров, в Калининграде — 80 метров. Глубина от 2-3 метров в верхнем течении и до 8-16 в нижнем. За Гвардейском, в районе посёлка Озерки, Преголя разделяется на два параллельных русла, Новая Преголя (северное русло) и Старая Преголя (южное русло). Во многих местах эти русла соединяются протоками, таким образом образуется большое число островов. Последний остров перед устьем — Кнайпхоф (остров Канта) в Калининграде, за ним Старая и Новая Преголи соединяются в единое русло.
Калининградская область
В Калининграде, Пионерском и Балтийске крупные незамерзающие морские порты, крупнейший из них — в Калининграде. Балтийск связан с Санкт-Петербургом паромной переправой и с Гданьском пассажирской линией (эксплуатируется польским пароходством). В городе Светлый действует нефтетерминал мощностью 6 млн тонн нефти и нефтепродуктов.
В Калининграде и Черняховске есть речные порты. Судоходные реки — Преголя и Неман, они связаны между собой судоходным путём, проходящим по реке Дейме и реке Матросовке. Важнейшая речная судоходная компания — «Западное речное пароходство».