Исаакиевский собор
Одной из главных проблем стал выбор техники исполнения живописных панно. По первоначальному предложению Кленце (с ним был согласен Николай I), росписи собора должны были выполняться в технике энкаустики. Однако Бруни, привлечённый к обсуждению способа исполнения будущих росписей, после консультаций с Кленце, прошедших в начале 1842 года в Мюнхене, сделал доклад, в котором указал, что эта техника живописи совершенно непригодна для климатических условий Петербурга. Опираясь на мнение реставратора Валати, Бруни высказался за масляную живопись на холсте, обрамлённую медными рамами с дном. Монферран также склонялся в пользу масляной живописи. Бруни поручили выполнить образец росписи энкаустикой по меди, однако вскоре было решено расписывать стены собора масляными красками по специальному грунту, а образа исполнить маслом на бронзовых досках. Согласно распределению работ Брюллов должен был расписать главный купол (самая большая композиция площадью 800 квадратных метров) и паруса в центральном нефе, Бруни — коробовый свод и аттик главного нефа, Басин — приделы Александра Невского и св. Екатерины. Западная часть собора была отведена под сюжеты на темы из Ветхого завета, восточная — эпизодам из жизни Христа.
Исаакиевский собор
Был создан специальный комитет для наблюдения за ходом осадки, однако никаких измерений появлявшихся деформаций не проводилось. В 1846 году комитет объявил, что осадка не повлияла на прочность собора, и что её процесс завершился. Однако мраморная облицовка фасадов продолжала лопаться, колонны отклонялись от вертикали (максимальный размер отклонений составил 160 мм), к тому же с карниза начали падать мраморные модильоны. В 1873 году, когда из-за изменения первоначального положения треснули архитравы, было решено провести капитальный ремонт собора. Колоннам было придано вертикальное положение, для чего устроили леса, принявшие нагрузку антаблементов с фронтонами, сняты бронзовые капители и срублены верхние части колонн. Были также заменены треснувшие облицовочные плиты из руксеальского мрамора на фасаде. Ремонтные работы были завершены к 1898 году. В своём докладе на III съезде зодчих (1900) их руководитель Е. Сабанеев подробно описал ход работ и отметил в завершение, что осадка здания согласно многолетним наблюдениям прекратилась, а значит, колонны более не должны изменять своего положения.