Террористические акты 11 сентября 2001 года
Заявления «Аль-Каиды» добавили веса мнению о том, что именно эта организация ответственна за организацию атак 11 сентября. В своём видеообращении 2004 года, в котором бен Ладен по видимому подтверждает своё участие в событиях, он указал в качестве причин Ливанскую войну 1982 года, в которой, по его мнению, есть вина США. В этом видео бен Ладен заявил, что они хотят «"восстановить свободу своей нации"», «"наказать настоящего агрессора"», и нанести экономический ущерб Соединённым Штатам. Декларируется, что постоянной целью является «"священная война, которая приведёт к краху Америки"». Бен Ладен заявил: «"мы клянёмся, что Америка не будет жить в безопасности до тех пор, пока мы живём в Палестине. Это покажет Америке, что она ставит интересы Израиля выше интересов собственного народа. Америка не выйдет из этого кризиса до тех пор, пока она не покинет Аравийский полуостров, и не прекратит поддержку Израиля"».
В отчёте комиссии 9/11 указывается, что враждебность к Америке, которую испытывает Халид Шейх Мохаммед, «главный архитектор» событий 11 сентября, вызвана не «"нахождением его в Америке в качестве студента, а агрессивным неприятием внешней политики США, поддерживающих Израиль"». Та же самая мотивация была у двух угонщиков, находившихся за штурвалами самолётов, врезавшихся в ВТЦ: Мухаммед Атта, по описанию хорошо знавшего его Ральфа Бодена, «"был более всего возмущён… защитой США израильской политики"». «Когда кто-то спросил, отчего Атта никогда не смеётся, ответом было „"как вы можете смеяться, когда в Палестине гибнут люди?"“» Мухаммед Атта, как указано в отчёте Лоуренса Райта, взял на себя роль шахида в непосредственной связи с израильской операцией «Гроздья Гнева». Абдулазиз аль-Омари, угонщик, находившийся вместе с Атта на рейсе 11, сказал в своём видеозавещании: «"Моё дело — это послание всем, кто слышит и видит меня, а также это послание всем неверным, что они должны с позором покинуть Аравийский полуостров, и прекратить подавать руку помощи трусам евреям в Палестине"».
Усама бен Ладен
Первоначально эмир «Аль-Каиды» отрицал свою причастность к событиям 11 сентября, однако в 2004 году признал её. В ходе терактов было угнано четыре пассажирских самолёта — рейсы 11 American Airlines, 175 United Airlines, 77 American Airlines и 93 United Airlines, врезавшиеся соответственно в Северную и Южную башни Всемирного торгового центра в Нью-Йорке и Пентагон в округе Арлингтон, штат Виргиния. Четвёртый самолёт, летевший к вашингтонскому Капитолию, упал в поле близ города Шанксвилл, Пенсильвания. Все пассажиры на борту погибли. Трагедия унесла жизни 2997 человек. В ответ правительство США начало войну с терроризмом, чьими целями были свержение режима талибов в Афганистане и захват оперативников «Аль-Каиды». Несколько государств в целях противодействия терроризму ужесточили собственное законодательство. Поиск и пленение либо уничтожение Усамы были поручены Отделу специальных операций ЦРУ. ФБР заявило, что обладает неопровержимыми секретными доказательствами причастности Усамы бен Ладена и «Аль-Каиды» к терактам. Правительство Великобритании пришло к аналогичному выводу о причастности террориста, однако сочло имеющиеся доказательства недостаточными для заведения уголовного дела.
16 сентября 2001 года диктор телеканала «Аль-Джазира» зачитал послание главы «Аль-Каиды», в котором тот заявил о своей непричастности к атакам. В ноябре 2001 года американские войска обнаружили в Джелалабаде видеокассету, на которой Усама бен Ладен в ходе обсуждения с соратниками событий 11 сентября признаётся, что заранее знал об их подготовке. 13 декабря плёнка была обнародована. Корректность перевода аудиодорожки на английский язык подвергается сомнению: по мнению арабиста Абделя Эль М. Хусейни, в тех местах, где лидер «Аль-Каиды» признаёт ответственность за теракты, английский текст не совпадает с арабским. В своём видео от 29 октября 2004 года он сообщил о своей причастности к произошедшему, однако не отозвал прошлые заявления. Теракты Усама объяснил тем, что «мы свободный народ», который «хочет вернуть свободу», и обвинил президента Джорджа Буша—младшего в халатности по отношению к угонам самолётов 11 сентября.