Чечня
С началом Второй чеченской войны была сформирована пророссийская администрация Чеченской республики. Возглавил её муфтий Ахмат Кадыров, который, после укоренения ваххабизма в 1997 году в Чечне международными эмиссарами, выступил против не характерного для традиционного Ислама и менталитета чеченского народа направления, милитаризации республики и торговли людьми. 25 июля 1998 года по его инициативе прошёл Конгресс мусульман Северного Кавказа, участники которого поддержали муфтия Чечни, резко осудив ваххабизм в форме религиозного экстремизма. Активные и последовательные действия А. Кадырова против ваххабизма привели к тому, что данную идеологию не приняло большинство мусульманского населения Чечни. С целью объединения и организации чеченского общества на восстановление и развитие республики, для прекращения военных действий главой временной администрации Чеченской Республики Указом президента России 12 июня 2000 года назначен Кадыров А. А., обладавший необходимым авторитетом среди жителей, старейшин и духовенства, который предложил программу мирного возрождения республики, которую согласовал с Президентом и Правительством России, получив поддержку чеченского сообщества — органов государственной власти, местного самоуправления, лидеров чеченских социальных институтов. Была оказана инициативная поддержка правоохранительным органам со стороны местных сообществ по формированию отрицательного мнения к незаконным вооружённым формированиям, боевикам.
Вторая чеченская война
Сломив сопротивление боевиков силами армейских частей и внутренних войск МВД (командование российских войск успешно применяет военные хитрости, такие, к примеру, как заманивание боевиков на минные поля, рейды по тылам противника и многие другие), Кремль сделал ставку на «чеченизацию» конфликта и переманиванию на свою сторону части элиты и бывших участников чеченских вооружённых формирований. Так, во главе прокремлёвской администрации Чечни в 2000 стал бывший сторонник сепаратистов, главный муфтий Чечни Ахмат Кадыров. Боевики, напротив, сделали ставку на интернационализацию конфликта, вовлекая в свою борьбу вооружённые отряды нечеченского происхождения. К началу 2005, после уничтожения Масхадова, Хаттаба, Басаева, Абу аль-Валида и многих других полевых командиров, интенсивность диверсионно-террористической деятельности боевиков значительно снизилась. За 2005—2008 в России не было совершено ни одного крупного теракта, а единственная масштабная операция боевиков (Рейд на Кабардино-Балкарию 13 октября 2005) завершилась полным провалом. Однако с 2010 года отмечены несколько крупных терактов (см. Взрывы в московском метро (2010), Террористический акт во Владикавказе (2010), Террористический акт в аэропорту Домодедово).