Депортация карачаевцев
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.
Северный Кавказ
Постепенно в первой половине XIX века был установлен контроль России над большей частью Северного Кавказа. Одновременно усиливается приток переселенцев из Центральной России. В 1834 году был основан Армавир, основываются немецкие колонии, усиливается приток греков, болгар и др. Усиление контроля над территорией вызывает протест среди местного населения, периодически вспыхивают восстания. Длительное время длится вялотекущая Кавказская война. В заключительный этап война вступила в 1856—1857 годах, когда отряд генерала Н. И. Евдокимова выбил лидера сопротивления Шамиля из Чечни и добился покорения всех «немирных» селений. В 1859 году Шамиль сдался князю Барятинскому. После капитуляции имама отправили с семьей в ссылку в Калугу.
В середине XIX века возникло мухаджирство — переселенческое движение значительной части кавказских народов в Османскую империю, во многом вызванное военно-политическими методами присоединения региона к России. В 1860 году царские власти переходят к систематическому заселению занимаемых земель казачьими станицами и выселению горцев на плоскость. Специальная комиссия, созданная в 1862 году, выделяла эмигрантам по 10 рублей серебром на семью, организовывала отправку адыгов в Турцию. В 1864 году было выселено около 6 тыс. шапсугов, более 21 тыс. убыхов, до 20 тыс. бжедугов и абадзехов, около 400 семей карачаевцев, а в 1880-е и в 1905—1906 годы число мухаджиров-карачаевцев составило 13—15 тыс. человек.