Ноев ковчег
В Средние Века люди не решались искать ковчег, поскольку в некоторых летописях говорилось, что в тот день, когда будут найдены остатки ковчега, может наступить конец мира (убеждённых в этом немало и в наши дни). В самой средневековой Армении поиски ковчега осуждались, однако, вовсе не по этой причине: гора Арарат считалась святой, и искать там ковчег было равносильно кощунству.
Ковчег Дионисия
В XV — первой половине XVII века ковчег хранился в великокняжеской, а затем царской Крестовой и Образовой казне, и, вероятно, непосредственно находился в царской моленной комнате, где совершались утренние и вечерние молитвы. В Благовещенский собор он был перенесен лишь во второй половине XVII века, вероятно, в царствование Федора Алексеевича, особо заботившегося о средоточии всех святынь, так как в старейшей из сохранившихся Описи собора 1680 года ковчег фигурирует с пометой, что в «прежних переписных книгах» он не значится.