Иван Грозный
В 1560 году Избранная рада была упразднена, её главные деятели попали в опалу и началось полностью самостоятельное правление царя в России. Вторая половина правления Ивана Грозного была отмечена полосой неудач в Ливонской войне и учреждением опричнины, в ходе которой была разорена страна и был нанесён удар старой родовой аристократии и укреплены позиции поместного дворянства. Формально Иван IV правил дольше любого из когда-либо стоявших во главе Российского государства правителей — 50 лет и 105 дней.
Иван III Васильевич
В 1479 году хан Ибрагим умер. Новым правителем Казани стал Ильхам (Алегам), сын Ибрагима, ставленник партии, ориентировавшейся на Восток (в первую очередь на Ногайскую орду). Кандидат же от прорусской партии, ещё один сын Ибрагима, 10-летний царевич Мухаммед-Эмин, был отправлен в Московское княжество. Это давало России повод для вмешательства в казанские дела. В 1482 году Иван III начал подготовку к новому походу; была собрана армия, при которой состояла также артиллерия под руководством Аристотеля Фиораванти, однако активное дипломатическое противодействие казанцев и их готовность пойти на уступки позволили сохранить мир. В 1484 году московское войско, подойдя к Казани, способствовало свержению хана Ильхама. На престол вступил ставленник промосковской партии 16-летний Мухаммед-Эмин. В конце 1485 — начале 1486 года на казанский престол вновь взошёл Ильхам (также не без поддержки Москвы), а вскоре русские войска совершили на Казань ещё один поход. 9 июля 1487 года город сдался. Видные деятели антимосковской партии были казнены, на трон вновь был посажен Мухаммед-Эмин, а хан Ильхам вместе с семьёй был отправлен в заточение в Россию. По результатам этой победы Иван III принял титул «князя Болгарского»; влияние России на Казанское ханство значительно выросло.