История науки
Одним из величайших достижений науки XIX века стала теория эволюции посредством естественного отбора, предложенная Чарлзом Дарвином в 1859 году. Дарвин предположил, что все ныне существующие и многочисленные уже открытые к тому времени ископаемые виды живых существ были созданы за миллионы лет естественным отбором, подобно тому, как человек за несколько тысяч лет создал несколько видов домашних животных и растений посредством искусственного отбора. Теория Дарвина произвела большое впечатление на широкие круги общественности и привела к существенному пересмотру взглядов на место, занимаемое человеком в мире.
Биологическая систематика
Чарлз Дарвин предложил понимать естественную систему как результат исторического развития живой природы. Он писал в книге «Происхождение видов»:
…общность происхождения  и есть та связь между организмами, которая раскрывается перед нами при помощи наших классификаций. Это высказывание положило начало новой эпохе в истории систематики, эпохе филогенетической (то есть основанной на родстве организмов) систематики.