Депортация карачаевцев
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.
Депортация карачаевцев
Указы об отмене особого режима в отношении депортированных народов и других групп людей отличались половинчатостью, стремлением не подвергать ни малейшей критике проводившуюся ранее политику массовых депортаций. Речь шла о том, что люди были выселены «в связи с обстоятельствами военного времени», а теперь, мол, их пребывание на спецпоселении «не вызывается необходимостью». Из последней фразы логически вытекало, что раньше это «вызывалось необходимостью». Ни о какой политической реабилитации депортированных народов не было и речи. Они как считались народами-преступниками, так таковыми и оставались, с той разницей, что из наказанных народов превратились в помилованные. 
Национальная автономия была восстановлена в ином виде, Черкесская АО была преобразована Указом Президиума Верховного Совета СССР от 9 января 1957 года в Карачаево-Черкесскую автономную область в составе Ставропольского края РСФСР. Указ ПВС СССР № 115/13 от 12 октября 1943 года о «ликвидации Карачаевской автономной области и об административном устройстве её территории» и статья 2 Указа от 16 июля 1956 года в части запрещения карачаевцам возвращаться на прежнее местожительство, были отменены.