Иван Грозный
В 1560 году Избранная рада была упразднена, её главные деятели попали в опалу и началось полностью самостоятельное правление царя в России. Вторая половина правления Ивана Грозного была отмечена полосой неудач в Ливонской войне и учреждением опричнины, в ходе которой была разорена страна и был нанесён удар старой родовой аристократии и укреплены позиции поместного дворянства. Формально Иван IV правил дольше любого из когда-либо стоявших во главе Российского государства правителей — 50 лет и 105 дней.
Иван III Васильевич
Следующее обострение отношений произошло в середине 1490-х годов. В среде казанской знати, недовольной политикой хана Мухаммед-Эмина, сформировалась оппозиция с князьями Кель-Ахметом (Калиметом), Ураком, Садыром и Агишем во главе. Она пригласила на престол сибирского царевича Мамука, который в середине 1495 года прибыл в Казань с войском. Мухаммед-Эмин с семьёй бежал в Россию. Однако через некоторое время Мамук вошёл в конфликт с некоторыми князьями, пригласившими его. Пока Мамук находился в походе, в городе произошёл переворот под предводительством князя Кель-Ахмета. На престол был приглашён живший в Российском государстве Абдул-Латиф, брат Мухаммед-Эмина, который и стал следующим ханом Казани. Попытка казанских эмигрантов с князем Ураком во главе в 1499 году посадить на престол Агалака, брата свергнутого хана Мамука, не увенчалась успехом. При помощи русских войск Абдул-Латифу удалось отбить нападение.