Аялон (пещера)
Редкость таких экосистем, как пещера Аялон, высокая степень биологического разнообразия и высокая доля эндемичных видов флоры в ней уже привело к требованию принять меры по их немедленной защите. Даже случайное открытие доступа к пещере привело к нарушению биома. Гораздо большее влияние имеет снижение из-за чрезмерного забора воды из водоносного горизонта. В области пещеры Аялон с 1951 года понижение уровня грунтовых вод составило 13 м. В результате, площадь пещерного озера уменьшилась с примерно 4000 до 400 квадратных метров, и большая часть из районов озера все ещё находится в процессе падения уровня воды и формирования сухих подземных проходов и полостей.
Аялон (пещера)
Экосистема пещеры сталкивается с высоким риском попадания в пещеру внешних животных, доступ которых на ранней стадии оказался возможным из-за пробитого отверстия. Её края и образовавшиеся при предыдущих пробных бурениях между пещерой и окружающим миром отверстия были заполнены полиуретановой пеной. Однако обитающие в пещере пауки видимо были принесены в пещеру из надземной фауны воздушными потоками через отверстия в земле. Несмотря на все усилия по сохранению карстового явления пещера Аялон, над пещерной экосистемой по прежнему нависает угроза. Слой скалы над пещерой был срублен наполовину; также в скальном покрове над пещерой в результате добычи полезных ископаемых образовались трещины. Это увеличивает опасность попадания в пещеру надземных организмов, что может нарушить хрупкую систему и далее уничтожить отдельные элементы фауны.