Преголя
Преголя является самой длинной рекой, полностью протекающей в границах Калининградской области. Преголя берёт начало от слияния Инструча и Анграпы, в районе города Черняховска. Ширина Преголи в Черняховске составляет 20 метров, в Калининграде — 80 метров. Глубина от 2-3 метров в верхнем течении и до 8-16 в нижнем. За Гвардейском, в районе посёлка Озерки, Преголя разделяется на два параллельных русла, Новая Преголя (северное русло) и Старая Преголя (южное русло). Во многих местах эти русла соединяются протоками, таким образом образуется большое число островов. Последний остров перед устьем — Кнайпхоф (остров Канта) в Калининграде, за ним Старая и Новая Преголи соединяются в единое русло.
Калининградская область
Остальные озёра области невелики. Среди озёр области довольно много озёр-стариц. Таковы, например, относительно крупные озёра Воронье и Пустое (старицы реки Преголи). В Славском районе есть несколько небольших озёр-стариц Немана. На юго-востоке области много озёр, образовавшихся в ходе таяния ледника, например, пограничное Красное озеро. К этому семейству озёр относится и Виштынецкое озеро.