Аппарат правительства Российской Федерации
В конце 1993 года, в декабре, была принята Конституция РФ. Формально, некоторые нормы закона «О совете Министров — Правительстве РФ» не соответствовали некоторым её положениям. В первую очередь, деятельность Правительства РФ должна определяться федеральным конституционным законом. Соответствующий ФКЗ «О Правительстве Российской Федерации» был принят 17 декабря 1997 года. Для обеспечения деятельности правительства РФ и организации контроля за выполнением органами исполнительной власти решений, принятых Правительством, образован Аппарат правительства РФ. Положение об Аппарате правительства Российской Федерации утверждено постановлением Правительства Российской Федерации от 1 июня 2004 г. № 260 (одновременно с утверждением регламента Правительства РФ).
Конституционный суд Российской Федерации
После событий 3—4 октября 1993 года Б. Н. Ельцин приостановил деятельность Конституционного суда Российской Федерации, а в 1994 году был принят новый закон о Конституционном суде Российской Федерации. Согласно нему, суд утратил право рассматривать дела по собственной инициативе и оценивать конституционность действий тех или иных должностных лиц, а также конституционность партий.