Ной
Согласно Библии, Ной был праведником в своём поколении, за что был спасён Богом от Всемирного потопа и стал продолжателем человеческого рода. С этой целью Бог повелел Ною построить Ковчег и взять туда членов своей семьи и по паре животных каждого вида (согласно , «чистых» животных надо было взять по семи пар, чтобы имелся запас для жертвоприношений). По окончании потопа ковчег прибило к горам Араратским (), где Ной принёс жертвы Богу, и Бог благословил его и его потомство, заключив с ним Завет (). На основании того, что название Арарат эквивалентно Урарту, местности и государству севернее Ассирии, считается, что Араратские горы находились в Урарту, в которой находится и гора Арарат. Согласно Библейской энциклопедии Брокгауза, ничто не указывает на то, что ковчег пристал именно к современной горе Арарат.
Ковчег Дионисия
В XV — первой половине XVII века ковчег хранился в великокняжеской, а затем царской Крестовой и Образовой казне, и, вероятно, непосредственно находился в царской моленной комнате, где совершались утренние и вечерние молитвы. В Благовещенский собор он был перенесен лишь во второй половине XVII века, вероятно, в царствование Федора Алексеевича, особо заботившегося о средоточии всех святынь, так как в старейшей из сохранившихся Описи собора 1680 года ковчег фигурирует с пометой, что в «прежних переписных книгах» он не значится.