Исаакиевский собор
Так как в соборе из-за перепада температур, высокой влажности и отсутствия вентиляции сложились неблагоприятные условия для сохранения росписей в первозданном виде, при декорировании внутренних помещений с 1851 года было решено (на этом настоял император) для оформления интерьера использовать мозаику. Создание мозаичных панно продолжалось до начала Первой мировой войны. Смальта для Исаакиевского собора производилась в мозаичной мастерской Академии художеств. При создании шестидесяти двух мозаик собора было использовано более 12 тысяч оттенков смальты, фоны набирались из золотой смальты (канторели). Мозаичные образы выполнялись с оригиналов Т. А. Неффа. Мозаикой заменили картину С. А. Живаго «Тайная вечеря», росписи парусов главного купола, аттика («Поцелуй Иуды», «Се человек», «Бичевание», «Несение креста» Басина) и пилонов. Мозаичные картины собора экспонировались на лондонской Всемирной выставке 1862 года, где получили высокую оценку.
Исаакиевский собор
В это же время обсуждался вопрос, чтобы передать здание собора в единоличное управление духовного ведомства. Митрополиты обеих столиц выразили согласие, однако ректор Академии художеств Александр Резанов выступил против, заявив, что не допустит ситуации, когда здание, стоившее 15 миллионов рублей и 45 лет труда, остаётся без наблюдения специалистов и «крупной материальной поддержки от правительства». Доводы Резанова приняли во внимание, и оба собора в «техническо-художественном» отношении остались в ведении Министерства внутренних дел. 25 мая 1883 года император Александр III утвердил «мнение Государственного Совета» по двум соборам, в третьей части Полного собрания законов Российской империи этот документ значится под номером 1600 и называется «О порядке заведования кафедральными соборами Исаакиевским в С.-Петербурге и Христа Спасителя в Москве».