Депортация карачаевцев
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.
Депортация чеченцев и ингушей
Есть основания полагать, что подготовка к выселению началась весной 1942 года, когда была приостановлена мобилизация чеченцев и ингушей под предлогом якобы невозможности содержать их в частях (горцы не ели свинину, а свиная тушёнка и жир были единственным мясным питанием красноармейцев в это время). В октябре 1943 года для подготовки данных об «антисоветских выступлениях» в Чечено-Ингушетию приезжал заместитель наркома НКВД Б. З. Кобулов. 9 ноября им была представлена записка на имя наркома внутренних дел СССР Л. П. Берии о якобы массовых проявлениях бандитизма и дезертирства в республике, которая была одобрена последним. В Казахстане и Средней Азии началась подготовка к приёму спецпереселенцев. Для контроля над ними было создано 135 районных и 375 поселковых комендатур. Ставропольский крайком ВКП(б) с октября 1943 года готовил списки русских переселенцев в Чечено-Ингушетию. С лета 1943 года в Грозном собирались войска, хотя линия фронта уходила всё дальше на запад. Прибывавшие войска НКВД переодевались в общевойсковую форму. Разведывательные самолёты совершали регулярные облёты горных районов.