Преголя
Преголя является самой длинной рекой, полностью протекающей в границах Калининградской области. Преголя берёт начало от слияния Инструча и Анграпы, в районе города Черняховска. Ширина Преголи в Черняховске составляет 20 метров, в Калининграде — 80 метров. Глубина от 2-3 метров в верхнем течении и до 8-16 в нижнем. За Гвардейском, в районе посёлка Озерки, Преголя разделяется на два параллельных русла, Новая Преголя (северное русло) и Старая Преголя (южное русло). Во многих местах эти русла соединяются протоками, таким образом образуется большое число островов. Последний остров перед устьем — Кнайпхоф (остров Канта) в Калининграде, за ним Старая и Новая Преголи соединяются в единое русло.
Калининградская область
Не относящиеся к бассейнам Немана и Преголи реки впадают либо в Куршский (Ржевка с притоками Злая, Старая Оса, Швента и др.), либо в Калининградский залив (Прохладная с притоками Корневка, Майская, Нельма и др.). Лишь небольшое количество малых рек впадает непосредственно в Балтийское море.