Депортация карачаевцев
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.
Депортации народов в СССР
29 января 1944 года нарком внутренних дел СССР Л. П. Берия утвердил «Инструкцию о порядке проведения выселения чеченцев и ингушей», а 31 января вышло постановление Государственного Комитета Обороны о депортации чеченцев и ингушей в Казахскую и Киргизскую ССР. 20 февраля вместе с И. А. Серовым, Б. З. Кобуловым и С. С. Мамуловым, Берия прибыл в Грозный и лично руководил операцией, в которой были задействованы до 19 тыс. оперативных работников НКВД, НКГБ и «СМЕРШ», а также около 100 тыс. офицеров и бойцов войск НКВД, стянутых со всей страны для участия в «учениях в горной местности». 21 февраля он издал приказ по НКВД о депортации чечено-ингушского населения. На следующий день он встретился с руководством республики и высшими духовными лидерами, предупредил их об операции и предложил провести необходимую работу среди населения, а уже утром следующего дня началась операция по выселению.