2ТЭ25К
Базовая модель 2ТЭ25К выпускалась с 2005 по 2009 год. С 2014 года серийно выпускается усовершенствованная модификация 2ТЭ25К с двигателем повышенной мощности. С 2017 года появился трёхсекционный вариант с ещё более мощными двигателями в каждой секции — 3ТЭ25К, также планируется выпуск аналогичных двухсекционных локомотивов 2ТЭ25К.
2ТЭ25А
Серийные тепловозы 2ТЭ25А начиная с номера 002 имели кузов и прожектора несколько изменённой конструкции и более новое оборудование. В дальнейшем в процессе выпуска в их внешний вид, оснащение кабины и применяемое оборудование продолжали вноситься небольшие изменения. Тепловозы с номера 002 по 006 имели окраску из белого, синего и красного цветов с горизонтальными полосами по бокам и оранжевой полосой спереди, а с номера 007 они стали получать корпоративную красно-серую окраску РЖД с преобладанием красного цвета в передней части секции и двух тонов серого в задней части каждой секции по бокам.