Исаакиевский собор
Одной из главных проблем стал выбор техники исполнения живописных панно. По первоначальному предложению Кленце (с ним был согласен Николай I), росписи собора должны были выполняться в технике энкаустики. Однако Бруни, привлечённый к обсуждению способа исполнения будущих росписей, после консультаций с Кленце, прошедших в начале 1842 года в Мюнхене, сделал доклад, в котором указал, что эта техника живописи совершенно непригодна для климатических условий Петербурга. Опираясь на мнение реставратора Валати, Бруни высказался за масляную живопись на холсте, обрамлённую медными рамами с дном. Монферран также склонялся в пользу масляной живописи. Бруни поручили выполнить образец росписи энкаустикой по меди, однако вскоре было решено расписывать стены собора масляными красками по специальному грунту, а образа исполнить маслом на бронзовых досках. Согласно распределению работ Брюллов должен был расписать главный купол (самая большая композиция площадью 800 квадратных метров) и паруса в центральном нефе, Бруни — коробовый свод и аттик главного нефа, Басин — приделы Александра Невского и св. Екатерины. Западная часть собора была отведена под сюжеты на темы из Ветхого завета, восточная — эпизодам из жизни Христа.
Исаакиевский собор
По итогам конкурса Комитет не смог принять никакого решения: проекты были переданы на рассмотрение Александру I. Последний, вероятно, понял, что поставил перед архитекторами неразрешимую задачу, и не дал никаких распоряжений. В работе Комитета наступил перерыв, продолжавшийся до февраля 1824 года, когда появился указ о продолжении проектных работ. В нём снова были повторены условия императора, уступкой стало разрешение изменить удлинённый план (предложенный Монферраном) на квадратный, что давало некоторый простор для работы архитекторам, но требовало демонтажа части уже построенного фундамента. Разрешено было также разобрать восточные пилоны, что способствовало увеличению подкупольного пространства и созданию конструктивно верной связи барабана с куполом. Таким образом начался второй этап конкурса на исправление проекта, в котором принял участие и сам Монферран. Он изучил конкурсные проекты и переработал свой, взяв некоторые решения из проектов Михайлова 2-го и Стасова, а также предложил свои идеи, исправляя ошибки прежнего проекта. Императору исправленный проект Монферрана был предоставлен 9 марта 1825 года, он и был утверждён 8 апреля этого же года.