Европейский суд по правам человека
С 1 ноября 1998 года, по вступлении в силу Протокола № 11, первые два из этих органов были заменены единым, постоянно действующим Европейским Судом по правам человека. Его местонахождение — Дворец прав человека в Страсбурге (Франция), где находится и сам Совет Европы.
Европейская комиссия
Первая комиссия (Высший руководящий орган) возникла в 1951 году. В неё входили девять членов, представлявших страны Европейского объединения угля и стали, её председателем был Жан Моне. Официально Высший руководящий орган начал работать 10 августа 1952 года в Люксембурге. В 1958 году Римские соглашения создали два новых сообщества наряду с ЕОУС: Европейское экономическое сообщество (ЕЭС) и Евратом. Исполнительные органы в этих организациях назывались комиссиями, а не Высшими органами. Причиной перемены названия были новые отношения между исполнительной властью сообществ и Советами, в которые входили представители от правительств стран. Некоторые государства были недовольны большими полномочиями Высшего руководящего органа ЕОУС и хотели ограничить влияние исполнительных властей в новообразованных организациях, дав больше полномочий Совету.