Система Поливанова
До введения системы Поливанова использовалась другие способы записи, например, система транскрипции Е. Г. Спальвина. В настоящее время, несмотря на широкое распространение системы Поливанова, встречаются также иные варианты записи японских слогов при помощи русских букв. Появление их обусловлено двумя причинами. Во-первых, некоторые авторы переводов с третьих языков незнакомы с системой Поливанова, и поэтому просто транслитерируют на русский английскую систему Хэпбёрна, переводя тексты с других языков. Во-вторых, некоторые специалисты сознательно отказываются от системы Поливанова, которая, по их мнению, неточно передаёт звучание японских слогов.
Тофаларский язык
До 1988 года тофаларский язык не имел письменности, и в трудах исследователей для записи тофаларских текстов использовалось фонетическое письмо на основе латинской и русской графики. Так, Валентин Рассадин, ставший позже автором тофаларского алфавита, в 1978 году в работе «Морфология тофаларского языка в сравнительном освещении» для транскрипции тофаларских слов принял весь русский алфавит с добавлением дополнительных знаков һ, ӈ, ө, ү, ә, i. В основу транскрипции лёг фонематический принцип с элементами морфологического, фактически перенятый при создании официальной письменности, принятой в 1988 году со следующим алфавитом: