Государственный исторический музей
В открытых источниках расходятся данные о точной дате подписания указа о создании музея Александром II. Достоверно известно, что это случилось в феврале 1872 года, однако в дне нет определённости — в разных источниках называются 3, 8 (21 по старому стилю), 9 и 14 числа. Будущий музей решено было назвать в честь «августейшего имени государя наследника цесаревича великого князя Александра Александровича».
Государственный музей А. С. Пушкина
В 1949 году в усадьбе открылась выставка, организованная Государственным литературным музеем к 150-летию со дня рождения Александра Пушкина. В рамках экспозиции были представлены мемориальные вещи поэта, а также организован ряд публичных лекций. После закрытия выставки многие деятели культуры того времени, такие как Леонид Леонов, Николай Тихонов, Константин Федин, Дмитрий Благой, Самуил Маршак, Михаил Исаковский, Ираклий Андроников, Юрий Завадский, Павел Корин, Галина Уланова, Сергей Бонди, подписали письмо Совету Министров СССР с просьбой об открытии в усадьбе музея Александра Пушкина.
В 1957 году Совет министров РСФСР выпустил указ, согласно которому при Государственном литературном музее был создан Музей Александра Пушкина, однако уже спустя несколько месяцев музей объявили независимым учреждением. Первым директором стал Александр Крейн, при котором была проведена масштабная работа по подготовке первой постоянной экспозиции. В команду Крейна также входили научные сотрудники: Наталья Баранская, Е. В. Муза, С. Т. Овчинникова, Н. С. Нечаева, Е. В. Павлова, Г. Д. Кропивницкая, Н. М. Волович, И. К. Эткин, М. И. Кострова, Ф. Е. Вишневский, А. С. Фрумкина, Л. И. Вуич, А. С. Тишечкина, Н. Г. Винокур, В. В. Гольдберг. Открытие первой выставки состоялось в 1961 году, впоследствии она стала основой для постоянной экспозиции. Музейный фонд был сформирован благодаря приобретениям работников музея, а также помощи коллекционеров Феликса Вишневского, Якова Зака и других. Благодаря деятельности Вишневского в состав фонда вошли карандашный портрет Екатерины Бакуниной работы Ореста Кипренского 1813 года, акварельные портреты Елены Давыдовой и Веры Вяземской художника Александра Молинаре, а также изображение товарища Пушкина Модеста Корфа, выполненное Эдуардом Гау. Яков Зак также помогал музею в приобретении редких экспонатов, а после его смерти в 1971 году музей полностью приобрёл собрание коллекционера, состоящее из 4040 гравюр и литографий.