Зимний дворец
Фасады дворца несколько раз меняли колористическую гамму. Первоначальный цвет имел очень лёгкую тёплую охристую окраску с выделением ордерной системы и пластического декора белой известковой краской. В протоколах Канцелярии от строений говорится об отпуске на эти работы извести, мела, охры и черлени (красной земли, которая после обработки использовалась в качестве пигмента). В более поздних документах встречаются такие названия, как «бледно-жёлтая с белым», «под цвет дикого камня». Кровля при этом была лужёная.
«Дворец снаружи раскрашен: стены песчаною краскою с тонкой прожелтью, а орнаменты — белой известью.»
Дворец Богдо-гэгэна
В комплекс музея входят Зимний дворец и следующие постройки.
Прикрывающие ворота (ямпай) из кирпича с изображением двух драконов — символов власти, силы и непобедимости.
Центральные ворота — предназначались для Богдо-гэгэна и его свиты во время церемоний.
Главные парадные или триумфальные ворота — символ победы и обретения независимости от Китая. Построены с 1912 по 1919 год мастерами из разных хошунов Монголии под руководством известного архитектора Багажава.
Высокие столбы для флагов — на правом в период теократического Монгольского государства развевался государственный флаг, на левом — религиозный желтый флаг.
Летний дворец () строился в 1893—1903 годах в китайском стиле. Состоит из семи храмов:
Храм Развивающий и Расширяющий Мудрость — в нем находятся изображениями махараджей-охранителей четырех сторон света.
Четыре храма — в них экспонированы произведения аппликативной или шелковой живописи, живописи тханка, скульптуры божеств, музыкальные инструменты и ритуальные предметы.
Главный храм (лавран) — в нем Богдо-гэгэн VIII ежедневно совершал молитвы. В храме находится в частности, изображение Богдо-гэгэна I Дзанабадзара.
Библиотека — храм, в котором во времена Богдо-гэгэна VIII помещались его многочисленные книги. После превращения дворца в музей большая часть религиозных книг была перевезена в Государственную библиотеку.