Сефевидское государство
В 1500 году, после двух важных и решительных побед, над ширваншахом Фаррух Ясаром в битвах при Гюлистане и взятием Баку, после чего Ширван был превращён в вассальное государство, и победы над правителем Ак-Коюнлу Алвенд-Мирзой при Шаруре, шейх Исмаил с кызылбашами, направились в Тебриз, где в 1501 году, он короновался титулом шаха Азербайджана, тем самым положив начало новому государству. Вновь образованное государство включало в себя, земли, собственно исторического Азербайджана, Арран, части исторической Армении, Гилян, а Ширван стал вассальным от Сефевидов государством. Столицей сделали Тебриз, один из крупнейших городов Ближнего Востока. Между тем в новосозданном государстве, во главу угла была поставлена не этническая, а религиозная самоидентификация. Шиизм имамитского толка был провозглашён официальной религией государства. Перед населением завоеванных областей было поставлено условие перехода в шиизм, в то же время стоит отметить, что бытующая в историографии мнение о поголовном насильственном обращении в шиизм, не соответствует действительности. Шиизм пользовался поддержкой мусульманского населения и был широко распространён в регионе задолго до прихода Сефевидов к власти. Стоит отметить, что шиитами были правители государства Кара-Коюнлу. В шиизме простой люд видел средство борьбы против феодальной эксплуатации. Успешная агитации сефевидских проповедников, указывающих, что все беды народа связаны с узурпировавшими власть правителями, и орден Сефевийе как их противника, способствовали к массовому переходу в шиизм. Преувеличенными являются утверждения, что сунниты подвергались гонениям и притеснениям. Данные явления в большей мере были следствием политической борьбы, а не религиозной нетерпимости. Стоит отметить, что довольно большое число суннитского населения проживало во многих областях Сефевидского государства, в частности в Ширване.
Ислам в Азербайджане
В начале XVI века начинается взлёт династии Сефевидов, во главе которой стоял шейх Исмаил I. Опорой Сефевидов стали огузоязычные кочевые племена разного происхождения: румлу, шамлу, устаджлу, бахарлу, текелю, афшар, каджар, зулькадар и варсак. Во второй половине XV века эти племена получили общее название — кызылбаши («красноголовые»), поскольку они носили чалму с двенадцатью пурпуровыми полосками в честь двенадцати шиитских имамов. Опираясь на них, Исмаил предпринял поход против ширваншахов, овладел Шемахой и Баку, а затем разгромил правителя Ак-Коюнлу. После того как в 1501 году Исмаил I захватил Тебриз и провозгласил себя шахом, он объявил иснаашаритское (двунадесятники) направление шиитского ислама государственной религией, несмотря на преобладание мусульман-суннитов на вновь приобретённых территориях. Шах издал указ, "«дабы на площадях [люди] распустили языки для поругания и проклинания Абу-Бекра, Омара и Османа, а всякому, кто стал бы противиться, отсекали бы голову»". Кровавые гонения на суннитов, а также на «крайних» шиитов, происходили повсюду, где утвердилась власть Сефевидов. Шиизм стал религией большинства мусульман Закавказья, а сунниты сохранились лишь в районах, прилегающих к суннитскому Дагестану. Кроме того, Шах Исмаил Хатаи является классиком азербайджанской литературы и поэзии. Его лирика неотделима от пропаганды шиизма. В своих произведениях им истово воспевались двенадцать шиитских имамов, в особенности Али. Профессор Оливер Рой отмечает принятие шиизма в период правления Сефевидов как окончательный фактор формирования азербайджанского народа, что с течением времени, по мнению Бренды Шаффер, оказало влияние на формирование отличительных и общих черт азербайджанской идентичности.