Тотемское музейное объединение
Создан в 1995 году и занимает помещения бывшей церкви Успения Божией Матери (Набережная Кускова, 7). Дизайнер экспозиции — Олег Пахомов. В музее представлены иконы XVI—XIX веков, предметы мелкой пластики, облачение священнослужителей, церковная утварь из храмов бывшего Тотемского уезда. Особый интерес вызывает коллекция тотемской храмовой деревянной скульптуры — одна из крупнейших среди музеев Русского Севера. Существует возможность подняться на смотровую площадку колокольни (высота 52 м.), работают два выставочных зала.
Открыт в сентябре 1996 года, в год 300-летия Российского флота, располагается в здании Входоиерусалимской церкви (Кирова, 1), построенной в 1774—1794 годах на средства тотемских купцов-мореходов Григория и Петра Пановых. В советское время вплоть до передачи музею в здании размещался ликёроводочный завод. Экспозиция музея, дизайн которой был сделан Олегом Пахомовым, знакомит с историей зарождения российского флота и рассказывает о тотемских купцах-мореходах и их плаваниях в Тихий океан во второй половине XVIII века. Представлены экспонаты из жизни тотемского купечества, которое осваивало северные богатства и тем самым наживало огромные состояния. которые позволяли строить в городе неповторимые храмы.
Музей морского флота
Интерес представляет обширная коллекция фотоисточников, являющаяся своеобразной летописью морского и речного транспорта в один из самых ярких и продуктивных периодов его истории (1960—1980-е гг.). В фондах музея хранятся мемориальные комплексы представителей морской отрасли: министров морского флота СССР (А. А. Афанасьев, Т. Б. Гуженко), министра речного флота РСФСР Л. В. Багрова, капитанов дальнего плавания (А. И. Дедюрин, С. П. Мышевский, В. Ф. Скорупский, А. И. Щетинина), журналиста-полярника Л. Ф. Муханова и других.