Химия
Имел место ещё в IV—III веках до н. э. на Востоке (в Индии, Китае, в арабском мире) ранний «прототип» алхимии. В этот и последующие периоды были найдены новые способы получения таких элементов как ртуть, сера, фосфор, охарактеризованы многие соли, уже были известны и использовались кислота HNO и щёлочь NaOH. С раннего Средневековья получает развитие то, что сейчас принято понимать под алхимией, в которой традиционно соединились, наряду с вышеназванными наукообразными компонентами (в смысле современного понимания методологии науки), философские представления эпохи и новые для того времени ремесленные навыки, а также магические и мистические представления; последними, впрочем, и была наделена в отдельных своих проявлениях и особенностях философская мысль той поры. Известными алхимиками того времени были Джабир ибн Хайян (Гебер), Ибн Сина (Авиценна) и Абу Бакр ар-Рази. Ещё в античности, благодаря интенсивному развитию торговли, золото и серебро становятся всеобщим эквивалентом производимых товаров. Трудности, с которыми связано получение этих сравнительно редких металлов, побудили к попыткам практического использования натурфилософских воззрений Аристотеля о преобразовании одних веществ в другие; возникновение учения о «трансмутации», вместе с уже названным Гермесом Трисмегистом, традиция алхимической школы связывала и с его именем. Представления эти претерпели мало изменений вплоть до XIV века.
В VII веке н. э. алхимия проникла в Европу. В то время, как и на протяжении всей истории, у представителей господствовавших слоёв общества особой «популярностью» пользовались предметы роскоши, в особенности — золото, поскольку именно оно являлось, как уже отмечено, эквивалентом торговой оценки. Алхимиков, в числе прочих вопросов, продолжали интересовать способы получения золота из других металлов, а также проблемы их обработки. Вместе с тем, к тому времени арабская алхимия стала отдаляться от практики и утратила влияние. Из-за особенностей технологий, обусловленных, в числе прочего — системой герметических взглядов, различием знаковых систем, терминологии и сугубо корпоративного распространения знаний «алхимическое действо» развивалось очень медленно. Наиболее известными европейскими алхимиками считаются Никола Фламель, Альберт Великий, Джон Ди, Роджер Бэкон и Раймонд Луллий. Эпоха алхимиков ознаменовала получение многих первичных веществ, разработку способов их получения, выделения и очистки. Только в XVI веке, с развитием различных производств, в том числе металлургии, а также фармацевтики, обусловленным возрастанием её роли в медицине, начали появляться исследователи, чья деятельность выразилась существенными преобразованиями в этой науке, которые приблизили становление хорошо осмысленных и актуальных практических методов этой дисциплины. Среди них, прежде всего, следует назвать Георгия Агриколу и Теофраста Бомбаста Парацельса.
Алхимические исследования Исаака Ньютона
До первой половины XX века выводы о сути ньютоновской теории материи делались на основе его трёх сочинений: «Начал», и мемуара «О природе кислот». Отталкиваясь от них, немецкий историк атомистической теории Курд Лассвиц в 1890 году писал, что «Ньютон выражает полное безразличие к теориям материи, и он не пытается ни довести свои предположения о фундаментальных свойствах материи до логического конца, ни согласовать их между собой». В 1946 году С. И. Вавилов, основываясь на том же традиционном корпусе сочинений, но уже зная о существовании корпуса алхимических сочинений, назвал Ньютона автором глубокой и оригинальной атомистической теории, продолжателем Демокрита и Лукреция, предшественником Резерфорда. Аналогичной точки зрения придерживался голландский историк науки , который в 1949 году, зная об алхимических рукописях Кейнса, но ещё до начала их научного изучения, решительно отверг принадлежность Ньютона к «золотоделателям», объяснив его алхимические эксперименты попыткой проникнуть в тайну материи. После того, как коллекция Кейнса стала доступна для исследований, несколько рукописей было издано целиком и началось их научное изучение. Одним из первых к алхимии Ньютона обратился британский историк науки («An Alchemical Work of Sir Isaac Newton», 1956), предположивший, что с помощью алхимии Ньютон смог обосновать введение связующей среды в свою космологию для объяснения явления гравитационного притяжения. По мнению Тейлора, даже предварительный анализ алхимических работ Ньютона позволяет его охарактеризовать как «», а утверждение, что исследования Ньютона следует признать относящимися к металлургии не подтверждается источниками, хотя счесть их попытками построения оснований химической науки вполне возможно . В 1967 году Мери С. Черчиль ("Mary S. Churchill", «The Seven Chapters, with Explanatory Notes») связала алхимические теории Ньютона с его еретическим религиозными взглядами. Одновременно с этим продолжило существовать представление о том, что химические теории Ньютона были научны в современном смысле слова, несмотря на использование в них терминов наподобие «Зелёный Лев», а его эксперименты преследовали рациональные цели. Наиболее последовательно эта точка зрения отражена в серии статей 1950-х годов и Альфреда Руперта Холла. Однако, как отмечает Б. Доббс, ни они, ни другие исследователи, придерживающиеся сходных взглядов, не смогли указать, в чём же именно заключалась рациональность научной программы Ньютона в химии. Значительный интерес исследователей вызывают «Химические индексы» Ньютона. Эти обширные перечни тем, понятий и имён позволяют сделать предположение о том, какие вопросы интересовали Ньютона в большей степени. Согласно замечанию Ричарда Уэстфолла, на каждую цитату из трудов «обычных» химиков приходится несколько сотен выписок с противоположного конца научного спектра. Следующий значительный биограф Ньютона («A Portrait of Isaac Newton», 1968) проанализировал переписку с Фатио де Дюилье и привлёк внимание к алхимическим работам Бойля. В отличие от Боас и Холла, он полностью проигнорировал экспериментальный аспект деятельности Ньютона, сосредоточившись на интеллектуальной истории. Попытку включить алхимические представления Ньютона в контекст розенкрейцерского движения предприняла английская исследовательница Фрэнсис Йейтс («The Rosicrucian Enlightenment», 1972). По её мнению, Ньютон разделял идеи «алхимического возрождения», главным представителем которого в Англии был Элиас Эшмол. Это течение мысли Йейтс, как минимум частично, возводит к Михаэлю Майеру и розенкрейцерам. В 1975 году Р. Уэстфолл констатировал, что признание факта существования алхимических интересов Ньютона стало вполне респектабельным, и вопрос о его отношении к алхимии может быть поставлен в научном дискурсе, однако ответа пока не на него нет. С середины 1990-х годов, уже после смерти Б. Доббс и Р. Уэстфолла, их теорию о влиянии герметической традиции на концепцию гравитационного притяжения последовательно критикует У. Ньюман. Тем не менее, представление о значимости алхимических работ Ньютона прочно укоренилось и, например, в популярной биографии «Isaac Newton, the Last Sorcerer» (1997) говорится, что «без своих глубоких познаний в алхимии он бы почти наверняка не развил ограниченное представление о планетарном движении в концепцию всемирного тяготения».