Система Поливанова
До введения системы Поливанова использовалась другие способы записи, например, система транскрипции Е. Г. Спальвина. В настоящее время, несмотря на широкое распространение системы Поливанова, встречаются также иные варианты записи японских слогов при помощи русских букв. Появление их обусловлено двумя причинами. Во-первых, некоторые авторы переводов с третьих языков незнакомы с системой Поливанова, и поэтому просто транслитерируют на русский английскую систему Хэпбёрна, переводя тексты с других языков. Во-вторых, некоторые специалисты сознательно отказываются от системы Поливанова, которая, по их мнению, неточно передаёт звучание японских слогов.
Происхождение японского языка
Московский компаративист С. А. Старостин (1953—2005) в монографии 1991 года, написанной на основе докторской диссертации, уточнил схему Р. Миллера и предложил свою систему соответствий японской и алтайской фонологии, указав, что рефлексация гласных вызывает больше проблем, нежели ситуация с согласными, и подчеркнув неадекватность таблицы Миллера-Стрита. Кроме того, Старостин предложил предварительную просодическую реконструкцию, основанную на соответствиях корейских и японских тонов.