Система Поливанова
До введения системы Поливанова использовалась другие способы записи, например, система транскрипции Е. Г. Спальвина. В настоящее время, несмотря на широкое распространение системы Поливанова, встречаются также иные варианты записи японских слогов при помощи русских букв. Появление их обусловлено двумя причинами. Во-первых, некоторые авторы переводов с третьих языков незнакомы с системой Поливанова, и поэтому просто транслитерируют на русский английскую систему Хэпбёрна, переводя тексты с других языков. Во-вторых, некоторые специалисты сознательно отказываются от системы Поливанова, которая, по их мнению, неточно передаёт звучание японских слогов.
Система Поливанова
Существенным фактором также является неприспособленность системы Хэпбёрна к русскому языку. Японист и создатель сайта susi.ru В. Смоленский ставит эту проблему одной из главной в этом вопросе, отмечая, что при переводе какого-либо японского текста на русский язык зачастую используются англоязычные материалы, что, при незнании спорной фонетики японского языка, ведёт к прямой кальке с английского варианта, в результате чего не используются те русские буквы, аналогов которым нет в английском алфавите — такие как «ё», «ю», «ц» и так далее. В качестве аргументации он приводит тот факт, что система Хэпбёрна отталкивается от английской фонетики, а не русской, и к тому же является системой, от которой сами японцы изначально отказались в силу искажения ею исходной японской фонетики.