يوحنا بولس الثاني
في 6 مايو 2001 أصبح يوحنا بولس الثاني أول بابا كاثوليكي يقوم بالدخول والصلاة في مسجد، فخلال زيارته سوريا قام البابا بزيارة المسجد الأموي، وأصر على اتباع العادات الإسلامية فخلع حذائه لدى دخوله المسجد، وقام بتقبيل القرآن الأمر الذي جعل له شعبية واسعة بين المسلمين، وقام بالصلاة أمام ضريح يوحنا المعمدان المعروف باسم النبي يحيى في الإسلام، وألقى خطابًا قال فيه: ""إن المسلمين والمسيحيين أساؤوا إلى بعضهم البعض، ونحن اليوم نطلب الاستغفار عن ذلك من الله العلي والقدير، ونقدم الاعتذار عن كل خطأ آخر"." في عام 2004 أقام البابا "الحفلة البابوية للمصالحة" والتي جمعت قادة مسلمين مع زعماء يهود وقادة كاثوليك في الفاتيكان، وقد أقام الحفلة الموسيقية أوركسترا كراكوف من بولندا وأوكسترا أخرى من بريطانيا وثالثة من الولايات المتحدة ورابعة من تركيا، كتمثيل لمجموعات دينية مختلفة، وقد صمم الحفل السير جيلبرت ليفي، وبثّ في مختلف أنحاء العالم.
بندكت السادس عشر
قام البابا خلال زيارته تركيا في 30 نوفمبر 2006 بزيارة مسجد السلطان أحمد، ليكون بذلك ثاني حبر أعظم يقوم بزيارة لموقع إسلامي بعد يوحنا بولس الثاني الذي زار الجامع الأموي في دمشق عام 2001؛ وزار أيضًا مسجد الملك الحسين خلال زيارته الأردن في 9 مايو 2009، كذلك فقد التقى ملك السعودية عبد الله بن عبد العزيز ليكون بذلك أول لقاء بين ملك سعودي ورأس الكنيسة الكاثوليكية وأول زيارة من قبل ملك سعودي للفاتيكان. بناءً عليه تعتبر العلاقات بين الكرسي الرسولي والمسلمين عمومًا جيدة خلال حبريته، باستثناء مضاعفات محاضرة البابا في ألمانيا يوم 12 سبتمبر 2006 حين تطرق لموضوع "آيات القتال" في القرآن واستشهد بنص تاريخي لحوار بين الإمبراطور البيزنطي وأحد المفكريين الفارسيين حول دور النبي محمد، يقول فيه الإمبراطور أنّ النبي "أمر نشر الدين بالسيف". محاضرة البابا لم تكن للحديث عن المسلمين بشكل مخصوص، بل هو ناقش أيضًا الوضع في الديانة اليهودية والمسيحية، ليصل إلى نتيجة مفادها أن الأديان عمومًا والمسيحية على وجه الخصوص، مرتكزًا على تعاليم يسوع ترفض أي قوّة في نشر الدين. اندلعت مجموعة من المظاهرات في عددٍ من الدول ذات الغالبية الإسلامية وطالبت البابا بالاعتذار والبعض طالب بقتله وتعرّض للمسيحية بالإساءة؛ وقد اعتبر عدد من المحللين من أمثال الصحفي الفلسطيني المسلم صقر أبو فخر أن الحدث قد تمّ تضخيمه واستغلاله، وأنه كان من الأوجب أن يقوم شيخ الأزهر أو رئيس رابطة العالم الإسلامي بإرسال رسالة للبابا تشرح الموقف، فيظلّ السجال بين مثقفين وأكاديميين. في 25 سبتمبر 2006 التقى البابا سبعة عشر سفيرًا من سفراء الدول الإسلامية المعتمدين لدى الفاتيكان وألقى خطابًا أبدى به أسفه من تداعيات الموقف، وأكّد على الجوانب المشتركة بين المسيحية والإسلام، وشكّل ذلك بداية أفول المظاهرات الاحتجاجية، التي طبعت بداية حبريته.