مصر ما بعد انقلاب 2013
جرت انتخابات رئاسية في منتصف عام 2012 حيث لم يحصل أي مرشح على ربع الأصوات في الجولة الأولى من الانتخابات ، اثنين من كبار المرشحين المتقدمين لجولة الاعادة وهم محمد مرسي من حزب الحرية والعدالة، مرشح جماعة الإخوان المسلمين ، وأحمد شفيق، المرشح المستقل الذي شغل منصب رئيس وزراء مصر في عهد مبارك . وانتقد مرسي بقوة نظام مبارك، وعرض رؤية لمصر كدولة ديمقراطية إسلامية، في حين وعد شفيق، وهو رجل علماني، لاستعادة النظام، لكن مرسي فاز في نهاية المطاف في جولة الاعادة، وهزم شفيق بفارق 3.5 نقطة مئوية .
محكمة عسكرية
استخدمت المحاكم العسكرية ضد المدنيين في مصر في العصر الحديث أول مرة عام 1954 في قضية إتهم فيها أفراد من تنظيم الإخوان المسلمون بمحاولة إغتيال رئيس الجمهورية في مصر آنذاك جمال عبد الناصر، ومنذ ذلك الحين تعرّض العشرات للمحاكمات العسكرية في فترات متفرقة تحت حكم كل من جمال عبد الناصر، وأنور السادات وحسني مبارك بإستثناء عام 1965 الذي حوكم فيه المئات أمام المحاكم العسكرية، في الشهور السبعة التي تلت ال18 يوم الأولى من ثورة 25 يناير واستلام المجلس الأعلى للقوات المسلحة لإدارة البلاد حوكم 11 ألفا 879 مدني مصري أمام المحاكم العسكرية ،بحسب الجنرال عادل مرسي من المجلس الأعلى للقوات المسلحة. وبحسب هيومن رايتس ووتش، فإن القضاء العسكري لم يبرئ سوى 795 من هؤلاء، وبلغت نسبة الإدانة 93%. وقامت مجموعات مثل لا للمحاكمات العسكرية للمدنيين وقضية محاكمة الناشط السياسي علاء عبد الفتاح وآخرون بإبراز هذه القضية على مستوى شعبي وإعلامي. وكان مرشح الرئاسة عضو جماعة الإخوان المسلمين محمد مرسي قد تحدّث في حملته الإنتخابية عن إلغاء المحاكمات العسكرية للمدنيين والإفراج أو إعادة محاكمة المحكومين أمام قاضيهم الطبيعي، ولكن وفي فترة استلام محمد مرسي لرئاسة الجمهورية، تعرّض لإنتقادات بسبب عدم تغيّر السياسات المرتبطة بالمحاكمات العسكرية وتضمّن الدستور الجديد (دستور مصر 2012) مادة لبند 198 الذي أشار منتقدوه أنها جعلت من المحاكمات العسكرية دستورية.