مشروع Y
مختبر لوس ألاموس ، ويعرف أيضاً بـمشروع Y، كان مختبراً سريّاً تأسس من ضمن مشروع مانهاتن وشغّلته جامعة كاليفورنيا أثناء الحرب العالمية الثانية. كانت مهمة المختبر تصميم وبناء أول أسلحة ذرية. 
كان روبرت أوبنهايمر أول مديرٍ له، أداره من 1943 حتى ديسمبر 1945، حيث خلفه نوريس برادبيري. لكي يتمكّن العلماء من مناقشة أعمالهم بحريّة في ظل الإجراءات الأمنية، اختير موقع المختبر في جزءٍ ناءٍ من نيومكسيكو. احتلّ هذا المختبر الذي عمل زمن الحرب مبانٍ كانت سابقاً جزءاً من مدرسة لوس ألاموس الزراعية.
مشروع Y
تغيّر اسم مختبر لوس ألاموس إلى مختبر لوس ألاموس الوطني في تشرين الثاني (يناير) 1947. أتاح العقد الذي كان مبرماً مع جامعة كاليفورنيا والذي تم التفاوض عليه عام 1943 للجامعة إنهاءه بعد ثلاثة أشهر من إنتهاء العمليات القتالية وبعد انتهاء فترة الخدمة. كان ثمة قلق بشأن إدارة الجامعة لمختبر يقع خارج حدود ولاية كاليفورنيا. تم إقناع الجامعة بإلغاء الإخطار، وتمّ تمديد عقد التشغيل حتى تموز (يوليو) 1948. بقي برادبوري مديراً حتى عام 1970. بلغت التكلفة الإجمالية لمشروع Y حتى نهاية عام 1946 حوالي 57.88 مليون دولار (ما يعادل مليون دولار عام ).