يوحنا بولس الثاني
في 6 مايو 2001 أصبح يوحنا بولس الثاني أول بابا كاثوليكي يقوم بالدخول والصلاة في مسجد، فخلال زيارته سوريا قام البابا بزيارة المسجد الأموي، وأصر على اتباع العادات الإسلامية فخلع حذائه لدى دخوله المسجد، وقام بتقبيل القرآن الأمر الذي جعل له شعبية واسعة بين المسلمين، وقام بالصلاة أمام ضريح يوحنا المعمدان المعروف باسم النبي يحيى في الإسلام، وألقى خطابًا قال فيه: ""إن المسلمين والمسيحيين أساؤوا إلى بعضهم البعض، ونحن اليوم نطلب الاستغفار عن ذلك من الله العلي والقدير، ونقدم الاعتذار عن كل خطأ آخر"." في عام 2004 أقام البابا "الحفلة البابوية للمصالحة" والتي جمعت قادة مسلمين مع زعماء يهود وقادة كاثوليك في الفاتيكان، وقد أقام الحفلة الموسيقية أوركسترا كراكوف من بولندا وأوكسترا أخرى من بريطانيا وثالثة من الولايات المتحدة ورابعة من تركيا، كتمثيل لمجموعات دينية مختلفة، وقد صمم الحفل السير جيلبرت ليفي، وبثّ في مختلف أنحاء العالم.
المسيحية في إسرائيل
في عام 1995 قررت بلدية الناصرة وضع خطة لجنة توجيهية لبرنامج سياحي خاص سمي "الناصرة 2000"، صُمم لإعداد المدينة لأحداث اليوبيل "يوبيل 2000 سنة من ميلاد يسوع المسيح"، ولخلق بنية تحتية مُناسبة من أجل الاستعداد لوصول عديد من السياح من كافة أرجاء العالم للمنطقة وخلق فرص عمل ومشاريع سياحية. زار البابا يوحنا بولس الثاني مدينة الناصرة، في 25 مارس 2000، وصلى في كنيسة البشارة. شهدت المدينة عشية زيارة البابا يوحنا بولس الثاني أحداث طائفية فقد أعلنت الحركة الإسلامية عزمها على بناء مسجد مقام شهاب الدين الذي يقع أمام كنيسة البشارة مُباشرةً، وكانت الساحة مُعدة من أجل استقبال الحجاج المسيحيين والسياح. وأطلق على قضية شهاب الدين في الاعلام الإسرائيلي، حيث حصلت على تغطية اعلامية مُكثفة، قضية الأسماء "المسجد المتنازع عليه" أو "الساحة المتنازع عليها"، اتهم المسلمين خلال الأحداث البلدية بانها تؤآزر المسيحيين، واقفت الحكومة الإسرائيلية في عام 1997 على اقامة المسجد مما سبب احتككات بين السكان، والغت الحكومة قرار بناء المقام في عام 2002 بعد ضغط من الفاتيكان والولايات المتحدة. وفي مارس 2000 قام البابا يوحنا بولس الثاني بزيارة الناصرة والجليل والقدس وكان أول بابا يصلي في حائط البراق.