كتائب الشهيد عز الدين القسام
تعتبر كتائب القسام علاقتها بالقيادة السياسية لحركة حماس هي علاقة تكامل تنظيمي وانفصال ميداني، حيث أنها جزء من هيكل وجسد حركة حماس تشارك فيها في صنع القرار والتوجيه وفق أنظمتها الداخلية، وننفصل عن القيادة السياسية في الجوانب العملية المختصة بالعمل العسكري.
كتائب أحرار الشام
أكدت كتائب أحرار الشام في بياناتها أنها كتائب مستقلة لا تتبع لأي تنظيم آخر من التنظيمات العاملة داخل سوريا وخارجها، لكن مع ذلك تزايدت الاتهامات والشائعات في الفترة الاولى من تأسيسها عن انتمائها لتنظيم، وجاءت هذه الاتهامات كون أغلب قادتها الأولائل ممن يحملون الفكر السلفي وممن سجنوا في سجن صيدنايا وكانت لهم تجارب جهادية سابقة في العراق أو أفغانستان، ومما زاد من اللبس فيديو مجهول نشر على اليوتيوب تعلن فيه مجموعة من المسلحين تأسيس كتيبة في مدينة إدلب وخلفهم راية كتب عليه " كتائب أحرار الشام - جبهة النصرة ".