كتائب الشهيد عز الدين القسام
تعتبر كتائب القسام علاقتها بالقيادة السياسية لحركة حماس هي علاقة تكامل تنظيمي وانفصال ميداني، حيث أنها جزء من هيكل وجسد حركة حماس تشارك فيها في صنع القرار والتوجيه وفق أنظمتها الداخلية، وننفصل عن القيادة السياسية في الجوانب العملية المختصة بالعمل العسكري.
كتائب ثورة العشرين
بحلول آذار/مارس 2007 قرّر بعض أعضاء الكتائب تشكيل ما يُعرف اليوم باسم حماس العراق. في بيان صدر في 18 آذار/مارس 2007 ذكرت الكتائب أنها أسّست فصيلين عسكريين جديدين وهما "الفتح الإسلامي" و"الجهاد الإسلامي". أصبحَ جناح الفتح الإسلامي فيما بعد حماس العراق وهو الاسم الذي تم اختياره من أجل جناحها العسكري. أمّا الجهاد الإسلامي فقد اندمجَ في الكتائب من خلال بيان توعد فيه بمواصلة الكفاح والجهاد.