حرب مرتفعات قرة باغ
حرب مرتفعات قرة باغ صراع مسلح حصل من الفترة فبراير 1988 إلى مايو 1994، في مكتنف قرة باغ، في جنوب غرب أذربيجان، على يد جماعات عرقية أرمنية في ناجورنو قرة باغ مدعومة عن طريق الحكومة الأرمينية لمواجهة الحكومة الأذربيجانية. أرمينيا وأذربيجان، هما من الجمهوريات السوفيتية السابقة، حاولت أذربيجان ضد الانفصاليين في المنطقة. طلب البرلمان في المنطقة الانضمام إلى أرمينيا، والاستطلاعات في أواخر الثمانينات أظهرت طلب سكان المنطقة الانضمام إلى أرمينيا، وفي الأشهر التالية، ومع تفكك الإتحاد السوفيتي، نمت الصراعات بشكل تدريجي ونفذت الجهتان التطهير العرقي لبعضهما.
المسيحية في أذربيجان
على الرغم من مظاهر التدين المسيحي في جمهورية مرتفعات قرة باغ، حظرت السلطات العسكرية أي نشاط الطائفة المسيحية في المنطقة، وذلك بسبب التبشير السلمي للطوائف المسيحية بين السكان. وتضم المنطقة العديد من الأديرة الأرمنيّة التاريخية ولهذه الكنائس والأديرة أهمية ثقافية وتاريخية للأرمن. ونتيجة لحرب ناغورنو قرة باغ، تم التخلي عن المساجد في منطقة ناغورنو قرة باغ أو تدميرها، كما تم تدمير العديد من الكنائس الأرمينية في أذربيجان وأصبح العديد منها غير نشط.