كتائب الشهيد عز الدين القسام
تأسست بذور كتائب القسام في عام 1984م، وذلك قبل الإعلان عن انطلاقة الحركة فعلياً باسم حركة حماس، واستمر العمل تحت عناوين مختلفة مثل "المجاهدون الفلسطينيون" عام 1987 ، واستمر التغيير حتى عام 1991م، حيث أعلن عن اسم "كتائب الشهيد عز الدين القسام" في منتصف عام 1991م.
من أبرز مؤسسيها الشيخ صلاح شحادة، وعماد عقل، ومحمود المبحوح في قطاع غزة، والمهندس يحيى عياش في الضفة الغربية، وفي شمال الضفة زاهر جبارين، وعدنان مرعي، وعلي عاصي .
أكناف بيت المقدس
كتائب أكناف بيت المقدس على أرض الشام تنظيم عسكري إسلامي فلسطيني في مخيم اليرموك في دمشق ومشارك بالحرب الأهلية السورية. تأسس عام 2013 من عناصر تركت فصائلها وعملت تحت قيادة جديدة بعد أن رفضت الفصائل تشكيل وحدات حماية بحجة أن ذلك يجنب المخيم الأزمة السورية. أسس أكناف بيت المقدس صلاح أبو صلاح (قيادي بحركة حماس)، وكان يقودها مأمون بشر يوسف الجالودي أبو جودت (اسمه الحركي أبو جعفر أكناف) وهو يحمل الجنسيتين الأردنية والفلسطينية، وتم اعتقاله من قبل الدولة السورية وظهر بمقابلة تلفزيونية بعد اعتقاله وهو مرافق سابق لخالد مشعل ومدرب في حركة حماس. ويتزعم الأكناف حاليا محمد زغموت (اسمه الحركي أحمد المشير) وهو مرافق لخالد مشعل سابقا في حركة حماس وقد شاركت الأكناف في مواجهة الجيش السوري بمناطق جنوب دمشق جنباً إلى جنب مع الجبهة الإسلامية وجيش الإسلام (السوري). بعد اجتياح تنظيم داعش وجبهة النصرة (هيئة تحرير الشام لاحقاً) لمخيم اليرموك بشهر مارس 2015، اعتبر البعض أن تنظيم أكناف بيت المقدس قد انتهى.