وحيد القرن الجاوي
يُشتقُّ اسمُ الجنس الخاص بِهذه الحيوانات، أي «"Rhinoceros"» (نقحرة: ) - وهو اسمُ جنس وحيد القرن الهندي كذلك - من كلمتان إغرقيَّتان: «ῥίς» () ومعناها «أنف»، و«κέρας» () ومعناها «قرن»؛ اسمُ النوع «"sondaicus "» (نقحرة: ) مُشتقٌ من منطقة السوندا، وهي إقليمٌ جُغرافي حيويّ يشتمل على جُزر جاوة وسُومطرة وبورنيو وما جاورها من جُزرٍ أصغر حجمًا. يُطلق على هذه الحيوانات أيضًا تسمية «الكركدن وحيد القرن الأصغر» تمييزًا لها عن «الكركدن وحيد القرن الأكبر» وهو وحيد القرن الهندي، وتمييزًا لها عن النوعان الأفريقيَّان (وحيد القرن الأسود ووحيد القرن الأبيض) اللذي يمتلك كُلٌ منهما قرنان. ويُشاعُ بِاللُغة العربيَّة استعمال تسمية «كركدن» و«خرتيت» عوض «وحيد القرن»، وبالتالي يُمكن أن تُطلق بعض المراجع العربيَّة تسمية «الكركدن الجاوي» أو «الخرتيت الجاوي» على هذه الحيوانات.
وحيد القرن السومطري
يُعدّ وحيد القرن السومطري أقل أنواع وحيد القرن الحية اختلافاً عن أسلافهم المنقرضة، فهو يتشارك الكثير من السّمات والصّفات مع أسلافه من عصر الميوسين. تشير الدلائل التاريخية في سجل الأحافير إلى أن جنس "ثنائي القرون" ظهر في عصر الميوسين المبكر، قبل نحو 23 إلى 16 مليون سنة، وقد صُنِّفت معه عدة أنواعٍ منقرضة من وحيد القرن، إلا أن النوع السومطري هو الوحيد الباقي من الجنس حتى اليوم. تظهر التحاليل أنّ جنس ثنائي القرن انفصل عن الأنواع الأربع الباقية الأخرى من وحيد القرن قبل 25.9 ± 1.9 مليون سنة، وقد وُضِعت ثلاث فرضيات لتوضيح العلاقة بين وحيد القرن السومطري والأنواع الحية الأخرى من الكركدنيات. تقول الفرضية الأولى أنّ وحيد القرن السومطري وثيق الصلة بقريبيه الأسود والأبيض في أفريقيا، بدلالة أن النوع لديه قرنان لا واحد فقط. فيما تذهب الفرضية الثانية إلى أن النوع السومطري هو صنف شقيق للنوعين الجاويّ والهنديّ، بالنظر إلى قرب مناطق تواجدهم الجغرافية وتداخلها الكبير. وأما الفرضية الثالثة والأحدث فتفيد بأن النوعين الأفريقيَّين والنوعين الآسيويَّين والنوع السومطري منفرداً تمثّل ثلاث تفرّعاتٍ أساسيّةً للكركدنيات انفصلت عن بعضها البعض قبل 25.9 مليون سنة، وقد يكون هذا سبب عدم وضوح أيٍّ من المجموعات ظهرت أولاً.