وحيد القرن الجاوي
رُغم انتمائها إلى ذات النوع النموذجي، فإنَّ العُلماء لا يعتبرون وحيدة القرن الهنديَّة والجاويَّة وثيقة الصلة بِبقيَّة الكركدنَّات، وقد اقترحت عدَّة دراسات أنَّها أقرب صلةً بِجنسان مُنقرضان من الفصيلة الكركدنّيَّة، هما و . وضعت إحدى الدراسات المُفصَّلة لِلفُروع الحيويَّة الكركدنّيَّة جنس «الكركدنَّات الحقيقيَّة» بِنوعيه الباقيين مع ضمن فرعٍ حيويٍ واحدٍ مع جنس الكركدنَّات ثُنائيَّة القرن الذي يضم حاليًّا وحيد القرن السومطري فقط. بِالمُقابل، اقترحت دراساتٌ أُخرى أنَّ وحيد القرن السومطري أوثق صلةً بِالكركدنَّان الأفريقيَّان، أي وحيدا القرن الأبيض والأسود. هذا ويُحتمل أن يكون وحيد القرن السومطري مُتحدِّر من وحيدة قرن آسيويَّة أُخرى مُنذ حوالي 15 مليون سنة تقريبًا، أو رُبما مُنذ فترةٍ أقدم من هذا تُقدَّر بِحوالي 25.9 ملايين سنة، وفق ما تقترحهُ الدلائل المُستحصل عليها من دراسة الأحماض النوويَّة للمُتقدِّرات. تصلُ نسبة الاختلاف المُورثي بين نُويعات وحيد القرن الجاوي إلى 0.5%، بينما تتراوح نسبة الاختلاف ذاته بين هذا النوع ووحيد القرن الهندي بين 2.4 إلى 2.7%. يُعتقد بِأنَّ التنوُّع المُورثي لِلكردنَّات الجاويَّة مردُّه توزُّعها السابق عبر موطنٍ مُتجزِّئ يتكوَّن من جُزر وبعض أنحاء البر الآسيوي الرئيسي.
وحيد القرن السومطري
يُعدّ وحيد القرن السومطري أقل أنواع وحيد القرن الحية اختلافاً عن أسلافهم المنقرضة، فهو يتشارك الكثير من السّمات والصّفات مع أسلافه من عصر الميوسين. تشير الدلائل التاريخية في سجل الأحافير إلى أن جنس "ثنائي القرون" ظهر في عصر الميوسين المبكر، قبل نحو 23 إلى 16 مليون سنة، وقد صُنِّفت معه عدة أنواعٍ منقرضة من وحيد القرن، إلا أن النوع السومطري هو الوحيد الباقي من الجنس حتى اليوم. تظهر التحاليل أنّ جنس ثنائي القرن انفصل عن الأنواع الأربع الباقية الأخرى من وحيد القرن قبل 25.9 ± 1.9 مليون سنة، وقد وُضِعت ثلاث فرضيات لتوضيح العلاقة بين وحيد القرن السومطري والأنواع الحية الأخرى من الكركدنيات. تقول الفرضية الأولى أنّ وحيد القرن السومطري وثيق الصلة بقريبيه الأسود والأبيض في أفريقيا، بدلالة أن النوع لديه قرنان لا واحد فقط. فيما تذهب الفرضية الثانية إلى أن النوع السومطري هو صنف شقيق للنوعين الجاويّ والهنديّ، بالنظر إلى قرب مناطق تواجدهم الجغرافية وتداخلها الكبير. وأما الفرضية الثالثة والأحدث فتفيد بأن النوعين الأفريقيَّين والنوعين الآسيويَّين والنوع السومطري منفرداً تمثّل ثلاث تفرّعاتٍ أساسيّةً للكركدنيات انفصلت عن بعضها البعض قبل 25.9 مليون سنة، وقد يكون هذا سبب عدم وضوح أيٍّ من المجموعات ظهرت أولاً.