مشروع Y
مختبر لوس ألاموس ، ويعرف أيضاً بـمشروع Y، كان مختبراً سريّاً تأسس من ضمن مشروع مانهاتن وشغّلته جامعة كاليفورنيا أثناء الحرب العالمية الثانية. كانت مهمة المختبر تصميم وبناء أول أسلحة ذرية. 
كان روبرت أوبنهايمر أول مديرٍ له، أداره من 1943 حتى ديسمبر 1945، حيث خلفه نوريس برادبيري. لكي يتمكّن العلماء من مناقشة أعمالهم بحريّة في ظل الإجراءات الأمنية، اختير موقع المختبر في جزءٍ ناءٍ من نيومكسيكو. احتلّ هذا المختبر الذي عمل زمن الحرب مبانٍ كانت سابقاً جزءاً من مدرسة لوس ألاموس الزراعية.
نيو هورايزونز
توقفت الأعمال الخاصة بإنتاج وحدة البلوتونيوم لنيو هورايزونز في مختبر لوس آلاموس الوطني في أواسط عام 2004 حيث اشيعت شائعات عن اختفاء أقراص مدمجة عليها معلومات سرية من المختبر. بهذا تأخر المشروع حيث أن عدم إمداد المركبة بالطاقة الكافية تجعلها لا تفي بكل البحوث المرغوب معرفتها من البعثة إلى بلوتو. ولكن التفتيش الذي تم في مختبرات لوس آلاموس تم سريعا بحيث استؤنفت عمليات تجهيز كبسولات البلوتونيوم بعد وقت قصير.