كتائب الشهيد عز الدين القسام
تعتبر كتائب القسام علاقتها بالقيادة السياسية لحركة حماس هي علاقة تكامل تنظيمي وانفصال ميداني، حيث أنها جزء من هيكل وجسد حركة حماس تشارك فيها في صنع القرار والتوجيه وفق أنظمتها الداخلية، وننفصل عن القيادة السياسية في الجوانب العملية المختصة بالعمل العسكري.
كتائب الفاروق
من ابرز قادة كتائب الفاروق ومؤسسيها المحامي أسامة جنيدي الملقب أبو سايح الشخصية التي آثرت عدم الظهور في بداية الثورة واكتفى بالقيادة من خلف الكواليس في بداية المرحلة رغم أن الفضل الكبير يعود له في ادارة العمليات العسكرية وتأمين الذخيرة والدعم الكامل حيث استطاع هو وقادة الفصائل العاملة في كتائب الفاروق من بسط سيطرتهم على كامل المناطق المتواجدين بها.