اغتيال محمد بوضياف
كان محمد بوضياف قد عمل برنامجا أو مخططا يلقي خطابات عبر جميع نواحي الوطن، وأثناء إلقائه خطابا بالمركز الثقافي بمدينة عنابة وبعد ترديد الرئيس بوضياف لعبارة: إن الإسلام يحث على العلم. لتنفجر قنبلة في المنصة الرئاسية وينتصب الملازم مبارك بومعرافي أمام الرئيس ويفرغ رصاصات رشاشه في جسد بوضياف ويرديه قتيلا في الساعة الواحدة زوالا من يوم التاسع والعشرين من يونيو 1992.
جزائر ما بعد الإستقلال
كانت الفترة التي ترأّس فيها علي كافي المجلس فترة شغور منصب رئيس الجمهورية خاصّة بعد اغتيال محمد بوضياف في 29 جوان 1992، إلّا أنّ علي كافي قام بإجراءات عديدة كمصادقته على تشكيل المحاكم الخاصّة الاستثنائية التي تنظر في قضايا العنف السياسي، و قد أصدرت هذه المحاكم عشرات الأحكام بالإعدام، زد على ذلك طرح المجلس في تلك الفترة فكرة الحوار كبديل عن الحلول الأمنية.
و بنهاية مهام المجلس الأعلى للدولة ابتعد علي كافي عن الأنظار حتّى بات من التاريخ أي لم يعد له وجود في دواليب النظام السّياسي، لكن عاد الرّجل إلى السّاحة من خلال مذكراته التي نشرها سنة 1999 في كتاب " مذكرات الرّئيس علي كافي: من المناضل السّياسي إلى القائد العسكري، 1946-1962"، بحيث ذكر فيها أحداثًا التي أزعجت البعض و ما جاء في مذكّرات علي كافي لاقت معارضة شديدة من قبل بعض الشخصيات الوطنية.