يوحنا بولس الثاني
في 6 مايو 2001 أصبح يوحنا بولس الثاني أول بابا كاثوليكي يقوم بالدخول والصلاة في مسجد، فخلال زيارته سوريا قام البابا بزيارة المسجد الأموي، وأصر على اتباع العادات الإسلامية فخلع حذائه لدى دخوله المسجد، وقام بتقبيل القرآن الأمر الذي جعل له شعبية واسعة بين المسلمين، وقام بالصلاة أمام ضريح يوحنا المعمدان المعروف باسم النبي يحيى في الإسلام، وألقى خطابًا قال فيه: ""إن المسلمين والمسيحيين أساؤوا إلى بعضهم البعض، ونحن اليوم نطلب الاستغفار عن ذلك من الله العلي والقدير، ونقدم الاعتذار عن كل خطأ آخر"." في عام 2004 أقام البابا "الحفلة البابوية للمصالحة" والتي جمعت قادة مسلمين مع زعماء يهود وقادة كاثوليك في الفاتيكان، وقد أقام الحفلة الموسيقية أوركسترا كراكوف من بولندا وأوكسترا أخرى من بريطانيا وثالثة من الولايات المتحدة ورابعة من تركيا، كتمثيل لمجموعات دينية مختلفة، وقد صمم الحفل السير جيلبرت ليفي، وبثّ في مختلف أنحاء العالم.
الرومانية الكاثوليكية في أفغانستان
طلب البابا يوحنا بولس الثاني من الأب موريتي العودة إلى أفغانستان مع سقوط طالبان. اُحتُفِل بالقداس الأول في 9 سنوات بتاريخ 27 يناير 2002 لأعضاء قوة الأمن الدولية ومختلف أعضاء الوكالات الأجنبية. في 16 مايو 2002، أُنشِئت بعثة كاملة الأهلية لكل أفغانستان. توجد كنيسة واحدة فقط عاملة في البلاد في السفارة الإيطالية في كابول. تشمل مشاريع البعثة الجديدة "مدرسة السلام" لـ500 طالب بدأوا البناء في أغسطس 2003 وفقاً "للمعايير الأوروبية". كما تعمل ثلاث أخوات دينيات مع أولئك الذين يعانون من إعاقات ذهنية في العاصمة ويعلمن من يعانون من الشلل الدماغي كيفية الذهاب إلى المرحاض وكيفية تناول الطعام بأنفسهم. مرت المجموعة الصغيرة بفترة أزمة أثناء اختطاف كليمنتينا كانتوني وهي عضو في هيئة كير الدولية في 17 مايو 2005 من قبل أربعة مسلحين في كابول بينما كانت في طريقها إلى سيارتها. جعلت أخوات من مبشري الأعمال الخيرية منزلهن مباركاً في 9 مايو 2006 وبدأ بالفعل في استقبال أطفال الشوارع. كانت هناك مخاوف من أن رداءهن ذو اللونين الأزرق والأبيض المُميَّز سيجعلهن يبرزن ويتعرضن للمضايقة من قبل المسلمين، لكن معهدهن كان محترماً بشكل عام. كما تقدمت خدمات الإغاثة اليسوعية بطلب للانضمام إلى العدد المتزايد من المعاهد الدينية في البلاد، وقد افتتحت خدمات اللاجئين اليسوعية مؤخراً مدرسة فنية في هراة لـ500 طالب من بينهم 120 فتاة.