يوحنا بولس الثاني
في 6 مايو 2001 أصبح يوحنا بولس الثاني أول بابا كاثوليكي يقوم بالدخول والصلاة في مسجد، فخلال زيارته سوريا قام البابا بزيارة المسجد الأموي، وأصر على اتباع العادات الإسلامية فخلع حذائه لدى دخوله المسجد، وقام بتقبيل القرآن الأمر الذي جعل له شعبية واسعة بين المسلمين، وقام بالصلاة أمام ضريح يوحنا المعمدان المعروف باسم النبي يحيى في الإسلام، وألقى خطابًا قال فيه: ""إن المسلمين والمسيحيين أساؤوا إلى بعضهم البعض، ونحن اليوم نطلب الاستغفار عن ذلك من الله العلي والقدير، ونقدم الاعتذار عن كل خطأ آخر"." في عام 2004 أقام البابا "الحفلة البابوية للمصالحة" والتي جمعت قادة مسلمين مع زعماء يهود وقادة كاثوليك في الفاتيكان، وقد أقام الحفلة الموسيقية أوركسترا كراكوف من بولندا وأوكسترا أخرى من بريطانيا وثالثة من الولايات المتحدة ورابعة من تركيا، كتمثيل لمجموعات دينية مختلفة، وقد صمم الحفل السير جيلبرت ليفي، وبثّ في مختلف أنحاء العالم.
يوحنا بولس الثاني
حاول البابا إرساء ثقافة الحوار مع مختلف الأديان، والتقى جماعات دينية ورجال دين من أديان مختلفة، وكانت المحاولة خلال هذه الاجتماعات للبحث عن أرضية مشتركة، كما عمل على تطوير النقاشات بين الطوائف المسيحية وأنهي خلال عهده الخلاف الذي انبثق في أعقاب مجمع خلقيدونية مع الكنائس الأروثوذكسية المشرقية، كما قام في اليوم العالمي للصلاة من أجل السلام الذي عقد في أسيزي يوم 27 أكتوبر 1986 بجمع ممثلين لمختلف الديانات والطوائف فاق عددهم 120 ممثلاً وذلك بهدف الصلاة والصوم في سبيل السلام.
كان للبابا علاقات مميزة مع كنيسة إنجلترا والتي أشار إليها سلفه بولس السادس بكونها "كنيستنا الأخت الحبيبة"، ووعظ في كاتدرائية كانتربري خلال زيارته بريطانيا، كما التقى رئيس أساقفة كانتربي، إلا أنه أبدى امتعاضه اللاحق من قبول الكنيسة الإنكليزية منح سر الكهنوت للنساء، واعتبر الخطوة خطوة في الاتجاه المعاكس لإعادة الوحدة مع الكنيسة الكاثوليكية. في عام 1980 أصدر البابا مرسومًا يقضي بالسماح للكهنة الإنجليكان بالتحول دون الكنيسة الكاثوليكية دون عائق، كذلك فقد صدر خلال عهده كتاب الرتب اللاتينية باللغة الإنكليزية وهو مطابق لما هو عليه الحال في الكنيسة الإنكليزية.
في نوفمبر 1980 زار البابا جمهورية ألمانيا الاتحادية وفي أول زيارة له لبلد ذي غالبية لوثرية، وفي مدينة ماينز اجتمع البابا مع قادة الكنائس اللوثرية وغيرها من ممثلي الطوائف البروتستانتية. في 11 ديسمبر 1983 شارك البابا في طقوس داخل الكنيسة اللوثرية في روما في أول زيارة بابوية منذ الانشقاق لكنيسة لوثرية، أي بعد 550 سنة من ولادة مارتن لوثر الراهب الألماني الذي أعلن الانشقاق البروتستانتي. بين 1 يونيو و10 يونيو 1989 زار البابا النرويج وأيسلندا وفنلندا والدنمارك والسويد وجميعها تتبع المذاهب البروتستانتية مع وجود جماعات كاثوليكية. في 31 أكتوبر 1999 ولمناسبة الذكرى 284 لإعلان الإصلاح اللوثري وقع ممثلون عن الفاتيكان والاتحاد اللوثري العالمي على إعلان مشترك حول لاهوت التبرير، كبادرة للوحدة، نظرًا لكون لاهوت التبرير واحدًا من القضايا الخلافية، وكان هذا التوقيع خطوة أولى ضمن مجموعة من الخطوات التي بدأت منذ افتتاح سلسلة الحوار بين الكنيسة الكاثوليكية والكنائس اللوثرية عام 1965.