مشروع Y
مختبر لوس ألاموس ، ويعرف أيضاً بـمشروع Y، كان مختبراً سريّاً تأسس من ضمن مشروع مانهاتن وشغّلته جامعة كاليفورنيا أثناء الحرب العالمية الثانية. كانت مهمة المختبر تصميم وبناء أول أسلحة ذرية. 
كان روبرت أوبنهايمر أول مديرٍ له، أداره من 1943 حتى ديسمبر 1945، حيث خلفه نوريس برادبيري. لكي يتمكّن العلماء من مناقشة أعمالهم بحريّة في ظل الإجراءات الأمنية، اختير موقع المختبر في جزءٍ ناءٍ من نيومكسيكو. احتلّ هذا المختبر الذي عمل زمن الحرب مبانٍ كانت سابقاً جزءاً من مدرسة لوس ألاموس الزراعية.
مشروع Y
تم اختبار تصميم قنبلة الرجل البدين في اختبار ترينيتي في تموز (يوليو) 1945. ليشكل بعدها طاقم موظفي مشروع Y فرق لتفجير القنبلة النووية في هيروشيما وناغازاكي والإشراف على التفجير. وبعد انتهاء الحرب العالمية الثانية، دعم المشروع اختبار عملية تقاطع الطرق في منطقة حلقية بيكيني. وتم إنشاء شعبة جديدة سُميت بشعبة "Z" مختصة بمراقبة أنشطة الاختبار وتخزين وتجميع القنابل، والتي تركزت في قاعدة سانديا، مختبر لوس ألاموس أصبح يُسمى مختبر لوس ألاموس العلمي في سنة 1947.