كتائب الشهيد عز الدين القسام
تعتبر كتائب القسام علاقتها بالقيادة السياسية لحركة حماس هي علاقة تكامل تنظيمي وانفصال ميداني، حيث أنها جزء من هيكل وجسد حركة حماس تشارك فيها في صنع القرار والتوجيه وفق أنظمتها الداخلية، وننفصل عن القيادة السياسية في الجوانب العملية المختصة بالعمل العسكري.
كتائب الفاروق
عملت هذه الكتائب على السيطرة على المدينة بالكامل فقد قامت بعمليات ضخمة جداً حيث استطاعت السيطرة على قيادة المنطقة وأسرت قائد المنطقة ومعاونيه وخمسا وعشرين عنصراً وقتل ستة عشر وأسقطت حاجز البلدية وسط القصير والسيطرة على المشفى الوطني بالإضافة لمطار الضبعة وكتيبة الضبعة وتل النبي مندو كما سيطرت على معظم حواجز المنطقة وقد بقيت كتائب الفاروق مسيطرة على القصير إلى أن سقطت بيد النظام بتاريخ 4-6-2012 بعد معركة القصير الشهيرة ضد الجيش السوري وحزب الله اللبناني، 
من أبرز القادة في القصير :
النقيب معن الكنج،
الشيخ خالد البراك،
معمر محب الدين،
عبد الرحمن العتر،
الرقيب أحمد سيف الدين