غرناطة
في الثاني من يناير عام 1492 قام الخليفة محمد الثاني عشر وهو آخر الخلفاء المسلمين في الأندلس بتسليم غرناطة لفرناندو الثالث ملك قشتالة والملكة إيزابيلا الأولى الملكان الكاثوليكيان، وبالتالي انتهى حكم المسلمين للأندلس. وتم تحديد شروط الاستسلام في معاهدة أطلق عليها (مرسوم الحمراء) وكان من شروطها أن يستمر المسلمون في ممارسة عاداتهم والحفاظ على دينهم. ولقد لقب مسلمو الأندلس في تلك الفترة باسم المدجنون. ولكن في عام 1499 شعر «غونزالو سيسنيروز » بالإحباط بسبب بطء نتائج الجهود التي بذلها رئيس أساقفة غرناطة «فريناندو دي تاليفيرا» لتحويل غير المسحيين إلى المسيحية. لذلك قام «غونزالو سيسنيروز » بإصدار مرسوم قسري لتعميد غير المسيحيين، وبالتي ظهر وجود المورسكيين واليهود "(المورسكيون هم الأندلسيون المسلمون الذين تم تعميدهم قسرًا بمقتضى مرسوم ملكي )". هذا الانتهاك لشروط معاهدة مرسوم الحمراء أدى لتمرد مسلح للمسلمين خصوصاً في المناطق الريفية في جنوب غرب منطقة البشرات (بالإسبانية: La Alpujarra).
قرطبة
وسقطت دولة المرابطين على يد حركة إسلامية أخرى هي حركة الموحدين، فصارت قرطبة وباقي الأندلس الإسلامية بأيديهم في منتصف القرن الثاني عشر. وقام الموحدون بإعادة عاصمة الأندلس إلى قرطبة، فاستعادت شيئاً من مكانتها السابقة. وفي هذه الفترة ظهر في قرطبة الفيلسوف المسلم ابن رشد، بالإضافة إلى العالم الديني اليهودي ابن ميمون، أشهر فلاسفة اليهودية في العصور الوسطى.