الانتفاضة الفلسطينية الثانية
الانتفاضة الفلسطينية الثانية أو انتفاضة الأقصى، اندلعت في 28 سبتمبر 2000 وتوقفت فعلياً في 8 فبراير 2005 بعد اتفاق الهدنة الذي عقد في قمة شرم الشيخ والذي جمع الرئيس الفلسطيني المنتخب حديثاً محمود عباس ورئيس الوزراء الإسرائيلي أرئيل شارون، وتميزت هذه الانتفاضة مقارنة بسابقتها بكثرة المواجهات مسلحة وتصاعد وتيرة الأعمال العسكرية بين المقاومة الفلسطينية والجيش الإسرائيلي، راح ضحيتها 4412 فلسطينيا و48322 جريح. وأما خسائر الجيش الإسرائيلي تعدادها 334 قتيل ومن المستوطنين 735 قتيل وليصبح مجموع القتلى والجرحى الإسرائيليين 1069 قتيل و 4500 جريح وعطب 50 دبابة من نوع ميركافا ودمر عدد من الجيبات العسكرية والمدرعات الإسرائيلية. ومرت مناطق الضفة الغربية وقطاع غزة خلالها بعدّة اجتياحات إسرائيلية منها عملية الدرع الواقي وأمطار الصيف والرصاص المصبوب. كانت شرارة اندلاعها دخول رئيس الوزراء الإسرائيلي "الأسبق" أرئيل شارون إلى باحة المسجد الأقصى برفقة حراسه، الأمر الذي دفع جموع المصلين إلى التجمهر ومحاولة التصدي له، فكان من نتائجه اندلاع أول اعمال العنف في هذه الانتفاضة.
موسى عرفات
بعد خروج القوات الفلسطينية إلى تونس عام 1982 تولى اللواء موسى عرفات مركز نائب جهاز الاستخبارات لمنظمة التحرير ومع اتفاقية السلام الموقعة بين إسرائيل ومنظمة التحرير عاد إلى غزة وشرع في تأسيس جهاز الاستخبارات العسكرية وحدد مركزة الرئسي في مبنى السرايا الواقع على مفترق طرق عمر المختار مع شارع الجلاء في مدينة غزة.
في نوفمبر 2004، عين اللواء موسى في منصب رئيس للأمن الوطني في قطاع غزة خلفا للواء عبد الرازق المجايدة، هذا التعين أدى إلى اعتراضات واسعة من قبل معارضي عرفات.
بعد استلام الرئيس الفلسطيني الجديد محمود عباس مهام عمله، أصدر مجموعة قرارات من ضمنها تفعيل التقاعد، وعليه تقاعد اللواء موسى عرفات. وقد توقع العديد أن يقود موسى عرفات انقلاباً بسبب قرار التقاعد، لكنه اختار الحفاظ على وحدة الصف الفتحاوي والتزم بقرار التقاعد.
استلم بعدها اللواء موسى عرفات موقع مستشار عسكري للرئيس الفلسطيني محمود عباس.
كان للواء موسى عرفات دورا فاعلا في مجريات الانتفاضة الثانية (انتفاضة الأقصى)حيث كان يشغل منصب مدير الاستخبارت العسكرية وبتوجيهات مباشرة منه تم تشكيل مجموعات قتالية جيدة الاعداد والتسليح وباشرت بالعمل المسلح ضد قوات الجيش الإسرائيلي واستطاعت تحقيق ضربات اثرت تأثيرا مباشرا على بعض الوحدات الإسرائيلية العاملة بقطاع غزة واسقطت اعدادا من جنودها بين قتيل وجريح وكان تقديره للموقف الميداني مبنيا على حجم الفارق بين ما يتمتع به الجيش الإسرائيلي من قدرات وإمكانات وتواضع إمكانات ومقومات العمل الفلسطيني المسلح فكان التركيز على اعتماد اساليب تتناسب مع الإمكانيات المتاحة. كما أن موقعه القيادي وقرابته من الرئيس الراحل ياسر عرفات جعل من سرية العمل وقتها ضرورة حتمية.