حصاة كلوية
تمر معظم الحصوات التي حجمها أقل من 5 مم بشكل تلقائي. ومع ذلك، قد تكون هناك حاجة إلى جراحة سريعة في الأشخاص الذين لديهم كلية واحدة فقط عاملة، أو يوجد حصوات في كلا الكليتين، أو في حالة التهاب المسالك البولية؛لأن في هذه الأحوال يُفترض أن تكون الكلية معدية، أوالألم غير محتمل. ابتداء من منتصف الثمانينات، بدأت العلاجات الأقل إجارة مثل تفتيت الحصوة باستخدام موجات صادمة من خارج الجسم، وتنظير الحالب، واستخراج حصاة الكلية عن طريق الجلد تحل محل الجراحة المفتوحة كطرق مفضلة للعلاج الجراحي للتحصي البولي. في الآونة الأخيرة، تم تعديل منظار الحالب المرن لتسهيل فغر الكلية من الوراء؛ لاستخراج حصاة الكلى عن طريق الجلد. ولا يزال هذا النهج قيد التجريب، وإن كانت النتائج الأولية مبشرة. استخراج حصاة الكلى عن طريق الجلد هو العلاج المفضل للحصوات الكبيرة أو المعقدة (مثل الحصوات المرجانية) أو الحصوات التي لا يمكن استخراجها باستخدام إجراءات أقل إجارة.
داء كارولي
يعتمد العلاج على المظاهر السريرية وموقع الشذوذ الصفراوي. فعندما يكون المرض متمركزاً بفص كبدي واحد فإن استئصال الكبد قد يخفف من الأعراض ويقلل من خطر الإصابة بالأورام الخبيثة، وتشير الأدلة إلى أن 7% من المرضى المصابين بداء كارولي قد تطور لهم المرض لنشوء الأورام الخبيثة. حيث تستخدم المضادات الحيوية لعلاج التهاب القناة الصفراوية ويمكن استخدام حمض أورسوديوكسيكوليك في حالة تحصي الكبد. أما في الحالات المنتشرة من المرض فإن خيارات العلاج تنحصر بالعلاج الوقائي أو التنظير. وفي بعض الحالات المختارة بعناية يمكن اللجوء الي زراعة الكبد، كما أن هناك خياراً آخر بزراعة مثلية للكبد عندما يكون العلاج بالمضادات الحيوية غير فعال ويٌعاني المريض من حصى صفراوية. وتُعد الدراسات العائلية في غاية الأهمية إذا كان سبب الإصابة بداء كارولي وراثياً، وعلى المريض أن يستمر بمتابعة حالته عن طريق الموجات الصوتية وأخذ خزعات من الكبد بين الحين والآخر.