معركة مرج دابق
كانت العلاقة بين الدولتين العثمانية والمماليك في بداية الأمر علاقة مودة وتحالف ويظهر ذلك في اشتراك الاسطولين المملوكي والعثماني في حرب البرتغاليين، وبدأت الخلافات تطفو على السطح مع بدء المواجهة بين السلطان سليم والشاه إسماعيل الصفوي سلطان فارس، حيث سعى كل منهم للتحالف مع المماليك لمواجهة الطرف الآخر. وأرسلت كل منهم السفارة تلو السفارة للسلطان قانصوه الغوري طالبين منه التحالف، فأما الشاه إسماعيل فقد حذر قانصوه من خطورة سليم الأول على ملكه وبين له أن عدم تحالفهم سيمكن السلطان سليم من الاستفراد بالواحد تلو الآخر والقضاء عليه خصوصاً مع توقيعه للهدنة مع الأوروبيين، بينما حث السلطان سليم السلطان قانصوه على التحالف ضد أعداء الدين من المرتدين الشيعة محذراً إياه من طموح الصفويين نحو حلب والشام، ولما لم يلق استجابة من قانصوه لجأ إلى تحذيره من مستقبل الصفويين كتهديد مبطن له.
وعند مسيرة السلطان سليم نحو بلاد فارس راسل علاء الدولة أمير سلالة ذاالقدر التركمانية طالباً منه مساعدته في حرب الصفويين فاعتذر منه علاء الدولة متعللاً بكبر سنه ووقوعه تحت حماية المماليك لكن بعد انصراف الجيش العثماني هاجمت قوات علاء الدولة مؤخرة الجيش العثماني (اختلف المؤرخون حول وقع ذلك بأمر من قانصوه أم لا) على أن قانصوه ارسل رسالة شكر لعلاء الدولة يطالبه فيها بالاستمرار في مناوشة السلطان سليم. رد السلطان سليم على ذلك بكتاب أرسله للسلطان قانصوه يعلمه فيها بفعلة علاء الدولة فرد عليه السلطان قانصوه بأن علاء الدولة عاص. من حينها تربص السلطان سليم بالسلطنة المملوكية وأيقن الناس أن كلاهما يضمر للآخر شراً. حاول قانصوه تهدئة الامر بينه وبين السلطان سليم بعد انتصاره الحاسم في معركة جالديران فعرض عليه التوسط في الصلح بينه وبين الشاه إسماعيل إلا أن السلطان سليم أغلظ معاملة الرسل ووبخهم.
جمع السلطان سليم وزرائه وقادة جيشه وذكرهم بفعلة علاء الدولة الخاضع للمماليك ورفض المماليك التعاون معهم في حرب الصفويين لذلك استقر رأيه على إعلان الحرب على المماليك على أن يرسل رسالة إلى السلطان قانصوه يعرض عليه الدخول في طوع السلطان سليم، وكان الغرض من الرسالة جر قانصوه الغوري إلى الحرب. ارتكب حينها السلطان قانصوه غلطة سياسية كبيرة بأن أغلظ معاملة الوفد وأهانهم انتقاماً منه لما حدث مع وفده سابقاً بدلاً من أن يحاول إصلاح العلاقة بينه وبين سليم. وخرج السلطان قانصوه بجيش كبير من مصر لتفقد قواته الموجودة في سوريا وليكون على استعداد لأي تحرك عثماني بينما خرج السلطان سليم على رأس جيشه من إسطنبول قاصداً بلاد الشام. بعد أن علم قانصوه بخروج سليم لملاقاته، ارسل رساله الي جان بردي الغزالي وإلى حمص ان يجمع قواته ومعه امراء الشوف ولبنان ويوافيه عند سهل مرج دابق فاستجاب له وتجمع بقواته هناك، كما تجمع لديه جيش من دمشق بقيادة سيباي . والي حلب خاير بك كان على اتصال بالعثمانيين واقنعوه بخيانة قنصوة على وعد بحكم مصر , وعلى الرغم من تلقى قنصوة التحذير مرتين من خيانة خاير بك (أحد التحذيرات كان من الامير سيباي حاكم دمشق شخصياً) إلا أنه (واحتكاماً لرأي جان بردي الغزالي صديق خاير بك القديم) قد رفض عقابه حتى لا يشتت قلوب الأمراء قبل المعركة .اصطف الجيشان وبدأت المناوشات بينهما وما لبث ان قام فرسان المماليك بهجوم خاطف على الجنود العثمانية فزلزلوهم واضطربت صفوفهم , حيث هاجم رماة السهام من فرسان المماليك حملة البيارق من العثمانيين ثم التفوا لمهاجمة حملة البنادق الموسكيت والقربينات ,واستبسل الجنود المماليك واظهروا الشجاعة حتى فكر سليم الأول في تجديد الهدنة بعد الخسائر الفادحة التي نزلت بجيشه.إلا أن ضربات المدفعية القوية قد أذهبت هجمات المماليك أدراج الرياح .
كان قنصوة الغورى يقود الجيش من على فرسه حينما انحاز فجأة خائر بك والي حلب وقائد الميسرة للعثمانيين , ولم يكتف بذلك بل إدعى أن السلطان قنصوة الغوري قد قتل . فاهتز المماليك بعد انكشاف صفوفهم وقله عددهم وانهيار معنوياتهم بعد إشاعة مقتل السلطان وانتهاء هجمات المماليك الجلبان إلى لا شئ . وكثف العثمانيون من قصفهم للمماليك بالمدافع التي لم يهتم بها المماليك مثل العثمانيين. فزادت الخسائر في صفوف المماليك وبدء الجنود في التخاذل والهرب. فانفك الجيش وانتصر العثمانيون وقَتلوا أعداداً كبيرة من الجنود المماليك وقتل قنصوه الغوري أثناء انسحابه, ولم يعثر للسلطان قنصوة على جثة وقيل أن أحد ضباطه قام بقطع رأسه ودفنها حتى لا يتعرف عليها العثمانيين فيتشفون فيها .
الحروب العثمانية الهابسبورغية
بعد هزيمة العثمانيين في والاشيا (معركة كالوغاريني) وبعد سلسلة من المواجهات الغير ناجحة مع الهابسبورغيين والتي انتهت بحصار ازترغوم وسقوطها، وبعد اقتراب التهديدات، قام السلطان محمد الثالث بخنق أخيه صاحب التسعة عشر عاما حتى الموت واستولي على الحكم وقاد جيشه بنفسه إلى شمال غرب المجر لمواجهة تحركات أعدائه. في 1596 سقطت إيجر في أيدي العثمانيين بعد حصارها. في معركة كرزت الحاسمة، تم القضاء على جيش نمساوي بواسطة العثمانيين. ظهرت عدم خبرة محمد الثالث في الحكم عندما لم يكافئ قوات الإنكشارية لجهودهم في المعركة، بل قام بمعاقبتهم لأنهم لم يقاتلوا جيدا وبالتالي أشعل فتيل ثورة.