علية
في حين أن الميتافيزيقيا يمكنها و كحالة خاصة ، دراسة الكيانات التي يفترضها العلم الأساسي مثل الذرات والأوتار الفائقة ، فإنها تختص بدراسة مجموعة من المواضيع مثل الكائن والملكية والسببية التي تفترضها هذه النظريات العلمية. على سبيل المثال: الادعاء بأن "الإلكترونات لها شحن" هو نظرية علمية. أثناء استكشاف ما يعنيه أن تكون الإلكترونات (أو على الأقل ، أن ينظر إليها على أنها "كائنات") ، وأن تكون "ممتلكات" ، وأن تكون موجودة في كيان طوبولوجي يسمى "الفضاء" ، فإنها مهمة الميتافيزيقيا.
ما وراء الطبيعة
انصبت كثير من الأعمال الحديثة على تحليل دور ما وراء الطبيعة في التنظير العلمي. قاد ألكسندر كويري هذه الحركة، حيث أعلن في كتابه ما وراء الطبيعة والقياس أن "لا يحقق العقل العلمي التقدم من خلال اتباع التجربة، بل من خلال تخطي التجربة". يمكن لهذا الافتراض الميتافيزيقي التأثير في التنظير العلمي كما قال جون واتكينز في أهم إسهاماته للفلسفة. منذ 1957 "أظهر طرق بعض الأفكار غير القابلة للقياس وبالتالي –طبقا لأفكار بوبر- تكون الافتراضات غير التجريبية مؤثرة في تطوير نظريات علمية قابلة للقياس. مثلت هذه النتائج العميقة في المنطق الأولي التطبيقي عملية إصلاحية هامة لطرق التدريس الإيجابية عن انعدام معنى ما وراء الطبيعة وعن الادعاءات القياسية". ادعي إمري لاكاتوس أن لكل النظريات العلمية قلبا ميتافيزيقيا صلبا ضروريا لجيل الأطروحات والافتراضات النظرية. من هنا –طبقا للاكاتوس- "ترتبط التغيرات العلمية بثورات ميتافيزيقية جامحة وواسعة".