Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Alzheimerin tauti
Lapsena saatu rintaruokinta ehkäisee Alzheimerin tautia myöhemmällä iällä. Myös immuunijärjestelmän kehitystä stimuloivan mikrobialtistuksen on todettu ehkäisevän sairautta. Tällä viitataan sekä mullan, ulosteiden ja kotieläinten niin sanottuihin "hyviin" mikrobeihin että myös likaisen juomaveden sisältämiin taudinaiheuttajamikrobeihin, sillä mikrobialtistus johtaa muun muassa immuunipuolustukselle tärkeiden t-solujen kehittymiseen. Ihmisen immuunijärjestelmä kehittyy etenkin lapsuudessa, mutta maahanmuuttajaväestön parissa tehdyistä tutkimuksista on saatu viitteitä siitä, että immuunipuolustusjärjestelmä tarvitsisi koulimista myös myöhemmissä elämänvaiheissa.