Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Mielenterveyden häiriö
Lapsuudessa koetut vuodeosastohoitoa vaatineet infektiot ja immuunipuolustus liittyvät mielenterveyden häiriöiden etiologioihin. Erityisen korkeita todennäköisyyksiä mielenterveyden häiriön kehittymiseen myöhemmässä elämässä ovat yhteydessä kun infektion on ollut niin vakava että sen hoitamiseen on jouduttu käyttämään anti-infektiivisiä lääkkeitä, erityisesti antibiootteja. Rintaruokinnan on todettu vähentävän vauvan infektioita, erityisesti korva-, kurkku- ja sinus-infektioita.
Lehmänmaitoa sisältävän äidinmaidonkorvikkeen proteiinin on havaittu aiheuttavan vauvalle heikentyneen immuunireaktion. Lehmänmaidossa on beta-laktoglobuliinia jota ei ole äidinmaidossa. Beta-laktoglobuliini muistuttaa ihmisen glykodeliini-proteiinia, joka kontrolloi ihmisen T-imusolujen tuotantoa. Rintaruokinnan edut verrattuna äidinmaidonkorvikkeisiin ovat selvät kehitysmaissa, joissa on huonotasoinen hygienia. Rintaruokinnan on todettu vähentävän skitsofreniaan ilmaantuvuutta.