IJsselmeer
Päinvastoin kuin Pohjois-Itämeren ympärillä, jossa maa kohoaa, Alankomaissa maa on aikojen kuluessa hitaasti vajonnut. Nykyisin noin puolet Alankomaiden alueesta on merenpinnan keskimääräisen tason alapuolella ja olisi muuttunut meren pohjaksi, ellei sitä olisi vuosisatojen ajan keinotekoisesti patojen ja pumppujen avulla pidetty kuivana. Tulvat ovat kuitenkin huomattava vaara, ja varsinkin aikaisemmin ne aiheuttivat usein suurta hävitystä. Jokien uomat ja lahdet ulottavat tulvavaaran syvälle sisämaahan. Suuria tulvia tapahtui varsinkin 1100- ja 1200-luvuilla, ja tällöin entinen Flevojärvi ympäristöineen muuttui laajaksi merenlahdeksi, joka sai nimen Zuiderzee. Yli puolet maasta on keskimääräisen merenpinnan tason alapuolella.
Pretegelen-jääkausi
Perinteisesti varhaisia ilmastonmuutoksia on tutkittu Alankomaissa. Se näkyi kylmän ilmanalan kasvillisuuden ilmaantumisena Alankomaihin Subarktinen avoin maisema levisi Alankomaihin, ja puuraja siirtyi vähäksi aikaa ensi kertaa kenotsooisella maailmankaudella Alankomaiden eteläpuolelle.
Lämpimän ilmanalan kasvillisuus oli Alankomaissa hyvin harvinainen, hyvin lämmintä kosteaa eli subtrooppista ilmastoa useimmiten suosivat punapuun tai mammuttipetäjän tyyppiset kasvit "Sequoia"-kasvillisuus ja hieman viileämmässä viihtyvä suosypressit ("Taxodium") olivat hävinneet Alankomaista
Alankomaiden kasvillisuus muistutti joinakin aikoina viime jääkauden kylmien vaiheiden kasvillisuutta, ja kylminä vaiheina kasvoi vain koivua ("Betula"), mäntyä ("Pinus") ja leppää ("Alnus"). Matalat, ruohon korkuiset kasvit, kuten "Gramineae", sarakasvit ("Cyperaceae") ja kanervakasvit ("Ericaceae") vallitsivat. Mänty oli yleinen Meinwegissä, mutta leppä ja varsinkin kuusi yleensä harvinaisia. Erässä vaiheessa leppä suhteessa mäntyyn yleistyi männyn harvinaistuessa.