Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Allergia
Allergia on immunologisen järjestelmän häiriö, jossa elimistö käynnistää IgE-välitteisen immunologisen reaktion jollekin elimistön ulkopuoliselle mutta sinänsä vaarattomalle aineelle. Tällaista ainetta kutsutaan allergeeniksi; allergeeni toimii siis antigeeninä immunologisen reaktion käynnistyessä.
Huomaa että termit allergia ja yliherkkyys eivät ole toistensa synonyymejä. Yliherkkyys (engl. hypersensitivity) kattaa laajan joukon erilaisia immunologisella mekanismilla välittyviä haitallisia reaktioita, kun taas allergia tarkoittaa vain IgE-välitteisiä, B-lymfosyyttien aktivaation seurauksena ilmeneviä reaktioita (tyypin I yliherkkyys).