Kardinaali
Toinen epäkohta kardinaalijärjestelmässä oli sen keskittyminen Eurooppaan ja erityisesti Italiaan, minkä vuoksi paavinistuimelle ei noussut satoihin vuosiin ainuttakaan ei-italialaista paavia. Koska suuri enemmistö kardinaaleista oli italialaisia, nostivat he paaviksi toisia italialaisia kardinaaleja, jotka taas paavina ollessaan nimittivät lisää italialaisia kardinaaleja. Esimerkiksi hollantilaisen Hadrianus VI:n (paavina 1522–1523) jälkeen seuraavaa ei-italialaista paavia jouduttiin odottamaan yli 450 vuotta, sillä seuraava Italian ulkopuolelta tullut paavi oli virkaansa vuonna 1978 valittu puolalainen Johannes Paavali II.
Paavi
Paavien suuri valta niin hengellisissä kuin maallisissa asioissa myös lisäsi joitain väärinkäytöksiä. Koska paavinvirka mahdollisti suuret taloudelliset edut kulloinkin hallitsevan paavin sukulaisille, eivät nämä halunneet luopua etuisuuksistaan paavin kuoleman jälkeen. Ratkaisuna tähän oli kardinaalineposjärjestelmä, jossa hallitseva paavi nimitti jonkun sukulaisistaan kardinaaliksi. Tämä paavien tapa nimittää sukulaisiaan kardinaalinepoksiksi sai alkuna keskiajalla, ja huippunsa tapa saavutti 1500- ja 1600-luvulla. Paavien Avignonin vankeudesta aina Innocentius XII:n vuonna 1692 julkaistuun nepotisminvastaiseen "Romanum decet pontificem" -bullaan saakka hallinneet paavit ilman kardinaalinepoksia olivat selvä poikkeus. Samoin kaikki renessanssin aikana hallinneet kardinaaleja nimittäneet paavit käyttivät kardinaalinepoksia, jotka yleensä olivat heidän veljen- tai sisarenpoikiaan.