Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Uskonpuhdistus
Paavi Paavali III kutsui Trenton kirkolliskokouksen koolle vastauksena protestanttiseen uskonpuhdistukseen, ja tarkoitus oli vahvistaa katolisen kirkon oppia ja rakenteita. Kirkolliskokous kesti yhteensä kahdeksantoista vuotta. Syynä olivat kulloisenkin paavin ja keisarin väliset riidat ja poliittisten tilanteiden vaihtelu. Kirkolliskokous kesti paavien Julius III, Marcellus II ja Paavali IV hallintojen ajan ja päättyi Pius IV:n paaviuden aikana, joten kulloinenkin paavi vaikutti omalta osaltaan kokouksen pitkittymiseen. Esimerkiksi Paavali III:n riitaannuttua keisari Kaarle V:n kanssa kirkolliskokous siirrettiin Bolognaan.