Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Sergei Ivanov
Ivanov oli helmikuusta 2007 lähtien Venäjän federaation ensimmäinen varapääministeri. Hän oli aiemmin puolustusministeri (2000–2007) ja varapääministeri marraskuusta 2005 lähtien. Joulukuussa 2011 Ivanov siirtyi maan uuteen valtakeskiöön kuuluvaan asemaan laajan presidentinhallinnon päälliköksi, ja presidentti Vladimir Putin uudisti nimityksen toukokuussa 2012. Tässä tehtävässä hän oli elokuuhun 2016, jolloin Putin siirsi hänet presidentin erityisedustaja luonnonsuojelua, ekologiaa ja kuljetuksia koskevissa kysymyksissä, mikä yleisesti tulkittiin potkuiksi. Hänen seuraajakseen hallintopäälliköksi tuli varapäällikkö Anton Vaino.