Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Vladimir Putin
Loppuvuonna 1998 FSB:tä ja Putinia kohtasi skandaali, kun kuusi FSB:n työntekijää johtajanaan Aleksandr Litvinenko syyttivät tiedotustilaisuudessa FSB:tä rikollisesta toiminnasta, joka oli tapahtunut ennen Putinin aikaa. Putin tuli siihen tulokseen, että syytökset olivat perusteettomia ja erotti Litvinenkon ja tämän kumppanit. Putinin tapa hoitaa asia sekä hänen suorittamansa henkilöstönvähennykset FSB:ssä aiheuttivat kuitenkin närää Kremlissä, ja maan demokratian tilasta huolestunut Jeltsin piti Putinia osasyyllisenä tilanteeseen. Seuraavan vuoden alussa valtakunnansyyttäjä Skuratovia koskeneen skandaalin yhteydessä Jeltsin kuitenkin vakuuttui Putinin uskollisuudesta ja tehokkuudesta, ja hän ylensi Putinin turvallisuusneuvoston sihteeriksi. Putin jatkoi edelleen myös FSB:n johdossa. Putin osallistui kevään aikana esimerkiksi Tšetšenian pommiräjähdyksen tutkintaan ja Kosovon sodan rauhanvälitykseen. Hän myös antoi säännöllisesti haastatteluja tiedotusvälineille päivänpolttavista asioista ja korotti näin julkista profiiliaan.