Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Maria Guise
Jaarli Arran erosi huhtikuussa 1554 sijaishallitsijan tehtävästä, joka siirtyi nyt muodollisestikin kuningataräiti Maria Guiselle. Hän pyrki tiivistämään Skotlannin ja Ranskan liittoa. Uskonpuhdistus oli noihin aikoihin jo käynnistynyt Skotlannissa, mutta Maria Guise oli katolilainen. Aluksi hän oli uskonnollisissa kysymyksissä sovitteleva ja sai protestanttien tuen vuonna 1558 viimein toteutuneelle Maria Stuartin ja kruununprinssi Fransin avioliitolle. Ilmeisesti Ranskan painostuksesta Maria Guise hylkäsi pian tämän jälkeen uskonnollisen suvaitsevaisuuden ja ryhtyi toteuttamaan ankaraa vastauskonpuhdistusta. Protestanttisia saarnaajia vastaan suunnatut oikeustoimet johtivat toukokuussa 1559 uskonpuhdistaja John Knoxin johtaman kapinan puhkeamiseen Perthissä. Protestanttiset lordit kokosivat sotajoukon, joka valtasi pääkaupunki Edinburghin, ja he julistivat pakoon lähteneen Maria Guisen 21. lokakuuta 1559 erotetuksi sijaishallitsijan tehtävästä.