Merivesi
Meriveden suola on pääasiassa kallio- ja maaperästä siihen liuennutta natriumkloridia.
Juutinrauma
Pohjan laatu ja veden suolaisuus vaihtelevat paljon salmessa, matalissa lahdissa on hiekkapohja ja vähäsuolaista Itämerestä peräisin olevaa murtovettä, syvemmällä on savi- ja mutapohjia ja painavampaa Kattegatista peräisin olevaa vettä. Veden virtaussuunta on useimmiten pohjoiseen, ulosvirtaava Itämeren murtovesi on merivettä kevyempää ja ulosvirtaus tapahtuu näin pintakerroksissa. Veden kerrostunut suolapitoisuus säätelee vastaavasti meri- ja murtovesieliöiden esiintymistä salmen eri osissa. Salmen pohjoisosassa 30 metrin syvyydessä on Knähakenin vedenalainen luonnonsuojelualue, jonka mereistä lajirunsautta on verrattu koralliriuttoihin. Myös Falsterbon niemen ympäristö salmen kaakkoiskulmassa on vastaavasti merensuojelualue.