Eritrea
Kun sota oli päättynyt ja tilanne vakiintunut, Eritreassa järjestettiin huhtikuussa 1993 kansanäänestys itsenäisyydestä. Äänestäneistä 99,81 prosenttia antoi suoran tukensa Eritrean täydelle suvereniteetille, ja jo toukokuun 24. päivänä 1993 Eritrea julistautui itsenäiseksi. Ensimmäiseksi presidentiksi valittiin EPLF:n hajottamisen seurauksena syntyneen PFDJ:n riveistä Isaias Afewerki.
Etiopia
Toukokuussa 1998 alkoi Etiopian ja Eritrean välillä rajasota kiistellystä alueesta, niin sanotusta Badmen kolmiosta. Taistelu alkoivat uudelleen helmikuussa 1999 ja laajenivat kaksivuotiseksi täysimittaiseksi sodaksi. Etiopia valtasi myös Somalian Baidoan, jota hallitsi Eritrean tukema sotaherra Hussein Aideed. Pienen tauon jälkeen taistelut alkoivat uudelleen kesäkuussa, jolloin Etiopia sanoi surmanneensa 8 000 eritrealaista ja Eritrea 1 850 etiopialaista. Afrikan yhtenäisyysjärjestö yritti sovitella maiden välejä, mutta epäonnistui Etiopian hylättyä sen rauhansuunnitelman. Rauha saatiin solmittua 12. joulukuuta 2000. Rajalle perustettiin 25 kilometriä leveä turvallisuusalue ja YK aloitti rauhanvalvonnan UNMEE-rauhanturvaajien voimin. Maiden välistä rajaa alkoi suunnitella puolueeton EEBC-komissio, jonka panostukset osoittautuivat kuitenkin turhiksi, kun Etiopia kieltäytyi hyväksymästä uutta rajaehdotusta. Koska maat eivät olleet halukkaita sopimaan rajoista, YK veti UNMEE-joukot pois vuoden 2008 puolivälissä. Sota maksoi yhteensä 100 000 ihmisen hengen.