Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän federaatio 1999–2008
Venäjän federaatio vuosina 1999–2008 kattaa Vladimir Putinin molemmat presidenttikaudet. Putin pyrki politiikallaan modernisoimaan maan taloutta ja keskittämään valtaa käsiinsä kutsuen rakentamaansa näkyvästi Kreml-johtoista järjestelmää "vallan vertikaaliksi". Putin ajoi oligarkit pois politiikasta ja nosti turvallisuuspalvelu FSB:n miehet valtaan. Putinin puolue hallitsee Kremliä, duumaa, suurimpia sanomalehtiä ja TV-asemia sekä monia avainasemassa olevia yrityksiä. Kaudella maan talous oli reippaassa kasvussa, mutta monilta osin yhä uudistusten tarpeessa. Putinin lähipiiri kahmi itselleen maan avainteollisuutta. Taloudellinen ja poliittinen valta kietoutuivatkin yhä enemmän yhteen. Putin voitti kapinoivat tšetšeenit ja lopetti puheet Venäjää ehkä uhanneesta hajoamisesta. Korruptio paheni Putinin kaudella, ja rikollisuus jatkoi laajana vaikka Moskova oli turvallisempi Putinin kuin Jeltsinin kaudella. Ulkopoliittisesti Putinin Venäjä etääntyi lännestä, vaikka terrorisminvastainen sota ja ulkomaankauppa loivatkin siltoja Idän ja lännen välille.