Kardinaali
Toinen epäkohta kardinaalijärjestelmässä oli sen keskittyminen Eurooppaan ja erityisesti Italiaan, minkä vuoksi paavinistuimelle ei noussut satoihin vuosiin ainuttakaan ei-italialaista paavia. Koska suuri enemmistö kardinaaleista oli italialaisia, nostivat he paaviksi toisia italialaisia kardinaaleja, jotka taas paavina ollessaan nimittivät lisää italialaisia kardinaaleja. Esimerkiksi hollantilaisen Hadrianus VI:n (paavina 1522–1523) jälkeen seuraavaa ei-italialaista paavia jouduttiin odottamaan yli 450 vuotta, sillä seuraava Italian ulkopuolelta tullut paavi oli virkaansa vuonna 1978 valittu puolalainen Johannes Paavali II.
Paavi
8. tammikuuta 1198 konklaavissa valittiin jälleen uusi paavi, joka otti nimekseen Innocentius III. Vielä nykyäänkin häntä pidetään koko keskiajan ja joidenkin mielestä kaikkien aikojen mahtavimpana paavina. Uusi paavi tulkitsi olevansa suoraan Kristuksen sijainen, ihmistä suurempi, Jumalaa pienempi, ja näin ollen kuninkaita korkeampi ja oikeutettu käskemään kaikkia. Noustessaan johtamaan katolista kirkkoa Innocentius III sai käskettäväkseen keskiajan tehokkaimman organisaation. Kirkko muistutti enemmän valtiota kuin uskonnollista nykyaikaista kirkkoa; sillä oli omat lakinsa, lainsäätäjänsä, tuomioistuimensa, lakimiehensä, vankilansa sekä Euroopan parhaiten järjestetty ja tehokkain hallintokoneisto. Innocentius III oli koko Euroopan johtaja, koska Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisarin kuoltua hänellä ei ollut ainuttakaan tarpeeksi vaikutusvaltaista kilpailijaa. Paavin poliittisia neuvoja noudatettiin niin Ranskassa, Englannissa, Tanskassa, Unkarissa kuin myös Böömissä.