Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Uskonpuhdistus
Paavi Paavali III antoi vuonna 1540 vahvistuksensa ja siunauksensa kuusi vuotta aikaisemmin perustetulle jesuiittajärjestölle. Jesuiittaveljeskunta kehittyi Pariisissa opiskelleiden nuorten miesten ryhmästä, jonka johtajana toimi entinen ritari Inigo López de Loyola, tunnetumpi nimellä Ignatius Loyola (1491–1556). Uskonpuhdistuksen aikakaudella jesuiitat olivat paaville uskollisia ja halusivat palvella kirkkoa. Jesuiitoilla oli myös oma sotilaallinen organisaatio, jonka johtaja toimi paavin alaisuudessa. Jesuiitat eivät muiden hengellisten seurojen tapaan olleet sidottuja luostareihin tai muihin keskuksiin, mikä mahdollisti jäsenille liikkuvan elämän. Jäsenmäärä kasvoi huomattavasti vuoden 1556 tuhannesta jäsenestä, ja vuonna 1750 jesuiittoja oli jo 22 590.