Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Venäjän federaatio 1999–2008
Venäjän federaatio vuosina 1999–2008 kattaa Vladimir Putinin molemmat presidenttikaudet. Putin pyrki politiikallaan modernisoimaan maan taloutta ja keskittämään valtaa käsiinsä kutsuen rakentamaansa näkyvästi Kreml-johtoista järjestelmää "vallan vertikaaliksi". Putin ajoi oligarkit pois politiikasta ja nosti turvallisuuspalvelu FSB:n miehet valtaan. Putinin puolue hallitsee Kremliä, duumaa, suurimpia sanomalehtiä ja TV-asemia sekä monia avainasemassa olevia yrityksiä. Kaudella maan talous oli reippaassa kasvussa, mutta monilta osin yhä uudistusten tarpeessa. Putinin lähipiiri kahmi itselleen maan avainteollisuutta. Taloudellinen ja poliittinen valta kietoutuivatkin yhä enemmän yhteen. Putin voitti kapinoivat tšetšeenit ja lopetti puheet Venäjää ehkä uhanneesta hajoamisesta. Korruptio paheni Putinin kaudella, ja rikollisuus jatkoi laajana vaikka Moskova oli turvallisempi Putinin kuin Jeltsinin kaudella. Ulkopoliittisesti Putinin Venäjä etääntyi lännestä, vaikka terrorisminvastainen sota ja ulkomaankauppa loivatkin siltoja Idän ja lännen välille.