Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavi
Paavin ja modernisoituvan maailman välit kuitenkin lämpenivät Pius X:n seuraajien aikana, mutta vasta 1960-luvulla modernismin vainoaminen ja tieteen jyrkkä erottaminen teologiasta loppuivat. Paavali VI:n aikana useat katoliset teologian professorit saivat opettaa yliopistoissaan, vaikka heidän näkemyksensä saattoivatkin poiketa katolisen kirkon virallisista näkemyksistä, mutta Johannes Paavali II:n kaudella joiltain katolisilta teologeilta on viety lupa opettaa omia näkemyksiään. Nykypäivään tultaessa paavius on kuitenkin muuttunut huomattavasti Gregorius XVI:n ajalta, ja esimerkiksi tieteen kehittyessä Johannes Paavali II joutui muun muassa toteamaan, että "evoluutioteoria on enemmän kuin hypoteesi."