Mamoudzou
Mamoudzou on toiminut Mayotten pääkaupunkina vuodesta 1977 lähtien. Sitä ennen paikallishallintoalueen pääkaupunkina oli Dzaoudzi.
Yamoussoukro
Yamoussoukrosta tuli maan pääkaupunki maaliskuussa 1983, kun presidentti Félix Houphouët-Boigny oli määrännyt pääkaupungin siirrettäväksi kotikyläänsä. Kaupungissa sijaitsee yksi maailman suurimmista kirkoista, vuonna 1990 paavi Johannes Paavali II:n käyttöön vihkimä basilika Notre Dame de la Paix de Yamoussoukro.