Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Investituurariita
Koska piispan tai apotin asemaan liittyi usein merkittävästi maaomaisuutta ja vaurautta, oli maalliselle hallitsijalle taloudellisesti hyödyllistä nimittää joku hänelle uskollinen henkilö. Piispat ja apotit olivat usein itsekin osa maallista hallintoa hallinnollisten kykyjensä ansiosta. Lisäksi Pyhän saksalais-roomalaisen keisarikunnan keisarilla oli erityinen oikeus valita paavi. Paavi vastavuoroisesti nimitti ja kruunasi seuraavan keisarin, joten harmoninen suhde kahden osapuolen välillä oli tärkeää.
Kriisi sai alkunsa kun ryhmittymä kirkon sisällä, gregoriaaniset reformistit, päättivät vapauttaa kirkon maallisten hallitsijoiden vallasta poistamalla investituuraseremonian. Reformistit tiesivät, että tämä ei olisi mahdollista niin kauan kuin keisarilla oli oikeus nimittää paavi, joten ensimmäinen askel oli siirtää paavin nimittäminen kirkolle. Tilaisuus tähän tuli 1050-luvulla kun Henrik IV:stä tuli keisari nuorella iällä. Reformistit tarttuivat tilaisuuteen, kun keisari oli vielä lapsi eikä voinut reagoida tilanteeseen. Vuonna 1059 kirkolliskokous Roomassa julisti, että maallisilla johtajilla ei ollut oikeutta osallistua paavin nimittämiseen ja loi kardinaalikollegion, joka koostui vain kirkon edustajista. Kardinaalikollegio on tänäkin päivänä tapa, jolla paavi valitaan.