Kardinaali
Toinen epäkohta kardinaalijärjestelmässä oli sen keskittyminen Eurooppaan ja erityisesti Italiaan, minkä vuoksi paavinistuimelle ei noussut satoihin vuosiin ainuttakaan ei-italialaista paavia. Koska suuri enemmistö kardinaaleista oli italialaisia, nostivat he paaviksi toisia italialaisia kardinaaleja, jotka taas paavina ollessaan nimittivät lisää italialaisia kardinaaleja. Esimerkiksi hollantilaisen Hadrianus VI:n (paavina 1522–1523) jälkeen seuraavaa ei-italialaista paavia jouduttiin odottamaan yli 450 vuotta, sillä seuraava Italian ulkopuolelta tullut paavi oli virkaansa vuonna 1978 valittu puolalainen Johannes Paavali II.
Rooman valtaus
Maailmanpoliittinen tilanne muuttui Kirkkovaltion kannalta nopeasti vuonna 1870. Ranskan keisarikunta kävi vuonna 1870 sodan Saksaa vastaan. Sodan seurauksena Ranskan keisari Napoleon III kukistui, ja keisari­kunnan tilalle perustettiin uusi Ranskan tasavalta. Ranska veti Kirkkovaltiota suojaamassa olleet joukkonsa Italiasta, jolloin maata suojasivat enää vain paavin omaan armeijaan kuuluneet 15 000 sveitsiläiskaartilaista ja muuta palkkasotilasta. Italian hallitus päätti Kirkkovaltion liittämisestä Italiaan syyskuussa 1870, ja paavia tapaamaan lähetettiin edustusto. Alkuperäisenä tarkoituksena oli tehdä liitos ilman verenvuodatusta, ja paaville aiottiin jättää Vatikaanin ja Città Leoninan alueet sekä mahdollisesti myös maakaistale meriyhteyden luomiseksi. Pius IX ei kuitenkaan ollut valmis neuvottelemaan Italian hallituksen kanssa, jolloin tuloksena oli sotilaallinen yhteenotto.