FC St. Pauli
Vaikka jalkapallojoukkueen menestys on ollut vain kohtalaista, on seurasta tullut kultti-ilmiö ja sen ottelut vetävät paljon yleisöä. Seuran kannattajat tunnistaa merirosvolippusymboleista, vaikkei merirosvolippu olekaan seuran virallinen tunnus. Se kuvaa kuitenkin hyvin seuran punk-imagoa.
Seuran pahin vastustaja on vierasseura Hamburger SV, jonka kanssa St. Pauli on kilpaillut jo sadan vuoden ajan. HSV on Hampurin menestynein seura ja sillä on pieni uusnatsikannattajakunta, jonka kanssa St. Paulin faneilla on ollut yhteenottoja.
FC St. Pauli
Toisen maailmansodan jälkeen seuraa odottivat todelliset haasteet. Sen areena oli tuhottu ja koko St. Paulin alue oli pahasti pommitettu. Joukkue lähti vuonna 1946 pelaamaan Hampurin Stadtligaa. Tällöin kuitenkin rakas arkkivihollinen Hamburger SV oli parempi. Seuraavana vuonna St. Pauli oli kuitenkin kaupungin mestari . Seuran ensimmäinen Oberliga-kausi oli 1947–1948. Vuonna 1963 valmistui seuran areena, Millerntor-Stadion, jossa seura pelaa edelleenkin pelinsä. Kun Bundesliiga perustettiin 1963, ei St. Paulia hyväksytty mukaan, vaan he joutuivat pelaamaan Regionalligassa.
Joukkue pääsi monesti yrittämään nousua korkeammalle, mutta ei kuitenkaan onnistunut siinä. Kun seura onnistui kaudella 1973–1974 sijoittumaan sarjassaan toiseksi, se nousi 2. Bundesliigaan, joka perustettiin vuonna 1974. Kaudella 1973–1974 joukkue oli murskaava tehden 113 maalia 36 pelissä, joka on edelleenkin seuran ennätys.