Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Dmitri Medvedev
Medvedev nimitettiin presidentti Vladimir Putinin presidentinhallinnon apulaiskansliapäälliköksi vuonna 1999. Hän oli myös Gazpromin hallituksen puheenjohtajana 2000–2001, varapuheenjohtajana vuosina 2001–2002 ja taas puheenjohtajana vuodesta 2002. Venäjän laajan presidentinhallinnon johtajana eli kansliapäällikkönä Medvedev toimi vuosina 2003–2005. Hänet nimitettiin Venäjän ensimmäiseksi varapääministeriksi marraskuussa 2005.