Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Kondylooma
Ilmankin hoitoa infektio paranee useimmiten itsestään elimistön oman immuunipuolustusjärjestelmän aktivoituessa. Suurin osa tartunnoista parantuu viimeistään kahden vuoden kuluessa tartunnasta. Tupakoimattomilla paraneminen tapahtuu yleensä nopeammin. Jos potilaalla ei ole ollut 6 kuukauteen oireita, niin hän voi pitää itseään terveenä. HIV-potilailla tai muilla, joilla elimistön immuniteettikyky on jostain syystä heikko, kondyloomat ei välttämättä parane, mutta yleensä terveillä alle 40-vuotiailla paraneminen tapahtuu spontaanisti. Paranemisen nopeus riippuu yksilöllisistä eroista immuunipuolustuksessa: se voi kestää 6-12 kuukautta, joskus vieläkin pidempään. Virusta vastaan kehittyy immuniteetti, joka estää saman virustyypin tarttumista uudelleen, aivan kuten vesirokonkin voi sairastaa vain kerran. On myös mahdollista, että virustartunta ei havaittavien muutosten kadottua välttämättä olekaan poistunut elimistöstä kokonaan, vaan arviolta vajaa viidennes tai mahdollisesti vain kymmenesosa tartunnan saaneista jää viruksen kantajaksi.