Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Vladimir Putin
Putin teki ensiesiintymisensä kansainvälisellä poliittisella näyttämöllä syyskuussa 1999 kun hän osallistui Uudessa-Seelannissa Apec-maiden kokoukseen sairastelevan Jeltsinin sijasta. Kokouksen aikana Putin esitteli Yhdysvaltain presidentti Clintonille suunnitelmansa Tšetšeniaan tunkeutumisesta, jonka oli tarkoitus pysäyttää kansainvälisten terroristien tukema Venäjän alueiden valloitus. Syyskuun lopulla Putin ensin laajensi iskuja Tšetšeniassa, ja sen jälkeen Venäjän armeija ja sisäministeriön joukot tunkeutuivat alueelle. Tämä toinen Tšetšenian maasota oli paremmin hoidettu kuin ensimmäinen, ja se teki Putinista suositun kansan keskuudessa. Lokakuussa 1999 hänen kannatuksensa seuraavaksi presidentiksi oli jo 27 prosenttia. Marraskuussa hän vahvisti asettuvansa ehdolle vuoden 2000 presidentinvaaleissa, ja hänen kannatuksensa mielipidetiedustelussa nousi yli 40 prosenttiin. Joulukuisissa parlamenttivaaleissa Putin ilmoitti yksityishenkilönä tukevansa uutta Yhtenäisyys-puoluetta.