Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Venäjän kerrostalopommit
Venäjän joukot olivat alkaneet luoda turvallisuusvyöhykettä Dagestaniin elokuun alussa. Tšetšeenisissien vastahyökkäys Dagestaniin tapahtui 7. lokakuuta. Sissit tekivät siellä hyökkäyksiä ja räjäyttivät pommeja. Venäjä vastasi omalla operaatiollaan elokuun lopulla, ja kapinalliset vetäytyivät Tšetšeniaan syyskuun loppupuolella. Jo syyskuussa venäläiset sotilaskoneet hyökkäsivät Tšetšenian pääkaupungin Groznyin ympäristössä oleviin kohteisiin. Tämä ja kerrostalopommit ajoivat Tšetšenian sotaan Venäjän kanssa. Venäjä julisti sodan 1. lokakuuta, ja maavoimat alkoivat edetä alueelle lokakuun loppupuolella.
Lännessä ja Venäjälläkin melko suositun teorian mukaan turvallisuuspalvelu FSB itse räjäytti tai räjäytytti pommit.
Terroriteot pantiin sitten tšetšeeni- ja muiden muslimiterroristien syyksi. Näin saatiin tekosyy Tšetšenian sodan aloittamiselle. Kun KGB-taustainen pääministeri Vladimir Putin esiintyi kovin sanoin televisiossa terroristeja vastaan, hänestä tuli kansan silmissä tiukka terroristeja tuhoava sankari. Tämän maineen turvin Putin voitti presidentinvaalit. FSB sai miehensä Venäjän johtoon häikäilemättömästi juonitellen. Korruptiosyytteitä vastaan pyristelevä presidentti Boris Jeltsin saatiin pelastettua. Tämän mukaan terrori-iskujen perimmäinen motiivi olisi ollut Venäjän hajoamisen estäminen. Ainakin osa iskujen tekijöistä saattoi olla FSB:hen kytköksissä olevia rikollisia. Teoriaa näyttäisi tukevan se, että Rjazanissa nähtiin nuorten venäläisten näköisten ihmisten asentavan pommia kellariin. Räjäytys pystyttiin estämään, mutta miliisi ei ehtinyt saada asentajia kiinni. Räjäytyksiä ei enää tämän jälkeen sattunut.
Tapausta esitettiin muutaman päivän ajan TV:ssä epäonnistuneena terrori-iskuna, kunnes FSB:n johtaja Nikolai Patrušev sanoi sen olleen harjoitus. Lisäksi Venäjä aloitti Tšetšenian vastaisen hyökkäyksen valmistelun jo keväällä 1999.