Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavit 1800-luvulta nykypäivään
Samoin toiveet Kirkkovaltion vanhan pappisjohtoisen hallintojärjestelmän muuttamisesta kokivat kolauksen 1800-luvun alkupuolella, sillä vaikka uudistusmieliset paavit saattoivat yrittää uudistaa vanhaa Kirkkovaltiota, peruivat heidän seuraajansa nämä uudistukset nopeasti. Esimerkiksi paavi Gregorius XVI perui edeltäjänsä Pius VIII:n uudistukset, joilla oli yritetty modernisoida Kirkkovaltiota. Kirkkovaltiota pidettiinkin Gregorius XVI:n paavinkaudella yhtenä Euroopan takapajuisimpana maana. Samalla Gregorius XVI antoi tukensa erilaisille sananvapautta rajoittaville toimille eri puolilla Eurooppaa, koska Kirkkovaltio oli sotilaallisesti riippuvainen näiden Euroopan valtioiden antamasta tuesta. Gregorius XVI tuomitsi sananvapauden muun muassa kiertokirjeessään "Mirari vos":