Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Pius IX
Pius IX jätti jälkeensä myös paavin ja Italian valtion välisen riidan. Pius IX julisti Kirkkovaltion menetyksen jälkeen olevansa ”Vatikaanin vanki”. Paavi myös kielsi katolilaisia osallistumasta Italian poliittiseen toimintaan. Tämä tarkoitti muun muassa kieltoa äänestää tai asettua vaalien ehdokkaaksi. Riita paavinistuimen ja Italian valtion välillä kesti aina vuoteen 1929 asti, jolloin paavi Pius XI solmi Benito Mussolinin kanssa Vatikaanin itsenäisyyden takaavan Lateraanisopimuksen.