Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Vladimir Putin
Marraskuussa 2000 Putin uudisti Venäjän sotilasjohtoa ja vaihtoi puolustusministerikseen Sergei Ivanovin, jonka näkemykset olivat samat kuin presidentillä. Putin järjesteli Venäjän parlamentin ylähuoneen uudelleen niin että siitä tuli Putinin lojalistien miehittämä. Hän loi uusia puolueita, jotka olivat käytännössä riippuvaisia Kremlistä ja allekirjoitti uuden vaalilain, joka käytännössä karsi puolueiden lukumäärää. Presidentin tukema Yhtenäisyys-puolue vahvistui kun se liitettiin toiseen puolueeseen ja sai nimekseen Yhtenäinen Venäjä. Kommunistit syrjäytettiin parlamentin valiokuntapaikoilta.
Ulkopolitiikassaan Putin panosti vahvasti henkilökohtaiseen suhteeseen Yhdysvaltain presidentti George W. Bushin kanssa ja alkoi opiskella englantia päivittäin. Yhdysvallat kuitenkin vetäytyi Putinille tärkeästä, ohjuspuolustukseen liittyvästä ABM-sopimuksesta Putinin vastalauseista huolimatta. Kun Yhdysvallat joutui terrorihyökkäysten kohteeksi 11. syyskuuta 2001, Putin asettui voimakkaasti tukemaan Yhdysvaltain vastatoimia niin sanotussa terrorisminvastaisessa sodassa. Näin Putin saavutti Yhdysvaltain johdon luottamuksen, joka ei murentunut, vaikka hän asettui vastustamaan Yhdysvaltain ja sen liittolaisten hyökkäystä Irakiin. Bushin mukaan Putin ei pitänyt Irakia uhkana eikä halunnut vaarantaa Venäjän tuottoisia öljysopimuksia Irakin kanssa. Sodan seurauksena Putin alkoi suhtautua Yhdysvaltain hegemoniaan aiempaa kriittisemmin.