Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Venäjän federaatio 1999–2008
Turvallisuuspalvelusta peräisin olevan pietarilaisen Vladimir Putinin valtaannousu liittyi toiseen Tšetšenian sotaan. Toinen Tšetšenian sota oli reaktio tšetšenialaisten ääri-islamistien hyökkäykseen Venäjän puolella olevaan Dagestaniin ja tšetšeenien tekemiksi epäiltyihin Venäjällä sattuneisiin kerrostaloräjäytyksiin. Ennen toista Tšetšenian sotaa pääministeri Putin oli poliittisten kommentaattorien mukaan kasvoton, väritön byrokraatti, jolla ei olisi ollut mahdollisuuksia voittaa presidentinvaaleja kokeneita ammattipoliitikkoja vastaan. Putin olisi silloin ollut yksi niistä Jeltsinin pääministeristä, jotka tulevat ja menevät puolen vuoden jaksoissa.