Inkavaltakunta
Inkavaltakunnan yksinvaltias johtaja oli jumalkuningas "Sapa Inca". Hallitsijan alaisuudessa oli korkein neuvosto "hunu", jota hallitsija kuunteli neuvoa-antavana elimenä. Sen merkitys oli kuitenkin käytännössä melko vähäinen. Neuvoston jäsenistö koostui valtakunnan neljän hallintoalueen eli "suyun" johtohenkilöistä, ja se toimi yhdyssiteenä paikallishallinnon yksiköihin. Neljän hallintoalueen johtajia olivat varakuninkaat, "capacit". Hallintoalueet muodostuivat provinsseista, joiden johdossa oli yksinvaltias "tocricoc", syntyperäinen "capac" inka. Hänen alamaisiaan olivat neljä paikallista ylimystä, "huñoa", jotka toimivat noin kymmenentuhannen ihmisen päällikkönä. Inkojen kymmenjärjestelmän mukaisessa käskyvaltahierarkiassa huñoja seurasivat tuhannen ihmisen päälliköt ja edelleen sadan ihmisen päälliköt, joiden tehtävät liittyivät työveron ja tuotannonjaon valvontaan. Provinssien hallinnossa toimi lisäksi hallitsijan henkilökohtaisia edustajia, erikoisvirkamiehiä, jotka valvonnan lisäksi myös ehkäisivät vakoilua sekä vahvistivat avioliittoja, jakoivat viljelysmaita ja hoitivat maaomaisuuksien perimisasioita. Inkojen raskas virkamiesjärjestelmä hajautti talouspoliittista valtaa paikallisvirkamiehille ja samalla esti papiston vallan kasvua.
Suuri pueblokapina
Popén saavuttama ihailu ja kansansuosio kääntyivät nopeaan laskuun. Hän järjesti kurituksia niille, jotka puhuivat espanjaa, olivat ottaneet espanjalaisen nimen tai käyttivät näiden jälkeenjättämiä työvälineitä kuten auraa. Nämä hänessä ilmenneet autoritaariset piirteet, jotka oli omittu espanjalaisilta, vieraannuttivat kansan hänestä. Taos-, keres- ja pecos-intiaanien kylät säilyivät Popélle uskollisina, mutta muut jokilaaksossa asuvat pueblot eivät taipuneet hänen kasvavan diktatuurinsa alle, ja vahva pueblojen liitto hajosi keskinäisiin sotiin.
Pohjois-Amerikan itäosien valloituksesta kiinnostunut Uusi Ranska harkitsi 1600-luvun lopulla myös New Mexicon uudelleenasuttamista. Ehtiäkseen ennen ranskalaisia espanjalaiset lähettivät 1692 asialle Diego Francisco de Vargasin johtaman sotajoukon, joka pohjoisempaa tuotujen intiaaniliittolaistensa tukemana tunkeutui El Pasoon ja nujersi siellä olevien pueblojen vastarinnan.