Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paaviuden historia
Vaikka Pius XII toimi sodan aikana rauhan puolesta ja pyrki auttamaan eri maiden hätää kärsiviä asukkaita ja sotavankeja, kiinnitetään nykyaikana enemmän huomiota hänen vaikenemiseensa juutalaisten joukkotuhoamisesta. On totta, että Vatikaani tiesi muita valtioita paremmin juutalaisten järjestelmällisestä tuhoamisesta. Sopimus Mussolinin kanssa ja toisen maailmansodan tapahtumat olivat alentaneet paavin arvovaltaa maailmalla, minkä vuoksi sodanaikaista paavia Pius XII:a jopa syytettiin aikanaan natsiksi ja hänen epäiltiin suojelevan natsirikollisia. Joka tapauksessa paavi ei toiminut aktiivisesti saksalaisia vastaan, vaikka katolinen kirkko pysyikin oppositiossa suhteessa kansallissosialismiin. Tosin paavilla ei olisi todennäköisesti ollut mahdollisuutta estää tai edes hillitä holokaustia, vaikka hän olisi tuominnut sen. Paavilla oli syytä olettaa, että asian suora tuomitseminen olisi vain pahentanut tilannetta. Eräänäkin päivänä paavi poltti keskitysleirejä vastustavan kirjoituksensa, jonka oli aikonut julkaista Italian lehdissä, koska samantyyppinen julkilausuma oli Alankomaissa johtanut kymmenientuhansien juutalaissyntyisten katolilaisten vangitsemiseen. Paavin toimien puolustajat muistavat yleensä myös paavin toiminnan saksalaisten miehittäessä Rooman 1943, jolloin paavi antoi piilottaa noin viitisen tuhatta juutalaista Vatikaaniin ja kaupungin luostareihin.