Shaker Aamer
Kesäkuussa 2007 George W. Bushin hallinto ilmoitti, ettei sillä ole minkäänlaista näyttöä Aameria vastaan ja antoi luvan hänen vapauttamisekseen. Tämän jälkeen Britannia on virallisesti anonut Aamerin luovuttamista Yhdysvalloilta useaan otteeseen. Muun muassa Britannian ulkoministeri William Hague on kertonut vaatineensa Aamerin vapauttamista keskustellessaan asiasta Yhdysvaltain ulkoministeri Hillary Clintonin kanssa. Tammikuussa 2009 myös Yhdysvaltain presidentti Barack Obama sekä kaikki Yhdysvaltain tiedustelupalvelut ilmoittivat Aamerin olevan syytön. Maaliskuussa 2009 Britannian terrorisminvastaisen yksikön johtaja Robert Chatterton-Dixon ilmoitti Yhdysvalloille, että Britannia ja Saudi-Arabia eivät aio nostaa Aameria vastaan syytteitä, mikäli hänet luovutetaan Yhdysvalloista.
Alex Smith
Troy Smith kuitenkin jatkoi aloittjan paikalla, ja onnistui johdattamaan 49ersin selvään 27-6 -voittoon. Tämä ei kuitenkaan riittänyt pelastamaan hänen asemaansa, sillä tulevalle Super Bowl -voittajalle Green Bay Packersille hävityn ottelun jälkeen hän sai tehdä tilaa kyynärpäävammastaan toipuneelle Alex Smithille. Tämä onnistuikin johdattamaan paluuottelussaan joukkueen voittoon, mutta kahden seuraavan ottelun tappioiden myötä putoaminen jatkopeleistä varmistui. Ennen viimeistä, käytännössä merkityksetöntä ottelua Arizonaa vastaan, joukkueen päävalmentaja Mike Singletary sai potkut, ja tilalle otettiin väliaikaisesti puolustuksen koordinaattori Jim Tomsula. Tomsulan johdolla 49ers päätti kautensa voitokkaasti.