Unkarin kieli
Kaikki eivät ole aina olleet vakuuttuneita unkarin kielen uralilaisuudesta. Unkarin on epäilty kuuluvan muun muassa turkkilaisiin kieliin. Tähän ovat antaneet aihetta lukuisat turkkilaiskielistä lainatut sanat sekä yhteiset piirteet, kuten suffiksoiva morfologia ja vokaalisointu, joka tosin esiintyy myös muissa uralilaisissa kielissä, muun muassa suomessa. Nämä rakennepiirteet ovat kuitenkin typologisesti määräytyviä eli yksinkertaisesti tiettyyn rakennetyyppiin kuuluvan kielen ominaisuuksia. On myös koetettu perustella turkkilaisten (tai laajemmin altailaisten) kielten sukulaisuutta koko uralilaisen kielikunnan kanssa. Nämä vertailut ovat kuitenkin kaatuneet materiaalin puutteeseen, eli mahdolliseen yhteiseen kantakieleen palautettavissa olevaa sanastoa ei löydy riittävästi. Unkarin sekä muidenkin uralilaisten ja altailaisten kielten kaukaisiksi sukukieliksi on toisinaan arveltu myös muun muassa japania ja sumeria. Myös hunnien kieltä on joskus pidetty unkarin sukuisena, ja jo keskiaikaisen perimätiedon mukaan unkarilaisia onkin pidetty hunnien jälkeläisinä.
Samojedikielet
Tästä syystä useimmat tutkijat ovat nykyisin sitä mieltä, että samojedikielten ja suomalais-ugrilaisten kielten välinen etäisyys ei ole niin suuri kuin on aikaisemmin oletettu ja että kielikunnan jako samojedilaiseen ja suomalais-ugrilaiseen päähaaraan on kyseenalainen. Monet tutkijat pitävät parempana neutraalimpaa kielikunnan ryhmittelyä suoraan seitsemään (saame, itämerensuomi, mordva, mari, permi, ugri, samojedi) tai yhdeksään päähaaraan (saame, itämerensuomi, mordva, mari, permi, unkari, mansi, hanti, samojedi).