Paavo Väyrynen
Viron tuolloinen pääministeri Edgar Savisaar on syyttänyt useiden Suomen johtajien jarruttaneen Viron itsenäistymistä Neuvostoliitosta 1990-luvun alussa ja on nimennyt myös Väyrysen yhdeksi heistä. Viro julisti itsenäisyytensä palautetuksi vallankaappauksen aikana 20. elokuuta ja Latvia seuraavana päivänä, mutta Suomen johto oli aluksi epäileväinen niiden itsenäisyyden tunnustamisen suhteen. Suomessa paraikaa vieraillut Viron ulkoministeri Lennart Meri toivoi Suomelta tukea maansa itsenäisyydelle. Väyrynen otti lopulta Meren vastaan 22. elokuuta, mutta ilmoitti vielä kaksi päivää myöhemmin Suomen linjaksi, etteivät Baltian maat täyttäneet suvereenien valtioiden tunnusmerkkejä. Venäjän kuitenkin tunnustettua Baltian maiden itsenäisyyden useat valtiot seurasivat perässä, ja Suomikin ilmoitti muutama päivä myöhemmin vuoden 1920 tunnustusten olevan edelleen voimassa.
Petserinmaa
Kun Viro vuonna 1991 Neuvosto­liiton hajotessa jälleen itsenäistyi, virolaiset herättivät kysymyksen Tarton rauhan­sopimuksen mukaisten rajojen palauttamisesta. Viro kuitenkin luopui aluevaatimuksistaan marraskuussa 1995. Asiaan vaikutti osaltaan se, että entisen Petserinmaan Venäjään kuuluvan osan nykyiset asukkaat ovat lähes yksin­omaan venäläisiä. Maaliskuun 18. päivänä 2005 Viro ja Venäjä allekirjoittivat rajasopimuksen, jolla nykyinen raja vahvistettiin. Sopimuksen johdannossa todettiin Viron perustuslain 122. artiklan mukaisesti, että raja eräissä kohdin Tarton rauhan rajasta.