Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavi
Paavin ja samalla katolisen kirkon keskushallinnon valta oli kuitenkin varsin rajoitettua aina 900-luvulle saakka. Tällöin luostarilaitoksen uudistusliikkeet, erityisesti niin sanottu Clunyn liike, alkoivat painottaa paavin asemaa kirkollisen ja hengellisen ykseyden takuumiehenä. Ensimmäinen Clunyn uudistusliikettä edustanut mies paavinistuimella oli Gregorius VII. Gregorius VII uskoi paavinistuimelle kuuluvan täydellisen hallitusvallan niin kirkossa kuin koko maailmassakin. Gregorius VII laatikin omaan käyttöönsä 27 teesiä, joiden mukaan esimerkiksi:Eräs merkki paavin vallan kasvusta oli kirkon jakautuminen kahteen, itäiseen ortodoksiseen ja läntiseen katoliseen vuonna 1054 (suuri skisma). Teknisesti syynä oli kiista niin sanotusta filioque-lisäyksestä uskontunnustuksessa, mutta käytännössä suurempi ongelma oli nimenomaan paavin ja Konstantinopolin patriarkan keskinäisestä arvovallasta ja valtapiiristä käyty kiista.