Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Venäjän federaatio 1993–1999
KGB-vakooja Putin oli alkujaan kutsuttu presidentinhallintoon Tshubaisin, Jumashevin ja Kudrinin pyynnöstä Pavel Borodinin varamieheksi ja myös hoitaa presidentinhallinnon ulkomaista omaisuutta ja oikeudellista osastoa. 1990-luvun lopulla turvallisuuspalvelun ote Kremlissä voimistui, ja on väitetty, että toisen Tšetšenian sodan aloitus olisi ollut turvallisuuspalvelun junailema. Moskovassa tapahtui merkillisiä kerrostalojen räjähdyksiä, joiden tekijää ei ole saatu selville. Niistä syytettiin tšetšeenejä, mutta toiset sanovat tekijöiden olleen turvallisuuspalvelun miehiä tai muita isänmaallisia, jotka halusivat vierittää syyn terrori-iskuista tšetšeenien niskoille. Maaliskuussa 1994 Jeltsinin turvallisuusjohtajaksi nimitettiin Sergei Stepashin, joka muutti valtion turvallisuuspalvelun FSB:ksi.