Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavius keskiajalla
Euroopassa oli nyt kaksi paavia, jotka olivat kironneet toisensa. Oli syntynyt kaksi paavillista hovia ja kardinaalikollegiota: Urbanus VI Roomassa ja Klemens VII Avignonissa. Kristikunta jakautui kysymyksessä oikeasta paavista kahtia. Italia, Englanti, Pyhä saksalais-roomalainen keisarikunta sekä Pohjoismaat asettuivat kannattamaan Rooman paavi Urbanus VI:a, kun taas Ranska, Skotlanti ja Espanja olivat Avignonin paavin puolella. Tilanne aiheutti myös yksittäisten luostarien ja hiippakuntien jakautumisen, eikä se parantunut, vaikka molemmat paavit kuolivat, koska heille molemmilla valittiin seuraajat. Ratkaisuksi tarjottiin uutta oppia, konsiliariamia, jonka mukaan korkein päätäntävalta kirkossa ei kuulunut paaville vaan kirkolliskokoukselle eli konsiilille.