1990-luku
Namibia itsenäistyi Etelä-Afrikasta vuonna 1990 ja maan ensimmäiseksi presidentiksi tuli vapautusjärjestö SWAPOn johtaja Sam Nujoma. Suomen myöhemmällä presidentillä Martti Ahtisaarella oli merkittävä rooli Namibian itsenäistymisprosessissa.
Apartheid
Vuonna 1988 hallitus kärsi Transkein lisäksi toisenkin merkittävän tappion. Etelä-Afrikan joukot Angolassa joutuivat kuubalaisten joukkojen kanssa taistellessaan saartouhan kohteeksi ja joutuivat vetäytymään etelään. Kuubalaisten joukkojen MiG-hävittäjät saivat vielä alueen ilmaherruuden Etelä-Afrikan vanhentuneilta ranskalaisvalmisteisilta Mirage-hävittäjiltä ja hallitus joutui myöntämään, ettei se voinut enää turvallisesti ylläpitää sotilaallista läsnäoloa maan rajojen ulkopuolella. Botha allekirjoitti elokuussa sopimuksen, jolla eteläafrikkalaiset joukot vedettiin pois Angolasta ja aloitti neuvottelut Namibian itsenäistymisestä, mikä johti SWAPO:n valtaannousuun massa.