Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Nivelreuma
Biologiset lääkkeet ovat yhdistelmä-DNA-tekniikalla valmistettuja proteiineja, joista nivelreuman hoidossa käytettävistä useimmat pyrkivät tuumorinekroositekijän neutralisoimiseen elimistössä. Tuumorinekroositekijä on sytokiini, jolla on keskeinen rooli reumaan ja muihin autoimmuunisairauksiin liittyvien immunologisten reaktioiden käynnistämisessä. Osa biologisista lääkkeistä on rakenteeltaan vasta-aineita, elimistön oman puolustusjärjestelmän kehittämiä rakenteita, jotka neutraloivat solunulkoisesta tilasta tunnistamiaan molekyylejä sitoutumalla niihin ja estämällä siten niiden vaikutuksia. Euroopassa nivelreuman hoitoon on hyväksytty kaksi vasta-ainerakenteista lääkettä, Remicade (vaikuttava aine infliksimabi) ja Humira (vaikuttava aine adalimumabi). Näiden lisäksi käytössä on myös Enbrel-niminen valmiste, jonka sisältämä proteiini (etanersepti) on geenitekniikalla valmistettu liukoinen muoto tuumoorinekroositekijän reseptoriproteiinista fuusioituna immuunijärjestelmän tunnistusta helpottavaan osaan.