Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Myöhempien aikojen pyhien Jeesuksen Kristuksen kirkon presidentti
Toisaalta MAP-kirkossa katsotaan, että myös presidentillä on oikeus esittää omia henkilökohtaisia mielipiteitään ilman, että ne sitoisivat kirkkoa. Tällaisia saattavat olla esimerkiksi presidentin poliittiset mielipiteet tai lausunnot luonnontieteistä. Presidentti voi myös puheessaan tuoda esille, että hän lausuu vain oman mielipiteensä, ei kirkkoa sitovaa lausuntoa.