Nerkoonjärvi
Järven vesi on hapahkoa, runsashumuksista ja väriltään ruskeaa. Happamuusaste (pH) on 6,5. Humusta saapuu järveen Hirvijoen, Mäntysenluoman, Majaluoman, Launosluoman ja Aitoluoman kautta. Kesäkuukaisina veden fosforipitoisuus nousee 22 μg/l (mikrogrammaa litrassa) ja typpipitoisuus 590 μg/l. Nämä ravinnemäärät yhdessä veden lämpötilakerrostuneisuuden kanssa aiheuttaa syvänteissä happikatoa syksyn alussa ja talven lopulla. Veden käyttökelpoisuuslauokitus on kuitenkin hyvä.
Nerkoonjärvi
Järven keskisyvyys on 3,7 metriä ja monet lahdenpohjukat ovat alle metrin syvyisiä. Palosaaren itäpuolelta löytyy kuuden metrin syvänne, Pohjanladesta ja Helaanniemen edustalta yli 10 metrin syvänteet. Selällä on itäpäässä laaja yli kuuden metrin syvänvedenalue. Sammallahti on alle kaksi metriä syvä, mutta yllättäen puoli metriä syvän salmen erottamassa Kylmälahdessa on noin kuusi metriä syvää. Järven syvin kohta sijaitsee Helaanniemen edustalla, missä on 16 metriä syvää.