Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Vladimir Putin
Loppuvuonna 2006 murhattiin kaksi näkyvää Putinin kriitikkoa: journalisti Anna Politkovskaja ja Lontooseen paennut entinen FSB:n työntekijä Aleksandr Litvinenko. Jälkimmäinen syytti ennen omaa menehtymistään suoraan Putinia molemmista murhista. Putin sai vastata asiaa koskeviin kysymyksiin seuraavina kuukausina. Hän kiisti väitetyn osallisuutensa, vähätteli uhrien merkitystä vastustajinaan sekä syytti murhista omia vihollisiaan ja Venäjän vastaisia voimia, joiden tavoitteena oli Venäjän maineen tahriminen. Näinä vuosina kuoli salaperäisesti myös muita Putinin vastustajia. Putinin sekaantumisesta mihinkään poliittiseen murhaan ei ole olemassa suoria todisteita, mutta tapahtumien seurauksena Putinin maine länsimaissa huonontui.