Namibia
Etelä-Afrikka suostui lopettamaan hallintonsa alueella YK:n alueellisen rauhansuunnitelman mukaisesti. Maassa järjestettiin perustuslakia säätävän kokouksen vaalit vuonna 1989. Itsenäistymistä ajavan YK:n turvallisuusneuvoston päätöslauselman 435 toteuttamista valvoivat Martti Ahtisaari YK:n pääsihteerin erityisedustajana sekä YK:n rauhanturvaajat. Itsenäisyyden Namibia sai 21. maaliskuuta 1990, ja Walvis Bayn alue luovutettiin Namibialle vuonna 1994.
Apartheid
Vuonna 1988 hallitus kärsi Transkein lisäksi toisenkin merkittävän tappion. Etelä-Afrikan joukot Angolassa joutuivat kuubalaisten joukkojen kanssa taistellessaan saartouhan kohteeksi ja joutuivat vetäytymään etelään. Kuubalaisten joukkojen MiG-hävittäjät saivat vielä alueen ilmaherruuden Etelä-Afrikan vanhentuneilta ranskalaisvalmisteisilta Mirage-hävittäjiltä ja hallitus joutui myöntämään, ettei se voinut enää turvallisesti ylläpitää sotilaallista läsnäoloa maan rajojen ulkopuolella. Botha allekirjoitti elokuussa sopimuksen, jolla eteläafrikkalaiset joukot vedettiin pois Angolasta ja aloitti neuvottelut Namibian itsenäistymisestä, mikä johti SWAPO:n valtaannousuun massa.