Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Sekurokratia
Vallan rakennetta on Venäjällä verrattu kolmiosaiseen sipuliin: hallinnon ytimen muodostavat Putin ja sisäpiiriläiset eli (kesän 2012 tilanteen mukaan) pääministeri Medvedev, presidentinhallinnon päällikkö Ivanov ja turvallisuusneuvoston sihteeri Patrušev. Seuraavaksi tulevat niin sanotut voimakkaat ministeriöt, kuten sisä- ja ulkoministeriöt, joilla voi olla käytössään myös aseellisia joukkoja. Kolmantena osana ja kaikkien edellisten instituutioiden pohjana on Venäjän federaation turvallisuusneuvosto, joka toimii läheisessä yhteistyössä sekä presidentinhallinnon että turvallisuuspalvelu FSB:n kanssa.