Eksentrinen jupiter
Niiden arvellaan syntyneen siten, että hyvin massiiviset planeetat häiritsivät toistensa ratoja, ja vain osa jäi kiertämään planeettaa soikeille radoille joidenkin karatessa pois. Monia muitakin syntytapoja on ehdotettu. Eksentriset jupiterit ovat eksoplaneettalöydöissä tavallisia. Epäillään, ettei eksentrisiä jupitereita omaavilla tähdillä ole Maan tyyppisiä elinkelpoisia planeettoja, koska soikealla radalla kiertävät suurimassaiset tähdet ajavat pienemmät planeetat soikeille tai vaihteleville radoille, tai jopa ajavat ne pois keskustähden piiristä.
Galilein kuut
Jupiterin sisimpien kuiden uskotaan syntyneen samalla tavoin kuin Aurinkokunta, mutta keskustähden paikalla oli Jupiter, joka synnyinaikanaan hehkui kuumana, kun siihen virtasi kaasua alkuaurinkosumusta kaasukiekon kautta. Tässä kaasukassa oli metalli-pöly-jäähitusia, joista kuut tiivistyivät, kun nämä hituset törmäilemällä toisiinsa kasvoivat ajan mukana yhä isommiksi. Jupiteriin putoavan kaasun kitka lämmitti planeetan punahehkuiseksi. Jupiterin väitetään olleen kymmenen kertaa nykyistä suurempi ja kutistuneen nykyiselleen noin kymmenessä miljoonassa vuodessa. Alussa Jupiterin säteilyvoima oli jopa 0,01 Aurinkoa, ja miljoonan vuoden kuluttua noin miljoonasosa Auringon säteilystä. Jupiterin kuiden tiheysjakaumassa sisin kuu Io on tihein, Europa hieman harvempi ja Ganymedes ja Kallisto vielä harvempia. Tämän mukaan Io tai Europa vastaa kappaleiden tiheyttä asteroidivyöhykkeellä. Erään teorian mukaan tiheysjakauma selittyy sillä, että kuiden syntyaikoina Jupiter loisti kuin pieni tähti, ja sulatti Ion jäät, mutta jätti paljon jäätä ulompiin kuihin.
Toisen näkemyksen mukaan Jupiterin kuita kuumensivat asteroiditörmäykset, joita tapahtui Jupiterin lähellä olevassa Iossa enemmän kuin muissa Jupiterin kuissa. Näiden törmäysten takia Ganymedeksen kivet ja jäät lajittuivat eri kerroksiin, koska Ganymedes kuumeni kyllin, mutta Callisto ei lajittunut. . 
Ion jäättömyyteen voi osaltaan vaikuttaa kuun oleminen Jupiterin lähellä, josta aiheutuu suuri vuorovesivoimien kuumentava vaikutus. Tähän kuvaan ei sovi Ion radan sisäpuolella oleva Amalthea, joka on tiheytensä puolesta harvaa jäätä, jonka tiheys on 0,84 g/cm³. Vuorovesivoimat eivät Amalthean kaltaiseen pieneen kappaleeseen vaikuta niin voimakkaina kuin suuriin Jupiterin kuihin.
Nykyään Jupiterin kuiden arvellaan muodostuneen melko myöhään harventuneessa alkuaurinkosumussa, joka tuotti Jupiterin ympärille melko hitaasti kasautuvan, melko viileän kaasukiekon.