Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Rooman valtaus
Paavi Pius IX vetäytyi kirkon hallintaan jätettyyn Vatikaaniin ja kieltäytyi poistumasta sen alueelta pitäen itseään Italian valtion vankina. Italian valtion suhtautuminen paaviin ja kirkkoon oli kuitenkin tätä retoriikkaa suopeampaa. Vuonna 1871 tuli voimaan laki, joka takasi kirkon riippumattomuuden valtiosta ja myönsi paaville verovapaan kolmen ja puolen miljoonan liiran avustuksen. Avustussumma vastasi lähes 5 % budjetista. Italian ja kirkon suhteet vakiintuivatkin sittemmin nopeasti, vaikkakin paavit jatkoivat muodollista mielenilmaisuaan Vatikaanissa vuoden 1929 lateraanisopimukseen saakka.