Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavius keskiajalla
Avignonin vankeus aiheutti myös yhden lukuisista niin sanotuista skismoista, jolloin katolinen kirkko on ollut jakautuneena useita eri paaveja tunnustaneisiin ryhmittymiin. Puhutaan niin sanotuista vastapaaveista. Vastapaavius kertoo siitä, että tehokas tapa saada paavin suosio puolelleen oli koota sotajoukot, syöstä vanha paavi vallasta ja valita mieluinen tilalle. Avignonista palannut paavi Gregorius XI palasi takaisin Roomaan, mutta kuoli jo seuraavana vuonna. Konklaavin valitsema seuraaja Urbanus VI osoittautui nopeasti kelvottomaksi paaviksi; tämä oli suuruudenhullu, vainoharhainen ja sai ajoittain hillittömiä vihanpurkauksia. Uudesta paavista saattoi päästä eroon vain julistamalla konklaavin tuloksen mitättömäksi ja näin kardinaalit tekivätkin. He väittivät valinneensa Urbanus VI:n paaviksi vain kansanjoukkojen painostuksen takia ja samalla kehottivat paavia eroamaan. Tästä paavi kieltäytyi ja kardinaalikollegion valitessa seuraavaksi paaviksi Klemens VII:n alkoi suuri skisma.