Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Nikolai Patrušev
Patrušev on alkujaan laivanrakennusinsinööri. Hän toimi KGB:ssä vuodesta 1975. Hänestä tuli Sergei Stepašinin johtaman silloisen FSK:n sisäisen turvallisuuden osaston johtaja 1994. Kun Stepašin erosi 1995, Patruševista tuli FSB:n organisaatio- ja tarkastusosaston varajohtaja. Toukokuussa 1998 Patruševista tuli presidentin henkivartijoiden valvontayksikön johtaja, ja lokakuussa 1998 FSB:n varajohtaja. Presidentti Boris Jeltsin nimitti Patruševin FSB:n johtoon 9. elokuuta 1999. Hän oli virassa toukokuuhun 2008 asti. Patruševin arvellaan olevan yksi niistä muutamista henkilöistä, joilla oli eniten valtaa Venäjällä.