Turun yliopisto
Yliopistollinen opetus tuli takaisin Turkuun pian Suomen itsenäistymisen jälkeen vuonna 1918, kun kaupunkiin perustettiin ruotsinkielinen Åbo Akademi. Nykyisen Turun yliopiston perusti vuonna 1920 Turun Suomalainen Yliopistoseura suomenkieliseksi monialayliopistoksi ruotsinkielisen Åbo Akademin ja kaksikielisen Helsingin yliopiston rinnalle. Yliopiston alkuaikoja leimasi vahva suomalaiskansallinen henki, ja se toimikin aluksi nimellä Turun Suomalainen Yliopisto. Yliopiston tunnuslause ""Vapaan kansan lahja vapaalle tieteelle"" kuvaa itsenäisyyden alkuajan aatetta ja 22 040:ä vapaaehtoista lahjoittajaa, jotka mahdollistivat yliopiston perustamisen.
Helsingin yliopisto
Akatemia järjestettiin eurooppalaisen mallin mukaan. Siinä oli neljä tiedekuntaa: filosofinen, teologinen, oikeustieteellinen ja lääketieteellinen. Opiskelijan oli ensin suoritettava monialaiset perusopinnot filosofisessa tiedekunnassa, minkä jälkeen hän sai erikoistua teologiaan, lakiin tai lääketieteeseen. Suurin osa ylioppilaista valmistui papeiksi, ja akatemian toimintaa säätelikin luterilainen puhdasoppisuus. Varsinaista tieteellistä tutkimusta ei ensimmäisen vuosisadan aikana juuri harjoitettu, vaan akatemia oli leimallisesti opetuslaitos. Eurooppalaisessa mittakaavassa Turun Akatemia oli pieni: perustamisvuonna 1640 siinä aloitti työnsä 250 opiskelijaa ja yksitoista professoria, eikä määrä kasvanut merkittävästi ennen 1800-lukua.