Saamelaisten historia
Aiemman vakiintuneen käsityksen mukaan varhaiskantasuomalaista kielimuotoa olisi puhuttu kivikaudella laajalla alueella Fennoskandiassa . Tämän käsityksen mukaan kivikauden loppuvaiheessa varhaiskantasuomalainen kieli olisi hajonnut kahtia. Hajoamisen jälkeen Suomen rannikkoalueen myöhäiskantasuomen puhujat olisivat edustaneet suomalaisten kielellisiä esivanhempia. Suomen sisämaassa ja laajoilla pohjoisen Fennoskandian alueilla taas olisi syntynyt kantasaamelainen kieli, josta kehittyivät myöhemmin saamelaiskielet.
Suomen kielen etymologinen sanakirja
Teoshanke aloitettiin jo vuonna 1930, kun professori E. N. Setälän aloitteesta perustettiin etymologista sanakirjaa varten tutkimuslaitos "Suomen suku". Sen päätoimisena tutkijana aloitti Toivonen. Myöhemmin 1933–1953 Toivonen jatkoi tutkimuslaitoksen johtajana professorintyönsä ohella. Näin muodostui "Etymologinen arkisto", joka sisältää suomen ja sen sukukielten sanaston historiaa sekä kielitieteellisesti että asia- ja kulttuurihistoriallisesti selvittävää aineistoa.