Köyliönjärvi
Köyliönjärven pinta-ala on 1 240 hehtaaria, eli 12,4 km², ja se on 10,3 kilometriä pitkä ja alle 2,0 kilometriä leveä. Järvi on pohjois-etelä-suuntainen, ja sen luusua sijaitsee järven pohjoisosan länsireunalla Kaukosaaren kohdalla, mistä järven laskujoki Köyliönjoki saa alkunsa.
Säkylä
Pienempiin vesistöihin Säkylässä kuuluu Pyhäjärveen kunnan eteläosassa laskeva Pyhäjoki. Pyhäjärven valuma-alue on järven kokoon nähden pieni, vain neljä kertaa sen pinta-alan kokoinen. Vuoden 2016 alusta kunnan alueeseen kuuluu myös Köyliönjärvi ja osa sen laskujoen Köyliönjoen yläjuoksua. Muita järviä ei Säkylän alueella ole. Säkylän itäisin osa Säkylänharjun koillispuolella kuuluu Loimijokeen laskevan Matkusjoen vesialueeseen. Köyliön itäosan soilta alkaa Sonnilanjoki, joka laskee Kokemäenjokeen Kokemäellä.