Mutaatiojalostus
Vuosina 1927-1928 röntgensäteiden havaittiin aiheuttavan mutaatioita hedelmäkärpäsessä ja ohrassa. Tästä alkoi nopeasti menetelmän käyttö kasvinjalostajien ja geneetikkojen keskuudessa.
Banaanikärpäsen nykyinen tutkimus
Banaanikärpäsen nykyistä tutkimusta tehdään lähes kaikilla biologian ja lääketieteen osa-alueilla. Nykyään banaanikärpänen onkin yksi yleisimmin biologiassa käytetyistä malliorganismeista, jota käytetään sadoissa laboratorioissa ja josta on eristetty kasvatuksiin tuhansia genotyypiltään erilaisia mutanttikantoja. Myös lajin koko genomin emäsjärjestys on selvitetty jo vuonna 2000, vuotta ennen ihmisen genomia. Erityisesti banaanikärpäsiä käytetään geneettisissä ja fysiologisissa tutkimuksissa, sekä lääketieteessä erilaisten sairauksien tautimallina. Koska ihmisen ja banaanikärpäsen geenitoimintojen on havaittu olevan pohjimmiltaan melko samanlaisia, voidaan kärpäsellä saatuja tuloksia soveltaa usein myös ihmisellä.