Mitokondrio
Mitokondrio on soluelin, jossa soluhengitys tapahtuu. Mitokondrioiden määrä solussa vaihtelee solun energiatarpeesta riippuen. Runsaasti energiaa kuluttavissa soluissa, kuten lihaksissa, mitokondrioita on runsaasti. Mitokondriossa on omaa DNA:ta. Mitokondriot periytyvät aina äidiltä, ja niitä voidaankin käyttää apuna yksilöntunnistuksessa. Punasoluissa ei ole mitokondrioita.
Siima
On esitetty, että bakteerimoottoreiksi kutsutut elimet olisivat kehittyneet alkujaan solujen ATP-syntaasista ja eritysjärjestelmistä, joissa on pyöriviä osia. Mitokondrion sisäkalvon ATP-syntaasi muistuttaa jossain määrin niin sanottuja bakteerimoottoreita pyörivine osineen, mutta ei toimi siimaa käyttävänä moottorina ja on muutenkin bakteerimoottoria yksinkertaisempi. ATP-syntaasi eli mitokondrion ATP-aasi, sisältää bakteereilla ainakin kahdeksan erityyppistä proteiinia. Bakteereilla mitokondrioiden ATP-syntaasin solukalvon läpäisevä "kanta" FO koostuu kolmesta proteiiniryhmästä. Siihen kiinnittyy F1-osa, jossa on gamma, delta ja epsilon-osat, ja pyörivä alfa-beeta-kompleksi. ATP-aasin beeta-alayksikkö muistuttaa bakteerimoottorin FliI:tä.