Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavius uudella ajalla
Vatikaanin toinen kirkolliskokous poikkesi suuresti edellisistä kirkolliskokouksista, sillä kyseisessä kirkolliskokouksessa uudistettiin suuresti vanhanaikaisena pidettyä katolista kirkkoa. Esimerkiksi 90 vuotta ennen Vatikaanin toisen kirkolliskokouksen alkua pidetty Vatikaanin ensimmäinen kirkolliskokous ei ollut uudistanut katolista kirkkoa vaan vahvistanut paavin valtaa. Lisäksi Vatikaanin toisessa kirkolliskokouksessa valmistellut asiakirjat pyrittiin kompromissiratkaisujen avulla hyväksymään mahdollisimman suurilla äänienemmistöillä, toisin kuin esimerkiksi Vatikaanin ensimmäisessä kirkolliskokouksessa, jossa paavi Pius IX oli vastustanut useita kompromisseja ja vienyt paavin tahdon läpi suuresta vastustaneesta oppositiosta huolimatta.