Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Vladimir Putin
Vuoden 2004 lopussa Putin koki vakavan takaiskun, kun naapurimaa Ukrainassa koettiin niin sanottu oranssi vallankumous. Putinin henkilökohtaisesti ja vahvasti tukema Viktor Janukovytš hävisi Ukrainan presidentinvaaleissa dramaattisten käänteiden jälkeen länsimieliselle Viktor Juštšenkolle, kun vilpillisiksi julistettu toinen kierros uusittiin kansan lähdettyä kaduille. Vaalitappion jälkeen Venäjällä lisättiin venäläisten kansalaisjärjestöjen painostusta ja ulkomaisten vakoojien etsimistä. Kreml perusti Naši-nuorisoliikkeen, jonka tehtävä oli estää nuorten venäläisten kapinointi. Putin suhtautui aiempaa epäluuloisemmin kansainvälisen yhteisön moitteisiin Venäjän demokraattisten perusoikeuksien puutteesta, ja Putinin ja presidentti Bushin välit viilenivät. Vuotuisessa puheessaan duumalle Putin kutsui Neuvostoliiton hajoamista ”vuosisadan suurimmaksi geopoliittiseksi katastrofiksi” ja kuvaili ajatustaan venäläisestä valtakunnasta, joka valitsee oman tiensä eikä piittaa niistä, jotka tyrkyttävät ulkomaisia arvoja. Putin alkoi myös järjestää uudelleen Voitonpäivän sotilasparaateja.