Mutaatiojalostus
Geenimuuntelun sääntely on saanut jalostajat käyttämään sen sijaan entistä enemmän gamma- ja röntgensäteilyä ja kemikaaleja tuottaakseen kasveihin geenimutaatioita. Tällöin ei tarvitse tuottaa todisteita uuden lajikkeen turvallisuudesta, mikä maksaisi 150 - 200 miljoonalla dollaria. National Academies of Science (NAS) sanoi jo vuonna 1989, että on tieteellisesti perusteetonta vaatia geenimuuntelulta sääntelyä, jota ei vaadita mutaatiojalostukselta. Professori, molekyyligeneetikko Kevin M. Folta arvioi, kaikki kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, mutaatiojalostus on kaikkein ennustamattominta.
Neutraali mutaatio
Neutraali mutaatio on genomissa tapahtuva muutos, joka ei vaikuta sen kantajan kelpoisuuteen. Neutraaleja mutaatioita esiintyy todennäköisimmin genomin niissä osissa, jotka eivät koodaa proteiineja tai rakenteellista RNA:ta tai muuten osallistu geenitoiminnan säätelyyn. Näitä voivat olla esimerkiksi introneissa tapahtuvat muutokset ja hiljaiset mutaatiot proteiinia koodaavissa geeneissä. Aminohappomuutoksenkin aiheuttava pistemutaatio voi olla neutraali, jos aminohappo vaihtuu kemiallisesti samankaltaiseksi toiseksi aminohapoksi niin, ettei syntyvän proteiinin toimivuus muutu oleellisesti.