Islam
Islam jakautuu kahteen pääsuuntaukseen, sunnalaisuuteen ja šiialaisuuteen, joiden sisällä puolestaan on erilaisia koulukuntia ja lahkoja. Lisäksi on ahmadiyyalaisia, ibadilaisia ja druuseja. Sufilaisuus on mystiikkaa korostava islamin suuntaus, jonka seuraajia löytyy niin šiialaisten kuin sunnien joukosta.
Nykyajan poliittiset radikaali-islamilaiset eli islamistiset liikkeet ja aseelliset ryhmät nojaavat pääasiassa fundamentalistisiin islamilaisiin suuntauksiin kuten wahhabismiin eli salafi-suuntaukseen tai intialaisen deobandi-koulukunnan opetuksiin. Tärkeänä periaatteena näissä suuntauksissa on käsite "jihad" (”pyrkimys johonkin”). Jihad on sekä henkistä kilvoittelua ihmisen sisäistä pahuutta vastaan että islamin puolustamista fyysisellä väkivallalla (ks. esim. Koraani, Suura 9:5), ja se on perinteisesti tulkittu myös pyhäksi sodaksi islamin levittämiseksi. Moderneissa maltillisemmissa tulkinnoissa aseellinen jihad tulkitaan kuitenkin oikeutetuksi vain puollustustarkoituksessa.
Baggarat
Beduiiniarabit tulivat Pohjois-Afrikkaan 1000-luvulla. 1500-luvulla baggarojen esi-isät muuttivat Itä-Sudaniin ja heihin sekoittui beduiineja. 1700-luvulla he muuttivat jälleen, tällä kertaa Etelä-Sudaniin. Vuonna 1821 Etelä- ja Pohjois-Sudanin välille syntyi kauppareitti 1840-luvulla baggaroista tuli aktiivisia orjakaupassa. Vuonna 1881 Muhammad Ahmad julistautui Mahdiksi, eli henkilöksi, jonka muslimit uskovat tulevan pelastamaan ja vapauttamaan maailman. Ahmad johti tukijoitaan kapinaan egyptiläisiä ja brittejä vastaan, jotka tunkeutuivat maahan vuonna 1882. Vuonna 1885 mahdistit ottivat haltuunsa Khartumin. Britit ja egyptiläiset kukistivat mahdistit vuonna 1898. Vuonna 1955 alkoi Sudanin etelä- ja pohjoisosan välinen sisällissota, ja seuraavana vuonna Sudanista tuli itsenäinen. Sisällissodassa baggarat ovat taistelleet pohjoisen puolella, vaikkakin he asuvat Etelä-Sudanissa. Taisteluja on käyty erityisesti nubien kanssa. Nubia vastaan on taisteltu organisoidusti vuodesta 1984. Baggarat saivat ase-apua Sudanin hallitukselta. Vuonna 1988 perustettiin Popular Defence Force eli PDF. PDF on ottanut osaa etnisiin puhdistuksiin nubia vastaan.