Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Autoimmuunisairaus
Osa autoimmuunisairauksista puolestaan on humoraalisen eli vasta-ainetuotantoon perustuvan immuunijärjestelmän sairauksia. Tällöin autovasta-aineet kiertävät kaikkialla elimistössä, joten oireita voi tulla useasta eri elimestä. Tyyppiesimerkki autovasta-aineiden aiheuttamasta autoimmuunisairaudesta on SLE eli punahukka, jossa verenkierron autovasta-aineet voivat aiheuttaa tulehdusta esimerkiksi iholle, munuaisiin että sydämeen. Onkin ilmeistä, että autoimmuunisairaudet ovat hyvin monimuotoinen ryhmä sairauksia, joiden taustalla on sekä geneettisiä eli perinnöllisiä tekijöitä että ympäristötekijöistä johtuvia syitä.