Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän kerrostalopommit
Venäjän joukot olivat alkaneet luoda turvallisuusvyöhykettä Dagestaniin elokuun alussa. Tšetšeenisissien vastahyökkäys Dagestaniin tapahtui 7. lokakuuta. Sissit tekivät siellä hyökkäyksiä ja räjäyttivät pommeja. Venäjä vastasi omalla operaatiollaan elokuun lopulla, ja kapinalliset vetäytyivät Tšetšeniaan syyskuun loppupuolella. Jo syyskuussa venäläiset sotilaskoneet hyökkäsivät Tšetšenian pääkaupungin Groznyin ympäristössä oleviin kohteisiin. Tämä ja kerrostalopommit ajoivat Tšetšenian sotaan Venäjän kanssa. Venäjä julisti sodan 1. lokakuuta, ja maavoimat alkoivat edetä alueelle lokakuun loppupuolella.
Lännessä ja Venäjälläkin melko suositun teorian mukaan turvallisuuspalvelu FSB itse räjäytti tai räjäytytti pommit.
Terroriteot pantiin sitten tšetšeeni- ja muiden muslimiterroristien syyksi. Näin saatiin tekosyy Tšetšenian sodan aloittamiselle. Kun KGB-taustainen pääministeri Vladimir Putin esiintyi kovin sanoin televisiossa terroristeja vastaan, hänestä tuli kansan silmissä tiukka terroristeja tuhoava sankari. Tämän maineen turvin Putin voitti presidentinvaalit. FSB sai miehensä Venäjän johtoon häikäilemättömästi juonitellen. Korruptiosyytteitä vastaan pyristelevä presidentti Boris Jeltsin saatiin pelastettua. Tämän mukaan terrori-iskujen perimmäinen motiivi olisi ollut Venäjän hajoamisen estäminen. Ainakin osa iskujen tekijöistä saattoi olla FSB:hen kytköksissä olevia rikollisia. Teoriaa näyttäisi tukevan se, että Rjazanissa nähtiin nuorten venäläisten näköisten ihmisten asentavan pommia kellariin. Räjäytys pystyttiin estämään, mutta miliisi ei ehtinyt saada asentajia kiinni. Räjäytyksiä ei enää tämän jälkeen sattunut.
Tapausta esitettiin muutaman päivän ajan TV:ssä epäonnistuneena terrori-iskuna, kunnes FSB:n johtaja Nikolai Patrušev sanoi sen olleen harjoitus. Lisäksi Venäjä aloitti Tšetšenian vastaisen hyökkäyksen valmistelun jo keväällä 1999.