Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Uskonpuhdistus Liettuassa
Köngisbergin yliopisto alkoi pian perustamisensa jälkeen vetää runsaasti liettualaisia opiskelijoita. Vuosina 1544–1600 Liettuasta tuli yliopistoon kaikkiaan 233 opiskelijaa, joista osa kuului aatelissukuihin. Yliopiston opiskelijat jäivät vaihtelevasti papeiksi niin sanottuun Vähä-Liettuaan, tulivat protestanttisiksi papeiksi Liettuaan tai toimivat virkamiehinä. Osa Köngisbergissä opiskelleista, kuten esimerkiksi piispa Melchior Giedraitris, toimivat myös katolilaisen kirkon piirissä. Uskonpuhdistukseen kuulunut ajatus kansankielisestä opetuksesta ja Raamatun tutkimuksesta johti liettuankielisten kirjojen valmistukseen Köngisbergissä. Ensimmäinen tällainen kirja oli Martin Mosswidin toimittama Katekismus, joka ilmestyi vuonna 1547. Myös koko Raamattu käännettiin liettuaksi 1500-luvulla, mutta se julkaistiin vasta vuonna 1735. Kansankielistä kirjallisuutta alettiin uskonpuhdistuksen oppien mukaisesti tehdä myös Liettuan ortodoksisilla alueilla. Frantsysk Skaryna käänsi ruteenin kielelle psalmit vuonna 1517 ja Vanhan Testamentin vuosina 1518–1519. Katolinen kirkko ja Sigismund Vanha olivat pyrkineet erilaisin määräyksin vaikeuttamaan uskonpuhdistuksen etenemistä, mutta tähän tuli muutos Sigismund II Augustin noustua valtaan vuonna 1548. Sigismund II oli kasvanut humanismin hengessä, ja hän oli valmis hyväksymään aateliston ajaman uskonvapauden. Tämän jälkeen saksalaiset perustivat Vilnaan ja Kaunasiin luterilaiset seurakunnat, ja Vilnaan rakennettiin uusi luterilainen kirkko. Uskonpuhdistusksen kiihdyttyäkin luterilaisuus säilyi leimallisesti saksalaisena liikkeenä.