Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Benedictus XVI
Puhe johtikin laajaan arvosteluun paavia kohtaan useissa islamilaisissa valtioissa. Esimerkiksi Malesian pääministerin mukaan paavin puhe loukkasi muslimeja ympäri maailman ja hän vaatikin Benedictus XVI:tä perumaan sanansa. Arvosteluun liittyi myös Iranin ulkoministeriö. Puhe joutui myös joidenkin uskonnollisten johtajien tuomitsemaksi, ja esimerkiksi sunnimuslimien hengellisiin johtajiin kuuluva Muhammad Sayyed sanoi puheen olleen osoitus paavin tietämättömyydestä islamista. Paikoin arvostelu muuttui väkivaltaiseksi mellakoinniksi: esimerkiksi Jordaniassa paavin puhe johti levottomuuksiin ja kirkkojen polttamiseen.