Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Pius X
Enemmistö Ranskan piispoista alistui vallitsevaan tilanteeseen, koska he näkivät sen ainoana ratkaisuna säilyttää kirkon mahdollisuus ylipäätään toimia. Paavi ei kuitenkaan ollut samaa mieltä näiden piispojen kanssa, sillä hän tuomitsi valtion ja kirkon erottamisen raskaana jumalanpilkkana ja samalla kielsi kulttiyhdistykset. Paavin toiminnan vuoksi Ranskan piispoilla ei ollut mahdollisuutta sopia kompromissia kiistan ratkaisuksi. Paavi itse kuvasi piispojen tilannetta sanoen: "He tulevat kärsimään, mutta pääsevät taivaaseen." Pius X:n sovittelematon toiminta johti lopulta siihen, että valtio suostui joustamaan antamalla kirkkorakennukset entiseen käyttöönsä ja sallimalla jumalanpalveluksien pitämisen. Ranskan kirkko köyhtyi, mutta vapautui kuitenkin valtion valvonnasta.