Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Pius IX
Kirkkovaltion tuhon jälkeen paavi ei enää ollut maallinen johtaja, tosin Italian parlamentti sääti paavia koskevan erityislain, jonka mukaan hänen persoonansa oli koskematon ja hän sai käyttää Vatikaania ja eräitä muita alueitaan veloituksetta. Lisäksi paavin sallittiin pitää yllä diplomaattisuhteita sekä hänelle maksettiin vuotuinen korvaus Kirkkovaltiolta riistetyistä alueista. Paavi kieltäytyi tarjouksesta ja vaati häneltä otettuja alueita takaisin. Paavi julisti nyt olevansa "Vatikaanin vanki", eikä enää poistunut sen alueelta. Paavi myös kielsi katolilaisia osallistumasta enää Italian poliittiseen toimintaan ja samalla julisti Italian uudet vallanpitäjät – joita hän piti vallananastajina – kirkonkiroukseen eli pannaan.