Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Pius X
Pius X:n edeltäjä Leo XIII oli oman pontifikaattinsa aikana pyrkinyt parantamaan paavinistuimen suhteita Ranskaan, vaikkakin suhteet olivat alkaneet kärjistyä Leo XIII:n pontifikaatin loppupuolella. Pius X kärjisti riitaa entisestään protestoimalla Ranskan presidentin vuonna 1904 tapahtunutta valtiovierailua Italiaan. Tämä johti Ranskan ja Vatikaanin välirikkoon, jonka seurauksena Ranska katkaisi diplomaattisuhteensa Vatikaaniin. Vuonna 1905 Ranskan parlamentti vuorostaan pahensi valtion ja paavinistuimen riitaa säätämällä lain valtion ja kirkon erosta. Laki kumosi paavi Pius VII:n ja Napoléonin vuonna 1801 sopiman konkordaatin. Lain seurauksena oli, että kirkolta riistettiin sen julkisoikeudellinen asema, ja että valtio lopetti pappien palkkojen maksamisen. Samalla myös kirkon omistamat rakennukset ja muu omaisuus siirrettiin valtion omistukseen, ja erilaiset maallikoiden kulttiyhdistykset saivat luvan käyttää näitä.