Isis (järjestö)
Aiemmin al-Qaidaan kuulunut Isis erosi al-Qaidasta helmikuussa 2014 ja julistautui ”Islamilaiseksi valtioksi” ja kalifaatiksi. Isis menetti vuosina 2016–2017 tuntuvasti alueitaan. Joulukuussa 2017 sen Irakissa ja Syyriassa valtaamat alueet oli vallattu takaisin lähes kokonaan Isisiltä.
Irakin vastarinta
Yhdysvaltain hallinto puolusti Irakin sotaa sillä, että al-Qaida kouluttaa siellä taistelijoitaan. Tämä tieto on osoittautunut vääräksi, mutta Yhdysvaltain miehityksen myötä al-Qaidan väitetään toimivan aktiivisesti Irakissa. Abu Mus’ab al-Zarqawi ilmestyi julkisuuteen aluksi Al-Tawhid Wal-Jihad-sissiryhmän johdossa. Al-Tawhid Wal Jihad sai kuuluisuutta panttivankien mestausvideoilla, joista osa osoittautui kuitenkin väärennöksiksi. Al-Qaidan johtaja Osama bin Laden nimitti Zarqawin varamiehekseen lokakuussa 2004. Al-Zarqawi vannoi Internetissä julkaistuissa lausunnoissa uskollisuutta Osama bin Ladenille ja alkoi käyttää nimeä: Irakin al-Qaida.