Eritrea
Kun sota oli päättynyt ja tilanne vakiintunut, Eritreassa järjestettiin huhtikuussa 1993 kansanäänestys itsenäisyydestä. Äänestäneistä 99,81 prosenttia antoi suoran tukensa Eritrean täydelle suvereniteetille, ja jo toukokuun 24. päivänä 1993 Eritrea julistautui itsenäiseksi. Ensimmäiseksi presidentiksi valittiin EPLF:n hajottamisen seurauksena syntyneen PFDJ:n riveistä Isaias Afewerki.
Etiopia
Tämän jälkeen Mengistu pyrki pysymään vallassa julistamalla yleisen asevelvollisuuden sekä vahvistamalla taloutta liberaaleilla uudistuksilla. Neuvostoliiton neuvonantajat vetäytyivät maasta maaliskuussa 1990. Kuivuuden aiheuttama nälänhätä pahensi tilannetta. Kapinallisten aikaansaama sotilaallinen paine kasvoi koko vuoden 1991. Mengistu pakeni Zimbabween 21. toukokuuta 1991 Yhdysvaltojen avustamana. Etiopian kansanvallankumouksellinen demokraattinen rintama (EPRDF) valloitti Addis Abeban. Eritrean kansanvapautusrintama sai haltuunsa koko Eritrean ja sen pääkaupungin Asmaran 30 vuoden taistelun jälkeen. Vuonna 2008 Etiopian korkein oikeus syytti Mengistua kansanmurhasta ja langetti hänelle poissaolevana kuolemantuomion.