Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Autoimmuunisairaus
Autoimmuunisairauksia on useita hyvin erilaisia, osa yleisiä, osa erittäin harvinaisia. Osa autoimmuunisairauksista on nk. soluvälitteisiä, eli kudostuhoa aiheuttavat soluvälitteisen immuniteetin solut. Soluvälitteiset autoimmuunisairaudet ovat yleensä yhden kohdekudoksen sairauksia: nivelreumassa oireet johtuvat nivelten kudosten tulehduksesta ja nuoruustyypin diabeteksessa taas haiman solujen tuho johtaa insuliinin puutteeseen.