Swakopmund
Vuonna 1966 Yhdistyneet kansakunnat peruutti Kansainliiton Etelä-Afrikalle antaneen Lounais-Afrikkaa koskeneen mandaatin. Vuonna 1990 Namibia lopulta itsenäistyi. Swakopmundissa tämä näkyy katukuvassa mm. siten, että monet kadunnimet muutettiin niin, että saksalaisten kadunnimien sijaan ne on nimetty kunnioittamaan namibialaisia henkilöitä. Niinpä vuonna 1991 Namibian silloinen presidentti Sam Nujoma nimesi kaupungin pääkadun Kaiser-Wilhelm-Straßen itsensä kunniaksi Sam Nujoma Avenueksi.
Apartheid
Vuonna 1988 hallitus kärsi Transkein lisäksi toisenkin merkittävän tappion. Etelä-Afrikan joukot Angolassa joutuivat kuubalaisten joukkojen kanssa taistellessaan saartouhan kohteeksi ja joutuivat vetäytymään etelään. Kuubalaisten joukkojen MiG-hävittäjät saivat vielä alueen ilmaherruuden Etelä-Afrikan vanhentuneilta ranskalaisvalmisteisilta Mirage-hävittäjiltä ja hallitus joutui myöntämään, ettei se voinut enää turvallisesti ylläpitää sotilaallista läsnäoloa maan rajojen ulkopuolella. Botha allekirjoitti elokuussa sopimuksen, jolla eteläafrikkalaiset joukot vedettiin pois Angolasta ja aloitti neuvottelut Namibian itsenäistymisestä, mikä johti SWAPO:n valtaannousuun massa.