Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavi
Johannes Paavali II oli paavina voimakas ja yksinvaltainen persoona, joka johti kirkkoa edeltäjiään konservatiivisemmin ja tiukemmin. Hän esimerkiksi nimitti paavina ollessaan piispoja tärkeille piispanistuimille yksinvaltaisesti ja paikoin myös vastoin paikallisten hiippakuntien yleistä tahtoa, julisti vuonna 1995 naispappeutta koskevat kysymykset loppuun käsitellyiksi ja samalla ilmoitti, että "kirkolla ei ole mitään arvovaltaa antaa pappisvihkimystä naisille", ja myös vaati kaikkia kirkon jäseniä pitäytymään tässä ratkaisussa.