Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän federaation historia
Medvedev sanoi ennen virkaansa astumista, ettei länsi pääse Venäjän kanssa yhtään helpommalla hänenkään aikana. Putinismi jatkui yhä, ja pääministeriksi ryhtyneen Putinin valta oli vielä vuoden 2010 alussa yhä suurempi kuin Medvedevin. Vuonna 2008 Venäjä kaappasi Georgiasta käytännössä irtautuneet Etelä-Ossetian ja Abhasian sotatoimin irti Georgiasta, sen jälkeen kun Georgia yritti palauttaa nämä valtansa alle. 
Medvedev on puhunut avoimesti monista Venäjää vaivaavista ongelmista. Korruptio ja armeijan huono tila jatkuivat. Opposition pienet mielenosoitukset hajotettiin kovin ottein. Vuonna 2008 Venäjän talous painui taantumaan kansainvälisen talouskriisin myötä. Joidenkin tarkkailijoiden mielestä se uhkasi silovikien valtaa, toisten mielestä vahvisti Putinin valtaa. Taantuma jatkui vielä 2010. Kremlin poliitikot ja virkamiehet olivat jakautuneet kahteen kilpailevaan ryhmään ja nämä taas pieniin aliryhmiin eli "klaaneihin" ja näiden alaisiin "klientteihin". GRU:hon liittyvää Medvedevin ryhmää "sivilikkejä" pidettiin ulkopolitiikassa enemmän länteen, FSB-vetoista Igor Setsinin silovikkiryhmää Kiinaan päin suuntautuvana. . Kesällä 2010 raivosi Venäjällä laajoja metsäpaloja kuivuuden takia. Hallitusta arvosteltiin laajalti varautumattomuudesta metsäpaloihin, ja Putin lupasi valvoa web-kameralla muutamien tuhoutuneiden kylien uudelleen rakennuttamista. Syksyllä 2011 Putin ilmoitti haluavansa presidentiksi, ja hänen uskottiin voittavan vaalit. Yhtenäinen Venäjä menetti paikkojaan vilpillisinä pidetyissä duuman vaaleissa muille suurille puolueille. Maassa oli pitkästä aikaa melko suuria mielenosituksia vaalituloksen tultua julki. Mm. Mironov ja Prohorov aikoivat haastaa Putinin, mutta näiden ei uskottu voittavan vaaleja.