Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Venäjän federaatio 1993–1999
Jeltsinin muistelmien, "Presidentin päiväkirjan" haamukirjoittaja Valentin Jumašev nimitettiin maaliskuussa 1997 presidentinhallinnon johtoon. Hän veti mukanaan apulaisjohtajistoon Putinin, joka oli ollut alun perin talousosastolla. Vuonna 1997 Pietarin pormestari Anatoli Sobtšak pakeni Putinin avustuksella muka sydänleikkaukseen Pariisiin, kun Juri Skuratov oli syyttänyt häntä korruptiosta. Hän sanoi 1997 yksityistämisministeri Tšubaisia Venäjän rosvokapitalismin isäksi. Seitsemän suurta pankkia alkoivat kilpailla poliittisesti keskenään. Kreml tasapainoili "raharuhtinaiden" välillä. Vuonna 1997 Venäjän pohatat kiistelivät kävivät kiistojaan, Berezovski taisteli Tšubaisia ja Potaninia vastaan. Vuonna 1997 Tšetšenian sodan veteraani kenraali Lev Rohlin kehotti muita kenraaleja kapinaan Jeltsiniä vastaan. Rohlin kuoli myöhemmin hämärissä oloissa kesällä 1999.