Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavius varhaiskirkossa ja myöhäisantiikin aikana
Viktor I sai pääsiäisenviettokiistassa osakseen kritiikkiä monilta piispoilta, jotka pitivät paavin päätöstä erottaa Vähän-Aasian seurakunnat ehtoollisyhteydestä liian ankarana toimenpiteenä. Efeson piispa Polykrates kirjoittikin pääsiäisenviettokiistaan liittyen, että tulisi totella enemmänkin Jumalaa kuin ihmistä. Tällä hän tarkoitti sitä, että apostoleilta tullut sääntö oli Rooman piispan eli paavin sääntöä voimakkaampi, ja täten Vähän-Aasian seurakunnilla olisi oikeus viettää pääsiäistä haluamaansa aikaan, koska heidän perinteensä juonsi juurensa apostoleihin Filippukseen ja Johannekseen asti.