Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Seksuaalisen hyväksikäytön tapaukset katolisessa kirkossa
Vatikaani julkaisi 20. maaliskuuta 2010 paavi Benedictus XVI:n anteeksipyynnön irlantilaisille hyväksikäytön uhreille. Paavin mukaan hyväksikäyttöön syyllistyneiden pappien tulee vastata teoistaan maallisessa oikeudessa. Kyseinen kirje oli paavin ensimmäinen virallinen teksti koko aiheesta. Paavin kotimaassa Saksassa sekä Hollannissa ja Itävallassa puhjenneista skandaaleista kirje vaikeni. Monet uhrit eri maissa ilmaisivat pettymyksensä paavin kirjeeseen. Julkisuudessa on käyty keskustelua myös paavin omasta osuudesta rikosten peittelyyn. Esimerkiksi New York Times on raportoinut, että paavin ollessa vielä Münchenin piispa Joseph Ratzinger hänen alueellaan ilmeni hyväksikäyttötapauksia, joita ei viety oikeuteen. Samaten kardinaali Ratzinger johti myös yli 20 vuotta katolisen kirkon opin puhtautta valvovaa yksikköä, jolle mm. eräät yhdysvaltalaiset piispat olivat raportoineet laajasta kuurojen lasten hyväksikäytöstä. Ratzinger ei kuitenkaan puuttunut asiaan.