Mutaatiojalostus
Geenimuuntelun sääntely on saanut jalostajat käyttämään sen sijaan entistä enemmän gamma- ja röntgensäteilyä ja kemikaaleja tuottaakseen kasveihin geenimutaatioita. Tällöin ei tarvitse tuottaa todisteita uuden lajikkeen turvallisuudesta, mikä maksaisi 150 - 200 miljoonalla dollaria. National Academies of Science (NAS) sanoi jo vuonna 1989, että on tieteellisesti perusteetonta vaatia geenimuuntelulta sääntelyä, jota ei vaadita mutaatiojalostukselta. Professori, molekyyligeneetikko Kevin M. Folta arvioi, kaikki kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, mutaatiojalostus on kaikkein ennustamattominta.
Mutaatio
Kasveilla yleisin tuotettava mutaatiotyyppi on kromosomistomutaatiollinen polyploidia. Silloin peruskromosomistoja on mutaation vuoksi useampi kuin kaksi. "Ylimääräiset" kromosomistot voivat olla samasta (autopolyploidia) tai eri lajista (allopolyploidia). Autopolyploidisilla mutaatiolla on kyetty jalostamaan muun muassa siemenettömiä lajikkeita banaaneista ja meloneista. Allopolyploidisilla mutaatiolla on jalostettu erilaisia risteytyksiä kuten ruisvehnää.