Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän federaatio 1999–2008
Boris Jeltsin erosi Venäjän presidentin virasta aivan 31. joulukuuta 1999, ja suositteli seuraajakseen Putinia, josta tuli jo ennen vaaleja virkaa tekevä presidentti. Putin saikin hieman yli 50 % äänistä presidentin vaaleissa, ja voitti vaalit. Päästyään valtaan Putin alkoi laatia lakeja ja asetuksia, jotka keskittivät valtaa Kremlin käsiin ja vakauttivat markkinataloutta. Putin näytti suosivan virkanimityksissään Pietarista kotoisin olevia turvallisuusvirkamiehiä, upseereita ja lakimiehiä. Monet olivat Putinin ja hänen liittolaistensa koulu- ja työtovereita. Virkanimitykset olivat venäläisille kulttuurille tyypillistä ystävien auttamista. Hän on nimittänyt tärkeille paikoille merkkihenkilöiden sukulaisia. Akateemikot ovat valtion virassa harvinaistuneet, ja turvallisuusviranomaiset yleisempiä kuin kommunistien aikaan.