Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Uskonpuhdistus
Uskonpuhdistus myös pakotti katolisen kirkon uudistumaan, ja syntyi vastauskonpuhdistus. Siten uskonpuhdistus vaikutti myös Trenton kirkolliskokouksen kautta katoliseen oppiin. Trenton kirkolliskokous aiheutti paitsi uudistuksia kirkon sisällä, myös paluun joihinkin jo hylättyihin menetelmiin. Yksi päätöksistä oli paavin inkvisition perustaminen uudelleen. Inkvisitio sai alkunsa 1200-luvulla hallinneen paavi Gregorius IX:n aikana. Virallisesti perustettu inkvisitiolaitos oli "Pyhä virasto harhaoppien vastustamista varten". Virastolle annettiin tehtäväksi valvoa uskon puhtautta ja tarvittaessa rangaista kerettiläisiä.