Mutaatiojalostus
Geenimuuntelun sääntely on saanut jalostajat käyttämään sen sijaan entistä enemmän gamma- ja röntgensäteilyä ja kemikaaleja tuottaakseen kasveihin geenimutaatioita. Tällöin ei tarvitse tuottaa todisteita uuden lajikkeen turvallisuudesta, mikä maksaisi 150 - 200 miljoonalla dollaria. National Academies of Science (NAS) sanoi jo vuonna 1989, että on tieteellisesti perusteetonta vaatia geenimuuntelulta sääntelyä, jota ei vaadita mutaatiojalostukselta. Professori, molekyyligeneetikko Kevin M. Folta arvioi, kaikki kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, mutaatiojalostus on kaikkein ennustamattominta.
Emäspari
Joskus DNA:n kahdentuessa emäksen kohdalle laitetaankin väärä emäs. Solussa on kuitenkin proteiineja, jotka kykenevät tunnistamaan tällaiset mutaatiot ja korjaamaan ne. Joskus emäs muuttuu toiseksi spontaanisti muulloinkin kuin DNA:n kahdentuessa. Myös tällöin DNA:n korjauskoneisto pystyy usein tunnistamaan mutatoituneen alueen. Joskus näin ei kuitenkaan tapahdu, ja virheellisen emäksen parikin muuttuu vastaamaan virheellistä emästä. Tällöin mutaatiosta tulee pysyvä. Hyvin tyypillinen mutaatio on sytosiinin muuttuminen urasiiliksi. Tällöin saattaa käydä niin, että vastinemäspari (sytosiinilla siis G), muutetaankin urasiilin vastinpariksi A, ja lopulta urasiili muutetaan tymiiniksi. Tällöin on tapahtunut mutaatio emäsparista C-G emäspariksi A-T.