Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavi
Myöhäiskeskiajalla ja uuden ajan alussa paavin suuri maallinen valta ja rikkaus johti joihinkin väärinkäytöksiin. Paavit eivät aina käyttäytyneet virkansa edellyttämällä tavalla. Nämä paavit eivät eläneet selibaatissa, vaan heillä saattoi olla useita lapsia ja rakastajattaria. Jotkut myös myivät ja ostivat piispanvirkoja. Nämä osin todelliset ja osin kuvitellut väärinkäytökset olivat osittaisena syynä uskonpuhdistukseen ja täten myös protestanttisten kirkkojen syntyyn: Martti Luther suomi kiivaasti paaviuden alennustilaa ja vastusti vallan keskittymistä yhdelle henkilölle.