Nerkoonjärvi
Järven vesi on hapahkoa, runsashumuksista ja väriltään ruskeaa. Happamuusaste (pH) on 6,5. Humusta saapuu järveen Hirvijoen, Mäntysenluoman, Majaluoman, Launosluoman ja Aitoluoman kautta. Kesäkuukaisina veden fosforipitoisuus nousee 22 μg/l (mikrogrammaa litrassa) ja typpipitoisuus 590 μg/l. Nämä ravinnemäärät yhdessä veden lämpötilakerrostuneisuuden kanssa aiheuttaa syvänteissä happikatoa syksyn alussa ja talven lopulla. Veden käyttökelpoisuuslauokitus on kuitenkin hyvä.
Kyrösjärvi
Kyrösjärven vedenlaatua seurataan säännöllisesti järven eteläpäässä sijaitsevasta tarkkailupisteestä. Tarkkailupiste on yksi osa koko Siuron reitin seurantaa. Veden väri vaihtelee keskiruskeasta tummanruskeaan ja siinä on runsaasti humusta. Viljakkalanselällä humusta ja ruskeaa väriä on vähemmän kuin järven pääaltaassa. Kyrösjärven happamuudentaso on normaali, mutta sen pH laskee humuksen taksia talvisin happaman puolelle. Veden ravinnepitoisuudet ovat kohonneet normaalista tasosta niin, että järveä voi pitää lievästi rehevöityneenä. Joskus rehevän järven ravinnepitoisuuden alaraja 30 µg/l ylittyy kesäisin. Rehevöityminen ilmenee esimerkiksi hajanaisina sinilevien esiintymisenä. Myös limalevää on havaittu järvessä. Järven ravinnetilanne on 1990-lukuun nähden parantunut, sillä sekä fosfori- että typpiravinteita on tuolloin ollut enemmän kuin nykyään. Veteen liuenneen hapen määrä vaihtelee järven eri osissa ja eri vuodenaikoina. Sen taso on kuitenkin hyvä tai jopa erinomainen. Niinä vuodenaikoina, jolloin veteen syntyy lämpötilakerrostuneisuutta ja vesikerrosten vedet eivät sekoitu keskenään, voi syntyä alemmissa vesikerroksissa happivajetta. Koskaan hapen pitoisuus ei ole alittanut 5,0 mg/l. Kyrösjärvi sopii virkistyskäyttöön hyvin.Viljakkalanselkä voidaan luokitella jopa erinomaiseen laatuluokkaan.