Viron sosialistinen neuvostotasavalta
Suomen virallisen kannan mukaan Viron itsenäisyys jatkui 1940–1991 pakolaishallituksen muodossa, minkä vuoksi Suomen ei tarvinnut tunnustaa Viron tasavaltaa 1991 uudelleen, vaan 1920 tapahtuneen tunnustamisen olemassaolo oli riittävä peruste diplomaattisuhteiden solmimiseksi jälleen. Kanta tukee epäsuorasti Viron virallista kantaa. Suomella ei kuitenkaan ole virallista kantaa Viron historiankirjoitukseen. Suomi oli kuitenkin solminut Neuvostoliiton kanssa valtiosopimuksia, joissa mainittiin ”Viron SNT” tai ”Eestin SNT”.
Petserinmaa
Kun Viro vuonna 1991 Neuvosto­liiton hajotessa jälleen itsenäistyi, virolaiset herättivät kysymyksen Tarton rauhan­sopimuksen mukaisten rajojen palauttamisesta. Viro kuitenkin luopui aluevaatimuksistaan marraskuussa 1995. Asiaan vaikutti osaltaan se, että entisen Petserinmaan Venäjään kuuluvan osan nykyiset asukkaat ovat lähes yksin­omaan venäläisiä. Maaliskuun 18. päivänä 2005 Viro ja Venäjä allekirjoittivat rajasopimuksen, jolla nykyinen raja vahvistettiin. Sopimuksen johdannossa todettiin Viron perustuslain 122. artiklan mukaisesti, että raja eräissä kohdin Tarton rauhan rajasta.