Nerkoonjärvi
Järven vesi on hapahkoa, runsashumuksista ja väriltään ruskeaa. Happamuusaste (pH) on 6,5. Humusta saapuu järveen Hirvijoen, Mäntysenluoman, Majaluoman, Launosluoman ja Aitoluoman kautta. Kesäkuukaisina veden fosforipitoisuus nousee 22 μg/l (mikrogrammaa litrassa) ja typpipitoisuus 590 μg/l. Nämä ravinnemäärät yhdessä veden lämpötilakerrostuneisuuden kanssa aiheuttaa syvänteissä happikatoa syksyn alussa ja talven lopulla. Veden käyttökelpoisuuslauokitus on kuitenkin hyvä.
Parkanonjärven alue
Nerkoonjärvi on valuma-alueensa keskusjärvi, jonka laskujoki Myllyjoki laskee Kankarinjärveen Tarsianjärven ja Syväjärven kautta. Nerkoonjärvi kerää suuren osan valuma-alueensa vesistä. Sen eteläpäähän laskeva Hirvijoki on Hirvijärven, Vähä Hirvijärven, Iso Luppolammen ja Kirjaslammen laskujoki. Mäntysenluoma tuo Heinämaanlammen, Vähä Korpijärven, Iso Korpijärven, Jouttijärven, Vähä Jouttijärven, Aureen Korpijärven, Pikku Luppolammen ja Petäjälammen vedet. Haukkalampi ja Jänisjärvi laskevat omia ojiaan myöteen etelästä Nerkoonjärven itäpäähän. Samoin tekee 600 metriä pitkä Niskosjoki, joka on Niskoslammen, Launoslammen ja Aittoluoman valuma-alueen yhteinen laskujoki. Pohjoisesta laskee vielä pieni Pikku Palolampi Nerkoonjärven Pohjanlahteen.