Mutaatiojalostus
Geenimuuntelun sääntely on saanut jalostajat käyttämään sen sijaan entistä enemmän gamma- ja röntgensäteilyä ja kemikaaleja tuottaakseen kasveihin geenimutaatioita. Tällöin ei tarvitse tuottaa todisteita uuden lajikkeen turvallisuudesta, mikä maksaisi 150 - 200 miljoonalla dollaria. National Academies of Science (NAS) sanoi jo vuonna 1989, että on tieteellisesti perusteetonta vaatia geenimuuntelulta sääntelyä, jota ei vaadita mutaatiojalostukselta. Professori, molekyyligeneetikko Kevin M. Folta arvioi, kaikki kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, mutaatiojalostus on kaikkein ennustamattominta.
Hiljainen mutaatio
Hiljainen mutaatio on pistemutaatio, jossa tiettyä aminohappoa koodaava kodoni DNA-ketjussa muuttuu toiseksi samaa aminohappoa koodavaksi kodoniksi. Hiljaisia mutaatioita pidetään usein evolutiivisesti neutraaleina, koska syntyvä proteiini on DNA:n informaation muuttumisesta huolimatta täsmälleen samanlainen kuin ennenkin. Tämä ei välttämättä kuitenkaan pidä paikkaansa, sillä useilla organismeilla tiettyjä synonyymisiä kodoneita käytetään toisia samaa aminohappoa koodaavia kodoneita useammin ().