Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän federaation historia
Jeltsin tasapainoili taitavasti erilaisten poliittisten ryhmien välillä muutellen politiikkaansa tilanteen mukaan, mutta hänen otteensa politiikkaan alkoi herpaantua 90-luvun puolivälissä. Presidentinvaalien jälkeen Jeltsin oli usein poissa töistä ja kävi vain silloin tällöin Kremlissä. Jeltsin oli juoppo ja sairas, ja kyseltiin, että johtaako Venäjää joku muu kuin Jeltsin. Joka tapauksessa valta oli Jeltsinin sisäpiirin "Perheen" käsissä jossa oli esimerkiksi Jeltsinin tytär Tatjana Djatšenko. Jeltsin vaihtoi ministereitä mielensä mukaan. Jeltsinin hallinnossa kilpailivat Korzakovin, Barsukovin ja Soskovetsin tyyppiset isänmaalliset "haukat" ja Tšubaisin liikemiehet.
Vuonna 1995 syntyi uudestaan voimakas sisäinen turvallisuuspalvelu, FSB joka alkoi havitella valtaa maassa. Oligarkit, kuten Boris Berezovski auttoivat Jeltsinin Venäjän presidentiksi 1996, kun kommunistien Gennadi Zjuganov uhkasi voittaa vaalit. Jeltsin erotti sotahaukat hallinnostaan ja alkoi ajaa rauhaa Tšetšenian kanssa. Jeltsin nosti rauhantahtoisen kenraali Lebedin vähäksi ajaksi korkeisiin asemiin.