Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän federaatio 1999–2008
Putin vastusti Naton ohjustorjuntaohjusten tuomista Itä-Eurooppaan. Hän myös vastusti lännen tukemaa Kosovon itsenäistymistä. Putin näyttää palauttaneen Venäjälle sen aseman kansainvälisen politiikan vakavasti otettavana, itsenäisenä toimijana, joka ei myötäile länttä. Toisaalta Putin on korostanut haluaan tehdä yhteistyötä lännen kanssa. Kun WTC-tornit romahtivat vuonna 2001, Putin liittyi Yhdysvaltain aloitteesta terrorismin vastaiseen rintamaan, hakien samalla oikeutusta Venäjän sodalle Tšetšeniassa. Yhdysvallat irtisanoutui vuonna 2002 Venäjän kanssa voimassa olevasta torjuntaohjuksia rajoittavasta ABM-sopimuksesta. Idän ja lännen välit alkoivat viiletä vuonna 2004 ja ovat viilenneet edelleen tuntuvasti vuonna 2007 Putinin länsivastaisen ulkopolitiikan takia. Toisaalta Putin veljeili Kiinan kanssa ja vei aseita sinne. Vuonna 2007 tuli esille diplomaattinen kiista Britannian kanssa. Viron kanssa käyty Pronssisoturi-patsaskiista huononsi Viron ja Venäjän välejä. Varsinkaan liberaalit liikemiehet eivät Venäjällä Putinin ajamaa lännestä pois kääntymistä kannata, koska uskovat sen haittaavan venäläisten yritysten liiketoimia. Vuoden 2009 kesällä Putinin hallinnon virkamiehet käytännössä uhittelivat Georgiaa sodalla.