Putinismi
Jeltsiniä vastaan oli käynnissä ajojahti parina viimeisenä vuonna, Jeltsinin sisäpiiriä syytettiin julkisesti korruptiosta. Jeltsinin liittolaisesta Vladimir Putinista tuli liittovaltion turvallisuuspalvelun FSB:n johtaja vuonna 1998 ja pääministeri elokuussa 1998. Pian sen jälkeen kun Putinista oli tullut pääministeri, tšetšeenisissipäällikkö Šamil Basajevin joukot hyökkäsivät Venäjään kuuluvaan Dagestaniin ja Venäjällä räjähteli kerrostaloissa ja muualla voimakkaita pommeja elo-syyskuussa 1999. Putin esiintyi kovasanaisena separatistisia tšetšeenejä vastaan, ja määräsi armeijan Dagestaniin ja Tšetšeniaan. Näin aiemmin tuntemattomasta kasvottomalta byrokraatilta näyttäneestä Putinista tuli terroristeja vastaan taisteleva kansallissankari. Jeltsin päätti erota Venäjän presidentin tehtävistä joulukuussa 1999 ja kehotti kansaa äänestämään Putinia. Näin Jeltsinin suosittelema, nuorekas, energinen, kansansuosion aallonharjalla ratsastava Putin voitti Venäjän presidentinvaalit vuonna 2000. Putinin päästyä valtaan hän alkoi keskittää valtaa käsiinsä. Putin muun muassa lakkautti alueiden suuren vallan, keskitytti tiedotusvälineitä Kremlin käsiin ja ajoi maasta pois tai vangitsi muutamia häntä vastustaneita oligarkkeja. Putin myös säädätti monia markkinatalouden tarvitsemia lakeja. Vuoden 2003 loppuun mennessä valta maassa oli käytännössä Putinin ohjaaman presidentinhallinnon käsissä. Siitä huolimatta monet ongelmat, kuten köyhyys, korruptio ja rikollisuus jatkuivat maassa.
Venäjän kerrostalopommeja koskevat salaliittoteoriat
Rjazanin tapaus antoi pontta huhuille, että FSB olisi itse räjäyttänyt pommit saadakseen tekosyyn Tšetšenian sodan aloittamiselle. Vladimir Putin saikin kansan suussa nimen "Herra Heksogeeni". Mutta toisaalta elokuussa pääministeriksi nimitetyn kasvottoman FSB-byrokraatti Putinin kannatusluvut nousivat pian nollasta 70 prosenttiin, koska Putin lupasi taistella tšetšeeniterroristeja vastaan.
Yleinen syyttäjä lopetti tapauksen tutkimukset huhtikuussa 2000. Duuma, jossa Kremliä puoltava puolue oli enemmistönä, määräsi Rjazanin tutkimuksiin liittyvän materiaalin salaiseksi 75 vuodeksi. Duuman jäsen Sergei Kovalev ei myöskään edennyt tutkimuksissaan. Kovalevin tutkimuskomission avainjäsenet, duuman jäsenet Sergei Jušenkov ja Juri Štšekotšihin kuolivat molemmat murhiin huhtikuussa 2003 ja heinäkuussa 2003. Tämän komission lakimies Mihail Trepaškin pidätettiin 2003, ja eräs komission jäsen Otto Latsis pahoinpideltiin marraskuussa 2003, ja hän kuoli auto-onnettomuudessa 2005.
13. syyskuuta parlementin puhemies Gennadi Seleznjov sanoi saaneensa edellisenä iltana raportin, jonka mukaan Volgodonskissa oli räjähtänyt kerrostalopommi. Mutta räjähdys tapahtui siellä vasta 16. syyskuuta. Kun räjähdys sitten tapahtui, Žirinovski kysyi Selenzjovilta asiasta, mutta tämä pani mikrofonin kiinni. Mutta vuonna 2002 Selenzjov kertoi maininneensa pienestä käsikranaatin räjähdyksestä, joka todella tapahtui, muttei tappanut ketään.