Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Ulrich Zwingli
Reformaatio eteni halki Sveitsin. Urin, Schwyzin, Unterwaldenin, Luzernin, Zugin ja Friborgin kantonit vastustivat Zwinglin aloittamaa uskonpuhdistusta. Uskonpuhdistus johti Zürichin viiden muun Sveitsin kantonin kanssa eroamiseen roomalaiskatolisen kirkon valtapiiristä, Valaliitosta. Seurauksena oli Zürichin joutuminen ahtaalle katolisen Valaliiton asettaessa rajat Sveitsin sisällä. Bernin liityttyä uskonpuhdistukseen vuonna 1528 Zwingli aloitti taistelun katolisia alkukantoneja sekä Etelä-Saksan ruhtinaita vastaan. Katoliset vahvistivat asemiaan muodostamalla puolustusliiton, Kristillisen unionin, Itävallan kanssa vuonna 1529. Spierin valtiopäivillä päätettiin uskonpuhdistuksen lopettamisesta ja Zwingli joutui samoihin aikoihin ehtoollisopissa kiistaan Lutherin kanssa Marburgin uskontokeskustelussa vuonna 1529. Zwingli painotti ehtoollisen vertauskuvallisuutta Lutherin korostaessa Kristuksen läsnäoloa ehtoollisella. Luterilaiset ehdottivat, että molemmat myöntäisivät Kristuksen läsnäolon ehtoollisella. Tähän Zwingli ei suostunut. Seurauksena oli uskonpuhdistuksen hajaantuminen luterilaiseen ja reformoituun kirkkoon.