Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Katolisen kirkon historia
Paavien asema myös maallisena hallitsijana merkitsi maallisen politiikan riskejä. Paavien valta oli keskiajalla hyvin haluttua: Paavi saattoi vaikuttaa uskonnollisen asemansa turvin kansaan ja hallitsijoihin, joten kuninkaat ja keisarit pyrkivät saamaan virkaan omia suosikkejaan. Vuonna 1309 Ranskan kuninkaan onnistui saada paavi muuttamaan Avignoniin, Ranskaan. Siellä paavinistuin oli aina vuoteen 1377 saakka; aikaa kutsutaan paaviuden Avignonin vankeudeksi. Luonnollisesti tänä aikana Ranskan kuninkaalla oli paljon vaikutusvaltaa paavien päätöksiin. Baabelin vankeuden aikana virassa oli yhteensä seitsemän paavia. Vankeuden loputtua paavi palasi taas Roomaan.