Uusi aika
Uskonpuhdistus eli reformaatio on 1500-luvulla Länsi-Euroopassa alkanut liike, joka pyrki oikaisemaan katolisen kirkon opetuksissa näkemiään epäkohtia ja sen piirin käytäntöjä, kuten anekauppaa. Uskonpuhdistuksen aloittajana pidetään yleisesti Martti Lutheria, vaikka häntä ennen ”esiuskonpuhdistajat” esimerkiksi John Wycliffe ja Jan Hus olivat hyökänneet kirkon oppeja vastaan. Reformaatio tarjosi maallisille ruhtinaille tilaisuuden vapautua katolisen kirkon vallasta. Ruotsin uskonpuhdistus toteutettiin kuningasjohtoisesti, sillä se tarjosi Kustaa Vaasalle tilaisuuden ottaa kirkko hallintaansa ja peruuttaa sen omaisuus kruunulle. Englannissa toteutettiin uskonpuhdistus Henrik VIII:n johdolla.
Lutherin vuonna 1517 kirjoittamat 95 teesiä katolisen kirkon anekauppaa vastaan aloittivat levitessään laajan liikkeen. Leviämistä helpotti Johannes Gutenbergin keksimä painokone ja irtokirjasimet. Aluksi teesit eivät kiihdyttäneet tunteita, mutta joulukuussa 1517 teesit painettiin ja sen jälkeen ne rupesivat leviämään ympäri Saksaa.
Uskonpuhdistus Liettuassa
Köngisbergin yliopisto alkoi pian perustamisensa jälkeen vetää runsaasti liettualaisia opiskelijoita. Vuosina 1544–1600 Liettuasta tuli yliopistoon kaikkiaan 233 opiskelijaa, joista osa kuului aatelissukuihin. Yliopiston opiskelijat jäivät vaihtelevasti papeiksi niin sanottuun Vähä-Liettuaan, tulivat protestanttisiksi papeiksi Liettuaan tai toimivat virkamiehinä. Osa Köngisbergissä opiskelleista, kuten esimerkiksi piispa Melchior Giedraitris, toimivat myös katolilaisen kirkon piirissä. Uskonpuhdistukseen kuulunut ajatus kansankielisestä opetuksesta ja Raamatun tutkimuksesta johti liettuankielisten kirjojen valmistukseen Köngisbergissä. Ensimmäinen tällainen kirja oli Martin Mosswidin toimittama Katekismus, joka ilmestyi vuonna 1547. Myös koko Raamattu käännettiin liettuaksi 1500-luvulla, mutta se julkaistiin vasta vuonna 1735. Kansankielistä kirjallisuutta alettiin uskonpuhdistuksen oppien mukaisesti tehdä myös Liettuan ortodoksisilla alueilla. Frantsysk Skaryna käänsi ruteenin kielelle psalmit vuonna 1517 ja Vanhan Testamentin vuosina 1518–1519. Katolinen kirkko ja Sigismund Vanha olivat pyrkineet erilaisin määräyksin vaikeuttamaan uskonpuhdistuksen etenemistä, mutta tähän tuli muutos Sigismund II Augustin noustua valtaan vuonna 1548. Sigismund II oli kasvanut humanismin hengessä, ja hän oli valmis hyväksymään aateliston ajaman uskonvapauden. Tämän jälkeen saksalaiset perustivat Vilnaan ja Kaunasiin luterilaiset seurakunnat, ja Vilnaan rakennettiin uusi luterilainen kirkko. Uskonpuhdistusksen kiihdyttyäkin luterilaisuus säilyi leimallisesti saksalaisena liikkeenä.