Nerkoonjärvi
Järven vesi on hapahkoa, runsashumuksista ja väriltään ruskeaa. Happamuusaste (pH) on 6,5. Humusta saapuu järveen Hirvijoen, Mäntysenluoman, Majaluoman, Launosluoman ja Aitoluoman kautta. Kesäkuukaisina veden fosforipitoisuus nousee 22 μg/l (mikrogrammaa litrassa) ja typpipitoisuus 590 μg/l. Nämä ravinnemäärät yhdessä veden lämpötilakerrostuneisuuden kanssa aiheuttaa syvänteissä happikatoa syksyn alussa ja talven lopulla. Veden käyttökelpoisuuslauokitus on kuitenkin hyvä.
Nerkoonjärvi
Turvetuotannosta valuvien vesien humus kulkeutuu laskeutuksesta huolimatta laskuojiin ja sitä kautta järveen. Nerkoonjärvessä on havaittu sedimentaation lisääntymistä niin, että ruoppauksiin on katsottu olevan tarvetta. Ruoppausta tullaan tekemään Viinamäenlahdessa, johon laskee Niskosjoki.