Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavali VI
Paavali VI toteutti useita konsiilin päätöksiä, kuten jumalanpalveluksen uudistamisen. Lisäksi hänen aloitteestaan vahvistettiin kirkkoa koskevassa asiakirjassa paavin ylin opetusvalta. Paavali VI myös veti konsiilin asialistalta kysymyksen pappien selibaatista kiertokirjeessään 1967 ja lupasi myöhemmin palata asiaan. Vaikka useita pappeja oli eronnut virastaan ja avioitunut, pysyi ensylika perinteisellä kannallaan. Tämä ei lopettanut kritiikkiä, vaan päinvastoin lisäsi sitä.