SmackDown
WWE loi ohjelman vuonna 1999 kilpaillakseen tuolloisen WCW-showpainipromootion torstaina esitettävää ohjelmaa vastaan. SmackDown! on perinteinen showpainiohjelma, jossa showpaini-otteluiden lomassa rakennetaan juonikuvioita ja sovitaan otteluita tuleviin maksulähetyksiin.
Rey Mysterio
Survivor Seriesin epäonnistumisen jälkeen Rey ja Rob Van Dam perustivat oman tiimin. 9. joulukuuta SmackDown!:ssa Rey ja RVD voittivat WWE Tag Team mestaruudet René Dupreélta ja Kenzo Suzukilta. Armageddonissa he puolustivat entisiä mestareita vastaan onnistuneesti. 13. tammikuuta Rey ja RVD hävisivät mestaruudet The Basham Brotherseille ja RVD loukkaantui. No Way Outissa Rey voitti Tag Team mestaruudet takaisin Eddie Guerreron kanssa. WrestleMania 21:ssä ei nähty WWE Tag Team mestaruus ottelua sen sijaan Rey ja Eddie ottelivat toisiaan vastaan, minkä Rey voitti. 21. huhtikuuta SmackDown!ssa MNM veivät Reyn ja Eddien mestaruudet. SummerSlamissa Mysterio otteli Guerreroa vastaan ladder matsissa. Rey voitti matsin lopulta. Tämän jälkeen hänellä oli feudi JBL:än kanssa. No Mercy:ssä Mysterio otteli häntä vastaan ja hävisi. 13. marraskuuta Eddie oli löydetty kuolleena hotelli huoneestaan Samana iltana WWE Super Show’ssa, missä Mysterio piti tunteellisen puheen Eddiestä. Hän jopa riisui maskinsa, mutta kukaan ei nähnyt hänen kasvojaan. Mysterio oli Survivor Seriesin päätapahtumassa Team SmackDown!ssa, johon kuuluivat Reyn lisäksi Randy Orton, Bobby Lashley, Batista ja JBL, jotka voittivat Team RAW:n johon kuuluivat: Shawn Michaels, Kane, The Big Show, Carlito ja Chris Masters. 13. joulukuuta Mysterio ja World Heavyweight mestari Batista voittivat WWE Tag Tem mestaruudet MNM:ltä. Armageddonissa Mysterio ja Batista ottelivat World Tag Team mestareita The Big Show’ta ja Kanea vastaan. Show ja Kane voittivat ottelun. 30. joulukuuta SmackDown!ssa Rey ja Batista hävisivät Tag Team mestaruudet MNM:lle, jotka saivat apua Mark Henryltä. Vuoden 2006 alussa Mysterio osallistui Royal Rumble-tapahtumaan, voittaen koko ottelun eliminoimalla viimeisenä Randy Ortonin. Samalla Rey teki kehässäoloennätyksen 62 minuuttia 12 sekuntia