Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Noitavainot
Uskonpuhdistus johti Euroopassa perinteisen turvallisen maailmankuvan säröilemiseen, mikä osaltaan vaikutti aikakauden epäluuloisuuteen ja paniikkiin. Nachman Ben-Yehudan mukaan tämä voidaan havaita siitä, että vakavimmat vainot toimeenpantiin sellaisissa maissa kuin Saksassa, Ranskassa ja Sveitsissä, joissa katolisen kirkon asema oli heikoin, kun taas vakaan katoliset maat kuten Espanja, Italia ja Portugali säästyivät miltei kokonaan noitavainoilta.