Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Immuunijärjestelmä
Luonnollisen eli synnynnäisen puolustusjärjestelmän osia ovat elimistön yleispuolustuskeinot: tulehdusreaktio, komplementti ja syöjäsolut eli fagosyytit. Kudosten yleispuolustuskeinoja ovat pintakudos, limakalvo, matala pH sekä tietyt entsyymit ja eritteet. Luonnollinen vastustuskyky ei muodosta muistijälkiä, joten se reagoi aina samalla tavalla elimistöön kohdistuvia hyökkäyksiä vastaan. Luonnollinen vastustuskyky on yleensä ensimmäinen taudinaiheuttajien kohtaama puolustusjärjestelmä, joten sen tarkoituksena on reagoida nopeasti. Luonnollisen vastustuskyvyn osat tunnistavat vieraita molekyylirakenteita vain karkeasti. Ne pystyvät esimerkiksi erottamaan tietyt bakteerien soluseinän rakenteet, sokerirakenteet ja lipopolysakkaridit elimistön omien kudosten rakenteista.