Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Vladimir Putin
Putinille uskolliset Venäjän aluejohtajat puhuivat sen puolesta, että Putinille pitäisi antaa oikeus jatkaa presidenttinä perustuslain rajaamien kahden kauden jälkeenkin. Putin ei kiistänyt aikovansa palata politiikkaan vuoden 2012 vaaleissa. Putinin perilliseksi ja seuraavaksi presidentiksi arveltiin Dmitri Medvedeviä tai Sergei Ivanovia, jotka Putin ylensi marraskuussa 2005 apulaispääministereiksi.
Münchenin vuotuisessa turvallisuuskokouksessa helmikuussa 2007 Putin arvosteli suorasanaisesti Yhdysvaltain hegemoniaa ja sotilaallista voimankäyttöä. Puheesta tuli käännekohta Venäjän ja Lännen välisissä suhteissa, ja Putinin näkökulma sai ymmärtäjiä myös Euroopassa ja Yhdysvalloissa. Yhdysvaltain ohella Putin alkoi suhtautua aiempaa kielteisemmin myös Britanniaan.