Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Uskonpuhdistus
Lopulta kirkolliskokous saatiin päätökseen 1563. Sen tuloksena katolinen kirkko uudistui monella osa-alueella, minkä lisäksi aikaisempia uskonkappaleita dogmatisoitiin. Uskonopin alueella kirkolliskokous otti kantaa muun muassa Raamattuun ja traditioon, perisyntiin ja sakramentteihin. Esimerkiksi erään päätöksen mukaan apostoliseen traditioon tuli suhtautua yhtä kunnioittavasti kuin Raamattuun, mikä oli muun muassa Lutherin ajatusten vastainen kanta. Kirkolliskokous osallistui myös kirkon reformoimiseen. Kirkolliskokous päätti esimerkiksi, että Uskonpuhdistuksen konkreettisena seurauksena oli uusien kirkkojen ja oppisuuntien syntyminen. Katolisesta kirkosta irrottautui useita uusia suuntia, joista tärkeimmäksi muodostuivat luterilaisuus, reformoitu kirkko ja anglikaaninen kirkko. Lisäksi protestanttiset liikkeet haarautuivat edelleen, jolloin syntyi puritanismin kaltaisia liikkeitä. Reformoidusta kirkosta irtaantuneista "uudestikastajista" taas kehittyi useita vapaita suuntia. Varhaisia tällaisia liikkeitä ovat esimerkiksi baptistit ja mennoniitat. Myöhemmin syntyivät muun muassa metodismi, helluntailaisuus, adventismi, hutteriitit, evankelioiva herätyskristillisyys sekä pelastusarmeija.