Mutaatiojalostus
Geenimuuntelun sääntely on saanut jalostajat käyttämään sen sijaan entistä enemmän gamma- ja röntgensäteilyä ja kemikaaleja tuottaakseen kasveihin geenimutaatioita. Tällöin ei tarvitse tuottaa todisteita uuden lajikkeen turvallisuudesta, mikä maksaisi 150 - 200 miljoonalla dollaria. National Academies of Science (NAS) sanoi jo vuonna 1989, että on tieteellisesti perusteetonta vaatia geenimuuntelulta sääntelyä, jota ei vaadita mutaatiojalostukselta. Professori, molekyyligeneetikko Kevin M. Folta arvioi, kaikki kasvitieteilijät ovat tästä yksimielisiä, mutaatiojalostus on kaikkein ennustamattominta.
Evoluutio
Sen lisäksi, että mutaatiot ovat merkittävä lähde variaatiolle, ne voivat myös toimia evoluution mekanismina silloin kun molekyylitasolla on olemassa eri todennäköisyydet mutaatioiden tapahtumiselle – tätä ilmiötä kutsutaan mutaatiotaipumukseksi (). Otetaan esimerkiksi kaksi genotyyppiä: yksi, jolla on nukleotidi G ja toinen, jolla on nukleotidi A samassa kohdassa. Jos näillä kahdella genotyypillä on sama kelpoisuus, mutta mutaatio G:stä A:han tapahtuu useammin kuin mutaatio A:sta G:hen, silloin on taipumus kehittyä genotyyppejä joilla on A. Eri taipumukset liittymä- tai häviämämutaatioihin eri taksoneissa voivat johtaa erikokoisten genomien kehittymiseen. Kehittymiseen ja mutaatioon liittyviä taipumuksia on havaittu myös morfologisessa evoluutiossa. Esimerkiksi Baldwinin efektin mukaan mutaatiot voivat ajan myötä aiheuttaa ympäristön tuottamien piirteiden geneettisen assimilaation.