Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Vatikaanivaltio
Paavin valta-aseman takia sisäpoliittiset muutokset ovat mahdollisia vasta paavin kuoleman jälkeen. Kukin paavi harjoittaa paavinkautensa eli pontifikaattinsa aikana sellaista politiikkaa kuin haluaa, ja ainoastaan hallitsevalla paavilla on mahdollisuus päättää tämän politiikan sisällöstä. Paavia on mahdotonta erottaa virastaan, joten käytännössä paavi pystyy harjoittamaan haluamaansa politiikkaa aina elämänsä loppuun asti.