Optimus Prime
"issa" Optimus Prime on voimakas ja urhea Autobottien johtaja. Hän poikkeaa hyvin paljon alkuperäisen sarjan G1:n Optimuksesta, sillä hän on hyvin militaristinen johtaja, eikä ole yhtä lempeä kuin hänen edellinen versionsa. Optimuksen mahtavien voimiensa lisäksi hän on viisas ja uskoo että vapaus on oikeutettu kaikille aistiville elämänmuodoille. Optimus on luvannut taistelevansa pahoja Decepticoneja vastaan jotteivät he varastaisi Maan valtavia energonvaroja. Rauhan nimessä Optimus ei epäröi käyttää voimiaan ja suuria asevarastojaan Megatronin ja Decepticonien pysäyttämiseen jotteivät he olisi uhka universumille. Hän pystyy yhdistymään Omega Supremen sekä Wing Saberin kanssa, jolloin heistä tulee erittäin vahva yhdistelmä.
Transformers: The War Within
Megatron on aloittanut kapinan hyökkäämällä Autobottien kimppuun ja aiheuttaen sisällissodan. Megatron on myös onnistunut tappamaan Autobot johtajan Sentinel Primen. Vanhojen neuvosto valitsee uudeksi Primeksi arkistonhoitaja Optronixin, josta tulee Optimus Prime, keskellä sisällissodan pahinta vaihetta. Optimus Primella on aluksi uskottavuusongelmia joukkojensa silmissä, edeltäjiensä kuoltua. Myöskään Primen päätös jättää Cybertron ei saa Autobotteja ilahtumaan. Tarina keskittyy suurimmaksi osaksi Optimuksen matkaan, planetan ytimessä, missä hän kohtaa niin Decepticon-salamurhaajat, Megatronin, kuin myös paljon uusia tietoja Matrixista. Samaan aikaan Starscream kaappaa vallaan itselleen ja yrittää tuhota Autobotteja, huonolla menestyksellä. Optimus ja Megatron näkevät Matrixin avulla otteita heidän mahdollisesta tulevaisuudestaan, ja siitä mikä vuosien varrella tulee muuttumaan. Lopulta Grimlockin opastamana Optimus käy taistoon Megatronia vastaan ja voittaa tämän, mutta ei ilmeisesti pysty tappamaan tätä.
Lopussa Optimus pitää kädessään levykettä, jonka asentaessaan itseensä, hän saisi kaikkien aikaisempien Primien muistot ja kokemukset itselleen ja hänestä tulisi entistä viisaampi ja kokemusta saaneempi. Optimus päättää kuitenkin heittää levykkeen avaruuteen ja toteaa valitsevansa oman tiensä.Alussa Optimus ja Megatron katoavat taistelun aikana avaruusportista ja heidän oletetaan kuolleen. Samaan aikaan Cybertronille ilmestyy valtava, liekehtivä ja ikivanha, erittäin salaperäinen transformeri, joka käyttää nimeä Fallen.
Decepticonien ja Autobotten välisen sodan aikana salaperäinen Fallen värvää itselleen kolme apuria, Decepticonit Bludgeon, Mindwipe ja Bugly. Fallenin tarkoitus on herättää jotain muinaista Cybertronin ytimestä. Siihen hän tarvitsee tiettyjen "potentiaalisten" kipinöitä. Nämä potentiaaliset ovat Jetfire, Grimlock, Hot Spot ja Decepticon Blitzwing, joiden yhteisenä piirteenä näyttää olevan jotain kaukaista Cybertronin historiassa. Decepticonien johtaja Shockwave ja Autobottien johtaja Prowl liittoutuvat ja järjestävät pelastusoperaation, tarkoituksenaan myös pysäyttää Fallen, suunnitelmineen.Omat joukkonsa muodostanut Starscream yrittää eliminoida sekä Autobottien että Decepticonien ylimmän johdon, mutta suunnitelmiin tulee muutos. Starscream onnistuu eliminoimaan ikivanhat, viisaat Autobot neuvoston jäsenet ja Decepticon Motormaster salamurhaa Grimlockin.
Samaan aikaan Megatron tekeekin yllättävän paluunsa, käyttämällä salaperäisiä kloonisotureita apunaan.