Immuunijärjestelmä
Oikein toimiessaan puolustusjärjestelmä tuhoaa valkosolujen vasta-aineiden avulla elimistöön tunkeutuneet taudinaiheuttajat. Puolustusjärjestelmä myös muistaa torjumansa taudinaiheuttajat erityisten "muistisolujen" avulla, minkä ansiosta aikaisemmin kohdattujen taudinaiheuttajien aiheuttamat tartunnat saadaan seuraavilla kerroilla torjuttua nopeammin ja torjuttuja taudinaiheuttajia vastaan kehittyy immuniteetti (ks. vesirokko). Myös rokotteet perustuvat muistisolujen toimintaan. Osa taudinaiheuttajista voi kiertää puolustusjärjestelmän muistin geenimuutosten avulla. Immuunijärjestelmä ei välttämättä tunnista aiemmin kohdatun taudinaiheuttajan, esimerkiksi viruksen tai bakteerin, muuntunutta muotoa samaksi taudiksi, ja tauti iskee uudelleen, kun elimistö altistuu tartunnalle (ks. influenssa). Joskus puolustusjärjestelmä saattaa myös hyökätä elimistön hyödyllisiä osia vastaan. Tällöin kyseessä on autoimmuunisairaus.
Luonnollinen immuniteetti
Klassisen reitin lisäksi tunnetaan vaihtoehtoinen reitti, jossa komplementti ei aktivoidu puhtaasti patogeenin tunnistamisen seurauksena, vaan kohdatessaan immunikompleksin eli patogeenin ja sen neutraloineen vasta-aineen muodostaman kokonaisuuden. Tällöin vasta-aine on jo tehnyt patogeenin vaarattomaksi, ja komplementti huolehtii sen tuhoamisesta ja opsonoimisesta eli muuttamisesta helpommin syöjäsolujen huomaamaan muotoon. Nämä ovat hyviä esimerkkejä siitä, etteivät immuunijärjestelmän eri osat toimi yksinään, vaan tehokkaan immuunipuolustuksen takaamiseksi sen eri osaset toimivat yhteistyössä.