Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavi
Paavien suuri valta niin hengellisissä kuin maallisissa asioissa myös lisäsi joitain väärinkäytöksiä. Koska paavinvirka mahdollisti suuret taloudelliset edut kulloinkin hallitsevan paavin sukulaisille, eivät nämä halunneet luopua etuisuuksistaan paavin kuoleman jälkeen. Ratkaisuna tähän oli kardinaalineposjärjestelmä, jossa hallitseva paavi nimitti jonkun sukulaisistaan kardinaaliksi. Tämä paavien tapa nimittää sukulaisiaan kardinaalinepoksiksi sai alkuna keskiajalla, ja huippunsa tapa saavutti 1500- ja 1600-luvulla. Paavien Avignonin vankeudesta aina Innocentius XII:n vuonna 1692 julkaistuun nepotisminvastaiseen "Romanum decet pontificem" -bullaan saakka hallinneet paavit ilman kardinaalinepoksia olivat selvä poikkeus. Samoin kaikki renessanssin aikana hallinneet kardinaaleja nimittäneet paavit käyttivät kardinaalinepoksia, jotka yleensä olivat heidän veljen- tai sisarenpoikiaan.