Kardinaali
Toinen epäkohta kardinaalijärjestelmässä oli sen keskittyminen Eurooppaan ja erityisesti Italiaan, minkä vuoksi paavinistuimelle ei noussut satoihin vuosiin ainuttakaan ei-italialaista paavia. Koska suuri enemmistö kardinaaleista oli italialaisia, nostivat he paaviksi toisia italialaisia kardinaaleja, jotka taas paavina ollessaan nimittivät lisää italialaisia kardinaaleja. Esimerkiksi hollantilaisen Hadrianus VI:n (paavina 1522–1523) jälkeen seuraavaa ei-italialaista paavia jouduttiin odottamaan yli 450 vuotta, sillä seuraava Italian ulkopuolelta tullut paavi oli virkaansa vuonna 1978 valittu puolalainen Johannes Paavali II.
Rooman valtaus
Paavi Pius IX valittiin virkaansa edeltäjänsä Gregorius XVI:n kuoltua vuonna 1846 ja häntä pidettiin aluksi huomattavan liberaalina. Kirkkovaltion vangitut vallankumoukselliset vapautettiin, ja paavi oli puhunut myönteiseen sävyyn italialaisesta kansakunnasta, minkä vuoksi häntä pidettiin Italian yhdistymisen kannattajana. Kirkkovaltion uudistukset tekivät hänestä myös vapaamielisen lehdistön suosikkihahmon. Uudistukset lakkasivat kuitenkin Euroopan hulluun vuoteen 1848. Kansallismielisten pyrkiessä karkottamaan itävaltalaiset Italiasta paavi kehotti uskovia pysymään lojaaleina paikallisille ruhtinailleen. Paavin kannanotosta syntyi mellakoita Roomassa, ja hän joutui pakenemaan Gaetaan. Roomassa Giuseppe Mazzini ja Giuseppe Garibaldi perustivat Rooman tasavallan, jonka Ranskan armeija palautti paavin hallintaan. Paavi palasi vuonna 1850 ja hallitsi Kirkkovaltiotaan vielä kahdenkymmenen vuoden ajan ranskalaisten sotilaiden turvin. Paavin toiminta teki hänestä katkerasti vihatun hahmon Italian katolilaisten parissa, vaikkakin hänellä oli suuri suosio ulkomailla. Italian yhdistymisen kannattajat eivät takaiskuista huolimatta olleet luopuneet tavoitteestaan. Liikkeen uudeksi johtohahmoksi nousi Piemonten kuningas Viktor Emanuel II ja hänen pääministerinsä Camillo Cavour.