Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Ristiretket
Myös paavien kuva tehtävistään ja vallastaan voimistui, ja Leo I:n aikaiset ajatukset paavillisesta ylivallasta voimistuivat. Esimerkiksi Pyhä Gregorius VII uskoi paavinistuimelle kuuluvan täydellisen hallintovallan niin kirkossa kuin koko maailmassakin. Samoin kirkon sisällä alettiin ajatella, että hengellinen ylivalta saattoi vallita kunnolla ainoastaan sellaisessa tilanteessa, jossa maallinen valta olisi hengellisen vallan ja siten kirkon alaisena kaikissa asioissa, jotka koskisivat moraalia tai uskoa. Paavi Gregorius VII katsoikin jopa, että paavilla oli oikeus erottaa halutessaan keisareita viroistaan. Nämä suuret valtavaatimuksen herättivät myös joukon vastustusta, minkä seurauksena paavinistuin kävi useita vuosikymmeniä kestäneen investituurariidan maallisten hallitsijoiden kanssa, jonka kompromissina lopulta tunnustettiin paavin muuttunut asema Euroopassa sekä maallisten hallitsijoiden valta.