Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Venäjän federaatio 1999–2008
Boris Jeltsin erosi Venäjän presidentin virasta aivan 31. joulukuuta 1999, ja suositteli seuraajakseen Putinia, josta tuli jo ennen vaaleja virkaa tekevä presidentti. Putin saikin hieman yli 50 % äänistä presidentin vaaleissa, ja voitti vaalit. Päästyään valtaan Putin alkoi laatia lakeja ja asetuksia, jotka keskittivät valtaa Kremlin käsiin ja vakauttivat markkinataloutta. Putin näytti suosivan virkanimityksissään Pietarista kotoisin olevia turvallisuusvirkamiehiä, upseereita ja lakimiehiä. Monet olivat Putinin ja hänen liittolaistensa koulu- ja työtovereita. Virkanimitykset olivat venäläisille kulttuurille tyypillistä ystävien auttamista. Hän on nimittänyt tärkeille paikoille merkkihenkilöiden sukulaisia. Akateemikot ovat valtion virassa harvinaistuneet, ja turvallisuusviranomaiset yleisempiä kuin kommunistien aikaan.