Katolisen kirkon historia
Uskonpuhdistus oli 1500-luvulla Länsi-Euroopassa alkanut liike, joka pyrki oikaisemaan katolisen kirkon opissa näkemiään epäkohtia. Uskonpuhdistuksen taustalla oli jo kauan jatkunut paaviuden alennustila sekä levinnyt turmeltuneisuus kirkon piirissä. Uskonpuhdistuksen aloittajana pidetään yleisesti saksalaista augustinolaismunkki Martti Lutheria, vaikkakin jo ennen häntä jotkin ”esiuskonpuhdistajat”, esimerkiksi John Wycliffe ja Jan Hus, olivat hyökänneet kirkon virallista oppia vastaan. Lutherin anekauppaa vastaan suuntautuneet 95 teesiä aloittivat levitessään laajan liikkeen, joka myöhemmin sai uusia muotoja. Uskonpuhdistukseen liittyi Lutherin lisäksi joukko muita teologeja, joiden näkemykset poikkesivat paljoltikin Lutherin ajatuksista. Niinpä katolisen kirkon jakaantuminen ei loppunut vain luterilaisten syntyyn, vaan synnytti myös anglikaanisen ja reformoidun kirkon sekä lukuisan joukon erilaisia vapaita suuntia.
Uskonpuhdistus Liettuassa
Köngisbergin yliopisto alkoi pian perustamisensa jälkeen vetää runsaasti liettualaisia opiskelijoita. Vuosina 1544–1600 Liettuasta tuli yliopistoon kaikkiaan 233 opiskelijaa, joista osa kuului aatelissukuihin. Yliopiston opiskelijat jäivät vaihtelevasti papeiksi niin sanottuun Vähä-Liettuaan, tulivat protestanttisiksi papeiksi Liettuaan tai toimivat virkamiehinä. Osa Köngisbergissä opiskelleista, kuten esimerkiksi piispa Melchior Giedraitris, toimivat myös katolilaisen kirkon piirissä. Uskonpuhdistukseen kuulunut ajatus kansankielisestä opetuksesta ja Raamatun tutkimuksesta johti liettuankielisten kirjojen valmistukseen Köngisbergissä. Ensimmäinen tällainen kirja oli Martin Mosswidin toimittama Katekismus, joka ilmestyi vuonna 1547. Myös koko Raamattu käännettiin liettuaksi 1500-luvulla, mutta se julkaistiin vasta vuonna 1735. Kansankielistä kirjallisuutta alettiin uskonpuhdistuksen oppien mukaisesti tehdä myös Liettuan ortodoksisilla alueilla. Frantsysk Skaryna käänsi ruteenin kielelle psalmit vuonna 1517 ja Vanhan Testamentin vuosina 1518–1519. Katolinen kirkko ja Sigismund Vanha olivat pyrkineet erilaisin määräyksin vaikeuttamaan uskonpuhdistuksen etenemistä, mutta tähän tuli muutos Sigismund II Augustin noustua valtaan vuonna 1548. Sigismund II oli kasvanut humanismin hengessä, ja hän oli valmis hyväksymään aateliston ajaman uskonvapauden. Tämän jälkeen saksalaiset perustivat Vilnaan ja Kaunasiin luterilaiset seurakunnat, ja Vilnaan rakennettiin uusi luterilainen kirkko. Uskonpuhdistusksen kiihdyttyäkin luterilaisuus säilyi leimallisesti saksalaisena liikkeenä.