Kiovan kansallinen yliopisto
Yliopisto perustettiin 8. marraskuuta 1833 keisari Nikolai I:n ukaasilla ja se aloitti toimintansa 15. kesäkuuta 1834 nimellä pyhän Vladimirin yliopisto. Kulttuuripoliittisena motiivina oli vastustaa Kiovan oppineiston puolalaistumista juuri Puolan kapinan 1830–1831 jälkeen. Tarpeet yliopiston perustamiseksi Ukrainaan olivat olleet olemassa, mutta sen oli pelätty muodostuvan ukrainalaisen kansallistietoisuuden keskukseksi. Koska Länsi-Ukrainassa ja myös idempänä puolalaisuuteen liittyi usein katolilaisuus, liitettiin yliopiston nimeen Kiovan Rusj:n idän kreikkalais-katoliseen piiriin liittänyt Kiovan Rusjin hallitsija Vladimir I Suuri. Yliopiston ensimmäiseksi rehtoriksi asetettiin Moskovan yliopiston professori, filologi ja historioitsija Mihail Aleksandrovitš Maksimovitš.
Tarton yliopisto
Venäjän vallan aikana Tarton yliopiston toiminta päättyi ja korkeamman asteen koulutusta haluavat suuntasivat Saksaan. Venäjän keisarinna Katariina II:n tultua valtaan yliopistokysymys heräsi uudelleen henkiin. Kiistaa syntyi siitä pitäisikö uuden yliopiston sijaita Pärnussa vai Tartossa. Liivinmaan ritarikunta esitti vuonna 1768 suunnitelman yliopiston perustamiseksi Tarttoon, mutta suunnitelmien toteutus lykkääntyi rahan puutteen vuoksi. Vuonna 1798 keisari Paavali I antoi luvan yliopiston avaamiselle Baltiassa. Päätös johtui uhkaavasta akateemisen työvoiman pulasta. Venäjän keisarikunnassa toimi vain Moskovan yliopisto ja yliopiston kaltainen suurherttuan koulu Liettuassa. Lisäksi antaessaan luvan yliopiston perustamiseen keisari oli samalla kieltänyt Ranskan vallankumouksen takia opiskelun muissa yliopistoissa. Kuurinmaalaisten vaikutuksesta yliopisto avattiinkin Jelgavassa Tarton sijasta. Vuonna 1801 Paavali murhattiin ja valtaan noussut Aleksanteri I määräsi yliopiston sijoitettavaksi Tarttoon. Hän varmisti sille rahoituksen, joka oli riippuvainen ritarikuntien tuesta. Tarton yliopistosta tuli "Landesuniversität". Aateli painotti kyseessä olevan oppilaitoksen Viron- ja Liivinmaan ritarikuntien jäsenille, vaikkakin opistoon oltiin valmiita ottamaan myös ulkomaalaisia aatelisia. Yliopisto avattiin keväällä vuonna 1802.
Aluksi yliopistossa oli seitsemän professoria ja 19 ylioppilasta. Professoreita ei miellyttänyt riippuvuussuhde ritarikunnista ja vararehtori Georg Friedrich Parrot onnistuikin saamaan Aleksanterin muuttamaan mieltään ja allekirjoittamaan uuden perustamiskirjan, jolla yliopisto siirrettiin kansainvalistusministeriön alaisuuteen. Vuoden 1802 yliopisto perustettiin uudelleen keisarillisena valtakunnanyliopistona "Kaiserliche Universität zu Dorpat". Pian perustamisen jälkeen valmistuivat Johan Wilhelm von Krausen suunnittelemat yliopistorakennukset. Uudelleen perustetussa yliopistossa oli jälleen neljä tiedekuntaa, teologinen, filosofinen, oikeustieteellinen ja lääketieteellinen. Oppilaita oli ensimmäisellä viisivuotiskaudella 118 ja vuonna 1809 jo 193. Enemmistö oppilaista oli liivinmaalaisia ja vähemmistö tuli Kuurin- ja Vironmaalta. 1810-luvulla opiskelijoista vain kymmenen oli virolaisia. Maaorjat saivat kirjautua yliopistoon vain kartanoherran suostumuksella. Alkuvaiheen tunnettuja oppilaita olivat muun muassa Benjamin Jäsche, Karl Friedrich Burdach ja Ferninand Giesen.
Tarton yliopiston toiminta vaikeutui Nikolai I:n valtakaudella. Tarttoa pyrittiin sitomaan lähemmin venäläisiin kouluihin ja opetuskieleksi aiottiin ottaa asteittain venäjän kieli. Venäläistämistä ajoi voimakkaasti kansanvalistusministeri Sergei Uvarov. Hänen vaikutuksestaan Nikolai antoi muun muassa määräyksen, jonka mukaan kaikkien professorien tuli osata venäjää. Uvarov joutui kuitenkin perääntymään suunnitelmistaan ritarikuntien voimakkaan vastustuksen takia. 1840-luvulla yhteenotot hallitusvallan ja yliopiston välillä johtivat useiden professorien erottamiseen ja eroamiseen. Vuoden 1848 eurooppalaisen vallankumousliikehdinnän takia yliopiston rehtori määrättiin valvomaan professorien luentoja. Vuodesta 1850 kansainvalistusministeri nimitti suoraan yliopiston rehtorin, eikä tämän tarvinnut olla professori. Aleksanteri II:n vapaamielisempi hallinto helpotti alkuun Tarton yliopiston toimintaa. Vuonna 1865 laadittiin uusi perustuskirja, jonka mukaan yliopisto saisi valita rehtorin itsenäisesti. Tilanne muuttui vuonna 1866 kun kansanvalitusministeriksi tuli Dmitri Tolstoi. Venäläistämispolitiikka ja valvonta voimistuivat ja Aleksanteri III:n valtaantulo merkitsi näiden toimien kiihtymistä entisestään. Vuonna 1884 Venäjän yliopistojen autonomia lakkautettiin, mutta Tarton yliopisto menetti itsehallintonsa vasta 1889. Vuonna 1892 Tarton yliopiston pöytäkirjakieleksi tuli yksinomaan venäjä. Vuonna 1893 yliopiston nimi muutettiin Tarton uuden nimen mukaan Jurjevin yliopistoksi. Vuodesta 1894 oppilaiden tuli siirtyä venäläisten univormujen käyttöön. Professorikunta venäläistyi: vuonna 1889 saksalaisia oli 86,9 % professoreista, mutta vuonna 1900 enää 19,4 %, kun taas venäläisiä oli 75,5 %. Yliopiston tieteellinen taso heikkeni Saksan tiedemaailman yhteyksien katketessa. 1890-luvun alusta lähtien professorien enemmistö tuli Moskovan ja Pietarin yliopistoista.