Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Katolisen kirkon historia
Uskonpuhdistusta seuraavaa vuosisataa Euroopassa leimasivat uskonsodat katolilaisten ja protestanttien välillä. Uskonpuhdistuksen levitessä syntyi myös avointa väkivaltaa protestanttien ja katolilaisten välillä, mistä esimerkkinä voidaan mainita Ranskan uskonsodat sekä 1600-luvun kolmikymmenvuotinen sota. Erimielisyydet purkautuivat paitsi sotina, myös verilöylyinä ja vainoina. Tunnetuimpiin niistä kuuluu Pärttylinyön verilöyly, jossa arvioidaan saaneen surmansa noin 30 000 ihmistä. Myös "Pariisin verihäinä" tunnettu verilöyly oli katolilaisten väkivaltaista mellakointia protestanttisia hugenotteja vastaan.