Bysantin valtakunta
Bysantin valtakunnan loppu koitti vuonna 1453. 2. huhtikuuta osmanien sulttaani Mehmed II aloitti Konstantinopolin piirityksen, jota kesti melkein kaksi kuukautta. Keisari lähetti avunpyyntöjä länteen, mutta apua ei tullut. Bysantin valtakunta kukistui lopullisesti 29. toukokuuta, kun osmanit valtasivat kaupungin rynnäköllä. Viimeinen keisari Konstantinos XI Palaiologos kaatui taistelussa turkkilaisia vastaan. Bysantin viimeinen eurooppalainen osa Morean despotaatti kukistui vuonna 1460 Mistran valtauksen myötä. Osmanit valtasivat valtakunnan viimeisetkin rippeet, kun Trebizondin keisarikunta kukistui vuonna 1461.
Kreeta
Rooman valtakunta hajosi vuonna 395 Länsi-Roomaksi ja Itä-Roomaksi eli Bysantiksi. Kreetasta tuli tällöin osa Bysanttia. Bysanttilaisella kaudella saarelle rakennettiin noin 70 kirkkoa.
Arabialainen merirosvojoukko Abu Hafs Omarin johdolla valtasi Kreetan vuonna 824. Merirosvot kehittivät saaresta orjamarkkina-alueen, merirosvojen tukikohdan sekä tuhosivat kirkkoja. Kreetalaiset kuitenkin onnistuivat säilyttämään ortodoksisen uskonsa. Bysantti yritti vallata takaisin Kreetan useaan otteeseen. Vuosina 911 ja 949 tehdyt takaisinvaltausyritykset epäonnistuivat. Merirosvot perustivat nykyisen Iraklionin kaupungin paikalle Rab-el-Khandakin, johon bysanttilainen sotapäällikkö Nikeforos Fokas joukkoineen rantautui vuonna 961 ja voitti merirosvot. Näin Kreeta kuului jälleen Bysantille. Takaisinvalloituksen jälkeen Nikeforos tuotti saarelle Manner-Kreikasta ja Konstantinopolista väkeä. Hiljalleen hyvinvointi palautui saarelle.