Talonpoikaissota
Leviävä uskonpuhdistusliike aikaansai myös laajaa levottomuutta Saksalais-roomalaisen keisarikunnan alueen talonpoikien keskuudessa. Talonpoikien liikehdintä oli merkittävää varsinkin siinä mielessä, että he muodostivat valtakunnan väestöstä kolme neljäsosaa. Jo aiemmin feodaaliruhtinaat olivat pyrkineet hallitsemiensa alueiden yhtenäistämiseen, mikä oli rajoittanut talonpoikien oikeuksia. Kapinointia ja liikehdintää oli nähtävillä paikallistasolla jo 1300-luvulla, mutta uskonpuhdistus ja Lutherin ajatukset kristityn vapaudesta toivat niihin uusia sävyjä. Vuosina 1524-1525 syntyi laajamittaista liikehdintää, joka sai pian vallankumouksellisia piirteitä. Liikehdintään liittyi myös aateliston ja porvariston edustajia.
Uskonpuhdistus
Zwingli piti kirkossa tapahtuvia muutoksia liian hitaina. Vuonna 1523 käydyn keskustelun seurauksena Zürichin kaupungin raati salli Zwinglin ja muiden pappien jatkaa saarnaamista, minkä lisäksi se itse alkoi panna toimeen uudistuksia. 1520-luvun puolivaiheilla kirkkojen pyhäinjäännökset ja kuvat kiellettiin, luostarilaitostoiminta lopetettiin, samoin latinankielinen messu. Vieläkin radikaalimpia toimia vaatineet erosivat uudesta yhteisöstä ja perustivat "kasteenuusijoiden" yhteisöjä. Nuo uudet liikkeet korostivat aikuiskastetta ja suhtautuivat kielteisesti myös maalliseen esivaltaan. Syntyneet ryhmät eivät olleet yhtenäisiä, ja niiden opit erosivat toisistaan huomattavasti. Yleisesti kasteenuusijat kieltäytyivät aseiden käytöstä, mutta oli myös poikkeuksia: melchiorilaisiksi kutsuttu ryhmä muun muassa valtasi aseellisesti Münsterin. Kaupunki kuitenkin vallattiin takaisin, ja sen johtajisto kidutettiin hengiltä. Muutenkaan kasteenuusijat eivät olleet yleisesti kovin arvostettuja, ja heitä vainottiin esivaltaan kohdistuvan tottelemattomuuden tähden. Näistä liikkeistä kehittyi myöhemmin vapaakirkollisia suuntauksia.