Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Vladimir Putin
Marraskuussa 2000 Putin uudisti Venäjän sotilasjohtoa ja vaihtoi puolustusministerikseen Sergei Ivanovin, jonka näkemykset olivat samat kuin presidentillä. Putin järjesteli Venäjän parlamentin ylähuoneen uudelleen niin että siitä tuli Putinin lojalistien miehittämä. Hän loi uusia puolueita, jotka olivat käytännössä riippuvaisia Kremlistä ja allekirjoitti uuden vaalilain, joka käytännössä karsi puolueiden lukumäärää. Presidentin tukema Yhtenäisyys-puolue vahvistui kun se liitettiin toiseen puolueeseen ja sai nimekseen Yhtenäinen Venäjä. Kommunistit syrjäytettiin parlamentin valiokuntapaikoilta.
Ulkopolitiikassaan Putin panosti vahvasti henkilökohtaiseen suhteeseen Yhdysvaltain presidentti George W. Bushin kanssa ja alkoi opiskella englantia päivittäin. Yhdysvallat kuitenkin vetäytyi Putinille tärkeästä, ohjuspuolustukseen liittyvästä ABM-sopimuksesta Putinin vastalauseista huolimatta. Kun Yhdysvallat joutui terrorihyökkäysten kohteeksi 11. syyskuuta 2001, Putin asettui voimakkaasti tukemaan Yhdysvaltain vastatoimia niin sanotussa terrorisminvastaisessa sodassa. Näin Putin saavutti Yhdysvaltain johdon luottamuksen, joka ei murentunut, vaikka hän asettui vastustamaan Yhdysvaltain ja sen liittolaisten hyökkäystä Irakiin. Bushin mukaan Putin ei pitänyt Irakia uhkana eikä halunnut vaarantaa Venäjän tuottoisia öljysopimuksia Irakin kanssa. Sodan seurauksena Putin alkoi suhtautua Yhdysvaltain hegemoniaan aiempaa kriittisemmin.