Ruandan sisällissota (1990–1994)
Sisällissodassa oli vastakkain Ruandan kaksi suurinta etnistä ryhmää, tutsit ja hutut. Konfliktin juuret olivat Belgian siirtomaakaudella, jolloin belgialaiset suosivat tutseja, jotka olivat hutuja rikkaampia ja paremmin koulutettuja. Hutut olivat kuitenkin enemmistö Ruandassa ja ottivat vallan itselleen sisällissodassa, joka käytiin vuosina 1959–1961. Ruanda itsenäistyi sisällissodan jälkeen 1. heinäkuuta 1962. Sisällissodan vuoksi monet tutsit pakenivat Ugandaan, jossa he asuivat seuraavat kolmekymmentä vuotta.
Ruandan kansanmurha
Berliinin muurin kaatumisen aikoihin Ruandan nouseva oppositio, joka oli vahvistunut maan 1980-luvun taloudellisten ongelmien seurauksena, alkoi lobata länsivaltoja vaatimaan demokraattisia uudistuksia vastapainoksi kehitysyhteistyörahoille, jotka muodostivat jo 60 prosenttia valtion budjetista. Pitkällisten neuvottelujen päätteeksi ja keskusteltuaan asiasta päätukijansa Ranskan presidentin François Mitterrandin kanssa Habyarimana yllättäen ilmoitti vuonna 1990, että maahan oli aika luoda monipuoluejärjestelmä. Habyarimanan päätukijoukko, varakkaat ja vaikutusvaltaiset hutujohtajat maan pohjoisosasta eli "akazu" (pieni huone) kuitenkin vastusti muutosta. Samalla kun Habyarimana julkisesti julisti uutta avoimuutta, "akazun" organisoima valtioterrori maassa tiivistyi "akazun" pyrkiessä varmistamaan asemansa ja tuhoamaan maassa orastavan opposition. Tilanne kärjistyi lopulta 1. lokakuuta, kun enimmäkseen Ugandaan paenneista tutsipakolaisista koostuva, Ruandan isänmaalliseksi rintamaksi (RPF) itseään nimittävä kapinallisryhmä ylitti Ugandan ja Ruandan välisen rajan.