FC St. Pauli
Vaikka jalkapallojoukkueen menestys on ollut vain kohtalaista, on seurasta tullut kultti-ilmiö ja sen ottelut vetävät paljon yleisöä. Seuran kannattajat tunnistaa merirosvolippusymboleista, vaikkei merirosvolippu olekaan seuran virallinen tunnus. Se kuvaa kuitenkin hyvin seuran punk-imagoa.
Seuran pahin vastustaja on vierasseura Hamburger SV, jonka kanssa St. Pauli on kilpaillut jo sadan vuoden ajan. HSV on Hampurin menestynein seura ja sillä on pieni uusnatsikannattajakunta, jonka kanssa St. Paulin faneilla on ollut yhteenottoja.
FC St. Pauli
Joukkueella on myös monia ystävyysseuroja ulkomailla. Näkyvin niistä on Celtic FC, jonka kanssa seuralla on paljon yhteyksiä. Syyksi tähän on arveltu sitä, että HSV:llä on ystävyysseurana Rangers F.C., joka on Celticin pahimpia kilpailijoita. Muita ystävyysseuroja ovat mm. ‪Ternana Calcio‬ (Terni, Italia), ‪Hapoel Tel Aviv FC‬ (Tel Aviv, Israel) ja ‪Bohemians 1905‬ (Praha, ‪Tšekki‬). Lisäksi "Ultrá Sankt Pauli"lla on ystävyyssuhde "Schickeria München"iin, ‪FC Bayern München‬in ultraryhmään.