Genotyyppi
Genotyyppi eli perimätyyppi on yksilön vanhemmiltaan perimien kaikkien geenimuotojen kokonaisuus. Sen sisältämä koodi vaikuttaa yksilön fenotyyppiin ratkaisevasti, mutta vaikutuksen aste vaihtelee suuresti ominaisuudesta riippuen. Ympäristön ja perimän vaikutuksesta yksilönkehitykseen ja ominaisuuksiin on kiistelty siitä lähtien, kuin genetiikka on ollut olemassa. Geenituotteen ilmentymistä organismissa kutsutaan ekspressioksi. Tietyn ominaisuuden suhteen (esimerkiksi hauislihaksen voima) geneettisen ekspression (esimerkiksi aktiinin, myosiinin ja troponiinin määrä sekä vaikkapa hermo-lihas-yksikön reseptorien signaalikaskadien toiminta tuossa lihaksessa) aste kyetään määrittämään ani harvoin, koska suurin osa ominaisuuksista on monigeenisiä. Näin ollen yleensä jonkin ominaisuuden riippuvuussuhteet yksilön genotyypistä esitetään lähinnä todennäköisyyksinä. Ihmisominaisuuksien kohdalla genetiikan ja ympäristön välistä suhdetta on pyritty selvittämään muun muassa klassisilla kaksostutkimuksilla. Termit genotyyppi ja fenotyyppi erotetaan toisistaan ainakin kahden syyn takia:
Sabino
Hevosen valkoisiin merkkeihin vaikuttava genetiikka on monimutkaista. Jotkin kantakirjat pyrkivät välttämään merkkejä ja toiset taas suosivat niitä; tämän vuoksi ennen hevosen genomin kartoittamista ja suvun varmistamisen mahdollisuutta DNA-testein luotiin erilaisia sääntöjä "kirjavien" ja "ei-kirjavien" väritysten erottamiseksi. Nämä säännöt eivät perustuneet tunnettujen valkokirjavuusgeenien toimintaan, eikä monissa rotujärjestöissä olla vielä perillä nykyaikaisesta perinnöllisyystietämyksestä. Kaksi genotyypiltään tietyn krijavuusgeenin kannalta identtistä hevosta saatetaan tunnistaa "yksiväriseksi" ja "kirjavaksi" riippuen näkyvän kuvioinnin laajuudesta. Hevosen valkoisuuden lopullinen määrä ei myöskään riipu pelkästään tunnetuista valkokirjavuusgeeneistä. Joidenkin tutkimusten mukaan esimerkiksi rautiailla on ei-rautiaita enemmän valkoista ja rautiasgeeniä piilossa kantavilla ei-rautiailla (genotyyppi "Ee") enemmän valkoista kuin niillä ei-rautiailla, jotka eivät kanna rautiasgeeniä (genotyyppi "EE"). Valkokirjavuusgeenit vaikuttavat myös toisiinsa ja tuottavat yleensä yhteisvaikutuksen.