Vladimir Putin
Presidentti Jeltsin suoritti hallinnossaan useita henkilövaihdoksia vuoden 1998 aikana. Toukokuussa 1998 Jeltsin siirsi Putinin presidentinhallinnon ensimmäiseksi apulaisjohtajaksi, jonka vastuulla olivat suhteet maan 89 alueeseen. Putin kertoi tiedotusvälineille aikovansa varmistaa Jeltsinin määräysten täytäntöönpanon alueellisella tasolla. Putin pysyi tässä toimessa vain 61 päivää, sillä Jeltsin nimitti hänet KGB:n tilalle perustetun tiedustelupalvelun FSB:n johtajaksi. Putin kieltäytyi Jeltsinin tarjoamasta kenraalin arvosta ja alkoi johtaa FSB:tä sen historian ensimmäisenä ja viimeisenä siviilijohtajana. Hän vähensi päämajan henkilöstöä kolmanneksella sekä lakkautti vanhentuneita osastoja ja perusti uusia. Uusiksi tiedustelutoiminnan alueiksi Putin otti levottomat muslimialueet, tietokoneturvallisuuden, teleliikenteen ja perustuslain puolustamisen.
Vladimir Putin
Pääministerikautensa alussa Putin sai vaativan tehtävän: Šamil Basajevin joukot olivat hyökänneet Tšetšeniasta naapuritasavallan puolelle Dagestaniin ja julistaneet sinne islamistisen valtion. Putin pyysi ja sai Jeltsiniltä ehdottoman vallan ohjata kaikkien turvallisuusministeriöiden toimintaa ja johtaa sotilasoperaatioita. Heti pääministeriksi nimittämistään seuranneena päivänä Putin antoi Venäjän sotilaskomentajille kaksi viikkoa aikaa palauttaa Dagestan valvontaansa. Venäjä aloitti hyökkäyksen muutaman päivän kuluessa. Virallisesti duuma nimitti Putinin pääministeriksi niukalla ääntenenemmistöllä 16. elokuuta. Viikkoa myöhemmin Basajevin taistelijat vetäytyivät. Seuraavina viikkoina Venäjällä tehtiin sarja kerrostalopommi-iskuja, joissa kuoli satoja ihmisiä.