Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavius uudella ajalla
Myöhemmin paavien valtavaatimukset lisääntyivät entisestään, ja esimerkiksi paavi Innocentius III esitti olevansa ”ihmistä suurempi, Jumalaa pienempi”. Paavi tulkitsi olevansa suoraan Kristuksen sijainen ja näin ollen kuninkaita korkeampi ja oikeutettu käskemään kaikkia. Myöhemmin paavinistuimelle noussut Bonifatius VIII taas vaati paaville täydellistä ylivaltaa perustellen vaatimustaan sillä, että ainoastaan Jumalalla oli oikeus tuomita paavi taikka vastustaa tätä. Bonifatius VIII esittikin, että "voidakseen pelastua jokaisen ihmisolennon on alistuttava Rooman paavin valtaan".