Vatikaanivaltio
Yksi esimerkki Pyhän istuimen suhteista toisiin valtioihin on Pyhän istuimen ja Kiinan väliset suhteet, jotka ovat viime aikoina viilentyneet. Syynä on kiista oikeudesta nimittää piispoja. Vatikaanivaltio ja paavi pitävät oikeutenaan nimittää tai vähintäänkin hyväksyä uusien piispojen nimitykset, mutta Kiinan hallitus pitää tätä sen sisäisiin asioihin puuttumisena. Viime aikoina Kiina onkin nimittänyt muutaman piispan ilman paavin hyväksyntää. Kiinan ja Vatikaanin välejä on myös hiertänyt kysymys Taiwanista. Kiinan kansantasavallan kommunistihallitus onkin arvostellut paavia ja Pyhää istuinta diplomaattisuhteista Taiwaniin. Vuonna 1999 Kiinan hallitus esti paavin vierailun Hongkongissa juuri Taiwaniin solmittujen diplomaattisuhteiden vuoksi.
Paavi
Vielä 1900-luvun alkupuoliskolla paavien moraalista vaikutusvaltaa väheksyttiin, mistä kertoo esimerkiksi Josif Stalinin vuonna 1935 esittämäksi väitetty kysymys Ranskan ulkoministerille Pierre Lavalille: ”Montako divisioonaa paavilla on?” Muutamaa vuosikymmentä myöhemmin Johannes Paavali II vaikutti ratkaisevasti kommunismin kaatumiseen Puolassa, minkä vuoksi hänet noteerattiin Neuvostoliitossa selvänä uhkana. Italian poliisin selvityksen mukaan juuri KGB oli turkkilaisen Mehmet Ali Ağcan vuonna 1981 tekemän Johannes Paavali II:n murhayrityksen takana.