Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Langues tokhariennes
Une des caractéristiques majeures du tokharien est l'inexistence des occlusives sonores et aspirées : les trois séries d'occlusives "g", "d", "b" ; "gh", "dh", "bh" et "kh", "th", "ph" de l'indo-européen commun, langue mère de toutes les langues indo-européennes, ont été réduites à la seule série "k", "t", "p". Les Tokhariens ne pouvaient donc pas prononcer correctement le nom de "Bouddha" : ils disaient "Poutta". Ils ont créé une voyelle, transcrite par la lettre "ä", qui était assez proche du "i". Les mots tokhariens ont été raccourcis : « cheval » se dit *"ekwos" en indo-européen commun, "yakwe" en koutchéen et "yuk" en agnéen. Le phénomène est plus prononcé en agnéen qu'en koutchéen, ce dernier ayant évolué plus lentement que la première. Cette caractéristique typologique innovante du tokharien est considérée comme une forte indication d'une influence ouralienne.