Furie iconoclaste
Durant cette période, la Réforme atteint les Pays-Bas. Chez les riches marchands d'Anvers, le protestantisme trouve écho face aux pratiques luthériennes des marchands allemands hanséatiques, peut-être en partie pour des raisons économiques. La propagation du protestantisme dans cette ville s'appuie sur la fondation en 1514 du cloître augustin dans le quartier de St. Andries. Luther, augustin lui-même, enseigna à certains de ses moines, et ses écrits sont publiés en 1518. Les premiers martyrs luthériens sont d'ailleurs d'Anvers. La Réforme aux Pays-Bas espagnols concerne donc la superposition de plusieurs vagues de réformes : l'arrivée des luthériens, suivie par un fort militantisme anabaptiste, puis celui des mennonites, et enfin le protestantisme de Calvin. Chacun de ces mouvements a son existence propre en parallèle de celle des autres.
Histoire de Caen
À partir des années 1530, des troubles religieux commencent à toucher la ville. En 1531, 16 religieuses de l'abbaye aux Dames quittent l'abbaye ; 12 rentrent dans leur terre et 4 partent à Genève. En 1539, l'inquisition de Bayeux fournit à Laurentin des notaires et des avocats afin de mener les procès contre les hérésies constatées à Caen. L'année suivante, deux conseillers royaux – Le Sueur et Petremol – sont envoyés à plusieurs reprises à Caen pour constater l'avancée de la Réforme protestante ; ils blâment la négligence des officiers séculiers et ecclésiastiques et leur enjoignent plus de rigueur et de fermeté pour le maintien des valeurs catholiques. En 1542, le parlement de Normandie envoie des commissaires dans les sept grands bailliages de son ressort ; à Caen, Le Georgelier du Bois et l'avocat général Péricard constatent que le protestantisme s'est encore développé dans la ville et ses alentours. En 1557, un prédicateur en provenance de Genève arrive au Havre et commence à distribuer dans toute la Normandie des pamphlets anti-catholiques. En 1558, deux régents de l'Université – Vincent le Bas et Pierre Pinson – fondent l'église protestante de Caen. Les deux régents, rejoints rapidement par un Flamand dénommé Cousin, prêchent au Tripot et dans un local de la rue Guilbert. En 1559, le parlement de Normandie dépêche à nouveau des commissaires dans les bailliages normands ; à Caen, Georges du Bois et l'avocat du roi Damours constatent que les protestants sont très nombreux et beaucoup plus audacieux qu'en 1542 puisque les émissaires doivent quitter la ville après avoir échappé à une attaque d'une troupe de protestants. En 1561, la liberté de culte est en partie reconnue. Alors que l’ordonnance d’Orléans prévoyait que l'exercice du culte se ferait à l'extérieur des villes, les Protestants de Caen décident de continuer à prêcher dans leurs locaux situés à l'intérieur des remparts de la ville. Lorsque les Protestants prennent le contrôle de la ville en , leur iconoclasme s'en prend, entre autres, aux tombeaux de Guillaume le Conquérant et de la reine Mathilde. Le service catholique est suspendu. Arrivé à Caen en , le chef du parti huguenot, l'amiral de Coligny, ordonne, avant son départ le , la démolition, « "afin d'avoir le profit qui se tireroit des plombs ont elle étoit couverte" », de l'Abbaye aux Hommes dont le chartrier est brûlé. En 1584, la peste fait à Caen. Le Parlement de Normandie et la Cour des Aides et la Chambre des Comptes sont dédoublés à Caen de à à la suite du soulèvement de Rouen contre le roi ; les parlementaires fidèles au roi se rendant à Caen. Dans ce contexte troublé, il est décidé en 1590 d'améliorer les défenses de la ville en construisant un ensemble de deux bastions reliées par une courtine. Les travaux de cet ensemble, dite des Tenailles, ne sont achevés qu'en 1620, alors que la paix est revenue.