Drapeau de la Moldavie
Lors de l'indépendance de 1991, les autorités moldaves reprennent les couleurs bleue-jaune-rouge verticales en y ajoutant cette fois les armoiries pour le distinguer de celui de la Roumanie. En 1995, lorsque l'ONU demande aux États de choisir parmi plusieurs nuances de bleu, la Roumanie opta pour un bleu cobalt proche de celui de la France mais différent du tricolore roumain originel au bleu plus clair, que la Moldavie conserva. De plus les dimensions du drapeau roumain sont de 2/3 alors que celles du moldave sont de 1/2. Il y a donc actuellement trois différences entre le pavillon de la Roumanie, et celui de la Moldavie : le bleu, la présence des armoiries et les proportions.
Drapeau de la République socialiste soviétique moldave
Le , le Congrès des Soviétiques de la RSSA de Moldavie approuve une nouvelle constitution, où un nouveau drapeau est décrit: « Art 112. Le drapeau d'État de la RSSA moldave est un drapeau de la République socialiste soviétique d'Ukraine, consistant en un drapeau rouge, dans lequel, le marteau et la faucille se situe dans le coin supérieur gauche, et en dessous duquel les lettres URSS en Ukrainien et en Moldave sont inscrites. En dessous de cette inscription, est noté dans une typographie plus petite « RSSA moldave » en Ukraine et en Moldave. » Le texte en Moldave est alors écrit dans l'alphabet latin.