Police de sécurité lituanienne
Pendant les premières semaines de l'occupation allemande, l'unité s'est concentré sur la persécution des communistes, quelle que soit leur nationalité. À cette époque, les Juifs n'étaient persécutés que s'ils participaient à des activités communistes. Au fil du temps, les furent persécutés en raison de leur appartenance ethnique : les ciblés étaient les Juifs ou , leurs partisans, les évadés des ghettos, ou les auteurs de violations des lois raciales nazies.
Partisans juifs
Cependant, comme le réseau de l'Occupation grignotait lentement la résistance et spécialement avec la capture et l'emprisonnement de grandes communautés et de groupes ethniques considérés comme hostiles aux nazis, comme les Juifs, dans des camps de concentration, les Juifs partisans furent durement contraints de survivre. Plus tard, les représailles furent brutales utilisant les lois de la guerre contre les combattants illégaux dans la plus grande rigueur. Des Châtiments collectifs contre ceux qui les aidaient et les ghettos dont les partisans s'étaient échappés eurent pour résultat l’exécution de centaines de milliers de Juifs (hommes, femmes et enfants) avant la Solution finale. En effet, les mesures allemandes typiques, à l'exception des châtiments qui étaient l'apanage des alliés de l'Axe, furent abandonnés dans l'est où les actions anti-partisans ("aktions") furent systématiquement utilisées pour les exterminations de Juifs. Comme la plupart des communautés rurales en Europe de l'est avaient été mises dans des ghettos ou des camps de concentration en 1942, les partisans juifs perdirent peu à peu leur soutien civil si important pour leur lutte. En Union soviétique, la majorité des communautés juives à l'intérieur de la zone de résidence sous l'occupation nazie furent rapidement abandonnées car les habitants fuyaient les troupes de l'Axe. Ceux qui restaient et survivaient aux raids de l'Axe étaient le plus souvent détruits par les campagnes suivantes de contre-guérilla ou dans les feux croisés de la guerre conventionnelles entre les Soviétiques et l'Axe. Cependant, il restait des villageois non-juifs, mais du fait de l'extension de l'anti-communisme, de l'anti-sémitisme et au-dessus de tout de la peur des représailles, les partisans juifs étaient souvent seuls.