Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Lucques
Le 21 juillet 1542, le pape Paul III par la bulle "Licet ab initio" créa la congrégation du Saint-Office (l’Inquisition), destinée à lutter contre l’hérésie. Le cardinal lucquois Guidiccioni, membre du Saint-Office accusa le gouvernement et le clergé de faciliter la propagation de l’hérésie et quatre admonestations furent adressées au gouvernement. La menace d’une action directe de l’Inquisition amena la République à prendre des mesures d’autant plus urgentes que couraient des rumeurs sur un accord entre l’empereur et Cosme de Médicis sur l’annexion de Lucques par le duché de Toscane.