Conservation des populations animales et végétales
La plus simple est celle de Lincoln-Petersen, qui consiste en une première capture, un marquage des individus capturés, un relâcher de ces individus, puis une seconde occasion de capture (re-capture) après un certain laps de temps (nécessaire pour que la population s’homogénéise, mais pas trop long pour minimiser les évènements de mortalité qui faussent le résultat). Cette méthode permet d'estimer l'abondance des individus d'une population, mais pas des taux de survie.
Marquage-recapture pour la conservation des populations
La méthode de CMR, en estimant l'abondance et de la survie d'une population, peut être utilisée pour comprendre les fluctuations de cette population et ainsi mettre en place, si besoin, un plan de conservation adapté. Il existe de nombreuses circonstances dans laquelle elle est nécessaire, en voici quelques applications et exemples dans les menaces principales exercées sur la biodiversité :  En définitive, cette dynamique permet de préciser si une espèce est en croissance ou en déclin, ce qui en fonction des cas permettra de déterminer quelle stratégie de conservation adopter. Cette stratégie dépend de l'espèce considérée et notamment de son statut (en danger d'extinction ou au contraire invasive).