Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Momies du Tarim
Si le peuple des momies était bien de langue pré-tokharienne, ce qui est le plus plausible, il ne peut descendre de la culture d'Afanasievo, qui était probablement de langue iranienne, avec une culture matérielle assez spécifique. Bien qu'il n'y ait pas de preuve définitive, il y a par contre « quelque consistance [dans] l'idée, défendue par James Mallory, que les Arśi-Kuči [donc le peuple des momies] sont issus de la culture sibérienne d'Afanasievo, et se sont installés dans la région du Tarim bien avant que ne commence l'expansion vers l'Asie, en provenance des mêmes régions européennes, des locuteurs des langues indo-iraniennes ». Ainsi, « K. Jettmar remarque... que l'on peut rapprocher les tombes de Gumugou [une nécropole de plus de 40 tombes à de Loulan, dans le Tarim] de celles d'Afanasevo ». Mais Hervé Beaumont remarque également que ce lien est relativement ponctuel et que les traces de la culture d'Afanasevo les plus nombreuses sont au nord du Tarim et sont très rares à l'intérieur: