Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Massacres et violations des droits de l'homme en république démocratique du Congo entre 1994 et 2003
Pour certains, comme l'ancien ministre de la Défense du Président Mobutu, ainsi que les proches de l'ancien gouvernement rwandais, le génocide des Tutsi au Rwanda apparaît comme le premier acte d’une dynamique de déstabilisation de l’Afrique centrale, qu'on soupçonne planifiée, afin d’aboutir à une reconfiguration du tracé des frontières issu initialement de la Conférence de Berlin de 1885.