Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Rwanda
En 1996, pour venir à bout des génocidaires repliés au Zaïre, le Rwanda, allié à l'Ouganda et aux rebelles de l'est du Zaïre, envahit le Zaïre et aide le front rebelle dirigé par Laurent-Désiré Kabila, qui renverse en mai 1997 le président du Zaïre Mobutu Sese Seko.