Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Complainte de Troyes
Darmesteter déduit, du fait qu'un Franciscain assiste à l'exécution et requiert le rabbin Isaac de se convertir au christianisme, que le tribunal est ecclésiastique, et que par conséquent c'est l'Inquisition. Dans toutes les condamnations à mort, il y avait un ecclésiastique chargé d'amender et de convertir le condamné, quelle que soit la cause. L'organisation judiciaire du temps, la mention des diligences et des gages du bailli et d'autres officiers, les peines de confiscation et d'abattement de maison qui sont mentionnées dans le registre des comptes du roi, et surtout l'évocation des "Grands jours de Troie" indiquent que la cause, la procédure et le tribunal sont incontestablement royaux. En tant qu'étrangers privilégiés, les Juifs dépendaient toujours des juridictions royales et jamais des juridictions locales. À défaut de preuve d'un abus de pouvoir d'un tribunal ecclésiastique pour condamner des juifs, la note additionnelle de Darmesteter indique les mobiles possibles compte tenu de la situation de fort endettement des ordres religieux à l'égard des juifs en Champagne à cette époque.