Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Relations entre l'Église catholique et les sciences
L'Église elle-même rejette aussi la notion de conflit inné. Le premier concile du Vatican (1869/70) déclara que « la foi et la raison s'aident mutuellement l'une et l'autre ». La "Catholic Encyclopedia" de 1912 établit que « les conflits entre la science et l’Église ne sont pas réels » et déclare que les croyances en un tel conflit sont basées sur de mauvaises assomptions. Le pape Jean-Paul II a résumé la vision catholique de ces relations entre la foi et la raison dans l’encyclique "Fides et Ratio", en disant que la « foi et la raison sont comme deux ailes sur lesquelles l'esprit humain s'élève pour contempler la vérité ; et Dieu a placé dans le cœur humain un désir de savoir la vérité – en un mot, se connaitre soi-même – afin que, en connaissant et en aimant Dieu, les hommes et les femmes puissent connaître toute la vérité sur eux-mêmes ».