Graine de soja
Les graines de soja contiennent divers types de protéines : une petite minorité (10 %), extraites à l'eau, sont des albumines et une grosse majorité (90 %), extraites en solution de sels dilués, sont des globulines. Par ultracentrifugation, on peut séparer les différentes protéines en quatre fractions selon leur coefficient de sédimentation (exprimé en unité Svedberg S): les albumines, au faible poids moléculaire, ont un coefficient de sédimentation d'environ 2S et les globulines ont un coefficient de sédimentation pour la majorité autour de 7S et 10-12S. La fraction 2S contient des inhibiteurs de la trypsine, le cytochrome C et α-conglycinine. La fraction 7S contient majoritairement de la β-conglycinine, des lipoxygénases, de l'α-amylase, des lectines (hémagglutinines). La glycinine et la β-conglycinine sont les protéines les plus importantes de la graine de soja. "Ce sont ces protéines globulaires qui ont la faculté remarquable de s'agréger sous l'effet d'un traitement particulier pour former un gel et ainsi de fabriquer du tofu à partir de jus de soja."  Les protéines de soja fournissent tous les acides aminés essentiels. Elles ont des teneurs élevées en lysine, un acide aminé limitant dans la plupart des céréales, et donc indispensable à la croissance des animaux. La lysine facilite la synthèse des protéines et l’assimilation des autres acides aminés. Par son apport en lysine, le soja est complémentaire des céréales qui en sont déficitaires. Les protéines de soja ont cependant des teneurs assez faibles en cystéine et méthionine, deux acides aminés soufrés, qui peuvent réduire la synthèse de nouvelles protéines corporelles sans apport d’une alimentation variée. En alimentation infantile, des formules à base de protéines de soja supplémentées en méthionine sont proposées aux enfants intolérants au lactose ou allergiques aux protéines de lait. Les protéines de soja sont aussi responsables d’allergies. Le soja comme beaucoup de légumineuses contient des facteurs antinutritionnels comme les lectines et les inhibiteurs de protéases qui réduisent la digestibilité, rendant les graines crues impropres à la consommation humaine. La lectine est une glycoprotéine qui par sa capacité à se lier aux récepteurs des glycoprotéines sur les cellules épithéliales tapissant la muqueuse intestinale, inhibe la croissance en interférant avec l'absorption des nutriments. Lorsque ces graines sont fournies crues dans l’alimentation de la volaille et des porcs, elles peuvent causer des altérations histologiques de l’intestin grêle, interférer avec la digestion et l’absorption des nutriments et affecter la croissance des animaux. Le traitement thermique est la méthode la plus couramment utilisée pour réduire la quantité de facteurs antinutritionnels présents dans la graine de soja crue. Pour l’homme en général, nausées, ballonnements, vomissements, et diarrhée caractérisent la toxicité aiguë orale des lectines. Mais les lectines qui sont sensibles à la chaleur, ne sont présentes qu'à des niveaux résiduels dans les produits à base de soja, comme le lait de soja ou le tofu (lorsqu’ils sont produits selon les recettes traditionnelles comportant un long trempage et une longue cuisson). Les inhibiteurs trypsiques sont d’autres facteurs antinutritionnels qui ralentissent l’hydrolyse des protéines alimentaires par les enzymes pancréatiques (trypsine et chymotrypsine) et donc diminuent leur assimilation par l’organisme. Ils peuvent être éliminés par inactivation thermique ou par un processus de fermentation. Toutefois, ils ne doivent pas être bannis de l’alimentation car ils peuvent jouer un rôle favorable dans l’inhibition de certains processus de cancérogenèse.
Culturisme
Toutefois, la réparation et la croissance ne peuvent pas avoir lieu sans les « briques » biochimiques nécessaires, fournies par une alimentation de qualité. Les culturistes ont donc besoin d'un régime alimentaire extrêmement spécialisé :L'apport généralement conseillé en protéines est de 2 à 3 grammes par kilogramme de poids corporel pour aider le corps à récupérer et à se régénérer (au lieu de 0.8 à 1g par kilogramme pour un adulte sédentaire ou à l'activité sportive modérée). Ces protéines proviennent en priorité de sources de qualité et pauvres en lipides telles que : viande maigre de bœuf, blanc de poulet ou de dinde, chair de poissons, œufs (plus particulièrement le blanc d'œuf, le jaune étant évité ou consommé en quantité limitée – par exemple un jaune pour six blancs – en raison de sa teneur en lipides et cholestérol), lait et dérivés laitiers partiellement ou totalement dégraissés. Les protéines végétales peuvent être intéressantes, surtout si elles sont combinées pour compenser leurs carences respectives en certains acides aminés essentiels ; ainsi, l'association dans un même repas de céréales (blé, riz...) et de légumineuses (soja, lentilles, pois chiches...) permet d'obtenir un apport équilibré en acides aminés, et donc de diminuer l'apport en protéines animales, voire de s'en passer totalement dans le cadre d'un régime végétalien (même si cela complique encore une discipline déjà passablement fastidieuse sans cette restriction, quelques végétaliens stricts parviennent à atteindre un développement musculaire remarquable). Les poudres protéinées, qui sont le plus souvent à base de lait (le petit-lait ou lactosérum ou "whey protein" étant la forme la plus prisée en raison de sa haute valeur biologique et de sa rapidité d'assimilation, mais la caséine, absorbée plus lentement, peut être préférable avant le coucher, afin de limiter le catabolisme tout au long du sommeil), de blanc d'œuf ou de soja, permettent également de compléter l'apport et constituent un moyen pratique d'ajouter des collations riches en protéines sous forme de boissons de type "milk-shake", pouvant être avalées rapidement, notamment hors du domicile. Toutefois certains « puristes » préfèrent que leur apport protéique provienne exclusivement de la nourriture, plutôt que de suppléments de protéines en poudre.