Pourriture molle bactérienne
Grâce à des enzymes spécifiques, la plante est transformée en une bouillie liquide qui permet aux bactéries de consommer les nutriments cellulaires de la plante. La propagation de la maladie peut être provoquée par une simple interaction physique entre des tissus infectés et les tissus sains pendant le stockage ou le transport. Des insectes peuvent aussi propager la maladie. La lutte contre la maladie n'est pas toujours très efficace, mais on peut ralentir sa propagation et protéger les rendements par des pratiques sanitaires dans les phases de production, de stockage et de transformation.
Virus
Les bactériophages possèdent un rôle dans les écosystèmes. Par exemple, dans les écosystèmes aquatiques, ils participent au contrôle de l'abondance et de la diversité bactérienne. En principe spécifiques d'une espèce ou d'un groupe de phylums génétiquement proches, les virus ont tendance à infecter un type cellulaire ou tissulaire principal ou exclusif. Cependant, il existe de nombreux virus, comme la rage, qui sont moins spécifiques à un hôte par comparaison avec d'autres virus comme la maladie de Carré, le virus de l'immunodéficience féline ou la variole. Les virions se propagent principalement par contact direct entre individus, mais peuvent aussi diffuser dans l'air sous forme d'aérosols (éternuements), être charriés par des excrétions diverses (vomis, urines, selles, larmes…), ou encore transportés par d'éventuels arthropodes parasites (moustiques, tiques, puces…).