Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Shellcode
Dans ces deux cas, la technique est la même que précédemment : écrire un « décodeur » avec ces contraintes qui transforme (en mémoire) le véritable code malveillant encodé précédemment. L'écriture du cœur du code malveillant (on parle de "payload") est alors plus facile et indépendante du type de contraintes de la cible. Ainsi, il existe actuellement de véritables bibliothèques de construction de shellcodes permettant de l'assembler par type de fonction à réaliser et par contraintes (par "codeur" à intégrer).