Afrique
La taille du Sahara a considérablement varié au fil du temps, essentiellement du fait des conditions climatiques. À la fin de la glaciation qui a lieu aux alentours de , le Sahara était redevenu un territoire vert et fertile. On trouve, dans le Tassili n'Ajjer, des peintures rupestres, datant d'environ , représentant un Sahara fertile et largement peuplé. Plus tard, l'échauffement et l'assèchement du climat, vers 5000 , font que le Sahara devient de plus en plus chaud et hostile. À l'occasion d'une évolution qui dure jusqu'aux alentours de 3900 , le Sahara connaît une période de désertification. Une récession climatique importante se produit, entraînant une diminution des pluies en Afrique de l'est et du centre. Depuis cette époque, ce sont des conditions sèches qui prédominent en Afrique de l’Est. Le Sahara devient un . Cela réduit la quantité de terres propices au peuplement et provoque des migrations des communautés agricoles vers le climat plus tropical de l'Afrique de l'Ouest et vers la vallée du Nil, en dessous de la seconde cataracte, où s'établissent des implantations permanentes ou semi-permanentes. Cette émigration a permis l'émergence de sociétés complexes et hautement organisées durant le , comme en témoigne le site de Nabta Playa. Ce hiatus climatique est un obstacle à la circulation nord-sud ; Pierre Gourou parle de . La vallée du Nil devient le couloir privilégié de circulation et l'Égypte suit un processus de développement distinct du reste de l'Afrique.
Afrique du Nord
Au sud de l'Atlas se trouve l'étendue aride et désertique du désert du Sahara, le plus grand désert de sable au monde. Par endroits, le désert est coupé par des cours d'eau irréguliers appelés Oueds (ou wadis) qui ne s'écoulent qu'après les précipitations mais sont généralement secs. Les principaux reliefs du Sahara comprennent des ergs, de grandes mers de sable qui forment parfois d'immenses dunes ; la hammada, un plateau rocailleux plat sans sol ni sable ; et le reg, une surface plate constituée gravier ou de petites pierres. Le Sahara couvre la partie sud du Maroc, de l'Algérie et de la Tunisie, et la majeure partie de la Libye. Seules deux régions de la Libye sont en dehors du désert : la Tripolitaine au nord-ouest et la Cyrénaïque au nord-est. La plus grande partie de l'Égypte est également désertique, à l'exception du Nil et des terres irriguées le long de ses rives. La vallée du Nil forme un fil fertile étroit qui s'étend sur toute la longueur du pays.