Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Inquisition
En 1522, Charles Quint crée un poste d'Inquisiteur général des Pays-Bas, qui étaient alors en possession du roi d'Espagne, en y nommant François Vander Hulst, pour étendre son pouvoir impérial à travers cette institution et lutter plus efficacement contre les schismatiques. Cette Inquisition hollandaise, principalement au milieu du , réprima de manière particulièrement violente ce qui était considéré par l'Église catholique comme une hérésie. Les victimes de cette répression religieuse furent considérées comme des martyrs de la réforme, et la répression elle-même alimenta dans la population néerlandaise le rejet du régime espagnol, qui fut obtenu à la suite de près d'un siècle de troubles (guerre dite de Quatre-Vingts Ans, 1566-1648). L'indépendance de la Hollande se construisit ainsi sur un fond de lutte pour la liberté religieuse, contre l'Espagne catholique et son Inquisition.