Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Cryptologie
Toutes deux visent à assurer la confidentialité de l'information, mais la cryptographie à clef secrète nécessite au préalable la mise en commun entre les destinataires d'une certaine information : la clef (symétrique), nécessaire au chiffrement ainsi qu'au déchiffrement des messages. Dans le cadre de la cryptographie à clef publique, ce n'est plus nécessaire. En effet, les clefs sont alors différentes, ne peuvent se déduire l'une de l'autre, et servent à faire des opérations opposées, d'où l"'asymétrie" entre les opérations de chiffrement et de déchiffrement.