Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Inquisition
L'incursion de l'Inquisition dans le domaine du débat scientifique avec le procès de Galilée (1633) fut à l'origine de la réaction de Descartes et de sa philosophie mécaniste. La confusion entre vérités de foi et recherche d'un fondement scientifique posa un problème de méthode, qui reste actuel. La revendication d'une certaine autonomie par Galilée est à l'origine du principe d'autonomie de la science, qui s'oppose aux méthodes jugées arbitraires de l'Inquisition. Ce programme passe des loges anglaises, largement en symbiose avec l'Église d'Angleterre, et essaime en France, dans une élite intellectuelle qui commence à être déchristianisée. Les francs-maçons, qui étaient alors devenus des ennemis farouches de l'Église catholique et de l'Inquisition, surtout après leur première condamnation par le Pape en 1738, ont utilisé les descriptions les plus négatives de l'Inquisition pour illustrer les débats sur l'obscurantisme et la liberté.