Protéine à ancrage lipidique
On connaît trois principaux types de protéines à ancrage lipidique : les protéines prénylées, les protéines acylées et les protéines à ancrage glycosylphosphatidylinositol  (GPI).
Protéine à motifs PPR
Les protéines PPR sont très proches des protéines TPR (pour "tetratricopeptide repeat"), une autre famille de protéines présente chez les Eucaryotes et les Procaryotes. Ces protéines interagissent avec d’autres protéines et possèdent un motif dégénéré de ~ 34 acides aminés, similaire à celui des protéines PPR. La distinction entre ces deux familles de protéines a été réalisée en 2000 à la suite des travaux de Small et Peeters en se basant sur la différence de consensus des motifs et a permis de proposer une fonction différente en ce qui concerne leurs ligands.