Phytothérapie
En phytothérapie traditionnelle, les plantes peuvent être utilisées fraîches ou, beaucoup plus fréquemment, sèches. C'est en général une partie bien précise de la plante qui est employée, en conformité avec les préconisations des Pharmacopées (racine, feuille, fleurs), la composition chimique d'une plante étant rarement uniforme (voir : plantes médicinales). Ces parties de plantes, entières ou finement broyées dans un sachet-dose ("alias" infusette), sont utilisées pour l'obtention d'une tisane que l'on peut préparer par infusion (on verse de l'eau chaude sur la plante), par macération (la plante est laissée plus ou moins longtemps au contact de l'eau froide), ou par décoction (la plante est laissée plus ou moins longtemps au contact de l'eau portée à ébullition).
Endophyte
Des endophytes (ou les molécules qu'ils produisent) pourraient être utilisés en agriculture, sylviculture ou production de bio- ou agrocarburants.  Inoculer des plantes cultivées avec certains endophytes peut en effet améliorer la résistance ou résilience de ces plantes face à divers stress ou maladies ou parasites.  D'autres endophytes disposent d'enzymes capables de convertir la cellulose et d'autres sources de carbone, enzymes que certains aimeraient utiliser par exemple via le génie génétique ou d'autres manipulations (inoculations) par exemple pour produire un carburant "myco-diesel».  "Piriformospora indica" est un champignon endophyte de l'ordre Sebacinales semble pouvoir coloniser les racines et entretenir une relation symbiotique avec n'importe quelle plante terrestre. "P. indica" s'est aussi montré capable d'augmenter le rendement des récoltes et les défenses de plusieurs variété cultivées (d'orge, tomates, maïs, etc) contre certains des agents pathogènes des racines.