Ninja
Un autre terme, existe, et est, à l'origine, de l'argot qui signifie « femme », supposément venu des caractères , et (prononcé ku, no et ichi), qui forment les trois traits qui forment le kanji pour « femme » (). Une autre explication du terme "kunoichi" vient du fait que les humains mâles ont neuf trous ou fentes dans leurs corps (yeux, narines, bouche…) mais que les femmes en ont un "ichi" de plus (la vulve). De fait, l'entraînement des "kunoichi" s'axait pour beaucoup sur la manipulation et la séduction. Dans les fictions écrites à l'ère moderne, "kunoichi" signifie « ninja féminin », bien que l'existence de ninja féminin ne soit quasiment jamais référencée dans les écrits.
Honji suijaku
L'interprétation dominante de la relation Bouddha-kamis finit par être mise en cause par ce que les spécialistes modernes appellent le ou paradigme , une théologie qui renverse la théorie originale et donne la plus grande importance aux kamis. Les partisans de la théorie estiment que, tandis que ceux qui ont atteint la « bouddhéité » ont acquis l'éveil spirituel, un kami brille de sa propre lumière. La doctrine est d'abord développée une fois encore par les moines Tendai, et sa première formulation complète est attribuée à Jihen, moine lié au grand Ise-jingū, et qui est le plus actif vers 1340. Dans le premier fascicule du "Kuji hongi gengi", il fait valoir qu'à l'origine le Japon n'a que des kamis, et que c'est seulement plus tard que les Bouddhas prennent le relais. Il estime que cette raison explique la décadence des mœurs du pays, mais que bientôt apparaîtra un monde où domineront les kamis. Dans le cinquième fascicule de la même œuvre, il compare le Japon à une graine, la Chine à une branche et l'Inde à une fleur ou à un fruit. Tout comme les fleurs qui tombent reviennent aux racines, l'Inde revient à ses racines, les kamis sont les "honji" et les Bouddhas leurs manifestations. Yoshida Kanetomo est influencé par ces idées et les amène plus loin, opère une rupture nette avec le passé, devient le créateur du shinto Yoshida et porte le "honji suijaku" inversé à maturation.