Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Tokhariens
Les premiers Tokhariens peuvent probablement être identifiés avec la culture d'Afanasievo de la Sibérie du Sud et du Kazakhstan septentrional (environ 3200 - 2500 ans avant notre ère) et sont probablement entrés dans le bassin du Tarim vers 2000 avant notre ère. En dépit de leur localisation asiatique, Tokhariens et Indo-Iraniens ne montrent pas de relation étroite au sein des Indo-Européens : les premiers font partie du groupe "centum" comme les langues indo-européennes d'Europe occidentale, tandis que les seconds font partie du groupe "satem" d'Europe orientale, d'Asie occidentale et de l'Inde du Nord, et il en est de même sur le plan génétique. Une étude génétique publiée en 2019 portant sur des individus datant d'environ 2 200 ans et ayant été découverts sur le site Shirenzigou de l'âge du fer au nord-est du Xinjiang, montre que parmi les populations d'ascendance ouest-eurasienne, les populations de steppe liées à la culture Yamna ou d'Afanasievo sont la source la plus probable des individus étudiés.