Afrique
La taille du Sahara a considérablement varié au fil du temps, essentiellement du fait des conditions climatiques. À la fin de la glaciation qui a lieu aux alentours de , le Sahara était redevenu un territoire vert et fertile. On trouve, dans le Tassili n'Ajjer, des peintures rupestres, datant d'environ , représentant un Sahara fertile et largement peuplé. Plus tard, l'échauffement et l'assèchement du climat, vers 5000 , font que le Sahara devient de plus en plus chaud et hostile. À l'occasion d'une évolution qui dure jusqu'aux alentours de 3900 , le Sahara connaît une période de désertification. Une récession climatique importante se produit, entraînant une diminution des pluies en Afrique de l'est et du centre. Depuis cette époque, ce sont des conditions sèches qui prédominent en Afrique de l’Est. Le Sahara devient un . Cela réduit la quantité de terres propices au peuplement et provoque des migrations des communautés agricoles vers le climat plus tropical de l'Afrique de l'Ouest et vers la vallée du Nil, en dessous de la seconde cataracte, où s'établissent des implantations permanentes ou semi-permanentes. Cette émigration a permis l'émergence de sociétés complexes et hautement organisées durant le , comme en témoigne le site de Nabta Playa. Ce hiatus climatique est un obstacle à la circulation nord-sud ; Pierre Gourou parle de . La vallée du Nil devient le couloir privilégié de circulation et l'Égypte suit un processus de développement distinct du reste de l'Afrique.
Maghreb Permanent
L'écorégion du Maghreb permanent couvre une superficie de 950 180 kilomètres carrés, et s'étend sur les parties de l'Algérie, de la Mauritanie, du Maroc, de la Tunisie et du Sahara occidental. Elle occupe la région au climat méditerranéen de l'Afrique du Nord et se caractérise par des rivières et des ruisseaux qui coulent en surface toute l'année. L'écorégion est délimitée au nord par l'océan Atlantique et la mer Méditerranée, et au sud, par l'écorégion d'eau douce du Maghreb temporaire, qui couvre la partie nord du Sahara et se caractérise par des rivières et des ruisseaux à débit temporaire ou saisonnier. Le WWF divise l'écorégion en deux. L'Afrique du Nord-Ouest Atlantique se trouve dans le nord-ouest de l'Afrique, couvrant la plupart du Maroc et du Sahara occidental et des parties de la Mauritanie et de l'Algérie. L'écorégion couvre le complexe occidental des montagnes de l'Atlas, y compris l'Anti-Atlas à l'ouest, le Haut Atlas, le Moyen Atlas plus à l'est, et les montagnes du Rif le long de la côte méditerranéenne. Les rivières se jettent dans l'Atlantique, ou à l'intérieur des terres dans le Sahara. Les principaux cours d'eau qui se jettent dans l'Atlantique sont le Sebou, l'Oum Er-Rbia, le Tensift et le Sous.