Drapeau de la Moldavie
Lors de l'indépendance de 1991, les autorités moldaves reprennent les couleurs bleue-jaune-rouge verticales en y ajoutant cette fois les armoiries pour le distinguer de celui de la Roumanie. En 1995, lorsque l'ONU demande aux États de choisir parmi plusieurs nuances de bleu, la Roumanie opta pour un bleu cobalt proche de celui de la France mais différent du tricolore roumain originel au bleu plus clair, que la Moldavie conserva. De plus les dimensions du drapeau roumain sont de 2/3 alors que celles du moldave sont de 1/2. Il y a donc actuellement trois différences entre le pavillon de la Roumanie, et celui de la Moldavie : le bleu, la présence des armoiries et les proportions.
Mouvement unioniste en Moldavie et Roumanie
La politique de Mikhaïl Gorbatchev de Гласность ("glasnost" : transparence) et de Перестройка ("perestroïka" : réforme) se traduisit en Moldavie par l'émergence du mouvement « Deopotrivă/Равенсность » (égalité entre russophones et autochtones). Le Parlement de Chișinău déclare, en septembre 1989, le « moldave » langue officielle de la République à la place du russe et admet en même temps l'« identité linguistique moldo-roumaine ». Le , la Moldavie et la Roumanie ouvrent leur frontière commune (qui, à ce moment, est encore une frontière soviéto-roumaine), et des centaines de milliers de personnes très émues passent le Prut : c'est l'épisode du « pont de fleurs ».