Abbaye
Le cœur de l'abbaye est l'église. Tout autour se dressent les bâtiments nécessaires à la vie conventuelle : cloître, salle capitulaire, bibliothèque, parloir, chauffoir, dortoir, latrines, salle d'ablutions, réfectoire, cuisine, porterie, infirmerie, potager, brasserie, fromagerie, pressoir à vin, caves, magasins à provisions, boulangerie, buanderie, étables, écuries, soues, granges, locaux d'hébergement, viviers, ruchers, vergers, carrés d'herbes médicinales. Les particularités architecturales propres à quelques ordres religieux figurent à la section « Architecture" ».
Abbaye Saint-Pierre de Baume-les-Messieurs
Appelée « Baume-les-Moines » jusqu'au et dédiée à Saint-Pierre, l'institution sera longtemps prospère et constituera l'une des plus importantes abbayes de Franche-Comté avant de tomber en commende au et de décliner en se sécularisant au puis de disparaître à la Révolution. Les bâtiments conservés (église, résidence de l'abbé, maisons cononiales, cours avec fontaine…) datent de différentes périodes et témoignent d'une implantation monastique marquante dans un site typiquement jurassien de reculée.