Sélection naturelle
La diversité génétique dans une population d'individus a pour origine des modifications de l'information génétique dans l'ADN des cellules. Il s'agit : premièrement, de mutations ponctuelles dans la séquence d'ADN des gènes, ou de mutations plus importantes comme des réarrangements chromosomiques ; deuxièmement, de recombinaisons génétiques qui se produisent lors des transferts d'ADN des bactéries et lors de la reproduction sexuée des eucaryotes. On peut ajouter aux modifications du génome citées plus haut, une autre source de diversité génétique, soient les migrations par lesquelles le stock génétique dans une population donnée se voit renouvelé par l'arrivée d'autres membres de l'espèce porteuse d'un ensemble génétique différent.
Transdifférenciation
Ce phénomène peut être causé par plusieurs facteurs. Il est possible qu’il y ait eu tout simplement une mutation dans les gènes homéotiques. Cependant, il est aussi probable que l’environnement de la cellule ait une influence sur celles qui sont susceptibles à se transformer. En effet, lorsqu’un stress affecte une cellule, celle-ci pourrait pallier certaines contraintes en changeant de fonction afin de rendre l’organisme plus apte à surmonter la situation.