Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Cryptologie
Le pendant de cette confidentialité se trouve dans la cryptanalyse. Évidemment, depuis l'existence de ces codes secrets, on a cherché à les "casser", à comprendre les messages chiffrés bien que l'on n'en soit pas le destinataire légitime, autrement dit "décrypter". Si la cryptanalyse du système de César est aisée (un indice : les propriétés statistiques de la langue, en français, le "e" est la lettre la plus fréquente), des systèmes beaucoup plus résistants ont vu le jour. Certains ont résisté longtemps, celui de Vigenère ("Le traité des secrètes manières d'écrire" 1586) par exemple, n'ayant été cassé par Charles Babbage qu'au milieu du . D'autres, bien que n'ayant pas de "faille" exploitable, ne sont plus utilisés car ils sont à la portée des puissances de calcul modernes. C'est le cas du DES avec sa clef de 56 bits jugée trop courte car elle peut être trouvée par recherche exhaustive ("force brute").