Enzyme
Les enzymes jouent un rôle important dans l'appareil digestif humain, où des enzymes telles que les amylases et les peptidases interviennent en dégradant des biopolymères comme l'amidon et les protéines en petites molécules susceptibles d'être absorbées au niveau des intestins . Les macromolécules biologiques sont en effet trop grosses pour être absorbées directement, et ce sont leurs monomères qui sont absorbés. La digestion recouvre précisément ce processus de clivage des macromolécules en petites molécules. Des enzymes différentes sont nécessaires pour digérer des substances différentes. Chez les ruminants, qui sont herbivores, des microorganismes de l'intestin produisent une enzyme particulière, la cellulase, capable de cliver la cellulose de la paroi cellulaire des cellules végétales .
Protéine
Le rôle le plus visible des protéines dans la cellule est celui d'enzyme, c'est-à-dire de biomolécule catalysant des réactions chimiques. Les enzymes sont généralement très spécifiques et n'accélèrent qu'une ou quelques réactions chimiques. La très grande majorité des réactions chimiques du métabolisme sont réalisées par des enzymes. Outre le métabolisme, ces dernières interviennent également dans l'expression génétique, la réplication de l'ADN, la réparation de l'ADN, la transcription de l'ADN en ARN, et la traduction de l'ARN messager en protéines. Certaines enzymes agissent sur d'autres protéines pour y lier ou en cliver certains groupes fonctionnels et des résidus d'autres biomolécules, selon un processus appelé modification post-traductionnelle. Les enzymes catalysent plus de chimiques différentes. Comme tous les catalyseurs, elles ne modifient pas les équilibres chimiques mais accélèrent les réactions, parfois dans des proportions considérables ; ainsi, l'orotidine-5'-phosphate décarboxylase catalyse en quelques millisecondes une réaction qui prendrait sinon plusieurs millions d'années .