Police de sécurité lituanienne
Pendant les premières semaines de l'occupation allemande, l'unité s'est concentré sur la persécution des communistes, quelle que soit leur nationalité. À cette époque, les Juifs n'étaient persécutés que s'ils participaient à des activités communistes. Au fil du temps, les furent persécutés en raison de leur appartenance ethnique : les ciblés étaient les Juifs ou , leurs partisans, les évadés des ghettos, ou les auteurs de violations des lois raciales nazies.
Congrès juif mondial
Pendant la Guerre froide, les Juifs soviétiques étaient suspectés d'être des traîtres, des sympathisants de l'Occident ou des obstacles à la sécurité. Les dirigeants communistes ont fermé plusieurs organisations juives et ont décrété que le sionisme était un ennemi idéologique. Les synagogues étaient souvent placées sous surveillance policière, tant ouvertement que par le biais d'informateurs. À la suite des persécutions, l'antisémitisme, encouragé par l'état ou officieux, s'est profondément enraciné dans la société et est resté vivace pendant de nombreuses années. Lorsqu'ils décrivaient les événements politiques, les médias soviétiques qualifiaient parfois le nationalisme israélien de 'fasciste'. Les Juifs subissaient souvent des humiliations, telles que de ne pas être admis dans les universités, dans certaines professions ou à participer au gouvernement. De nombreux Juifs se sentaient obligés de cacher leur identité en changeant de nom.