Séparation des pouvoirs
Rejet de la séparation verticale des pouvoirs (voir "infra" Tocqueville : la séparation des pouvoirs sur différents niveaux territoriaux) : l'État est centralisé. Les autorités locales mettent en œuvre la politique du pouvoir central, par lequel elles sont étroitement contrôlées. Ces autorités ne sont pas indépendantes (ni décentralisation, ni fédéralisme), même s'il est possible qu'elles le soient en droit.
Congrégationalisme
Le système presbytérien synodal reprend pour l'essentiel la théologie congrégationaliste (voir ses fondements bibliques ci-après), mais l’Église locale, gouvernée par son conseil presbytéral, délègue ensuite une partie de ses pouvoirs à une fédération gouvernée par une assemblée appelée « synode », constitué de délégués élus par les différents conseils presbytéraux ; ce synode peut exercer de l’autorité sur des Églises locales. Le système presbytérien synodal est donc également une forme démocratique de gouvernement d'Église. C'est le système majoritairement adopté dans le protestantisme y compris l'anglicanisme.