Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Langues tokhariennes
Selon le linguiste Michaël Peyrot, le développement du système vocalique tokharien peut être très bien compris à la lumière d'un système vocalique sud-sibérien représenté aujourd'hui par la langue ienisienne Ket. Le profil typologique déviant de la branche tokharienne de l'indo-européen pourrait être dû à l'influence d'un substrat ouralien. Les contacts supposés sont probablement liés à la culture d'Afanasievo du sud de la Sibérie. Cette culture indo-européenne représente probablement une phase intermédiaire dans le mouvement des locuteurs du tokharien précoce depuis la patrie proto-indo-européenne de la steppe d'Europe de l'Est en direction du bassin du Tarim dans le nord-ouest de la Chine. Dans le même temps, le foyer d'origine proto-samoyédique doit être située dans la région d'Afanasievo ou à proximité. Une correspondance étroite entre les systèmes de voyelles pré-proto-tocharien et pré-proto-samoyédique est une forte indication que le langage ouralien de contact était une forme précoce de samoyédique.