Danso
Le joueur tient la flûte verticalement, avec un angle de 45° ou plus, des deux mains. La main gauche est au dessus de la flûte, son pouce opérant le trou du pouce et les deux premiers doigts les trous les plus hauts. Les deux trous restants sont manipulés par la main droite.
Quena
La quena a la particularité de ne posséder aucun système rigide de guidage du flux d'air sur le biseau, c'est donc au musicien de l'orienter et de le concentrer sur l'encoche de manière à produire le son désiré. C'est cette particularité qui offre au quéniste une liberté de jeu importante et produit le timbre propre à l'instrument, veloûté et riche en harmoniques. Sa prise en main est néanmoins réputée difficile pour un débutant et bien que la quena soit droite, son jeu est très différent de celui des flûtes à bec et se rapproche davantage de celui des flûtes traversières. Le modèle standard muni de sept trous mesure entre et , est accordé en sol et permet de jouer sur un registre de trois octaves avec une échelle chromatique. La variante plus longue, généralement accordée en ré, au son grave et "chaud", est appelée quenacho. À l'opposé, les modèles plus courts accordés du si au ré# produisent un son plus aigu et sont appelés quenali ou quenilla. Ces derniers se retrouvent traditionnellement plutôt dans les zones amazoniennes que dans les zones andines. C'est ainsi qu'en France, on retrouve le kapau yetpë pratiqué par les amérindiens de Guyane dont le son est plus aigu encore.