Danso
Le joueur tient la flûte verticalement, avec un angle de 45° ou plus, des deux mains. La main gauche est au dessus de la flûte, son pouce opérant le trou du pouce et les deux premiers doigts les trous les plus hauts. Les deux trous restants sont manipulés par la main droite.
Flûte traversière
Les doigtés du système Boehm reprennent la base de la gamme en ré de l'ancienne flûte (système simple), ne modifiant que ceux de 5 notes sur les 12 de la gamme chromatique : fa, fa# (doigtés de ces 2 notes inversés), si, siformula_1 et do. Ce choix a facilité l'adoption de la nouvelle flûte par les musiciens qui pratiquaient l'ancien système. La nouvelle flûte comporte des clés supplémentaires, clés de trilles actionnés par l'index et le majeur de la main droite, bouchant des trous plus petits situés au-delà de la main gauche. Ces clés facilitent l'exécution de certaines combinaisons (notamment certains trilles), l'émission de notes suraiguës et améliorent la justesse de celles-ci. Par ailleurs, les clés et plateaux du système Boehm sont en position ouverte par défaut (en l'absence d'action des doigts) pour une meilleure ventilation, à l'exception des clés de ré # et de sol # qui restent au même emplacement que sur l'ancien système et des deux clés suraiguës de trille.