Enzyme
Les enzymes jouent un rôle important dans l'appareil digestif humain, où des enzymes telles que les amylases et les peptidases interviennent en dégradant des biopolymères comme l'amidon et les protéines en petites molécules susceptibles d'être absorbées au niveau des intestins . Les macromolécules biologiques sont en effet trop grosses pour être absorbées directement, et ce sont leurs monomères qui sont absorbés. La digestion recouvre précisément ce processus de clivage des macromolécules en petites molécules. Des enzymes différentes sont nécessaires pour digérer des substances différentes. Chez les ruminants, qui sont herbivores, des microorganismes de l'intestin produisent une enzyme particulière, la cellulase, capable de cliver la cellulose de la paroi cellulaire des cellules végétales .
Microbiote intestinal humain
Les bactéries intestinales, en « digérant » certains médicaments, peuvent interférer avec certains traitements médicaux. Et comme le microbiote varie selon les individus, il affecte différemment l'efficacité de certains médicaments selon le patient. Ainsi, en , un article de la revue "Science" constate que deux bactéries de notre microbiote intestinal, "Enterococcus faecalis "et" Eggerthella lenta", dégradent l’essentiel du principal médicament utilisé contre la maladie de Parkinson, la Lévodopa "(L-dopa)", qui doit arriver au cerveau pour y être converti en dopamine. "E faecalis" transforme le médicament en dopamine trop tôt, dans l’intestin au lieu du cerveau ; même avec le Carbidopa (composé censé inhiber la réaction de transformation dans l’intestin), jusqu'à 56 % de la L-dopa ne parvient pas au cerveau, avec des variations selon les patients. Le gène et les enzymes bactériens responsables de cette biodégradaétion précoce du médicament ont été identifiés en 2019. Une nouvelle molécule (AFMT), mille fois plus efficace "in vitro" que le carbidopa, a pu être mise au point. De plus, il semble que "E. faecalis" convertisse le médicament en dopamine, puis que bactérie ("E lenta") convertisse cette dopamine "méta-tyramine" qui semble avoir des effets toxiques (troubles gastro-intestinaux graves et arythmies cardiaques).