Lagash
Après l'effondrement de la troisième dynastie d'Ur vers 2004, Lagash redevient brièvement indépendante sous les règnes de souverains reprenant le nom de certains de leurs illustres prédécesseurs, Ur-Ningirsu et Ur-Nanshe. Ce sont sans doute d'anciens dignitaires ayant profité de la chute de l'empire pour prendre leur autonomie, de la même manière que l'avaient fait les souverains de la seconde dynastie, mais avec moins de succès. La Basse-Mésopotamie est ensuite dominée par des souverains d'origine amorrite, dont les plus puissants sont ceux établis dans les cités d'Isin et de Larsa, durant la période dite d'Isin-Larsa (v. 2004-1792 ; c'est une subdivision de la plus vaste période paléo-babylonienne qui couvre la première moitié du ). Lagash est sans doute placée sous la coupe de la seconde, jusqu'à l'unification de la région par Hammurabi de Babylone vers 1765-1762.
Lagash
La période ultérieure, celle des dynasties archaïques (DA), est beaucoup mieux connue tant par l'archéologie que par les textes. Le temple du dieu local, Ningirsu (le « Seigneur de Girsu »), l’É-ninnu, est l'édifice le plus important du site, attesté par l'épigraphie dès l'époque d'Ur-Nanshe et restauré par plusieurs de ses successeurs. Son emplacement est manifestement sur le Tell A du site mais les niveaux de cette époque n'ont pas été fouillés. Le seul édifice à vocation cultuelle qui ait été fouillé pour cette période est la « Construction inférieure » du Tell K, une sorte de petite chapelle remontant peut-être au DA II. Un autre petit bâtiment mis au jour sur le même tell est la « Maison des Fruits », de fonction énigmatique. Les mises au jour d'objets d'art des périodes archaïques sont plus notables que les découvertes architecturales : reliefs perforés à vocation votive, Stèle des vautours d'E-anatum, vase en argent d'En-metena, etc. Les premiers textes historiques importants de l'histoire mésopotamienne remontent à ces périodes : la Stèle des vautours d'E-anatum encore, les cônes d'En-metena et d'Urukagina. Le règne de ce dernier marque la fin de l'ère des dynasties archaïques. De ces années-là datent la plupart des archives administratives documentant la vie économique et sociale du royaume de Lagash, dont environ tablettes des archives du temple de Ba'u (voir plus bas).