Sélection naturelle
La diversité génétique dans une population d'individus a pour origine des modifications de l'information génétique dans l'ADN des cellules. Il s'agit : premièrement, de mutations ponctuelles dans la séquence d'ADN des gènes, ou de mutations plus importantes comme des réarrangements chromosomiques ; deuxièmement, de recombinaisons génétiques qui se produisent lors des transferts d'ADN des bactéries et lors de la reproduction sexuée des eucaryotes. On peut ajouter aux modifications du génome citées plus haut, une autre source de diversité génétique, soient les migrations par lesquelles le stock génétique dans une population donnée se voit renouvelé par l'arrivée d'autres membres de l'espèce porteuse d'un ensemble génétique différent.
Auto-stop génétique
Si l’on imagine le cas d’un allèle mutateur fictif (M) qui entraînerait une augmentation des mutations alentour, avec (A) un allèle fixé, alors la présence de (M) pourrait engendrer la mutation de (A) en (A*), un allèle plus avantageux pour la sélection naturelle. L’individu porteur de ce chromosome modifié aura ainsi plus de chances de se reproduire et donc de transmettre son allèle (A*) modifié qui se répandra plus vite et augmentera sa fréquence d’apparition. De par sa proximité avec (A*), la fréquence de (M) augmentera de la même façon. Il est important de noter que cet auto-stop ne fonctionne que sur des allèles très proches : la recombinaison génétique ayant plus de chances de séparer (M) de (A*) quand la distance qui les sépare s’agrandit. Il en découle que les espèces asexuées sont plus avantagées par l’auto-stop du fait d’un brassage génétique moins important.