Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Repentance de l'Église catholique
En juin 2004, le cardinal Georges Cottier, théologien de la Maison Pontificale, a présenté le volume qui recueille les Actes du Symposium International sur l’Inquisition de 1998. L'Église ne souhaitait pas demander pardon de manière désordonnée. Le cardinal a ainsi déclaré : Le , le pape François a demandé pardon aux protestants italiens lors de sa visite du temple vaudois de Turin. Dans une lettre publiée le de la même année, le synode de l’Église vaudoise a fait une réponse circonstanciée dans une lettre ouverte adressée au pape, accueillant sa démarche avec « respect » et « émotion », saluant sa « volonté claire d’initier avec notre Église une histoire nouvelle », mais sans accepter formellement la demande de pardon car « cette nouvelle situation ne nous autorise pas à nous substituer à ceux qui ont payé de leur sang et avec d’autres souffrances leur témoignage à la foi évangélique, et à pardonner à leur place ». La presse italienne a interprété cette réponse comme un rejet, ce qui ne semble pas avoir été l'intention du synode vaudois.