Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Marranisme
À partir du , l’Espagne décida d’appliquer une politique plus répressive à l’égard des communautés juives et entama des campagnes de conversions forcées. Cette répression s'alourdit encore avec le développement de l’Inquisition, en particulier sous l'influence du premier Grand Inquisiteur, Tomás de Torquemada. Cette politique culmina avec le décret de l'Alhambra, le , qui donnait aux Juifs le choix entre la conversion et l’exil. Les conditions de l’exil étaient telles qu’elles les obligeaient, dans les faits, à abandonner presque tous leurs biens sur place, au profit de l’Inquisition espagnole et des autorités royales. Il existait déjà des marranes auparavant : des Juifs qui s’étaient convertis au catholicisme mais continuaient à pratiquer leur religion en secret, et qui furent d’ailleurs la cible principale de l’Inquisition. Mais à partir de cette date, tous les Juifs qui ne purent partir sans pour autant abandonner leur religion se virent contraints de devenir marranes ou crypto-juifs, c’est-à-dire « officiellement » catholiques mais judaïsants en secret. Toutefois, certains Juifs se convertirent volontairement afin de poursuivre leur carrière ou maintenir leurs positions sociales.