Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Histoire du Portugal
Cela n'arrêta pas les suspicions envers cette communauté. La crise venant, elle fut jugée responsable de tous les maux du pays. Un pogrom éclata même à Lisbonne en 1506. La monarchie finit par obtenir l'implantation de l'Inquisition. Celle-ci rendit la vie difficile à ces nouveaux chrétiens ne bénéficiant plus de la protection royale envers les juifs. La menace amena une pratique occulte du judaïsme alors que certains se réfugièrent en France ou en Hollande. Le pays perdit de nombreux intellectuels ainsi qu'une part de cette population, très impliquée dans les succès économiques du pays. L’Inquisition exagéra en permanence la menace que représentaient les juifs et les hérétiques, justifiant ainsi sa propre existence. Elle exacerba la haine populaire contre eux. Créée pour lutter contre la Réforme et les courants hérétiques, elle ne fut nulle part plus virulente qu'en Espagne, alors même que le pays était peu touché par le protestantisme. En vérité, elle ne fut introduite par le roi Jean (1520-1557), en 1531, que dans l'objectif de renforcer son autorité et de s'emparer des biens des prétendus hérétiques; c'est pourquoi, il insista pour obtenir la même indépendance que l'inquisition espagnole vis-à-vis du pape. Son action fut pourtant catastrophique dans le domaine culturel et scientifique (censure, autodafés…). Le pays tomba dans le fanatisme religieux. De nombreux indigènes furent aussi convertis de force.