Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Culture d'Afanasievo
Le caractère tout à la fois ancien, indo-européen et oriental de cette culture en fait un bon candidat au titre d'ancêtre des populations tokhariennes (ou Arśi-Kuči). Ces populations parlaient deux langues indo-européennes apparentées, dans le bassin du Tarim (ouest de la Chine), encore utilisées vers la fin du millénaire de notre ère. Ces populations semblaient descendre du « peuple des momies du Tarim », qui vivait déjà dans le Tarim depuis le début du millénaire avant notre ère. Bernard Sergent écrivait ainsi qu'il y a « quelque consistance [dans] l'idée, défendue par James Mallory, que les Arśi-Kuči sont issus de la culture sibérienne d'Afanasievo, et se sont installés dans la région du Tarim bien avant que ne commence l'expansion vers l'Asie, en provenance des mêmes régions européennes, des locuteurs des langues indo-iraniennes».