Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Écriture non déchiffrée
Au-delà de ces systèmes normés à grande échelle, il existe des ensembles de caractères utilisés par de petits comités. Parmi eux, l'alphabet des sorcières, utilisé jusqu'au pour coder rendez-vous, recettes et autres incantations par celles et ceux qui craignaient à la fois censure et espionnage. Cependant, on est parvenu à le déchiffrer sans mal, grâce à la trahison de certains de ses utilisateurs. Par contre, certains de ces systèmes de chiffrement demeurent totalement mystérieux, comme le manuscrit de Voynich.