Protéine à ancrage lipidique
On connaît trois principaux types de protéines à ancrage lipidique : les protéines prénylées, les protéines acylées et les protéines à ancrage glycosylphosphatidylinositol  (GPI).
Protéines AAA
Certaines classes de protéines AAA possèdent un domaine N-terminal non-ATPase qui est suivi de soit un, soit deux domaines AAA(D1 et D2). Chez certaines protéines ayant deux domaines AAA, les deux sont bien conservés au cours de l'évolution (comme dans le complexe Cdc48/p97). Chez les autres, c'est soit le domaine D2 (comme chez Pex1p et Pex6p), soit le domaine D1 (chez Sec18p/NSF) qui est mieux conservé au cours de l'évolution (mais pas les deux).