Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Histoire du Rwanda
Les forces génocidaires qui se sont repliées au Zaïre, anciennes FAR et milices interahamwe, se livrent à des infiltrations violentes dans le nord-ouest du Rwanda. En 1996, le Rwanda s'allie avec l'Ouganda et les rebelles de l'Est du Zaïre. Selon les opposants, le groupe d'expert de l'ONU chargé d'étudier cette question, des universitaires, l'ancien ministre congolais Honoré Ngbada Nzambo, Pierre Péan et Stephen Smith, l'argument sécuritaire n'est qu'un prétexte pour contrôler l'Est du Congo, où vivent les banyamulenge, congolais rwandophones, et dont une partie a été une province rwandaise avant la fixation des frontières, en 1896.