Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Signature de code
De nombreuses implémentations de signature de code utilisent une paire de clés, une clé publique et une clé privée, similaire au processus employé par SSL ou SSH. Par exemple, dans le cas de .NET, le développeur utilise une clé privée pour signer ses bibliothèques logicielles et ses fichiers exécutables chaque fois qu’il les modifie. Cette clé sera unique à un développeur ou un groupe de développeurs. Le développeur peut générer cette clé lui-même ou l’obtenir d'une autorité de certification de confiance.