Cryptographie
L'historien en cryptographie David Kahn considère l'humaniste Leon Battista Alberti comme le « père de la cryptographie occidentale », grâce à trois avancées significatives : « la plus ancienne théorie occidentale de cryptanalyse, l'invention de la substitution polyalphabétique, et l'invention du code de chiffrement ».
Manuscrit de Voynich
Vers 1618 un ami de Marci, Raphael Mnishovsky, qui s'intéressait à la cryptographie, avait, semble-t-il, mis au point une méthode de chiffrement prétendument inviolable. Ses connaissances dans ce domaine ont donc alimenté les soupçons à son sujet. Le manuscrit de Voynich aurait pu constituer une application du système de Mnishovsky. Dans ce cas, Baresch aurait été son « cobaye » pour cette expérience de cryptanalyse. Mais après la publication du livre de Kircher sur le copte, Mischowsky aurait pensé qu'il était plus gratifiant de tromper un jésuite que Baresch. C'est pourquoi il aurait demandé à ce dernier de le mettre en contact avec Kircher en le motivant grâce à une histoire sur Roger Bacon inventée de toutes pièces. Aucune preuve concrète n'est toutefois venue étayer cette hypothèse. Voynich a été suspecté d'avoir lui-même fabriqué l'ouvrage qui porte son nom. En tant que marchand de livres anciens, il disposait des moyens et des connaissances nécessaires pour inventer un manuscrit faussement attribué à Roger Bacon. Un tel livre aurait représenté une fortune et un mobile financier pourrait avoir motivé la création de ce faux.