Sélection naturelle
La diversité génétique dans une population d'individus a pour origine des modifications de l'information génétique dans l'ADN des cellules. Il s'agit : premièrement, de mutations ponctuelles dans la séquence d'ADN des gènes, ou de mutations plus importantes comme des réarrangements chromosomiques ; deuxièmement, de recombinaisons génétiques qui se produisent lors des transferts d'ADN des bactéries et lors de la reproduction sexuée des eucaryotes. On peut ajouter aux modifications du génome citées plus haut, une autre source de diversité génétique, soient les migrations par lesquelles le stock génétique dans une population donnée se voit renouvelé par l'arrivée d'autres membres de l'espèce porteuse d'un ensemble génétique différent.
Remodelage du patron de développement
Tous les types de remodelage n'ont pas forcément la même probabilité de changer la direction de l'évolution. Les biais de développement et la sélection naturelle sont les principaux facteurs susceptibles d'influencer l'importance et la fréquence de ces différents mécanismes dans l'évolution. Par exemple, les mutations affectant les régions régulatrices des gènes sont plus fréquentes dans l'évolution que les mutations influençant les régions codantes. En effet les mutations sur les régions régulatrices n'affectent qu'une des fonctions d'un gène (changement de régulation) et non pas la totalité de ses fonctions (altération de la protéine synthétisée), elle a donc plus de chance d'être avantageuse.