Japonais (peuple)
Il existe de nombreuses religions au Japon mais les deux principales restent le shintoïsme et le bouddhisme. La plupart des Japonais s'identifient aux deux religions, sous la forme d'un syncrétisme ancien. La plupart des Japonais ont une vision neutre de la religion et en pratiquent plusieurs dans leur vie : ainsi, 107 millions de personnes, soit 84 % de la population, se déclaraient en 2005 shintoïste, et 91 millions, ou 71 %, bouddhistes. Une même personne peut aller prier au sanctuaire shinto au nouvel an pour une bonne année et avant les examens d'entrée à l'école pour implorer son succès, puis plus tard avoir un mariage dans une église et des funérailles dans un temple bouddhiste.
Nagasaki
Quand presque vingt ans après, Ieyasu Tokugawa prit le pouvoir, la situation ne s'améliora pas. Le christianisme fut interdit en 1614 et tous les missionnaires furent déportés, ainsi que les daimyō qui ne renoncèrent pas à leur religion. Une campagne brutale de persécution s'ensuivit, avec des centaines de tués ou torturés à Nagasaki et dans d'autres parties du Japon. Les chrétiens offrirent une certaine résistance, en 1637 lors de l'insurrection de la péninsule de Shimabara, à l'est de Nagasaki. Au nombre de , ils capturèrent le château d'Hara et humilièrent le daimyō local. En réponse, le shogun envoya . Ce fut la fin du bref « siècle chrétien » au Japon. Ils durent pratiquer leur religion en secret, toujours victimes d'inquisitions occasionnelles (voir les Seize martyrs de Nagasaki).