Mexico
Mexico a un climat tempéré d'altitude (Cwb selon la classification de Köppen). Bien qu'elle soit située dans la zone intertropicale, la température moyenne sur l'année est modérée par les effets de l'altitude. L'hiver est plutôt sec, le printemps est la saison la plus chaude et l'été correspond à la saison des pluies (de juin à septembre). Les vents dominants soufflent du nord-nord-est. Les secteurs les plus bas reçoivent moins de précipitations que la partie méridionale. Les régions sud de Tlalpán et de Milpa Alta, situées dans la chaîne de montagnes possèdent une végétation de conifères et de chênes.
Mésoamérique
Certaines des vallées des hautes terres de Mésoamérique possèdent un sol fertile à vocation agricole. C'est le cas des vallées du Oaxaca, celle de Puebla-Tlaxcala et de Mexico. Toutefois, leur situation encaissée ne favorise pas les précipitations. Cette situation est particulièrement critique dans les terres chaudes des vallées mixtèques qui sont sans doute les plus arides des hautes terres. Outre le manque de pluie, il existe peu de cours d'eau et ils ont un débit réduit. Les premières recherches archéologiques présupposaient que le climat devait être plus favorable par le passé. Pourtant, avec les années et la profusion de connaissances sur la région, on sait que le climat ne devait pas être si différent de celui d'aujourd'hui, bien que les écosystèmes présentent un degré de dégradation provoquée par l'activité humaine. Une bonne partie des hautes terres présentent des preuves d'une déforestation ancienne, et diverses espèces ont disparu de leur habitat d'origine.