Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Inquisition de Goa
En 1492, Ferdinand et Isabelle, les Rois catholiques décident l'expulsion des Juifs d'Espagne, qui se réfugient en nombre au Portugal. Les idées pro-Inquisition se répandent au Portugal, et en 1497, le Roi ordonne la conversion forcée des Juifs. L'Inquisition est chargée de vérifier la réalité des conversions, et est dirigée notamment par les jésuites.