Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Inquisition
L'incursion de l'Inquisition dans le domaine du débat scientifique avec le procès de Galilée (1633) fut à l'origine de la réaction de Descartes et de sa philosophie mécaniste. La confusion entre vérités de foi et recherche d'un fondement scientifique posa un problème de méthode, qui reste actuel. La revendication d'une certaine autonomie par Galilée est à l'origine du principe d'autonomie de la science, qui s'oppose aux méthodes jugées arbitraires de l'Inquisition. Ce programme passe des loges anglaises, largement en symbiose avec l'Église d'Angleterre, et essaime en France, dans une élite intellectuelle qui commence à être déchristianisée. Les francs-maçons, qui étaient alors devenus des ennemis farouches de l'Église catholique et de l'Inquisition, surtout après leur première condamnation par le Pape en 1738, ont utilisé les descriptions les plus négatives de l'Inquisition pour illustrer les débats sur l'obscurantisme et la liberté.