Divergence génétique
La divergence génétique est le processus par lequel deux ou plusieurs populations d'une même espèce ancestrale accumulent des changements génétiques indépendants (mutations) à travers le temps, souvent après que les populations sont devenues isolées génétiquement pendant un certain temps. Dans certains cas, des sous-populations vivant dans des environnements périphériques écologiquement distincts peuvent présenter une divergence génétique par rapport au reste d'une population, surtout lorsque l'aire de répartition d'une population est très importante (voir spéciation parapatrique). Les différences génétiques entre les populations divergentes peuvent impliquer des mutations silencieuses (qui n'ont aucun effet sur le phénotype) ou donner lieu à d'importants changements morphologiques et physiologiques. La divergence génétique accompagnera toujours l'isolement reproductif, soit en raison de nouvelles adaptations par sélection naturelle, soit en raison de la dérive génétique, et est le mécanisme principal sous-jacent à la spéciation.
Auto-stop génétique
Si l’on imagine le cas d’un allèle mutateur fictif (M) qui entraînerait une augmentation des mutations alentour, avec (A) un allèle fixé, alors la présence de (M) pourrait engendrer la mutation de (A) en (A*), un allèle plus avantageux pour la sélection naturelle. L’individu porteur de ce chromosome modifié aura ainsi plus de chances de se reproduire et donc de transmettre son allèle (A*) modifié qui se répandra plus vite et augmentera sa fréquence d’apparition. De par sa proximité avec (A*), la fréquence de (M) augmentera de la même façon. Il est important de noter que cet auto-stop ne fonctionne que sur des allèles très proches : la recombinaison génétique ayant plus de chances de séparer (M) de (A*) quand la distance qui les sépare s’agrandit. Il en découle que les espèces asexuées sont plus avantagées par l’auto-stop du fait d’un brassage génétique moins important.