Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Chiffre (cryptologie)
En revanche, un code opère sur les mots ou les phrases du message, et sur leur signification. Dans le code des "emoticons" dérivés des "smileys", par exemple, JE SUIS CONTENT s'écrira :-) mais il sera plus difficile d'écrire JE PENSE DONC JE SUIS, car cette phrase n'est pas définie dans les tables de références usuelles des "smiley"s. Si deux personnes veulent échanger des messages où cette phrase apparaît secrètement sous forme de "smiley", elles devront en définir la représentation ; de même pour tout autre mot ou phrase qu'elles souhaiteraient échanger de cette façon. L'ensemble de ces conventions peut être réuni dans un livre de code, équivalent d'un dictionnaire qui permet la conversion entre les deux représentations. Le Grand Chiffre utilisé à l'époque de Louis XIV est un exemple de code basé sur un système à répertoires.