Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Charles Onana
Dans leur ouvrage "Les secrets du génocide rwandais", Charles Onana et Déo Mushayidi désignent en 2002 Paul Kagame comme le probable organisateur de l’attentat du 6 avril 1994 dans lequel le président rwandais, Juvénal Habyarimana et le président burundais, Cyprien Ntaryamira sont tués et qui marque le début du génocide, une thèse qui a perdu depuis beaucoup de crédit. Selon René Lemarchand, chercheur en sciences politiques, l'ouvrage révèle peu de secrets et comporte beaucoup de biais.