Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Relations entre l'Église catholique et les sciences
L'Église elle-même rejette aussi la notion de conflit inné. Le premier concile du Vatican (1869/70) déclara que « la foi et la raison s'aident mutuellement l'une et l'autre ». La "Catholic Encyclopedia" de 1912 établit que « les conflits entre la science et l’Église ne sont pas réels » et déclare que les croyances en un tel conflit sont basées sur de mauvaises assomptions. Le pape Jean-Paul II a résumé la vision catholique de ces relations entre la foi et la raison dans l’encyclique "Fides et Ratio", en disant que la « foi et la raison sont comme deux ailes sur lesquelles l'esprit humain s'élève pour contempler la vérité ; et Dieu a placé dans le cœur humain un désir de savoir la vérité – en un mot, se connaitre soi-même – afin que, en connaissant et en aimant Dieu, les hommes et les femmes puissent connaître toute la vérité sur eux-mêmes ».