Nutrition
Une protéine est formée d'acides aminés liés par des liaisons peptidiques. Ces acides aminés sont séparés en deux catégories : indispensables, c'est-à-dire ceux que le corps ne peut synthétiser et qui doivent être apportés par l'alimentation, ou non-indispensables. Ce qui est indispensable dépend de l'organisme considéré : par exemple, l'arginine est nécessaire à la survie d'un chat mais pas pour l'homme passé le stade du nourrisson. Ces catégories sont affinées en considérant les acides aminés indispensables "sous conditions". En effet, certains acides aminés peuvent être synthétisés mais avec des capacités limitées en général et variants selon les conditions du sujet : par exemple, la synthèse de proline est limitée chez les grands brûlés.
Protéine
Pour pouvoir être analysée "in vitro", une protéine doit préalablement avoir été purifiée des autres constituants chimiques de la cellule. Ceci commence généralement par la lyse de la cellule, au cours de laquelle la membrane plasmique est rompue afin d'en libérer le contenu dans une solution pour donner un lysat. Ce mélange peut être purifié par ultracentrifugation, ce qui permet d'en séparer les constituants en fractions contenant respectivement les protéines solubles, les lipides et protéines membranaires, les organites cellulaires, et les acides nucléiques. La précipitation des protéines par relargage permet de les concentrer à partir de ce lysat. Il est alors possible d'utiliser plusieurs types de chromatographie pour isoler les protéines que l'on souhaite étudier en fonction de leurs propriétés physico-chimiques telles que leur masse molaire, leur charge électrique, ou encore leur affinité de liaison. Le degré de purification peut être suivi à l'aide de plusieurs types d'électrophorèse sur gel si la masse moléculaire et le point isoélectrique des protéines étudiées sont connus, par spectroscopie si la protéine présente des caractéristiques spectroscopiques identifiables, ou par si la protéine est porteuse d'une activité enzymatique. Par ailleurs, les protéines peuvent être isolées en fonction de leur charge électrique par focalisation isoélectrique.