Inquisition
L’Inquisition (du mot latin "inquisitio" signifiant "enquête", "recherche") est une juridiction spécialisée (autrement dit un tribunal), créée au par l'Église catholique et relevant du droit canonique, dont le but était de combattre l'hérésie, en faisant appliquer aux catholiques qui ne respectaient pas les dogmes des peines variant de simples peines spirituelles (prières, pénitences) à des amendes lorsque l'hérésie n'était pas établie, et de la confiscation de tous les biens à la peine de mort pour les apostats relaps. Combattant les hérésies, l'Inquisition ne pouvait condamner que des catholiques — dont ceux qui avaient fait le choix libre du baptême. Bien que la peine de mort puisse être prononcée, elle ne l’a été que très rarement puisqu'Anne Brenon, spécialiste du catharisme, estime à le nombre de peines de mort prononcées par l'Inquisition durant ses cinq siècles d'existence à travers l'Europe. Elle se substituait à l'ordalie en introduisant la notion de tribunal, de défenseur et de minutes du procès.
Inquisition portugaise
Malgré tout, en 1547, l'Inquisition est formellement établie par Jean III. Les "conversos" se battent une dernière fois sur la question du pouvoir de confiscation. Cette arme est finalement concédée aux tribunaux, et le Portugal se dote ainsi d'une Inquisition indépendante plus terrible encore que son modèle espagnol. En effet, la conversion au catholicisme y est imposée à tous les Juifs et n'est pas assortie, contrairement à l'Espagne, de la possibilité d'émigrer. Par conséquent, les « nouveaux chrétiens » sont les descendants de ces "conversos" issus d'une conversion forcée, et leurs tentatives de fuite vers l'extérieur y sont proportionnellement plus importantes qu'en Espagne. Une importante partie de ceux qui restent sur place continue à « judaïser » en secret : méprisés sous le nom de "marranes" (« porcs »), ils sont persécutés par l'Inquisition.