Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Momies du Tarim
Un autre élément semble confirmer l'ancienneté de la présence des langues tokhariennes dans la région : elles n'ont que peu été influencées par les langues iraniennes. Or « la culture d'Andronovo qui, depuis la fin du III millénaire, couvre toute une partie de la Sibérie du Sud-Ouest [et de l'Asie centrale] est très vraisemblablement la culture-mère des peuples de langue iranienne : si les ancêtres des Agni-Kuči avaient ‹ continuellement › vécu sur le trajet qui mène des steppes européennes à la Chine, ils auraient littéralement baigné dans un environnement iranien... — et cela se noterait dans leur langue bien davantage que ce n'est le cas. Dès lors [il y a deux possibilités :] un détour [hors l'Asie Centrale, ou une migration] longtemps avant que les locuteurs des langues iraniennes ne prennent le même chemin ».