Football Club de Metz
En Ligue 2 la saison suivante, l'équipe semble partie pour remonter. Auteur d'un exploit à Lyon en début de saison en Coupe de la Ligue et performant en championnat, le FC Metz a 5 points d'avance sur le quatrième à la de championnat, les choses sont bien engagées. Mais inexplicablement, une série de 7 matchs sans victoire, et une défaite à Ajaccio au soir de la condamnent le FC Metz à passer une deuxième saison consécutive en Ligue 2, ce qui ne lui était plus arrivé depuis 45 ans. L'équipe est conspuée par le public de Saint-Symphorien lors du dernier match de la saison à domicile. Le président Carlo Molinari devient vice-Président et confie les rênes du club à Bernard Serin pour reconstruire le club.
Football Club de Metz
La saison 1999-2000 est quelconque, sauvée par les vieux grognards de la défense (Letizi, Kastendeuch, Gaillot et Pierre). Le jeune Louis Saha, formé au club, inscrit 4 buts et part pour l'Angleterre au terme de la saison. Le FC Metz termine encore en 2001 au terme d'une saison mouvementée : après plus de 11 ans à la tête de l'équipe, Joël Muller est remercié et remplacé par son adjoint Albert Cartier après un début de championnat poussif. L'équipe se maintient grâce notamment aux prouesses du gardien colombien Faryd Mondragón et de bons résultats lors des matchs retour.