Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Inquisition portugaise
Malgré tout, en 1547, l'Inquisition est formellement établie par Jean III. Les "conversos" se battent une dernière fois sur la question du pouvoir de confiscation. Cette arme est finalement concédée aux tribunaux, et le Portugal se dote ainsi d'une Inquisition indépendante plus terrible encore que son modèle espagnol. En effet, la conversion au catholicisme y est imposée à tous les Juifs et n'est pas assortie, contrairement à l'Espagne, de la possibilité d'émigrer. Par conséquent, les « nouveaux chrétiens » sont les descendants de ces "conversos" issus d'une conversion forcée, et leurs tentatives de fuite vers l'extérieur y sont proportionnellement plus importantes qu'en Espagne. Une importante partie de ceux qui restent sur place continue à « judaïser » en secret : méprisés sous le nom de "marranes" (« porcs »), ils sont persécutés par l'Inquisition.