Protéine à ancrage lipidique
On connaît trois principaux types de protéines à ancrage lipidique : les protéines prénylées, les protéines acylées et les protéines à ancrage glycosylphosphatidylinositol  (GPI).
Protéines alternatives
Les protéines alternatives sont entièrement différentes des protéines de référence ; elles ne sont donc pas des isoformes des protéines de référence. Le nombre de séquences codantes alternatives est de 83886 chez l'espèce humaine, 82305 chez la souris, et 5019 chez la levure. La contribution des protéines alternatives à la diversité protéique pourrait donc être très importante.