Nutrition
Une protéine est formée d'acides aminés liés par des liaisons peptidiques. Ces acides aminés sont séparés en deux catégories : indispensables, c'est-à-dire ceux que le corps ne peut synthétiser et qui doivent être apportés par l'alimentation, ou non-indispensables. Ce qui est indispensable dépend de l'organisme considéré : par exemple, l'arginine est nécessaire à la survie d'un chat mais pas pour l'homme passé le stade du nourrisson. Ces catégories sont affinées en considérant les acides aminés indispensables "sous conditions". En effet, certains acides aminés peuvent être synthétisés mais avec des capacités limitées en général et variants selon les conditions du sujet : par exemple, la synthèse de proline est limitée chez les grands brûlés.
Modélisation de protéines par enfilage
Les protéines sont définies comme ayant un pli (coude) commun si elles ont les mêmes structures secondaires majeures dans le même arrangement et avec les mêmes connexions topologiques. Différentes protéines avec le même pli ont souvent des éléments périphériques de structure secondaire et des régions de coude qui diffèrent en taille et en conformation. Dans certains cas, ces régions périphériques différentes peuvent couvrir la moitié de la structure. Les protéines placées dans la même catégorie de coudes de repliement peuvent ne pas avoir une origine évolutive commune: les similitudes structurelles pourraient provenir uniquement de la physique et de la chimie des protéines favorisant certains arrangements d'emballage et la topologie de chaîne.