Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Histoire du Portugal
Cela n'arrêta pas les suspicions envers cette communauté. La crise venant, elle fut jugée responsable de tous les maux du pays. Un pogrom éclata même à Lisbonne en 1506. La monarchie finit par obtenir l'implantation de l'Inquisition. Celle-ci rendit la vie difficile à ces nouveaux chrétiens ne bénéficiant plus de la protection royale envers les juifs. La menace amena une pratique occulte du judaïsme alors que certains se réfugièrent en France ou en Hollande. Le pays perdit de nombreux intellectuels ainsi qu'une part de cette population, très impliquée dans les succès économiques du pays. L’Inquisition exagéra en permanence la menace que représentaient les juifs et les hérétiques, justifiant ainsi sa propre existence. Elle exacerba la haine populaire contre eux. Créée pour lutter contre la Réforme et les courants hérétiques, elle ne fut nulle part plus virulente qu'en Espagne, alors même que le pays était peu touché par le protestantisme. En vérité, elle ne fut introduite par le roi Jean (1520-1557), en 1531, que dans l'objectif de renforcer son autorité et de s'emparer des biens des prétendus hérétiques; c'est pourquoi, il insista pour obtenir la même indépendance que l'inquisition espagnole vis-à-vis du pape. Son action fut pourtant catastrophique dans le domaine culturel et scientifique (censure, autodafés…). Le pays tomba dans le fanatisme religieux. De nombreux indigènes furent aussi convertis de force.