Tokhariens
Les « Yuezhi » des sources chinoises sont-ils bien bien les « Tokhariens » des sources grecques ? L'équation « Yuezhi » = « agno-koutchéen » est admise par de nombreux spécialistes, bien qu'elle ne soit pas certaine. En 1966, le sinologue Edwin G. Pulleyblank a fourni plusieurs arguments pour prouver que les Yuezhi parlaient une langue tokharienne. Des arguments, qui n'étaient pas connus quand le tokharien était en cours de déchiffrement, sont venus appuyer sa thèse : on a notamment découvert à Dunhuang, à l'extrémité orientale du bassin du Tarim, un texte chinois où il est écrit que le royaume agnéen qui se trouve entre Koutcha et Tourfan, était « Yuezhi ». Cela donne une dimension tout à fait différente aux Tokhariens : ils n'étaient pas seulement des sédentaires vivant dans les oasis du bassin du Tarim mais aussi des guerriers nomades capables de conquérir de vastes territoires. Il est certain que l'empire des Yuezhi jouissait d'un prestige immense, un peu comme celui, ultérieur, des Mongols, mais les Chinois ont commencé à parler de lui quand il s'était déjà effondré, donc on sait peu de choses sur cet empire. D'anciens écrits chinois mentionnent les Yuezhi mais on n'y trouve aucune indication sur la langue qu'ils parlaient. Ce sont les découvertes du qui ont révélé qu'elle était indo-européenne : le tokharien est une "langue centum" comme le germanique et le grec ancien avec lesquels il partage beaucoup d'éléments de son lexique, tandis que du point de vue morphologique, il s'apparente à l'italo-celtique. Par ailleurs, les variétés de tokharien que nous connaissons se distinguent des autres langues indo-européennes par leur caractère archaïque affirmé. Le linguiste Sylvain Lévi s'est particulièrement intéressé aux langues tokhariennes à travers leurs manuscrits, dont le Koutchéen, au début du .
Altishahr
Jusqu'au , une grande partie du bassin du Tarim est habitée par les Tokhariens, un peuple indo-européen et qui a construit des cités-états dans les oasis situées au bord du Désert du Taklamakan. L'effondrement du khaganat ouïgour, situé dans la région qui correspond actuellement à la Mongolie, et l'installation de la diaspora Ouïgoure dans le Tarim, entrainent la prédominance des langues et peuples turcs. Sous le règne des Qarakhanides, une grande partie des habitants de la région se convertissent à l'Islam. Du , le Tarim occidental fait partie des grands empires turco-mongols qui dominent la région : Khanat de Djaghataï, Empire timouride et enfin le Mogholistan. Au , c'est le Khanat de Yarkand qui régne sur l'Altishahr jusqu'à sa conquête par les Dzoungars bouddhistes, venu de la Dzoungarie, au nord. Durant les années 1750, la région est conquise par la Chine des Qing, après la victoire de ces derniers dans leur lutte contre le Khanat dzoungar. Pendant presque un siècle et demi, les Qing administrent séparément la Dzoungarie et l'Altishahar, comme étant respectivement les circuits nord et sud de Tian Shan. Malgré cette séparation administrative, les deux régions sont sous le contrôle du général d'Ili. Il y a un amban pour chacune de ces deux régions, celui du Sud était basé à Khotan. Le circuit sud ("Tianshan Nanlu") est également connu sous les noms de "Huibu" (回部 litt : Région musulmane), "Huijiang" (回疆 litt : Frontière musulmane), Turkestan chinois, Kashgarie, Petite Boukharie ou Turkestan oriental. Après avoir étouffé la révolte des Dounganes à la fin du , les Qing fusionnent les deux circuits pour créer la province du Xinjiang en 1884. Depuis lors, le terme de « Xinjiang » est utilisé par la République de Chine, puis la République populaire de Chine pour désigner l'ensemble de la zone et « Xinjiang du Sud » a remplacé « Altishahr » comme nom pour cette région.