Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Signature de code
La clé publique utilisée pour authentifier la signature de code doit être traçable à une autorité de certification de confiance, de préférence en utilisant une infrastructure à clés publiques sécurisée. Cela ne garantit pas que l'on peut faire confiance au code lui-même, mais seulement que le code vient de la source indiquée (ou plus précisément, de quelqu'un qui possède la clé privée de la source (c'est-à-dire la source elle-même si celle-ci a bien protégé sa clé privée). Une autorité de certification fournit un niveau de confiance et est en mesure de transmettre ce niveau de confiance aux autres par procuration. Si un utilisateur fait confiance à une autorité de certification, il peut faire confiance au code qui est signé avec une clé validée par cette autorité. De nombreux systèmes d'exploitation reconnaissent et acceptent une ou plusieurs autorités de certification (comme , VeriSign / Symantec, DigiCert, TC TrustCenter, , GoDaddy et ). Parfois, de grandes organisations implantent des autorités de certification privées, internes à l'organisation, qui ont les mêmes caractéristiques que les autorités de certification publiques, mais ne sont reconnues qu'au sein de l'organisation.