Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Inquisition médiévale
L'Inquisition médiévale est introduite devant les tribunaux ecclésiastiques par le pape Innocent III en 1199. En février 1231, Grégoire IX publie la constitution "Excommunicamus", qui prescrit la détention à vie pour les hérétiques repentis et la peine de mort pour les hérétiques obstinés. La même année, il confirme Conrad de Marbourg dans son rôle de commissaire pontifical en Rhénanie et l'autorise à recourir à la procédure inquisitoire. Cette nomination et l'établissement d'une institution judiciaire sont officialisés par la bulle "Ille humani generis" (), qui retire aux tribunaux ecclésiastiques la compétence contre les hérétiques lorsqu’un tribunal d'inquisition existe. La même année, une mission similaire à celle de Conrad est confiée à Robert le Bougre, qui met à profit son expérience d'ancien « parfait » cathare pour poursuivre ses anciens frères ; en 1235, il est nommé inquisiteur général du royaume de France. Son zèle est tel qu'il entre en conflit avec les tribunaux ordinaires : à l'instigation de plusieurs évêques, il est relevé de ses fonctions.