Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Xinjiang
Le Xinjiang est associé à la langue indo-européenne éteinte des Tokhariens, qui est attestée de 500 à 900 de notre ère dans le centre du Xinjiang sur la base de manuscrits anciens. En général, les archéologues considèrent cette langue comme étant associée aux populations venues dans la région lors de la culture d'Afanasievo. Le khotanais, une autre langue ancienne associée à la famille des langues indo-iraniennes, a été observée pour la première fois dans des documents anciens sur le site de Niya (200 à 500 de notre ère), Khotan, au sud du bassin de Tarim. La langue khotanaise est associée à l'expansion des Sakas vers 200 avant notre ère dans la région du Xinjiang. Les études paléogénétiques confirment l'affinité génétique entre de nombreuses populations du Xinjiang de l'âge du fer et du premier millénaire de notre ère avec les Sakas, suggérant leur présence généralisée au Xinjiang.