Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Front patriotique rwandais
Depuis 2005, des procédures judiciaires ont été ouvertes en France et en Espagne contre des dirigeants du FPR pour crime de guerre, crime contre l'humanité et assassinat. On sait ce qui en a été de la procédure ouverte en France par le juge Bruguière (voir plus haut) et, depuis lors, une amélioration des relations entre la France et le Rwanda fut d'ailleurs l'occasion d'une visite du président Nicolas Sarkozy au Rwanda. Selon une enquête de la justice espagnole, le FPR serait responsable de la mort de de personnes, estimation en fait du total des tués lors des deux guerres du Congo, essayant ainsi de déplacer l'accusation de génocide vers un « contre-génocide » ou un « double génocide », des victimes de guerre (militaires des FAR et FARDC, milices Interahamwe et victimes collatérales civiles) ne pouvant pas être assimilées à des victimes de génocide (réf : ONU). De plus, des dizaines de milliers de civils ont été utilisés comme boucliers humains par les FAR et Interahamwe en déroute au grand dam des ONG sur place. Ce fut leur tactique dès leur intrusion au Zaïre en juillet 1994.