Japon
Le shintoïsme est la principale religion du Japon, les Japonais sont ainsi traditionnellement animistes avec une pratique chamanique, comme en attestent l'usage de nombreuses amulettes, tant à la maison qu'en voyage. Les autres religions subissent souvent une réappropriation animiste de leurs dieux dans le panthéon personnel ou collectif des Japonais. La plupart des Japonais ne croient ainsi pas en une religion particulière et unique, mais font preuve de syncrétisme, notamment à l'égard du bouddhisme, mais aussi plus généralement à l'égard de l'ensemble des religions. Beaucoup de japonais pratiquent donc des rites de plusieurs religions au cours de leur vie. Une même personne peut aller invoquer les dieux au sanctuaire shintoïste à l'occasion du Nouvel An et tenter d'attirer leur attention avant les examens d'entrée à l'école ou à l'université. Raisonnant de manière confucianiste, elle souhaitera parfois un mariage à l'occidentale dans une église chrétienne après une cérémonie plus traditionnelle et aura des funérailles dans un temple bouddhiste. Ce syncrétisme se réflète dans les statistiques de pratiques religieuses du ministère des Affaires intérieures et des Communications japonais, qui comptabilisait en 2014 :
Nagasaki
Quand presque vingt ans après, Ieyasu Tokugawa prit le pouvoir, la situation ne s'améliora pas. Le christianisme fut interdit en 1614 et tous les missionnaires furent déportés, ainsi que les daimyō qui ne renoncèrent pas à leur religion. Une campagne brutale de persécution s'ensuivit, avec des centaines de tués ou torturés à Nagasaki et dans d'autres parties du Japon. Les chrétiens offrirent une certaine résistance, en 1637 lors de l'insurrection de la péninsule de Shimabara, à l'est de Nagasaki. Au nombre de , ils capturèrent le château d'Hara et humilièrent le daimyō local. En réponse, le shogun envoya . Ce fut la fin du bref « siècle chrétien » au Japon. Ils durent pratiquer leur religion en secret, toujours victimes d'inquisitions occasionnelles (voir les Seize martyrs de Nagasaki).