Drapeau de la Moldavie
Lors de l'indépendance de 1991, les autorités moldaves reprennent les couleurs bleue-jaune-rouge verticales en y ajoutant cette fois les armoiries pour le distinguer de celui de la Roumanie. En 1995, lorsque l'ONU demande aux États de choisir parmi plusieurs nuances de bleu, la Roumanie opta pour un bleu cobalt proche de celui de la France mais différent du tricolore roumain originel au bleu plus clair, que la Moldavie conserva. De plus les dimensions du drapeau roumain sont de 2/3 alors que celles du moldave sont de 1/2. Il y a donc actuellement trois différences entre le pavillon de la Roumanie, et celui de la Moldavie : le bleu, la présence des armoiries et les proportions.
Mouvement unioniste en Moldavie et Roumanie
En 1991, tandis que la Moldavie, alors dirigée par l'unioniste Mircea Druc, officialise comme langue d'État le roumain et adopte le même drapeau que la Roumanie (aux armoiries près) et le même hymne, les unionistes annoncent vouloir déclarer rapidement et directement l'union avec la Roumanie, alors que les russophones dirigés par Igor Smirnov, les Gagaouzes dirigés par Stepan Topal et la "nomenklatura" s'organisent au sein du mouvement « Эдинцво-Edintsvo/Interfront » et réclament le maintien dans l'URSS. Les ultra-nationalistes roumains présents parmi les unionistes promettent aux russophones « la valise ou le cercueil »; les plus extrémistes des russophones répliquent en menaçant de faire sécession dans les territoires où ils sont majoritaires, et de couper le gaz et l'électricité. Dans ce contexte de plus en plus tendu apparaît un mouvement modéré, indépendantiste dit « agrarien », dirigé par Mircea Snegur qui élabore la doctrine : « un seul peuple, deux États ». Snegur gagnera haut la main les élections présidentielles, la Moldavie proclamera son indépendance et non son union avec la Roumanie, mais russophones et Gagaouzes feront tout de même sécession, et une guerre entre eux et la toute nouvelle armée moldave, en 1992, fera près de .