Danso
Le joueur tient la flûte verticalement, avec un angle de 45° ou plus, des deux mains. La main gauche est au dessus de la flûte, son pouce opérant le trou du pouce et les deux premiers doigts les trous les plus hauts. Les deux trous restants sont manipulés par la main droite.
Theobald Boehm
La flûte Boehm possède un mécanisme plus complexe que les précédentes, car l'emplacement des trous est fixé en fonction de la hauteur du son et non de la dimension de la main. Les doigts placés sur les plateaux ou les clés commandent l'ouverture ou la fermeture d'un ou de plusieurs trous éloignés par l'intermédiaire de tringles.  Le doigté adopté reprend cependant la base de la gamme en ré de l'ancienne flûte, ne modifiant que celui de 5 notes sur les 12 de la gamme chromatique : fa, fa# (doigtés de ces 2 notes inversés), si, siformula_1 et do, ajoutant des mécanismes facilitant l'exécution de certaines combinaisons (notamment certains trilles) et l'émission de notes suraiguës. Ce choix a facilité, malgré quelques résistances, l'adoption de la nouvelle flûte par les musiciens qui pratiquaient l'ancien système. Les doigtés sont plus rationnels (les Si bémol, Fa bécarre ou Do bécarre en particulier sont considérablement facilités) et permettent de jouer plus facilement dans toutes les tonalités. L'émission des notes du troisième octave est plus facile et leur justesse meilleure. La tessiture de l'instrument est étendue dans l'aigu.