Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Twa de la région des Grands Lacs
Les Twa sont rarement pris en compte dans l'étude des conflits qui ont opposé les Tutsi et les Hutu au Rwanda et au Burundi dans les années 1990-2000. On estime qu'ils ont payé un lourd tribut lors du génocide de 1994 au Rwanda en 1994. Sur les Twa vivant au Rwanda au début des années 1990, on estime que seraient morts pendant le génocide (et auraient dû s'exiler). Pendant le génocide, de nombreux Twa ont aussi servi aux côtés des plus forts - les miliciens Hutu - ce qui a compliqué leurs relations avec le pouvoir Tutsi de Paul Kagame au cours des années qui ont suivi. Début 2000, de nombreux Twa ont été chassés de leur terre par les autorités rwandaises afin de construire sur leurs terres des maisons au profit des survivants du génocide.