Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Génocides au Burundi
Depuis l'indépendance du Burundi en 1962, deux événements appelés génocides ont eu lieu dans le pays. Les massacres de masse de Hutu commis en 1972 par l'armée à dominance tutsie et les massacres de masse de Tutsi commis en 1993 par la population majoritairement hutue sont tous deux qualifiés de génocide dans le rapport final de la Commission d'enquête internationale pour le Burundi présenté aux Conseil de sécurité des Nations unies en 1996.