Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Inquisition de Goa
Elle a débuté en et a pris fin en après une interruption de à . Son but était de traquer parmi les convertis au christianisme ceux qui conservaient un culte de leur religion antérieure. L'Inquisition était un moyen de contrôle sur la population chrétienne, ainsi qu'une source de discrimination contre les hindous et les musulmans. Au moins personnes seront convoquées par le tribunal de l'Inquisition. Ce nombre inclut 57 mises à mort par exécution et 64 autres par combustion en effigie. Toutefois, ces chiffres pourraient éventuellement être revus à la hausse puisque le sort d'un grand nombre de personnes jugées reste inconnu dû à la destruction des dossiers par les autorités portugaises lors de la dissolution du tribunal.