Rois catholiques d'Espagne
Une bulle du pape Sixte IV, en 1478 a créé l'Inquisition en Castille, pour avoir un plus grand contrôle de la pureté et de la foi. Déjà en Aragon, l'Inquisition existait depuis 1248, et l'Inquisition espagnole fut donc la seule institution commune aux deux royaumes.
Repentance de l'Église catholique
En juin 2004, le cardinal Georges Cottier, théologien de la Maison Pontificale, a présenté le volume qui recueille les Actes du Symposium International sur l’Inquisition de 1998. L'Église ne souhaitait pas demander pardon de manière désordonnée. Le cardinal a ainsi déclaré : Le , le pape François a demandé pardon aux protestants italiens lors de sa visite du temple vaudois de Turin. Dans une lettre publiée le de la même année, le synode de l’Église vaudoise a fait une réponse circonstanciée dans une lettre ouverte adressée au pape, accueillant sa démarche avec « respect » et « émotion », saluant sa « volonté claire d’initier avec notre Église une histoire nouvelle », mais sans accepter formellement la demande de pardon car « cette nouvelle situation ne nous autorise pas à nous substituer à ceux qui ont payé de leur sang et avec d’autres souffrances leur témoignage à la foi évangélique, et à pardonner à leur place ». La presse italienne a interprété cette réponse comme un rejet, ce qui ne semble pas avoir été l'intention du synode vaudois.