Furie iconoclaste
Durant cette période, la Réforme atteint les Pays-Bas. Chez les riches marchands d'Anvers, le protestantisme trouve écho face aux pratiques luthériennes des marchands allemands hanséatiques, peut-être en partie pour des raisons économiques. La propagation du protestantisme dans cette ville s'appuie sur la fondation en 1514 du cloître augustin dans le quartier de St. Andries. Luther, augustin lui-même, enseigna à certains de ses moines, et ses écrits sont publiés en 1518. Les premiers martyrs luthériens sont d'ailleurs d'Anvers. La Réforme aux Pays-Bas espagnols concerne donc la superposition de plusieurs vagues de réformes : l'arrivée des luthériens, suivie par un fort militantisme anabaptiste, puis celui des mennonites, et enfin le protestantisme de Calvin. Chacun de ces mouvements a son existence propre en parallèle de celle des autres.
Lille
Les premières traces de la confession luthérienne apparaissent à Lille en 1526. Mais c'est surtout à partir du milieu du que se développe un important mouvement calviniste. Il sera patiemment éradiqué par la répression au cours des décennies qui suivent et, à la fin du siècle, il n'en reste pratiquement pas trace. Les survivants se trouvèrent rejetés dans la clandestinité même si l'étau se desserra progressivement, surtout à partir des , et jusqu'à ce que l'édit de tolérance de 1787 ne soit promulgué par . Ce n'est ensuite qu'au début du , en 1804, qu'un lieu de culte est concédé aux protestants qui ne constituent alors qu'une toute petite communauté, principalement étrangère. Elle va se renforcer progressivement avec l'industrialisation et l'arrivée d'entrepreneurs et d'universitaires, puis, à partir de 1871, de réfugiés alsaciens et lorrains. Le protestantisme participe alors au développement du christianisme social et se diversifie avec l'arrivée d'églises adventiste, baptiste et de l’Armée du salut. Finalement, Lille serait aujourd'hui la principale zone d'implantation du protestantisme dans le Nord. Une église anglicane, la "Christ Church" de Lille, célèbre les offices en anglais.