Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Conquête musulmane de la Transoxiane
Comme aujourd’hui, la population appartient à deux grands groupes linguistiques : les locuteurs de langues iraniennes, qui, au , ont tendance à être urbanisés et les peuples turcs, qui sont à l’époque pour la plupart encore nomades. Ce bilinguisme est le reflet de l’histoire de la Transoxiane, rythmée jusque-là par les invasions des peuples nomades d’Asie centrale. Au , les Yuezhi détruisent le royaume gréco-bactrien et fondent l’Empire kouchan, qui permet au bouddhisme de s'implanter dans la région. Aux Kouchans succèdent les Shvetahûna au début du , dont la domination dure jusqu'à l’avènement du Khaganat turc à la moitié du . Après la division du Khaganat en deux entités, le Khaganat turc occidental maintient sa suzeraineté sur les différentes principautés de la Transoxiane, et lance parfois même des raids jusqu’à Balkh.