Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Bernard Kouchner
En mai 1994, un mois après le début du génocide au Rwanda, alors que Kouchner n'est plus ministre, il se rend dans le pays avec Renaud Girard, alors grand reporter au "Figaro" dans le but d'évacuer des orphelins tutsis retenus à l'hôtel des mille-collines de Kigali. Sur place, le général Dallaire, commandant de la force de l'ONU, la Minuar qui contrôle l'hôtel des mille-collines, est hostile à ce projet « d'exporter des enfants rwandais… pour que quelques Français bien-pensants se sentent un peu moins coupables du génocide ». Kouchner obtient cependant l'accord de toutes les parties le , mais rentre à Paris le avant la réalisation du projet. L'évacuation commence le .