Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Argument du saumon
En 1951, la proposition de l'archéologue autrichien Robert Heine-Geldern se heurte à une forte réaction, en majorité négative. Il suggère que des tribus germaniques pourraient avoir participé à la migration vers l'est des Tokhariens, et auraient ainsi provoqué l'adoption de mots d'emprunt germaniques dans la langue tokharienne, parce qu'il ne voit pas que les Germains auraient plutôt transmis leur mot "*fisk" ("Fisch"=poisson). Le germaniste  Willy Krogmann trouve l'idée de Heine-Geldern « sans aucun fondement. » Le spécialiste américain de l'Asie Denis Sinor la commente comme « une bonne documentation archéologique pour jeter une lumière sur des événements qu’à mon avis cette discipline ne peut éclaircir. »