Sélection naturelle
La diversité génétique dans une population d'individus a pour origine des modifications de l'information génétique dans l'ADN des cellules. Il s'agit : premièrement, de mutations ponctuelles dans la séquence d'ADN des gènes, ou de mutations plus importantes comme des réarrangements chromosomiques ; deuxièmement, de recombinaisons génétiques qui se produisent lors des transferts d'ADN des bactéries et lors de la reproduction sexuée des eucaryotes. On peut ajouter aux modifications du génome citées plus haut, une autre source de diversité génétique, soient les migrations par lesquelles le stock génétique dans une population donnée se voit renouvelé par l'arrivée d'autres membres de l'espèce porteuse d'un ensemble génétique différent.
Glissement génétique
Une mutation brutale dite cassure antigénique ou shift, peut également survenir, généralement par échanges de segments entiers de gènes entre un ou plusieurs sous-types viraux présents dans le même organisme (humain ou animal).Si cette mutation produit une forme suffisamment nouvelle de la protéine Ha et/ou de la protéine Na suffisamment différente de celles des virus communs, le sous-type viral doit être renommé responsable de pandémies.