Chiffrement
Bien que le chiffrement puisse rendre secret le sens d'un document, d'autres techniques cryptographiques sont nécessaires pour communiquer de façon sûre. Pour vérifier l'intégrité ou l'authenticité d'un document, on utilise respectivement un "Message Authentication Code (MAC)" ou une signature numérique. On peut aussi prendre en considération l'analyse de trafic dont la communication peut faire l'objet, puisque les motifs provenant de la présence de communications peuvent faire l'objet d'une reconnaissance de motifs. Pour rendre secrète la présence de communications, on utilise la stéganographie. La sécurité d'un système de chiffrement doit reposer sur le secret de la clé de chiffrement et non sur celui de l'algorithme. Le principe de Kerckhoffs suppose en effet que l'ennemi (ou la personne qui veut déchiffrer le message codé) connaisse l'algorithme utilisé.
Cryptographie multivariée
Pour déchiffrer, il faut posséder comme clé secrète un moyen d'inverser formula_6, noté généralement formula_7. Ce moyen est spécifique au chiffrement multivarié considéré, et c'est souvent en étudiant la manière dont formula_6 et son inverse sont choisis qu'une attaque a été découverte : en effet, il s'agit souvent d'une opération aisément inversible « masquée » par deux transformations, de manière tout à fait analogue à l'approche utilisée pour les chiffrements à base de codes, tels que le cryptosystème de McEliece, pour cacher le code.