Furie iconoclaste
Durant cette période, la Réforme atteint les Pays-Bas. Chez les riches marchands d'Anvers, le protestantisme trouve écho face aux pratiques luthériennes des marchands allemands hanséatiques, peut-être en partie pour des raisons économiques. La propagation du protestantisme dans cette ville s'appuie sur la fondation en 1514 du cloître augustin dans le quartier de St. Andries. Luther, augustin lui-même, enseigna à certains de ses moines, et ses écrits sont publiés en 1518. Les premiers martyrs luthériens sont d'ailleurs d'Anvers. La Réforme aux Pays-Bas espagnols concerne donc la superposition de plusieurs vagues de réformes : l'arrivée des luthériens, suivie par un fort militantisme anabaptiste, puis celui des mennonites, et enfin le protestantisme de Calvin. Chacun de ces mouvements a son existence propre en parallèle de celle des autres.
Protestantisme à Paris
En 1801, Napoléon Bonaparte signe le Concordat français avec le Vatican, qui reconnait le catholicisme comme . La loi du 18 germinal an X (), dit des articles organiques, organise les cultes protestants : les pasteurs sont payés par l’État. La loi de germinal a été imposée sans discussion avec les représentants des Églises. Pour les protestants, elle indique dans son article 16 : , le Consistoire pouvant gérer plusieurs paroisses, ce qui est contraire à la tradition ecclésiastique réformée presbytérienne, d'égalité entre les paroisses. Dans un rapport remis par le pasteur Marron au préfet de la Seine, Nicolas Frochot, en , il estime à plus de protestants déclarés à Paris. Cela suppose donc trois Églises consistoriales dans la même ville. Le gouvernement accepte finalement, le , qu'il n'y ait qu'une seule Église consistoriale réformée à Paris. Cette Église regroupe les protestants de Paris, de la banlieue et les petits groupes de l'Île-de-France. La loi prévoit aussi que ces Églises consistoriales doivent être dirigées par une assemblée, le Consistoire, regroupant le pasteur et un groupe de laïcs, semi-cooptés et . Le , l'ancien consistoire choisit douze personnalités pour l'aider à choisir les anciens. On trouve parmi eux sept banquiers. Le , les anciens du nouveau consistoire sont élus. Le Consistoire réformé de la Seine est reçu par Bonaparte le qui les félicite des choix faits. Le Consistoire réformé de la Seine désigne ses trois premiers pasteurs : Paul-Henri Marron, Jacques-Antoine Rabaut, ancien pasteur au Désert, appelé Rabaut-Pommier pour le distinguer de ses frères les députés Rabaut-Saint-Étienne et Rabaut-Dupuy, et Jean-Frédéric Mestrezat, descendant suisse d'un pasteur du temple de Charenton. Tous trois sont décorés de l'ordre de la Légion d'honneur en 1811 par Napoléon. Le 2 décembre 1802, l'ancienne église Saint-Louis-du-Louvre est définitivement donnée au Consistoire réformé de la Seine. Deux autres églises désaffectées lui sont rattachées : la chapelle du couvent des Visitandines, située rue Saint-Antoine, qui devient le temple protestant du Marais, et l'ancienne chapelle des Bernardines de Penthemont, rue de Grenelle. Cette dernière, utilisée par la Garde impériale, n'est libérée qu'en 1842.  En 1806, le gouvernement interdit aux luthériens de Paris de célébrer leur culte dans les ambassades étrangères. En 1808, un décret impérial instaure le Consistoire luthérien de la Seine, composé de douze membres, et deux pasteurs, Georges Boissard et Jean-Jacques Goepp. Il lui affecte le cloître et église des Billettes, 24, rue des Archives. L'église Saint-Louis-du-Louvre est trop petite pour accueillir les fidèles réformés. Dès , le Consistoire a la certitude que le projet de réunion des palais du Louvre et des Tuileries va entraîner la démolition de l'édifice, des bureaux, et du cimetière attenant. Il envisage de déménager le temple au couvent des Théatins, quai Voltaire, puis à l'Oratoire du Louvre, ancien siège de la Congrégation des Pères de l'Oratoire de France, vandalisé à la Révolution et occupé à ce moment-là par les magasins de décors de l'Opéra, du Vaudeville et du Théâtre Français. L'archevêque de Paris, le cardinal Maury, écrit le , au ministre des Cultes pour signifier sa vive opposition à ce projet. Finalement, le , le ministre des Cultes écrit au préfet de la Seine : . Le représentant du Consistoire réussit à obtenir que tous les décors soit déplacés pour le dimanche des Rameaux et tout le mobilier de l'église Saint-Louis-du-Louvre est alors transporté dans l'église de l'Oratoire. Le premier culte est célébré le . L'édifice n'est concédé définitivement au culte protestant qu'en 1844. En 1816 y est fondé la Délégation générale des diaconats, un service fédérant les actions sociales des différentes paroisses, qui devient ensuite le Centre d'action sociale protestant. En 1818, y est fondée la Société biblique protestante de Paris, ancêtre de l'Alliance biblique française.