Sélection naturelle
La diversité génétique dans une population d'individus a pour origine des modifications de l'information génétique dans l'ADN des cellules. Il s'agit : premièrement, de mutations ponctuelles dans la séquence d'ADN des gènes, ou de mutations plus importantes comme des réarrangements chromosomiques ; deuxièmement, de recombinaisons génétiques qui se produisent lors des transferts d'ADN des bactéries et lors de la reproduction sexuée des eucaryotes. On peut ajouter aux modifications du génome citées plus haut, une autre source de diversité génétique, soient les migrations par lesquelles le stock génétique dans une population donnée se voit renouvelé par l'arrivée d'autres membres de l'espèce porteuse d'un ensemble génétique différent.
Assimilation génétique
Ce que Waddington propose pour sa part, c’est qu’il existe des génotypes plus sensibles que d’autres à changer de trajectoire développementale en réponse à certaines conditions environnementales. Cette sensibilité reflète une plus faible résistance aux mutagènes, ce qui entraîne un taux de mutations au niveau du génome plus élevé que la normale. Cette sensibilité, à long terme, peut devenir héréditaire.