Furie iconoclaste
Durant cette période, la Réforme atteint les Pays-Bas. Chez les riches marchands d'Anvers, le protestantisme trouve écho face aux pratiques luthériennes des marchands allemands hanséatiques, peut-être en partie pour des raisons économiques. La propagation du protestantisme dans cette ville s'appuie sur la fondation en 1514 du cloître augustin dans le quartier de St. Andries. Luther, augustin lui-même, enseigna à certains de ses moines, et ses écrits sont publiés en 1518. Les premiers martyrs luthériens sont d'ailleurs d'Anvers. La Réforme aux Pays-Bas espagnols concerne donc la superposition de plusieurs vagues de réformes : l'arrivée des luthériens, suivie par un fort militantisme anabaptiste, puis celui des mennonites, et enfin le protestantisme de Calvin. Chacun de ces mouvements a son existence propre en parallèle de celle des autres.
Béarn
Le protestantisme dispose d'une implantation très ancienne en Béarn, la "Réforme" s'y organise à partir du avec Marguerite de Navarre et surtout sa fille Jeanne d'Albret. Celle-ci se convertit en 1560 à Pau, puis fonde l'Académie protestante du Béarn à Orthez en 1566. Jeanne d'Albret souhaite convertir les Béarnais à la religion réformée, en 1571 elle fait du Béarn une souveraineté protestante. Dès 1620, et l'annexion du Béarn à la France par , la religion réformée perd en influence. Malgré tout protège cette pratique, ce qui permet de maintenir une soixantaine de lieux de cultes dans la seconde moitié du . Les protestants sont devenus minoritaires en Béarn, mais sont toujours entre et . La révocation de l'édit de Nantes en 1685 par renforce nettement le déclin du protestantisme avec des persécutions (comme les dragonnades) et la fuite de nombreux huguenots vers des pays refuge. La plupart des protestants béarnais continuent leur pratique religieuse dans l'intimité du cadre familial ou dans les assemblées du désert. L'édit de tolérance de en 1787 permet aux non catholiques de bénéficier d'un état civil, avant que la liberté de conscience ne leur soit accordée en 1789 avec la "Déclaration des droits de l'homme et du citoyen". Les articles organiques du concordat de 1801 donne au protestantisme français une existence officielle.