Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Agnéen
L'agnéen est connu par une série de textes liturgiques bouddhistes transcrits dans une écriture qui est dérivée de la brahmi. On ne possède pas de texte profane en agnéen, contrairement au koutchéen. Une explication possible est qu'à l'époque où furent écrits ces textes, l'agnéen ne survivait plus que comme langue liturgique, et le koutchéen aurait encore été une langue vivante. Une autre hypothèse, cependant, est que cette absence s'explique simplement par l'attestation très fragmentaire des langues tokhariennes en général.