Infection urinaire
L'infection urinaire chez l'homme a pratiquement toujours une cause anatomique. Schématiquement : malformations congénitales dans l'enfance et l'adolescence, problèmes prostatiques chez l'homme âgé, calculs et tumeurs entre ces deux âges. La tuberculose rénale semble pouvoir aussi être une cause « anatomique » favorisante.
Lithiase urinaire
L'augmentation des taux de composés peu solubles dans une urine « concentrée » est également un facteur de risque. Cela explique la plus grande fréquence de la maladie en cas de déshydratation. Cela peut être dû à une canicule, un séjour en pays chaud, à un épisode fiévreux ou à d'autres raisons. Les hypercalcémies (taux élevé de calcium dans le sang) étaient réputées pour favoriser les calculs calciques. Cependant le mécanisme de production des calculs est polyfactoriel (plusieurs causes intriquées) et souvent complexe, associant souvent des facteurs d'origine génétique, des facteurs alimentaires et des anomalies métaboliques acquises.