Négation du génocide des Tutsi au Rwanda
La négation pure et simple considère qu'il n'y aurait eu au Rwanda que de simples massacres de masse, dont la quantité aurait été délibérément grossie par la propagande pro-FPR. Dans les procès devant le Tribunal pénal international pour le Rwanda (TPIR), plusieurs accusés ont tenté de contester l'existence d'un génocide au Rwanda. Conscient du temps perdu dans chaque procédure, le TPIR finit par instituer que le génocide n'avait plus besoin d'être prouvé. Le colonel Théoneste Bagosora déclara pour sa défense : « Moi, je ne crois pas au génocide. Au Rwanda en 1994, il y a eu des massacres excessifs auxquels il faut trouver une explication. ».
Twa de la région des Grands Lacs
Les Twa sont rarement pris en compte dans l'étude des conflits qui ont opposé les Tutsi et les Hutu au Rwanda et au Burundi dans les années 1990-2000. On estime qu'ils ont payé un lourd tribut lors du génocide de 1994 au Rwanda en 1994. Sur les Twa vivant au Rwanda au début des années 1990, on estime que seraient morts pendant le génocide (et auraient dû s'exiler). Pendant le génocide, de nombreux Twa ont aussi servi aux côtés des plus forts - les miliciens Hutu - ce qui a compliqué leurs relations avec le pouvoir Tutsi de Paul Kagame au cours des années qui ont suivi. Début 2000, de nombreux Twa ont été chassés de leur terre par les autorités rwandaises afin de construire sur leurs terres des maisons au profit des survivants du génocide.