Spectroscopie de fluorescence
La spectroscopie de fluorescence est une technique courante d'analyse en chimie organique et biochimie. Elle est également utilisée depuis quelques années dans le domaine du traitement de l'eau pour suivre le traitement des eaux potables et des eaux usées. En effet, la présence de matière organique portant des fluorophores permet d'obtenir des spectres 3D (Longueur d'onde d'excitation - Longueur d'onde d'émission - intensité de fluorescence) qui permet de caractériser la qualité d'une eau.
Autofluorescence
Dans certains microscopes (principalement des microscopes confocaux), il est possible d'utiliser différentes durées de vie des états excités des marqueurs fluorescents ajoutés et des molécules endogènes pour exclure la majeure partie de l'autofluorescence. Dans quelques cas, l'autofluorescence peut en fait éclairer les structures d'intérêt ou servir d'indicateur utile de diagnostic.