Ethnisme au Rwanda
Le génocide des Tutsi au Rwanda, qui se déroula au printemps 1994 après trente-cinq ans de pogromes anti-tutsi, a exacerbé l'enjeu polémique de ces théories car le régime, qui s'est auto-qualifié d'« Hutu Power » et a conduit le génocide, s'est appuyé sur la lecture coloniale de l'histoire de la population rwandaise. Dans les débats qui ont suivi le génocide tutsi, certains spécialistes, comme Jean-Pierre Chrétien, se sont opposés à cette notion « d'ethnisme au Rwanda », d'autres tels Filip Reyntjens ou Bernard Lugan ont avancé que si le clivage ethnique entre Hutu et Tutsi a été exacerbé par la colonisation, il était au moins en partie préexistant.
Négation du génocide des Tutsi au Rwanda
Une vive polémique est entretenue par les courants soutenant l'ancien régime rwandais. Ils soulignent qu'une plainte a été déposée en 2005 devant la justice espagnole contre les chefs de l'Armée patriotique rwandaise (le bras armé du FPR) de Paul Kagame pour des crimes commis au Zaïre en 1996 contre les réfugiés Hutu et les citoyens espagnols d'une association humanitaire. Ils font aussi valoir qu'une instruction judiciaire a été menée en France sur les causes de l'attentat du 6 avril 1994 par le juge Bruguière. Ils en concluent que ces procédures remettent en cause l'interprétation des faits relatés ci-dessus au profit de la thèse du "double génocide", assimilant les attaques menées par le FPR, au début des années 1990 au Rwanda et en 1996 au Zaïre, à un génocide des Hutu mené par les Tutsi.