Langues tokhariennes
En fait, il n'y a pas une seule langue, mais trois langues. Les deux premières à avoir été découvertes furent initialement appelées tokharien A et tokharien B. Dans la région de Koutcha, seuls des manuscrits en tokharien B ont été trouvés et cette langue est appelée aussi le koutchéen. L'essentiel des manuscrits en tokharien A provient de la région de Karachahr, plus précisément des ruines d'un grand complexe monastique qui se trouve à une trentaine de kilomètres au sud-ouest de cette ville, sur le site de Chortchouq. Dans cette région se trouvait autrefois un royaume, appelé Agni dans les textes sanskrits. Le terme d'agnéen peut donc être utilisé pour désigner le tokharien A. À Chortchouq, on a aussi trouvé des manuscrits en koutchéen. Enfin, des textes en koutchéen et en agnéen proviennent de différents sites de la région de Tourfan. Plus récemment, un ensemble de mots d'une langue similaire trouvés dans des manuscrits de Loulan a été désigné comme tokharien C ou "Kroränien."
Momies du Tarim
Parallèlement aux textes chinois, les habitants du Tarim du millénaire ont accédé à l'écriture, laissant des témoignages précieux sur leur langue, un rameau de l'indo-européen, et sur leur culture. Les Tokhariens du Tarim, successeurs ou descendants du peuple des momies, ont en effet laissé des textes écrits relativement nombreux. Cependant, si l'apparentement des Tokhariens du millénaire au peuple des momies des et millénaires est plausible, il n'est pas certain.