沿岸警備隊
第二次世界大戦後、旧大日本帝国海軍の残余艦艇と人員をもとに初期の海上保安庁が創設された。連合国軍による日本の非武装化政策により、当初の人員は1万名以内、船舶は125隻5万トン以下、武装も小火器のみに限られている。創設直後には掃海活動も重要な任務の一つとされ、その一部は朝鮮戦争に出動しており、作業中の事故で1名が殉職している。1952年（昭和27年）4月26日に将来的な分離独立までの臨時的措置として海上保安庁内に旧海軍軍人主体の海上警備隊（Maritime Safety Security Force）が創設され、同年8月1日には掃海部隊も含めて保安庁の警備隊（Safety Security Force）となり、1954年（昭和29年）7月1日の防衛庁設置に伴い海上自衛隊に改編された。このとき、「海上公安局」へ再編される予定であった海上保安庁の本体部分（海上警備隊系統を除く部分）は、組織移行を免れそのまま海上保安庁として存続することとなった。
船舶警戒部
太平洋戦争後期になるとアメリカ海軍潜水艦の通商破壊が激しくなったため、1943年（昭和18年）11月、日本海軍は海上交通保護の専門組織として海上護衛総司令部を創設。これを契機に、1944年（昭和19年）2月1日、民間船舶の自衛武装を統一的に管理運用するため、海上護衛総司令部の下部組織として船舶警戒部が設置された（昭和19年内令第275号）。船舶警戒部は横浜港に本部を置く外、11箇所の内地港湾と6箇所の外地・占領地港湾に支部を置いた。そして、終戦に至るまで、民間船舶の自衛武装を運用する船舶警戒兵の兵員教育や人事、派遣、給与などの一切を所管した。