モナ・リザ
描かれている女性の特定にもさまざまな説があり、「リザ」のモデルではないかといわれた女性は10名以上の名前が挙げられている。ミラノ公妃イザベラ・ダラゴナ、ミラノ公の愛妾チェチーリア・ガッレラーニ、フランカヴィラ公爵夫人コンスタンツァ・ダヴァロス ()、マントヴァ侯妃イザベラ・デステ、パシフィカ・ブランディーノ、イザベラ・グアランダ、カテリーナ・スフォルツァ、
レオナルドの母カテリーナ、
さらにはレオナルド自身だという説もある。
オーストラリア人芸術家スーザン・ドロテア・ホワイト () は『微笑みの解剖学、モナ・リザの頭骨 ("Anatomy of a Smile: Mona's Bones" )』（2002年）と『モナ・リザの噛み合わせ ("Mona Masticating" )』（2006年）で、『モナ・リザ』に描かれている女性の頭蓋の形状が、解剖学的に男性のものと酷似していると指摘した。ベル研究所のリリアン・シュワルツ () は、『モナ・リザ』は実質的にはレオナルドの自画像ではないかと主張している。『モナ・リザ』をデジタル解析した結果、『モナ・リザ』の女性の表情と自画像のドローイングの表情とが一致することが分かったとした。しかしながら、シュワルツが比較対象としたドローイングは、レオナルドの自画像ではないという説もある。レオナルドの伝記を書いた作家セルジュ・ブラムリー () は1994年に「（『モナ・リザ』の）モデルといわれる人物は、妥当か否かはともかくおよそ12名程度は存在する。なかには、モデルなどは存在せず、レオナルドが理想の女性を描いたと主張する者もいる」としている。
モナ・リザ
『モナ・リザ』に描かれている女性や風景については様々な憶測がある。例えば「15世紀後半の美的感覚、さらには21世紀の美的感覚に照らしても」モデルの女性が美しくは描かれていないことから、レオナルドは忠実にモデルの女性を写し取ったと考えられるなどといった説がある。また、矢代幸雄のように、『モナ・リザ』の背景に描かれている風景画が、中国の山水画の影響を受けていると主張する西洋美術史家もいる。しかしながら、これらの推測には確たる証拠がないため異論も多い。