肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
亜硫酸オキシダーゼ
亜硫酸オキシダーゼ（ありゅうさんオキシダーゼ、sulfite oxidase）は、すべての真核生物のミトコンドリアに存在する酵素である。亜硫酸が硫酸に酸化されることにより発生した電子は、シトクロム"c"を経由して電子伝達系へ移され、酸化的リン酸化によるATP合成に使われる。これは硫黄を含む化合物の代謝の最終ステップであり、硫酸は排泄されることとなる。