座席指定席
第二次世界大戦後の日本国有鉄道においては、「長距離利用者に速達サービスを行う」特別急行列車については、運行当初より1965年頃まで、ほぼ全列車が、全車両座席指定制で運行されていた。東海道新幹線も1964年の開業当初は全ての列車が全車両座席指定制であった。ちなみに、優等列車の中には、座席指定制で運行された列車が、同一系統で同格のほかの列車より格が上だとされるものがあったとされる。
自由席
JRの新幹線を含む特別急行列車では、2010年現在、寝台列車・一部の列車で普通車が全車全席指定となっているのを除くと、多くの列車で普通車に指定席のほか自由席も設定され、普通車が全席自由席の列車も存在する。