只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
尾瀬原ダム計画
尾瀬原ダム及び尾瀬分水については1948年（昭和23年）に逓信省より電力関連行政を継承した商工省により設立された「尾瀬原・利根川・只見川総合開発調査審議会」において最終的な決定を見るが、同時期只見川の大規模な水力発電計画を調査していた日本発送電東北支店が1947年（昭和22年）に「只見川筋水力開発調査概要」を発表し、逓信省案とは異なる尾瀬原ダム計画を計画した。これは後に審議会で「只見川本流案」として提示され、逓信省案は「尾瀬分水案」として両者は比較されることになる。