Mリーグ
運営は一般社団法人Mリーグ機構。初代チェアマンにサイバーエージェント社長の藤田晋、最高顧問にJリーグ初代チェアマンの川淵三郎が就任した。リーグ参加チームの所属選手に対しては最低年俸として400万円が保証されるが、一方で賭博行為への関与を固く禁じており、仮に関与が確認された場合には即解雇などの厳罰に処される。また対局時にはチームごとに定められたユニフォームの着用が義務付けられる。対局は全て東京・港区（日の出駅そば）に新たに設けられる専用スタジオ「Mリーグスタジオ」にて行われ、一部の対局では隣接する施設でのパブリックビューイングも行われる（有料）。
新日本リーグ
1954年、アメリカ・メジャー・リーグに倣い、下部組織（いわゆるファーム）を充実させることを目的に、セントラル・リーグ6球団の二軍により組織された。現在の日本野球機構が管轄する二軍のリーグ戦としてはこれが最初だった。ただ実際には、パシフィック・リーグ主導で西日本にある球団の二軍により組織された「関西ファーム・リーグ」への対抗措置だったとも言われている。