只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
須田貝ダム
この計画で矢木沢地点（矢木沢ダム）と幸知地点（藤原ダム）が多目的ダム建設対象地点に組み込まれたことにより、両地点の発電ダム計画は事実上建設省に移管され、日本発送電は電気事業者として共同参画するに留まった。さらに尾瀬原ダム計画も只見川水利権を巡る福島県・新潟県と群馬県の対立に加え、1951年（昭和26年）の「電力事業再編令」により誕生した東京電力と東北電力の尾瀬を巡る対立、翌1952年（昭和27年）に発足した電源開発株式会社が只見川の水力発電事業に参入するに及んで、混沌とした状態に陥った。事態の収拾を図るため1953年（昭和28年）に「電源開発調整審議会」による調停が行われ、只見川の開発は電源開発と東北電力が主体となって行い、東京電力は尾瀬沼に水利権を持つにも拘らず「尾瀬原ダム計画」は棚上げとされた。