隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
可児市
江戸時代の特記すべき事項として、塩村（現在の塩地区）におけるキリシタン弾圧が挙げられる。幕府は島原の乱以後キリシタンの取り締まりを強化していたが、1661年、塩村にキリシタンが多数存在することが発覚した。そのことを知った領主の林権左衛門は尾張藩主・徳川光友に捕縛を依頼し、信者24名が捕えられた。これを端緒に尾張藩の各地でキリシタンが露見し、1,000人以上の大検挙へと繋がった（濃尾崩れ）。塩村ではこの後の1697年にも30余名が検挙されている。