学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
医科大学
このうち自治医科大学と防衛医科大学校は、大学側が学費を負担する。防衛医科大学校は自衛隊医官、自治医科大学は僻地医療および地域医療の育成といずれも特定の職業に就く医師の養成を目的としているためである。学生は卒後に特定の分野への就職が義務付けられているため、それを拒否すると在学中にかかった費用を返還しなくてはならない。なお、その義務年限はいずれの大学でも9年間となっており、以降は自分の進みたい分野に進んでも学費を返還する必要はなくなる。