ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
クンドゥーズ州
1992年、ムジャーヒディーンがアフガニスタン民主共和国を倒したが、すぐに内輪もめが始まった。1993年頃のクンドゥーズ州はパシュトゥーン人のアブドゥル・ラスル・サイヤフ（）の影響下にあり、アミール司令官が地元の豪族・軍閥を率いていた。地元豪族の生業は農業と国境貿易であり、国境の街シルハンを巡ってラシッド・ドスタムと交戦した。隣国では1992年からタジキスタン内戦が起き、クンドゥーズ州には4万人の難民や反政府ゲリラが流入した。1994年3月、軍がカーブルとタジキスタンの間の輸送路を確保するために、州都クンドゥーズを占領した。1997年6月、ターリバーンはバルフ州のマザーリシャリーフを追われて敵中に孤立していた。ヘクマティヤール派のバグラニー司令官はターリバーンに協力し、クンドゥーズを占領した。9月、ターリバーンはマザーリシャリーフに再度侵攻したが、ドスタムに撃退された。1998年8月、ターリバーンはヘクマティヤール派の内応などによって、マザーリシャリーフを占領した。