学士（医学）
なお、通常は大学の修学年限は4年であるが、医学部・歯学部・獣医学部・薬学部は6年制であり、6年の修学年限を修了することで卒業が認められ学位が授与される。その代わり、大学院の4年制博士課程（6年制学部に直接接続する博士課程）に進学する際は、博士前期課程(修士課程)を経ず、4年制博士課程に進学し、博士号の取得を目指すことが可能である。前述の通り、医学分野の修士号も存在しており、これは、主に、他学部卒業生が大学院で医学分野の専攻に進む場合に目指す学位として位置づけられている。なお、医学部医学科などの6年制課程の卒業者が、博士後期課程（医学部医学科などに接続する4年制博士課程とは異なる）に進学する際は、通例修士の学位が必要とされ、一般的に修士課程または博士前期課程などへの進学を要する。
医官
防衛医科大学校卒業生は、全員が医官として自衛隊で勤務することになるが、卒業後9年以内に退官する場合は、教育に要した経費（卒業後の勤務年数によって異なるが、最高で約5000万円程度）を国庫に償還することになっている。しかし医官の補職では、たとえ病院（自衛隊病院）であっても臨床経験を十分に積むことが困難であり、医師としてのスキルアップに不安がある等の理由から、3分の1の者が9年の年限を待たずに退官している。