傷病手当金
同一の傷病事由についての支給期間は、現実の支給開始日から起算して最長1年6ヶ月である（第99条2項）。途中でいったん労務に服した後に再度同一の傷病により休業したとしても、延長はされない。受給中に保険者間の異動があっても、前後を通算して最長1年6ヶ月となる。傷病手当金の支給を受けている被保険者が、監獄、労役場その他これらに準ずる施設に拘禁されたとき（給付制限を受けたとき）も、その期間は1年6ヵ月の期間内に包合する（昭和4年7月10日事発1175号、昭和5年8月26日保規451号）。なお、日雇特例被保険者の場合は支給期間は6ヶ月（結核性疾病の場合は1年6ヶ月）となり（第135条3項）、船員保険の場合は3年となる（船員保険法第69条3項）。事業所の公休日についても傷病手当金は支給される（昭和2年2月5日保理659号）。支給を受けている被保険者が死亡した場合、死亡当日までは傷病手当金が支給される。
船員保険
健康保険における給付に加え、「自宅以外の場所における療養に必要な宿泊及び食事の支給」が行われる（第53条1項）。「自宅以外の・・・」については、職務外の事由だけでなく、職務上又は通勤による疾病又は負傷についても給付が行われるが（第53条4項）、披扶養者に対しては行われない（第76条1項）。給付は保険医療機関・保険薬局のほか、船員保険の被保険者に対して診療又は調剤を行う病院若しくは診療所又は薬局であって、協会が指定したものから自己の選定するものから受けるものとし（第53条6項）、「自宅以外の・・・」の給付は、協会の指定した施設のうち、自己の選定するものから受けるものとする（第53条7項）。
健康保険における「連続3日間の待期期間」要件が船員保険には設けられていない。したがって、労務に服することができなくなった初日から給付が行われる。また、健康保険では最長「1年6ヶ月」となっている支給期間は「3年」となっている（第69条）。
健康保険における「出産の日以前42日（多胎妊娠の場合は98日）」要件は、船員保険では「出産の日以前において船員法第87条の規定により職務に服さなかった期間」となる。船員法第87条は妊娠中の女子の使用を禁じているので、実際には妊娠が判明した初日から給付が行われる（第74条）。
被保険者が職務上の事由により1ヶ月以上行方不明になったとき、その被扶養者に対して、行方不明になった当時の本人の標準報酬日額相当を、行方不明になった日の翌日から3ヶ月間支給される（第93~95条）。ただし行方不明期間中に報酬が支払われる場合においては、その報酬の額の限度において行方不明手当金を支給しない（第96条）。
労災保険における休業（補償）給付では支給されない最初の3日間についても標準報酬日額の全額が支給される。4日目以降も所定の計算による額が休業（補償）給付に上乗せされる（第85条）。
労災保険における各給付に加え、所定の計算による額が上乗せされる（第87~92条、第97~102条）
乗船中に発生した職務外の傷病について、下船日から3ヶ月目の末日まで、自己負担なしで療養を受けることができる（第66条、船員法第89条2項）。医療機関に船舶所有者の証明を受けた療養補償証明書を提出することにより行う。「乗船中」には、乗船前や下船から再乗船までの間（雇入契約存続中に限る）であっても船員としての職務遂行性が認められるものを含む。
協会は、政令で定めるところにより、健康保険の各給付に併せて、保険給付としてその他の給付（付加給付）を行うことができる（第30条）。現在は「葬祭料」「家族葬祭料」の上乗せ給付（被保険者本人の死亡の場合は資格喪失当時の標準報酬月額の2ヶ月分から葬祭料（原則5万円）の額を控除した額、被扶養者の死亡の場合は死亡当時の被保険者の標準報酬月額の2ヶ月分の70%相当額から、家族葬祭料（5万円）の額を控除した額）を行っている（施行令第2条）。