石徹白騒動
評定所における吟味の焦点は、まず石徹白騒動の最大の原因ともいえる、社人の共有財産であった白山中居神社の造営林や他の社人の持ち林を勝手に伐採したり、追放した社人の資産を私物化し、更に社人から新たに三分の一の年貢を取り立てるなどという石徹白豊前の数々の専横ぶりであった。もちろん500名を越える大勢の社人を石徹白から追放したことについても大きな問題とされた。
豊臣秀次
フロイスが提示した原因はそれぞれ後世の歴史学者が主張した説とも符合するところもある。三鬼清一郎は秀吉と秀次政権との間に統治権の対立があったと主張しており、秀次切腹事件によって育っていた新体制が壊されたことが、結果的には豊臣政権そのものの崩壊へと繋がることになったとも言う。太閤と関白の権力闘争が秀次失脚の要因として、蒲生氏郷遺領相続問題に結びつけた朝尾直弘の説もある。ただこの朝尾説は、宮本義己により政策の決定権を有する太閤と、自主権を備えずに太閤の忠実な執行機関でしかない関白では同格形態での権力闘争は成立しないと反論されている。そして秀吉が我が子を可愛く思う余りに、秀頼の誕生によって甥の秀次が疎ましくなったが、関白職を明け渡すことに応じなかったため、口実を設けてこれを除いたという説は、従来より通説（溺愛説）として語られてきた。またこの溺愛説には、秀吉の意思というものと、淀殿の介入を示唆する石田三成讒言説と合わさったものとがある。