自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
エクスプレス予約
その後、2003年（平成15年）10月の品川駅開業と「のぞみ」大増発、特急料金の値下げにあわせて通常の「新幹線回数券」よりも割引率が大きく設定された。それでも、自由席利用の場合と比べて大幅に安くなることはなく（同額か若干安い程度）、自由席料金で座席指定が受けられる程度の内容であるため、自由席利用者にとっては金額的なメリットはあまりない。しかし、のぞみ指定席利用の場合の金額差は、東京 - 新大阪間の繁忙期で1,080円と、1回の乗車で後述のカード年会費と同額の割引額となり、また早割制度の条件と合致すればその差はさらに大きくなることから、指定席利用の場合、金額的なメリットは大きくなる。