隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
禁教令
先述のように元和年間を基点に幕府はキリスト教徒（隠れキリシタン）の発見と棄教（強制改宗）を積極的に推進していくようになった。これは世界に類を見ないほど徹底した禁教政策であった。