ミトコンドリア
ミトコンドリアは、ほとんど全ての真核生物の細胞に含まれる細胞小器官である。直径は0.5 μm程度であるが、形状は生物や細胞の置かれている条件によって多様である。球形、円筒形のものから紐状あるいは網目状のものまであり、長さが10 μmに達するものも珍しくない。1細胞あたりの数は、1つに維持されている細胞もあるが、多い場合では数千個のミトコンドリアが絶えず分裂と融合を繰り返しているものもある。
オピストコンタ
オピストコンタのうち、後生動物と菌類のみが多細胞性で、他は単細胞である。これらの単細胞生物はかつて襟鞭毛動物 またはメソミセトゾア と呼ばれていた（ただし現在、メソミセトゾアはイクチオスポレアのシノニムとされる）。そのほとんどは真菌よりは動物の方に近縁で、動物の起源を研究している生物学者たちから非常に注目されている。ツボカビもかつては原生生物に含めていたが、現在では菌界に含めることが多い。