自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
新幹線通勤
東北・北海道新幹線盛岡駅 - 新函館北斗駅間は原則として全席指定席となっている。在来線を含め、全席指定席の列車には原則として定期券での乗車ができないが、仙台駅 - 新函館北斗駅間では、特例として全車指定席列車については定期券利用者は普通車の空いている席に着席できるという扱いを行っている。もしその席の指定券を所持する乗客が来たら別の席に移動することになる。満席の場合は立席となる。同様に全席指定席となる秋田新幹線も扱いは同じである。