徳川慶勝
その年、池田屋事件が発生し、これに憤慨した長州藩が京都の軍事的奪回を図るため禁門の変（蛤御門の変）を引き起こす。しかし、これに失敗して長州藩は朝敵となり、幕府が長州征伐（第一次長州征討）を行うこととなる。征討軍総督には初め紀州藩主・徳川茂承が任じられたが慶勝に変更され、慶勝は薩摩藩士・西郷吉之助を大参謀として出征した。この長州征伐では長州藩が恭順したため、慶勝は寛大な措置を取って京へ凱旋した。しかしその後、長州藩は再び勤王派が主導権を握ったため、第二次長州征討が決定する。慶勝は再征に反対し、茂徳の征長総督就任を拒否させ、上洛して御所警衛の任に就いた。長州藩は秘密裏に薩摩藩と同盟を結んでおり（薩長同盟）、幕府軍を藩境の各地で破った。
伊木忠澄
元治元年（1864年）の第一次長州征討に際し、茂政は征討に批判的であったため、岡山藩の藩論もこれに同調した。忠澄は藩を代表して姫路に赴き、征長総督徳川慶勝に面会し、進軍の中止を求めた。しかし要求は却下され、12月に忠澄はやむなく藩兵を率いて西に向かい、翌元治2年（1865年）正月に帰国した。この年の4月、忠澄は家督を嫡子の忠恭に譲り隠居したが、引き続き藩政には関わった。