東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
マリ・アルカティリ
2002年5月20日、東ティモール民主共和国が独立すると初代首相（開発・環境相兼任）となる。首相が実権を握る同国において、独善的な政治で内外から批判を集める。そして、2006年に暴動やデモが起こる。その発端は、3月に東部出身の司令官が西部出身の兵士が民族的差別を受けたと抗議したが、逆にアルカティリは、東ティモール軍の兵の約半分の600人を解雇したことに端を発する。対立する兵士や警察の散発的な銃撃戦から武力抗争に発展し、5月に死者21名を出した。それに対してアルカティリは、オーストラリア軍が中心の治安部隊を要請した。また、反政府勢力からのアルカティリに辞任の声が強くなったが、一旦は、グスマン大統領がアルカティリと協議の上、軍の統帥権を握り、アルカティリの辞任要求を拒否した。そして、アルカティリ自身もその後、辞任を拒否している。しかし、市民のデモや暴動なども続き、2006年6月22日ついにグスマン大統領は、アルカティリに辞任を迫まり、辞任しないなら翌日グスマン自身が辞表を提出するとした。これに対してグスマン続投、アルカティリ辞任の要求する数千人規模のデモがディリで23日に起こる。アルカティリは与党フレティリンが求めるなら辞任という選択肢がありうることを示唆したが、フレティリンはグスマン大統領が求める首相辞任要求を即座に却下した。しかし、これに抗議しラモス・ホルタ外務大臣ら2名の閣僚が辞任し、抗することができずついに26日にアルカティリは辞任に追い込まれた。