ワジリスタン紛争
2004年3月16日、の中心地にアルカーイダの幹部アイマン・ザワーヒリーが潜伏している情報を察知したパキスタン軍はワナを攻撃し、ターリバーンの間で激しい戦闘が起こった（ワナの戦い）。
ヘラート
1979年にソビエト連邦のアフガニスタン侵攻が始まると、ソ連との国境に近いヘラートではタジク系の軍人イスマーイール・ハーンがソ連に対する抵抗戦を繰り広げた。1992年にムジャーヒディーンの連合政権が設立されるとヘラート州知事となったイスマーイール・ハーンは、ヘラートを本拠地としてタジク人の有力軍閥を形成し、アフガニスタン内戦では同じくタジク人のブルハーヌッディーン・ラッバーニー大統領の派に属した。しかし1995年9月5日、パシュトゥーン人中心のターリバーンによってヘラートは攻略された。
2001年、アメリカのアフガニスタン侵攻が始まると、同年11月12日にヘラートは亡命先のイランから帰国したイスマーイール・ハーンの軍閥によって奪還され、イスマーイール・ハーンが州知事に返り咲いた。しかし、アフガニスタンの移行政権においては軍閥解体を掲げるハーミド・カルザイ大統領と、主要な軍閥であるイスマーイール・ハーン派の対立が深まっているとされ、2004年9月にはイスマーイール・ハーンが中央政府の鉱工業相への異動を命ぜられたのをきっかけに州知事職を辞任。さらにこれに刺激されて州知事支持派による暴動が起こり7人が死亡するなど、不穏な情勢が続いた。
2007年現在、ハーミド・カルザイ大統領率いるアフガニスタン中央政府によってヘラートは完全に掌握されている。NATOの平和維持軍も市内外に展開し、政府による治安維持を支援している。