ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
アフガニスタン紛争
国際連合安全保障理事会決議1333では当時の状況を「紛争」と定義づけている。またアフガニスタンの状況を1976年以降から続いた紛争として扱い、国連や外務省ではポスト・コンフリクト状態と定義して復興支援に当たっている。国連アフガニスタン支援ミッションの政務官を務めた高橋博史は平成14年度版の外交青書において1978年以降を「アフガニスタン紛争」と表記している。