フランシスコ会
聖者フランチェスコ（ジョヴァンニ・フランチェスコ・ベルナルドーネ、アッシジのフランチェスコ）の活動の舞台となったアッシジはイタリア半島中部ウンブリア地方の古い街市であり、フランチェスコはアッシジの富裕な毛織物商ベルナルドーネ家の長男として生まれた。若いころは放蕩生活も経験したフランチェスコは、1206年、サン・ダミアノ教会の十字架から「早く行って私の壊れかけた家を建て直しなさい」という声を聞いて決定的な回心に至り、その神の啓示どおり教会の修復から本格的な宗教活動を開始した。フランチェスコは托鉢しながら平和と愛、清貧を唱えていくうち、しだいに互いに「兄弟」と呼びあう同志が増え、12人の仲間（11人説もある）とともに「小さき兄弟の修道会」(Ordo fraterorum minororum) と名乗るようになった。12人の仲間とは、
であった。集まった弟子の出自はさまざまであった。法学博士の財産家（ベルナルド）がいれば聖堂参事会の法律顧問（ピエトロ）がおり、騎士（アンジェロ・ディ・タンクレディ）もいれば、司祭（シルヴェストロ）や農民（エジディオ）もいた。この集まりはまた、当初は正式な組織ではなく、フランチェスコ自身も聖職者ではなかったが、1209年にローマ教皇インノケンティウス3世の認可を得て活動するようになった（11人説ではシルヴェストロの入会が1210年ころとなる）。インノケンティウス3世は、放置しておけばローマ教会への批判勢力となりかねないフランチェスコたちの清貧運動を、むしろ積極的に保護下においたほうがよいとの判断にもとづいて認可をあたえたものと考えられる。これにより正式な修道会となったフランシスコ会は、その後もローマ教会に対する忠誠を長くまもり続けていった。
1215年にはアッシジの有力貴族の息女でありながら、家を飛び出してフランチェスコにしたがったキアラ（クララ）を中心に、第二修道会（女子修道会）が活動を始めた。
フランシスコ会
この教勅を受けて、16代総長のは、60余名の収監中のスピリトゥアル派修道士に教皇への服従を求めた。多数の修道士はこれにしたがったが、なおも20名は抵抗した。そこでヨハネスは抵抗するスピリトゥアル派についての判断を13人の神学者からなる委員会に諮問した。神学者たちの答えは、あくまでも服従を拒み続けるのであれば、異端として断罪されるべきであるという見解で一致していた。ヨハネスはなおも教勅を受け入れない修道士をフランシスコ会の異端審問官僚ミシェル・ル・モワーヌに委ねた。最終的には5名を除いて異端的立場を捨て、教皇と総長に恭順を誓った。最後まで不服従を貫いた5人は「異端」とされ、直前に悔悛した1名のみ終身刑に処せられ、他の4名は世俗の手に渡され、1318年5月7日、マルセイユにおいて火刑に処せられた。ローマ教会が公認した会則にあくまでも忠実であろうとした人びとが生きながら火あぶりに処せられた、その光景には多くの人びとが衝撃を受けた。こののち、1328年までの10年間、異端審問による異端狩りがおこなわれた。マルセイユやモンペリエ、トゥルーズなどから多くの男女が、地方の司牧権力や世俗権力からの協力を得て、逮捕され、異端審問官たちによって尋問された。異端狩りの対象となったのは、スピリトゥアル派の信念を曲げなかった人びとと「ペガン」と呼ばれた多くの在俗信徒（第三会）の支持者たちであった。