意識障害
覚醒の主座は脳幹網様体調節系にあるとされている。これは脳幹にある上行性網様体賦活系と視床下部調節系からなると考えられている。上行性網様体賦活系にはあらゆる感覚刺激に対しての入力が存在する。即ち、痛み刺激や呼びかけ刺激は上行性網様体賦活系を介して、覚醒度をあげると考えられている。もうひとつ認知に関しては大脳皮質全体に存在すると言われている。基本的に意識障害がある場合はこのどちらか、あるいは両方が障害されていると考えられる。但し、脳自体に器質性の疾患がなくとも全身性疾患ならば両方を障害することは可能である。即ち、基本的に意識障害の人間を見た場合は脳幹、大脳皮質、全身性疾患の3つを考えればよい。
意識の境界問題
ここで境界問題とは、意識の統一と個別化が、なぜ素粒子というこの宇宙の最もミクロのレベルでもなく、宇宙全体という最もマクロなレベルでもなく、脳という宇宙全体の階層構造から見れば中途半端な所に位置するレベルで起きているのか、そして個別化された各意識体験の間の「境界」（Boundary）というのは一体どのようにして決められているのか、という問題である。