魔法少女アニメ
1992年に美少女戦士セーラームーンが登場するとブームになり、少女向けアニメ人気が復活した。これは5人の美少女が惑星の戦士に変身し敵と戦うという物語で、従来の少女向けアニメ、魔法少女アニメの要素に加え、戦隊物の要素も加わり、男女問わず人気を得た。少し遅れて『愛天使伝説ウェディングピーチ』、『ナースエンジェルりりかSOS』など同様の主題を持つ作品がいくつか現れている。一方で、『姫ちゃんのリボン』、『おジャ魔女どれみ』など魔法少女アニメの従来のイメージを発展させた作品も制作され続けた。
少女向けアニメ
2002年には公立の小中学校が完全週休2日制になったことを睨み、テレビ東京系において『満月をさがして』（2002 - 2003年）、『東京ミュウミュウ』（2002 - 2003年）、『わがまま☆フェアリー ミルモでポン!』シリーズ（2002 - 2005年・以下『ミルモでポン!』）と、広告代理店・出版社・スポンサー企業において競合関係となる3作を土曜朝に並べて放映するという試みが行われ、最も後座の『ミルモでポン!』がヒットし、2003年秋から2005年秋のシリーズ終了まではゴールデンタイム(19時台から22時台)に昇格して放映されていた。後継の『きらりん☆レボリューション』シリーズ（2006 - 2009年）も当時モーニング娘。に所属していた久住小春とタイアップした音楽CDやカードゲームなどが大ヒットし、一大ブームとなった。この2作は従来のヒット作よりも若干低年齢層となる小学校低学年を中心に売れ、2000年代の「女児向けアニメ」としても『おジャ魔女どれみ』シリーズ及び『プリキュアシリーズ』と肩を並べるほど人気を誇った。また、『しゅごキャラ!』シリーズ（2007 - 2010年）は初期に展開されていた玩具商品こそ不振で1年目限りで姿を消したものの、Buono!を起用した主題歌CDの売上が堅調で長期にわたってアニメ化された。また、これらの作品に交じる形で2000年から2003年にかけて『セーラームーン』シリーズ、2004年と2006年に『カードキャプターさくら』が共に全国ネットで再放映され、玩具商品が再発売された。2000年代の幼児・小中学生向け作品群の特徴として、『セーラームーン』を除き1-2年ごとに新作に入れ替えていた1990年代までと打って変わって、アニメ化する本数を絞る代わりに同一の作品を2年以上引き伸ばして継続する商業展開が多く見られ、人気が低迷するまで原作をアニメにあわせて展開する状況になっていた。また、これらの作品の多くは幼児から小学校中学年までの低年齢層が主な対象年齢となり、後述の10代以上向けの作品とは方向性および年齡層が完全に分かれ、小学校高学年以上の視聴者が減った。その波を受けて『ちびまる子ちゃん』を除いては『おジャ魔女どれみシリーズ』や『プリキュアシリーズ』などのアニメオリジナル作品と同様に『女児向けアニメ』と括られることが多くなった。