ベンゾジアゼピン
新しい非ベンゾジアゼピン系睡眠薬（Z薬）が、短時間型のベンゾジアゼピンよりも優れているかについては明確ではない。医薬品のこれらの2つのグループの有効性は同様である。米国医療品質研究機構（AHQR）によれば、ベンゾジアゼピン系の副作用は非ベンゾジアゼピン系よりも約2倍の頻度であることを、間接比較が示している。一部の専門家は、不眠症に対する一次選択の長期的な治療として、優先的に非ベンゾジアゼピン系を用いることを提案している。しかし英国国立医療技術評価機構（NICE）は、Z薬を優遇する確固たる証拠を発見できなかった。NICEのレビューは、長時間型のベンゾジアゼピンと比較された短時間型のZ薬の臨床試験が不適切であることを指摘した。短時間型のZ薬と、適切な用量の短時間型のベンゾジアゼピンとを比較した試験は存在しない。このことから、NICEは費用と患者の好みに基づいて睡眠薬を選択することを推奨している。王立オーストラリア総合医学会(RACGP)は効果と注意事項について、BZDとZ薬は同じであるとしている。
フルマゼニル
前述のように、フルマゼニルはGABA-A受容体のベンゾジアゼピン結合部位に作用しない薬剤は拮抗作用を示さない。しかし、実際の臨床では、セボフルランなどの吸入麻酔やフェンタニールなどのオピオイドだけで麻酔を行った症例に対して、術直後にフルマゼニルの単回投与を行っただけで、麻酔からの覚醒時間が有意に短縮することが知られている。これはフルマゼニルがこれらの薬剤を拮抗した訳ではなく、脳内でベンゾジアゼピン類似の活性を示す内因性エンドゼピン‎‎をフルマゼニルが拮抗するためと考えれている。