ダウド・ブルエ
スハルト政権成立後、アチェの自治権は次第に制限され、シャリーアに基く統治も禁止された。また、アチェから産出される天然資源の利益をインドネシア政府が独占したため、インドネシアへの反発が強まった。こうした中、かつて「インドネシア・イスラム国」の国連大使兼アメリカ大使だったハッサン・ディ・ティロが1976年12月4日に自由アチェ運動を組織し、再びアチェの独立運動を開始した。ハッサンはダルル・イスラム運動の掲げたイスラム社会の実現から民族独立へと主張を変えたが、ダウド・ブルエは「アチェが独立すればイスラム社会を実現出来る」として自由アチェ運動を支持した。
自由アチェ運動
当時の『アジア動向年報』ではCOHAをメガワティ政権初の政治的成果と評価されたが、アチェ駐留軍は協定を無視してGAMの掃討作戦を継続、GAMも政府との対話路線を捨てて武力衝突が続いた。2003年3月には和平合意により治安維持を担当していた合同治安委員会 (JSC) の地方事務所が住民により襲撃された。GAMはこれを国軍主導によるものだと主張したが4月1日、ユドヨノ政治治安調整大臣はこれをCOHA違反だとみなし、COHAに基づき1カ月以内の合同協議開催を要求した。GAMは4月25日から2日間ジュネーブで合同協議を行うことに一旦は合意したものの、直前に2日間の延期を求め中央政府は合同協議参加を取りやめた。メガワティ大統領は5月12日までにアチェ特別自治法を受け入れ武装解除をするようGAMに最後通牒をしたが、GAMはCOHAでは対話の出発点として特別自治法を認めただけであり特別自治法そのものを受け入れたわけではないとして要求を拒んだ。5月6日、メガワティ大統領は合同協議開催に応じなければ統合軍事作戦へ移行する意向を固め、警察はJSCに加わっているGAMメンバー4人を州外に出る報告を怠ったとして逮捕した。だが、GAMは5月12日時点で合同協議開催に応じず、JSCはフィリピン軍、タイ軍のメンバーも撤退したことで事実上解体に至った。