Mリーグ
運営は一般社団法人Mリーグ機構。初代チェアマンにサイバーエージェント社長の藤田晋、最高顧問にJリーグ初代チェアマンの川淵三郎が就任した。リーグ参加チームの所属選手に対しては最低年俸として400万円が保証されるが、一方で賭博行為への関与を固く禁じており、仮に関与が確認された場合には即解雇などの厳罰に処される。また対局時にはチームごとに定められたユニフォームの着用が義務付けられる。対局は全て東京・港区（日の出駅そば）に新たに設けられる専用スタジオ「Mリーグスタジオ」にて行われ、一部の対局では隣接する施設でのパブリックビューイングも行われる（有料）。
東海フットサルリーグ
2006年4月には日本初のプロフットサルクラブとして大洋薬品/BANFFが創設され、北原亘、森岡薫、松宮充義、定永久男など日本代表クラスの選手を多数集めた。2006-07シーズンの東海リーグでは初出場初優勝し、2007年のFリーグ創設とともに名古屋オーシャンズに改称してFリーグに参入した。静岡県の強豪クラブとしては川原永光などを輩出した田原フットサルクラブがあり、2012年には東海リーグとFリーグ準会員リーグを掛け持ちする予定だったが、ステラミーゴいわて花巻がFリーグを脱退したこともあって急遽2012-13シーズンからのFリーグ参加が決まった。