リッチモンド・ピータースバーグ方面作戦
リーは最終的に圧力に屈した。1865年3月25日には補給線が遂に切断されて本当の包囲戦が始まり、このためリーは1865年4月にはリッチモンドとピーターズバーグを放棄し、これは更なる撤退とアポマトックス・コートハウスにおける降伏に繋がった。ピーターズバーグ包囲戦は第一次世界大戦で常態化した塹壕戦の先例として軍事史の中で特筆される。また南北戦争の中でアフリカ系アメリカ人の兵士を最も大量に投入した戦いであり、彼らはクレーターの戦いやチャフィン農園の戦いなどで大きな犠牲を出した。
第一次カーンズタウンの戦い
北軍の勝利にも関わらず、エイブラハム・リンカーン大統領はジャクソンの大胆さとワシントンに対する潜在的な脅威に動揺した。バンクスをアルフェウス・ウィリアムズの師団を付けてバレーに戻した。またジャクソンが西バージニアに移動してジョン・C・フリーモント少将の部隊を攻撃することを恐れ、マクレランのポトマック軍からルイス・ブレンカー准将の師団を引き抜いてフリーモントの部隊を強化した。さらにこの機会を利用して、マクレランの半島方面作戦実施に際するワシントン防衛計画を見直し、守備兵力が不十分であると判断した。そこで、マクレランの支援のためリッチモンドに向かって南下することとなっていたアービン・マクドウェルの軍団を、首都近郊に残すように命じた。マクレランは、これらの兵力供出により、リッチモンド攻略は不可能になると反論した。ジャクソンのカーンズタウンに対する攻撃は、彼の軍歴における唯一の敗北になったが、それによって北軍が戦略的な再配置を行うことになり、南軍全体にとっては戦略的な勝利となった。ジャクソンのバレー方面作戦での残り期間は、3個の軍に編成された優勢な北軍に対して、電撃的な動きと5度の勝利を上げたものであり、ジャクソン南軍で最も有名な将軍の地位に引き上げさせた。ただし後にジャクソンの上官であるロバート・E・リー将軍にその評判が移行した。
ジャクソンはこの敗北について責任を受け入れることを拒否し、その後は以前の自隊であるストーンウォール旅団の指揮官リチャード・ガーネット准将を、許可を出す前に戦場から離脱したとして逮捕させた。このストーンウォール旅団の撤退は、北軍の攻撃のほとんどを受け止めて南軍損失の大半を出した後のことであり、ファルカーソン旅団の右翼を曝し、その旅団も撤退させることになり、恐慌を来させることになった。ガーネットの後釜にはチャールズ・S・ワインダー准将が充てられた。9月のメリーランド侵入のとき、ロバート・E・リーがガーネットに対する告発を止めるよう命じたが、ガーネットは1年以上も軍法会議の屈辱を味わい、ゲティスバーグの戦いではピケットの突撃の時に戦死することになった。