文楽
1684年、古浄瑠璃を独自に発展させた「義太夫節」の始祖である竹本義太夫が、大坂に「竹本座」を建て、自らの義太夫節の演奏と人形による三業（後述）での人形浄瑠璃の興行を始めた。その後、竹本義太夫の弟子が独立し豊竹若太夫を名のって興した「豊竹座」と競うなど、隆盛の時代には複数の興行元を数えたが、明治初期には興行元が「彦六座」と「文楽座」の2座のみとなった。その後に彦六座が解散、興行が文楽座のみとなったため、「文楽」という2字の名称が、すべての人形浄瑠璃の代表的存在、ならびにその代名詞と化したものである。
浄瑠璃寺
それから干支が一巡した60年後の嘉承2年（1107年）、本仏の薬師如来を「西堂」に移したとの記録がある。ただし、「西堂」についての具体的な説明はない。『流記事』はここで別の記録（『戒順坊阿闍梨日記』）を引いて、この時に旧本堂を取り壊して、そこに新本堂を建立し、翌年に仏像の開眼供養をしたと説明している。この記録から、当寺の当初の本尊（本仏）が薬師如来であったことがわかり、寺号も薬師如来の浄土である東方浄瑠璃世界に由来することがわかる。現・三重塔本尊の薬師如来坐像が当初の本尊であった可能性も指摘されている。また、この嘉承2年に建立された新本堂が、現存する国宝の本堂であるとするのが通説である。それから50年後の保元2年（1157年）には本堂を西岸に「壊渡」したとの記録がある。「壊し渡す」とは、「解体して移築した」の意に解釈されている。「西岸」とは、池の西岸、すなわち、現存する本堂の建つ位置にほかならない。それ以前の本堂が寺内のどの場所にあったかは定かでないが、地形等からみて、池の北岸にあったとする説もある。