高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
平成
2001年（平成13年）1月6日の中央省庁再編により文部省を改組して、科学技術庁を吸収合併して廃止する形式で文部省と科学技術庁が統合されて、文部科学省が設置される。2003年（平成15年度）から情報科が新設されて、高等学校の必修教科となる。2011年（平成23年度）から小学校で、外国語活動の時間が設けられて、2012年（平成24年度）から中等教育で、安全性の問題が議論されている武道科（剣道科・柔道科・相撲科）の3種目と指導方法の向上が必要であるダンス科（創作ダンス・フォークダンス・現代的なリズムのダンス）が導入されて、3 種目から選択して必修化されるようになった。2012年（平成24年度）から、木造校舎の建設を可能とするため木造校舎の焼失実験が実施されて、1972年（昭和47年）に終了した放射線教育が約30年ぶりに中学校の理科で復活した。