心身問題
意識は脳と相互作用する事はあっても、意識自体はモノではなく、それ自体独立した存在である(実体二元論)と考える者も科学者の中には存在する。生理学者であるチャールズ・シェリントンは「人間は脳と心から成り立っているという可能性は、人間は脳のみから成るという考え方に比べて、可能性と言う点では特に差はないと思われる」と述べた。ワイルダー・ペンフィールドは晩年に「二元論的な仮説の方がより合理的なようだ」と著書に記している。フランスの哲学者であるアンリ・ベルクソンは、脳の役割は記憶を貯蔵し意識を生み出すのというものではなく、フィルターないしリミターであり、より広い領域から記憶を選択的に呼び出すものだという説を展開した。
ケンブリッジ大学の数学者ロジャー・ペンローズとアリゾナ大学のスチュワート・ハメロフは、意識は何らかの量子過程から生じてくると推測している。ペンローズらの「Orch OR 理論」によれば、意識はニューロンを単位として生じてくるのではなく、微小管と呼ばれる量子過程が起こりやすい構造から生じる。この理論に対しては、現在では懐疑的に考えられているが生物学上の様々な現象が量子論を応用することで説明可能な点から少しずつ立証されていて20年前から唱えられてきたこの説を根本的に否定できた人はいないとハメロフは主張している。
超越瞑想
マハリシは、瞑想中に体験するのは、全宇宙を制御し支配している自然法の内側の仕組みであり、超越瞑想で悟りへと至る至高の知識はインドのヴェーダーンタの知識であると述べている。超越瞑想では、意識には7つの状態があるとされる。通常の、起きている、夢を見ている、眠っている、の3つの意識状態があり、これは相対的な意識の状態であるとされる。そして、4番目の意識として、3つの相対的意識状態全ての源でありそれを超越する純粋意識の体験があり、体は深く休息しながら心は目覚めて明敏な状態になり、超越瞑想で体験できるという。被造物のもっとも精妙な領域を超越すると、超越的で神聖な絶対の至福が直接自覚され、心が完全にそれと一体になるという。この目覚めの意識と純粋意識というふたつの意識状態を同時に生きる状態が、5番目の意識状態であり、純粋意識、「真我」の状態、完全な自覚、永遠の生命、完全な自覚であるとされ、宇宙意識と呼ばれる。これらの悟りから、内側の自己が絶対であり、外側の世界が相対であるという関係を悟り、この関係を確立したとき、創造主を悟るために立ち上がり、創造主を悟ると、さらに創造主と内なる自己の関係を確立しようとする。絶対と至福の相対を同時に生きるようになると、この関係がわかり、本質的に同じものであると気づく。この状態が第6の意識であり、神意識であるとしている。宇宙意識に達すると、ヨーガすなわち「合一」は完成し、この状態が献身を通して洗練され、その状態をしばらく生きると、献身は至高の知識である第7の意識統一意識の中に成就を見出すという。マハリシは、神という言葉がこれだけ長くつかわれてきたということは、この言葉が無意味ではない理由があり、人間はもし望むなら統一意識へと到達することができるということを意味しているという。人間は最高に成長すれば、あらゆることが楽になり、自然の支援を受け、あらゆる想念が実現し、あらゆることを楽しむことができ、人はそのようなレベルで人生を楽しむべきであると述べている。