東京駅の歴史
1987年（昭和62年）4月1日、日本国有鉄道は分割民営化されてJRグループが発足した。分割方法に関しては様々な意見もあったが、結局東海道新幹線は東海旅客鉄道（JR東海）が一括して営業することになり、東京駅は在来線部分を引き継ぐ東日本旅客鉄道（JR東日本）との間で分割されることになった。新幹線の財産に関しては、各社の収益を調整するために設置された新幹線鉄道保有機構に帰属することになったが、どの部分をどの会社に帰属させるかが問題となった。最終的に、東海道新幹線が使用する線路やプラットホームがある範囲の上下の空間と土地はJR東海に帰属させることになった。これは、東海道新幹線の設備から雨だれが落ちてくる範囲はJR東海に帰属する、ということで「雨だれ方式」と呼ばれた。ただし第7プラットホーム（14・15番線）については、建設時には東北新幹線用として計画されたという経緯があったためにJR東日本に帰属するのが本来であるという考えがある一方、当時東北新幹線はまだ東京まで開業しておらず現実には東海道新幹線用に使用されていたことから、様々な議論が行われた末に、土地はJR東日本が所有するが設備は新幹線鉄道保有機構に帰属し、土地を無償で機構が使用できる地上権を設定することになった。こうして土地と空間はJR東日本とJR東海に帰属し、新幹線専用の設備については新幹線鉄道保有機構の所有となった。後に1991年（平成3年）10月に新幹線鉄道保有機構からJR各社が設備を買い取り、東京駅の設備はJR東日本とJR東海が所有するようになっている。
日本の鉄道史
本州の旅客会社（JR東日本、JR東海、JR西日本）3社は、初年度から黒字経営が続いた。この3社はいずれも新幹線を運行しているが、施設使用料が応能負担であり株式上場の妨げとなっていたため、新幹線の買取を国に働きかけ、1991年に実現した。このときに新幹線保有機構の持っていた債務を引き継ぐと同時に、国鉄清算事業団の債務の一部も3社が負担するなどの施策が行われ、合計15兆円以上が3社の負担となった。この3社は現在も安定した黒字経営を続け、債務返済を行っている。経営の順調な本州3社は通常の株式会社への変更を目指して経営努力を続け、JR東日本が2002年6月、JR西日本が2004年3月、JR東海が2006年4月に完全民営化に移行した。JR北海道、JR四国、JR九州の3社は、経営安定基金の運用益からの補填を受けた後の収支がほぼ均衡している状況が続いていたが、多角化経営に成功したJR九州は2016年10月に3島会社の中で初めて完全民営化に移行した。JR貨物は発足当時はバブル景気の影響を受けて黒字が続いたが、景気が低迷した1993年以降8年間連続して経常赤字となった。その後経営努力により経常黒字に戻している。
国内航空が発達した結果、東京・大阪から北海道や南九州へ行く旅客はほとんどの人が飛行機を使うようになった。民間航空各社の割引料金が多様化し、東京・大阪間や大阪・福岡間では新幹線と航空機で一部拮抗した料金も見受けられる。北海道から九州まで日本全国に高速道路が網羅された結果、旅客は鉄道と高速バスの両者について到達時間と料金を比較して選択できるようになった。JR各社は昼間の特急列車をスピードアップして到達時間の面で高速バスに対抗したが、一方で他交通機関への競争力を失って利用客が激減した夜行列車は大幅に削減した。その後夜行列車はカシオペアやトワイライトエクスプレスのような、資金と時間にゆとりのある旅行客向けの列車のみが人気を博し、2010年代からは「ななつ星in九州」など富裕層をターゲットとしたクルーズトレイン型が主となっている。
また1988年の瀬戸大橋と青函トンネルの開通（一本列島）で鉄道連絡船に乗り換えることなく四国や北海道に直接渡る事が出来るようになり、鉄道の利便性は向上した。その中で前者は到達時間の短縮によって大幅な旅客増を実現したが、後者については旅客増はほとんど無く貨物輸送の強化に貢献したのみであった。自家用車の普及は鉄道を利用する通勤客や買い物客の減少を招き、地方の普通列車の乗客は通学生や老人が目立つようになっている。