ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
連邦直轄部族地域
パキスタンで最も辺境の地域と言われ、また憲法によって事実上現地の部族による自治が認められていた。そのためパキスタンの法律制度が行き渡っておらず、犯罪行為が横行しテロ組織や反政府武装勢力の温床となっていた。特に地域南部のワズィーリスターン（ワジリスタン）は隣国アフガニスタンから逃れてきたアルカーイダやターリバーン、反政府勢力のパキスタン・ターリバーン運動などが潜伏しているとされ、パキスタンおよび同盟国のアメリカ合衆国らによる掃討作戦が実施されている（ワジリスタン紛争）。