不眠症
ベンゾジアゼピンは無意識に誘導し、浅い睡眠を促し、深い睡眠に費やす時間を減少させるため、実際には睡眠を悪化させる。他の問題としては、短時間作用型の睡眠補助薬を不眠症に定常的に使用していると、日中の反跳性不安を生じさせる。ベンゾジアゼピンは睡眠の開始を助け、睡眠時間を増やすが、深い睡眠を減らし浅い睡眠を増やす。不眠症におけるベンゾジアゼピンの利益に関する証拠は少なく、重大な害についての証拠がありながら、処方は増加し続けてきた。多くの人にとって、不眠症に対するベンゾジアゼピンの長期的な使用は不適切であると認識されており、ベンゾジアゼピンの長期的影響について有害な副作用の懸念があるため、徐々に減薬し断薬することが推奨される。
気分障害
大うつ病性障害はまた、遷延性離脱症候群の一部あるいはベンゾジアゼピン系の慢性的な使用の結果として発症する。ベンゾジアゼピン系は、不眠症、不安、筋肉けいれんの治療に広く用いられる医薬品である。アルコールと併用した場合、セロトニンやノルアドレナリンの濃度の増加のような神経化学上のベンゾジアゼピン系の作用で、抑うつを増す反応があると考えられている。大うつ病性障害は、ベンゾジアゼピン系の離脱症状の一部として生じる可能性がある。ベンゾジアゼピン系の依存症を有する患者における長期間の調査研究において、2人にだけ先行した抑うつ障害があり、長期にわたるベンゾジアゼピン系医薬品により10人の患者（20%）に過量摂取があった。段階的に離脱する計画から1年後、さらなる過量摂取をした患者はいなかった。ベンゾジアゼピン系からの離脱の結果である抑うつは、通常は数か月後に治まるが、少数の例では6〜12か月にわたり存続する可能性がある。