ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
バングラデシュ独立戦争
この独立戦争には前史がある。1952年、パキスタンの植民地支配に対し、バングラデシュは自国言語バングラ（ベンガル語）を守るため立ち上がった。1962年から1969年にかけてベンガル人からの激しい反発があり、パキスタンの軍事独裁者の失墜に至った。1970年、パキスタンの議会選挙があり、パキスタン・アワミ連盟が過半数を獲得した。しかし憲法に反しパキスタンの指導者たちは党に権力を譲ることを拒んだ。1971年3月7日、ベンガル人のリーダームジブル・ラフマンがパキスタン政府への非協力政策を10万人の立ち会うもとで宣言した。