十兵衛暗殺剣
寛永元年（1624年）、遠乗り中の将軍・徳川家光の前に一人の侍が立ちはだかる。侍の名は幕屋大休、新陰流の開祖・上泉伊勢守の高弟・松田織部正の弟子であった。松田は小太刀をとっては柳生新陰流の祖石舟斎をも凌ぐと言われた達人だったが、豊臣家に仕えたため不遇のうちに世を去っていた。幕屋は松田から印可状を受けた自分こそが新陰流の正当な継承者であると主張、家光に同道していた将軍家剣術指南役・柳生十兵衛に挑戦する。家光は柳生の指南役としての面目を慮り、幕屋の主張を黙殺するが、その後幕屋は弟子を率いて柳生一門を挑発、これに乗せられた柳生の門弟たちは幕屋を襲撃して返り討ちに遭い、その他の門弟たちも惨殺されてしまう。
柳生十兵衛七番勝負 島原の乱
近衛十四郎と千葉真一に次ぐ3代目・柳生十兵衛に村上弘明を据えた第1シリーズ『柳生十兵衛七番勝負』が、大層好評だったことから制作された第2弾。「痛みのある殺陣」で真実味のある剣術の戦いを描いた前作のテーマを踏襲し、本ドラマでは島原の乱という史実に、剣豪同士の戦いと徳川幕府の転覆を図り暗躍する者たちが絡まる物語となっている。第1シリーズが津本陽の小説『柳生十兵衛七番勝負』（文藝春秋）を原作としているのに対して、本シリーズは土台としているものの、全くのオリジナルストーリーである。主要人物は村上以下第1シリーズから引き続きの出演者は同じ配役であるが、由比富士太郎のみ和泉元彌へ代わった。