高等学校必履修科目未履修問題
2007年11月16日、福島県立白河高等学校が日本史・情報など必履修の科目や教科の一部を未履修のまま2006年度の3年生全員（317人）を卒業させていたことが発覚した。福島県教育委員会にも報告せず、短時間の補習やレポート提出などの救済措置も取らなかった。また、同年12月には古川学園中学校・高等学校においても、必履修の教科科目の一部を未履修のまま2006年度の3年生を卒業させていたことが判明した。
東京都立国立高等学校
現在、校則はほとんどなく自由な校風でクラス編成は、3年間クラス替えのない「持ち上がり制クラス」となっている。2004年（平成16年）度より自校作成問題を3教科で実施している。国語の問題は他校と比べて記述問題が多く、選択肢で答える問題が少ない。なお、石原慎太郎都知事辞任直後の2013年（平成25年）、国分寺高校入試での一部問題流用を理由として東京都教育委員会が2014年（平成26年）度からグループ分けに基づくグループ作成問題に変更した。ただし、進学指導重点校などでは一部自校作成問題に差し替えて出題している。2018年度入試からは、また3教科で自校作成問題を採用している。