エキソソーム複合体
真核細胞ではこれらの9個のユニットに加え、さらに2個のユニットが付随することが多い。その内の一つがRNase Rファミリーに属する加水分解リボヌクレアーゼRrp44である。Rrp44はエキソリボヌクレアーゼ、エンドリボヌクレアーゼ双方の活性を持つが、その機能はRrp44内の別々のドメインが担当する。酵母では、Rrp44は全てのエキソソーム複合体に付随しており、その活性に重要である。ヒト細胞にもこのタンパク質ホモログが存在するにもかかわらず、長い間それがヒトエキソソーム複合体に付随するという証拠は得られなかった。2010年になって、ヒトのRrp44ホモログが3つ発見され、そのうち2つが複合体に付随することが分かった。その内1つ(Dis3L1)は細胞質に、1つ(Dis3)は核に局在するため、 異なったRNA基質を分解する。
2つ目のタンパクは、酵母では"Rrp6"、ヒトでは"PM/Scl-100"とよばれる。Rrp44と同じく加水分解性エキソリボヌクレアーゼだが、このタンパクはRNase Dファミリーに属する。PM/Scl-100は核エキソソームの一部だが、細胞質エキソソームの構成要素とも成り得る。
四次構造
九量体以上の複合体が確認されることは滅多にないが、重要な生体物質にも例外はある。ウイルスのカプシドは60個から成るタンパク質複合体で構成されていることが多い。数種の分子機械もまた細胞内で確認される。その一つ、プロテアソームは4つの七量体環から成るため、合計すると二十八量体ということになる。その他の分子機械に、転写複合体、スプライセオソームなどがある。リボソームは恐らく最大の分子機械で、多数のRNAとタンパク質分子の集合体である。
時々、タンパク質同士が会合して更に大きな複合体を形成することがある。このような場合、「二量体の二量体（dimer of dimers）」「二量体の三量体（trimer of dimers）」といったような命名法を使用する。これにより、タンパク質の複合体が単量体に乖離する前に、小規模の部分複合体に一旦乖離する可能性を示唆することができる。