ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
無神論の歴史
エピクロス(紀元前300年頃)もまた無神論の歴史において重要である。デモクリトスら原子論者の思想を継承して、彼は唯物論的哲学を支持した。彼の唯物論的哲学では、神の干渉は必要なく、偶然の法則のみによって世界が支配されている。彼は神が存在すると述べたが、神は人間の存在に関心を持たないと考えていた。エピクロス主義の目的は、神の怒りを恐れることは非合理的であるということを暴き、心の平安を達成することであった。エピクロスの思想を最も感動的に表現したものとしてはルクレティウスの『物の本質について』(紀元前1世紀)がある。ルクレティウスは「神は存在しない」と宣言した。エピクロス主義者は死後の世界の存在も否定した。エピクロス主義者は迫害されることはなかったが、彼らの教説は論争を引き起こし、ストア派やネオプラトニスムと言った主流派の学派から厳しく攻撃された。エピクロス派の流れは細々と存続し、ローマ帝国の終焉とともに徐々に滅びて行った。