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ウラジーミル・プーチンは1999年12月、エリツィンの突然の辞任を受けて首相から大統領代行に就任し、翌2000年3月の大統領選挙に勝利、ロシア連邦の2代目大統領に就任した。2005年3月の大統領選挙では得票率71%で再選を果たしたのち、2008年5月に大統領の座をドミートリー・メドヴェージェフに譲り、首相に就任した以降も国民からの人気が高く、政治的な影響力を保持した。2012年5月にはプーチンが第4代大統領に就任した。プーチンの経済政策の特徴は、エリツィン同様に市場経済重視の自由主義政策を推進する一方で、エリツィン時代に政治力を強めた新興財閥（オリガルヒ）を弾圧するといった、強権的な側面も併せ持っている。
チェチェンの歴史
1999年10月1日にロシア地上部隊がチェチェン侵攻を開始する。ウラジーミル・プーチンロシア連邦首相はマスハドフ政権の合法性を認めず、チェチェンの分離独立派排除を試みる。マスハドフは10月5日に全土に戒厳令を発布する。二ヶ月後の12月4日にはロシア軍がグロズヌイを完全包囲したと発表。同月末の25日には本格的な制圧作戦を開始する。
2000年2月にはチェチェンの武装勢力がグロズヌイからの撤退を表明。この時点でロシア軍側の戦死者は1,500名以上に及んでいた。4月にメアリー・ロビンソン国連人権高等弁務官がチェチェンを訪問する。彼女は後に国連人権委員会でチェチェンでの人権侵害はロシア軍によるものとして非難した。欧州評議会では一時期ロシア代表の投票権が停止され、評議会からの追放も議題に上ることとなった。