フランシスコ会
設立当初のフランシスコ会は修道士の割合が非常に高く、司祭や神学者など教導職にある者はほんのわずかであった。そうしたなかで、リスボンに生まれ、フランチェスコの思想に共鳴してフランシスコ会に初期の段階で入会し、のちに教会博士とされたパドヴァのアントニオ（リスボンのアントニオ）は数少ない神学者のひとりであった。初期のフランシスコ会に教導職が少なかったことには、創設者のフランチェスコが貧しさを礼賛することにかけては徹底しており、物質的な豊かさのみならず、精神的ないし知的な豊かささえも認めなかったことが影響している。この点は、同じ托鉢修道会ではあったが学問や理論の重要性を認め、当初から聖書研究や神学教育がさかんであったドミニコ会とも異なる点であり、フランチェスコ自身は「心貧しいことこそ神の御心にかなう」と主張し、修道士に学問や書籍は不要とさえ述べたのであった。
ゲッティンゲン
13世紀後半に旧市街の周辺に2つの修道院が設立された。旧市街東部、現在のヴィルヘルム広場の場所にまずフランシスコ会修道院が設けられた。構成の市史編纂者フランシスクス・ルーベクスの主張によると、フランシスコ会は1268年からこの地にあった。清貧と謙譲をモットーとするフランシスコ会修道士は靴を履いておらず、人々は彼らを「Barfüßer」（裸足の人）と呼んだ。この呼び名は修道院への通りに名残を留めており、現在でもこの通りは「Barfüßerstraße」（バルフューサー通り）と名付けられている。1294年にアルブレヒト2世はドミニコ会修道士に、ノイシュタットの対岸、ライネ運河沿いのパーペンディークに修道院を設立することを許した。その修道院教会は1331年に献堂されたパウリーナ教会として利用されている。