只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
国土交通省直轄ダム
しかし計画は変更されて揖斐川・長良川流域のダム計画は横山ダムを除き中止され、飛騨川のダム計画も久田見、岩屋、岩瀬3ダムに縮小された。代わりに信濃川水系との導水計画が加わって木曽川最上流部に薮原ダムが計画され、信濃川水系奈良井川との間にトンネルを建設して導水する予定であった。だがこれらの計画も変更されほとんどのダム計画が立ち消えとなり、最終的に完成したのは丸山、横山および二子持ダム計画から治水目的を除き愛知用水の水源とした牧尾ダムの3ダムである。なお中止したダム計画のうち幾つかは、その後別なダム事業として事実上の前身となる例があった。その例として薮原ダム地点に味噌川ダム、東杉原ダム地点に徳山ダムが建設され、岩屋ダムは1969年に旧計画を大幅に凌駕する大規模ダム計画として復活した。また根尾ダム地点付近には中部電力により1995年（平成7年）、奥美濃揚水発電所の下部調整池・上大須ダム（根尾東谷川）が建設されている。