濃尾崩れ
寛永8年（1631年）に、57人のキリシタンが検挙され、4人が火刑、53人が入牢となった。さらに入牢した者の中から44人が江戸送りとなった。同12年（1635年）9月、江戸幕府の命で尾張藩でキリシタン改めが始まり、訴人をする者に褒美を与える旨が書かれた高札が名古屋の町中に立てられた。その後も幕府は何度も尾張藩内のキリシタンを名指しで捕獲するように命じ、尾張藩は捕らえたキリシタンの多くを江戸に送って幕府の処分に委ねた。寛永14年（1637年）には尾張国下野村で300余人のキリシタンが斬首され、大きな穴に入れられて塚が築かれた。
キリシタン大名
一方で、仏教や神道を奉ずる大名の中にも、僧たちの意見を聞き入れ外来の宗教であるキリスト教を邪教として弾圧する者もおり、カトリック教徒と日本の旧来の宗教の信者達との間に憎悪と対立を深めていくことになった。また、豊臣秀吉により天下が統一されると、バテレン追放令（伴天連追放令）が出され、キリシタン大名に対する政治的な圧力が強まり、多くの大名が改易、もしくは仏教か神道への改宗を余儀なくされ（強制改宗）、キリスト教の禁教と迫害の時代に入っていった。