徳川慶勝
その年、池田屋事件が発生し、これに憤慨した長州藩が京都の軍事的奪回を図るため禁門の変（蛤御門の変）を引き起こす。しかし、これに失敗して長州藩は朝敵となり、幕府が長州征伐（第一次長州征討）を行うこととなる。征討軍総督には初め紀州藩主・徳川茂承が任じられたが慶勝に変更され、慶勝は薩摩藩士・西郷吉之助を大参謀として出征した。この長州征伐では長州藩が恭順したため、慶勝は寛大な措置を取って京へ凱旋した。しかしその後、長州藩は再び勤王派が主導権を握ったため、第二次長州征討が決定する。慶勝は再征に反対し、茂徳の征長総督就任を拒否させ、上洛して御所警衛の任に就いた。長州藩は秘密裏に薩摩藩と同盟を結んでおり（薩長同盟）、幕府軍を藩境の各地で破った。
遠藤慶隆
天正3年（1575年）5月、武田勝頼が長篠城を攻囲すると、慶隆は弟慶胤の兵を派遣し、慶胤は佐久間信盛の配下に入って、鳶ヶ巣で戦功を挙げた（長篠の戦い）。同年8月、信長は越前一向一揆討伐のため敦賀に至り、慶隆・慶胤は日根野弘就と郡上から越前へ進軍して、金森長近と合流し、穴馬城・大野城を攻め落とした。なお、『信長公記』には金森軍が越前に入る前に郡上で戦ったことを記しており、本願寺や越前一向一揆に味方をする郡上門徒を先に攻撃するとともに、安養寺を庇護してきた遠藤氏にも決別を迫ったとみられている。天正4年（1576年）、織田信忠が美濃国主となると、慶隆は信忠に属した。同年の三瀬の変では、慶隆の名代として慶胤を従軍させた。翌年、来栖郷で別府弾正が反乱すると、慶胤の兵によって北国へ駆逐し、郡上の別府氏を滅亡させた。天正10年（1582年）2月、信長が武田勝頼を攻めると、慶隆・胤基は金森長近に属し、飛騨から甲斐に攻め込んで、天目山で勝頼を滅ぼした（甲州征伐）。