只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
尾瀬原ダム計画
尾瀬原ダム計画を戦後日本復興の要と位置付けていた商工省や経済安定本部は、「只見川分流案」を施工法や費用の面で計画に疑問が残るとして再検討を行う一方、利根川案と只見川案の両立を図るために「理想案」を新たに呈示した。これは尾瀬原ダムの規模を大幅に拡大し堤高 100 m 、有効貯水容量 7億2,000万 m として利根川・片品川・只見川の三箇所に揚水発電所を建設、矢木沢ダムの他只見川の赤岩地点と、楢俣川・片品川に二箇所のダムを建設して冬季の平均総出力を 45万 kW とする計画である。この時点で三通りのダム案が出揃ったわけである。
1950年（昭和25年）、第3次吉田内閣は国土総合開発法を施行し全国22地域を対象に「特定地域総合開発計画」を行う方針を発表した。河川を高度かつ広範囲にわたり開発し、治水・灌漑・水力発電に利用して戦後復興の基盤にしようと考えたのである。古くから有望な電源地帯として知られた只見川は1951年（昭和26年）12月、只見特定地域総合開発計画の対象地域として発表された。これにより「本流案」・「分流案」を巡る福島・新潟両県の争いは激化したが、政府はアメリカ合衆国海外技術調査団(OCI)に公表された只見川開発案全てを検討するように依頼する。求めに応じたOCIは来日後只見川・阿賀野川及び分流案の対象となる魚野川流域を実地調査し、費用対効果などの面で「本流案」が採用された。しかし新潟県がこれに反発し、最終的に吉田茂首相及び1952年（昭和27年）発足した電源開発が仲裁し、「本流案」に黒又川への分流を一部加える案（黒又川分水案）が示され、1953年（昭和28年）8月5日に両県が折衷案を受け入れることで合意し、問題は解決した。