フランシスコ会
設立当初のフランシスコ会は修道士の割合が非常に高く、司祭や神学者など教導職にある者はほんのわずかであった。そうしたなかで、リスボンに生まれ、フランチェスコの思想に共鳴してフランシスコ会に初期の段階で入会し、のちに教会博士とされたパドヴァのアントニオ（リスボンのアントニオ）は数少ない神学者のひとりであった。初期のフランシスコ会に教導職が少なかったことには、創設者のフランチェスコが貧しさを礼賛することにかけては徹底しており、物質的な豊かさのみならず、精神的ないし知的な豊かささえも認めなかったことが影響している。この点は、同じ托鉢修道会ではあったが学問や理論の重要性を認め、当初から聖書研究や神学教育がさかんであったドミニコ会とも異なる点であり、フランチェスコ自身は「心貧しいことこそ神の御心にかなう」と主張し、修道士に学問や書籍は不要とさえ述べたのであった。
フランシスコ会
この教勅を受けて、16代総長のは、60余名の収監中のスピリトゥアル派修道士に教皇への服従を求めた。多数の修道士はこれにしたがったが、なおも20名は抵抗した。そこでヨハネスは抵抗するスピリトゥアル派についての判断を13人の神学者からなる委員会に諮問した。神学者たちの答えは、あくまでも服従を拒み続けるのであれば、異端として断罪されるべきであるという見解で一致していた。ヨハネスはなおも教勅を受け入れない修道士をフランシスコ会の異端審問官僚ミシェル・ル・モワーヌに委ねた。最終的には5名を除いて異端的立場を捨て、教皇と総長に恭順を誓った。最後まで不服従を貫いた5人は「異端」とされ、直前に悔悛した1名のみ終身刑に処せられ、他の4名は世俗の手に渡され、1318年5月7日、マルセイユにおいて火刑に処せられた。ローマ教会が公認した会則にあくまでも忠実であろうとした人びとが生きながら火あぶりに処せられた、その光景には多くの人びとが衝撃を受けた。こののち、1328年までの10年間、異端審問による異端狩りがおこなわれた。マルセイユやモンペリエ、トゥルーズなどから多くの男女が、地方の司牧権力や世俗権力からの協力を得て、逮捕され、異端審問官たちによって尋問された。異端狩りの対象となったのは、スピリトゥアル派の信念を曲げなかった人びとと「ペガン」と呼ばれた多くの在俗信徒（第三会）の支持者たちであった。