ボニファティウス8世 (ローマ教皇)
13世紀前葉、清貧をモットーにアッシジのフランチェスコによって創設された托鉢修道会のフランシスコ会は、13世紀中葉まで歴代教皇の恩顧によって司牧活動における諸々の特典を認められており、それが各地の司教の反発を招いていた。1279年に教皇ニコラウス3世が「エクジイト・クィ・セミナート」でフランシスコ会の司牧特典を擁護したことをめぐって激しい論争が巻き起こったが、これが問題となったのは、この時期の貨幣経済の進展が著しく、司教たちが秘蹟の授与など司牧活動に収入源を大きく依存せざるを得なくなってきたという社会の変化と、フランシスコ会への特典がすべて教皇の個人的な恩顧によるものであり、教会法のなかで規定を設けない状態のままになっていたという法的不備の問題が背景にあった。そこで、ボニファティウス8世はこの問題を決着させるべく、1300年に教皇勅書「スーペル・カテドラム」を発布して聴罪や葬儀に関わる限定的な一部の規定以外の特典を廃止する決定を下した。
また、フィオーレのヨアキムの著作の影響がフランシスコ会にもおよび、1255年にフランシスコ会修道士のボルゴ・サン・ドンニーノのゼラルドによってヨアキム主義的な『永遠の福音入門』が出版されると、その反響は大きく、教皇アレクサンデル4世はヨアキム主義を否定したが、13世紀後半には、北イタリアから南フランスにかけての地域で、ヨアキム主義の影響を受けたフランシスコ会の少数派が清貧の厳格な実践を唱えるようになった（スピリトゥアル主義）。北イタリアのスピリトゥアル主義（心霊派、厳格派）は、1280年以降フランシスコ会内部でも弾圧されたが、教皇ケレスティヌス5世はこれに同情的で「教皇ケレスティヌスの貧しき隠遁者」として分離が赦された。しかしボニファティウス8世は、これを弾劾している。
フランシスコ・ヒメネス・デ・シスネロス
フランシスコ会員としても、カトリック教会の聖職者としてもスペインにおける最高の地位についたシスネロスがまず取り組んだのは、スペインのフランシスコ会の改革であった。弛緩していた規律を正す為、司祭会員に対して妻帯を禁じ任地の小教区への定住を求めた。当時の司祭達の間では任地がありながらそこへ赴かずに聖職禄だけを受ける不在聖職禄が大きな問題になっていた為である。司祭が任地に定住する事で初めて司祭達は信徒に対し説教を行い、告解を聞くなどの司牧活動が行えるようになった。