高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
教職課程
以下は、1990年から1999年の間に入学した者に適用された法定科目である。「別表第一」での免許状取得の場合、中学校・高校の免許状については、以下の内容を包括して19単位以上(各大学とも、実質20単位以上)が法定単位とされていた（1999年以前に入学した者の場合、「教職に関する科目」と「教科に関する科目」の2分野・カテゴリのみで、「教科又は教職に関する科目」という分野・カテゴリはなかった）。因みに、第四欄の科目については、小学校・中学校・高等学校の免許状の授与申請のケースでは、欄全体の必履修単位数が0であったため、単位修得がなくとも受理可能としていた（教育課程の科目を履修していた場合は、2000年度以降の科目構成への読替作業で相当部分を充当可能であるが、概ね第四欄を設定していない大学が多かった）。高等学校の免許状の場合は、必履修単位が18単位であったため、1単位以上(実質的な講義科目上は2単位以上)を何かしらの形で充足（道徳教育でカウントできるケースとできないケースがあった）する形になっていた。