肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
ハイドロジェノソーム
ハイドロジェノソームは1970年代初頭、米国の研究者である Lindmark と Müller によって発見された。当初は偏性嫌気性であるクロストリジウム属の細菌が細胞内共生したものであると思われたが、後にミトコンドリアに近い小器官であると考えられるようになった。1996年にトリコモナス（"Trichomonas vaginalis"）のハイドロジェノソームからミトコンドリアのものと相同性の高い熱ショックタンパク質が発見され、ハイドロジェノソームがミトコンドリアに由来する構造である事が明らかとなった。