ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
タジキスタン内戦
1992年の5月、ゴルノ・バダフシャン自治州やガルム地方のイスラム勢力や民主勢力が、エモマリ・ラフモンらタジキスタン共産党の権力機構やクリャーブ地方やホジェンド(かつてのレニナバード)地方など共和国で優遇されてきた地域に対し、武装蜂起して始まった内戦である。反政府勢力はタジク野党連合（UTO）を結成して対抗、1997年6月、エモマリ・ラフモンとUTOの指導者サイイド・アブドゥッラー・ヌーリーがモスクワで和平協定に調印し、内戦は終結した。内戦での死者は5万～10万人と推計される。