学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
医師
まず医学部在学2年目で「Physikum（教養試験）」（教養科目）と呼ばれる自然科学系国家資格の統一試験がある。それに合格するとまた1年後に「Das erste Staatsexamen（第一次国家試験）」（基礎医学）と呼ばれる試験があった。これに合格し約2年後に「Das zweite Staatsexamen（第二次国家試験）」（臨床医学）と呼ばれる試験があった。これに合格すると最終学年時に、1年間の病院での臨床研修が義務付けられている。最後に「Das dritte Staatsexamen（第三次国家試験）」と呼ばれる試験があり、これに合格して初めて「研修医 (AIP:Arzt im Praktikum)」という免許が与えられた（現在は研修医という制度がなくなり、医師免許が発行される）。このほかにFamulaturという合計4か月の実習がPhysikum合格後、最終学年前までに義務付けられている。これは医学部の正規の教育課程で行われることではないため、大学の休み期間に学生自らで行う。現在ではPhysikumの後、3年勉学後、1年間の病院実習を行い国家試験に合格後、医師免許を習得できるように制度が改変された。またこの間大学医学部での医学の勉強は同時並行となり、ドイツの医学生はまた別に大学での単位の取得が必要とされているが大学によってはと卒業論文の製作を求めているところもある。そしてこの「医師免許」と「卒論」の二つが揃って初めて大学では卒業が認められ、学位が授与される。卒業論文の代わりに博士論文を書く学生もいる。この場合、博士論文が認定されると、「博士」の学位を授与される。