性分化疾患
性分化疾患＝半陰陽との誤解が生じやすいが、本来は半陰陽とは、卵巣と精巣の両方をもつ真性半陰陽、性腺・内性器と外性器が一致しない仮性半陰陽（男性仮性半陰陽・女性仮性半陰陽）をいうものであり、性器異常による性分化疾患や染色体異常による性分化疾患は半陰陽には分類されない。半陰陽という言葉は男性器も女性器もある両性具有というイメージをもたれやすいが、実態としての半陰陽は未分化で機能しない性器あるいは外見上は男女いずれかに近い外性器を有している。そのため、正常に機能する男性器と女性器の両方をもつ両性具有という偏見を呼び起こすとして、半陰陽という表現は現在は当事者から忌避されている。
性器
特に一般において性器と表現する場合は、人間に限定しては男性の陰茎と陰嚢および女性の陰唇や陰裂といった外部に露出している（ただし公共良俗など諸般の事情により衣服で覆われ裸の場合を除き隠される）器官を指す傾向にあり、人間に限定しない動物全般の話では外部から見える生殖器を指す傾向にあるが、一部の動物では発情期にならないと外見的に目立たない場合や、交尾の段にならないと外部に露出しない（例えばクジラ目の陰茎は普段は皮下に埋没している）場合もある。