欧州連合の拡大
スイスはかつてEU（当時はEC）と欧州経済領域 (EEA) 協定の協議に参加し、1992年5月2日に合意文書に調印、また同月20日にはEU加盟申請を行っていた。ところが国民投票が同年12月6日に実施され、EEA参加が拒否された。このためスイス政府はEU加盟協議の無期限停止を決定したが、加盟申請自体はなおも有効とされている。非政府組織 "Ano pro Evropu"（Yes for Europeの意）はEU加盟協議の速やかな再開を求めたが、2001年3月4日の国民投票で反対されている。このときEU加盟に賛成の意思を持つ当時連邦参事会は、協議再開の前提条件が整っていないとして国民に対し反対票を投じるよう呼びかけていた。欧州懐疑主義者の間ではスイスの中立性と独立性が失われるということが懸念されている。しかしながらEU加盟は政府の目標として掲げられ、また連邦参事会の長期的目標とされている。そのうえスイス国民もシェンゲン協定への参加については賛成しているため、スイスは2008年中にシェンゲン協定の履行を開始する見込みとなっている。
アルプトランジット計画
スイスはアルプス山脈を通過するトラックによる貨物輸送を制限しようと欧州連合 (EU) と交渉したが、これは拒否された。このため代わりにスイスは国内・国際を含む全ての3.5トン以上のトラックに対して、LSVAと呼ばれるキロメートルあたりの貨物輸送車両への税金を課すことを要求した。税額をめぐって交渉が引き続き行われ、その過程でスイスはアルプス山脈を縦貫する新しい鉄道をインターモーダル輸送のために建設することを提案した。この提案は、トラックの通行制限を28トンから48トンへ引き上げるという要求で一致しなかったことを除いてはEUによって受け入れられた。徐々に重量制限は引き上げられ、最終的に40トンで合意が行われた。欧州連合との相互陸上交通協定により、アルプトランジット計画が完成すれば、貨物輸送車両への税金は1トンキロあたり1.6スイスフランから1.8スイスフランまで引き上げることが可能となっている。この条件はレッチュベルクベーストンネルの完成により満たされることになる。