新幹線
日本国有鉄道（国鉄）時代の1964年（昭和39年）10月1日に開業した東海道新幹線が初の路線である。東海道新幹線のほか山陽新幹線と東北新幹線は国鉄が建設主体であったが、上越新幹線は日本鉄道建設公団が建設を担当した。国鉄分割民営化後の東北・上越新幹線東京延伸の際は、当時新幹線の地上設備を一括して所有していた新幹線鉄道保有機構が、その建設主体であった。さらにその後に建設された北陸新幹線や九州新幹線などのいわゆる整備新幹線については、日本鉄道建設公団および新幹線鉄道保有機構の権利を継承した鉄道建設・運輸施設整備支援機構が建設主体となっている。一方で、整備新幹線には該当しない中央新幹線については東海旅客鉄道（JR東海）が建設主体に指名された。
西日本旅客鉄道新幹線管理本部
JR西日本は民営化時の1987年（昭和62年）4月1日に「新幹線運行本部」を設けて国鉄新幹線総局の山陽新幹線区間の業務を継承したものの、「社員の効率的運用」を目的にわずか1年半後の1988年（昭和63年）10月に廃止し、業務を沿線在来線所轄の支社に移管していたもので、新幹線関係を専門に統括する組織は19年ぶりの復活となった。また、西日本地区指令・広島地区指令・九州地区指令も新幹線一元管理を目的に2010年（平成22年）3月1日に統合したほか、同年7月1日には施設系統土木部門の在来線と新幹線の分離を行った。