ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
ダルフール紛争
1956年の独立以降、スーダン政府はアラブ化する傾向を強め、1958年からは軍事独裁政権だった。1955年にはムスリムによるスーダン政府とほぼムスリムでないスーダン南部の非アラブ系諸民族連合との間で内戦が起こり、1972年から1983年の停戦期間を除いて戦闘が2002年の休戦宣言まで続けられていた。2003年の包括和平協定では北部のスーダン統一政府と、南部の反政府グループにより樹立された暫定南スーダン政府との間で国家の歳入（主には石油収入）を分け合うことが合意された。