学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
宮崎大学
医学部は、1974年（昭和49年）設立の宮崎医科大学がそのルーツである。設置の前年1973年（昭和48年）に、創設準備室が宮崎大学内に設置されていた。いわゆる1県に1医科大学を設置するという政府方針によって作られた大学である。1977年（昭和52年）に附属病院が、1980年（昭和55年）に大学院医学研究科（博士課程）が設置された（修士課程は2003年に設置）。博士課程は2010年の医学獣医学総合研究科設置に伴い廃止となり、修士課程は医科学看護学研究科へ改称された。