佐久間ダム
住民本位の補償交渉を行った電源開発の姿勢は次第に住民の態度を軟化させ、同年11月に富山村の141世帯との補償交渉が妥結したのを皮切りに、1955年（昭和30年）には296世帯全ての補償交渉が妥結した。漁業補償や流筏補償も妥結。飯田線については従来天竜川沿いを走っていた路線を佐久間駅から峰トンネルで国道152号（秋葉街道）沿いに大きく迂回させ、水窪町（静岡県浜松市天竜区水窪）中心部を経て大原トンネルで再度天竜川沿いに戻し、大嵐（おおぞれ）駅に通じる代替路線を整備した。新しい飯田線は1953年12月から1955年11月までの約2年間を掛け、佐久間ダム総工事費の6分の1にあたる60億円を投じて付替え工事を終了した。豊根発電所については発電所建屋と取水口を移設した上で運転を継続したが、1972年（昭和47年）に廃止され代替施設として新豊根発電所が建設されている。住民の一部は新天地を求め、電源開発が斡旋した愛知県豊橋市の代替地に41戸が集団移転した。ダムは1956年（昭和31年）10月完成したが、296戸の住民の犠牲の上に高度経済成長の礎が築かれたことも事実である。
天竜川
このように治水・利水に関しても開発は進むが、1982年（昭和57年）の水害で天竜川はまたも大きな被害を受けた。このため建設省は第2次三峰川総合開発事業を計画し、美和ダム上流部に戸草ダムの建設を計画。佐久間ダムに関しても2003年（平成15年）の天竜川ダム再編事業計画で洪水調節機能を付加した多目的ダムとして再開発し、下流の治水を図ろうとしている。釜口水門についても、治水機能を強化するために1988年（昭和63年）に全面改築され、旧水門の3倍の洪水調節能力を有するようになった。
だが、1990年代以降の公共事業見直し論議の波は天竜川にも及び、当時長野県知事であった田中康夫は「脱ダム宣言」を発表、長野県内で計画中の全てのダム建設を中止した。天竜川水系でも下諏訪ダムを始め郷士沢ダム・駒沢ダム・蓼科ダムが建設中止となった。この宣言に対しては「環境保護」・「利権行政脱却」の観点で評価する声が多い一方、具体的な代替案を示さず建設中止を強行したことで流域住民の安全が担保されていないという批判もある。