隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
松東院
しかし、1602年に庇護者であった夫の久信が滞在中の京で急死。隆信が跡目を相続したものの、後見として再び政務を取り始めた舅・鎮信との対立や、キリシタン及び松浦氏に厳しい目を向ける江戸幕府との間で対応に苦慮することとなる。1599年には既に籠手田一族が平戸から追放されていたため、彼女が平戸のキリシタンを陰から支援していた。しかし1630年、江戸幕府は隆信に彼女をはじめとする親族の江戸在住を命じる。さらに江戸では平戸藩の屋敷ではなく、浄土宗広徳寺に幽閉されてしまう。この一件は一見参勤交代制に伴う人質の江戸集住政策に見せかけ、実は熱心な平戸のキリシタンから有力支援者を切り離す幕府の作戦だったと考えられる。