隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
禁教令
そして、翌慶長18年2月19日（1613年1月28日）、幕府は直轄地へ出していた禁教令を全国に広げた。また、合わせて家康は以心崇伝に命じて「伴天連追放之文（バテレン追放の文→バテレン追放令）」を起草させ、秀忠の名で23日に公布させた（これは崇伝が一晩で書き上げたと言われる）。以後、これが幕府のキリスト教に対する基本法となる。