肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
ハイドロジェノソーム
ハイドロジェノソームは直径およそ1μmの小器官で、水素（Hydrogen）を産生することから名付けられた。ミトコンドリアと同様に二重膜で囲まれており、内膜にはミトコンドリアクリステに似た突起が見られる（クリステが無い場合もある）。ハイドロジェノソームは前述の通りミトコンドリアが進化の過程でその特徴を幾つか失って成立したものとされており、例えばネオカリマスティクス（"Neocallimastix"）やトリコモナス（"T. vaginalis", "T. foetus"）のハイドロジェノソームでは、かつて存在したであろうミトコンドリアゲノムは完全に失われている。一方で、ゴキブリに寄生する繊毛虫の "Nyctotherus ovalis" ではハイドロジェノソームのゲノムが1998年に報告されている。これはミトコンドリアからハイドロジェノソームへの進化の中間段階（ミッシングリンク）であると考えられている。両者は二重膜に囲まれており、ATPを産生し、（多くの生物では）細胞自体の細胞周期とは同期せずに分裂する、などの共通点がある。一方、"N. Ovalis" 以外の生物ではハイドロジェノソームのゲノムは失われており、また呼吸鎖複合体、シトクロム、FoF1-ATP 合成酵素、クエン酸回路、酸化的リン酸化の過程やミトコンドリア内膜脂質のカルジオリピン（）なども消失している。