二本松藩
二本松藩では、豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。このため、秀吉のバテレン追放令などの禁教令、江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。二本松でも寛永9年（1632年）2月8日に明利の命令で5人が火炙り、9人が斬首と計14名のキリシタンが殉教、すなわち処刑されている（同時期に会津藩で42名、白河藩でも13名が処刑された）。この時二本松で処刑されたキリシタンには、前の領主で氏郷の孫忠郷の旧臣や、元和年間に長崎で弾圧されて二本松に逃れていた者などが含まれており、彼らは布教活動を行っていたため処刑されたといわれる。
天草崩れ
摘発があった翌3年（1806年）の8月、幕府側は、彼らは「異宗信仰者」であって「切支丹」ではなく、「宗門心得違い」であると認定した。最終的に、被疑者に対して、改めて踏み絵をさせた上で「異宗」回心の誓約に押印させることで赦免した。この措置は、「事件の拡大回避」や「反発による一揆への警戒」「対応遅延の隠蔽」、または当時の奇怪な魔力を持つ怪しげなイメージになっていたキリシタン像と体制に従順な潜伏キリシタンたちの姿が乖離していたことから、彼らの信仰を幕藩制国家の異端としてのキリシタンではなく幕藩制秩序を従来通り維持するために「異宗」として位置づけたことなどが理由とされる。