長州征討
征長総督は尾張藩の前々藩主である徳川慶勝（7日に紀州藩主徳川茂承から変更）。副総督は越前藩主松平茂昭が任命された。総督は征長について将軍から全権委任をうけ征長軍に対する軍事指揮権を掌握する。
奇兵隊
長州藩は、3家老自裁により第一次長州征伐の戦禍を未然に防いだものの、椋梨藤太・乃美織江などの俗論派政権が長州正義派の志士たちを粛正し始めたため、それを聞きつけた高杉晋作が亡命中であったにも拘わらず帰藩し、諸隊に決起を求め、功山寺挙兵を決行し、絵堂の会戦等で高杉ら正義派が勝利して俗論派を一掃し、長州藩の主導権を握った。