ベンゾジアゼピン
新しい非ベンゾジアゼピン系睡眠薬（Z薬）が、短時間型のベンゾジアゼピンよりも優れているかについては明確ではない。医薬品のこれらの2つのグループの有効性は同様である。米国医療品質研究機構（AHQR）によれば、ベンゾジアゼピン系の副作用は非ベンゾジアゼピン系よりも約2倍の頻度であることを、間接比較が示している。一部の専門家は、不眠症に対する一次選択の長期的な治療として、優先的に非ベンゾジアゼピン系を用いることを提案している。しかし英国国立医療技術評価機構（NICE）は、Z薬を優遇する確固たる証拠を発見できなかった。NICEのレビューは、長時間型のベンゾジアゼピンと比較された短時間型のZ薬の臨床試験が不適切であることを指摘した。短時間型のZ薬と、適切な用量の短時間型のベンゾジアゼピンとを比較した試験は存在しない。このことから、NICEは費用と患者の好みに基づいて睡眠薬を選択することを推奨している。王立オーストラリア総合医学会(RACGP)は効果と注意事項について、BZDとZ薬は同じであるとしている。
非ベンゾジアゼピン系
不眠症がうつ病をもたらすと主張されてきており、不眠症のための医薬品がうつ病を治療するのに寄与するかもしれないという仮説がある。
しかしながら、ゾルピデム、とエスゾピクロンに関する、アメリカ食品医薬品局（FDA）に提出された臨床試験のデータの解析は、これらの鎮静催眠剤は、偽薬を服用した場合に比べて、うつ病を発症するリスクを2倍にすることを明らかにした。従って、鎮静催眠剤は、うつ病の恐れがあるか、苦しんでいる患者において禁忌である可能性がある。研究は、鎮静催眠剤の長期間の使用者には著しく高い自殺の危険性があり、同様に、全体的な死亡率の増加を見出した。
他方で、不眠症のための認知行動療法（CBT）では、睡眠の質と全般的な精神的健康を改善することが見出されている。