二本松藩
二本松藩では、豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。このため、秀吉のバテレン追放令などの禁教令、江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。二本松でも寛永9年（1632年）2月8日に明利の命令で5人が火炙り、9人が斬首と計14名のキリシタンが殉教、すなわち処刑されている（同時期に会津藩で42名、白河藩でも13名が処刑された）。この時二本松で処刑されたキリシタンには、前の領主で氏郷の孫忠郷の旧臣や、元和年間に長崎で弾圧されて二本松に逃れていた者などが含まれており、彼らは布教活動を行っていたため処刑されたといわれる。
禁教令
ただし、公的にはキリスト教は禁止になったが、幕府は信徒の処刑といった徹底的は対策は行わなかった。また、依然としてキリスト教の活動は続いていた。例えば中浦ジュリアンやクリストヴァン・フェレイラのように潜伏して追放を逃れた者もいたし（この時点で約50名いたといわれる）、密かに日本へ潜入する宣教師達も後を絶たなかった。京都には「デウス町」と呼ばれるキリシタン達が住む区画も残ったままであった。幕府が徹底的な対策を取れなかったのは、通説では宣教師が南蛮貿易（特にポルトガル）に深く関与していたためとされる。