関東連合
久田将義の概観によれば、暴走族「ブラックエンペラー」および「マッドスペシャル」を中核として1970年代に結成されたのが本来の「関東連合」で、当初は会長を置いたうえで幹部会議を開くなどの活動もあったものの、1980年代の中頃から1990年代にかけて有名無実化、ところが、チーマーの勃興で暴走族自体が衰退を迎えていた時期にありながら、世田谷の上町・豪徳寺付近を拠点としていたチーム「小次郎」が「関東連合」の復興を企図。1980年代後半頃のことで、“関東連合上町小次郎”を名乗り始めた同チームの動きに呼応し、同じく従来からの「関東連合」所属チームであった「鬼面党」、「メデューサ」、ならびに「マッドスペシャル」などが同様に“関東連合”を名乗り始める。
関西ミステリ連合
先に全国的な大学ミス研連合組織として1975年に全日本大学ミステリー連合が結成されていたが、京都大学、同志社大学、立命館大学、大阪大学など関西の大学で独自に地域連合を組織。（京都大学推理小説研究会は後に脱退。）なお、「関西ミステリ連合」は当初からの正式名称ではなく、通称がいつごろからか正式名称として採用されるようになった。
その後、全ミス連=関東、関ミス連=関西、と並行的に棲み分けがなされる形で現在に至る。