アルカーイダ
ウサーマ・ビン＝ラーディンはアル＝カーイダの精神的指導者であり、財力を用いて初期の反米闘争の組織を起ち上げた。アル＝カーイダのナンバー2とされていたアイマン・ザワーヒリーはイスラーム神学者。
1986年、二人はサウジアラビアのジッダで初めて会ったとされる。組織作りや資金集め、組織の代表として声明などを出す役割はビン＝ラーディンが担い、テロに関する宗教的な理論面や作戦面は、学識のあるザワーヒリーが担っていたとされる。
2011年5月にビン＝ラーディンがアメリカ軍によって殺害されると、翌6月、アル＝カーイダは、ザワーヒリーが新たな指導者に選出されたと発表した。
アブー・ムスアブ・アッ＝ザルカーウィー
ウサーマ・ビン・ラーディン率いるアル＝カーイダの有力な「細胞」の一つとされる組織の領袖。テロリストとして国際指名手配を受け、アメリカ合衆国は彼の掃討に多額の懸賞金をかけていた。しかしながら、ザルカーウィーらのグループとアル＝カーイダとの関係については明確ではない部分もある。ザルカーウィーがアル＝カーイダ系国際テロ組織のナンバー3ということもあるが、ザルカーウィー派は本来、国際活動よりもヨルダンの王制打倒を目標としており、アル＝カーイダ指導部とは温度差があるという。しかし、2004年以降イラクに潜伏するザルカーウィー派は、犯行声明において反米を繰り返し訴え、ビン・ラーディンに対する忠誠を宣言していた（「ウサーマ、あなたが海に飛び込むなら、私たちも海に飛び込むだろう」）。