隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
隠れキリシタン
大政奉還後も明治政府は江戸幕府からの政策を継承する形で高札により禁教令を継続し、信徒への激しい弾圧は続いた。明治政府の国際法に反する政策は諸外国の非難・批判を招いたため、1873年（明治6年）までに制度としての高札は廃止され、結果としてキリスト教が黙認されることで江戸幕府以来の「キリシタン禁教令」が事実上廃止された。それ以降はキリスト教信者ということだけで重罪に処されることが無くなり、再宣教のために来日したパリ外国宣教会などによって、一部を除く多くのキリシタンたちがキリスト教信仰を表明し、カトリック教会の信仰に復帰した。