高等学校必履修科目未履修問題
2007年11月16日、福島県立白河高等学校が日本史・情報など必履修の科目や教科の一部を未履修のまま2006年度の3年生全員（317人）を卒業させていたことが発覚した。福島県教育委員会にも報告せず、短時間の補習やレポート提出などの救済措置も取らなかった。また、同年12月には古川学園中学校・高等学校においても、必履修の教科科目の一部を未履修のまま2006年度の3年生を卒業させていたことが判明した。
東京都立日比谷高等学校
2001年度一般入試より国語・数学・英語の3教科において公立高校としては全国初の自校作成問題が導入された。以前の共通問題は同校の場合満点に近い点数を取る受験生が続出し、適切な合否判定が困難な状況であったと推測され、そうした問題点の解消という面があったとされている。また、中学校の成績評価が相対評価から絶対評価に移行したことから内申書での適切な評価が困難となったため、一般入試では学力検査と内申書の総合点が高い順に男女とも各々上位9割を決定し、残り1割は内申書を無視して学力検査の合計点が高い順に合格者を決定する学力検査特別選考枠が設けられた。