久保田藩
秋田・仙北地方は、戦国期には秋田氏・戸沢氏・六郷氏・小野寺氏などが治めていたが、関ヶ原の戦い後の慶長7年（1602年）に小野寺氏は改易、他は多くが常陸国へ転封となり、代わって佐竹氏が入封する事により近世大名支配が始まった。久保田入封以前の佐竹氏は常陸一国54万石の大身大名であったが、久保田藩の表高は当初明示されず、60年以上経った寛文4年（1664年）に計20万5,800石と決定された。そのため、常陸以来の膨大な家臣団を抱えて財政は慢性的に苦しい状態が続き、宝暦4年の藩札発行に起因する佐竹騒動を初め政の混乱や領民の一揆が多発した。
久保田藩
しかし、領国経営が安定してからも久保田藩は度々藩政に干渉し、独立した大名であるにも関わらず亀田藩は支藩同然の扱いをされた。また、雄物川舟運を巡っての対立もあり、両藩の関係は次第に悪化していった。5代藩主隆韶以降は仙台藩主伊達氏から養子を取っており、佐竹氏との血縁関係は無くなった。