久保田藩
秋田・仙北地方は、戦国期には秋田氏・戸沢氏・六郷氏・小野寺氏などが治めていたが、関ヶ原の戦い後の慶長7年（1602年）に小野寺氏は改易、他は多くが常陸国へ転封となり、代わって佐竹氏が入封する事により近世大名支配が始まった。久保田入封以前の佐竹氏は常陸一国54万石の大身大名であったが、久保田藩の表高は当初明示されず、60年以上経った寛文4年（1664年）に計20万5,800石と決定された。そのため、常陸以来の膨大な家臣団を抱えて財政は慢性的に苦しい状態が続き、宝暦4年の藩札発行に起因する佐竹騒動を初め政の混乱や領民の一揆が多発した。
出羽国
秋田県北部では鎌倉時代以降土着した小領主を常陸に転封し、代わりに佐竹氏（久保田藩）が入った。最上氏改易（1622年）後には酒井氏（庄内藩）・鳥居氏（山形藩）・戸沢氏（新庄藩）・能見松平家（上山藩）が入ったが、山形藩の入れ替わりは激しかった。山形藩の領地は天領に組み込まれ、尾花沢・長瀞・寒河江、柴橋などの代官陣屋が置かれた。戊辰戦争時には奥羽越列藩同盟に加わり旧幕府方についたが、佐竹氏が直後に離反すると庄内藩・南部藩が攻め込み秋田戦争を引き起こした。久保田城付近まで攻め込むが、会津藩・米沢藩・仙台藩が降伏する中撤退を決断し降伏した。