アルカーイダ
ウサーマ・ビン＝ラーディンはアル＝カーイダの精神的指導者であり、財力を用いて初期の反米闘争の組織を起ち上げた。アル＝カーイダのナンバー2とされていたアイマン・ザワーヒリーはイスラーム神学者。
1986年、二人はサウジアラビアのジッダで初めて会ったとされる。組織作りや資金集め、組織の代表として声明などを出す役割はビン＝ラーディンが担い、テロに関する宗教的な理論面や作戦面は、学識のあるザワーヒリーが担っていたとされる。
2011年5月にビン＝ラーディンがアメリカ軍によって殺害されると、翌6月、アル＝カーイダは、ザワーヒリーが新たな指導者に選出されたと発表した。
ハリド・シェイク・モハメド
ハリド・シェイク・モハメドは、パキスタンのバローチスターン州出身の両親の元でクウェートで生まれた。生年は1964年とされるが異説がある。16歳でムスリム同胞団に参加、直後にパキスタンに移った。3歳年少の甥のラムジ・ユセフ（世界貿易センター爆破事件の主犯）も同じような境遇である。ハリド・シェイク・モハメドはその後、勉学のためにアメリカに渡る。ノースカロライナ州の大学で機械工学の学位を取得するとアフガニスタンに移った。アメリカでの幾つかの屈辱的な経験がハリド・シェイク・モハメドをテロリストに向わせたとされる。アフガニスタンでは、兄弟たちとソビエト連邦のアフガニスタン侵攻にムジャーヒディーンとして戦った。そこでアブドゥル・ラスル・サイヤフと知り合う。サイヤフは当時、アフマド・シャー・マスードに近かった。1987年には発展途上国の支援をするアメリカの団体の資金援助を受けて、静岡県の建設機械メーカーで研修を受けるため3ヶ月間日本に滞在している。アフガニスタンでのソ連との戦いの後は1992年まで電子機器の会社で働き、その後、ボスニア・ヘルツェゴビナ紛争にムスリム義勇兵として参加、その後、カタールの政府機関でエンジニアとして働いた。その後、世界貿易センター爆破事件やボジンカ計画を立案。ハリド・シェイク・モハメドがフィリピンに行ったのは1994年からである。カタールの合板の輸出業者としてであった。またサラエボにも赴きボスニア・ヘルツェゴビナの市民権を得ている。CIAの捕捉を恐れてパキスタンに戻り、ボジンカ計画の発覚後はカタールに移動、イエメン、マレーシア、ブラジルなどを工作活動で回り、スーダンでビン・ラーディンと会っていることが確認されている。アメリカ政府がカタール政府にハリド・シェイク・モハメドの逮捕を要請、ハリド・シェイク・モハメドはアフガニスタンに逃亡した。スーダンを追放されたビン・ラーディンもアフガニスタンに移り、ハリド・シェイク・モハメドはビン・ラーディンの指導下に入っていった。ハリド・シェイク・モハメドはチェチェンに入ろうとするが果たせず、カンダハールに戻りアルカーイダの幹部に迎え入れられた。対外宣伝を担当し、特にジェマ・イスラミアと密な関係を築いた。