十兵衛暗殺剣
寛永元年（1624年）、遠乗り中の将軍・徳川家光の前に一人の侍が立ちはだかる。侍の名は幕屋大休、新陰流の開祖・上泉伊勢守の高弟・松田織部正の弟子であった。松田は小太刀をとっては柳生新陰流の祖石舟斎をも凌ぐと言われた達人だったが、豊臣家に仕えたため不遇のうちに世を去っていた。幕屋は松田から印可状を受けた自分こそが新陰流の正当な継承者であると主張、家光に同道していた将軍家剣術指南役・柳生十兵衛に挑戦する。家光は柳生の指南役としての面目を慮り、幕屋の主張を黙殺するが、その後幕屋は弟子を率いて柳生一門を挑発、これに乗せられた柳生の門弟たちは幕屋を襲撃して返り討ちに遭い、その他の門弟たちも惨殺されてしまう。
柳生三厳
家光の勘気を受けて致仕してから再び出仕するまでの12年間について、三厳自身は著作の中で故郷である柳生庄にこもって剣術の修行に専念していたと記している。一方でこの間、諸国を廻りながら武者修行や山賊征伐をしていたという説もある。三厳の自著での記述と相反しているとはいえ、宝暦3年（1753年）に成立した柳生家の記録である『玉栄拾遺』でも取り上げていることから、三厳の死の100年後には既に広く知られていたものと思われる。後にこの事が下敷きとなって下記のような様々な逸話が派生し、今日に至るまで創作作品の素材ともなっている。一部の作品では史実の「柳生十兵衞」本人としての登場ではなく、名を引き継いだ後世の別人や、同名のよく似た人物として登場させているものがある。