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ウラジーミル・プーチンは1999年12月、エリツィンの突然の辞任を受けて首相から大統領代行に就任し、翌2000年3月の大統領選挙に勝利、ロシア連邦の2代目大統領に就任した。2005年3月の大統領選挙では得票率71%で再選を果たしたのち、2008年5月に大統領の座をドミートリー・メドヴェージェフに譲り、首相に就任した以降も国民からの人気が高く、政治的な影響力を保持した。2012年5月にはプーチンが第4代大統領に就任した。プーチンの経済政策の特徴は、エリツィン同様に市場経済重視の自由主義政策を推進する一方で、エリツィン時代に政治力を強めた新興財閥（オリガルヒ）を弾圧するといった、強権的な側面も併せ持っている。
ウラジーミル・プーチン
大統領就任当初から、日本と平和条約を締結することに意欲的な姿勢を示しているものの、基本的に日ソ共同宣言を根拠にした二島返還論を推奨しており、いまだ解決には至っていない。2001年の日ロ首脳会談には、日本の首相（当時）の森喜朗とともに「イルクーツク声明」を声明し、同宣言が平和条約締結の交渉の出発点であることを確認した。ただし、同宣言にある二島譲渡論は主権返還ではないとしている。北方領土はソ連が領土回復させたとする歴史認識を述べており、プーチンが監督するロシア地理協会は北方領土の島に対日戦を指揮したソ連軍将校の名前を名づけた。2005年の来日時前、ロシア国内向けテレビ番組に出演した際には「北方領土の主権が現在ロシアにあることは国際法で確立され、第二次世界大戦の結果であるので、この点については交渉するつもりはない」と発言し、2016年5月20日には会見で「北方領土は一つとして売らない」とも発言しており、北方領土で軍事演習や対日戦勝記念パレードを行い、北方領土の基地化も進めて日本政府の抗議を受けており、北方領土を経済特区に指定し、北方領土に新型ミサイルも配備し、北方領土の土地無償分与を始めるなど、日本の領土返還要求を牽制する態度も示している。なお、来日時には日ソ共同宣言に基づき、二島を「譲渡」することで日本側を説得しようとした。その後も北方領土問題の解決と平和条約締結に意欲を見せるものの、問題が解決に至らないのは日ソ共同宣言を履行しない日本側の責任であるとしている。