隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
安満岳
また、江戸時代に入りキリスト教が日本国内で禁教政策により地下潜伏（隠れキリシタン）する中、安満岳の山頂にある石塔（「薩摩塔」）と自然石による石祠が「安満岳の奥の院様」と呼ばれて隠れキリシタンの信仰対象とされた。
2015年（平成27年）9月30日、ユネスコの委託を受けた国際記念物遺跡会議(ICOMOS)調査員（フィリピン人建築家ルネ・ルイス・S・マタ氏）による現地調査実施（登山）。11月に現地調査の結果を精査するICOMOS内部の報告会に同席した文化庁職員が、「（安満岳など平戸島の資産以外が）世界的にも稀有な長期の潜伏信仰という事象を反映していない」との指摘をうけ、2016年2月9日に同年1月15日付で通知された「推薦内容を禁教期重視に見直すべき」とのICOMOSから中間報告をうけ、安満岳を含み推薦を取り下げることが閣議了解。7月25日に改めて再推薦が決定し、名称も「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」に変更、安満岳を含み2018年6月30日に審査され、登録が決定。