濃尾崩れ
寛永8年（1631年）に、57人のキリシタンが検挙され、4人が火刑、53人が入牢となった。さらに入牢した者の中から44人が江戸送りとなった。同12年（1635年）9月、江戸幕府の命で尾張藩でキリシタン改めが始まり、訴人をする者に褒美を与える旨が書かれた高札が名古屋の町中に立てられた。その後も幕府は何度も尾張藩内のキリシタンを名指しで捕獲するように命じ、尾張藩は捕らえたキリシタンの多くを江戸に送って幕府の処分に委ねた。寛永14年（1637年）には尾張国下野村で300余人のキリシタンが斬首され、大きな穴に入れられて塚が築かれた。
松東院
しかし、1602年に庇護者であった夫の久信が滞在中の京で急死。隆信が跡目を相続したものの、後見として再び政務を取り始めた舅・鎮信との対立や、キリシタン及び松浦氏に厳しい目を向ける江戸幕府との間で対応に苦慮することとなる。1599年には既に籠手田一族が平戸から追放されていたため、彼女が平戸のキリシタンを陰から支援していた。しかし1630年、江戸幕府は隆信に彼女をはじめとする親族の江戸在住を命じる。さらに江戸では平戸藩の屋敷ではなく、浄土宗広徳寺に幽閉されてしまう。この一件は一見参勤交代制に伴う人質の江戸集住政策に見せかけ、実は熱心な平戸のキリシタンから有力支援者を切り離す幕府の作戦だったと考えられる。