自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
新幹線E1系電車
8・9号車には、車椅子用の昇降リフト装置が設置されているほか、車椅子対応の座席（2階席のみ）と便所が設置されている。
側面の行先表示機は、400系の先行試作車とは全く異なるタイプの3色LEDを採用し、表示は列車種別・指定席／自由席と行先を交互に表示する方式となった。この方式はこれ以後のJR東日本の新幹線車両の標準となり、座席表示に至っては2014年に登場したE7系までのすべての車両にも採用されている。