ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史
革命政府は上述のように組織的にフランスの世俗化を推し進め、非キリスト教化運動においては革命的信仰創設の最後の試みであったも不調に終わって、1799年ころまでに国民の多数はカトリックの復興を望むことが明らかになった。教皇ピウス6世は、1799年8月、フランスでの幽閉中にヴァランスで没し、1800年3月、ピウス6世の友人であったジョルジョ・キアラモンティ枢機卿がピウス7世として新教皇に選出された。フランスでは1799年11月9日から10日にかけて、総裁政府は打倒され、将軍ナポレオン・ボナパルトが権力を掌握した（ブリュメールのクーデター）。12月22日には新しい憲法（共和暦8年憲法）が発布され、ナポレオンが第一統領として強力な執政権をにぎる統領政府が成立した。執政官ナポレオンはオーストリアやイギリスとの戦争状態を終結させ、フランスに10年ぶりの平和をもたらす一方、亡命者の帰国を促し、全般的な恩赦を布告するなど国民の和解に務めた。
ナポレオンはまた、フランス革命によって生じた宗教的分裂を解決するため、カトリック教会との和解を試みた。第二次イタリア戦役によって得た北イタリアでの軍事的優勢を背景として、1801年7月15日、ナポレオンはローマ教皇ピウス7世とのあいだにコンコルダ（政教協約）を結んだ。政教協約を結んだナポレオン側の目的としては、宗教に社会の管理の一端を担わせること、カトリック教徒に新政体を容認させること、王党派から統領政府に反対する根拠を奪うことなどがあげられる。政教協約はカトリックを国家の宗教（国教）としては承認せず、「フランス国民の多数の宗教」であるとし、司教はフランス政府が指名し、教皇によって教会法上任命されるように規定し、教会は広い分野で国家の統制に服すべきこととされた。在俗聖職者は国家からの俸給を受けることになり、代わりに教皇は革命によって没収された教会財産の返還を求めないことに同意した。ただし、国家が聖職者の損害を弁償することは約束された。政教協約によって教会は「良心の自由」を保障し、カトリックとプロテスタントの2宗派（カルヴァン派とルター派）を公認宗教とすること、各宗派間で法的平等を共有することを認めさせられた。1806年にはユダヤ教も公認宗教と認められ、ユダヤ教徒はこれによりキリスト教徒と同一の権利をもつこととなった。コンコルダの締結は、啓蒙思想の流れを汲む学者や政治家から批判されたが、実際には、帝政期を含めてフランス政府はあらゆる宗教権力から自立しており、その意味では非宗派的であり、少なくとも革命期の宗教政策を否定するものではなかった。カトリック教徒も多くはこれを歓迎した。これが、宗教基盤そのものを脅かす国家と教会の対立を終わらせることができるだろうと期待されたからであった。革命期に廃止された修道会については、1800年末以降、個別に認可をあたえるかたちでの復活を認めたが、実際に認可されたのは教育や看護にあたる女子修道会が中心であり、イエズス会は復活が許されなかった。以上、政教協約のこのような内容は、1814年憲章、1830年憲章、1848年憲法のいずれにおいても維持され、1905年の政教分離法までローマとフランス国家との関係を基本的に規定することとなった。