久保田藩
秋田・仙北地方は、戦国期には秋田氏・戸沢氏・六郷氏・小野寺氏などが治めていたが、関ヶ原の戦い後の慶長7年（1602年）に小野寺氏は改易、他は多くが常陸国へ転封となり、代わって佐竹氏が入封する事により近世大名支配が始まった。久保田入封以前の佐竹氏は常陸一国54万石の大身大名であったが、久保田藩の表高は当初明示されず、60年以上経った寛文4年（1664年）に計20万5,800石と決定された。そのため、常陸以来の膨大な家臣団を抱えて財政は慢性的に苦しい状態が続き、宝暦4年の藩札発行に起因する佐竹騒動を初め政の混乱や領民の一揆が多発した。
野辺地戦争
弘前藩は7月13日の段階で奥羽越列藩同盟脱退を藩内に通知し、15日に久保田藩に続き同盟を脱退していたが、仙台藩の使者を殺害したために領内が戦場となった久保田藩の失敗は踏襲しなかった。脱退以降も公然と列藩同盟と敵対しないよう弁解を用意し、中立の立場に自らを置いた。実際には新政府側への支援として久保田藩に出兵（補給、医療部隊）しており、そのことを8月14日に盛岡藩新渡戸伝蔵に詰問されるも「事実無根」と否定した。一方で弘前藩は同盟側の庄内藩へも援兵し、庄内藩から盛岡藩は弘前藩へ攻め込まないよう依頼をさせることに成功した。7月16日には深浦港に停泊していた庄内藩の船を金輪五郎ら奥羽鎮撫隊の直属兵士と久保田藩士が接収する事件が起きた。これは庄内藩が弘前藩に援軍を求めて派遣した船で、200挺の新式銃を積んでいたが、弘前藩は受け取りを拒み、秋田に通報したものであった。「東征日記」によると200挺の新式銃のうち100挺は久保田藩に、残りは本荘藩や新庄藩、亀田藩に分配したとある。ここで、盛岡藩としては自らの掴んでいる久保田藩への援助疑惑と、同盟に味方している事実、一方では約束を違えて国外に出兵していることといった矛盾と直面することになって困惑する。盛岡藩では弘前藩の誠意を疑って攻め入るべきという意見も目付の多賀佐市らから上がったが、同時期に弘前藩は久保田藩領へ出兵していたことから出兵は見送られた。当面は秋田方面への侵攻に専念することになった盛岡藩は大館城へと迫り、陥落が目前となる。すると大館城の城代の佐竹義遵（佐竹大和）はさらなる救援要請を弘前藩へと向け、参謀醍醐忠順によって盛岡領への出兵を促されるも、弘前藩は秋田での同盟軍優位を見て兵を出さず、ついに大館城は陥落した。新たな出兵こそなかったものの、弘前藩は久保田藩に大館攻城戦直前、鉄砲100挺と弾薬1万発を援助している。また、大館城攻防戦には弘前藩の一部隊も参加しており池内村周辺に布陣した。だが、大館城が南部藩によって攻略されると弘前藩は部隊を撤退させるとともに、藩境の久保田藩領陣馬村に部隊を駐留させた。その後、9月に入って東北各地で新政府軍が優勢になると、大館城奪還を企図する新政府軍へと使者を送り、「兵備がようやく整ったので兵を派遣したい」と参軍の意を伝えた。こうして弘前藩は公然と新政府に兵を提出したものの、これらの経緯からより旗色を明確にする必要があり、そのための軍事行動が必要だった。また弘前藩の秋田戦争への参加態度は、奥羽鎮撫総参謀である田村乾太左衛門らから「日和見である」と見られかねない状況でもあった。