高等学校必履修科目未履修問題
2007年11月16日、福島県立白河高等学校が日本史・情報など必履修の科目や教科の一部を未履修のまま2006年度の3年生全員（317人）を卒業させていたことが発覚した。福島県教育委員会にも報告せず、短時間の補習やレポート提出などの救済措置も取らなかった。また、同年12月には古川学園中学校・高等学校においても、必履修の教科科目の一部を未履修のまま2006年度の3年生を卒業させていたことが判明した。
理科教育
また、第三条の「教科に関する科目」に「理科」の単位がふくまれている。この科目は1993年の時点には一種免許状などで必修であったが、2010年2月現在「一以上の科目について修得」すればよいと規定されている。そのため、2010年現在では、「理科」の科目を履修しないで小学校教員免許を取得する場合もありうる。もし受講している場合も、授業時間や担当教員の専門などの理由から、必ずしも理科に関するすべての分野が取り扱われるわけではない。