隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
浦上三番崩れ
安政3年（1856年）、浦上村のキリシタンに関する密告があり、密告者の中に棄教した「転び者」が含まれていたことから、この年の9月18日に帳方（隠れキリシタン組織の指導者）吉蔵らキリシタン15人が捕縛された。過去の浦上一番崩れはもっぱら訴えた庄屋の不正問題に話が移り、続く浦上二番崩れでは内部の慎重論もあって「証拠不十分」による関係者の釈放の形で終わっていたのに対して、今回は実際に「転び者」による告発があったことから、取調は大規模かつ徹底的に行われ、吉蔵以下役職にあった幹部のほとんどが獄死もしくは拷問によって殺害され、浦上のキリシタン組織は壊滅状態に陥った。にもかかわらず、長崎奉行はこの件を村人は先祖代々の教えを禁じられたキリシタンの教えと知らなかったことによって生じた「異宗事件」として処理を行い、キリシタンの存在を公式には認めなかった。なお、長崎県立長崎図書館には『異宗一件』と命名された事件に関する帳簿が現存している。