重要文化財
重要文化財指定候補物件については文化庁で事前調査を行い、文部科学大臣は文化審議会に指定すべき物件について諮問する。文化審議会文化財分科会による審議・議決を経て、文化審議会は文部科学大臣に対し重要文化財に指定するよう答申を行う。文部科学大臣はこれを受けて指定物件の名称、所有者等を官報に告示するとともに当該重要文化財の所有者には指定書を交付する（文化財保護法27条、28条、153条）。法的には、文部科学大臣によって指定の事実が官報に告示された日から重要文化財の指定は効力を発する。なお、指定は「国宝及び重要文化財指定基準」に基づいて行われる。
文化遺産保護制度
文化審議会文化財分科会企画調査会は、2007年（平成19年）10月の報告書において歴史文化基本構想を提唱し、文化財保護法下の有形文化財・無形文化財・民俗文化財・記念物・文化的景観・伝統的建造物群保存地区を一体化した「関連文化財群」と位置づけ、かつ周辺環境を含めて総合的に保存・活用し、これを核として地域づくりを進めるための歴史文化保存活用区域の制度を提言している。文化庁には文化財保護法を改正してこの制度を盛り込む方針もあるが、歴史文化基本構想としては文化芸術振興基本法や地域における歴史的風致の維持及び向上に関する法律で対応しており、新たに提唱された日本遺産制度での実施も検討されている。