フランシスコ会
設立当初のフランシスコ会は修道士の割合が非常に高く、司祭や神学者など教導職にある者はほんのわずかであった。そうしたなかで、リスボンに生まれ、フランチェスコの思想に共鳴してフランシスコ会に初期の段階で入会し、のちに教会博士とされたパドヴァのアントニオ（リスボンのアントニオ）は数少ない神学者のひとりであった。初期のフランシスコ会に教導職が少なかったことには、創設者のフランチェスコが貧しさを礼賛することにかけては徹底しており、物質的な豊かさのみならず、精神的ないし知的な豊かささえも認めなかったことが影響している。この点は、同じ托鉢修道会ではあったが学問や理論の重要性を認め、当初から聖書研究や神学教育がさかんであったドミニコ会とも異なる点であり、フランチェスコ自身は「心貧しいことこそ神の御心にかなう」と主張し、修道士に学問や書籍は不要とさえ述べたのであった。
フランシスコ会
1226年のフランチェスコの死後、第2代総長となったのがであった。その死後も、フランチェスコの人柄を慕う数多くの弟子たちが続々と修道会のもとに集まり、灰色の頭巾つきの修道服に帯ひもをしめ、裸足にサンダル履きの質素な身なりで苦行に近い清貧な生活を送りながら活動の規模を広げていった。1232年には（エリア・ボンバローネ）が第3代総長となっている。最初期のフランシスコ修道会の組織は、終身の総長のもとに全会員に対して責任と権限を持つ中央集権的なものであったが、第3代エリア総長の時代、彼の強権的な修道会運営に反対運動が起こり、1239年の総会議からは各地の管区に大幅な裁量を認める地方分権的な組織体制が採られるようになった。この運動で指導的役割を演じたのが、のちに第5代総長となったで、彼はこの地方分権体制をドミニコ会の組織に倣ったという。フランチェスコの死後の100年間で、フランシスコ会の会員数は3万人を超えるまでにふくれあがった。