アルカーイダ
ウサーマ・ビン＝ラーディンはアル＝カーイダの精神的指導者であり、財力を用いて初期の反米闘争の組織を起ち上げた。アル＝カーイダのナンバー2とされていたアイマン・ザワーヒリーはイスラーム神学者。
1986年、二人はサウジアラビアのジッダで初めて会ったとされる。組織作りや資金集め、組織の代表として声明などを出す役割はビン＝ラーディンが担い、テロに関する宗教的な理論面や作戦面は、学識のあるザワーヒリーが担っていたとされる。
2011年5月にビン＝ラーディンがアメリカ軍によって殺害されると、翌6月、アル＝カーイダは、ザワーヒリーが新たな指導者に選出されたと発表した。
イスラム革命防衛隊
また、アル＝カーイダとの関係も指摘されている。2001年に始まったアメリカ軍主導のアフガニスタン空爆以降、イランに逃亡したウサーマ・ビン＝ラーディンの息子サアド等、アフガンから逃亡してきた複数のアル＝カーイダ幹部と接触していたとされる。この際、サアドが同組織ナンバー2にあたるアイマン・ザワーヒリーとゴドス軍との間の交渉を仲介したとされる。