分類学
なお、広義の分類学では無生物も含めた事物（観念も含めて）を対象とする。歴史的には博物学にその起源があり、古くは、鉱物などもその対象としたが、それらの分野は分類学という形で発展することがなかった。以下の叙述では狭義の分類学（生物の分類学）についておこなう。
系統学
一方、分岐学（cladistics）とは、進化に伴う分岐パターンを正確に明らかにしようとする考え方で、（分岐分類学という言い方もされるが）どちらかといえば系統学の方法論である。これは生物の多くの形質を同時に比較する点では表形分類学と共通するが、想定されるいろいろな進化の道筋から、分岐回数がなるべく少ないものを正しいと考える（最節約の原理）のが特徴である。この考え方はその後次第に分類学にも取り入れられ、恐竜など化石生物の研究で主流となっている。現在では特に分子系統学に基づく分類においても重要な考え方である。