肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
アメーバ
嫌気的な環境に住むアメーバ類には、エントアメーバやペロミクサなどのように、明瞭なミトコンドリアや小胞体・ゴルジ体などが認められないものがある。この特徴から、複雑な細胞内小器官を発達させる以前の極めて原始的な真核生物と考えられたことがあり、その経緯から古アメーバ類とも呼ばれている。しかし現在では、ミトコンドリアや小胞体などを備えた真核生物から、二次的に明瞭な構造を失って成立した生物であることが明らかになっている。エントアメーバではミトコンドリアが全く無いのではなく、その痕跡と考えられるマイトソーム()があることが知られている。ペロミクサではミトコンドリアの代わりと考えられる共生細菌を持っている。