長州征討
征長総督は尾張藩の前々藩主である徳川慶勝（7日に紀州藩主徳川茂承から変更）。副総督は越前藩主松平茂昭が任命された。総督は征長について将軍から全権委任をうけ征長軍に対する軍事指揮権を掌握する。
長州征討
7月23日、朝廷は幕府へ対して長州追討の勅命を発した。幕府は長州藩主毛利敬親と養嗣子の定広（後の元徳）に禁門の変を起こした責任を問い伏罪をさせるため、尾張藩・越前藩および西国諸藩から征長軍を編成した。動員された藩の数は最終的に35藩、総勢15万人とされる。8月13日、諸藩の攻め口が定められ五道（芸州口、石州口、大島口、小倉口、萩口）から、萩城のある萩ではなく藩主父子のいる山口へ向かうと決定した。