肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
細胞内共生説
また、1958年には細胞から取り出したミトコンドリアが独自のタンパク質合成を行えることが示された。つまり、独自の遺伝子と、それに基づく独自のタンパク質合成機能を持つことが示されたのである。これは、ほぼ独自の生物である、と言うことを意味する。