ワジリスタン紛争
2004年4月、パキスタン政府は南ワジリスタンの3つの武装勢力と和平協定を結んだ。しかしこれらの協定は戦闘の停止には結びつかず、6月にはアメリカ軍が攻撃に参加し、ヘルファイアミサイルでアル・カーイダとターリバーンの訓練キャンプを運営する）を殺害している。ネクの勢力はバイトゥッラー・マフスードが引き継ぎ、戦闘を続けた。
アフガニスタン紛争 (1989年-2001年)
8月、パキスタンの北西辺境州（）でパキスタンの諜報機関ISIの支援によりムハンマド・オマルをリーダーとするターリバーンが結成された。ISIとサウジアラビアはアフガニスタンの混乱を収拾できないヘクマティヤールを見限り、ターリバーンによるアフガニスタン統一を支援するようになった。10月にターリバーンはパキスタンからアフガニスタンに通じるカイバル峠のルートを押さえた。11月にはヘクマティヤールの拠点であるカンダハールを占領し、以降はこの地を基盤とした。ヘクマティヤールの基盤はターリバーンと同じパシュトゥーン人であり、ヘクマティヤール派の兵士はターリバーンに吸収されつつあった。