隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
キリシタン大名
江戸時代に入り、1613年（慶長18年）には禁教令も出されたため、秀吉に改易されながらも最後まで棄教を拒んだ高山右近はマニラ（フィリピン）に追放され、有馬晴信は刑死し、以後キリシタン大名は存在しない。