重要文化財
重要文化財指定候補物件については文化庁で事前調査を行い、文部科学大臣は文化審議会に指定すべき物件について諮問する。文化審議会文化財分科会による審議・議決を経て、文化審議会は文部科学大臣に対し重要文化財に指定するよう答申を行う。文部科学大臣はこれを受けて指定物件の名称、所有者等を官報に告示するとともに当該重要文化財の所有者には指定書を交付する（文化財保護法27条、28条、153条）。法的には、文部科学大臣によって指定の事実が官報に告示された日から重要文化財の指定は効力を発する。なお、指定は「国宝及び重要文化財指定基準」に基づいて行われる。
史跡
文化財保護法は、貝塚、古墳をはじめとする遺跡のうち日本国にとって歴史上または学術上価値の高いものを、文部科学大臣が「史跡」および「特別史跡」の名称で指定することができると規定している。地方公共団体においては、国の指定を受けていないものに対して、それぞれの条例に基づいて「○○県史跡」「○○町指定史跡」といった名称で指定を行っている。地方公共団体の制度はおおむね国の制度に準じたものであるが、それぞれの考え方に応じた制度が設けられており、例えば、東京都では「旧跡」、横浜市では「地域文化財」などといった、文化財保護法にみられない区分の名称が設けられている場合もある（なお、横浜市の「地域文化財」は、「指定」ではなく「登録」文化財制度の1種である）。