高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
東京都立日比谷高等学校
2001年度一般入試より国語・数学・英語の3教科において公立高校としては全国初の自校作成問題が導入された。以前の共通問題は同校の場合満点に近い点数を取る受験生が続出し、適切な合否判定が困難な状況であったと推測され、そうした問題点の解消という面があったとされている。また、中学校の成績評価が相対評価から絶対評価に移行したことから内申書での適切な評価が困難となったため、一般入試では学力検査と内申書の総合点が高い順に男女とも各々上位9割を決定し、残り1割は内申書を無視して学力検査の合計点が高い順に合格者を決定する学力検査特別選考枠が設けられた。