レオナルド・ダ・ヴィンチ
この時期に描かれたもうひとつの重要な絵画が『岩窟の聖母』で、ミラノの聖母無原罪の御宿り信心会からの依頼による作品である。『岩窟の聖母』は、ジョヴァンニ・アンブロージオ・デ・プレディス（）と弟エヴァンジェリスタが協力した作品で、既に完成していた祭壇を飾る大きな祭壇画として描かれた。レオナルドはこの作品を、聖アンナ、聖母マリア、幼児キリストの聖家族が、天使に守られてのエジプトへの逃避中に幼い洗礼者ヨハネと出会うという、聖書の正典ではありえない場面に設定した。さらに幼いヨハネはキリストを救世主と認め、祈りを捧げている情景が表現されている。崩れ落ちそうな岩と渦巻く川を背景にして、青白い顔をした美しい人々が、幼児キリストを愛情をこめて崇拝している場面が描かれている。『岩窟の聖母』は200cm × 120という比較的大規模な作品ではあるが、『東方三博士の礼拝』のような複雑な画面構成にはなっていない。『東方三博士の礼拝』にはおよそ15名の人物像と詳細な建築物が描かれているが、『岩窟の聖母』に描かれているのは4名の人物像と岩の洞窟だけである。『岩窟の聖母』は異なるヴァージョンで2点制作され、1点は聖母無原罪の御宿り信心会の礼拝堂に（現在ロンドンのナショナル・ギャラリーが所蔵しているヴァージョン）、もう1点はレオナルドの手元に留め置かれ、後にレオナルドと共にフランスへと持ち込まれている（現在パリのルーヴル美術館が所蔵するヴァージョン）。しかしながら聖母無原罪の御宿り信心会が正式に『岩窟の聖母』を入手、ないし制作代金を支払ったのは16世紀になってからのことだった。
読書するマグダラのマリア
ドローイング『聖母子と聖者』の司教の右にはひざまずく人物の輪郭のような線が描かれた不自然な空白があり、描かれているこの輪郭線は聖カタリナであると考えられている。現存している3点の作品にはこの聖カテリナに合致する人物像は残っていない。しかしながら1971年に美術史家ジョン・ウォードが、オリジナルの祭壇画には6名の聖人に囲まれた聖母子が描かれていたという説を唱え、現在ではこの推測が広く受け入れられている。19世紀以前の『聖母子と聖者』に関する来歴は不明ではあるが、1440年におそらくブリュッセルの工房で制作された、オリジナルの祭壇画から聖母子を写した彫刻がポルトガルに現存している。
この作品でファン・デル・ウェイデンはマグダラのマリアを、ローマ教皇グレゴリウス1世の時代に『ルカによる福音書』11章に登場する悔悛した娼婦と同一視されたベタニアのマリアをもとにして描いている。その後マグダラのマリアは涙と読書とに関連付けられるようになり、罪人に悔悛の涙を流させるようなキリストの慈悲を象徴する人物となっていく。ルネサンス初期の芸術家たちがマグダラのマリアのことを、涙やみ言葉を象徴する穏やかな目をした女性、あるいは読書しながら涙を流す女性として描いたことも、このようなマリアのイメージを広く伝播させることに一役買った。16世紀にマリアを描いた絵画の中で好例といえるのがティントレットやティツィアーノの作品である。これらの絵画の中でマリアは書物を手にしており、本から目を背けて泣いている、天を見上げている、恥ずかしそうに作品を見る者のほうに目を向けているなどの表現で描かれている。モシェ・バラシュは著書『The Crying Face』のなかで、ファン・デル・ウェイデンの時代には、背けられた、あるいは伏せられた目の描写は「泣いている様子の典型的な絵画表現」になっていったとしている。