ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
ヨーロッパにおける政教分離の歴史
ドイツ出身のポール＝アンリ・ティリ・ドルバックもまた百科全書派における無神論者として知られ、宗教的な圧政から人類を解放することをめざした。彼によれば、宗教とは「科学の幼稚な先行者」にすぎず、未開の精神の持ち主こそが霊魂と天使、悪魔と魔女などの幻想を信じるのであり、円熟した理性はそうしたものは一切存在しないと唱えた。存在するものすべてが自然であり、その自然も科学法則によって規則正しく運動する物体の物質的な体系だと彼は主張した。『精神論』を著したクロード＝アドリアン・エルヴェシウスもまた無神論者であった。『精神論』は反カトリック的であるとしてパリ大司教ボーモンから弾劾を受けた。