分類学
分類学は、この世に存在する、あるいは存在したすべての生物をその対象とする。現在存在しない生物については古生物学が分担するが、現在の生物の分類にも深く関わりがあるため、それらはまとめて考える必要がある。実際には、個々の分類学者はその中の特定の分類群を研究対象とし、全体を見渡した分類体系をその対象にすることのできる人はあまりいない。
分岐学
分類学における分類群（タクソン）には、単一の系統からなる「単系統群」（例えば鳥類）と、大きな単系統群から一部の単系統群を除いてまとめた「側系統群」（鳥類を除いた爬虫類など）があるが、分岐学の立場では側系統群は分類群として認めるべきではなく、単系統群（分岐学ではクレードCladeという）のみを認めるべきだということになる（進化分類学と呼ばれる考え方では側系統群も認める）。