石徹白騒動
石徹白騒動は、野心家の神主、石徹白豊前が賄賂工作などを行って郡上藩や吉田家に取り入り、それらの権威、権力を利用して石徹白を支配しようともくろんだものの、これまでの石徹白で保たれてきた秩序を根底から突き崩すことになる豊前のやり方に反発した社人らが、豊前や豊前の後ろ盾となった郡上藩と衝突したことによって発生した騒動である。
石山合戦
顕如退去後に教如が講和に反して石山を占拠したため、本願寺は顕如と教如の2派に分かれ、顕如は誓約違反を問われることになってしまった。結局、教如も石山を出ることで内紛には決着がつき、天正10年（1582年）6月の本能寺の変の信長の死の直後に顕如と教如は朝廷の仲介により和解するが、顕如は内紛の核となった教如を廃嫡し3男の准如を嫡子と定めた。文禄元年（1592年）11月、顕如が死没すると豊臣秀吉の命で教如が本願寺を継ぐが、如春（顕如の妻、教如・准如らの母）らが顕如の遺志にもとづき秀吉に働きかけたため、翌年に教如は隠居させられ弟の准如が跡を継いだ。しかしその後も教如は大坂の大谷本願寺（難波御堂、現在の真宗大谷派難波別院）を本拠地として、各地の門徒へ本尊の下付などの法主としての活動を続けたため、この時点で本願寺は准如を支持する派と教如を支持する派に事実上分裂した。慶長7年（1602年）、教如は以前より昵懇だった徳川家康による土地の寄進を受け、京都の七条烏丸に東本願寺を建てたために、本願寺は東西に分かれることとなった。