只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
尾瀬原ダム計画
この時「尾瀬分水案」は、この最終案に盛り込まれることはなかった。費用対効果の点で「本流案」に劣ること、水利権の問題における福島県の反発、後述する治水・環境問題がその主因であり、事実上棚上げの状態となった。一方「本流案」におけるダム計画についてOCIはまずダムの高さを 50 m として貯水容量を 1億2,500万 m に抑えて発電を開始し、その後の電力需要増大に併せて再開発を行って高さを逓信省案と同じ 85 m にまでかさ上げ、総貯水容量を 6億8,000万 m にすることで利根川への分水と揚水発電への変更を行うことが望ましいと勧告した。しかしこの勧告も実行に移されることは無く、東京電力は以後10年おきに尾瀬沼の発電用水利権は更新するものの、前述の対立もあってダム計画が進展することはなかった。