高等学校必履修科目未履修問題
2007年11月16日、福島県立白河高等学校が日本史・情報など必履修の科目や教科の一部を未履修のまま2006年度の3年生全員（317人）を卒業させていたことが発覚した。福島県教育委員会にも報告せず、短時間の補習やレポート提出などの救済措置も取らなかった。また、同年12月には古川学園中学校・高等学校においても、必履修の教科科目の一部を未履修のまま2006年度の3年生を卒業させていたことが判明した。
在日ブラジル人
しかし義務ではない上に2012年（平成24年）以前は住民基本台帳法と外国人登録法に分かれていて、日本人と外国人で構成する複数国籍世帯を把握できなかったので、どちらの学校にも通わない不就学が問題になった。特にリーマンショックの後はブラジル人が失業して月謝を払えなくなったり、生徒が大量に帰国した為にブラジル学校が閉鎖に追い込まれて、不就学が深刻になった。そのため文部科学省は「虹の架け橋教室」（外国人児童生徒就学促進事業）を始めて、不就学者の教育をブラジル学校やNPOに委託した。また浜松市は「外国人子弟の不就学ゼロ作戦」を開始し、727人の不就学者の家を一軒ずつ戸別訪問して帰国・転出していない不就学者を見つける所から始めた。その結果2011年（平成23年）9月には市内に16人の不就学者が居たが、2013年（平成25年）以降はゼロになった。