日本の歴史
3世紀中後半から7世紀頃までは古墳時代と呼ばれる。3世紀中頃に畿内に出現した前方後円墳とそれに伴う墓制が急速に列島各地に広まっており、このことは畿内（ヤマト）・北部九州（筑紫）・北関東（毛野）・山陽（吉備）・山陰（出雲）に並立していた地域政治集団が糾合してヤマト王権を形成したことを表していると考えられている。ただし、これは初期国家と呼べる段階にはなく、王権の連合（連合王権）と見るのが適切とされている。この王権が後に国家としての体制を整え、さらに大和朝廷と称される政権に発展するが、どの時期以降をもって朝廷と呼ぶべきかに関しては、なお議論がある。
天皇
天皇がいつどのように成立したかは、現在の学界では学説が多様に分かれている。ただし、天皇の前身をなす大王が遅くとも5世紀にはのちの畿内の地の政権の首長として存在したこと、その後、7世紀にかけて勢力圏を拡大し、はじめは毛野・吉備・出雲・筑紫その他の各地政権と並立する一地方政権であったのが、やがて7世紀末から8世紀初頭にかけ律令体制を整えるまでのある時期に、他の諸政権との連合体から広い範囲にわたる統一政権に成長した、といったことは推認されている。『古事記』『日本書紀』が伝える物語は、歴史的事実や慣行習俗をいくらか反映しているにせよ、その基本構想は大王政権が君主の地位を得た後に、その支配権を正当化するため造作され、記紀成立まで潤色が重ねられたこと、神武天皇が日向から大和に入り、その地の支配者を破って第一代の帝位についたという説話もまた、「神代」の延長線上に造られた物語であること、綏靖天皇から開化天皇までの八代は、その名号・相続方式などから実在の人物と認めがたいこと、以上は「現在の学界でほぼ共通の認識」とされている。
皇室の系図は『古事記』『日本書紀』を始めとする史書に基づいて作られ、その起源は神武天皇元年（紀元前660年）に即位した神武天皇、更にはその始祖である天照大御神に始まるとされている。明治政府から戦時中までの日本では史書の記述を真実の歴史とする考えが支配的であり、国定教科書では神武天皇元年を紀元元年とする神武天皇紀元（皇紀）が採られていた。しかし『日本書紀』は天武天皇の勅命により編纂されたものであり、歴史学的に証明の難しい神話・伝説などを多く含んでいる事から、皇室の祖先にまつわる伝承や事績や初期の天皇の存在については疑問視されている。特に欠史八代の天皇については、古代中国の革命思想（讖緯説）に則って皇室の歴史を水増ししたのではないかと指摘する学説が主流となっているが実在説もあり、未だ決着を見ていない。歴史学的に証明できる皇室の起源は、ヤマト王権の支配者・治天下大王（大王「おおきみ」）が統治していた古墳時代辺り迄である。