ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
タジキスタン
1992年、タジキスタン共産党系の政府とイスラム系野党反政府勢力との間でタジキスタン内戦がおこった。11月に最高会議（共産党系）はエモマリ・ラフモノフ (1952-) を議長に選び新政権を樹立し、1993年春までにほぼ全土を制圧した。1994年4月最初の和平交渉が行われた。11月の大統領選挙が行われ、1997年6月の暫定停戦合意で反対派は政府ポストの3割を占めた。5万人以上の死者を出した内戦が終わった。エモマリ・ラフモノフ（現在はラフモンと改名）大統領の就任以来、国際連合タジキスタン監視団 (UNMOT) のもとで和平形成が進められてきたが、1998年には監視団に派遣されていた秋野豊筑波大学助教授が、ドゥシャンベ東方の山岳地帯で武装強盗団に銃撃され殉職する事件が起こった。