長州征討
征長総督は尾張藩の前々藩主である徳川慶勝（7日に紀州藩主徳川茂承から変更）。副総督は越前藩主松平茂昭が任命された。総督は征長について将軍から全権委任をうけ征長軍に対する軍事指揮権を掌握する。
長州征討
戦況不利の最中の7月20日に家茂が死去（後述）、徳川将軍家を継いだ徳川慶喜は大討込と称して、自ら出陣して巻き返すことを宣言したが、小倉陥落の報に衝撃を受けてこれを中止し、家茂の死を公にした上で朝廷に働きかけ、休戦の勅命を発してもらう。また慶喜の意を受けた勝海舟と長州の広沢真臣・井上馨が9月2日に宮島で会談した結果、停戦合意が成立し、大島口、芸州口、石州口では戦闘が終息した。なお、慶喜は停戦の直後から、フランスの支援を受けて旧式化が明らかとなった幕府陸軍の軍制改革に着手している（幕府陸軍#慶応の軍制改革を参照）。