ベンゾジアゼピン
新しい非ベンゾジアゼピン系睡眠薬（Z薬）が、短時間型のベンゾジアゼピンよりも優れているかについては明確ではない。医薬品のこれらの2つのグループの有効性は同様である。米国医療品質研究機構（AHQR）によれば、ベンゾジアゼピン系の副作用は非ベンゾジアゼピン系よりも約2倍の頻度であることを、間接比較が示している。一部の専門家は、不眠症に対する一次選択の長期的な治療として、優先的に非ベンゾジアゼピン系を用いることを提案している。しかし英国国立医療技術評価機構（NICE）は、Z薬を優遇する確固たる証拠を発見できなかった。NICEのレビューは、長時間型のベンゾジアゼピンと比較された短時間型のZ薬の臨床試験が不適切であることを指摘した。短時間型のZ薬と、適切な用量の短時間型のベンゾジアゼピンとを比較した試験は存在しない。このことから、NICEは費用と患者の好みに基づいて睡眠薬を選択することを推奨している。王立オーストラリア総合医学会(RACGP)は効果と注意事項について、BZDとZ薬は同じであるとしている。
睡眠薬
アメリカ食品医薬品局 (FDA) が公開した限られた臨床試験データを後から再度分析した一つの研究において、非ベンゾジアゼピン系（ゾルピデム、ザレプロン、ゾピクロン）睡眠薬と、メラトニン作動薬（ラメルテオン）の4種類の睡眠薬は、偽薬に比較して、うつ病の危険性を平均して2倍に高める可能性が示唆された。但し、この結果は偽薬群からは被験者の離脱が多いなどの効果によって結果がゆがめられている可能性がある。また本研究の著者であるKripkeは、睡眠薬の利用に反対するウェブサイトの運営者であるというバイアスを持っている。