只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
喜撰山ダム
なお、天ヶ瀬ダム建設以前には志津川ダム（別名：大峰ダム、堤高35.0m）が設置されていた。これは1924年（大正13年）、宇治川電気（関電の前身のひとつ）が建設したダムで、日本における重力式コンクリートダムの草分けであったが、志津川発電所と共に水没してしまった。なお、関電と建設省の間で行われた交渉の結果、代替施設として天ヶ瀬ダムを発電を含む多目的用途としたうえ、直下流に認可出力9万2,000キロワットの天ヶ瀬発電所（1964年（昭和39年）稼働開始）を建設することで合意した。