高等学校必履修科目未履修問題
2007年11月16日、福島県立白河高等学校が日本史・情報など必履修の科目や教科の一部を未履修のまま2006年度の3年生全員（317人）を卒業させていたことが発覚した。福島県教育委員会にも報告せず、短時間の補習やレポート提出などの救済措置も取らなかった。また、同年12月には古川学園中学校・高等学校においても、必履修の教科科目の一部を未履修のまま2006年度の3年生を卒業させていたことが判明した。
数学C
原則として数学I及び数学Aを履修した後に履修させ、4項目中2項目以上を選択履修させることとされた。主に高等教育で自然科学・社会科学を学ぶことを希望する者が履修するのが望ましいとされた科目である。実際普通科の理系では履修させる学校が多かった。多くの理系学部において入試でも出題範囲として出題された。一方で看護・医療系学部、薬学部の一部、農学部の一部などで出題範囲から外される大学もあった。そのため、高等学校で理系であっても数学Cを選択しない選択が出来るようになっていた。