性分化疾患
性分化疾患＝半陰陽との誤解が生じやすいが、本来は半陰陽とは、卵巣と精巣の両方をもつ真性半陰陽、性腺・内性器と外性器が一致しない仮性半陰陽（男性仮性半陰陽・女性仮性半陰陽）をいうものであり、性器異常による性分化疾患や染色体異常による性分化疾患は半陰陽には分類されない。半陰陽という言葉は男性器も女性器もある両性具有というイメージをもたれやすいが、実態としての半陰陽は未分化で機能しない性器あるいは外見上は男女いずれかに近い外性器を有している。そのため、正常に機能する男性器と女性器の両方をもつ両性具有という偏見を呼び起こすとして、半陰陽という表現は現在は当事者から忌避されている。
性的少数者
しかしながら、身体障害や精神障害などといった障碍をもつ人々も、トランスジェンダー同様、全人口に対する割合からすれば「少数」であるが、障碍を持つ人々を「少数者」と称することは海外は勿論、日本国内に於いてもほとんどみられない。したがって「少数者」という表現には社会的排除や見えない差別的ニュアンスが含まれることがある。実際、LGBTの問題を扱ったジョグジャカルタ原則の前文において、異性に性的指向を持つ者や特に性自認が身体的性別と一致している者が圧倒的多数であるにも拘わらず、その前文では、性的指向の定義に関して敢えて、「異性や同性、両性（二つ以上の性）に対する」と表現している。また性自認の定義に関して、「出生時の身体的性別に対応することもあればしないこともある」と表現している。