薩摩藩
1600年（慶長5年）の関ヶ原の戦いでは西軍につくが、徳川四天王の一人井伊直政の取りなしで本領を安堵され、島津義弘の三男・家久が当主と認められた。この時点をもって正式な薩摩藩成立と見なすのが通説である。
幕末
この頃、京都へ尊王攘夷派の志士が集い、「天誅」と称して反対派を暗殺するなど、治安が極端に悪化。逆に尊攘派の代表と見られた姉小路公知が暗殺される事件（朔平門外の変）も起き、犯行に関与したとみられた薩摩藩など公武合体派の勢力が一時低下した。長州藩は8000名と言われる駐在兵を京都に置き、シンパを含めれば三万を動員できるとされた。尊攘派の擡頭により朝廷・幕府政治の混乱が起きていることを憂えた孝明天皇の意をくみ、中川宮朝彦親王は極秘に会津藩・薩摩藩に長州藩の追放を命ずる。1863年9月30日（文久3年8月18日）に、宮廷の御門を制圧した会津・薩摩は、長州藩兵および三条ら7人の公卿を長州への撤退させるクーデタを決行し（八月十八日の政変、七卿落ち）、長州藩系の尊攘勢力の一掃に成功した。