高倉天皇
母・平滋子は平清盛の妻・平時子の異母妹であり、政界の実力者・清盛の義理の甥にあたる事に加えて、当時政治方針を巡って対立した二条天皇によって院政停止状態に置かれていた後白河院の不満から、まだ皇子のなかった二条天皇の後継に擁立する動きがあり、誕生直後の9月15日、叔父の平時忠と清盛の弟・平教盛は二条天皇により解官されている。永万元年（1165年）7月に二条天皇が崩御すると、その死後に立てられた六条天皇（二条天皇の子、高倉天皇からみて甥）の3歳の年長であるにも関わらず、仁安元年（1166年）10月10日、皇太子に立てられた。2年後の仁安3年（1168年）2月19日、六条天皇をわずか5歳（満3歳）で退位させ、自身が8歳で天皇として擁立された。政務は父・後白河院が院政を敷いた。
小倉事件
だが、貞享4年（1687年）中院通茂が先年の暴言の事実と皇太子への悪意の疑いで追放され（ただし、後年許されて霊元上皇と東山天皇の推挙で幕府から加増を受けている）、直後に朝仁親王（東山天皇）への譲位と院政開始を宣言する。ここに至って近衛基熙や江戸幕府は、霊元天皇による五宮擁立の真意が皇子可愛さだけではなく、院政を開始して摂家や幕府の干渉を排して思いのままの政治を行うための長期計画の一環であり、すぐに成人を迎えてしまう年長の一宮に皇位を譲ることが不都合であったからであったことに気付くのである。