高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
数学C
原則として数学I及び数学Aを履修した後に履修させ、4項目中2項目以上を選択履修させることとされた。主に高等教育で自然科学・社会科学を学ぶことを希望する者が履修するのが望ましいとされた科目である。実際普通科の理系では履修させる学校が多かった。多くの理系学部において入試でも出題範囲として出題された。一方で看護・医療系学部、薬学部の一部、農学部の一部などで出題範囲から外される大学もあった。そのため、高等学校で理系であっても数学Cを選択しない選択が出来るようになっていた。