Mリーグ
運営は一般社団法人Mリーグ機構。初代チェアマンにサイバーエージェント社長の藤田晋、最高顧問にJリーグ初代チェアマンの川淵三郎が就任した。リーグ参加チームの所属選手に対しては最低年俸として400万円が保証されるが、一方で賭博行為への関与を固く禁じており、仮に関与が確認された場合には即解雇などの厳罰に処される。また対局時にはチームごとに定められたユニフォームの着用が義務付けられる。対局は全て東京・港区（日の出駅そば）に新たに設けられる専用スタジオ「Mリーグスタジオ」にて行われ、一部の対局では隣接する施設でのパブリックビューイングも行われる（有料）。
マイナーリーグ
マイナーリーグベースボール（以下、MiLB）は、MLBとは独立に運営されている北アメリカのプロ野球リーグのうち、MLBの傘下に入る協定をしているものである。AAA（トリプルA、3A）を筆頭に、AA（ダブルA、2A）、アドバンスドA、クラスA、ショートシーズンA、ルーキー・アドバンスド、最下位組織の「ルーキーリーグ」の7段階にクラス分けされる。MLB所属チームは複数の階層のMiLB所属チームと選手育成契約（Player Development Contract, PDC）を結び、その下部組織としている。MiLB所属チームは契約したMLB所属チームがドラフト及びカリブ海ドラフトで獲得した選手の育成、故障選手の練習の場となるほか、独自に獲得した選手を育成してMLBに供給する役割も担う。なお、メキシカンリーグもMLBのAAAクラス相当になっているがMLBの傘下協定には入っておらず、個々のチームもMLB所属チームと選手育成契約をしていない。