肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
盤状クリステ類
真核生物のミトコンドリアクリステは、その形状から、板状 ()、管状 ()、盤状 () の3種類に大別される（ミトコンドリアを参照）。このうち盤状のクリステを持つ生物は少数派であることから単系統性が示唆されていたが、分子系統学からの支持を得て、真核生物のスーパーグループの一つとして認識されるに至った。分類階級としてはエクスカバータの下位分類とされる場合と、これと並列に置かれる場合とがある。