ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
タジキスタン内戦
1993年には戦争は激しさを増した。クリャーブの民兵組織はロシアなどの軍事援助を受け、タジキスタン・イスラム復興党(IRP)のイスラム勢力やゴルノ・バダフシャン自治州のパミール人やガルム人組織などを相手に戦局を常に優位に進めた。さらにドゥシャンベの南部ではパミール人やガルム人に対する民族浄化も行われ、特にIRPの根拠地でありガルム人の多いクルガン・テッパでは虐殺が行われ数万人が犠牲となった。生き残った者はアフガニスタンへ難民となった。