ワジリスタン紛争
2004年3月16日、の中心地にアルカーイダの幹部アイマン・ザワーヒリーが潜伏している情報を察知したパキスタン軍はワナを攻撃し、ターリバーンの間で激しい戦闘が起こった（ワナの戦い）。
アタル・ビハーリー・ヴァージペーイー
第三次政権では、パキスタンとの関係において一時期緊張が高まる。2001年12月、イスラム武装勢力によるものと見られる国会議事堂襲撃事件が発生。インド政府はこれにパキスタン政府が関与していたと非難した。ヴァージペーイーもカシミールに配置されているインド軍に対し、犠牲を覚悟して「決定的勝利」に備えるようにと発言し戦争も辞さない姿勢を示すなど、一触即発の危機に陥った。しかしその後は対話路線を進めるようになり、2003年4月、ヴァージペーイーはジャンム・カシミール州を訪問した時にパキスタンに対し和解の意向を示し、さらに翌2004年1月の南アジア地域協力連合首脳会議ではパキスタンの大統領であったパルヴェーズ・ムシャラフとの首脳会談を実現させた。この首脳会談の席では問題解決に向けた「複合的対話」を開始するという合意に至った。一方でカシミールなどのイスラーム過激派への警戒も怠らず、同年にテロ対策としてイスラエルとの関係を強化した。