自転車歩行者道
自歩道は、本来歩行者のために設置される歩道を、自転車交通にも供する（自転車を“歩道に上げる”）ものである。これは歩行者の権利を侵害し安全を脅かすものとして、早くから問題が指摘されてきた。自転車の歩道通行が認められる1970年以前にも、自転車の安全通行をはかるためには「歩道に分離線を引いただけでも目的はほぼ達せられる（もっともこれは暫定的措置であって、自転車にとっても歩行者によっても最終的に好ましい姿とはいえない）。」との指摘があった。
乗鞍スカイライン
有料道路時代は長らく自転車の通行は禁止されていたが、2003年（平成15年）からは自転車の通行が許可された。2004年（平成16年）からは乗鞍スカイライン・サイクルヒルクライム（サイクルロードレース）が開催されている。秋にはクマが出没することがあるため、乗鞍自転車利用適正化協議会が注意を呼び掛けている。東海地方のローカルニュースでは、開通の頃になるとこの道路の話題が流される。さらに同地域の道路交通情報では、開通・閉鎖の頃になると、この道路の話題が流される。
いずれも全線（平湯峠ゲート・鶴ヶ池ゲート間）で規制される。