松倉重政
南蛮貿易の利を得ていた重政は入部当初キリシタンを黙認していたが、江戸幕府のキリシタン弾圧政策に従って元和7年（1621年）になるとキリシタンの弾圧を開始。最初はゆるやかなものだったが、寛永2年（1625年）に将軍徳川家光にキリシタン対策の甘さを指摘されると発奮し、徹底的な弾圧を開始した。顔に「吉利支丹」という文字の焼き鏝を押す、指を切り落とすなど種々の拷問を行い、寛永4年（1627年）には雲仙地獄で熱湯を使ったキリシタンの拷問・処刑を行うなど、キリシタンや年貢を納められない農民に対し残忍な拷問・処刑を行ったことがオランダ商館長やポルトガル船長の記録に残っている。寛永6年（1629年）には長崎奉行・竹中重義に勧めて長崎中のキリシタンを雲仙に連行している。さらに、キリシタン弾圧への取り組みを幕府に対しアピールするため、キリシタンの根拠地であるルソンの攻略を幕府に申し出る。家光はじめ幕閣の一部も乗り気になったため、先遣隊を派遣するなどして遠征準備に取りかかり、そのためのさらなる戦費を領民に課した。
濃尾崩れ
寛文4年4月7日には、幕府は目付・森川之俊を「美濃天主教徒査検」として美濃国に派遣してキリシタンの調査を実施。尾張藩では同年5月にキリシタン奉行（宗門奉行）2名を任命して、奉行の1人・海保弥兵衛を江戸に派遣して幕府の宗門改役・北条氏長にキリシタン穿鑿の要諦を問わせている。尾張藩は幕府の指示によって領内38か所にキリシタン禁制の高札を立て、五人組を組織した。領内の各寺院には新規に檀徒になる者の吟味をするよう通達し、代官・給人にキリシタン改を命じた。寛文5年正月には宗門奉行に替えて寺社奉行が設置され、宗門改めが毎年2月と11月の2度実施されることとなった。キリシタン検挙のため、丹羽郡・葉栗郡の給人知行所を御付家老の成瀬氏・竹腰氏を除いて他郡に移して、跡地を幕府の蔵入地にした。