ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
新疆侵攻
唯一組織された反抗組織はのカザフ民兵と、ユルバース・カーンの白系ロシアと回族の民兵団であった。バティルは国民党に忠誠を誓ったため1951年に処刑された。ユルバース・カーンは人民解放軍勢力とで戦闘を行ったが敗北し見捨てられ、彼に協力しなかったダライ・ラマの勢力を避けながらチベットを通って逃げ伸び、インドを通って台湾へと渡り、中華民国体制に参加した。中国共産党の新疆ウイグル自治区は中華民国時代の新疆省に変えて1955年10月1日に設置された。