ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
アフガニスタン紛争 (2001年-)
2004年3月、パキスタンの連邦直轄部族地域においてターリバーン、アル・カーイダとパキスタン軍の間で戦闘が起きる。2004年4月及び2005年2月に和平合意が結ばれ、パキスタン軍が撤退するのと引き換えに南ワジリスタンの地元部族側は外国武装勢力を立ち退かせる約束をした。しかし、アフガニスタンへの越境攻撃は止まらず、和平合意は形骸化した。以降、パキスタン・アフガニスタン国境地帯のワジリスタンなどにおいて断続的な戦闘が続いている（ワジリスタン紛争）。