高倉天皇
母・平滋子は平清盛の妻・平時子の異母妹であり、政界の実力者・清盛の義理の甥にあたる事に加えて、当時政治方針を巡って対立した二条天皇によって院政停止状態に置かれていた後白河院の不満から、まだ皇子のなかった二条天皇の後継に擁立する動きがあり、誕生直後の9月15日、叔父の平時忠と清盛の弟・平教盛は二条天皇により解官されている。永万元年（1165年）7月に二条天皇が崩御すると、その死後に立てられた六条天皇（二条天皇の子、高倉天皇からみて甥）の3歳の年長であるにも関わらず、仁安元年（1166年）10月10日、皇太子に立てられた。2年後の仁安3年（1168年）2月19日、六条天皇をわずか5歳（満3歳）で退位させ、自身が8歳で天皇として擁立された。政務は父・後白河院が院政を敷いた。
院政
ただ、後白河法皇と平清盛とが対立し始めた後、治承3年（1179年）11月の治承三年の政変によって鳥羽殿に幽閉され、後白河法皇は院政を停止されてしまった。ここで一旦高倉天皇の親政が成立するが、高倉天皇は治承4年（1180年）2月に安徳天皇に譲位、ここに高倉院政が成立した。高倉院政下では福原への「遷都」などが行われたが、もともと病弱であった高倉上皇は福原で病を得、平安京に還御した直後の養和元年（1181年）1月14日に崩じてしまった。まもなく清盛も世を去ったため、清盛の後継者であった平宗盛は後白河院政を復活させた。