高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
教職課程
なお、保健体育（中学・高校とも）と福祉（高校）に関しては、2011年度入学者より、教科に関する科目のカテゴリの新規追加による必修分野の増設などの一部変更が実施されており、2010年度以前入学者で当該教科の免許状の課程を受講している場合、2014年3月まで(即ち、2010年入学者が4年で卒業するのに合わせた時期まで)に授与申請を出さない場合は、授与申請を行う各都道府県教育庁判断で、授与申請が受理されないケースもあると案内している大学もある。このため、通信制大学では、単位取得状況により、2010年度以前入学者であっても、2011年度以降入学者の課程内容に准じた履修への変更を認めているケースや、2011年度以降3年次編入学者（本来は2009年度以降入学者に准ずる）については、2011年度以降1年次入学者と同じカリキュラムを履修させるやり方を実施するケースもある(通信制大学の場合、個々の事情により、4年(3年次編入でも2年)で卒業できるとは限らず、授与申請に不利益が生じるのを避けるための処置)。