学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
東京農林学校
1886年、農商務省の財政難により、所轄の駒場農学校と東京山林学校が合併して東京農林学校となる。このとき、本科と別科を設置する。合併の際教職員についても、そのほとんどが両校から引き継がれている。農林学校では、両校の設置していた学科を元に農学部、林学部、獣医学部を設置した。その在学年数はまず予科を3年、農学部および林学部が2年、獣医学部3年と定めた。またこのとき2年制の速成科を設置している。