二本松藩
二本松藩では、豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。このため、秀吉のバテレン追放令などの禁教令、江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。二本松でも寛永9年（1632年）2月8日に明利の命令で5人が火炙り、9人が斬首と計14名のキリシタンが殉教、すなわち処刑されている（同時期に会津藩で42名、白河藩でも13名が処刑された）。この時二本松で処刑されたキリシタンには、前の領主で氏郷の孫忠郷の旧臣や、元和年間に長崎で弾圧されて二本松に逃れていた者などが含まれており、彼らは布教活動を行っていたため処刑されたといわれる。
偽装棄教
キリスト教徒の偽装棄教で有名なのは、近世日本における隠れキリシタンである。江戸幕府（3代将軍・徳川家光）によるキリシタン禁止令の後、強制改宗により仏教を信仰していると見せかけ、キリスト教を偽装棄教したキリスト教信者（潜伏キリシタン）が主に九州地方に存在していた。数々の弾圧に晒されたが、中には明治時代まで密かにキリスト教信仰を保ち続けた地域・家系もある。