自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
新幹線通勤
2003年9月まで全席指定席だった東海道・山陽新幹線「のぞみ」には乗車できなかった。市販時刻表の東海道・山陽新幹線のページの欄外にも「フレックス・フレックスパル及び在来線の定期乗車券では全車指定席の列車には乗車できません。ご乗車の場合は、乗車区間の運賃・料金を別途いただきます」と明記されていた。また、上越・北陸新幹線では臨時列車の一部に全席指定席の列車が設定されることがあるが、この場合も乗車できない（時刻表の営業案内に記載）。