新幹線
1964年（昭和39年）10月1日に最初の新幹線である東海道新幹線が開業して以来、事業者側の責任事故として確定した事故は、1995年（平成7年）に駆け込み乗車の乗客の手をドアに挟んで引きずり死亡させた三島駅乗客転落事故（旅客が死亡）と、2015年（平成27年）に発生した山陽新幹線部品脱落事故（旅客が負傷）の計2件である。
連合軍専用列車
1946年（昭和21年）7月15日の「Yankee Limited」で開始。東京 - 上野間には元々回送線が戦前から存在し、回送・貨物列車に関しては走ったことがあったが、旅客列車を同区間で運行したのはこれが初めてである。東京駅から東北・信越方面への旅客列車を走らせる（東海道本線・横須賀線 - 東北本線・常磐線・高崎線間の直通運転を行う）ことには国鉄内に何らかの抵抗があったらしく、戦前は軍用列車ですら実施されたことがなかったが、このことでその抵抗分子も消えたのか、早くもこの年8月10日から日本人の乗る列車でも同区間の旅客輸送が開始されている。その後、同区間の回送線が1973年（昭和48年）4月の東北新幹線建設工事によって使用不可となるまで、特急・急行・準急・普通問わずさまざまな列車が同区間を運行した。2015年（平成27年）3月14日からは42年ぶりに、JR東日本は同区間の列車線を復活させ、再び東海道本線 - 東北本線・高崎線・常磐線間の直通旅客列車の運行を開始している。「上野東京ライン」も参照。