哺乳類
哺乳類の起源は古く、既に三畳紀後期の2億2500万年前には、最初の哺乳類といわれるアデロバシレウスが生息していた。そのルーツは、古生代に繁栄した単弓類 (Synapsida) のうち、キノドン類 (Cynodontia) である。単弓類は、爬虫類の双弓類 (Diapsida) とは石炭紀中期に分岐し、独自の進化をしていた。単弓類は、ペルム紀末の大量絶滅において壊滅的なダメージを受け、キノドン類などごくわずかな系統のみが三畳紀まで生き延びている。一時期再び勢力を挽回するものの、既に主竜類などの勢力も伸長し単弓類は既に地上の覇者ではなくなっていた。そして、三畳紀後期初頭の大絶滅を哺乳類とともに生き延びたのは、トリティロドン科のみであった。しかし彼らも白亜紀前期には姿を消している。また、同じく三畳紀には、すでに哺乳類の他のグループから分岐する形で単孔目が出現している。単孔目は現存するが、これは卵生であることや総排出腔をもつなどほかの哺乳類とは大きく異なる構造を持ち、もっとも原始的な哺乳類の形をとどめているとされる。
進化発生生物学
1824-1826年にエティエンヌ・セールは進化発生の反復説を提唱したが、アリストテレスによって着想を得たヨハン・フリードリヒ・メッケルの1808年の考えが反映されている。 彼らは、「より高等な」動物の胚の各段階は、「生物の大きな連鎖」の下の段階の動物の一連の段階を経る、つまり反復されると主張した。例えば、人間の胚は、最初は魚の胚ようにみえ、次に爬虫類、鳥類、哺乳動物とよく似た段階を経て、人間の胚になる、という観察にもとづく。発生学者のカール・エルンスト・フォン・ベーアは、1828年に、単一のボディープランに基づいて、「生物の大きな連鎖」のような線形の順序はないと主張し、これに反対した。 フォン・ベーアは代わりに、4つの異なる動物のボディプランを提唱した。ヒトデのような放射状の動物、貝類のような軟体動物、ロブスターのような甲殻の動物、魚のような脊椎動物。 その後、動物学者たちは、1866年にエルンスト・ヘッケルが反復説を唱えたにもかかわらず、概ねこの理論を放棄した。