リンカーン大統領暗殺事件
リンカーンを殺害したブースは、俳優でアメリカ連合国のシンパであった。ブースは同志であったルイス・パウエル（）に国務省長官ウィリアム・スワード暗殺も命じていた。ブースの狙いはリンカーン、スワード、副大統領アンドリュー・ジョンソンを暗殺することでワシントンを混乱させ、合衆国政府（北部連邦）の転覆を起こすことにあった。ブースはリンカーン暗殺には成功したが、政府に揺さぶりをかけるという彼の思惑は外れた。スワードは負傷はしたが命をとりとめ、ジョンソン暗殺を命じられていたジョージ・アツェロット（）は暗殺に踏み切る度胸がなく、何もしないままにワシントンを離れた。
ワシントン海軍工廠
南北戦争中、工廠は再びワシントン防衛の重要地点となった。工廠長であったフランクリン・ブキャナンはジョン・ダールグレン（）中佐に後を委ねて 工廠を去り、南軍に身を投じた。エイブラハム・リンカーン大統領はダールグレンに絶大な信頼をおいており、しばしば工廠を訪れていた。有名な装甲艦モニターは、南軍の装甲艦バージニアとのハンプトン・ローズ海戦の後、ワシントン海軍工廠で修理された。リンカーン大統領暗殺事件の共謀者達は、逮捕の後工廠へと連行された。実行犯のジョン・ウィルクス・ブースの遺体は工廠に係留されていたモニター艦モントーク（）上で検死され、本人確認がなされた。