ムハンマド風刺漫画掲載問題
2008年2月12日、デンマーク治安当局は風刺漫画を描いた漫画家のうちの一人（クルト・ベスタゴーとされている）の暗殺を計画した容疑で5人を逮捕した。計画そのものは未遂に終わっている。これを受け、翌13日には同国の大小15紙がムハンマドの風刺画を一斉に再掲載し、問題の再燃が懸念されている。
ムハンマドの表象
2012年9月、この新聞はムハンマドを風刺する漫画を連載したが、その中には裸のムハンマドを描いたものもあった。2013年1月、シャルリー・エブドはムハンマドの生涯を描いたコミック・ブックをつくる計画を発表した。2013年3月、アラビア半島のアルカイダ（AQAP)として知られるイエメンの支部組織が殺害予定者リストを持っていることがの特別号で報じられた。このリストにはこれまでの論争に関わったステファヌ・シャルボニエ、ラルス・ヴィルクス、ユランス・ポステンの社員3人、「みんなでムハンマドを描く日」のモリー・ノリスなどイスラムを侮辱したとAQAPに告発された人々が含まれていた。