高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
教職課程
1999年度以前の大学入学者(1989年の法規改訂が適用になった者で、1998年の改定適用前に入学した学生)については、「教職論」や「教育課程論」あるいは「総合演習」(または、「教職実践演習」)相当の科目などが法定されていなかったため、既取得単位を流用する場合、学力に関する証明書発行作業時に、現行法規の規準に読替を行った際、その部分が不足と判断される場合がある。逆に、下表の規定で習得した科目あるいは当時の「(他教科で設定された)教科に関する科目」に規定された科目を2000年度以降入学者の法定科目に読替を行った場合、その一部が「教科又は教職に関する科目」として扱われる場合もある（「職業指導」、「哲学(教職)」、「倫理学(教職)」、「(4単位科目の教育原理とは別途科目設定がされた)教育行政学」、「青年心理学」など、旧法上、「教科に関する科目」ないしは「教職に関する科目」として履修した科目が新法への読替に伴って「教科又は教職に関する科目」(後述の「大学が加える教職に関する科目に準ずる科目」扱い)にカウントされる場合がある）。因みに、「幼児、児童及び生徒の心身の発達及び学習の過程」（教育心理学などが相当）に関する科目については、現行の科目では、「（障害のある幼児、児童及び生徒の心身の発達及び学習の過程を含む）」と、カッコ書きで明記されたため、特別支援教育の心理的な問題に関する内容が包括される必要があり、1999年度までに入学した者に対する読替実施後、当該内容が含まれていないと判断される場合は、読替後に削除される場合がある。また、2010年度以降入学者は、施行規則の解釈方法の変更に伴い、「生徒指導、教育相談及び進路指導等に関する科目」について、3分野を包括して4単位以上とされたため、1つでも欠けている場合は、免許状に必要な科目（単位数自体は4単位以上あれば充足）を修得していないとみなされる（ただし、読替の結果、「大学が加える教職に関する科目に準ずる科目」にカウントされた科目に、該当分野に相当すると考えられる単位を修得している場合は、他大学で単位認定が可能となるケースがある）。