濃尾崩れ
寛永8年（1631年）に、57人のキリシタンが検挙され、4人が火刑、53人が入牢となった。さらに入牢した者の中から44人が江戸送りとなった。同12年（1635年）9月、江戸幕府の命で尾張藩でキリシタン改めが始まり、訴人をする者に褒美を与える旨が書かれた高札が名古屋の町中に立てられた。その後も幕府は何度も尾張藩内のキリシタンを名指しで捕獲するように命じ、尾張藩は捕らえたキリシタンの多くを江戸に送って幕府の処分に委ねた。寛永14年（1637年）には尾張国下野村で300余人のキリシタンが斬首され、大きな穴に入れられて塚が築かれた。
禁教令
そして、翌慶長18年2月19日（1613年1月28日）、幕府は直轄地へ出していた禁教令を全国に広げた。また、合わせて家康は以心崇伝に命じて「伴天連追放之文（バテレン追放の文→バテレン追放令）」を起草させ、秀忠の名で23日に公布させた（これは崇伝が一晩で書き上げたと言われる）。以後、これが幕府のキリスト教に対する基本法となる。