隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
天草崩れ
摘発があった翌3年（1806年）の8月、幕府側は、彼らは「異宗信仰者」であって「切支丹」ではなく、「宗門心得違い」であると認定した。最終的に、被疑者に対して、改めて踏み絵をさせた上で「異宗」回心の誓約に押印させることで赦免した。この措置は、「事件の拡大回避」や「反発による一揆への警戒」「対応遅延の隠蔽」、または当時の奇怪な魔力を持つ怪しげなイメージになっていたキリシタン像と体制に従順な潜伏キリシタンたちの姿が乖離していたことから、彼らの信仰を幕藩制国家の異端としてのキリシタンではなく幕藩制秩序を従来通り維持するために「異宗」として位置づけたことなどが理由とされる。