ナフプリオ
ギリシャ共和国（ギリシャ第一共和政）の初代大統領に推戴されたイオアニス・カポディストリアスは、1828年1月7日ナフプリオに上陸し、はじめてギリシャ本土に足を踏み入れた。1829年、ナフプリオは正式にギリシャの首都と定められている（それ以前はエギナ島が独立派の中心的な拠点であった）。1831年10月9日、カポディストリアス大統領が暗殺されたのもこの町での出来事であった。カポディストリアスは、マヴロミハリス家の人々によって聖スピリドン教会で暗殺されたのである。
ギリシャ正教会
しかし、19世紀初頭にギリシャ人の民族意識が高まると、1821年にオスマン帝国の意を受けたコンスタンディヌーポリ総主教の慰撫を振り切る形で現在のギリシャの地で民族蜂起が起こり、ギリシャは王国として1830年にオスマン帝国から独立を果たした。これにともない、新生ギリシャ王国内の正教会は、アテネ大主教を首座として、旧宗主国オスマン帝国の影響下にあるコンスタンディヌーポリ総主教からの教会独立を宣言、1850年に至って総主教の側から承認を受け、相互に独立を承認した教会の関係になった。ただし、ギリシャ正教会の首座主教は「総主教」ではなく「アテネ大主教」のままである。