レオナルド・ダ・ヴィンチ
この時期に描かれたもうひとつの重要な絵画が『岩窟の聖母』で、ミラノの聖母無原罪の御宿り信心会からの依頼による作品である。『岩窟の聖母』は、ジョヴァンニ・アンブロージオ・デ・プレディス（）と弟エヴァンジェリスタが協力した作品で、既に完成していた祭壇を飾る大きな祭壇画として描かれた。レオナルドはこの作品を、聖アンナ、聖母マリア、幼児キリストの聖家族が、天使に守られてのエジプトへの逃避中に幼い洗礼者ヨハネと出会うという、聖書の正典ではありえない場面に設定した。さらに幼いヨハネはキリストを救世主と認め、祈りを捧げている情景が表現されている。崩れ落ちそうな岩と渦巻く川を背景にして、青白い顔をした美しい人々が、幼児キリストを愛情をこめて崇拝している場面が描かれている。『岩窟の聖母』は200cm × 120という比較的大規模な作品ではあるが、『東方三博士の礼拝』のような複雑な画面構成にはなっていない。『東方三博士の礼拝』にはおよそ15名の人物像と詳細な建築物が描かれているが、『岩窟の聖母』に描かれているのは4名の人物像と岩の洞窟だけである。『岩窟の聖母』は異なるヴァージョンで2点制作され、1点は聖母無原罪の御宿り信心会の礼拝堂に（現在ロンドンのナショナル・ギャラリーが所蔵しているヴァージョン）、もう1点はレオナルドの手元に留め置かれ、後にレオナルドと共にフランスへと持ち込まれている（現在パリのルーヴル美術館が所蔵するヴァージョン）。しかしながら聖母無原罪の御宿り信心会が正式に『岩窟の聖母』を入手、ないし制作代金を支払ったのは16世紀になってからのことだった。
マリー・ド・メディシスの生涯
残る3点の作品は、マリー、父であるトスカーナ大公フランチェスコ1世、母であるトスカーナ大公妃ジョヴァンナの肖像画である。両親の肖像画は、それぞれリュクサンブール宮殿の暖炉の両側に飾られていた。フランチェスコ1世の肖像画は暖炉の向かって右側に掛けられており、マリーの私室へ通じる廊下に面していた。フランチェスコ1世はアーミンの毛皮でふちどりされたマントを羽織り、胸元にはフランチェスコ1世の父コジモ1世が創設した、トスカーナ聖ステファノ騎士団の十字架を下げている。ジョヴァンナの肖像画は暖炉左側で、出入り口に向かって飾られていた。ジョヴァンナは金糸で刺繍された銀のガウンを着用しているが、その高貴な出自を示唆するような衣装は何も身に着けていない。ジョヴァンナの肖像画は、人物描写、デザインともに、イタリア人画家アレッサンドロ・アローリ（、1535年 - 1607年）が描いた肖像画によく似ており、同じくイタリア人画家ジョヴァンニ・ビゼッリ（、1556年 - 1610年頃）もアローリの肖像画の模写を残している。ルーベンスはこれらの肖像画を目にしていたと考えられており、ジョヴァンナの肖像画もその影響を受けている。しかしながら、ルーベンスが描いたこのジョヴァンナの肖像画は全体的に印象が薄く、アローリの作品よりも評価が低い。ルーベンスは、高貴な人物を描くための16世紀当時の伝統的手法を排除し、ゆったりとした物腰のジョヴァンナを描いた。単純なドレープの衣装で描かれたジョヴァンナは、病弱で弱々しい印象を与えている。フランチェスコ1世の肖像画に影響を与えた作品は分かっていない。しかしながらルーベンスがこの歴史的人物を描くに当たって、何らかの信頼できる作品を参考にした可能性はある。具体的にはフランチェスコ1世とフランチェスコ1世の弟フェルディナンド1世の彫像ではないかと考えられている。ジョヴァンナの肖像画とフランチェスコ1世の肖像画はそれぞれの作風が大きく異なっており、さらにはどちらの作品もルーヴル美術館の「メディチの間」に展示されている他の作品と全く調和していない。描かれている背景も殺風景で、虚栄心に満ちているかのような豪奢なマリーの肖像画とは比べるべくもない。ルーベンスはリュクサンブール宮殿に飾るための作品の多くを寓意あふれる絵画として描いたが、フランチェスコ1世とジョヴァンナの肖像画の構成は単純であり、平凡なものになっている。さらにこの2点の肖像画は、どちらもモデル本人に「似ていない」とさえ言われている。