寛政重修諸家譜
徳川家光の代に編纂された『寛永諸家系図伝』の続集にあたり、先行する『藩翰譜続編』の編纂事業を引き継ぐ面もあった。寛政年間に幕政においては老中・松平定信の主導する寛政の改革が実施され、内政上の問題や対外的緊張から幕政の刷新を図っており、幕府初期の精神に立ち戻るため文教振興が行われていた。『寛政譜』の編纂は定信とも交流のあった近江堅田藩主で若年寄の堀田正敦が発案し、寛政11年（1799年）に正敦を総裁、近江宮川藩主堀田正穀を副総裁として、林述斎らが中核となり幕臣46名によって編纂された。各大名家・旗本からの提出記録を元に、校訂が行われた。国主・領主をはじめ御目見以上の士について、寛政10年（1798年）までの事跡を記す。文化9年（1812年）に完成して将軍の上覧に供された後、紅葉山文庫に収蔵された。一般に幕府の文庫に収蔵された書物は、幕府関係者など然るべき地位にいる者以外は容易に閲覧できず、『寛政重修諸家譜』も広く社会に流布し、読まれたわけではない。しかし、幕府が諸家を調べたり先例を確認するために用いられたと思われ、後世の武家社会に少なからぬ影響を与えた。
文治政治
幼弱の家綱に代わり、大政参与として幕政を補佐したのが彼の叔父に当たる会津藩主保科正之や老中酒井忠清等であった。彼は、浪人発生の原因である大名の改易を減らす為に末期養子の禁を緩和した。寛文3年（1663年）に武家諸法度を改正（寛文令）し、殉死を禁止し、大名からの人質を出す大名証人制度を廃止した（これを寛文の二大美事という）。これにより、戦国時代からの遺風を消し、将軍と大名、藩主と家臣の主従関係は個人同士の関係から、主人の家に従者は仕える関係に転換することとなった。また、寛文4年（1664年）には寛文印知を実施し、将軍の地位を確立した。