夏目漱石
東京帝大では小泉八雲の後任として教鞭を執ったが、学生による八雲留任運動が起こり、漱石の分析的な硬い講義も不評であった。また、当時の一高での受け持ちの生徒に藤村操がおり、やる気のなさを漱石に叱責された数日後、華厳滝に入水自殺した。こうした中、漱石は神経衰弱になり、妻とも約2か月別居する。1904年（明治37年）には、明治大学の講師も務める（月給30円）。
ラファエル・フォン・ケーベル
学生たちからは「ケーベル先生」と呼ばれ敬愛された。夏目漱石も講義を受けており、晩年に随筆『ケーベル先生』を著している。
他に教え子は安倍能成、岩波茂雄、阿部次郎、小山鞆絵、九鬼周造、和辻哲郎、深田康算、大西克礼、波多野精一、田中秀央など多数おり、大半が『思想 -ケーベル先生追悼号-』（岩波書店、1923年8月）に寄稿している。和辻は後年『ケーベル先生』（岩波版「全集」第6巻に収録）を出版した。