自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
特別席
先に述べた通り、グリーン座席の需要自体がいわゆるバブル崩壊以降後退しており、利用喚起のためJR東日本・JR九州では自社内運行の特急・急行列車での利用に関しては値下げを行なった。また、ほかのJR各社では車両の更新に際して需要に見合わないためグリーン座席の設定自体を取りやめる事例もあるが、他方で従来のグリーン座席を上回る「特別席」を別途設置した事例もある。ただし、これらも「特別車両の一種」とJRの旅客営業規則上規定されている。