池原ダム
ダム地点は北山川が大きく蛇行する峡谷であったが、それに沿うように白川本在地区など九つの集落が林業を生業として生活していた。ところが再三の計画変更で規模が大きくなった池原ダムでは、これら九集落・529戸の世帯が水没対象となった。これは多摩川の小河内ダム（東京都）における945世帯、和賀川の湯田ダム（岩手県）における620世帯に次ぐ規模の水没戸数であり、かついかだによる流木で新宮市へ木材を運搬していたためダム建設による流筏の途絶に伴う林業への打撃もあって、住民は計画発表から直ちにダム建設に絶対反対の姿勢を取った。計画発表から補償交渉は難航したが、1960年（昭和35年）11月に大きな進展があった。それは代替地造成によるコミュニティの維持という現物支給による補償方式である。この方式は既に中部電力が静岡市の井川ダム（大井川）で実施して成功しており、電源開発も静岡県の秋葉ダム（天竜川）や風屋ダムで実施していた。池原ダムでは上北山村白川、川合など四箇所に代替地を造成する方向性で補償交渉を進めた。ところが代替地の造成に関する具体策や流筏に替わる代替道路などの整備について再び交渉が暗礁に乗り上げた。
国土交通省直轄ダム
現在施工中のダムは6基ある。このうち鶴田ダム再開発事業は川内川流域に未曾有の水害をもたらした平成18年7月豪雨により鶴田ダムの治水機能が喪失し、水害の被害を受けた下流域住民からの強い要望を受けて実施される、治水容量増加を目的とした事業である。川辺川ダム（川辺川）は1967年（昭和42年）より多目的ダムとして計画されたが水没予定地の球磨郡五木村・相良村で403戸・528世帯が移転対象となることで猛烈な反対運動が長期化。地元との補償交渉は1996年（平成8年）に妥結するものの市民団体や球磨川漁業協同組合が反対運動を継続、さらに灌漑事業者の農林水産省や電気事業者の電源開発が事業から離脱し治水ダム事業として縮小されたものの、2008年（平成20年）以降蒲島郁夫熊本県知事を始め人吉市・八代市・相良村がダム建設反対に方針を転換。翌2009年には鳩山由紀夫内閣がマニフェストに基づき川辺川ダム事業の中止を発表するなど、事業は錯綜した。現在はダム事業中止を前提にして、ダム建設中止に強く反発する五木村に対する生活再建対策事業について検討を進めている。残る4ダム（城原川・本明川・立野・大分川）は何れもダム事業再検証対象ダムとなったが、城原川ダム（城原川）以外は事業が再開している。ダム事業と移転住民の軋轢については1958年から1971年（昭和46年）まで13年間続いた蜂の巣城紛争が著名である。松原・下筌ダム建設に際して建設省が取った高圧的な姿勢に室原知幸ら移転住民が反発し、下筌ダム右岸に「蜂の巣城」という砦を築いて頑強に抵抗。流血事件や法廷闘争にまで発展したこの反対運動は公共事業と基本的人権（生存権）の整合性を世に問い、水源地域対策特別措置法（水特法）を始めとするダム関連法規の改正など河川行政に多大な影響を与えた。