沿岸警備隊
第二次世界大戦後、旧大日本帝国海軍の残余艦艇と人員をもとに初期の海上保安庁が創設された。連合国軍による日本の非武装化政策により、当初の人員は1万名以内、船舶は125隻5万トン以下、武装も小火器のみに限られている。創設直後には掃海活動も重要な任務の一つとされ、その一部は朝鮮戦争に出動しており、作業中の事故で1名が殉職している。1952年（昭和27年）4月26日に将来的な分離独立までの臨時的措置として海上保安庁内に旧海軍軍人主体の海上警備隊（Maritime Safety Security Force）が創設され、同年8月1日には掃海部隊も含めて保安庁の警備隊（Safety Security Force）となり、1954年（昭和29年）7月1日の防衛庁設置に伴い海上自衛隊に改編された。このとき、「海上公安局」へ再編される予定であった海上保安庁の本体部分（海上警備隊系統を除く部分）は、組織移行を免れそのまま海上保安庁として存続することとなった。
自衛隊
1996年（平成8年）、国連海洋法条約の批准に際し、同年12月、自衛隊の部隊が同条約の定めるところにより、日本の領海及び内水で潜没航行する潜水艦に対して浮上・掲旗要求、退去要求を行うにあたり、あらかじめ閣議においてその基本方針と手順を決定しておき、個々の事案発生時に、改めて個別の閣議決定を経ることなく、内閣総理大臣の判断により、自衛隊の部隊が迅速に対処し得る旨の閣議決定（「我が国の領海及び内水で潜没航行する外国潜水艦への対処について」）がなされた。2004年（平成16年）11月10日早朝、国籍不明の潜水艦が先島群島周辺海域の日本の領海内を南から北方向へ向け潜没航行しているのを海自哨戒機（P-3C）が確認したことから、所要の措置を講ずるために、同日、上記閣議決定を踏まえ、1999年（平成11年）の能登半島沖不審船事案以来2度目となる海上警備行動が発令された。