隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
岡本大八事件
大八を処した同日の慶長17年3月21日、幕府は公的に幕府直轄地に対してキリスト教の禁教令を発布して大名に棄教を迫った。キリシタン大名は改易など厳しい処分を受けたが、原胤信など旗本の一部はこれに応じず潜伏を図った。家康の寵愛も受けた侍女・ジュリアおたあもこのとき伊豆大島へ流されている。慶長18年（1613年）2月19日、幕府は禁教令を全国に拡大し、家康はさらに「伴天連追放之文」を起草させ徳川秀忠の名で発布させた。