二本松藩
二本松藩では、豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。このため、秀吉のバテレン追放令などの禁教令、江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。二本松でも寛永9年（1632年）2月8日に明利の命令で5人が火炙り、9人が斬首と計14名のキリシタンが殉教、すなわち処刑されている（同時期に会津藩で42名、白河藩でも13名が処刑された）。この時二本松で処刑されたキリシタンには、前の領主で氏郷の孫忠郷の旧臣や、元和年間に長崎で弾圧されて二本松に逃れていた者などが含まれており、彼らは布教活動を行っていたため処刑されたといわれる。
以心崇伝
家康は当初貿易を優先し朱印船貿易を行うため、秀吉が発令していたバテレン追放令に反しキリシタンを黙認していた。しかし本多正純の与力でキリシタンの岡本大八がキリシタン大名・有馬晴信から金品を搾取していた事件（岡本大八事件）が慶長16年（1611年）に家康の耳に入ると、慶長18年（1613年）12月家康からキリスト教禁教の起草を命じられた。崇伝の書き残した異国日記によると崇伝は「鶏鳴より曙天に至り文を成す」とあり一晩で起草をおこない翌日には献じている。これが伴天連追放之文である。「それ日本は元これ神国なり」で始まる同令はキリスト教の禁教を決定づけた法令であった。この令により慶長19年（1614年）には棄教に応じなかった高山右近、内藤如安ら多数のキリスト教徒が国外追放となり、以降幕末まで幕府の宗教政策の中心に据えらる。その法令を一晩で起草した崇伝の立案能力の高さにより家康の庇護のもとで側近として存分に手腕を発揮することになる。キリスト教の禁止や、寺院諸法度・武家諸法度・禁中並公家諸法度の制定に関わる（以上の3法令を起草したと言われる）。また寺社を利用した行政システムを作り本寺末寺制を確立し宗教統制を図ると同時に、檀家寺請制度で民衆統制を図った。寺請制は現在の檀家制度の元となるが当初はキリシタン対策として行われた宗門改めから作られた檀家証明書が宗門人別帳と呼ばれ、一家ごとに生年死亡年月日を記録した。その寺請証文が移動の際に必要となると過去帳も同時に作られるようになった。これらの寺の記録は戸籍となり、このような事務を通じて、寺院を封建支配の末端行政機構とした。しかし、その事により宗旨替えが禁止され信仰と関わりなく特定の寺院の檀家に固定される事となる。