長州征討
征長総督は尾張藩の前々藩主である徳川慶勝（7日に紀州藩主徳川茂承から変更）。副総督は越前藩主松平茂昭が任命された。総督は征長について将軍から全権委任をうけ征長軍に対する軍事指揮権を掌握する。
小笠原貞孚
幕末期には本家とともに元治元年（1864年）の第1次長州征伐や慶応2年（1866年）の第2次長州征伐に参加している。第2次長州征伐では、小笠原忠忱、小笠原貞正らとともに長州藩と戦うものの、敗れて肥後にまで撤退した。