ワジリスタン紛争
2004年3月16日、の中心地にアルカーイダの幹部アイマン・ザワーヒリーが潜伏している情報を察知したパキスタン軍はワナを攻撃し、ターリバーンの間で激しい戦闘が起こった（ワナの戦い）。
タジキスタン内戦
1993年には戦争は激しさを増した。クリャーブの民兵組織はロシアなどの軍事援助を受け、タジキスタン・イスラム復興党(IRP)のイスラム勢力やゴルノ・バダフシャン自治州のパミール人やガルム人組織などを相手に戦局を常に優位に進めた。さらにドゥシャンベの南部ではパミール人やガルム人に対する民族浄化も行われ、特にIRPの根拠地でありガルム人の多いクルガン・テッパでは虐殺が行われ数万人が犠牲となった。生き残った者はアフガニスタンへ難民となった。