自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
特別席
しかし、1990年代中盤以降、旧国鉄から引き継いだ車両から自社製造の車両に移行したことや、車両の改修により普通車で座席指定席と自由席との差違をつけることが明確ではなくなる場合も見られるようになってきている。また、グリーン車の需要の低下により、東日本旅客鉄道（JR東日本）・九州旅客鉄道（JR九州）では自社内運行の特急・急行列車での利用に関しては値下げを行うなど、普通車の特別席は余り例を見なくなる。