下久保ダム
1997年（平成9年）の河川法改正により、河川環境の維持が治水・利水に並ぶ法の最大目的に規定されたことから国土交通省や水資源機構は全国のダムにおいて河川維持放流設備を設置して河川環境の向上を図った。下久保ダムでは河川維持放流を行って三波石峡の清流を復活させる「下久保ダム水環境改善事業」に乗り出した。これはダム直下に下久保第二発電所を設けて管理用発電を行いながら維持放流を行い、流水を復活させると同時に土砂を下流に積んで洪水時に流下させるというものである。三波石は洪水による土砂で磨かれ、美しい緑色を保つことから地元では「洪水は三波石の化粧水」とも呼ばれており、かつての河川環境に近づけることを最大の目標とした。
只見特定地域総合開発計画
一方本流案は合理的に開発が可能であること、何れの計画案と比べても事業費が割安で電気料金への影響も抑制できること、地質・気象などの基礎資料が完備していることなどを挙げ、内川ダムの位置を変更し規模を高さ119.0メートル・貯水容量3億2000万立方メートルに修正、前沢ダム・前沢発電所計画は経済性の面で分割し前沢ダム上流に大鳥ダム・大鳥発電所を建設。さらに尾瀬原ダム・発電所については二段階に分けて建設し、第一段階は高さ50メートル・貯水容量を1億2500万立方メートルに抑え、その後の電力需要に応じてダムのかさ上げを行い最終的に高さ85メートル・総貯水容量6億8000万立方メートルにして利根川への分水と大津岐ダムを下部調整池とした揚水発電を行うとするとした以外は概ね理想的であるとして本流案を支持した。政府はこの答申に沿った形で只見川の電力開発を行うことを決定した。OCIによる修正の結果総出力は193万キロワットになった。