沿岸警備隊
第二次世界大戦後、旧大日本帝国海軍の残余艦艇と人員をもとに初期の海上保安庁が創設された。連合国軍による日本の非武装化政策により、当初の人員は1万名以内、船舶は125隻5万トン以下、武装も小火器のみに限られている。創設直後には掃海活動も重要な任務の一つとされ、その一部は朝鮮戦争に出動しており、作業中の事故で1名が殉職している。1952年（昭和27年）4月26日に将来的な分離独立までの臨時的措置として海上保安庁内に旧海軍軍人主体の海上警備隊（Maritime Safety Security Force）が創設され、同年8月1日には掃海部隊も含めて保安庁の警備隊（Safety Security Force）となり、1954年（昭和29年）7月1日の防衛庁設置に伴い海上自衛隊に改編された。このとき、「海上公安局」へ再編される予定であった海上保安庁の本体部分（海上警備隊系統を除く部分）は、組織移行を免れそのまま海上保安庁として存続することとなった。
保安庁
また、海上保安庁の海上警備隊は、「警備隊（海上自衛隊の前身）」になり、海上保安庁の本体（警備・救難以外）も、昭和27年7月31日に海上公安局法が公布され、保安庁に付属する機関の「海上公安局」となり、職員も海上保安官の名称が変更になり、海上での治安維持などを行なう「海上公安官」とされた。しかし、2年間にもおよぶ立法府が作成した法律を行政当局の海上保安庁の本体側が、統合に強く反対して抵抗するなどの事態となり、防衛庁設置と陸上自衛隊、海上自衛隊、航空自衛隊の発足に伴い、昭和29年7月1日に海上公安局法の廃止が行なわれ、「海上保安庁の本体」は統合されずに「海上保安庁」として存続することになった。