寛政重修諸家譜
徳川家光の代に編纂された『寛永諸家系図伝』の続集にあたり、先行する『藩翰譜続編』の編纂事業を引き継ぐ面もあった。寛政年間に幕政においては老中・松平定信の主導する寛政の改革が実施され、内政上の問題や対外的緊張から幕政の刷新を図っており、幕府初期の精神に立ち戻るため文教振興が行われていた。『寛政譜』の編纂は定信とも交流のあった近江堅田藩主で若年寄の堀田正敦が発案し、寛政11年（1799年）に正敦を総裁、近江宮川藩主堀田正穀を副総裁として、林述斎らが中核となり幕臣46名によって編纂された。各大名家・旗本からの提出記録を元に、校訂が行われた。国主・領主をはじめ御目見以上の士について、寛政10年（1798年）までの事跡を記す。文化9年（1812年）に完成して将軍の上覧に供された後、紅葉山文庫に収蔵された。一般に幕府の文庫に収蔵された書物は、幕府関係者など然るべき地位にいる者以外は容易に閲覧できず、『寛政重修諸家譜』も広く社会に流布し、読まれたわけではない。しかし、幕府が諸家を調べたり先例を確認するために用いられたと思われ、後世の武家社会に少なからぬ影響を与えた。
文正の政変
寛正4年（1463年）、母の日野重子の死去で大赦を行い、義就と義敏を赦免した。更に寛正6年（1465年）10月、勝元の要請で伊予の河野通春討伐に逆らい通春を支援した大内政弘に討伐命令を下したが、密かに政弘を支援した上、政弘の元にいた義敏に貞親と真蘂を通して上洛を命じ、12月29日に上洛した義敏は翌30日に実父の斯波持種とともに義政と対面（『蔭涼軒日録』、『大乗院寺社雑事記』は対面を29日のこととする）して名実とともに赦免をされることになるが、これを知った義廉が義政に迫って30日付で義廉が引き続き領国を支配し、義敏の被官が勝手な行動をすることを禁じる幕府の奉行人奉書が出された。奉書を受けた興福寺（越前国内に荘園を持つ）の尋尊は義政の行動について「上意の儀太だ其意を得ず」（『大乗院寺社雑事記』寛正6年12月29日・30日条）と困惑を表明している。