隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
崩れ
その過程で、大村（郡崩れ）・豊後（豊後崩れ）・美濃と尾張（濃尾崩れ）などで多くのキリシタンが摘発された。これらの「崩れ」では、被疑者となった信徒たちは「切支丹」と認定されて処刑された。幕府はこれを契機として万治2年（1659年）に五人組制度と檀那寺の設定を、万治2年（1664年）には宗門改の設置を諸藩に指示、天領には宗門人別改帳の作成を命じた。これらの措置によって、人別改や寺請制度によってキリシタンでないことを証明する宗門改制度が全国に成立した。