十兵衛暗殺剣
寛永元年（1624年）、遠乗り中の将軍・徳川家光の前に一人の侍が立ちはだかる。侍の名は幕屋大休、新陰流の開祖・上泉伊勢守の高弟・松田織部正の弟子であった。松田は小太刀をとっては柳生新陰流の祖石舟斎をも凌ぐと言われた達人だったが、豊臣家に仕えたため不遇のうちに世を去っていた。幕屋は松田から印可状を受けた自分こそが新陰流の正当な継承者であると主張、家光に同道していた将軍家剣術指南役・柳生十兵衛に挑戦する。家光は柳生の指南役としての面目を慮り、幕屋の主張を黙殺するが、その後幕屋は弟子を率いて柳生一門を挑発、これに乗せられた柳生の門弟たちは幕屋を襲撃して返り討ちに遭い、その他の門弟たちも惨殺されてしまう。
柳生宗矩
一方で五味康祐・荒山徹・宮本昌孝・朝松健らの小説や、映画・ドラマ『柳生一族の陰謀』、大河ドラマ『武蔵 MUSASHI』などにおいては、幕府安泰のために陰謀や暗殺を遂行する闇の世界の人物として描かれている。また、その中でも、秀忠を悪役とする作品では、宗矩もその配下の悪役として描かれがちである（小説では隆慶一郎の諸作や漫画『あずみ』、ゲーム『新 鬼武者 DAWN OF DREAMS』など）。また惣目付に就任していた影響などから、「裏柳生」と呼ばれる密命を帯び謀反の芽を摘み取ったり、柳生一族の邪魔になるような者を排除を目的とする忍者や武術、暗殺集団の頭領とされることもある。