濃尾崩れ
寛永8年（1631年）に、57人のキリシタンが検挙され、4人が火刑、53人が入牢となった。さらに入牢した者の中から44人が江戸送りとなった。同12年（1635年）9月、江戸幕府の命で尾張藩でキリシタン改めが始まり、訴人をする者に褒美を与える旨が書かれた高札が名古屋の町中に立てられた。その後も幕府は何度も尾張藩内のキリシタンを名指しで捕獲するように命じ、尾張藩は捕らえたキリシタンの多くを江戸に送って幕府の処分に委ねた。寛永14年（1637年）には尾張国下野村で300余人のキリシタンが斬首され、大きな穴に入れられて塚が築かれた。
宗門改
当初、幕府はキリスト像が刻まれた板を踏ませる踏絵や密告の奨励（後の訴人報償制）などをキリシタンの取締りの基本とした。やがてキリシタンではないことを仏教寺院に請け負わせてその証明とした寺請制度を創設する。寛永14年（1637年）からその翌年にかけて九州でおきた島原の乱の後、寛永17年（1640年）に幕府は宗門改役を設置する。寛文4年（1664年）に諸藩に宗門改制度と専任の役人を設置するよう命じ、これ以後、宗門改帳が各地で作成される。寛文5年（1665年）には日蓮宗のうち強硬派である不受不施派が禁制となったことにより、他宗派に改宗させる宗門改の対象となった。