ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
ワジリスタン紛争
（10月25日 - 12月8日）が始まる。11月3日、ムシャラフ大統領は全土に非常事態宣言を発令し、憲法は停止された。12月15日に非常事態は解除されたが、ムシャラフ大統領の再選問題に絡む統制であるという声があふれ、反発は強まった。さらに12月27日にはパキスタン人民党党首、ベーナズィール・ブットーが暗殺され、反ムシャラフ勢力と政府側の衝突はより激しくなった。