脳の10パーセント神話
脳の構成要素の機能は概して解明されているものの、脳細胞（すなわち神経細胞とグリア細胞）がどのように複雑な挙動あるいは障害を発生させるのかに関して多くの謎が残されている。最も曖昧で神秘的なのは恐らく、多様な脳の各領域がどのように連携することで意識体験を生み出すのかという疑問だが、ある特定の脳領域が意識を司っているという事実は今日に至るまで確認されておらず、専門家は意識体験が真に全体としての神経系の働きであると考えている。したがって、人間には秘められた認知能力があるというジェームズの思想のように、脳に関しては完全に解明されていない疑問が多く存在しているということなのかも知れない。
意識に相関した脳活動
関連する知覚現象として、"フラッシュ・サプレッション"と呼ばれる現象がある。この現象は、片方の眼に投射された画像の知覚を、もう片方の眼で別の画像をフラッシュさせることで抑制する (この時、片方の眼の画像は呈示したままである) というものである。この現象が両眼視野闘争に比べて方法論的に優れている点として、知覚の変化のタイミングを内的なイベントではなく外的なトリガーによって決定することが出来る点にある。フラッシュ・サプレッションの際に自身の知覚を報告するように調教したサルのIT 野と上側頭溝の大部分の細胞の活動はサルの知覚に従って変化した。つまり、その細胞が選択的に反応する刺激が知覚された時に、細胞が発火した。もし、画像はまだ呈示されているのに、フラッシュ・サプレッションにより知覚が抑制された場合、一次視覚野の細胞はこの刺激に対して強く発火しているにもかかわらず、高次視覚野の神経細胞の発火は止まる (Leopold and Logothetis 1996; Sheinberg and Logothetis 1997)。てんかん患者がフラッシュ・サプレッションを経験している時の内側側頭葉の単一細胞記録の結果も同様で、その細胞が選択的に反応する刺激が呈示されているが知覚的にマスクされている時、細胞の発火は止まっている (Kreiman et al. 2002)。