隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
死刑
死刑は、為政者による宗教弾圧の手段として用いられたこともあり、ローマ帝国時代のキリスト教徒迫害や、日本の江戸時代には長崎で行われたキリスト教徒26人に対する処刑のようにキリシタンの処刑が多数行われていた。一方宗教者たちによって、魔女裁判のように宗教裁判によって、教会によって死に追いやられた人々も多かった。