海上保安庁の歴史
1952年（昭和27年）には第3次吉田内閣の下、より軍事組織に近い海上警備隊（沿岸警備隊）が海上保安庁附属機関として組織されたが、これはまもなく警備隊として分離され、後の海上自衛隊となった。保安庁（のちの防衛庁、2007年以降は防衛省）創設に際して、治安組織の一元化の見地から、海上保安庁も海上公安局に改組されて保安庁の下に置かれることになっていた（保安庁法及び）。ところが、海上保安庁側の猛反発により、結局は保安庁法の海上公安局に関する規定及び海上公安局法は施行されないまま廃止され、それに代わる防衛庁設置法や自衛隊法が制定された。そのため、海上保安庁は改組による消滅を免れ、現在に至るまでその状況が存続している。新設された海上保安庁への旧日本海軍幹部の入庁は、海軍幹部が公職から追放されていたため、航路啓開（掃海）部門等を除いて基本的になかった。代わって、警察機構を有していた旧内務省出身者、警察官や海事の専門家として東京・神戸の高等商船学校出身者が多く入庁した。特に保安官については、トップの三田一也（元海軍中佐）警備救難監以下、高等商船学校出身者が幹部を占めた。高等商船学校出身者は、海軍予備員として大戦中応召し士官として海軍に属していたが、海軍兵学校出身の現役将校等に比べて、激戦地において過酷な輸送任務を強いられたため多大な戦死者を出していた。そのため高等商船学校出身の海軍予備士官と海軍兵学校出身の兵科現役士官の派閥は、極めて険悪な状態が長らく続いていたといわれていた。なお海軍出身の者は、その殆どが海上警備隊（後の海上自衛隊）の創設と共に海上警備隊に移った。
海上護衛隊
4月からはB-29による日本本土港湾への機雷投下（飢餓作戦）が始まり、下関港をはじめ全国の港湾が封鎖された。護衛部隊・船舶とも、多数の損傷艦を出した（飢餓作戦）。4月14日には第一護衛艦隊主力が駐留する済州島泊地への潜水艦攻撃が実施され、潜水艦ティランテにより貨物船寿山丸と海防艦2隻（能美、第31号）を撃沈された。6月末から日号作戦に従事した。
最終的には、舞鶴・新潟・酒田・秋田・函館・小樽を結ぶ日本海沿岸航路と、舞鶴・新潟－元山・羅津・雄基（現先鋒）間を結ぶ日本海横断航路を確保しつつ終戦を迎えた。なお、ソ連対日参戦に際し、隷下海防艦の一部が終戦による停戦命令に反して朝鮮・樺太に入港し、邦人救出を敢行している。1942年（昭和17年）4月10日、日本海軍は大海令第十七号をもって第四艦隊司令長官井上成美中将に対し、海上交通保護の実施を命じた。続いて軍令部総長は、同日付の大海指第八十二号をもって、第二海上護衛隊の任務を「本邦沿岸（北緯29度以北）第四保護海域間航路及第四保護海域内航路ノ船団護衛、第四保護海域内船舶行動管制ノ統括」と指示した。
すなわち第二海上護衛隊は、横須賀－トラック環礁・パラオ諸島間の東西2航路の防衛を任務として第四艦隊（南洋部隊）隷下に編成された（略語、2KEg）。第二海上護衛隊の指揮官は、第四根拠地隊司令官茂泉慎一中将（トラック所在、略語4Bg）が兼務する（司令部職員も同等）。
編制当時の交通保護担任区域（第四保護海域）は、小笠原諸島を経由してマリアナ諸島で東西に分岐し、東航路はトラックを終点とし、西航路はパラオを終点としていた。北端は横須賀（本州）、南端はニューギニア島およびラバウル（ニューブリテン島）であった。
なお東航路の延長線にはカロリン諸島・マーシャル諸島・ギルバート諸島・ビスマーク諸島・ソロモン諸島があり、西航路の延長線上には西ニューギニア・スンダ列島・ミンダナオ島が存在していた。