高等学校必履修科目未履修問題
2007年11月16日、福島県立白河高等学校が日本史・情報など必履修の科目や教科の一部を未履修のまま2006年度の3年生全員（317人）を卒業させていたことが発覚した。福島県教育委員会にも報告せず、短時間の補習やレポート提出などの救済措置も取らなかった。また、同年12月には古川学園中学校・高等学校においても、必履修の教科科目の一部を未履修のまま2006年度の3年生を卒業させていたことが判明した。
進研ゼミ中学講座
中学三年生（高校入試受験生）を対象とした講座。メインテキストは、受験勉強に励むことができるように、1年間の授業内容を12月までに終えるようになっている。7月までは受験チャレンジの英語と数学がコース制となっており、これまでの「スタンダード」に相当する「受験総合コース」、「ハイレベル」に相当する「難関挑戦コース」に分けられる。また、2012年度より公立高校において独自入試を行う高校に対応する最難関挑戦コースが新規に設けられた。これについては専用の難問頻出テーマ攻略のテキスト(受験チャレンジの半量程度の冊子)が9月号より添付されている。これで、中学一年生・中学二年生の基礎を完成できるようになっている。9月からは5教科がレベル別に、さらに47都道府県別のコース制となっている。これで実践力を習得する。提出課題は9・10月に「赤ペン先生の問題」（提出すると補強学習の問題が一緒に返ってくる）、4・5・6・7・12月に「実力診断マークテスト」や「ニガテ診断テスト」（提出すると結果やアドバイス、ドリルなどが返ってくる）、4・8・11月(8月・11月は47都道府県別（2011年度〜））に「合格可能性判定模試」（8月と11月は英語の聞き取り問題がある）（提出すると結果や指導書が返ってくる）がある。
1・2月には47都道府県別のリハーサルテストがある(2月は自己採点)。また前述の最難関挑戦コースではこれとは別に難問に対応したリハーサルテストが同封されている。小学講座と同様に、中学講座でもキャラクターが登場するが、こちらは実在する社員をモデルとした各学年の編集部員の先生キャラクターがメインとなっている。各教科担当（国語・数学・英語・理科・社会）、お楽しみページ担当（男女2人ペア）、編集長で構成されており、小学講座の構成とほぼ共通している。先生キャラクターは数年置きに交代する。また、教材ごとのマスコットに＋iのマスコット（クリンク）などがある。