隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産
一方で、禁教に至った理由や経緯（イスパニアやポルトガルによる日本人の奴隷売買や植民地化計画）についても啓蒙すべきとの意見があり、「禁教期だけの登録では弾圧史が遺産になり世界から誤解を招くのでは」との不安の声もあり、潜伏キリシタン遺産を訪ねることは単なる巡礼ではなくダークツーリズムになりかねないとの指摘もある。