フランシスコ会
設立当初のフランシスコ会は修道士の割合が非常に高く、司祭や神学者など教導職にある者はほんのわずかであった。そうしたなかで、リスボンに生まれ、フランチェスコの思想に共鳴してフランシスコ会に初期の段階で入会し、のちに教会博士とされたパドヴァのアントニオ（リスボンのアントニオ）は数少ない神学者のひとりであった。初期のフランシスコ会に教導職が少なかったことには、創設者のフランチェスコが貧しさを礼賛することにかけては徹底しており、物質的な豊かさのみならず、精神的ないし知的な豊かささえも認めなかったことが影響している。この点は、同じ托鉢修道会ではあったが学問や理論の重要性を認め、当初から聖書研究や神学教育がさかんであったドミニコ会とも異なる点であり、フランチェスコ自身は「心貧しいことこそ神の御心にかなう」と主張し、修道士に学問や書籍は不要とさえ述べたのであった。
フランシスコ会
教会大分裂がおこったときの総長はであったが、アヴィニョン教皇のクレメンス7世を支持したために、ローマの教皇ウルバヌス6世はルドヴィゴ・ドナティを総長代理とするなどフランシスコ会の人事に介入した。1409年にピサで公会議派の教皇アレクサンデル5世が選出されると、当時のローマ派の総長アントニオ・ヴィニティはピサ派に同調し、ローマは別の総長を立て、フランシスコ会も三分した。分立した各教皇は自派にフランシスコ会を引き込んで、さまざまな恩典を付与したために、フランシスコ会は再び分裂したのみならず内部の腐敗が進み、「清貧」の精神は弛緩した。それぞれの総長も自己の基盤をより確実なものにするために、これに乗じてさまざまな特典を会士たちに与えたので、規律の乱れはいっそう増長した。1471年にローマ教皇に就任したシクストゥス4世は、フランシスコ会修道士の出身であったが、彼が教皇に選ばれた理由の1つは学識の高さであり、もう1つは有力者に気前よく賄賂を送ったことであった。教皇になってからも6人もの甥を枢機卿に任じて親族登用をおこない、縁故主義により親類縁者に金銭と役職を惜しみなくあたえた。