クネイトラ
1967年6月10日、「6日間戦争」（第三次中東戦争）の最終日にクネイトラはイスラエル軍に占領された。1973年の「ヨム・キプール戦争」（第四次中東戦争）でシリア軍が一時は奪回したが、イスラエル軍の反撃により再度イスラエル軍が奪回した。1974年6月にイスラエル軍は撤退したが、それまでにクネイトラの街並みは激しく破壊されていた。現在、クネイトラの廃墟は国際連合兵力引き離し監視軍（UNDOF）の管轄するシリアとイスラエル間の兵力引き離し地帯にあり、両国の事実上の国境から程近い場所にある。イスラエルはクネイトラを故意に破壊したことについて国際連合の非難を浴びている。一方でイスラエルは、シリア政府がプロパガンダ利用のため故意にクネイトラを再建しないと非難している。
ハムナプトラ/失われた砂漠の都
「メジャイ」の指導者ベイとオコーネル、ジョナサンは再びハムナプトラに向かい、イムホテップを倒す方法が書かれている黄金の書「アムン・ラーの書」を発見する。リックは手下のミイラ達を次々と倒していくなか、ジョナサンは「アムン・ラーの書」を解読しようとする。エヴリンは、甦ったアナクスナムンに襲われる。ジョナサンはミイラ衛兵達の襲撃に遭いながらも、どうにか交わしつつ、順調に解読するが、最後のコウノトリの文字だけがわからなかったもののエヴリンの力を借りてどうにか解読に成功。間一髪でミイラ衛兵達を味方に付けることに成功する。アナクスナムンは、ジョナサンの命令によってミイラ衛兵によって殺害され、それに怒り狂い、イムホテップは再度リックに襲い掛かったが、「アムン・ラーの書」を手にしたエヴリンに封印の呪文を唱えられた事でようやく倒された。