自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
新幹線E4系電車
定員確保の観点から、普通車はE1系と同様に東京寄り3両（1 - 3号車）の階上部分の座席は横3列+3列の6アブレストで、リクライニング機能や座席中央の肘掛が省略された回転クロスシートで、駅掲示編成表などでは「フラットシート」「フラット座席」「フラット席」などと呼称されている。シートピッチは980mm、座席幅は窓側・通路側420mm、中央席440mmで、いずれもE1系と同じ寸法である。過去に数度繁忙期にこの部分も指定席として供用されたことがあるが、基本的に自由席である。この3両の新潟寄りのデッキには「ジャンプシート」と称する通常は収納されている補助席が1両につき2席ずつ設置されている。