沿岸警備隊
第二次世界大戦後、旧大日本帝国海軍の残余艦艇と人員をもとに初期の海上保安庁が創設された。連合国軍による日本の非武装化政策により、当初の人員は1万名以内、船舶は125隻5万トン以下、武装も小火器のみに限られている。創設直後には掃海活動も重要な任務の一つとされ、その一部は朝鮮戦争に出動しており、作業中の事故で1名が殉職している。1952年（昭和27年）4月26日に将来的な分離独立までの臨時的措置として海上保安庁内に旧海軍軍人主体の海上警備隊（Maritime Safety Security Force）が創設され、同年8月1日には掃海部隊も含めて保安庁の警備隊（Safety Security Force）となり、1954年（昭和29年）7月1日の防衛庁設置に伴い海上自衛隊に改編された。このとき、「海上公安局」へ再編される予定であった海上保安庁の本体部分（海上警備隊系統を除く部分）は、組織移行を免れそのまま海上保安庁として存続することとなった。
掃海隊群
一方で、日本海軍の消滅に伴う洋上治安の悪化が深刻化したことから、1948年には、これら旧海軍由来の掃海部隊も取り込む形で、運輸省傘下の法執行機関として海上保安庁が設置された。1950年6月1日には警備救難部から掃海課が切り離され、長官直轄の機関として中央に航路啓開本部、地方に航路啓開部が設置された。また1951年6月1日の機構改訂で全国を9個海上保安区に分割するのにあわせて、各管区海上保安本部に航路啓開部が設置され、掃海艇は各管区に分散配備された。この間、1950年には、朝鮮戦争を受けて日本特別掃海隊が派遣された。この掃海作業は1名の殉職者を出しつつも、掃海兵力が極端に弱体だったこの時期の国連軍からは高く評価され、サンフランシスコ平和条約の条件改善にも繋がった。