性分化疾患
性分化疾患＝半陰陽との誤解が生じやすいが、本来は半陰陽とは、卵巣と精巣の両方をもつ真性半陰陽、性腺・内性器と外性器が一致しない仮性半陰陽（男性仮性半陰陽・女性仮性半陰陽）をいうものであり、性器異常による性分化疾患や染色体異常による性分化疾患は半陰陽には分類されない。半陰陽という言葉は男性器も女性器もある両性具有というイメージをもたれやすいが、実態としての半陰陽は未分化で機能しない性器あるいは外見上は男女いずれかに近い外性器を有している。そのため、正常に機能する男性器と女性器の両方をもつ両性具有という偏見を呼び起こすとして、半陰陽という表現は現在は当事者から忌避されている。
性器切断
切断を伴う手術にあっては形成外科手術を経て性転換に到ることもあるが、本件に限って言えば性器の切断そのものが目的ではなく、治療の手段として行われるやむを得ぬものであるため、できうる限り残すか、もしくは人工的に造られた性器を移植する手術を伴うこともある。陰茎の一部切除術を「陰茎部分切断術」、全体を行うものを「陰茎全切断術」と呼ぶ。部位にもよるが、Jackson分類法によるガンの病期分類では1期～2期が前者、2期～3期が後者となる。4期に到るとガンの増殖、転移が陰茎に留まらず、あるいはリンパ節に及ぶため、手術が困難もしくは不可能となる。