ワジリスタン紛争
2007年1月からイスラマバードにあるラール・マスジッドというモスクに神学生らが立てこもり、政府に対し、イスラム法の厳格な適用などを要求した。立てこもった神学生らと治安当局との間でにらみ合いとなり、膠着状態が続いていたが、7月3日にムシャラフ大統領は制圧作戦を開始し、7月12日に制圧された。多くの神学生らは投降の呼びかけに応じたが、最後まで抵抗を続けた者もおり、死者は102人に達した。
ラールマスジッドの神学生の多くは部族地域出身であり、ターリバーンの関係者らも含まれていたという。そのため、ラール・マスジッド事件後に、その報復と見られる治安部隊を狙った自爆テロが相次いだ。7月15日にはターリバーンは北ワジリスタン和平合意破棄を宣言し、戦闘が再開されることとなった。
タジキスタン内戦
1992年春、前年に実施された大統領選挙の結果、誕生したラフモン・ナビエフ大統領への抗議行動を反政府勢力が街頭で展開し、緊張が高まる。5月、政府側の警備兵と反政府勢力の間で戦闘が勃発した。反政府勢力には民主化勢力のほか、ゴルノ・バダフシャン自治州のパミール人やガルム地方の民族集団、イスラム勢力が含まれていた。一方、政府側にはソ連時代から新政府でも常に国内や政府内で優遇されてきたホジェンド地方の人々や、長く軍内で厚遇を独占してきたクリャーブ地方の人々が付いた。数度の武力衝突の後、ホジェンド派は妥協し、野党勢力も交えた新しい連立が発足した。しかし却って野党勢力は勢いを増し、9月にナビエフ大統領は辞任を余儀なくされた。一方で首都のドゥシャンベでは市街戦が始まっていた。