レオナルド・ダ・ヴィンチ
この時期に描かれたもうひとつの重要な絵画が『岩窟の聖母』で、ミラノの聖母無原罪の御宿り信心会からの依頼による作品である。『岩窟の聖母』は、ジョヴァンニ・アンブロージオ・デ・プレディス（）と弟エヴァンジェリスタが協力した作品で、既に完成していた祭壇を飾る大きな祭壇画として描かれた。レオナルドはこの作品を、聖アンナ、聖母マリア、幼児キリストの聖家族が、天使に守られてのエジプトへの逃避中に幼い洗礼者ヨハネと出会うという、聖書の正典ではありえない場面に設定した。さらに幼いヨハネはキリストを救世主と認め、祈りを捧げている情景が表現されている。崩れ落ちそうな岩と渦巻く川を背景にして、青白い顔をした美しい人々が、幼児キリストを愛情をこめて崇拝している場面が描かれている。『岩窟の聖母』は200cm × 120という比較的大規模な作品ではあるが、『東方三博士の礼拝』のような複雑な画面構成にはなっていない。『東方三博士の礼拝』にはおよそ15名の人物像と詳細な建築物が描かれているが、『岩窟の聖母』に描かれているのは4名の人物像と岩の洞窟だけである。『岩窟の聖母』は異なるヴァージョンで2点制作され、1点は聖母無原罪の御宿り信心会の礼拝堂に（現在ロンドンのナショナル・ギャラリーが所蔵しているヴァージョン）、もう1点はレオナルドの手元に留め置かれ、後にレオナルドと共にフランスへと持ち込まれている（現在パリのルーヴル美術館が所蔵するヴァージョン）。しかしながら聖母無原罪の御宿り信心会が正式に『岩窟の聖母』を入手、ないし制作代金を支払ったのは16世紀になってからのことだった。
聖アンナと聖母子と幼児聖ヨハネ
横並びに描かれたマリアとアンナの顔は『聖アンナと聖母子と幼児聖ヨハネ』の作品構成上、極めて大きな意味を持っている。幼児キリストの顔の角度、陰影表現、視線の向きはマリアの顔と同じで、幼児ヨハネのそれらはアンナの顔と同じになっている。各人物を照らし出す光から、この作品の主人公は二人で、あとの二人は脇役として配されていることが鑑賞者に分かるようになっている。四名の視線は密接に関連している。娘マリアを愛情を込めた眼差しで見つめるアンナの視線は、娘を誇らしく思う母親としてのものだけでなく、マリアが聖歌マニフィカトで「いつの世の人もわたしを幸せな者と呼ぶ」と賛美されるような存在であることへの畏敬の念がこめられている。マリアの視線はキリストに注がれている。そのキリストは、30年後に自身に洗礼を施すことが運命づけられた従兄弟のヨハネの頭上に、祝祷の仕草で手をかざしている。キリストよりもヨハネの方が年長であるが、「わたしはその人のくつのひもを解く値うちもない」と自ら語るようにヨハネはキリストからの祝福を敬虔に受け入れている。幼児二人の頭のすぐ近くに描かれたアンナの人差し指は真っすぐ天国を指し示しており、祝福がもともとは天国に由来することを表していると考えられる。この謎めいた仕草はレオナルドの絵画作品の典型ともいえるもので、『最後の晩餐』の使徒トマスや、『洗礼者聖ヨハネ』のヨハネが同様の仕草で描かれている。