高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
年齢主義と課程主義
また不登校児童生徒が13万人を超えたが、不登校経験者が復学する場合に対する教育の場の保障の観点から、年齢に固執しない学校が求められている。現状では、生徒が1年休学しても、学校側は進級後の学年への復帰を促している。また学齢期の不登校生徒に対しては各方面から学校復帰の働きかけがあるが、学齢を超過すると今までとは打って変わって、学校復帰を望んでも困難となってしまうという、年齢によって正反対の対応をされるという問題がある。こういった強制進級・強制卒業問題のため、生徒によってはかえって学校に復帰しにくくなっている（ただし、逆に原級留置がなされることによって復帰しにくくなる生徒も存在する事も忘れてはいけない）。休学期間中に学力が伸びていない場合は、進級した学年の内容に付いていこうとすると、家庭や学習塾などで猛勉強をしなければならず、かえって不登校以前より疲労することになる。学業不振が原因の不登校の場合は、なおさらそういった問題が大きい。現状では、そういった元不登校者の受け皿は民間の塾やフリースクールしかない。塾やフリースクールはどんなに設備が充実している所でも、プール・校庭・体育館・理科室などはないであろうし、授業料も高いという問題がある。また通常の塾は学校の生徒の空き時間に合わせて開業しているため、午前中は開いていない場合が多い。このため、なかなか学校の代替となる民間施設はない。こういった状況下で、一度学齢を超過すると復学が困難となるという問題があると、小中学校段階で不登校になった生徒に対する教育機会が保障できなくなる。なお、学齢超過者が入学できる中学校として有名なものには夜間中学校があるが、地域限定である上、かなり授業時間が省略されており、その上夕方以降に通わなければならないなど、多くの問題があるために一般の中学校の代替にはなっていない。