高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
在日ブラジル人
しかし義務ではない上に2012年（平成24年）以前は住民基本台帳法と外国人登録法に分かれていて、日本人と外国人で構成する複数国籍世帯を把握できなかったので、どちらの学校にも通わない不就学が問題になった。特にリーマンショックの後はブラジル人が失業して月謝を払えなくなったり、生徒が大量に帰国した為にブラジル学校が閉鎖に追い込まれて、不就学が深刻になった。そのため文部科学省は「虹の架け橋教室」（外国人児童生徒就学促進事業）を始めて、不就学者の教育をブラジル学校やNPOに委託した。また浜松市は「外国人子弟の不就学ゼロ作戦」を開始し、727人の不就学者の家を一軒ずつ戸別訪問して帰国・転出していない不就学者を見つける所から始めた。その結果2011年（平成23年）9月には市内に16人の不就学者が居たが、2013年（平成25年）以降はゼロになった。