海上保安庁の歴史
1952年（昭和27年）には第3次吉田内閣の下、より軍事組織に近い海上警備隊（沿岸警備隊）が海上保安庁附属機関として組織されたが、これはまもなく警備隊として分離され、後の海上自衛隊となった。保安庁（のちの防衛庁、2007年以降は防衛省）創設に際して、治安組織の一元化の見地から、海上保安庁も海上公安局に改組されて保安庁の下に置かれることになっていた（保安庁法及び）。ところが、海上保安庁側の猛反発により、結局は保安庁法の海上公安局に関する規定及び海上公安局法は施行されないまま廃止され、それに代わる防衛庁設置法や自衛隊法が制定された。そのため、海上保安庁は改組による消滅を免れ、現在に至るまでその状況が存続している。新設された海上保安庁への旧日本海軍幹部の入庁は、海軍幹部が公職から追放されていたため、航路啓開（掃海）部門等を除いて基本的になかった。代わって、警察機構を有していた旧内務省出身者、警察官や海事の専門家として東京・神戸の高等商船学校出身者が多く入庁した。特に保安官については、トップの三田一也（元海軍中佐）警備救難監以下、高等商船学校出身者が幹部を占めた。高等商船学校出身者は、海軍予備員として大戦中応召し士官として海軍に属していたが、海軍兵学校出身の現役将校等に比べて、激戦地において過酷な輸送任務を強いられたため多大な戦死者を出していた。そのため高等商船学校出身の海軍予備士官と海軍兵学校出身の兵科現役士官の派閥は、極めて険悪な状態が長らく続いていたといわれていた。なお海軍出身の者は、その殆どが海上警備隊（後の海上自衛隊）の創設と共に海上警備隊に移った。
海上護衛隊
1942年（昭和17年）3月27日、海軍大臣は「特設艦船部隊令」に特設海上護衛隊の制度を加えた。4月2日、永野修身軍令部総長は昭和天皇に戦時編制改訂について上奏、この中で新設予定の海上護衛隊について解説した。
4月10日、海軍は戦時編制の大幅な改定を実施する。この中で、海上交通保護の一貫性と指揮の一元化という見地から、占領地の資源を輸送するシーレーン防衛を目的とした船団護衛部隊を編制した。
これが第一海上護衛隊（東南アジア～内地担当、南西方面艦隊所属）と第二海上護衛隊（南洋諸島～内地担当、第四艦隊所属）である。
しかし老朽艦艇や特設艦艇が主力で対潜・対空装備が充実した専用艦艇が配備されず、兵力も少なかった。連合軍による通商破壊が本格化すると対応できず、輸送船団に甚大な被害が続出した。その後、新型海防艦の大量建造がすすむと各海上護衛隊に配備されたほか、航空部隊も編入されるなど戦力の増強が図られた。