重要文化財
重要文化財指定候補物件については文化庁で事前調査を行い、文部科学大臣は文化審議会に指定すべき物件について諮問する。文化審議会文化財分科会による審議・議決を経て、文化審議会は文部科学大臣に対し重要文化財に指定するよう答申を行う。文部科学大臣はこれを受けて指定物件の名称、所有者等を官報に告示するとともに当該重要文化財の所有者には指定書を交付する（文化財保護法27条、28条、153条）。法的には、文部科学大臣によって指定の事実が官報に告示された日から重要文化財の指定は効力を発する。なお、指定は「国宝及び重要文化財指定基準」に基づいて行われる。
文化遺産保護制度
文化庁関係の研究機関として国立博物館、文化財研究所、国立歴史民俗博物館、国立劇場が設置されている。国立博物館と文化財研究所は独立行政法人国立文化財機構の下部組織である。国立博物館は東京国立博物館、京都国立博物館、奈良国立博物館、九州国立博物館の4館があり、美術品を中心とする文化遺産の受け入れや公開、調査研究を行っている。文化財研究所は東京文化財研究所と奈良文化財研究所があり、文化遺産の保存および修理技術に関する研究、歴史的建造物および埋蔵文化財に関する研究を行っている。国立歴史民俗博物館は人間文化研究機構に所属する組織で、歴史資料、考古資料、民俗文化財の収集、展示および調査研究を行っている。国立劇場は日本芸術文化振興会が運営しており、伝統芸能の自主公演を行うとともに、伝統芸能に関する調査研究を行っている。