ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
西洋占星術
ルネサンス期には、神秘主義的傾向も持つ新プラトン主義が流行したが、その中心人物たちは必ずしも占星術に好意的ではなかった。マルシリオ・フィチーノは占星医学などには理解を示していたが、判断占星術には批判的だった。ピコ・デラ・ミランドラは、人間の自由意志を否定するものとして、『予言占星術論駁』で占星術への強い批判を展開した。神学者たちはおおむね自由意思を侵害するとして判断占星術を批判し、星々は人間に影響を与えても無理強いすることはないと考えられていた。他方で、16世紀のイタリアでは、数学者としても活躍した占星術師ジェロラモ・カルダーノが現れた。彼は『誕生占星術の実例集』では、自身の過去の占星術判断の誤りなども提示している。
ルネサンス期には、コペルニクスの『天球の回転について』（1543年）が死後発表された。しかし、彼が心配していたような批判は起こらず、本は読まれたが、彼の理論は地球の公転や自転、物体の落下や星の視差などに関する答えられない疑問を抱えており、ほとんどの読者は説得されず、支持者はほぼいなかった。占星術において最大の関心事は地球に対する惑星の位置、惑星の位置を分単位で過去未来に渡って計算することであり、地球中心説（天動説）か太陽中心説（地動説）かということは問題にならず、多くの人はどちらかはっきりさせることが可能とも思っていなかった。惑星の位置を決定するための表は太陽中心説の方が簡単だったため、楽に計算するための仮定としてコペルニクスの理論を使う人もいた。
17世紀に入ると、天文学者でもあったヨハネス・ケプラーが、この問題に取り組んだ。ケプラーは『へびつかい座の新星』では、「賢いけれども貧しい母」（天文学）と「その生活費を稼ぐ愚かな娘」（占星術）の対比によって、占星術があくまでも日々の糧を稼ぐための道具であると述べていたが、『占星術の確実な基礎について』（1602年）、『第三に介入するもの』（1610年）、『世界の調和』（1619年）などでは、新たな占星術理論の構築を試みている。しかし、太陽中心説（地動説）を軸とする刷新はうまくいかず、当時はむしろジャン＝バチスト・モラン（モリヌス、1591-1659）の『ガリアの占星術』（1661年）のように、プトレマイオス的宇宙観を墨守することを表明するものもあった。他方で、ケプラーは占星術を数学的に純化しようとしたことをはじめ、様々な改革を試みており、アスペクトなどでは重要な貢献を行っている。ケプラー以前のアスペクトは、第1にサインとサインの関係であったが、ケプラーは星と星の間の角度として再定義し、この新たなアスペクト概念は多くの占星術師に受け入れられ、現代に到っている。
16世紀の占星術の「先進国」はフランスであったが、17世紀半ばにはそれはイギリスになった。イギリスでは、一時期占星術が「公認」されていた時期があった。これは占星術の正しさを認めたわけではなく、占星術に対する禁止令を度々出していたローマ・カトリックへの「対抗意識」をイギリス国教会が持ったことや、御用占星術師を使った大衆宣撫を視野に入れていた政府の意向などによるものである。17世紀半ばに御用占星術師として名を馳せたのは、である。彼は議会派の有利になるような予言を多く行った。また、暦の発行も手がけ、暦書『天使的なるマーリン』は、1646年に13500部、その3年後には30000部が発行された。彼は御用占星術師としてのパンフレットを多く執筆した一方で理論書も手がけており、『キリスト教占星術』（Christian Astrology, 1647年）は、その後長らく当時の占星術の技法を網羅した解説書として影響力を持った。