隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
偽装棄教
キリスト教徒の偽装棄教で有名なのは、近世日本における隠れキリシタンである。江戸幕府（3代将軍・徳川家光）によるキリシタン禁止令の後、強制改宗により仏教を信仰していると見せかけ、キリスト教を偽装棄教したキリスト教信者（潜伏キリシタン）が主に九州地方に存在していた。数々の弾圧に晒されたが、中には明治時代まで密かにキリスト教信仰を保ち続けた地域・家系もある。