Mリーグ
運営は一般社団法人Mリーグ機構。初代チェアマンにサイバーエージェント社長の藤田晋、最高顧問にJリーグ初代チェアマンの川淵三郎が就任した。リーグ参加チームの所属選手に対しては最低年俸として400万円が保証されるが、一方で賭博行為への関与を固く禁じており、仮に関与が確認された場合には即解雇などの厳罰に処される。また対局時にはチームごとに定められたユニフォームの着用が義務付けられる。対局は全て東京・港区（日の出駅そば）に新たに設けられる専用スタジオ「Mリーグスタジオ」にて行われ、一部の対局では隣接する施設でのパブリックビューイングも行われる（有料）。
1998年のJリーグ
一方、2ndステージ終盤の10月29日、横浜Mと横浜Fの合併が報じられ、同日のJリーグ理事会で承認される。横浜Fの親会社である佐藤工業が経営難からクラブ運営からの撤退を表明、もう一社の親会社である全日本空輸が単体でのクラブ運営に難色を示し、これに対して横浜Mの親会社である日産自動車が救済の手をさしのべたものであるが、地域密着を掲げて誕生したJリーグが皮肉にも実業団同様に親会社の論理で合併（事実上の消滅）となる事態となった。この日以後、横浜Fはリーグ戦4連勝で締めくくり、最終順位は2ndステージ・年間勝ち点とも7位であった。