自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
近鉄22000系電車
4両編成のモ22200形には、バリアフリー設備として近鉄車両としては初の車椅子対応座席と車椅子対応トイレが設置されている。この車両の乗降扉は車椅子の通行を考慮して他車よりも開口部が広い。客室仕切扉も同様に広く、22200形のトイレ側のみ両開き式である。座席も1人掛け用が2脚配列された。この車椅子区画と一般客用の通路の幅が異なるため、段差吸収のためにテーブルを兼用した仕切りが左右両側に設けられた。
座席はバケット型シートが採用され、座席の転換も従来特急車の背起こし回転式からペダル回転式へ変更され、リクライニングの駆動方式もメカ式から油圧式とされた。テーブルはひじ掛けの蓋を開けて引き出す方式、足置き台は新幹線100系電車の普通車で採用されたのと同様の形状である。また座席幅も従来車より広げられ、シートピッチ（座席前後の間隔）は1,000mmである。モケットはグレー系に緑がかったラインの入ったもので、グレー系の化粧板と併せて落ち着いた雰囲気を出している。この座席は23000系「伊勢志摩ライナー」にもモケット変更・シートピッチ拡大のうえ、採用されている。また、2006年以降の12200系B更新にも部分変更の上採用された。座席の枕カバーは当初は黄色であったが、後に白色とされた。座面高さは21000系より若干高めの410mm (+10mm) である。中肘掛は樹脂製で、背ずりに収納できる。座布団は、当系列よりウレタンを使用し、軽量化を図った。そのほかに、肘掛部分はこれまで塗装の剥がれを考慮して、21000系のデラックスシート以外では塗装されていなかったが、当系列より剥がれ落ちの少ない粉体焼付け塗装を施して、見付の向上を図った。座席は列車折り返し駅における座席転換作業を省力化するために、自動回転機構が設けられた。後年、禁煙車の増加によりひじ掛けの灰皿を撤去の上、その部分の蓋をした座席も現れた。