肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
マイトソーム
ミトコンドリアと異なる点として、マイトソームは内部にゲノムを持たないことが挙げられる。マイトソームの構成タンパク質は細胞核ゲノムにコードされている。マイトソームにゲノムの存在が示唆されたこともあったが、近年の報告では否定されている。