ダウド・ブルエ
スハルト政権成立後、アチェの自治権は次第に制限され、シャリーアに基く統治も禁止された。また、アチェから産出される天然資源の利益をインドネシア政府が独占したため、インドネシアへの反発が強まった。こうした中、かつて「インドネシア・イスラム国」の国連大使兼アメリカ大使だったハッサン・ディ・ティロが1976年12月4日に自由アチェ運動を組織し、再びアチェの独立運動を開始した。ハッサンはダルル・イスラム運動の掲げたイスラム社会の実現から民族独立へと主張を変えたが、ダウド・ブルエは「アチェが独立すればイスラム社会を実現出来る」として自由アチェ運動を支持した。
アチェ戦争
1949年にオランダから主権の移譲を受け、インドネシアは独立を達成した。しかしジャカルタのジャワ人に偏重した新政府に不満を抱いたアチェ人は、今度は自治権を求めてインドネシア政府に対する闘争を始めた。北スマトラのバタック人キリスト教徒もジャワ第一主義に不満を持っていた。統一政府はアチェに経済的・政治的な恩恵を与えず、ムスリムが求めたシャーリアの導入にも失敗した。こうした不満を背景に、1953年にダウド・ブルエがアチェ・イスラム共和国を建設した。この組織自体はインドネシア軍によって鎮圧されたが、抵抗は1959年まで続き、アチェの自治権を勝ち取った。しかしその後も、アチェ人をはじめとするスマトラ人たちは、政府や軍の要職をジャワ人が独占していることに強い不満を示していた。1976年に成立した自由アチェ運動は30年近くに及ぶ武力闘争を展開したが、2004年のスマトラ島沖地震・津波により大きな被害を受け、2005年のヘルシンキ和平合意でインドネシア政府と和解した。