東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
東ティモール紛争
東ティモールは1975年にインドネシアの軍事侵略により不法占領下に置かれた。1976年、インドネシアは東ティモールをインドネシア27番目の州と宣言したが、国際社会はオーストラリアなど極少数の例外を除き、この併合を認めなかった。東ティモールでは、インドネシアからの解放を望む声が高かったが、1998年にスハルトの独裁政権が倒れ、新政権が東ティモールの独立容認の立場を取ったことから、急速に解放の気運が高まった。1999年8月30日、国際連合東ティモール・ミッションの支援の下、インドネシア内の高度自治州案の賛否を問う住民投票が行われ、反対多数で独立が決定したが、これを不服とした反対派民兵とその後ろ盾となっていたインドネシア国軍が東ティモール住民を襲撃し、町を破壊した。