ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
科学革命
この時期に起こった明確な科学の変革はまず、従来の宇宙体系の変革にあった。それ以前の天動説に立った宇宙観が捨てられ、地動説への転換がなされたのである。これにもとづけば、科学革命の中心的な担い手はポーランドのコペルニクス、ドイツのケプラー、イタリアのガリレイ、イングランドのニュートンの4名であった。地動説は、単に惑星位置の計算方法の変更にとどまらず、当時の宇宙観そのものの転換に大きな影響を与えた。また、ガリレイによる自由落下運動の法則などの力学的な発見は、従来の目的論的自然観（物体がそれぞれの目的に向かって運動するというアリストテレス的な自然観）に変更をせまるものであり、万有引力の発見などをはじめとするニュートン力学の発表は、近代的な機械論的自然観の提唱につながり、また、これまで地上のものと天上のものとを二分してきたキリスト教的世界観をくつがえした一方、多くの技術革新を導き、18世紀における蒸気機関の開発、さらには産業革命へとつながった。