二本松藩
二本松藩では、豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。このため、秀吉のバテレン追放令などの禁教令、江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。二本松でも寛永9年（1632年）2月8日に明利の命令で5人が火炙り、9人が斬首と計14名のキリシタンが殉教、すなわち処刑されている（同時期に会津藩で42名、白河藩でも13名が処刑された）。この時二本松で処刑されたキリシタンには、前の領主で氏郷の孫忠郷の旧臣や、元和年間に長崎で弾圧されて二本松に逃れていた者などが含まれており、彼らは布教活動を行っていたため処刑されたといわれる。
殉教
日本では、個々の教義や態度が問題にされるのではなく、キリスト教徒であること自体が罪とされた。逮捕された者は、キリスト教を棄教すれば許された。しかし棄教を拒んだキリシタンは国外追放あるいは死刑に処され、しばしば拷問の末に残酷な方法で殺された。こうして、16世紀末から17世紀初めの日本では、イエズス会士など多くの外国人宣教師と日本人信者が殉教した。信仰が極刑にされた背景には、一向一揆との戦いを経験した武将たちが強い信仰に警戒心を抱いていたこと、一部の外国人が日本人を奴隷として売買していたこと、さらに当時の支配者たちがキリスト教宣教師らを植民地化の尖兵ではないかと危険視したことがある。こうした殉教者の中でも、豊臣政権における日本二十六聖人、徳川政権下での聖トマス西と15殉教者はカトリック教会で列聖され、ペトロ岐部と187殉教者は2008年に長崎市で行われた列福式においてカトリック教会の福者に列せられた。この中には、かつて天正遣欧少年使節の一人であった中浦ジュリアンも含まれている。この時代のキリシタン達は、殉教することによってパライソ（天国）へ行き永遠の命を得られるという教えを固く信じていたため、彼らの多くは拷問や処刑を恐れず嬉々として死の運命を受け入れたと伝えられる。2017年には、信仰のために追放されたユスト高山右近が大阪市で行われた列福式においてカトリック教会の福者に列せられた。