二本松藩
二本松藩では、豊臣時代の領主である蒲生氏郷がキリシタン大名であった影響から、東北地方におけるキリシタンの根拠地のような地域になっていた。このため、秀吉のバテレン追放令などの禁教令、江戸幕府における慶長18年（1613年）の全国禁教令を契機として、厳しいキリシタン弾圧が展開された。二本松でも寛永9年（1632年）2月8日に明利の命令で5人が火炙り、9人が斬首と計14名のキリシタンが殉教、すなわち処刑されている（同時期に会津藩で42名、白河藩でも13名が処刑された）。この時二本松で処刑されたキリシタンには、前の領主で氏郷の孫忠郷の旧臣や、元和年間に長崎で弾圧されて二本松に逃れていた者などが含まれており、彼らは布教活動を行っていたため処刑されたといわれる。
濃尾崩れ
寛文4年4月7日には、幕府は目付・森川之俊を「美濃天主教徒査検」として美濃国に派遣してキリシタンの調査を実施。尾張藩では同年5月にキリシタン奉行（宗門奉行）2名を任命して、奉行の1人・海保弥兵衛を江戸に派遣して幕府の宗門改役・北条氏長にキリシタン穿鑿の要諦を問わせている。尾張藩は幕府の指示によって領内38か所にキリシタン禁制の高札を立て、五人組を組織した。領内の各寺院には新規に檀徒になる者の吟味をするよう通達し、代官・給人にキリシタン改を命じた。寛文5年正月には宗門奉行に替えて寺社奉行が設置され、宗門改めが毎年2月と11月の2度実施されることとなった。キリシタン検挙のため、丹羽郡・葉栗郡の給人知行所を御付家老の成瀬氏・竹腰氏を除いて他郡に移して、跡地を幕府の蔵入地にした。