大御所時代
1793年、寛政の改革を主導した松平定信が失脚すると、定信の政策は老中首座松平信明らによって受け継がれた。しかし、1817年信明が病死すると、家斉は寛政の遺老達を遠ざけ、かつて田沼意次派に属した水野忠成を老中首座に任じた。忠成のもと賄賂政治が横行し、幕府財政の破綻、幕政の腐敗、綱紀の乱れを生じた。家斉自身も豪奢な生活を送るようになった。
文治政治
幼弱の家綱に代わり、大政参与として幕政を補佐したのが彼の叔父に当たる会津藩主保科正之や老中酒井忠清等であった。彼は、浪人発生の原因である大名の改易を減らす為に末期養子の禁を緩和した。寛文3年（1663年）に武家諸法度を改正（寛文令）し、殉死を禁止し、大名からの人質を出す大名証人制度を廃止した（これを寛文の二大美事という）。これにより、戦国時代からの遺風を消し、将軍と大名、藩主と家臣の主従関係は個人同士の関係から、主人の家に従者は仕える関係に転換することとなった。また、寛文4年（1664年）には寛文印知を実施し、将軍の地位を確立した。