エキソソーム複合体
真核細胞ではこれらの9個のユニットに加え、さらに2個のユニットが付随することが多い。その内の一つがRNase Rファミリーに属する加水分解リボヌクレアーゼRrp44である。Rrp44はエキソリボヌクレアーゼ、エンドリボヌクレアーゼ双方の活性を持つが、その機能はRrp44内の別々のドメインが担当する。酵母では、Rrp44は全てのエキソソーム複合体に付随しており、その活性に重要である。ヒト細胞にもこのタンパク質ホモログが存在するにもかかわらず、長い間それがヒトエキソソーム複合体に付随するという証拠は得られなかった。2010年になって、ヒトのRrp44ホモログが3つ発見され、そのうち2つが複合体に付随することが分かった。その内1つ(Dis3L1)は細胞質に、1つ(Dis3)は核に局在するため、 異なったRNA基質を分解する。
2つ目のタンパクは、酵母では"Rrp6"、ヒトでは"PM/Scl-100"とよばれる。Rrp44と同じく加水分解性エキソリボヌクレアーゼだが、このタンパクはRNase Dファミリーに属する。PM/Scl-100は核エキソソームの一部だが、細胞質エキソソームの構成要素とも成り得る。
電子伝達系
複合体IVは還元型シトクロム"c"あるいはユビキノール（真核生物はシトクロム"c"、一部の原核生物はユビキノールあるいはメナキノール）から最終電子受容体へ電子伝達を行う。シトクロム"c"を酸化するものは「シトクロムcオキシダーゼ」と呼ばれる。電子伝達の最終の反応をになう重要な酵素であり、この酵素の存在がゆえに好気呼吸が成立すると言っても過言ではない。好気呼吸を行う全生物がこの複合体を所持している。現在、脱窒細菌である "Paracoccus denitrificans" の複合体 IV の立体構造が明らかになっている。複合体 IV の構成は以下の通りである。
サブユニットI, IIでシトクロム"c"オキシダーゼ活性を発揮することが明らかになっている。また、上記のサブユニット構成は真核生物のものだが、原核生物はサブユニットI に配位されているヘムの種類が異なっている（ヘム"b","o"など）。