自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
東北新幹線
北海道新幹線開業前は、盛岡駅 - 新青森駅間の各駅に停車する区間列車も存在し、こちらには普通車自由席が設定されていた。「はやぶさ」運転開始後、盛岡行「やまびこ」の本数が減少したことを受け、仙台駅 - 盛岡駅間では、この区間の途中駅に停車する列車でかつこの区間内を利用する場合に限り、自由席特急券で普通車を利用できるようになった（これは「はやぶさ」にも共通の措置）。2016年3月26日の北海道新幹線開業後は、盛岡駅・新青森駅 - 新函館北斗駅間の列車には、自由席は設定されなくなり、全列車が全車指定席となった。