Mリーグ
運営は一般社団法人Mリーグ機構。初代チェアマンにサイバーエージェント社長の藤田晋、最高顧問にJリーグ初代チェアマンの川淵三郎が就任した。リーグ参加チームの所属選手に対しては最低年俸として400万円が保証されるが、一方で賭博行為への関与を固く禁じており、仮に関与が確認された場合には即解雇などの厳罰に処される。また対局時にはチームごとに定められたユニフォームの着用が義務付けられる。対局は全て東京・港区（日の出駅そば）に新たに設けられる専用スタジオ「Mリーグスタジオ」にて行われ、一部の対局では隣接する施設でのパブリックビューイングも行われる（有料）。
リトルリーグ
2006年度までは全日本選手権の優勝リーグ（チーム）は、その直後（7月下旬）にアジア・オセアニア各国の代表チームと対戦するアジア・太平洋地区選手権に出場。日本はアジアブロックの枠で出場し、そこで1位になればワールドシリーズの出場権を得ていたが、2006年11月14日にサウスウィリアムズポートで開催されたリトルリーグの国際会議で、2007年から日本がワールドシリーズにおいて独立した地域として承認された。これにより、全日本選手権の優勝リーグ（チーム）が日本地区代表として直接リトルリーグ・ワールドシリーズに出場できることになった。