ユーゴスラビア社会主義連邦共和国
1992年1月、クロアチアとユーゴスラビアは国連の監視の下での休戦に合意した。ボスニア・ヘルツェゴビナの分割をめぐるセルビア人とクロアチア人の交渉は続けられた。公に対しては、セルビアの親体制派のメディアは、ボスニア・ヘルツェゴビナが民主的な政治に基づいて、新しいユーゴスラビアの枠内での新たな有志連合に加わるであろうと報じた。しかし、ボスニア・ヘルツェゴビナではこれは真剣に受け取られることはなかった。1992年は、ユーゴスラビア社会主義連邦共和国の命運を決定的にした最後の一撃の年であった。この年、セルビア、モンテネグロとともに最後まで連邦に留まっていたボスニア・ヘルツェゴビナの政府が、独立を問う住民投票を実施し、同国のセルビア人たちは投票をボイコットしたものの、ボスニア・ヘルツェゴビナ政府はユーゴスラビアからの分離独立を一方的に宣言した。ボスニア・ヘルツェゴビナがユーゴスラビアから独立した後、セルビアとモンテネグロは新しいユーゴスラビア国家である「ユーゴスラビア連邦共和国」を結成することを決め、ユーゴスラビア社会主義連邦共和国はその歴史に幕を下ろした。新しいユーゴスラビア連邦共和国はセルビア共和国とモンテネグロ共和国のみから成り、複数政党制による民主国家とされた。これによって、社会主義体制の古いユーゴスラビアは最終的に消滅した。多くの西側諸国は、ミロシェヴィッチの支配下にある新しいユーゴスラビア連邦共和国を、ユーゴスラビア社会主義連邦共和国の正当な継承国家ではないと見ていた。ユーゴスラビア連邦共和国はむしろ、ミロシェヴィッチの志向した大セルビア主義の実現でしかなく、その証にミロシェヴィッチはセルビア大統領の地位にありながら1997年までユーゴスラビアを実質的に支配し、クロアチアやボスニア・ヘルツェゴビナにおけるセルビア人の民族自決権を訴え、これらの国々のセルビア人たちがユーゴスラビアに留まる権利を主張しながら、同時にミロシェヴィッチはセルビア領コソボ・メトヒヤ自治州のアルバニア人の民族自決権を認めず、その独立主張を無効としていた。ユーゴスラビア社会主義連邦共和国の解体後の地域における対立民族間の戦争は1990年代を通して旧ユーゴスラビア地域各地で発生し続け、その中で最後の紛争はマケドニア共和国の政府と同国で少数派のアルバニア人の民族主義者によるマケドニア紛争であり、2001年に戦闘が終結した。
コソボ
1989年に東欧革命が起きて、ソビエト連邦を中心とする東欧社会主義ブロックが崩壊すると、ソ連と一線を画していたユーゴスラビアでも各民族のナショナリズムが高まった。セルビア人の民族主義者でセルビア大統領のスロボダン・ミロシェヴィッチは、ユーゴスラビアの各共和国が対等の立場を持つ体制を改め、セルビア人によるヘゲモニーを確立することを目指していた。ミロシェヴィッチはセルビア内の自治州であったコソボ、ヴォイヴォディナの両社会主義自治州の自治権を大幅に減らし、コソボ・メトヒヤ自治州へと改称した。
1995年にセルビアの一部だったコソボの数カ所で、警察官やセルビア人が殺される事件が起きた。これがコソボ解放軍による実力行動の始まりだった。1997年から1999年の間にコソボ解放軍のメンバー数は大幅に増加し、ユーゴスラビアの警察官やセルビア人の一般国民を攻撃・殺害したり、セルビア人女性を強姦したりした。また、ドイツの新聞『Berliner Zeitung』（1999年3月4日付け）が入手した秘密文書によると、コソボ解放軍が資金を集めるためにアフガニスタン産のヘロインなどの違法麻薬の販売を行ったとされる。コソボ地方の4分の1の地域ではユーゴスラビア政府が統治できず、コソボ解放軍が完全に支配するようになった。その結果、コソボのセルビア住民がそれらの地域から逃げ始めた。アルバニア人が、コソボに住んでいたセルビア人を殺害したり、強制移送したり、恐怖などを利用して国外脱出を余儀なくさせたりしたことは、ユーゴスラビア紛争で多発した民族浄化の一つとして批判された。コソボ解放軍などによる迫害はセルビア人以外の少数民族に対しても及び、クロアチア人やアッシュカリー、ロマなどが迫害の対象となった。