学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
歯科医官
部隊配属後の自衛隊全般の教育は、陸では衛生学校のBOC(Basic Officers course) 、AOC（Advanced officers course）、FOC、それに陸上自衛隊幹部学校CGSなどの選択肢がある事は、医官と全く変わりはない。海上自衛隊では自衛隊横須賀病院教育部の幹部医科歯科課程や海上自衛隊幹部学校の幹部特別課程等に入校する機会がある。また、海上の潜水医学実験隊の潜水医官養成課程と、航空の航空医学実験隊の航空医官養成課程は、歯科医官として入校することもできるが、歯科医官は潜水医官、航空医官として認められない。
初任実務研修が修了して部隊に配属されると、原則として週に1日の通修が認められる。この通修制度を利用しながら社会人大学院に通い、博士の学位を取得する者もいる。その他の教育としては、選抜となるが、2～4年間の部外大学研修（国内留学）を利用し、認定医や専門医取得を目指すことができる。また、医官と同じく防衛医科大学校研究科は、基礎医学と歯科口腔外科、麻酔科に限り、歯科医官でも受験ができる。2006年（平成18年）には病理学講座（航空自衛隊から）、2008年（平成20年）には麻酔科（陸上自衛隊から）、口腔外科（海上自衛隊から）へ歯科医官が研究科に入学した。その他、国外留学できる制度や、海上自衛隊では在日米海軍病院における数ヶ月間の研修機会がある。