肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
マイトソーム
マイトソームはミトコンドリアを持たない嫌気性生物や微好気性生物からのみ見つかっている。これらの生物は通常ミトコンドリアが行う酸化的リン酸化によるエネルギー産生を行わない。マイトソームは最初にヒトの腸管内寄生虫である赤痢アメーバ（）から発見され、その後微胞子虫やランブル鞭毛虫からも報告されている。