松倉重政
南蛮貿易の利を得ていた重政は入部当初キリシタンを黙認していたが、江戸幕府のキリシタン弾圧政策に従って元和7年（1621年）になるとキリシタンの弾圧を開始。最初はゆるやかなものだったが、寛永2年（1625年）に将軍徳川家光にキリシタン対策の甘さを指摘されると発奮し、徹底的な弾圧を開始した。顔に「吉利支丹」という文字の焼き鏝を押す、指を切り落とすなど種々の拷問を行い、寛永4年（1627年）には雲仙地獄で熱湯を使ったキリシタンの拷問・処刑を行うなど、キリシタンや年貢を納められない農民に対し残忍な拷問・処刑を行ったことがオランダ商館長やポルトガル船長の記録に残っている。寛永6年（1629年）には長崎奉行・竹中重義に勧めて長崎中のキリシタンを雲仙に連行している。さらに、キリシタン弾圧への取り組みを幕府に対しアピールするため、キリシタンの根拠地であるルソンの攻略を幕府に申し出る。家光はじめ幕閣の一部も乗り気になったため、先遣隊を派遣するなどして遠征準備に取りかかり、そのためのさらなる戦費を領民に課した。
宮城遥拝
戦前、日本のプロテスタント教会は宮城遙拝を偶像礼拝として問題視した。1941年、日本のプロテスタント教会の多くは、日本基督教団に統合されて国家の監督下に置かれ、宮城遥拝も実施された。日本基督教団は皇室が「日本国民の宗家」であることを受け入れ、1942年、教団統理は伊勢神宮の参拝も行った。他方、宮城遙拝を実施しない教会は弾圧され、牧師や信徒は投獄されることもあった（ホーリネスの弾圧は、これとは違う次元で計画、実行され国家方針に不従順な教会に対する見せしめの傾向が強かった）
。戦時下、敵国スパイ活動の拠点ともなりかねない教会は特別高等警察の監督下に入り、礼拝の中で君が代斉唱、国旗掲揚、宮城遥拝が行われた。この傾向は大都市より地方ほど厳しく、その地域教会を主管する牧師の思想によっても差が大きかった。戦後50年に当たる1995年には、明治学院が「明治学院の戦争責任・戦後責任の告白」、日本福音キリスト教会連合「第二次大戦における日本の教会の罪責に関する私たちの悔い改め」を発表するなどした。