東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
東クルディスタン
1997年5月、モハンマド・ハータミーが大統領に就任し、クルドの文化と歴史を称賛したが、クルド人の要求は主にクルド語に有った。大統領は第一期でを初代東クルディスタン知事に指名した。第二期で、大統領は2人のシーア派クルド人を入閣させた、国政におけるクルド人の存在感は拡大した。
1999年2月、クルド民族主義者はマハーバードやサナンダジュ、オルーミーイェで大規模デモを起こし、政府への反対とアブドゥッラー・オジャランの支持を訴えた。アブドゥッラーはトルコのクルディスタン労働者党(PKK)の元党首で、トルコ政府から終身刑を受けた。イラン政府はこのデモを武力鎮圧、人権団体によると少なくとも20人が殺害された。