脳の10パーセント神話
脳の構成要素の機能は概して解明されているものの、脳細胞（すなわち神経細胞とグリア細胞）がどのように複雑な挙動あるいは障害を発生させるのかに関して多くの謎が残されている。最も曖昧で神秘的なのは恐らく、多様な脳の各領域がどのように連携することで意識体験を生み出すのかという疑問だが、ある特定の脳領域が意識を司っているという事実は今日に至るまで確認されておらず、専門家は意識体験が真に全体としての神経系の働きであると考えている。したがって、人間には秘められた認知能力があるというジェームズの思想のように、脳に関しては完全に解明されていない疑問が多く存在しているということなのかも知れない。
明晰夢
これは、脳内において思考・意識・長期記憶などに関わる前頭葉などが、海馬などと連携して、覚醒時に入力された情報を整理する前段階（夢）において、前頭葉が半覚醒状態のために起こると考えられ、明晰夢の内容は見ている本人がある程度コントロールしたり、悪夢を自分の望む内容（厳密に言えば無意識的な夢と意識的な想像の中間的な状態）に変えたり、思い描いた通りのことを（実現可能な範囲内で）覚醒時に体験したりすることが可能である。