海上保安庁の歴史
1952年（昭和27年）には第3次吉田内閣の下、より軍事組織に近い海上警備隊（沿岸警備隊）が海上保安庁附属機関として組織されたが、これはまもなく警備隊として分離され、後の海上自衛隊となった。保安庁（のちの防衛庁、2007年以降は防衛省）創設に際して、治安組織の一元化の見地から、海上保安庁も海上公安局に改組されて保安庁の下に置かれることになっていた（保安庁法及び）。ところが、海上保安庁側の猛反発により、結局は保安庁法の海上公安局に関する規定及び海上公安局法は施行されないまま廃止され、それに代わる防衛庁設置法や自衛隊法が制定された。そのため、海上保安庁は改組による消滅を免れ、現在に至るまでその状況が存続している。新設された海上保安庁への旧日本海軍幹部の入庁は、海軍幹部が公職から追放されていたため、航路啓開（掃海）部門等を除いて基本的になかった。代わって、警察機構を有していた旧内務省出身者、警察官や海事の専門家として東京・神戸の高等商船学校出身者が多く入庁した。特に保安官については、トップの三田一也（元海軍中佐）警備救難監以下、高等商船学校出身者が幹部を占めた。高等商船学校出身者は、海軍予備員として大戦中応召し士官として海軍に属していたが、海軍兵学校出身の現役将校等に比べて、激戦地において過酷な輸送任務を強いられたため多大な戦死者を出していた。そのため高等商船学校出身の海軍予備士官と海軍兵学校出身の兵科現役士官の派閥は、極めて険悪な状態が長らく続いていたといわれていた。なお海軍出身の者は、その殆どが海上警備隊（後の海上自衛隊）の創設と共に海上警備隊に移った。
航空自衛隊
空自の設立は旧陸軍航空部隊関係者（三好康之、原田貞憲、谷川一男、秋山紋次郎、田中耕二、浦茂など）の新空軍研究から始まった。独立国となる以上軍備が必要であり、軍備の中には独立空軍を入れなければならないというものであった。戦中と異なりすでに航空戦力はジェット機の時代であり、それにはアメリカ空軍（旧アメリカ陸軍航空軍）の多大な協力が必要であったが、三好が連絡を取り協力を得ている。なお当初、旧海軍航空部隊関係者は新海軍再建に傾倒していたが、後に旧陸軍航空部隊関係者と合流し1952年7月末から合同研究が始まっている（海軍にも新海軍再建における海空一体化論に基づく研究成果を持っていた）。