松倉重政
南蛮貿易の利を得ていた重政は入部当初キリシタンを黙認していたが、江戸幕府のキリシタン弾圧政策に従って元和7年（1621年）になるとキリシタンの弾圧を開始。最初はゆるやかなものだったが、寛永2年（1625年）に将軍徳川家光にキリシタン対策の甘さを指摘されると発奮し、徹底的な弾圧を開始した。顔に「吉利支丹」という文字の焼き鏝を押す、指を切り落とすなど種々の拷問を行い、寛永4年（1627年）には雲仙地獄で熱湯を使ったキリシタンの拷問・処刑を行うなど、キリシタンや年貢を納められない農民に対し残忍な拷問・処刑を行ったことがオランダ商館長やポルトガル船長の記録に残っている。寛永6年（1629年）には長崎奉行・竹中重義に勧めて長崎中のキリシタンを雲仙に連行している。さらに、キリシタン弾圧への取り組みを幕府に対しアピールするため、キリシタンの根拠地であるルソンの攻略を幕府に申し出る。家光はじめ幕閣の一部も乗り気になったため、先遣隊を派遣するなどして遠征準備に取りかかり、そのためのさらなる戦費を領民に課した。
松東院
しかし、1602年に庇護者であった夫の久信が滞在中の京で急死。隆信が跡目を相続したものの、後見として再び政務を取り始めた舅・鎮信との対立や、キリシタン及び松浦氏に厳しい目を向ける江戸幕府との間で対応に苦慮することとなる。1599年には既に籠手田一族が平戸から追放されていたため、彼女が平戸のキリシタンを陰から支援していた。しかし1630年、江戸幕府は隆信に彼女をはじめとする親族の江戸在住を命じる。さらに江戸では平戸藩の屋敷ではなく、浄土宗広徳寺に幽閉されてしまう。この一件は一見参勤交代制に伴う人質の江戸集住政策に見せかけ、実は熱心な平戸のキリシタンから有力支援者を切り離す幕府の作戦だったと考えられる。