ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
ヨハネス・ピロポノス
彼の注釈の様式と彼の出す結論によってピロポノスは同僚や仲間の哲学者の間で評判を失った。彼は530年ごろに哲学の研究をやめたようで、代わりに神学に専念している。550年ごろに彼は神学に関する作品『天地創造論』を書いた。同書ではギリシアの哲学者及びカイサリアのバシレイオスの識見を利用して聖書の創造の話を注釈している。アリストテレスが天上の物体の運動と地上の発射物の運動とで全く別の説明を提示しているのに反して、同書で彼は自身のインペトゥス理論を惑星の運動に転用している。そのため科学史においては、ピロポノスの神学に関する著作が力学の統一的理論を最初に試みたものとして認識されている。もう一つの彼の主に神学に関する著作は物質的な物体は全て神によって生み出されると主張するものである("Arbiter", 52A-B)。
553年ごろにピロポノスはキリスト論に関して第2コンスタンティノポリス公会議に対していくつかの神学的貢献をしている。キリストの両性に関する彼の理論によればキリストの中には二つの結合した実体が存続していて、結合しているが分割可能である。この理論は人間の魂と肉体の結合と類比的であり、また、合性論()と一致する。また、彼はこの時期に三位一体に関する著作をものしている。