東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
東ティモール再建国民会議
2007年6月30日に行われた議会選挙では、18議席を獲得し、議会第2党になった（第1党は与党東ティモール独立革命戦線の21議席）。同年8月8日、反フレティリンで一致した4党（37議席）による連立政権が発足し、グスマンは首相となった。