高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
クラブ活動
1958年の学習指導要領では、特別教育活動の1つとして、生徒の自発的な参加によって行われる活動とされていたが、中学校では1972年、高等学校では1973年改訂の学習指導要領から、クラブ活動は特別活動の一領域として必修とされた。中学校では1993年、高等学校では1992年改訂の学習指導要領では、「部活動への参加をもってクラブ活動の一部又は全部の履修に替えることができる」と明記された。しかし、中学校では2002年、高等学校では2003年改訂の学習指導要領で必修のクラブ活動は総合的な学習の時間に吸収・統合される形で廃止され、現在の学習指導要領では「部活動は，学校教育活動の一環として，スポーツや文化，学問等に興味と関心をもつ同好の生徒が，教職員の指導の下に，主に放課後などにおいて自発的・自主的に活動するもの」とされている。現在では各校の実態に応じ、生徒の自主的、自発的な参加による課外活動の一環としての部活動が行われている。