レクイエム (モーツァルト)
このうち、モーツァルトが完成させることができたのは第1曲だけであり、第2曲第3曲等はほぼ出来ていたものの残りは未完のまま作曲途中にモーツァルトは世を去る。第2曲はフライシュテットラーとジュースマイヤーによってオーケストレーションが行われた。他に第3曲 - 第7曲、第9曲 - 第10曲の主要部分（四声の合唱部と主要な和声のスケッチ）と第8曲「涙の日（ラクリモーサ）」の8小節までがモーツァルトによって残され、それを基にジュースマイヤーが補筆完成を行っている。残りの第11曲以降についてはモーツァルトによる草稿は伝わっていないものの、フライシュテットラーやジュースマイヤーに対し何らかの指示がされた可能性はある。また、全曲の最後を飾る第14曲「聖体拝領唱」はモーツァルトの指示により（コンスタンツェの証言が残っている）第1曲「入祭唱」の一部および第2曲「キリエ」のフーガの歌詞を入れ替えたもので、これは当時のミサ曲の慣例でもあった。
12の二重奏曲
全12曲からなるこの二重奏曲は、以前まではホルンのためのものであるかどうかは分かっていなかった。一般には12曲のセットとして出版されているが、モーツァルトの自筆譜では3曲（第1番、第3番、第6番）のみで残っているが、具体的な楽器指定も調性も分かっていない。そのためにそれ以外の各章がモーツァルトの真筆であるかどうか議論されている。当初ト音記号が書かれているという理由で2挺のヴァイオリン用とされたことがあったが、研究によって、記譜や音程から管楽器のために書かれたものと断定された。その後、ホルンには音が高すぎるということを根拠にバセットホルン用の作品という説が有力となったが、最近はホルン協奏曲を献呈されたロイトゲープをからかうために高音域を書いたとして、ホルン説も有力とされている。