岩窟の聖母
どちらの『岩窟の聖母』にも、聖母マリアと幼児キリスト、そして幼い洗礼者ヨハネと天使が岩窟を背景として描かれている。二つのヴァージョンの構成における重要な相違点として、画面右の天使の視線の向きと右手の位置が挙げられる。その他の細かな相違点には、色使い、明るさ、植物、スフマートと呼ばれるぼかし技法の使い方などがある。関係する制作依頼年度は記録に残ってはいるものの、その他の来歴はほとんど伝わっておらず、どちらのヴァージョンが先に描かれたのかについても未だに議論となっている。
糸車の聖母
「バクルーの聖母」と「ランズダウンの聖母」の下絵には、どちらも現在の完成品とは異なる構成のものがみられるが、現存する模写の中には完成品ではなく下絵の構成のままに描かれている作品が存在している。これは、その模写が最初のバージョンの制作過程初期の段階で描かれたためではないかとされている。たとえばどちらの下絵にも、マリアの背後遠景に聖ヨセフと思しき男性たちが幼児キリストのためにベビーウォーカーを製作している様子が描かれているが、これは完成品には見られず、スコットランド国立美術館やプライベートコレクションが所蔵する模写などに描かれている。他にも赤子をとりあげる産婆のような女性も描かれている。遠景に描かれている幼児と女性はキリストとマリアではなく、幼い洗礼者ヨハネとその母である聖エリザベトだといわれている。これは、レオナルドが一つの作品に聖母子を二組描くことはありえないと考えられているためである。また、レオナルドは馬、ロバ、牡牛といった駄獣も描き入れようとしており、二点の下絵ではそれぞれ異なる場所に配されている。さらにアーチ状のエントランスをした建築物も下絵には描かれている。制作過程後半の「バクルーの聖母」には「ランズダウンの聖母」の背景に描かれているような橋があったと思われるが、現在の「バクルーの聖母」では上描きされて残っていない。