ニコラウス・コペルニクス
ドイツ騎士団国との抗争は終結したものの、まもなく宗教改革の波がヴァルミアにも押し寄せてきた。1517年にマルティン・ルターが開始した宗教改革は周囲に急速に広がり、1523年には隣接するドイツ騎士団国がルター派に改宗し、ヴァルミア近隣にもルター派寄りの勢力が現れ始めた。コペルニクスはカトリックの立場を堅持したが、友人である司祭ティーデマン・ギーゼとともに、ルター派の禁教には反対の立場だった。1526年にはクラクフ大学時代のブルゼフスキ教授の天文学の講座の同窓の先輩で親友の地図学者ベルナルド・ヴァポフスキ () がポーランド王国とリトアニア大公国の版図全体の地図を作成した際、コペルニクスはその事業を手伝った。1530年代に入ると、コペルニクスは聖堂参事会の古参として教区内で相談役的立場につくようになり始めた。
無神論の歴史
自由思想家チャールズ・ブラッドラフ(1833年–1891年)は何度もイギリス議会に選出されたが、宗教的宣誓をするよりも自身の信条を告白したいという要求を露わにし、取り下げられて以降は議席を得ることはなかった(彼はそれ以前に宣誓を行うことを申し出たが、これも否定された)。ブラッドラフが四度目に再選されたとき、新議長が彼に宣誓を行わせ、反論を許さなかった。彼は議席を持っている中で最初に信条をあけっぴろげに述べた無神論者となり、の修正に参加した。
1844年には無神論的な政治経済学者カール・マルクス(1818年–1883年)が『ヘーゲル法哲学批判序説』で「宗教による苦境は一挙にそして同時に真の苦境と真の苦境に対する抵抗の表現である。宗教は抑圧された者たちの嘆息であり、心なき世界の心であり、魂無き状況の魂である。それは人々の阿片である」と書いている。人間は実際の社会的状況に由来する苦痛を和らげるために宗教に向かうのだとマルクスは信じていた。つまり、宗教は夢の世界を創りだすことで社会の中で起こる物理的状態-つまり階級差別による苦しみ-を超越し、宗教の信者に死後の世界での安寧と正義を期待させる一方でこの世界での社会的制裁と搾取を受け入れさせるとする試みであるとマルクスは主張したのである。同著の中で、マルクスは「（...）人間が宗教を作ったのだ、宗教が人間を作ったのではない（...）」と述べている。
19世紀の卓越した哲学者フリードリヒ・ニーチェは「神は死んだ」()という格言を残したことで知られる。ところでこのフレーズはニーチェが直接述べたものではないが、彼の著作の登場人物たちの対話の中で使われたものである。信仰体系としてのキリスト教という一神教は西洋世界で続いてきた倫理的体系であり、近代的思考によってこの体系を否定し破壊すること(「神の死」)は自動的にニヒリズムつまり価値観の喪失を導くであろうとニーチェは主張している。ニーチェは無神論に忠実であったが、彼は人類に対するニヒリズムの負の効果についても考察していた。そのため、彼は古代の価値観の再評価を必要とし、また一方で新しい価値観を作り上げ、そうすることで人間が超人というより高い段階へ到達することを望んだ。