性分化疾患
性分化疾患＝半陰陽との誤解が生じやすいが、本来は半陰陽とは、卵巣と精巣の両方をもつ真性半陰陽、性腺・内性器と外性器が一致しない仮性半陰陽（男性仮性半陰陽・女性仮性半陰陽）をいうものであり、性器異常による性分化疾患や染色体異常による性分化疾患は半陰陽には分類されない。半陰陽という言葉は男性器も女性器もある両性具有というイメージをもたれやすいが、実態としての半陰陽は未分化で機能しない性器あるいは外見上は男女いずれかに近い外性器を有している。そのため、正常に機能する男性器と女性器の両方をもつ両性具有という偏見を呼び起こすとして、半陰陽という表現は現在は当事者から忌避されている。
性転換症
しかしながら、2003年イギリス政府が示した「性別移行者に関する政府政策」（Government Policy concerning Transsexual People）」（外部リンク参照）においては、「トランスセクシャリズム（性別移行）は異性装ではなく、自らの性同一性の選択の結果ではなく、性的指向とは別の問題であり、「ドラァグクイーン」とは無関係であり、さらに（ICD-10或いはDSM-IVの規定とは異なり）精神病ではない」と宣言している。性同一性障害という表現は、Transsexualismに代えてそれに相当する内容に、1994年にアメリカのハリーベンジャミン国際性別違和協会（2006年「世界トランスジェンダー健康専門協会（」に改称）によって診断名として正式に用いられるようになったが、実際日本以外で用いられるのは米国とカナダだけである。この「Transsexualism」という言葉はかつて「性別倒錯」など極めて侮辱的で否定的な訳語が与えられた（現在も広辞苑第6版にはこの「性別倒錯」という表現が項目として存在し、「性転換症」という項目は存在しない）。そのためそれらのイメージを払拭するため、現在日本ではこのTranssexualism に性同一性障害の訳語が、特に海外の情報を紹介する際に用いられることが多くなった。なおICD-10で言う「性同一性障害（F64）」に相当する一般的な表現としてトランスジェンダーがあり、英語圏を中心に広く用いられ近年では国際連合や欧州評議会の人権問題を取り扱った文書においてもLGBTという概念と関連して用いられている。