松倉重政
南蛮貿易の利を得ていた重政は入部当初キリシタンを黙認していたが、江戸幕府のキリシタン弾圧政策に従って元和7年（1621年）になるとキリシタンの弾圧を開始。最初はゆるやかなものだったが、寛永2年（1625年）に将軍徳川家光にキリシタン対策の甘さを指摘されると発奮し、徹底的な弾圧を開始した。顔に「吉利支丹」という文字の焼き鏝を押す、指を切り落とすなど種々の拷問を行い、寛永4年（1627年）には雲仙地獄で熱湯を使ったキリシタンの拷問・処刑を行うなど、キリシタンや年貢を納められない農民に対し残忍な拷問・処刑を行ったことがオランダ商館長やポルトガル船長の記録に残っている。寛永6年（1629年）には長崎奉行・竹中重義に勧めて長崎中のキリシタンを雲仙に連行している。さらに、キリシタン弾圧への取り組みを幕府に対しアピールするため、キリシタンの根拠地であるルソンの攻略を幕府に申し出る。家光はじめ幕閣の一部も乗り気になったため、先遣隊を派遣するなどして遠征準備に取りかかり、そのためのさらなる戦費を領民に課した。
安満岳
また、江戸時代に入りキリスト教が日本国内で禁教政策により地下潜伏（隠れキリシタン）する中、安満岳の山頂にある石塔（「薩摩塔」）と自然石による石祠が「安満岳の奥の院様」と呼ばれて隠れキリシタンの信仰対象とされた。
2015年（平成27年）9月30日、ユネスコの委託を受けた国際記念物遺跡会議(ICOMOS)調査員（フィリピン人建築家ルネ・ルイス・S・マタ氏）による現地調査実施（登山）。11月に現地調査の結果を精査するICOMOS内部の報告会に同席した文化庁職員が、「（安満岳など平戸島の資産以外が）世界的にも稀有な長期の潜伏信仰という事象を反映していない」との指摘をうけ、2016年2月9日に同年1月15日付で通知された「推薦内容を禁教期重視に見直すべき」とのICOMOSから中間報告をうけ、安満岳を含み推薦を取り下げることが閣議了解。7月25日に改めて再推薦が決定し、名称も「長崎と天草地方の潜伏キリシタン関連遺産」に変更、安満岳を含み2018年6月30日に審査され、登録が決定。