利根川東遷事業
近世初頭の利根川の東遷事業は、かつては文禄3年（1594年）に新郷（現・羽生市）で会の川を締め切った工事に始まったといわれていた。しかし、近年の研究では、締め切りは忍領の水害対策であり、東遷事業のはじまりは、27年後の元和7年（1621年）とされている。元和7年（1621年）この時期、伊奈忠治の指揮のもと、佐波（ざわ）（現・大利根町）から加須市旗井（久喜市栗橋の北1キロメートル）までの新川通（しんかわどおり）、中田（現・茨城県古河市）と川妻（現・茨城県五霞村）の間から境町（現・茨城県境町）に至る赤堀川が開削された。
筑後川
下流域では1966年（昭和41年）より久留米市において東櫛原大規模引堤事業が着手され、住民の移転や西日本鉄道天神大牟田線の筑後川鉄橋など4橋梁の架け替えなどに難航しながらも1993年（平成5年）に完成している。佐賀市を流れる佐賀江川については1980年（昭和55年）の水害で激甚災害法に指定されたことを契機に佐賀江川激甚災害対策特別緊急事業（激特事業）に指定され、排水機場の整備や蛇行部の直線化が行われた。この他宝満川・小石原川・花宗川・広川など主な支流には堤防整備や筑後川の洪水逆流防止のための水門改築、橋梁整備や川幅拡張を行った。現在は支流の城原川（じょうばるがわ）に城原川ダムの建設を進めている。福岡県も管理する筑後川水系の中小河川について河川改修を実施する傍ら国庫補助を受けた補助多目的ダム・補助治水ダム事業を行っており、宝満川支流に山神ダム（山口川）や河内ダム（大木川）、広川には広川ダムを完成させた。現在はうきは市の巨瀬川に藤波ダムを治水ダムとして建設している。