石徹白騒動
石徹白騒動は、野心家の神主、石徹白豊前が賄賂工作などを行って郡上藩や吉田家に取り入り、それらの権威、権力を利用して石徹白を支配しようともくろんだものの、これまでの石徹白で保たれてきた秩序を根底から突き崩すことになる豊前のやり方に反発した社人らが、豊前や豊前の後ろ盾となった郡上藩と衝突したことによって発生した騒動である。
関白相論
これに対して、相論の原因を作った近衛信輔は、一夜にして700年続いた摂関家の伝統を潰した人物として公家社会から孤立を深めた。これに苦悩した信輔は、次第に「心の病」に悩まされるようになり、文禄元年（1592年）に左大臣を辞任する。そしてついに、関白就任が駄目ならば内覧に就任したいという意向を述べるに至る。これが秀吉の怒りを買って、文禄3年（1594年）に薩摩国へ左遷（事実上の流罪）となり、後任の左大臣に内大臣の秀次が任じられた。ところが信輔左遷の翌年に突如、関白左大臣秀次が秀吉の怒りを買って切腹を命じられ、続いて秀次の側室の父であった右大臣菊亭晴季も連座して越後国に流罪となった。これは淀殿が再度男子（後の豊臣秀頼）を生んだためであると言われている。このために、朝廷は太政大臣である秀吉以外には関白も大臣も不在という異常事態となり、宮中行事も滞ることになった。それでも秀吉は、秀頼が成人するまで武家関白制を守るため、慶長元年（1596年）に武家である徳川家康を内大臣に昇進させた以外は、一切の関白・大臣の就任を認めようとしなかった。さらに、秀吉が諸大名ら武家にも気前良く官位を与えたために、ただでさえ不足気味であった官位が全体的に不足することとなった。このため、公家の官位昇進が完全に停滞し、仮に大臣を任命しようにもその要件を満たした公卿がいないという有様になっていった。また、武家は秀吉のために国内外で軍役を担う存在であり、公家としての家職を嗜み朝役に従う存在ではなかった。だが、彼らの存在は朝儀公事の場で公家が家職を実修する機会奪い、狭めるものとなり、更に摂関や大臣から排除されたことで、豊臣政権下での天皇の権威上昇に反して公家社会は未曾有の危機を迎えた。