薩摩藩
1600年（慶長5年）の関ヶ原の戦いでは西軍につくが、徳川四天王の一人井伊直政の取りなしで本領を安堵され、島津義弘の三男・家久が当主と認められた。この時点をもって正式な薩摩藩成立と見なすのが通説である。
熊本藩
肥後新田藩は熊本藩の支藩。寛文6年（1666年）熊本藩3代藩主・細川綱利の弟・利重が熊本藩の蔵米より3万5千石を分与され立藩した。江戸鉄砲洲に住み参勤交代を行わない定府大名であった。
しかし、明治維新により慶応4年（1868年）に仮藩庁を高瀬町奉行所（玉名市）に置いた。これにより、高瀬藩と改称した。明治3年（1870年）玉名郡岩崎村（玉名市）に正規の陣屋が完成し移った。しかし、同年には熊本藩に合併し廃藩となった。