肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
オピストコンタ
オピストコンタのうち、後生動物と菌類のみが多細胞性で、他は単細胞である。これらの単細胞生物はかつて襟鞭毛動物 またはメソミセトゾア と呼ばれていた（ただし現在、メソミセトゾアはイクチオスポレアのシノニムとされる）。そのほとんどは真菌よりは動物の方に近縁で、動物の起源を研究している生物学者たちから非常に注目されている。ツボカビもかつては原生生物に含めていたが、現在では菌界に含めることが多い。