学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
東京農林学校
1888年に校則改正を行って、各学部に本科で農科、林科、獣医科が設置されるほか、農科、林科にそれぞれ別科が設置された。また、修学年限の構成を予科3年、本科3年の6年制に移行した。しかし1889年に再改正があり、学部制に戻し、また別科を乙科としている。さらに、時の農商務大臣井上馨の判断で、各学部の卒業生には農学士、林学士、獣医学士の各学士号が授与されることになる。また、同年に東京農林学校の既卒業生と旧駒場農学校の卒業生は「高等試験ヲ要セス其修メタル学科ニ関スル行政官試補ニ採用スルコトヲ得」とされて、実質帝国大学卒業者と同等の処遇を受けることになった。