高等学校必履修科目未履修問題
このような事例は、すでに1999年から熊本県・広島県・兵庫県で発覚していたが、2006年10月24日に富山県の富山県立高岡南高等学校で明らかになったことをきっかけに全国の高校で次々とこの問題が発覚した。1994年から世界史を含む2科目が必履修科目となった地理歴史科（以下地歴科）や、2003年に必履修教科として新設された情報科、その他にも理科総合・家庭科・芸術・保健などで履修不足が判明した。また、教育委員会に提出した授業計画と明らかに違う教育課程（いわゆる裏カリキュラム）を採用する学校や、教科の名前と中身が違う学校もあった。この結果、熊本県を除く46都道府県で、計600校以上、8万人を超える生徒が単位不足に直面した。公立高校の約8%、私立高校の約20%で単位不足が発覚した。国立高校では単位不足はなかった。
卒業
義務教育学校である小中学校の卒業も職員会議の議決を経て、校長が認定することになっているが、ひきこもり等で、小中学校に一日も通っておらずに出席日数未達にも関わらず、小中学校を卒業させるケースがあり、形式卒業と呼ばれる。
なお、2003年3月に埼玉県川口市の公立小学校では不登校の6年生児童2人について、校長が「責任を持って卒業させられない」として卒業認定を留保し、春休みに校長室などで6日間の補習を受けさせ、テストでまずまずの成績だったことを受けて3月31日に卒業を認めた例があった。この措置を行なった校長は「小学校終了の力があるかどうか分からないのに、中学校に丸投げするのは無責任と問題提起したい。できれば一緒に卒業させたかったが、補習に来なければ卒業させない選択肢もあった」と取材に応えており、成績不良児童の留年や卒業保留を示唆していた。出席日数未達による形式卒業でも、一旦小中学校を卒業した扱いになると学籍を離れるため、所定の学齢を越えて学習への意欲が生じた時、個人の学習能力に相応した学校の授業を受けることが困難という問題が生じる。