只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
日本発送電
また、本来は地域開発のために実施される河川総合開発事業についても軍需省による介入があり、広島県の広発電所（黒瀬川）は呉海軍工廠のために建設され、愛媛県の柳瀬ダム（銅山川）では愛媛県と徳島県の協議によって廃止した水力発電事業を強引に復活、さらに水利権を巡り福島県と群馬県の間で係争状態であった尾瀬沼の分水問題も強引に利根川水系に分水させた。神奈川県の相模ダム（相模川）では横須賀海軍工廠への電力供給も目的にしていたことから、ダム建設に反対する地元住民に対して小磯国昭や杉山元、荒木貞夫など陸軍首脳が地元に乗り込み、陸海軍合同閲兵式を開き示威行動を行うなど戦時体制維持のためになりふり構わぬ姿勢を見せた。