隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
宗門改
当初、幕府はキリスト像が刻まれた板を踏ませる踏絵や密告の奨励（後の訴人報償制）などをキリシタンの取締りの基本とした。やがてキリシタンではないことを仏教寺院に請け負わせてその証明とした寺請制度を創設する。寛永14年（1637年）からその翌年にかけて九州でおきた島原の乱の後、寛永17年（1640年）に幕府は宗門改役を設置する。寛文4年（1664年）に諸藩に宗門改制度と専任の役人を設置するよう命じ、これ以後、宗門改帳が各地で作成される。寛文5年（1665年）には日蓮宗のうち強硬派である不受不施派が禁制となったことにより、他宗派に改宗させる宗門改の対象となった。