ベンゾジアゼピン
しかし、浅い眠りを増やし深い睡眠を減らすことによって睡眠の質を悪化させる。ベンゾジアゼピンを含む睡眠薬の他の欠点として、その作用に対する耐性が予想されることや、反跳性不眠、徐波睡眠の減少、反跳性の不眠や長期にわたる不安や動揺といった特徴のある離脱期間が挙げられる。不眠症の治療に対して承認されたベンゾジアゼピンの一覧は、多くの国の間でも似たり寄ったりであるが、公式に指定されている不眠症の治療に処方される一次選択の睡眠薬としてははっきりとした違いがある。ニトラゼパムやジアゼパムのような長時間型のベンゾジアゼピンは翌日まで効果が持ち越すため、通常は推奨されない。アメリカで不眠症に対して適応のあるベンゾジアゼピンは、半減期の短いエスタゾラム、トリアゾラムやテマゼパムなどである。
うつ病
不安障害を併発している場合などは抗不安薬を、不眠が強い場合は睡眠薬を併用することも多い。抗不安薬・睡眠薬としてベンゾジアゼピン系がしばしば用いられるが、これらはベンゾジアゼピン依存症・ベンゾジアゼピン離脱症候群をまねき、うつ病を悪化させる。日本うつ病学会ガイドラインでは、中等症・重症のエピソード急性期において、ベンゾジアゼピン単剤、スルピリド単剤、非定型抗精神病薬単剤による治療は推奨していない。