只見特定地域総合開発計画
この間尾瀬が1960年（昭和35年）に特別天然記念物に指定されたことから東京電力はダム建設を事実上諦め、1966年（昭和41年）にはダムに拠らない尾瀬分水案を計画、尾瀬原ダム計画は凍結状態となった。しかし関東地方一都五県はダム建設による尾瀬分水を要望、これに対し豊富な只見川の水を関東に奪われることを恐れた福島県は、新潟県と共同で猛反対し東北五県にも協力を依頼した。このため本名・上田両発電所の水利権問題以来再び関東と東北が対立、水利権の許可・不許可を巡って攻防戦が繰り広げられた。
尾瀬原ダム計画
戦後、経済安定本部によって1947年に「尾瀬原・利根川・只見川総合開発計画」が策定され、尾瀬原ダム計画は本格的に国策として推進された。だが、利根川への分水を巡って「只見川本流案」を策定した日発東北支社及びこれを支持する福島県と、「尾瀬分水案」を策定した日発関東支社及びこれを支持する群馬県が対立した。最大の問題は水利権問題である。既に尾瀬沼の水利権は関東水電の流れを汲む日発関東支社が保有していたが、只見川・阿賀野川の慣行水利権を保有する福島県が利根川への分水に強硬に反発した。