自由アチェ運動
GAMの最高指導者ハッサン・ティロはダルル・イスラム運動に加わっており、ニューヨークでインドネシア・イスラム国の国連大使兼駐米大使を名乗っていた。彼はこれによりパスポートを剥奪されたが、1974年、アチェ人のインドネシア駐米大使シャリフ・タイブの計らいにより帰国が認められた。1976年、自由アチェ運動（以後GAMと記載）が結成されアチェの独立を宣言した。12月4日ににアチェ王国の後継国として「アチェ・スマトラ国」の独立を宣言したのだった。井上治によれば、ハッサン・ティロはこのときダウド・ブレエの支持を受けていたのだという。翌年の1977年、政府が彼らの存在を把握し、1978年5月にダウド・ブレエはジャカルタに隔離されGAMの鎮圧が進められた。1979年3月、ハッサン・ティロは支援を求めてインドネシア国外へと脱出し、シンガポール経由でスウェーデンへと亡命した。その後、スウェーデンを拠点として活動が続けられたが、アチェでの運動は表面上鎮静化していた。
自由アチェ運動
ここで国際連合事務総長が先進国に働きかけ、東京で交渉が行われることになった。日本と米国は17日、18日の東京での合同協議開催についてインドネシア政府とGAMの承認を取り付けた。16日には日本に出立しようとしていた協議参加予定のGAM幹部5人がアチェで逮捕されGAMが釈放を要求する事態となったが、インドネシア政府はそれを受け入れ、「アチェ復興に向けた国際支援国会議」が開催された。この会議にはスウェーデンのGAM、インドネシア政府の他、日米両政府、アンリ・デュナン・センター、EU、世界銀行が参加した。だが、交渉ではインドネシア政府がGAMに武器の6割を国家警察に提出することなどを要求し、この交渉は決裂した。5月19日、メガワティは6カ月の軍事非常事態を宣言し、人道支援、法執行確立、行政改善、治安維持の4分野にわたる統合軍事作戦を開始した。国内メディアにはGAMの発表を報道するのを自粛するよう軍管区司令官から要請が出され、6月16日、翌月の6月、メガワティは大統領令を発令して外国人、NGO、ジャーナリストのアチェ州への移動を規制し、NGOとジャーナリストの活動を制限した。軍事非常事態宣言は11月6日に6カ月間の延長が閣議決定され、アチェ軍事作戦本部の発表によれば12月までにGAM兵1000人が死亡し2000人が逮捕されたというが、他方で中央政府は計2兆7千億ルピアの予算をこの件に費やし国軍兵士3万5千人警官1万4千人を派遣したにも関わらず、GAM幹部を逮捕することはできなかった。軍事非常事態宣言は2004年5月に解除されたものの、大統領令により民間非常事態とされ武力抗争はさらに継続した。