自由席
しかし、これは1965年までは異例の措置であり、それまでは全車両座席指定であった（東海道新幹線も1964年の開業当時は全列車が全車指定席であった）。現在でも、特別急行料金には座席指定が含まれており、自由席用には自由席特別急行料金が別に設定されている。
福岡 - 宮崎線
他路線の車両にない特色として、2011年から西鉄グループ全車と宮交の一部を除く大半の車両に導入された「セレクトシート仕様車」がある。これは4列（横2＋2列）シート車の事前購入割引「席割」を導入するに当たって、従来の3列（横2＋1列）シート車の後方6列を4列シート6-7列に改造したもので、3列シート（12-13人掛け）と4列シート（22-24人掛け）が混在する2クラス仕様となっている。2011年7月からは、西鉄担当車に「セレクトシート仕様」の三菱ふそうエアロエースといすゞガーラHDが投入された。エアロエースは西鉄グループ初登場で、ガーラHDも路線車初登場。なお、産交とJRは当面セレクトシート仕様車を導入せず、宮交も全車セレクトシート化されていないため、これらにおいては従来からの3列シート車を使用する。JR九州バスでは、1989年から「フェニックス号」の運行に携わってきたが、2011年4月12日をもって「フェニックス号」の共同運行から撤退し、翌日から博多バスターミナル - 宮崎駅間に天神を経由しない別系統の高速バス「たいよう」を運行開始した。この運行形態の変更に際しては、九州新幹線全線開業に伴い、新幹線連絡となる高速バス「B&Sみやざき号」（新八代駅 - 宮崎駅）の運行を計画し、高速バスと新幹線の相乗効果を狙うJR九州サイドと、九州新幹線に伴うフェニックス号の利用者離れを食い止めたいとする西鉄サイドとの思惑の違いが遠因にあったと報じられている。