徳川慶勝
その年、池田屋事件が発生し、これに憤慨した長州藩が京都の軍事的奪回を図るため禁門の変（蛤御門の変）を引き起こす。しかし、これに失敗して長州藩は朝敵となり、幕府が長州征伐（第一次長州征討）を行うこととなる。征討軍総督には初め紀州藩主・徳川茂承が任じられたが慶勝に変更され、慶勝は薩摩藩士・西郷吉之助を大参謀として出征した。この長州征伐では長州藩が恭順したため、慶勝は寛大な措置を取って京へ凱旋した。しかしその後、長州藩は再び勤王派が主導権を握ったため、第二次長州征討が決定する。慶勝は再征に反対し、茂徳の征長総督就任を拒否させ、上洛して御所警衛の任に就いた。長州藩は秘密裏に薩摩藩と同盟を結んでおり（薩長同盟）、幕府軍を藩境の各地で破った。
木戸孝允
その後、長州俗論派政権が正義派の面々を徹底的に粛清し始めた。しかし、高杉晋作率いる正義派軍部が反旗を翻し、軍事クーデター（功山寺挙兵）が成功したため、俗論派政権による政治が終わった。その後、小五郎がどこかに潜伏しているらしいことを察知した高杉晋作・大村益次郎たちによって、小五郎は長州藩の統率者として迎えられる。後に伊藤博文は小五郎が長州に迎えられた時の様子を「山口をはじめ長州では大旱（ひどいひでり）に雲霓（雨の前触れである雲や虹）を望むごときありさまだった」と語っている。長州政務座に入ってからは、武備恭順の方針を実現すべく軍制改革と藩政改革に邁進する。