松倉重政
南蛮貿易の利を得ていた重政は入部当初キリシタンを黙認していたが、江戸幕府のキリシタン弾圧政策に従って元和7年（1621年）になるとキリシタンの弾圧を開始。最初はゆるやかなものだったが、寛永2年（1625年）に将軍徳川家光にキリシタン対策の甘さを指摘されると発奮し、徹底的な弾圧を開始した。顔に「吉利支丹」という文字の焼き鏝を押す、指を切り落とすなど種々の拷問を行い、寛永4年（1627年）には雲仙地獄で熱湯を使ったキリシタンの拷問・処刑を行うなど、キリシタンや年貢を納められない農民に対し残忍な拷問・処刑を行ったことがオランダ商館長やポルトガル船長の記録に残っている。寛永6年（1629年）には長崎奉行・竹中重義に勧めて長崎中のキリシタンを雲仙に連行している。さらに、キリシタン弾圧への取り組みを幕府に対しアピールするため、キリシタンの根拠地であるルソンの攻略を幕府に申し出る。家光はじめ幕閣の一部も乗り気になったため、先遣隊を派遣するなどして遠征準備に取りかかり、そのためのさらなる戦費を領民に課した。
南蛮誓詞
キリスト教の禁教令は豊臣秀吉の時代から何度も発布されていたが、江戸時代になってからの1635年（寛永12年）8月、徳川家光は諸大名に領民への宗門改の実施を命令した。続いて9月、京都では寺院による寺請証文の発行を偽り無く実施し、キリシタンに偽って檀家の証文を与えた場合は、キリシタンと同罪として処断されることが命令されている。この時、従来のキリシタン摘発方法に加えて南蛮誓詞が導入された。従来の日本誓詞は日本の神仏に対してキリスト教の棄教し、二度と信じないことを誓う起請文であった。しかし、日本の神仏を信仰していないキリシタンには効果が薄かった。これに対し、南蛮誓詞では、デウスやサンタ・マリア、アンジョ（天使）、ベアト（聖人）などのキリシタン自身の信仰対象に対して、キリシタンの言葉を使って、もし棄教の誓いを破った場合はキリシタンの教えや言葉で罰を被ることが明記され、宣誓された。