沿岸警備隊
第二次世界大戦後、旧大日本帝国海軍の残余艦艇と人員をもとに初期の海上保安庁が創設された。連合国軍による日本の非武装化政策により、当初の人員は1万名以内、船舶は125隻5万トン以下、武装も小火器のみに限られている。創設直後には掃海活動も重要な任務の一つとされ、その一部は朝鮮戦争に出動しており、作業中の事故で1名が殉職している。1952年（昭和27年）4月26日に将来的な分離独立までの臨時的措置として海上保安庁内に旧海軍軍人主体の海上警備隊（Maritime Safety Security Force）が創設され、同年8月1日には掃海部隊も含めて保安庁の警備隊（Safety Security Force）となり、1954年（昭和29年）7月1日の防衛庁設置に伴い海上自衛隊に改編された。このとき、「海上公安局」へ再編される予定であった海上保安庁の本体部分（海上警備隊系統を除く部分）は、組織移行を免れそのまま海上保安庁として存続することとなった。
海上護衛隊
4月からはB-29による日本本土港湾への機雷投下（飢餓作戦）が始まり、下関港をはじめ全国の港湾が封鎖された。護衛部隊・船舶とも、多数の損傷艦を出した（飢餓作戦）。4月14日には第一護衛艦隊主力が駐留する済州島泊地への潜水艦攻撃が実施され、潜水艦ティランテにより貨物船寿山丸と海防艦2隻（能美、第31号）を撃沈された。6月末から日号作戦に従事した。
最終的には、舞鶴・新潟・酒田・秋田・函館・小樽を結ぶ日本海沿岸航路と、舞鶴・新潟－元山・羅津・雄基（現先鋒）間を結ぶ日本海横断航路を確保しつつ終戦を迎えた。なお、ソ連対日参戦に際し、隷下海防艦の一部が終戦による停戦命令に反して朝鮮・樺太に入港し、邦人救出を敢行している。1942年（昭和17年）4月10日、日本海軍は大海令第十七号をもって第四艦隊司令長官井上成美中将に対し、海上交通保護の実施を命じた。続いて軍令部総長は、同日付の大海指第八十二号をもって、第二海上護衛隊の任務を「本邦沿岸（北緯29度以北）第四保護海域間航路及第四保護海域内航路ノ船団護衛、第四保護海域内船舶行動管制ノ統括」と指示した。
すなわち第二海上護衛隊は、横須賀－トラック環礁・パラオ諸島間の東西2航路の防衛を任務として第四艦隊（南洋部隊）隷下に編成された（略語、2KEg）。第二海上護衛隊の指揮官は、第四根拠地隊司令官茂泉慎一中将（トラック所在、略語4Bg）が兼務する（司令部職員も同等）。
編制当時の交通保護担任区域（第四保護海域）は、小笠原諸島を経由してマリアナ諸島で東西に分岐し、東航路はトラックを終点とし、西航路はパラオを終点としていた。北端は横須賀（本州）、南端はニューギニア島およびラバウル（ニューブリテン島）であった。
なお東航路の延長線にはカロリン諸島・マーシャル諸島・ギルバート諸島・ビスマーク諸島・ソロモン諸島があり、西航路の延長線上には西ニューギニア・スンダ列島・ミンダナオ島が存在していた。