学部
医学部、歯学部、薬学部、獣医学部といった医学系の学部では教育期間は6年間となる。1・2年次は教養科目、3・4年次は専門科目というのは基本的に他の学部と同じである（近年の医学知識増加に対応して、一部の大学では1年時から専門科目を学び始める）。5・6年次には臨床の場での経験によって、より専門的な知識を身に付けると同時に、6年次には資格を得るのに必要な国家試験の対策にも勤しむこととなる。
さらに医学部、歯学部では資格を得た後に研修医として研修が医師法・歯科医師法によって義務付けられている。
日本の学校教育法以下においては、学部（学部以外の教育研究上の基本となる組織を含む）と、研究科（研究科以外の教育研究上の基本となる組織を含む）の双方については、個別に扱っている。しかし、現実的には独立研究科を除き、一体に教育研究が行われている。
京都薬科大学
「愛学躬行」という言葉は、ラテン語の“Philosophia et Praktikos"を翻訳したもので、Philosophiaは「愛知」や「哲学」を意味する。Praktikosは「実践」や「躬行」を意味する。躬行という言葉は「言ったことを自ら実際に行うこと」で有言実行に近い。「愛学躬行」の基となったラテン語の"Philosophia et Praktikos"という言葉をエントランスホールの正面に掲げ、本学の建学の精神として末永く伝えることとしている。2006年度入学生から薬学6年制を採用している。
4年制時代には以下の3学科があった。東京大学薬学部に次ぎ、薬学部としては2番目に文部科学省・21世紀COEプログラムの拠点に選定された。