東ティモール
その後の制憲議会選挙ではフレティリンが圧勝し、大統領にはシャナナ・グスマン、首相にはマリ・アルカティリが選出され、2002年5月20日に独立式典を行った。独立後、国連は国際連合東ティモール支援団 (UNMISET) を設立、独立後の国造りの支援を行った。この中で、日本の自衛隊も国連平和維持活動 (PKO) として派遣され、国連と協力して活動を行った。2005年には、国連の平和構築ミッション、UNOTIL（国連東ティモール事務所）が設立された。
東トルキスタン共和国亡命政府
しかし、以上のような世界ウイグル会議の姿勢は独立の事実上の放棄だと考える亡命ウイグル人グループ、あるいはトルコ・ヨーロッパ系初期ウイグル独立運動を指揮したアルプテキン派に含まれない亡命ウイグル人グループは2004年9月14日にアメリカのワシントンD.C.に集まり、世界ウイグル会議とは別個の組織・東トルキスタン共和国亡命政府を設立した。初代大統領にエフメット・イゲムベルディ（在任：2004年9月14日 - 2005年7月30日）、副大統領にアブドゥウェリ・ジャン（2008年死去）、首相兼外相にエニウェル・ユスップ・トラニ、副首相にエリキン・エズィズが選出された。