池原ダム
ダム地点は北山川が大きく蛇行する峡谷であったが、それに沿うように白川本在地区など九つの集落が林業を生業として生活していた。ところが再三の計画変更で規模が大きくなった池原ダムでは、これら九集落・529戸の世帯が水没対象となった。これは多摩川の小河内ダム（東京都）における945世帯、和賀川の湯田ダム（岩手県）における620世帯に次ぐ規模の水没戸数であり、かついかだによる流木で新宮市へ木材を運搬していたためダム建設による流筏の途絶に伴う林業への打撃もあって、住民は計画発表から直ちにダム建設に絶対反対の姿勢を取った。計画発表から補償交渉は難航したが、1960年（昭和35年）11月に大きな進展があった。それは代替地造成によるコミュニティの維持という現物支給による補償方式である。この方式は既に中部電力が静岡市の井川ダム（大井川）で実施して成功しており、電源開発も静岡県の秋葉ダム（天竜川）や風屋ダムで実施していた。池原ダムでは上北山村白川、川合など四箇所に代替地を造成する方向性で補償交渉を進めた。ところが代替地の造成に関する具体策や流筏に替わる代替道路などの整備について再び交渉が暗礁に乗り上げた。
川辺川ダム
これ以降国営川辺川総合土地改良事業における川辺川ダムの立ち位置は次第に変化した。2005年農林水産省は水源を求める案として従来の「川辺川ダム案」と相良村に可動堰を建設してこれを水源とする「相良穴藤堰案」を呈示。原告やダム反対派は「堰案」を支持した。さらに翌2006年（平成18年）5月には従来の両案に加え川辺川ダムに水没予定となっているチッソ所有の川辺川第二ダムから取水する「川辺川第二ダム取水案」を呈示。熊本県は「第二ダム案」に沿った事業認定手続きを始めると表明した。一方この事業はかんがい受益地の人吉市など球磨川流域の自治体が参加しているが、農家と同様に川辺川ダム事業費の増加による負担増に難渋していた。この中で8月、相良村村長であった矢上雅義は第三の道を求めて利水事業からの離脱を表明、11月には従来賛成の立場であった川辺川ダムについても反対の姿勢を採ると表明した。12月には村で行われたダム反対集会に後援するなど「反ダム」を明確にし、2008年3月には村長を辞職して熊本県知事選挙に無所属で立候補、ダム反対を訴えた。熊本県知事選挙では立候補した5候補のうちダム事業推進を明言するものはおらず、矢上を含む4候補が「ダム事業反対」を明言、結果的に自民党の推薦を受けダム計画に「保留」の立場を示した蒲島郁夫が大差で勝利したものの、人吉市も従来ダム推進の立場をとっていた市長退陣後の選挙で当選した田中信孝市長がダム問題に中立姿勢を示すなど、自治体の対応に変化が起こっている。