隠れキリシタン
その後、浦上の他にも長崎県の外海や五島などでも信仰を表明する者が多数あらわれた。しかしキリスト教はいまだ禁教であったため、信仰を表明した信者は投獄や拷問によって棄教を迫られ、あるいは全国に配流されるなどの大規模な弾圧にあった。
浦上崩れ
鎖国体制下、浦上の隠れキリシタンは秘密裏に組織を作って信仰を守り続けてきたが、江戸幕府および明治政府は合計4度にわたって検挙・弾圧を行った。特に四番崩れでは事件の最中に明治維新が発生し、慶応4年（明治元年/1868年）の御前会議にて全住民の配流を決定したことが日本に駐在する外交団や特派員に知られて抗議を受けるとともに、欧米のキリスト教国の反感を買った。明治政府はその対応に苦慮し、明治4年（1871年）にはキリシタン禁制の高札の撤去と浦上のキリシタンの釈放と帰還を行い、250年近くにわたった日本のキリスト教禁止政策に終止符を打った。