るろうに剣心 -明治剣客浪漫譚-
明治時代初期の日本を舞台としており、ストーリー自体はオリジナルのものだが、赤報隊や新選組、明治11年（1878年）5月14日に起きた大久保利通暗殺事件（紀尾井坂の変）など、史実や実在人物を絡ませている。連載前は編集者に「『ジャンプ』で歴史物は受けない」、「明治時代は漫画にするには難しすぎる」と言われたが、その前評判を跳ね返して人気を博した。シリーズ累計発行部数は6000万部以上 。
落第忍者乱太郎
舞台は室町時代末期の設定で当時の様子や忍者の卵（忍たま）たちや忍術を愉快に描いている。登場する忍術も煙を出して突然消えたり水の上を走るようなものではなく、子供向けだからこそ真剣にこれらかも知識を得ていく子供の読者に歴史の事実を正しく伝えたく、歴史的資料に記されたものや取材を基に、正確な時代考証の一方で自動販売機や腕時計、カタカナ語など著しく時代錯誤な物品や台詞も平然と登場ギャグ漫画の様相が強く、これについてギャグ漫画だから子供でもわかるような嘘は吐こうと考え、この他にラブストーリーやシリアスは排除している。最初は3か月の連載予定で忍者ものを描いて欲しいと依頼されたが題材がそれだった理由を尼子は未だに教えてもらっていない。日本史に興味があった尼子に抵抗はなく、忍者ものは江戸時代舞台が多いが調べると室町時代の頃は日本文化が成立していく過渡期でその時代の人々がどう生きていたか気になり、忍術には心理学を使った術もありそれを馬鹿な忍者たちが使ったらどうなるか考えて生まれたのが主人公ら一年は組の忍たまたちである。子供向けであるため入り込みやすいように学園を舞台にすることを考え、非現実的なものではなく歴史資料を基に子供でも可能な忍術も描き、当時の暮らしや時代背景が伝わればいいとの思いだった。