国鉄労働組合
国労は、日本国有鉄道発足以前の1946年2月に国鉄労働組合総連合会として結成され、当時の省線鉄道員の96%を組織化した。当初は地域・職域毎に結成された労働組合の連合体であったが、翌年6月には単一組織の国鉄労働組合として改組された。だが結成直後から路線対立が激しく、日本社会党の左右両派や日本共産党の政治対立に巻き込まれることとなる。更に時代が下ると社会主義協会や中核派、革マル派なども組織に入り込み、セクト間の対立が深刻になる。
私鉄
完全民営化された本州3社が民鉄協に非加入で、JR各社の労働組合も、国鉄時代から活動している国鉄労働組合（国労）か国鉄動力車労働組合（動労）・鉄道労働組合（鉄労）などを前身とする全日本鉄道労働組合総連合会（JR総連）・日本鉄道労働組合連合会（JR連合）のいずれかに属し、この点でも日本私鉄労働組合総連合会（私鉄総連）などに加入している組合が多い他の鉄道事業者とは一線を画する。ただし、少数派の組合である全国鉄動力車労働組合（全動労）はその後JR以外の組合と組織統合し、全日本建設交運一般労働組合（建交労）という上部団体を結成した。