肉質虫
ミトコンドリアは真核生物のほとんどすべてが持つ、重要な細胞小器官であり、酸素呼吸にかかわっているとされる。しかし、原生生物ではミトコンドリアに独特の形質のものが見られることが知られる。例えば、一般にミトコンドリア内膜のひだであるクリステは平板状であるが、ミドリムシやトリパノソーマのそれは先が膨らんだ団扇状になっており、この両者が近縁であることの証拠ともされる。
キネトプラスト
キネトプラストとは、多くのミトコンドリアDNAのコピーを含む、大きなミトコンドリアの円を描いたDNAの円盤状の形のことである。キネトプラストは、原生動物のキネトプラスト類にのみ存在する。キネトプラストは、通常鞭毛の基部に隣接していることから、細胞骨格によってきつく固定されているものとかんがえられる。