Bakteri
Bakteri merupakan mikroorganisme ubikuotus, yang berarti melimpah dan banyak ditemukan di hampir semua tempat. Habitatnya sangat beragam; lingkungan perairan, tanah, udara, permukaan daun, dan bahkan dapat ditemukan di dalam organisme hidup. Diperkirakan total jumlah sel mikroorganisme yang mendiami muka bumi ini adalah 5x10. Bakteri dapat ditemukan di dalam tubuh manusia, terutama di dalam saluran pencernaan yang jumlah selnya 10 kali lipat lebih banyak dari jumlah total sel tubuh manusia. Oleh karena itu, kolonisasi bakteri sangatlah mempengaruhi kondisi tubuh manusia.
Terdapat beragam jenis bakteri yang mampu menghabitasi daerah saluran pencernaan manusia, terutama pada usus besar, diantaranya adalah bakteri asam laktat dan kelompok enterobacter . Contoh bakteri yang biasa ditemukan adalah "Lactobacillus acidophilus". Di samping itu, terdapat pula kelompok bakteri lain, yaitu probiotik, yang bersifat menguntungkan karena dapat menunjang kesehatan dan bahkan mampu mencegah terbentuknya kanker usus besar. Selain di dalam saluran pencernaan, bakteri juga dapat ditemukan di permukaan kulit, mata, mulut, dan kaki manusia. Di dalam mulut dan kaki manusia terdapat kelompok bakteri yang dikenal dengan nama metilotrof, yaitu kelompok bakteri yang mampu menggunakan senyawa karbon tunggal untuk menyokong pertumbuhannya. Di dalam rongga mulut, bakteri ini menggunakan senyawa dimetil sulfida yang berperan dalam menyebabkan bau pada mulut manusia.
Pemanfaatan mikroorganisme
Bioremediasi merupakan pengembangan dari bioteknologi lingkungan dengan memanfaatkan proses biologi dalam mengendalikan pencemaran. Sebagai contoh, mikroorganisme dapat digunakan untuk membersihkan polutan berupa deterjen. Deterjen merupakan produk industri yang banyak digunakan dalam kehidupan sehari-hari. Di pasaran, deterjen yang beredar mengandung bahan aktif "" (LAS). LAS termasuk deterjen golongan sulfonat (SO3-) yang memiliki rantai alkil lurus panjang. LAS dapat terakumulasi di dalam air. Keberadaan senyawa tersebut dalam konsentrasi tinggi dapat merusak ekosistem, yaitu mengganggu pertumbuhan mikroba tanah dan menghambat pertukaran oksigen di dalam air. LAS dapat didegradasi menjadi senyawa yang lebih sederhana yang tidak berbahaya bagi lingkungan perairan dilakukan oleh konsorsium mikroorganisme ", " dan "Oceanospirillum". Bioremediasi menggunakan mikroorganisme juga dapat diterapkan pada tanah yang tercemar limbah minyak bumi yaitu hidrokarbon. Tanah yang tercemar limbah hidrokarbon berbahaya bagi lingkungan karena senyawa hidrokarbon bersifat toksik dan karsinogenik. Mikroorganisme yang umum digunakan dalam adalah bakteri hidrokarbonoklastik yang memiliki kemampuan mendegradasi senyawa hidrokarbon yang terdapat dalam limbah. Contoh bakteri pendegradasi yang dapat digunakan yaitu "Acinetobacter baumannii, Alcaligenes eutrophus, , Pseudomonas diminuta, , " dan "Flavobacterium branchiophiia."