Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Kubah Shakhrah
Kompleks Masjid Al Aqsha, dikenal dengan Bukit Bait oleh Yahudi, dulunya adalah lokasi Bait Suci kedua yang disucikan umat Yahudi. Tempat ini juga diyakini sebagai tempat berdirinya Bait Suci pertama yang dibangun oleh Nabi Sulaiman (Raja Salomo). Bait Suci kedua dihancurkan pada tahun 70 M oleh Romawi dan setelah Pemberontakan Bar Kokhba pada 135 M, pemerintah Romawi mendirikan "Jupiter Capitolinus", kuil untuk pemujaan Dewa Yupiter, di reruntuhan Bait Suci kedua. Pada masa Kaisar Konstantinus yang Agung, agama Kristen telah menjadi agama resmi Romawi dan kuil Dewa Yupiter yang berdiri di Bukit Bait diruntuhkan setelah Konsili Nicea I. Pada masa itu, Gereja Makam Kudus dibangun pada tahun 320, tetapi Bukit Bait cenderung diabaikan.