Ibnu Rusyd
Pada tahun 1184, Khalifah Abu Yaqub wafat dan digantikan oleh Abu Yusuf Yaqub al-Mansur. Awalnya Ibnu Rusyd tetap memiliki hubungan baik dengan istana, dan tetap menjabat sebagai dokter istana tetapi pada 1195 situasinya berubah. Ia mendapat berbagai tuduhan, termasuk tuduhan mengajarkan aliran sesat, dan ia harus menghadapi pengadilan di Kordoba. Pengadilan memutuskan Ibnu Rusyd bersalah, menyatakan ajarannya sesat dan memerintahkan agar tulisan-tulisannya dibakar. Ibnu Rusyd diasingkan ke kota kecil Lucena, sebuah pemukiman Yahudi yang berada di sekitar Kordoba. Biografi-biografi klasik menyebutkan berbagai sebab memburuknya situasi Ibnu Rusyd ini, salah satunya karena Ibnu Rusyd dianggap menghina khalifah dalam tulisannya. Namun para sejarawan modern menganggap bahwa perlakuan keras terhadap Ibnu Rusyd ini bermotif politik. "Encyclopaedia of Islam" menyebutkan bahwa khalifah berusaha menjauhkan dirinya dari Ibnu Rusyd untuk mendapat simpati dan dukungan dari para ulama tradisional yang banyak menentang ajaran Ibnu Rusyd. Pada saat itu, khalifah sedang butuh dukungan para ulama untuk melancarkan perang melawan kerajaan-kerajaan Kristen. Sejarawan Majid Fakhry menulis bahwa banyak fukaha atau ahli fikih tradisional pada saat itu menentang Ibnu Rusyd dan menekan sang khalifah.
Ibnu Rusyd
Dalam tulisan-tulisan filsafatnya, Ibnu Rusyd berusaha mengembalikan Aristotelianisme ke jalur utama pemikiran di dunia Islam. Menurutnya, filsafat Aristoteles telah disalahartikan oleh pemikir-pemikir Muslim sebelumnya yang terpengaruh filsafat Neoplatonisme, seperti Al-Farabi dan Ibnu Sina. Ia menolak gagasan-gagasan Al-Farabi yang menggabungkan filsafat Plato dan Aristoteles, dan Ibnu Rusyd merujuk pada perbedaan antara kedua filsuf Yunani tersebut, di antaranya penolakan Aristoteles terhadap teori ide yang diajukan Plato. Ia juga mengkritik karya-karya Al-Farabi mengenai logika karena dianggap menyalahartikan sumber-sumbernya yang berasal dari Aristoteles. Ia juga panjang lebar mengkritik Ibnu Sina, yang merupakan tokoh utama Neoplatonisme di dunia Islam abad pertengahan. Ia berpendapat bahwa teori Ibnu Sina mengenai emanasi ("faydh") memiliki banyak kesalahan dan tidak berasal dari Aristoteles. Ibnu Rusyd tidak setuju dengan pendapat Ibnu Sina bahwa keberadaan ("wujud") hanyalah aksiden ("'ard") dari esensi ("dzat"). Ibnu Rusyd berpendapat sebaliknya, bahwa sesuatu ada terlebih dahulu, dan esensi hanyalah sesuatu yang diabstraksikan dari hal yang telah ada tersebut. Ia juga menolak teori modalitas Ibnu Sina serta argumen Burhan ash-Shiddiqin yang diajukan Ibnu Sina untuk membuktikan keberadaan Tuhan (Allah) sebagai sesuatu yang Wajib Ada ("wajib al-wujud").