Gereja Metodis
Gereja Methodis berkembang dari Gereja Anglikan di Inggris. Karena Indonesia tidak banyak mendapatkan pengaruh Inggris, maka Gereja Methodis di Indonesia pun tidak begitu besar. Lain halnya dengan negara-negara lain yang pernah menjadi wilayah kekuasaan Inggris, Gereja Methodis umumnya berkembang cukup besar. Di Malaysia, Singapura, Fiji, Papua Niugini, Australia, dll., misalnya, Gereja Methodis adalah Gereja Protestan terbesar. Dengan jumlah anggota sekitar 20 juta orang yang tersebar di berbagai kelompok, Gereja Methodis diperkirakan adalah Gereja Protestan terbesar kedua di Amerika Serikat setelah Gereja Baptis.
Gereja Reformed
Sebagian besar gereja Protestan di Indonesia, terutama di pulau Jawa, mendapat pengaruh Gereja Reformed, terutama dari badan misi Gereja Hervormd Belanda ("Nederlandse Hervormde Kerk" atau NHK) dan Gereja Gereformeered Belanda ("Gereformeerde Kerken in Nederland"). Selain itu gereja Reformed di Indonesia yang bercorak evangelistik (Injili) dikenal sebagai Gereja Reformed Injili Indonesia.