Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau Towuti
Danau Towuti adalah danau tektonik yang merupakan danau air tawar terbesar di Indonesia setelah danau Toba, Danau ini memiliki 6 spesies kerang (Tylomelania), 3 spesies kepiting (Gecarcinucidae), 6 spesies udang dan 10 spesies ikan bersirip tajam (Thelmaterinidae) Salah satu spesies yang menarik adalah ikan butini (Glossogobius matanensis) yang hidup di dasar danau. Ikan Opudi (Telmatherina celebensis) termasuk salah satu ikan hias yang diperdagangkan baik dalam negeri maupu luar negeri. Nama dagang ikan ini adalah "Celebes Rainbow Fish" atau "Celebes Sail Fish" dan merupakan salah satu tempat habitat buaya terbesar di Indonesia.