Kota Semarang
Semarang memiliki peranan penting dalam sejarah kereta api Indonesia. Di sinilah tonggak pertama pembangunan kereta api Hindia Belanda dimulai, dengan pembangunan jalan kereta api yang dimulai dari desa Kemijen menuju desa Tanggung sepanjang 26 Km) dengan lebar sepur 1435 mm. Pencangkulan pertama dilakukan oleh Gubernur Jenderal Hindia Belanda, Mr LAJ Baron Sloet van den Beele, Jumat 17 Juni 1864. Jalan kereta api ini mulai dioperasikan untuk umum Sabtu, 10 Agustus 1867.
Kereta komuter
Di wilayah Jakarta-Bogor-Depok-Tangerang-Bekasi, layanan KA komuter doperasikan oleh anak perusahaan PT Kereta Api Indonesia, yaitu PT Kereta Commuter Indonesia (PT KCI). Pada awal operasionalnya, PT KCI menggunakan KRL dengan kelas ekonomi, ekonomi AC dan ekspres AC. Namun sejak Juli 2011, rangkaian KRL ekonomi dan ekspres dihapuskan dan diganti seluruhnya dengan rangkaian ekonomi AC. Trayek yang dilayani kereta komuter di Jabodetabek adalah:
Seluruh stasiun yang ada di Jakarta digunakan sebagai stasiun pemberhetian kereta komuter Jabodetabek, termasuk Stasiun Tanjung Priok yang peremajaan dan penggunaannya kembali telah diresmikan oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 28 Maret 2009.