Kereta api ekonomi
Pada tanggal 19 Januari 2018, PT KAI (persero) mengujicoba rangkaian kereta kelas ekonomi premium terbarunya setelah selesai manufaktur dari PT INKA (persero) sebagai produsen gerbong datar dan rangkaian kereta api di Indonesia. Rangkaian ini memiliki perbedaan dengan rangkaian kereta produksi sebelumnya, yakni eksteriornya menggunakan bahan "stainless steel" (sehingga tampak mengilap, berbeda dengan bahan "mild steel" sebelumnya) dengan "livery" pita warna oranye di tengah gerbong diapit dua pita berwarna abu-abu muda kebiruan yang masing-masing terletak di sisi pintu, serta logo PT KAI di bagian dekat pintu kiri. Untuk interior masih sama dengan kereta api premium plus produksi 2017 dengan perbedaan pada lampu hias serta adanya "port audio jack".
Kereta komuter
Di wilayah Jakarta-Bogor-Depok-Tangerang-Bekasi, layanan KA komuter doperasikan oleh anak perusahaan PT Kereta Api Indonesia, yaitu PT Kereta Commuter Indonesia (PT KCI). Pada awal operasionalnya, PT KCI menggunakan KRL dengan kelas ekonomi, ekonomi AC dan ekspres AC. Namun sejak Juli 2011, rangkaian KRL ekonomi dan ekspres dihapuskan dan diganti seluruhnya dengan rangkaian ekonomi AC. Trayek yang dilayani kereta komuter di Jabodetabek adalah:
Seluruh stasiun yang ada di Jakarta digunakan sebagai stasiun pemberhetian kereta komuter Jabodetabek, termasuk Stasiun Tanjung Priok yang peremajaan dan penggunaannya kembali telah diresmikan oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 28 Maret 2009.