Atom
Berdasarkan definisi, dua atom dengan jumlah "proton" yang identik dalam intinya termasuk ke dalam unsur kimia yang sama. Atom dengan jumlah proton sama namun dengan jumlah "neutron" berbeda adalah dua isotop berbeda dari satu unsur yang sama. Sebagai contohnya, semua hidrogen memiliki satu proton, namun terdapat satu isotop hidrogen yang tidak memiliki neutron (hidrogen-1), satu isotop yang memiliki satu neutron (deuterium), dua neutron (tritium), dll. Hidrogen-1 adalah bentuk isotop hidrogen yang paling umum. Kadang-kadang ia disebut sebagai protium. Semua isotop unsur yang bernomor atom lebih besar daripada 82 bersifat radioaktif.
Atomisme
Konsep atomisme terbentuk akibat kecelakaan sejarah, yaitu fakta bahwa para kimiawan dan fisikawan sebelum abad ke-19 mengira bahwa partikel tidak dapat dibagi, sehingga dikenali sebagai "a-tom" tak terpenggal dari tradisi kuno. Namun, pada abad ke-20 diketahuilah bahwa atom ternyata terdiri dari entitas yang lebih kecil: elektron, neutron, dan proton. Bahkan percobaan tahap lanjut menunjukkan bahwa proton dan neutron terdiri dari beberapa kuark. Kuark yang dimaksud ini secara empirik belum terbukti memiliki substruktur.