Gunung Toba
Gunung hasil subduksi, salah satunya Gunung Toba. Meski sekarang tak lagi berbentuk gunung, sisa-sisa kedasahyatan letusannya masih tampak hingga saat ini. Danau Toba merupakan kaldera yang terbentuk akibat meletusnya Gunung Toba sekitar tiga kali yang pertama 840 ribu tahun lalu dan yang terakhir 74.000 tahun lalu. Bagian yang terlempar akibat letusan itu mencapai luas 100 km x 30 km. Daerah yang tersisa kemudian membentuk kaldera. Di tengahnya kemudian muncul Pulau Samosir.
Danau Towuti
Danau Towuti adalah danau tektonik yang merupakan danau air tawar terbesar di Indonesia setelah danau Toba, Danau ini memiliki 6 spesies kerang (Tylomelania), 3 spesies kepiting (Gecarcinucidae), 6 spesies udang dan 10 spesies ikan bersirip tajam (Thelmaterinidae) Salah satu spesies yang menarik adalah ikan butini (Glossogobius matanensis) yang hidup di dasar danau. Ikan Opudi (Telmatherina celebensis) termasuk salah satu ikan hias yang diperdagangkan baik dalam negeri maupu luar negeri. Nama dagang ikan ini adalah "Celebes Rainbow Fish" atau "Celebes Sail Fish" dan merupakan salah satu tempat habitat buaya terbesar di Indonesia.