Badan Intelijen Pusat
Direktur Central Intelligence Agency (D/CIA) langsung membawahi Director of National Intelligence (DNI). Pada praktiknya, ia bekerja sama dengan DNI, Kongres (biasanya melalui Office of Congressional Affairs), dan Gedung Putih, sedangkan Wakil Direkturnya merupakan eksekutif internal. CIA sering diawasi oleh Kongres, meski Kongres hanya menjalankan tugasnya saja.
Keterlibatan Amerika Serikat dalam pergantian rezim
Perwira junior dan komandan penjaga istana Presiden Sukarno menuduh petinggi senior militer Indonesia merencanakan kudeta bekingan CIA terhadap Presiden Sukarno dan membunuh enam jenderal senior pada tanggal 1 Oktober 1965. Jenderal Muhammad Suharto dan perwira militer senior lainnya menyerang para perwira junior pada hari itu juga dan menuduh Partai Komunis Indonesia (PKI) merencanakan pembunuhan enam jenderal tersebut. Militer melakukan kampanye propaganda yang didasari kebohongan dan memanas-manasi warga sipil untuk menyerang orang-orang yang diduga mendukung PKI dan lawan politik lainnya. Militer Indonesia bersama warga sipil melakukan serangkaian pembunuhan massal selama beberapa bulan berikutnya. CIA mengakui bahwa "berdasarkan jumlah korban tewas, pembantaian anti-PKI di Indonesia merupakan salah satu pembunuhan massal terburuk pada abad ke-20." Jumlah warga sipil yang tewas berkisar antara setengah juta sampai satu juta jiwa. Namun, perkiraan terkini berjumlah dua sampai tiga juta jiwa. Duta Besar Amerika Serikat Marshall Green mendorong para pemimpin militer Indonesia untuk mengambil tindakan kekerasan terhadap lawan politik. Dokumen Kedutaan Besar AS di Jakarta yang baru terungkap tahun 2017 membenarkan bahwa AS memiliki informasi terperinci dan berkelanjutan tentang pembunuhan massal ini dan secara aktif membantu dan mendorong militer Indonesia untuk kepentingan geopolitik AS. Diplomat-diplomat AS mengatakan kepada wartawan Kathy Kadane pada tahun 1990 bahwa mereka memberikan daftar ribuan nama terduga pendukung PKI dan orang-orang berhaluan kiri lainnya kepada militer Indonesia. Mereka juga mengatakan bahwa pejabat-pejabat AS kemudian mencoret nama orang-orang yang sudah dibunuh. Sebagian besar basis pendukung Presiden Sukarno lenyap, dipenjara, dan ketakutan. Karena itu, ia terpaksa mundur pada tahun 1967 dan digantikan oleh rezim militer otoriter yang dipimpin Jenderal Suharto. Beberapa sejarawan menggolongkan pembunuhan massal ini sebagai genosida.