Papua
Provinsi Papua dulu mencakup seluruh wilayah Indonesia di Pulau Papua. Pada masa pemerintahan kolonial Hindia Belanda, wilayah ini dikenal sebagai Nugini Belanda ("Nederlands Nieuw-Guinea" atau "Dutch New Guinea"). Setelah berada bergabung dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia, wilayah ini dikenal sebagai Provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi Irian Jaya oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas Freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002.
Papua Nugini
Sebuah pemberontakan separatis pada 1975-1976 di Pulau Bougainville mengakibatkan perubahan rancangan Konstitusi Papua Nugini hanya dalam 11 jam untuk memungkinkan Bougainville dan 18 distrik lain pra-kemerdekaan Papua Nugini mendapatkan status semifederal sebagai provinsi. Pemberontakan terulang dan merenggut 20.000 jiwa dari tahun 1988 sampai hal itu diselesaikan pada tahun 1997. Setelah pemberontakan, Bougainville Otonom memilih Joseph Kabui sebagai presiden, tetapi ia digantikan oleh wakilnya, John Tabinaman. Tabinaman tetap pemimpin sampai pemilihan umum berikutnya pada bulan Desember 2008, dengan James Tanis muncul sebagai pemenang. Kerusuhan anti-Cina, yang melibatkan puluhan ribu orang, pecah pada Mei 2009.