Yoweri Museveni
Pada 1970, Museveni bergabung dengan dinas intelijen militer Presiden Milton Obote. Ketika Mayjen Idi Amin merebut kekuasaan dalam sebuah kudeta militer pada Januari 1971, Museveni melarikan diri ke Tanzania dengan para pengungsi lainnya, termasuk presiden yang tergulingkan. Basis kekuasaan Amin dan Obote sangat berbeda, hingga menyebabkan perbedaan etnis dan regional yang signifikan dan bahkan menimbulkan konflik. Obote berasal dari kelompok etnis Lango dari utara tengah, sementara Amin adalah seorang Kakwa dari sudut barat laut negara itu. Pemerintah kolonial Britania telah mengatur politik internal koloni itu sehingga Lango dan Acholi mendominasi militer nasional, sementara orang-orang dari bagian barat negara itu aktif dalam bisnis. Situasi ini bertahan hingga kudeta itu terjadi, ketika Amin mengisi posisi-posisi puncak di pemerintahan dengan orang-orang Kakwa dan Lugbara dan dengan kejam menindas sekutu-sekutu Lango dan Acholi mereka.
Abdurrahman Wahid
Wahid terpilih kembali untuk masa jabatan kedua Ketua NU pada Musyawarah Nasional 1989. Pada saat itu, Soeharto, yang terlibat dalam pertempuran politik dengan ABRI, mulai menarik simpati Muslim untuk mendapat dukungan mereka. Pada Desember 1990, Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (ICMI) dibentuk untuk menarik hati Muslim Intelektual. Organisasi ini didukung oleh Soeharto, diketuai oleh Baharuddin Jusuf Habibie dan di dalamnya terdapat intelektual Muslim seperti Amien Rais dan Nurcholish Madjid sebagai anggota. Pada tahun 1991, beberapa anggota ICMI meminta Gus Dur bergabung. Gus Dur menolak karena ia mengira ICMI mendukung sektarianisme dan akan membuat Soeharto tetap kuat. Pada tahun 1991, Wahid melawan ICMI dengan membentuk Forum Demokrasi, organisasi yang terdiri dari 45 intelektual dari berbagai komunitas religius dan sosial. Organisasi ini diperhitungkan oleh pemerintah dan pemerintah menghentikan pertemuan yang diadakan oleh Forum Demokrasi saat menjelang pemilihan umum legislatif 1992.