Sistem imun
Gangguan pada sistem imun dapat berupa imunodefisiensi, penyakit autoimun, penyakit inflamasi, dan kanker. Imunodefisiensi dapat terjadi ketika sistem imun kurang aktif sehingga dapat menimbulkan infeksi berulang dan dapat mengancam jiwa. Pada manusia, imunodefisiensi dapat disebabkan karena faktor genetik seperti pada penyakit defisiensi imunitas kombinasi serta kondisi dapatan seperti sindrom defisiensi imun dapatan (AIDS) yang disebabkan oleh retrovirus HIV. Sebaliknya, penyakit autoimun menyebabkan sistem imun menjadi hiperaktif menyerang jaringan normal seakan-akan jaringan tersebut merupakan benda asing. Di satu sisi, ilmu pengetahuan pun terus berkembang dan manipulasi dalam kedokteran telah dilakukan. Penggunaan obat imunosupresif telah berhasil menekan sistem imun yang hiperaktif, dan penggunaan imunoterapi telah dilakukan untuk pengobatan kanker.
Meningitis
Beberapa faktor risiko untuk meningitis jamur, antara lain penggunaan obat imunosupresan (misalnya setelah transplantasi organ), HIV/AIDS, dan hilangnya kekebalan yang berhubungan dengan penuaan. Hal ini jarang dijumpai pada orang dengan sistem kekebalan tubuh normal tetapi telah muncul karena kontaminasi obat. Gejala awal biasanya lebih gradual, dengan adanya sakit kepala dan demam selama setidaknya dua minggu sebelum diagnosis ditegakkan. Meningitis jamur yang paling sering adalah meningitis cryptococcal akibat "Cryptococcus neoformans". Di Afrika, meningitis cryptococcal diperkirakan merupakan penyebab meningitis yang paling sering dijumpai dan ini mencakup 20–25% kematian yang berhubungan dengan AIDS di Afrika. Jenis jamur lain yang sering dijumpai adalah spesies "Histoplasma capsulatum", "Coccidioides immitis", "Blastomyces dermatitidis", dan "Candida".