Papua (wilayah Indonesia)
Zainal Abidin Syah, Sultan Tidore diangkat pemerintah RI menjadi gubernur pertama Papua tahun 1956-1961 yang saat itu beribukota di Soasiu, pulau Tidore. Setelah berada di bawah penguasaan Indonesia sepenuhnya, dibentukalah provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi "Irian Jaya" oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas Freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002. Nama provinsi ini diganti menjadi "Papua" sesuai UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua. Pada tahun 2004, disertai oleh berbagai protes, Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (sekarang "Papua Barat").
Perbatasan Indonesia–Filipina
Pada Maret 1906, masalah teritorial ini dilaporkan oleh pemerintah Amerika Serikat kepada Belanda. Pada Oktober 1906, Kementerian Luar Negeri Belanda menjawab laporan tersebut dan menjelaskan alasan mengapa pulau ini termasuk wilayah Hindia Belanda. Kasus hukum ini diajukan pada tanggal 23 Januari 1925 oleh Belanda dan Amerika Serikat kepada Mahkamah Arbitrase Antarabangsa, di bawah penengah tunggal Max Huber dari Swiss. Masalahl ini diputuskan pada tanggal 4 April 1928 oleh Huber bahwa pulau Miangas merupakan bagian dari wilayah Belanda secara keseluruhan. Ketika Indonesia tidak lagi menjadi koloni Belanda dan berubah menjadi sebuah republik merdeka, Pulau Miangas menjadi bagian dari wilayah Indonesia. Meskipun begitu, batas laut yang mengelilingi pulau tersebut termasuk pula perbatasan antara Indonesia dan Filipina belum jelas karena alasan-alasan teknis.