Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Gereja Katolik di Indonesia
Sidang selanjutnya pada tahun 1960 di Girisonta membahas kemungkinan pendirian hierarki mandiri Gereja Katolik di Indonesia. Menanggapi harapan sidang ini, pada 3 Januari 1961 Paus Yohanes XXIII dengan konstitusi apostolik Quod Christus mendirikan hierarki Gereja katolik di Indonesia. Ini berarti Indonesia bukan tanah misi lagi, tetapi Gereja muda. Semua Prefektur Apostolik dan Vikariat Apostolik ditingkatkan menjadi Keuskupan, dipimpin Uskup masing-masing. Keuskupan-keuskupan yang berdekatan dihimpun menjadi suatu Provinsi Gerejani, dan salah satu Keuskupan ditunjuk menjadi metropolit pusat himpunan sebagai Keuskupan Agung. Ada 6 Keuskupan Agung dan 20 Keuskupan yang disebut Keuskupan Sufragan.