Nahdlatul 'Ulama
Merupakan pelaksana program Nahdlatul Ulama (NU) yang memerlukan penanganan khusus. Berdasarkan perubahan AD/ART hasil Muktamar 33 NU di Jombang, Lajnah Nahdlatul Ulama digantikan dengan lembaga. Semula ada 3 (tiga) Lajnah yaitu:
Gereja Katolik di Indonesia
Pada tahun 1990-an dan mulai tahun 2000 juga ditandai dengan kekerasan terhadap umat Katolik pada khususnya dan Kristen pada umumnya. Namun mantan presiden Abdurrahman Wahid, yang juga seorang pemimpin Nahdlatul Ulama, salah satu organisasi Islam terbesar di Indonesia, telah memberikan kontribusi oleh beberapa penyatuan bagian-bagian yang berbeda dari beberapa kalangan.