Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Kepulauan Ryukyu
Kepulauan Ryukyu, dalam bahasa Jepang disebut , adalah kepulauan yang terletak di Samudra Pasifik di sebelah timur Laut Tiongkok Timur. Kepulauan ini terbentang dari pulau Kyūshū hingga Taiwan. Kepulauan ini secara administratif terbagi menjadi Kepulauan Satsunan di utara, masuk kedalam Prefektur Kagoshima, dan Ryukyu Shotō di selatan, masuk kedalam Prefektur Okinawa, Jepang. Pulau terbesar di kepulauan ini adalah Pulau Okinawa.
Kepulauan Ryukyu diakui oleh ahli ekologi sebagai ekoregion hutan basah berdaun lebar subtropis yang berbeda. Flora dan fauna dari pulau-pulau memiliki banyak kesamaan dengan Taiwan, Filipina, dan Asia Tenggara, dan merupakan bagian dari wilayah biogeografi (ecozone) Indomalaya.
Terumbu karang di Kepulauan Ryukyu merupakan salah satu dari 200 wilayah ekologi Global World Wildlife Fund. Terumbu karang di Kepulauan Ryukyu terancam oleh sedimentasi dan eutrofikasi, sebagian besar merupakan hasil pertanian serta kerusakan dari memancing.
Daftar berikut ini didasarkanpada nama-nama geografis Jepang saat ini: