Agama di Indonesia
Pemerintah telah berniat untuk mengurangi konflik atau ketegangan tersebut dengan pengusulan kerjasama antar agama. Kementerian Luar Negeri, bersama dengan organisasi Islam terbesar di Indonesia, Nahdlatul Ulama, yang dipegang oleh Sarjana Islam Internasional, memperkenalkan ajaran Islam moderat, yang mana dipercaya akan mengurangi ketegangan tersebut. Pada 6 Desember 2004, dibuka konferensi antar agama yang bertema “Dialog Kooperasi Antar Agama: Masyarakat Yang Membangun dan Keselarasan”. Negara-negara yang hadir di dalam konferensi itu ialah negara-negara anggota ASEAN, Australia, Timor Timur, Selandia Baru dan Papua Nugini, yang dimaksudkan untuk mendiskusikan kemungkinan kerjasama antar kelompok agama berbeda di dalam meminimalkan konflik antar agama di Indonesia. Pemerintah Australia, yang diwakili oleh menteri luar negerinya, Alexander Downer, sangat mendukung konferensi tersebut.
East Timor and Indonesia Action Network
ETAN mempermasalahkan beberapa hal, termasuk kebijakan Amerika Serikat di Asia Tenggara dan Oseania, eksploitasi migas, ganti rugi dan akuntabilitas pelanggaran HAM masa lalu dan masa kini. Organisasi ini memperjuangkan hak masyarakat Papua Barat sekaligus kemerdekaannya dari Indonesia.
ETAN menentang Treaty on Certain Maritime Arrangements in the Timor Sea (CMATS) di ladang minyak Greater Sunrise. Koordinator Nasional ETAN di Amerika Serikat, John Miller, menyurati pemerintah Australia, "Australia mengutamakan kepentingan finansial jangka pendek perusahaan minyaknya sendiri dan negara lain dan mengabaikan prinsip dasar demokrasi, aturan hukum, keadilan ekonomi, dan kedaulatan nasional. Namun, Timor Leste akan mendapat bagi hasil sumber daya alam yang lebih besar di bawah CMATS daripada International Unitization Agreement."