Square Enix
Square Enix Co., Ltd. terbentuk dari merger Enix Corporation dan Square Co., Ltd. pada April 2003. Pada saat itu 80% dari karyawan Square Enix adalah mantan dari Square. Sebagai hasil dari penggabungan, mantan presiden Square, Yoichi Wada, diangkat menjadi presiden dari perusahaan yang baru, sedangkan mantan presiden Enix, Keiji Honda, diangkat menjadi wakil presiden. Pendiri Enix yaitu, Yasuhiro Fukushima, yang merupakan pemegang saham terbesar dari perusahaan baru diangkat menjadi ketua kehormatan.
Final Fantasy
Mengikuti kesuksesan permainan pertamanya, Square dengan cepat memulai cerita kelanjutannya. Berbeda dengan tipikal cerita kelanjutan sebuah permainan, "Final Fantasy II" menghadirkan karakter-karakter yang sama sekali berbeda, dengan setting dan cerita yang hanya memiliki sedikit persamaan tema dengan permainan pendahulunya. Pendekatan yang tidak lazim ini berlanjut sepanjang seri, di mana tiap permainan Final Fantasy memperkenalkan dunia yang baru dan sistem permainan yang baru. Banyak elemen dan tema yang ditemui kembali sepanjang seri tetapi tidak pernah terdapat cerita kelanjutan langsung, sampai dirilisnya "Final Fantasy X-2" pada tahun 2003. (Setelah bergabung dengan Enix, cerita kelanjutan-langsung tampak meningkat.) Pada satu sisi, seri Final Fantasy telah menjadi ajang pertunjukan kreatifitas pengembang-pengembang Square dan banyak elemen yang diperkenalkan dalam seri ini diadopsi ke judul-judul Square lainnya, di mana dua darinya yang paling dikenal yaitu, "SaGa" dan "Seiken Densetsu".