Pestisida
Pestisida atau pembasmi hama adalah bahan yang digunakan untuk mengendalikan, menolak, atau membasmi organisme pengganggu. Nama ini berasal dari "pest" ("hama") yang diberi akhiran "-cide" ("pembasmi"). Sasarannya bermacam-macam, seperti serangga, tikus, gulma, burung, mamalia, ikan, atau mikrobia yang dianggap mengganggu. Pestisida biasanya, tetapi tak selalu, beracun.
Endofit
Beberapa bakteri endofit dapat menghasilkan hormon yang dapat merangsang pertumbuhan tanaman. Salah satu hormon yang dihasilkan oleh mikroba endofit adalah IAA ("Indole Acetic Acid") atau yang lebih dikenal dengan sebutan auksin. Auksin berperan sebagai hormon pemacu pertumbuhan pada tanaman dan biasanya ditemukan pada jaringan meristem. Bakteri endofit tersebut dapat diisolasi dari beberapa tanaman "vascular" salah satunya adalah tanaman padi ("Oryza sativa" L.) yang digunakan sebagai tanaman pertanian di Indonesia. Padi merupakan tanaman turun temurun yang diwariskan oleh nenek moyang dan menjadi makanan pokok masyarakat Indonesia. Umur tanaman padi yang sangat lama memungkinkan bakteri endofit masuk ke dalam jaringan tanaman padi tersebut dan menetap serta menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang diduga sebagai akibat koevolusi atau transfer genetik ("genetic recombination") dari tanaman inangnya ke dalam mikroba endofit. IAA yang dihasilkan oleh bakteri dalam tanaman meningkatkan jumlah rambut akar dan akar lateral tanaman. Hormon yang dihasilkan oleh bakteri akan diserap oleh tanaman sehingga tanaman akan tumbuh lebih cepat atau lebih besar. Hormon IAA ini mampu mensintesis substansi yang secara biologis dapat meningkatkan perkecambahan biji, tinggi dan pertumbuhan tanaman.