Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Pulau Perang Kecil
Pulau ini terletak di antara tepi selatan Pulau Perang Besar dan tepi kanan Sungai Donau di munisipalitas Novi Beograd, sekitar 200 m dari pertemuan Sungai Sava dengan Donau. Pulau ini sebelumnya lebih besar pada masa sebelum Perang Dunia II. Saat pembangunan Novi Beograd dimulai pada tahun 1948, pasir dari pulau ini diangkut ke daratan dan digunakan untuk menimbun rawa-rawa yang kini menjadi tempat berdirinya kota baru tersebut. Akibatnya, pulau ini menyusut. Saat ini yang tersisa hanya pulau dengan panjang kurang dari 300 m dan lebar kurang dari 60 m. Pulau ini sepenuhnya ditutupi oleh pepohonan dan tidak dapat dikunjungi, tetapi dapat dilihat dari tepi Sungai Donau.