Agama di Indonesia
Pemerintah telah berniat untuk mengurangi konflik atau ketegangan tersebut dengan pengusulan kerjasama antar agama. Kementerian Luar Negeri, bersama dengan organisasi Islam terbesar di Indonesia, Nahdlatul Ulama, yang dipegang oleh Sarjana Islam Internasional, memperkenalkan ajaran Islam moderat, yang mana dipercaya akan mengurangi ketegangan tersebut. Pada 6 Desember 2004, dibuka konferensi antar agama yang bertema “Dialog Kooperasi Antar Agama: Masyarakat Yang Membangun dan Keselarasan”. Negara-negara yang hadir di dalam konferensi itu ialah negara-negara anggota ASEAN, Australia, Timor Timur, Selandia Baru dan Papua Nugini, yang dimaksudkan untuk mendiskusikan kemungkinan kerjasama antar kelompok agama berbeda di dalam meminimalkan konflik antar agama di Indonesia. Pemerintah Australia, yang diwakili oleh menteri luar negerinya, Alexander Downer, sangat mendukung konferensi tersebut.
Persatuan Nusantara
Persatuan Nusantara (PN) adalah lembaga swadaya yang meneliti daerah luas yang didiami oleh orang-orang yang menggunakan bahasa-bahasa Austronesia antara lain Indonesia, Malaysia, Negara Brunei Darussalam, Pilipina, Madagascar dan Oceania begitu juga Singapura, Thailand, Vietnam dan Taiwan (Republik China) dengan penduduk minoriti Austronesia. Ia menampung para penyelidik, profesor, dosen, pelajar dan siswa studi doktoral dari institusi akademis, universitas dan sekolah tinggi di Moskow dan St. Petersburg/ Persatuan didirikan pada 10 Januari 1990 dan didaftarkan pada 7 Juli 1992 di Moskow, Rusia. Penganjur pendiriannnya ialah Dr. Boris Parnickel (1934 -2004) yang sejak awalnya sampai kematiannya menjadi presiden. PN menjadi anggota bersekutu kepada Persatuan Eropa bagi Penelitian Asia Tenggara sejak tahun 1992.