Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Kepulauan Tukangbesi
Kepulauan Tukangbesi atau kepulauan Wakatobi adalah gugusan kepulauan yang terdiri dari empat pulau utama dan sejumlah pulau kecil lainnya, dengan luas kurang lebih 821 km. Pulau utama tersebut adalah Pulau Wangiwangi, Pulau Kaledupa, Pulau Tomia, dan Pulau Binongko yang biasa disingkat "Wakatobi" dan sekarang berada di bawah satu administrasi, Kabupaten Wakatobi. Gugusan kepulauan ini dinamakan "tukangbesi" (pandai besi) karena kepulauan ini terkenal dengan pembuatan keris tradisional yang terbaik yang masih diproduksi sampai sekarang.