Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Masjid Al-Aqsha
Keberadaan dan nilai penting dari Bait Suci disebutkan dalam Perjanjian Lama Kristen. Dalam Perjanjian Baru juga disebutkan bahwa Bait Suci kedua merupakan tempat beberapa peristiwa penting dalam kehidupan Yesus (Nabi Isa). Setelah penghancuran Bait Suci pada tahun 70 M, umat Kristen mula-mula memandang bahwa peristiwa ini sebagai bentuk hukuman Ilahi kepada umat Yahudi. Bukit Bait Suci kehilangan arti pentingnya untuk ibadah Kristen dan menganggapnya sebagai penggenapan nubuat Yesus, misalnya di Matius 23:28 atau 24:2, sebagai bukti pemenuhan nubuat Alkitab dan kemenangan umat Kristen atas bangsa Yahudi. Umat Kristen Romawi, meskipun ada beberapa tanda-tanda pengerjaan pembangunan di lapangan terbuka, umumnya cenderung mengabaikan Bukit Bait Suci, terutama ketika upaya umat Yahudi untuk membangun ulang Bait Suci terhalang karena gempa bumi tahun 363, yang pada akhirnya justru menjadi tempat pembuangan sampah kota. Pusat peribadatan umat Kristen di Yerusalem sendiri terpusat ke Gereja Makam Kudus dan peran Yerusalem sebagai pusat Kekristenan diganti oleh Roma.