Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau kawah
Danau kawah ("crater lake" atau "volcanic lake") atau Danau kepundan adalah massa air (danau) yang menutupi permukaan suatu kawah gunung api. Sekitar 12% dari 700-an gunung api yang ada di bumi kawahnya tertutupi oleh massa air. Sejumlah gunung api di Indonesia memiliki danau kawah, yang terkenal adalah Danau Toba, Kawah Putih di Gunung Patuha, Kawah Ijen, Kawah Kelud, Segara Anak di Gunung Rinjani, dan kompleks Kelimutu.