Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Penghancuran Masjid ad-Dhirar
Penghancuran atau pembakaran Masjid ad-Dhirar (), juga disebut sebagai Masjid Munafik atau Masjid Pembangkang disebutkan dalam Al-Quran. Masjid ad-Dhirar adalah sebuah masjid yang dibangun oleh penduduk Madinah yang didirikan tak jauh dari Masjid Quba. Masjid tersebut pada mulanya diakui oleh baginda Nabi Muhammad saat dalam perjalanan untuk Perang Tabuk tetapi selepas kepulangan beliau, baginda mengarahkan masjid tersebut untuk dihancurkan. Peristiwa ini terjadi pada Oktober 630 Masehi. Dalam riwayat umum kebanyakan ulama dan para sarjana, masjid ini dibangun oleh dua belas orang munafik dari golongan Ansar atas arahan Abu 'Amir al-Rahib; seorang rahib Kristen yang enggan menerima ajakan Nabi Muhammad untuk memeluk Islam dan justru turut bertarung bersama Musyrikin Makkah dalam menentang Islam pada Peperangan Uhud. Abu 'Amir dilaporkan turut menyuruh mereka untuk membangun benteng dan menyediakan apa saja dari segi kekuatan atau senjata-senjata seperti yang dijanjikannya dan meyakinkan mereka bahwa dia akan membawa tentara, didukung oleh Heraklius, untuk melawan Muhammad dan sahabat baginda serta menghalau mereka dari Madinah. Ahmad bin Yahya al-Baladhuri turut meriwayatkan golongan ini, yang membangun Masjid ad-Dhirar "dengan tujuan membahayakan, dan kemungkaran serta memecah-belah orang-orang yang beriman", menolak shalat di Masjid Quba dan mengklaim masjid itu dibangun di tempat penambatan keledai sebelumnya.