Stasiun Jakarta Kota
Sebenarnya, masih ada nama lain untuk Stasiun Jakarta Kota ini, yakni "Batavia Zuid" yang berarti Stasiun Batavia Selatan. Nama ini muncul karena pada akhir abad ke-19, Batavia sudah memiliki lebih dari dua stasiun kereta api. Satunya adalah Stasiun Batavia Noord (Batavia Utara) yang terletak di sebelah selatan Museum Sejarah Jakarta sekarang. Batavia Noord pada awalnya merupakan milik perusahaan kereta api Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij, dan merupakan terminus untuk jalur Batavia-Buitenzorg. Pada tahun 1913 jalur Batavia-Buitenzorg ini dijual kepada pemerintah Hindia Belanda dan dikelola oleh Staatsspoorwegen. Pada waktu itu kawasan Jatinegara dan Tanjung Priok belum termasuk gemeente Batavia.
Puri Batavia
Pieter Both, Gubernur Jenderal Hindia Belanda terpilih pertama, mengangkat Kapten Jacques l'Hermite untuk membeli 2.500 "vadem" persegi (10.000 "yard" persegi) tanah di Jayakarta dengan tujuan mendirikan "loji" (pos perdagangan) VOC. Permintaan itu dikabulkan oleh Pangeran Jayawikarta, penguasa Jayakarta, dengan uang dalam jumlah yang besar (1200 riyal). Tanah ini terletak di tepi Sungai Ciliwung timur, dekat daerah kota Tionghoa. Pada tahun 1612, Belanda membangun sebuah "loge" (loji), "huis" (rumah), dan "factorij" (pabrik) di atas tanah ini; keseluruhannya dikenal sebagai "Nassau Huis". Perjanjian ini dipertahankan semasa pemerintahan Gubernur Jenderal Gerard Reynst dan kemudian Laurens Reael.