Operasi Downfall
Berbeda halnya dengan medan perang Eropa selama Perang Dunia II, Sekutu selama Perang Pasifik memiliki lebih dari satu jabatan "Panglima Tertinggi". Komando pasukan Sekutu dibagi menurut kawasan. Pada tahun 1945, misalnya, Chester Nimitz adalah Panglima Tertinggi Sekutu Kawasan Samudra Pasifik ("Allied Commander-in-Chief"), sementara Douglas MacArthur adalah Panglima Tertinggi Sekutu ("Supreme Allied Commander") Kawasan Pasifik Barat Daya. Sekutu merasa perlu mengangkat seorang panglima yang bertanggung jawab atas invasi ke Jepang. Angkatan Laut Amerika Serikat menginginkan Nimitz sebagai panglima, sedangkan Angkatan Darat Amerika Serikat menjagokan MacArthur. Persaingan kedua angkatan begitu serius sehingga rencana invasi terancam batal. Pihak Angkatan Laut akhirnya sebagian mengalah, dan MacArthur dijadikan Panglima Tertinggi untuk semua pasukan Sekutu, dengan syarat hanya bila diperlukan.
Angkatan Bersenjata Amerika Serikat
Semua cabang angkatan bekerja sama dalam operasi dan misi gabungan, di bawah sebuah Komando Tempur Terpadu ("Unified Combatant Command"), di bawah otoritas Menteri Pertahanan dengan pengecualian Penjaga Pantai, yang berada di bawah administrasi Departemen Keamanan Dalam Negeri dan menerima perintah operasional dari Menteri Keamanan Dalam Negeri. Namun penjaga pantai dapat dilimpahkan ke Departemen Angkatan Laut oleh Presiden atau Kongres selama waktu perang. Kelima cabang angkatan bersenjata adalah bagian dari tujuh layanan berseragam Amerika Serikat.