Kabupaten Halmahera Selatan
Secara astronomi Kabupaten Halmahera Selatan terletak antara 126° 45’ BT dan 129° 30’ BT dan 0° 30’ LU dan 2° 00’ LS. Kabupaten merupakan wilayah kepulauan karena sebagain besar wilayahnya berupa pulau yang dikelilingi perairan yaitu Laut Maluku, Laut Halmahera, Laut Seram dan dipisahkan oleh selat. Daratan Kabupaten Halmahera Selatan seluas 8779,32 km2 (22%) dan luas lautan sebesar 31.484,40 km2 (78%). Ada enam pulau utama diantara pulau-pulau kecil di Kabupaten Halmahera Selatan yaitu Pulau Obi, Pulau Bacan, Pulau Makian, Pulau Kayoa, Pulau Kasiruta dan Pulau Mandioli. Sisanya berada di bagian selatan semenanjung Pulau Halmahera.
Kabupaten Pulau Morotai
Pada pertengahan abad ke-16, pulau ini menjadi tempat misi Yesuit Portugis. Kesultanan Muslim Ternate dan Halmahera merasa tersinggung akan pelopor aktivitas penyebaran agama itu dan berusaha mencegah misi itu dari pulau ini pada 1571, sebagai akibatnya Portugis hengkang dari kawasan itu. Pada abad ke-17, Ternate menggunakan kekuasaannya atas Morotai dengan memerintahkan berulang-ulang pada penduduknya agar pindah dari pulau itu. Pada awal abad itu para penduduknya pindah ke Dodinga, sebuah kota kecil di titik strategis pesisir barat Halmahera. Lalu pada 1627 dan 1628, Sultan Hamzah dari Ternate memerintahkan pindahnya penduduk Kristen ke Malayu, Ternate, agar lebih mudah dikendalikan.