Square Enix
Square Enix Co., Ltd. terbentuk dari merger Enix Corporation dan Square Co., Ltd. pada April 2003. Pada saat itu 80% dari karyawan Square Enix adalah mantan dari Square. Sebagai hasil dari penggabungan, mantan presiden Square, Yoichi Wada, diangkat menjadi presiden dari perusahaan yang baru, sedangkan mantan presiden Enix, Keiji Honda, diangkat menjadi wakil presiden. Pendiri Enix yaitu, Yasuhiro Fukushima, yang merupakan pemegang saham terbesar dari perusahaan baru diangkat menjadi ketua kehormatan.
Final Fantasy
Pada bulan Oktober 2003, Kazushige Nojima, penulis utama skenario seri FF, mengundurkan diri dari Square Enix untuk membentuk perusahaannya sendiri, Stellavista. Ia menulis secara sebagian atau keseluruhan cerita untuk "Final Fantasy VII", "Final Fantasy VIII", "Final Fantasy IX", "Final Fantasy X" dan "Final Fantasy X-2". Square Enix tetap meneruskan pekerjaan pembuatan cerita dan skenario kepada Nojima dan Stellavista.