Operasi Downfall
Berbeda halnya dengan medan perang Eropa selama Perang Dunia II, Sekutu selama Perang Pasifik memiliki lebih dari satu jabatan "Panglima Tertinggi". Komando pasukan Sekutu dibagi menurut kawasan. Pada tahun 1945, misalnya, Chester Nimitz adalah Panglima Tertinggi Sekutu Kawasan Samudra Pasifik ("Allied Commander-in-Chief"), sementara Douglas MacArthur adalah Panglima Tertinggi Sekutu ("Supreme Allied Commander") Kawasan Pasifik Barat Daya. Sekutu merasa perlu mengangkat seorang panglima yang bertanggung jawab atas invasi ke Jepang. Angkatan Laut Amerika Serikat menginginkan Nimitz sebagai panglima, sedangkan Angkatan Darat Amerika Serikat menjagokan MacArthur. Persaingan kedua angkatan begitu serius sehingga rencana invasi terancam batal. Pihak Angkatan Laut akhirnya sebagian mengalah, dan MacArthur dijadikan Panglima Tertinggi untuk semua pasukan Sekutu, dengan syarat hanya bila diperlukan.
Pertempuran Laut Jawa
Ketika pertempuran akan mulai, Sekutu jauh lebih lemah. Mereka terpecah belah (kapal-kapalnya berasal dari 4 negara terpisah) dan moral pelautnya rendah karena serangan udara yang konstan dan rasa takut karena mengira Jepang sulit untuk dikalahkan. Selain itu, koordinasi antara AL dan AU Sekutu lemah.