Prefektur (Jepang)
Pada tahun 1943, Kota Tokyo dihapuskan, "Tōkyō-fu" menjadi "Tōkyō-to", dan ke-35 DK Tokyo tidak mengalami perubahan. Otoritas submunisipal seharusnya bertanggung jawab kepada munisipal di atasnya. Namun karena munisipal (Kota Tokyo) telah dihapus, otomatis mereka bertanggung jawab langsung terhadap prefektur "(dengan kata lain, otoritas "Metropolitan")". Tujuan reorganisasi adalah untuk mengkonsolidasikan administrasi daerah di sekitar ibukota dengan menghilangkan tingkat otoritas tambahan di Tokyo. Juga, gubernur tidak lagi dipanggil "chiji", melainkan "chōkan" (~"kepala [biasanya: dari lembaga pemerintah pusat]") seperti di Hokkaidō). Pemerintah pusat ingin memiliki kendali lebih besar atas semua pemerintah daerah karena posisi Jepang yang memburuk dalam Perang Dunia II – misalnya, semua walikota di negara itu diangkat menjadi seperti di era Meiji – dan terutama di Tokyo, karena kemungkinan darurat di kota metropolitan.
Pemindahan ibukota Republik Indonesia
Pasukan Jepang pun masih belum ditarik sepenuhnya, justru diminta mendukung operasi pengamanan ibukota tersebut. Belum lagi muncul beberapa konflik antar pemimpin perjuangan. Bahkan terjadi beberapa kali upaya penculikan dan pembunuhan atas Presiden Soekarno dan pejabat tinggi pemerintah RI lainnya, baik oleh pasukan NICA maupun laskar-laskar rakyat yang tidak sepenuhnya tunduk kepada pemerintahan baru. Pada 2 Januari 1946, Sri Sultan Hamengku Buwono IX dan Sri Pakualam VIII mengirimkan surat melalui kurir yang mempersilakan apabila pemerintah RI bersedia memindahkan ibukota RI ke Yogyakarta atas jaminan mereka berdua. Tawaran ini pun segera disambut baik oleh Bung Karno dan kawan-kawan yang segera membahas persiapannya keesokan harinya dalam sidang kabinet tertutup.