Badan Intelijen Pusat
Banyak kritik yang ditujukan kepada CIA terkait kegagalan keamanan dan kontraintelijennya, kegagalan analisis intelijen, masalah hak asasi manusia, investigasi luar negeri dan pengungkapan dokumen, memengaruhi opini publik dan penegak hukum, penyelundupan obat-obatan terlarang, dan berbohong kepada Kongres. Pihak lainnya, seperti pembelot blok Timur Ion Mihai Pacepa, mengakui CIA sebagai "organisasi intelijen terbaik di dunia sejauh ini," dan berpendapat bahwa aktivitas-aktivitas CIA dilaksanakan dengan sangat cermat dan belum pernah terpikirikan oleh badan-badan intelijen lainnya di seluruh dunia.
Keterlibatan Amerika Serikat dalam pergantian rezim
Beberapa sumber, khususnya Said Aburish, menduga bahwa kudeta Februari 1963 yang menjadi awal berdirinya pemerintahan Ba'athis di Irak "diotaki" oleh CIA. Akan tetapi, tidak ada dokumen rahasia AS yang menguatkan tuduhan ini. Tareq Y. Ismael, Jacqueline S. Ismael, dan Glenn E. Perry menulis bahwa "pasukan perwira Ba'this menggulingkan Qasim pada tanggal 8 Februari 1963 setelah bekerja sama dengan CIA." Sebaliknya, Gibson menulis bahwa "banyak bukti menunjukkan bahwa CIA bukan otak kudeta Ba'athis Februari 1963." Amerika Serikat menawarkan bantuan material kepada pemerintahan Ba'athis yang baru setelah kudeta, walaupun ada pembantaian anti-komunis dan kekerasan terhadap pemberontak dan warga sipil Kurdi. Karena itu, Nathan Citino mengatakan, "Meskipun Amerika Serikat tidak memicu kudeta 14 Ramadan, setidaknya AS membiarkan atau bahkan membantu kekerasan yang terjadi kemudian." Pemerintahan Ba'athis bubar pada bulan November 1963 akibat persoalan penyatuan wilayah dengan Suriah (cabang saingan Partai Ba'ath merebut kekuasaan di Suriah pada Maret). Ada banyak diskusi ilmiah seputar tuduhan Raja Hussein dari Yordania dan berbagai pihak bahwa CIA (atau lembaga AS lainnya) memberi daftar orang komunis dan orang berhaluan kiri kepada pemerintah Ba'athis. Orang-orang di dalam daftar tersebut kelak ditangkap atau dibunuh oleh milisi Partai Ba'ath—Garda Nasional. Gibson dan Hanna Batatu menekankan bahwa identitas anggota Partai Komunis Irak diketahui secara terbuka dan Ba'ath tidak perlu bergantung kepada intelijen AS, sedangkan Citino menilai tuduhan tersebut mungkin saja benar karena kedutaan besar AS di Irak benar-benar membuat daftar tersebut dan anggota Garda Nasional Irak yang terlibat pembantaian dilatih di Amerika Serikat.