Partai Masyumi
Nahdlatul Ulama (NU) adalah salah satu organisasi massa Islam yang sangat berperan dalam pembentukan Masyumi. Tokoh NU, KH Hasyim Asy'arie, terpilih sebagai pimpinan tertinggi Masyumi pada saat itu. Tokoh-tokoh NU lainnya banyak yang duduk dalam kepengurusan Masyumi dan karenanya keterlibatan NU dalam masalah politik menjadi sulit dihindari. Nahdlatul Ulama kemudian ke luar dari Masyumi melalui surat keputusan Pengurus Besar Nahdlatul Ulama (PBNU) pada tanggal 5 April 1952 akibat adanya pergesekan politik di antara kaum intelektual Masyumi yang ingin melokalisasi para kiai NU pada persoalan agama saja. Hubungan antara Muhammadiyah dengan Masyumi pun mengalami pasang-surut secara politis dan sempat merenggang pada Pemilu 1955. Muhammadiyah pun melepaskan keanggotaan istimewanya pada Masyumi menjelang pembubaran Masyumi pada tahun 1960.
Sekolah Tinggi Agama Islam Nahdlatul Ulama Temanggung
Guna menjamin kelancaran, efektivitas, dan efisiensi serta kemandirian pengelolaan perguruan tinggi ini, pada tahun 1998, Pengurus Cabang Nahdlatul Ulama Temanggung kemudian membentuk dan mendirikan lembaga atau badan otonom dalam bentuk Yayasan dengan tugas utama mengelola dan mengembangkan STAINU Temanggung ke depan sehingga menjadi sebuah universitas yang handal dan terpercaya, dengan nama Universitas Islam Nahdlatul Ulama yang disingkat UNISNU. Yayasan ini bernama Badan Pengelola Yayasan Perguruan Tinggi Nahdlatul Ulama, disingkat BP-YAPTINU, dengan Ketua Harian dipegang oleh Drs. H. Mochtar Rosyadi M. Noor.