Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Kepulauan Togean
Di kepulauan Togean terdapat banyak lokasi penyelaman yang tersebar, yang memiliki aneka ragam terumbu karang dan kehidupan bawah laut yang menjadi daya tarik wisatawan. Beberapa aksi wisata yang dapat dilakukan di Kepulauan Togean antara lain: menyelam dan snorkelling di Pulau Kadidiri, memancing ,menjelajah alam hutan yang ada di dalam hutan yang ada di Pulau Malenge, serta mengunjungi gunung Colo di Pulau Una-una. Wisatawan juga bisa mengunjungi pemukiman orang Bajo di Kabalutan.