Pestisida
Pestisida juga dapat diklasifikasikan berdasarkan mekanisme biologisnya dan metode penerapannya. Kebanyakan pestisida bekerja dengan meracuni hama. Pestisida sistemik diserap oleh tanaman dan bergerak di dalam tanaman sehingga meracuni hama yang menghisap nutrisi tanaman. Insektisida dan fungisida bergerak melalui xylem. Insektisida sistemik dapat membahayakan serangga non target, bahkan serangga yang menguntungkan seperti lebah dan polinator lainnya, karena sinsektisida sistemik juga bergerak dari dalam tubuh tumbuhan ke bunga.
Residu pestisida
Pertanian organik diketahui tidak menggunakan pestisida sintetik, namun bukan berarti terbebas dari residu pestisida. Pestisida sintetik dapat bersifat persisten di tanah sehingga meski pertanian konvensional telah berubah menjadi pertanian organik, pestisida masih bertahan di tanah hingga waktu yang sulit ditentukan. Pestisida juga dapat menjangkau kawasan pertanian organik melalui arus pestisida maupun ketika ditransportasikan.