Square Enix
Square Enix Co., Ltd. terbentuk dari merger Enix Corporation dan Square Co., Ltd. pada April 2003. Pada saat itu 80% dari karyawan Square Enix adalah mantan dari Square. Sebagai hasil dari penggabungan, mantan presiden Square, Yoichi Wada, diangkat menjadi presiden dari perusahaan yang baru, sedangkan mantan presiden Enix, Keiji Honda, diangkat menjadi wakil presiden. Pendiri Enix yaitu, Yasuhiro Fukushima, yang merupakan pemegang saham terbesar dari perusahaan baru diangkat menjadi ketua kehormatan.
Cross Gate
Pada 27 Juni 2007, Square Enix mengumumkan bahwa layanan "Cross Gate" di Jepang akan dibekukan pada 30 September 2007. Ini tak akan berdampak pada server-server di Tiongkok, Taiwan dan Korea.