Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Gereja Katolik di Indonesia
Sidang Waligereja kedua juga diadakan di Jakarta pada tahun 1925. Disetujui pendirian berbagai surat kabar berbahasa Melayu dan daerah. Sidang ketiga dilaksanakan di Muntilan, Jawa Tengah. Disetujui untuk mendirikan Kantor Pusat Misi di Jakarta, dan dibahas rencana Undang-undang perkawinan sipil untuk umat Kristen. Sidang keempat diselenggarakan di Girisonta, Ungaran, Jawa tengah pada 1934. Dianjurkan penggunaan nama Indonesia menggantikan Hindia Belanda. Sidang kelima juga berlangsung di Girisonta pada tahun 1939 menegaskan kesatuan tindakan para Waligereja. Semua sidang itu menjadi cikal bakal kegiatan Majelis Agung Waligereja Indonesia yang kemudian berganti nama menjadi Konferensi Waligereja Indonesia atau KWI.