Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Pulau Ambelau
Pulau ini terletak di Laut Banda di selatan Selat Manipa, sebelah tenggara Pulau Buru yang jauh lebih besar. Pulau ini memiliki bentuk lonjong dengan sedikit menonjol di bagian tenggara pulau dan memiliki diameter maksimum 10 km.
Pulau ini merupakan pulau vulkanik, dan terdiri dari batu sedimentasi masa Kenozoikum. Reliefnya sebagian besar merupakan pegunungan, dengan puncak tertinggi adalah 608 m (Gunung Baula) dan 559 m (Gunung Nona) di area barat. Pulau ini naik secara vertikal dari laut, dan bagian rata hanya ditemukan di pesisir selatan dan timur. Banyak dari daerah ini, terutama di area pegunungan, diselimuti oleh hutan hujan tropis. Pulau ini juga terletak di zona seismik yang aktif dengan gempa bumi yang cukup sering; signifikan dengan gempa bumi yang terjadi pada Agustus 2006. Flora dan Fauna di pulau ini bermacam-macam mirip dengan yang ada di Pulau Buru. Ada cukup banyak terumbu karang di pesisir Ambelau.