Stasiun Jakarta Kota
Yang pertama, nama "Beos" mengacu pada nama stasiun Batavia BOS "Bataviasche Oosterspoorweg Maatschapij" (Maskapai Angkutan Kereta Api Batavia Timur), yang berada pada lokasi yang sama sebelum dibongkar. Perusahaan ini adalah sebuah perusahaan kereta api swasta yang menghubungkan Batavia dengan Kedunggedeh. Versi lain, "Beos" berasal dari kata "Batavia En Omstreken", yang artinya "Batavia dan Sekitarnya", yang berasal dari fungsi stasiun sebagai pusat transportasi kereta api yang menghubungkan Kota Batavia dengan kota lain seperti "Bekassie" (Bekasi), "Buitenzorg" (Bogor), "Parijs van Java" (Bandung), "Karavam" (Karawang), dan lain-lain.
Sunda Kelapa
Pada masa pendudukan oleh bala tentara Dai Nippon yang mulai pada tahun 1942, Batavia diubah namanya menjadi Jakarta. Setelah bala tentara Dai Nippon keluar pada tahun 1945, nama ini tetap dipakai oleh Belanda yang ingin menguasai kembali Indonesia. Kemudian pada masa Orde Baru, nama Sunda Kelapa dipakai kembali. Berdasarkan Surat Keputusan Gubernur DKI Jakarta No.D.IV a.4/3/74 tanggal 6 Maret 1974, nama Sunda Kelapa dipakai lagi secara resmi sebagai nama pelabuhan. Pelabuhan ini juga biasa disebut Pasar Ikan karena di situ terdapat pasar ikan yang besar.