Papua (wilayah Indonesia)
Zainal Abidin Syah, Sultan Tidore diangkat pemerintah RI menjadi gubernur pertama Papua tahun 1956-1961 yang saat itu beribukota di Soasiu, pulau Tidore. Setelah berada di bawah penguasaan Indonesia sepenuhnya, dibentukalah provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi "Irian Jaya" oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas Freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002. Nama provinsi ini diganti menjadi "Papua" sesuai UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua. Pada tahun 2004, disertai oleh berbagai protes, Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (sekarang "Papua Barat").
Operasi Trikora
Pada tahun 1969, diselenggarakan Penentuan Pendapat Rakyat (Pepera) yang diatur oleh Jenderal Sarwo Edhi Wibowo. Menurut anggota OPM Moses Werror, beberapa minggu sebelum Pepera, angkatan bersenjata Indonesia menangkap para pemimpin rakyat Papua dan mencoba membujuk mereka dengan cara sogokan dan ancaman untuk memilih penggabungan dengan Indonesia.
Pepera ini disaksikan oleh dua utusan PBB, namun mereka meninggalkan Papua setelah 200 suara (dari 1054) untuk integrasi. Hasil PEPERA adalah Papua bergabung dengan Indonesia, namun keputusan ini dicurigai oleh Organisasi Papua Merdeka dan berbagai pengamat independen lainnya. Walaupun demikian, Amerika Serikat, yang tidak ingin Indonesia bergabung dengan pihak komunis Uni Soviet, mendukung hasil ini, dan Papua bagian barat menjadi provinsi ke-26 Indonesia, dengan nama Irian Jaya.