Square Enix
Selain Square Enix Co., Ltd, Square Enix Holdings juga memiliki perusahaan permainan arkade Taito yang dikenal dengan permainannya seperti "Space Invaders", "Bubble Bobble", dan "Darius". Square Enix Holdings juga memiliki penerbit permainan asal Inggris, Eidos Interactive, yang diserap ke dalam Square Enix Europe untuk menerbitkan permainan Eidos Interactive seperti "Tomb Raider", "Deus Ex", dan "Hitman" di bawah merek Square Enix.
Final Fantasy
Pada bulan Oktober 2003, Kazushige Nojima, penulis utama skenario seri FF, mengundurkan diri dari Square Enix untuk membentuk perusahaannya sendiri, Stellavista. Ia menulis secara sebagian atau keseluruhan cerita untuk "Final Fantasy VII", "Final Fantasy VIII", "Final Fantasy IX", "Final Fantasy X" dan "Final Fantasy X-2". Square Enix tetap meneruskan pekerjaan pembuatan cerita dan skenario kepada Nojima dan Stellavista.