Hipotesis OPV AIDS
Menurut hipotesis oral polio vaccine (OPVA) AIDS, pandemik AIDS berasal dari vaksin polio hidup yang disiapkan pada jaringan simpanse yang kemudian diberikan kepada lebih dari satu juta orang Afrika antara tahun 1957 hingga 1960. Populasi tersebut merupakan populasi pertama di dunia yang mengalami infeksi HIV-1 dan AIDS 5 tahun kemudian. Vaksin oral eksperimen, yang disebut CHAT-1, diklaim terkontaminasi simian immunodeficiency virus (SIV), grup virus yang endemik terhadap primata Afrika yang kemudian diterima oleh kalangan luas sebagai sumber dari HIV.
Kontroversi vaksin MMR
Pemerintah kemudian menemukan bahwa sejumlah vaksin disuntikkan melewati tanggal kedaluwarsa dan vaksinasi wajib MMR baru dihentikan setelah tiga anak meninggal dunia dan lebih dari 2.000 kasus efek samping bermunculan. Per 1993, pemerintah Jepang telah membayar $160.000 sebagai kompensasi kepada keluarga ketiga anak yang meninggal tersebut. Orang tua lainnya tidak menerima kompensasi karena pemerintah mengatakan bahwa tidak ada buktinya vaksin MMR menyebabkan autisme; mereka memutuskan menggugat produsen vaksin alih-alih pemerintah. Pengadilan distrik Osaka memutuskan pada 13 Maret 2003 bahwa kematian dua anak disebabkan oleh MMR bergalur Urabe di Jepang. Tahun 2006, Pengadilan Tinggi Osaka menyatakan dalam putusan lain bahwa negara bertanggung jawab atas kegagalannya mengawasi produsen vaksin campak-beguk-rubela yang mengakibatkan efek samping parah pada anak-anak.