Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Odaiba
Nama "Odaiba" berasal dari sebutan untuk enam pulau di Teluk Tokyo yang dibangun sebagai benteng oleh Keshogunan Tokugawa. Pembangunan pulau-pulau dan ""daiba"" (meriam-meriam yang diletakkan di sepanjang pantai) dimulai sejak tahun 1853 untuk melindungi Tokyo dari serangan yang datang dari arah laut. Pada waktu itu, Keshogunan Tokugawa menghadapi ancaman Angkatan Laut Amerika Serikat yang dipimpin Komodor Perry. Pada tahun 1928, sebuah pulau buatan yang disebut Dai-San Daiba (meriam nomor 3) dibuka sebagai Taman Metropolitan Daiba yang berkembang sekarang sebagai Odaiba.