Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Tempat suci dalam Sunni
Masjid Al Aqsha (, , arti harfiah: "masjid terjauh"), juga disebut dengan Baitul Maqdis atau Bait Suci (, , "Beit HaMikdash"), Al Haram Asy Syarif (, "al-Ḥaram asy-Syarīf", "Tanah Suci yang Mulia", atau , "al-Ḥaram al-Qudsī asy-Syarīf", "Tanah Suci Yerusalem yang Mulia"), Bukit Kuil (, "Har HaBáyit"), adalah nama sebuah kompleks seluas 144.000 meter persegi yang berada di Kota Lama Yerusalem. Kompleks ini menjadi tempat yang disucikan oleh umat Islam, Yahudi, dan Kristen. Tempat ini sering dikelirukan dengan Jami' Al Aqsha atau Masjid Al Qibli. Jami' Al Aqsha adalah masjid berkubah biru yang menjadi bagian dari kompleks Masjid Al Aqsha sebelah selatan, sedangkan Masjidil Aqsha sendiri adalah nama dari kompleks tersebut, yang di dalamnya tidak hanya terdiri dari Jami' Al Aqsha (bangunan berkubah biru) itu sendiri, tetapi juga Kubah Shakhrah (bangunan berkubah emas) dan berbagai situs lainnya.