Kereta Api Indonesia
PT Kereta Api Indonesia (Persero) (disingkat KAI atau PT KAI) adalah Badan Usaha Milik Negara Indonesia yang menyelenggarakan jasa angkutan kereta api. Layanan PT KAI meliputi angkutan penumpang dan barang. Pada akhir Maret 2007, DPR mengesahkan revisi Undang-Undang Nomor 13 Tahun 1992, yaitu Undang-Undang Nomor 23 Tahun 2007, yang menegaskan bahwa investor swasta maupun pemerintah daerah diberi kesempatan untuk mengelola jasa angkutan kereta api di Indonesia. Dengan demikian, pemberlakuan undang-undang tersebut secara hukum mengakhiri monopoli PT KAI dalam mengoperasikan kereta api di Indonesia.
Kereta komuter
Di wilayah Jakarta-Bogor-Depok-Tangerang-Bekasi, layanan KA komuter doperasikan oleh anak perusahaan PT Kereta Api Indonesia, yaitu PT Kereta Commuter Indonesia (PT KCI). Pada awal operasionalnya, PT KCI menggunakan KRL dengan kelas ekonomi, ekonomi AC dan ekspres AC. Namun sejak Juli 2011, rangkaian KRL ekonomi dan ekspres dihapuskan dan diganti seluruhnya dengan rangkaian ekonomi AC. Trayek yang dilayani kereta komuter di Jabodetabek adalah:
Seluruh stasiun yang ada di Jakarta digunakan sebagai stasiun pemberhetian kereta komuter Jabodetabek, termasuk Stasiun Tanjung Priok yang peremajaan dan penggunaannya kembali telah diresmikan oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 28 Maret 2009.