Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau Toba
Danau Toba adalah lokasi letusan gunung berapi super masif berkekuatan VEI 8 sekitar 69.000 sampai 77.000 tahun yang lalu yang memicu perubahan iklim global. Metode penanggalan terkini menetapkan bahwa 74.000 tahun yang lalu lebih akurat. Letusan ini merupakan letusan eksplosif terbesar di Bumi dalam kurun 25 juta tahun terakhir. Menurut teori bencana Toba, letusan ini berdampak besar bagi populasi manusia di seluruh dunia; dampak letusan menewaskan sebagian besar manusia yang hidup waktu itu dan diyakini menyebabkan penyusutan populasi di Afrika timur tengah dan India sehingga memengaruhi genetika populasi manusia di seluruh dunia sampai sekarang.