Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Bandar Pulau, Asahan
Kecamatan ini, dialiri oleh Sungai Asahan yang berhulu di Danau Toba dan berakhir di Tanjung Balai. Melalui sungai itulah Bandar Pulau menjadi kawedanan yang maju pada zaman penjajahan Belanda, dengan Bandar Pulau sebagai pusat perdagangan antara orang Toba yang membawa sayur mayur dengan orang Melayu dari Tanjung Balai yang membawa hasil laut.