Ibnu Rusyd
Pada tahun 1184, Khalifah Abu Yaqub wafat dan digantikan oleh Abu Yusuf Yaqub al-Mansur. Awalnya Ibnu Rusyd tetap memiliki hubungan baik dengan istana, dan tetap menjabat sebagai dokter istana tetapi pada 1195 situasinya berubah. Ia mendapat berbagai tuduhan, termasuk tuduhan mengajarkan aliran sesat, dan ia harus menghadapi pengadilan di Kordoba. Pengadilan memutuskan Ibnu Rusyd bersalah, menyatakan ajarannya sesat dan memerintahkan agar tulisan-tulisannya dibakar. Ibnu Rusyd diasingkan ke kota kecil Lucena, sebuah pemukiman Yahudi yang berada di sekitar Kordoba. Biografi-biografi klasik menyebutkan berbagai sebab memburuknya situasi Ibnu Rusyd ini, salah satunya karena Ibnu Rusyd dianggap menghina khalifah dalam tulisannya. Namun para sejarawan modern menganggap bahwa perlakuan keras terhadap Ibnu Rusyd ini bermotif politik. "Encyclopaedia of Islam" menyebutkan bahwa khalifah berusaha menjauhkan dirinya dari Ibnu Rusyd untuk mendapat simpati dan dukungan dari para ulama tradisional yang banyak menentang ajaran Ibnu Rusyd. Pada saat itu, khalifah sedang butuh dukungan para ulama untuk melancarkan perang melawan kerajaan-kerajaan Kristen. Sejarawan Majid Fakhry menulis bahwa banyak fukaha atau ahli fikih tradisional pada saat itu menentang Ibnu Rusyd dan menekan sang khalifah.
Ibnu Rusyd
Ibnu Rusyd juga menulis karya bertopik akidah atau teologi. Sumber-sumber akademis seperti Fakhry dan buku "Encyclopedia of Islam" menyebut tiga di antara karya Ibnu Rusyd yang dianggap mengandung inti pemikiran Ibnu Rusyd dalam topik ini. Yang pertama adalah "Fashl al-Maqal fi ma baina al-Hikmah wa asy-Syariah min al-Ittishal", sebuah tulisan yang mengajukan kesesuaian antara filsafat dan syariat Islam. Ia juga menulis "Al-Kasyf 'an Manahij al-'Adillah" ("Penjelasan Metode Pembukitan") yang berisi argumen Ibnu Rusyd untuk membuktikan keberadaan Tuhan (Allah), pendapat Ibnu Rusyd mengenai sifat-sifat dan perbuatan-Nya, dan juga beberapa kritik terhadap ajaran akidah Asy'ariyah. Selain itu, karya utamanya dalam bidang ini adalah kitab "Tahafut at-Tahafut" ("Kerancuan pada Kerancuan") yang merupakan balasan terhadap kitab terkenal "Tahafut al-Falasifah" ("Kerancuan para Filsuf") karya Al-Ghazali. Dalam "Tahafut al-Falasifah", Al-Ghazali mengkritik ilmu filsafat (terutama yang dibawakan Ibnu Sina) yang ia anggap tidak sesuai dengan akidah Islam. Al-Ghazali sendiri hidup pada tahun 1058–1111 dan telah wafat sebelum kelahiran Ibnu Rusyd, tetapi bukunya masih sangat berpengaruh pada masa Ibnu Rusyd. Tahafut karya Ibnu Rusyd mencoba membalas kritik Al-Ghazali dengan pemikiran-pemikiran yang dikembangkan Ibnu Rusyd di karya-karyanya sebelumnya. Selain membalas kritik, kitab ini juga mengkritik Ibnu Sina dan filsafatnya yang bercorak Neoplatonisme, bahkan kadang ia setuju dengan kritik Al-Ghazali terhadap Ibnu Sina.