Yerusalem
Baik orang Israel maupun Palestina mengklaim Yerusalem sebagai ibu kota mereka, sebab Israel mempertahankan lembaga-lembaga pemerintahan utamanya di sana dan Negara Palestina pada dasarnya memandang kota ini sebagai pusat kekuasaannya; bagaimanapun kedua klaim tersebut tidak ada satupun yang mendapat pengakuan luas secara internasional. Namun hingga kini pengelolaan kota Yerusalem dilakukan oleh Israel. Palestina, di sisi lain, memiliki tujuan untuk menjadikan Yerusalem Timur sebagai ibukota.
Quneitra
Quneitra adalah ibukota Kegubernuran Quneitra, yang wilayahnya meliputi seluruh Dataran Tinggi Golan. Namun Quneitra terletak di Suriah sementara Dataran Tinggi Golan secara keseluruhan dicaplok Israel. Aneksasi Israel ini tidak diakui oleh Dunia Internasional.