Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau Tōya
Danau Toya bisa dinikmati dengan cara menyusuri daerah perbukitan yang mengelilingi danau. Di kawasan perbukitan tersebut di sepanjang jalannya banyak terdapat resort peristirahatan dan restoran dengan pemandangan danau langsung. Cara lain yaitu menikmati nuansa danau dari dermaga yang ada di Kota Toyako, berjalan pelan-pelan sembari menikmati semilir angin dan pemandangan pegunungan yang melingkar melingkupi sekitaran danau. Cara ketiga yaitu dengan berlayar berkeliling Danau Toya, dengan tiket seharga 1320 Yen untuk satu tiket perjalanan berkeliling danau. Kapal tersebut bernama Espoir, berbentuk seperti benteng medieval atau kastil-kastil Eropa di masa lalu. Terdiri dari 4 dek dan di setiap deknya penumpang bebas menikmati danau.