Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Gereja Reformasi Belanda
Penyebaran agama Kristen di Indonesia yang terjadi pada masa penjajahan Belanda pada umumnya dilakukan oleh para zendeling yang berlatar belakang Gereja Reformasi Belanda sehingga tidak mengherankan bila kebanyakan gereja Protestan di Indonesia berasaskan sama dengan Gereja ini. Gereja-gereja tersebut antara lain adalah:Hingga kini kebanyakan Gereja-gereja tersebut di atas masih menjalin hubungan kerja sama yang erat dengan Gereja Reformasi Belanda meskipun kini telah menjelma menjadi Gereja Protestan di Belanda.