Papua
Provinsi Papua dulu mencakup seluruh wilayah Indonesia di Pulau Papua. Pada masa pemerintahan kolonial Hindia Belanda, wilayah ini dikenal sebagai Nugini Belanda ("Nederlands Nieuw-Guinea" atau "Dutch New Guinea"). Setelah berada bergabung dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia, wilayah ini dikenal sebagai Provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi Irian Jaya oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas Freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002.
Papua Barat
Setelah kedatangan bangsa Eropa, yaitu pada tahun 1660, sebuah perjanjian disepakati antara Tidore dan Ternate di bawah pengawasan Pemerintah Hindia Timur Belanda yang menyatakan bahwa semua wilayah Papua berada di wilayah kekuasaan Kesultanan Tidore. Perjanjian ini menunjukkan bahwa pada awalnya Pemerintah Belanda sebenarnya mengakui Papua sebagai bagian dari penduduk di kepulauan Nusantara.