Sistem imun
Gangguan pada sistem imun dapat berupa imunodefisiensi, penyakit autoimun, penyakit inflamasi, dan kanker. Imunodefisiensi dapat terjadi ketika sistem imun kurang aktif sehingga dapat menimbulkan infeksi berulang dan dapat mengancam jiwa. Pada manusia, imunodefisiensi dapat disebabkan karena faktor genetik seperti pada penyakit defisiensi imunitas kombinasi serta kondisi dapatan seperti sindrom defisiensi imun dapatan (AIDS) yang disebabkan oleh retrovirus HIV. Sebaliknya, penyakit autoimun menyebabkan sistem imun menjadi hiperaktif menyerang jaringan normal seakan-akan jaringan tersebut merupakan benda asing. Di satu sisi, ilmu pengetahuan pun terus berkembang dan manipulasi dalam kedokteran telah dilakukan. Penggunaan obat imunosupresif telah berhasil menekan sistem imun yang hiperaktif, dan penggunaan imunoterapi telah dilakukan untuk pengobatan kanker.
Sarkoma Kaposi
Infeksi KSHV tidak selalu menyebabkan sarkoma Kaposi. Masih tidak jelas faktor lain yang mungkin dibutuhkan, seperti kerusakan sistem imun, atau interaksi spesifik dengan HIV dan virus lainnya, namun, penelitian di Afrika telah menunjukan bahwa meskipun tidak ada HIV/AIDS, sarkoma Kaposi lebih umum pada laki-laki daripada wanita walaupun infeksi KSHV seimbang antar kedua jenis kelain. Hal ini menyebabkan diusulkan bahwa hormon seks mungkin melindungi atau memengaruhi sarkoma Kaposi pada orang yang terinfeksi dengan virus tersebut.