Biologi
Secara tradisional, kehidupan dibagi menjadi lima kingdom: Monera; Protista; Fungi; Plantae; Animalia. Namun, banyak ilmuwan yang menganggap sistem lima kingdom ini sudah ketinggalan zaman. Sistem klasifikasi modern biasanya dimulai dengan sistem tiga domain: Archaea (awalnya Archaebacteria); Bacteria (awalnya Eubacteria), dan Eukaryota (termasuk protista, fungi, tumbuhan, dan hewan) Domain tersebut didasarkan pada keberadaan nuklei pada sel, dan perbedaan komposisi kimia bagian luar sel.
Penghapusan sistem domain
Sebagai balasan bagi penyerahkan kewenangan turun-temurun mereka kepada pemerintah pusat, para "daimyo" diangkat kembali sebagai gubernur yang tidak turun-temurun di domain mereka sebelumnya (sekarang dinamai prefektur), dan diizinkan untuk menyimpan sepuluh persen dari pendapatan pajak, berdasarkan produksi aktual padi (yang nilainya lebih besar daripada produksi beras nominal, yang dahulu merupakan dasar atas kewajiban feodal mereka di bawah Keshogunan).