Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Gereja Reformed
Sebagian besar gereja Protestan di Indonesia, terutama di pulau Jawa, mendapat pengaruh Gereja Reformed, terutama dari badan misi Gereja Hervormd Belanda ("Nederlandse Hervormde Kerk" atau NHK) dan Gereja Gereformeered Belanda ("Gereformeerde Kerken in Nederland"). Selain itu gereja Reformed di Indonesia yang bercorak evangelistik (Injili) dikenal sebagai Gereja Reformed Injili Indonesia.