Stasiun Jakarta Kota
Sebenarnya, masih ada nama lain untuk Stasiun Jakarta Kota ini, yakni "Batavia Zuid" yang berarti Stasiun Batavia Selatan. Nama ini muncul karena pada akhir abad ke-19, Batavia sudah memiliki lebih dari dua stasiun kereta api. Satunya adalah Stasiun Batavia Noord (Batavia Utara) yang terletak di sebelah selatan Museum Sejarah Jakarta sekarang. Batavia Noord pada awalnya merupakan milik perusahaan kereta api Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij, dan merupakan terminus untuk jalur Batavia-Buitenzorg. Pada tahun 1913 jalur Batavia-Buitenzorg ini dijual kepada pemerintah Hindia Belanda dan dikelola oleh Staatsspoorwegen. Pada waktu itu kawasan Jatinegara dan Tanjung Priok belum termasuk gemeente Batavia.
Stasiun Batavia
Setelah pengambil alihan oleh Staatsspoorwegen pada tahun 1913, stasiun ini dinamakan Batavia Noord yang terpisah 200 m dari bekas stasiun BOS yang terletak di sebelah selatan, yang juga disebut Batavia Zuid. Pada tahun 1923, stasiun ini untuk sementara menjadi stasiun pusat dan diperbesar baik bangunan maupun emplasemennya. Stasiun ini mengambil alih peran Batavia Zuid sehubungan dengan rencana pembangunan stasiun baru yang lebih besar di lokasi itu. Stasiun tersebut memiliki peron-peron yang sederhana dan dilengkapi dengan listrik untuk kereta ke Stasiun Tanjung Priok, Stasiun Meester Cornelis dan Stasiun Manggarai. Sempat direncanakan untuk membangun atap peron yang rendah, namun tidak pernah terwujud. Stasiun ini kemudian ditutup sehubungan dengan digunakannya stasiun baru Batavia Stad pada tahun 1929 yang telah selesai dikerjakan.