Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau Laut Tawar
Danau Laut Tawar adalah sebuah danau dan kawasan wisata yang terletak di Dataran Tinggi Gayo, Kabupaten Aceh Tengah, Aceh. Disisi barat danau ini terdapat sebuah kota kabupaten yaitu kota Takengon, yang juga merupakan ibu kota Kabupaten Aceh Tengah. Suku Gayo menyebut danau ini dengan sebutan Danau "Lut Tawar". Luasnya kira-kira 5.472 hektare dengan panjang 17 km dan lebar 3,219 km. Volume airnya kira-kira 2.537.483.884 m³ (2,5 triliun liter).
Ditemukan 46 jenis plankton yang terbagi atas 11 kelas di Danau Laut Tawar, dengan rincian kelas "Chlorophyceae" sebesar 35%, "Bacillariophyceae" 24%, "Myxophyceae" 9%, dan kelas lain sebesar 32%. "Hydrilla sp.", eceng gondok, dan kiambang juga dapat ditemukan hidup di pinggiran danau.