Gereja Metodis
Gereja Methodis berkembang dari Gereja Anglikan di Inggris. Karena Indonesia tidak banyak mendapatkan pengaruh Inggris, maka Gereja Methodis di Indonesia pun tidak begitu besar. Lain halnya dengan negara-negara lain yang pernah menjadi wilayah kekuasaan Inggris, Gereja Methodis umumnya berkembang cukup besar. Di Malaysia, Singapura, Fiji, Papua Niugini, Australia, dll., misalnya, Gereja Methodis adalah Gereja Protestan terbesar. Dengan jumlah anggota sekitar 20 juta orang yang tersebar di berbagai kelompok, Gereja Methodis diperkirakan adalah Gereja Protestan terbesar kedua di Amerika Serikat setelah Gereja Baptis.
Gereja Presbiterian
Karena pengaruh Belanda, mayoritas Gereja-gereja Protestan di Indonesia pada umumnya mengikuti tradisi Hervormd, yang merupakan tradisi utama Protestanisme di Belanda. Gereja-gereja Hervormd juga menelusuri latar belakangnya kepada Yohanes Calvin, sehingga pada dasarnya Gereja-gereja Protestan di Indonesia pada umumnya pun memiliki banyak kesamaan dengan Gereja Presbiterian.