Danau Toba
Kejadian ini menyebabkan kematian massal dan kepunahan pada beberapa spesies makhluk hidup. Menurut beberapa bukti DNA, letusan ini juga menyusutkan jumlah manusia sampai sekitar 60% dari jumlah populasi manusia bumi saat itu, yaitu sekitar 60 juta manusia. Letusan itu juga ikut menyebabkan terjadinya zaman es, walaupun para ahli masih memperdebatkannya. Setelah letusan tersebut, terbentuk kaldera yang kemudian terisi oleh air dan menjadi yang sekarang dikenal sebagai Danau Toba. Tekanan ke atas oleh magma yang belum keluar menyebabkan munculnya Pulau Samosir.
Tim peneliti multidisiplin internasional, yang dipimpin oleh Dr. Michael Petraglia, mengungkapkan dalam suatu konferensi pers di Oxford, Amerika Serikat bahwa telah ditemukan situs arkeologi baru yang cukup spektakuler oleh para ahli geologi di selatan dan utara India. Di situs itu terungkap bagaimana orang bertahan hidup, sebelum dan sesudah letusan gunung berapi (supervolcano) Toba pada 74.000 tahun yang lalu, dan bukti tentang adanya kehidupan di bawah timbunan abu Gunung Toba. Padahal sumber letusan berjarak 3.000 mil, dari sebaran abunya.
Kepulauan Ryukyu
Kepulauan Ryukyu, dalam bahasa Jepang disebut , adalah kepulauan yang terletak di Samudra Pasifik di sebelah timur Laut Tiongkok Timur. Kepulauan ini terbentang dari pulau Kyūshū hingga Taiwan. Kepulauan ini secara administratif terbagi menjadi Kepulauan Satsunan di utara, masuk kedalam Prefektur Kagoshima, dan Ryukyu Shotō di selatan, masuk kedalam Prefektur Okinawa, Jepang. Pulau terbesar di kepulauan ini adalah Pulau Okinawa.
Kepulauan Ryukyu diakui oleh ahli ekologi sebagai ekoregion hutan basah berdaun lebar subtropis yang berbeda. Flora dan fauna dari pulau-pulau memiliki banyak kesamaan dengan Taiwan, Filipina, dan Asia Tenggara, dan merupakan bagian dari wilayah biogeografi (ecozone) Indomalaya.
Terumbu karang di Kepulauan Ryukyu merupakan salah satu dari 200 wilayah ekologi Global World Wildlife Fund. Terumbu karang di Kepulauan Ryukyu terancam oleh sedimentasi dan eutrofikasi, sebagian besar merupakan hasil pertanian serta kerusakan dari memancing.
Daftar berikut ini didasarkanpada nama-nama geografis Jepang saat ini: