Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Teluk Poso
Sebuah penelitian yang berlangsung pada bulan Mei 2017 mengungkapkan bahwa teluk ini memiliki nilai klorofil, salinitas dan SPL terbanyak, serta memenuhi kriteria penangkapan ikan cakalang—bersama dengan Teluk Tolo. Teluk ini juga memiliki potensi ikan air tawar tertinggi berupa ikan sidat, karena faktor kedalaman Teluk Tomini serta keberadaan Danau Poso di dataran tinggi.