Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Pulau Kakaban
Pulau Kakaban menarik perhatian turis-turis mancanegara dengan beberapa keunikannya, salah satunya adanya danau di pulau tersebut yaitu Danau Kakaban. Yang mana pada danau tersebut diisi oleh campuran dari air hujan dan rembesan air laut dari pori-pori tanah dan membuat suatu habitat endemik yang berbeda pada kebanyakan kawasan danau lain di dunia, selain Danau Kakaban ada satu lagi danau dengan air payau yaitu di Kepulauan Palau, Mikronesia. Di danau Kakaban dapat di temukan jenis ubur - ubur yang tidak menyengat, diperkirakan ribuan tahun yang lalu ubur - ubur tersebut terperangkap dan berevolusi untuk dapat berfotosintesis di mana hampir tidak ada hewan lain mampu melakukannya, ada empat jenis ubur ubur di danau Kakaban antara lain golden Jellyfish dan Moon Jellyfish. Disamping danau Kakaban juga terdapat Kehe Daeng yang artinya Lobang Ikan, disaat air laut surut goa sempit yang semula terendam akan muncul di permukaan sehingga terumbu yang berwarna warni serta serta bintang laut dapat dengan mudah disentuh.