Yerusalem
Baik orang Israel maupun Palestina mengklaim Yerusalem sebagai ibu kota mereka, sebab Israel mempertahankan lembaga-lembaga pemerintahan utamanya di sana dan Negara Palestina pada dasarnya memandang kota ini sebagai pusat kekuasaannya; bagaimanapun kedua klaim tersebut tidak ada satupun yang mendapat pengakuan luas secara internasional. Namun hingga kini pengelolaan kota Yerusalem dilakukan oleh Israel. Palestina, di sisi lain, memiliki tujuan untuk menjadikan Yerusalem Timur sebagai ibukota.
Yerusalem
Periode ini, ketika Kanaan merupakan bagian dari kerajaan Mesir, bersesuaian dengan catatan Alkitab tentang invasi Yosua. Dalam Alkitab, Yerusalem didefinisikan berada dalam wilayah yang dialokasikan bagi Suku Benyamin kendati diduduki oleh kaum Yebus. Daud dikatakan telah menaklukkan daerah-daerah ini dalam Pengepungan Yebus, dan memindahkan ibu kotanya dari Hebron ke Yerusalem di mana kemudian menjadi ibu kota dari suatu Kerajaan Israel bersatu, serta salah satu dari beberapa pusat keagamaannya. Keputusan ini mungkin didasari oleh fakta bahwa Yerusalem tidak membentuk bagian dari sistem kesukuan Israel, dan dengan demikian cocok untuk berfungsi sebagai pusat federasi tersebut. Ada perbedaan pendapat mengenai apakah sebuah Struktur Batu Besar dan sebuah Struktur Batu Bertingkat di dekatnya dapat diidentifikasi sebagai istana Raja Daud, atau berasal dari periode selanjutnya.