Pestisida
Pestisida juga dapat diklasifikasikan berdasarkan mekanisme biologisnya dan metode penerapannya. Kebanyakan pestisida bekerja dengan meracuni hama. Pestisida sistemik diserap oleh tanaman dan bergerak di dalam tanaman sehingga meracuni hama yang menghisap nutrisi tanaman. Insektisida dan fungisida bergerak melalui xylem. Insektisida sistemik dapat membahayakan serangga non target, bahkan serangga yang menguntungkan seperti lebah dan polinator lainnya, karena sinsektisida sistemik juga bergerak dari dalam tubuh tumbuhan ke bunga.
Pertanian organik
Ada lima jenis pestisida alami (berupa hasil tambang murni atau identik alami) yang digunakan dalam pertanian organik, yaitu toksin bakteri, piretrin, rotenon, tembaga, dan sulfur. Namun petani organik pengguna pestisida jenis tersebut sangatlah sedikit; sebagian besar tidak menggunakan pestisida sama sekali. Hanya 10 persen petani organik yang menggunakan pestisida berbahan dasar tumbuhan, 12 persen menggunakan sulfur, dan 7 persen menggunakan pestisida berbahan dasar tembaga.