Stasiun Jakarta Kota
Yang pertama, nama "Beos" mengacu pada nama stasiun Batavia BOS "Bataviasche Oosterspoorweg Maatschapij" (Maskapai Angkutan Kereta Api Batavia Timur), yang berada pada lokasi yang sama sebelum dibongkar. Perusahaan ini adalah sebuah perusahaan kereta api swasta yang menghubungkan Batavia dengan Kedunggedeh. Versi lain, "Beos" berasal dari kata "Batavia En Omstreken", yang artinya "Batavia dan Sekitarnya", yang berasal dari fungsi stasiun sebagai pusat transportasi kereta api yang menghubungkan Kota Batavia dengan kota lain seperti "Bekassie" (Bekasi), "Buitenzorg" (Bogor), "Parijs van Java" (Bandung), "Karavam" (Karawang), dan lain-lain.
Stasiun Batavia
Setelah pengambil alihan oleh Staatsspoorwegen pada tahun 1913, stasiun ini dinamakan Batavia Noord yang terpisah 200 m dari bekas stasiun BOS yang terletak di sebelah selatan, yang juga disebut Batavia Zuid. Pada tahun 1923, stasiun ini untuk sementara menjadi stasiun pusat dan diperbesar baik bangunan maupun emplasemennya. Stasiun ini mengambil alih peran Batavia Zuid sehubungan dengan rencana pembangunan stasiun baru yang lebih besar di lokasi itu. Stasiun tersebut memiliki peron-peron yang sederhana dan dilengkapi dengan listrik untuk kereta ke Stasiun Tanjung Priok, Stasiun Meester Cornelis dan Stasiun Manggarai. Sempat direncanakan untuk membangun atap peron yang rendah, namun tidak pernah terwujud. Stasiun ini kemudian ditutup sehubungan dengan digunakannya stasiun baru Batavia Stad pada tahun 1929 yang telah selesai dikerjakan.