Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Konflik Israel–Palestina
3 April 1949. Israel dan Arab bersepakat melakukan gencatan senjata. Israel mendapat kelebihan wilayah 50 persen lebih banyak dari yang diputuskan dalam Rencana Pemisahan PBB.13 September 1993. Israel dan PLO bersepakat untuk saling mengakui kedaulatan masing-masing. Pada Agustus 1993, Arafat duduk semeja dengan Perdana Menteri Israel Yitzhak Rabin. Hasilnya adalah Kesepakatan Oslo. Rabin bersedia menarik pasukannya dari Tepi Barat dan Jalur Gaza serta memberi Arafat kesempatan menjalankan sebuah lembaga semiotonom yang bisa "memerintah" di kedua wilayah itu. Arafat "mengakui hak Negara Israel untuk eksis secara aman dan damai".
28 September 1995. Implementasi Perjanjian Oslo. Otoritas Palestina segera berdiri.
September 1996. Kerusuhan terowongan Al-Aqsa. Israel sengaja membuka terowongan menuju Masjidil Aqsa untuk memikat para turis, yang justru membahayakan fondasi masjid bersejarah itu. Pertempuran berlangsung beberapa hari dan menelan korban jiwa.