Alga
Dalam taksonomi paling modern, alga-alga eukariotik meliputi filum/divisio berikut ini. Perlu disadari bahwa pengelompokan semua alga eukariotik sebagai Protista dianggap tidak valid lagi karena sebagian alga (misalnya alga hijau dan alga merah) lebih dekat kekerabatannya dengan tumbuhan daripada eukariota bersel satu lainnya.
Hormogonales
Hubungan kekerabatan dengan golongan tumbuh-tumbuhan lain masih belum terang. hubungan dengan flagellata yang bagi ganggang lainnya dapat di tunjukkan, tidak tampak bagi Cyanophyceae. mengingat bentuk dan susunan tubuhnya, ada kemungkinan alga biru mempunyai hubungan dengan bakteri tetapi rupa-rupanya dengan penyelidikan lebih mendalam kemungkinan itu makin tipis. melihat belum adanya diferensiasi isi selnya, ganggang ini harus di golongkan makhluk kuno yang sudah hidup pada zaman pra-kambrium 600 juta tahun yang lalu.