Stasiun Jakarta Kota
Sebenarnya, masih ada nama lain untuk Stasiun Jakarta Kota ini, yakni "Batavia Zuid" yang berarti Stasiun Batavia Selatan. Nama ini muncul karena pada akhir abad ke-19, Batavia sudah memiliki lebih dari dua stasiun kereta api. Satunya adalah Stasiun Batavia Noord (Batavia Utara) yang terletak di sebelah selatan Museum Sejarah Jakarta sekarang. Batavia Noord pada awalnya merupakan milik perusahaan kereta api Nederlandsch-Indische Spoorweg Maatschappij, dan merupakan terminus untuk jalur Batavia-Buitenzorg. Pada tahun 1913 jalur Batavia-Buitenzorg ini dijual kepada pemerintah Hindia Belanda dan dikelola oleh Staatsspoorwegen. Pada waktu itu kawasan Jatinegara dan Tanjung Priok belum termasuk gemeente Batavia.
Jalur kereta api lintas Jakarta
Pembangunan jalur kereta api lainnya juga dilakukan oleh Bataviasche Oosterspoorweg Maatschappij (BOSM). BOSM adalah perusahaan kereta api swasta dan mendapat konsesi izin pembangunan jalur kereta api di lintas Batavia Timur. BOSM membangun segmen jalur kereta api Batavia–Karawang yang mulai beroperasi pada tahun 1887. Untuk menunjang operasional, BOSM mempunyai stasiun sendiri di Batavia, namanya Batavia BOSM.