Kota Ternate
Sejak saat itu, Pulau Ternate sekaligus menjadi pusat tiga kekuatan. yaitu Spanyol di Gam Lamo, sedangkan Ternate dan Belanda di bagian timur pulau, di benteng VOC atau Fort Oranje, dan sekitarnya. Tidak mudah bagi Ternate untuk melepaskan diri dari campur tangan kekuasaan asing Eropa. Ketika Portugis bercokol di kesultanan ini, selain memperoleh hak monopoli dalam tata niaga rempah-rempah dan izin mendirikan benteng di Gam Lamo, Portugis juga ingin mencampuri urusan pemerintahan Ternate. Bahkan sejak 1532, Portugis mulai bersiasat memengaruhi proses pengangkatan sultan-sultan Ternate. Keadaan ini baru berakhir setelah Portugis terusir. Tetapi, setelah Kompeni Belanda datang, campur tangan dalam pengangkatan sultan Ternate juga menjadi salah satu kebijakannya. Mulai dari Sultan Mandarsyah, setiap pergantian sultan Ternate harus dengan persetujuan Kompeni.
Kota Tidore Kepulauan
Transportasi yang ada di kota ini adalah mikrolet, becak motor, ojek . Untuk ke kota ini, bisa di tempuh dari kota Ternate dengan feri dengan waktu tempuh 30 menit dan "speedboat" yang waktu tempuhnya tak sampai 10 menit dari Ternate. Di kota ini juga terletak Kelurahan Sofifi, Kecamatan Oba Utara yang merupakan ibukota defenitif provinsi Maluku Utara. Rencananya setelah infrastruktur pemerintahan dan fasilitas lainnya dibangun, aktivitas pemerintahan akan dipindahkan dari Ternate ke daerah ini. Sofifi berada di kecamatan Oba Utara pulau Halmahera. Untuk diketahui, wilayah Kota Tidore Kepulauan terdiri dari Kecamatan Tidore Utara, Kecamatan Tidore Selatan, Tidore Timur dan Kecamatan Tidore (terletak di pulau Tidore) dan Kecamatan Oba, Oba Tengah, Oba Selatan serta Kecamatan Oba Utara (terletak di pulau Halmahera).