Atom
Berdasarkan definisi, dua atom dengan jumlah "proton" yang identik dalam intinya termasuk ke dalam unsur kimia yang sama. Atom dengan jumlah proton sama namun dengan jumlah "neutron" berbeda adalah dua isotop berbeda dari satu unsur yang sama. Sebagai contohnya, semua hidrogen memiliki satu proton, namun terdapat satu isotop hidrogen yang tidak memiliki neutron (hidrogen-1), satu isotop yang memiliki satu neutron (deuterium), dua neutron (tritium), dll. Hidrogen-1 adalah bentuk isotop hidrogen yang paling umum. Kadang-kadang ia disebut sebagai protium. Semua isotop unsur yang bernomor atom lebih besar daripada 82 bersifat radioaktif.
Antihidrogen
Menurut teorema CPT (muatan, paritas, dan waktu) dari fisika partikel, atom-atom antihidrogen harus memiliki banyak sifat yang dimiliki oleh atom hidrogen biasa, yaitu mereka harus memiliki massa, momen magnet, dan frekuensi transisi yang sama (lihat spektroskopi atom) di antara status-status kuantum atomnya. Misalnya, atom-atom antihidrogen yang bergerak diharapkan memancarkan cahaya yang sewarna dengan yang dipancarkan oleh atom-atom hidrogen biasa. Atom-atom antihidrogen harus tertarik pada materi atau antimateri lain secara gravitasional dengan gaya yang sama besarnya dengan yang dialami oleh atom-atom hidrogen biasa. Ini akan menjadi tidak benar jika antimateri memiliki massa gravitasi negatif, yang dirasa sangat mustahil, meskipun belum terbukti secara empirik.