Yerusalem
Baik orang Israel maupun Palestina mengklaim Yerusalem sebagai ibu kota mereka, sebab Israel mempertahankan lembaga-lembaga pemerintahan utamanya di sana dan Negara Palestina pada dasarnya memandang kota ini sebagai pusat kekuasaannya; bagaimanapun kedua klaim tersebut tidak ada satupun yang mendapat pengakuan luas secara internasional. Namun hingga kini pengelolaan kota Yerusalem dilakukan oleh Israel. Palestina, di sisi lain, memiliki tujuan untuk menjadikan Yerusalem Timur sebagai ibukota.
Negev
Pengembangan pertambangan pada abad ke-9 SM di daerah Negev dan Edom (sekarang Yordania) bertepatan dengan munculnya Kerajaan Asyur. Beersheba menjadi ibukota daerah ini dan pusat perdagangan pada abad ke-8 SM. Pemukiman kecil orang Israel di daerah sekitar ibukota muncul antara tahun 1020 dan 928 SM.