Kabupaten Halmahera Tengah
Kabupaten Halmahera Tengah terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesar di Maluku Utara dengan beberapa pulau/kepulauan di samping Halmahera sebagai induknya. Kabupaten Halmahera Tengah juga memiliki 37 pulau kecil dimana hanya ada dua pulau yang memiliki penduduk yaitu Pulau Gebe dan Pulau Yoi.
Kabupaten Halmahera Utara
Selain kawasan pesisir, wilayah Kabupaten Halmahera Utara memiliki pulau-pulau kecil yang berkarakteristik spesifik, terisolasi dan mempunyai lingkungan yang khusus dengan proporsi spesies endemik yang tinggi serta karakteristik sosial ekonomi dan sosial budaya yang spesifik pula. Sebagian besar pulau-pulau kecil di Kabupaten Halmahera Utara bertipe vulkanik dan pulau karang, tipe pulau ini dapat terlihat di sekitar Pulau Morotai dan beberapa pulau-pulau kecil lainnya.