Nahdlatul 'Ulama
Merupakan pelaksana program Nahdlatul Ulama (NU) yang memerlukan penanganan khusus. Berdasarkan perubahan AD/ART hasil Muktamar 33 NU di Jombang, Lajnah Nahdlatul Ulama digantikan dengan lembaga. Semula ada 3 (tiga) Lajnah yaitu:
SMK Nahdlatul Ulama Balikpapan
Pondok Pesantren Modern Al-Muttaqien Balikpapan awalnya hanya memiliki jenjang pendidikan Raudlatul Athfal (RA) Al-Muttaqien, Madrasah Ibtidaiyah Al-Muttaqien dan Madrasah Tsanawiyah Al-Muttaqien, namun belum memiliki jenjang pendidikan Lanjutan Tingkat Atas sementara minat siswa-siswi sangat tinggi untuk melanjutkan dan tetap di pesantren. Atas pertimbangan tersebut maka terjalin kerjasama dengan LP Ma'arif NU Balikpapan dan YPPM Al-Muttaqien Balikpapan sehingga berdiri SMK Nahdlatul Ulama Balikpapan yang berlokasi di lingkungan Pondok Pesantren Modern Al Muttaqien Balikpapan.