Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Masjid Al-Aqsha
Pada tanggal 28 September 2000, Ariel Sharon dan para anggota Partai Likud beserta 1.000 orang penjaga bersenjata, melakukan kunjungan ke Al Aqsha. Hal ini membuat sekelompok besar orang Palestina datang untuk memprotes kunjungan tersebut. Setelah Sharon dan para anggota Partai Likud meninggalkan lokasi, demonstrasi meletus menjadi kerusuhan dan sekelompok orang Palestina yang berada di Al Aqsha mulai melemparkan batu dan benda-benda lainnya kepada polisi anti huru hara Israel. Polisi menembakkan gas air mata dan peluru karet kepada kerumunan demonstran, sehingga melukai 24 orang. Kunjungan tersebut memicu gerakan perlawanan rakyat Palestina selama lima tahun, yang biasa disebut sebagai Intifadah Al Aqsha. Pada tanggal 29 September, pemerintah Israel mengerahkan 2.000 polisi anti huru hara ke masjid ini. Sekelompok orang Palestina yang meninggalkan masjid setelah shalat Jumat mulai melempari polisi dengan batu. Polisi kemudian menyerbu kompleks masjid serta menembakkan baik peluru tajam maupun peluru karet kepada kelompok Palestina tersebut, sehingga jatuh korban empat orang tewas dan sekitar 200 orang lainnya luka-luka.