Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Gereja Masehi Injili di Timor
Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT) adalah salah satu gereja yang tergabung dalam Gereja Protestan di Indonesia (GPI). Gereja ini terletak di provinsi Nusa Tenggara Timur (NTT). Gereja ini berdiri pada 31 Oktober 1947. Pada tahun 1948, gereja ini tergabung dalam "World Christian Conference" (WCC). Setelah tergabung dalam WCC, gereja ini juga tergabung dalam Dewan Gereja-gereja di Indonesia (DGI), yang sekarang disebut Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia (PGI) pada tahun 1950.