Yerusalem
Pada tanggal 5 Desember 1949, Perdana Menteri pertama Israel, David Ben-Gurion, memproklamirkan Yerusalem sebagai ibu kota Israel, dan sejak saat itu semua cabang pemerintahan Israel—legislatif, yudisial, dan eksekutif—berada di sana, kecuali Kementerian Pertahanan yang mana terletak di HaKirya di Tel Aviv. Pada saat proklamasi tersebut Yerusalem terbagi antara Israel dan Yordania, karenanya hanya Yerusalem Barat yang diproklamasikan sebagai ibu kota Israel.
Yerusalem
Setelah tahun 1948, sejak keseluruhan Kota Lama berada di bagian timur garis gencatan senjata, Yordania mengambil alih kendali atas semua tempat suci di wilayah tersebut. Tempat-tempat suci Muslim dipertahankan dan direnovasi, sedangkan, bertentangan dengan ketentuan-ketentuan dalam perjanjian gencatan senjata, kaum Yahudi tidak diberikan akses ke tempat-tempat suci mereka dan banyak di antaranya dihancurkan atau dicemarkan. Yordania hanya mengizinkan akses yang sangat terbatas ke tempat-tempat suci Kristen, dan berbagai pembatasan diberlakukan terhadap penduduk Kristen sehingga menyebabkan banyak di antaranya meninggalkan kota ini. Dari 58 sinagoga yang terletak di dalam Kota Lama, setengahnya dirobohkan atau dikonversi menjadi kandang kuda dan kandang ayam selama 19 tahun berikutnya, termasuk Sinagoga Tiferet Yisrael dan Hurba. Pemakaman Yahudi Bukit Zaitun yang berusia 3.000 tahun dicemari; dikatakan bahwa batu-batu nisannya digunakan untuk membangun berbagai fortifikasi tentara Yordania, jamban, dan jalan. 38.000 makam dalam Pemakaman Yahudi tersebut dihancurkan, dan orang-orang Yahudi dilarang dimakamkan di sana. Tembok Barat (Tembok Ratapan) diubah menjadi sebuah tempat suci khusus kaum Muslim yang dihubungkan dengan "al-Buraq". Otoritas Israel menelantarkan makam-makam dalam Pemakaman Mamilla milik kaum Muslim di Yerusalem Barat, yang mana berisikan jenazah figur-figur dari periode Islam awal, memfasilitasi pembuatan sebuah tempat parkir dan toilet-toilet umum di sebagian besar area tersebut pada tahun 1964. Banyak bangunan penting keagamaan dan bersejarah lainnya yang dihancurkan dan diganti dengan bangunan-bangunan modern selama pendudukan Yordania. Selama periode ini, Kubah Shakhrah dan Masjid al-Aqsa mengalami renovasi besar.
Selama perang tahun 1948 tersebut, penduduk Yahudi di Yerusalem Timur diusir keluar oleh Legiun Arab dari Yordania. Otoritas Yordania mengizinkan para pengungsi Palestina keturunan Arab akibat perang tersebut untuk menetap di Kawasan Yahudi yang telah ditinggalkan penghuni sebelumnya itu, dan kawasan ini menjadi dikenal dengan nama "Harat al-Sharaf". Pada tahun 1966, otoritas Yordania merelokasi 500 dari antara mereka ke kamp pengungsi Shuafat sebagai bagian dari rencana untuk mengubah kawasan Yahudi itu menjadi taman publik.