Partai Komunis Indonesia
Ketika gagasan tentang Malaysia berkembang, PKI maupun Partai Komunis Malaya menolaknya, dan baik PKI maupun Partai Komunis Malaya menganggap pembentukan Malaysia sebagai proyek neo-kolonialisme dan neo-imperialisme Inggris dan sekutunya.
Komunisme
Kehancuran PKI fase awal bermula dengan adanya Persetujuan Prambanan yang memutuskan akan ada pemberontakan besar-besaran di seluruh Hindia Belanda. Tan Malaka yang tidak setuju karena Komunisme di Indonesia kurang kuat mencoba menghentikan, namun para tokoh PKI lainnya tidak menggubris usulan tersebut, kecuali mereka yang ada di pihak Tan Malaka. Pemberontakan terjadi pada tahun 1926-1927 yang berakhir dengan kekalahan PKI. Para tokoh PKI menyalahkan Tan Malaka atas kegagalan tersebut, karena telah mencoba menghentikan pemberontakan dan memengaruhi cabang-cabang PKI.