Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau Kakaban
Selain itu di pinggiran pantainya juga tumbuh hutan bakau, yang dihuni oleh banyak jenis kepiting, teripang, dan ular laut. Banyak sekali jenis-jenis hewan yang belum diidentifikasi di kawasan ini. Dr. Thomas Tomascik, seorang ahli kelautan berkebangsaan Kanada, mengatakan Pulau Kakaban merupakan surga kekayaan biologi yang ada di Indonesia.
Misteri bagaimana hewan dan tumbuhan yang terisolasi dalam danau ini merupakan salah satu objek yang sangat diminati oleh ilmuwan untuk diungkap. Karena itu laut ini memang pantas menjadi objek konsevasi alam yang harusnya dilindungi dan dilestarikan.