Hamas
Pada bulan Juni 2008, sebagai bagian dari gencatan senjata yang ditengahi Mesir, Hamas menghentikan serangan roket ke Israel dan melakukan beberapa upaya untuk mencegah serangan oleh organisasi lain. Setelah masa tenang selama empat bulan, konflik meningkat ketika Israel melakukan aksi militer dengan tujuan untuk mencegah penculikan yang direncanakan oleh Hamas, menggunakan terowongan yang digali di bawah pagar keamanan perbatasan, dan menewaskan tujuh operator Hamas. Sebagai pembalasan, Hamas menyerang Israel dengan rentetan roket.] Pada akhir Desember 2008, saat Israel menyerang Gaza dan menarik pasukannya dari wilayah pada pertengahan Januari 2009. Setelah Perang Gaza, Hamas terus memerintah Jalur Gaza dan Israel mempertahankan blokade ekonomi. Pada tanggal 4 Mei 2011, Hamas dan Fatah mengumumkan perjanjian rekonsiliasi yang menyediakan untuk "pembentukan pemerintah Palestina sementara secara bersama" sebelum pemilihan nasional yang dijadwalkan pada 2012. Menurut laporan berita Israel yang mengutip pemimpin Fatah Mahmud Abbas, sebagai syarat bergabung dengan PLO, Khalid Mishaal setuju untuk menghentikan "perjuangan bersenjata" melawan Israel dan menerima Negara Palestina dalam perbatasan tahun 1967, di samping Israel.
Terorisme negara
Israel terlibat dalam operasi militer dan taktik-taktik yang kontroversial. Menurut mantan Menteri Pendidikan Israel Shulamit Aloni, "teror yang digunakan Israel di wilayah Palestina lebih buruk dari terorisme Palestina." Perdana Menteri Turki Recep Tayyip Erdoğan dan pendiri CNN Ted Turner juga menunjuk tindakan-tindakan Israel sebagai terorisme negara. Contoh tindakan-tindakan Israel yang dikritik melanggar hak asasi manusia antara lain, serangan-serangan ke teritori Palestina, pelecehan dan penggunaan rakyat sipil Palestina sebagai tameng manusia, operasi-operasi pembunuhan yang dilakukan Israel dan Mossad, serta operasi pembunuhan tokoh Arab yang menimbulkan korban sipil besar. Misalnya, upaya pembunuhan Yasser Arafat pada 1982 menewaskan 200 orang di Beirut, dan upaya lain menewaskan 73 orang di Tunis..