Danau Toba
Diperkirakan Danau Toba terbentuk saat ledakan sekitar 69.000-77.000 tahun yang lalu dan merupakan letusan supervolcano (gunung berapi super) yang paling baru. Bill Rose dan Craig Chesner dari Michigan Technological University memperkirakan bahwa jumlah total material pada letusan sekitar 2.800 km -sekitar 2.000 km dari Ignimbrit yang mengalir di atas tanah, dan sekitar 800 km yang jatuh sebagai abu terutama ke barat. Aliran piroklastik dari letusan menghancurkan area seluas 20.000 km, dengan deposito abu setebal 600 m dengan kawah utama.
Danau Kyoga
Danau Kyoga (juga dieja Kioga) adalah sebuah danau dangkal besar seluas sekitar 1.720 km² dan berada pada ketinggian 914 meter. Sungai Nil Victoria mengalir melalui danau ini dalam perjalanannya dari Danau Victoria menuju Danau Albert. Air yang mengalir dari Danau Victoria diatur menggunakan Pembangkit Listrik Nalubaale di Jinja. Sumber air lainnya adalah kawasan Gunung Elgon di perbatasan Uganda dan Kenya. Meskipun Danau Kyoga merupakan bagian dari sistem Danau-Danau Besar, danau tersebut bukanlah salah satu dari Danau Besar. Danau Kwania, sebuah danau yang lebih kecil tetapi lebih dalam, terletak dekat Danau Kyoga.