Bakteri
Bakteri merupakan mikroorganisme ubikuotus, yang berarti melimpah dan banyak ditemukan di hampir semua tempat. Habitatnya sangat beragam; lingkungan perairan, tanah, udara, permukaan daun, dan bahkan dapat ditemukan di dalam organisme hidup. Diperkirakan total jumlah sel mikroorganisme yang mendiami muka bumi ini adalah 5x10. Bakteri dapat ditemukan di dalam tubuh manusia, terutama di dalam saluran pencernaan yang jumlah selnya 10 kali lipat lebih banyak dari jumlah total sel tubuh manusia. Oleh karena itu, kolonisasi bakteri sangatlah mempengaruhi kondisi tubuh manusia.
Terdapat beragam jenis bakteri yang mampu menghabitasi daerah saluran pencernaan manusia, terutama pada usus besar, diantaranya adalah bakteri asam laktat dan kelompok enterobacter . Contoh bakteri yang biasa ditemukan adalah "Lactobacillus acidophilus". Di samping itu, terdapat pula kelompok bakteri lain, yaitu probiotik, yang bersifat menguntungkan karena dapat menunjang kesehatan dan bahkan mampu mencegah terbentuknya kanker usus besar. Selain di dalam saluran pencernaan, bakteri juga dapat ditemukan di permukaan kulit, mata, mulut, dan kaki manusia. Di dalam mulut dan kaki manusia terdapat kelompok bakteri yang dikenal dengan nama metilotrof, yaitu kelompok bakteri yang mampu menggunakan senyawa karbon tunggal untuk menyokong pertumbuhannya. Di dalam rongga mulut, bakteri ini menggunakan senyawa dimetil sulfida yang berperan dalam menyebabkan bau pada mulut manusia.
Kultur mikrobiologi
Di Indonesia, di Laboratorium Klinik banyak dilakukan Kultur bakteri dengan biaya -/+ Rp 500,000. Mahal, tetapi mungkin diperlukan untuk mengatasi Resistensi obat berganda dimana menggunakan berbagai macam obat antibiotik, tetapi penyakitnya tidak sembuh-sembuh. Sebenarnya menunggu hingga penyakitnya tidak sembuh-sembuh sudah salah besar, karena menghabiskan dana dan juga tidak baik bagi kesehatan, karena minum berbagai macam obat antibiotik tanpa hasil. Yang terbaik adalah (apalagi jika penyakitnya kronis), maka sebelum obat pertama antibiotik diminum, dilakukan kultur terlebih dahulu. Hasil kultur bisa didapatkan antara 5-7 hari. Selain jenis bakterinya, juga akan diketahui obat apa saja yang sudah resisten (tidak mempan) dan obat yang masih sensitif (mempan), hasil ini dicocokkan dengan obat antibiotik yang sudah kita minum, jika tidak tepat, maka obat antibiotik yang masih ada harus dihentikan dan diganti dengan yang masih sensitif dengan memperhatikan segenap efek sampingnya. Kultur bakteri ini perlu untuk mengatasi penyakit Infeksi saluran kemih yang berulang dimana tiap kali sakit bakterinya bisa berbeda-beda, juga untuk mengatasi sinusitis yang biasanya memerlukan pengobatan jangka panjang (lebih dari satu minggu), sehingga obat yang paling tepatlah yang harus dipilih. Untuk terduga tuberkulosis, juga diperlukan pemeriksaan kultur bakteri untuk mengetahui apakah benar bakteri TB yang menginfeksi, demikian pula perlu diketahui obat apa yang masih mempan (pengobatan TB sedikitnya perlu 6 bulan secara kontinu).