Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Danau Tōya
Danau Toya ini ada empat pulau di tengah danau yaitu Pulau Manjujima atau Pulau Ular (karena banyak ular yang hidup di pulau tersebut), Pulau Bentenjima, Pulau Oshima dan Pulau Kannonjima. Rangkaian keempat pulau tersebut disebut Pulau Nakajima. Di jajaran Pulau Nakajima ini terdapat dermaga dan rumah untuk bersantai.