Pestisida
Pestisida juga dapat diklasifikasikan berdasarkan mekanisme biologisnya dan metode penerapannya. Kebanyakan pestisida bekerja dengan meracuni hama. Pestisida sistemik diserap oleh tanaman dan bergerak di dalam tanaman sehingga meracuni hama yang menghisap nutrisi tanaman. Insektisida dan fungisida bergerak melalui xylem. Insektisida sistemik dapat membahayakan serangga non target, bahkan serangga yang menguntungkan seperti lebah dan polinator lainnya, karena sinsektisida sistemik juga bergerak dari dalam tubuh tumbuhan ke bunga.
Biopestisida
Penggunaan pestisida kimia atau bahan kimia lain banyak dikurangi berkaitan dengan dampak negatif yang dapat berakibat fatal terhadap manusia dan juga lingkungan ditimbulkan akibat penggunaannya. Biopestisida diperkenalkan sebagai alternatif cara baru menangani hama yang lebih ekologis, murah, serta dapat diterima oleh para petani, yang tidak memiliki dampak negatif seperti pestisida kimia. .
Dalam pembuatan pestisida pengganti pestisida kimia, ilmu bioteknologi banyak berperan untuk membuat pestisida dari tanaman, pestisida dari mikroba, biokontrol, penggunaan feromon dan atraktan dalam pengontrolan hama, tanaman terproteksi/"plant-incorporated protectants" (PIPs)/GM crops.