Pestisida
Pestisida dapat menyebabkan efek akut dan jangka panjang bagi pekerja pertanian yang terpapar. Paparan pestisida dapat menyebabkan efek yang bervariasi, mulai dari iritasi pada kulit dan mata hingga efek yang lebih mematikan yang mempengaruhi kerja saraf, mengganggu sistem hormon reproduksi, dan menyebabkan kanker. Sebuah studi pada tahun 2007 pada limfoma non-Hodgkin dan leukimia menunjukan hubungan positif dengan paparan pestisida. Bukti yang kuat juga menunjukan bahwa dampak negatif dari paparan pestisida mencakup kerusakan saraf, kelainan bawaan, kematian janin, dan gangguan perkembangan sistem saraf. American Medical Association merekomendasikan pembatasan paparan pestisida dan mulai menggunakan alternatif yang lebih aman.
Endofit
Beberapa bakteri endofit dapat menghasilkan hormon yang dapat merangsang pertumbuhan tanaman. Salah satu hormon yang dihasilkan oleh mikroba endofit adalah IAA ("Indole Acetic Acid") atau yang lebih dikenal dengan sebutan auksin. Auksin berperan sebagai hormon pemacu pertumbuhan pada tanaman dan biasanya ditemukan pada jaringan meristem. Bakteri endofit tersebut dapat diisolasi dari beberapa tanaman "vascular" salah satunya adalah tanaman padi ("Oryza sativa" L.) yang digunakan sebagai tanaman pertanian di Indonesia. Padi merupakan tanaman turun temurun yang diwariskan oleh nenek moyang dan menjadi makanan pokok masyarakat Indonesia. Umur tanaman padi yang sangat lama memungkinkan bakteri endofit masuk ke dalam jaringan tanaman padi tersebut dan menetap serta menghasilkan senyawa biologi atau metabolit sekunder yang diduga sebagai akibat koevolusi atau transfer genetik ("genetic recombination") dari tanaman inangnya ke dalam mikroba endofit. IAA yang dihasilkan oleh bakteri dalam tanaman meningkatkan jumlah rambut akar dan akar lateral tanaman. Hormon yang dihasilkan oleh bakteri akan diserap oleh tanaman sehingga tanaman akan tumbuh lebih cepat atau lebih besar. Hormon IAA ini mampu mensintesis substansi yang secara biologis dapat meningkatkan perkecambahan biji, tinggi dan pertumbuhan tanaman.