Konsili Efesus
Nestorius berusaha menjawab soal yang dianggap mustahil terjawab, yakni "bagaimana mungkin Yesus Kristus selaku manusia bukan seorang pendosa, sementara berdosa sudah menjadi fitrah umat manusia semenjak manusia pertama berbuat dosa". Untuk menjawab soal ini, Nestorius mengajarkan bahwa Maria, ibu Yesus, melahirkan Kristus, insan jelmaan Sang Logos, bukan Sang Logos ilahi itu sendiri, yang sudah wujud sebelum Maria ada, bahkan sebelum segala zaman. Sang Logos hadir dalam diri Kristus sebagai ganti jiwa manusia, yakni bagian diri manusia yang telah dicemari dosa manusia pertama. Tetapi bukankah tanpa jiwa manusia, Kristus bukanlah manusia yang seutuhnya? Nestorius menolak preposisi ini dengan menjawab bahwa jiwa manusia diciptakan menurut arketipe Sang Logos meskipun akhirnya tercemar akibat perbuatan dosa manusia pertama, dengan demikian Yesus justru menjadi "lebih" insani dengan kehadiran Sang Logos dalam dirinya, alih-alih menjadi "kurang" insani. Oleh karena itu Nestorius menyimpulkan bahwa Perawan Maria semestinya digelari "Kristotokos", Sang Walidatul Masih, bukan "Teotokos", Sang Walidatullah.
Yakobus, saudara Yesus
Injil Filipus tampaknya mencatat seorang bernama Maria sebagai seorang saudari Yesus tanpa menjelaskan apakah ia anak Maria dan Yusuf, anak Yusuf dari pernikahan sebelumnya:
Saudara-saudara Yesus - Yakobus serta Yudas, Simon dan Yoses - disebut dalam Matius 13:55, Markus 6:3, dan di bagian-bagian lainnya. Nama Yakobus disebut pertama kali dalam daftar, yang mana menunjukkan kalau ia adalah yang tertua di antara mereka. Dalam "Jewish Antiquities" (20.9.1) karya Yosefus, sejarawan Yahudi tersebut mendeskripsikan Yakobus sebagai "saudara Yesus yang disebut Kristus".