Kota Ternate
Sejak saat itu, Pulau Ternate sekaligus menjadi pusat tiga kekuatan. yaitu Spanyol di Gam Lamo, sedangkan Ternate dan Belanda di bagian timur pulau, di benteng VOC atau Fort Oranje, dan sekitarnya. Tidak mudah bagi Ternate untuk melepaskan diri dari campur tangan kekuasaan asing Eropa. Ketika Portugis bercokol di kesultanan ini, selain memperoleh hak monopoli dalam tata niaga rempah-rempah dan izin mendirikan benteng di Gam Lamo, Portugis juga ingin mencampuri urusan pemerintahan Ternate. Bahkan sejak 1532, Portugis mulai bersiasat memengaruhi proses pengangkatan sultan-sultan Ternate. Keadaan ini baru berakhir setelah Portugis terusir. Tetapi, setelah Kompeni Belanda datang, campur tangan dalam pengangkatan sultan Ternate juga menjadi salah satu kebijakannya. Mulai dari Sultan Mandarsyah, setiap pergantian sultan Ternate harus dengan persetujuan Kompeni.
Kabupaten Alor
Luas Pulau Alor adalah 2.119,7 km² dengan jumlah penduduk sekira 181.913 jiwa (2010). Kabupaten Alor sendiri merupakan wilayah kepulauan yang terdiri dari 20 pulau dalam 17 kecamatan. Ada 9 pulau yang telah dihuni, yaitu: Pulau Alor, Pulau Pantar, Pulau Pura, Pulau Tereweng, Pulau Ternate, Kepa, Pulau Buaya, Pulau Kangge, dan Pulau Kura. 11 pulau lainnya tidak berpenghuni, masing-masing Pulau Sikka, Pulau Kapas, Pulau Batang, Pulau Lapang, Pulau Rusa, Pulau Kambing, Pulau Watu Manu, Batu Bawa, Pulau Batu Ille, Pulau Ikan Ruing dan Pulau Nubu.