Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Masjid Al-Aqsha
Sering terjadi kebingungan antara Masjid Al Aqsha dengan Jami' Al Aqsha (disebut juga Masjid Al Qibli). Selama berabad-abad yang dimaksud dengan Masjid Al Aqsha adalah keseluruhan kompleks, sedangkan Jami' Al Aqsha adalah masjid berkubah biru gelap yang berada di Masjid Al Aqsha bagian selatan. Pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah (kira-kira abad ke-16 sampai awal 1918), kompleks tersebut dinamai "Al-Haram Asy-Syarif", sedangkan nama Masjid Al Aqsha menjadi hanya mengerucut kepada Jami' Al Aqsha. "Al Haram Asy Syarif" sendiri secara harfiah berarti “tanah suci yang mulia.” Berdasarkan penuturan sejarawan Oleg Grabar, “Hanya cenderung belakangan ini bahwa tempat suci umat Muslim di Yerusalem disebut dengan "Al Haram Asy Syarif". Meskipun kepastian dari sejarah awal mula istilah ini tidak jelas, tetapi kita tahu hal itu menjadi kebiasaan pada masa Utsmaniyyah … Sebelum (masa) Utsmaniyyah, tempat tersebut biasanya disebut Masjid Al Aqsha.”