Papua
Provinsi Papua dulu mencakup seluruh wilayah Indonesia di Pulau Papua. Pada masa pemerintahan kolonial Hindia Belanda, wilayah ini dikenal sebagai Nugini Belanda ("Nederlands Nieuw-Guinea" atau "Dutch New Guinea"). Setelah berada bergabung dengan Negara Kesatuan Republik Indonesia, wilayah ini dikenal sebagai Provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi Irian Jaya oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas Freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002.
Perbatasan Indonesia–Filipina
Pada Maret 1906, masalah teritorial ini dilaporkan oleh pemerintah Amerika Serikat kepada Belanda. Pada Oktober 1906, Kementerian Luar Negeri Belanda menjawab laporan tersebut dan menjelaskan alasan mengapa pulau ini termasuk wilayah Hindia Belanda. Kasus hukum ini diajukan pada tanggal 23 Januari 1925 oleh Belanda dan Amerika Serikat kepada Mahkamah Arbitrase Antarabangsa, di bawah penengah tunggal Max Huber dari Swiss. Masalahl ini diputuskan pada tanggal 4 April 1928 oleh Huber bahwa pulau Miangas merupakan bagian dari wilayah Belanda secara keseluruhan. Ketika Indonesia tidak lagi menjadi koloni Belanda dan berubah menjadi sebuah republik merdeka, Pulau Miangas menjadi bagian dari wilayah Indonesia. Meskipun begitu, batas laut yang mengelilingi pulau tersebut termasuk pula perbatasan antara Indonesia dan Filipina belum jelas karena alasan-alasan teknis.