Kabupaten Halmahera Selatan
Secara astronomi Kabupaten Halmahera Selatan terletak antara 126° 45’ BT dan 129° 30’ BT dan 0° 30’ LU dan 2° 00’ LS. Kabupaten merupakan wilayah kepulauan karena sebagain besar wilayahnya berupa pulau yang dikelilingi perairan yaitu Laut Maluku, Laut Halmahera, Laut Seram dan dipisahkan oleh selat. Daratan Kabupaten Halmahera Selatan seluas 8779,32 km2 (22%) dan luas lautan sebesar 31.484,40 km2 (78%). Ada enam pulau utama diantara pulau-pulau kecil di Kabupaten Halmahera Selatan yaitu Pulau Obi, Pulau Bacan, Pulau Makian, Pulau Kayoa, Pulau Kasiruta dan Pulau Mandioli. Sisanya berada di bagian selatan semenanjung Pulau Halmahera.
Kabupaten Halmahera Utara
Selain kawasan pesisir, wilayah Kabupaten Halmahera Utara memiliki pulau-pulau kecil yang berkarakteristik spesifik, terisolasi dan mempunyai lingkungan yang khusus dengan proporsi spesies endemik yang tinggi serta karakteristik sosial ekonomi dan sosial budaya yang spesifik pula. Sebagian besar pulau-pulau kecil di Kabupaten Halmahera Utara bertipe vulkanik dan pulau karang, tipe pulau ini dapat terlihat di sekitar Pulau Morotai dan beberapa pulau-pulau kecil lainnya.