Partai Komunis Indonesia
Ketika gagasan tentang Malaysia berkembang, PKI maupun Partai Komunis Malaya menolaknya, dan baik PKI maupun Partai Komunis Malaya menganggap pembentukan Malaysia sebagai proyek neo-kolonialisme dan neo-imperialisme Inggris dan sekutunya.
Partai Demokrasi Indonesia
Dalam tubuh PDI, massa terbesar adalah berasal dari PNI, partai yang didirikan oleh Soekarno dengan basis massa di Jawa Timur dan Jawa Tengah. IPKI adalah partai yang sangat anti-PKI pada zaman Orde Lama dalam hal ini posisinya adalah berseberangan dengan Partai Murba yang dibubarkan oleh Keputusan Presiden pada tanggal 21 September 1965. PDI mempunyai komitmen ideologi Pancasila sebagai prinsip dasar perjuangannya. Pada awal berdirinya, pada tahun 1973, PDI dipimpin oleh Mohammad Isnaeni.