Badan Intelijen Pusat
Tahun 1949, Central Intelligence Agency Act (Hukum publik 81-110) mengizinkan CIA memakai prosedur fiskal dan administratif rahasia dan mengecualikan lembaganya dari sebagian besar batas pemakaian dana Federal. Peraturan ini juga tidak mewajibkan CIA mengungkap "organisasi, fungsi, pejabat, jabatan, gaji, atau jumlah karyawannya." CIA Act menciptakan program "PL-110" untuk menangani para pembelot dan "orang asing penting" lainnya yang berada di luar prodsedur imigrasi normal, serta memberikan kehidupan samaran dan bantuan ekonomi kepada mereka.
Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.