Gereja Katolik di Indonesia
Badan Pusat Statistik melakukan sensus setiap 10 tahun. Data yang tersedia dari tahun 2000 disusun berdasarkan 201.241.999 tanggapan survei. BPS memperkirakan ada sekitar 4,6 juta jiwa yang luput didata. Laporan BPS menunjukkan bahwa 85,1% dari populasi mengaku Muslim, 9,2% Protestan, 3,5% Katolik, 1,81% Hindu, 0,84% Buddha, dan 0,2% mengaku "beragama lain", sudah termasuk aliran-aliran kepercayaan, kelompok-kelompok Kristen selain Katolik dan Protestan, serta agama Yahudi. Komposisi pemeluk agama di Indonesia masih merupakan suatu wacana yang bermuatan politik; karena sebagian umat Kristen, Hindu, dan kelompok-kelompok agama minoritas lainnya berpendapat bahwa jumlah warga non-Muslim menurut hasil sensus lebih kecil dari jumlah yang sebenarnya.
Kota Ambon
Kota Ambon pun memiliki penduduk beragama minoritas lainnya dalam jumlah yang sangat kecil. Agama-agama tersebut ialah Hindu, Buddha, dan Konghucu. Meskipun jumlahnya sangat kecil, ketiga agama berpenganut sangat sedikit ini sangat diperhatikan oleh pemerintah. Pada 2018, Presiden Joko Widodo meresmikan "Hindu Center" dan "Buddha Center". Hal ini dilakukan sebagai perwujudan keinginan gubernur Maluku agar Maluku menjadi laboratorium kerukunan hidup beragama bagi Indonesia. Pura yang terkenal di kota adalah Pura Stana Giri Ciwa, sedangkan wihara yang terkenal ialah Wihara Swarna Giri Tirta. Kota juga memiliki penganut Agama Konghucu dengan jumlah yang sangat kecil, yaitu 7 jiwa pada sensus terakhir.