Denominasi Kristen
Sebenarnya Gereja Asiria Timur, bersama dengan Gereja Katolik Khaldea, pada awalnya merupakan bagian "Gereja dari Timur" () sebelum . Dan pada tahun 1960-an, Gereja Asiria Timur sendiri kembali mengalami perpecahan; kelompok yang memisahkan diri tersebut membentuk . Komunitas Asiria internasional telah lama menganjurkan penyatuan kembali, terutama akibat serangan yang dilancarkan terhadap orang-orang Asiria di Irak dan Suriah sepanjang tahun 2014-2015. Sejak saat itu hubungan antara kedua Gereja tersebut membaik pada setiap tingkatan.
Nestorianisme
Gereja Timur Asiria menolak untuk menarik dukungan bagi Nestorius dan menolak untuk menyebutnya seorang bidaah, sehingga Gereja ini selanjutnya disebut "Gereja Nestorian" oleh Gereja Barat, untuk membedakannya dari Gereja-Gereja Timur kuno lainnya. Meskipun demikian, Gereja Timur Asiria sesungguhnya tidak menganggap doktrin Gerejanya adalah Nestorian, akan tetapi mengajarkan pandangan dari Babai Agung, bahwa Kristus memiliki dua "qnome" (esensi) yang tidak membaur dan manunggal abadi dalam satu "parsopa" (personalitas). Menurut beberapa interpretasi, asal mula keyakinan ini sebagian besar bersifat historis dan linguistik: sebagai contoh, Bahasa Yunani memiliki dua kata untuk 'pribadi', yang tidak diterjemahkan dengan tepat ke dalam Bahasa Syria, dan makna dari istilah-istilah tersebut bahkan tidak ditetapkan pada masa hidup Nestorius.