Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Teluk Tokyo
Banyak pulau buatan dibangun sebagai benteng pertahanan pada periode Taisho dan meiji. Setelah Perang Dunia II pulau-pulau tersebut diubah untuk perumahan atau rekreasi. Odaiba, yang juga dikenal dengan nama "daiba", merupakan salah satu dari enam pulau buatan yang dibangun pada tahun 1853 sebagai benteng untuk melindungi Keshogunan Tokugawa di Edo, dan juga dikenal sebagai Shinagawa Daiba. Setelah Perang Dunia II Odaiba digabungkan dengan Tokyo dan dikembangkan untuk perumahan dan rekreasi. Setelah Perang Dunia II Yumenoshima direncanakan sebagai solusi untuk membuang sampah dengan jumlah besar dari wilayah metropolitan Tokyo. Pulau Tersebut dibangun antara tahun 1957 hingga 1967 dan menjadi pusat beberapa fasilitas rekreasi. Pulau Hakkei (0.24 kilometer persegi (0.093 mil persegi)), sebelumnya bernama TPA Nomor 14, dibangun pada tahun 1985 dan menjadi rumah bagi Yokohama Hakkeijima Sea Paradise. Pulau buatan lainnya antara lain termasuk, Heiwa, Katsushima, Shōwa, Keihin, dan Higashiōgi.