Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Kabupaten Karo
Di Kabupaten Karo terdapat dua buah Danau yang cukup luas dan terkenal yaitu sebagian Danau Toba (Tongging) dan Danau Lau Kawar yang memiliki luas lebih kurang 200 Ha. Danau Lau Kawar ini diapit oleh alam pegunungan yang dikelilingi hutan tropis. Di tepi Danau Lau Kawar terbentang lahan seluas 3 hektare yang digunakan turis lokal maupun asing untuk berkemah.