Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Gereja Katolik di Indonesia
Para pemimpin kawasan misi, yaitu para waligereja, yang telah berbagi tugas berhubungan dengan baik satu sama lain, dengan diketuai oleh Vikaris Apostolik Batavia (Jakarta). Mereka berkumpul dan mengadakan sidang Waligereja yang pertama pada 1924 di Jakarta. Mereka membagi-bagi tenaga guru 10 orang ke Kalimantan, Maluku, Nusa Tenggara, Sulawesi dan Sumatra. Seminari di Jawa akan menerima siswa dari mana saja, tetapi disepakati untuk mendirikan satu seminari baru di Flores. Disepakati untuk menyusun Katekismus Hindia Belanda guna pengajaran agama di sekolah-sekolah.