Arkea
Arkea melaksanakan banyak langkah dalam siklus nitrogen. Ini meliputi reaksi yang dapat menghapus nitrogen dari ekosistem (seperti respirasi berbasis nitrat dan denitrifikasi) serta proses yang memperkenalkan nitrogen (seperti asimilasi nitrat dan fiksasi nitrogen). Para peneliti baru-baru ini menemukan keterlibatan arkea di reaksi oksidasi amonia. Reaksi-reaksi ini sangat penting dalam lautan. Arkea juga tampaknya penting untuk oksidasi amonia di tanah. Mereka menghasilkan nitrit, dan mikroba lainnya mengoksidasi ke nitrat. Tumbuhan dan organisme lain mengkonsumsi nitrat.
Bakteri pengurai
Kelompok mikroorganisme ini menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi karbon dioksida (CO), gas amoniak, dan senyawa-senyawa lain yang lebih sederhana. Sebagai contoh, beberapa jenis bakteri pengurai mampu membentuk senyawa NH dari proses dekomposisi biomolekul protein melalui proses amonifikasi yang kemudian akan masuk ke dalam siklus nitrogen dan selanjutnya digunakan oleh organisme lain. Oleh karena itu, keberadaan bakteri ini berperan cukup besar dalam siklus unsur organik dalam suatu biosfer. "Proteus" dan "Clostridium" merupakan contoh bakteri pengurai yang umum ditemukan. Tidak hanya berperan sebagai pengurai senyawa organik, beberapa kelompok bakteri saprofit juga merupakan patogen oportunis. "Clostridium tetani" pada umumnya ditemukan di tanah sebagai pengurai senyawa organik, namun dapat masuk ke dalam tubuh manusia dan menjadi agen penyakit tetanus.