Ibnu Rusyd
Pada tahun 1184, Khalifah Abu Yaqub wafat dan digantikan oleh Abu Yusuf Yaqub al-Mansur. Awalnya Ibnu Rusyd tetap memiliki hubungan baik dengan istana, dan tetap menjabat sebagai dokter istana tetapi pada 1195 situasinya berubah. Ia mendapat berbagai tuduhan, termasuk tuduhan mengajarkan aliran sesat, dan ia harus menghadapi pengadilan di Kordoba. Pengadilan memutuskan Ibnu Rusyd bersalah, menyatakan ajarannya sesat dan memerintahkan agar tulisan-tulisannya dibakar. Ibnu Rusyd diasingkan ke kota kecil Lucena, sebuah pemukiman Yahudi yang berada di sekitar Kordoba. Biografi-biografi klasik menyebutkan berbagai sebab memburuknya situasi Ibnu Rusyd ini, salah satunya karena Ibnu Rusyd dianggap menghina khalifah dalam tulisannya. Namun para sejarawan modern menganggap bahwa perlakuan keras terhadap Ibnu Rusyd ini bermotif politik. "Encyclopaedia of Islam" menyebutkan bahwa khalifah berusaha menjauhkan dirinya dari Ibnu Rusyd untuk mendapat simpati dan dukungan dari para ulama tradisional yang banyak menentang ajaran Ibnu Rusyd. Pada saat itu, khalifah sedang butuh dukungan para ulama untuk melancarkan perang melawan kerajaan-kerajaan Kristen. Sejarawan Majid Fakhry menulis bahwa banyak fukaha atau ahli fikih tradisional pada saat itu menentang Ibnu Rusyd dan menekan sang khalifah.
Ibnu Rusyd
Pendekatan Ibnu Rusyd terhadap fisika adalah menggunakan metode eksegesis atau penafsiran: ia mengeluarkan tesis-tesis baru mengenai alam melalui pembahasan teks-teks pemikir sebelumnya, terutama Aristoteles. Ia tidak menggunakan metode induksi seperti halnya ilmu fisika sekarang dan ketika itu sedang dikembangkan oleh Al-Biruni di dunia Islam. Karena metodenya ini, Ibnu Rusyd sering digambarkan hanya sebagai pengikut Aristoteles yang tidak banyak bersumbangsih di bidang fisika. Namun sejarawan ilmu pengetahuan Ruth Glasner berpendapat bahwa Ibnu Rusyd sebenarnya juga menghasilkan teori-teori baru di bidang fisika, terutama penjelasannya mengenai teori "minima naturalia" Aristoteles dan teori geraknya yang menggunakan konsep "forma fluens". Kedua teori ini kemudian diserap oleh para pemikir Barat dan memiliki andil dalam sejarah perkembangan ilmu fisika. Ibnu Rusyd juga mengajukan sebuah pengertian gaya yang mendekati pengertian daya dalam ilmu fisika modern.