Kabupaten Toba Samosir
Perairan Danau Toba juga berfungsi sebagai prasarana transportasi air yang menghubungkan antar daerah, khususnya menghubungkan antara Pulau Samosir dengan daerah Toba. Dermaga Ajibata merupakan dermaga yang paling sibuk, dengan jumlah kunjungan kapal penumpang dan barang di dermaga tersebut tahun 2016 masing-masing mencapai 6.956 kunjungan kapal, 196.069 penumpang dan 3.910,4 ton barang.
Pulau Kusu
Legenda menceritakan bahwa kura-kura sihir mengubah diri menjadi sebuah pulau untuk menyelamatkan 2 nakhoda kapal berkebangsaan Melayu dan Tionghoa-yang kapalnya mengalami kecelakaan. Kedua lelaki ini bersyukur menurut kepercayaan masing-masing, yang Melayu membangun bangunan kramat Muslim, dan yang Tionghoa mendirikan kuil Tao. Tiap tahun selama bulan Qamariyah ke-9 (yang jatuh antara September dan November menurut Penanggalan Bulan), ribuan pecinta berkumpul di pulau ini untuk ziarah tahunan Kusu mereka untuk memberi penghormatan agar sehat, damai, bahagia, beruntung, dan makmur.