Partai Komunis Indonesia
Ketika gagasan tentang Malaysia berkembang, PKI maupun Partai Komunis Malaya menolaknya, dan baik PKI maupun Partai Komunis Malaya menganggap pembentukan Malaysia sebagai proyek neo-kolonialisme dan neo-imperialisme Inggris dan sekutunya.
Badan Permusjawaratan Partai-Partai
Awalnya tampak bahwa BPP akan menyediakan tempat untuk Partai Komunis Indonesia melakukan kerjasama yang luas dengan Partai Nasional Indonesia (PNI). Namun PNI akhirnya menolak undangan untuk bergabung dengan BPP, koalisi dengan cepat menjadi non-efektif. Namun, Partai Komunis Indonesia terus mengacu pada Program Umum BPP sebagai dasar pekerjaan front persatuan, bahkan setelah BPP berhenti berfungsi.