Papua (wilayah Indonesia)
Zainal Abidin Syah, Sultan Tidore diangkat pemerintah RI menjadi gubernur pertama Papua tahun 1956-1961 yang saat itu beribukota di Soasiu, pulau Tidore. Setelah berada di bawah penguasaan Indonesia sepenuhnya, dibentukalah provinsi Irian Barat sejak tahun 1969 hingga 1973. Namanya kemudian diganti menjadi "Irian Jaya" oleh Soeharto pada saat meresmikan tambang tembaga dan emas Freeport, nama yang tetap digunakan secara resmi hingga tahun 2002. Nama provinsi ini diganti menjadi "Papua" sesuai UU No. 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus Papua. Pada tahun 2004, disertai oleh berbagai protes, Papua dibagi menjadi dua provinsi oleh pemerintah Indonesia; bagian timur tetap memakai nama "Papua" sedangkan bagian baratnya menjadi Provinsi "Irian Jaya Barat" (sekarang "Papua Barat").
Otonomi khusus Papua
Sistem Pemerintahan Negara Kesatuan Republik Indonesia menurut Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia tahun 1945 mengakui dan menghormati satuan-satuan pemerintahan daerah yang bersifat khusus atau bersifat istimewa. Keputusan politik penyatuan Papua (semula disebut Irian Barat kemudian berganti menjadi Irian Jaya) menjadi bagian dari Negara Kesatuan Republik Indonesia pada hakikatnya mengandung cita-cita luhur. Namun kenyataannya berbagai kebijakan dalam penyelenggaraan pemerintahan dan pembangunan yang sentralistik belum sepenuhnya memenuhi rasa keadilan, belum sepenuhnya memungkinkan tercapainya kesejahteraan rakyat, belum sepenuhnya mendukung terwujudnya penegakan hukum, dan belum sepenuhnya menampakkan penghormatan terhadap Hak Asasi Manusia (HAM) di Provinsi Papua, khususnya masyarakat Papua.