Gereja Methodist Indonesia
Di Indonesia, para misionaris Amerika mulai bekerja di Jawa, Kalimantan, dan Sumatera. Pada tahun 1913, setelah datangnya Bishop J. Robinson, konferensi yang pertama pun diselenggarakan di Sumatera Utara. Pada saat itu, Gereja Methodist dikenal sebagai gereja yang unik karena ini adalah satu-satunya gereja Protestan yang anggota-anggotanya terdiri atas suku Batak dan suku Tionghoa Indonesia, sementara gereja-gereja Protestan lainnya saat itu pada umumnya tersegregasi.
Katolik
Penyebaran agama Katolik sudah dimulai sejak kedatangan Portugis di Indonesia yang dilakukan oleh beberapa misionaris pada abad ke-16 dan abad ke-17 di bagian timur seperti di Maluku dan Flores, NTT. Agama katolik baru memasuki tanah Jawa pada masa pemerintahan Herman Willem Daendels di Batavia awal abad-19 dengan didirikan gereja pertama di sana pada tahun 1807 dan disertai dengan diakuinya oleh Vatikan. Pada tahun 2010, 6.907.873 orang (2.9%) dari total penduduk Indonesia sebanyak 237.641.326 orang, beragama Katolik.