Philippe IV dari Perancis
Philippe dikutuk oleh musuhnya, Paus Bonifasius VIII di dalam Gereja Katolik karena gaya hidupnya yang boros. Ketika ia mengenakan pajak atas pendeta Perancis pada satu setengah pendapatan tahunan mereka, ia menyebabkan kekacauan di dalam Gereja Katolik Roma dan Kepausan, yang mendorong Paus Bonifasius VIII mengeluarkan Bulla "Clericis Laicos" (1296), yang melarang pemindahan setiap properti gereja ke Mahkota Perancis. Hal ini mendorong pertempuran diplomatik terus menerus di antara gereja dan raja. Philippe menyelenggarakan perakitan uskup, bangsawan dan orang-orang elit dari Paris untuk menghukum Paus. Prekursor ini disebut Etats Généraux yang muncul untuk pertama kalinya selama pemerintahannya, suatu ukuran profesionalisme dan perintah agar menteri-menterinya diperkenalkan ke dalam pemerintahan. Majelis ini terdiri dari pendeta, bangsawan dan kaula, yang mendukung Philippe. Bonifasius membalasnya dengan Bulla "Unam Sanctam" (1302), sebuah deklarasi supremasi kepausan. Philippe menang setelah mengirim agennya William Nogaret untuk menahan Bonifasius di Anagni. Paus dapat lolos namun meninggal tak lama kemudian. Uskup Agung Perancis, Bertrand de Goth dilantik sebagai Paus Klemens V dan dengan demikian memulai yang disebut pembuangan Babel Kepausan (1309–77), selama kursi kepausan pindah ke Avignon, sebuah kota yang dikelilingi oleh wilayah Perancis dan menjadi sasaran kekuasaan Perancis.
Revolusi Perancis
Konstitusi Sipil Pendeta, yang disahkan pada tanggal 12 Juli 1790, menetapkan bahwa pendeta adalah pekerja negara. Keputusan ini membentuk sistem pemilihan pastor dan uskup paroki, serta menetapkan upah bagi para pendeta. Sebagian besar pendeta Katolik keberatan dengan sistem pemilihan ini karena hal itu berarti bahwa mereka secara efektif menolak otoritas Paus di Roma atas Gereja Perancis. Akhirnya, pada bulan November 1790, Majelis Nasional mulai mewajibkan "sumpah setia pada Konstitusi Sipil" bagi semua pendeta Katolik. Hal ini menyebabkan timbulnya perpecahan antara pendeta yang mengambil sumpah dengan pendeta yang tetap setia kepada Paus. Secara keseluruhan, 24% dari semua pendeta di Perancis telah mengambil sumpah. Pendeta yang menolak bersumpah setia pada konstitusi akan "dibuang, dideportasi secara paksa, atau dieksekusi dengan tuduhan pengkhianat." Paus Pius VI tidak pernah mengakui Konstitusi Sipil Pendeta ini, yang berakibat pada semakin terisolasinya Gereja Perancis. Selama Pemerintahan Teror, upaya besar-besaran de-Kristianisasi di Perancis terjadi, termasuk memenjarakan dan membantai para pendeta, serta pengrusakan Gereja dan gambar-gambar relijius di seluruh Perancis. Upaya untuk menggantikan kedudukan Gereja Katolik dilakukan, misalnya dengan mengganti festival agama dengan festival sipil. Pembentukan Kultus Alasan adalah langkah terakhir dalam de-Kristenisasi radikal di Perancis. Peristiwa ini menyebabkan munculnya kekecewaan dan penentangan terhadap Revolusi di seluruh Perancis. Warga seringkali menolak de-Kristenisasi dengan cara menyerang agen revolusioner dan menyembunyikan pendeta yang sedang diburu. Pada akhirnya, Robespierre dan Komite Keamanan Publik dipaksa untuk menentang kampanye dengan menggantikan Kultus Alasan dengan deisme, walaupun masih non-Kristen. Konkordat 1801 antara Napoleon dan Gereja mengakhiri periode de-Kristenisasi dan mulai membentuk aturan-aturan yang mengatur mengenai hubungan antara Gereja Katolik dengan negara, yang tetap berlaku hingga tahun 1905, kemudian diubah oleh Republik Ketiga dengan memisahkan urusan Gereja dengan urusan negara pada tanggal 11 Desember 1905. Penganiayaan terhadap pendeta menyebabkan munculnya gerakan-gerakan kontra-revolusi, yang berpuncak dalam Pemberontakan Vendee.