Taman Nasional Ujung Kulon
Ujung Kulon merupakan taman nasional tertua di Indonesia yang sudah diresmikan sebagai salah satu Warisan Dunia yang dilindungi oleh UNESCO pada tahun 1991, karena wilayahnya mencakupi hutan lindung yang sangat luas. Sampai saat ini kurang lebih 50 sampai dengan 60 badak hidup di habitat ini.
Taman Nasional Bunaken
Taman Nasional Bunaken secara resmi didirikan pada tahun 1991 dan merupakan salah satu taman laut pertama Indonesia. Pada tahun 2005, Indonesia mendaftarkan taman nasional ini kepada UNESCO untuk dimasukan kedalam Situs Warisan Dunia. Meskipun memiliki status taman nasional dan mendapat pendanaan yang cukup, taman ini mengalami degradasi kecil akibat penambangan terumbu karang, kerusakan akibat jangkar, penggunaan bom dan sianida dalam menangkap ikan, kegiatan menyelam dan sampah. World Wildlife Fund (WWF) memberikan bantuan konservasi sebagai bagian dari ""Sulu Sulawesi Marine Eco-region Action Plan"". Konservasi meliputi patroli, yang berhasil mengurangi penggunaan bom dalam menangkap ikan.