Nahdlatul 'Ulama
Merupakan pelaksana program Nahdlatul Ulama (NU) yang memerlukan penanganan khusus. Berdasarkan perubahan AD/ART hasil Muktamar 33 NU di Jombang, Lajnah Nahdlatul Ulama digantikan dengan lembaga. Semula ada 3 (tiga) Lajnah yaitu:
Universitas Darul 'Ulum
Menurut Hamid Muzakky (wawancara tanggal 26 Juni 2010), pada tahun 1960-an jumlah santri dan jenis pendidikan di Jombang khususnya di Pesantren Darul 'Ulum semakin meningkat. Sadar akan kebutuhan pendidikan ini Kiai Musta'in bertekat untuk mendirikan perguruan tinggi. Saat itu Kiai Musta'in memegang jabatan yang strategis. "Pertama", sebagai Mursyid Tarekat Qodiriyah wa Naqsabandiyah yang muridnya tersebar di seluruh pelosok tanah air, bahkan ada yang di luar negeri. "Kedua," sebagai Ketua Dewan Guru yang membawahi unit-unit pendidikan formal yang ada di Pesantren Darul 'Ulum seperti Madrasah Ibtidaiyah, Mualimin dan Mualimat, Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah, SMP, SMA, dan PGA. "Ketiga," sebagai Ketua lembaga pendidikan Ma'arif Nahdlatul 'Ulama (NU) Jombang.