Al-Jami' al-Aqsha
Selama berabad-abad, yang dimaksud dengan Masjid Al-Aqsha adalah keseluruhan kompleks tersebut, yang dianggap sebagai suatu wilayah yang suci. Perubahan penyebutan kemudian terjadi pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah, di mana wilayah kompleks secara keseluruhan disebut sebagai "Al-Haram asy-Syarif"; sedangkan bangunan yang terletak di bagian selatan disebut sebagai Al-Jami' al-Aqsha, yaitu tempat Umar bin Khaththab pertama kali mendirikan masjid di antara reruntuhan. Hadits Imam Ahmad menyebutkan percakapan Umar bin Khattab dan Ka'ab al-Ahbar, di mana Ka'ab menyarankan untuk membangun masjid di belakang batu Ash-Shakhrah, sedangkan Umar menolak dan memilih tempat di sebelah selatan untuk membangun masjid dengan kiblat yang mengarah ke Ka'bah saja, sehingga posisi batu tersebut berada di belakangnya.
Al-Jami' al-Aqsha yang didirikan Umar bin Khattab tersebut, juga berbeda dengan Masjid Umar, yaitu sebuah masjid yang dibangun pada masa kekuasaan Dinasti Ayyubiyah pada abad ke-12, untuk mengenang pengambil-alihan Yerusalem oleh Umar bin Khattab yang mewakili umat Islam. Tradisi setempat menceritakan bahwa pada saat pengambil-alihan tersebut, Umar diundang oleh Patriark Sophonius untuk beribadah di dalam Gereja Makam Kudus, namun Umar memilih mengerjakan salat di luar, di dekat pintu masuk gereja. Masjid Umar terletak bersebrangan dengan Gereja Makam Kudus, di luar kompleks Masjid Al-Aqsha.
Isra Mikraj
Masjid Al-Aqsa dipercaya sebagai tempat di mana Nabi Muhammad naik ke surga. Tanggal pasti mengenai kejadian ini tidak jelas, tetapi tetap dirayakan karena terjadi sebelum hijrah dan setelah kunjungan nabi ke Taif. Beberapa orang menganggapnya telah terjadi hanya setahun sebelum hijrah, pada 27 Rajab; tetapi tanggal ini tidak selalu diterima. Tanggal ini akan sama dengan 26 Februari 621 di kalender Julian dan 8 Maret 620 jika terjadi setahun sebelumnya. Dalam tradisi Syi'ah di Iran, 27 Rajab merupakan hari pemanggilan pertama Nabi Muhammad, disebut "Mab'as". Masjid Al-Aqsa dan sekitarnya dianggap sebagai tempat tersuci ketiga di dunia bagi umat Muslim.