Partai Komunis Indonesia
Ketika gagasan tentang Malaysia berkembang, PKI maupun Partai Komunis Malaya menolaknya, dan baik PKI maupun Partai Komunis Malaya menganggap pembentukan Malaysia sebagai proyek neo-kolonialisme dan neo-imperialisme Inggris dan sekutunya.
Partai Acoma
Acoma dikembangkan sebagai kelompok pemuda komunis yang didirikan pada 10 Juni 1946, yang para kadernya tidak bergabung dengan Partai Komunis Indonesia (PKI). Partai ini sebagian besar dibuat oleh sisa-sisa pengikut Tan Malaka. Selain itu Acoma juga menjadi bagian dari Gerakan pro-Tan Malaka Revolusi Rakyat (GRR).