Транскриптомные технологии
Транскрипто́мные техноло́гии () — методы, разработанные для изучения транскриптома (то есть совокупности всех РНК-транскриптов) организма. В состав транскриптома входят все транскрипты, которые присутствовали в клетке на момент . Исследуя транскриптом, можно установить, какие клеточные процессы были активны в тот или иной момент времени.
De novo сборка транскриптома
Геномы большинства организмов сложны для сборки из-за большого размера, а также повсеместно встречающихся повторов. Транскриптомы же организмов, состоящие из последовательностей РНК, из которых в процессе сплайсинга вырезаются интроны, гораздо меньше по размеру и количеству повторов. Поэтому гораздо дешевле секвенировать транскриптом, чем геном. Последовательность генома - эта наиболее полная информация об организме, однако реализация генетической программы порой гораздой важнее и инетереснее, чем сама программа. Поэтому узнать о том, какие участки генома транскрибируются и какие продукты они дают, можно при помощи технологии секвенирования RNA-seq. Транскриптомные данные почти всегда необходимы для точной аннотации генома. Что касается технической стороны обработки данных, алгоритмы сборки геномов плохо работают в случае неравномерного покрытия ридами, а в случае транскриптома гены могут иметь очень разное покрытие из-за разницы в уровнях эксрессии.