Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
Считается, что первый теракт, к которому был причастен Усама, — взрыв 29 декабря 1992 года в аденской гостинице, унёсший жизни двух человек. Именно тогда «Аль-Каида» начала оправдывать убийство невинных людей — согласно фетве одного из основателей этой организации , смерть случайных свидетелей вознаградит их. В 1992 или 1993 году её лидер отправил в Алжир эмиссара с 40 000 долларов в помощь исламистам, который убедил их начать «тотальную войну» с правительством, что вылилось в массовое насилие. В ходе боевых действий погибло 150 000—200 000 человек, исламисты потерпели поражение. Усаму бен Ладена обвиняли в финансировании теракта в Луксоре 17 ноября 1997 года, унёсшего жизни 62 человек и вызвавшего сильное неприятие в египетском обществе. Он укрепил свои отношения с Талибаном, послав несколько сотен джихадистов на защиту Мазари-Шарифа от хазарейцев.