Фёдор Иванович
Большинство историков считают, что Фёдор был не способен к государственной деятельности, по некоторым данным слабый здоровьем и умом; принимал мало участия в управлении государством, находясь под опекой сперва совета вельмож, затем своего шурина Бориса Фёдоровича Годунова, который с 1587 года фактически был соправителем государства, а после смерти Фёдора стал его преемником. Положение Бориса Годунова при царском дворе было столь значимо, что заморские дипломаты искали аудиенции именно у Бориса Годунова, его воля была законом. Фёдор царствовал, Борис управлял — это знали все и на Руси, и за границей.
Палаты Романовых
В 1540-е годы усадьба перешла во владение боярину Никите Юрьеву-Захарьину. По преданию, именно в этих палатах 12 июля 1596 года родился царь Михаил Фёдорович. Во времена правления Бориса Годунова Романовы, как наиболее вероятные претенденты на русский престол, подверглись опале. В 1599-м Фёдора Никитича заключили в тюрьму, затем насильно постригли в монахи под именем Филарета. С этого времени палаты оставались бесхозными. Романовы были объявлены государственными преступниками, лишены всех званий и имущества. Усадьба на Варварке, по всей вероятности, была «отписана на государя».