Фёдор Иванович
Большинство историков считают, что Фёдор был не способен к государственной деятельности, по некоторым данным слабый здоровьем и умом; принимал мало участия в управлении государством, находясь под опекой сперва совета вельмож, затем своего шурина Бориса Фёдоровича Годунова, который с 1587 года фактически был соправителем государства, а после смерти Фёдора стал его преемником. Положение Бориса Годунова при царском дворе было столь значимо, что заморские дипломаты искали аудиенции именно у Бориса Годунова, его воля была законом. Фёдор царствовал, Борис управлял — это знали все и на Руси, и за границей.
Иконоборчество
После Константинопольского собора в империи начался период реакции, начались преследования людей, отрицающих иконопочитание. В Константинополь были торжественно перенесены останки знаменитых исповедников православия Феодора Студита и патриарха Никифора, пострадавших за свою веру и умерших в изгнании. На встречу останков вышли Феодора с сыном и весь двор, неся в руках свечи. Пешком они шли вслед за мощами до церкви Двенадцати апостолов. Была осквернена могила императора Константина V, без всякого уважения к императорскому сану его останки были выброшены на улицу, а из мраморного саркофага, распилив на тонкие плитки, сделали облицовку для одной из комнат императорского дворца. В знак победы иконопочитания на монетах и печатях после 843 года вновь появляется изображение Христа.
Диль сообщает, что императрица Феодора мечтала о славе истребления еретиков, и по её приказанию павликианам было предложено на выбор: обращение в православие или смерть. После отказа павликиан изменить религиозные убеждения в местность Малой Азии, населённую ими, были направлены с карательными экспедициями три военачальника: Аргир, Судал и Дука. От рук императорских инквизиторов под пытками погибло около ста тысяч человек: «"одних павликиан распяли на кресте, других обрекли мечу, третьих — морской пучине. Около десяти мириадов составляло число загубленных, их имущество было отправлено и доставлено в царскую казну"».