Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Террористические акты 11 сентября 2001 года
В 2002 году американское правительство и Конгресс создали «Национальную комиссию о террористических атаках на Соединённые Штаты, совершённых 11 сентября 2001 года», известную также как «Комиссия 9/11». 22 июля 2004 года комиссия выпустила свой отчёт, в котором сделано заключение, что террористические атаки были задуманы и проведены членами «Аль-Каиды». В отчёте указывается, что «организаторы 9/11 потратили от 400 000 до 500 000 долл. на планирование и проведение этой операции, но происхождение этих средств остаётся неизвестным».