Сукарно
Голландцы создали на контролируемой ими территории несколько марионеточных государств. 23 августа 1949 года в Гааге началась так называемая «конференция круглого стола», на которой было принято решение о передаче суверенитета над индонезийской территорией Соединённым Штатам Индонезии (СШИ), в которую в качестве штатов вошли Республика Индонезия и созданные голландцами марионеточные государства. Президентом СШИ был объявлен Сукарно; в должности президента Республики Индонезии его сменил Ассаат. Западная часть острова Новая Гвинея оставалась в руках голландцев. Сторонники республики настороженно относились к вновь образованной федерации. Они понимали, что голландцы задумали её в качестве средства для сохранения влияния консервативных сил в индонезийском обществе. Кроме того, после передачи власти в созданных голландцами государствах наблюдалось усиление прореспубликанских настроений. Это произошло после освобождения из тюрем тысяч политических заключенных, а также стало реакцией на некоторые военные операции голландцев. 17 августа 1950 года СШИ были упразднены и была восстановлена независимая унитарная Республика Индонезия во главе с Сукарно.
Республика Южно-Молуккских островов
17 августа 1950 года президент Сукарно провозгласил унитарную Республику Индонезию. Помимо южномолуккцев, против Сукарно выступили и представители некоторых других территорий. После переговоров и блокады 28 сентября 1950 года началась Индонезийская война: индонезийские войска высадились на остров Амбон. Через Нидерландскую Новую Гвинею (ныне Западный Ириан в составе Индонезии) сепаратисты тщетно обращались за военной помощью к Нидерландам. Примерно через месяц после вступления индонезийских войск, 5 ноября 1950 года, под их ударами пала столица сепаратистов город Амбон. Правительство сепаратистов бежало на близлежащий остров Серам, где под руководством Сумокиля развернулась партизанская война против индонезийцев.