Сукарно
Голландцы создали на контролируемой ими территории несколько марионеточных государств. 23 августа 1949 года в Гааге началась так называемая «конференция круглого стола», на которой было принято решение о передаче суверенитета над индонезийской территорией Соединённым Штатам Индонезии (СШИ), в которую в качестве штатов вошли Республика Индонезия и созданные голландцами марионеточные государства. Президентом СШИ был объявлен Сукарно; в должности президента Республики Индонезии его сменил Ассаат. Западная часть острова Новая Гвинея оставалась в руках голландцев. Сторонники республики настороженно относились к вновь образованной федерации. Они понимали, что голландцы задумали её в качестве средства для сохранения влияния консервативных сил в индонезийском обществе. Кроме того, после передачи власти в созданных голландцами государствах наблюдалось усиление прореспубликанских настроений. Это произошло после освобождения из тюрем тысяч политических заключенных, а также стало реакцией на некоторые военные операции голландцев. 17 августа 1950 года СШИ были упразднены и была восстановлена независимая унитарная Республика Индонезия во главе с Сукарно.
Сепаратизм в Индонезии
Референдум проводился в 1969 г., но, вместо голосования всего населения, решение было принято 1025 специально выбранными делегатами. Западный Ириан стал частью Индонезии в августе 1969 г. Такое ограниченное голосование продемонстрировало очень реальные проблемы взаимоотношений с остальными 650000 жителей провинции. В результате эти проблемы привели к образованию Движения за свободное Папуа, которое утверждало, что в случае проведения полноценного референдума народ проголосовал бы за независимость от Индонезии. 1 июля 1971 движением была предпринята новая, также безуспешная, попытка провозглашения независимости Республики Западное Папуа. С тех пор эта организация ведет против правительства Индонезии повстанческую борьбу. В 1984 снова была провозглашена независимость территории под названием Республика Западная Меланезия, однако лидеры движения были арестованы. С 1973 центральные индонезийские власти в знак увековечивания владения территорией переименовали провинцию Западный Ириан в Ириан-Джая («Победный Ириан»).