Транскриптом
Транскрипто́м () — совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК и некодирующие РНК. Понятие «транскриптом» может обозначать полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определённого типа.
De novo сборка транскриптома
Качество секвенирования оценивается с помощью метрики (Q score). Она рассчитывается для каждого нуклеотида по формуле formula_1, где "P" — это вероятность ошибки. При "Q" > 20 можно говорить о хорошем качестве прочтения нуклеотида, то есть вероятность того, что он неверно отсеквенирован составляет 1%. Первичный анализ данных секвенирования (QC report) проводится в программе FastQC. Далее по порогу Q score можно отсекать нуклеотиды с низким качеством с концов прочтения (там качество заметно ниже), а также удалять последовательности адаптеров. Эта процедура называется триммированием.