Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Саддам Хусейн
Как оказалось, Саддам переоценивал мощь иракской армии, неадекватно анализировал ситуацию в мире и не ожидал начала вторжения, предполагая, что дело ограничится бомбардировками (как в 1998 году). Ещё позднее авторы опубликованного в марте 2008 года доклада «Саддам и терроризм», подготовленного по заказу Пентагона, пришли к выводу, что иракский режим всё-таки не имел никаких связей с «Аль-Каидой», но поддерживал контакты с террористическими группировками на Ближнем Востоке, целями которых были враги Ирака: политэмигранты, курды, шииты и т. д. В докладе отмечается, что до теракта 11 сентября 2001 года структуры «Аль-Каиды» в Ираке не действовали, за исключением небольшой группировки «Ансар аль-Ислам». Наоборот, именно американское вторжение привело к активизации боевиков этой террористической организации в регионе.