Vagrant Story
Главный герой Эшли может бегать, прыгать, забираться на уступы; для преодоления некоторых препятствий необходимо переносить или толкать размещённые в подземельях ящики и каменные блоки, что добавляет в игровой процесс элементы головоломок и платформера. Единожды решённые головоломки можно решать заново, повторно посещая комнату с головоломкой.
Vagrant Story
Важным элементом в боевой системе является характеристика под названием «риск»; механика его применения сходна с системой очков ярости в других играх. Значение риска отображается под индикаторами очков жизни и магии. Каждая совершённая игроком атака увеличивает уровень риска, и с ним снижается точность атак, а также персонаж становится более уязвимым к вражеским ударам. При высоких уровнях риска возрастает вероятность критического удара, наносящего повышенный урон, но и враги могут убить героя несколькими ударами.