Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
7 августа 1998 года у посольств США в столицах Танзании Дар-эс-Саламе и Кении Найроби прогремели взрывы, в результате чего погибли сотни людей. Вскоре была установлена причастность «Аль-Каиды», за которую Усама бен Ладен был включён в список десяти наиболее разыскиваемых ФБР беглецов. В декабре того же года Контртеррористический центр при директоре ЦРУ доложил президенту Биллу Клинтону о подготовке «Аль-Каидой» терактов на территории Соединённых Штатов, в том числе угонов самолётов. В конце 2000 года Ричард Кларк заявил, что на 3 января 2000 года группировка планировала на отель в иорданском Аммане, туристов на горе Нево, место на реке Иордан, где, по преданию, крестился Иисус, и цель в США, а также потопление эсминца USS The Sullivans (DDG-68) в Йемене. План был сорван арестами заговорщиков в Иордании и оперативника «Аль-Каиды» и крушением лодки, перевозившей взрывчатку для уничтожения судна.