Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
Первоначально эмир «Аль-Каиды» отрицал свою причастность к событиям 11 сентября, однако в 2004 году признал её. В ходе терактов было угнано четыре пассажирских самолёта — рейсы 11 American Airlines, 175 United Airlines, 77 American Airlines и 93 United Airlines, врезавшиеся соответственно в Северную и Южную башни Всемирного торгового центра в Нью-Йорке и Пентагон в округе Арлингтон, штат Виргиния. Четвёртый самолёт, летевший к вашингтонскому Капитолию, упал в поле близ города Шанксвилл, Пенсильвания. Все пассажиры на борту погибли. Трагедия унесла жизни 2997 человек. В ответ правительство США начало войну с терроризмом, чьими целями были свержение режима талибов в Афганистане и захват оперативников «Аль-Каиды». Несколько государств в целях противодействия терроризму ужесточили собственное законодательство. Поиск и пленение либо уничтожение Усамы были поручены Отделу специальных операций ЦРУ. ФБР заявило, что обладает неопровержимыми секретными доказательствами причастности Усамы бен Ладена и «Аль-Каиды» к терактам. Правительство Великобритании пришло к аналогичному выводу о причастности террориста, однако сочло имеющиеся доказательства недостаточными для заведения уголовного дела.
16 сентября 2001 года диктор телеканала «Аль-Джазира» зачитал послание главы «Аль-Каиды», в котором тот заявил о своей непричастности к атакам. В ноябре 2001 года американские войска обнаружили в Джелалабаде видеокассету, на которой Усама бен Ладен в ходе обсуждения с соратниками событий 11 сентября признаётся, что заранее знал об их подготовке. 13 декабря плёнка была обнародована. Корректность перевода аудиодорожки на английский язык подвергается сомнению: по мнению арабиста Абделя Эль М. Хусейни, в тех местах, где лидер «Аль-Каиды» признаёт ответственность за теракты, английский текст не совпадает с арабским. В своём видео от 29 октября 2004 года он сообщил о своей причастности к произошедшему, однако не отозвал прошлые заявления. Теракты Усама объяснил тем, что «мы свободный народ», который «хочет вернуть свободу», и обвинил президента Джорджа Буша—младшего в халатности по отношению к угонам самолётов 11 сентября.