Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Террористические акты 11 сентября 2001 года
Среди террористов было шесть основных организаторов (четверо из которых были пилотами) и тринадцать рядовых членов группы. Террористы не соответствовали типичному портрету шахида, поскольку были среднего возраста, хорошо образованными и со сложившейся жизненной позицией.
Сообщалось, что Закариас Муссауи рассматривался в качестве замены для Зияда Джарры, который угрожал покинуть заговорщиков из-за трений между ними. Тем не менее планы по замене Джарры на Муссауи не были приведены в исполнение якобы по причине недостаточного доверия к нему со стороны руководства «Аль-Каиды». Муссауи был арестован 16 августа 2001 года, за четыре недели до атаки, за нарушение правил иммиграции, но агенты ФБР подозревали, что после прохождения тренинга на управление самолётом он имел преступные планы. В апреле 2005 года Муссауи признался в участии в заговоре с целью угона самолёта, а также в причастности к «Аль-Каиде», но отрицал, что ему было известно о планах на 11 сентября. После вынесения ему приговора в марте 2005 года Муссауи заявил, что по личному указанию бен Ладена он и должны были захватить пятый самолёт и направить его на Белый дом.