Транскриптомные технологии
Транскрипто́мные техноло́гии () — методы, разработанные для изучения транскриптома (то есть совокупности всех РНК-транскриптов) организма. В состав транскриптома входят все транскрипты, которые присутствовали в клетке на момент . Исследуя транскриптом, можно установить, какие клеточные процессы были активны в тот или иной момент времени.
De novo сборка транскриптома
Качество секвенирования оценивается с помощью метрики (Q score). Она рассчитывается для каждого нуклеотида по формуле formula_1, где "P" — это вероятность ошибки. При "Q" > 20 можно говорить о хорошем качестве прочтения нуклеотида, то есть вероятность того, что он неверно отсеквенирован составляет 1%. Первичный анализ данных секвенирования (QC report) проводится в программе FastQC. Далее по порогу Q score можно отсекать нуклеотиды с низким качеством с концов прочтения (там качество заметно ниже), а также удалять последовательности адаптеров. Эта процедура называется триммированием.