Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Mara Salvatrucha
В июле 2004 года в Гондурасе был обнаружен лидер одной из ячеек Аль-Каиды, который встречался с авторитетами MS-13 (предметом переговоров между и гангстерами являлась просьба исламистов о содействии в пересечении мексиканско-американской границы). Вскоре высокопоставленные американские чиновники стали отрицать контакты MS-13 с людьми из Аль-Каиды, хотя президент Сальвадора не исключал такой возможности. Летом 2004 года новый президент Сальвадора Антонио Сака также начал широкомасштабную кампанию против банд. Полиция провела массовые аресты, задерживая на улицах подростков только за наличие гангстерских татуировок. Кроме того, в декабре 2004 году специально для борьбы с Mara Salvatrucha ФБР создало особое подразделение под названием «National Gang Task Force» или «Fuerza Nacional Contra Pandillas» (Национальные силы по борьбе с бандами). После расстрела в конце 2004 года боевиками Mara Salvatrucha автобуса власти Гондураса провели масштабную операцию по поиску причастных к дерзкому преступлению. Более 2 тыс. военнослужащих прочесали трущобы и предместья Сан-Педро-Сулы, вскоре мексиканская полиция арестовала двоих подозреваемых — Алексиса Рамиреса и Хуана Карлоса Миранду (они были приговорены к пожизненному заключению), а в Техасе в феврале 2005 года был задержан предполагаемый организатор нападения — Эбнер Анибал Ривера-Пас (Эль-Куличе) из Normandie Locos Salvatruchos.