Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
Впервые задача по захвату Усамы была поставлена во время правления Билла Клинтона. Вскоре после 11 сентября 2001 года стало известно, что он подписал директиву, предписывающую ЦРУ и его Отделу специальных операций задержать террориста и доставить его в Соединённые Штаты, чтобы тот предстал перед судом по делу об атаках на американские посольства в Кении и Танзании, а если захватить его живым будет невозможно — уничтожить его. 20 августа 1998 года корабли ВМС США в Аравийском и Красном морях выпустили ракеты по тренировочным лагерям «Аль-Каиды» близ афганского Хоста, однако лидер «Аль-Каиды» уехал оттуда за несколько часов до бомбардировки, и по фармацевтической фабрике в суданском Северном Хартуме под предлогом производства там химического оружия соответственно. Бюро разведки и исследований госдепартамента подвергло критике эту версию ЦРУ за недостатком доказательств. В 1999 году Управление и пакистанская военная разведка тренировали отряд из примерно 60 пакистанских диверсантов, которых планировалось забросить в Афганистан с целью ликвидации Усамы бен Ладена, однако план так и не был воплощён в жизнь из-за военного переворота в том же году. В 2000 году зарубежные оперативники, работавшие на ЦРУ, выстрелили из ручного гранатомёта в афганских горах по машине из конвоя главы «Аль-Каиды», однако он находился в другом автомобиле. Охота на террориста была встречена неоднозначно: Пол Бремер поддержал её, в то время как бывший посол в Пакистане заявил об «одержимости Усамой» со стороны правительства.