Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
Сразу после терактов 11 сентября власти США назвали Усаму и «Аль-Каиду» главными подозреваемыми и предложили 25 млн долларов за информацию о его местонахождении. 13 июля 2007 года Сенат проголосовал за удвоение вознаграждения, однако этого так и не произошло. Ассоциации и предложили в награду дополнительные 2 млн долларов. По информации корреспондентов The Washington Post Бартона Гелльмана и Томаса Рикса, во время в конце 2001 года Усама бен Ладен находился внутри пещерного комплекса, расположенного в горах и проходящего по восточной границе Афганистана, однако недостаток бойцов, выделенных для охоты на террориста, позволил ему сбежать, что стало самым серьёзным провалом за всю войну с «Аль-Каидой». Согласно той же газете, в конце 2005 года военизированный отряд ЦРУ, которому была дана задача захватить лидера «Аль-Каиды», был расформирован. В 2002 году Джордж Буш заявил: «Я действительно не так обеспокоен им». 14—16 августа 2007 года американские и афганские войска, получив информацию о встрече между членами «Аль-Каиды» в Тора-Бора перед началом Рамадана, атаковали комплекс и уничтожили множество талибов и джихадистов, но ни Усамы, ни аз-Завахири среди них не оказалось.