Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Тюрьма в Гуантанамо
В конце 2009 года освобождение заключённых из тюрьмы стало объектом противоречий после того, как выяснилось, что заместителем лидера террористической организации Аль-Каида на Аравийском полуострове является Саид Али аль-Шихри, ранее содержавшийся в Гуантанамо и освобождённый в 2007 году. Ещё в мае министерство обороны США опубликовало список из 74 бывших заключённых тюрьмы, подозревавшихся в возвращении или вернувшихся к террористической деятельности. По мнению конгрессмена-республиканца Питера Хекстры, основу аравийской ячейки «Аль-Каиды» составляют люди, ранее содержавшиеся в тюрьме Гуантанамо. В январе 2010 года президент США Барак Обама распорядился временно приостановить репатриацию из Гуантанамо граждан Йемена. Также сообщалось, что бывшим узником Гуантанамо является мулла Закир, лидер боевиков движения Талибан в афганской провинции Гильменд.