Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Взрывы посольств США в Африке
По мнению американских разведывательных служб, ответственность за взрывы посольств несёт организация «Аль-Каида». В частности, свою связь с этой организацией признал арестованный позднее Хафлан Хамис Мохаммед, занимавшийся подготовкой взрыва в Дар-эс-Саламе. Именно после взрывов посольств в Африке «Аль-Каида» впервые привлекла к себе значительное внимание, а её лидер Усама бен Ладен попал в список десяти самых разыскиваемых ФБР преступников и получил прозвище «террорист № 1». Сам бен Ладен в интервью журналу «Тайм» 22 декабря 1998 года так прокомментировал обвинения в свой адрес: