Нева
Из-за равномерного стока воды из Ладожского озера у Невы в течение всего года не бывает весеннего подъёма воды и паводков. Замерзает Нева на всём протяжении. Средние сроки замерзания Невы — первая декада декабря, а вскрытия — первая декада апреля. Толщина льда 0,3—0,4 м в черте Санкт-Петербурга, и 0,5—0,6 м за его пределами. В верхнем течении Невы зимой иногда возникают зажоры и заторы льда, из-за этого выше по течению происходят наводнения. Из общего объёма льда Ладожского озера () в Неву выносится не более 5 %. Средняя температура воды летом 17—20 °C, купальный сезон длится около 1,5 месяцев. Вода в Неве пресная (средняя минерализация ), гидрокарбонатно-кальциевая , средняя мутность.
Нева
В Неве почти отсутствует водная растительность, лишь в некоторых местах у самого берега тянется узкая полоса водолюбивых растений. Несколько веков назад вся территория Невской низменности была покрыта сосновыми и еловыми зеленомоховыми лесами. Затем в результате систематических пожаров и хозяйственной вырубки их площадь сильно сократилась. Большой ущерб был нанесён лесам в годы Великой Отечественной войны. На территории Санкт-Петербурга леса сведены полностью, а в верховьях Невы до 40—50 %. В результате интенсивной хозяйственной деятельности естественный ландшафт повсеместно уступил место культурному. Сейчас в верховьях реки преобладают берёзовые и сосново-берёзовые травянисто-кустарниковые леса, в среднем течении — сосновые долгомошные и сфагновые заболоченные леса, на территории Санкт-Петербурга — исключительно антропогенные ландшафты.