Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Террористические акты 11 сентября 2001 года
Идея террористических атак 11 сентября принадлежит Халиду Шейху Мохаммеду, который впервые представил её Усаме бен Ладену в 1996 году. В это время бен Ладен и «Аль-Каида» находились в процессе переноса своих баз из Судана обратно в Афганистан. Взрывы в американских посольствах в Африке 1998 года стали поворотной точкой, после которой бен Ладен направил свои атаки против Америки. В конце 1998 или в начале 1999 года бен Ладен дал Моххаммеду своё согласие на дальнейшую проработку операции. Весной 1999 года произошла серия встреч, между Мохаммедом, бен Ладеном, и его приближённым Мохаммедом Атефом. бен Ладен осуществлял общее руководство и финансирование заговора, кроме того он участвовал в отборе исполнителей, включая выбор Мухаммеда Атты в качестве непосредственного лидера угонщиков. Халид Шейх Мохаммед осуществлял оперативное руководство, такое как выбор целей, а также организацию перемещений террористов. бен Ладен отклонил выбранные Мохаммедом цели, например здание Американского Банка в Лос Анджелесе.