Сукарно
Голландцы создали на контролируемой ими территории несколько марионеточных государств. 23 августа 1949 года в Гааге началась так называемая «конференция круглого стола», на которой было принято решение о передаче суверенитета над индонезийской территорией Соединённым Штатам Индонезии (СШИ), в которую в качестве штатов вошли Республика Индонезия и созданные голландцами марионеточные государства. Президентом СШИ был объявлен Сукарно; в должности президента Республики Индонезии его сменил Ассаат. Западная часть острова Новая Гвинея оставалась в руках голландцев. Сторонники республики настороженно относились к вновь образованной федерации. Они понимали, что голландцы задумали её в качестве средства для сохранения влияния консервативных сил в индонезийском обществе. Кроме того, после передачи власти в созданных голландцами государствах наблюдалось усиление прореспубликанских настроений. Это произошло после освобождения из тюрем тысяч политических заключенных, а также стало реакцией на некоторые военные операции голландцев. 17 августа 1950 года СШИ были упразднены и была восстановлена независимая унитарная Республика Индонезия во главе с Сукарно.
Индонезийско-малайзийские отношения
16 сентября 1963 года была провозглашена независимость Малайзии, части которой (Сабах и Саравак) имели общую границу с Индонезией. Индонезия резко негативно отнеслась к возникновению нового государства, так как президент Индонезии Сукарно считал, что Малайзия станет базой для «неоколонизма и империализма» (НЕКОЛИМ) и это может подорвать результаты индонезийской революции. Премьер-министр Малайзии Абдул Рахман согласился предоставить территорию для базирования британских вооруженных сил в стране, а также Малайская Федерация оказывала помощь повстанцам Революционного правительства Республики Индонезии в 1958 году. После создания Малайзии, началась волна антималайских и антибританских демонстраций в Индонезии, в результате чего произошло сожжение британского посольства. Члены Коммунистической партии Индонезии захватили британские плантации и другие предприятия, которые затем были переданы правительству страны.