Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Исламское государство
В создании группировки принимала участие «Аль-Каида», которая посредством международного террориста Абу Мусаба аз-Заркави сначала организовала «Совещательное собрание моджахедов» (2006), к которой затем присоединились группировки «Джайш ат-Таифа аль-Мансура» («Армия победоносной общины»), «Джайш Ахлу-с-Сунна ва-ль-Джамаа» («Армия приверженцев Сунны и общины»), «Джайш аль-Фатихин» («Армия завоевателей») и «Джунд ас-Сахаба» («Войско сподвижников»), после чего 15 октября 2006 года было заявлено о создании «Исламского государства Ирак» (ИГИ). Впоследствии к этой организации примкнули мелкие исламистские группы, такие как «Ансар ат-Тавхид», «Аль-Гураба», «Исламский джихад», «Асаиб аль-Ахваль», «Джамаа аль-Мурабитин», «Ансар ат-Тавхид ва-с-Сунна», «Фурсан ат-Таухид», «Джунд Миллят аль-Ибрахим». Первым лидером Исламского государства Ирак стал Абу Омар аль-Багдади.