Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Аль-Каида
Руководителем «Аль-Каиды» считался Усама бен Ладен (убит 2 мая 2011 г.), его правой рукой — Айман аз-Завахири. Во главе этой организации стоит шура́ (совет). Ниже в структуре организации расположены 8 комитетов (религии, военный, связи с общественностью, финансовый и др.).
По данным ЦРУ, через тренировочные лагеря «Аль-Каиды» в Афганистане за 1989—2001 гг. прошло от 25 до 100 тыс. рекрутов. Крупнейшими лагерями для подготовки бойцов были Аль-Фарук, Хальден и Дурунта. Аналогичные лагеря были созданы и функционировали в Судане, на Кавказе, на Балканах, во многих государствах Ближнего и Дальнего Востока. В результате членами «Аль-Каиды» являются выходцы практически из всех мусульманских государств и регионов мира. Ячейки этой организации обнаружены в 34 странах мира.