Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
7 октября 2008 года на вторых дебатах кандидатов в президенты выдвиженец от Демократической партии Барак Обама заявил: «Мы убьём бен Ладена. Мы сломаем „Аль-Каиду“. Это должно быть главным приоритетом национальной безопасности». По избранию президентом он повторил о намерении «возродить обязательство США найти лидера „Аль-Каиды“ Усаму бен Ладена». Обама отказался от глобальной войны с терроризмом и сконцентрировался на борьбе с «Аль-Каидой». В декабре 2009 года министр обороны США Роберт Гейтс сообщил, что у американских властей долгие годы не было достоверной информации о местонахождении её главы. Неделю спустя командующий Международными силами содействия безопасности в Афганистане генерал Маккристал заявил, что «Аль-Каида» не будет побеждена до тех пор, пока Усама не будет схвачен или убит, так как, будучи культовой фигурой, помогает её существованию как международной франшизы, но его захват или гибель не будут означать уничтожения группировки. В апреле 2011 года Обама отдал приказ об осуществлении тайной операции по пленению или ликвидации Усамы бен Ладена. 2 мая того же года Белый дом сообщил о его гибели в убежище в городе Абботтабад в Пакистане.