Бактерии
Человеческую микрофлору составляют 39 триллионов бактериальных клеток (само тело человека состоит из около 30 триллионов клеток). Наиболее многочисленна кишечная микрофлора, кожа также заселена многими бактериями. Большинство бактерий, обитающих в человеческом теле, безвредны за счёт сдерживающего действия иммунной системы, а некоторые даже приносят пользу. Ряд бактерий патогенны для человека. Такие инфекционные болезни, как холера, сифилис, сибирская язва, проказа и бубонная чума, вызываются бактериями. Наибольшее число смертей вызвано бактериальными , и один лишь туберкулёз ежегодно убивает 2 миллиона человек (преимущественно в Африке южнее Сахары). В развитых странах антибиотики используются не только для лечения заболеваний человека, но и в животноводстве, из-за чего проблема устойчивости к антибиотикам становится всё более актуальной. В промышленности бактерий используют в очистке сточных вод, для ликвидации разливов нефти, при получении сыра и йогурта, восстановлении золота, палладия, меди и других металлов из руд, а также в биотехнологии, для получения антибиотиков и других соединений.
Колифаги
Колифаги - бактериофаги (вирусы бактерии), которые заражают бактериальную клетку, размножаются в ней и убивают её. Обычно колифаги обитают в колиморфных бактериях.
Бактериофаги являются также индикаторами качества воды (степени очистки воды) из-за сходства с кишечными вирусами (энтеровирусами) человека. Они достаточно хорошо обнаруживаются.
Наиболее изучены две группы: соматические колифаги, которые инфицируют штаммы организма - хозяина (E.Coli) через рецепторы клеточных стенок; и F-специфические РНК-бактериофаги, которые инфицируют штаммы E.Coli и родственные бактерии через F- или секс-фимбрии.
Эти группы присутствуют в большом количестве в сточных водах. В свежих фекалиях человека их содержание невелико.
Колифаги также хороши как индикаторы и из-за их большой персистентности (способность сохранять жизнь вне тела "хозяина"). Наличие или отсутствие колифаг – дополнительный критерий эффективности очистки воды.