Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Усама бен Ладен
7 июня 1999 года лидер «Аль-Каиды» за совершение преступлений, карающихся смертной казнью, в рамках терактов 1998 года был включён в список десяти наиболее разыскиваемых ФБР беглецов. Покушения на него и попытки воздействовать на афганские власти с целью добиться его экстрадиции не имели успеха до начала войны. В 1999 году по предложению президента США Билла Клинтона ООН ввела санкции против режима талибов с целью заставить их выдать Усаму, но они продолжили препятствовать экстрадиции. После терактов 11 сентября афганские власти предложили начать процесс против Усамы бен Ладена в исламском суде, если будут приведены доказательства его причастности к произошедшему. Лишь на восьмой день после начала американской военной операции в октябре 2001 года они согласились выдать эмира «Аль-Каиды» третьей стране для суда над ним с целью прекращения бомбардировок, однако Буш отверг предложение, заявив, что время для переговоров вышло, а вина Усамы бен Ладена уже доказана. После его убийства 2 мая 2011 года 15 июня правоохранительные органы США сняли с Усамы обвинения.