Транскриптомные технологии
Транскрипто́мные техноло́гии () — методы, разработанные для изучения транскриптома (то есть совокупности всех РНК-транскриптов) организма. В состав транскриптома входят все транскрипты, которые присутствовали в клетке на момент . Исследуя транскриптом, можно установить, какие клеточные процессы были активны в тот или иной момент времени.
De novo сборка транскриптома
"De novo" сборка транскриптома не требует наличия референсного генома. Учитывая, что большинство организмов на данный момент еще не отсеквенированы, "de novo" сборка транскриптома таких организмов может быть использована как первый этап в их изучении. Например, для изучения и сравнения траснкриптомов между оранизмами, а также для анализа дифференциальной экспрессии при различных воздействиях на организм. Иногда бывает полезно собирать транскриптом "de novo" даже при наличии референсного генома, так как при этом можно обнаружить транскрибируемые участки, последовательности которых отсутствуют в геномной сборке. Имея "de novo" сборку и референсный геном можно детектировать транскрипты экзогенного происхождения. Самое важное отличие "de novo" сборки в том, что при этом не требуется выравнивать последовательности и решать проблемы поиска или предсказания сайтов сплайсинга, помимо этого удается собирать транскрипты, полученные в результате транссплайсинга. Однако сборка de novo является алгоритмически сложным и вычислительно затратным процессом.Также данный подход отличается высокой чувствительностью к ошибкам.