Аль-Каида
ЦРУ подверглось критике за финансирование исламистских боевиков в Афганистане, поскольку из их состава впоследствии была создана Аль-Каида. Журналист и писатель, эксперт по исламскому терроризму писал в ответ на эту критику, что финансирование направлялось Гульбеддину Хекматияру, а будущий создатель и глава Аль-Каиды Усама бен Ладен на тот момент не представлял собой ничего серьёзного: его группировка едва превышала дюжину человек и сильно зависела от других исламистских организаций, таких как Египетский исламский джихад. В своей книге «„Аль-Каида“: Подлинная история радикального ислама» Берк утверждал, что:
Первое упоминание о чём-то, называвшемся «Аль-Каида», появилось в отчёте ЦРУ, составленном в 1996 г., упоминавшем, что приблизительно в 1985 г. бен Ладен… организовал Исламский Фронт Спасения, или «Аль-Каида», для поддержки моджахедов в Афганистане. Не ясно при этом, имел ли автор ввиду группу, действующую как «Аль-Каида» или называвшуюся «Аль-Каида»… Безусловно, никаких упоминаний «Аль-Каиды» нет в переписке между Госдепартаментом и его представителями в Пакистане.
Война против терроризма
После отказа талибов выдать Усаму бин Ладена и других руководителей «аль-Каиды» американскому правосудию, властями США было принято решение о проведении военной операции на территории этой страны с целью ликвидации структур «аль-Каиды» и «Талибана». Была сформирована многонациональная коалиция, главенствующую роль в которой занимали США и 7 октября 2001 года была начата вооружённая операция против режима талибов на территории Афганистана. Уже до конца 2001 года силами международной коалиции режим талибов был свергнут практически на всей территории Афганистана. Однако, затем «Талибан» перешёл к тактике партизанской и террористической борьбы против сил международной коалиции и нового афганского правительства. Это привело к тому, что противостояние с талибами превратилось в затянувший на многие годы вооружённый конфликт, который продолжался до 2014 года.