Blood Sugar Sex Magik
"Blood Sugar Sex Magik" был выпущен 24 сентября 1991 года. Он стал «золотым» уже спустя два месяца, 26 ноября 1991 года, и «платиновым» 1 апреля 1992 года; с тех пор в США он стал «платиновым» семь раз. Альбом достиг 3-го места в "Billboard 200". Сингл «Give it Away» поначалу не очень хорошо приживался в мейнстриме. Несколько радиостанций отказались крутить песню, посоветовав группе «вернуться с такой песней, в которой будет мелодия». Радиостанция KROQ в Лос-Анджелесе, тем не менее, начала крутить этот сингл по нескольку раз в день, и это, по утверждению Кидиса, «было началом по внедрению „Give It Away“ в массовое сознание». Песня достигла 9-го места в "UK Top 40" и 73-го места в "Billboard Hot 100". В общей сложности общемировой тираж "Blood Sugar Sex Magik" составил 13 миллионов.
Red Hot Chili Peppers
После ухода Наварро в 1998 году Red Hot Chili Peppers были на краю распада. Фли говорил Кидису: «Единственный способ сохранить группу — вернуть Джона обратно». Кидис сомневался, что Фрушанте когда-либо захочет работать с ним, у обоих были нерешённые личные разногласия, но, несмотря на это, Фрушанте присоединился к группе в 1998 году. Кидис и Фли считали, что это самое лучшее время для того, чтобы позвать Фрушанте обратно в группу — ведь он избавился от зависимости и болезней. В апреле 1998, когда Фли навестил его и попросил вернуться, Фрушанте зарыдал и сказал: «Ничто не может сделать меня счастливее». Фли решил созвониться с Энтони и попросить его встретиться с Джоном, чтобы попробовать решить все личные проблемы. Фли вздохнул спокойно, когда узнал, что они больше не имеют ничего против друг друга и оба не могут дождаться, чтобы начать писать музыку вместе. Буквально за неделю, впервые за шесть лет, возрождённая четвёрка одним толчком обновила Red Hot Chili Peppers.Несмотря на приподнятое настроение группы, Фрушанте был умственно и психологически нестабилен. Он потерял свои гитары при пожаре, из которого еле унёс ноги, он пережил трудное время возобновления его прежней жизни. Группа начала репетировать в гараже Фли, и Фрушанте быстро восстановил свой талант. Он вернул главный компонент в звучание Chili Peppers — так же, как и здоровую мораль. Он принёс с собой глубокую преданность музыке, что оказало влияние на стиль записи альбома. Фрушанте часто подчеркивал, что работа над "Californication" была его самой любимой. 8 июля 1999, после года работы и тщательных репетиций, "Californication" вышел как седьмой альбом группы. Он был продан тиражом в 15 миллионов копий и стал самым успешным альбомом группы на сегодняшний день. "Californication" включает в себя меньше рэпа, чем его предшественники; основу его составили последовательные и мелодичные гитарные риффы, вокал и ударные. В альбоме три главных рок-хита: «Scar Tissue», «Otherside» и «Californication». "Californication" получил похвалы у критиков и огромный успех по всему миру. Несмотря на то, что все связывали успех с возвращением Фрушанте, многие отмечали также развитие Кидиса как вокалиста.