Транскриптом
Транскрипто́м () — совокупность всех транскриптов, синтезируемых одной клеткой или группой клеток, включая мРНК и некодирующие РНК. Понятие «транскриптом» может обозначать полный набор транскриптов в данном организме или специфический набор транскриптов (молекул РНК), представленный в клетках определённого типа.
De novo сборка транскриптома
Oases – пакет программ, который предназначен для эвристической сборки транскриптов в отсутствии референсного транскриптома. Использует хэш-таблицу, динамическую фильтрацию шума (удаление «островных контигов», то есть не имеющих соседних контигов в графе де Брёйна и длиной менее 150 нуклеотидов), учитывает события альтернативного сплайсинга и осуществляет эффективное слияние нескольких сборок. Может использовать парно-концевые чтения, а также длинные последовательности для построения изоформ транскриптов.ABySS – ещё один сборщик, использующий парно-концевые чтения. Trans-ABySS – пакет программ, реализованных на Python и Perl, для сборки данных РНК-секвенирования. Может применяется к сборкам, сгенерированным в широком диапазоне k-значений. Сначала Trans-ABySS сводит набор данных к более мелким наборам контигов, находит события альтернативного сплайсинга, включая пропуски экзонов, образование новых экзонов, сохранение интронов, формирование новых интронов и альтернативное сращивание экзонов, после чего объединяет полученные сборки. Также способен оценивать уровень экспрессии генов, идентифицировать потенциальные сайты полиаденилирования и возможные химерные гены, образованные в результате слияния нескольких генов.Этот метод сборки транскриптома делит данные РНК-секвенирования на множество независимых графов де Брёйна (один граф соответствует одному экспрессируемому гену), после чего с помощью параллельных вычислений строит транскрипты из таких графов, включая альтернативные сплайсоформы. Может использовать как парно-концевые чтения, так и одиночные. Отличается понятным интерфейсом, который почти не требует никакой настройки параметров. Trinity состоит из трех независимых программных модулей, которые используются последовательно для создания транскриптов :Inchworm осуществляет сборку данных РНК-секвенирования в последовательности транскриптов. Часто генерирует полноразмерные транскрипты для преобладающих изоформ, а для альтернативно сплайсированных вариантов транскриптов выдает только уникальные участки.Сhrysalis кластеризует контиги, полученные с помощью модуля Ichworm, и строит полные графы де Брёйна для каждого кластера.Batterfly анализирует графы де Брёйна, после чего выводит все возможные последовательности транскриптов. Сначала объединяет вершины в однозначных путях в графе для получения вершин, соответствующим более длинным последовательностям, и удаляет ребра, поддерживаемые небольим числом чтений. Затем отслеживает пути ридов в полученном графе и выдает последовательности транскриптов.