Gereja Katolik Siro-Malankara
Pada 10 Februari 2005, Gereja Katolik Siro-Malankara ditingkatkan oleh Paus Yohanes Paulus II menjadi sebuah Gereja Keuskupan Agung Mayor, dengan mengangkat Uskup Agung Gereja ini menjadi Uskup Agung Mayor (disebut Katolikos oleh umat Katolik Siro-Malankara). Sebagai sebuah Gereja Keuskupan Agung Mayor, Gereja Siro-Malankara diberi status otonomi level tertinggi berdasarkan "Hukum Kanon Gereja-Gereja Timur", dipimpin oleh uskup agung mayor dan sinode umum yang beranggotakan seluruh uskup Gereja ini, serta tunduk pada pengawasan kepausan.
Gereja Protestan di Indonesia bagian Barat
Dalam Sidang Sinode De Protestantse Kerk In Nederlands Indie tahun 1933, jemaat di Minahasa, Maluku, bekas wilayah Keresidenan Timor dan pulau-pulau di sekitarnya diberikan wewenang untuk menjadi gereja mandiri dalam persekutuan De Protestantse Kerk In Nederlands Indie. Pada tahun 1934, jemaat di Minahasa dilembagakan menjadi gereja mandiri pertama dengan nama Gereja Masehi Injili di Minahasa (GMIM). Setahun kemudian pada tahun 1935, jemaat di Maluku dilembagakan menjadi gereja mandiri kedua dengan nama Gereja Protestan Maluku (GPM). Setelah berakhirnya Perang Dunia II, pada tahun 1947, jemaat di wilayah Sunda Kecil dilembagakan menjadi gereja mandiri ketiga dengan nama Gereja Masehi Injili di Timor (GMIT).