Reformasi Protestan
Setelah runtuhnya lembaga-lembaga biara dan skolastisisme di Eropa pada akhir abad pertengahan, yang diperparah oleh Pembuangan ke Babel dari Kepausan Avignon, Skisma Besar, dan kegagalan pembaruan oleh Gerakan Konsiliar, pada abad ke-16 mulai matang perdebatan budaya yang besar mengenai pembaruan keagamaan dan kemudian juga nilai-nilai keagamaan yang dasariah. Para ahli sejarah pada umumnya mengasumsikan bahwa kegagalan untuk mereformasi (terlalu banyak kepentingan pribadi, kurangnya koordinasi di kalangan koalisi pembarua), akhirnya menyebabkan gejolak yang lebih besar atau bahkan revolusi, karena sistemnya akhirnya harus disesuaikan atau runtuh, dan kegagalan Gerakan Konsiliar melahirkan Reformasi Protestan di Eropa bagian barat. Gerakan-gerakan reformis yang frustrasi ini merentang dari nominalisme, ibadah modern, hingga humanisme yang terjadi berbarengan dengan kekuatan-kekuatan ekonomi, politik dan demografi yang ikut menyebabkan ketidakpuasan yang kian meningkat terhadap kekayaan dan kekuasaan kaum agamawan elit, membuat masyarakat semakin peka terhadap kehancuran finansial dan moral dari gereja Renaisans yang sekuler.
Perang Tiga Puluh Tahun
Rudolf II (memerintah 1557-1612), raja Bohemia dan kaisar Romawi Suci (yang menggantikan ayahnya Maximilian II), ingin meluncurkan sebuah perang agama melawan Protestan. Dia menutup gereja-gereja Lutheran pada tahun 1578, mengingkari janji sebelumnya kepada bangsawan Bohemia bahwa dia akan menoleransi agama, yang dianut sebagian besar penduduk yang telah berpindah agama. Selain itu, sepupu Rudolf II; Adipati Agung Ferdinand II (memerintah 1578-1637) menarik toleransi agama yang diberikan Maximilian II di Austria Hilir. Pasukan kekaisaran Rudolf II, yang telah memerangi orang-orang Turki sejak tahun 1593, telah menganeksasi Transilvania. Kaisar bergerak melawan Protestan di sana dan di Hongaria. Namun pada tahun 1605, ketika tentara Rudolf II melakukan kampanye melawan orang-orang Turki di Balkan, orang-orang Protestan memberontak di kedua tempat tersebut. Sebuah tentara Protestan menginvasi Moravia, yang terletak di sebelah timur Bohemia dan utara Austria, dekat dengan ibukota Habsburg di Wina. Sementara itu, Kaisar Rudolf II, mengalami depresi dan kemudian merasa tidak waras, dan hidup sebagai pertapa di kastilnya di Praha. Keluarganya meyakinkan saudaranya Matthias (memerintah 1557-1619) untuk bertindak atas nama Rudolf II dengan berdamai dengan penduduk Protestan Hongaria dan Transilvania, serta orang-orang Turki. Traktat Wina (1606) menjamin kebebasan beragama di Hongaria. Matthias kemudian dikenal sebagai kepala ahli waris atau penerus Dinasti Habsburg dan Rudolf II.