Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Kabupaten Maluku Tengah
Masohi yang dibangun beberapa dekade silam saat ini merupakan ibukota, kota terbesar, pusat pemerintahan, ekonomi, budaya dan fiskal dari Kabupaten Maluku Tengah. Masohi rencanya akan dinaikkan status menjadi kotamadya pemekaran dari Maluku Tengah. Kecamatan yang mungkin bergabung ke dalam kota ini yaitu :