Reformasi Protestan
Setelah runtuhnya lembaga-lembaga biara dan skolastisisme di Eropa pada akhir abad pertengahan, yang diperparah oleh Pembuangan ke Babel dari Kepausan Avignon, Skisma Besar, dan kegagalan pembaruan oleh Gerakan Konsiliar, pada abad ke-16 mulai matang perdebatan budaya yang besar mengenai pembaruan keagamaan dan kemudian juga nilai-nilai keagamaan yang dasariah. Para ahli sejarah pada umumnya mengasumsikan bahwa kegagalan untuk mereformasi (terlalu banyak kepentingan pribadi, kurangnya koordinasi di kalangan koalisi pembarua), akhirnya menyebabkan gejolak yang lebih besar atau bahkan revolusi, karena sistemnya akhirnya harus disesuaikan atau runtuh, dan kegagalan Gerakan Konsiliar melahirkan Reformasi Protestan di Eropa bagian barat. Gerakan-gerakan reformis yang frustrasi ini merentang dari nominalisme, ibadah modern, hingga humanisme yang terjadi berbarengan dengan kekuatan-kekuatan ekonomi, politik dan demografi yang ikut menyebabkan ketidakpuasan yang kian meningkat terhadap kekayaan dan kekuasaan kaum agamawan elit, membuat masyarakat semakin peka terhadap kehancuran finansial dan moral dari gereja Renaisans yang sekuler.
Reformasi Protestan di Swiss
Sementara Gereja resmi tetap pasif selama awal Reformasi, Provinsi-provinsi Katolik Swiss mengambil langkah-langkah awal dalam mempertahankan gerakan baru. Mereka mengambil kekuasaan hukum dan keuangan atas para klerus, menetapkan aturan-aturan perilaku yang tegas bagi para imam, melarang pergundikan, dan mereservasi hak menominasikan para imam dalam tempat pertama, yang sebelumnya ditugaskan oleh keuskupan. Mereka juga melarang pencetakan, pendistribusian, dan kepemilikan traktat-traktat reformis; dan melarang kajian Ibrani, serta Yunani (dalam mengakhiri penelitian independen atas sumber-sumber Alkitab). Secara keseluruhan, langkah-langkah ini berhasil, yang tidak hanya mencegah penyebaran Reformasi ke wilayah Katolik, tetapi juga membuat Gereja bergantung pada negara dan secara umum memperkuat kekuatan otoritas sipil.
Provinsi-provinsi Katolik yang mempertahankan dominasi terhadap Gereja Katolik, setelah Konsili Trente (1545 - 1563), meskipun mereka telah menerima posisi tersebut. Mereka menentang rencana Carolus Borromeus dalam pembentukan keuskupan baru di Swiss tengah. Namun, mereka ikut serta dalam program pendidikan Trente. Pada tahun 1574, sekolah Yesuit pertama didirikan di Lucerne. Pada tahun 1579, sebuah universitas Katolik "Collegio helvetico" bagi para imam Swiss, didirikan di Milan. Kemudian pada tahun 1586, sebuah duta paus dibuka di Lucerne. Capuchin juga terpanggil; sebuah biara kapusin didirikan pada tahun 1581 di Altdorf.