Restorasi Kemmu
Takauji tetap berangkat Kamakura walaupun tidak mendapat surat perintah dari kaisar. Kaisar Go-Daigo akhirnya mengangkat Ashikaga Takauji sebagai Seitō Shōgun. Di Kamakura, Pasukan Ashikaga berhasil mengusir pasukan Hōjō Tokiyuki, tetapi Ashikaga Takauji terus menduduki Kamakura dan tidak mau kembali ke Kyoto. Takauji membangkang surat perintah Kaisar Go-Daigo yang memerintahkannya kembali ke Kyoto. Dengan caranya sendiri, Takauji memberi hadiah kepada samurai yang menjadi anak buahnya. Tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto disitanya dengan sewenang-wenang dan dibagi-bagikan kepada anak buahnya. Dalam pernyataannya, Takauji mengatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro) yang memiliki kekuatan militer yang terbesar adalah pihak yang berbahaya bagi kaisar. Berdasarkan alasan tersebut, Takauji meminta izin Kaisar Go-Daido untuk menghancurkan Nitta Yoshisada dan pengikutnya.
Keshogunan Tokugawa
Oda Nobunaga dan penerusnya Toyotomi Hideyoshi merupakan pemimpin Jepang di zaman Azuchi Momoyama yang berhasil mendirikan pemerintah pusat setelah berhasil mempersatukan provinsi-provinsi di zaman Sengoku. Setelah Pertempuran Sekigahara pada tahun 1600, kekuasaan pemerintah pusat direbut oleh Tokugawa Ieyasu yang menyelesaikan proses pengambilalihan kekuasaan dan mendapat gelar Sei-i Taishōgun pada tahun 1603. Tokugawa Ieyasu sebetulnya tidak memenuhi syarat sebagai shogun karena bukan keturunan klan Minamoto. Agar syarat utama menjadi shogun terpenuhi, Ieyasu memalsukan garis keturunannya menjadi keturunan klan Minamoto agar bisa diangkat menjadi shogun. Keturunan Ieyasu secara turun-temurun menjadi shogun dan kepala pemerintahan sampai terjadinya Restorasi Meiji.