Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Operasi Sakura pada Malam Hari
Unit 731 khusus diciptakan oleh pihak militer Jepang di Harbin yang kemudian berada di Manchukuo yang dikuasai Jepang untuk meneliti senjata biologi dan kimia yang melakukan eksperimen terhadap manusia, baik laki-laki, perempuan, anak-anak, maupun bayi, yang merupakan tawanan kejahatan biasa atau korban perang. Selama Perang Tiongkok-Jepang Kedua dan kemudian Perang Dunia II, Jepang telah memasukkan bibit penyakit pes, kolera, cacar, botulisme, antraks, dan penyakit-penyakit lainnya ke dalam bom mereka yang secara rutin dijatuhkan di tempat-tempat kombatan dan non-kombatan. Menurut "Simposium Internasional tentang Kejahatan-Kejahatan Perang Bakteriologis" tahun 2002, jumlah orang yang tewas akibat perang kuman dan eksperimen manusia Angkatan Darat Kekaisaran Jepang sekitar 580.000 jiwa. Menurut sumber lain, "puluhan ribu dan mungkin sebanyak 400.000 orang Tionghoa meninggal karena penyakit pes, kolera, antraks, dan penyakit lainnya" akibat penggunaan senjata biologis.