Gereja Katolik Siro-Malankara
Pada 10 Februari 2005, Gereja Katolik Siro-Malankara ditingkatkan oleh Paus Yohanes Paulus II menjadi sebuah Gereja Keuskupan Agung Mayor, dengan mengangkat Uskup Agung Gereja ini menjadi Uskup Agung Mayor (disebut Katolikos oleh umat Katolik Siro-Malankara). Sebagai sebuah Gereja Keuskupan Agung Mayor, Gereja Siro-Malankara diberi status otonomi level tertinggi berdasarkan "Hukum Kanon Gereja-Gereja Timur", dipimpin oleh uskup agung mayor dan sinode umum yang beranggotakan seluruh uskup Gereja ini, serta tunduk pada pengawasan kepausan.
Gereja Katedral Jakarta
Seiring dengan masa 100 tahun ini, pada tahun 1988 dilakukan pemugaran untuk memperbaiki kerusakan-kerusakan dan membersihkan lumut serta pengecatan ulang. Disamping itu juga dibangun gedung Pastoran dan gedung pertemuan yang baru di bagian belakang gereja.
Pada 13 Agustus 1988, purnakarya pemugaran gereja Katedral diresmikan oleh Bapak Soepardjo Roestam yang pada saat itu dia menjabat sebagai Menteri Koordinator Bidang Kesejahteraan Rakyat R.I, hadir mewakili Presiden Soeharto. Acara dimeriahkan dengan konser orgel oleh bapak Hub Wolfs, organis dari basilica Santo Servatius di kota Maastricht dan oleh Pastor Alfons Kurris Pr, dosen di konservatorium pada kota yang sama. Mgr Leo Soekoto memberkati orgel pipa yang baru dan megah itu, sebuah orgel yang mempunyai 15 register dan diperlengkapi dengan 1000 buah pipa. Berselang-seling kedua organis yang professional itu memperdengarkan karya-karya klasik, yang oleh komponis-komponis seperti Vivaldi, Bach dan Cesar Frank diciptakan khusus untuk instrumen rajawi itu.