Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Pemberontakan Hōgen
Kaisar Go-Shirakawa berhasil menghancurkan pihak oposisi, namun rakyat menjadi terkejut setelah konfik di istana ternyata diselesaikan melalui pertempuran yang menghancurkan kota Kyoto. Setelah ratusan tahun tidak pernah ada pelaksanaan hukuman mati di di Kyoto, rakyat melihat hukuman mati yang dijatuhkan kepada pendukung mantan kaisar yang tertangkap. Kalangan samurai jadi mulai ditakuti kalangan bangsawan hingga rakyat biasa. Dalam buku sejarah zaman Kamakura yang disebut "Gukanshō" dicatat bahwa Pemberontakan Hōgen menandai dimulainya "era kaum samurai" ("Musha no yō"). Pemberontakan Hōgen menjadi sebab tidak langsung Pemberontakan Heiji yang terjadi 3 tahun kemudian .