Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
INTERFET
Misi PBB untuk Timor Timur (UNAMET) didirikan untuk menyelenggarakan dan melakukan referendum mengenai masalah kemerdekaan. UNAMET terdiri dari polisi dan pengamat. Referendum yang disponsori PBB diadakan pada tanggal 30 Agustus 1999 menunjukkan adanya persetujuan untuk kemerdekaan Timor Leste dari Indonesia. Setelah hasilnya diumumkan pada tanggal 4 September, bentrokan dan kekerasan terjadi, yang dicurigai karena dihasut oleh milisi anti-kemerdekaan, memicu krisis kemanusiaan dan keamanan di kawasan itu, pada hari yang sama Xanana Gusmão menyerukan Dewan Keamanan PBB untuk segera mengirimkan pasukan penjaga perdamaian PBB. Banyak warga Timor Timur tewas, sebanyak 500.000 mengungsi dan sekitar separuhnya melarikan diri dari wilayah tersebut.