Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Kerusuhan Poso
Setelah undang-undang baru tentang desentralisasi disahkan, posisi bupati harus diisi bukan melalui pengangkatan tapi oleh pemilihan di DPRD Poso. Beberapa kandidat termasuk Patiro, seorang Protestan, dan Damsyik Ladjalani dari partai Muslim PPP, dicoret. Keadaan ini menyisakan tiga calon: seorang anggota Muslim dari Partai Golkar yang berkuasa sebelumnya bernama Muin Pusadan; seorang Muslim bernama Ismail Kasim; dan seorang politikus Kristen bernama Eddy Bungkundapu. Pada bulan Juni 1999, pemilihan umum secara demokratis untuk yang pertama kali dalam lebih dari empat dekade pasca kejatuhan Orde Baru, dilaksanakan secara nasional untuk memilih anggota DPRD di tingkat pusat, provinsi, dan kabupaten. Berbanding terbalik dengan partai oposisi seperti Partai Demokrasi Indonesia-Perjuangan (PDI-P) yang menang di Jawa, partai Golkar yang berkuasa mampu meraih kemenangan di Sulawesi, dan di pulau-pulau terluar lainnya. Keberhasilan mereka memastikan bahwa calon dari Golkar, Muin Pusadan, terpilih sebagai Bupati Poso dalam sebuah pemungutan suara yang ketat pada bulan Oktober 1999, meskipun hasil ini mengecewakan para pendukung Muslim dan Protestan dari kandidat lainnya.