Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Laut Timor
Di dasar Laut Timor terdapat cadangan minyak dan gas dalam jumlah besar. Australia dan Timor Timur telah mengalami pertentangan panjang atas hak eksploitasi have di daerah yang dikenal sebagai Celah Timor. Klaim wilayah Australia meluas ke sumbu batimetrik (garis kedalaman punggung laut terbesar) di Palung Timor. Ini melengkapi klaim teritorial Timor Timur, yang mengikuti bekas koloninya Portugal dalam mengklaim bahwa garis yang membagi itu harus di tengah-tengah kedua negara.