Perburuan paus
Sejak penetapan moratorium oleh IWC, terjadi beberapa kasus penangkapan paus ilegal oleh negara-negara anggota IWC. Pada tahun 1994, IWC melaporkan bukti dari pengujian genetik daging dan lemak paus yang dijual di pasar terbuka di Jepang pada tahun 1993. Selain paus minke yang legal secara hukum untuk ditangkap, analisis menunjukkan bahwa sampel jaringan 10-25% berasal dari non minke, paus baleen, yang tidak diizinkan untuk ditangkap berdasarkan peraturan IWC. Penelitian lebih lanjut pada tahun 1995 dan 1996 menunjukkan penurunan jumlah yang signifikan bagi paus baleen non-minke menjadi 2,5%. Dalam sebuah makalah, secara terpisah Baker menyatakan bahwa banyak dari hewan-hewan ini menjadi gambaran bagaimana mereka tertangkap secara tidak sengaja oleh jebakan nelayan. Ia juga menyatakan bahwa pemantauan DNA daging paus diperlukan untuk melacak produk-produk dari paus secara memadai.
Paus sei
Sebanyak 152.233 paus sei ditangkap di belahan selatan antara tahun 1910 hingga tahun 1979. Penangkap paus di samudra bagian selatan mengincar paus bungkuk. Pada tahun 1913, spesies yang diincar ini menjadi jarang dan penangkapan paus sirip dan paus biru mulai meningkat. Karena kedua spesies tersebut juga menjadi jarang, paus sei ditangkap pada akhir tahun 1950-an dan awal tahun 1960-an. Penangkapan memuncak pada tahun 1964 dan mencapai angka 20.000 paus, tetapi pada tahun 1976, jumlah ini menurun di bawah 2.000 dan penangkapan komersial spesies ini berakhir pada tahun 1977.