Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Kerusuhan Poso
Pada awal bulan Mei, muncul desas-desus bahwa banyak pemuda Kristen yang mengungsi telah melarikan diri ke sebuah kamp pelatihan kelompok merah di Kelei. Pasukan Kristen yang beroperasi pada fase ini disebut "kelelawar merah" dan "kelelawar hitam". Kelelawar hitam yang bertopeng seperti "ninja" ini, disebut-sebut menargetkan para Muslim di Kayamanya yang dianggap bertanggung jawab atas serangan di Lombogia pada fase sebelumnya. Pasukan ninja ini disebut-sebut dipimpin oleh Fabianus Tibo, seorang imigran sekaligus pekerja perkebunan beragama Katolik yang datang dari pulau Flores (Nusa Tenggara Timur), yang pernah dipenjara atas kasus pembunuhan seorang pria bertahun-tahun sebelumnya. Selain itu, seorang tokoh Kristen bernama Adven Lateka digambarkan oleh pers dan kepolisian sebagai otak, pemodal keuangan, atau "aktor intelektual" di balik kekerasan tersebut.