Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.
Perang Kuning
Setelah terjadi peristiwa Geger Pacinan di Batavia pada tahun 1740, banyak imigran Tionghoa yang datang ke Lasem untuk mengungsi. Kedatangan mereka disambut oleh Adipati Lasem Tumenggung Widyaningrat (Oei Ing Kiat) yang mengizinkan mereka untuk membuka beberapa perkampungan baru. Bersamaan dengan berkobarnya pemberontakan melawan Kompeni oleh gabungan pasukan Jawa-Tionghoa, warga Lasem mengangkat tiga pemimpin pemberontak bernama Panji Margono, Oei Ing Kiat, dan Tan Kee Wie. Pasukan pemberontak dari Lasem (juga dikenal dengan nama "Laskar Dampo Awang Lasem") pada mulanya berhasil menguasai Rembang, tetapi menderita kekalahan saat menyerang Jepara, disertai gugurnya salah satu pemimpin pemberontak Tan Kee Wie pada tahun 1742. Peperangan berhenti selama bertahun-tahun hingga akhirnya pemberontakan kembali dikobarkan oleh Kyai Ali Badawi. Pada perang pada tahun 1950 tersebut, Raden Panji Margono, diikuti oleh Oei Ing Kiat, mengalami kekalahan dan gugur. Meskipun perlawanan rakyat Lasem berakhir dengan kekalahan tersebut, nama "Perang Kuning" selanjutnya digunakan untuk merujuk peperangan yang dilanjutkan oleh Kwee An Say dan Tan Wan Sui.