Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Perbatasan Australia–Indonesia
Perbatasan maritim antara Australia dan Indonesia terbagi menjadi tiga segmen, dua di antaranya dikaburkan oleh Celah Timor. Segmen pertama berada di antara Australia—Indonesia—Papua Nugini pada koordinat 10° 50'LS, 139° 12' BT, dan wilayah perairan Australia dan Indonesia pada koordinat ini menyentuh batas timur wilayah perairan yang diklaim oleh Timor Leste pada koordinat 9° 28' LS, 127° 56' BT. Segmen kedua terletak di sebelah barat titik tempat wilayah perairan kedua negara tersebut menyentuh batas timur wilayah perairan yang diklaim oleh Timor Leste pada koordinat 10° 28' LS, 126° 00' BT, hingga 13° 05' 27.0" LS, 118° 10' 08.9" BT di Samudra Hindia. Segmen ketiga berada di antara wilayah seberang laut Australia Pulau Christmas dan Pulau Jawa di Samudra Hindia.