AIDS
Banyak ahli berpendapat bahwa HIV masuk ke dalam tubuh manusia akibat kontak dengan primata lainnya, contohnya selama berburu atau pemotongan daging.
Teori yang lebih kontroversial yang dikenal dengan nama hipotesis OPV AIDS, menyatakan bahwa epidemik AIDS dimulai pada akhir tahun 1950-an di Kongo Belgia sebagai akibat dari penelitian Hilary Koprowski terhadap vaksin polio.
Namun, komunitas ilmiah umumnya berpendapat bahwa skenario tersebut tidak didukung oleh bukti-bukti yang ada.
Treponema pallidum
Tidak ada vaksin yang tersedia untuk sifilis pada tahun 2015. Membran luar "T. pallidum" memiliki terlalu sedikit protein permukaan untuk antibodi agar efektif. Usaha-usaha untuk mengembangkan vaksin sifilis yang aman dan efektif telah terhalangi oleh ketidakpastian tentang kepentingan relatif dari mekanisme humoral dan seluler terhadap imunitas protektif, dan karena protein membran luar "T. pallidum" belum diidentifikasi secara tidak ambigu.