Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Taira no Kiyomori
Di tengah keadaan yang semakin kacau, Kiyomori membentuk pemerintahan baru klan Taira yang berpusat di Kyoto, sekaligus menciptakan beberapa posisi baru. Kiyomori juga menyusun rencana penangkapan Minamoto no Yoshinaka dengan bantuan Shō Sukenaga dan Shō Sukemoto (Shō Nagamochi) asal Provinsi Echigo. Namun, di akhir Maret 1181, Taira no Kiyomori menderita demam tinggi dan meninggal di usia 64 tahun. Sepeninggal Kiyomori, pemerintahan klan Taira yang baru dibentuk ikut berakhir.