Hutan suaka alam
Pertanian berpindah yang dilakukan oleh petani di Kalimantan dan Nusa Tenggara pada awalnya hanya menyentuh hutan sekunder, yaitu hutan yang tumbuh kembali setelah ditinggalkan petani sebelumnya. Hutan sekunder cenderung lebih mudah dibuka karena vegetasinya tidak lebat. Namun seiring dengan meningkatnya jumlah petani, maka hutan lindung dan suaka alam menjadi tujuan dari petani yang mempraktikan sistem budi daya tersebut. Hingga akhir tahun 1990an, 39.7% luas lahan pertanian berpindah berada dalam kawasan hutan lindung dan suaka alam.
Badak sumatera
Hutan hujan di Indonesia dan Malaysia, tempat hunian badak sumatera, juga menjadi sasaran pembalakan liar ataupun yang legal karena harapan untuk mendapatkan kayu keras dari hutan-hutan tersebut. Kayu langka seperti merbau, meranti, dan semaram sangat bernilai di pasar internasional, harganya mencapai $1,800 per m. Penegakan hukum atas penebangan liar sulit dilakukan karena adanya kehidupan manusia di dalam atau dekat dengan banyak dari hutan yang sama dengan yang dihuni badak tersebut. Gempa bumi dan tsunami Samudra Hindia pada tahun 2004 telah digunakan sebagai alasan untuk membenarkan aktivitas penebangan kayu yang baru. Meskipun kayu keras dalam hutan hujannya badak sumatera ditujukan untuk pasar internasional dan tidak banyak digunakan dalam bidang konstruksi di dalam negeri, jumlah izin penebangan hutan ini telah meningkat secara dramatis akibat tsunami tersebut. Tetapi, walaupun badak sumatera telah dikemukakan sangat sensitif terhadap gangguan habitat, tampaknya hal ini tidak sebanding dengan adanya aktivitas perburuan, sebab mereka sedikit banyak mampu bertahan dalam kondisi hutan apa pun.