Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Memasuki tahun 1469, pelayan senior klan Ōuchi yang dikenal ahli sastra sekaligus strategi militer bernama Masuda Kanetaka menarik mundur pasukannya hingga ke Provinsi Iwami. Bersama Ōtomo Chikashige dan Shōni Masasuke dari Kyushu, Kanetaka mengajak Ōuchi Noriyuki untuk menyerang ke wilayah kekuasaan klan Ōuchi, namun usaha mereka gagal. Pada 1471, Asakura Takakage yang merupakan kekuatan utama Pasukan Barat membelot ke Pasukan Timur setelah dijadikan daimyo Provinsi Echizen oleh Shogun Yoshimasa.