Inti atom
Pusat dari atom disebut inti atom atau nukleus. Inti atom terdiri dari proton dan neutron. Banyaknya proton dalam inti atom disebut nomor atom, dan menentukan elemen dari suatu atom.
Model Rutherford
Setelah penemuan Rutherford tersebut, para ilmuwan mulai menyadari bahwa atom tidak sepenuhnya merupakan suatu partikel tunggal, melainkan disusun dari partikel-partikel subatomik yang berukuran lebih kecil. Penelitian selanjutnya menentukan struktur atom pasti yang mengarah pada percobaan lempeng emas Rutherford. Para ilmuwan kemudian menemukan bahwa atom memiliki inti bermuatan positif) dengan nomor atom muatan yang pasti) di bagian tengah atom, dengan jari-jari sekitar 1.2 × 10 meter × [nomor massa atom]. Elektron ditemukan berukuran jauh lebih kecil dari itu.