Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Maluku
Pada tahun 1999 ketika konflik atau tragedi krisis kemanusiaan dan konflik horizontal antara "basudara Salam-Sarane" atau antara Islam dan Kristen yang lebih dikenal sebagai Tragedi Ambon melanda Maluku, sebagian wilayah Provinsi Maluku dimekarkan menjadi Provinsi Maluku Utara, dengan ibu kota di Sofifi. Namun, karena Kota Sofifi dinilai belum siap menjadi ibu kota maka pusat pemerintahan sementara sampai 2009 berada di Kota Ternate yang berada di Pulau Ternate.