Kaisar Go-Daigo
Pada tahun 1335, Ashikaga Takauji berangkat untuk memadamkan Pemberontakan Nakasendai walaupun tidak mendapat izin kaisar. Setelah selesai, Takauji menduduki Kamakura dan menolak perintah kaisar untuk pulang. Dengan caranya sendiri, Takauji menyita tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto. Tanah tersebut dibagi-bagikan sebagai hadiah bagi samurai anak buahnya. Kaisar Go-Daigo lalu mengirim Nitta Yoshisada dan pasukannya untuk menghabisi Takauji, tetapi justru dikalahkan pasukan Ashikaga dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita. Pada akhirnya, Kyoto jatuh di tangan Ashikaga Takauji, dan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei.
Yakushi-ji
Yakushi-ji asli dibangun di Fujiwara-kyō, ibu kota Jepang pada zaman Asuka, diperintahkan oleh Kaisar Tenmu pada tahun 680 untuk mendoakan kesembuhan permaisurinya dari penyakit, yang kemudian menjadi Kaisar Wanita Jitō menggantikan Kaisar Tenmu. Tindakan membangun kuil dalam bakti kepada para tokoh Buddhis merupakan praktik umum di kalangan bangsawan Jepang ketika agama Buddha pertama kali masuk dari Tiongkok dan Korea. Kaisar Tenmu telah wafat pada saat Kaisar Wanita Jitō menyelesaikan kompleks tersebut sekitar tahun 698; dan dibongkar dan dipindahkan ke Nara delapan tahun setelah Istana Kekaisaran menetap di tempat yang saat itu merupakan ibu kota baru.