Irigasi
Sistem irigasi yang dulu telah mengenal "saluran primer, sekunder, ataupun tersier". Tetapi sumber air belum memakai sistem Waduk Serbaguna seperti TVA di Amerika Serikat. Air dalam irigasi lama disalurkan dari sumber kali yang disusun dalam sistem irigasi terpadu, untuk memenuhi pengairan persawahan, di mana para petani diharuskan membayar uang iuran sewa pemakaian air untuk sawahnya.
Ci Liwung
Di daerah Manggarai aliran Ci Liwung banyak dimanipulasi untuk mengendalikan banjir. Jalur aslinya mengalir melalui daerah Cikini, Gondangdia, hingga Gambir, namun setelah Pintu Air Istiqlal jalur lama tidak ditemukan lagi karena telah dibuat kanal-kanal semenjak zaman Belanda dulu, seperti kanal di sisi barat Jalan Gunung Sahari dan Kanal Molenvliet di antara Jalan Gajah Mada dan Jalan Hayam Wuruk. Di Manggarai, dibuat Kanal Banjir Barat yang mengarah ke barat, lalu membelok ke utara melewati Tanah Abang, Tomang, Jembatan Lima, hingga ke Pluit. Sedangkan Kanal Banjir Timur direncanakan mulai dari sekitar wilayah Kampung Melayu ke timur, menghubungkan aliran-aliran Ci Liwung, Ci Lilitan, Ci Pinang, Kali Sunter, Kali Buaran, Kali Cakung, hingga ke wilayah Marunda.
Dari 13 sungai yang mengalir di Jakarta, Ci Liwung memiliki dampak yang paling luas ketika musim hujan karena ia mengalir melalui tengah kota Jakarta dan melintasi banyak perkampungan, perumahan padat, dan permukiman-permukiman kumuh. Sungai ini juga dianggap sungai yang paling parah mengalami perusakan dibandingkan sungai-sungai lain yang mengalir di Jakarta. Selain karena daerah tangkapan airnya di bagian hulu di wilayah Puncak dan Bogor yang rusak, badan sungai di wilayah Jakarta juga banyak mengalami penyempitan dan pendangkalan yang mengakibatkan daya tampung air sungai menyusut, dan mudah menimbulkan banjir.