Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Universitas Negeri Manado
Karena masalah keamanan di tengah perjuangan keadilan (masa Permesta-PRRI),oleh May (TNI) Bert Supit penguasa militer pd 17 Agustus 1958 mengumpul dan mengajak civitas akademika yg tak turut masuk ke pedalaman, hijrah ke Manado, menjadi inti berdirinya Perguruan Tinggi Manado (PTM). PTM didirikan sejumlah guru besar dan tokoh sipil militer di Manado. Sekretariat kampus menempati kompleks bekas Universitas Permesta yg didirikan penguasa militer dan sejumlah cendekiawan. Dalam Aula Universitas Permesta, PYM Presiden RI Sukarno, pd September 1957 memberikan kuliah umum. Dalam PTM civitas akademika FKIP Unhas Tondano berkembang bersama sejumlah embryo Fakultas-Fakultas dalam sebuah Universitas.