Pemuliaan tanaman
Plasma nutfah adalah bahan baku dasar pemuliaan karena di sini tersimpan berbagai keanekaragaman sifat yang dimiliki oleh masing-masing nomor koleksi (aksesi). Tanpa keanekaragaman, perbaikan sifat tidak mungkin dilakukan.
Pulau Sempu
Penetapannya sebagai cagar alam, menjadikan sumberdaya di Pulau Sempu hanya dapat dimanfaatkan untuk kegiatan penelitian dan pengembangan ilmu pengetahuan, pendidikan dan peningkatan kesadartahuan masyarakat, penyerapan atau penyimpanan karbon, serta pemanfaatan sumber plasma nutfah untuk kepentingan budidaya. Meluruskan kesalah-kaprahan tersebut, KLHK dan BBKSDA Jawa Timur pada 25/IX/2017 menerbitkan surat edaran yang menegaskan larangan untuk berwisata ke cagar alam ini.