Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Setelah para daimyo kehilangan alasan untuk berperang, prajurit-prajurit dari kedua belah pihak juga menjadi jemu berperang. Pada 14 April 1473, Yamana Sōzen meninggal dunia, diikuti Katsumoto yang meninggal dunia pada 6 Juni tahun yang sama. Pada 7 Januari 1474, Shogun Yoshimasa pensiun setelah mengangkat putranya, Ashikaga Yoshihisa sebagai shogun. Pada 19 April 1474, putra Yamana Sōzen yang bernama Yamana Masatoyo berdamai dengan putra Hosokawa Katsumoto yang bernama Hosokawa Masamoto.