Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Niwa Nagahide
Juni 1582, Akechi Mitsuhide, salah seorang bawahan Nobunaga memberontak dalam peristiwa yang dikenal dengan Insiden Honnoji. Nobunaga bunuh diri dalam peristiwa ini. Pada saat yang sama Niwa dan pasukannya juga sedang dalam perjalanan ke Kyoto untuk bertemu Nobunaga disana. Dia ragu-ragu menyerang Mitsuhide sendirian, maka dia bergabung dengan pasukan Toyotomi Hideyoshi, bawahan Nobunaga lainnya di Osaka dan kemudian ambil bagian dalam Pertempuran Yamazaki menumpas pemberontakan Mitsuhide. Kemungkin besar Niwa lah yang membakar Kastil Azuchi untuk mencegahnya direbut oleh Mitsuhide.