Toyotomi Hideyoshi
Pada tahun 1593 lahir seorang anak laki-laki yang dinamakan Toyotomi Hideyori dari istri muda Hideyoshi yang bernama Yodo dono. Dua tahun kemudian (1595), keponakan Hideyoshi yang bernama Toyotomi Hidetsugu diperintahkan untuk melakukan seppuku dengan alasan perbuatan Hidetsugu sudah tidak terkendali sampai-sampai mendapat julukan "Kampaku haus darah." Penasihat Hidetsugu dan pengikut setia Hideyoshi seperti Maeno Nagayasu juga dianggap terlibat sehingga diperintahkan melakukan seppuku. Seluruh anggota keluarga Hidetsugu seperti istri dan anak-anaknya juga dihukum mati. Ada berbagai pendapat yang meragukan perbuatan perbuatan yang di luar batas yang dilakukan Hidetsugu. Pendapat lain mengatakan Hidetsugu dianggap tidak dibutuhkan lagi karena kelahiran Toyotomi Hideyori yang merupakan anak sah dari Yodo dono sekaligus pewaris klan Hideyoshi.
Klan Tokugawa
Setelah meninggalnya Toyotomi Hideyoshi dan Pertempuran Sekigahara tahun 1600, kekuasaan pemerintah di Jepang beralih dari klan Toyotomi ke tangan Ieyasu. Dari pusat pemerintahan di Edo, klan Tokugawa menguasai Jepang sebagai shogun selama lebih dari 250 tahun hingga akhir zaman Edo. Pada masa awal pemerintahannya, klan Tokugawa menetapkan dasar-dasar hukum untuk shogun, bangsawan, dan samurai. Klan Tokugawa menjalankan kebijakan Jepang sebagai negara tertutup (Sakoku), membagi masyarakat Jepang menjadi kelas-kelas yang ketat (daimyo, samurai, petani, tukang, dan pedagang). Periode damai di bawah pemerintahan klan Tokugawa berakhir pada awal abad ke-19 ketika kekuatan-kekuatan negara asing mencoba membuka Jepang untuk berdagang. Seluruhnya ada 15 shogun dari klan Tokugawa. Mereka begitu berpengaruh sehingga sejumlah buku sejarah lebih memilih menggunakan istilah "era Tokugawa" daripada periode Edo.