Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Ōuetsu Reppan Dōmei
Pada tahun 1868, Saigō Takamori dari Domain Satsuma yang mendukung pemerintah baru Meiji mengumpulkan ronin dari Satsuma di rumah kediaman resmi Domain Satsuma di Edo. Mereka memprovokasi keshogunan dengan cara membuat kerusuhan di Edo. Barak tentara Domain Shonai yang mendapat tugas melakukan patroli di Edo juga menjadi korban serangan mereka. Keshogunan Tokugawa lalu memerintahkan tentara Domain Shonai untuk membalas dengan serangan ke rumah kediaman resmi Domain Satsuma di Edo. Shogun Tokugawa Yoshinobu yang berada di Istana Osaka mendengar berita ini, dan mengirimkan pasukan ke ibu kota kekaisaran di Kyoto melalui jalan utama Toba dan Fushimi. Di pintu gerbang Kyoto, mereka dicegat oleh pasukan Domain Satsuma dan Domain Chōshū sehingga terjadi Pertempuran Toba-Fushimi.