Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Ashikaga Yoshimasa
Secara tidak terduga, Tomiko melahirkan bayi laki-laki pada tahun 1465. Anak tersebut nantinya dikenal sebagai Ashikaga Yoshihisa. Tomiko menginginkan Yoshihisa dijadikan pewaris jabatan shogun, tapi jabatan sudah tersebut dijanjikan untuk adik iparnya (Ashikaga Yoshimi). Demi mewujudkan keinginannya, Tomiko bersekutu dengan pejabat berpengaruh bernama Yamana Mochitoyo (Yamana Sōzen). Di pihak yang berseberangan, Yoshimi bersekutu dengan pejabat kanrei Hosokawa Katsumoto. Akibatnya, hak menjadi pewaris jabatan shogun (kepala klan Ashikaga) diperebutkan antara Hino Tomiko dan Ashikaga Yoshimi. Yoshimasa hanya berminat di bidang kebudayaan dan awalnya tidak memedulikan kedua pihak yang bertengkar. Putra pewarisnya, (Yoshihisa) maupun adik kandungnya (Yoshimi) tidak akan diberinya jabatan shogun. Persoalan bertambah rumit karena konflik klan Shiba dan klan Hatakeyama tentang suksesi kepala klan menyebabkan perang skala besar yang disebut Perang Ōnin tahun 1476. Dalam perang ini, pihak Go-Nanchō (sisa-sisa pengikut Istana Selatan) juga ikut dalam pertempuran.