Zaman Nanboku-cho
Ashikaga Takauji yang berangkat untuk memadamkan Pemberontakan Nakasendai ternyata berubah menjadi pembelot. Takauji mendapat dukungan dari kalangan samurai yang merasa tidak puas terhadap kaisar. Sebagai akibatnya, Kaisar Go-Daigo memerintahkan Nitta Yoshisada dan Kitabatake Akiie untuk membunuh Ashikaga Takauji. Pasukan Nitta ditaklukkan pasukan Ashikaga dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita. Namun, pasukan Ashikaga yang memasuki ibu kota Kyoto berhasil diusir pasukan Kitabatake yang diturunkan dari Provinsi Mutsu. Ashikaga Takauji dan pasukannya dipaksa mundur sampai ke Kyushu.
Shinji Ikari
Setelah dipaksa untuk melawan Unit-03 yang dikendalikan Bardiel di mana Toji terperangkap di dalam Unit-03 tersebut, Shinji memutuskan untuk keluar dari Nerv. Namun dia kembali setelah Zeruel muncul dan melumpuhkan unit Evangelion yang lain. Shinji mengalahkan Malaikat tersebut dan mencapai rasio sinkronisasi 400% dengan Unit-01nya dan terperangkap di dalam inti Unit-01 selama satu bulan sebelum akhirnya dibebaskan. Setelah Rei seolah-olah terbunuh dan kemudian menjadi sehat kembali, dan Asuka masuk dalam fase koma, Shinji mengalami depresi. Dia kemudian bertemu dengan Kaworu Nagisa dan mereka berdua berteman. Namun, kemudian terungkap bahwa Kaworu sebenarnya adalah Malaikat terakhir dan Shinji dipaksa untuk membunuhnya.