Ashikaga Takauji
Kekalahan pihak Ashikaga (antara lain pasukan Tadayoshi dan Kō no Moronao) dalam berbagai pertempuran, termasuk di Provinsi Mikawa) akhirnya membuat Takauji menyatakan perang terhadap pemerintahan Kaisar Go-Daigo. Pasukan Nitta Yoshisada ditaklukkannya dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita, dan pasukan Ashikaga maju menuju Kyoto. Izin untuk memasuki Kyoto diberikan kepada Takauji oleh mantan Kaisar Kōgon dari garis keturunan Jimyō-in. Kyoto akhirnya jatuh ke tangan pasukan Ashikaga Takauji pada tahun baru Kemmu tahun 3, dan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei. Tidak lama kemudian, kedudukan Takauji di Kyoto diserang pasukan gabungan Kitabatake Akiie, Kusunoki Masashige, dan Nitta Yoshisada. Atas saran Akamatsu Enshin, Takauji mengundurkan diri dari Kyoto menuju Kyushu.
Klan Tokugawa
Setelah meninggalnya Toyotomi Hideyoshi dan Pertempuran Sekigahara tahun 1600, kekuasaan pemerintah di Jepang beralih dari klan Toyotomi ke tangan Ieyasu. Dari pusat pemerintahan di Edo, klan Tokugawa menguasai Jepang sebagai shogun selama lebih dari 250 tahun hingga akhir zaman Edo. Pada masa awal pemerintahannya, klan Tokugawa menetapkan dasar-dasar hukum untuk shogun, bangsawan, dan samurai. Klan Tokugawa menjalankan kebijakan Jepang sebagai negara tertutup (Sakoku), membagi masyarakat Jepang menjadi kelas-kelas yang ketat (daimyo, samurai, petani, tukang, dan pedagang). Periode damai di bawah pemerintahan klan Tokugawa berakhir pada awal abad ke-19 ketika kekuatan-kekuatan negara asing mencoba membuka Jepang untuk berdagang. Seluruhnya ada 15 shogun dari klan Tokugawa. Mereka begitu berpengaruh sehingga sejumlah buku sejarah lebih memilih menggunakan istilah "era Tokugawa" daripada periode Edo.