Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Obito Uchiha
Tim Minatokemudian mengambil bagian dalam Ujian Chunin, di mana Obito tiba terlambat untuk tes kedua di Hutan Kematian, setelah berhenti untuk membantu seorang wanita tua. Ketika Tim Minato berlari ke arah tim musuh, Obito berusaha untuk mengesankan Rin dengan teknik api klan Uchiha, tetapi akhirnya tersedak permen dar wanita tua telah memberinya dan segera dikalahkan oleh Might Guy. Dia lalu berlatih secara ekstensif antara ujian kedua dan ketiga dan mengatakan Rin mimpinya menjadi Hokage; Namun, ia tersingkir di pertarungan lain dengan Guy, yang kemudian dipukuli oleh Kakashi, sehingga dia naik ke peringkat Chunin.[3] Obito akhirnya lulus beberapa tahun kemudian pada usia 11.
Selama Perang Dunia Shinobi Ketiga, Kakashi ditempatkan bertugas tim untuk misi menghancurkan Jembatan Kannabi, yang akan menghambat Iwagakure menggunakan Kusagakure sebagai titik bantuan. Sebelum memulai misi, Minato dan Rin memberi hadiah kepada Kakashi untuk merayakan promosi ke Jōnin, meskipun Obito sudah lupa, sehingga tangan Kakashi langsung meminta padanya. Minato segera dipanggil ke garis depan, meninggalkan tim untuk melakukan misi sendiri. Ketiganya kemudian ditemukan oleh Iwa-nin dan Rin ditangkap. Kakashi memilih untuk meninggalkan Rin, percaya penting untuk menyelesaikan misi sebelum mengaitkannya dengan keselamatan dirinya. Obito menjadi marah pada gagasan dan bersikeras bahwa mereka fokus pada penyelamatan nya. Ketika Kakashi menolak, Obito meninggalkannya sendiri, berkomentar bahwa Kakashi adalah lebih buruk daripada sampah karena meninggalkan teman-temannya.
Obito menemukan letak Iwa-nin yang digunakan sebagai tempat persembunyian, tetapi sebelum ia bisa membuat banyak kemajuan, ia ditemukan dan diserang oleh Taiseki yang tak terlihat. Memiliki perubahan hati karena kata-kata perpisahan dengan Obito, Kakashi tiba dan menyelamatkan Obito, melindunginya dari serangan Taiseki dan kehilangan mata kirinya dalam proses tersebut. Untuk menyelamatkan rekan satu timnya, Obito membangunkan Sharingan untuk pertama kalinya, sehingga dia melihat kamuflase Taiseki dan membunuhnya. Keduanya lalu menemukan Rin dan melepas segelnya, mendorong Kakkō untuk meruntuhkan gua sekitar mereka. Ketika mereka melarikan diri, penglihatan terbatas Kakashi sangat menghambat dia, dan ketika Obito melihat ia akan dihancurkan oleh batu jatuh di titik buta, ia mendorongnya keluar dari jalan dan menjadi terperangkap di bawah reruntuhan di tempatnya, dan menghancurkan bagian kanan tubuhnya.
Dengan tidak ada cara untuk melarikan diri, Obito menerima nasibnya dan melakukan penawaran. Memberikan Kakashi Sharingan kirinya sebagai permintaan maaf karena lupa untuk memberi hadiah sebelumnya.Rin melakukan transplantasi dan setelah prosedur itu selesai, Kakashi menggunakan Sharingan barunya untuk membunuh Kakkō. Bala bantuan Iwa dengan cepat mulai menjatuhkan reruntuhan lagi, memaksa Kakashi dan Rin untuk meninggalkan Obito di belakang. Saat batu menutupi di sekelilingnya, Obito mengeluh bahwa ia akhirnya menjadi teman dengan Kakashi dan tidak bisa mengakui perasaannya untuk Rin. Minato menyelamatkan Kakashi dan Rin, dan Obito diyakini mati, namanya ditandai pada memorial Konoha.