Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Perang Boshin
Saigō Takamori memimpin pasukan kekaisaran di utara dan timur Jepang, dan menghancurkan kekuatan pasukan keshogunan di Pertempuran Kōshū-Katsunuma. Takamori akhirnya menyerah di Edo pada Mei 1868 setelah berunding tentang syarat-syarat penyerahan diri dengan Menteri Angkatan Darat Katsu Kaishu dari pihak keshogunan. Sejumlah kelompok pengikutnya terus bertahan setelah Takamori menyerahkan diri, namun mereka dikalahkan dalam Pertempuran Ueno.