Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Permesta
Pada tanggal 17 Pebruary 1959 Permesta secara serentak melakukan serangan besar besaran yang di beri nama operasi "Operation Djakarta Special One". Tujuan dari serangan itu adalah. menduduki beberapa Kota Srategis seperti Langowan, Tondano dan Amurang-Tumpaan. untuk menghancurkan segala prasarana musuh. Namun, operasi tersebut mengalami kegagalan walaupun Permesta sempat menduduki beberapa tempat hanya untuk beberapa jam saja karena tempat tersebut berhasil direbut oleh Pasukan APRI dan AURI. Setelahnya pasukan APRI dan AURI berhasil menduduki beberapa tempat yang sebelumnya merupakan basis terkuat dari Permesta.