Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Keshogunan Kamakura
Hōjō Yoshitoki diangkat sebagai pejabat "shikken" berikutnya. Pada masa jabatannya, kekuasaan klan Hōjō menjadi semakin kokoh, namun mendapat musuh baru, yakni Wada Yoshimori (kepala Samurai Dokoro) dan pengikutnya. Sesuai dengan rencana Yoshitoki, Wada Yoshimori beserta keluarganya dihabisi dalam Pertempuran Wada tahun 1213. Setelah itu, pemerintah Keshogunan Kamakura terus dirongrong pemberontakan, dan berpuncak pada terbunuhnya shogun ke-3 Minamoto no Sanetomo. Garis keturunan utama Minamoto no Yoritomo terputus dengan tewasnya Sanetomo. Pihak Keshogunan Kamakura meminta bantuan kaisar untuk menunjuk salah seorang pangeran sebagai shogun. Permintaan tersebut ditolak mantan kaisar Go-Toba, sehingga kerabat jauh Yoritomo dari keluarga Sekkan (aristokrat) yang masih kanak-kanak, Fujiwara no Yoritsune diangkat sebagai shogun baru. Yoritsune dan dua generasi shogun berikutnya disebut Sekke Shogun (shogun dari kalangan aristokrat), sedangkan pada praktiknya, pemerintahan tetap berada di tangan klan Hōjō.