Gerakan mahasiswa Indonesia 1998
Puncak kebencian mereka pada zaman orde baru telah meradang dalam gelombang unjuk rasa mahasiswa yang menimbulkan Tragedi Trisakti pada tanggal 12-20 Mei 1998. Saat itu, Soeharto Hingga akhirnya, pada tanggal 21 Mei 1998, Soeharto mengundurkan diri dari jabatan presiden, dan pada akhirnya posisi Soeharto digantikan oleh Baharuddin Jusuf Habibie yang sebelumnya adalah wakil presiden terakhir pada zaman orde baru. Gerakan mahasiswa Indonesia 1998 memang begitu monumental, karena telah berhasil menurunkan Soeharto dari jabatannya.
Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia
Setelah berjaya memenangkan enam kali Pemilu, Orde Baru pada akhirnya sampai pada akhir perjalanannya. Pada tahun 1998 Indonesia diterpa krisis politik dan ekonomi. Demonstrasi besar-besaran pada tahun tersebut berhasil memaksa Presiden Soeharto meletakkan jabatannya. Kabinet pertama di era reformasi adalah kabinet hasil Pemilu 1999 yang dipimpin Presiden Abdurrahman Wahid. Pada masa ini Departemen Pendidikan dan Kebudayaan diubah menjadi Departemen Pendidikan Nasional dengan menunjuk Dr. Yahya Muhaimin sebagai Menteri Pendidikan Nasional. Pada tahun 2001 MPR menurunkan Presiden Abdurrahman Wahid dalam sidang istimewa MPR dan mengangkat Megawati Soekarnoputri sebagai presiden. Di era pemerintahan Presiden Megawati, Mendiknas dijabat Prof. Drs. A. Malik Fadjar, M.Sc.