Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Insiden Honnoji
Tahun 1582, Oda Nobunaga sedang di puncak kejayaannya setelah pada awal tahun itu berhasil menghancurkan klan Takeda dalam Pertempuran Temmokuzan. Hanya tinggal beberapa langkah lagi ia berhasil mempersatukan Jepang tengah. Pesaing kuat yang tersisa hanya tinggal klan Uesugi, Mori, dan Hojo yang ketiganya sedang mengalami kemunduran. Klan Uesugi sedang dilanda pertikaian internal pasca kematian Uesugi Kenshin yang melibatkan putra-putra angkat dan keponakannya. Klan Mori sepeninggal Mori Motonari, dipimpin oleh cucunya, Mori Terumoto, yang banyak bergantung pada kedua pamannya, Kikkawa Motoharu dan Kobayakawa Takakage. Pemimpin klan Hojo, Hojo Ujiyasu juga telah meninggal dan diteruskan oleh putranya yang tidak semampu dirinya, Hojo Ujimasa.