Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Kanjeng Ratu Kidul
"Babad Dipanegara" mengisahkan pertemuan antara Ratu Kidul dengan Pangeran Diponegoro sebanyak dua kali, yaitu pada tahun 1805 dan pertengahan Juli 1826. Pertemuan pertama terjadi di Gua Langse, Pantai Parangtritis di selatan Yogyakarta, pada saat Pangeran Diponegoro tengah bersamadi sehingga Ratu Kidul tidak berkeingnan untuk mengganggu. Pertemuan kedua berlangsung pada saat terjadinya Perang Diponegoro (1825-1830). Pada pertemuan kedua, Ratu Kidul yang ditemani dua patihnya -yaitu Nyi Roro Kidul dan Raden Dewi- menawarkan bantuan dalam perang tetapi dengan syarat Pangeran Diponegoro bersedia memohon kepada "Allah Ingkang Rabulngalimin" agar Ratu Kidul diperkenankan kembali menjadi manusia. Namun, Pangeran Diponegoro menolak dengan halus dengan alasan bahwa pertolongan hanya datang dari "Hyang Agung" sehingga ia tidak akan bersekutu dengan makluk gaib. Hal ini sesuai dengan tujuan utamanya untuk berperang, yaitu untuk memajukan agama Islam di seluruh Jawa.