Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Leonardus Benyamin Moerdani
Sebagai anggota RPKAD, Moerdani menjadi bagian dari pertempuran untuk menekan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia (PRRI), kelompok separatis yang berbasis di Sumatera. Pada bulan Maret 1958, Moerdani diterjunkan ke bawah di belakang garis musuh di Pekanbaru dan Medan untuk mempersiapkan dasar bagi ABRI untuk mengambil alih dua kota. Sebulan kemudian, pada tanggal 17 April 1958, Moerdani mengambil bagian dalam Operasi 17 Agustus, sebuah operasi yang memukul para pemberontak PRRI. Tugas Moerdani berikutnya adalah untuk mengurus Piagam Perjuangan Semesta (Permesta), kelompok separatis lain di Sulawesi. Mirip dengan apa yang dia lakukan di Sumatera, Moerdani dan pasukannya meletakkan dasar bagi semua serangan terhadap Permesta yang kemudian menyerah pada bulan Juni 1958.