Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Boshin
Restorasi Meiji sering disebut-sebut sebagai "revolusi tidak berdarah" yang mengawali modernisasi Jepang. Walaupun demikian, sekitar 120.000 prajurit terlibat dalam Perang Boshin, dan 3.500 prajurit tewas. Perang ini dikemudian hari cenderung didramatisasi, pihak keshogunan berperang dengan senjata tradisional melawan pihak kekaisaran yang bersenjata modern. Walaupun senjata tradisional dan senjata modern digunakan secara bersama-sama, kedua belah pihak sebenarnya menggunakan teknik berperang dan senjata termodern pada zamannya, termasuk kapal perang berlambung besi, senapan Gatling, dan teknik berperang yang diajarkan penasihat militer dari Barat.