Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Langit Makin Mendung
Pada awal 1960-an, Presiden Soekarno mendeklarasikan ideologi negara Nasakom yang berarti "Nasionalisme, Agama, dan Komunisme". Nasakom akan melengkapi kebijakan Pancasila yang sudah ada. Deklarasi ini dipandang sebagai bukti meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia (PKI), sehingga menciptakan konflik antara PKI dan militer. Di tengah-tengah konfrontasi dengan Malaysia, Soekarno memecat Jenderal Nasution, Komandan Angkatan Darat, dan mengangkat Ahmad Yani, sementara PKI menyebarkan rumor bahwa dewan jenderal yang disponsori CIA berencana menjatuhkan pemerintahan sambil membawa-bawa bukti Dokumen Gilchrist. Akhirnya, kudeta yang diduga disponsori PKI berujung pada kematian enam jenderal dan berakhir dengan pembantaian para terduga komunis dan kejatuhan pemerintahan Soekarno.