Seminari Garum
Tetapi, di atas segalanya, sesungguhnya pendirian seminari menengah sebagai wahana pendidikan para calon pastor asli (Indonesia) sudah ada di kerinduan terdalam dari Mgr. Theophile de Backere CM, Prefek Apostolik pertama Surabaya, perintis Keuskupan Surabaya. Menurut Mgr. de Backere CM, Gereja Indonesia harus berakar dalam budaya Indonesia melalui klerus (imam-imam) pribumi. Sudah sejak awal (mungkin sebelum tahun 1927) Romo de Backere CM, sebagai kepala misi di wilayah Keuskupan Surabaya, merindukan formasio bagi para calon imam pribumi. Tanah untuk seminari konon sudah dibeli. Tetapi, izin dari Provinsi CM di Belanda belum tiba, sebab tenaga pembina untuk itu belum tersedia. Tambahan lagi, krisis ekonomi yang melanda dunia dan Eropa memporak-porandakan rencana pembangunan seminari. Sampai tahun 1938, tahun keberangkatan Mgr. de Backere CM ke Belanda untuk pulang selamanya, telah terdapat delapan calon, di antaranya adalah Romo Dibjakariono Pr, yang kelak akan menjadi Uskup Surabaya.
Universitas Khairun
Setelah pertemuan resmi antara Sultan Khairun dan Franciscus Xaverius, Antonio Vas yang juga seorang pastor Benteng Sao Paolo (Benteng Gamlamo) melakukan pembaptisan terhadap Sultan Bacan dan istrinya pada tanggal 1 Juli 1557. Pembaptisan atas Sultan Bacan dan istrinya ini diikuti juga oleh banyak kerabat dari Kedaton Kesultanan Bacan. Upacara ini telah mendapat dukungan dari Sultan Khairun. Sementara itu, berdasarkan laporan Pater Pedro Mascarenhas, menginformasikan bahwa pada tanggal 30 November 1562, seorang pemimpin kampung terkemuka di Tidore bernama Bangua (sepupu Sultan Tidore ketika itu) dibaptis oleh Mascarenhas sendiri di Ternate sebagai seorang penganut Kristen Katolik. Akan tetapi, ketika informasi Bangua yang telah mengkonversi agama sampai ke telinga Sultan Khairun, ia pun menjadi jengkel dan marah yang sangat hebat karena bagi Khairun, Bangua adalah seorang sahabat terdekatnya yang sangat penting dan juga sebagai mitra setianya ketika membantunya dalam melakukan penyerangan terhadap misionaris Katolik dan para pedagang Portugis di Jailolo, Halmahera Utara dan Bacan.