Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Hiruzen Sarutobi
Terkejut ketika mantan gurunya hendak mengambil tindakan terhadap Sasuke yang menyatakan bahwa kata-kata Hashirama akan memutuskan apakah ia akan membalas dendam kepada Konoha atau tidak, Hiruzen menarik napas lega ketika Hokage pertama mampu menghentikan adiknya itu, meskipun hampir menghancurkan tempat itu dengan chakranya. Mempertanyakan Orochimaru ketika mereka tidak punya waktu untuk diskusi panjang, Hiruzen terkejut mendengar bahwa ada perang terjadi dan lebih jauhnya bahwa Madara berpartisipasi di dalamnya. Tobirama memilih untuk segera berangkat ke medan perang, namun kemudian Tobirama terhenti karena ia terikat oleh jurus Edo Tensei Orochimaru, mereka tidak punya pilihan selain mematuhi Hokage pertama yang ingin tetap tinggal untuk menceritakan kisah hidupnya agar Sasuke bebas dari kegelapan. Dengan cerita Hashirama, Sasuke mengatakan bahwa tekad Hashirama terdapat di dalam diri kakaknya, Itachi. Namun, Itachi menanggung beban kebencian karena ketidaktahuan banyak orang tentang keputusannya sebagai seorang ninja. Tobirama Senju juga menceritakan bahwa selain Itachi, ada seorang anggota klan Uchiha yaitu Kagami Uchiha juga telah mewarisi tekad api Hashirama. Di luar Kuil Naka, Hiruzen mengambil kesempatan untuk mempertanyakan motif Orochimaru sebelum menuju ke perang. Akhirnya setelah mengetahui motif Orochimaru mereka membantu aliansi Shinobi untuk melawan Madara dan Obito.