Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Pemberontakan Raden Ronggo
Selama perjalanan dari Yogyakarta (20 November) hingga tiba di Maospati (28 November), pasukan Belanda terus mengejar Raden Ronggo. Sehari sebelumnya, pasukan Raden Ronggo bertempur habis-habisan di Magetan. Ia berusaha mencari dukungan dari para bupati "mancanegara", tetapi hanya Bupati Padangan yang merespon. Daendels mengirim pasukan ke Semarang pada tanggal 2 Desember 1810 untuk segera meredam pemberontakan Raden Ronggo. Setelah tiga ekspedisi penangkapan gagal, Patih Danurejo II menyusun siasat untuk menjatuhkan Raden Ronggo sehingga akhirnya pada tanggal 7 Desember, Pangeran Dipokusumo (saudara Pangeran Diponegoro) diutus menjadi panglima perang. Pada hari itu, istana Maospati berhasil direbut tanpa perlawanan, tetapi Raden Ronggo telah memindahkan pusat pertahanannya ke Wonosari.