Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Alex Kawilarang
Pada tahun 1961 pasukan dari pemerintah pusat berhasil meredam perlawanan pasukan Permesta. Pasukan dari Jakarta ini terdapat perwira-perwira yang dulu di bawah pimpinan Kawilarang. Konflik ini dapat diselesaikan secara damai melalui upaya FJ Tumbelaka. Beberapa upacara diadakan pada bulan April dan Mei 1961 di mana pemerintah Indonesia secara resmi menerima kembali pasukan Permesta. Kawilarang berpartisipasi dalam upacara pada tanggal 14 April yang dihadiri oleh Mayjen Hidayat dan Brigjen Achmad Yani dari TNI, keduanya kenal baik dengan Kawilarang. Namun menurut Kawilarang, sebelumnya telah tercapai kesepakatan bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak komunis di Jawa. Karenanya, Kawilarang merasa menyesal ketika Nasution tidak menepati janjinya.