Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Pertempuran Toba-Fushimi
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan istana, Yoshinobu pada 17 Januari 1868 menyatakan "bahwa ia tidak akan terikat oleh proklamasi Restorasi dan mengimbau istana untuk membatalkannya." Pada 24 Januari 1868, setelah termakan provokasi para "ronin" dari Satsuma di Edo, Yoshinobu dari markasnya di Istana Osaka memutuskan untuk menyiapkan serangan ke Kyoto, dengan dalih membersihkan unsur-unsur Domain Satsuma dan Domain Chōshū yang mendominasi istana, sekaligus "membebaskan" Kaisar Meiji yang masih muda dari pengaruh mereka.