Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
INTERFET
Misi PBB untuk Timor Timur (UNAMET) didirikan untuk menyelenggarakan dan melakukan referendum mengenai masalah kemerdekaan. UNAMET terdiri dari polisi dan pengamat. Referendum yang disponsori PBB diadakan pada tanggal 30 Agustus 1999 menunjukkan adanya persetujuan untuk kemerdekaan Timor Leste dari Indonesia. Setelah hasilnya diumumkan pada tanggal 4 September, bentrokan dan kekerasan terjadi, yang dicurigai karena dihasut oleh milisi anti-kemerdekaan, memicu krisis kemanusiaan dan keamanan di kawasan itu, pada hari yang sama Xanana Gusmão menyerukan Dewan Keamanan PBB untuk segera mengirimkan pasukan penjaga perdamaian PBB. Banyak warga Timor Timur tewas, sebanyak 500.000 mengungsi dan sekitar separuhnya melarikan diri dari wilayah tersebut.