Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Timor Leste
Pada tanggal 30 Agustus 1999, dalam sebuah referendum yang disponsori PBB, mayoritas rakyat Timor Timur memilih untuk lepas merdeka dari Indonesia. Segera setelah referendum, milisi anti-kemerdekaan Timor-Leste - yang diorganisir dan didukung oleh militer Indonesia - memulai kampanye militer bumi hangus. Milisi membunuh sekitar 1.400 rakyat Timor Timur dan dengan paksa mendorong 300.000 rakyat mengungsi ke Timor Barat. Mayoritas infrastruktur hancur dalam gerakan militer ini. Pada tanggal 20 September 1999, Angkatan Udara Internasional untuk Timor Timur (INTERFET) dikirim ke Timor Timur untuk mengakhiri kekerasan. Setelah masa transisi yang diorganisasi oleh Perserikatan Bangsa-Bangsa, Timor Timur diakui secara internasional sebagai negara dan secara resmi merdeka dari Indonesia pada tanggal 20 Mei 2002. Sebelumnya bernama Provinsi Timor Timur, ketika menjadi anggota PBB, mereka memutuskan untuk memakai nama Portugis "Timor Leste" sebagai nama resmi.