Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Operasi Cinta Damai
Pada tanggal 25 Juli 2000, salah satu pemimpin Pasukan Merah, yang diduga merupakan otak dari pembantaian ratusan penduduk pada kerusuhan di Poso, Fabianus Tibo, dibekuk dalam penyergapan intelijen Operasi Cinta Damai di desa Jamur Jaya, kecamatan Lembo, Kabupaten Morowali. Pada 26 Juli 2000, pimpinan Tim Satgas Operasi Cinta Damai Kapten Inf. Agus Firman Yusmono didampingi Komandan Tim Penerangan Lettu Inf. Agus Salim di Markas Korem 132/Tadulako, membenarkan tertangkapnya Tibo.