Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Hubungan luar negeri Indonesia
Premier Li Peng menerima undangan Indonesia tanggal 6 Agustus 1990. Dalam diskusinya dengan Presiden Soeharto, kedua pihak mengekspresikan keinginannya untuk meningkatkan hubungan antar kedua negara atas dasar Pancasila dan Dasasila Bandung. Tanggal 8 Agustus, Menlu Cina dan Indonesia atas nama pemerintah negaranya masing-masing menandatangani nota kesepahaman mengenai kelanjutan hubungan diplomatik. Kedua pihak menyatakan secara resmi melanjutkan hubungan diplomatik antara Cina dan Indonesia pada hari itu.Timor Leste (resminya Republik Demokratik Timor-Leste) dan Indonesia berbagi pulau Timor. Indonesia menyerbu bekas koloni Portugal ini pada tahun 1975 dan menganeksasinya tahun 1976, sehingga menjadikannya sebagai provinsi ke-27 dengan nama Timor Timur sampai diadakannya referendum dukungan Perserikatan Bangsa-Bangsa tahun 1999. Dalam referendum tersebut, rakyat Timor Leste memilih merdeka. Setelah pemerintahan sementara PBB, Timor Leste merdeka penuh pada tahun 2002.