Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Perang Jawa (1741–1743)
Selama periode pertimbangan yang berlangsung dari akhir tahun 1740 hingga bulan Juli 1741, Pakubuwana II dan para penasihatnya berdebat tentang keuntungan bergabung dengan Tionghoa atau bertahan dan menyelamatkan orang-orang Belanda agar hubungan mereka menjadi lebih baik. kemudian secara diam-diam memberikan 2.000 real kepada Mas Ibrahim untuk memulai serangan terhadap VOC dan aset-asetnya; serta memerintahkan para bangsawan seniornya, Jayaningrat dan Citrasoma, untuk menjadi pihak netral dalam konflik tersebut dan membiarkan sebanyak mungkin orang Tionghoa melarikan diri. Mertopuro dari Grobogan, salah satu pendukung yang lebih vokal mengenai perlawanan aktif, ditugaskan untuk memanas-manasi orang Tionghoa di wilayahnya. Di dalam ibu kota di Kartosuro, dia memerintahkan pemugaran Siti Hinggil Kidul (Balairung Selatan; sekarang disebut "Sasana Hinggil") di selatan keratonnya untuk menjadi alasan pada Belanda bahwa dia tidak memiliki tenaga kerja yang tersisa. Meskipun Visscher menerima intelijen mengenai kesepakatan , dia tetap memercayainya karena kesetiaannya pada VOC sebelumnya..