Sejarah Daerah Istimewa Yogyakarta
Tanggal 1 September 1965, sebulan sebelum terjadi G30S/PKI, Pemerintah mengeluarkan UU No. 18 tahun 1965 tentang pemerintahan daerah. Dalam UU ini Yogyakarta dijadikan sebuah Provinsi (sebelumnya adalah Daerah Istimewa Setingkat Provinsi [lihat periode III di atas]). Dalam UU ini pula seluruh “swapraja” yang masih ada baik secara "de facto" maupun "de jure" yang menjadi bagian dari daerah lain yang lebih besar dihapuskan. Dengan demikian Yogyakarta menjadi satu-satunya daerah bekas swapraja yang diakui oleh Pusat. UU ini juga mengisyaratkan penghapusan status istimewa baik bagi Aceh maupun Yogyakarta di kemudian hari . Mulai dengan keluarnya UU No 18/1965 dan UU pemerintahan daerah selanjutnya, keistimewaan Yogyakarta semakin hari semakin kabur.
Pura Pakualaman
Namun ada perbedaan antara Puro Paku Alaman Yogyakarta dengan Istana kerajaan-kerajaan Nusantara yang lain. Sri Paduka Paku Alam selain sebagai Yang Dipertuan Pemangku Tahta Adat /Kepala Puro Paku Alaman juga memiliki kedudukan yang khusus dalam bidang pemerintahan sebagai bentuk keistimewaan daerah Yogyakarta. Dari permulaan DIY berdiri (de facto 1946 dan de yure 1950) sampai tahun 1998 Sri Paduka Paku Alam secara otomatis diangkat sebagai Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah Istimewa yang tidak terikat dengan ketentuan masa jabatan, syarat, dan cara pengangkatan Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah lainnya (UU 22/1948; UU 1/1957; Pen Pres 6/1959; UU 18/1965; UU 5/1974). Antara 1988-1998 Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah Istimewa ditunjuk sebagai penjabat jabatan Gubernur/Kepala Daerah Istimewa. Setelah 1999 keturunan Sri Paduka Paku Alam tersebut yang memenuhi syarat mendapat prioritas untuk diangkat menjadi Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah Istimewa (UU 22/1999; UU 32/2004). Saat ini yang menjadi Yang Dipertuan Pemangku Tahta adalah Sri Paduka Paku Alam IX