Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.
Perang Jawa (1741–1743)
Selama periode pertimbangan yang berlangsung dari akhir tahun 1740 hingga bulan Juli 1741, Pakubuwana II dan para penasihatnya berdebat tentang keuntungan bergabung dengan Tionghoa atau bertahan dan menyelamatkan orang-orang Belanda agar hubungan mereka menjadi lebih baik. kemudian secara diam-diam memberikan 2.000 real kepada Mas Ibrahim untuk memulai serangan terhadap VOC dan aset-asetnya; serta memerintahkan para bangsawan seniornya, Jayaningrat dan Citrasoma, untuk menjadi pihak netral dalam konflik tersebut dan membiarkan sebanyak mungkin orang Tionghoa melarikan diri. Mertopuro dari Grobogan, salah satu pendukung yang lebih vokal mengenai perlawanan aktif, ditugaskan untuk memanas-manasi orang Tionghoa di wilayahnya. Di dalam ibu kota di Kartosuro, dia memerintahkan pemugaran Siti Hinggil Kidul (Balairung Selatan; sekarang disebut "Sasana Hinggil") di selatan keratonnya untuk menjadi alasan pada Belanda bahwa dia tidak memiliki tenaga kerja yang tersisa. Meskipun Visscher menerima intelijen mengenai kesepakatan , dia tetap memercayainya karena kesetiaannya pada VOC sebelumnya..