Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Taira no Kiyomori
Pada tahun 1156, Kiyomori dan Minamoto no Yoshitomo berpihak pada Kaisar Goshirakawa dalam peristiwa yang disebut Pemberontakan Hōgen. Atas jasa-jasanya membantu kaisar sebagai pihak yang menang, Kiyomori diangkat sebagai pejabat kepercayaan kaisar. Ia ditunjuk sebagai penguasa Provinsi Harima dan pejabat Dazai no daini. Kiyomori menjalin persekutuan dengan Fujiwara no Michinori dalam usahanya memperluas kekuasaan klan Taira hingga ke seluruh negeri. Di lain pihak, Fujiwara no Nobuyori dan Minamoto no Yoshitomo merasa tidak senang melihat Kiyomori menjadi begitu berkuasa dan melancarkan Pemberontakan Heiji pada tahun 1159. Dalam peristiwa ini, pasukan klan Taira berhasil menaklukkan pasukan klan Minamoto. Dimulai dengan pelaksanaan hukuman mati terhadap Minamoto no Yoshitomo dan putranya (Minamoto no Yoshihira), Kiyomori memimpin sendiri pelaksanaan hukuman mati terhadap sisa-sisa klan Minamoto. Hukuman buang ke Provinsi Izu dijatuhkannya bagi putra ketiga Yoshitomo yang bernama Minamoto no Yoritomo.