Rifa'iyah
Dia hidup dipengasingan sampai ajalnya menjemputnya di Ambon pada Kamis 25 Robiul Akhir 1286 H (usia 86 tahun), ada riwayat lain yang mengatakan dia wafat pada 1292 H (92 tahun, semoga yang ini benar, karena itu berarti dia panjang umur) di kampung Jawa Tondano Kabupaten Minahasa, Manado Sulawesi Utara dan dimakamkan di komplek makam pahlawan Kiai Modjo di sebuah bukit yang terletak kurang lebih 1 km dari kampung Jawa Tondano (Jaton) .
Setelah beberapa kali keluar masuk penjara Kendal dan Semarang karena dakwahnya tegas, dalam usia 30 tahun, Ahmad Rifai berangkat ke Mekkah untuk menunaikan ibadah haji, ke Madinah ziarah Makam Rosululloh SAW dan memperdalam ilmu di sana selama 8 tahun. Dan kemudian di Mesir selama 12 tahun. Di Haramain (Mekkah dan Madinah) ia berguru kepada Syaikh Abdul Aziz Al Habisyi, Syaikh Ahmad Ustman dan Syaikh Is Al -Barawi. Sedang di Mesir ia berguru pada Syaikh Ibrahim Al Bajuri dan kawan-kawan.
Pulau Ay, Banda, Maluku Tengah
Di pulau inilah, agen Inggris melatih jawara-jawara setempat untuk mempertahankan diri dari serbuan Belanda pada tahun 1615. Penduduk pulau mengejutkan Belanda dengan serbuan balik tak terduga yang memakan korban 200 jiwa. Setahun kemudian, Belanda dapat menguasai pulau ini dengan ganti Pulau Seram untuk Inggris. Belanda kemudian membalas dendam kepada penduduk pulau, hampir segenap penduduknya dibantai, dan hanya sebagian kecil yang berhasil melarikan diri. Setelah itu, pulau ini dihuni oleh budak dan tawanan.Pulau ini dapat dijangkau dari Banda Neira dengan menumpang perahu panjang.