Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Minamoto no Yoshinaka
Pada tahun berikutnya (1181) terjadi Pertempuran Yokotagawara. Yoshinaka mengalahkan pasukan Jō Sukemoto yang menyerang dari Provinsi Echigo atas perintah klan Taira. Yoshinaka sempat maju ke Provinsi Kōzuke. Minamoto no Yoritomo yang sedang berperang di wilayah Kanto tidak mau bergabung, sehingga Yoshinaka menuju wilayah Hokurikudō. Putra Pangeran Mochihito yang melarikan diri ke wilayah Hokuriku diangkat oleh Yoshinaka sebagai Hokuriku no Miya (penguasa Hokuriku). Dengan keberadaan Hokuriku no Miya, Yoshinaka menjadi kekuatan berpengaruh di wilayah Hokuriku. Pada bulan Mei 1183, Yoshinaka menaklukkan pasukan klan Taira yang dipimpin Taira no Koremori dalam Pertempuran Kurikara di Tonamiyama, Provinsi Etchū. Pada bulan Juli tahun yang sama (1183), pasukan Yoshinaka memasuki ibu kota Kyoto, dan klan Taira melarikan diri ke provinsi di sebelah barat Jepang.