Pengakuan tanggal kemerdekaan Indonesia oleh Belanda
Selama hampir 60 tahun, Belanda tidak bersedia mengakui kemerdekaan Indonesia pada tanggal 17 Agustus 1945. Belanda menganggap kemerdekaan Indonesia baru terjadi pada 27 Desember 1949, yaitu ketika "soevereiniteitsoverdracht" (penyerahan kedaulatan) ditandatangani di Istana Dam, Amsterdam. Di Belanda selama ini juga ada kekhawatiran bahwa mengakui Indonesia merdeka pada tahun 1945 sama saja mengakui tindakan "politionele acties" (agresi militer) pada 1945-1949 adalah ilegal.
Muchtar Jahja
Setelah Jepang kalah dalam Perang Dunia II pada bulan Agustus 1945, dan sebelum Belanda sempat menginjakkan kakinya kembali di Indonesia, maka pada tanggal 17 Agustus 1945 Indonesia memproklamasikan kemerdekaannya. Karena proklamasi itu tidak diakui oleh Belanda serta sekutunya (Amerika Serikat dan Inggris), maka terjadilah revolusi fisik melawan Belanda beserta sekutu-sekutunya itu. Jakarta dengan mudah dapat diduduki. Karena itu pusat pemerintahan dipindahkan ke Yogyakarta sampai tahun 1949. Baru setelah perjanjian Konferensi Meja Bundar (KMB) 27 Desember 1949 di Den Haag, Belanda baru mengakui kemerdekaan Indonesia, minus Irian Barat (Irian Jaya). Maka sebagai penghormatan atas jasa-jasanya itu, kota Yogyakarta ini dijadikan sebagai kota pendidikan/universitas. Karena itu didirikanlah Universitas Negeri Gadjah Mada yang diatur dengan Peraturan Pemerintah Nomor 37 tahun 1950.
Adapun untuk golongan umat Islam diberi pula sebuah Pendidikan Tinggi Agama Islam. Cikal bakal perguruan tinggi ini berasal dari Universitas Islam Indonesia yang mulanya bernama Sekolah Tinggi Islam (STI).