Proton
Suatu atom biasanya terdiri dari sejumlah proton dan neutron yang berada di bagian inti (tengah) atom, dan sejumlah elektron yang mengelilingi inti tersebut. Dalam atom bermuatan netral, banyaknya proton akan sama dengan jumlah elektronnya. Banyaknya proton di bagian inti biasanya akan menentukan sifat kimia suatu atom. Inti atom sering dikenal juga dengan istilah nukleus atau "nukleon" ("nucleon"), dan reaksi yang terjadi atau berkaitan dengan inti atom ini disebut reaksi nuklir.
Atom hidrogen
Atom hidrogen ialah atom yang berasal dari unsur kimia hidrogen. Muatan netral atom berisi satu proton bermuatan positif dan elektron bermuatan negatif yang terikat kepada nukleus oleh Hukum Coulomb. Atom hidrogen terdiri dari sekitar 75 % di alam semesta. Dalam kehidupan sehari-hari di Bumi, atom-atom hidrogen yang terisolasi (biasanya disebut "atom hidrogen") sangat jarang adanya. Sebaliknya, hidrogen cenderung untuk menggabungkan dengan atom lain dalam senyawa, atau dengan dirinya sendiri untuk membentuk gas hidrogen biasa, H. Dalam Bahasa Inggris, penggunaan perkataan "atomic hydrogen" dan "hydrogen atom," biasanya mempunyai makna yang tumpang tindih. Sebagai contoh, sebuah molekul air mengandung dua atom hidrogen, tetapi tidak berisi atom yang mengandung hidrogen (yang mengarah terhadap atom hidrogen yang terisolasi).