Kesultanan Mughal
Kekaisaran Mughal ( "Shāhān-e Moġul"; sebutan diri: گوركانى - "Gūrkānī") adalah sebuah negara yang pada masa jayanya memerintah Afganistan, Balochistan, dan sebagian besar anak benua India antara 1526 dan 1857. Kekaisaran ini didirikan oleh pemimpin Mongol, Barbur, pada tahun 1526, ketika dia mengalahkan Ibrahim Lodi, Sultan Delhi terakhir dalam Pertempuran Panipat I. Kata "mughal" adalah versi Indo-Aryan dari Mongol. Agama rakyat Mughal adalah Islam.
Pashtunistan
Dua pejuang-penyair Pashtun Bayazid Pir Roshan dan Khushal Khan Khattak menghimpun pasukan Pashtun untuk bertempur melawan Kesultanan Mughal masing-masing pada abad ke-16 dan 17.Dalam masa-masa ini, bagian timur Pashtunistan diperintah oleh Mughal, sedangkan bagian barat diperintah oleh Dinasti Safawiyah Persia. Region Pashtun pertama kali memperoleh status otonom pada tahun 1709 ketika Mirwais Hotak berhasil memberontak melawan Safawiyah di Loy Kandahar. Etnis Pashtun kembali mencapai persatuan di bawah kepemimpinan Ahmad Shah Durrani, pendiri Dinasti Durrani, ketika dia mendirikan Kekaisaran Afganistan pada tahun 1747. Namun pada abad ke-19, Kekaisaran Afghanistan kehilangan sebagian besar wilayah timurnya kepada Kemaharajaan Sikh dan Imperium Britania. Para aktivis kemerdekaan India beretnis Pashtun terkenal yang menentang kekuasaan Kemaharajaan Britania termasuk Bacha Khan, Abdul Samad Khan Achakzai, dan Mirzali Khan (Faqir dari Ipi). Setelah pembentukan Pakistan tahun 1947, Mirzali Khan dan para pengikutnya menolak untuk mengakui Pakistan, dan melanjutkan perang mereka dari pangkalan mereka di Gurwek, Waziristan, melawan pemerintah negara baru tersebut.