Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Perang Boshin
Pada 28 Januari 1868, pertempuran laut terjadi di Awa antara Angkatan Laut Keshogunan dan unsur-unsur Angkatan Laut Satsuma. Pertempuran Laut Awa merupakan pertempuran laut pertama yang memakai angkatan laut modern dalam sejarah Jepang. Pertempuran Awa berakhir dengan keunggulan Angkatan Laut Keshogunan.
Di meja diplomasi berlangsung pertemuan antarmenteri negara-negara asing pada awal Februari 1868 di pelabuhan Hyōgo (sekarang disebut Kobe). Mereka membicarakan nasib keshogunan sebagai pemerintah yang sah di Jepang. Selain itu, mereka berharap Tokugawa Yoshinobu yang didukung pemerintah asing (khususnya Perancis) mau menerima campur tangan mereka. Beberapa hari kemudian, utusan dari kekaisaran menemui para menteri dan menyatakan keshogunan sudah dibubarkan, pelabuhan-pelabuhan di Jepang terbuka sesuai perjanjian internasional, dan semua orang asing dilindungi. Para menteri akhirnya memutuskan untuk mengakui pemerintahan yang baru.