Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Kabupaten Maluku Tengah
Pada Tahun 2004, Otonomi Daerah yang tertulis dalam Undang-undang Nomor 32 Tahun 2004 diberlakukan sehingga penyelenggaraan otonomi daerah memberikan pengaruh yang cukup luas dalam perkembangan Maluku Tengah. Hal ini dapat dilihat dengan terjadi pemekaran pada beberapa wilayah di kabupaten Maluku Tengah diantaranya Wilayah Pulau Buru, Wilayah Seram Timur dan Wilayah Seram Barat. Sehingga Wilayah Kabupaten Maluku Tengah sejak tahun 2004 hanya meliputi Wilayah Seram Utara, Pulau Ambon, Pulau-pulau lease dan Pulau-pulau banda; akan tetapi luas wilayah di Kabupaten Maluku tengah masih merupakan yang terluas di Provinsi Maluku.