Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Hiruzen Sarutobi
Terkejut ketika mantan gurunya hendak mengambil tindakan terhadap Sasuke yang menyatakan bahwa kata-kata Hashirama akan memutuskan apakah ia akan membalas dendam kepada Konoha atau tidak, Hiruzen menarik napas lega ketika Hokage pertama mampu menghentikan adiknya itu, meskipun hampir menghancurkan tempat itu dengan chakranya. Mempertanyakan Orochimaru ketika mereka tidak punya waktu untuk diskusi panjang, Hiruzen terkejut mendengar bahwa ada perang terjadi dan lebih jauhnya bahwa Madara berpartisipasi di dalamnya. Tobirama memilih untuk segera berangkat ke medan perang, namun kemudian Tobirama terhenti karena ia terikat oleh jurus Edo Tensei Orochimaru, mereka tidak punya pilihan selain mematuhi Hokage pertama yang ingin tetap tinggal untuk menceritakan kisah hidupnya agar Sasuke bebas dari kegelapan. Dengan cerita Hashirama, Sasuke mengatakan bahwa tekad Hashirama terdapat di dalam diri kakaknya, Itachi. Namun, Itachi menanggung beban kebencian karena ketidaktahuan banyak orang tentang keputusannya sebagai seorang ninja. Tobirama Senju juga menceritakan bahwa selain Itachi, ada seorang anggota klan Uchiha yaitu Kagami Uchiha juga telah mewarisi tekad api Hashirama. Di luar Kuil Naka, Hiruzen mengambil kesempatan untuk mempertanyakan motif Orochimaru sebelum menuju ke perang. Akhirnya setelah mengetahui motif Orochimaru mereka membantu aliansi Shinobi untuk melawan Madara dan Obito.