Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Komunisme di Sumatera
Pembantaian pertama simpatisan PKI selama 1965-1966 terjadi di Aceh. Laporan muncul dari Aceh bahwa ribuan orang tewas dalam pembantaian, di mana seluruh keluarga diduga simpatisan PKI beserta pembantu rumah tangga mereka dimusnahkan. Sekretaris Pertama cabang PKI di Aceh, Samikidin, dieksekusi. Sebuah konferensi semua ulama-Aceh dan perwira militer yang diselenggarakan 15-16 Desember 1965 mengeluarkan fatwa yang menyatakan bahwa setiap Muslim yang tewas dalam pertempuran dengan PKI akan dianggap sebagai syuhada. Selain itu konferensi berlabel komunisme haram dan menyerukan penghapusan PKI. Melalui undang-undang provinsi, PKI secara resmi dilarang di Aceh pada bulan Desember 1965, sementara partai secara resmi dilarang di seluruh Indonesia pada Maret 1966.