Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Ashikaga Yoshimasa
Secara tidak terduga, Tomiko melahirkan bayi laki-laki pada tahun 1465. Anak tersebut nantinya dikenal sebagai Ashikaga Yoshihisa. Tomiko menginginkan Yoshihisa dijadikan pewaris jabatan shogun, tapi jabatan sudah tersebut dijanjikan untuk adik iparnya (Ashikaga Yoshimi). Demi mewujudkan keinginannya, Tomiko bersekutu dengan pejabat berpengaruh bernama Yamana Mochitoyo (Yamana Sōzen). Di pihak yang berseberangan, Yoshimi bersekutu dengan pejabat kanrei Hosokawa Katsumoto. Akibatnya, hak menjadi pewaris jabatan shogun (kepala klan Ashikaga) diperebutkan antara Hino Tomiko dan Ashikaga Yoshimi. Yoshimasa hanya berminat di bidang kebudayaan dan awalnya tidak memedulikan kedua pihak yang bertengkar. Putra pewarisnya, (Yoshihisa) maupun adik kandungnya (Yoshimi) tidak akan diberinya jabatan shogun. Persoalan bertambah rumit karena konflik klan Shiba dan klan Hatakeyama tentang suksesi kepala klan menyebabkan perang skala besar yang disebut Perang Ōnin tahun 1476. Dalam perang ini, pihak Go-Nanchō (sisa-sisa pengikut Istana Selatan) juga ikut dalam pertempuran.