Gerakan mahasiswa Indonesia 1998
Puncak kebencian mereka pada zaman orde baru telah meradang dalam gelombang unjuk rasa mahasiswa yang menimbulkan Tragedi Trisakti pada tanggal 12-20 Mei 1998. Saat itu, Soeharto Hingga akhirnya, pada tanggal 21 Mei 1998, Soeharto mengundurkan diri dari jabatan presiden, dan pada akhirnya posisi Soeharto digantikan oleh Baharuddin Jusuf Habibie yang sebelumnya adalah wakil presiden terakhir pada zaman orde baru. Gerakan mahasiswa Indonesia 1998 memang begitu monumental, karena telah berhasil menurunkan Soeharto dari jabatannya.
Partai Komunis Indonesia
Sampai tahun 2004, mantan anggota PKI masih dilarang dan masuk daftar hitam dari banyak pekerjaan termasuk apabila ingin bekerja di pemerintahan, sebagaimana kebijakan rezim Soeharto yang telah dijalankan sejak pembersihan PKI tahun 1965. Selama masa presiden Abdurrahman Wahid, ia mengundang mantan buangan PKI untuk kembali ke Indonesia pada tahun 1999, dan mengusulkan menghilangkan pembatasan diskusi terbuka atas ideologi komunis. Dalam berdebat untuk penghapusan larangan itu, Wahid mengutip dari UUD 1945 Indonesia, yang tidak melarang atau bahkan secara khusus menyebutkan komunisme. Usulan Wahid itu ditentang oleh beberapa kelompok masyarakat Indonesia, khususnya kelompok Islam konservatif. Dalam sebuah protes pada April 2000, sebuah kelompok yang disebut Front Islam Indonesia berjumlah sepuluh ribu orang datang ke Jakarta terkait usulan Wahid. Tentara tidak segera menolak proposal tersebut, namun menjanjikan "studi komprehensif dan teliti" terhadap ide tersebut.