Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Kepulauan Bonin
Penduduk Kepulauan Ogasawara statusnya diturunkan pada awal zaman Shōwa. Semasa Perang Dunia II, sebagian besar penduduk dievakuasi paksa ke daratan utama. Jepang waktu itu memiliki pangkalan militer di Chichijima yang dipimpin oleh Mayor . Mayor Matoba melakukan kanibalisme dan tindakan lain terhadap tawanan perang dan dijatuhi hukuman mati seusai perang. Pesawat George H. W. Bush jatuh di Samudra Pasifik dekat Chichijima, namun ia diselamatkan oleh kapal selam Amerika Serikat. Di kepulauan ini terjadi Pertempuran Iwo Jima yang dikenal sebagai pertempuran tersengit dalam Perang Dunia II.