Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Perang Kuning
Pada tanggal 23 Mei 1741, pasukan Tionghoa yang berkumpul di Welahan bergerak ke Timur dan menyerang Juwana serta Rembang. Pertempuran tersebut dimenangkan oleh pasukan Tionghoa pada tanggal 27 Juli 1741 dan menimbulkan banyak korban di pihak Kompeni. Meskipun demikian, pasukan Cakraningrat IV telah menyapu bersih seluruh etnis Tionghoa yang berada di Surabaya, Pasuruan, dan Gresik pada tanggal 12 Juli 1741. Tanggal 31 Juli 1741, pasukan Jawa-Tionghoa mulai mengepung Kota Jepara. Di Kertasura sendiri, Pakubuwana II mengerahkan pasukan untuk menyerang pos VOC di sana, mengakibatkan Kapiten Johannes van Velsen yang menjadi komandan serta beberapa serdadu lainnya tewas, dan sisanya diberi pilihan untuk memeluk agama Islam atau dibunuh.