Abdul Haris Nasution
Pada saat ini, Soekarno mulai melihat PKI sebagai sekutu politik utamanya, bukan tentara lagi. Meskipun ia telah menetapkan Indonesia nonblok selama Perang Dingin, pernyataan bahwa PRRI diberi bantuan oleh Amerika Serikat, menyebabkan Soekarno mengadopsi sikap anti-Amerika. Dalam hal ini, ia memiliki PKI sebagai sekutu alami. Bagi PKI, bersekutu dengan Soekarno hanya akan menambah momentum politik sebagai pengaruh mereka terus tumbuh dalam politik Indonesia.
Langit Makin Mendung
Pada awal 1960-an, Presiden Soekarno mendeklarasikan ideologi negara Nasakom yang berarti "Nasionalisme, Agama, dan Komunisme". Nasakom akan melengkapi kebijakan Pancasila yang sudah ada. Deklarasi ini dipandang sebagai bukti meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia (PKI), sehingga menciptakan konflik antara PKI dan militer. Di tengah-tengah konfrontasi dengan Malaysia, Soekarno memecat Jenderal Nasution, Komandan Angkatan Darat, dan mengangkat Ahmad Yani, sementara PKI menyebarkan rumor bahwa dewan jenderal yang disponsori CIA berencana menjatuhkan pemerintahan sambil membawa-bawa bukti Dokumen Gilchrist. Akhirnya, kudeta yang diduga disponsori PKI berujung pada kematian enam jenderal dan berakhir dengan pembantaian para terduga komunis dan kejatuhan pemerintahan Soekarno.