Zaman Nanboku-cho
Ashikaga Takauji yang berangkat untuk memadamkan Pemberontakan Nakasendai ternyata berubah menjadi pembelot. Takauji mendapat dukungan dari kalangan samurai yang merasa tidak puas terhadap kaisar. Sebagai akibatnya, Kaisar Go-Daigo memerintahkan Nitta Yoshisada dan Kitabatake Akiie untuk membunuh Ashikaga Takauji. Pasukan Nitta ditaklukkan pasukan Ashikaga dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita. Namun, pasukan Ashikaga yang memasuki ibu kota Kyoto berhasil diusir pasukan Kitabatake yang diturunkan dari Provinsi Mutsu. Ashikaga Takauji dan pasukannya dipaksa mundur sampai ke Kyushu.
Kira Yamato
Ketika dalam perjalanan menuju markas besar Earth Alliance di Alaska, JOSH-A, Archangel pun diserang oleh Athrun dan kawan-kawan. Pada awal-awal pertarungan dengan mereka, Kira dapat mengalahkan mereka, dengan merusak mobile suit bawaan mereka sehingga mereka tidak dapat menyerang Archangel lagi. Kira pun bertarung satu lawan satu dengan Athrun, dan Athrun pun dikalahkan karena baterai Aegis mulai habis dan mengalami "Phase Shift Down", dan ketika hendak menghancurkan Aegis, Nicol muncul dari samping Strike untuk melindungi Athrun dari Strike dan langsung menyerang Kira. Kira, secara tidak sengaja, menghindar dan langsung menebas kokpit Blitz beserta pilotnya, Nicol. Saat kembali ke pangkalan, Athrun menyadari bahwa hanya dengan kematian Kira, kematian Nicol dapat dihindari dan kemudian ia pun marah dan akan membunuh Kira, pada kemudian hari mereka bertemu.