Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Musso
Pada 11 Agustus 1948 Musso kembali ke Indonesia lewat Yogyakarta. Pada tanggal 5 September 1948 dia memberikan pidato yang menganjurkan agar Indonesia merapat kepada Uni Soviet. Pemberontakan terjadi di Madiun, Jawa Timur ketika beberapa militan PKI menolak untuk dilucuti. Pihak militer menyebutkan bahwa PKI memproklamasikan "Republik Soviet Indonesia" pada tanggal 18 September 1948 dan mengangkat Musso sebagai presiden dan Amir Sjarifuddin sebagai perdana menteri. Akan tetapi pemberontakan dapat dipadamkan oleh pihak militer. Pada tanggal 30 September 1948, Madiun direbut oleh TNI dari Divisi Siliwangi. Ribuan kader partai terbunuh dan sejumlah 36.000 orang dipenjarakan. Di antara yang terbunuh adalah Musso pada tanggal 31 Oktober, ketika rombongannya bertemu dengan pasukan TNI yang memburunya.