Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Kiai Ibrahim Tunggul Wulung
Injil keselamatan bagi Tunggul Wulung merupakan suatu konsep tentang pelepasan dan bukan penebusan seperti yang didengung-dengungkan oleh para pekabar Injil Eropa. Bagi masyarakat Jawa pada saat itu, yang menakutkan hidupnya bukanlah penghukuman yang berasal dari Tuhan akibat dosa-dosa manusia melainkan pelepasan dari ketakutan terhadap kuasa jahat yang kemudian diperluas sebagai pelepasan dari kerja paksa dan perbudakan oleh bangsa asing. Pelepasan tersebut telah terjadi melalui Yesus Kristus, oleh sebab itu berserah kepada Allah berarti terlepas dari kuasa jahat dan segala jenis perbudakan. Kiai Ibrahim Tunggul Wulung pernah menulis surat kepada Jellesma yang menginginkan agar desa-desa Kristen yang didirikannya terbebas dari pekerjaan untuk pemerintah kolonial selama tiga puluh tahun. Hoekema melihat benang merah antara konsep pemikiran Kiai Ibrahim Tunggul Wulung tersebut dengan konsep perlawanan Pangeran Diponegoro dalam Perang Diponegoro yang juga menjanjikan penghapusan pajak-pajak dan upeti-upeti. Jika kedua hal tersebut memang saling berkaitan maka hal tersebut membuktikan bahwa Kiai Ibrahim Tunggul Wulung memang pengikut Diponegoro dan pernah terlibat di dalam Perang Diponegoro.