Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Shogun Yoshimasa yang belum dikaruniai putra pewaris menunjuk adik kandung bernama Yoshimi untuk diangkat sebagai shogun. Namun tahun berikutnya, Hino Tomiko, istri Yoshimasa melahirkan seorang putra yang diberi nama Yoshihisa. Perang dimulai akibat persaingan dua kelompok bersenjata, faksi Yamana pimpinan shugo daimyō Yamana Sōzen (Yamana Mochitoyo) yang mendukung Yoshihisa, dan faksi Hosokawa pimpinan Kanrei Keshogunan Muromachi Hosokawa Katsumoto yang mendukung Yoshimi. Kedua belah pihak ingin calonnya diangkat sebagai shogun hingga kota Kyoto dijadikan medan pertempuran. Peperangan meluas ke berbagai daerah (kecuali Kyushu dan beberapa tempat lain). Kematian Yamana Sōzen dan Hosokawa Katsumoto pada tahun 1473 tidak berhasil menghentikan perang.