Gerakan mahasiswa Indonesia 1998
Puncak kebencian mereka pada zaman orde baru telah meradang dalam gelombang unjuk rasa mahasiswa yang menimbulkan Tragedi Trisakti pada tanggal 12-20 Mei 1998. Saat itu, Soeharto Hingga akhirnya, pada tanggal 21 Mei 1998, Soeharto mengundurkan diri dari jabatan presiden, dan pada akhirnya posisi Soeharto digantikan oleh Baharuddin Jusuf Habibie yang sebelumnya adalah wakil presiden terakhir pada zaman orde baru. Gerakan mahasiswa Indonesia 1998 memang begitu monumental, karena telah berhasil menurunkan Soeharto dari jabatannya.
Agama di Indonesia
Perubahan penting terhadap agama-agama juga terjadi sepanjang era Orde Baru. Antara tahun 1964 dan 1965, ketegangan antara PKI dan pemerintah Indonesia, bersama dengan beberapa organisasi, mengakibatkan terjadinya konflik dan pembunuhan terburuk pada abad ke-20. Atas dasar peristiwa itu, pemerintahan Orde Baru mencoba untuk menindak para pendukung PKI, dengan menerapkan suatu kebijakan yang mengharuskan semua untuk memilih suatu agama, karena kebanyakan pendukung PKI adalah ateis. Sebagai hasilnya, tiap-tiap warganegara Indonesia diharuskan untuk membawa kartu identitas pribadi yang menandakan agama mereka. Kebijakan ini mengakibatkan suatu perpindahan agama secara massal, dengan sebagian besar berpindah agama ke Kristen Protestan dan Kristen Katolik. Karena Konghucu bukanlah salah satu dari status pengenal agama, banyak orang Tionghoa juga berpindah ke Kristen atau Buddha.