Kerusuhan Poso
Pertanyaan tentang jumlah korban sangat sensitif dan berunsur politis. Hal ini didorong oleh rasa keberatan yang dibuat lebih kuat oleh laporan berita yang tidak lengkap atau kabar miring tentang serangan dan desas-desus terbaru tentang pembantaian yang akan terjadi. Kurangnya pelaporan yang jelas oleh media atau investigasi oleh pemerintah, ditambah dengan medan yang luas dan durasi konflik yang panjang, menyulitkan untuk menentukan jumlah korban yang sebenarnya. Meski demikian, Human Rights Watch mencatat bahwa kedua belah pihak telah menderita banyak korban dalam kerusuhan ini. Meski ada beberapa perkiraan yang mencapai sekitar 2.000 korban jiwa, sebagian besar memperkirakan antara 500 hingga 1.000 korban. Versi pemerintah, yang dikeluarkan pada tanggal 5 Desember 2001 —tepat sebelum penandatanganan Deklarasi Malino— dirinci menjadi 577 korban tewas, 384 terluka, 7.932 rumah hancur, serta 510 fasilitas umum terbakar atau rusak. Sebuah kelompok Muslim, Tim Evakuasi Pencari Fakta Korban Muslim Kerusuhan Poso ("Victims of the Poso Conflict Evacuation and Fact Finding Team"), mengklaim bahwa antara bulan Mei 2000 hingga Desember 2001, 840 mayat Muslim ditemukan, kebanyakan ditemukan di Sungai Poso dan hutan-hutan di tepi kota. Jumlah yang tidak diketahui juga dikatakan hilang. Kebanyakan korban jiwa diperkirakan sampai pada kerusuhan ketiga, pada bulan Mei dan Juni 2000.
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Pembantaian pesantren Walisongo adalah nama yang diberikan untuk serangkaian serangan oleh militan Kristen pada tanggal 28 Mei 2000 di beberapa desa yang didominasi oleh warga Muslim di kecamatan Poso Kota, Poso, Sulawesi Tengah, sebagai bagian dari konflik sektarian yang lebih luas di wilayah Poso. Secara resmi jumlah tewas dalam serangan tersebut adalah 165 orang, tetapi tidak ada angka yang pasti berapa banyak yang meninggal. Jumlah korban tewas diyakini lebih besar dari 39 orang jika dihitung dari jumlah tubuh yang kemudian ditemukan di 3 kuburan massal, dan sama dengan atau di bawah 191 dikutip dari sebuah sumber Muslim. Pembantaian ini dinamai sesuai nama Pesantren Walisongo di Sintuwulemba, tempat sebagian besar dari pembantaian seperti ini terjadi. Tiga pemimpin kelompok milisi Kristen setempat kemudian dihukum dan dieksekusi mati pada tahun 2006 untuk kejahatan yang dilakukan selama pembantaian.