Masashi Kishimoto
Dua mantan asisten, Osamu Kajisa ("Tattoo Hearts") dan Yuuichi Itakura ("Hand's"), juga telah sukses setelah mereka bekerja untuk "Naruto". Pada tahun 2009, Kishimoto merancang sebuah kostum tambahan untuk karakter video game Lars Alexandersson pada "Tekken 6", dan pada tahun 2010 karakter ini muncul dalam "" sebagai bagian dari lintas-promosi khusus. Pada tahun 2010, Kishimoto juga memproduksi one-shot manga baseball, , sebagai bagian dari "Jump's" proyek "Top of the Super Legend", keenam serial manga one-shot oleh artis terkenal "Shōnen Jump Mingguan". Untuk kesembilan film "Naruto", "", Kishimoto bertanggung jawab untuk kedua cerita dan desain karakter. Dalam rangka mempromosikan film, Kishimoto juga bekerja di "Motion Comic Naruto". DVD yang memperlihatkan adegan dari manga 3D tersebut diberikan kepada 1,5 juta orang pertama yang pergi dan menonton ke bioskop. Sehubungan dengan promosi "Naruto" Kishimoto memberitahukan kepada Tetsuya Nishio pada July 2012 bahwa seri tersebut akan memaan waktu lebih dari satu tahun dan setengahnya untuk mengakhiri. Namun, Kishimoto mengakui bahwa tampaknya manga buatannya akan terus berlanjut sampai jangka waktu yang dia tentukan. Pada bulan April, 2012, diumumkan bahwa Kishimoto akan menerbitkan versi one-shotnya yang telah lama ditunda mafia manga, "Mario", di Jump Square, berdasarkan RAW, 160 halaman naskah ia mulai kerjakan sebelum "Naruto" menjadi serial. Sepanjang tahun 2013, beberapa one-shot Kishimoto terlihat adanya isu-isu Debut bahasa Inggris dalam "Shōnen Jump Mingguan" majalah digital , termasuk "Mario", "Bench", dan rintisan "Naruto" asli.
Naruto
Dua setengah tahun kemudian, Naruto kembali dari latihan dengan Jiraiya. Organisasi kriminal bernama Akatsuki, yang salah satu anggotanya adalah Itachi, mulai mengincar Jinchuuriki, termasuk Naruto, untuk mengambil Bijuu dari tubuh mereka. Beberapa ninja dari Konoha, termasuk Tim 7, berperang melawan anggota Akatsuki dan mencari rekan mereka, Sasuke. Akatsuki berhasil menangkap tujuh Jinchuuriki yang akhirnya tewas setelah proses pengambilan Bijuu, kecuali Gaara, Jinchuuriki dari Ichibi yang hidupnya diselamatkan oleh nenek Chiyo menggunakan jurus terlarang dengan mengorbankan nyawanya dan dibantu dengan chakra Naruto. Sementara itu, Sasuke mengkhianati Orochimaru dan menghadapi Itachi untuk balas dendam. Setelah Itachi tewas dalam pertempuran, Sasuke diberitahu oleh pengembang Akatsuki, yang kemudian menjadi ketua setelah kematian Pain, yaitu Tobi bahwa Itachi diperintahkan oleh pejabat Konoha untuk membasmi klan Uchiha untuk mencegah kudeta kepada pimpinan Konoha, namun Itachi memberikan syarat bahwa Sasuke harus terhindar dari masalah ini. Sedih dengan pernyataan tersebut, Sasuke bergabung dengan Akatsuki untuk membunuh pejabat Konoha yang memerintahkan pembasmian klan Uchiha dan untuk menghancurkan Konoha demi balas dendamnya. Sementara itu, karena beberapa anggota Akatsuki telah dikalahkan, pengendali Pain, yaitu Nagato, memutuskan menggunakan Pain untuk turun langsung memburu Naruto sekaligus meluncurkan serangan terhadap Konoha untuk balas dendam. Namun, Naruto menebusnya dengan mengalahkan Pain dan menyadarkan Nagato, sehingga Naruto mendapatkan kekaguman dari penduduk Konoha.