Skisma Timur–Barat
Skisma Timur–Barat, atau Skisma Besar, mencabik Kekristenan
Khalsedonia menjadi bagian Barat (Latin) dan bagian Timur (Yunani), yakni Katolisisme Barat dan Orthodoksi Timur. Meskipun biasanya dikatakan terjadi pada tahun 1054, Skisma Timur–Barat sebenarnya adalah akibat dari keterasingan antara dunia Kristen Latin dan Yunani yang berlangsung lama. Sebab-musabab skisma ini adalah permasalahan otoritas paus—Paus Leo IX mengklaim bahwa dia memegang otoritas atas empat patriark Timur—serta permasalahan klausa filioque yang disisipkan ke dalam Kredo Nicea oleh Gereja Barat. Umat Ortodoks Timur sekarang ini mengklaim bahwa primasi Patriark Roma bersifat kehormatan belaka, dan bahwa dia memiliki otoritas hanya atas keuskupannya serta tidak memiliki otoritas untuk mengubah keputusan-keputusan konsili-konsili ekumenis. Ada pula beberapa katalis lainnya yang kurang penting dari skisma tersebut, termasuk perbedaan dalam praktik-praktik liturgis dan klaim-klaim yurisdiksi yang tumpang-tindih.
Gereja Asiria Timur
Komunitas-komunitas Kristiani sudah eksis di kawasan Asiria, Babilonia, dan Persia semenjak abad ke-2. Sebuah konsili diketahui pernah diselenggarakan di Seleukia-Ktesifon sekitar tahun 325 untuk menyelesaikan konflik yurisdiksional antar uskup terkemuka. Dalam sebuah konsili sesudahnya, juga di Seleukia-Ktesifon pada tahun 410, komunitas-komunitas Kristiani Mesopotamia menyatakan tidak lagi tunduk kepada para uskup Antiokhia dan para uskup "Barat", selain itu uskup kota Seleukia-Ktesifon diangkat sebagai Katolikos.Gereja Asiria terpisah dari Gereja Katolik/Ortodoks (Gereja Timur dan Barat yang belum terpisah sebelum Skisma Akbar tahun 1054) sebagai akibat dari skisma Nestorian tahun 431, akan tetapi teologi Gereja Asiria tidak dapat disebut Nestorianisme. Nestorius, seorang murid Theodorus dari Mopsuestia dan uskup kota Konstantinopel, dikutuk karena menolak menyebut Perawan Maria sebagai 'Bunda Allah' ("Theotokos" dalam Bahasa Yunani). Dia hanya mau menyebut Maria sebagai 'Bunda Kristus' ("Kristotokos" dalam Bahasa Yunani). Lawannya, Kiril dari Aleksandria, menuduhnya membagi Kristus menjadi dua pribadi, yang dengan jelas disangkal Nestorius. Persoalan menjadi makin rumit dengan argumentasi-argumentasi Kiril yang kurang jelas, yang tak lama kemudian menjadi biang skisma Monofisit.
Kiril dari Aleksandria dengan gigih berupaya menggeser Nestorius beserta para pendukung dan pengikutnya dari tampuk kekuasaan. Namun di kawasan-kawasan yang dihuni para penutur Bahasa Syria, Theodorus dari Mopsuestia sangatlah disegani, maka tindakan pengutukan atas muridnya Nestorius tidak dapat diterima baik. Para pengikutnya diberi suaka. Raja-raja Persia, yang terus-menerus berperang dengan Kekaisaran Romawi, mengambil kesempatan ini untuk memastikan loyalitas warga negaranya yang beragama Kristen serta mendukung skisma Nestorian:Pada waktu kedatangan para pengungsi Nestorian dari Edessa, prelatus yang sedang menjabat adalah Babaeus atau Babowai (kadang kala disebut pula 'Babai', jangan disamakan dengan 'Babai Agung') (457–484), yang tampaknya menerima mereka dengan tangan terbuka. Akan tetapi Bar Sauma, yang saat itu menjabat sebagai uskup Nisibis, kota penting terdekat dari Edessa, berselisih dengan sang Katolikos yang lemah itu, yang telah dijatuhkannya dalam Sinode Beth Lapat, April 484. Pada tahun yang sama Babowai didakwa di hadapan raja telah berkonspirasi dengan Konstantinopel dan dengan kejam dijatuhi hukuman mati.