Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Perjanjian Laut Timor
Perbedaan penting antara Perjanjian Celah Timor dan Laut Timor terdapat pada pembagian Kawasan Pembangunan Minyak Bumi Bersama; Timor Leste mendapatkan 90% dan Australia 10% dari pendapatan yang berasal dari eksplorasi minyak bumi di Laut Timor. Sedangkan Perjanjian Celah Timor membagi pendapatan menjadi tiga zona, yakni Australia, Indonesia, dan Zona Kerja sama yang dibagi rata antara kedua negara.