Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Pertempuran Toba-Fushimi
Walaupun awalnya setuju dengan permintaan istana, Yoshinobu pada 17 Januari 1868 menyatakan "bahwa ia tidak akan terikat oleh proklamasi Restorasi dan mengimbau istana untuk membatalkannya." Pada 24 Januari 1868, setelah termakan provokasi para "ronin" dari Satsuma di Edo, Yoshinobu dari markasnya di Istana Osaka memutuskan untuk menyiapkan serangan ke Kyoto, dengan dalih membersihkan unsur-unsur Domain Satsuma dan Domain Chōshū yang mendominasi istana, sekaligus "membebaskan" Kaisar Meiji yang masih muda dari pengaruh mereka.