Perburuan paus
Sejak penetapan moratorium oleh IWC, terjadi beberapa kasus penangkapan paus ilegal oleh negara-negara anggota IWC. Pada tahun 1994, IWC melaporkan bukti dari pengujian genetik daging dan lemak paus yang dijual di pasar terbuka di Jepang pada tahun 1993. Selain paus minke yang legal secara hukum untuk ditangkap, analisis menunjukkan bahwa sampel jaringan 10-25% berasal dari non minke, paus baleen, yang tidak diizinkan untuk ditangkap berdasarkan peraturan IWC. Penelitian lebih lanjut pada tahun 1995 dan 1996 menunjukkan penurunan jumlah yang signifikan bagi paus baleen non-minke menjadi 2,5%. Dalam sebuah makalah, secara terpisah Baker menyatakan bahwa banyak dari hewan-hewan ini menjadi gambaran bagaimana mereka tertangkap secara tidak sengaja oleh jebakan nelayan. Ia juga menyatakan bahwa pemantauan DNA daging paus diperlukan untuk melacak produk-produk dari paus secara memadai.
Paus sei
Ilmuwan Jepang membunuh kira-kira 50 paus sei tiap tahun untuk tujuan ini. Penelitian dilaksanakan oleh "Institut Penelitian Cetacean" di Tokyo, institusi yang didanai oleh swasta dan tidak mendapat keuntungan. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk memeriksa apa yang dimakan paus sei dan untuk menentukan tingkat kompetisi antara paus dengan industri penangkapan ikan. Dr. Seiji Ohsumi, Direktur Jendral Insitut Penelitian Cetacean mengatakan bahwa "diperkirakan bahwa paus mengonsumsi 3 sampai 5 kali jumlah persediaan laut yang ditangkap untuk konsumsi manusia, sehingga penelitian kami menyediakan informasi berharga yang dibutuhkan untuk memperbaiki manajemen semua sumber laut kita." Ia nantinya menambah bahwa " ... paus sei adalah spesies paus yang paling banyak kedua di Pasifik Utara barat, dengan perkiraan populasi lebih dari 28.000 paus. Jelas tidak terancam."