Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Ii Naomasa
Ii Naomasa meninggal dunia pada usia muda pada tahun 1602, kemungkinan akibat luka yang dideritanya di Pertempuran Sekigahara. Tokugawa Ieyasu sangat menghargai jasa-jasa Naomasa. Kedua putranya, Ii Naotsugu dan Ii Naotaka diangkat sebagai pewaris jabatan Ii Naomasa. Namun, Naotsugu membuat marah Tokugawa setelah menolak untuk mengambil bagian dalam usaha menghancurkan basis klan Toyotomi di Osaka. Meskipun demikian, klan Ii tetap memiliki pengaruh penting dalam politik Jepang semasa zaman Edo.