Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Bungkuisme
Upaya nepotisme Muin Pusadan, Bupati Poso yang berasal dari Bungku dan menjabat pada periode tahun 1999 hingga tahun 2004, dengan menempatkan tokoh-tokoh yang berasal dari Bungku di dalam pemerintahan Kabupaten Poso, menimbulkan berbagai macam reaksi. Hal ini memunculkan sebuah lelucon di Sulawesi Tengah yang mengklaim bahwa kepanjangan PBB bukan lagi Perserikatan Bangsa-Bangsa, melainkan telah berubah menjadi Persatuan Orang Bungku (PBB/Persatuan Bungku-Bungku).