Tempat Pengasingan Boven Digoel
Para tawanan di Digul sebenarnya tidak mengalami penyiksaan fisik. Namun, kondisi alam di Digul terbilang keras. Beberapa hal yang mempersulit kehidupan para tawanan meliputi iklim yang buruk, serangan nyamuk penjangkit malaria, keterasingan dari peradaban manusia, juga diserang demam yang tinggi hingga kencing hitam yang diderita oleh para tawanan ini dan juga rasa rindu kepada keluarga. Selain itu, masih ada ancaman serangan dari suku-suku liar yang menghuni kawasan itu. Maka dari itu, penjara di Boven Digul merupakan penjara alam yang dapat mematikan manusia, ibarat penjara tanpa bilik yang menggambarkan kondisi Boven Digoel pada saat itu yang sepi dan memberikan cekaman kebosanan bagi mereka para tawanan yang dibuang ke daerah ini.
Akibat stres yang berkepanjangan, sejumlah tawanan menderita gangguan jiwa. Bahkan, ada beberapa kasus bunuh diri di antara para tawanan tersebut. Lingkungan yang seperti itu telah memakan korban jiwa. Kondisi di penjara ini juga terbilang sangat mengerikan, karena antar tawanan dengan tawanan sering bertengkar, bermusuhan, hingga saling membunuh, sehingga terlihat seperti hukuman mati dalam jangka panjang. Di luar suku Irian yang masih primitif tersebut itulah yang membuat mereka para suku Irian tidak mempunyai rasa bersahabat dengan para tawanan, dan pada akhirnya para tawanan yang bermaksud untuk lari dari penjara yang dibuat oleh Belanda ini tidak akan berhasil melewati para suku lokal yang tidak bersahabat ini.
Pemindahan ibukota Republik Indonesia
Mengingat seluruh penjuru kota telah diawasi ketat oleh pasukan NICA dan Sekutu, maka dipikirkanlah cara paling aman untuk melakukan proses evakuasi tersebut. Akhirnya dipilihlah transportasi Kereta Api, mengingat jalur-jalur keretalah yang masih dianggap relatif aman. Jalur yang dilalui: Pegangsaan Timur - Manggarai - Jatinegara - Bekasi - Cikampek - Cirebon - Purwokerto - Kroya - Kutoarjo - Yogyakarta.
"Kita akan memindahkan ibu kota besok malam. Tidak ada seorang pun dari saudara boleh membawa harta benda. Aku juga tidak," kata Soekarno seperti ditulis Cindy Adams dalam biografi Bung Karno, Penyambung Lidah Rakyat Indonesia. Maka disusun satu rencana nekat. Pada tanggal 3 Januari 1946 jelang tengah malam, sebuah gerbong kereta yang ditarik dengan lokomotif uap C.2809 buatan Henschel (Jerman) dan dimatikan lampunya berhenti di belakang rumah Soekarno di Jalan Pegangsaan Timur 56 (Menteng) yang terletak di pinggir rel KA antara Stasiun Manggarai dan Gambir. Diharapkan, tentara Sekutu/NICA akan menyangka kereta tersebut hanyalah kereta biasa yang langsir menuju stasiun Manggarai.