Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Waenetat, Waeapo, Buru
Waenetat adalah ibukota wilayah Kecamatan Waeapo, Kabupaten Buru, Provinsi Maluku, Indonesia. Dalam percakapan penduduk setempat, desa ini sering disebut Mako, singkatan dari "Markas Komando". Sebutan tersebut muncul diduga karena Waenetat menjadi pusat pengawasan tahanan politik komunis pada masa Orde Baru.