Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Pelayaran Nasional Indonesia
Dengan modal awal 8 unit kapal, PEPUSKA harus bersaing dengan KPM yang armadanya lebih banyak dan memiliki kontrak-kontrak yang bersifat monopoli. Setelah PEPUSKA dibubarkan pada 28 April 1952, PT Pelni didirikan berdasarkan SK Menteri Perhubungan tanggal 28 Februari 1952 dan 19 April 1952. Presiden direktur Pelni yang pertama bernama Ma'moen Soemadipraja. Pada waktu itu, modal awal Pelni adalah 8 unit kapal yang diwariskan oleh Yayasan PEPUSKA. Kekurangan armada diatasi dengan memesan 45 unit kapal penumpang dari Eropa Barat dengan dana dari Bank Ekspor Impor Indonesia. Hingga kapal-kapal yang dipesan tiba, Pelni mencarter kapal-kapal asing untuk mengisi trayek yang ditinggalkan KPM. Selain itu, Pelni juga menambah jumlah armada dengan kapal-kapal hasil pampasan perang dari Jepang.