Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Pengeboman bus Poso 2004
Motif penyerangan tidak diketahui. Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum dan Keamanan Republik Indonesia, Widodo Adi Sutjipto mendeskripsikan serangan ini sebagai tindakan terorisme, yang didahului oleh banyak serangan lain dalam setahun sebelum serangan yang menyebabkan 25 orang tewas. Pada 19 November 2004, dua tersangka pria ditangkap atas serangan ini setelah pelarian dua orang ini dari lokasi pada saat kejadian. Pada akhirnya, dua orang ini dilepaskan tanpa dijerat hukuman.