Koresh yang Agung
Tahun 540 SM, Koresh merebut Elam (Susiana) dan ibukotanya, Susan. Tawarikh Nabonidus mencatat bahwa sebelum perang itu, Nabonidus memindahkan patung-patung dewa ke dalam ibukota Babilon, sehingga diperkirakan perang dimulai pada musim dingin 540 SM. Harran Stelae H2 - A, dan Tawarikh Nabonidus (tahun ke-17) menunjukkan Nabonidus merayakan tahun baru Akitu pada tanggal 1 Nissanu (4 April 539 SM) di Babilon. Di awal Oktober 539 SM, Koresh mengalahkan tentara Babel dalam Perang Opis, dengan sungai Tigris, di utara Babilon. Tanggal 10 Oktober, kota Sippar jatuh tanpa perlawanan berarti. Tanggal 15 Oktober, Gubaru, panglima Koresh, memasuki ibukota Babilon, tanpa perlawanan berarti dari tentara Babel. Herodotus menjelaskan bahwa tentara Persia menggunakan danau yang dibuat oleh ratu Babel, Nitokris, tadinya untuk melindungi Babilon dari serangan kerajaan Media, untuk membelokkan aliran sungai Efrat ke dalam kanal sehingga tinggi air tinggal selutut. Ini memudahkan tentara Persia untuk masuk kota melalui sungai pada waktu malam. Hal ini tidak berbeda dengan catatan dalam Kitab Daniel, bahwa raja Belsyazar dibunuh oleh tentara Persia pada waktu malam tanpa peperangan besar (). Pada tanggal 29 Oktober, Koresh masuk kota Babilon.
Asyurbanipal
Tampaknya tumbuh perselisihan di antara dua saudara dan pada tahun 652 SM Babilon memberontak. Kali ini Babilon tidak sendirian – ia bersekutu dengan suku Kasdim Asiria, di bagian selatan, raja-raja "Gutium", Amurru, dan Malluha, bahkan termasuk Elam. Menurut suatu catatan Aram di kemudian hari pada "Papirus 63", Shamash-shum-ukin secara resmi menyatakan perang terhadap Asyurbanipal dalam suatu surat yang menyatakan bahwa adiknya itu hanya gubernur di Niniwe dan anak buahnya. Lagi-lagi orang Asyur menunda responnya, kali ini karena tanda-tanda yang kurang menguntungkan. Tidak jelas bagaimana pemberontakan ini mempengaruhui jantung wilayah Asyur, tetapi sejumlah kekacauan di kota-kota menandakan bahwa ada sejumlah problem. Ketika Babel akhirnya diserang, orang Asyur terbukti lebih kuat. Perang saudara mencegah pemberian bantuan militer lebih jauh, dan pada tahun 648 SM Borsippa serta Babilon dikepung. Tanpa bantuan situasi menjadi tanpa harapan. Setelah dua tahun Shamash-shum-ukin binasa dalam istananya yang terbakar sesaat sebelum kota itu menyerah. Kali ini Babilon tidak dihancurkan seperti pada zaman Sanherib, tetapi terjadi pembantaian besar-besaran atas para pemberontak, menurut catatan raja. Asyurbanipal tetap mengizinkan Babel dalam status semi-otonomi, tetapi lebih resmi dari sebelumnya. Raja yang kemudian, Kandalanu tidak meninggalkan inskripsi remis, kemungkinan karena fungsinya hanyalah ritual.