Maluku Utara
Atas dasar itu, pemerintah membentuk Provinsi Maluku Utara (dengan ibukota sementara di Ternate) yang dikukuhkan dengan Undang-Undang Nomor 46 tahun 1999 tentang Pemekaran Provinsi Maluku Utara, Kabupaten Buru dan Kabupaten Maluku Tenggara Barat.
Kota Ambon
Sebagai bagian dari provinsi kepulauan, dalam bagian kelautan Kota Ambon terhubung dengan pulau-pulau lainnya di Maluku melalui jasa layanan kapal feri atau kapal motor lainnya. Kota memiliki tiga buah pelabuhan penyeberangan, yakni Galala, Poka, dan Ambon. Aktivitas ekonomi melalui laut dilayani oleh pelabuhan peti kemas. Kini, pelabuhan peti kemas hanyalah Pelabuhan Ambon yang dikelola oleh PT Pelindo IV. Pada awal 2018, pelabuhan sudah mampu melakukan pengiriman langsung ke luar negeri yang nantinya dapat memangkas biaya angkut sebesar 50%.