Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Pemberontakan Hōgen
Kaisar Go-Shirakawa berhasil menghancurkan pihak oposisi, namun rakyat menjadi terkejut setelah konfik di istana ternyata diselesaikan melalui pertempuran yang menghancurkan kota Kyoto. Setelah ratusan tahun tidak pernah ada pelaksanaan hukuman mati di di Kyoto, rakyat melihat hukuman mati yang dijatuhkan kepada pendukung mantan kaisar yang tertangkap. Kalangan samurai jadi mulai ditakuti kalangan bangsawan hingga rakyat biasa. Dalam buku sejarah zaman Kamakura yang disebut "Gukanshō" dicatat bahwa Pemberontakan Hōgen menandai dimulainya "era kaum samurai" ("Musha no yō"). Pemberontakan Hōgen menjadi sebab tidak langsung Pemberontakan Heiji yang terjadi 3 tahun kemudian .