Zaman Nanboku-cho
Ashikaga Takauji yang berangkat untuk memadamkan Pemberontakan Nakasendai ternyata berubah menjadi pembelot. Takauji mendapat dukungan dari kalangan samurai yang merasa tidak puas terhadap kaisar. Sebagai akibatnya, Kaisar Go-Daigo memerintahkan Nitta Yoshisada dan Kitabatake Akiie untuk membunuh Ashikaga Takauji. Pasukan Nitta ditaklukkan pasukan Ashikaga dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita. Namun, pasukan Ashikaga yang memasuki ibu kota Kyoto berhasil diusir pasukan Kitabatake yang diturunkan dari Provinsi Mutsu. Ashikaga Takauji dan pasukannya dipaksa mundur sampai ke Kyushu.
Shinichi Kudo
Obat ini, dikenal sebagai APTX (Apotoxin) 4869, sangat ampuh dan dirancang untuk membunuh orang tanpa meninggalkan bekas keberadaan korban setelah mati. Namun, Shinichi tidak mati, yang terjadi adalah efek samping dari obat itu. Perlahan-lahan dan dengan rasa sakit, tubuhnya mengecil, mengembalikan tubuhnya seperti saat ia berusia 6 atau 7 tahun. Dengan putus asa dan bingung, Shinichi pulang ke rumahnya dan berlari ke rumah tetangganya, sekaligus teman dekat keluarganya profesor Agasa. Profesor Agasa orang yang baik, tetapi ia adalah seorang ilmuwan yang aneh, dan walaupun ia telah pensiun, dia tetap sering menciptakan alat baru yang nantinya akan membantu Shinichi menyesuaikan diri hidup sebagai anak-anak kembali ketika menyelesaikan kasus.