Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Obito Uchiha
Mantan Chunin dari Konohagakure yang diyakini telah meninggal selama Perang Dunia Shinobi Ketiga setelah sisi kanan tubuhnya tertimpa batu besar, tetapi selamat dengan bantuan Madara Uchiha. Bingung dengan kematian gadis yang dicintainya selama masa remajanya, ia kemudian menjadi seorang penjahat dan berdedikasi usahanya menjadi menuju rencana untuk mengakhiri konflik dunia, pada waktu menggunakan alias dari Tobi (トビ, Tobi), atau Madara Uchiha "(yang ia telah mewarisi ambisinya)." Selama bertahun-tahun, Obito memanipulasi Akatsuki dari bayang-bayang untuk memenuhi ambisinya sebelum akhirnya membocorkan rencananya, dan mendeklarasikan Perang Dunia Shinobi Keempat. Meskipun demikian, mantan diri Obito yang tinggal di jauh di dalam dirinya sepanjang waktu, dan itu sampai bertarung dengan Naruto Uzumaki bahwa Obito akhirnya ingat siapa dia. Dalam rangka untuk memenuhi janji yang dibuat untuk Rin dan menebus dosa-dosa masa lalunya, Obito menjadi sekutu singkat Tim Kakashi dan memberikan kontribusi yang besar dalam memerangi Madara dan kemudian Kaguya Ōtsutsuki, akhirnya mengorbankan hidupnya sendiri untuk melindungi rekan baru yang ia temukan dan membuka jalan bagi Naruto untuk menjadi Hokage, sesuatu yang pernah ia mimpikan.