Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Pertempuran Hokuetsu
Perang Boshin dimulai pada 1868 antara para pasukan yang menginginkan restorasi otoritas politik untuk Kaisar dan pemerintahan keshogunan Tokugawa. Pemerintahan Meiji yang baru mengalahkan para pasukan Shōgun Tokugawa Yoshinobu (kebanyakan dari domain barar Satsuma dan Chōshū) pada Pertempuran Toba-Fushimi, dan setelah itu dibagi dalam tiga tentara yang ditempatkan pada ibukota Shogun Edo. Tentara kekaisaran berpawai di pesisir Laut Japan yang dikomandani oleh Yamagata Aritomo dan Kuroda Kiyotaka.