Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Kereta api Prambanan Ekspres
Namun karena rangkaian KRD ini dianggap uzur (buatan tahun 1980-an), KA Prameks sering mengalami kerusakan yang mengakibatkan keterlambatan. Akhirnya Ditjen KA Dephub bersama manajemen PT KA menambah satu set armada Prameks berupa KRDE (Kereta Rel Diesel Elektrik) prototipe pertama dari PT Inka Madiun pada 1 Maret 2006. Rangkaian ini adalah yang pertama kali dioperasikan di Indonesia. KRDE ini merupakan modifikasi dari KRL buatan BN-Holec Belgien-Nederlands-Bombardier, Holland Electric Ridderkerk, dan PT Inka (Belgia/Belanda/Indonesia), yang dimodifikasi oleh PT Inka dengan mengganti mesin listrik menjadi mesin diesel.