Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Minamoto no Yoritomo
Yoritomo diasingkan ke Izu setelah ayahnya tewas dan klan Minamoto tersingkir akibat Pemberontakan Heiji. Atas perintah resmi Pangeran Mochihito, Yoritomo bertempur untuk menyingkirkan klan Taira. Setelah menguasai wilayah Kanto, Yoritomo mendirikan markas besar di Kamakura. Yoshitomo menghabisi Minamoto no Yoshinaka (adik sepupu) dan menghancurkan klan Taira dengan bantuan adik-adiknya. Minamoto no Yoshitsune, adik lain ibu yang membantunya dalam peperangan dikucilkan dan dibunuh. Klan Ōshū Fujiwara dihancurkan dalam Perang Ōshū, dan Yoritomo diangkat sebagai Sei-i Taishōgun pada tahun 1192. Pemerintahan militer yang dirintisnya disebut Keshogunan Kamakura dan bertahan sekitar 680 tahun hingga Restorasi Meiji.