Kerusuhan Poso
Pertanyaan tentang jumlah korban sangat sensitif dan berunsur politis. Hal ini didorong oleh rasa keberatan yang dibuat lebih kuat oleh laporan berita yang tidak lengkap atau kabar miring tentang serangan dan desas-desus terbaru tentang pembantaian yang akan terjadi. Kurangnya pelaporan yang jelas oleh media atau investigasi oleh pemerintah, ditambah dengan medan yang luas dan durasi konflik yang panjang, menyulitkan untuk menentukan jumlah korban yang sebenarnya. Meski demikian, Human Rights Watch mencatat bahwa kedua belah pihak telah menderita banyak korban dalam kerusuhan ini. Meski ada beberapa perkiraan yang mencapai sekitar 2.000 korban jiwa, sebagian besar memperkirakan antara 500 hingga 1.000 korban. Versi pemerintah, yang dikeluarkan pada tanggal 5 Desember 2001 —tepat sebelum penandatanganan Deklarasi Malino— dirinci menjadi 577 korban tewas, 384 terluka, 7.932 rumah hancur, serta 510 fasilitas umum terbakar atau rusak. Sebuah kelompok Muslim, Tim Evakuasi Pencari Fakta Korban Muslim Kerusuhan Poso ("Victims of the Poso Conflict Evacuation and Fact Finding Team"), mengklaim bahwa antara bulan Mei 2000 hingga Desember 2001, 840 mayat Muslim ditemukan, kebanyakan ditemukan di Sungai Poso dan hutan-hutan di tepi kota. Jumlah yang tidak diketahui juga dikatakan hilang. Kebanyakan korban jiwa diperkirakan sampai pada kerusuhan ketiga, pada bulan Mei dan Juni 2000.
Kerusuhan Poso
Pada malam Natal tanggal 24 Desember 1998, yang secara kebetulan bertepatan dengan bulan Ramadan, seorang pemuda yang berasal dari kelurahan mayoritas Protestan di Lombogia bernama Roy Runtu Bisalemba menikam Ahmad Ridwan, seorang pemuda Muslim dari kelurahan Kayamanya. Informasi yang beredar di pihak Kristen menyebutkan bahwa Ridwan melarikan diri ke masjid setelah ditikam. Sedangkan versi Muslim menggambarkannya sebagai serangan terhadap seorang pemuda Muslim yang tertidur di halaman masjid, dan dalam beberapa versi menyebutkan bahwa korban sedang shalat atau bahkan menjadi imam. Para tokoh dan pemuka agama dari kedua belah pihak kemudian bertemu, dan menyepakati bahwa alkohol-lah yang merupakan sumber masalah dan setuju untuk melarangnya selama bulan Ramadan. Polres Poso berikutnya mulai menyita ribuan minuman keras untuk kemudian dihancurkan. Dalam sebuah kesempatan, saat para pemuda Kristen berusaha melindungi sebuah toko miras milik orang Tionghoa Kristen, mereka bertemu dengan para pemuda Muslim yang awalnya berniat untuk menyegel toko tersebut, dan bentrokan antar kelompok pun tidak dapat dihindari. Rumor beserta kabar burung yang beredar di pihak Kristen pada umumnya menyatakan bahwa ada sebuah gereja yang dibakar. Pada tanggal 27 Desember, sekelompok orang Kristen bersenjata yang menaiki truk dari Tentena tiba, dipimpin oleh seorang anggota DPRD Poso, Herman Parimo. Parimo diketahui merupakan anggota dari Gerakan Pemuda Sulawesi Tengah (GPST), bekas milisi pro-pemerintah yang bertempur melawan Permesta dan DI/TII pada periode tahun 1950-an hingga 1960-an di Poso. Di sisi lain, sedikitnya sembilan truk Muslim tiba dari ibu kota Palu, Parigi, dan Ampana. Laporan dari seorang narasumber Muslim memperkirakan bahwa 1000 orang Muslim tiba dengan menggunakan 27 truk, mobil pikap, dan kapal motor. Bentrokan meningkat, dan polisi tidak mampu berbuat banyak, meskipun mereka mengaku telah menutup jalur-jalur yang menuju ke Poso. Setelah seminggu, bentrokan kembali meruncing di tengah hujan deras, dan mereka yang kehilangan tempat tinggal memilih mengungsi di Tentena, Parigi, dan Ampana.