Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Obito Uchiha
Mantan Chunin dari Konohagakure yang diyakini telah meninggal selama Perang Dunia Shinobi Ketiga setelah sisi kanan tubuhnya tertimpa batu besar, tetapi selamat dengan bantuan Madara Uchiha. Bingung dengan kematian gadis yang dicintainya selama masa remajanya, ia kemudian menjadi seorang penjahat dan berdedikasi usahanya menjadi menuju rencana untuk mengakhiri konflik dunia, pada waktu menggunakan alias dari Tobi (トビ, Tobi), atau Madara Uchiha "(yang ia telah mewarisi ambisinya)." Selama bertahun-tahun, Obito memanipulasi Akatsuki dari bayang-bayang untuk memenuhi ambisinya sebelum akhirnya membocorkan rencananya, dan mendeklarasikan Perang Dunia Shinobi Keempat. Meskipun demikian, mantan diri Obito yang tinggal di jauh di dalam dirinya sepanjang waktu, dan itu sampai bertarung dengan Naruto Uzumaki bahwa Obito akhirnya ingat siapa dia. Dalam rangka untuk memenuhi janji yang dibuat untuk Rin dan menebus dosa-dosa masa lalunya, Obito menjadi sekutu singkat Tim Kakashi dan memberikan kontribusi yang besar dalam memerangi Madara dan kemudian Kaguya Ōtsutsuki, akhirnya mengorbankan hidupnya sendiri untuk melindungi rekan baru yang ia temukan dan membuka jalan bagi Naruto untuk menjadi Hokage, sesuatu yang pernah ia mimpikan.