Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Gerakan Pemuda Sulawesi Tengah
Penduduk beragama Kristen di wilayah Danau Poso pada awalnya senang dengan kehadiran pasukan Kristen Permesta yang mengusir tentara Darul Islam dari wilayah Poso. Keadaan ini tidak berlangsung lama, saat pasukan Permesta mulai bertindak sewenang-wenang terhadap penduduk lokal, sekelompok milisi dari dataran tinggi yang disebut Gerakan Pemuda Sulawesi Tengah (GPST) dibentuk untuk melawan mereka.