Ashikaga Takauji
Kekalahan pihak Ashikaga (antara lain pasukan Tadayoshi dan Kō no Moronao) dalam berbagai pertempuran, termasuk di Provinsi Mikawa) akhirnya membuat Takauji menyatakan perang terhadap pemerintahan Kaisar Go-Daigo. Pasukan Nitta Yoshisada ditaklukkannya dalam Pertempuran Hakone-Takenoshita, dan pasukan Ashikaga maju menuju Kyoto. Izin untuk memasuki Kyoto diberikan kepada Takauji oleh mantan Kaisar Kōgon dari garis keturunan Jimyō-in. Kyoto akhirnya jatuh ke tangan pasukan Ashikaga Takauji pada tahun baru Kemmu tahun 3, dan Kaisar Go-Daigo melarikan diri ke Gunung Hiei. Tidak lama kemudian, kedudukan Takauji di Kyoto diserang pasukan gabungan Kitabatake Akiie, Kusunoki Masashige, dan Nitta Yoshisada. Atas saran Akamatsu Enshin, Takauji mengundurkan diri dari Kyoto menuju Kyushu.
Ashikaga Yoshimasa
Sewaktu kebakaran melanda kota Kyoto pada tahun 1475, rumah kediaman shogun (Hana no Gosho) ikut musnah terbakar. Shogun Ashikaga Yoshihisa bersama ibunya (Tomiko) mengungsi ke tempat kediaman Yoshimasa di "Ogawa-tei". Yoshimasa melarikan diri ke kawasan Higashiyama, Kyoto karena tidak ingin hidup seatap lagi dengan istrinya. Setelah Perang Ōnin berakhir pada tahun 1477, Yoshihisa bermusuhan dengan ibunya akibat perbedaan pendapat. Sementara itu, Yoshimasa mengucilkan diri, dan semakin giat di bidang kesenian dan budaya. Keshogunan terbagi dua, sebagian menjadi pendukung Muromachi-dono (Tuan Muromachi atau shogun Yoshihisa) sedangkan sebagian menjadi pendukung Higashiyama-dono (Ashikaga Yoshimasa).