Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Saudara Inka
Perang Saudara Inka, juga dikenal dengan sebutan Perang Dinasti Inka, Perang Penerus Inka, atau Perang Dua Saudara, adalah perang yang berlangsung antara dua anak laki-laki Huayna Capac yang bernama Huáscar dan Atahualpa. Mereka saling memperebutkan tahta Kerajaan Inka. Perang ini dipicu oleh kematian mendadak Huayna Capac dan anak laki-laki sulungnya yang menjadi penerus, Ninan Cuyochi, pada tahun 1527 (kemungkinan besar disebabkan oleh penyakit variola yang dibawah oleh bangsa Eropa ke Amerika), walaupun perang ini baru dimulai pada tahun 1529. Huáscar merasa bahwa ia adalah penerus sah Kerajaan Inka, sementara Atahualpa didukung oleh pasukan utama Inka yang baru saja menaklukkan wilayah Ekuador di utara. Pada akhirnya, Atahualpa terbukti lebih unggul dalam peperangan dan berhasil memenangkan perang pada tahun 1532. Namun, masa kekuasaan Atahualpa sebagai kaisar hanya berlangsung singkat karena pada akhirnya ia ditangkap oleh 180 conquistador Spanyol dalam Pertempuran Cajamarca pada tahun 1532. Perang ini juga melemahkan Kerajaan Inka, sehingga mempermudah proses penaklukan oleh Spanyol.