Sejarah Nusantara pada era kerajaan Hindu-Buddha
Indonesia mulai berkembang pada zaman kerajaan Hindu-Buddha berkat hubungan dagang dengan negara-negara tetangga maupun yang lebih jauh seperti India, Tiongkok, dan wilayah Timur Tengah. Agama Hindu masuk ke Indonesia diperkirakan pada awal tarikh Masehi, dibawa oleh para musafir dari India antara lain: Maha Resi Agastya, yang di Jawa terkenal dengan sebutan Batara Guru atau Dwipayana dan juga para musafir dari Tiongkok yakni musafir Budha Pahyien.
Candi Prambanan
Replika harta karun emas temuan Wonoboyo yang terkenal itu, berupa mangkuk berukir Ramayana, gayung, tas, uang, dan perhiasan emas, juga dipamekan di museum ini. Temuan Wonoboyo yang asli kini disimpan di Museum Nasional Indonesia di Jakarta. Replika model arsitektur beberapa candi seperti Prambanan, Borobudur, dan Plaosan juga dipamerkan di museum ini. Museum ini dapat dimasuki secara gratis oleh pengunjung taman purbakala Prambanan karena tiket masuk taman wisata sudah termasuk museum ini. Pertunjukan audio visual mengenai candi Prambanan juga ditampilkan disini.