Reformasi Protestan
Reformasi Protestan adalah suatu skisma dari Gereja Katolik yang diprakarsai oleh Martin Luther dan dilanjutkan oleh Yohanes Calvin, Ulrich Zwingli, serta para Reformis Protestan awal lainnya di Eropa pada abad ke-16. Gerakan ini umumnya dianggap telah dimulai dengan publikasi "95 Tesis" oleh Luther pada 1517, dan berlangsung sampai berakhirnya Perang Tiga Puluh Tahun melalui Perdamaian Westfalen pada 1648.
Reformasi Protestan di Swiss
Sementara Gereja resmi tetap pasif selama awal Reformasi, Provinsi-provinsi Katolik Swiss mengambil langkah-langkah awal dalam mempertahankan gerakan baru. Mereka mengambil kekuasaan hukum dan keuangan atas para klerus, menetapkan aturan-aturan perilaku yang tegas bagi para imam, melarang pergundikan, dan mereservasi hak menominasikan para imam dalam tempat pertama, yang sebelumnya ditugaskan oleh keuskupan. Mereka juga melarang pencetakan, pendistribusian, dan kepemilikan traktat-traktat reformis; dan melarang kajian Ibrani, serta Yunani (dalam mengakhiri penelitian independen atas sumber-sumber Alkitab). Secara keseluruhan, langkah-langkah ini berhasil, yang tidak hanya mencegah penyebaran Reformasi ke wilayah Katolik, tetapi juga membuat Gereja bergantung pada negara dan secara umum memperkuat kekuatan otoritas sipil.
Provinsi-provinsi Katolik yang mempertahankan dominasi terhadap Gereja Katolik, setelah Konsili Trente (1545 - 1563), meskipun mereka telah menerima posisi tersebut. Mereka menentang rencana Carolus Borromeus dalam pembentukan keuskupan baru di Swiss tengah. Namun, mereka ikut serta dalam program pendidikan Trente. Pada tahun 1574, sekolah Yesuit pertama didirikan di Lucerne. Pada tahun 1579, sebuah universitas Katolik "Collegio helvetico" bagi para imam Swiss, didirikan di Milan. Kemudian pada tahun 1586, sebuah duta paus dibuka di Lucerne. Capuchin juga terpanggil; sebuah biara kapusin didirikan pada tahun 1581 di Altdorf.