Tempat Pengasingan Boven Digoel
Pada saat Jepang meduduki Indonesia dan juga pecahnya Perang Pasifik, para tawanan Boven Digoel dipindahkan atau dialihkan oleh Belanda ke Australia. Pemindahan itu dikarenakan pihak Belanda kekhawatiran tahanan akan memberontak jika tetap berada di Boven Digul. Bagian dari kamp itu tidak dibebaskan lebih awal dari pertengahan 1943, akan tetapi ketika dalam menghadapi pendudukan Jepang, pada akhirnya Belanda menutup kamp Digoel tersebut dan mengirim seluruh penduduk ataupun tawanan Boven Digoel ke Australia. Belanda berharap orang-orang Indonesia yang menjadi tawanannya dan kemudian dibawa ke Australia akan membantu Belanda. Akan tetapi keadaan malah berbalik, tahanan politik itu dapat mempengaruhi serikat buruh Australia untuk memboikot kapal-kapal Belanda yang mendarat di Benua Kanguru. Akhirnya setelah Sekutu berhasil memperoleh kemenangan dari pemerintahan kolonial Belanda di Hindia Belanda, tawanan itu dikembalikan ke tempat asalnya di Indonesia. Pada akhirnya sekutu menduduki Indonesia. Sehingga beralih tangan, dari tangan Belanda ke tangan Jepang. Indonesia masih berada dalam kekuasaan negara lain. Hingga akhirnya Indonesia merdeka tahun 1945.
Museum Fatahillah
Balai kota Batavia juga mempunyai ruang tahanan yang pada masa VOC dijadikan penjara utama di kota Batavia. Sebuah bangunan bertingkat satu pernah berdiri di belakang balai kota sebagai penjara. Penjara tersebut dikhususkan kepada para tahanan yang mampu membiayai kamar tahanan mereka sendiri. Namun berbeda dengan penjara yang berada di bawah gedung utama. Hampir tidak ada ventilasi dan minimnya cahaya penerangan hingga akhirnya banyak tahanan yang meninggal sebelum diadili di Dewan Pengadilan. Sebagian besar dari mereka meninggal karena menderita kolera, tifus dan kekurangan oksigen. Penjara di balai kota pun ditutup pada tahun 1846 dan dipindahkan ke sebelah timur Molenvliet Oost. Beberapa tahanan yang pernah menempati penjara balai kota adalah bekas Gubernur Jenderal Belanda di Sri Lanka Petrus Vuyst, Untung Suropati dan Pangeran Diponegoro.