Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
PTMN Cepu
Sampai akhir 1966 kegiatan pemurnian dan pengolahan sebagai rangkaian usaha pertambangan minyak dan gas bumi, dilaksanakan oleh PT Shell yang mengoperasikan kilang-kilang Plaju, Wonokromo, dan Balikpapan. Sedangkan Cepu dioperasikan PT Shell sampai tahun 1962 yang kemudian dibeli Pemerintah dan dioperasikan PN Permigan.
Kemudian, semenjak PTMN dinonaktifan 25 Agustus 1949 dan berlaku surut 19 Desember 1948, Cepu Barat dikuasai Komando Daerah Militer Blora sampai dengan 1951 dan lalu dikuasai oleh PTMRI. Sedangkan PTMN Cepu dinonaktifkan, 25 Agustus 1949. Tapi kemudian Cepu dimanfaatkan sebagai pusat pendidikan. Di sini dibuka Akademi Minyak dan Gas Bumi (Akamigas).
Tahun 1962 PN Permigan membangun pabrik lilin (wax plant) di Cepu karena sejak pengoperasian kilang ini oleh PN Permigan, residu yang banyak mengandung lilin tidak dapat lagi dikirim ke kilang Balikpapan untuk diolah. Pembangunan pabrik lilin ini dapat diselesaikan pada 1964. Kemudian fasilitas pemasaran bekas PN Permigan diserahkan kepada PN Pertamin, dan fasilitas produksi kepada PN Permina. Di masa pembangunan, perusahaan-perusahaan minyak yang ada menjadi sumber income negara, menghasilkan devisa. Selain juga menjaga security of supply BBM.