Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Kaisar terkloister
Kaisar Go-Hanazono melakukan abdikasi pada 1464 (tahun ke-5 "Kanshō"), namun tak lama setelahnya, Perang "Ōnin" ("Ōnin-no-ran") pecah, dan tak ada abdikasi pada masa selanjutnya sampai 1586 (tahun ke-5 "Tensho"), saat Kaisar Ōgimachi melakukan abdikasi dan cucunya Kaisar Go-Yōzei naik tahta. Hal ini karena ganggung kenegaraan di negara tersebut; dan pada kenyataannya, terdapat sebuah rumah bagi seorang eks-kaisar serta uang untuk mendukungnya ataiu pemerintahan terkloister.