Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Perbatasan Indonesia–Timor Leste
Pada tahun 1975 terjadi Integrasi wilayah Timor Portugis dengan wilayah Republik Indonesia. Integerasi diawali dengan Petisi/Deklarasi Balibo yang memproklamasikan atas nama rakyat Timor Timur:
"Timor Portugis bebas dari Penjajahan dan bergabung dengan bangsa Indonesia dan secara resmi wilayah Timor Timur bersatu ke dalam Negara Kesatuan Republik Indonesia."