Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Minahasa
Kemungkinan adanya intervensi luar negeri mendorong pemerintah pusat meminta bantuan militer dari Sulawesi selatan. Pasukan Permesta kemudian dikeluarkan dari Sulawesi Tengah, Gorontalo, Sangir, dan Morotai di Maluku. Pesawat-pesawat Permesta (disuplai oleh AS dan diterbangkan oleh Pilot Filipina, Taiwan, dan Amerika) dihancurkan. AS kemudian berpindah pihak, dan pada Juni 1958 tentara pemerintah pusat mendarat di Minahasa. Pemberontakan Permesta berakhir pada pertengahan 1961.