Perburuan paus
Sejak penetapan moratorium oleh IWC, terjadi beberapa kasus penangkapan paus ilegal oleh negara-negara anggota IWC. Pada tahun 1994, IWC melaporkan bukti dari pengujian genetik daging dan lemak paus yang dijual di pasar terbuka di Jepang pada tahun 1993. Selain paus minke yang legal secara hukum untuk ditangkap, analisis menunjukkan bahwa sampel jaringan 10-25% berasal dari non minke, paus baleen, yang tidak diizinkan untuk ditangkap berdasarkan peraturan IWC. Penelitian lebih lanjut pada tahun 1995 dan 1996 menunjukkan penurunan jumlah yang signifikan bagi paus baleen non-minke menjadi 2,5%. Dalam sebuah makalah, secara terpisah Baker menyatakan bahwa banyak dari hewan-hewan ini menjadi gambaran bagaimana mereka tertangkap secara tidak sengaja oleh jebakan nelayan. Ia juga menyatakan bahwa pemantauan DNA daging paus diperlukan untuk melacak produk-produk dari paus secara memadai.
Hiu paus
Terlepas dari ukurannya yang meraksasa, hiu paus diketahui tidak berbahaya bagi manusia. Meski bertubuh besar, geger lintang adalah hewan laut yang jinak dan kadang-kadang membiarkan para penyelam menungganginya, walaupun tindakan ini tidak dibenarkan oleh para peneliti hiu dan konservasionis. Geger lintang muda sebenarnya cukup lembut dan dapat diajak bermain-main oleh para penyelam. Berenang dengan lamban, ikan ini acap dijumpai penyelam di banyak lokasi penyelaman di wilayah tropis, termasuk di Thailand, Maladewa, Filipina, Taiwan, Indonesia, Pulau Christmas, Sri Lanka dan lain-lain.
Populasi geger lintang terancam oleh aktivitas penangkapannya (dengan menggunakan harpun), atau secara tak sengaja terbawa dalam jaring ikan. Nelayan di berbagai tempat (India, Pakistan, Maladewa, Taiwan, dan Filipina) menangkap dan memperdagangkan ikan ini untuk dagingnya, minyak liver, serta siripnya yang berharga mahal. Di Indonesia, hampir setiap tahun diberitakan adanya hiu tutul yang terdampar di pantai atau terjerat jaring nelayan. Catatan ini setidaknya ada mulai tahun 1980, ketika seekor geger lintang terdampar di pantai Ancol, hingga baru-baru ini, tatkala dua ekor ikan serupa tersesat dan mati di pantai selatan Yogyakarta di bulan Agustus 2012. Akan tetapi, kejadian terbanyak adalah di sekitar Selat Madura, di mana tingginya lalu lintas kapal dan keruwetan jaring nelayan mungkin menyumbang pada kematian geger lintang di setiap tahunnya.