Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Perang Boshin
Pihak kekaisaran tidak jadi mengusir orang asing dari Jepang, melainan beralih ke modernisasi negeri dan melakukan negosiasi ulang perjanjian tidak adil dengan kekuatan asing. Perubahan kebijakan terhadap orang asing terjadi pada awal Perang Boshin. Pada 8 April 1868, papan-papan pengumuman baru dipasang di Kyoto (dan kemudian di seluruh negeri) yang secara khusus melarang kekerasan terhadap orang asing. Semasa Perang Boshin, Kaisar Meiji secara pribadi menerima delegasi dari Europa, pertama di Kyoto, dan kemudian di Osaka dan Tokyo. Kaisar Meiji juga secara tidak diduga-duga di Tokyo menerima kunjungan Alfred, Duke dari Edinburgh.
Pada zaman Meiji, selain dengan Perancis, hubungan luar negeri Jepang dengan negara-negara asing mulai membaik. Misi militer kedua Perancis diundang ke Jepang pada tahun 1873, dan misi militer ketiga pada tahun 1884. Hubungan tingkat tinggi dengan Perancis pulih pada tahun 1886 ditandai dengan ikut sertanya insinyur angkatan laut Louis-Émile Bertin dalam membangun armada Angkatan Laut Kekaisaran Jepang.
Setelah bertahta, Kaisar Meiji mengeluarkan Sumpah Tertulis Lima Pasal yang isinya berupa seruan pembentukan dewan musyawarah, kesempatan untuk berusaha bagi rakyat, penghapusan semua kebijakan lama yang buruk, dan mencari ilmu hingga ke ujung dunia untuk memperkuat kekuasaan kaisar. Pembaruan selama reformasi Meiji berpuncak dengan dikeluarkannya Konstitusi Meiji pada tahun 1889. Walaupun sudah diberi kemudahan oleh istana, sebagian dari mantan samurai menganggap reformasi Meiji hanya merugikan kepentingan mereka, termasuk akibat dibentuknya tentara dari prajurit orang biasa, kehilangan prestise yang sudah turun-temurun, dan penghasilan. Ketidakpuasan mantan samurai berpuncak pada Pemberontakan Saga 1874 dan pemberontakan Chōshū tahun 1876. Mantan samurai Satsuma di bawah pimpinan Saigō Takamori memulai Pemberontakan Satsuma pada tahun 1877. Sebelumnya Saigō mundur dari pemerintahan akibat perbedaan pendapat. Pemberontakan Satsuma menuntut dikembalikannya kelas samurai dan pemerintahan yang lebih bermoral. Slogan mereka, . Pemberontakan Satsuma berakhir dengan kekalahan total pihak pemberontak dalam Pertempuran Shiroyama.