Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Alex Kawilarang
Karena adanya ketidakpuasan terhadap pemerintah pusat karena (di antaranya) kurangnya otonomi daerah, maka pada tanggal 2 Maret 1957, Ventje Sumual mendeklarasikan Piagam Perjuangan Semesta dan gerakan Permesta. Pusat gerakan tersebut adalah di Manado dan Minahasa di Sulawesi Utara. Gerakan ini bersatu dengan gerakan terpisah di Sumatera yang disebut Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI). Kawilarang memantau situasi dari Washington dan kemudian menyimpulkan bahwa pemerintah pusat di Jawa yang menjadi penyebab krisis regional tersebut. Pada bulan Maret 1958, ia memberi tahu Duta Besar Indonesia untuk AS, Murkoto, bahwa ia akan berangkat ke Sulawesi Utara. Ia meninggalkan jabatannya pada 22 Maret 1958. Sekembalinya ke tanah air, ia menjabat sebagai Panglima Besar/Tertinggi Angkatan Perang Revolusi PRRI (1958) dan Kepala Staf Angkatan Perang APREV (Angkatan Perang Revolusi) PRRI, dengan pangkat mayor jenderal dari Februari 1959 hingga Februari 1960. Ada juga sumber lain yang mengatakan bahwa Kawilarang belum sepenuhnya menerima sisi PRRI karena menurutnya PRRI sejalan dengan ekstrimis agama. Kawilarang adalah satu-satunya perwira yang tidak segera diberhentikan oleh pemerintah pusat secara tidak hormat atas partisipasi mereka dalam Permesta dan PRRI. Karena keraguannya terhadap PRRI, pemerintah pusat masih berharap bahwa dia akan berubah pikiran. Namun ia tetap mendukung Permesta dan menjadi Panglima angkatan bersenjata Permesta.