Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Kadipaten Dayeuhluhur
Wilayah Kadipaten Dayeuhluhur yang berpusat di Istana Salangkuning pada masa jayanya jauh lebih luas dari Kecamatan Dayeuhluhur sekarang, meliputi wilayah Majenang di Candi Kuning Gunung Padang, Salebu yang di perintah oleh Pangeran Ki Hadeg Ciluhur dan Sidareja di daerah Candi Laras, Kunci yang diperintah oleh Ki Hadeg Cisagu kedua pangeran tersebut adalah Putra Mahkota dari Gagak Ngampar.
Setelah ditaklukan Mataram, Kerajaan Dayeuhluhur setatusnya diturunkan menjadi Kadipaten Dayeuhluhur,dengan adipati keturunan dari bangsawan Mataram.
Kadipaten Dayeuhluhur dibubarkan oleh pemerintah Hindia Belanda tahun 1831 karena keterlibatan adipati terakhir Tumenggung Prawiranegara dalam Perang Jawa mendukung Pangeran Diponegoro. Akibatnya adalah Tumenggung Prawiranegara dibuang dan Kadipaten Dayeuhluhur diturunkan lagi statusnya jadi Afdeling Dayeuhluhur.