Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Pertempuran Toba-Fushimi
Meskipun Pertempuran Toba-Fushimi berskala kecil, akibatnya begitu besar. Prestise dan moral pasukan Keshogunan Tokugawa telah sangat melemah, dan banyak daimyo yang sebelumnya bertahan untuk netral telah menyatakan berada di pihak kaisar, dan menawarkan dukungan militer untuk membuktikan loyalitas mereka. Usaha gagal Tokugawa Yoshinobu untuk merebut kembali kendali pemerintahan justru membungkam unsur-unsur di dalam pemerintah baru kekaisaran yang sebelumnya memilih pemecahan masalah secara damai.