Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Godert Alexander Gerard Philip baron van der Capellen
Untuk memperbaiki situasi ekonomi, Van der Capellen berusaha memajukan ekonomi warga yang sebagian besar adalah petani. Ia menghentikan pembayaran sewa tanah di daerah Negara Agung Mataram, untuk membantu petani. Namun tindakannya ini menimbulkan protes dari kalangan ningrat pemilik tanah dan menjadi perlawanan. Pecahlah perang yang dipimpin oleh seorang pangeran Kesultanan Yogyakarta, Pangeran Diponegoro, yang dikenal sebagai Perang Diponegoro antara tahun 1825 – 1830. Di Maluku, ia mengurangi sebagian monopoli perdagangan rempah-rempah untuk meredam ketidakadilan dan perlawanan rakyat.