Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Timor Raya
Timor Timur di integrasikan ke Indonesia pada tahun 1975, lalu menjadi provinsi ke-27 pada tahun 1976. Namun, pada referendum tahun 1999, rakyat Timor Timur memilih merdeka. Pada tahun 2001 dan 2002, sebelum kemerdekaan Timor Timur, muncul klaim oleh militer Indonesiadan beberapa komentator bahwa hal ini akan menimbulkan keinginan Timor Barat untuk lepas dari Indonesia. Namun, tidak ada bukti nyata bahwa orang Timor Barat, terutama suku Atoni yang merupakan musuh orang Timor Timur, untuk bergabung dengan Timor Timur. Selain itu, Timor Timur tidak pernah mengklaim Timor Barat, sebelum maupun sesudah invasi Indonesia.