Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Taira no Kiyomori
Pemerintahan otoriter klan Taira mendapat perlawanan dari keluarga kekaisaran, kalangan bangsawan, dan samurai. Minamoto no Yorimasa yang didukung Pangeran Mochihito (putra kedua mantan Kaisar Goshirakawa) memimpin pemberontakan pada tahun 1180. Kiyomori bertindak dengan mengangkat Taira no Tomomori (putra keempatnya) sebagai panglima untuk memadamkan pemberontakan. Pemberontakan berakhir dengan tewasnya Yorimasa dan Pangeran Mochihito. Selanjutnya, Kiyomori menunjuk putra kelima yang bernama Taira no Shigehira sebagai pimpinan pasukan untuk menghancurkan kuil Onjō-ji di kaki Gunung Hiei karena dianggap bersalah telah bekerja sama dengan Pangeran Mochihito.