Ikatan kimia
Ikatan hidrogen bisa dikatakan sebagai dipol permanen yang sangat kuat seperti yang dijelaskan di atas. Namun, pada ikatan hidrogen, proton hidrogen berada sangat dekat dengan atom penderma elektron dan mirip dengan ikatan tiga-pusat dua-elektron seperti pada diborana. Ikatan hidrogen menjelaskan titik didih zat cair yang relatif tinggi seperti air, ammonia, dan hidrogen fluorida jika dibandingkan dengan senyawa-senyawa yang lebih berat lainnya pada kolom tabel periodik yang sama.
Hidrogen
Bentuk molekuler yang disebut molekul hidrogen terprotonasi (H) ditemukan dalam media antarbintang. Ini terbentuk melalui ionisasi hidrogen molekuler dari sinar kosmik. Ion bermuatan ini juga telah diamati dalam atmosfer atas planet Jupiter. Ion ini relatif stabil di lingkungan angkasa luar karena rendahnya temperatur dan kerapatan. H adalah ion paling melimpah di jagat raya, dan memainkan peran penting dalam kimia media antarbintang. Hidrogen triatomik netral H hanya ada dalam bentuk tereksitasi dan tidak stabil. Sebaliknya, ion positif hidrogen molekular (H) adalah molekul yang jarang ditemukan di jagat raya.