Kerajaan Amanatun
Pada tahun 1785 Opperhoof Tuan Willem Adrian Van Este mengirim surat kepada Raja Tubani untuk segera mengembalikan tanah yang sudah diduduki di wilayah Amanatun. Data VOC 3701 hal 500 pada tahun 1785 ini menceriterakan bahwa ketika resident ( Opperhoof) Timor W.A.Van Este di Fort Concordia Kupang menulis bahwa Raja Amanuban yang anti VOC yakni Raja Tubani menyerang kerajaan Amanatun yang ada hubungan dengan VOC dan ia berhasil menduduki sebagian wilayah Amanatun. Di zaman itu ada dua kekuatan di kerajaan Amanuban.
Kaprabonan
Kemudian "Pangeran Raja Muhammad Qadirudin" diresmikan sebagai Sultan Anom II keraton Kanoman dikarenakan saudaranya yaitu Pangeran Adipati Kaprabon yang merupakan putera pertama Sultan Anom I dari permaisuri keduanya yaitu "Ratu Sultan Panengah" memutuskan untuk memperdalam ajaran agama Islam dan menyerahkan kepemimpinan keraton Kanoman kepada adiknya Pangeran Raja Mandurareja Muhammad Qadirudin. Setelah menyerahkan kepemimpinan Keraton Kanoman kepada adiknya, Pangeran Adipati Kaprabon mendirikan Kaprabonan pada tahun 1696 sebagai tempat pendidikan agama Islam. Pada saat itu gejolak politik pemerintahan Belanda semakin memanas, dan perlawanan-perlawanan terhadap kolonial Belanda pun masih terus berjalan, sehingga Pangeran Raja Adipati Kaprabon ingin menjauhkan diri dari situasi tersebut dan selalu mengkhususkan diri (Mandita) dalam mengembangkan agama Islam kepada para murid-muridnya.