Maluku Utara
Atas dasar itu, pemerintah membentuk Provinsi Maluku Utara (dengan ibukota sementara di Ternate) yang dikukuhkan dengan Undang-Undang Nomor 46 tahun 1999 tentang Pemekaran Provinsi Maluku Utara, Kabupaten Buru dan Kabupaten Maluku Tenggara Barat.
Maluku
Pada tahun 1999 ketika konflik atau tragedi krisis kemanusiaan dan konflik horizontal antara "basudara Salam-Sarane" atau antara Islam dan Kristen yang lebih dikenal sebagai Tragedi Ambon melanda Maluku, sebagian wilayah Provinsi Maluku dimekarkan menjadi Provinsi Maluku Utara, dengan ibu kota di Sofifi. Namun, karena Kota Sofifi dinilai belum siap menjadi ibu kota maka pusat pemerintahan sementara sampai 2009 berada di Kota Ternate yang berada di Pulau Ternate.