Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Danurejo V (IV)
Raden Adipati Danurejo V (O Jawa: Danureja V) (1810-1885) adalah seorang patih di Kesultanan Yogyakarta pada 1847-1879, putra dari Danurejo II. Sebelum diangkat menjadi patih, namanya adalah Raden Gondokusumo (O Jawa: Gandakusuma) dan pada saat ikut serta dalam Perang Diponegoro, ia diangkat menjadi senopati Pangeran Diponegoro dengan nama "Ali Basah 'Abdulmahmud Gondokusumo". Danurejo V menikah dengan putri Hamengkubuwono IV dari permaisuri R.A. Retnadiningrum.