Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Pemenggalan gadis Kristen Indonesia 2005
Deklarasi Malino ditandatangani pada tahun 2001 dan menghasilkan kemunduran yang drastis pada kekerasan, tapi pada tahun-tahun berikutnya, tensi dan serangan yang sistematis masih terus muncul. Pada tahun 2003, 13 warga Kristen terbunuh di Poso oleh penembak bertopeng yang tidak diketahui. Pada bulan Mei 2005, sebuah ledakan bom di kota terdekat, Tentena, menewaskan 22 orang dan melukai lebih dari 30 orang lainnya. Beberapa hari setelah ledakan, dua anak sekolah berusia 17 tahun ditembak di wilayah yang sama.