Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Kyoto
Shogun Ashikaga Yoshimitsu mendirikan rumah kediaman mewah yang bernama Hana-no-Gosho di wilayah Kitakoji, Muromachi (sekarang di distrik Kamigyō). Hana-no-Gosho yang menjadi tempat tinggal keluarga Ashikaga Yoshimitsu habis terbakar pada masa Perang Ōnin (1467-1477). Shogun Ashikaga Yoshimitsu tinggal di Kitakoji Muromachi, sehingga dikenal sebagai Muromachi-dono (Tuanku Muromachi).
Pada masa Perang Ōnin yang mengawali zaman Sengoku, sebagian besar kota Kyoto sudah habis terbakar.Keadaan kota Kyoto menjadi lebih terpuruk setelah berulang kali dilanda peperangan. Sepanjang zaman Sengoku, Kyoto dijadikan kota benteng. Wilayah Kamigyō dan Shimogyō dipisahkan parit pertahanan yang disebut O-kamai (御構). Parit yang mengelilingi masing-masing wilayah digali untuk memisahkan wilayah Kamigyō yang dikuasai Pasukan Timur (Higashi-gun) dan wilayah Shimogyō yang dikuasai Pasukan Barat (Nishi-jin). Selain itu, Kamigyō dan Shimogyō juga dipisahkan oleh ladang-ladang. Jalan yang menghubungkan Kamigyō dan Shimogyō disebut Jalan Muromachi-dōri.