Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Museum Monumen Pangeran Diponegoro
Museum ini menempati bekas kediaman Pangeran Diponegoro dan keluarganya. Pembangunan Museum (monumen) ini diprakarsai oleh Mayjen TNI Surono, yang kemudian dilanjutkan oleh Mayjen TNI Widodo. Berdasarkan Surat Keputusan Pangdam VII Diponegoro No. 99/7/1968, tanggal 2 Juli 1968 dibentuklah panitia persiapan perencanaan pelaksanaan pembangunan Monumen Pahlawan Pangeran Diponegoro di bekas rumah kediaman Pangeran Diponegoro di Tegalrejo, Yogyakarta. Ahli waris Pangeran Diponegoro menyetujui jika tanah peninggalan dia didirikan monumen. Surat psrnyataan tersebut ditandatangani oleh KRT. Prodjodiningrat, Nyi Hajar Dewanfara, dan dr. Sahir Nitihardjo (RA. Kajafin Diponegoro).