Shinto
Tentang pengaruh agama Buddha yang lain tampak pada hal-hal seperti anggapan bahwa dewa-dewa Shintoisme merupakan Awatara Buddha (penjelmaan dari Buddha dan Bodhisatwa), Dainichi Nyorai (cahaya besar) merupakan figur yang disamakan dengan Waicana (salah satu dari dewa-dewa penjuru angin dalam Budhisme Mahayana), hal ini berlangsung sampai abad ketujuh belas masehi.
Setelah abad ketujuh belas timbul lagi gerakan untuk menghidupkan kembali ajaran Shinto murni di bawah pelopor Kamamobuchi, Motoori, Hirata, Narinaga dan lain-lain dengan tujuan bangsa Jepang ingin membedakan “Badsudo” (jalannya Buddha) dengan “Kami” (roh-roh yang dianggap dewa oleh bangsa Jepang) untuk mempertahankan kelangsungan kepercayaannya.
Pada abad kesembilan belas tepatnya tahun 1868 agama Shinto diproklamirkan menjadi agama negara yang pada saat itu agama Shinto mempunyai 10 sekte dan 21 juta pemeluknya. Sejak saat itu dapat dikatakan bahwa paham Shintoisme merupakan ajaran yang mengandung politik religius bagi Jepang, sebab saat itu taat kepada ajaran Shinto berarti taat kepada kaisar dan berarti pula berbakti kepada negara dan politik negara.
Shinto negara
Hasil dari debat perkuilan adalah bahwa Kementerian Dalam Negeri berkonsentrasi pada pembedaan "agama" dan "doktrin", menyatakan bahwa "ritual-ritual Shinto ("shinsai") dipegang oleh negara sementara doktrin-doktrin agama ("kyōhō") dipegang oleh para individual dan keluarga." Disamping pemikiran tersebut, ritual-ritual Shinto menjadi tanggung jawab sipil yang seluruh subyek Jepang ditarik untuk ikut serta, sementara Shinto "relijius" menjadi materi kepercayaan personal dan subyek kebebasan beragama. Perdebatan tersebut menandai kegagalan awal dalam perancangan praktek Shinto nasional yang bersatu, dan berujung pada penurunan tajam dalam pemberian negara kepada kuil-kuil Shinto dan pelantikan para pendeta Shinto dalam jabatan-jabatan pemerintahan. Kementerian Urusan Dalam Negeri memegang tanggung jawab untuk kuil-kuil pada 1877, dan mulai memisahkan praktek-praktek keagamaan Shinto dari indoktrinasi. Pada 1887, Kementerian menghentikan dukungan finansial untuk sebagian besar kuil, selain dari kuil-kuil Kekaisaran terpilih yang terikat pada fungsi-fungsi negara.