Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Toyotomi Hideyori
Setelah wafatnya Hideyoshi, salah satu dari lima menteri senior yang bernama Tokugawa Ieyasu muncul sebagai pemimpin yang berpengaruh. Selain itu, di dalam pemerintahan Toyotomi sendiri terjadi saling sikut, sehingga setelah wafatnya menteri senior Maeda Toshiie dan tewasnya salah satu dari lima pelaksana pemerintahan Ishida Mitsunaru yang diperintahkan seppuku, Tokugawa Ieyasu berhasil menguasai pemerintahan klan Toyotomi.