Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Benteng Stelsel
Dalam Perang Diponegoro, pada tahun 1827 strategi ini mulai diterapkan, untuk dapat mempersempit kedudukan Pangeran Diponegoro, maka dibangun benteng di Semarang, kemudian Ambarawa, Muntilan, Kulon Progo, dan Magelang. Penerapan dari taktik ini kemudian menghasilkan sekitar 165 benteng baru yang tersebar di Jawa Tengah, Yogyakarta dan Jawa Timur. Banyaknya benteng baru yang dibangun Belanda dalam perang ini tidak lepas dari taktik gerilya yang diterapkan oleh Pangeran Diponegoro serta posisi komandonya yang selalu berpindah tempat.