Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Pengeboman pasar Palu 2005
Sasarannya, sebuah pasar daging di Maesa yang didominasi oleh kelompok etnis Minahasa yang umumnya memeluk agama Kristen, kemungkinan besar dipilih untuk memaksimalkan korban dari pihak Kristen, karena provinsi Sulawesi Tengah sendiri merupakan lokasi konflik sektarian antara kelompok Kristen dan Islam yang merenggut lebih dari seribu korban jiwa antara tahun 1998 dan 2002. Konflik tersebut sebagian besar terkonsentrasi di sekitar wilayah Kabupaten Poso, dan Palu pada umumnya terhindar dari kekerasan berskala luas tersebut. Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan, Widodo Adi Sucipto, menyebut bahwa Jemaah Islamiyah sebagai pihak yang bertanggung jawab atas serangan tersebut.