Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Republik Maluku Selatan
Di Maluku, Piagam Malino II ditandatangani untuk mengakhiri konflik dan menciptakan perdamaian di Maluku. Penduduk Maluku mengaku "menolak dan menentang segala jenis gerakan separatis, termasuk Republik Maluku Selatan (RMS), yang mengancam kesatuan dan kedaulatan Negara Kesatuan Republik Indonesia". Akan tetapi, saat presiden Indonesia berkunjung ke Ambon pada musim panas 2007, sejumlah simpatisan RMS melancarkan provokasi dengan menari Cakalele dan mengibarkan bendera RMS.