Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Perang Saudara Inka
Perang Saudara Inka, juga dikenal dengan sebutan Perang Dinasti Inka, Perang Penerus Inka, atau Perang Dua Saudara, adalah perang yang berlangsung antara dua anak laki-laki Huayna Capac yang bernama Huáscar dan Atahualpa. Mereka saling memperebutkan tahta Kerajaan Inka. Perang ini dipicu oleh kematian mendadak Huayna Capac dan anak laki-laki sulungnya yang menjadi penerus, Ninan Cuyochi, pada tahun 1527 (kemungkinan besar disebabkan oleh penyakit variola yang dibawah oleh bangsa Eropa ke Amerika), walaupun perang ini baru dimulai pada tahun 1529. Huáscar merasa bahwa ia adalah penerus sah Kerajaan Inka, sementara Atahualpa didukung oleh pasukan utama Inka yang baru saja menaklukkan wilayah Ekuador di utara. Pada akhirnya, Atahualpa terbukti lebih unggul dalam peperangan dan berhasil memenangkan perang pada tahun 1532. Namun, masa kekuasaan Atahualpa sebagai kaisar hanya berlangsung singkat karena pada akhirnya ia ditangkap oleh 180 conquistador Spanyol dalam Pertempuran Cajamarca pada tahun 1532. Perang ini juga melemahkan Kerajaan Inka, sehingga mempermudah proses penaklukan oleh Spanyol.