Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Boshin
Pada 28 Januari 1868, pertempuran laut terjadi di Awa antara Angkatan Laut Keshogunan dan unsur-unsur Angkatan Laut Satsuma. Pertempuran Laut Awa merupakan pertempuran laut pertama yang memakai angkatan laut modern dalam sejarah Jepang. Pertempuran Awa berakhir dengan keunggulan Angkatan Laut Keshogunan.
Di meja diplomasi berlangsung pertemuan antarmenteri negara-negara asing pada awal Februari 1868 di pelabuhan Hyōgo (sekarang disebut Kobe). Mereka membicarakan nasib keshogunan sebagai pemerintah yang sah di Jepang. Selain itu, mereka berharap Tokugawa Yoshinobu yang didukung pemerintah asing (khususnya Perancis) mau menerima campur tangan mereka. Beberapa hari kemudian, utusan dari kekaisaran menemui para menteri dan menyatakan keshogunan sudah dibubarkan, pelabuhan-pelabuhan di Jepang terbuka sesuai perjanjian internasional, dan semua orang asing dilindungi. Para menteri akhirnya memutuskan untuk mengakui pemerintahan yang baru.