Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Pulau Ambon
Pulau Ambon merupakan pulau yang terletak di Kepulauan Maluku, di selatan Pulau Seram. Saat ini merupakan letak kota Ambon ibu kota dari provinsi Maluku. Asal mulanya Pulau Ambon, Kepulauan Lease, Pulau Manipa, Ambalau, Kelang dan Pulau Buano tidak berpenghuni. Pulau-pulau yang dihuni oleh manusia adalah Seram dan Buru. Orang-orang tersebut tinggal di gunung-gunung dan dikenal sebagai orang-orang Alifuru. Oleh orang Ambon mereka diakui sebagai penduduk asli pulau Seram.