Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Alex Kawilarang
Karena adanya ketidakpuasan terhadap pemerintah pusat karena (di antaranya) kurangnya otonomi daerah, maka pada tanggal 2 Maret 1957, Ventje Sumual mendeklarasikan Piagam Perjuangan Semesta dan gerakan Permesta. Pusat gerakan tersebut adalah di Manado dan Minahasa di Sulawesi Utara. Gerakan ini bersatu dengan gerakan terpisah di Sumatera yang disebut Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI). Kawilarang memantau situasi dari Washington dan kemudian menyimpulkan bahwa pemerintah pusat di Jawa yang menjadi penyebab krisis regional tersebut. Pada bulan Maret 1958, ia memberi tahu Duta Besar Indonesia untuk AS, Murkoto, bahwa ia akan berangkat ke Sulawesi Utara. Ia meninggalkan jabatannya pada 22 Maret 1958. Sekembalinya ke tanah air, ia menjabat sebagai Panglima Besar/Tertinggi Angkatan Perang Revolusi PRRI (1958) dan Kepala Staf Angkatan Perang APREV (Angkatan Perang Revolusi) PRRI, dengan pangkat mayor jenderal dari Februari 1959 hingga Februari 1960. Ada juga sumber lain yang mengatakan bahwa Kawilarang belum sepenuhnya menerima sisi PRRI karena menurutnya PRRI sejalan dengan ekstrimis agama. Kawilarang adalah satu-satunya perwira yang tidak segera diberhentikan oleh pemerintah pusat secara tidak hormat atas partisipasi mereka dalam Permesta dan PRRI. Karena keraguannya terhadap PRRI, pemerintah pusat masih berharap bahwa dia akan berubah pikiran. Namun ia tetap mendukung Permesta dan menjadi Panglima angkatan bersenjata Permesta.