Kaum Quaker
Undang-Undang dasar koloni Penn memberikan kebebasan berhati nurani bagi semua. Maka, sewaktu kekerasan dianggap perlu demi tegaknya hukum dan ketertiban, sikap antiperang kaum Quaker menimbulkan masalah—yang kian meruncing. Pada mulanya, Penn menyepelekan masalah ini dengan mengangkat wakil-wakil non-Quaker yang ia katakan akan “berlaku keras terhadapa tetangga-tetangga kita bila perlu”. Pada tahun 1689, kemungkinan pecahnya perang dengan Perancis semakin merongrong prinsip-prinsip Quaker.
Provinsi Maryland
Provinsi ini bermula sebagai koloni hak milik Lord Baltimore yang ingin mendirikan suaka untuk orang-orang Katolik Inggris di tengah berkecamuknya perang agama di Eropa. Meskipun Maryland merupakan salah satu pelopor toleransi beragama di koloni-koloni Inggris, perselisihan cukup sering terjadi di antara orang-orang Anglikan, Puritan, Katolik, dan Quaker pada masa awal berdirinya Maryland, dan pemberontak Puritan sempat menguasai provinsi ini. Pada tahun 1689, satu tahun setelah Revolusi Agung, John Coode melancarkan pemberontakan yang menjatuhkan Lord Baltimore. Keluarga Baltimore kembali memperoleh kekuasaan di Maryland pada tahun 1715 ketika Charles Calvert, Baron Baltimore Kelima, menyatakan di depan umum bahwa ia adalah seorang Protestan.