Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Gereja Kristen Sulawesi Tengah
Wilayah pelayanan yang terbentang luas itu, berdasarkan data terakhir sebelum Sidang Sinode Instimewa 2014, terdiri dari 395 jemaat definitif dan 18 kelompok kebaktian. Untuk mengatur pelayanan di semua aras, baik sinode, klasis maupun jemaat, jemaat-jemaat GKST dilayani oleh 547 orang pendeta yang berstatus sebagai pegawai organik.
Dalam perjalanan sejarahnya, wilayah pelayanan GKST beberapa kali mengalami konflik horizontal. Pertama, pada tahun 1957 terjadi pemberontakan PRRI/Permesta di Sulawesi Utara yang menjalar sampai ke wilayah Sulawesi Tengah. Di pihak lain, kelompok Pemuda yang menyebut dirinya Gerakan Pemuda Sulawesi Tengah (GPST) melawan pemberontakan itu dan kemudian menyingkir ke hutan pada 5 Desember 1957. Kekacauan ini ditandai dengan banyaknya tahanan dari pihak GPST dan jatuhnya korban pada saat perayaan Natal tahun 1957. Beberapa kali Kantor Sinode harus dipindahkan ke beberapa tempat karena ternyata Tentena dinyatakan tertutup dan terkepung pada medio tahun 1958. Pemberontakan itu kemudian dapat diredakan oleh pemerintah Indonesia dan Tentena dinyatakan bebas pada bulan Juni 1958.