Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Klan Tokugawa
Selain itu, kepala keluarga "gosanke" (tiga percabangan klan di Owari, Kishū, dan Mito) memakai nama keluarga Tokugawa, dan berhak dipilih menjadi shogun. Keluarga Tokugawa dari Owari adalah keturunan dari Tokugawa Yoshina (anak ke-7 Ieyasu), keluarga Tokugawa dari Kii (Kishū) adalah keturunan Tokugawa Yorinobu (anak ke-8 Ieyasu), dan keluarga Tokugawa di Mito adalah keturunan dari Tokugawa Yorifusa (anak ke-9 Ieyasu).