Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Tomoe Gozen
Setelah mengalahkan Taira dan mengantar mereka ke provinsi barat, Yoshinaka mengambil Kyoto dan ingin menjadi pemimpin klan Minamoto. Sepupunya Yoritomo didorong untuk menghancurkan Yoshinaka, dan mengirim saudara-saudaranya Yoshitsune dan Noriyori untuk membunuhnya. Yoshinaka melawan pasukan Yoritomo di Pertempuran Awazu pada tanggal 21 Februari 1184, di mana Tomoe Gozen konon mengambil setidaknya satu kepala musuh. Meskipun pasukan Yoshinaka bertempur dengan gagah berani, mereka kalah jumlah dan kewalahan. Ketika Yoshinaka dikalahkan di sana, dengan hanya beberapa prajuritnya berdiri, dia menyuruh Tomoe Gozen untuk melarikan diri karena dia ingin mati dengan saudara angkatnya Imai no Shiro Kanehira dan dia mengatakan bahwa dia akan merasa malu jika dia mati dengan seorang wanita.