Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Hosokawa Gracia
Toyotomi Hideyoshi meninggal tahun 1598, namun itu bukanlah akhir penderitaan bagi Gracia. Dua tahun kemudian, tahun 1600, pertempuran besar Sekigahara meletus. Suaminya memihak kubu timur yang dipimpin Tokugawa Ieyasu. Sementara suaminya berperang Gracia tinggal di Osaka yang dikuasai Ishida Mitsunari, pemimpin kubu barat. Mitsunari memakai siasat licik dengan menahan keluarga para jendral timur yang tinggal disana sebagai sandera dan memaksa mereka untuk membelot padanya atau setidaknya tidak menyerangnya.