Sejarah Kekristenan
Periode ini diwarnai oleh tokoh-tokoh yang membawa pembaruan dalam gereja Katolik Roma, kira-kira tahun 1517 hingga 1600. Tokoh-tokoh Reformasi seperti Martin Luther, Yohanes Calvin, John Knox, pada akhirnya mengakhiri dominasi para uskup dan biarawan dalam mempelajari Alkitab. Reformasi Protestan menyebabkan Kontra-Reformasi dan reformasi lainnya di Eropa Barat, sementara penemuan benua Amerika menyebabkan kaum Protestan yang dianiaya di Eropa, terutama Inggris, melarikan diri ke Amerika dan memulai negara baru yang berlandaskan kekristenan. Dalam waktu seratus tahun, terjadi lebih banyak peristiwa-peristiwa penting dari abad-abad sebelumnya, dan seluruh Eropa Barat terancam perang saudara. Di Inggris, Perancis, Spanyol, Swiss, Skotlandia, pertentangan antara bangsawan dan penguasa Kristen dan Katolik menyebabkan pertumpahan darah.
Estonia
Reformasi di Eropa resminya dimulai pada tahun 1517 oleh Martin Luther (1483–1546) dan 95 dalilnya. Reformasi ini menghasilkan perubahan besar di wilayah Baltik. Gagasan-gagasan yang masuk ke dalam Konfederasi Livonia sangatlah cepat dan pada dasawarsa 1520-an mereka cukup terkenal. Bahasa, pendidikan, agama, dan politik bertransformasi besar-besaran. Pelayanan gereja disajikan menggunakan bahasa daerah, tidak lagi bahasa Latin, yang sebelumnya digunakan. Dalam Perang Livonia pada tahun 1561, Estonia Utara berada di bawah kendali Swedia. Estonia Selatan pada dasawarsa 1560-an berbentuk Kadipaten Livonia yang otonom dalam Persemakmuran Polandia-Lituania di bawah pengawasan gabungan Mahkota Kerajaan Polandia dan Kadipaten Agung Lituania, terdiri dari dua kepangeranan Estonia sekarang: Kepangeranan Dorpat (daerah Tartu) dan Kepangeranan Parnawa (daerah Pärnu). Pada tahun 1629, daratan besar Estonia seluruhnya menjadi berada di bawah kekuasaan Swedia. Estonia secara administratif dibagi menjadi Provinsi Estonia di utara dan Livonia di selatan Estonia dan utara Latvia, sebuah pembagian wilayah yang masih bertahan hingga permulaan abad ke-20.