Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Joop Warouw
Pada tahun 1956, Warouw ditugaskan sebagai Atase Militer di Beijing. Letnan Kolonel Ventje Sumual menggantikannya sebagai Komandan TT-VII/Indonesia Timur. Karena keluhan-keluhan di antaranya mengenai pemberian otonomi yang lebih besar kepada daerah-daerah yang tidak diperhatikan oleh pemerintah pusat, pada tanggal 2 Maret 1957, Sumual mendeklarasikan Piagam Perjuangan Semesta (Permesta). Pada bulan Februari 1958, Warouw dan Sumual berangkat ke Tokyo untuk bertemu dengan Presiden Sukarno untuk mendesaknya untuk mengambil tindakan terhadap krisis yang sedang berkecamuk di Indonesia. Setelah pertemuan ini, Warouw meninggalkan jabatannya sebagai Atase Militer dan bergabung dengan gerakan Permesta. Dia menjadi salah satu pimpinan Permesta bersama dengan Sumual dan Alex Kawilarang. Gerakan Permesta bergabung bersama gerakan Pemerintah Revolusioner Republik Indonesia (PRRI) dan Warouw ditunjuk sebagai Wakil Perdana Menteri dan sekaligus sebagai Menteri Pembangunan PRRI. Pemerintah pusat mengirim pasukan untuk mengalahkan pemberontakan-pemberontakan ini. Pada tahun 1960, TNI sudah mulai menguasai daerah Sulawesi Utara. Pada bulan April 1960, Warouw ditangkap dan ditawan oleh sebuah unit Permesta yang bertentangan dengan dia dan yang dipimpin oleh Jan Timbuleng. Dia dibunuh pada tanggal 15 Oktober 1960 setelah ditawan selama enam bulan. Jasadnya baru ditemukan pada tahun 1992 di dekat Tombatu dan dipindahkan dan dikebumikan di desa asalnya, Remboken.