Pengondisian klasik
Menurut Pavlov, refleks mengeluarkan air liur pada anjing tersebut terdiri dari sebuah stimulus tidak terkondisi ("unconditioned stimulus") berupa makanan, dan sebuah respon yang tidak terkondisi ("unconditioned response") yakni produksi air liur. Stimulus tidak terkondisi adalah sebuah kejadian atau suatu hal yang menghasilkan sebuah respon secara otomatis atau menghasilkan refleks yang alami. Sedangkan respon tidak terkondisi adalah respon yang dihasilkan secara otomatis. Menurut Pavlov, proses pengondisian klasik terjadi ketika sebuah stimulus netral (stimulus yang tidak atau belum menghasilkan sebuah respon tertentu) dipasangkan secara teratur dengan sebuah stimulus tidak terkondisi selama beberapa kali. Stimulus netral ini kemudian akan berubah menjadi stimulus yang terkondisi ("conditioned stimulus") yang menghasilkan sebuah proses pembelajaran atau respon terkondisi ("conditioned response"), serupa dengan respon alamiah. Contoh pada eksperimen Pavlov adalah bel yang dibunyikan. Sebelumnya bel yang dibunyikan tidak menghasilkan air liur pada anjing. Bel ini kemudian menjadi sebuah stimulus terkondisi yang menghasilkan respons produksi air liur.
Pembajakan Amigdala
Sebagian dari stimulus talamus langsung dikirim ke amigdala, sementara stimulus lainnya dikirim ke neokorteks atau "bagian otak berpikir". Bila amigdala merasakan adanya stimulus yang cocok, misalnya, pengalaman yang terekam di dalam hipokampus memberitahu amigdala bahwa stimulus tersebut merupakan situasi yang memerlukan reaksi fisiologis pertahanan diri dari ancaman bahaya, maka amigdala memicu HPA ("hypothalmic-hipofisis-adrenal") aksis dan membajak otak rasional. Aktivitas emosional otak ini memproses informasi beberapa milidetik lebih awal dibandingkan otak rasional, sehingga dalam kasus dimana terdapat kecocokan, amigdala bertindak sebelum mendapat arahan apapun dari neokorteks. Namun apabila amigdala tidak menemukan kecocokan di antara stimulus yang diterima dengan rekaman mengenai situasi yang mengancam, maka tindakan yang berlaku ialah yang berdasar pada arahan dari neokorteks. Saat amigdala merasakan ancaman, seseorang dapat melakukan hal yang tidak masuk akal/irasional serta dapat pula melakukan perusakan.