Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Perbatasan Indonesia–Timor Leste
Namun pada waktu yang hampir bersamaan, Fretilin memproklamasikan Republik Demokrasi Rakyat Timor. Fretilin mengawali perlawanannya menentang pasukan ABRI dengan menerapkan strategi perang konvensional. Setelah mengalami pergolakan dan perjuangan memisahkan diri dari Negara Republik Indonesia pada tahun 1999, propinsi Timor Timur pasca Jejak Pendapat melepaskan diri dari NKRI dan sejak saat itu, diberlakukan kembali perbatasan wilayah Nusa Tenggara Timur dengan wilayah Timor Leste.