Sejarah Nusantara pada era kerajaan Hindu-Buddha
Indonesia mulai berkembang pada zaman kerajaan Hindu-Buddha berkat hubungan dagang dengan negara-negara tetangga maupun yang lebih jauh seperti India, Tiongkok, dan wilayah Timur Tengah. Agama Hindu masuk ke Indonesia diperkirakan pada awal tarikh Masehi, dibawa oleh para musafir dari India antara lain: Maha Resi Agastya, yang di Jawa terkenal dengan sebutan Batara Guru atau Dwipayana dan juga para musafir dari Tiongkok yakni musafir Budha Pahyien.
Balai Arkeologi Yogyakarta
Cakupan benda-benda arkeologi yang ditangani Balai ini sangat luas rentangnya, mulai dari masa pra-manusia sampai era kolonial Belanda. Di wilayah kerja ini terdapat dua Warisan Dunia UNESCO, yaitu Candi Borobudur dan Kawasan Purbakala Sangiran. Penemuan fosil-fosil manusia dan vertebrata lain dari kala Pleistosen juga banyak terdapat di wilayah ini. Peninggalan tradisi megalitik misalnya terdapat di Kabupaten Karanganyar dan Kabupaten Gunungkidul. Barangkali yang paling dikenal orang dari kawasan kerja Balar Yogyakarta adalah ratusan candi dan naskah dari era sejarah Indonesia masa Klasik Hindu-Buddha, peninggalan sejak abad ke-7 sampai abad ke-15. Dari masa Klasik perkembangan Islam di Jawa juga banyak ditemukan peninggalan bangunan dan naskah, sejak masa Kesultanan Demak sampai Kesultanan Mataram dan pecahannya. Peninggalan dari era kolonialisme VOC, Inggris, dan Belanda meninggalkan banyak bangunan, naskah, dan tradisi lainnya. Selain benda-benda, Balai juga menangani aspek non-benda, seperti arsitektur, sistem kepercayaan, tradisi, teknologi, tulisan, dan ikonografi. Aspek kajian yang relatif baru adalah arkeologi bawah air, mengingat Laut Jawa pernah menjadi medan pertempuran dan perniagaan, sehingga banyak pula ditemukan benda-benda arkeologi yang terpendam di dasar laut.