Gereja Katolik Siro-Malankara
Pada 10 Februari 2005, Gereja Katolik Siro-Malankara ditingkatkan oleh Paus Yohanes Paulus II menjadi sebuah Gereja Keuskupan Agung Mayor, dengan mengangkat Uskup Agung Gereja ini menjadi Uskup Agung Mayor (disebut Katolikos oleh umat Katolik Siro-Malankara). Sebagai sebuah Gereja Keuskupan Agung Mayor, Gereja Siro-Malankara diberi status otonomi level tertinggi berdasarkan "Hukum Kanon Gereja-Gereja Timur", dipimpin oleh uskup agung mayor dan sinode umum yang beranggotakan seluruh uskup Gereja ini, serta tunduk pada pengawasan kepausan.
Gereja Kristen Pemancar Injil Tarakan
Pada tahun 1934/1935 di daerah Bulongan terdapat tujuh jemaat dengan 3000-an orang Kristen. Untuk mempersiapkan kader penginjilan, pada tahun 1937 CMA mendirikan Sekolah Alkitab Persiapan (Preparetory Bible School ) di Tanjung Selor. Sebagai sarana transportasi penginjilan, pada tahun 1939 R. A Jaffray menghubungi CMA di Amerika untuk meminta sebuah pesawat terbang. Pada tahun itu juga orang-orang di Amerika Utara menyokong dan membelikan pesawat terbang PK-SAM.
Pada tahun 1951, jemaat dilingkungan CMA digabungkan mejadi tiga gereja daerah, yaitu Kemah Injil Gereja Masehi Indonesia Timur (KINGMIT), KINGMI Kalimantan Timur, dan Kalimantan Barat. Pada tahun 1956 CMA mengambil langkah penting dalam proses menuju kemandirian cabang-cabangnya yang berada di Indonesia. Pertama, tenaga luar negeri yang bekerja di wilayah ketiga gereja tersebut dinyatakan dibawah pengawasan pimpinan gerejanya. Kedua, pada akhir tahun 1956 tunjangan yang masih biasa diberikan kepada sejumlah besar pendeta Indonesia di hentikan.