Organisasi Papua Merdeka
Selama Perang Dunia II, Hindia Belanda (kelak menjadi Indonesia) dipandu oleh Soekarno untuk menyuplai minyak demi upaya perang Jepang dan langsung menyatakan merdeka dengan nama Republik Indonesia pada 17 Agustus 1945. Nugini Belanda (Nugini Barat) dan Australia yang menjalankan pemerintahan di teritori Papua dan Nugini Britania menolak penjajahan Jepang dan menjadi sekutu pasukan Amerika Serikat dan Australia sepanjang Perang Pasifik.
Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Dengan persetujuan Amerika Serikat dan desakan Australia, Indonesia melancarkan "Operasi Seroja", sebuah operasi invasi militer ke Timor Timur pada 7 Desember 1975 dengan banyak menggunakan senjata dan perlengkapan Amerika Serikat. Hasilnya, Timor Timur menjadi provinsi Indonesia pada 17 Juli 1976. Timor Timur menjadi negara merdeka pada 2002, sebagai hasil referendum yang diadakan oleh Presiden Indonesia B. J. Habibie pada tahun 1999.