Perang Diponegoro
Pada tahun 1827, Belanda melakukan penyerangan terhadap Diponegoro dengan menggunakan sistem benteng sehingga Pasukan Diponegoro terjepit. Pada tahun 1829, Kyai Mojo, pemimpin spiritual pemberontakan, ditangkap. Menyusul kemudian Pangeran Mangkubumi dan panglima utamanya Alibasah Sentot Prawirodirjo menyerah kepada Belanda. Akhirnya pada tanggal 28 Maret 1830, Jenderal De Kock berhasil menjepit pasukan Diponegoro di Magelang. Di sana, Pangeran Diponegoro menyatakan bersedia menyerahkan diri dengan syarat sisa anggota laskarnya dilepaskan. Maka, Pangeran Diponegoro ditangkap dan diasingkan ke Manado, kemudian dipindahkan ke Makassar hingga wafatnya di Benteng Rotterdam tanggal 8 Januari 1855.
Berakhirnya Perang Jawa merupakan akhir perlawanan bangsawan Jawa. Perang Jawa ini banyak memakan korban dipihak pemerintah Hindia sebanyak 8.000 serdadu berkebangsaan Eropa, 7.000 pribumi, dan 200.000 orang Jawa. Setelah perang berakhir, jumlah penduduk Yogyakarta menyusut separuhnya.
Benteng Williem II
Benteng Williem II terletak di Ungaran (terkenal dengan nama Benteng Ungaran/ Diponegoro) persis pinggir jalan Semarang-Solo/ Yogya, di depan DPRD kota Ungaran. di bangun pada 1740-1742, saat terjadi Perang Cina, gubernur-jendral Baron van Imhoff pernah dirawat di sini karena serangan pasukan Surakarta pada 1742. Pada 1826 benteng ini mendapat serangan pasukan Diponegoro dari arah Rembang dan hampir jatuh ke tangan pasukan Kiyai Mojo setelah dikepung selama 2 minggu. Benteng tersebut pada Agustus 1830 digunakan sebagai tempat menahan pangeran Diponegoro selama 3 hari yang ditangkap di Magelang sebelum dibawa menumpang kapal Pollux di Semarang untuk di adili ke Batavia. Saat ini digunakan sebagai markas polisi sebelum ditinggalkan pada Maret 2009.