Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Kota Ambon
Pada masa Hindia Belanda, Kota Ambon mulai dimodernisasi. Kota Ambon, tepatnya Casteel Victoria menjadi ibu kota dari Gouvernment Amboina, salah satu dari tiga "gouvernment" yang terletak di antara Sulawesi dan Irian yang membentuk administrasi pemerintahan yang bernama Gouvernment der Molukken yang dibentuk pada 1817. Selain itu, pada tanggal 7 September 1921 masyarakat Kota Ambon diberi hak yang sama dengan pemerintah kolonial. Hal ini menjadi wujud perjuangan masyarakat Indonesia dari Maluku. Hal ini pun merupakan kekalahan politik penjajah karena warga Ambon pun menjadi bisa berperan dalam pemerintahan dengan irama yang sama sengan politik penjajah masa itu. Dengan demikian, masyarakat kota terbekali modal dalam menentukan masa depannya.