Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Partai Fasis Indonesia
Penentangan terhadap pemikiran Notonindito dan PFI pun juga muncul dari Partai Nasional Indonesia (PNI) - mantan partai Notonindito. PNI melalui hariannya, "Menjala" (Menyala), mengatakan bahwa:""Rakjat Indonesia tidak bergerak karena membaoe asapnja kemenyan, karena mendengar boenyi gamelan ketoprak, karena sama merahnja atau hijaoenja darah kebangsaan.""Maksud dari PNI adalah, pergerakan nasional rakyat Indonesia dalam menuntut kemerdekaannya bukan untuk kembali kepada zaman dahulu, bukan kembali kepada zaman feodal (reaksioner), tetapi kemerdekaan Indonesia berdasarkan pada nasionalisme kerakyatan yang revolusioner dan bukan nasionalisme yang fasis. Namun, meskipun begitu pada akhirnya PNI dan Soekarno sendiri - terutama pada masa pasca kemerdekaan - menurut pandangan kelompok dan tokoh kiri, seperti Tan Malaka, Sutan Sjahrir, bahkan Mohammad Hatta menunjukkan ciri-ciri fasistik dan ancaman nyata terhadap demokrasi Indonesia saat itu.