SMK Muhammadiyah 1 Bantul
Akhirnya atas persetujuan bersama maka dibentuklah panitia Pendiri STM Muhammadiyah Bantul yang berkedudukan di Bantul. Maka pada bulan November 1969 Panitia menghadap Pimpinan Muhammadiyah Daerah dan Ketua Majelis Pendidikan Pengajaran dan Kebudayaan Daerah Kabupaten Bantul untuk mendapatkan persetujuan dan sarana prasarana yang diperlukan.
SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta
Pada tahun 2002, SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta membuka program akselerasi atau program percepatan belajar. Total jumlah yang dibuka adalah 30 kelas. Dengan jumlah peserta didik pertingkatnya sekitar 350 orang. Kemudian pada tahun 2006 SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta kembali membuka program layanan pendidikan baru berbasis Teknologi Informasi dengan nama kelas ICT-MSN (Information Communication Technologi - Model School Network). Program layanan ini disertai dengan kerja sama negera- negara APEC. Kala itu SMA Muhammadiyah 1 Yogyakarta menjalin kerja sama sister school dengan Boonpo Middle School di Korea Selatan.