Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
Permesta
Menanggapi serangan para pemberontak, Presiden Sukarno memerintahkan militer Indonesia untuk menghancurkan pemberontakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia-Permesta. Sejumlah serbuan Angkatan Udara Republik Indonesia di Manado menghancurkan pesawat-pesawa B-26. Sementara itu, seorang dari mereka ditembak jatuh pada 18 Mei 1958 oleh pilot Indonesia diatas Kepulauan Ambon. Pilot B-26, agen CIA Amerika Allen Pope, tertangkap hidup, yang menyorot keterlibatan lebih dalam CIA di pemberontakan tersebut. Konsekuensinya CIA memulai menarik dukungannya pada pemberontakan. Pope sudah berusaha mengakui dan dihukum mati di Jakarta, sebelum dilepaskan di kemudian hari.