Hutan suaka alam
Pertanian berpindah yang dilakukan oleh petani di Kalimantan dan Nusa Tenggara pada awalnya hanya menyentuh hutan sekunder, yaitu hutan yang tumbuh kembali setelah ditinggalkan petani sebelumnya. Hutan sekunder cenderung lebih mudah dibuka karena vegetasinya tidak lebat. Namun seiring dengan meningkatnya jumlah petani, maka hutan lindung dan suaka alam menjadi tujuan dari petani yang mempraktikan sistem budi daya tersebut. Hingga akhir tahun 1990an, 39.7% luas lahan pertanian berpindah berada dalam kawasan hutan lindung dan suaka alam.
Hutan gambut
Hutan gambut adalah hutan tropis berdaun lebar di mana tanah yang terendam air mencegah dedaunan dan kayu terdekomposisi sepenuhnya. Seiring waktu berlalu, terbentuk lapisan gambut yang bersifat asam. Hutan gambut umumnya dikelilingi oleh hutan hujan pada tanah yang tidak terendam air dan hutan bakau di air payau.