Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Pada tahun 1466, secara tidak terduga, Shogun Yoshimasa atas saran pembantu terdekat (Ise Sadachika dan Kikei Shinzui) mengalihkan jabatan kepala keluarga dari klan Shiba dari Shiba Yoshikado ke Shiba Yoshitoshi. Yamana Sōzen (Mochitoyo) yang memiliki hubungan keluarga dengan Shiba Yoshikado bersekutu dengan Isshiki Yoshinao dan Toki Shigeyori untuk mendukung Yoshikado. Selanjutnya, Sadachika menyebarkan isu tentang pemberontakan dengan maksud mengusir Ashikaga Yoshimi. Sebagai tindakan balasan, Katsumoto yang menjadi pelindung Yoshimi, mengusir Sadachika hingga ke Provinsi Ōmi dengan bantuan Yamana Sōzen. Sebagai akibat perubahan politik di keshogunan, Kikei Shinzui, Shiba Yoshitoshi, dan Akamatsu Masanori untuk sementara kehilangan posisi dalam pemerintahan dan terusir dari ibu kota.