Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Osaka
Kekacauan akibat perang berkelanjutan yang dimulai sejak akhir zaman Kamakura sampai zaman Istana Utara dan Selatan membawa kehancuran Naniwa. Pada tahun 1532, pendeta Buddha yang bernama Rennyo mendirikan kuil "Ishiyama Honganji" di lokasi yang sesuai dengan keadaan tanahnya dinamakan "Osaka" (大坂; tanjakan besar). Penduduk mulai bermukim di lokasi sekitar kuil yang merupakan cikal bakal sebuah kota yang kemudian dikenal dengan nama Osaka.