Kerusuhan Poso
Pertanyaan tentang jumlah korban sangat sensitif dan berunsur politis. Hal ini didorong oleh rasa keberatan yang dibuat lebih kuat oleh laporan berita yang tidak lengkap atau kabar miring tentang serangan dan desas-desus terbaru tentang pembantaian yang akan terjadi. Kurangnya pelaporan yang jelas oleh media atau investigasi oleh pemerintah, ditambah dengan medan yang luas dan durasi konflik yang panjang, menyulitkan untuk menentukan jumlah korban yang sebenarnya. Meski demikian, Human Rights Watch mencatat bahwa kedua belah pihak telah menderita banyak korban dalam kerusuhan ini. Meski ada beberapa perkiraan yang mencapai sekitar 2.000 korban jiwa, sebagian besar memperkirakan antara 500 hingga 1.000 korban. Versi pemerintah, yang dikeluarkan pada tanggal 5 Desember 2001 —tepat sebelum penandatanganan Deklarasi Malino— dirinci menjadi 577 korban tewas, 384 terluka, 7.932 rumah hancur, serta 510 fasilitas umum terbakar atau rusak. Sebuah kelompok Muslim, Tim Evakuasi Pencari Fakta Korban Muslim Kerusuhan Poso ("Victims of the Poso Conflict Evacuation and Fact Finding Team"), mengklaim bahwa antara bulan Mei 2000 hingga Desember 2001, 840 mayat Muslim ditemukan, kebanyakan ditemukan di Sungai Poso dan hutan-hutan di tepi kota. Jumlah yang tidak diketahui juga dikatakan hilang. Kebanyakan korban jiwa diperkirakan sampai pada kerusuhan ketiga, pada bulan Mei dan Juni 2000.
Kasus Tibo
Pada 4 September 2006 sekitar 4000 warga muslim Poso mengadakan protes penuntutan pelaksanaan hukuman mati Tibo cs dilaksanakan dengan segera. Demo ini menyebabkan sekolah, pasar, dan pusat bisnis lainnya tutup.
21 September 2006, di berbagai kota, Jakarta, Palu, Nusa Tenggara Timur, dll sejumlah organisasi masyarakat, lembaga swadaya, rohaniwan, tokoh masyarakat, dan masyarakat setempat berkumpul untuk berdoa dan menanti saat-saat eksekusi Tibo cs. Di Palu masyarakat berkumpul di Gereja Santa Maria, Jalan Tangkasi. Ratusan warga Desa Beteleme, Kecamatan Lembo, Kabupaten Morowali, Sulawesi Tengah, menggelar doa bersama bagi Tibo cs. Hingga dini hari tadi, umat Katolik di Manado berbaur dengan komponen dari GMIM dan Pantekosta menyatu menggelar doa bersama di Gereja Kathedral Manado, Jalan Sam Ratulangi. Sejumlah warga yang ditemui menyatakan penyesalan atas penolakan permintaan terakhir Tibo cs untuk pelaksanaan Misa Requiem untuk arwah mereka di Gereja Santa Maria. Di aula Seminari Tinggi Hati Kudus Pineleng dan di Gereja Hati Tersuci Maria Katedral, ratusan umat Katolik berkumpul untuk mendoakan Tibo cs, bahkan turut hadir dalam doa bersama tersebut dihadiri perwakilan dari semua agama. Sementara itu, di sejumlah daerah di Flores, Nusa Tenggara Timur, ribuan orang melakukan aksi damai menolak eksekusi terhadap Tibo dkk. Aksi dilakukan kalangan rohaniwan, pelajar, lembaga swadaya masyarakat, partai politik, dan organisasi kepemudaan. Aksi berlangsung di Kabupaten Manggarai, Ende, Ngada, dan Sikka. Di Jakarta, masyarakat berkumpul dan menyalakan lilin di Tugu Proklamasi dan di halaman kantor Komnas HAM.