Restorasi Kemmu
Takauji tetap berangkat Kamakura walaupun tidak mendapat surat perintah dari kaisar. Kaisar Go-Daigo akhirnya mengangkat Ashikaga Takauji sebagai Seitō Shōgun. Di Kamakura, Pasukan Ashikaga berhasil mengusir pasukan Hōjō Tokiyuki, tetapi Ashikaga Takauji terus menduduki Kamakura dan tidak mau kembali ke Kyoto. Takauji membangkang surat perintah Kaisar Go-Daigo yang memerintahkannya kembali ke Kyoto. Dengan caranya sendiri, Takauji memberi hadiah kepada samurai yang menjadi anak buahnya. Tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto disitanya dengan sewenang-wenang dan dibagi-bagikan kepada anak buahnya. Dalam pernyataannya, Takauji mengatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro) yang memiliki kekuatan militer yang terbesar adalah pihak yang berbahaya bagi kaisar. Berdasarkan alasan tersebut, Takauji meminta izin Kaisar Go-Daido untuk menghancurkan Nitta Yoshisada dan pengikutnya.
Klan Tokugawa
Setelah meninggalnya Toyotomi Hideyoshi dan Pertempuran Sekigahara tahun 1600, kekuasaan pemerintah di Jepang beralih dari klan Toyotomi ke tangan Ieyasu. Dari pusat pemerintahan di Edo, klan Tokugawa menguasai Jepang sebagai shogun selama lebih dari 250 tahun hingga akhir zaman Edo. Pada masa awal pemerintahannya, klan Tokugawa menetapkan dasar-dasar hukum untuk shogun, bangsawan, dan samurai. Klan Tokugawa menjalankan kebijakan Jepang sebagai negara tertutup (Sakoku), membagi masyarakat Jepang menjadi kelas-kelas yang ketat (daimyo, samurai, petani, tukang, dan pedagang). Periode damai di bawah pemerintahan klan Tokugawa berakhir pada awal abad ke-19 ketika kekuatan-kekuatan negara asing mencoba membuka Jepang untuk berdagang. Seluruhnya ada 15 shogun dari klan Tokugawa. Mereka begitu berpengaruh sehingga sejumlah buku sejarah lebih memilih menggunakan istilah "era Tokugawa" daripada periode Edo.