Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.
Perang Kuning
Pada tanggal 23 Mei 1741, pasukan Tionghoa yang berkumpul di Welahan bergerak ke Timur dan menyerang Juwana serta Rembang. Pertempuran tersebut dimenangkan oleh pasukan Tionghoa pada tanggal 27 Juli 1741 dan menimbulkan banyak korban di pihak Kompeni. Meskipun demikian, pasukan Cakraningrat IV telah menyapu bersih seluruh etnis Tionghoa yang berada di Surabaya, Pasuruan, dan Gresik pada tanggal 12 Juli 1741. Tanggal 31 Juli 1741, pasukan Jawa-Tionghoa mulai mengepung Kota Jepara. Di Kertasura sendiri, Pakubuwana II mengerahkan pasukan untuk menyerang pos VOC di sana, mengakibatkan Kapiten Johannes van Velsen yang menjadi komandan serta beberapa serdadu lainnya tewas, dan sisanya diberi pilihan untuk memeluk agama Islam atau dibunuh.