Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Permesta
Menanggapi serangan para pemberontak, Presiden Sukarno memerintahkan militer Indonesia untuk menghancurkan pemberontakan Pemerintahan Revolusioner Republik Indonesia-Permesta. Sejumlah serbuan Angkatan Udara Republik Indonesia di Manado menghancurkan pesawat-pesawa B-26. Sementara itu, seorang dari mereka ditembak jatuh pada 18 Mei 1958 oleh pilot Indonesia diatas Kepulauan Ambon. Pilot B-26, agen CIA Amerika Allen Pope, tertangkap hidup, yang menyorot keterlibatan lebih dalam CIA di pemberontakan tersebut. Konsekuensinya CIA memulai menarik dukungannya pada pemberontakan. Pope sudah berusaha mengakui dan dihukum mati di Jakarta, sebelum dilepaskan di kemudian hari.