Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Pembantaian pesantren Walisongo adalah nama yang diberikan untuk serangkaian serangan oleh militan Kristen pada tanggal 28 Mei 2000 di beberapa desa yang didominasi oleh warga Muslim di kecamatan Poso Kota, Poso, Sulawesi Tengah, sebagai bagian dari konflik sektarian yang lebih luas di wilayah Poso. Secara resmi jumlah tewas dalam serangan tersebut adalah 165 orang, tetapi tidak ada angka yang pasti berapa banyak yang meninggal. Jumlah korban tewas diyakini lebih besar dari 39 orang jika dihitung dari jumlah tubuh yang kemudian ditemukan di 3 kuburan massal, dan sama dengan atau di bawah 191 dikutip dari sebuah sumber Muslim. Pembantaian ini dinamai sesuai nama Pesantren Walisongo di Sintuwulemba, tempat sebagian besar dari pembantaian seperti ini terjadi. Tiga pemimpin kelompok milisi Kristen setempat kemudian dihukum dan dieksekusi mati pada tahun 2006 untuk kejahatan yang dilakukan selama pembantaian.