Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Minamoto no Yoshitsune
Di lain pihak, rakyat sangat menyenangi Yoshitsune sebagai pahlawan yang berhasil menghancurkan klan Taira. Kepopuleran Yoshitsune di mata rakyat menyebabkan kedudukan Yoritomo sebagai pemimpin klan Minamoto menjadi terancam. Yoritomo begitu kesal karena dirinya sendiri tidak cukup diberi wewenang dari kaisar untuk memberi kenaikan pangkat dan golongan bagi para bawahan. Selain itu, Surat Koshigoe yang ditulis Yoshitsune diperkirakan membuat kemarahan Yoritomo menjadi memuncak. Surat tersebut ditandatangani Yoshitsune sebagai "Minamoto no Yoshitsune", dan Yoritomo menganggap Yoshitsune memakai nama klan Minamoto untuk kepentingan pribadi. Pada waktu itu, Yoritomo memang baru saja mengeluarkan perintah tentang penggunaan nama keluarga Minamoto. Selain itu, di dalam pemerintahan Yoritomo sedang berlangsung pemberian gelar dan jabatan berdasarkan jasa-jasa. Yoritomo memang bermaksud tidak mengizinkan Yoshitsune dan Noriyori untuk menggunakan nama keluaga Minamoto. Nama keluarga Minamoto hanya boleh dipakai Yoritomo sendiri, dan sebagian kecil penasehat senior yang masih kerabat dekat.