Shinto
Tentang pengaruh agama Buddha yang lain tampak pada hal-hal seperti anggapan bahwa dewa-dewa Shintoisme merupakan Awatara Buddha (penjelmaan dari Buddha dan Bodhisatwa), Dainichi Nyorai (cahaya besar) merupakan figur yang disamakan dengan Waicana (salah satu dari dewa-dewa penjuru angin dalam Budhisme Mahayana), hal ini berlangsung sampai abad ketujuh belas masehi.
Setelah abad ketujuh belas timbul lagi gerakan untuk menghidupkan kembali ajaran Shinto murni di bawah pelopor Kamamobuchi, Motoori, Hirata, Narinaga dan lain-lain dengan tujuan bangsa Jepang ingin membedakan “Badsudo” (jalannya Buddha) dengan “Kami” (roh-roh yang dianggap dewa oleh bangsa Jepang) untuk mempertahankan kelangsungan kepercayaannya.
Pada abad kesembilan belas tepatnya tahun 1868 agama Shinto diproklamirkan menjadi agama negara yang pada saat itu agama Shinto mempunyai 10 sekte dan 21 juta pemeluknya. Sejak saat itu dapat dikatakan bahwa paham Shintoisme merupakan ajaran yang mengandung politik religius bagi Jepang, sebab saat itu taat kepada ajaran Shinto berarti taat kepada kaisar dan berarti pula berbakti kepada negara dan politik negara.
Agama Ryukyu
Agama Ryukyu, Ryukyu Shinto (琉球神道), Nirai Kanai Shinkou (ニライカナイ信仰), atau Utaki Shinkou (御嶽信仰) adalah sistem kepercayaan adat pribumi dari Kepulauan Ryukyu. Walaupun legenda-legenda dan tradisi-tradisi yang spesifik mungkin sedikit berbeda dari tempat ke tempat dan dari pulau ke pulau, agama Ryukyu umumnya ditandai dengan pemujaan leluhur (lebih tepat disebut "penghormatan leluhur") dan menghormati hubungan antara orang hidup, orang mati, serta dewa-dewa dan roh-roh dari dunia alam. Beberapa dari keyakinan tersebut, seperti hal-hal yang menyangkut roh-roh lokus genius(roh penjaga tempat-tempat tertentu) dan banyak makhluk lainnya yang tergolong di antara para dewa dan manusia, adalah indikasi dari akar animisme kuno, seperti perhatiannya terhadap (まぶい), atau esensi kehidupan.