Reformasi Protestan
Setelah runtuhnya lembaga-lembaga biara dan skolastisisme di Eropa pada akhir abad pertengahan, yang diperparah oleh Pembuangan ke Babel dari Kepausan Avignon, Skisma Besar, dan kegagalan pembaruan oleh Gerakan Konsiliar, pada abad ke-16 mulai matang perdebatan budaya yang besar mengenai pembaruan keagamaan dan kemudian juga nilai-nilai keagamaan yang dasariah. Para ahli sejarah pada umumnya mengasumsikan bahwa kegagalan untuk mereformasi (terlalu banyak kepentingan pribadi, kurangnya koordinasi di kalangan koalisi pembarua), akhirnya menyebabkan gejolak yang lebih besar atau bahkan revolusi, karena sistemnya akhirnya harus disesuaikan atau runtuh, dan kegagalan Gerakan Konsiliar melahirkan Reformasi Protestan di Eropa bagian barat. Gerakan-gerakan reformis yang frustrasi ini merentang dari nominalisme, ibadah modern, hingga humanisme yang terjadi berbarengan dengan kekuatan-kekuatan ekonomi, politik dan demografi yang ikut menyebabkan ketidakpuasan yang kian meningkat terhadap kekayaan dan kekuasaan kaum agamawan elit, membuat masyarakat semakin peka terhadap kehancuran finansial dan moral dari gereja Renaisans yang sekuler.
Perang Tiga Puluh Tahun
Kebanyakan orang sepakat dengan perdamaian yang diakui pada Traktat Wina (1606), kecuali Rudolf II. Dia mengklaim wabah yang menyebar di Bohemia adalah bukti bahwa Tuhan tidak senang dengan konsesi yang diberikannya kepada penganut Protestan. Dia juga mencela Matthias dan Ferdinand II atas akomodasi mereka dengan orang-orang Protestan dan dengan orang-orang Turki. Matthias bersekutu dengan tanah milik Hongaria yang Protestan dan bergerak melawan Rudolf II. Kemudian Rudolf II menyerah, dan memberikan Hongaria, Austria, dan Moravia kepada Matthias pada tahun 1608, dan Bohemia pada tahun 1611. Rudolf II dipaksa menandatangani "Letter of Majesty" pada tahun 1609, dan memberikan hak kepada penduduk Bohemia untuk memilih agama Katolik, Lutheranisme, atau satu dari dua kelompok ajaran Husite. Gereja-gereja Protestan, sekolah, dan juga kuburan ditoleransi. Penurunan efektif atas otoritas Kekaisaran Romawi Suci berkontribusi pada akhir periode perdamaian di negara-negara Jerman. Dalam dasawarsa terakhir di abad ke-16, negara-negara ini saling bermusuhan dan dimiliterisasi. Untuk beberapa saat, Reformasi Katolik diuntungkan dari perdebatan sengit, atau bahkan perang kecil antara pemeluk Lutheran dan Kalvinis. Namun semakin banyak pemeluk Protestan mengesampingkan perbedaan keduanya, betapapun besarnya, dalam menghadapi desakan penguasa Katolik yang ingin memenangkan kembali wilayah-wilayah yang hilang akibat Protestanisme.