Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Sanada Yukimura
Tahun 1600, Pertempuran Sekigahara meletus antara pasukan barat yang dipimpin Ishida Mitsunari, wali klan Toyotomi dan pasukan timur yang dipimpin Tokugawa Ieyasu. Dalam pertempuran ini Yukimura dan ayahnya, Masayuki berpihak pada pasukan barat, namun kakaknya, Sanada Nobuyuki berpihak pada Tokugawa. Yukimura meraih popularitasnya dalam pertahanan Kastil Ueda dimana dia menahan 40.000 tentara yang dipimpin Tokugawa Hidetada hanya dengan 2000 orang. Tokugawa Ieyasu hampir menghukum mati seluruh klan Sanada karena perlawanan mereka yang keras itu, namun karena memandang Nobuyuki yang berpihak padanya, dia hanya mengasingkan Yukimura dan Masayuki ke Kudoyama, provinsi Kii. Disana, Masayuki meninggal, desas-desus mengatakan dia dibunuh atas perintah Tokugawa Ieyasu.