Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Kota Ambon
Di kota sudah terjadi beberapa kerusuhan yang mengikutsertakan SARA. Kerusuhan yang paling terkenal adalah Kerusuhan Ambon 1999 yang terjadi karena masalah politik, namun mengikutsertakan unsur SARA, terutama agama. Meskipun kerusuhan ini, telah terselesaikan dengan Perjanjian Malino, penghancuran sarang serta penghukuman provokator kerusuhan, kerusuhan dengan sebab yang serupa terjadi lagi pada tahun 2011 dan menewaskan beberapa orang, namun langsung diredakan. Saat kedua kerusuhan, terutama Kerusuhan 1999 terjadi, kota terluluhlantahkan dan meninggalkan banyak kenangan pahit. Kerusuhan 1999 pun menimbulkan munculnya ribuan pengungsi yang di antaranya mengungsi ke Jakarta. Banyak orang yang tidak menginginkan peristiwa ini terulang kembali, bahkan mantan penjihad pun beranggapan demikian. Untuk memperingati kerusuhan-kerusuhan ini dan menegakkan perdamaian, didirikanlah Gong Perdamaian Dunia yang terletak di pusat kota. Gong Perdamaian Dunia tersebut merupakan Gong Perdamaian Dunia ke-35 di dunia dan ke-2 di Indonesia setelah didahului gong sesamanya di Bali.