Koresh yang Agung
Tahun 540 SM, Koresh merebut Elam (Susiana) dan ibukotanya, Susan. Tawarikh Nabonidus mencatat bahwa sebelum perang itu, Nabonidus memindahkan patung-patung dewa ke dalam ibukota Babilon, sehingga diperkirakan perang dimulai pada musim dingin 540 SM. Harran Stelae H2 - A, dan Tawarikh Nabonidus (tahun ke-17) menunjukkan Nabonidus merayakan tahun baru Akitu pada tanggal 1 Nissanu (4 April 539 SM) di Babilon. Di awal Oktober 539 SM, Koresh mengalahkan tentara Babel dalam Perang Opis, dengan sungai Tigris, di utara Babilon. Tanggal 10 Oktober, kota Sippar jatuh tanpa perlawanan berarti. Tanggal 15 Oktober, Gubaru, panglima Koresh, memasuki ibukota Babilon, tanpa perlawanan berarti dari tentara Babel. Herodotus menjelaskan bahwa tentara Persia menggunakan danau yang dibuat oleh ratu Babel, Nitokris, tadinya untuk melindungi Babilon dari serangan kerajaan Media, untuk membelokkan aliran sungai Efrat ke dalam kanal sehingga tinggi air tinggal selutut. Ini memudahkan tentara Persia untuk masuk kota melalui sungai pada waktu malam. Hal ini tidak berbeda dengan catatan dalam Kitab Daniel, bahwa raja Belsyazar dibunuh oleh tentara Persia pada waktu malam tanpa peperangan besar (). Pada tanggal 29 Oktober, Koresh masuk kota Babilon.
Sanherib
Pada masa pemerintahannya Sanherib banyak mengalami masalah dengan Babilonia. Peperangannya yang pertama terjadi pada 703 SM melawan Merodakh-Baladan orang Kasdim yang merebut takhta Babilonia dan mengumpulkan sekutu yang didukung oleh orang-orang Khaldea, Aram, dan Elam. Kunjungan utusan-utusan Babilonia ke Hizkia dari Yehuda terjadi pada masa ini. Para sekutunya itu ingin menggunakan pergolakan yang terjadi karena naik takhtanya Sanherib. Sanherib membagi dua pasukannya dan membiarkan satu kelompok menyerang musuh yang ditempatkan di Kish sementara ia bersama sisa pasukannya pergi untuk merebut kota Kutha. Setelah itu, raja kembali dengan segera untuk membantu sisa pasukannya. Pemberontakan dikalahkan dan Merodakh-Baladan melarikan diri. Babilonia direbut, dan istananya dijarah, namun warga negeri itu tidak diapa-apakan. Orang-orang Asyur mencari Merodakh-Baladan, khususnya di rawa-rawa di selatan, tetapi ia tidak ditemukan. Pasukan-pasukan pemberontak di kota-kota Babilonia dibasmi dan di takhta negeri itu ditempatkan seorang Babilonia yang dibesarkan di istana Asyur yang bernama Bel-Ibni.