Tempat Pengasingan Boven Digoel
Para tawanan di Digul sebenarnya tidak mengalami penyiksaan fisik. Namun, kondisi alam di Digul terbilang keras. Beberapa hal yang mempersulit kehidupan para tawanan meliputi iklim yang buruk, serangan nyamuk penjangkit malaria, keterasingan dari peradaban manusia, juga diserang demam yang tinggi hingga kencing hitam yang diderita oleh para tawanan ini dan juga rasa rindu kepada keluarga. Selain itu, masih ada ancaman serangan dari suku-suku liar yang menghuni kawasan itu. Maka dari itu, penjara di Boven Digul merupakan penjara alam yang dapat mematikan manusia, ibarat penjara tanpa bilik yang menggambarkan kondisi Boven Digoel pada saat itu yang sepi dan memberikan cekaman kebosanan bagi mereka para tawanan yang dibuang ke daerah ini.
Akibat stres yang berkepanjangan, sejumlah tawanan menderita gangguan jiwa. Bahkan, ada beberapa kasus bunuh diri di antara para tawanan tersebut. Lingkungan yang seperti itu telah memakan korban jiwa. Kondisi di penjara ini juga terbilang sangat mengerikan, karena antar tawanan dengan tawanan sering bertengkar, bermusuhan, hingga saling membunuh, sehingga terlihat seperti hukuman mati dalam jangka panjang. Di luar suku Irian yang masih primitif tersebut itulah yang membuat mereka para suku Irian tidak mempunyai rasa bersahabat dengan para tawanan, dan pada akhirnya para tawanan yang bermaksud untuk lari dari penjara yang dibuat oleh Belanda ini tidak akan berhasil melewati para suku lokal yang tidak bersahabat ini.
Rumah Pengasingan Bung Karno
Pada 1 Mei 2012 diletakkan batu pertama sebagai tanda renovasi Situs Bung Karno. Secara resmi, situs tersebut direnovasi pada 23 Juni 2012. Renovasi dilakukan secara total, mulai dari dinding, lantai sampai atap, tetapi tidak mengubah bangunan lama. Rencana renovasi merupakan inisiatif Wakil Presiden Boediono yang berkunjung ke Ende pada tahun 2009 dalam rangka menelusuri jejak pelopor utama kemerdekaan. Tujuan merenovasi Situs Bung Karno di Ende adalah untuk membuat ikatan batin antara Ende dan Republik Indonesia, antara satu generasi dengan generasi yang akan datang. Keterlibatan aktif Boediono ini diwujudkan dengan membentuk Yayasan Ende Flores yang kegiatan pertamanya adalah pemugaran bangunan fisik Rumah Pengasingan Bung Karno di Ende. Pembangunan dilaksanakan selama kurang lebih satu tahun di bawah pengawasan Yayasan Ende Flores yang berkoordinasi dengan Direktorat Pelestarian Cagar Budaya dan Permuseuman, Direktorat Jenderal Kebudayaan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan. Situs bersejarah yang telah selesai dipugar diresmikan oleh Wakil Presiden Boediono pada tanggal 1 Juni 2013 yang bertepatan dengan peringatan hari Kelahiran Pancasila.