Rifa'iyah
Dia hidup dipengasingan sampai ajalnya menjemputnya di Ambon pada Kamis 25 Robiul Akhir 1286 H (usia 86 tahun), ada riwayat lain yang mengatakan dia wafat pada 1292 H (92 tahun, semoga yang ini benar, karena itu berarti dia panjang umur) di kampung Jawa Tondano Kabupaten Minahasa, Manado Sulawesi Utara dan dimakamkan di komplek makam pahlawan Kiai Modjo di sebuah bukit yang terletak kurang lebih 1 km dari kampung Jawa Tondano (Jaton) .
Setelah beberapa kali keluar masuk penjara Kendal dan Semarang karena dakwahnya tegas, dalam usia 30 tahun, Ahmad Rifai berangkat ke Mekkah untuk menunaikan ibadah haji, ke Madinah ziarah Makam Rosululloh SAW dan memperdalam ilmu di sana selama 8 tahun. Dan kemudian di Mesir selama 12 tahun. Di Haramain (Mekkah dan Madinah) ia berguru kepada Syaikh Abdul Aziz Al Habisyi, Syaikh Ahmad Ustman dan Syaikh Is Al -Barawi. Sedang di Mesir ia berguru pada Syaikh Ibrahim Al Bajuri dan kawan-kawan.
Muhammad bin Yahya
Pada tanggal 26 Rabiul Awal tahun 1366 Hijriyah atau bertepatan dengan 17 Februari 1947 Masehi, Habib Muhammad bin Yahya gelar Raden Syarif Pangeran Noto Igomo wafat. Jenazahnya dimakamkan di komplek Makam kelambu kuning, Melayu, Tenggarong, Kutai Kartanegara, Kalimantan Timur. Peristirahatan terakhirnya tersebut berdekatan dengan makam istri dan mertuanya, Sultan Aji Muhammad Alimuddin. Saat ini, Komplek pemakaman Sultan Aji Muhammad Alimuddin and Pangeran Noto Igomo telah dijadikan sebagai bangunan cagar budaya oleh pemerintah Kabupaten Kutai Kartanegara.