Koresh yang Agung
Tahun 540 SM, Koresh merebut Elam (Susiana) dan ibukotanya, Susan. Tawarikh Nabonidus mencatat bahwa sebelum perang itu, Nabonidus memindahkan patung-patung dewa ke dalam ibukota Babilon, sehingga diperkirakan perang dimulai pada musim dingin 540 SM. Harran Stelae H2 - A, dan Tawarikh Nabonidus (tahun ke-17) menunjukkan Nabonidus merayakan tahun baru Akitu pada tanggal 1 Nissanu (4 April 539 SM) di Babilon. Di awal Oktober 539 SM, Koresh mengalahkan tentara Babel dalam Perang Opis, dengan sungai Tigris, di utara Babilon. Tanggal 10 Oktober, kota Sippar jatuh tanpa perlawanan berarti. Tanggal 15 Oktober, Gubaru, panglima Koresh, memasuki ibukota Babilon, tanpa perlawanan berarti dari tentara Babel. Herodotus menjelaskan bahwa tentara Persia menggunakan danau yang dibuat oleh ratu Babel, Nitokris, tadinya untuk melindungi Babilon dari serangan kerajaan Media, untuk membelokkan aliran sungai Efrat ke dalam kanal sehingga tinggi air tinggal selutut. Ini memudahkan tentara Persia untuk masuk kota melalui sungai pada waktu malam. Hal ini tidak berbeda dengan catatan dalam Kitab Daniel, bahwa raja Belsyazar dibunuh oleh tentara Persia pada waktu malam tanpa peperangan besar (). Pada tanggal 29 Oktober, Koresh masuk kota Babilon.
Dinasti Babilonia Pertama
Asal usul yang pasti dari dinasti ini sulit diketahui secara pasti karena keadaan topografi Babilon itu sendiri, yang memiliki permukaan air yang tinggi, sehingga tidak menyisakan banyak peninggalan arkeologis yang utuh. Dengan demikian bukti-bukti untuk sejarah Babilonia justru banyak yang berasak dari daerah di sekitarnya dan catatan tertulis. Tidak banyak yang diketahui tentang para raja dari Sumuabum sampai Sin-muballit selain fakta bahwa mereka adalah orang Amoriah dan bukannya orang Akkadia. Akan tetapi, diketahui bahwa mereka mengumpulkan wilayah tanah yang tidak terlalu luas. Ketika Hammurabi (yang juga adalah orang Amoriah) naik tahta menjadi raja Babilon, kekaisaran itu hanya terdiri dari beberapa kota dan sedikit wilayah sekitarnya: Dilbat, Sippar, Kish, dan Borsippa. Setelah Hammurabi menjadi raja, dia berhasil memperoleh banyak sekali kemenangan militer dengan menaklukan kota-kota lain yang dapat memberi keuntungan bagi Bablion. Dengan kemenangan-kemenangan militernya itu, banyak tanah yang direbut oleh kekaisaran. Akan tetapi, meskipun Bablion sudah menjadi jauh lebih kuat berkat Hammurabi, Babilon masih belum menjadi daerah penting di Mesopotamia, tidak seperti Assyria, yang ketika itu dipimpin oleh Shamshi-Adad I, ataupun Larsa, yang ketika itu dipimpin oleh Rim-Sin.