Restorasi Kemmu
Takauji tetap berangkat Kamakura walaupun tidak mendapat surat perintah dari kaisar. Kaisar Go-Daigo akhirnya mengangkat Ashikaga Takauji sebagai Seitō Shōgun. Di Kamakura, Pasukan Ashikaga berhasil mengusir pasukan Hōjō Tokiyuki, tetapi Ashikaga Takauji terus menduduki Kamakura dan tidak mau kembali ke Kyoto. Takauji membangkang surat perintah Kaisar Go-Daigo yang memerintahkannya kembali ke Kyoto. Dengan caranya sendiri, Takauji memberi hadiah kepada samurai yang menjadi anak buahnya. Tanah milik klan Nitta di wilayah Kanto disitanya dengan sewenang-wenang dan dibagi-bagikan kepada anak buahnya. Dalam pernyataannya, Takauji mengatakan bahwa di antara samurai yang setia terhadap kaisar, Nitta Yoshisada (kepala kantor prajurit Mushadokoro) yang memiliki kekuatan militer yang terbesar adalah pihak yang berbahaya bagi kaisar. Berdasarkan alasan tersebut, Takauji meminta izin Kaisar Go-Daido untuk menghancurkan Nitta Yoshisada dan pengikutnya.
Shinji Ikari
Setelah dipaksa untuk melawan Unit-03 yang dikendalikan Bardiel di mana Toji terperangkap di dalam Unit-03 tersebut, Shinji memutuskan untuk keluar dari Nerv. Namun dia kembali setelah Zeruel muncul dan melumpuhkan unit Evangelion yang lain. Shinji mengalahkan Malaikat tersebut dan mencapai rasio sinkronisasi 400% dengan Unit-01nya dan terperangkap di dalam inti Unit-01 selama satu bulan sebelum akhirnya dibebaskan. Setelah Rei seolah-olah terbunuh dan kemudian menjadi sehat kembali, dan Asuka masuk dalam fase koma, Shinji mengalami depresi. Dia kemudian bertemu dengan Kaworu Nagisa dan mereka berdua berteman. Namun, kemudian terungkap bahwa Kaworu sebenarnya adalah Malaikat terakhir dan Shinji dipaksa untuk membunuhnya.