Sejarah Daerah Istimewa Yogyakarta
Pada tahun 1948, Pemerintah Pusat mulai mengatur Pemerintah Daerah dengan mengeluarkan UU No. 22/1948 tentang UU Pokok Pemerintahan Daerah. Dalam UU tersebut diatur susunan dan kedudukan Daerah Istimewa baik dalam diktum maupun penjelasannya. Walaupun demikian, pemerintah pusat belum sempat mengeluarkan UU untuk membentuk pemerintahan daerah karena harus menghadapi Agresi Militer Belanda II pada 19 Desember 1948 yang menghajar Ibukota Yogyakarta. Pemerintahan DIY-pun ikut menjadi lumpuh. Sultan HB IX dan Sri Paduka PA VIII meletakkan jabatan sebagai Kepala Daerah Istimewa sebagai protes kepada Belanda. Pasca Serangan Oemoem 1 Maret 1949, Yogyakarta dijadikan Daerah Militer Istimewa dengan Gubernur Militer Sri Paduka Paku Alam VIII. Keadaan ini berlangsung sampai tahun 1950.
Pura Pakualaman
Namun ada perbedaan antara Puro Paku Alaman Yogyakarta dengan Istana kerajaan-kerajaan Nusantara yang lain. Sri Paduka Paku Alam selain sebagai Yang Dipertuan Pemangku Tahta Adat /Kepala Puro Paku Alaman juga memiliki kedudukan yang khusus dalam bidang pemerintahan sebagai bentuk keistimewaan daerah Yogyakarta. Dari permulaan DIY berdiri (de facto 1946 dan de yure 1950) sampai tahun 1998 Sri Paduka Paku Alam secara otomatis diangkat sebagai Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah Istimewa yang tidak terikat dengan ketentuan masa jabatan, syarat, dan cara pengangkatan Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah lainnya (UU 22/1948; UU 1/1957; Pen Pres 6/1959; UU 18/1965; UU 5/1974). Antara 1988-1998 Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah Istimewa ditunjuk sebagai penjabat jabatan Gubernur/Kepala Daerah Istimewa. Setelah 1999 keturunan Sri Paduka Paku Alam tersebut yang memenuhi syarat mendapat prioritas untuk diangkat menjadi Wakil Gubernur/Wakil Kepala Daerah Istimewa (UU 22/1999; UU 32/2004). Saat ini yang menjadi Yang Dipertuan Pemangku Tahta adalah Sri Paduka Paku Alam IX