Maluku Utara
Atas dasar itu, pemerintah membentuk Provinsi Maluku Utara (dengan ibukota sementara di Ternate) yang dikukuhkan dengan Undang-Undang Nomor 46 tahun 1999 tentang Pemekaran Provinsi Maluku Utara, Kabupaten Buru dan Kabupaten Maluku Tenggara Barat.
Kota Ambon
Kota Ambon merupakan pusat pelabuhan, pariwisata, dan pendidikan bagi wilayah Kepulauan Maluku. Dari antara beberapa pelabuhan di kota, Pelabuhan Yos Sudarso di kota ini menjadi pelabuhan utama kota dan provinsi. Kota disebut sebagai pusat pariwisata karena menawarkan beragam jenis wisata, mulai dari alam, budaya, bahari, hingga kuliner. Keberadaan Ambon sebagai pusat pendidikan bisa dilihat dari penyelenggaraan pesta pendidikan, rata-rata lama sekolah yang tinggi, dan ketersediaan sarana dan prasarana pendidikan sejak zaman penjajahan. Kota ini pun memiliki PDRB terbesar dan PDRB per kapita tertinggi di Maluku. Selain itu, Ambon menyandang gelar sebagai kota musik.