Permesta
Selama 1957 pihak Amerika meningkatkan perhatian bahwa Indonesia akan sangat rapuh di bawah komunisme akibat meningkatnya pengaruh Partai Komunis Indonesia. Pada January 1958, Central Intellegence Agency mulai mengembangkan jaringan dukungan misi rahasia kepada pemberontak PRRI dan Permesta. CIA mendukung pemberontak Permesta dalam bentuk pemberian 15 buah bomber B-26 dan fighter P-51 Mustang yang membentuk pemberontak angkatan udara bernama "Angkatan Udara Revolusioner" dengan markas di lapangan udara Manado, jumlah besar senjata dan peralatan lainnya, dana yang signifikan, ditambah agen CIA internasional dan tentara bayaran dari Taiwan, Filipina, dan Amerika. Merasa berani dengan suplai dari CIA, para pemberontak memulai serangkaian serangan udara di Sulawesi dan Maluku yang dipegang pemerintah pusat. Kota-kota tersebut dibom oleh pesawat-pesawat pemberontak yang dipiloti CIA, termasuk Balikpapan, Makassar, dan Ambon. Pada 15 Mei 1958, para pesawat pemberontak membom pasar Ambon, membunuh sejumlah besar warga sipil yang menghadiri hari kenaikan Yesus pada hari minggu.
PTMN Cepu
Sampai akhir 1966 kegiatan pemurnian dan pengolahan sebagai rangkaian usaha pertambangan minyak dan gas bumi, dilaksanakan oleh PT Shell yang mengoperasikan kilang-kilang Plaju, Wonokromo, dan Balikpapan. Sedangkan Cepu dioperasikan PT Shell sampai tahun 1962 yang kemudian dibeli Pemerintah dan dioperasikan PN Permigan.
Kemudian, semenjak PTMN dinonaktifan 25 Agustus 1949 dan berlaku surut 19 Desember 1948, Cepu Barat dikuasai Komando Daerah Militer Blora sampai dengan 1951 dan lalu dikuasai oleh PTMRI. Sedangkan PTMN Cepu dinonaktifkan, 25 Agustus 1949. Tapi kemudian Cepu dimanfaatkan sebagai pusat pendidikan. Di sini dibuka Akademi Minyak dan Gas Bumi (Akamigas).
Tahun 1962 PN Permigan membangun pabrik lilin (wax plant) di Cepu karena sejak pengoperasian kilang ini oleh PN Permigan, residu yang banyak mengandung lilin tidak dapat lagi dikirim ke kilang Balikpapan untuk diolah. Pembangunan pabrik lilin ini dapat diselesaikan pada 1964. Kemudian fasilitas pemasaran bekas PN Permigan diserahkan kepada PN Pertamin, dan fasilitas produksi kepada PN Permina. Di masa pembangunan, perusahaan-perusahaan minyak yang ada menjadi sumber income negara, menghasilkan devisa. Selain juga menjaga security of supply BBM.