Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Kota Ambon
Sebagai bagian dari provinsi kepulauan, dalam bagian kelautan Kota Ambon terhubung dengan pulau-pulau lainnya di Maluku melalui jasa layanan kapal feri atau kapal motor lainnya. Kota memiliki tiga buah pelabuhan penyeberangan, yakni Galala, Poka, dan Ambon. Aktivitas ekonomi melalui laut dilayani oleh pelabuhan peti kemas. Kini, pelabuhan peti kemas hanyalah Pelabuhan Ambon yang dikelola oleh PT Pelindo IV. Pada awal 2018, pelabuhan sudah mampu melakukan pengiriman langsung ke luar negeri yang nantinya dapat memangkas biaya angkut sebesar 50%.