Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Kabupaten Maluku Utara
Pada tanggal 20 Maret 1999, Kota Ternate ditetapkan menjadi kotamadya yang terpisah dari Kabupaten Maluku Utara. Tanggal 4 Oktober 1999, kabupaten Maluku Utara bersama dengan Kabupaten Halmahera Tengah menjadi bagia dari Provinsi Maluku Utara, yakni pemekaran dari Provinsi Maluku. Tanggal 25 Februari 2003, Kabupaten Maluku Utara dipecah menjadi empat kabupaten, yakni: