Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Ōnin
Pada 6 Februari 1467, Sōzen berhasil membujuk Shogun Yoshimasa untuk memberikan amnesti bagi Yoshinari. Keinginan Shogun Yoshimasa tidak dapat ditolak Kanrei Hatakeyama Masanaga Katsumoto. Yoshinari diundang ke Hana no Gosho (Istana Bunga) yang merupakan kediaman resmi shogun. Shogun Yoshimasa membatalkan acara rutin tahun baru untuk menghadiri perjamuan di rumah kediaman Sōzen yang dihadiri Yoshinari. Dalam perjamuan tersebut, Shogun Yoshimasa mengakui Yoshinari sebagai pimpinan keluarga Hatakeyama, dan Masanaga dimintanya untuk menyerahkan rumah kediaman resmi kanrei.