Kekhalifahan Abbasiyah
Bagaimanapun tentara Mamluk membantu sekaligus menyulitkan kekhalifahan Abbasiyah. karena berbagai kondisi yang ada di umat muslim saat itu pada akhirnya kekhalifahan ini hanya menjadi simbol dan bahkan tentara Mamluk ini, yang kemudian dikenal dengan "Bani Mamalik" berhasil berkuasa, yang pada mulanya mengambil inisiatif merebut kekuasaan kerajaan Ayyubiyyah yang pada masa itu merupakan kepanjangan tangan dari khilafah Bani Abbas, hal ini disebabkan karena para penguasa Ayyubiyyah waktu itu kurang tegas dalam memimpin kerajaan. Bani Mamalik ini mendirikan kesultanan sendiri di Mesir dan memindahkan ibu kota dari Baghdad ke Cairo setelah berbagai serangan dari tentara tartar dan kehancuran Baghdad sendiri setelah serangan Mongol di bawah pimpinan Hulagu Khan. Walaupun berkuasa Bani Mamalik tetap menyatakan diri berada di bawah kekuasaan (simbolik) kekhalifahan, dimana khalifah Abbasiyyah tetap sebagai kepala negara.
Dinasti Ayyubiyah
Salahuddin membentuk struktur pemerintahan yang berasaskan kedaulatan kolektif: ia membentuk sebuah konfederasi yang terdiri dari berbagai wilayah yang disatukan oleh gagasan pemerintahan keluarga. Berdasarkan sistem ini, terdapat sejumlah "sultan kecil", sementara salah satu anggota keluarga Ayyubiyah akan menjadi "as-Sultan al-Mu'azzam", yaitu pemegang jabatan tertinggi. Setelah kematian Salahuddin, jabatan yang amat didambakan tersebut diperebutkan oleh anggota keluarga Ayyubiyah. Persaingan yang terjadi di antara anggota Bani Ayyubiyah di Mesir dan Suriah menjadi begitu sengit sampai-sampai salah satu dari antara mereka kadang-kadang akan bekerja sama dengan Tentara Salib. Kedua wilayah itu sendiri memiliki gaya pemerintahan yang berbeda. Di Suriah, setiap kota besar diperintah oleh seorang anggota keluarga Ayyubiyah yang relatif independen, sementara di Mesir, terdapat tradisi pemerintahan tersentralisasi yang memungkinkan kendali langsung atas provinsi-provinsi lain dari ibu kota di Kairo. Namun, Kekhalifahan Abbasiyah di Baghdad masih memegang hegemoni di wilayah Ayyubiyah, terutama di Asia Barat Daya. Contohnya, hakim kepala Damaskus masih diangkat oleh Abbasiyah pada masa kekuasaan Ayyubiyah.