Maluku Utara
Pada awal pendiriannya, Provinsi Maluku Utara beribukota di Ternate yang berlokasi di kaki Gunung Gamalama, selama 11 tahun. Tepatnya sampai dengan 4 Agustus 2010, setelah 11 tahun masa transisi dan persiapan infrastruktur, ibukota Provinsi Maluku Utara dipindahkan ke Kota Sofifi yang terletak di Pulau Halmahera yang merupakan pulau terbesarnya.
Kota Ambon
Kota Ambon merupakan pusat pelabuhan, pariwisata, dan pendidikan bagi wilayah Kepulauan Maluku. Dari antara beberapa pelabuhan di kota, Pelabuhan Yos Sudarso di kota ini menjadi pelabuhan utama kota dan provinsi. Kota disebut sebagai pusat pariwisata karena menawarkan beragam jenis wisata, mulai dari alam, budaya, bahari, hingga kuliner. Keberadaan Ambon sebagai pusat pendidikan bisa dilihat dari penyelenggaraan pesta pendidikan, rata-rata lama sekolah yang tinggi, dan ketersediaan sarana dan prasarana pendidikan sejak zaman penjajahan. Kota ini pun memiliki PDRB terbesar dan PDRB per kapita tertinggi di Maluku. Selain itu, Ambon menyandang gelar sebagai kota musik.