Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Jesuit Refugee Service
Pada saat hasil jajak pendapat di Timor Timur diumumkan, begitu banyak orang Timor Timur terpaksa melarikan diri karena situasi yang tidak aman. JRS Indonesia kemudian mendirikan JRS Timor Barat pada tanggal 11 September 1999 untuk melayani para pengungsi dari Timor Timur. Fr. Andre Sugijopranoto SJ ditunjuk sebagai direktur JRS Timor Barat dan berkedudukan di Kupang, NTT. Pada hari yang sama direktur JRS Timor Timur dibunuh di Dili.