Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Bobonaro
Distrik ini merupakan tempat tujuan populer di Timor Leste, karena gunung-gunung dan sumber air panasnya, namun mengalami banyak sekali kekerasan dalam perang demi kemerdekaan. Balibó, yang terletak sekitar 16 kilometer dari perbatasan Indonesia, diperkirakan oleh Human Rights Watch telah hancur 70% karena kekerasan kaum milisi sebelum referendum untuk kemerdekaan Timor Leste. Juga di sini terjadi pembunuhan terhadap lima orang wartawan yang berbasis di Australia (Balibo Lima) oleh pasukan-pasukan Indonesia pada 16 Oktober 1975 ketika Indonesia menyerbut masuk ke wilayah yang saat itu dikenal sebagai Timor Portugis