Rifa'iyah
Dia hidup dipengasingan sampai ajalnya menjemputnya di Ambon pada Kamis 25 Robiul Akhir 1286 H (usia 86 tahun), ada riwayat lain yang mengatakan dia wafat pada 1292 H (92 tahun, semoga yang ini benar, karena itu berarti dia panjang umur) di kampung Jawa Tondano Kabupaten Minahasa, Manado Sulawesi Utara dan dimakamkan di komplek makam pahlawan Kiai Modjo di sebuah bukit yang terletak kurang lebih 1 km dari kampung Jawa Tondano (Jaton) .
Setelah beberapa kali keluar masuk penjara Kendal dan Semarang karena dakwahnya tegas, dalam usia 30 tahun, Ahmad Rifai berangkat ke Mekkah untuk menunaikan ibadah haji, ke Madinah ziarah Makam Rosululloh SAW dan memperdalam ilmu di sana selama 8 tahun. Dan kemudian di Mesir selama 12 tahun. Di Haramain (Mekkah dan Madinah) ia berguru kepada Syaikh Abdul Aziz Al Habisyi, Syaikh Ahmad Ustman dan Syaikh Is Al -Barawi. Sedang di Mesir ia berguru pada Syaikh Ibrahim Al Bajuri dan kawan-kawan.
Dinasti Timuriyah
Tantangan tersebut tidak dapat dibalas oleh Syah Rukh, hal ini disebabkan kekuasaan dinasti Timuriyah mulai pecah. Syah Rukh meninggal dalam usia 72 tahun (1447). Setelah wafat, ia diganti oleh anaknya Ulug Beg (1447-1449 M), seorang raja yang alim dan sarjana ilmu pasti. Namun, masa kekuasaannya tidak lama. Dua tahun setelah berkuasa ia dibunuh oleh anaknya yang haus kekuasaan, Abdal-Latif (1449- 1450 M). Raja besar Dinasti Timuriyah yang terakhir adalah Abu Sa'id (1452-1469 M). Pada masa inilah kerajaan mulai terpecah belah. Wilayah kerajaan yang luas itu diperebutkan oleh dua suku Turki yang baru muncul ke permukaan, Kara Koyunlu (domba hitam) dan Ak Koyunlu (domba putih). Abu Sa'id sendiri terbunuh ketika bertempur melawan Uzun Hasan, penguasa Ak Koyunlu. Kematian Abu Sa’id ini sekaligus menandai keruntuhan dinasti Timuriyah. Dinasti ini berakhir sepenuhnya pada tahun 1507, ketika Muhammad Shaybani dari Uzbek menaklukkan pemerintahan Badi’ al-Zamand di Samarkand.