Permesta
Pada tahun 1960 Pihak Permesta Menyatakan kesediaanya untuk berunding dengan pemerintah pusat. Perundingan pun dilangsungkan Permesta diwakili oleh Panglima Besar Angkatan Perang Permesta, Mayor Jenderal Alex Evert Kawilarang serta pemerintah pusat diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Darat Nicolas Bondan. Dari perundingan tersebut tercapai sebuah kesepakatan yaitu bahwa pasukan Permesta akan membantu pihak TNI untuk bersama-sama menghadapi pihak Komunis di Jawa. Pada tahun 1961 Pemerintah Pusat melalui Keppres 322/1961 memberi amnesti dan abolisi bagi siapa saja yang terlibat PRRI dan Permesta tetapi bukan untuk itu saja bagi anggota DI/TII baik di Jawa Barat, Aceh, Jawa Tengah, Kalimantan Selatan dan Sulawesi Selatan juga berhak menerimanya.
Pelayaran Nasional Indonesia
Dengan modal awal 8 unit kapal, PEPUSKA harus bersaing dengan KPM yang armadanya lebih banyak dan memiliki kontrak-kontrak yang bersifat monopoli. Setelah PEPUSKA dibubarkan pada 28 April 1952, PT Pelni didirikan berdasarkan SK Menteri Perhubungan tanggal 28 Februari 1952 dan 19 April 1952. Presiden direktur Pelni yang pertama bernama Ma'moen Soemadipraja. Pada waktu itu, modal awal Pelni adalah 8 unit kapal yang diwariskan oleh Yayasan PEPUSKA. Kekurangan armada diatasi dengan memesan 45 unit kapal penumpang dari Eropa Barat dengan dana dari Bank Ekspor Impor Indonesia. Hingga kapal-kapal yang dipesan tiba, Pelni mencarter kapal-kapal asing untuk mengisi trayek yang ditinggalkan KPM. Selain itu, Pelni juga menambah jumlah armada dengan kapal-kapal hasil pampasan perang dari Jepang.