Perang Ōnin
Pada 27 September 1467, Ashikaga Yoshimi secara tiba-tiba melarikan diri dari Pasukan Timur, dan meminta perlindungan kepada Kitabatake Noritomo asal Provinsi Ise. Pembelotan Yoshimi diperkirakan menjadi sebab Shogun Yoshimasa memanggil kembali Ise Sadachika yang sebelumnya diusir akibat perubahan politik zaman Bunshō. Yoshimi diperkirakan membelot dari Pasukan Timur setelah mengetahui dirinya ingin disingkirkan oleh Shogun Yoshimasa dan Katsumoto, agar Yoshihisa dapat diangkat sebagai shogun. Setelah kelahiran Yoshihisa, Yoshimi sebenarnya sudah kehilangan tempat dalam Keshogunan Muromachi. Perang Ōnin menjadi berkepanjangan akibat Shogun Yoshimasa melanggar janji untuk memberikan jabatan shogun kepada Yoshimi, sementara Katsumoto yang melindungi shogun juga sekaligus mendukung Yoshimi. Di pihak yang berseberangan, Hino Tomiko dan Yamana Sōzen mendukung Yoshihisa untuk diangkat sebagai shogun.
Kyoto
Shogun Ashikaga Yoshimitsu mendirikan rumah kediaman mewah yang bernama Hana-no-Gosho di wilayah Kitakoji, Muromachi (sekarang di distrik Kamigyō). Hana-no-Gosho yang menjadi tempat tinggal keluarga Ashikaga Yoshimitsu habis terbakar pada masa Perang Ōnin (1467-1477). Shogun Ashikaga Yoshimitsu tinggal di Kitakoji Muromachi, sehingga dikenal sebagai Muromachi-dono (Tuanku Muromachi).
Pada masa Perang Ōnin yang mengawali zaman Sengoku, sebagian besar kota Kyoto sudah habis terbakar.Keadaan kota Kyoto menjadi lebih terpuruk setelah berulang kali dilanda peperangan. Sepanjang zaman Sengoku, Kyoto dijadikan kota benteng. Wilayah Kamigyō dan Shimogyō dipisahkan parit pertahanan yang disebut O-kamai (御構). Parit yang mengelilingi masing-masing wilayah digali untuk memisahkan wilayah Kamigyō yang dikuasai Pasukan Timur (Higashi-gun) dan wilayah Shimogyō yang dikuasai Pasukan Barat (Nishi-jin). Selain itu, Kamigyō dan Shimogyō juga dipisahkan oleh ladang-ladang. Jalan yang menghubungkan Kamigyō dan Shimogyō disebut Jalan Muromachi-dōri.