Nahdlatul 'Ulama
Pertama kali NU terjun pada politik praktis pada saat menyatakan memisahkan diri dengan Masyumi pada tahun 1952 dan kemudian mengikuti pemilu 1955. NU cukup berhasil dengan meraih 45 kursi DPR dan 91 kursi Konstituante. Pada masa Demokrasi Terpimpin NU dikenal sebagai partai yang mendukung Soekarno, dan bergabung dalam NASAKOM (Nasionalis, Agama, Komunis) Nasionalis diwakili Partai Nasional Indonesia (PNI) Agama Partai Nahdhatul Ulama dan Partai Komunis Indonesia (PKI).
Gereja Katolik di Indonesia
Pada tahun 1990-an dan mulai tahun 2000 juga ditandai dengan kekerasan terhadap umat Katolik pada khususnya dan Kristen pada umumnya. Namun mantan presiden Abdurrahman Wahid, yang juga seorang pemimpin Nahdlatul Ulama, salah satu organisasi Islam terbesar di Indonesia, telah memberikan kontribusi oleh beberapa penyatuan bagian-bagian yang berbeda dari beberapa kalangan.