Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Timor Belanda
Atas peranan diplomat VOC, Johannes Andreas Paravicini, 48 penguasa dari Solor, Rote, Sawu, Sumba, dan sebagian besar Timor bagian barat bersekutu dengan VOC pada tahun 1756. Hal tersebut menjadi awal kekuasaan Belanda di Timor Barat yang kini dikuasai Indonesia. Tokoh-tokoh yang menandatangani perjanjian tersebut antara lain Jacinto Correa (Hiacijinto Corea), Raja Wewiku-Wehali, dan Pangeran Besar Belu, yang juga menandatangani Perjanjian Paravicini yang mencurigakan atas nama 27 kerajaan yang dahulunya menjadi bawahannya di Timor Tengah. Beruntung bagi Portugis, Wehali tidak cukup kuat lagi untuk menarik semua penguasa lokal ke pihak VOC. Sehingga, 16 dari 27 bekas bawahan Wehali di timur tetap di bawah kekuasaan Portugal, sedangkan Wehali sendiri jatuh di bawah kekuasaan Belanda. Portugal juga menguasai eksklave di barat laut. Setelah bangkrutnya VOC pada tahun 1799, Timor Barat berada di bawah kekuasaan Belanda langsung (Republik Batavia saat itu). Selama peperangan era Napoleon, Timor Belanda juga dikuasai oleh Britania Raya.