Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Celah Timor
Negosiasi yang menentukan kepemilikan puluhan miliar dolar akan cadangan minyak dan gas terletak di lepas pantai Laut Timor, termasuk memutuskan batas-batas yang belum didefinisikan yang dikenal dengan Celah Timor, telah terjadi sejak tahun 2002. Namun meski sejumlah persetujuan interim, batas batas perairan yang permanen belum ditentukan. Australia dan perusahaan minyak internasional dituduh menekan Timor Leste untuk menerima formula bagi-hasil minyak. Timor Leste dan Australia menandatangani traktat pada bulan Januari 2006, namun belum diratifikasi oleh negara lain hingga delapan bulan ke depan.