Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.
Godert Alexander Gerard Philip baron van der Capellen
Untuk memperbaiki situasi ekonomi, Van der Capellen berusaha memajukan ekonomi warga yang sebagian besar adalah petani. Ia menghentikan pembayaran sewa tanah di daerah Negara Agung Mataram, untuk membantu petani. Namun tindakannya ini menimbulkan protes dari kalangan ningrat pemilik tanah dan menjadi perlawanan. Pecahlah perang yang dipimpin oleh seorang pangeran Kesultanan Yogyakarta, Pangeran Diponegoro, yang dikenal sebagai Perang Diponegoro antara tahun 1825 – 1830. Di Maluku, ia mengurangi sebagian monopoli perdagangan rempah-rempah untuk meredam ketidakadilan dan perlawanan rakyat.