Maluku Utara
Atas dasar itu, pemerintah membentuk Provinsi Maluku Utara (dengan ibukota sementara di Ternate) yang dikukuhkan dengan Undang-Undang Nomor 46 tahun 1999 tentang Pemekaran Provinsi Maluku Utara, Kabupaten Buru dan Kabupaten Maluku Tenggara Barat.
Kabupaten Maluku Tengah
Pada Tahun 2004, Otonomi Daerah yang tertulis dalam Undang-undang Nomor 32 Tahun 2004 diberlakukan sehingga penyelenggaraan otonomi daerah memberikan pengaruh yang cukup luas dalam perkembangan Maluku Tengah. Hal ini dapat dilihat dengan terjadi pemekaran pada beberapa wilayah di kabupaten Maluku Tengah diantaranya Wilayah Pulau Buru, Wilayah Seram Timur dan Wilayah Seram Barat. Sehingga Wilayah Kabupaten Maluku Tengah sejak tahun 2004 hanya meliputi Wilayah Seram Utara, Pulau Ambon, Pulau-pulau lease dan Pulau-pulau banda; akan tetapi luas wilayah di Kabupaten Maluku tengah masih merupakan yang terluas di Provinsi Maluku.