Pendudukan Indonesia di Timor Timur
Setelah pemungutan suara tahun 1999 untuk memilih kemerdekaan, kelompok paramiliter yang bekerja dengan militer Indonesia melakukan gelombang kekerasan di mana sebagian besar infrastruktur di Timor Timur hancur. Pasukan Internasional yang dipimpin oleh Australia di Timor Timor bertugas untuk memulihkan ketertiban. Setelah kepergian pasukan Indonesia dari Timor Timur, Pemerintahan Transisi Perserikatan Bangsa-Bangsa di Timor Timur mengelola wilayah tersebut selama dua tahun, membentuk Unit Kejahatan Berat untuk menyelidiki dan mengadili kejahatan yang dilakukan pada tahun 1999. Karena pengadilan Indonesia mengeluarkan pernyataan yang terbatas atas keterlibatan Indonesia di Timor Timur, banyak pengamat meminta pengadilan internasional untuk Timor Timur.
Referendum kemerdekaan Timor Leste 1999
Sebagai langkah tindak lanjut atas permintaan Habibie, PBB menyelenggarakan pertemuan antara pemerintah Indonesia dan pemerintah Portugis (sebagai otoritas kolonial sebelumnya atas Timor Timur). Pada tanggal 5 Mei 1999, pembicaraan ini menghasilkan “Persetujuan antara Republik Indonesia dan Republik Portugis tentang Masalah Timor Timur” yang menjabarkan rincian dari referendum yang diminta. Referendum harus diadakan untuk menentukan apakah Timor Timur akan tetap menjadi bagian dari Indonesia, sebagai Daerah Otonomi Khusus, atau terpisah dari Indonesia. Referendum itu diorganisir dan dipantau oleh UNAMET dan 450.000 orang terdaftar untuk memilih termasuk 13.000 orang di luar Timor Timur.