Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Toyotomi Hideyori
Pada tahun 1603, Ieyasu ditunjuk istana sebagai jenderal besar (Seitaishōgun) untuk menjalankan pemerintahan dan mulai membangun Istana Edo. Dalam praktiknya Ieyasu melepas Hideyori dari segala kekuasaan dan wewenang. Perselisihan lalu terjadi antara klan Hashiba dengan klan Tokugawa, tetapi demi menjalankan wasiat Hideyoshi pada tahun yang sama Hideyori dikawinkan dengan Putri Sen yang merupakan cucu Tokugawa Ieyasu (putri shogun ke-2 Tokugawa Hidetada) dengan istrinya Oeyo (adik perempuan Yodo dono). Setelah menikah dengan Putri Sen, Hideyori menerima jabatan Udaijin.