Yohanes Gabriel Perboyre
Dalam sejarah karya misi Romo-romo CM di keuskupan Surabaya, para romo CM pertama yang datang dari Belanda tahun 1923 memandang perutusan misionernya sebagai "melanjutkan jejak langkah" Santo Martir Yohanes Gabriel Perboyre CM. Romo Theophile de Backere CM memandang bahwa Yohanes Gabriel Perboyre CM adalah pelindung sekaligus teladan perutusan misinya di keuskupan Surabaya. Inilah sebabnya, nama Yohanes Gabriel menjadi pelindung yayasan yang didirikannya untuk menaungi karya-karya sekolahan pada waktu itu hingga saat ini.
Universitas Khairun
Setelah pertemuan resmi antara Sultan Khairun dan Franciscus Xaverius, Antonio Vas yang juga seorang pastor Benteng Sao Paolo (Benteng Gamlamo) melakukan pembaptisan terhadap Sultan Bacan dan istrinya pada tanggal 1 Juli 1557. Pembaptisan atas Sultan Bacan dan istrinya ini diikuti juga oleh banyak kerabat dari Kedaton Kesultanan Bacan. Upacara ini telah mendapat dukungan dari Sultan Khairun. Sementara itu, berdasarkan laporan Pater Pedro Mascarenhas, menginformasikan bahwa pada tanggal 30 November 1562, seorang pemimpin kampung terkemuka di Tidore bernama Bangua (sepupu Sultan Tidore ketika itu) dibaptis oleh Mascarenhas sendiri di Ternate sebagai seorang penganut Kristen Katolik. Akan tetapi, ketika informasi Bangua yang telah mengkonversi agama sampai ke telinga Sultan Khairun, ia pun menjadi jengkel dan marah yang sangat hebat karena bagi Khairun, Bangua adalah seorang sahabat terdekatnya yang sangat penting dan juga sebagai mitra setianya ketika membantunya dalam melakukan penyerangan terhadap misionaris Katolik dan para pedagang Portugis di Jailolo, Halmahera Utara dan Bacan.