Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Perang Boshin
Pada 7 Februari, Tokugawa Yoshinobu melarikan diri dari Osaka setelah tersudut dengan adanya persetujuan istana atas tindakan pihak Domain Satsuma dan Chōshū. Yoshinobu mundur ke Edo menumpang kapal "Kaiyō Maru". Demoralisasi pasukan akibat larinya Yoshinobu dan membelotnya pasukan Domain Yodo dan Domain Tsu membuat pihak keshogunan mundur. Pertempuran Toba-Fushimi dinyatakan sebagai kemenangan pihak kekaisaran. Walaupun demikian, keunggulan pihak kekaisaran sering diperdebatkan, sebagian di antara sejarawan menganggap pihak keshogunan justru lebih unggul. Istana Osaka segera dikuasai pihak kekaisaran pada 8 Februari (1 Maret menurut kalender Gregorian). Pertempuran Toba-Fushimi secara resmi berakhir.