Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Klan Tokugawa
Setelah meninggalnya Toyotomi Hideyoshi dan Pertempuran Sekigahara tahun 1600, kekuasaan pemerintah di Jepang beralih dari klan Toyotomi ke tangan Ieyasu. Dari pusat pemerintahan di Edo, klan Tokugawa menguasai Jepang sebagai shogun selama lebih dari 250 tahun hingga akhir zaman Edo. Pada masa awal pemerintahannya, klan Tokugawa menetapkan dasar-dasar hukum untuk shogun, bangsawan, dan samurai. Klan Tokugawa menjalankan kebijakan Jepang sebagai negara tertutup (Sakoku), membagi masyarakat Jepang menjadi kelas-kelas yang ketat (daimyo, samurai, petani, tukang, dan pedagang). Periode damai di bawah pemerintahan klan Tokugawa berakhir pada awal abad ke-19 ketika kekuatan-kekuatan negara asing mencoba membuka Jepang untuk berdagang. Seluruhnya ada 15 shogun dari klan Tokugawa. Mereka begitu berpengaruh sehingga sejumlah buku sejarah lebih memilih menggunakan istilah "era Tokugawa" daripada periode Edo.