Kerusuhan Poso
Pertanyaan tentang jumlah korban sangat sensitif dan berunsur politis. Hal ini didorong oleh rasa keberatan yang dibuat lebih kuat oleh laporan berita yang tidak lengkap atau kabar miring tentang serangan dan desas-desus terbaru tentang pembantaian yang akan terjadi. Kurangnya pelaporan yang jelas oleh media atau investigasi oleh pemerintah, ditambah dengan medan yang luas dan durasi konflik yang panjang, menyulitkan untuk menentukan jumlah korban yang sebenarnya. Meski demikian, Human Rights Watch mencatat bahwa kedua belah pihak telah menderita banyak korban dalam kerusuhan ini. Meski ada beberapa perkiraan yang mencapai sekitar 2.000 korban jiwa, sebagian besar memperkirakan antara 500 hingga 1.000 korban. Versi pemerintah, yang dikeluarkan pada tanggal 5 Desember 2001 —tepat sebelum penandatanganan Deklarasi Malino— dirinci menjadi 577 korban tewas, 384 terluka, 7.932 rumah hancur, serta 510 fasilitas umum terbakar atau rusak. Sebuah kelompok Muslim, Tim Evakuasi Pencari Fakta Korban Muslim Kerusuhan Poso ("Victims of the Poso Conflict Evacuation and Fact Finding Team"), mengklaim bahwa antara bulan Mei 2000 hingga Desember 2001, 840 mayat Muslim ditemukan, kebanyakan ditemukan di Sungai Poso dan hutan-hutan di tepi kota. Jumlah yang tidak diketahui juga dikatakan hilang. Kebanyakan korban jiwa diperkirakan sampai pada kerusuhan ketiga, pada bulan Mei dan Juni 2000.
Pembantaian Purwodadi
Kabar itu pun segera tersiar. Poncke mengadakan jumpa pers di Jakarta pada 26 Februari 1969. Sehari setelah jumpa pers media nasional memberitakan tentang peristiwa di Purwodadi. Harian "KAMI," yang dikelola oleh para aktivis mahasiswa Angkatan 1966, menurunkan "headline" “Purwodadi dalam Ketakutan” pada keesokan harinya, Rabu, 27 Februari 1969. Dalam keterangan persnya Poncke mengungkapkan bahwa Dandim 0717/ Purwodadi, Letkol. Tedjo Suwarno, berperan penting dalam peristiwa tersebut. Pernyataan Tedjo Suwarno,“lebih baik kalian (masyarakat) membersihkan (komunis) sendiri daripada saya yang membersihkannya,” diperkirakan menjadi pendorong utama terjadinya kekerasan di Purwodadi. Kodim Purwodadi sendiri, atas perintah Kodam Diponegoro, menjalankan operasi penumpasan PKI melalui Operasi Kikis I (periode 4 Juli – Desember 1967) dan Kikis II (peiode 27 Juni – 7 Juli 1968). Dalam dua gelombang operasi itu, ribuan orang ditangkap dan disekap di beberapa kamp penahanan yang tersebar di wilayah Kabupaten Grobogan.