Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Albertus Soegijapranata
Dengan Perang Dingin yang semakin meningkat, terjadi perslisihan besar antara Gereja di Indonesia dan Partai Komunis Indonesia (PKI). Soegijapranata beranggapan bahwa PKI mendapatkan lebih banyak pendukung dari kalangan miskin karena menawarkan hak buruh melalui serikat pekerjanya. Untuk melawan ini, ia bekerja sama dengan orang Katolik lain untuk mendirikan kelompok pekerja yang dibuka untuk orang Katolik dan non-Katolik. Dengan memberdayakan buruh, Soegijapranata berharap agar PKI akan kehilangan kekuatannya. Salah satu kelompok yang didirikan ialah Buruh Pancasila, yang dibentuk pada tanggal 19 Juni 1954; organsisasi tersebut juga merupakan salah satu cara Soegijapranata untuk mempromosikan falsafat Pancasila. Tahun berikutnya, Konferensi Waligereja Indonesia (KWI), yang mengakui bakti Soegijapranata untuk orang miskin, menentukan agar Soegijapranata menjadi pemimpin program bakti sosial di seluruh Nusantara. Pada tanggal 2 November 1955 Soegijapranata dan beberapa uskup lain mengeluarkan sebuah surat pastoral yang mencela paham komunisme, Marxisme, dan materialisme; mereka juga minta agar pemerintah memperlakukan setiap warga negara dengan adil dan bijaksana.