Pemberontakan di Aceh
Aceh memiliki penganut Islam sebagai kelompok agama mayoritas. Namun, secara umum diakui bahwa Aceh adalah daerah di mana Islam pertama kali masuk ke kepulauan Melayu. Kerajaan Islam pertama yang dikenal adalah Pasai (dekat Lhokseumawe sekarang di Aceh Utara) yang didirikan pertengahan abad ke-13. Bukti arkeologis paling awal yang ditemukan untuk mendukung pandangan ini adalah batu makam Sultan Malik al-Saleh yang meninggal pada tahun 1297. Dalam abad-abad berikutnya, Pasai dikenal sebagai pusat pembelajaran agama Islam dan model "pemerintahan Islam" di mana kerajaan lain di kepulauan Melayu melihat untuk belajar. Bagian identitas Aceh yang berbeda dari daerah lainnya ini berasal dari statusnya tersebut, sebagai wilayah Islam awal dan contoh untuk kesultanan-kesultanan lain di kepulauan Melayu.
Islam di Filipina
Pada tahun 1380 Karim ul 'Makhdum, seorang mubaligh Islam pertama dari Arab mencapai Kepulauan Sulu dan Jolo di Filipina dan menyebarkan agama Islam di negara ini. Pada tahun 1390 di Putra Minangkabau Raja Baguinda dan para pengikutnya mengajarkan Islam di pulau-pulau. Syeikh Karimal Makdum Masjid adalah masjid pertama yanv didirikan di Filipina di Simunul, Mindanao pada abad ke-14. Perkampungan seterusnya oleh mubaligh Arab bepergian ke Malaysia dan Indonesia membantu menguatkan Islam di Filipina dan penyelesaian masing-masing diperintahkan oleh seorang Datu, Raja dan Sultan. Wilayah-wilayah Islam didirikan di Filipina termasuk Kesultanan Maguindanao, Kesultanan Sulu dan bagian lain dari Filipina Selatan.