Pertempuran Sekigahara
Pemerintah Toyotomi yang berhasil menjadi pemersatu Jepang menyangkal keberadaan pertentangan tajam antara faksi bersenjata bentukan pemerintah dan pihak birokrat yang terdiri dari pejabat tinggi pengatur kegiatan beragama, ekonomi dan pemerintahan. Faksi bersenjata terdiri dari komandan militer pro klan Toyotomi yang pernah diturunkan di garis depan perang penaklukan Joseon. Bentrokan langsung antar faksi bersenjata dan pihak birokrat dapat dicegah oleh Toyotomi Hideyoshi dan adik kandungnya yang bernama Toyotomi Hidenaga.
Klan Fujiwara
Nama keluarga Fujiwara diterima Nakatomi no Kamatari sesaat sebelum meninggal. Setelah Kamatari meninggal, seorang anggota klan Nakatomi yang menjabat "Udaijin", Nakatomi no Kane bersalah memimpin Perang Jinshin dan dihukum mati. Keluarga Nakatomi dari garis keturunan Kamatari sempat terancam binasa walaupun tidak terlibat pemberontakan. Setelah itu, pada masa pemerintahan Kaisar Temmu, keturunan Kamatari menerima nama keluarga Fujiwara bergelar Ason. Saat itu, putra kedua Kamatari yang bernama Fuhito masih terlalu muda, dan sementara menunggu Fuhito menjadi dewasa, Nakatomi no Omimaro (sepupu Kamatari yang menjadi suami dari putri Kamatari) secara resmi memakai nama Fujiwara no Ason. Setelah dewasa, Fujiwara no Fuhito tumbuh menjadi pemimpin yang cerdas. Selain putra pewaris Kamatari (Fujiwara no Fuhito), keluarga Nakatomi yang sempat menyandang nama Fujiwara harus kembali menggunakan nama keluarga Nakatomi. Keputusan ini diambil untuk mengukuhkan klan Fujiwara sebagai pejabat "Daijō-kan" dan klan Nakatomi sebagai pejabat dalam Kementerian "Jingi-kan". Putri Fujiwara no Fuhito yang bernama Kōmyōshi disebut Permaisuri Kōmyōshi setelah menikah dengan Kaisar Shōmu.