Perang Ōnin
Selama perang berlangsung beratus-ratus ribu prajurit berkumpul ke ibu kota. Perang berlangsung berkepanjangan selama 11 tahun walaupun para jenderal yang awalnya memimpin perang sudah lebih tewas. Ōuchi Masahiro mau kembali ke Provinsi Suo setelah mendapat jaminan dari Hino Tomiko untuk dapat terus menguasai wilayah kekuasaannya.Kalangan bangsawan dan rakyat yang terusir dari kota Kyoto akibat Perang Ōnin membuka lahan baru di daerah sekitar Kyoto, seperti di Yamashina, Uji, Ōtsu, Nara, dan Sakai. Seusai Perang Ōnin (1479), kondisi lingkungan dan keamanan Kyoto menjadi sangat buruk, epidemi, kebakaran, perampokan, dan kerusuhan sering sekali terjadi. Ditambah dengan kepulangan para daimyo dan pengikutnya ke provinsi asal mereka, pembangunan kembali kota Kyoto berlangsung sangat lambat. Akibat musibah yang sering menimpa Kyoto, kaisar berulang kali mengubah nama zaman (Chōkyō, Entoku, Meiō).
Naha
Semasa Perang Dunia II, Naha mengalami kerusakan besar akibat Serangan Udara 10 Oktober 1944 dan Pertempuran Okinawa. Istana Shuri hampir seluruhnya hancur oleh kekuatan Marinir, Angkatan Darat, dan Angkatan Laut Amerika Serikat pada tahun 1945. Seusai Perang Dunia II, Prefektur Okinawa berada di bawah pendudukan Amerika Serikat dan baru dikembalikan ke Jepang pada 15 Mei 1972.