Kerusuhan Poso
Berbeda dengan milisi Islam, milisi Kristen sedikit sulit untuk diidentifikasi. Salah satu di antara beberapa kelompok milisi yang berhasil diidentifikasi adalah Brigade Manguni. Milisi ini berpusat di Manado, Sulawesi Utara dengan jumlah personel sekitar 700 orang. Dalam kerusuhan Poso, pasukan ini diduga berbasis di daerah Sepe dan Silanca, Lage. Brigade Manguni memiliki divisi di masing-masing daerah yang membawahi cabang satuan. Pada fase ketiga yang berlangsung pada bulan Mei 2000, muncul milisi dengan nama Laskar Kristus. Kelompok ini disebut-sebut terdiri dari tiga kelompok, yaitu pasukan Macan, pasukan Kelelawar, dan pasukan kipas ("sisiru").
Gerakan Pemuda Sulawesi Tengah
Dalam masa-masa awal Kerusuhan Poso, jejak GPST kembali muncul. Pada malam hari tanggal 27 Desember 1998, mantan anggota GPST Herman Parimo dan pengikutnya menuju ke kota Poso dengan menggunakan truk bersama para pengikutnya —sebagian besar Protestan— dengan membawa panji GPST sambil menyanyikan himne selama mengitari kota. Dave McRae dalam bukunya menyatakan bahwa, "simbol tersebut mengingatkan mereka bahwa orangtua mereka terbukti mampu [untuk membalas, jadi bagaimana dengan kami]", merujuk kepada jawaban dari seorang narasumber yang diwawancarainya terkait perlawanan GPST terhadap pemberontakan.