Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Fondasionalisme
Fondasionalisme adalah pandangan yang menyatakan bahwa terdapat keyakinan yang mendasar dan menjadi landasan utama bagi semua pengetahuan yang dibangun di atasnya. Hal ini berhubungan dengan epistemologi. Fondasionalisme ini menjadi salah satu ciri utama filsafat modern sejak Descartes. Tugas pokok filsafat modern adalah mencari fondasi segala pengetahuan (fondasionalisme).
Tugas para filsuf, menurut paham ini, adalah mengesahkan pernyataan ilmiah dari disiplin-disiplin ilmu yang ada dengan cara menemukan fondasi atau dasar utamanya. Hal tersebut berkaitan dengan asumsi modernitas bahwa ilmu pengetahuan semestinya bergerak dalam garis lurus hingga mencapai satu titik aksiomatis, di mana pengetahuan tidak membutuhkan pembenaran apapun lagi. Rasio dipandang sebagai satu-satunya alat yang mampu mengerjakan hal tersebut. Di sinilah, tampak warisan dari Rene Descartes yang memusatkan filsafat pada rasio manusia dengan slogan 'aku berpikir maka aku ada' ("cogito ergo sum"). Dengan demikian, menurut paham fondasionalisme, kebenaran adalah persesuaian antara sesuatu dengan fondasinya dan sekaligus persesuaian antara akal dan kenyataan yang teramati.