Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Masjid Agung Kauman Pleret
Akhir masa Keraton Pleret sebagai pusat pemerintahan Mataram Islam ditandai dengan serbuan pasukan Trunajaya yang mengakibatkan Amangkurat I meninggalkan kota itu pada tanggal 28 juni 1677 M. Setelah menguasai Pleret, Trunajaya memerintahkan untuk menghancurkan keraton tersebut namun Masjid Agung Pleret tidak ikut dihancurkan. Disebutkan pula bahwa Pangeran Puger, salah seorang putra Amangkurat I kembali ke Pleret dan berhasil merebut kerajaan dari tangan Trunajaya. Ia tinggal di Pleret hingga tahun 1644 J (1722 Masehi) kemudian pindah ke Kartasura. Alasan pemindahan ini adalah karena Keraton Pleret telah ditaklukkan. Dalam filosofi Jawa, ketika sebuah keraton ditaklukkan maka tidak layak lagi untuk ditempati. Sejak saat itu, Keraton Pleret tidak berfungsi lagi.