Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Nagasaki
Nagasaki (長崎市; -shi) adalah ibu kota dan kota terbesar di Prefektur Nagasaki yang terletak di pesisir sebelah barat daya Kyushu, Jepang. Lokasi geografisnya adalah 32°44′ LU 129°52′ BT. Nagasaki adalah pusat pengaruh Eropa di Jepang pada zaman pertengahan. Kota Nagasaki yang merupakan kota pelabuhan di Jepang merupakan kota yang tidak terisolasi pada waktu Jepang menerapkan politik Isolasi (sakkoku). Pengaruh Eropa juga sangat terlihat dengan pesatnya perkembangan agama Kristen di kota Nagasaki pada zaman tersebut dan banyaknya peninggalan bersejarah berupa bangunan-bangunan Gereja yang masih terawat hingga saat ini dan dijadikan sebagai objek wisata.