Vikariat Apostolik
Sebuah vikariat apostolik dipimpin oleh seorang vikaris apostolik. Berbeda dengan sebuah keuskupan yang mandiri dan memiliki pimpinan seorang uskup yang memiliki kewenangan yang lebih luas, Vikaris Apostolik menjadi wakil (vicar} dari Paus selaku uskup universal. Seorang vikaris apostolik dapat saja dibantu oleh uskup dari keuskupan yang berbatasan dengan wilayah vikariat apostolik dan atau imam yang dilantik sebagai administrator apostolik. Tetapi sebagaimana juga di keuskupan, seorang vikaris apostolik dapat juga melantik imam lain sebagai vikaris episkopalis atau vikep untuk membantu tugas-tugasnya dalam wilayah yang lebih kecil atau untuk kategori tertentu.
Joannes Scholten
Pada 10 September 1831, Scholten diangkat sebagai Prefek Apostolik Batavia ketiga, sebagai pengganti Lambertus Prinsen, yang telah mengajukan pengunduran diri atas alasan kesehatan. Sebagai Prefek Apostolik, ia menaruh perhatian khusus dalam perjuangan melawan Freemasonry, yang membuatnya sempat terlibat konflik dengan otoritas sekuler. Pada tahun 1832, Scholten sempat mengajukan beberapa dokumen ke Propaganda Fide di Roma yang menekankan struktur Gereja, juga peraturan tentang dispensasi dalam pembaptisan. Secara tegas, ia menolak memberikan dispensasi pada pernikahan beda agama, termasuk antara Katolik dan Protestan.