Saluran Mataram
Selokan Mataram memiliki panjang 31,2 km dan dibangun pada Masa Pendudukan Jepang. Kala itu Jepang sedang menggalakkan Romusha untuk mengeksploitasi sumber daya alam Indonesia ataupun untuk membangun sarana prasarana guna kepentingan perang Jepang melawan Sekutu di Pasifik. Di tengah gencar-gencarnya Romusha, Raja Yogyakarta saat itu, Sri Sultan Hamengku Buwono IX berusaha menyelamatkan warga Yogyakarta dari kekejaman Romusha. Dengan berpikir cerdik, Dia melaporkan kepada Jepang bahwa Yogyakarta adalah daerah minus dan kering, hasil buminya hanya berupa singkong dan gaplek. Dengan laporan tersebut Sri Sultan mengusulkan kepada Jepang agar warganya diperintahkan untuk membangun sebuah selokan saluran air yang menghubungkan Kali Progo di barat dan Sungai Opak di timur. Dengan demikian lahan pertanian di Yogyakarta yang kebanyakan lahan tadah hujan dapat diairi pada musim kemarau sehingga mampu menghasilkan padi dan bisa memasok kebutuhan pangan Tentara Jepang.
Kerajaan Kalinyamat
Serangan besar ketiga terjadi pada tahun 1599, pasukan Panembahan Senopati dari Kerajaan Mataram datang menyerbu, ketika Pangeran Arya Jepara meninggalkan Jepara untuk membesuk ayahnya yaitu Maulana Hasanuddin (Sultan dari Kesultanan Banten) yang sedang sakit, Agaknya kali ini Jepara keteteran membendung serangan pasukan Kerajaan Mataram yang dahsyat. Maka tak ayal lagi, Kalinyamat yang merupakan ibukota Kerajaan Jepara bernasib serupa dengan ibukota Kesultanan Pajang yang berada di Kota Pajang. Jepara diduduki dan Kota Kalinyamat dihancurkan, Tidak ada kabar mengenai nasib keluarga penguasa dan orang-orang penting Jepara waktu itu. Sejak saat itu pula Jepara dipimpin oleh pejabat setingkat bupati yang ditunjuk oleh Kerajaan Mataram. Peristiwa ini terjadi pada tahun 1599 M yang meruntuhkan kekuasaan Kerajaan Kalinyamat yang di kenal dengan sebutan Bedhahe Kalinyamat. Kerajaan Mataram butuh waktu 9 tahun untuk menaklukan Jepara, yaitu dengan berkali-kali serangan kecil dan 3 kali serangan secara besar.