Oda Nobunaga
Nobunaga pernah berhubungan baik dengan Uesugi Kenshin, tetapi akhirnya harus berselisih soal hak penguasaan daerah seperti Noto (sekarang daerah semenanjung Prefektur Ishikawa). Pertempuran Sungai Tetori pecah akibat pertentangan antara Nobunaga dan Kenshin. Pasukan Shibata Katsuie dapat ditaklukkan dengan mudah oleh pasukan Uesugi Kenshin yang merupakan musuh terkuat Nobunaga setelah wafatnya Takeda Shingen. Kesempatan ini dimanfaatkan Matsunaga Hisahide untuk kembali memimpin pemberontakan di Yamato. Nobunaga yang menyadari kekuasaannya dalam bahaya segera mengirim pasukan ke Yamato untuk membunuh Hisahide. Pada bulan Maret 1578, Uesugi Kenshin yang sedang dalam perjalanan menaklukkan Kyoto meninggal karena sakit.
Perang Boshin
Setelah terjadi kudeta di Chōshū dan kekuasaan kembali ke tangan faksi radikal antikeshogunan, keshogunan mengumumkan niat untuk memulai ekspedisi menaklukkan Domain Chōshū yang dianggap membangkang. Ancaman ini berakibat pada dijalinnya aliansi rahasia antara Domain Chōshū dan Domain Satsuma. Pada akhir tahun 1866 terjadi perubahan besar dalam peta politik setelah wafatnya shogun Tokugawa Iemochi yang disusul mangkatnya Kaisar Kōmei. Sebagai pengganti, Tokugawa Yoshinobu diangkat sebagai shogun, dan Kaisar Meiji naik tahta. Perkembangan baru tersebut membuat "gencatan senjata tidak dapat dihindari." Pada 9 November 1867, perintah rahasia dikeluarkan oleh Domain Satsuma dan Chōshū atas nama Kaisar Meiji untuk membunuh shogun Yoshinobu. Atas usulan daimyo Tosa, Yoshinobu sudah lebih dulu mengundurkan diri dan mengembalikan kekuasaan kepada kaisar, dan setuju dirinya dijadikan "sarana untuk melaksanakan" perintah kaisar. Peristiwa ini menandai berakhirnya Keshogunan Tokugawa.