Kangin
Bulan Maret 2006, SM Entertainment merekrut anggota baru untuk generasi Super Junior berikutnya. Namun, terjadi perubahan rencana dan mengumumkan formasi tetap dari Super Junior. Bersamaan dengan ditambahkannya anggota ke-13 Kyuhyun, grup tersebut menghapuskan angka "05" dan secara resmi bernama Super Junior. Pada 7 Juni 2006, single pertama mereka "U" yang telah digubah ulang secara resmi dirilis, dan menjadi "single" tersukses mereka hingga dirilisnya "Sorry, Sorry" pada bulan Maret 2009.
Don't Don
Penampilan pertama Super Junior untuk "Don't Don" pada 21 September 2007, menampilkan singek pertama "Don't Don" di KBS "Music Bank". Ini adalah penampilan pertama mereka di mana kelompok menampilkan bersama sebagai tiga belas anggota setelah satu tahun penuh, membangkitkan perhatian. Promosi untuk "Don't Don" berlangsung hampir tiga bulan dan selain "Music Bank", Super Junior juga tampil dalam program musik lainnya, seperti di SBS "Popular Songs" dan Mnet "M! Countdown". Tak lama setelah perilisan singel kedua, "Marry U", Super Junior menjadi co-host untuk program varietas baru SBS, "Explorers of the Human Body" bersama dengan Shin Dongyup. Program baru diakui pujian kritis dalam musim pertama, dan selalu mendapat peringkat teratas sebagai Program SBS yang paling dilihat setiap hari Minggu. Namun, musim pertama cepat berakhir dengan tiga belas episode pada bulan Februari 2008 karena jadwal sibuk Super Junior dengan tur konser pertama mereka, Super Show. Namun, SBS sedang dalam pembicaraan untuk membuat musim kedua.Semua chart berasal dari penjualan offline saja.