Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Kota Tainan
Peperangan Jiawu pada tahun 1894 yang berakibat kekalahan Qing dari Jepang menjadikan Taiwan, Pescadores, Senkaku dan Ryukyu harus diberikan kepada Jepang tanpa syarat. Pada saat ini, status Tainan sebagai ibukota digantikan oleh Kota Taipei di utara Taiwan yang secara geografis letaknya lebih dekat dengan Jepang.