Pemberontakan Trunajaya
Sama dengan perang lainnya, tentara Trunajaya dan sekutunya juga menggunakan meriam, kavaleri, dan benteng. Ketika VOC merebut Surabaya dari Trunajaya pada bulan Mei 1677, Trunajaya melarikan diri dengan dua puluh meriam perunggunya, dan meninggalkan 69 meriam besi dan 34 meriam perunggu. Pasukan Trunajaya terdiri dari orang Jawa, Madura, dan Makassar. Ketika para pemberontak menyerbu Jawa pada 1676, mereka berjumlah 9.000 dan terdiri dari para pengikut Trunajaya dan para pejuang Makassar. Kemudian, pemberontakan tersebut diikuti oleh para bangsawan Jawa dan Madura lainnya. Khususnya, penguasa Giri, salah satu penguasa spiritual Islam yang paling menonjol di Jawa, bergabung pada awal tahun 1676. Ayah mertua Trunajaya, Raden Kajoran, kepala dari keluarga Kajoran yang berpengaruh, bergabung setelah kemenangan Trunajaya di Gegodog pada September 1676, dan paman Trunajaya, Pangeran Sampang (kelak Cakraningrat II) bergabung setelah jatuhnya ibu kota Mataram pada Juni 1677.
Pemberontakan Trunajaya
Selain pasukan Trunajaya, Amangkurat II terus menghadapi tentangan dari saudaranya Pangeran Puger, yang telah merebut ibu kota lama di Plered dan telah merebut takhta untuk dirinya sendiri pada tahun 1677. Sebelum kekalahan Trunajaya, pasukan Amangkurat tidak mengambil tindakan terhadapnya. Setelah Trunajaya dikalahkan, Amangkurat masih belum bisa meyakinkan saudaranya untuk menyerah. Pada September 1680, Amangkurat membangun ibu kota baru di Kartasura. Pada November, pasukan Amangkurat dan VOC mengusir Puger dari Plered. Namun, Puger dengan cepat membangun kembali pasukannya, merebut Plered lagi pada Agustus 1681, dan hampir merebut Kartasura. Pada November 1681, pasukan VOC dan Mataram kembali mengalahkan Puger, dan kali ini dia menyerah dan diampuni oleh abangnya.