Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Kejatuhan Plered
Pemberontakan Trunajaya mulai pada tahun 1674 dalam bentuk serangan oleh pasukan pemberontak terhadap kota-kota di Kesultanan Mataram. Pada tahun 1676, tentara pemberontak berkekuatan 9.000 orang menyerbu Jawa dari basis mereka di Madura. Mereka mengalahkan tentara kerajaan yang jumlahnya jauh lebih besar dalam Pertempuran Gegodog di timur laut Jawa (Oktober 1676), merebut sebagian besar pantai utara Jawa dan kampanye militernya berhasil di pedalaman Jawa Tengah dan Timur. Pada tahun yang sama, para pemberontak tiba di Taji, pintu masuk timur menuju ibu kota kabupaten, dan bergabung dengan pengikut Raden Kajoran, ayah mertua Trunajaya yang berpengaruh. Pasukan gabungan Kajoran dan Trunajaya dikalahkan oleh pasukan kerajaan yang dipimpin oleh para pangeran Mataram, namun Kajoran melarikan diri dan bergabung dengan Trunajaya. Meskipun kalah, Kajoran terus menimbulkan masalah bagi Mataram di kabupaten-kabupaten sebelah timur ibu kota. Pada awal tahun 1677, Perusahaan Hindia Timur Belanda (VOC) di Batavia memutuskan untuk bersekutu dengan Mataram. Sebuah armada yang dipimpin oleh Cornelis Speelman berlayar menuju ibu kota Trunajaya di Surabaya bulan April, pesisir timur laut Jawa, dan merebut kota setelah pertarungan sengit bulan Mei. Setelah kekalahan itu, Trunajaya mundur ke pedalaman, membangun ibu kota baru di Kediri.