Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Perancangan cerdas
Penekanan bahwa diperlukannya seorang perancang kerumitan juga telah memicu pertanyaan "apakah yang telah merancang sang perancang?" Pendukung perancangan cerdas mengatakan bahwa pertanyaan ini irelevan karena ia berada di luar ruang lingkup perancangan cerdas. Richard Wein menolak jawaban seperti itu dan berargumen bahwa pertanyaan-pertanyaan tak terjawab yang dihasilkan oleh suatu penjelasan "haruslah diseimbangkan untuk memajukan pemahaman kita akan apa yang diberikan oleh penjelasan tersebut. Mencetuskan makhluk yang tak terjelaskan untuk menjelaskan asal usul makhluk lain (kita sendiri) tidaklah lebih dari kesesatan logika "petitio principii". Pertanyaan baru yang dihasilkan oleh penjelasan awal sama problematiknya dengan pertanyaan awal yang coba dijelaskan oleh penjelasan awal tersebut". Richard Dawkins memandang penekanan bahwa sang perancang tidaklah perlu dijelaskan tidaklah memberikan kontribusi apa-apa terhadap pengetahuan kita, tetapi hanya merupakan kata-kata klise. Tanpa adanya bukti-bukti yang terukur dan terpantau, pertanyaan "Apakah yang merancang sang perancang?" akan menyebabkan regresi tak terhingga, yang hanya dapat di atasi apabila para pendukung perancang cerdas menggunakan argumen kreasionisme religius ataupun kontradiksi logika.