Penanda genetik
Yang dimaksud dengan penanda molekul adalah penanda yang mengandalkan sifat-sifat aplikatif DNA atau cDNA. Jadi, penanda biokimia tidak termasuk di dalamnya meskipun sebenarnya juga merupakan molekul. Penanda molekul bersifat stabil karena DNA bersifat baka dan tidak terpengaruh lingkungan. Penanda ini mulai dipakai semenjak ditemukannya secara berturut-turut enzim endonuklease restriksi, teknik "Southern blot", dan PCR pada dasawarsa 1970-an. Teknik elektroforesis gel, yang juga menjadi prasyarat penggunaan penanda ini, telah dipakai bertahun-tahun sebelumnya. Dukungan dari bidang automasi, robotika, dan bioinformatika terhadap teknik sekuensing pada tahun 1990-an hingga awal abad ke-21 menjadikan penanda molekul menjadi hal yang relatif ekonomis untuk dikerjakan.
Struktur kimia
Tabel di bawah menunjukkan beberapa molekul sederhana, dengan beberapa bentuk yang paling umum.
Jelas, ketika jumlah atom dalam molekul meningkat, kompleksitas strukturnya meningkat dan kesulitan penentuannya meningkat. Beberapa molekul yang strukturnya sulit ditentukan adalah sebagai berikut.
Dalam menentukan struktur senyawa kimia, yang umumnya bertujuan untuk mendapatkan, minimal, pola dan multiplisitas ikatan antara semua atom dalam molekul; Bila mungkin, seseorang dapat mencari koordinat spasial tiga dimensi dari atom-atom di dalam molekul (atau zat padat lainnya). Metode yang dengannya seseorang dapat menjelaskan struktur dari sebuah molekul termasuk spektroskopi seperti resonansi magnetik nuklir (proton dan karbon-13 NMR), berbagai metode spektrometri massa (untuk memberikan massa molekul keseluruhan, serta fragmen massa), dan kristalografi sinar-x bila memungkinkan. Teknik terakhir bisa menghasilkan model tiga dimensi dengan resolusi resolusi resolusi optik, selama kristal tersedia. Ketika sebuah molekul memiliki spin elektron yang tidak berpasangan dalam gugus fungsional strukturnya, ENDOR dan spektroskopi resonansi spin elektron juga dapat dilakukan.