Mutsuhito
Kaisar Meiji menderita diabetes, nefritis, dan gastroenteritis, meninggal karena uremia pada usia 61 tahun. Meskipun pengumuman resmi Kantor Badan Rumah Tangga Kekaisaran mengatakan Kaisar Meiji meninggal dunia pada 30 Juli 1912 pukul 00.43, ia sebenarnya meninggal dunia di istana pada pukul 22.40 tanggal 29 Juli 1912. Setelah kematiannya, Parlemen Jepang pada tahun 1912 mengeluarkan resolusi untuk memperingati perannya dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman "Iris germanica" di Tokyo yang pernah dikunjungi Kaisar Meiji dan Permaisuri Shoken dipilih sebagai lokasi pembangunan kuil Shinto bernama Meiji-jingu.
Shinto negara
Pada era Meiji, cendekiawan Hirata Atsutane mengadvokasikan pengembalian "Pemahaman Nasional" sebagai cara untuk menyingkirkan pengaruh agama Buddha dan menghimpun bentuk nativis dari Shinto. Dari 1870 sampai 1884, Atsutane, bersama dengan para pendeta dan cendekiawan, memimpin "Kampanye Promulgasi Besar" yang megadvokasikan perpaduan nasionalisme dan Shinto melalui pemujaan Kaisar. Tak ada tradisi sebelumnya dari penyikapan absolut terhadap Kaisar dalam Shinto. Inisiatif tersebut gagal untuk meraih dukungan masyarakat, dan para intelektual mencemooh gagasan tersebut. Pengarang Fukuzawa Yukichi mencemooh kampanye tersebut pada waktu itu sebagai "gerakan insignifikan."