Holokaus
Pada tanggal 28 September 1939, Jerman berhasil memperoleh kontrol atas wilayah Lublin melalui kesepakatan Jerman-Soviet dengan menukarnya dengan Lithuania. Berdasarkan ketentuan Rencana Nisko, Jerman diizinkan untuk mendirikan reservasi Lublin-Lipowa di wilayah tersebut. Pembangunan reservasi ini dikepalai oleh Adolf Eichmann, yang diberi tugas untuk memusnahkan orang Yahudi dari seluruh Jerman, Austria, dan Protektorat Bohemia dan Moravia. Nazi mengirimkan Yahudi pertama kali ke Lublin pada tanggal 18 Oktober 1939. Kereta pertama yang mengangkut Yahudi terdiri dari orang-orang Yahudi yang berasal dari Austria dan Protektorat Bohemia dan Moravia. Pada tanggal 30 Januari 1940, sebanyak 78.000 Yahudi dari Jerman, Austria dan Cekoslovakia telah dideportasi ke Lublin. Selanjutnya, tanggal 12 dan 13 Februari 1940, orang-orang Yahudi dari Pomerania menyusul di deportasi ke Lublin. Pomerania adalah wilayah pertama yang mendeklarasikan dirinya sebagai ""judenrein"" ("bebas Yahudi"). Pada tanggal 24 Maret 1940, Hermann Göring menyatakan bahwa Rencana Nisko akan diakhiri sepenuhnya pada bulan April. Pada saat Rencana Nisko dihentikan, jumlah orang Yahudi yang telah diangkut ke Nisko mencapai 95.000 orang, banyak di antaranya yang tewas karena kelaparan. Pada bulan Juli 1940, karena kesulitan untuk menggalakkan pertambahan populasi di Pemerintahan Umum, Hitler memutuskan bahwa deportasi Yahudi dihentikan untuk sementara waktu.
Aliyah
Pemerintah Britania membatasi imigrasi Yahudi ke Palestina dengan kuota, dan setelah berkuasanya Naziisme di Jerman, imigrasi ilegal ke Palestina berlanjut. Imigrasi ilegal ini dikenal sebagai "Aliyah Bet" ("imigrasi sekunder"), atau "Ha'apalah", dan diorganisasikan sebuah lembaga Zionis yang belakangan menjadi Mossad, serta oleh Irgun. Imigrasi dilakukan terutama lewat laut, dan pada tingkat yang lebih sedikit lewat jalan darat melalui Irak dan Suriah. Mulai pada 1939 imigrasi Yahudi dibatasi lebih sedikit lagi, dengan memberikan izin hanya kepada 75.000 individu untuk masa lima tahun dan sesudah itu imigrasi harus sama sekali dihentikan. Britania menjadikan penjualan tanah kepada orang Yahudi ilegal di 95% dari wilayah Mandatnya. Pada Perang Dunia II dan tahun-tahun setelah itu hingga kemerdekaan, "Aliyah Bet" menjadi bentuk utama dari imigrasi Yahudi ke Palestina. Setelah perang, Berihah ("pelarian"), sebuah organisasi dari bekas partisan dan para pejuang Ghetto Warsawa terutama bertanggung jawab dalam menyelundupkan orang-orang Yahudi dari Polandia dan Eropa Timur ke pelabuhan-pelabuhan Italia dan dari sana mereka pergi ke Palestina.