Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Masjid Al-Aqsha
Setelah Perang Salib Pertama, tentara Salib menduduki Yerusalem dan turut menguasai Masjid Al Aqsha pada 1099. Jami' Al Aqsha atau Masjid Al Qibli diubah menjadi istana kerajaan dengan nama "Templum Solomonis" atau Kuil Sulaiman (Salomo). Fungsi Jami' Al Aqsha dikembalikan seperti semula setelah Shalahuddin Al Ayyubi mengambil alih kepemimpinan Yerusalem berikut Masjid Al Aqsha setelah kemenangannya pada Perang Salib Kedua.