Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Pada tahun 1620, target utama Mataram bergeser ke arah kota Surabaya itu sendiri. Selama tahun 1620-1625, pasukan Mataram secara berkala mengepung Surabaya. Pengepungan itu sulit karena bagian dari Surabaya (termasuk istana kadipaten) yang terletak di antara cabang-cabang Sungai Brantas, dan dalam banyak bagian-bagiannya dikelilingi oleh rawa, yang membentuk benteng alami dan menjadi risiko kesehatan bagi para pengepung. Selain itu, kota itu bertembok dan diperkuat dengan meriam. Posisi Surabaya sebagai kota pelabuhan membuat Mataram perlu untuk memblokade Surabaya melalui laut dan darat. Keterbatasan logistik dan musim hujan tahunan menyebabkan Mataram tidak dapat mempertahankan pengepungan terus menerus. Sebaliknya, Mataram mengikuti pola menyerang saat musim kemarau, menghancurkan tanaman dan menjarah hasil panen dari daerah Surabaya dan sekitarnya.