Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Bait Allah (Yerusalem)
Pada 1999 Dr. Ernest L. Martin menerbitkan sebuah buku yang kontroversial berjudul "The Temples that Jerusalem Forgot" (Bait Suci yang Dilupakan Yerusalem) berdasarkan gagasan dari Ory Mazar, anak Profesor Benjamin Mazar dari Universitas Ibrani. Pada 1995 Dr. Martin menulis sebuah rancangan laporan untuk mendukung teori ini. Ia menulis: "Saat itu saya percaya bahwa Simon orang Hasmonean (bersama-sama dengan Herodes satu abad kemudian) memindahkan Bait Suci dari gundukan Ofel ke daerah Kubah Shakhrah."