Restorasi Meiji
Pada tahun 1868, semua tanah feodal milik Keshogunan Tokugawa disita dan dialihkan di bawah "kendali kekaisaran". Tindakan ini sekaligus menempatkan mereka di bawah kekuasaan pemerintahan baru Meiji. Pada tahun 1869, daimyo Domain Tosa, Domain Hizen, Domain Satsuma, dan Domain Chōshū yang telah berjasa melawan kekuasaan keshogunan, dibujuk untuk mau "mengembalikan domain mereka kepada kaisar." Daimyo lainnya juga selanjutnya diperintahkan untuk melakukan hal yang sama. Dengan adanya penghapusan wilayah domain, maka untuk pertama kalinya tercipta pemerintahan Jepang yang terpusat dan berkuasa di semua wilayah negeri.
Kuil Meiji
Setelah kematian Kaisar Meiji pada tahun 1912, Parlemen Jepang melayangkan resolusi untuk mengenang peran Sang Kaisar dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman bunga iris di area Tokyo di mana Sang Kaisar dan permaisurinya diketahui pernah datang berkunjung dipilih sebagai lokasi bangunan kuil. Konstruksi dimulai pada 1915, kuil ini dibangun dalam corak tradisional Nagarezukuri serta tersusun sebagian besar dari cemara jepang dan tembaga.
Formalnya kuil ini diresmikan pada 1920, diselesaikan pada 1920, dan secara resmi tamannya selesai dibuat pada 1926. Sampai 1946, Kuil Meiji secara resmi dirancang oleh salah satu "Kanpei-taisha" (官幣大社), yaitu seseorang yang memiliki pangkat tertinggi dalam kuil yang disokong oleh pemerintah.
Bangunan asli kuil hancur pada saat Serangan Udara Tokyo pada Perang Dunia II. Lalu kuil ini direkonstruksi kembali atas upaya dan dana dari publik yang selesai pada Oktober 1958.