Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Minamoto no Yoritomo
Yoritomo diasingkan ke Izu setelah ayahnya tewas dan klan Minamoto tersingkir akibat Pemberontakan Heiji. Atas perintah resmi Pangeran Mochihito, Yoritomo bertempur untuk menyingkirkan klan Taira. Setelah menguasai wilayah Kanto, Yoritomo mendirikan markas besar di Kamakura. Yoshitomo menghabisi Minamoto no Yoshinaka (adik sepupu) dan menghancurkan klan Taira dengan bantuan adik-adiknya. Minamoto no Yoshitsune, adik lain ibu yang membantunya dalam peperangan dikucilkan dan dibunuh. Klan Ōshū Fujiwara dihancurkan dalam Perang Ōshū, dan Yoritomo diangkat sebagai Sei-i Taishōgun pada tahun 1192. Pemerintahan militer yang dirintisnya disebut Keshogunan Kamakura dan bertahan sekitar 680 tahun hingga Restorasi Meiji.