Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Hati nurani
Hati nurani adalah suatu proses kognitif yang menghasilkan perasaan dan pengaitan secara rasional berdasarkan pandangan moral atau sistem nilai seseorang. Hati nurani berbeda dengan emosi atau pikiran yang muncul akibat persepsi indrawi atau refleks secara langsung, seperti misalnya tanggapan sistem saraf simpatis. Dalam bahasa awam, hati nurani sering digambarkan sebagai sesuatu yang berujung pada perasaan menyesal ketika seseorang melakukan suatu tindakan yang bertentangan dengan nilai moral mereka. Nilai moral seorang individu serta ketidaksesuaiannya dengan penafsiran pemikiran moral keluarga, sosial, budaya, maupun sejarah, dipelajari dalam studi relativisme budaya dalam bidang dan praktik psikologi. Sejauh mana peran hati nurani dalam menggerakkan penilaian moral seseorang sebelum bertindak dan apakah penilaian moral tersebut memang atau sebaiknya didasarkan pada akal budi, telah memercik perdebatan yang sengit antara filsafat Barat melawan teori-teori romantisme dan gerakan reaksioner lainnya setelah berakhirnya Abad Pertengahan.