Suku Batak
Konflik terbesar adalah pertentangan antara masyarakat bagian utara Tapanuli dengan selatan Tapanuli, mengenai identitas Batak dan Mandailing. Bagian utara menuntut identitas Batak untuk sebagain besar penduduk Tapanuli, bahkan juga wilayah-wilayah di luarnya. Sedangkan bagian selatan menolak identitas Batak, dengan bertumpu pada unsur-unsur budaya dan sumber-sumber dari Barat. Penolakan masyarakat Mandailing yang tidak ingin disebut sebagai bagian dari etnis Batak, sempat mencuat ke permukaan dalam Kasus Syarikat Tapanuli (1919-1922), Kasus Pekuburan Sungai Mati (1922), dan Kasus Pembentukan Propinsi Tapanuli (2008-2009).
Rao, Pasaman
Selain kepindahan masyarakat Rao ke negeri luar, wilayah ini juga banyak dihuni oleh etnis dari Tapanuli. Pada masa Perang Paderi, para pedagang Minang banyak yang membawa etnis Batak ke wilayah Rao. Selain untuk memperkuat barisan Paderi, kepindahan mereka juga untuk mengisi tenaga kerja di wilayah ini. Pada masa kolonial Hindia Belanda, banyak masyarakat Mandailing yang bermigrasi ke Rao. Tujuan mereka untuk mempelajari agama Islam dan menghindari "zending" Nasrani yang sedang marak di Tapanuli Utara. Pada tahun 1952, gelombang perpindahan orang-orang Tapanuli ke Rao kembali terjadi. Namun kali ini perpindahan mereka dikarenakan alasan politis. Dimana pemerintah Sumatera Barat, menolak ditempatkannya para transmigran asal Jawa dan lebih memilih mendatangkan masyarakat Minang dari kabupaten lain, serta orang Mandailing dari Tapanuli Selatan.