Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Prefektur Nara
Ibu kota kuno Jepang berada di Nara, mulai dari Asuka-kyō, Fujiwara-kyō (694–710), dan Heijō-kyō (710–784). Istana kekaisaran waktu itu mengirim utusan dan pelajar ke Dinasti Sui dan Dinasti Tang. Pada abad ke-7, Nara menjadi tempat tinggal bagi para imigran, terutama imigran dari Baekje yang melarikan diri dari perang di Semenanjung Korea.