Kereta api Argo Wilis
Namun belakangan ini sampai dengan bulan Juni 2018, Argo Wilis menggunakan kereta yang bervariasi antara kereta eksekutif Argo buatan tahun 1995, 1996, 1998, dan 2002, maupun kereta lainnya, dan seringkali bertukar kereta dengan kereta api Argo Parahyangan.
Kereta api Bogowonto
Sesuai Gapeka 2015 KA Bogowonto berangkat pada pagi hari pukul 09.00 dari Lempuyangan menuju Jakarta Pasarsenen dan kembali pada malam hari pukul 21.45 dari Jakarta Pasarsenen menuju Lempuyangan. Perjalanan kereta api dari Stasiun Yogyakarta ke Pasar Senen pada siang hari memungkinkan penumpang menikmati indahnya panorama pegunungan di Bumi Banyumas, Kali Serayu dan Kali Progo. Sementara perjalanan dari Jakarta-Yogyakarta dilakukan pada malam hari. Artinya, perjalanan KA Bogowonto berkebalikan dengan KA Gajah Wong.
Rangkaian kereta Bogowonto terdiri atas sebuah lokomotif, 8 kereta kelas ekonomi AC plus (K3), sebuah kereta makan dan pembangkit kelas eksekutif atau ekonomi (MP1 atau MP3), satu kereta bagasi, dan satu kereta pembangkit (P1) (jarang pakai).