Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Amangkurat II
Akhirnya, pada tanggal 2 Juli 1677 Trunajaya menyerbu istana Plered. Amangkurat I dan Mas Rahmat sendiri melarikan diri ke barat, sedangkan istana dipertahankan oleh Pangeran Puger sebagai bukti kalau tidak semua kaum Kajoran mendukung Pangeran Trunajaya. Namun Pangeran Puger sendiri akhirnya terusir ke desa Kajenar.