Choi Siwon
Bulan Maret 2006, setelah SM Entertainment merekrut member baru Kyuhyun, grup ini menghilangkan "05" dan resmi bernama Super Junior. Single pertama bentuk baru grup ini "U" dirilis 7 Juni 2006,
Pada musim gugur 2007, Siwon bersama Super Junior merilis album kedua, "Don't Don", yang berhasil menjadi album terlaris kedua setelah SG Wannabe pada tahun tersebut.
Super Junior-T
Pada awal Februari, SM Entertainment membuat pengumuman resmi tentang subgrup kedua Super Junior, Super Junior-T. Kelompok merilis singel "Rokuko" pada 23 Februari 2007 adan 25 Februari 2007, mereka resmi debut di "SBS Popular Songs", menampilkan "Rokuko" dan "First Express" dengan penyanyi trot terkenal, Bang Shilyi. Debut juga menandakan penampilan comeback Heechul setelah cedera dari kecelakaan mobil pada Agustus 2006.