Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Perang Jawa (1741–1743)
Meskipun diangkat kembali oleh Belanda, pada awal 1743 ia dipaksa untuk menandatangani sebuah perjanjian. Selain memindahkan istananya ke sekitar Solo, menyerahkan dua pemimpin Jawa. Sesuai dengan perjanjian tersebut, juga menyerahkan pantai utara Jawa, Madura, dan Jawa bagian timur kepada Belanda; perjanjian tersebut juga mewajibkannya untuk membayar 8.600 ton metrik beras sebagai upeti setiap tahun dan melarang orang-orang Jawa berlayar ke luar Jawa, Madura, dan Bali. wafat pada 1749; ia sendiri sebenarnya adalah seorang pemimpin tidak populer yang hanya dapat bertahan di tampuk kekuasaan berkat perlindungan dari Belanda. Perselisihan terus berlanjut antara orang-orang keraton setelah kematian , yang kemudian berujung pada pembagian wilayah Mataram menjadi dua kerajaan, Kasunanan Surakarta yang terletak di Solo di bawah kepemimpinan dan Kesultanan Yogyakarta di kota dengan nama yang sama di bawah kepemimpinan Mangkubumi.