Tuberkulosis
Pengobatan TB menggunakan antibiotik untuk membunuh bakterinya. Pengobatan TB yang efektif ternyata sulit karena struktur dan komposisi kimia dinding sel mikobakteri yang tidak biasa. Dinding sel menahan obat masuk sehingga menyebabkan antibiotik tidak efektif. Dua jenis antibiotik yang umum digunakan adalah isoniazid danrifampicin, dan pengbatan dapat berlangsung berbulan-bulan. Pengobatan TB laten biasanya menggunakan antibiotik tunggal. Penyakit TB aktif sebaiknya diobati dengan kombinasi beberapa antibiotik untuk menurunkan risiko berkembangnya bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Pasien dengan infeksi laten juga diobati untuk mencegah munculnya TB aktif di kehidupan selanjutnya. WHO merekomendasikan directly observed therapy atau terapi pengawasan langsung, dimana seorang pengawas kesehatan mengawasi penderita meminum obatnya. Tujuannya adalah untuk mengurangi jumlah penderita yang tidak meminum obat antibiotiknya dengan benar. Bukti yang mendukung terapi pengawasan langsung secara independen kurang baik. Namun, metode dengan cara mengingatkan penderita bahwa pengobatan itu penting ternyata efektif.
Infeksi saluran kemih
Pielonefritis diobati lebih agresif daripada infeksi kandung kemih sederhana dengan menggunakan antibiotik oral dengan jangka waktu lebih lama atau antibiotik intravena. Pengobatan selama tujuh hari dengan fluorokuinolon oral siprofloksasin biasanya digunakan di daerah dengan tingkat resistensi kurang dari 10%.Bila resistensi lokal lebih besar dari 10%, seringkali diresepkan satu dosis seftriakson intravena. Pada mereka yang menunjukkan gejala lebih berat, mungkin diperlukan rawat inap di rumah sakit untuk pemberian antibiotik berkesinambungan. Komplikasi seperti obstruksi saluran kemih akibat batu ginjal dapat dipertimbangkan bila gejala tidak membaik setelah pengobatan selama dua atau tiga hari.