Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Kyoto
Kyoto bangkit di bawah perlindungan Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi dan warga kota yang berpengaruh. Ibu kota kembali dibangun dalam skala besar di bawah pimpinan Toyotomi Hideyoshi. Hideyoshi membangun rumah kediaman resmi yang disebut Jurakudai dan kompleks kediaman samurai. Selain itu, Hideyoshi mengumpulkan kuil-kuil agama Buddha yang tersebar di banyak tempat di dalam satu kawasan khusus, memperbaiki istana kaisar, dan kawasan kediaman para bangsawan. Tata kota yang terencana rapi masih bisa dilihat hingga sekarang di Kyoto.