Mardijkers
Kaum mardiker ini merupakan salah satu penghuni awal loji VOC di Jaccatra (Jayakarta). Catatan VOC tahun 1618 menyebutkan sekitar 70 warga mardiker yang menyandang nama-nama Portugis telah berada di loji ini; kemungkinan berasal dari kapal-kapal Portugis yang berhasil dikalahkan atau dirampok ketika itu. Ketika VOC merebut Melaka dari tangan Portugis pada tahun 1641, tentaranya membawa pulang tawanan yang kebanyakan adalah kaum mardiker asal Bengali dan Koromandel yang menjadi milisi Portugis di Melaka. Para tawanan ini kemudian dijadikan budak-budak pekerja di Batavia, dan dilarang untuk melaksanakan ibadah agama Katolik yang dianutnya. Akan tetapi budak-budak ini dapat dibebaskan jika mau berpindah keyakinan menjadi Kristen Protestan sebagaimana orang Belanda.
Suku Meybrat
Sebelumnya, suku Meybrat memang sudah banyak yang pergi keluar daerah untuk menjadi budak belian para pedagang dari Makassar, Maluku, dan Jawa. Peristiwa itu banyak terjadi pada abad ke-15 dan abad ke-16. Namun demikian, suku Meybrat tersebut tidak ada yang kembali lagi ke tempat tinggal asalnya. Setelahnya, mereka banyak mengenal “dunia lain” melalui kedatangan orang-orang asing terutama orang Barat yang singgah ke wilayah tempat tinggal mereka. Saat ini, jumlah penduduk Meybrat yang merantau ke kota-kota lain di Papua atau bahkan di luar Papua dapat dikatakan jauh lebih banyak dibandingkan jumlah penduduk yang menetap di daerah asalnya (pedalaman). Persebaran mereka sebagian besar adalah di kota-kota seperti Sorong, Manokwari , Fak-Fak, dan Jayapura. Mereka hidup di kota sebagai petani, pekerja kasar, dan sebagainya, sementara hanya sedikit yang kemudian bekerja di sektor formal.