Amangkurat II
Ditinggal sebagian besar pasukannya, Pangeran Trunajaya melarikan diri melalui hutan dengan semak berduri di belakang kubu pertahanan dan pergi ke Pugar. Selama hari-hari terakhir perlawanan Trunajaya hanya terdapat 25-30 orang Makassar dan Madura yang masih setia bersamanya. Dengan mengorek keterangan dari orang Makassar yang tertawan, Kapitan Joncker berhasil mengepung Trunajaya di Gunung Limbangan (di lereng utara Gunung Kelud) di mana dia beserta barisannya hendak bertahan terakhir. Sunan Amangkurat II pun bergerak mendekati tempat itu dan menghendaki agar setelah Trunajaya ditangkap diserahkan kepadanya. Dalam keadaan sangat terjepit, Trunajaya mengirimkan utusan tiga kali, akan tetapi waktu sudah lewat untuk mengadakan perundingan. Terkepung dari segala penjuru dan bahaya kelaparan sangat melemahkan moral barisan yang kira-kira masih terdiri atas 3.000 orang itu. Tidak ada jalan lain daripada menyerah. Akhirnya Pangeran Trunajaya menyuruh pengikutnya mengumpulkan tombak dan kerisnya. Setelah terkumpul lalu Pangeran Trunajaya beserta pengikutnya menyerah kepada Kapten Joncker. Terlebih dulu dikirim para wanita dan abdi biasa, baru kemudian Pangeran Trunajaya beserta pengikutnya, antara lain Pangeran Mugatsari, Bupati Anggakusuma, Ngabehi Wiradersana, dan pasukan Makassar. Pangeran Trunajaya dan pasukan pengikutnya menyerahkan diri pada tanggal 26 Desember 1679. Kedua tangan beliau diikat dengan cinde sutera. Diberitakan kemudian bahwa saat menjadi tawanan Pangeran Trunajaya masih mempunyai rencana mengadakan perlawanan, maka dari itu Amangkurat II menuntut supaya dia segera diserahkan kepadanya. Untuk menepati sumpahnya, keris "Kyai Balabar" tidak akan diberi sarung besar sebelum dipakai untuk menusuk dada Pangeran Trunajaya. Di sekitar tapal batas Kediri, Amangkurat II menikam Pangeran Trunajaya dengan keris tersebut, kemudian para menteri secara bergiliran memberikan tikamannya pula pada tanggal 2 Januari 1680.
Pertempuran Surabaya (1677)
Pemberontakan Trunajaya mulai pada tahun 1674 ketika pasukan pemberontak melakukan serangan terhadap kota-kota Kesultanan Mataram. Pada tahun 1676, pasukan pemberontak berkekuatan 9.000 orang menyerbu Jawa dari pangkalan mereka di Madura. Mereka merebut Surabaya, kota utama Jawa timur, kemudian dikerahkan tentara kerajaan yang jauh lebih besar untuk menekan mereka dalam Pertempuran Gegodog bulan Oktober 1676 di Jawa timur laut. Para pemberontak terus meraih kemenangan dan memperoleh banyak wilayah di bulan berikutnya, merebut sebagian besar pantai utara Jawa sampai ke barat mencapai Cirebon. Menghadapi keruntuhan kekuasaannya yang mungkin segera terjadi, Raja Mataram Amangkurat I mencari bantuan dari VOC di Batavia. Pada 20 Januari 1677, Laksamana Cornelis Speelman, yang baru diangkat menjadi komandan pasukan VOC di pantai utara Jawa, tiba di Jepara untuk bernegosiasi dengan Wangsadipara, Gubernur Mataram di pantai utara. Mereka menyetujui sebuah kontrak pada bulan Februari, yang disahkan oleh raja pada bulan Maret.