Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Kubah Shakhrah
Kompleks Masjid Al Aqsha, dikenal dengan Bukit Bait oleh Yahudi, dulunya adalah lokasi Bait Suci kedua yang disucikan umat Yahudi. Tempat ini juga diyakini sebagai tempat berdirinya Bait Suci pertama yang dibangun oleh Nabi Sulaiman (Raja Salomo). Bait Suci kedua dihancurkan pada tahun 70 M oleh Romawi dan setelah Pemberontakan Bar Kokhba pada 135 M, pemerintah Romawi mendirikan "Jupiter Capitolinus", kuil untuk pemujaan Dewa Yupiter, di reruntuhan Bait Suci kedua. Pada masa Kaisar Konstantinus yang Agung, agama Kristen telah menjadi agama resmi Romawi dan kuil Dewa Yupiter yang berdiri di Bukit Bait diruntuhkan setelah Konsili Nicea I. Pada masa itu, Gereja Makam Kudus dibangun pada tahun 320, tetapi Bukit Bait cenderung diabaikan.