Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Wangsa Mataram
Setelah Perang Suksesi Jawa usai, terbentuklah tiga kerajaan, dua di antaranya menjadi pewaris penuh Wangsa Mataram (Kesultanan Yogyakarta dan Kasunanan Surakarta), serta satu monarki keadipatian yaitu Kadipaten Mangkunegaran. Saat perpecahan Mataram, Sultan Hamengkubuwana I, Susuhunan Pakubuwana III, dan Adipati Mangkunegara I kesemuanya masih bersaudara. Ketika Inggris berkuasa di Jawa, Raffles menempatkan Pangeran Natakusuma, putra Sultan Hamengkubuwana I, sebagai pangeran merdeka yang menguasai sebuah monarki keadipatian baru, Kadipaten Pakualaman, sebagai balas jasa atas bantuannya membantu perlawanan Kesultanan Yogyakarta yang menentang kekuasaan Inggris.