Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Kyoto
Kyoto bangkit di bawah perlindungan Oda Nobunaga, Toyotomi Hideyoshi dan warga kota yang berpengaruh. Ibu kota kembali dibangun dalam skala besar di bawah pimpinan Toyotomi Hideyoshi. Hideyoshi membangun rumah kediaman resmi yang disebut Jurakudai dan kompleks kediaman samurai. Selain itu, Hideyoshi mengumpulkan kuil-kuil agama Buddha yang tersebar di banyak tempat di dalam satu kawasan khusus, memperbaiki istana kaisar, dan kawasan kediaman para bangsawan. Tata kota yang terencana rapi masih bisa dilihat hingga sekarang di Kyoto.