Peperangan Utsmaniyah-Habsburg
Pada abad ke-16, Utsmaniyah menjadi ancaman besar terhadap bangsa-bangsa Eropa, dan kapal-kapal Barbary yang tunduk kepada Utsmaniyah menyapu daerah kekuasaan Republik Venesia di Yunani. Perang ini juga dipersulit dengan adanya Reformasi Protestan, pertikaian dinasti Habsburg dengan Perancis dan perang internal di negara-negara anggota Kekaisaran Romawi Suci. Selain itu, Kesultanan Utsmaniyah juga harus bersaing dengan Kekaisaran Persia dan Kesultanan Mameluk, yang keduanya akhirnya dikalahkan dan dijadikan wilayah Utsmaniyah.
Penjajahan Utsmaniyah di Yunani
Yunani secara periferal terlibat dalam Perang Napoleon, namun satu peristiwa memiliki konsekuensi yang penting. Ketika Prancis di bawah Napoleon Bonaparte menaklukan Venesia pada 1797, mereka juga merebut Kepulauan Ionia, dengan demikian mengakhiri empat ratus tahun kekuasaan Venesia atas Kepulauan Ionia. Kepulauan ini dinaikkan statusnya menjadi dependensi yang disebut Republik Septinsular, yang memperoleh otonomi lokal. Ini adalah pertama kalinya bangsa Yunani memerintah rakyat mereka sendiri sejak kejatuhan Trebizond pada 1461.