Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Islam di Yogyakarta
Tersebarnya Islam di Yogyakarta dimulai sekitar akhir abad ke-16 dengan berdirinya Kesulatanan Mataram Islam yang berasal dari Demak, pindah ke Pajang lalu kemudian ke Kotagede. Wilayah kekuasaan Mataram kala itu meliputi Jawa bagian tengah dan timur. Perjanjian dengan belanda pada tahun 1755 memecah Kesultanan menjadi dua, Yogyakarta dan Surakarta. Kesultanan Yogyakarta ini kemudian dimasa kemerdekaan berubah menjadi Provinsi Daerah Istimewa. Berdirinya kerajaan Islam ini berangsur menjadi sarana berkembangnya Islam menggantikan keyakinan mayoritas yang dianut oleh masyarakat setempat sebelumnya, yaitu Hindu dan kepercayaan lokal.