Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Kumamoto, Kumamoto
Kumamoto adalah ibukota dari Perfecture Kumamoto yang berada di pulau Kyushu, Jepang. Per 1 April 2017, populasi penduduknya diperkirakan sebanyak 737,812 dan kerapatan populasinya sebanyak 1,900 orang per km2. Luas wilayahnya adalah 389.53 km2. Berdasarkan sensus pada tahun 2000, Kumamoto memiliki populasi sebanyak 1,460,000. Sedangkan pada tahun 2010, Kumamoto Metropolitan Employment memiliki GDP sebanyak US$39.8 milliar. Daerah ini tidak termasuk kedalam area metropolitan Fukuoka-Kitakyushu, walau sebenarnya daerah ini saling berbagi perbatasan. Kota ini di disain kembali pada 1 April 2012 oleh pemerintahnya.