Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Pemberontakan Trunajaya
Sebagai tanggapan atas permintaan intervensi oleh Mataram, VOC mengirim armada besar yang berisi pasukan Indonesia dan Eropa, yang dikomandoi oleh Laksamana Cornelis Speelman. Pada April 1677 armada tersebut berlayar ke Surabaya, tempat pangkalan Trunajaya. Setelah perundingan gagal, pasukan Speelman menyerbu Surabaya dan merebutnya setelah pertempuran sengit. Pasukan tersebut melanjutkan membersihkan para pemberontak dari daerah sekitar Surabaya. Pasukan VOC juga merebut Madura, pulau asal Trunajaya, dan menghancurkan kediamannya di sana. Trunajaya melarikan diri ke Surabaya dan mendirikan ibu kotanya di Kediri.