Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.
Belanda Hitam
Seluruh gugusan pulau ini menghadapi perang dan gangguan akibat upaya perluasan penguasaan Belanda. Usaha ini ditentang hebat oleh berbagai kelompok masyarakat pribumi Indonesia dan cukup untuk melemahkan dominasi Belanda dan tentaranya. Pada abad ke-17, VOC menggunakan senjata-senjata tercanggih dengan bantuan tentara bayaran dari suku Bugis (dari Sulawesi) dan suku Ambon (dari Maluku) untuk memperluas dan melindungi kepentingan perdagangannya di seluruh Nusantara. Beberapa pertempuran panjang yang dialami Belanda termasuk Perang Padri di Sumatera (1821-38), Perang Jawa (1825-30) yang diluncurkan oleh Pangeran Diponegoro, dan Perang Aceh yang berlangsung selama kurang lebih 30 tahun.