Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Pembantaian pesantren Walisongo adalah nama yang diberikan untuk serangkaian serangan oleh militan Kristen pada tanggal 28 Mei 2000 di beberapa desa yang didominasi oleh warga Muslim di kecamatan Poso Kota, Poso, Sulawesi Tengah, sebagai bagian dari konflik sektarian yang lebih luas di wilayah Poso. Secara resmi jumlah tewas dalam serangan tersebut adalah 165 orang, tetapi tidak ada angka yang pasti berapa banyak yang meninggal. Jumlah korban tewas diyakini lebih besar dari 39 orang jika dihitung dari jumlah tubuh yang kemudian ditemukan di 3 kuburan massal, dan sama dengan atau di bawah 191 dikutip dari sebuah sumber Muslim. Pembantaian ini dinamai sesuai nama Pesantren Walisongo di Sintuwulemba, tempat sebagian besar dari pembantaian seperti ini terjadi. Tiga pemimpin kelompok milisi Kristen setempat kemudian dihukum dan dieksekusi mati pada tahun 2006 untuk kejahatan yang dilakukan selama pembantaian.
Institut Agama Islam Negeri Salatiga
Dalam waktu yang bersamaan dengan proses pendirian IAIN Walisongo Jawa Tengah di Semarang, Fakultas Tarbiyah Salatiga diusulkan untuk dinegerikan sebagai cabang IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta. Setelah dilakukan peninjauan oleh Tim Peninjau yang dibentuk IAIN Sunan Kalijaga, akhirnya pembinaan dan pengawasan Fakultas Tarbiyah Salatiga diserahkan padanya. Keputusan ini didasarkan pada Surat Menteri Agama c.q. Direktorat Pembinaan Perguruan Tinggi Agama Islam Nomor Dd/PTA/3/1364/69 tanggal 13 November 1969.