Pangeran Puger
Puncak pemberontakan Trunajaya terjadi pada tahun 1677. Pangeran dari Madura tersebut melancarkan serangan besar-besaran ke ibu kota Kesultanan Mataram yang terletak di Plered. Amangkurat I melarikan diri ke barat dan menugasi Adipati Anom (Mas Rahmat) untuk mempertahankan istana. Namun, Adipati Anom menolak dan memilih ikut mengungsi. Pangeran Puger pun tampil menggantikan kakak tirinya tersebut untuk membuktikan kepada sang ayah bahwa tidak semua anggota Keluarga Kajoran terlibat pemberontakan Trunajaya.
Trenggana
Akhirnya pada tahun 1527 pasukan Demak dipimpin Sunan Kudus (putra Sunan Ngudung) berhasil mengalahkan Majapahit. Kerajaan yang pernah berjaya pada masa lalu itu akhirnya musnah sama sekali. Terjadi arus pelarian besar-besaran dari kerabat kerajaan Majapahit, hal ini disebabkan mereka takut akan dihukum karena dukungan mereka pada Girindrawardhana saat ia mengkudeta Brawijaya pada tahun 1478. Tampaknya ibukota Daha juga mengalami nasib yang sama dengan Trowulan, hal ini merupakan pembalasan keturunan Brawijaya yang menjadi penguasa Demak atas tindakan Girindrawardhana pada saat ia merebut tahta Majapahit.