Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Penaklukan Surabaya oleh Mataram atau Perang Mataram-Surabaya adalah kampanye militer oleh Kesultanan Mataram pada awal abad ke-17 yang mengakibatkan penaklukan Kadipaten Surabaya dan sekutunya di bagian timur Jawa (sekarang menjadi bagian Indonesia). Sebelum penaklukan ini, Mataram dan Surabaya adalah dua kerajaan yang bersaing merebut kekuasaan di Jawa Tengah dan Timur. Perang ini dimulai pada tahun 1614 ketika Mataram, di bawah kepemimpinan Sultan Agung, menyerang sekutu-sekutu Surabaya, termasuk Wirasaba. Surabaya dan sekutunya meluncurkan serangan balik tapi dikalahkan di dekat Pajang pada tahun 1616. Selama beberapa tahun berikutnya, Mataram secara bertahap menaklukkan anggota-anggota aliansi Surabaya, dan pada tahun 1620, kota Surabaya itu sendiri berada di bawah pengepungan, bertahan sampai menyerah pada tahun 1625. Dengan penaklukan ini, Mataram menyatukan Jawa Tengah dan Jawa Timur di bawah kekuasaannya, dan memperkokoh posisinya sebagai kekuatan dominan di Jawa. Surabaya dan daerah-daerah sekitarnya yang ditaklukkan tetap berada di tangan Mataram sampai diserahkan ke Perusahaan Hindia Timur Belanda pada 1743.