Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Hijikata Toshizō
Pada Oktober 1868, pasukan keshogunan yang dipimpin Hijikata bersama Ōtori Keisuke menduduki benteng Goryōkaku dalam Pertempuran Hakodate. Perlawanan lokal berhasil dikalahkan oleh pasukan keshogunan. Ketika Republik Ezo didirikan pada bulan Desember 1868, Hijikata diangkat sebagai wakil menteri angkatan darat. Pasukan kekaisaran mengepung Hakodata dari darat dan laut. Pada pertempuran terakhir yang berlangsung 20 Juni 1869 (kalender candra: tanggal 11 bulan 5 tahun 1869), Hijikata tertembak sebutir peluru di atas punggung kuda yang ditungganginya dan tewas. Seminggu setelah kematiannya, benteng Goryōkaku jatuh ke tangan pasukan pemerintah. Angkatan bersenjata Republik Ezo menyerah kepada Pemerintah Meiji pada 17 Mei 1869.