Perangkat lunak
Pembuatan perangkat lunak itu sendiri memerlukan "bahasa pemrograman" yang ditulis oleh seorang pemrogram untuk selanjutnya dikompilasi dengan aplikasi kompiler sehingga menjadi kode yang bisa dikenali oleh mesin hardware. Perangkat lunak seperti Windows atau Linux bisa disebut sebagai nyawa dari komputer, di mana tanpa diinstal sistem operasi tersebut maka komputer tidak dapat dijalankan. Perangkat lunak sistem operasi biasanya tersimpan di partisi C sehingga saat komputer mengalami masalah, partisi C yang terkena imbas. Perangkat lunak lain juga tersimpan di partisi C yang apabila komponen tidak lagi berjalan maksimal dapat diuninstal dan diinstal ulang. Data-data lain lebih baik disimpan di partisi D sehingga saat software terkena virus atau tidak berjalan normal kembali maka dapat diinstal ulang dan data penting dapat diselamatkan.
Linux
Banyak perangkat lunak bebas yang populer di Windows seperti Pidgin, Mozilla Firefox, OpenOffice.org dan GIMP. Jumlah perangkat lunak berbayar di Linux juga semakin bertambah seperti Adobe Flash Player, Acrobat Reader, Matlab, Nero Burning ROM, Opera, RealPlayer, dan Skype. Dalam animasi dan efek visual, terdapat juga perangkat lunak di Linux seperti halnya Windows seperti AutoDesk Maya, Softimage XSI dan Apple Shake. CrossOver merupakan perangkat lunak berbayar berbasis proyek sumber terbuka Wine yang dapat menjalankan versi lama dari Microsoft Office dan Adobe Photoshop. Microsoft Office 2007 dan Adobe Photoshop CS3 diketahui dapat dijalankan
Linux kernel dan sebagian besar perangkat lunak GNU menggunakan GNU General Public License (GPL) sebagai basis lisensinya. GPL mengharuskan siapapun yang mendistribusikan kernel linux harus membuat kode sumber (dan semua modifikasi atas itu) tersedia bagi pengguna dengan kriteria yang sama. Tahun 1997, Linus Torvald menyatakan, “Menjadikan Linux berbasis GPL sungguh merupakan hal terbaik yang pernah saya lakukan.” Komponen penting lain dalam sistem Linux diijinkan menggunakan lisensi selain dari GPL; banyak pustaka menggunakan GNU Lesser General Public License (LGPL), varian GPL yang lebih moderat, dan sistem X Window System menggunakan MIT License.