Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Pertempuran Gegodog
Tahun 1676, raja memutuskan untuk mengerahkan pasukan besar untuk memadamkan pemberontakan. Bala tentara ini jauh lebih besar daripada pasukan Trunajaya, namun sebagian besar terdiri dari para petani wajib militer. Juga termasuk para tentara cadangan dari Jawa Barat. Raja menugaskan putra mahkota untuk memimpin bala tentara ini; dia tidak menyadari peran putra mahkota dalam pemberontakan atau berencana agar dia dibunuh semasa kampanye militer. Para pangeran lainnya juga bergabung dalam bala tentara, termasuk paman raja Pangeran Purbaya, saudara Sultan Agung tersisa satu-satunya yang hampir berusia 80 tahun, serta putra raja yang lain, Pangeran Singasari yang merupakan musuh utama putra mahkota.