Pemberontakan Trunajaya
Sama dengan perang lainnya, tentara Trunajaya dan sekutunya juga menggunakan meriam, kavaleri, dan benteng. Ketika VOC merebut Surabaya dari Trunajaya pada bulan Mei 1677, Trunajaya melarikan diri dengan dua puluh meriam perunggunya, dan meninggalkan 69 meriam besi dan 34 meriam perunggu. Pasukan Trunajaya terdiri dari orang Jawa, Madura, dan Makassar. Ketika para pemberontak menyerbu Jawa pada 1676, mereka berjumlah 9.000 dan terdiri dari para pengikut Trunajaya dan para pejuang Makassar. Kemudian, pemberontakan tersebut diikuti oleh para bangsawan Jawa dan Madura lainnya. Khususnya, penguasa Giri, salah satu penguasa spiritual Islam yang paling menonjol di Jawa, bergabung pada awal tahun 1676. Ayah mertua Trunajaya, Raden Kajoran, kepala dari keluarga Kajoran yang berpengaruh, bergabung setelah kemenangan Trunajaya di Gegodog pada September 1676, dan paman Trunajaya, Pangeran Sampang (kelak Cakraningrat II) bergabung setelah jatuhnya ibu kota Mataram pada Juni 1677.
Pemberontakan Trunajaya
Pemberontakan mulai dengan serangkaian serangan dari para perompak Makassar yang berbasis di Demung terhadap kota-kota perdagangan di pantai utara Jawa. Serangan pertama terjadi pada 1674 di Gresik namun dipukul mundur. Trunajaya mengadakan pakta dan aliansi pernikahan dengan Karaeng Galesong, pemimpin orang Makassar, pada tahun 1675 dan merencanakan penyerangan lebih lanjut. Pada tahun yang sama, para perompak orang Makassar-Madura merebut dan membakar kota-kota utama di timur laut Jawa, dari Pajarakan hingga Surabaya dan Gresik. Mengingat kegagalan kekuatan loyalis melawan pemberontak, Raja Amangkurat I menunjuk seorang gubernur militer di Jepara, ibu kota provinsi di pantai utara, dan memperkuat kota tersebut. Pasukan Mataram yang bergerak di Demung dikalahkan, dan aksi gabungan oleh kapal Mataram dan VOC di pantai yang dikuasai oleh para perompak tidak selalu berhasil. Karaeng Galesong pindah ke Madura, wilayah dari sekutunya, Trunajaya. Pada tahun 1676 Trunajaya menganugerahkan dirinya sendiri gelar Panembahan (Penguasa) Maduretna dan mendapat dukungan dari sunan (penguasa spiritual) Giri, dekat Gresik. Serangan armada VOC kemudian menghancurkan basis perompak di Demung, namun mereka tidak melancarkan aksi terhadap Trunajaya di Madura.