Peptida antimikrobial
Macam pergerakan dari peptida antimikrobial dalam membunuh bakteri bervariasi. Kegiatan ini termasuk menghancurkan membran, mengganggu metabolisme, dan mengincar komponen sitoplasma. Kontak awal antara peptida dan organisme target adalah bersifat elektrostatik karena sebagian besar permukaan bakteri adalah anionik. Komposisi asam amino, sifat amfifatik, muatan kationik, dan ukuran memudahkan pepida antimikrobial dalam menempel dan masuk ke dalam membran untuk membentuk celah menuju ke dalam sel dengan berbagai mekanisme. Selain dengan cara itu, peptida antimikrobial juga dapat masuk ke dalam sel secara langsung untuk mengikat molekul intraseluler yang penting bagi sel hidup. Pengikatan intraseluler termasuk menghalangi sintesis dinding sel, perubahan membran sitoplasma, aktivasi autolisin, menghalangi DNA, RNA, dan sintesis protein, dan menghalangi enzim tertentu. Namun, di banyak kejadian, mekanisme sebenarnya dari peptida antimikrobial dalam membunuh bakteri belum diketahui. Berlawanan dengan berbagai antibiotik konvensional, peptida ini bekerja sebagai bakteriosida (pembunuh bakteri) daripada bakteriostatik (penahan pertumbuhan bakteri). Secara umum, aktivitas peptida antimikrobial bergantung pada konsentrasi inhibitor. Semakin tinggi konsentrasi inhibitor, semakin tinggi kinerja pepida antimikrobial.
Bernd Michael Rode
Selain fokus pada bidang kimia teoretis dan komputasi, Prof Rode juga melakukan penelitian di bidang bioanorganik, terutama kajian abiogenesis. Pada akhir tahun 1980-an, Prof Rode bersama rekan-rekannya menemukan reaksi pembentukan peptida dengan menginduksikan garam (SIPF) sebagai rute sintesis sederhana dari peptida menggunakan monomor asam amino dalam kondisi prebiotik. Selain menggunakan enzim sebagai katalis, reaksi SIPF menggunakan logam transisi yang bertindak sebagai katalis untuk mendorong pembentukan peptida pada kondisi larutan NaCl konsentrasi tinggi dan tembaga (II) yang mana menunjukkan aktivitas katalitik tertinggi. Biasanya, eksperimen mengenai siklus penguapan telah dilakukan untuk meniru siklus penguapan pada siang atau malam hari di pantai dan di laguna sehingga menghasilkan larutan super jenuh. Karena solusi super jenuh ini memiliki kecenderungan untuk melarut dengan sendirinya, maka termodinamika dan kinetika reaksi yang tidak menguntungkan pembentukan peptida dapat terjadi. Penelitian yang dilakukan oleh Prof Rode menyelidiki sifat-sifat reaksi SIPF dalam berbagai kondisi, terutama menekankan pada kemungkinan hubungan sifat-sifat reaksi SIPF tersebut dengan biohomochirality. Lebih lanjut, Prof Rode juga melakukan percobaan Miller-Urey, yang mana memasukkan pandangan baru tentang komposisi udara primordial. Hal ini menunjukkan bahwa peptida juga bisa terbentuk dalam suasana udara netral (CO2/N2/H2O) akibat adanya debit listrik.