Sejarah pemikiran evolusi
Dari awal 1960an, biologi molekuler makin dipandang sebagai ancaman untuk inti tradisional biologi evolusi. Menghimpun para pakar biologi evolusi—terutama Ernst Mayr, Theodosius Dobzhansky, dan George Gaylord Simpson, tiga arsitek dari sintesis modern—sangat skeptis terhadap kesepakatan molekuler, khususnya saat ini dihubungkan (atau dipadukan) dengan seleksi alam. Hipotesis jam molekuler dan teori netral sangatlah kontroversial, menimbulkan debat netralis-seleksionis atas pengaruh relatif dari mutasi, pergerakan dan seleksi, yang berlanjut sampai 1980an tanpa kesepakatan yang jelas.
Rekayasa molekul
Proses rekayasa molekul adalah suatu proses yang sangat rumit dan sulit. Bidang ini memerlukan manipulasi molekul secara manual dengan menggunakan perangkat seperti "scanning tunneling microscope". Tujuan dari rekayasa molekul adalah diperolehnya molekul pembantu termodifikasi yang dapat mereplika diri sendiri. Oleh karenanya, bidang ini dapat dilihat sebagai bidang presisi dari teknik kimia yang meliputi teknik protein (suatu bidang yang menciptakan molekul protein). Teknik protein umum berlangsung secara alami di biokimia.