Tuberkulosis
Dalam 15–20% kasus aktif, terjadi penyebaran infeksi hingga ke luar organ pernapasan dan menyebabkan TB jenis lainnya. TB yang terjadi di luar organ pernapasan disebut "tuberkulosis ekstra paru". TB ekstra paru umumnya terjadi pada orang dewasa dengan imunosupresi dan anak-anak. TB ekstra paru muncul pada 50% lebih kelompok pengidap HIV. Lokasi TB ekstra paru yang bermakna termasuk: pleura (pada TB pleuritis), sistem saraf pusat (pada meningitisTB), dan sistem kelenjar getah bening (pada skrofuloderma leher). TB ekstra paru juga dapat terjadi di sistem urogenital (yaitu pada Tuberkulosis urogenital) dan pada tulang dan persendian (yaitu pada penyakit Pott tulang belakang). Bila TB menyebar ke tulang maka dapat disebut "TB tulang", yang merupakan salah satu bentuk osteomielitis. Ada lagi TB yang lebih serius yaitu TB yang menyebar luas dan disebut sebagai TB diseminata, atau biasanya dikenal dengan nama Tuberkulosis Milier. Di antara kasus TB ekstra paru, 10%-nya biasanya merupakan TB Milier.
Tiroiditis
Tiroiditis Hashimoto juga berada pada klasifikasi yang sama dengan penyakit otoimun lain seperti insulitis, IDDM, kolitis dan aterosklerosis sebagai penyakit akibat peradangan yang dikaitkan dengan berlebihnya ekspresi TLR-3/4, yang digunakan sebagai lintasan infeksi viral melalui pencerapan dsRNA viral. Ekspresi TLR-3 dapat diredam oleh "phenylmethimazole". Sering terjadinya kasus Tiroiditis Hashimoto pada wanita menjelang usia menopause menyebabkan diagnosa selalu mengarah pada penyakit degeneratif daripada penyakit akibat peradangan. Nama ilmiah tiroiditis Hashimoto adalah "struma lymphomatosa", atau "struma lymphosarcoma" pada jenjang berikutnya meski jarang sekali terjadi. Biasanya tiroiditis ini akan berkembang menjadi "myxoedema".