Yerusalem
Baik orang Israel maupun Palestina mengklaim Yerusalem sebagai ibu kota mereka, sebab Israel mempertahankan lembaga-lembaga pemerintahan utamanya di sana dan Negara Palestina pada dasarnya memandang kota ini sebagai pusat kekuasaannya; bagaimanapun kedua klaim tersebut tidak ada satupun yang mendapat pengakuan luas secara internasional. Namun hingga kini pengelolaan kota Yerusalem dilakukan oleh Israel. Palestina, di sisi lain, memiliki tujuan untuk menjadikan Yerusalem Timur sebagai ibukota.
Silo, Kanaan
Silo terletak di pegunungan Efraim, merupakan ibukota keagamaan Israel selama 300 tahun sebelum berpindah ke Yerusalem. Disebutkan pertama kali di Kitab Yosua dan seterusnya pada zaman Kitab Hakim-hakim, kota ini terletak di sebelah utara Betel, sebelah timur jalan raya Betel ke Sikhem dan di sebelah selatan Lebona di pegunungan Efraim (). Silo dipastikan berada di lokasi kota Khirbet Seilun oleh pakar Amerika, E. Robinson pada tahun 1838. Sebelumnya lokasi ini dicatat oleh penulis zaman Romawi, Eusebius dan oleh Ishtori Haparchi.