Teologi pembebasan
Teologi Pembebasan yang dimaksud oleh Gutiérrez adalah pengentasan di bidang politik dan sosial. Sekalipun bermula dari pemahaman politik, namun ini bukanlah penyusutan paham iman, melainkan refleksi iman yang malampaui refleksi sosial dan politik. Jadi teologinya berpusat pada yudaisme Yesus Kristus secara historis. Gutiérrez menyatakan bahwa Yesus Kristus adalah "Si orang miskin" yang disamakan dengan orang-orang yang tertindas saat ini di dunia. Hal ini didasarkan pula dari Alkitab Injil Matius 5:10. Pembebasan yang dilakukan Yesus di atas kayu salib memerankan dua aspek, yaitu membebaskan manusia dari penindasan duniawi (kehidupan fisik sosial politik) dan penindasan iman (dosa, kematian, kefanaan dsb).
Persekutuan Gereja-gereja di Indonesia
Dengan demikian, pergantian nama itu mengandung perubahan makna. Persekutuan merupakan istilah Alkitab yang menyentuh segi eksistensial, internal dan spiritual dari kebersamaan umat Kristiani yang satu. Sesuai dengan pengakuan PGI bahwa Yesus Kristus adalah Tuhan dan Juruselamat dunia serta Kepala Gereja, sumber Kebenaran dan Hidup, yang menghimpun dan menumbuhkan gereja sesuai dengan Firman Allah, maka sejak berdirinya PGI, gereja-gereja berkomitmen untuk menyatakan satu gereja yang esa di Indonesia. Keesaan itu ditunjukkan melalui kebersamaan dalam kesaksian dan pelayanan, persekutuan, saling menolong dan membantu. Oleh karena itu PGI tidaklah bermaksud untuk menyeragamkan gereja-gereja di Indonesia, dan PGI juga bukanlah hendak menjadi suatu super church yang mendominasi gereja-gereja anggota, melainkan keesaan yang dimaksud adalah keesaan dalam tindakan, artinya keesaan yang makin lama makin bertumbuh dan berkembang ketika melakukan kegiatan-kegiatan bersama dalam visi dan misi bersama.