Tuberkulosis
Pengobatan TB menggunakan antibiotik untuk membunuh bakterinya. Pengobatan TB yang efektif ternyata sulit karena struktur dan komposisi kimia dinding sel mikobakteri yang tidak biasa. Dinding sel menahan obat masuk sehingga menyebabkan antibiotik tidak efektif. Dua jenis antibiotik yang umum digunakan adalah isoniazid danrifampicin, dan pengbatan dapat berlangsung berbulan-bulan. Pengobatan TB laten biasanya menggunakan antibiotik tunggal. Penyakit TB aktif sebaiknya diobati dengan kombinasi beberapa antibiotik untuk menurunkan risiko berkembangnya bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Pasien dengan infeksi laten juga diobati untuk mencegah munculnya TB aktif di kehidupan selanjutnya. WHO merekomendasikan directly observed therapy atau terapi pengawasan langsung, dimana seorang pengawas kesehatan mengawasi penderita meminum obatnya. Tujuannya adalah untuk mengurangi jumlah penderita yang tidak meminum obat antibiotiknya dengan benar. Bukti yang mendukung terapi pengawasan langsung secara independen kurang baik. Namun, metode dengan cara mengingatkan penderita bahwa pengobatan itu penting ternyata efektif.
Tiroiditis
Tiroiditis Hashimoto juga berada pada klasifikasi yang sama dengan penyakit otoimun lain seperti insulitis, IDDM, kolitis dan aterosklerosis sebagai penyakit akibat peradangan yang dikaitkan dengan berlebihnya ekspresi TLR-3/4, yang digunakan sebagai lintasan infeksi viral melalui pencerapan dsRNA viral. Ekspresi TLR-3 dapat diredam oleh "phenylmethimazole". Sering terjadinya kasus Tiroiditis Hashimoto pada wanita menjelang usia menopause menyebabkan diagnosa selalu mengarah pada penyakit degeneratif daripada penyakit akibat peradangan. Nama ilmiah tiroiditis Hashimoto adalah "struma lymphomatosa", atau "struma lymphosarcoma" pada jenjang berikutnya meski jarang sekali terjadi. Biasanya tiroiditis ini akan berkembang menjadi "myxoedema".