Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Kadipaten Surabaya
Pada tahun 1613 Hanyakrakusuma ( 1613 1645, yang kemudian bergelar Sultan Agung) naik takhta Mataram. Dia mulai mengadakan perang yang pada akhirnya akan mengakibatkan jatuhnya Surabaya. Pada tahun 1614 Agung menyerbu beberapa sekutu dari Surabaya, terutama termasuk Wirasaba. Surabaya dan sekutunya kemudian melakukan serangan balasan dan menyerbu Mataram, tetapi dikalahkan di Siwalan, dekat Pajang, pada bulan Januari 1616. Selanjutnya, Mataram secara bertahap menaklukkan sekutu Surabaya, terutama Tuban pada tahun 1619.