Choi Siwon
Bulan Maret 2006, setelah SM Entertainment merekrut member baru Kyuhyun, grup ini menghilangkan "05" dan resmi bernama Super Junior. Single pertama bentuk baru grup ini "U" dirilis 7 Juni 2006,
Pada musim gugur 2007, Siwon bersama Super Junior merilis album kedua, "Don't Don", yang berhasil menjadi album terlaris kedua setelah SG Wannabe pada tahun tersebut.
Super Junior-H
Pada 2008, seluruh anggota Super Junior sudah menjadi anggota setidaknya satu subkelompok kecuali Kibum. Super Junior-Happy terdiri dari setiap anggota sebelumnya dari Super Junior-T kecuali Heechul, yang digantikan oleh Yesung. Super Junior-Happy membuat kinerja debut resmi pada tanggal 3 Mei 2008 di Power Concert meskipun mereka tidak secara resmi memperkenalkan diri sebagai sub kelompok pada saat itu.