Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Kampanye militer Kediri (1678)
Kemenangan Belanda-Mataram di Kediri melemahkan pemberontakan Trunajaya. Namun, perang belum berakhir. Trunajaya dan pengikutnya masih bebas di dataran tinggi Malang sekitar Jawa timur; dia baru ditangkap Desember 1679. Sekutunya Raden Kajoran membangun pangkalan baru di Mlambang, Jawa Tengah dan terlibat dalam operasi sukses di sana hingga kematiannya pada September 1679. Kakak Amangkurat, Pangeran Puger, masih menguasai keraton Mataram di Plered di mana dia mempertahankan klaimnya atas takhta hingga tahun 1681. Amangkurat juga menghadapi kesulitan dalam membangun kekuasaannya di Cirebon dan Madura.