Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Selain mereka yang tewas di pesantren, orang lain yang ditangkap dilaporkan diikat dan dipaksa untuk berjalan dua kilometer ke sungai Poso di bagian selatan kota, tempat banyak tawanan tewas, termasuk anak-anak dan bayi, dan ada laporan setelahnya bahwa Sungai Poso tersumbat oleh mayat-mayat. Banyak wanita yang masih hidup kemudian melaporkan bahwa mereka telah diperkosa oleh militan dan juga melihat kerabat mereka yang diserang secara seksual. Seorang warga perempuan mengingat bahwa dia menyaksikan 9 kerabatnya yang dibunuh oleh para militan, termasuk anak bungsunya di kelas tiga SD. Warga laki-laki lainnya, yang selamat dari serangan di pesantren, kepada wartawan mengatakan bahwa dia ditangkap lagi empat hari kemudian dan dibawa ke sungai untuk dieksekusi dan berhasil melarikan diri sekali lagi.