Kangin
Bulan Maret 2006, SM Entertainment merekrut anggota baru untuk generasi Super Junior berikutnya. Namun, terjadi perubahan rencana dan mengumumkan formasi tetap dari Super Junior. Bersamaan dengan ditambahkannya anggota ke-13 Kyuhyun, grup tersebut menghapuskan angka "05" dan secara resmi bernama Super Junior. Pada 7 Juni 2006, single pertama mereka "U" yang telah digubah ulang secara resmi dirilis, dan menjadi "single" tersukses mereka hingga dirilisnya "Sorry, Sorry" pada bulan Maret 2009.
Super Junior-H
Pada 2008, seluruh anggota Super Junior sudah menjadi anggota setidaknya satu subkelompok kecuali Kibum. Super Junior-Happy terdiri dari setiap anggota sebelumnya dari Super Junior-T kecuali Heechul, yang digantikan oleh Yesung. Super Junior-Happy membuat kinerja debut resmi pada tanggal 3 Mei 2008 di Power Concert meskipun mereka tidak secara resmi memperkenalkan diri sebagai sub kelompok pada saat itu.