Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Masjid Al-Aqsha
Sering terjadi kebingungan antara Masjid Al Aqsha dengan Jami' Al Aqsha (disebut juga Masjid Al Qibli). Selama berabad-abad yang dimaksud dengan Masjid Al Aqsha adalah keseluruhan kompleks, sedangkan Jami' Al Aqsha adalah masjid berkubah biru gelap yang berada di Masjid Al Aqsha bagian selatan. Pada masa pemerintahan Kesultanan Utsmaniyah (kira-kira abad ke-16 sampai awal 1918), kompleks tersebut dinamai "Al-Haram Asy-Syarif", sedangkan nama Masjid Al Aqsha menjadi hanya mengerucut kepada Jami' Al Aqsha. "Al Haram Asy Syarif" sendiri secara harfiah berarti “tanah suci yang mulia.” Berdasarkan penuturan sejarawan Oleg Grabar, “Hanya cenderung belakangan ini bahwa tempat suci umat Muslim di Yerusalem disebut dengan "Al Haram Asy Syarif". Meskipun kepastian dari sejarah awal mula istilah ini tidak jelas, tetapi kita tahu hal itu menjadi kebiasaan pada masa Utsmaniyyah … Sebelum (masa) Utsmaniyyah, tempat tersebut biasanya disebut Masjid Al Aqsha.”