Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Mutsuhito
Tidak lama setelah naik takhta, kaisar melakukan perjalanan ke Tokyo lewat jalan Tōkaidō, sekaligus kunjungan pertamanya ke Tokyo. Ia tiba pada akhir November, dan mulai memperpanjang masa tinggalnya di Tokyo. Kaisar menghadiahkan sake kepada penduduk Tokyo yang menanti-nantikan kunjungan kekaisaran. Tokyo (Edo) adalah ibu kota keshogunan, dan penduduk khawatir kotanya mengalami kemunduran setelah dihapuskannya keshogunan. Namun baru pada tahun 1889, keputusan akhir diambil untuk memindahkan ibu kota ke Tokyo. Sewaktu berada di Tokyo, kaisar untuk pertama kalinya menaiki kapal angkatan laut Jepang, dan keesokan harinya memberi instruksi untuk mempelajari cara-cara memperkuat angkatan laut Jepang. Segera setelah tiba kembali di Kyoto, sebuah titah dikeluarkan atas nama kaisar (tapi kemungkinan besar ditulis oleh pejabat istana). Isinya menunjukkan niat kaisar untuk terlibat dalam urusan pemerintahan, dan memang ia menghadiri rapat-rapat kabinet dan tugas-tugas pemerintahan yang jumlahnya tidak terhitung, meskipun jarang berbicara, hampir hingga hari kematiannya.