Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Kyoto
Meskipun mengalami banyak perang, kebakaran, dan gempa bumi pada saat menjadi ibu kota pada abad ke-11, Kyoto selamat dari pengeboman pada perang dunia II. Memiliki sekitar 2000 kuil Shinto dan Budha, ditambah lagi dengan istana, taman, dan peninggalan arsitektur lainnya, Kyoto dikenal sebagai salah satu kota paling terjaga budayanya di Jepang. Beberapa kuil di Kyoto yang terkenal di seluruh Jepang antara lain Kiyomizu-dera, Kinkaku-ji, Ginkaku-ji, dan Ryoan-ji. Heian-Jingu, sebuah kuil Shinto, didirikan pada tahun 1895 untuk merayakan keluarga kerajaan yang untuk pertama dan terakhir kalinya tinggal di Kyoto.