Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Mataram mengirim lima ekspedisi untuk menyerang Surabaya. pertama, pada tahun 1620, melibatkan 70,000 pasukan Mataram melawan 30.000 pasukan Surabaya, tetapi pengepungan gagal karena tidak cukup persediaan untuk pasukan Mataram. Upaya kedua pada tahun 1622, juga gagal karena kurangnya persediaan makanan. Upaya ketiga pada tahun 1623, juga gagal menaklukkan Surabaya. Mataram mengepung Surabaya lagi pada tahun 1624, menduduki dan menjarah wilayah pemukiman di sekitarnya serta memaksa warga untuk mengungsi ke dalam kota. Pada saat yang sama, Mataram juga mengirimkan ekspedisi terhadap sekutu Surabaya yang tersisa, terutama Sukadana di Kalimantan, yang jatuh pada tahun 1622, dan Madura, yang jatuh pada tahun 1624. kedua sekutu di luar pulau ini telah memasok Surabaya, dan kekalahan mereka sangat berdampak bagi kota ini.