Sejarah pemikiran evolusi
Dari awal 1960an, biologi molekuler makin dipandang sebagai ancaman untuk inti tradisional biologi evolusi. Menghimpun para pakar biologi evolusi—terutama Ernst Mayr, Theodosius Dobzhansky, dan George Gaylord Simpson, tiga arsitek dari sintesis modern—sangat skeptis terhadap kesepakatan molekuler, khususnya saat ini dihubungkan (atau dipadukan) dengan seleksi alam. Hipotesis jam molekuler dan teori netral sangatlah kontroversial, menimbulkan debat netralis-seleksionis atas pengaruh relatif dari mutasi, pergerakan dan seleksi, yang berlanjut sampai 1980an tanpa kesepakatan yang jelas.
Kode batang DNA
Dalam biologi molekular, kode batang DNA atau DNA barcoding merupakan suatu urutan basa DNA yang sangat berbeda-beda antarspesies namun hampir tidak berubah di dalam suatu spesies sehingga dapat dipakai sebagai penanda suatu spesies. Urutan ini, apabila ditemukan, dapat digunakan untuk mengkatalog keanekaragaman hayati secara cepat di suatu daerah suaka atau mengawasi pengiriman hewan atau tumbuhan dari perdagangan hewan atau tumbuhan terancam secara ilegal.