Peptida antimikrobial
Peptida antimikrobial unik dan terbagi dalam beberapa kelompok molekul yang terbagi lagi menjadi beberapa subkelompok berdasarkan komposisi dan struktur asam aminonya. Peptida antimikrobial umumnya terdiri dari 12 hingga 50 asam amino. Peptida ini termasuk dua atau lebih residu bermuatan positif dari arginin, lisin, histidin, dan residu hidrofobik. Struktur sekunder dari molekul ini terdiri dari 4 macam, yaitu alpha helical, beta stranded, beta hairpin, dan extended. Banyak peptida ini tidak terstruktur pada larutan bebas, dan terlipat menjadi konfigurasi akhirnya sepanjang penempatannya pada membran biologis. Peptida ini mengandung residu asam amino hidrofilik terbentang pada satu sisi sedangkan asam amino hidrofobik terbentang pada sisi yang berlawanan. Sifat ini memudahkan penempatan pada dua lapis membran lipid. Kemampuan untuk berasosiasi dengan membran adalah sifat asli dari peptida antimikrobial, meski permeabilisasi membran tidak diperlukan. Peptida ini memiliki berbagai aktivitas antimikrobial berkisar pada membran sel hingga sitoplasma.
Pola molekuler terkait patogen
PAMP mengaktifkan respons imun bawaan, melindungi inang dari infeksi, dengan mengidentifikasi beberapa molekul "nonself" yang dilestarikan. Bakterial lipopolisakarida (LPS), suatu endotoksin yang ditemukan pada membran sel bakteri gram negatif, dianggap sebagai kelas prototipe PAMP. LPS secara khusus dikenali oleh TLR4, sebuah reseptor pengenalan sistem imun bawaan. PAMP lainnya termasuk bakteri flagellin (dikenali oleh TLR5 ), asam lipoteikoat dari bakteri gram positif (dikenali oleh TLR2), peptidoglikan (dikenali oleh TLR2), dan asam nukleat varian biasanya terkait dengan virus, seperti unting ganda RNA (dsRNA), dikenali oleh TLR3 atau motif CpG yang tidak termetilasi, dikenali oleh TLR9. Meskipun istilah "PAMP" relatif baru, konsep bahwa molekul yang berasal dari mikroba harus dideteksi oleh reseptor dari organisme multisel telah ada selama beberapa dekade, dan referensi ke "reseptor endotoksin" ditemukan dalam banyak literatur yang lebih tua.