Redoks
Istilah "redoks" berasal dari dua konsep, yaitu reduksi dan oksidasi. Ia dapat dijelaskan dengan mudah sebagai berikut:
Walaupun cukup tepat untuk digunakan dalam berbagai tujuan, penjelasan di atas tidaklah persis benar. Oksidasi dan reduksi tepatnya merujuk pada "perubahan bilangan oksidasi" karena transfer elektron yang sebenarnya tidak akan selalu terjadi. Sehingga oksidasi lebih baik didefinisikan sebagai "peningkatan bilangan oksidasi", dan reduksi sebagai "penurunan bilangan oksidasi". Dalam praktiknya, transfer elektron akan selalu mengubah bilangan oksidasi, namun terdapat banyak reaksi yang diklasifikasikan sebagai "redoks" walaupun tidak ada transfer elektron dalam reaksi tersebut (misalnya yang melibatkan ikatan kovalen).
Kerapatan elektron
Sebagian besar paket perangkat lunak pemodelan molekuler memungkinkan pengguna memilih nilai untuk kerapatan elektron, yang sering disebut IsoValue. Beberapa perangkat lunak juga memungkinkan spesifikasi kerapatan elektron dalam hal persentase elektron total yang mengelilingi. Bergantung pada IsoValue (unit tipikal adalah elektron per bohr kubik), atau persentase elektron total tertutup, permukaan kerapatan elektron dapat digunakan untuk menemukan atom, menekankan kepadatan elektron yang terkait dengan ikatan kimia, atau untuk menunjukkan ukuran dan bentuk molekul secara keseluruhan.