Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Amangkurat II
Pada tahun 1674 datang kaum pelarian dari Makasar yang bernama Keraeng Galesong. Mereka meminta meminta sebidang tanah di Mataram , namun ditolak oleh Amangkurat I. Diam-diam Mas Rahmat memberi mereka tanah di desa Demung, daerah Ketah dekat Besuki. Atas penolakan Amangkurat I ini mereka sakit hati dan kemudian bergabung dalam pemberontakan Trunajaya di wilayah timur.