Ikhwanul Muslimin
Secara misterius, pendiri Ikhwanul Muslimin, Hassan al-Banna meninggal dunia karena dibunuh pada 12 Februari 1949. Kemudian, tahun 1950, pemerintah Mesir merehabilitasi organisasi Ikhwanul Muslimin. Pada saat itu, parlemen Mesir dipimpin oleh Mustafa an-Nuhas Pasha. Parlemen Mesir menganggap bahwa pembekuan Ikhwanul Muslimin tidak sah dan inkonstitusional. Ikhwanul Muslimin pada tahun 1950 dipimpin oleh Hasan al-Hudhaibi. Kemudian, tanggal 23 Juli 1952, Mesir dibawah pimpinan Muhammad Najib bekerjasama dengan Ikhwanul Muslimin dalam rencana menggulingkan kekuasaan monarki Raja Faruk pada Revolusi Juli. Tapi, Ikhwanul Muslimin menolak rencana ini, dikarenakan tujuan Revolusi Juli adalah untuk membentuk Republik Mesir yang dikuasai oleh militer sepenuhnya, dan tidak berpihak pada rakyat. Karena hal ini, Jamal Abdul Nasir menganggap gerakan Ikhwanul Muslimin menolak mandat revolusi. Sejak saat ini, Ikhwanul Muslimin kembali dibenci oleh pemerintah.
Universitas Islam Internasional Indonesia
Perkembangan paling mutakhir dari perjalanan Perguruan Tinggi Islam terjadi pada zaman pemerintahan Presiden Megawati Soekarnoputri. Melalui Surat Keputusan Presiden Nomor 031/2002, IAIN Jakarta berubah status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) dengan mandat membuka program kajian baru di luar wilayah tradisionalnya. Langkah transformasi ini diikuti oleh beberapa IAIN lain seperti IAIN Jogjakarta, Malang, Riau, dan Bandung. Transformasi IAIN menjadi universitas ini merupakan tonggak sejarah baru bagi komunitas akademik Muslim. Mereka tidak hanya diharapkan mengurusi persoalan keagamaan, tetapi juga terlibat dalam pengembangan bidang-bidang kehidupan yang lain.