Molekul
Molekul sebagai komponen materi jamak terdapat dalam zat organik (dan biokimia tentunya). Mereka menyusun sebagian besar samudera dan atmosfer. Namun, mayoritas zat padat yang kita kenal di Bumi, termasuk sebagian besar mineral yang membentuk kerak, mantel, dan inti bumi, mengandung banyak ikatan kimia, tetapi "tidak" tersusun dari molekul yang dapat diidentifikasi. Selain itu, tidak ada molekul yang khas yang dapat didefinisikan sebagai kristal ionik (garam) dan kristal kovalen (padatan jaringan kovalen, "network solid"), meskipun ini sering tersusun dari sel unit yang berulang sehingga membentuk bidang (seperti dalam grafena) atau tiga dimensi (seperti intan, kuarsa, atau natrium klorida). Tema struktur sel unit yang berulang juga berlaku untuk sebagian besar fase paling padat dengan ikatan logam, yang artinya bahwa logam padat juga tidak terbuat dari molekul. Dalam kaca (zat padat yang berada dalam keadaan vitreous tak teratur), atom-atom juga dapat disatukan oleh ikatan kimia tanpa adanya molekul definitif apapun, maupun tanpa adanya keterulangan unit yang teratur seperti pada kristal.
Awan antarbintang
Awan antar bintang adalah nama umum yang diberikan pada akumulasi gas, plasma dan debu di dalam sebuah galaksi. Awan antarbintang adalah daerah yang kerapatannya di atas rata-rata kerapatan medium antarbintang. Bergantung pada kerapatan, ukuran dan suhu, hidrogen yang ada di dalamnya dapat berwujud netral (daerah H I), terionisasi (daerah H II) dalam bentuk plasma, atau molekul (awan molekul). Awan netral dan yang terionisasi kadangkala disebut awan yang tersebar (difus), sementara awan molekul kadangkala merujuk pada awan-awan berkerapatan tinggi.