Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Yerusalem
Walaupun Israel memohon supaya Yordania tetap netral selama Perang Enam Hari, Yordania, yang mana telah menandatangani suatu perjanjian pertahanan dengan Mesir pada tanggal 30 Mei 1967, pada hari kedua perang tersebut menyerang Yerusalem Barat yang berada di bawah kendali Israel. Setelah pertempuran jarak dekat antara tentara Yordania dan Israel di Bukit Bait Suci, Pasukan Pertahanan Israel merebut Yerusalem Timur dan seluruh Tepi Barat. Yerusalem Timur, beserta beberapa wilayah Tepi Barat di dekatnya yang terdiri dari beberapa lusin desa Palestina, selanjutnya dianeksasi oleh Israel, begitu juga tempat-tempat suci Kristen dan Muslim. Pada tanggal 27 Juni 1967, beberapa minggu setelah perang berakhir, Israel memperluas yurisdiksi dan hukumnya untuk Yerusalem Timur dan beberapa daerah di sekitarnya, menggabungkannya dengan Munisipalitas Yerusalem, kendati istilah aneksasi berusaha dihindarinya. Pada tanggal 10 Juli, Menteri Luar Negeri Abba Eban menjelaskan kepada Sekretaris Jenderal PBB: "Istilah 'aneksasi' yang digunakan oleh para pendukung suara tersebut tidaklah akurat. Langkah-langkah yang diambil [oleh Israel] berhubungan dengan integrasi Yerusalem di area-area munisipal dan administratif, serta berfungsi sebagai suatu dasar hukum untuk perlindungan tempat-tempat suci di Yerusalem." Israel melakukan sensus penduduk Arab di area-area yang dianeksasinya. Mereka diberikan status penduduk permanen dan opsi untuk mengajukan permohonan kewarganegaraan Israel. Sejak tahun 1967, berbagai area Yahudi yang baru bertumbuh dengan cepat di sektor timur, sementara belum ada pembuatan lingkungan Palestina yang baru.