Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Masjid Al-Aqsha
Pada bulan Februari 2007, Departemen tersebut memulai situs penggalian untuk mencari peninggalan arkeologi di sebuah lokasi tempat pemerintah ingin membangun kembali sebuah jembatan penyeberangan yang runtuh. Situs ini berjarak 60 meter dari masjid. Penggalian memicu kemarahan di banyak negara dunia Islam, dan Israel dituduh telah mencoba menghancurkan pondasi masjid. Ismail Haniya, saat itu Perdana Menteri Otoritas Nasional Palestina dan pemimpin Hamas, menyerukan Palestina untuk bersatu dalam menentang penggalian, sedangkan Fatah menyatakan bahwa mereka akan mengakhiri gencatan senjata mereka dengan Israel. Israel membantah semua tuduhan tersebut, dan menyebutnya sebagai hal yang "menggelikan".