Yerusalem
Ketika kaum Muslim pergi ke "Bayt Al-Maqdes" untuk pertama kalinya, mereka mencari lokasi Masjid Al-Aqsa ("Masjid Terjauh") yang disebutkan dalam Al-Qur'an dan Hadits menurut keyakinan Islam. Sumber-sumber Ibrani dan Arab dari masa itu mengatakan bahwa situs tersebut penuh dengan sampah sehingga kaum Arab dan Yahudi bersama-sama membersihkannya. Khalifah Umayyah Abdul Malik bin Marwan memerintahkan pembangunan Kubah Shakhrah (Kubah Batu) pada akhir abad ke-7. Syamsuddin Al-Maqdisi, seorang sejarawan abad ke-10, menuliskan bahwa Abdul Malik membangun shakhrah tersebut agar dapat mengimbangi kemegahan gereja-gereja monumental di Yerusalem.
Perang Enam Hari
Insiden lain ialah adanya penggalian terowongan di bawah Masjid Al-Aqsa dengan tujuan mencari Haikal Sulaiman (Bait Suci Kedua), yang membuat pondasi masjid menjadi rapuh dan kemungkinan besar masjid dapat ambruk. Situs Al-Aqsa Online menyebutkan (15/2/2008), telah terjadi longsoran yang menimbulkan lubang sedalam dua meter dengan diameter 1,5 meter. Longsoran itu terjadi di dekat Pintu Gerbang Al-Selsela dan sumber air Qatibai, sisi barat masjid. Dalam pernyataannya, lembaga rekonstruksi tempat-tempat suci Islam Al-Aqsa Foundation menyatakan, longsoran itu disebabkan oleh penggalian yang dilakukan sekelompok warga Israel di bawah kompleks Masjid Al-Aqsa dan penggalian tersebut sudah mencapai Pintu Gerbang Selsela. Hal serupa juga dilontarkan gerakan Islam di Israel pimpinan Syaikh Raed Salah, yang menyerukan agar negara-negara Muslim segera mengambil langkah untuk menghentikan penggalian tersebut yang dilakukan di kompleks Masjid Al-Aqsa.