Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Pemberontakan Trunajaya
Selain pasukan Trunajaya, Amangkurat II terus menghadapi tentangan dari saudaranya Pangeran Puger, yang telah merebut ibu kota lama di Plered dan telah merebut takhta untuk dirinya sendiri pada tahun 1677. Sebelum kekalahan Trunajaya, pasukan Amangkurat tidak mengambil tindakan terhadapnya. Setelah Trunajaya dikalahkan, Amangkurat masih belum bisa meyakinkan saudaranya untuk menyerah. Pada September 1680, Amangkurat membangun ibu kota baru di Kartasura. Pada November, pasukan Amangkurat dan VOC mengusir Puger dari Plered. Namun, Puger dengan cepat membangun kembali pasukannya, merebut Plered lagi pada Agustus 1681, dan hampir merebut Kartasura. Pada November 1681, pasukan VOC dan Mataram kembali mengalahkan Puger, dan kali ini dia menyerah dan diampuni oleh abangnya.