Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Osaka
Walaupun tidak berlangsung lama, Osaka pernah menjadi ibukota Jepang kuno di zaman Naniwa (pertengahan abad ke-7 sampai pertengahan abad ke-8). Kaisar Nintoku membangun Istana Naniwa dan menamakan kota tempat istananya sebagai "Naniwa no miya" (Ibukota Naniwa). Kejayaan Naniwa dapat dibuktikan dengan ukuran luas makam Kaisar Nintoku di kota Sakai.