Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Permusuhan Banten dan Jawa
Pada saat Banten diperintah oleh Sultan Abulmafakhir, pada tahun 1646, saat Amangkurat menggantikan Sultan Agung, Mataram masih ingin manaklukan Banten. Awal tahun 1648 Banten mengambil langkah besar untuk menangkal kemungkinan serangan: kapal-kapal perang besar dibangun dan para penduduk di sekitar kota diperintahkan untuk masuk kedalam perlindungan benteng kota. Usaha tersebut dirasakan manfaatnya beberapa tahun kemudian. Dua tahun kemudian, dua misi diplomatik tiba di Banten; mereka meminta agar Banten menyerahkan diri kepada Mataram. Banten menjawab bahwa Banten hanya tunduk kepada pimpinan besar di Mekah. Mataram segera memberikan reaksi dengan mengirim armada angkatan laut dari Cirebon, jajahan Mataram, untuk menyerang Banten. Terjadilah pertempuran sengit di lautan sekitar Tangerang. Banten memenangkan pertempuran ini serta membunuh lima ratus tentara Cirebon. Dengan demikian Mataram dapat dikalahkan oleh Banten.