Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Prefektur Nara
Ibu kota kuno Jepang berada di Nara, mulai dari Asuka-kyō, Fujiwara-kyō (694–710), dan Heijō-kyō (710–784). Istana kekaisaran waktu itu mengirim utusan dan pelajar ke Dinasti Sui dan Dinasti Tang. Pada abad ke-7, Nara menjadi tempat tinggal bagi para imigran, terutama imigran dari Baekje yang melarikan diri dari perang di Semenanjung Korea.