Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Pemberontakan Heiji
Pada tahun 1158, Kaisar Go-Shirakawa memutuskan untuk pensiun dan memberikan tahta kepada putranya yang bertahta sebagai Kaisar Nijō. Mantan Kaisar Go-Shirakawa mengangkat diri sebagai kaisar administratif ("Chiten no Kimi") dan memulai pemerintahan dari balik biara. Walaupun masih muda, Kaisar Nijō dikenal sebagai pemimpin yang cerdas dan memiliki banyak pengikut dari kalangan bangsawan. Hal tersebut mengakibatkan kalangan istana terbelah menjadi dua faksi, yakni pengikut Kaisar Nijō dan pengikut Go-Shirakawa (mantan kaisar).