Vikariat Apostolik
Sebuah vikariat apostolik dipimpin oleh seorang vikaris apostolik. Berbeda dengan sebuah keuskupan yang mandiri dan memiliki pimpinan seorang uskup yang memiliki kewenangan yang lebih luas, Vikaris Apostolik menjadi wakil (vicar} dari Paus selaku uskup universal. Seorang vikaris apostolik dapat saja dibantu oleh uskup dari keuskupan yang berbatasan dengan wilayah vikariat apostolik dan atau imam yang dilantik sebagai administrator apostolik. Tetapi sebagaimana juga di keuskupan, seorang vikaris apostolik dapat juga melantik imam lain sebagai vikaris episkopalis atau vikep untuk membantu tugas-tugasnya dalam wilayah yang lebih kecil atau untuk kategori tertentu.
Prefektur Apostolik
Sebagian besar Keuskupan di Indonesia mula-mula dibentuk sebagai Prefektur Apostolik, dalam masa sebelum 3 Januari 1961, yaitu ketika hierarki Gereja Katolik didirikan di Indonesia oleh Paus Yohanes XXIII. Maka Prefektur Apostolik pada umumnya bisa dikatakan sebagai bakal Keuskupan, walaupun tidak selalu demikian. Ada Keuskupan yang mendapatkan bentuk awalnya sebagai Vikariat Apostolik, dan ada yang langsung didirikan sebagai Keuskupan.