Perang Diponegoro
Untuk menghadapi Perang Diponegoro, Belanda terpaksa menarik pasukan yang dipakai perang di Sumatera Barat untuk menghadapi Pangeran Diponegoro yang bergerilya dengan gigih. Sebuah gencatan senjata disepakati pada tahun 1825, dan sebagian besar pasukan dari Sumatera Barat dialihkan ke Jawa. Namun, setelah Perang Diponegoro berakhir (1830), kertas perjanjian gencatan senjata itu disobek, dan terjadilah Perang Padri babak kedua. Pada tahun 1837 pemimpin Perang Paderi, Tuanku Imam Bonjol akhirnya ditangkap. Berakhirlah Perang Padri.
Pesarean Gunung Kawi
Dengan ditangkapnya Pangeran Diponegoro pada tahun 1830, sebagian pengikutnya melarikan diri ke Jawa Timur. Kyai Zakaria II yang menjadi penasihat spiritual Pangeran Diponegoro mengganti namanya menjadi Eyang Soedjoego atau Eyang Djoego. Ia mengungsi ke timur melewati berbagai tempat seperti Pati, Bagelen, Tuban, Kepanjen, hingga akhirnya tiba di Desa Jugo, Kesamben, Blitar sekitar tahun 1840. Ia mendiami suatu dusun yang selanjutnya dikenal sebagai Dusun Jugo ("Djoego"). Sekitar satu dekade pertama, Eyang Djoego membuka padepokan dan menerima murid yang salah satu diantaranya menjadi putera angkatnya, yaitu Raden Mas Jonet atau Raden Mas Iman Soedjono (Eyang Soedjo) yang merupakan salah satu senapati Pangeran Diponegoro. Pada dekade kedua, Ki Moeridun dari Warungasem, Pekalongan datang menjadi murid R.M. Iman Soedjono.