Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Pada bulan Juli, tiga militan yang berasal dari Nusa Tenggara Timur, yang diduga sebagai pembunuh, yaitu Tibo, Dominggus da Silva dan Marinus Riwu Don, ditangkap karena dicurigai mengatur pembantaian. Pada tahun 2001, dalam tiga kali pengadilan setelah mendengar kesaksian dari 28 saksi, hakim menyatakan bahwa Tibo sebagai pemimpin milisi Kristen yang disebut Pasukan Merah, dan menemukan bahwa da Silva adalah salah satu komandan dan juga bahwa Marinus Riwu mengambil bagian dalam pembunuhan. Meskipun para pembela mengklaim Tibo mungkin hanya sedikit dari preman yang disewa, ketiganya dijatuhi hukuman mati oleh regu tembak dan dieksekusi pada bulan September 2006 atas kejahatan mereka.