Evolusi sebagai teori dan fakta
Dalam biologi, terdapat berbagai usaha-usaha untuk menjelaskan pengamatan tersebut selama bertahun-tahun. Lamarckisme, Transmutasisme, dan Ortogenesis merupakan teori-teori non-Darwin yang berusaha untuk menjelaskan pengamatan ini. Namun "Teori Evolusi" merupakan penjelasan keseluruhan pengamatan yang relevan mengenai perkembangan kehidupan yang didasarkan pada model yang menjelaskan keseluruhan data yang ada dan terpantau. Sehingga, evolusi bukan hanya merupakan sebuah fakta, tetapi juga merupakan sebuah teori, sama halnya dengan gravitasi yang juga merupakan sebuah fakta dan teori.
Fosil peralihan
Teori keseimbangan bersela yang dikembangkan oleh Stephen Jay Gould dan Niles Eldredge dan pertama kali dikemukakan pada tahun 1972 seringkali secara keliru disertakan dalam perbincangan mengenai fosil peralihan. Pada kenyataannya, teori ini hanya membahas peralihan yang terdokumentasi dengan baik dalam satu taksa atau antara taksa yang berkaitan dekat pada periode waktu yang secara geologis pendek. Peralihan ini, biasanya terlacak dalam banyak singkapan geologis, seringkali menunjukkan lompatan-lompatan kecil dalam morfologi antara perpanjangan periode kestabilan morfologi. Untuk menjelaskan lompatan-lompatan ini, Gould dan Eldredge menggambarkan kestabilan genetis pada periode yang relatif lama yang dipisahkan oleh beberapa periode evolusi yang cepat. Gould memberikan komentar berikut mengenai para kreasionis yang menyalahgunakan karyanya untuk membantah keberadaan fosil peralihan: