Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Kansai
Istilah lain untuk menyebut daerah di sekitar ibukota kekaisaran Jepang zaman kuno di Kyoto adalah "Kinki-chiho" (近畿地方). Daerah Kinki terdiri dari 6 prefektur: Prefektur Shiga, Kyoto, Hyogo, Osaka, Nara, dan Wakayama. Istilah Kinki berasal dari kata "kin" (近, sekitar) dan "ki" (畿, istana kaisar). Dalam buku pelajaran geografi, Prefektur Mie dan Prefektur Fukui juga dimasukkan ke dalam daerah Kinki.