Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Pemberontakan Heiji
Setelah kekuasaan pemerintah berada di tangan Nobuyori dan Yoshitomo, keduanya mengangkat diri, keluarga, dan kerabatnya dengan berbagai jabatan. Putra sulung Yoshitomo yang datang memimpin pasukan dari wilayah Kanto, Yoshihira mengusulkan agar diberangkatkan untuk menghabisi Kiyomori yang sedang dalam perjalanan pulang menuju Kyoto. Usul tersebut ditolak Nobuyori yang menganggapnya tidak perlu.