Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Amangkurat II
Dengan bergabungnya Keraeng Galesong ini, maka kekuatan Trunajaya semakin besar dan sulit dikendalikan. Mas Rahmat merasa bimbang dan memilih kembali berada di pihak ayahnya. Ia kembali menjadi putra mahkota, karena Pangeran Puger sendiri berasal dari keluarga Kajoran (yang mendukung pemberontakan). Dengan bergabungnya Mas Rahmat kembali ke pihak ayahandanya yaitu, Amangkurat I, semakin mengobarkan api pemberontakan pada pasukan Trunajaya beserta Keraeng Galesong ini