Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Pemberontakan Trunajaya
Amangkurat I naik takhta Mataram pada 1646, menggantikan Sultan Agung, yang telah memperluas wilayah Mataram hingga mencakup sebagian besar Jawa Tengah dan Timur, serta beberapa vasal seberang lautan di Sumatera bagian selatan dan Kalimantan. Tahun-tahun awal pemerintahan Amangkurat ditandai dengan eksekusi dan pembantaian terhadap musuh-musuh politiknya. Menanggapi usaha kudeta yang gagal dari saudaranya Pangeran Alit, dia memerintahkan pembantaian terhadap ulama yang dia percaya terlibat dalam pemberontakan Alit. Alit sendiri terbunuh dalam kudeta yang gagal itu. Pada tahun 1659 Amangkurat mencurigai Pangeran Pekik, ayah mertuanya dan putra Adipati Surabaya yang ditaklukkan yang tinggal di keraton Mataram setelah kekalahan Surabaya, yang memimpin sebuah persekongkolan mengancam hidupnya. Dia memerintahkan untuk membunuh Pekik dan para kerabatnya. Pembantaian wangsa kebangsawaan Jawa Timur yang paling penting ini menciptakan keretakan antara Amangkurat dan para kawula Jawa Timur dan menyebabkan konflik dengan putranya, putra mahkota (kelak Amangkurat II), yang juga merupakan cucu Pekik. Selama beberapa tahun berikutnya, Amangkurat melakukan sejumlah pembunuhan lainnya terhadap anggota bangsawan yang telah kehilangan kepercayaannya.