Mutsuhito
Kaisar Meiji menderita diabetes, nefritis, dan gastroenteritis, meninggal karena uremia pada usia 61 tahun. Meskipun pengumuman resmi Kantor Badan Rumah Tangga Kekaisaran mengatakan Kaisar Meiji meninggal dunia pada 30 Juli 1912 pukul 00.43, ia sebenarnya meninggal dunia di istana pada pukul 22.40 tanggal 29 Juli 1912. Setelah kematiannya, Parlemen Jepang pada tahun 1912 mengeluarkan resolusi untuk memperingati perannya dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman "Iris germanica" di Tokyo yang pernah dikunjungi Kaisar Meiji dan Permaisuri Shoken dipilih sebagai lokasi pembangunan kuil Shinto bernama Meiji-jingu.
Restorasi Meiji
Sejumlah petinggi keshogunan mengajak tentaranya melarikan diri ke Hokkaido, dan mencoba mendirikan negara merdeka bernama Republik Ezo. Namun tentara yang setia kepada kekaisaran mengakhiri upaya mereka dalam Pertempuran Hakodate di Hokkaido, Mei 1869. Kekalahan tentara mantan keshogunan yang dipimpin oleh Enomoto Takeaki dan Hijikata Toshizō menandai tamatnya Keshogunan Tokugawa dan pemulihan sepenuhnya kekuasaan di tangan Kaisar.