Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
IAIN Pekalongan
Semua dosen dan pegawai yang bertugas di Fakultas Syari’ah Pekalongan menjadi Dosen dan Pegawai STAIN Pekalongan.
Dosen dan pegawai yang diangkat pada masa transisi relokasi (1992-1997), yang di beri tugas di IAIN Walisongo semarang (yang usul pengangkatannya serta pengabdianya di Fakultas Syariah Pekalongan) dan pegawai yang diperbantukan pada Fakultas Syariah/Ushuludin Surakarta yang berasal dari Pekalongan dapat dikembalikan ke STAIN Pekalongan.
Semua kekayaan (tanah, barang inventaris dan bangunan gedung yang dipakai oleh Fakultas Syariah Pekalongan) oleh IAIN Walisongo diserahkan menjadi milik STAIN Pekalongan .
Mahasiswa diberi kebebasan untuk memilih menjadi mahasiswa IAIN atau mahasiswa STAIN Pekalongan.
Pejabat Sementara Ketua STAIN diberi tugas mengurus proses penyelesaian administrasi alih status tersebut dalam waktu satu tahun, terhitung setelah peresmian STAIN Pekalongan. Semua alih status pada umumnya berjalan dengan lancar, kecuali alih status pegawai yang bertugas di Semarang mengalami hambatan proses, sehingga mengalami keterlambatan.