Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Taira no Kiyomori
Pada tahun 1156, Kiyomori dan Minamoto no Yoshitomo berpihak pada Kaisar Goshirakawa dalam peristiwa yang disebut Pemberontakan Hōgen. Atas jasa-jasanya membantu kaisar sebagai pihak yang menang, Kiyomori diangkat sebagai pejabat kepercayaan kaisar. Ia ditunjuk sebagai penguasa Provinsi Harima dan pejabat Dazai no daini. Kiyomori menjalin persekutuan dengan Fujiwara no Michinori dalam usahanya memperluas kekuasaan klan Taira hingga ke seluruh negeri. Di lain pihak, Fujiwara no Nobuyori dan Minamoto no Yoshitomo merasa tidak senang melihat Kiyomori menjadi begitu berkuasa dan melancarkan Pemberontakan Heiji pada tahun 1159. Dalam peristiwa ini, pasukan klan Taira berhasil menaklukkan pasukan klan Minamoto. Dimulai dengan pelaksanaan hukuman mati terhadap Minamoto no Yoshitomo dan putranya (Minamoto no Yoshihira), Kiyomori memimpin sendiri pelaksanaan hukuman mati terhadap sisa-sisa klan Minamoto. Hukuman buang ke Provinsi Izu dijatuhkannya bagi putra ketiga Yoshitomo yang bernama Minamoto no Yoritomo.