Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Kadipaten Surabaya
Ketiika Mataram dan Surabaya memperluas wilayah mereka dan pengaruhnya, mereka mulai bersaing untuk hegemoni di jawa Timur dan Jawa Tengah. Pada tahun 1590, Mataram, di bawah pemerintahan Panembahan Senopati, menyerang dan mengambil alih Madiun, yang didukung oleh bawahan Surabaya. Mataram dan Surabaya yang didukung saingan pewaris takhta di Kediri. Pihak Surabaya menang pada tahun 1591, dan pihak yang kalah melarikan diri ke Mataram. Pada tahun 1598 dan 1599 Mataram gagal menyerang Tuban, anggota sekutu Surabaya. Pada tahun 1610 Mataram mulai melakukan penggerebekan di Surabaya sendiri, menghancurkan tanaman padi dan menjarah Gresik pada tahun 1613. Belanda penulis laporan dari pos perdagangan Gresik menulis sering terjadi konflik Mataram–Surabaya di awal abad ke-17. Belanda menutup posnya pada tahun 1615 ketika konflik semakin intensif.