Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Musa Asy'arie
Pada hakikatnya, ilmu merupakan objektivitas intelek terhadap realitas yang ditangkap dalam suatu momen kehidupan tertentu, baik ruang maupun waktu, yang diabstraksikan melalui logika dan diformulasikan menjadi rumusan dalil atau teori. Pada tahap ini harus dipahami, realitas yang ditangkap intelek itu berubah terus, dinamis dan bersifat terbatas, baik dari sudut waktu, ruang, maupun bidangnya. Suatu teori bersifat sementara, sebab realitas yang dicerapnya selalu dalam keadaan berubah, sehingga validitasnya bersifat sementara pula. Karena itu, yang lebih diperlukan bukan menghapal teori-teori, tetapi pemahaman yang tepat terhadap realitas itu sendiri, agar tidak terjadi kecenderungan menghapal teori-teori tentang realitas, sementara realitasnya sendiri sudah berubah, sehingga tidak memadai untuk mengatasi realitas yang ada.