Zaman Nanboku-cho
Pada tahun 1336, shogun Ashikaga Takauji mendirikan Istana Utara (Hokuchō) di Kyoto dengan Kaisar Kōmyō sebagai kaisar. Sementara itu, Kaisar Godaigo mendirikan Istana Selatan (Nanchō) dalam pengungsian di Yoshino. Zaman Nanboku-cho berakhir ketika Istana Selatan bersatu dengan Istana Utara pada tahun 1392.
Gion Matsuri
Sejak tahun 970 upacara terus diselenggarakan setiap tahun hingga menjadi Gion Matsuri seperti sekarang ini. Prosesi Yamaboko seperti yang dikenal sekarang ini konon berasal dari tahun-tahun akhir zaman Heian. Gion Matsuri sempat tidak diselenggarakan sewaktu Perang Onin, akibat kebakaran besar di era Hōei, era Temmei dan era Genji, serta serangan udara pada Perang Dunia II. Gion Matsuri kemudian dihidupkan kembali oleh warga kota yang merupakan pengusaha yang berpengaruh ("machishū").