Ion
Jika suatu ion mengandung elektron bebas, ia disebut ion radikal. Seperti radikal tak bermuatan, ion radikal sangat reaktif. Ion poliatomik yang mengandung oksigen, seperti karbonat dan sulfat, disebut oksianion (). Ion molekular yang mengandung sekurang-kurangnya satu ikatan karbon-hidrogen disebut "ion organik". Jika muatan dalam ion organik secara formal terpusat pada suatu karbon, maka ia disebut "karbokation" (jika bermuatan positif) atau "karbanion" (jika bermuatan negatif).
Spektrometri massa
Setelah ionisasi awal ion molekul akan mengalami fragmentasi, yaitu proses pelepasan radikal-radikal bebas atau molekul netral kecil dilepaskan dari ion molekul itu. Sebuah ion molekul tidak pecah secara acak, melainkan cenderung membentuk fragmen-fragmen yang paling stabil.