Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Kyoto
Meskipun mengalami banyak perang, kebakaran, dan gempa bumi pada saat menjadi ibu kota pada abad ke-11, Kyoto selamat dari pengeboman pada perang dunia II. Memiliki sekitar 2000 kuil Shinto dan Budha, ditambah lagi dengan istana, taman, dan peninggalan arsitektur lainnya, Kyoto dikenal sebagai salah satu kota paling terjaga budayanya di Jepang. Beberapa kuil di Kyoto yang terkenal di seluruh Jepang antara lain Kiyomizu-dera, Kinkaku-ji, Ginkaku-ji, dan Ryoan-ji. Heian-Jingu, sebuah kuil Shinto, didirikan pada tahun 1895 untuk merayakan keluarga kerajaan yang untuk pertama dan terakhir kalinya tinggal di Kyoto.