Kereta api Argo Wilis
Namun belakangan ini sampai dengan bulan Juni 2018, Argo Wilis menggunakan kereta yang bervariasi antara kereta eksekutif Argo buatan tahun 1995, 1996, 1998, dan 2002, maupun kereta lainnya, dan seringkali bertukar kereta dengan kereta api Argo Parahyangan.
Stasiun Cirebon Prujakan
Pada awalnya, stasiun ini hanya terdiri atas bangunan dengan kanopi pada emperan peron jalur 1 (seperti layaknya stasiun barang), sementara emplasemennya merupakan emplasemen terbuka tanpa adanya atap "overkapping". Pada bulan Juli 2011 stasiun ini direnovasi, ditinggikan peronnya, ditambahkan kanopi, serta ditambah jalurnya dari yang semula lima jalur menjadi sembilan jalur kereta api: empat jalur menuju Tegal-Pekalongan-Semarang-Surabaya (jalur 1-4) dengan jalur 2 dan 3 sebagai sepur lurus, empat jalur lagi menuju Purwokerto-Kroya-Yogyakarta-Solo (jalur 6-9) dengan jalur 7 dan 8 sebagai sepur lurus, dan satu jalur khusus untuk kereta api barang (jalur 5). Stasiun ini adalah salah satu dari stasiun kereta api di Indonesia yang menyediakan fasilitas pemesanan tiket sistem kendara lewat/lantatur ("drive-thru"), selain Stasiun Gambir.Sawunggalih Tambahan, tujuan Jakarta dan tujuan Kutoarjo (terkadang ditambahkan kelas eksekutif)
Berikut ini adalah jadwal kereta api penumpang yang berhenti di Stasiun Cirebon Prujakan per 20 Desember 2018 (revisi Gapeka 2017).