Sejarah pemikiran evolusi
Dari awal 1960an, biologi molekuler makin dipandang sebagai ancaman untuk inti tradisional biologi evolusi. Menghimpun para pakar biologi evolusi—terutama Ernst Mayr, Theodosius Dobzhansky, dan George Gaylord Simpson, tiga arsitek dari sintesis modern—sangat skeptis terhadap kesepakatan molekuler, khususnya saat ini dihubungkan (atau dipadukan) dengan seleksi alam. Hipotesis jam molekuler dan teori netral sangatlah kontroversial, menimbulkan debat netralis-seleksionis atas pengaruh relatif dari mutasi, pergerakan dan seleksi, yang berlanjut sampai 1980an tanpa kesepakatan yang jelas.
Filogenetika molekuler
Kerangka teoritis untuk sistematika molekuler diletakkan pada 1960-an dalam karya-karya Emile Zuckerkandl, Emanuel Margoliash, Linus Pauling, dan Walter M. Fitch. Aplikasi sistematika molekuler dipelopori oleh Charles G. Sibley (burung), Herbert C. Dessauer (herpetologi), dan Morris Goodman (primata), diikuti oleh Allan C. Wilson, Robert K. Selander, dan John C. Avise (yang mempelajari berbagai kelompok). Penggunaan elektroforesis protein bermula sekitar tahun 1956. Meskipun hasilnya tidak kuantitatif dan pada awalnya tidak meningkatkan klasifikasi morfologi, mereka memberikan petunjuk menggiurkan bahwa konsep lama dari klasifikasi burung, misalnya, memerlukan revisi substansial. Pada periode 1974–1986, hibridisasi DNA-DNA adalah teknik dominan yang digunakan untuk mengukur perbedaan genetik.