Perang Korea
Dengan berkuasanya pemerintahan militer, Jenderal John R. Hodge secara langsung mengontrol Korea Selatan (USAMGIK 1945–48). Ia memperkuat kontrolnya dengan cara: pertama, mengembalikan kekuasaan administrator-administrator kunci kolonial Jepang dan juga polisi kolabolatornya; kedua menolak pengakuan USAMGIK terhadap Republik Rakyat Korea (Agustus–September 1945)—pemerintahan sementara Korea yang mulai berkuasa di semenanjung Korea—karena dianggap sebagai komunis. Kebijakan AS, yang menolak pemerintahan populer di Korea, menimbulkan gejolak dalam masyarakat, dan mengakibatkan munculnya Perang Saudara Korea. Pada 3 September 1945, Letnan Jendral Yoshio Kozuki, komandan, Tentara Wilayah ke-17 Jepang, menghubungi Hodge, mengatakan bahwa tentara Soviet mulai "bergerak ke arah selatan lintang 38 derajat" di Kaesong. Hodge mempercayai keakuratan informasi itu.
Pembantaian Liga Bodo
Di bawah kepemimpinan Kim Il-sung, Tentara Rakyat Korea menyerang dari utara pada 25 Juni 1950, memulai Perang Korea.
Menurut Kim Mansik, yang merupakan seorang perwira tinggi polisi militer, Presiden Syngman Rhee memerintahkan eksekusi orang-orang yang terkait dengan Liga Bodo atau Partai Pekerja Korea Selatan pada 27 Juni 1950. Pembantaian pertama dimulai satu hari kemudian di Hoengseong, Gangwon-do pada 28 Juni. Pasukan Korea Selatan dan kelompok anti komunis yang ditarik mundur mengeksekusi para tahanan komunis yang diduga komunis, bersama dengan banyak anggota Liga Bodo. Eksekusi dilakukan tanpa pengadilan atau hukuman apa pun. Kim Tae Sun, kepala Polisi Metropolitan Seoul, mengakui secara pribadi mengeksekusi sedikitnya 12 "komunis dan tersangka komunis" setelah pecahnya perang. Ketika Seoul direbut kembali pada akhir September 1950, sekitar 30.000 warga Korea Selatan tanpa proses hukum dianggap sebagai kolaborator Korea Utara dan ditembak oleh pasukan ROK. Sedikitnya satu letnan kolonel Amerika Serikat diketahui telah menyetujui eksekusi, ketika dia mengatakan kepada seorang kolonel Korea Selatan bahwa dia siap membunuh sejumlah besar tahanan di Busan jika pasukan Korea Utara mendekat. Eksekusi massal 3.400 warga Korea Selatan memang terjadi di dekat Busan pada musim panas tahun itu.