Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Daftar kota di Jepang
Berikut ini daftar kota di Jepang, diurutkan berdasarkan nama prefektur dan tanggal pendiriannya. Daftar ini juga bisa diurutkan berdasarkan populasi, luas, kepadatan penduduk, dan tanggal berdiri. Sebagian besar kota besar di Jepang adalah kota terpilih. Beberapa kota yang penting secara regional ditunjuk sebagai kota inti. Tokyo "tidak" termasuk dalam daftar ini, karena Kota Tokyo telah dihapus pada 1 Juli 1943. Sekarang, Tokyo berubah menjadi prefektur "metropolitan" (都 "to"), dengan 23 distrik kota khusus (yang sederajat dengan kota) membentuk batas-batas bekas kota lama di bagian timur prefektur.