Peperangan Utsmaniyah-Habsburg
Pada abad ke-16, Utsmaniyah menjadi ancaman besar terhadap bangsa-bangsa Eropa, dan kapal-kapal Barbary yang tunduk kepada Utsmaniyah menyapu daerah kekuasaan Republik Venesia di Yunani. Perang ini juga dipersulit dengan adanya Reformasi Protestan, pertikaian dinasti Habsburg dengan Perancis dan perang internal di negara-negara anggota Kekaisaran Romawi Suci. Selain itu, Kesultanan Utsmaniyah juga harus bersaing dengan Kekaisaran Persia dan Kesultanan Mameluk, yang keduanya akhirnya dikalahkan dan dijadikan wilayah Utsmaniyah.
Frankokratia
Periode "Frankokratia" di daratan Yunani baru benar-benar berakhir pada masa penaklukan Utsmaniyah pada abad ke-14 hingga ke-16, yang memulai periode ""Tourkokratia"" ("kekuasaan orang-orang Turki", lihat Yunani Utsmaniyah). Namun, wilayah Kepulauan Ionia dan benteng-benteng yang terisolasi masih dikuasai oleh Republik Venesia hingga abad ke-19.