Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Raden Kajoran
Bulan April 1677, Kajoran mulai serangan yang lain terhadap Mataram. Pasukannya menyerbu dan menjarah ibu kota Plered sekitar 28 Juni 1677. Ada rumor bahwa bagian barat wilayah Trunajaya (kira-kira Jawa Tengah kini), akan menjadi kerajaan yang diperintah oleh Kajoran, namun dia lebih suka mengambil posisi sebagai seorang pemimpin agama daripada raja. Juga, meskipun ada usulan pembagian kekuasaan, Trunajaya mengambil semua harta kekayaan yang direbut dari Plered untuk dirinya sendiri tanpa membagi dengan Kajoran.