Bonn
Meskipun Berlin menggantikan Bonn sebagai ibukota Jerman bersatu pada tahun 1990, Bonn masih menjadi pusat politik dan administrasi. Kira-kira separo fungsi pemerintah federal, banyak departemen pemerintah federal, dan beberapa lembaga pemerintah di bawah kementerian federal masih dipusatkan di Bonn. Sebagai penghormatan untuk keadaan ini, bekas ibukota ini diberi status Kota Federal ("Bundesstadt").
Elektorat Köln
Ibukota elektorat ini terletak di Köln. Konflik dengan warga Köln pada akhirnya membuat ibukota elektorat dipindah ke Bonn. Status kota Köln sebagai kota kekaisaran bebas diakui pada tahun 1475, sehingga kota tersebut terlepas dari kendali elektor-uskup agung Köln dan Bonn diduduki oleh Perancis pada tahun 1794. Sisi timur wilayah elektorat ini disekularisasi pada tahun 1803 selama mediatisasi Jerman.