Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Makkasan
Dari catatan Claude de Forbin, Perwira Angkatan Laut Perancis yang pernah tinggal di Kerajaan Ayutthaya, diketahui bahwa orang Makkasan bangkit memberontak pada 14 Juli 1686. Para penguasa Ayutthaya bersama bangsawan-bangsawan asing semisal Konstantinos Gerakis harus bersusah payah menggunakan kekerasan untuk mengakhiri pemberontakan itu. Meskipun demikian, keganasan orang Makkasan selamanya membekas dalam kenangan orang Siam yang mengumpamakan mereka sebagai para Yaksa. Peristiwa ini disebut "Pemberontakan Makkasan" (กบฏมักกะสัน, ขบถมักกะสัน).