Suku Batak
Konflik terbesar adalah pertentangan antara masyarakat bagian utara Tapanuli dengan selatan Tapanuli, mengenai identitas Batak dan Mandailing. Bagian utara menuntut identitas Batak untuk sebagain besar penduduk Tapanuli, bahkan juga wilayah-wilayah di luarnya. Sedangkan bagian selatan menolak identitas Batak, dengan bertumpu pada unsur-unsur budaya dan sumber-sumber dari Barat. Penolakan masyarakat Mandailing yang tidak ingin disebut sebagai bagian dari etnis Batak, sempat mencuat ke permukaan dalam Kasus Syarikat Tapanuli (1919-1922), Kasus Pekuburan Sungai Mati (1922), dan Kasus Pembentukan Propinsi Tapanuli (2008-2009).
Suku Angkola
Suku Angkola atau sering juga disebut Suku Batak Angkola adalah salah satu sub-etnis dari Suku Batak. Tanah ulayat Suku Angkola berada di wilayah geografis Tapanuli bagian selatan (tabagsel) yang meliputi Kabupaten Tapanuli Selatan, Kabupaten Padang Lawas, Kabupaten Padang Lawas Utara, dan Kota Padangsidimpuan. Suku Angkola memiliki hubungan yang sangat erat dengan Suku Batak Mandailing disebabkan oleh persamaan bahasa, budaya, adat istiadat, hingga agama.