Suku Batak
Konflik terbesar adalah pertentangan antara masyarakat bagian utara Tapanuli dengan selatan Tapanuli, mengenai identitas Batak dan Mandailing. Bagian utara menuntut identitas Batak untuk sebagain besar penduduk Tapanuli, bahkan juga wilayah-wilayah di luarnya. Sedangkan bagian selatan menolak identitas Batak, dengan bertumpu pada unsur-unsur budaya dan sumber-sumber dari Barat. Penolakan masyarakat Mandailing yang tidak ingin disebut sebagai bagian dari etnis Batak, sempat mencuat ke permukaan dalam Kasus Syarikat Tapanuli (1919-1922), Kasus Pekuburan Sungai Mati (1922), dan Kasus Pembentukan Propinsi Tapanuli (2008-2009).
Sejarah Mandahiling
Pada tahun 1818 – 1820, Darul Islam Minangkabau berhasil menguasai Mandailing. Dan kepala federasi Mandailing Natal, Raja Gadumbang, masuk Gerakan Paderi dan digelari Tuanku Mandailing. Kemudian pasukan Paderi terus melakukan penyerangan hingga menguasai Bakkara di Tapanuli Utara yang berada di bawah Kesultanan Aceh. Tahun 1820, terjadi perundingan antara Kesultanan Aceh dan Darul Islam Minangkabau, yang diwakili oleh Laksamana Tuanku Djudjang dan Tuanku Pemasiangan, untuk bekerja sama menyerang Belanda.