Daerah istimewa
Pasca perubahan UUD 1945, daerah istimewa tidak sendiri lagi dengan adanya daerah khusus. Walaupun demikian, daerah istimewa hanya diterjemahkan sebagai Daerah Istimewa Aceh dan Daerah Istimewa Yogyakarta. Sebagaimana undang-undang pemerintahan daerah semenjak 1965, undang-undang ini pun daerah istimewa hanya diatur dalam bab xiv ketentuan lain-lain pasal 225-227. Undang-undang ini mensyaratkan daerah yang memiliki status istimewa dan diberikan otonomi khusus harus diatur dengan undang-undang tersendiri. Semua ketentuan dalam undang-undang ini, sepanjang tidak diatur dalam undang-undang tersendiri, berlaku juga bagi daerah yang memiliki status istimewa dan diberikan otonomi khusus. Dari semua daerah istimewa dan daerah khusus hanya Aceh, DKI Jakarta, dan Papua yang memiliki UU tersendiri. Sementara itu Yogyakarta yang tidak diatur dengan UU tersendiri, harus tunduk pada semua pengaturan undang-undang ini. Dari kenyataan ini keistimewaan Yogyakarta hanya tinggal nama.
Fujiwara Kikan
Agen-agen Fujiwara Kikan yang ada di Aceh kemudian juga membangun hubungan dengan PUSA sebuah organisasi persatuan ulama di Aceh yang dipimpin oleh Daud Beureueh pada 1939 yang tujuannya adalah untuk mempertahankan nilai-nilai Islam, melawan Kolonial Belanda, dan mendobrak dominasi Uleebalang (elit adat Aceh). Koalisi Fujiwara Kikan dengan PUSA itu kemudian melahirkan gerakan pemberontakan anti-Belanda di Kutaraja (sekarang Banda Aceh pada 11 Maret 1942, yang tujuannya jelas mempermudah pasukan Kekaisaran Jepang untuk menaklukkan Aceh dan juga menggulingkan dominasi Uleebalang yang diketahui dekat dengan pemerintah Kolonial Belanda. Setelah Jepang menguasai Aceh dan Sumatera Utara, banyak orang Indonesia yang menjadi anggota Fujiwara Kikan kemudian ditempatkan di instansi pemerintahan pendudukan Kekaisaran Jepang di Sumatera Utara selama Perang Dunia II.