Evolusi
Dokumentasi fakta-fakta terjadinya evolusi dilakukan oleh cabang biologi yang dinamakan biologi evolusioner. Cabang ini juga mengembangkan dan menguji teori-teori yang menjelaskan penyebab evolusi. Kajian catatan fosil dan keanekaragaman hayati organisme-organisme hidup telah meyakinkan para ilmuwan pada pertengahan abad ke-19 bahwa spesies berubah dari waktu ke waktu. Namun, mekanisme yang mendorong perubahan ini tetap tidaklah jelas sampai pada publikasi tahun 1859 oleh Charles Darwin, "On the Origin of Species" yang menjelaskan dengan detail teori evolusi melalui seleksi alam. Karya Darwin dengan segera diikuti oleh penerimaan teori evolusi dalam komunitas ilmiah. Pada tahun 1930, teori seleksi alam Darwin digabungkan dengan teori pewarisan Mendel, membentuk sintesis evolusi modern, yang menghubungkan "satuan" evolusi (gen) dengan "mekanisme" evolusi (seleksi alam). Kekuatan penjelasan dan prediksi teori ini mendorong riset yang secara terus menerus menimbulkan pertanyaan baru, di mana hal ini telah menjadi prinsip pusat biologi modern yang memberikan penjelasan secara lebih menyeluruh tentang keanekaragaman hayati di bumi.
Keberatan terhadap evolusi
Bentuk keberatan ini adalah argumen berdasarkan analogi. Gagasan dasar argumen ini adalah bahwa keberadaan Tuhan didasarkan pada keteraturan alam semesta. Seorang filsuf abad ke-18, William Paley, mengemukakan analogi tukang jam yang berargumen bahwa fenomena-fenomena alam tertentu beranalogi dengan sebuah jam yang teratur, kompleks, dan memiliki kegunaan. Hal ini berarti bahwa sama seperti jam yang memiliki perancang, alam semesta haruslah juga memiliki perancang. Argumen ini adalah inti teori perancangan cerdas, yang bertujuan memasukkan argumen-argumen perancangan sebagai bagian dari ilmu pengetahuan yang sah, daripada sebagai bagian dari ilmu filsafat dan teologi, sehingga ia dapat diajarkan bersamaan dengan evolusi.