Ion
Ion poliatomik dan molekular seringkali terbentuk karena menerima atau kehilangan ion elemental seperti proton, , dalam molekul netral. Sebagai contoh, ketika amonia, , menerima proton, —suatu proses yang disebut protonasi—ia membentuk ion amonium, . Amonia dan amonium memiliki jumlah elektron yang sama, begitu pula konfigurasi elektronnya, tetapi amonium memiliki kelebihan proton yang menjadikannya bermuatan positif.
Spektrometri massa
Dalam spektrofotometer massa reaksi pertama suatu molekul adalah ionisasi pelepasan sebuah elektron, yang menghasilkan ion molekul. Peak untuk radikal ion ini biasanya adalah puncak paling kanan dalam spektrum, bobot molekul senyawa ini dapat ditentukan. Diduga bahwa elektron dalam orbital berenergi tinggi adalah elektron yang pertama-tama akan lepas. Jika sebuah molekul mempunyai elektron-elektron n menyendiri, maka salah satunya akan dilepaskan. Jika tidak terdapat elektron n, maka akan dilepaskan sebuah elektron pi (π). Jika tidak terdapat elektron n maupun elektron π, maka ion molekul yang akan terbentuk sengan lepasnya sebuah elektron sigma (σ).