Molekul
Molekul sebagai komponen materi jamak terdapat dalam zat organik (dan biokimia tentunya). Mereka menyusun sebagian besar samudera dan atmosfer. Namun, mayoritas zat padat yang kita kenal di Bumi, termasuk sebagian besar mineral yang membentuk kerak, mantel, dan inti bumi, mengandung banyak ikatan kimia, tetapi "tidak" tersusun dari molekul yang dapat diidentifikasi. Selain itu, tidak ada molekul yang khas yang dapat didefinisikan sebagai kristal ionik (garam) dan kristal kovalen (padatan jaringan kovalen, "network solid"), meskipun ini sering tersusun dari sel unit yang berulang sehingga membentuk bidang (seperti dalam grafena) atau tiga dimensi (seperti intan, kuarsa, atau natrium klorida). Tema struktur sel unit yang berulang juga berlaku untuk sebagian besar fase paling padat dengan ikatan logam, yang artinya bahwa logam padat juga tidak terbuat dari molekul. Dalam kaca (zat padat yang berada dalam keadaan vitreous tak teratur), atom-atom juga dapat disatukan oleh ikatan kimia tanpa adanya molekul definitif apapun, maupun tanpa adanya keterulangan unit yang teratur seperti pada kristal.
Misel
Molekul surfaktan individual yang berada dalam sistem namun bukan bagian dari misel disebut "monomer". Misel mewakili perakitan molekuler, di mana komponen masing-masing termodinamika dalam kesetimbangan dengan monomer dari spesi yang sama di media sekitarnya. Di dalam air, "kepala" hidrofilik dari molekul surfaktan selalu kontak dengan pelarut, terlepas dari apakah surfaktan ada sebagai monomer atau sebagai bagian dari misel. Namun, "ekor" lipofilik dari molekul surfaktan kurang kontak dengan air saat mereka merupakan bagian dari misel—hal ini menjadi dasar dorongan energik untuk pembentukan misel. Dalam sebuah misel, ekor hidrofobik dari beberapa molekul surfaktan berkumpul menjadi inti seperti minyak, bentuk paling stabil yang tidak memiliki kontak dengan air. Sebaliknya, monomer surfaktan dikelilingi oleh molekul air yang menciptakan cangkang "kandang" atau solvasi yang dihubungkan oleh ikatan hidrogen. Kandang air ini mirip dengan "clathrate" dan memiliki struktur es seperti kristal dan dapat dicirikan sesuai dengan efek hidrofobik. Tingkat kelarutan lipid ditentukan oleh kontribusi entropi yang tidak menguntungkan karena urutan struktur air sesuai dengan efek hidrofobik.