Daerah istimewa
UU 11/2006 tentang Pemerintahan Aceh merupakan perpaduan harmonis antara UU 44/1999 tentang Penyelenggaraan Keistimewaan Provinsi Daerah Istimewa Aceh dan UU 18/2001 tentang Otonomi Khusus bagi Daerah Istimewa Aceh sebagai Provinsi Aceh. Undang undang ini termasuk undang-undang yang panjang sebab memiliki 273 pasal. Dalam UU ini, tidak ada definisi baru mengenai keistimewaan Aceh. Namun langsung kepada urusan wajib lainnya yang menjadi kewenangan Pemerintahan Aceh merupakan pelaksanaan keistimewaan Aceh. Selain itu keistimewaan Aceh juga dinikmati oleh Kabupaten dan Kota di lingkungan Aceh.
Daerah istimewa
Daerah Istimewa Yogyakarta merupakan daerah istimewa sejak pembentukannya secara "de jure" tahun 1950, maupun sejak pengakuannya secara "de facto" pada 1945. Dalam undang-undang pembentukan DIY, DIY berkedudukan hukum sebagai daerah istimewa setingkat provinsi. Sedang keistimewaannya terletak pada pengangkatan kepala daerah istimewa dan wakil kepala daerah istimewa dari Sultan dan Paku Alam yang bertahta. Namun, bentuk keistimewaan DIY tidak dicantumkan dalam undang-undang pembentukan tetapi hanya dalam undang-undang pemerintahan daerah yang mengatur semua daerah di Indonesia secara umum. Dengan realitas ini, pada tahun 1965 kedudukan hukum DIY diturunkan menjadi daerah provinsi biasa, dan akhirnya pada tahun 1999 dan 2004 keistimewaan DIY memasuki wilayah kekosongan hukum.