Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Kyoto
Pada zaman Muromachi, Keshogunan Muromachi kembali menetapkan Kyoto sebagai ibu kota pemerintahan. Pada saat yang bersamaan, Kyoto mencatat pertumbuhan ekonomi yang pesat. Pada zaman ini lahir tradisi pemerintahan kota oleh warga kota yang dipimpin pengusaha sukses yang berpengaruh.