Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Perang Tahta Jawa Pertama
Akhir 1704, Pakubuwana berhasil menundukkan Demak. Agustus 1705, pasukan yang terdiri dari prajurit Jawa dan Madura, didukung orang Eropa dari VOC, Bugis, Makassar, Bali, Melayu, Banda, Ambon dan "Mardijkers" (orang pribumi berbahasa Portugis) menyerang Kartasura. Amangkurat terpaksa melarikan diri ke timur dan mencari suaka pada Surapati dengan membawa pusaka Mataram. Bulan September, Pakubuwana masuk Kartasura dan menaiki tahta Mataram. Tahun-tahun berikutnya, persekutuan Mataram, VOC dan Madura menjalakan sejumlah kampanye. Surapati terbunuh di Bangil tahun 1706. Pasuruan ditundukkan tahun 1707 dan Amangkurat lari ke Malang bersama para putera Surapati. Dalam kampanye terakhir ini, pasukan gabungan Mataram dan sekutunya sempat berjumlah 46 000 prajurit. Perang ini sangat berat bebannya dari segi manusia dan dana.