Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Raden Kajoran
Para pengikut Kajoran melanjutkan perlawanan terhadap Mataram setelah wafatnya dan gugurnya Trunajaya pada bulan Januari 1680. Mereka termasuk para anggota dan kerabat dari keluarga Kajoran, orang-orang religius dari Tembayat dan orang-orang dari Kabupaten Gunungkidul. Para pemimpin mereka termasuk Kartapada, Kartanadi, dan Kartanagara.