Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Laut Pedalaman Seto
Pada abad ke-12, Taira no Kiyomori berencana untuk memindahkan ibu kota dari Kyoto ke desa pesisir Fukuhara (sekarang Kobe) untuk meningkatkan perdagangan antara Jepang dan Dinasti Song di Cina. Pemindahan ibu kota ini tidak berhasil, dan Kyoto kembali dijadikan ibu kota Jepang. Pertempuran Yashima yang melibatkan klan Taira terjadi di laut lepas pantai Takamatsu sekarang.