Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Kontroversi ilmu psikologi
Ilmu psikologi bisa dianggap bukan merupakan pemikiran ilmiah, tetapi pemikiran rasional. Hal ini bisa dijelaskan dengan alasan eksperimen ilmiah adalah memperlakukan materi pada kondisi dan faktor-faktor alaminya,kemudian mengamati pengaruh perlakukan tadi atau mengamati akibat/hasil eksperimen terhadap materi tadi. Misalnya eksperimen biologi, fisika, dan kimia.