Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Pertempuran Surabaya (1677)
Surabaya dipertahankan oleh benteng-benteng pertahanan, artileri, dan sejumlah "besar" laki-laki. Para pembela memiliki setidaknya 120 meriam. Pasukan Trunajaya secara teknologi setara dengan yang dimiliki VOC, karena inovasi teknis VOC telah segera diadopsi di Jawa. Dua sungai, Kali Mas dan Kali Pegadi, mengalir melalui kota menuju Selat Madura di utara. Trunajaya membangun istananya dalam sebuah benteng kerajaan tua (di sekitar lokasi kantor Gubernur Jawa Timur sekarang) dan mengalihkan Kali Mas untuk membentuk parit di sekitarnya. Namun, semasa pertempuran, parit itu kering karena musim kemarau selama muson timur. Trunajaya membangun jalur utama pertahanannya di sepanjang sungai di sebelah utara benteng, membangun benteng-benteng yang tinggi dan penghalang palisade, dan memasang dua baterai artileri. Kali Pegirian yang lebih timur mengalir melalui Ampel, sebuah distrik di Surabaya yang berisi kuburan Sunan Ngampel-Denta, salah satu dari Wali Songo. Berbeda dengan sektor barat, sektor ini (sayap kanan Trunajaya) dipertahankan secara ringan; hanya penghalang palisade yang dibangun di seberang sungai. Jarak dari pantai ke pertahanan utama Trunajaya, sekitar , sebagian besar terdiri dari tanah berpaya yang tertutup oleh semak belukar, dan berada di bawah air saat pasang naik.