Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Pelajar Islam Indonesia
Tindak lanjut keputusan Kongres itu, pada hari Ahad tanggal 4 Mei 1947 digelar pertemuan di Kantor GPII, Jalan Margamulyo No. 8 Yogyakarta. Dalam pertemuan itu hadir Yoesdi Ghozali, Anton Timur Djaelani, Amin Syahri, Ibrahim Zarkasyi, dan wakil-wakil organisasi pelajar Islam lokal yang telah ada. Pertemuan yang dipimpin oleh Yoesdi Ghozali itu diputuskan berdirinya organisasi Pelajar Islam Indonesia (PII) tepat pada pukul 10.00 WIB tanggal 4 Mei 1947.