Pemberontakan Heiji
Serangan pasukan Shigemori membuat Nobuyori gentar dan melarikan diri. Yoshihira dan pasukannya datang menggantikan Nobuyori dan pasukan Shigemori berhasil dipukul mundur. Pada waktu itu, Yoshihira masih berusia 19 tahun, sedangkan Shigemori berusia 23 tahun. Pertempuran sengit antara dua panglima muda klan Minamoto dan klan Taira menjadi bagian penting dari cerita klasik "Hikayat Heiji" ("Heiji Monogatari"). Beberapa jam kemudian, pasukan Taira pimpinan Shigemori mengundurkan diri, begitu pula pasukan Yorimori yang menyerang pintu gerbang istana yang dipertahankan Yoshitomo.
Restorasi Meiji
Sejumlah petinggi keshogunan mengajak tentaranya melarikan diri ke Hokkaido, dan mencoba mendirikan negara merdeka bernama Republik Ezo. Namun tentara yang setia kepada kekaisaran mengakhiri upaya mereka dalam Pertempuran Hakodate di Hokkaido, Mei 1869. Kekalahan tentara mantan keshogunan yang dipimpin oleh Enomoto Takeaki dan Hijikata Toshizō menandai tamatnya Keshogunan Tokugawa dan pemulihan sepenuhnya kekuasaan di tangan Kaisar.