Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Yokohama
Wilayah yang sekarang menjadi kota Yokohama mulai berkembang sejak abad ke-13 pada zaman Keshogunan Kamakura. Di sepanjang aliran Sungai Tsurumi dan Sungai Kashio merupakan daerah pertanian, dan daerah pantai Teluk Tokyo berkembang sebagai desa nelayan. Pada abad ke-17, sewaktu Keshogunan Edo menjadikan Edo sebagai ibu kota Jepang, Yokohama menjadi kota transit di jalur Tokaidō. Pada waktu itu terdapat rumah-rumah penginapan di tempat perhentian yang disebut Kanagawa-juku, Hodogaya-juku, dan Totsuka-juku. Tempat perhentian yang paling ramai adalah Kanagawa-juku karena dekat dengan Pelabuhan Kanagawa yang sibuk dengan lalu lintas kapal dan barang di Teluk Edo.