Suku Batak
Konflik terbesar adalah pertentangan antara masyarakat bagian utara Tapanuli dengan selatan Tapanuli, mengenai identitas Batak dan Mandailing. Bagian utara menuntut identitas Batak untuk sebagain besar penduduk Tapanuli, bahkan juga wilayah-wilayah di luarnya. Sedangkan bagian selatan menolak identitas Batak, dengan bertumpu pada unsur-unsur budaya dan sumber-sumber dari Barat. Penolakan masyarakat Mandailing yang tidak ingin disebut sebagai bagian dari etnis Batak, sempat mencuat ke permukaan dalam Kasus Syarikat Tapanuli (1919-1922), Kasus Pekuburan Sungai Mati (1922), dan Kasus Pembentukan Propinsi Tapanuli (2008-2009).
Orang Minangkabau
Suku Pesisir (disebut juga "Ughang Pasisia") adalah kelompok masyarakat yang tersebar di pesisir barat Sumatera Utara, terutama di Sibolga dan Tapanuli Tengah. Suku Pesisir merupakan penduduk Minangkabau yang bermigrasi ke Tapanuli sejak abad ke-14 dan telah bercampur baur dengan orang Melayu, Mandailing, dan Batak Toba. Penamaan Suku Pesisir untuk kelompok ini tidak pernah dikenal hingga abad ke-20. Istilah ini dipakai unutk membedakan kelompok masyrakat di pesisir barat Sumatera Utara dengan masyarakat Batak di pedalaman. Menurut ruang geografis etnisitas yang disusun oleh Collet (1925), Cunningham (1958), Reid (1979) dan Sibeth (1991), di pesisir barat Sumatera Utara terdapat kelompok masyarakat yang bukan dari etnis Batak.