Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Machiya
Kyoto pernah menjadi ibukota Jepang selama lebih dari 1000 tahun. Pada tahun 1864, kota Kyoto menderita kebakaran karena Pemberontakan Hamaguri. Setelah kekacauan berakhir, rumah-rumah baru didirikan. Bangunan-bangunan inilah yang menjadi machiya machiya tua yang masih tersisa sekarang. Kyoto selamat dan aman dari gempuran bom Perang Dunia II yang menghancurkan sebagian besar kota di Jepang, sehingga banyak bangunan kayu serta peninggalan sejarah kuno yang terpelihara dengan utuh, termasuk bangunan machiya, rumah-rumah toko khas Zaman Edo. Machiya-machiya kota ini disebut dengan "kyo-machiya". Namun demikian, karena pengaruh industrialisasi yang pesat banyak machiya di Kyoto yang ikut dirobohkan. Sejak akhir Perang Dunia ke-II, machiya yang baru dilarang didirikan, namun restorasi dan perbaikan machiya lama diperbolehkan. Machiya Kyoto banyak terkonsentrasi di Distrik Gion.