Gereja Katolik Kaldea
Hubungan Gereja Katolik dengan Gereja Timur Asiria membaik pada beberapa tahun terakhir. Pada 1994 Paus Yohanes Paulus II dan Patriark Mar Dinkha IV dari Gereja Timur Asiria menandatangani "Deklarasi Kristologi Bersama". Pada 20 Juli 2001, Tahta Suci mengeluarkan sebuah dokumen, dengan persetujuan Gereja Timur Asiria, berjudul "Petunjuk Pelaksanaan Ekaristi antara Gereja Khaldea dan Gereja Timur Asiria", yang juga meneguhkan validitas Doa Syukur Agung Addai dan Mari.
Nestorianisme
Pada akhir abad ke-6, sekolah itu mengalami krisis teologis ketika sang kepala sekolah, Henana dari Adiabene, berupaya menggantikan ajaran Theodorus dengan doktrinnya sendiri, yang mengikuti doktrin Origenes. Babai Agung (551–628), yang juga adalah Pimpinan tak-resmi dari Gereja Timur Asiria pada masa itu dan tokoh yang membangkitkan gerakan monastik Asiria, mematahkan upayanya dan dalam prosesnya menulis Kristologi normatif dari Gereja Asiria, berdasarkan doktrin Theodorus dari Mopsuestia.