Protestanisme
Pengikut gerakan Protestan menyebut pengelompokan gereja-gereja menurut doktrin-doktrin landasan mereka sebagai "denominasi". Mereka merupakan nama bagian-bagian berbeda dalam suatu "Gereja" yang utuh. Kaum Protestan menolak doktrin Gereja Katolik Roma sebagai satu-satunya gereja yang benar. Sejumlah denominasi Kristen lebih ketat dibanding yang lain dan ada dasar-dasar ortodoksi yang dipertentangkan di antara denominasi-denominasi tersebut. Denominasi individual juga bermunculan menurut perbedaan teologi yang kadang sangat tidak kentara. Banyak juga denominasi yang sekadar merupakan ekspresi kedaerahan atau etnis terhadap kepercayaan yang sama, yang mengakui lima "sola" sebagai prinsip dasar utama iman Kristen. Kelompok Non-denominasional juga dimasukkan ke dalam golongan Protestan. Karena semua faktor ini, penghitungan yang pasti tidak dimungkinkan, tetapi diperkirakan ada sekitar 33.000 denominasi Protestan.
Kota Ambon
Kota Ambon merupakan kota mayoritas Kristen dari dahulu. Pada 2015, terdapat 290 gereja Protestan dan 34 gereja Katolik di kota. Bangunan gereja Protestan terbesar adalah GPM Maranatha, sedangkan bangunan gereja Katolik terbesar adalah Katedral Santo Franciscus Xaverius. Selain itu pun, ada pula GPM Silo yang menjadi salah satu gereja Protestan utama Kota. Mayoritas masyatakat Protestan kota merupakan jemaat Gereja Protestan Maluku (GPM). Ambon pun memiliki keuskupan Katolik Romanya tersendiri, yaitu Keuskupan Amboina. Kecamatan yang memiliki agama mayoritas Kristen adalah Nusaniwe, Baguala, dan Leitimur Selatan dengan Protestan menjadi agama mayoritas.