Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Gerakan Angkatan Muda Kristen Indonesia
Beberapa bulan kemudian, pada kongresnya yang pertama pada 29-31 Januari 1946, PKPI berganti nama menjadi Persatuan Pemuda Kristen Indonesia (PPKI). Dalam kongres itu juga dipilih Ketua Umum Pengurus Besar yaitu Pdt. S Brotosuwignyo dan Sekretaris Umum Pengurus Besar yaitu F. Tambunan. Pada 1947 PPKI ikut membentuk Front Nasional Indonesia bersama Gerakan Pemuda Islam Indonesia (GPII), Pemuda Demokrat, Pemuda Katolik dan Himpunan Mahasiswa Islam (HMI), dengan tujuan membendung dominasi Pemuda Sosialis Indonesia (Pesindo).