Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Jepang
Pada tahun 784, Kaisar Kammu memindahkan ibu kota ke Nagaoka-kyō, dan berada di sana hanya selama 10 tahun. Setelah itu, ibu kota dipindahkan kembali ke Heian-kyō (kini Kyoto). Kepindahan ibu kota ke Heian-kyō mengawali periode Heian yang merupakan masa keemasan kebudayaan klasik asli Jepang, terutama di bidang seni, puisi dan sastra Jepang. "Hikayat Genji" karya Murasaki Shikibu dan lirik lagu kebangsaan Jepang "Kimi ga Yo" berasal dari periode Heian.