Perang Korea
Dengan berkuasanya pemerintahan militer, Jenderal John R. Hodge secara langsung mengontrol Korea Selatan (USAMGIK 1945–48). Ia memperkuat kontrolnya dengan cara: pertama, mengembalikan kekuasaan administrator-administrator kunci kolonial Jepang dan juga polisi kolabolatornya; kedua menolak pengakuan USAMGIK terhadap Republik Rakyat Korea (Agustus–September 1945)—pemerintahan sementara Korea yang mulai berkuasa di semenanjung Korea—karena dianggap sebagai komunis. Kebijakan AS, yang menolak pemerintahan populer di Korea, menimbulkan gejolak dalam masyarakat, dan mengakibatkan munculnya Perang Saudara Korea. Pada 3 September 1945, Letnan Jendral Yoshio Kozuki, komandan, Tentara Wilayah ke-17 Jepang, menghubungi Hodge, mengatakan bahwa tentara Soviet mulai "bergerak ke arah selatan lintang 38 derajat" di Kaesong. Hodge mempercayai keakuratan informasi itu.
Pemberontakan Jeju
Pada tahun 1950, Partai Buruh Korea Selatan dan Partai Buruh Korea Utara bergabung menjadi satu. Tentara Republik Demokratik Rakyat Korea (Korea Utara) di bawah pimpinan Kim Il-sung menyerang Korea Selatan hingga pecah Perang Korea. Di tengah berlangsungnya perburuan anggota Partai Buruh Korea, hingga 21 September 1954 sejumlah 30.000 orang tewas, dan hingga pemberontakan berhasil dipadamkan sepenuhnya pada tahun 1957 diperkirakan total 80.000 orang penduduk Pulau Jeju tewas akibat pembunuhan massal. Selanjutnya, di daratan Korea Selatan terjadi peristiwa pembunuhan massal Liga Bodo dan pembersihan serupa di penjara-penjara Korea Selatan, sehingga keseluruhannya 1.200 orang diperkirakan tewas. Mayat-mayat korban yang dibuang ke laut dipungut oleh orang Jepang, dan dimakamkan di kuil-kuil Pulau Tsushima.