Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Pemberontakan Trunajaya
VOC memiliki tentara profesionalnya sendiri. Setiap prajurit VOC memiliki pedang, senjata ringan, peluru, membawa kantong dan sabuk, bom asap, dan granat. Mayoritas prajurit tetap VOC adalah orang Indonesia, dengan sejumlah kecil prajurit dan marinir orang Eropa, semuanya berada di bawah komando perwira Eropa. Sementara dalam pengertian teknologi, pasukan VOC tidak lebih unggul dari rekan-rekan pribumi mereka, mereka umumnya memiliki pelatihan, disiplin, dan peralatan yang lebih baik daripada tentara pribumi Indonesia. Pasukan VOC juga berbeda dalam hal logistik: pasukannya bergerak selangkah demi selangkah diikuti oleh karavan panjang gerobak yang membawa perbekalan. Ini memberi mereka keuntungan atas pasukan Jawa, yang sering bertahan hidup dengan mengumpulkan atau mencuri makanan saat bepergian melalui pedesaan dan sering menghadapi kekurangan pasokan. Pasukan VOC berjumlah 1.500 pada 1676, namun kemudian ditambah oleh sekutu Bugis di bawah kepimpinan Arung Palakka. Rombongan pertama dari 1.500 orang Bugis tiba di Jawa pada akhir 1678, dan per tahun 1679 terdapat 6.000 prajurit Bugis di Jawa.