Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Pada pertengahan kedua abad ke-16, Kesultanan Demak, kekuatan dominan di pulau Jawa, hancur menjadi beberapa negara merdeka. Pada pergantian abad ke-17, tiga dari negara-negara ini muncul sebagai kekuatan terkemuka: Kesultanan Banten di Jawa Barat, Kesultanan Mataram di pedalaman Jawa Tengah, dan Kadipaten Surabaya di pesisir Jawa Timur. Mataram mengkonsolidasi kekuatan dengan menyatukan kerajaan lain: Pajang pada tahun  1588, Demak (1588), Madiun ( 1590) dan Kediri (1591). Mengikuti kegagalan ekspedisi Mataram ke arah barat melawan Banten di sekitar 1597, Mataram berubah berekspansi ke timur, ke daerah-daerah di bawah pengaruh dari Surabaya.