Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Heian-kyō
Pada masa pemerintahan Keshogunan Kamakura dan Keshogunan Tokugawa yang bermarkas di wilayah Kanto, Heian-kyō (Kyoto) kehilangan peran sebagai pusat pemerintahan. Ibu kota juga pernah dipindahkan untuk sementara ke Fukuhara-kyō pada tahun 1180. Walaupun demikian, Kaisar Jepang terus berkedudukan dan bertempat tinggal di Heian-kyō (Kyoto) hingga zaman Restorasi Meiji. Sekarang, istana bekas kediaman kaisar di Kyoto disebut Kyoto Gosho.