Peptida antimikrobial
Dalam kompetisi sel bakteri dan sel yang terinfeksi dengan peptida antimikrobial, peptida antimikrobial lebih memilih berinteraksi dengan sel bakteri dibandingkan dengan sel mamalia yang membuat mereka mampu membunuh mikroorganisme tanpa membuat kerusakan berarti pada sel mamalia. Selektivitas adalah sifat yang sangat penting dari peptida antimikrobial dan dapat menjamin fungsi kerja mereka. Sesungguhnya, peptida antimikrobial cukup beracun jika berinteraksi pada sel mamalia, namun dengan adanya sifat selektivitas merupakan keuntungan berarti bagi sel mamalia.
Sistem imun bawaan
Epitelia bagian dalam juga dikenal sebagai epitelia mukosa dengan mensekresikan lendir atau mukus yang kaya akan berbagai glikoprotein yang disebut musin. Mikroorganisme yang terbalut mukus dapat tertahan sebelum menempel pada epitelium, bahkan terhanyut di dalam aliran mukus yang dipompa oleh denyut silia epitelial. Salah satu contoh pertahanan oleh mukus terjadi di dalam saluran pencernaan dengan denyut peristaltik yang berfungsi tidak hanya mendorong makanan, tetapi juga patogen. Penyakit yang disebabkan karena disfungsi denyut ini biasanya juga disertai oleh perkembangan koloni bakteri pada dinding usus.