Ikhwanul Muslimin
Secara misterius, pendiri Ikhwanul Muslimin, Hassan al-Banna meninggal dunia karena dibunuh pada 12 Februari 1949. Kemudian, tahun 1950, pemerintah Mesir merehabilitasi organisasi Ikhwanul Muslimin. Pada saat itu, parlemen Mesir dipimpin oleh Mustafa an-Nuhas Pasha. Parlemen Mesir menganggap bahwa pembekuan Ikhwanul Muslimin tidak sah dan inkonstitusional. Ikhwanul Muslimin pada tahun 1950 dipimpin oleh Hasan al-Hudhaibi. Kemudian, tanggal 23 Juli 1952, Mesir dibawah pimpinan Muhammad Najib bekerjasama dengan Ikhwanul Muslimin dalam rencana menggulingkan kekuasaan monarki Raja Faruk pada Revolusi Juli. Tapi, Ikhwanul Muslimin menolak rencana ini, dikarenakan tujuan Revolusi Juli adalah untuk membentuk Republik Mesir yang dikuasai oleh militer sepenuhnya, dan tidak berpihak pada rakyat. Karena hal ini, Jamal Abdul Nasir menganggap gerakan Ikhwanul Muslimin menolak mandat revolusi. Sejak saat ini, Ikhwanul Muslimin kembali dibenci oleh pemerintah.
Islam pada masa Orde Baru
Pada periode ini hubungan antara Islam dan pemeritah membaik karena mereka merasa saling membutuhkan. Salah satu buktinya adalah pemerintah mengeluarkan SKB (Surat Keputusan Bersama) dari tiga menteri, yakni Menteri Pendidikan dan Kebudayaan, Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri. Selain itu juga lahir pula berbagai kebijakan seperti Undang-Undang Pendidikan Nasional (1988), Undang-undang Peradilan Agama (1989), berdirinya Ikatan Cendekiawan Muslim Indonesia (ICMI) berkat dukungan pemerintah pada 1990, SKB Menteri Agama dan Menteri Dalam Negeri tentang efektivitas zakat (1991) bahkan hingga Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Dasar dan Menengah Departemen Pendidikan dan Kebudayaan tentang perizinan pemakaian busana muslimah (jilbab) kepada para siswi. Hasil ini didapatkan tak terlepas dari upaya perjuangan intelektual muda Islam kala itu.