Gereja Katolik Roma
Gereja Katolik meyakini bahwa hanya ada satu Allah saja, yang hadir dalam tiga pribadi: Allah Bapa; Yesus Sang Putera; dan Roh Kudus. Keyakinan-keyakinannya terangkum dalam Kredo Nicea dan dirinci dalam "Katekismus Gereja Katolik". Kredo Nicea juga merupakan pusat pernyataan keyakinan dari denominasi-denominasi Kristen lainnya. Pertama-tama adalah umat Kristen Ortodoks Timur, yang keyakinan-keyakinannya mirip dengan keyakinan-keyakinan umat Katolik, perbedaan utamanya terletak dalam hal infalibilitas kepausan, klausa filioque, dan Maria dikandung tanpa noda. Berbagai denominasi Protestan bervariasi dalam keyakinan-keyakinannya, namun pada umumnya mereka berbeda dari umat Katolik dalam hal Sri Paus, Tradisi Gereja, Ekaristi, penghormatan orang-orang kudus, serta dalam isu-isu yang berkaitan dengan anugerah, perbuatan baik, dan keselamatan.
Kota Ambon
Kota Ambon merupakan kota mayoritas Kristen dari dahulu. Pada 2015, terdapat 290 gereja Protestan dan 34 gereja Katolik di kota. Bangunan gereja Protestan terbesar adalah GPM Maranatha, sedangkan bangunan gereja Katolik terbesar adalah Katedral Santo Franciscus Xaverius. Selain itu pun, ada pula GPM Silo yang menjadi salah satu gereja Protestan utama Kota. Mayoritas masyatakat Protestan kota merupakan jemaat Gereja Protestan Maluku (GPM). Ambon pun memiliki keuskupan Katolik Romanya tersendiri, yaitu Keuskupan Amboina. Kecamatan yang memiliki agama mayoritas Kristen adalah Nusaniwe, Baguala, dan Leitimur Selatan dengan Protestan menjadi agama mayoritas.