Daerah Istimewa Surakarta
Setelah pengakuan kedaulatan pada Desember 1949, Pemerintah negara bagian Republik Indonesia mulai mereorganisasi wilayahnya. Pada pertengahan 1950 Jawa dibagi menjadi 3 provinsi dan satu daerah istimewa setingkat provinsi. Kalimantan dijadikan satu provinsi administratif dan Sumatera di pisah menjadi 3 provinsi. Akhirnya dengan UU Negara Bagian Republik Indonesia Nomor 10 Tahun 1950, Karesidenen Surakarta sebagai wujud metamorfosis Daerah Istimewa Surakarta diatur menjadi bagian dari Provinsi Jawa Tengah. Selain itu, semua swapraja (monarki pra Indonesia) yang masih ada baik secara "de jure" maupun "de facto" dihapuskan dengan UU Nomor 18 Tahun 1965. Dengan demikian berakhirlah sudah kekuasaan monarki-monarki Surakarta di bidang Pemerintahan. Kondisi ini semakin diperkuat dengan penjelasan UU Nomor 32 Tahun 2004 mengenai Pemerintahan Daerah yang menyatakan daerah istimewa adalah Daerah Istimewa Aceh dan Daerah Istimewa Yogyakarta.
Operasi militer Indonesia di Aceh 1990-1998
Operasi militer Indonesia di Aceh 1990-1998 atau juga disebut Operasi Jaring Merah adalah operasi kontra-pemberontakan yang diluncurkan pada awal 1990-an sampai 22 Agustus 1998 melawan gerakan separatis Gerakan Aceh Merdeka (GAM) di Aceh. Selama periode tersebut, Aceh dinyatakan sebagai "Daerah Operasi Militer" (DOM), di mana Tentara Nasional Indonesia diduga melakukan pelanggaran hak asasi manusia dalam skala besar dan sistematis terhadap pejuang GAM maupun rakyat sipil Aceh. Operasi ini ditandai sebagai perang paling kotor di Indonesia yang melibatkan eksekusi sewenang-wenang, penculikan, penyiksaan dan penghilangan, dan pembakaran desa. "Amnesty International" menyebut diluncurkannya operasi militer ini sebagai ""shock therapy"" bagi GAM.