Choi Siwon
Bulan Maret 2006, setelah SM Entertainment merekrut member baru Kyuhyun, grup ini menghilangkan "05" dan resmi bernama Super Junior. Single pertama bentuk baru grup ini "U" dirilis 7 Juni 2006,
Pada musim gugur 2007, Siwon bersama Super Junior merilis album kedua, "Don't Don", yang berhasil menjadi album terlaris kedua setelah SG Wannabe pada tahun tersebut.
Don't Don
Penampilan pertama Super Junior untuk "Don't Don" pada 21 September 2007, menampilkan singek pertama "Don't Don" di KBS "Music Bank". Ini adalah penampilan pertama mereka di mana kelompok menampilkan bersama sebagai tiga belas anggota setelah satu tahun penuh, membangkitkan perhatian. Promosi untuk "Don't Don" berlangsung hampir tiga bulan dan selain "Music Bank", Super Junior juga tampil dalam program musik lainnya, seperti di SBS "Popular Songs" dan Mnet "M! Countdown". Tak lama setelah perilisan singel kedua, "Marry U", Super Junior menjadi co-host untuk program varietas baru SBS, "Explorers of the Human Body" bersama dengan Shin Dongyup. Program baru diakui pujian kritis dalam musim pertama, dan selalu mendapat peringkat teratas sebagai Program SBS yang paling dilihat setiap hari Minggu. Namun, musim pertama cepat berakhir dengan tiga belas episode pada bulan Februari 2008 karena jadwal sibuk Super Junior dengan tur konser pertama mereka, Super Show. Namun, SBS sedang dalam pembicaraan untuk membuat musim kedua.Semua chart berasal dari penjualan offline saja.