Ion
Ion poliatomik dan molekular seringkali terbentuk karena menerima atau kehilangan ion elemental seperti proton, , dalam molekul netral. Sebagai contoh, ketika amonia, , menerima proton, —suatu proses yang disebut protonasi—ia membentuk ion amonium, . Amonia dan amonium memiliki jumlah elektron yang sama, begitu pula konfigurasi elektronnya, tetapi amonium memiliki kelebihan proton yang menjadikannya bermuatan positif.
Hidrogen
Bentuk molekuler yang disebut molekul hidrogen terprotonasi (H) ditemukan dalam media antarbintang. Ini terbentuk melalui ionisasi hidrogen molekuler dari sinar kosmik. Ion bermuatan ini juga telah diamati dalam atmosfer atas planet Jupiter. Ion ini relatif stabil di lingkungan angkasa luar karena rendahnya temperatur dan kerapatan. H adalah ion paling melimpah di jagat raya, dan memainkan peran penting dalam kimia media antarbintang. Hidrogen triatomik netral H hanya ada dalam bentuk tereksitasi dan tidak stabil. Sebaliknya, ion positif hidrogen molekular (H) adalah molekul yang jarang ditemukan di jagat raya.