Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Heian-kyō
Pada masa pemerintahan Keshogunan Kamakura dan Keshogunan Tokugawa yang bermarkas di wilayah Kanto, Heian-kyō (Kyoto) kehilangan peran sebagai pusat pemerintahan. Ibu kota juga pernah dipindahkan untuk sementara ke Fukuhara-kyō pada tahun 1180. Walaupun demikian, Kaisar Jepang terus berkedudukan dan bertempat tinggal di Heian-kyō (Kyoto) hingga zaman Restorasi Meiji. Sekarang, istana bekas kediaman kaisar di Kyoto disebut Kyoto Gosho.