Decepticon
Nyaris sama seperti Autobots, Decepticons adalah sebuah grup robot yang diciptakan oleh Quintessons sebagai alat untuk kegiatan militer (sementara Autobots untuk komersial). Salah satu keunggulan Decepticon ketimbang Autobots adalah pada teknologi, di mana hampir semua anggota Decepticons bisa terbang, sedangkan Autobots tidak.
Autobot
Memasuki abad 21, Autobots menciptakan Autobot City sebagai markas utama mereka selain The Ark, di mana ketika itu Decepticons mengontrol penuh Cybertron. Pada 2005 Decepticons menyerang Autobot City dan menyebabkan Optimus Prime meninggal. Sebelum meninggal, Optimus kemudian menyerahkan Matrix of Leadership kepada Ultra Magnus. Namun dilain tempat, Decepticons ternyata berkerjasama dengan Quintessons dan juga Unicron. Setelah serangan bertubi-tubi Decepticons, Para anggota Autobots terpaksa harus menyebar ke beberapa planet selain Bumi seperti Junkion dan Quintessa. Namun seorang Autobot muda bernama Hot Rod memberanikan diri menantang Galvatron (reinkarnasi dari Megatron) dan ia akhirnya berhasil merebut Matrix of Leadership dari tangan Galvatron. Selain itu Hot Rod juga berhasil mengalahkan Unicron dan akhirnya ia menabsihkan diri menjadi Rodimus Prime. Dengan kemenangan tersebut, Autobots berhasil merebut kembali Cybertron dari tangan Decepticons.