Kereta api Argo Wilis
Namun belakangan ini sampai dengan bulan Juni 2018, Argo Wilis menggunakan kereta yang bervariasi antara kereta eksekutif Argo buatan tahun 1995, 1996, 1998, dan 2002, maupun kereta lainnya, dan seringkali bertukar kereta dengan kereta api Argo Parahyangan.
Kereta api Progo
Sepanjang perjalanan, kereta ini berhenti di Stasiun Jatinegara, Stasiun Cirebon Prujakan, Stasiun Purwokerto, Stasiun Gombong, Stasiun Karanganyar, Stasiun Kebumen, Stasiun Kutoarjo, dan Stasiun Wates.