Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Komunisme di Sumatera
Di provinsi paling utara dari Sumatra, Aceh, PKI agak lemah dalam masa kejayaan partai. Ada sekitar 2.000-3.000 komunis di Aceh selama awal 1960-an. Keanggotaan Partai sebagian besar dibuat oleh buruh migran Jawa, seperti pekerja perkebunan dan kereta api. Pembentukan PKI di Aceh disambut dengan perlawanan keras dari ulama setempat. Terutama PKI menentang memberikan status provinsi Aceh, posisi yang membuat partai terisolasi dalam politik Aceh. Ketika pemberontakan bersenjata, pencarian pendirian negara Islam di Aceh pecah pada tahun 1951, banyak anggota PKI meninggalkan Aceh.