Dream Theater
Dream Theater sekali lagi memasuki BearTracks Studios untuk merekam album studio keenam mereka. Empat tahun setelah mereka pertama kali mengajukan petisi ke EastWest untuk memungkinkan mereka merilis album ganda, mereka akhirnya mendapat kesempatan dengan "Six Degrees of Inner Turbulence". CD pertama terdiri dari lima lagu berdurasi 7-13 menit, dan disc kedua yang berisi lagu berdurasi 42 menit, yang menjadi lagu terpanjang yang pernah ditulis oleh Dream Theater. Banyak dari melodi lagu dan tema musik yang berasal dari sepotong instrumental, ditulis oleh Rudess, yang pada akhirnya menjadi lagu ""Overture"". Tema tersebut kemudian diperluas oleh anggota band untuk membentuk masing-masing bab dalam sebuah cerita yang utuh.
Dream Theater
Setelah tur selesai, Dream Theater kembali ke studio untuk menyelesaikan rekaman album ketujuh mereka, "Train of Thought". Berbeda dengan lagu-lagu di album mereka sebelumnya, suara musik metal lebih banyak terdengar di album ini, yang terdengar agak asing bagi banyak penggemar, yang telah terbiasa mendengar suara rock progresif dari band. Dalam waktu ini mereka juga kembali merilis ulang dua video live pertama dalam format DVD, berjudul "/5 Years in a Livetime" pada tanggal 29 Juni 2004, melalui Rhino Records. Rilis ini bersertifikat Platinum pada tanggal 22 Maret 2006.