Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Pembantaian pesantren Walisongo adalah nama yang diberikan untuk serangkaian serangan oleh militan Kristen pada tanggal 28 Mei 2000 di beberapa desa yang didominasi oleh warga Muslim di kecamatan Poso Kota, Poso, Sulawesi Tengah, sebagai bagian dari konflik sektarian yang lebih luas di wilayah Poso. Secara resmi jumlah tewas dalam serangan tersebut adalah 165 orang, tetapi tidak ada angka yang pasti berapa banyak yang meninggal. Jumlah korban tewas diyakini lebih besar dari 39 orang jika dihitung dari jumlah tubuh yang kemudian ditemukan di 3 kuburan massal, dan sama dengan atau di bawah 191 dikutip dari sebuah sumber Muslim. Pembantaian ini dinamai sesuai nama Pesantren Walisongo di Sintuwulemba, tempat sebagian besar dari pembantaian seperti ini terjadi. Tiga pemimpin kelompok milisi Kristen setempat kemudian dihukum dan dieksekusi mati pada tahun 2006 untuk kejahatan yang dilakukan selama pembantaian.
IAIN Pekalongan
Semua dosen dan pegawai yang bertugas di Fakultas Syari’ah Pekalongan menjadi Dosen dan Pegawai STAIN Pekalongan.
Dosen dan pegawai yang diangkat pada masa transisi relokasi (1992-1997), yang di beri tugas di IAIN Walisongo semarang (yang usul pengangkatannya serta pengabdianya di Fakultas Syariah Pekalongan) dan pegawai yang diperbantukan pada Fakultas Syariah/Ushuludin Surakarta yang berasal dari Pekalongan dapat dikembalikan ke STAIN Pekalongan.
Semua kekayaan (tanah, barang inventaris dan bangunan gedung yang dipakai oleh Fakultas Syariah Pekalongan) oleh IAIN Walisongo diserahkan menjadi milik STAIN Pekalongan .
Mahasiswa diberi kebebasan untuk memilih menjadi mahasiswa IAIN atau mahasiswa STAIN Pekalongan.
Pejabat Sementara Ketua STAIN diberi tugas mengurus proses penyelesaian administrasi alih status tersebut dalam waktu satu tahun, terhitung setelah peresmian STAIN Pekalongan. Semua alih status pada umumnya berjalan dengan lancar, kecuali alih status pegawai yang bertugas di Semarang mengalami hambatan proses, sehingga mengalami keterlambatan.