Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Kota Tainan
Peperangan Jiawu pada tahun 1894 yang berakibat kekalahan Qing dari Jepang menjadikan Taiwan, Pescadores, Senkaku dan Ryukyu harus diberikan kepada Jepang tanpa syarat. Pada saat ini, status Tainan sebagai ibukota digantikan oleh Kota Taipei di utara Taiwan yang secara geografis letaknya lebih dekat dengan Jepang.