Prefektur Okinawa
Semasa Perang Dunia II, Okinawa merupakan tempat terjadinya pertempuran darat besar-besaran. Periode Okinawa Pascaperang dimulai setelah selesainya Pertempuran Okinawa dan kapitulasi Jepang. Kepulauan Okinawa terpisah dari Jepang administrasi Amerika Serikat selama 27 tahun hingga tahun 1972. Periode Pascaperang Okinawa dibagi menjadi dua bagian: periode Okinawa Administrasi Amerika Serikat, dan periode Pascapengembalian Okinawa. Selama berada di bawah pendudukan, Angkatan Udara Amerika Serikat mendirikan beberapa pangkalan militer di Kepulauan Okinawa. Semasa Perang Korea, pesawat-pesawat pengebom B-29 Superfortress diterbangkan dari Pangkalan Angkatan Udara Kadena ke Korea dan Cina.
Kepulauan Ryukyu
Kepulauan Ryukyu, dalam bahasa Jepang disebut , adalah kepulauan yang terletak di Samudra Pasifik di sebelah timur Laut Tiongkok Timur. Kepulauan ini terbentang dari pulau Kyūshū hingga Taiwan. Kepulauan ini secara administratif terbagi menjadi Kepulauan Satsunan di utara, masuk kedalam Prefektur Kagoshima, dan Ryukyu Shotō di selatan, masuk kedalam Prefektur Okinawa, Jepang. Pulau terbesar di kepulauan ini adalah Pulau Okinawa.
Kepulauan Ryukyu diakui oleh ahli ekologi sebagai ekoregion hutan basah berdaun lebar subtropis yang berbeda. Flora dan fauna dari pulau-pulau memiliki banyak kesamaan dengan Taiwan, Filipina, dan Asia Tenggara, dan merupakan bagian dari wilayah biogeografi (ecozone) Indomalaya.
Terumbu karang di Kepulauan Ryukyu merupakan salah satu dari 200 wilayah ekologi Global World Wildlife Fund. Terumbu karang di Kepulauan Ryukyu terancam oleh sedimentasi dan eutrofikasi, sebagian besar merupakan hasil pertanian serta kerusakan dari memancing.
Daftar berikut ini didasarkanpada nama-nama geografis Jepang saat ini: