Daerah istimewa
Aceh adalah daerah Provinsi yang merupakan kesatuan masyarakat hukum yang bersifat istimewa dan diberi kewenangan khusus untuk mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan dan kepentingan masyarakat setempat sesuai dengan peraturan perundang-undangan dalam sistem dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia berdasarkan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, yang dipimpin oleh seorang Gubernur. Aceh menerima status istimewa pada 1959, tiga tahun setelah pembentukan kembali pada 1956, dan sepuluh tahun sejak pembentukan pertama 1949. Status istimewa diberikan kepada Aceh dengan Keputusan Perdana Menteri Republik Indonesia Nomor 1/Missi/1959, yang isi keistimewaannya meliputi agama, peradatan, dan pendidikan. Namun pelaksanaan keistimewaan tidak berjalan dengan semestinya dan hanya sebagai formalitas belaka.
Fujiwara Kikan
Agen-agen Fujiwara Kikan yang ada di Aceh kemudian juga membangun hubungan dengan PUSA sebuah organisasi persatuan ulama di Aceh yang dipimpin oleh Daud Beureueh pada 1939 yang tujuannya adalah untuk mempertahankan nilai-nilai Islam, melawan Kolonial Belanda, dan mendobrak dominasi Uleebalang (elit adat Aceh). Koalisi Fujiwara Kikan dengan PUSA itu kemudian melahirkan gerakan pemberontakan anti-Belanda di Kutaraja (sekarang Banda Aceh pada 11 Maret 1942, yang tujuannya jelas mempermudah pasukan Kekaisaran Jepang untuk menaklukkan Aceh dan juga menggulingkan dominasi Uleebalang yang diketahui dekat dengan pemerintah Kolonial Belanda. Setelah Jepang menguasai Aceh dan Sumatera Utara, banyak orang Indonesia yang menjadi anggota Fujiwara Kikan kemudian ditempatkan di instansi pemerintahan pendudukan Kekaisaran Jepang di Sumatera Utara selama Perang Dunia II.