Evolusi
Dokumentasi fakta-fakta terjadinya evolusi dilakukan oleh cabang biologi yang dinamakan biologi evolusioner. Cabang ini juga mengembangkan dan menguji teori-teori yang menjelaskan penyebab evolusi. Kajian catatan fosil dan keanekaragaman hayati organisme-organisme hidup telah meyakinkan para ilmuwan pada pertengahan abad ke-19 bahwa spesies berubah dari waktu ke waktu. Namun, mekanisme yang mendorong perubahan ini tetap tidaklah jelas sampai pada publikasi tahun 1859 oleh Charles Darwin, "On the Origin of Species" yang menjelaskan dengan detail teori evolusi melalui seleksi alam. Karya Darwin dengan segera diikuti oleh penerimaan teori evolusi dalam komunitas ilmiah. Pada tahun 1930, teori seleksi alam Darwin digabungkan dengan teori pewarisan Mendel, membentuk sintesis evolusi modern, yang menghubungkan "satuan" evolusi (gen) dengan "mekanisme" evolusi (seleksi alam). Kekuatan penjelasan dan prediksi teori ini mendorong riset yang secara terus menerus menimbulkan pertanyaan baru, di mana hal ini telah menjadi prinsip pusat biologi modern yang memberikan penjelasan secara lebih menyeluruh tentang keanekaragaman hayati di bumi.
Paus Pius XII
Pada tahun 1950, Paus Pius XII mengumumkan secara resmi "Humani Generis" yang mengakui bahwa evolusi mungkin menjelaskan asal usul biologis kehidupan manusia dengan lebih tepat, namun pada saat yang sama mengkritik pihak-pihak yang menggunakan teori evolusi ini sebagai sebuah agama, yang "dengan tidak berhati-hati dan tidak bijaksana menganggap bahwa evolusi... menjelaskan asal usul dari semua hal". Umat Katolik harus percaya bahwa jiwa manusia diciptakan oleh Tuhan. Karena jiwa adalah suatu zat spiritual, jiwa tidak dilahirkan melalui transformasi benda-benda duniawi, namun diciptakan langsung oleh Tuhan, daripadanya hadir keunikan khusus tiap manusia." Lima puluh tahun kemudian, Paus Yohanes Paulus II, sembari menyatakan bahwa bukti-bukti ilmiah saat ini tampak lebih mendukung teori evolusi, menegaskan kembali penjelasan Paus Pius XII mengenai jiwa manusia: "Bahkan apabila tubuh manusia berasal dari benda-benda hidup yang telah ada sebelumnya, jiwa spiritual tetap secara spontan diciptakan oleh Tuhan".