Tuberkulosis
Pengobatan TB menggunakan antibiotik untuk membunuh bakterinya. Pengobatan TB yang efektif ternyata sulit karena struktur dan komposisi kimia dinding sel mikobakteri yang tidak biasa. Dinding sel menahan obat masuk sehingga menyebabkan antibiotik tidak efektif. Dua jenis antibiotik yang umum digunakan adalah isoniazid danrifampicin, dan pengbatan dapat berlangsung berbulan-bulan. Pengobatan TB laten biasanya menggunakan antibiotik tunggal. Penyakit TB aktif sebaiknya diobati dengan kombinasi beberapa antibiotik untuk menurunkan risiko berkembangnya bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Pasien dengan infeksi laten juga diobati untuk mencegah munculnya TB aktif di kehidupan selanjutnya. WHO merekomendasikan directly observed therapy atau terapi pengawasan langsung, dimana seorang pengawas kesehatan mengawasi penderita meminum obatnya. Tujuannya adalah untuk mengurangi jumlah penderita yang tidak meminum obat antibiotiknya dengan benar. Bukti yang mendukung terapi pengawasan langsung secara independen kurang baik. Namun, metode dengan cara mengingatkan penderita bahwa pengobatan itu penting ternyata efektif.
Tuberkulosis
Resistensi primer muncul saat seseorang terinfeksi jenis TB resisten. Seorang dengan TB yang rentan dapat mengalami resistensi sekunder (didapat) pada saat terapi. Seseorang juga dapat mengalami perkembangan resistensi karena pengobatan yang tidak adekuat, jika obat yang diresepkan tidak dipakai dengan sesuai (karena tidak patuh), atau karena obat yang digunakan berkualitas rendah. TB dengan resistensi obat merupakan masalah kesehatan masyarakat yang serius di negara yang sedang berkembang. Pengobatan untuk TB yang resisten terhadap obat akan berlangsung lebih lama dan memerlukan obat yang lebih mahal. MDR-TB (Mulitple Drugs Resistance-TB) sering didefinisikan sebagai resistensi terhadap dua obat yang paling efektif dalam lini pertama pengobatan TB: rifampicin and isoniazid. Extensively drug-resistant TB juga resisten terhadap tiga atau lebih dari enam kelas pengobatan lini kedua. TB resisten obat total adalah resistensi terhadap semua jenis obat yang selama ini digunakan. TB dengan resisten total terhadap obat pertama kali ditemukan pada tahun 2003 di Italia, tetapi hal ini tidak pernah dilaporkan hingga tahun 2012. Sekarang ini ada kecenderungan untuk mengetahui terlebih dahulu apa betul yang menginfeksi adalah bakteri TB atau bakteri lainnya dan obat apa saja yang masih mempan, oleh karenanya perlu dilakukan kultur bakteri terlebih dulu sebelum dilakukan pengobatan. Pada tahun 2007, WHO merekomendasikan penggunaan media cair untuk kultur bakteri TB agar lebih akurat dan membutuhkan waktu hingga 40 hari.