Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Pasang Surut Dinasti Mataram
Pemberontakan Trunajaya yang kemudian menguras harta benda dan penduduk Mataram telah menimbulkan konflik antar kakak dan adik yaitu Sunan Amral dan Pangeran Puger.Konflik antara kakak dan adik menghasilkan dua penguasa Mataram sebagai raja dengan dua keraton.Sunan Amral tampil sebagai penguasa Mataram di Kartasura sedang pangeran Puger tampil sebagai penguasa Mataram di Keraton Plered. Antara Sunan Amral dengan Pangeran Puger kemudian dicapai kata sepakat dan Pangeran Puger mengakhiri Mataram yang di Plered sebagai raja.Mataram berhasil disatukan dengan Sunan Amral sebagai Raja Mataram.