Protestanisme
Pengikut gerakan Protestan menyebut pengelompokan gereja-gereja menurut doktrin-doktrin landasan mereka sebagai "denominasi". Mereka merupakan nama bagian-bagian berbeda dalam suatu "Gereja" yang utuh. Kaum Protestan menolak doktrin Gereja Katolik Roma sebagai satu-satunya gereja yang benar. Sejumlah denominasi Kristen lebih ketat dibanding yang lain dan ada dasar-dasar ortodoksi yang dipertentangkan di antara denominasi-denominasi tersebut. Denominasi individual juga bermunculan menurut perbedaan teologi yang kadang sangat tidak kentara. Banyak juga denominasi yang sekadar merupakan ekspresi kedaerahan atau etnis terhadap kepercayaan yang sama, yang mengakui lima "sola" sebagai prinsip dasar utama iman Kristen. Kelompok Non-denominasional juga dimasukkan ke dalam golongan Protestan. Karena semua faktor ini, penghitungan yang pasti tidak dimungkinkan, tetapi diperkirakan ada sekitar 33.000 denominasi Protestan.
Uni Polandia-Swedia
Di Swedia, ia menghadapi masalah yang besar akibat agamanya yang berbeda. Sigismund adalah seorang Katolik yang taat, sementara sebagian besar warga Swedia (termasuk Karl) sudah menjadi penganut Lutheranisme. Terdapat kekhawatiran bahwa Sigismund akan mendukung Katolik dalam upaya melawan kaum Protestan. Pada periode ini, Adipati Karl dan kawan-kawan Protestannya kalah jumlah bila dibandingkan dengan pendukung Sigismund. Meskipun begitu, setelah kematian Raja Johan, sebuah sinode yang dihimpunkan oleh Adipati Karl di Uppsala menolak liturgi baru dan membuat pernyataan iman anti-Katolik pada tanggal 5 Maret 1593. Kitab Suci dan tiga kredo Protestan dianggap sebagai fondasi iman Kristen yang sebenarnya, dan Pengakuan Iman Augsburg diterapkan pada tanggal 9 Januari 1594 di Uppsala. Selain itu, Sigismund ditentang oleh perwakilan kepercayaan Lutheran dan bangsawan rendah. Akibat ketegangan politik dan religius ini, pada tanggal 19 Februari Sigismund menyatakan kesediaannya untuk menjamin kebebasan beragama bagi orang-orang Protestan dan melarang orang Katolik menunjukkan imannya di muka umum atau memegang jabatan tinggi.