Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Selama hujan lebat pada tanggal 28 Mei 2000, listrik di desa Muslim Sintuwulemba diputuskan, diduga oleh militan yang menyerang. Anggota bertopeng dari milisi Kristen mengepung desa, yang dihuni terutama oleh petani kakao Jawa transmigran yang sebelumnya tinggal di Sulawesi Selatan, dan menangkap perempuan dan anak-anak di desa dan beberapa pria dewasa. Sekitar 70 orang dewasa atau remaja laki-laki lari untuk berlindung di kompleks pesantren Walisongo, tempat mereka diserang dan dibunuh dengan senjata api kecil dan parang.