Protestanisme
Pengikut gerakan Protestan menyebut pengelompokan gereja-gereja menurut doktrin-doktrin landasan mereka sebagai "denominasi". Mereka merupakan nama bagian-bagian berbeda dalam suatu "Gereja" yang utuh. Kaum Protestan menolak doktrin Gereja Katolik Roma sebagai satu-satunya gereja yang benar. Sejumlah denominasi Kristen lebih ketat dibanding yang lain dan ada dasar-dasar ortodoksi yang dipertentangkan di antara denominasi-denominasi tersebut. Denominasi individual juga bermunculan menurut perbedaan teologi yang kadang sangat tidak kentara. Banyak juga denominasi yang sekadar merupakan ekspresi kedaerahan atau etnis terhadap kepercayaan yang sama, yang mengakui lima "sola" sebagai prinsip dasar utama iman Kristen. Kelompok Non-denominasional juga dimasukkan ke dalam golongan Protestan. Karena semua faktor ini, penghitungan yang pasti tidak dimungkinkan, tetapi diperkirakan ada sekitar 33.000 denominasi Protestan.
Reformasi Protestan
Gereja Katolik menanggapi dengan suatu gerakan yang disebut Kontra-Reformasi, diprakarsai oleh Konsili Trente. Banyak upaya dalam menghadapi Protestanisme dilakukan oleh kalangan Yesuit, suatu tarekat baru kala itu yang terorganisasi dengan baik. Secara umum, Eropa Utara, dengan pengecualian sebagian besar wilayah Irlandia, berada di bawah pengaruh Protestanisme. Eropa Selatan tetap Katolik, sedangkan Eropa Tengah merupakan lokasi konflik yang sengit, imbas dari serangkaian perang agama di Eropa yang berpuncak pada Perang Tiga Puluh Tahun, sehingga mengakibatkan daerah ini hancur.