Molekul
Definisi molekul telah berkembang seiring peningkatan pengetahuan tentang struktur molekul. Definisi sebelumnya kurang tepat, mendefinisikan molekul sebagai "partikel terkecil dari zat kimia murni yang masih mempertahankan komposisi dan sifat kimianya". Definisi ini sering terpatahkan karena banyak zat dalam pengalaman biasa, seperti batuan, garam, dan logam, terdiri dari jaringan kristal besar dari atom atau ion yang berikatan secara kimia, namun tidak terbuat dari molekul diskrit.
Koordinat reaksi
Dalam kimia, koordinat reaksi adalah koordinat abstrak satu dimensi yang mewakili perkembangan sepanjang jalur reaksi. Koordinat ini biasanya merupakan suatu parameter geometrik yang berubah selama perubahan satu atau lebih entitas molekular. Dalam simulasi dinamika molekul, koordinat reaksi disebut variabel kolektif.