Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Insiden Honnoji
Hingga saat ini alasan yang pasti pemberontakan Mitsuhide masih menjadi misteri dan penuh kontroversi. Teori-teori sejarah pada umumnya mengatakan bahwa latar belakang pemberontakan ini adalah dendam pribadi, ambisi yang terlalu dini untuk menguasai Jepang, dan mengamankan kedudukan kaisar yang semakin tidak dipandang oleh Nobunaga. Catatan-catatan sejarah dari Zaman Edo umumnya menyebutkan latar belakang pemberontakan Akechi adalah dendam pribadi. Teori ini adalah yang paling banyak dipercaya hingga kini berdasarkan hubungan Nobunaga dan Mitsuhide pada tahun-tahun terakhir sebelum pemberontakan itu. Pernah suatu ketika Nobunaga sedang menjamu Ieyasu di Istana Azuchi, saat itu Mitsuhide diberi tanggung jawab mengurus makanan dan keperluan Ieyasu. Namun belakangan ia dicopot dari jabatannya dengan alasan tidak jelas. Ada sebuah versi yang mengatakan bahwa Mitsuhide dengan tidak sengaja menghidangkan ikan busuk dalam jamuan itu sehingga membuat Nobunaga murka dan mempermalukannya di depan para undangan.