Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Teologi Tubuh
Filsafat praktis Descartes juga mengemukakan suatu dualisme antara budi dan tubuh jasmaniah, didasarkan pada keyakinan bahwa keduanya merupakan substansi berbeda. Tubuh merupakan materi yang diperluas secara spasial, sedangkan budi merupakan substansi yang berpikir dan mengandung jiwa rasional. Paus Yohanes Paulus II menanggapi dualisme tersebut dalam "Surat untuk Para Keluarga" yang ditulisnya pada tahun 1994: "Adalah ciri khas rasionalisme membuat suatu kontras yang radikal antara roh dan tubuh, antara tubuh dan roh. Tetapi manusia adalah seorang pribadi dalam kesatuan antara tubuhnya dan rohnya. Tubuh tidak pernah dapat direduksi menjadi materi belaka." Paus Yohanes Paulus II menyatakan bahwa penentangan Cartesian yang mencolok antara tubuh dan roh mengakibatkan seksualitas manusia menjadi suatu area terjadinya manipulasi dan eksploitasi, bukan keajaiban dan kesatuan sebagaimana ia bahas dalam pengajaran "Teologi Tubuh".