Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Pengeboman atom Hiroshima dan Nagasaki
Pada hari pengeboman, Hiroshima merupakan kota penting dari segi industri maupun militer. Beberapa satuan militer berpangkalan di dekat Hiroshima, termasuk markas Angkatan Darat Umum Kedua pimpinan Marsekal Lapangan Shunroku Hata. Angkatan Darat Umum Kedua memimpin pertahanan Jepang bagian selatan, dan bermarkas di Istana Hiroshima. Hata membawahkan kurang lebih 400.000 prajurit, sebagian besar di antaranya ditempatkan di Kyushu untuk mengantisipasi serbuan Sekutu. Di kota ini juga terdapat markas Angkatan Darat ke-59, Divisi ke-5, dan Divisi ke-224, satuan mobil yang baru dibentuk. Kota ini dilindungi oleh lima bateri senjata antipesawat 7-cm dan 8-cm (2,8 dan 3,1 inci) dari Divisi Antipesawat ke-3, termasuk unit dari Resimen Antipesawat ke-121 dan 122 dan Batalyon Antipesawat Terpisah ke-22 dan 45. Secara keseluruhan, lebih dari 40.000 personel militer ditempatkan di Hiroshima.