Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Pulau Okinawa
Kepadatan penduduk di bagian utara Pulau Okinawa tidak sebesar kepadatan penduduk di bagian selatan. Ibu kota Naha dan kota-kota di selatan telah mengalami urbanisasi besar-besaran. Di pulau ini juga terdapat enam "gusuku" (benteng khas Okinawa) yang sekarang ini semuanya sudah dalam keadaan hancur.