Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Kesaksian untuk Human Rights Watch menunjukkan bahwa modus operandi para militan mirip dengan kota-kota lain yang dihuni oleh warga Muslim; lebih lanjut 8 warga Muslim menghilang dari desa Tabalu setelah penyerang menyuruh penduduk setempat berkumpul dan berjalan ke kelurahan Kasiguncu. Setidaknya 14 transmigran Muslim dari Lombok dan Jawa kemudian menghilang setelah diculik dari kota lain oleh sekitar 100 militan bertopeng yang telah memerintahkan penduduk setempat berkumpul di balai desa. Para saksi menggambarkan bahwa para militan memiliki daftar nama orang untuk diculik dan beberapa truk untuk mengangkut mereka.