Restorasi Meiji
Pembentukan aliansi antara pemimpin Domain Satsuma dan Kido Takayoshi pemimpin Domain Choshu merupakan titik awal restorasi Meiji. Keduanya mendukung Kaisar Kōmei (ayah Kaisar Meiji). Aliansi ini dicetuskan oleh Sakamoto Ryoma, dengan tujuan melawan Keshogunan Tokugawa dan mengembalikan kekuasaan kepada Kaisar. Pada 3 Februari 1867, Kaisar Meiji naik tahta setelah wafatnya Kaisar Kōmei pada 30 Januari 1867. Semasa Restorasi Meiji, feodalisme Jepang secara perlahan-lahan digantikan oleh ekonomi pasar dan menjadikan Jepang sebagai negara yang dipengaruhi negara-negara Barat hingga kini.
Restorasi Kemmu
Setelah menguasai Kyoto, Ashikaga Takauji mendirikan Istana Utara (Hokuchō) di Kyoto dengan Kaisar Kōmyō sebagai kaisar. Di pihak yang berlawanan, Kaisar Go-Daigo mengutus putranya, Pangeran Kaneyoshi ke Kyushu sebagai Seisei Shōgun, dan menugaskan Nitta Yoshisada ke Hokuriku di bawah komando Pangeran Tsunenaga dan Pangeran Takanaga. Selanjutnya, Kaisar Go-Daigo turun dari Gunung Hiei, dan berdamai dengan pihak Ashikaga. Tiga Harta Suci diserahkannya kepada Kaisar Kōmyō. Namun Kaisar Go-Daigo meloloskan diri dari Kyoto, dan mendirikan Istana Selatan (Nanchō) di Nara. Kaisar Go-Daigo menyatakan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kōmyō sebagai barang palsu, dan mengklaim dirinya sebagai kaisar yang sah. Masa Jepang terbelah dua menjadi Istana Selatan dan Istana Utara disebut zaman Nanboku-cho (zaman Istana Utara-Istana Selatan) yang berlangsung sekitar 60 tahun hingga bersatunya Istana Selatan dengan Istana Utara pada tahun 1392.