Pemberontakan Trunajaya
Sama dengan perang lainnya, tentara Trunajaya dan sekutunya juga menggunakan meriam, kavaleri, dan benteng. Ketika VOC merebut Surabaya dari Trunajaya pada bulan Mei 1677, Trunajaya melarikan diri dengan dua puluh meriam perunggunya, dan meninggalkan 69 meriam besi dan 34 meriam perunggu. Pasukan Trunajaya terdiri dari orang Jawa, Madura, dan Makassar. Ketika para pemberontak menyerbu Jawa pada 1676, mereka berjumlah 9.000 dan terdiri dari para pengikut Trunajaya dan para pejuang Makassar. Kemudian, pemberontakan tersebut diikuti oleh para bangsawan Jawa dan Madura lainnya. Khususnya, penguasa Giri, salah satu penguasa spiritual Islam yang paling menonjol di Jawa, bergabung pada awal tahun 1676. Ayah mertua Trunajaya, Raden Kajoran, kepala dari keluarga Kajoran yang berpengaruh, bergabung setelah kemenangan Trunajaya di Gegodog pada September 1676, dan paman Trunajaya, Pangeran Sampang (kelak Cakraningrat II) bergabung setelah jatuhnya ibu kota Mataram pada Juni 1677.
Kampanye militer Kediri (1678)
Kemenangan Belanda-Mataram di Kediri melemahkan pemberontakan Trunajaya. Namun, perang belum berakhir. Trunajaya dan pengikutnya masih bebas di dataran tinggi Malang sekitar Jawa timur; dia baru ditangkap Desember 1679. Sekutunya Raden Kajoran membangun pangkalan baru di Mlambang, Jawa Tengah dan terlibat dalam operasi sukses di sana hingga kematiannya pada September 1679. Kakak Amangkurat, Pangeran Puger, masih menguasai keraton Mataram di Plered di mana dia mempertahankan klaimnya atas takhta hingga tahun 1681. Amangkurat juga menghadapi kesulitan dalam membangun kekuasaannya di Cirebon dan Madura.