Amangkurat II
Ditinggal sebagian besar pasukannya, Pangeran Trunajaya melarikan diri melalui hutan dengan semak berduri di belakang kubu pertahanan dan pergi ke Pugar. Selama hari-hari terakhir perlawanan Trunajaya hanya terdapat 25-30 orang Makassar dan Madura yang masih setia bersamanya. Dengan mengorek keterangan dari orang Makassar yang tertawan, Kapitan Joncker berhasil mengepung Trunajaya di Gunung Limbangan (di lereng utara Gunung Kelud) di mana dia beserta barisannya hendak bertahan terakhir. Sunan Amangkurat II pun bergerak mendekati tempat itu dan menghendaki agar setelah Trunajaya ditangkap diserahkan kepadanya. Dalam keadaan sangat terjepit, Trunajaya mengirimkan utusan tiga kali, akan tetapi waktu sudah lewat untuk mengadakan perundingan. Terkepung dari segala penjuru dan bahaya kelaparan sangat melemahkan moral barisan yang kira-kira masih terdiri atas 3.000 orang itu. Tidak ada jalan lain daripada menyerah. Akhirnya Pangeran Trunajaya menyuruh pengikutnya mengumpulkan tombak dan kerisnya. Setelah terkumpul lalu Pangeran Trunajaya beserta pengikutnya menyerah kepada Kapten Joncker. Terlebih dulu dikirim para wanita dan abdi biasa, baru kemudian Pangeran Trunajaya beserta pengikutnya, antara lain Pangeran Mugatsari, Bupati Anggakusuma, Ngabehi Wiradersana, dan pasukan Makassar. Pangeran Trunajaya dan pasukan pengikutnya menyerahkan diri pada tanggal 26 Desember 1679. Kedua tangan beliau diikat dengan cinde sutera. Diberitakan kemudian bahwa saat menjadi tawanan Pangeran Trunajaya masih mempunyai rencana mengadakan perlawanan, maka dari itu Amangkurat II menuntut supaya dia segera diserahkan kepadanya. Untuk menepati sumpahnya, keris "Kyai Balabar" tidak akan diberi sarung besar sebelum dipakai untuk menusuk dada Pangeran Trunajaya. Di sekitar tapal batas Kediri, Amangkurat II menikam Pangeran Trunajaya dengan keris tersebut, kemudian para menteri secara bergiliran memberikan tikamannya pula pada tanggal 2 Januari 1680.
Pemberontakan Trunajaya
Pemberontakan mulai dengan serangkaian serangan dari para perompak Makassar yang berbasis di Demung terhadap kota-kota perdagangan di pantai utara Jawa. Serangan pertama terjadi pada 1674 di Gresik namun dipukul mundur. Trunajaya mengadakan pakta dan aliansi pernikahan dengan Karaeng Galesong, pemimpin orang Makassar, pada tahun 1675 dan merencanakan penyerangan lebih lanjut. Pada tahun yang sama, para perompak orang Makassar-Madura merebut dan membakar kota-kota utama di timur laut Jawa, dari Pajarakan hingga Surabaya dan Gresik. Mengingat kegagalan kekuatan loyalis melawan pemberontak, Raja Amangkurat I menunjuk seorang gubernur militer di Jepara, ibu kota provinsi di pantai utara, dan memperkuat kota tersebut. Pasukan Mataram yang bergerak di Demung dikalahkan, dan aksi gabungan oleh kapal Mataram dan VOC di pantai yang dikuasai oleh para perompak tidak selalu berhasil. Karaeng Galesong pindah ke Madura, wilayah dari sekutunya, Trunajaya. Pada tahun 1676 Trunajaya menganugerahkan dirinya sendiri gelar Panembahan (Penguasa) Maduretna dan mendapat dukungan dari sunan (penguasa spiritual) Giri, dekat Gresik. Serangan armada VOC kemudian menghancurkan basis perompak di Demung, namun mereka tidak melancarkan aksi terhadap Trunajaya di Madura.