Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Masjid Al-Aqsha
Keberadaan dan nilai penting dari Bait Suci disebutkan dalam Perjanjian Lama Kristen. Dalam Perjanjian Baru juga disebutkan bahwa Bait Suci kedua merupakan tempat beberapa peristiwa penting dalam kehidupan Yesus (Nabi Isa). Setelah penghancuran Bait Suci pada tahun 70 M, umat Kristen mula-mula memandang bahwa peristiwa ini sebagai bentuk hukuman Ilahi kepada umat Yahudi. Bukit Bait Suci kehilangan arti pentingnya untuk ibadah Kristen dan menganggapnya sebagai penggenapan nubuat Yesus, misalnya di Matius 23:28 atau 24:2, sebagai bukti pemenuhan nubuat Alkitab dan kemenangan umat Kristen atas bangsa Yahudi. Umat Kristen Romawi, meskipun ada beberapa tanda-tanda pengerjaan pembangunan di lapangan terbuka, umumnya cenderung mengabaikan Bukit Bait Suci, terutama ketika upaya umat Yahudi untuk membangun ulang Bait Suci terhalang karena gempa bumi tahun 363, yang pada akhirnya justru menjadi tempat pembuangan sampah kota. Pusat peribadatan umat Kristen di Yerusalem sendiri terpusat ke Gereja Makam Kudus dan peran Yerusalem sebagai pusat Kekristenan diganti oleh Roma.