Mutsuhito
Kaisar Meiji menderita diabetes, nefritis, dan gastroenteritis, meninggal karena uremia pada usia 61 tahun. Meskipun pengumuman resmi Kantor Badan Rumah Tangga Kekaisaran mengatakan Kaisar Meiji meninggal dunia pada 30 Juli 1912 pukul 00.43, ia sebenarnya meninggal dunia di istana pada pukul 22.40 tanggal 29 Juli 1912. Setelah kematiannya, Parlemen Jepang pada tahun 1912 mengeluarkan resolusi untuk memperingati perannya dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman "Iris germanica" di Tokyo yang pernah dikunjungi Kaisar Meiji dan Permaisuri Shoken dipilih sebagai lokasi pembangunan kuil Shinto bernama Meiji-jingu.
Restorasi Kemmu
Setelah menguasai Kyoto, Ashikaga Takauji mendirikan Istana Utara (Hokuchō) di Kyoto dengan Kaisar Kōmyō sebagai kaisar. Di pihak yang berlawanan, Kaisar Go-Daigo mengutus putranya, Pangeran Kaneyoshi ke Kyushu sebagai Seisei Shōgun, dan menugaskan Nitta Yoshisada ke Hokuriku di bawah komando Pangeran Tsunenaga dan Pangeran Takanaga. Selanjutnya, Kaisar Go-Daigo turun dari Gunung Hiei, dan berdamai dengan pihak Ashikaga. Tiga Harta Suci diserahkannya kepada Kaisar Kōmyō. Namun Kaisar Go-Daigo meloloskan diri dari Kyoto, dan mendirikan Istana Selatan (Nanchō) di Nara. Kaisar Go-Daigo menyatakan Tiga Harta Suci yang berada di tangan Kaisar Kōmyō sebagai barang palsu, dan mengklaim dirinya sebagai kaisar yang sah. Masa Jepang terbelah dua menjadi Istana Selatan dan Istana Utara disebut zaman Nanboku-cho (zaman Istana Utara-Istana Selatan) yang berlangsung sekitar 60 tahun hingga bersatunya Istana Selatan dengan Istana Utara pada tahun 1392.