Restorasi Meiji
Pada tahun 1868, semua tanah feodal milik Keshogunan Tokugawa disita dan dialihkan di bawah "kendali kekaisaran". Tindakan ini sekaligus menempatkan mereka di bawah kekuasaan pemerintahan baru Meiji. Pada tahun 1869, daimyo Domain Tosa, Domain Hizen, Domain Satsuma, dan Domain Chōshū yang telah berjasa melawan kekuasaan keshogunan, dibujuk untuk mau "mengembalikan domain mereka kepada kaisar." Daimyo lainnya juga selanjutnya diperintahkan untuk melakukan hal yang sama. Dengan adanya penghapusan wilayah domain, maka untuk pertama kalinya tercipta pemerintahan Jepang yang terpusat dan berkuasa di semua wilayah negeri.
Jidai Matsuri
Hingga penyelenggaraan tahun 2006, prosesi tidak diikuti oleh peserta yang mengenakan kostum zaman Muromachi. Sewaktu pertama kali Jidai Matsuri dilangsungkan, pemerintah Meiji tidak mengakui adanya zaman Muromachi. Istana Utara (Dinasti Utara) yang didirikan shogun Ashikaga Takauji di Kyoto dianggap "tidak ada". Kaisar yang diakui adalah Kaisar Godaigo yang mendirikan Istana Selatan (Dinasti Selatan) dalam pengungsian di Yoshino. Berdasarkan alasan yang sama, peserta dari zaman Nanboku-cho disebut sebagai peserta dari "zaman Yoshino". Keadaan berubah pada tahun 2007. Dalam rangka memperingati 1200 tahun wafatnya Kaisar Kammu, pelaksanaan Jidai Matsuri mulai mengikutsertakan iring-iringan peserta dari zaman Muromachi.