Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Kuil Meiji
Setelah kematian Kaisar Meiji pada tahun 1912, Parlemen Jepang melayangkan resolusi untuk mengenang peran Sang Kaisar dalam Restorasi Meiji. Sebuah taman bunga iris di area Tokyo di mana Sang Kaisar dan permaisurinya diketahui pernah datang berkunjung dipilih sebagai lokasi bangunan kuil. Konstruksi dimulai pada 1915, kuil ini dibangun dalam corak tradisional Nagarezukuri serta tersusun sebagian besar dari cemara jepang dan tembaga.
Formalnya kuil ini diresmikan pada 1920, diselesaikan pada 1920, dan secara resmi tamannya selesai dibuat pada 1926. Sampai 1946, Kuil Meiji secara resmi dirancang oleh salah satu "Kanpei-taisha" (官幣大社), yaitu seseorang yang memiliki pangkat tertinggi dalam kuil yang disokong oleh pemerintah.
Bangunan asli kuil hancur pada saat Serangan Udara Tokyo pada Perang Dunia II. Lalu kuil ini direkonstruksi kembali atas upaya dan dana dari publik yang selesai pada Oktober 1958.