Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Pemberontakan Brunei
Pemberontakan Brunei () pecah pada tanggal 8 Desember 1962 dan dipimpin oleh Yassin Affandi dan pemberontak bersenjatanya. Pemberontak memulai serangan terhadap kota minyak Seria, mengincar instalasi minyak Shell dan menyerang pos polisi dan fasilitas pemerintahan di sekitar protektorat. Pemberontakan ini dianggap sebagai salah satu tahap awal Konfrontasi Indonesia-Malaysia.