Yerusalem
Ketika kaum Muslim pergi ke "Bayt Al-Maqdes" untuk pertama kalinya, mereka mencari lokasi Masjid Al-Aqsa ("Masjid Terjauh") yang disebutkan dalam Al-Qur'an dan Hadits menurut keyakinan Islam. Sumber-sumber Ibrani dan Arab dari masa itu mengatakan bahwa situs tersebut penuh dengan sampah sehingga kaum Arab dan Yahudi bersama-sama membersihkannya. Khalifah Umayyah Abdul Malik bin Marwan memerintahkan pembangunan Kubah Shakhrah (Kubah Batu) pada akhir abad ke-7. Syamsuddin Al-Maqdisi, seorang sejarawan abad ke-10, menuliskan bahwa Abdul Malik membangun shakhrah tersebut agar dapat mengimbangi kemegahan gereja-gereja monumental di Yerusalem.
Tempat suci dalam Sunni
Saat kemenangan umat Kristen pada Perang Salib Pertama pada tahun 1099, pengelolaan Masjidil Aqsha lepas dari tangan umat Islam. Jami' Al Aqsha diubah menjadi istana dan dinamakan "Templum Solomonis" atau Kuil Sulaiman (Salomo), sedangkan Kubah Shakhrah diubah menjadi gereja dan dinamakan "Templum Domini" atau Kuil Tuhan. Masjidil Aqsha menjadi salah satu lambang penting di Yerusalem dan gambar Kubah Batu tercetak dalam koin yang dikeluarkan oleh Kerajaan Kristen Yerusalem. Masjidil Aqsha dikembalikan fungsinya seperti semula setelah umat Islam berhasil mengambil alih kepemimpinan kompleks ini pada masa Shalahuddin Al Ayyubi. Setelah itu, umat Islam mengelola Masjidil Aqsha sebagai wakaf tanpa gangguan hingga pendudukan Israel atas Yerusalem pada 1967.