Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
Slamet Muljana
Karya-karya Slamet Muljana dalam ilmu Sejarah tidak jarang mengundang kontroversi dari para pembacanya. Misalnya dalam buku "Runtuhnja keradjaan Hindu-Djawa dan timbulnja negara-negara Islam di Nusantara" (1968) dengan berani ia menyatakan bahwa Walisongo adalah para ulama keturunan Tionghoa. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras karena kepercayaan masyarakat yang sudah terlanjur kuat, bahwa anggota-anggota Walisongo adalah keturunan Arab. Tidak hanya itu, pemerintah Orde Baru bahkan melarang terbit buku tersebut, karena saat itu sedang maraknya sentimen anti Tiongkok. Slamet Muljana mendasarkan pendapatnya tersebut pada kronik Tionghoa dari klenteng Sam Po Kong. Namun demikian sejarawan lainnya Agus Sunyoto membantahnya dengan mengatakan bahwa kronik Tionghoa tersebut hanyalah fiktif belaka.