Lapisan ozon
Ozon adalah gas beracun sehingga bila berada dekat permukaan tanah akan berbahaya bila terhisap dan dapat merusak paru-paru. Sebaliknya, lapisan ozon di atmosfer melindungi kehidupan di Bumi karena ia melindunginya dari radiasi sinar ultraviolet yang dapat menyebabkan kanker. Oleh karena itu, para ilmuwan sangat khawatir ketika mereka menemukan bahwa bahan kimia klorofluorokarbon (CFC) yang biasa digunakan sebagai media pendingin dan gas pendorong spray aerosol, memberikan ancaman terhadap lapisan ini. Bila dilepas ke atmosfer, zat yang mengandung klorin ini akan dipecah oleh sinar Matahari yang menyebabkan klorin dapat bereaksi dan menghancurkan molekul-molekul ozon. Setiap satu molekul CFC mampu menghancurkan hingga 100.000 molekul ozon. Oleh karena itu, penggunaan CFC dalam aerosol dilarang di Amerika Serikat dan negara-negara lain di dunia. Bahan-bahan kimia lain seperti bromin halokarbon, dan juga nitrogen oksida dari pupuk, juga dapat menyerang lapisan ozon.
Ganymede
Meski ada data "Voyager", bukti akan atmosfer oksigen tipis di Ganymede, yang sangat mirip dengan yang ada di Europa, ditemukan oleh teleskop luar angkasa Hubble pada tahun 1995. Sebenarnya teleskop Hubble mengamati pijaran udara dari oksigen atomik pada ultraviolet-jauh pada panjang gelombang 130,4 nm dan 135,6 nm. Pijaran udara semacam itu tereksitasi saat oksigen molekuler terdisosiasi oleh tumbukan elektron, bukti dari atmosfer netral yang penting terutama terdiri dari molekul O. Kerapatan jumlah permukaan mungkin terletak antara , berkaitan dengan tekanan permukaan . Nilai ini sesuai dengan batas atas "Voyager" yang ditetapkan tahun 1981. Oksigen bukanlah bukti adanya kehidupan; ia dianggap dihasilkan saat es air pada permukaan Ganymede terpecah menjadi hidrogen dan oksigen oleh radiasi, dengan hidrogen kemudian dengan cepat menghilang karena rendahnya massa atomnya. Pijaran udara yang diamati di Ganymede tidaklah homogen seperti di Europa. Teleskop Hubble mengamati dua bintik terang yang terletak di belahan utara dan selatan, dekat lintang ± 50°0, yang tepat merupakan batas antara garis medan terbuka dan tertutup dari magnetosfer Ganymedian (lihat bawah). Bintik terang itu mungkin adalah aurora, yang disebabkan oleh presipitasi plasma di sepanjang garis medan terbuka.
Adanya atmosfer netral mengimplikasikan bahwa ionosfer mestilah ada, karena molekul oksigen terionisasi oleh tumbukan elektron berenergi yang datang dari magnetosfer dan oleh radiasi UV ekstrem dari matahari. Namun, sifat ionosfer Ganymedian sekontroversial sifat atmosfernya. Beberapa pengukuran wahana "Galileo" menemukan kenaikan kerapatan elektron dekat satelit itu, menyarankan adanya ionosfer, sementara data lainnya gagal mendeteksi apapun. Kerapatan elektron dekat permukaan diperkirakan oleh sumber-sumber yang berbeda terletak pada kisaran 400–2.500 cm. Hingga tahun 2008, parameter dari ionosfer Ganymede tidak begitu diketahui batasannya.