Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Pemberontakan Heiji
Ketika pasukan Yoshitomo dan Yoshihira keluar dari istana untuk mengejar pasukan Taira yang sedang mundur, adik Kiyomori yang bernama Taira no Norimori menyerang pintu gerbang yang dijaga Mitsuyasu dan Mitsumoto. Keduanya menyerahkan pintu gerbang yang sedang dijaga dan berbalik memihak klan Taira. Norimori berhasil menguasai istana, dan jalan masuk ke istana dijaga dengan ketat. Pasukan klan Minamoto menjadi kehilangan jalur untuk mundur dan beralih menyerang kediaman Kiyomori di Rokuhara. Di tengah serangan terhadap Rokuhara, Nobuyori kembali menjadi gentar dan melarikan diri. Minamoto no Yorimasa juga bertempur dengan caranya sendiri, dan akhirnya berbalik memihak klan Taira. Pertempuran antara pasukan klan Minamoto dan pasukan klan Taira pecah di Rokujogawara. Pasukan klan Minamoto yang sudah kelelahan melarikan diri, dan pertempuran berakhir dengan kemenangan klan Taira.