Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
The Age of Reason
Buku Paine mengikuti tradisi deisme Britania awal abad ke-18. Para deis ini, walaupun memiliki cara pandang sendiri, meyakini beberapa hal yang sama, dan hal-hal tersebut diutarakan dalam pamflet "The Age of Reason". Hal paling penting yang menyatukan para deis adalah ajakan "penyelidikan rasional bebas" terhadap berbagai subjek, termasuk agama. Dengan mengatakan bahwa Kekristenan awal didasarkan pada kebebasan berkeyakinan, mereka menyerukan toleransi agama dan penghentian penganiayaan berdasarkan agama. Mereka juga meminta agar perdebatan didasarkan pada nalar dan rasionalitas. Para deis memiliki cara pandang Newton, dan mereka yakin bahwa semua hal di alam semesta, termasuk Tuhan, harus mematuhi hukum alam. Menurut mereka, tanpa konsep hukum alam, penjelasan tentang cara kerja alam akan jatuh menjadi irasionalitas semata. Karena keyakinan ini, mereka meragukan keberadaan mukjizat. Para deis menentang catatan tentang mukjizat di kitab suci karena tidak cukup untuk membuktikan keberadaan Tuhan. Para deis juga bersikeras bahwa Tuhan sebagai sebab pertama atau penggerak utama telah menciptakan dan merancang alam semesta dengan hukum alam sebagai bagian dari rencananya. Mereka meyakini bahwa Tuhan tidak mengubah rencananya dengan menghentikan hukum alam agar dapat turut campur dalam masalah manusia (mukjizat). Lebih lagi, para deis menentang klaim bahwa hanya ada satu kepercayaan yang benar; agama hanya bisa menjadi "sederhana, nyata, lumrah, dan universal" bila agama tersebut merupakan hasil logis dari Tuhan yang penuh kebajikan. Maka dari itu, mereka membedakan "agama diwahyukan" (yang mereka tolak) seperti Kekristenan, dan "agama alam", yaitu serangkaian kepercayaan universal yang berasal dari dunia alam yang menunjukkan keberadaan Tuhan (maka mereka bukan ateis).