Pemberontakan Trunajaya
Perang ini berawal dengan kemenangan pihak pemberontak: pasukan Trunajaya mengalahkan pasukan kerajaan di Gedogog (1676), lalu berhasil menduduki hampir seluruh pantai utara Jawa dan merebut keraton Mataram di Keraton Plered (1677). Raja Amangkurat I meninggal ketika melarikan diri dari keraton. Ia digantikan oleh anaknya, Amangkurat II yang meminta bantuan kepada VOC dan menjanjikan pembayaran dalam bentuk uang dan wilayah. Keterlibatan VOC berhasil membalikkan situasi. Pasukan VOC dan Mataram merebut kembali daerah Mataram yang diduduki, dan merebut ibu kota Trunajaya di Kediri (1678). Pemberontakan terus berlangsung hingga Trunajaya ditangkap VOC pada akhir 1679, dan juga kekalahan, kematian atau menyerahnya pemimpin pemberontakan lain (1679–1680). Trunajaya menjadi tawanan VOC, namun dibunuh oleh AmangkuratII saat kunjungan raja pada tahun 1680.
Kampanye militer Kediri (1678)
Kemenangan Belanda-Mataram di Kediri melemahkan pemberontakan Trunajaya. Namun, perang belum berakhir. Trunajaya dan pengikutnya masih bebas di dataran tinggi Malang sekitar Jawa timur; dia baru ditangkap Desember 1679. Sekutunya Raden Kajoran membangun pangkalan baru di Mlambang, Jawa Tengah dan terlibat dalam operasi sukses di sana hingga kematiannya pada September 1679. Kakak Amangkurat, Pangeran Puger, masih menguasai keraton Mataram di Plered di mana dia mempertahankan klaimnya atas takhta hingga tahun 1681. Amangkurat juga menghadapi kesulitan dalam membangun kekuasaannya di Cirebon dan Madura.