Yerusalem
Baik orang Israel maupun Palestina mengklaim Yerusalem sebagai ibu kota mereka, sebab Israel mempertahankan lembaga-lembaga pemerintahan utamanya di sana dan Negara Palestina pada dasarnya memandang kota ini sebagai pusat kekuasaannya; bagaimanapun kedua klaim tersebut tidak ada satupun yang mendapat pengakuan luas secara internasional. Namun hingga kini pengelolaan kota Yerusalem dilakukan oleh Israel. Palestina, di sisi lain, memiliki tujuan untuk menjadikan Yerusalem Timur sebagai ibukota.
Afula
Afula (; , "") adalah sebuah kota yang terletak di distrik sebelah Utara dari Israel, yang lebih dikenal sebagai "Ibukota Lembah", yang merujuk ke Lembah Jezreel. Kota ini berpenduduk sebanyak 40,000 jiwa pada akhir tahun 2009.