Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Osaka
Walaupun tidak berlangsung lama, Osaka pernah menjadi ibukota Jepang kuno di zaman Naniwa (pertengahan abad ke-7 sampai pertengahan abad ke-8). Kaisar Nintoku membangun Istana Naniwa dan menamakan kota tempat istananya sebagai "Naniwa no miya" (Ibukota Naniwa). Kejayaan Naniwa dapat dibuktikan dengan ukuran luas makam Kaisar Nintoku di kota Sakai.