Malaysia
Pada 16 September 1963 sesuai dengan dalam proses dekolonialisasi, Singapura, Sarawak, Borneo Utara atau yang sekarang lebih dikenal sebagai Sabah berubah menjadi negara bagian dari federasi bentukan baru yang bernama Malaysia termasuk dengan Federasi Malaya. dan pada 9 Agustus 1965 Singapura kemudian dikeluarkan dari Malaysia dan menjadi negara merdeka yang bernama Republik Singapura. saat tahun-tahun awal pembentukan federasi baru terdapat pula tentangan dari Filipina dan konflik militer dengan Indonesia.
Museum Nasional Singapura
Setelah kemerdekaan Singapura pada tahun 1965, museum fokus kepada pembangunan bangsa dan sejarah Singapura dan berganti nama menjadi Museum Nasional. Koleksi binatang dipindahkan ke departemen biologi dari Universitas Nasional Singapura dan beberapa museum seperti di Kalkuta di India dan Kuala Lumpur di Malaysia pada tahun 1969. Artefak yang paling ikon adalah kerangka ikan paus biru yang ditemukan di Port Dickson pada tahun 1893 dan dipamerkan pada 1903 sampai 1969.