Daerah istimewa
Pasca perubahan UUD 1945, daerah istimewa tidak sendiri lagi dengan adanya daerah khusus. Walaupun demikian, daerah istimewa hanya diterjemahkan sebagai Daerah Istimewa Aceh dan Daerah Istimewa Yogyakarta. Sebagaimana undang-undang pemerintahan daerah semenjak 1965, undang-undang ini pun daerah istimewa hanya diatur dalam bab xiv ketentuan lain-lain pasal 225-227. Undang-undang ini mensyaratkan daerah yang memiliki status istimewa dan diberikan otonomi khusus harus diatur dengan undang-undang tersendiri. Semua ketentuan dalam undang-undang ini, sepanjang tidak diatur dalam undang-undang tersendiri, berlaku juga bagi daerah yang memiliki status istimewa dan diberikan otonomi khusus. Dari semua daerah istimewa dan daerah khusus hanya Aceh, DKI Jakarta, dan Papua yang memiliki UU tersendiri. Sementara itu Yogyakarta yang tidak diatur dengan UU tersendiri, harus tunduk pada semua pengaturan undang-undang ini. Dari kenyataan ini keistimewaan Yogyakarta hanya tinggal nama.
Asmara Nababan
Pada 7 juni 1993, Presiden Soeharto membentuk Komisi Nasional Hak Asasi Manusia (Komnas HAM), melalui mantan Jaksa Agung Ali Said SH memilih sejumlah orang untuk diangkat menjadi anggota Komnas HAM, salah satunya Asmara Nababan yang dipilih. Tahun 1994 Asmara Nababan medapat tugas ke Aceh untuk membebaskan 11 anggota Gerakan Aceh Merdeka (GAM) yang ditahan, kemudian pada 1998 Asmara kembali mendatangi aceh, di sana Asmara dan kawan-kawan mengungkap dan membongkar sebuah kuburan massal yang diyakini sebagai korban selama Aceh menjadi Daerah Operasi Militer (DOM, 1989-1998). Hal tersebut memicu ketegangan antara Komnas HAM denga Pemerintah saat itu.