MPlayer
Kombinasi dari peranti lunak dekripsi CSS dan penggunaan format-format yang dilindungi oleh paten peranti lunak menempatkan sebuah MPlayer yang berfitur lengkap di dalam permasalahan sebuah hukum, yang juga melekat pada sebagian besar pemutar multimedia "open source". Sebelumnya MPlayer pernah menyertakan OpenDivX, sebuah pustaka dekoder yang tidak kompatibel dengan GPL. Pustaka itu kemudian tidak lagi disertakan, sehingga MPlayer sendiri menjadi peranti lunak bebas sepenuhnya. Bagaimanapun, penggunaan "codec"-"codec" yang dipatenkan di dalam peranti lunak bebas menjadi masalah potensial bagi FFmpeg, MPlayer, atau peranti lunak serupa ketika digunakan di negara-negara yang memberlakukan paten-paten peranti lunak, masih belum untuk diselesaikan.
Biologi sistem
Sistems Biology Workbench (SWB) adalah sebuah kerangka peranti lunak ("framework software") yang berisi bermacam-macam "tools" biologi sistematik. "Tools" ini dapat berupa "tools" untuk membangun, menyunting, dan melihat jejaring biokimia, "tools" untuk simulasi, dan "tools" untuk melakukan impor terjemaham dari hasil pemodelan. Peranti lunak ini dapat dipakai untuk menerjemahkan satu komponen biologi sistematik ke komponen lainnya. Dengan adanya perangkat ini, ilmuwan tidak perlu lagi menggunakan berbagai peranti lunak untuk pemodelan, analisis, visualiasi, dan analisis data biologi sistematik.