Peptida antimikrobial
Macam pergerakan dari peptida antimikrobial dalam membunuh bakteri bervariasi. Kegiatan ini termasuk menghancurkan membran, mengganggu metabolisme, dan mengincar komponen sitoplasma. Kontak awal antara peptida dan organisme target adalah bersifat elektrostatik karena sebagian besar permukaan bakteri adalah anionik. Komposisi asam amino, sifat amfifatik, muatan kationik, dan ukuran memudahkan pepida antimikrobial dalam menempel dan masuk ke dalam membran untuk membentuk celah menuju ke dalam sel dengan berbagai mekanisme. Selain dengan cara itu, peptida antimikrobial juga dapat masuk ke dalam sel secara langsung untuk mengikat molekul intraseluler yang penting bagi sel hidup. Pengikatan intraseluler termasuk menghalangi sintesis dinding sel, perubahan membran sitoplasma, aktivasi autolisin, menghalangi DNA, RNA, dan sintesis protein, dan menghalangi enzim tertentu. Namun, di banyak kejadian, mekanisme sebenarnya dari peptida antimikrobial dalam membunuh bakteri belum diketahui. Berlawanan dengan berbagai antibiotik konvensional, peptida ini bekerja sebagai bakteriosida (pembunuh bakteri) daripada bakteriostatik (penahan pertumbuhan bakteri). Secara umum, aktivitas peptida antimikrobial bergantung pada konsentrasi inhibitor. Semakin tinggi konsentrasi inhibitor, semakin tinggi kinerja pepida antimikrobial.
Pola molekuler terkait patogen
PAMP mengaktifkan respons imun bawaan, melindungi inang dari infeksi, dengan mengidentifikasi beberapa molekul "nonself" yang dilestarikan. Bakterial lipopolisakarida (LPS), suatu endotoksin yang ditemukan pada membran sel bakteri gram negatif, dianggap sebagai kelas prototipe PAMP. LPS secara khusus dikenali oleh TLR4, sebuah reseptor pengenalan sistem imun bawaan. PAMP lainnya termasuk bakteri flagellin (dikenali oleh TLR5 ), asam lipoteikoat dari bakteri gram positif (dikenali oleh TLR2), peptidoglikan (dikenali oleh TLR2), dan asam nukleat varian biasanya terkait dengan virus, seperti unting ganda RNA (dsRNA), dikenali oleh TLR3 atau motif CpG yang tidak termetilasi, dikenali oleh TLR9. Meskipun istilah "PAMP" relatif baru, konsep bahwa molekul yang berasal dari mikroba harus dideteksi oleh reseptor dari organisme multisel telah ada selama beberapa dekade, dan referensi ke "reseptor endotoksin" ditemukan dalam banyak literatur yang lebih tua.