Mardijkers
Kaum mardiker ini merupakan salah satu penghuni awal loji VOC di Jaccatra (Jayakarta). Catatan VOC tahun 1618 menyebutkan sekitar 70 warga mardiker yang menyandang nama-nama Portugis telah berada di loji ini; kemungkinan berasal dari kapal-kapal Portugis yang berhasil dikalahkan atau dirampok ketika itu. Ketika VOC merebut Melaka dari tangan Portugis pada tahun 1641, tentaranya membawa pulang tawanan yang kebanyakan adalah kaum mardiker asal Bengali dan Koromandel yang menjadi milisi Portugis di Melaka. Para tawanan ini kemudian dijadikan budak-budak pekerja di Batavia, dan dilarang untuk melaksanakan ibadah agama Katolik yang dianutnya. Akan tetapi budak-budak ini dapat dibebaskan jika mau berpindah keyakinan menjadi Kristen Protestan sebagaimana orang Belanda.
Republik Maluku Selatan
Penduduk Maluku Selatan mayoritas beragama Kristen, tidak seperti wilayah-wilayah lain di Indonesia yang didominasi Muslim. Republik Maluku Selatan juga didukung oleh Muslim Maluku pada masa-masa awalnya. Saat ini, meski mayoritas penganut Kristen di Maluku tidak mendukung separatisme, ingatan akan RMS dan tujuan-tujuan separatisnya masih bergaung di Indonesia. Umat Kristen Maluku, saat kekerasan sekte 1999-2002 di Maluku, dituduh memperjuangkan kemerdekaan oleh umat Islam Maluku. Tuduhan ini berhasil membakar semangat umat Islam untuk melawan dengan mendirikan Laskar Jihad. Situasi tersebut tidak diperparah oleh fakta bahwa umat Kristen Maluku di luar negeri memang memperjuangkan berdirinya RMS.