Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Pemberontakan Jeju
Terutama dari luar Pulau Jeju berdatangan anggota organisasi pemuda sayap kanan yang antikomunisme dan Perkumpulan Pemuda Barat Daya yang didukung organisasi kepolisian. Mereka berusaha menghancurkan organisasi para pemberontak di Jeju. Namun, Partai Buruh Korea Selatan justru semakin kuat berkat dukungan penduduk pulau yang merasa tidak puas, dan akhirnya pecah pemberontakan bersenjata yang dilakukan Partai Buruh Korea Selatan dengan berintikan penduduk Pulau Jeju pada 3 April 1948.