Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Direktorat Jenderal Bea dan Cukai
Pada masa pemerintahan Jepang, pulau Jawa dan Madura di bawah kendali pemerintahan militer Angkatan Darat (Gun) Kekaisaran Jepang ke-16 dengan ibu kota di Jakarta. Sementara di Sumatera oleh AD Kekaisaran Jepang ke-25. Pulau-pulau lainnya di bawah pemerintahan Kaigun (Angkatan Laut) Kekaisaran Jepang dengan ibu kota di Makassar. Untuk Jawa dan Madura, pemerintahan Jepang yang disebut Gunseikanbu mengeluarkan Osamu Serei (Undang-Undang) Nomor 13 tahun 1942 yang dalam Pasal 1 angka 2-nya disebutkan bahwa “untuk sementara waktu bea tidak usah diurus”. Pada saat itulah kegiatan kepabeanan dibekukan, sehingga hanya cukai saja yang dijalankan.