Yerusalem
Ketika kaum Muslim pergi ke "Bayt Al-Maqdes" untuk pertama kalinya, mereka mencari lokasi Masjid Al-Aqsa ("Masjid Terjauh") yang disebutkan dalam Al-Qur'an dan Hadits menurut keyakinan Islam. Sumber-sumber Ibrani dan Arab dari masa itu mengatakan bahwa situs tersebut penuh dengan sampah sehingga kaum Arab dan Yahudi bersama-sama membersihkannya. Khalifah Umayyah Abdul Malik bin Marwan memerintahkan pembangunan Kubah Shakhrah (Kubah Batu) pada akhir abad ke-7. Syamsuddin Al-Maqdisi, seorang sejarawan abad ke-10, menuliskan bahwa Abdul Malik membangun shakhrah tersebut agar dapat mengimbangi kemegahan gereja-gereja monumental di Yerusalem.
Masjid Al-Aqsha
Pada bulan Februari 2007, Departemen tersebut memulai situs penggalian untuk mencari peninggalan arkeologi di sebuah lokasi tempat pemerintah ingin membangun kembali sebuah jembatan penyeberangan yang runtuh. Situs ini berjarak 60 meter dari masjid. Penggalian memicu kemarahan di banyak negara dunia Islam, dan Israel dituduh telah mencoba menghancurkan pondasi masjid. Ismail Haniya, saat itu Perdana Menteri Otoritas Nasional Palestina dan pemimpin Hamas, menyerukan Palestina untuk bersatu dalam menentang penggalian, sedangkan Fatah menyatakan bahwa mereka akan mengakhiri gencatan senjata mereka dengan Israel. Israel membantah semua tuduhan tersebut, dan menyebutnya sebagai hal yang "menggelikan".