Prefektur apostolik
Prefektur Apostolik adalah bentuk otoritas rendah untuk suatu wilayah pelayanan dalam Gereja Katolik Roma yang dibentuk di sebuah daerah misi dan di negara yang belum memiliki keuskupan. Prefektur apostolik dipimpin oleh seorang Prefek Apostolik, yang biasanya adalah seorang pastor dan bukan uskup. Kalau sebuah prefektur apostolik berkembang, statusnya akan ditingkatkan menjadi vikariat apostolik, dan akan dipimpin oleh orang berjabatan uskup sambil membentuk badan-badan institusi yang diperlukan untuk menjadi sebuah keuskupan penuh. Tahapannya adalah: misi, menjadi prefektur apostolik, menjadi vikariat apostolik, dan kemudian menjadi keuskupan.
Joannes Scholten
Pada 10 September 1831, Scholten diangkat sebagai Prefek Apostolik Batavia ketiga, sebagai pengganti Lambertus Prinsen, yang telah mengajukan pengunduran diri atas alasan kesehatan. Sebagai Prefek Apostolik, ia menaruh perhatian khusus dalam perjuangan melawan Freemasonry, yang membuatnya sempat terlibat konflik dengan otoritas sekuler. Pada tahun 1832, Scholten sempat mengajukan beberapa dokumen ke Propaganda Fide di Roma yang menekankan struktur Gereja, juga peraturan tentang dispensasi dalam pembaptisan. Secara tegas, ia menolak memberikan dispensasi pada pernikahan beda agama, termasuk antara Katolik dan Protestan.