Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Pada tahun 1613, Hanyakrakusuma (memerintah tahun 16131645, yang kemudian bergelar "Sultan Agung" (sebagaimana disebutkan dalam literatur) naik takhta Mataram. Dia memulai penaklukan ke arah timur dengan sebuah serangan ke arah sisi selatan Surabaya, Tapal Kuda Timur, Malang, dan kemungkinan Pasuruan pada tahun 1614. Pasukan Surabaya menyerang tentara Mataram saat berbalik pulang, namun dikalahkan. Pada tahun 1615, Sultan Agung menaklukkan Wirasaba dan secara pribadi memimpin pasukan di sana. Surabaya tidak mengirim pasukannya untuk membantu Wirasaba, karena takut sekutu yang lainnya, Tuban, akan mengambil keuntungan dengan mengkhianati Surabaya dan menyerang dari belakang.