Ikhwanul Muslimin
Kemudian pada tahun 1934, Ikhwanul Muslimin membentuk divisi Persaudaraan Muslimah. Divisi ini ditujukan untuk para wanita yang ingin bergabung ke Ikhwanul Muslimin. Walaupun begitu, pada tahun 1941 gerakan Ikhwanul Muslimin masih beranggotakan 100 orang, hasil seleksi dari Hassan al-Banna. Pada tahun 1948, Ikhwanul Muslimin turut serta dalam perang melawan Israel di Palestina. Saat organisasi ini sedang berkembang pesat, Ikhwanul Muslimin justru dibekukan oleh Muhammad Fahmi Naqrasyi, Perdana Menteri Mesir tahun 1948. Berita penculikan Naqrasyi di media massa tak lama setelah pembekuan Ikhwanul Muslimin membuat semua orang curiga pada gerakan Ikhwanul Muslimin.
Universitas Islam Internasional Indonesia
Perkembangan paling mutakhir dari perjalanan Perguruan Tinggi Islam terjadi pada zaman pemerintahan Presiden Megawati Soekarnoputri. Melalui Surat Keputusan Presiden Nomor 031/2002, IAIN Jakarta berubah status menjadi Universitas Islam Negeri (UIN) dengan mandat membuka program kajian baru di luar wilayah tradisionalnya. Langkah transformasi ini diikuti oleh beberapa IAIN lain seperti IAIN Jogjakarta, Malang, Riau, dan Bandung. Transformasi IAIN menjadi universitas ini merupakan tonggak sejarah baru bagi komunitas akademik Muslim. Mereka tidak hanya diharapkan mengurusi persoalan keagamaan, tetapi juga terlibat dalam pengembangan bidang-bidang kehidupan yang lain.