Kereta api Prajayana
Kereta Rel Listrik Indonesia (KRL-I) adalah KRL AC pertama yang murni dirakit di Indonesia. KRL ini dirakit di PT. INKA Madiun pada tahun 2001, dan mulai beroperasi pada 2003. Pada Awalnya KRL-I sering beroperasi sebagai KRL Pakuan Ekspres dari Tanah Abang ke Bogor, namun pada tahun 2007 KRL-I dioperasikan untuk KRL Lingkar Ciliwung. Dan mulai tanggal 1 Desember 2012 , KRL-I dioperasikan sebagai KRL Eject Kampung-Bandan Bawah - Jakarta Kota karena penghapusan rute Ciliwung yang disebabkan oleh pemberlakuan pola Loop Line.
Kereta api Mataram
Kereta api ini dluncurkan pada tanggal 15 Juni 2017, dan awalnya hanya dijalankan pada saat musim mudik lebaran. Hal ini dikarenakan banyaknya pemudik yang hendak menuju Jakarta maupun sebaliknya, menggunakan moda transportasi kereta api. Kereta api ini dioperasikan untuk membantu tugas kereta api Progo, Gajah Wong, dan Bogowonto, yang juga melayani relasi sama dengan Mataram.