Ibu kota Jepang
Tokyo diperlakukan secara "de facto" sebagai ibu kota karena menurut Konstitusi Jepang, Kaisar Jepang sebagai "lambang negara Jepang dan simbol pemersatu rakyat Jepang" dan istana kaisar berkedudukan di Tokyo. Selain itu, lembaga-lembaga pemerintah seperti Parlemen Jepang, Kantor Perdana Menteri (Kantei) dan Mahkamah Agung Jepang yang ditetapkan konstitusi sebagai "lembaga tertinggi negara" berada di distrik Chiyoda, Tokyo.
Honshū
3/4 dari kota-kota besar dan modern Jepang, termasuk 23 distrik khusus Tokyo, Yokohama, Osaka, Nagoya, Kobe, Kyoto, Akita, Sendai, Fukushima, Niigata, dan Hiroshima. Pusat budaya juga terletak di Honshu, seperti Kyoto (yang modern namun juga menyimpan bersifat kebudayaan), Nara, dan Kamakura.