Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Jules Brunet
Lalu pada tahun 1868, Keshogunan Tokugawa ditumbangkan oleh pendukung kekaisaran dalam Perang Boshin. Setelah kendali pemerintahan dikembalikan ke tangan Kaisar Meiji dalam peristiwa yang disebut Restorasi Meiji, misi militer Perancis diperintahkan untuk meninggalkan Jepang melalui sebuah dekret kaisar.
Walaupun sudah diperintahkan untuk pulang ke Perancis, Brunet memilih untuk tetap tinggal di Jepang. Ia mengundurkan diri dari ketentaraan Perancis, dan ikut bersama sisa-sisa tentara keshogunan yang mundur ke utara Jepang sambil berharap dapat melakukan serangan balasan di kemudian hari. Dalam sebuah surat yang dikirimkannya ke Napoleon III, Brunet menjelaskan rencana Aliansi Utara bersama peran dirinya di dalamnya:
Brunet berperan sangat aktif dalam Perang Boshin. Ia dan Kapten André Cazeneuve terlibat dalam Pertempuran Toba-Fushimi (27–31 Januari 1868), dekat Osaka. Setelah dikalahkan tentara kekaisaran, Brunet dan Cazeneuve mengikuti tentara keshogunan yang dipimpin Laksamana Enomoto Takeaki melarikan diri ke Edo (sekarang Tokyo) dengan kapal perang "Fujisan".