Daerah istimewa
Aceh adalah daerah Provinsi yang merupakan kesatuan masyarakat hukum yang bersifat istimewa dan diberi kewenangan khusus untuk mengatur dan mengurus sendiri urusan pemerintahan dan kepentingan masyarakat setempat sesuai dengan peraturan perundang-undangan dalam sistem dan prinsip Negara Kesatuan Republik Indonesia berdasarkan Undang-Undang Dasar Negara Republik Indonesia Tahun 1945, yang dipimpin oleh seorang Gubernur. Aceh menerima status istimewa pada 1959, tiga tahun setelah pembentukan kembali pada 1956, dan sepuluh tahun sejak pembentukan pertama 1949. Status istimewa diberikan kepada Aceh dengan Keputusan Perdana Menteri Republik Indonesia Nomor 1/Missi/1959, yang isi keistimewaannya meliputi agama, peradatan, dan pendidikan. Namun pelaksanaan keistimewaan tidak berjalan dengan semestinya dan hanya sebagai formalitas belaka.
Pemberontakan di Aceh
Kendati hal di atas, terlihat bahwa pada masa setelah jatuhnya Soeharto pada tahun 1998, agama Islam sebagai faktor pendorong separatisme Aceh mulai mereda, bahkan setelah terjadi proliferasi munculnya serikat mahasiswa Muslim dan kelompok-kelompok ormas Islam lainnya di Aceh. Telah dicatat bahwa kelompok-kelompok baru yang muncul tersebut jarang menyerukan pelaksanaan "syariah" di Aceh. Sebaliknya, mereka menekankan perlunya referendum kemerdekaan Aceh dan menyoroti pelanggaran HAM yang dilakukan oleh Angkatan Bersenjata Republik Indonesia (TNI) di Aceh. Demikian pula, posisi GAM pada "syariah" juga bergeser. Ketika pemerintah pusat mengeluarkan UU Nomor 44/1999 tentang Otonomi Aceh yang mencakup ketentuan pelaksanaan "syariah" di Aceh, GAM malah mengutuk langkah pemerintah Indonesia tersebut sebagai tidak relevan dan mungkin upaya untuk menipu Aceh atau menggambarkan mereka ke dunia luar sebagai fanatik agama. Meskipun mengubah sikap terhadap "syariah", posisi GAM tidaklah jelas. Hal ini dicatat oleh "International Crisis Group" (ICG) bahwa antara tahun 1999 dan 2001, terjadi beberapa kasus secara periodik di mana komandan militer lokal GAM memaksakan penerapan hukum "syariah" di masyarakat Aceh di mana mereka memiliki pengaruh.