Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Direktorat Jenderal Bea dan Cukai
Pada masa pemerintahan Jepang, pulau Jawa dan Madura di bawah kendali pemerintahan militer Angkatan Darat (Gun) Kekaisaran Jepang ke-16 dengan ibu kota di Jakarta. Sementara di Sumatera oleh AD Kekaisaran Jepang ke-25. Pulau-pulau lainnya di bawah pemerintahan Kaigun (Angkatan Laut) Kekaisaran Jepang dengan ibu kota di Makassar. Untuk Jawa dan Madura, pemerintahan Jepang yang disebut Gunseikanbu mengeluarkan Osamu Serei (Undang-Undang) Nomor 13 tahun 1942 yang dalam Pasal 1 angka 2-nya disebutkan bahwa “untuk sementara waktu bea tidak usah diurus”. Pada saat itulah kegiatan kepabeanan dibekukan, sehingga hanya cukai saja yang dijalankan.