Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Sastra Jawa-Sunda
Namun pengaruh yang efeknya lebih terasa dan lestari terjadi pada abad ke-16 dengan penyebaran agama Islam di pulau Jawa serta ekspansi kerajaan Mataram II yang dipimpin oleh Sultan Agung. Sultan Agung ingin mempersatukan pulau Jawa dan sekitarnya dalam kerangka negara kesatuan Mataram. Meski hegemoni Mataram atas Jawa Barat berakhir pada tahun 1705, pengaruh budaya Jawa tidaklah berakhir, justru malah diperkuat dengan ditetapkannya bahasa Jawa sebagai bahasa resmi pemerintahan di Jawa Barat dan diputuskannya pemakaian sistem pembagian administratif Jawa. Pembagian administratif model Jawa ini adalah pembagian daerah kepada kabupaten-kabupaten yang berbeda-beda.