Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat
Mengikuti kerajaan Mataram, wilayah Kesultanan Yogyakarta pada mulanya dibagi menjadi beberapa lapisan yaitu Nagari Ngayogyakarta (wilayah ibukota), Nagara Agung (wilayah utama), dan Manca Nagara (wilayah luar). Keseluruhan wilayah Nagari Ngayogyakarta dan wilayah Nagara Agung memiliki luas 53.000 karya (sekitar 309,864500 km persegi), dan keseluruhan wilayah Manca Nagara memiliki luas 33.950 karya (sekitar 198,488675 km persegi). Selain itu, masih terdapat tambahan wilayah dari Danurejo I di Banyumas, seluas 1.600 karya (sekitar 9,3544 km persegi).Wilayah-wilayah Kesultanan tersebut bukan sebuah wilayah yang utuh, namun terdapat banyak enklave maupun eksklave wilayah Kasunanan dan Mangkunegaran. Wilayah-wilayah tersebut merupakan hasil dari Perjanjian Palihan Nagari yang ditandatangani di Giyanti. Perjanjian itu juga disebut Perjanjian Giyanti.
Penaklukan Surabaya oleh Mataram
Kadipaten Surabaya berpusat kira-kira di kota Surabaya sekarang, di pantai utara Jawa Timur. Kadipaten ini kaya dan kuat, dan kota pelabuhannya adalah rute perdagangan penting antara Malaka dan Kepulauan penghasil rempah-rempah (Maluku). Luas kota ini adalah sekitar dalam diameter, dan diperkuat oleh kanal-kanal dan meriam-meriam. Bersekutu dengan negara terdekat, Pasuruan, Kadipaten ini memperluas pengaruhnya ke seluruh bagian timur pulau Jawa di awal abad ke-17. Pada tahun 1622, Kadipaten Surabaya mengkontrol daerah Gresik dan Sedayu di Jawa Timur. dan juga menguasai daerah Sukadana dan Banjarmasin di Kalimantan Selatan. Ada laporan yang masih diragukan yang mengatakan Kadipaten ini mungkin telah memperluas pengaruhnya ke Pasuruan, Blambangan, wilayah lembah sungai Brantas, dan Wirasaba. Selain itu, Surabaya juga bersekutu dengan Tuban, Malang, Kediri, Lasem, semua wilayah di Jawa Timur, serta Madura di lepas pantai utaranya. Aliansi ini terbentuk terutama sebagai respon terhadap pertumbuhan kekuatan Mataram, dan Surabaya merupakan pendiri dan sekaligus anggota yang paling kuat.