Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Machiya
Kyoto pernah menjadi ibukota Jepang selama lebih dari 1000 tahun. Pada tahun 1864, kota Kyoto menderita kebakaran karena Pemberontakan Hamaguri. Setelah kekacauan berakhir, rumah-rumah baru didirikan. Bangunan-bangunan inilah yang menjadi machiya machiya tua yang masih tersisa sekarang. Kyoto selamat dan aman dari gempuran bom Perang Dunia II yang menghancurkan sebagian besar kota di Jepang, sehingga banyak bangunan kayu serta peninggalan sejarah kuno yang terpelihara dengan utuh, termasuk bangunan machiya, rumah-rumah toko khas Zaman Edo. Machiya-machiya kota ini disebut dengan "kyo-machiya". Namun demikian, karena pengaruh industrialisasi yang pesat banyak machiya di Kyoto yang ikut dirobohkan. Sejak akhir Perang Dunia ke-II, machiya yang baru dilarang didirikan, namun restorasi dan perbaikan machiya lama diperbolehkan. Machiya Kyoto banyak terkonsentrasi di Distrik Gion.