Amangkurat I
Maka dimulailah pemberontakan Trunajaya pangeran Madura. Trunajaya dan pasukannya juga dibantu para pejuang Makasar pimpinan Karaeng Galesong, yaitu sisa-sisa pendukung Sultan Hasanuddin yang dikalahkan VOC tahun 1668. Sebelumnya tahun 1674 pasukan Makasar ini pernah meminta sebidang tanah untuk membuat perkampungan, namun ditolak Amangkurat I.
Amangkurat II
Pada kenyataanya adalah bahwa Sunan Amangkurat II mulai menjauhkan diri dari Arung Palakka. Pun pihak Kompeni tidak mengikutsertakannya dalam operasi penangkapan Pangeran Trunajaya. Terhadap Pangeran Trunajaya sendiri, Amangkurat II menjalankan taktik baru, yaitu bersikap bersahabat dan menganggap dia sebagai kawula. Sebaliknya Trunajaya masih berusaha membujuk Amangkurat II agar memisahkan diri dari persekutuannya dengan VOC karena rakyat Jawa akan di-kristeni- sasikan oleh VOC. Amangkurat II berketetapan hati untuk tetap bersekutu dengan VOC.