Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Kaisar Kōtoku
Pada tahun 645, Kōtoku membangun kota baru yang dinamakan Naniwa dan memindahkan ibukota dari Provinsi Yamato ke kota baru ini. Ibukota baru ini memiliki pelabuhan laut dan sangat baik untuk kegiatan perdagangan manca negara. Pada masa pemerintahannya, Pangeran Naka no Ōe yang merupakan anak saudarinya ditetapkan sebagai putra mahkota. Pada tahun 653, Putra Mahkota meminta agar ibukota dikembalikan ke Provinsi Yamato, tetapi sang kaisar menolak. Naka no Ōe mengabaikan kebijakan kaisar. Bersama beberapa pejabat istana, termasuk Permaisuri Hashihito, mengikuti Putra Mahkota. Kōtoku sendiri tetap tinggal di ibukota baru. Namun setahun kemudian, Kōtoku mangkat karena sakit. Setelah mangkatnya, Takara kembali naik tahta sebagai Maharani Saimei, dan bukannya Naka no Ōe yang saat itu menjadi putra mahkota.