Pemberontakan Trunajaya
Pemberontakan Trunajaya (atau Perang Trunajaya, juga dieja Pemberontakan Trunojoyo) adalah pemberontakan yang dilakukan oleh bangsawan Madura Raden Trunajaya dan sekutunya pasukan dari Makassar terhadap Kesultanan Mataram yang dibantu oleh Perusahaan Hindia Timur Belanda (VOC) di Jawa pada dekade 1670-an, dan berakhir dengan kemenangan Mataram dan VOC.
Sutawijaya
Pada tahun 1600 terjadi pemberontakan Adipati Pragola dari Pati. Pemberontakan ini dipicu oleh pengangkatan Retno Dumilah putri Madiun sebagai permaisuri kedua Senapati. Pasukan Pati berhasil merebut beberapa wilayah sebelah utara Mataram. Perang kemudian terjadi dekat Sungai Dengkeng di mana pasukan Mataram yang dipimpin langsung oleh Senapati sendiri berhasil menghancurkan pasukan Pati.