Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Pemberontakan Hōgen
Kaisar Go-Shirakawa berhasil menghancurkan pihak oposisi, namun rakyat menjadi terkejut setelah konfik di istana ternyata diselesaikan melalui pertempuran yang menghancurkan kota Kyoto. Setelah ratusan tahun tidak pernah ada pelaksanaan hukuman mati di di Kyoto, rakyat melihat hukuman mati yang dijatuhkan kepada pendukung mantan kaisar yang tertangkap. Kalangan samurai jadi mulai ditakuti kalangan bangsawan hingga rakyat biasa. Dalam buku sejarah zaman Kamakura yang disebut "Gukanshō" dicatat bahwa Pemberontakan Hōgen menandai dimulainya "era kaum samurai" ("Musha no yō"). Pemberontakan Hōgen menjadi sebab tidak langsung Pemberontakan Heiji yang terjadi 3 tahun kemudian .