Perang Enam Hari
Akhir dari perang juga membawa perubahan religius. Di bawah pemerintahan Yordania, orang-orang Yahudi dan Nasrani dilarang memasuki Kota Suci Yerusalem, yang termasuk Tembok Ratapan, situs paling suci orang Yahudi sejak kehancuran Bait Suci mereka. Orang Yahudi merasakan situs-situs Yahudi tidak dirawat, dan kuburan-kuburan mereka telah dinodai. Setelah dikuasai Israel, pelarangan ini dibalik. Israel mempersulit para pemuda Islam yang ingin beribadah di Masjid Al-Aqsa dengan alasan keamanan, dan hanya orang tua dan anak-anak saja yang diperbolehkan, meskipun Masjid Al-Aqsa dipercayakan di bawah pengawasan wakaf Muslim dan orang-orang Yahudi dilarang untuk beribadah di sana.
Kubah Shakhrah
Setelah kemenangan umat Kristen pada Perang Salib Pertama pada tahun 1099, kepemimpinan Yerusalem beralih ke tangan umat Kristen. Umat Muslim berlindung di Masjid Al Aqsha, tetapi hal tersebut tidak menolong. Gesta Francorum menyatakan “(Orang-orang kita) membunuh dan menyembelih bahkan di Bait Salomo (Masjid Al Aqsha), pembantaian begitu besar sampai orang-orang kita mengarungi darah setinggi mata kaki.” Fulcher, pendeta yang turut serta dalam Perang Salib pertama, menyatakan, “Di Bait (Suci) 10.000 orang terbunuh. Memang, jika Anda di sana, Anda akan melihat kaki Anda diwarnai darah dari orang-orang yang terbunuh sampai mata kaki. Tapi apa lagi yang harus saya hubungkan? Tak satupun dari mereka dibiarkan hidup, baik wanita maupun anak-anak tidak diampuni.” Setelah peristiwa ini, Kerajaan Kristen Yerusalem didirikan. Masjid Qibli diubah menjadi istana kerajaan dengan nama "Templum Solomonis" atau Kuil Sulaiman (Salomo) dan Kubah Shakhrah diubah menjadi gereja dengan nama "Templum Domini" (Kuil atau Bait Tuhan).