Suku Batak
Konflik terbesar adalah pertentangan antara masyarakat bagian utara Tapanuli dengan selatan Tapanuli, mengenai identitas Batak dan Mandailing. Bagian utara menuntut identitas Batak untuk sebagain besar penduduk Tapanuli, bahkan juga wilayah-wilayah di luarnya. Sedangkan bagian selatan menolak identitas Batak, dengan bertumpu pada unsur-unsur budaya dan sumber-sumber dari Barat. Penolakan masyarakat Mandailing yang tidak ingin disebut sebagai bagian dari etnis Batak, sempat mencuat ke permukaan dalam Kasus Syarikat Tapanuli (1919-1922), Kasus Pekuburan Sungai Mati (1922), dan Kasus Pembentukan Propinsi Tapanuli (2008-2009).
Suku Mandahiling
Dalam rangka [[devide et impera]], banyak sejarahwan asing yang dipengaruhi pemikiran Gubernur Jenderal Hindia Timur [[Thomas Stamford Raffless]] dalam rangka kristenisasi, menjadikan Mandailing menjadi sub etnis dari Batak. Secara administrasi, pemasukan Mandailing dalam sub etnis Batak dimulai pada masa pemerintahan Belanda pada awal abad ke-20 lalu, walau pun orang-orang Mandailing yang diwakili raja-raja Kuria menolak untuk disub etniskan dalam etnis Batak. Akibatnya muncul peristiwa yang dikenal sebagai [[Riwajat Tanah Wakaf Bangsa Mandailing di Soengai Mati, Medan]] pada tahun 1925, hingga berlanjut ke pengadilan.