Walisongo
Walaupun masih ada pendapat yang menyebut Walisongo adalah keturunan Samarkand (Asia Tengah), Champa atau tempat lainnya, namun tampaknya tempat-tampat tersebut lebih merupakan jalur penyebaran para mubaligh daripada merupakan asal-muasal mereka yang sebagian besar adalah kaum Sayyid atau Syarif. Beberapa argumentasi yang diberikan oleh Muhammad Al Baqir, dalam bukunya "Thariqah Menuju Kebahagiaan", mendukung bahwa Walisongo adalah keturunan Hadramaut (Yaman):Sejarawan Slamet Muljana mengundang kontroversi dalam buku "Runtuhnya Kerajaan Hindu Jawa" (1968), dengan menyatakan bahwa Walisongo adalah keturunan Tionghoa Muslim. Pendapat tersebut mengundang reaksi keras masyarakat yang berpendapat bahwa Walisongo adalah keturunan Arab-Indonesia. Pemerintah Orde Baru sempat melarang terbitnya buku tersebut.
Pembantaian pesantren Walisongo 2000
Serangan serupa yang diduga dilakukan oleh anggota Pasukan Merah terjadi di dusun yang dihuni mayoritas Muslim Buyung Katedo pada 3 Juni 2001, dan menewaskan sedikitnya 14 orang dan dua dari mereka adalah perempuan dan anak-anak. Di antara mereka yang dibunuh di Buyung Katedo adalah Imam dari masjid lokal dan Firman, seorang bayi.