Tuberkulosis
Dalam 15–20% kasus aktif, terjadi penyebaran infeksi hingga ke luar organ pernapasan dan menyebabkan TB jenis lainnya. TB yang terjadi di luar organ pernapasan disebut "tuberkulosis ekstra paru". TB ekstra paru umumnya terjadi pada orang dewasa dengan imunosupresi dan anak-anak. TB ekstra paru muncul pada 50% lebih kelompok pengidap HIV. Lokasi TB ekstra paru yang bermakna termasuk: pleura (pada TB pleuritis), sistem saraf pusat (pada meningitisTB), dan sistem kelenjar getah bening (pada skrofuloderma leher). TB ekstra paru juga dapat terjadi di sistem urogenital (yaitu pada Tuberkulosis urogenital) dan pada tulang dan persendian (yaitu pada penyakit Pott tulang belakang). Bila TB menyebar ke tulang maka dapat disebut "TB tulang", yang merupakan salah satu bentuk osteomielitis. Ada lagi TB yang lebih serius yaitu TB yang menyebar luas dan disebut sebagai TB diseminata, atau biasanya dikenal dengan nama Tuberkulosis Milier. Di antara kasus TB ekstra paru, 10%-nya biasanya merupakan TB Milier.
Meningitis
Beberapa faktor risiko untuk meningitis jamur, antara lain penggunaan obat imunosupresan (misalnya setelah transplantasi organ), HIV/AIDS, dan hilangnya kekebalan yang berhubungan dengan penuaan. Hal ini jarang dijumpai pada orang dengan sistem kekebalan tubuh normal tetapi telah muncul karena kontaminasi obat. Gejala awal biasanya lebih gradual, dengan adanya sakit kepala dan demam selama setidaknya dua minggu sebelum diagnosis ditegakkan. Meningitis jamur yang paling sering adalah meningitis cryptococcal akibat "Cryptococcus neoformans". Di Afrika, meningitis cryptococcal diperkirakan merupakan penyebab meningitis yang paling sering dijumpai dan ini mencakup 20–25% kematian yang berhubungan dengan AIDS di Afrika. Jenis jamur lain yang sering dijumpai adalah spesies "Histoplasma capsulatum", "Coccidioides immitis", "Blastomyces dermatitidis", dan "Candida".