Molekul
Sebuah molekul adalah gugusan yang secara elektris netral yang tersusun dari dua atau lebih atom yang saling berikatan melalui ikatan kimia. Molekul dibedakan dari ion berdasarkan ketiadaan muatan listrik. Namun, dalam fisika kuantum, kimia organik, dan biokimia, istilah "molekul" sering digunakan dengan agak longgar, juga digunakan untuk ion poliatomik.
Misel
Molekul surfaktan individual yang berada dalam sistem namun bukan bagian dari misel disebut "monomer". Misel mewakili perakitan molekuler, di mana komponen masing-masing termodinamika dalam kesetimbangan dengan monomer dari spesi yang sama di media sekitarnya. Di dalam air, "kepala" hidrofilik dari molekul surfaktan selalu kontak dengan pelarut, terlepas dari apakah surfaktan ada sebagai monomer atau sebagai bagian dari misel. Namun, "ekor" lipofilik dari molekul surfaktan kurang kontak dengan air saat mereka merupakan bagian dari misel—hal ini menjadi dasar dorongan energik untuk pembentukan misel. Dalam sebuah misel, ekor hidrofobik dari beberapa molekul surfaktan berkumpul menjadi inti seperti minyak, bentuk paling stabil yang tidak memiliki kontak dengan air. Sebaliknya, monomer surfaktan dikelilingi oleh molekul air yang menciptakan cangkang "kandang" atau solvasi yang dihubungkan oleh ikatan hidrogen. Kandang air ini mirip dengan "clathrate" dan memiliki struktur es seperti kristal dan dapat dicirikan sesuai dengan efek hidrofobik. Tingkat kelarutan lipid ditentukan oleh kontribusi entropi yang tidak menguntungkan karena urutan struktur air sesuai dengan efek hidrofobik.