Suku Batak
Konflik terbesar adalah pertentangan antara masyarakat bagian utara Tapanuli dengan selatan Tapanuli, mengenai identitas Batak dan Mandailing. Bagian utara menuntut identitas Batak untuk sebagain besar penduduk Tapanuli, bahkan juga wilayah-wilayah di luarnya. Sedangkan bagian selatan menolak identitas Batak, dengan bertumpu pada unsur-unsur budaya dan sumber-sumber dari Barat. Penolakan masyarakat Mandailing yang tidak ingin disebut sebagai bagian dari etnis Batak, sempat mencuat ke permukaan dalam Kasus Syarikat Tapanuli (1919-1922), Kasus Pekuburan Sungai Mati (1922), dan Kasus Pembentukan Propinsi Tapanuli (2008-2009).
Suku Mandailing
Suku Mandailing, bersamaan dengan suku Batak lainnya, bermigrasi ke selatan sebelum kedatangan Portugis dan Belanda di Sumatera. Penjajahan Belanda di Sumatera menyebabkan Mandailing menjadi bagian dari Suku Batak karena memang bahasa dan budaya yang dipakai adalah satu rumpun dengan suku batak, berdasarkan aturan irisan yang dibuat untuk mengklasifikasi dan membuat tipologi. Suku Mandailing memiliki keterkaitan dengan Suku Batak Toba, akibatnya Suku Mandailing melebur menjadi satu yang dinamai Suku Batak Mandailing di Indonesia dan Suku Melayu Mandailing di Malaysia.