Kereta api Prajayana
Kereta Rel Listrik Indonesia (KRL-I) adalah KRL AC pertama yang murni dirakit di Indonesia. KRL ini dirakit di PT. INKA Madiun pada tahun 2001, dan mulai beroperasi pada 2003. Pada Awalnya KRL-I sering beroperasi sebagai KRL Pakuan Ekspres dari Tanah Abang ke Bogor, namun pada tahun 2007 KRL-I dioperasikan untuk KRL Lingkar Ciliwung. Dan mulai tanggal 1 Desember 2012 , KRL-I dioperasikan sebagai KRL Eject Kampung-Bandan Bawah - Jakarta Kota karena penghapusan rute Ciliwung yang disebabkan oleh pemberlakuan pola Loop Line.
Daerah Operasi I Jakarta
Ada pun kereta api yang melayani Daop I Jakarta yang di bawah pengoperasian Daop lain, di antaranya adalah: (Mulai 2 Januari 2019)
Balai yasa ini khusus untuk perawatan kereta penumpang kelas eksekutif dan KRL, bersama Balai Yasa Tegal, Balai Yasa Yogyakarta, dan Balai Yasa Surabaya Gubeng. Dulu balai yasa ini dibangun oleh "Staatsspoorwegen" tahun 1920 dengan nama "Hoofd-Werkplatsen te Manggarai". Di sini semua kereta eksekutif dan KRL yang dirawat mengalami pemeliharaan akhir (PA), semiperawatan akhir (SPA), PA bogie, perbaikan akhir lengkap (PAL), dan perbaikan (PB).