Tuberkulosis
Pengobatan TB menggunakan antibiotik untuk membunuh bakterinya. Pengobatan TB yang efektif ternyata sulit karena struktur dan komposisi kimia dinding sel mikobakteri yang tidak biasa. Dinding sel menahan obat masuk sehingga menyebabkan antibiotik tidak efektif. Dua jenis antibiotik yang umum digunakan adalah isoniazid danrifampicin, dan pengbatan dapat berlangsung berbulan-bulan. Pengobatan TB laten biasanya menggunakan antibiotik tunggal. Penyakit TB aktif sebaiknya diobati dengan kombinasi beberapa antibiotik untuk menurunkan risiko berkembangnya bakteri yang resisten terhadap antibiotik. Pasien dengan infeksi laten juga diobati untuk mencegah munculnya TB aktif di kehidupan selanjutnya. WHO merekomendasikan directly observed therapy atau terapi pengawasan langsung, dimana seorang pengawas kesehatan mengawasi penderita meminum obatnya. Tujuannya adalah untuk mengurangi jumlah penderita yang tidak meminum obat antibiotiknya dengan benar. Bukti yang mendukung terapi pengawasan langsung secara independen kurang baik. Namun, metode dengan cara mengingatkan penderita bahwa pengobatan itu penting ternyata efektif.
Meningitis
Beberapa faktor risiko untuk meningitis jamur, antara lain penggunaan obat imunosupresan (misalnya setelah transplantasi organ), HIV/AIDS, dan hilangnya kekebalan yang berhubungan dengan penuaan. Hal ini jarang dijumpai pada orang dengan sistem kekebalan tubuh normal tetapi telah muncul karena kontaminasi obat. Gejala awal biasanya lebih gradual, dengan adanya sakit kepala dan demam selama setidaknya dua minggu sebelum diagnosis ditegakkan. Meningitis jamur yang paling sering adalah meningitis cryptococcal akibat "Cryptococcus neoformans". Di Afrika, meningitis cryptococcal diperkirakan merupakan penyebab meningitis yang paling sering dijumpai dan ini mencakup 20–25% kematian yang berhubungan dengan AIDS di Afrika. Jenis jamur lain yang sering dijumpai adalah spesies "Histoplasma capsulatum", "Coccidioides immitis", "Blastomyces dermatitidis", dan "Candida".