Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Pulau Okinawa
Kepadatan penduduk di bagian utara Pulau Okinawa tidak sebesar kepadatan penduduk di bagian selatan. Ibu kota Naha dan kota-kota di selatan telah mengalami urbanisasi besar-besaran. Di pulau ini juga terdapat enam "gusuku" (benteng khas Okinawa) yang sekarang ini semuanya sudah dalam keadaan hancur.