Evolusi sebagai teori dan fakta
Dalam biologi, terdapat berbagai usaha-usaha untuk menjelaskan pengamatan tersebut selama bertahun-tahun. Lamarckisme, Transmutasisme, dan Ortogenesis merupakan teori-teori non-Darwin yang berusaha untuk menjelaskan pengamatan ini. Namun "Teori Evolusi" merupakan penjelasan keseluruhan pengamatan yang relevan mengenai perkembangan kehidupan yang didasarkan pada model yang menjelaskan keseluruhan data yang ada dan terpantau. Sehingga, evolusi bukan hanya merupakan sebuah fakta, tetapi juga merupakan sebuah teori, sama halnya dengan gravitasi yang juga merupakan sebuah fakta dan teori.
Filogeni
Di akhir abad ke-19, Ernst Haeckel mencetuskan teori rekapitulasi (hukum biogenesis) yang diterima luas oleh masyarakat. Prinsipnya yang terkenal adalah "ontogeni mencerminkan filogeni". Dalam versi aslinya, embrio dianggap mencerminkan bentuk dewasa organisme moyang evolusionernya. Versi ini sekarang ditolak namun modifikasinya sekarang diterima luas. Dalam versi modern, banyak dukungan bagi pernyataan "perkembangan embrio (ontogeni) mencerminkan bentuk embrio moyang evolusionernya". Donald Williamson mengembangkan tesis ini lebih lanjut dengan menyatakan bahwa larva dan embrio menunjukkan perwujudan bentuk dewasa dari taksa yang lain yang mengalami transfer melalui hibridisasi (teori transfer larva).