Tokyo
Edo menjadi ibukota "de facto" di Jepang meskipun kaisar tinggal di Kyoto, ibu kota kerajaan. Setelah sekitar 263 tahun, pemerintah shogun digulingkan di bawah bendera pemulihan pemerintahan kaisar. Pada tahun 1869, ketika Kaisar Meiji pindah ke Edo di usia 17 tahun, Tokyo sudah menjadi pusat politik dan kebudayaan negara, kemudian dijadikan ibu kota kerajaan "de facto" oleh istana sementara bekas Istana Edo menjadi Istana Kerajaan. Kota Tokyo didirikan lalu tetap menjadi ibu kota negara sehingga status kotanya dicabut pada tahun 1943 untuk digabungkan dengan "Wilayah Metropolitan" Tokyo.
Puri Hiroshima
Pada masa Peperangan Jiawu, markas besar angkatan perang kekaisaran Jepang (Daihonei) pindah untuk sementara ke dalam lingkungan istana karena letak Tokyo yang terlalu jauh dari medan pertempuran. Dari tanggal 15 September 1894 hingga 27 April 1895, Kaisar Meiji tinggal untuk sementara di Hiroshima. Parlemen kekaisaran Jepang juga pindah untuk sementara ke dalam lingkungan istana. Sampai berakhirnya Peperangan Jiawu, Hiroshima sebenarnya sempat menjadi ibu kota Jepang walaupun hanya beberapa bulan.