Pemberontakan PKI 1948
Sementara perhatian semua pihak pro-pemerintah terkonsentrasi pada pemulihan Surakarta, pada 18 September 1948, PKI/FDR menuju ke arah timur dan menguasai Kota Madiun, Jawa Timur, dan pada hari itu juga diproklamasikan berdirinya "Republik Soviet Indonesia". Hari berikutnya, PKI/FDR mengumumkan pembentukan pemerintahan baru. Selain di Madiun, PKI juga mengumumkan hal yang sama pula di Pati, Jawa Tengah. Pemberontakan ini menewaskan Gubernur Jawa Timur RM Suryo, dokter pro-kemerdekaan Moewardi, serta beberapa petugas polisi dan tokoh agama.
Terorisme negara
Pembunuhan atas anggota-anggota Partai Komunis Indonesia (PKI), yang termasuk salah satu partai berkuasa, dari 1965 - 1969 diduga telah menghilangkan nyawa satu juta orang dan digambarkan sebagai "pogrom anti-komunis". Jumlah korban yang resmi sekurang-kurangnya adalah 500.000 orang.