Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Pemberontakan Heiji
Setelah pemberontakan berakhir, Fujiwara no Nobuyori dihukum penggal. Yoshitomo melarikan diri ke provinsi sebelah timur, namun di tengah perjalanan di Provinsi Owari dibunuh oleh Osada Tadamune. Putra pewaris Yoshitomo, Yoshihira kembali ke Kyoto untuk menuntut balas. Ia bersembunyi di Kyoto menanti saat tepat untuk membunuh Kiyomori, tapi tewas setelah lokasi persembunyiannya terbongkar. Pengikut Yoshitomo seperti Minamoto no Yoshitaka, Minamoto no Shigenari, dan Minamoto no Suezane juga tewas. Putra ke-3 Yoshitomo yang bernama Yoritomo beserta sebagian keluarga klan Kawachi Genji diusir dari Kyoto dan hidup dalam pengasingan.