Hassan al-Hudaybi
Pada tanggal 12 Februari tahun 1949 para pesuruh kerajaan Mesir Raja Farouk berhasil membunuh Hasan Al-Banna sehingga membuat kosong kursi Mursyid Am Ikhwanul Muslimin, dan pada saat itulah, para pendiri Ikhwan berusaha mencari menggantinya, dan akhirnya mereka menetapkan Hasan Al-Hudaibi menjadi Mursyid Am Ikhwanul Muslimin. Pada 6 bulan pertama Hasan Al-Hudaibi menjabat sebagai mursyid secara tersembunyi dan diam-diam, tanpa tidak meninggalkan pekerjaannya sebagai jaksa selama masa tersebut. Dan ketika pemerintahan An-Nuhas Pasya memberikan izin kepada lembaga pendiri Ikhwanul Muslimin untuk melakukan pertemuan, para anggota tersebut mempersilakan kepada Hasan Al-Hudaibi untuk memimpin pertemuan dan menjabat sebagai mursyid am Ikhwanul muslimin, namun saat itu dia menolak permintaan mereka, karena dia menganggap saat pemilihan atas dirinya menjadi Mursyid oleh anggota lembaga pendiri hanya pada marhalah sirriyah dan tidak mewakili pendapat anggota Ikhwan lainnya, dan dia meminta untuk memilih Ikhwan lain menjabat sebagai mursyid, namun para Ikhwan lainnya menolak permintaan tersebut dan meminta dia untuk melanjutkan jabatannya sebagai mursyid Ikhwanul muslimin, akhirnya dia menerima permintaan utusan para Ikhwan dan setelah itu dia mulai mengurus pengunduran diri dari pekerjaannya untuk fokus pada jabatan barunya yaitu mursyid Am Ikhwanul muslimin.
Universitas Islam Negeri Syarif Hidayatullah Jakarta
Pada 8 Juli 1945, yayasan tersebut mendirikan Sekolah Tinggi Islam (STI). STI berkedudukan di Jakarta dan dipimpin oleh Prof. K.H. Abdul Kahar Mudzakkir. Beberapa tokoh Muslim lain ikut berjasa dalam proses pendirian dan pengembangan STI. Mereka antara lain Dr.(H.C.) Drs. H. Mohammad Hatta, K.H. Abdul Wahid Hasjim, K.H. Mas Mansur, K.H. Fathurrahman Kafrawi, dan Farid Ma’ruf. Pada 1946, STI dipindahkan ke Yogyakarta mengikuti kepindahan ibu kota negara dari Jakarta ke Yogyakarta. Sejalan dengan perkembangan STI yang semakin besar, pada 22 Maret 1948, nama STI diubah menjadi Universitas Islam Indonesia (UII) dengan penambahan fakultas-fakultas baru. Sampai dengan 1948, UII memiliki empat fakultas, yaitu:Kebutuhan akan tenaga fungsional di Departemen Agama Republik Indonesia menjadi latar belakang penting berdirinya perguruan tinggi agama Islam. Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, Fakultas Agama UII dipisahkan dan ditransformasikan menjadi Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN). Perubahan ini didasarkan kepada Peraturan Pemerintah (PP) No. 34 Tahun 1950. Dalam konsideran disebutkan bahwa PTAIN bertujuan memberikan pengajaran studi Islam tingkat tinggi dan menjadi pusat pengembangan serta pendalaman ilmu pengetahuan agama Islam. Berdasarkan PP tersebut, hari jadi PTAIN ditetapkan pada 26 September 1950. PTAIN dipimpin Prof. K.H.R. Muhammad Adnan dengan data jumlah mahasiswa per 1951 sebanyak 67 orang. Pada periode tersebut PTAIN memiliki tiga jurusan, yaitu: