Pemberontakan Heiji
Nobuyori melihat kesempatan emas untuk memberontak setelah pemimpin kekuatan militer faksi Shinzei, Taira no Kiyomori pergi berziarah ke Kumano. Setelah mendapat restu dari faksi Kaisar Nijō, pasukan klan Minamoto yang dipimpin Nobuyori dan Yoshitomo menyerang Istana Sanjō dan menculik Kaisar Nijō. Setelah itu, Nobuyori dan Yoshitomo menyerang istana mantan kaisar, dan menahan Go-Shirakawa. Shinzei melarikan diri dan bersembunyi di gunung, namun akhirnya ditemukan oleh Minamoto no Mitsuyasu dan dibunuh.
Kejatuhan Plered
Pemberontakan Trunajaya mulai pada tahun 1674 dalam bentuk serangan oleh pasukan pemberontak terhadap kota-kota di Kesultanan Mataram. Pada tahun 1676, tentara pemberontak berkekuatan 9.000 orang menyerbu Jawa dari basis mereka di Madura. Mereka mengalahkan tentara kerajaan yang jumlahnya jauh lebih besar dalam Pertempuran Gegodog di timur laut Jawa (Oktober 1676), merebut sebagian besar pantai utara Jawa dan kampanye militernya berhasil di pedalaman Jawa Tengah dan Timur. Pada tahun yang sama, para pemberontak tiba di Taji, pintu masuk timur menuju ibu kota kabupaten, dan bergabung dengan pengikut Raden Kajoran, ayah mertua Trunajaya yang berpengaruh. Pasukan gabungan Kajoran dan Trunajaya dikalahkan oleh pasukan kerajaan yang dipimpin oleh para pangeran Mataram, namun Kajoran melarikan diri dan bergabung dengan Trunajaya. Meskipun kalah, Kajoran terus menimbulkan masalah bagi Mataram di kabupaten-kabupaten sebelah timur ibu kota. Pada awal tahun 1677, Perusahaan Hindia Timur Belanda (VOC) di Batavia memutuskan untuk bersekutu dengan Mataram. Sebuah armada yang dipimpin oleh Cornelis Speelman berlayar menuju ibu kota Trunajaya di Surabaya bulan April, pesisir timur laut Jawa, dan merebut kota setelah pertarungan sengit bulan Mei. Setelah kekalahan itu, Trunajaya mundur ke pedalaman, membangun ibu kota baru di Kediri.