Gereja Katolik Kaldea
Hubungan Gereja Katolik dengan Gereja Timur Asiria membaik pada beberapa tahun terakhir. Pada 1994 Paus Yohanes Paulus II dan Patriark Mar Dinkha IV dari Gereja Timur Asiria menandatangani "Deklarasi Kristologi Bersama". Pada 20 Juli 2001, Tahta Suci mengeluarkan sebuah dokumen, dengan persetujuan Gereja Timur Asiria, berjudul "Petunjuk Pelaksanaan Ekaristi antara Gereja Khaldea dan Gereja Timur Asiria", yang juga meneguhkan validitas Doa Syukur Agung Addai dan Mari.
Nestorianisme
Gereja Timur Asiria menolak untuk menarik dukungan bagi Nestorius dan menolak untuk menyebutnya seorang bidaah, sehingga Gereja ini selanjutnya disebut "Gereja Nestorian" oleh Gereja Barat, untuk membedakannya dari Gereja-Gereja Timur kuno lainnya. Meskipun demikian, Gereja Timur Asiria sesungguhnya tidak menganggap doktrin Gerejanya adalah Nestorian, akan tetapi mengajarkan pandangan dari Babai Agung, bahwa Kristus memiliki dua "qnome" (esensi) yang tidak membaur dan manunggal abadi dalam satu "parsopa" (personalitas). Menurut beberapa interpretasi, asal mula keyakinan ini sebagian besar bersifat historis dan linguistik: sebagai contoh, Bahasa Yunani memiliki dua kata untuk 'pribadi', yang tidak diterjemahkan dengan tepat ke dalam Bahasa Syria, dan makna dari istilah-istilah tersebut bahkan tidak ditetapkan pada masa hidup Nestorius.