Sejarah pemikiran evolusi
Pada dekade-dekade pertengahan dari abad ke-20, biologi molekuler timbul, dan bidang tersebut mempelajari alam kimia gen sebagai sekuensi-sekuensi DNA dan hubungan mereka dengan sekuensi-sekuensi protein melalui kode genetik. Pada saat yang bersamaan, teknik kuat meningkat untuk menganalisis protein, seperti elektroforesis dan pensekuensian protein, membawa fenomena biokimia ke dalam ranah teori evolusi sintetis. Pada awal 1960an, pakar biokimia Linus Pauling dan Emile Zuckerkandl mengusulkan hipotesis jam molekuler: perbedaan sekuensi antara protein homologus dapat dipakai untuk menghitung waktu sejak dua spesies terragamkan. Pada 1969, Motoo Kimura dan lainnya menyediakan basis teoretikal untuk jam molekuler, berpendapat bahwa—di tingkat molekuler terrendah—kebanyakan mutasi genetik tidaklah berbahaya maupun membantu dan bahwa mutasi dan pergerakan genetik (alih-alih seleksi alam) menyebabkan sebagian besar perubahan genetik: teori netral evolusi molekuler. Kajian-kajian protein terbedakan "dalam" spesies juga membuat duta molekuler menyematkan genetik populasi dengan menyediakan perkiraan tingkat heterozigositas dalam populasi alami.
Teori evolusi molekuler netral
Teori evolusi molekuler netral diperkenalkan oleh Motoo Kimura pada akhir tahun 1960-an dan awal tahun 1970-an. Teori ini menyatakan bahwa kebanyakan mayoritas perubahan evolusioner pada tingkat molekuler disebabkan oleh hanyutan genetik mutan-mutan yang netral. Walaupun teori ini dianggap oleh beberapa orang sebagai argumen yang membantah teori evolusi Charles Darwin melalui seleksi alam, Kimura menegaskan bahwa kebanyakan ahli biologi evolusioner setuju bahwa kedua teori ini sesuai dengan satu sama lainnya. Menurutnya "teori ini tidak menyangkal peranan seleksi alam dalam menentukan jalur evolusi adaptif" (Kimura, 1986). Walaupun demikian, teori ini memberikan peran yang lebih besar kepada hanyutan genetik.