Musa Asy'arie
Terkait dengan persoalan metodologi filsafat, menurut Musa metode filsafat Islam tidak lain adalah rasional transendental. Pengertian ini diambil dari ayat Alquran “"perintah membaca atas nama Tuhan yang menciptakan"”. Dalam rasional transendental, maka dimensi rasionalnya dicapai melalui pikir, atau ijtihad yaitu kesungguhan berpikir yang radikal, dan dimensi transendentalnya dicapai melalui zikir, atau "ittihad" yaitu penyatuan dalam kegaiban, rujukannya pada Alquran sebagai doktrin yang menuliskan dimensi transenden dan hikmah profetik dari proses berpikir mendalam, sebagai suatu sunnah Rasulullah dalam berpikir, yang telah dijalaninya secara konsisten, yang menjadi metode filsafatnya(FIS: ix).
Musa Asy'arie
Musa lebih lanjut menjelaskan bahwa berfilsafat adalah berpikir radikal, "radix" artinya akar, sehingga berpikir radikal artinya sampai ke akar suatu masalah, mendalam sampai ke akar-akarnya, bahkan melewati batas-batas fisik yang ada, memasuki medan pengembaraan di luar sesuatu yang fisik, dan seringkali disebut sebagai "metafisis". Pengembaraan filsafat melewati batas-batas penginderaan manusia, sebagai contoh, bisa saja inderanya menangkap gunung, tetapi gunung dalam pikiran filsafat, tidak hanya seonggok batu dan tanah, yang diliputi pepohonan, tetapi lebih dalam dari itu, apakah sesungguhnya hakikat gunung itu, dan keberadaannya menggambarkan makna apa bagi kehidupan manusia.