Sindrom prahaid
Penyebab munculnya sindrom ini memang belum jelas. Beberapa teori menyebutkan antara lain karena faktor hormonal yakni ketidakseimbangan antara hormon estrogen dan progesteron. Teori lain bilang, karena hormon estrogen yang berlebihan. Para peneliti melaporkan, salah satu kemungkinan yang kini sedang diselidiki adalah adanya perbedaan genetik pada sensitivitas reseptor dan sistem pembawa pesan yang menyampaikan pengeluaran hormon seks dalam sel. Kemungkinan lain, itu berhubungan dengan gangguan perasaan, faktor kejiwaan, masalah sosial, atau fungsi serotonin yang dialami penderita.
Mikropenis
Mikropenis dapat diakibatkan oleh zat kimia yang disebut "endocrine disrupter chemicals" (EDC) yang dapat mengganggu atau mengubah fungsi endokrin sehingga terjadi penghambatan kerja androgen, terutama menggangu substansi yang bertanggung jawab dalam pembentukan organ seksual dan perkembangan karakteristik sekunder laki-laki. Salah satu contoh EDC adalah zat yang terdapat dalam pestisida kimia seperti diklorodifenil-trikloroetan (DDT). Zat pengganggu tersebut dapat bereaksi dengan estrogen atau reseptor androgen serta sebagai senyawa antagonis yang melawan hormon endogen. Dalam dunia kedokteran mikropenis tidak dapat disamakan dengan penis tersembunyi ("concealed penis") yang diakibatkan malposisi penis (salah letak) meskipun keduanya menunjukkan abnormalitas ukuran penis. Dalam kasus seperti ini "concealed penis", penis tetap memiliki badan uretral, korporal, dan kelenjar yang normal namun letaknya terhalang oleh lemak suprapubis.