Dream Theater
"When Dream and Day Unite" dirilis pada tahun 1989. Mechanic akhirnya melanggar sebagian besar kontrak yang telah mereka buat untuk Dream Theater, sehingga band ini dibatasi untuk bermain di sekitar New York. Tur promosi untuk album hanya terdiri dari lima konser, yang semuanya relatif lokal. Pertunjukan pertama mereka di Sundance Bay Shore, New York sebagai band pembuka classic rock power, Zebra.
Twelve-step Suite
Dia mengatakan bahwa itu akan "mematahkan hatinya" jika Dream Theater memainkan seri ini tanpa dia. Pada bulan Mei 2014, dalam sebuah wawancara untuk "Trunk Nation" Eddie Trunk, Portnoy berkomentar tentang hasil band heavy metal Amerika (perpecahan Queensryche 2012) yang mengakibatkan mantan vokalis band, Geoff Tate mempertahankan hak atas album "Operation: Mindcrime" dan "Operation: Mindcrime II" dan mengatakan bahwa ia ingin melakukan hal yang sama dengan Suite-nya ketika meninggalkan Dream Theater.