Peptida antimikrobial
Terdapat faktor lain yang memengaruhi selektivitas peptida antimikrobial. Telah diketahui secara umum bahwa kolesterol tersebar secara luas pada membran sel mamalia sebagai bahan penstabil membran, namun tidak terdapat pada membran sel bakteria. Keberadaan kolesterol ini mengurangi aktivitas peptida antimikrobial, sehingga keberadaan peptida antimikrobial melindungi sel mamalia dari serangan peptida antimikrobial.
Sistem imun bawaan
Epitelia bagian dalam juga dikenal sebagai epitelia mukosa dengan mensekresikan lendir atau mukus yang kaya akan berbagai glikoprotein yang disebut musin. Mikroorganisme yang terbalut mukus dapat tertahan sebelum menempel pada epitelium, bahkan terhanyut di dalam aliran mukus yang dipompa oleh denyut silia epitelial. Salah satu contoh pertahanan oleh mukus terjadi di dalam saluran pencernaan dengan denyut peristaltik yang berfungsi tidak hanya mendorong makanan, tetapi juga patogen. Penyakit yang disebabkan karena disfungsi denyut ini biasanya juga disertai oleh perkembangan koloni bakteri pada dinding usus.