Molekul
Definisi molekul telah berkembang seiring peningkatan pengetahuan tentang struktur molekul. Definisi sebelumnya kurang tepat, mendefinisikan molekul sebagai "partikel terkecil dari zat kimia murni yang masih mempertahankan komposisi dan sifat kimianya". Definisi ini sering terpatahkan karena banyak zat dalam pengalaman biasa, seperti batuan, garam, dan logam, terdiri dari jaringan kristal besar dari atom atau ion yang berikatan secara kimia, namun tidak terbuat dari molekul diskrit.
Basis data kimia
Tidak ada definisi tunggal dari kesamaan molekuler, namun konsepnya dapat didefinisikan sesuai dengan aplikasi dan sering digambarkan sebagai invers dari ukuran jarak dalam ruang deskriptor. Dua molekul mungkin dianggap lebih mirip misalnya jika perbedaannya berat molekul lebih rendah daripada bila dibandingkan dengan yang lain. Berbagai ukuran lain dapat dikombinasikan untuk menghasilkan ukuran jarak beragam. Tindakan jarak sering dikelompokkan ke dalam ukuran Euclidean dan non-Euclidean tergantung pada apakah ketidaksamaan segitiga berlaku. "Maximum Common Subgraph" (MCS) berdasarkan pencarian substruktur(kesamaan atau ukuran jarak) juga sangat umum. MCS juga digunakan untuk penyaringan obat seperti senyawa dengan cara "memukul" molekul, yang memiliki subgraf umum (substruktur).