Kereta Api Indonesia
Pada tanggal 28 September 2011, bertepatan dengan peringatan ulang tahunnya yang ke-66, PT KAI meluncurkan logo baru. Dan pada 29 Oktober 2014 PT KAI dipimpin oleh Edi Sukmoro yang sebelumnya menjabat sebagai Direktur Pengelolaan Aset Nonproduksi Railways, menggantikan direktur utama sebelumnya, Ignasius Jonan.
Kereta komuter
Di wilayah Jakarta-Bogor-Depok-Tangerang-Bekasi, layanan KA komuter doperasikan oleh anak perusahaan PT Kereta Api Indonesia, yaitu PT Kereta Commuter Indonesia (PT KCI). Pada awal operasionalnya, PT KCI menggunakan KRL dengan kelas ekonomi, ekonomi AC dan ekspres AC. Namun sejak Juli 2011, rangkaian KRL ekonomi dan ekspres dihapuskan dan diganti seluruhnya dengan rangkaian ekonomi AC. Trayek yang dilayani kereta komuter di Jabodetabek adalah:
Seluruh stasiun yang ada di Jakarta digunakan sebagai stasiun pemberhetian kereta komuter Jabodetabek, termasuk Stasiun Tanjung Priok yang peremajaan dan penggunaannya kembali telah diresmikan oleh Presiden Susilo Bambang Yudhoyono pada tanggal 28 Maret 2009.