Molekul
Sebuah molekul adalah gugusan yang secara elektris netral yang tersusun dari dua atau lebih atom yang saling berikatan melalui ikatan kimia. Molekul dibedakan dari ion berdasarkan ketiadaan muatan listrik. Namun, dalam fisika kuantum, kimia organik, dan biokimia, istilah "molekul" sering digunakan dengan agak longgar, juga digunakan untuk ion poliatomik.
Koordinat reaksi
Dalam kimia, koordinat reaksi adalah koordinat abstrak satu dimensi yang mewakili perkembangan sepanjang jalur reaksi. Koordinat ini biasanya merupakan suatu parameter geometrik yang berubah selama perubahan satu atau lebih entitas molekular. Dalam simulasi dinamika molekul, koordinat reaksi disebut variabel kolektif.