سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
لینوکس
لینوکس اساس مجموعه نرم‌افزار سرور موسوم به ل.آ.م. پ ((ل) لینوکس، (آ) آپاچی، (م) مای‌اس‌کیوال/ماریا دی بی، (پ) پرل/(پ) پی‌اچ‌پی/(پ) پایتون) را تشکیل می‌دهد که میان گسترش‌دهندگان وب محبوبیت گسترده‌ای کسب کرده‌ است. به دلیل پایداری و انعطاف لینوکس، این سیستم‌عامل حضور پررنگی به عنوان سیستم‌عاملی برای کامپیوترهای کارساز دارد. بر اساس آمار در سال ۲۰۰۸، از میان ۱۰ تا از معتبرترین شرکت هاستینگ دنیا، ۵ شرکت سیستم‌عامل لینوکس را در کارسازهای وب خود بکار می‌گیرند. توزیع‌های لینوکس به‌طور گسترده‌ای به عنوان سیستم عامل در ابر رایانه‌ها استفاده می‌شود: از نوامبر سال ۲۰۱۰، از ۵۰۰ سیستم برتر، تمام آن‌ها تحت اجرای توزیع‌های لینوکس هستند. لینوکس همچنین به عنوان سیستم عامل برای سامیت، قوی‌ترین ابر رایانه جهان، به کار می‌رود.