آیین مانوی
مانی که در دوران فرمانروایی شاپور یکم ظهور کرده بود در پیشگاه وی حاضر شد و با ارائهٔ کتاب دینی خود به زبان پارسی بنام شاپورگان از وی اجازهٔ تبلیغ گرفت. خود مانی در کفالایا بیان می‌کند زمانی که در هندوستان بود خبر درگذشت اردشیر بابکان را شنیده و به سرعت بسوی ایران آمده تا دین خود را بر شاپوریکم عرضه دارد. در دورهٔ یکساله پادشاهی هرمز یکم که جانشین شاپور ساسانی بود نیز مخالفتی با وی نشد ولی در دورهٔ بهرام یکم به دلیل مخالفت شدید روحانیون زردشتی، تحت تعقیب قرار گرفته کشته شد و پیروانش نیز اسیر پیگرد و ایذاء گشتند.
ثنویت
"دین مانوی" آیینی عرفانی و ترکیبی از ادیان مسیحی، زرتشتی، بودایی و گنوسی بود که مانی پسر فاتک همدانی آن را در سدهٔ سوم میلادی در ایران‌شهر بنیان‌گذارد. در این دین از مسیحیت ایده مسیح منجی وارد شده‌است و از دین زرتشتی یا زروانی اعتقاد دوگانه به نیکی و بدی. تأثیرپذیری دین مانی از آیین بودایی نیز به صورت ورود اصل تناسخ به این دین، مشهود و آشکار است. دین مانی برپایه ثنویت استوار است و همین مورد آن را مانند دین مندایی در رسته ادیان ایرانی قرار می‌دهد. در مانویت جنگ میان دو دنیای تاریکی و نور منجر به نابودی ماده و رهایی روح می‌شود. دنیای مادی در دین مانوی، نماد تاریکی و پلیدی است و انسان که موجودی دوگانه‌است (روح از دنیای روشنایی و جسم از دنیای تاریکی) می‌تواند به نیروهای روشنایی برای پیروزی نهایی کمک کند. این آیین در مدت کوتاهی بر پهنهٔ وسیعی از جهان آن روزگار مانند خاورمیانه، اروپا، شمال آفریقا، هند، چین و آسیای میانه سایه گستراند؛ و تا سدهٔ دهم میلادی کماکان قدرت عالمگیری خود را حفظ نموده بود. پس از آن اندک اندک از همه‌گیری‌اش کاسته شد. عناد موبدان زرتشتی با شخص مانی و آموزه‌هایش و تکفیر پیروان این آیین عرفانی از سوی مسلمانان موجبات انحطاط مانوی‌گری را در جهان فراهم ساخت. کلیسای کاتولیک نیز گرایش مانویت را الحاد اعلام کرده بود. با این‌حال مانویان همبستگی خود را تا مدت‌ها حفظ نموده و به دین خود معتقد ماندند.