انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
قفل‌کردن هسته لینوکس
مکانیزم قفل‌کردن هسته از همین رو ایجاد شده است تا در صورت فعال‌سازی در سیستم‌هایی که امنیت آن‌ها اهمیت بالایی دارد، بخشی از دسترسی‌های کاربر ریشه را هم غیرفعال کرده و اجازه تغییرات غیرمجاز در کدهای هسته را ندهد. بدین ترتیب مرز بین فضای کاربر و فضای هسته مستحکم‌تر شده و در سیستم‌هایی که این مکانیزم در آن‌ها فعال باشد، نمی‌توان برخی از تغییرات را حتی به کمک کاربر ریشه انجام داد.