سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
اکبر گنجی
در ماه آذر سال ۱۳۷۹، گنجی پس از زندانی شدن و هنگام حضور در دادگاه، علناً علی فلاحیان، وزیر اطلاعات سابق در دوران هاشمی رفسنجانی را "شاه‌کلید" قتل‌های زنجیره‌ای نامید و از روحانیون دیگری نیز نام برد، از جمله محمدتقی مصباح یزدی که او را محرک و صادرکنندهٔ فتوای قتل‌ها یا به اصطلاح، «مراد عالیجنابان خاکستری» خواند. این اظهارات منجر به حملهٔ بنیادگرایان به وی و انکار نوشته‌های او توسط ایشان شد. و منجر شد کتاب‌های «تاریک‌خانهٔ اشباح» و «عالی‌جناب سرخ‌پوش و عالی‌جنابان خاکستری» پرفروش شوند.