دانشگاه‌های تهران
آموزش عالی مدرن ایران با تأسیس دارالفنون (۱۲۳۰ خ) توسّط امیرکبیر در تهران آغاز شد. پس از آن در سال ۱۳۱۳ خ. در دورهٔ رضاشاه اولین مرکز آکادمیک و مدرن آن زمان در سال ۱۳۰۰ یعنی دانشکده افسری تأسیس گردید و پس از آن به همّت افرادی چون محمود حسابی و علی‌اصغر حکمت، دانشگاه تهران ایجاد شد. هم‌اکنون در بین دانشگاه‌های سطح یک وزارت علوم دانشگاه‌های تهران، صنعتی شریف، دانشگاه علامه طباطبایی، علم و صنعت ایران، صنعتی امیرکبیر، دانشگاه صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی، دانشگاه تربیت مدرس، دانشگاه هنر تهران و دانشگاه شهید بهشتی در شهر تهران قرار دارند. دانشگاه‌های علوم پزشکی دولتی موجود در تهران عبارتند از: دانشگاه‌های علوم پزشکی ایران، تهران، شهید بهشتی و بقیةالله. دانشگاه آزاد اسلامی نیز در مرداد ۱۳۶۱ خ. با ایجاد واحد تهران مرکزی شروع به کار کرد. سپس به‌تدریج واحدهای تهران جنوب، تهران شمال، تهران شرق، تهران غرب و علوم و تحقیقات تهران تأسیس شدند. پس از دانشگاه آزاد، دانشگاه پیام نور در مهر ۱۳۶۷ خ. با هدف آموزش عالی از راه دور تأسیس شد؛ و بالاخره در سال ۱۳۷۲ نیز دانشگاه جامع علمی کاربردی، با هدف یکسان کردن مدارک و نحوه آموزش مورد تأیید مراکز آموزش دولتی وابسته به سازمانها که به آموزش عالی می‌پرداختند تشکیل گردید.
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
پس از تأسیس دانشگاه تهران، در سال ۱۳۲۶ دانشگاه تبریز و سپس در سال ۱۳۲۸ دانشگاه شیراز به وجود آمدند و در سال‌های بعد دانشگاه مشهد (۱۳۳۵)، اصفهان (۱۳۳۷)، اهواز (۱۳۳۷)، دانشکده صنعتی پلی‌تکنیک تهران (۱۳۳۸)، دانشگاه ملی ایران (۱۳۳۹) و هنرسرای عالی (۱۳۴۲) به وجود آمد و تعداد مؤسسات آموزش عالی رو به کثرت گذاشت. از سال‌های ۱۳۴۰ به بعد به تدریج شمار بسیاری مؤسسات آموزش عالی به شکل وابسته به مؤسسات دولتی و وزارتخانه‌ها و یا وابسته به بخش خصوصی (البته از طریق افراد ذی‌نفوذ و وابسته به دستگاه حاکم) اغلب تحت عناوینی مانند آموزشگاه عالی، مؤسسه عالی و مدرسه عالی (عنوان دانشکده و دانشگاه کمتر داده می‌شد) در کشور تأسیس شدند.