کشاورزی
خاک ورزی به معنای شکست خاک با ابزارهایی مانند گاوآهن یا کلوخ‌شکن جهت آماده‌سازی آن برای کاشت، ترکیب مواد مغذی یا کنترل آفات است. شدت خاک ورزی می‌تواند از حدود متعارف تا بدون خاک ورزی (حفاری مستقیم) متغیر باشد. خاکورزی می‌تواند با گرم کردن خاک، ترکیب کود و کنترل علف‌های هرز، بهره‌وری را افزایش دهد، اما خاک را مستعد فرسایش می‌کند، باعث تجزیه مواد آلی آزاد کننده CO می‌شود و فراوانی و تنوع ارگانیسم‌های خاکی را کاهش می‌دهد. کنترل آفات شامل مدیریت علف‌های هرز، حشرات، کنه‌ها و بیماری‌ها است. برای اینکار از روش‌های شیمیایی (سموم دفع آفات)، بیولوژیکی (کنترل بیولوژیک)، مکانیکی (خاکورزی) و فرهنگی استفاده می‌شود. روش‌های فرهنگی عبارتند از: تناوب زراعی، کاشت گیاهان پوشش دهنده، کشت مخلوط، کمپوست سازی، اجتناب و مقاومت می‌باشد. مدیریت تلفیقی آفات سعی دارد تا از همه این روش‌ها برای پایین نگه داشتن جمعیت آفات کمک بگیرد به گونه ای که ضرر اقتصادی قابل قبول بوده، و آفت کشها را به عنوان آخرین چاره توصیه می‌کند.
همزیستی قارچ‌ریشه
یک راه‌حل برای حل مشکل بی‌نظمی خاک، کاهش در شدت بیل‌زنی است. با این حال، در کشاورزی مدرن، سنتی و مبتنی بر مواد شیمیایی، سیستم‌های بدون بیل‌زنی اغلب نیازمند مقادیر افزایش‌یافته زیست‌کش‌ها برای کنترل علف هرز و آفت هستند. این زیست‌کش‌ها ممکن است ارگانیسم‌های نامطلوب را کنترل کنند، اما در این فرایند می‌توانند بر ارگانیسم‌های مطلوب نیز تأثیر بگذارند. قارچ‌های مایکوریزایی از جمله این اهداف ناخواسته هستند. از آنجا که آنها به‌طور همزمان بخش جدایی‌ناپذیر گیاه میزبان خود و جامعه میکروبی خاک هستند، ممکن است مستقیماً تحت تأثیر زیست‌کش‌ها قرار بگیرند یا از طریق تأثیر بر گیاه میزبان یا ارگانیسم‌های خاک میزبان، آسیب ببینند. این تعاملات پیچیده، برای پایداری مهم هستند، زیرا وقفه‌های ایجاد شده در رشد ریسه‌ای VAM به دلیل کاربرد زیست‌کش، جلوگیری از نفوذ به ریشه و تغییر در ترکیب گونه‌های موجود در خاک می‌تواند برای باروری خاک و تولید گیاه مهم باشد. استفاده از برخی مواد شیمیایی در کشاورزی مبتنی بر زیست‌شناسی قابل توجه است، زیرا تأثیرات بسیار سمی ناخواسته بر ارگانیسم‌های مطلوب مانند قارچ‌های VAM دارد، در حالی که برخی دیگر از این مواد، قدرت نفوذ و هاگ‌سازی VAM را تقویت می‌کنند. قارچ‌کش‌ها نیز ممکن است تشکیل مایکوریزا را با تغییر رقابت میکروبی در خاک یا کنترل پاتوژن‌های گیاهی، بهبود بخشند. قارچ‌های VAM ممکن است مقاومت گیاه میزبان را در برابر فشار آفت‌کش‌ها افزایش دهند. کاربرد زیست‌کش‌ها با استفاده از دانشی که از تأثیرات آنها بر قارچ‌های VAM و نیز بر پاتوژن‌ها و آفت‌ها داریم، می‌تواند از نظر افزایش توان قارچ‌های VAM به عنوان عوامل کنترل بیولوژیکی و نیز از نظر اهمیت آنها در سلامت عمومی و رشد سیستم گیاه-خاک از لحاظ عملی مهم باشد.