توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
ترتیب توالی نانوپوره
مطالعه اخیر به توانایی αHL در تشخیص نوکلئوتیدها در دو محل جداگانه در نیمه پایینی منافذ اشاره کرده‌است. سایت‌های R1 و R2 باعث می‌شوند که هر پایه از حرکت در داخل منافذ دو بار کنترل شود و ۱۶ مقدار جریان یونی قابل اندازه‌گیری مختلف را به جای ۴ ایجاد می‌کند. این روش با دو برابر کردن سایتهایی که توالی در هر نانوپنج خوانده می‌شود، از طریق خواندن تک نانو ساخته‌ها بهبود می‌دهد.