آزادی مدنی
برخی از آزادی‌های مدنی محل مناقشه هستند. این آزادی‌ها عبارتند از: حق مالکیت، حقوق باروری و ازدواج مدنی. یکی دیگر از موضوع‌های بحث‌برانگیز تعلیق یا تغییر برخی از آزادی‌های مدنی در زمان جنگ یا وضعیت اضطراری است. مفهوم رسمی آزادی‌های مدنی غالباً به منشور کبیر، منشور حقوقی انگلیسی که در سال ۱۲۱۵ توافق شد، بر می‌گردد که به نوبه خود مبتنی بر اسناد از پیش موجود، یعنی منشور آزادی‌ها بود.
جنبش مشروطه ایران
تساوی حقوق همه مردم، یا همان برابری، یکی از اصول متمم قانون اساسی بود که نوری آن را خلاف شرع می‌دانست و از آنجاکه یکی از نمایندگان به او گفته بود اهمیت این اصل آنقدر زیاد است که بدون آن، دولت‌های غربی ایران را دولت مشروطه نخواهند شناخت، اعلام کرده بود که «مملکت اسلامیه مشروطه نخواهد شد.» او علت آن را چنین توضیح داد که محال است مسلمان با زرتشتی، مسیحی و یهودی برابر باشد. اصل هجدهم متمم قانون اساسی که آزادی مطبوعات «غیر از کتب ضلال و مواد مضره به دین مبین» بود، مورد مخالفت شیخ فضل‌الله قرار داشت؛ چراکه معتقد بود از این طریق باب افترا باز می‌شود. البته او می‌دانست که قانون، افترا و کذب را ممنوع خواهد کرد و برای آن مجازات در نظر خواهد گرفت، منتها او معتقد بود که در شرع مجازات مالی جایز نیست. همچنین اصل دوازدهم متمم قانون اساسی، اجرای هر مجازاتی، جز به موجب قانون را ممنوع می‌کرد و شیخ فضل‌الله معتقد بود اجرای حدود در اسلام ثابت است و نیازی به تصویب قانون ندارد. تفکیک قوا و اختصاص قوه‌ای برای قانون‌گذاری، از نظر او بدعت و ضلالت محض بود. شیخ فضل‌الله از متمم قانون اساسی، بیست مورد اشکال گرفته بود که از نظرش با شرع سازگار نبود.