شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
شاه اسماعیل دوم
شاه اسماعیل دوم به روحانیون اهل سنت همانند میر مخدوم لاله، مولانا میرزا جان شیرازی و میرزا مخدوم شریفی اهمیت زیادی می‌داد و از آنان حمایت می‌کرد و بر عکس نسبت به عالمان شیعه مذهب مثل میر سیدعلی خطیب استرآبادی و میر سید حسن مجتهد که با سیاست جدید مذهبی او مخالف بودند، بی‌توجهی می‌کرد و به ایشان اهمیتی نمی‌داد. یکی از انگیزه‌های شاه اسماعیل دوم در کاستن قدرت علمای شیعه، زیاد شدن نفوذ و قدرت آنان در مقایسه با توان و قدرت مقام شاهی در زمان پدرش شاه تهماسب یکم بود. شاه اسماعیل دوم چون با مقاومت تدریجی علمای شیعه مواجه شد آن‌ها را تبعید یا خانه‌نشین کرد. او کتاب‌های مربوط به مذهب شیعه و احادیث امامان شیعه دوازده امامی را که در منزل برخی از علمای شیعه بود، به ویژه کتب میر سید حسن مجتهد را ضبط و مهر کرد. شاه اسماعیل دوم امر کرده بود روزهای جمعه و در بالای منابر از خلفای ثلاثه به نیکویی سخن گفته شود و از لعنت فرستادن به ایشان خودداری گردد.