مهندسی پزشکی
یکی از مهم‌ترین مباحث مطرح در زمینه پزشکی، بحث استفاده از لیزر در پزشکی (چه در تشخیص و چه در درمان) است. اصولاً لیزر از همان ابتدا با توجه به قابلیت‌های منحصر به فردی که داشت، به عنوان یک انتخاب خوب برای بهینه‌سازی عملکرد بسیاری از سامانه‌ها بکار گرفته شده. استفاده از لیزر برای تشخیص ضایعات چشمی یا نمایش فشار خون در نازک‌ترین مویرگ‌ها یا سوراخ کردن یا ایجاد کانال مصنوعی در قلب، سوزاندن و بریدن برخی ضایعات درونی یا تومورهای گوناگون و… روز به روز در حال افزایش است. بحث شبکه عصبی طبیعی و درمان انواع ضایعات عصبی مانند ضایعات نخاعی با کمک تحریکات الکتریکی و با کمک علم ژنتیک نیز از بحث‌های مهم و تازه رشته مهندسی پزشکی است.
سلاح لیزری
سلاح‌های لیزری غیرکشنده از پرتو لیزر برای تخریب توانایی جنگی سربازان دشمن یا ایجاد دیگر تهدیدهای غیرمرگبار برای نیروهای دشمن استفاده می‌کنند. نخستین کاربرد لیزر برای ایجاد نابینایی به جنگ ۱۹۸۲ فالکلند مربوط می‌شود که در آن خلبانان جنگنده‌های آرژانتینی که سعی در حملات ارتفاع پایین داشتند با پرتوهای لیزر کشتی‌های نیروی دریایی بریتانیا دچار نابینایی موقت شدند. آمریکایی‌ها بعدها این تکنولوژی را برای از بین بردن تجهیزات الکترواپتیکی دشمن توسعه دادند.