سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
جواد عباسی کنگوری
عبدالله ناصری مشاور وقت خاتمی می‌گوید که «ماجرای قتل‌های زنجیره‌ای عواملی داشت که در راسش سعید امامی بود و آقای کاظمی -مدیرکل امنیت داخلی وزارت اطلاعات- و چند نفر دیگر که در پشت پردهٔ پروژهٔ قتل‌های زنجیره‌ای بودند. یکی از چهره‌های عملیات داخلی وزارت اطلاعات به نام «ج. الف»، که درواقع بعبارتی رأس قصه بود، وقتی با پیگیری‌های آقای خاتمی در زمرهٔ اخراج شدگان قرار، توسط یکی از نهادهای بالادستی تحت حفاظت و مصونیت قرار گرفت و بعد که با پیگیری‌های آقای خاتمی پروندهٔ قتل‌های زنجیره‌ای به جریان افتاد و عملاً روند رسیدگی شروع شد، این فرد مدیر اصلی پروژهٔ رسیدگی به پروندهٔ قتل‌ها شد؛ یعنی آقای «ج. الف» که عنصر اصلی و استراتژیک اطلاعاتی بود، رفت و در آن نهاد مورد حمایت قرار گرفت و شد سربازجوی اصلی پروندهٔ قتل‌های زنجیره‌ای. ظن بسیار قوی بر این است که ایشان موجبات خودکشی اجباری و مرگ آقای سعید امامی را طراحی کرد؛ ظاهراً در بازجویی‌های اولیه، سعید امامی برخی مسایل را بیان کرده بود و از ترس اینکه مبادا اطلاعات آقای امامی به بیرون درز کند، او را در زندان با عنوان اینکه داروی نظافت خورده، به قتل رساندند.» او همچنین می‌افزاید که «عملاً مسیر پرونده را با آوردن خانم سعید امامی به پرونده و گرفتن اعترافات اجباری عوض کردند که اول و آخر این پرونده بشود سعید امامی و او هم که از بین رفته و زنده نیست. همسرش هم اعترافات اجباری کرد، آن فیلم‌هایی که در فضای مجازی منتشر شد، تمام آن بازجویی‌ها توسط همین آقای «ج. الف» از همسر سعید امامی صورت گرفت.»