سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
سعید امامی
سعید امامی یا سعید اسلامی (۲۴ دی ۱۳۳۶ – ۲۹ خرداد ۱۳۷۸) مأمور بلندپایهٔ وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران و از معاونین علی فلاحیان از زمان وزارتش بود. او عامل اصلی قتل‌های زنجیره‌ای دانسته می‌شود، هرچند که برخی (از جمله روح‌الله حسینیان) در صحت آن تردید کرده‌اند و قتل‌ها را منتسب به اصلاح‌طلبان می‌کنند.