الفبای فارسی
اساس الفبای فارسی با الفبای عربی یکی است، اما الفبای فارسی دارای چهار حرف است که واج‌های متناظر آن‌ها در عربی استاندارد وجود ندارد، از آنطرف «ة» (تاء مربوط) در الفبای فارسی وجود ندارد. یک خوش‌نویس به نام خواجه ابولمال، سه نویسهٔ پ ژ و چ را به الفبای عربی اضافه کرد و نویسهٔ گ نیز پس از چندی دگرگونی، به شکل کنونی درآمد. برخی از حروف فارسی با حروف متناظر خود در عربی متفاوت هستند؛ مثلاً حرف «ک» در فارسی در حالت پایانی یا به‌طور تنها، با سرکش نوشته می‌شود درحالی‌که این حرف در عربی در این دو حالت بدون سرکش به صورت «ك» نوشته می‌شود. هم‌چنین حرف «ی» در حالت پایانی در فارسی بدون نقطه است، اما در عربی با دونقطه در پایین («ي») نوشته می‌شود.
همزه
این آشفتگی در دستور خطّ فارسی مصوّب فرهنگستان زبان و ادب فارسی به تناقض‌گویی کشیده شده‌است. در هنگام معرفی الفبای فارسی در "جدول ۱. نشانه‌های خطّ فارسی، نشانه‌های اصلی." سی‌وسه نشانه معرفی شده‌است و اولین نشانه را «همزه» معرفی کرده‌است و دومین نشانه را «الف» نامیده‌است و دو مثال در مورد شکل تنهای آن آورده‌است. «اسب» و «خانه‌ای» اما در بحث مربوط به یای نکره و مصدری و نسبی حرف «ا» در «خانه‌ای» را «همزه» یی به عنوان صامت میانجی معرفی کرده‌است. و البته هیچ توضیحی نداده‌است چرا فارسی‌زبان‌ها باید این همزه را به صورت «الف» بنویسند اما «ی» بخوانند.