مسجدالاقصی
مسجدالاقصی (به معنی دورترین مسجد)، اولین قبله و سومین مکان مقدس مسلمانان است. مسجدالاقصی در بخش جنوب شرقی ،بخش قدیمی اورشلیم واقع شده‌است. مسلمانان به مکانی که مصلی مروانی، مسجد جامع القبلی و مسجد قبةالصخرة در آن واقع شده‌اند، مسجدالاقصی یا «حرم‌الشریف» می‌گویند. نام مسجدالاقصی در قرآن نیز ذکر شده اما در وجود ارتباط میان بنای قرآنی با مسجد فعلی تردید وجود دارد و این هم‌نامی ممکن است به دلیل تبلیغات خاندان بنی‌امیه باشد.
معراج
اختلاف‌نظر جدی دیگر، دربارهٔ محل مسجدالحرام و مسجدالاقصی است؛ در این مورد مفسران مسلمان نیز با یکدیگر هم‌نظر نبوده‌اند. مسلمانان معمولاً مسجدالحرام را با مکه یا کعبه یکی دانسته‌اند و چند جای دیگر قرآن نیز این عبارت به همین شیوه به کار رفته، هر چند گاه در احادیث و تفاسیر نیز اختلافاتی دربارهٔ آن دیده شده‌است. اختلاف‌نظرها دربارهٔ محل و معنای مسجدالاقصی حتی بیشتر است. در قدیمی‌ترین متون اسلامی، گروهی از مسلمانان مسجدالاقصی را با شهر اورشلیم و به‌طور خاص با معبد آن یکسان دانسته‌اند. با این حال، در نظر عده‌ای دیگر، مسجدالاقصی محلی در بهشت است. نلدکه و شوالی هر دو نوشته‌اند که منظور سفری میان مکه و اورشلیم است و داستان سفر به آسمان‌ها بعد از مرگ محمد و به احتمال زیاد با در نظر گرفتن سفرهای آسمانی موجود در ادبیات قدیمی‌تر مسیحی ایجاد شده‌است. برترام شریک اعتقاد داشت منظور از مسجدالاقصی مکانی در بهشت است اما در دوره عبدالملک بن مروان، خلیفه اموی، با بیت‌المقدس یکی دانسته شده‌است؛ در آن عهد، مکه تحت حاکمیت عبدالله بن زبیر بود که با امویان دشمنی می‌ورزید و دستگاه خلافت بیت‌المقدس را بالا برد تا مکه را پایین آورد و به همین جهت مسجدالاقصی با اورشلیم یکی معرفی شد. از جمله مخالفان این نظریه، افرادی مثل هورویتس هستند؛ او در اثری به سال ۱۹۱۹ تلاش کرد آن را رد کند. با این حال، هورویتس همچنین می‌گوید «اگر تفاسیر اسلامی نبود، هیچ‌کس به فکرش نمی‌رسید میان مسجدالاقصی و اورشلیم ارتباطی وجود دارد و باید از شریک تشکر کرد که پی برد باید در بهشت دنبال دورترین مسجد (مسجدالاقصی) گشت.» به گفته امیرمعزی، تمایز میان اسراء و معراج در ادبیات اسلامی از زمان یکسان پنداشته‌شدن مسجدالاقصی با بیت‌المقدس به وجود آمده‌است.