بمباران حرم امام رضا توسط قوای روس
بمباران حرم امام رضا توسط قوای روس به سال ۱۳۳۰ قمری/۱۲۹۱ شمسی رخ داد. در این واقعه، روس‌ها به بهانه سرکوب شورش‌ها، مسجد گوهرشاد و حرم و صحن‌های امام رضا را به توپ بستند. در این واقعه حدود ۵۰ تا ۵۵۰ نفر کشته و خسارات بسیاری به حرم وارد شد. منابع از غارت اموال حرم توسط روس‌ها خبر داده‌اند.
حمله عاشورا ۱۳۹۵ بلخ
حمله حوالی ساعت ۳:۳۰ دقیقه بعدازظهر روز ۲۱ میزان/مهر ۱۳۹۵ و هنگام خروج مردم از مسجد پس از مراسم روز عاشورا رخ داد. به گفته برخی شاهدان عینی، ابتدا به سمت عزاداران یک بمب دستی پرتاب شده و پس از آن صدای شلیک گلوله و انفجارهای دیگر نیز شنیده‌اند. برخی مقامات محلی در بلخ گفته‌اند که انفجار توسط یک بمب جاسازی شده که از طریق کنترل از راه دور، منفجر شده‌است. مسئولان درمانی محلی به رادیو آزاد اروپا گفته‌اند که بیشتر مجروحان این حمله را اطفال تشکیل می‌دهد.داعش مسئولیت حمله به این مسجد را بر عهده گرفت.