زیست‌نانوفناوری
میکروارگانیسم‌ها می‌توانند وضعیت اکسیداسیون فلزات را تغییر دهند به همین دلیل به‌تازگی به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای ساخت نانوذرات کاربردی توجه بسیاری را به خود جلب کرده‌است. این فرایندهای میکروبی فرصت‌های تازه‌ای برای کشف کاربردهای جدید از جمله بیوسنتز نانومواد فلزی را فراهم کرده‌اند. برعکس روش‌های فیزیکی و شیمیایی، فرایندهای میکروبی مرتبط با ساخت نانومواد، می‌توانند در فاز آبی و تحت شرایط بی‌خطر محیطی انجام شوند. این روش‌ها به حوزه‌ای جذاب در تحقیقات زیست نانوفناوری سبز و حرکت آن به سمت توسعه پایدار، تبدیل شده‌اند .
تعیین ساختار ژنتیکی
تعیین ساختار ژنتیکی برای طیف گسترده‌ای از موجودات همچون میکروارگانیسم‌ها هم کاربرد دارد. به عنوان مثال، تعیین ساختار ژنتیکی برای ویروس‌ها و باکتری‌ها نیز امکان‌پذیر است. در این زمینه، تعیین ساختار ژنتیکی می‌تواند در کنترل گسترش پاتوژن‌ها، با ردیابی منشأ شیوع آن‌ها کمک کند. این حوزه اغلب به عنوان اپیدمیولوژی مولکولی یا میکروبیولوژی پزشکی قانونی شناخته می‌شود.