حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
مکتب تفکیک
مکتب تفکیک ("مکتب مشهد" و "مکتب معارفی خراسان" نیز خوانده می‌شود) مکتبی در علوم مذهبی شیعی است که پیروانش بر تفکیک آموزه‌های فلسفی از روش‌های دین‌شناسی تأکید دارند. این مکتب منتج از آموزه‌های میرزای اصفهانی در مشهد شکل گرفت. عنوان مکتب تفکیک نخستین بار به قلم محمدرضا حکیمی طی مقاله‌ای با همین نام در شمارهٔ ۱۲، سال نهم کیهان فرهنگی، در اسفند ۱۳۷۱ معرفی شد و شهرت یافت. پس از آن و در سال ۱۳۷۵ وی کتابی با همین نام منتشر کرد و در آن به تفسیر دیدگاه‌های این مکتب و معرفی بنیان‌گذاران آن پرداخت. این مکتب در ابتدای انقلاب ایران در بازداری ترویج رسانه‌ای بعضی برنامه‌های با موضوع عرفان اصطلاحی تأثیر داشت و تا حال نیز مواضع علمی - انتقادی نسبت به شیوه‌های مصطلح فلسفه و عرفان اسلامی دارد.