نقد لینوکس
در حالی که سیستم عامل اندروید مبتنی بر لینوکس در بسیاری از کشورها بازار گوشی‌های هوشمند را در اختیار دارد، و از لینوکس در بورس اوراق بهادار نیویورک و اکثر ابر رایانه‌ها استفاده می‌شود، در چند رایانه رومیزی و لپ تاپ مورد استفاده قرار می‌گیرد. بیشتر انتقادها از لینوکس مربوط به عدم استفاده از رایانه رومیزی و لپ تاپ است، اگرچه از سال ۲۰۱۵ با نگرش پروژه در مورد امنیت ناخوشایند شده و استفاده از systemd آن بحث‌برانگیز بوده‌است.
هسته لینوکس
به دلیل اختلافات موجود بین صدها پیاده‌سازی مختلف سیستم عامل لینوکس، اشیاء اجرایی، حتی اگر آنها برای اجرا در یک معماری سخت‌افزاری خاص کامپایل، مونتاژ و پیوند شده باشند (یعنی آنها از ISA سخت‌افزار هدف استفاده می‌کنند)، اغلب نمی‌توانند در توزیع‌های مختلف لینوکس اجرا شوند. این مسئله عمدتاً به دلیل تنظیمات خاص توزیع و مجموعه ای از تکه‌های اعمال شده بر روی کد هسته لینوکس، تفاوت در کتابخانه‌های سیستم، خدمات (Daemons)، سلسله مراتب سیستم فایلها و متغیرهای محیطی است.