سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
انتقاد از دسکتاپ لینوکس
پیش از این به اتهام وکالت بیش از حد مورد بحث قرار گرفته بود، در سال ۲۰۰۶ دومینیک همفریس اظهار داشت که اهداف جامعه لینوکس سهم بازار یا محبوبیت دسکتاپ نیست، بلکه در لینوکس بهترین سیستم عامل است که می‌تواند برای جامعه ایجاد شود.