زیست‌نانوفناوری
میکروارگانیسم‌ها می‌توانند وضعیت اکسیداسیون فلزات را تغییر دهند به همین دلیل به‌تازگی به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای ساخت نانوذرات کاربردی توجه بسیاری را به خود جلب کرده‌است. این فرایندهای میکروبی فرصت‌های تازه‌ای برای کشف کاربردهای جدید از جمله بیوسنتز نانومواد فلزی را فراهم کرده‌اند. برعکس روش‌های فیزیکی و شیمیایی، فرایندهای میکروبی مرتبط با ساخت نانومواد، می‌توانند در فاز آبی و تحت شرایط بی‌خطر محیطی انجام شوند. این روش‌ها به حوزه‌ای جذاب در تحقیقات زیست نانوفناوری سبز و حرکت آن به سمت توسعه پایدار، تبدیل شده‌اند .
بیوترنسفورماسیون
روش‌های اصلاح زیستی و زیست دگرگونی به‌طور طبیعی با مهار تنوع کاتابولیک میکروبی به تخریب، تبدیل یا تجمع طیف عظیمی از ترکیبات از جمله هیدروکربن (به عنوان مثال نفت)، هیدروکربن‌های پلی آروماتیک (PAHs)، مواد دارویی، مواد پرتوزا و فلزات کمک می‌کند. پیشرفت‌های اخیر در آنالیزهای دقیق ژنومی، پروتئوم، بیوانفورماتیک دربارهٔ میکروارگانیسم‌های سازگار با محیط زیست اطلاعات زیادی در مورد زیست دگرگونی و مسیرهای آن و همچنین توانایی موجودات برای انطباق با تغییر شرایط محیطی به ما می‌دهد.