سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
مسعود ده‌نمکی
او دربارهٔ قتلهای زنجیره‌ای گفته‌است:  او از مظنونین اصلی حمله به کوی دانشگاه است. وی تنها معتقد بود که مسئولان در اولویت‌بندی معاندین اشتباه کرده و دشمنان بی‌خطر را حذف کرده‌اند، که آن هم قابل توجیه است چون اشتباه در سایر سازمان‌ها هم روی می‌دهد: