همدان
بعد از انقراض مادها همدان هر چند مرکزیت نخستین را از دست داد ولی به عنوان یکی از سه پایتخت هخامنشیان مورد توجهٔ خاص بود. وجود کتیبه‌های گنج‌نامه بقایای ستون‌های سنگی کاخ‌های هخامنشی، جام‌ها و الواح زرین و سیمین به دست آمده از همدان، حاکی اهمیت این منطقه در دورهٔ هخامنشی‌است.
توس
از نوشته‌های مورخان یونانی برمی‌آید که در دورهٔ هخامنشیان شهر توس به نام «سوسیا» (Susia) یاد می‌شد و یکی از پایتختهای ایالت پارت در شمال شرقی ایران و منطبق بر استان خراسان امروزی بوده‌است: برخی از محققان بر این باورند که سوسیا همان توس امروزی است.