حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
مکتب تفکیک
دکتر ابراهیمی دینانی در معرفی و نقد مکتب تفکیک در کتاب ماجرای فکری فلسفی می‌گوید: در جهان اسلام آنچه در این جریان فکری به‌طور عام و کلی مطرح می‌شود این است که بین حقایق دینی که از طریق وحی الهی نازل می‌شود با آنچه محصول اندیشه بشری به‌شمار می‌آید، تفاوت و تفکیک قائل شویم و آن‌ها را با یکدیگر مخلوط نسازیم. البته این ادعا به‌طور عام و کلی اختصاص به یک گروه و جماعت مخصوص نداشته و کلیه اندیشمندان اسلامی خود را با آن موافق و هماهنگ نشان می‌دهند.