لینوکس
اگرچه ابتدا لینوکس فقط برای استفاده روی ریزپردازنده‌هایی با معماری ۸۰۳۸۶ اینتل طراحی شده بود، اما امروزه انواع گوناگون معماری‌ها را پشتیبانی می‌کند و در انواع و اقسام وسایل از رایانه شخصی گرفته تا ابررایانه‌ها و تلفن‌های همراه و سرورها به کار می‌رود. این سیستم‌عامل در ابتدا بیشتر توسط افراد مشتاق، به‌طور داوطلبانه گسترش پیدا می‌کرد و به کار گرفته می‌شد. لینوکس توانسته‌ است پشتیبانی شرکت‌های بزرگی چون آی‌بی‌ام و هیولت-پاکارد را به دست آورد و با بسیاری از نسخه‌های تجاری یونیکس رقابت کند. طرفداران لینوکس و بسیاری از تحلیل‌گران این موفقیت را ناشی از استقلال از فروشنده، کم‌هزینه بودن پیاده‌سازی، سرعت بالا، امنیت و قابلیت اطمینان بودن آن می‌دانند.به‌طور کلی می‌توان گفت هر سیستم عاملی دارای هسته یا کرنل و رابط بین نرم ‌افزار و سخت ‌افزار سیستم است، در واقع می‌توان گفت وظیفه انجام کارهای اساسی و پایه برعهده هسته یا کرنل است.
سیستم‌عامل ابررایانه
در اواسط دهه ۱۹۹۰، علی‌رغم سرمایه‌گذاری موجود در سیستم عامل‌های قدیمی، روند استفاده از سیستم‌های مبتنی بر یونیکس بود که استفاده از رابط‌های گرافیکی کاربر تعاملی (GUI) را برای محاسبات علمی در چندین سیستم عامل تسهیل کرد. حرکت به سمت سیستم عامل کالایی مخالفانی داشت که سرعت و تمرکز توسعه لینوکس را به عنوان مانع اصلی در برابر پذیرش دانستند. همان‌طور که یکی از نویسندگان نوشت: «به احتمال زیاد سرعت Linux گرفته خواهد شد، اما اکنون سیستم‌های مقیاس بزرگی داریم». با این وجود، این روند همچنان در حال شتاب گرفتن بود و تا سال ۲۰۰۵، تقریباً همه ابر رایانه‌ها از برخی سیستم عامل‌های یونیکس مانند استفاده می‌کردند. این انواع یونیکس شامل IBM AIX، سیستم منبع باز لینوکس و سایر سازگاری‌ها مانند UNICOS از Cray بود. با پایان قرن بیستم، برآورد می‌شد که لینوکس بالاترین سهم از حوزه ابر رایانه را داشته باشد.