تبارشاخه
تبار شاخه یا کلاد (از ریشه یونانی "کلادوس" به معنای شاخه) کلمه‌ای است که در سال ۱۹۵۷ توسط زیست‌شناس انگلیسی جولیان هاکسلی پیشنهاد گردید. در دانش سامانه‌شناسی زیستی، تبارشاخه تک‌شاخه‌ای از درخت تبارزایی است که یک نیای مشترک و تمامی نوادگان او (شامل گونه‌های از میان رفته و گونه‌های زنده) را در بر می‌گیرد. بر خلاف طبقه‌بندی لینه‌ای که در آن از سطوح آرایه‌شناختی مختلفی همچون فرمانرو، دسته، رده و راسته استفاده می‌شود، طبقه‌بندی بر اساس تبارشاخه توان پیروی از چنین رویکردی را ندارد و نامگذاری آرایه‌شناسی لینه‌ای و کلادیستیک همواره با یکدیگر هماهنگ نیستند.تبارشاخه را با رعایت این پیش شرط اساسی که تمامی گونه‌های منشعب شده از نیای مشترک را دربر گیرد می‌توان در هر سطحی مورد ارزیابی قرار داد. چنین گروهی را گروه فراگیر یا مونوفیلتیک گویند. کلادیست‌ها رده، رسته یا خانواده‌ای را که تنها برخی از گونه‌های منشعب شده از نیای مشترک را شامل می‌شوند گروه نافراگیر یا پارافیلتیک نامیده و نمی‌پذیرند. به عنوان مثال از دیدگاه آن‌ها نامگذاری گروهی بنام خزندگان و جدا کردن آن از پرندگان درست نیست زیرا در این صورت گروه خزندگان یک گروه پارافیلتیک خواهد بود. با توجه به این نکته که پرندگان از دایناسورها منشعب شده‌اند و با خزندگان نیای مشترکی دارند، نمی‌توان خزندگان را تبارشاخه ای جدا در نظر گرفت.بر پایه همین نگرش، کلادیست‌ها نامگذاری گروهی بنام میمون‌ها و جدا ساختنش از کپی‌ها را درست نمی‌دانند. میمون یک تقسیم‌بندی پارافیلتیک است که شامل میمون‌های دنیای قدیم و میمون‌های دنیای جدید می‌شود. این تقسیم‌بندی کپی‌ها را که با میمون‌های دنیای قدیم نیای مشترک دارند، به کناری نهاده‌است که از دیدگاه کلادیست‌ها نا درست است. میمون‌های دنیای قدیم و کپی‌ها خود با میمون‌های دنیای جدید نیای مشترک دارند پس از دیدگاه کلادیست‌ها هنگامی می‌توانیم از واژه میمون به عنوان یک تبارشاخه بهره جوییم که بپذیریم انسان نیز یک میمون است و در غیر این صورت بهتر است این واژه را به یکباره کنار بگذاریم.
برون‌گروه (کلادیستیک)
بنابراین، یک برون گروه مناسب در مطالعه فیلوژنتیک باید از کلاد مورد بررسی به‌طور قطعی خارج باشد. یک برون گروه که خود در درون گروه قرار دارد، وقتی به عنوان ریشهٔ فیلوژنی استفاده شود، به نتیجه‌گیری نادرست در مورد روابط فیلوژنتیک و ارتباطات تکامل منجر می‌شود. با این حال، بدست آمدن سطح مطلوب روابط بین برون گروه با درون گروه به عمق تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی بستگی دارد. انتخاب یک برون گروه نزدیک به درون گروه در هنگام بررسی تفاوت‌ها در صفات جزئی تر کمک کننده است، چون انتخاب یک برون گروه دور می‌تواند به اشتباه درتفکیک کردن تکامل همگرا از یک رابطه تکاملی مستقیم به دلیل جد مشترک بیانجامد. برای فیلوژنتیک کوچکتر - به عنوان مثال، حل روابط تکاملی یک گروه در داخل یک جنس - یک برون گروه مناسب می‌تواند عضوی از گروه خواهری باشد. با این حال، برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک وسیعتر، می‌توان از گونه‌های با ارتباط کمتر هم استفاده کرد. به عنوان مثال، جارویس و همکاران در سال (۲۰۱۴) هنگام حل شاخه‌های اولیه فیلوژنی پرندگان از انسان و تمساح به عنوان برون گروه استفاده کرد. در فیلوژنتیک مولکولی، شرط دوم معمولاً به این صورت بیان می‌شود: توالی‌های DNA یا پروتئین از برون گروه باید بتوانند به صورت موفقیت‌آمیز با توالی‌های گونه‌های درون گروه تراز شوند؛ اگرچه رویکردهای الگوریتمی برای شناسایی برون گروه‌ها با بیشترین بهینگی وجود دارد، اما اغلب با خطا در بازتاب ماهیت کمی و پیوسته برخی از حالات صفات مواجه می‌شوند"برخی صفات گسسته و کیفی نیستند و نمی‌توان آنهارا در روش‌های الگوریتمی ای مثل روش جفت گروه بدون وزن با میانگین حسابی بررسی کرد. حالتهای صفات، ویژگی‌هایی اند که یا اجدادی باشند یا مشتق شده باشند که بر ساختار الگوهای انشعابی در درخت فیلوژنتیک تأثیر می‌گذارند.