هگمتانه
پس از انقراض مادها، هر چند هگمتانه مرکزیت نخستین را نیافت، ولی به جهت قرار گرفتن در مسیر راه شاهی، که پارسه (تخت جمشید) را به سارد متصل می‌کرد، به عنوان پایتخت تابستانی هخامنشیان مورد توجه خاص بود و از این رو آن را آباد کردند.
بابل (دولت‌شهر)
شاهنشاهان هخامنشی در ابتدا تلاش کردند که برنامه‌های مذهبی ایجاد شده برای خدای مردوک را ادامه دهند؛ ولیکن در زمان داریوش سوم مالیات‌های بالا و فشار جنگهای پشت سر هم، باعث از رونق افتادن و خراب شدن زیر ساختهای بابل شد. در این زمان شورشهای زیادی علیه هخامنشیان شد که از جمله در ۵۲۲ قبل از میلاد، ۵۲۱ پیش از میلاد و ۴۸۲ قبل از میلاد بود؛ ولیکن شاهان هخامنشی تمامی این شورشها را سرکوب کردند و این شهر تا زمان حمله اسکندر مقدونی در دست آن‌ها باقی‌ماند.