توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
کانتیگ
یک توالی کانتیگ یک توالی مداوم است که از بازسازی قطعات کوچک دی ان ای توسط توالی یابی پایین به بالا به حاصل می‌شوند. این تعریف از کانتیگ با تعریف اولیه «راجر استادن» (۱۹۷۹) مطابقت دارد.توالی یابی پایین به بالا شامل برش دادن ژنوم دی ان ای به قطعات کوچک‌تر ("خوانده")، توالی یابی این قطعات، بازسازی آن‌ها به کانتیگ و در نهایت به طول کل ژنوم است. از آن جا که فناوری‌های اخیر به ما تنها امکان توالی یابی از روی قطعات کوتاه دی ان ای (به طول ۳۰۰ تا ۱۰۰۰ نوکلئوتاید) را می‌دهند، لازم است که قبل از توالی یابی ژنوم به قطعات کوچک تقسیم شود. در توالی یابی بالا به پایین، دی ان ای تقویت شده به صورت تصادفی به قطعاتی به طول مناسب برای توالی یابی برش داده می‌شود. خوانده‌های دنباله دنباله، که توالی قطعات کوچک را شامل می‌شوند، در یک پایگاه داده درج می‌شوند. سپس در پایگاه داده به دنبال جفت‌های همپوشان می‌گردد. توالی یابی یه صورت جفت جفت باعث تولید شدن کانتیگ‌های طولانی تری از دی ان ای می‌شود. با چندین بار تکرار این مرحله، که در ابتدا شامل قطعات کوتاه‌تر و به مرور زمان شامل قطعات طولانی‌تر است، توالی کامل دی ای ان یک کروموزوم قابل تشخیص می‌شود. امروزه متداول است که از فناوری‌های زوج-انتهایی استفاده شود که دو انتها یک قطعه طولانی‌تر با یک سایز مشخص توالی یابی می‌شوند. در اینجا، کانتیگ به هر قطعه پیوسته از دادهٔ توالی یابی که توسط همپوشانی خوانده‌ها تولید شود، گفته می‌شود. چون طول قطعات دی ان ای را می‌دانیم، فاصله بین دو انتها در یک قطعه نیز مشخص است. در این صورت اطلاعاتی در مورد جهت دهی کانتیگ‌ها داریم که با داشتن آن‌ها می‌توان توالی اسکافلدها را بازسازی کرد. هدف اصلی روش تفنگ ساچمه بیان توالی دی ان ای در تنها یک اسکافلد است، اما این هدف همیشه ممکن نیست زیرا بسته به خوانده‌های به دست آمده، دقت حاصل از توالی یابی می‌تواند متفاوت باشد.