یوکاریوت
مفهوم یوکاریوت را به ادوارد شاتون، زیست‌شناس فرانسوی (۱۸۸۳–۱۹۴۷) نسبت می‌دهند. با قطعیت بیشتر می‌توان گفت که عبارات پروکاریوت و یوکاریوت توسط میکروبیولوژیست کانادایی راجر استنیر و میکروبیولوژیست هلندی-امریکایی سی. بی. فان نیل در ۱۹۶۲ معرفی شده‌اند. شاتون در اثر ۱۹۳۷ خود به نام "Titres et Travaux scientifiques" این دو لغت را پیشنهاد داده بود و باکتری‌ها را پروکاریوت‌ها و جانداران هسته‌دار را یوکاریوت می‌نامید. با این حال، او نکته اخیر را تنها در یک پاراگراف ذکر کرد و این ایده به‌طور مؤثر تا زمانی که جمله شاتون مجدداً توسط استنیر و فان نیل کشف شد، مورد بی‌توجهی قرار گرفت.
تاریخچه اندیشه فرگشتی
میکروبیولوژی از سوی نخستین دانشمندان فرگشت‌شناس مورد کم‌توجهی بسیار قرار گرفت. دلیل چنین چیزی اغلب در دسترس نبودن ویژگی‌های ریخت‌شناختی و نبود ایده وجود گونه‌های مختلف در میکروبیولوژی، به ویژه در میان پروکاریوت‌ها، بوده‌است. امروزه دانشمندان فرگشتی از درک بهبودیافته خود از فیزیولوژی میکروبی و بوم‌شناسی – که نتیجه سادگی نسبی ژنومیک میکروبی بوده‌است – بهره می‌گیرند تا آرایه‌شناسی و فرگشت این یاخته‌ها را بیشتر بررسی کنند. این پژوهش‌ها نشان داده‌اند که بر خلاف انتظارها، تنوع بسیار گسترده‌ای در میان میکروب‌ها وجود دارد. گامی مهم در مطالعه فرگشت میکروبی در سال ۱۹۵۹ در ژاپن با کشف انتقال افقی ژن برداشته شد. این انتقال ساختارهای ژنتیکی میان گونه‌های مختلف باکتری‌ها توجه دانشمندان را به دلیل نقش مهمشان در گستراندن مقاومت آنتی‌بیوتیکی جلب کرد. به تازگی و با گسترش آگاهی از ژنوم، ادعا شده‌است که انتقال افقی ساختارهای ژنتیکی نقشی مهم در فرگشت همهٔ یاخته‌ها داشته‌است. چنین میزان بالایی از انتقال جانبی ژن باعث پدید آمدن این ایده شده‌است که درخت فرگشتی همه یاخته‌های امروزین – که «درخت حیات» نامیده می‌شود – بیشتر همانند تاری درهم تنیده یا تور است تا درختی با شاخه‌های مجزا. در حقیقت، نگره درون‌هم‌زیستی یا سیمبیوژنز برای منشأ اندامک‌ها تکیه بر اهمیت بنیادین انتقال افقی ژن در فرگشت یوکاریوت‌هایی چون قارچ‌ها، گیاهان، و جانوران دارد. درون‌هم‌زیستی مطرح می‌کند که اندامک‌ها درون سلول‌های یوکاریوت‌هایی چون میتوکندری و کلروپلاست‌ها، بازماندگان باکتری‌های مستقلی هستند که در میان دیگر سلول‌ها به حیات سیمبیوتیکی پرداختند. پیشتر در پایان سده ۱۹ام میلادی شباهت‌ها میان میتوکندریا و باکتری‌ها مشاهده شده بودند، اما اهمیت چندانی به آن داده نشد تا اینکه در دهه‌های ۱۹۶۰ و ۱۹۷۰، لین مارگلیس نه تنها این مبحث را دوباره گشود، که توانست با شواهد تازه نشان دهد که اندامک‌ها دارای دی‌ان‌ای از آن خود بودند که به شکل مستقل از دی‌ان‌ای موجود در هسته سلول به ارث برده‌اند.