حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
سید علی سیستانی
ابوالفضل فاتح در یادداشتی برای خویی، معتقد است که قم و نجف هم‌اکنون در تلاقی تجربه‌ها و مکتب فکری و اجتهادی خویی و خمینی قرار گرفته‌اند و فرصت یافته‌اند تا همه‌جانبه تر بیاندیشند و از این تلاقی و مناظره بهره ببرند. و از همین روی شیوهٔ سیستانی را هم متأثر از آن دو مکتب اجتهادی دانسته و مکتب سیستانی را شیوهٔ بینابینی و تلاقی دو مکتب خویی و خمینی معرفی کرده و افزوده‌است: «در دوره پس از صدام علمای نجف اشرف و در راس آن مرجعیت عالی شاید تحت تأثیر تلاقی دو اندیشه متفاوت آیت الله العظمی خویی و حضرت امام خمینی نه شیوه کناره‌گیری از قدرت را برگزیدند و نه شیوه در دست گرفتن قدرت … نهاد مرجعیت در واقع در عوض پیوستن به عرصه اختلافات و شکاف‌های سیاسی خود را به نیروی اجتماعی مستحکمی بدل کرد تا سیاستمداران را از خودکامگی بازدارد. به جای آنکه نهاد دین را به سیاست‌های روزمره آغشته سازد، نهاد سیاست را چنان متأثر ساخت تا منزلت مذهبی و مردمی نهاد دین را به رسمیت بشناسد و به ارزش‌های بنیادین آن احترام بگذارد. این همان شیوهٔ بینابینی و نظارت بر سیاست و قدرت همراه با زعامت امت است».