گاز گلخانه‌ای
بخار آب، دی‌اکسید کربن، متان و اوزون مؤثرترین گازهای گلخانه‌ای هستند. با وجود این که نمی‌توان به‌طور دقیق مشخص کرد که سهم هر کدام از این گازها در اثر گلخانه‌ای زمین چقدر است اما بخار آب بین ۳۶٪ تا ۷۰٪، دی‌اکسید کربن بین ۹٪ تا ۲۶٪، متان بین ۴٪ تا ۹٪ و اوزون حدود ۳٪ تا ۷٪ در فرایند اثر گلخانه‌ای زمین نقش بازی می‌کنند.
ضربه انسان بر محیط زیست
ضربه زیست محیطی بیودیزل شامل استفاده انرژی، انتشار گازهای گلخانه‌ای و برخی از گونه‌های دیگر آلودگی است. در تجزیه و تحلیل طول عمر که مشترکاً توسط وزارت کشاورزی ایالات متحده و وزارت انرژی ایالات متحده مشاهده شد جایگزینی ۱۰۰٪ بیودیزل بجای گازوئیل نفتی در طول عمر اتوبوس‌ها باعث کاهش به میزان ۹۵٪ می‌شود. بیودیزل در مقایسه با گازوئیل نفتی انتشار خالص دی‌اکسید کربن را ۷۸٫۴۵٪ کاهش می‌دهد. در اتوبوس‌های شهری، بیودیزل باعث کاهش انتشار ذرات ۳۲٪، انتشار مونوکسیدکربن کربن ۳۵٪ و انتشار اکسیدهای گوگرد ۸٪ به انتشارات در یک عمر اتوبوس‌ِ گازوئیل نفتی می‌شود. در طول عمر اتوبوس انتشار هیدروکربن‌ها ۳۵٪ بیشتر و انتشار اکسیدهای مختلف نیتروژن (NOx) با بیودیزل ۱۳٫۵٪ بیشتر بود. تجزیه و تحلیل چرخه عمر توسط آزمایشگاه ملی آرگون نشانگر کاهش مصرف انرژی فسیلی و کاهش انتشار گازهای گلخانه‌ای با بیودیزل در مقایسه با به‌کارگیری گازوئیل نفتی است. بیودیزل مشتق شده از روغن‌های مختلف گیاهی (به‌عنوان مثال روغن کلزا یا روغن سویا) در مقایسه با گازوئیل نفتی به راحتی در محیط زیست قابل تجزیه است.