توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
توالی یابی دنوو
گذردهی بالای آر ان ای تغییری اساسی در توالی یابی ژنوم گونه‎هایی ایجاده کرده است که ژنوم مرجع آن‎ها وجود ندارد و یا ناقص است. این تغییر با استفاده از تحلیل ترنسکریپتوم آن‎ها به وجود آمده‎است. هدف این روش این است که تمامی مجموعه‎های رونوشت موجود در داده بدون داشتن ژنوم مرجع بازسازی شوند. نتیجه این توالی یاب‎ها تهیه داده اولیه برای شناسایی تمامی رونوشت های تولید شده و ایزوفرم‎های آن‎ها است.