سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
علی یونسی
استعفای دری نجف آبادی پس از آن صورت گرفت که کمیته تحقیق محمد خاتمی دست داشتن عوامل بلندپایه وزارت اطلاعات (تا حد مشاور وزیر) در قتل‌های زنجیره‌ای را تأیید کرد. گرچه به گفتهٔ روزنامه‌های اصلاح طلب قتل روشنفکران و مخالفان سیاسی از آغازین روزهای دولت هاشمی رفسنجانی و با قتل دکتر سامی (وزیر بهداشت دولت موقت مهدی بازرگان) و سعیدی سیرجانی (نویسنده) شروع شد. وی رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح و رئیس کمیته تحقیق محمد خاتمی پیرامون قتل‌های زنجیره‌ای بود. در شرایطی که ۴ ماه از رخداد قتل‌های زنجیره‌ای گذشته بود و کشور در تب و تاب انتخابات ریاست دور اول شوراها بود، سیدمحمد خاتمی، یونسی را به مجلس پنجم معرفی کرد. وی در مجلس برخی از برنامه‌های خود را به شرح ذیل اعلام کرد: