نقد لینوکس
در حالی که سیستم عامل اندروید مبتنی بر لینوکس در بسیاری از کشورها بازار گوشی‌های هوشمند را در اختیار دارد، و از لینوکس در بورس اوراق بهادار نیویورک و اکثر ابر رایانه‌ها استفاده می‌شود، در چند رایانه رومیزی و لپ تاپ مورد استفاده قرار می‌گیرد. بیشتر انتقادها از لینوکس مربوط به عدم استفاده از رایانه رومیزی و لپ تاپ است، اگرچه از سال ۲۰۱۵ با نگرش پروژه در مورد امنیت ناخوشایند شده و استفاده از systemd آن بحث‌برانگیز بوده‌است.
بدافزار لینوکس
بدافزار لینوکس () شامل ویروس‌ها، تروجان‌ها، کرم‌ها و دیگر گونه‌های بدافزار که بر روی سیستم‌عامل لینوکس تأثیر می‌گذارند هستند. سیستم‌عامل‌های لینوکس، یونیکس و شبه‌یونیکس عموماً به عنوان سیستم‌عامل‌های بسیار امن در نظر گرفته می‌شوند اما در برابر ویروس رایانه‌ای مصون نیستند.