بمباران حرم امام رضا توسط قوای روس
روس‌ها بعدها منکر آسیب رساندن به حرم و سرقت اموال حرم شدند. به گفته حسن‌آبادی، برآورد خسارت‌های ورده به حرم تا سال ۱۳۳۷ به جهت ضعف حکومت مرکزی به تأخیر افتاد. با این وجود بر طبق اسناد وزارت خارجه، این وزارتخانه در سال ۱۳۳۰ کیفیت و میزان خسارت و تلفات این بمباران را مورد بررسی قرار داده‌است. نسیم شمال در ماجرای بمباران حرم امام رضا توسط قوای روس، شعر «با آل علی هر که درافتاد برافتاد» را سرود:
مسجد جامع اصفهان
پس از انقلاب ۱۳۵۷ ایران با وقفه‌ای یک‌ساله مرمت مسجد ادامه پیدا کرد و سازمان میراث فرهنگی هم ایجاد شد. در اسفند ماه سال ۱۳۶۳ ه‍.ش/ ۱۹۸۵ م بود که بمبی از هواپیمای بمب‌افکن عراقی در شبستان جنوب شرقی افتاد و باعث تخریب کامل این محوطه شد. البته تأثیرات این بمب فراتر از تخریب یک قسمت بود. امواج حاصل شده از آن طاق‌ها و چشمه‌ها را لرزاند و ترکِش‌هایش باعث ضربه به کاشی‌ها و گنبد شد. مدتی بعد آوارها جمع‌آوری شد، آجرهای سالم برای بهره‌برداری دوباره جدا شد، نقشه‌ای از محیط برای بازسازی آماده شد، کاشی‌های گنبد خاکی و نظام‌الملک هم تعمیر شد، سنگ‌های مرمر به وسیلهٔ بست‌های فلزی به زمین متصل شد، سنگفرش‌های مسجد کامل جدا شد و پس از زیرسازی دوباره نصب شد. سکوهای آجری مسجد مرمت شده و در نهایت ایوان شمالی که گاهی برای نماز استفاده می‌شد و سنگ‌فرش‌هایش دچار نم‌زدگی شده‌بود، دوباره کف‌سازی شده و هواکشی برای تهویهٔ هوا قرار داده‌شد.