آیین مانوی
مانی که در دوران فرمانروایی شاپور یکم ظهور کرده بود در پیشگاه وی حاضر شد و با ارائهٔ کتاب دینی خود به زبان پارسی بنام شاپورگان از وی اجازهٔ تبلیغ گرفت. خود مانی در کفالایا بیان می‌کند زمانی که در هندوستان بود خبر درگذشت اردشیر بابکان را شنیده و به سرعت بسوی ایران آمده تا دین خود را بر شاپوریکم عرضه دارد. در دورهٔ یکساله پادشاهی هرمز یکم که جانشین شاپور ساسانی بود نیز مخالفتی با وی نشد ولی در دورهٔ بهرام یکم به دلیل مخالفت شدید روحانیون زردشتی، تحت تعقیب قرار گرفته کشته شد و پیروانش نیز اسیر پیگرد و ایذاء گشتند.
سنگ‌نوشته‌های کرتیر
شاهنشاهان ساسانی در آغاز اعلام دین زرتشت به عنوان آئین رسمی خویش، آتشکده‌های زرتشتی را چون تکیه‌گاهی پایدار جهت فرمانروایی خود یافتند ولی برای پیروزی و شکوهمندی واقعی آئین زرتشت در سراسر کشور مبارزه و پیکار ضرورت یافت. این مبارزه با شدت و خشونتی تمام صورت گرفت. انهدام نفوذ دین یهود، مسیحیت، بودایی، برهمائیگری، و مندائیگری و نیز از میان برداشتن ارتداد در آئین زرتشت و پایان دادن به نهضت مانی و مانویان در ایران ضرور می‌نمود. از این رو پس از مرگ شاپور یکم، زمانی که نفوذ کرتیر بر شاهنشاه فزونی گرفت و ریاست مذهبی سراسر کشور را برعهده گرفت، پیگرد مانویان و فشار بر آنان در ایران آغاز شد. کشته شدن مانی در سال ۲۷۶ میلادی در زمان پادشاهی بهرام یکم بود. کرتیر متن‌های مذهبی را در روزگار شاهنشاهی بهرام دوم تنظیم کرد و برای نخستین بار اوستا را به صورت مجموعهٔ احکام دینی درآورد. پس از قیام نرسی جانشین بهرام دوم علیه کرتیر، از این چهرهٔ پرنفوذ روحانی در هیچیک از آثار مذهبی پس از وی و در هیچیک از نوشته‌های تاریخی و در هیچ روایتی سخن نیامده‌است.