باشگاه فرهنگی ورزشی پرسپولیس
تیم فوتسال پرسپولیس پس از انقلاب و در دهه ۱۳۷۰ شکل گرفته‌است. پس از مشکلات مالی بسیار و سقوط این تیم به لیگ دسته یک در سال ۱۳۸۴، امتیاز این تیم واگذار شد. پرسپولیس بعد از اینکه فعالیت جدی در زمینه فوتسال نداشت. در سال ۸۸–۸۹ توانست به لیگ برتر صعود کند. باشگاه پرسپولیس در لیگ فوتسال تا سال ۱۳۹۱ دارای تیم بود. اما در فروردین ماه سال ۹۱ به علت تبانی بازیکنان پرسپولیس در بازی با تیم گیتی پسند اصفهان٫محمد رویانیان، مدیرعامل وقت باشگاه، تیم فوتسال پرسپولیس را منحل کرد.
باشگاه فرهنگی ورزشی پرسپولیس
مالکان شرکت پرسپولیس خود را «مالک اصلی» باشگاه می‌دانستند و به دادگاه شکایت کردند، اما دادگاه در تاریخ ۲۲ اسفند ۱۳۸۰ رأی به مالکیت سازمان تربیت بدنی داد. دادگاه تجدیدنظر نیز در تاریخ ۸ تیر ۱۳۸۳ این رأی را تأیید کرد. سرانجام در مرداد ۱۳۹۰؛ در پی دعوی باشگاه علیه شرکت فرهنگی ورزشی پرسپولیس سهامی خاص، قاضی شعبه ششم دادگاه عمومی مجتمع قضایی شهید بهشتی رای قطعی به تعلق برند پرسپولیس به باشگاه، و حذف نام پرسپولیس از شرکت پرسپولیس سهامی خاص داد. درتاریخ ۲۲ فروردین ۱۳۹۰ محمد رویانیان مدیر عامل وقت تیم پرسپولیس اعلام کرد که نام اصلی باشگاه به این باشگاه عودت داده شد.