انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
سیستم‌عامل ابررایانه
با توجه به اینکه ابررایانه‌های موازی و گسترده مدرن معمولاً با استفاده از چندین نوع گره، محاسبات را از سایر سرویس‌ها جدا می‌کنند، آنها معمولاً سیستم عامل‌های مختلفی را روی گره‌های مختلف اجرا می‌کنند. برای مثال از یک هسته سبک و کوچک و کارآمد مانند هسته گره محاسبه (CNK) یا گره محاسبات Linux (CNL) در گره‌های محاسبه، همچنین در یک سیستم بزرگتر مانند مشتقات لینوکس در سرور و گره‌های ورودی / خروجی (I / O) استفاده می‌کنند.