انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
ابررایانه
سامانه‌عامل ابررایانه‌ها که اغلب امروزه انواعی از لینوکس و یونیکس هستند و اگر پیچیده‌تر از ماشین‌های کوچک‌تر نباشند همان قدر پیچیده هستند. ظاهری که کاربر می‌بیند ساده‌تر است چون سازندگان OSها منابع برنامه‌نویسی کمتری برای سرمایه‌گذاری بر بخش‌های غیرضروری OSها (یعنی بخش‌هایی که مستقیماً به بهترین کاربرد سخت‌افزار نمی‌شود) دارند. دلیل اصلی آن این است که این رایانه‌ها میلیون‌ها دلار قیمت دارند اما بازار خریدشان بسیار کوچک است لذا بودجه‌های R&D شان اغلب محدود است. وجود یونیکس و لینوکس اجازه می‌دهد ظاهر کاربری (user interface) نرم‌افزار دسکتاپ معمولی دوباره مورد استفاده قرار بگیرد. جالب آنجا ست که در تاریخ صنعت ابررایانه‌ها این روند هم چنان ادامه پیدا کرده‌است و رهبران قدیمی این فناوری از جمله Silicon Graphics در برابر امثال nVIDIA عقب نشسته‌اند چرا که این‌ها می‌توانند محصولات ابتکاری ارزان و پرفایده و پرکاربرد را به لطف مشتریان بسیارشان که R&D آن‌ها را تأمین می‌کنند تولید نمایند. از نظر تاریخی تا ابتدا و میانهٔ دههٔ ابررایانه‌ها اغلب سازگاری گروه دستورات و قابلیت جابجایی کدها را فدای عملکرد و سرعت پردازش و دسترسی به حافظهٔ رایانه می‌کردند. اغلب ابررایانه‌ها تا به امروز برخلاف رایانه‌های گران‌قیمت فنی high end main frames سامانه‌های عامل بسیار متفاوتی دارند. Cray-۱ به تنهایی شش OS ویژه خودش را داشت که جامعهٔ رایانه هیچ خبری از آن‌ها نداشت. مشابه آن کامپایلرهای برداری‌کننده و مواز ی‌کنندهٔ بسیاری هم برای فرترن موجود بود. اگر به خاطر سازگاری گروه دستورات اولیه بین Cray-۱ و Cray x-mp و پذیرش انواع OSهای یونیکس مثل CrayUnicos و لینوکس نبود این اتفاق برای ETA-۱۰ هم می‌افتاد. به همین دلیل در آینده سامانه‌هایی با بالاترین کاربرد احتمالاً رنگ و بویی از یونیکس خواهند داشت اما با خاصیت‌های ویژه سامانه ناسازگار به‌ویژه برای سامانه‌های بسیار فنی و گران‌قیمت با امکانات امن مطمئن.