زیست‌فناوری
پیشینهٔ به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای تولید مواد خوراکی مانند نان، سرکه، آبجو، ماست، شراب و پنیر به بیش از ۸ هزار سال پیش برمی‌گردد. نقش میکروارگانیسم‌ها در تولید الکل و سرکه در سدهٔ پیش زمانی کشف شد که گروهی از بازرگانان فرانسوی در جستجوی روشی بودند تا از ترش‌شدن شراب و آبجو هنگام جابه‌جایی آن‌ها با کشتی به نقاط دور جلوگیری کنند. آنان از لویی پاستور درخواست کمک کردند. لویی پاستور پی‌برد که مخمرها در خلأ قند را به الکل تبدیل می‌کنند. این فرایند تخمیر بی‌هوازی نام دارد؛ و نیز دریافت که ترشیدگی و آلودگی بر اثر فعالیت باکتری‌هایی است که الکل را در حضور اکسیژن به اسید استیک تبدیل می‌کنند.
میکروبیوتا
میکروبیوتا ، «جوامع بوم‌شناختی از میکروارگانیسم‌های همسفره، هم‌زیست و بیماری‌زا اند.» درون و روی تمام جانداران چندسلولی که تا به امروز مطالعه گردیده‌اند، یافت شده. میکروبیوتا، شامل باکتری‌ها، آرکی‌ها، آغازیان، قارچ‌ها و ویروس‌ها (البته در مورد تعریف ویروس به عنوان موجود زنده اختلاف نظر وجود دارد) می‌گردد. میکروبیوتا را از نظر ایمنی‌شناختی، هورمونی و هم‌ایستایی متابولیکی، برای میزبانشان مهم تلقی کرده‌اند. اصطلاح "میکروبیوم"، یا گردایه‌ای از ژنوم‌های میکروارگانیسمی را که در یک کنام محیطی ساکنند را توصیف می‌کنند، یا خود میکروارگانیسم‌ها را.