سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
هسته لینوکس
به دلیل اختلافات موجود بین صدها پیاده‌سازی مختلف سیستم عامل لینوکس، اشیاء اجرایی، حتی اگر آنها برای اجرا در یک معماری سخت‌افزاری خاص کامپایل، مونتاژ و پیوند شده باشند (یعنی آنها از ISA سخت‌افزار هدف استفاده می‌کنند)، اغلب نمی‌توانند در توزیع‌های مختلف لینوکس اجرا شوند. این مسئله عمدتاً به دلیل تنظیمات خاص توزیع و مجموعه ای از تکه‌های اعمال شده بر روی کد هسته لینوکس، تفاوت در کتابخانه‌های سیستم، خدمات (Daemons)، سلسله مراتب سیستم فایلها و متغیرهای محیطی است.