کشاورزی
خاک ورزی به معنای شکست خاک با ابزارهایی مانند گاوآهن یا کلوخ‌شکن جهت آماده‌سازی آن برای کاشت، ترکیب مواد مغذی یا کنترل آفات است. شدت خاک ورزی می‌تواند از حدود متعارف تا بدون خاک ورزی (حفاری مستقیم) متغیر باشد. خاکورزی می‌تواند با گرم کردن خاک، ترکیب کود و کنترل علف‌های هرز، بهره‌وری را افزایش دهد، اما خاک را مستعد فرسایش می‌کند، باعث تجزیه مواد آلی آزاد کننده CO می‌شود و فراوانی و تنوع ارگانیسم‌های خاکی را کاهش می‌دهد. کنترل آفات شامل مدیریت علف‌های هرز، حشرات، کنه‌ها و بیماری‌ها است. برای اینکار از روش‌های شیمیایی (سموم دفع آفات)، بیولوژیکی (کنترل بیولوژیک)، مکانیکی (خاکورزی) و فرهنگی استفاده می‌شود. روش‌های فرهنگی عبارتند از: تناوب زراعی، کاشت گیاهان پوشش دهنده، کشت مخلوط، کمپوست سازی، اجتناب و مقاومت می‌باشد. مدیریت تلفیقی آفات سعی دارد تا از همه این روش‌ها برای پایین نگه داشتن جمعیت آفات کمک بگیرد به گونه ای که ضرر اقتصادی قابل قبول بوده، و آفت کشها را به عنوان آخرین چاره توصیه می‌کند.
کشاورزی زیستی
هزینه تولید در مزارع زیستی به دلیل استفاده کمتر از نهاده‌های خارجی، کمتر از مزارع رایج است. خرید کودهای مصنوعی و آفت کش در این نظام وجود ندارد هزینه علوفه خریداری شده، دامپزشکی و تعویض دام نیز کمتر است. علاوه بر این کشاورزان زیستی هزینه کمتری را برای استهلاک سرمایه‌گذاری‌های مربوط به نهاده‌هایی نظیر ابزارهای ماشین و تجهیزات پرداخت می‌کنند. روی هم‌رفته هزینه نهاده‌ها در مزارع زیستی کمتر است. چالش اصلی کشاورزان زیستی کنترل علف‌های هرز است. علف‌های هرز عامل محدودکننده تولید در مزارع زیستی هستند و کشاورزان زیستی نسبت به دیگر عملیات مدیریّتی، زمان و هزینه بیشتری را صرف کنترل علف‌های هرز می‌کنند. در کشاورزی زیستی، روش‌های مکانیکی و دیگر روش‌های مدیریّتی جایگزین علف کش‌ها شده‌است. خاک ورزی برای کنترل علف‌های هرز پس از سبز شدن گیاه، به شکل سطحی و غیر عمیق انجام می‌شود تا خاک فشرده نگردد. برخی عقیده دارند که علف‌های هرز سبب افزایش نیاز به شخم و هزینه‌های آن می‌گردد. در عمل، این تصور صحیح نیست. کشاورزان زیستی با بهبود ساختمان خاک و اعمال مدیریّت مناسب دریافته‌اند که نسبت به نظام‌های رایج، به خاک ورزی کمتری نیاز است. درآمد خالص مزرعه به نظر می‌رسد درآمد خالص مزارع زیستی کمی بیشتر از مزارع رایج باشد. به‌طورکلی مخارج کمتر بوده و درآمد بیشتر است (به دلیل وجود یارانه ما به التفاوت قیمت محصولات زیستی نسبت به محصولات رایج).