زیست‌فناوری
پیشینهٔ به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای تولید مواد خوراکی مانند نان، سرکه، آبجو، ماست، شراب و پنیر به بیش از ۸ هزار سال پیش برمی‌گردد. نقش میکروارگانیسم‌ها در تولید الکل و سرکه در سدهٔ پیش زمانی کشف شد که گروهی از بازرگانان فرانسوی در جستجوی روشی بودند تا از ترش‌شدن شراب و آبجو هنگام جابه‌جایی آن‌ها با کشتی به نقاط دور جلوگیری کنند. آنان از لویی پاستور درخواست کمک کردند. لویی پاستور پی‌برد که مخمرها در خلأ قند را به الکل تبدیل می‌کنند. این فرایند تخمیر بی‌هوازی نام دارد؛ و نیز دریافت که ترشیدگی و آلودگی بر اثر فعالیت باکتری‌هایی است که الکل را در حضور اکسیژن به اسید استیک تبدیل می‌کنند.
میکروبیوم‌ها
میکروبیوم (به انگلیسی: Microbiome) به معنای کلی و فراگیر زیست‌بوم ریزاندامگان (میکروارگانیسم‌ها)، همهٔ ژنها و تودهٔ سلول‌های ریزاندامگان با در نظر نگرفتن سرده و گونه‌ی آن‌ها، مستقر در یک بخش ویژه را گویند. میکروبیوم، رابطهٔ همزیستی با جانور میزبان دارند. این به این معنی است که این ریزاندامگان هم می‌توانند همسفره باشند، هم بیماری‌زا. مثلاً به تمامی باکتری‌ها، قارچها و دیگر انواع میکروب‌هایی که به‌طور بومی در پوست انسان زندگی می‌کنند، میکروبیوم پوست می‌گویند. بزرگترین میکروبیوم بدن انسان، میکروبیوم دستگاه گوارش تحتانی و به‌طور خاص روده بزرگ می‌باشد. این اصطلاح گرچه بیشتر در پزشکی بکار رفته است، ولی در دیگر شاخه‌های علم میکروبیولوژی نیز معتبر است. مثلاً میکروبیوم خاک دشت مغان، یا میکروبیوم فاضلاب شهری اصفهان.