سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
روح‌الله حسینیان
حسینیان قربانیان قتل‌های زنجیره ای را «از مخالفان نظام» معرفی کرد و گفت که «بعضی از آن‌ها حتی مرتد بودند.» وی همیشه از مدافعان سعید امامی معاون امنیتی و مشاور وزیر اطلاعات و متهم اصلی در جریان قتل‌های زنجیره‌ای بود. پس از انتشار خبر درگذشت سعید امامی بر اثر خوردن داروی نظافت و مرگ وی در بیمارستان، حسینیان مدعی قتل او در بیمارستان شد. او سعید امامی را «شهید» می‌خواند که می‌گفت باید به ابراهیم رئیسی که به واسطه نقشش در کشتار تابستان ۶۷ مشهور بود، «جایزه داد» و اگر دوباره ضرورت ایجاب کند، نظام «قاطع‌تر» از کشتار سال ۶۷ عمل می‌کند. حسینیان یک هفته پس از انتشار اطلاعیه وزارت اطلاعات ابتدا در مصاحبه با روزنامه کیهان و سپس شامگاه همان روز به برنامه تلویزیونی «چراغ» دعوت شد و قتل‌های زنجیره ای را بدون نام بردن عاملان آن به «هواداران خاتمی» نسبت داد. او اعتقاد داشت جناح منتسب به سعید حجاریان و علی ربیعی، از مشاوران وقت محمد خاتمی، «نیروهای مذهبی و مخلص وزارت اطلاعات قلع و قمع کردند». او در اردیبهشت ۱۳۸۷ گفت: اگر روزی دستم می‌رسید و این قدرت را داشتم پرونده قتل‌های زنجیره‌ای را باز می‌کردم و ریشه‌های این قضیه را بیرون می‌کشیدم.