هسته لینوکس
لینوکس به عنوان سیستم عامل اصلی در نشست IBM و همه سریعترین رایانه‌های رایانه ای، از جمله Sunway TaihuLight طراحی شده و ساخت چینی، که قبلاً سریعترین آنهاست، اجرا می‌شود. از اکتبر سال ۲۰۱۹، همه ۵۰۰ سریعترین رایانه در جهان انواع مختلفی از لینوکس را اجرا می‌کنند، یک تغییر بزرگ از سال ۱۹۹۸ که اولین ابر رایانه لینوکس به لیست اضافه شد و سپس به رتبه ۱۱۳ رسید. یونیکس قبلاً در لیست حاکم بود. در حدود ۲۰۰۳ تقریباً بین یونیکس و لینوکس تقسیم شده‌است.
سیستم‌عامل ابررایانه
در اواسط دهه ۱۹۹۰، علی‌رغم سرمایه‌گذاری موجود در سیستم عامل‌های قدیمی، روند استفاده از سیستم‌های مبتنی بر یونیکس بود که استفاده از رابط‌های گرافیکی کاربر تعاملی (GUI) را برای محاسبات علمی در چندین سیستم عامل تسهیل کرد. حرکت به سمت سیستم عامل کالایی مخالفانی داشت که سرعت و تمرکز توسعه لینوکس را به عنوان مانع اصلی در برابر پذیرش دانستند. همان‌طور که یکی از نویسندگان نوشت: «به احتمال زیاد سرعت Linux گرفته خواهد شد، اما اکنون سیستم‌های مقیاس بزرگی داریم». با این وجود، این روند همچنان در حال شتاب گرفتن بود و تا سال ۲۰۰۵، تقریباً همه ابر رایانه‌ها از برخی سیستم عامل‌های یونیکس مانند استفاده می‌کردند. این انواع یونیکس شامل IBM AIX، سیستم منبع باز لینوکس و سایر سازگاری‌ها مانند UNICOS از Cray بود. با پایان قرن بیستم، برآورد می‌شد که لینوکس بالاترین سهم از حوزه ابر رایانه را داشته باشد.