سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
قتل‌های زنجیره‌ای ایران
در پی مشخص شدن نقش وزارت اطلاعات در قتل‌ها محمد خاتمی گفت که قول می‌دهد چنین قتل‌هایی دیگر در این وزارتخانه تکرار نشود. حسین باستانی، تحلیل‌گر بی‌بی‌سی فارسی مدعی است، توقف قتل‌های زنجیره‌ای پس از ماجرا منطقاً معنایی جز این نداشت که فرایند حذف فیزیکی منتقدان در این وزارتخانه، پیش از آن با اطلاع حکومت در جریان بوده‌است.