انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
بدافزار لینوکس
بدافزار لینوکس () شامل ویروس‌ها، تروجان‌ها، کرم‌ها و دیگر گونه‌های بدافزار که بر روی سیستم‌عامل لینوکس تأثیر می‌گذارند هستند. سیستم‌عامل‌های لینوکس، یونیکس و شبه‌یونیکس عموماً به عنوان سیستم‌عامل‌های بسیار امن در نظر گرفته می‌شوند اما در برابر ویروس رایانه‌ای مصون نیستند.