انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
سیستم‌عامل ابررایانه
در اواسط دهه ۱۹۹۰، علی‌رغم سرمایه‌گذاری موجود در سیستم عامل‌های قدیمی، روند استفاده از سیستم‌های مبتنی بر یونیکس بود که استفاده از رابط‌های گرافیکی کاربر تعاملی (GUI) را برای محاسبات علمی در چندین سیستم عامل تسهیل کرد. حرکت به سمت سیستم عامل کالایی مخالفانی داشت که سرعت و تمرکز توسعه لینوکس را به عنوان مانع اصلی در برابر پذیرش دانستند. همان‌طور که یکی از نویسندگان نوشت: «به احتمال زیاد سرعت Linux گرفته خواهد شد، اما اکنون سیستم‌های مقیاس بزرگی داریم». با این وجود، این روند همچنان در حال شتاب گرفتن بود و تا سال ۲۰۰۵، تقریباً همه ابر رایانه‌ها از برخی سیستم عامل‌های یونیکس مانند استفاده می‌کردند. این انواع یونیکس شامل IBM AIX، سیستم منبع باز لینوکس و سایر سازگاری‌ها مانند UNICOS از Cray بود. با پایان قرن بیستم، برآورد می‌شد که لینوکس بالاترین سهم از حوزه ابر رایانه را داشته باشد.