سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
قتل‌های زنجیره‌ای ایران
عمادالدین باقی ضمن انتشار مقالات متعدد، کتاب «تراژدی دموکراسی در ایران» را در دو جلد  منتشر کرد و به بررسی چگونگی رویداد قتل‌های زنجیره‌ای پرداخت که این کتاب توقیف و خود وی محاکمه شد. برگزاری دادگاه قتل‌ها پس از توقیف گستردهٔ مطبوعات در بهار ۱۳۷۹ و در شرایطی که دو روزنامه‌نگار پیگیر قتل‌ها هر دو در زندان بودند، انجام شد.