کشاورزی
خاک ورزی به معنای شکست خاک با ابزارهایی مانند گاوآهن یا کلوخ‌شکن جهت آماده‌سازی آن برای کاشت، ترکیب مواد مغذی یا کنترل آفات است. شدت خاک ورزی می‌تواند از حدود متعارف تا بدون خاک ورزی (حفاری مستقیم) متغیر باشد. خاکورزی می‌تواند با گرم کردن خاک، ترکیب کود و کنترل علف‌های هرز، بهره‌وری را افزایش دهد، اما خاک را مستعد فرسایش می‌کند، باعث تجزیه مواد آلی آزاد کننده CO می‌شود و فراوانی و تنوع ارگانیسم‌های خاکی را کاهش می‌دهد. کنترل آفات شامل مدیریت علف‌های هرز، حشرات، کنه‌ها و بیماری‌ها است. برای اینکار از روش‌های شیمیایی (سموم دفع آفات)، بیولوژیکی (کنترل بیولوژیک)، مکانیکی (خاکورزی) و فرهنگی استفاده می‌شود. روش‌های فرهنگی عبارتند از: تناوب زراعی، کاشت گیاهان پوشش دهنده، کشت مخلوط، کمپوست سازی، اجتناب و مقاومت می‌باشد. مدیریت تلفیقی آفات سعی دارد تا از همه این روش‌ها برای پایین نگه داشتن جمعیت آفات کمک بگیرد به گونه ای که ضرر اقتصادی قابل قبول بوده، و آفت کشها را به عنوان آخرین چاره توصیه می‌کند.
همزیستی قارچ‌ریشه
بی‌نظمی خاک، در سیستم‌های کشاورزی که از بیل‌زنی یا روش‌های مشابه آن استفاده می‌کنند، فراگیر و رایج است. تأثیرات بی‌نظمی خاک بر تغذیه گیاه، به خوبی شناخته‌شده هستند. اخیراً رابطه بین اختلال ریسه‌های قارچ‌های VAM و جذب فسفر به وسیله گیاه میزبان تأیید شده‌است. برای کارکرد بهینه، گیاه ظاهراً نیاز به شبکه ریسه‌ای سالم دارد. مشخص شده‌است که تأثیرات مشابه بر تغذیه گیاه از آیش ناشی می‌شود. قارچ‌های VAM به عنوان بیوتروف‌های اجباری نمی‌توانند بدون گیاه میزبان حیات خود را در طولانی‌مدت ادامه دهند. هنگامی که آیش طولانی برای حفظ رطوبت خاک انجام می‌شود، جمعیت قارچ‌های VAM ممکن است در نبود گیاهان کاهش یابد، تا حدی که تولیدمثل میسلیوم خاک VAM به شدت آسیب ببیند. در نتیجه، پس از آیش کمبود فسفر در محصول پیش می‌آید؛ بنابراین، تأثیر دو اقدام متفاوت یعنی بیل‌زنی و آیش بر محصول، می‌تواند مشابه هم و مضر باشد که این تأثیر با آسیب اندوفیت‌های VAM تعدیل می‌شود. اگر بیل‌زنی برای اضافه کردن کود باشد، مشکلی پیش نخواهد آمد. با این حال، در مناطقی که مواد شیمیایی کشاورزی، در دسترس یا دارای قیمت مناسب نیستند، باید پیش از آنکه راه‌های بیولوژیک مانند برداشت و مدیریت قارچ‌های VAM بتوانند مشکل را حل کنند، منبع مشکل را پیدا کرد.