حوضه آبریز رودخانه ارس
حوضهٔ آبریز رودخانه ارس شامل بیش از نیمی از مساحت استان اردبیل و بخش‌هایی از استان‌های آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی است. آبراههٔ اصلی حوضه، رود ارس است که شاخهٔ اصلی آن از کوه هزاربرکه در جنوب ارزروم ترکیه سرچشمه می‌گیرد و بخشی از مرز ترکیه و ارمنستان را شکل می‌دهد. در شمال شرقی روستای دیم‌قشلاق وارد مرز ایران می‌شود و در مرز ایران با ارمنستان و آذربایجان امتداد می‌یابد تا این که در شرق پارس‌آباد وارد جمهوری آذربایجان می‌شود. مهم‌ترین شاخه‌های این رود در ایران، زنگمار، قطورچای و دره‌رود هستند که از کوه‌های آذربایجان سرچشمه می‌گیرند و در جهت شمال جریان می‌یابند.
حوضه آبریز خلیج فارس و دریای عمان
حوضهٔ آبریز خلیج فارس و دریای عمان در جنوب و غرب ایران قرار دارد و شامل رودهایی است که به دریاهای آزاد جنوب ایران می‌ریزند. استان‌های کرمانشاه، ایلام، لرستان، خوزستان، کهگیلویه و بویراحمد، بوشهر و هرمزگان به طور کامل یا تقریباُ کامل در این حوضه قرار دارند. هم‌چنین بزرگ‌ترین حوضهٔ آبریز استان‌های چهارمحال و بختیاری و فارس است. بخش‌هایی از استان‌های آذربایجان غربی، کردستان، همدان، مرکزی، اصفهان، کرمان و سیستان و بلوچستان نیز در این حوضه قرار گرفته است.