سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
هسته لینوکس
انواع خاصی از هسته لینوکس وجود دارد که قابلیت‌های اضافی را ارائه می‌دهند اما به خط اصلی هسته لینوکس تعلق ندارند. چنین انواع هسته لینوکس شامل Linux-libre , Compute Node Linux , Cooperative Linux , Longene , grsecurance , INK , L4Linux , MkLinux, RTLinux و User-Mode Linux (UML) است. برخی از این انواع تا حدی در خط اصلی ادغام شده‌اند. برخی از سیستم عامل‌های توسعه یافته برای تلفن‌های همراه در ابتدا از نسخه‌های بسیار تغییر یافته هسته لینوکس استفاده می‌کردند، از جمله Google Android , Firefox OS , HP webOS , Nokia Maemo و Jolla Sailfish OS. در سال ۲۰۱۰، جامعه هسته لینوکس از Google به دلیل شروع مؤثر درخت هسته خود انتقاد کرد:این بدان معنی است که هر درایوری که برای سیستم عامل‌های سخت‌افزاری اندرویدی نوشته شده‌است، نمی‌تواند در درخت اصلی هسته ادغام شود، زیرا آنها به کدی وابسته هستند که فقط در درخت هسته گوگل زندگی می‌کند، و باعث عدم موفقیت آن در ساخت درخت kernel.org می‌شود. به همین دلیل، گوگل اکنون مانع از ادغام تعداد زیادی از درایورهای سخت‌افزاری و کد پلتفرم در درخت اصلی هسته شده‌است. به‌طور مؤثر ایجاد یک شاخه هسته که تعدادی از فروشندگان مختلف اکنون به آن اعتماد دارند.