حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
مکتب اصفهان
مکتب فقهی اصفهان به لحاظ تاریخی بین مکتب جبل عامل و مکتب نجف قرار دارد. زمینه شکل‌گیری این مکتب، با تشکیل حکومت صفویان و در پی آن مهاجرت علمای شیعه از جبل عامل به ایران شروع می‌شود. اما به‌طور خاص با استقرار شاه عباس در اصفهان و تأسیس حوزه علمیه در این شهر به ظهور می‌رسد. ویژگی برجسته این مکتب گرایش اخباری و توجه به احادیث است که منجر به گردآوری جوامع روایی شیعه بخصوص بحار الانوار می‌شود. از دیگر ویژگی‌های این مکتب رابطه نزدیک و همکاری حوزه علمیه با دولت است که در تاریخ شیعه تا آن زمان بی‌سابقه بوده‌است، به طوری که در ساختار قضایی صفویان رسماً تحت تولی علمای منصوب شاه بوده‌است. همچنین علما در این دوره در ترویج تشیع در ایران نقشی کلیدی ایفا می‌کنند. برجسته‌ترین فقهای این مکتب محمدتقی مجلسی و محمدباقر مجلسی هستند.