باشگاه فرهنگی ورزشی پرسپولیس
تیم فوتسال پرسپولیس پس از انقلاب و در دهه ۱۳۷۰ شکل گرفته‌است. پس از مشکلات مالی بسیار و سقوط این تیم به لیگ دسته یک در سال ۱۳۸۴، امتیاز این تیم واگذار شد. پرسپولیس بعد از اینکه فعالیت جدی در زمینه فوتسال نداشت. در سال ۸۸–۸۹ توانست به لیگ برتر صعود کند. باشگاه پرسپولیس در لیگ فوتسال تا سال ۱۳۹۱ دارای تیم بود. اما در فروردین ماه سال ۹۱ به علت تبانی بازیکنان پرسپولیس در بازی با تیم گیتی پسند اصفهان٫محمد رویانیان، مدیرعامل وقت باشگاه، تیم فوتسال پرسپولیس را منحل کرد.
باشگاه فوتبال پرسپولیس
پرسپولیس در رده‌های سنی امید، جوانان، نوجوانان و نونهالان تیم دارد. پرسپولیس پیش از انقلاب تیم آماتورها داشت. در جام باشگاه‌های تهران ۱۳۵۱، پرسپولیس رسماً با تیم آماتورهایش در جام شرکت کرد. مهدی عسگرخانی، دروازه‌بان آماتورهای پرسپولیس برجسته‌ترین بازیکن آن تیم بود که بعداً به تیم اصلی رسید. در ۲۸ شهریور ۱۳۸۵، با اعلام محمدحسن انصاری‌فرد مدیرعامل وقت پرسپولیس، باشگاه فوتبال سرخپوشان دلوار افزار تیم دوم پرسپولیس معرفی شد. فصل بعد بهادر عبدی و فرهاد خیرخواه، از سرخپوشان به پرسپولیس پیوستند. پس از تغییر مدیرعامل پرسپولیس رابطهٔ دو باشگاه کمرنگ شد و پرسپولیس به برخی تعهدات خود عمل نکرد. در آبان ۱۳۸۷ امتیاز باشگاه سرخپوشان واگذار شد. در آبان ۱۳۸۸ تیم ب پرسپولیس راه‌اندازی شد. این تیم در اواخر سال ۱۳۹۰ قهرمان مسابقات حذفی باشگاه‌های تهران شد. در ۳ مهر ۱۳۹۱، با اعلام محمد رویانیان مدیرعامل وقت پرسپولیس، باشگاه فوتبال پرسپولیس قائم‌شهر که در شهر قائم‌شهر قرار دارد یکی از زیرمجموعه‌های باشگاه پرسپولیس و تحت حمایت باشگاه پرسپولیس شد. مهرداد اولادی و هادی نوروزی، از جمله بازیکنان پرسپولیس قائم‌شهر بوده‌اند که تاکنون به پرسپولیس پیوستند. در ۳ آبان ۱۳۹۲، با اعلام محمد رویانیان مدیرعامل وقت پرسپولیس، امتیاز باشگاه فوتبال سایپا شمال که در شهر قائم‌شهر قرار داشته خریداری شد و نام سایپا شمال به باشگاه فوتبال پرسپولیس شمال تغییر کرد. در نهایت پرسپولیس شمال به خوبی مورد حمایت قرار نگرفت.