ضربه انسان بر محیط زیست
آلودگی‌های بیولوژیکی مانند باکتری‌ها، ویروس‌ها و قارچ‌ها در فاضلاب نیز می‌توانند به اکوسیستم اطراف منتقل شوند. حشرات خارج شده از این فاضلاب ممکن است عوامل بیماری زا را به منابع آب نزدیک منتقل کند. عوامل بیماری زایی از انسانها، می توانند از این فاضلاب به ارگانیسم‌هایی که در این تصفیه خانه‌ها مشغول جستجوی غذا هستند منتقل شوند. این ممکن است منجر به عفونت‌های باکتریایی و ویروسی یا دیس‌بیوز‌میکروبیوم شود.
باکتری بیماری‌زا
انسان وحیوانات دارای فلور طبیعی زیادی در بدن خود می‌باشند که معمولاً بیماری ایجاد نمی‌کنند. بلکه تعادلی بین رشد بقا و تکثیر خود در میزبان به وجود می‌آورند. گاهی برخی از باکتری‌های مهم بیماری‌زا مانند استرپتوکوکوس پنومونیه و استافیلوکوکوس اورئوس به‌طور معمول همراه با فلور طبیعی از محیط کشت جداسازی می‌شوند. برخی مواقع باکتری‌هایی که به‌طور مشخص بیماری‌زا هستند مانند سالمونلاتیفی در بدن حضور دارند ولی عفونت به صورت نهفته یا تحت بالینی است و میزبان به عنوان ناقل باکتری عمل می‌کند.