وزارت دفاع و پشتیبانی نیروهای مسلح
پیشینه شکل‌گیری این وزارتخانه، به دوران قاجار بازمی‌گردد، که تحت عنوان "وزارت جنگ" فعالیت خود را آغاز کرد. در دولت محمد مصدق در دوره کوتاهی نام آن به "وزارت دفاع ملی" تغییر پیدا کرد، ولی پس از آن بار دیگر به "وزارت جنگ" تغییر یافت. پس از وقوع انقلاب ۱۳۵۷ تا خردادماه ۱۳۶۳ تحت عنوان "وزارت دفاع ملی" فعالیت می‌کرد و در فاصله سالهای ۱۳۶۳ تا ۱۳۶۸ "وزارت دفاع" نامیده می‌شد. فرم کنونی این وزارتخانه در سال ۱۳۶۸ با ادغام وزارت دفاع و وزارت سپاه پاسداران شکل گرفت.
ارتش جمهوری اسلامی ایران
هاشمی رفسنجانی مسئولیت هماهنگی بین ارتش و سپاه را بر عهده گرفته و توسط قرارگاه خاتم‌الانبیا، دو سازمان سپاه و ارتش را با یکدیگر هماهنگ می‌کرد. این ساختار تا ماه‌های آخر جنگ ادامه داشت و ارتش و سپاه گاهی با هم و گاهی به صورت مستقل عملیات‌هایی را انجام می‌دادند. در خرداد ماه سال ۱۳۶۷ ستاد فرماندهی کل قوا برای مدیریت جنگ و نیز به منظور اداره تمامی نیروهای مسلح به صورت متمرکز تشکیل شد. در این زمان هاشمی رفسنجانی، ستاد فرماندهی کل قوا را با ترکیبی از نخست‌وزیر و اعضای دولت وقت و نیز فرماندهان نیروهای مسلح سازماندهی کرد تا این که جنگ در ۲۹ مرداد ۱۳۶۷ با برقراری آتش‌بس به پایان رسید.