همدان
بعد از انقراض مادها همدان هر چند مرکزیت نخستین را از دست داد ولی به عنوان یکی از سه پایتخت هخامنشیان مورد توجهٔ خاص بود. وجود کتیبه‌های گنج‌نامه بقایای ستون‌های سنگی کاخ‌های هخامنشی، جام‌ها و الواح زرین و سیمین به دست آمده از همدان، حاکی اهمیت این منطقه در دورهٔ هخامنشی‌است.
پاسارگاد
سرزمین پارس زادگاه هخامنشیان بوده‌است. خاندان پارس، که به رهبری کوروش دوم (که از ۵۲۹ تا ۵۵۹ پیش از میلاد سلطنت نمود) در سال ۵۵۰ پیش از میلاد، بر مادها پیروز شدند. بر پایهٔ سنت، کوروش دوم این منطقه را به پایتختی انتخاب کرد، زیرا در نزدیکی منطقه‌ای بود که بر ایشتوویگو پادشاه ماد پیروز شد. این اولین پیروزی، پیروزی‌های دیگری چون چیرگی بر لیدی، بابل نو، و مصر را به دنبال داشت. امپراتوری هخامنشی سپس به دست پسر او کمبوجیه (۵۲۲ تا ۵۲۹ پیش از میلاد) و داریوش اول (۴۸۶ تا ۵۲۱ پیش از میلاد) استوار و گسترش یافت. از کوروش در عهد عتیق به عنوان آزادی‌دهندهٔ بابل و کسی که یهودها را از تبعید بازگردانده یاد شده‌است.