دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
شیعه دوازده‌امامی در حکومت صفویه
در عصر صفویه، عالمان دینی شیعه، این فرصت را یافتند تا آزادانه به فعالیت‌های علمی و تبلیغاتی خویش بپردازند. این فعالیت‌ها با حمایت‌های بی‌دریغ پادشاهان شیعه صفوی همراه بود و این اتفاق در تاریخ حیات سیاسی ایران پس از اسلام بی نظیر بود. در این دوره، به جهت باور پادشاهان صفوی به تشیع دوازده‌امامی، عالمان شیعه دوازده‌امامی، قدرت بسیاری یافتند تا جایی که در اواخر عصر صفوی، ملا محمدباقر رئیسی، به عنوان ملاباشی، همه‌کاره حکومت صفوی شده‌بود و پس از مرگ او، حکومت صفوی کمتر از ۱۱ سال توانست دوام یابد. در این دوران، به جهت نبود نظام علمی برای شیعه دوازده‌امامی، و همچنین در دسترس نبودن آثار علمی شیعه، عموم جامعه از مسائل مذهب شیعه جعفری، آگاهی زیادی نداشتند. در عصرهای پیش از صفویه، با تلاش بزرگان شیعه دوازده‌امامی چون ابن طاوس، محقق حلی، علامه حلی و شمس‌الدین عاملی؛ سرزمین‌های عربی از جمله بحرین، جبل عامل و چند شهر در عراق، مرکزیت علمی شیعیان دوازده امامی محسوب می‌شد. با روی کار آمدن حکومت شیعه صفوی، دانشمندان شیعه امامیه از مناطق مختلف، به ایران هجرت کردند و عصری جدید در تاریخ دینی شیعه در ایران را رقم زدند. با دستور شاه اسماعیل، و برای تبیین ایدولوژی حکومت، کتاب "قواعدالاسلام" اثر جمال‌الدین بن علی بن مطهر حلی، به عنوان کتابی برای تببین اساس مذهب معرفی شد. همچنین شاه اسماعیل برای جلب دانشمندان شیعیان، از هیچ فعالیت و اقدامی دریغ نکرد. در این دوره، فقیهان و متکلمان بسیاری ظهور کردند از جمله آنها: محقق کرکی، شیخ بهایی، فیض کاشانی، علامه مجلسی، ملاصدرا و فیاض لاهیجی اشاره کرد.