شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
شیعه دوازده‌امامی در حکومت صفویه
در عصر صفویه، عالمان دینی شیعه، این فرصت را یافتند تا آزادانه به فعالیت‌های علمی و تبلیغاتی خویش بپردازند. این فعالیت‌ها با حمایت‌های بی‌دریغ پادشاهان شیعه صفوی همراه بود و این اتفاق در تاریخ حیات سیاسی ایران پس از اسلام بی نظیر بود. در این دوره، به جهت باور پادشاهان صفوی به تشیع دوازده‌امامی، عالمان شیعه دوازده‌امامی، قدرت بسیاری یافتند تا جایی که در اواخر عصر صفوی، ملا محمدباقر رئیسی، به عنوان ملاباشی، همه‌کاره حکومت صفوی شده‌بود و پس از مرگ او، حکومت صفوی کمتر از ۱۱ سال توانست دوام یابد. در این دوران، به جهت نبود نظام علمی برای شیعه دوازده‌امامی، و همچنین در دسترس نبودن آثار علمی شیعه، عموم جامعه از مسائل مذهب شیعه جعفری، آگاهی زیادی نداشتند. در عصرهای پیش از صفویه، با تلاش بزرگان شیعه دوازده‌امامی چون ابن طاوس، محقق حلی، علامه حلی و شمس‌الدین عاملی؛ سرزمین‌های عربی از جمله بحرین، جبل عامل و چند شهر در عراق، مرکزیت علمی شیعیان دوازده امامی محسوب می‌شد. با روی کار آمدن حکومت شیعه صفوی، دانشمندان شیعه امامیه از مناطق مختلف، به ایران هجرت کردند و عصری جدید در تاریخ دینی شیعه در ایران را رقم زدند. با دستور شاه اسماعیل، و برای تبیین ایدولوژی حکومت، کتاب "قواعدالاسلام" اثر جمال‌الدین بن علی بن مطهر حلی، به عنوان کتابی برای تببین اساس مذهب معرفی شد. همچنین شاه اسماعیل برای جلب دانشمندان شیعیان، از هیچ فعالیت و اقدامی دریغ نکرد. در این دوره، فقیهان و متکلمان بسیاری ظهور کردند از جمله آنها: محقق کرکی، شیخ بهایی، فیض کاشانی، علامه مجلسی، ملاصدرا و فیاض لاهیجی اشاره کرد.