وزارت دفاع
تا پیش از جنگ جهانی دوم، وزارت جنگ شامل نیروهای زمینی بود و نیروی دریایی و هوایی توسط وزاری دیگری اداره می‌شدند. مثلاً در اواخر سال ۱۹۵۳ اتحاد جماهیر سوسیالیستی شوروی دو وزارت جداگانه «نیروی دریایی» و «جنگ» وجود داشت. پس از جنگ جهانی دوم، نام معمول این وزارت در کشورها «وزارت جنگ» بود که پس از آن به «وزارت دفاع» تغییر یافت. برای نمونه، در هند این تغییر نام برای پرهیز از مفهوم تجاوزگری و همگامی با سنت‌های هندی انجام شد.
ارتش جمهوری اسلامی ایران
هاشمی رفسنجانی مسئولیت هماهنگی بین ارتش و سپاه را بر عهده گرفته و توسط قرارگاه خاتم‌الانبیا، دو سازمان سپاه و ارتش را با یکدیگر هماهنگ می‌کرد. این ساختار تا ماه‌های آخر جنگ ادامه داشت و ارتش و سپاه گاهی با هم و گاهی به صورت مستقل عملیات‌هایی را انجام می‌دادند. در خرداد ماه سال ۱۳۶۷ ستاد فرماندهی کل قوا برای مدیریت جنگ و نیز به منظور اداره تمامی نیروهای مسلح به صورت متمرکز تشکیل شد. در این زمان هاشمی رفسنجانی، ستاد فرماندهی کل قوا را با ترکیبی از نخست‌وزیر و اعضای دولت وقت و نیز فرماندهان نیروهای مسلح سازماندهی کرد تا این که جنگ در ۲۹ مرداد ۱۳۶۷ با برقراری آتش‌بس به پایان رسید.