حوضه آبریز رودخانه ارس
حوضهٔ آبریز رودخانه ارس شامل بیش از نیمی از مساحت استان اردبیل و بخش‌هایی از استان‌های آذربایجان شرقی و آذربایجان غربی است. آبراههٔ اصلی حوضه، رود ارس است که شاخهٔ اصلی آن از کوه هزاربرکه در جنوب ارزروم ترکیه سرچشمه می‌گیرد و بخشی از مرز ترکیه و ارمنستان را شکل می‌دهد. در شمال شرقی روستای دیم‌قشلاق وارد مرز ایران می‌شود و در مرز ایران با ارمنستان و آذربایجان امتداد می‌یابد تا این که در شرق پارس‌آباد وارد جمهوری آذربایجان می‌شود. مهم‌ترین شاخه‌های این رود در ایران، زنگمار، قطورچای و دره‌رود هستند که از کوه‌های آذربایجان سرچشمه می‌گیرند و در جهت شمال جریان می‌یابند.
شهرستان آستانه اشرفیه
از سال ۱۳۹۲ با افزایش محدوده منطقه آزاد شهرستان آستانه اشرفیه نیز به محدوده منطقه آزاد افزوده شده پیش از این شهرستان‌های رشت و انزلی در محدوده آزاد بودند. محدوده‌ای به مساحت (۵۵۷۸) هکتار از شمال به طول (۲۱۹۰۵) متر به دریا، از جنوب به طول (۲۹۰۵۲) متر به اراضی محدوده شهرستان رشت، از غرب به طول (۳۳۵۰) متر به محدوده فعلی منطقه آزاد تجاری ـ صنعتی انزلی و از شرق به طول (۶۱۸۱) متر به رودخانه سفیدرود واقع در شرق محدوده فعلی منطقه آزاد تجاری ـ صنعتی انزلی در شهرستان آستانه اشرفیه. پارک ملی بوجاق نیز با کاربری گردشگری در محدوده منطقه آزاد قرار دارد.