زیست‌نانوفناوری
میکروارگانیسم‌ها می‌توانند وضعیت اکسیداسیون فلزات را تغییر دهند به همین دلیل به‌تازگی به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای ساخت نانوذرات کاربردی توجه بسیاری را به خود جلب کرده‌است. این فرایندهای میکروبی فرصت‌های تازه‌ای برای کشف کاربردهای جدید از جمله بیوسنتز نانومواد فلزی را فراهم کرده‌اند. برعکس روش‌های فیزیکی و شیمیایی، فرایندهای میکروبی مرتبط با ساخت نانومواد، می‌توانند در فاز آبی و تحت شرایط بی‌خطر محیطی انجام شوند. این روش‌ها به حوزه‌ای جذاب در تحقیقات زیست نانوفناوری سبز و حرکت آن به سمت توسعه پایدار، تبدیل شده‌اند .
ژنتیک میکروبی
به عنوان مثال سرعت رشد بالا و زمان کوتاه زاد و ولد میکروارگانیسم‌ها باعث شده تا دانشمندان به منظور مطالعه تکامل از آنها استفاده کنند. همچنین در ژنتیک میکروبی به منظور مطالعه فرایندها و مسیرهایی که در آنها انسان‌ها و میکروب‌ها مشابه هستند (همچون متابولیسم دارو)، از میکروب‌ها استفاده می‌کنند.