سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
قتل‌های زنجیره‌ای ایران
اما عبدالله شهبازی مورخ و پژوهش‌گر و تواب سیاسی با سابقه امنیتی، ضمن محکوم کردن نظر اصلاح‌طلبان و حسینیان معتقد است سعید امامی به همراه دیگر متهمین به هیچ جناحی وابستگی حقیقی نداشته بلکه او از عوامل سابق ساواک در ایران و اف‌بی‌آی در آمریکا بوده که در دوره انقلاب اسلامی از یک سازمان دانشجویی کمونیستی در آمریکا خارج و وارد انجمن اسلامی دانشجویان ایرانی آمریکا می‌شود تا بتواند با تظاهر به مذهب بعداً به عنوان نفوذی سرویس‌های جاسوسی غربی در انقلاب اسلامی عمل کند. در مورد عالیخانی نیز به خویشاوندی او با علی‌نقی عالیخانی از مقامات سابق پهلوی اشاره می‌کند.از نظر شهبازی، هدف این تیم از این قتل‌ها به تبعیت از سرویس‌های غربی، ایجاد جنگ داخلی در ایران و ضربه زدن به حیثیت جمهوری اسلامی و دستگاه اطلاعات ایران بوده‌است. شهبازی نتایج تحقیقات تیم اول پیگیر پرونده قتل‌های زنجیره‌ای را تکان‌دهنده توصیف کرد و گفت: «این تحقیقات دال بر انحراف جنسی امامی و شرکت او در محافل شیطان‌پرستی و سفرهای محرمانه‌اش به اسرائیل بوده‌است.» او همچنین تأکید کرد که انتشار گزینشی فیلم‌های بازجویی از همسر او با پیش‌بینی واکنش افکار عمومیِ ناآشنا با صحنه‌های بازجویی و همچنین قتل امامی، به وسیله عوامل نفوذی همکار او با هدف جلوگیری از لو رفتن ارتباطات خارجی آن‌ها انجام شده‌است. شهبازی بدین ترتیب نظر رهبر ایران را در رابطه با عوامل اصلی قتل‌ها تأیید می‌کند. او همچنین معتقد است حادثهٔ ترور میکونوس نیز با طراحی او و با هدف جلوگیری از عادی‌سازی روابط ایران با دولت آلمان و حزب دموکرات کردستان انجام شده‌است.