سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
فهیمه دری نوگورانی
پس از مرگ همسر او، یعنی سعید امامی، در بهمن ۱۳۷۸ نیز، فیلم اعترافات فهیمه دری نوگوانی و پنج تن دیگر از متهمان قتل‌های زنجیره‌ای با حضور نیازی رئیس سازمان قضایی نیروهای مسلح و عهده‌دار رسیدگی به پرونده قتل‌های زنجیره ای، در جلساتی جداگانه برای رهبر ، سران سه قوه و در جلسه غیر علنی مجلس پنجم، برای نمایندگان پخش شد که عکس‌العمل‌های متفاوتی را دربرداشت. محمد نیازی که مسئولیت رسیدگی به پرونده قتل‌های زنجیره‌ای به او محول شده بود، "قسم جلاله" میخورد که اعترافات آنها «قلبی و منطبق بر واقعیت» است و می‌تواند سند محکمی برای حکم باشد. متهمان در این فیلم مدعی همکاری با اف‌بی‌آی، سازمان سیا و موساد شده بودند.