شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
سلجوقیان کرمان
در برخی منابع از مذهب این قوم که به خلافت فاطمی معتقد بودند و این نکته را بیان کردند، که محبت و علاقه آن‌ها به علی بن ابی طالب، امام نخست شیعه، به حدی است که در برابر وی سر تعظیم فرود می‌آوردند. به نظر می‌رسد اعتقاد آن‌ها کمتر رنگ دینی و مذهبی داشته و اغلب آن‌ها به تأثیر سخنوری واعظان و مدیحه‌سرایی شاعران، بیشتر شیفته ویژگی​های پهلوانی و رشادت‌های علی بن ابی طالب شده بودند. به نوشته ابوحامد کرمانی، احتمالاً گرایش آن‌ها به مذهب اسماعیلیه نیز به منزله مخالفت با تسنن، بوده و پشتوانه فکری و عقیدتی محکمی نداشته‌است. به نظر می‌رسد قفص​ها از همان ابتدای شروع تبلیغات اسماعیلیه در کرمان که سابقه آن به اوایل قرن چهارم هجری بازمی‌گردد، به این مذهب گرویده‌اند. نکته جالب توجه دربارهٔ آن‌ها این است که هرگز از حاکمی اطاعت نکردند و در کوهستانی هم که سکونت داشتند، نه آتشکده و معبدی وجود داشت و نه کلیسا و مسجدی؛ ولی در سراسر دوره فرمانروایی سلاطین سلجوقی کرمان، همواره در مناطق مربوط به خود اقامت داشتند و با وجود اینکه آشکارا خود را از پیروان آیین اسماعیلیه معرفی می‌کردند و به خلفای شیعی‌مذهب فاطمی ارادت و علاقه نشان می‌دادند، و کسی متعرض آن‌ها نشده یا حداقل اخباری از درگیری میان آنان و حکومت گزارش نشده‌است. این امر نشانه بی‌میلی قفص​ها به انجام فعالیت​های تبلیغی و ترویجی است، یا شرحی از فعالیت‌ها و اقدامات آن‌ها در دسترس نیست و با توجه به عدم فعالیت تبلیغی و ترویجی آن‌ها، احتمالاً این قوم صحراگرد خطری برای امنیت و موقعیت مذهبی سلاطین سلجوقی و اهل سنت محسوب نمی‌شدند.