توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
توالی‌های هسته‌ای پراکنده بلند
L2، L1 و L3 سه خانوادهٔ اصلی از LINEها هستند که از نظر توالی متفاوت از هم بوده اما مکانیسم جابه جایی مشابهی دارند. تنها خانوادهٔ L1 در ژنوم انسان‌های امروزی جابه‌جا می‌شوند. ظاهراً هیچ کپی عملکردی از L2 یا L3 وجود ندارد. توالیهای LINE که ۲۱ درصد از کل DNA انسان را شامل می‌شوند در حدود ۹۰۰۰۰۰ جایگاه ژنوم انسانی جای گرفته‌اند. تکرارهای مستقیم کوتاه مجاور LINEها حاوی دو قالب خواندن باز (ORF) هستند. ORF1 که طولی حدود 1kb دارد یک پروتئین متصل شونده به RNA را رمز می‌کند. ORF2 با طول تقریبی 4kb پروتئینی را رمز می‌کند که فعالیت DNA اندونوکلئازی دارد و یک بخشی از آن با آنزیم ترانس کریپتاز معکوس رتروویروسها و TRا رتروترانسپوزونها همولوژی زیادی دارد.