هسته لینوکس
لینوکس به عنوان سیستم عامل اصلی در نشست IBM و همه سریعترین رایانه‌های رایانه ای، از جمله Sunway TaihuLight طراحی شده و ساخت چینی، که قبلاً سریعترین آنهاست، اجرا می‌شود. از اکتبر سال ۲۰۱۹، همه ۵۰۰ سریعترین رایانه در جهان انواع مختلفی از لینوکس را اجرا می‌کنند، یک تغییر بزرگ از سال ۱۹۹۸ که اولین ابر رایانه لینوکس به لیست اضافه شد و سپس به رتبه ۱۱۳ رسید. یونیکس قبلاً در لیست حاکم بود. در حدود ۲۰۰۳ تقریباً بین یونیکس و لینوکس تقسیم شده‌است.
سیستم‌عامل ابررایانه
با توجه به اینکه ابررایانه‌های موازی و گسترده مدرن معمولاً با استفاده از چندین نوع گره، محاسبات را از سایر سرویس‌ها جدا می‌کنند، آنها معمولاً سیستم عامل‌های مختلفی را روی گره‌های مختلف اجرا می‌کنند. برای مثال از یک هسته سبک و کوچک و کارآمد مانند هسته گره محاسبه (CNK) یا گره محاسبات Linux (CNL) در گره‌های محاسبه، همچنین در یک سیستم بزرگتر مانند مشتقات لینوکس در سرور و گره‌های ورودی / خروجی (I / O) استفاده می‌کنند.