سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
جمشید پرتوی
با این حال از آنجا که اعترافات عاملان قتل‌های زنجیره‌ای در زندان و تحت فشار و شکنجه بوده‌است نمی‌توان اظهار نظر کرد که کدام یک از این اعترافات معتبر و کدامیک نامعتبر است، کما اینکه آن‌ها به عامل سیا و موساد بودن هم اعتراف کرده‌اند و نیز معترف شده‌اند قصد انجام عملیاتی ضدحکومتی در حد ترور محمد یزدی رئیس سابق قوه قضاییه را داشته‌اند.