بانک جلبک
امروزه استفاده از میکروارگانیسم‌ها در صنایع و رشته‌های مختلف مانند صنایع غذایی،تصفیه پساب، آرایشی و … مورد توجه قرار گرفته است. یکی از شاخه‌های میکروارگانیسم‌ها، ریزجلبک‌ها هستند که کاربردهای متنوعی دارد. در دنیا سازمان‌های متعددی تحت عنوان بانک جلبک یا کلسیون جلبک وجود دارد که این ریزجلبک‌ها را پرورش و نگهداری کرده و به علاقه مندان عرضه می‌کنند.
تعیین ساختار ژنتیکی
تعیین ساختار ژنتیکی برای طیف گسترده‌ای از موجودات همچون میکروارگانیسم‌ها هم کاربرد دارد. به عنوان مثال، تعیین ساختار ژنتیکی برای ویروس‌ها و باکتری‌ها نیز امکان‌پذیر است. در این زمینه، تعیین ساختار ژنتیکی می‌تواند در کنترل گسترش پاتوژن‌ها، با ردیابی منشأ شیوع آن‌ها کمک کند. این حوزه اغلب به عنوان اپیدمیولوژی مولکولی یا میکروبیولوژی پزشکی قانونی شناخته می‌شود.