سلول‌های بنیادی مزانشیمی
جوانترین و اولیه‌ترین سلول‌های بنیادی مزانشیمی از بافت بند ناف جنین، یعنی ژل وارتون و خون بند ناف به دست می‌آید. با این حال، MSCها در غلظت بسیار بیشتری در ژل وارتون در مقایسه با خون بند ناف یافت می‌شوند. بند ناف بعد از تولد در دسترس است. به‌طور معمول دور انداخته می‌شود و خطری برای جمع‌آوری ندارد. این سلول‌های بنیادی مزانشیمی به دلیل دارا بودن خاصیت ابتدایی‌شان (primitive properties) و سرعت رشد سریع ممکن است منبع مفید MSCها برای کاربردهای بالینی باشند.
سلول‌های بنیادی مزانشیمی
مغز استخوان منبع اصلی این سلول‌های بنیادی بود و هنوز هم بیشترین کاربرد را دارد. این سلول‌های بنیادی مغز استخوان در ایجاد سلول‌های خونی نقشی ندارند و بنابراین مارکر سلول‌های بنیادی خونساز CD34 را بیان نمی‌کنند. بعضاً به آنها "سلول‌های بنیادی استرومای مغز استخوان گفته می‌شود".