آلاینده‌های مواد غذایی
بر اساس اصول حاکم بر سیستم های ایمنی مواد غذایی، خطرات در مواد غذایی به سه دسته خطرات فیزیکی، میکروبی و شیمیایی گروه‌بندی می شوند. در ارزیابی خطرات دو پارامتر شدت خطر و احتمال وقوع خطر بررسی می گردند. آلاینده‌ها در فراورده‌های غذایی ترکیبات مضر برای سلامت انسان هستند که ممکن است از وسیله یا ماده بسته‌بندی، خط تولید، آب‌های آلوده، سوخت‌های فسیلی، اجزاء رادیواکتیو، متابولیت‌های سمی میکروارگانیسم‌ها، بقایای مواد شیمیایی به کار رفته در کشاورزی و ترکیبات دارویی اضافه شده به خوراک دام‌ها و طیور به ماده غذایی رخنه کنند.
زئونوز
بسیاری از موارد شیوع گسترده یک بیماری در پی مصرف غذا، ریشه در عوامل بیماریزای زئونوزی دارند. بسیاری از غذاهایی که از حیوانات به دست می‌آیند ممکن است آلوده شوند. برخی از غذاهای مستعد آلوده شدن با عوامل بیماریزای زئونوزی عبارتند از: تخم مرغ، غذاهای دریایی، گوشت، فراورده‌های شیری و حتی برخی سبزیجات.