آلاینده‌های مواد غذایی
بر اساس اصول حاکم بر سیستم های ایمنی مواد غذایی، خطرات در مواد غذایی به سه دسته خطرات فیزیکی، میکروبی و شیمیایی گروه‌بندی می شوند. در ارزیابی خطرات دو پارامتر شدت خطر و احتمال وقوع خطر بررسی می گردند. آلاینده‌ها در فراورده‌های غذایی ترکیبات مضر برای سلامت انسان هستند که ممکن است از وسیله یا ماده بسته‌بندی، خط تولید، آب‌های آلوده، سوخت‌های فسیلی، اجزاء رادیواکتیو، متابولیت‌های سمی میکروارگانیسم‌ها، بقایای مواد شیمیایی به کار رفته در کشاورزی و ترکیبات دارویی اضافه شده به خوراک دام‌ها و طیور به ماده غذایی رخنه کنند.
تشخیص مولکولی مخاطرات مواد غذایی
از دیگر مخاطرات مواد غذایی می‌توان به "تقلبات مواد غذایی" اشاره کرد. تقلبات در مواد غذایی به طرق مختلفی صورت می‌گیرد که یکی از این موارد مخلوط کردن ماده‌ای بی کیفیت یا ارزان قیمت به جای ماده اصلی در فرمولاسیون محصول مورد نظر می‌باشد. "روغن نخل" (پالم) یکی از موادی است که گاهی به جای چربی در محصولات لبنی مورد استفاده قرار می‌گیرد و لذا تقلب محسوب می‌گردد. استفاده از رنگ‌ها و اسانس‌ها و سایر مواد افزودنی غیرمجاز نیز از تقلبات مواد غذایی بوده و می‌توانند به عنوان مخاطرات مواد غذایی سبب ایجاد بیماری‌های ناشی از مواد غذایی گردند.