دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
شاه اسماعیل دوم
شاه اسماعیل دوم به روحانیون اهل سنت همانند میر مخدوم لاله، مولانا میرزا جان شیرازی و میرزا مخدوم شریفی اهمیت زیادی می‌داد و از آنان حمایت می‌کرد و بر عکس نسبت به عالمان شیعه مذهب مثل میر سیدعلی خطیب استرآبادی و میر سید حسن مجتهد که با سیاست جدید مذهبی او مخالف بودند، بی‌توجهی می‌کرد و به ایشان اهمیتی نمی‌داد. یکی از انگیزه‌های شاه اسماعیل دوم در کاستن قدرت علمای شیعه، زیاد شدن نفوذ و قدرت آنان در مقایسه با توان و قدرت مقام شاهی در زمان پدرش شاه تهماسب یکم بود. شاه اسماعیل دوم چون با مقاومت تدریجی علمای شیعه مواجه شد آن‌ها را تبعید یا خانه‌نشین کرد. او کتاب‌های مربوط به مذهب شیعه و احادیث امامان شیعه دوازده امامی را که در منزل برخی از علمای شیعه بود، به ویژه کتب میر سید حسن مجتهد را ضبط و مهر کرد. شاه اسماعیل دوم امر کرده بود روزهای جمعه و در بالای منابر از خلفای ثلاثه به نیکویی سخن گفته شود و از لعنت فرستادن به ایشان خودداری گردد.