شاخه‌بندی
شاخه‌بندی، کلادیستیک، کلادبندی (کلادشناسی) یا شنکله‌بندی روشی برای طبقه‌بندی گونه‌های جانداران در گروه‌هایی به نام کلاد است. برای مثال، پرندگان، دایناسورها، کروکودیل‌ها و تمام نسل آن‌ها (زنده یا منقرض) و نیای مشترک‌شان یک کلاد را تشکیل می‌دهند. از لحاظ سامانه‌شناسی زیستی، یک کلاد یک «شاخه» در درخت زندگی است که یک گروه فراگیر (مونوفیلتیک) را تشکیل می‌دهد.
برون‌گروه (کلادیستیک)
بنابراین، یک برون گروه مناسب در مطالعه فیلوژنتیک باید از کلاد مورد بررسی به‌طور قطعی خارج باشد. یک برون گروه که خود در درون گروه قرار دارد، وقتی به عنوان ریشهٔ فیلوژنی استفاده شود، به نتیجه‌گیری نادرست در مورد روابط فیلوژنتیک و ارتباطات تکامل منجر می‌شود. با این حال، بدست آمدن سطح مطلوب روابط بین برون گروه با درون گروه به عمق تجزیه و تحلیل فیلوژنتیکی بستگی دارد. انتخاب یک برون گروه نزدیک به درون گروه در هنگام بررسی تفاوت‌ها در صفات جزئی تر کمک کننده است، چون انتخاب یک برون گروه دور می‌تواند به اشتباه درتفکیک کردن تکامل همگرا از یک رابطه تکاملی مستقیم به دلیل جد مشترک بیانجامد. برای فیلوژنتیک کوچکتر - به عنوان مثال، حل روابط تکاملی یک گروه در داخل یک جنس - یک برون گروه مناسب می‌تواند عضوی از گروه خواهری باشد. با این حال، برای تجزیه و تحلیل فیلوژنتیک وسیعتر، می‌توان از گونه‌های با ارتباط کمتر هم استفاده کرد. به عنوان مثال، جارویس و همکاران در سال (۲۰۱۴) هنگام حل شاخه‌های اولیه فیلوژنی پرندگان از انسان و تمساح به عنوان برون گروه استفاده کرد. در فیلوژنتیک مولکولی، شرط دوم معمولاً به این صورت بیان می‌شود: توالی‌های DNA یا پروتئین از برون گروه باید بتوانند به صورت موفقیت‌آمیز با توالی‌های گونه‌های درون گروه تراز شوند؛ اگرچه رویکردهای الگوریتمی برای شناسایی برون گروه‌ها با بیشترین بهینگی وجود دارد، اما اغلب با خطا در بازتاب ماهیت کمی و پیوسته برخی از حالات صفات مواجه می‌شوند"برخی صفات گسسته و کیفی نیستند و نمی‌توان آنهارا در روش‌های الگوریتمی ای مثل روش جفت گروه بدون وزن با میانگین حسابی بررسی کرد. حالتهای صفات، ویژگی‌هایی اند که یا اجدادی باشند یا مشتق شده باشند که بر ساختار الگوهای انشعابی در درخت فیلوژنتیک تأثیر می‌گذارند.