جهش
جهش ، یک تغییر ژنتیکی است که صفات زیستی برخی از افراد یک گونه را تغییر می‌دهد. به عبارت دقیق‌تر، جهش‌ها تغییراتی ماندگار در توالی نوکلئوتید هستند. جهش‌ها می‌توانند در هر بخشی از دی‌ان‌ای رخ دهند.
انتخاب طبیعی
به‌وجود آمدن گونه‌های تازه نیازمند جفت‌گیری به صورت انتخابی است زیرا این روند باعث کاهش جریان ژن می‌شود (جریان ژن همان انتقال آلل‌های ژن از یک جمعیت به جمعیتی دیگراست. به آن مهاجرت ژن نیز می‌گویند). جفت‌گیری انتخابی به عنوان مثال، می‌تواند در اثر تغییر محیط فیزیکی (مثلاً در اثر جدایی فیزیکی یک گروه بدنبال ایجاد یک سد خارجی) یا در اثر انتخاب جنسی رخ دهد. باگذشت زمان زیر گروه‌های ایجاد شده ممکن است چنان متفاوت گردند که گونه‌های تازه‌ای را تشکیل دهند. این تفاوت‌ها می‌تواند در اثر اختلاف فشارهای انتخابی روی زیرگروه‌های مختلف، بروز جهش‌های جدید در زیر گروه‌ها یا اثر بنیان‌گذار (کاهش تنوع ژنتیک در اثر ایجاد یک جمعیت جدید از تعداد بسیار اندکی از افراد) به وجود آیند. تغییرات ژنتیک به وجود آمده در زیر گروه‌ها، ناهمگونی بین ماده ژنتیکی دو زیرگروه را افزایش می‌دهد و به همین دلیل جریان ژن بین گروه‌ها کم می‌شود. هنگامی که جهش‌های شناخته شده‌ای که نمایشگر خصوصیات هر زیرگروه هستند به حالت تثبیت شده‌ای برسند، جریان ژن به صورت عملی متوقف خواهد گردید. باید در نظر داشت که حتی تعداد اندکی جهش نیز می‌تواند به ایجاد گونه‌های تازه بینجامد و برای چنین تغییری حتی بروز دو جهش نیز می‌تواند کافی باشد. تصور کنید که یک جهش که اثری مثبت یا خنثی بروی اعضای یک گروه دارد رخ دهد و جهش مثبت یا خنثی دیگری نیز درون اعضای دیگر گروه بوقوع بپیوندد. حال تصور کنید که این جهش‌ها که به خودی خود سودمند یا بی‌اثرند، در صورت حضور هم‌زمان در یک ارگانیسم مضریا کشنده باشند. این مشکل مانعی برای زاد و ولد بین دو گروه خواهد بود. اگر ژن‌های نامبرده در این دو گروه حالت تثبیت شده‌ای پیدا کنند، دو گروه جمعیتی که از نظر تولید مثلی مجزا هستند تشکیل خواهند گردید. بر پایه تعریف زیست شناختی گونه‌ها، این دو گروه دو گونه مجزا را تشکیل خواهند داد.