شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
شاه اسماعیل دوم
خشونت اسماعیل، طرد پریخان خانم دختر قدرت‌طلب و بانفوذ شاه تهماسب، طرز رفتار وی با قزلباشان و مخالفان خود و همچنین به عقیده برخی از مورخان گرایش نهان وی به تسنن، باعث گردید عده‌ای از سرداران قزلباش توطئه‌ای ترتیب داده و وی را در سن ۴۳ سالگی مسموم کردند. شاه اسماعیل دوم را یک روز پس از مرگ در امام‌زاده شاهزاده حسین قزوین دفن کردند. پس از او شاه محمد خدابنده به عنوان چهارمین شاه صفوی به سلطنت رسید. پیگیری نشدن و ناگهانی بودن مرگ شاه توسط مقامات رسمی و امرا موجب ابهام در مورد قتل وی از نظر مردم شد به همین دلیل پس از مرگ وی در سال‌های بعد چهار نفر به دروغ خود را شاه اسماعیل خوانده و در پی به دست گرفتن قدرت برآمدند.