همدان
بعد از انقراض مادها همدان هر چند مرکزیت نخستین را از دست داد ولی به عنوان یکی از سه پایتخت هخامنشیان مورد توجهٔ خاص بود. وجود کتیبه‌های گنج‌نامه بقایای ستون‌های سنگی کاخ‌های هخامنشی، جام‌ها و الواح زرین و سیمین به دست آمده از همدان، حاکی اهمیت این منطقه در دورهٔ هخامنشی‌است.
بابل (دولت‌شهر)
شاهنشاهان هخامنشی در ابتدا تلاش کردند که برنامه‌های مذهبی ایجاد شده برای خدای مردوک را ادامه دهند؛ ولیکن در زمان داریوش سوم مالیات‌های بالا و فشار جنگهای پشت سر هم، باعث از رونق افتادن و خراب شدن زیر ساختهای بابل شد. در این زمان شورشهای زیادی علیه هخامنشیان شد که از جمله در ۵۲۲ قبل از میلاد، ۵۲۱ پیش از میلاد و ۴۸۲ قبل از میلاد بود؛ ولیکن شاهان هخامنشی تمامی این شورشها را سرکوب کردند و این شهر تا زمان حمله اسکندر مقدونی در دست آن‌ها باقی‌ماند.