دانشگاه‌های تهران
آموزش عالی مدرن ایران با تأسیس دارالفنون (۱۲۳۰ خ) توسّط امیرکبیر در تهران آغاز شد. پس از آن در سال ۱۳۱۳ خ. در دورهٔ رضاشاه اولین مرکز آکادمیک و مدرن آن زمان در سال ۱۳۰۰ یعنی دانشکده افسری تأسیس گردید و پس از آن به همّت افرادی چون محمود حسابی و علی‌اصغر حکمت، دانشگاه تهران ایجاد شد. هم‌اکنون در بین دانشگاه‌های سطح یک وزارت علوم دانشگاه‌های تهران، صنعتی شریف، دانشگاه علامه طباطبایی، علم و صنعت ایران، صنعتی امیرکبیر، دانشگاه صنعتی خواجه نصیرالدین طوسی، دانشگاه تربیت مدرس، دانشگاه هنر تهران و دانشگاه شهید بهشتی در شهر تهران قرار دارند. دانشگاه‌های علوم پزشکی دولتی موجود در تهران عبارتند از: دانشگاه‌های علوم پزشکی ایران، تهران، شهید بهشتی و بقیةالله. دانشگاه آزاد اسلامی نیز در مرداد ۱۳۶۱ خ. با ایجاد واحد تهران مرکزی شروع به کار کرد. سپس به‌تدریج واحدهای تهران جنوب، تهران شمال، تهران شرق، تهران غرب و علوم و تحقیقات تهران تأسیس شدند. پس از دانشگاه آزاد، دانشگاه پیام نور در مهر ۱۳۶۷ خ. با هدف آموزش عالی از راه دور تأسیس شد؛ و بالاخره در سال ۱۳۷۲ نیز دانشگاه جامع علمی کاربردی، با هدف یکسان کردن مدارک و نحوه آموزش مورد تأیید مراکز آموزش دولتی وابسته به سازمانها که به آموزش عالی می‌پرداختند تشکیل گردید.
وزارت علوم، تحقیقات و فناوری
از سال ۱۲۹۸ هجری قمری با استقلال مدرسه طب از دارالفنون، به تدریج در طول سال‌های بعد رشته‌های متعددی از آن جدا شدند (مواردی مانند مدرسه عالی فلاحت، مدرسه تجارت، دارالمعلمان عالی و مدرسه دامپزشکی). از سال ۱۳۰۷ اندیشه ایجاد دانشگاه در کشور مطرح شد و از سال ۱۳۱۰ مطالعات اولیه در این زمینه آغاز شد. در سال ۱۳۱۳ با تصویب قانون تأسیس دانشگاه، دانشگاه تهران تشکیل شد و برای آن شماری دانشکده (شامل طب، حقوق و علوم سیاسی و اقتصادی، فنی، ادبیات، علوم معقول و منقول، و علوم) منظور شد. در قانون پیش بینی شده بود، مؤسساتی مانند دانشسرای عالی نیز به آن ملحق شود و چون دانشگاه دارای محل ثابتی نبود از محل دانشسرای عالی برای ایجاد دانشکده‌های ادبیات و علوم استفاده شد و دانشکده های طب و حقوق در محل‌های دیگری بودند.