سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
لینوکس
برخی توزیع‌ها همچون دبیان (Debian) با فلاپی دیسک نیز قابل نصب هستند. پس از نصب ابتدایی، بیشتر نرم‌افزارها از طریق اینترنت و لوح فشرده قابل بارگذاری و نصب هستند.