توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
گرامر مستقل از متن تصادفی
گرامرهای مستقل از متن در مدل کردن ساختار دوم آران‌ای بسیار خوب عمل می‌کنند. ساختار دوم آران‌ای شامل نوکلئوتیدهایی است درون یک مولکول تک رشته‌ای آران‌ای که مکمل یکدیگرند و جفت باز تشکیل می‌دهند. این جفت شدن بازها از لحاظ زیست‌شناسی دارای اهمیت هستند، زیرا با عملکرد آران‌ای در ارتباط‌اند. اکثر این جفت بازها می‌توانند در یک گرامر مستقل از متن نشان داده شوند(یک استثنا مهم، شبه گره‌ها هستند). به عنوان مثال، گرامر زیر را در نظر بگیرید که در آن a، c، g و u نشان دهندهٔ نوکلئوتیدها هستند و S سمبل شروع و تنها ناپایانهٔ گرامر است: این گرامر مستقل از متن ساده مولکول آران‌ایی را نشان می‌دهد که کلاً از دو نوع ناحیه مکمل ساخته شده‌است و تنها جفت بازهای A-U و C-G در آن وجود دارند. با اضافه کردن احتمال به گرامرهای مستقل از متن پیچیده‌تر، می‌توان جفت بازهای بیشتر و الگوهای پیچیده‌تر یک مولکول آران‌ای را مدل کرد.