سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
انتقاد از دسکتاپ لینوکس
پشتیبانی از درایور بی‌سیم یک منطقه مشکل برای لینوکس بوده‌است. در یک زمان بسیاری از درایورها مفقود شده بودند و کاربران باید از راهکارهایی مانند ndiswrapper استفاده کنند که از درایورهای ساخته شده برای سیستم عامل ویندوز استفاده می‌کند. Broadcom به ویژه به دلیل عدم رها کردن رانندگان مورد انتقاد قرار گرفت. این مسئله همچنین با استخراج سیستم عامل اختصاصی برای استفاده در لینوکس حل شده‌است. Broadcom از آن زمان درایورهای رایگان و منبع باز را برای هسته لینوکس منتشر کرده‌است و مشکلات مربوط به تراشه‌های مدرن Broadcom را از بین می‌برد.