زیست‌فناوری
پیشینهٔ به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای تولید مواد خوراکی مانند نان، سرکه، آبجو، ماست، شراب و پنیر به بیش از ۸ هزار سال پیش برمی‌گردد. نقش میکروارگانیسم‌ها در تولید الکل و سرکه در سدهٔ پیش زمانی کشف شد که گروهی از بازرگانان فرانسوی در جستجوی روشی بودند تا از ترش‌شدن شراب و آبجو هنگام جابه‌جایی آن‌ها با کشتی به نقاط دور جلوگیری کنند. آنان از لویی پاستور درخواست کمک کردند. لویی پاستور پی‌برد که مخمرها در خلأ قند را به الکل تبدیل می‌کنند. این فرایند تخمیر بی‌هوازی نام دارد؛ و نیز دریافت که ترشیدگی و آلودگی بر اثر فعالیت باکتری‌هایی است که الکل را در حضور اکسیژن به اسید استیک تبدیل می‌کنند.
میکروبیولوژی
باکتری‌ها را می‌توان جهت تولید صنعتی آمینواسیدها مورد استفاده قرار داد. گونه باکتریایی "Corynebacterium glutamicum"، یکی از مهم ترین گونه‌های باکتریایی است که تولید آمینو اسیدهای سالانه آن به بیش از دو میلیون تن می‌رسد، که عمدتاً شامل L-گلوتامات و L-لیزین است. از آنجا که برخی از باکتری‌ها قادر به سنتز آنتی‌بیوتیک اند، می‌توان از آن‌ها جهت مصارف پزشکی بهره برد، همچون پیچیده‌قارچ‌ها که جهت تولید آنتی‌بیوتیک‌های آمینوگلیکوزیدی ازشان استفاده می‌شود.