همدان
بعد از انقراض مادها همدان هر چند مرکزیت نخستین را از دست داد ولی به عنوان یکی از سه پایتخت هخامنشیان مورد توجهٔ خاص بود. وجود کتیبه‌های گنج‌نامه بقایای ستون‌های سنگی کاخ‌های هخامنشی، جام‌ها و الواح زرین و سیمین به دست آمده از همدان، حاکی اهمیت این منطقه در دورهٔ هخامنشی‌است.
استان خوزستان
در سال ۵۵۸ پیش از میلاد پادشاهی کوروش بزرگ (کوروش دوم) در انشان (فارس) و خوزستان آغاز شد و پایتخت هخامنشیان به شوش منتقل شد.