انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
هسته لینوکس
به دلیل اختلافات موجود بین صدها پیاده‌سازی مختلف سیستم عامل لینوکس، اشیاء اجرایی، حتی اگر آنها برای اجرا در یک معماری سخت‌افزاری خاص کامپایل، مونتاژ و پیوند شده باشند (یعنی آنها از ISA سخت‌افزار هدف استفاده می‌کنند)، اغلب نمی‌توانند در توزیع‌های مختلف لینوکس اجرا شوند. این مسئله عمدتاً به دلیل تنظیمات خاص توزیع و مجموعه ای از تکه‌های اعمال شده بر روی کد هسته لینوکس، تفاوت در کتابخانه‌های سیستم، خدمات (Daemons)، سلسله مراتب سیستم فایلها و متغیرهای محیطی است.