دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
شاه اسماعیل دوم
خودسری و ناسازگاری با محمدخان شرف‌الدین اوغلی حاکم هرات، دستور جمع‌آوری سپاه از طوایف و برنامه‌ریزی برای لشکرکشی به عثمانی با توجه به پیمان آماسیه، محبوبیت شاه اسماعیل دوم پس از پیروزی‌های مختلف بر عثمانی‌ها، حسادت یا نگرانی شاه تهماسب از ترس گرفتن منصب پادشاهی توسط اسماعیل میرزا و به ستوه آمدن شاه از ولنگاری و عیاشی‌های شاهزاده اسماعیل باعث گردید، شاه تهماسب پسرش اسماعیل را از هرات به قزوین بیاورد و دوباره محمد خدابنده را به جای وی به هرات بفرستد. دستور آوردن اسماعیل میرزا از هرات توسط سوندوک‌بیگ افشار اجرا گردید. معصوم‌بیگ صفوی وزیر اعظم شاه وی را در ساوه تحویل گرفت و به قلعه قهقهه برد و زندانی کرد. در قزوین بسیاری طرفداران و هواخواهان شاهزاده اسماعیل نیز کور، اعدام یا تبعید شدند.