حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
ولایت فقیه
به‌طور کلی فقه سیاسی شیعه در دوران معاصر در دو بنیاد متفاوت پیشرفت یافته‌است، نخست اندیشه‌گران مخالف ولایت سیاسی فقیهان که مرتضی انصاری مهم‌ترین نمایندهٔ آنان است و رهبران مذهبی مشروطه به ویژه محمدحسین نائینی نیز با رویکردی سلبی به دولت و تأیید شرعی مشروطه آشکارا از آن پشتیبانی می‌کنند و دوم اندیشه‌های مبتنی بر ولایت سیاسی فقیه که کاشف‌الغطاء و به‌ویژه صاحب جواهر و ملااحمد نراقی شاخص‌ترین چهره‌های آن هستند. روح‌الله خمینی و پیروان او نیز هر چند همچون دستهٔ دوم ولایت سیاسی فقیهان را می‌پذیرند اما ساختار کاملاً متفاوتی را برای آن پیشنهاد می‌دهند که موجب می‌شود ولایت فقیه نظام جمهوری اسلامی تفاوت آشکاری با ولایت سیاسی فقهایی چون صاحب جواهر و نراقی داشته باشد.