حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
نگرش‌های اسلامی به فرگشت
مرتضی مطهری نه تنها نظریه تکامل را ضدالهی نمی‌داند بلکه معتقد است که با اصل تکامل بهتر می‌توان دخالت قوه‌ای مدبر و هادی را در وجود موجودات زنده و هدفمداری جهان اثبات کرد. مطهری داستان خلقت بشر در قرآن را زبان سمبلیک می‌داند و مصباح یزدی به فرض صحت این نظریه خلقت انسان را معجزه می‌داند و می‌گوید هدف قرآن هدایت است نه علمی. علامه طباطبائی بر تدریجی بودن خلقت تأکید دارد اما انواع زیستی را مجزا می‌داند. علی مشکینی (در کتاب تکامل در قرآن) معتقد است زبان قرآن با علوم هماهنگ است و نظریه تطور انواع با توحید ناسازگار نیست.