الفبای فارسی
اساس الفبای فارسی با الفبای عربی یکی است، اما الفبای فارسی دارای چهار حرف است که واج‌های متناظر آن‌ها در عربی استاندارد وجود ندارد، از آنطرف «ة» (تاء مربوط) در الفبای فارسی وجود ندارد. یک خوش‌نویس به نام خواجه ابولمال، سه نویسهٔ پ ژ و چ را به الفبای عربی اضافه کرد و نویسهٔ گ نیز پس از چندی دگرگونی، به شکل کنونی درآمد. برخی از حروف فارسی با حروف متناظر خود در عربی متفاوت هستند؛ مثلاً حرف «ک» در فارسی در حالت پایانی یا به‌طور تنها، با سرکش نوشته می‌شود درحالی‌که این حرف در عربی در این دو حالت بدون سرکش به صورت «ك» نوشته می‌شود. هم‌چنین حرف «ی» در حالت پایانی در فارسی بدون نقطه است، اما در عربی با دونقطه در پایین («ي») نوشته می‌شود.
خط کوفی
با این همه هنوز کوفی برای خواندن بی‌غلط، به‌ویژه برای کسانی که عربی زبان مادری آن‌ها نبود کافی به نظر نمی‌رسید. چراکه هنوز هم تفاوت میان حروف مشابه مانند ب، ت، ث، ج، ح، خ، د، ذ، ر، ز، س، ش، ق، ف و مانند آن‌ها خواندن متن را دشوار می‌کرد. این مشکل با ابتکار «یحیی بن یعم» حل شد که بر روی حروف نقطه‌گذاری کرد و برای تمایز این نقطه‌ها از نقطه‌هایی که پیش از آن برای زیر و زبر به‌کار می‌رفت قرار شد که این نقطه‌ها با دوایر کوچک یا خطوط مورب نازک به رنگ سیاه گذارده شوند، افزون بر این ترتیب حروف نیز دستخوش تغییر شد و حروف الفبا بر مبنای ابتثی (ا، ب، ت، ث٬...) منظم شد. سپس «خلیل ابن احمد فراهیدی» (۱۰۰–۱۷۰ ه‍.ق) علائمی را شامل فتحه، ضمه، کسره، سکون، تشدید، مد، همزه و تنوین پیشنهاد کرد. هرچند کتابت قرآن به صورت اولیه و بدون اعراب و اعجام یا با نقطه‌های ابوالاسودی تا سدهٔ ششم نیز کم و بیش به چشم می‌خورد، اما این ابتکارات در سرتاسر سرزمین‌های اسلامی به سرعت همه‌گیر شد.