سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
قتل‌های زنجیره‌ای ایران
دادگاه قتل‌های زنجیره‌ای پس از توقیف مطبوعات در بهار ۷۹، دستگیر و زندانی کردن روزنامه‌نگاران پیگیر موضوع (اکبر گنجی و عمادالدین باقی) بدون حضور هیئت منصفه و در حالی که خانوادهٔ مقتولان در اعتراض به نحوهٔ رسیدگی در جلسات دادگاه، حضور نیافتند، با محکوم کردن عوامل وزارت اطلاعات به چند سال زندان، بسته شد. سعید امامی نیز که اعلام شده بود که متهم اصلی این پرونده است، به طرز مشکوکی در مدت بازداشت درگذشت.