آیین مانوی
مانی که در دوران فرمانروایی شاپور یکم ظهور کرده بود در پیشگاه وی حاضر شد و با ارائهٔ کتاب دینی خود به زبان پارسی بنام شاپورگان از وی اجازهٔ تبلیغ گرفت. خود مانی در کفالایا بیان می‌کند زمانی که در هندوستان بود خبر درگذشت اردشیر بابکان را شنیده و به سرعت بسوی ایران آمده تا دین خود را بر شاپوریکم عرضه دارد. در دورهٔ یکساله پادشاهی هرمز یکم که جانشین شاپور ساسانی بود نیز مخالفتی با وی نشد ولی در دورهٔ بهرام یکم به دلیل مخالفت شدید روحانیون زردشتی، تحت تعقیب قرار گرفته کشته شد و پیروانش نیز اسیر پیگرد و ایذاء گشتند.
آیین مانوی
در دوران اسلامی مانویان با عنوان زندیق شناخته می‌شدند و کشتن آن‌ها نیز در دوره خلافت عباسیان سفارش شده‌بود. چند مورد از بزرگ‌ترین کشته شدگان مانوی آغاز اسلام را می‌توان نام برد که شامل ابن مقفع، ابن ابی العوجا، صالح بن عبدالقدوس، محمد بن سعید بن حسان، حسین منصور حلاج و افشین است که همگی به اتهام زندقه و مانوی‌گری کشته شدند. در این دوره با وجود نابود شدن جوامع مانوی در بسیاری مناطق نویسندگان مسلمان بیش از پیشینیان به بررسی و بیان آراء مانویان پرداختند و کتاب‌های بسیاری دربارهٔ آن‌ها نوشته شد که تقریباً همگی در مذمت مانویه بود. از بزرگترین نویسندگانی که به دین مانوی پرداختند می‌توان به مسعودی، ابن ندیم، ابوریحان بیرونی، شهرستانی را می‌توان نام برد که بیرونی و ابن ندیم نویسنده کتاب الفهرست مطالب مفیدتری در اختیار پژوهشگران قرار دادند و از تعصب کمتری نیز برخوردار بوده‌اند.