حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
جواهرالکلام
مکتب فقهی که محمد حسن از آن پیروی می‌کرد و تا زمان شاگرد برجسته وی، شیخ انصاری نیز کماکان ادامه داشت وارد کردن قواعد اصولی در شیوه استنباط و اجتهاد است. در مقابل مکتب فقهی جواهر اخباری گری قرار داشت که معتقد بود یگانه منبع استنباط فقه شیعه باید کتاب و سنت باشد؛ و وارد کردن قاعده‌های اصولی برای عمل اجتهاد امری باطل است. در دوره ای که ایشان می‌زیسته‌اند بتدریج جریان اخباری گری رواج پیدا می‌کند. کتاب جواهر به عنوان نماینده تفکر اصولی و نیز اجتهاد اصولی دقیقاً در مقابل کتاب حدائق الناظره شیخ یوسف بحرانی قرار می‌گیرد.