انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
هسته لینوکس
این که آیا مورد نیاز است (برای مثال، برای دسترسی به دستگاه‌های بوت یا سرعت) می‌تواند به هسته هسته تبدیل شود، این به معنی ساختن سیستم عامل به vmlinux است. با این حال، این همیشه گزینه ای مناسب برای مسائل فنی یا حقوقی نیست (به عنوان مثال، اجازه نمی‌دهد سیستم عامل‌هایی که غیر GPL سازگار باشند) مجاز باشند.