سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
فریدون فرخزاد
ایرج مصداقی، فعال سیاسی و زندانی سیاسی سابق، نیز در گفتگویی که به مناسبت نوزدهمین سالگرد درگذشت فریدون فرخزاد با رادیو فردا انجام داد، گفت به باور او کشته‌شدن فرخزاد «قطعاً به دست عوامل وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی» انجام شده بود. مصداقی برای دفاع از نظریهٔ خود قتل‌های زنجیره‌ای انجام‌شده در ایران را مثال می‌آورد و تأکید می‌کند در این شکل قتل‌ها، عوامل اطلاعاتی قربانی را به اصطلاح رایج میان خود «کاردی» می‌کردند، اتفاقی که دقیقاً در مورد فرخزاد نیز انجام شد و الگوی قتل بسیاری از مخالفان دیگر از جمله «داریوش و پروانه فروهر و کوروش آریامنش (رضا مظلومان) و…» در این مورد نیز تکرار شد.