انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
لکه دودویی
در هر صورت، هسته لینوکس حاوی لکه‌های دودویی زیادی است که عمدتاً firmware متن‌بسته‌ای هستند که مورد نیاز درایورهای انحصاری هستند. الکساندر اولیوا که مسئول نگهداری از هسته لینوکس-لیبره است (نسخه‌ای از لینوکس که عاری از لکه‌های دودویی است)، در سال ۲۰۱۱ گفت «لینوکس از سال ۱۹۹۶ دیگر یک نرم‌افزار آزاد نبوده، وقتی که آقای توروالدز قبول کرد که اولین جز غیر آزاد وارد هسته‌ای که سال ۱۹۹۱ منتشر می‌کرد، شود، در طی سال‌ها، همان‌طور که این هسته با ضریبی از ۱۴ رشد می‌کرد، مقدار firmware غیر آزادی که مورد نیاز درایورهای انحصاری بودند، با ضریب ۸۳ رشد می‌کردند. ما کاربران نرم‌افزار آزاد، باید متحد شویم تا این روند را برعکس کنیم، و لینوکس-لیبره می‌تواند به عنوان بخشی از راه حل باشد که ویرایش linux-libre-4.2-gnu آن اخیراً توسط FSFLA منتشر شده‌است.