بابل (دولت‌شهر)
گفته می‌شود بابل چهار ماه در سال خواربار دربار هخامنشی را تأمین می‌کرده و احتمالاً پایتخت زمستانی هخامنشیان اولیه بوده‌است؛ به این خاطر شمار فراوانی از ایرانیان در سمت‌هایی مانند قاضی، مقام حکومتی، و از دوره پیش از داریوش بزرگ، به عنوان مالک و زمیندار در بابل مسکن گزیدند. بابل احتمالاً مهم‌ترین شهر شاهنشاهی ایران در آن زمان به‌شمار می‌آمده و در اوایل دهه ۴۹۰ پیش از میلاد کاخ تازه‌ای برای ولیعهد ایران در این شهر ساخته شد.
توس
از نوشته‌های مورخان یونانی برمی‌آید که در دورهٔ هخامنشیان شهر توس به نام «سوسیا» (Susia) یاد می‌شد و یکی از پایتختهای ایالت پارت در شمال شرقی ایران و منطبق بر استان خراسان امروزی بوده‌است: برخی از محققان بر این باورند که سوسیا همان توس امروزی است.