دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
شاه اسماعیل دوم
شاه تهماسب صفوی ۲۳ سال پیش از ازدواج اسماعیل میرزا از تمام کارهای خلاف شرع توبه کرده بود و در رعایت امور اعتقادی و دینی بسیار حساس شده بود. اسماعیل میرزا نیز به اقتضای سن و سال جوانی پیوسته در مراسم‌ها و مجالس بزم شرکت می‌کرد و نسبت به تعصبات مذهبی پدر بی‌اعتناء بود. رفتارهای اسماعیل میرزا نهایتاً احساس مذهبی پدر را جریحه‌دار کرد. رفتار اسماعیل میرزا باعث شد شاه تهماسب از اقامت بیشتر شاهزاده در دربار قزوین، دلخوش و راضی نباشد لذا اسماعیل میرزا را در ۳ آوریل ۱۵۵۶ میلادی به هرات می‌فرستد تا به جای برادر بزرگترش محمد خدابنده، حکمران آنجا گردد. محمد خدابنده از سال ۱۵۳۵–۱۵۳۶ میلادی حکمران هرات بود و محمدخان شرف‌الدین اوغلی امیرالامرای هرات از طایفه تکلو به عنوان لله او منصوب شده بود. اسماعیل میرزا در آغاز ژوئن وارد هرات می‌گردد؛ ولیعهد (محمد خدابنده) نیز به استقبال اسماعیل میرزا می‌رود. اسماعیل میرزا به فرمان شاه تهماسب یکم با علی سلطان تکلو به هرات رفت. علی سلطان تکلو مأمور بود که وی را به محمدخان شرف‌الدین اوغلی امیرالامرای هرات بسپارد و محمدمیرزا (بعداً شاه محمد خدابنده) را با خود به قزوین (پایتخت) آورد.