آیین مانوی
مانی که در دوران فرمانروایی شاپور یکم ظهور کرده بود در پیشگاه وی حاضر شد و با ارائهٔ کتاب دینی خود به زبان پارسی بنام شاپورگان از وی اجازهٔ تبلیغ گرفت. خود مانی در کفالایا بیان می‌کند زمانی که در هندوستان بود خبر درگذشت اردشیر بابکان را شنیده و به سرعت بسوی ایران آمده تا دین خود را بر شاپوریکم عرضه دارد. در دورهٔ یکساله پادشاهی هرمز یکم که جانشین شاپور ساسانی بود نیز مخالفتی با وی نشد ولی در دورهٔ بهرام یکم به دلیل مخالفت شدید روحانیون زردشتی، تحت تعقیب قرار گرفته کشته شد و پیروانش نیز اسیر پیگرد و ایذاء گشتند.
گندی‌شاپور (شهر)
مانی پیامبر ایرانی در همین شهر بدار آویخته شد و پیکر او را بر دروازه آویختند و از آن به بعد آن دروازه تا ادوار اسلامی بنام دروازهٔ مانی نامیده می‌شده‌است. دیگر از رویدادهای مهم تاریخی در این شهر قیام انوشکزاد فرزند خسرو انوشیروان را بر ضد پدر می‌توان نام برد. انوشکزاد که در دامان مادری مسیحی پرورش یافته بود با تکیه به نیروی مسیحیان و گروهی از سپاهیان و بازرگانان قیام پردامنه‌ای را آغاز کرد اما سرانجام مغلوب شد و قیام بشدت سرکوب گردید. در این شهر ضرابخانهٔ بزرگی قرار داشت و اکثر سکه‌های یزدگرد سوم در این شهر و ناحیهٔ سیستان ضرب گردیده‌اند. دروازه‌های شهر در حدود سال هیجدهم هجری باوساطت یکی از ایرانیان تازه مسلمان بر روی اعراب گشوده شد و شهر از ویرانی و انهدام نجات یافت، بدین ترتیب تا اوایل دوران خلفای عباسی این شهر به حیات اجتماعی خود ادامه داد. گندی‌شاپور در قرون سوم و چهارم هجری که بر اهمیت بغداد افزوده شد، به تدریج موقعیت خود را از دست داده، به ویرانی گرائید از این شهر بزرگ ساسانی فعلاً هیچ آثاری بر جای نمانده و بزحمت بقایای مختصری از خرابه‌های آن در نزدیکی رود کارون می‌توان مشاهده کرد.