دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
ایران صفوی
مشکل چگونگی داخل کردن سازمان صوفی طریقت صفویه؛ که شاه مرشد کامل (هدایت‌کنندهٔ عالی معنوی) اش بود، در حکومت از آغاز حکومت صفوی در ۹۰۷/۱۵۰۱ حاد باقی‌مانده بود. از آنجا که پیشینیان شاه عباس نتوانسته بودند این نظام مذهبی را در دیوان سالاری دولتی ادغام کنند، سازمان صوفی بدل به چیزی مربوط به گذشته شده بود که به طرزی فزاینده معنای خود را از دست می‌داد. اعتبار خلیفه الخلفا، رئیس این سازمان پس از شاه که گاه‌وبیگاه اقتدار شاه را به چالش می‌گرفت نیز چنین بود. چنین چالش‌هایی معمولاً با توسل شاه به اصول صوفیگری حل می‌شد و آزمونی از وفاداری به خود او بود؛ بنابراین شاهان صفوی تبعیت تلویحی مرید از پیر را از صحنهٔ مذهبی به سطحی سیاسی، به صورتی از رأی اعتماد به خودشان به عنوان پادشاه، منتقل کرده بودند. در اوایل حکمرانی شاه عباس اول (۹۹۸/۱۵۹۸–۹۹) صوفیان آخرین چالش جدی خود را نسبت به اقتدار شاه وارد کردند و سرکوب شدند. شاه زان پس تلاش کرد اهمیت شان را با نادیده گرفتنشان و تحقیر آنان کم کند.