خصلت آروماتیکی
نقطه ذوب برای مشتق‌های بنزن، نسبت به ترکیب‌های آلیفاتیک مشابه، بالاتر است. به نظر می‌رسد در این دسته از ترکیب‌ها به علت شکل‌گیری ساختارهای متقارن‌تر این اتفاق رخ می‌دهد. به طریق مشابه، بنزن‌های دو استخلافی پارا متقارن‌تر از ایزومرهای مشابه اورتو و متا می‌باشند و از این رو در دماهای بالاتری ذوب می‌شوند. نقطه جوش عمدتاً تحت تأثیر قطبت است. برای مثال نقطه جوش دی کلروبنزن از ممان دو قطبی آن‌ها تبعیت می‌کند. پارا- دی بروموبنزن متقارن است و ممان دو قطبی صفر دارد و نقطه جوش کمتری نسبت به متا-دی‌بروموبنزن را داراست. نفاط جوش آنلین و فنول نیز به علت ایجاد پیوندهای هیدروژنی (هرچند مختصر) نسبت به ترکیب‌ها هم وزن خود بالاتر است.
جفت‌باز
مولکول‌های جفت شدهٔ دی‌ان‌ای و آران‌ای در دمای اتاق نسبتاً پایدار هستند اما در دمای ذوب دو شاخهٔ نوکلئوتید از هم جدا می‌شوند و این موضوع به طول مولکول، تعداد جفت شدن‌های اشتباه (البته اگر وجود داشته باشد) و تعداد ترکیبات GC دارد. تعداد بیشتر ترکیبات GC باعث بالا رفتن دمای ذوب می‌شود؛ بنابراین، دور از ذهن نیست که بگوییم ژنوم جانوران سخت‌بوم‌زی مانند گرماپای گرمادوست در اصل غنی از GC می‌باشد. از طرفی، محدوده‌هایی از ژنوم که لازم است بارها جدا شوند _به عنوان مثال، محدوده‌های راه انداز رونویسی ژن_ نسبتاً ترکیبات GC کمتری دارند. ترکیبات GC و دمای ذوب باید به هنگام آماده‌سازی مقدمات واکنش‌های PCR اندازه‌گیری شوند.