سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
قتل‌های زنجیره‌ای ایران
ناصر زرافشان در اسفند ماه سال ۱۳۷۹ خورشیدی، پس از قبول وکالت خانواده‌های قربانیان قتل‌های زنجیره‌ای، در اواخر آذر ۱۳۷۹، ۱۰ روز قبل از برگزاری دادگاه متهمان، به اتهام «افشای اسرار پرونده و تشویش اذهان عمومی» بازداشت شد و از سوی سازمان قضایی نیروهای مسلح به ۵ سال زندان و ۵۰ ضربه شلاق محکوم شد.