کشاورزی
خاک ورزی به معنای شکست خاک با ابزارهایی مانند گاوآهن یا کلوخ‌شکن جهت آماده‌سازی آن برای کاشت، ترکیب مواد مغذی یا کنترل آفات است. شدت خاک ورزی می‌تواند از حدود متعارف تا بدون خاک ورزی (حفاری مستقیم) متغیر باشد. خاکورزی می‌تواند با گرم کردن خاک، ترکیب کود و کنترل علف‌های هرز، بهره‌وری را افزایش دهد، اما خاک را مستعد فرسایش می‌کند، باعث تجزیه مواد آلی آزاد کننده CO می‌شود و فراوانی و تنوع ارگانیسم‌های خاکی را کاهش می‌دهد. کنترل آفات شامل مدیریت علف‌های هرز، حشرات، کنه‌ها و بیماری‌ها است. برای اینکار از روش‌های شیمیایی (سموم دفع آفات)، بیولوژیکی (کنترل بیولوژیک)، مکانیکی (خاکورزی) و فرهنگی استفاده می‌شود. روش‌های فرهنگی عبارتند از: تناوب زراعی، کاشت گیاهان پوشش دهنده، کشت مخلوط، کمپوست سازی، اجتناب و مقاومت می‌باشد. مدیریت تلفیقی آفات سعی دارد تا از همه این روش‌ها برای پایین نگه داشتن جمعیت آفات کمک بگیرد به گونه ای که ضرر اقتصادی قابل قبول بوده، و آفت کشها را به عنوان آخرین چاره توصیه می‌کند.
گیاهان تراریخته
با توجه به اینکه موجودات زنده مختلف، صفات و خصوصیاتی دارند که به آنها توانایی ویژه‌ای می‌دهد که بتوانند برخی شرایط نامساعد محیطی را بهتر تحمل و مدیریت کنند یا در برابر آفات و بیماری‌های خاصی مقاومت داشته‌باشند، و عطف به اینکه این خصوصیات، از ژن‌هایی که در این موجودات یافت می‌شود، ناشی می‌شود، هدف از روش‌های مهندسی ژنتیک، استفاده از این قابلیت‌ها برای بهبود گیاهان زراعی است. به عنوان مثال، گیاهان بیابانی و شورپسند، قابلیت رشد در شرایط بسیار سخت و کم‌آب بیابان‌ها را دارا هستند. این قابلیت که ناشی از ژن‌های آنهاست که در طول میلیون‌ها سال تکامل به دست آورده‌اند، می‌تواند از طریق روش‌های مهندسی ژنتیک در اصلاح گیاهان زراعی مورد استفاده قرار گیرد. این ویژگی‌ها معمولاً در گیاهان زراعی یافت نمی‌شود تا به کمک روش‌های اصلاح نژاد مرسوم و سنتی بتوان آنها را به گیاهان زراعی منتقل کرد. به همین دلیل، یافتن، جداسازی و انتقال ژن یا ژنهای عامل این ویژگی‌ها، که گاهی در گیاهان غیر هم‌خانواده یا حتی موجود زندهٔ دیگر مانند یک گونهٔ باکتری موجود می‌باشد، از طریق روشهای متداول اصلاح نباتات محقق نخواهد شد. از این رو، در استفاده از این قابلیت باید دستهٔ دیگری از روش‌های اصلاحی را مورد استفاده قرار داد که به روش‌های ژنتیک مولکولی و مهندسی ژنتیک معروف شده‌اند.