ریچارد استالمن
سیستم گنو/ لینوکس که همچنین هستهٔ لینوکس توسعه داده شده توسط لینوس توروالدز را به کار می‌برد، در رایانه‌های بسیاری استفاده می‌شد و هم‌اکنون در فروشگاه‌های کوچک رایانه نیز به صورت از پیش نصب شده فراهم می‌باشند. هر چند توزیع‌کنندگان این سیستم‌ها گاهی تفکر آزادی را که نرم‌افزار آزاد را مهم می‌سازد، نادیده گرفتند، و حتی نرم‌افزارهای غیر آزاد را در سیستم‌هایشان قرار دادند. به همین دلیل است که استالمن از اواسط دههٔ ۱۹۹۰ میلادی، بیشتر وقت خود را در حمایت سیاسی از نرم‌افزار آزاد و گسترش تفکرات اخلاقی این جنبش صرف کرد، و همچنین به عنوان مبارز در برابر ثبت اختراع نرم‌افزار و قوانین توسعه خطرناک حق نشر بود.
سیستم‌عامل ابررایانه
در اواسط دهه ۱۹۹۰، علی‌رغم سرمایه‌گذاری موجود در سیستم عامل‌های قدیمی، روند استفاده از سیستم‌های مبتنی بر یونیکس بود که استفاده از رابط‌های گرافیکی کاربر تعاملی (GUI) را برای محاسبات علمی در چندین سیستم عامل تسهیل کرد. حرکت به سمت سیستم عامل کالایی مخالفانی داشت که سرعت و تمرکز توسعه لینوکس را به عنوان مانع اصلی در برابر پذیرش دانستند. همان‌طور که یکی از نویسندگان نوشت: «به احتمال زیاد سرعت Linux گرفته خواهد شد، اما اکنون سیستم‌های مقیاس بزرگی داریم». با این وجود، این روند همچنان در حال شتاب گرفتن بود و تا سال ۲۰۰۵، تقریباً همه ابر رایانه‌ها از برخی سیستم عامل‌های یونیکس مانند استفاده می‌کردند. این انواع یونیکس شامل IBM AIX، سیستم منبع باز لینوکس و سایر سازگاری‌ها مانند UNICOS از Cray بود. با پایان قرن بیستم، برآورد می‌شد که لینوکس بالاترین سهم از حوزه ابر رایانه را داشته باشد.