سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
هسته لینوکس
پشتیبانی از سیستم‌های مختلف پرونده نیز در اولویت قرار داشته‌است. هسته می‌تواند چندین سیستم پرونده ای را کار کند، برخی از آنها برای لینوکس و برخی دیگر بومی سایر سیستم عامل‌ها مانند Minix , Xenix , Irix , Solaris , System V، Windows و MS-DOS طراحی شده‌اند.