پروتئین
ساختار پروتئین یا ساختمان پروتئین به ساختاری گفته می‌شود که پروتئین به خود می‌گیرد. پروتئین دارای چهار نوع ساختار می‌باشد.روش‌های تعیین ساختار پروتئین، کشف ساختار سوم و چهارم یک پروتئین راهنمای بسیار مهمی برای تعیین کارکرد این پروتئین است. از روش‌های معمول می‌توان به پراش اشعه ایکس و تشدید مغناطیسی هسته اشاره کردپراش (تفرق) اشعه ایکس روشی برای مطالعهٔ ساختار مواد بلوری است که در سال ۱۹۱۲ میلادی توسط فون لاوه کشف شد و توسط ویلیام هنری براگ و ویلیام لورنس براگ برای بررسی بلورها بکار گرفته شد.
طراحی پروتئین
پارامتر اساسی هر فرایند طراحی مقدار انعطاف‌پذیری مجاز برای زنجیره‌های جانبی و ستون (backbone) است. در ساده‌ترین مدل‌ها، ستون پروتئین، سفت و محکم نگه داشته می‌شود، در حالی که بعضی از زنجیره‌های جانبی پروتئینی مجاز به تغییرکانفورماسیون (conformation) هستند. با این حال، زنجیرهای جانبی می‌توانند در طول‌های پیوند، زاویه پیوند و زاویه دو بعدی، از درجه آزادی برخوردار باشند. برای ساده‌سازی این فضا، روش‌های طراحی پروتئین از کتابخانه‌های روتامر(Rotamer) استفاده می‌کنند که مقادیر ایدئال برای طول پیوند و زاویه پیوند را در نظر می‌گیرند.