بیوانفورماتیک ساختاری
ساختار پروتئین، ارتباط مستقیمی با کارکرد آن دارد. حضور برخی گروه‌های شیمیایی در مکان‌های مشخص، به پروتئین‌ها این اجازه را می‌دهد تا به عنوان آنزیم فعالیت کنند و چند واکنش شیمیایی را فروکافت کنند. به طور کلی، ساختار پروتئین‌ها به۴ مرحله تقسیم می‌شود: اولیه (توالی)، ثانویه (ترکیب محلی زنجیره‌های پلی‌پپتیدی)، سومین (ساختار سه‌بعدی چین‌خوردگی پروتئین)، و چهارمین (ارتباط چند ساختار پلی‌پپتیدی). بیوانفورماتیک ساختاری عمدتاً کنش‌های بین ساختارها را با توجه به مختصات فضایی آن‌ها مورد بررسی قرار می‌دهد. بدین ترتیب، ساختار اولیه در شاخه‌های سنتی بیوانفورماتیک بهتر بررسی می‌شوند. با این حال، توالی محدودیت‌هایی ایجاد می‌کند که اجازهٔ تشکیل ترکیب‌های محلی پایستهٔ زنجیرهٔ پلی‌پپتیدی، مانند مارپیچ آلفا، صفحهٔ بتا، و حلقهط را می‌دهد (ساختار ثانویه). همچنین کنش‌های ضعیف (مانند پیوند هیدروژنی)، چین‌های پروتئین را پایدار می‌کنند. کنش‌ها ممکن است درون‌زنجیری (بین قسمت‌های یک تک‌پار پروتئینی) (ساختار سومین) یا بین‌زنجیری (بین تک‌پارهای مختلف) (ساختار چهارمین) رخ دهند.
پروتئین آ
پروتئین آ () یک پروتئین سطحی ۴۲ کیلو دالتونی است که در دیواره سلولی باکتری استافیلوکوکوس اورئوس (Staphylococcus aureus) وجود دارد و توسط ژن spa کدگزاری می‌شود. تنظیمات این ژن توسط توپولوژی DNA، میزان اسمولاریتی سلولی و یک سیستم دو جزئی به نام ArlS-ArIR کنترل می‌شود. توانایی این پروتئین برای اتال به ایمونوگلوبولین‌ها باعث استفاده گسترده از آن در تحقیقات بیوشیمیایی شده‌است. این پروتئین از ۵ دامین همسان متصل به Ig تابیده شده در سه گروه مارپیچی تشکیل شده‌است. هر دامین می‌تواند به تعداد زیادی پروتئین از گونه‌های مختلف پستانداران، بخصوص IgG، متصل می‌شود. پروتئین آ به زنجیره سنگین قسمت Fc بیشتر ایمونوگلوبولینها و همچنین قسمت Fab خانواده VH3 انسانی متصل می‌شود. در سرم که امکان اتصال مولکولهای IgG در جهت اشتباه (نسبت به عملکرد عادی آنتی‌بادی) وجود دارد، باکتری از طریق این تعاملات آپسونین و بیگانه خواری را از بین می‌برد.