بابل (دولت‌شهر)
گفته می‌شود بابل چهار ماه در سال خواربار دربار هخامنشی را تأمین می‌کرده و احتمالاً پایتخت زمستانی هخامنشیان اولیه بوده‌است؛ به این خاطر شمار فراوانی از ایرانیان در سمت‌هایی مانند قاضی، مقام حکومتی، و از دوره پیش از داریوش بزرگ، به عنوان مالک و زمیندار در بابل مسکن گزیدند. بابل احتمالاً مهم‌ترین شهر شاهنشاهی ایران در آن زمان به‌شمار می‌آمده و در اوایل دهه ۴۹۰ پیش از میلاد کاخ تازه‌ای برای ولیعهد ایران در این شهر ساخته شد.
کرمان
شهر کرمان به دلیل اهمیتی که در ایران داشته در برهه‌هایی از زمان به عنوان پایتخت ایران مطرح بوده‌است. در برخی دوره‌ها چند پایتخت در زمان‌های مختلف و در دوران حکام و پادشاهان مختلف وجود داشته‌است. در برخی دوره‌ها کرمان به عنوان پایتخت ایالتی مطرح بوده و چند شهر مهم دیگر را هم در قلمرو خود داشته‌است. دوره‌هایی که کرمان در کنار برخی شهرهای دیگر پایتخت بوده‌است: