جمهوری خودمختار نخجوان
در این جمهوری خودمختار حدود ۴۰۰ رودخانه بزرگ و کوچک وجود دارد که رود «ارس» از جمله آنهاست، بعد از رود ارس مهم‌ترین رودهای نخجوان عبارت‌اند از: «آرپاچائی، نخجوان چائی، الینجه چائی و گیلان چائی» رود ارس در مرز میان جمهوری اسلامی ایران و جمهوری خودمختار نخجوان قرار دارد، بزرگ‌ترین شاخه رودکر است. طول این رود ۱۰۷۲ کیلومتر و حوزه آن ۱۰۲۰۰ کیلومتر مربع است. ارس از دامنه‌های کوه بیسؤل Bingöl در ترکیه سرچشمه می‌گیرد، بعد از پیوستن رودخانه آخوریان دردشت «آغری‌داغ» جریان می‌یابد و در این‌جا به شاخه‌هایی تقسیم می‌شود.
شهرستان خداآفرین
قسمتی از منطقه ذخیره‌گاه زیست‌کره ارسباران در شهرستان خداآفرین قرار دارد. زیست کره ارسباران علاوه بر آن که تحت تأثیر اقلیم مدیترانه‌ای است درشعاع اثر اقلیم‌های خزری و قفقازی نیز قرار دارد و به دلیل وجود اختلاف ارتفاع زیاد، از آب و هوا و اقلیم‌های متنوعی بر خوردار است. میانگین بارش سالانه در ایستگاه هواشناسی کلیبر در یک دوره ۲۰ ساله، ۴۶۱ میلی‌متر بود. بارندگی نسبتاً زیاد در این منطقه، که بیشتر به صورت برف است، و تبخیر کم آن باعث شده تا جویبارهای زیادی از کوهستان‌های مرتفع آن سرچشمه گرفته و به داخل رود ارس وارد شوند.