شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
ایران صفوی
مشکل چگونگی داخل کردن سازمان صوفی طریقت صفویه؛ که شاه مرشد کامل (هدایت‌کنندهٔ عالی معنوی) اش بود، در حکومت از آغاز حکومت صفوی در ۹۰۷/۱۵۰۱ حاد باقی‌مانده بود. از آنجا که پیشینیان شاه عباس نتوانسته بودند این نظام مذهبی را در دیوان سالاری دولتی ادغام کنند، سازمان صوفی بدل به چیزی مربوط به گذشته شده بود که به طرزی فزاینده معنای خود را از دست می‌داد. اعتبار خلیفه الخلفا، رئیس این سازمان پس از شاه که گاه‌وبیگاه اقتدار شاه را به چالش می‌گرفت نیز چنین بود. چنین چالش‌هایی معمولاً با توسل شاه به اصول صوفیگری حل می‌شد و آزمونی از وفاداری به خود او بود؛ بنابراین شاهان صفوی تبعیت تلویحی مرید از پیر را از صحنهٔ مذهبی به سطحی سیاسی، به صورتی از رأی اعتماد به خودشان به عنوان پادشاه، منتقل کرده بودند. در اوایل حکمرانی شاه عباس اول (۹۹۸/۱۵۹۸–۹۹) صوفیان آخرین چالش جدی خود را نسبت به اقتدار شاه وارد کردند و سرکوب شدند. شاه زان پس تلاش کرد اهمیت شان را با نادیده گرفتنشان و تحقیر آنان کم کند.