حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
دونادون
شاید یکی از بزرگترین اشتباهات ناقدان عقیده وازایش، یکی گرفتن جهان‌بینی فلسفه تناسخ و دونادون است. در فلسفه تناسخ روح در مدت زمان نامشخص از کالبدی به کالبد دیگر منتقل می‌شود در نهایت متعالی می‌گردد. امامان و علمای شیعه هم عقیده به تناسخ را به‌وضوح رد کرده و آن را مخالف حکمت الهی و هدف‌دار بودن آفرینش می‌دانسته‌اند. بر خلاف دیدگاه معتقدین به تناسخ، در فلسفۀ دونادون عدل الهی و تکامل بشری به کمک جابجایی محدود روح از یک کالبد به کالبد دیگر توجیه‌پذیر است. بدین ترتیب که هر روح از کالبدی به کالبد دیگر منتقل شده و در نهایت به کمال خود می‌رسد. بدین طریق هم عدل الهی (مدت زمان برابر برای تمام روح‌ها) قابل اثبات است و هم فلسفهٔ معاد و برزخ که از معتقدات اصلی مسلمانان و تصریحات قرآنی است، تأیید می‌شود. در حقیقت روح‌ها پس از رسیدن به دون هزار و یکم به عالم برزخ منتقل شده و تا زمان قیامت در آن عالم باقی می‌مانند.