انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.