سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
قتل‌های زنجیره‌ای ایران
ناطق نوری، رئیس مجلس وقت نیز در جلسه‌ای با روحانیت مبارز شرق تهران تأکید کرد که افرادی به‌عنوان دگراندیش در وزارت اطلاعات نفوذ کرده و به‌دنبال تسویه حساب بودند. حسینیان اندکی بعد در سخنرانی جنجالی‌ای در مدرسهٔ علمیهٔ حقانی توضیحات بیشتری بیان کرد و مدعی شد که طراح قتل‌ها موسوی از معاونین وزارت اطلاعات بوده و هدف او ایجاد تقابل بین رهبری و خاتمی و ایجاد فرصت برای جریان دوم خرداد برای تصاحب کامل قدرت بوده‌است. او بر این باور است که بازجوهای اولیه که زیر نظر دولت بودند، پرونده را منحرف کرده‌اند و پس از رسیدگی‌های ابتدایی در دور جدید بازجویی‌ها بی‌گناهی سعید امامی مشخص شده بود. حسینیان خواهان بازشدن پرونده برای مشخص شدن ریشه‌های قتل‌ها شد.