نقد لینوکس
در حالی که سیستم عامل اندروید مبتنی بر لینوکس در بسیاری از کشورها بازار گوشی‌های هوشمند را در اختیار دارد، و از لینوکس در بورس اوراق بهادار نیویورک و اکثر ابر رایانه‌ها استفاده می‌شود، در چند رایانه رومیزی و لپ تاپ مورد استفاده قرار می‌گیرد. بیشتر انتقادها از لینوکس مربوط به عدم استفاده از رایانه رومیزی و لپ تاپ است، اگرچه از سال ۲۰۱۵ با نگرش پروژه در مورد امنیت ناخوشایند شده و استفاده از systemd آن بحث‌برانگیز بوده‌است.
سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.