دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
سلجوقیان کرمان
در برخی منابع از مذهب این قوم که به خلافت فاطمی معتقد بودند و این نکته را بیان کردند، که محبت و علاقه آن‌ها به علی بن ابی طالب، امام نخست شیعه، به حدی است که در برابر وی سر تعظیم فرود می‌آوردند. به نظر می‌رسد اعتقاد آن‌ها کمتر رنگ دینی و مذهبی داشته و اغلب آن‌ها به تأثیر سخنوری واعظان و مدیحه‌سرایی شاعران، بیشتر شیفته ویژگی​های پهلوانی و رشادت‌های علی بن ابی طالب شده بودند. به نوشته ابوحامد کرمانی، احتمالاً گرایش آن‌ها به مذهب اسماعیلیه نیز به منزله مخالفت با تسنن، بوده و پشتوانه فکری و عقیدتی محکمی نداشته‌است. به نظر می‌رسد قفص​ها از همان ابتدای شروع تبلیغات اسماعیلیه در کرمان که سابقه آن به اوایل قرن چهارم هجری بازمی‌گردد، به این مذهب گرویده‌اند. نکته جالب توجه دربارهٔ آن‌ها این است که هرگز از حاکمی اطاعت نکردند و در کوهستانی هم که سکونت داشتند، نه آتشکده و معبدی وجود داشت و نه کلیسا و مسجدی؛ ولی در سراسر دوره فرمانروایی سلاطین سلجوقی کرمان، همواره در مناطق مربوط به خود اقامت داشتند و با وجود اینکه آشکارا خود را از پیروان آیین اسماعیلیه معرفی می‌کردند و به خلفای شیعی‌مذهب فاطمی ارادت و علاقه نشان می‌دادند، و کسی متعرض آن‌ها نشده یا حداقل اخباری از درگیری میان آنان و حکومت گزارش نشده‌است. این امر نشانه بی‌میلی قفص​ها به انجام فعالیت​های تبلیغی و ترویجی است، یا شرحی از فعالیت‌ها و اقدامات آن‌ها در دسترس نیست و با توجه به عدم فعالیت تبلیغی و ترویجی آن‌ها، احتمالاً این قوم صحراگرد خطری برای امنیت و موقعیت مذهبی سلاطین سلجوقی و اهل سنت محسوب نمی‌شدند.