آلاینده‌های مواد غذایی
بر اساس اصول حاکم بر سیستم های ایمنی مواد غذایی، خطرات در مواد غذایی به سه دسته خطرات فیزیکی، میکروبی و شیمیایی گروه‌بندی می شوند. در ارزیابی خطرات دو پارامتر شدت خطر و احتمال وقوع خطر بررسی می گردند. آلاینده‌ها در فراورده‌های غذایی ترکیبات مضر برای سلامت انسان هستند که ممکن است از وسیله یا ماده بسته‌بندی، خط تولید، آب‌های آلوده، سوخت‌های فسیلی، اجزاء رادیواکتیو، متابولیت‌های سمی میکروارگانیسم‌ها، بقایای مواد شیمیایی به کار رفته در کشاورزی و ترکیبات دارویی اضافه شده به خوراک دام‌ها و طیور به ماده غذایی رخنه کنند.
تشخیص مولکولی مخاطرات مواد غذایی
مواد غذایی در انتقال بسیاری از عوامل بیماری زا نقش دارند. مراحل تهیه و نگهداری مواد غذایی به نحوی است که همواره امکان آلودگی آن و انتقال عفونت به مصرف‌کنندگان وجود دارد. در نتیجه غذا از طریق تماس با محتویات دستگاه گوارش، خاک، آب آلوده، دست افراد، ظروف، وسایل حمل و نقل و غیره به عوامل بیماری زا آلوده می‌شود. نوع و میزان آلودگی مواد غذایی به عوامل مختلفی نظیر شرایط برداشت و تولید، شرایط عمل آوری، مراحل بسته‌بندی و شرایط نگهداری و ذخیره‌سازی بستگی دارد. بهداشت و ایمنی مواد غذایی ممکن است به علت حضور مخاطرات مختلف به خطر بیفتد.