شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
شاه اسماعیل دوم
شاه تهماسب صفوی ۲۳ سال پیش از ازدواج اسماعیل میرزا از تمام کارهای خلاف شرع توبه کرده بود و در رعایت امور اعتقادی و دینی بسیار حساس شده بود. اسماعیل میرزا نیز به اقتضای سن و سال جوانی پیوسته در مراسم‌ها و مجالس بزم شرکت می‌کرد و نسبت به تعصبات مذهبی پدر بی‌اعتناء بود. رفتارهای اسماعیل میرزا نهایتاً احساس مذهبی پدر را جریحه‌دار کرد. رفتار اسماعیل میرزا باعث شد شاه تهماسب از اقامت بیشتر شاهزاده در دربار قزوین، دلخوش و راضی نباشد لذا اسماعیل میرزا را در ۳ آوریل ۱۵۵۶ میلادی به هرات می‌فرستد تا به جای برادر بزرگترش محمد خدابنده، حکمران آنجا گردد. محمد خدابنده از سال ۱۵۳۵–۱۵۳۶ میلادی حکمران هرات بود و محمدخان شرف‌الدین اوغلی امیرالامرای هرات از طایفه تکلو به عنوان لله او منصوب شده بود. اسماعیل میرزا در آغاز ژوئن وارد هرات می‌گردد؛ ولیعهد (محمد خدابنده) نیز به استقبال اسماعیل میرزا می‌رود. اسماعیل میرزا به فرمان شاه تهماسب یکم با علی سلطان تکلو به هرات رفت. علی سلطان تکلو مأمور بود که وی را به محمدخان شرف‌الدین اوغلی امیرالامرای هرات بسپارد و محمدمیرزا (بعداً شاه محمد خدابنده) را با خود به قزوین (پایتخت) آورد.