باکتری بیماری‌زا
بسیاری از باکتری‌ها از طریق دست بین افراد منتقل می‌شود. شایع‌ترین مسیر ورود باکتری‌ها به بدن مناطقی هستند مانند دستگاه‌های تنفس گوارش تناسلی و ادراری که در آن‌ها غشا غشاهای مخاطی در مجاورت پوست قار می‌گیرند. مناطق آسیب دیده غشاهای مخاطی و پوست مانند بریدگی سوختگی و سایر آسیب‌ها نیز مکان‌های شایع ورود عوامل بیماری‌زا می‌باشند. پوست و سطوح مخاطی طبیعی و سالم به عنوان سددفاعی اولیه علیه عفونت می‌باشند و باکتری‌ها بیماری‌زا جهت ایجاد بیماری باید بر این سد دفاعی غلبه نمایند.
باکتری بیماری‌زا
انسان وحیوانات دارای فلور طبیعی زیادی در بدن خود می‌باشند که معمولاً بیماری ایجاد نمی‌کنند. بلکه تعادلی بین رشد بقا و تکثیر خود در میزبان به وجود می‌آورند. گاهی برخی از باکتری‌های مهم بیماری‌زا مانند استرپتوکوکوس پنومونیه و استافیلوکوکوس اورئوس به‌طور معمول همراه با فلور طبیعی از محیط کشت جداسازی می‌شوند. برخی مواقع باکتری‌هایی که به‌طور مشخص بیماری‌زا هستند مانند سالمونلاتیفی در بدن حضور دارند ولی عفونت به صورت نهفته یا تحت بالینی است و میزبان به عنوان ناقل باکتری عمل می‌کند.