دین و مذهب صفویان
زمانی که صفویان به قدرت رسیدند، مردم ایران بیش تر تسنن بودند. شیعیان بیش تر در شهرهای مشهد، سبزوار، قم، کاشان، مناطق شمالی ایران و در میان قوم لر ساکن بودند. با به قدرت رسیدن شاه اسماعیل و اعلام رسمیت تشیع، بیش تر مردم ایران به این مذهب روی آوردند و تسنن، بیش تر به مناطق مرزی تبدیل شد. از دلایل رسمی کردن مذهب تشیع به وسیله صفویان، ایجاد وحدت و یگانگی میان مردم، مشخص کردن ایران از دیگر کشورهای اسلامی و تأمین استقلال کشور بود. یکی از پیامدهای این اقدام، دشمنی حکومت‌های سنی مذهب عثمانی (در غرب) و ازبکان (در شرق) با صفویان و بروز جنگ‌های طولانی و سخت میان طرفین بود و افزایش قدرت علمای مذهبی بود. از نظر شاهان صفوی، ((مجتهد)) نایب امام زمان (عج) بود و بر جان و مال مردم تسلط داشت. در این دوره، افراد زیادی به تحصیل علوم دینی پرداختند. فقط در زمان شاه عباس اول تا حدی از قدرت و نفوذ آنان کاسته شد.
فرمان آزادی اعتقاد
حق مالکیت را در گذشته شاه‌عباس اول به اتباع مسیحی خود داده بود و در دوران صفوی که ایران با دولت‌های مسیحی، به خصوص ایالت‌های پاپی، روابط صمیمانه‌ای داشت، مسیحیان از حقوق برابری با مسلمین برخوردار بودند؛ اما نادرشاه آن را برانداخته بود. بدین ترتیب فرمان محمدشاه در واقع بازگرداندن حق مذکور به مسیحیان بود. چنان‌که خود او نیز با ذکر جمله «قرارهایی که در عهد سلاطین سلف انارالله برهانهم، شاه‌صفی، شاه‌عباس و شاه‌سلطان حسین، مقرر داشتند» به این موضوع اشاره کرده‌است. پس از صدور فرمان، «کلیسای جلفا در دارالسلطنه اصفهان را متعلقات به پادریان و قسیسان (کشیشان)» واگذار شد.