توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
ساختار دوم اسید نوکلئیک
ساختار شبه گره، یکی از ساختارهای پیچیده تر و کم تر رایج در مولکول‌های آران‌ای است. شبه گره ساختاری است شامل حداقل دو حلقهٔ سنجاق سری که نیمهٔ یکی از آن‌ها بین دو نیمهٔ دیگر آن‌ها قرار دارد. به بیانی دیگر، اگر زیر دنباله‌ای از توالی یک مولکول آران‌ای را در نظر بگیریم و آن را به چهار قسمت فرضی تقسیم کنیم، اگر بازهای قسمت اول با بازهای قسمت سوم و بازهای قسمت دوم با بازهای قسمت چهار جفت شوند، یک شبه گره ایجاد خواهد شد. شبه گره‌ها طوری تا می‌خورند که در ساختار سه بعدی مولکول شبیه یک گره می‌شوند.