انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
پیام‌رسانی فوری
برای مصارف سازمانی، به دلیل نگرانی‌های امنیتی، رمزگذاری(encryption) و بایگانی پیامها(message archiving) از اهمیت بسزایی برخوردارند. گاهی به دلیل استفاده از چند سیستم عامل مختلف در یک سازمان به نرم‌افزاری نیاز است که بیش از یک بستر را پشتیبانی کند. به عنوان مثال ممکن است در سازمانی برای دپارتمان‌های اداری از Windows XP و در بخش تولید نرم‌افزار از لینوکس استفاده کنند.