حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
فقه امامیه
مکتب اخباری بیشترین نفوذ را در اواخر دوره صفوی و پساصفوی با دیدگاه‌های فقهایی چون محمدامین استرآبادی و یوسف بحرانی به دست آورد اما در اواخر دوره قاجار جریان اخباری به‌شدت ضعیف شده و شیخ مرتضای انصاری (۱۲۲۴–۱۲۸۱ ه‍.ق) تفوق کامل اصولیون را بر جریان نواخباری دیکته کرد. اصولیون به‌طور کلی در زمینه مسائل حقوقی مشی آزادی‌گرایانه‌تری از اخباریون دارند، اما این تصور که همه علمای اصولی پیشرو و علمای اخباری همگی واپس‌گرایند به کلی بی‌اساس است. طبقه فعال سیاسی شیعیان نیز از بین اصولیون است و مبنای مشروعیت رهبری روح‌الله خمینی و حکومت جمهوری اسلامی که به دست او تأسیس شد وابسته به تعالیم مکتب اصولی بود. ابهام زیادی در مورد پیروی از مکاتب اخباری و اصولی در جهان شیعه امروز وجود دارد. برخی منابع تشیع ایرانی را اصولی و تشیع عراقی را اخباری معرفی کنند. برخی منابع دیگر شیعیان ایران و عراق را به‌طور کامل پیرو سیستم مرجعیت دانسته و در نتیجه آن‌ها را اصولی می‌دانند. در این دیدگاه علی سیستانی (بلندپایه‌ترین شخصیت مذهبی عراق) یک مرجع تقلید است و احکام اسلامی از طریق مراجع و مجتهدین تفسیر و به روز شده و این به معنی پیروی از مکتب اصولی است. بر اساس این دیدگاه اخباریون امروزه تنها در بحرین اکثریت دارند و در برخی مناطق دیگر خلیج فارس مثل بصره و خرمشهر هم حضور دارند. هرچند رسوبات فکری دیدگاه‌های اخباری هنوز در میان شیعیان و علمای شیعه چه در ایران و چه در سطح وسیع‌تری در عراق، هند، پاکستان و بحرین باقی مانده‌است. پس از شکست اخباریون مهمترین رقیبی که جریان اصولی تاکنون به خود دیده مکتب شیخیه است که بر پایه آموزه‌های شیخ احمد احسائی و شیخ کاظم رشتی بنیان نهاده شد. در حالی که اختلاف اصولیون و اخباریون در زمینهً «فروع دین» بود شیخیه در «اصول دین» با اصولیون اختلاف نظر داشت. امروزه یک جریان قوی شیخیه در پاکستان به حیات خود ادامه می‌دهد.