حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
حسین وحید خراسانی
محمد حسین وکیلی در ادامه در نقد وحید خراسانی می گوید: "همین بزرگوار در جای دیگری دربارهٔ کمپانی به این مضمون می‌فرمایند که «گوشتان را در فاطمیه به آن کسی بدهید که مثل میلانی و خوئی به ریزه‌خواری خوان شاگردی او افتخار می‌کردند.» کمپانی کسی است که فهمیدن حاشیه‌اش بر کفایه نشانه علم و فضل است و نابغه بوده‌است. خب همین کمپانی را مظفر در مقدمه اسفار می‌فرماید به فهم اسفار ملاصدرا افتخار می‌کرده و می‌فرمود اگر کسی پیدا شود که اسفار را بفهمد، از نجف نزد وی می‌روم تا شاگردی کنم. آیا می‌شود اسفار کشک باشد و کمپانی که نابغه شیعه است و به قول همین بزرگوار، آقای میلانی و آقای خوئی افتخار می‌کنند که ریزه‌خوار خوان شاگردی او هستند، دربارهٔ کشک چنین حرفی بزند؟! می‌شود بزرگترین و خوش‌استعدادترین فقهای شیعه عمر خود را سال‌ها سر کشک صرف کنند و اسفار درس بدهند و درس بگیرند؟ کمپانی حاشیه‌اش بر کفایه را در حدود ۲۵ تا ۳۰ سالگی نوشته و آخوند خراسانی زنده بوده‌اند. آن وقت در آخر عمر که موقع پختگی وی است کتاب می‌نویسد و با اینکه اول مخالف بوده در آخر عمر از وحدت وجود دفاع می‌کند. اگر حاشیه جوانی‌اش مایه افتخار فقهاست باید بفهمیم وحدت وجود چقدر عالی است که ایشان در سنین ۴۰ یا ۵۰ سالگی آن را فهمیده و از آن دفاع کرده‌است. معلوم است که کشک نیست و بلکه حقایقی است عالی که افرادی مثل کمپانی بدان رسیده‌اند. وقتی می‌بینیم یک بزرگواری ۴ یا ۵ سال بیشتر فلسفه ندیده‌اند و از جوانی هم تحت تأثیر میرزای اصفهانی بوده‌اند و می‌گویند کشک است ولی ده‌ها نابغه دیگر که ۱۵–۲۰ سال این علوم را نزد استاد فن خوانده‌اند، می‌گویند اینها درّ و جواهر است، خب هر منصفی می‌فهمد که باید به حرف کدام یک تمسّک کند. البته این فقهای بزرگوار روی غیرت دینی این مطالب را می‌گویند ولی سوء تفاهم است. اگر کسی می‌خواهد بگوید اینها کفر است یا کشک است یا هر چه، اول باید چند صفحه‌ای در فلسفه تألیف کند تا تخصّصش اثبات شود بعد تازه به عنوان یک متخصّص در مقابل صد متخصًص نظر بدهند. فعلاً تعارض حرف این بزرگان با موافقین فلسفه تعارض غیر متخصّص با متخصّص است؛ چون هیچ اثر تخصّصی در این مسائل ندارند. این در حالی است که بسیاری از متخصصان مانند دکتر یحیی یثربی در فلسفه بعد از سالها تتبع از فلسفه ملاصدرا رویگردان شده اند.