زیست‌فناوری
پیشینهٔ به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای تولید مواد خوراکی مانند نان، سرکه، آبجو، ماست، شراب و پنیر به بیش از ۸ هزار سال پیش برمی‌گردد. نقش میکروارگانیسم‌ها در تولید الکل و سرکه در سدهٔ پیش زمانی کشف شد که گروهی از بازرگانان فرانسوی در جستجوی روشی بودند تا از ترش‌شدن شراب و آبجو هنگام جابه‌جایی آن‌ها با کشتی به نقاط دور جلوگیری کنند. آنان از لویی پاستور درخواست کمک کردند. لویی پاستور پی‌برد که مخمرها در خلأ قند را به الکل تبدیل می‌کنند. این فرایند تخمیر بی‌هوازی نام دارد؛ و نیز دریافت که ترشیدگی و آلودگی بر اثر فعالیت باکتری‌هایی است که الکل را در حضور اکسیژن به اسید استیک تبدیل می‌کنند.
همزیستی قارچ‌ریشه
تولید محصول در سیستم‌های کشاورزی می‌تواند پایدار باشد، به شرطی که سیستم به عنوان یک واحد بوم‌شناختی در نظر گرفته شود. وحدت شبکه بوم‌شناختی زیست، متزلزل است و کار کشاورزی بدون بی‌نظمی و اغتشاش، امکان‌پذیر نیست. ریسه‌های مایکوریزایی به عنوان بخش‌های مهمی از این شبکه، همچنان تا حد زیادی ناشناخته هستند و در آثار و بحث‌های مربوط به آگرواکولوژی به‌طور برجسته به آنها پرداخته نشده‌است. دلیل این مسئله احتمالاً، سخت و پیچیده بودن و در نتیجه تخصصی‌تر بودنِ کار با میکروارگانیسم‌های خاک نسبت به کار با گونه‌های زیستی روی خاک است. با این وجود، میکروارگانیسم‌های خاک با کارکردهای مختلف از رشد گیاه پشتیبانی می‌کنند و آسیب دیدن هر یک از این کارکردها ممکن است باعث ایجاد ضعف در تولید پایدار شود. از تسهیل واکنش‌های شیمیایی به وسیله متابولیسم میکروبی گرفته تا ایجاد نیروهای کشنده‌ای که توده‌های گلی را به خاک معمولی تبدیل می‌کنند، جزو این کارکردها هستند. شرایط لازم برای پشتیبانی از این کارکردها باید فراهم شود و در صورت از دست رفتن، احیا گردد تا نه تنها کشاورزی مقرون‌به‌صرفه باشد، بلکه تبدیل به یک عملیات بوم‌شناختی شود. قارچ‌های مایکوریزایی در توازن و هماهنگی گیاه و خاک برای کمک به پایداری در کشاورزی، بسیار مهم هستند.