اسکی‌داک
متن‌های اسکی‌داک را می‌توان با هر ویرایشگری نوشت. همچنین متن در حالی که برای آدم‌ها هم خوانا است، می‌توان آن را به فرم‌هایی همچون HTML، PDF، TeX، ePub، ManPages، اسلایدها و غیره تبدیل کرد.
هم‌ترازسازی توالی
هم‌ترازی توالی‌ها می‌تواند به شکل‌های گوناگونی در قالب‌های فایل‌های متنی ذخیره شود، که بسیاری از این قالب‌ها در آغاز از برنامه‌های هم‌تراز کردن خاصی تولید شده‌اند. اکثر ابزارهای مبتنی بر وب تعداد محدودی قالب ورودی و خروجی را پشتیبانی می‌کنند؛ مانند قالب FASTA و قالب ژن بانک، و خروجی‌اشان نیز به سادگی قابل ویرایش نیست. چند برنامه نیز برای تبدیل قالب‌های مختلف به یکدیگر موجود است، مانند READSEQ یا EMBOSS که دارای واسط کاربر گرافیکی یا نوشتاری هستند. همچنین بسته‌های برنامه‌سازی مانند بیوپرل و BioRuby توابعی را برای انجام این کار فراهم کرده‌اند.