نقد لینوکس
در حالی که سیستم عامل اندروید مبتنی بر لینوکس در بسیاری از کشورها بازار گوشی‌های هوشمند را در اختیار دارد، و از لینوکس در بورس اوراق بهادار نیویورک و اکثر ابر رایانه‌ها استفاده می‌شود، در چند رایانه رومیزی و لپ تاپ مورد استفاده قرار می‌گیرد. بیشتر انتقادها از لینوکس مربوط به عدم استفاده از رایانه رومیزی و لپ تاپ است، اگرچه از سال ۲۰۱۵ با نگرش پروژه در مورد امنیت ناخوشایند شده و استفاده از systemd آن بحث‌برانگیز بوده‌است.
برنامه‌سازی سامانه‌های توکار
اولین مورد بررسی سطح پیچیدگی عملکرد سامانه برای سنجش نیازمندی ساختار به سیستم‌عامل است. سیستم‌عامل غالباً در مواردی استفاده می‌شود که پیچیدگی عملکرد سامانه، یا نیاز آن به پروتکلهای ارتباطی وجود آن را اجباری کند، وگرنه در سامانه‌های صنعتی تأکید بر سادگی، ارزان تمام شدن و سریع بودن است؛ مثلاً یک سامانهٔ کنترل ماشین لباسشویی یا تلفن عمومی نیازی به سیستم‌عامل ندارد، اما یک خودپرداز (اگر چه بدون سیستم‌عامل هم قابل پیاده‌سازی است) به خاطر نیاز به ارتباط مجموعه پروتکل اینترنت ارزش استفاده از سیستم‌عامل را دارد. در پیاده‌سازی سامانه‌های توکار، در صورتی که نیاز باشد، می‌توان از سیستم‌عامل‌های مختلفی استفاده کرد؛ مثلاً در بسیاری سامانه‌ها که در ساختار ساده هستند، اما نیاز به پروتکل‌های شبکه دارد، می‌توان از سیستم‌عامل ویندوز به صورت ساده شده‌استفاده کرد. در این مورد انتخابهای مختلفی وجود دارد، برای مثال برخی خودپردازها از ویندوز ۹۸ خلاصه شده‌استفاده می‌کنند. سامانه‌های جهت‌یاب رادیویی ساخت صنایع داخلی در نسخه‌های مختلف از داس ۵، ویندوز ۹۸، ویندوز سی‌ایی (Windows CE)، ویندوز اکس‌پی نهفته (Window XP Embedded) استفاده می‌کنند. برخی سامانه‌های مخابراتی ساخت ایران از سیستم‌عامل‌های نهفته VxWorks یا eCos استفاده می‌کنند که دومی سیستم‌عامل متن‌باز شرکت سیگنوس است و در حاضر توسط شرکت eCos Centric پشتیبانی می‌شود. لینوکس نهفته هم انتخاب دیگری است که می‌توان از آن برای این قبیل توسعه استفاده کرد.