هسته سلول
هسته سلولی شامل کلیه ژنوم سلول، به جز بخش کوچکی از DNA میتوکندری، به عنوان مولکول‌های مولکولی DNA چند خطی طولانی در یک مجموعه با انواع زیادی از پروتئین‌ها، مانند هیستون‌ها، برای تشکیل کروموزوم‌ها سازمان یافته‌است. ژنهای موجود در این کروموزومها به گونه ای برای ارتقاء عملکرد سلول ساخته می‌شوند. این هسته یکپارچگی ژنها را حفظ می‌کند و فعالیت سلول را با تنظیم بیان ژن کنترل می‌کند - بنابراین هسته مرکزی مرکز کنترل سلول است. ساختارهای اصلی تشکیل دهنده هسته شامل پاکت هسته ای است، یک غشای مضاعف که کل اندامک را محصور می‌کند و محتویات آن را از سیتوپلاسم سلولی جدا می‌کند، و ماتریس هسته ای، شبکه ای در هسته است که می‌افزاید که دقیقاً مانند سیتوسکلت از کل سلول پشتیبانی می‌کند.
پوشش سلول
همچون جانداران دیگر، دیواره سلول باکتری‌ها نیز یک‌پارچگی و قوام ساختاری سلول را فراهم می‌آورد. در پروکاریوت‌ها، وظیفهٔ اصلی این دیواره، محافظت در برابر آماسیدگی درونی است که ناشی از غلظت بیشتر پروتئین‌ها و مولکول‌های دیگر در درون سلول (نسبت به بیرون آن) است. آنچه دیوارهٔ سلولی باکتری‌ها را از سایر جانداران متمایز می‌کند، وجود مادهٔ پپتیدوگلیکان (پُلی-N-استیل‌گلوکزآمین و ان-استیل‌مورامیک اسید) است که در بیرون غشای سلولی واقع شده‌است. همین پپتیدوگلیکان است که سبب سختی دیواره سلول و تعیین شکل ظاهری آن می‌گردد. این ماده دارای خلل و فرج است و برای مولکول‌های کوچک، سد تراوایی محسوب نمی‌شود. با آنکه دیوارهٔ سلولی بیشترِ باکتری‌ها، بجز چند استثنا نظیر مایکوپلاسماها که انگل‌های درون‌سلولی هستند، دارای پپتیدوگلیکان است، اما تمامی اینها ساختار دیواره‌ای مشابه ندارند.