زیست‌فناوری
پیشینهٔ به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای تولید مواد خوراکی مانند نان، سرکه، آبجو، ماست، شراب و پنیر به بیش از ۸ هزار سال پیش برمی‌گردد. نقش میکروارگانیسم‌ها در تولید الکل و سرکه در سدهٔ پیش زمانی کشف شد که گروهی از بازرگانان فرانسوی در جستجوی روشی بودند تا از ترش‌شدن شراب و آبجو هنگام جابه‌جایی آن‌ها با کشتی به نقاط دور جلوگیری کنند. آنان از لویی پاستور درخواست کمک کردند. لویی پاستور پی‌برد که مخمرها در خلأ قند را به الکل تبدیل می‌کنند. این فرایند تخمیر بی‌هوازی نام دارد؛ و نیز دریافت که ترشیدگی و آلودگی بر اثر فعالیت باکتری‌هایی است که الکل را در حضور اکسیژن به اسید استیک تبدیل می‌کنند.
توالی‌یابی
سایر کاربردهای توالی یابی شامل بررسی تعامل Long non-coding RNA و کروماتین، تعیین نواحی باز یا در دسترس یوکروماتین یا ChIRP-seq و نیز کاربرد در حوزه متاژنومیک اشاره کرد. متاژنومیکس شناسایی و مطالعه ماده ژنتیکی میکروبی است که به طور مستقیم از نمونه‌های محیطی بدست آمده‌است. شناسایی ارگانیسم‌های موجود در یک محیط خاص برای تحقیقات بوم‌شناسی، بیماری‌شناسی، میکروب‌شناسی حیاتی است. توالی‌یابی به محققان این امکان را می‌دهد تا به عنوان مثال انواع میکروب‌های موجود در یک میکروبیوم را شناسایی کنند.