باشگاه فرهنگی ورزشی پرسپولیس
تیم فوتسال پرسپولیس پس از انقلاب و در دهه ۱۳۷۰ شکل گرفته‌است. پس از مشکلات مالی بسیار و سقوط این تیم به لیگ دسته یک در سال ۱۳۸۴، امتیاز این تیم واگذار شد. پرسپولیس بعد از اینکه فعالیت جدی در زمینه فوتسال نداشت. در سال ۸۸–۸۹ توانست به لیگ برتر صعود کند. باشگاه پرسپولیس در لیگ فوتسال تا سال ۱۳۹۱ دارای تیم بود. اما در فروردین ماه سال ۹۱ به علت تبانی بازیکنان پرسپولیس در بازی با تیم گیتی پسند اصفهان٫محمد رویانیان، مدیرعامل وقت باشگاه، تیم فوتسال پرسپولیس را منحل کرد.
باشگاه فوتبال پرسپولیس در آسیا
در سال ۲۰۰۲، با تلفیق جام برندگان جام و جام باشگاه‌ها، لیگ قهرمانان آسیا راه‌اندازی شد. پرسپولیس که در نخستین دوره این جام شرکت کرده بود، در گروه خود دوم شد و از صعود بازماند. در آن دوره از هر گروه تنها تیم صدرنشین به‌طور مستقیم راهی مرحله نیمه نهایی شد و بازی‌های هر گروه به میزبانی یک کشور برگزار می‌شد و پرسپولیس با شکست مقابل میزبان گروه خود تیم پاختاکور ازبکستان فرصت صعود را از دست داد.