پروتئین
ساختار پروتئین یا ساختمان پروتئین به ساختاری گفته می‌شود که پروتئین به خود می‌گیرد. پروتئین دارای چهار نوع ساختار می‌باشد.روش‌های تعیین ساختار پروتئین، کشف ساختار سوم و چهارم یک پروتئین راهنمای بسیار مهمی برای تعیین کارکرد این پروتئین است. از روش‌های معمول می‌توان به پراش اشعه ایکس و تشدید مغناطیسی هسته اشاره کردپراش (تفرق) اشعه ایکس روشی برای مطالعهٔ ساختار مواد بلوری است که در سال ۱۹۱۲ میلادی توسط فون لاوه کشف شد و توسط ویلیام هنری براگ و ویلیام لورنس براگ برای بررسی بلورها بکار گرفته شد.
اینتگراز
پروتئین اینتگراز از ۳ دومین تشکیل شده‌است: این آنزیم از طریق هر دوناحیهٔ دومین مرکزی و C ترمینال به DNAی سلول میزبان یا DNAی ویروسی متّصل می‌گردد. در حال حاضر هیچ اطّلاعاتی در رابطه با ساختار کریستالی این آنزیم در دست نیست، با این وجود یافته‌های بیوشیمیایی در رابطه با ساختار چهارم این پروتئین مصدق دایمر یا تترامر بودن این آنزیم است.