حکمت متعالیه
حکمت متعالیه، مکتب ملاصدرا است که بر پایهٔ وجود و تمایز آن از ماهیت استوار است.این مکتب از لحاظ روش شبیه مکتب اشراقی است یعنی به استدلال و کشف و شهود تواماً معتقد است، ولی از نظر اصول و از نظر استنتاجات متفاوت است. در مکتب ملاصدرا بسیاری از مسائل مورد اختلاف مشاء و اشراق، یا مورد اختلاف فلسفه و عرفان، و یا مورد اختلاف فلسفه و کلام برای همیشه حل شده است. فلسفه ملاصدرا یک فلسفه التقاطی نیست، بلکه یک نظام خاص فلسفی است که هرچند روش های فکری گوناگون اسلامی در پیدایش آن موثر بودند باید آن را نظام فکری مستقلی دانست. پس از وی این مکتب توسط علمای مسلمان پرورده شد. پیش از ملاصدرا فیلسوفان قادر به فهم تفاوت این دو نبودند، اما ملاصدرا مرز این دو مفهوم را به خوبی روشن نمود.
مکتب اصفهان
مکتب فلسفی اصفهان عنوانی است که توسط هانری کربن و سید حسین نصر وضع شده‌است تا نوزایی فلسفی و عرفانی در دوره شاه عباس صفوی توضیح داده شود. با انتقال پایتخت صفویه به اصفهان توسط شاه عباس، دانشمندان به این شهر مهاجرت می‌کنند و مورد حمایت دربار قرار می‌گیرند. در این مکتب آموزه‌های فلسفه سینوی ابن سینا، فلسفه اشراقی سهروردی، عرفان نظری ابن عربی و تعلیمات امامان شیعه تلفیق گردید و یک همنوایی فکری ایجاد شد. بنیانگذار مکتب اصفهان میرداماد است که دستگاه فلسفی با عنوان حکمت یمانی را بر اساس اصلاح فلسفه اشراقی سهروردی ایجاد کرد. در حکمت یمانی بر تجارب و شهودهای ذوقی-عرفانی بیش از مباحث استدلالی تأکید می‌شود. شخصیت‌های برجسته دیگر این مکتب میرفندرسکی و شیخ بهایی هستند. سه حکیم مؤسس مکتب اصفهان، میرداماد، میرفندرسکی و شیخ بهایی، شاگردانی را پروردند که مهمترین آن‌ها ملاصدرای شیرازی است. وی طرح فلسفی جدید با عنوان حکمت متعالیه را پدیدآورد. اما برخی فقهای شیعه آموزه‌های وی را مخالف با تشیع قلمداد کردند و وی از اصفهان هجرت کرد. در دستگاه فکری وی سه رویکرد معرفتی مبتنی بر وحی، برهان عقلی و شهود عرفانی به وحدت می‌رسد. اما، مهمترین نوآوری فلسفی او آن اصالت وجود بود که دیدگاه انقلابی در فلسفه اسلامی محسوب می‌شود. در این دیدگاه آنچه واقعیت است و اصالت دارد وجود است و نه ماهیت. همچنین، معرفت‌شناسی وی مبتنی بر اتحاد عاقل و معقول است که متأثر از سهروردی می‌باشد. تحول دیگر وی در دستگاه فلسفه ارسطویی طرح ایده حرکت جوهری است. موضوع اصالت وجود و وحدت وجود که وی کوشید به صورت فلسفی آن را اثبات کند، مورد انتقاد برخی دیگر از فلاسفه مکتب اصفهان همچون رجبعلی تبریزی قرار گرفت. برخی همچون، شمسای گیلانی رویکرد فلسفی میرداماد را ادامه دادند و آرای ملاصدرا را نپذیرفتند. از دیگر اعضای مکتب اصفهان می‌توان عبدالرزاق لاهیجی، فیض کاشانی و قاضی سعید قمی را برشمرد.