شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
تاراج شماخی
در ابتدای سده ۱۸ میلادی، قلمروی ایران صفوی که زمانی یک کشور موفق بود، رو به زوال رفت که منجر به شورش‌های مختلفی در بخش‌های مختلف کشور شد. شاه سلطان حسین، که پادشاهی ضعیف بود، علی‌رغم داشتن انسانیت، انعطاف‌پذیری و آرامش بیشتری نسبت به ملای ارشد خود داشت، اما با توصیه‌های مشاوران خود در مورد تصمیمات مهم دولتی گمراه شد. او به عنوان یک «پادشاه ثابت» حکم‌رانی می‌کرد و ترجیح می‌داد از پایتخت اصفهان زیاد دور نباشد. او که بیشتر اوقات خود را در حرم‌سرا می‌گذراند، به زودی بازیچه دست علمای دربار خود، به ویژه محمدباقر مجلسی شد. مجلسی که در زمان حکم‌رانی پدر سلطان حسین، شاه سلیمان یکم به قدرت سیاسی بالایی دست پیدا کرده بود، آزار و اذیت اقلیت‌های مذهبی مانند سنی‌ها و صوفیان و اقلیت‌های دیگر مانند مسیحیان، یهودیان و زرتشتیان را تشویق کرد. هرچند مسیحیان که غالباً ارمنی بودند، نسبت به دیگر اقلیت‌ها کمتر مورد آزار و اذیت قرار گرفتند، اما گاه‌به‌گاه هدف تبعیض‌های دینی این دوره می‌شدند. بنا بر گفته تاریخ‌دان راجر سیوری، با وجود این که سلطان حسین شخصاً علاقه‌ای به آزار و اذیت اقلیت‌های دینی نداشت، اما روحانیون، به ویژه مجلسی، بر او اثرات زیادی گذاشتند و او را قانع کردند که «حکم‌های ناعادلانه و ستمگرانه» صادر کند. این جو سنگین مذهبی، زمینه شورش توسط اقلیت‌های سنی در سراسر امپراتوری را فراهم کرد. به گفته تاریخ‌دان مایکل اکسورثی: «بهترین مثال برای آن، شورش‌های شروان بود؛ جایی که مردان سنی کشتار می‌شدند، کتاب‌های مذهبی نابود می‌شد و مساجد سنی تبدیل به اصطبل می‌شدند.»