بابل (دولت‌شهر)
گفته می‌شود بابل چهار ماه در سال خواربار دربار هخامنشی را تأمین می‌کرده و احتمالاً پایتخت زمستانی هخامنشیان اولیه بوده‌است؛ به این خاطر شمار فراوانی از ایرانیان در سمت‌هایی مانند قاضی، مقام حکومتی، و از دوره پیش از داریوش بزرگ، به عنوان مالک و زمیندار در بابل مسکن گزیدند. بابل احتمالاً مهم‌ترین شهر شاهنشاهی ایران در آن زمان به‌شمار می‌آمده و در اوایل دهه ۴۹۰ پیش از میلاد کاخ تازه‌ای برای ولیعهد ایران در این شهر ساخته شد.
پادشاهی ماد
هگمتانه، پایتخت پادشاهی ماد، پایتخت تابستانی هخامنشیان و ساتراپ‌نشین ایالت ماد از دوران هخامنشیان تا ساسانیان بود. "دانشنامه ایرانیکا" بنیانگذاری ماد را سال ۷۰۸ پیش از میلاد به مرکزیت هگمتانه و توسط دیاکو ذکر می‌کند. نام این شهر در سنگ‌نوشتهٔ داریوش بزرگ در بیستون در زبان فارسی باستان «هَمگمَتانَ»، در ایلامی «اَگ-مَ-دَ-نَ» و در زبان اکدی «اَ-گَ-مَ-تَ-نُ» ثبت شده‌است. معمولاً چنین تفسیر می‌شود که این واژه از «هَنگمَتَ» به معنای «محل گردآمدن» مشتق شده‌است و نتیجه گرفته می‌شود که پیش از شکل‌گیری دولت ماد، نوعی گردهمایی مردمی در اینجا انجام می‌شد. هرودوت به یک گردهمایی مادها که در آن دیاکو به شاهی برگزیده شد، اشاره می‌کند ولی محل آن را مشخص نمی‌کند. واژهٔ ایلامی «هَل. مَتَ. نَ» به معنای «سرزمین مادها» احتمالاً نباید درست باشد چرا که شهر پایتخت مادها نمی‌توانست نامی ایلامی داشته باشد یا «سرزمین» نامیده شود. جرج کرزن، پیشنهاد کرده‌است که با توجه به اینکه در آن‌جا هفت شهر، هگمتانه نامیده می‌شوند و چهارتای آن‌ها در پارس قرار دارند، این نام در واقع برای پایتخت یا شهر شاهی تعیین شده بود. در منابع باستانی و دیگر منابع، برای هگمتانه نام‌های مختلفی ذکر شده‌است: در زبان یونانی «اِکباتانا، اِگباتانا»، در زبان لاتین «اکباتانا، اکباتانا، اکباتانیس پارتیوروم» در زبان آرامی «اَحمِتَ»، در زبان ارمنی «اَحمَتَن، هَمَتَن، اِکبَتَن» و در زبان فارسی میانه «هَمَدان».