آلاینده‌های مواد غذایی
بر اساس اصول حاکم بر سیستم های ایمنی مواد غذایی، خطرات در مواد غذایی به سه دسته خطرات فیزیکی، میکروبی و شیمیایی گروه‌بندی می شوند. در ارزیابی خطرات دو پارامتر شدت خطر و احتمال وقوع خطر بررسی می گردند. آلاینده‌ها در فراورده‌های غذایی ترکیبات مضر برای سلامت انسان هستند که ممکن است از وسیله یا ماده بسته‌بندی، خط تولید، آب‌های آلوده، سوخت‌های فسیلی، اجزاء رادیواکتیو، متابولیت‌های سمی میکروارگانیسم‌ها، بقایای مواد شیمیایی به کار رفته در کشاورزی و ترکیبات دارویی اضافه شده به خوراک دام‌ها و طیور به ماده غذایی رخنه کنند.
جسم خارجی
اجسام خارجی می‌توانند بی اثر یا تحریک کننده باشند و در صورت تحریک، می‌توانند باعث التهاب و زخم بشوند. آنها می‌توانند به بدن عفونت منتقل کنند یا از عوامل عفونت‌زا در برابر دستگاه ایمنی بدن محافظت کنند. اجسام خارجی همچنین می‌توانند با ایجاد زخم یا به سبب اندازه بزرگشان، موجب بسته شدن مجراها بشوند. بعضی از این اجسام ممکن است سمی باشند یا از واکنش‌های شیمیایی تولید شده توسط بدن، مواد شیمیایی سمی تولید کنند؛ مانند واکنش‌های شیمیایی بسیاری از اجسام فلزی خورده شده در بدن.