شیعه
در مورد گرایش ایرانیان به تشیع نظرهای گوناگونی ابراز شده‌است. برخی معتقدند در زمان تشکیل حکومت صفویه ایران در شمار کشورهای سنی مذهب قرار داشت که با قدرت گرفتن دولت صفوی و به تصمیم شاه اسماعیل، مذهب رسمی کشور از تسنن به تشیع تغییر یافت. از نظر این گروه، از آنجا که دولت صفوی در رقابت شدید با دولت عثمانی بود، شاهان شیعه صفوی به ویژه مؤسس آن شاه اسماعیل، در تغییر مذهب ایران سعی وافر به خرج دادند تا ایرانیان را از فرمان‌پذیری پادشاه عثمانی (که خود را خلیفه رسول‌الله می‌دانست) خارج کنند وگرنه استقرار دولت مستقل ایرانی ناممکن می‌نمود. چنین شد که شاه اسماعیل صفوی با بهره جستن از ارتش خود و ورود فاتحانه به تبریز این شهر سنی‌نشین را پایتخت دولت تازه تأسیس خود قرار داد و در سال ۱۵۰۱میلادی (۹۰۷ هجری) تشیع را مذهب رسمی ایران اعلام کرد. شاه اسماعیل افزون بر ارتش خود، از روحانیان و مبلغان شیعه کمال استفاده را برد تا مذهب شیعه را در سرتاسر قلمرو خود بگستراند. روحانیان شیعه در دربار شاهان صفوی از ارج و منزلت بالایی برخوردار بودند. این شد که شیخ بهایی از بزرگان علمای شیعه لبنان در سن ۱۳ سالگی به همراه پدرش از بعلبک به قزوین کوچ کرد. پدرش هنگامی که او ۱۷ سال بیش نداشت از سوی شاه طهماسب به شیخ‌الاسلامی قزوین و خودش در ۴۳ سالگی به شیخ‌الاسلامی اصفهان منصوب شد. بدین ترتیب ریشه ارتباط تنگاتنگ شیعیان ایران و لبنان به قرن ۱۶ میلادی بازمی‌گردد.
شاه اسماعیل دوم
سیاست دشمنی با اهل سنت که از زمان شاه اسماعیل اول باب شده بود، باعث گردید بسیاری از اهل علم و روحانیون سنی ناچار به مهاجرت شوند و به کشور عثمانی یا سرزمین هندوستان بروند. این مهاجرت‌ها حتی تا زمان شاه عباس اول نیز ادامه داشت. شاه اسماعیل دوم برای این که فاصله بین این اختلاف را کم کند، اقداماتی جدید انجام داد. وی ضمن کاهش نفوذ طبقات روحانی، دستور به تحریم شعر خواندن و نوشتن بر روی درب و دیوار مساجد داد. وی همچنین امر کرد کلیه اشعار مذهبی و عاشقانه در اماکن عمومی قزوین پاک شود تا جایی که جملات و اشعار در مدح علی بن ابی‌طالب را نیز از این فرمان مستثنی نکرد. فرامین شاه باعث گردید بیش از آن که رضایت طبقات و گروه‌های مخالف جلب گردد، خشم و کینه قزلباشان (طرفداران تندروی شیعه) افزایش پیدا کند.