آلاینده‌های مواد غذایی
بر اساس اصول حاکم بر سیستم های ایمنی مواد غذایی، خطرات در مواد غذایی به سه دسته خطرات فیزیکی، میکروبی و شیمیایی گروه‌بندی می شوند. در ارزیابی خطرات دو پارامتر شدت خطر و احتمال وقوع خطر بررسی می گردند. آلاینده‌ها در فراورده‌های غذایی ترکیبات مضر برای سلامت انسان هستند که ممکن است از وسیله یا ماده بسته‌بندی، خط تولید، آب‌های آلوده، سوخت‌های فسیلی، اجزاء رادیواکتیو، متابولیت‌های سمی میکروارگانیسم‌ها، بقایای مواد شیمیایی به کار رفته در کشاورزی و ترکیبات دارویی اضافه شده به خوراک دام‌ها و طیور به ماده غذایی رخنه کنند.
تشخیص مولکولی مخاطرات مواد غذایی
مخاطرات فیزیکی اغلب به عنوان مواد خارجی می‌توانند وارد ماده غذایی شده و ممکن است ایجاد شوک در مصرف‌کننده را به دنبال داشته باشند یا باعث ورود عوامل خطرزای میکروبی همراه خود به ماده غذایی گردند. این مخاطرات اغلب شامل اجسام نامطلوبی مانند ذرات شیشه، خرده‌های سنگ، فلزات، چوب و پلاستیک می‌باشند.