سیستم‌عامل ابررایانه
اگرچه اکثر ابر رایانه‌های مدرن از سیستم عامل لینوکس استفاده می‌کنند، هر سازنده تغییرات خاص خود را در مشتقات لینوکس مورد استفاده خود ایجاد کرده‌است و هیچ استاندارد صنعتی وجود ندارد، بخشی به این دلیل است که تفاوت در ساختارهای سخت‌افزاری مستلزم تغییراتی برای بهینه‌سازی سیستم عامل به هر طراحی سخت‌افزاری می‌باشد.
لینوکس
در اصل، لینوکس پایین ‌ترین سطح اجزای نرم‌ افزاری یک سیستم به‌شمار می‌رود و اگر این بخش آسیب ببیند بقیه نرم‌افزارها هم قادر به استفاده نخواهند بود. از وظایف هسته، آن است که منابع سیستم را به برنامه‌های دیگر موجود در سیستم متصل می‌کند. لینوکس بیشتر برای کارهای امنیتی و نفوذ استفاده می شود.