سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
احمد رضایی میرقائد
وی سال ۱۳۷۷ در گفتگو با صدای آمریکا و احمدرضا بهارلو، قتل‌های زنجیره‌ای را طراحی شده در بیت رهبر جمهوری اسلامی ایران و با همکاری اکبر هاشمی رفسنجانی عنوان کرده بود. او همچنین گفت که مسئله اصلی جوانان ایران نه با جمهوری اسلامی که با دین اسلام است.