زیست‌نانوفناوری
میکروارگانیسم‌ها می‌توانند وضعیت اکسیداسیون فلزات را تغییر دهند به همین دلیل به‌تازگی به‌کارگیری میکروارگانیسم‌ها برای ساخت نانوذرات کاربردی توجه بسیاری را به خود جلب کرده‌است. این فرایندهای میکروبی فرصت‌های تازه‌ای برای کشف کاربردهای جدید از جمله بیوسنتز نانومواد فلزی را فراهم کرده‌اند. برعکس روش‌های فیزیکی و شیمیایی، فرایندهای میکروبی مرتبط با ساخت نانومواد، می‌توانند در فاز آبی و تحت شرایط بی‌خطر محیطی انجام شوند. این روش‌ها به حوزه‌ای جذاب در تحقیقات زیست نانوفناوری سبز و حرکت آن به سمت توسعه پایدار، تبدیل شده‌اند .
توالی‌یابی
سایر کاربردهای توالی یابی شامل بررسی تعامل Long non-coding RNA و کروماتین، تعیین نواحی باز یا در دسترس یوکروماتین یا ChIRP-seq و نیز کاربرد در حوزه متاژنومیک اشاره کرد. متاژنومیکس شناسایی و مطالعه ماده ژنتیکی میکروبی است که به طور مستقیم از نمونه‌های محیطی بدست آمده‌است. شناسایی ارگانیسم‌های موجود در یک محیط خاص برای تحقیقات بوم‌شناسی، بیماری‌شناسی، میکروب‌شناسی حیاتی است. توالی‌یابی به محققان این امکان را می‌دهد تا به عنوان مثال انواع میکروب‌های موجود در یک میکروبیوم را شناسایی کنند.