توالی اسید نوکلئیک
همترازی توالی روشی است که در آن شباهت دو دنباله دی‌ان‌ای، آران‌ای یا پروتئین را که به دلیل شباهت ساختاری، عملکردی یا ارتباط تکاملی می‌تواند باشد، اندازه‌گیری می‌شود. هنگامی که توالی دو رشته که منشأ یکسانی داشته‌اند را بررسی می‌کنیم، عدم تطابق در یک مکان از هر دو رشته نشان یک جهش را در آن نقطه در طول روند تکامل نشان می‌دهد. این جهش‌ها در طول زمان در صورتی در جمعیت باقی خواهند ماند که عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده را تحت تأثیر قرار ندهند؛ بنابراین، مکان‌هایی از یک توالی که در آن تعداد کمتری جهش تشخیص داده می‌شود به احتمال بالایی مربوط به عملکردهای اساسی و حیاتی موجود زنده هستند.
توالی‌های هسته‌ای پراکنده کوتاه
توالی‌های هسته ای پراکنده کوتاه یا SINEs عناصر قابل انتقال غیر مستقل و غیر کد کننده (TE) هستند که طول آنها در حدود ۱۰۰ تا ۷۰۰ جفت باز است. در حدود ۵٪ ژنوم انسان در برگیرندهٔ ۷۵۰۰۰۰ کپی از توالی‌های هسته ای پراکنده کوتاه یا SINE می‌باشد. شایع‌ترین توالی DNA از این نوع در حدود 300bp است که دارای تشابه توالی با ذره شناسایی سیگنال [signal recognition particle] در سنتز پروتئین می‌باشد. این توالی تکرارهای Alu نامیده شده زیرا دارای جایگاه شناسایی برای آنزیم محدودکننده AluI است.