سعید امامی
در آن زمان بخش مهمی از حاکمیت ادعا می‌کردند که قتل‌های زنجیره ای به وسیله «استکبار» و «دشمن» انجام شده‌است. از جمله در ۲۴ آذرماه ۱۳۷۷، سید علی خامنه‌ای، طی سخنرانی اظهار داشت که «تردیدی نیست که در این پیگیری، دخالت مستقیم یا غیرمستقیم دشمن در این حوادث آشکار خواهد شد.»
نظریه‌های توطئه در ایران
در ۶ دی نیز روزنامه جمهوری اسلامی نوشت که قتل‌های زنجیره‌ای ایران، توطئه‌ای است که نیروهای امنیتی نظام، در معرض حمله قرار گیرند و به سهل‌انگاری، سوءمدیریت، ناتوانی و بی‌کفایتی متهم شوند. تا ساختار امنیتی کشور از حالت فعال خارج شده و در موضع انفعالی قرار گیرد. در ۲ دی‌ماه ۱۳۷۷، روزنامه رسالت با انتشار یادداشتی از محمدکاظم انبارلوئی قتل‌های زنجیره‌ای را کار عاملان سازمان سیا و پنتاگون دانست که در پوشش گروه‌های توریستی به تهران رفت‌وآمد دارند. گرچه اطلاعیه تاریخی وزارت اطلاعات (۱۵ دی‌ماه ۱۳۷۷) نشان داد که قاتلان از اعضای نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی بودند، اما بخشی از حکومت ایران همچنان کوشید تا سناریوی دخالت خارجی را حفظ کند و بالاخره در ماه‌های بعد سناریوی خارجی کردن قتل‌ها، بررسی پرونده را به مسیری دیگر کشاند که حتی به شکنجه متهمان بازداشت شده نیز انجامید.