آلاینده‌های مواد غذایی
بر اساس اصول حاکم بر سیستم های ایمنی مواد غذایی، خطرات در مواد غذایی به سه دسته خطرات فیزیکی، میکروبی و شیمیایی گروه‌بندی می شوند. در ارزیابی خطرات دو پارامتر شدت خطر و احتمال وقوع خطر بررسی می گردند. آلاینده‌ها در فراورده‌های غذایی ترکیبات مضر برای سلامت انسان هستند که ممکن است از وسیله یا ماده بسته‌بندی، خط تولید، آب‌های آلوده، سوخت‌های فسیلی، اجزاء رادیواکتیو، متابولیت‌های سمی میکروارگانیسم‌ها، بقایای مواد شیمیایی به کار رفته در کشاورزی و ترکیبات دارویی اضافه شده به خوراک دام‌ها و طیور به ماده غذایی رخنه کنند.
تشخیص مولکولی مخاطرات مواد غذایی
مخاطرات بیولوژیکی به مواردی گفته می‌شود که طی آن یک عامل بیولوژیک مثل باکتری، انگل، قارچ، ویروسها یا سموم آن‌ها منجر به بیماری زایی در انسان شود. از جمله عوامل بیولوژیکی مهم می‌توان به گونه‌های مختلف باکتریایی مانند سالمونلا، شیگلا، اشریشیاکلی، کمپیلوباکتر، ویبریو پاراهمولیتیکوس، استافیلوکوکوس اورئوس، کلوستریدیوم پرفرنژنس، لیستریا، باسیلوس سرئوس و کلستریدیوم بوتولینوم؛ انگل‌ها و تک یاخته‌هایی مانند تنیا ساژیناتا، تریشینلا اسپیرالیس، توکسوپلاسما گوندی، ژیاردیا لامبلیا و کریپتوسپوریدیوم؛ ویروس‌هایی مانند هپاتیت A، ویروس‌های کوچک کروی (SRSV) مانند ویروس "Norwalk" اشاره نمود. از دیگر عوامل پاتوژن که توسط مواد غذایی قابل انتقال است می‌توان به "Linguatula serrata" و "Sarcocystis spp" اشاره نمود. تا به حال انواعی از این گونه عوامل بیماری زا از نظر ژنتیکی تعیین توالی و در داده پایگاه بانک ژن ثبت شده‌اند. سموم قارچی مهم در مواد غذایی عبارتند از: پاتولین، آفلاتوکسین ،ارگوت و تریکوتسن‌ها. میکروارگانیسم‌های بیماریزا سلامت انسان را از دو طریق مستقیم (بروز عفونت) و غیرمستقیم (تولید سم و ایجاد مسمومیت) تحت تأثیر قرار می‌دهند. عدم رعایت بهداشت در انتقال این عوامل پاتوژن نقش به سزایی دارد.