جمهوری خودمختار نخجوان
در این جمهوری خودمختار حدود ۴۰۰ رودخانه بزرگ و کوچک وجود دارد که رود «ارس» از جمله آنهاست، بعد از رود ارس مهم‌ترین رودهای نخجوان عبارت‌اند از: «آرپاچائی، نخجوان چائی، الینجه چائی و گیلان چائی» رود ارس در مرز میان جمهوری اسلامی ایران و جمهوری خودمختار نخجوان قرار دارد، بزرگ‌ترین شاخه رودکر است. طول این رود ۱۰۷۲ کیلومتر و حوزه آن ۱۰۲۰۰ کیلومتر مربع است. ارس از دامنه‌های کوه بیسؤل Bingöl در ترکیه سرچشمه می‌گیرد، بعد از پیوستن رودخانه آخوریان دردشت «آغری‌داغ» جریان می‌یابد و در این‌جا به شاخه‌هایی تقسیم می‌شود.
حوضه آبریز مرزی شرق
حوضهٔ مرزی شرق در نوار مرزی شرق ایران گسترده شده‌است و بخش‌هایی از استان‌های خراسان رضوی، خراسان جنوبی و سیستان و بلوچستان را دربرمی‌گیرد. این حوضه، از چند چالهٔ بستهٔ مجزا تشکیل شده‌است. شمالی‌ترین چاله، نمکزار خواف است که رود کال شور قائن مهم‌ترین رود منتهی به آن است. پایین‌تر از آن، دق پترگان در نزدیکی حاجی‌آباد در مرز ایران و افغانستان قرار دارد و در جنوب آن، دق تندی قرار گرفته‌است.