باشگاه فرهنگی ورزشی پرسپولیس
تیم فوتسال پرسپولیس پس از انقلاب و در دهه ۱۳۷۰ شکل گرفته‌است. پس از مشکلات مالی بسیار و سقوط این تیم به لیگ دسته یک در سال ۱۳۸۴، امتیاز این تیم واگذار شد. پرسپولیس بعد از اینکه فعالیت جدی در زمینه فوتسال نداشت. در سال ۸۸–۸۹ توانست به لیگ برتر صعود کند. باشگاه پرسپولیس در لیگ فوتسال تا سال ۱۳۹۱ دارای تیم بود. اما در فروردین ماه سال ۹۱ به علت تبانی بازیکنان پرسپولیس در بازی با تیم گیتی پسند اصفهان٫محمد رویانیان، مدیرعامل وقت باشگاه، تیم فوتسال پرسپولیس را منحل کرد.
باشگاه فوتبال زنان پرسپولیس
پرسپولیس پیش از انقلاب تیم زنان داشت. آن‌ها پس از تاج و به همراه دیهیم و عقاب از پیشگامان فوتبال زنان در ایران بودند. در تابستان ۱۳۸۷، رئیس کمیته بانوان فدراسیون فوتبال ایران از این باشگاه درخواست کرد تا در لیگ شرکت کند. در اواخر همان سال، پرسپولیس امتیاز تیم زنان پیکان را در اختیار گرفت و در لیگ فوتبال زنان ایران شرکت کرد.