انتقاد از دسکتاپ لینوکس
در حالی که تلفنهای هوشمند که سیستم عامل Android مبتنی بر لینوکس را اجرا می‌کنند، بر بازار تلفن‌های هوشمند تسلط دارند، و لینوکس در اکثر سرورها استفاده می‌شود، تقریباً به‌طور انحصاری روی ۵۰۰ سریعترین ابر رایانه جهان اجرا می‌شود و حتی در بورس نیویورک نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد، سیستم عامل‌های مبتنی بر لینوکس نتوانسته‌اند در رایانه‌های شخصی به تصویب گسترده دست پیدا کنند.
هسته لینوکس
لینوکس مکانیسم‌های زیادی را برای کاهش سطح حمله هسته و بهبود امنیت که در مجموع به عنوان ماژول‌های امنیتی لینوکس (LSM) شناخته می‌شوند، ارائه می‌دهد. آنها شامل ماژول Security Enhanced Linux (SELinux) هستند که کد آن ابتدا تهیه شده و توسط NSA، و AppArmor در بین دیگران منتشر شده‌است. اکنون SELinux در GitHub به‌طور فعال توسعه و نگهداری می‌شود. SELinux و AppArmor از سیاستهای امنیتی کنترل دسترسی، از جمله کنترل دسترسی اجباری (MAC)، پشتیبانی می‌کنند، هرچند که از نظر پیچیدگی و دامنه بسیار متفاوت هستند.