प्रतिपिंड
लगभग सभी रोगाणु एंटीबॉडी प्रक्रिया को शुरू कर सकते हैं। कई विभिन्न तरह के रोगाणुओं को सफलतापूर्वक पहचानने तथा ख़त्म करने के लिए प्रतिपिंडों (एंटीबॉडी) में विविधता होनी चाहिए, इसलिए उनकी अमीनो अम्ल संरचना में विविधता पाई जाती है जो उन्हें कई प्रकार के प्रतिजनों (एंटीजन) से प्रतिक्रिया करने के लिए सक्षम बनाती है। ऐसा अनुमान है कि मनुष्य लगभग 10 अरब प्रकार के विभिन्न प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) उत्पन्न करते हैं, जिनमें से प्रत्येक एक एंटीजन के विशिष्ट एपिटोप (epitope) के साथ जुड़ने में सक्षम है। हालांकि एक व्यक्ति विभिन्न प्रतिपिंडों (एंटीबॉडी) की विशाल मात्रा उत्पन्न करता है, इन प्रोटीनों को बनाने वाले जीन व्यक्ति के जीनोम के अनुसार सीमित होते हैं। कई जटिल आनुवांशिक तंत्र विकसित हुए हैं जो रीढ़धारी की बी कोशिकाओं (B cells) को एंटीबॉडी जीन की अपेक्षाकृत कम मात्रा से विविध प्रकार के एंटीबॉडी समूह बनाने की अनुमति देते हैं।
तानिकाशोथ
लघु अवधि के एंटीबायोटिक प्रॉफिलेक्सिस रोकथाम की एक अन्य विधि है, विशेष रूप से मैनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर के लिये। मैनिन्गोकॉकल मस्तिष्क ज्वर के मामलो में एंटीबायोटिक्स (उदाहरण के लिये रिफैम्पिसिन, सिप्रोफ्लॉक्सासिन या सेफ्ट्रियाक्सोन) के साथ नजदीकी संपर्क का रोग प्रतिरोधी उपचार स्थितियों के साथ उनके संपर्क का जोखिम कम कर सकते हैं लेकिन भविष्य में होने वाले संक्रमण जोखिमों से नहीं बचा सकते। उपयोग किये जाने के बाद रिफैम्पिसिन के प्रति प्रतिरोध देखा गया है, जिसके कारण कुछ लोग दूसरे एजेंटों की अनुशंसा करने पर विचार करते हैं। जबकि एंटीबायोटिक्स को आधारी खोपड़ी फ्रैक्चर के कारण मस्तिष्क ज्वर से पीड़ितों में इसकी रोकथाम के प्रयासों के लिये एंटीबायोटिक्स अक्सर उपयोग किया जाता है लेकिन इसके लाभप्रद या हानिकारक होने को निर्धारित करने के अपर्याप्त साक्ष्य मिले हैं। यह उन पर लागू होता है जिनमें CSF लीक होता या नहीं होता है।