प्रतिपिंड
प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) के कुछ हिस्सों के विशिष्ट कार्य हैं। उदाहरण के लिए, Y की बाहों में वो स्थान होता है जो एंटीजन को बांधता है और इस प्रकार, विशिष्ट बाहरी वस्तुओं को पहचानता है। प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) के इस क्षेत्र को "फैब (Fab)(फ्रेगमेंट, एंटीजन बाइंडिंग) क्षेत्र" कहा जाता है। यह एंटीबॉडी की प्रत्येक भारी तथा हल्की श्रृंखला के एक स्थिर तथा एक अस्थिर क्षेत्र से मिल कर बना होता है।  पैराटोप (paratope) हल्की व भारी श्रृंखलाओं के विभिन्न प्रभाव क्षेत्र द्वारा एंटीबॉडी मोनोमर (monomer) के अमीनो टर्मिनल छोर पर स्थित होता है। अस्थिर क्षेत्र को एफवी/F क्षेत्र भी कहा जाता है और यह एंटीजन को जोड़ने के लिए सबसे महत्त्वपूर्ण क्षेत्र है। विशेष रूप से हल्की (वीएल/V और भारी (वीएच/V) श्रृंखलाओं पर स्थित प्रत्येक तीन अस्थिर छल्ले, जो एंटीजन को बाँधने के लिए जिम्मेदार हैं। ये छल्ले उत्प्रेरक निर्धारण क्षेत्र (सीडीआर/CDR) कहलाते हैं।  प्रतिरक्षा नेटवर्क सिद्धांत की संरचना में, सीडीआर/CDR को इडियोटाइप (idiotypes) भी कहा जाता है। प्रतिरक्षा नेटवर्क सिद्धांत के अनुसार, इडियोटाइप (idiotypes) की प्रक्रियाओं द्वारा अनुकूलन प्रतिरक्षा प्रणाली विनयमित होती है।
प्रतिरक्षा प्रणाली
सक्रिय प्रतिरक्षा उत्पन्न करने के लिये रोगों के जीवाणुओं को शरीर में प्रविष्ट किया जाता है। किसी एक रोग के जीवाणुओं द्वारा केवल उसी रोग के विरुद्ध प्रतिरक्षा उत्पन्न होती है। प्रविष्ट करने से पूर्व जीवाणुओं की शक्ति और संख्या दोनों को इतना घटा दिया जाता है कि उससे जन्तु को हानि न पहुँचे, अर्थात्‌ इतना भयंकर रोग न हो कि उसकी मृत्यु हो जाय। इस प्रथम मात्रा से जन्तु को रोग का हलका सा आक्रमण होता है, किन्तु उसके शरीर में उन जीवाणुओं का नाश करनेवाली वस्तुएँ बनने लगती हैं। जिन वस्तुओं को प्रविष्ट किया जाता है, वे प्रतिजन (antigen) कहलाती हैं और उनसे रक्त में प्रतिपिंड (antibody) बनते हैं। कुछ दिनों बाद जन्तुओं की दूसरी मात्रा दी जाती है, जिसमें जीवाणुओं की संख्या पहले से दो गुनी या इससे भी अधिक होती है। जन्तु इसको भी सहन कर लेता है। कुछ दिन बीतने पर फिर तीसरी मात्रा दी जाती है, जो दूसरी मात्रा से भी अधिक होती है। इससे भी जंतु कुछ ही दिन में उबर आता है। इसी प्रकार मात्रा को बराबर बढ़ाते जाते हैं जब तक कि जंतु प्रथम मात्रा से कई सौ गुनी अधिक मात्रा नहीं सहन कर लेता। इस समय तक जंतु के रक्त में बहुत बड़ी मात्रा में प्रतिपिंड बन चुकता है। अतएव जन्तु पूर्णतया प्रतिरक्षित हो जाता है। रोगों के आक्रमण में भी यही होती है। शरीर में प्रतिपिंड बन जाते हैं। यही सक्रिय प्रतिरक्षा होती है। इसको उत्पन्न करने के लिये जीवाणओं के जिस विलयन को शरीर में प्रविष्ट किया जाता है उसको साधारणतया वैक्सीन कहते हैं। इस प्रकार की प्रतिरक्षा चिरस्थायी भी होती है।