प्रतिपिंड
विशेष प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) का पता लगाना चिकित्सीय विश्लेषण का सबसे आम प्रकार है और सेरोलॉजी जैसे अनुप्रयोग इन तरीकों पर निर्भर हैं। उदाहरण के लिए, जैव रासायनिक परख में बीमारी के विश्लेषण के लिए, एंटीबॉडी का टिटर (titer), एपस्तीन-बार वायरस (Epstein-Barr virus) के खिलाफ़ छोड़ा जाता है या रक्त से लाइम बीमारी का अनुमान लगाया जाता है। अगर ये प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) मौजूद नहीं हो, तो या तो व्यक्ति संक्रमित नहीं है, या फिर संक्रमण "बहुत" समय पहले हुआ था और इन विशेष प्रतिपिंडों (एंटीबॉडी) को उत्पन्न करने वाली बी कोशिकाएं (B cells) प्राकृतिक रूप से नष्ट हो चुकी हैं। चिकित्सीय प्रतिरक्षा विज्ञान में, रोगी के प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) प्रोफ़ाइल को पहचानने के लिए इम्युनोग्लोबुलिन के अलग अलग वर्गों के स्तर को नेफ्लोमेट्री (nephelometry) (या टर्बायडिमेट्री (turbidimetry) द्वारा मापा जाता है। इम्युनोग्लोबुलिन के विभिन्न वर्गों में बढ़ोत्तरी कई बार उन रोगियों के जिगर में नुकसान के कारण का पता लगाने में सहायक होती है जिनका निदान अस्पष्ट है। उदाहरण के लिए, बढ़ा हुआ आईजीए/IgA एल्कोहोलिक सिरोसिस का संकेत करता है, बढ़ा हुआ आईजीएम (IgM) वायरल हैपेटाइटिस और प्राथमिक पित्त सिरोसिस का संकेत करता है, जबकि वायरल हैपेटाइटिस, ऑटोइम्यून हैपेटाइटिस और सिरोसिस में आईजीजी/IgG बढ़ जाता है। ऑटोइम्यून विकार अक्सर उन प्रतिपिंडों (एंटीबॉडी) की वजह से हो सकते हैं जो शरीर के अपने एपिटोप (epitope) को बांधते हैं; इनमें से बहुतों का रक्त की जांच से पता लगाया जा सकता है। प्रतिरक्षा (immune) मध्यस्थता वाले हीमोलाइटिक एनीमिया में लाल रक्त कोशिका के सतही एंटीजन के खिलाफ़ छोड़े गये एंटीबॉडी कूम्ब्स टेस्ट (Coombs Test) द्वारा पहचाने जाते हैं। रक्त संचार तैयारी तथा महिलाओं में प्रसव पूर्व स्क्रीनिंग के लिए भी कूम्ब्स टेस्ट किया जाता है। वास्तव में, जटिल एंटीजन-एंटीबॉडी की जांच पर आधारित कई इम्यूनोडायग्नोस्टिक तरीकों का प्रयोग संक्रामक बीमारी को पहचानने के लिए किया जाता है, उदाहरण के लिए एलिसा (ELISA), इम्यूनोफ्लोरेसेंस (immunofluorescence), वेस्टर्न ब्लॉट (Western blot), इम्यूनोडिफ्युज़न (immunodiffusion), इम्यूनोइलेक्ट्रोफोरेसिस (immunoelectrophoresis) तथा मैग्नेटिक इम्यूनोएस्से (Magnetic immunoassay). मानव कोरिओनिक गोनाडोट्रोपिन (Human chorionic gonadotropin) के खिलाफ छोड़े गये प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) काउंटर गर्भावस्था परीक्षण में प्रयुक्त होते हैं। लक्षित मोनोक्लोनल प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) चिकित्सा का प्रयोग वातज गठिया (rheumatoid arthritis), मल्टिपल स्क्लेरोसिस (multiple sclerosis), सोरायसिस (psoriasis) तथा नॉन-हॉकिन लिम्फोमा (non-Hodgkin's lymphoma) सहित कैंसर के कई प्रकारों, मलाशय के कैंसर (colorectal cancer), सिर व गर्दन के कैंसर तथा स्तन कैंसर जैसी बीमारियों के इलाज़ में किया जाता है। कुछ प्रतिरक्षा (immune) संबंधित बीमारियां, जैसे एक्स-लिंक्ड अगामाग्लोबुलिनेमिया (X-linked agammaglobulinemia) और हाइपोअगामाग्लोबुलिनेमिया (hypogammaglobulinemia), प्रतिपिंडों (एंटीबॉडी) की आंशिक या पूर्ण कमी के कारण होती हैं। इन बीमारियों का इलाज़ अक्सर छोटी अवधि में रोगनाशक क्षमता को उत्प्रेरित करके किया जाता है जिसे निष्क्रिय रोगनाशक क्षमता कहा जाता है। निष्क्रिय रोगनाशक क्षमता इकट्ठे किये गये इम्युनोग्लोबुलिन या मोनोक्लोनल एंटीबॉडी को मनुष्य या जानवर के सीरम के रूप में पहले से तैयार एंटीबॉडी को प्रभावित व्यक्ति में हस्तांतरण द्वारा प्राप्त की जाती है।
प्रतिजैविक
आमतौर पर प्रतिजैविक दवाओं का वर्गीकरण उनकी कार्रवाई के तंत्र, रासायनिक संरचना या गतिविधि के स्पेक्ट्रम के आधार पर होता है। अधिकांश प्रतिजैविक बैक्टीरिया के कार्य या उनकी विकास प्रक्रिया पर निशाना साधते हैं। प्रतिजैविक दवाएं, जो बैक्टीरिया की कोशिका दीवार (पेनसिलिन्स, सेफ़्लोस्पोरिन्स) या कोशिका झिल्ली (polymixins), या आवश्यक जीवाणु एंजाइम (quinolones, sulfonamides) पर लक्ष्य केंद्रित करती हैं, सामान्यत: जीवाणुनाशक प्रकृति की होती हैं। वे, जो प्रोटीन सिंथेसिस, जैसे अमीनोग्लाइकोसाइडस, माइक्रोलाइडस और टेट्रासाइक्लिन्स पर निशाना साधते हैं, आमतौर पर बैक्टीरियोस्टैटिक होते हैं इसके अलावा अपने लक्ष्य की खासियत पर आधारित वर्गीकरण भी होता है: जैसे "संकुचित स्पेक्ट्रम प्रतिजैविक" विशेष प्रकार के जीवाणुओं, जैसे ग्रैम निगेटिव, या ग्रैम पॉजिटिव जीवाणु पर लक्ष्य साधते हैं, जबकि व्यापक स्पेक्ट्रम प्रतिजैविक जीवाणुओं की एक विस्तृत श्रृंखला को प्रभावित करते हैं। पिछले कुछ वर्षों में प्रतिजैविक दवाओं के तीन नए वर्ग निदान के लिए इस्तेमाल किये जा रहे हैं। इस तरह प्रतिजैविक यौगिकों के नए वर्गों की खोज में 40 सालों का समय लगा है। इन नई प्रतिजैविक दवाओं के निम्नलिखित तीन वर्ग हैं: साइक्लिक लिपोपेपटाइडस (डेप्टोमाइसिन), ग्लीसाइलसीक्लाइंस (टीगेसाइक्लिन), और ओक्साजोलाइडिनोंस (लाइनेजोलिड). टीगेसाइक्लिन एक व्यापक स्पेक्ट्रम प्रतिजैविक है, जबकि दो अन्य का उपयोग ग्रैम-पॉजिटिव संक्रमण के इलाज के लिए होता है। इन घटनाओं को वर्तमान प्रतिजैविक दवाओं की बैक्टीरिया प्रतिरोधक प्रतिक्रिया मापने के साधन की उम्मीद के रूप में देखा जा सकता है।