प्रतिपिंड
स्वास्थ्य देखभाल और जैव प्रौद्योगिकी उद्योग में एंटीबॉडी का महत्व उच्च स्तर पर उनकी संरचना के ज्ञान की मांग करता है। इस जानकारी का उपयोग प्रोटीन इंजीनियरिंग, एंटीजन बाइंडिंग एफिनिटी के संशोधन और किसी प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) के एपिटोप को पहचानने के लिए किया जाता है। एक प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) संरचनाओं के निर्धारण के लिए एक्स-रे क्रिस्टेलोग्राफी आम तौर पर प्रयोग की जाने वाली विधि है। हालांकि, एक प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) को क्रिस्टलाइज़ करना अक्सर कठिन और लम्बा काम होता है। अभिकलानात्म्क (कम्प्युटेशनल) दृष्टिकोण क्रिस्टेलोग्राफी का सस्ता विकल्प प्रदान कर सकते हैं, लेकिन इनके परिणाम अधिकतर अस्पष्ट होते हैं क्योंकि वे अनुभवजन्य संरचनाओं का उत्पादन नहीं करते. "वेब एंटीबॉडी मॉडलिंग" (WAM) तथा "प्रेडिक्शन ऑफ़ इम्यूनोग्लोबुलिन स्ट्रक्चर" (PIGS) जैसे ऑनलाइन वेब सर्वर, एंटीबॉडी अस्थिर क्षेत्रों की कम्प्युटेशनल मॉडलिंग को संभव बनाते हैं। रोसेट्टा एंटीबॉडी एक नोवेल एंटीबॉडी एफवी/F क्षेत्र संरचना वाला प्रेडिक्शन सर्वर है, जिसमे सीडीआर/CDR छल्लों को कम करने तथा हल्की व भारी श्रृंखलाओं के अभिविन्यास को बढ़ाने के साथ होमोलॉजी मॉडल जैसी आधुनिक तकनीकें शामिल हैं जो एंटीबॉडी के विशिष्ट एंटीजन के साथ सफल डॉकिंग का अनुमान लगाती हैं।
प्रोटिओसोमस
प्रोटिओसोमस सभी यूकेरियोट्स और आर्चिया और कुछ बैक्टीरिया में प्रोटीन कॉम्प्लेक्स हैं। यूकेरियोट्स में, प्रोटिओसोमस न्यूक्लियस और साइटोप्लाज्म में स्थित हैं। [१]  प्रोटिओसोम का मुख्य कार्य प्रोटीलाइज़िस द्वारा अनावश्यक या क्षतिग्रस्त प्रोटीन को अवक्रमित करना है,  जो पेप्टाइड बांड टूटने वाली एक रासायनिक प्रतिक्रिया है। ऐसी प्रतिक्रियाओं में मदद करने वाले एंजाइमों को प्रोटीज़ कहा जाता है।  प्रोटिओसोमस एक प्रमुख तंत्र का हिस्सा हैं जिसके द्वारा कोशिकाओं को विशेष प्रोटीनों की एकाग्रता को विनियमित करने और मिसफॉल्टेड प्रोटीन को अवक्रमित करता है। अवक्रमिता की प्रक्रिया में लगभग सात से आठ अमीनो एसिड की पेप्टाइड्स पैदा होती है, जो बाद में कम अमीनो एसिड अनुक्रमों में अवक्रमित किया जा सकता है और नए प्रोटीन को संश्लेषण में इस्तेमाल किया जा सकता है। [२] युबिक्यूटिन नामक एक छोटी प्रोटीन, प्रोटीन को गिरावट के लिए टैग करता है। टैगिंग प्रतिक्रिया युबिक्यूटिन लाईगेसिस नामक एंजाइमों द्वारा उत्प्रेरित होती है।  एक बार प्रोटीन को एक युबिक्यूटिन अणु के साथ टैग किया जाना, अतिरिक्त युबिक्यूटिन अणुओं को संलग्न करने के लिए अन्य लाईगेसिस के लिए एक संकेत है।  नतीजा एक पॉलीब्यूविटीन श्रृंखला है जो प्रोटीसॉम द्वारा बाध्य है, जो टैग प्रोटीन को अवक्रमित करने मैं सक्ष्म है। [२]