प्रतिपिंड
प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) के कुछ हिस्सों के विशिष्ट कार्य हैं। उदाहरण के लिए, Y की बाहों में वो स्थान होता है जो एंटीजन को बांधता है और इस प्रकार, विशिष्ट बाहरी वस्तुओं को पहचानता है। प्रतिपिंड (एंटीबॉडी) के इस क्षेत्र को "फैब (Fab)(फ्रेगमेंट, एंटीजन बाइंडिंग) क्षेत्र" कहा जाता है। यह एंटीबॉडी की प्रत्येक भारी तथा हल्की श्रृंखला के एक स्थिर तथा एक अस्थिर क्षेत्र से मिल कर बना होता है।  पैराटोप (paratope) हल्की व भारी श्रृंखलाओं के विभिन्न प्रभाव क्षेत्र द्वारा एंटीबॉडी मोनोमर (monomer) के अमीनो टर्मिनल छोर पर स्थित होता है। अस्थिर क्षेत्र को एफवी/F क्षेत्र भी कहा जाता है और यह एंटीजन को जोड़ने के लिए सबसे महत्त्वपूर्ण क्षेत्र है। विशेष रूप से हल्की (वीएल/V और भारी (वीएच/V) श्रृंखलाओं पर स्थित प्रत्येक तीन अस्थिर छल्ले, जो एंटीजन को बाँधने के लिए जिम्मेदार हैं। ये छल्ले उत्प्रेरक निर्धारण क्षेत्र (सीडीआर/CDR) कहलाते हैं।  प्रतिरक्षा नेटवर्क सिद्धांत की संरचना में, सीडीआर/CDR को इडियोटाइप (idiotypes) भी कहा जाता है। प्रतिरक्षा नेटवर्क सिद्धांत के अनुसार, इडियोटाइप (idiotypes) की प्रक्रियाओं द्वारा अनुकूलन प्रतिरक्षा प्रणाली विनयमित होती है।
प्रोटिओसोमस
प्रोटिओसोमस सभी यूकेरियोट्स और आर्चिया और कुछ बैक्टीरिया में प्रोटीन कॉम्प्लेक्स हैं। यूकेरियोट्स में, प्रोटिओसोमस न्यूक्लियस और साइटोप्लाज्म में स्थित हैं। [१]  प्रोटिओसोम का मुख्य कार्य प्रोटीलाइज़िस द्वारा अनावश्यक या क्षतिग्रस्त प्रोटीन को अवक्रमित करना है,  जो पेप्टाइड बांड टूटने वाली एक रासायनिक प्रतिक्रिया है। ऐसी प्रतिक्रियाओं में मदद करने वाले एंजाइमों को प्रोटीज़ कहा जाता है।  प्रोटिओसोमस एक प्रमुख तंत्र का हिस्सा हैं जिसके द्वारा कोशिकाओं को विशेष प्रोटीनों की एकाग्रता को विनियमित करने और मिसफॉल्टेड प्रोटीन को अवक्रमित करता है। अवक्रमिता की प्रक्रिया में लगभग सात से आठ अमीनो एसिड की पेप्टाइड्स पैदा होती है, जो बाद में कम अमीनो एसिड अनुक्रमों में अवक्रमित किया जा सकता है और नए प्रोटीन को संश्लेषण में इस्तेमाल किया जा सकता है। [२] युबिक्यूटिन नामक एक छोटी प्रोटीन, प्रोटीन को गिरावट के लिए टैग करता है। टैगिंग प्रतिक्रिया युबिक्यूटिन लाईगेसिस नामक एंजाइमों द्वारा उत्प्रेरित होती है।  एक बार प्रोटीन को एक युबिक्यूटिन अणु के साथ टैग किया जाना, अतिरिक्त युबिक्यूटिन अणुओं को संलग्न करने के लिए अन्य लाईगेसिस के लिए एक संकेत है।  नतीजा एक पॉलीब्यूविटीन श्रृंखला है जो प्रोटीसॉम द्वारा बाध्य है, जो टैग प्रोटीन को अवक्रमित करने मैं सक्ष्म है। [२]