प्रतिपिंड
अनुसंधान में, शुद्ध एंटीबॉडी का उपयोग कई अनुप्रयोगों में किया जाता है। आम तौर पर इनका सबसे अधिक प्रयोग इंट्रासेल्युलर और एक्स्ट्रासेल्युलर प्रोटीन को पहचानने तथा ढूंढने के लिए किया जाता है। एंटीबॉडी का उपयोग, कोशिका के प्रकारों में उनके द्वारा व्यक्त प्रोटीन द्वारा अंतर करने के लिए, फ्लो साइटोमीट्री में किया जाता है; विभिन्न प्रकार की कोशिकाएं अपनी सतह पर अलग अलग अणुओं के अलग अलग गुच्छों के (क्लस्टर) संयोजनों को व्यक्त करती हैं और अलग प्रकार के इंट्रासेल्युलर और स्रावित किये जाने वाले प्रोटीन का निर्माण करती हैं। इनका प्रयोग प्रतिरक्षक अवक्षेपण द्वारा कोशिका अपघटन में दूसरे अणुओं से प्रोटीनों या उनसे जुडी किसी भी चीज़ (सह-प्रतिरक्षक अवक्षेपण) को अलग करने के लिए, वेस्टर्न ब्लॉट विश्लेषण में इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा अलग किये गये प्रोटीनों को पहचानने के लिए, तथा प्रतिपिंड ऊतक रसायन विज्ञान या इम्यूनोफ्लोरेसेंस में ऊत्तक के खण्डों में प्रोटीन अभिव्यक्ति को जांचने या सूक्ष्मदर्शी की सहायता से कोशिकाओं के अन्दर प्रोटीन को ढूंढने के लिए भी किया जा रहा है। एलिसा (ELISA) और एलीस्पॉट (ELISPOT) तकनीकों का प्रयोग करके एंटीबॉडी की सहायता से भी प्रोटीन ढूंढें और मापे जा सकते हैं।
ऍचआइवी परीक्षण
किसी भी व्यक्ति में एचआईवी (HIV) संक्रमण का निदान करने के लिये प्रयुक्त परीक्षा का उच्च दर्जे की संवेदनशीलता और विशिष्टता वाला होना आवश्यक है। युनाइटेड स्टेट्स में इसके लिये एचआईवी (HIV) एटीबाडियों के लिये दो परीक्षाओं को संयुक्त करने वाले एक अल्गोरिद्म का प्रयोग किया जाता है। यदि एलिसा (ELISA) विधि से की गई प्रारंभिक परीक्षा में एंटीबॉडियों का पता लगता है, तो वेस्टर्न ब्लॉट विधि से की गई एक दूसरी परीक्षा से एटीबाडियों से जुड़ी परीक्षा की किट में एंटीजनों का आकार निश्चित किया जाता है। इन दोनों विधियों का योग अत्यंत सटीक होता है (नीचे देखें).