भारत के सम्राट
हालांकि, मुगलों ने अधिकांश भारतीय उपमहाद्वीप पर सोलहवीं शताब्दी से राज्य किया, परन्तु उन्होंने केवल बादशाह का खिताब उपयोग किया, जिसके साथ कभी भी कोई भौगोलिक नाम नहीं जुड़ा। 1857 के भारतीय स्वतंत्रता संग्राम में, विद्रोही सिपाहियों ने दिल्ली का नियंत्रण छीन लिया, एवं बहादुरशाह द्वितीय को बादशाह-ए-हिन्द घोषित किया। इस विद्रोह को कुचलने के उपरांत, बहादुरशाह को पकड़ कर रंगून, बर्मा (अब यांगौन, म्यांमार) १८५८ में भेजा गया और इस वंश का अंत हुआ।
आगरा
१८५७ के स्वतंत्रता संग्राम के दौरान मेरठ में हुए विद्रोह की खबर १४ मई को आगरा पहुंची। ३० मई को ब्रिटिश सरकार द्वारा ४४वीं और ६७वीं नेटिव इन्फैंट्री की कुछ कंपनियों को राजकोष लाने के लिए मथुरा भेजा गया था, परन्तु उन्होंने विद्रोह कर दिया और राजकोष को दिल्ली में विद्रोहियों के पास ले गए। आगरा में भी विद्रोह के फैलने की आशंका के कारण आगरा छावनी में जितनी भी देशी पैदल सेना बटालियनें थी, सभी को ३१ मई को अंग्रेजों द्वारा निरस्त्र कर दिया गया। हालाँकि, जब ग्वालियर की टुकड़ी ने १५ जून को विद्रोह किया, तो अन्य सभी देशी इकाइयों ने भी इसका अनुसरण किया। २ जुलाई को विद्रोही सेना की नीमच और नसीराबाद टुकड़ियाँ फतेहपुर सीकरी पहुँची। विद्रोहियों के आगरा में आगे बढ़ने के डर से, ३ जुलाई को लगभग ६००० यूरोपीय और संबंधित लोग सुरक्षा के लिए आगरा किले में चले गए। ५ जुलाई को वहां तैनात ब्रिटिश सेना ने विद्रोहियों की एक निकट आ रही सेना पर हमला करने का प्रयास किया, जिसमें उन्हें विद्रोहियों के हाथों पराजय प्राप्त हुई, और अंग्रेज वापस किले में लौट आए। लेफ्टिनेंट-गवर्नर, जे.आर. कॉल्विन, की वहीं मृत्यु हो गई, और बाद में उन्हें दीवान-ए-आम के सामने दफना दिया गया। हालाँकि, विद्रोही दिल्ली चले गए, क्योंकि वह विद्रोहियों के लिए एक अधिक महत्वपूर्ण जगह थी।  विद्रोह के कारण नगर में अव्यवस्था चरम पर थी, लेकिन फिर भी अंग्रेज ८ जुलाई तक आंशिक व्यवस्था बहाल करने में सफल रहे। दिल्ली सितंबर में अंग्रेजों के अधीन हो गई, जिसके बाद ब्रिगेडियर एडवर्ड ग्रेटेड के नेतृत्व में एक पैदल सेना ब्रिगेड विद्रोहियों के विरोध के बिना ११ अक्टूबर को आगरा पहुंची। उनके आगरा आने के कुछ ही समय बाद विद्रोहियों की एक और सेना ने अचानक ब्रिगेड पर हमला कर दिया, जिसमें विद्रोहियों की हार हुई। अंग्रेजों की इस छोटी सी जीत को आगरा की लड़ाई का नाम दिया गया। हालाँकि, दिल्ली, झांसी, मेरठ और अन्य प्रमुख विद्रोही शहरों और क्षेत्रों की तुलना में आगरा में विद्रोह अपेक्षाकृत मामूली था। इसके बाद ब्रिटिश शासन फिर से सुरक्षित हो गया, और ब्रिटिश राज ने १९४७ में भारत की स्वतंत्रता तक नगर पर शासन किया। उत्तर पश्चिमी प्रांत की राजधानी को १८६८ में आगरा से इलाहाबाद स्थानांतरित कर दिया गया। परिमाणस्वरूप, आगरा मात्र एक प्रांतीय शहर ही रह गया, और धीरे-धीरे इसकी समृद्धि में निरंतर गिरावट आने लगी: