प्रतिपिंड
अनुसंधान में, शुद्ध एंटीबॉडी का उपयोग कई अनुप्रयोगों में किया जाता है। आम तौर पर इनका सबसे अधिक प्रयोग इंट्रासेल्युलर और एक्स्ट्रासेल्युलर प्रोटीन को पहचानने तथा ढूंढने के लिए किया जाता है। एंटीबॉडी का उपयोग, कोशिका के प्रकारों में उनके द्वारा व्यक्त प्रोटीन द्वारा अंतर करने के लिए, फ्लो साइटोमीट्री में किया जाता है; विभिन्न प्रकार की कोशिकाएं अपनी सतह पर अलग अलग अणुओं के अलग अलग गुच्छों के (क्लस्टर) संयोजनों को व्यक्त करती हैं और अलग प्रकार के इंट्रासेल्युलर और स्रावित किये जाने वाले प्रोटीन का निर्माण करती हैं। इनका प्रयोग प्रतिरक्षक अवक्षेपण द्वारा कोशिका अपघटन में दूसरे अणुओं से प्रोटीनों या उनसे जुडी किसी भी चीज़ (सह-प्रतिरक्षक अवक्षेपण) को अलग करने के लिए, वेस्टर्न ब्लॉट विश्लेषण में इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा अलग किये गये प्रोटीनों को पहचानने के लिए, तथा प्रतिपिंड ऊतक रसायन विज्ञान या इम्यूनोफ्लोरेसेंस में ऊत्तक के खण्डों में प्रोटीन अभिव्यक्ति को जांचने या सूक्ष्मदर्शी की सहायता से कोशिकाओं के अन्दर प्रोटीन को ढूंढने के लिए भी किया जा रहा है। एलिसा (ELISA) और एलीस्पॉट (ELISPOT) तकनीकों का प्रयोग करके एंटीबॉडी की सहायता से भी प्रोटीन ढूंढें और मापे जा सकते हैं।
प्रतिजीवविष
किसी विशिष्ट विष को बेअसर करने की क्षमता वाले प्रतिपिण्ड (एंटीबॉडी) को प्रतिजीवविष या एंटीटॉक्सिन कहते हैं। विष के संपर्क में आने से कुछ जन्तुओं, पौधों और जीवाणुओं द्वारा एंटीटॉक्सिन का उत्पादन किया जाता है। यद्यपि एन्टीटोक्सिन विषाक्त पदार्थों को बेअसर करने में सबसे प्रभावी हैं, इसके साथ ही वे बैक्टीरिया और अन्य सूक्ष्मजीवों को भी मार सकते हैं। एंटीटॉक्सिन का निर्माण जीवों के भीतर होता है, और किसी संक्रामक रोग का इलाज करने के लिए इन्हें मनुष्यों सहित अन्य जीवों में इंजेक्ट किया जा सकता है। इसके लिए उस जानवर के शरीर में एक विशेष विष की सुरक्षित मात्रा प्रविष्ट करा दी जाती है। इसके बाद उस जन्तु का शरीर उस टॉक्सिन को बेअसर करने के लिए आवश्यक एंटीटॉक्सिन बनाता है। बाद में, उस जानवर से रक्त निकाला जाता है। जब एंटीटॉक्सिन को रक्त से प्राप्त किया जाता है, तो इसे शुद्ध करके मानव या अन्य जानवर में इंजेक्ट किया जाता है जिससे उसमें अस्थायी निष्क्रिय प्रतिरक्षा (पैसिव इम्युनिटी) उत्पन्न होती है।