प्रतिपिंड
अनुसंधान में, शुद्ध एंटीबॉडी का उपयोग कई अनुप्रयोगों में किया जाता है। आम तौर पर इनका सबसे अधिक प्रयोग इंट्रासेल्युलर और एक्स्ट्रासेल्युलर प्रोटीन को पहचानने तथा ढूंढने के लिए किया जाता है। एंटीबॉडी का उपयोग, कोशिका के प्रकारों में उनके द्वारा व्यक्त प्रोटीन द्वारा अंतर करने के लिए, फ्लो साइटोमीट्री में किया जाता है; विभिन्न प्रकार की कोशिकाएं अपनी सतह पर अलग अलग अणुओं के अलग अलग गुच्छों के (क्लस्टर) संयोजनों को व्यक्त करती हैं और अलग प्रकार के इंट्रासेल्युलर और स्रावित किये जाने वाले प्रोटीन का निर्माण करती हैं। इनका प्रयोग प्रतिरक्षक अवक्षेपण द्वारा कोशिका अपघटन में दूसरे अणुओं से प्रोटीनों या उनसे जुडी किसी भी चीज़ (सह-प्रतिरक्षक अवक्षेपण) को अलग करने के लिए, वेस्टर्न ब्लॉट विश्लेषण में इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा अलग किये गये प्रोटीनों को पहचानने के लिए, तथा प्रतिपिंड ऊतक रसायन विज्ञान या इम्यूनोफ्लोरेसेंस में ऊत्तक के खण्डों में प्रोटीन अभिव्यक्ति को जांचने या सूक्ष्मदर्शी की सहायता से कोशिकाओं के अन्दर प्रोटीन को ढूंढने के लिए भी किया जा रहा है। एलिसा (ELISA) और एलीस्पॉट (ELISPOT) तकनीकों का प्रयोग करके एंटीबॉडी की सहायता से भी प्रोटीन ढूंढें और मापे जा सकते हैं।
ऍचआइवी परीक्षण
एंटीबॉडी परीक्षण "विंडो अवधि" में, जो एचआईवी (HIV) संक्रमण और एचआईवी (HIV) सीरोपरिवर्तन के प्रति मापन योग्य एटीबाडियों के उत्पादन के बीच का तीन सप्ताह से छह महीनों का अंतराल सकते हैं। अधिकांश लोगों में पता लगाने योग्य एंटीबॉडियों की उत्पत्ति संक्रमण के लगभग 30 दिनों के बाद हो जाती हैं, हालांकि कुछ लोग देर से सीरोपरिवर्तित होते हैं। अधिकतर (97%) लोगों में पता लगाने योग्य एंटीबॉडी एचआईवी (HIV) संक्रमण के तीन महीनों बाद उत्पन्न हो जाती हैं। आधुनिक एंटीबॉडी परीक्षण के साथ छह महीनों की विंडो अवधि अत्यंत ही विरल है। विंडो अवधि में संक्रमित व्यक्ति अन्य लोगों में एचआईवी (HIV) फैला सकता है, हालांकि एंटीबॉडी परीक्षण से उनके एचआईवी (HIV) संक्रमण का पता नहीं चलता. विंडो अवधि में रेट्रोवाइरसविरोधी उपचार से एंटीबॉडियों के विकास में देर हो सकती है और विंडो अवधि 12 महीनों से अधिक तक बढ़ सकती है। ऐसा उन रोगियों में नहीं होता है जिनका संक्रमित होने के बाद रोकथामक उपचार किया गया हो। ऐसे रोगियों को 28 दिनों के सामान्य उपचार के बाद विभिन्न अंतरालों पर एलिसा परीक्षण करवाने चाहिये, जो कभी-कभी 6 महीनों की सामान्य विंडो अवधि से भी अधिक हो सकते हैं। एक्स- लिंक्ड अगामाग्लोबुलिनरक्तता से ग्रस्त रोगियों में भी एंटीबॉडी परीक्षण मिथ्या नकारात्मक नतीजे दे सकते हैं; ऐसे रोगियों में अन्य नैदानिक परीक्षणों का प्रयोग करना चाहिये।