प्रतिपिंड
अनुसंधान में, शुद्ध एंटीबॉडी का उपयोग कई अनुप्रयोगों में किया जाता है। आम तौर पर इनका सबसे अधिक प्रयोग इंट्रासेल्युलर और एक्स्ट्रासेल्युलर प्रोटीन को पहचानने तथा ढूंढने के लिए किया जाता है। एंटीबॉडी का उपयोग, कोशिका के प्रकारों में उनके द्वारा व्यक्त प्रोटीन द्वारा अंतर करने के लिए, फ्लो साइटोमीट्री में किया जाता है; विभिन्न प्रकार की कोशिकाएं अपनी सतह पर अलग अलग अणुओं के अलग अलग गुच्छों के (क्लस्टर) संयोजनों को व्यक्त करती हैं और अलग प्रकार के इंट्रासेल्युलर और स्रावित किये जाने वाले प्रोटीन का निर्माण करती हैं। इनका प्रयोग प्रतिरक्षक अवक्षेपण द्वारा कोशिका अपघटन में दूसरे अणुओं से प्रोटीनों या उनसे जुडी किसी भी चीज़ (सह-प्रतिरक्षक अवक्षेपण) को अलग करने के लिए, वेस्टर्न ब्लॉट विश्लेषण में इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा अलग किये गये प्रोटीनों को पहचानने के लिए, तथा प्रतिपिंड ऊतक रसायन विज्ञान या इम्यूनोफ्लोरेसेंस में ऊत्तक के खण्डों में प्रोटीन अभिव्यक्ति को जांचने या सूक्ष्मदर्शी की सहायता से कोशिकाओं के अन्दर प्रोटीन को ढूंढने के लिए भी किया जा रहा है। एलिसा (ELISA) और एलीस्पॉट (ELISPOT) तकनीकों का प्रयोग करके एंटीबॉडी की सहायता से भी प्रोटीन ढूंढें और मापे जा सकते हैं।
प्रतिरक्षण (चिकित्सा)
मातृ निष्क्रिय रोगक्षमता एक प्रकार की स्वाभाविक अर्जित निष्क्रिय उन्मुक्ति है और एंटीबॉडी मध्यस्थ प्रतिरक्षा को सूचित करती है जो गर्भावस्था के समय गर्भ को माँ द्वारा अवगत की जाती है। माँ से सम्बंधित एंटीबॉडी (MatAb) अपरा से भ्रूण में placental कोशिकाओं पर स्थित FcRn रिसेप्टर के माध्यम से पारित किया जाता है। यह सगर्भता के तीसरे महीने के आसपास होता है IgG ही केवल एंटीबॉडी isotype है जो प्लेसेंटा के माध्यम से पारित सकता है। निष्क्रिय रोगक्षमता IgA एंटीबॉडी (जो स्तन के दूध में पाये जाते हैं और शिशु के पेट में स्थानांतरित करते हैं और उससे बैक्टीरिया के संक्रमण से बचाते हैं, जब तक नवजात अपनी एंटीबॉडी का एंड संश्लेषण खुद नहीं कर सकते) के हस्तांतरण के माध्यम से प्रदान होती है।