प्रतिपिंड
अनुसंधान में, शुद्ध एंटीबॉडी का उपयोग कई अनुप्रयोगों में किया जाता है। आम तौर पर इनका सबसे अधिक प्रयोग इंट्रासेल्युलर और एक्स्ट्रासेल्युलर प्रोटीन को पहचानने तथा ढूंढने के लिए किया जाता है। एंटीबॉडी का उपयोग, कोशिका के प्रकारों में उनके द्वारा व्यक्त प्रोटीन द्वारा अंतर करने के लिए, फ्लो साइटोमीट्री में किया जाता है; विभिन्न प्रकार की कोशिकाएं अपनी सतह पर अलग अलग अणुओं के अलग अलग गुच्छों के (क्लस्टर) संयोजनों को व्यक्त करती हैं और अलग प्रकार के इंट्रासेल्युलर और स्रावित किये जाने वाले प्रोटीन का निर्माण करती हैं। इनका प्रयोग प्रतिरक्षक अवक्षेपण द्वारा कोशिका अपघटन में दूसरे अणुओं से प्रोटीनों या उनसे जुडी किसी भी चीज़ (सह-प्रतिरक्षक अवक्षेपण) को अलग करने के लिए, वेस्टर्न ब्लॉट विश्लेषण में इलेक्ट्रोफोरेसिस द्वारा अलग किये गये प्रोटीनों को पहचानने के लिए, तथा प्रतिपिंड ऊतक रसायन विज्ञान या इम्यूनोफ्लोरेसेंस में ऊत्तक के खण्डों में प्रोटीन अभिव्यक्ति को जांचने या सूक्ष्मदर्शी की सहायता से कोशिकाओं के अन्दर प्रोटीन को ढूंढने के लिए भी किया जा रहा है। एलिसा (ELISA) और एलीस्पॉट (ELISPOT) तकनीकों का प्रयोग करके एंटीबॉडी की सहायता से भी प्रोटीन ढूंढें और मापे जा सकते हैं।
प्रोटिओसोमस
प्रोटिओसोमस सभी यूकेरियोट्स और आर्चिया और कुछ बैक्टीरिया में प्रोटीन कॉम्प्लेक्स हैं। यूकेरियोट्स में, प्रोटिओसोमस न्यूक्लियस और साइटोप्लाज्म में स्थित हैं। [१]  प्रोटिओसोम का मुख्य कार्य प्रोटीलाइज़िस द्वारा अनावश्यक या क्षतिग्रस्त प्रोटीन को अवक्रमित करना है,  जो पेप्टाइड बांड टूटने वाली एक रासायनिक प्रतिक्रिया है। ऐसी प्रतिक्रियाओं में मदद करने वाले एंजाइमों को प्रोटीज़ कहा जाता है।  प्रोटिओसोमस एक प्रमुख तंत्र का हिस्सा हैं जिसके द्वारा कोशिकाओं को विशेष प्रोटीनों की एकाग्रता को विनियमित करने और मिसफॉल्टेड प्रोटीन को अवक्रमित करता है। अवक्रमिता की प्रक्रिया में लगभग सात से आठ अमीनो एसिड की पेप्टाइड्स पैदा होती है, जो बाद में कम अमीनो एसिड अनुक्रमों में अवक्रमित किया जा सकता है और नए प्रोटीन को संश्लेषण में इस्तेमाल किया जा सकता है। [२] युबिक्यूटिन नामक एक छोटी प्रोटीन, प्रोटीन को गिरावट के लिए टैग करता है। टैगिंग प्रतिक्रिया युबिक्यूटिन लाईगेसिस नामक एंजाइमों द्वारा उत्प्रेरित होती है।  एक बार प्रोटीन को एक युबिक्यूटिन अणु के साथ टैग किया जाना, अतिरिक्त युबिक्यूटिन अणुओं को संलग्न करने के लिए अन्य लाईगेसिस के लिए एक संकेत है।  नतीजा एक पॉलीब्यूविटीन श्रृंखला है जो प्रोटीसॉम द्वारा बाध्य है, जो टैग प्रोटीन को अवक्रमित करने मैं सक्ष्म है। [२]