ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคเฮอัง
ในค.ศ. 833 พระจักรพรรดิจุนนะ (淳和, Junna) ทรงสละราชสมบัติให้แก่พระโอรสบุญธรรมขึ้นครองราชสมบัติเป็นพระจักรพรรดินินเมียว (仁明, Ninmyō) โดยแต่งตั้งให้พระโอรสของพระจักรพรรดิจุนนะคือองค์ชายซึเนะซะดะ (恒貞, Tsunesada) เป็นองค์ชายรัชทายาทรอคอยการสืบราชสมบัติ แต่"อุไดจิน"ฟุจิวะระ โยะชิฟุสะ (藤原 良房, Fujiwara no Yoshifusa) เข้าทำการยึดอำนาจปลดองค์ชายซึเนะซะดะจากตำแหน่งองค์ชายรัชทายาท และตั้งองค์ชายมิฉิยะสุ (道康, Michiyasu) ซึ่งเป็นพระโอรสของพระจักรพรรดินินเมียวและพระจักรพรรดินีฟุจิวะระที่เป็นน้องสาวของโยะชิฟุสะ หรือก็คือหลานของโยะชิฟุสะนั่นเอง เป็นองค์ชายรัชทายาทแทน เรียกว่า"เหตุการณ์ปีโจวะ" เป็นเหตุการณ์ที่นำฟุจิวะระโยะชิฟุสะสู่อำนาจและเป็นจุดเริ่มต้นของการเข้าครอบงำราชสำนักของตระกูลฟุจิวะระ องค์ชายมิฉิยะสุขึ้นครองราชย์เป็นพระจักรพรรดิมงโตกุ (文徳, Montoku) และในค.ศ. 858 พระจักรพรรดิมงโตกุสวรรคตในราชสมบัติ พระโอรสพระจักรพรรดิเซวะ (清和, Seiwa) ขึ้นครองราชสมบัติด้วยพระชนมายุเพียงเก้าชันษา ฟุจิวะระ โยะชิฟุสะจึงขึ้นเป็น"เซ็สโช"คนแรกในประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น