ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ราชวงศ์โชซ็อน
เมื่อจักรวรรดิญี่ปุ่นเห็นว่าพระมเหสีมิน จายองทรงเป็นอุปสรรคสำคัญในการครอบครองคาบสมุทรเกาหลี (มีผู้กล่าวว่า พระมเหสีมินจายองเปรียบเสมือนความเป็นชาติของโชซ็อน) มิอุระ โกโร่ ผู้นำกองทัพของจักรวรรดิญี่ปุ่นในโชซ็อนขณะนั้นจึงมีคำสั่งให้ ลอบสังหารพระมเหสีมินในพ.ศ. 2438 ซึ่งก็ไม่ทราบแน่ชัดว่ารัฐบาลกลางของจักรวรรดิญี่ปุ่นมีส่วนรู้เห็นหรือไม่ โดยกองทัพของจักรวรรดิญี่ปุ่นบุกเข้าไปใน พระราชวังเคียงบก และสังหารพระนางอย่างโหดเหี้ยมภายในพระตำหนัก จากนั้นจึงเผาพระศพของพระนางภายหลังจากที่แน่ใจแล้วว่าสิ้นพระชนม์ อย่างไรก็ตาม เนื่องจากไม่มีผู้เห็นเหตุการณ์ มีแต่ชาวรัสเซียชื่อ เซอเรอดิน-ซาบาติน ที่เห็นทหารของจักรวรรดิญี่ปุ่นบุกเข้าไปในฝ่ายในของวัง เรียกว่า เหตุการณ์ปีอึลมี