พระปรางค์สามยอด
อายุเวลาของพระปรางค์สามยอด พิจารณาจากรูปแบบการก่อสร้างที่ใช้ศิลาแลงเป็นโครงสร้างพอกด้วยปูนและประดับด้วยลวดลายปูนปั้น อันเป็นรูปแบบทางสถาปัตยกรรมที่นิยมมากในศิลปะบายนของกัมพูชา โดยเฉพาะอย่างยิ่งงานสถาปัตยกรรมที่สร้างขึ้นในรัชสมัยของพระเจ้าชัยวรมันที่ 7 และยังสอดคล้องกับรูปแบบของพระพิมพ์รูปปราสาทสามยอด ที่ภายในแต่ละยอดประดิษฐานพระพุทธรูปทรงเครื่องนาคปรก พระโลเกศวรสี่กร และพระนางปรัชญาปารมิตา อันเป็นรูปเคารพที่เคยประดิษฐานภายในปราสาททั้ง 3 หลังของพระปรางค์สามยอดด้วย โดยพระพิมพ์ดังกล่าวสร้างขึ้นในพุทธศาสนาลัทธิวัชรยานที่รุ่งเรืองเป็นอย่างยิ่งในรัชสมัยพระเจ้าชัยวรมันที่ 7 แห่งอาณาจักรขะแมร์ จากเหตุผลดังกล่าว จึงสันนิษฐานได้ว่าพระปรางค์สามยอดสร้างขึ้นในรัชสมัยของพระองค์ที่ทรงครองราชย์ระหว่าง พ.ศ. 1724 ถึงประมาณ 1757
พระปรางค์สามยอด
นอกจากนี้ในสมัยอยุธยาตรงกับรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์ได้มีการบูรณปฏิสังขรณ์และดัดแปลงพระปรางค์สามยอดเพื่อใช้เป็นพุทธศาสนสถานอีกครั้ง ดังจะเห็นได้จากการซ่อมแซมส่วนที่เป็นเพดาน โดยยังคงเห็นร่อยรอยของการปิดทองเป็นรูปดาวเพดาน และการสร้างฐานภายในพระปรางค์สามยอดหลายฐานลักษณะคล้ายกับฐานชุกชีด้วยอิฐ อันเป็นวัสดุที่แตกต่างไปจากส่วนอื่นๆ ของพระปรางค์สามยอดซึ่งส่วนใหญ่เป็นศิลาแลง