ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
จักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ
จนกระทั่ง ค.ศ. 1160 "ชูนะงง"ฟุจิวะระ โนะ โนะบุโยะริ ร่วมมือกับมินะโมะโตะ โนะ โยะชิโตะโมะ ก่อการกบฏเพื่อล้มอำนาจพระภิกษุชินเซ ในเหตุการณ์ที่เรียกว่า สงครามเฮจิ (平治の乱) โยะชิโตะโมะยกทัพเข้ายึดพระราชวังกุมองค์จักรพรรดินิโจไว้ และยกทัพเข้าโจมตีตำหนักซันโจ (三条殿) อันเป็นที่ประทับของอดีตจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ เข้าสังหารข้าราชบริพารของอดีตจักรพรรดิไปมากรวมถึงพระภิกษุชินเซด้วย แล้วจึงกุมองค์อดีตจักรพรรดิไว้ แต่ไทระ โนะ คิโยะโมะริ ได้ช่วยเหลือจักรพรรดิทั้งสองพระองค์ให้ทรงหลบหนีออกมาได้ และยกทัพเข้าต่อสู้กับฝ่ายตระกูลมินะโมะโตะจนได้รับชัยชนะ