ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
แม้การลาออกของโยชิโนบุทำให้เกิดสุญญากาศในตำแหน่งระดับสูงสุดของรัฐบาล ระบบกลไกรัฐของเขานั้นยังดำรงอยู่ ยิ่งกว่านั้นรัฐบาลโชกุน โดยเฉพาะตระกูลโทกูงาวะ จะยังเป็นกำลังสำคัญในระเบียบการเมืองที่วิวัฒนาและจะมีอำนาจบริหารหลายอย่าง เป็นภาพที่ผู้ไม่ประนีประนอม (hard-liner) จากซัตสึมะและโชชูทนไม่ได้ เหตุการณ์มาถึงจุดสูงสุดในวันที่ 3 มกราคม ค.ศ. 1868 เมื่อทั้งสองแคว้นยึดพระราชวังจักรพรรดิที่กรุงเกียวโต และในวันรุ่งขึ้น จักรพรรดิเมจิ พระชนมายุ 15 พรรษา ทรงประกาศฟื้นฟูพระราชอำนาจเต็มของพระองค์ แม้สภาองคมนตรีจักรพรรดิฝ่ายข้างมากสุขกับคำประกาศการปกครองโดยตรงอย่างเป็นทางการของราชสำนักและมีแนวโน้มสนับสนุนการร่วมมือกับโทกูงาวะต่อ (ภายใต้มโนทัศน์ "รัฐบาลอันเป็นธรรม" ) แต่ไซโง ทะกะโมะริคุกคามสภาให้เลิกตำแหน่ง "โชกุน" และสั่งริบที่ดินของโยชิโนบุ