ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
ไม่นาน กำลังฝ่ายจักรพรรดิรวบรวมการควบคุมบนแผ่นดินใหญ่ญี่ปุ่น และในเดือนเมษายน ค.ศ. 1869 ส่งกองเรือและกำลังทหารราบ 7,000 นายไปเอะโซะ เริ่มต้นยุทธการที่ฮาโกดาเตะ กำลังฝ่ายจักรพรรดิคืบหน้าอย่างรวดเร็วและชนะยุทธนาการทางเรือ ณ อ่าวฮาโกดาเตะ เป็นยุทธนาวีทางเรือขนาดใหญ่ครั้งแรกของประทเศญี่ปุ่นระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่ ขณะที่ป้อมโกะเรียวกะกุถูกทหารที่เหลือ 800 นายล้อม เมื่อเห็นสถานการณ์เข้าตาจน ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสหลบหนีไปเรือฝรั่งเศสซึ่งประจำอยู่ในอ่าวฮาโกดาเตะ แคตโลกง (Coëtlogon) ภายใต้การบังคับบัญชาของดูว์เปตี-ตูอาร์ (Dupetit-Thouars) แล้วโดยสารกลับไปโยะโกะฮะมะและฝรั่งเศส ญี่ปุ่นขอให้ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสรับการพิพากษาในประเทศฝรั่งเศส ทว่า เนื่องจากการสนับสนุนของประชาชนในประเทศฝรั่งเศสจากกรรมของพวกเขา อดีตที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสในประเทศญี่ปุ่นจึงไม่ถูกลงโทษ