อะพอพโทซิส
อะพอพโทซิสจะเกิดขึ้นในเซลล์ที่เสียหายเกินกว่าจะซ่อมแซมได้ เช่น ติดเชื้อไวรัส, หรืออยู่ในภาวะกดดันเช่นการอดอาหาร ความเสียหายของดีเอ็นเอภายในเซลล์จากรังสีแตกตัว (ionizing radiation) หรือสารพิษจะชักนำให้เกิดอะพอพโทซิสโดยผ่านการทำงานของยีนต้านมะเร็ง (tumour-suppressing gene) ชื่อ "p53" การ "ตัดสินใจ" ของเซลล์ว่าจะเข้าสู่กระบวนการอะพอพโทซิสอาจขึ้นกับปัจจัยของเซลล์เอง, ปัจจัยของเนื้อเยื่อรอบๆ, และจากเซลล์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกัน ในกรณีนี้เซลล์จะเกิดการอะพอพโทซิสเพื่อกำจัดเซลล์ที่เสียหาย, เพื่อป้องกันการกระจายของไวรัส, และเพื่อลดจำนวนเซลล์ในภาวะอดอาหารเพื่อจะได้ไม่ต้องดึงอาหารจากสิ่งมีชีวิตตามลำดับ
โรคปอดอักเสบจากเชื้อนิวโมซิสติส จิโรเวซิไอ
ในช่วงเวลาก่อนที่จะมีการค้นพบวิธีรักษาที่ได้ผลดีนั้น PCP เป็นสาเหตุการเสียชีวิตที่พบบ่อยและรุนแรงอย่างหนึ่งของผู้ป่วยเอดส์ อุบัติการณ์ของการเกิด PCP ลดลงเป็นอย่างมากหลังจากมีการนำยาโคไทรมอกซาโซลแบบกินมาใช้เป็นวิธีมาตรฐานในการป้องกัน PCP ในผู้ติดเชื้อ HIV ที่มีระดับ CD4 ต่ำกว่า 200/mm³ ส่วนในผู้ป่วยเอดส์ที่ยังไม่สามารถเข้าถึงการป้องกันการติดเชื้อด้วยยาได้เช่นนี้ PCP ยังคงเป็นสาเหตุการเสียชีวิตหลักๆ อยู่