จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย
ต่อมา พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงพระราชดำริเห็นสมควรที่จะขยายการศึกษาในโรงเรียนข้าราชการพลเรือนฯ ให้กว้างขวางยิ่งขึ้น คือ ไม่เฉพาะสำหรับผู้ที่จะเล่าเรียนเพื่อรับราชการเท่านั้น แต่ผู้ใดที่มีความประสงค์จะศึกษาขั้นสูงก็สามารถเข้าเรียนได้ทั่วถึงกัน จึงทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้ประดิษฐานโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขึ้นเป็นมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 26 มีนาคม พ.ศ. 2459 พร้อมทั้งพระราชทานนามว่า “จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย” เพื่อเป็นพระบรมราชานุสาวรีย์เฉลิมพระเกียรติแห่งพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว โดยให้มหาวิทยาลัยแห่งนี้สังกัดอยู่ในกระทรวงธรรมการ ซึ่งเป็นไปตามพระราชดำรัสในพระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัวที่พระราชทานแก่ผู้มาร่วมงานพระราชพิธีวางศิลาพระฤกษ์ตึกบัญชาการโรงเรียนข้าราชการพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว (อาคารมหาจุฬาลงกรณ์ในปัจจุบัน) เมื่อวันจันทร์ที่ 3 มกราคม พ.ศ. 2458 เวลา 16 นาฬิกา 7 นาที ดังนี้
โรงเรียนวิทยาศาสตร์จุฬาภรณราชวิทยาลัย มุกดาหาร
โรงเรียน จุฬาภรณราชวิทยาลัย เป็นโรงเรียนที่กระทรวงศึกษาธิการ จัดตั้งขึ้นเพื่อ เฉลิมพระเกียรติเนื่องในวโรกาสที่สมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าจุฬาภรณวลัยลักษณ์อัคราชกุมารีทรงเจริญพระชนมายุครบ 3 รอบ ในวันที่ 4 กรกฎาคม 2536 ด้วยสำนึกในพระกรุณาธิคุณ ที่ทรงมีต่องานด้านวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม และเพื่อสนองตามพระราชประสงค์ที่ทรงมุ่งมั่นส่งเสริมคุณภาพชีวิตในด้านความ เป็นอยู่และการศึกษาของประชาชน โดยเฉพาะในท้องถิ่นห่างไกล โดยให้โอกาส แก่เยาวชนที่มีความสนใจและมีความสามารถทางด้าน วิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและ สิ่งแวดล้อม ได้ฝึกฝนความรู้ความสามารถด้านนี้เป็นพิเศษตั้งแต่เยาว์วัย ทั้งนี้ได้ จัดตั้งโรงเรียนจำนวน12 แห่ง 
ในทุกเขตการศึกษาโดยได้รับพระราชทาน นามว่า โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย ต่อท้ายด้วยชื่อจังหวัดที่เป็นสถานที่ตั้งของโรงเรียน 
และใช้นามภาษาอังกฤษว่า “Princess Chulabhorn’ s College ” พร้อมทั้ง พระราชทานแผ่นศิลาฤกษ์โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย 
ดำเนินการ จัดพิธีวาง ศิลาฤกษ์พร้อมกันทั่วประเทศ เมื่อวันที่ 17 มกราคม 2539 โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย มุกดาหารได้รับการประกาศจัดตั้งขึ้น 
เมื่อ วันที่ 4 เมษายน 2537 มีที่ตั้ง โรงเรียนอยู่ที่บ้านหนองหอย ตำบลบางทรายใหญ่ อำเภอเมืองมุกดาหาร จังหวัด มุกดาหาร บนที่ดินสาธารณ- 
ประโยชน์ที่สภาตำบลบางทรายใหญ่และชุมชน บ้านหนองหอย มอบให้จำนวน 79 ไร่ และประชาชนบริจาคเพิ่มเติมจำนวน 13 ไร่ รวมพื้น 
ที่ทั้งหมดเป็น 92ไร่หลังจากประกาศจัดตั้งโรงเรียนสำนักงานสามัญศึกษา จังหวัดมุกดาหาร แต่งตั้ง นายยงยุทธ สายคง ผู้อำนวยการโรงเรียน 
นวมินทราชู ทิศ อีสาน ปฏิบัติหน้าที่ผู้บริหารโรงเรียนคนแรก และเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม 2537 กรมสามัญศึกษาแต่งตั้งให้ นายรุ่งโรจน์ อุ่นชัย 
ดำรงตำแหน่งครูใหญ่คนแรก และนายเสวก กลางประพันธ์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการคนที่ 2 ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2551 -2554 
นายเสนอ กลางประพันธ์ ผู้อำนวยการคนที่ 3 ตั้งแต่ปี 2555-2556 และ นายชาตรี ประดุจชนม์ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนคนปัจจุบัน 
กระทรวงศึกษาธิการประกาศจัดตั้งโรงเรียนจุฬาภรณราช วิทยาลัย มุกดาหาร ขึ้นเมื่อวันที่ ๔ เมษายน พ.ศ. ๒๕๓๗
บนที่ดินสาธารณประโยชน์ที่สภาตำบล บางทรายใหญ่และชุมชนบ้านหนองหอยมอบให้ จำนวน ๗๙ ไร่ และประชาชนบริจาคเพิ่มเติมจำนวน ๑๓ ไร่ 
โรงเรียนได้รับบริจาคที่ดินจากโรงงานน้ำตาลจำนวน ๗ ไร่ รวมพื้นที่ทั้งหมดเป็น ๙๙ ไร่ 
โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อเฉลิมพระเกียรติสมเด็จพระเจ้าลูกเธอเจ้าฟ้าจุฬาภร ณวลัยลักษณ์อัครราชกุมารี 
มีพระชนมายุครบ ๓ รอบ และเพื่อส่งเสริมสนับสนุนให้นักเรียนระดับมัธยมศึกษาที่มีความสามารถพิเศษ 
ด้านคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์เทคโนโลยี และต้องการพัฒนานักเรียนให้เป็นแบบอย่างด้านคุณธรรมและจริยธรรม
เป็นโรงเรียนสหศึกษา ซึ่งโรงเรียนรับนักเรียนทั้งประจำ และไปกลับ โรงเรียนเปิดทำการสอน ตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๓๘
ปีการศึกษา ๒๕๕๓ เปิดหลักสูตรเป็นภาษาอังกฤษ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ตามโครงการพัฒนาประเทศไทยเป็นศูนย์กลางการศึกษาในภูมิภาคอาเซียน (Education Hub) และเมื่อวันที่ ๒๕ พฤศจิกายน ๒๕๕๓ คณะรัฐมนตรีมีมติอนุมัติให้โรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัยเป็นโรงเรียนวิทยา ศาสตร์ภูมิภาค (Regional science school) 
๔ เมษายน ๒๕๓๗ กระทรวงศึกษาธิการ ประกาศตั้งโรงเรียนจุฬาภรณราชวิทยาลัย มุกดาหาร ให้เปิดสอนระดับ ม.ต้น และ ม.ปลาย ทั้งอยู่ประจำ และไป-กลับ สำนักงานชั่วคราวอยู่ที่โรงเรียนนวมินทราชูทิศ อีสาน
ปีการศึกษา ๒๕๓๘ รับนักเรียนรุ่นแรกในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ใช้โรงเรียนศึกษาพิเศษมุกดาหาร เป็นสถานที่จัดการเรียนรู้
ปีการศึกษา ๒๕๓๙ ย้ายเข้ามาจัดการเรียนรู้ในสถานที่ปัจจุบัน
ีการศึกษา ๒๕๕๑ เปิดห้องเรียนวิทยาศาสตร์ในระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย และใช้หลักสูตรของโรงเรียนมหิดลวิทยานุสรณ์
ปีการศึกษา ๒๕๕๓ จัดการเรียนรู้ภาคภาษาอังกฤษตามหลักสูตรแกนกลางการศึกษาขั้นพื้นฐาน พ.ศ. ๒๕๕๑ ชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และ ๔ ระดับละ ๑ ห้องเรียน
ปีการศึกษา ๒๕๕๔ จัดการเรียนรู้ตามหลักสูตรของโรงเรียนวิทยาศาสตร์ภูมิภาค พ.ศ. ๒๕๕๔ ในระดับชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๑ และชั้นมัธยมศึกษาปีที่ ๔