ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคมูโรมาจิ
พระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ หลังจากที่ทรงล้มล้างรัฐบาลโชกุนคะมะกุระแล้ว ได้ทรงรื้อฟื้นระบอบการปกครองอันมีองค์พระจักรพรรดิเป็นศูนย์กลางขึ้นมาใหม่ เรียกว่า การฟื้นฟูปีเค็มมุ (Kemmu Restoration) สร้างความไม่พอใจให้แก่ชนชั้น"ซะมุไร"ซึ่งยังคงต้องการให้มีการปกครองของระบอบโชกุน ค.ศ. 1336 อะชิกะงะ ทะกะอุจิ ( ) มีชัยชนะเหนือทัพของพระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะ ซึ่งนำโดย คุซุโนะกิ มะซะชิเงะ () ในยุทธการที่มินะโตะกะวะ () อะชิกะงะ ทะกะอุจิ เข้ายึดนครเคียวโตะได้สำเร็จ ตั้งพระจักรพรรดิโคเมียวขึ้นเป็นพระจักรพรรดิองค์ใหม่ ส่วนพระจักรพรรดิโกะ-ไดโงะเสด็จหลบหนีไปยังเมืองโยะชิโนะ ( จังหวัดนะระในปัจจุบัน) และทรงจัดตั้งราชสำนักใหม่ขึ้น ณ ที่แห่งนั้น ประเทศญี่ปุ่นจึงมีพระจักรพรรดิสองพระองค์ในเวลาเดียวกัน องค์ซึ่งประทับอยู่ที่เมืองเกียวโต เรียกว่า พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ และองค์ที่ประทับอยู่ที่เมืองโยะชิโนะ เรียกว่า พระราชวงศ์ฝ่ายใต้ เป็นจุดเริ่มต้นของ สมัยราชวงศ์เหนือใต้ หรือ "นัมโบะกุโช" () อะชิกะงะ ทะกะอุจิ ซึ่งสืบเชื้อสายมาจากตระกูลเซวะเง็งจิ ( ) หรือ ตระกูลมินะโมะโตะ ได้รับการแต่งตั้งให้เป็น "เซอิไทโชงุง" ( ) เป็นจุดเริ่มต้นของรัฐบาลโชกุนอะชิกะงะและสมัยมุโระมะชิ ซึ่งรัฐบาลโชกุนถวายการสนับสนุนแด่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ