ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
แม้สมัยเมจิตอนต้น ความสัมพันธ์ระหว่างราชสำนักจักรพรรดิและต่างประเทศดีขึ้น แต่ความสัมพันธ์กับประเทศฝรั่งเศสเสื่อมชั่วคราวเนื่องจากฝรั่งเศสสนับสนุนโชกุนในทีแรก ทว่าในไม่ช้า มีการเชิญคณะทูตทหารคณะที่สองมาประเทศญี่ปุ่นใน ค.ศ. 1874 และคณะที่สามใน ค.ศ. 1884 อันตรกิริยาระดับสูงกลับคืนประมาณ ค.ศ. 1886 เมื่อประเทศฝรั่งเศสช่วยสร้างกองเรือสมัยใหม่ขนาดใหญ่ของกองทัพเรือจักรวรรดิญี่ปุ่น ภายใต้การชี้นำของวิศวกรนาวี หลุยส์-เอมิล แบร์แต็ง (Louis-Émile Bertin) การปรับประเทศให้ทันสมัยเริ่มระหว่างปลายรัฐบาลโชกุนแล้ว และรัฐบาลเมจิสุดท้ายก็รับนโยบายเดียวกัน