ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคเซ็งโงกุ
ยุคเซ็งโงกุ () เป็นช่วงเวลาของความไม่สงบใน ญี่ปุ่น อันเกิดจากอำนาจการปกครองของ โชกุนตระกูลอาชิกางะในยุคมูโรมาจิเสื่อมลง ทำให้บรรดาไดเมียวผู้ปกครองแคว้นต่าง ๆ ในญี่ปุ่นต่างพากันตั้งตนเป็นอิสระ โดยเฉพาะไดเมียวที่อยู่ห่างจากเมืองหลวงเกียวโตมาก และทำสงครามกันเอง ทำให้ญี่ปุ่นลุกเป็นไฟ บ้านเมืองไม่มีขื่อแป โชกุนที่เกียวโตไม่สามารถทำอะไรได้เพราะเป็นเพียงหุ่นเชิดของไดเมียวที่มีอำนาจ สมัยเซ็งโงกุเป็นสมัยแห่งวีรบุรุษ โดยเฉพาะวีรบุรุษทั้งสามที่รวมประเทศญี่ปุ่นให้กลับเป็นหนึ่งเดียวอีกครั้งเป็นการสิ้นสุดสมัยเซ็งโงกุ ได้แก่ โอดะ โนบูนางะ, โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ, และ โทกูงาวะ อิเอยาซุ