ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
ไซโง ทะกะโมะรินำทัพจักรพรรดิคว้าชัยไปทางเหนือและตะวันออกทั่วประเทศญี่ปุ่น โดยชนะที่ยุทธการที่โคชู-คะสึนุมะ สุดท้ายเขาล้อมเอะโดะในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 นำไปสู่ความปราชัยอย่างไม่มีเงื่อนไขหลังคัตสึ คะอิชู รัฐมนตรีสงครามของโชกุน เจรจาการยอมจำนน บางกลุ่มยังต่อต้านต่อไปหลังการยอมจำนนนี้แต่แพ้ในยุทธการที่อุเอะโนะในวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1868