การทิ้งระเบิดนิวเคลียร์ที่ฮิโรชิมะและนางาซากิ
ผู้รอดชีวิตจากเหตุการณ์ระเบิดในครั้งนั้น เรียกจุดที่ระเบิดถูกทิ้งลงใส่ฮิโรชิมะ ว่า "ฮิบะกุชะ" ในภาษาญี่ปุ่นหรือแปลเป็นภาษาไทยว่า "จุดระเบิดที่มีผลกระทบต่อชาวญี่ปุ่น" ด้วยเหตุนี้ ญี่ปุ่นจึงมีนโยบายต่อต้านการใช้ระเบิดปรมาณู ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา และประกาศเจตนาให้โลกรู้ว่า ญี่ปุ่นมีนโยบายจะไม่ยุ่งเกี่ยวกับอาวุธนิวเคลียร์ ในวันที่ 31 เดือนมีนาคม 2551 "ฮิบะกุชะ" มีรายชื่อผู้เสียชีวิตจากทั้งสองเมืองของญี่ปุ่น ที่ถูกจารึกไว้ประมาณ 243,692 คน และในเดือนสิงหาคมของปีเดียวกัน มีรายชื่อผู้เสียชีวิตที่ถูกจารึกไว้เพิ่มขึ้นมากกว่า 400,000 คน โดยแบ่งออกเป็นเมืองฮิโรชิมะ 258,310 คน และเมืองนางาซากิ 145,984 คน
แผ่นดินไหวและคลื่นสึนามิในโทโฮกุ พ.ศ. 2554
ญี่ปุ่นเกิดอาฟเตอร์ช็อกมากกว่า 1,200 ครั้งนับแต่เกิดแผ่นดินไหวขึ้น โดยมี 60 ครั้ง ที่มีความรุนแรงมากกว่า 6.0 แมกนิจูด และมีอย่างน้อย 3 ครั้ง ที่มีความรุนแรงมากกว่า 7.0 แมกนิจูด อาฟเตอร์ช็อกความรุนแรง 7.7 และ 7.9 แมกนิจูด เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 11 มีนาคม และครั้งที่สามเกิดขึ้นนอกชายฝั่งเมื่อวัที่ 7 เมษายน โดยความรุนแรงยังไม่สามารถตกลงกันได้ มีจุดเหนือศูนย์เกิดแผ่นดินไหวอยู่ใต้ทะเล 66 กิโลเมตรนอกชายฝั่งเซ็นได สำนักอุตุนิยมวิทยากำหนดความรุนแรงไว้ที่ 7.4 M ขณะที่สำนักงานสำรวจธรณีวิทยาสหรัฐลดลงเหลือ 7.1 แมกนิจูด มีผู้เสียชีวิตอย่างน้อยสี่คน และกระแสไฟฟ้าถูกตัดขาดเป็นบริเวณกว้างทางตอนเหนือของญี่ปุ่น รวมทั้งการสูญเสียพลังงานภายนอกไปยังโรงไฟฟ้านิวเคลียร์ฮิงาชิโดริ และโรงงานแปรสภาพเชื้อเพลิงรกกาโช สี่วันให้หลัง วันที่ 11 เมษายน เกิดอาฟเตอร์ช็อกความรุนแรง 6.6 แมกนิจูดถล่มฟุกุชิมะอีกครั้งหนึ่ง ทำให้เกิดความเสียหายเพิ่มเติมและมีผู้เสียชีวิตสามคน