สงครามพระเจ้าอลองพญา
ความต้องการครอบครองชายฝั่งตะนาวศรีและการค้าขายในแถบนี้เป็นชนวนเหตุของสงคราม และการให้การสนับสนุนของอยุธยาต่อกบฏมอญแห่งอดีตราชอาณาจักรหงสาวดีฟื้นฟู ราชวงศ์โกนบองที่เพิ่งจะสถาปนาขึ้นใหม่นั้นต้องการจะแผ่ขยายอำนาจเข้าควบคุมชายฝั่งตะนาวศรีตอนบนอีกครั้ง (ปัจจุบันคือ รัฐมอญ) ซึ่งอยุธยาได้ให้การสนับสนุนแก่กบฏชาวมอญและจัดวางกำลังพลไว้ ฝ่ายอยุธยาปฏิเสธข้อเรียกร้องของพม่าที่จะส่งตัวผู้นำกบฏมอญหรือระงับการบุกรุกดินแดนซึ่งพม่ามองว่าเป็นดินแดนของตน
สงครามช้างเผือก
ในเวลาต่อมา กองทัพพม่าก็ยกมาประชิดเขตเมืองใก้ลทุ่งลุมพลีพระมหาจักรพรรดิทรงให้กองทัพบก กองทัพเรือ ระดมยิงใส่พม่าเป็นสามารถ แต่สู่ไม่ได้จึงถอย ทางพม่าจึงยึดได้ป้อมพระยาจักรี (ทุ่งลุมพลี) ป้อมจำปา ป้อมพระยามหาเสนา (ทุ่งหันตรา) แล้วล้อมกรุงศรีอยุธยาอยู่นาน พระมหาจักรพรรดิทรงเห็นว่าพม่ามีกำลังมาก การที่จะออกไปรบเพื่อเอาชัยคงจะยากนัก จึงทรงสั่งให้เรือรบนำปืนใหญ่ล่องไปยิงทหารพม่าเป็นการถ่วงเวลาให้ เสบียงอาหารหมดหรือเข้าฤดูน้ำหลากพม่าคงจะถอยไปเอง แต่พม่าได้เตรียมเรือรบ และปืนใหญ่มาจำนวนมากยิงใส่เรือรบไทยพังเสียหายหมด แล้วตั้งปืนใหญ่ยิงเข้ามา ในพระนครทุกวัน ถูกชาวบ้านล้มตาย บ้านเรือน วัด เสียหายมาก ทางพระเจ้าบุเรงนองจึงมีพระราชสาสน์มาว่า จะรบต่อไปหรือยอมเป็นไมตรี เนื่องด้วยทางไทยเสียเปรียบมาก พระมหาจักรพรรดิจึงทรงยอมเป็นไมตรี ทำให้ฝ่ายไทยต้องเสียช้างเผือกจาก 2 เชือก เป็น 4 เชือก และทุกปีต้องส่งช้างให้ 30 เชือก พร้อมเงิน 300 ชั่ง จับตัวพระยาจักรี พระราเมศวร และ พระสมุทรสงคราม ไปเป็นตัวประกัน นอกจากนี้ยังจะขอเก็บภาษีอากรจากเมืองมะริดที่ขึ้นกับไทยอีกด้วย ขณะนั้นสมเด็จพระนเรศวรทรงพระชมมายุได้ 9 พรรษาถูกนำเสด็จไปประทับที่กรุงหงสาวดีเพื่อเป็นองค์ประกันด้วย