สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
จักรพรรดิโกะ-ฟุกะกุซะ
หลังจากนั้นจักรพรรดิซึ่งสืบเชื้อสายจากจักรพรรดิโกะ-ฟุกะกุซะและจักรพรรดิคะเมะยะมะก็พยายามจะอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศจนกระทั่งปี พ.ศ. 1935 จักรพรรดิโกะ-คะเมะยะมะ ( , ) จาก ราชวงศ์ใต้ ซึ่งสืบเชื้อสายมาจากจักรพรรดิคะเมะยะมะได้ประกาศสละราชบัลลังก์ทำให้ จักรพรรดิโกะ-โคะมะสึ ( , ) จาก ราชวงศ์เหนือ ซึ่งสืบเชื้อสายจากจักรพรรดิโกะ-ฟุกะกุซะได้ก้าวขึ้นเป็นจักรพรรดิญี่ปุ่นแต่เพียงพระองค์เดียว