ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคมูโรมาจิ
ในยุคมุโระมะชิพุทธศาสนานิกายมหายานยังคงเป็นศาสนาประจำชาติของญี่ปุ่น พุทธศาสนาในยุคมุโระมะชิมีการพัฒนาที่ต่อเนื่องมาจากยุคคะมะกุระ ในยุคมุโระมะชิพุทธศาสนานิกายเซ็น (Zen Buddhism) ซึ่งเผยแพร่จากประเทศจีนเข้ามาสู่ญี่ปุ่นช่วงปลายสมัยคะมะกุระขึ้นมามีอำนาจเนื่องจากได้รับการสนับสนุนจากรัฐบาลโชกุนฯ รัฐบาลโชกุนมุโระมะชิมีอำนาจในการจัดการการปกครองคณะสงฆ์นิกายเซ็นในญี่ปุ่น หลักการและคำสอนของนิกายเซ็นเน้นเรื่องการวิปัสสนาและการฝึกจิตฝึกตน ซึ่งสอดคล้องกับวิถีชีวิตนักรบของชนขั้นซะมุไร หลักปฏิบัติของนิกายเซ็นประกอบด้วย "ซะเซ็ง" ( การนั่งสมาธิ) "โคอัง" ( การปุจฉาวิสัชนา) และ"ซะมุ" ( การฝึกตน) ในสมัยมุโระมะชิ นิกายเซ็นในญี่ปุ่นมีสองสำนักด้วยกันได้แก่
ในบรรดาสองสำนัก นิกายเซ็นสำนักริงไซได้รับการอุปถัมภ์จากรัฐบาลโชกุนฯมากที่สุด พระสงฆ์ในนิกายริงไซมีบทบาทและอำนาจในการเมือง ได้รับมอบหมายหน้าที่ให้เป็นผู้ตืดต่อสื่อกลางระหว่างรัฐบาลโชกุนและราชสำนักจีนราชวงศ์หมิง เป็นผู้แปลภาษาและเป็นผู้นำคณะทูต ในสมัยของโชกุนโยะชิมิสึมีการจัดตั้งรูปแบบการปกครองคณะสงฆ์นิกายเซ็นขึ้น เรียกว่า ระบบปัญจบรรพต หรือ "โกะซัง" () ซึ่งได้รับแบบอย่างมาจากจีนสมัยราชวงศ์ซ่ง โดยจัดแบ่งวัดนิกายเซ็นออกเป็นระดับต่างๆ โดยที่มีวัดห้าแห่งในเมืองเกียวโตและเมืองคะมะกุระเป็นวัดระดับสูง ต่ำกว่าวัดระดับสูงหรือ"โกะซัง"ลงมาคือวัดระดับกลางเรียกว่า "จิเซ็ตซึ" () และต่ำกว่าวัดระดับกลางลงมาเรียกว่าวัดระดับล่าง เรียกว่า "โชะซัง" ()