ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
รัฐบาลโชกุนดำเนินก้าวสำคัญสู่การสร้างกองทัพสมัยใหม่ที่ทรงอำนาจ คือ กองทัพเรือโดยมีแกนกลางเป็นเรือรบไอน้ำแปดลำที่มีการสร้างโดยใช้เวลาหลายปีและเป็นกองทัพเรือที่เข้มแข็งที่สุดในทวีปเอเชียแล้ว ใน ค.ศ. 1865 มีการก่อสร้างโรงงานสรรพาวุธกองทัพเรือสมัยใหม่แห่งแรกของประเทศญี่ปุ่นในโยะโกะซุกะโดย Léonce Verny วิศวกรชาวฝรั่งเศส ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1867 คณะผู้แทนทหารฝรั่งเศสมาถึงเพื่อจัดระเบียบกองทัพรัฐบาลโชกุนใหม่และสร้างกำลังหัวกะทิเด็นชูตะอิ และมีคำสั่งซื้อเรือรบซีเอสเอส "สโตนวอลล์" เรือรบหุ้มเกราะเหล็ก (ironclad) ที่ฝรั่งเศสสร้าง จากสหรัฐ ซึ่งเป็นสิ่งตกทอดจากสงครามกลางเมืองอเมริกา เนื่องจากชาติตะวันตกประกาศเป็นกลาง อเมริกาจึงปฏิเสธไม่ขายเรือ แต่เมื่อยกเลิกความเป็นกลางแล้ว กลุ่มแยกจักรพรรดิได้เรือและใช้ในยุทธนาการในฮาโกดาเตะโดยใช้ชื่อว่า โคเตะสึ ("เรือหุ้มเกราะเหล็ก")