ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
เป็นเวลาสองศตวรรษก่อนหน้า ค.ศ. 1854 ญี่ปุ่นจำกัดการติดต่อกับต่างประเทศอย่างรุนแรง โดยยกเว้นสำคัญ คือ เกาหลีผ่านทางเกาะสึชิมะ จักรวรรดิต้าชิงผ่านทางหมู่เกาะริวกิว และดัตช์ผ่านทางสถานีการค้าเกาะเดะจิมะ ใน ค.ศ. 1854 พลเรือจัตวาแมทธิว ซี. เพร์รี ได้ขู่ใช้กำลังบังคับให้ญี่ปุ่นเปิดประเทศสู่การค้าโลก นำมาซึ่งยุคสมัยการพัฒนาอย่างรวดเร็วในการค้าต่างประเทศและการทำให้เป็นตะวันตก (Westernization) ส่วนใหญ่เนื่องจากเงื่อนไขอัปยศของสนธิสัญญาไม่เป็นธรรมต่าง ๆ ดังที่เรียกความตกลงเช่นที่เพอร์รีถ่ายทอด ไม่นานรัฐบาลโชกุนเผชิญกับบความเป็นปรปักษ์ภายในประเทศ ซึ่งปรากฏเป็นรูปธรรมเป็นขบวนการมูลวิวัติ "ซนโนโจอิ" (ความหมายตามตัวแปลว่า "เทิดทูนจักรพรรดิ ขับอนารยชน")