ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคคามากูระ
สมัยคะมะคุระเป็นสมัยแรกที่นักรบหรือซามูไร () ขึ้นมากลายเป็นชนชั้นปกครองแทนที่พระจักรพรรดิและนักปราชญ์ที่เป็นพลเรือนดังที่เคยเป็นมาในยุคเฮอัง มีผู้นำของการปกครองคือโชกุนซึ่งอาศัยอยู่ที่เมืองคะมะกุระ หรือเรียกว่า คามาคูระ-โดโนะ () มีอำนาจเสมอเหมือนเป็นเจ้าผู้ปกครองญี่ปุ่นแทนที่พระจักรพรรดิ สถานที่จัดการปกครองไม่มีความหรูหราเช่นเกียวโตทำให้ศูนย์การปกครองที่คะมะคุระถูกเรียกว่า รัฐบาลเต็นต์ หรือ "บากูฟุ" () มีสภาขุนนางซึ่งมีอำนาจตัดสินใจเกี่ยวกับการปกครองเรียกว่า "มันโดะโกะโระ" () สงครามทำให้ชนชั้นนักรบได้เข้าครอบครองที่ดินต่างๆซึ่งแต่ก่อนเป็นของราชสำนักเกียวโต เป็นจุดเริ่มต้นของญี่ปุ่นสมัยศักดินา โดยนักรบที่เป็นนายจะแบ่งที่ดินให้แก่ข้ารับใช้ของตนตามระบอบศักดินาสวามิภักดิ์ (Feudalism) โดยที่ซะมุไรผู้ถือครองที่ดินเรียกว่า "จิโต" () ในขณะที่"บากูฟุ"แต่งตั้งซะมุไรไปปกครองแว่นแคว้นเรียกว่า "ชูโง" () ทับซ้อนกับระบอบเจ้าผู้ปกครองแคว้นเดิมที่ได้รับแต่งตั้งจากราชสำนักเกียวโต