ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ประเทศญี่ปุ่น
หลังฮิเดะโยะชิถึงแก่อสัญกรรม โทะกุงะวะ อิเอะยะซุตั้งตนเองเป็นผู้สำเร็จราชการแทนบุตรของฮิเดะโยะชิและใช้ตำแหน่งให้ได้มาซึ่งการสนับสนุนทางการเมืองและการทหาร อิเอะยะซุเอาชนะไดเมียวต่าง ๆ ได้ในยุทธการที่เซะกิงะฮะระใน พ.ศ. 2143 ต่อมาใน พ.ศ. 2146 จักรพรรดิโกะ-โยเซจึงทรงแต่งตั้งเขาเป็นโชกุน เขาตั้งรัฐบาลโชกุนโทะกุงะวะในเอะโดะ (กรุงโตเกียวปัจจุบัน) รัฐบาลโชกุนโทะกุงะวะออกมาตรการซึ่งรวมบุเกะโชะฮัตโตะเป็นจรรยาบรรณสำหรับควบคุมไดเมียวอัตตาณัติ และนโยบายซะโกะกุ ("ประเทศปิด") ใน พ.ศ. 2182 ซึ่งกินเวลานานสองศตวรรษครึ่งและเป็นยุคเอกภาพทางการเมืองที่เรียก ยุคเอะโดะ (พ.ศ. 2146–2411) การศึกษาศาสตร์ตะวันตก ที่เรียก รังงะกุ ยังคงมีต่อผ่านการติดต่อกับดินแดนแทรกของเนเธอร์แลนด์ที่เดจิมะในนางาซากิ ยุคเอะโดะยังทำให้โคะกุงะกุ ("การศึกษาชาติ") หรือการศึกษาประเทศญี่ปุ่นโดยคนญี่ปุ่น เจริญด้วย