ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
นินจา
ในยุคเดียวกัน โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ได้มีการใช้นินจา จนท้ายที่สุดได้ชนะสงครามและตั้งตัวเป็นโชกุนของประเทศญี่ปุ่น มีการกล่าวถึงผลงานกลุ่มนินจา นำโดยฮัตโตริ ฮันโซ หัวหน้ากลุ่มนินจาฝ่ายอิงะ เป็นผู้นำทางให้อิเอยาสุหลบหนีออกมาในช่องเขานาระภายหลังจากที่ลอบโจมตีทัพของ โอะดะ โนะบุนะงะ สงครามครั้งสุดท้ายที่มีการกล่าวถึงนินจา ในช่วงยุคของโชกุนโทะกุงะวะ คือสงครามกลางเมืองที่ชิมาบาระ ของกลุ่มชาวนาที่โกรธแค้นฝ่ายรัฐบาลที่เรียกเก็บภาษีแพง เมื่อสิ้นสุดสงครามนินจาเริ่มหมดหน้าที่ โดยนินจาบางคนได้มาเป็นโอะนิวะบังชู กลุ่มรักษาความปลอดภัยของปราสาทเอะโดะ ทำหน้าที่ปกป้องผู้ร้ายและขณะเดียวกันก็แอบสืบข้อมูลของไดเมียวคนอื่น นินจาคนอื่นจะเก็บตัวปลอมปนกับชาวนาโดยยังคงฝึกฝนตัวเองอยู่ตลอดเวลาเพื่อพร้อมที่จะได้ใช้วิชานินจาที่อาจจะมีสงครามเกิดขึ้น ในช่วงยุค 200 ปีหลังจากของตระกูลโทะกุงะวะ ไม่มีเหตุการณ์รุนแรงใดเกิดขึ้น ทำให้ไม่มีการสืบต่อวิชานินจา โดยมีการสืบต่อผ่านทางปากต่อปากและคนสนิทเท่านั้น