ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
จักรพรรดิโกะ-ฟุกะกุซะ
หลังจากนั้นจักรพรรดิซึ่งสืบเชื้อสายจากจักรพรรดิโกะ-ฟุกะกุซะและจักรพรรดิคะเมะยะมะก็พยายามจะอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ดอกเบญจมาศจนกระทั่งปี พ.ศ. 1935 จักรพรรดิโกะ-คะเมะยะมะ ( , ) จาก ราชวงศ์ใต้ ซึ่งสืบเชื้อสายมาจากจักรพรรดิคะเมะยะมะได้ประกาศสละราชบัลลังก์ทำให้ จักรพรรดิโกะ-โคะมะสึ ( , ) จาก ราชวงศ์เหนือ ซึ่งสืบเชื้อสายจากจักรพรรดิโกะ-ฟุกะกุซะได้ก้าวขึ้นเป็นจักรพรรดิญี่ปุ่นแต่เพียงพระองค์เดียว