ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
จักรพรรดิอิจิโจ
ในรัชสมัยของจักรพรรดิอิชิโจได้มีการแบ่งแยกตำแหน่งจักรพรรดินีออกเป็น 2 ตำแหน่งอย่างชัดเจนคือ โคโง ("Kōgō") หรือจักรพรรดินีองค์ที่ 1 และ ชูงู ("Chūgū") หรือจักรพรรดินีองค์ที่ 2 สืบเนื่องจากจักรพรรดิอิชิโจมีจักรพรรดินีอยู่ก่อนแล้วคือ ฟุจิวะระ โนะ เทะชิ บุตรสาวของ ฟุจิวะระ โนะ มิชิตะกะ แต่ ฟุจิวะระ โนะ มิชินะงะ ผู้เป็นน้องชายของมิชิตะกะต้องการให้บุตรสาวของตนเองเป็นจักรพรรดินีเช่นกันจึงได้ถวายตัวบุตรสาวคนโตคือ ฟุจิวะระ โนะ โชชิ เข้ามาเป็นจักรพรรดินีและจักรพรรดินีโชชิได้มีพระประสูติกาลพระโอรสให้กับจักรพรรดิอิชิโจถึง 2 พระองค์คือ เจ้าชายอะสึฮิระ ซึ่งต่อมาคือ จักรพรรดิโกะ-อิชิโจ จักรพรรดิองค์ที่ 68 ที่ประสูติเมื่อ ค.ศ. 1008 และ เจ้าชายอะสึนะงะ ซึ่งต่อมาคือ จักรพรรดิโกะ-ซุซะกุ จักรพรรดิองค์ที่ 69 ที่ประสูติเมื่อ ค.ศ. 1009