สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
ยุคมูโรมาจิ
เนื่องจากโชกุนโยะชิมิสึยังอายุน้อย อำนาจปกครองจึงอยู่"คังเร"โฮะโซะกะวะ โยะริยุกิ () ค.ศ. 1370 "คังเร"โยะริยุกิส่งอิมะกะวะ ซะโดะโยะ () นำทัพของรัฐบาลโชกุนฯไปปราบเจ้าชายคะเนะโยะชิที่เกาะคีวชูได้สำเร็จ ในค.ศ. 1378 คฤหาสน์แห่งใหม่ของโชกุนโยะชิมิสึสร้างขึ้นแล้วเสร็จ เรียกว่า ฮะนะ โนะ โงะโชะ () หรือ มุโระมะชิ โดะโนะ () ซึ่งจะกลายเป็นที่พำนักของโชกุนตระกูลอะชิกะงะไปจนตลอดสมัยมุโระมะชิ ในค.ศ. 1379 "คังเร"โยะริยุกิถูกกดดันให้ลาออกจากตำแหน่ง ทำให้โชกุนโยะชิมิสึมีโอกาสขึ้นมามีอำนาจในการบริหารประเทศอย่างเต็มที่ ในค.ศ. 1392 โชกุนโยะชิมิสึจัดให้มีการเจรจาข้อตกลงระหว่างราชวงศ์ฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้ โดยพระราชวงศ์ฝ่ายใต้ยินยอมมอบเครื่องราชกกุฎภัณฑ์สามอย่าง (Three Sacred Treasures) อันเป็นสัญลักษณ์ของราชสมบัติญี่ปุ่น ให้แก่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ เท่ากับเป็นการยอมรับว่าพระจักรพรรดิที่เมืองเกียวโตนั้นเป็นพระจักรพรรดิแห่งญี่ปุ่นแต่เพียงพระองค์เดียว เป็นการยุติสมัยราชวงศ์เหนือใต้