ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ
ในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2549 ท่าอากาศยานเริ่มเปิดให้บริการเที่ยวบินรายวันอย่างจำกัด โดยเจ็ตสตาร์ เอเชีย แอร์เวย์ มีเที่ยวบิน 3 เที่ยวต่อวันไปยังสิงคโปร์ ส่วนการบินไทยมีเที่ยวบินภายในประเทศไปยังจังหวัดพิษณุโลก จังหวัดเชียงใหม่ และจังหวัดอุบลราชธานี ตามด้วยสายการบินบางกอกแอร์เวย์ แอร์เอเชีย ไทยแอร์เอเชีย และนกแอร์ ซึ่งระหว่างช่วงเริ่มต้นใช้งานนั้น ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิได้ใช้รหัสสมาคมการขนส่งทางอากาศระหว่างประเทศชั่วคราว คือ "NBK"
ท่าอากาศยานดอนเมือง
อย่างไรก็ดี เมื่อวันที่ 25 ตุลาคม 2554 ทอท. จำเป็นต้องปิดให้บริการท่าอากาศยานดอนเมืองชั่วคราว เนื่องจากเหตุการณ์มหาอุทกภัยในปีนั้น ส่งผลให้น้ำเริ่มไหลเข้ามาจากด้านทิศเหนือและเข้าท่วมผิวทางวิ่งและพื้นที่ภายในท่าอากาศยาน โดยสายการบินที่ทำการบินแบบประจำอยู่ในช่วงเวลาดังกล่าวได้หยุดให้บริการตั้งแต่ประมาณ 12.00 น. ของวันนั้น ก่อนย้ายไปให้บริการชั่วคราวที่ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ และกรมการบินพลเรือนได้ออกประกาศหยุดทำการบินตั้งแต่เวลาประมาณ 14.00 น. ของวันเดียวกันด้วยเหตุผลด้านความไม่ปลอดภัยต่อการบิน แต่ด้วยน้ำที่ท่วมภายในท่าอากาศยานมีระดับสูงสุดถึงเกือบ 4 เมตร น้ำจึงได้เข้าท่วมชั้นใต้ดินและชั้น 1 ภายในอาคารผู้โดยสารทั้งหมด ทำให้อาคาร 1 ซึ่งเปิดใช้งานอยู่ขณะนั้นจึงได้รับความเสียหายอย่างหนัก ซึ่งแม้น้ำที่ท่วมจะลดระดับลงจนเข้าสู่สภาวะปกติตั้งแต่ต้นเดือนธันวาคม พ.ศ. 2554 และ ทอท. เปิดใช้ทางวิ่งฝั่งตะวันออกตั้งแต่ปลายเดือนมกราคม พ.ศ. 2555 แล้วก็ตาม แต่ก็ต้องใช้เวลาในการบูรณะซ่อมแซมอาคาร 1 ประมาณ 4 เดือน ด้วยงบประมาณ 441 ล้านบาท (งบประมาณฟื้นฟูท่าอากาศยานทั้งหมด 930 ล้านบาท) ก่อนจะเปิดใช้งานได้อีกครั้ง พร้อมกับทางวิ่งฝั่งตะวันตกและระบบสนับสนุนต่างๆ เมื่อวันที่ 2 มีนาคม พ.ศ. 2555 และเริ่มให้บริการเชิงพาณิชย์ตั้งแต่วันที่ 6 มีนาคม พ.ศ. 2555 เป็นต้นไป