สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
นินจา
ในยุคเดียวกัน โทะกุงะวะ อิเอะยะซุ ได้มีการใช้นินจา จนท้ายที่สุดได้ชนะสงครามและตั้งตัวเป็นโชกุนของประเทศญี่ปุ่น มีการกล่าวถึงผลงานกลุ่มนินจา นำโดยฮัตโตริ ฮันโซ หัวหน้ากลุ่มนินจาฝ่ายอิงะ เป็นผู้นำทางให้อิเอยาสุหลบหนีออกมาในช่องเขานาระภายหลังจากที่ลอบโจมตีทัพของ โอะดะ โนะบุนะงะ สงครามครั้งสุดท้ายที่มีการกล่าวถึงนินจา ในช่วงยุคของโชกุนโทะกุงะวะ คือสงครามกลางเมืองที่ชิมาบาระ ของกลุ่มชาวนาที่โกรธแค้นฝ่ายรัฐบาลที่เรียกเก็บภาษีแพง เมื่อสิ้นสุดสงครามนินจาเริ่มหมดหน้าที่ โดยนินจาบางคนได้มาเป็นโอะนิวะบังชู กลุ่มรักษาความปลอดภัยของปราสาทเอะโดะ ทำหน้าที่ปกป้องผู้ร้ายและขณะเดียวกันก็แอบสืบข้อมูลของไดเมียวคนอื่น นินจาคนอื่นจะเก็บตัวปลอมปนกับชาวนาโดยยังคงฝึกฝนตัวเองอยู่ตลอดเวลาเพื่อพร้อมที่จะได้ใช้วิชานินจาที่อาจจะมีสงครามเกิดขึ้น ในช่วงยุค 200 ปีหลังจากของตระกูลโทะกุงะวะ ไม่มีเหตุการณ์รุนแรงใดเกิดขึ้น ทำให้ไม่มีการสืบต่อวิชานินจา โดยมีการสืบต่อผ่านทางปากต่อปากและคนสนิทเท่านั้น