ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิ
ในวันที่ 15 กันยายน พ.ศ. 2549 ท่าอากาศยานเริ่มเปิดให้บริการเที่ยวบินรายวันอย่างจำกัด โดยเจ็ตสตาร์ เอเชีย แอร์เวย์ มีเที่ยวบิน 3 เที่ยวต่อวันไปยังสิงคโปร์ ส่วนการบินไทยมีเที่ยวบินภายในประเทศไปยังจังหวัดพิษณุโลก จังหวัดเชียงใหม่ และจังหวัดอุบลราชธานี ตามด้วยสายการบินบางกอกแอร์เวย์ แอร์เอเชีย ไทยแอร์เอเชีย และนกแอร์ ซึ่งระหว่างช่วงเริ่มต้นใช้งานนั้น ท่าอากาศยานสุวรรณภูมิได้ใช้รหัสสมาคมการขนส่งทางอากาศระหว่างประเทศชั่วคราว คือ "NBK"
ท่าอากาศยานดอนเมือง
ต่อมา เมื่อวันที่ 1 สิงหาคม พ.ศ. 2554 บริษัท ท่าอากาศยานไทย จำกัด (มหาชน) หรือ ทอท. ได้ย้ายการปฏิบัติการของสายการบินภายในประเทศ (ขณะนั้น คือ นกแอร์ - เอสจีเอ แอร์ไลน์ - โอเรียนท์ ไทย แอร์ไลน์ - โซล่าแอร์) จากอาคาร 3 มารวมกับสายการบินระหว่างประเทศที่ทำการบินแบบเช่าเหมาลำ ที่อาคาร 1 เนื่องจากอาคาร 1 มีพื้นที่รองรับการเติบโตของจำนวนผู้โดยสารในอนาคตได้มากกว่า และขณะนั้น ทอท. ต้องการใช้ประโยชน์อาคาร 3 รวมทั้งอาคารคลังสินค้าและพื้นที่โดยรอบเพื่อดำเนินการตามแผนการใช้ประโยชน์ท่าอากาศยานดอนเมืองให้เต็มประสิทธิภาพมากขึ้น เช่น โครงการศูนย์ซ่อมอากาศยาน โครงการบริหารจัดการอะไหล่อากาศยาน โครงการศูนย์ขนส่งกระจายสินค้า โครงการศูนย์ประชุมและนิทรรศการ ฯลฯ สำหรับการใช้อาคาร 1 เพื่อรองรับเที่ยวบินในประเทศ ทอท. ได้แบ่งพื้นที่ภายในอาคารเป็น 2 ส่วน คือ พื้นที่ฝั่งทิศเหนือใช้สำหรับผู้โดยสารระหว่างประเทศ ทิศใต้สำหรับผู้โดยสารภายในประเทศ และใช้ทางเข้าสู่จุดตรวจค้นผู้โดยสารขาออกฝั่งทิศเหนือใช้สำหรับผู้โดยสารระหว่างประเทศ ฝั่งทิศใต้สำหรับผู้โดยสารในประเทศ เที่ยวบินระหว่างประเทศใช้อาคารเทียบเครื่องบินฝั่งเหนือ (ประตูทางออกขึ้นเครื่อง 1-6 [บัสเกต] และ 12 14-15) ส่วนเที่ยวบินในประเทศใช้อาคารเทียบเครื่องบิน 2 และ 3 (ประตูทางออกขึ้นเครื่อง 21-26 31-36 และ 71-77 [บัสเกต]) ซึ่งในช่วงแรกได้เปิดใช้เฉพาะอาคารเทียบเครื่องบิน 3 ก่อน จากนั้นอาคารเทียบเครื่องบิน 2 จึงเปิดใช้ตามมาในวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2555 สำหรับผู้โดยสารขาเข้าระหว่างประเทศจะใช้สายพานรับกระเป๋า 1-3 และในประเทศใช้สายพานรับกระเป๋า 4-6 แต่ยังคงใช้ห้องโถงเคาน์เตอร์ตรวจบัตรโดยสารเดียวกัน