ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโอนิน
สาเหตุของสงครามครั้งนี้เกิดขึ้นมาจากความขัดแย้งเรื่องทายาททางการเมืองของโชกุน อะชิกะงะ โยะชิมะซะ ระหว่าง โฮะโซะกะวะ คะสึโมะโตะ ผู้ดำรงตำแหน่ง คันเร หรือผู้แทนโชกุนที่สนับสนุน อะชิกะงะ โยะชิมิ น้องชายของโชกุนโยะชิมะซะและ ยะมะนะ โซเซ็น พ่อตาของคะสึโมะโตะที่สนับสนุนบุตรชายคนเดียวของโชกุนโยะชิมะซะคือ อะชิกะงะ โยะชิฮิซะ ทำให้ทั้งสองฝ่ายรวบรวมกองทัพจากแคว้นต่าง ๆ ที่เป็นพันธมิตรเข้าสู้รบจนทำให้ นครหลวงเฮอัง หรือ นครหลวงเคียวโตะ ในปัจจุบันได้รับความเสียหายอย่างหนักประชาชนหลบหนีจากเมืองหลวงทำให้เฮอังกลายสภาพเป็นเมืองร้าง ในปี ค.ศ. 1469 โชกุนโยะชิมะซะตัดสินใจตั้งโยะชิฮิซะบุตรชายเป็นทายาททางการเมือง