กลุ่มอาการเซโรโทนิน
ความเสี่ยงสัมพัทธ์และความรุนแรงของทั้งผลข้างเคียงของยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบเซโรโทนินและความเป็นพิษของเซโรโทนิน ทั้งในยาเดี่ยว ๆ หรือใช้รวมกัน เป็นเรื่องซับซ้อน
อาการมีรายงานในคนไข้ทุกกลุ่มอายุ รวมทั้งคนสูงอายุ เด็ก หรือแม้แต่เด็กแรกเกิดเนื่องจากได้รับยาเมื่ออยู่ในครรภ์
ความเป็นพิษทางเซโรโทนินของยา SSRI จะเพิ่มขึ้นตามขนาดยา แต่แม้เมื่อใช้ยาเกินขนาด ก็ยังไม่เพียงพอจะให้ถึงตายจากเซโรโทนินเป็นพิษในผู้ใหญ่ที่แข็งแรง
ระดับที่เพิ่มขึ้นของเซโรโทนินในระบบประสาทกลางจะถึงระดับที่อาจถึงชีวิตก็ต่อเมื่อใช้ยารวมกันที่มีกลไกการทำงานที่แตกต่างกัน
ยาอื่น ๆ นอกจาก SSRI ก็มีฤทธิ์ยับยั้งการนำเซโรโทนินไปใช้ใหม่ในระดับที่มีนัยสำคัญทางคลินิก (เช่น ทรามาดอล แอมเฟตามีน และ MDMA) และสัมพันธ์กับกรณีเป็นพิษที่รุนแรง
อิริโทรมัยซิน
การศึกษาหลายการศึกษาที่ผ่านมาแสดงให้เห็นเชิงประจักษ์ถึงความสัมพันธ์ของการได้รับยาอีริโธรมัยซินทั้งในเด็กก่อนคลอดและเด็กทารกหลังคลอดกับการเกิดการตีบตันช่องไพลอริค (pyloric stenosis) ซึ่งเป็นทางผ่านของอาหารจากกระเพาะอาหารลงสู่ลำไส้เล็ก การใช้ยาอีริโรมัยซิน (โดยเฉพาะอย่างยิ่ง การใช้ยาเป็นระยะเวลานานในขนาดที่มีฤทธิ์ในการฆ่าเชื้อแบคทีเรีย รวมไปถึงการได้รับผ่านทางน้ำนม) ในทารกแรกเกิดอาจนำไปสู่การเกิดการตีบตันช่องไพลอริคได้ การใช้ยาอีริโรมัยซินเพื่อรักษาภาวะ ที่มีกระแสเลือดไปเลี้ยงลำไส้ลดลงจนทำให้ทารกรับนมไม่ได้ (feeding intolerance) พบว่าไม่มีความสัมพันธ์กับการเกิดการหนาตัวของกล้ามเนื้อหูรูดไพลอริคจนทำให้เกิดการตีบตันของช่องไพลอริค (hypertrophic pyloric stenosis ) 
นอกจากนี้ ยังพบว่าอีริโธรมัยซิน เอสไทเลทมีความสัมพันธ์กับการเกิดโรคพิษต่อตับชนิดผันกลับได้ (reversible hepatotoxicity) ในหญิงตั้งครรภ์ โดยยาดังกล่าวจะทำให้เกิดการเพิ่มขึ้นของเอนไซม์ glutamic-oxaloacetic transaminase ในกระแสเลือด จึงไม่แนะนำให้ใช้ยาดังกล่าวในหญิงที่อยู่ระหว่างการตั้งครรภ์ ยิ่งไปกว่านั้นแล้ว หลักฐานเชิงประจักษ์ทางการแพทย์บางแหล่งค้นพบว่ายาดังกล่าวอาจทำให้เกิดพิษต่อตับได้เช่นกันในกลุ่มประชากรทั่วไป
ส่วนผลข้างเคียงต่อระบบประสาทส่วนกลางนั้น พบว่าการได้รับอีริโธรมัยซินอาจทำให้เกิดความผิดปกติทางจิต (psychotic reaction), ฝันร้าย (nightmares) และเหงื่อออกตอนกลางคืน (night sweats) ได้ 
ทั้งนี้ การใช้ยาอีริโธรมัยซินรวมกับยาเม็ดคุมกำเนิดชนิดรับประทาน อาจทำให้ประสิทธิภาพของยาเม็ดคุมกำเนิดลดลง เนื่องจากอีริโธรมัยซินมีผลต่อเชื้อประจำถิ่น (Normal flora) ในลำไส้ จึงมีผลต่อกระบวนการดูดซึมยาฮอร์โมนกลับ (enterohepatic circulation) ได้ นอกจากนี้แล้ว อีริโธรมัยซินยังมีฤทธิ์ยับยั้งการทำงานของระบบ cytochrome P450 ซึ่งทำหน้าที่ในการเปลี่ยนแปลงยาหลากหลายชนิด ดังนั้น เมื่อใช้ยาอีริโธรมัยซินร่วมกับยาชนิดอื่น อาจทำให้ระดับของยาอื่นที่ใช้ร่วมเปลี่ยนแปลงไป จนเกิดอันตรายได้ เช่น ยาวาร์ฟาริน (warfarin) เป็นต้น