สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
ตระกูลคุโจ
ในรัชสมัยของจักรพรรดิโกชิรากาวะ เป็นช่วงที่เกิดสงครามกลางเมืองและแต่ละตระกูลก็แตกออกเป็นหลายๆฝ่าย คือฝ่ายจักรพรรดิและอดีตจักรพรรดิ ตระกูลฟุจิวะระก็แบ่งเป็นสองฝ่ายนี้เช่นกัน รวมไปถึงตระกูลไทระ และตระกูลมินาโมโตะ สงครามครั้งนี้ได้ส่งผลกระทบถึงความมั่งคงของตระกูลฟุจิวะระอย่างมาก จนกระทั่งถึงรัชสมัยของจักรพรรดิโกซันโจ อำนาจของพวกเขาแทบล่มสลาย เพราะจักรพรรดิโกซันโจไม่ได้เป็นคนของตระกูลฟุจิวะระ จักรพรรดิโกซันโจร่วมมือกับขุนนางที่สนับสนุนและเหล่านักรบกวาดล้างตระกูลฟุจิวะระทั้งหมด อำนาจที่สั่งสมมาเป็นเวลานานได้หมดลง และได้เข้าสู่ยุคของนักรบ หรือซามูไรเข้ามาแทนที่ชนชั้นขุนนาง อย่างไรก็ตามในภายหลังพวกเขาก็กลับมามีสถานะที่สูงส่งได้เหมือนเดิม ภายใต้การนำของ 5 ตระกูลใหญ่ของเครือฟุจิวะระ คือ คุโจ นิโจ อิจิโจ ทาสุคาสะ และ โคโนอิ จากเหตุการณ์ในครั้งนี้ทำให้ตระกูลคุโจเกลียดตระกูลมินะโมโตะ และตระกูลไทระ อย่างมาก
ในอดีตตระกูลคุโจได้เป็นผู้สร้าง ศาลเจ้าคิตาโนะ ในปีค.ศ. 1219 โดยคุโจ มิชิอิเอะ ได้มีส่วนร่วมในการตกแต่งศาลเจ้าในด้านศิลปะด้วย ในภายหลังสงครามโลกครั้งที่สอง คุโจ คุมิโกะ ก็ได้มีการบำรุงศาสนาในหลายๆประเทศทั้งในญี่ปุ่น และหลายๆประเทศในเอเชียรวมไปถึง อเมริกา โดยการเผยแผ่ศาสนาโดยได้รับความช่วยเหลือจากบุคคลจากแต่ละประเทศโดยในปัจจุบันในประเทศไทยมีผู้นับถือศาสนาพุทธนิกายนิชิเรนกว่า 1 แสนคน และในอินโดนีเซีย ศรีลังกา สเปน และหลายๆประเทศก็มียอดผู้นับถือสูงขึ้นมาก