สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
ยุคเอโดะ
แต่ชาวญี่ปุ่นกลับมองว่าสมัยเก็นโรกุเป็นสมัยที่มีความเสื่อมโทรมในด้านสังคมและจริยธรรมมากที่สุดสมัยหนึ่ง ด้วยการเรืองอำนาจของขุนนางไดเมียวฟูไดในบากูฟุทำให้มีการทุจริตฉ้อราษฎร์บังหลวงอย่างกว้างขวาง ดังจะเห็นได้จากเหตุการณ์โรนินสี่สิบเจ็ดคน (Forty-Seven Ronins; ) โชกุนสึนาโยชิได้ปราบปรามและลดอำนาจกลุ่มขุนนางฟูไดอย่างหนัก ทำให้โชกุนสึนาโยชิได้ชื่อว่าเป็นโชกุนที่เข้มงวดและเหี้ยมโหดที่สุดคนหนึ่ง และดึงกลุ่มขุนนางคนสนิทหรือ"โซบาโยนิน" () เข้ามามีอำนาจแทน และโชกุนสึนาโยชิยังได้ส่งเสริมลัทธิขงจื๊อด้วยการก่อตั้งสำนักยูชิมะ () ในค.ศ. 1691 ให้เป็นสำนักขงจื๊อประจำชาติของญี่ปุ่น ตลอดช่วงสองร้อยปีในยุคเอโดะรัฐบาลโชกุนดำเนินนโยบายปิดประเทศโดยทำการค้าขายกับจีนและฮอลันดาในปริมาณที่จำกัด อิทธิพลของลัทธิขงจื้อทำให้สถาบันโชกุนในยุคเอโดะมิได้เป็นเพียงผู้นำเผด็จการทหารเพียงอย่างเดียวแต่เป็นรัฏฐาถิปัตย์ผู้ทรงธรรมและศักดิ์สิทธิ์ตามหลักขงจื้อ