ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
สงครามโบชิน
พลพรรคผู้นำบางส่วนของอดีตโชกุนถูกจำคุก แต่รอดการประหารชีวิตอย่างหวุดหวิด มาจากการยืนยันของไซโง ทะกะโมะริและอิวะกุระ โทะโมะมิ แม้อาศัยคำแนะนำจากพากส์ ผู้แทนทางทูตบริติชมากก็ตาม เขากระตุ้นไซโง ตามคำของเออร์เนส ซาโท (Ernest Satow) ว่า "ความรุนแรงต่อเคคิ [โยชิโนบุ] หรือผู้สนับสนุนเขา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในวิถีการลงโทษบุคคล จะทำร้ายชื่อเสียงของรัฐบาลใหม่ในสายตาชาติยุโรป" หลังจำคุกสองหรือสามปี พวกเขาส่วนมากก็ถูกเรียกตัวมารับราชการรัฐบาลใหม่ และหลายคนมีอาชีพรุ่งเรือง ตัวอย่างเช่น เอะโนะโมะโตะ ทะเกะอะกิต่อมาจะรับราชการเป็นผู้แทนทางทูตประจำประเทศรัสเซียและจีนและเป็นรัฐมนตรีศึกษาธิการ