สงครามโบชิน
สงครามครั้งนี้มีรากเหง้ามาจากความไม่พอใจในบรรดาขุนนางและซามูไรหนุ่มจำนวนมากจากการจัดการกับคนต่างด้าวของรัฐบาลโชกุนหลังการเปิดประเทศญี่ปุ่นเมื่อทศวรรษก่อน อิทธิพลของชาติตะวันตกที่เพิ่มขึ้นในเศรษฐกิจนำไปสู่ความเสื่อมที่คล้ายกับประเทศทวีปเอเชียอื่นในเวลาไล่เลี่ยกัน พันธมิตรซามูไรตะวันตก โดยเฉพาะอย่างยิ่งแคว้นโชชู แคว้นซัตสึมะ และแคว้นโทะซะ และข้าราชบริพาร ยึดการควบคุมราชสำนักจักรพรรดิและมีอิทธิพลต่อจักรพรรดิเมจิวัยหนุ่ม โทกูงาวะ โยชิโนบุ โชกุนในเวลานั้น ตระหนักถึงสถานการณ์ที่หมดหวังของตน จึงสละอำนาจทางการเมืองคืนแก่จักรพรรดิ โยชิโนบุหวังว่าเมื่อทำดังนี้ จะสามารถรักษาตระกูลโทกูงาวะและเข้ามีส่วนร่วมในรัฐบาลอนาคต
จักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ
จนกระทั่ง ค.ศ. 1160 "ชูนะงง"ฟุจิวะระ โนะ โนะบุโยะริ ร่วมมือกับมินะโมะโตะ โนะ โยะชิโตะโมะ ก่อการกบฏเพื่อล้มอำนาจพระภิกษุชินเซ ในเหตุการณ์ที่เรียกว่า สงครามเฮจิ (平治の乱) โยะชิโตะโมะยกทัพเข้ายึดพระราชวังกุมองค์จักรพรรดินิโจไว้ และยกทัพเข้าโจมตีตำหนักซันโจ (三条殿) อันเป็นที่ประทับของอดีตจักรพรรดิโกะ-ชิระกะวะ เข้าสังหารข้าราชบริพารของอดีตจักรพรรดิไปมากรวมถึงพระภิกษุชินเซด้วย แล้วจึงกุมองค์อดีตจักรพรรดิไว้ แต่ไทระ โนะ คิโยะโมะริ ได้ช่วยเหลือจักรพรรดิทั้งสองพระองค์ให้ทรงหลบหนีออกมาได้ และยกทัพเข้าต่อสู้กับฝ่ายตระกูลมินะโมะโตะจนได้รับชัยชนะ