ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคมูโรมาจิ
เนื่องจากโชกุนโยะชิมิสึยังอายุน้อย อำนาจปกครองจึงอยู่"คังเร"โฮะโซะกะวะ โยะริยุกิ () ค.ศ. 1370 "คังเร"โยะริยุกิส่งอิมะกะวะ ซะโดะโยะ () นำทัพของรัฐบาลโชกุนฯไปปราบเจ้าชายคะเนะโยะชิที่เกาะคีวชูได้สำเร็จ ในค.ศ. 1378 คฤหาสน์แห่งใหม่ของโชกุนโยะชิมิสึสร้างขึ้นแล้วเสร็จ เรียกว่า ฮะนะ โนะ โงะโชะ () หรือ มุโระมะชิ โดะโนะ () ซึ่งจะกลายเป็นที่พำนักของโชกุนตระกูลอะชิกะงะไปจนตลอดสมัยมุโระมะชิ ในค.ศ. 1379 "คังเร"โยะริยุกิถูกกดดันให้ลาออกจากตำแหน่ง ทำให้โชกุนโยะชิมิสึมีโอกาสขึ้นมามีอำนาจในการบริหารประเทศอย่างเต็มที่ ในค.ศ. 1392 โชกุนโยะชิมิสึจัดให้มีการเจรจาข้อตกลงระหว่างราชวงศ์ฝ่ายเหนือและฝ่ายใต้ โดยพระราชวงศ์ฝ่ายใต้ยินยอมมอบเครื่องราชกกุฎภัณฑ์สามอย่าง (Three Sacred Treasures) อันเป็นสัญลักษณ์ของราชสมบัติญี่ปุ่น ให้แก่พระราชวงศ์ฝ่ายเหนือ เท่ากับเป็นการยอมรับว่าพระจักรพรรดิที่เมืองเกียวโตนั้นเป็นพระจักรพรรดิแห่งญี่ปุ่นแต่เพียงพระองค์เดียว เป็นการยุติสมัยราชวงศ์เหนือใต้