คิม จ็อง-อิล
รายละเอียดเกี่ยวกับการเกิดของคิม จ็อง-อิลแตกต่างกันไปตามแหล่งข้อมูล บันทึกโซเวียตแสดงให้เห็นว่าเขาเกิดในหมู่บ้านวยัตสโคเย (Vyatskoye) ดินแดนฮาบารอฟสค์ (Khabarovsk) สหภาพโซเวียต เมื่อค.ศ. 1941 มีชื่อเมื่อแรกเกิดว่า ยูริ อีร์เซโนวิช คิม (Yuri Irsenovich Kim; รัสเซีย: Юрий Ирсенович Ким) เป็นบุตรชายคนโตคนแรกของนายคิม อิล-ซ็อง () กับนางคิม จ็อง-ซุก () คิม อิล-ซ็อง ผู้เป็นบิดา ในขณะนั้นดำรงตำแหน่งเป็นผู้บัญชาการกองพันที่ 1 แห่งกองพลน้อยโซเวียตที่ 88 อันประกอบด้วยชาวจีนและเกาหลีพลัดถิ่น แห่งกองทัพแดง (Red Army) ของสหภาพโซเวียต เพื่อต่อสู้กับการรุกรานแมนจูเรียของจักรวรรดิญี่ปุ่น ในช่วงสงครามจีน-ญี่ปุ่นครั้งที่ 2 (Second Sino-Japanese War) คิม จ็อง-อิล มีน้องชายมารดาเดียวกันอีกหนึ่งคนคือ คิม มัน-อิล () หรือ คิม ชูรา (Kim Sura; ) เกิดเมื่อปีค.ศ. 1944 และน้องสาวหนึ่งคนคือ คิม กยอง-ฮี ()
คิม จ็อง-อิล
ใน ค.ศ. 1945 ขณะที่คิมอายุได้สามหรือสี่ปี (ตามปีเกิดของเขา) เมื่อสงครามโลกครั้งที่สองสิ้นสุดลงและเกาหลีได้รับเอกราชคืนจากญี่ปุ่นอีกครั้งหนึ่ง บิดาของเขากลับไปยังเปียงยางในเดือนกันยายนปีนั้นเพื่อเข้าดำรงตำแหน่งเป็นผู้นำของเกาหลีเหนือ และปลายเดือนพฤศจิกายน คิม จ็อง-อิล จึงได้เดินทางกลับสู่เกาหลีตามบิดาของตนโดยเรือโซเวียต ซึ่งขึ้นฝั่งที่ซอนบอง ครอบครัวย้ายเข้าไปในบ้านพักของอดีตเจ้าหน้าที่ญี่ปุ่น พร้อมกับสวนและสระน้ำ น้องชายของคิม จ็อง-อิล "ชูรา" คิม (คิม พยองอิล แต่รู้จักโดยชื่อเล่นภาษารัสเซียของเขา) จมน้ำที่นั่นใน ค.ศ. 1948 รายงานไม่ยืนยันแนะว่า คิม จ็อง-อิลวัยห้าขวบอาจเป็นต้นเหตุของอุบัติเหตุนั้น นางคิม จ็อง-ซุก มารดาของคิม จ็อง-อิล เสียชีวิตจากการคลอดบุตรคนที่สี่ เมื่อค.ศ. 1949 รายงานไม่ยืนยันระบุว่า มารดาของเขาอาจถูกยิงและถูกทิ้งให้เลือดไหลจนเสียชีวิต