กลุ่มอาการเซโรโทนิน
ความเสี่ยงสัมพัทธ์และความรุนแรงของทั้งผลข้างเคียงของยาที่มีฤทธิ์ต่อระบบเซโรโทนินและความเป็นพิษของเซโรโทนิน ทั้งในยาเดี่ยว ๆ หรือใช้รวมกัน เป็นเรื่องซับซ้อน
อาการมีรายงานในคนไข้ทุกกลุ่มอายุ รวมทั้งคนสูงอายุ เด็ก หรือแม้แต่เด็กแรกเกิดเนื่องจากได้รับยาเมื่ออยู่ในครรภ์
ความเป็นพิษทางเซโรโทนินของยา SSRI จะเพิ่มขึ้นตามขนาดยา แต่แม้เมื่อใช้ยาเกินขนาด ก็ยังไม่เพียงพอจะให้ถึงตายจากเซโรโทนินเป็นพิษในผู้ใหญ่ที่แข็งแรง
ระดับที่เพิ่มขึ้นของเซโรโทนินในระบบประสาทกลางจะถึงระดับที่อาจถึงชีวิตก็ต่อเมื่อใช้ยารวมกันที่มีกลไกการทำงานที่แตกต่างกัน
ยาอื่น ๆ นอกจาก SSRI ก็มีฤทธิ์ยับยั้งการนำเซโรโทนินไปใช้ใหม่ในระดับที่มีนัยสำคัญทางคลินิก (เช่น ทรามาดอล แอมเฟตามีน และ MDMA) และสัมพันธ์กับกรณีเป็นพิษที่รุนแรง
ชีววิทยาของความซึมเศร้า
ตั้งแต่คริสต์ทศวรรษ 1990 งานวิจัยได้พบข้อจำกัดหลายอย่างของสมมติฐานโมโนอะมีน ซึ่งเป็นเรื่องที่ถูกวิพากษ์วิจารณ์ในวงการจิตแพทย์
อย่างหนึ่งก็คือ การทำงานผิดพลาดของระบบประสาทแบบเซโรโทนินไม่สามารถเป็นเหตุเดียวของความซึมเศร้า
เพราะว่า ยาแก้ซึมเศร้าปกติจะปรับให้เซโรโทนินกลับสู่ระดับปกติอย่างรวดเร็วมาก แต่ว่า บ่อยครั้งกลับใช้เวลาอย่างน้อย 2-4 สัปดาห์ก่อนที่อารมณ์ของคนไข้จะดีขึ้นอย่างสำคัญ
การตรวจสอบอย่างเข้มข้นล้มเหลวที่จะพบหลักฐานที่น่าเชื่อถือเกี่ยวกับการทำงานผิดปกติในระบบประสาทแบบเซโรโทนินใดระบบหนึ่งโดยเฉพาะสำหรับคนไข้โรคซึมเศร้า (MDD)
นอกจากนั้นแล้ว ยังมียาแก้ซึมเศร้าที่ได้ผลแม้ไม่ได้ออกฤทธิ์ผ่านระบบเซโรโทนิน เช่น tianeptine และ opipramol
การทดลองยาที่ลดระดับโมโนอะมีนแสดงว่า มันไม่ได้ก่อความซึมเศร้าในคนปกติ และก็ไม่ได้ทำอาการคนไข้ซึมเศร้าให้แย่ลง
และถึงแม้ว่าจะมีความจำกัดเยี่ยงนี้ สมมติฐานนี้มักจะใช้อธิบายโรคให้สาธารณชนแบบง่าย ๆ เกินไป