ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
ยุคเอโดะ
แต่ชาวญี่ปุ่นกลับมองว่าสมัยเก็นโรกุเป็นสมัยที่มีความเสื่อมโทรมในด้านสังคมและจริยธรรมมากที่สุดสมัยหนึ่ง ด้วยการเรืองอำนาจของขุนนางไดเมียวฟูไดในบากูฟุทำให้มีการทุจริตฉ้อราษฎร์บังหลวงอย่างกว้างขวาง ดังจะเห็นได้จากเหตุการณ์โรนินสี่สิบเจ็ดคน (Forty-Seven Ronins; ) โชกุนสึนาโยชิได้ปราบปรามและลดอำนาจกลุ่มขุนนางฟูไดอย่างหนัก ทำให้โชกุนสึนาโยชิได้ชื่อว่าเป็นโชกุนที่เข้มงวดและเหี้ยมโหดที่สุดคนหนึ่ง และดึงกลุ่มขุนนางคนสนิทหรือ"โซบาโยนิน" () เข้ามามีอำนาจแทน และโชกุนสึนาโยชิยังได้ส่งเสริมลัทธิขงจื๊อด้วยการก่อตั้งสำนักยูชิมะ () ในค.ศ. 1691 ให้เป็นสำนักขงจื๊อประจำชาติของญี่ปุ่น ตลอดช่วงสองร้อยปีในยุคเอโดะรัฐบาลโชกุนดำเนินนโยบายปิดประเทศโดยทำการค้าขายกับจีนและฮอลันดาในปริมาณที่จำกัด อิทธิพลของลัทธิขงจื้อทำให้สถาบันโชกุนในยุคเอโดะมิได้เป็นเพียงผู้นำเผด็จการทหารเพียงอย่างเดียวแต่เป็นรัฏฐาถิปัตย์ผู้ทรงธรรมและศักดิ์สิทธิ์ตามหลักขงจื้อ