อะพอพโทซิส
อะพอพโทซิสจะเกิดขึ้นในเซลล์ที่เสียหายเกินกว่าจะซ่อมแซมได้ เช่น ติดเชื้อไวรัส, หรืออยู่ในภาวะกดดันเช่นการอดอาหาร ความเสียหายของดีเอ็นเอภายในเซลล์จากรังสีแตกตัว (ionizing radiation) หรือสารพิษจะชักนำให้เกิดอะพอพโทซิสโดยผ่านการทำงานของยีนต้านมะเร็ง (tumour-suppressing gene) ชื่อ "p53" การ "ตัดสินใจ" ของเซลล์ว่าจะเข้าสู่กระบวนการอะพอพโทซิสอาจขึ้นกับปัจจัยของเซลล์เอง, ปัจจัยของเนื้อเยื่อรอบๆ, และจากเซลล์ซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของระบบภูมิคุ้มกัน ในกรณีนี้เซลล์จะเกิดการอะพอพโทซิสเพื่อกำจัดเซลล์ที่เสียหาย, เพื่อป้องกันการกระจายของไวรัส, และเพื่อลดจำนวนเซลล์ในภาวะอดอาหารเพื่อจะได้ไม่ต้องดึงอาหารจากสิ่งมีชีวิตตามลำดับ
โรคปอดอักเสบจากเชื้อนิวโมซิสติส จิโรเวซิไอ
มีการศึกษาพบความสัมพันธ์ระหว่าง PCP กับเอดส์มาตั้งแต่ช่วงแรกของการระบาดของเอดส์ ด้วยความที่ PCP มักพบในผู้ที่มีภูมิคุ้มกันบกพร่องเท่านั้น จึงเป็นข้อสงสัยสำคัญที่จะนำไปสู่การให้การวินิจฉัยโรคเอดส์ในผู้ป่วย ซึ่งไม่มีเหตุอื่นที่จะทำให้มีภาวะภูมิคุ้มกันบกพร่อง (เช่น ใช้ยากดภูมิคุ้มกัน เนื่องจากรับการปลูกถ่ายอวัยวะ) ช่วงต้นคริสต์ทศวรรษ 1980 มีการเก็บข้อมูลพบว่ามีจำนวนผู้ป่วย PCP ในเขตอเมริกาเหนือเพิ่มสูงขึ้นอย่างผิดปกติ ซึ่งทราบได้จากการที่มีการสั่งยาเพนตาไมดีนซึ่งเป็นยาปฏิชีวนะที่ไม่ค่อยมีที่ใช้อื่นมากขึ้น ข้อมูลนี้เป็นสัญญาณแรกของการระบาดของเอดส์ในช่วงเวลาดังกล่าว