ศาลเจ้ายะซุกุนิ
ในยุคเมจิ เกิดสงครามกลางเมืองภายในประเทศญี่ปุ่น เรียกว่าสงครามโบชิง ซึ่งเป็นการสู้รบระหว่างฝ่ายรัฐบาลเอโดะและฝ่ายของผู้จงรักภักดีต่อองค์จักรพรรดิ สุดท้ายฝ่ายองค์จักรพรรดิเป็นผู้ชนะ สิ้นสุดยุคของโชกุนโทกูงาวะที่ปกครองญี่ปุ่นยาวนานกว่า 260 ปี มีผู้คนล้มตายจำนวนมาก องค์จักรพรรดิเมจิมีรับสั่งให้สร้างอนุสรณ์สถานเพื่อรำลึกถึงผู้เสียชีวิตในเหตุการณ์สงครามโบชิงและพระราชทานชื่อว่า โตเกียวโชกนชะ () ต่อมา จักรพรรดิเมจิ ได้ทรงเปลี่ยนชื่อเป็น"ยาซูกูนิ"ในปี พ.ศ. 2422 ซึ่งหมายถึง "ประเทศที่สงบสุข"
จักรพรรดิญี่ปุ่น
บทบาทของจักรพรรดิญี่ปุ่นในประวัติศาสตร์ ได้เปลี่ยนแปลงจากบทบาทเชิงสัญลักษณ์ในพิธีการส่วนใหญ่ตลอดจนบทบาทผู้ปกครองจักรวรรดิที่แท้จริง นับแต่การสถาปนารัฐบาลโชกุนครั้งแรก ใน ค.ศ. 1192 ซึ่งไม่บ่อยครั้งที่จักรพรรดิญี่ปุ่นจะทรงเป็นผู้บังคับบัญชาในสนามรบ ต่างจากพระมหากษัตริย์ตะวันตกหลายพระองค์ จักรพรรดิญี่ปุ่นแทบไม่เคยถูกแทรกแซงจากอำนาจการเมืองภายนอก โดยระหว่าง ค.ศ. 1192-1867 โชกุนหรือชิกเก็ง ในยุคคะมะกุระ (ค.ศ. 1203-1333) เป็นผู้ปกครองญี่ปุ่นโดยพฤตินัย แม้พวกเขาได้รับแต่งตั้งโดยจักรพรรดิในนาม