สงครามอะแซหวุ่นกี้
ในเดือน ตุลาคม พ.ศ. 2318 พระเจ้ามังระ ได้มีบัญชาให้อะแซหวุ่นกี้เป็นแม่ทัพใหญ่ยกลงมาตีกรุงธนบุรี ซึ่งทางอะแซ่หวุ่นกี้ได้ใช้เส้นทางด้านด่านแม่ละเมา แขวงเมืองตาก ซึ่งเป็นเส้นทางเดียวกับที่ พระเจ้าบุเรงนอง เคยใช้เข้ามาตีกรุงศรีอยุธยา ถึง 2 ครั้งเข้าตีกรุงธนบุรีโดยมี เนเมียวสีหบดี แม่ทัพใหญ่ที่เคยเข้าตีกรุงศรีอยุธยาเมื่อปี พ.ศ. 2310 เป็นรองแม่ทัพซึ่งอะแซหวุ่นกี้ได้ให้เนเมียวสีหบดีคุมกองทัพอีกด้านอยู่แถวเมืองเชียงแสน โดยมีจุดประสงค์เพื่อเบี่ยงเบนกองทัพของเจ้าพระยาจักรี แต่เจ้าพระยาจักรีทราบในทันทีว่าเป็นแผนลวงจึงนำทัพกลับมาป้องกันเมืองพิษณุโลกในทันที ส่วนกองทัพของอะแซหวุ่นกี้พยายามบุกเข้ายึด เมืองพิษณุโลกเพื่อใช้เป็นฐานที่มั่น แต่เจ้าพระยาจักรีซึ่งต่อมาคือพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช และเจ้าพระยาสุรสีห์พิษณุวาธิราช เจ้าเมืองพิษณุโลกที่ต่อมาคือ สมเด็จพระบวรราชเจ้ามหาสุรสิงหนาท เร่งนำกองทัพลงมาป้องกันเมืองพิษณุโลกได้ทันเวลา .
พระองค์เจ้าขุนเณร
๑. การรบในสมัยสงครามเก้าทัพ 
กรณียกิจที่ปรากฏชัดเจนและมีความสำคัญยิ่งขึ้น คือ เหตุการณ์ในการทำสงครามกับพม่า ที่เรียกว่าสงครามเก้าทัพ ณ เมืองกาญจนบุรี ในปี พ.ศ. ๒๓๒๘ ในแผ่นดินสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลก พระองค์เจ้าขุนเณรได้รับหน้าที่เฉพาะกิจโดย กรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาทโปรดเกล้าฯ ให้เป็นหัวหน้ากองโจร คอยทำลายกองกำลังของพม่า ตัดกำลัง แย่งชิงเสบียงอาหารและยุทโธปกรณ์ของพม่า รบกวน รังควานแย่งชิง ทำลายกองเกวียนกองช้างกองม้าที่นำเสบียงมาจากเมืองเมาะตะมะ เมืองทวาย และตะนาวศรี นำกำลังเข้าไปทางบก และทางน้ำแทรกซึมเข้าไปในพื้นที่ตั้งของข้าศึก และอาศัยภูมิประเทศ เหตุการณ์ดินฟ้าอากาศในขณะนั้น จู่โจม โจมตีทำลาย และจับกุมกำลังทหารของพม่า ทำให้ข้าศึกพะวักพะวน ต้องดึงกำลังมารักษาพื้นที่ส่วนหลังมากขึ้น เป็นการทำลายขวัญของพม่าให้ลดถอยในการสู้รบ พระองค์เจ้าขุนเณรใช้กองทัพนินจาที่พระองค์ทรงฝึกเองเพียง ๑,๘๐๐ คนเท่านั้น ที่จะต้องยันกองทัพพม่า ที่ยกมาเป็นจำนวนนับแสน ซึ่งในการปฏิบัติงานสำคัญ เป็นภารกิจเสี่ยงต่อภัยอันตรายตลอดเวลา ยากที่กำลังพลปกติทั่วไปจะกระทำได้สำเร็จ
๒. สงครามปราบเจ้าอนุวงศ์เวียงจันทน์ 
กรณียกิจครั้งสุดท้ายของพระเจ้าขุนเณร ในแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๓ จากเอกสารของ ฯขุนนคเรศฯ เรื่อง "บันทึกลับ เจ้าพระยาบดินทร์เดชาฯ " ได้พบพระนามของพระองค์เจ้าขุนเณรอีก ได้พิจารณาข้อความตอนหนึ่งที่ขุนนางผู้ใหญ่ ได้นำหนังสือกราบบังคมทูลถึงการปฏิบัติการรบกับกองทัพพระเจ้าอนุเวียงจันทน์ ในฐานะกองโจร และกรมพระราชวังบวรสถานมงคลแม่ทัพหลวงทรงตรัสว่า “ พระองค์เจ้าขุนเณรเขาเคยได้กระทำการศึกสงครามชำนิชำนาญ มาแต่ครั้งแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระพุทธเจ้าหลวง แต่ครั้งท่านเสด็จไปตีพม่าที่เขาชะงุ้ม ราชบุรี ครั้งนั้น พระองค์เจ้าขุนเณรเขาได้เป็นนายทัพกองโจรไปตีกองลำเลียงพม่า เขาเคยมีชัยชนะมาแล้ว ” ยังมีข้อความตอนหนึ่งกล่าวว่าในปี พ.ศ. ๒๔๖๙ สันนิษฐานว่าพระองค์เจ้าขุนเณรมีพระชนมายุเกิน ๖๐ พรรษา และได้รับโปรดเกล้าฯให้เป็นนายทัพกองโจรคุมกำลังกองโจร ซึ่งเป็นคนพม่า คนทวาย และเป็นนักโทษมาแล้ว จำนวน ๕๐๐ คน ภายหลังให้ทหารเมืองนครราชสีมามารวมด้วยอีก ๕๐๐ คน โดยให้พระณรงค์สงครามเป็นหัวหน้าพระองค์เจ้าขุนเณร ผู้บัญชาการกองทัพนินจาของไทย