উমাইয়া মসজিদ
১০৭৮ সালে সুন্নী মুসলিম সেলজুক তার্ক এই শহরের শাসনাভার গ্রহণ করেন এবং তিনি আব্বাসিয় খেলাফতের শাসন পুনরুদ্ধার করেন। সেলজুক রাজা তুতুশ (১০৭৯-১০৯৫) ১০৬৯ সালের অগ্নিকান্ডে মসজিদের ধ্বংসপ্রাপ্ত অংশ ঠিক করেন। এরপর দামেস্কের সেলজুক আতাবেগ, তথিকিং (১১০৪-১১২৮), মসুলের সেলজুক আতাবেগ, শরফ আল-দীন মওদুদ (১১০৯-১১১৩) এর আমলে উমাইয়া মসজিদের পুনঃনির্মাণ কাজ সম্পন্ন হয়।
আবু হানিফা মসজিদ
১৭৫৭ সালে, ইরাকের মামলুক সাম্রাজ্যের শাসন আমলে, বাগদাদের বালি, সুলেমান পাশা সমাধিটি পুনঃসংস্কার করেন এবং একটি গম্বুজ ও বিপনী বিতান নির্মাণ করেন। ১২১৭ সালে, মসজিদের বেশকিছু অংশ্ প্রায় ভেঙ্গে পড়ে যা মসজিদের স্থাপত্য শিল্পের অনেক কিছুই ধ্বংস হয়ে যায়। কিন্তু সুলেমান পাশা ব্যাপাটি সামাল দেন এবং এবং মসজিদের পুরাতন ভবনটির পুনঃসংস্কার করেন এবং মসজিদের মিনারটিতে সোনালী রঙের প্রলেপ করান। 
১২৫৫ হিজরীতে সুলতান আব্দুলমেসিদ ১ মসজিদের ধ্বংসপ্রাপ্ত পুরাতন অংশের পুনঃসংস্কার করার জন্য আদেশ দেন।