জিনতত্ত্ব
যেহেতু সিকুয়েন্স অপসারী হয় এবং বিবর্তনের মাধ্যমে পরিবর্তিত হয় , সিকুয়েন্সের এই পরিবর্তন [[আণবিক ঘড়ি]] হিসেবে ব্যবহার করে তাদের মধ্যে বিবর্তনগত দূরত্ব পরিমাপ করা যায়। জিনগত তুলনাই ভিন্ন ভিন্ন প্রজাতির মধ্যে সম্পর্কতা চরিত্রায়িত করার সর্বোৎকৃষ্ট উপায়। এটি প্রায়শই ত্রুটিপূর্ণ ফিনোটাইপিক তুলনার একটি উৎকৃষ্ট প্রতিস্থাপন। প্রজাতির মধ্যে বিবর্তনগত দূরত্বের ভিত্তিতে [[বিবর্তন বৃক্ষ]] তৈরি করা হয় - এই বৃক্ষ [[সাধারণ বংশক্রমাগম|সাধারণ বংশক্রমাগমের]] প্রতিনিধিত্ব করে এবং সময়ের সাথে প্রজাতির অপসারিতার পরিমাপ করে, যদিও এরা সম্বন্ধহীন প্রজাতির মধ্যে জিনেটিক বস্তুর আদান-প্রদান দেখাতে পারে না (যা [[সমান্তরাল জিন বদল]] নামে পরিচিত এবং ব্যাকটেরিয়াতে অহরহ ঘটে থাকে)।
প্রজাত্যায়ন
ডলফ স্ক্লুটার (যিনি পিটার গ্র্যান্টের সাথে "ডারউইনের ফিঞ্চ" পাখি নিয়ে গবেষণার জন্য পিএইচডি লাভ করেছেন) এবং ব্রিটিশ কলম্বিয়ায় তাঁর বর্তমান সহকর্মীদের সাথে যেসব ত্রিকন্টক স্টিকলব্যাক, মিঠা পানির মাছ নিয়ে গবেষণা করেছেন, সেগুলোকে একসময় সিমপ্যাট্রিক প্রজাত্যায়নের উদ্দীপক উদাহরণ হিসেবে ধরা হত। স্ক্লুটার এবং সহকর্মীরা আবিস্কার করেছেন:তবে উপরে যে ডিএনএ বিশ্লেষণের কথা বলা হয়েছে, সেটা মূলত মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ ভিত্তিক ছিল এবং মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ খুব সহজেই সঙ্করীকরণের মাধ্যমে ঘনিষ্ঠভাবে সম্পর্কযুক্ত দু’টো প্রজাতির মাঝে চলাচল করতে পারে। একটি অপেক্ষাকৃত সাম্প্রতিক গবেষণা নিউক্লিয়ার জিনোম থেকে জেনেটিক মার্কার ব্যবহার করে দেখিয়েছে যে বিভিন্ন হ্রদের উপরিভাগের প্রজাতিগুলো একই হ্রদের গভীর জলের প্রজাতিগুলো থেকে বেশি সম্পর্কযুক্ত। ত্রিকন্টক স্টিকলব্যাকের উদাহরণ প্রমাণ করে যে মাইটোকন্ড্রিয়াল ডিএনএ বিশ্লেষণের উপর ভিত্তি করে নেওয়া সিদ্ধান্ত ভুল হতে পারে, প্রজাত্যায়নের ইতিহাস জানতে চাইলে একাধিক অসম্পর্কযুক্ত মার্কার (অর্থাৎ, নিউক্লিয়ার জিন) হতে প্রাপ্ত এলেলগুলোর বংশবৃত্তান্ত বিবেচনা করা উচিত।